ДРОЖЖЕВАЯ ИММУНОТЕРАПИЯ ХОРДОМЫ Российский патент 2019 года по МПК A61K39/00 A61K36/06 A61K38/16 A61P35/00 

ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА НА РОДСТВЕННЫЕ ЗАЯВКИ

В соответствии с § 119(e) раздела 35 Кодекса США (35 U.S.C.) по настоящей заявке испрашивается приоритет на основании предварительной патентной заявки США с порядковым номером 61/803332, поданной 19 марта 2013 г. Полное содержание предварительной патентной заявки США с порядковым номером 61/803332, поданной 19 марта 2013 г., включено в настоящий документ посредством ссылки.

ПРАВА ПРАВИТЕЛЬСТВА

Данное изобретение было осуществлено в рамках соглашения о совместных научных исследованиях и разработках с Национальным институтом здоровья агентства Министерства здравоохранения и социальных служб. Правительство имеет определенные права на данное изобретение.

ЗАЯВЛЕНИЕ ПО ПОВОДУ СОГЛАШЕНИЯ О СОВМЕСТНЫХ ИССЛЕДОВАНИЯХ

Данное изобретение было осуществлено сторонами или от имени сторон, подписавших Соглашение о совместных научных исследованиях и разработках, заключенное 8 мая 2008 г. Сторонами, подписавшими Соглашение о совместных научных исследованиях и разработках, являлись: GlobeImmune, Inc. и Министерство здравоохранения и социальных служб США, представителем которого являлся Национальный онкологический институт, институт, центр или подразделение Национальных институтов здоровья.

ССЫЛКА НА СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

Данная заявка содержит список последовательностей, предоставленных в электронном виде в текстовом файле через EFS-Web. Текстовый файл, озаглавленный «7797-2-PCT_ST25», имеет размер в байтах 76 Кб и был зарегистрирован 14 марта 2014 г. Информация, содержащаяся в текстовом файле, включена в настоящий документ посредством ссылки в полном объеме в соответствии с 37 CFR § 1.52(e)(5).

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Настоящее изобретение, в целом, относится к иммунотерапевтическим композициям на основе дрожжей и способам предотвращения и/или лечения хордомы.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Хордома является редкой формой рака костей, в первую очередь позвоночника, возникающей из эмбриональных остатков хорды, которая является агрессивной, локально инвазивной и имеет неблагоприятный прогноз (Chugh et al., 2007, The Oncologist 12: 1344-1350). Она возникает чаще у мужчин, чем у женщин (60% против 40%), со средним возрастом на момент постановки диагноза 59 лет, как правило, с постепенным увеличением заболеваемости с возрастом (McMaster et al., 2001, Cancer Causes Control 12: 1-11). Несмотря на часто искаженные литературные данные о тенденции возникновения опухоли в крестцово-копчиковой области, наиболее полный популяционный анализ 400 случаев из базы данных SEER свидетельствует о том, что хордомы почти с равной частотой возникают в крестцовой области (29,2%), основании черепа (32%) и подвижной части позвоночника (32,8%) (McMaster et al., там же; Walcott et al. (2012) Lancet Oncol 13: e69-76). В данном исследовании средняя общая выживаемость составляла 6,29 лет, с количеством случаев 5-летней, 10-летней и 20-летней выживаемости, резко сокращающимся до 68%, 40% и 13%, соответственно, независимо от расы и половой принадлежности (McMaster et al., выше). Тем не менее, важно отметить, что авторы установили, что пациенты, диагностированные и получавшие лечение позже в 22-летнем исследовании, имели значительно улучшенные показатели выживаемости, и предположили, что это явилось результатом более совершенных хирургических и радиационных методов. Четыре более поздних исследования (меньшего масштаба) подтвердили эту гипотезу, при этом в общей сложности 230 субъектов имели показатели 5-летней и 10-летней общей выживаемости, соответствующие 82% и 57% (Ferraresi et al. (2010), BMC Cancer 10: 22. (Таблица 4); Stacchiotti et al. (2010), Ann Surg Oncol 17(1): 211-9).

Частота заболеваемости хордомой в Соединенных Штатах составляет 0,08 на 100000 населения, что соответствует примерно 250 новым случаям заболевания в США ежегодно (McMaster et al., выше; U.S. Census Bureau estimate of U.S. population (315091138), по состоянию на 1 января 2013 года). Частота заболеваемости в Европе-27 (ЕС) аналогична таковой для США, что соответствует примерно 400 новым случаям заболевания в ЕС ежегодно (Chordoma Foundation website, 2013; European Commission EuroStat database EU-27 population as of January 1, 2012 (503700000)). При средней общей выживаемости примерно 10 лет, распространенность хордомы составляет примерно 8 случаев на миллион населения, или примерно 2500 случаев в США и 4000 в ЕС. Частота заболеваемости и распространенность хордомы в других регионах неизвестна.

Хордомы являются неактивными, медленно растущими опухолями, вследствие этого, они часто клинически не проявляются до поздних стадий заболевания. Хордомы, как правило, являются не метастатическими опухолями в момент проявления, лишь в 5% случаев наблюдаются метастазы в легких, костях, коже и мозге в момент начального проявления. Судя по всему, на выживание пациента меньше влияют отдаленные метастазы, чем местное прогрессирование заболевания. Местное прогрессирование стало наиболее важным прогностическим фактором смертности, и степень начальной резекции стала наиболее важным фактором для возможности излечения (Walcott et al., выше).

Агрессивная хирургическая резекция с акцентом на сохранение неврологической функции, с последующей адъювантной лучевой терапией является стандартом лечения для этого заболевания. Агрессивная резекция единым блоком с широкими хирургическими краями позволяет значительно улучшить местный контроль над рецидивом заболевания (Hsieh et al. (2009), Spine 34: 2233-39; Stacchiotti et al., выше; Tzortzidis et al. (2006), Neurosurgery 59(2): 230-7). Однако комплексное удаление опухоли само по себе не является удовлетворительной целью лечения; сохранение неврологической функции и качества жизни пациента также должно являться приоритетом при оценке результатов хирургического вмешательства. Любую опухоль, которая остается после операции, особенно небольшого объема, подвергают лучевой терапии. В настоящее время полная резекция осуществима в ~50% случаев хордом крестцовой области, с гораздо меньшим числом случаев для позвоночной хордомы и хордомы основания черепа (Walcott et al., выше). При том, что доказано, что применяемая самостоятельно лучевая терапия является неэффективной, по-видимому, существует общее мнение, что адронная (не фотонная) адъювантная лучевая терапия имеет дополнительное преимущество по сравнению с одним лишь хирургическим вмешательством, с показателем 5-летнего местного контроля над заболеванием, составляющим 50-60% (Walcott et al., выше).

Хордомы, как правило, нечувствительны к общепринятым химиотерапевтическим средствам, как и ожидалось, учитывая их медленный рост (Azzarelli et al. (1988), J Surg Oncol 37(3): 185-91). Однако результаты ограниченного числа описанных случаев указывают на то, что дедифференцированная хордома может быть чувствительной к агрессивной химиотерапии (Fleming et al. (1993), Cancer 72: 714-18). Молекулярное профилирование хордом выявило, что эти опухоли избыточно экспрессируют рецепторы PDGF A и B, а также рецепторы KIT. В результате, несколько ингибиторов тирозинкиназы, таких как иматиниб и сунитиниб, были протестированы у пациентов с хордомой. На сегодняшний день, наилучшие результаты были получены при использовании сунитиниба, когда у 44% пациентов с хордомой (4/9) заболевание было стабильным в течение 16 недель (Merriam et al. (2009), J Clin Oncol 27: 3154-60).

Точная диагностика опухолей в позвоночнике и в основании черепа очень важна. Брахиурия стала отличительным биомаркером для хордомы. В сочетании с окрашиванием цитокератина, чувствительность и специфичность обнаружения хордом составляет 98% и 100%, соответственно (Oakley et al. (2008), Mod Path 21, 1461-1469). Брахиурия, также известная как «T», является мезодермальным фактором транскрипции и членом комплекса генов T-бокса, который играет роль в раннем развитии, а также в образовании и дифференциации задней мезодермы и аксиальном развитии у позвоночных (смотри, например, Wilkinson et al., 1990, Nature 343(6259): 657-659), Beddington et al., 1992, Development (Suppl.): 157-165, Schulte-Merker et al., 1994, Development 120: 1009-1015, Kispert и Herrmann, 1994, Dev. Biol. 161: 179-193, Showell et al., 2004, Dev Dyn 229: 201-218). В последнее время Palena с соавторами продемонстрировали, что брахиурия экспрессируется в различных опухолевых тканях и линиях раковых клеток человека (Palena et al., 2007, Clin. Cancer Res. 13(8): 2471-2478). Исследования Fernando с соавторами показали, что брахиурия стимулирует эпителиально-мезенхимальный переход (EMT) в опухолевых клетках человека, придавая опухолевым клеткам мезенхимальный фенотип, а также миграционные и инвазивные способности, в то же время уменьшая прогрессирование цикла опухолевых клеток (Fernando et al., 2010, J. Clin. Invest. 120(2): 533-544). Соответственно, брахиурия вовлечена в метастатическое прогрессирование рака. Однако в случае хордомы брахиурия, судя по всему, вовлечена в большей степени на всех стадиях заболевания. У пациентов с семейной и спорадической хордомой исследования выявили общую дупликацию генов брахиурии (Yang et al., Nat Genet 2009; 41: 1176-78).

Несмотря на все усилия на начальной стадии лечения, большинство хордом рецидивируют или прогрессируют. Хотя многие пациенты предпочитают подвергаться сложным повторным операциям, несмотря на высокую степень осложнений во всех участках лезий, существует очень мало сообщений о протоколах и результатах лечения для рецидивирующих лезий. Предыдущее лечение путем облучения часто ограничивает возможность для безопасного повторного облучения, а также является причиной большей вероятности осложнений при последующих операциях. Соответственно, в данной области существует потребность в усовершенствованных терапевтических подходах для лечения хордомы. Кроме того, учитывая наличие семейных хордом, в данной области существует потребность в способах предотвращения хордомы или способах задержки начала развития, или улучшения исходов в случае семейной хордомы.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Один вариант осуществления изобретения относится к способу лечения хордомы у индивидуума, имеющего хордому. Способ включает этап введения индивидууму, имеющему хордому, иммунотерапевтической композиции, содержащей: (a) дрожжевой носитель и (b) раковый антиген, включающий по меньшей мере один антиген брахиурии. Другой вариант осуществления изобретения относится к применению иммунотерапевтической композиции, содержащей дрожжевой носитель и раковый антиген, включающий по меньшей мере один антиген брахиурии, для лечения хордомы у индивидуума, имеющего хордому. Другой вариант осуществления изобретения относится к применению иммунотерапевтической композиции, содержащей дрожжевой носитель и раковый антиген, включающий по меньшей мере один антиген брахиурии, для предотвращения или задержки начала развития хордомы.

В одном аспекте этих вариантов осуществления изобретения индивидуум является индивидуумом, имеющим неоперабельную, локально рецидивирующую лезию. В одном аспекте локальный рецидив лезии происходит за 3-9 месяцев до введения иммунотерапевтической композиции. В одном аспекте индивидуум является индивидуумом, имеющим олигометастатическое заболевание. В другом аспекте индивидуум является индивидуумом, имеющим первый рецидив неоперабельной лезии или операбельную лезию. В другом аспекте индивидуум является индивидуумом, имеющим метастатическое заболевание.

В любом из вышеуказанных аспектов индивидуум получает или получал другую противораковую терапию. В любом из вышеуказанных аспектов терапией является лучевая терапия. Лучевую терапию можно применять до введения иммунотерапевтической композиции, одновременно с введением иммунотерапевтической композиции и/или после введения иммунотерапевтической композиции. В любом из вышеуказанных аспектов терапия также может включать резекцию опухоли. В любом из вышеуказанных аспектов терапия также может включать химиотерапию. В любом из вышеуказанных аспектов терапия может включать целевую лекарственную терапию. В одном аспекте лекарственное средство целевой терапии выбирают из ингибиторов тирозинкиназы, ингибиторов EGFR и ингибиторов STAT3. В любом из вышеуказанных аспектов терапия может включать введение одной или более дополнительных иммунотерапевтических композиций. В одном аспекте дополнительная иммунотерапевтическая композиция представляет собой дрожжевой носитель и антиген, отличный от антигена брахиурии. В другом аспекте, дополнительная иммунотерапевтическая композиция представляет собой дрожжевой носитель и антиген, выбранный из рецептора эпидермального фактора роста (EGFR), рецептора тромбоцитарного фактора роста (PDGF), рецептора kit, CD24, коллагена типа II и X, фибронектина, матриллина 3 (MATN3), высокомолекулярного ассоциированного с меланомой антигена (HMW-MAA), матриксной металлопротеиназы MMP-9 и MMP-19.

Другой вариант осуществления изобретения относится к способу предотвращения хордомы, задержки начала развития хордомы или улучшения исхода в случае хордомы у индивидуума, который имеет в анамнезе семейную хордому. Способ включает этап введения индивидууму, который имеет в анамнезе семейную хордому, иммунотерапевтической композиции, содержащей: (a) дрожжевой носитель и (b) раковый антиген, включающий по меньшей мере один антиген брахиурии; при этом в момент введения у индивидуума не была диагностирована хордома.

В одном аспекте любого из вариантов осуществления или аспектов изобретения, описанных выше или в других разделах настоящего документа, антиген брахиурии является полноразмерным белком брахиурии человека. В одном аспекте антиген брахиурии не является полноразмерным белком брахиурии. В одном аспекте антиген брахиурии имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 2, или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 2. В одном аспекте антиген брахиурии содержит последовательность от по меньшей мере положения 1 или 2 до положения между положением 255 и C-концом SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 2. В одном аспекте антиген брахиурии содержит последовательность от по меньшей мере положения 1 или 2 до положения между положением 430 и C-концом SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 2. В одном аспекте антиген брахиурии содержит последовательность положений 246-254 в SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 2. В одном аспекте антиген брахиурии содержит SEQ ID NO: 6, положения 2-435 в SEQ ID NO: 6 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 6. В одном аспекте антиген брахиурии содержит SEQ ID NO: 18, положения 2-435 в SEQ ID NO: 18 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 18. В одном аспекте антиген брахиурии содержит SEQ ID NO: 2, положения 2-435 в SEQ ID NO: 2 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 2. В одном аспекте антиген брахиурии содержит SEQ ID NO: 6, положения 2-435 в SEQ ID NO: 6 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична SEQ ID NO: 6. В одном аспекте антиген брахиурии содержит SEQ ID NO: 18, положения 2-435 в SEQ ID NO: 18 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична SEQ ID NO: 18. В одном аспекте антиген брахиурии содержит SEQ ID NO: 2, положения 2-435 в SEQ ID NO: 2 или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 99% идентична SEQ ID NO: 2.

В одном аспекте любого из вариантов осуществления или аспектов изобретения, описанных выше или в другом разделе настоящего документа, раковый антиген представляет собой слитый белок. В одном аспекте слитый белок имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 8, или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 8. В одном аспекте слитый белок имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 20, или аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 20.

В любом из вышеуказанных аспектов любого из вариантов осуществления или аспектов изобретения, описанных выше или в другом разделе настоящего документа, дрожжевой носитель представляет собой целую дрожжевую клетку. В любом из вышеуказанных аспектов целая дрожжевая клетка является убитой. В любом из вышеуказанных аспектов целая дрожжевая клетка инактивирована нагреванием. В любом из вышеуказанных аспектов дрожжевая клетка экспрессирует антиген. В любом из вышеуказанных аспектов дрожжи относятся к роду, выбранному из группы, состоящей из: Saccharomyces, Candida, Cryptococcus, Hansenula, Kluyveromyces, Pichia, Rhodotorula, Schizosaccharomyces и Yarrowia. В одном аспекте дрожжи относятся к роду Saccharomyces. В одном аспекте дрожжи относятся к Saccharomyces cerevisiae.

В любом из вышеуказанных аспектов любого из вариантов осуществления изобретения, описанных выше или в другом разделе настоящего документа, композиция сформулирована в фармацевтически приемлемом эксципиенте, подходящем для введения путем инъекции субъекту. В любом из вышеуказанных аспектов субъекту вводят иммунотерапевтическую композицию в дозе от примерно 0,1 ДЕ до примерно 100 ДЕ. В любом из вышеуказанных аспектов субъекту вводят иммунотерапевтическую композицию в дозе от примерно 10 ДЕ до примерно 80 ДЕ. В любом из вышеуказанных аспектов субъекту вводят иммунотерапевтическую композицию в дозе 2 ДЕ, 40 ДЕ или 80 ДЕ.

В любом из вышеуказанных аспектов любого из вариантов осуществления изобретения, описанных выше или в другом разделе настоящего документа, иммунотерапевтическую композицию вводят еженедельно. В любом из вышеуказанных аспектов иммунотерапевтическую композицию вводят раз в две недели. В любом из вышеуказанных аспектов иммунотерапевтическую композицию вводят ежемесячно. В любом из вышеуказанных аспектов иммунотерапевтическую композицию вводят еженедельно в течение 5 недель, с последующим ежемесячным введением. В любом из вышеуказанных аспектов иммунотерапевтическую композицию вводят с интервалами в две недели в течение 7 курсов лечения, с последующим ежемесячным введением. В любом из вышеуказанных аспектов иммунотерапевтическую композицию вводят в более чем один участок тела индивидуума для достижения одной дозы.

В любом из вышеуказанных аспектов любого из вариантов осуществления изобретения, описанных выше или в другом разделе настоящего документа, иммунотерапевтическую композицию применяют одновременно с другой противораковой терапией, как описано выше или где-либо еще.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖА

На фигуре 1 показано изменение размеров опухоли у отдельных субъектов в расширенном исследовании фазы I, в котором 7 пациентам вводили 40 ДЕ иммунотерапевтической композиции, описанной в настоящем документе, в частности, GI-6301. Шкала по оси x с левой стороны от дня «ноль» отличается от шкалы с правой стороны от дня «ноль».

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Данное изобретение, в целом, относится к дрожжевым иммунотерапевтическим композициям и применению дрожжевых иммунотерапевтических композиций для предотвращения и/или лечения хордомы. Изобретение относится к применению дрожжевой иммунотерапевтической композиции (также называемой дрожжевой иммунотерапией), включая, но не ограничиваясь ими, дрожжевые иммунотерапевтические композиции, содержащие дрожжевой носитель и антигены брахиурии или их иммуногенные домены (также называемые в настоящем документе «иммунотерапией на основе дрожжей-брахиурии» или «иммунотерапевтическими композициями на основе дрожжей-брахиурии»). Дрожжевые иммунотерапевтические композиции с нацеленностью на брахиурию подробно описаны в PCT публикации № WO 2012/125998, опубликованной 30 сентября 2012 г., полное содержание которой включено в настоящий документ посредством ссылки. Авторы изобретения в настоящем документе описывают конкретное применение дрожжевой иммунотерапии, и в одном аспекте изобретения, иммунотерапии на основе дрожжей-брахиурии, для лечения хордомы (например, классической (или обычной), хондроидной или дедифференцированной хордомы) и/или для предотвращения или задержки начала развития хордомы (например, семейной хордомы).

Обычные хордомы являются наиболее распространенным типом хордом. Они характеризуются отсутствием хрящевых или дополнительных мезенхимальных компонентов. Хондроидные хордомы содержат как хордоидные, так и хондроматозные элементы, и, как правило, образуются в клиновидно-затылочной области основания черепа. В 2007 году на этот вариант приходилось 5%-15% всех хордом и до 35% черепных хордом. Дедифференциация или саркоматозная трансформация происходит в 2%-8% случаях хордом (Chugh et al., 2007, The Oncologist 12: 1344-1350). Хондроидные хордомы, как правило, бывают менее агрессивными, чем обычные хордомы, в то время как дедифференцированные хордомы являются более агрессивными, быстрорастущими и с большей вероятностью образуют метастазы (www.chordomafoundation.org).

Способ по изобретению также можно с легкостью адаптировать для использования дополнительных опухолевых антигенов в одной и той же дрожжевой композиции, или к использованию в сочетании с другими дрожжевыми иммунотерапевтическими средствами, нацеленными на другие антигены, присутствующие в опухолях хордомы (также называемых в настоящем документе лезиями) (последовательно или одновременно), или к использованию в сочетании с другими терапевтическими средствами/методами лечения для хордомы. Дополнительные опухолевые антигены и дополнительные терапевтические средства/методы лечения, которые полезны для лечения или предотвращения хордомы, подробно описаны ниже.

Дрожжевые иммунотерапевтические композиции, описанные для использования в способах по изобретению, вызывают врожденные иммунные ответы, а также адаптивные иммунные ответы против целевого антигена (например, брахиурии), включая CD4-зависимые TH17 и TH1 T-клеточные ответы и антиген-специфические CD8+ T-клеточные ответы, которые включают ответы цитотоксических T-лимфоцитов (CTL), все это без использования экзогенных адъювантов, цитокинов или других иммуностимулирующих молекул, многие из которых отличаются токсичностью. Кроме того, дрожжевые иммунотерапевтические композиции уменьшают число и/или функциональность регуляторных T-клеток (Treg), тем самым усиливая эффекторные Т-клеточные ответы, которые обычно подавляются в присутствии опухоли, например. Более того, по сравнению с иммунотерапевтическими композициями, которые действуют, вызывая выработку антител, антиген-специфичные и сильные клеточные иммунные ответы широкого спектра, вызываемые при дрожжевой иммунотерапии, считают особенно эффективными для нацеливания на клетки опухолей. Действительно, многочисленные исследования показали, что иммунотерапевтические подходы более эффективны, если нацеливание на клетки опухолей происходит через CD8+ CTL, которые узнают опухолевые пептиды в контексте молекул MHC класса I.

Дрожжевая иммунотерапия очень эффективна для активации антигенпредставляющих клеток и обладает уникальной способностью перекрестно примировать иммунный ответ, вызывая ответы CD8+ CTL клеток, которые, как правило, эффективны против опухолей, даже в таких условиях, которые в ином случае могут быть супрессивными условиями. Поскольку в иммунотерапии этого типа используют природную способность антигенпредставляющих клеток представлять соответствующие иммуногены, нет необходимости в точной идентификации CTL эпитопов или MHC класса II эпитопов целевого антигена (например, брахиурии) для создания эффективного иммунотерапевтического средства по настоящему изобретению, хотя эпитопы-агонисты можно включать в дрожжевую иммунотерапевтическую композицию для дополнительного усиления иммунных ответов, как описано более подробно ниже. Действительно, несколько CD4+ и CD8+ T-клеточных эпитопов могут быть мишенями для одной дрожжевой иммунотерапевтической композиции, и таким образом, дрожжевые иммунотерапевтические средства по изобретению не ограничены использованием коротких пептидов, и действительно, использование более длинных полипептидов и слитых белков в таких композициях является эффективным. Соответственно, при использовании дрожжевой иммунотерапии можно обходиться без алгоритмов и сложных формул для определения предполагаемых T-клеточных эпитопов.

Кроме того, дрожжевую иммунотерапию можно эффективно использовать в протоколе иммунизации (профилактической или терапевтической) без использования экзогенных адъювантов, иммуностимулирующих средств или молекул, костимулирующих молекул или цитокинов, хотя такие средства также можно включать, при необходимости. Более того, дрожжевую иммунотерапию можно использовать многократно без потери эффективности, что может быть проблематичным в случае иммунотерапии других типов.

Способы лечения или предотвращения хордомы

Один вариант осуществления изобретения относится к способу лечения хордомы путем введения дрожжевой иммунотерапевтической композиции по изобретению индивидууму (субъекту) с хордомой. Дрожжевые иммунотерапевтические композиции для лечения хордомы подробно описаны ниже. Используемое в настоящем документе выражение «лечить» хордому или любые его варианты (например, «получать лечение в связи с хордомой» и так далее), как правило, означает вводить композицию по изобретению после образования хордомы (например, после того, как хордома была диагностирована или обнаружена у индивидуума) или после рецидива хордомы с по меньшей мере одной терапевтической целью лечения (по сравнению с отсутствием такого лечения), включая: ослабление по меньшей мере одного симптома хордомы, например, за счет снижения бремени опухоли у индивидуума; ингибирование, ослабление, снижение или уменьшение роста опухоли или скорости роста опухоли (кинетики роста опухоли) у индивидуума; увеличение или продление срока выживаемости индивидуума, что может включать общую выживаемость и/или выживаемость без прогрессирования; повышение степени опухолевого ответа (то есть, при оценке в соответствии с RECIST и/или Choi, определено ниже); задержку, ингибирование, остановку или предотвращение рецидива опухоли; предотвращение, ингибирование, обращение вспять или задержку начала миграции опухоли и/или инвазии опухоли в другие ткани (метастатический рак); остановку, предотвращение, ингибирование, обращение вспять или задержку прогрессирования рака у индивидуума; улучшение долгосрочных иммунных ответов памяти на опухолевый антиген(ы), экспрессируемые хордомой; повышение чувствительности лезий для лучевой терапии, химиотерапии и/или целевой лекарственной терапии; и/или улучшение общего состояния здоровья индивидуума. Используемый в настоящем документе термин «опухоль» применительно к хордоме можно использовать взаимозаменяемо с термином «лезия».

Другой вариант осуществления изобретения относится к способу предотвращения хордомы, ингибирования или задержки начала развития хордомы, или улучшения исхода в случае хордомы (например, путем увеличения срока выживаемости, ингибирования прогрессирования рака, уменьшения или контролирования бремени опухоли с течением времени и/или повышения чувствительности опухоли к химиотерапии или лучевой терапии). Этот способ включает этап введения дрожжевой иммунотерапевтической композиции индивидууму, который на данный момент не имеет хордомы, но который является или может быть предрасположенным к развитию хордомы. Например, индивидуум, который предрасположен к развитию хордомы, может быть индивидуумом, который имеет в анамнезе семейную хордому (называемую в настоящем документе семейной хордомой) и, таким образом, имеет более высокий риск развития хордомы по сравнению с населением в целом. Индивидуума, который может быть предрасположен к развитию хордомы, можно также идентифицировать при помощи генетического скрининга или по наличию доброкачественных опухолей хорды. Семейную хордому, как правило, определяют как хордому, имеющую место в семье, где два или более кровных родственника имеют хордому в анамнезе (Yang, X., et al. Int. J. Cancer. 116: 487-491; 2005). В некоторых случаях семейной хордомы обнаружены уникальные дупликации гена брахиурии (Yang, X., et al. Nat Gen. 2009, 41(11): 1176-1178).

Термины «предотвращать» или «защищать» от хордомы, или любые их варианты (например, «предотвращение хордомы» и так далее), как правило, означают вводить композиции по изобретению до образования или развития хордомы с по меньшей мере одной целью лечения (по сравнению с отсутствием такого лечения), включая: предотвращение или задержку начала развития хордомы, или, в случае если хордома, тем не менее, возникает после лечения, по меньшей мере улучшение исходов для индивидуума по сравнению с отсутствием лечения, включая, но без ограничения, снижение бремени опухоли у индивидуума; ингибирование (ослабление, снижение, уменьшение) роста опухоли или скорости роста опухоли у индивидуума; увеличение (продление) срока выживаемости индивидуума, что может включать общую выживаемость и/или выживаемость без прогрессирования; повышение степени опухолевого ответа (то есть, при оценке в соответствии с RECIST и/или Choi, определено ниже); задержку, ингибирование, остановку или предотвращение рецидива опухоли; предотвращение, ингибирование, обращение вспять или задержку начала миграции опухоли и/или инвазии опухоли в другие ткани (метастатический рак); остановку, предотвращение, ингибирование, обращение вспять или задержку прогрессирования рака у индивидуума; улучшение долгосрочных иммунных ответов памяти на опухолевые антигены, экспрессируемые хордомой; повышение чувствительности опухоли для лучевой терапии, химиотерапии и/или целевой лекарственной терапии; и/или улучшение общего состояния здоровья индивидуума.

Как описано выше, в одном варианте осуществления изобретения лечение с помощью дрожжевой иммунотерапевтической композиции по изобретению увеличивает сроки выживаемости без прогрессирования (PFS) и/или общей выживаемости (OS) у получающего лечение субъекта. Выживаемость без прогрессирования в случае рака, как правило, определяют как продолжительность времени в процессе или после лечения рака, в течение которого пациент живет с раком, но рак не прогрессирует, что определяет лечащий врач на основании соответствующих критериев оценки прогрессирования рака. Общая выживаемость в случае рака, как правило, определяют как продолжительность времени, либо с момента постановки диагноза, либо с момента начала лечения, в течение которого пациент продолжает жить, независимо от того, прогрессирует (ухудшается) ли рак.

В одном варианте осуществления изобретения лечение при помощи дрожжевой иммунотерапевтической композиции по изобретению приводит к снижению скорости роста опухоли (кинетики роста опухоли). Можно использовать различные модели для расчета скорости роста опухоли, включая модели на основе экспоненциального роста (Yorke et al., 1993, Cancer Research 53, 2987-2993), модель «универсального закона» (West et al., 2001, Nature 413, 628-631) и/или «времени удвоения» (времени, необходимого для того, чтобы популяция клеток вдвое увеличилась в размере; Spratt et al., 1964, Annals of surgery 159, 161-171; Steele et al., 1973, The Journal of thoracic и cardiovascular surgery 65, 140-151; Collins et al., 1956, The American journal of roentgenology, radium therapy, и nuclear medicine 76, 988-1000).

В одном варианте осуществления изобретения лечение при помощи дрожжевой иммунотерапевтической композиции по изобретению приводит к повышению степени опухолевых ответов у субъекта, то есть, при оценке в соответствии с критериями RECIST или Choi. «RECIST» означает «Критерии оценки ответа при солидных опухолях» (Response Evaluation Criteria in Solid Tumors) и представляет собой набор опубликованных руководящих принципов, которые определяют, когда опухоли у пациентов, страдающих раком, уменьшаются, стабилизируются или прогрессируют. Определяемый в соответствии с RECIST ответ зависит от изменения размеров целевых лезий, что определяют путем неинвазивной оценки изображений. Критерии RECIST были впервые опубликованы в феврале 2000 г. в результате международного сотрудничества Европейской организации по исследованию и лечению рака (EORTC), Национального онкологического института (NCI) США и Группы клинических испытаний Национального онкологического института Канады. (Therasse et al., J. Natl. Cancer Inst. 2000, 92: 205-216)) и были пересмотрены в 2009 г., как описано в публикации Eisenhauer et al., Eur. J. Cancer, 2009, 45: 228-247. Как описано в публикации Eisenhauer et al., выше, «полный ответ» или «CR» в настоящее время определяют как исчезновение всех целевых лезий, с уменьшением короткой оси любых патологических лимфатических узлов (целевых или нецелевых) до <10 мм. «Частичный ответ» или «PR» в настоящее время определяют как по меньшей мере 30% уменьшение суммы диаметров целевых лезий, принимая за эталон исходную сумму диаметров. «Стабильное заболевание» или «SD» определяют как отсутствие достаточного уменьшения размеров, чтобы квалифицироваться как PR, и отсутствие достаточного увеличения размеров, чтобы квалифицироваться как PD, принимая за эталон наименьшую сумму диаметров в процессе исследования. «Прогрессирующее заболевание» или «PD» определяют как по меньшей мере 20% увеличение суммы диаметров целевых лезий, принимая за эталон наименьшую сумму диаметров в процессе исследования. Кроме того, сумма также должна иметь абсолютное увеличение по меньшей мере на 5 мм. Появление одной или более новых лезий также считают прогрессированием. К нецелевым лезиям применяют дополнительные критерии, как описано в публикации Eisenhauer et al., выше.

Критерии «Choi» означают набор критериев ответа по результатам компьютерной томографии, исходно описанных в публикации Choi et al. (J. Clin. Oncol. 2007, 25(13): 1753-1759), по которым оценивают изменение в размерах или в плотности целевых лезий, измеряемое методом КТ. Критерии Choi также используют для отнесения пациентов к группам CR, PR, SD и PD. CR определяют как исчезновение всех лезий без появления новых лезий. PR определяют как >10% уменьшение размера или >15% уменьшение аттенуации опухоли при КТ, без появления новых лезий и без очевидного прогрессирования не поддающегося измерению заболевания. SD определяют как несоответствие критериям CR, PR или PD и отсутствие ухудшения симптомов, связанного с прогрессированием опухоли. PD определяют как >10% увеличение размера опухоли и несоответствие критериям PR при определении аттенуации опухоли методом КТ, и/или как появление новых лезий.

В одном варианте осуществления изобретения лечение при помощи дрожжевой иммунотерапевтической композиции по изобретению приводит к улучшению долгосрочных иммунных ответов памяти на опухолевые антигены, экспрессируемые хордомой. Иммунные ответы против хордомы и опухолевых антигенов хордомы можно оценивать путем обнаружения CD4+ и/или CD8+ T-клеток, появляющихся или размножающихся при лечении, и измерения параметров общей активации иммунитета, включая частоту встречаемости подгрупп иммунных клеток в периферической крови (CD8+ клетки памяти/эффекторные T-клетки, CD4+ клетки памяти/эффекторные T-клетки, Treg, NK-клетки, DC), а также по изменениям сывороточных уровней цитокинов (например, IFN-γ, IL-10, IL-12, IL-2, IL-4, TGF-β, и так далее). Иммунные ответы можно обнаруживать и оценивать с использованием различных иммунологических анализов, известных в данной области, включая, но не ограничиваясь ими, методы ELISpot, методы проточной цитометрии и анализы пролиферации лимфоцитов (LPA).

Как описано выше, хордома характеризуется экспрессией брахиурии, и действительно, брахиурия является характерным биомаркером для этого рака, то есть, экспрессия брахиурии является общим и специфическим биомаркером для всех хордом. Вследствие этого, в одном варианте осуществления дрожжевая иммунотерапевтическая композиция, которую вводят в любом способе по изобретению, описанном выше или в других разделах настоящего документа, представляет собой иммунотерапевтическую композицию на основе дрожжей-брахиурии (подробно описанную ниже). Способ по изобретению, таким образом, включает этап введения индивидууму, имеющему хордому, или индивидууму, имеющему риск развития хордомы, но у которого в настоящее время не обнаружены экспрессирующие брахиурию раковые клетки, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе, содержащей, но без ограничения: (a) дрожжевой носитель и (b) раковый антиген, включающий по меньшей мере один антиген брахиурии. Настоящее изобретение включает доставку (введение, иммунизацию) дрожжевой иммунотерапевтической композиции по изобретению, включая, но без ограничения, иммунотерапевтическую композицию на основе дрожжей-брахиурии, субъекту или индивидууму. Процесс введения можно осуществлять ex vivo или in vivo, но, как правило, его осуществляют in vivo. Ex vivo введение означает выполнение части регуляторного этапа вне организма пациента, например, введение композиции по настоящему изобретению в популяцию клеток (дендритных клеток), полученных от пациента, в таких условиях, что дрожжевой носитель, антиген(ы) и любые другие средства или композиции загружаются в клетку, и возвращение клеток в организм пациента. Терапевтическую композицию по настоящему изобретению можно возвращать в организм пациента, или вводить пациенту, любыми подходящими способами введения.

Введение композиции может быть системным, мукозальным и/или проксимальным по отношению к нахождению целевой зоны (например, рядом с зоной опухоли). Подходящие пути введения будут очевидны для специалистов в данной области. Различные приемлемые способы введения включают, но не ограничиваются ими, внутривенное введение, внутрибрюшинное введение, внутримышечное введение, внутриузловое введение, внутрикоронарное введение, внутриартериальное введение (например, в сонную артерию), подкожное введение, чрескожную доставку, интратрахеальное введение, внутрисуставное введение, интравентрикулярное введение, ингаляцию (например, аэрозоль), интракраниальное, интраспинальное, внутриглазное, введение в ухо, интраназальное, пероральное, легочное введение, пропитку катетера и прямую инъекцию в ткань. В одном аспекте пути введения включают: внутривенный, внутрибрюшинный, подкожный, интратекальный, внутрикожный, внутриузловой, внутримышечный, чрескожный, ингаляцию, интраназальный, пероральный, внутриглазной, внутрисуставной, интракраниальный и интраспинальный пути введения. Парентеральная доставка может включать внутрикожный, внутримышечный, внутрибрюшинный, интраплевральный, внутрилегочный, внутривенный, подкожный пути введения, введение через артериальный катетер и венозный катетер. Для введения в ухо можно использовать ушные капли, для интраназальной доставки можно использовать капли в нос или интраназальную инъекцию, и для внутриглазного введения можно использовать глазные капли. Аэрозольную доставку (ингаляцию) также можно выполнять с использованием способов, стандартных в данной области (смотри, например, Stribling et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 189: 11277-11281, 1992). В одном аспекте дрожжевую иммунотерапевтическую композицию по изобретению вводят подкожно. В одном аспекте дрожжевую иммунотерапевтическую композицию вводят непосредственно в окружение опухоли. В одном аспекте дрожжевую иммунотерапевтическую композицию по изобретению вводят интратекально.

Как правило, подходящая одиночная доза дрожжевой иммунотерапевтической композиции, включая иммунотерапевтическую композицию на основе дрожжей-брахиурии, представляет собой дозу, которая способна эффективно доставлять дрожжевой носитель и антиген к клеткам конкретного типа, ткани или участку в организме пациента в количестве, эффективном для вызывания антиген-специфического иммунного ответа против одного или более опухолевых антигенов или эпитопов (например, брахиурии) при введении один или более раз на протяжении соответствующего периода времени. Например, в одном варианте осуществления одиночная доза дрожжевой композиции по настоящему изобретению составляет от примерно 1x10⁵ до примерно 5x10⁷ эквивалентов дрожжевых клеток на килограмм массы тела организма, которому вводят композицию. В одном аспекте одиночная доза дрожжевого носителя по настоящему изобретению составляет от примерно 0,1 дрожжевой единицы (ДЕ, которая соответствует 1x10⁶ дрожжевых клеток или эквивалентов дрожжевых клеток) до примерно 100 ДЕ (1x10⁹ клеток) на дозу (то есть, на организм), включая любую промежуточную дозу с шагом в 0,1x10⁶ клеток (то есть, 1,1x10⁶, 1,2x10⁶, 1,3x10⁶…). В одном варианте осуществления дозы включают дозы от 1 ДЕ до 40 ДЕ, дозы от 1 ДЕ до 50 ДЕ, дозы от 1 ДЕ до 60 ДЕ, дозы от 1 ДЕ до 70 ДЕ или дозы от 1 ДЕ до 80 ДЕ, и в одном аспекте от 10 ДЕ до 40 ДЕ, 50 ДЕ, 60 ДЕ, 70 ДЕ или 80 ДЕ. В одном варианте осуществления дозы вводят в различные участки тела индивидуума, но в один и тот же период дозирования. Например, дозу 40 ДЕ можно вводить путем инъекций доз 10 ДЕ в четыре разных участка тела индивидуума во время одного периода дозирования, или дозу 20 ДЕ можно вводить путем инъекции доз 5 ДЕ в четыре разных участка тела индивидуума, или путем инъекции доз 10 ДЕ в два разных участка тела индивидуума во время одного и того же периода дозирования. Изобретение включает введение некоторого количества дрожжевой иммунотерапевтической композиции (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 ДЕ или более) в 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более различных участков тела индивидуума для достижения одной дозы. Одна дрожжевая единица (ДЕ) соответствует 1x10⁷ дрожжевых клеток или эквивалентов дрожжевых клеток.

«Бустерные дозы» или «бустер-дозы» иммунотерапевтической композиции по изобретению вводят, например, когда иммунный ответ против антигена снижается, или по мере необходимости для обеспечения иммунного ответа или индукции иммунной памяти в отношении конкретного антигена или антигенов. Бустер-дозы можно вводить с интервалом примерно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 или 8 недель, или ежемесячно, раз в два месяца, ежеквартально, ежегодно и/или с интервалами в несколько лет после первоначального введения, в зависимости от состояния здоровья индивидуума, получающего лечение, и цели терапии в момент введения (например, профилактическое, активное лечение, поддержание). В одном варианте осуществления режимом введения является такой режим, в котором дозы дрожжевой иммунотерапевтической композиции вводят по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более раз в течение периода времени от нескольких недель до нескольких месяцев или до нескольких лет. В одном варианте осуществления дозы вводят еженедельно или раз в две недели для 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более доз, с последующим введением доз раз в две недели или ежемесячно, по мере необходимости для достижения желаемого превентивного или терапевтического лечения хордомы. В одном варианте осуществления дозы вводят раз в две недели для 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более доз, с последующими дополнительными ежемесячными дозами до достижения желаемого превентивного или терапевтического результата. В одном варианте осуществления дозы вводят ежемесячно для 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более доз, с последующими дополнительными ежемесячными дозами или с последующими дозами, доставляемыми с различной частотой, по мере необходимости, до достижения желаемого превентивного или терапевтического результата лечения хордомы. Во всех протоколах дозирования, описанных в настоящем документе, дополнительные бустер-дозы затем можно вводить с аналогичными или более длительными интервалами (например, составляющими месяцы или годы) в качестве поддерживающей терапии или при ремиссии, если нужно. В одном аспекте бустер-дозы вводят для долгосрочной поддерживающей терапии (то есть, после завершения основного курса терапии, с целью предотвращения или отсрочки рецидива заболевания, или с целью поддержания стабилизации заболевания). В одном аспекте бустер-дозы вводят для профилактического лечения индивидуумов, имеющих семейную хордому в анамнезе.

В одном аспекте способа лечения хордомы индивидуума дополнительно лечат с использованием по меньшей мере одного другого терапевтического соединения или терапевтического протокола, полезного для лечения хордомы. Такая терапия может включать любой из терапевтических протоколов или использование любого терапевтического соединения или средства, которое полезно для лечения хордомы, или которое может быть полезным для лечения хордомы, включая, но не ограничиваясь ими, хирургическую резекцию, лучевую терапию (включая, но без ограничения, лучевую терапию саму по себе и адъювантную лучевую терапию, особенно адронную лучевую терапию), химиотерапию или целевую лекарственную терапию рака (например, с использованием ингибиторов тирозинкиназы, включая, но без ограничения, иматиниб, сунитиниб, цетуксимаб, гефитиниб, эрлотиниб, нилотиниб, дазатиниб, лапатиниб и эверолимус; ингибиторов STAT3, антрациклинов; цисплатинов; алкилирующих средств; аналогов камптотецина), перенос стволовых клеток, терапию цитокинами, адоптивный перенос T-клеток и/или введение второй иммунотерапевтической композиции. В случае введения второй иммунотерапевтической композиции, такие композиции могут включать, но без ограничения, дополнительную дрожжевую иммунотерапию, иммунотерапию на основе рекомбинантного вируса (вирусных векторов), иммуностимулирующую терапию (включая химиотерапию с иммуностимулирующими свойствами), ДНК-вакцины и другие иммунотерапевтические композиции.

В одном аспекте лучевую терапию можно применять до, одновременно и/или после введения иммунотерапевтической композиции по настоящему изобретению. Кроме того, лучевую терапию можно применять в сочетании с хирургической резекцией. Достижения в технологии облучения и лечения привели к более стратегическому таргетингу лезий с более высокими дозами радиации. Кроме того, такие достижения, как введение адронов (то есть, высоких доз протонов или заряженных частиц, включая ионы углерода, гелия или неона), привели к использованию более высоких доз (доз, которые могли бы необратимо повредить нормальную ткань) радиации, доставляемых к цели с минимальным повреждением окружающей ткани и улучшенным радиобиологическим эффектом (Walcott, B. The Lacent Oncology, Vol 13 Feb 2012, p. e69-e79). Например, в ретроспективном анализе использования лучевой терапии с ионами углерода для лечения крестцовой хордомы сообщалось о дозах от 52,8 до 73,6 ГрE (Imai et al., 2011, J. Radiol., 84: S048-S054). Лучевую терапию другого типа, называемую протонной лучевой терапией, в которой используют протоны (заряженные частицы, получаемые из атомов водорода), наиболее часто рекомендуют для пациентов с хордомой, поскольку она делает возможной доставку очень высоких доз радиации к опухоли с минимальными дозами для тканей, находящихся на расстоянии всего несколько миллиметров (смотри, например, Wilson, Radiology, 1946, 47: 487-491 и Hug et al., 1999, J. Neurosurgery 91, 432-439 (1999)). Протонная лучевая терапия настроена на опухоль индивидуума таким образом, что энергия излучения сосредотачивается в точке наибольшего проникновения протонов в ткань, с небольшой дозой радиации для нормальных тканей за пределами мишени. Фотонное излучение, например, электромагнитное излучение, как правило, используемое в наружной дистанционной лучевой терапии, также используют для лечения хордом. Высокие дозы фотонного излучения, используемые в лечении хордомы, могут составлять примерно 45-80 Гр, в то время как лечение обычной лучевой терапией осуществляют, как правило, в дозах примерно 40-60 Гр (Walcott, B. The Lacent Oncology, Vol 13 Feb 2012, p. e69-e79). Некоторые другие виды конформной лучевой терапии, такие как радиохирургия (включая Gamma Knife и CyberKnife) и лучевая терапия с модуляцией интенсивности (IMRT), также используют для лечения хордом, и их использование, как правило, зависит от размера и локализации опухоли (Di Maio et al., 2011, J Neurosurg. Dec; 115(6): 1094-105). Если лезия возвращается после первоначального облучения, может быть возможным или невозможным повторное использование лучевой терапии. Это происходит потому, что для каждой ткани в организме существует определенная максимальная переносимая доза радиации в течение жизни, превышение которой вызывает серьезные травмы. Однако в способе по настоящему изобретению дополнительное облучение лезии можно включать в протокол, если лечащий врач с учетом современных передовых методов считает это возможным и, вероятно, полезным для пациента с хордомой.

В одном аспекте лучевую терапию используют для одной или более лезий за примерно 18 месяцев, примерно 17 месяцев, примерно 16 месяцев, примерно 15 месяцев, примерно 14 месяцев, примерно 13 месяцев, примерно 12 месяцев, примерно 11 месяцев, примерно 10 месяцев, примерно 9 месяцев, примерно 8 месяцев, примерно 7 месяцев, примерно 6 месяцев, примерно 5 месяцев, примерно 4 месяца, примерно 3 месяца, примерно 2 месяца или примерно 1 месяц до введения субъекту иммунотерапевтической композиции по настоящему изобретению. Во время лучевой терапии субъект может получать по меньшей мере 1 дозу, по меньшей мере 2 дозы, по меньшей мере 3 дозы, по меньшей мере 4 дозы, по меньшей мере 5 доз, по меньшей мере 6 доз, по меньшей мере 7 доз, по меньшей мере 8 доз, по меньшей мере 9 доз или по меньшей мере 10 доз лучевой терапии. Кроме того, после первого введения иммунотерапевтической композиции субъект может получать одну или более доз лучевой терапии.

В другом аспекте субъект может получать целевую лекарственную терапию саму по себе или применяемую до, одновременно или после использования лучевой терапии. Такая целевая лекарственная терапия может включать введение одного или более лекарственных ингибиторов тирозинкиназы (TKI), лекарственных ингибиторов рецептора эпидермального фактора роста (EGFR) и/или лекарственных ингибиторов переносчика сигнала и активатора транскрипции 3 (STAT3) (Walcott, B. The Lacent Onccology, Vol 13 Feb 2012, p. e69-e79). Например, от 400 мг/сутки до 800 мг/сутки иматиниба мезилата (Gleevec^®), низкомолекулярного лекарственного ингибитора TKI со специфичностью в отношении киназных доменов рецепторов тромбоцитарного фактора роста (PDGFR), можно вводить субъекту, как правило, в виде пероральной дозы. Степень общего ответа опухоли, в соответствии с RECIST, можно контролировать для определения того, отвечает ли субъект на терапию. Иматиниба мезилат можно вводить субъектам в течение срока от нескольких дней до нескольких лет (Stacchiotti, S., et al. Curr Oncol Rep, May 2011 online; Casali, P.G., J Clinical Oncology, 2005 ASCO Annual Meeting Proceedings, Vol. 23. No. 16S). Другим примером целевой лекарственной терапии является введение субъекту эрлотиниба (Tarceva^®), лекарственного ингибитора EGFR, в дозе 150 мг/сутки, как правило, в виде пероральной дозы (Lauay et al. BMC Cancer, 2011, 11: 423). Эрлотиниб можно вводить в течение срока от нескольких дней до нескольких лет, контролируя степень общего ответа опухоли. Целевую лекарственную терапию можно применять саму по себе или в сочетании с другой целевой лекарственной терапией, или можно применять до, одновременно или после применения другой лекарственной терапии.

В одном аспекте вторая иммунотерапевтическая композиция содержит второй раковый антиген, который не включает антиген брахиурии. Например, вторая иммунотерапевтическая композиция, полезная в сочетании с иммунотерапевтической композицией на основе дрожжей-брахиурии, представляет собой дрожжевую иммунотерапевтическую композицию, содержащую другой раковый антиген. Раковые антигены, которые ассоциированы или присутствуют в опухолях хордомы, представляют особый интерес в качестве целевых антигенов по настоящему изобретению. Такие раковые антигены могут включать, но не ограничиваются ими, рецептор эпидермального фактора роста (EGFR) (смотри, например, Harris et al., Breast Cancer Res. Treat, 29: 1-2 (1994); рецептор тромбоцитарного фактора роста (PDGF) (смотри, например, регистрационный № GenBank^® GI:129890 и Gronwald et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85 (10), 3435-3439; и регистрационный № GenBank^® GI:129892 и Claesson-Welsh et al., 1989, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86 (13), 4917-4921); рецептор kit (смотри, например, регистрационный № GI:125472 и Yarden et al., 1987, EMBO J. 6 (11), 3341-3351); CD24 (смотри, например, GI:143811372 и Kay et al., 1991, J. Immunol. 147 (4), 1412-1416); аггрекан (смотри, например, регистрационный № GI:22209083 и Strausberg et al., 2002, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26), 16899-16903); коллаген типа II и X (смотри, например, регистрационный № GI:124056489 и Su et al., 1989, Nucleic Acids Res. 17 (22), 9473; и регистрационный № GI:1405723 и Beier et al., 1996, Matrix Biol. 15 (6), 415-422); фибронектин (смотри, например, регистрационный № GI:384872704 и Labeit and Kolmerer, 1995, Science 270 (5234), 293-296 (1995)); матриллин 3 (MATN3) (смотри, например, регистрационный № GI:14548113 и Belluoccio et al., 1998, Genomics 53 (3), 391-394); высокомолекулярный ассоциированный с меланомой антиген (HMW-MAA) (смотри, например, регистрационный № GI:47419930 и Campoli et al., 2004, Crit Rev Immunol. 24(4): 267-96); матриксную металлопротеиназу MMP-9 (смотри, например, регистрационный № GI:269849668 и Huhtala et al., 1991, J. Biol. Chem. 266 (25), 16485-16490) и MMP-19 (смотри, например, регистрационный № GI:442535505 и Sedlacek et al., 1998, Immunobiology 198 (4): 408-23); а также модификации таких антигенов, сплайс-варианты таких антигенов и эпитопные агонисты таких антигенов, а также сочетания таких антигенов и/или их иммуногенные домены, их модификации и их варианты. Другие раковые антигены известны в данной области и могут также являться подходящими целевыми антигенами для иммунотерапии хордомы. Изобретение не ограничено антигенами, конкретно описанными выше или в другом разделе настоящего документа.

В одном аспекте изобретения одно или более дополнительных терапевтических средств вводят, или один или более дополнительных терапевтических протоколов применяют последовательно и/или одновременно с введением дрожжевой иммунотерапевтической композиции (например, хирургическую резекцию опухоли, применение лучевой терапии, применение химиотерапии или целевой антираковой терапии, введение другой иммунотерапевтической композиции или применение другого протокола, терапию цитокинами, адоптивный перенос T-клеток, средства, полезные в сочетании с дрожжевой иммунотерапией или трансплантацию стволовых клеток). Средства, полезные в сочетании с дрожжевой иммунотерапевтической композицией по изобретению, включают, но не ограничиваются ими: анти-CD40, CD40L, белок гена активации лимфоцитов 3 (LAG3) и/или IMP321 (T-клеточный иммуностимулирующий фактор, полученный из растворимой формы LAG3), анти-CTLA-4 антитело (например, для высвобождения анергических Т-клеток); костимуляторы T-клеток (например, анти-CD137, анти-CD28, анти-CD40); алемтузумаб (например, CamPath^®), денилейкина дифтитокс (например, ONTAK^®); анти-CD4; анти-CD25; анти-PD-1, анти-PD-L1, анти-PD-L2; средства, блокирующие FOXP3 (например, для подавления активности /уничтожения CD4+/CD25+ регуляторных T-клеток); лиганд Flt3, имиквимод (Aldara™), агонисты Toll-подобного рецептора (TLR), включая, но не ограничиваясь ими, агонисты TLR-2, агонисты TLR-4, агонисты TLR-7 и агонисты TLR-9; антагонисты TLR, включая, но не ограничиваясь ими, антагонисты TLR-2, антагонисты TLR-4, антагонисты TLR-7 и антагонисты TLR-9; противовоспалительные средства и иммуномодуляторы, включая, но не ограничиваясь ими, ингибиторы COX-2 (например, целекоксиб, НПВС), глюкокортикоиды, статины, а также талидомид и его аналоги, включая IMiDs^® (которые являются структурными и функциональными аналогами талидомида (например, REVLIMID^® (леналидомид), POMALYST^® (помалидомид)) и любые средства, которые модулируют количество, модулируют состояние активации и/или модулируют выживаемость антигенпредставляющих клеток или TH17, TH1 и/или Treg клеток. Любое сочетание таких средств предусмотрено по изобретению и любое из таких средств, объединенное или введенное по протоколу (например, одновременно, последовательно или в других форматах) с дрожжевой иммунотерапевтической композицией, входит в объем изобретения. Такие средства хорошо известны в данной области. Такие средства можно использовать сами по себе или в сочетании с другими средствами, описанными в настоящем документе. Кроме того, одно или более терапевтических средств можно вводить или применять до введения первой дозы дрожжевой иммунотерапевтической композиции или после введения первой дозы. В качестве одного примера, для индивидуумов, у которых хордома является операбельной, хирургическая резекция, необязательно, с последующей лучевой терапией, за которой следует дрожжевая иммунотерапия, может быть репрезентативным курсом лечения. В одном варианте осуществления одно или более терапевтических средств можно вводить или использовать попеременно с дозированием дрожжевой иммунотерапевтической композиции, например, по протоколу, в котором дрожжевую композицию вводят с заданными интервалами времени между одной или более последовательными дозами химиотерапии или другой целевой терапии. В качестве другого примера, для индивидуумов, имеющих хордому, которая локально рецидивирует, или имеющих метастатическое заболевание, при котором прогрессирование опухоли происходило в предшествующие 12 месяцев или в пределах последних 3-9 месяцев до начала лечения, дрожжевая иммунотерапия может быть репрезентативным первичным курсом лечения. До начала лечения методом дрожжевой иммунотерапии индивидуум может также получать хирургическое лечение, лучевую терапию или другую терапию в связи с хордомой. Примерно через 6 месяцев после начала дрожжевой иммунотерапии (или в соответствующие моменты времени, определяемые лечащим врачом), необязательно, можно применять лучевую терапию, если определено, что субъект имеет лезию, которую можно облучать, с последующим мониторингом до определения прогрессирования опухоли, либо частичного или полного ответа на терапию. Если дополнительно лучевую терапию не применяют, состояние субъекта можно контролировать до определения прогрессирования опухоли, либо частичного или полного ответа на терапию.

В одном варианте осуществления дрожжевую иммунотерапевтическую композицию вводят в одной или более дозах в течение некоторого периода времени до начала использования других видов терапии. Иными словами, дрожжевую иммунотерапевтическую композицию вводят в качестве монотерапии в течение некоторого периода времени, а затем добавляют дополнительные виды терапии (например, химиотерапию), либо одновременно с новыми дозами дрожжевой иммунотерапии, либо попеременно с дрожжевой иммунотерапией. Альтернативно или дополнительно, другую терапию можно применять в течение некоторого периода времени до начала введения дрожжевой иммунотерапевтической композиции, и концепции можно комбинировать (например, хирургическая резекция опухоли, с последующей монотерапией в виде дрожжевой иммунотерапии в течение нескольких недель, за которой следуют в чередующемся порядке дозы химиотерапии или целевой терапии и дрожжевой иммунотерапии в течение нескольких недель или месяцев, необязательно, с последующей монотерапией с использованием дрожжевой иммунотерапии или другой терапии, или по новому протоколу сочетания видов терапии, применяемых последовательно, одновременно или попеременно). Различные протоколы для лечения хордомы с использованием дрожжевой иммунотерапии предусмотрены по изобретению, и данные примеры следует рассматривать как неограничивающие примеры различных возможных протоколов.

В способе по настоящему изобретению субъект, которого предстоит лечить иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению, может быть субъектом с хордомой, у которого впервые появилась неоперабельная лезия (то есть, которую невозможно полностью удалить хирургическим путем) или операбельная лезия; субъектом, имеющим неоперабельную, локально рецидивирующую лезию (то есть, локально рецидивирующей является лезия, которая повторно появляется в непосредственной близости (на том же месте или рядом) от места исходной или первичной лезии, которая была удалена), с первым или не первым рецидивом; субъектом, имеющим олигометастатическое заболевание, описанное ниже; или субъектом, имеющим метастатическое заболевание, описанное ниже. В одном аспекте субъект может получать или не получать ранее лучевую терапию, операцию и/или целевую лекарственную терапию. В другом аспекте лезия может быть или не быть предварительно облучена.

В способе по настоящему изобретению одним примером субъекта с хордомой, которого предстоит лечить иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению, является субъект, имеющий неоперабельную (то есть, которую невозможно полностью удалить хирургическим путем) локально рецидивирующую лезию (то есть, локально рецидивирующей является лезия, которая повторно появляется в непосредственной близости (на том же месте или рядом) от места исходной или первичной лезии, которая была удалена). В одном аспекте неоперабельную лезию прежде не облучали, однако субъект мог получать или не получать ранее лучевую терапию для других лезий до лечения иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению. В другом аспекте неоперабельную лезию прежде облучали до лечения иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению. В другом варианте осуществления субъект имеет лезию, которая является неоперабельной из-за расположения лезии, но мог получать лечение одним или более дополнительными терапевтическими методами лечения хордомы.

В способе по настоящему изобретению другим примером субъекта с хордомой, которого предстоит лечить иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению, является субъект, имеющий олигометастатическое заболевание и неоперабельную лезию. Используемый в настоящем документе термин «олигометастатическое заболевание» означает опухоль с ограниченным метастатическим потенциалом, или более конкретно, метастатический рак (рак, который распространился из первичной зоны возникновения в другие зоны), при этом количество и зоны локализации метастазов (метастатических лезий или метастатических опухолей) ограничены (смотри, например, Hellman and Weichselbaum, 1995, J. Clin. Oncol. 13(1): 8-10; Weichselbaum and Hellman, 2011, S. Nat. Rev. Clin. Oncol. 8, 378-382). В случае хордомы олигометастатическое заболевание, как правило, означает 5 или менее, 4 или менее, 3 или менее, 2 или менее, или 1 лезию, возникающую рядом с зоной первичной лезии. В одном аспекте неоперабельную лезию ранее не облучали, однако субъект мог получать или не получать ранее лучевую терапию для других зон до лечения иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению. В другом аспекте неоперабельную лезию ранее облучали до лечения иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению.

В способе по настоящему изобретению другим примером субъекта с хордомой, которого предстоит лечить иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению, является субъект, имеющий олигометастатическое заболевание и лезию после резекции (то есть, хирургическое удаление лезии контролируется). В одном аспекте субъект ранее не получал лучевую терапию. В другом аспекте субъект ранее получал лучевую терапию.

В способе по настоящему изобретению другим примером субъекта с хордомой, которого предстоит лечить иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению, является субъект с появившейся впервые неоперабельной лезией. В одном аспекте неоперабельную лезию ранее не облучали, однако субъект мог получать или не получать ранее лучевую терапию для других зон до лечения иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению. В другом аспекте неоперабельную лезию ранее облучали до лечения иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению.

В способе по настоящему изобретению другим примером субъекта с хордомой, которого предстоит лечить иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению, является субъект, имеющий метастатическое заболевание (то есть, рак распространился из зоны, где он впервые появился, или из первичной зоны, в другое место в организме, характеризующееся тем, что раковая опухоль содержит клетки, происходящие из исходной или первичной опухоли) и лезию, которую прежде не облучали. В другом аспекте лезию ранее облучали.

В способе по настоящему изобретению другим примером субъекта с хордомой, которого предстоит лечить иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению, является субъект, имеющий локально рецидивирующее или метастатическое заболевание с прогрессированием опухоли, происходящим в период от 3 до 9 месяцев до начала лечения иммунотерапевтической композицией по изобретению. В одном аспекте субъект мог получать любую приемлемую линию терапии в связи с хордомой, включая, без ограничения, хирургическую операцию, облучение, химиотерапию или целевую лекарственную терапию. Субъект получает дрожжевую иммунотерапевтическую композицию, описанную в настоящем документе. Через 6 месяцев после начала применения иммунотерапевтической композиции субъекта оценивает врач для определения того, имеет ли пациент лезию, которую можно облучать. Если лезию можно облучать, к лезии будет применена лучевая терапия, и субъекта будут наблюдать и оценивать до определения его ответа на лечение иммунотерапевтической композицией, как обсуждается ниже. Если лезию нельзя облучать, субъект не будет получать лучевую терапию, и его будут наблюдать и оценивать до определения его ответа на лечение иммунотерапевтической композицией. Ответ субъекта на лечение иммунотерапевтической композицией оценивают, определяя выживаемость без прогрессирования (PFS) в соответствии с RECIST, а также степень ответа опухоли (в соответствии с RECIST и Choi, и оценку производят для облученных и необлученных лезий в целях сравнения) и/или кинетику роста опухоли (оценивают показатели за 6 месяцев до иммунотерапевтического лечения в сравнении с показателями через 6 месяцев после иммунотерапевтического лечения). В случае PFS, средний показатель, как ожидается, будет составлять 9 месяцев по сравнению с не получавшими лечение контрольными субъектами (ожидаемый показатель 5 месяцев). Ответ субъекта на лечение иммунотерапевтической композицией можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение аналогичным образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Субъекты, которых можно лечить иммунотерапевтической композицией по настоящему изобретению, могут включать субъектов, имеющих одно или более из следующего: наличие солидной опухоли, поддающееся измерению заболевание (заболевание должно поддаваться оценке) или неподдающееся измерению заболевание, наличие которого подтверждают высокочувствительным методом (таким как ПЦР-анализ на циркулирующие клетки опухолей или другие аналогичные методы), по шкале статуса Восточной объединенной группы онкологов (ECOG) степень 0-1 (при этом степень 0 соответствует полной активности, способности функционировать без ограничений, как до наступления болезни, и степень 1 соответствует функционированию с ограничением тяжелой физической активности, но без госпитализации, и способности выполнять легкую или сидячую работу), уровни креатинина </-1,5xВПН (верхний предел нормы), уровни ALT (аланинаминотрансферазы) </-2,5xВПН, уровни AST (аспартатаминотрансферазы) </-2,5xВПН, уровни билирубина (Bili) </-1,5xВПН, абсолютное количество нейтрофилов (ANC) >1500, количество тромбоцитов >100000, минимум через 2 недели после предварительного химиотерапевтического лечения, предварительной иммунотерапии или их сочетания.

В способе по настоящему изобретению композиции и терапевтические композиции можно вводить любому животному, включая любое позвоночное животное, и в частности, любому члену класса позвоночных, Mammalia, в том числе, без ограничения, приматам, грызунам, сельскохозяйственным животным и домашним животным. Сельскохозяйственные животные включают млекопитающих, которых употребляют в пищу, или которые производят полезные продукты (например, овцы для производства шерсти). Млекопитающие, которых будут лечить и защищать с использованием изобретения, включают людей, приматов, кроме человека, собак, кошек, мышей, крыс, коз, овец, крупный рогатый скот, лошадей и свиней.

«Индивидуум» является позвоночным, таким как млекопитающее, включая, без ограничения, человека. Млекопитающие включают, но не ограничиваются ими, сельскохозяйственных животных, спортивных животных, домашних животных, приматов, мышей и крыс. Термин «индивидуум» можно использовать взаимозаменяемо с терминами «животное», «субъект» или «пациент».

Композиции для использования в способах по изобретению

В способах по настоящему изобретению используют дрожжевую иммунотерапевтическую композицию, и в одном варианте осуществления иммунотерапевтическую композицию на основе дрожжей-брахиурии. В соответствии с настоящим изобретением, дрожжевая иммунотерапевтическая композиция, полезная по настоящему изобретению, представляет собой композицию, содержащую: (a) дрожжевой носитель (подробно описанный ниже) и (b) по меньшей мере один раковый антиген. Раковый антиген представляет собой антиген, экспрессируемый хордомой, включая, но не ограничиваясь ими, брахиурию, рецептор эпидермального фактора роста (EGFR), рецептор тромбоцитарного фактора роста (PDGF) (A или B), рецептор kit, CD24, аггрекан, коллаген типа II и X, фибронектин, матриллин 3, высокомолекулярный ассоциированный с меланомой антиген (HMW-MAA), матриксную металлопротеиназу MMP-9 и MMP-19. В случае иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, композиция содержит: (a) дрожжевой носитель и (b) раковый антиген, включающий один или более антигенов брахиурии и/или их иммуногенный домен(ы). Раковый антиген, который может представлять собой антиген брахиурии и/или другой экспрессируемый хордомой антиген, чаще всего экспрессируется в виде рекомбинантного белка дрожжевым носителем (например, интактной дрожжевой клеткой или дрожжевым сферопластом, который, необязательно, может быть дополнительно преобразован в дрожжевой цитопласт, дрожжевую «тень» или дрожжевой мембранный экстракт или его фракцию), хотя в одном из вариантов осуществления изобретения один или более раковых антигенов нагружают в дрожжевой носитель или иным образом образуют комплекс, присоединяют, смешивают или вводят с дрожжевым носителем, описанным в настоящем документе, получая композицию по настоящему изобретению.

«Иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии» представляет собой «дрожжевую иммунотерапевтическую композицию» определенного типа, содержащую по меньшей мере один антиген брахиурии или его иммуногенный домен. Выражение «дрожжевая иммунотерапевтическая композиция» можно использовать взаимозаменяемо с выражениями «дрожжевой иммунотерапевтический препарат», «дрожжевая иммунотерапевтическая композиция», «дрожжевая композиция», «иммунотерапевтический препарат на основе дрожжей», «дрожжевая вакцина» или вариантами этих выражений. «Иммунотерапевтическая композиция» представляет собой композицию, которая вызывает иммунный ответ, достаточный для достижения по меньшей мере одного терапевтического эффекта у субъекта. При использовании в настоящем документе «дрожжевая иммунотерапевтическая композиция» означает композицию, которая содержит компонент дрожжевого носителя и которая вызывает иммунный ответ, достаточный для достижения по меньшей мере одного терапевтического эффекта у субъекта. Более конкретно, дрожжевая иммунотерапевтическая композиция представляет собой композицию, которая содержит компонент дрожжевого носителя и, как правило, компонент антигена и способна вызывать или индуцировать иммунный ответ, такой как клеточный иммунный ответ, включая, без ограничения, опосредованный T-клетками клеточный иммунный ответ. В одном аспекте дрожжевая иммунотерапевтическая композиция, используемая по изобретению, способна индуцировать опосредованный CD8+ и/или a CD4+ T-клетками иммунный ответ, и в одном аспекте опосредованный CD8+ и CD4+ T-клетками иммунный ответ, в частности, против целевого антигена (например, ракового антигена). CD4+ иммунный ответ может включать TH1 иммунные ответы, TH2 иммунные ответы, TH17 иммунные ответы или любое сочетание из вышеперечисленных. Дрожжевые иммунотерапевтические препараты, в частности, способны приводить к генерации TH1 и TH17 ответов. CD8+ иммунный ответ может включать ответ цитотоксических T-лимфоцитов (CTL), и дрожжевые иммунотерапевтические препараты способны приводить к генерации таких ответов. В одном аспекте дрожжевая иммунотерапевтическая композиция модулирует число и/или функциональность регуляторных T-клеток (Treg) у субъекта. Дрожжевую иммунотерапию также можно модифицировать для стимуляции ответа одного типа в большей степени, чем другого, например, путем добавления цитокинов, антител и/или изменения процесса производства дрожжей. Необязательно, дрожжевая иммунотерапевтическая композиция способна вызывать гуморальный иммунный ответ. Дрожжевая иммунотерапевтическая композиция может вызывать гуморальный иммунный ответ, когда антиген представлен на внешней стороне клеток дрожжей, например, либо присоединен к поверхности дрожжевых клеток, либо находится в смеси с ними.

Дрожжевые иммунотерапевтические композиции по изобретению могут быть либо «профилактическими», либо «терапевтическими». Предлагаемые для профилактики композиции по настоящему изобретению предоставляют до развития или обнаружения развития хордомы с целью предотвращения, ингибирования или задержки развития или отсрочки начала развития хордомы; и/или предотвращения, ингибирования или задержки миграции опухоли и/или инвазии опухоли в другие ткани (метастазы), и/или, в целом, предотвращения или ингибирования прогрессирования хордомы у индивидуума. Как описано в настоящем документе, брахиурия экспрессируется во всех видах хордомы и является отличительной особенностью хордомы, и таким образом, иммунотерапевтические композиции на основе дрожжей-брахиурии особенно полезны в качестве профилактической терапии для индивидуумов, у которых может развиться хордома. Профилактические композиции можно вводить индивидуумам, которые, очевидно, не больны раком (здоровым или нормальным индивидуумам), но которые имеют или могут иметь риск развития хордомы, например, индивидуумам, имеющим семейную хордому в анамнезе, или тем, которые иным образом имеют по меньшей мере одного ближайшего родственника с хордомой. Предлагаемые для терапии иммунотерапевтические композиции предоставляют индивидууму, имеющему хордому, с целью ослабления рака, например, путем снижения бремени опухоли у индивидуума; ингибирования роста опухоли у индивидуума; увеличения срока выживаемости индивидуума; предотвращения, ингибирования, обращения вспять или задержки начала миграции опухоли и/или инвазии опухоли в другие ткани (метастатический рак), и/или предотвращения, ингибирования, обращения вспять или задержки начала прогрессирования рака у индивидуума.

Как правило, дрожжевая иммунотерапевтическая композиция содержит дрожжевой носитель и по меньшей мере один раковый антиген, включающий антиген хордомы (раковый антиген, ассоциированный с, или экспрессируемый хордомой), при этом антиген хордомы экспрессируется, присоединен, нагружен на, или находится в смеси с дрожжевым носителем. В некоторых вариантах осуществления антиген хордомы предоставлен в виде слитого белка. Как описано в настоящем документе, антигены хордомы могут включать, но не ограничиваются ими, брахиурию, EGFR, рецептор PDGF, рецептор kit, CD24, аггрекан, коллаген типа II и X, фибронектин, матриллин 3, высокомолекулярный ассоциированный с меланомой антиген (HMW-MAA), матриксную металлопротеиназу MMP-9 и MMP-19. Некоторые белки и слитые белки брахиурии, подходящие для использования в композициях и способах по изобретению, описаны ниже. В одном аспекте изобретения слитый белок, полезный в качестве ракового антигена для хордомы, может включать два или более антигенов, например, антиген брахиурии и другой раковый антиген, который не является антигеном брахиурии, которые в одном варианте осуществления могут быть предоставлены в составе одного слитого белка или в виде двух разных антигенов брахиурии.

В соответствии с настоящим изобретением, дрожжевой носитель, используемый в дрожжевой иммунотерапевтической композиции для лечения или предотвращения хордомы, представляет собой любую дрожжевую клетку (например, целую или интактную клетку) или ее производное (смотри ниже), которую можно использовать в сочетании с одним или более антигенами, их иммуногенными доменами или их эпитопами в композиции по изобретению (например, терапевтической или профилактической композиции). Таким образом, дрожжевой носитель может включать, но не ограничивается ими, живой интактный (целый) дрожжевой микроорганизм (то есть, дрожжевую клетку, имеющую все ее компоненты, включая клеточную стенку), убитый (мертвый) или инактивированный интактный дрожжевой микроорганизм, или производные интактного дрожжевого микроорганизма, включая: дрожжевой сферопласт (то есть, дрожжевую клетку, лишенную клеточной стенки), дрожжевой цитопласт (то есть, дрожжевую клетку, лишенную клеточной стенки и ядра), дрожжевую «тень» (то есть, дрожжевую клетку, лишенную клеточной стенки, ядра и цитоплазмы), субклеточный дрожжевой мембранный экстракт или его фракцию (также называемую дрожжевой мембранной частицей, и ранее, субклеточной дрожжевой частицей), любую другую дрожжевую частицу или препарат клеточной стенки дрожжей.

Дрожжевые сферопласты, как правило, получают путем ферментативного расщепления клеточной стенки дрожжей. Такой способ описан, например, в публикации Franzusoff et al., 1991, Meth. Enzymol. 194, 662-674, полное содержание которой включено в настоящий документ посредством ссылки.

Дрожжевые цитопласты, как правило, получают путем энуклеации дрожжевых клеток. Такой способ описан, например, в публикации Coon, 1978, Natl. Cancer Inst. Monogr. 48, 45-55, полное содержание которой включено в настоящий документ посредством ссылки.

Дрожжевые «тени», как правило, получают путем повторной герметизации пермеабилизированных или лизированных клеток, и они могут, но необязательно, содержать по меньшей мере некоторые из органелл этих клеток. Такой способ описан, например, в публикациях Franzusoff et al., 1983, J. Biol. Chem. 258, 3608-3614 и Bussey et al., 1979, Biochim. Biophys. Acta 553, 185-196, полное содержание которых включено в настоящий документ посредством ссылки.

Дрожжевая мембранная частица (субклеточный дрожжевой мембранный экстракт или его фракция) означает дрожжевую мембрану, лишенную природного ядра или цитоплазмы. Частица может иметь любой размер, включая размеры в диапазоне от размера природной дрожжевой мембраны до микрочастиц, полученных путем обработки ультразвуком или другими методами разрушения мембраны, известными специалистам в данной области, с повторной герметизацией. Способ получения субклеточных дрожжевых мембранных экстрактов описан, например, в публикации Franzusoff et al., 1991, Meth. Enzymol. 194, 662-674. Можно также использовать фракции дрожжевых мембранных частиц, содержащие части дрожжевых мембран и, если антиген или другой белок был экспрессирован рекомбинантно дрожжами до получения дрожжевых мембранных частиц, антиген или другой интересующий белок. Антигены или другие интересующие белки могут находиться внутри мембраны, на любой поверхности мембраны или в любой комбинации (то есть, белок может находиться как внутри, так и снаружи мембраны и/или охватывать мембрану дрожжевой мембранной частицы). В одном варианте осуществления дрожжевая мембранная частица представляет собой рекомбинантную дрожжевую мембранную частицу, которая может быть интактной, нарушенной или нарушенной и повторно герметизированной дрожжевой мембраной, содержащей по меньшей мере один нужный антиген или другой интересующий белок на поверхности мембраны или по меньшей мере частично погруженный в мембрану.

Примером препарата клеточной стенки дрожжей является препарат выделенных клеточных стенок дрожжей, несущих антиген на своей поверхности или по меньшей мере частично погруженный в клеточную стенку так, что препарат клеточной стенки дрожжей при введении животному стимулирует желательный иммунный ответ против мишени данного заболевания.

Любой штамм дрожжей можно использовать для получения дрожжевого носителя, используемого по настоящему изобретению. Дрожжи представляют собой одноклеточные микроорганизмы, которые принадлежат к одному из трех классов: аскомицеты, базидиомицеты и несовершенные грибы. Одним из факторов при выборе вида дрожжей для использования в качестве иммуномодулятора является патогенность дрожжей. В одном варианте осуществления дрожжи представляют собой непатогенный штамм, такой как Saccharomyces cerevisiae. Выбор непатогенного штамма дрожжей сводит к минимуму любые неблагоприятные эффекты для индивидуума, которому вводят дрожжевой носитель. Однако можно использовать и патогенные дрожжи, если патогенность дрожжей может быть устранена любыми методами, известными специалисту в данной области (например, мутантные штаммы). В соответствии с одним аспектом настоящего изобретения используют непатогенные штаммы дрожжей.

Роды штаммов дрожжей, которые можно использовать по изобретению, включают, но не ограничиваются ими, Saccharomyces, Candida (который может быть патогенным), Cryptococcus, Hansenula, Kluyveromyces, Pichia, Rhodotorula, Schizosaccharomyces и Yarrowia. В одном аспекте род дрожжей выбирают из Saccharomyces, Candida, Hansenula, Pichia или Schizosaccharomyces, и в одном аспекте используют Saccharomyces. Виды дрожжевых штаммов, которые можно использовать по изобретению, включают, но не ограничиваются ими, Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces carlsbergensis, Candida albicans, Candida kefyr, Candida tropicalis, Cryptococcus laurentii, Cryptococcus neoformans, Hansenula anomala, Hansenula polymorpha, Kluyveromyces fragilis, Kluyveromyces lactis, Kluyveromyces marxianus var. lactis, Pichia pastoris, Rhodotorula rubra, Schizosaccharomyces pombe и Yarrowia lipolytica. Следует отметить, что некоторые из этих видов включают различные подвиды, типы, подтипы и так далее, которые должны быть включены в вышеупомянутые виды. В одном аспекте виды дрожжей, используемые по изобретению, включают S. cerevisiae, C. albicans, H. polymorpha, P. pastoris и S. pombe. Можно использовать S. cerevisiae, поскольку они просты в обращении и являются «в целом признанными безопасными» («Generally Recognized As Safe») или «GRAS» для использования в качестве пищевых добавок (GRAS, FDA proposed Rule 62FR18938, April 17, 1997). Одним вариантом осуществления настоящего изобретения является штамм дрожжей, способный реплицировать плазмиды в особенно большом числе копий, такой как штамм S. cerevisiae cir. Штамм S. cerevisiae представляет собой один такой штамм, способный поддерживать экспрессионные векторы, которые позволяют одному или более целевым антигенам и/или антигенным слитым белкам и/или другим белкам экспрессироваться на высоких уровнях. Другим штаммом дрожжей, полезным по изобретению, является Saccharomyces cerevisiae W303α. Кроме того, любые мутантные штаммы дрожжей можно использовать по настоящему изобретению, включая те, которые экспонируют уменьшенные посттрансляционные модификации экспрессируемых целевых антигенов или других белков, например, с мутациями в ферментах, которые продлевают N-связанное гликозилирование.

Дрожжевая иммунотерапевтическая композиция по изобретению содержит по меньшей мере один антиген, экспрессируемый или ассоциированный с хордомой. Используемый в настоящем документе термин «антиген» означает: любую часть белка (например, пептид, частичный белок, полноразмерный белок), при этом белок является природным, либо синтетически полученным или сконструированным, клеточную композицию (целую клетку, клеточный лизат или разрушенные клетки), организм (целый организм, лизат или разрушенные клетки) или углевод, или другую молекулу, или ее часть. Антиген может вызывать антиген-специфический иммунный ответ (например, гуморальный и/или опосредованный клетками иммунный ответ) против таких же или аналогичных антигенов, что и антигены, с которыми встречаются элементы иммунной системы (например, T-клетки, антитела).

Антиген может быть таким небольшим, как один эпитоп, один иммуногенный домен, или большего размера, и может содержать несколько эпитопов или иммуногенных доменов. Как таковой, антиген может быть небольшого размера, всего лишь примерно 8-11 аминокислот (то есть, пептид), и быть таким большим как: полноразмерный белок, мультимер, слитый белок, химерный белок, целая клетка, целый микроорганизм или любые их части (например, фрагменты белка (полипептиды), лизаты целых клеток или экстракты микроорганизмов). Антигены, полезные для дрожжевого иммунотерапевтического препарата по настоящему изобретению, представляют собой пептиды, полипептиды, полноразмерные белки, мультимеры, слитые белки и химерные белки. Кроме того, антигены могут включать углеводы, которые можно загружать в дрожжевой носитель или в композицию по изобретению. Следует иметь в виду, что в некоторых вариантах осуществления (например, когда антиген экспрессируется дрожжевым носителем с рекомбинантной молекулы нуклеиновой кислоты) антиген представляет собой белок, слитый белок, химерный белок или его фрагмент, а не целую клетку или микроорганизм. Для экспрессии в дрожжах антиген имеет минимальный размер, необходимый для рекомбинантной экспрессии в дрожжах, если антиген представляет собой целый белок, который должен быть экспрессирован дрожжами, и имеет длину, как правило, по меньшей мере или более чем 25 аминокислот, или по меньшей мере или более чем 26, по меньшей мере или более чем 27, по меньшей мере или более чем 28, по меньшей мере или более чем 29, по меньшей мере или более чем 30, по меньшей мере или более чем 31, по меньшей мере или более чем 32, по меньшей мере или более чем 33, по меньшей мере или более чем 34, по меньшей мере или более чем 35, по меньшей мере или более чем 36, по меньшей мере или более чем 37, по меньшей мере или более чем 38, по меньшей мере или более чем 39, по меньшей мере или более чем 40, по меньшей мере или более чем 41, по меньшей мере или более чем 42, по меньшей мере или более чем 43, по меньшей мере или более чем 44, по меньшей мере или более чем 45, по меньшей мере или более чем 46, по меньшей мере или более чем 47, по меньшей мере или более чем 48, по меньшей мере или более чем 49, или по меньшей мере или более чем 50 аминокислот в длину, или по меньшей мере или более чем 25-50 аминокислот в длину, или по меньшей мере или более чем 30-50 аминокислот в длину, или по меньшей мере или более чем 35-50 аминокислот в длину, или по меньшей мере или более чем 40-50 аминокислот в длину, или по меньшей мере или более чем 45-50 аминокислот в длину, хотя могут экспрессироваться и меньшие по размеру белки и могут экспрессироваться значительно более крупные белки (например, длиной сотни аминокислот или даже длиной несколько тысяч аминокислот). В одном аспекте может экспрессироваться полноразмерный белок или белок, у которого отсутствуют от 1 до 20 аминокислот с N- и/или C-конца. Слитые белки и химерные белки также являются антигенами, которые могут экспрессироваться по изобретению. «Целевой антиген» представляет собой антиген, на который специфически нацелена иммунотерапевтическая композиция по изобретению (то есть, антиген, против которого желательна индукция иммунного ответа). «Раковый антиген» представляет собой антиген, который включает по меньшей мере один антиген, ассоциированный с, или экспрессируемый клеткой рака (например, хордомы), такой как антиген, экспрессируемый клеткой опухоли, так, что нацеливание на антиген также означает нацеливание на раковую опухоль. Раковый антиген может включать один или более антигенов из одного или более белков, в том числе одного или более белков, ассоциированных с опухолью. «Антиген брахиурии» представляет собой антиген, произведенный, сконструированный или полученный из белка брахиурии.

При упоминании стимуляции иммунного ответа термин «иммуноген» является подтермином термина «антиген», и вследствие этого, в некоторых случаях может быть использован взаимозаменяемо с термином «антиген». Используемый в настоящем документе термин «иммуноген» означает антиген, который вызывает гуморальный и/или опосредованный клетками иммунный ответ (то есть, является иммуногенным), так что введение иммуногена индивидууму индуцирует антиген-специфический иммунный ответ против таких же или аналогичных антигенов, что и антигены, с которыми встречается иммунная система индивидуума. В одном варианте осуществления иммуноген вызывает опосредованный клетками иммунный ответ, включая CD4+ T-клеточный ответ (например, TH1, TH2 и/или TH17) и/или CD8+ T-клеточный ответ (например, CTL ответ).

«Иммуногенный домен» конкретного антигена может представлять собой любую часть, фрагмент или эпитоп антигена (например, пептидный фрагмент или субъединицу или эпитоп антитела или другой конформационный эпитоп), который содержит по меньшей мере один эпитоп, действующий как иммуноген при введении животному. Таким образом, иммуногенный домен имеет больший размер, чем одна аминокислота, и по меньшей мере имеет размер, достаточный для содержания по меньшей мере одного эпитопа, действующего как иммуноген. Например, один белок может содержать несколько разных иммуногенных доменов. Иммуногенные домены не обязательно должны быть линейными последовательностями в белке, например, в случае гуморального иммунного ответа, где задействованы также и конформационные домены.

Эпитоп определяют в настоящем документе как одиночный иммуногенный сайт в составе конкретного антигена, достаточный для вызывания иммунного ответа в случае представления иммунной системе в контексте соответствующих костимулирующих сигналов и/или активированных клеток иммунной системы. Иными словами, эпитоп является частью антигена, которая узнается компонентами иммунной системы, и может также называться антигенной детерминантой. Специалисты в данной области понимают, что T-клеточные эпитопы отличаются по размеру и составу от B-клеточных эпитопов или эпитопов для выработки антител, и что эпитопы, представляемые при помощи молекул MHC класса I, отличаются по размеру и структурным характеристикам от эпитопов, представляемых при помощи молекул MHC класса II. Например, T-клеточные эпитопы, представляемые молекулами MHC класса I, как правило, имеют длину от 8 до 11 аминокислот, в то время как эпитопы, представляемые молекулами MHC класса II, имеют меньше ограничений по длине и могут быть длиной 25 аминокислот или длиннее. Кроме того, T-клеточные эпитопы имеют прогнозируемые структурные характеристики, зависящие от конкретных молекул MHC, связываемых эпитопом. Эпитопы могут быть эпитопами с линейной последовательностью или конформационными эпитопами (консервативными связывающими областями). Большинство антител узнают конформационные эпитопы.

В одном варианте осуществления изобретения дрожжевая иммунотерапевтическая композиция, используемая по изобретению, представляет собой иммунотерапевтическую композицию на основе дрожжей-брахиурии. Брахиурия (которую также можно называть «T») является высоко консервативным белком среди множества различных видов животных и представляет собой фактор транскрипции, содержащий домен «T-бокс» или «T-домен», фрагмент ДНК-связывающего домена, общий для нескольких разных белков, коллективно называемых белками семейства T-бокс. Брахиурия человека впервые была клонирована в 1996 г. (Edwards et al., выше). Одна нуклеотидная последовательность, кодирующая брахиурию человека, приведена в настоящем документе как SEQ ID NO: 1, которая представляет собой полученную из GENBANK^® последовательность мРНК с регистрационным № NM_003181 (GI:19743811). SEQ ID NO: 1 кодирует белок брахиурии человека из 435 аминокислот, аминокислотная последовательность которого приведена в настоящем документе как SEQ ID NO: 2 (регистрационный № GENBANK^® NP_003172; GI:4507339).

Другой белок брахиурии человека, раскрытый в настоящем документе, представляет собой вариант белка брахиурии человека, приведенного в SEQ ID NO: 2, и имеет аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 6. Последовательность SEQ ID NO: 6 белка, также состоящего из 435 аминокислот, закодирована нуклеотидной последовательностью, представленной в настоящем документе SEQ ID NO: 5. SEQ ID NO: 6 примерно на 99% идентична SEQ ID NO: 2 по всей длине белка. SEQ ID NO: 6 отличается от SEQ ID NO: 2 в положении 177 (Asp против Gly, соответственно), положении 368 (Thr против Ser, соответственно) и положении 409 (Asn против Asp, соответственно).

Другой белок брахиурии человека, раскрытый в настоящем документе, представляет собой агонист белка брахиурии человека, представленного, например, SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 6. Используемый в настоящем документе термин «агонист» означает любое соединение или агент, включая, но не ограничиваясь ими, малые молекулы, белки, пептиды, антитела, связывающие нуклеиновую кислоту вещества и так далее, которое связывается с рецептором или лигандом и продуцирует или инициирует ответ, и которое может включать агенты, имитирующие или усиливающие действие природного вещества, связывающегося с рецептором или лигандом. При использовании в контексте антигена брахиурии по изобретению являющийся «агонистом» антиген или белок означает антиген или белок, который содержит по меньшей мере один T-клеточный эпитоп-агонист, который также можно называть «мимотопом». Пептид мимотопа представляет собой пептид, который имитирует структуру эпитопа дикого типа, и как агонист, мимотоп имитирует или усиливает действие (биологическую функцию) природного эпитопа. Например, аминокислотная последовательность SEQ ID NO: 12 (WLLPGTSTL) представляет собой T-клеточный эпитоп белка брахиурии дикого типа. Аминокислотная последовательность SEQ ID NO: 13 (WLLPGTSTV) представляет собой мимотоп или агонист T-клеточного эпитопа SEQ ID NO: 12, при этом остаток лейцина в положении 9 SEQ ID NO: 12 заменен остатком валина в SEQ ID NO: 13.

Один антиген-агонист брахиурии человека в настоящем документе представлен SEQ ID NO: 18. SEQ ID NO: 18 соответствует белку длиной 435 аминокислот, кодируемому нуклеотидной последовательностью, в настоящем документе представленной SEQ ID NO: 17. SEQ ID NO: 18 идентична SEQ ID NO: 6, за исключением замены остатка лейцина в положении 254 (в SEQ ID NO: 6) на остаток валина в SEQ ID NO: 18. Эта замена создает T-клеточный эпитоп-агонист в SEQ ID NO: 18 в положениях 246-254, который, без привязки к какой-либо теории, как считают, индуцирует усиленные T-клеточные ответы против брахиурии по сравнению с эпитопом дикого типа (положения 246-254 в SEQ ID NO: 6).

Положения 41-223 в любой из SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 18 соответствуют ДНК-связывающему домену T-бокс, связывающему домену брахиурии человека, и домен T-бокс в других последовательностях брахиурии, включая последовательности брахиурии из других видов, можно легко идентифицировать путем сравнения с этими последовательностями. В настоящем документе ссылка на домен T-бокс любого белка брахиурии, описанного в настоящем документе или известного в данной области и используемого по изобретению, может включать дополнительно 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 или 40 последовательных аминокислот последовательности брахиурии на N-концевой и/или C-концевой части указанного домена T-бокс (например, с любой стороны от положений 41-223 в SEQ ID NOs: 2, 6 или 18). Брахиурия человека, включая два белка брахиурии человека, описанных в настоящем документе, также содержит различные CD4+ и CD8+ T-клеточные эпитопы. Такие эпитопы описаны, например, в WO 2008/106551 и включают CD8+ CTL эпитоп, WLLPGTSTL (также называемый в настоящем документе Tp2, SEQ ID NO: 12), в положениях 246-254 в SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 6. Как описано выше, SEQ ID NO: 18 содержит эпитоп-агонист SEQ ID NO: 12, представленный в настоящем документе SEQ ID NO: 13.

Брахиурия человека имеет высокую степень гомологии с брахиурией других видов животных и, таким образом, можно использовать последовательности брахиурии из других организмов для получения иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии по изобретению, в частности, когда эти последовательности идентичны, в значительной степени гомологичны и вызывают эффективный иммунный ответ против целевого антигена (например, природного белка брахиурии, который экспрессируется клеткой опухоли). Например, белок брахиурии мышей, впервые клонированный Hermann с соавторами в 1990 г. (Hermann et al., выше) примерно на 85% идентичен брахиурии человека на нуклеотидном уровне и примерно на 91% идентичен на аминокислотном уровне. Что касается брахиурии у других животных, на аминокислотном уровне брахиурия человека имеет 99,5% идентичности с брахиурией Pan troglodytes, 90,1% идентичности с брахиурией Canis lupus familiaris, 88,5% идентичности с брахиурией Bos Taurus, 92,2% идентичности с брахиурией Rattus norvegicus и 80,9% идентичности с брахиурией Gallus gallus. В пределах последовательности аминокислот 1-223 брахиурии, которая содержит домен T-бокс, белки брахиурии мыши и человека различаются только двумя аминокислотами (в положениях 26 и 96). Нуклеотидная последовательность, кодирующая брахиурию мыши, представлена в настоящем документе SEQ ID NO: 3, которая представляет собой полученную из GENBANK^® последовательность мРНК с регистрационным № NM_009309 (GI:118130357). SEQ ID NO: 3 кодирует белок брахиурии мыши из 436 аминокислот, аминокислотная последовательность которого представлена в настоящем документе SEQ ID NO: 4. Положения 41-223 в SEQ ID NO: 4 соответствуют ДНК-связывающему домену T-бокс брахиурии мыши.

В одном варианте осуществления изобретения антиген брахиурии содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 18, или по меньшей мере одного иммуногенного домена из нее. В одном варианте осуществления антиген брахиурии содержит или состоит из двух, трех, четырех, пяти или более иммуногенных доменов брахиурии. В одном варианте осуществления изобретения антиген брахиурии содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной аминокислотными положениями от 1 или 2 до одной из последних 25 аминокислот на C-конце SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 18 (то есть, до любого из положений 441-435 в SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 18, или до любого из положений 442-436 в SEQ ID NO: 4). Другой антиген брахиурии, полезный по изобретению, также содержит по меньшей мере аминокислоты в положениях 1-223 брахиурии (например, положениях 1-223 в SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 18) или положениях 41-223 брахиурии (например, положениях 41-223 в SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 18). Другой антиген брахиурии, полезный по изобретению, содержит последовательность от по меньшей мере аминокислотных положений 1-85 до участка между положением 255 и C-концом SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 18. Другой антиген брахиурии, полезный по изобретению, содержит последовательность от по меньшей мере аминокислотных положений 1-85 до участка между положением 430 и C-концом SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 18. Другой антиген брахиурии, полезный по изобретению, содержит последовательность от по меньшей мере аминокислотных положений 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 до участка между положением 255 и C-концом SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 18.

В соответствии с одним вариантом осуществления настоящего изобретения, ссылка на «полноразмерный» белок (или полноразмерный функциональный домен или полноразмерный иммунологический домен) включает полноразмерную аминокислотную последовательность белка или функционального домена или иммунологического домена, описанную в настоящем документе или иным образом известную или описанную в литературе последовательность. Белок или домен, который является «почти полноразмерным», который также является видом гомолога белка, отличается от полноразмерного белка или домена добавлением или делецией или пропуском 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 аминокислот с N- и/или C-конца такого полноразмерного белка или полноразмерного домена. В качестве примера, некоторые из слитых белков, описанных в настоящем документе, содержат «почти полноразмерный» антиген брахиурии, поскольку у антигена отсутствует остаток метионина в положении 1 и имеется замена в N-концевом пептиде. Общая ссылка на белок или домен, или антиген может включать как полноразмерные, так и почти полноразмерные белки, а также другие их гомологи.

В одном аспекте любого из вариантов осуществления, относящихся к антигену для использования в способе лечения или предотвращения хордомы, раковый антиген (антиген хордомы) имеет минимальный размер, достаточный для того, чтобы антиген мог экспрессироваться дрожжами. Для экспрессии в дрожжах белок, как правило, имеет длину по меньшей мере примерно 25 аминокислот, хотя дрожжами могут экспрессироваться и меньшие по размеру белки, и значительно более крупные белки. Например, антиген брахиурии, полезный по изобретению, представляет собой фрагмент белка брахиурии, который может быть экспрессирован рекомбинантно дрожжами и который содержит по меньшей мере один иммуногенный домен брахиурии, который может включать по меньшей мере один иммуногенный домен любой из SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 18. В одном аспекте такой антиген имеет длину по меньшей мере 25 аминокислот и содержит по меньшей мере один иммуногенный домен антигена хордомы, такого как брахиурия. В одном аспекте такой антиген имеет длину более 30 аминокислот и содержит по меньшей мере один иммуногенный домен ракового антигена. В одном аспекте такой антиген имеет длину по меньшей мере 25-50 аминокислот и содержит по меньшей мере один иммуногенный домен ракового антигена. В одном аспекте такой антиген имеет длину по меньшей мере 30-50 аминокислот и содержит по меньшей мере один иммуногенный домен ракового антигена. В одном аспекте такой антиген имеет длину по меньшей мере 35-50 аминокислот и содержит по меньшей мере один иммуногенный домен ракового антигена. В одном аспекте такой антиген имеет длину по меньшей мере 40-50 аминокислот и содержит по меньшей мере один иммуногенный домен ракового антигена. В одном аспекте такой антиген имеет длину по меньшей мере 45-50 аминокислот и содержит по меньшей мере один иммуногенный домен ракового антигена. В одном варианте осуществления раковый антиген, полезный по настоящему изобретению, имеет длину по меньшей мере 25 аминокислот или по меньшей мере: 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160, 165, 170, 175, 180, 185, 190, 195, 200, 205, 210, 215, 220, 225, 230, 235, 240, 245, 250, 255, 260, 265, 270, 275, 280, 285, 290, 295, 300, 305, 310, 315, 320, 325, 330, 335, 340, 345, 350, 355, 360, 365, 370, 375, 380, 385, 390, 395, 400, 405, 410, 415, 420, 425 или 430 аминокислот, которые, в случае антигенов брахиурии, могут включать любой фрагмент с по меньшей мере любой из этих длин в SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 18.

В одном аспекте антиген, полезный в способах по изобретению, содержит один или более CTL эпитопов, которые могут включать две или более копий любого одного, двух, трех или более из CTL эпитопов, описанных в настоящем документе. В одном аспекте антиген содержит один или более CD4+ T-клеточных эпитопов. В одном аспекте антиген содержит один или более CTL эпитопов и один или более CD4+ T-клеточных эпитопов. В одном аспекте T-клеточный эпитоп представляет собой эпитоп-агонист.

В одном аспекте антиген брахиурии содержит аминокислотную последовательность WLLPGTSTL (SEQ ID NO: 12, также представленную положениями 245-254 в SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 6). В одном аспекте антиген брахиурии содержит аминокислотную последовательность WLLPGTSTV (SEQ ID NO: 13, также представленную положениями 245-254 в SEQ ID NO: 18). В одном аспекте аминокислота в положении 4 либо в SEQ ID NO: 12, либо в SEQ ID NO: 13 (пролин или P в этих последовательностях) заменена остатком серина (S), треонина (T), изолейцина (I) или валина (V).

В одном аспекте антиген брахиурии содержит аминокислотную последовательность SQYPSLWSV (SEQ ID NO: 14). В одном аспекте аминокислота в положении 2 в SEQ ID NO: 14 (глутамин или Q в этой последовательности) заменена остатком лейцина (L). В одном аспекте аминокислота в положении 4 в SEQ ID NO: 14 (пролин или P в этой последовательности) заменена остатком серина (S), треонина (T), лейцина (L) или валина (V). В одном аспекте аминокислота в положении 7 в SEQ ID NO: 14 (триптофан или W в этой последовательности) заменена остатком валина (V), лейцина (L), изолейцина (I), серина (S) или треонина (T). В одном аспекте аминокислота в положении 9 в SEQ ID NO: 14 (валин или V в этой последовательности) заменена остатком лейцина (L). Антиген, содержащий последовательность, имеющую любое сочетание одной или более из этих замен в SEQ ID NO: 14, предусмотрен по изобретению.

В одном аспекте антиген брахиурии содержит аминокислотную последовательность RLIASWTPV (SEQ ID NO: 15). В одном аспекте аминокислота в положении 1 в SEQ ID NO: 15 (аргинин или R в этой последовательности) заменена остатком тирозина (Y) или триптофана (W). В одном аспекте аминокислота в положении 6 в SEQ ID NO: 15 (триптофан или W в этой последовательности) заменена остатком валина (V), лизина (L), изолейцина (I), серина (S) или треонина (T). Антиген, содержащий последовательность, имеющую любое сочетание одной или обеих из этих замен в SEQ ID NO: 15, предусмотрен по изобретению.

В одном аспекте антиген брахиурии содержит аминокислотную последовательность AMYSFLLDFV (SEQ ID NO: 16). В одном аспекте аминокислота в положении 2 в SEQ ID NO: 16 (метионин или M в этой последовательности) заменена остатком лейцина (L).

В одном варианте осуществления изобретения антиген брахиурии содержит, состоит практически из, или состоит из слитого белка, имеющего аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 8. Слитый белок SEQ ID NO: 8 представляет собой одиночный полипептид со следующей последовательностью элементов, слитых в рамке считывания от N- к C-концу: (1) N-концевой пептид для придания устойчивости к протеасомной деградации и стабилизации экспрессии в дрожжах (положения 1-6 в SEQ ID NO: 8); (2) антиген брахиурии человека, состоящий из аминокислот в положениях 2-435 в SEQ ID NO: 6 (положения 7-440 в SEQ ID NO: 8); и (3) гексагистидиновая метка (положения 441-446 в SEQ ID NO: 8). Аминокислотная последовательность SEQ ID NO: 8 закодирована полинуклеотидной последовательностью SEQ ID NO: 7. Аминокислотная последовательность, используемая в этом слитом белке, может быть модифицирована за счет использования дополнительных или альтернативных аминокислот, фланкирующих любой конец антигена брахиурии, при желании, также можно использовать более короткие фрагменты брахиурии.

В другом варианте осуществления изобретения антиген брахиурии содержит, состоит практически из, или состоит из слитого белка, имеющего аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 10. Слитый белок SEQ ID NO: 10 представляет собой одиночный полипептид со следующей последовательностью элементов, слитых в рамке считывания от N- к C-концу: (1) N-концевой пептид для придания устойчивости к протеасомной деградации и стабилизации экспрессии в дрожжах (положения 1-6 в SEQ ID NO: 10); (2) антиген брахиурии мыши, состоящий из аминокислот в положениях 2-436 в SEQ ID NO: 4 (положения 7-441 в SEQ ID NO: 10); и (3) гексагистидиновая метка (положения 442-447 в SEQ ID NO: 10). Аминокислотная последовательность SEQ ID NO: 10 закодирована полинуклеотидной последовательностью SEQ ID NO: 9.

В другом варианте осуществления изобретения антиген брахиурии содержит, состоит практически из, или состоит из слитого белка, имеющего аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 20. Слитый белок SEQ ID NO: 20 представляет собой одиночный полипептид со следующей последовательностью элементов, слитых в рамке считывания от N- к C-концу: (1) N-концевой пептид для придания устойчивости к протеасомной деградации и стабилизации экспрессии в дрожжах (положения 1-6 в SEQ ID NO: 20, пептидная последовательность, также представленная в настоящем документе SEQ ID NO: 11); 2) аминокислоты 2-435 в SEQ ID NO: 18 (положения 7-440 в SEQ ID NO: 20), SEQ ID NO: 18, представляющая собой полноразмерный белок-агонист брахиурии человека; и (3) гексагистидиновая метка (положения 441-446 в SEQ ID NO: 20). Эпитоп-агонист (SEQ ID NO: 13) расположен в положениях 251-259 в SEQ ID NO: 20 (положения 246-254 в SEQ ID NO: 18). Аминокислотная последовательность SEQ ID NO: 20 закодирована полинуклеотидной последовательностью SEQ ID NO: 19.

Антиген, полезный в композициях для использования в способе по настоящему изобретению, также включает белки, имеющие аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентична аминокислотной последовательности любого из раковых белков или раковых антигенов, описанных в настоящем документе, по всей длине белка или применительно к его конкретному фрагменту или домену (например, иммунологическому домену или функциональному домену (домену с по меньшей мере одной биологической активностью)), который образует часть белка. Например, домен белка брахиурии, описанного в настоящем документе, включает домен T-бокс. Иммунологический домен подробно описан выше.

В некоторых аспектах изобретения аминокислотные вставки, делеции и/или замены можно выполнять для одной, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти или более аминокислот белка дикого типа или эталонного белка при условии, что полученный белок при использовании в качестве антигена в дрожжевой иммунотерапевтической композиции по изобретению вызывает иммунный ответ против нативного белка, такого как белок дикого типа или эталонный белок, что может включать усиленный иммунный ответ, ослабленный иммунный ответ или практически аналогичный иммунный ответ. Например, изобретение включает использование антигенов-агонистов, в том числе, антигенов-агонистов брахиурии, которые могут включать один или более T-клеточных эпитопов, которые были мутированы для усиления T-клеточного ответа против агониста, например, за счет улучшения авидности или аффинности эпитопа для молекулы MHC или для T-клеточного рецептора, который узнает эпитоп в контексте представления MHC. Антигены-агонисты, таким образом, могут повышать действенность или эффективность T-клеточного ответа против природного антигена, экспрессируемого клеткой опухоли. Антиген брахиурии, имеющий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 18, является неограничивающим примером агониста брахиурии (или антигена брахиурии, содержащего эпитоп-агонист).

Кроме того, N-концевые экспрессионные последовательности и C-концевые метки, такие как те, которые описаны выше применительно к слитым белкам SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10 или SEQ ID NO: 20, являются необязательными, но могут быть выбраны из нескольких разных последовательностей, описанных в других разделах настоящего документа, для улучшения или способствования экспрессии, стабильности и/или облегчения идентификации и/или очистки белка. Кроме того, много различных промоторов, подходящих для использования в дрожжах, известны в данной области. Кроме того, короткие промежуточные последовательности линкера (например, пептиды длиной 1, 2, 3, 4 или 5 аминокислот) можно вставлять между частями слитого белка, содержащего раковый антиген, по целому ряду причин, включая введение сайтов для ферментов рестрикции с целью облегчения клонирования, таких как сайты расщепления для фагосомных протеаз хозяина, ускорения процессинга белка или антигена, а также для будущих манипуляций с конструктами.

Необязательно, белки, включая слитые белки, используемые в качестве компонента дрожжевой иммунотерапевтической композиции по изобретению, получают с использованием антигенных конструктов, которые особенно полезны для улучшения или стабилизации экспрессии гетерологичных антигенов в дрожжах. В одном варианте осуществления нужный антигенный белок(белки) или пептид(ы) слиты на их амино-конце с: (a) определенным синтетическим пептидом, который стабилизирует экспрессию слитого белка в дрожжевом носителе или предотвращает посттрансляционную модификацию экспрессированного слитого белка (такие пептиды описаны подробно, например, в публикации патента США № 2004-0156858 A1, опубликованной 12 августа 2004 г., полное содержание которой включено в настоящий документ посредством ссылки); (b) по меньшей мере частью эндогенного дрожжевого белка, включая, но не ограничиваясь ими, лидерную последовательность дрожжевого альфа-фактора, при этом каждый партнер по слиянию обеспечивает повышенную стабильность экспрессии белка в дрожжах и/или предотвращает посттрансляционную модификацию белков дрожжевыми клетками (такие белки также подробно описаны, например, в публикации патента США № 2004-0156858 A1, выше); и/или (c) по меньшей мере частью дрожжевого белка, который обеспечивает экспрессию слитого белка на поверхности дрожжевой клетки (например, белок Aga, более подробно описанный в настоящем документе). Кроме того, настоящее изобретение необязательно включает использование пептидов, слитых с C-концом кодирующего антиген конструкта, в частности, для использования при отборе и идентификации белка. Такие пептиды включают, но без ограничения, любой синтетический или природный пептид, такой как пептидная метка (например, 6X His или гексапептид) или любая другая короткая эпитопная метка. Пептиды, присоединенные к C-концу антигена по изобретению, можно использовать с добавлением или без добавления N-концевых пептидов, описанных выше, и наоборот.

В одном варианте осуществления слитый белок содержит аминокислотную последовательность M-X2-X3-X4-X5-X6, где M представляет собой метионин; где X2 представляет собой любую аминокислоту, за исключением глицина, пролина, лизина или аргинина; где X3 представляет собой любую аминокислоту, за исключением метионина, лизина или аргинина; где X4 представляет собой любую аминокислоту, за исключением метионина, лизина или аргинина; где X5 представляет собой любую аминокислоту, за исключением метионина, лизина или аргинина; и где X6 представляет собой любую аминокислоту, за исключением метионина, лизина или аргинина. В одном варианте осуществления остаток X6 представляет собой пролин. Иллюстративная синтетическая последовательность, повышающая стабильность экспрессии антигена в дрожжевой клетке и/или предотвращающая посттрансляционную модификацию белка в дрожжах, включает последовательность M-A-D-E-A-P (представленную в настоящем документе SEQ ID NO: 11). В дополнение к повышению стабильности продукта экспрессии этот партнер по слиянию, судя по всему, не влияет отрицательно на иммунный ответ против иммунизирующего антигена в конструкте. Кроме того, синтетические слитые пептиды можно конструировать для получения эпитопа, который может узнаваться избирательным агентом, таким как антитело.

Способы получения дрожжевых носителей и экспрессии, объединения и/или связывания дрожжевых носителей с антигенами и/или другими белками, и/или интересующими средствами для получения дрожжевой иммунотерапевтической композиции, предусмотрены по изобретению.

В настоящем документе термины «комплекс дрожжевой носитель-антиген» или «комплекс дрожжи-антиген» используются, в общем, для описания любой связи дрожжевого носителя с антигеном и могут быть использованы взаимозаменяемо с термином «дрожжевая иммунотерапевтическая композиция», когда такую композицию применяют для вызывания иммунного ответа, как описано выше. Такая связь включает экспрессию антигена дрожжами (рекомбинантными дрожжами), введение антигена в дрожжи, физическое присоединение антигена к дрожжам, а также смешивание дрожжей и антигена вместе, например, в буфере или другом растворе или препарате. Такие типы комплексов подробно описаны ниже.

В одном варианте осуществления дрожжевую клетку, используемую для получения дрожжевого носителя, трансфицируют гетерологичной молекулой нуклеиновой кислоты, кодирующей белок (например, антиген), так что белок экспрессируется дрожжевой клеткой. Такие дрожжи также называют в настоящем документе рекомбинантными дрожжами или рекомбинантным дрожжевым носителем. Дрожжевую клетку затем можно формулировать с фармацевтически приемлемым эксципиентом и вводить непосредственно пациенту, хранить для более позднего введения или нагружать ею, как интактной клеткой, дендритную клетку. Дрожжевую клетку также можно убивать или ее можно дериватизировать, например, получая дрожжевые сферопласты, цитопласты, «тени» или субклеточные частицы, все из которых можно впоследствии хранить, вводить или нагружать такими производными дендритную клетку. Дрожжевые сферопласты также можно непосредственно трансфицировать рекомбинантной молекулой нуклеиновой кислоты (например, сферопласт получают из целой дрожжевой клетки и затем трансфицируют) для получения рекомбинантного сферопласта, экспрессирующего антиген. Дрожжевые клетки или дрожжевые сферопласты, которые рекомбинантно экспрессируют антиген(ы), можно использовать для получения дрожжевого носителя, представляющего собой дрожжевой цитопласт, дрожжевую «тень» или дрожжевую мембранную частицу, или частицу дрожжевой клеточной стенки, или ее фракцию.

Как правило, дрожжевой носитель и антиген(ы) и/или другие агенты можно связывать, используя любой метод, описанный в настоящем документе. В одном аспекте дрожжевой носитель нагружают внутриклеточно антигеном(ами) и/или агентом(ами). В другом аспекте антиген(ы) и/или агент(ы) ковалентно или нековалентно присоединяют к дрожжевому носителю. В другом аспекте дрожжевой носитель и антиген(ы) и/или агент(ы) связывают путем смешивания. В другом аспекте и в одном варианте осуществления антиген(ы) и/или агент(ы) экспрессируются рекомбинантно дрожжевым носителем или дрожжевой клеткой, или дрожжевым сферопластом, из которого был получен дрожжевой носитель.

Число антигенов и/или других белков, которые будут продуцироваться дрожжевым носителем по настоящему изобретению, составляет любое число антигенов и/или других белков, которое разумно продуцировать в дрожжевом носителе, и оно, как правило, находится в диапазоне от по меньшей мере одного до по меньшей мере примерно 6 или более, в том числе, от примерно 2 до примерно 6 антигенов и/или других белков.

Экспрессию антигена или другого белка в дрожжевом носителе по настоящему изобретению осуществляют с использованием методов, известных специалистам в данной области. Вкратце, молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую по меньшей мере один нужный антиген или другой белок, встраивают в экспрессионный вектор таким образом, что молекула нуклеиновой кислоты является функционально связанной с последовательностями контроля транскрипции, чтобы они были способны осуществлять либо конститутивную, либо регулируемую экспрессию молекулы нуклеиновой кислоты, когда ее вводят трансформацией в дрожжевую клетку-хозяина. Молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующие один или более антигенов и/или других белков, могут находиться на одном или более экспрессионных векторах, функционально связанные с одной или более последовательностями контроля экспрессии. Особенно важными последовательностями контроля экспрессии являются такие, которые контролируют инициацию транскрипции, например, промотор и вышележащие активаторные последовательности. Любой подходящий дрожжевой промотор можно использовать по настоящему изобретению, и различные такие промоторы известны специалистам в данной области. Промоторы для экспрессии в Saccharomyces cerevisiae включают, но не ограничиваются ими, промоторы генов, кодирующих следующие дрожжевые белки: алкогольдегидрогеназу I (ADH1) или II (ADH2), CUP1, фосфоглицераткиназу (PGK), триозофосфатизомеразу (TPI), фактор элонгации трансляции EF-1 альфа (TEF2), глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназу (GAPDH; также называемую TDH3, триозофосфатдегидрогеназой), галактокиназу (GAL1), галактоза-1-фосфатуридилтрансферазу (GAL7), UDP-галактоза-эпимеразу (GAL10), цитохром c1 (CYC1), белок Sec7 (SEC7) и кислую фосфатазу (PHO5), в том числе гибридные промоторы, такие как промоторы ADH2/GAPDH и CYC1/GAL10, и включая промотор ADH2/GAPDH, который индуцируется, когда концентрация глюкозы в клетке является низкой (например, от примерно 0,1 до примерно 0,2 процента), а также промотор CUP1 и промотор TEF2. Аналогично, известен целый ряд вышележащих активаторных последовательностей (UAS), также называемых энхансерами. Вышележащие активаторные последовательности для экспрессии в Saccharomyces cerevisiae включают, но не ограничиваются ими, UAS генов, кодирующих следующие белки: PCK1, TPI, TDH3, CYC1, ADH1, ADH2, SUC2, GAL1, GAL7 и GAL10, а также другие UAS, активируемые продуктом гена GAL4, при этом в одном аспекте используют ADH2 UAS. Поскольку ADH2 UAS активируется продуктом гена ADR1, может быть предпочтительным избыточно экспрессировать ген ADR1, если гетерологичный ген функционально связан с ADH2 UAS. Последовательности терминации транскрипции для экспрессии в Saccharomyces cerevisiae включают последовательности терминации генов α-фактора, GAPDH и CYC1.

Последовательности контроля транскрипции для экспрессии генов в метилотрофных дрожжах включают области контроля транскрипции генов, кодирующих алкоголь-оксидазу и форматдегидрогеназу.

Трансфекцию молекулы нуклеиновой кислоты в дрожжевую клетку по настоящему изобретению можно осуществлять любым методом, с помощью которого молекулу нуклеиновой кислоты можно вводить в клетку, и который включает, но не ограничивается ими, диффузию, активный перенос, ультразвуковую баню, электропорацию, микроинъекцию, липофекцию, адсорбцию и слияние протопластов. Трансфицированные молекулы нуклеиновой кислоты можно интегрировать в дрожжевую хромосому или сохранять на внехромосомных векторах с использованием методов, известных специалистам в данной области. Примеры дрожжевых носителей, несущих такие молекулы нуклеиновой кислоты, описаны подробно в настоящем документе. Как описано выше, дрожжевой цитопласт, дрожжевую «тень» и дрожжевые мембранные частицы или препараты клеточной стенки также можно получать рекомбинантными методами путем трансфицирования интактных дрожжевых микроорганизмов или дрожжевых сферопластов нужными молекулами нуклеиновой кислоты, обеспечения продуцирования в них антигена и последующих манипуляций с микроорганизмами или сферопластами с использованием методов, известных специалистам в данной области, для получения цитопластов, «теней» или субклеточного дрожжевого мембранного экстракта или его фракций, которые содержат нужные антигены или другие белки.

Эффективные условия для получения рекомбинантных дрожжевых носителей и экспрессии антигена и/или другого белка дрожжевым носителем включают эффективную среду, в которой можно культивировать дрожжевой штамм. Эффективная среда, как правило, представляет собой водную среду, содержащую усвояемые источники углеводов, азота и фосфата, а также соответствующие соли, минералы, металлы и другие питательные вещества, такие как витамины и факторы роста. Среда может содержать комплекс питательных веществ или может быть определенной минимальной средой. Дрожжевые штаммы по настоящему изобретению можно культивировать в различных контейнерах, включая, но не ограничиваясь ими, биореакторы, колбы Эрленмейера, пробирки, микропланшеты для титрования и чашки Петри. Культивирование проводят при значениях температуры, pH и содержания кислорода, которые подходят для дрожжевого штамма. Такие условия культивирования находятся в пределах компетенции рядового специалиста в данной области (смотри, например, Guthrie et al. (eds.), 1991, Methods in Enzymology, vol. 194, Academic Press, San Diego). Например, в соответствии с одним протоколом жидкие культуры, содержащие подходящую среду, можно инокулировать, используя культуры, полученные из исходных чашек и/или исходных культур иммунотерапевтических композиций на основе дрожжей-брахиурии, и выращивать в течение примерно 20 ч при температуре 30°C с перемешиванием при скорости 250 об/мин. При желании, первичные культуры затем можно наращивать до больших объемов. Экспрессия белка с векторов, которыми дрожжи были трансформированы (например, экспрессия брахиурии), может быть конститутивной, если используемым промотором является конститутивный промотор, или может быть индуцирована созданием соответствующих условий для индукции промотора, если используемым промотором является индуцируемый промотор (например, сульфат меди в случае промотора CUP1). В случае индуцируемого промотора индукцию экспрессии белка можно инициировать после того, как культура доросла до соответствующей плотности клеток, которая может составлять примерно 0,2 ДЕ/мл или более.

В одном аспекте изобретения иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии, полезная по настоящему изобретению, представляет собой иммунотерапевтическую композицию на основе дрожжей-брахиурии, содержащую дрожжи Saccharomyces cerevisiae, экспрессирующие полинуклеотид, кодирующий слитый белок брахиурии человека, представленный SEQ ID NO: 8, под контролем промотора CUP1, также называемую в настоящем документе GI-6301. В другом аспекте иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии, полезная по настоящему изобретению, представляет собой иммунотерапевтическую композицию на основе дрожжей-брахиурии, содержащую дрожжи Saccharomyces cerevisiae, экспрессирующие полинуклеотид, кодирующий слитый белок брахиурии человека, представленный SEQ ID NO: 8, под контролем промотора TEF2 (в векторе plu011), также называемую в настоящем документе GI-6302. В другом аспекте иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии, полезная по настоящему изобретению, представляет собой иммунотерапевтическую композицию на основе дрожжей-брахиурии, содержащую дрожжи Saccharomyces cerevisiae, экспрессирующие полинуклеотид, кодирующий слитый белок брахиурии человека, представленный SEQ ID NO: 8, под контролем промотора TEF2 (в векторе pGI-172), также называемую в настоящем документе GI-6303. В другом аспекте иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии, полезная по настоящему изобретению, представляет собой иммунотерапевтическую композицию на основе дрожжей-брахиурии, содержащую дрожжи Saccharomyces cerevisiae, экспрессирующие полинуклеотид, кодирующий слитый белок брахиурии человека, представленный SEQ ID NO: 20, под контролем промотора CUP1, также называемую в настоящем документе GI-6305.

В одном варианте осуществления настоящего изобретения в качестве альтернативы рекомбинантной экспрессии антигена или другого белка в дрожжевом носителе, дрожжевой носитель нагружают внутриклеточно белком или пептидом, или углеводами или другими молекулами, которые служат в качестве антигена и/или полезны в качестве иммуномодулирующих средств или модификаторов биологического ответа по изобретению. Затем дрожжевой носитель, который теперь содержит внутри клеток антиген и/или другие белки, можно вводить индивидууму или нагружать в такой носитель, как дендритная клетка. Пептиды и белки можно включать непосредственно в дрожжевые носители по настоящему изобретению методами, известными специалистам в данной области, например, путем диффузии, активного переноса, слияния липосом, электропорации, фагоцитоза, циклов замораживания-оттаивания и использования ультразвуковой бани. Дрожжевые носители, которые можно непосредственно нагружать пептидами, белками, углеводами, или другими молекулами, включают интактные дрожжи, а также сферопласты, «тени» или цитопласты, которые можно нагружать антигенами и другими агентами после получения. Альтернативно, интактные дрожжи можно нагружать антигеном и/или агентом, а затем из них можно получать сферопласты, «тени», цитопласты или субклеточные частицы. Любое число антигенов и/или других агентов можно нагружать в дрожжевой носитель в этом варианте осуществления, от по меньшей мере 1, 2, 3, 4 или любого целого числа вплоть до сотен или тысяч антигенов и/или других агентов, которые будут предоставлены, например, за счет нагрузки микроорганизма или его частей.

В другом варианте осуществления настоящего изобретения антиген и/или другой агент физически связан с дрожжевым носителем. Физическое связывание антигена и/или другого агента с дрожжевым носителем можно осуществлять любым подходящим методом в данной области, включая методы ковалентного и нековалентного связывания, которые включают, но не ограничиваются ими, химическую сшивку антигена и/или другого агента с внешней поверхностью дрожжевого носителя или биологическое связывание антигена и/или другого агента с внешней поверхностью дрожжевого носителя, например, с использованием антитела или другого связывающего партнера. Химическую сшивку можно выполнять, например, методами, включающими сшивку с помощью глутаральдегида, фотоаффинное мечение, обработку карбодиимидами, обработку химическими веществами, способными образовывать дисульфидные связи, и обработку другими сшивающими химическими веществами, стандартными в данной области. Альтернативно, можно создавать контакт с дрожжевым носителем химического вещества, которое изменяет заряд липидного бислоя дрожжевой мембраны или состав клеточной стенки таким образом, что наружная поверхность дрожжевой клетки с большей вероятностью сливается или связывается с антигенами и/или другими агентами, имеющими особые характеристики заряда. Нацеливающие агенты, такие как антитела, связывающие пептиды, растворимые рецепторы и другие лиганды, также можно включать в антиген в виде слитого белка или иным образом связывать с антигеном для связывания антигена с дрожжевым носителем.

Если антиген или другой белок экспрессируется на, или физически присоединен к поверхности дрожжей, в одном аспекте можно тщательно выбирать спейсерную ножку для оптимизации экспрессии или нахождения на поверхности антигена или другого белка. Размер спейсерной ножки(ножек) может влиять на то, сколько антигена или другого белка экспонировано для связывания на поверхности дрожжей. Таким образом, в зависимости от того, какой используют антиген(ы) или другой белок(белки), специалист в данной области сможет выбирать спейсерную ножку, создающую соответствующее пространство для антигена или другого белка на поверхности дрожжей. В одном варианте осуществления спейсерная ножка представляет собой дрожжевой белок из по меньшей мере 450 аминокислот. Спейсерные ножки подробно обсуждались выше.

В другом варианте осуществления дрожжевой носитель и антиген или другой белок связывают друг с другом за счет более пассивного, неспецифического или нековалентного механизма связывания, например, путем осторожного смешивания дрожжевого носителя и антигена или другого белка вместе в буфере или другом подходящем препарате (например, смеси).

В одном варианте осуществления интактные дрожжи (с экспрессией или без экспрессии гетерологичных антигенов или других белков) могут быть измельчены или обработаны таким образом, чтобы получать препараты клеточной стенки дрожжей, дрожжевые мембранные частицы или фрагменты дрожжей (то есть, не интактные), и фрагменты дрожжей в некоторых вариантах осуществления можно предоставлять вместе с, или вводить вместе с другими композициями, содержащими антигены (например, ДНК-вакцинами, белковыми субъединичными вакцинами, убитыми или инактивированными патогенами, вирусными векторными вакцинами), для усиления иммунных ответов. Например, ферментную обработку, химическую обработку или физическую силу (например, механическое разрушение или обработку ультразвуком) можно использовать для разбивания дрожжей на части, которые используют в качестве адъюванта.

В одном варианте осуществления изобретения дрожжевые носители, полезные по изобретению, включают дрожжевые носители, которые были убиты или инактивированы. Дрожжи можно убивать или инактивировать любым из множества подходящих методов, известных в данной области. Например, инактивация дрожжей нагреванием является стандартным методом инактивации дрожжей, и специалист в данной области при желании может контролировать структурные изменения целевого антигена стандартными методами, известными в данной области. Альтернативно, можно использовать другие методы инактивации дрожжей, например, химические, электрические, радиоактивное излучение или УФ-излучение. Смотри, например, методологию, описанную в стандартных учебных пособиях по культивированию дрожжей, например, Methods of Enzymology, Vol. 194, Cold Spring Harbor Publishing (1990). В любых используемых стратегиях инактивации следует учитывать вторичную, третичную или четвертичную структуру целевого антигена и сохранять такую структуру для оптимизации его иммуногенности.

Дрожжевые носители можно формулировать в дрожжевые иммунотерапевтические композиции или препараты по настоящему изобретению с использованием ряда методов, известных специалистам в данной области. Например, дрожжевые носители можно высушивать лиофилизацией. Препараты, содержащие дрожжевые носители, также можно получать, уплотняя дрожжи в брикет или таблетку, например, как это делается для дрожжей, используемых для выпекания или пивоварения. Кроме того, дрожжевые носители можно смешивать с фармацевтически приемлемым эксципиентом, таким как изотонический буфер, который переносится хозяином или клеткой-хозяином. Примеры таких эксципиентов включают воду, солевой раствор, раствор Рингера, раствор декстрозы, раствор Хэнка и другие водные физиологически сбалансированные солевые растворы. Также можно использовать неводные носители, такие как жирные масла, кунжутное масло, этилолеат или триглицериды. Другие полезные препараты включают суспензии, содержащие повышающие вязкость средства, такие как натрий-карбоксиметилцеллюлоза, сорбит, глицерин или декстран. Эксципиенты также могут содержать небольшие количества добавок, например, вещества, повышающие изотоничность и химическую стабильность. Примеры буферов включают фосфатный буфер, бикарбонатный буфер и трис-буфер, а примеры консервантов включают тимеросал, м- или о-крезол, формалин и бензиловый спирт. Стандартные препараты могут быть либо жидкими инъекционными препаратами, либо твердыми препаратами, которые можно принимать в подходящей жидкости, такой как суспензия или раствор для инъекции. Таким образом, в нежидком препарате эксципиент может включать, например, декстрозу, человеческий сывороточный альбумин и/или консерванты, к которым перед введением можно добавлять стерильную воду или солевой раствор.

В одном варианте осуществления настоящего изобретения композиция может включать дополнительные агенты, которые можно также называть соединениями-модификаторами биологического ответа, или обладать способностью продуцировать такие средства/модификаторы. Например, дрожжевой носитель можно трансфицировать или нагружать по меньшей мере одним антигеном и по меньшей мере одним агентом/соединением-модификатором биологического ответа, или композицию по изобретению можно вводить в сочетании с по меньшей мере одним агентом/модификатором биологического ответа. Модификаторы биологического ответа включают адъюванты и другие соединения, способные модулировать иммунные ответы, которые можно называть иммуномодулирующими соединениями, а также соединения, модифицирующие биологическую активность другого соединения или средства, такого как дрожжевой иммунотерапевтический препарат; такая биологическая активность не ограничена эффектами иммунной системы. Некоторые иммуномодулирующие соединения могут стимулировать защитный иммунный ответ, в то время как другие могут подавлять вредный иммунный ответ, и какое из иммуномодулирующих соединений полезно в сочетании с конкретным дрожжевым иммунотерапевтическим препаратом будет зависеть, по меньшей мере частично, от состояния заболевания или нарушения, которое предстоит лечить или предотвращать, и/или от индивидуума, которого предстоит лечить. Некоторые модификаторы биологического ответа предпочтительно усиливают опосредованный клетками иммунный ответ, в то время как другие предпочтительно усиливают гуморальный иммунный ответ (то есть, могут стимулировать иммунный ответ, при котором преобладающим является опосредованный клетками иммунитет по сравнению с гуморальным иммунитетом, или наоборот). Некоторые модификаторы биологического ответа имеют одно или более свойств, общих с биологическими свойствами дрожжевых иммунотерапевтических препаратов, или усиливают или дополняют биологические свойства дрожжевых иммунотерапевтических препаратов. Есть ряд методов, известных специалистам в данной области, для измерения стимуляции или подавления иммунных ответов, а также для дифференцирования опосредованных клетками иммунных ответов от гуморальных иммунных ответов, и для дифференцирования одного типа опосредованного клетками иммунного ответа от другого (например, TH17 ответ против TH1 ответа).

Агенты/модификаторы биологического ответа, полезные по изобретению, могут включать, но не ограничиваются ими, цитокины, хемокины, гормоны, липидные производные, пептиды, белки, полисахариды, низкомолекулярные лекарственные средства, антитела и их антигенсвязывающие фрагменты (включая, но не ограничиваясь ими, антитела против цитокинов, антитела против рецепторов цитокинов, антитела против хемокинов), витамины, полинуклеотиды, связывающие нуклеиновую кислоту фрагменты, аптамеры и модуляторы роста. Любое сочетание таких агентов предусмотрено по изобретению, и любой из таких агентов, объединенный или введенный в соответствии с протоколом совместно (например, одновременно, последовательно или в других форматах) с дрожжевым иммунотерапевтическим препаратом, представляет собой композицию, входящую в объем изобретения. Такие агенты хорошо известны в данной области. Такие агенты можно использовать в отдельности или в сочетании с другими агентами, описанными в настоящем документе.

Агенты могут включать агонисты и антагонисты конкретного белка или пептида или его домена. Используемый в настоящем документе термин «агонист» означает любое соединение или агент, включая, но не ограничиваясь ими, малые молекулы, белки, пептиды, антитела, связывающие нуклеиновую кислоту вещества и так далее, который связывается с рецептором или лигандом и продуцирует или инициирует ответ, и который может включать агенты, имитирующие или усиливающие действие природного вещества, связывающегося с рецептором или лигандом. «Антагонист» представляет собой любое соединение или агент, включая, но не ограничиваясь ими, малые молекулы, белки, пептиды, антитела, связывающие нуклеиновую кислоту вещества и так далее, который блокирует или ингибирует или ослабляет действие агониста.

Общие методы, используемые по изобретению

На практике настоящего изобретения будут использованы, если не указано иное, общепринятые методы молекулярной биологии (включая рекомбинантные методы), микробиологии, клеточной биологии, биохимии, химии нуклеиновых кислот и иммунологии, хорошо известные специалистам в данной области. Такие методы подробно описаны в литературе, например, Methods of Enzymology, Vol. 194, Guthrie et al., eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press (1990); Biology and activities of yeasts, Skinner, et al., eds., Academic Press (1980); Methods in yeast genetics: a laboratory course manual, Rose et al., Cold Spring Harbor Laboratory Press (1990); The Yeast Saccharomyces: Cell Cycle и Cell Biology, Pringle et al., eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press (1997); The Yeast Saccharomyces: Gene Expression, Jones et al., eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press (1993); The Yeast Saccharomyces: Genome Dynamics, Protein Synthesis, and Energetics, Broach et al., eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press (1992); Molecular Cloning: A Laboratory Manual, второе издание (Sambrook et al., 1989) и Molecular Cloning: A Laboratory Manual, третье издание (Sambrook and Russel, 2001), (коллективно называемые в настоящем документе «Sambrook»); Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al., eds., 1987, в том числе приложения в течение 2001 г.); PCR: The Polymerase Chain Reaction, (Mullis et al., eds., 1994); Harlow and Lane (1988), Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Publications, New York; Harlow and Lane (1999) Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY (коллективно называемые в настоящем документе «Harlow and Lane»), Beaucage et al. eds., Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, John Wiley & Sons, Inc., New York, 2000); Casarett and Doull's Toxicology The Basic Science of Poisons, C. Klaassen, ed., 6е издание (2001) и Vaccines, S. Plotkin, W. Orenstein, and P. Offit, eds., пятое издание (2008).

Общие определения

«TARMOGEN^®» (GlobeImmune, Inc., Louisville, Colorado), как правило, означает дрожжевой носитель, экспрессирующий один или более гетерологичных антигенов внеклеточно (на его поверхности), внутриклеточно (внутри или в цитозоле) или как внеклеточно, так и внутриклеточно. Носители TARMOGEN^®, в целом, были описаны (смотри, например, патент США № 5830463). Некоторые дрожжевые иммунотерапевтические композиции, а также способы их получения и, в целом, использования также подробно описаны, например, в патенте США № 5830463, патенте США № 7083787, патенте США № 7736642, Stubbs et al., Nat. Med. 7: 625-629 (2001), Lu et al., Cancer Research 64: 5084-5088 (2004) и в Bernstein et al., Vaccine 2008 Jan 24; 26(4): 509-21, полное содержание которых включено в настоящий документ посредством ссылки.

Как правило, термин «биологически активный» указывает на то, что соединение (включая белок или пептид) имеет по меньшей мере одну поддающуюся обнаружению активность, которая оказывает влияние на метаболические, физиологические, химические или другие процессы клетки, ткани или организма, что измеряют или наблюдают in vivo (то есть, в естественном физиологическом окружении) или in vitro (то есть, в лабораторных условиях).

Используемый в настоящем документе термин «модулировать» может быть использован взаимозаменяемо с термином «регулировать» и означает, как правило, повышающую регуляцию или понижающую регуляцию конкретной активности. Используемый в настоящем документе термин «повышающая регуляция» можно, в целом, использовать для описания любого из следующих: вызывание, инициация, увеличение, наращивание, активизация, улучшение, усиление, амплификация, стимуляция или обеспечение, применительно к конкретной активности. Аналогично, термин «понижающая регуляция» можно, в целом, использовать для описания любого из следующих: уменьшение, снижение, ингибирование, ослабление, убывание, убавление, блокирование или предотвращение, применительно к конкретной активности.

В одном варианте осуществления настоящего изобретения любую из аминокислотных последовательностей, описанных в настоящем документе, можно получать с по меньшей мере одной, и вплоть до примерно 20 дополнительными гетерологичными аминокислотами, фланкирующими каждый из C- и/или N-конца указанной аминокислотной последовательности. Полученный белок или полипептид можно называть «состоящим практически из» указанной аминокислотной последовательности. В соответствии с настоящим изобретением, гетерологичные аминокислоты представляют собой последовательность аминокислот, являющихся неприродными (то есть, не встречающихся в природе, in vivo), которые фланкируют указанную аминокислотную последовательность или которые не связаны с функцией указанной аминокислотной последовательности, или которые не кодировались бы нуклеотидами, фланкирующими природную нуклеотидную последовательность, кодирующую указанную аминокислотную последовательность, как это имеет место в гене, если бы такие нуклеотиды в природной последовательности транслировались бы с использованием стандартного использования кодонов для организма, из которого была получена данная аминокислотная последовательность. Аналогично, выражение «состоящая практически из» применительно к нуклеотидной последовательности в настоящем документе означает нуклеотидную последовательность, кодирующую указанную аминокислотную последовательность, которая может быть фланкирована от по меньшей мере одного и до 60 дополнительными гетерологичными нуклеотидами на каждом из 5' и/или 3'-конца нуклеотидной последовательности, кодирующей указанную аминокислотную последовательность. Гетерологичные нуклеотиды представляют собой нуклеотиды, являющиеся неприродными (то есть, не встречающиеся в природе, in vivo), которые фланкируют нуклеотидную последовательность, кодирующую указанную аминокислотную последовательность, как это имеет место в природном гене, или не кодируют белок, придающий какую-либо дополнительную функцию белку или изменяющий функцию белка, имеющего указанную аминокислотную последовательность.

Используемое в настоящем документе выражение «избирательно связывается с» означает способность антитела, антигенсвязывающего фрагмента или связывающего партнера по настоящему изобретению предпочтительно связываться с указанными белками. Более конкретно, выражение «избирательно связывает» означает специфическое связывание одного белка с другим (например, антитела, его фрагмента или связывающего партнера с антигеном), при этом уровень связывания, измеренный в любом стандартном анализе (например, иммуноанализе), статистически значительно выше, чем фоновый контроль в данном анализе. Например, при проведении иммуноанализа контроли, как правило, включают реакционную лунку/пробирку, содержащую только антитело или антигенсвязывающий фрагмент (то есть, в отсутствие антигена), при этом степень реакционной способности (например, неспецифическое связывание с лункой), проявляемой антителом или его антигенсвязывающим фрагментом в отсутствие антигена, считают фоновым значением. Связывание можно измерять различными методами, стандартными в данной области, включая иммуноферментные анализы (например, ELISA, иммуноблотинг и так далее).

Общая ссылка на белок или полипептид, используемый по настоящему изобретению, включает полноразмерные белки, почти полноразмерные белки (определенные выше) или любой фрагмент, домен (структурный, функциональный или иммуногенный), конформационный эпитоп, либо гомолог или вариант данного белка. Слитый белок, как правило, также можно называть белком или полипептидом. В соответствии с настоящим изобретением, выделенный белок представляет собой белок (включая полипептид или пептид), который был удален из его природного окружения (то есть, подвергнутый манипуляциям человека), и может включать очищенные белки, частично очищенные белки, полученные рекомбинантными методами белки и полученные синтетическими методами белки, например. Как таковой, термин «выделенный» не отражает степень, до которой белок был очищен. Предпочтительно, выделенный белок по настоящему изобретению получают рекомбинантными методами. В настоящем документе термины «модификация» и «мутация» можно использовать взаимозаменяемо, в частности, применительно к модификациям/мутациям в аминокислотных последовательностях белков или их частей (или нуклеотидных последовательностях), описанных в настоящем документе.

Используемый в настоящем документе термин «гомолог» или «вариант» означает белок или пептид, который отличается от эталонного белка или пептида (то есть, «прототипа» или белка «дикого типа») незначительными модификациями в эталонном белке или пептиде, но который сохраняет основную структуру белка и боковых цепей природной формы. Такие изменения включают, но не ограничиваются ими: изменения в одной или нескольких аминокислотных боковых цепях; изменения одной или нескольких аминокислот, включая делеции (например, укороченный вариант белка или пептида), вставки и/или замены; изменения в стереохимии одного или нескольких атомов и/или незначительные дериватизации, включая, но не ограничиваясь ими: метилирование, гликозилирование, фосфорилирование, ацетилирование, миристоилирование, пренилирование, пальмитирование, амидирование и/или добавление гликозилфосфатидил инозитола. Гомолог или вариант может иметь усиленные, ослабленные или практически аналогичные свойства по сравнению с эталонным белком или пептидом. Гомолог или вариант может включать агонист белка или антагонист белка. Гомологи или варианты можно получать с использованием методов, известных в данной области для получения белков, включая, но не ограничиваясь ими, прямые модификации выделенного эталонного белка, прямой синтез белка или модификации нуклеотидной последовательности, кодирующей белок, с использованием, например, классических методов или методов рекомбинантной ДНК для осуществления случайного или направленного мутагенеза, что приводит к кодированию варианта белка. Кроме того, могут существовать природные варианты эталонного белка (например, изоформы, аллельные варианты или другие природные варианты, которые могут встречаться у отдельных индивидуумов) и они могут быть выделены, продуцированы и/или использованы по изобретению.

Гомолог или вариант конкретного белка может содержать, состоять в основном из, или состоять из аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере примерно на 45% или по меньшей мере примерно на 50%, или по меньшей мере примерно на 55%, или по меньшей мере примерно на 60%, или по меньшей мере примерно на 65%, или по меньшей мере примерно на 70%, или по меньшей мере примерно на 75%, или по меньшей мере примерно на 80%, или по меньшей мере примерно на 85%, или по меньшей мере примерно на 86% идентична, или по меньшей мере примерно на 87% идентична, или по меньшей мере примерно на 88% идентична, или по меньшей мере примерно на 89% идентична, или по меньшей мере примерно на 90%, или по меньшей мере примерно на 91% идентична, или по меньшей мере примерно на 92% идентична, или по меньшей мере примерно на 93% идентична, или по меньшей мере примерно на 94% идентична, или по меньшей мере примерно на 95% идентична, или по меньшей мере примерно на 96% идентична, или по меньшей мере примерно на 97% идентична, или по меньшей мере примерно на 98% идентична, или по меньшей мере примерно на 99% идентична (или имеет любой процент идентичности от 45% до 99%, с шагом в целочисленное значение) с аминокислотной последовательностью эталонного белка (например, аминокислотной последовательностью, приведенной в настоящем документе, или аминокислотной последовательностью указанного белка). В одном варианте осуществления гомолог или вариант содержит, состоит в основном из, или состоит из аминокислотной последовательности, которая менее чем на 100% идентична, менее чем примерно на 99% идентична, менее чем примерно на 98% идентична, менее чем примерно на 97% идентична, менее чем примерно на 96% идентична, менее чем примерно на 95% идентична, и так далее, с шагом в 1%, до менее чем примерно на 70% идентична с аминокислотной последовательностью эталонного белка.

При использовании в настоящем документе, если не указано иное, ссылка на процент (%) идентичности относится к оценке гомологии, которую выполняют с использованием: (1) базового поиска гомологии с помощью базового инструментария поиска локальных блоков (BLAST), используя blastp для поиска в случае аминокислотных последовательностей и blastn для поиска в случае нуклеотидных последовательностей со стандартными параметрами по умолчанию, при этом искомую последовательность фильтруют на области низкой сложности по умолчанию (как описано в публикации Altschul, S.F., Madden, T.L., Schääffer, A.A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W. & Lipman, D.J. (1997) «Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs», Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402, полное содержание которой включено в настоящий документ посредством ссылки); (2) выравнивания с помощью BLAST двух последовательностей (например, используя параметры, описанные ниже); (3) и/или PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST) со стандартными параметрами по умолчанию. Следует отметить, что из-за некоторых различий в стандартных параметрах между Basic BLAST и BLAST для двух последовательностей, две определенные последовательности могут считаться имеющими значительную гомологию при использовании программы BLAST, в то время как поиск, выполненный в программе Basic BLAST с использованием одной из последовательностей в качестве искомой последовательности может не отнести вторую последовательность к числу лучших находок. Кроме того, PSI-BLAST обеспечивает автоматизированный, простой в использовании вариант «профильного» поиска, который является чувствительным методом поиска гомологии последовательностей. Сначала программа выполняет поиск в базе данных аналогично программе Gapped BLAST. Программа PSI-BLAST использует информацию о любых значимых результатах выравнивания и составляет позиционно-специфическую матрицу весов, которая заменяет искомую последовательность в следующем раунде поиска в базе данных. Таким образом, следует понимать, что процент идентичности можно определять с использованием любой из этих программ.

Две конкретные последовательности можно выравнивать друг с другом, используя программу BLAST, как описано в публикации Tatusova and Madden, (1999), «Blast 2 sequences - a new tool for comparing protein and nucleotide sequences», FEMS Microbiol Lett. 174: 247-250, полное содержание которой включено в настоящий документ посредством ссылки. Такое выравнивание последовательностей выполняют в blastp или blastn с использованием алгоритма BLAST 2.0 для проведения Gapped BLAST поиска (BLAST 2.0) между двумя последовательностями, допускающего внесение разрывов (делеций и вставок) в полученное выравнивание. Для наглядности в настоящем документе выравнивание последовательностей в программе BLAST для двух последовательностей выполняют с использованием следующих параметров по умолчанию.

Для blastn, используя матрицу 0 BLOSUM62:

Премия за совпадение = 1

Штраф за несовпадение = -2

Штрафы за внесение разрыва (5) и удлинение разрыва (2)

разрыв x_dropoff (50) ожидание (10) размер слова (11) фильтр (включен)

Для blastp, используя матрицу 0 BLOSUM62:

Штрафы за внесение разрыва (11) и удлинение разрыва (1)

разрыв x_dropoff (50) ожидание (10) размер слова (3) фильтр (включен).

Выделенная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, которая была удалена из ее природного окружения (то есть, то есть, подвергнута манипуляциям человека), при этом ее природным окружением является геном или хромосома, в которой молекула нуклеиновой кислоты встречается в природе. Как таковой, термин «выделенная» не обязательно отражает степень, до которой молекула нуклеиновой кислоты была очищена, но указывает на то, что молекула не содержит целый геном или целую хромосому или сегмент генома, содержащий более одного гена, в котором молекула нуклеиновой кислоты встречается в природе. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты может содержать полный ген. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержащая ген, не является фрагментом хромосомы, содержащей такой ген, а содержит кодирующую область и регуляторные области, связанные с геном, но не дополнительные гены, которые естественным образом находятся на той же хромосоме. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты также может содержать части гена. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты также может содержать указанную нуклеотидную последовательность, фланкированную (то есть, на 5' и/или 3'-конце последовательности) дополнительными нуклеотидными последовательностями, которые обычно не фланкируют указанную нуклеотидную последовательность в природе (то есть, гетерологичными последовательностями). Выделенная молекула нуклеиновой кислоты может включать ДНК, РНК (например, мРНК), либо производные ДНК или РНК (например, кДНК). Хотя выражение «молекула нуклеиновой кислоты» в основном относится к физической молекуле нуклеиновой кислоты и выражение «нуклеотидная последовательность» в основном относится к последовательности нуклеотидов в молекуле нуклеиновой кислоты, эти два выражения можно использовать взаимозаменяемо, особенно применительно к молекуле нуклеиновой кислоты или нуклеотидной последовательности, способной кодировать белок или домен белка.

Рекомбинантная молекула нуклеиновой кислоты представляет собой молекулу, которая может содержать по меньшей мере одну из любой нуклеотидной последовательности, кодирующей любой один или более белков, описанных в настоящем документе, функционально связанную с по меньшей мере одной из любой последовательности контроля транскрипции, способной эффективно регулировать экспрессию молекулы(молекул) нуклеиновой кислоты в клетке, которая будет трансфицирована. Хотя выражение «молекула нуклеиновой кислоты» в основном относится к физической молекуле нуклеиновой кислоты и выражение «нуклеотидная последовательность» в основном относится к последовательности нуклеотидов в молекуле нуклеиновой кислоты, эти два выражения можно использовать взаимозаменяемо, особенно применительно к молекуле нуклеиновой кислоты или нуклеотидной последовательности, способной кодировать белок. Кроме того, выражение «рекомбинантная молекула» в основном относится к молекуле нуклеиновой кислоты, функционально связанной с последовательностью контроля транскрипции, но может быть использовано взаимозаменяемо с выражением «молекула нуклеиновой кислоты», которую вводят животному.

Рекомбинантная молекула нуклеиновой кислоты включает рекомбинантный вектор, представляющий собой любую нуклеотидную последовательность, как правило, гетерологичную последовательность, функционально связанную с выделенной молекулой нуклеиновой кислоты, кодирующей слитый белок по настоящему изобретению, которая способна обеспечивать рекомбинантную продукцию слитого белка, и которая способна доставлять молекулу нуклеиновой кислоты в клетку-хозяина в соответствии с настоящим изобретением. Такой вектор может содержать нуклеотидные последовательности, которые естественным образом не встречаются рядом с выделенными молекулами нуклеиновой кислоты, которые вставляют в вектор. Вектор может представлять собой РНК или ДНК, как прокариотическую, так и эукариотическую, и в настоящем изобретении предпочтительно представляет собой плазмиду, подходящую для трансфицирования дрожжей. Рекомбинантные векторы можно использовать для клонирования, секвенирования и/или другой манипуляции с молекулами нуклеиновой кислоты, и можно использовать для доставки таких молекул (например, как в композиции ДНК или композиции на основе вирусного вектора). Рекомбинантные векторы предпочтительно используются для экспрессии молекул нуклеиновой кислоты, и также могут называться экспрессионными векторами. Предпочтительные рекомбинантные векторы способны экспрессироваться в трансфицированной клетке-хозяине, такой как дрожжевая клетка.

В рекомбинантной молекуле по настоящему изобретению молекулы нуклеиновой кислоты функционально связаны с экспрессионными векторами, содержащими регуляторные последовательности, такие как последовательности контроля транскрипции, последовательности контроля трансляции, точки начала репликации и другие регуляторные последовательности, которые совместимы с клеткой-хозяином и которые контролируют экспрессию молекул нуклеиновой кислоты по настоящему изобретению. В частности, рекомбинантные молекулы по настоящему изобретению включают молекулы нуклеиновой кислоты, которые функционально связаны с одной или более последовательностями контроля экспрессии. Выражение «функционально связаны» означает связь молекулы нуклеиновой кислоты с последовательностью контроля экспрессии таким образом, что молекула экспрессируется, будучи трансфицированной (то есть, при введении путем трансформации, трансдукции или трансфекции) в клетку-хозяина.

Используемый в настоящем документе термин «трансфекция» означает любой способ, с помощью которого молекула нуклеиновой кислоты (то есть, рекомбинантная молекула нуклеиновой кислоты) может быть введена в клетку. Термин «трансформация» можно использовать взаимозаменяемо с термином «трансфекция», когда такой термин используют для обозначения введения молекул нуклеиновой кислоты в микробные клетки, например, водоросли, бактерии и дрожжи. В микробных системах термин «трансформация» используется для описания наследуемого изменения в результате введения экзогенных нуклеиновых кислот в микроорганизм и является по существу синонимом термина «трансфекция». Таким образом, методы трансфекции включают, но не ограничиваются ими, трансформацию, химическую обработку клеток, бомбардировку частицами, электропорацию, микроинъекцию, липофекцию, адсорбцию, инфекцию и слияние протопластов.

Следующие экспериментальные результаты приведены для целей иллюстрации и не предназначены для ограничения объема изобретения.

ПРИМЕРЫ

Пример 1

В следующем примере описаны клинические испытания фазы 1 или фазы 2 с участием субъектов, имеющих хордому.

Рандомизированные клинические испытания фазы 1 или фазы 2 с участием пациентов, имеющих хордому, проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 или SEQ ID NO: 20). В испытании принимают участие по меньшей мере 20 или более субъектов с хордомой.

Испытание проводят как двойное слепое или открытое, плацебо-контролируемое многоцентровое исследование. Все пациенты получают стандартное лечение, которое включает резекцию опухоли и лучевую терапию, при этом испытуемая группа пациентов получает несколько последовательных инъекций иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии во время лечения. Основным критерием оценки является сокращение количества брахиурия-положительных опухолевых клеток, улучшение симптоматических и радиологических ответов, не прогрессирующий рост опухоли, выживаемость без рецидивов или общая выживаемость. Дополнительные критерии оценки могут включать антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении).

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии будет вызывать появление связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов и/или усиление ранее существующих брахиурия-специфических базовых T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов. Также ожидается, что у некоторых или у большинства пациентов стабилизируется заболевание и/или увеличится срок выживаемости без рецидивов (выживаемости без прогрессирования) и/или общей выживаемости.

Пример 2

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием здоровых субъектов, имеющих семейную хордому в анамнезе.

Рандомизированное клиническое испытание фазы 2 с участием здоровых субъектов, имеющих семейную хордому в анамнезе (то есть субъектов из семей, в которых два или более кровных родственника имели хордому в анамнезе) проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 или SEQ ID NO: 20). В испытании принимают участие по меньшей мере 40 или более субъектов.

Испытание проводят как двойное слепое или открытое, плацебо-контролируемое многоцентровое исследование. Проводят регулярный мониторинг всех пациентов, при этом испытуемая группа пациентов получает несколько последовательных инъекций иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии. Субъектов проверяют на наличие хордомы. Критерии оценки могут включать антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении), продолжающееся отсутствие хордомы и задержку прогрессирования хордомы.

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии будет вызывать появление связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов. Ожидается, что в испытуемой группе субъектов будет более низкая частота возникновения хордомы или задержка начала развития хордомы по сравнению с субъектами, получающими плацебо, или по сравнению с популяцией субъектов с семейной хордомой в анамнезе (то есть, с семейной хордомой), которые не получали дрожжевую иммунотерапию. С целью сравнения для определения эффективности лечения контроль может включать обоснованную/эталонную историческую контрольную степень заболеваемости семейной хордомой, которая может быть определена путем отслеживания членов семей, где имела место семейная хордома, с течением времени, что позволяет определять базовый эталонный уровень частоты заболеваемости.

Пример 3

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 1, проводимое с участием субъектов, имеющих рак, клетки которого, как известно, экспрессируют брахиурию.

Было начато открытое, с последовательной эскалацией дозы клиническое испытание фазы 1 с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, обозначенной GI-6301. Согласно этому протоколу клинического испытания, ключевыми критериями включения в исследование были: наличие солидной опухоли, поддающееся измерению заболевание (заболевание должно поддаваться оценке) или неподдающееся измерению заболевание, по шкале статуса Восточной объединенной группы онкологов (ECOG) степень 0-1 (при этом степень 0 соответствует полной активности, способности функционировать без ограничений, как до наступления болезни, и степень 1 соответствует функционированию с ограничением тяжелой физической активности, но без госпитализации, и способности выполнять легкую или сидячую работу), уровни креатинина </-1,5xВПН (верхний предел нормы), уровни ALT (аланинаминотрансферазы) </-2,5xВПН, уровни AST (аспартатаминотрансферазы) </-2,5xВПН, уровни билирубина (Bili) </-1,5xВПН, абсолютное количество нейтрофилов (ANC) >1500, количество тромбоцитов >100000, минимум через 2 недели после предварительного химиотерапевтического лечения. Кроме того, допускались пациенты, которые ранее получали иммунотерапию.

Ключевыми критериями исключения были: наличие у пациентов ВИЧ-инфекции или гепатита, беременность у женщин, кормление грудью у женщин, наличие у пациентов активного аутоиммунного заболевания, системное использование некоторых стероидов, аллергия на дрожжевые продукты, заболевание ЦНС, перикардиальная опухоль >2 см, вирусемия EBV (определяемая методом ПЦР, log10 значение >3,0), заболевание щитовидной железы (опухоль или аутоиммунное), а также прием пациентами трициклических антидепрессантов.

27 пациентов (3-16 пациентов на группу дозирования) с распространенными злокачественными опухолями были включены в исследование, и им была введена иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии, известная как GI-6301, в соответствии с протоколом последовательной эскалации дозы в группе. По протоколу использовали диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ x 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ x 4 участка) и 40 ДЕ (10 ДЕ x 4 участка), вводимых подкожно. GI-6301 вводили с 2-недельными интервалами в общей сложности за 7 посещений (~3 месяца), а затем ежемесячно с рестадирующим сканированием каждые 2 месяца на протяжении исследования. Основным критерием оценки была безопасность. Второстепенные критерии оценки включали анализ иммунных ответов на ассоциированный с опухолью антиген, то есть, обнаруживается ли значительное изменение количества предшественников T-клеток, что определяют по увеличению количества брахиурия-специфических T-клеток в анализе ELISpot и пролиферации в ответ на белок брахиурию (например, брахиурия-специфические CD8+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении). Дополнительные второстепенные критерии оценки включали клинические результаты, такие как выживаемость без прогрессирования, изменения в опухолевых маркерах или степень изменения, а также параметры общей иммунной активации, включая частоту встречаемости подгрупп иммунных клеток в периферической крови (CD8+ клетки памяти/эффекторные T-клетки, CD4+ клетки памяти/эффекторные T-клетки, Treg, NK-клетки, DC), а также изменения сывороточных уровней цитокинов (например, IFN-γ, IL-10, IL-12, IL-2, IL-4, TGF-β и так далее). Например, иммунный ответ определяли путем измерения методом проточной цитометрии внутриклеточного окрашивания (ICS) CD4 и CD8 T-лимфоцитов на цитокины интерферон-гамма (IFN-γ), фактор некроза опухоли (TNF) и интерлейкин 2 (IL-2).

Лечение хорошо переносилось, при этом 27 пациентов прошли 191 цикл вакцинирования. У двух пациентов имела место реакция 3-й степени в месте инъекции (временная). Других проявлений токсичности 3 степени и никакой токсичности 4 степени, связанных с вакциной, не наблюдали. Только в девяти циклах введение было связано с токсичностью 2 степени (как правило, симптомы, похожие на грипп).

21 образец получали для анализа иммунного ответа, при этом в 7 образцах был обнаружен брахиурия-специфический ответ, измеренный с помощью ICS. Среднее время исследования составляло 74 дня (диапазон). У пациента с метастатическим раком толстого кишечника заболевание стабилизировалось на 15 месяцев.

В целом, было установлено, что иммунотерапевтическая композиция GI-6301 является безопасной и хорошо переносимой без существенных токсичностей. Это испытание фазы 1 для иммунотерапевтической композиции GI-6301 продемонстрировало безопасность и усиление иммунного ответа у некоторых пациентов. Эти результаты показали, впервые для человека, что фактор транскрипции можно иммунологически таргетировать путем вакцинации.

Пример 4

В следующем примере описано продолжение испытания фазы 1, описанного в примере Пример 3, и продемонстрированы результаты иммунизации субъектов с хордомой композицией на основе дрожжей-брахиурии по изобретению.

Была начата расширенная фаза испытания фазы 1, описанного в примере 3. Целью расширенной фазы исследования было введение GI-6301 в наивысшей переносимой дозе дополнительной группе пациентов и включение в исследование пациентов с распространенной опухолью хордомой. Для включения в расширенную фазу исследования следующие критерии пригодности были удалены по сравнению с первоначальным исследованием, описанным в примере 3: исключение пациентов с заболеванием ЦНС (специально, чтобы иметь возможность включать в исследование пациентов с хордомой), заболеванием щитовидной железы (и мониторинг) и требования результатов ПЦР на вирус Эпштейна-Барр (EBV).

Семь пациентов с рецидивирующей (распространенной) хордомой были включены в расширенную фазу исследования с уровнем дозы 40 ДЕ, и клинические и иммунологические результаты этих пациентов были исходно оценены. Все семь пациентов ранее получали лучевую терапию (в среднем, 470 дней после облучения: диапазон 111-1883). Средний возраст составлял 59 (41-66) лет. Все получали 40 ДЕ вакцины каждые 2 недели x 7 с первым рестадированием в день 8. В случае стабилизации, пациенты переходили на режим ежемесячного дозирования с рестадирующим сканированием каждые 2 месяца. Основным критерием оценки была безопасность, но также отслеживались клинические результаты. Кроме того, были проанализированы брахиурия-специфические T-клеточные ответы путем определения методом проточной цитометрии внутриклеточного окрашивания (ICS) CD4 и CD8 T-лимфоцитов на цитокины IFN-γ, TNF, и IL-2.

Как описано выше, все 7 пациентов ранее получали интенсивное лечение. Два пациента имели относительно стабильное заболевание в течение 6 и 12 месяцев, соответственно, при включении в исследование, и оба оставались стабильными в день 141 и 197 рестадирования, соответственно. Остальные 5 пациентов имели прогрессирующее заболевание при включении в исследование. Из этих 5, у 1 наблюдали уменьшение индексных лезий на >30% в день 141 и подтвержденный частичный ответ (PR) при повторном сканировании через 4 недели. 1 пациент имел стабильное заболевание вплоть до дня 141 рестадирования. У других 3 наблюдали прогрессирование в день 141 рестадирования. Неблагоприятные события были минимальными, при этом наиболее распространенной формой была реакция в месте инъекции (13 случаев при 63 введенных дозах (21%), у 6 из 7 пациентов (86%)). У двух из 7 пациентов был обнаружен брахиурия-специфический T-клеточный ответ методом ICS.

В группе 40 ДЕ расширенного исследования регистрировали изменения размеров опухолей, как показано на фигуре 1. Шкала по оси x с левой стороны от дня «ноль» отличается от шкалы с правой стороны от дня «ноль».

На сегодняшний день, результаты для данной группы пациентов с распространенной хордомой в исследовании фазы I с введением вакцины GI-6301 продемонстрировали безопасность и усиление иммунного ответа с подтвержденным частичным ответом (PR).

Для 4-5 пациентов с рецидивирующей хордомой запланировано участие в расширенной фазе исследования с применением уровня дозы 80 ДЕ.

Пример 5

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием субъектов с хордомой, имеющих локально рецидивирующее или метастатическое заболевание с прогрессированием опухоли, произошедшим в срок от 3 до 9 месяцев до участия в исследовании.

В данном клиническом исследовании оценивают эффект иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии у субъектов с хордомой, имеющих рецидивирующее или метастатическое заболевание. Субъектов, получавших ранее терапию любой линии, включают в исследование. Кроме того, для включения в исследование необходимо, чтобы у субъекта имело место прогрессирование опухоли, произошедшее в срок от 3 до 9 месяцев до участия в исследовании. Субъекты получают дрожжевую иммунотерапевтическую композицию, например, GI-6301, описанную в настоящем документе. Например, по протоколу можно использовать диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ x 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ x 4 участка), 40 ДЕ (10 ДЕ x 4 участка), а также 80 ДЕ (вводимых подкожно).

Через примерно 6 месяцев после начала иммунизаций иммунотерапевтической композицией субъектов будет оценивать лечащий врач для определения того, имеют ли они лезию, которую можно облучать. Если лезию можно облучать, к лезии будут применять лучевую терапию и проводить мониторинг и оценку состояния субъекта до достижения основных и второстепенных критериев оценки в данном исследовании. Если лезию нельзя облучать, субъект не будет получать лучевую терапию, и будут проводить мониторинг и оценку его состояния до достижения основных и второстепенных критериев оценки в данном исследовании. Введение дрожжевой иммунотерапевтической композиции продолжают в течение этого времени до достижения основных и второстепенных критериев оценки в данном исследовании.

Основным критерием оценки будет определение выживаемости без прогрессирования (PFS) в соответствии с RECIST. Второстепенные критерии оценки включают степень опухолевого ответа (в соответствии с RECIST и Choi, и оценку в облученных и необлученных лезиях для сравнения), а также кинетику роста опухоли (результаты оценки за 6 месяцев до иммунотерапевтического лечения против результатов через 6 месяцев после иммунотерапевтического лечения). Ожидается, что для PFS средний срок составит 9 месяцев по сравнению с не получавшими лечение контрольными субъектами (ожидаемый срок 5 месяцев). Ответ субъектов на введение иммунотерапевтической композиции можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение таким же образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Ожидается, что введение композиции на основе дрожжей-брахиурии в данном исследовании будет безопасным и хорошо переносимым без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что введение композиции на основе дрожжей-брахиурии приведет к увеличению выживаемости без прогрессирования по сравнению со стандартным средним сроком PFS для данной категории субъектов, получающих стандартное лечение, и ожидается, что улучшение показателей PFS будет еще больше при использовании дополнительной лучевой терапии после вакцинирования. Кроме того, ожидается, что введение композиции на основе дрожжей-брахиурии приведет к повышению степени ответа и благоприятному изменению кинетики роста опухоли. И наконец, ожидается, что введение композиции на основе дрожжей-брахиурии приведет к развитию вызванных лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов.

Пример 6

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием субъектов с хордомой, имеющих неоперабельную, локально рецидивирующую лезию, при этом лезия ранее не была облучена.

Рандомизированное клиническое испытание фазы 2 с участием этих субъектов с хордомой проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 (GI-6301) или SEQ ID NO: 20 (GI-6305). Для статистической мощности исследования в исследование будет включено соответствующее количество пациентов для оценки клинической эффективности с использованием критериев, описанных ниже.

Исследование проводят как двойное слепое или открытое, многоцентровое исследование. Ко всем пациентам применяют рутинный мониторинг и/или стандартное лечение лучевой терапией, системной лекарственной терапией или (в испытуемой группе пациентов) их сочетанием с несколькими последовательными инъекциями иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии (то есть GI-6301 или других иммунотерапевтических препаратов на основе дрожжей-брахиурии). Например, в протоколе можно использовать диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ x 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ x 4 участка), 40 ДЕ (10 ДЕ x 4 участка), а также 80 ДЕ (вводимых подкожно). Дозу можно вводить, например, как описано в примере 3, или ежемесячно. Критериями включения могут быть: наличие солидной опухоли и поддающееся измерению заболевание. Основные и/или второстепенные критерии оценки могут включать выживаемость без прогрессирования (можно определять в соответствии с RECIST или можно определять по критериям иммунного ответа, модифицированным для RECIST, или по критериям Choi), задержку прогрессирования, степень опухолевого ответа (то есть, радиографический ответ, определяемый за 6-12 месяцев до участия в исследовании путем визуализации не леченной опухоли на протяжении определенного периода времени, стабильность или прогрессирование, определяемые в соответствии с критериями RECIST и/или Choi, и/или в сравнении с необлученными лезиями у субъекта), изменения в кинетике роста опухоли (например, результаты за 6 месяцев до лечения против результатов через 6 месяцев после лечения), антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ и/или CD4+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении), общую выживаемость или их сочетания.

Ответ субъектов на введение иммунотерапевтической композиции можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение таким же образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии приведет у увеличению срока выживаемости без прогрессирования, продуцированию связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов и/или уменьшению скорости роста опухоли. Ожидается, что в испытуемой группе субъектов будет иметь место задержка прогрессирования по сравнению с контрольными субъектами, не получавшими дрожжевую иммунотерапию. Цель данного исследования заключается в создании тенденции, и предпочтительно, статистически значимого увеличения средней PFS по сравнению со средней PFS в популяции субъектов с хордомой, описанных в данном примере. В качестве иллюстрации, может быть достигнут статистически значимый целевой показатель средней PFS, составляющий 9 месяцев, при том, что для соответствующей популяции субъектов с хордомой, участвующих в исследовании, ожидаемый средний показатель PFS может составлять, как правило, примерно 5 месяцев.

Пример 7

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием субъектов с хордомой, имеющих неоперабельную локально рецидивирующую лезию, при этом лезия ранее была облучена.

Рандомизированное клиническое испытание фазы 2 с участием этих субъектов с хордомой проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 (GI-6301) или SEQ ID NO: 20 (GI-6305). Для статистической мощности исследования в исследование будет включено соответствующее количество пациентов для оценки клинической эффективности с использованием критериев, описанных ниже.

Исследование проводят как двойное слепое или открытое, многоцентровое исследование. Ко всем пациентам применяют рутинный мониторинг и/или стандартное лечение лучевой терапией, системной лекарственной терапией или (в испытуемой группе пациентов) их сочетанием с несколькими последовательными инъекциями иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии (то есть GI-6301 или других иммунотерапевтических препаратов на основе дрожжей-брахиурии). Например, в протоколе можно использовать диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ x 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ x 4 участка), 40 ДЕ (10 ДЕ x 4 участка), а также 80 ДЕ (вводимых подкожно). Дозу можно вводить, например, как описано в примере 3, или ежемесячно. Критериями включения могут быть: наличие солидной опухоли и поддающееся измерению заболевание. Основные и/или второстепенные критерии оценки могут включать выживаемость без прогрессирования (можно определять в соответствии с RECIST или можно определять по критериям иммунного ответа, модифицированным для RECIST, или по критериям Choi), задержку прогрессирования, степень опухолевого ответа (то есть, радиографический ответ, определяемый за 6-12 месяцев до участия в исследовании путем визуализации не леченной опухоли на протяжении определенного периода времени, стабильность или прогрессирование, определяемые в соответствии с критериями RECIST и/или Choi, и/или в сравнении с необлученными лезиями у субъекта), изменения в кинетике роста опухоли (например, результаты за 6 месяцев до лечения против результатов через 6 месяцев после лечения), антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ и/или CD4+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении), общую выживаемость или их сочетания.

Ответ субъектов на введение иммунотерапевтической композиции можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение таким же образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии приведет у увеличению срока выживаемости без прогрессирования, продуцированию связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов и/или уменьшению скорости роста опухоли. Ожидается, что в испытуемой группе субъектов будет иметь место задержка прогрессирования по сравнению с контрольными субъектами, не получавшими дрожжевую иммунотерапию. Цель данного исследования заключается в создании тенденции, и предпочтительно, статистически значимого увеличения средней PFS по сравнению со средней PFS в популяции субъектов с хордомой, описанных в данном примере. В качестве иллюстрации, может быть достигнут статистически значимый целевой показатель средней PFS, составляющий 9 месяцев, при том, что для соответствующей популяции субъектов с хордомой, участвующих в исследовании, ожидаемый средний показатель PFS может составлять, как правило, примерно 5 месяцев.

Пример 8

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием субъектов с хордомой, имеющих олигометастатическое заболевание и неоперабельную лезию, при этом лезия ранее не была облучена.

Рандомизированное клиническое испытание фазы 2 с участием этих субъектов с хордомой проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 (GI-6301) или SEQ ID NO: 20 (GI-6305). Для статистической мощности исследования в исследование будет включено соответствующее количество пациентов для оценки клинической эффективности с использованием критериев, описанных ниже.

Исследование проводят как двойное слепое или открытое, многоцентровое исследование. Ко всем пациентам применяют рутинный мониторинг и/или стандартное лечение лучевой терапией, системной лекарственной терапией или (в испытуемой группе пациентов) их сочетанием с несколькими последовательными инъекциями иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии (то есть GI-6301 или других иммунотерапевтических препаратов на основе дрожжей-брахиурии). Например, в протоколе можно использовать диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ x 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ x 4 участка), 40 ДЕ (10 ДЕ x 4 участка), а также 80 ДЕ (вводимых подкожно). Дозу можно вводить, например, как описано в примере 3, или ежемесячно. Критериями включения могут быть: наличие солидной опухоли и поддающееся измерению заболевание. Основные и/или второстепенные критерии оценки могут включать выживаемость без прогрессирования (можно определять в соответствии с RECIST или можно определять по критериям иммунного ответа, модифицированным для RECIST, или по критериям Choi), задержку прогрессирования, степень опухолевого ответа (то есть, радиографический ответ, определяемый за 6-12 месяцев до участия в исследовании путем визуализации не леченной опухоли на протяжении определенного периода времени, стабильность или прогрессирование, определяемые в соответствии с критериями RECIST и/или Choi, и/или в сравнении с необлученными лезиями у субъекта), изменения в кинетике роста опухоли (например, результаты за 6 месяцев до лечения против результатов через 6 месяцев после лечения), антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ и/или CD4+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении), общую выживаемость или их сочетания.

Ответ субъектов на введение иммунотерапевтической композиции можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение таким же образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии приведет у увеличению срока выживаемости без прогрессирования, продуцированию связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов и/или уменьшению скорости роста опухоли. Ожидается, что в испытуемой группе субъектов будет иметь место задержка прогрессирования по сравнению с контрольными субъектами, не получавшими дрожжевую иммунотерапию. Цель данного исследования заключается в создании тенденции, и предпочтительно, статистически значимого увеличения средней PFS по сравнению со средней PFS в популяции субъектов с хордомой, описанных в данном примере. В качестве иллюстрации, может быть достигнут статистически значимый целевой показатель средней PFS, составляющий 9 месяцев, при том, что для соответствующей популяции субъектов с хордомой, участвующих в исследовании, ожидаемый средний показатель PFS может составлять, как правило, примерно 5 месяцев.

Пример 9

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием субъектов с хордомой, имеющих олигометастатическое заболевание и неоперабельную лезию, при этом лезия ранее была облучена.

Рандомизированное клиническое испытание фазы 2 с участием этих субъектов с хордомой проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 (GI-6301) или SEQ ID NO: 20 (GI-6305). Для статистической мощности исследования в исследование будет включено соответствующее количество пациентов для оценки клинической эффективности с использованием критериев, описанных ниже.

Исследование проводят как двойное слепое или открытое, многоцентровое исследование. Ко всем пациентам применяют рутинный мониторинг и/или стандартное лечение лучевой терапией, системной лекарственной терапией или (в испытуемой группе пациентов) их сочетанием с несколькими последовательными инъекциями иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии (то есть GI-6301 или других иммунотерапевтических препаратов на основе дрожжей-брахиурии). Например, в протоколе можно использовать диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ x 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ x 4 участка), 40 ДЕ (10 ДЕ x 4 участка), а также 80 ДЕ (вводимых подкожно). Дозу можно вводить, например, как описано в примере 3, или ежемесячно. Критериями включения могут быть: наличие солидной опухоли и поддающееся измерению заболевание. Основные и/или второстепенные критерии оценки могут включать выживаемость без прогрессирования (можно определять в соответствии с RECIST или можно определять по критериям иммунного ответа, модифицированным для RECIST, или по критериям Choi), задержку прогрессирования, степень опухолевого ответа (то есть, радиографический ответ, определяемый за 6-12 месяцев до участия в исследовании путем визуализации не леченной опухоли на протяжении определенного периода времени, стабильность или прогрессирование, определяемые в соответствии с критериями RECIST и/или Choi, и/или в сравнении с необлученными лезиями у субъекта), изменения в кинетике роста опухоли (например, результаты за 6 месяцев до лечения против результатов через 6 месяцев после лечения), антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ и/или CD4+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении), общую выживаемость или их сочетания.

Ответ субъектов на введение иммунотерапевтической композиции можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение таким же образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии приведет у увеличению срока выживаемости без прогрессирования, продуцированию связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов и/или уменьшению скорости роста опухоли. Ожидается, что в испытуемой группе субъектов будет иметь место задержка прогрессирования по сравнению с контрольными субъектами, не получавшими дрожжевую иммунотерапию. Цель данного исследования заключается в создании тенденции, и предпочтительно, статистически значимого увеличения средней PFS по сравнению со средней PFS в популяции субъектов с хордомой, описанных в данном примере. В качестве иллюстрации, может быть достигнут статистически значимый целевой показатель средней PFS, составляющий 9 месяцев, при том, что для соответствующей популяции субъектов с хордомой, участвующих в исследовании, ожидаемый средний показатель PFS может составлять, как правило, примерно 5 месяцев.

Пример 10

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием субъектов с хордомой, имеющих олигометастатическое заболевание и лезию после резекции, при этом субъект ранее не получал лучевую терапию в связи с хордомой.

Рандомизированное клиническое испытание фазы 2 с участием этих субъектов с хордомой проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 (GI-6301) или SEQ ID NO: 20 (GI-6305). Для статистической мощности исследования в исследование будет включено соответствующее количество пациентов для оценки клинической эффективности с использованием критериев, описанных ниже.

Исследование проводят как двойное слепое или открытое, многоцентровое исследование. Ко всем пациентам применяют рутинный мониторинг и/или стандартное лечение лучевой терапией, системной лекарственной терапией или (в испытуемой группе пациентов) их сочетанием с несколькими последовательными инъекциями иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии (то есть GI-6301 или других иммунотерапевтических препаратов на основе дрожжей-брахиурии). Например, в протоколе можно использовать диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ x 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ x 4 участка), 40 ДЕ (10 ДЕ x 4 участка), а также 80 ДЕ (вводимых подкожно). Дозу можно вводить, например, как описано в примере 3, или ежемесячно. Критериями включения могут быть: наличие солидной опухоли и поддающееся измерению заболевание. Основные и/или второстепенные критерии оценки могут включать выживаемость без прогрессирования (можно определять в соответствии с RECIST или можно определять по критериям иммунного ответа, модифицированным для RECIST, или по критериям Choi), задержку прогрессирования, степень опухолевого ответа (то есть, радиографический ответ, определяемый за 6-12 месяцев до участия в исследовании путем визуализации не леченной опухоли на протяжении определенного периода времени, стабильность или прогрессирование, определяемые в соответствии с критериями RECIST и/или Choi, и/или в сравнении с необлученными лезиями у субъекта), изменения в кинетике роста опухоли (например, результаты за 6 месяцев до лечения против результатов через 6 месяцев после лечения), антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ и/или CD4+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении), общую выживаемость или их сочетания.

Ответ субъектов на введение иммунотерапевтической композиции можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение таким же образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии приведет у увеличению срока выживаемости без прогрессирования, продуцированию связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов и/или уменьшению скорости роста опухоли. Ожидается, что в испытуемой группе субъектов будет иметь место задержка прогрессирования по сравнению с контрольными субъектами, не получавшими дрожжевую иммунотерапию. Цель данного исследования заключается в создании тенденции, и предпочтительно, статистически значимого увеличения средней PFS по сравнению со средней PFS в популяции субъектов с хордомой, описанных в данном примере. В качестве иллюстрации, может быть достигнут статистически значимый целевой показатель средней PFS, составляющий 9 месяцев, при том, что для соответствующей популяции субъектов с хордомой, участвующих в исследовании, ожидаемый средний показатель PFS может составлять, как правило, примерно 5 месяцев.

Пример 11

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием субъектов с хордомой, имеющих олигометастатическое заболевание и лезию после резекции, при этом субъект ранее получал лучевую терапию.

Рандомизированное клиническое испытание фазы 2 с участием этих субъектов с хордомой проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 (GI-6301) или SEQ ID NO: 20 (GI-6305). Для статистической мощности исследования в исследование будет включено соответствующее количество пациентов для оценки клинической эффективности с использованием критериев, описанных ниже.

Исследование проводят как двойное слепое или открытое, многоцентровое исследование. Ко всем пациентам применяют рутинный мониторинг и/или стандартное лечение лучевой терапией, системной лекарственной терапией или (в испытуемой группе пациентов) их сочетанием с несколькими последовательными инъекциями иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии (то есть GI-6301 или других иммунотерапевтических препаратов на основе дрожжей-брахиурии). Например, в протоколе можно использовать диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ x 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ x 4 участка), 40 ДЕ (10 ДЕ x 4 участка), а также 80 ДЕ (вводимых подкожно). Дозу можно вводить, например, как описано в примере 3, или ежемесячно. Критериями включения могут быть: наличие солидной опухоли и поддающееся измерению заболевание. Основные и/или второстепенные критерии оценки могут включать выживаемость без прогрессирования (можно определять в соответствии с RECIST или можно определять по критериям иммунного ответа, модифицированным для RECIST, или по критериям Choi), задержку прогрессирования, степень опухолевого ответа (то есть, радиографический ответ, определяемый за 6-12 месяцев до участия в исследовании путем визуализации не леченной опухоли на протяжении определенного периода времени, стабильность или прогрессирование, определяемые в соответствии с критериями RECIST и/или Choi, и/или в сравнении с необлученными лезиями у субъекта), изменения в кинетике роста опухоли (например, результаты за 6 месяцев до лечения против результатов через 6 месяцев после лечения), антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ и/или CD4+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении), общую выживаемость или их сочетания.

Ответ субъектов на введение иммунотерапевтической композиции можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение таким же образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии приведет у увеличению срока выживаемости без прогрессирования, продуцированию связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов и/или уменьшению скорости роста опухоли. Ожидается, что в испытуемой группе субъектов будет иметь место задержка прогрессирования по сравнению с контрольными субъектами, не получавшими дрожжевую иммунотерапию. Цель данного исследования заключается в создании тенденции, и предпочтительно, статистически значимого увеличения средней PFS по сравнению со средней PFS в популяции субъектов с хордомой, описанных в данном примере. В качестве иллюстрации, может быть достигнут статистически значимый целевой показатель средней PFS, составляющий 9 месяцев, при том, что для соответствующей популяции субъектов с хордомой, участвующих в исследовании, ожидаемый средний показатель PFS может составлять, как правило, примерно 5 месяцев.

Пример 12

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием субъектов с хордомой, имеющих первый рецидив неоперабельной лезии, при этом лезия ранее не была облучена.

Рандомизированное клиническое испытание фазы 2 с участием этих субъектов с хордомой проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 (GI-6301) или SEQ ID NO: 20 (GI-6305). Для статистической мощности исследования в исследование будет включено соответствующее количество пациентов для оценки клинической эффективности с использованием критериев, описанных ниже.

Исследование проводят как двойное слепое или открытое, многоцентровое исследование. Ко всем пациентам применяют рутинный мониторинг и/или стандартное лечение лучевой терапией, системной лекарственной терапией или (в испытуемой группе пациентов) их сочетанием с несколькими последовательными инъекциями иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии (то есть GI-6301 или других иммунотерапевтических препаратов на основе дрожжей-брахиурии). Например, в протоколе можно использовать диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ x 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ x 4 участка), 40 ДЕ (10 ДЕ x 4 участка), а также 80 ДЕ (вводимых подкожно). Дозу можно вводить, например, как описано в примере 3, или ежемесячно. Критериями включения могут быть: наличие солидной опухоли и поддающееся измерению заболевание. Основные и/или второстепенные критерии оценки могут включать выживаемость без прогрессирования (можно определять в соответствии с RECIST или можно определять по критериям иммунного ответа, модифицированным для RECIST, или по критериям Choi), задержку прогрессирования, степень опухолевого ответа (то есть, радиографический ответ, определяемый за 6-12 месяцев до участия в исследовании путем визуализации не леченной опухоли на протяжении определенного периода времени, стабильность или прогрессирование, определяемые в соответствии с критериями RECIST и/или Choi, и/или в сравнении с необлученными лезиями у субъекта), изменения в кинетике роста опухоли (например, результаты за 6 месяцев до лечения против результатов через 6 месяцев после лечения), антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ и/или CD4+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении), общую выживаемость или их сочетания.

Ответ субъектов на введение иммунотерапевтической композиции можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение таким же образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии приведет у увеличению срока выживаемости без прогрессирования, продуцированию связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов и/или уменьшению скорости роста опухоли. Ожидается, что в испытуемой группе субъектов будет иметь место задержка прогрессирования по сравнению с контрольными субъектами, не получавшими дрожжевую иммунотерапию. Цель данного исследования заключается в создании тенденции, и предпочтительно, статистически значимого увеличения средней PFS по сравнению со средней PFS в популяции субъектов с хордомой, описанных в данном примере. В качестве иллюстрации, может быть достигнут статистически значимый целевой показатель средней PFS, составляющий 9 месяцев, при том, что для соответствующей популяции субъектов с хордомой, участвующих в исследовании, ожидаемый средний показатель PFS может составлять, как правило, примерно 5 месяцев.

Пример 13

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием субъектов с хордомой, имеющих первый рецидив неоперабельной лезии, при этом лезия ранее была облучена.

Рандомизированное клиническое испытание фазы 2 с участием этих субъектов с хордомой проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 (GI-6301) или SEQ ID NO: 20 (GI-6305). Для статистической мощности исследования в исследование будет включено соответствующее количество пациентов для оценки клинической эффективности с использованием критериев, описанных ниже.

Исследование проводят как двойное слепое или открытое, многоцентровое исследование. Ко всем пациентам применяют рутинный мониторинг и/или стандартное лечение лучевой терапией, системной лекарственной терапией или (в испытуемой группе пациентов) их сочетанием с несколькими последовательными инъекциями иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии (то есть GI-6301 или других иммунотерапевтических препаратов на основе дрожжей-брахиурии). Например, в протоколе можно использовать диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ x 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ x 4 участка), 40 ДЕ (10 ДЕ x 4 участка), а также 80 ДЕ (вводимых подкожно). Дозу можно вводить, например, как описано в примере 3, или ежемесячно. Критериями включения могут быть: наличие солидной опухоли и поддающееся измерению заболевание. Основные и/или второстепенные критерии оценки могут включать выживаемость без прогрессирования (можно определять в соответствии с RECIST или можно определять по критериям иммунного ответа, модифицированным для RECIST, или по критериям Choi), задержку прогрессирования, степень опухолевого ответа (то есть, радиографический ответ, определяемый за 6-12 месяцев до участия в исследовании путем визуализации не леченной опухоли на протяжении определенного периода времени, стабильность или прогрессирование, определяемые в соответствии с критериями RECIST и/или Choi, и/или в сравнении с необлученными лезиями у субъекта), изменения в кинетике роста опухоли (например, результаты за 6 месяцев до лечения против результатов через 6 месяцев после лечения), антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ и/или CD4+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении), общую выживаемость или их сочетания.

Ответ субъектов на введение иммунотерапевтической композиции можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение таким же образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии приведет у увеличению срока выживаемости без прогрессирования, продуцированию связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов и/или уменьшению скорости роста опухоли. Ожидается, что в испытуемой группе субъектов будет иметь место задержка прогрессирования по сравнению с контрольными субъектами, не получавшими дрожжевую иммунотерапию. Цель данного исследования заключается в создании тенденции, и предпочтительно, статистически значимого увеличения средней PFS по сравнению со средней PFS в популяции субъектов с хордомой, описанных в данном примере. В качестве иллюстрации, может быть достигнут статистически значимый целевой показатель средней PFS, составляющий 9 месяцев, при том, что для соответствующей популяции субъектов с хордомой, участвующих в исследовании, ожидаемый средний показатель PFS может составлять, как правило, примерно 5 месяцев.

Пример 14

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием субъектов с хордомой, имеющих метастатическое заболевание и лезию, которая ранее не была облучена.

Рандомизированное клиническое испытание фазы 2 с участием этих субъектов с хордомой проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 (GI-6301) или SEQ ID NO: 20 (GI-6305). Для статистической мощности исследования в исследование будет включено соответствующее количество пациентов для оценки клинической эффективности с использованием критериев, описанных ниже.

Исследование проводят как двойное слепое или открытое, многоцентровое исследование. Ко всем пациентам применяют рутинный мониторинг и/или стандартное лечение лучевой терапией, системной лекарственной терапией или (в испытуемой группе пациентов) их сочетанием с несколькими последовательными инъекциями иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии (то есть GI-6301 или других иммунотерапевтических препаратов на основе дрожжей-брахиурии). Например, в протоколе можно использовать диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ × 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ × 4 участка), 40 ДЕ (10 ДЕ × 4 участка), а также 80 ДЕ (вводимых подкожно). Дозу можно вводить, например, как описано в примере 3, или ежемесячно. Критериями включения могут быть: наличие солидной опухоли и поддающееся измерению заболевание. Основные и/или второстепенные критерии оценки могут включать выживаемость без прогрессирования (можно определять в соответствии с RECIST или можно определять по критериям иммунного ответа, модифицированным для RECIST, или по критериям Choi), задержку прогрессирования, степень опухолевого ответа (то есть, радиографический ответ, определяемый за 6-12 месяцев до участия в исследовании путем визуализации не леченной опухоли на протяжении определенного периода времени, стабильность или прогрессирование, определяемые в соответствии с критериями RECIST и/или Choi, и/или в сравнении с необлученными лезиями у субъекта), изменения в кинетике роста опухоли (например, результаты за 6 месяцев до лечения против результатов через 6 месяцев после лечения), антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ и/или CD4+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении), общую выживаемость или их сочетания.

Ответ субъектов на введение иммунотерапевтической композиции можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение таким же образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии приведет у увеличению срока выживаемости без прогрессирования, продуцированию связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов и/или уменьшению скорости роста опухоли. Ожидается, что в испытуемой группе субъектов будет иметь место задержка прогрессирования по сравнению с контрольными субъектами, не получавшими дрожжевую иммунотерапию. Цель данного исследования заключается в создании тенденции, и предпочтительно, статистически значимого увеличения средней PFS по сравнению со средней PFS в популяции субъектов с хордомой, описанных в данном примере. В качестве иллюстрации, может быть достигнут статистически значимый целевой показатель средней PFS, составляющий 9 месяцев, при том, что для соответствующей популяции субъектов с хордомой, участвующих в исследовании, ожидаемый средний показатель PFS может составлять, как правило, примерно 5 месяцев.

Пример 15

В следующем примере описано клиническое испытание фазы 2 с участием субъектов с хордомой, имеющих метастатическое заболевание и лезию, которая ранее была облучена.

Рандомизированное клиническое испытание фазы 2 с участием этих субъектов с хордомой проводят с использованием иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, описанной в настоящем документе (например, иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии, содержащей целые, убитые нагреванием дрожжи Saccharomyces, которые экспрессируют SEQ ID NO: 8 (GI-6301) или SEQ ID NO: 20 (GI-6305). Для статистической мощности исследования в исследование будет включено соответствующее количество пациентов для оценки клинической эффективности с использованием критериев, описанных ниже.

Исследование проводят как двойное слепое или открытое, многоцентровое исследование. Ко всем пациентам применяют рутинный мониторинг и/или стандартное лечение лучевой терапией, системной лекарственной терапией или (в испытуемой группе пациентов) их сочетанием с несколькими последовательными инъекциями иммунотерапевтической композиции на основе дрожжей-брахиурии (то есть GI-6301 или других иммунотерапевтических препаратов на основе дрожжей-брахиурии). Например, в протоколе можно использовать диапазоны доз 4 ДЕ (1 ДЕ × 4 участка, это означает, что 1 ДЕ GI-6301 вводят в 4 разных участка тела пациента при каждом посещении), 16 ДЕ (4 ДЕ × 4 участка), 40 ДЕ (10 ДЕ × 4 участка), а также 80 ДЕ (вводимых подкожно). Дозу можно вводить, например, как описано в примере 3, или ежемесячно. Критериями включения могут быть: наличие солидной опухоли и поддающееся измерению заболевание. Основные и/или второстепенные критерии оценки могут включать выживаемость без прогрессирования (можно определять в соответствии с RECIST или можно определять по критериям иммунного ответа, модифицированным для RECIST, или по критериям Choi), задержку прогрессирования, степень опухолевого ответа (то есть, радиографический ответ, определяемый за 6-12 месяцев до участия в исследовании путем визуализации не леченной опухоли на протяжении определенного периода времени, стабильность или прогрессирование, определяемые в соответствии с критериями RECIST и/или Choi, и/или в сравнении с необлученными лезиями у субъекта), изменения в кинетике роста опухоли (например, результаты за 6 месяцев до лечения против результатов через 6 месяцев после лечения), антиген-специфические T-клеточные ответы (например, брахиурия-специфические CD8+ и/или CD4+ T-клетки возникают или увеличиваются в количестве при лечении), общую выживаемость или их сочетания.

Ответ субъектов на введение иммунотерапевтической композиции можно сравнивать с ответами субъектов, получавших лечение таким же образом, но без добавления иммунотерапевтической композиции или иммунотерапевтической композиции в сочетании с терапией второй линии, такой как лучевая терапия, хирургическая резекция, целевая лекарственная терапия или их сочетание.

Ожидается, что дрожжевая иммунотерапевтическая композиция будет безопасной и легко переносимой без существенных токсичностей. Кроме того, ожидается, что иммунотерапевтическая композиция на основе дрожжей-брахиурии приведет у увеличению срока выживаемости без прогрессирования, продуцированию связанных с лечением брахиурия-специфических T-клеточных ответов у по меньшей мере некоторых или у большинства пациентов и/или уменьшению скорости роста опухоли. Ожидается, что в испытуемой группе субъектов будет иметь место задержка прогрессирования по сравнению с контрольными субъектами, не получавшими дрожжевую иммунотерапию. Цель данного исследования заключается в создании тенденции, и предпочтительно, статистически значимого увеличения средней PFS по сравнению со средней PFS в популяции субъектов с хордомой, описанных в данном примере. В качестве иллюстрации, может быть достигнут статистически значимый целевой показатель средней PFS, составляющий 9 месяцев, при том, что для соответствующей популяции субъектов с хордомой, участвующих в исследовании, ожидаемый средний показатель PFS может составлять, как правило, примерно 5 месяцев.

При том, что различные варианты осуществления настоящего изобретения были описаны подробно, понятно, что модификации и адаптации этих вариантов осуществления будут очевидны для специалистов в данной области. Однако следует четко понимать, что такие модификации и адаптации входят в объем настоящего изобретения, изложенного в следующей иллюстративной формуле изобретения.

Группа изобретений относится к медицине, а именно к онкологии, и касается лечения хордомы. Для этого индивидууму, имеющему хордому, вводят иммунотерапевтическую композицию, содержащую: a) дрожжевой носитель и b) раковый антиген, включающий по меньшей мере один антиген брахиурии, где указанный антиген брахиурии имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 2. Также предложено применение указанной иммунотерапевтической композиции для лечения хордомы. Группа изобретений обеспечивает возможность эффективного медикаментозного лечения хордомы. 2 н. и 36 з.п. ф-лы, 1 ил., 15 пр.

1. Способ лечения хордомы, включающий введение индивидууму, имеющему хордому, иммунотерапевтической композиции, содержащей:

a) дрожжевой носитель и

b) раковый антиген, включающий по меньшей мере один антиген брахиурии, где указанный антиген брахиурии имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 2.

2. Способ по п. 1, где индивидуум является индивидуумом, имеющим неоперабельную, локально рецидивирующую лезию.

3. Способ по п. 2, где локальный рецидив лезии происходит в период между 3 и 9 месяцами до введения иммунотерапевтической композиции.

4. Способ по п. 1, где индивидуум является индивидуумом, имеющим олигометастатическое заболевание.

5. Способ по п. 1, где индивидуум является индивидуумом, имеющим первый рецидив неоперабельной лезии или операбельной лезии.

6. Способ по п. 1, где индивидуум является индивидуумом, имеющим метастатическое заболевание.

7. Способ по любому из пп. 1-6, где индивидуум получает или получал другую противораковую терапию.

8. Способ по любому из пп. 1-6, где индивидуум получает или получал лучевую терапию.

9. Способ по п. 8, где лучевую терапию применяют до введения иммунотерапевтической композиции.

10. Способ по п. 8, где лучевую терапию применяют одновременно с введением иммунотерапевтической композиции.

11. Способ по п. 8, где лучевую терапию применяют после введения иммунотерапевтической композиции.

12. Способ по любому из пп. 1-6, где индивидуум получает или получал лечение путем резекции опухоли.

13. Способ по любому из пп. 1-6, где индивидуум получает или получал лечение путем химиотерапии.

14. Способ по любому из пп. 1-6, где индивидуум получает или получал лечение путем целевой терапии лекарственным средством, выбранным из группы, состоящей из ингибиторов тирозинкиназы, ингибиторов EGFR и ингибиторов STAT3.

15. Способ по любому из пп. 1-6, где индивидуум получает или получал лечение путем введения одной или более дополнительных иммунотерапевтических композиций.

16. Способ по п. 15, где дополнительная иммунотерапевтическая композиция представляет собой дрожжевой носитель и антиген, отличный от антигена брахиурии.

17. Способ по п. 15, где дополнительная иммунотерапевтическая композиция представляет собой дрожжевой носитель и антиген рецептор эпидермального фактора роста (EGFR).

18. Способ по п. 1, где антиген брахиурии является полноразмерным белком брахиурии человека.

19. Способ по п. 1, где антиген брахиурии не является полноразмерным белком брахиурии.

20. Способ по п. 1, где дрожжевой носитель представляет собой целую дрожжевую клетку.

21. Способ по п. 20, где целая дрожжевая клетка является убитой.

22. Способ по п. 20, где целая дрожжевая клетка инактивирована нагреванием.

23. Способ по п. 1, где дрожжевой носитель экспрессирует антиген.

24. Способ по п. 1, где дрожжи относятся к роду, выбранному из группы, состоящей из: Saccharomyces, Candida, Cryptococcus, Hansenula, Kluyveromyces, Pichia, Rhodotorula, Schizosaccharomyces и Yarrowia.

25. Способ по п. 1, где дрожжи относятся к роду Saccharomyces.

26. Способ по п. 1, где дрожжи относятся к Saccharomyces cerevisiae.

27. Способ по п. 1, где композиция сформулирована в фармацевтически приемлемом эксципиенте, подходящем для введения путем инъекции субъекту.

28. Способ по п. 1, где субъекту вводят иммунотерапевтическую композицию в дозе от примерно 0,1 ДЕ до примерно 100 ДЕ.

29. Способ по п. 1, где субъекту вводят иммунотерапевтическую композицию в дозе от примерно 10 ДЕ до примерно 80 ДЕ.

30. Способ по п. 1, где субъекту вводят иммунотерапевтическую композицию в дозе 2 ДЕ, 40 ДЕ или 80 ДЕ.

31. Способ по п. 1, где иммунотерапевтическую композицию вводят еженедельно.

32. Способ по п. 1, где иммунотерапевтическую композицию вводят раз в две недели.

33. Способ по п. 1, где иммунотерапевтическую композицию вводят ежемесячно.

34. Способ по п. 1, где иммунотерапевтическую композицию вводят еженедельно в течение 5 недель, с последующим ежемесячным введением.

35. Способ по п. 1, где иммунотерапевтическую композицию вводят с интервалами в две недели в течение 7 курсов лечения, с последующим ежемесячным введением.

36. Способ по п. 1, где иммунотерапевтическую композицию вводят в более чем один участок тела индивидуума для достижения одной дозы.

37. Способ по п. 1, где иммунотерапевтическую композицию применяют одновременно с другой противораковой терапией.

38. Применение иммунотерапевтической композиции, содержащей дрожжевой носитель и раковый антиген, включающий по меньшей мере один антиген брахиурии, для лечения хордомы, где указанный антиген брахиурии имеет аминокислотную последовательность, представленную SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 2.