Малоинвазивный способ диагностики серозной аденокарциномы яичников высокой степени злокачественности на основании показателя копийности генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1 Российский патент 2021 года по МПК G01N33/574 C12Q1/6876 C12Q1/6886 

Изобретение относится к медицине, а именно к молекулярной биологии, онкологии, и может быть использовано для малоинвазивной диагностики серозной аденокарциномой яичников высокой степени злокачественности.

Рак яичников является ведущей причиной летальных исходов от гинекологических злокачественных опухолей в развитых странах мира и обычно диагностируется уже на поздней стадии. Серозная аденокарцинома - одним из самых распространенных подтипов опухолей яичников (см. Цандекова М.Р., Порханова Н.В., Кутилин Д.С. Молекулярная характеристика серозной аденокарциномы яичника: значение для диагностики и лечения // Современные проблемы науки и образования. 2020. №1.; URL: http://science-education.ru/ru/article/view?id=29428). Число летальных исходов от этой патологии является самым высоким среди гинекологических опухолей в мире и ежегодно увеличивается. Установлено, что серозная аденокарцинома яичника гетерогенна на гистологическом и молекулярном уровнях (см. Blagden S.P. Harnessing Pandemonium: The clinical implications of tumor heterogeneity in ovarian cancer // Front. Oncol. 2015. Vol. 5. P. 149). Выделяют два подтипа этого рака: серозную аденокарциному высокой степени злокачественности и серозную аденокарциному низкой степени злокачественности (см. Kurman R.J. Origin and molecular pathogenesis of ovarian high-grade serous carcinoma // Ann. Oncol. 2013. Vol. 24. P. 16-21). Серозной аденокарциноме низкой степени злокачественности свойственен стабильный молекулярно-генетический и эпигенетический профиль и относительно благоприятное клиническое течение. Серозная аденокарцинома высокой степени злокачественности имеет агрессивное клиническое течение (см. Цандекова М.Р., Порханова Н.В., Кутилин Д.С. Молекулярная характеристика серозной аденокарциномы яичника: значение для диагностики и лечения // Современные проблемы науки и образования. 2020. №1.; URL: http://science-education.ru/ru/article/view?id=29428), при этом, для нее в настоящее время не существует одобренного скринингового теста, что препятствует ранней диагностике данного заболевания (см. Bell R., Petticrew M., Luengo S., Sheldon T.A. Screening for ovarian cancer: A systematic review. Health Technol. Assess. 1998. vol. 2. P. 1-84).

Для эффективной и одновременно малоинвазивной ранней диагностики серозной аденокарциномы высокой степени злокачественности большим потенциалом обладает определение молекулярных маркеров во внеклеточной ДНК плазмы крови. К внеклеточной ДНК (внДНК) относится ядерная и митохондриальная ДНК из соматических и опухолевых клеток, подвергшихся апоптозу или некрозу; ДНК из клеток крови, вирусная и бактериальная ДНК (см. Кутилин Д.С., Айрапетова Т.Г., Анистратов П.А., Пыльцин С.П., Лейман И.А., Чубарян А.В., Туркин И.Н., Водолажский Д.И., Николаева Н.В., Лысенко И.Б. Изменение относительной копийности генетических локусов во внеклеточной ДНК у пациентов с аденокарциномой легкого. Известия высших учебных заведений. Северо-Кавказский регион. Естественные науки. 2017. №3-2 (195-2). С. 74-82).

Анализ баз данных TCGA и DisGeNET позволил выделить ряд генов (регулирующих метаболизм эстрогена - SULT1E1, CYP1B1 и ESR1), показатель копийности которых можно использовать для малоинвазивной диагностики серозной аденокарциномы яичников (см. Цандекова М.Р. Показатель копийность генов, регулирующих метаболизм и рецепцию эстрогенов, во внеклеточной ДНК как потенциальный маркер для диагностики серозной аденокарциномы яичника высокой степени злокачественности // Современные проблемы науки и образования. - 2020. - №5.; URL: http://science-education.ru/ru/article/view?id=30093).

Копийность генов (Copy Number Variation (CNV)) - генетический полиморфизм, приводящий к изменению числа копий определенного гена, и, следовательно, уровня продукта этого гена - белка или не кодирующей РНК (см. Кутилин Д.С., Айрапетова Т.Г., Анистратов П.А., Пыльцин С.П., Лейман И.А., Карнаухов Н.С., Кит О.И. Изменение копийности генов в опухолевых клетках и внеклеточной ДНК у больных аденокарциномой легкого // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2019. 167(6). С. 731-738). Показатель CNV может выступать в качестве высокоспецифичного биологического маркера, позволяющего осуществлять как раннюю диагностику, так и молекулярное типирование опухолей (см. Колесников Е.Н., Максимов А.Ю., Кит О.И., Кутилин Д.С. Зависимость общей и без рецидивной выживаемости больных от молекулярно-генетического подтипа плоскоклеточного рака пищевода. Вопросы онкологии. 2019. 65(5). С. 691-700).

Ген CYP1B1 кодирует фермент из семейства цитохромов Р450, который катализирует гидроксилирование 17-β-эстрадиола в положении С-4. Метаболиты CYP1B1 (4-гидрокси эстрогены) играют важную роль в злокачественной трансформации. Из данных литературы известно, что в некоторых гинекологических опухолях повышена экспрессия генетических локусов, регулирующих гидроксилирование эстрадиола (CYP1B1), уровень ядерных (ESR1, SULT1E1 - гены сульфотрансферазы) и мембранных (GPER) рецепторов эстрогенов (см. Цандекова М.Р. Показатель копийность генов, регулирующих метаболизм и рецепцию эстрогенов, во внеклеточной ДНК как потенциальный маркер для диагностики серозной аденокарциномы яичника высокой степени злокачественности // Современные проблемы науки и образования. - 2020. - №5.; URL: http://science-education.ru/ru/article/view?id=30093).

Поэтому, в качестве маркеров для диагностики серозной аденокарциномы яичников высокой степени злокачественности допустимо использование показателя относительной копийности генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1.

Из патентных источников известны следующее изобретения:

1. «Диагностика и лечение злокачественных опухолей поджелудочной железы, яичников и других злокачественных опухолей» (см. патент ⁽¹⁹⁾RU⁽¹¹⁾2556129⁽¹³⁾C2 от 10.07.2015). Изобретение относится к способам диагностики, прогнозирования, профилактики и лечения, и контроля лечения злокачественных опухолей яичников, поджелудочной железы и других злокачественных опухолей с использованием антител против CD70. Моноклональное антитело (SG-21.1C1 или SG-21.5D12) специфически связывается с денатурированным CD70 человека, экспрессируемым в образце клеток или тканей человека. В качестве биоматериала используется образец клеток или тканей человека фиксированный формалином и погруженный в парафин. Способ предусматривает получение образца ткани поджелудочной железы, яичника, легкого, гортани, глотки, молочной железы, почки, мозга, толстой кишки, крови или кожи от пациента; фиксацию образца ткани и денатурацию CD70 в образце ткани; приведение фиксированного образца ткани в контакт с антителом; и обнаружение связывания антитела с фиксированным образцом ткани для определения экспрессии CD70 в образце; где экспрессия CD70 указывает на вероятность того, что у пациента имеется экспрессирующая CD70 злокачественная опухоль.

2. «Способ ранней диагностики неопластической трансформации эндометриоидных кист яичников» (см. патент ⁽¹⁹⁾RU⁽¹¹⁾2730952⁽¹³⁾C1 от 26.08.2020). Изобретение предназначено для диагностики риска неопластической трансформации эндометриоза яичников. При наличии повышенного уровня онкомаркера СА125 у пациенток берут операционный материал, который, после стандартной гистологической проводки, используют для иммуногистохимического исследования с антителом к WT1, а интерпретацию результатов иммуногистохимического исследования с указанным антителом осуществляют с учетом локализации позитивных клеток в эпителии эндометриоидных кистозных образований яичника путем подсчета количества окрашенных эпителиальных клеток и интенсивности окрашивания, выражая полученные количественные результаты в процентах. Изобретение обеспечивает возможность достоверной диагностики серозной дифференцировки эпителия эндометриоидных кистозных образований яичников, характерной для начала неопластической трансформации.

Однако, описанные выше способы принципиально отличаются от нашего, обладают меньшей точностью, чувствительностью или специфичностью, чем предлагаемый нами. При этом данные способы более сложны для клинической реализации и не являются малоинвазивными.

Анализ патентных источников (www.fips.ru) также показал отсутствие действующих патентов и заявок на «Малоинвазивный способ диагностики серозной аденокарциномой яичников высокой степени злокачественности на основании показателя копийности генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1».

Техническим результатом заявляемого изобретения является создание нового, простого в исполнении, не дорогостоящего и точного способа с уникальными высокоспецифичными последовательностями синтетических олигонуклеотидов (праймеров) для малоинвазивной диагностики серозной аденокарциномы яичников высокой степени злокачественности.

Технический результат достигается тем, что проводят определение копийности генетических локусов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1 относительно референсного гена GAPDH методом ПЦР-РВ в присутствии красителя EVA-Green и высокспецифичных праймеров на матрице выделенной внДНК, рассчитывают относительную копийности гена (rC) по формуле rC=2^-ΔCt, где Ct - медиана сигналов флюоресценции, ΔC_t=C_t(ген мишень) - C_t(референсный ген), и сравнивают полученные значения rC с прогностическим интервалом копийности, и при значениях rC_CYP1B1>(6,9±0,23)*10^-3, rC_ESR1>(10,1±0,10)*10^-3 и rC_SULT1E1>(5,2±0,08)*10^-3 диагностируют у пациентки серозную аденокарциному яичников высокой степени злокачественности, а при значениях rC_CYP1B1<(3,5±0,31)*10^-3, rC_ESR1<(2,0±0,09)*10^-3 и rC_SULT1E1<(2,4±0,17)*10^-3 у пациентки диагностируют отсутствие злокачественных опухолей яичников.

Сущность способа заключается в том, что образцы крови (10 мл крови и 3 мл 10 мМ фосфатного буфера, рН 7,5, с 0,15 М NaCl и 50 мМ ЭДТА) разделяют на плазму и фракцию клеток центрифугированием в течение 15 минут при 400 g при 15°С. Из плазмы крови выделяют внДНК фенол-хлороформным методом и проводят амплификацию с высокоспецифичными праймерами для локусов SULT1E1, CYP1B1, ESR1 и GAPDH, анализируют первичные данные и вычисляют относительную копийность (rC) по формуле 2^-ΔCt, где ΔC_t=C_t(ген мишень) - C_t(референсный ген). Затем сравнивают полученные значения rC с прогностическими значениями копийности, и при значениях rC_CYP1B1>(6,9±0,23)*10^-3, rC_ESR1>(10,1±0,10)*10^-3 и rC_SULT1E1>(5,2±0,08)*10^-3 диагностируют у пациентки серозную аденокарциному яичников высокой степени злокачественности (чувствительность 98%, специфичность 90%), а при значениях rC_CYP1B1<(3,5±0,31)*10^-3, rC_ESR1<(2,0±0,09)*10^-3 и rC_SULT1E1<(2,4±0,17)*10^-3 у пациентки диагностируют отсутствие злокачественных опухолей яичников (чувствительность 98%, специфичность 90%).

Заявленный анализ основан на определении количества копий генов метаболизма и рецепции эстрогена SULT1E1, CYP1B1, ESR1 относительно референсного гена GAPDH во внДНК плазмы крови пациентов с риском развития рака яичников, и последующем сравнении полученных значений интервалов копийности rC для этих генов с характерными для серозной аденокарциномы яичников высокой степени злокачественности или ее отсутствия.

Заявленный способ включает следующие приемы:

• выделение внеклеточной ДНК из плазмы крови с помощью метода фенол-хлороформной экстракции;

• определение относительной копийности генетических локусов SULT1E1, CYP1B1, ESR1 методом ПЦР-РВ в присутствии красителя EVA-Green и специфичных праймеров на матрице выделенной внДНК;

• анализ первичных данных с помощью программного продукта амплификатора;

• расчет относительной копийности гена (rC) на основании соотношения сигналов, продуцируемых амплификатами изучаемой и референсной последовательностей,

• сравнением rC пробы с прогностическими значениями копийности rC_{стандарт}, определенными для больных серозной аденокарциномой яичников высокой степени злокачественности и условно здоровых доноров (без онкологических заболеваний).

Для осуществления способа были разработаны специфичные олигонуклеотидные прямые и обратные праймеры для локусов SULT1E1, CYP1B1, ESR1 и GAPDH. Дизайн специфичных олигонуклеотидных праймеров (см. таблица 1) осуществлялся с использованием референсных последовательностей NCBI GenBank.

Таблица 1

Праймеры для малоинвазивного способа диагностики серозной аденокарциномой яичников высокой степени злокачественности на основании показателя копийности генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1

Наименование праймеров Последовательность № ID ESR1_F
ESR1_R GGACTGCACTTGCTCCCGT
AGCACAGCCCGAGGTTAGAG SEQ ID №1
SEQ ID №2 CYP1B1_F
CYP1B1_R TGCGACTCCAGTTGTGAGAG
GAGTCTCTTGGCGTCGTCAG SEQ ID №3
SEQ ID №4 SULT1E1_F
SULT1E1_R GAGGAGCTTGTGGACAGGATT
CCTTTCTCATGAAGGGCGACAT SEQ ID №5
SEQ ID №6 GAPDH_F
GAPDH_R GCTGAACGGGAAGCTCACT
GCAGGTTTTTCTAGACGGCAG SEQ ID №7
SEQ ID №8

Заявленный способ осуществляется следующим образом:

На первом этапе образцы крови (10 мл крови и 3 мл 10 мМ фосфатного буфера, рН 7,5, с 0,15 М NaCl и 50 мМ ЭДТА) разделяют на плазму и фракцию клеток центрифугированием в течение 15 минут при 400 g при 15°С.

Из плазмы крови внДНК выделяют фенол-хлороформным методом в нашей модификации: к плазме крови добавляют равный объем лизирующего буфера (2% SDS и 1,5% меркаптоэтанол) и 40 мкл протеиназы К, инкубируют в термостате при 58°С 30 минут; к полученному лизату добавляют равный объем щелочного фенола и хлороформа (соотношение 1:1), центрифугируют 30 минут 3000 об/мин при 10°С. После разделения фаз отбирают водную фазу в отдельную стерильную пробирку. К водной фазе добавляют равный объем 95% изопропилового спирта и раствор 5М NaCl до концентрации 100 mM, пробирку охлаждают до -20°С и инкубируют при этой температуре 60 минут. Далее центрифугируют 15 минут при 12700 об/мин, и -10°С, декантируют супернатант, а осадок промывают 80% этиловым спиртом, центрифугированием удаляют остатки этанола, высушивают осадок в твердотельном термостате и растворяют в 10 мМ ТЕ-буфере. Концентрация полученных препаратов ДНК измеряется на флюориметре. Для проведения ПЦР-РВ концентрацию ДНК в каждом образце нормализуют до 0,4 нг/мкл.

Амплификацию проводят в 20 мкл ПЦР-смеси, содержащей 2 нг внДНК, 0,20 мМ dNTPs, 2,5 мМ MgCl₂, 1х ПЦР-буфер, 1х краситель EvaGreen, и 0,1 е.а./мкл реакционной смеси ДНК-полимеразы Thermus aquaticus, и по 500 нМ прямого и обратного праймеров для референсного гена или гена-мишени.

Количественную ПЦР-РВ амплификацию проводят на термоциклере по следующей программе: t=95°С в течение 3 мин. 40 циклов: t=95°С в течение 10 с, t=59°С (чтение сигнала) в течение 30 с, t=72°С в течение 30 с.

Относительную копийность локусов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1 вычисляется следующим образом: определяют C_t для каждого целевого локуса и референсного GAPDH, далее рассчитывается величина ΔC_t=C_t(ген мишень-SULT1E1, CYP1B1 или ESR1) - C_t(референсный ген - GAPDH) и копийность генетического локуса относительно референсного гена (rC) по формуле 2^-ΔCt.

Сравниваются полученные значения rC с интервалом прогностического коэффициента копийности:

• при значениях rC_CYP1B1>(6,9±0,23)*10^-3, rC_ESR1>(10,1±0,10)*10^-3 и rC_SULT1E1>(5,2±0,08)*10^-3 диагностируют у пациентки серозную аденокарциному яичников высокой степени злокачественности (чувствительность 98%, специфичность 90%),

• при значениях rC_CYP1B1<(3,5±0,31)*10^-3, rC_ESR1<(2,0±0,09)*10^-3 и rC_SULT1E1<(2,4±0,17)*10^-3 у пациентки диагностируют отсутствие злокачественных опухолей яичников (чувствительность 98%, специфичность 90%)

Предлагаемым способом было осуществлено обследование 50 пациенток, у которых была диагностирована серозная аденокарцинома яичников высокой степени злокачественности, и 30 условно здоровых доноров (без онкологических заболеваний).

Группу из 30 условно-здоровых доноров в возрасте от 25 до 63 лет обследовали заявляемым способом на копийность генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1 относительно GAPDH. Работа проводилась с соблюдением принципов добровольности и конфиденциальности в соответствии с «Основами законодательства РФ об охране здоровья граждан» (указ Президента РФ от 24.12.1993 №2288) и с разрешения этического комитета ФГБУ «НМИЦ онкологии» Минздрава России. У всех условно-здоровых доноров-добровольцев взяли кровь при помощи вакутейнера с антикоагулянтом. Из полученной после центрифугирования плазмы выделили внДНК, и провели анализ заявленным способом.

Значения rC_CYP1B1 находились в интервале от 3,19*10^-3 до 3,81*10^-3 (у 27 доноров), rC_ESR1 в интервале от 1,91*10^-3 до 2,09*10^-3 (у 27 доноров) и rC_SULT1E1 в интервале от 2,23*10^-3 до 2,57*10^-3 (у 27 доноров), что соответствует показателям rC характерным для отсутствия злокачественных опухолей яичников. У 3 доноров (в возрасте старше 60 лет) полученный результат был неопределенным (промежуточный интервал): rC_CYP1B1 в интервале от 3,91*10^-3 до 4,21*10^-3, rC_ESR1 в интервале от 2,55*10^-3 до 2,79*10^-3, rC_SULT1E1 в интервале от 3,13*10^-3 до 3,60*10^-3. Было проведено инструментальное и лабораторное обследование всех доноров (УЗИ органов брюшной полости, забрюшинного пространства и малого таза, компьютерная томографию с контрастом органов брюшной полости и полости малого таза, МРТ, определение опухоль-ассоциированного антиген СА-125).

Группу из 50 человек, первично обратившихся по поводу заболевания раком яичников (с гистологически подтвержденной серозной аденокарциномой яичника), обследовали заявляемым способом на копийность генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1 относительно GAPDH. Медиана возраста исследуемых составила 58,0±6,3 лет, на момент выполнения исследования 48 пациентов имели верифицированный диагноз серозной аденокарциномой яичника III стадии (от T3N1M0 до T3N2M1), и 2 пациентки диагноз серозной аденокарциномой яичника на стадиях T4N2M1 и T4N3M2. У всех больных до хирургического вмешательства была взята кровь при помощи вакутейнера, получена плазма при помощи центрифугирования, из полученной плазмы была выделена внДНК (как описано в способе).

Для 49 пациенток значения rC_CYP1B1 находились в интервале от 6,67*10^-3 до 7,13*10^-3, rC_ESR1 в интервале от 10,0*10^-3 до 10,2*10^-3 и rC_SULT1E1 в интервале от 5,12*10^-3 до 5,28*10^-3, что соответствует показателям rC характерным для серозной аденокарциномы яичников высокой степени злокачественности. У 1 пациентки (в возрасте старше 64 лет) полученный результат был неопределенным (промежуточный интервал): rC_CYP1B1=6,01*10^-3, rC_ESR1=5,15*10^-3, rC_SULT1E1=4,40*10^-3.

Для доказательства прогностической ценности предлагаемого способа приводим следующие примеры.

Пример 1. Пациентка Б., 1960 года рождения. По данным УЗИ образование правого яичника до 10,5 см. Онкомаркеры CA125 - 6.72 Ед/мл, HE4 - 31.8 пмоль/л, СА19 - 5 Ед/мл. До хирургического вмешательства также была взята кровь при помощи вакутейнера, получена плазма при помощи центрифугирования, из полученной плазмы была выделена внДНК. Были получены значения rC_CYP1B1=3,67*10^-3, rC_ESR1=2,02*10^-3 и rC_SULT1E1=2,43*10^-3, что соответствует показателям rC характерным для отсутствия злокачественных опухолей яичников. После хирургического вмешательства получен материал для гистологического анализа (ГА). Результаты ГА - серозная аденофиброма яичника (доброкачественное новообразование).

Пример 2. Пациентка Р., 1967 года рождения. По данным УЗИ многочисленные кисты правого яичника. Онкомаркеры CA125 - 60.3 Ед/мл, HE4 - 45.0 пмоль/л. До хирургического вмешательства также была взята кровь при помощи вакутейнера, получена плазма при помощи центрифугирования, из полученной плазмы была выделена внДНК. Были получены значения rC_CYP1B1=7,08*10^-3, rC_ESR1=10,1*10^-3 и rC_SULT1E1=5,15*10^-3, что соответствует показателям rC характерным для серозной аденокарциномы яичников. После хирургического вмешательства получен материал для гистологического анализа (ГА). Результаты ГА - серозная аденокарцинома яичника высокой степени злокачественности.

Заявляемый способ, включает разработанные нами праймеры и является экономически оправданным для диагностики серозной аденокарциномы яичников высокой степени злокачественности, осуществляется в условиях стандартной лаборатории молекулярной биологии (ПЦР), без использования специального дорогостоящего оборудования; обладает высокой чувствительностью и специфичностью, осуществление анализа возможно с плазмой крови, занимает не более 5 часов.

<110> Kutilin, Denis; Natsional'nyy meditsinskiy issledovatel'skiy tsentr onkologii

<120> Low invasive method for diagnosing high-grade serous ovarian adenocarcinoma based on the copy number of SULT1E1, CYP1B1 and ESR1 genes.

<160> 1

<210> 1

<211> 19

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 1

GGACTGCACT TGCTCCCGT 19

<110> Kutilin, Denis; Natsional'nyy meditsinskiy issledovatel'skiy tsentr onkologii

<120> Low invasive method for diagnosing high-grade serous ovarian adenocarcinoma based on the copy number of SULT1E1, CYP1B1 and ESR1 genes.

<160> 2

<210> 1

<211> 20

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 1

AGCACAGCCC GAGGTTAGAG 20

<110> Kutilin, Denis; Natsional'nyy meditsinskiy issledovatel'skiy tsentr onkologii

<120> Low invasive method for diagnosing high-grade serous ovarian adenocarcinoma based on the copy number of SULT1E1, CYP1B1 and ESR1 genes.

<160> 3

<210> 1

<211> 20

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 1

TGCGACTCCA GTTGTGAGAG 20

<110> Kutilin, Denis; Natsional'nyy meditsinskiy issledovatel'skiy tsentr onkologii

<120> Low invasive method for diagnosing high-grade serous ovarian adenocarcinoma based on the copy number of SULT1E1, CYP1B1 and ESR1 genes.

<160> 4

<210> 1

<211> 20

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 1

GAGTCTCTTG GCGTCGTCAG 20

<110> Kutilin, Denis; Natsional'nyy meditsinskiy issledovatel'skiy tsentr onkologii

<120> Low invasive method for diagnosing high-grade serous ovarian adenocarcinoma based on the copy number of SULT1E1, CYP1B1 and ESR1 genes.

<160> 5

<210> 1

<211> 21

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 1

GAGGAGCTTG TGGACAGGAT T 21

<110> Kutilin, Denis; Natsional'nyy meditsinskiy issledovatel'skiy tsentr onkologii

<120> Low invasive method for diagnosing high-grade serous ovarian adenocarcinoma based on the copy number of SULT1E1, CYP1B1 and ESR1 genes.

<160> 6

<210> 1

<211> 22

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 1

CCTTTCTCAT GAAGGGCGAC AT 22

<110> Kutilin, Denis; Natsional'nyy meditsinskiy issledovatel'skiy tsentr onkologii

<120> Low invasive method for diagnosing high-grade serous ovarian adenocarcinoma based on the copy number of SULT1E1, CYP1B1 and ESR1 genes.

<160> 7

<210> 1

<211> 19

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 1

GCTGAACGGG AAGCTCACT 19

<110> Kutilin, Denis; Natsional'nyy meditsinskiy issledovatel'skiy tsentr onkologii

<120> Low invasive method for diagnosing high-grade serous ovarian adenocarcinoma based on the copy number of SULT1E1, CYP1B1 and ESR1 genes.

<160> 8

<210> 1

<211> 21

<212> DNA

<213> Homo sapiens

<400> 1

GCAGGTTTTT CTAGACGGCA G 21

Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной биологии и онкологии. Предложен малоинвазивный способ диагностики серозной аденокарциномы яичников высокой степени злокачественности на основании показателя копийности генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1. Осуществляют выделение внеклеточной ДНК из плазмы крови. Определяют копийность генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1 относительно референсного гена GAPDH методом ПЦР-РВ. Рассчитывают относительную копийность гена (rC) по формуле rC=2^-ΔCt. Сравнивают полученные значения rC с прогностическим интервалом копийности. При значениях rC_CYP1B1 от 6,67*10^-3 до 7,13*10^-3, rC_ESR1 от 10,0*10^-3 до 10,2*10^-3 и rC_SULT1E1 от 5,12*10^-3 до 5,28*10^-3 диагностируют серозную аденокарциному яичников высокой степени злокачественности. При значениях rC_CYP1B1 от 3,19*10^-3 до 3,81*10^-3, rC_ESR1 от 1,91*10^-3 до 2,09*10^-3 и rC_SULT1E1 от 2,23*10^-3 до 2,57*10^-3 диагностируют отсутствие злокачественных опухолей яичников. Изобретение обеспечивает создание нового, простого в исполнении, недорогостоящего и точного способа с уникальными высокоспецифичными последовательностями праймеров для малоинвазивной диагностики серозной аденокарциномы яичников высокой степени злокачественности. 3 з.п. ф-лы, 1 табл., 2 пр.

1. Малоинвазивный способ диагностики серозной аденокарциномы яичников высокой степени злокачественности на основании показателя копийности генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1, включающий выделение внеклеточной ДНК из плазмы крови, отличающийся тем, что проводят определение копийности генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1 относительно референсного гена GAPDH методом ПЦР-РВ в присутствии высокоспецифичных праймеров на матрице выделенной внДНК, рассчитывают относительную копийность гена (rC) по формуле rC=2^-ΔCt, где Ct - медиана сигналов флюоресценции, ΔC_t=C_t(ген мишень) – C_t(GAPDH), и сравнивают полученные значения rC с прогностическим интервалом копийности, и при значениях rC_CYP1B1 в интервале от 6,67*10^-3 до 7,13*10^-3, rC_ESR1 в интервале от 10,0*10^-3 до 10,2*10^-3 и rC_SULT1E1 в интервале от 5,12*10^-3 до 5,28*10^-3 диагностируют серозную аденокарциному яичников высокой степени злокачественности, а при значениях rC_CYP1B1 в интервале от 3,19*10^-3 до 3,81*10^-3, rC_ESR1 в интервале от 1,91*10^-3 до 2,09*10^-3 и rC_SULT1E1 в интервале от 2,23*10^-3 до 2,57*10^-3 диагностируют отсутствие злокачественных опухолей яичников.

2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что для оценки уровня копийности гена SULT1E1 используют праймеры: SEQ ID 5 и SEQ ID 6.

3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что для оценки уровня копийности гена CYP1B1 используют праймеры: SEQ ID 3 и SEQ ID 4.

4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что для оценки уровня копийности гена ESR1 используют праймеры: SEQ ID 1 и SEQ ID 2.