ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА НА РОДСТВЕННЫЕ ЗАЯВКИ

По настоящей заявке испрашивается приоритет Предварительных патентных заявок США серийных No. 62/246580, поданной 26 октября 2015 г., 62/287778, поданной 27 января 2016 г., и 62/323586, поданной 15 апреля 2016 г., полное содержание всех из которых приведено в настоящем описании в качестве ссылки.

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ

Это изобретение относится к способам генетики, фармакогенетики и биологии злокачественных опухолей.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

Родственная тропомиозину киназа (TRK) представляет собой семейство рецепторных тирозинкиназ из рецепторов нейтрофина, обнаруженных во множестве типов тканей. Описано три члена семейства протоонкогенов TRK: TrkA, TrkB и TrkC, кодируемые генами NTRK1, NTRK2 и NTRK3, соответственно. Семейство рецепторов TRK вовлечено в развитие нейронов, включая рост и функционирование нейронных синапсов, развитие и поддержание памяти, и защиту нейронов после ишемии или других типов повреждения (Nakagawara, Cancer Lett. 169:107-114, 2001).

TRK исходно идентифицирована в линии клеток колоректального рака в форме слитого онкогена, содержащего 5'-последовательности из гена тропомиозина-3 (TPM3) и киназный домен, кодируемый 3'-областью гена нейротрофной тирозинкиназы, рецепторной, типа 1 (NTRK1) (Pulciani et al., Nature 300:539-542, 1982; Martin-Zanca et al., Nature 319:743-748, 1986). Слияния с геном TRK следуют хорошо разработанной концепции других слитых онкогенов, таких как включающие ALK и ROS1, которые, как показано, управляют ростом опухолей, и которые можно успешно ингибировать в клинике посредством нацеленных лекарственных средств (Shaw et al., New Engl. J. Med. 371:1963-1971, 2014; Shaw et al., New Engl. J. Med. 370:1189-1197, 2014). Слитые онкогены с TRK индуцируют пролиферацию злокачественных клеток и привлекают критические связанные с злокачественными опухолями нижестоящие пути передачи сигналов, такие как пути активируемой митогеном протеинкиназы (MAPK) и AKT (Vaishnavi et al., Cancer Discov. 5:25-34, 2015). Описаны многочисленные онкогенные реаранжировки, включающие NTRK1 и родственные ему члены семейства TRK NTRK2 и NTRK3 (Vaishnavi et al., Cancer Disc. 5:25-34, 2015; Vaishnavi et al., Nature Med. 19:1469-1472, 2013). Хотя идентифицированы различные партнеры по слиянию с 5'-концом гена, все разделяют находящийся в рамке, интактный киназный домен TRK. Множество различных ингибиторов Trk разработано для лечения злокачественных опухолей (см., например, Публикацию патентной заявки США No. 62/080374, Публикации международных патентных заявок No. WO 11/006074, WO 11/146336, WO 10/033941, и WO 10/048314 и Патенты США No. 8933084, 8791123, 8637516, 8513263, 8450322, 7615383, 7384632, 6153189, 6027927, 6025166, 5910574, 5877016 и 5844092).

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Настоящее изобретение основано на открытии придающих устойчивость к ингибитору Trk мутаций NTRK1, NTRK2 и NTRK3. Принимая во внимание это открытие, настоящее изобретение относится к способам лечения субъекта, имеющего злокачественную опухоль, к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, к способам выбора субъекта, имеющего злокачественную опухоль, для лечения, не включающего ингибитор Trk, способы определения того, что субъект, имеющий злокачественную опухоль, будет иметь положительный ответ на лечение ингибитором Trk, к способам прогнозирования эффективности ингибитора Trk у субъекта, имеющего злокачественную опухоль, способы определения для субъекта риска развития устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли и способы определения присутствия устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли у субъекта. В некоторых вариантах осуществления, способы, представленные в настоящем описании, основаны, частично, на определении того, имеет ли субъект клетку, имеющую (i) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK1, приводящую к экспрессии белка TrkA, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 517, 542, 568, 573, 589, 595, 599, 600, 602, 646, 656, 657, 667 и 676, и/или (ii) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK2, приводящую к экспрессии белка TrkB, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 672, 682, 683, 693 и 702, и/или (iii) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK3, приводящую к экспрессии белка TrkC, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 675, 685, 686, 696 и 705. Представлены также наборы, позволяющие детекцию по меньшей мере одной из точечных мутаций в NTRK1 и/или NTRK2, и/или NTRK3.

Детекция и идентификация субъекта, имеющего клетки, имеющие придающую устойчивость к ингибитору Trk мутацию, как описано в настоящем описании (например, (i) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK1, приводящую к экспрессии белка TrkA, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 517, 542, 568, 573, 589, 595, 599, 600, 602, 646, 656, 657, 667 и 676, и/или (ii) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK2, приводящую к экспрессии белка TrkB, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 672, 682, 683, 693 и 702, и/или (iii) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK3, приводящую к экспрессии белка TrkC, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 675, 685, 686, 696 и 705), могут улучшать лечение субъекта, например, посредством изменения режима лечения (например, изменения ингибитора Trk, вводимого субъекту, или добавления дополнительного противоракового средства или противораковой терапии) или посредством введения ингибитора Trk, который является эффективным в присутствии придающей устойчивость к ингибитору Trk мутации (например, одного или нескольких соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемых солей).

Настоящее изобретение относится к способам лечения субъекта, имеющего злокачественную опухоль (например, любую из злокачественных опухолей, описанных в настоящем описании или известных в данной области), включающим: идентификацию субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положениях аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и подвергание идентифицированного субъекта лечению, не включающему первый ингибитор Trk в качестве монотерапии.

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, имеющего злокачественную опухоль (например, любую из злокачественных опухолей, описанных в настоящем описании или известных в данной области), включающим: идентификацию субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и подвергание идентифицированного субъекта лечению, включающему одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли.

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, имеющего злокачественную опухоль (например, любую из злокачественных опухолей, описанных в настоящем описании или известных в данной области), включающим: идентификацию субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и подвергание идентифицированного субъекта лечению, включающему одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию.

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, идентифицированного как имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), включающим: подвергание субъекта лечению, не включающему первый ингибитор Trk в качестве монотерапии.

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, идентифицированного как имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), включающим подвергание субъекта лечению, включающему одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли.

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, идентифицированного как имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), включающим подвергание субъекта лечению, включающему одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию.

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, включающим введение терапевтически эффективного количества лекарственного средства, не включающего первый ингибитор Trk в качестве монотерапии, субъекту, имеющему медицинскую карту, показывающую, что субъект имеет клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, включающим введение терапевтически эффективного количества лекарственного средства, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, субъекту, имеющему анамнез, показывающий, что субъект имеет клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, включающим введение терапевтически эффективного количества лекарственного средства, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, и другого противоракового средства или противораковую терапию, для субъекта, имеющего анамнез, показывающий, что субъект имеет клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) введение одной или нескольких доз первого ингибитора Trk субъекту в течение некоторого периода времени; (b) после (a), определения того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и (c) введение второго ингибитора Trk или проведение лечения, не включающего первый ингибитор Trk со стадии (a) в качестве монотерапии, для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (d) введение дополнительных доз первого ингибитора Trk со стадии (a) субъекту, имеющему клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) введение одной или нескольких доз первого ингибитора Trk субъекту в течение некоторого периода времени; (b) после (a), определения того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и (c) введение лекарственного средства, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5 или их фармацевтически приемлемые соли, субъекту, имеющему клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (d) введение дополнительных доз первого ингибитора Trk субъекту, имеющему клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) введение одной или нескольких доз первого ингибитора Trk субъекту в течение некоторого периода времени; (b) после (a), определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, (i) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и (c) проведение лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5 или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средства или противораковую терапию, для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (d) введение дополнительных доз первого ингибитора Trk субъекту, имеющему клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, который имеет злокачественную опухоль, и которому ранее вводили одну или несколько доз первого ингибитора Trk, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и (b) введение второго ингибитора Trk или второго лекарственного средства, не включающего первый ингибитор Trk со стадии (a) в качестве монотерапии, субъекту, имеющему клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (c) введение дополнительных доз ингибитора Trk со стадии (a) субъекту, имеющему клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Некоторые варианты осуществления этих способов включают введение второго ингибитора Trk или второго лекарственного средства, не включающего первый ингибитор Trk со стадии (a), в качестве монотерапии, субъекту, имеющему клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3). Некоторые варианты осуществления этих способов включают введение дополнительных доз первого ингибитора Trk со стадии (a) субъекту, имеющему клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, который имеет злокачественную опухоль, и которому ранее вводили одну или несколько доз первого ингибитора Trk, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); (b) введение лекарственного средства, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, субъекту, имеющему клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (c) введение дополнительных доз первого ингибитора Trk субъекту, имеющему клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам лечения субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, который имеет злокачественную опухоль, и которому ранее вводили одну или несколько доз первого ингибитора Trk, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); (b) проведение лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию, для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (c) введение дополнительных доз первого ингибитора Trk субъекту, имеющему клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль (например, любую из злокачественных опухолей, описанных в настоящем описании или известных в данной области), включающим: идентификацию субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и выбор лечения, не включающего первый ингибитор Trk в качестве монотерапии, для идентифицированного субъекта.

Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль (например, любую из злокачественных опухолей, описанных в настоящем описании или известных в данной области), включающим: идентификацию субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положениях аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и выбор лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5 или их фармацевтически приемлемые соли, для идентифицированного субъекта.

Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль (например, любую из злокачественных опухолей, описанных в настоящем описании или известных в данной области), включающим: идентификацию субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и выбор лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5 или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию, для идентифицированного субъекта.

Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: выбор лечения, не включающего первый ингибитор Trk в качестве монотерапии, для субъекта, идентифицированного как имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3). Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: выбор лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5 или их фармацевтически приемлемые соли, для субъекта, идентифицированного как имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: выбор лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5 или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию, для субъекта, идентифицированного как имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам выбора субъекта, имеющего злокачественную опухоль, для лечения, не включающего первый ингибитор Trk в качестве монотерапии, включающим: идентификацию субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и выбор идентифицированного субъекта для лечения, не включающего первый ингибитор Trk в качестве монотерапии.

Настоящее изобретение относится также к способам выбора субъекта, имеющего злокачественную опухоль, для лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, включающим: идентификацию субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и выбор идентифицированного субъекта для лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли.

Настоящее изобретение относится также к способам выбора субъекта, имеющего злокачественную опухоль, для лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию, включающим: идентификацию субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и выбор идентифицированного субъекта для лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию.

Настоящее изобретение относится также к способам выбора субъекта, имеющего злокачественную опухоль, для лечения, не включающего первый ингибитор Trk в качестве монотерапии, включающим: выбор субъекта, идентифицированного как имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), для лечения, не включающего первый ингибитор Trk в качестве монотерапии.

Настоящее изобретение относится также к способам выбора субъекта, имеющего злокачественную опухоль, для лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, включающим: выбор субъекта, идентифицированного как имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), для лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли.

Настоящее изобретение относится также к способам выбора субъекта, имеющего злокачественную опухоль, для лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию, включающим: выбор субъекта, идентифицированного как имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и выбор идентифицированного субъекта для лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию.

Некоторые варианты осуществления этих способов дополнительно включают проведение выбранного лечения для идентифицированного субъекта.

Некоторые варианты осуществления этих способов дополнительно включают регистрацию выбранного лечения в медицинской карте идентифицированного субъекта (например, на машиночитаемом носителе). Например, регистрацию того, что субъект выбран для лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли. В некоторых вариантах осуществления, эти способы дополнительно включают регистрацию того, что субъект выбран для лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию, в медицинской карте субъекта (например, на машиночитаемом носителе). В некоторых вариантах осуществления, эти способы дополнительно включают регистрацию того, что субъект выбран для лечения, не включающего первый ингибитор Trk в качестве монотерапии, в медицинской карте субъекта (например, на машиночитаемом носителе).

Настоящее изобретение относится также к способам определения вероятности того, что субъект, имеющий злокачественную опухоль, будет иметь положительный ответ на лечение первым ингибитором Trk в качестве монотерапии, включающим: определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и определение того, что субъект, имеющий клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), имеет уменьшенную вероятность наличия положительного ответа на лечение первым ингибитором Trk в качестве монотерапии.

Настоящее изобретение относится также к способам определения вероятности того, что субъект, имеющий злокачественную опухоль, будет иметь положительный ответ на лечение, включающее одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, включающим: определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и определение того, что субъект, имеющий клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3) имеет увеличенную вероятность наличия положительного ответа на лечение, включающее одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли.

Настоящее изобретение относится также к способам определения вероятности того, что субъект, имеющий злокачественную опухоль, будет иметь положительный ответ на лечение первым ингибитором Trk в качестве монотерапии, включающим: определение того, что субъект, имеющий клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), имеет уменьшенную вероятность наличия положительного ответа на лечение первым ингибитором Trk в качестве монотерапии.

Настоящее изобретение относится также к способам определения вероятности того, что субъект, имеющий злокачественную опухоль, будет иметь положительный ответ на лечение, включающее одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, включающим: определение того, что субъект, имеющий клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), имеет увеличенную вероятность наличия положительного ответа на лечение, включающее одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли.

Некоторые варианты осуществления этих способов дополнительно включают: подвергание лечению, не включающему первый ингибитор Trk в качестве монотерапии, субъекта, определенного как обладающего уменьшенной вероятностью наличия положительного ответа на лечение первым ингибитором Trk в качестве монотерапии. Некоторые варианты осуществления этих способов дополнительно включают: введение лекарственного средства, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5 или их фармацевтически приемлемые соли, субъекту, определенному как обладающему увеличенной вероятностью наличия положительного ответа на лечение, включающее одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли.

Настоящее изобретение относится также к способам прогнозирования эффективности лечения первым ингибитором Trk в качестве монотерапии у субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: определение, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и определение того, что лечение первым ингибитором Trk в качестве монотерапии с меньшей вероятностью будет являться эффективным у субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам прогнозирования эффективности лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, у субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и определение того, что лечение, включающее одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, с большей вероятностью будет являться эффективным у субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам прогнозирования эффективности лечения первым ингибитором Trk в качестве монотерапии у субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: определение того, что лечение первым ингибитором Trk в качестве монотерапии с меньшей вероятностью будет являться эффективным у субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3). Некоторые варианты осуществления этих способов дополнительно включают подвергание субъекта лечению, не включающему первый ингибитор Trk в качестве монотерапии.

Настоящее изобретение относится также к способам прогнозирования эффективности лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, у субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: определение того, что лечение, включающее одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, с большей вероятностью будет являться эффективным у субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3). Некоторые варианты осуществления этих способов дополнительно включают введение субъекту одного или нескольких соединений из таблицы 5 или их фармацевтически приемлемых солей.

Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) введение одной или нескольких доз первого ингибитора Trk субъекту в течение некоторого периода времени; (b) после (a), определения того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и (c) выбор второго ингибитора Trk или лечения, не включающего первый ингибитор Trk со стадии (a) в качестве монотерапии, для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (d) выбор дополнительных доз первого ингибитора Trk со стадии (a) для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, клетки которой не имеют по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) введение одной или нескольких доз первого ингибитора Trk субъекту в течение некоторого периода времени; (b) после (a), определения того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и (c) выбор лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (d) выбор дополнительных доз первого ингибитора Trk для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) введение одной или нескольких доз первого ингибитора Trk субъекту в течение некоторого периода времени; (b) после (a), определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и (c) выбор лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию, для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (d) выбор дополнительных доз первого ингибитора Trk для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, который имеет злокачественную опухоль, и которому ранее вводили одну или несколько доз первого ингибитора Trk, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); (b) выбор второго ингибитора Trk или лечения, не включающего первый ингибитор Trk со стадии (a) в качестве монотерапии, для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (c) выбор дополнительных доз первого ингибитора Trk со стадии (a) для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Некоторые варианты осуществления этих способов включают выбор второго ингибитора Trk или лечения, не включающего первый ингибитор Trk со стадии (a) в качестве монотерапии, для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3). Некоторые варианты осуществления этих способов включают выбор дополнительных доз первого ингибитора Trk со стадии (a) для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, не имеющую (по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, который имеет злокачественную опухоль, и которому ранее вводили одну или несколько доз первого ингибитора Trk, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); (b) выбор лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5 или их фармацевтически приемлемые соли, для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (c) выбор дополнительных доз первого ингибитора Trk для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Настоящее изобретение относится также к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, включающим: (a) определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, который имеет злокачественную опухоль, и которому ранее вводили одну или несколько доз первого ингибитора Trk, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); (b) выбор лечения, включающего одно или несколько соединений из таблицы 5 или их фармацевтически приемлемые соли, и другое противораковое средство или противораковую терапию, для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); или (c) выбор дополнительных доз первого ингибитора Trk для субъекта, имеющего клетку злокачественной опухоли, не имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

Некоторые варианты осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, дополнительно включают регистрацию выбранного лечения в медицинской карте субъекта (например, на машиночитаемом носителе). Некоторые варианты осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, дополнительно включают подвергание субъекта выбранному лечению.

В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, субъекта ранее идентифицировали или диагностировали как имеющего злокачественную опухоль.

В некоторых вариантах осуществления способов, описанных в настоящем описании, лечение, не включающее первый ингибитор Trk в качестве монотерапии, выбрано из лечения, включающего одно или несколько из: хирургии, радиотерапии, химиотерапии, иммунотерапии, гормонотерапии, низкомолекулярных лекарственных средств, нацеленных на другие киназы в пути передачи сигналов Trk, рекомбинантных антител и трансплантата стволовых клеток. В некоторых вариантах осуществления способов, описанных в настоящем описании, лечение, не включающее первый ингибитор Trk в качестве монотерапии, включает: одно или несколько из хирургии, радиотерапии, химиотерапии, иммунотерапии, гормонотерапии, низкомолекулярных лекарственных средств, нацеленных на другие киназы в пути передачи сигналов Trk, рекомбинантных антител и трансплантата стволовых клеток; и один или несколько ингибиторов Trk. В некоторых вариантах осуществления способов, описанных в настоящем описании, лечение, не включающее первый ингибитор Trk в качестве монотерапии, включает одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, в качестве монотерапии.

Настоящее изобретение относится также к способам определения для субъекта риска развития устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли, включающим: определение того, имеет ли клетка в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и идентификацию субъекта, имеющего клетку, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), как имеющего увеличенную вероятность развития устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли. Настоящее изобретение относится также к способам определения для субъекта риска развития устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли, включающим: идентификацию субъекта, имеющего клетку, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), как имеющего увеличенную вероятность развития устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли. Некоторые варианты осуществления этих способов дополнительно включают подтверждение диагноза устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли у субъекта, определенного как имеющего увеличенную вероятность развития устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли.

Настоящее изобретение относится также к способам определения присутствия устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли у субъекта, включающим: определение того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3); и определение того, что субъект, имеющий клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), имеет устойчивую к ингибитору Trk злокачественную опухоль. Настоящее изобретение относится также к способам определения присутствия устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли у субъекта, включающим: определение того, что субъект имеет клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3).

В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, первый ингибитор Trk (например, первый ингибитор Trk на стадии (a)) выбран из группы, состоящей из: энтректиниба (N-[5-(3,5-дифторбензил)-1H-индазол-3-ил]-4-(4-метилпиперазин-1-ил)-2-(тетрагидропиран-4-иламино)-бензамида); сульфата (S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида; кабозантиниба ((N-(4-((6,7-диметоксихинолин-4-ил)окси)фенил)-N'-(4-фторфенил)циклопропан-1,1-дикарбоксамида)); доватиниба (гидрата моно-2-гидроксипропаноата 4-амино-5-фтор-3-[6-(4-метилпиперазин-1-ил)-1H-бензимидазол-2-ил]хинолин-2(1H)-она); белизатиниба (4-фтор-N-(6-((4-(2-гидроксипропан-2-ил)пиперидин-1-ил)метил)-1-((1s,4s)-4-(изопропилкарбамоил)циклогексил)-1H-бензо[d]имидазол-2-ил)бензамида); ситраватиниба (N-(3-фтор-4-((2-(5-(((2-метоксиэтил)амино)метил)пиридин-2-ил)тиено[3,2-b]пиридин-7-ил)окси)фенил)-N-(4-фторфенил)циклопропан-1,1-дикарбоксамида); PLX7486; алтиратиниба (N-(4-((2-(циклопропанкарбоксамидо)пиридин-4-ил)окси)-2,5-дифторфенил)-N-(4-фторфенил)циклопропан-1,1-дикарбоксамида); AZD7451 ((S)-N-(1-(5-фторпиримидин-2-ил)этил)-3-(5-изопропокси-1H-пиразол-3-ил)-3H-имидазо[4,5-b]пиридин-5-амина). В некоторых вариантах осуществления, первый ингибитор Trk (например, первый ингибитор Trk на стадии (a)) представляет собой энтректиниб. В некоторых вариантах осуществления, первый ингибитор Trk (например, первый ингибитор Trk на стадии (a)) представляет собой соединение формулы I:

или его соль гидросульфат. В некоторых вариантах осуществления, первый ингибитор Trk (например, первый ингибитор Trk на стадии (a)) представляет собой кристаллическую форму соединения формулы I или его соли гидросульфата (например, соединение формулы I-HS).

В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, второй ингибитор Trk выбран из группы, состоящей из: замещенного (R)-2-фенилпирролидином имидазопиридазина, AZD6918, GNF-4256, GTx-186, GNF-5837, AZ623, AG-879, алтиратиниба, CT327, ARRY-470, AR-772, AR-523, AR-786, AR-256, AR-618, AZ-23, AZD7451, кабозантиниба, CEP-701, CEP-751, PHA-739358, довитиниба, энтректиниба (N-[5-(3,5-дифторбензил)-1H-индазол-3-ил]-4-(4-метилпиперазин-1-ил)-2-(тетрагидропиран-4-иламино)-бензамида), PLX7486, Gö 6976, GW441756, MGCD516, ONO-5390556, PHA-848125AC, регорафениба, сорафениба, сунитиниба, TSR-011, VM-902A, K252a, 4-аминопиразолилпиримидина и замещенного соединения пиразоло[1,5-a]пиримидина. В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, второй ингибитор Trk выбран из соединения из таблицы 5 или его фармацевтически приемлемой соли.

В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, подозревают, что субъект имеет злокачественную опухоль. В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, субъект имеет один или несколько симптомов злокачественной опухоли. В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, субъекта ранее идентифицировали или диагностировали как имеющего злокачественную опухоль.

В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, стадия определения того, имеет ли клетка в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), включает проведение анализа для определения присутствия по меньшей мере одной точечной мутации в гене NTRK1 и/или в гене NTRK2, и/или в гене NTRK3 в клетке в образце. В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, стадия определения того, имеет ли клетка злокачественной опухоли в образце, полученном от субъекта, по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот (например, мутацию в одном или нескольких из положений аминокислот, показанных в таблицах 1, 2 или 3), включает проведение анализа для определения присутствия по меньшей мере одной точечной мутации в гене NTRK1 и/или в гене NTRK2, и/или в гене NTRK3 в злокачественной клетке в образце. В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, анализ выбран из группы, состоящей из: электрофореза в денатурирующем градиентном геле (DGGE), электрофореза в геле с градиентом температур (TGGE), капиллярного электрофореза с градиентом температур, анализа одноцепочечного конформационного полиморфизма, анализа молекулярных маяков, динамического анализа гибридизации, анализа на основе ПЦР, денатурирующей высокоэффективной жидкостной хроматографии. В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, анализ включает секвенирование фрагмента гена NTRK1 и/или гена NTRK2, и/или гена NTRK3, содержащего по меньшей мере одну точечную мутацию.

В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из: аденокарциномы, адренокортикальной карциномы, нейробластомы надпочечника, плоскоклеточной карциномы ануса, аденокарциномы апендикса, уротелиальной карциномы мочевого пузыря, аденокарциномы желчных протоков, карциномы мочевого пузыря, уротелиальной карциномы мочевого пузыря, хордомы кости, хронического лимфоцитарного лейкоза костного мозга, острого не лимфоцитарного миелоцитарного лейкоза костного мозга, лимфопролиферативного заболевания костного мозга, множественной миеломы костного мозга, саркомы кости, астроцитомы головного мозга, глиобластомы головного мозга, медуллобластомы головного мозга, менингиомы головного мозга, олигодендроглиомы головного мозга, аденокистозной карциномы молочной железы, карциномы молочной железы, карциномы протоков молочной железы in situ, инвазивной карциномы протоков молочной железы, инвазивной лобулярной карциномы молочной железы, метапластической карциномы молочной железы, нейроэндокринной карциномы шейки матки, плоскоклеточной карциномы шейки матки, аденокарциномы ободочной кишки, карциноидной опухоли ободочной кишки, аденокарциномы двенадцатиперстной кишки, эндометриоидной опухоли, аденокарциномы пищевода, внутриглазной меланомы, внутриглазной плоскоклеточной карциномы, карциномы слезных протоков глаза, серозной карциномы фаллопиевой трубы, аденокарциномы желчного пузыря, гломусной опухоли желчного пузыря, аденокарциномы желудочно-пищеводного соединения, аденокистозной карциномы головы и шеи, карциномы головы и шеи, нейробластомы головы и шеи, плоскоклеточной карциномы головы и шеи, хромофорной карциномы почки, медуллярной карциномы почки, почечноклеточной карциномы, папиллярной карциномы почки, саркоматоидной карциномы почки, уротелиальной карциномы почки, лимфоцитарного лейкоза, холангиокарциномы печени, печеночноклеточной карциномы, аденокарциномы легких, аденосквамозной карциномы легких, атипичного карциноида легких, карциносаркомы легких, крупноклеточной нейроэндокринной карциномы легких, немелкоклеточной карциномы легких, саркомы легких, саркоматоидной карциномы легких, мелкоклеточной карциномы легких, недифференцированной мелкоклеточной карциномы легких, плоскоклеточной карциномы легких, диффузной крупноклеточной B-клеточной лимфомы лимфатических узлов, фолликулярной лимфомы лимфатических узлов, медиастинальной В-клеточной лимфомы лимфатических узлов, плазмобластной лимфомы лимфатических узлов, аденокарциномы легких, фолликулярной лимфомы, неходжскинской лимфомы, недифференцированной карциномы носоглотки и околоносовых пазух, карциномы яичников, карциносаркомы яичников, светлоклеточной карциномы яичников, эпителиальной карциномы яичников, гранулезоклеточной опухоли яичников, серозной карциномы яичников, карциномы поджелудочной железы, аденокарциномы протоков поджелудочной железы, нейроэндокринной карциномы поджелудочной железы, перитонеальной мезотелиомы, перитонеальной серозной карциномы, хориокарциномы плаценты, мезотелиомы плевры, ацинарной аденокарциномы предстательной железы, карциномы предстательной железы, аденокарциномы прямой кишки, плоскоклеточной карциномы прямой кишки, аднексальной карциномы кожи, базальноклеточной карциномы кожи, меланомы кожи, карциномы кожи из клеток Меркеля, плоскоклеточной карциномы кожи, аденокарциномы тонкого кишечника, стромальных опухолей желудочно-кишечного тракта (GIST) с локализацией в тонком кишечнике, ангиосаркомы мягких тканей, саркомы Юинга мягких тканей, гемангиоэндотелиомы мягких тканей, воспалительной миофибробластической опухоли мягких тканей, лейомиосаркомы мягких тканей, липосаркомы мягких тканей, нейробластомы мягких тканей, параганглиомы мягких тканей, опухоли из периваскулярных эпителиоидных клеток мягких тканей, саркомы мягких тканей, синовиальной саркомы мягких тканей, аденокарциномы желудка, аденокарциномы желудка диффузного типа, аденокарциномы желудка кишечного типа, аденокарциномы желудка кишечного типа, лейомиосаркомы желудка, карциномы тимуса, лимфоцитарной тимомы, папиллярной карциномы щитовидной железы, неизвестной первичной аденокарциномы, неизвестной первичной карциномы, неизвестного первичного злокачественного новообразования, неизвестной первичной меланомы, неизвестной первичной саркоматоидной карциномы, неизвестной первичной плоскоклеточной карциномы, неизвестной недифференцированной нейроэндокринной карциномы, неизвестной первичной недифференцированной мелкоклеточной карциномы, карциносаркомы матки, эндометриальной аденокарциномы матки, эндометриальной эндометриоидной аденокарциномы матки, папиллярной серозной эндометриальной аденокарциномы матки и лейомиосаркомы матки.

В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, по меньшей мере одна точечная мутация в гене NTRK, приводящая к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот, может быть выбрана из (i) по меньшей мере одной точечной мутации в гене NTRK1, приводящей к экспрессии белка TrkA, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 517, 542, 568, 573, 589, 595, 599, 600, 602, 646, 656, 657, 667 и 676, и/или (ii) по меньшей мере одной точечной мутации в гене NTRK2, приводящей к экспрессии белка TrkB, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 672, 682, 683, 693 и 702, и/или (iii) по меньшей мере одной точечной мутации в гене NTRK3, приводящей к экспрессии белка TrkC, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 675, 685, 686, 696 и 705. В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, белок TrkA содержит одну или несколько из следующих аминокислотных замен: G517R, A542V, V573M, F589L, F589C, G595S, G595R, D596V, F600L, F646V, C656Y, C656F, L657V, G667S, G667C, и Y676S. В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, белок TrkB содержит одну или несколько из следующих аминокислотных замен: G545R, A570V, Q596E, Q596P, V601G, F617L, F617C, F617I, G623S, G623R, D624V, R630K, C682Y, C682F, L683V, G693S, и G713S. В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, белок TrkC содержит одну или несколько из следующих аминокислотных замен: G545R, A570V, F617L, G623R, D624V, C685Y, C685F, L686V и G696A.

Настоящее изобретение относится также к наборам, содержащим: один или несколько зондов, каждый из которых специфически гибридизуется с фрагментом гена NTRK1, кодирующим мутацию в одном из положений аминокислот 517, 542, 568, 573, 589, 595, 599, 600, 602, 646, 656, 657, 667 и 676 в белке TrkA; и/или один или несколько зондов, каждый из которых специфически гибридизуется с фрагментом гена NTRK2, кодирующим мутацию в одном из положений аминокислот 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 672, 682, 683, 693 и 702 в белке TrkB; и/или один или несколько зондов, каждый из которых специфически гибридизуется с фрагментом гена NTRK3, кодирующим мутацию в одном из положений аминокислот 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 675, 685, 686, 696 и 705 в белке TrkC. Некоторые варианты осуществления этих наборов включают: один или несколько зондов, каждый из которых специфически гибридизуется с фрагментом гена NTRK1, кодирующим мутацию, выбранную из группы, состоящей из: G517R, A542V, V573M, F589L, F589C, G595S, G595R, D596V, F600L, F646V, C656Y, C656F, L657V, G667S, G667C, и Y676S в белке TrkA; и/или один или несколько зондов, каждый из которых специфически гибридизуется с фрагментом гена NTRK2, кодирующим мутацию, выбранную из группы, состоящей из: G545R, A570V, Q596E, Q596P, V601G, F617L, F617C, F617I, G623S, G623R, D624V, R630K, C682Y, C682F, L683V, G693S, и G713S в белке TrkB; и/или один или несколько зондов, каждый из которых специфически гибридизуется с фрагментом гена NTRK3, кодирующим мутацию, выбранную из группы, состоящей из: G545R, A570V, F617L, G623R, D624V, C685Y, C685F, L686V, и G696A в белке TrkC. В некоторых вариантах осуществления любого из наборов, описанных в настоящем описании, один или несколько зондов являются меченными поддающимся детекции зондом. В некоторых вариантах осуществления любого из наборов, описанных в настоящем описании, один или несколько зондов являются ковалентно присоединенными к субстрату (например, пленке, планшету или бусине).

В рамках изобретения, существительное в единственном числе представляет собой одно или несколько конкретных существительных. Например, фраза «клетка» представляет собой «одну или несколько клеток».

Термин «субъект» обозначает позвоночного, включая любого члена класса млекопитающих, включая человека, спортивных или домашних животных, таких как лошадь (например, беговая лошадь) или собака (например, гончая собака), и высших приматов. В некоторых вариантах осуществления, субъект представляет собой человека.

Термин «лечение» или «положительный ответ на лечение» обозначает улучшение состояния субъекта, имеющего злокачественную опухоль, например, одно или несколько из уменьшения размера одной или нескольких опухоли(опухолей) у субъекта, уменьшение или отсутствие значительных изменений скорости роста одной или нескольких опухоли(опухолей) у субъекта, уменьшение метастазирования у субъекта, и увеличение периода ремиссии для субъекта (например, по сравнению с одним или несколькими показателем(показателями) у субъекта, имеющего сходную опухоль в отсутствие лечения или при другом лечении, или по сравнению с одним или несколькими показателем(показателями) у того же самого субъекта до лечения). Дополнительные показатели для оценки ответа на лечение у субъекта, имеющего злокачественную опухоль, известны в данной области.

Термин «точечная мутация» обозначает изменение в нуклеотидной последовательности гена, приводящее к изменению одной аминокислоты в белке, кодируемом геном. Например, точечная мутация в гене может приводить к делеции одной аминокислоты в белке, кодируемом геном, или может приводить к замене аминокислоты в варианте кодируемого белка дикого типа на другую аминокислоту. Неограничивающие примеры точечных мутаций в гене NTRK1, гене NTRK2 и гене NTRK3 описаны в настоящем описании.

Фраза «значительный уровень канцерогена» означает уровень воздействия канцерогена, как известно, увеличивающий (например, статистически значимо увеличивающий) вероятность развития злокачественной опухоли у субъекта (например, по сравнению с субъектом, не подвергавшегося такому же уровню воздействия канцерогена или подвергавшегося воздействию не поддающегося детекции количества канцерогена).

В рамках изобретения, «первый ингибитор киназы Trk» или «первый ингибитор Trk» представляет собой ингибитор Trk, как описано в настоящем описании, но не включает соединения из таблицы 5 или их фармацевтически приемлемые соли, как определено в настоящем описании. В рамках изобретения, «второй ингибитор киназы Trk» или «второй ингибитор Trk» представляет собой ингибитор Trk, как описано в настоящем описании, и включает соединения из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли, как описано в настоящем описании. Когда первый и второй ингибитор Trk оба присутствуют в способе, представленном в настоящем описании, первый и второй ингибиторы киназы Trk являются различными.

Термин «монотерапия» обозначает использование единственного лекарственного средства для лечения конкретного нарушения или заболевание.

Если не указано иное, все технические и научные термины, используемые в настоящем описании, обладают таким же значением, какое является общепринятым для специалиста в области, к которой относится это изобретение. Способы и материалы описаны в настоящем описании для использования по настоящему изобретению; другие, пригодные способы и материалы, известные в данной области, также можно использовать. Материалы, способы и примеры являются только иллюстративными и не являются ограничивающими. Полное содержание всех публикаций, патентных заявок, патентов, последовательностей, записей в базе данных, и других ссылок, упомянутых в настоящем описании, приведено в качестве ссылки. В случае конфликта, настоящее описание, включая определения, имеет преимущество.

Другие признаки и преимущества изобретения очевидны из следующего подробного описания и фигур, и из формулы изобретения.

ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙ

Фигура 1 представляет собой блок-схему экспериментальных способов, использованных в примере 1.

Фигура 2 представляет собой кристаллическую структуру TrkA, показывающую локализацию некоторых из придающих устойчивость к ингибитору Trk аминокислотных замен.

Фигура 3 представляет собой схему, показывающую положение некоторых из придающих устойчивость к ингибитору Trk аминокислотных замен.

Фигура 4 представляет собой график POC для клеток, экспрессирующих слитый белок MPRIP-NTRK1, содержащий одну из придающих устойчивость к ингибитору Trk мутаций, при различных концентрациях сульфата (S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида (соединения A).

Фигура 5 представляет собой блок-схему экспериментальных способов, использованных в примере 3.

Фигура 6A представляет собой график, представляющий частоту мутаций и дозу сульфата (S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида (соединения A), при которой они выделены.

Фигура 6B представляет собой схему RIP-TRKA (кодированного MPRIP-NTRK1) с избранными доменами белка и идентифицированными придающими устойчивость мутациями.

Фигура 6C представляет собой ленточное представление кристаллографической структуры киназного домена TRKA в комплексе с ингибитором TRK AZ-23 (PDB 4AOJ), показывающее локализацию идентифицированных мутаций.

Фигура 7 представляет собой график процента от контроля для клеток, экспрессирующих слитый белок MPRIP-NTRK1, содержащий конкретные идентифицированные придающие устойчивость к ингибитору TrkA мутации при различных концентрациях сульфата (S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида (соединения A).

Фигура 8 представляет собой фотографию для анализа Вестерн-блоттингом клеток NIH3T3, обработанных указанными концентрациями сульфата (S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида (соединения A) в течение 2 часов.

Фигура 9A представляет собой график, представляющий частоту мутаций и дозу сульфата (S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида (соединения A), при которой они выделены.

Фигура 9B представляет собой схему TRIM24-TRKB (кодированного TRIIM24-NTRK1) с избранными доменами белка и идентифицированными придающими устойчивость мутациями.

Фигура 9C представляет собой ленточное представление кристаллографической структуры киназного домена TRKB в комплексе с ингибитором TRK AZ-23 (PDB 4AOJ), показывающее локализацию идентифицированных мутаций.

Фигура 10 представляет собой график процента от контроля для клеток, экспрессирующих слитый белок TRIM24-NTRK2, содержащий конкретные идентифицированные придающие устойчивость к ингибитору TrkB мутации при различных концентрациях сульфата (S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида (соединения A).

Фигура 11 представляет собой фотографию для анализа Вестерн-блоттингом клеток NIH3T3, обработанных указанными концентрациями сульфата (S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида (соединения A) в течение 2 часов.

Фигура 12 представляет собой таблицу, показывающую IC₅₀ для конкретных идентифицированных мутаций TrkA и TrkB.

Фигура 13 представляет собой выравнивание киназных доменов из избранных онкогенов с известными придающими устойчивость мутациями. Полученные in vitro (выделены зеленым) или от пациентов (выделены желтым) придающие устойчивость мутации показаны для других киназ, на которые нацелены лекарственные средства, для сравнения.

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ

Открыты придающие устойчивость к ингибитору Trk мутации в гене NTRK1, в гене NTRK2 и в гене NTRK3. В свете настоящего описания, настоящее изобретение относится к способам лечения субъекта, имеющего злокачественную опухоль, к способам выбора лечения для субъекта, имеющего злокачественную опухоль, к способам выбора субъекта, имеющего злокачественную опухоль, для лечения, не включающего ингибитор Trk, к способам определения того, что субъект, имеющий злокачественную опухоль, будет иметь положительный ответ на лечение ингибитором Trk, к способам прогнозирования эффективности ингибитора Trk у субъекта, имеющего злокачественную опухоль, к способам определения для субъекта риска развития устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли и к способам определения присутствия устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли у субъекта, на основании определения того, имеет ли субъект клетку, имеющую (i) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK1, приводящую к экспрессии белка TrkA, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 517, 542, 568, 573, 589, 595, 599, 600, 602, 646, 656, 657, 667 и 676, и/или (ii) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK2, приводящую к экспрессии белка TrkB, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 672, 682, 683, 693 и 702, и/или (iii) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK3, приводящую к экспрессии белка TrkC, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 675, 685, 686, 696 и 705. Настоящее изобретение относится также к наборам, позволяющим детекцию по меньшей мере одной из точечных мутаций в NTRK1 и/или NTRK2, и/или NTRK3.

Детекция и идентификация субъекта, имеющего клетки, имеющие придающую устойчивость к ингибитору Trk мутацию, как описано в настоящем описании (например, (i) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK1, приводящую к экспрессии белка TrkA, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 517, 542, 568, 573, 589, 595, 599, 600, 602, 646, 656, 657, 667 и 676, и/или (ii) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK2, приводящую к экспрессии белка TrkB, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 672, 682, 683, 693 и 702, и/или (iii) по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK3, приводящую к экспрессии белка TrkC, содержащего мутацию в одном или нескольких положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 675, 685, 686, 696 и 705) может улучшать лечение субъекта, например, посредством изменения режима лечения (например, изменения ингибитора Trk, вводимого субъекту, или добавления дополнительного противоракового средства или противораковой терапии) или посредством введения ингибитора Trk, который является эффективным в присутствии придающей устойчивость к ингибитору Trk мутации (например, одного или нескольких из соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемых солей).

Как известно в данной области, различные аспекты, описанные ниже, можно использовать в любой комбинации без ограничения.

Родственные тропомиозину рецепторные киназы (Trk)

Включены три различных гена NTRK как играющие роль в злокачественных опухолях (например, в результате открытия хромосомных транслокаций, приводящих к конститутивно активным слитым белкам Trk): NTRK1, NTRK2 и NTRK3. Гены NTRK1, NTRK2 и NTRK3 кодируют TrkA, TrkB и TrkC, соответственно.

Неограничивающие иллюстративные аминокислотные последовательности и последовательности кДНК для TrkA дикого типа представлены ниже. Иллюстративные последовательности белка дикого типа и последовательности кДНК дикого типа, представленные ниже, можно использовать для идентификации точечной мутации в гене NTRK1, или можно использовать для определения мутации в белке TrkA, вызванной точечной мутацией в гене NTRK1, соответственно. Дополнительные последовательности белка и кДНК дикого типа для TrkA известны в данной области.

Положения аминокислот, используемые для описания замен в TrkA в настоящем описании основаны на последовательности TrkA дикого типа из SEQ ID NO: 1. Соответствующее положение аминокислоты в последовательности дикого типа другой изоформы TrkA (SEQ ID NO: 3) можно идентифицировать посредством проведения выравнивания последовательностей между SEQ ID NO: 1 и SEQ ID NO: 3. Сходный способ (например, выравнивание SEQ ID NO: 1 с аминокислотной последовательностью любой другой изоформы TrkA) можно использовать для нахождения совпадения положений аминокислот замен в TrkA, описанных в настоящем описании, с соответствующими положениями аминокислот в других изоформах TrkA, известных в данной области.

Изоформа A белка TrkA человека дикого типа (NP_002520) (SEQ ID NO: 1)

Изоформа A кДНК TrkA человека дикого типа (NM_002529) (SEQ ID NO: 2)

Изоформа B белка TrkA человека дикого типа (NP_001007793) (SEQ ID NO: 3)

Изоформа B кДНК TrkA человека дикого типа (NM_001007792) (SEQ ID NO: 4)

Выравнивание изоформ TrkA (SEQ ID NO: 1 и SEQ ID NO: 3)

S1 68 LTELYIENQQHLQHLELRDLRGLGELRNLTIVKSGLRFVAPDAFHFTPRLSRLNLSFNAL 127

L YIENQQHLQHLELRDLRGLGELRNLTIVKSGLRFVAPDAFHFTPRLSRLNLSFNAL

S3 38 LAASYIENQQHLQHLELRDLRGLGELRNLTIVKSGLRFVAPDAFHFTPRLSRLNLSFNAL 97

S1 128 ESLSWKTVQGLSLQELVLSGNPLHCSCALRWLQRWEEEGLGGVPEQKLQCHGQGPLAHMP 187

ESLSWKTVQGLSLQELVLSGNPLHCSCALRWLQRWEEEGLGGVPEQKLQCHGQGPLAHMP

S3 98 ESLSWKTVQGLSLQELVLSGNPLHCSCALRWLQRWEEEGLGGVPEQKLQCHGQGPLAHMP 157

S1 188 NASCGVPTLKVQVPNASVDVGDDVLLRCQVEGRGLEQAGWILTELEQSATVMKSGGLPSL 247

NASCGVPTLKVQVPNASVDVGDDVLLRCQVEGRGLEQAGWILTELEQSATVMKSGGLPSL

S3 158 NASCGVPTLKVQVPNASVDVGDDVLLRCQVEGRGLEQAGWILTELEQSATVMKSGGLPSL 217

S1 248 GLTLANVTSDLNRKNVTCWAENDVGRAEVSVQVNVSFPASVQLHTAVEMHHWCIPFSVDG 307

GLTLANVTSDLNRKNVTCWAENDVGRAEVSVQVNVSFPASVQLHTAVEMHHWCIPFSVDG

S3 218 GLTLANVTSDLNRKNVTCWAENDVGRAEVSVQVNVSFPASVQLHTAVEMHHWCIPFSVDG 277

S1 308 QPAPSLRWLFNGSVLNETSFIFTEFLEPAANETVRHGCLRLNQPTHVNNGNYTLLAANPF 367

QPAPSLRWLFNGSVLNETSFIFTEFLEPAANETVRHGCLRLNQPTHVNNGNYTLLAANPF

S3 278 QPAPSLRWLFNGSVLNETSFIFTEFLEPAANETVRHGCLRLNQPTHVNNGNYTLLAANPF 337

S1 368 GQASASIMAAFMDNPFEFNPEDPIPVSFSPVDTNSTSGDPVEKKDETPFGVSVAVGLAVF 427

GQASASIMAAFMDNPFEFNPEDPIP DTNSTSGDPVEKKDETPFGVSVAVGLAVF

S3 338 GQASASIMAAFMDNPFEFNPEDPIP------DTNSTSGDPVEKKDETPFGVSVAVGLAVF 391

S1 428 ACLFLSTLLLVLNKCGRRNKFGINRPAVLAPEDGLAMSLHFMTLGGSSLSPTEGKGSGLQ 487

ACLFLSTLLLVLNKCGRRNKFGINRPAVLAPEDGLAMSLHFMTLGGSSLSPTEGKGSGLQ

S3 392 ACLFLSTLLLVLNKCGRRNKFGINRPAVLAPEDGLAMSLHFMTLGGSSLSPTEGKGSGLQ 451

S1 488 GHIIENPQYFSDACVHHIKRRDIVLKWELGEGAFGKVFLAECHNLLPEQDKMLVAVKALK 547

GHIIENPQYFSDACVHHIKRRDIVLKWELGEGAFGKVFLAECHNLLPEQDKMLVAVKALK

S3 452 GHIIENPQYFSDACVHHIKRRDIVLKWELGEGAFGKVFLAECHNLLPEQDKMLVAVKALK 511

S1 548 EASESARQDFQREAELLTMLQHQHIVRFFGVCTEGRPLLMVFEYMRHGDLNRFLRSHGPD 607

EASESARQDFQREAELLTMLQHQHIVRFFGVCTEGRPLLMVFEYMRHGDLNRFLRSHGPD

S3 512 EASESARQDFQREAELLTMLQHQHIVRFFGVCTEGRPLLMVFEYMRHGDLNRFLRSHGPD 571

S1 608 AKLLAGGEDVAPGPLGLGQLLAVASQVAAGMVYLAGLHFVHRDLATRNCLVGQGLVVKIG 667

AKLLAGGEDVAPGPLGLGQLLAVASQVAAGMVYLAGLHFVHRDLATRNCLVGQGLVVKIG

S3 572 AKLLAGGEDVAPGPLGLGQLLAVASQVAAGMVYLAGLHFVHRDLATRNCLVGQGLVVKIG 631

S1 668 DFGMSRDIYSTDYYRVGGRTMLPIRWMPPESILYRKFTTESDVWSFGVVLWEIFTYGKQP 727

DFGMSRDIYSTDYYRVGGRTMLPIRWMPPESILYRKFTTESDVWSFGVVLWEIFTYGKQP

S3 632 DFGMSRDIYSTDYYRVGGRTMLPIRWMPPESILYRKFTTESDVWSFGVVLWEIFTYGKQP 691

S1 728 WYQLSNTEAIDCITQGRELERPRACPPEVYAIMRGCWQREPQQRHSIKDVHARLQALAQA 787

WYQLSNTEAIDCITQGRELERPRACPPEVYAIMRGCWQREPQQRHSIKDVHARLQALAQA

S3 692 WYQLSNTEAIDCITQGRELERPRACPPEVYAIMRGCWQREPQQRHSIKDVHARLQALAQA 751

S1 788 PPVYLDVLG 796

PPVYLDVLG

S3 752 PPVYLDVLG 760

Неограничивающие иллюстративные аминокислотные последовательности и последовательности кДНК для TrkB дикого типа представлены ниже. Иллюстративные последовательности белка дикого типа и последовательности кДНК дикого типа, представленные ниже, можно использовать для идентификации точечной мутации в гене NTRK2 или можно использовать для определения мутации в белке TrkB, вызванной точечной мутацией в гене NTRK2, соответственно. Дополнительные последовательности белка и кДНК дикого типа для TrkB известны в данной области.

Положения аминокислот, используемые для описания замен в TrkB в настоящем описании основаны на последовательности TrkB дикого типа из SEQ ID NO: 5. Соответствующее положение аминокислоты в последовательности дикого типа другой изоформы TrkB можно идентифицировать посредством проведения выравнивания последовательностей между SEQ ID NO: 5 и аминокислотной последовательности другой изоформы TrkB.

Изоформа A белка TrkB человека дикого типа (AAB33109.1) (SEQ ID NO: 5)

Изоформа A кДНК TrkB человека дикого типа (S76473.1) (SEQ ID NO: 6)

Неограничивающие иллюстративные аминокислотные последовательности и последовательности кДНК для TrkC дикого типа представлены ниже. Иллюстративные последовательности белка дикого типа и последовательности кДНК дикого типа, представленные ниже, можно использовать для идентификации точечной мутации в гене NTRK3, или можно использовать для определения мутации в белке TrkC, вызванной точечной мутацией в гене NTRK3, соответственно. Дополнительные последовательности белка и кДНК дикого типа для TrkC известны в данной области.

Положения аминокислот, используемые для описания замен в TrkC в настоящем описании основаны на последовательности TrkC дикого типа из SEQ ID NO: 7. Соответствующее положение аминокислоты в последовательности дикого типа другой изоформы TrkC можно идентифицировать посредством проведения выравнивания последовательностей между SEQ ID NO: 7 и аминокислотной последовательностью другой изоформы TrkC.

Белок TrkC человека дикого типа (AAB33111.1) (SEQ ID NO: 7)

кДНК TrkC человека дикого типа (S76475.1) (SEQ ID NO: 8)

Точечные мутации NTRK

Точечные мутации в гене NTRK1, в гене NTRK2 и в гене NTRK3 открыты в устойчивых к ингибитору Trk клетках злокачественных опухолей. Точечная мутация в гене NTRK1 может приводить к белку TrkA, содержащему замену аминокислоты в варианте белка TrkA дикого типа на другую аминокислоту. В других примерах, точечная мутация в гене NTRK1 может приводить к белку TrkA с делецией аминокислоты в варианте белка TrkA дикого типа. Иллюстративные придающие устойчивость к ингибитору Trk точечные мутации в белке TrkA перечислены в таблице 1.

Таблица 1. Иллюстративные придающие устойчивость к ингибитору Trk точечные мутации в белке TrkA

Положение аминокислоты 517 (например, G517R) Положение аминокислоты 542 (например, A542V) Положение аминокислоты 568 (например, Q568x) Положение аминокислоты 573 (например, V573M) Положение аминокислоты 589 (например, F589L, F589C) Положение аминокислоты 595 (например, G595S, G595R¹) Положение аминокислоты 599 (например, D596V) Положение аминокислоты 600 (например, F600L) Положение аминокислоты 602 (например, R602x) Положение аминокислоты 646 (например, F646V) Положение аминокислоты 656 (например, C656Y, C656F) Положение аминокислоты 657 (например, L657V) Положение аминокислоты 667 (например, G667C¹, G667S) Положение аминокислоты 676 (например, Y676S)

Буква «x» при использовании для описания мутации аминокислоты в конкретном положении аминокислоты обозначает (i) замену аминокислоты, присутствующей в том же самом положении аминокислоты в соответствующем белке дикого типа, на другую природную аминокислоту, или (ii) делецию аминокислоты, присутствующей в том же самом положении аминокислоты в соответствующем белке дикого типа.

Точечная мутация в гене NTRK2 может приводить к белку TrkB, содержащему замену аминокислоты в варианте белка TrkB дикого типа на другую аминокислоту. В других примерах, точечная мутация в гене NTRK2 может приводить к белку TrkB с делецией аминокислоты в варианте белка TrkB дикого типа. Иллюстративные придающие устойчивость к ингибитору Trk точечные мутации в белке TrkB перечислены в таблице 2.

Таблица 2. Иллюстративные придающие устойчивость к ингибитору Trk точечные мутации в белке TrkB

Положение аминокислоты 545 (например, G545R) Положение аминокислоты 570 (например, A570V) Положение аминокислоты 596 (например, Q596E, Q596P) Положение аминокислоты 601 (например, V601G) Положение аминокислоты 617 (например, F617L, F617C, F617I) Положение аминокислоты 623 (например, G623S, G623R) Положение аминокислоты 624 (например, D624V) Положение аминокислоты 628 (например, F628x) Положение аминокислоты 630 (например, R630K) Положение аминокислоты 672 (например, F672x) Положение аминокислоты 682 (например, C682Y, C682F) Положение аминокислоты 683 (например, L683V) Положение аминокислоты 693 (например, G693S) Положение аминокислоты 702 (например, Y702x)

Буква «x» при использовании для описания мутации аминокислоты в конкретном положении аминокислоты обозначает (i) замену аминокислоты, присутствующей в том же самом положении аминокислоты в соответствующем белке дикого типа на другую природную аминокислоту, или (ii) делецию аминокислоты, присутствующей в том же самом положении аминокислоты в соответствующем белке дикого типа.

Точечная мутация в гене NTRK3 может приводить к белку TrkC, содержащему замену аминокислоты в варианте белка TrkC дикого типа на другую аминокислоту. В других примерах, точечная мутация в гене NTRK3 может приводить к белку TrkC с делецией аминокислоты в варианте белка TrkC дикого типа. Иллюстративные придающие устойчивость к ингибитору Trk мутации в белке NTRK3 перечислены в таблице 3.

Таблица 3. Иллюстративные придающие устойчивость к ингибитору Trk точечные мутации в белке TrkC

Положение аминокислоты 545 (например, G545R) Положение аминокислоты 570 (например, A570V) Положение аминокислоты 596 (например, Q596x) Положение аминокислоты 601 (например, V601) Положение аминокислоты 617 (например, F617x) F617L Положение аминокислоты 623 (например, G623R¹) Положение аминокислоты 624 (например, D624V) Положение аминокислоты 628 (например, F628x) Положение аминокислоты 630 (например, R630x) Положение аминокислоты 675 (например, F675x) Положение аминокислоты 685 (например, C685Y, C684F) Положение аминокислоты 686 (например, L686V) Положение аминокислоты 696 (например, G696x) G696A Положение аминокислоты 705 (например, Y705x)

Буква «x» при использовании для описания мутации аминокислоты в конкретном положении аминокислоты обозначает (i) замену аминокислоты, присутствующей в том же самом положении аминокислоты в соответствующем белке дикого типа на другую природную аминокислоту, или (ii) делецию аминокислоты, присутствующей в том же самом положении аминокислоты в соответствующем белке дикого типа.

Неограничивающие примеры конкретных положений аминокислот, как обнаружено, имеющие мутации (например, замены или делеции) в TrkA в устойчивых к ингибитору Trk клетках злокачественных опухолей, имеющих точечную мутацию NTRK1, are перечислены ниже. Также перечислены ниже различные конкретные мутации аминокислот (например, замены), присутствующие в белках TrkA, присутствующие в устойчивых к ингибитору Trk клетках злокачественных опухолей, имеющих точечную мутацию NTRK1,.

Обнаружено, что устойчивые к ингибитору Trk клетки злокачественных опухолей имеют точечные мутации в гене NTRK1, приводящие к белку TrkA, включающему одну или несколько (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать, двенадцать, тринадцать, четырнадцать или пятнадцать) аминокислотных замен или делеций в положениях аминокислот: 517, 542, 568, 573, 589, 595, 599, 600, 602, 646, 656, 657, 667 и 676 (например, положениях аминокислот, соответствующих положениям в последовательности NP_002520 дикого типа (SEQ ID NO: 1)). Различные конкретные аминокислотные замены, присутствующие в белке TrkA, образованном в устойчивой к ингибитору Trk клетке злокачественной опухоли, включают одну или несколько (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать или двенадцать) из следующих: G517R, A542V, V573M, F589L, F589C, G595S, G595R, D596V, F600L, F646V, C656Y, C656F, L657V, G667S, G667C и Y676S (например, по сравнению с последовательностью NP_002520 дикого типа (SEQ ID NO: 1)).

Обнаружено, что устойчивые к ингибитору Trk клетки злокачественных опухолей имеют точечные мутации в гене NTRK2, приводящие к белку TrkB, включающему одну или несколько (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать, двенадцать, тринадцать, четырнадцать или пятнадцать) аминокислотных замен или делеций в положениях аминокислот: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 672, 682, 683, 693 и 702 (например, положениях аминокислот, соответствующих положениям в последовательности AAB33109.1 дикого типа (SEQ ID NO: 5)). Различные конкретные аминокислотные замены, присутствующие в белке TrkB, образованном в устойчивой к ингибитору Trk клетке злокачественной опухоли, включают одну или несколько (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, одиннадцать или двенадцать) из следующих: G545R, A570V, Q596E, Q596P, V601G, F617L, F617C, F617I, G623S, G623R, D624V, R630K, C682Y, C682F, L683V, G693S и G713S (например, по сравнению с последовательностью AAB33109.1 дикого типа (SEQ ID NO: 5)).

Обнаружено, что устойчивые к ингибитору Trk клетки злокачественных опухолей имеют точечные мутации в гене NTRK3, приводящие к белку TrkC, включающему одну или несколько (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать, двенадцать, тринадцать, четырнадцать или пятнадцать) аминокислотных замен или делеций в положениях аминокислот: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 675, 685, 686, 696 и 705 (например, положениях аминокислот, соответствующих положениям в последовательности дикого типа (SEQ ID NO: 7)). Различные конкретные аминокислотные замены, присутствующие в белке TrkC, образованном в устойчивой к ингибитору Trk клетке злокачественной опухоли, включают одну или несколько (например, две, три, четыре, пять, шесть или семь, или восемь) из следующих: G545R, A570V, F617L, G623R, D624V, C685Y, C685F, L686V, и G696A (например, по сравнению с последовательностью дикого типа (SEQ ID NO: 7)).

Как понятно специалисту в данной области, конкретные замены, перечисленные выше, являются иллюстративными. Например, когда природная аминокислота в одном положении аминокислоты заменена на другую аминокислоту, понятно, что замена на аминокислоту, имеющую химически родственную боковую цепь аминокислоты, также может присутствовать (и быть детектированной в клетке злокачественной опухоли). Аминокислоты, имеющие химически родственные боковые цепи аминокислот, перечислены в таблице 4.

Таблица 4. Химически родственные боковые цепи аминокислот

Положительно заряженные боковые цепи Лизин, аргинин, гистидин Отрицательно заряженные боковые цепи Глутамат и аспартат Неполярные и/или Алифатические боковые группы Глицин, аланин, валин, лейцин, изолейцин и пролин Полярные, незаряженные боковые группы Серин, треонин, цистеин, метионин, аспарагин, глутамин Ароматические боковые группы Фенилаланин, тирозин и триптофан

Любая из точечных мутаций, описанных в настоящем описании, может приводить, например, к увеличенной каталитической активности киназы TrkA или киназы TrkB, или киназы TrkC. Любая из точечных мутаций, описанных в настоящем описании, может приводить, например, к уменьшению присутствия аутоингибированной конформации киназы Trk (например, киназы TrkA или киназы TrkB, или киназы TrkC). Любая из точечных мутаций, описанных в настоящем описании, может приводить, например, к увеличению присутствия активированной конформации киназы Trk (например, киназы TrkA или киназы TrkB, или киназы TrkC). Любая из точечных мутаций, описанных в настоящем описании, может приводить, например, к измененной третичной структуре киназы TrkA (по сравнению с киназой TrkA дикого типа), которая уменьшает связывание ингибитора Trk с киназой TrkA, или к измененной третичной структуре киназы TrkB (по сравнению с киназой TrkB дикого типа), которая уменьшает связывание ингибитора Trk с киназой TrkB, или к измененной третичной структуре киназы TrkC (по сравнению с киназой TrkC дикого типа), которая уменьшает связывание ингибитора Trk с киназой TrkC. Любая из точечных мутаций, описанных в настоящем описании, может приводить, например, к увеличению значния K_off и/или к уменьшению значния K_on ингибитора Trk, когда он взаимодействует с белком TrkA (по сравнению с киназой TrkA дикого типа) или с белком TrkB (по сравнению с киназой TrkB дикого типа) или с белком TrkC (по сравнению с киназой TrkC дикого типа).

Выделение геномной ДНК из образца биоптата

Способы выделения геномной ДНК из образца биоптата хорошо известны в данной области. Например, можно использовать ряд коммерчески доступных наборов для выделения геномной ДНК из образца, содержащего клетки млекопитающих (например, образец биоптата). Неограничивающие примеры коммерчески доступных наборов для выделения геномной ДНК из образца, содержащего клетки млекопитающих, включают: ChargeSwitch® gDNA Tissue Kit (Life Technologies), Genomic DNA Isolation Kit (Norgen Biotek Corp., Ontario, Canada), QIAmp DNA FFPE (Qiagen), QIAsymphony DSP DNA kits (Qiagen), REPLI-g Mini Kit (Qiagen), Generation Capture Plate Kit (Qiagen), QI Amp 96 DNA Blood Kit (Qiagen), QIAmp DNA Mini kit (Qiagen), Biosprint 15 DNA Bloot Kit (Qiagen), Biosprint 96 DNA Blood Kit (Qiagen), MagAttract DNA Mini M48 Kit (Qiagen), QIAmp DNA Blood BioRobot 9604 Kit (Qiagen), QIAmp DNA Investigator Kit (Qiagen), QIAmp DNA Micro Kit, Xtreme DNA Isolation Kit (Isohelix; Harrietsham, Kent, UK), DDK DNA Isolation Kit (Isohelix) и XtraClean DNA kit (Isohelix). Геномную ДНК можно выделять из образца (например, образца биоптата) с использованием этих и других коммерчески доступных наборов для выделения геномной ДНК, следуя инструкциям производителя.

Иллюстративный способ выделения геномной ДНК из образца (например, образца биоптата) включает стадии: лизиса клеток млекопитающих, присутствующих в образце, преципитации белков в лизате, удаления супернатанта, преципитации геномной ДНК из супернатанта, промывки осадка геномной ДНК этанолом и регидратации осадка геномной ДНК в фармацевтически приемлемом буфере (например, в стерильной или фильтрованной воде, или в забуференном растворе).

Анализы для определения присутствия точечных мутаций

Некоторые из способов, представленных в настоящем описании, включают стадию проведения анализа для определения присутствия (i) по меньшей мере одной (например, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти, одиннадцати, двенадцати, тринадцати, четырнадцати или пятнадцати) точечной мутации в гене NTRK1 (например, любой из точечных мутаций в NTRK1, описанных в настоящем описании), и/или (ii) по меньшей мере одной (например, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти, одиннадцати, двенадцати, тринадцати, четырнадцати или пятнадцати) точечной мутации в гене NTRK2, и/или (iii) по меньшей мере одной (например, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти, одиннадцати, двенадцати, тринадцати, четырнадцати или пятнадцати) точечной мутации в гене NTRK3 (например, любой из точечных мутаций в гене NTRK3, описанных в настоящем описании), в клетке (например, в клетке злокачественной опухоли) в образце от субъекта (например, образец биоптата).

Множество анализов для определения присутствия одной или нескольких точечных мутаций в клетке (например, в клетке злокачественной опухоли) are известны в данной области. Неограничивающие примеры таких анализов (которые можно использовать в любом из способов, описанных в настоящем описании), включают: электрофорез в денатурирующем градиентном геле (DGGE) (Nollau et al., Clin. Chem. 43:1114-1128, 1997), электрофорез в геле с градиентом температур (TGGE) (Nollau et al., Clin. Chem. 43:1114-1128, 1997), капиллярный электрофорез с градиентом температур, анализы одноцепочечного конформационного полиморфизма (см., например, Tahira et al., Human Mutat. 26:69-77, 2005), анализы молекулярных маяков (см., например, Totowa, NJ, Vol. 212, pp. 111-128, 2003), динамическую гибридизацию (см., например, Howell et al., Nature Biotechnol. 17:87-88, 1999), анализы на основе ПЦР (например, ARMS-ПЦР с четырьмя праймерами (см., например, Zhang et al., Plos One 8:e62126, 2013), ПЦР с детекцией в реальном времени, аллелеспецифическую ПЦР (см., например, Gaudet et al., Methods Mol. Biol. 578:415-424, 2009), и анализ генотипирования TaqMan (см., например, Woodward, Methods Mol. Biol. 1145:67-74, 2014, и планшеты для генотипировния TaqMan®OpenArray® от Life Technologies)), анализы с использованием эндонуклеазы Flap (называемые также анализами Invader) (см., например, Olivier et al., Mutat. Res. 573:103-110, 2005), анализы лигирования олигонуклеотидов (см., например, Bruse et al., Biotechniques 45:559-571, 2008) или денатурирующую высокоэффективную жидкостную хроматографию (см., например, Yu et al., J. Clin. Pathol. 58:479-485, 2005), высокоразрешающий анализ плавления амплифицированной последовательности, содержащей точечную мутацию (см., например, Wittwer et al., Clinical Chemistry 49:853-860, 2003), или секвенирование (например, секвенирование по метод Максаму-Гилберту, способы терминации цепи, секвенирование способом дробовика, мостовая ПЦР и способы секвенирования нового поколения (например, массивно-параллельное опознавательное секвенирование, полони-секвенирование, пиросеквенирование 454, секвенирование Illumina (Solexa), секвенирование SOLiD, полупроводниковое секвенирование с потоком ионов, секвенирование ДНК на наносферах, секвенирование отдельных молекул heliscope, и секвенирование отдельных молекул с детекцией в реальном времени)). Дополнительные детали и обобщение различных способов секвенирования нового поколения описаны в Koboldt et al., Cell 155:27-38, 2013.

В некоторых вариантах осуществления, анализ, используемый для определения присутствия (i) по меньшей мере одной точечной мутации в NTRK1, и/или (ii) по меньшей мере одной точечной мутации в NTRK2, и/или (iii) по меньшей мере одной точечной мутации в NTRK3, включает анализ ПЦР (например, анализ ПЦР с детекцией в реальном времени, например, анализ генотипирования на основе ПЦР с детекцией в реальном времени) (со стадией предварительной амплификации или без нее). В некоторых вариантах осуществления любого из способов, описанных в настоящем описании, анализ, используемый для определения присутствия (i) по меньшей мере одной точечной мутации в NTRK1, и/или (ii) по меньшей мере одной точечной мутации в NTRK2, и/или (iii) по меньшей мере одной точечной мутации в NTRK3, проводят с использованием секвенирования на основе TaqMan® (например, секвенирования OpenArray® на основе TaqMan®, например, высокопроизводительного секвенирования OpenArray® на основе TaqMan®) (со стадией предварительной амплификации или без нее). Способы разработки праймеров для использования в анализах, описанных в настоящем описании, хорошо известны в данной области. Например, несколько поставщиков предоставляют свободное программное обеспечения для дизайна прямых и обратных праймеров для использования в одном из анализов, описанных в настоящем описании. Прямой или обратный праймер для использования в любом из анализов, описанных в настоящем описании, может содержать по меньшей мере 10 (например, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 или 50 нуклеотидов). В некоторых примерах, прямой или обратный праймер, используемый в любом из анализов, описанных в настоящем описании, может включать метку (например, любую из иллюстративных меток, описанных в настоящем описании) или может включать непрерывную последовательность метки (например, между приблизительно 5 нуклеотидами и приблизительно 25 нуклеотидами, между приблизительно 10 нуклеотидами и приблизительно 25 нуклеотиды, между приблизительно 10 нуклеотиды и 20 нуклеотиды, между приблизительно 5 нуклеотидами и приблизительно 20 нуклеотидами), которая не гибридизуется с последовательностью в геноме субъекта (например, в геноме человека).

В некоторых вариантах осуществления, анализ включает использование: одного или нескольких зондов (например, зондов, меченных поддающейся детекции меткой), которые специфически гибридизуются с одним или несколькими фрагментами гена NTRK1, включающими точечную мутацию (например, любую из точечных мутаций в NTRK1, описанных в настоящем описании); и/или одного или нескольких зондов (например, зондов, меченных поддающейся детекции меткой), которые специфически гибридизуются с одним или несколькими фрагментами гена NTRK2, включающими точечную мутацию (например, любую из точечных мутаций в NTRK2, описанных в настоящем описании); и/или одного или нескольких зондов (например, зондов, меченных поддающейся детекции меткой), которые специфически гибридизуются с одним или несколькими фрагментами гена NTRK3, включающими точечную мутацию (например, любую из точечных мутаций в NTRK3, описанных в настоящем описании). Например, один или нескольких зондов может иметь 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 или 35 нуклеотидов. Дополнительное описание зондов, которые можно использовать в иллюстративных анализах, описано в настоящем описании.

Субъекты

В различных вариантах осуществления способов, описанных в настоящем описании, субъект может быть ранее идентифицированным или диагностированным как имеющий злокачественную опухоль (например, любую из злокачественных опухолей, описанных в настоящем описании). Субъект может, например, быть ранее идентифицированным как имеющий клетку злокачественной опухоли, имеющую по меньшей мере одну точечную мутацию в гене NTRK, приводящую к экспрессии белка Trk, содержащего мутацию в одном или нескольких положений аминокислот. Например, (i) по меньшей мере одну (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать, двенадцать, тринадцать, четырнадцать или пятнадцать) точечную мутацию в гене NTRK1 (например, любую из точечных мутаций в NTRK1, описанных в настоящем описании), и/или (ii) по меньшей мере одну (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать, двенадцать, тринадцать, четырнадцать или пятнадцать) точечную мутацию в гене NTRK2 (например, любую из точечных мутаций в NTRK2, описанных в настоящем описании), и/или (iii) по меньшей мере одну (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать, двенадцать, тринадцать, четырнадцать или пятнадцать) точечную мутацию в гене NTRK3 (например, любую из точечных мутаций в NTRK3, описанных в настоящем описании). В некоторых вариантах осуществления, субъект может быть ранее идентифицированным как имеющий (i) по меньшей мере одну (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать, двенадцать, тринадцать, четырнадцать или пятнадцать) точечную мутацию в гене NTRK1, приводящую к экспрессии белка TrkA, содержащего мутацию (например, замену) в одном или нескольких (например, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти, одиннадцати, двенадцати, тринадцати, четырнадцати или пятнадцати) положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 517, 542, 568, 573, 589, 595, 599, 600, 602, 646, 656, 657, 667 и 676 (например, белка TrkA, содержащего одну или несколько (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать или двенадцать) из G517R, A542V, V573M, F589L, F589C, G595S, G595R, D596V, F600L, F646V, C656Y, C656F, L657V, G667S, G667C и Y676S); и/или (ii) по меньшей мере одну (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать, двенадцать, тринадцать, четырнадцать или пятнадцать) точечную мутацию в гене NTRK2, приводящую к экспрессии TrkB, содержащую мутацию (например, замену) в одном или нескольких (например, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти, одиннадцати, двенадцати, тринадцати, четырнадцати или пятнадцати) положении(положениях) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 672, 682, 683, 693 и 702 (например, белка TrkB, содержащего одну или несколько (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать или двенадцать) из G545R, A570V, Q596E, Q596P, V601G, F617L, F617C, F617I, G623S, G623R, D624V, R630K, C682Y, C682F, L683V, G693S и G713S; и/или (iii) по меньшей мере одну (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять, одиннадцать, двенадцать, тринадцать, четырнадцать или пятнадцать) точечную мутацию в гене NTRK3, приводящую к экспрессии белка TrkC, содержащего мутацию в одном или нескольких (например, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти, одиннадцати, двенадцати, тринадцати, четырнадцати или пятнадцати) положения(положений) аминокислот, выбранных из группы, состоящей из: 545, 570, 596, 601, 617, 623, 624, 628, 630, 675, 685, 686, 696 и 705 (например, белка TrkC, содержащего одну или несколько (например, две, три, четыре, пять, шесть, семь или восемь) из G545R, A570V, F617L, G623R, D624V, C685Y, C685F, L686V и G696A).

В способах определения для субъекта риска развития устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли и способах определения присутствия устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли у субъекта, субъект может представлять собой недиагностированного субъекта, которого идентифицируют как подвергавшегося воздействию значительного уровня канцерогена(канцерогенов), где у субъекта можно подозревать наличие злокачественной опухоли (например, любой из злокачественных опухолей, описанных в настоящем описании), у субъекта могут присутствовать один или несколько (например, два, три, четыре или пять) симптомов злокачественной опухоли (например, любые из симптомов злокачественной опухоли, описанных в настоящем описании), и/или известно, что субъект подвержен повышенному риску развития злокачественной опухоли (например, при злокачественной опухоли в семейном анамнезе).

В некоторых вариантах осуществления, субъект представляет собой субъекта детского возраста.

Термин «субъект детского возраста», в рамках изобретения относится к пациенту в возрасте менее 21 года на время диагностики или лечения. Термин «детский возраст» можно далее разделить на различные субпопуляции, включая: новорожденных (от рождения и на протяжении первого месяца жизни); младенцев (в возрасте от 1 месяца вплоть до двух лет); детей (в возрасте от двух лет вплоть до 12 лет); и подростков (в возрасте от 12 лет до 21 года (вплоть до двадцать второго дня рождения, но не включая его)). Berhman RE, Kliegman R, Arvin AM, Nelson WE. Nelson Textbook of Pediatrics, 15th Ed. Philadelphia: W.B. Saunders Company, 1996; Rudolph AM, et al. Rudolph's Pediatrics, 21st Ed. New York: McGraw-Hill, 2002; и Avery MD, First LR. Pediatric Medicine, 2nd Ed. Baltimore: Williams & Wilkins; 1994. В некоторых вариантах осуществления, субъект детского возраста представляет собой субъекта от рождения и на протяжении первых 28 суток жизни, в возрасте от 29 суток до менее двух лет, в возрасте от двух лет до менее 12 лет, или в возрасте от 12 лет до 21 года (вплоть до двадцать второго дня рождения, но не включая его). В некоторых вариантах осуществления, субъект детского возраста представляет собой субъекта от рождения и на протяжении первых 28 суток жизни, в возрасте от 29 суток до менее 1 года, в возрасте от одного месяца до менее четырех месяцев, в возрасте от трех месяцев до менее семи месяцев, в возрасте от шести месяцев до менее 1 года, в возрасте от 1 года до менее 2 лет, в возрасте от 2 лет до менее 3 лет, в возрасте от 2 лет до менее семи лет, в возрасте от 3 лет до менее 5 лет, в возрасте от 5 лет до менее 10 лет, в возрасте от 6 лет до менее 13 лет, в возрасте от 10 лет до менее 15 лет, или в возрасте от 15 лет до менее 22 лет.

Злокачественные опухоли

Настоящее изобретение относится к способам лечения злокачественных опухолей. Точечные мутации в NTRK1, NTRK2 и NTRK3 обнаружены в устойчивых к ингибитору Trk клетках злокачественных опухолей. Неограничивающие примеры злокачественных опухолей (например, ассоциированных с Trk злокачественных опухолей) включают аденокарциному, адренокортикальную карциному, нейробластому надпочечника, плоскоклеточную карциному ануса, аденокарциному апендикса, уротелиальную карциному мочевого пузыря, аденокарциному желчных протоков, карциному мочевого пузыря, уротелиальную карциному мочевого пузыря, хордому кости, хронический лимфоцитарный лейкоз костного мозга, острый не лимфоцитарный миелоцитарный лейкоз костного мозга, лимфопролиферативное заболевание костного мозга, множественную миелому костного мозга, саркому кости, астроцитому головного мозга, глиобластому головного мозга, медуллобластому головного мозга, менингиому головного мозга, олигодендроглиому головного мозга, аденокистозную карциному молочной железы, карциному молочной железы, карциному протоков молочной железы in situ, инвазивную карциному протоков молочной железы, инвазивную лобулярную карциному молочной железы, метапластическую карциному молочной железы, нейроэндокринную карциному шейки матки, плоскоклеточной карциномы шейки матки, аденокарциномы ободочной кишки, карциноидную опухоль ободочной кишки, аденокарциному двенадцатиперстной кишки, эндометриоидную опухоль, аденокарциному пищевода, внутриглазную меланому, внутриглазную плоскоклеточную карциному, карциному слезных протоков глаза, серозную карциному фаллопиевой трубы, аденокарциному желчного пузыря, гломусную опухоль желчного пузыря, аденокарциному желудочно-пищеводного соединения, аденокистозную карциному головы и шеи, карциному головы и шеи, нейробластому головы и шеи, плоскоклеточную карциномы головы и шеи, хромофорную карциному почки, медуллярную карциному почки, почечноклеточный рак, папиллярную карциному почки, саркоматоидную карциному почки, уротелиальную карциному почки, лимфоцитарный лейкоз, холангиокарциному печени, печеночноклеточную карциному, аденокарциному легких, аденосквамозную карциному легких, атипичный карциноид легких, карциносаркому легких, крупноклеточную нейроэндокринную карциномы легких, немелкоклеточную карциному легких, саркому легких, саркоматоидную карциному легких, мелкоклеточную карциному легких, недифференцированную мелкоклеточную карциному легких, плоскоклеточную карциному легких, диффузную крупноклеточную B-клеточную лимфому лимфатических узлов, фолликулярную лимфому лимфатических узлов, медиастинальную В-клеточную лимфому лимфатических узлов, плазмобластную лимфому лимфатических узлов, аденокарциному легких, фолликулярную лимфому, лимфому, неходжскинскую лимфому, недифференцированную карциному носоглотки и околоносовых пазух, карциному яичников, карциносаркому яичников, светлоклеточную карциному яичников, эпителиальную карциному яичников, гранулезоклеточную опухоль яичников, серозную карциному яичников, карциномы поджелудочной железы, аденокарциномы протоков поджелудочной железы, нейроэндокринную карциному поджелудочной железы, перитонеальную мезотелиому, перитонеальную серозную карциному, хориокарциному плаценты, мезотелиому плевры, ацинарную аденокарциному предстательной железы, карциному предстательной железы, аденокарциному прямой кишки, плоскоклеточную карциному прямой кишки, аднексальную карциному кожи, базальноклеточную карциному кожи, меланому кожи, карциному кожи из клеток Меркеля, плоскоклеточную карциному кожи, аденокарциному тонкого кишечника, стромальные опухоли желудочно-кишечного тракта (GIST) с локализацией в тонком кишечнике, ангиосаркому мягких тканей, саркому Юинга мягких тканей, гемангиоэндотелиому мягких тканей, воспалительную миофибробластическую опухоль мягких тканей, лейомиосаркому мягких тканей, липосаркому мягких тканей, нейробластому мягких тканей, параганглиому мягких тканей, опухоль из периваскулярных эпителиоидных клеток мягких тканей, саркому мягких тканей, синовиальную саркому мягких тканей, аденокарциному желудка, аденокарциному желудка диффузного типа, аденокарциному желудка кишечного типа, аденокарциному желудка кишечного типа, лейомиосаркому желудка, карциному тимуса, лимфоцитарную тимому, папиллярную карциному щитовидной железы, неизвестную первичную аденокарциному, неизвестную первичную карциному, неизвестное первичное злокачественное новообразование, неизвестную первичную меланому, неизвестную первичную саркоматоидную карциному, неизвестную первичную плоскоклеточную карциному, неизвестную недифференцированную нейроэндокринную карциному, неизвестную первичную недифференцированную мелкоклеточную карциному, карциносаркому матки, эндометриальную аденокарциному матки, эндометриальную эндометриоидную аденокарциному матки, папиллярную серозную эндометриальную аденокарциному матки и лейомиосаркому матки.

Дополнительные примеры злокачественных опухолей (например, устойчивых к ингибитору Trk злокачественных опухолей) включают: адренокортикальную карциному, злокачественную опухоль анального канала, злокачественную опухоль апендикса, атипичную тератоидно-рабдоидную опухоль (например, атипичную тератоидно-рабдоидную опухоль центральной нервной системы), B-клеточную злокачественную опухоль, злокачественную опухоль желчных протоков, рак мочевого пузыря, злокачественную опухоль кости (например, остеосаркому и злокачественную фиброзную гистиоцитому), злокачественную опухоль мозга (например, опухоль головного и спинного мозга, глиому ствола мозга, эмбриональные опухоли центральной нервной системы, эмбрионально-клеточные опухоли центральной нервной системы, краниофарингиому и эпендимому), рак молочной железы, бронхогенную карциному, злокачественную опухоль бронхов, злокачественную опухоль гематологических тканей, злокачественную опухоль полости рта или глотки, карциноидную опухоль, рак шейки матки, злокачественные опухоли у детей, хордома, хронический лимфоцитарный лейкоз, хронические миелопролиферативные неоплазии, рак толстого кишечника, колоректальный рак, Т-клеточную лимфому кожи, карциному протоков in situ, эмбриональную опухоль, рак эндометрия, рак пищевода, эстезионейробластому, экстракраниальную эмбрионально-клеточную опухоль, внегонадную эмбрионально-клеточную опухоль, злокачественную опухоль внепеченочных желчных протоков, злокачественную опухоль глаза (например, ретинобластому), злокачественную опухоль фаллопиевой трубы, фибросаркому, фиброзную гистиоцитому кости, рак желчного пузыря, рак желудка, карциноидную опухоль желудочно-кишечного тракта, эмбрионально-клеточную опухоль, гестационное трофобластическое заболевание, мультиформную глиобластому, глиому (например, глиому низкой степени злокачественности), рак головы и шеи, злокачественную опухоль сердца, гистиоцитоз, гипофарингеальный рак, воспалительные миофибробластические опухоли, внутрипеченочную холангиокарциному, опухоль островков поджелудочной железы, рак почки (например, почечноклеточный рак), гистиоцитоз клеток Лангерганса, крупноклеточную нейроэндокринную злокачественную опухоль, рак гортани, лейкоз (например, острый лимфобластный лейкоз, острый миелоидный лейкоз, хронический миелогенный лейкоз и волосатоклеточный лейкоз), злокачественную опухоль губы, рак печени, рак легкого, лимфому Беркитта, лимфому Ходжкина и первичную лимфому центральной нервной системы), медуллобластому, мезотелиому, злокачественную опухоль полости рта, множественную миелому, миелодиспластические синдромы, злокачественную опухоль полости носа и околоносовых пазух, злокачественную опухоль носоглотки, неоплазию (например, меланоцитарную неоплазию), нефрому, нейробластому, немелкоклеточный рак легкого, злокачественную опухоль полости рта, злокачественную опухоль ротоглотки, рак яичника, рак поджелудочной железы, параганглиому, злокачественную опухоль паращитовидной железы, глиому у детей, рак полового члена, фарингеальный рак, феохромоцитому, пилоцитарную астроцитому, опухоль гипофиза, неоплазию плазматических клеток, первичную перитонеальную злокачественную опухоль, рак предстательной железы, карциному прямой кишки, злокачественную опухоль слюнной железы, саркому (например, саркому Юинга, рабдомиосаркому, саркому матки и недифференцированную саркому), секреторную карциному молочной железы, синдром Сезари, рак кожи, злокачественную опухоль тонкого кишечника, мелкоклеточный рак легкого, злокачественную опухоль тонкого кишечника, невусы Шпиц, опухоли Шпиц, шпицоидную меланому, рак желудка, плоскоклеточную карциному, плоскоклеточный рак шеи, рак яичка, злокачественную опухоль горла, тимому и карциному тимуса, карцинома щитовидной железы, злокачественную опухоль мочеиспускательного канала, рак тела матки, рак мочевого пузыря, рак влагалища, рак вульвы и опухоль Вильмса.

В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль представляет собой злокачественную опухоль у детей. В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль у детей представляет собой мезенхимальную злокачественную опухоль. Например, мезенхимальная злокачественная опухоль может быть выбрана из группы, состоящей из: нефромы у детей, врожденной фибросаркомы (CFS), глиомы высокой степени злокачественности у детей (HGG), мезенхимальных злокачественных опухолей (фибросаркомы у младенцев (IF), врожденной мезобластной нефромы, врожденной фибросаркомы у младенцев (CIFS); пилоцитарной астроцитомы, опухолей мозга, острого лейкоза у детей, подобного лейкозу с Ph острого лимфобластного лейкоза, врожденной клеточной мезобластной нефромы (CMN); фибросаркомы у младенцев, глиомы высокой степени злокачественности у детей (HGG), врожденных диффузных понтинных глиом (DIPG), внестволовых HGG (NBS-HGG), анапластической крупноклеточной лимфомы (ALCL), неходжскинской лимфомы (NHL), папиллярной карциномы щитовидной железы у детей, саркомы мягких тканей, шпицоидной меланомы, гемангиоперицитомоподобной саркомы у детей, веретеноклеточной саркомы, NOS с мио/гемангиоперицитарным характером роста, рака легкого, солидных опухолей на поздних стадиях у детей, опухолей нейроэктодермального происхождения, колоректального рака у детей, нейробластомы надпочечников и опухолей центральной нервной системы.

В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль у детей представляет собой фибросаркому, такую как фибросаркома у младенцев.

В некоторых вариантах осуществления, злокачественная опухоль у детей представляет собой глиому. Например, злокачественная опухоль у детей выбрана из группы, состоящей из: глиомы высокой степени злокачественности у детей (HGG), врожденных диффузных понтинных глиом (DIPG) и внестволовых HGG (NBS-HGG).

Способы диагностики злокачественной опухоли (например, любой из злокачественных опухолей, описанных в настоящем описании) известны в данной области. Например, медицинский работник (например, терапевт) может диагностировать субъекта как имеющего злокачественную опухоль посредством наблюдения одного или нескольких симптомов злокачественной опухоли у субъекта. Неограничивающие примеры симптомов злокачественной опухоли включают лихорадку, утомляемость, боль, гиперпигментацию, желтуху, покраснение, прурит, избыточный рост волос, длительную констипацию, диарею, изменение объема стула, боль при мочеиспускании, кровь в моче, изменение функции мочевого пузыря, незаживающие язвы, белые пятна в ротовой полости или на языке, необычные кровотечения или испражнения, несварение, трудности с глотанием, изменения бородавок, родинок или веснушек, непрекращающийся кашель, хрипоту, шишку или область утолщения, которые можно почувствовать под кожей, изменения массы, затрудненное дыхание, дискомфорт после еды, персистирующую, необъяснимую боль в мышцах или суставах, персистирующую, необъяснимую лихорадку и ночную потливость, и необъяснимые гематомы. Диагностика злокачественной опухоли медицинским работником (например, терапевтом) может также включать проведение лабораторных исследований (например, анализов мочи или крови, например, полного анализа крови), анализов визуализации (например, компьютерной томографии (CT), остеосцинтиграфии, магнитно-резонансной томографии (MRI), сканирования с использованием позитронной эмиссионной томографии (PET), ультразвукового и рентгеновского исследования) и получения и/или исследования образца биоптата от субъекта.

Устойчивая к ингибитору Trk клетка злокачественной опухоли может иметь, например, увеличенную скорость роста в присутствии по меньшей мере одного ингибитора Trk (например, любого из ингибиторов Trk, описанных в настоящем описании или известных в данной области) по сравнению со скоростью роста контрольной клетки от контрольного субъекта, имеющего такой же тип злокачественной опухоли и не имеющего одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK1, описанных в настоящем описании, или одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK2, описанных в настоящем описании, или точечной мутации в гене NTRK3, описанной в настоящем описании, при приведении в контакт по меньшей мере с одним ингибитором Trk (например, первым ингибитором Trk). Специалисту в данной области понятно, что устойчивую к ингибитору Trk клетку злокачественной опухоли и контрольную клетку приводят в контакт с одной и той же концентрацией по меньшей мере одного ингибитора Trk. Например, скорость роста устойчивой к ингибитору Trk клетки злокачественной опухоли увеличена на от приблизительно 1% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25%, приблизительно 20%, приблизительно 15, приблизительно 10% или приблизительно 5%; на от приблизительно 5% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25%, приблизительно 20%, приблизительно 15 или приблизительно 10%; на от приблизительно 10% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25%, приблизительно 20% или приблизительно 15%; на от приблизительно 15% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25% или приблизительно 20%; на от приблизительно 20% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30% или приблизительно 25%; на от приблизительно 25% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35% или приблизительно 30%; на от приблизительно 30% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40% или приблизительно 35%; на от приблизительно 35% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45% или приблизительно 40%; на от приблизительно 40% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50% или приблизительно 45%; на от приблизительно 45% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, до приблизительно 50%; на от приблизительно 50% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, до приблизительно 55%; на от приблизительно 55% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65% или приблизительно 60%; на от приблизительно 60% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70% или приблизительно 65%; на от приблизительно 65% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75% или приблизительно 70%; на от приблизительно 70% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%; на от приблизительно 75% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85% или приблизительно 80%; на от приблизительно 80% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90% или приблизительно 85%; на от приблизительно 85% до приблизительно 100%, приблизительно 95% или приблизительно 90%; на от приблизительно 90% до приблизительно 100% или приблизительно 95%; или на от приблизительно 95% до приблизительно 100% (по сравнению со скоростью роста контрольной клетки от контрольного субъекта, имеющего такой же тип злокачественной опухоли и не имеющего одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK1, описанных в настоящем описании, или одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK2, описанных в настоящем описании, или одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK3, описанных в настоящем описании, при приведении в контакт по меньшей мере с одним ингибитором Trk).

В некоторых вариантах осуществления, устойчивая к ингибитору Trk злокачественная опухоль может являться устойчивой к лечению с использованием сульфата (S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида (или его полиморфа), но устойчивая к ингибитору Trk злокачественная опухоль все еще является чувствительной к лечению, включающему одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли. В некоторых вариантах осуществления, устойчивая к ингибитору Trk злокачественная опухоль может являться устойчивой к лечению энтректинибом, но устойчивая к ингибитору Trk злокачественная опухоль все еще является чувствительной к лечению, включающему одно или несколько соединений из таблицы 5, или их фармацевтически приемлемые соли.

Устойчивая к ингибитору Trk злокачественная опухоль у субъекта может иметь, например, увеличенную скорость роста солидной опухоли при лечении субъекта с использованием по меньшей мере одного ингибитора Trk (например, первого ингибитора Trk) по сравнению со скоростью роста контрольной солидной опухоли у контрольного субъекта, подвергнутого лечению с использованием по меньшей мере одного ингибитора Trk и имеющего такой же тип злокачественной опухоли и не имеющего одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK1, описанных в настоящем описании, или одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK2, описанных в настоящем описании, или точечной мутации в гене NTRK3, описанной в настоящем описании). Специалисту в данной области понятно, что субъекту и контрольному субъекту вводят одну и ту же концентрацию по меньшей мере одного ингибитора Trk. Например, скорость роста солидной опухоли у субъекта, имеющего устойчивую к ингибитору Trk злокачественную опухоль и подвергнутого введению по меньшей мере одного ингибитора Trk, увеличена на от приблизительно 1% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25%, приблизительно 20%, приблизительно 15, приблизительно 10% или приблизительно 5%; на от приблизительно 5% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25%, приблизительно 20%, приблизительно 15 или приблизительно 10%; на от приблизительно 10% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25%, приблизительно 20% или приблизительно 15%; на от приблизительно 15% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25% или приблизительно 20%; на от приблизительно 20% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30% или приблизительно 25%; на от приблизительно 25% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35% или приблизительно 30%; на от приблизительно 30% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40% или приблизительно 35%; на от приблизительно 35% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45% или приблизительно 40%; на от приблизительно 40% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50% или приблизительно 45%; на от приблизительно 45% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%; на от приблизительно 50% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, до приблизительно 55%; на от приблизительно 55% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65% или приблизительно 60%; на от приблизительно 60% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70% или приблизительно 65%; на от приблизительно 65% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75% или приблизительно 70%; на от приблизительно 70% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%; на от приблизительно 75% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85% или приблизительно 80%; на от приблизительно 80% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90% или приблизительно 85%; на от приблизительно 85% до приблизительно 100%, приблизительно 95% или приблизительно 90%; на от приблизительно 90% до приблизительно 100% или приблизительно 95%; или на от приблизительно 95% до приблизительно 100% (по сравнению со скоростью роста солидной опухоли у контрольного субъекта, имеющего такой же тип злокачественной опухоли и не имеющего одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK1, описанных в настоящем описании, или одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK2, описанных в настоящем описании, или точечной мутации в гене NTRK3, описанной в настоящем описании, и подвергнутого введению такого же по меньшей мере одного ингибитора Trk).

Устойчивая к ингибитору Trk злокачественная опухоль у субъекта может иметь, например, уменьшенную скорость апоптоза в солидной опухоли при лечении субъекта с использованием по меньшей мере одного ингибитора Trk (например, первого ингибитора Trk) по сравнению со скоростью апоптоза контрольной солидной опухоли у контрольного субъекта, подвергнутого лечению с использованием по меньшей мере одного ингибитора Trk и имеющего такой же тип злокачественной опухоли, и не имеющего одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK1, описанных в настоящем описании, или одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK2, описанных в настоящем описании, или одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK3, описанных в настоящем описании). Специалисту в данной области понятно, что субъекту и контрольному субъекту вводят одну и ту же концентрацию по меньшей мере одного ингибитора Trk. Например, скорость апоптоза солидной опухоли у субъекта, имеющего устойчивую к ингибитору Trk злокачественную опухоль и подвергнутого введению по меньшей мере одного ингибитора Trk, уменьшена на от приблизительно 1% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25%, приблизительно 20%, приблизительно 15, приблизительно 10% или приблизительно 5%; на от приблизительно 5% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25%, приблизительно 20%, приблизительно 15 или приблизительно 10%; на от приблизительно 10% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25%, приблизительно 20% или приблизительно 15%; на от приблизительно 15% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30%, приблизительно 25% или приблизительно 20%; на от приблизительно 20% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35%, приблизительно 30% или приблизительно 25%; на от приблизительно 25% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40%, приблизительно 35% или приблизительно 30%; на от приблизительно 30% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45%, приблизительно 40% или приблизительно 35%; на от приблизительно 35% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50%, приблизительно 45% или приблизительно 40%; на от приблизительно 40% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, приблизительно 50% или приблизительно 45%; на от приблизительно 45% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, приблизительно 55%, до приблизительно 50%; на от приблизительно 50% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65%, приблизительно 60%, до приблизительно 55%; на от приблизительно 55% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70%, приблизительно 65% или приблизительно 60%; на от приблизительно 60% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75%, приблизительно 70% или приблизительно 65%; на от приблизительно 65% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, приблизительно 75% или приблизительно 70%; на от приблизительно 70% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85%, приблизительно 80%, до приблизительно 75%; на от приблизительно 75% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90%, приблизительно 85% или приблизительно 80%; на от приблизительно 80% до приблизительно 100%, приблизительно 95%, приблизительно 90% или приблизительно 85%; на от приблизительно 85% до приблизительно 100%, приблизительно 95% или приблизительно 90%; на от приблизительно 90% до приблизительно 100% или приблизительно 95%; или на от приблизительно 95% до приблизительно 100% (по сравнению со скоростью апоптоза в солидной опухоли у контрольного субъекта, имеющего такой же тип злокачественной опухоли и не имеющего одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK1, описанных в настоящем описании, или одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK2, описанных в настоящем описании или одной или нескольких из точечных мутаций в гене NTRK3, описанных в настоящем описании, и подвергнутого введению такого же по меньшей мере одного ингибитора Trk).

Иллюстративные способы определения присутствия устойчивой к ингибитору Trk злокачественной опухоли у субъекта представлены в настоящем описании.

Ингибиторы Trk

Множество ингибиторов Trk известно в данной области. Способность ингибитора Trk действовать в качестве ингибитора Trk можно тестировать с использованием одного или обеих из анализов, описанных в примерах A и B в Патенте США No. 8513263, содержание которого приведено в настоящем описании в качестве ссылки.

Ингибитор Trk может иметь IC₅₀ от приблизительно 0,1 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, приблизительно 300 нМ, приблизительно 250 нМ, приблизительно 200 нМ, приблизительно 150 нМ, приблизительно 100 нМ, приблизительно 80 нМ, приблизительно 60 нМ, приблизительно 40 нМ, приблизительно 20 нМ, приблизительно 10 нМ, или приблизительно 5 нМ; от приблизительно 1 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, приблизительно 300 нМ, приблизительно 250 нМ, приблизительно 200 нМ, приблизительно 150 нМ, приблизительно 100 нМ, приблизительно 80 нМ, приблизительно 60 нМ, приблизительно 40 нМ, приблизительно 20 нМ, приблизительно 10 нМ или приблизительно 5 нМ; от приблизительно 5 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, приблизительно 300 нМ, приблизительно 250 нМ, приблизительно 200 нМ, приблизительно 150 нМ, приблизительно 100 нМ, приблизительно 80 нМ, приблизительно 60 нМ, приблизительно 40 нМ, приблизительно 20 нМ, или приблизительно 10 нМ; от приблизительно 10 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, приблизительно 300 нМ, приблизительно 250 нМ, приблизительно 200 нМ, приблизительно 150 нМ, приблизительно 100 нМ, приблизительно 80 нМ, приблизительно 60 нМ, приблизительно 40 нМ, или приблизительно 20 нМ; от приблизительно 20 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, приблизительно 300 нМ, приблизительно 250 нМ, приблизительно 200 нМ, приблизительно 150 нМ, приблизительно 100 нМ, приблизительно 80 нМ, приблизительно 60 нМ или приблизительно 40 нМ; от приблизительно 40 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, приблизительно 300 нМ, приблизительно 250 нМ, приблизительно 200 нМ, приблизительно 150 нМ, приблизительно 100 нМ, приблизительно 80 нМ или приблизительно 60 нМ; от приблизительно 60 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, приблизительно 300 нМ, приблизительно 250 нМ, приблизительно 200 нМ, приблизительно 150 нМ, приблизительно 100 нМ, или приблизительно 80 нМ; от приблизительно 80 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, приблизительно 300 нМ, приблизительно 250 нМ, приблизительно 200 нМ, приблизительно 150 нМ, приблизительно 100 нМ; от приблизительно 100 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, приблизительно 300 нМ, приблизительно 250 нМ, приблизительно 200 нМ, или приблизительно 150 нМ; от приблизительно 150 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, приблизительно 300 нМ, приблизительно 250 нМ, или приблизительно 200 нМ; от приблизительно 200 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, приблизительно 300 нМ, или приблизительно 250 нМ; от приблизительно 250 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, приблизительно 350 нМ, или приблизительно 300 нМ; от приблизительно 300 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ, приблизительно 400 нМ, или приблизительно 350 нМ; от приблизительно 350 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ, приблизительно 450 нМ или приблизительно 400 нМ; от приблизительно 400 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, приблизительно 500 нМ или приблизительно 450 нМ; от приблизительно 450 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, приблизительно 550 нМ, или приблизительно 500 нМ; от приблизительно 500 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, приблизительно 600 нМ, или приблизительно 550 нМ; от приблизительно 550 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, приблизительно 650 нМ, или приблизительно 600 нМ; от приблизительно 600 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, приблизительно 700 нМ, или приблизительно 650 нМ; от приблизительно 650 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, приблизительно 750 нМ, или приблизительно 700 нМ; от приблизительно 700 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, приблизительно 800 нМ, или приблизительно 750 нМ; от приблизительно 750 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, приблизительно 850 нМ, или приблизительно 800 нМ; от приблизительно 800 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, приблизительно 900 нМ, или приблизительно 850 нМ; от приблизительно 850 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, приблизительно 950 нМ, или приблизительно 900 нМ; от приблизительно 900 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, приблизительно 1 мкМ, или приблизительно 950 нМ; от приблизительно 950 нМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, приблизительно 5 мкМ, или приблизительно 1 мкМ; от приблизительно 1 мкМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, приблизительно 10 мкМ, или приблизительно 5 мкМ; от приблизительно 5 мкМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, приблизительно 15 мкМ, или приблизительно 10 мкМ; от приблизительно 10 мкМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, приблизительно 20 мкМ, или приблизительно 15 мкМ; от приблизительно 15 мкМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, приблизительно 25 мкМ, или приблизительно 20 мкМ; от приблизительно 20 мкМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, приблизительно 30 мкМ, или приблизительно 25 мкМ; от приблизительно 25 мкМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, приблизительно 35 мкМ, или приблизительно 30 мкМ; от приблизительно 30 мкМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, приблизительно 40 мкМ, или приблизительно 35 мкМ; от приблизительно 35 мкМ до приблизительно 50 мкМ, приблизительно 45 мкМ, или приблизительно 40 мкМ; от приблизительно 40 мкМ до приблизительно 50 мкМ или приблизительно 45 мкМ; или приблизительно 45 мкМ до приблизительно 50 мкМ. В некоторых вариантах осуществления, ингибитор Trk также ингибирует один или оба из TrkB и TrkC, в дополнение к TrkA.

Ингибитор Trk может связываться с одним или несколькими из участков TrkA: внеклеточной богатой цистеином областью (доменом 1), внеклеточной богатой лейцином областью (доменом 2), внеклеточной богатой цистеином областью (доменом 3), внеклеточной иммуноглобулиноподобной областью (доменом 4), внеклеточной иммуноглобулиноподобной областью (доменом 5), трансмембранной областью, внутриклеточным киназным доменом, аминокислотой в активном центре, связывающим ATP карманом, участком связывания тирозинового субстрата, петлей активации (например, мотивом DFG из петли активации), областью домена вставки киназы (KID) (например, аминокислотами 603-623), шарнирной областью киназы, спиралью α-C в каталитическом домене, лизином N-выступа, ответственным за стабилизацию α-фосфата в субстрате ATP, C-концом (см., например, Bertrand et al., J. Mol. Biol. 423:439-453, 2012), спиралью α-D на C-конце, спиралью α-E на C-конце, аминокислотой в киназном домене, взаимодействующей с лигандом в участке связывания ATP (см., например, Cherry et al., Curr. Med. Chem. 11:663-673, 2004). Например, ингибитор Trk может связываться с доменом 5 или внутриклеточным киназным доменом TrkA.

Неограничивающие примеры ингибиторов Trk описаны ниже.

Примером ингибитора Trk является соединение формулы I (например, его кристаллическая форма, содержащий его жидкий состав):

I

или его фармацевтически приемлемая соль. Другим примером ингибитора Trk является кристаллическая форма, включая соль гидросульфат соединения формулы I в форме стабильного полиморфа, обозначенной как кристаллическая форма (формула I-HS), которую можно характеризовать, например, по ее паттерну рентгенодиффракции (см., Патентные заявки США серийные No. 62/080374 и 14/943014, полное содержание обеих из которых приведено в настоящем описании в качестве ссылки). Дополнительные физические свойства ингибитора Trk формулы I и способы получения ингибитора Trk формулы I описаны в Патентных заявках США серийные No. 62/080374 и 14/943014 (полное содержание обеих из которых приведено в настоящем описании в качестве ссылки). В некоторых вариантах осуществления, соединение формулы I представляет собой сульфат (S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида или его полиморф.

В некоторых вариантах осуществления, кристаллическая форма (I-HS) характеризуется наличием пиков дифракции XRPD (2θ градусов) при 18,4±0,2, 20,7±0,2, 23,1±0,2 и 24,0±0,2. В некоторых вариантах осуществления, кристаллическая форма (I-HS) характеризуется наличием пиков дифракции XRPD (2θ градусов) при 10,7±0,2, 18,4±0,2, 20,7±0,2, 23,1±0,2 и 24,0±0,2. В некоторых вариантах осуществления, кристаллическая форма (I-HS) характеризуется наличием пиков дифракции XRPD (2θ градусов) при 10,7±0,2, 18,4±0,2, 19,2±0,2, 20,2±0,2, 20,7±0,2, 21,5±0,2, 23,1±0,2 и 24,0±0,2. В некоторых вариантах осуществления, кристаллическая форма (I-HS) характеризуется наличием пиков дифракции XRPD (2θ градусов) при 10,7±0,2, 15,3±0,2, 16,5±0,2, 18,4±0,2, 19,2±0,2, 19,9±0,2, 20,2±0,2, 20,7±0,2, 21,5±0,2, 22,1±0,2, 23,1±0,2, 24,0±0,2. 24,4±0,2, 25,6±0,2, 26,5±0,2, 27,6±0,2, 28,2±0,2, 28,7±0,2, 30,8±0,2 и 38,5±0,2.

В некоторых вариантах осуществления, для кристаллической формы показано возникновение при максимум от приблизительно 193 до приблизительно 205° Цельсия, как измерено посредством дифференциальной сканирующей калориметрии. В некоторых вариантах осуществления, для кристаллической формы (I-HS) показана теплота плавления приблизительно 2,415 мВт, как измерено посредством дифференциальной сканирующей калориметрии.

В некоторых вариантах осуществления, ингибитор Trk выбран из группы, состоящей из: сульфата (S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[l,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида; (R)-N-циклопропил-5-(2-(5-фторпиридин-3-ил)пирролидин-1-ил)пиразоло[l,5-a]пиримидин-3-карбоксамида; (6R,13S)-9-фтор-13-метил-2,11,15,19,20,23-гексаазапентацикло[15.5.2.17,11.02,6.020,24]пентакоза-1(23),7,9, 17(24),18,21-гексен-16,25-диона; и (6R)-9-фтор-15-метил-2,11,16,20,21,24-гексаазапентацикло [16.5.2.02,6.07,12.021,25]пентакоза-1(24),7,9,11,18(25),19,22-гептен-17-она.

Неограничивающие примеры ингибиторов Trk описаны в Патенте США No. 8513263 и Международной публикации No. WO 2010/048314, полное содержание обоих из которых приведено в настоящем описании в качестве ссылки, и включают соединение формулы I:

I

или его фармацевтически приемлемую соль, где:

R¹ представляет собой H или (1-6C алкил);

R² представляет собой NR^bR^c, (1-4C)алкил, (1-4C)фторалкил, CF₃, (1-4C)гидроксиалкил, -(1-4C алкил)hetAr¹, -(1-4C алкил)NH₂, -(1-4C алкил)NH(1-4C алкил), -(1-4C алкил)N(1-4C алкил)₂, hetAr², hetCyc¹, hetCyc², фенил, который, необязательно, является замещенным NHSO₂(1-4C алкилом), или (3-6C)^ециклоалкил, который, необязательно, является замещенным (1-4C алкилом), CN, OH, OMe, NH₂, NHMe, N(CH₃)₂, F, CF₃, CO₂(1-4C алкилом), CO₂H, C(=O)NR^eR^f или C(=O)OR^g;

R^b представляет собой H или (1-6C алкил);

R^c представляет собой H, (1-4C)алкил, (1-4C)гидроксиалкил, hetAr³, или фенил, где указанный фенил, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена, CN, CF₃ и -O(1-4C алкила),

или NR^bR^c формирует 4-членное гетероциклическое кольцо, имеющее в кольце атом азота, где указанное гетероциклическое кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена, OH, (1-4C алкила), (1-4 C)алкокси, -OC(=O)(1-4C алкила), NH₂, -NHC(=O)O(1-4C алкила) и (1-4C)гидроксиалкила,

или NR^bR^c формирует 5-6-членное гетероциклическое кольцо, имеющее в кольце гетероатом, который является азотом, и необязательно, имеющее в кольце второй гетероатом или группу, выбранные из N, O и SO₂, где гетероциклическое кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из OH, галогена, CF₃, (1-4C)алкила, CO₂(1-4C алкила), CO₂H, NH₂, NHC(=O)O(1-4C алкила) и оксо,

или NR^bR^c формирует 7-8-членное гетероциклическое кольцо с мостиком, имеющее в кольце атом азота, и необязательно имеющее в кольце второй гетероатом, выбранный из N и O, где указанное кольцо, необязательно, является замещеннным CO₂(1-4C алкилом);

hetAr¹ представляет собой 5-членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце 1-3 атома азота;

hetAr² представляет собой 5-6 членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце по меньшей мере один атом азота и необязательно, имеющее в кольце второй гетероатом, независимо выбранный из N и S, где указанное гетероарильное кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из (1-4C алкила), галогена, -(1-4 C)алкокси и NH(1-4C алкила);

hetCyc¹ представляет собой присоединенное по атому углерода 4-6-членное азациклическое кольцо, необязательно, замещенное одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из (1-4C алкила) и CO₂(1-4C алкила);

hetCyc² представляет собой пиридиноновое или пиридазиноновое кольцо, которое, необязательно, является замещенным заместителем, выбранным из (1-4C)алкила;

hetAr³ представляет собой 5-6 членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце 1-2 гетероатома, независимо выбранных из N и O, и необязательно замещенное одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из (1-4C)алкила;

R^e представляет собой H или (1-4C)алкил;

R^f представляет собой H, (1-4C)алкил или (3-6C)циклоалкил;

или NR^eR^f формирует 5-6-членное азациклическое кольцо, необязательно, имеющее в кольце дополнительный гетероатом, выбранный из N и O, где азациклическое кольцо, необязательно, является замещенным OH;

R^g представляет собой H или (1-6C)алкил;

Y представляет собой (i) фенил, необязательно замещенный одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галоген, (1-4C)алкокси, CF₃ и CHF₂, или (ii) 5-6 членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце гетероатом, выбранный из N и S, где указанное гетероарильное кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими атомами галогена;

X отсутствует, представляет собой -CH₂-, -CH₂CH₂-, -CH₂O- или -CH₂NR^d-;

R^d представляет собой H или (1-4C алкил);

R³ представляет собой H или (1-4C алкил);

каждый из R⁴ независимо выбран из галогена, (1-4C)алкила, OH, (1-4C)алкокси, NH₂, NH(1-4C алкила) и CH₂OH; и

n представляет собой 0, 1, 2, 3, 4, 5 или 6.

Например, ингибитор Trk может включать одно или несколько соединений, выбранных из группы, состоящей из:

(R)-N-(5-(2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксиазетидин-1-карбоксамида;

N-(5-(2-(3-фторфенил)-2-метилпирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксиазетидин-1-карбоксамида;

(R)-1-(5-(2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-фенилмочевины;

(R)-N-(5-(2-(2-(дифторметил)-5-фторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксиазетидин-1-карбоксамида;

(R)-N-(5-(2-(3-фторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-1-метил-6-оксо-1,6-дигидропиридазин-3-карбоксамида;

(S)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида;

(3R,4R)-N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3,4-дигидроксипирролидин-1-карбоксамида;

(S)-N-(5-((R)-2-(2-хлор-5-фторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-метилпиперазин-1-карбоксамида;

(R)-N-(5-(2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидрокси-3-метилазетидин-1-карбоксамида;

(R)-N-(5-(2-(3-фторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксиазетидин-1-карбоксамида; и

(R)-1-(4-хлорфенил)-3-(5-(2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-ил)мочевины,

или его фармацевтически приемлемую соль.

Дополнительными примерами ингибиторов Trk являются замещенные пиразоло[1,5-a]пиримидиновые соединения, описанные в Патенте США No. 8791123 и Международной публикации No. WO 2011/006074, полное содержание обоих из которых приведено в настоящем описании в качестве ссылки. Например, ингибиторы Trk, представляющие собой замещенные пиразоло[1,5-a]пиримидиновые соединения, могут иметь общую формулу II:

II

или представлять собой ее соль, где:

R^l представляет собой H или (1-6C алкил);

R² представляет собой H, (1-6C)алкил, -(1-6C)фторалкил, -(1-6C)дифторалкил, -(1-6C)трифторалкил, -(1-6C)хлоралкил, -(2-6C)хлорфторалкил, -(2-6C)дифторхлоралкил, -(2-6C)хлоргидроксиалкил, -(1-6C)гидроксиалкил, -(2-6C)дигидроксиалкил, -(1-6C алкил)CN, -(1-6C алкил)SO₂NH₂, -(1-6C алкил)NHSO₂(1-3C алкил), -(1-6C алкил)NH₂, -(1-6C алкил)NH(1-4C алкил), -(1-6C алкил)N(1-4C алкил)₂, -(1-6C алкил)NHC(=O)O(1-4C алкил), -(1-6C алкил)hetCyc^l, -(1-6C алкил)hetAr^l, hetAr², hetCyc², -O(1-6C алкил), необязательно, являющийся замещенным галогеном, OH или (1-4C)алкокси, -O(3-6C циклоалкил), Cyc^l, -(1-6C алкил)(3-6C циклоалкил), -(1-6C алкил)(1-4C алкокси), -(1-6C гидроксиалкил)(1-4C алкокси), 7-членное циклоалкильное кольцо с мостиком, необязательно, замещенное (1-6C)гидроксиалкилом, или 7-8-членное гетероциклическое кольцо с мостиком, имеющее в кольце 1-2 атома азота;

или NR^lR² формирует 4-6-членное азациклическое кольцо, необязательно, замещенное одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из (1-6C)алкила, OH, CO₂H, (1-3C алкил)CO₂H, -O(1-6C алкила) и (1-6C)гидроксиалкила;

hetCyc^l представляет собой 5-6-членное гетероциклическое кольцо, имеющее в кольце 1-2 гетероатома, независимо выбранных из N и O, где hetCyc^l, необязательно, является замещенным оксо, OH, галогеном или (1-6C)алкилом;

hetCyc² представляет собой 6-членное присоединенное по атому углерода гетероциклическое кольцо, имеющее в кольце 1-2 гетероатома, независимо выбранных из N и O, где hetCyc², необязательно, является замещенным F, SO₂NH₂, SO₂(1-3C алкилом), или галогеном;

hetAr^l представляет собой 5-членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце 1-2 гетероатома, независимо выбранных из N и O, и необязательно, замещенное (1-4C)алкилом;

hetAr² представляет собой 5-6-членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце 1-2 атома азота и, необязательно, замещенное одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из (1-4C)алкила, (3-6C)циклоалкила, галогена и OH;

Cyc^l представляет собой 3-6-членное циклоалкильное кольцо, которое, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из -(1-4C алкила), -OH, -OMe, -CO₂H, -(1-4C алкила)OH, галогена и CF₃;

Y представляет собой (i) фенил, необязательно, замещенный одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена, (1-4C)алкокси, -CF₃, -CHF₂, -O(1-4C алкил)hetCyc³, -(1-4C алкил)hetCyc³, -O(1-4C алкил)O(1-3C алкила) и -O(3-6C дигидроксиалкила), или (ii) 5-6-членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце гетероатом, выбранный из N и S, где гетероарильное кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена, -O(1-4C алкила), (1-4C)алкила и NH₂, или (iii) пирид-2-он-3-ильное кольцо, необязательно, замещенное одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена и (1-4C)алкила;

hetCyc³ представляет собой 5-6-членное гетероциклическое кольцо, имеющее в кольце 1-2 гетероатома, независимо выбранных из N и O и необязательно, замещенное (1-6C)алкилом;

X представляет собой -CH₂-, -CH₂CH₂-, -CH₂O-, или -CH₂NR^d-;

R^d представляет собой H или -(1-4C алкил);

R³ представляет собой H или -(1-4C алкил);

каждый из R⁴ независимо выбран из галогена, -(1-4C)алкила, -OH, -(1-4C)алкокси, -NH2, -NH(1-4C алкила) и -CH₂OH; и

n представляет собой 0, 1, 2, 3, 4, 5 или 6.

Например, ингибитор Trk может включать одно или несколько соединений, выбранных из группы, состоящей из:

(R)-5-(2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)-N-(пиридин-2-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-карбоксамида;

(R)-5-(2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)-N-(2-морфолиноэтил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-карбоксамида;

N-((2S)-бицикло[2,2,1]гептан-2-ил)-5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-карбоксамида;

(R)-5-(2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)-N-(2-(2-оксоимидазолидин-1-ил)этил)пиразол[1,5-a]пиримидин-3-карбоксамида;

5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)-N-((R)-2,3-дигидроксипропил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-карбоксамида;

(R)-N-циклопропил-5-(2-(5-фторпиридин-3-ил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-карбоксамида;

(R)-N-трет-бутил-5-(2-(5-фторпиридин-3-ил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-карбоксамида;

(R)-5-(2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-карбоксамида;

(R)-5-(2-(5-фторпиридин-3-ил)пирролидин-1-ил)-N-(1-метилциклобутил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-карбоксамида; и

5-((R)-2-(5-фторпиридин-3-ил)пирролидин-1-ил)-N-((S)-1,1,1-трифторпропан-2-ил)пиразоло[1,5-a]пиримидин-3-карбоксамида;

или их фармацевтически приемлемых солей.

Дополнительными примерами ингибиторов Trk являются макроциклические соединения, описанные в Патенте США No. 8933084 и Международной публикации No. WO 2011/146336, полное содержание каждого из которых приведено в настоящем описании в качестве ссылки. Например, ингибиторы Trk, представляющие собой макроциклические соединения, могут иметь общую формулу III:

III,

или представлять собой ее фармацевтически приемлемую соль, где:

кольцо A выбрано из колец A-I, A-2 и A-3, имеющих структуры:

, где волнистая линия, отмеченная 1, показывает точку присоединения кольца A к кольцу B, и волнистая линия, отмеченная 2, показывает точку присоединения кольца A к W;

X представляет собой N или CH;

Y представляет собой H или F;

R^l представляет собой H, (1-3C)алкокси или галоген;

кольцо B выбрано из колец B-1 и B-2, имеющих структуры:

, где волнистая линия, отмеченная 3, показывает точку присоединения к кольцу A и волнистая линия, отмеченная 4 показывает точку присоединения к пиразоло[1,5-a]пиримидиновому кольцу из формулы III;

W представляет собой O, NH или CH₂, где, когда кольцо A представляет собой A-2, тогда W представляет собой CH₂;

m представляет собой 0, 1 или 2;

D представляет собой углерод, R² и R^2a независимо представляют собой H, F, (1-3 C)алкил или OH (при условии, что R² и R^2a оба не представляют собой OH), и R³ и R^3a независимо представляют собой H, (1-3 C)алкил или гидрокси(1-3 C)алкил, или

D представляет собой углерод или азот, R² и R³ отсутствуют, и R^2a и R^3a вместе с атомами, к которым они присоединены, формируют 5-6 членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце 1-2 гетероатома;

Z представляет собой *-NR^4aC(=O)-, *-ONHC(=O)-, *-NR^4bCH₂- или *-OC(=O)-, где звездочка показывает точку присоединения Z к атому углерода, несущему R³;

R^4a представляет собой H, (1-6C)алкил, фтор(1-6C)алкил, дифтор(1-6C)алкил, трифтор(1-6C)алкил, гидрокси(1-6C алкил) или дигидрокси(2-6C алкил);

R^4b представляет собой H, (1-6C)алкил, фтор(1-6C)алкил, дифтор(1-6C)алкил, трифтор(1-6C)алкил, гидрокси(1-6C алкил), дигидрокси(2-6C алкил), (1-6C алкил)C(O)-, (3-6C циклоалкил)C(O)-, Ar¹C(O)-, HOCH₂C(O)-, (1-6C алкил)сульфонил, (3-6C циклоалкил)сульфонил, Ar²(SO₂)-, HO₂CCH₂- или (1-6C алкил)NH(CO)-;

Ar^l представляет собой фенил, необязательно, замещенный одним или несколькими заместителями независимо выбранными из галогена, (1-6C)алкила и (1-6C)алкокси;

Ar² представляет собой фенил, необязательно, замещенный одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена, (1-6C)алкила и (1-6C)алкокси; и

R⁵ и R⁶ независимо представляют собой H, галоген, OH, (1-6C)алкил или гидрокси(1-6C)алкил.

Например, ингибитор Trk может включать одно или несколько соединений, выбранных из группы, состоящей из:

(6R)-9-фтор-13-окса-2,11,17,21,22,25-гексаазапентацикло[17.5.2.0^2,6.0^7,12.0^22,26]гексакоза-1(25),7,9,11,19(26),20,23-гептен-18-она;

(6R)-9-фтор-15-гидрокси-13-окса-2,11,17,21,22,25-гексаазапентацикло[17.5.2.0^2,6.0^7,12.0^22,26]гексакоза-1(25),7,9,11,19(26),20,23-гептен-18-она;

(6R,15R)-9-фтор-15-гидрокси-13-окса-2,11,17,21,22,25-гексаазапентацикло-[17.5.2.0^2,6.0^7,12.0^22,26]гексакоза-1(25),7,9,11,19(26),20,23-гептен-18-она;

(6R)-9-фтор-13-окса-2,11,16,20,21,24-гексаазапентацикло[16.5.2.0^2,6.0^7,12.0^21,25]пентакоза-1(24),7, 9,11,18(25),19,22-гептен-17-она;

(6R)-9-фтор-13-окса-2,11,18,22,23,26-гексаазапентацикло[18.5.2.0^2,6.0^7,12.0^23,27]гептакоза-1(26),7,9,11,20(27),21,24-гептен-19-она;

(6R,13S)-9-фтор-13-метил-2,11,15,19,20,23-гексаазапентацикло [15.5.2.1^7,11.0^2,6.0^20,24]пентакоза-1(23),7,9,17(24),18,21-гексен-16,25-диона;

(6R)-9-фтор-2,11,13,16,20,21,24-гептаазапентацикло[16.5.2.0^2,6.0^7,12.0^21,25]пентакоза-1(24),7,9,11,18(25),19,22-гептен-17-она;

(6R)-9-фтор-2,11,13,17,21,22,25-гептаазапентацикло[17.5.2.0^2,6.0^7,12.0^22,26]гексакоза-1(25),7,9,11,19(26),20,23-гептен-18-она;

(6R)-9-фтор-17-метил-13-окса-2,11,17,21,22,25-гексаазапентацикло[17.5.2.0^2,6,0^7,12,0^22,26]гексакоза-1(25),7,9,11,19(26),20,23-гептен-18-она;

(6R)-9,15,15-трифтор-13-окса-2,11,17,21,22,25-гексаазапентацикло[17.5.2.0^2,6.0^7,12.0^22,26]гексакоза-1(25),7,9,11,19(26),20,23-гептен-18-она;

(6R)-9-фтор-2,11,16,20,21,24-гексаазапентацикло[16.5.2.0^2,6.0^7,12.0^21,25]пентакоза-1(24),7,9,11,18(25),19,22-гептен-17-она;

(6R)-9-фтор-15-метил-2,11,16,20,21,24-гексаазапентацикло[16.5.2.0^2,6.0^7,12.0^21,25]пентакоза-1(24),7,9,11,18(25),19,22-гептен-17-она;

(6R)-9-фтор-(15R)-метил-2,11,16,20,21,24-гексаазапентацикло[16.5.2.0^2,6.0^7,12.0^21,25]пентакоза-1(24),7,9,11,18(25),19,22-гептен-17-она;

(6R)-9-фтор-15-метил-2,11,16,20,21,24-гексаазапентацикло[16.5.2.0^2,6.0^7,12.0^21,25]пентакоза-1(24),7,9,11,18(25),19,22-гептен-17-она;

(6R)-9-фтор-15,15-диметил-13-окса-2,11,17,21,22,25-гексаазапентацикло[17.5.2.0^2,6.0^7,12.0^22,26]гексакоза-1(25),7,9,11,19(26),20,23-гептен-18-она; и

(6R)-9-фтор-15,15-диметил-2,11,16,20,21,24-гексаазапентацикло[16.5.2.0^2,6.0^7,12.0^21,25]пентакоза-1(24),7,9,11,18(25),19,22-гептен-17-она;

или их фармацевтически приемлемых солей.

Дополнительными примерами ингибиторов Trk являются замещенные имидазо[1,2-b]пиридазиновые соединения, описанные в Патенте США No. 8450322 и Международной публикации No. WO 2010/033941, полное содержание обоих из которых приведено в настоящем описании в качестве ссылки. Например, ингибиторы Trk, представляющие собой замещенн имидазо[1,2B]пиридазиновые соединения, могут иметь общую формулу IV:

IV

или представлять собой ее фармацевтически приемлемую соль, где:

R^l представляет собой H или (1-6C алкил);

R² представляет собой NR^bR^c, (1-4C)алкил, (1-4C)фторалкил, CF3, (1-4C)гидроксиалкил, -(1-4C алкил)hetAr^l, -(1-4C алкил)NH(1-4C алкил), hetAr², hetCyc¹, hetCyc², фенил, который является, необязательно, замещенным NHSO₂(1-4C алкилом), или (3-6C)циклоалкил, который является, необязательно, замещенным (1-4C алкилом), CN, OH, CF3, CO₂(1-4C алкилом) или CO₂H;

R^b представляет собой H или (1-6C алкил);

R^c представляет собой H, (1-4C)алкил, (1-4C)гидроксиалкил, hetAr³ или фенил, где указанный фенил, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена, CN, CF3 и -O(1-4C алкила),

или NR^bR^c формирует 4-членное гетероциклическое кольцо, имеющее в кольце атом азота, где указанное гетероциклическое кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена, OH, (1-4C алкила), (1-4 C)алкокси, -OC(=O)(1-4C алкил), NH₂, -NHC(=O)O(1-4C алкила) и (1-4C)гидроксиалкила,

или NR^bR^c формирует 5-6-членное гетероциклическое кольцо, имеющее в кольце гетероатом, представляющий собой азот, и необязательно, имеющее в кольце второй гетероатом или группу, выбранные из N, O и SO₂, где гетероциклическое кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из OH, галогена, CF3, (1-4C)алкил, CO₂(1-4C алкила), CO₂H, NH₂, NHC(=O)O(1-4C алкила) и оксо,

или NR^bR^c формирует 7-8-членное гетероциклическое кольцо с мостиком, имеющее в кольце 1-2 атома азота, и необязательно, замещенного CO₂(1-4C алкилом);

hetAr^l представляет собой 5-членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце 1-3 атома азота;

hetAr² представляет собой 5-6 членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце по меньшей мере один атом азота и

необязательно, имеющее в кольце второй гетероатом, независимо выбранный из N и S,

где указанное гетероарильное кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из (1-4C алкила), галогена, -(1-4 C)алкокси и NH(1-4C алкила);

hetCyc¹ представляет собой присоединенное по атому углерода 4-6-членное азациклическое кольцо, необязательно, замещенное одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из (1-4C алкила), CO₂H и CO₂(1-4C алкила);

hetCyc² представляет собой пиридиноновое или пиридазиноновое кольцо, замещенное заместителем, выбранным из (1-4C)алкила;

hetAr³ представляет собой 5-6-членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце 1-2 гетероатома, независимо выбранных из N и O, и необязательно, замещенное одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из (1-4C)алкила;

Y представляет собой фенильное кольцо, необязательно, замещенное одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена, (1-4C)алкокси, CF₃ и CHF₂, или 5-6-членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце гетероатом, выбранный из N и S;

X отсутствует, представляет собой -CH₂-, -CH₂CH₂-, -CH₂O-, или -CH₂NR^d- ;

R^d представляет собой H или (1-4C алкил);

R³ представляет собой H или (1-4C алкил);

каждый из R⁴ независимо выбран из галогена, (1-4C)алкила, OH, (1-4 C)алкокси, NH₂, NH(1-4C алкила) и CH₂OH; и

n представляет собой 0, 1, 2, 3, 4, 5 или 6.

Дополнительными примерами ингибиторов Trk являются замещенные пиразоло[1,5-a]пиримидиновые соединения, описанные в WO 10/048314, полное содержание которой приведено в настоящем описании в качестве ссылки. Например, ингибиторы Trk, представляющие собой замещенные пиразоло[1,5-a]пиримидиновые соединения, могут иметь общую формулу V:

V

или представлять собой ее фармацевтически приемлемую соль, где:

R^l представляет собой H или (1-6C алкил);

R² представляет собой NR^bR^c, (1-4C)алкил, (1-4C)фторалкил, CF₃, (1-4C)гидроксиалкил, -(1-4C алкил)hetAr^l, -(1-4C алкил)NH₂, -(1-4C алкил)NH(1-4C алкил), -(1-4C алкил)N(1-4C алкил)₂, hetAr², hetCyc¹, hetCyc², фенил, который, необязательно, является замещенным NHSO₂(1-4C алкилом), или (3-6C)циклоалкил, который, необязательно, является замещенным (1-4C алкилом), CN, OH, OMe, NH₂, NHMe, N(CH₃)₂, F, CF₃, CO₂(1-4C алкилом), CO₂H, C(=O)NR^eR^f или C(=O)OR^g;

R^b представляет собой H или (1-6C алкил);

R^c представляет собой H, (1-4C)алкил, (1-4C)гидроксиалкил, hetAr³ или фенил, где указанный фенил, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена, CN, CF₃ и -O(1-4C алкила),

или NR^bR^c формирует 4-членное гетероциклическое кольцо, имеющее в кольце атом азота, где указанное гетероциклическое кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена, OH, (1-4C алкила), (1-4 C)алкокси, -OC(=O)(1-4C алкила), NH₂, -NHC(=O)O(1-4C алкила) и (1-4C)гидроксиалкила,

или NR^bR^c формирует 5-6-членное гетероциклическое кольцо, имеющее в кольце гетероатом, который является азотом, и необязательно, имеющее в кольце второй гетероатом или группу, выбранные из N, O и SO₂, где гетероциклическое кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из OH, галогена, CF₃, (1-4C)алкила, CO₂(1-4C алкила), CO₂H, NH₂, NHC(=O)O(1-4C алкила) и оксо,

или NR^bR^c формирует 7-8-членное гетероциклическое кольцо с мостиком, имеющее в кольце атом азота, и необязательно, имеющее в кольце второй гетероатом, выбранный из N и O, где кольцо, необязательно, является замещенным CO₂(1-4C алкилом);

hetAr^l представляет собой 5-членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце 1-3 атома азота;

hetAr² представляет собой 5-6 членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце по меньшей мере один атом азота и необязательно, имеющее в кольце второй гетероатом, независимо выбранный из N и S, где указанное гетероарильное кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из (1-4C алкила), галогена, -(1-4 C)алкокси и NH(1-4C алкила);

hetCyc^l представляет собой присоединенное по атому углерода 4-6-членное азациклическое кольцо, необязательно, замещенное одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из (1-4C алкила) и CO₂(1-4C алкила);

hetCyc² представляет собой пиридиноновое или пиридазиноновое кольцо, которое, необязательно, является замещенным заместителем, выбранным из (1-4C)алкила;

hetAr³ представляет собой 5-6 членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце 1-2 гетероатома, независимо выбранных из N и O, и необязательно, замещенное одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из (1-4C)алкила;

R^e представляет собой H или (1-4C)алкил;

R^f представляет собой H, (1-4C)алкил или (3-6C)циклоалкил;

или NR^eR^f формирует 4-6-членное азациклическое кольцо, необязательно, имеющее в кольце дополнительный гетероатом, выбранный из N и O, где азациклическое кольцо, необязательно, является замещенным OH;

R^g представляет собой H или (1-6C)алкил;

Y представляет собой (i) фенил, необязательно замещенный одним или несколькими заместителями, независимо выбранными из галогена, (1-4C)алкокси, CF₃ и CHF₂, или (ii) 5-6-членное гетероарильное кольцо, имеющее в кольце гетероатом, выбранный из N и S, где указанное гетероарильное кольцо, необязательно, является замещенным одним или несколькими атомами галогена;

X отсутствует, представляет собой -CH₂-, -CH₂CH₂-, -CH₂O-, или -CH₂NR^d-;

R^d представляет собой H или (1-4C алкил);

R³ представляет собой H или (1-4C алкил);

каждый из R⁴ независимо выбран из галогена, (1-4C)алкила, OH, (1-4 C)алкокси, NH₂, NH(1-4C алкил) и CH₂OH; и