ПРОТИВОРАКОВЫЕ ВАКЦИНЫ, НАПРАВЛЕННЫЕ НА MUC16, И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ Российский патент 2021 года по МПК C12N15/00 C12N15/86 C07K14/435 A61K48/00 

ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА НА РОДСТВЕННЫЕ ЗАЯВКИ

[0001] Данная заявка претендует на приоритет и преимущество относительно предварительной заявки на патент США Номер 62/598,314, поданной 13 декабря 2017 года, предварительной заявки на патент США Номер 62/599,513, поданной 15 декабря 2017 года, полное содержание которых включено в настоящий документ посредством ссылки.

ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

[0002] Данная заявка содержит Перечень последовательностей, который был представлен в электронном виде в формате ASCII и настоящим полностью включен посредством ссылки. Указанная ASCII-копия, созданная 12 декабря 2018 года, называется l04409_000446_sequence_listing.txt и имеет размер 54 027 байт.

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ

[0003] Настоящее изобретение относится к антигенам MUC16 и молекулам нуклеиновых кислот, которые их кодируют. Настоящее изобретение также относится к вакцинам, включающим антигены MUC16 и/или молекулы нуклеиновой кислоты. Настоящее изобретение дополнительно относится к способам использования вакцин для индукции иммунных ответов и предотвращения и/или лечения субъектов, имеющих раковые клетки, которые экспрессируют MUC16.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

[0004] Рак остается основной причиной смерти в США и во всем мире. Рынок противораковых вакцин быстро растет. Эффективные противоопухолевые вакцины могут быть полезны для предотвращения роста опухоли и/или могут быть полезны в качестве более эффективной, менее токсичной альтернативы стандартному лечению пациентов с запущенными формами рака. Антигеном, связанным с раком и, следовательно, мишенью для противоопухолевых вакцин является MUC16.

[0005] MUC16 является членом семейства муцинов, высокомолекулярных гликопротеинов. Муцины экспрессируются специализированными эпителиальными клетками, окружающими поверхность просвета различных органов респираторного, желудочно-кишечного и репродуктивного трактов. MUC16 играет прямую и косвенную роль в поддержании целостности эпителия, а также в любрикации и защите эпителиальных поверхностей.

[0006] Домен тандемного повтора MUC16 содержит повторяющийся пептидный эпитоп, CA125, который стал золотым стандартом биомаркера для множества клинических сценариев, возникающих при диагностике и лечении рака яичников, включая: 1) скрининг на раннее выявление, 2) проведение различия между доброкачественным и злокачественным заболеванием у женщин до и после менопаузы с образованиями в тазу, и 3) мониторинг реакции на терапию. Кроме того, функциональные исследования показали, что MUC16 способствует трансформации и метастазированию опухолей яичников.

[0007] Из-за его высокой экспрессии в большинстве случаев рака яичников, а также предполагаемой роли в потенцировании онкогенеза, MUC16 является привлекательной мишенью для противораковой терапевтической вакцины. Однако конструирование антигена затруднено его большим размером, сложным профилем гликозилирования и экспрессией в здоровой эпителиальной ткани.

[0008] Вакцины для лечения и профилактики рака представляют большой интерес. Существующие вакцины, нацеленные на антигены опухолевых клеток, часто ограничены слабой экспрессией антигена in vivo. Соответственно, в данной области остается потребность в разработке безопасных и эффективных вакцин, которые применимы к опухолям, экспрессирующим MUC16, обеспечивая тем самым лечение и способствуя выживанию субъектов, пораженных такими видами рака.

РАСКРЫТИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0001] В данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2.

[0002] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: нуклеотидов 55-4470 SEQ ID NO: 1; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, включающей нуклеотиды 55-4470 SEQ ID NO: 1; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-4470 SEQ ID NO: 1; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-4470 SEQ ID NO: 1.

[0003] В данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 2; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 2; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 2; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 2.

[0004] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 1; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 1; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 1; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 1. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 1.

[0005] В данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4.

[0006] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: нуклеотидов 55-1926 SEQ ID NO: 3; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, включающей нуклеотиды 55-1926 SEQ ID NO: 3; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-1926 SEQ ID NO: 3; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-1926 SEQ ID NO: 3.

[0007] В данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 4; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 4; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 4; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 4.

[0008] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 3; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 3; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 3; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 3. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 3.

[0009] В данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6.

[0010] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: нуклеотидов 55-2130 SEQ ID NO: 5; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, включающей нуклеотиды 55-2130 SEQ ID NO: 5; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-2130 SEQ ID NO: 5; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-2130 SEQ ID NO: 5.

[0011] В данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 6; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 6; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 6; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 6.

[0012] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 5; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 5; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 5; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 5. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 5.

[0013] В данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8.

[0014] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: нуклеотидов 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, включающей нуклеотиды 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7.

[0015] В данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8.

[0016] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: нуклеотидов 55-4023 SEQ ID NO: 7; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, включающей нуклеотиды 55-4023 SEQ ID NO: 7; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-4023 SEQ ID NO: 7; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-4023 SEQ ID NO: 7.

[0017] В данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 8; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 8; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 8; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 8.

[0018] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 7; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 7; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 7; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 7. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 7.

[0019] Одна или более молекул нуклеиновой кислоты, представленные в данном документе, могут быть включены в вектор, такой как плазмида или вирусный вектор. Одна или более молекул нуклеиновой кислоты, представленные в данном документе, могут быть включены в вектор, такой как плазмида или вирусный вектор. В некоторых вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2. В определенных вариантах воплощения вектор включает молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: нуклеотидов 55-4470 SEQ ID NO: 1; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, включающей нуклеотиды 55-4470 SEQ ID NO: 1; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-4470 SEQ ID NO: 1 ; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-4470 SEQ ID NO: 1. В дополнительных вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 2; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 2; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 2; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 2. В еще других вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 1; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 1 ; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 1; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 1. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 1.

[0020] В дополнительных вариантах воплощения вектор содержит одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4. В определенных вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: нуклеотидов 55-1926 SEQ ID NO: 3; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, включающей нуклеотиды 55-1926 SEQ ID NO: 3; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-1926 SEQ ID NO: 3; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-1926 SEQ ID NO: 3. В некоторых вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 4; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 4; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 4; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 4. В дополнительных вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 3; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 3; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 3; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 3. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 3.

[0021] В некоторых вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6. В определенных вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: нуклеотидов 55-2130 SEQ ID NO: 5; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, включающей нуклеотиды 55-2130 SEQ ID NO: 5; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-2130 SEQ ID NO: 5; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-2130 SEQ ID NO: 5. В дополнительных вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 6; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 6; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 6; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 6. В еще других вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 5; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 5; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 5; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 5. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 5.

[0022] В дополнительных вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8. В определенных вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: нуклеотидов 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, включающей нуклеотиды 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7. В дополнительных вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8. В определенных вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: нуклеотидов 55-4023 SEQ ID NO: 7; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, включающей нуклеотиды 55-4023 SEQ ID NO: 7; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-4023 SEQ ID NO: 7; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-4023 SEQ ID NO: 7. В некоторых вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 8; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 8; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 8; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения вектор содержит молекулы нуклеиновой кислоты, включающие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 7; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 7; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 7; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 7. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 7.

[0023] В некоторых вариантах воплощения, представленные в данном документе нуклеиновые кислоты функционально связаны с регуляторным элементом. В некоторых вариантах воплощения регуляторный элемент является промотором и/или сигналом полиаденилирования. В дополнительных вариантах воплощения промотор представляет собой немедленный ранний промотор цитомегаловируса человека (промотор hCMV). В других вариантах воплощения сигнал полиаденилирования представляет собой сигнал полиаденилирования бычьего гормона роста (bGH poly A).

[0024] Также в данном документе предлагаются композиции, которые содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, как изложено в данном документе. В некоторых вариантах воплощения эти композиции содержат фармацевтически приемлемый носитель.

[0025] Дополнительно предлагаются антигенные белки MUC16, содержащие аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из: (a) аминокислот 19-1490 SEQ ID NO: 2; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2.

[0026] Дополнительно предлагаются антигенные белки MUC16, содержащие аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 2; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 2; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 2; и (в) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 2. В некоторых вариантах воплощения белок содержит аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 2.

[0027] Дополнительно предлагаются антигенные белки MUC16, содержащие аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из: (a) аминокислот 19-642 SEQ ID NO: 4; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4.

[0028] Дополнительно предлагаются антигенные белки MUC16, содержащие аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 4; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 4; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 4; и (в) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 4. В некоторых вариантах воплощения белок содержит аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 2.

[0029] Дополнительно предлагаются антигенные белки MUC16, содержащие аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из: (a) аминокислот 19-710 SEQ ID NO: 6; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6.

[0030] Дополнительно предлагаются антигенные белки MUC16, содержащие аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 6; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 6; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 6; и (в) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 6. В некоторых вариантах воплощения белок содержит аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 6.

[0031] Дополнительно предлагаются антигенные белки MUC16, содержащие аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из: (a) аминокислот 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8.

[0032] Дополнительно предлагаются антигенные белки MUC16, содержащие аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из: (a) аминокислот 19-1341 SEQ ID NO: 8; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8.

[0033] Дополнительно предлагаются антигенные белки MUC16, содержащие аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 8; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 8; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 8; и (в) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения белок содержит аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 8.

[0034] Также предлагаются вакцины, содержащие антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 2. В некоторых вариантах воплощения антиген кодируется SEQ ID NO: 1.

[0035] Также предлагаются вакцины, содержащие антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 4. В некоторых вариантах воплощения антиген кодируется SEQ ID NO: 3.

[0036] Также предлагаются вакцины, содержащие антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 6. В некоторых вариантах воплощения антиген кодируется SEQ ID NO: 5.

[0037] Также предлагаются вакцины, содержащие антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения антиген кодируется SEQ ID NO: 7.

[0038] Дополнительно предлагаются вакцины, содержащие молекулу нуклеиновой кислоты, при этом молекула нуклеиновой кислоты включает последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 95% идентичности по всей длине последовательности нуклеиновой кислоты, указанной в SEQ ID NO: 1. Дополнительно в данном документе предлагаются вакцины, содержащие молекулу нуклеиновой кислоты, при этом молекула нуклеиновой кислоты кодирует антиген MUC16, включающий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере примерно 95% идентичности по всей длине аминокислотной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 2.

[0039] Дополнительно предлагаются вакцины, содержащие молекулу нуклеиновой кислоты, при этом молекула нуклеиновой кислоты включает последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере примерно 95% идентичности по всей длине последовательности нуклеиновой кислоты, указанной в SEQ ID NO: 3. Дополнительно в данном документе предлагаются вакцины, содержащие молекулу нуклеиновой кислоты, при этом молекула нуклеиновой кислоты кодирует антиген MUC16, включающий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере примерно 95% идентичности по всей длине аминокислотной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 4.

[0040] Дополнительно предлагаются вакцины, содержащие молекулу нуклеиновой кислоты, при этом молекула нуклеиновой кислоты включает последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере примерно 95% идентичности по всей длине последовательности нуклеиновой кислоты, указанной в SEQ ID NO: 5. Дополнительно в данном документе предлагаются вакцины, содержащие молекулу нуклеиновой кислоты, при этом молекула нуклеиновой кислоты кодирует антиген MUC16, включающий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере примерно 95% идентичности по всей длине аминокислотной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 6.

[0041] Дополнительно предлагаются вакцины, содержащие молекулу нуклеиновой кислоты, при этом молекула нуклеиновой кислоты включает последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере примерно 95% идентичности по всей длине последовательности нуклеиновой кислоты, указанной в SEQ ID NO: 7. Дополнительно в данном документе предлагаются вакцины, содержащие молекулу нуклеиновой кислоты, при этом молекула нуклеиновой кислоты кодирует антиген MUC16, включающий аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере примерно 95% идентичности по всей длине аминокислотной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 8.

[0042] В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты может содержать экспрессионный вектор. Вакцины могут дополнительно содержать фармацевтически приемлемый эксципиент. В некоторых вариантах воплощения вакцины могут дополнительно содержать адъювант. В определенных вариантах воплощения адъювант представляет собой IL-12, IL-15, IL-28 или RANTES.

[0043] Также в данном документе предлагаются вакцины, включающие антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 2. В некоторых вариантах воплощения антиген кодируется SEQ ID NO: 1.

[0044] Дополнительно предлагаются вакцины, содержащие пептид, при этом пептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере приблизительно 90% идентичности по всей длине аминокислотной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 2.

[0045] Также в данном документе предлагаются вакцины, включающие антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 4. В некоторых вариантах воплощения антиген кодируется SEQ ID NO: 3.

[0046] Дополнительно предлагаются вакцины, содержащие пептид, при этом пептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере приблизительно 90% идентичности по всей длине аминокислотной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 4.

[0047] Также в данном документе предлагаются вакцины, включающие антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 6. В некоторых вариантах воплощения антиген кодируется SEQ ID NO: 5.

[0048] Дополнительно предлагаются вакцины, содержащие пептид, при этом пептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере приблизительно 90% идентичности по всей длине аминокислотной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 6.

[0049] Также в данном документе предлагаются вакцины, включающие антиген MUC16, при этом антиген содержит аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения антиген кодируется SEQ ID NO: 7.

[0050] Дополнительно предлагаются вакцины, содержащие пептид, при этом пептид содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере приблизительно 90% идентичности по всей длине аминокислотной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 8.

[0051] Дополнительно предлагаются способы лечения субъекта с раковой клеткой, экспрессирующей MUC16, включающие введение терапевтически эффективного количества вакцины, описываемой в данном документе. В некоторых вариантах воплощения введение включает этап электропорации. В других вариантах воплощения введение происходит в одном или более участков на субъекте.

[0052] Также предлагаются способы вакцинации субъекта против раковой клетки, экспрессирующей MUC16. В некоторых вариантах воплощения введение включает этап электропорации. В других вариантах воплощения введение происходит в одном или более участков на субъекте.

[0053] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 2; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 2; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 2; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 2 для использования в качестве лекарственного средства.

[0054] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 4; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 4; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 4; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 4 для использования в качестве лекарственного средства.

[0055] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 6; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 6; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 6; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 6 для использования в качестве лекарственного средства.

[0056] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 8; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 8; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 8; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 8 для использования в качестве лекарственного средства.

[0057] В некоторых вариантах воплощения, представленные в данном документе молекулы нуклеиновой кислоты предназначены для использования в качестве лекарственного средства в лечении рака. В некоторых вариантах воплощения, представленные в данном документе молекулы нуклеиновой кислоты предназначены для использования в приготовлении лекарственного средства. В некоторых вариантах воплощения, представленные в данном документе молекулы нуклеиновой кислоты предназначены для использования в приготовлении лекарственного средства для лечения рака.

[0058] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 1; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 1; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 1; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 1 для использования в качестве лекарственного средства.

[0059] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 3; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 3; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 3; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 3 для использования в качестве лекарственного средства.

[0060] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 5; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 5; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 5; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 5 для использования в качестве лекарственного средства.

[0061] Также в данном документе предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 7; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 7; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 7; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 7 для использования в качестве лекарственного средства.

[0062] В некоторых вариантах воплощения, представленные в данном документе молекулы нуклеиновой кислоты предназначены для использования в качестве лекарственного средства в лечении рака. В некоторых вариантах воплощения, представленные в данном документе молекулы нуклеиновой кислоты предназначены для использования в приготовлении лекарственного средства. В некоторых вариантах воплощения, представленные в данном документе молекулы нуклеиновой кислоты предназначены для использования в приготовлении лекарственного средства для лечения рака.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙ

[0063] ФИГ. 1 иллюстрирует структуру нативного MUC16 человека. Указаны области, на которые нацелены вакцинные конструкции MUC16.

[0064] ФИГ. 2 изображает филогенетический анализ нативных центральных тандемных повторов MUC16 человека.

[0065] ФИГ. 3 иллюстрирует отдельные повторные последовательности нативного MUC16, из которых был получен каждый микроконсенсусный повтор (RMC) MUC16, и процентную идентичность последовательностей между собой (GenBank: AAL65133.2).

[0066] ФИГ. 4 показывает аминокислотную последовательность карбокси-концевого домена MUC16. Подчеркнутая область (NFSPLARRVDR) представляет собой потенциальный сайт расщепления, жирная подчеркнутая область представляет собой трансмембранный домен, а цитоплазматический хвостовой сегмент обозначен двойным подчеркиванием. Неуказанная последовательность выше трансмембранного домена представляет собой внеклеточный эктодомен. Рамки обозначают потенциальные сайты фосфорилирования S/T/Y. Сайты N- и O-гликозилирования обозначены, соответственно, X и O.

[0067] ФИГ. 5 иллюстрирует выравнивание модифицированного консенсусного эктодомена и трансмембранного домена MUC16 и эктодомена и трансмембранного домена нативного человеческого MUC16. Изменения консенсуса обозначены серым цветом.

[0068] ФИГ. 6A-6B иллюстрируют стратегию сборки RMC, нативных повторов и синтетического консенсусного эктодомена и трансмембранного домена MUC16 для снижения вероятности появления нецелевых эпитопов. ФИГ. 6A показывает получение предварительного синтетического иммуногена MUC16 путем добавления стратегий конструирования центрального тандемного повтора и карбокси-концевого домена. Однако, когда слияние RMC4-R61 (последние 11 аминокислот RMC4 и первые 11 аминокислот нативного R61) было выровнено со всеми слияниями нативных повторов MUC16 (последние 11 аминокислот и начальные 11 аминокислот соседних нативных повторов), самая высокая идентичность последовательностей составила всего 76,2%, что позволяет предположить, что в этом слиянии могли быть введены нежелательные эпитопы. ФИГ. 6B показывает, что одной из стратегий, позволяющих избежать слияния RMC4-R61, было добавление нативного R59 между RMC4 и R61.

[0069] ФИГ. 7 представляет собой схематическое изображение четырех синтетических консенсусных иммуногенов MUC16, кодируемых плазмидами pGXl435, pGXl436, pGXl437, pGXl438 и pGXl439.

[0070] ФИГ. 8A-8C изображают оценку размера и сравнительное моделирование нативного и синтетического консенсусного домена центрального тандемного повтора IRC MUC16 человека. ФИГ. 8A является принципиальной схемой нативного MUC16 (на основе GenBank AAL65133.2) и IRC синтетического консенсусного MUC16. ФИГ. 8B показывает сравнительное моделирование для иллюстрации различий в размерах между нативным MUC16 (слева) и синтетическим консенсусным дизайном IRC MUC16 (справа). ФИГ. 8C является сравнительной моделью синтетической консенсусной области повтора IRC MUC16, показанной в формате cpk. Последовательности микроконсенсусного повтора от RMC1 до RMC4 обозначены светло-серым, спроектированный сайт расщепления фурином и нативные последовательности повтора от R61 до R63 обозначены темно-серым.

[0071] ФИГ. 9 является представлением в виде диаграммы модифицированного остова pVAXl (pGX0001).

[0072] ФИГ. 10 является представлением в виде диаграммы остова pGX0003.

[0073] ФИГ. 11 является представлением в виде диаграммы плазмиды pGXl435 и IRC+R59 синтетического консенсусного MUC16.

[0074] ФИГ. 12 является представлением в виде диаграммы плазмиды pGXl436 и RMC синтетического консенсусного MUC16.

[0075] ФИГ. 13 является представлением в виде диаграммы плазмиды pGXl437 и NRC синтетического консенсусного MUC16.

[0076] ФИГ. 14 является представлением в виде диаграммы плазмиды pGXl438 и RMC синтетического консенсусного MUC16 и NRC синтетического консенсусного MUC16.

[0077] ФИГ. 15 является представлением в виде диаграммы плазмиды pGXl439 и IRC синтетического консенсусного MUC16.

[0078] ФИГ. 16 иллюстрирует экспрессию конструкций синтетического консенсусного MUC16 методом иммуноблоттинга.

[0079] ФИГ. 17 является представлением в виде диаграммы пулов пептидов, содержащихся в пептидах, относящихся к белкам синтетического консенсусного антигена MUC16, используемых в вариантах воплощения данного изобретения.

[0080] ФИГ. 18A-18D иллюстрируют ответы IFNγ в ELISpot, полученные через 3 недели в результате 3-кратной иммунизации самок CB6F1 указанными количествами дозы синтетического консенсусного MUC16 (pGXl435 (ФИГ. 18A), pGXl438 (ФИГ. 18B) и pGXl439 (ФИГ. 18C), n=8/группу) или pGX0001 (пустой вектор, n=8). Также указаны выявляемые ответы на уникальный эпитоп R59 (пул пептидов 6), индуцированные pGXl435 (ФИГ. 18D).

[0081] ФИГ. 19A-19D иллюстрируют результаты, полученные через 3 недели после 3-кратной иммунизации самок CB6F1 указанными количествами дозы синтетического консенсусного MUC16 (pGXl436 (ФИГ. 19A) и pGXl437 (ФИГ. 19C), n=8 /группу) или pGX0001 (пустой вектор, n=8). Специфические ответы IFNγ в ELISpot на синтетический консенсусный MUC16 при указанных количествах дозы pGXl436 и pGXl437, а также сравнение иммунных ответов на полноразмерные конструкции (ФИГ. 19B и ФИГ. 19D).

[0082] ФИГ. 20 иллюстрирует стратегию гейтирования проточной цитометрии, используемую в вариантах воплощения данного изобретения.

[0083] ФИГ. 21A-21C иллюстрируют относительную частоту Т-клеток CD4⁺, индуцированных полноразмерными конструкциями синтетического консенсусного MUC16 pGXl435 (ФИГ. 21A), pGXl438 (ФИГ. 21B) и pGXl439 (ФИГ. 21C).

[0084] ФИГ. 22A-22C иллюстрируют цитолитический потенциал Т-клеток CD4⁺, специфических по отношению к синтетического консенсусному MUC16 и профиль цитокинов, индуцированных pGXl435 (ФИГ. 22A), PGX1438 (ФИГ. 22B) и pGXl439 (ФИГ. 22C).

[0085] ФИГ. 23A-23C иллюстрируют клеточные иммунные ответы, индуцированные pGXl435 (ФИГ. 23A), pGXl438 (ФИГ. 23B) и pGXl439 (ФИГ. 23C) в компартменте Т-клеток CD8⁺.

[0086] ФИГ. 24A-24C иллюстрируют цитолитические иммунные ответы и профиль цитокинов, индуцированные pGXl435 (ФИГ. 24A), pGXl438 (ФИГ. 24B) и pGXl439 (ФИГ. 24C) в компартменте Т-клеток CD8⁺.

[0087] ФИГ. 25A-25B иллюстрируют клеточные иммунные ответы, индуцированные pGXl436 в компартменте Т-клеток CD4⁺ (ФИГ. 25A) и цитолитические иммунные ответы и профиль специфических ответов Т-клеток CD4⁺ на конструкцию частичной длины pGXl436 (ФИГ. 25B).

[0088] ФИГ. 26A-26B иллюстрируют клеточные иммунные ответы, индуцированные pGXl437 в компартменте Т-клеток CD4⁺ (ФИГ. 26A) и цитолитические иммунные ответы и профиль специфических ответов Т-клеток CD4⁺ на конструкцию частичной длины pGXl437 (ФИГ. 26B).

[0089] ФИГ. 27A-27B иллюстрируют клеточные иммунные ответы, индуцированные pGXl436 в компартменте Т-клеток CD8⁺ (ФИГ. 27A) и цитолитические иммунные ответы и профиль специфических ответов Т-клеток CD8⁺ на конструкции частичной длины (ФИГ. 27B).

[0090] ФИГ. 28A-28B иллюстрируют клеточные иммунные ответы, индуцированные pGXl437 в компартменте Т-клеток CD8⁺ (ФИГ. 28A) и цитолитические иммунные ответы и профиль специфических ответов Т-клеток CD8⁺ на конструкции частичной длины (ФИГ. 28B).

[0091] ФИГ. 29A-29B иллюстрируют сравнение клеточных иммунных ответов, индуцированных pGXl436 (ФИГ. 29A) и pGXl437 (ФИГ. 29B) в отношении полноразмерных конструкций в компартментах Т-клеток CD4⁺ и CD8⁺ и профили цитокинов специфических клеточных ответов Т-клеток CD4⁺ и CD8⁺.

[0092] ФИГ. 30A-30C предоставляют итог данных по IFNγ (ФИГ. 30A) и клеточных данных по Т-клеткам CD4⁺ (ФИГ. 30B) и CD8⁺ (ФИГ. 30C) для раскрытых в данном документе полноразмерных конструкций.

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0093] Настоящее изобретение относится к вакцинам, содержащим антиген MUC16. MUC16 экспрессируется во многих опухолях. Соответственно, вакцины обеспечивают лечение рака или опухоли, экспрессирующей MUC16. Вакцина по изобретению может обеспечить любую комбинацию конкретных раковых антигенов для конкретной профилактики или лечения рака у субъекта, который нуждается в лечении.

[0094] Одним из способов конструирования нуклеиновой кислоты и ее кодированной аминокислотной последовательности рекомбинантного ракового антигена является введение мутаций, которые изменяют конкретные аминокислоты в общей аминокислотной последовательности нативного ракового антигена. Введение мутаций не настолько сильно изменяет раковый антиген, что его нельзя универсально применять у субъекта-млекопитающего и предпочтительно у субъекта-человека или собаки, но изменяет его настолько, что полученная аминокислотная последовательность нарушает толерантность или считается чужеродным антигеном в организме, для того, чтобы генерировать иммунный ответ. Другим способом может быть создание консенсусного рекомбинантного ракового антигена, который имеет идентичность аминокислотной последовательности с соответствующим нативным антигеном рака по меньшей мере от 85% до 99%; предпочтительно по меньшей мере от 90% и до 98% идентичности последовательности; более предпочтительно по меньшей мере от 93% и до 98% идентичности последовательности; или даже более предпочтительно по меньшей мере от 95% и до 98% идентичности последовательности. В некоторых случаях рекомбинантный раковый антиген идентичен по аминокислотной последовательности на 95, 96, 97, 98 или 99% соответствующему нативному антигену рака. Нативный антиген рака является антигеном, обычно ассоциированным с конкретным раком или раковой опухолью. В зависимости от ракового антигена консенсусная последовательность ракового антигена может встречаться у разных видов млекопитающих или внутри подтипов вида, или среди вирусных штаммов или серотипов. Некоторые раковые антигены не сильно отличаются от аминокислотной последовательности дикого типа ракового антигена. Некоторые раковые антигены имеют последовательности нуклеиновых кислот/аминокислот, которые настолько различаются между видами, что консенсусная последовательность не может быть получена. В этих случаях генерируется рекомбинантный раковый антиген, который нарушает толерантность и генерирует иммунный ответ, который имеет идентичность аминокислотной последовательности по меньшей мере от 85% до 99% с соответствующим нативным антигеном рака; предпочтительно по меньшей мере от 90% и до 98% идентичности последовательности; более предпочтительно по меньшей мере от 93% и до 98% идентичности последовательности; или даже более предпочтительно по меньшей мере от 95% и до 98% идентичности последовательности. В некоторых случаях рекомбинантный раковый антиген идентичен по аминокислотной последовательности на 95, 96, 97, 98 или 99% своему соответствующему нативному антигену рака. Вышеупомянутые подходы могут быть объединены так, что конечный рекомбинантный раковый антиген имеет процентное сходство с аминокислотной последовательностью нативного ракового антигена, как обсуждалось выше.

[0095] Антиген mucin-16 («MUC16») может быть консенсусным антигеном MUC16, частично полученным из последовательностей MUC16 из разных видов или из разных изоформ в пределах вида, и, таким образом, консенсусный антиген MUC16 не является нативным.

[0096] Антиген MUC16 может также включать выбор последовательностей микроконсенсусных повторов (RMC) или нативных повторов (R), полученных из нативных последовательностей RMC или R. В некоторых вариантах воплощения предусмотрены конструкции нуклеиновых кислот, в которых две или более последовательности RMC и/или R связаны друг с другом сайтами протеолитического расщепления. Сайт протеолитического расщепления фурином является примером сайта протеолитического расщепления, который может связывать домены RMC и/или R в слитом белке, экспрессируемом конструкцией.

[0097] Дальнейшие модификации антигена MUC16 могут включать мутации остатков аспарагина в эктодоменах и трансмембранных доменах и добавление предшествующих лидерных последовательностей Козака и/или IgE к N-концу антигена MUC16.

[0098] Рекомбинантный MUC16 может индуцировать антигенспецифические Т-клетки и/или высокие титры антител, тем самым индуцируя или вызывая иммунный ответ, который направлен или реагирует на рак или опухоль, экспрессирующую антиген. В некоторых вариантах воплощения индуцированный или вызванный иммунный ответ может быть клеточным, гуморальным или как клеточным, так и гуморальным иммунным ответом. В некоторых вариантах воплощения индуцированный или вызванный клеточный иммунный ответ может включать индукцию или секрецию интерферона-гамма (IFN-γ) и/или фактора некроза опухоли альфа (TNF-α). В других вариантах воплощения индуцированный или вызванный иммунный ответ может уменьшать или ингибировать один или более факторов иммуносупрессии, которые способствуют росту опухоли или рака, экспрессирующего антиген, например, без ограничений, факторы, которые подавляют презентацию MHC, факторы, которые повышают регуляцию антигенспецифических регуляторных Т-клеток (Tregs), PD-L1, FasL, цитокины, такие как IL-10 и TFG-β, ассоциированные с опухолью макрофаги, ассоциированные с опухолью фибробласты, растворимые факторы, продуцируемые иммуносупрессорными клетками, CTLA-4, PD-1, MDSCs, MCP-1 и молекула иммунной контрольной точки.

[0099] Вакцина может дополнительно комбинироваться с антителами к ингибиторам контрольной точки, таким как PD-1 и PDL-1, для усиления стимуляции как клеточного, так и гуморального иммунного ответа. Использование антител против PD-1 или против PDL-1 предотвращает подавление Т-клеточными и/или В-клеточными реакциями. В целом, проектирование антигенов рака, распознаваемых иммунной системой, помогает преодолеть другие формы иммуносупрессии опухолевыми клетками, и эти вакцины можно использовать в сочетании с терапией подавления или ингибирования (например, терапии при помощи антител к PD-1 и антител к PDL-1) для дальнейшего увеличения Т-клеточных и/или В-клеточных ответов.

Определения

[00100] Если не указано иное, все технические и научные термины, используемые в данном документе, имеют то же значение, которое обычно понимают специалисты в данной области техники. В случае конфликта, регулирование будет осуществляться настоящим документом, включая определения. Предпочтительные способы и материалы описаны ниже, хотя на практике или при тестировании настоящего изобретения могут использоваться способы и материалы, подобные или эквивалентные тем, которые описаны в данном документе. Все публикации, заявки на патенты, патенты и другие ссылки, упомянутые в данном документе, включены посредством ссылки во всей их полноте. Материалы, способы и примеры, раскрытые в данном документе, являются только иллюстративными и не предназначены для ограничения. Используемая в данном документе терминология предназначена только для описания конкретных вариантов воплощения и не предусматривает их ограничение.

[00101] Термины «включают(ет)», «содержат(ит)», «имеющий», «имеет», «может», «заключают(ет) в себе» и их варианты, в контексте данного документа, предназначены служить переходными фразами с открытым концом, терминами или словами, которые не исключают возможности дополнительных действий или структур. Формы единственного числа «a», «and» и «the» (англ.) включают множественные ссылки, если контекст явно не предписывает иное. В настоящем раскрытии также рассматриваются другие варианты воплощения, «содержащие», «состоящие из» и «состоящие по существу из» вариантов воплощения или элементов, представленных в данном документе, независимо от того, изложены они явно или нет.

[00102] Для перечисления числовых диапазонов в настоящем документе явным образом предусмотрено каждое промежуточное значение, имеющее ту же степень точности, что и минимум и максимум приведенного диапазона. Например, для диапазона 6-9 числа 7 и 8 рассматриваются в дополнение к 6 и 9, а для диапазона 6,0-7,0 числа 6,0, 6,1, 6,2, 6,3, 6,4, 6,5, 6,6, 6,7, 6,8, 6,9 и 7,0 предусмотрены явным образом.

[00103] Термин «адъювант», в контексте данного документа, означает любую молекулу, добавленную к вакцинам, описанным в настоящем документе, для усиления иммуногенности MUC16 антигенов и/или молекул нуклеиновых кислот, кодирующих антигены, согласно настоящему описанию.

[00104] Термин «антитело», в контексте данного документа, означает антитело классов IgG, IgM, IgA, IgD или IgE или их фрагменты или производные, включая Fab, F (ab') 2, Fd и одноцепочечные антитела, диатела, биспецифичные антитела, бифункциональные антитела и их производные. Антитело может представлять собой антитело, выделенное из образца сыворотки млекопитающего, поликлональное антитело, аффинное антитело или любую их смесь, которое проявляет достаточную специфичность связывания с желаемым эпитопом или полученной из него последовательностью.

[00105] «Антиген MUC16» относится к белкам, содержащим аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из: аминокислот 19-1490 SEQ ID NO: 2; аминокислот 19-642 SEQ ID NO: 4; аминокислот 19-710 SEQ ID NO: 6; аминокислот 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; SEQ ID NO: 2; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 6; SEQ ID NO: 8; их фрагментов указанной в данном документе длины, вариантов, то есть белков с последовательностями, имеющими идентичность с SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 8 как указано в данном документе, фрагментов вариантов, имеющих длины, указанные в данном документе в SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 8; их фрагментов указанной в данном документе длины, вариантов, то есть белков с последовательностями, имеющими идентичность с SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 или SEQ ID NO: 8 как указано в данном документе, фрагментов вариантов, имеющих длины, указанные в данном документе и их комбинаций. Антигены могут необязательно включать сигнальные пептиды, такие как пептиды из других белков.

[00106] Термины «кодирующая последовательность» или «кодирующая нуклеиновая кислота», в контексте данного документа, означают нуклеиновые кислоты (молекулы РНК или ДНК), которые содержат нуклеотидную последовательность, которая кодирует белок. Кодирующая последовательность может дополнительно включать сигналы инициации и терминации, функционально связанные с регуляторными элементами, включая промотор и сигнал полиаденилирования, способный направлять экспрессию в клетках субъекта или млекопитающего, которым вводят нуклеиновую кислоту.

[00107] Термины «комплементарность» или «комплементарный», в контексте данного документа, означают, что нуклеиновая кислота может подразумевать спаривание оснований по Уотсону-Крику (например, A-T/U и C-G) или по Хугстину между нуклеотидами или нуклеотидными аналогами молекул нуклеиновой кислоты.

[00108] Термины «консенсусный» или «консенсусная последовательность», в контексте данного документа, означают полипептидную последовательность, основанную на анализе выравнивания множества последовательностей для одного и того же гена из разных организмов. Могут быть приготовлены последовательности нуклеиновых кислот, которые кодируют консенсусную полипептидную последовательность. Вакцины, содержащие белки, которые содержат консенсусные последовательности, и/или молекулы нуклеиновой кислоты, которые кодируют такие белки, могут быть использованы для индукции широкого иммунитета против антигена.

[00109] Используемый в данном документе термин «постоянный ток» описывает ток, который воспринимается или испытывается тканью или клетками, определяющими указанную ткань, в течение времени воздействия электрического импульса, доставляемого в ту же ткань. Электрический импульс подается от устройств электропорации, описанных в данном документе. Плотность тока остается постоянной в указанной ткани в течение времени воздействия электрического импульса, поскольку устройство электропорации, предложенное в настоящем документе, имеет элемент обратной связи, предпочтительно обладающий мгновенной обратной связью. Элемент обратной связи позволяет измерять сопротивление ткани (или клеток) на протяжении всего времени воздействия импульса и заставлять устройство электропорации изменять выходную электрическую мощность (например, увеличивать напряжение) таким образом, чтобы плотность тока в одной и той же ткани оставалась постоянной в течение всего времени воздействия электрического импульса (порядка микросекунд) и от импульса к импульсу. В некоторых вариантах воплощения элемент обратной связи содержит контроллер.

[00110] ] Термины «обратная связь по току» или «обратная связь», в контексте данного документа, могут использоваться взаимозаменяемо и могут означать активную реакцию предоставленных устройств электропорации, которая включает измерение тока в ткани между электродами и соответствующее изменение выходной мощности, доставляемой устройством ЭП, для поддержания плотности тока на постоянном уровне. Этот постоянный уровень задается пользователем перед инициацией воздействия последовательности импульсов или электротерапии. Обратная связь может обеспечиваться компонентом электропорации, например, контроллером устройства электропорации, поскольку электрическая цепь в нем способна непрерывно контролировать ток в ткани между электродами и сравнивать этот контролируемый ток (или ток в ткани) с заданным током и непрерывно производить регулировку выходной энергии для поддержания контролируемого тока на заданных уровнях. Цикл обратной связи может быть мгновенным, поскольку он является аналоговой замкнутой обратной связью.

[00111] Термин «децентрализованный ток», используемый в данном документе, может означать схему электрических токов, подаваемых из различных наборов игольчатых электродов устройств электропорации, описанных в данном документе, при этом схемы минимизируют или предпочтительно устраняют возникновение теплового напряжения, связанного с электропорацией, в любой области ткани, подвергающейся электропорации.

[00112] «Электропорация», «электропермеабилизация» или «электрокинетическое усиление» («ЭП»), используемые в данном документе взаимозаменяемо, означают импульсное воздействие трансмембранного электрического поля для индукции микроскопических путей (пор) в биомембране; их присутствие позволяет биомолекулам, таким как плазмиды, олигонуклеотиды, миРНК, лекарственные средства, ионы и вода, проходить с одной стороны клеточной мембраны на другую.

[00113] В контексте данного документа, термин «фрагмент», касательно последовательностей нуклеиновой кислоты, означает последовательность нуклеиновой кислоты или ее часть, которая кодирует полипептид, способный вызывать иммунный ответ у млекопитающего, который перекрестно реагирует с антигеном, раскрытым в данном документе. Фрагменты могут представлять собой фрагменты молекулы нуклеиновой кислоты, выбранные по меньшей мере из одной из различных нуклеотидных последовательностей, которые кодируют фрагменты белка, указанные ниже. Фрагменты могут содержать по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 90% или по меньшей мере 95% полной длины одной или более последовательностей нуклеиновых кислот, описанных в данном документе, за исключением добавления любого гетерологичного сигнального пептида. В некоторых вариантах воплощения фрагменты могут содержать по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% полной длины одной или более последовательностей нуклеиновых кислот, указанных ниже, за исключением любого добавленного гетерологичного сигнального пептида.

[00114] В некоторых вариантах воплощения фрагменты могут быть по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70%, по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95% идентичными одной или более последовательностей нуклеиновых кислот, описанных в данном документе, за исключением любого гетерологичного сигнального пептида. В некоторых вариантах воплощения фрагменты могут быть по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98% или по меньшей мере на 99% идентичными одной или более последовательностей нуклеиновых кислот, указанных ниже, за исключением любого добавленного гетерологичного сигнального пептида.

[00115] В дополнительных вариантах воплощения фрагменты могут дополнительно, необязательно, включать последовательность, кодирующую гетерологичный сигнальный пептид, который не учитывается при расчете процента идентичности. Фрагменты также могут содержать кодирующие последовательности для сигнального пептида, такого как сигнальный пептид иммуноглобулина, например, сигнальный пептид IgE или IgG. Кодирующая последовательность, кодирующая N-концевой метионин и/или сигнальный пептид, может быть связана с фрагментом кодирующей последовательности.

[00116] В некоторых вариантах воплощения фрагменты могут включать по меньшей мере 1700 нуклеотидов или более, 1750 нуклеотидов или более, 1800 нуклеотидов или более, 1850 нуклеотидов или более, 1900 нуклеотидов или более, 1950 нуклеотидов или более, 2000 нуклеотидов или более, 2050 нуклеотидов или более, 2100 нуклеотидов или более, 2150 нуклеотидов или более, 2200 нуклеотидов или более, 2250 нуклеотидов или более, 2300 нуклеотидов или более, 2350 нуклеотидов или более, 2400 нуклеотидов или более, 2450 нуклеотидов или более, 2500 нуклеотидов или более, 2550 нуклеотидов или более, 2600 нуклеотидов или более, 2650 нуклеотидов или более, 2700 нуклеотидов или более, 2750 нуклеотидов или более, 2800 нуклеотидов или более, 2850 нуклеотидов или более, 2900 нуклеотидов или более, 2950 нуклеотидов или более, 3000 нуклеотидов или более, 3050 нуклеотидов или более, 3100 нуклеотидов или более, 3150 нуклеотидов или более, 3200 нуклеотидов или более, 3250 нуклеотидов или более, 3300 нуклеотидов или более, 3350 нуклеотидов или более, 3400 нуклеотидов или более, 3450 нуклеотидов или более, 3500 нуклеотидов или более, 3550 нуклеотидов или более, 3600 нуклеотидов или более, 3650 нуклеотидов или более, 3700 нуклеотидов или более, 3750 нуклеотидов или более, 3800 нуклеотидов или более, 3850 нуклеотидов или более, 3900 нуклеотидов или более, 3950 нуклеотидов или более, 4000 нуклеотидов или более, 4050 нуклеотидов или более, 4100 нуклеотидов или более, 4150 нуклеотидов или более, 4200 нуклеотидов или более, 4250 нуклеотидов или более, 4300 нуклеотидов или более, 4350 нуклеотидов или более, 4400 нуклеотидов или более, 4450 нуклеотидов или более, 4500 по меньшей мере одной из последовательностей нуклеиновой кислоты, указанных ниже.

[00117] Термины «фрагмент» или «иммуногенный фрагмент», касательно полипептидных последовательностей, означают полипептид, способный вызывать иммунный ответ у млекопитающего, который перекрестно реагирует с антигеном, раскрытым в данном документе. Фрагменты могут быть полипептидными фрагментами, выбранными из по меньшей мере одной из различных аминокислотных последовательностей, описанных в данном документе. Фрагменты консенсусных белков могут включать по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 60%, по меньшей мере 70%, по меньшей мере 80%, по меньшей мере 90% или по меньшей мере 95% полной длины консенсусного белка, исключая любой добавленный гетерологичный сигнальный пептид. В некоторых вариантах воплощения изобретения фрагмент может содержать по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92,% по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере на 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% длины одной или более аминокислотных последовательностей, указанных ниже, за исключением любого добавленного гетерологичного сигнального пептида.

[00118] В некоторых вариантах воплощения фрагменты могут быть по меньшей мере на 10%, по меньшей мере на 20%, по меньшей мере на 30%, по меньшей мере на 40%, по меньшей мере на 50%, по меньшей мере на 60%, по меньшей мере на 70% по меньшей мере на 80%, по меньшей мере на 90% или по меньшей мере на 95% идентичны одной или более аминокислотным последовательностям, описанным в данном документе, за исключением любого гетерологического сигнального пептида. В некоторых вариантах воплощения фрагменты могут быть по меньшей мере на 95%, по меньшей мере на 96%, по меньшей мере на 97%, по меньшей мере на 98% или по меньшей мере на 99% идентичны одной или более аминокислотным последовательностям, указанным в данном документе, за исключением любого добавленного гетерологического сигнального пептида.

[00119] В дополнительных вариантах воплощения фрагменты могут дополнительно необязательно включать последовательность, кодирующую гетерологичный сигнальный пептид, который не учитывается при расчете процента идентичности. Фрагменты могут дополнительно содержать сигнальный пептид, такой как сигнальный пептид иммуноглобулина, например, сигнальный пептид IgE или IgG.

[00120] В некоторых вариантах воплощения фрагменты консенсусных белков могут содержать 550 аминокислот или более, 600 аминокислот или более, 650 аминокислот или более, 700 аминокислот или более, 750 аминокислот или более, 800 аминокислот или более, 850 аминокислот или более, 900 аминокислот или более, 950 аминокислот или более, 1000 аминокислот или более, 1050 аминокислот или более, 1100 аминокислот или более, 1150 аминокислот или более, 1200 аминокислот или более, 1250 аминокислот или более, 1300 аминокислот или более, 1350 белковой последовательности, раскрытой в данном документе.

[00121] В контексте данного документа, термин «генетическая конструкция» относится к молекулам ДНК или РНК, которые содержат нуклеотидную последовательность, кодирующую белок. Кодирующая последовательность включает сигналы инициации и терминации, функционально связанные с регуляторными элементами, включая сигнал промотора и полиаденилирования, способный направлять экспрессию в клетках субъекта, которому вводят молекулу нуклеиновой кислоты. В контексте данного документа, термин «экспрессируемая форма» относится к генной конструкции, которая содержит необходимые регуляторные элементы, функционально связанные с кодирующей последовательностью, кодирующей белок, так что при наличии в клетке субъекта кодирующая последовательность будет экспрессироваться.

[00122] В контексте данного документа, термин «гомология» относится к степени комплементарности. Может существовать частичная гомология или полная гомология (то есть идентичность). Частично комплементарная последовательность, которая по меньшей мере частично ингибирует гибридизацию полностью комплементарной последовательности с нуклеиновой кислотой-мишенью, относится к использованию функционального термина «по существу гомологичный». При использовании в отношении последовательности двухцепочечной нуклеиновой кислоты, такой как кДНК или геномный клон термин «по существу гомологичный», используемый в данном документе, относится к зонду, который может гибридизироваться с цепью двухцепочечной последовательности нуклеиновой кислоты в условиях низкой жесткости. При использовании в отношении последовательности одноцепочечной нуклеиновой кислоты термин «по существу гомологичный», в контексте данного документа, относится к зонду, который может гибридизироваться (то есть является комплементарным последовательности) с одноцепочечной матричной последовательностью нуклеиновой кислоты в условиях низкой жесткости.

[00123] Термины «идентичный» или «идентичность», в контексте данного документа, относительно двух или более последовательностей нуклеиновых кислот или полипептидов, означают, что последовательности имеют определенный процент остатков, которые являются одинаковыми в указанной области. Процент может быть рассчитан путем оптимального выравнивания двух последовательностей, сравнения двух последовательностей в указанной области, определения количества позиций, в которых одинаковый остаток встречается в обеих последовательностях, для получения количества совпадающих позиций, деления количества совпавших позиций на общее количество позиций в указанной области и умножение результата на 100, чтобы получить процент идентичности последовательности. В тех случаях, когда две последовательности имеют разную длину или выравнивание приводит к одному или более ступенчатым концам и указанная область сравнения включает в себя только одну последовательность, остатки одной последовательности включаются в знаменатель, но не в числитель вычисления. При сравнении ДНК и РНК тимин (T) и урацил (U) можно считать эквивалентными. Идентификация может быть выполнена вручную или с помощью компьютерного алгоритма последовательности, такого как BLAST или BLAST 2.0.

[00124] Термин «импеданс», в контексте данного документа, может использоваться при рассмотрении в деталях механизма обратной связи и может быть преобразован в текущее значение в соответствии с законом Ома, что позволяет проводить сравнение с заданным током.

[00125] Термин «иммунный ответ», в контексте данного документа, означает активацию иммунной системы хозяина, например, млекопитающего, в ответ на введение антигена. Иммунный ответ может быть в форме клеточного или гуморального ответа, или обоих.

[00126] Термины «нуклеиновая кислота» или «олигонуклеотид», или «полинуклеотид», в контексте данного документа, означают, что по меньшей мере два нуклеотида, ковалентно связаны друг с другом. Описание одной цепи также определяет последовательность дополнительной цепи. Таким образом, нуклеиновая кислота также охватывает комплементарную цепь представленной единственной цепи. Многие варианты нуклеиновой кислоты могут быть использованы для той же цели, что и данная нуклеиновая кислота. Таким образом, нуклеиновая кислота также включает по существу идентичные нуклеиновые кислоты и их дополнения. Одна цепь обеспечивает зонд, который может гибридизироваться с последовательностью-мишенью в жестких условиях гибридизации. Таким образом, нуклеиновая кислота также включает зонд, который гибридизируется в жестких условиях гибридизации.

[00127] Нуклеиновые кислоты могут быть одноцепочечными или двухцепочечными или могут содержать части как двухцепочечной, так и одноцепочечной последовательности. Нуклеиновая кислота может быть ДНК, как геномной, так и кДНК, РНК или гибридной нуклеиновой кислотой, при этом нуклеиновая кислота может содержать комбинации дезоксирибо- и рибонуклеотидов и комбинации оснований, включая урацил, аденин, тимин, цитозин, гуанин, инозин, ксантин, гипоксантин, изоцитозин и изогуанин. Нуклеиновые кислоты могут быть получены способами химического синтеза или рекомбинантными способами.

[00128] Термин «функционально связанный», в контексте данного документа, означает, что экспрессия гена находится под контролем промотора, с которым он пространственно связан. Промотор может быть расположен 5 '(слева) или 3' (справа) от гена, находящегося под его контролем. Расстояние между промотором и геном может быть примерно таким же, как расстояние между этим промотором и геном, который он контролирует в гене, из которого происходит промотор. Как известно в данной области техники, изменение этого расстояния может быть адаптировано без утраты функции промотора.

[00129] В контексте данного документа, термины «пептид», «белок» или «полипептид» могут означать связанную последовательность аминокислот и могут быть природным, синтетическим или быть модификацией или комбинацией природного и синтетического.

[00130] Термин «промотор», в контексте данного документа, означает синтетическую молекулу или молекулу природного происхождения, которая способна придавать, активировать или усиливать экспрессию нуклеиновой кислоты в клетке. Промотор может содержать одну или более специфических регуляторных транскрипционных последовательностей для дополнительного усиления экспрессии и/или изменения пространственной экспрессии и/или временной экспрессии нуклеиновой кислоты в клетке. Промотор также может содержать дистальные энхансерные или репрессорные элементы, которые могут находиться на расстоянии до нескольких тысяч пар оснований от сайта начала транскрипции. Промотор может быть получен из источников, включая вирусные, бактериальные, грибковые, растительные, насекомые и животные. Промотор может регулировать экспрессию генного компонента конститутивно или дифференциально по отношению к клетке, ткани или органу, в котором происходит экспрессия, или относительно стадии развития, на которой происходит экспрессия, или в ответ на внешние раздражители, такие как физиологические стрессы, патогены, ионы металлов или индуцирующие агенты. Репрезентативные примеры промоторов включают промотор бактериофага Т7, промотор бактериофага Т3, промотор SP6, оператор-промотор lac, промотор tac, поздний промотор SV40, ранний промотор SV40, промотор RSV-LTR, промотор CMV IE, ранний промотор SV40 или поздний промотор SV40, промотор CMV IE и немедленный ранний промотор цитомегаловируса человека (hCMV). В определенных вариантах воплощения промотор представляет собой промотор hCMV.

[00131] Термины «сигнальный пептид» и «лидерная последовательность» используются в данном документе взаимозаменяемо и относятся к аминокислотной последовательности, которая может быть связана на амино-конце белка, предложенного в данном документе. Сигнальные пептиды/лидерные последовательности обычно направляют локализацию белка. Используемые в данном документе сигнальные пептиды/лидерные последовательности предпочтительно облегчают секрецию белка из клетки, в которой он продуцируется. Сигнальные пептиды/лидерные последовательности часто отщепляются от остатка белка, часто называемого зрелым белком, при секреции из клетки. Сигнальные пептиды/лидерные последовательности связаны на амино-конце (то есть на N-конце) белка.

[00132] Термин «жесткие условия гибридизации», в контексте данного документа, означает условия, при которых первая последовательность нуклеиновой кислоты (например, зонд) будет гибридизироваться со второй последовательностью нуклеиновой кислоты (например, мишенью), такой как сложная смесь нуклеиновых кислот. Жесткие условия зависят от последовательности и будут различными в разных обстоятельствах. Жесткие условия могут быть выбраны так, чтобы они были примерно на 5-10°С ниже, чем температура плавления (Tm) для конкретной последовательности при определенном рН и ионной силе. Tm может быть температурой (при определенной ионной силе, pH и концентрации нуклеиновых кислот), при которой 50% зондов, комплементарных мишени, гибридизируются с последовательностью-мишенью в равновесии (так как последовательности мишени присутствуют в избытке, при Tm, 50% зондов заняты в равновесном состоянии). Жесткие условия могут быть такими, при которых концентрация соли составляет менее чем приблизительно 1,0 М иона натрия, например, концентрация приблизительно 0,01-1,0 М иона натрия (или других солей) при рН 7,0-8,3, и температура составляет по меньшей мере приблизительно 30°С для коротких зондов (например, приблизительно 10-50 нуклеотидов) и по меньшей мере приблизительно 60°С для длинных зондов (например, больше, чем приблизительно 50 нуклеотидов). Жесткие условия также могут быть достигнуты путем добавления дестабилизирующих агентов, таких как формамид. Для селективной или специфической гибридизации положительный сигнал может по меньшей мере в 2-10 раз превышать фоновую гибридизацию. Примерные жесткие условия гибридизации включают следующие: 50% формамид, 5x SSC и 1% SDS, инкубирование при 42°C или 5x SSC, 1% SDS, инкубирование при 65°C, с промыванием в 0,2x SSC и 0,1% SDS при 65°С.

[00133] Термин «субъект», в контексте данного документа, может означать млекопитающее, который требует, хочет или нуждается в иммунизации представленными в данном документе вакцинами. Млекопитающее может быть человеком, шимпанзе, собакой, кошкой, лошадью, коровой, мышью или крысой.

[00134] «По существу комплементарный», в контексте данного документа, означает, что первая последовательность по меньшей мере на 60, 65, 70, 75, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87 , 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% идентична комплементарной цепи второй последовательности в области 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 180, 270, 360, 450, 540 или более нуклеотидов или аминокислот, или что две последовательности гибридизируются в жестких условиях гибридизации.

[00135] «По существу идентичный», в контексте данного документа, означает, что первая и вторая последовательности по меньшей мере на 60, 65, 70, 75, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% идентичны в области 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 180, 270, 360, 450, 540 или более нуклеотидов или аминокислот или по отношению к нуклеиновым кислотам, если первая последовательность по существу комплементарна комплементу второй последовательности.

[00136] Термины «лечить», «лечение» или «лечащийся», в контексте данного документа, могут означать защиту животного от заболевания посредством средств предотвращения, подавления, сдерживания или полного устранения заболевания. Предотвращение заболевания включает введение вакцины по настоящему изобретению животному до начала заболевания. Подавление заболевания включает введение вакцины по настоящему изобретению животному после индукции заболевания, но до его клинического проявления. Сдерживание заболевания включает введение вакцины по настоящему изобретению животному после клинического проявления заболевания.

[00137] Термин «вариант», в контексте данного документа, касательно нуклеиновой кислоты, означает (i) часть или фрагмент указанной нуклеотидной последовательности; (ii) комплемент эталонной нуклеотидной последовательности или ее части; (iii) нуклеиновую кислоту, которая по существу идентична указанной нуклеиновой кислоте или ее комплементу; или (iv) нуклеиновую кислоту, которая гибридизируется в жестких условиях с указанной нуклеиновой кислотой, ее комплементом или последовательностью, по существу идентичную ей.

[00138] Термин «вариант», в контексте данного документа, касательно пептида или полипептида, означает пептид или полипептид, который отличается по аминокислотной последовательности вставкой, делецией или консервативным замещением аминокислот, но сохраняет по меньшей мере одну биологическую активность. Вариант также может означать белок с аминокислотной последовательностью, которая по существу идентична референтному белку с аминокислотной последовательностью, которая сохраняет по меньшей мере одну биологическую активность. Консервативное замещение аминокислоты, то есть замена аминокислоты другой аминокислотой со схожими свойствами (например, гидрофильностью, степенью и распределением заряженных областей), в данной области техники обычно признается незначительным изменением. Эти незначительные изменения могут быть идентифицированы, частично, с учетом индекса гидрофобности аминокислот, как понятно в данной области техники. Kyte et al., J. Mol. Biol. 157: 105-132 (1982). Индекс гидрофобности аминокислоты основан на учете ее гидрофобности и заряда. В данной области техники известно, что аминокислоты с подобными индексами гидрофобности могут быть замещены и при этом сохранять функцию белка. В одном аспекте аминокислоты, имеющие индексы гидрофобности ± 2, являются замещенными. Гидрофильность аминокислот также может быть использована для выявления замен, которые приводят к тому, что белки сохраняют биологическую функцию. Рассмотрение гидрофильности аминокислот в контексте пептида позволяет рассчитать наибольшую локальную среднюю гидрофильность этого пептида, что является полезной мерой, которая, как сообщалось, хорошо коррелирует с антигенностью и иммуногенностью. Патент США № 4,554,101 включен в данный документ полностью посредством ссылки. Замена аминокислот, имеющих сходные значения гидрофильности, может привести к тому, что пептиды сохраняют биологическую активность, например иммуногенность, как понятно в данной области. Замены могут быть выполнены аминокислотами, имеющими значения гидрофильности с разницей в ±2. И индекс гидрофобности, и значение гидрофильности аминокислот зависят от конкретной боковой цепи этой аминокислоты. В соответствии с этим наблюдением считается, что аминокислотные замены, которые совместимы с биологической функцией, зависят от относительного сходства аминокислот и, в частности, от боковых цепей этих аминокислот, что проявляется в гидрофобности, гидрофильности, заряде, размере и других свойствах.

[00139] ] Вариант может представлять собой последовательность нуклеиновой кислоты, которая по существу идентична по всей длине полной последовательности гена или ее фрагмента. Последовательность нуклеиновой кислоты может составлять 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94 95, 96, 97, 98, 99% или 100% идентичности по всей длине генной последовательности или ее фрагмента. Вариант может представлять собой аминокислотную последовательность, которая по существу идентична по всей длине аминокислотной последовательности или ее фрагмента. Аминокислотная последовательность может составлять 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94 95, 96, 97, 98, 99% или 100% идентичности по всей длине аминокислотной последовательности или ее фрагмента.

[00140] Термин «вектор», в контексте данного документа, означает последовательность нуклеиновой кислоты, содержащую источник репликации. Вектор может представлять собой вирусный вектор, бактериофаг, бактериальную искусственную хромосому или дрожжевую искусственную хромосому. Вектор может быть вектором ДНК или РНК. Вектор может быть самореплицирующимся внехромосомным вектором и предпочтительно представляет собой плазмиду ДНК. Вектор может содержать или включать одну или более гетерологичных последовательностей нуклеиновых кислот.

Вакцина

В данном документе предложены вакцины, содержащие антиген MUC16 или молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую антиген MUC16, согласно настоящему описанию. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые кодируют антиген MUC16, согласно настоящему описанию. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые содержат последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2; и/или последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4; и/или последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6; и/или последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; и/или последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8; и/или последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8.

[00141] В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают нуклеотиды 55-4470 SEQ ID NO: 1; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотиды 55-4470 SEQ ID NO: 1; фрагмент, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-4470 SEQ ID NO: 1; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-4470 SEQ ID NO: 1. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают нуклеотиды 55-1926 SEQ ID NO: 3; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотиды 55-1926 SEQ ID NO: 3; фрагмент, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-1926 SEQ ID NO: 3; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-1926 SEQ ID NO: 3. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают нуклеотиды 55-2130 SEQ ID NO: 5; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотиды 55-2130 SEQ ID NO: 5; фрагмент, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-2130 SEQ ID NO: 5; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-2130 SEQ ID NO: 5. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают нуклеотиды 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотиды 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; фрагмент, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают нуклеотиды 55-4023 SEQ ID NO: 7; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, включающей нуклеотиды 55-4023 SEQ ID NO: 7; фрагмент, который по меньшей мере на 95% идентичен нуклеотидам 55-4023 SEQ ID NO: 7; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-4023 SEQ ID NO: 7.

[00142] В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую SEQ ID NO: 2; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% длины SEQ ID NO. 2; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 2; и/или последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 2. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую SEQ ID NO: 4; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% длины SEQ ID NO. 4; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 4; и/или последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 4. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую SEQ ID NO: 6; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% длины SEQ ID NO. 6; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 6; и/или последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 6. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую SEQ ID NO: 8; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% длины SEQ ID NO. 8; последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую белок, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 8; и/или последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 8.

[00143] В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают SEQ ID NO: 1; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 1; фрагмент по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 1; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 1. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают SEQ ID NO: 3; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 3; фрагмент по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 3; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 3. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают SEQ ID NO: 5; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 5; фрагмент по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 5; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 5. В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые включают SEQ ID NO: 7; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 7; фрагмент по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 7; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 7.

[00144] В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; белок по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2.

[00145] В некоторых вариантах воплощения вакцина содержит антиген MUC16, при этом антиген включает SEQ ID NO: 2; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% длины SEQ ID NO. 2; аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 2; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 2.

[00146] В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4.

[00147] В некоторых вариантах воплощения вакцина содержит антиген MUC16, при этом антиген включает SEQ ID NO: 4; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% длины SEQ ID NO. 4; аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 4; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 4.

[00148] В некоторых вариантах воплощения вакцины содержат антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; белок, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6.

[00149] В некоторых вариантах воплощения вакцина содержит антиген MUC16, при этом антиген включает SEQ ID NO: 6; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% длины SEQ ID NO. 6; аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 6; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 6.

[00150] В некоторых вариантах воплощения вакцина содержит антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8.

[00151] В некоторых вариантах воплощения вакцина содержит антиген MUC16, при этом антиген включает аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8.

[00152] В некоторых вариантах воплощения вакцина содержит антиген MUC16, при этом антиген включает SEQ ID NO: 8; фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% длины SEQ ID NO. 8; аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 8; и/или фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95% идентичен SEQ ID NO: 8.

[00153] Вакцины могут быть способны вызывать у субъекта иммунный ответ против антигена. Иммунный ответ может представлять собой терапевтический или профилактический иммунный ответ. Вакцины могут быть использованы для защиты от рака, например, рака или опухоли, экспрессирующей MUC16. Вакцины могут быть использованы для предотвращения и/или лечения опухоли, экспрессирующей MUC16, у субъекта, нуждающегося в этом. Вакцины могут индуцировать клеточные и/или антительные ответы против MUC16 и против опухолей, экспрессирующих MUC16. В одном варианте воплощения вакцины могут быть использованы для защиты от клеток рака яичника, экспрессирующих MUC16, для предотвращения и/или лечения или для индукции клеточного и/или антительного ответа против клеток рака яичника, экспрессирующих MUC16, конкретно, клеток эпителиального рака яичника, экспрессирующих MUC16, более конкретно, клеток серозного рака яичника, эеспрессирующих MUC16.

[00154] Разработка противораковой вакцины, согласно настоящему описанию, включает идентификацию ракового антигена, например, MUC16, который не распознается иммунной системой и является аберрантно экспрессируемым аутоантигеном. Идентифицированный раковый антиген изменяется в направлении от аутоантигена к чужеродному антигену для его распознавания иммунной системой. Изменение структуры нуклеиновой кислоты и аминокислотных последовательностей рекомбинантного ракового антигена в направлении от структуры «своего» к чужеродному антигену нарушает толерантность иммунной системы в отношении антигена. Для нарушения толерантности к антигену рака могут быть применены несколько мероприятий по изменению структуры, как описано ниже.

[00155] Рекомбинантный раковый антиген вакцины не распознается как собственный, тем самым нарушается толерантность. Нарушение толерантности может индуцировать антигенспецифические ответы Т-клеток и/или антител с высоким титром, тем самым индуцируя или вызывая иммунный ответ, который направлен против рака или опухоли или реагирует на рак или опухоль, экспрессирующую антиген. В некоторых вариантах воплощения индуцированный или вызванный иммунный ответ может представлять собой клеточный, гуморальный или оба, и клеточный и гуморальный иммунные ответа. В некоторых вариантах воплощения индуцированный или вызванный клеточный иммунный ответ может включать индукцию или секрецию интерферона-гамма (IFN-γ) и/или фактора некроза опухолей-альфа (TNF-α). В других вариантах воплощения индуцированный или вызванный иммунный ответ может уменьшать или ингибировать один или более факторов иммуносупрессии, которые способствуют росту опухоли или рака, экспрессирующего антиген, например, но без ограничений, факторы, которые подавляют презентацию МНС, факторы, которые стимулируют антигенспецифичные регуляторные T-клетки (Tregs), PD-L1, FasL, цитокины, такие как IL-10 и TFG-β, связанные с опухолью макрофаги, связанные с опухолью фибробласты, растворимые факторы, продуцируемые иммуносупрессорными клетками, CTLA-4, PD-l, MDSCs, MCP-1 и молекула иммунной контрольной точки.

[00156] Вакцина может представлять собой ДНК-вакцину. ДНК-вакцины раскрываются в патентах США №№ 5,593,972, 5,739,118, 5,817,637, 5,830,876, 5,962,428, 5,981,505, 5,580,859, 5,703,055 и 5,676,594, которые полностью включены в данный документ посредством ссылки. ДНК-вакцина может дополнительно содержать элементы или реагенты, которые препятствуют ее интеграции в хромосому.

[00157] Вакцина может представлять собой РНК одного или более раковых антигенов. РНК-вакцина может быть введена в клетку.

[00158] Вакцина может представлять собой живую вакцину с ослабленным действием, вакцину, использующую рекомбинантные векторы для доставки антигена, субъединичные вакцины и гликопротеиновые вакцины, например, но без ограничения, вакцины, представленные в патентах США №№.: 4,510,245; 4,797,368; 4,722,848;4,790,987; 4,920,209; 5,017,487; 5,077,044; 5,110,587; 5,112,749; 5,174,993; 5,223,424; 5,225,336; 5,240,703; 5,242,829; 5,294,441; 5,294,548; 5,310,668; 5,387,744; 5,389,368; 5,424,065; 5,451,499; 5,453,3 64; 5,462,734; 5,470,734; 5,474,935; 5,482,713; 5,591,439; 5,643,579; 5,650,309; 5,698,202; 5,955,088; 6,034,298; 6,042,836; 6,156,319 и 6,589,529, которые полностью включены в данный документ посредством ссылки.

[00159] В некоторых вариантах воплощения вакцина может дополнительно содержать молекулярный адъювант, в некоторых случаях молекулярный адъювант может представлять собой IL-12, IL-15, IL-28, IL-31, IL-33 и/или RANTES, а в некоторых случаях молекулярный адъювант является ингибитором контрольной точки, включая направленный против антигена 4 типа, ассоциированного с антицитотоксическим действием Т-лимфоцитов (CTLA-4), против рецептора программируемой смерти-1 (PD-1) и против гена активации лимфоцитов (LAG-3). Кодирующая последовательность для IL-12, IL-15, IL-28, IL-31, IL-33 и/или RANTES может быть включена в одну или более молекул нуклеиновой кислоты, которые содержат кодирующую последовательность для одного или более антигенов. Кодирующая последовательность для IL-12, IL-15, IL-28, IL-31, IL-33 и/или RANTES может быть включена в отдельные молекулы нуклеиновой кислоты, такие как отдельная плазмида.

[00160] Вакцина по настоящему изобретению может обладать свойствами, необходимыми для эффективных вакцин, такими как безопасность, так что сама вакцина не вызывает заболевания или смерти; защищать от болезней; индуцируя нейтрализующие антитела; индуцируя защитные ответы Т-клеток; и обеспечивая простоту введения, обладает небольшим количеством побочных эффектов, биологической стабильностью и низкой стоимости на дозу. Вакцина может достигать некоторых или всех из этих характеристик путем содержания антигена рака, как обсуждается ниже.

[00161] Вакцина может дополнительно содержать один или более ингибиторов одной или более молекул иммунной контрольной точки (то есть ингибитора иммунной контрольной точки). Молекулы иммунной контрольной точки описаны ниже более подробно. Ингибитором иммунной контрольной точки является любая нуклеиновая кислота или белок, которые предотвращают подавление любого компонента в иммунной системе, такого как презентация классами MHC, презентация и/или дифференцировка Т-клеток, презентация и/или дифференцировка В-клеток, любого цитокина, хемокина или передачи сигналов для пролиферации и/или дифференцировки иммунных клеток. Как также более подробно описывается ниже, вакцина может дополнительно комбинироваться с антителами к ингибиторам контрольной точки, таким как PD-1 и PDL-1, для усиления стимуляции как клеточного, так и гуморального иммунного ответа. Использование антител против PD-1 или против PDL-1 предотвращает подавление Т-клеточными и/или В-клеточными реакциями PD-1 или PDL-1.

Антиген

[00162] Описанная выше вакцина может содержать антиген или молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую антиген. Антигеном может быть MUC16, его фрагмент, его вариант или их комбинация. MUC16 является членом семейства муцинов высокомолекулярных гликопротеинов. Муцины экспрессируются специализированными эпителиальными клетками, окружающими поверхность просвета различных органов дыхательного, желудочно-кишечного и репродуктивного трактов. Муцины играют прямую и косвенную роль в поддержании целостности эпителия, а также в смазывании и защите эпителиальных поверхностей.

[00163] MUC16 был связан с опухолью или образованием рака. Домен тандемного повтора MUC16 содержит повторяющийся пептидный эпитоп, CA125, который стал золотым стандартом биомаркера для множества клинических сценариев, возникающих при диагностике и лечении рака яичников, включая: 1) скрининг на раннее выявление, 2) проведения различия между доброкачественным и злокачественным заболеванием у женщин до и после менопаузы с образованием в области таза, и 3) мониторинг реакции на терапию. Кроме того, функциональные исследования показали, что MUC16 способствует трансформации и метастазированию опухолей яичников.

[00164] Соответственно, вакцина может быть использована для лечения субъектов, страдающих раком или опухолями, экспрессирующими MUC16. В некоторых вариантах воплощения рак представляет собой рак яичников. Антиген MUC16 может отличаться от нативного «нормального» MUC16 и, таким образом, обеспечивать терапию или профилактику в отношении опухоли, экспрессирующей антиген MUC16. Соответственно, в настоящем документе предложены последовательности антигена MUC16, которые отличаются от нативной последовательности MUC16, и молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующие такие последовательности антигена MUC16 (т.е. рекомбинированные или мутированные гены или последовательности MUC16).

[00165] Предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие вышеописанные гетерологичные последовательности. Предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, состоящие из вышеописанных гетерологичных последовательностей. В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбраны из группы, состоящей из: (a) нуклеотидов 55-4470 SEQ ID NO: 1; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотиды 55-4470 SEQ ID NO: 1; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен нуклеотидам 55-4470 SEQ ID NO: 1; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична нуклеотидам 55-4470 SEQ ID NO: 1. В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбраны из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 1; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины SEQ ID NO: 1; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 1; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 1. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 1.

[00166] В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) нуклеотидов 55-1926 SEQ ID NO: 3; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотиды 55-1926 SEQ ID NO: 3; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 9%, 96, 97, 98% или 99% идентичен нуклеотидам 55-1926 SEQ ID NO: 3; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична нуклеотидам 55-1926 SEQ ID NO: 3. В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбраны из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 3; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины SEQ ID NO: 3; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 3; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 3. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 3.

[00167] В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбраны из группы, состоящей из: (a) нуклеотидов 55-2130 SEQ ID NO: 5; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотиды 55-2130 SEQ ID NO: 5; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен нуклеотидам 55-2130 SEQ ID NO: 5; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична нуклеотидам 55-2130 SEQ ID NO: 5. В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбраны из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 5; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины SEQ ID NO: 5; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 5; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 5. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 5.

[00168] В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбраны из группы, состоящей из: (a) нуклеотидов 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотиды 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен нуклеотидам 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична нуклеотидам 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7. В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбраны из группы, состоящей из: (a) нуклеотидов 55-4023 SEQ ID NO: 7; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99 полной длины молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотиды 55-4023 SEQ ID NO: 7; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен нуклеотидам 55-4023 SEQ ID NO: 7; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична нуклеотидам 55-4023 SEQ ID NO: 7. В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбраны из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 7; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины SEQ ID NO: 7; (в) фрагмента, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 7; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины последовательности нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 7. В некоторых вариантах воплощения молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, указанную в SEQ ID NO: 7.

[00169] В данном документе предлагаются последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующие антигены MUC16.В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбраны из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2. В некоторых вариантах воплощения предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 2; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины SEQ ID NO: 2; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 2; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 2.

[00170] В некоторых вариантах воплощения предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4. В некоторых вариантах воплощения предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 4; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины SEQ ID NO: 4; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 4; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 4.

[00171] В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбраны из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6. В некоторых вариантах воплощения предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 6; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины SEQ ID NO: 6; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 6; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 6.

[00172] В некоторых вариантах воплощения предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94%, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения предлагаются молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, состоящей из: (a) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей SEQ ID NO: 8; (б) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины SEQ ID NO: 8; (в) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей белок, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 8; и (г) последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей фрагмент, содержащий по меньшей мере 90% полной длины белка, который по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентичен SEQ ID NO: 8.

[00173] Изолированные молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие описанные выше гетерологичные последовательности, могут быть включены в векторы, такие как плазмиды, вирусные векторы и другие формы молекул нуклеиновых кислот, представленных ниже.

[00174] Предлагаются молекулы белка, содержащие описанные выше гетерологичные аминокислотные последовательности. Предлагаются молекулы белка, состоящие из описанных выше гетерологичных аминокислотных последовательностей. в данном документе предлагаются белки и полипептиды, имеющие вышеописанные последовательности. Белки и полипептид могут называться антигенами MUC16 и иммуногенами MUC16. Антигены MUC16 способны вызывать иммунный ответ против опухолей, экспрессирующих антиген MUC16. В некоторых вариантах воплощения, белки, содержащие аминокислотную последовательность, выбраны из группы, состоящей из: (a) аминокислот 19-1490 SEQ ID NO: 2; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2. В некоторых вариантах воплощения, белки, содержащие аминокислотную последовательность, выбраны из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 2; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 2; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 2; и (в) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 2. В некоторых вариантах воплощения белок содержит аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 2.

[00175] В некоторых вариантах воплощения, белки, содержащие аминокислотную последовательность, выбраны из группы, состоящей из: (a) аминокислот 19-642 SEQ ID NO: 4; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4. В некоторых вариантах воплощения, белки, содержащие аминокислотную последовательность, выбраны из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 4; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 4; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 4; и (в) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 4. В некоторых вариантах воплощения белок содержит аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 4.

[00176] В некоторых вариантах воплощения, белки, содержащие аминокислотную последовательность, выбраны из группы, состоящей из: (a) аминокислот 19-710 SEQ ID NO: 6; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95,96, 97, 98% или 99% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентична аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6. В некоторых вариантах воплощения, белки, содержащие аминокислотную последовательность, выбраны из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 6; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 6; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 6; и (в) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 6. В некоторых вариантах воплощения белок содержит аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 6.

[00177] В некоторых вариантах воплощения, белки, содержащие аминокислотную последовательность, выбраны из группы, состоящей из: (a) аминокислот 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO:8; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентична аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения, белки, содержащие аминокислотную последовательность, выбраны из группы, состоящей из: (a) аминокислот 19-1341 SEQ ID NO: 8; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины белка, включающего аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; (в) аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8; и (г) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98% или 99% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения, белки, содержащие аминокислотную последовательность, выбраны из группы, состоящей из: (a) SEQ ID NO: 8; (б) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины SEQ ID NO: 8; (в) аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95, 96, 97, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 8; и (в) фрагмента, содержащего по меньшей мере 90% полной длины аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 95, 96%, 97, 98% или 99% идентична SEQ ID NO: 8. В некоторых вариантах воплощения белок содержит аминокислотную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 8.

[00178] В одном из аспектов изобретения, желательно, чтобы консенсусный антиген обеспечивал улучшенную транскрипцию и трансляцию, включая наличие одного или более из следующего: лидерная последовательность с низким содержанием GC для увеличения транскрипции; стабильность мРНК и оптимизация кодонов и устранение, насколько это возможно, мотивов цис-действующих последовательностей (т.е. внутренних TATA-боксов).

[00179] Антиген MUC16 может представлять собой консенсусную последовательность антигена (или иммуногена), полученную из двух или более видов. В некоторых вариантах воплощения консенсусный антиген может содержать эктодомен MUC16 и трансмембранный домен. Консенсусный антиген MUC16 может содержать одну или более мутаций в эктодомене и/или трансмембранном домене. Одна или более мутаций могут включать замену одной или более аминокислот, которые участвуют в N-гликозилировании. Одна или более мутаций могут включать замену аспарагина на аланин. Соответственно, в некоторых вариантах воплощения одна или более мутаций могут заменять 1, 2 или 3 аминокислоты в эктодомене и/или трансмембранном домене MUC16.

[00180] В некоторых вариантах воплощения антиген MUC16 дополнительно может включать любую комбинацию из одной или более последовательностей микроконсенсусного повтора (RMC), полученных из нативных последовательностей RMC, например, RMC1, RMC2, RMC3, и/или RMC4. В некоторых вариантах воплощения антиген MUC16 может включать любую комбинацию одной или более нативных последовательностей повтора (R), например, R59, R61, R62 и/или R63. В некоторых вариантах воплощения антиген MUC16 включает последовательности RMC1, RMC2, RMC3, RMC4, R61, R62 и R63. В некоторых вариантах воплощения антиген MUC16 включает последовательности RMC1, RMC2, RMC3, RMC4, R59, R61, R62 и R63. В некоторых вариантах воплощения антиген MUC16 включает последовательности RMC1, RMC2, RMC3 и RMC4. В некоторых вариантах воплощения антиген MUC16 включает последовательности R61, R62 и R63.

[00181] Антиген MUC16 может содержать модификации для улучшенной экспрессии. Модификация может включать оптимизацию кодонов, оптимизацию РНК, добавление последовательности Козака (например, GCC ACC) для увеличения инициации трансляции и/или добавление лидерной последовательности иммуноглобулина для повышения иммуногенности антигена MUC16. Антиген MUC16 может содержать сигнальный пептид, такой как сигнальный пептид иммуноглобулина, например, без ограничений, сигнальный пептид иммуноглобулина E (IgE) или иммуноглобулина G (IgG).

[00182] Антиген MUC16 может содержать модификации для оптимизации эпитопа. В некоторых вариантах воплощения может быть вставлен сайт расщепления между последовательностями RMC, между последовательностями R или на границе последовательностей RMC или R. Сайт расщепления может быть сайтом расщепления фурином. В определенных вариантах воплощения сайт расщепления фурином может быть вставлен между RMC4 и R61.

Вакцина в комбинации с ингибитором иммунной контрольной точки

[00183] Вакцина может дополнительно содержать один или более ингибиторов одной или более молекул иммунной контрольной точки (то есть ингибитора иммунной контрольной точки). Молекулы иммунной контрольной точки описаны ниже более подробно. Ингибитором иммунной контрольной точки является любая нуклеиновая кислота или белок, которые предотвращают подавление любого компонента в иммунной системе, такого как презентация классами MHC, презентация и/или дифференцировка Т-клеток, презентация и/или дифференцировка В-клеток, любого цитокина, хемокина или передачи сигналов для пролиферации и/или дифференцировки иммунной клетки.

[00184] Такой ингибитор может быть последовательностью нуклеиновой кислоты, аминокислотной последовательностью, небольшой молекулой или их комбинацией. Последовательность нуклеиновой кислоты может представлять собой ДНК, РНК, кДНК, их вариант, их фрагмент или их комбинацию. Нуклеиновая кислота может также включать дополнительные последовательности, которые кодируют последовательности линкера или метки, которые связаны с ингибитором иммунной контрольной точки пептидной связью. Малой молекулой может быть низкомолекулярное, например, менее 800 дальтон, органическое или неорганическое соединение, которое может служить субстратом фермента, лиганд (или его аналог), связанный с белком или нуклеиновой кислотой, или регулятор биологического процесса. Аминокислотная последовательность может быть белком, пептидом, его вариантом, его фрагментом или их комбинацией.

[00185] В некоторых вариантах воплощения ингибитор иммунной контрольной точки может представлять собой одну или более последовательностей нуклеиновых кислот, кодирующих антитело, его вариант, его фрагмент или их комбинацию. В других вариантах воплощения ингибитор иммунной контрольной точки может представлять собой антитело, его вариант, его фрагмент или их комбинацию.

a. Молекула иммунной контрольной точки

[00186] Молекула иммунной контрольной точки может быть последовательностью нуклеиновой кислоты, аминокислотной последовательностью, небольшой молекулой или их комбинацией. Последовательность нуклеиновой кислоты может представлять собой ДНК, РНК, кДНК, их вариант, их фрагмент или их комбинацию. Нуклеиновая кислота также может включать дополнительные последовательности, которые кодируют последовательности линкера или метки, которые связаны с ингибитором иммунной контрольной точки пептидной связью. Малой молекулой может быть низкомолекулярное, например, менее 800 дальтон, органическое или неорганическое соединение, которое может служить субстратом фермента, лиганд (или его аналог), связанный с белком или нуклеиновой кислотой, или регулятор биологического процесса. Аминокислотная последовательность может быть белком, пептидом, его вариантом, его фрагментом или их комбинацией.

(1) PD-1 и PD-L1

[00187] Молекулой иммунной контрольной точки может быть белок запрограммированной клеточной смерти 1 (PD-1), лиганд запрограммированной клеточной смерти 1 (PD-L1), его фрагмент, его вариант или их комбинация. PD-1 представляет собой белок клеточной поверхности, кодируемый геном PDCDI. PD-1 является членом суперсемейства иммуноглобулинов и экспрессируется на Т-клетках и про-В-клетках и, таким образом, способствует участию и/или дифференцировке этих клеток. В частности, PD-1 является мембранным белком типа 1 семейства регуляторов Т-клеток CD28/CTLA-4 и отрицательно регулирует сигналы рецептора Т-клеток (TCR), тем самым отрицательно регулируя иммунные ответы. PD-1 может отрицательно регулировать ответы CD8+T-клеток и, таким образом, ингибировать цитотоксичность, опосредованную CD8, и усиливать рост.

[00188] PD-1 имеет два лиганда, PD-L1 и PD-L2, которые являются членами семейства B7. PD-L1 активируется на макрофагах и дендритных клетках (DC) в ответ на обработку LPS и GM-CSF, а также на T-клетках и B-клетках при передаче сигналов TCR и рецепторами B-клеток. PD-L1 экспрессируется многими опухолевыми клеточными линиями, включая миеломы, мастоцитомы и меланомы.

b. Антитело против молекулы иммунной контрольной точки

[00189] Описанный выше ингибитор иммунной контрольной точки может представлять собой антитело. Антитело может связываться или реагировать с антигеном (то есть молекулой иммунной контрольной точки, описанной выше). Соответственно, антитело может рассматриваться как антитело против иммунной контрольной молекулы или антитело против молекулы иммунной контрольной точки. Антитело может кодироваться последовательностью нуклеиновой кислоты, содержащейся в данном документе.

[00190] Антитело может включать полипептид тяжелой цепи и полипептид легкой цепи. Полипептид тяжелой цепи может включать вариабельную область тяжелой цепи (VH) и/или по меньшей мере одну константную область тяжелой цепи (CH). По меньшей мере, одна константная область тяжелой цепи может включать в себя константную область 1 тяжелой цепи (СН1), константную область 2 тяжелой цепи (СН2) и константную область 3 тяжелой цепи (СН3) и/или шарнирную область.

[00191] В некоторых вариантах воплощения полипептид тяжелой цепи может включать область VH и область CH1. В других вариантах воплощения полипептид тяжелой цепи может включать область VH, область CH1, шарнирную область, область CH2 и область CH3.

[00192] Полипептид тяжелой цепи может включать набор областей, определяющих комплементарность («CDR»). Набор CDR может содержать три гипервариабельные области VH. Исходя из N-конца полипептида тяжелой цепи, эти CDR обозначены, » соответственно, как «CDR1», «CDR2» и «CDR3». CDR1, CDR2 и CDR3 полипептида тяжелой цепи могут способствовать связыванию или распознаванию антигена.

[00193] Полипептид легкой цепи может включать область вариабельной легкой цепи (VL) и /или область константной легкой цепи (CL). Полипептид легкой цепи может включать набор областей, определяющих комплементарность («CDR»). Набор CDR может содержать три гипервариабельные области VL. Исходя из N-конца полипептида легкой цепи, эти CDR обозначены, соответственно, как «CDR1», «CDR2» и «CDR3». CDR1, CDR2 и CDR3 полипептида легкой цепи могут способствовать связыванию или распознаванию антигена.

[00194] Антитело может содержать набор областей, определяющих комплементарность («CDR») легкой цепи и тяжелой цепи, и, соответственно, помещаться между набором каркасной области тяжелой цепи и легкой цепи («FR»), которые обеспечивают поддержку CDR и определяют пространственную взаимосвязь разных CDR относительно друг друга. Набор CDR может содержать три гипервариабельных участка V-области тяжелой или легкой цепи. Исходя из N-конца тяжелой или легкой цепи, эти области обозначены как, соответственно, «CDR1», «CDR2» и «CDR3». Следовательно, антигенсвязывающий сайт может включать шесть CDR, включающих набор CDR из каждой V-области тяжелой и легкой цепи.

[00195] Антитело может представлять собой иммуноглобулин (Ig). Ig может быть, например, IgA, IgM, IgD, IgE и IgG. Иммуноглобулин может включать полипептид тяжелой цепи и полипептид легкой цепи. Полипептид тяжелой цепи иммуноглобулина может включать область VH, область CH1, шарнирную область, область CH2 и область CH3. Полипептид легкой цепи иммуноглобулина может включать область VL и область CL.

[00196] Кроме того, протеолитический фермент папаин предпочтительно расщепляет молекулы IgG с образованием нескольких фрагментов, два из которых (фрагменты F (ab)) содержат ковалентный гетеродимер, который включает интактный антигенсвязывающий сайт. Фермент пепсин способен расщеплять молекулы IgG с образованием нескольких фрагментов, включая фрагмент F (ab') 2, который содержит оба антигенсвязывающих сайта. Соответственно, антитело может представлять собой Fab или F (ab') 2. Fab может включать полипептид тяжелой цепи и полипептид легкой цепи. Полипептид тяжелой цепи Fab может включать область VH и область CH1. Легкая цепь Fab может включать область VL и область CL.

[00197] Антитело может представлять собой поликлональное или моноклональное антитело. Антитело может быть химерным антителом, одноцепочечным антителом, антителом со зрелой аффинностью, человеческим антителом, гуманизированным антителом или полностью человеческим антителом. Гуманизированное антитело может быть антителом нечеловеческого вида, которое связывает желаемый антиген, имеющий одну или более областей, определяющих комплементарность (CDR) из нечеловеческого вида, и каркасных областей молекулы человеческого иммуноглобулина.

(1) Антитело PD-l

[00198] Антитело против иммунной контрольной точки может представлять собой антитело против PD-1 (также называемое в настоящем документе «антитело против PD-1»), его вариант, его фрагмент или их комбинацию. Антитело к PD-1 может представлять собой ниволумаб. Антитело против PD-1 может ингибировать активность PD-1, таким образом индуцируя, вызывая или усиливая иммунный ответ против опухоли или рака и уменьшая рост опухоли.

(2) Антитело PD-L1

[00199] Антитело против иммунной контрольной точки может представлять собой антитело против PD- L1 (также называемое в настоящем документе «антитело против PD- L1»), его вариант, его фрагмент или их комбинацию. Антитело против PD- L1 может ингибировать активность PD- L1, посредством этого индуцируя, вызывая или усиливая иммунный ответ против опухоли или рака и уменьшая рост опухоли.

Вектор

[00200] Вакцина может содержать один или более векторов, которые включают гетерологичную нуклеиновую кислоту, кодирующую антиген MUC16. Один или более векторов могут быть способны экспрессировать антиген в количестве, эффективном для вызывания иммунного ответа у млекопитающего. Вектор может содержать гетерологичную нуклеиновую кислоту, кодирующую антиген. Вектор может иметь последовательность нуклеиновой кислоты, содержащую источник репликации. Вектор может представлять собой плазмиду, бактериофаг, бактериальную искусственную хромосому или дрожжевую искусственную хромосому. Вектор может быть либо самовоспроизводящимся внехромосомным вектором, либо вектором, который интегрируется в геном хозяина.

[00201] Один или более векторов могут быть экспрессионной конструкцией, которая обычно представляет собой плазмиду, которая используется для введения специфического гена в клетку-мишень. Как только экспрессирующий вектор находится внутри клетки, белок, который кодируется геном, продуцируется рибосомными комплексами механизмов клеточной транскрипции и трансляции. Плазмиду часто конструируют так, чтобы она содержала регуляторные последовательности, которые действуют в области энхансера и промотора и приводят к эффективной транскрипции гена, переносимого на вектор экспрессии. Векторы по настоящему изобретению экспрессируют большие количества стабильной матричной РНК и, следовательно, белков.

[00202] Векторы могут иметь сигналы экспрессии, такие как сильный промотор, сильный кодон терминации, регулирование расстояния между промотором и клонированным геном и вставка последовательности терминации транскрипции и PTIS (портативная последовательность инициации трансляции).

[00203] Векторы могут содержать последовательности нуклеиновых кислот, функционально связанные с регуляторным элементом, выбранным из промотора и сигнала полиаденилирования. В некоторых вариантах воплощения промотор представляет собой немедленный ранний промотор цитомегаловируса человека (промотор hCMV). В некоторых вариантах воплощения сигнал полиаденилирования представляет собой сигнал полиаденилирования бычьего гормона роста (bGH poly A).

[00204] Вектор может представлять собой кольцевую плазмиду или линейную нуклеиновую кислоту. Кольцевая плазмида и линейная нуклеиновая кислота способны направлять экспрессию конкретной нуклеотидной последовательности в соответствующей клетке субъекта. Вектор может иметь промотор, функционально связанный с нуклеотидной последовательностью, кодирующей антиген, который может быть функционально связан с сигналами терминации. Вектор также может содержать последовательности, необходимые для правильной трансляции нуклеотидной последовательности, а также последовательности для клонирования и субклонирования вектора и его фрагментов. Вектор, содержащий искомую нуклеотидную последовательность, может быть химерным, что означает гетерелогичность по меньшей мере одного из его компонентов по отношению к по меньшей мере одному из его других компонентов. Экспрессия нуклеотидной последовательности в кассете экспрессии может находиться под контролем конститутивного промотора или индуцибельного промотора, который инициирует транскрипцию только тогда, когда на клетку-хозяина воздействует какой-то конкретный внешний стимул. В случае многоклеточного организма промотор также может быть специфичным для конкретной ткани или органа или стадии развития.

[00205] Вектор может представлять собой плазмиду. Плазмида может быть полезна для трансфекции клеток нуклеиновой кислотой, кодирующей антиген, которая культивируется и поддерживается в трансформированных клетках-хозяевах в условиях, при которых происходит экспрессия антигена.

[00206] Плазмида может включать нуклеиновую кислоту, которая кодирует один или более различных антигенов, описанных выше, включая кодирующие последовательности, которые кодируют синтетический консенсусный антиген, способный вызывать иммунный ответ против антигена, фрагменты таких белков, варианты таких белков, фрагменты вариантов или слитые белки, которые состоят из комбинаций консенсусных белков и/или фрагментов консенсусного белка и/или вариантов консенсусного белка и/или фрагментов вариантов консенсусных белков.

[00207] В некоторых вариантах воплощения плазмида может дополнительно содержать кодирующую последовательность, которая кодирует CCR20 отдельно или как часть одной из этих плазмид. Аналогично, плазмиды могут дополнительно содержать кодирующие последовательности для IL-12, IL-15 и/или IL-28.

[00208] Плазмида может дополнительно содержать инициирующий кодон, который может быть располагаться против хода транскрипции по отношению к кодирующей последовательности, и стоп-кодон, который может располагаться по ходу транскрипции по отношению к кодирующей последовательности. Кодон инициирования и терминации может находиться в рамке считывания с кодирующей последовательностью.

[00209] Плазмида также может содержать промотор, который функционально связан с кодирующей последовательностью. Промотор, функционально связанный с кодирующей последовательностью, может представлять собой промотор обезьяньего вируса 40 (SV40), промотор вируса опухоли молочной железы мышей (MMTV), промотор вируса иммунодефицита человека (ВИЧ), такой как промотор длинного терминального повтора (LTR) вируса иммунодефицита крупного рогатого скота (BIV), промотор вируса Молони, промотор вируса птичьего лейкоза (ALV), промотор цитомегаловируса (CMV), такой как немедленный ранний промотор CMV, промотор вируса Эпштейна-Барр (EBV) или промотор вируса саркомы Рауса (RSV). Промотор также может быть промотором человеческого гена, такого как человеческий актин, человеческий миозин, человеческий гемоглобин, человеческий мышечный креатин или человеческий металлотионеин. Промотор также может представлять собой тканеспецифичный промотор, такой как мышечный или кожный специфический промотор, природный или синтетический. Примеры таких промоторов представлены в публикации заявки на патент США №. US 20040175727, содержание которой полностью включено в настоящий документ.

[00210] Плазмида также может содержать сигнал полиаденилирования, который может располагаться после кодирующей последовательности. Сигнал полиаденилирования может представлять собой сигнал полиаденилирования SV40, сигнал полиаденилирования LTR, сигнал полиаденилирования бычьего гормона роста (bGH), сигнал полиаденилирования человеческого гормона роста (hGH) или сигнал полиаденилирования β-глобина человека. Сигнал полиаденилирования SV40 может быть сигналом полиаденилирования от плазмиды pCEP4 (Invitrogen, San Diego, CA).

[00211] Плазмида также может содержать энхансер перед кодирующей последовательностью. Энхансером может быть человеческий актин, человеческий миозин, человеческий гемоглобин, человеческий мышечный креатин или вирусный усилитель, такой как усилитель CMV, FMDV, RSV или EBV. Усиления полинуклеотидной функции представлены в патентах США №№ 5,593,972, 5,962,428 и WO 94/016737, содержание каждого из которых полностью включено посредством ссылки.

[00212] Плазмида также может содержать источник репликации млекопитающего для поддержания внехромосомной плазмиды и получения множества копий плазмиды в клетке. Плазмида может представлять собой p V AXI, pCEP4 или pREP4 от Invitrogen (San Diego, CA), которая может включать в себя источник репликации вируса Эпштейна-Барр и кодирующую область ядерного антигена EBNA-1, которая может продуцировать эписомальную репликацию большого количества копий без интеграции. Основой плазмиды может быть pA V0242. Плазмида может быть дефектной по репликации плазмидой аденовируса типа 5 (Ad5).

[00213] Плазмида также может содержать регуляторную последовательность, которая может хорошо подходить для экспрессии генов в клетке, в которую вводится плазмида. Кодирующая последовательность может содержать кодон, который может обеспечивать более эффективную транскрипцию кодирующей последовательности в клетке хозяина.

[00214] Кодирующая последовательность также может содержать лидерную последовательность Ig. Лидерная последовательность может быть последовательностью, кодирующей 5”. Консенсусные антигены, кодируемые этой последовательностью, могут содержать N-концевой лидерный Ig, за которым следует консенсусный антигенный белок. N-концевым лидерным Ig может быть IgE или IgG.

[00215] Плазмида может быть pSE420 (Invitrogen, San Diego, Калифорния), которая может использоваться для продуцирования белка в Escherichia coli (E.coli). Плазмида также может быть pYES2 (Invitrogen, San Diego, CA), которая может быть использована для продуцирования белка в штаммах дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Плазмида также может иметь полную систему экспрессии бакуловируса MAXBAC™ (Invitrogen, San Diego, Калифорния), которая может быть использована для продуцирования белка в клетках насекомых. Плазмида также может представлять собой pcDNA I или pcDNA3 (Invitrogen, San Diego, Калифорния), которые могут быть использованы для продуцирования белка в клетках млекопитающих, таких как клетки яичника китайского хомячка (CHO). Плазмида также может представлять собой pGX001 (Inovio), модифицированную от pVAX1 (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA).

[00216] Вектор может представлять собой кольцевую плазмиду, которая может трансформировать клетку-мишень путем интеграции в клеточный геном или существовать внехромосомно (например, автономная реплицирующаяся плазмида с точкой начала репликации).

[00217] Вектором может быть pVAX, pcDNA3.0 или provax или любой другой вектор экспрессии, способный экспрессировать ДНК, кодирующую антиген, и позволяющий клетке транслировать последовательность в антиген, который распознается иммунной системой.

[00218] Также в данном документе предоставлена линейная вакцина на основе нуклеиновой кислоты или кассета с линейной экспрессией («LEC»), которая способна эффективно доставляться субъекту посредством электропорации и экспрессии одного или более желаемых антигенов. LEC может представлять собой любую линейную ДНК, лишенную какого-либо фосфатного остова. ДНК может кодировать один или более антигенов. LEC может содержать промотор, интрон, стоп-кодон и/или сигнал полиаденилирования. Экспрессия антигена может контролироваться промотором. LEC может не содержать генов устойчивости к антибиотикам и/или фосфатного остова. LEC может не содержать других последовательностей нуклеиновых кислот, не связанных с желаемой экспрессией гена антигена.

[00219] LEC может быть получена из любой плазмиды, способной к линеаризации. Плазмида может быть способной экспрессировать антиген. Плазмида может быть pNP (Puerto Rico/34) или pM2 (New Caledonia/99). Плазмида может быть WLV009, pVAX, pcDNA3.0 или provax или любым другим вектором экспрессии, способным экспрессировать ДНК, кодирующую антиген и позволяющую клетке транслировать последовательность в антиген, который распознается иммунной системой.

[00220] LEC может быть pcrM2. LEC может быть pcrNP. pcrNP и pcrMR могут быть получены из, соответственно, pNP (Puerto Rico/34) и pM2 (New Caledonia/99).

[00221] Вектор может иметь промотор. Промотор может быть любым промотором, который способен управлять экспрессией гена и регулировать экспрессию выделенной нуклеиновой кислоты. Такой промотор представляет собой цис-действующий элемент последовательности, необходимый для транскрипции через ДНК-зависимую РНК-полимеразу, которая транскрибирует последовательность антигена, согласно настоящему описанию. Выбор промотора, используемого для прямой экспрессии гетерологичной нуклеиновой кислоты, зависит от конкретного применения. Промотор может быть расположен приблизительно на том же расстоянии от начала транскрипции в векторе, что и от начального сайта транскрипции в его естественной обстановке. Тем не менее изменение этого расстояния может быть принято без потери функции промотора.

[00222] Промотор может быть функционально связан с последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей антиген и сигналы, необходимые для эффективного полиаденилирования транскрипта, сайтов связывания рибосом и терминации трансляции.

[00223] Промотор может представлять собой промотор CMV, ранний промотор SV40, поздний промотор SV40, металлотионеиновый промотор, промотор вируса опухоли молочной железы мыши, промотор вируса саркомы Рауса, промотор полиэдрина или другой промотор, продемонстрировавший эффективность для экспрессии в эукариотических клетках.

[00224] Вектор может включать энхансер и интрон с функциональными донорными и акцепторными сайтами сплайсинга. Вектор может содержать область терминации транскрипции, расположенной против хода транскрипции структурного гена для обеспечения эффективной терминации. Терминальная область может быть получена из того же гена, что и последовательность промотора, или может быть получена из разных генов.

Способы получения вектора

[00225] В настоящем документе представляются способы получения вектора, который содержит молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую антиген MUC16, обсуждаемый в данном документе. Вектор, после заключительной стадии субклонирования в плазмиду экспрессии млекопитающего, может быть использован для инокуляции в культуры клеток в крупномасштабном ферментационном резервуаре с использованием известных в данной области способов.

[00226] Вектор для использования с устройствами ЭП, которые описаны ниже более подробно, может быть составлен или изготовлен с использованием комбинации известных устройств и технологий, но предпочтительно, чтобы они были изготовлены с использованием оптимизированной технологии изготовления плазмиды, которая описана в лицензированном документе, в одновременно находящейся на рассмотрении предварительной заявке США, серийный номер 60/939,792, поданной 23 мая 2007 года. В некоторых примерах плазмиды ДНК, используемые в этих исследованиях, могут быть приготовлены в концентрациях, превышающих или равных 10 мг/мл. Технологии производства также включают или охватывают различные устройства и протоколы, которые обычно известны специалистам в данной области техники, в дополнение к тем, которые представлены в заявке США, серийный номер США 60/939792, включая те, которые представлены в лицензированном патенте США № 7,238,522, выданном 3 июля 2007 года. Вышеупомянутая заявка и патент, соответственно, серийный номер США 60/939,792 и патент США № 7,238,522, полностью включены в настоящий документ.

Эксципиенты и другие компоненты вакцины

[00227] Вакцина может дополнительно содержать фармацевтически приемлемый наполнитель. Фармацевтически приемлемый наполнитель может представлять собой функциональные молекулы, такие как наполнители, носители или разбавители. Фармацевтически приемлемый наполнитель может представлять собой агент, облегчающий трансфекцию, который может включать поверхностно-активные агенты, такие как иммуностимулирующие комплексы (ISCOMS), неполный адъювант Фрейнда, аналог LPS, включая монофосфориллипид A, мурамилпептиды, аналоги хинона, везикулы, такие как сквален и сквален, гиалуроновая кислота, липиды, липосомы, ионы кальция, вирусные белки, полианионы, поликатионы или наночастицы или другие известные агенты, облегчающие трансфекцию.

[00228] Агент, облегчающий трансфекцию, представляет собой полианион, поликатион, включая поли-L-глутамат (LGS), или липид. Средство, облегчающее трансфекцию, представляет собой поли-L-глутамат, и поли-L-глутамат может присутствовать в вакцине в концентрации менее 6 мг/мл. Агент, облегчающий трансфекцию, может также включать поверхностно-активные агенты, такие как иммуностимулирующие комплексы (ISCOMS), неполный адъювант Фрейнда, аналог LPS, включая монофосфориллипид А, мурамилпептиды, аналоги хинона и везикулы, такие как сквален и сквален, и гиалуроновая кислота также могут быть использованы в сочетании с генетической конструкцией. ДНК-плазмидные вакцины могут также включать агент, облегчающий трансфекцию, такой как липиды, липосомы, включая лецитиновые липосомы или другие липосомы, известные в данной области техники, в виде смеси ДНК-липосомы (см., например, W09324640), ионы кальция, вирусные белки, полианионы, поликатионы или наночастицы или другие известные агенты, облегчающие трансфекцию. Агент, облегчающий трансфекцию, представляет собой полианион, поликатион, включая поли-L-глутамат (LGS), или липид. Концентрация агента трансфекции в вакцине составляет менее 4 мг/мл, менее 2 мг/мл, менее 1 мг/мл, менее 0,750 мг/мл, менее 0,500 мг/мл, менее 0,250 мг/мл, менее 0,100 мг/мл, менее 0,050 мг/мл или менее 0,010 мг/мл.

[00229] Фармацевтически приемлемый наполнитель может представлять собой один или более адъювантов. Адъювант может представлять собой другие гены, которые экспрессируются в альтернативной плазмиде или доставляются в виде белков в комбинации с указанной выше плазмидой в вакцине. Один или более адъювантов могут быть выбраны из группы, включающей: CCL20, α-интерферон (IFN-α), β-интерферон (IFN-β), γ-интерферон, тромбоцитарный фактор роста (PDGF), TNFα, TNR β, GM-CSF, эпидермальный фактор роста (EGF), кожный Т-клеточный хемокин (CTACK), эпителиальный тимус-экспрессированный хемокин (TECK), связанный со слизистой оболочкой эпителиальный хемокин (MEC), IL-12, IL-15, , IL-28, MHC, CD80, CD86, IL-l, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-10, IL-18, MCP-l, MIP-la, MIP-1~, IL-8, L-селектин, P-селектин, E-селектин, CD34, GlyCAM-l, MadCAM-l, LFA-l, VLA-l, Mac-l, pl50.95, PECAM, ICAM-l, ICAM-2, ICAM-3, CD2, LFA-3, M-CSF, G-CSF, мутантные формы IL-l 8, CD40, CD40L, фактор роста сосудов, фактор роста фибробластов, IL-7, фактор роста нервов, фактор роста эндотелия сосудов, Fas, рецептор TNF, Flt, Apo-l, p55, WSL-l, DR3, TRAMP, Apo-3, AIR, LARD, NGRF, DR4, DRS, KILLER, TRAIL-R2, TRICK2, DR6, Каспазу ICE, Fos, c-jun, Sp-l, Ap-l, Ap-2, p38, p65Rel, MyD88, IRAK, TRAF6, IkB, Неактивный NIK, SAP K, SAP-I, JNK, гены ответа на интерферон, NFkB, Bax, TRAIL, TRAILrec, TRAILrecDRC5, TRAIL-R3, TRAIL-R4, RANK, RANK LIGAND, Оx40, Оx40 LIGAND, NKG2D, MICA, MICB, NKG2A, NKG2B, NKG2C, NKG2E, NKG2F, TAPI, TAP2, IL-l 5, имеющие сигнальную последовательность или кодирующую последовательность, которая кодирует удаленную сигнальную последовательность, и необязательно включающую в себя другой сигнальный пептид, такой как из IgE, или кодирующую последовательность, которая кодирует другой сигнальный пептид, такой как из IgE, и их функциональные фрагменты или их комбинацию. Адъювант может представляет собой IL-12, IL-15, IL-28, CTACK, TECK, тромбоцитарный фактор роста (PDGF), TNFα, TNFβ, GM-CSF, эпидермальный фактор роста (EGF), IL-l, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-10, IL-12, IL-l8 или их комбинацию.

[00230] В некоторых вариантах воплощения адъювант может представлять собой один или более белков и/или молекул нуклеиновых кислот, которые кодируют белки, выбранных из группы, состоящей из: CCL-20, IL-12, IL-15, IL-28, CTACK, TECK, MEC или RANTES. Примеры конструкций и последовательностей IL-12 раскрыты в заявке PCT №. PCT/US1997/019502 и соответствующей заявке США, серийный номер 08/956,865, и в предварительной заявке США, серийный номер 61/569600, поданной 12 декабря 2011 г., каждая из которых включена в настоящий документ посредством ссылки. Примеры конструкций и последовательностей IL-15 раскрыты в заявке PCT №. PCT/US04/18962 и соответствующей заявке США серийный номер 10/560,650, и в заявке PCT №. PCT/US07/00886 и соответствующей заявке США, серийный № 12/160,766, и в заявке PCT №. PCT/USI0/048827, каждая из которых включена сюда посредством ссылки. Примеры конструкций и последовательностей IL-28 раскрыты в заявке PCT №. PCT/US09/039648 и соответствующей заявке США, серийный номер 12/936,192, каждая из которых включена в настоящий документ посредством ссылки. Примеры RANTES и других конструкций и последовательностей раскрыты в заявке PCT №. PCT/US 1999/004332 и соответствующей заявке США, серийный номер и 09/622452, каждая из которых включена в настоящий документ посредством ссылки. Другие примеры конструкций и последовательностей RANTES раскрыты в заявке PCT №. PCT/US 11/024098, которая включена сюда посредством ссылки. Примеры RANTES и других конструкций и последовательностей раскрыты в заявке PCT №. PCT/US1999/004332 и соответствующей заявке США, серийный номер 09/622452, каждая из которых включена сюда посредством ссылки. Другие примеры конструкций и последовательностей RANTES раскрыты в заявке PCT №. PCT/US11/024098, которая включена сюда посредством ссылки. Примеры хемокинов, конструкций и последовательностей CTACK, TECK и MEC раскрыты в заявке PCT №. PCT/US 2005/042231 и соответствующей заявке США, серийный № 11/719646, каждая из которых включена в данный документ посредством ссылки. Примеры Ох40 и других иммуномодуляторов раскрыты в заявке США № 10/560653, которая включена в настоящее описание посредством ссылки. Примеры DR5 и других иммуномодуляторов раскрыты в заявке США № 09/622452, которая включена в настоящее описание посредством ссылки.

[00231] Другие гены, которые могут быть полезны в качестве адъювантов, включают гены, кодирующие: MCP-l, MIP-la, MIP-lp, IL-8, RANTES, L-селектин, P-селектин, E-селектин, CD34, GlyCAM-l, MadCAM-l, LFA-l, VLA-l, Mac-l, pl50.95, PECAM, ICAM-l, ICAM-2, ICAM-3, CD2, LFA-3, M-CSF, G-CSF, IL-4, мутантные формы IL-18, CD40, CD40L, фактор роста сосудов, фактор роста фибробластов, IL-7, IL-22, фактор роста нервов, фактор роста эндотелия сосудов, Fas, рецепор TNF, Flt, Apo-l, p55, WSL-l, DR3, TRAMP, Apo-3, AIR, LARD, NGRF, DR4, DR5, KILLER, TRAIL-R2, TRICK2, DR6, Каспазу ICE, Fos, c-jun, Sp-l, Ap-1, Ap-2, p38, p65Rel, MyD88, IRAK, TRAF6, IkB, Неактивный NIK, SAP K, SAP-l, JNK, гены ответа на интерферон, NFkB, Bax, TRAIL, TRAILrec, TRAILrecDRC5, TRAIL-R3, TRAIL-R4, RANK, RANK LIGAND, Оx40, Оx40 LIGAND, NKG2D, MICA, MICB, NKG2A, NKG2B, NKG2C, NKG2E, NKG2F, TAP1, TAP2 и их функциональные фрагменты.

[00232] Вакцина может дополнительно включать агент, стимулирующий генетическую вакцину, как представлено в заявке США, серийный номер 021 579, поданной 1 апреля 1994 г., которая полностью включена посредством ссылки.

[00233] Вакцина может содержать антиген и плазмиды в количестве от приблизительно 1 нанограмма до 100 миллиграммов; от 1 микрограмма до приблизительно 10 миллиграммов; или предпочтительно приблизительно от 0,1 микрограмма до приблизительно 10 миллиграммов; или более предпочтительно от приблизительно 1 миллиграмма до приблизительно 2 миллиграммов. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения вакцина согласно настоящему изобретению содержит от приблизительно 5 нанограммов до приблизительно 1000 микрограммов ДНК. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения вакцина может содержать от приблизительно 10 нанограммов до приблизительно 800 микрограммов ДНК. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения вакцина может содержать приблизительно от 1 до приблизительно 350 микрограммов ДНК. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения вакцина может содержать от приблизительно 25 до приблизительно 250 микрограммов, от приблизительно 100 до приблизительно 200 микрограммов, от приблизительно 1 нанограмма до 100 миллиграммов; от приблизительно 1 микрограмма до приблизительно 10 миллиграммов; от приблизительно 0,1 микрограмма до приблизительно 10 миллиграммов; от приблизительно 1 миллиграмма до приблизительно 2 миллиграммов, от приблизительно 5 нанограммов до приблизительно 1000 микрограммов, от приблизительно 10 нанограммов до приблизительно 800 микрограммов, от приблизительно 0,1 до приблизительно 500 микрограммов, от приблизительно 1 до приблизительно 350 микрограммов, от приблизительно 25 до приблизительно 250 микрограммов, от приблизительно 100 до приблизительно 200 микрограммов антигена или его плазмиды.

[00234] Вакцина может быть составлена в соответствии с применяемым способом введения. Фармацевтическая композиция для инъекционных вакцин может быть стерильной, апирогенной и не содержащей частиц. Можно использовать изотонический состав или раствор. Добавки для изотоничности могут включать хлорид натрия, декстрозу, маннит, сорбит и лактозу. Вакцина может содержать вазоконстриктор. Изотонические растворы могут включать забуференный фосфатом физиологический раствор. Вакцина может дополнительно содержать стабилизаторы, включая желатин и альбумин. Стабилизаторы могут обеспечивать стабильность состава при комнатной температуре или температуре окружающей среды в течение продолжительных периодов времени, включая LGS или поликатионы или полианионы.

Фармацевтические композиции вакцины

[00235] Вакцина может быть в форме фармацевтической композиции. Фармацевтическая композиция может содержать вакцину. Фармацевтические композиции могут содержать приблизительно от 5 нанограммов (нг) до приблизительно 10 миллиграммов (мг) молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции по настоящему изобретению содержат приблизительно от 25 нг до приблизительно 5 мг молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 50 нг до приблизительно 1 мг молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат от приблизительно 0,1 до приблизительно 500 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 1 до приблизительно 350 микрограммов нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат от приблизительно 5 до приблизительно 250 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 10 до приблизительно 200 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 15 до приблизительно 150 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 20 до приблизительно 100 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат от приблизительно 25 до приблизительно 75 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 30 до приблизительно 50 микрограммов нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 35 до приблизительно 40 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 100 до приблизительно 200 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат от приблизительно 10 микрограммов до приблизительно 100 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 20 микрограммов до приблизительно 80 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 25 микрограммов до приблизительно 60 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 30 нг до приблизительно 50 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 35 нг до приблизительно 45 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 0,1 до приблизительно 500 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат от приблизительно 1 до приблизительно 350 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат от приблизительно 25 до приблизительно 250 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых предпочтительных вариантах воплощения фармацевтические композиции содержат приблизительно от 100 до приблизительно 200 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины.

[00236] В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции согласно настоящему изобретению содержат по меньшей мере 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 или 100 нг молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтические композиции могут содержать по меньшей мере 1, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95,100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160, 165, 170, 175, 180, 185, 190, 195, 200, 205, 210, 215, 220, 225, 230, 235, 240, 245, 250, 255, 260, 265, 270, 275, 280, 285, 290, 295, 300, 305, 310, 315, 320, 325, 330, 335, 340, 345, 350, 355, 360, 365, 370, 375, 380, 385, 390, 395, 400, 405, 410, 415, 420, 425, 430, 435, 440, 445, 450, 455, 460, 465, 470, 475, 480, 485, 490, 495, 500, 605, 610, 615, 620, 625, 630, 635, 640, 645, 650, 655, 660, 665, 670, 675, 680, 685, 690, 695, 700, 705, 710, 715, 720, 725, 730, 735, 740, 745, 750, 755, 760, 765, 770, 775, 780, 785, 790, 795, 800, 805, 810, 815, 820, 825, 830, 835, 840, 845, 850, 855, 860, 865, 870, 875, 880, 885, 890, 895, 900, 905, 910, 915, 920, 925, 930, 935, 940, 945, 950, 955, 960, 965, 970, 975, 980, 985, 990, 995 или 1000 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтическая композиция может содержать по меньшей мере 1,5; 2; 2,5; 3; 3,5; 4; 4,5; 5; 5,5; 6; 6,5; 7; 7,5; 8; 8,5; 9; 9,5 или 10 мг или более молекул нуклеиновой кислоты вакцины.

[00237] В других вариантах воплощения фармацевтическая композиция может включать до и включая 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 или 100 нг молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтическая композиция может включать до и включая 1, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95,100, 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160, 165, 170, 175, 180, 185, 190, 195, 200, 205, 210, 215, 220, 225, 230, 235, 240, 245, 250, 255, 260, 265, 270, 275, 280, 285, 290, 295, 300, 305, 310, 315, 320, 325, 330, 335, 340, 345, 350, 355, 360, 365, 370, 375, 380, 385, 390, 395, 400, 405, 410, 415, 420, 425, 430, 435, 440, 445, 450, 455, 460, 465, 470, 475, 480, 485, 490, 495, 500, 605, 610, 615, 620, 625, 630, 635, 640, 645, 650, 655, 660, 665, 670, 675, 680, 685, 690, 695, 700, 705, 710, 715, 720, 725, 730, 735, 740, 745, 750, 755, 760, 765, 770, 775, 780, 785, 790, 795, 800, 805, 810, 815, 820, 825, 830, 835, 840, 845, 850, 855, 860, 865, 870, 875, 880, 885, 890, 895, 900, 905, 910, 915, 920, 925, 930, 935, 940, 945, 950, 955, 960, 965, 970, 975, 980, 985, 990, 995 или 1000 микрограммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины. В некоторых вариантах воплощения фармацевтическая композиция может включать до и включая 1,5; 2; 2,5; 3; 3,5; 4; 4,5; 5; 5,5; 6; 6,5; 7; 7,5; 8; 8,5; 9; 9,5 или 10 миллиграммов молекул нуклеиновой кислоты вакцины.

[00238] Фармацевтическая композиция может дополнительно содержать другие агенты для целей включения в состав в соответствии с используемым способом введения. В тех случаях, когда фармацевтические композиции представляют собой фармацевтические композиции для инъекций, они являются стерильными, апирогенными и не содержат твердых частиц. Предпочтительно использовать изотонический состав. Как правило, добавки для изотоничности могут включать хлорид натрия, декстрозу, маннит, сорбит и лактозу. В некоторых случаях предпочтительными являются изотонические растворы, такие как забуференный фосфатом физиологический раствор. Стабилизаторы включают желатин и альбумин. В некоторых вариантах воплощения к препарату добавляют вазоконстриктор.

[00239] Фармацевтическая композиция может дополнительно содержать фармацевтически приемлемый эксципиент, как указано выше. Например, фармацевтически приемлемый эксципиент может включать функциональные молекулы, наполнители, адъюванты, носители, разбавители или средства, облегчающие трансфекцию, как указано выше.

Способы вакцинации

[00240] В настоящем документе предложены способы лечения и/или профилактики рака, экспрессирующего MUC16, такого, без ограничений, как рак яичников, с использованием фармацевтических составов, описанных выше. Также в данном документе описаны способы применения фармацевтических составов, описанных выше, для лечения и/или профилактики рака, экспрессирующего MUC16, такого, без ограничений, как рак яичников, у субъекта. В данном документе также представлены способы вакцинации субъекта. Также в данном документе представлены способы введения фармацевтических составов, представленных в данном документе, субъекту, нуждающемуся в этом. Представленные в данном документе способы, в совокупности называемые способами лечения с использованием фармацевтических составов, представленных в данном документе, могут включать введение одной или более вакцин, согласно настоящему описанию, субъекту, нуждающемуся в этом, для индукции терапевтического и/или профилактического иммунного ответа. Вакцина может быть введена субъекту для модуляции активности иммунной системы субъекта и усиления иммунного ответа. Введение вакцины может быть трансфекцией раковых антигенов, согласно настоящему описанию, в виде молекулы нуклеиновой кислоты, которая экспрессируется в клетке и доставляется на поверхность клетки, после чего иммунная система распознает их и индуцирует клеточный, гуморальный или клеточный и гуморальный ответ. Введение вакцины может быть использовано для того, чтобы индуцировать или вызывать иммунный ответ у субъектов против MUC16, согласно настоящему описанию, путем введения субъекту вакцины, как указано выше в данном документе.

[00241] Вакцина может быть введена субъекту для модуляции активности иммунной системы субъекта, тем самым усиливая иммунный ответ. В некоторых вариантах воплощения субъектом является млекопитающее. При введении вакцины млекопитающему и тем самым введении вектора в клетки млекопитающего трансфицированные клетки будут экспрессировать и секретировать один или более раковых антигенов, как указано в данном документе. Эти секретируемые белки или синтетические антигены будут распознаваться иммунной системой как чужеродные, что приведет к возникновению иммунного ответа, который может включать: антитела, выработанные против одного или более раковых антигенов, и специфический ответ Т-клеток против одного или более раковых антигенов. В некоторых примерах млекопитающее, вакцинированное вакцинами, обсуждаемыми в данном документе, будет иметь примированную иммунную систему, и при введении одного или более антигенов рака, согласно настоящему описанию, примированная иммунная система позволит быстро освободиться от последующих раковых антигенов, как указано в настоящем документе, независимо от того, будет ли это произведено через гуморальный, клеточный или через как клеточный, так и гуморальный иммунные ответы.

[00242] Способы введения ДНК-вакцины представлены в патентах США №№ 4,945,050 и 5,036,006, оба из которых полностью включены в настоящее описание посредством ссылки.

[00243] Вакцина может быть введена млекопитающему, чтобы вызвать иммунный ответ у млекопитающего. Млекопитающее может быть человеком, приматом, не являющимся человеком, коровой, свиньей, овцой, козой, антилопой, бизоном, водяным буйволом, быками, оленем, ежами, слонами, ламой, альпакой, мышами, крысами и предпочтительно человеком, коровой или свиньей. Чтобы вызвать иммунный ответ вакцину также можно вводить субъекту, не являющемуся млекопитающим, например курице.

[00244] Доза вакцины может составлять от 1 мкг до 10 мг активного компонента на килограмм (кг) веса тела во времени (компонент/кг веса тела/время) и может составлять от 20 микрограммов до 10 мг компонента/кг веса тела время. Вакцину можно вводить каждые 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 дней или 31 день. Количество доз вакцины для эффективного лечения может составлять 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более доз.

Способы генерирования иммунного ответа при помощи вакцины

[00245] Вакцина может быть использована для генерирования иммунного ответа у субъекта млекопитающего или субъекта не являющегося млекопитающим, включая терапевтический или профилактический иммунный ответ. Иммунный ответ может генерировать антитела и/или Т-клетки-киллеры, которые направлены на один или более раковых антигенов, как указано в данном документе. Такие антитела и Т-клетки могут быть изолированы.

[00246] Некоторые варианты воплощения предлагают способы генерирования иммунных ответов против одного или более раковых антигенов, согласно настоящему описанию, причем эти варианты воплощения включают введение вакцины субъекту. Некоторые варианты воплощения предлагают способы профилактической вакцинации субъекта против рака или опухоли, экспрессирующих один или более антигенов MUC16, как описано выше, причем эти варианты воплощения включают введение вакцины. Некоторые варианты воплощения предлагают способы терапевтической вакцинации субъекта, который страдает от рака яичников или опухоли, экспрессирующей MUC16, причем эти варианты воплощения включают введение вакцины. Диагностика рака яичников или опухоли, экспрессирующей один или более антигенов MUC16, согласно настоящему описанию, до введения вакцины может проводиться обычным способом.

Способ лечения рака при помощи вакцины

[00247] Вакцина может использоваться для генерирования или индукции иммунного ответа у млекопитающего, который является реактивным или направленным на рак, экспрессирующий MUC16, такой как, без ограничений, рак яичника, более конкретно эпителиальный рак яичника, наиболее конкретно серозный рак яичника. Вызванный иммунный ответ может предотвратить рак яичников или рост опухоли.

[00248] Вызванный иммунный ответ может предотвращать и/или уменьшать метастазирование раковых или опухолевых клеток у субъекта с раком яичника. Соответственно, вакцина может быть использована в способе, который лечит и/или предотвращает рак или опухоли у млекопитающего или субъекта, больного раком, которому вводят вакцину.

[00249] В некоторых вариантах воплощения вводимая вакцина может опосредовать клиренс или предотвращать рост опухолевых клеток путем индуцирования (1) гуморального иммунитета посредством В-клеточных ответов для генерации антител, которые блокируют продукцию моноцитарного хемоаттрактантного белка-1 (МСР-1), тем самым задерживая клетки-супрессоры (MDSC), происходящие из миелоидных клеток, и вызывая подавление роста опухоли; (2) путем увеличения цитотоксических Т-лимфоцитов, таких как CD8 + (CTL), для атаки и уничтожения опухолевых клеток; (3) через увеличение ответов Т-хелперов; (4) и усиливая воспалительные реакции посредством IFN-γ и TFN-α или предпочтительно через все вышеупомянутое. Вакцина может увеличивать безопухолевую выживаемость на 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44% и 45%. Вакцина после иммунизации может уменьшать опухолевую массу на 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59% и 60%. Вакцина может предотвращать и блокировать повышение моноцитарного хемоаттрактантного белка 1 (МСР-1), цитокина, секретируемого клетками-супрессорами миелоидного происхождения. Вакцина может повышать выживаемость с опухолью на 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59% и 60%.

[00250] В некоторых вариантах воплощения иммунный ответ может генерировать гуморальный иммунный ответ и/или ответ антигенспецифических цитотоксических Т-лимфоцитов (CTL), который не вызывает повреждения или воспаления различных тканей или систем (например, мозга или неврологической системы и т. п.) у субъекта, которому вводили вакцину.

[00251] В некоторых вариантах воплощения вакцину можно вводить на периферию (как описано более подробно ниже) для установления антигенспецифического иммунного ответа, направленного на раковые или опухолевые клетки или ткань, чтобы освободиться от рака или опухоли или устранить рак или опухоль, экспрессирующую один или более видов раковых антигенов, не повреждая и не вызывая заболевание или смерть у субъекта, которому вводят вакцину.

[00252] ] Вводимая вакцина может усиливать клеточный иммунный ответ у субъекта от приблизительно в 50 раз до приблизительно в 6000 раз, от приблизительно в 50 раз до приблизительно в 5500 раз, от приблизительно в 50 раз до приблизительно в 5000 раз, от приблизительно в 50 раз до приблизительно в 4500 раз, от приблизительно в 100 раз до приблизительно 6000 раз, от приблизительно в 150 раз до приблизительно в 6000 раз, от приблизительно в 200 раз до приблизительно в 6000 раз, от приблизительно в 250 до приблизительно в 6000 раз или от приблизительно в 300 до приблизительно в 6000 раз по сравнению с клеточным иммунным ответом у субъекта, которому не вводили вакцину. В некоторых вариантах воплощения вводимая вакцина может усиливать клеточный иммунный ответ у субъекта приблизительно в 50, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900, 3000, 3 100, 3200, 3300, 3400, 3500, 3600, 3700, 3800, 3900, 4000, 4l00, 4200, 4300, 4400, 4500, 4600, 4700, 4800, 4900, 5000, 5100, 5200, 5300, 5400, 5500, 5600, 5700, 5800, 5900 раз или 6000 раз по сравнению с клеточным иммунным ответом у субъекта, которому не вводили вакцину.

[00253] Вводимая вакцина может повышать уровни интерферона гамма (IFN-γ) у субъекта приблизительно в 50 раз, приблизительно в 50 раз, приблизительно в 50 раз, приблизительно в 5000 раз, приблизительно в 50 раз, приблизительно в 4500 раз, от приблизительно в 100 раз до приблизительно в 6000 раз, от приблизительно в 150 раз до приблизительно в 6000 раз, от приблизительно в 200 раз до приблизительно в 6000 раз, от приблизительно в 250 раз до приблизительно в 6000 раз или от приблизительно в 300 раз до приблизительно в 6000 раз по сравнению на клеточный иммунным ответом у субъекта, которому не вводили вакцину. В некоторых вариантах воплощения вводимая вакцина может повышать уровни IFN-γ у субъекта приблизительно в 50, 100, l50, 200, 250, 300, 350 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1100, l200, 1300, 1400, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900, 3000, 3100, 3200, 3300, 3400, 3500, 3600, 3700, 3800, 3900, 4000, 4100, 4200, 4300, 4400, 4500, 4600, 4700, 4800, 4900, 5000, 5100, 5200, 5300, 5400, 5500, 5600, 5700, 5800, 5900 раз или 6000 раз по сравнению на клеточный иммунным ответом у субъекта, которому не вводили вакцину.

[00254] Доза вакцины может составлять от 1 мкг до 10 мг активного компонента на килограмм (кг) массы тела в период времени (компонент/кг массы тела/время) и может составлять от 20 микрограммов до 10 мг компонента/кг массы тела/время. Вакцина может быть введена каждый 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или 31 день. Количество доз вакцины для эффективного лечения может составлять 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более доз.

Пути введения

[00255] Вакцина или фармацевтическая композиция может вводиться различными путями, включая пероральный, парентеральный, сублингвальный, трансдермальный, ректальный, трансмукозальный, местный, посредством ингаляции, посредством буккального введения, внутриплевральный, внутривенный, внутриартериальный, внутрибрюшинный, подкожный, внутримышечный, интраназальный, интратекальный и/или внутрисуставной, или их комбинации. Для ветеринарного применения композицию можно вводить в виде удобной приемлемой композиции в соответствии с обычной ветеринарной практикой. Ветеринар может легко определить режим дозирования и путь введения, который наиболее подходит для конкретного животного. Вакцину можно вводить с помощью традиционных шприцев, безыгольных инъекционных устройств, «генных пушек с бомбардировкой микрочастицами» или других физических методов, таких как электропорация («ЭП»), «гидродинамический метод» или ультразвук.

[00256] Вектор вакцины может быть введен млекопитающему с помощью нескольких хорошо известных технологий, включая инъекцию ДНК (также называемую ДНК-вакцинацией) с электропорацией и без нее in vivo, трансфекцию, опосредованную липосомами, трансфекцию, стимулированную наночастицами, и использование рекомбинантных векторов, таких как рекомбинантный аденовирус, рекомбинантный аденовирус-ассоциированный вирус и рекомбинантная вакцинация. Один или более раковых антигенов вакцины можно вводить путем инъекции ДНК вместе с электропорацией in vivo.

Электропорация

[00257] Вакцина или фармацевтическая композиция могут вводиться путем электропорации. Введение вакцины посредством электропорации может быть выполнено с использованием устройств электропорации, которые могут быть сконфигурированы для доставки в желаемую ткань млекопитающего импульса энергии, эффективного для образования обратимых пор в клеточных мембранах, и предпочтительно импульс энергии представляет собой постоянный ток, соответствующий входящему току, заданному пользователем. Устройство электропорации может содержать компонент электропорации и электродный узел или узел ручного управления. Компонент электропорации может включать и охватывать один или более различных элементов устройств электропорации, в том числе: контроллер, генератор сигналов тока, тестер импеданса, регистратор сигналов, элемент ввода, элемент сообщения о состоянии, порт связи, компонент памяти, источник питания и выключатель. Электропорацию для облегчения трансфекции клеток плазмидой можно проводить с использованием устройства электропорации in vivo, например, системы CELLECTRA® EP (Inovio Pharmaceuticals, Inc., Blue Bell, PA) или электропоратора Elgen (Inovio Pharmaceuticals, Inc.).

[00258] Примеры устройств электропорации и способов электропорации, которые могут облегчать введение ДНК-вакцин по настоящему изобретению, включают те, которые представлены в Патенте США № 7,245,963 авторов Draghia-Akli, et al., Патенте США публикация 2005/0052630, поданная Smith, et al., содержание которых полностью включено в данный документ посредством ссылки. Другие устройства электропорации и способы электропорации, которые можно использовать для облегчения введения ДНК-вакцин, включают в себя устройства, представленные в одновременно находящейся на рассмотрении и находящейся в совместном владении заявке на патент США, серийный № 11/874072, поданной 17 октября 2007 г., в которой заявлено преимущество согласно 35 USC 119(e) к предварительных заявок США серийные № 60/852,149, поданной 17 октября 2006 года, и серийные № 60/978,982, поданной 10 октября 2007 года, и все они включены в настоящий документ в полном объеме.

[00259] Патент США №. 7,245,963 авторов Draghia-Akli, et al., описывает модульные электродные системы и их использование для облегчения введения биомолекулы в клетки выбранной ткани организма или растения. Модульные электродные системы могут содержать множество игольчатых электродов; иглу для подкожных инъекций; электрический разъем, который обеспечивает проводящую связь от программируемого импульсного контроллера постоянного тока к множеству игольчатых электродов; и источник питания. Оператор может захватить множество игольчатых электродов, которые установлены на опорной конструкции, и плотно ввести их в выбранную ткань в теле или в растении. Затем биомолекулы вводят через подкожную иглу в выбранную ткань. Программируемый контроллер импульсов постоянного тока активируется, и электрический импульс постоянного тока подается на множество игольчатых электродов. Прилагаемый электрический импульс постоянного тока облегчает введение биомолекулы в ячейку между совокупностью электродов. Все содержание патента США № 7,245,963 полностью включено в настоящее описание посредством ссылки.

[00260] Патентная публикация США 2005/0052630, поданная Smith, et al., описывает устройство электропорации, которое можно использовать для эффективного облегчения введения биомолекулы в клетки выбранной ткани организма или растения. Устройство электропорации содержит электрокинетическое устройство («устройство EKD»), работа которого задается внешним программным обеспечением или встроенным программным обеспечением. Устройство EKD создает серию программируемых последовательностей импульсов постоянного тока между электродами в матрице на основе пользовательского управления и ввода параметров импульсов и позволяет хранить и получать данные о форме сигнала тока. Устройство электропорации также содержит сменный электродный диск, имеющий ряд игольчатых электродов, центральный канал для инъекционной иглы и съемный направляющий диск. Все содержание патента США публикация 2005/0052630 полностью включено посредством ссылки.

[00261] Матрицы электродов и способы, представленные в патенте США № 7245963 и в патентной публикации США 2005/0052630, можно адаптировать для глубокого проникновения не только в такие ткани, как мышцы, но и в другие ткани или органы. Из-за конфигурации матрицы электродов инъекционная игла также полностью вводится в орган-мишень, и инъекция вводится перпендикулярно целевой проблеме, в области, которая предварительно очерчивается электродами. Электроды, представленные в патенте США № 7244563 и в патентной пуликации США 2005/005263, предпочтительно 20 мм длиной и 21 калибра.

[00262] Кроме того, в некоторых вариантах воплощения, которые включают устройства электропорации и их использование, существуют устройства электропорации, которые представлены в следующих патентах: патент США 5 273 525, выданный 28 декабря 1993 г., патенты США 6 110 161, выданный 29 августа 2000 г., 6 261 281, выданный 17 июля, 2001, и 6 958 060, выданный 25 октября 2005 г., и в патенте США 6 939 862, выданном 6 сентября 2005 г. Кроме того, в настоящем документе рассматриваются патенты, охватывающие предмет, предоставленный в патенте США 6 697 669, выданном 24 февраля 2004 г., который касается введения ДНК с использованием любого из множества устройств, и в патенте США 7 328 064, выданном 5 февраля 2008 г., который относится к способу введения ДНК. Вышеуказанные патенты включены посредством ссылки во всей их полноте.

Способы получения вакцины

[00263] В данном документе предложены способы получения плазмид ДНК, обсуждаемых в данном документе. ДНК-плазмиды после заключительной стадии субклонирования в плазмиду экспрессии млекопитающих могут быть использованы для инокуляции культуры клеток в крупномасштабном ферментационном резервуаре, используя известные в данной области техники способы.

[00264] ДНК-плазмиды для использования с ЭП-устройствами по настоящему изобретению могут быть составлены или изготовлены, применяя комбинации известных устройств и технологий, но предпочтительно они изготавливаются с использованием оптимизированной технологии получения плазмиды, которая представлена в опубликованной заявке США №. 20090004716, поданной 23 мая 2007. В некоторых примерах плазмиды ДНК, используемые в этих исследованиях, могут быть приготовлены в концентрациях, превышающих или равных 10 мг/мл. Технологии производства также включают или охватывают различные устройства и протоколы, которые широко известны специалистам в данной области техники, в дополнение к тем, которые представлены в заявке на патент США серийный № 60/939792, включая те, которые представлены в лицензированном патенте США № 7,238,522, выданном 3 июля 2007 года. Вышеупомянутая заявка и патент США, соответственно, серийный номер 60/939,792 и патент США № 7,238,522 полностью включены в настоящий документ.

[00265] Настоящее изобретение имеет множество аспектов, иллюстрируемых следующими неограничивающими примерами.

ПРИМЕРЫ

[00266] Настоящее изобретение дополнительно проиллюстрировано в следующих примерах. Следует понимать, что эти примеры, хотя и указывают предпочтительные варианты воплощения изобретения, приведены только в качестве иллюстрации. Из приведенного выше обсуждения и этих примеров специалист в данной области техники может определить основные характеристики этого изобретения и, не отступая от его сущности и объема, может внести различные изменения и модификации изобретения, чтобы адаптировать его к различным применениям и условиям. Таким образом, различные модификации изобретения в дополнение к тем, которые показаны и описаны в данном документе, будут очевидны для специалистов в данной области техники из предшествующего описания. Такие модификации также предназначены для попадания в объем прилагаемой формулы изобретения.

Пример 1: Стратегия дизайна центрального домена тандемного повтора MUC16

[00267] Нативный человеческий MUC16 представляет собой большой, в значительной степени гликозилированный белок, длина которого составляет 22 152 аминокислоты. Он состоит из 3 доменов: N-концевой домен, центральный домен тандемного повтора и карбокси-концевой домен. Поскольку нативный N-концевой домен MUC16 человека очень большой (12 068 аминокислот) и у него отсутствуют повторяющиеся последовательности, целью явились только центральный домен тандемного повтора и карбокси-концевой домен (ФИГ. 1). Для домена тандемного повтора и карбокси-концевого домена использовались различные стратегии дизайна.

[00268] Центральный домен тандемного повтора нативного человеческого MUC16, длина которого составляет 9 799 аминокислот, представляет собой серию из 63 гомологичных повторов, каждый из которых состоит из 156 аминокислот, за исключением последнего повтора, который составляет всего 127 аминокислот. Из-за своей длины и отсутствия гомологии среди различных видов для того, чтобы потенциально индуцировать перекрестно-реактивные Т-клетки против большинства нативных повторов человека, последовательности микроконсенсусного повтора (RMC) были получены из множества последовательностей нативных повторов человека. Вкратце, после исключения низкокачественных последовательностей нативного повтора человека оставшиеся 34 последовательности нативного повтора человека были использованы для проведения филогенетического анализа (ФИГ. 2 и ФИГ. 3). Результат показал, что эти последовательности могут быть сгруппированы в четыре группы повторов, которые имеют идентичность более 80%. Основываясь на предыдущем опыте разработки вакцины на основе Т-клеток, каждая микроконсенсусная последовательность должна быть получена из последовательностей, которые имеют более 80% идентичности последовательностей одна с другой для того, чтобы выявлять перекрестно-реактивные ответы Т-клеток на нативные повторы, использованные для генерации этого микроконсенсуса. В результате были сгенерированы четыре последовательности RMC.

[00269] Среди тех повторов, которые не были сгруппированы ни в одну из этих четырех групп, только три других нативных повтора (R61-63) имели идентичность последовательностей менее 80% со всеми четырьмя сгенерированными последовательностями микроконсенсусного повтора (RMC) (таблица 1). Таблица 1 показывает процент идентичности последовательностей всех несгруппированных нативных последовательностей индивидуальных повторов MUC16 (R14, R1, R55, R56, R21, R58, R22, R59, R60, R61, R63 и R62) с RMC1-4. Жирный шрифт означает, что оставшиеся несгруппированные нативные повторяющиеся последовательности имеют идентичность более 80% по меньшей мере с одним RMC, за исключением R61, R62 и R63 (GenBank: AAL65133.2).

Таблица 1

R14 R1 R55 R56 R21 R58 R22 R59 R60 R61 R63 R62 RMC № 1 87,2 79,4 85,2 80,6 81,8 80,6 83,1 83,9 78,7 74,7 48,4 45,5 RMC № 2 85,3 80,6 87,7 83,9 83,8 80,6 83,1 83,9 80,0 76 50 45,5 RMC № 3 77,6 70,3 75,5 75,5 76,6 76,8 79,9 79,4 75,5 70,8 54,8 47 RMC № 4 77,6 74,8 83,2 79,4 82,5 80,0 83,1 82,6 78,7 77,9 51,6 47,7

[00270] Чтобы потенциально увеличить широту Т-клеточных ответов, вызванных вакциной, эти три повтора были включены в конструкцию центрального домена тандемного повтора MUC16 в качестве отдельных элементов. Остальные нативные повторы (R1, R14, R55, R56, R21, R58, R22, R59 и R60) имеют более 80% идентичности последовательностей по меньшей мере с один RMC, и должны покрываться по меньшей мере одной из четырех последовательностей RMC.

[00271] Подводя итог, подход синтеза синтетического консенсуса не был использован в отношении центрального домена тандемного повтора. Вместо этого были сгенерированы 4 последовательности RMC, полученные из множества последовательностей человеческого нативного повтора, чтобы потенциально индуцировать перекрестно-реактивные Т-клетки против большинства нативных повторов человека. Каждый RMC был получен из повторяющихся последовательностей, которые имеют более 80% идентичности последовательностей одна с другой. Нативные повторы R61, R62 и R63, все из которых имеют идентичность последовательности менее 80% со всеми 4 последовательностями RMC, также были включены в конструкцию центрального домена тандемного повтора MUC16 в качестве отдельных элементов, чтобы потенциально увеличить ширину Т-клеточных ответов, индуцируемых вакциной.

Пример 2: Стратегия дизайна карбокси-концевого домена MUC16

[00272] Карбокси-концевой домен нативного человеческого MUC16 имеет длину 284 аминокислоты и состоит из внеклеточного эктодомена, трансмембранного домена и короткого цитоплазматического хвоста. В отличие от центрального домена тандемного повтора карбокси-концевой домен хорошо сохраняется среди многих видов. Однако цитоплазматический хвост MUC16 содержит несколько потенциальных сайтов фосфорилирования S/T/Y, что свидетельствует об участии MUC16 в пути (путях) передачи сигнала. (ФИГ. 4). На ФИГ. 4 квадратами указаны потенциальные сайты фосфорилирования S/T/Y. Сайты N- и О-гликозилирования обозначены, соответственно, X и O. O'Brien, T. J. et al., Tumour biology: Journal of the International Society for Oncodevelopmental Biology and Medicine 22, 348-366 (2001). Для предотвращения нежелательного запуска передачи сигналов по ходу трансляции цитоплазматический хвост (аминокислоты 254-284 нативного карбокси-терминального домена) не был включен ни в один из иммуногенов MUC16.

Генерация эктодомена и трансмембранного домена консенсусного MUC16

[00273] Карбокси-концевой домен консенсусный MUC16 человека был сконструирован без цитоплазматического хвоста с использованием последовательностей эктодомена и трансмембранного домена 21 MUC16 из GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Номера доступа GenBank этих последовательностей следующие: AAL65133.2, XP _004059993.1, XP _014197952.1, XP_0039l4869.1, XP_007993338. l, XP_0l 1739103.1, XP_011932759.1, XP_011810358.1, XP_015296314.1, XP_010387164.1, XP_0089854l7.l, XP_0l 0347904.1, XP_012291241.1, XP_011287799.1, CR_003354138.3, XP_014410271.1, XP_0l 5096370.1, XP_011373099.1, XP_011226599.1, XP_008703704. l, и XP_012496675.1.

[00274] Консенсусная последовательность была получена с использованием программного пакета DNASTAR® Lasergene (версия 13.0.0.357). Последовательности эктодомена и трансмембранного домена MUC16 были импортированы в MegAlign и выровнены с использованием программы выравнивания множественных последовательностей ClustalW. Полученная последовательность эктодомена и трансмембранного домена MUC16 была определена как имеющая 96,0% - 96,4% идентичности с нативным эктодоменом и трансмембранным доменом MUC16 человека.

Обоснование введения мутаций в карбокси-концевом домене для отмены биологической функции MUC16

[00275] После генерации эктодомена и трансмембранного домена консенсусного MUC16 были введены три мутации аспарагина (N) в аланин (A) (N -> A) для отмены биологической функции полученного белка эктодомена и трансмембранного домена консенсусного MUC16. Эти три мутации были введены по причине того, что карбокси-концевой эктодомен MUC16 участвует в развитии онкогенеза, инвазии опухоли и метастазировании. Rao, T. D. et al., PloS one 10 (2015). Rao et al. показали, что введение этих трех мутаций N->A в эктодомене MUC16 для отмены N-гликозилирования резко снижает фосфорилирование ERK1/2 и AKT и рост опухоли in vivo у бестимусных голых мышей, которым трансплантировали трансфицированные клетки фибробластов 3T3. Отмена биологической функции после введения 3 N->A мутаций в конструкцию синтетического консенсусного MUC16 не оценивалась ни in vitro, ни in vivo.

Краткое описание дизайна карбокси-концевого домена MUC16

[00276] Были созданы эктодомен и трансмембранный домен консенсусного MUC16 и были введены три мутации (N->A) для отмены N-гликозилирования (ФИГ. 5). Модифицированные эктодомен и трансмембранный домен консенсусного MUC16 имеют 95,3% идентичность с эктодоменом и трансмембранным доменом нативного MUC16 человека. Таблица 2 показывает процент гомологии последовательностей сгенерированных эктодомена и трансмембранного домена MUC16 с эктодоменом и трансмембранным доменом нативного MUC16 человека.

Таблица 2

Процент идентичности Дивергенция 1 2 1 \ 95,3 1 2 4,9 \ 2 1 2

1=Эктодомен и трансмембранный домен консенсусного MUC16;

2=Эктодомен и трансмембранный домен человеческого нативного MUC16.

Пример 3: Стратегия сборки RMC, нативных повторов и эктодомена и трансмембранного домена (CTD) синтетического консенсусного MUC16 для снижения вероятности введения нецелевых эпитопов

[00277] Элементы, которые следовало включить в дизайн MUC16, включали четыре RMC, три нативных повтора и эктодомен и трансмембранный домен (CTD) синтетического консенсусного MUC16. Первоначальной стратегией дизайна была генерация иммуногена MUC16 (предварительный синтетический иммуноген MUC16) путем включения элементов, как показано на ФИГ. 6A-6B. Однако, поскольку в этом иммуногене слияния RMC1-RMC2, RMC2-RMC3, RMC3-RMC4, RMC4-R61 и R63- эктодомен и трансмембранный домен синтетического консенсусного MUC16 не встречаются в нативной последовательности MUC16, вероятно потенциальное введение нерелевантных, нецелевых эпитопов в том случае, если эти слияния не имеют высокой идентичности последовательностей по меньшей мере с одним слиянием повтора нативного MUC16. Чтобы определить идентичность последовательностей слияний синтетического иммуногена со всеми слияниями нативных повторов MUCl6, последние 11 аминокислот и 11 аминокислот начала всех соседних нативных повторов были сопоставлены с последними 11 аминокислотами и 11 аминокислотами начала всех соседних синтетических иммуногенных слияний (RMC1-RMC2, RMC2-RMC3, RMC3-RMC4, RMC4-R61 и R63-синтетический консенсусный CTD). Результаты анализа показали, что все слияния синтетического иммуногена имели более 95,2% идентичности последовательностей по меньшей мере с одним слиянием с нативным повтором, за исключением слияния синтетического иммуногена RMC4-R61, которое имело только до 76,2% идентичности последовательностей со всеми нативными слияниями повторов (ФИГ. 6A).

[00278] Для уменьшения вероятности введения нецелевых эпитопов в последовательность слияния RMC4-R61 между RMC4 и R61 (синтетический консенсусный IRC+иммуноген R59) был вставлен нативный повтор MUC16 59 (R59) (ФИГ. 6B). Анализ последовательности показал, что слияния RMC4-R59 и R59-R61 имели более высокую идентичность с нативными слияниями повторов (85,7% и 90,9%, соответственно) по сравнению со слиянием RMC4-R61. Более того, предсказание эпитопа МНС класса I с использованием Immune Epitope Database Resource Analysis Resource (//tools.iedb.org/mhci/) спрогнозировало отсутствие сильных связующих у гаплотипа HLA-A*02:0l на слияниях RMC4-R59 и R59-R61.

[00279] Были также использованы дополнительные стратегии, позволяющие избежать введения слияния RMC4-R61, включая следующие: использование двух плазмид (одну для экспрессии иммуногена RMC1-RMC4, а другую для экспрессии иммуногена R61, R62, R63 и CTD синтетического консенсусного MUC16), добавление сайта расщепления фурином между RMC4 и нативным R61 предварительного синтетического иммунгена, и использование вектора экспрессии с двумя промоторами, одним промотором (hCMV), управляющим экспрессией иммуногена RMC1-RMC4, и другим промотором (sCMV), управляющим экспрессией R61, R62 , R63 и CTD синтетического консенсусного иммуногена MUC16. В результате было получено пять различных синтетических консенсусных ДНК-плазмид MUC16, как показано в таблице 3. Схематические представления синтетических консенсусных иммуногенов MUC16 показаны на ФИГ. 7.

Таблица 3

ID плазмиды Остов Наименование иммуногена(ов) Определения pGX1435 pGX0001 IRC+R59 синтетического консенсусного MUC16 IRC+R59 : Integrated Repeats and Synthetic Consensus Carboxy Terminal Domain (интегрированные повторы и синтетический консенсусный карбокси-концевой домен+Native Repeat (нативный повтор) 59 pGX1436 pGX0001 RMC синтетического консенсусного MUC16 RMC: Repeat Micro-consensus (повторный микроконсенсус) pGX1437 pGX0001 NRC синтетического консенсусного MUC16 NRC: Native Repeats (нативные повторы) и Synthetic Consensus Carboxy Terminal Domain (синтетический консенсусный карбокси-концевой домен ) pGX1438 pGX0001 IRC синтетического консенсусного MUC16 IRC : Integrated Repeats and Synthetic Consensus Carboxy Terminal Domain(интегрированные повторы и синтетический консенсусный карбокси-концевой домен) pGX1439 pGX0003 (двойной промотор) RMC синтетического консенсусного MUC16+NRC синтетического консенсусного MUC16 См. выше

[00280] Чтобы иметь более высокий уровень экспрессии, к N-концу всех четырех синтетических консенсусных иммуногенов MUC16 были добавлены против хода транскрипции последовательности Козака и IgE. Yang, J. S. et al., The Journal of infectious diseases 184, 809-816 (2001). Кроме того, использование кодонов последовательностей ДНК, кодирующих эти иммуногены, было адаптировано к смещению кодонов генов Homo sapiens. Andre, S. et al., Journal of virology 72, 1497-1503 (1998); Deml, L. et al. Journal of virology 75, 10991-11001 (2001).

[00281] Кроме того, также была проведена оптимизация РНК: области с очень высоким (>80%) или очень низким (<30%) содержанием GC, а также были исключены мотивы цис-действующих последовательностей, такие как внутренние боксы TATA, chi-сайты и рибосомные сайты входа. Schneider, R., et al., Journal of virology 71, 4892-4903 (1997); Muthumani, K. et al., Virology 314, 134-146 (2003). Синтезированные синтетические консенсусные иммуногены MUC16 расщеплялись при помощи BamHI и XhoI (pGXl435-pGXl438) либо PmeI и XhoI либо SalI и MluI (pGXl439), и клонировались в экспрессионный вектор Inovio pGX0001 (pGXl435-38) или вектор экспрессии с двойным промотором Inovio pGX0003 (pGXl439). Для всех синтетических плазмид консенсусного MUC16 было выполнено секвенирование по всей длине, а затем для проверки правильности оно было проанализировано и подтверждено двумя аналитиками.

[00282] Репрезентативная сравнительная модель центральной области тандемного повтора синтетических консенсусных иммуногенов MUC16, основанная на синтетической консенсусной последовательности IRC MUC16, показана на ФИГ. 8A-8C. ФИГ. 8A представляет собой схематическую диаграмму нативного MUC16 (на основе GenBank AAL65133.2) и IRC синтетического консенсусного MUC16. Между двумя молекулами существуют четкие различия в размерах, и нативная последовательность содержит дополнительные домены, которых нет в синтетической консенсусной версии. И нативный MUC16, и IRC синтетического консенсусного MUC16 содержат ряд повторов белка сперматозоидов морского ежа, энтерокиназы и агрино(SEA)-подобных повторов, а также трансмембранный домен. В IRC синтетического консенсусного MUC16 последовательности повторов основаны на протоколе микроконсенсусной последовательности, описанном в разделе Стратегия дизайна центрального домена тандемного повтора. Как показано на ФИГ. 8B, сравнительное моделирование иллюстрирует различия в размерах между нативным MUC16 и дизайном IRC синтетического консенсусного MUC16. SEA-подобные модули повторов были смоделированы как для нативного MUC16, так и для IRC синтетического консенсусного MUC16. Из-за размера нативной последовательности моделирование выполнялось только при низком разрешении и обеспечивало передачу относительной информации о размере. ФИГ. 8C демонстрирует сравнительную модель области повтора IRC синтетического консенсусного MUC16, показанную в формате cpk. Большая N-концевая область MUC16, а также С-концевая область не содержат последовательностей с надежными родительскими шаблонами, и поэтому они не поддаются моделированию.

[00283] Нуклеотидная последовательность (SEQ ID NO: 1) и аминокислотная последовательность (SEQ ID NO: 2) для IRC+R59 синтетического консенсусного MUC16 указаны, соответственно, в таблице 21 и таблице 22. Нуклеотидная последовательность (SEQ ID NO: 3) и аминокислотная последовательность (SEQ ID NO: 4) для RMC синтетического консенсусного MUC16 представлены, соответственно, в таблице 23 и таблице 24. Нуклеотидная последовательность (SEQ ID NO: 5) и аминокислотная последовательность (SEQ ID NO: 6) для NRC синтетического консенсусного MUC16 представлены, соответственно, в таблице 25 и таблице 26. Нуклеотидная последовательность (SEQ ID NO: 7) и аминокислотная последовательность (SEQ ID NO: 8) для IRC синтетического консенсусного MUC16 представлены, соответственно, в таблице 27 и таблице 28. Аннотация элементов SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6 и SEQ ID NO: 8 и соответствующих аминокислотных положений представлена в таблице 4.

Таблица 4

SEQ ID NO: 2 Аннотация (IRC+R59 синтетического консенсусного MUC16) Описание Положение аминокислот Лидерная последовательность IgE 1-18 Повторный микро-консенсус 1 19-174 Повторный микро-консенсус 2 175-330 Повторный микро-консенсус 3 331-486 Повторный микро-консенсус 4 487-642 Нативный повтор 59 643-798 Нативный повтор 61 799-954 Нативный повтор 62 955-1110 Нативный повтор 63 1111-1237 Мутации карбокси-концевого домена синтетического консенсусного MUC16 для отмены N-гликозилирования 1238-1490
N1408А
N1431А
N1437А SEQ ID NO: 4 Аннотация (RMC синтетического консенсусного MUC16) Описание Положение аминокислот Лидерная последовательность IgE 1-18 Повторный микро-консенсус 1 19-174 Повторный микро-консенсус 2 175-330 Повторный микро-консенсус 3 331-486 Повторный микро-консенсус 4 487-642 SEQ ID NO: 6 Аннотация (NRC синтетического консенсусного MUC16) Лидерная последовательность IgE 1-18 Нативный повтор 61 19-174 Нативный повтор 62 175-330 Нативный повтор 63 331-457 Мутации карбокси-концевого домена синтетического консенсусного MUC16 для отмены N-гликозилирования 458-710
N628А
N651А
N657А SEQ ID NO: 8 Аннотация (IRC синтетического консенсусного MUC16) Лидерная последовательность IgE 1-18 Повторный микро-консенсус 1 19-174 Повторный микро-консенсус 2 175-330 Повторный микро-консенсус 3 331-486 Повторный микро-консенсус 4 487-642 Сайт расщепления фурином 643-649 Нативный повтор 61 650-805 Нативный повтор 62 806-961 Нативный повтор 63 962-1088 Мутации карбокси-концевого домена синтетического консенсусного MUC16 для отмены N-гликозилирования 1098-1341
N1259А
N1282А
N1288А

[00284] Различия между синтетическими консенсусными иммуногенами MUC16 и нативными последовательностями суммированы в таблице 5. Поскольку размер центрального домена тандемного повтора домена среди видов варьирует (человек: 63 повтора, макака-резус: 4 повтора; мышь: 15 повторов), а также размеры отдельных повторов у разных видов сильно различаются, поэтому сложно выровнять точно полноразмерные синтетические иммуногенные последовательности MUC16 с видоспецифическими нативными последовательностями. Следовательно, для центрального домена тандемного повтора сравнивали только области доменов синтетического конструкта белка сперматозоидов морского ежа, энтерокиназы и агрина (SEA) с последовательностями нативного домена SEA человека, мыши и макаки-резуса, поскольку этот регион является наиболее консервативным регионом последовательности повтора.

Таблица 5

Характеристики IRC+R59 синтететич. консенсусн. MUC16 RMC
синтетич. консенсусн.
MUC16 NRC
синтетич. консенсусн. MUC16 IRC
синтетич. консенсусн. MUC16 Синтетич. консенсусн.
MUC16 -
домены SEA
RMC1-4 Синтетич. консенсусн.
MUC16 -
домены SEA
R61-R63 Синтетич. консенсусн.
MUC16 -
карбокси-концевой домен Идентичность нативному человеческому MUC16 / / / / 51,5% - 100% 100% 95,3% Идентичность нативному MUC16 макаки-резус / / / / от 20,0% до 89,7% от 17,4% до 93,9% 95,7% Идентичность нативному мышиному MUC16 / / / / от 21.6% до 71,1% от 15,1% до 71,3% 75,1% Количество аминокислотных мутаций (по сравнению с нативным человеческим / / / / 0 12 Количество вставленных мутаций (не происходящих от консенсуса) 3 0 3 3 0 0 3 Молекулярный вес 1492 аминокислоты
(164 кДа) 644 аминокислот
(71 кДа) 712 аминокислот
(78 кДа) 1343 аминокислоты
(148 кДа) / / / Длина кодирующей последовательности (п.о.) 4476 1932 2136 4029 / / /

Пример 4: Конструкция и структура плазмиды

pGX0001

[00285] Остов вектора pGX0001 представляет собой модифицированный экспрессионный вектор pVAXl с 2998 п.о. под контролем немедленного раннего промотра цитомегаловируса человека (промотор hCMV). Оригинальный pVAXl был получен от Thermo Fisher Scientific. Остов pGX0001 включает ген резистентности к канамицину (KanR) и плазмидный источник репликации (pUC ori) для целей продукции. Эти элементы не функционируют в эукариотических клетках. Карта и описание модифицированного экспрессионного вектора pVAXl (pGX0001) показаны, соответственно, на ФИГ. 9 и в таблице 6.

Таблица 6

Элементы: Пары оснований: Промотор CMV: 137-724 Сайт промотора Т7/примирования 664-683 Сайт множественного клонирования 696-811 Сигнал полиаденилирования бычьего гормона роста (GH) 829-1053 Ген резистентности к канамицину 1226-2020 Источник репликации pUC origin 3219-2992

[00286] В pVAXl были введены модификации для создания pGX0001. Эти модификации перечислены в таблице 7, и не было обнаружено никаких проблем, касающихся амплификации плазмиды и транскрипции и трансляции антигена. Не наблюдалось никаких дальнейших изменений в последовательности pGX0001 ни в одном из плазмидных продуктов на платформе, использующей pGX0001 в качестве остова. Пары оснований 2, 3 и 4 изменяются с ACT на CTG в остове перед промотором CMV.

Таблица 7

Модификация Пара оснований Описание C>G 241 в промоторе CMV C>T 1158 остов, ниже сигнала полиаденилирования бычьего гормона роста (bGН polyA) A>- 2092 остов, ниже гена резистентности к канамицину C>T 2493 в источнике репликации (pUC ori) G>C 2969 в самом конце pUC Оri выше участка RNASeH

pGX0003

[00287] Остов вектора pGX0003 представляет собой экспрессионную плазмиду эукариот с 4596 п.о. с двумя сайтами множественного клонирования для вставок под контролем двух промоторов: промотора hCMV с поли А-сигналом SV40 и промотора sCMV с поли А-сигналом bGH. Этот остов также включает KanR и pUC ori. Карта и описание pGX0003 показаны, соответственно, на ФИГ. 10 и в таблице 8.

Таблица 8

Элементы: Пары оснований: Промотор hCMV: 3548-4373 Сигнал полиаденилирования вируса обезьян 40 4391-4596 Промотор Scmv 2558-3060 Сигнал полиаденилирования бычьего гормона роста (GH) 2290-2528 Ген резистентности к канамицину 298-1059 Источник репликации pUC origin 1227-1900

pGX1435

[00288] pGXl435 получали путем клонирования ДНК последовательности синтетического консенсусного MUC16 (IRC+R59 синтетического консенсусного MUC16) в pGX0001 на сайтах BamHI и XhoI. Связанная с этим продукция мРНК управляется промотором CMV человека (промотор hCMV) и прекращается сигналом полиаденилирования 3'-конца бычьего гормона роста (bGH poly A). Остов pGX0001 включает ген устойчивости к канамицину (KanR) и плазмидный источник репликации (pUC ori) для производственных целей. Эти элементы не функционируют в эукариотических клетках. Схематическая диаграмма pGXl435 и IRC+R59 синтетического консенсусного MUC16 представлена на ФИГ. 11, а элементы плазмиды и соответствующие пары оснований представлены в таблице 9.

Таблица 9

Элементы: Пары оснований: Промотор hCMV: 137-724 Кодирующая последовательность IRC+R59 синтетического консенсусного MUC16: 742-5217 bGH Poly A: 5261-5485 Резистентность к канамицину (KanR): 5658-6452 pUC Ori: 6751-7424

pGX1436

[00289] pGXl436 получали путем клонирования последовательности ДНК синтетического микроконсенсусного MUC16 (RMC синтетического консенсусного MUC16) в pGX0001 на сайтах BamHI и XhoI. Связанная с этим продукция мРНК управляется промотором CMV человека (промотор hCMV) и прекращается сигналом полиаденилирования 3'-конца бычьего гормона роста (bGH poly A). Остов pGX0001 включает ген устойчивости к канамицину (KanR) и плазмидный источник репликации (pUC ori) для производственных целей. Эти элементы не функционируют в эукариотических клетках. Схематическая диаграмма pGXl436 и RMC синтетического консенсусного MUC16 представлена на ФИГ. 12, а элементы плазмиды и соответствующие пары оснований представлены в таблице 10.

Таблица 10

Элементы: Пары оснований: Промотор hCMV: 137-724 Кодирующая последовательность RMC синтетического консенсусного MUC16: 742-2673 bGH Poly A: 2717-2941 Резистентность к канамицину (KanR): 3114-3908 pUC Ori: 4207-4880

pGX1437

[00290] pGXl437 получали путем клонирования последовательности ДНК синтетического консенсусного MUC16 (NRC синтетического консенсусного MUC16) в pGX0001 на сайтах BamHI и XhoI. Связанная с этим продукция мРНК управляется промотором CMV человека (промотор hCMV) и прекращается сигналом полиаденилирования 3'-конца бычьего гормона роста (bGH poly A). Остов pGX0001 включает ген устойчивости к канамицину (KanR) и плазмидный источник репликации (pUC ori) для производственных целей. Эти элементы не функционируют в эукариотических клетках. Схематическая диаграмма pGXl437 и NRC синтетического консенсусного MUC16 представлена на ФИГ. 13, а элементы плазмиды и соответствующие пары оснований представлены в таблице 11.

Таблица 11

Элементы: Пары оснований: Промотор hCMV: 137-724 Кодирующая последовательность NRC синтетического консенсусного MUC16: 742-2877 bGH Poly A: 2921-3145 Резистентность к канамицину (KanR): 3318-4112 pUC Ori: 4411-5084

pGX1438

[00291] pGXl438 получали путем клонирования последовательности ДНК синтетического консенсусного MUC16 (IRC синтетического консенсусного MUC16) в pGX0001 на сайтах BamHI и XhoI. Связанная с этим продукция мРНК управляется промотором CMV человека (промотор hCMV) и прекращается сигналом полиаденилирования 3'-конца бычьего гормона роста (bGH poly A). Остов pGX0001 включает ген устойчивости к канамицину (KanR) и плазмидный источник репликации (pUC ori) для производственных целей. Эти элементы не функционируют в эукариотических клетках. Схематическая диаграмма pGXl438 и IRC синтетического консенсусного MUC16 представлена на ФИГ. 14, а элементы плазмиды и соответствующие пары оснований представлены в таблице 12.

Таблица 12

Элементы: Пары оснований: Промотор hCMV: 137-724 Кодирующая последовательность IRC синтетического консенсусного MUC16: 742-4770 bGH Poly A: 4814-5038 Резистентность к канамицину (KanR): 5211-6005 pUC Ori: 6304-6977

pGX1439

[00292] pGXl439 получали путем клонирования последовательности ДНК RMC синтетического консенсусного MUC16 в pGX0003 на сайтах SalI и MluI и последовательности ДНК NRC синтетического консенсусного MUC16 на сайтах PmeI и XhoI.

[00293] pGXl439 представляет собой ДНК-плазмиду с двумя промоторами, в которой RMC синтетического консенсусного MUC16, продуцирующего мРНК, управляется промотором CMV человека (промотор hCMV) и прекращается сигналом полиаденилирования обезьяньего вируса 40 (SV40 poly А), и в которой NRC синтетического консенсусного MUC16, продуцирующего мРНК, управляется промотором CMV обезьяны (sCMV Promoter) и прекращается сигналом полиаденилирования бычьего гормона роста (bGH poly A). Остов pGX0003 включает ген устойчивости к канамицину (KanR) и плазмидный источник репликации (pUC ori) для производственных целей. Эти элементы не функционируют в эукариотических клетках.

[00294] Схематическая диаграмма pGXl439 и RMC синтетического консенсусного MUC16 и NRC синтетического консенсусного MUC16 представлена на ФИГ. 15, а элементы плазмиды и соответствующие пары оснований представлены в таблице 13.

Таблица 13

Элементы: Пары оснований: Промотор hCMV: 5682-6506 Кодирующая последовательность RMC синтетического консенсусного MUC16: 6524-8455 SV40 Poly A: 8457-8662 Резистентность к канамицину (KanR): 298-1059 pUC Ori: 1227-1900 Промотор sCMV 4703-5193 Кодирующая последовательность NRC синтетического консенсусного MUC16: 2557-4692 bGH Poly A 2290-2528

Пример 5: Экспрессия антигена in vitro

[00295] Экспрессия белка антигена pGXl435, pGXl436, pGXl437, pGXl438 и pGXl439 была подтверждена вестерн-блоттингом. Клетки человеческой рабдомиосаркомы (RD) (ATCC, CCL-136), которые поддерживали в среде DMEM с 10% FBS (ThermoFisher), трансфицировали pGXl435, pGXl436, pGXl437, pGXl438, pGXl439 или pGX0001 (6 мкг/10 см²/чашку) с использованием Turbofectin 8 (Origene). Через сорок восемь часов после трансфекции клетки лизировали с использованием буфера для лизиса клеток RIPA (ThermoFisher) и собирали лизат клеток. После анализа BCA (ThermoFisher) для определения концентрации общего белка 15 мкг клеточного лизата подвергали электрофорезу в 4-12% геле SDS-PAGE (ThermoFisher) и проводили детекцию с использованием моноклонального антитела против MUC16 (Abeam, клон EPSISR23-96, abl68360), затем визуализировали с помощью анти-кроличьего IgG, конъюгированного с пероксидазой хрена (HRP) (Santa Cruz Biotech #sc-2004), с использованием системы вестерн-блот анализа ECL (GE Amersham). В качестве контроля нагрузки блоты повторно исследовали на экспрессию актина с использованием моноклонального антитела анти-β-актина (Santa Cruz Biotech, клон, C4).

[00296] Была обнаружена белковая полоса ожидаемой молекулярной массы для конструкций синтетического консенсусного MUC16 (~162,5 кДа), а также белковые полосы для Участка 1 (~68,2 кДа) и Участка 2 (~77,2 кДа) (ФИГ. 16). В дорожке pGX0001 не были обнаружены белковые полосы, что указывает на то, что белковые полосы специфичны для синтетического консенсусного Mucl6. Анти-β-актиновые полосы были обнаружены с одинаковой интенсивностью, что указывает на то, что в каждой дорожке были загружены равные количества белка. Было обнаружено, что pGXl435 и pGXl438 экспрессируют соответствующие антигенные белки, а pGXl436, pGXl437 и pGXl439 экспрессируют свои соответствующие антигенные белковые участки.

Пример 6: Иммуногенность синтетических консенсусных вакцинных конструкций мезотелина

Животные и иммунизации

[00297] Самки 8-недельных мышей CB6F1 были приобретены в Jackson Laboratories. Все животные содержались в помещении с регулируемой температурой и световой цикличностью в BTS Research (San Diego, CA). Уход за животными осуществлялся в соответствии с руководящими принципами Национального института здравоохранения и предложением по уходу и использованию животных (ACUP) (BTS ACUP # 15-091). Мыши были разделены на шестнадцать групп, как показано в таблице 14.

Таблица 14

Группа n Конструкция Доза конструкции (мкг) Объем введения (мкл) 1 8 pGX0001 30 30 2 8 pGX1435 10 30 3 8 pGX1435 30 30 4 8 pGX1435 50 30 5 8 pGX1436 10 30 6 8 pGX1436 30 30 7 8 pGX1436 50 30 8 8 pGX1437 10 30 9 8 pGX1437 30 30 10 8 pGX1437 50 30 11 8 pGX1438 10 30 12 8 pGX1438 30 30 13 8 pGX1438 50 30 14 8 pGX1439 10 30 15 8 pGX1439 30 30 16 8 pGX1439 50 30

[00298] Мышей в группах иммунизации вакцинировали указанными дозами pGX0001 или pGXl435, pGXl436, pGXl437, pGXl438, pGXl439 в соответствии с SOP R20-003147 CELLECTRA® 3P Mouse Treatment. Вкратце, плазмиды готовили в стерильной воде для инъекций (VetOne) так, чтобы указанная доза доставлялась путем внутримышечной инъекции в переднюю мышцу большеберцовой кости в объеме инъекции 30 мкл. За каждой внутримышечной инъекцией немедленно следовала электропорация (ЭП) с использованием адаптивного устройства электропорации постоянного тока CELLECTRA® 2000 с матрицей 3P (Inovio Pharmaceuticals). Устройство было настроено на подачу двух импульсов по 0,1 А с шириной импульса 52 мс, разнесенных на 1 секунду. Из-за большого количества мышей и групп половина мышей в каждой группе получила 3 иммунизации с интервалом 3 недели. Этих мышей умерщвляли через неделю после последней иммунизации, а селезенки собирали для получения показателей клеточного иммунитета. Другая половина мышей в каждой группе получила 3 иммунизации с интервалом 3 недели. Мышей умерщвляли через неделю после последней иммунизации, а селезенки собирали для получения показателей клеточного иммунитета. Никакая другая ткань собрана не была.

Выделение лимфоцитов селезенки

[00299] Спленоциты выделяли асептически и помещали в 5 мл среды R10 (среда 1640 Rosewell Park Memorial Institute, дополненная 10% эмбриональной бычьей сывороткой и 1% антибиотиком, антимикотическим средством). Спленоциты выделяли путем механического разрушения селезенки с использованием аппарата Stomacher (Seward Laboratory Systems Inc.), полученный продукт фильтровали с использованием сита для клеток на 40 мкм (BD Falcon). Полученный преперет центрифугировали, и осадок обрабатывали в течение 5 минут лизирующим буфером ACK (Lonza) для лизиса эритроцитов. Спленоциты затем центрифугировали, промывали в PBS, а затем ресуспендировали в среде R10 и сразу же использовали для дальнейшего анализа.

Определение IFNγ методом иммуноферментных пятен (ELISpot)

[00300] Анализ мышиного IFNγ в ELISpot для оценки антигенспецифических клеточных ответов проводили с использованием набора от MabTech (MabTech, # 3321-4APW-10). Планшеты на девяносто шесть лунок, предварительно покрытые антителами против мышиного IFNγ (mAb AN18), промывали в PBS и блокировали в течение 2 часов при комнатной температуре с помощью среды R10, и затем добавляли (в трех повторах) при количестве клеток на входе 2 × 10⁵ клеток на лунку. Был синтезирован набор пептидов (GenScript), каждый из которых содержал 15 аминокислотных остатков с перекрыванием 11 аминокислот, представляющий полную белковую последовательность синтетического консенсусного MUC16 для каждой конструкции. Эти наборы пептидов ресуспендировали в DMSO (Sigma) и объединяли при концентрации пептида ~ 2 мкг/мл в шесть пептидных пулов. Эти пептидные пулы содержали пептиды, соответствующие белковому антигену синтетического консенсусного MUC16, как указано в схеме на ФИГ. 17. Конкавалин А (Sigma) в концентрации 5 мкг/мл использовали в качестве положительного контроля, а полную культуральную среду использовали в качестве отрицательного контроля. Планшеты инкубировали в течение 18 часов при 37°С в инкубаторе в атмосфере с 5% СО₂. Затем добавляли биотинилированное антитело против IFNγ мыши (MabTech, mAb R4-6A2), и планшеты инкубировали в течение 2 часов при комнатной температуре. Планшеты промывали и добавляли антитело к стрептавидину-ALP (MabTech), и планшеты инкубировали в течение 1 часа при комнатной температуре. Обнаружение пятна проводили с использованием субстрата BCIP/NBT в соответствии с инструкциями производителя набора (MabTech). Пятна на планшетах подсчитывали с использованием автоматического ридера ELISPOT (Cellular Technology). Для отображения данных среднее количество единиц, формирующих пятно (SFU), было приведено к 1×10⁶ спленоцитов.

[00301] Антигенспецифические ответы в ELISpot по IFNγ, представленные как число единиц, формирующих пятно IFNγ (SFU) на 1×10⁶ спленоцитов, превышают число SFU в контроле при инкубации с одной только средой.

[00302] Иммуногенность конструкции синтетического консенсусного MUC16 оценивали при трех дозах (10 мкг, 30 мкг и 50 мкг) с помощью определения IFNγ в ELISpot и проточной цитометрии (n=8/группу). Мышей иммунизировали пустым плазмидным остовом (pGX0001) в качестве отрицательного контроля (n=4/группа). Вакцинация полноразмерными конструкциями синтетического консенсусного MUC16 (pGXl435, pGXl438 и pGXl439) вызывала исключительно устойчивые клеточные иммунные ответы по сравнению с мышами, вакцинированными отрицательным контролем.

[00303] Интенсивность продукции IFNγ, специфической по отношению к синтетическому консенсусному MUC16, индуцированная pGXl435, по данным анализа в ELISpot, была дозозависимой (ФИГ. 18A). Конкретно, количество SFU IFNγ в ответ на pGXl435 синтетического консенсусного MUC16 составило 1564 ± 661, 3858 ± 2767 и 5407 ± 1959 при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Ответы IFNγ синтетического консенсусного MUC16, индуцированные pGXl435, были значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами при дозах pGXl435 10 мкг (p=0,002), 30 мкг (p=0,028) и 50 мкг (p=0,001). Обнаруживаемые ответы на уникальный эпитоп R59 (пептидный пул 6), индуцированный pGXl435, также указаны на ФИГ. 18D.

[00304] Интенсивность продукции IFNγ, специфической по отношению к синтетическому консенсусному MUC16, индуцированная конструкцией pGXl438, по данным анализа в ELISpot, была дозонезависимой, при этом болеe низкие дозы вызывали более устойчивый ответ (ФИГ. 18B). Конкретно, количество SFU IFNγ в ответ на pGXl438 синтетического консенсусного MUC16 составило 5628 ± 3144, 7668 ± 3371 и 6005 ± 3472 при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Ответы IFNγ синтетического консенсусного MUC16, индуцированные pGXl438, были значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами при дозах pGXl435 10 мкг (p=0,008), 30 мкг (p=0,002) и 50 мкг (p=0,009).

[00305] Интенсивность продукции IFNγ, специфической по отношению к синтетическому консенсусному MUC16, индуцированная конструкцией pGXl439, по данным анализа в ELISpot, также была дозонезависимой, при этом болеe низкие дозы вызывали более устойчивый ответ (ФИГ. 18C). Конкретно, количество SFU IFNγ в ответ на pGXl439 синтетического консенсусного MUC16 составило 3180 ± 1377, 6138 ± 2696 и 4862 ± 2069 при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Ответы IFNγ синтетического консенсусного MUC16, индуцированные pGXl439, были значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами при дозах pGXl435 10 мкг (p=0,002), 30 мкг (p=0,002) и 50 мкг (p=0,002).

[00306] Ответы IFNγ для полноразмерных конструкций суммированы в таблице 15.

Таблица 15

Ответы IFNγ в ELISpot на слияние синтетического консенсусного MUC16 (pGX1435) Код препарата Группа Количество дозы Среднее кол-во SFU ± ст.откл. Значение р pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 7 ± 8 н/д pGX1435 Иммунизированные 10 мкг 1564 ± 661 0,002 30 мкг 3858 ± 2767 0,028 50 мкг 5407 ± 1959 0,001 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001) Ответы IFNγ в ELISpot на расщепление фурином синтетического консенсусного MUC16 (pGX1438) Код препарата Группа Количество дозы Среднее кол-во SFU ± ст.откл. Значение р pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 7 ± 8 н/д pGX1438 Иммунизированные 10 мкг 5628 ± 3144 0,008 30 мкг 7668 ± 3371 0,002 50 мкг 6005 ± 3472 0,009 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001) Ответы IFNγ в ELISpot на двойной промотор синтетического консенсусного MUC16 (pGX1439) Код препарата Группа Количество дозы Среднее кол-во SFU ± ст.откл. Значение р pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 7 ± 8 н/д pGX1439 Иммунизированные 10 мкг 3180 ± 1377 0,002 30 мкг 6138 ± 2696 0,002 50 мкг 4862 ± 2069 0,002 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001)

[00307] Вакцинация конструкциями частичной длины синтетического консенсусного MUC16 (pGXl436 и pGXl437) также вызывала исключительно устойчивые клеточные иммунные ответы по сравнению с вакцинированными мышами отрицательного контроля.

[00308] Интенсивность продукции IFNγ, специфической по отношению к синтетическому консенсусному MUC16 в отношении Участка 1, индуцированной конструкцией pGXl436, по данным анализа ELISpot, была дозозависимой (ФИГ. 19A). Конкретно, количество SFU IFNγ в ответ на pGXl436 синтетического консенсусного MUC16 составило 3609 ± 1377, 4711 ± 2365 и 5565 ± 3496 при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Ответы IFNγ синтетического консенсусного MUC16, индуцированные pGXl436, были значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами при дозах pGXl436 10 мкг (p=0,001), 30 мкг (p=0,004) и 50 мкг (p=0,014). При сравнении ответов IFNγ на Участок 1, индуцированных всеми конструкциями MUC16, ответы, индуцированные pGXl435, были значимо более низкими по сравнению с pGXl438 (ФИГ. 19B).

[00309] Интенсивность продукции IFNγ, специфической по отношению к синтетическому консенсусному MUC16 в отношении Участка 2, индуцированной конструкцией pGXl437, по данным анализа ELISpot, также была дозозависимой (ФИГ. 19C). Конкретно, количество SFU IFNγ в ответ на pGXl437 синтетического консенсусного MUC16 составило 835 ± 428, 1893 ± 1291 и 2399 ± 1245 при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Ответы IFNγ синтетического консенсусного MUC16, индуцированные pGXl437, были значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами при дозах pGXl437 10 мкг (p=0,005), 30 мкг (p=0,022) и 50 мкг (p=0,005). Наблюдалась тенденция к более устойчивой продукции IFNγ в отношении Участка 2 с pGXl438 (ФИГ. 19D).

[00310] Ответы IFNγ на конструкции частичной длины суммированы в таблице 16.

Таблица 16

Ответы IFNγ в ELISpot на «Участок 1» синтетического консенсусного MUC16 (pGX1436) Код препарата Группа Количество дозы Среднее кол-во SFU ± ст.откл. Значение р pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 3 ± 5 н/д pGX1436 Иммунизированные 10 мкг 3609 ± 1377 0,001 30 мкг 4711 ± 2365 0,004 50 мкг 5565 ± 3496 0,014 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001) Ответы IFNγ в ELISpot на «Участок 2» синтетического консенсусного MUC16 (pGX1437) Код препарата Группа Количество дозы Среднее кол-во SFU ± ст.откл. Значение р pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 3 ± 5 н/д pGX1437 Иммунизированные 10 мкг 835 ± 428 0,005 30 мкг 1893 ± 1291 0,022 50 мкг 2399 ± 1245 0,005 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001)

Проточная цитометрия

[00311] Клеточные иммунные ответы, индуцированные синтетическим консенсусным MUC16, были дополнительно охарактеризованы методом проточной цитометрии. Спленоциты в количестве 2×10⁶ от вакцинированных и не получавших вакцину мышей непосредственно после выделения стимулировали синтетическим консенсусным пептидом MUC16 в течение 6 часов в присутствии брефелдина A (BD Biosciences), монензина (BD Biosciences) и меченного FITC мышиного антитела против CD107a (BD Biosciences). После стимуляции пептидами спленоциты центрифугировали и ресуспендировали в 20 мкл на лунку в блокирующем растворе против Fc мыши BD Fc Block (BD Biosciences) мыши. Раствор Fc Block использовали при начальном разведении 1:40 в PBS и инкубации при 4°С в течение 5 минут.

[00312] После инкубации оставшиеся внеклеточные антитела (в PBS) добавляли в количестве 30 мкл на лунку и инкубировали при 4°С в течение 30 минут. После добавления внеклеточного красителя конечный объем в каждой лунке составляет 50 мкл, включая раствор Fc Block в конечном разведении 1: 100 и внеклеточные антитела в соответствующих рабочих разведениях. Затем клетки окрашивали красителем для оценки жизнеспособности (Vivid , Thermo-Fisher) и следующими внеклеточными антителами: PerCP-Cy5.5 против CD4 мыши (BD Biosciences, клон RM4-5) и APC против CD8a мыши (BD Biosciences, клон 63-6,7). Внутриклеточные цитокины затем окрашивали при помощи следующих антител: антитела BV605 против мышиного IFNγ, антитела APC-R700 против мышиного IL-2, и антитела PE против мышиного TNF-α (BD Biosciences). Клетки фиксировали и пермеабилизировали (BD Biosciences, # 554714) в течение 20 минут при 4°C. Внутриклеточное окрашивание затем останавливали следующими антителами: APC-Cy7 против мышиного CD3e (BD Biosciences, клон 145-2C11), BV605 против мышиного IFNγ (BD Biosciences, клон XMG1.2), APC-R700 против мышиного IL-2 (BD Biosciences, клон JEs6-5H4) и PE против мышиного TNF-α (BD Biosciences, клон MP6-XT22).

[00313] Данные внутриклеточного окрашивания получали на 10-цветном FACS CANTO (BD Biosciences), и анализ завершали с использованием программного обеспечения FlowJo. Стратегия гейтирования проточной цитометрии показана ниже на ФИГ. 20. Для того чтобы клетку можно было назвать антигенспецифичной с помощью проточной цитометрии, частота сообщаемого параметра должна превышать частоту контроля для одной только среды. Для того чтобы клетка была идентифицирована как продуцирующая антигенспецифичная CD107a, клетка также должна быть идентифицирована как позитивная по антигенспецифической продукции IFNγ, и/или IL-2, и/или TNFα по данным идентификации с булевским гейтированием.

[00314] Полноразмерные конструкции синтетического консенсусного MUC16 вызывали сильные ответы в компартменте Т-клеток CD4⁺, при этом наиболее устойчивый ответ был вызван pGXl438 (ФИГ. 21A-21C). Синтетический консенсусный MUC16 индуцировал частоты антигенспецифических ответов Т-клеток CD4⁺, которые были значимо более эффективными по сравнению с неиммунизированными мышами (0,29% ± 0,23%) в группах уровней доз 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг для pGXl435, pGXl438 и pGXl439 (ФИГ. 21A-21C).

[00315] Интенсивность Т-клеток CD4⁺ , специфическая по отношению к синтетическому консенсусному MUC16, вызванная конструкцией pGXl435, была дозозависимой (ФИГ. 21A). Конкретно, Т-клетки CD4⁺ при введении конструкции pGXl435 синтетического консенсусного MUC16 составили 1,34% ± 0,45%, 2,27% ± 1,38% и 3,12% ± 1, 45% при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Количество Т-клеток CD4⁺ , при введении конструкции pGXl435 синтетического консенсусного MUC16 было значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами при количествах дозы pGXl435 10 мкг (p<0,001), 30 мкг (p=0,020) и 50 мкг (p=0.004). Специфические ответы Т-клеток CD4⁺ , при введении конструкции pGXl435 синтетического консенсусного MUC16 состояли, в основном, из Т-клеток CD4⁺ , продуцирующих IFNγ⁺IL-2⁺TNFα⁺, IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ или IFNγ⁺IL-2^-TNFα^-.

[00316] Интенсивность Т-клеток CD4⁺ , специфическая по отношению к синтетическому консенсусному MUC16, вызванная конструкцией pGXl438, также была дозозависимой (ФИГ. 21В). Конкретно, Т-клетки CD4⁺ при введении конструкции pGXl438 синтетического консенсусного MUC16 составили 3,12% ± 1,19%, 3,73% ± 1,48% и 4,06% ± 1,87% при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Количество Т-клеток CD4⁺ , при введении конструкции pGXl438 синтетического консенсусного MUC16 было значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами при количествах дозы pGXl438 10 мкг (p=0,001), 30 мкг (p=0,001) и 50 мкг (p=0,003). Специфические ответы Т-клеток CD4⁺ , при введении конструкции pGXl438 синтетического консенсусного MUC16 состояли, в основном, из Т-клеток CD4⁺ , продуцирующих IFNγ⁺IL-2⁺TNFα⁺, IFNγ⁺IL-2-TNFα⁺ или IFNγ⁺IL-2^-TNFα^-.

[00317] Интенсивность Т-клеток CD4⁺ , специфическая по отношению к синтетическому консенсусному MUC16, вызванная конструкцией pGXl439, была дозозависимой (ФИГ. 21С). Конкретно, Т-клетки CD4⁺ при введении конструкции pGXl439 синтетического консенсусного MUC16 составили 1,99% ± 0,99%, 2,71% ± 0,51% и 3,25% ± 1,29% при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Количество Т-клеток CD4⁺ , при введении конструкции pGXl439 синтетического консенсусного MUC16 было значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами при количествах дозы pGXl439 10 мкг (p=0,007), 30 мкг (p< 0,001) и 50 мкг (p=0,001). Специфические ответы Т-клеток CD4⁺ , при введении конструкции pGXl439 синтетического консенсусного MUC16 состояли, в основном, из Т-клеток CD4⁺ , продуцирующих IFNγ⁺IL-2⁺TNFα⁺, IFNγ⁺IL-2-TNFα⁺ или IFNγ⁺IL-2^-TNFα^-. Частота антигенспецифических Т-клеток CD4⁺ далее указана в деталях в таблице 17.

[00318] Все количества дозы полноразмерных конструкций синтетического консенсусного MUC16 индуцировали более высокую интенсивность Т-клеток CD4⁺CD107a⁺ по сравнению с неиммунизированными мышами (0,08% ± 0,04%), однако только конструкция pGXl438 была значимо более устойчивой при всех дозах.

[00319] Конкретно, частота антигенспецифических Т-клеток CD4⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl435 составила 0,27% ± 0,14%, 0,32% ± 0,37% и 0,64% ± 0, 34% при количествах дозы, соответственно, 10 мкг (р=0,011), 30 мкг (р=0,297) и 50 мкг (р=0,008) (ФИГ. 21A). Профиль цитокинов Т-клеток CD4⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl435 был схожим по группам количества дозы и состоял, в основном, из клеток IFNγ⁺IL-2⁺TNFα⁺ и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 22A).

[00320] Частота антигенспецифических Т-клеток CD4⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl438 составила 0,40% ± 0,18%, 0,54% ± 0,36% и 0,53% ± 0,25% при количествах дозы, соответственно, 10 мкг (р=0,004), 30 мкг (р=0,029) и 50 мкг (р=0,004) (ФИГ. 21В). Профиль цитокинов Т-клеток CD4⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl438 был схожим по группам количества дозы и состоял, в основном, из клеток IFNγ⁺IL-2⁺TNFα⁺ и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 22В)

[00321] Частота антигенспецифических Т-клеток CD4⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl439 составила 0,26% ± 0,18%, 0,36% ± 0,18% и 0,50% ± 0,25% при количествах дозы, соответственно, 10 мкг (р=0,069), 30 мкг (р=0,008) и 50 мкг (р=0,006) (ФИГ. 22С). Профиль цитокинов Т-клеток CD4⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl439 был схожим по группам количества дозы и состоял, в основном, из клеток IFNγ⁺IL-2⁺TNFα⁺ и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 22С). Частота антигенспецифических Т-клеток CD4⁺ с цитолитическим потенциалом далее показана в деталях в таблице 17.

Таблица 17

Ответы Т-клеток CD4⁺ и CD4⁺CD107a⁺ на слияние синтетического консенсусного MUC16 (pGX1435) Код препарата Группа Количество дозы % CD4⁺
±ст.откл. Значение р
% CD4⁺ % CD4⁺ CD107a⁺
±ст.откл. Значение р
% CD4⁺ CD107a⁺ pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 0,29 ± 0,23 н/д 0,08±0,04 н/д pGX1435 Иммунизированные 10 мкг 1,34 ± 0,45 <0,001 0,27±0,14 0,011 30 мкг 2,27 ± 1,38 0,020 0,32±0,37 0,297 50 мкг 3,12 ± 1,45 0,004 0,64±0,34 0,008 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001) Ответы Т-клеток CD4⁺ и CD4⁺CD107a⁺ на расщепление фурином синтетического консенсусного MUC16 (pGX1438) Код препарата Группа Количество дозы % CD4⁺
±ст.откл. Значение р
% CD4⁺ % CD4⁺ CD107a⁺
±ст.откл. Значение р
% CD4⁺ CD107a⁺ pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 0,29 ± 0,23 н/д 0,08±0,04 н/д pGX1438 Иммунизированные 10 мкг 3,12 ± 1,19 0,001 0,40±0,18 0,004 30 мкг 3,73 ± 1,48 0,001 0,54±0,36 0,029 50 мкг 4,06 ± 1,87 0,003 0,53±0,25 0,004 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001) Ответы Т-клеток CD4⁺ и CD4⁺CD107a⁺ на двойной промотор синтетического консенсусного MUC16 (pGX1439) Код препарата Группа Количество дозы % CD4⁺
±ст.откл. Значение р
% CD4⁺ % CD4⁺ CD107a⁺
±ст.откл. Значение р
% CD4⁺ CD107a⁺ pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 0,29 ± 0,23 н/д 0,08±0,04 н/д pGX1439 Иммунизированные 10 мкг 1,99 ± 0,99 0,007 0,26±0,18 0,069 30 мкг 2,71 ± 0,51 <0,001 0,36±0,18 0,008 50 мкг 3,25 ± 1,29 0,001 0,50±0,25 0,006 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001)

[00322] Частота антигенспецифических ответов Т-клеток CD8⁺, индуцированных полноразмерными конструкциями синтетического консенсусного MUC16 была повышена по сравнению с контролем (0,13% ± 0,15%) во всех дозовых группах для всех конструкций (ФИГ. 23A-23C). Конкретно, частота антигенспецифических ответов Т-клеток CD8⁺ во всех группах, иммунизированных 10 мкг (0,65% ± 0,28%, p=0,007), 30 мкг (0,82% ± 0,46%, p=0,022) и 50 мкг (1,60 ± 1,08%, p=0,034) pGXl435 была значительно более устойчивой по сравнению с неиммунизированными мышами. Ответы Т-клеток CD8⁺ на введение pGXl435 синтетического консенсусного MUC16 были дозозависимыми и состояли, в основном, из T-клеток CD8⁺, продуцирующих IFNγ⁺IL-2^-TNFα^- и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 23A).

[00323] Частота антигенспецифических ответов Т-клеток CD8⁺ в группах, иммунизированных 10 мкг (1,30% ± 0,79%, p=0,024), 30 мкг (1,33% ± 0,87%, p=0,034) и 50 мкг (1,36% ± 0,71%, р=0,010) pGXl438 также была значимо более устойчивой по сравнению с неиммунизированными мышами. Ответы Т-клеток CD8⁺ на введение pGXl438 синтетического консенсусного MUC16 были дозонезависимыми, с очень небольшой разницей между дозами, и состояли, в основном, из T-клеток CD8⁺, продуцирующих IFNγ⁺IL-2^-TNFα^- и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 23B).

[00324] Частота антигенспецифических ответов Т-клеток CD8⁺ в группах, иммунизированных 10 мкг (1,36% ± 0,62%, p=0,004), 30 мкг (2,07% ± 1,77%, p=0,089) и 50 мкг (1,19% ± 0,69%, p=0,020) pGXl439 также была значимо более устойчивой по сравнению с неиммунизированными мышами. Ответы Т-клеток CD8⁺ на введение pGXl439 синтетического консенсусного MUC16 были дозонезависимыми и состояли, в основном, из T-клеток CD8⁺, продуцирующих IFNγ⁺IL-2^-TNFα^- и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 23C). Частота антигенспецифических Т-клеток CD8⁺ далее представлена в деталях в таблице 18.

[00325] Подобно картине с антигенспецифическими Т-клетками CD8⁺, полноразмерные конструкции синтетического консенсусного MUC16 индуцировали значимое изменение в частоте Т-клеток CD8⁺CD107a⁺ во всех группах по сравнению с неиммунизированными мышами (0,05% ± 0,04%) за исключением pGXl439 при количестве дозы 30 мкг (ФИГ. 24A-24C). Конкретно, частота антигенспецифических Т-клеток CD8⁺CD107a⁺ составила 0,47 ± 0,23%, 0,59 ± 0,34% и 1,19 ± 0,90%, соответственно, в группах количества дозы pGXl435 10 мкг (p=0,005), 30 мкг (р=0,013) и 50 мкг (p=0,043) (ФИГ. 24A). Профиль цитокинов Т-клеток CD8⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl435 был схожим по группам количества дозы и состоял, в основном, из клеток IFNγ⁺IL-2^-TNFα^- и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 23А).

[00326] Частота антигенспецифических Т-клеток CD8⁺CD107a⁺ составила 0,80% ± 0,48%, 1,05% ± 0,77% и 1,05% ± 0,65%, соответственно, в группах количества дозы pGXl438 10 мкг (р=0,016), 30 мкг (p=0,039) и 50 мкг (р=0,016) (ФИГ. 23B). Профиль цитокинов Т-клеток CD8⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl438 был схожим по группам количества дозы и состоял, в основном, из клеток IFNγ⁺IL-2^-TNFα^- и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 24B).

[00327] Частота антигенспецифических Т-клеток CD8⁺CD107a⁺ составила 1,04% ± 0,65%, 1,68% ± 1,54% и 0,93% ± 0,68%, соответственно, в группах количества дозы pGXl439 10 мкг (р=0,018), 30 мкг (p=0,094) и 50 мкг (p=0,038) (ФИГ. 23C). Профиль цитокинов Т-клеток CD8⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl439 был схожим по группам количества дозы и состоял, в основном, из клеток IFNγ⁺IL-2^-TNFα^- и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 24C). Частота антигенспецифических Т-клеток CD8⁺ с цитолитическим потенциалом далее представлена в деталях в таблице 18.

Таблица 18

Ответы Т-клеток CD8⁺ и CD8⁺CD107a⁺ на слияние синтетического консенсусного MUC16 (pGX1435) Код препарата Группа Количество дозы % CD8⁺
±ст.откл. Значение р
% CD8⁺ % CD8⁺ CD107a⁺
±ст.откл. Значение р
% CD8⁺ CD107a⁺ pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 0,13 ± 0,15 н/д 0,05±0,04 н/д pGX1435 Иммунизированные 10 мкг 0,65 ± 0,28 0,007 0,47±0,23 0,005 30 мкг 0,82 ± 0,46 0,022 0,59±0,34 0,013 50 мкг 1,60 ± 1,08 0,034 1,19±0,90 0,043 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001) Ответы Т-клеток CD8⁺ и CD8⁺CD107a⁺ на расщепление фурином синтетического консенсусного MUC16 (pGX1438) Код препарата Группа Количество дозы % CD8⁺
±ст.откл. Значение р
% CD8⁺ % CD8⁺ CD107a⁺
±ст.откл. Значение р
% CD8⁺ CD107a⁺ pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 0,13 ± 0,15 н/д 0,05±0,04 н/д pGX1438 Иммунизированные 10 мкг 1,30 ± 0,79 0,024 0,80±0,48 0,016 30 мкг 1,33 ± 0,87 0,034 1,05±0,77 0,039 50 мкг 1,36 ± 0,71 0,010 1,05±0,65 0,016 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001) Ответы Т-клеток CD8⁺ и CD8⁺CD107a⁺ на двойной промотор синтетического консенсусного MUC16 (pGX1439) Код препарата Группа Количество дозы % CD8⁺
±ст.откл. Значение р
% CD8⁺ % CD8⁺ CD107a⁺
±ст.откл. Значение р
% CD8⁺ CD107a⁺ pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 0,13 ± 0,15 н/д 0,05±0,04 н/д pGX1439 Иммунизированные 10 мкг 1,36 ± 0,62 0,004 1,04±0,65 0,018 30 мкг 2,07 ± 1,77 0,089 1,68±1,54 0,094 50 мкг 1,19± 0,69 0,020 0,93±0,68 0,038 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001)

[00328] Конструкции частичной длины синтетического консенсусного MUC16 вызывали сильные ответы в компартменте Т-клеток CD4⁺ (ФИГ. 25A-25B и ФИГ. 26A-26B). Интенсивность Т-клеток CD4⁺ , специфическая по отношению к синтетическому консенсусному MUC16, вызванная конструкцией pGXl436, была дозонезависимой (ФИГ. 25 A). Конкретно, Т-клетки CD4⁺ при введении конструкции pGXl436 синтетического консенсусного MUC16 составили 1,74% ± 0,79%, 2,18% ± 1,15% и 1,32% ± 1,74% при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Количество Т-клеток CD4⁺ , при введении конструкции pGXl436 синтетического консенсусного MUC16 было значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами (0,17% ± 0,10%) при количествах дозы pGXl436 10 мкг (p=0,003) и 30 мкг (p=0,007), но не 50 мкг (p=0,359). Специфические ответы Т-клеток CD4⁺ , при введении конструкции pGXl436 синтетического консенсусного MUC16 состояли, в основном, из Т-клеток CD4⁺ , продуцирующих IFNγ⁺IL-2⁺TNFα⁺, IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ или IFNγ⁺IL-2^-TNFα^-. Частота антигенспецифических Т-клеток CD4⁺CD107a⁺ составила 0,45% ± 0,28%, 0,31% ± 0,26% и 0,23% ± 0,30%, соответственно, в группах количества дозы pGXl436 10 мкг (p=0,020), 30 мкг (p=0,080) и 50 мкг (p=0,369) (ФИГ. 25B). Профиль цитокинов Т-клеток CD4⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl436 был схожим по группам количества дозы и состоял, в основном, из клеток IFNγ⁺IL-2⁺TNFα⁺ и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 25B). Частота антигенспецифических Т-клеток CD4⁺ с цитолитическим потенциалом далее представлена в деталях в таблице 19.

[00329] Интенсивность Т-клеток CD4⁺ , специфическая по отношению к синтетическому консенсусному MUC16, вызванная конструкцией pGXl437, была дозозависимой (ФИГ. 26A). Конкретно, Т-клетки CD4⁺ при введении конструкции pGXl437 синтетического консенсусного MUC16 составили 0,56% ± 0,38%, 1,14% ± 0,36% и 1,87% ± 1,05% при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Количество Т-клеток CD4⁺ , при введении конструкции pGXl437 синтетического консенсусного MUC16 было значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами (0,21% ± 0,14%) при количествах дозы pGXl437 30 мкг (p<0,001) и 50 мкг (p=0,011), но не 10 мкг (p=0,063). Специфические ответы Т-клеток CD4⁺ , при введении конструкции pGXl437 синтетического консенсусного MUC16 состояли, в основном, из Т-клеток CD4⁺ , продуцирующих IFNγ⁺IL-2⁺TNFα⁺, IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ или IFNγ^-IL-2^-TNFα^-. Частота антигенспецифических Т-клеток CD4⁺CD107a⁺ составила 0,09% ± 0,09%, 0,21% ± 0,05% и 0,36% ± 0,21%, соответственно, в группах количества дозы pGXl437 10 мкг (p=0,335), 30 мкг (p<0,001) и 50 мкг (р=0,016) (ФИГ. 26B). Профиль цитокинов Т-клеток CD4⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl437 был схожим по группам количества дозы и состоял, в основном, из клеток IFNγ⁺IL-2⁺TNFα⁺ и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 26B). Частота антигенспецифических Т-клеток CD4⁺ с цитолитическим потенциалом далее представлена в деталях в таблице 19.

Таблица 19

Ответы Т-клеток CD4⁺ и CD4⁺CD107a⁺ на «Участок 1» синтетического консенсусного MUC16 (pGX1436) Код препарата Группа Количество дозы % CD4⁺
±ст.откл. Значение р
% CD4⁺ % CD4⁺ CD107a⁺
±ст.откл. Значение р
% CD4⁺ CD107a⁺ pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 0,17 ± 0,10 н/д 0,04±0,03 н/д pGX1436 Иммунизированные 10 мкг 1,74 ± 0,79 0,003 0,45±0,28 0,020 30 мкг 2,18 ± 1,15 0,007 0,31±0,26 0,080 50 мкг 1,32 ± 1,74 0,359 0,23±0,30 0,369 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001) Ответы Т-клеток CD4⁺ и CD4⁺CD107a⁺ на «Участок 2» синтетического консенсусного MUC16 (pGX1437) Код препарата Группа Количество дозы % CD4⁺
±ст.откл. Значение р
% CD4⁺ % CD4⁺ CD107a⁺
±ст.откл. Значение р
% CD4⁺ CD107a⁺ pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 0,21±0,14 н/д 0,02±0,02 н/д pGX1437 Иммунизированные 10 мкг 0,56 ± 0,38 0,063 0,09±0,09 0,335 30 мкг 1,14 ± 0,36 <0,001 0,21±0,05 <0,001 50 мкг 1.87 ± 1,05 0,011 0,36±0,21 0,016 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001)

[00330] Конструкции частичной длины синтетического консенсусного MUC16 вызывали сильные ответы в компартменте Т-клеток CD8⁺ (ФИГ. 27A-27B и ФИГ. 28A-28B). Интенсивность Т-клеток CD8⁺ , специфическая по отношению к синтетическому консенсусному MUC16, вызванная конструкцией pGXl436, была дозонезависимой (ФИГ. 27 A). Конкретно, Т-клетки CD8⁺ при введении конструкции pGXl436 синтетического консенсусного MUC16 составили 1,76% ± 0,73%, 2,17% ± 0,81% и 1,92% ± 2,13% при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Количество Т-клеток CD8⁺ , при введении конструкции pGXl436 синтетического консенсусного MUC16 было значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами (0,06% ± 0,08%) при количествах дозы pGXl436 10 мкг (p=0,002) и 30 мкг (p=0,001), но не 50 мкг (p=0,192). Специфические ответы Т-клеток CD8⁺ , при введении конструкции pGXl436 синтетического консенсусного MUC16 состояли, в основном, из Т-клеток CD8⁺, продуцирующих IFNγ⁺IL-2^-TNFα^- или IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺. Частота антигенспецифических Т-клеток CD8⁺CD107a⁺ составила 1,55% ± 0,64%, 1,86% ± 0,73% и 1,72% ± 1,95% соответственно, в группах количества дозы pGXl436 10 мкг (p=0,001), 30 мкг (p=0,001) и 50 мкг (p=0,193) (ФИГ. 26B). Профиль цитокинов Т-клеток CD8⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl436 был схожим по группам количества дозы и состоял, в основном, из клеток IFNγ⁺IL-2^-TNFα^- или IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 27B). В целом, ответы Т-клеток CD8⁺ на Участок 1, индуцированные pGXl435, значимо ниже по сравнению с pGXl436 (ФИГ. 29 A). Частота антигенспецифических Т-клеток CD8⁺ с цитолитическим потенциалом далее указана в деталях в таблице 20.

[00331] Интенсивность Т-клеток CD8⁺ , специфическая по отношению к синтетическому консенсусному MUC16, вызванная конструкцией pGXl437, была дозозависимой (ФИГ. 28A). Конкретно, Т-клетки CD8⁺ при введении конструкции pGXl437 синтетического консенсусного MUC16 составили 0,26% ± 0,14%, 0,77% ± 0,47% и 0,89% ± 0,37% при количествах дозы, соответственно, 10 мкг, 30 мкг и 50 мкг. Количество Т-клеток CD8⁺ , при введении конструкции pGXl437 синтетического консенсусного MUC16 было значимо выше по сравнению с неиммунизированными мышами (0,07% ± 0,07%) при количествах дозы pGXl437 30 мкг (p=0,025) и 50 мкг (p=0,001), но не 10 мкг (p=0,069). Специфические ответы Т-клеток CD8⁺ , при введении конструкции pGXl437 синтетического консенсусного MUC16 состояли, в основном, из Т-клеток CD8⁺, продуцирующих IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ или IFNγ⁺IL-2^-TNFα^-. Частота антигенспецифических Т-клеток CD8⁺CD107a⁺ составила 0,16% ± 0,10%, 0,58% ± 0,40% и 0,89% ± 0,37%, соответственно, в группах количества дозы pGXl437 10 мкг (p=0,022), 30 мкг (p=0,030) и 50 мкг (p=0,002) (Фигура 28B). Профиль цитокинов Т-клеток CD8⁺CD107a⁺ при введении конструкции pGXl437 был схожим по группам количества дозы и состоял, в основном, из клеток IFNγ⁺IL-2^-TNFα^- и IFNγ⁺IL-2^-TNFα⁺ (ФИГ. 28B). В целом, ответы Т-клеток CD8⁺ на Участок 2, индуцированные pGXl435 и pGXl438, значимо ниже по сравнению с pGXl437 (ФИГ. 29 В). Частота антигенспецифических Т-клеток CD8⁺ с цитолитическим потенциалом далее указана в деталях в таблице 20.

Таблица 20

Ответы Т-клеток CD8⁺ и CD8⁺CD107a⁺ на «Участок 1» синтетического консенсусного MUC16 (pGX1436) Код препарата Группа Количество дозы % CD8⁺
±ст.откл. Значение р
% CD8⁺ % CD8⁺ CD107a⁺
±ст.откл. Значение р
% CD8⁺ CD107a⁺ pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 0,06 ± 0,08 н/д 0,03±0,03 н/д pGX1436 Иммунизированные 10 мкг 1,76 ± 0,73 0,002 1,55±0,64 0,001 30 мкг 2,17 ± 0,81 0,001 1,86±0,73 0,001 50 мкг 1,92 ± 2,13 0,192 1,72±1,95 0,193 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001) Ответы Т-клеток CD8⁺ и CD8⁺CD107a⁺ на «Участок 2» синтетического консенсусного MUC16 (pGX1437) Код препарата Группа Количество дозы % CD8⁺
±ст.откл. Значение р
% CD8⁺ % CD8⁺CD107a⁺
±ст.откл. Значение р
% CD8⁺ CD107a⁺ pGX0001 Неиммунизированные 30 мкг 0,07 ± 0,07 н/д 0,03±0,02 н/д pGX1437 Иммунизированные 10 мкг 0,26 ± 0,14 0,069 0,16±0,10 0,022 30 мкг 0,77 ± 0,47 0,025 0,58±0,40 0,030 50 мкг 0,89 ± 0,37 0,001 0,89±0,37 0,002 Статистическая значимость присваивалась при р≤0,05. Указаны значения р по отношению к неиммунизированным мышам (иммунизированным при помощи pGX0001)

Статистический анализ

[00332] Статистический анализ был выполнен с использованием IBM SPSS Statistics 22 (IBM Corporation). Анализ различий между группами был выполнен с использованием ANOVA с использованием апостериорного теста Тьюки Honest Significant Difference (HSD) для того, чтобы скорректировать множественные сравнения. Однородность дисперсии была подтверждена с использованием F-статистики перед множественными сравнениями. Для всего статистического анализа значение р 0,050 считалось значимым.

Вывод

[00333] В целом, полноразмерные конструкции pGXl438 (расщепление фурином) и pGXl439 (двойной промотор) MUC16 вызывали более устойчивые иммунные ответы по сравнению с pGXl435 (слияние) (ФИГ. 30A-C). По сравнению с pGXl435, pGXl438 индуцировал значимо более устойчивые ответы по данным IFNγ в ELISpot при количествах дозы 10 мкг и 30 мкг. Также в компартменте Т-клеток CD4⁺ pGXl438 вызывал значимо более устойчивые иммунные ответы по сравнению с pGXl435 при количестве дозы 10 мкг. Не было отмечено других значимых различий в интенсивности ответа, индуцированного тремя полноразмерными конструкциями MUC16, однако существовала тенденция в пользу более устойчивых ответов Т-клеток CD8⁺, индуцированных pGXl438 и pGXl439.

[00334] Помимо этого, pGXl438 и pGXl439 индуцировали ответы на Участок 1, эквивалентные pGXl436, и индуцировали ответы на Участок 2, эквивалентные pGXl437 по данным определения IFNγ в ELISpot компартмента Т-клеток CD4⁺. Ответы, эквивалентные pGXl437 в компартменте Т-клеток CD8⁺ были индуцированы только pGXl439.

[00335] Понятно, что вышеприведенное подробное описание и сопровождающие примеры являются просто иллюстративными и не должны рассматриваться как ограничения объема изобретения, который определяется исключительно прилагаемой формулой изобретения и ее эквивалентами.

[00336] Различные изменения и модификации раскрытых вариантов воплощения будут очевидны для специалистов в данной области техники. Такие изменения и модификации к раскрытым вариантам воплощения, включая без ограничения изменения, относящиеся к химическим структурам, заместителям, производным, промежуточным соединениям, синтезам, композициям, составам или способам применения изобретения, могут быть сделаны без отклонения от его сущности и объема.

Таблица 21: Кодирующая последовательность ДНК IRC+R59 синтетического консенсусного MUC16

SEQ
ID
NO. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ 1 atggactgga cctggattct gttcctggtg gcagcagcaa cccgcgtgca ctccacagca gcaggacctc tgctggtgcc attcaccctg aactttacca tcacaaatct gcagtacgag gaggatatgc accacccagg cagcagaaag ttcaacacca cagagagggt gctgcagggc ctgctgggac caatgtttaa gaataccagc gtgggcctgc tgtattccgg atgcaggctg acactgctgc gctccgagaa ggacggagca gcaaccggcg tggatgccat ctgtacacac aggctggacc ccaagagccc tggcctggat cgggagcagc tgtactggga gctgtcccag ctgaccaacg gcatcaagga gctgggcccc tacacactgg accgcaacag cctgtatgtg aatggcttta cccaccggag ctccgtgcca aataccagca cacccggcac ctccacagtg gatctgggca cctccggcac accatctagc ctgccttctc caaccgcagc aggaccactg ctggtgcctt tcacactgaa ctttaccatt accaatctgc agtatgaaga ggacatgagg catcctggca gcagaaagtt caacacgaca gagagagtgc tgcaaggcct gctgaagcca ctgtttaaga atacctctgt gggccccctg tatagtggct gtagactgac actgctgcgc cccgaaaaag atggcgccgc cactggagtc gacgccatct gtacacacag actggacccc aagtctcccg gcctgaacag agaacagctg tattgggaac tgagcaagct gaccaatggc atcacagagc tgggccctta caccctggac agaaactctc tgtatgtgaa tggcttcacc cacaggacat ctgtgcctac cacaagcacc ccaggcacct ccaccgtcga tctgggcacc agcggcacac cttttagcct gccatcccct accaccgccg gaccactgct ggtgcccttc accctgaact ttaccataac caatctgcag tatgaggagg acatgcaccg gcccggcagc agaaagttca acactacaga gagagtgctg cagggcctgt tatcccctat ctttaagaat tcctctgtgg gcccactgta cagcggatgc aggctgacct ctctgcggcc cgaaaaagac ggagcagcaa caggaatgga tgccgtgtgc ctgtaccacc caaaccccaa gaggccaggc ctggatcgcg agcagctgta ttgggagctg agccagctga cccacaatat cacagagctg ggcccctact ctctggacag ggatagcctg tatgtgaacg gcttcaccca ccagaattccgtgcccacca catctacacc tggcaccagc acagtgtact gggccaccac aggcacccct agctcctttc caggacacac agcacctgga ccactgctga tcccattcac cctgaacttt accattacaa atctgcacta tgaggagaac atgcagcacc ccggcagccg caagttcaat accacagagc gggtgctgca aggcctgctg aagccgctgt ttaagaacac cagcgtggga cctctgtact ctggctgtcg cctgacactg ctgcggcccg agaagcatgg cgcagcaacc ggcgtggacg ctatttgcac ccacagactg gaccctaagg gcccaggcct ggatagggag cgcctgtatt gggaactgtc tcagctgacc aattctatca cagagctggg accatacacc ctggacaggg attctctgta cgtgaacggc ttcaatccac ggtctagcgt gcccaccaca agcacccctg gcacctccac agtgcacctg gccacctctg gcacaccctc ctctctgcct ggacacaccg caagccccct gctggtgctg ttcacaatca actttaccat tactaatctg agatacgagg agaacatgca ccaccctggc tccagaaagt tcaatactac cgaaagggtg ctgcaaggcc tgctgcgccc agtgtttaag aacacttccg tgggccccct gtatagcggc tgtaggctga cactgctgcg ccccaagaag gatggcgcag caaccaaggt cgacgctatc tgtacataca ggcccgaccc taaatcccca ggcctggacc gggagcagct gtattgggag ctgtctcagc tgacccactc cattaccgaa ctgggaccct acaccctgga cagagattcc ctgtacgtga atggcttcac acagaggagc tccgtgccta ccacatccat cccaggaacc cctacagtgg acctgggcac ctccggaacc ccagtgtcta agccaggacc atctgccgca agccacctgc tgatcctgtt caccctgaac tttaccataa cgaatctgcg gtacgaggag aacatgtggc caggctcccg gaagttcaat actaccgaga gagtgctgca aggcctgctg aggcctctgt ttaagaacac tagcgtgggc ccactgtatt ccggctctcg gctgaccctg ctgcggcccg aaaaagatgg agaggccaca ggcgtggatg ccatctgcac ccacagacct gacccaacag gacctggcct ggacagggag cagctgtacc tggagctgtc acagctgact cactccatta ccgagctggg cccctatact ctggatagag actccctgta cgtcaacggc ttcacccacc ggtctagcgt gccaaccaca tctacaggcg tggtgagcga ggaacccttc accctgaact tcaccatcaa caatctgagg tacatggcag acatgggaca gccaggctct ctgaagttca acatcaccga taatgtgatg aagcacctgc tgagccctct gtttcagcgg agcagcctgg gagcaaggta caccggatgc cgcgtgatcg ccctgcggtc cgtgaagaac ggagcagaga cacgggtgga cctgctgtgc acatatctgc agcctctgag cggaccaggc ctgcccatca agcaggtgtt ccacgagctg tctcagcaga cccacggaat cacaaggctg ggaccctact ccctggacaa ggattctctg tacctgaacg gctataatga gcctggcctg gacgagcccc ctaccacacc caagcctgcc accacatttc tgccacccct gagcgaggca accacagcaa tgggatacca cctgaagacc ctgacactga acttcaccat cagcaatctg cagtattccc ccgatatggg caagggctct gccaccttta acagcacaga gggcgtgctg cagcacctgc tgcggcccct gttccagaag agctccatgg gcccttttta cctgggctgc cagctgatct ccctgaggcc tgaaaaagat ggagcagcaa ccggagtgga taccacatgt acataccacc cagaccccgt gggaccaggc ctggatatcc agcagctgta ctgggaactg tcccagctga ctcacggcgt gacacagctg ggcttctacg tgctggaccg cgattccctg tttatcaacg gctacgcccc tcagaatctg tctatccggg gcgagtatca gatcaacttc cacatcgtga actggaatct gagcaatcct gacccaacct ctagcgagta catcgccctg ctgcgcgaca tccaggataa ggtgaccaca ctgtataagg gctcccagct gcacgacacc ttccggtttt gcctggtgac caacctgaca atggattcta tgctggtgac agtgaaggcc ctgttctcct ctaacctgga ccccagcctg gtggagcagg tgtttctgga taagaccctg aatgccagct cccactggct gggctccacc taccagctgg tggacatcca cgtgacagag atggagccaa gcgtgtacca gcccacctct agctcctcta cacagcactt ctacctgaac tttaccataa ctaatctgcc ctatagccag gatatcgccc agcctggcac cacaaactac cagcggaaca agagaaatat cgaggacgcc ctgaaccagc tgttcagaaa tagctccatc aagtcctatt tctctgattg ccaggtgagc acctttaggt ccgtgcctaa ttctcaccac acaggcgtgg actccctgtg cgccttttct ccactggcaa ggagagtgga tagggtggca atctacgagg agttcctgag gatgacccgc gccggaacac agctgcaggc ctttaccctg gacagatcta gcgtgctggt ggatggctat agccctaaca ggaatgagcc actgaccggc aactccgacc tgcccttctg ggccatcatc ctgatctgtc tggcaggcct gctgggcctg atcacctgcc tgatctgtgg ctttctggtg tgataa

Таблица 22: Последовательность белка IRC+R59 синтетического консенсусного MUC 16

SEQ
ID
NO. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ 2 MDWTWILFLVAAATRVHSTAAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMHHPGSRKFNTTERVLQGLLGPMFKNTSVGLLYSGCRLTLLRSEKDGAATGVDAICTHRLDPKSPGLDREQLYWELSQLTNGIKELGPYTLDRNSLYVNGFTHRSSVPNTSTPGTSTVDLGTSGTPSSLPSPTAAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMRHPGSRKFNTTERVLQGLLKPLFKNTSVGPLYSGCRLTLLRPEKDGAATGVDAICTHRLDPKSPGLNREQLYWELSKLTNGITELGPYTLDRNSLYVNGFTHRTSVPTTSTPGTSTVDLGTSGTPFSLPSPTTAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMHRPGSRKFNTTERVLQGLLSPIFKNSSVGPLYSGCRLTSLRPEKDGAATGMDAVCLYHPNPKRPGLDREQLYWELSQLTHNITELGPYSLDRDSLYVNGFTHQNSVPTTSTPGTSTVYWATTGTPSSFPGHTAPGPLLIPFTLNFTITNLHYEENMQHPGSRKFNTTERVLQGLLKPLFKNTSVGPLYSGCRLTLLRPEKHGAATGVDAICTHRLDPKGPGLDRERLYWELSQLTNSITELGPYTLDRDSLYVNGFNPRSSVPTTSTPGTSTVHLATSGTPSSLPGHTASPLLVLFTINFTITNLRYEENMHHPGSRKFNTTERVLQGLLRPVFKNTSVGPLYSGCRLTLLRPKKDGAATKVDAICTYRPDPKSPGLDREQLYWELSQLTHSITELGPYTLDRDSLYVNGFTQRSSVPTTSIPGTPTVDLGTSGTPVSKPGPSAASHLLILFTLNFTITNLRYEENMWPGSRKFNTTERVLQGLLRPLFKNTSVGPLYSGSRLTLLRPEKDGEATGVDAICTHRPDPTGPGLDREQLYLELSQLTHSITELGPYTLDRDSLYVNGFTHRSSVPTTSTGVVSEEPFTLNFTINNLRYMADMGQPGSLKFNITDNVMKHLLSPLFQRSSLGARYTGCRVIALRSVKNGAETRVDLLCTYLQPLSGPGLPIKQVFHELSQQTHGITRLGPYSLDKDSLYLNGYNEPGLDEPPTTPKPATTFLPPLSEATTAMGYHLKTLTLNFTISNLQYSPDMGKGSATFNSTEGVLQHLLRPLFQKSSMGPFYLGCQLISLRPEKDGAATGVDTTCTYHPDPVGPGLDIQQLYWELSQLTHGVTQLGFYVLDRDSLFINGYAPQNLSIRGEYQINFHIVNWNLSNPDPTSSEYIALLRDIQDKVTTLYKGSQLHDTFRFCLVTNLTMDSMLVTVKALFSSNLDPSLVEQVFLDKTLNASSHWLGSTYQLVDIHVTEMEPSVYQPTSSSSTQHFYLNFTITNLPYSQDIAQPGTTNYQRNKRNIEDALNQLFRNSSIKSYFSDCQVSTFRSVPNSHHTGVDSLCAFSPLARRVDRVAIYEEFLRMTRAGTQLQAFTLDRSSVLVDGYSPNRNEPLTGNSDLPFWAIILICLAG LLGLITCLICGFLV

Таблица 23: Кодирующая последовательность ДНК RMC синтетического консенсусного MUC16

SEQ
ID
NO. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ 3 atggattgga cttggattct gttcctggtc gccgccgcaa ctcgggtgca ttctactgct gctgggccac tgctggtgcc ttttacactg aacttcacca tcacaaatct gcagtacgag gaggacatgc accaccctgg ctctcggaag ttcaacacca cagagagagt gctgcagggc ctgctgggcc caatgtttaa gaataccagc gtgggcctgc tgtattccgg atgccggctg acactgctga gatccgagaa ggacggagca gcaaccggag tggatgccat ctgtacacac aggctggacc caaagtcccc aggcctggat agagagcagc tgtactggga gctgtctcag ctgaccaacg gcatcaagga gctgggcccc tacacactgg accggaacag cctgtatgtg aatggcttta cccacagaag ctccgtgcca aataccagca cacccggcac ctccacagtg gatctgggca cctctggcac accttctagc ctgccaagcc ctaccgcagc aggaccactg ctggtgccct tcacactgaa ctttaccatt accaatctgc agtatgaaga ggacatgagg cacccaggct cccgcaagtt caacactacc gagcgggtgc tgcaaggcct gctgaagcct ctgtttaaga atacctctgt gggcccactg tatagtggct gccggctgac actgctgcgg cccgaaaaag acggagcagc aaccggcgtg gatgctattt gcacccacag gctggacccc aagagcccag gcctgaaccg cgaacagctg tattgggagc tgtccaagct gaccaatggc atcacagagc tgggccccta caccctggac agaaattccc tgtacgtgaa tggcttcacc caccgcacat ctgtgcctac cacaagcacc ccaggcacct ccacagtgga tctgggcacc tccggcacac ccttttccct gccatctcca accacagcag gacctctgct ggtgccattc accctgaact ttaccattac taatctgcag tatgaagaag acatgcacag gcctggctct cgcaagttca acactactga gagggtgctg cagggcctgt taagcccaat ctttaagaat tcctctgtgg gccctctgta ttccggatgc aggctgacct ctctgcgccc agaaaaagat ggagcagcaa caggaatgga tgccgtgtgc ctgtaccacc ctaacccaaa gcggcccggc ctggacaggg agcagctgta ttgggaactg agccagctga cccacaatat cacagagctg ggcccttact ctctggaccg cgatagcctg tatgtgaacg gcttcaccca ccagaattcc gtgcccacca catctacacc tggcaccagc acagtgtact gggccaccac aggcaccccc agctcctttc ctggacacac agcaccagga cctctgctga tccccttcac cctgaacttt accataacaa atctgcacta tgaggagaac atgcagcacc ctggcagcag gaagttcaat accacagagc gcgtgctgca aggcctgctg aagccgctgt ttaagaacac cagcgtggga ccactgtaca gcggctgcag gctgaccctg ctgcgccctg agaagcatgg cgccgccacc ggcgtggatg ctatctgcac acatagactg gaccccaagg gacctggcct ggatagggag agactgtact gggaactgtc ccagctgacc aactcaatta cagagctggg cccatacacc ctggaccggg attctctgta cgtgaacggc ttcaatccaa gatctagcgt ccctaccaca tctacccctg ggacaagtac cgtgcatctg gctacaagcg gaactccttc aagtctgcct ggacactgat

Таблица 24: Последовательность белка RMC синтетического консенсусного MUC16

SEQ
ID
NO. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ 4 MDWTWILFLVAAATRVHSTAAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMHHPGSRKFNTTERVLQGLLGPMFKNTSVGLLYSGCRLTLLRSEKDGAATGVDAICTHRLDPKSPGLDREQLYWELSQLTNGIKELGPYTLDRNSLYVNGFTHRSSVPNTSTPGTSTVDLGTSGTPSSLPSPTAAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMRHPGSRKFNTTERVLQGLLKPLFKNTSVGPLYSGCRLTLLRPEKDGAATGVDAICTHRLDPKSPGLNREQLYWELSKLTNGITELGPYTLDRNSLYVNGFTHRTSVPTTSTPGTSTVDLGTSGTPFSLPSPTTAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMHRPGSRKFNTTERVLQGLLSPIFKNSSVGPLYSGCRLTSLRPEKDGAATGMDAVCLYHPNPKRPGLDREQLYWELSQLTHNITELGPYSLDRDSLYVNGFTHQNSVPTTSTPGTSTVYWATTGTPSSFPGHTAPGPLLIPFTLNFTITNLHYEENMQHPGSRKFNTTERVLQGLLKPLFKNTSVGPLYSGCRLTLLRPEKHGAATGVDAICTHRLDPKGPGLDRERLYWELSQLTNSITELGPYTLDRDSLYVNGFNPRSSVPTTSTPGTSTVHLATSGTPSSLPGH

Таблица 25: Кодирующая последовательность ДНК NRC синтетического консенсусного MUC16

SEQ
ID
NO. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ 5 atggactgga cttggattct gttcctggtc gctgccgcca cccgcgtgca tagtgccgca tctcacctgc tgattctgtt caccctgaac ttcaccatca caaatctgcg gtacgaggag aacatgtggc caggcagccg caagttcaat accacagagc gggtgctgca gggcctgctg cggcccctgt ttaagaacac ctccgtgggc cccctgtatt ctggcagcag gctgaccctg ctgcgcccag agaaggacgg agaggcaaca ggcgtggatg ccatctgcac ccacaggcct gacccaacag gaccaggcct ggatagggag cagctgtacc tggagctgag ccagctgacc cactccatca cagagctggg accatacacc ctggacaggg attccctgta tgtgaacggc tttacccaca gaagctccgt gcccaccaca tctacaggcg tggtgagcga ggagcccttc accctgaact tcaccatcaa caatctgagg tacatggcag acatgggaca gccaggcagc ctgaagttca acatcaccga taatgtgatg aagcacctgc tgtcccctct gtttcagcgg tctagcctgg gagcaaggta caccggctgc agagtgatcg ccctgaggtc cgtgaagaac ggagcagaga cacgggtgga cctgctgtgc acatatctgc agcctctgag cggaccaggc ctgcctatca agcaggtgtt ccacgagctg tctcagcaga cccacggaat cacacgcctg ggaccttact ccctggacaa ggattctctg tacctgaacg gctataatga gccaggcctg gacgagcccc ctaccacacc caagcctgcc accacatttc tgccacccct gagcgaggca accacagcaa tgggatacca cctgaagacc ctgacactga acttcaccat cagcaatctg cagtattccc ccgatatggg caagggctct gccaccttta atagcacaga gggcgtgctg cagcacctgc tgaggcctct gttccagaag tcctctatgg gccccttcta cctgggatgc cagctgatct ccctgcgccc tgagaaggac ggagcagcaa ccggagtgga taccacatgt acataccacc cagaccccgt gggaccaggc ctggatatcc agcagctgta ttgggaactg tcccagctga cccacggcgt gacacagctg ggcttctatg tgctggaccg ggattctctg tttatcaacg gctacgcccc tcagaatctg agcatcagag gcgagtatca gatcaacttc cacatcgtga actggaatct gtctaatcct gatccaacca gctccgagta catcgccctg ctgcgggaca tccaggataa ggtgaccaca ctgtataagg gcagccagct gcacgacacc ttcagatttt gtctggtgac caacctgaca atggattcca tgctggtgac agtgaaggcc ctgttctcta gcaacctgga cccttctctg gtggagcagg tgtttctgga taagaccctg aatgcctcct ctcactggct gggctctacc taccagctgg tggacatcca cgtgacagag atggagccaa gcgtgtatca gcccaccagc tcctctagca cacagcactt ctacctgaac tttaccatca caaatctgcc ctatagccag gatatcgccc agcctggcac cacaaactac cagaggaaca agcgcaatat cgaggacgcc ctgaaccagc tgttcaggaa ttcctctatc aagtcctatt tctctgattg ccaggtgagc acctttcgct ccgtgccaaa ttctcaccac acaggcgtgg actccctgtg cgccttttct cccctggcac ggagagtgga tagggtggca atctacgagg agttcctgcg gatgaccaga gccggcacac agctgcaggc ctttaccctg gacaggagct ccgtgctggt ggatggctat agccctaacc gcaatgagcc actgacaggc aattccgacc tgcccttctg ggccatcatc ctgatttgcc tggctggact gctggggctg attacctgtc tgatttgtgg gttcctggtg tgataa

Таблица 26: Последовательность белка NRC синтетического консенсусного MUC 16

SEQ
ID
NO. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ 6 MDWTWILFLVAAATRVHSTAAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMHHPGSRKFNTTERVLQGLLGPMFKNTSVGLLYSGCRLTLLRSEKDGAATGVDAICTHRLDPKSPGLDREQLYWELSQLTNGIKELGPYTLDRNSLYVNGFTHRSSVPNTSTPGTSTVDLGTSGTPSSLPSPTAAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMRHPGSRKFNTTERVLQGLLKPLFKNTSVGPLYSGCRLTLLRPEKDGAATGVDAICTHRLDPKSPGLNREQLYWELSKLTNGITELGPYTLDRNSLYVNGFTHRTSVPTTSTPGTSTVDLGTSGTPFSLPSPTTAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMHRPGSRKFNTTERVLQGLLSPIFKNSSVGPLYSGCRLTSLRPEKDGAATGMDAVCLYHPNPKRPGLDREQLYWELSQLTHNITELGPYSLDRDSLYVNGFTHQNSVPTTSTPGTSTVYWATTGTPSSFPGHTAPGPLLIPFTLNFTITNLHYEENMQHPGSRKFNTTERVLQGLLKPLFKNTSVGPLYSGCRLTLLRPEKHGAATGVDAICTHRLDPKGPGLDRERLYWELSQLTNSITELGPYTLDRDSLYVNGFNPRSSVPTTSTPGTSTVHLATSGTPSSLPGH

Таблица 27: Кодирующая последовательность ДНК IRC синтетического консенсусного MUC16

SEQ
ID
NO. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ 7 atggactgga cctggattct gttcctggtg gcagcagcaa ccagggtgca ctccacagca gcaggacctc tgctggtgcc attcaccctg aactttacca tcacaaatct gcagtacgag gaggatatgc accaccccgg cagccgcaag ttcaacacca cagagcgggt gctgcagggc ctgctgggac ctatgtttaa gaataccagc gtgggcctgc tgtattccgg atgcaggctg acactgctgc gctccgagaa ggacggagca gcaaccggcg tggatgccat ctgtacacac aggctggacc caaagtctcc cggcctggat cgcgagcagc tgtactggga gctgagccag ctgaccaacg gcatcaagga gctgggcccc tacacactgg accggaacag cctgtatgtg aatggcttca cccacagaag ctccgtgcca aatacctcca cacccggcac ctctacagtg gatctgggca cctctggcac accctctagc ctgcctagcc caaccgcagc aggaccactg ctggtgcctt tcacactgaa ctttaccatt accaatctgc agtatgaaga ggacatgcgg caccctggca gcagaaagtt caacactacc gagcgcgtgc tgcaaggcct gctgaagcca ctgtttaaga atacctctgt gggccccctg tatagtggct gtagactgac actgctgcgc cctgaaaaag atggcgccgc cactggagtc gacgctattt gcacccacag gctggacccc aagtccccag gcctgaacag agaacagctg tattgggagc tgtctaagct gaccaatggc atcacagagc tgggcccata caccctggac aggaactctc tgtacgtcaa tggcttcacc caccgcacaa gcgtgcctac cacatccacc ccaggcacct ctaccgtcga tctgggcacc agcggcacac cattttccct gccatctcct accaccgccg gaccactgct ggtgcccttc accctgaact ttaccataac caatctgcag tatgaggagg acatgcaccg gcccggctct agaaagttca acactactga acgggtgctg caaggcctgt taagccctat ctttaagaat tcctctgtgg gcccactgta cagcggatgc aggctgacct ctctgcggcc cgaaaaagac ggagcagcaa caggaatgga tgccgtgtgc ctgtaccacc caaaccccaa gaggcctggc ctggacagag agcagctgta ttgggaactg tcccagctga cccacaatat cacagagctg ggcccctaca gcctggacag agattccctg tatgtgaacg gcttcaccca ccagaattct gtgcccacca caagcacacc tggcacctcc acagtgtact gggccaccac aggcacccct agctcctttc caggacacac agcacctgga ccactgctga tccctttcac cctgaacttt accattacaa atctgcacta tgaggagaac atgcagcacc caggcagcag aaagttcaat accacagaga gggtgctgca aggcctgctg aagccgctgt ttaagaacac cagcgtggga cctctgtact ctggctgtcg cctgacactg ctgcggcccg agaagcatgg cgcagcaacc ggcgtggacg ctatttgcac tcatagactg gaccccaagg gacctggcct ggatagggag agactgtact gggaactgtc tcagctgacc aattccatta cagagctggg cccttacacc ctggaccggg acagcctgta cgtcaacggc ttcaatccaa gatctagcgt gcccaccaca tccacccctg gcacctctac agtgcacctg gccaccagcg gaacaccctc ctctctgcct ggacacaggg gaaggaagcg gagaagcgcc gcatcccacc tgctgatcct gttcaccctg aactttacca taacgaatct gagatacgag gagaacatgt ggcctggctc ccgcaagttc aatactaccg aacgggtgct gcagggcctg ctgcggcccc tgtttaagaa cacttccgtg ggccccctgt attctggcag caggctgacc ctgctgcgcc cagagaagga cggagaggca acaggcgtgg atgccatctg cacccacagg cccgacccta caggaccagg cctggatagg gagcagctgt acctggagct gtcccagctg actcactcaa ttaccgaact gggaccttac accctggaca gggatagtct gtacgtgaat ggcttcaccc atcgcagctc cgtgccaacc acatctacag gcgtggtgag cgaggaaccc ttcaccctga acttcaccat caacaatctg aggtacatgg ccgacatggg ccagccaggc tccctgaagt tcaacatcac cgataatgtg atgaagcacc tgctgtctcc cctgtttcag aggtctagcc tgggagcaag gtacaccgga tgcagagtga tcgccctgag gtccgtgaag aacggagcag agacacgggt ggacctgctg tgcacatatc tgcagcctct gagcggacca ggcctgccca tcaagcaggt gttccacgag ctgtcccagc agacccacgg aatcacaagg ctgggacctt actccctgga caaggattct ctgtacctga acggctataa tgagccaggc ctggacgagc cccctaccac accaaagccc gccaccacat ttctgccacc cctgagcgag gcaaccacag caatgggata ccacctgaag accctgacac tgaacttcac catcagcaat ctgcagtatt cccccgatat gggcaagggc tctgccacct ttaacagcac agagggcgtg ctgcagcacc tgctgcggcc tctgttccag aagtcctcta tgggcccctt ctacctggga tgccagctga tctccctgcg gcccgaaaag gatggagcag caaccggagt ggataccaca tgtacatacc accctgaccc agtgggacca ggcctggata tccagcaatt atattgggaa ctgagtcagc tgacccacgg cgtgacacag ctgggcttct atgtgctgga cagggatagc ctgtttatca acggctacgc cccacagaat ctgtccatcc gcggcgagta tcagatcaac ttccacatcg tgaactggaa tctgagcaat cccgacccta ccagctccga gtacatcgcc ctgctgaggg acatccagga taaggtgacc acactgtata agggctccca gctgcacgac accttccgct tttgcctggt gaccaacctg acaatggatt ctatgctggt gacagtgaag gccctgttct ctagcaacct ggaccccagc ctggtggagc aggtgtttct ggataagacc ctgaatgcct cctctcactg gctgggcagc acctaccagc tggtggacat ccacgtgaca gagatggagc catccgtgta tcagcccacc agctcctcta gcacacagca cttctacctg aactttacca taactaatct gccctatagc caggatatcg cccagcctgg caccacaaac taccagcgga acaagagaaa tatcgaggac gccctgaacc agctgttccg gaattcctct atcaagtctt atttcagcga ttgccaggtg tccaccttta gatctgtgcc aaatagccac cacacaggcg tggactccct gtgcgccttt tctcccctgg caaggagggt ggatagggtg gcaatctacg aggagttcct gaggatgacc cgcgccggaa cacagctgca ggcctttacc ctggaccgga gctccgtgct ggtggatggc tattccccta acagaaatga gccactgaca ggcaactctg acctgccctt ctgggccatc atcctgatct gtctggcagg cctgctgggc ctgatcacct gcctgatctg tggctttctg gtgtgataa

Таблица 28: Последовательность белка IRC синтетического консенсусного MUC16

SEQ
ID
NO. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ 8 MDWTWILFLVAAATRVHSTAAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMHHPGSRKFNTTERVLQGLLGPMFKNTSVGLLYSGCRLTLLRSEKDGAATGVDAICTHRLDPKSPGLDREQLYWELSQLTNGIKELGPYTLDRNSLYVNGFTHRSSVPNTSTPGTSTVDLGTSGTPSSLPSPTAAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMRHPGSRKFNTTERVLQGLLKPLFKNTSVGPLYSGCRLTLLRPEKDGAATGVDAICTHRLDPKSPGLNREQLYWELSKLTNGITELGPYTLDRNSLYVNGFTHRTSVPTTSTPGTSTVDLGTSGTPFSLPSPTTAGPLLVPFTLNFTITNLQYEEDMHRPGSRKFNTTERVLQGLLSPIFKNSSVGPLYSGCRLTSLRPEKDGAATGMDAVCLYHPNPKRPGLDREQLYWELSQLTHNITELGPYSLDRDSLYVNGFTHQNSVPTTSTPGTSTVYWATTGTPSSFPGHTAPGPLLIPFTLNFTITNLHYEENMQHPGSRKFNTTERVLQGLLKPLFKNTSVGPLYSGCRLTLLRPEKHGAATGVDAICTHRLDPKGPGLDRERLYWELSQLTNSITELGPYTLDRDSLYVNGFNPRSSVPTTSTPGTSTVHLATSGTPSSLPGHRGRKRRSAASHLLILFTLNFTITNLRYEENMWPGSRKFNTTERVLQGLLRPLFKNTSVGPLYSGSRLTLLRPEKDGEATGVDAICTHRPDPTGPGLDREQLYLELSQLTHSITELGPYTLDRDSLYVNGFTHRSSVPTTSTGVVSEEPFTLNFTINNLRYMADMGQPGSLKFNITDNVMKHLLSPLFQRSSLGARYTGCRVIALRSVKNGAETRVDLLCTYLQPLSGPGLPIKQVFHELSQQTHGITRLGPYSLDKDSLYLNGYNEPGLDEPPTTPKPATTFLPPLSEATTAMGYHLKTLTLNFTISNLQYSPDMGKGSATFNSTEGVLQHLLRPLFQKSSMGPFYLGCQLISLRPEKDGAATGVDTTCTYHPDPVGPGLDIQQLYWELSQLTHGVTQLGFYVLDRDSLFINGYAPQNLSIRGEYQINFHIVNWNLSNPDPTSSEYIALLRDIQDKVTTLYKGSQLHDTFRFCLVTNLTMDSMLVTVKALFSSNLDPSLVEQVFLDKTLNASSHWLGSTYQLVDIHVTEMEPSVYQPTSSSSTQHFYLNFTITNLPYSQDIAQPGTTNYQRNKRNIEDALNQLFRNSSIKSYFSDCQVSTFRSVPNSHHTGVDSLCAFSPLARRVDRVAIYEEFLRMTRAGTQLQAFTLDRSSVLVDGYSPNRNEPLTGNSDLPFWAIILICLAGLLGLITCLICGFLV

--->

ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> INOVIO PHARMACEUTICALS, INC

YAN, Jian

SLAGER, Anna

GARMAN, Bradley

COOCH, Neil

<120> ПРОТИВОРАКОВЫЕ ВАКЦИНЫ, НАПРАВЛЕННЫЕ НА MUC16, И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

<130> I1005 US PRO

<160> 8

<170> Патентная версия 3.5

<210> 1

<211> 4476

<212> ДНК

<213> искусственная последовательность

<220>

<223> Микросенсусный повтор MUC16 + повторы 59, 61, 62, 63

+ синтетический концевой усеченный карбокси-концевой

домен аминокислотной последовательности, кодирующей белок pGX1435

<400> 1

atggactgga cctggattct gttcctggtg gcagcagcaa cccgcgtgca ctccacagca 60

gcaggacctc tgctggtgcc attcaccctg aactttacca tcacaaatct gcagtacgag 120

gaggatatgc accacccagg cagcagaaag ttcaacacca cagagagggt gctgcagggc 180

ctgctgggac caatgtttaa gaataccagc gtgggcctgc tgtattccgg atgcaggctg 240

acactgctgc gctccgagaa ggacggagca gcaaccggcg tggatgccat ctgtacacac 300

aggctggacc ccaagagccc tggcctggat cgggagcagc tgtactggga gctgtcccag 360

ctgaccaacg gcatcaagga gctgggcccc tacacactgg accgcaacag cctgtatgtg 420

aatggcttta cccaccggag ctccgtgcca aataccagca cacccggcac ctccacagtg 480

gatctgggca cctccggcac accatctagc ctgccttctc caaccgcagc aggaccactg 540

ctggtgcctt tcacactgaa ctttaccatt accaatctgc agtatgaaga ggacatgagg 600

catcctggca gcagaaagtt caacacgaca gagagagtgc tgcaaggcct gctgaagcca 660

ctgtttaaga atacctctgt gggccccctg tatagtggct gtagactgac actgctgcgc 720

cccgaaaaag atggcgccgc cactggagtc gacgccatct gtacacacag actggacccc 780

aagtctcccg gcctgaacag agaacagctg tattgggaac tgagcaagct gaccaatggc 840

atcacagagc tgggccctta caccctggac agaaactctc tgtatgtgaa tggcttcacc 900

cacaggacat ctgtgcctac cacaagcacc ccaggcacct ccaccgtcga tctgggcacc 960

agcggcacac cttttagcct gccatcccct accaccgccg gaccactgct ggtgcccttc 1020

accctgaact ttaccataac caatctgcag tatgaggagg acatgcaccg gcccggcagc 1080

agaaagttca acactacaga gagagtgctg cagggcctgt tatcccctat ctttaagaat 1140

tcctctgtgg gcccactgta cagcggatgc aggctgacct ctctgcggcc cgaaaaagac 1200

ggagcagcaa caggaatgga tgccgtgtgc ctgtaccacc caaaccccaa gaggccaggc 1260

ctggatcgcg agcagctgta ttgggagctg agccagctga cccacaatat cacagagctg 1320

ggcccctact ctctggacag ggatagcctg tatgtgaacg gcttcaccca ccagaattcc 1380

gtgcccacca catctacacc tggcaccagc acagtgtact gggccaccac aggcacccct 1440

agctcctttc caggacacac agcacctgga ccactgctga tcccattcac cctgaacttt 1500

accattacaa atctgcacta tgaggagaac atgcagcacc ccggcagccg caagttcaat 1560

accacagagc gggtgctgca aggcctgctg aagccgctgt ttaagaacac cagcgtggga 1620

cctctgtact ctggctgtcg cctgacactg ctgcggcccg agaagcatgg cgcagcaacc 1680

ggcgtggacg ctatttgcac ccacagactg gaccctaagg gcccaggcct ggatagggag 1740

cgcctgtatt gggaactgtc tcagctgacc aattctatca cagagctggg accatacacc 1800

ctggacaggg attctctgta cgtgaacggc ttcaatccac ggtctagcgt gcccaccaca 1860

agcacccctg gcacctccac agtgcacctg gccacctctg gcacaccctc ctctctgcct 1920

ggacacaccg caagccccct gctggtgctg ttcacaatca actttaccat tactaatctg 1980

agatacgagg agaacatgca ccaccctggc tccagaaagt tcaatactac cgaaagggtg 2040

ctgcaaggcc tgctgcgccc agtgtttaag aacacttccg tgggccccct gtatagcggc 2100

tgtaggctga cactgctgcg ccccaagaag gatggcgcag caaccaaggt cgacgctatc 2160

tgtacataca ggcccgaccc taaatcccca ggcctggacc gggagcagct gtattgggag 2220

ctgtctcagc tgacccactc cattaccgaa ctgggaccct acaccctgga cagagattcc 2280

ctgtacgtga atggcttcac acagaggagc tccgtgccta ccacatccat cccaggaacc 2340

cctacagtgg acctgggcac ctccggaacc ccagtgtcta agccaggacc atctgccgca 2400

agccacctgc tgatcctgtt caccctgaac tttaccataa cgaatctgcg gtacgaggag 2460

aacatgtggc caggctcccg gaagttcaat actaccgaga gagtgctgca aggcctgctg 2520

aggcctctgt ttaagaacac tagcgtgggc ccactgtatt ccggctctcg gctgaccctg 2580

ctgcggcccg aaaaagatgg agaggccaca ggcgtggatg ccatctgcac ccacagacct 2640

gacccaacag gacctggcct ggacagggag cagctgtacc tggagctgtc acagctgact 2700

cactccatta ccgagctggg cccctatact ctggatagag actccctgta cgtcaacggc 2760

ttcacccacc ggtctagcgt gccaaccaca tctacaggcg tggtgagcga ggaacccttc 2820

accctgaact tcaccatcaa caatctgagg tacatggcag acatgggaca gccaggctct 2880

ctgaagttca acatcaccga taatgtgatg aagcacctgc tgagccctct gtttcagcgg 2940

agcagcctgg gagcaaggta caccggatgc cgcgtgatcg ccctgcggtc cgtgaagaac 3000

ggagcagaga cacgggtgga cctgctgtgc acatatctgc agcctctgag cggaccaggc 3060

ctgcccatca agcaggtgtt ccacgagctg tctcagcaga cccacggaat cacaaggctg 3120

ggaccctact ccctggacaa ggattctctg tacctgaacg gctataatga gcctggcctg 3180

gacgagcccc ctaccacacc caagcctgcc accacatttc tgccacccct gagcgaggca 3240

accacagcaa tgggatacca cctgaagacc ctgacactga acttcaccat cagcaatctg 3300

cagtattccc ccgatatggg caagggctct gccaccttta acagcacaga gggcgtgctg 3360

cagcacctgc tgcggcccct gttccagaag agctccatgg gcccttttta cctgggctgc 3420

cagctgatct ccctgaggcc tgaaaaagat ggagcagcaa ccggagtgga taccacatgt 3480

acataccacc cagaccccgt gggaccaggc ctggatatcc agcagctgta ctgggaactg 3540

tcccagctga ctcacggcgt gacacagctg ggcttctacg tgctggaccg cgattccctg 3600

tttatcaacg gctacgcccc tcagaatctg tctatccggg gcgagtatca gatcaacttc 3660

cacatcgtga actggaatct gagcaatcct gacccaacct ctagcgagta catcgccctg 3720

ctgcgcgaca tccaggataa ggtgaccaca ctgtataagg gctcccagct gcacgacacc 3780

ttccggtttt gcctggtgac caacctgaca atggattcta tgctggtgac agtgaaggcc 3840

ctgttctcct ctaacctgga ccccagcctg gtggagcagg tgtttctgga taagaccctg 3900

aatgccagct cccactggct gggctccacc taccagctgg tggacatcca cgtgacagag 3960

atggagccaa gcgtgtacca gcccacctct agctcctcta cacagcactt ctacctgaac 4020

tttaccataa ctaatctgcc ctatagccag gatatcgccc agcctggcac cacaaactac 4080

cagcggaaca agagaaatat cgaggacgcc ctgaaccagc tgttcagaaa tagctccatc 4140

aagtcctatt tctctgattg ccaggtgagc acctttaggt ccgtgcctaa ttctcaccac 4200

acaggcgtgg actccctgtg cgccttttct ccactggcaa ggagagtgga tagggtggca 4260

atctacgagg agttcctgag gatgacccgc gccggaacac agctgcaggc ctttaccctg 4320

gacagatcta gcgtgctggt ggatggctat agccctaaca ggaatgagcc actgaccggc 4380

aactccgacc tgcccttctg ggccatcatc ctgatctgtc tggcaggcct gctgggcctg 4440

atcacctgcc tgatctgtgg ctttctggtg tgataa 4476

<210> 2

<211> 1490

<212> Белок

<213> искусственная последовательность

<220>

<223> Микросенсусный повтор MUC16 + повторы 59, 61, 62, 63

+ синтетический консенсусный карбокси-концевой домена

аминокислотной последовательности, кодирующей белок pGX1435

<400> 2

Met Asp Trp Thr Trp Ile Leu Phe Leu Val Ala Ala Ala Thr Arg Val

1. 5 10 15

His Ser Thr Ala Ala Gly Pro Leu Leu Val Pro Phe Thr Leu Asn Phe

20 25 30

Thr Ile Thr Asn Leu Gln Tyr Glu Glu Asp Met His His Pro Gly Ser

35 40 45

Arg Lys Phe Asn Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln Gly Leu Leu Gly Pro

50 55 60

Met Phe Lys Asn Thr Ser Val Gly Leu Leu Tyr Ser Gly Cys Arg Leu

65 70 75 80

Thr Leu Leu Arg Ser Glu Lys Asp Gly Ala Ala Thr Gly Val Asp Ala

85 90 95

Ile Cys Thr His Arg Leu Asp Pro Lys Ser Pro Gly Leu Asp Arg Glu

100 105 110

Gln Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln Leu Thr Asn Gly Ile Lys Glu Leu

115 120 125

Gly Pro Tyr Thr Leu Asp Arg Asn Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr

130 135 140

His Arg Ser Ser Val Pro Asn Thr Ser Thr Pro Gly Thr Ser Thr Val

145 150 155 160

Asp Leu Gly Thr Ser Gly Thr Pro Ser Ser Leu Pro Ser Pro Thr Ala

165 170 175

Ala Gly Pro Leu Leu Val Pro Phe Thr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn

180 185 190

Leu Gln Tyr Glu Glu Asp Met Arg His Pro Gly Ser Arg Lys Phe Asn

195 200 205

Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln Gly Leu Leu Lys Pro Leu Phe Lys Asn

210 215 220

Thr Ser Val Gly Pro Leu Tyr Ser Gly Cys Arg Leu Thr Leu Leu Arg

225 230 235 240

Pro Glu Lys Asp Gly Ala Ala Thr Gly Val Asp Ala Ile Cys Thr His

245 250 255

Arg Leu Asp Pro Lys Ser Pro Gly Leu Asn Arg Glu Gln Leu Tyr Trp

260 265 270

Glu Leu Ser Lys Leu Thr Asn Gly Ile Thr Glu Leu Gly Pro Tyr Thr

275 280 285

Leu Asp Arg Asn Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr His Arg Thr Ser

290 295 300

Val Pro Thr Thr Ser Thr Pro Gly Thr Ser Thr Val Asp Leu Gly Thr

305 310 315 320

Ser Gly Thr Pro Phe Ser Leu Pro Ser Pro Thr Thr Ala Gly Pro Leu

325 330 335

Leu Val Pro Phe Thr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn Leu Gln Tyr Glu

340 345 350

Glu Asp Met His Arg Pro Gly Ser Arg Lys Phe Asn Thr Thr Glu Arg

355 360 365

Val Leu Gln Gly Leu Leu Ser Pro Ile Phe Lys Asn Ser Ser Val Gly

370 375 380

Pro Leu Tyr Ser Gly Cys Arg Leu Thr Ser Leu Arg Pro Glu Lys Asp

385 390 395 400

Gly Ala Ala Thr Gly Met Asp Ala Val Cys Leu Tyr His Pro Asn Pro

405 410 415

Lys Arg Pro Gly Leu Asp Arg Glu Gln Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln

420 425 430

Leu Thr His Asn Ile Thr Glu Leu Gly Pro Tyr Ser Leu Asp Arg Asp

435 440 445

Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr His Gln Asn Ser Val Pro Thr Thr

450 455 460

Ser Thr Pro Gly Thr Ser Thr Val Tyr Trp Ala Thr Thr Gly Thr Pro

465 470 475 480

Ser Ser Phe Pro Gly His Thr Ala Pro Gly Pro Leu Leu Ile Pro Phe

485 490 495

Thr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn Leu His Tyr Glu Glu Asn Met Gln

500 505 510

His Pro Gly Ser Arg Lys Phe Asn Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln Gly

515 520 525

Leu Leu Lys Pro Leu Phe Lys Asn Thr Ser Val Gly Pro Leu Tyr Ser

530 535 540

Gly Cys Arg Leu Thr Leu Leu Arg Pro Glu Lys His Gly Ala Ala Thr

545 550 555 560

Gly Val Asp Ala Ile Cys Thr His Arg Leu Asp Pro Lys Gly Pro Gly

565 570 575

Leu Asp Arg Glu Arg Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln Leu Thr Asn Ser

580 585 590

Ile Thr Glu Leu Gly Pro Tyr Thr Leu Asp Arg Asp Ser Leu Tyr Val

595 600 605

Asn Gly Phe Asn Pro Arg Ser Ser Val Pro Thr Thr Ser Thr Pro Gly

610 615 620

Thr Ser Thr Val His Leu Ala Thr Ser Gly Thr Pro Ser Ser Leu Pro

625 630 635 640

Gly His Thr Ala Ser Pro Leu Leu Val Leu Phe Thr Ile Asn Phe Thr

645 650 655

Ile Thr Asn Leu Arg Tyr Glu Glu Asn Met His His Pro Gly Ser Arg

660 665 670

Lys Phe Asn Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln Gly Leu Leu Arg Pro Val

675 680 685

Phe Lys Asn Thr Ser Val Gly Pro Leu Tyr Ser Gly Cys Arg Leu Thr

690 695 700

Leu Leu Arg Pro Lys Lys Asp Gly Ala Ala Thr Lys Val Asp Ala Ile

705 710 715 720

Cys Thr Tyr Arg Pro Asp Pro Lys Ser Pro Gly Leu Asp Arg Glu Gln

725 730 735

Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln Leu Thr His Ser Ile Thr Glu Leu Gly

740 745 750

Pro Tyr Thr Leu Asp Arg Asp Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr Gln

755 760 765

Arg Ser Ser Val Pro Thr Thr Ser Ile Pro Gly Thr Pro Thr Val Asp

770 775 780

Leu Gly Thr Ser Gly Thr Pro Val Ser Lys Pro Gly Pro Ser Ala Ala

785 790 795 800

Ser His Leu Leu Ile Leu Phe Thr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn Leu

805 810 815

Arg Tyr Glu Glu Asn Met Trp Pro Gly Ser Arg Lys Phe Asn Thr Thr

820 825 830

Glu Arg Val Leu Gln Gly Leu Leu Arg Pro Leu Phe Lys Asn Thr Ser

835 840 845

Val Gly Pro Leu Tyr Ser Gly Ser Arg Leu Thr Leu Leu Arg Pro Glu

850 855 860

Lys Asp Gly Glu Ala Thr Gly Val Asp Ala Ile Cys Thr His Arg Pro

865 870 875 880

Asp Pro Thr Gly Pro Gly Leu Asp Arg Glu Gln Leu Tyr Leu Glu Leu

885 890 895

Ser Gln Leu Thr His Ser Ile Thr Glu Leu Gly Pro Tyr Thr Leu Asp

900 905 910

Arg Asp Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr His Arg Ser Ser Val Pro

915 920 925

Thr Thr Ser Thr Gly Val Val Ser Glu Glu Pro Phe Thr Leu Asn Phe

930 935 940

Thr Ile Asn Asn Leu Arg Tyr Met Ala Asp Met Gly Gln Pro Gly Ser

945 950 955 960

Leu Lys Phe Asn Ile Thr Asp Asn Val Met Lys His Leu Leu Ser Pro

965 970 975

Leu Phe Gln Arg Ser Ser Leu Gly Ala Arg Tyr Thr Gly Cys Arg Val

980 985 990

Ile Ala Leu Arg Ser Val Lys Asn Gly Ala Glu Thr Arg Val Asp Leu

995 1000 1005

Leu Cys Thr Tyr Leu Gln Pro Leu Ser Gly Pro Gly Leu Pro Ile

1010 1015 1020

Lys Gln Val Phe His Glu Leu Ser Gln Gln Thr His Gly Ile Thr

1025 1030 1035

Arg Leu Gly Pro Tyr Ser Leu Asp Lys Asp Ser Leu Tyr Leu Asn

1040 1045 1050

Gly Tyr Asn Glu Pro Gly Leu Asp Glu Pro Pro Thr Thr Pro Lys

1055 1060 1065

Pro Ala Thr Thr Phe Leu Pro Pro Leu Ser Glu Ala Thr Thr Ala

1070 1075 1080

Met Gly Tyr His Leu Lys Thr Leu Thr Leu Asn Phe Thr Ile Ser

1085 1090 1095

Asn Leu Gln Tyr Ser Pro Asp Met Gly Lys Gly Ser Ala Thr Phe

1100 1105 1110

Asn Ser Thr Glu Gly Val Leu Gln His Leu Leu Arg Pro Leu Phe

1115 1120 1125

Gln Lys Ser Ser Met Gly Pro Phe Tyr Leu Gly Cys Gln Leu Ile

1130 1135 1140

Ser Leu Arg Pro Glu Lys Asp Gly Ala Ala Thr Gly Val Asp Thr

1145 1150 1155

Thr Cys Thr Tyr His Pro Asp Pro Val Gly Pro Gly Leu Asp Ile

1160 1165 1170

Gln Gln Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln Leu Thr His Gly Val Thr

1175 1180 1185

Gln Leu Gly Phe Tyr Val Leu Asp Arg Asp Ser Leu Phe Ile Asn

1190 1195 1200

Gly Tyr Ala Pro Gln Asn Leu Ser Ile Arg Gly Glu Tyr Gln Ile

1205 1210 1215

Asn Phe His Ile Val Asn Trp Asn Leu Ser Asn Pro Asp Pro Thr

1220 1225 1230

Ser Ser Glu Tyr Ile Ala Leu Leu Arg Asp Ile Gln Asp Lys Val

1235 1240 1245

Thr Thr Leu Tyr Lys Gly Ser Gln Leu His Asp Thr Phe Arg Phe

1250 1255 1260

Cys Leu Val Thr Asn Leu Thr Met Asp Ser Met Leu Val Thr Val

1265 1270 1275

Lys Ala Leu Phe Ser Ser Asn Leu Asp Pro Ser Leu Val Glu Gln

1280 1285 1290

Val Phe Leu Asp Lys Thr Leu Asn Ala Ser Ser His Trp Leu Gly

1295 1300 1305

Ser Thr Tyr Gln Leu Val Asp Ile His Val Thr Glu Met Glu Pro

1310 1315 1320

Ser Val Tyr Gln Pro Thr Ser Ser Ser Ser Thr Gln His Phe Tyr

1325 1330 1335

Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn Leu Pro Tyr Ser Gln Asp Ile Ala

1340 1345 1350

Gln Pro Gly Thr Thr Asn Tyr Gln Arg Asn Lys Arg Asn Ile Glu

1355 1360 1365

Asp Ala Leu Asn Gln Leu Phe Arg Asn Ser Ser Ile Lys Ser Tyr

1370 1375 1380

Phe Ser Asp Cys Gln Val Ser Thr Phe Arg Ser Val Pro Asn Ser

1385 1390 1395

His His Thr Gly Val Asp Ser Leu Cys Ala Phe Ser Pro Leu Ala

1400 1405 1410

Arg Arg Val Asp Arg Val Ala Ile Tyr Glu Glu Phe Leu Arg Met

1415 1420 1425

Thr Arg Ala Gly Thr Gln Leu Gln Ala Phe Thr Leu Asp Arg Ser

1430 1435 1440

Ser Val Leu Val Asp Gly Tyr Ser Pro Asn Arg Asn Glu Pro Leu

1445 1450 1455

Thr Gly Asn Ser Asp Leu Pro Phe Trp Ala Ile Ile Leu Ile Cys

1460 1465 1470

Leu Ala Gly Leu Leu Gly Leu Ile Thr Cys Leu Ile Cys Gly Phe

1475 1480 1485

Leu Val

1490

<210> 3

<211> 1932

<212> ДНК

<213> искусственная последовательность

<220>

<223> MUC16 микроконсенсусный повтор аминокислотной последовательности,

кодирующей белок pGX1436

<400> 3

atggattgga cttggattct gttcctggtc gccgccgcaa ctcgggtgca ttctactgct 60

gctgggccac tgctggtgcc ttttacactg aacttcacca tcacaaatct gcagtacgag 120

gaggacatgc accaccctgg ctctcggaag ttcaacacca cagagagagt gctgcagggc 180

ctgctgggcc caatgtttaa gaataccagc gtgggcctgc tgtattccgg atgccggctg 240

acactgctga gatccgagaa ggacggagca gcaaccggag tggatgccat ctgtacacac 300

aggctggacc caaagtcccc aggcctggat agagagcagc tgtactggga gctgtctcag 360

ctgaccaacg gcatcaagga gctgggcccc tacacactgg accggaacag cctgtatgtg 420

aatggcttta cccacagaag ctccgtgcca aataccagca cacccggcac ctccacagtg 480

gatctgggca cctctggcac accttctagc ctgccaagcc ctaccgcagc aggaccactg 540

ctggtgccct tcacactgaa ctttaccatt accaatctgc agtatgaaga ggacatgagg 600

cacccaggct cccgcaagtt caacactacc gagcgggtgc tgcaaggcct gctgaagcct 660

ctgtttaaga atacctctgt gggcccactg tatagtggct gccggctgac actgctgcgg 720

cccgaaaaag acggagcagc aaccggcgtg gatgctattt gcacccacag gctggacccc 780

aagagcccag gcctgaaccg cgaacagctg tattgggagc tgtccaagct gaccaatggc 840

atcacagagc tgggccccta caccctggac agaaattccc tgtacgtgaa tggcttcacc 900

caccgcacat ctgtgcctac cacaagcacc ccaggcacct ccacagtgga tctgggcacc 960

tccggcacac ccttttccct gccatctcca accacagcag gacctctgct ggtgccattc 1020

accctgaact ttaccattac taatctgcag tatgaagaag acatgcacag gcctggctct 1080

cgcaagttca acactactga gagggtgctg cagggcctgt taagcccaat ctttaagaat 1140

tcctctgtgg gccctctgta ttccggatgc aggctgacct ctctgcgccc agaaaaagat 1200

ggagcagcaa caggaatgga tgccgtgtgc ctgtaccacc ctaacccaaa gcggcccggc 1260

ctggacaggg agcagctgta ttgggaactg agccagctga cccacaatat cacagagctg 1320

ggcccttact ctctggaccg cgatagcctg tatgtgaacg gcttcaccca ccagaattcc 1380

gtgcccacca catctacacc tggcaccagc acagtgtact gggccaccac aggcaccccc 1440

agctcctttc ctggacacac agcaccagga cctctgctga tccccttcac cctgaacttt 1500

accataacaa atctgcacta tgaggagaac atgcagcacc ctggcagcag gaagttcaat 1560

accacagagc gcgtgctgca aggcctgctg aagccgctgt ttaagaacac cagcgtggga 1620

ccactgtaca gcggctgcag gctgaccctg ctgcgccctg agaagcatgg cgccgccacc 1680

ggcgtggatg ctatctgcac acatagactg gaccccaagg gacctggcct ggatagggag 1740

agactgtact gggaactgtc ccagctgacc aactcaatta cagagctggg cccatacacc 1800

ctggaccggg attctctgta cgtgaacggc ttcaatccaa gatctagcgt ccctaccaca 1860

tctacccctg ggacaagtac cgtgcatctg gctacaagcg gaactccttc aagtctgcct 1920

ggacactgat aa 1932

<210> 4

<211> 642

<212> Белок

<213> искусственная последовательность

<220>

<223> MUC16 консенсусный повтор аминокислотной последовательности,

кодирующей белок pGX1436

<400> 4

Met Asp Trp Thr Trp Ile Leu Phe Leu Val Ala Ala Ala Thr Arg Val

1. 5 10 15

His Ser Thr Ala Ala Gly Pro Leu Leu Val Pro Phe Thr Leu Asn Phe

20 25 30

Thr Ile Thr Asn Leu Gln Tyr Glu Glu Asp Met His His Pro Gly Ser

35 40 45

Arg Lys Phe Asn Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln Gly Leu Leu Gly Pro

50 55 60

Met Phe Lys Asn Thr Ser Val Gly Leu Leu Tyr Ser Gly Cys Arg Leu

65 70 75 80

Thr Leu Leu Arg Ser Glu Lys Asp Gly Ala Ala Thr Gly Val Asp Ala

85 90 95

Ile Cys Thr His Arg Leu Asp Pro Lys Ser Pro Gly Leu Asp Arg Glu

100 105 110

Gln Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln Leu Thr Asn Gly Ile Lys Glu Leu

115 120 125

Gly Pro Tyr Thr Leu Asp Arg Asn Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr

130 135 140

His Arg Ser Ser Val Pro Asn Thr Ser Thr Pro Gly Thr Ser Thr Val

145 150 155 160

Asp Leu Gly Thr Ser Gly Thr Pro Ser Ser Leu Pro Ser Pro Thr Ala

165 170 175

Ala Gly Pro Leu Leu Val Pro Phe Thr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn

180 185 190

Leu Gln Tyr Glu Glu Asp Met Arg His Pro Gly Ser Arg Lys Phe Asn

195 200 205

Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln Gly Leu Leu Lys Pro Leu Phe Lys Asn

210 215 220

Thr Ser Val Gly Pro Leu Tyr Ser Gly Cys Arg Leu Thr Leu Leu Arg

225 230 235 240

Pro Glu Lys Asp Gly Ala Ala Thr Gly Val Asp Ala Ile Cys Thr His

245 250 255

Arg Leu Asp Pro Lys Ser Pro Gly Leu Asn Arg Glu Gln Leu Tyr Trp

260 265 270

Glu Leu Ser Lys Leu Thr Asn Gly Ile Thr Glu Leu Gly Pro Tyr Thr

275 280 285

Leu Asp Arg Asn Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr His Arg Thr Ser

290 295 300

Val Pro Thr Thr Ser Thr Pro Gly Thr Ser Thr Val Asp Leu Gly Thr

305 310 315 320

Ser Gly Thr Pro Phe Ser Leu Pro Ser Pro Thr Thr Ala Gly Pro Leu

325 330 335

Leu Val Pro Phe Thr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn Leu Gln Tyr Glu

340 345 350

Glu Asp Met His Arg Pro Gly Ser Arg Lys Phe Asn Thr Thr Glu Arg

355 360 365

Val Leu Gln Gly Leu Leu Ser Pro Ile Phe Lys Asn Ser Ser Val Gly

370 375 380

Pro Leu Tyr Ser Gly Cys Arg Leu Thr Ser Leu Arg Pro Glu Lys Asp

385 390 395 400

Gly Ala Ala Thr Gly Met Asp Ala Val Cys Leu Tyr His Pro Asn Pro

405 410 415

Lys Arg Pro Gly Leu Asp Arg Glu Gln Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln

420 425 430

Leu Thr His Asn Ile Thr Glu Leu Gly Pro Tyr Ser Leu Asp Arg Asp

435 440 445

Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr His Gln Asn Ser Val Pro Thr Thr

450 455 460

Ser Thr Pro Gly Thr Ser Thr Val Tyr Trp Ala Thr Thr Gly Thr Pro

465 470 475 480

Ser Ser Phe Pro Gly His Thr Ala Pro Gly Pro Leu Leu Ile Pro Phe

485 490 495

Thr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn Leu His Tyr Glu Glu Asn Met Gln

500 505 510

His Pro Gly Ser Arg Lys Phe Asn Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln Gly

515 520 525

Leu Leu Lys Pro Leu Phe Lys Asn Thr Ser Val Gly Pro Leu Tyr Ser

530 535 540

Gly Cys Arg Leu Thr Leu Leu Arg Pro Glu Lys His Gly Ala Ala Thr

545 550 555 560

Gly Val Asp Ala Ile Cys Thr His Arg Leu Asp Pro Lys Gly Pro Gly

565 570 575

Leu Asp Arg Glu Arg Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln Leu Thr Asn Ser

580 585 590

Ile Thr Glu Leu Gly Pro Tyr Thr Leu Asp Arg Asp Ser Leu Tyr Val

595 600 605

Asn Gly Phe Asn Pro Arg Ser Ser Val Pro Thr Thr Ser Thr Pro Gly

610 615 620

Thr Ser Thr Val His Leu Ala Thr Ser Gly Thr Pro Ser Ser Leu Pro

625 630 635 640

Gly His

<210> 5

<211> 2136

<212> ДНК

<213> искусственная последовательность

<220>

<223> MUC16 повторы 61, 62, 63 + синтетический консенснсный карбокси-концевой

домен аминокислотной последовательности, кодирующей белок pGX 1437

<400> 5

atggactgga cttggattct gttcctggtc gctgccgcca cccgcgtgca tagtgccgca 60

tctcacctgc tgattctgtt caccctgaac ttcaccatca caaatctgcg gtacgaggag 120

aacatgtggc caggcagccg caagttcaat accacagagc gggtgctgca gggcctgctg 180

cggcccctgt ttaagaacac ctccgtgggc cccctgtatt ctggcagcag gctgaccctg 240

ctgcgcccag agaaggacgg agaggcaaca ggcgtggatg ccatctgcac ccacaggcct 300

gacccaacag gaccaggcct ggatagggag cagctgtacc tggagctgag ccagctgacc 360

cactccatca cagagctggg accatacacc ctggacaggg attccctgta tgtgaacggc 420

tttacccaca gaagctccgt gcccaccaca tctacaggcg tggtgagcga ggagcccttc 480

accctgaact tcaccatcaa caatctgagg tacatggcag acatgggaca gccaggcagc 540

ctgaagttca acatcaccga taatgtgatg aagcacctgc tgtcccctct gtttcagcgg 600

tctagcctgg gagcaaggta caccggctgc agagtgatcg ccctgaggtc cgtgaagaac 660

ggagcagaga cacgggtgga cctgctgtgc acatatctgc agcctctgag cggaccaggc 720

ctgcctatca agcaggtgtt ccacgagctg tctcagcaga cccacggaat cacacgcctg 780

ggaccttact ccctggacaa ggattctctg tacctgaacg gctataatga gccaggcctg 840

gacgagcccc ctaccacacc caagcctgcc accacatttc tgccacccct gagcgaggca 900

accacagcaa tgggatacca cctgaagacc ctgacactga acttcaccat cagcaatctg 960

cagtattccc ccgatatggg caagggctct gccaccttta atagcacaga gggcgtgctg 1020

cagcacctgc tgaggcctct gttccagaag tcctctatgg gccccttcta cctgggatgc 1080

cagctgatct ccctgcgccc tgagaaggac ggagcagcaa ccggagtgga taccacatgt 1140

acataccacc cagaccccgt gggaccaggc ctggatatcc agcagctgta ttgggaactg 1200

tcccagctga cccacggcgt gacacagctg ggcttctatg tgctggaccg ggattctctg 1260

tttatcaacg gctacgcccc tcagaatctg agcatcagag gcgagtatca gatcaacttc 1320

cacatcgtga actggaatct gtctaatcct gatccaacca gctccgagta catcgccctg 1380

ctgcgggaca tccaggataa ggtgaccaca ctgtataagg gcagccagct gcacgacacc 1440

ttcagatttt gtctggtgac caacctgaca atggattcca tgctggtgac agtgaaggcc 1500

ctgttctcta gcaacctgga cccttctctg gtggagcagg tgtttctgga taagaccctg 1560

aatgcctcct ctcactggct gggctctacc taccagctgg tggacatcca cgtgacagag 1620

atggagccaa gcgtgtatca gcccaccagc tcctctagca cacagcactt ctacctgaac 1680

tttaccatca caaatctgcc ctatagccag gatatcgccc agcctggcac cacaaactac 1740

cagaggaaca agcgcaatat cgaggacgcc ctgaaccagc tgttcaggaa ttcctctatc 1800

aagtcctatt tctctgattg ccaggtgagc acctttcgct ccgtgccaaa ttctcaccac 1860

acaggcgtgg actccctgtg cgccttttct cccctggcac ggagagtgga tagggtggca 1920

atctacgagg agttcctgcg gatgaccaga gccggcacac agctgcaggc ctttaccctg 1980

gacaggagct ccgtgctggt ggatggctat agccctaacc gcaatgagcc actgacaggc 2040

aattccgacc tgcccttctg ggccatcatc ctgatttgcc tggctggact gctggggctg 2100

attacctgtc tgatttgtgg gttcctggtg tgataa 2136

<210> 6

<211> 710

<212> Белок

<213> искусственная последовательность

<220>

<223> MUC16 повторы 61, 62, 63 + синтетический консенсусный усеченный карбокси-концевой

домен аминокислотной последовательности, кодирующей белок pGX 1437

<400> 6

Met Asp Trp Thr Trp Ile Leu Phe Leu Val Ala Ala Ala Thr Arg Val

1. 5 10 15

His Ser Ala Ala Ser His Leu Leu Ile Leu Phe Thr Leu Asn Phe Thr

20 25 30

Ile Thr Asn Leu Arg Tyr Glu Glu Asn Met Trp Pro Gly Ser Arg Lys

35 40 45

Phe Asn Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln Gly Leu Leu Arg Pro Leu Phe

50 55 60

Lys Asn Thr Ser Val Gly Pro Leu Tyr Ser Gly Ser Arg Leu Thr Leu

65 70 75 80

Leu Arg Pro Glu Lys Asp Gly Glu Ala Thr Gly Val Asp Ala Ile Cys

85 90 95

Thr His Arg Pro Asp Pro Thr Gly Pro Gly Leu Asp Arg Glu Gln Leu

100 105 110

Tyr Leu Glu Leu Ser Gln Leu Thr His Ser Ile Thr Glu Leu Gly Pro

115 120 125

Tyr Thr Leu Asp Arg Asp Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr His Arg

130 135 140

Ser Ser Val Pro Thr Thr Ser Thr Gly Val Val Ser Glu Glu Pro Phe

145 150 155 160

Thr Leu Asn Phe Thr Ile Asn Asn Leu Arg Tyr Met Ala Asp Met Gly

165 170 175

Gln Pro Gly Ser Leu Lys Phe Asn Ile Thr Asp Asn Val Met Lys His

180 185 190

Leu Leu Ser Pro Leu Phe Gln Arg Ser Ser Leu Gly Ala Arg Tyr Thr

195 200 205

Gly Cys Arg Val Ile Ala Leu Arg Ser Val Lys Asn Gly Ala Glu Thr

210 215 220

Arg Val Asp Leu Leu Cys Thr Tyr Leu Gln Pro Leu Ser Gly Pro Gly

225 230 235 240

Leu Pro Ile Lys Gln Val Phe His Glu Leu Ser Gln Gln Thr His Gly

245 250 255

Ile Thr Arg Leu Gly Pro Tyr Ser Leu Asp Lys Asp Ser Leu Tyr Leu

260 265 270

Asn Gly Tyr Asn Glu Pro Gly Leu Asp Glu Pro Pro Thr Thr Pro Lys

275 280 285

Pro Ala Thr Thr Phe Leu Pro Pro Leu Ser Glu Ala Thr Thr Ala Met

290 295 300

Gly Tyr His Leu Lys Thr Leu Thr Leu Asn Phe Thr Ile Ser Asn Leu

305 310 315 320

Gln Tyr Ser Pro Asp Met Gly Lys Gly Ser Ala Thr Phe Asn Ser Thr

325 330 335

Glu Gly Val Leu Gln His Leu Leu Arg Pro Leu Phe Gln Lys Ser Ser

340 345 350

Met Gly Pro Phe Tyr Leu Gly Cys Gln Leu Ile Ser Leu Arg Pro Glu

355 360 365

Lys Asp Gly Ala Ala Thr Gly Val Asp Thr Thr Cys Thr Tyr His Pro

370 375 380

Asp Pro Val Gly Pro Gly Leu Asp Ile Gln Gln Leu Tyr Trp Glu Leu

385 390 395 400

Ser Gln Leu Thr His Gly Val Thr Gln Leu Gly Phe Tyr Val Leu Asp

405 410 415

Arg Asp Ser Leu Phe Ile Asn Gly Tyr Ala Pro Gln Asn Leu Ser Ile

420 425 430

Arg Gly Glu Tyr Gln Ile Asn Phe His Ile Val Asn Trp Asn Leu Ser

435 440 445

Asn Pro Asp Pro Thr Ser Ser Glu Tyr Ile Ala Leu Leu Arg Asp Ile

450 455 460

Gln Asp Lys Val Thr Thr Leu Tyr Lys Gly Ser Gln Leu His Asp Thr

465 470 475 480

Phe Arg Phe Cys Leu Val Thr Asn Leu Thr Met Asp Ser Met Leu Val

485 490 495

Thr Val Lys Ala Leu Phe Ser Ser Asn Leu Asp Pro Ser Leu Val Glu

500 505 510

Gln Val Phe Leu Asp Lys Thr Leu Asn Ala Ser Ser His Trp Leu Gly

515 520 525

Ser Thr Tyr Gln Leu Val Asp Ile His Val Thr Glu Met Glu Pro Ser

530 535 540

Val Tyr Gln Pro Thr Ser Ser Ser Ser Thr Gln His Phe Tyr Leu Asn

545 550 555 560

Phe Thr Ile Thr Asn Leu Pro Tyr Ser Gln Asp Ile Ala Gln Pro Gly

565 570 575

Thr Thr Asn Tyr Gln Arg Asn Lys Arg Asn Ile Glu Asp Ala Leu Asn

580 585 590

Gln Leu Phe Arg Asn Ser Ser Ile Lys Ser Tyr Phe Ser Asp Cys Gln

595 600 605

Val Ser Thr Phe Arg Ser Val Pro Asn Ser His His Thr Gly Val Asp

610 615 620

Ser Leu Cys Ala Phe Ser Pro Leu Ala Arg Arg Val Asp Arg Val Ala

625 630 635 640

Ile Tyr Glu Glu Phe Leu Arg Met Thr Arg Ala Gly Thr Gln Leu Gln

645 650 655

Ala Phe Thr Leu Asp Arg Ser Ser Val Leu Val Asp Gly Tyr Ser Pro

660 665 670

Asn Arg Asn Glu Pro Leu Thr Gly Asn Ser Asp Leu Pro Phe Trp Ala

675 680 685

Ile Ile Leu Ile Cys Leu Ala Gly Leu Leu Gly Leu Ile Thr Cys Leu

690 695 700

Ile Cys Gly Phe Leu Val

705 710

<210> 7

<211> 4029

<212> ДНК

<213> искусственная последовательность

<220>

<223> MUC16 микросенсунсные повторы с сайтом расщепления перед повторами

61, 62, 63 + синтетический консенсунсный карбокси-концевой

домен аминокислотной последовательности, кодирующей белок pGX1438

<400> 7

atggactgga cctggattct gttcctggtg gcagcagcaa ccagggtgca ctccacagca 60

gcaggacctc tgctggtgcc attcaccctg aactttacca tcacaaatct gcagtacgag 120

gaggatatgc accaccccgg cagccgcaag ttcaacacca cagagcgggt gctgcagggc 180

ctgctgggac ctatgtttaa gaataccagc gtgggcctgc tgtattccgg atgcaggctg 240

acactgctgc gctccgagaa ggacggagca gcaaccggcg tggatgccat ctgtacacac 300

aggctggacc caaagtctcc cggcctggat cgcgagcagc tgtactggga gctgagccag 360

ctgaccaacg gcatcaagga gctgggcccc tacacactgg accggaacag cctgtatgtg 420

aatggcttca cccacagaag ctccgtgcca aatacctcca cacccggcac ctctacagtg 480

gatctgggca cctctggcac accctctagc ctgcctagcc caaccgcagc aggaccactg 540

ctggtgcctt tcacactgaa ctttaccatt accaatctgc agtatgaaga ggacatgcgg 600

caccctggca gcagaaagtt caacactacc gagcgcgtgc tgcaaggcct gctgaagcca 660

ctgtttaaga atacctctgt gggccccctg tatagtggct gtagactgac actgctgcgc 720

cctgaaaaag atggcgccgc cactggagtc gacgctattt gcacccacag gctggacccc 780

aagtccccag gcctgaacag agaacagctg tattgggagc tgtctaagct gaccaatggc 840

atcacagagc tgggcccata caccctggac aggaactctc tgtacgtcaa tggcttcacc 900

caccgcacaa gcgtgcctac cacatccacc ccaggcacct ctaccgtcga tctgggcacc 960

agcggcacac cattttccct gccatctcct accaccgccg gaccactgct ggtgcccttc 1020

accctgaact ttaccataac caatctgcag tatgaggagg acatgcaccg gcccggctct 1080

agaaagttca acactactga acgggtgctg caaggcctgt taagccctat ctttaagaat 1140

tcctctgtgg gcccactgta cagcggatgc aggctgacct ctctgcggcc cgaaaaagac 1200

ggagcagcaa caggaatgga tgccgtgtgc ctgtaccacc caaaccccaa gaggcctggc 1260

ctggacagag agcagctgta ttgggaactg tcccagctga cccacaatat cacagagctg 1320

ggcccctaca gcctggacag agattccctg tatgtgaacg gcttcaccca ccagaattct 1380

gtgcccacca caagcacacc tggcacctcc acagtgtact gggccaccac aggcacccct 1440

agctcctttc caggacacac agcacctgga ccactgctga tccctttcac cctgaacttt 1500

accattacaa atctgcacta tgaggagaac atgcagcacc caggcagcag aaagttcaat 1560

accacagaga gggtgctgca aggcctgctg aagccgctgt ttaagaacac cagcgtggga 1620

cctctgtact ctggctgtcg cctgacactg ctgcggcccg agaagcatgg cgcagcaacc 1680

ggcgtggacg ctatttgcac tcatagactg gaccccaagg gacctggcct ggatagggag 1740

agactgtact gggaactgtc tcagctgacc aattccatta cagagctggg cccttacacc 1800

ctggaccggg acagcctgta cgtcaacggc ttcaatccaa gatctagcgt gcccaccaca 1860

tccacccctg gcacctctac agtgcacctg gccaccagcg gaacaccctc ctctctgcct 1920

ggacacaggg gaaggaagcg gagaagcgcc gcatcccacc tgctgatcct gttcaccctg 1980

aactttacca taacgaatct gagatacgag gagaacatgt ggcctggctc ccgcaagttc 2040

aatactaccg aacgggtgct gcagggcctg ctgcggcccc tgtttaagaa cacttccgtg 2100

ggccccctgt attctggcag caggctgacc ctgctgcgcc cagagaagga cggagaggca 2160

acaggcgtgg atgccatctg cacccacagg cccgacccta caggaccagg cctggatagg 2220

gagcagctgt acctggagct gtcccagctg actcactcaa ttaccgaact gggaccttac 2280

accctggaca gggatagtct gtacgtgaat ggcttcaccc atcgcagctc cgtgccaacc 2340

acatctacag gcgtggtgag cgaggaaccc ttcaccctga acttcaccat caacaatctg 2400

aggtacatgg ccgacatggg ccagccaggc tccctgaagt tcaacatcac cgataatgtg 2460

atgaagcacc tgctgtctcc cctgtttcag aggtctagcc tgggagcaag gtacaccgga 2520

tgcagagtga tcgccctgag gtccgtgaag aacggagcag agacacgggt ggacctgctg 2580

tgcacatatc tgcagcctct gagcggacca ggcctgccca tcaagcaggt gttccacgag 2640

ctgtcccagc agacccacgg aatcacaagg ctgggacctt actccctgga caaggattct 2700

ctgtacctga acggctataa tgagccaggc ctggacgagc cccctaccac accaaagccc 2760

gccaccacat ttctgccacc cctgagcgag gcaaccacag caatgggata ccacctgaag 2820

accctgacac tgaacttcac catcagcaat ctgcagtatt cccccgatat gggcaagggc 2880

tctgccacct ttaacagcac agagggcgtg ctgcagcacc tgctgcggcc tctgttccag 2940

aagtcctcta tgggcccctt ctacctggga tgccagctga tctccctgcg gcccgaaaag 3000

gatggagcag caaccggagt ggataccaca tgtacatacc accctgaccc agtgggacca 3060

ggcctggata tccagcaatt atattgggaa ctgagtcagc tgacccacgg cgtgacacag 3120

ctgggcttct atgtgctgga cagggatagc ctgtttatca acggctacgc cccacagaat 3180

ctgtccatcc gcggcgagta tcagatcaac ttccacatcg tgaactggaa tctgagcaat 3240

cccgacccta ccagctccga gtacatcgcc ctgctgaggg acatccagga taaggtgacc 3300

acactgtata agggctccca gctgcacgac accttccgct tttgcctggt gaccaacctg 3360

acaatggatt ctatgctggt gacagtgaag gccctgttct ctagcaacct ggaccccagc 3420

ctggtggagc aggtgtttct ggataagacc ctgaatgcct cctctcactg gctgggcagc 3480

acctaccagc tggtggacat ccacgtgaca gagatggagc catccgtgta tcagcccacc 3540

agctcctcta gcacacagca cttctacctg aactttacca taactaatct gccctatagc 3600

caggatatcg cccagcctgg caccacaaac taccagcgga acaagagaaa tatcgaggac 3660

gccctgaacc agctgttccg gaattcctct atcaagtctt atttcagcga ttgccaggtg 3720

tccaccttta gatctgtgcc aaatagccac cacacaggcg tggactccct gtgcgccttt 3780

tctcccctgg caaggagggt ggatagggtg gcaatctacg aggagttcct gaggatgacc 3840

cgcgccggaa cacagctgca ggcctttacc ctggaccgga gctccgtgct ggtggatggc 3900

tattccccta acagaaatga gccactgaca ggcaactctg acctgccctt ctgggccatc 3960

atcctgatct gtctggcagg cctgctgggc ctgatcacct gcctgatctg tggctttctg 4020

gtgtgataa 4029

<210> 8

<211> 1341

<212> Белок

<213> искусственная последовательность

<220>

<223> MUC16 микросенсунсные повторы с сайтом расщепления перед повторами

61, 62, 63 + синтетический консенсусный карбокси-концевой

домен аминокислотной последовательности, кодирующей белок pGX1438

<400> 8

Met Asp Trp Thr Trp Ile Leu Phe Leu Val Ala Ala Ala Thr Arg Val

1. 5 10 15

His Ser Thr Ala Ala Gly Pro Leu Leu Val Pro Phe Thr Leu Asn Phe

20 25 30

Thr Ile Thr Asn Leu Gln Tyr Glu Glu Asp Met His His Pro Gly Ser

35 40 45

Arg Lys Phe Asn Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln Gly Leu Leu Gly Pro

50 55 60

Met Phe Lys Asn Thr Ser Val Gly Leu Leu Tyr Ser Gly Cys Arg Leu

65 70 75 80

Thr Leu Leu Arg Ser Glu Lys Asp Gly Ala Ala Thr Gly Val Asp Ala

85 90 95

Ile Cys Thr His Arg Leu Asp Pro Lys Ser Pro Gly Leu Asp Arg Glu

100 105 110

Gln Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln Leu Thr Asn Gly Ile Lys Glu Leu

115 120 125

Gly Pro Tyr Thr Leu Asp Arg Asn Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr

130 135 140

His Arg Ser Ser Val Pro Asn Thr Ser Thr Pro Gly Thr Ser Thr Val

145 150 155 160

Asp Leu Gly Thr Ser Gly Thr Pro Ser Ser Leu Pro Ser Pro Thr Ala

165 170 175

Ala Gly Pro Leu Leu Val Pro Phe Thr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn

180 185 190

Leu Gln Tyr Glu Glu Asp Met Arg His Pro Gly Ser Arg Lys Phe Asn

195 200 205

Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln Gly Leu Leu Lys Pro Leu Phe Lys Asn

210 215 220

Thr Ser Val Gly Pro Leu Tyr Ser Gly Cys Arg Leu Thr Leu Leu Arg

225 230 235 240

Pro Glu Lys Asp Gly Ala Ala Thr Gly Val Asp Ala Ile Cys Thr His

245 250 255

Arg Leu Asp Pro Lys Ser Pro Gly Leu Asn Arg Glu Gln Leu Tyr Trp

260 265 270

Glu Leu Ser Lys Leu Thr Asn Gly Ile Thr Glu Leu Gly Pro Tyr Thr

275 280 285

Leu Asp Arg Asn Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr His Arg Thr Ser

290 295 300

Val Pro Thr Thr Ser Thr Pro Gly Thr Ser Thr Val Asp Leu Gly Thr

305 310 315 320

Ser Gly Thr Pro Phe Ser Leu Pro Ser Pro Thr Thr Ala Gly Pro Leu

325 330 335

Leu Val Pro Phe Thr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn Leu Gln Tyr Glu

340 345 350

Glu Asp Met His Arg Pro Gly Ser Arg Lys Phe Asn Thr Thr Glu Arg

355 360 365

Val Leu Gln Gly Leu Leu Ser Pro Ile Phe Lys Asn Ser Ser Val Gly

370 375 380

Pro Leu Tyr Ser Gly Cys Arg Leu Thr Ser Leu Arg Pro Glu Lys Asp

385 390 395 400

Gly Ala Ala Thr Gly Met Asp Ala Val Cys Leu Tyr His Pro Asn Pro

405 410 415

Lys Arg Pro Gly Leu Asp Arg Glu Gln Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln

420 425 430

Leu Thr His Asn Ile Thr Glu Leu Gly Pro Tyr Ser Leu Asp Arg Asp

435 440 445

Ser Leu Tyr Val Asn Gly Phe Thr His Gln Asn Ser Val Pro Thr Thr

450 455 460

Ser Thr Pro Gly Thr Ser Thr Val Tyr Trp Ala Thr Thr Gly Thr Pro

465 470 475 480

Ser Ser Phe Pro Gly His Thr Ala Pro Gly Pro Leu Leu Ile Pro Phe

485 490 495

Thr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn Leu His Tyr Glu Glu Asn Met Gln

500 505 510

His Pro Gly Ser Arg Lys Phe Asn Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln Gly

515 520 525

Leu Leu Lys Pro Leu Phe Lys Asn Thr Ser Val Gly Pro Leu Tyr Ser

530 535 540

Gly Cys Arg Leu Thr Leu Leu Arg Pro Glu Lys His Gly Ala Ala Thr

545 550 555 560

Gly Val Asp Ala Ile Cys Thr His Arg Leu Asp Pro Lys Gly Pro Gly

565 570 575

Leu Asp Arg Glu Arg Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln Leu Thr Asn Ser

580 585 590

Ile Thr Glu Leu Gly Pro Tyr Thr Leu Asp Arg Asp Ser Leu Tyr Val

595 600 605

Asn Gly Phe Asn Pro Arg Ser Ser Val Pro Thr Thr Ser Thr Pro Gly

610 615 620

Thr Ser Thr Val His Leu Ala Thr Ser Gly Thr Pro Ser Ser Leu Pro

625 630 635 640

Gly His Arg Gly Arg Lys Arg Arg Ser Ala Ala Ser His Leu Leu Ile

645 650 655

Leu Phe Thr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn Leu Arg Tyr Glu Glu Asn

660 665 670

Met Trp Pro Gly Ser Arg Lys Phe Asn Thr Thr Glu Arg Val Leu Gln

675 680 685

Gly Leu Leu Arg Pro Leu Phe Lys Asn Thr Ser Val Gly Pro Leu Tyr

690 695 700

Ser Gly Ser Arg Leu Thr Leu Leu Arg Pro Glu Lys Asp Gly Glu Ala

705 710 715 720

Thr Gly Val Asp Ala Ile Cys Thr His Arg Pro Asp Pro Thr Gly Pro

725 730 735

Gly Leu Asp Arg Glu Gln Leu Tyr Leu Glu Leu Ser Gln Leu Thr His

740 745 750

Ser Ile Thr Glu Leu Gly Pro Tyr Thr Leu Asp Arg Asp Ser Leu Tyr

755 760 765

Val Asn Gly Phe Thr His Arg Ser Ser Val Pro Thr Thr Ser Thr Gly

770 775 780

Val Val Ser Glu Glu Pro Phe Thr Leu Asn Phe Thr Ile Asn Asn Leu

785 790 795 800

Arg Tyr Met Ala Asp Met Gly Gln Pro Gly Ser Leu Lys Phe Asn Ile

805 810 815

Thr Asp Asn Val Met Lys His Leu Leu Ser Pro Leu Phe Gln Arg Ser

820 825 830

Ser Leu Gly Ala Arg Tyr Thr Gly Cys Arg Val Ile Ala Leu Arg Ser

835 840 845

Val Lys Asn Gly Ala Glu Thr Arg Val Asp Leu Leu Cys Thr Tyr Leu

850 855 860

Gln Pro Leu Ser Gly Pro Gly Leu Pro Ile Lys Gln Val Phe His Glu

865 870 875 880

Leu Ser Gln Gln Thr His Gly Ile Thr Arg Leu Gly Pro Tyr Ser Leu

885 890 895

Asp Lys Asp Ser Leu Tyr Leu Asn Gly Tyr Asn Glu Pro Gly Leu Asp

900 905 910

Glu Pro Pro Thr Thr Pro Lys Pro Ala Thr Thr Phe Leu Pro Pro Leu

915 920 925

Ser Glu Ala Thr Thr Ala Met Gly Tyr His Leu Lys Thr Leu Thr Leu

930 935 940

Asn Phe Thr Ile Ser Asn Leu Gln Tyr Ser Pro Asp Met Gly Lys Gly

945 950 955 960

Ser Ala Thr Phe Asn Ser Thr Glu Gly Val Leu Gln His Leu Leu Arg

965 970 975

Pro Leu Phe Gln Lys Ser Ser Met Gly Pro Phe Tyr Leu Gly Cys Gln

980 985 990

Leu Ile Ser Leu Arg Pro Glu Lys Asp Gly Ala Ala Thr Gly Val Asp

995 1000 1005

Thr Thr Cys Thr Tyr His Pro Asp Pro Val Gly Pro Gly Leu Asp

1010 1015 1020

Ile Gln Gln Leu Tyr Trp Glu Leu Ser Gln Leu Thr His Gly Val

1025 1030 1035

Thr Gln Leu Gly Phe Tyr Val Leu Asp Arg Asp Ser Leu Phe Ile

1040 1045 1050

Asn Gly Tyr Ala Pro Gln Asn Leu Ser Ile Arg Gly Glu Tyr Gln

1055 1060 1065

Ile Asn Phe His Ile Val Asn Trp Asn Leu Ser Asn Pro Asp Pro

1070 1075 1080

Thr Ser Ser Glu Tyr Ile Ala Leu Leu Arg Asp Ile Gln Asp Lys

1085 1090 1095

Val Thr Thr Leu Tyr Lys Gly Ser Gln Leu His Asp Thr Phe Arg

1100 1105 1110

Phe Cys Leu Val Thr Asn Leu Thr Met Asp Ser Met Leu Val Thr

1115 1120 1125

Val Lys Ala Leu Phe Ser Ser Asn Leu Asp Pro Ser Leu Val Glu

1130 1135 1140

Gln Val Phe Leu Asp Lys Thr Leu Asn Ala Ser Ser His Trp Leu

1145 1150 1155

Gly Ser Thr Tyr Gln Leu Val Asp Ile His Val Thr Glu Met Glu

1160 1165 1170

Pro Ser Val Tyr Gln Pro Thr Ser Ser Ser Ser Thr Gln His Phe

1175 1180 1185

Tyr Leu Asn Phe Thr Ile Thr Asn Leu Pro Tyr Ser Gln Asp Ile

1190 1195 1200

Ala Gln Pro Gly Thr Thr Asn Tyr Gln Arg Asn Lys Arg Asn Ile

1205 1210 1215

Glu Asp Ala Leu Asn Gln Leu Phe Arg Asn Ser Ser Ile Lys Ser

1220 1225 1230

Tyr Phe Ser Asp Cys Gln Val Ser Thr Phe Arg Ser Val Pro Asn

1235 1240 1245

Ser His His Thr Gly Val Asp Ser Leu Cys Ala Phe Ser Pro Leu

1250 1255 1260

Ala Arg Arg Val Asp Arg Val Ala Ile Tyr Glu Glu Phe Leu Arg

1265 1270 1275

Met Thr Arg Ala Gly Thr Gln Leu Gln Ala Phe Thr Leu Asp Arg

1280 1285 1290

Ser Ser Val Leu Val Asp Gly Tyr Ser Pro Asn Arg Asn Glu Pro

1295 1300 1305

Leu Thr Gly Asn Ser Asp Leu Pro Phe Trp Ala Ile Ile Leu Ile

1310 1315 1320

Cys Leu Ala Gly Leu Leu Gly Leu Ile Thr Cys Leu Ile Cys Gly

1325 1330 1335

Phe Leu Val

1340

<---

Изобретение относится к биотехнологии. Раскрыты молекулы нуклеиновой кислоты, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновой кислоты, которые кодируют модифицированный консенсусный антиген MUC16. Описаны векторы, композиции и вакцины, содержащие одну или более последовательностей нуклеиновых кислот, которые кодируют модифицированный консенсусный антиген MUC16. Раскрыты способы лечения субъекта с опухолью, экспрессирующей MUC16, и способы предотвращения опухоли, экспрессирующей MUC16. Раскрыт модифицированный консенсусный антиген MUC16. Изобретение позволяет получение безопасных и эффективных вакцин, которые применимы к опухолям, экспрессирующим MUC16, обеспечивая тем самым лечение и способствуя выживанию субъектов, пораженных такими видами рака. 27 н.п. ф-лы, 28 табл., 6 пр., 54 ил.

1. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 1408, аланин в аминокислотном положении 1431 и аланин в аминокислотном положении 1437 относительно SEQ ID NO: 2.

2. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) нуклеотиды 55-4470 SEQ ID NO: 1; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-4470 SEQ ID NO: 1, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует аланин в аминокислотном положении 1408, аланин в аминокислотном положении 1431 и аланин в аминокислотном положении 1437 относительно SEQ ID NO: 2.

3. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую SEQ ID NO: 2; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 2, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 1408, аланин в аминокислотном положении 1431 и аланин в аминокислотном положении 1437 относительно SEQ ID NO: 2.

4. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) SEQ ID NO: 1; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 1, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует аланин в аминокислотном положении 1408, аланин в аминокислотном положении 1431 и аланин в аминокислотном положении 1437 относительно SEQ ID NO: 2.

5. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4.

6. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) нуклеотиды 55-1926 SEQ ID NO: 3; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-1926 SEQ ID NO: 3.

7. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую SEQ ID NO: 4; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 4.

8. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) SEQ ID NO: 3; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 3.

9. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 628, аланин в аминокислотном положении 651 и аланин в аминокислотном положении 657 относительно SEQ ID NO: 6.

10. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) нуклеотиды 55-2130 SEQ ID NO: 5; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-2130 SEQ ID NO: 5, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует аланин в аминокислотном положении 628, аланин в аминокислотном положении 651 и аланин в аминокислотном положении 657 относительно SEQ ID NO: 6.

11. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую SEQ ID NO: 6; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 6, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 628, аланин в аминокислотном положении 651 и аланин в аминокислотном положении 657 относительно SEQ ID NO: 6.

12. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) SEQ ID NO: 5; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 5, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует аланин в аминокислотном положении 628, аланин в аминокислотном положении 651 и аланин в аминокислотном положении 657 относительно SEQ ID NO: 6.

13. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 1259, аланин в аминокислотном положении 1282 и аланин в аминокислотном положении 1288 относительно SEQ ID NO: 8.

14. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) нуклеотиды 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-1926 и 1948-4023 SEQ ID NO: 7, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует аланин в аминокислотном положении 1259, аланин в аминокислотном положении 1282 и аланин в аминокислотном положении 1288 относительно SEQ ID NO: 8.

15. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 1259, аланин в аминокислотном положении 1282 и аланин в аминокислотном положении 1288 относительно SEQ ID NO: 8.

16. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) нуклеотиды 55-4023 SEQ ID NO: 7; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична нуклеотидам 55-4023 SEQ ID NO: 7, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует аланин в аминокислотном положении 1259, аланин в аминокислотном положении 1282 и аланин в аминокислотном положении 1288 относительно SEQ ID NO: 8.

17. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую SEQ ID NO: 8;

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 8, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 1259, аланин в аминокислотном положении 1282 и аланин в аминокислотном положении 1288 относительно SEQ ID NO: 8.

18. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая антиген MUC16, включающая:

(a) SEQ ID NO: 7; или

(б) последовательность нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 7, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты кодирует аланин в аминокислотном положении 1259, аланин в аминокислотном положении 1282 и аланин в аминокислотном положении 1288 относительно SEQ ID NO: 8.

19. Экспрессионный вектор, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18, необязательно где молекула нуклеиновой кислоты функционально связана с регуляторным элементом, выбранным из промотора и сигнала полиаденилирования, необязательно где промотором является немедленный ранний промотор цитомегаловируса человека (промотор hCMV), необязательно где сигналом полиаденилирования является сигнал полиаденилирования бычьего гормона роста (bGH poly A), и необязательно где вектор является плазмидой или вирусным вектором.

20. Иммуногенная композиция, включающая эффективное количество одной или более молекул нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-18 или один или более векторов по п. 19 и фармацевтически приемлемый носитель.

21. Антиген MUC16, содержащий:

(a) аминокислоты 19-1490 SEQ ID NO: 2;

(б) аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-1490 SEQ ID NO: 2, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 1408, аланин в аминокислотном положении 1431 и аланин в аминокислотном положении 1437 относительно SEQ ID NO: 2;

(в) SEQ ID NO: 2; или

(г) аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 2, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 1408, аланин в аминокислотном положении 1431 и аланин в аминокислотном положении 1437 относительно SEQ ID NO: 2.

22. Антиген MUC16, содержащий:

(a) аминокислоты 19-642 SEQ ID NO: 4;

(б) аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-642 SEQ ID NO: 4;

(в) SEQ ID NO: 4; или

(г) аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 4.

23. Антиген MUC16, содержащий:

(a) аминокислоты 19-710 SEQ ID NO: 6;

(б) аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-710 SEQ ID NO: 6, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 628, аланин в аминокислотном положении 651 и аланин в аминокислотном положении 657 относительно SEQ ID NO: 6;

(в) SEQ ID NO: 6; или

(г) аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 6, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 628, аланин в аминокислотном положении 651 и аланин в аминокислотном положении 657 относительно SEQ ID NO: 6.

24. Антиген MUC16, содержащий:

(a) аминокислоты 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8;

(б) аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-642 и 650-1341 SEQ ID NO: 8, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 1259, аланин в аминокислотном положении 1282 и аланин в аминокислотном положении 1288 относительно SEQ ID NO: 8;

(в) аминокислоты 19-1341 SEQ ID NO: 8; или

(г) аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична аминокислотам 19-1341 SEQ ID NO: 8, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 1259, аланин в аминокислотном положении 1282 и аланин в аминокислотном положении 1288 относительно SEQ ID NO: 8;

(д) SEQ ID NO: 8; или

(е) аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична SEQ ID NO: 8, где указанная аминокислотная последовательность содержит аланин в аминокислотном положении 1259, аланин в аминокислотном положении 1282 и аланин в аминокислотном положении 1288 относительно SEQ ID NO: 8.

25. Вакцина для лечения или предотвращения экспрессирующего MUC16 рака, содержащая эффективное количество вектора по п. 19 и фармацевтически приемлемый эксципиент, и необязательно где вакцина дополнительно включает адъювант, предпочтительно где адъювант представляет собой IL-12, IL-15, IL-28 или RANTES.

26. Способ лечения субъекта с раковой клеткой, экспрессирующей MUC16, включающий введение терапевтически эффективного количества вакцины по п. 25, необязательно где указанное лекарственное средство приготовляют для введения посредством электропорации, и необязательно где указанное лекарственное средство приготовляют для введения в одном или более местах на субъекте.

27. Способ вакцинации субъекта против раковой клетки, экспрессирующей MUC16, включающий введение количества вакцины по п. 25, эффективного для индукции гуморального иммунного ответа, необязательно где указанное лекарственное средство приготовляют для введения посредством электропорации, и необязательно где указанное лекарственное средство приготовляют для введения в одном или более местах на субъекте.