Родственные заявки
Данная заявка заявляет приоритет по заявке США номер 61/510,686, поданной 22 июля 2011 года, все содержание которой во всей полноте включено в данный документ посредством ссылок.
Область техники
Область техники, к которой относится изобретение, в основном связана с соединениями, композициями и способами лечения рака.
Предшествующий уровень техники
Рак является ведущей причиной смерти в Канаде. Канадское общество рака насчитывает приблизительно 170000 новых случаев рака в 2011 году и приблизительно 75000 смертей вследствие рака.
Новый подход к лечению относится к концепции синтетической летальности. Два гена (или продукты двух генов) являются синтетически летальными, если мутация одного из генов совместима с жизнеспособностью, а мутация обоих приводит к смерти. Другими словами "синтетическая летальность" описывает ситуации, при которых мутация и лекарственное средство (например) вместе вызывают гибель раковых клеток, или мутация или лекарственное средство не приводят к гибели клеток. Таргетинг гена (или продукта гена), являющегося синтетически летальным в отношении связанной с раком мутации, должен приводить к гибели только раковых клеток и не затрагивать нормальные клетки. Таким образом, синтетическая летальность обеспечивает основу для развития антираковых специфичных агентов.
Подход синтетической летальности для лечения рака является развивающимся, еще не является рутинным подходом, в основном из-за отсутствия идентификации синтетически летальных генов (или продуктов генов).
N-миристоилирование белков представляет собой модификацию, при которой миристат (насыщенная жирная кислота с 14 атомами углерода) ковалентно прикреплен к NH2 терминальному глицину различных клеточных, вирусных и онкобелков (например, онкогенные Scr-родственные тирозиновые киназы, альфа субъединицы гетеротримерных G-белков, и т.д.).
Клеточные миристоилированные белки выполняют различные биологические функции в сигнальной трансдукции и онкогенезе. Модификация белков за счет миристоилирования необходима для субклеточного таргетинга, конформации белков и биологической активности многих важных белков в эукариотических клетках, включая таковые, необходимые для сигнальной трансдукции и регуляторных функций, важных для клеточного роста. Тирозиновые киназы семейства Src (протоонкогены) являются наиболее широко изученными среди миристоилированных белков.
Миристоилирование белков катализирует N-миристоилтрансфераза (NMT). NMT ответственна за данную активность в эукариотических клетках и работает за счет модификации ее полипептидного субстрата после удаления инициирующего остатка метионина метиониламинопептидазой. Данная модификации возникает в первую очередь в качестве котрансляционного процесса, хотя миристоилирование также может происходить посттрансляционно после протеолитического расщепления белков, обычно во время апоптоза. Два изофермента NMT-ферментов млекопитающих были клонированы и обозначены NMT1 и NMT2. NMT способствуют выживанию клеток. Обе NMT присутствуют во всех нормальных клетках.
Существует необходимость в соединениях, композиции и способе лечения рака.
Данная информация предшествующего уровня техники предложена с целью сделать известной информацию, изложенную в заявке, как возможно относящуюся к настоящему изобретению.
Краткое описание изобретения
Согласно одному аспекту настоящего изобретения предложены соединения и композиции для лечения субъекта, страдающего раком. Также предложены способы идентификации субъекта, страдающего раком, приемлемые для лечения при помощи соединений, композиций и способов, описанных в данном документе.
Согласно одному аспекту настоящего изобретения предложен способ лечения субъекта, страдающего раком, лишенным NMT2, включающий введение упомянутому субъекту ингибитора NMT. В конкретном примере упомянутый ингибитор NMT представляет собой ингибитор NMT1.
В конкретном аспекте упомянутый рак представляет собой лимфому. В примере аспекта упомянутая лимфома представляет собой В-клеточную лимфому. В более конкретном примере упомянутая В-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, В-клеточный хронический лимфоцитарный лейкоз (В-CLL) / мелкоклеточную лимфоцитарную лимфому (SLL), иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, экстранодальную В-клеточную лимфому из клеток маргинальной зоны (Mucosal Associated Lymphoid Tissue, MALT-тип) / моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анапластическую крупноклеточную лимфому.
В конкретном аспекте упомянутый ингибитор NMT представляет собой небольшую молекулу, антитело, пептидный фрагмент или нуклеиновую кислоту.
В конкретном аспекте упомянутая небольшая молекула представляет собой Трис(дибензилиденацетон)дипалладий (Трис-ДБА), 2-гидроксимиристат (ГМК), DDD85646 или их производные. В конкретном аспекте упомянутое антитело представляет собой моноклональное антитело или поликлональное антитело. В конкретном аспекте упомянутая нуклеиновая кислота включает молекулу дцРНК, молекулу иРНК, молекулу микроРНК, рибозим, молекулу кшРНК или молекулу миРНК.
В конкретном аспекте упомянутый субъект является человеком.
В другом аспекте настоящего изобретения способ дополнительно включает введение химиотерапевтического агента. В конкретном примере упомянутый химиотерапевтический агент представляет собой CHOP, GAP-BOP, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, СЕМ, CEVD, CAVP, EVAP или EPOCH.
В другом аспекте настоящего изобретения предложен способ лечения субъекта, страдающего раком, включающий измерение образца от упомянутого субъекта с целью определения является ли упомянутый образец лишенным NMT2, и введение ингибитора NMT упомянутому субъекту, в случае, когда упомянутый образец лишен NMT2. В конкретном примере упомянутый ингибитор NMT представляет собой ингибитор NMT1.
В конкретном аспекте упомянутый ингибитор NMT представляет собой ингибитор NMT1.
В конкретном аспекте упомянутый рак представляет собой лимфому. В конкретном аспекте упомянутая лимфома представляет собой В-клеточную лимфому. В более конкретном аспекте упомянутая В-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, B-CLL/SLL, иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, MALT-тип/моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анаплатическую крупноклеточную лимфому.
В конкретном аспекте упомянутый ингибитор NMT представляет собой небольшую молекулу, антитело, пептидный фрагмент или нуклеиновую кислоту.
В конкретном аспекте упомянутая небольшая молекула представляет собой Трис-ДБА, ГМК, DDD85646 или их производные. В конкретном аспекте упомянутое антитело представляет собой моноклональное антитело или поликлональное антитело. В конкретном аспекте упомянутая нуклеиновая кислота включает молекулу дцРНК, молекулу иРНК, молекулу микроРНК, рибозим, молекулу кшРНК или молекулу миРНК.
В конкретном аспекте упомянутый субъект является человеком.
В другом аспекте настоящего изобретения способ дополнительно включает введение химиотерапевтического агента. В конкретном примере упомянутый химиотерапевтический агент представляет собой CHOP, GAP-BOP, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, СЕМ, CEVD, CAVP, EVAP или EPOCH.
В другом аспекте измерение упомянутого образца проводят при помощи количественной сортировки флуорисцентно-активированных клеток, твердофазного иммуноферментного анализа, иммуногистохимии, количественной иммуногистохимии, резонансного переноса энергии флуоресценции, Ферстеровского переноса энергии, биомолекулярной флуоресцентной комплементации, масспектрометрии, иммуноблота или совместной иммунопреципитации.
В другом аспекте настоящего изобретения предложен набор для лечения рака при лечении субъекта, страдающего раком, лишенным NMT2, включающий ингибитор NMT, и инструкции по его применению. В одном примере упомянутый ингибитор NMT представляет собой ингибитор NMT1.
В конкретном аспекте упомянутый рак представляет собой лимфому. В конкретном аспекте упомянутая лимфома представляет собой В-клеточную лимфому. В более конкретном примере упомянутая В-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, B-CLL/SLL, иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, MALT-тип/моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анапластическую крупноклеточную лимфому.
В конкретном аспекте упомянутый ингибитор NMT представляет собой небольшую молекулу, антитело, фрагмент пептида или нуклеиновую кислоту.
В конкретном аспекте упомянутая небольшая молекула представляет собой Трис-ДБА, ГМК, DDD85646 или их производные. В конкретном аспекте упомянутое антитело представляет собой моноклональное антитело или поликлональное антитело. В конкретном аспекте упомянутая нуклеиновая кислота включает молекулу дцРНК, молекулу иРНК, молекулу микроРНК, рибозим, молекулу кшРНК или молекулу миРНК.
В конкретном аспекте упомянутый субъект является человеком.
В другом аспекте настоящего изобретения способ дополнительно включает введение химиотерапевтического агента. В конкретном примере химиотерапевтический агент представляет собой CHOP, GAP-ВОР, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CyteBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, СЕМ, CEVD, CAVP, EVAP или EPOCH.
В другом аспекте настоящего изобретения предложено применение ингибитора NMT для лечения субъекта, страдающего раком, лишенным NMT2. В конкретном примере упомянутый ингибитор NMT представляет собой ингибитор NMT1.
В конкретном аспекте упомянутый рак представляет собой лимфому. В конкретном аспекте упомянутая лимфома представляет собой В-клеточную лимфому. В более конкретном аспекте упомянутая В-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, B-CLL/SLL, иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, MALT-тип/моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анапластическую крупноклеточную лимфому.
В конкретном примере упомянутый ингибитор NMT представляет собой небольшую молекулу, антитело, фрагмент пептида или нуклеиновую кислоту.
В конкретном примере упомянутая небольшая молекула представляет собой Трис-ДБА, ГМК, DDD85646 или их производные. В конкретном аспекте упомянутое антитело представляет собой моноклональное антитело или поликлональное антитело. В конкретном аспекте упомянутая нуклеиновая кислота включает молекулу дцРНК, молекулу иРНК, молекулу микроРНК, рибозим, молекулу кшРНК или молекулу миРНК.
В конкретном аспекте упомянутый субъект является человеком.
В другом аспекте настоящего изобретения способ дополнительно включает введение химиотерапевтического агента. В конкретном примере упомянутый химиотерапевтический агент представляет собой CHOP, GAP-BOP, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CyteBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, СЕМ, CEVD, CAVP, EVAP или EPOCH.
В другом аспекте настоящего изобретения предложено применение ингибитора NMT для получения лекарственного препарата для лечения субъекта, имеющего рак, лишенный NMT2.
В конкретном аспекте упомянутый ингибитор NMT представляет собой ингибитор NMT1.
В конкретном аспекте упомянутый рак представляет собой лимфому. В конкретном аспекте упомянутая лимфома представляет собой В-клеточную лимфому. В более конкретном примере упомянутая В-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, B-CLL/SLL, иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, MALT-тип/моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анапластическую крупноклеточную лимфому.
В конкретном аспекте упомянутый ингибитор NMT представляет собой небольшую молекулу, антитело, фрагмент пептида или нуклеиновую кислоту.
В конкретном аспекте упомянутая небольшая молекула представляет собой Трис-ДБА, ГМК, DDD85646 или их производные. В конкретном аспекте упомянутое антитело представляет собой моноклональное антитело или поликлональное антитело. В конкретном аспекте упомянутая нуклеиновая кислота включает молекулу дцРНК, молекулу иРНК, молекулу микроРНК, рибозим, молекулу кшРНК или молекулу миРНК.
В конкретном аспекте упомянутый субъект является человеком.
В другом аспекте настоящего изобретения способ дополнительно включает введение химиотерапевтического агента. В конкретном примере упомянутый химиотерапевтический агент представляет собой CHOP, GAP-BOP, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CyteBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, СЕМ, CEVD, CAVP, EVAP или EPOCH.
В другом аспекте настоящего изобретения предложено применение NMT2 в качестве маркера одного или более диагноза, прогноза, классификации или мониторинга рака у субъекта.
В другом аспекте настоящего изобретения предложено применение ацилирования белка в качестве маркера одного или более диагноза, прогноза, классификации или мониторинга рака у субъекта.
В конкретном аспекте упомянутый рак представляет собой лимфому.
В конкретном аспекте упомянутая лимфома представляет собой В-клеточную лимфому.
В конкретном аспекте упомянутая В-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, B-CLL/SLL, иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, MALT-тип/моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анапластическую крупноклеточную лимфому.
В конкретном аспекте упомянутый маркер измеряют при помощи испытания, выбранного из иммунологических анализов или детекции нуклеиновой кислоты или активности белка.
Краткое описание фигур
Воплощения настоящего изобретения будут описаны в данной работе посредством только примера, со ссылкой на прикрепленные фигуры, где:
Фигура 1 изображает иммуноблот экспрессии NMT1 и NMT2 в одном типе нормальных В клеток (L0) и различных В-клеточных лимфомах и Т-клеточных лейкимиях;
Фигура 2 представляет собой графическую иллюстрацию чувствительности различных нормальных клеток и различных В-клеточных лимфом и Т-клеточных лейкимий к ингибиторам NMT, Трис-дибензилиденацетон-дипалладию (Трис-ДБА).
Фигура 3 представляет собой гистограмму, иллюстрирующую ингибирование N-миристоилтрансферазы (NMT) посредством Трис-дибензилиденацетон-дапалладия (Трис-ДБА); и
Фигура 4 представляет собой иммуноблот, изображающий линии клеток лимфомы, исследованные при помощи антител к NMT1 и NMT2.
Фигура 5 представляет собой линейную диаграмму, демонстрирующую чувствительность ингибиторов NMT на линии клеток лимфомы Беркитта по сравнению с иммортализованной линией клеток В лимфоцитов; и
Фигура 6 изображает результаты трансфекции клеток В лимфомы линии Ramos при помощи pcDNA3.1-V5-NMT2, показывающие повышенную устойчивость к 2,5 кратному Трис-ДБА (5 мкг/мл) против контрольных клеток, трансфецированных при помощи пустого плазмидного вектора (панель А), проявляющих жизнеспособность клеток, и (панель В) иммуноблот.
В подробном описании, приведенном далее, номера жирным шрифтом служат для идентификации компонентных частей, которые описаны и относятся к графическим материалам, изображающим различные воплощения изобретения. Следует отметить, что в описании различных воплощений настоящего изобретения одинаковые ссылочные номера применены для идентификации одинаковых элементов. Более того, для упрощения части не указаны на одинаковых фигурах графических материалов.
Подробное описание изобретения
Соединения, композиции и способы лечения субъектов, страдающих раком, будут более подробно описаны в данном документе ниже. Также в данном документе описаны способы идентификации субъекта с раком, приемлемые для лечения при помощи соединений, композиций и способов, описанных в данном документе. Также в данном документе описаны способы идентификации субъекта с раком.
Настоящая заявка предлагает способы и композиции для лечения раковых опухолей, лишенных NMT. Раковые опухоли, лишенные NMT, включают раковые опухоли, лишенные NMT1 или NMT2. В конкретном примере рак, лишенный NMT, представляет собой рак, лишенный NMT2.
Термин "рак", как употреблено в данном документе, относится к различным состояниям, вызванным ненормальным неконтролируемым ростом клеток. Клетки, способные вызвать рак, рассматриваемые в качестве "раковых клеток", обладают характерными свойствами, такими как неконтролируемая пролиферация, бессмертие, метастатический потенциал, быстрая скорость роста и пролиферации, и/или определенными типичными морфологическими чертами. Раковые клетки могут быть в виде опухоли, но такие клетки также могут существовать по отдельности внутри субъекта или могут представлять собой неозлокачествленные клетки. Рак может быть выявлен любым из ряда способов, включающих, но не ограниченных, выявление присутствия опухоли или опухолей (например, при помощи клинических или радиологических средств), исследование клеток внутри опухоли или другого биологического образца (например, тканевых биоптатов), измерение маркеров в крови, свидетельствующих о рака и определение генотипа, свидетельствующего о рака. Однако отрицательный результат при одном или более упомянутых способов выявления не обязательно свидетельствует об отсутствии рака, например, пациенты, обнаруживающие полный ответ на лечение рака могут все еще иметь рак, что подтверждается последующим рецидивом.
В конкретном примере настоящего раскрытия рак представляет собой лимфому.
Термин "лимфома", как употреблено в данном документе относится к злокачественному росту В- или Т-клеток лимфатической системы. "Лимфома" включает различные типы злокачественных опухолей, включая Ходжскинскую лимфому и неходжкинскую лимфому. Термин "неходжкинская лимфома", как употреблено в данном документе, относится к злокачественному росту В- или Т-клеток в лимфатической системе, не являющемуся Ходжкинской лимфомой (которая характеризуется, например, присутствием клеток Рид-Штернберга в области опухоли). Неходжкинская лимфома включает свыше 29 типов лимфом, различия между которыми основаны на типе раковых клеток.
В более конкретном примере настоящего раскрытия рак представляет собой В-клеточную лимфому.
Примеры В-клеточных лимфом включают, но не ограничены, например, фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, B-CLL/SLL, иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, MALT-тип/моноцитоидную В-клеточную лимфому. Также предполагается лечение детских лимфом, таких как лимфома Беркитта, диффузной крупноклеточной В-клеточной лимфомы, В-клеточной лимфомы из клеток предшественников (B-LBL), Т-клеточной лимфомы из клеток предшественников (T-LBL) и анапластической крупноклеточной лимфомы.
Термин "субъект", как употреблено в данном документе относится к животному и может включать, например, домашних животных, таких как кошки, собаки и т.д., домашний скот (например, крупный рогатый скот, лошади, свиньи, овцы, козы и т.д.), лабораторных животных (например, мыши, кролики, крысы, морские свинки и т.д.), млекопитающих, млекопитающих не являющихся человеком, приматов, приматов, не являющихся человеком, грызунов, птиц, рептилий, амфибий, рыб и любых других животных. В конкретном примере субъект представляет собой человека.
Термин "лечение" или "лечить", как употреблено в данном документе, относится к получению благоприятных или желаемых результатов, включая клинические результаты. Благоприятные или желаемые клинические результаты могут включать, но не ограничены, облегчение или улучшение одного или более симптомов или состояний, уменьшение степени заболевания, стабилизированное состояние (т.е. не ухудшение) заболевания, предотвращение распространения заболевания, задержку или замедление прогресса заболевания, улучшение или временное облегчение состояния заболевания, уменьшение повторения заболевания и ремиссию (или частичную или полную), или детектируемые или недетектируемые. "Лечение" и "лечение" также могут означать повышенную выживаемость по сравнению с предполагаемой выживаемостью без приема лечения. "Лечение" и "лечение", как употреблено в данном документе также включают профилактическое лечение. Например, субъект с ранним раком, например начальной стадией лимфомы, может быть вылечен до предотвращения прогресса или альтернативно субъект с ремиссией может быть вылечен при помощи соединения или композиции, описанной в данном документе, для предотвращения рецидива.
Как показано в данном документе клетки В-клеточной лимфомы экспрессируют NMT1, но не NMT2. Это представляет контраст по сравнению с лейкимийными и другими протестированными клетками, которые экспрессируют и NMT1 и NMT2. (Как показано на фигурах 1 и 4).
В данном документе дополнительно показано, что клетки В-клеточной лимфомы чувствительны к ингибированию клеточной жизнеспособности ингибиторами NMT.
В одном примере ингибитор NMT представляет собой Трис-дибензилиденацетон-дипалладий (Трис-ДБА) (фигура 2).
В других примерах ингибитор NMT, 2-гидроксимиристиновую кислоту (ГМК), применяют для ингибирования клеток В-клеточной лимфомы.
В еще одном примере пиразол сульфонамид, ингибитор NMT y Т. brucei [J.A. Frearson et. al. (2010) Nature. 464. 728-723] (DDD 85646) применяют для ингибирования клеток В-клеточной лимфомы (фигура 5).
В конкретном примере лечение субъекта с В-клеточной лимфомой включает введение упомянутому субъекту ингибитора NMT.
Соединения ингибиторы NMT или производные могут быть применены в настоящем изобретении для лечения рака, лишенной NMT2.
Термин "лишенный", как употреблено в данном документе, прямо относится к ингибированию, редукции или элиминации (по сравнению с диким типом или контрольными образцами), например, синтеза, уровней, активности или функции NMT, а также ингибированию индукции или стимуляции синтеза, уровней, активности или функционирования белка NMT (например, NMT1 или NMT2). Термин также относится к любому метаболическому или регуляторному пути, который может регулировать синтез, уровни, активность или функционирование NMT. Термин также включает ингибирование, редукцию или элиминацию в результате связывания с другими молекулами и образования комплекса. Поэтому термин "лишенный NMT" относится к тому, что приводит к ингибированию, редукции или элиминации функции белка или функции белкового пути. Однако термин не предполагает, что каждая или все эти функции должны быть ингибированы в одно и тоже время.
В некоторых случаях рак может быть идентифицирован как лишенный NMT за счет определения присутствия мутации в гене NMT. Такие способы определения нуклеиновой кислоты и амплификации хорошо известны специалистам в области техники.
Например, нуклеиновая кислота может быть амплифицирована из биологического образца. Различные способы (такие как фенол-хлороформенная экстракция) экстракции приемлемы для выделения ДНК или РНК. Нуклеиновая кислота, экстрагированная из образца, может быть амплифицирована за счет способов амплификации нуклеиновой кислоты, известных в области техники. Неограничивающие примеры включают полимеразную цепную реакцию (ПЦР), полимеразную цепную реакцию с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР), гнездовую ПЦР, лигазную цепную реакцию, амлифицируемые репортерные РНК, Q-beta репликации, амплификацию, основанную на транскрипции, "бумеранг" - амплификацию ДНК, активацию замещения цепи, технологию циклического зонда, изотермическую амплификацию, основанную на последовательности нуклеиновых кислот (NASBA) или другие способы репликации последовательности или способы сигнальной амплификации также могут быть применены.
Способы амплификации хорошо известны в области техники. В некоторых способах применяют обратную транскрипцию РНК в кДНК.
В одном примере ПЦР применяют для амплификации интересующей мишенной последовательности, например, последовательности NMT2.
Нуклеиновые кислоты могут быть амплифицированы до детекции или могут быть детектированы непосредственно в течение этапа амплификации, например, способы "в реальном времени". В некоторых воплощениях, мишенную последовательность амплифицируют при помощи меченого праймера такого, что получаемый ампликон является меченым и за счет этого может быть детектирован. В некоторых воплощениях праймер является флуорисцентно-меченым. В некоторых воплощениях мишенную последовательность амплифицируют и получаемый ампликон детектируют при помощи электрофореза.
Уровень генной экспрессии может быть определен посредством оценки количества мРНК NMT1 в образце. Способы измерения мРНК в образцах известны в области техники. Для измерения уровней мРНК клетки в образцах могут быть лизированы, и уровни мРНК в лизатах или в очищенной или полуочищенной РНК из лизатов могут быть измерены при помощи различных способов, известных специалистам в области техники. Такие способы включают, без ограничения, гибридизационные анализы при помощи детектируемых меченых проб ДНК или РНК, например нозерн-блот, или способы количественной или полуколичественной ОТ-ПЦР при помощи соответствующих олигонуклеотидных праймеров. Альтернативно, количественные или полуколичественные in situ гибридизационные анализы могут быть выполнены при помощи, например, срезов ткани или суспензии нелизированных клеток и детектируемо меченых, например, флуоресцентно или ферментативно меченых, проб ДНК или РНК. Дополнительные способы количественного определения мРНК включают метод защиты РНК (RNA protection assay, RPA), микроэррей кДНК и олигонуклеотидов, анализ репрезентативных различий в мРНК (representation difference analysis, RDA), сравнительный анализ, анализ маркерных экспрессируемых последовательностей, серийный анализ генной экспрессии (SAGE) и мультиплексную амплификацию с лигированием при помощи Luminex FlexMap (LMF).
Амплификация также может быть отслежена при помощи способов "в реальном времени". ПЦР в реальном времени позволяет детектировать и количественно оценивать мишенную нуклеиновую кислоту. Обычно в данном подходе для количественной ПЦР применяют флуоресцентный краситель, такой как SYBR Green.RTM. I. Альтернативно, другие флуоресцентные красители, например, FAM или HEX, могут быть конъюгированы с олигонуклеотидной пробой или праймером. В области техники известны различные приборы способные проводить ПЦР в реальном времени. Флуоресцентный сигнал, генерируемый в каждом цикле ПЦР, пропорционален количеству ПЦР продукта. Точку на графике флуоресценции против номера цикла применяют для описания кинетик амплификации, и уровень порогового значения флуоресценции применяют для описания номера дробного цикла в отношении начальной концентрации матрицы. В случае, когда амплификацию проводят и детектируют на приборе, способном считывать флуоресценцию в течение термоциклирования, предполагаемый ПЦР-продукт может быть отдиффиринцирован от неспецифичных ПЦР-продуктов при помощи анализа кривых плавления. Посредством измерения изменения в флуоресценции с одновременным градиентным повышением температуры реакции в связи с амплификацией и генерацией сигнала, возможно определить (Δct) предполагаемого продукта(ов), а также неспецифического продукта.
Способы могут включать амплификацию множества нуклеиновых кислот в образце, также известные как "мультиплексная детекция" или "мультиплексирование". Как употреблено в данном документе термин "мультиплексная ПЦР" относится к ПЦР, которая включает добавление в реакцию более чем одного набора ПЦР-праймеров для детекции и количественного определения множества нуклеиновых кислот, включая нуклеиновые кислоты из одного или более мишенных генных маркеров. Более того, мультиплексирование с внутренним контролем (например 18S рРНК, GADPH или бета-актин) обеспечивает контроль ПЦР без реакции.
В некоторых примерах рак может быть идентифицирован как лишенный NMT за счет определения эпигенетической активации гена NMT или утраты функции белка.
В некоторых примерах рак может быть идентифицирован как лишенный NMT за счет определения активности NMT (включая NMT1 и NMT2) в образце клеток от субъекта. Активность может быть определена относительно контроля, например, в случае дефектов раковых клеток, относительно нераковых клеток, предпочтительно из той же ткани. Таким образом, рак, лишенный NMT, может обладать пониженной или элиминированной активностью и/или экспрессией NMT. Активность NMT может быть определена при помощи способов, хорошо известных в области техники. В данных примерах, рак, лишенный NMT, обладает пониженной или элиминированной активностью.
В некоторых примерах, рак может быть идентифицирован как лишенный NMT посредством определения количества, концентрации и/или уровней белка NMT.
В некоторых примерах рак может быть идентифицирован как лишенный NMT при помощи определения количества миристоилированных белков в биологическом образце от субъекта с раковой опухолью или предположительно имеющего раковую опухоль. В данном примере могут быть определены присутствие, отсутствие или количество миристоилированного белка, например, при помощи клик-химии с применением соответствующих аналогов жирных кислот. Неограничивающие способы описаны в данном документе в материалах и методах. Альтернативные способы определения присутствия, отсутствия или количества миристоилированных белков будут известны специалистам в области техники. Образец, обладающий пониженным количеством миристоилированного белка в образце (возможно по сравнению с контролем), является показателем образца, лишенного NMT, или рака, лишенного NMT.
В некоторых примерах рак может быть идентифицирован как лишенный NMT посредством определения степени ацилирования белков в биологическом образце от субъекта с раковой опухолью, или предположительно имеющего раковую опухоль. В данном примере могут быть определены присутствие, отсутствие или степень ацилирования белков. Такие способы будут известны специалистам в области техники. Образец, обладающий пониженной степенью ацилирования белков в образце (возможно по сравнению с контролем) является показателем образца, лишенного NMT, или рака, лишенной NMT.
В некоторых примерах рак может быть идентифицирован как лишенный NMT посредством определения присутствия одной или более вариаций последовательности, таких как мутации и полиморфизмы, которые могут включать делеции, инсерции или замены одного или более нуклеотидов, относительно нуклеотидной последовательности дикого типа. Одна или более вариаций могут быть в кодирующем или некодирующем регионе последовательности нуклеиновой кислоты, и могут снижать или устранять экспрессию или функционирование NMT. Таким образом, отличная нуклеиновая кислота может кодировать отличный полипептид, который обладает пониженной активностью или не обладает активностью, или может кодировать полипептид дикого типа, незначительно или неэкспрессирующийся внутри клетки в результате измененной активности регуляторного элемента.
Ряд способов может быть применен для определения присутствия или отсутствия частичной последовательности нуклеиновой кислоты в образце, полученном от субъекта.
В некоторых примерах рак может быть идентифицирован как лишенный NMT при помощи оценки уровня экспрессии или активности положительного или отрицательного регулятора NMT-компонента NMT-пути. Уровни экспрессии могут быть определены, например, при помощи иммунологических анализов, таких как иммуноблот и ИФА (ELISA), и при помощи способов детекции нуклеиновой кислоты, таких как ОТ-ПЦР, технологии NanoString, секвенирования РНК, гибридизации нуклеиновых кислот или кариотипического анализа.
В некоторых примерах рак может быть идентифицирован как лишенный NMT за счет определения присутствия в клеточном образце от индивидуума одной или более вариаций, например, полиморфизмов или мутаций в NMT.
Мутации и полиморфизмы, ассоциированные с раком, также могут быть детектированы на белковом уровне посредством определения присутствия варианта (т.е. мутанта или аллельного варианта) полипептида.
В другом примере предложен способ лечения субъекта, страдающего раком, где упомянутый рак включает раковые клетки, лишенные NMT2, включающий введение упомянутому субъекту ингибитора NMT и/или ингибитора NMT1.
Термин "ингибирует" или "ингибитор", как употреблено в данном документе, относится к любому способу или технике, которые ингибируют синтез, уровни, активность или функционирование белка, а также способам ингибирования индукции или стимулирования синтеза, уровней, активности или функции интересующего белка, например NMT2. Термин также относится к любому метаболическому или регуляторному пути, который может регулировать синтез, уровни, активность или функционирование интересующего белка. Термин включает связывание с другими молекулами и образование комплекса. Таким образом, термин "ингибитор" относится к любому агенту или соединению, применение которых приводит к ингибированию функции белка или функции белкового пути. Однако термин не предполагает, что каждая или все данные функции должны быть ингибированы в одно и то же время.
В другом примере предложен способ лечения субъекта, страдающего раком, где упомянутый рак включает раковые клетки, лишенные NMT1, включающий введение упомянутому субъекту ингибитора NMT и/или ингибитора NMT2.
В некоторых примерах способы лечения включают введение субъекту терапевтически эффективного количества соединения, описанного в данном документе, и возможно состоят из однократного введения или альтернативно включают серии применений. В конкретном примере упомянутое соединение представляет собой ингибитор NMT, ингибитор NMT1 и/или ингибитор NMT2
В более конкретном примере ингибитор NMT представляет собой Трис-ДБА, ГМК, DDD85646 или их производные.
В других примерах соединения и/или композиции предложены в фармацевтически эффективном количестве, приемлемом для введения субъекту.
Термин "фармацевтически эффективное количество", как употреблено в данном документе, относится к количеству лекарственного средства или фармацевтического агента, которое будет вызывать биологический или медицинский ответ ткани, системы, животного или человека, интересующего исследователя или врача. Данное количество может быть терапевтически эффективным количеством.
Соединения и композиции предложены в фармацевтически приемлемой форме.
Термин "фармацевтически приемлемый", как употреблено в данном документе, включает соединения, материалы, композиции и/или лекарственные формы, приемлемые для применения в контакте с тканями субъекта без чрезмерной токсичности, раздражения, аллергического ответа или другой проблемы или осложнения, соизмеримой с соотношением риск-выгода. Каждый носитель, эксципиент и т.д. также будет приемлемым в смысле совместимости с другими ингредиентами препарата.
Действительное вводимое количество и скорость и динамика введения будут зависеть от природы и серьезности того, что подлежит лечению. Предписание лечения, например решение по дозированию, и т.д., находится в компетенции врачей общей практики и других врачей по лечебному делу, и обычно учитывает расстройства, подлежащие лечению, состояние отдельного пациента, место доставки, способ введения и другие факторы, известные врачам.
Соединение или композиция могут быть введены по отдельности или в сочетании с другими лекарственными препаратами, одновременно или последовательно, в зависимости от состояния, подлежащего лечению.
Для удобства препараты могут быть представлены в единичной дозированной форме и могут быть получены посредством способов, хорошо известных в области фармакологии. Такие способы включают этап приведения активного соединения в ассоциацию с носителем, который может включать один или более вспомогательный ингредиент. Обычно препараты готовят посредством единообразного или равномерного приведения в ассоциацию с активным соединением с жидкими носителями или точно разделенными твердыми носителями или и теми и другими, и затем, в случае необходимости, формования продукта.
Соединения и композиции могут быть введены субъекту посредством обычного пути введения, или системно/поверхностно или в место желаемого действия, включая, но не ограничено, оральное (например, заглатывание), местное (например, чрескожное, интраназальное, глазное, букальное и сублингвальное), легочное (например, посредством применения ингаляционной или инсуффляционной терапии, например аэрозоль, например, через рот или нос), ректальное, вагинальное, парентеральное, например, посредством инъекции, включая подкожные, интрадермальные, внутримышечные, внутривенные, внутриартериальные, внутрисердечные, субарахноидальные, интраспинальные, интракапсулярные, субкапсулярные, интраорбитальные, интраперитониальные, интратрахеальные, субкутикулярные, интраартикулярные, субарахноидальные и интрастернальные инъекции, посредством имплантирования депо, например, подкожно или внутримышечно.
Препараты, приемлемые для орального введения (например, заглатывания) могут быть представлены в виде дискретных единиц, таких как капсулы, крахмальные капсулы или таблетки, каждая содержащая предопределенное количество активного соединения, в виде порошка или гранул, в виде раствора или суспензии в водной или неводной жидкости, или в виде жидкой эмульсии типа масло в воде или жидкой эмульсии типа воды в масле, в виде пилюль, в виде электуария или в виде пасты.
Препараты, приемлемые для парентерального введения (например, посредством инъекции, включая кожные, подкожные, внутримышечные, внутривенные и внутридермальные), включают водные и неводные, изотонические, апирогенные стерильные растворы для инъекций, которые могут содержать антиоксиданты, буферы, консерванты, стабилизаторы, бактериостатики и растворы, которые делают препарат изотоническим в присутствии крови предполагаемого пациента; и водные и неводные стерильные суспензии, которые могут включать суспендирующие агенты и загустители, и липосомы, или другие системы микрочастиц, разработанных для целевой доставки соединения к компонентам крови или одному или более органам. Примеры приемлемых изотонических носителей для применения в таких препаратах включают инъекции хлорида натрия, раствор Рингера или лактированный раствор Рингера.
Препараты могут быть представлены в виде однодозовых или многодозовых герметичных контейнерах, например, ампул или флаконов и могут хранится в лиофилизированном состоянии, требуя только добавления стерильного жидкого носителя, например, воды для инъекций, непосредственно перед применением. Экстемпоральные растворы для инъекций или суспензии могут быть получены из стерильных порошков, гранул и таблеток. Препараты могут быть в виде липосом или других систем микрочастиц, разработанных для целевой доставки активного соединения к компонентам крови или одному или более органам.
Композиции, включающие соединения, раскрытые в данном документе, могут быть применены в способах, описанных в данном документе, в сочетании со стандартными химиотерапевтическими режимами или совместно с лучевой терапией.
В случае лимфомы у пациента известные способы лечения зависят от субъекта, подлежащего лечению, типа заболевания и его стадии. Существующие способы лечения лимфомы известны специалистам в области техники. Таким образом, известные способы лечения могут быть применены вместе с ингибиторами NMT, раскрытыми в данном документе.
Обычные комбинации лекарственных средств для лечения лимфомы включают, но не ограничены, CHOP (т.е. циклофосфамид, доксорубицин, винкристин и преднизон), GAP-ВОР (т.е. циклофосфамид, доксорубицин, прокарбазин, блеомицин, винкристин и преднизон), m-BACOD (т.е. метотрексат, блеомицин, доксорубицин, циклофосфамид, винкристин, дексаметазон и лейковорин), ProMACE-МОРР (т.е. преднизон, метатрексат, доксорубицин, циклофосфамид, этопозид, лейковорин со стандартным МОРР), РгоМАСЕ-CytoBOM (преднизон, доксорубицин, циклофосфамид, винкристин, преднизон, блеомицин и лейкворин). Для рецидивирующей агрессивной неходжкинской лимфомы могут быть применены следующие комбинации химиотерапевтических лекарственных средств с соединениями и композициями, описанными в данном документе: IMVP-16 (т.е. изофамид, метотрексат и этопозид), DHAP (т.е. дексаметазон, - 16 высокодозированный цитарабин и цисплатин), ESHAP (т.е. этопозид, метилпреднизон, высокодозированный цитарабин и цисплатин), CEFF(B) (т.е. циклофосфамид, этопозид, прокарбазин, преднизон и блеомицин) и CAMP (т.е. ломустин, митоксантрон, цитарабин и преднизон).
Лечение для резервной химиотерапии, применяемой при определенных лимфомах, таких как рецидивирующая постоянная болезнь Ходжкина, включает, но не ограничено, VABCD (т.е. винбластин, доксорубицин, дакарбазин, ломустин и блеоицин), ABDIC (т.е. доксорубицин, блеомицин, дакарбазин, ломустин и преднизон), CBVD (т.е. ломустин, блеомицин, винбластин, дексаметазон), PCVP (т.е. винбластин, прокарбазин, циклофосфамид и преднизон), СЕР (т.е. ломустин, этопозид и преднимустин), EVA (т.е. этопозид, винбластин и доксорубицин), MOPLACE (т.е. циклофосфамид, этопозид, преднизон, метотрексат, цитаравин и винкристин), MIME (т.е. метил-ГАГ, ифосфамид, метотрексат и этопозид), MINE (т.е митоквазон (mitoquazone), ифосфамид, винорелбин и этопозид), МТХ-СНОР (т.е. метотрексат и CHOP), СЕМ (т.е. ломустин, этопозид и метотрексат), CEVD (т.е. ломустин, этопозид, виндезин и дексаметазон), CAVP (т.е. ломустин, мелфалан, этопозид и преднизон), EVAP (т.е. этопозид, винбластин, цитарабин и цисплатин), и EPOCH (т.е. этопозид, винкристин, доксорубицин, циклофосфамид и преднизон).
Следует понимать, что альтернативные способы ингибирования NMT1 или NMT2 могут быть применены при стратегии синтетической летальности для лечения рака и, в частности, для лечения В-клеточной лимфомы. Например, экспрессия NMT1 или NMT2 может быть ингибирована при помощи технологии анти-смысловой или иРНК. Применение этих подходов для подавления экспрессии гена и/или белковой активности известно специалистам в области техники.
В другом воплощении настоящего раскрытия предложен способ определения пользы лечения пациентов при помощи ингибитора NMT2 и/или ингибитора NMT1.
В одном примере способ настоящего раскрытия включает качественное или количественное определение, анализ или измерение образца от субъекта с раковой опухолью или предположительно имеющего раковую опухоль, в отношении присутствия или отсутствия или количества или концентрации NMT1 или NMT2.
В другом примере способ настоящего раскрытия включает качественное или количественное определение, анализ или измерение образца от субъекта с раковой опухолью или предположительно имеющего раковую опухоль, в отношении присутствия или отсутствия или количества или концентрации миристоилированных белков.
В другом примере способ настоящего раскрытия включает качественное или количественное определение, анализ или измерение образца от субъекта с раковой опухолью или предположительно, имеющего раковую опухоль, в отношении присутствия или отсутствия или количества концентрации ацилированных белков.
Термин "образец", как употреблено в данном документе, относится к любому образцу от субъекта, включающему, но без ограничения, жидкий, клеточный или тканевой образец, включающий раковые клетки, или предположительно включающий раковые клетки, который может быть оценен в отношении уровней экспрессии генов, уровней белков, уровней ферментативной активности и т.п. Образец может включать, например, образец крови, фракционированный образец крови, образец костного мозга, биоптат, замороженный образец ткани, свежий образец ткани, клеточный образец и/или препарат, залитый в парафин, материал, из которого может быть выделена РНК в достаточных количествах и с адекватным качеством, чтобы стало возможным измерение относительных уровней мРНК или материала, из которого могут быть выделены полипептиды в достаточных количествах и с приемлемым качеством, чтобы стало возможным измерение относительных уровней полипептидов.
Определение, анализ или измерение миристоилированных белков, или присутствия или отсутствия миристоилированных белков, может быть скоррелировано с пользой лечения рака у пациента при помощи ингибитора NMT1 или NMT2.
В конкретном примере антитела по настоящему изобретению являются иммунореактивными или иммуноспецифичными, и поэтому специфично и селективно связывают интересующий белок, например, белок NMT1 или NMT2. В одном примере, могут быть применены антитела, которые являются иммунореактивными и иммуноспецифичными к белку человека NMT1 и NMT2. Предпочтительно антитела к NMT1 или NMT2 являются иммуноспецифичными. Термин "антитело" или "антитела" включает, но не ограничен, моноклональные или поликлональные антитела.
В другом примере антитела по настоящему изобретению являются иммунореактивными или иммуноспецифичными, и поэтому специфично и селективно связывают как белок NMT1, так и NMT2. В данном примере могут быть применены антитела, являющиеся иммунореактивными или иммуноспецифичными как для NMT1, так и для NMT2 человека. Предпочтительно, антитела к NMT1 и NMT2 человека являются иммуноспецифичными. В данном примере, и за счет разных молекулярных масс NMT1 и NMT2, возможно идентифицировать присутствие или отсутствие обоих белков при помощи одних антител, например, при помощи SDS-PAGE или иммуноблота. Термин "антитело" и "антитела" включает, но не ограничен, моноклональные и поликлональные антитела.
Термин "специфически связывает" относится к высоко авидному и/или высоко афинному связыванию антитела со специфическим полипептидом, например, эпитопом NMT1 или NMT2. Связывание антитела с его эпитопом на данном специфичном полипептиде является более сильным, чем связывание одного и того же антитела с любым другим эпитопом, в частности тем, который может присутствовать в виде молекул в ассоциации с, или в виде одного и того же образца, в качестве интересуемого специфического полипептида. Антитела, специфично связывающие интересующий полипептид, могут быть способны к связыванию с другими полипептидами на слабом, еще детектируемом уровне. Такое слабое связывание или фоновое связывание явно отличимо от специфического связывания антитела с интересующим соединением или полипептидом, например, за счет применения соответствующих контролей, которые будут известны специалистам в области техники.
В одном примере образец, содержащий раковые клетки или предположительно содержащий раковые клетки, получают от субъекта с раковой опухолью. Взятие такого образца хорошо известно специалистам в области техники. В конкретном примере образец представляет собой образец крови. Способы получения, обработки и/или хранения такого образца хорошо известны специалистам в области техники.
В конкретном примере при помощи иммуногистохимии проводят детекцию, анализ или измерение белка NMT1 или NMT2 в образце. Специалистам в области техники будет ясно, что другие иммунологические исследования, как количественные, так и качественные, могут быть применены в настоящем изобретении.
Другие примеры, которые могут быть применены при детекции, анализе или измерении NMT1 или NMT2 включают, но не ограничены, иммуноблот, ELISA, непрямую иммунофлуорисценцию, технологию мультиплексирования на частицах, иммунопреципитацию и масс-спектрометрию образца, полученного от субъекта. На практике, в случае, когда образец от пациента слабо окрашивается или не окрашивается по NMT2, субъекта определяют в качестве хорошего кандидата для терапии ингибитором NMT.
В другом примере способ настоящего раскрытия включает количественное и качественное определение, анализ или измерение активности белка NMT1 и/или NMT2 в биологическом образце от субъекта с раковой опухолью в отношении присутствия или отсутствия или величины активности NMT1 и/или NMT2. В данном примере применения субстратов (натуральных или синтетических) NMT1 или NMT2 применяют для идентификации образца, в котором присутствует или отсутствует или присутствует в каком-то количестве активность NMT1 или NMT2.
На практике, в случае, когда образец от субъекта определяют как лишенный NMT2, субъект рассматривают в качестве хорошего кандидата для введения ингибитора NMT.
На практике, в случае, когда в образце от пациента не определяют или определяют низкую активность NMT2, субъект рассматривают в качестве хорошего кандидата для введения ингибитора NMT.
На практике, в случае, когда образец от пациента определяют как обладающий малым или не обладающий каким-либо количеством миристоилированного белка, субъект рассматривают в качестве хорошего кандидата для введения ингибитора NMT.
На практике, в случае, когда образец от субъекта определяют как обладающий малым или не обладающий каким-либо количеством ацилированного белка, субъект рассматривают в качестве хорошего кандидата для введения ингибитора NMT.
В другом примере способ по изобретению включает идентификацию мутации, делеции и т.п., в гене NMT1 или NMT2 в образце от субъекта с раковой опухолью или предположительно имеющего раковую опухоль. Где упомянутая мутация, делеция и т.п. в гене NMT1 или NMT2 приводит к потере уменьшения активности белка NMT1 или NMT2 в раковых клетках внутри упомянутого образца. Способы идентификации таких мутаций, делеций и т.п. в гене NMT1 или NMT2 известны специалистам в области техники и включают, но не ограничены, RFLP, РВ-ПЦР, микроэррей анализ и/или приемлемый тип секвенирования ДНК. На практике в случае, когда образец от пациента определяют как имеющий мутацию, делецию и т.п. в гене NMT2, приводящую к низкой активности или отсутствию активности белка NMT2, субъект рассматривают в качестве хорошего кандидата для терапии ингибитором NMT.
В другом примере способ по изобретению включает идентификацию мутации, делеции и т.п. в мРНК NMT1 или NMT2 в образце от субъекта с раковой опухолью или предположительно имеющего раковую опухоль. Где упомянутая мутация, делеция и т.п. в мРНК приводит к потере уменьшения активности белка NMT1 или NMT2 раковых клеток внутри упомянутого образца. Способы идентификации таких мутаций, делеций и т.п. в мРНК NMT1 или NMT2 хорошо известны специалистам в области техники и включают, но не ограничены, Нозерн-блот, ОТ-ПЦР, микроэррей анализ и/или приемлемый тип секвенирования мРНК. На практике в случае, когда образец от пациента определяют как имеющий мутацию, делецию и т.п. в мРНК NMT2, приводящей к низкой активности или отсутствию активности белка NMT2, субъект рассматривают в качестве хорошего кандидата для терапии ингибитором NMT.
В другом примере способа по изобретению предложен способ лечения субъекта, имеющего раковую опухоль, ассоциированную с дефектом NMT1 или NMT2, включающий введение упомянутому субъекту ингибитора NMT.
Примеры ингибиторов включают, но не ограничены, небольшие молекулы, антитела, пептидные фрагменты и/или молекулы нуклеиновых кислот.
Конкретные примеры небольших молекул включают Трис-ДБА, ГМК, DDD85646 и их производные. Термин "производные", как употреблено в данном документе, включает, но не ограничен, соли, координационные комплексы, эфиры, такие как in vitro гидролизуемые эфиры, свободные кислоты или основания, гидраты, пролекарственные средства или липиды, связующие вещества.
Пептидные фрагменты могут быть получены полностью или частично посредством химического синтеза, активирующего сайт NMT1. Пептидные фрагменты могут быть получены согласно установленным стандартным жидко или твердофазным способам синтеза пептидов, которые будут известны специалистам в области техники.
Ингибиторы нуклеиновых кислот или их дополняющие вещества ингибируют активность или функцию за счет снижения продукции активного полипептида. Это может быть мониторировано при помощи обычных способов, хорошо известных в области техники, например, посредством скрининга при помощи ПЦР в реальном времени, как описано в примерах.
Примеры ингибиторов нуклеиновых кислот включают технологии антисмысловых или иРНК, применение которых, как хорошо установлено, снижает экспрессию гена. Антисмысловые олигонуклеотиды могут быть разработаны для гибридизации с комплементарной последовательностью нуклеиновой кислоты, пре-мРНК или зрелой мРНК, препятствуя продукции компонента основного пути эксцизионной репарации так, что его экспрессия снижена или полностью или почти полностью предотвращена. В дополнение к мишенной кодирующей последовательности антисмысловые техники могут быть применены для мишенных контрольных последовательностей гена, например, в 5’-фланкирующей последовательности, таким образом, антисмысловые олигонуклеотиды могут препятствовать экспрессии контрольных последовательностей.
Альтернативой антисмысловой технологии является применение копии всего или части мишенного гена, инсерцированной в смысловой, другими словами, мишенный ген ориентирован так, чтобы достичь уменьшения экспрессии мишенного гена посредством косупрессии.
Кроме того может быть применена молчащая двуцепочечная РНК (дцРНК). Глушение, опосредованное дцРНК, является геноспецифичным и часто называется РНК-интерференцией (РНКи).
В другом примере применяют нуклеиновую кислоту, с которой в результате транскрипции образуется рибозим, способный разрезать нуклеиновую кислоту в определенном сайте и, следовательно, также полезный при оказании влияния на NMT.
В еще одном примере малые молекулы РНК могут быть применены для регуляции генной экспрессии. Они включают мишенную деградацию мРНК посредством малых интерферирующих РНК (миРНК), посттранскрипционный сайленсинг генов (PTGs), экспериментально регулируемую сиквенс-специфичную трансляционную регрессию мРНК посредством микроРНК (мкРНК) и мишенный транскрипционный сайленсинг генов.
В еще одном примере может быть применена экспрессия короткой шпилечной РНК (кшРНК) в клетке. кшРНК состоит из коротких инвертированных повторов, разделенных небольшой петлевой последовательностью. Один инвертированный повтор комплементарен генной мишени. В клетке кшРНК процессируется Дайсер-ферментом в миРНК, которая деградирует мишенную мРНК гена NMT и подавляет экспрессию. В предпочтительном воплощении кшРНК продуцируют эндогенно (внутри клетки) за счет транскрипции с вектора.
Дефект в NMT1 или NMT2 представляет собой фенотип, лишенный NMT1 или NMT2, который может быть лишен компонента NMT1 или NMT2 опосредованного пути, т.е. экспрессия активности компонента пути может быть понижена или прекращена в раковой клетке по сравнению с контрольными клетками. В некоторых воплощениях раковая клетка может быть лишена NMT1 или NMT2, т.е. экспрессия активности NMT1 или NMT2 может быть понижена или прекращена в раковой клетке по сравнению с контрольными клетками.
Соответственно, предложено применение NMT2 в качестве маркера одного или более диагноза, прогноза, классификации или мониторинга рака у субъекта. В некоторых примерах NMT2 оценивают, как упомянуто выше, при помощи исследований, выбранных из иммунологических исследований или детекции нуклеиновой кислоты, или активности белка.
Также предложено применение миристоилирования белков к качестве маркера для одного или более диагноза, прогноза, классификации или мониторинга рака у субъекта.
Также предложено применение ацилирования белка в качестве маркера для одного или более диагноза, прогноза, классификации или мониторинга рака у субъекта.
В некотором примере упомянутая рак представляет собой лимфому. В более конкретных примерах упомянутая лимфома представляет собой В-клеточную лимфому. В более конкретных примерах упомянутая В-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, В-CLL/SLL, иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, MALT-тип/моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анапластическую крупноклеточную лимфому.
Обычно практикуют способы по изобретению посредством предложения соединений и/или композиций, применяемых в упомянутом способе в виде набора. Такой набор предпочтительно содержит композицию. Такой набор предпочтительно содержит инструкции по его применению.
Для достижения лучшего понимания изобретения, описанного в данном документе, приведены следующие примеры. Следует понимать, что данные примеры служат только в целях иллюстрации. Поэтому, они никоим образом не ограничивают объем данного изобретения.
Примеры
В следующих примерах применены стандартные методологии, которые будут понятны специалистам в области техники.
Материалы и методы
Антитела и реагенты
Трисдибутилбензинилиденацетон-палладий (ТрисДБА) был любезно предоставлен Доктором Arbisier (Университет Алабамы). DDD85646 был синтезирован как описано [Frearson et. al. (2010) Nature. 464.728-723)] и получен от Доктора David Gray и Доктора Paul Wyatt, Универсиет г. Данди.
Мышиные анти-NMT1 (клон 14; 1:1000) и мышиные анти-NMT2 (клон 30; 1:20000) антитела были закуплены у BD Biosciences, Сан-Хосе, Калифорния, США. Кроличьи анти-NMT1 (поликлональные; 1:3000) антитела были закуплены у Proteintech, Чикаго, Иллинойс, США. Кроличьи анти-GFP (1:20000), анти-PARP-1 (1:5000), анти-GAPDH (1:5000) и анти-с-терминальные РАК2 (1:2000) антитела были закуплены у Eusera (ww.eusera.com), Эдмонтон, Альберта, Канада. Мышиные анти-α-тубулин (1:15000) и кроличьи анти-V5-(1:10000) антитела были закуплены у Sigma Aldrich, Сент-Луис, Миссури, США. Мышиные анти-His (1:2000) антитела были закуплены у Qiagen, Германия. Кроличьи антитела к расщепленной каспазе-8 (1:1000) и расщепленной каспазе-3 (1:1000) были закуплены у Cell Signaling, Данверс, Массачусетс, США. Наборы "Enchanced chemiluminesce (ECL) Plus kit" и "ECL Prime western blotting detection kit" были закуплены у GE Healthcare, Питтсбург, Пенсильвания, США. Если не указано иное, все примененные химические вещества были закуплены у Sigma Aldrich (Сент-Луис, Миссури, США) и были высокой степени очистки.
ДНК конструкции. Инженерия V5- и Hiss-маркированных конструкций NMT1 и NMT2. NMT1 и NMT2 исходные вектора, совместимые с Gateway cloning system (Life Technologies, Гранд-Айленд, Нью-Йорк, США) были закуплены у Genecopoeia (Роквил, Мэриленд, США). Гены NMT1 и NMT2 были включены в целевой вектор pcDNA3.1/nV5 DEST (Life Technologies) при помощи фермента LR clonase (Life Technologies) согласно инструкции производителя для получения плазмид N-терминально маркированных NMT (His-NMT1, His-NMT2, V5-NMT1 и V5-MT2). V5-маркированные NMT-конструкции применяли для экспрессии в клетках млекопитающих, в то время как His-NMT конструкции применяли для экспрессии в бактериях. Продукты клонирования подтверждали при помощи секвенирования ДНК (Eurofins MWG Operon, Хантсвилл, Алабама, США).
Культура клеток. В-клетки были любезно предоставлены Доктором Jim Stone или получены из АТСС. Все реагенты для работы с культурой клеток были закуплены у Invitrogen. В-клетки культивировали при 37°C и 5% CO2 во влажной камере и поддерживали в среде, дополненной RPMI, дополненной 10% фетальной бычьей сывороткой, 100 ед/мл пенициллина и 0,1 мг/мл стрептомицина.
Лизис клеток. Клетки промывали холодным ФСБ (фосфатно-солевым буфером), лизировали в 0,1% буфере SDS-RIPA (50 мМ Трис, 150 мМ NaCl, 1% Игепал СА-630, 0,5% NaDC, 2 мМ MgCl2 и 1х полный протеазный ингибитор (Roche Diagnostics); рН 8,0) и качали в течение 15 мин при 4°C. Супернатант клеточных лизатов получали после центрифугирования при 16000 об/мин в течение 15 мин при 4°C.
Индукция апоптоза. Если не указано иное, апоптоз индуцировали при помощи 2,5 мкМ стауроспорина (СТС) (Sigma Aldrich, Сент-Луис, Миссури, США) и 5 мкг/мл циклогексимида (ICN Biochemicals Inc. Аврора, Огайо, США) с целью ингибирования трансляции белка и усиления индукции апоптоза.
Инкубация с ингибиторами NMT. Трис-дибензилиденацетон-палладий (ТрисДБА) был любезно предоставлен Доктором Arbiser. Клетки инкубировали при повышающихся концентрациях в течение 24 часов с ТрисДБА (или ДМСО для контроля) или в течение 24 или 48 часов с DDD85646.
В-клеточная трансфекция. В-клетки трансфецировали при помощи трансфекционной системы Neon® (Life Technologies) согласно инструкциям производителя и оптимизированного протокола Ramos В-клеточной трансфекции (импульсное напряжение 1,300 В; длительность импульса 20 мсек; 2 пульса и 7,7×106 клеток/мл), адаптированного для наконечников 100 мкл. Обычно проводили две трансфекции, чтоб получить достаточно живые клетки для анализа жизнеспособности.
Анализ жизнеспособности клеток.
Жизнеспособность В- и Т-клеток измеряли при помощи способа вытеснения трипанового синего. Клетки выращивали в условиях конфлюентности (максимум 2×106 клеток/мл), обеспечивающих минимальный базальный апоптоз. После инкубации с ингибиторами NMT около 20000 клеток (10 мкл) инкубировали с 10 мкл ТС10™ красителя Трипанового синего (Bio-Rad) в течение 15 мин. Жизнеспособность клеток оценивали при помощи ТС10™ автоматического цитометра (Bio-Rad).
Исследование активности NMT in vitro. Протокол оценки N-миристоилтрансферазы адаптировали от Raju R.V. и Sharma R.k. (1999) Preparation and assay of myristoyl-CoA: protein N-myriostoyltransferase. Methods Mol Biol 116, 193-211. [3H] миристоил-СоА вновь синтезировали для каждого компонента, как описано ранее Towler D and Glaser L (1986) Protein fatty acid acylation: enzymatic synthesis of an N-myristoylglycyl peptide. Proc Natl Acad Sci USA 83, 2812-2816. Вкратце, клетки ресуспендировали в 0,25 М сахарозном буфере (50 мМ Na2H2PO4, рН 7,4) и два раза обрабатывали ультразвуком при уровне 6,0 на Branson Sonicator. Реакционная смесь состояла из 10 мкл клеточного экстракта (около 20 мкг белков), инкубированного в буфере активности NMT (0,26 Трис-HCl, 3,25 мМ ЭГТА, 2,92 мМ ЭДТА и 29,25 мМ 2-меркаптоэтанол, 1% Тритон Х-100, рН 7,4) и миристоилированном или немиристоилированном декапептиде, соответствующем N-терминальной последовательности расщепленного Bid (0,1 мМ растворенный в воде). Реакцию инициировали добавлением 7,4 мкл (~10 пмоль) вновь синтезированного [3Н] миристоил-СоА (объем конечной смеси 25 мкл) и инкубировали в течение 15 мин при 30°C. Реакцию останавливали при помощи нанесения 15 мкл реакционной смеси на Р81 фосфоцеллюлозный бумажный диск (Whatman, Kent, Uk) и высушивали в течение 30 сек. Диски промывали (промывочный буфер: 25 мМ буфера Трис, рН 7,4) для удаления остаточной радиоактивности ([3Н]-миристат и [3Н]-миристоил-СоА) при этом [3Н]-миристоил-пептид оставался на фосфоцеллюлозной бумаге. Радиоактивность оценивали посредством жидкостно-сцинтиляционного подсчета и переводили в пикомоли миристоилированного пептида (Raju R.V. and Sharma R.K. (1999) Preparation and assay of myristoyl-CoA: protein N-myristoyltransferase. Methods Mol Biol 116.193-211.
РВ-ПЦР. кРВ-ПЦР проводили с Taqman NMT1 и NMT2 пробами при помощи 18S пробы в качестве внутреннего контроля. Разницу во времени цикла (Δct) вычисляли посредством вычитания времени цикла (Δct), при котором мы видим экспоненциальное увеличение экспрессии 18S внутреннего контроля для каждого типа клеток из времени цикла NMT, снова в точке, где видно экспоненциальное увеличение сигнала.
Пример 1.
Фигура 1 изображает анализ экспрессии NMT1 и NMT2 в нормальных клетках и в различных В-клеточных лимфомах и в Т-клетках лейкимии. Данная фигура показывает почти полное отсутствие экспрессии NMT2 в линиях клеток В-лимфомы (BL-2, Ramos), экспрессирующих только NMT1 по сравнению с нормальными В-клетками (EBV, трансформированными В-лимфоцитами человека, L0) и линиями Т-клеток лейкемии человека (Jurkat, MOLT-4, СЕМ).
Вне связи с какой-либо теорией, данные клетки, экспрессирующие только один изофермент NMT, например клетки лимфомы Беркитта, проявляющие почти полное отсутствие NMT2, вероятно обладают измененными профилями миристоилированных белков.
Образец с пониженным числом миристоилированного белка в образце (возможно по сравнению с контролем) свидетельствует об образце, лишенном NMT, или рака, лишенной NMT. Такая лишенный NMT рак приемлема для лечения при помощи ингибитора NMT1.
Пример 2
Фигура 2 изображает чувствительность различных В-клеточных лимфом и Т-клеточных лейкимий к ингибиторам NMT, трис-дибинзилиденацетон-дипалладию (Трис-ДБА). Различные В- и Т-клетки инкубировали в течение 24 часов при повышенной концентрации Трис-ДБА. Жизнеспособность клеток оценивали при помощи способа вытеснения трипанового синего и принимали за 100% для контроля. Кривые жизнеспособности клеток, оцененной при помощи способа вытеснения трипановго синего, показывают, что В-клеточные лимфомы более чувствительны к ингибитору NMT трис-дибензилиденацетон-дипалладию (Трис-ДБА).
Пример 3
Фигура 3 изображает ингибирование N-миристоилтрансферазы (NMT) посредством трис-дибензилиденацетон-дипалладия (Трис-ДБА).
Активность NMT оценивали при помощи исследования миристоилирования пептида при помощи очищенных рекомбинантных NMT1 и NMT2. Активность NMT вычисляли из количества радиомеченного миристоилпептида, продуцируемого и детектируемого на фосфоцеллюлозной бумаге (адаптировано из King et. al., 1991, Anal Biochem).
Фигура показывает, что Трис-дибензилиденацетон-дипалладий (Трис-ДБА) ингибирует NMT in vitro при применении очищенных рекомбинантных NMT-ферментов.
Пример 4
Фигура 4 изображает результаты иммуноблота, с помощью которого линии клеток лимфомы были исследованы при помощи антител к NMT1 (панель А) и NMT2 (панель В). Легенда фигуры 4 соответствует следующему: IM9: В-лимфобласт; BL2; лимфома Беркитта; Ramos: лимфома Беркитта BJAB: лимфома Беркитта; HD-MYZ: Ходжкинская лимфома; KM-Н2: Ходжкинская лимфома; L428: Ходжкинская лимфома; Jurkat: Т-клеточная лейкемия.
Пример 5
Фигура 5 изображает эффективность ингибиторов NMT в отношении линии клеток Ramos лимфомы Беркитта по сравнению с иммортализованной нормальной В-лимфатической клеточной линией (IM9) после 48 часов в различных концентрациях.
Пример 6
В данном примере трансфекция клеток В-лимфомы линии Ramos (которые как показано в данном документе экспрессируют NMT1) при помощи pcDNA3.1-V5-NMT2 повышала устойчивость к Трис-ДБА (5 мкг/мл) 2,5 кратно против контрольных клеток, трансфецированных при помощи пустого плазмидного вектора. На фигуре 620×106 клеток В-лимфомы линии Ramos трансфецировали при помощи 32 мкг ДНК (pcDNA3.1-V5-empty или pcDNA3.1-V5-NMT2) при помощи системы трансфекции Neon (Invitrogen) согласно протоколу, рекомендованному для линии клеток Ramos (1,350 В, 30 мсек). Трансфецированные клетки центрифугировали в течение 5 минут при 1200 об/мин для удаления мертвых клеток и клеточного дебриса. Клетки в супернатанте восстанавливали в течение 6 часов в полной RPMI. После промывки ФСБ клетки ресуспендировали и выращивали в RPMI, содержащей Трис-ДБА (5 мкг/мл) в течение 24 часов, затем подсчитывали при помощи способа вытеснения трипановго синего (Панель А). Клетки лизировали и проводили Вестерн-блот для подтверждения экспрессии NMT2 при помощи антител к NMT2 и GAPDH для нагрузки контроля (панель В).
Пример 7
В данном примере кРВ-ПЦР проводили с Taqman NMT1 и NMT2 пробами при помощи 18S пробы в качестве внутреннего контроля. Разницу в номере времени цикла (Δct) вычисляли при помощи вычитания времени цикла (ct), при котором мы видим экспоненциальное увеличение экспрессии 18S внутреннего контроля для каждого типа клеток, из NMT времени цикла, снова в точке, где наблюдается экспоненциальное увеличение сигнала. Как показано в таблице 1, ниже, отношение экспрессии NMT1 к NMT2 понижено (вплоть до 60-кратно) в линиях клеток В-лимфомы. Вне связи с какой-либо теорией данные результаты могут подтверждать, что редукция в мРНК, кодирующей NMT2, может быть ответственна за редукцию уровней белка NMT2, оцененную при помощи Вестерн-блота.
Все публикации, патенты и заявки на патент, упомянутые в данном описании, показывают уровень знаний специалистов в области техники, к которой относится данное изобретение и включены в данный документ посредством ссылки в той же степени как если каждый отдельный опубликованный патент или патентная заявка была бы определенно и отдельно включена посредством ссылки.
Таким образом, исходя из описанного, ясно, что изобретение может быть изменено разными способами. Такие вариации не следует рассматривать в качестве отклонения от сущности и объема изобретения и все подобные модификации, как будет ясно специалистам в области техники, предназначены для включения в объем формулы изобретения.
| название | год | авторы | номер документа |
|---|---|---|---|
| СИНТЕТИЧЕСКАЯ ЛЕТАЛЬНОСТЬ И ЛЕЧЕНИЕ РАКА | 2013 |
|
RU2676697C2 |
| ЛЕЧЕНИЕ В-КЛЕТОЧНЫХ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ ОПУХОЛЕЙ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ АНТИТЕЛ ПРОТИВ CD40L В КОМБИНАЦИИ С АНТИТЕЛАМИ ПРОТИВ CD20 И/ИЛИ ХИМИОТЕРАПИЕЙ И ЛУЧЕВОЙ ТЕРАПИЕЙ | 2000 |
|
RU2305561C2 |
| Иммуноцитокин для активации IL-10Rα рецептора человека и его применение | 2020 |
|
RU2810750C2 |
| СПОСОБЫ ЛЕЧЕНИЯ РАКА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ АПИЛИМОДА | 2016 |
|
RU2738934C2 |
| ОЛИГОНУКЛЕОТИД ИЛИ ЕГО ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ ГОМОЛОГ, СОДЕРЖАЩАЯ ЕГО КОМПОЗИЦИЯ И СПОСОБ ЛЕЧЕНИЯ B-КЛЕТОЧНОЙ ОПУХОЛИ | 2006 |
|
RU2409672C2 |
| ОЛИГОНУКЛЕОТИДЫ ИЛИ ИХ ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ ГОМОЛОГИ, СОДЕРЖАЩАЯ ИХ КОМПОЗИЦИЯ И СПОСОБ ЛЕЧЕНИЯ В-КЛЕТОЧНОЙ ОПУХОЛИ | 2006 |
|
RU2413519C2 |
| Химерные антигенные рецепторы, нацеленные на антиген созревания B-клеток | 2016 |
|
RU2706582C2 |
| СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ ПЕРСИСТИРУЮЩИХ ИНФЕКЦИЙ | 2016 |
|
RU2746383C2 |
| СПОСОБ И КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ ПЕРСИСТИРУЮЩИХ ИНФЕКЦИЙ | 2006 |
|
RU2434641C2 |
| КОМБИНИРОВАННЫЙ ИММУНОТЕРАПЕВТИЧЕСКИЙ ПОДХОД К ЛЕЧЕНИЮ РАКА | 2015 |
|
RU2716821C2 |
Настоящая группа изобретений относится к медицине, а именно к онкологии, и касается лечения рака. Для этого субъекту со снижением или отсутствием N-миристоилтрансферазы 2 (NMT2) вводят эффективное количество ингибитора NMT. Это обеспечивает эффективное лечение данной формы рака. 5 н. и 56 з.п. ф-лы, 6 ил., 7 пр., 1 табл.
1. Способ лечения субъекта, страдающего раком, лишенным NMT2, включающий введение упомянутому субъекту ингибитора N-миристоилтрансферазы (NMT), где упомянутый рак, лишенный NMT2, определяют по (i) эпигенетической супрессии гена NMT2, или (ii) утрате функции белка NMT2 вследствие делеции или мутации, или (iii) наличию уровня белка NMT2, который является низким или отсутствующим по сравнению с контролем, или (iv) наличию уровня мРНК NMT2, который является низким или отсутствующим по сравнению с контролем.
2. Способ по п. 1, где упомянутый ингибитор NMT представляет собой ингибитор NMT1.
3. Способ по п. 2, где упомянутый рак представляет собой лимфому.
4. Способ по п. 3, где упомянутая лимфома представляет собой B-клеточную лимфому.
5. Способ по п. 4, где упомянутая B-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную B-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, B-клеточный хронический лимфоцитарный лейкоз (B-CLL) / мелкоклеточную лимфоцитарную лимфому (SLL), иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, экстранодальную В-клеточную лимфому из клеток маргинальной зоны (лимфому MALT-типа) / моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анапластическую крупноклеточную лимфому.
6. Способ по п. 2, где упомянутый ингибитор NMT представляет собой небольшую молекулу, антитело, пептидный фрагмент или нуклеиновую кислоту.
7. Способ по п. 6, где упомянутая небольшая молекула представляет собой DDD85646 или его производное.
8. Способ по п. 6, где упомянутое антитело представляет собой моноклональное антитело или поликлональное антитело.
9. Способ по п. 6, где упомянутая нуклеиновая кислота включает молекулу дцРНК, молекулу иРНК, молекулу микроРНК, рибозим, молекулу кшРНК или молекулу миРНК.
10. Способ по п. 1, где упомянутый субъект представляет собой человека.
11. Способ по п. 1, дополнительно включающий введение химиотерапевтического агента.
12. Способ по п. 11, где упомянутый химиотерапевтический агент представляет собой CHOP, GAP-ВОР, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, СЕМ, CEVD, CAVP, EVAP или EPOCH.
13. Способ лечения субъекта, страдающего раком, включающий:
a) оценку образца от упомянутого субъекта для определения, является ли упомянутый образец лишенным NMT2, где упомянутый рак, лишенный NMT2, определяют по (i) эпигенетической супрессии гена NMT2, или (ii) утрате функции белка NMT2 вследствие делеции или мутации, или (iii) наличию уровня белка NMT2, который является низким или отсутствующим по сравнению с контролем, или (iv) наличию уровня мРНК NMT2, который является низким или отсутствующим по сравнению с контролем; и
b) введение ингибитора NMT упомянутому субъекту в случае, когда упомянутый образец лишен NMT2.
14. Способ по п. 13, где упомянутый ингибитор NMT представляет собой ингибитор NMT1.
15. Способ по п. 14, где упомянутый рак представляет собой лимфому.
16. Способ по п. 15, где упомянутая лимфома представляет собой B-клеточную лимфому.
17. Способ по п. 16, где упомянутая В-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную B-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, B-CLL/SLL, иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, лимфому MALT-типа/моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анапластическую крупноклеточную лимфому.
18. Способ по п. 14, где упомянутый ингибитор NMT представляет собой небольшую молекулу, антитело, пептидный фрагмент или нуклеиновую кислоту.
19. Способ по п. 18, где упомянутая небольшая молекула представляет собой DDD85646 или его производное.
20. Способ по п. 18, где упомянутое антитело представляет собой моноклональное антитело или поликлональное антитело.
21. Способ по п. 18, где упомянутая нуклеиновая кислота включает молекулу дцРНК, молекулу иРНК, молекулу микроРНК, рибозим, молекулу кшРНК или молекулу миРНК.
22. Способ по п. 13, где упомянутый субъект является человеком.
23. Способ по п. 13, дополнительно включающий введение химиотерапевтического агента.
24. Способ по п. 23, где упомянутый химиотерапевтический агент представляет собой CHOP, GAP-ВОР, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, СЕМ, CEVD, CAVP, EVAP или EPOCH.
25. Способ по п. 13, где оценку упомянутого образца проводят при помощи количественной сортировки флуоресцентно-активированных клеток, твердофазного иммуносорбентного анализа, иммуногистохимии, количественной иммуногистохимии, резонансного переноса энергии флуоресценции, резонансного переноса энергии Фестера, биомолекулярной флуоресцентной комплементации, масс-спектрометрии, иммуноблота или совместной иммунопреципитации.
26. Набор для лечения рака при лечении субъекта, страдающего раком, лишенным NMT2, включающий ингибитор NMT и инструкции по его применению, где упомянутый рак, лишенный NMT2, определяют по (i) эпигенетической супрессии гена NMT2, или (ii) утрате функции белка NMT2 вследствие делеции или мутации, или (iii) наличию уровня белка NMT2, который является низким или отсутствующим по сравнению с контролем, или (iv) наличию уровня мРНК NMT2, который является низким или отсутствующим по сравнению с контролем.
27. Набор по п. 26, где упомянутый ингибитор NMT представляет собой ингибитор NMT1.
28. Набор по п. 27, где упомянутый рак представляет собой лимфому.
29. Набор по п. 28, где упомянутая лимфома представляет собой B-клеточную лимфому.
30. Набор по п. 29, где упомянутая B-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, B-CLL/SLL, иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, лимфому MALT-типа/моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анапластическую крупноклеточную лимфому.
31. Набор по п. 26, где упомянутый ингибитор NMT представляет собой небольшую молекулу, антитело, пептидный фрагмент или нуклеиновую кислоту.
32. Набор по п. 31, где упомянутая небольшая молекула представляет собой DDD85646 или его производное.
33. Набор по п. 31, где упомянутое антитело представляет собой моноклональное антитело или поликлональное антитело.
34. Набор по п. 31, где упомянутая нуклеиновая кислота включает молекулу дцРНК, молекулу иРНК, молекулу микроРНК, рибозим, молекулу кшРНК или молекулу миРНК.
35. Набор по п. 26, где упомянутый субъект является человеком.
36. Набор по п. 26, дополнительно включающий химиотерапевтический агент.
37. Набор по п. 36, где упомянутый химиотерапевтический агент представляет собой CHOP, GAP-ВОР, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, СЕМ, CEVD, CAVP, EVAP или EPOCH.
38. Применение ингибитора NMT для лечения субъекта, страдающего раком, лишенным NMT2, где упомянутый рак, лишенный NMT2, определяют по (i) эпигенетической супрессии гена NMT2, или (ii) утрате функции белка NMT2 вследствие делеции или мутации, или (iii) наличию уровня белка NMT2, который является низким или отсутствующим по сравнению с контролем, или (iv) наличию уровня мРНК NMT2, который является низким или отсутствующим по сравнению с контролем.
39. Применение по п. 38, где упомянутый ингибитор NMT представляет собой ингибитор NMT1.
40. Применение по п. 38, где упомянутый рак представляет собой лимфому.
41. Применение по п. 40, где упомянутая лимфома представляет собой В-клеточную лимфому.
42. Применение по п. 41, где упомянутая В-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, B-CLL/SLL, иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, лимфому MALT-типа/моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анапластическую крупноклеточную лимфому.
43. Применение по п. 38, где упомянутый ингибитор NMT представляет собой небольшую молекулу, антитело, пептидный фрагмент или нуклеиновую кислоту.
44. Применение по п. 43, где упомянутая небольшая молекула представляет собой DDD85646 или его производное.
45. Применение по п. 43, где упомянутое антитело представляет собой моноклональное антитело или поликлональное антитело.
46. Применение по п. 43, где упомянутая нуклеиновая кислота включает молекулу дцРНК, молекулу иРНК, молекулу микроРНК, рибозим, молекулу кшРНК или молекулу миРНК.
47. Применение по п. 38, где упомянутый субъект является человеком.
48. Применение по п. 38, дополнительно включающее введение химиотерапевтического агента.
49. Применение по п. 48, где упомянутый химиотерапевтический агент представляет собой CHOP, GAP-ВОР, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, СЕМ, CEVD, CAVP, EVAP или EPOCH.
50. Применение ингибитора NMT для получения лекарственного препарата для лечения субъекта, страдающего раком, лишенным NMT2, где упомянутый рак, лишенный NMT2, определяют по (i) эпигенетической супрессии гена NMT2, или (ii) утрате функции белка NMT2 вследствие делеции или мутации, или (iii) наличию уровня белка NMT2, который является низким или отсутствующим по сравнению с контролем, или (iv) наличию уровня мРНК NMT2, который является низким или отсутствующим по сравнению с контролем.
51. Применение по п. 50, где упомянутый ингибитор NMT представляет собой ингибитор NMT1.
52. Применение по п. 50, где упомянутый рак представляет собой лимфому.
53. Применение по п. 52, где упомянутый рак представляет собой В-клеточную лимфому.
54. Применение по п. 53, где упомянутая В-клеточная лимфома представляет собой фолликулярную лимфому, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, лимфому из клеток мантийной зоны, B-CLL/SLL, иммуноцитому/болезнь Вальденстрема, лимфому MALT-типа/моноцитоидную В-клеточную лимфому, лимфому Беркитта, детскую лимфому или анапластическую крупноклеточную лимфому.
55. Применение по п. 50, где упомянутый ингибитор NMT представляет собой небольшую молекулу, антитело, пептидный фрагмент или нуклеиновую кислоту.
56. Применение по п. 55, где упомянутая небольшая молекула представляет собой DDD85646 или его производное.
57. Применение по п. 55, где упомянутое антитело представляет собой моноклональное антитело или поликлональное антитело.
58. Применение по п. 55, где упомянутая нуклеиновая кислота включает молекулу дцРНК, молекулу иРНК, молекулу микроРНК, рибозим, молекулу кшРНК или молекулу миРНК.
59. Применение по п. 50, где упомянутый субъект является человеком.
60. Применение по п. 50, дополнительно включающее введение химиотерапевтического агента.
61. Применение по п. 60, где химиотерапевтический агент представляет собой CHOP, GAP-ВОР, m-BACOD, ProMACE-MOPP, ProMACE-CytaBOM, MACOP-B, IMVP-16, MIME, DHAP, ESHAP, CEFF(B), CAMP, VABCD, ABDIC, CBVD, PCVP, CEP, EVA, MOPLACE, MIME, MINE, MTX-CHOP, СЕМ, CEVD, CAVP, EVAP или EPOCH.
| ИНГИБИТОРЫ АНГИОПОЭТИНПОДОБНОГО БЕЛКА 4, ИХ КОМБИНАЦИИ И ПРИМЕНЕНИЕ | 2005 |
|
RU2392966C2 |
| Способ флегматизации высокоплотного двухосновного сферического пороха | 2017 |
|
RU2670837C1 |
| BHANDARKAR S.S | |||
| et al | |||
| "Tris(Dibenzylideneacetone) Dipalladium, a N-Myristoyltransferase-1inhibitor, is effective against melanoma growth on vitro and vivi" | |||
| Станок для изготовления деревянных ниточных катушек из цилиндрических, снабженных осевым отверстием, заготовок | 1923 |
|
SU2008A1 |
| SHRIVASTAV A | |||
| et al | |||
| "Regulation of N-Myristoyltransferase by Novel Inhibitor Proteins" | |||
| Cell Biochemistry and Biophysics, 2005,43, pp.189-202. | |||
