БИОМАРКЕРЫ И ПРИМЕНЕНИЯ В ЛЕЧЕНИИ ВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЙ, ВОСПАЛЕНИЙ ИЛИ РАКА Российский патент 2024 года по МПК C12N15/113 

Предшествующий уровень техники

[001] Производное хинолина, 8-хлор-N-(4-(трифторметокси)фенил)хинолин-2-амин (также известный как «ABX464»), связывается с кэп-связывающим комплексом (CBC), комплексом на 5'-конце транскрипта пре-мРНК, который способствует начальному взаимодействию с механизмами транскрипции и процессинга. CBC рекрутирует несколько факторов в модифицированные m7G транскрипты, чтобы опосредовать события процессинга, и он необходим для эффективного сплайсинга клеточной и вирусной пре-мРНК. Взаимодействие CBC с U1 snRNP на 5' сайте сплайсинга первого интрона в транскрипте и прямое взаимодействие CBC с белками в частицах U4/U5/U6 усиливает образование сплайсированных мРНК. Хотя СВС не является необходимым для обеспечения жизнеспособности дрожжей или людей, его делеция приводит к снижению рекрутирования нескольких факторов сплайсинга в формирующемся транскрипте, что приводит к ингибированию сборки ко-транскрипционных сплайсосом. Также было показано, что комплекс CBC влияет на биогенез микроРНК (miRNA). микроРНК транскрибируются РНК-полимеразой II как первичные (при)-микроРНК (pri-miRNA), которые несут кэп m7G. Во время событий ядерного и цитоплазматического процессинга при-микроРНК теряет кэп m7G, а зрелая микроРНК длиной 21-23 нуклеотида включается в RISC (RNA-induced silencing complex - РНК-индуцированный комплекс выключения гена), чтобы управлять сайленсингом РНК. Поскольку большая часть генов микроРНК расположена в интронах, комплекс CBC может участвовать во взаимодействии между процессингом интронных пре-микроРНК и пре-мРНК, ингибируя репликацию вируса за счет влияния на биогенез вирусной РНК, однако его воздействие на биогенез клеточных и вирусных РНК детально не анализировался. ABX464 будет действовать на вирусную репликацию только после того, как провирусная ДНК была интегрирована в клеточную ДНК. Это важно, поскольку вирусный геном, однажды интегрированный в инфицированные клетки, требует как активации, так и ингибирования сплайсинга предшественника мРНК. Успешное инфицирование и продуцирование новых инфекционных частиц ВИЧ (вирус иммунодефицита человека) требует сбалансированной экспрессии семи вирусных белков (Rev, Tat, Nef, Vif, Vpr, Vpu и Env), которые продуцируются при помощи сплайсинга первичного транскрипта в 9 килобаз (kb) ВИЧ-1; среди них факторы Tat и Rev важны для экспрессии вирусных генов на транскрипционном и пост-транскрипционном уровнях в инфицированных клетках. Первичный транскрипт ВИЧ-1 служит не только геномной РНК для потомства вируса, но и мРНК, кодирующей вирусные белки Gag и Gag-Pol. В то время как большинство клеточных несплайсированных РНК остаются в ядре, где они деградируют, ядерный экспорт несплайсированных вирусных РНК облегчается белком Rev через связывание с Rev-чувствительным элементом (RRE) и взаимодействие с CRM1-зависимым экспортным механизмом. Следовательно, для поддержания баланса между экспрессией гена ВИЧ и продуцированием вируса требуется неэффективный альтернативный сплайсинг. Считается, что этот баланс опосредуется длинным концевым повтором (LTR) ВИЧ и наличием субоптимальных вирусных 5' и 3' сайтов сплайсинга (5' и 3' сс), которые положительно регулируются регуляторными последовательностями и их распознаванием родственными транс-действующими клеточными факторами. Было показано, что связывая комплекс CBC, ABX464 препятствует Rev-опосредованному экспорту несплайсированной РНК. Однако основные механизмы, лежащие в основе модуляции вирусного и клеточного сплайсинга и/или биогенеза микроРНК за счет связывания ABX464 с CBC, в настоящее время неизвестны.

[002] ABX464 продемонстрировал сильный противовоспалительный эффект в DSS-модели воспалительного заболевания кишечника (ВЗК) и эффект в предотвращении репликации вируса ВИЧ. ABX464 также продемонстрировал безопасность и эффективность в клинических испытаниях фазы 2а у пациентов с язвенным колитом, подтверждающих правильность концепции. Однако влияние ABX464 на биогенез вирусной и клеточной РНК количественно не определено.

Сущность изобретения

[003] В настоящее время обнаружено, что ABX464 изменяет сплайсинг вирусной РНК, но не клеточный сплайсинг, и индуцирует сплайсинг длинной некодирующей РНК в локусе miR-124, что приводит к усилению регуляции противовоспалительного miR124. Под «локусом miR-124» подразумевается любой из локусов miR-124, который включает локус miR-124-1, локус miR-124-2, локус miR-124-3. Следовательно, способы и применения с участием miR-124 или одного из его локусов в качестве биомаркера, которые раскрыты в настоящей заявке, могут быть также или дополнительно применены к любому из конкретных локусов, известных специалистам в данной области техники.

[004] Соответственно, в одном аспекте настоящее изобретение обеспечивает применение in vitro или ex vivo варианта сплайсинга вирусной РНК в качестве биомаркера вирусной инфекции или эффективности терапевтического лечения указанной вирусной инфекции. В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ применения варианта сплайсинга вирусной РНК в качестве биомаркера вирусной инфекции или эффективности терапевтического лечения указанной вирусной инфекции, который включает измерение наличия или уровня экспрессии варианта сплайсинга вирусной РНК в биологическом образце. В некоторых вариантах осуществления лечение вирусной инфекции включает введение соединения или его фармацевтически приемлемой соли, как описано в настоящей заявке.

[005] В другом аспекте настоящее изобретение обеспечивает применение in vitro или ex vivo сплайсированной длинной некодирующей РНК в локусе miR-124 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака или эффективности терапевтического лечения указанного воспалительного заболевания, расстройства или состояния или указанного рака. В некоторых вариантах осуществления настоящего изобретения предлагается способ применения сплайсированной длинной некодирующей РНК в локусе miR-124 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака или эффективности терапевтического лечения указанного воспалительного заболевания, расстройства или состояния или указанного рака, который включает измерение наличия или уровня экспрессии сплайсированной длинной некодирующей РНК в локусе miR-124 в биологическом образце. В некоторых вариантах осуществления лечение воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака включает введение соединения или его фармацевтически приемлемой соли, как описано в настоящей заявке.

[006] В одном аспекте изобретение относится к применению in vitro или ex vivo варианта сплайсинга ВИЧ c SEQ. ID. NO. 1 в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции или эффективности терапевтического лечения ВИЧ-инфекции.

[007] В одном аспекте изобретение относится к применению in vitro или ex vivo варианта сплайсинга ВИЧ c SEQ. ID. NO. 1 в качестве биомаркера для оценки биологического эффекта соединения при лечении ВИЧ-инфекции.

[008] В одном аспекте изобретение относится к применению in vitro или ex vivo варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 в качестве биомаркера для скрининга соединения или вакцины при профилактике и/или лечении ВИЧ-инфекции.

[009] В одном аспекте изобретение относится к применению in vitro или ex vivo варианта сплайсинга днРНК (lncRNA) 0599-205 в локусе miR-124-1 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака или эффективности терапевтического лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака.

[0010] В одном аспекте изобретение относится к применению in vitro или ex vivo варианта сплайсинга днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в качестве биомаркера для оценки биологического эффекта соединения или медицинского устройства при лечении воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака.

[0011] В одном аспекте изобретение относится к применению in vitro или ex vivo варианта сплайсинга днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в качестве биомаркера для отбора пациента для терапевтического лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака.

[0012] В одном аспекте изобретение относится к применению in vitro или ex vivo miR-124 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака или эффективности терапевтического лечения.

[0013] В одном аспекте изобретение относится к применению in vitro или ex vivo miR-124 в качестве биомаркера для отбора пациента для терапевтического лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака.

[0014] В одном из аспектов применений in vitro или ex vivo, как определено выше, терапевтическое лечение включает введение соединения формулы I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id или IV, IVa, IVb, IVb', IVc, IVd, IV; такого как ABX464, или его фармацевтически приемлемой соли.

[0015] В одном из аспектов применений in vitro или ex vivo, как определено выше, соединение имеет формулу I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id или IV, IVa, IVb, IVb', IVc, IV; такое как ABX464, или его фармацевтически приемлемая соль.

[0016] В одном из аспектов применений in vitro или ex vivo, как определено выше, измеренный уровень экспрессии указанного варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1, или указанного варианта сплайсинга днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1, или указанной miR-124 в выделенном биологическом образце сравнивают с контрольным референтным значением.

Краткое описание чертежей

[0017] На фигуре 1 показан анализ сплайсинга ВИЧ после лечения с помощью ABX464. A. Организация генома ВИЧ-1 и различных продуктов сплайсинга мРНК. Обозначены 5'сс (D1-D4) и 3'сс (A1-A7). ORF (open reading frame - открытая рамка считывания) кодирующих экзонов каждого продукта мРНК обозначены различным цветовым кодом, обозначающим соответствующие кодируемые белки генома ВИЧ. Некодирующие экзоны выделены серым цветом. B. Ингибирование репликации ВИЧ-1, измеренное по продукции p24 в PBMC (peripheral blood mononuclear cell - мононуклеарная клетка периферической крови) от шести доноров. C. Количественная оценка событий сплайсинга ВИЧ с применением РНК CaptureSeq в PBMC от шести разных доноров, которые были инфицированы и не подвергались лечению (DMSO) или подвергались лечению ABX464 в течение 6 дней (464). Показано количество сплайсированных и несплайсированных контигов. Различные продукты сплайсинга окрашены, как в A. D. Последовательность новой вирусной РНК, полученной в результате сплайсинга.

[0018] На фигуре 2 показано, что ABX464 не оказывает глобального влияния на клеточный сплайсинг. A. Эффект ABX464 на инфицированные и неинфицированные CD4+ Т-клетки тестировали с помощью высокопроизводительного подхода секвенирования РНК. Шестнадцать библиотек были сконструированы с применением 4 условий: неинфицированные (DMSO_NI), неинфицированные, обработанные ABX464 (ABX464_NI), инфицированные (DMSO_I) и инфицированные, обработанные ABX464 (464_I), соответствующие 4 донорам. Приблизительно 38 миллионов считываний (более 50 % от общего числа необработанных считываний) были сопоставлены с экзонами последовательности генома человека в каждом из образцов. B. Анализ многомерного масштабирования (MDS) применялся для интерпретации основных тенденций в данных. C. События альтернативного сплайсинга (АS) клеточных генов были разделены на пять основных групп (левая панель): альтернативный 5' сайт сплайсинга (A5SS, оранжевый), альтернативный 3' сайт сплайсинга (A3SS, синий), пропущенный экзон (SE, серый), ввзаимоисключающие экзоны (MXE, серый) и сохраненный экзон (RI, желтый). Количество событий AS при сравнении инфицированных против неинфицированных образцов (DMSO_I против DMSO_NI), неинфицированных против неинфецированных, обработанных ABX464 (DMSO_NI против 464_NI), инфицированных против инфицированных, обработанных ABX464 (DMSO_I против 464_I) и после 50% истощения CBC в IPS (истощение CBC IPS на 50 %) (правая панель). D. Сравнивая показания покрытия считывания экзонов общего высокоэкспрессируемого гена (B2M) в условиях ABX464 и DMSO у 4 доноров, авторы изобретения подтвердили, что ABX464 не увеличивает количество событий сплайсинга в B2M. E. Вулканная диаграмма DMSO_I против DMSO_NI (верхняя панель), DMSO_NI против 464_NI (средняя панель), DMSO_I против 464_I (нижняя панель). Вариация экспрессии генов, вызванная обработкой ABX464, была очень низкой в инфицированных (6 генов с пониженной регуляцией) и неинфицированных (6 генов с пониженной регуляцией) образцах.

[0019] На фигуре 3 показано, что ABX464 активирует одну микроРНК, противовоспалительную miR-124. A. Микроматричный анализ малых РНК из PBMC от 6 доноров. PBMC были инфицированы штаммом YU-2 (I) или неинфицированы (NI) и обработаны ABX464 или не обработаны (DMSO). Вулканные диаграммы показывают, что инфекция приводит к большим вариациям малых некодирующих РНК (левая панель), тогда как ABX464 индуцирует воспроизводимую активацию одной микроРНК, miR-124, в инфицированных и неинфицированных клетках (правая и средняя панели соответственно). B. Количественная оценка экспрессии miR-124 с применением технологии TaqMan Low Density Array в CD4+ T-клетках в тех же условиях, что и в A. C. Экспрессия miR-124, измеренная с помощью кПЦР в PBMC, очищенных CD4+ и CD8 T-клеток и макрофагов, обработанных ABX464, в сравнении к необработанными клеткам (DMSO, кратное изменение). D. Экспрессия miR-124 в PBMC, обработанных антиретровирусными препаратами ABX464, ABX530, маравирок, эфавиренц, дарунавир и AZT, по сравнению с необработанными клетками (DMSO, кратное изменение). E. Количественное определение miR-124 в биоптатах прямой кишки здоровых участников (n = 10) и пациентов с ВИЧ, получавших ART (антиретровирусная терапия) на 1-й и 28-й дни лечения с помощью ABX464 (n = 9). Индивидуальные графики показывают результаты для каждого пациента в сравнении с результатами для здоровых участников.

[0020] На фигуре 4 показано, что активация miR-124 с помощью ABX464 происходит в результате сплайсинга длинной некодирующей РНК в локусе miR-124-1. A. Есть три гена, кодирующие miR-124, miR-124-1, miR-124-2 и miR-124-3, расположенные на хромосомах (Chr) 8 и 20 в геноме человека. B. Авторы изобретения применяли целевой захват РНК и стратегию секвенирования, чтобы определить, какой ген был индуцирован ABX464. Как в инфицированных, так и в неинфицированных клетках обработка ABX464 приводит к активации miR-124 из локуса miR.124.1, тогда как контрольный локус miR-429 не затрагивается. C. Локус miR-124-1 включает длинную некодирующую РНК (днРКН 0599-205), сплайсинг которой стимулируется ABX464. D. Подсчет считываний на стыках сплайсинга (J1, J2, J3 и J4), экзон-экзон (J5 и J6) и область miR-124, 75 п.о. (bp - пар оснований) (miR-124), количественно определяемые с помощью РНК CaptureSeq в PBMC, обработанных ABX464.

[0021] На фигуре 5 показано, что сплайсинг днРНК 0599-205 необходим для продукции miR-124. A. Схематическое изображение предшественника днРНК 0599-205 и праймеров, применяемых для амплификации различных производных РНК. B. Количественная оценка сплайсированных и несплайсированных днРНК 0599-205 в присутствии или в отсутствие ABX464. C. Количественная оценка экспрессии miR-124 после трансфекции плазмид дикого типа (WT) и сплайсинговых мутантных (mut) плазмид днРНК0599-205 в клетках HeLa в присутствии или в отсутствие ABX464. D. Количественная оценка общего количества днРНК 0599-205 дикого типа и сплайсинговых мутантов в присутствии или в отсутствие ABX464.

[0022] На фигуре 6 изображены: A. этапы процессинга и B. протокол обработки секвенирования РНК.

[0023] На фигуре 7 показано представление собранных контигов из двух необработанных образцов (D5_DMSO и D8_DMSO) и трех обработанных ABX464 образцов (D4_464, D5_464 и D8_464).

[0024] На фигуре 8 показан анализ FACS (метод анализа сортировки клеток с активированной флуоресценцией) с применением поверхностных маркеров CD45, CCR7, CCR3 и CCR6 у PBMC (2 донора) и CD4 (4 донора), как необработанных (красный), так и обработанных ABX464 (синий).

[0025] На фигуре 9 представлен анализ влияния обработки ABX464 на экспрессию микроРНК. A. Профили экспрессии микроРНК в PBMC от 6 доноров с применением TaqMan Low Density Array (TLDA). Вулканные диаграммы показывают дифференциальную экспрессию микроРНК в PBMC, обработанных против необработанных ABX464 (левая панель), и инфицированных против неинфицированных (правая панель). В. Сравнение экспрессии miR-124 в макрофагах 6 доноров с применением TaqMan PCR. C. Количественная оценка miR-124 в биоптатах здоровых волонтеров (нормальная ткань), ВИЧ-инфицированных пациентов, получающих АRТ, после 28 дней лечения ABX464 (ВИЧ плюс день 1) и 28 дней спустя (ВИЧ плюс день 28). D. Количественная оценка miR-124 в биоптатах пациентов с ВИЧ, получающих АRТ, в день 1 (D1) и день 28 (D28) лечения и через 28 дней после прекращения лечения (D56).

Подробное описание определенных вариантов осуществления

1. Примерные варианты осуществления биомаркеров и их применений:

[0026] В настоящее время обнаружено, что эффект ABX464 при лечении ВИЧ-инфекции и ВЗК опосредуется одним и тем же механизмом, то есть усиленным сплайсингом пре-мРНК. Было обнаружено, что ABX464 не только усиливает сплайсинг пре-мРНК вирусной РНК ВИЧ, чтобы блокировать репликацию ВИЧ, но также запускает сплайсинг длинной некодирующей РНК, в которой находится один из локусов противовоспалительного miR-124, тем самым увеличивая экспрессию противовоспалительной микроРНК miR-124. Кроме того, обнаружено, что ABX464 не влияет на сплайсинг пре-мРНК клеточных генов. В то время как ABX464 не влияет на сплайсинг пре-мРНК клеточных генов, истощение комплекса CBC с помощью РНКи приводит к накоплению удерживающих интрон транскриптов. Эти результаты означают, что ABX464 не подавляет функцию CBC при сплайсинге, а скорее усиливает ее при патологических состояниях, таких как воспаление и ВИЧ-инфекция.

Вирусные инфекции

[0027] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ применения варианта сплайсинга вирусной РНК в качестве биомаркера вирусной инфекции или эффективности терапевтического лечения указанной вирусной инфекции, который включает измерение наличия или уровня экспрессии варианта сплайсинга вирусной РНК в биологическом образце.

[0028] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ оценки биологического эффекта соединения при лечении вирусной инфекции, который включает измерение наличия или уровня экспрессии варианта сплайсинга вирусной РНК в качестве биомаркера вирусной инфекции.

[0029] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ скрининга соединения или вакцины для профилактики и/или лечения вирусной инфекции, который включает измерение наличия или уровня экспрессии варианта сплайсинга вирусной РНК в качестве биомаркера вирусной инфекции.

[0030] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции, который включает измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии варианта сплайсинга вирусной РНК в качестве биомаркера вирусной инфекции.

[0031] В некоторых вариантах осуществления вирусная инфекция представляет собой вирусную инфекцию, которая требует сплайсинга РНК. В некоторых вариантах осуществления вирусная инфекция, требующая сплайсинга РНК, представляет собой ретровирусную инфекцию. В некоторых вариантах осуществления ретровирусная инфекция представляет собой инфекцию онковирусов, лентивирусов и/или спумавирусов.

[0032] Применяемый в настоящей заявке термин «онковирусы» связан с раком и злокачественными инфекциями. В некоторых вариантах осуществления онковирус выбирают из лейкемогенных вирусов (таких как вирус лейкемии птиц (ALV), вирус лейкемии мышей (MULV), также называемый вирусом Молони, вирус лейкемии кошек (FELV), вирусы лейкемии человека, такие как HTLV1 и HTLV2, вирус обезьяньей лейкемии или STLV, вирус лейкемии крупного рогатого скота или BLV, онковирусы приматов типа D, онковирусы типа B, которые являются индукторами опухолей молочной железы, и онковирусы, которые вызывают быстрое развитие рака (например, вирус саркомы Рауса или RSV).

[0033] Применяемые в настоящей заявке «спумавирусы» проявляют довольно низкую специфичность для данного типа клеток или данного вида, и они иногда связаны с иммуносупрессивными явлениями. В некоторых вариантах осуществления спумавирус представляет собой пенистый вирус обезьян (или SFV).

[0034] Применяемые в настоящей заявке «лентивирусы» ответственны за медленно прогрессирующие патологические состояния, которые очень часто связаны с иммуносупрессивными явлениями, включая СПИД (синдром приобретённого иммунного дефицита).

[0035] В некоторых вариантах осуществления ретровирусная инфекция представляет собой состояние, связанное с ВИЧ и СПИДом. В некоторых вариантах осуществления состояние, связанное с ВИЧ и СПИДом, представляет собой связанное со СПИДом или сопутствующее СПИДу воспалительное расстройство или состояние.

[0036] В некоторых вариантах осуществления наличие или уровень экспрессии варианта сплайсинга вирусной РНК измеряется с применением РНК и/или ДНК амплификации, секвенирования, изотопов, флуоресценции, хромогенных ферментов, спектроскопии, спектрометрии, иммуноанализа или иммуноферментного анализа.

[0037] Как описано в настоящей заявке, обнаружено, что ABX464 генерирует новый вариант сплайсинга ВИЧ в инфицированных ВИЧ клетках (Фиг. 1D):

GGAAAATCTCTAGCAGTGGCGCCCGAACAGGGACTTGAAAGCGAAA

GGAAAACCAGAGGAGCTCTCTCGACGCAGGACTCGGCTTGCTGAAG

CGCGCACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACTGGAAGAAGCGGAG

ACAGCGACGAAGACCTCCTCAGGACAGTCAGACTCATCAAAGTTCTC

TATCAAAGCA (SEQ. ID. NO. 1).

[0038] Соответственно, в некоторых вариантах осуществления вариант сплайсинга вирусной РНК представляет собой вариант сплайсинга ВИЧ в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции. В некоторых вариантах осуществления вариант сплайсинга ВИЧ имеет SEQ. ID. NO. 1.

[0039] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ применения варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции или эффективности терапевтического лечения ВИЧ-инфекции, который включает измерение наличия или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 в биологическом образце.

[0040] В некоторых вариантах осуществления наличие варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 в выделенном биологическом образце свидетельствует об эффективности терапевтического лечения ВИЧ-инфекции.

[0041] В некоторых вариантах осуществления измеренный уровень экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 в выделенном биологическом образце сравнивают с измеренным уровнем экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 в ранее выделенном биологическом образце, и где повышение уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 свидетельствует об эффективности терапевтического лечения ВИЧ-инфекции.

[0042] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ оценки биологического эффекта соединения при лечении ВИЧ-инфекции, который включает измерение наличия или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции.

[0043] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ скрининга соединения или вакцины при профилактике и/или лечении ВИЧ-инфекции, который включает измерение наличия или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции.

[0044] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает вариант сплайсинга ВИЧ, включающий SEQ. ID. NO. 1. В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает композицию, включающую вариант сплайсинга ВИЧ, который включает SEQ. ID. NO. 1. В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает биологический образец, включающий вариант сплайсинга ВИЧ, который включает SEQ. ID. NO. 1.

[0045] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает вариант сплайсинга ВИЧ, который представляет собой вариант сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1. В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает композицию, включающую вариант сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1. В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает биологический образец, включающий вариант сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1.

[0046] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения ВИЧ-инфекции, который включает измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 у пациента. В некоторых вариантах осуществления наличие и/или уровень экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 измеряется в биологическом образце пациента. В некоторых вариантах осуществления биологический образец пациента представляет собой образец крови. В некоторых вариантах осуществления биологический образец пациента представляет собой образец ткани. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения для лечения ВИЧ-инфекции дополнительно включает измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 у пациента перед введением соединения или его фармацевтически приемлемой соли или композиции, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения для лечения ВИЧ-инфекции дополнительно включает измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 у пациента во время курса лечения соединением, или его фармацевтически приемлемой солью, или композицией, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения для лечения ВИЧ-инфекции дополнительно включает отбор пациента для лечения соединением или его фармацевтически приемлемой солью или композицией, как описано в настоящей заявке, путем измерения и/или мониторинга наличия и/или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения для лечения ВИЧ-инфекции дополнительно включает исключение пациента из лечения соединением или его фармацевтически приемлемой солью или композицией, как описано в настоящей заявке, путем измерения и/или мониторинга наличия и/или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ согласно настоящему изобретению для лечения ВИЧ-инфекции дополнительно включает корректировку (например, увеличение или уменьшение) режима дозирования (например, количества дозы и/или расписания введения дозы) соединения или его фармацевтически приемлемой соли или композиции, как описано в настоящей заявке, для введения пациенту, путем измерения и/или мониторинга наличия и/или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ по настоящему изобретению для лечения ВИЧ-инфекции дополнительно включает приостановку и/или прекращение приема соединения или его фармацевтически приемлемой соли или композиции, как описано в настоящей заявке, после того, как измеренное наличие и/или уровень экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1, достигает уровня, показывающего, что лечение можно приостановить и/или прекратить (например, когда уровень экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ достигает плато).

[0047] В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения для лечения ВИЧ-инфекции включает сравнение измеренного уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 у пациента с измеренным ранее уровнем экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 у пациента.

[0048] В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения для лечения ВИЧ-инфекции включает измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 у пациента, чтобы управлять дозой или контролировать реакцию на лечение.

[0049] В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения для лечения ВИЧ-инфекции включает измерение и/или мониторинг варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. NO. 1 у пациента для контроля терапии.

[0050] В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения дополнительно включает измерение сплайсинга пре-мРНК клеточных генов у пациента или в биологическом образце, при этом сплайсинг пре-мРНК клеточных генов не изменяется по сравнению с контрольным образцом. Контрольный образец можно взять из разных источников. В некоторых вариантах осуществления контрольный образец берут у пациента до лечения или до возникновения заболевания (например, архивный образец крови или образец ткани). В некоторых вариантах осуществления контрольный образец берут из набора нормальных, здоровых членов популяции. В некоторых вариантах осуществления контрольный образец берут у пациента перед лечением соединением или его фармацевтически приемлемой солью или композицией, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления клеточный анализ может быть выполнен на биологическом образце.

Воспалительные заболевания, расстройства и состояния и рак

[0051] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ применения локуса miR-124 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака или эффективности терапевтического лечения указанного воспалительного заболевания, расстройства или состояния или указанного рака, который включает измерение наличия или уровня экспрессии miR-124 в биологическом образце.

[0052] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ оценки биологического эффекта соединения или медицинского устройства при лечении воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, который включает измерение наличия или уровня экспрессии miR-124 в качестве биомаркера указанного воспалительного заболевания, расстройства или состояния или указанного рака.

[0053] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ скрининга соединения или медицинского устройства при лечении воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, который включает измерение наличия или уровня экспрессии miR-124 в качестве биомаркера указанного воспалительного заболевания, расстройства или состояния или указанного рака.

[0054] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, который включает измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии miR-124 в качестве биомаркера указанного воспалительного заболевания, расстройства или состояния или указанного рака.

[0055] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ применения сплайсированной длинной некодирующей РНК в локусе miR-124 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака или эффективности терапевтического лечения указанного воспалительного заболевания, расстройства или состояния или указанного рака, который включает измерение наличия или уровня экспрессии сплайсированной длинной некодирующей РНК в локусе miR-124 в биологическом образце.

[0056] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ оценки биологического эффекта соединения или медицинского устройства на лечение воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, который включает измерение наличия или уровня экспрессии сплайсированной длинной некодирующей РНК в локусе miR-124 в качестве биомаркера указанного воспалительного заболевания, расстройства или состояния или указанного рака.

[0057] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ скрининга соединения или медицинского устройства при лечении воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, который включает измерение наличия или уровня экспрессии сплайсированной длинной некодирующей РНК в локусе miR-124 в качестве биомаркера указанного воспалительного заболевания, расстройства или состояния или указанного рака.

[0058] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, который включает измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии сплайсированной длинной некодирующей РНК в локусе miR-124 в качестве биомаркера указанного воспалительного заболевания, расстройства или состояния или указанного рака.

[0059] В некоторых вариантах осуществления сплайсированная длинная некодирующая РНК в локусе miR-124 находится в локусе miR-124-1. В некоторых вариантах осуществления сплайсированная длинная некодирующая РНК в локусе miR-124 находится в локусе miR-124-2. В некоторых вариантах осуществления сплайсированная длинная некодирующая РНК в локусе miR-124 находится в локусе miR-124-3.

[0060] В некоторых вариантах осуществления наличие или уровень экспрессии сплайсированной длинной некодирующей РНК в локусе miR-124 измеряется с применением РНК и/или ДНК-амплификации, секвенирования, изотопов, флуоресценции, хромогенных ферментов, спектроскопии, спектрометрии, иммунологического анализа или иммуноферментного анализа.

[0061] Как описано в настоящей заявке, было обнаружено, что ABX464 индуцирует длинную некодирующую РНК (днРНК 0599-205) в локусе miR-124-1 (Фиг. 4 A и C). Длинная некодирующая РНК, упоминаемая в настоящей заявке и далее во всем описании, как «днРНК0599-205» или «LINC00599-205», имеет происхождение в области локуса miR-124-1 в диапазоне от положения 9903000 до положения 9904500 хромосомы 8, включая указанный локус miR-124-1 (Фиг. 4 A и C); в частности, от положения 9903107 до положения 9904210. В качестве ссылки область последовательности, включающая транскрипт днРНК 0599-205, далее упоминается в настоящей заявке как SEQ. ID. NO. 15. Последовательность трех экзонов, соответствующих транскрипту днРНК0599-205, от 5' до 3', далее упоминается в настоящей заявке, соответственно, как SEQ. ID. NO. 16, как SEQ. ID. NO. 17 и как SEQ. ID. NO. 18. Последовательность транскрипта днРНК 0599-205 дополнительно зарегистрирована в базе данных ENSEMBL как: ENST00000521863.1.

[0062] Соответственно, в некоторых вариантах осуществления сплайсированная длинная некодирующая РНК в локусе miR-124 представляет собой днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака.

[0063] В некоторых вариантах осуществления настоящего изобретения предлагается способ применения днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, или для определения эффективности терапевтического лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, который включает измерение наличия или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в биологическом образце.

[0064] В некоторых вариантах осуществления наличие днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в выделенном биологическом образце указывает на эффективность терапевтического лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака.

[0065] В некоторых вариантах осуществления измеренный уровень экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в выделенном биологическом образце сравнивают с измеренным уровнем экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в ранее выделенном биологическом образце, и где повышение уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 указывает на эффективность терапевтического лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака.

[0066] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к способу оценки биологического эффекта соединения при лечении воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, который включает измерение наличия или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака.

[0067] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ скрининга соединения при лечении воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, который включает измерение наличия или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака.

[0068] В некоторых вариантах осуществления способ по настоящему изобретению для лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака дополнительно включает измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента. В некоторых вариантах осуществления наличие и/или уровень днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 измеряется в биологическом образце пациента. В некоторых вариантах осуществления биологический образец пациента представляет собой образец крови. В некоторых вариантах осуществления биологический образец пациента представляет собой образец ткани. В некоторых вариантах осуществления способ по настоящему изобретению для лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака дополнительно включает измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента перед введением соединения или его фармацевтически приемлемой соли или композиции, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления способ по настоящему изобретению для лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака дополнительно включает измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента во время курса лечения соединением или его фармацевтически приемлемой солью или композицией, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения для лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака дополнительно включает отбор пациента для лечения соединением или его фармацевтически приемлемой солью или композицией, как описано в настоящей заявке, путем измерения и/или мониторинга наличия и/или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения для лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака дополнительно включает исключение пациента из лечения соединением или его фармацевтически приемлемой солью или композицией, как описано в настоящей заявке, путем измерения и/или мониторинга наличия и/или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ по настоящему изобретению для лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака дополнительно включает корректировку (например, увеличение или уменьшение) режима дозирования (например, количества дозы и/или расписания введения дозы) соединения или его фармацевтически приемлемой соли или композиции, как описано в настоящей заявке, для введения пациенту путем измерения и/или мониторинга наличия и/или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента.

[0069] В некоторых вариантах осуществления способ по настоящему изобретению для лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака включает сравнение измеренного уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента с контрольным референтным значением. Контрольное референтное значение, которое будет применяться для сравнения измеренного уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента, получают из контрольного образца. Контрольный образец может быть получен из различных источников. В некоторых вариантах осуществления контрольный образец берут у пациента до лечения или до возникновения заболевания (например, архивный образец крови или образец ткани). В некоторых вариантах осуществления контрольный образец берут из набора нормальных, здоровых членов популяции. В некоторых вариантах осуществления контрольный образец берут у пациента перед лечением соединением или его фармацевтически приемлемой солью или композицией, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления клеточный анализ может быть выполнен на биологическом образце.

[0070] В некоторых вариантах осуществления модулированное наличие и/или уровень экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента по сравнению с контрольным референтным значением указывает на воспалительное заболевание, расстройство или состояние или рак. В некоторых вариантах осуществления модулированное наличие и/или уровень экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента по сравнению с контрольным референтным значением указывает на эффективность лечения соединением или фармацевтически приемлемой солью или композицией, описанными в настоящей заявке, которые вводят пациенту. Термины «модуляция» или «модулированное наличие и/или уровень экспрессии» означают наличие или уровень экспрессии биомаркера, например, днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1, который индуцируется или повышается, или, альтернативно, подавляется или уменьшается.

[0071] В некоторых вариантах осуществления измеренное пониженное или подавленное наличие или пониженный уровень экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 относительно контрольного референтного значения указывает на воспалительное заболевание, расстройство или состояние или рак. В некоторых вариантах осуществления измеренное индуцированное или повышенное наличие или повышенный уровень экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 относительно контрольного референтного значения указывает на эффективность соединения или его фармацевтически приемлемой соли или композиции, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления измеренный уровень экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента, получавшего соединение или его фармацевтически приемлемую соль или композицию, как описано в настоящей заявке, представляет собой двукратное, четырехкратное, шестикратное, восьмикратное или десятикратное увеличение по сравнению с контрольным референтным значением.

[0072] В некоторых вариантах осуществления способ по настоящему изобретению для лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака включает измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента, чтобы управлять дозой или контролировать реакцию на лечение.

[0073] В некоторых вариантах осуществления способ по настоящему изобретению для лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака включает измерение и/или мониторинг днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента, чтобы направлять терапию.

[0074] В некоторых вариантах осуществления настоящего изобретения предлагается алгоритм, который объединяет уровень днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 и уровень цитокина или другого биомаркера для мониторинга тяжести воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака и/или для мониторинга эффективности лечения, включая, но не ограничиваясь этим, лечение, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления способ лечения, описанный в настоящей заявке, включает применение алгоритма, который объединяет уровень днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 и уровень цитокина или другого биомаркера для мониторинга тяжести воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака и/или для контроля эффективности лечения.

2. Определения:

[0075] Соединения по изобретению могут существовать в форме свободных оснований или солей присоединения с фармацевтически приемлемыми кислотами. Подходящие физиологически приемлемые соли присоединения кислот соединений по настоящему изобретению включают сульфат, гидробромид, цитрат, трифторацетат, аскорбат, гидрохлорид, тартрат, трифлат, малеат, мезилат, формиат, ацетат, фумарат и сульфонат, в частности, алкилсульфонат или арилсульфонат и более предпочтительно мезилат, трифлат, эдисилат, безилат и тозилат.

[0076] Соединения по настоящему изобретению и/или их соли могут образовывать сольваты или гидраты, и изобретение включает все такие сольваты и гидраты. Термины «гидраты» и «сольваты» просто означают, что соединения, согласно изобретению, могут быть в форме гидрата или сольвата, то есть объединены или связаны с одной или несколькими молекулами воды или растворителя. Это только химическая характеристика таких соединений, которая применима ко всем органическим соединениям этого типа.

[0077] Соединения по настоящему изобретению могут включать один или более асимметричных атомов углерода. Таким образом, они могут существовать в форме энантиомеров или диастереоизомеров. Эти энантиомеры, диастереоизомеры и их смеси, включая рацемические смеси, входят в объем настоящего изобретения.

[0078] В контексте настоящего изобретения термин:

- «галоген» означает хлор, фтор, бром или йод и предпочтительно означает хлор, фтор или бром,

- «(C₁-C₅)алкил», применяемый в настоящей заявке, соответственно относится к C₁-C₅ нормальному, вторичному или третичному насыщенному углеводороду. Примеры включают, но не ограничиваются ими, метил, этил, 1-пропил, 2-пропил, бутил, пентил,

- «(C₃-C₆)циклоалкил», применяемый в настоящей заявке, соответственно относится к циклическому насыщенному углеводороду. Примеры включают, но не ограничиваются ими, циклопропил, циклобутил, циклопентил, циклогексил,

- «(C₁-C₄)алкокси», применяемый в настоящей заявке, соответственно относится к O-(C₁-C₄)алкильному фрагменту, где алкил такой, как определено выше. Примеры включают, но не ограничиваются ими, метокси, этокси, 1-пропокси, 2-пропокси, бутокси,

- «фторалкильная группа» и «фторалкоксигруппа» относятся соответственно к алкильной группе и алкоксигруппе, как определено выше, причем указанные группы замещены по меньшей мере одним атомом фтора. Примерами являются перфторалкильные группы, такие как трифторметил или перфторпропил,

- «насыщенный 5- или 6-членный гетероцикл» в контексте настоящей заявки соответственно относится к насыщенному циклу, включающему по меньшей мере один гетероатом. Примерами являются, но не ограничиваются ими, морфолин, пиперазин, тиоморфолин, пиперидин, пирролидин.

[0079] Применяемый в настоящей заявке термин «фармацевтически приемлемая соль» относится к тем солям, которые, в рамках разумного медицинского заключения, подходят для применения в контакте с тканями людей и низших животных без чрезмерной токсичности, раздражения, аллергической реакции и подобного, и соразмерны разумному соотношению польза/риск. Фармацевтически приемлемые соли хорошо известны в данной области техники. Например, S. M. Berge et al. подробно описывают фармацевтически приемлемые соли в J. Pharmaceutical Sciences, 1977, 66, 1-19, включенном в настоящий документ посредством ссылки. Фармацевтически приемлемые соли соединений по настоящему изобретению включают соли, полученные из подходящих неорганических и органических кислот и оснований.

[0080] Фармацевтически приемлемые соли соединений по настоящему изобретению включают соли, полученные из подходящих неорганических и органических кислот и оснований. Примерами фармацевтически приемлемых нетоксичных солей присоединения кислот являются соли аминогруппы, образованные с неорганическими кислотами, такими как соляная кислота, бромистоводородная кислота, фосфорная кислота, серная кислота и хлорная кислота, или с органическими кислотами, такими как уксусная кислота, щавелевая кислота, малеиновая кислота, винная кислота, лимонная кислота, янтарная кислота или малоновая кислота, или с применением других способов, применяемых в данной области техники, таких как ионный обмен. Другие фармацевтически приемлемые соли включают адипат, альгинат, аскорбат, аспартат, бензолсульфонат, бензоат, бисульфат, борат, бутират, камфорат, камфорсульфонат, цитрат, циклопентанепропионат, диглюконат, додецилсульфат, этансульфонат, формиат, фумарат, глюкогептонат, глицерофосфат, глюканат, гемисульфат, гептаноат, гексаноат, гидройодид, 2-гидроксиэтансульфонат, лактобионат, лактат, лаурат, лаурилсульфат, малат, малеат, малонат, метансульфонат, 2-нафталинсульфонат, никотинат, нитрат, олеат, оксалат, пальмитат, памоат, пектинат, персульфат, 3-фенилпропионат, фосфат, пивалат, пропионат, стеарат, сукцинат, сульфат, тартрат, тиоцианат, п-толуолсульфонат, ундеканоат, валератные соли и подобное.

[0081] Соли, полученные из соответствующих оснований, включают соли щелочных металлов, щелочноземельных металлов, аммония и N⁺(C_1-4алкил)₄. Типичные соли щелочных или щелочноземельных металлов включают натрий, литий, калий, кальций, магний и тому подобное. Дополнительные фармацевтически приемлемые соли включают, при необходимости, нетоксичные катионы аммония, четвертичного аммония и амина, образованные с применением противоионов, таких как галогенид, гидроксид, карбоксилат, сульфат, фосфат, нитрат, низший алкилсульфонат и арилсульфонат.

[0082] Если не указано иное, изображенные в настоящей заявке структуры также включают все изомерные (например, энантиомерные, диастереомерные и геометрические (или конформационные)) формы структуры; например, конфигурации R и S для каждого асимметричного центра, Z и E изомеры с двойной связью и конформационные изомеры Z и E. Следовательно, отдельные стереохимические изомеры, а также энантиомерные, диастереомерные и геометрические (или конформационные) смеси настоящих соединений входят в объем изобретения. Если не указано иное, все таутомерные формы соединений по изобретению входят в объем изобретения. Кроме того, если не указано иное, изображенные в настоящей заявке структуры также включают соединения, которые различаются только наличием одного или более изотопно обогащенных атомов. Например, соединения, имеющие представленную структуру, включающие замену водорода дейтерием или тритием или замену углерода углеродом, обогащенным ¹³C или ¹⁴C, входят в объем настоящего изобретения. Такие соединения пригодны, например, в качестве аналитических инструментов, зондов в биологических анализах или в качестве терапевтических агентов в соответствии с настоящим изобретением.

3. Примеры вариантов осуществления способов лечения:

[0083] В одном аспекте настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающегося в этом пациенту соединения формулы (I):

(I)

или его фармацевтически приемлемой соли, где:

Z представляет собой C или N;

V представляет собой C или N;

означает ароматическое кольцо, где V представляет собой C или N, и когда V представляет собой N, V находится в орто-, мета- или пара-положении относительно Z;

каждый R независимо представляет собой водород, галоген, -CN, гидроксил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₃)фторалкокси, (C₃-C₆)циклоалкил, -NO₂, -NR₁R₂, (C₁-C₄)алкокси, фенокси, - NR₁-SO₂-NR₁R₂, -NR₁-SO₂-R₁, -NR₁-C(=O)-R₁, -NR₁-C(=O)-NR₁R₂, -SO₂-NR₁R₂, -SO₃H, -O-SO₂-OR₃, -O-P(=O)-(OR₃)(OR₄), -O-CH₂-COOR₃, (C₁-C₃)алкил, причем указанный алкил необязательно моно- или ди-замещен гидроксильной группой, или группу формулы (IIa):

, или группу формулы (IIIa): ;

Q представляет собой N или O, при условии, что R'' отсутствует, когда Q представляет собой O;

каждый из R₁ и R₂ независимо представляет собой водород или (C₁-C₃)алкил;

каждый из R₃ и R₄ независимо представляет собой водород, Li⁺, Na⁺, K⁺, N⁺(Ra)₄ или бензил;

n равен 1, 2 или 3;

n' равен 1, 2 или 3;

каждый R' независимо представляет собой водород, (C₁-C₃)алкил, гидроксил, галоген, - NO₂, -NR₁R₂, морфолинил, морфолино, N-метилпиперазинил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₄)алкокси, -O-P(=O)-(OR₃)(OR₄), -CN, группу формулы (IIa): или группу формулы (IIIa): ;

A представляет собой ковалентную связь, кислород или NH;

B представляет собой ковалентную связь или NH;

m равен 1, 2, 3, 4 или 5;

p равен 1, 2 или 3;

каждый из Ra и Rb независимо представляет собой водород, (C₁-C₅)алкил или (C₃-C₆)циклоалкил, или

Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют насыщенный 5- или 6-членный гетероцикл, причем указанный гетероцикл необязательно замещен одним или более Ra, при условии, что, когда R' представляет собой группу (IIa) или (IIIa), n' может быть равен 2 или 3, только если другие группы R' отличаются от указанной группы (IIa) или (IIIa); и

R'' представляет собой водород, (C₁-C₄)алкил или группу формулы (IIa), как определено выше.

[0084] Как в целом определено выше, Z представляет собой C или N.

[0085] В некоторых вариантах осуществления Z представляет собой C. В некоторых вариантах осуществления Z представляет собой N.

[0086] В некоторых вариантах осуществления Z выбран из тех, которые показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[0087] Как в целом определено выше, V представляет собой C или N.

[0088] В некоторых вариантах осуществления V представляет собой C. В некоторых вариантах осуществления V представляет собой N.

[0089] В некоторых вариантах осуществления V выбран из тех, которые показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[0090] Как в целом определено выше, означает ароматическое кольцо, где V представляет собой C или N, и когда V представляет собой N, V находится в орто-, мета- или пара-положении относительно Z.

[0091] В некоторых вариантах осуществления означает ароматическое кольцо, где V представляет собой C.

[0092] В некоторых вариантах осуществления означает ароматическое кольцо, где V представляет собой N, и V находится в орто-, мета- или пара-положении относительно Z. В некоторых вариантах осуществления V представляет собой N, и V находится в орто-положении относительно Z. В некоторых вариантах осуществления V представляет собой N, и V находится в мета-положении относительно Z. В некоторых вариантах осуществления V представляет собой N, и V находится в пара-положении относительно Z.

[0093] В некоторых вариантах осуществления представляет собой фенил. В некоторых вариантах осуществления представляет собой пиридин. В некоторых вариантах осуществления представляет собой пиридазин. В некоторых вариантах осуществления представляет собой пиримидин. В некоторых вариантах осуществления представляет собой пиразин.

[0094] В некоторых вариантах осуществления выбран из представленных в Таблицах 1-3 ниже.

[0095] Как в целом описано выше, каждый R независимо представляет собой водород, галоген, -CN, гидроксил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₃)фторалкокси, (C₃-C₆)циклоалкил, -NO₂, -NR₁R₂, (C₁-C₄)алкокси, фенокси, -NR₁-SO₂-NR₁R₂, -NR₁-SO₂-R₁, -NR₁-C(=O)-R₁, -NR₁-C(=O)-NR₁R₂, -SO₂-NR₁R₂, -SO₃H, -O-SO₂-OR₃, -O-P(=O)-(OR₃)(OR₄), -O-CH₂-COOR₃ или (C₁-C₃)алкил, причем указанный алкил необязательно моно- или ди-замещен гидроксильной группой.

[0096] В некоторых вариантах осуществления R представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой галоген. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -CN. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой (C₁-C₃)фторалкил, причем указанный алкил необязательно моно- или ди- замещен гидроксилом. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой (C₁-C₃)фторалкокси. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой (C₃-C₆)циклоалкил. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -NO₂. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -NR₁R₂. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой (C₁-C₄)алкокси. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой фенокси. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -NR₁-SO₂-NR₁R₂. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -NR₁-SO₂-R₁. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -NR₁-C(=O)-R₁. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -NR₁-C(=O)-NR₁R₂. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -SO₂-NR₁R₂. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -SO₃H. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -O-SO₂-OR₃. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -O-P(=O)-(OR₃)(OR₄). В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -O-CH₂-COOR₃. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой (C₁-C₃)алкил, причем указанный алкил необязательно моно- или ди-замещен гидроксилом.

[0097] В некоторых вариантах осуществления каждый R независимо представляет собой галоген, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₃)фторалкокси, -NR₁R₂, (C₁-C₄)алкокси или (C₁-C₃)алкил.

[0098] В некоторых вариантах осуществления каждый R независимо представляет собой водород, метил, метокси, трифторметил, трифторметокси, амино, галоген или -O-P(=O)-(OR₃)(OR₄). В некоторых вариантах осуществления R представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой метокси. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой трифторметил. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой трифторметокси. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой амино. В некоторых вариантах осуществления R представляет собой -O-P(=O)-(OR₃)(OR₄).

[0099] В некоторых вариантах осуществления каждый R независимо представляет собой метил, метокси, трифторметил, галоген, трифторметокси или амин.

[00100] В некоторых вариантах осуществления R выбран из тех, что показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00101] Как в целом описано выше, Q представляет собой N или O, при условии, что R″ отсутствует, когда Q представляет собой O.

[00102] В некоторых вариантах осуществления Q представляет собой N. В некоторых вариантах осуществления Q представляет собой O, и R″ отсутствует.

[00103] В некоторых вариантах осуществления Q выбран из тех, что показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00104] Как в целом описано выше, каждый из R₁ и R₂ независимо представляет собой водород или (C₁-C₃)алкил.

[00105] В некоторых вариантах осуществления R₁ представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R₁ представляет собой (C₁-C₃)алкил. В некоторых вариантах осуществления R₂ представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R₂ представляет собой (C₁-C₃)алкил.

[00106] В некоторых вариантах осуществления каждый из R₁ и R₂ независимо выбран из тех, которые показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00107] Как в целом описано выше, каждый из R₃ и R₄ независимо представляет собой водород, Li⁺, Na⁺, K⁺, N⁺(Ra)₄ или бензил.

[00108] В некоторых вариантах осуществления R₃ представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R₃ представляет собой Li⁺. В некоторых вариантах осуществления R₃ представляет собой Na⁺. В некоторых вариантах осуществления R₃ представляет собой K⁺. В некоторых вариантах осуществления R₃ представляет собой N⁺(Ra)₄. В некоторых вариантах осуществления R₃ представляет собой бензил. В некоторых вариантах осуществления R₄ представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R₄ представляет собой Li⁺. В некоторых вариантах осуществления R₄ представляет собой Na⁺. В некоторых вариантах осуществления R₄ представляет собой K⁺. В некоторых вариантах осуществления R₄ представляет собой N⁺(Ra)₄. В некоторых вариантах осуществления R₄ представляет собой бензил.

[00109] В некоторых вариантах осуществления каждый из R₃ и R₄ независимо выбран из тех, что показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00110] Как в целом описано выше, n равно 1, 2 или 3.

[00111] В некоторых вариантах осуществления n равно 1 или 2. В некоторых вариантах осуществления n равно 1. В некоторых вариантах осуществления n равно 2. В некоторых вариантах осуществления n равно 3.

[00112] В некоторых вариантах осуществления n выбран из тех, что показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00113] Как в целом описано выше, n' равен 1, 2 или 3.

[00114] В некоторых вариантах осуществления n' равен 1 или 2. В некоторых вариантах осуществления n' равен 1. В некоторых вариантах осуществления n 'равен 2. В некоторых вариантах осуществления n' равен 3.

[00115] В некоторых вариантах осуществления n' выбран из тех, что показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00116] Как в целом описано выше, каждый R' независимо представляет собой водород, (C₁-C₃)алкил, гидроксил, галоген, -NO₂, -NR₁R₂, морфолинил, морфолино, N-метилпиперазинил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₄)алкокси, -OP(=O)-(OR₃)(OR₄), -CN, группу формулы (IIa):

или группу формулы (IIIa): .

[00117] В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой (C₁-C₃)алкил. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой гидроксил. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой галоген. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой -NO₂. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой NR₁R₂. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой морфолинил. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой морфолино. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой N-метилпиперазинил. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой (C₁-C₃)фторалкил. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой (C₁-C₄)алкокси. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой -O-P(=O)-(OR₃)(OR₄). В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой -CN. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой группу формулы (IIa): . В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой группу формулы (IIIa): .

[00118] В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой амино. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой метил. В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой группу формулы , где A представляет собой O или NH, m равен 2 или 3, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH₃, при условии, что, когда R' представляет собой такую группу, n' равен 1 или 2, и когда n' равен 2, другая группа R' отличается от указанной группы.

[00119] В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой группу формулы , где A представляет собой O или NH, m равно 2, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH₃, при условии, что, когда R' представляет собой такую группу, n' равно 1 или 2, и когда n' равен 2, другая группа R' отличается от указанной группы.

[00120] В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой группу формулы , где A представляет собой O или NH, m равен 3, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH₃, при условии, что, когда R' представляет собой такую группу, n' равен 1 или 2, и когда n 'равен 2, другая группа R' отличается от указанной группы.

[00121] В некоторых вариантах осуществления каждый R' независимо представляет собой водород, галоген, амино, метил, -O-P(=O)-(OR₃)(OR₄) или группу формулы , где A представляет собой O или NH, m равно 2 или 3, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH₃, при условии, что, когда R' представляет собой такую группу, n' равен 1 или 2, и когда n' равен 2, другая группа R' группа отличается от указанной группы.

[00122] В некоторых вариантах осуществления каждый R' независимо представляет собой водород, галоген, метил или группу формулы , где A представляет собой O или NH, m равен 2, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH₃, при условии, что, когда R' представляет собой такую группу, n' равен 1 или 2, и когда n' равен 2, другая группа R' отличается от указанной группы.

[00123] В некоторых вариантах осуществления каждый R' независимо представляет собой галоген, (C₁-C₃)алкил, гидроксил, NR₁R₂, морфолинил, морфолино, N-метилпиперазинил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₄)алкокси или группу формул IIa или IIIa, как описано в настоящей заявке.

[00124] В некоторых вариантах осуществления R' представляет собой галоген или метил.

[00125] В некоторых вариантах осуществления каждый R' независимо выбран из тех, что показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00126] Как в целом описано выше, A представляет собой ковалентную связь, кислород или NH.

[00127] В некоторых вариантах осуществления A представляет собой ковалентную связь. В некоторых вариантах осуществления A представляет собой кислород. В некоторых вариантах осуществления A представляет собой NH.

[00128] В некоторых вариантах осуществления A выбран из тех, что показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00129] Как в целом описано выше, B представляет собой ковалентную связь или NH.

[00130] В некоторых вариантах осуществления B представляет собой ковалентную связь. В некоторых вариантах осуществления B представляет собой NH.

[00131] В некоторых вариантах осуществления B выбран из тех, которые показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00132] Как в целом описано выше, m равен 1, 2, 3, 4 или 5.

[00133] В некоторых вариантах осуществления m равен 1. В некоторых вариантах осуществления m равен 2. В некоторых вариантах осуществления m равен 3. В некоторых вариантах осуществления m равен 4. В некоторых вариантах осуществления m равен 5.

[00134] В некоторых вариантах осуществления m выбран из тех, что показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00135] Как в целом описано выше, p равен 1, 2 или 3.

[00136] В некоторых вариантах осуществления p равен 1. В некоторых вариантах осуществления p равен 2. В некоторых вариантах осуществления p равен 3. В некоторых вариантах осуществления p равен 4. В некоторых вариантах осуществления p равен 5.

[00137] В некоторых вариантах осуществления p выбран из тех, что показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00138] Как в целом описано выше, каждый из Ra и Rb независимо представляет собой водород, (C₁-C₅)алкил или (C₃-C₆)циклоалкил, или Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют насыщенный 5- или 6-членный гетероцикл, причем указанный гетероцикл необязательно замещен одним или более Ra, при условии, что, когда R' представляет собой группу (IIa) или (IIIa), n' может быть равен 2 или 3, только если другие группы R' отличаются от указанной группы (IIa) или (IIIa).

[00139] В некоторых вариантах осуществления Ra представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления Ra представляет собой (C₁-C₅)алкил. В некоторых вариантах осуществления Ra представляет собой (C₃-C₆)циклоалкил. В некоторых вариантах осуществления Rb представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления Rb представляет собой (C₁-C₅)алкил. В некоторых вариантах осуществления Rb представляет собой (C₃-C₆)циклоалкил.

[00140] В некоторых вариантах осуществления Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют насыщенный 5- или 6-членный гетероцикл, причем указанный гетероцикл необязательно замещен одним или более Ra, при условии, что, когда R' представляет собой группу формул (IIa) или (IIIa), n' может быть равен 2 или 3, только если другие группы R' отличаются от указанной группы формул (IIa) или (IIIa). В некоторых вариантах осуществления насыщенный 5- или 6-членный гетероцикл, образованный Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, как описано выше, необязательно имеет дополнительный гетероатом, выбранный из N, O и S.

[00141] В некоторых вариантах осуществления Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют насыщенный 5- или 6-членный гетероцикл, имеющий дополнительный гетероатом, выбранный из N, O и S, причем указанный гетероцикл замещен одним или более Ra, при условии что, когда R' представляет собой группу формул (IIa) или (IIIa), n' может быть равен 2 или 3, только если другие группы R' отличаются от указанной группы формул (IIa) или (IIIa).

[00142] В некоторых вариантах осуществления Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют насыщенный 5-членный гетероцикл, при условии, что, когда R' представляет собой группу формул (IIa) или (IIIa), n' может быть равен 2 или 3, только если другие группы R 'отличаются от указанной группы формул (IIa) или (IIIa).

[00143] В некоторых вариантах осуществления Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют насыщенный 6-членный гетероцикл, при условии, что, когда R' представляет собой группу формул (IIa) или (IIIa), n' может быть равен 2 или 3, только если другие группы R' отличаются от указанной группы формул (IIa) или (IIIa).

[00144] В некоторых вариантах осуществления Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют насыщенный 5- или 6-членный гетероцикл, необязательно имеющий дополнительный гетероатом, выбранный из N, O и S, причем указанный гетероцикл необязательно замещен одним или более Ra при условии, что когда R' представляет собой группу (IIa) или (IIIa), n' может быть равен 2, только если другая группа R' отличается от указанной группы (IIa) или (IIIa).

[00145] В некоторых вариантах осуществления каждый из Ra и Rb независимо выбран из тех, что показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00146] Как в целом описано выше, R'' представляет собой водород, (C₁-C₄)алкил или группу формулы (IIa), как определено выше.

[00147] В некоторых вариантах осуществления R'' представляет собой водород или (C₁-C₄)алкил. В некоторых вариантах осуществления R'' представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R'' представляет собой (C₁-C₄)алкил. В некоторых вариантах осуществления R'' представляет собой группу формулы (IIa), как описано в настоящей заявке.

[00148] В некоторых вариантах осуществления R'' представляет собой группу формулы , где m равен 2 или 3, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH₃.

[00149] В некоторых вариантах осуществления R'' выбран из тех, что показаны в Таблицах 1-3 ниже.

[00150] В некоторых вариантах осуществления n равен 1; n' равен 1 или 2; R'' представляет собой H; R выбран из метила, метокси, трифторметила, галогена, трифторметокси и амино; и каждый R' независимо представляет собой галоген, метил или группу , где A представляет собой O или NH, m равен 2 или 3, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH₃, при условии, что, когда n' равен 2, другая группа R' отличается от указанной группы.

[00151] В некоторых вариантах осуществления n равен 1; n' равен 1; R'' представляет собой H; R выбран из метила, метокси, трифторметила, галогена и трифторметокси; и R' представляет собой галоген или метил.

[00152] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (Ia):

(Ia)

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных R, R', R'', n и n' независимо являются такими, как определено выше и описано в вариантах осуществления в настоящей заявке, как по отдельности, так и в комбинации.

[00153] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции, воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (Ib):

(Ib)

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных R, R', R'', n и n' независимо являются такими, как определено выше и описано в вариантах осуществления в настоящей заявке, как по отдельности, так и в комбинации.

[00154] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (Ic):

(Ic)

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных R, R', R'', n и n' независимо являются такими, как определено выше и описано в вариантах осуществления в настоящей заявке, как по отдельности, так и в комбинации.

[00155] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (Ib'):

(Ib')

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных R, R', R'' и n независимо являются такими, как определено выше и описано в вариантах осуществления в настоящей заявке, как по отдельности, так и в комбинации.

[00156] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (Ib) или его фармацевтически приемлемой соли, где:

каждый R независимо представляет собой галоген, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₃)фторалкокси, -NR₁R₂, (C₁-C₄)алкокси или (C₁-C₃)алкил, причем указанный алкил необязательно моно- или ди- замещен гидроксильной группой;

n равен 1 или 2;

n' равен 1 или 2;

каждый из R₁ и R₂ независимо представляет собой водород или (C₁-C₃)алкил;

каждый из R' независимо представляет собой галоген, (C₁-C₃)алкил, гидроксил, -NR₁R₂, морфолинил, морфолино, N-метилпиперазинил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₄)алкокси или группу формул (IIa) или (IIIa), как описано в настоящей заявке;

A представляет собой ковалентную связь, кислород или NH;

B представляет собой ковалентную связь или NH;

m равен 1, 2, 3, 4 или 5;

p равен 1, 2 или 3;

каждый из Ra и Rb независимо представляет собой водород, (C₁-C₅)алкил или (C₃-C₆)циклоалкил, или

Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют насыщенный 5- или 6-членный гетероцикл, необязательно имеющий дополнительный гетероатом, выбранный из N, O и S, причем указанный гетероцикл необязательно замещен одним или более Ra, при условии, что, когда R' представляет собой группу (IIa) или (IIIa), n' может быть равен 2, только если другая группа R' отличается от указанной группы (IIa) или (IIIa); и

R'' представляет собой водород или (C₁-C₄)алкил.

[00157] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (Ib) или его фармацевтически приемлемой соли, где каждый R' независимо представляет собой водород, галоген, (C₁-C₃)алкил или (C₁-C₄)алкоксигруппу, причем указанный алкил необязательно моно- или ди-замещен гидроксильной группой; R'' представляет собой водород или (C₁-C₄)алкил; n равен 1 или 2; n' равен 1 или 2; когда n равен 1, R представляет собой (C₁-C₃)фторалкокси, -NR₁R₂ или фенокси, где каждый из R₁ и R₂ независимо представляет собой (C₁-C₃)алкил; и когда n равен 2, одна из двух групп R представляет собой (C₁-C₃)фторалкокси, и другая группа R представляет собой (C₁-C₃)алкил.

[00158] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (Ib) или его фармацевтически приемлемой соли, где каждый R независимо представляет собой (C₁-C₃)фторалкокси; каждый R' независимо представляет собой водород, галоген, (C₁-C₃)алкил или (C₁-C₄)алкокси; R'' представляет собой водород или (C₁-C₄)алкил; n равен 1; и n' равен 1 или 2.

[00159] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (Ib') или его фармацевтически приемлемой соли, где каждый R независимо представляет собой водород, галоген, (C₁-C₃)алкил, -NR₁R₂, (C₁-C₃)фторалкокси, -NO₂, фенокси или (C₁-C₄)алкокси, причем указанный алкил необязательно моно- или ди-замещен гидроксильной группой; каждый из R₁ и R₂ независимо представляет собой водород или (C₁-C₃)алкил; R' представляет собой водород, галоген, (C₁-C₃)алкил или (C₁-C₄)алкокси, при условии, что R' отличается от метильной группы в положении 4 хинолиновой группы; R'' представляет собой водород или (C₁-C₄)алкил; n равен 1, 2 или 3; и n' равен 1 или 2.

[00160] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (Id):

(Id)

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждый из R и R' независимо являются такими, как определено выше и описано в вариантах осуществления в настоящей заявке, как по отдельности, так и в комбинации, и R''' представляет собой водород или группу , где A представляет собой O или NH, m равен 2 или 3, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH₃.

[00161] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающего введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (Id) или его фармацевтически приемлемой соли, где R представляет собой метил, метокси, трифторметил, галоген, трифторметокси или амино; R' представляет собой галоген или метил, и R''' представляет собой водород или группу, где A представляет собой O или NH, m равен 2 или 3, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH_3.

[00162] В некоторых вариантах осуществления R''' представляет собой водород. В некоторых вариантах осуществления R''' представляет собой группу, где A представляет собой O или NH, m равен 2 или 3, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH₃. В некоторых вариантах осуществления R''' представляет собой группу , где A представляет собой O, m равен 2 или 3, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH₃. В некоторых вариантах осуществления R''' представляет собой группу , где A представляет собой NH, m равен 2 или 3, и X₁ представляет собой O, CH₂ или N-CH₃.

[00163] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы: («ABX464») или его фармацевтически приемлемой соли.

[00164] В некоторых вариантах осуществления соединение ABX464 или его фармацевтически приемлемая соль находится в аморфной форме. В некоторых вариантах осуществления соединение ABX464 или его фармацевтически приемлемая соль находится в кристаллической форме. В некоторых вариантах осуществления кристаллическая форма соединения ABX464 или его фармацевтически приемлемой соли имеет точку плавления 120,5 °C (±2 °C). В некоторых вариантах осуществления кристаллическая форма соединения ABX464 или его фармацевтически приемлемой соли показывает пики на порошковой рентгеновской дифрактограмме (XRPD) под углами 7,3, 14,6, 18,4 и 24,9. В некоторых вариантах осуществления кристаллическая форма соединения ABX464 или его фармацевтически приемлемой соли показывает один или более пиков XRPD под углами, выбранными из 18,0, 24,2, 28,3 и 29,5. В некоторых вариантах осуществления кристаллическая форма соединения ABX464 или его фармацевтически приемлемой соли показывает один или более пиков XRPD под углами, выбранными из 18,6, 22,3, 23,0 и 23,5.

[00165] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, выбранного из Таблицы 1:

Таблица 1 (соединения формулы Ia, как определено выше)

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94

или его фармацевтически приемлемой соли.

[00166] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, выбранного из Таблицы 2:

[00167] Таблица 2 (соединения формулы (Ib), как определено выше)

95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164

или его фармацевтически приемлемой соли.

[00168] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, выбранного из Таблицы 3:

[00169] Таблица 3 (соединения формулы (I), кроме соединений (Ia) и (Ib))

165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183

или его фармацевтически приемлемой соли.

[00170] В некоторых вариантах осуществления соединение, описанное в настоящей заявке, находится в форме соли, выбранной из сульфата, гидробромида, цитрата, трифторацетата, аскорбата, гидрохлорида, тартрата, трифлата, малеата, мезилата, формиата, ацетата, фумарата и сульфоната. В некоторых вариантах осуществления соединение, описанное в настоящей заявке, находится в форме соли в виде алкилсульфоната или арилсульфоната. В некоторых вариантах осуществления соединение, описанное в настоящей заявке, находится в форме соли, такой как мезилат, трифлат, эдисилат, безилат и тозилат.

[00171] В одном аспекте настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту метаболита соединения, описанного в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления метаболит соединения, описанного в настоящей заявке, представляет собой метаболит N-глюкуронида.

[00172] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (IV):

(IV)

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных V, Z, R, R', n и n' является такой, как указано выше и описано в вариантах осуществления в настоящей заявке, как по отдельности, так и в комбинации.

[00173] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции, или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (IVa):

(IVa)

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных R, R', n и n' независимо является такой, как определено выше и как описано в вариантах осуществления в настоящей заявке, как по отдельности, так и в комбинации.

[00174] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции, или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (IVb):

(IVb)

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных R, R', n и n' независимо является такой, как определено выше и как описано в вариантах осуществления в настоящей заявке, как по отдельности, так и в комбинации.

[00175] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (IVc):

(IVc)

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных R, R', n и n' независимо является такой, как определено выше и как описано в вариантах осуществления в настоящей заявке, как по отдельности, так и в комбинации.

[00176] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (IVb'):

(IVb')

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных R, R' и n независимо является такой, как определено выше и как описано в вариантах осуществления в настоящей заявке, как по отдельности, так и в комбинации.

[00177] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы (IVd):

(IVd)

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных R, R', R''' независимо является такой, как определено выше и как описано в вариантах осуществления в настоящей заявке, как по отдельности, так и в комбинации.

[00178] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения формулы:

или его фармацевтически приемлемой соли.

[00179] В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения включает измерение уровня соединения или его фармацевтически приемлемой соли, как описано в настоящей заявке, или его метаболита у пациента. В некоторых вариантах осуществления уровень соединения или его фармацевтически приемлемой соли, как описано в настоящей заявке, или его метаболита измеряется в биологическом образце пациента. В некоторых вариантах осуществления биологический образец пациента представляет собой образец крови, плазмы и/или сыворотки. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения включает измерение уровня соединения формулы (I), (Ia), (Ib), (Ib'), (Ic) и (Id) или его фармацевтически приемлемых солей у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения включает измерение уровня соединения формул (IV), (IVa), (IVb), (IVb'), (IVc) и (IVd) или его фармацевтически приемлемых солей у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения включает измерение общего уровня соединений формул (I) и (IV) или их фармацевтически приемлемых солей у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения включает измерение общего уровня соединений формул (I) и (IV) или их фармацевтически приемлемых солей у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения включает измерение общего уровня соединений формул (Ia) и (IVa) или их фармацевтически приемлемых солей у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения включает измерение общего уровня соединений формул (Ib) и (IVb) или их фармацевтически приемлемых солей у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения включает измерение общего уровня соединений формул (Ib') и (IVb') или их фармацевтически приемлемых солей у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения включает измерение общего уровня соединений формул (Ic) и (IVc) или их фармацевтически приемлемых солей у пациента. В некоторых вариантах осуществления способ настоящего изобретения включает измерение общего уровня соединений формул (Id) и (IVd) или их фармацевтически приемлемых солей у пациента.

4. Применение, композиции и введение

Фармацевтически приемлемые композиции

[00180] Согласно другому варианту осуществления изобретение обеспечивает композицию, содержащую соединение по настоящему изобретению или его фармацевтически приемлемое производное и фармацевтически приемлемый носитель, вспомогательное вещество или наполнитель. В некоторых вариантах осуществления композиция по настоящему изобретению составлена для введения пациенту, нуждающемуся в такой композиции. В некоторых вариантах осуществления композиция по настоящему изобретению составлена для перорального введения пациенту.

[00181] Применяемый в настоящей заявке термин «пациент» означает животное, предпочтительно млекопитающее и наиболее предпочтительно человека.

[00182] Термин «фармацевтически приемлемый носитель, вспомогательное вещество или наполнитель» относится к нетоксичному носителю, вспомогательному веществу или наполнителю, который не нарушает фармакологическую активность соединения, с которым он составлен. Фармацевтически приемлемые носители, вспомогательные вещества или наполнители, которые можно применять в композициях по настоящему изобретению, включают, помимо прочего, ионообменники, оксид алюминия, стеарат алюминия, лецитин, белки сыворотки, такие как сывороточный альбумин человека, буферы, такие как фосфаты, глицин, сорбиновую кислоту, сорбат калия, смеси неполных глицеридов насыщенных жирных кислот растительного происхождения, воду, соли или электролиты, такие как сульфат протамина, гидрофосфат динатрия, гидрофосфат калия, хлорид натрия, соли цинка, коллоидный диоксид кремния, трисиликат магния, поливинилпирролидон, вещества на основе целлюлозы, полиэтиленгликоль, карбоксиметилцеллюлозу натрия, полиакрилаты, воски, полиэтилен-полиоксипропилен блок-полимеры, полиэтиленгликоль и шерстяной жир.

[00183] «Фармацевтически приемлемое производное» означает любую нетоксичную соль, сложный эфир, соль сложного эфира или другое производное соединения по настоящему изобретению, которое при введении реципиенту способно прямо или косвенно обеспечивать соединение этого изобретения или его активный метаболит, или его остаток.

[00184] «Биологический образец», подходящий для настоящего изобретения, может быть биологической жидкостью, такой как кровь, плазма или сыворотка, слюна, интерстициальная жидкость или образец мочи; клеточным образцом, таким как культура клеток, линия клеток или образец PBMC, биопсией ткани, например ткань ротовой полости, ткань желудочно-кишечного тракта, кожа, образец слизистой оболочки полости рта или множество образцов из клинических испытаний. Биологический образец может быть неочищенным или может быть очищен до различной степени чистоты перед хранением, обработкой или измерением. В некоторых вариантах осуществления биологический образец выбран из группы, состоящей из образца биологической ткани, образца цельной крови, образца мазка, образца плазмы, образца сыворотки, образца слюны, образца вагинальной жидкости, образца спермы, образца гортанно-глоточной жидкости, образца бронхиальной жидкости, образца фекальной жидкости, образца спинномозговой жидкости, образца слезной жидкости и образца супернатанта культуры ткани.

[00185] Композиции по настоящему изобретению можно вводить перорально, парентерально, с помощью ингаляционного спрея, местно, ректально, назально, буккально, вагинально или через имплантированный резервуар. Применяемый в настоящей заявке термин «парентеральный» включает подкожные, внутривенные, внутримышечные, внутрисуставные, внутрисиновиальные, внутригрудинные, интратекальные, внутрипеченочные, внутриочаговые и внутричерепные способы инъекции или инфузии. Предпочтительно композиции вводят перорально, внутрибрюшинно или внутривенно. Стерильные формы для инъекций композиций по настоящему изобретению могут представлять собой водную или масляную суспензию. Эти суспензии могут быть составлены согласно методикам, известным в данной области техники, с применением подходящих диспергирующих или смачивающих агентов и суспендирующих агентов. Стерильный препарат для инъекций может также представлять собой стерильный раствор или суспензию для инъекций в нетоксичном парентерально приемлемом разбавителе или растворителе, например, в виде раствора в 1,3-бутандиоле. К приемлемым наполнителям и растворителям, которые можно применять, относятся вода, раствор Рингера и изотонический раствор хлорида натрия. Кроме того, стерильные нелетучие масла обычно применяются в качестве растворителя или суспендирующей среды.

[00186] Для этой цели можно применять любое мягкое нелетучее масло, включая синтетические моно- или диглицериды. Жирные кислоты, такие как олеиновая кислота и ее глицеридные производные, пригодны при приготовлении препаратов для инъекций, как и натуральные фармацевтически приемлемые масла, такие как оливковое масло или касторовое масло, особенно в их полиоксиэтилированных версиях. Эти масляные растворы или суспензии могут также включать разбавитель или диспергатор на основе длинноцепочечного спирта, такой как карбоксиметилцеллюлоза или аналогичные диспергирующие агенты, которые обычно применяются в составлении фармацевтически приемлемых дозированных форм, включая эмульсии и суспензии. Другие обычно применяемые поверхностно-активные вещества, такие как Tweens, Spans, и другие эмульгирующие агенты или усилители биодоступности, которые обычно применяются при производстве фармацевтически приемлемых твердых, жидких или других дозированных форм, также могут применяться в целях составления.

[00187] Фармацевтически приемлемые композиции по настоящему изобретению можно вводить перорально в любой перорально приемлемой дозированной форме, включая, но не ограничиваясь, капсулы, таблетки, водные суспензии или растворы. В случае таблеток для перорального применения обычно применяемые носители включают лактозу и кукурузный крахмал. Также обычно добавляют смазывающие агенты, такие как стеарат магния. Для перорального введения в форме капсул подходящие разбавители включают лактозу и сушеный кукурузный крахмал. Когда для перорального применения требуются водные суспензии, активный ингредиент комбинируют с эмульгирующими и суспендирующими агентами. При желании также могут быть добавлены определенные подсластители, ароматизаторы или красители.

[00188] Альтернативно, фармацевтически приемлемые композиции по настоящему изобретению можно вводить в форме суппозиториев для ректального введения. Их можно приготовить путем смешивания агента с подходящим нераздражающим эксципиентом, который является твердым при комнатной температуре, но жидким при ректальной температуре и, следовательно, плавится в прямой кишке с высвобождением лекарственного средства. Такие материалы включают масло какао, пчелиный воск и полиэтиленгликоли.

[00189] Фармацевтически приемлемые композиции по настоящему изобретению также можно вводить местно, особенно когда цель лечения включает области или органы, легко доступные для местного применения, включая заболевания глаз, кожи или нижних отделов кишечного тракта. Подходящие составы для местного применения легко приготовить для каждой из этих областей или органов.

[00190] Местное применение для нижних отделов кишечного тракта может осуществляться в виде ректальных суппозиториев (см. выше) или подходящих составов для клизмы. Также могут применяться трансдермальные пластыри для местного применения.

[00191] Для местного применения обеспеченные фармацевтически приемлемые композиции могут быть составлены в виде подходящей мази, содержащей активный компонент, суспендированный или растворенный в одном или более носителях. Носители для местного введения соединений по настоящему изобретению включают, помимо прочего, минеральное масло, жидкий вазелин, белый вазелин, пропиленгликоль, полиоксиэтилен, соединение полиоксипропилена, эмульгирующий воск и воду. Альтернативно, обеспеченные фармацевтически приемлемые композиции могут быть составлены в виде подходящего лосьона или крема, содержащего активные компоненты, суспендированные или растворенные в одном или более фармацевтически приемлемых носителях. Подходящие носители включают, помимо прочего, минеральное масло, моностеарат сорбитана, полисорбат 60, воск цетиловых эфиров, цетеариловый спирт, 2-октилдодеканол, бензиловый спирт и воду.

[00192] Для офтальмологического применения обеспеченные фармацевтически приемлемые композиции могут быть составлены в виде микронизированных суспензий в изотоническом стерильном физиологическом растворе с отрегулированным pH или, предпочтительно, в виде растворов в изотоническом стерильном физиологическом растворе с отрегулированным pH, либо с консервантом, таким как хлорид бензилалкония, либо без него. Альтернативно, для офтальмологических применений фармацевтически приемлемые композиции могут быть составлены в виде мази, такой как вазелин.

[00193] Фармацевтически приемлемые композиции по настоящему изобретению также можно вводить с помощью назального аэрозоля или ингаляции. Такие композиции готовят согласно методикам, хорошо известным в области фармацевтических композиций, и могут быть приготовлены в виде растворов в физиологическом растворе с применением бензилового спирта или других подходящих консервантов, промоторов абсорбции для повышения биодоступности, фторуглеродов и/или других обычных солюбилизирующих или диспергирующих агентов.

[00194] Наиболее предпочтительно фармацевтически приемлемые композиции по настоящему изобретению составлены для перорального введения. Такие композиции можно вводить с пищей или без нее. В некоторых вариантах осуществления фармацевтически приемлемые композиции по настоящему изобретению вводят без еды. В других вариантах осуществления фармацевтически приемлемые композиции по настоящему изобретению вводят с пищей.

[00195] Количество соединений по настоящему изобретению, которые могут быть объединены с материалами-носителями для получения композиции в единичной дозированной форме, будет варьироваться в зависимости от реципиента, которого лечат, конкретного способа введения. Предпочтительно обеспеченные композиции должны быть составлены таким образом, чтобы пациенту, получающему эти композиции, можно было вводить дозу ингибитора от 0,01 до 100 мг/кг массы тела/день.

[00196] Также следует понимать, что конкретная дозировка и схема лечения для любого конкретного пациента будет зависеть от множества факторов, включая активность конкретного применяемого соединения, возраст, массу тела, общее состояние здоровья, пол, диету, время введения, скорость выведения, комбинацию лекарственных средств, заключение лечащего врача и тяжесть конкретного заболевания, подлежащего лечению. Количество соединения по настоящему изобретению в композиции также будет зависеть от конкретного соединения в композиции.

Применение соединений и фармацевтически приемлемых композиций

[00197] Соединения и композиции, описанные в настоящей заявке, в общем пригодны для лечения вирусной инфекции или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака.

[00198] Применяемые в настоящей заявке термины «лечение», «обработка» и «лечить» относятся к обратному развитию, облегчению, отсрочке начала или ингибированию развития заболевания или расстройства, или одного или более их симптомов, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления лечение можно вводить после развития одного или более симптомов. В других вариантах осуществления лечение можно вводить при отсутствии симптомов. Например, лечение может быть назначено восприимчивому индивиду до появления симптомов (например, в свете симптомов в анамнезе и/или в свете генетических или других факторов восприимчивости). Лечение также может быть продолжено после исчезновения симптомов, например, для предотвращения или отсрочки их повторения.

[00199] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения или композиции, как описано в настоящей заявке.

[00200] Соединения и композиции согласно способу настоящего изобретения можно вводить с применением любого количества и любого способа введения, эффективных для лечения или уменьшения тяжести заболевания или расстройства, или одного или более их симптомов, как описано в настоящей заявке. Точное требуемое количество будет варьироваться от субъекта к субъекту, в зависимости от вида, возраста и общего состояния субъекта, тяжести заболевания или состояния, конкретного агента, способа его введения и т. п. Соединения, как описано в настоящей заявке, предпочтительно составлены в виде единичной дозированной формы для простоты введения и единообразия дозировки. Выражение «единичная дозированная форма», применяемое в настоящей заявке, относится к физически дискретной единице агента, подходящей для пациента, подлежащего лечению. Однако следует понимать, что общее ежедневное применение соединений и композиций по настоящему изобретению будет определяться лечащим врачом в рамках обоснованного медицинского заключения. Конкретный уровень эффективной дозы для любого конкретного пациента или организма будет зависеть от множества факторов, включая расстройство, которое лечат, и тяжесть расстройства; активность конкретного применяемого соединения; конкретную применяемую композицию; возраст, массу тела, общее состояние здоровья, пол и диету пациента; время введения, способ введения и скорость выведения конкретного применяемого соединения; продолжительность лечения; лекарственные средства, применяемые в комбинации или одновременно с конкретным применяемым соединением, и подобные факторы, хорошо известные в области медицины. Применяемый в настоящей заявке термин «пациент» означает животное, предпочтительно млекопитающее и наиболее предпочтительно человека.

[00201] Фармацевтически приемлемые композиции по настоящему изобретению можно вводить людям и другим животным перорально, ректально, парентерально, интрацистернально, интравагинально, внутрибрюшинно, местно (в виде порошков, мазей или капель), буккально, в виде перорального или назального спрея или тому подобного, в зависимости от тяжести инфекции, которую лечат. В некоторых вариантах осуществления соединения по изобретению можно вводить перорально или парентерально при уровнях дозировки от примерно 0,01 мг/кг до примерно 50 мг/кг и предпочтительно от примерно 1 мг/кг до примерно 25 мг/кг массы тела субъекта в день один или более раз в день для получения желаемого терапевтического эффекта.

[00202] Жидкие дозированные формы для перорального введения включают, но не ограничиваются ими, фармацевтически приемлемые эмульсии, микроэмульсии, растворы, суспензии, сиропы и эликсиры. В дополнение к активным соединениям жидкие дозированные формы могут включать инертные разбавители, обычно применяемые в данной области техники, такие как, например, вода или другие растворители, солюбилизирующие агенты и эмульгаторы, такие как этиловый спирт, изопропиловый спирт, этилкарбонат, этилацетат, бензиловый спирт, бензилбензоат, пропиленгликоль, 1,3-бутиленгликоль, диметилформамид, масла (в частности, хлопковое, арахисовое, кукурузное, зародышевое, оливковое, касторовое и кунжутное масла), глицерин, тетрагидрофурфуриловый спирт, полиэтиленгликоли и сложные эфиры жирных кислот сорбитана и их смеси. Помимо инертных разбавителей пероральные композиции могут также включать вспомогательные вещества, такие как смачивающие агенты, эмульгирующие и суспендирующие агенты, подсластители, ароматизаторы и отдушки.

[00203] Препараты для инъекций, например стерильные водные или масляные суспензии для инъекций, могут быть составлены в соответствии с известными методиками уровня техники с применением подходящих диспергирующих или смачивающих агентов и суспендирующих агентов. Стерильный препарат для инъекций может также представлять собой стерильный раствор для инъекций, суспензию или эмульсию в нетоксичном парентерально приемлемом разбавителе или растворителе, например, в виде раствора в 1,3-бутандиоле. Среди приемлемых наполнителей и растворителей, которые можно применять, можно назвать воду, раствор Рингера, U.S.P. и изотонический раствор хлорида натрия. Кроме того, стерильные нелетучие масла обычно могут применяться в качестве растворителя или суспендирующей среды. Для этой цели можно применять любое мягкое нелетучее масло, включая синтетические моно- или диглицериды. Кроме того, при приготовлении инъекционных препаратов применяются жирные кислоты, такие как олеиновая кислота.

[00204] Композиции для инъекций можно стерилизовать, например, путем фильтрации через задерживающий бактерии фильтр или путем включения стерилизующих агентов в форме стерильных твердых композиций, которые можно растворять или диспергировать в стерильной воде или другой стерильной среде для инъекций перед применением.

[00205] Чтобы продлить эффект соединения по настоящему изобретению, часто желательно замедлить абсорбцию соединения при подкожной или внутримышечной инъекции. Это может быть достигнуто за счет применения жидкой суспензии кристаллического или аморфного материала с плохой растворимостью в воде. Скорость абсорбции соединения затем зависит от скорости его растворения, которая, в свою очередь, может зависеть от размера кристаллов и кристаллической формы. Альтернативно, отсроченная абсорбция парентерально вводимой формы соединения достигается растворением или суспендированием соединения в масляном наполнителе. Депо-формы для инъекций получают путем формирования микроинкапсулированных матриц соединения в биоразлагаемых полимерах, таких как полилактид-полигликолид. В зависимости от отношения соединения к полимеру и природы конкретного применяемого полимера скорость высвобождения соединения можно контролировать. Примеры других биоразлагаемых полимеров включают поли(ортоэфиры) и поли(ангидриды). Депо-композиции для инъекций также получают путем захвата соединения липосомами или микроэмульсиями, которые совместимы с тканями тела.

[00206] Композиции для ректального или вагинального введения предпочтительно представляют собой суппозитории, которые можно приготовить путем смешивания описанных в настоящей заявке соединений с подходящими нераздражающими эксципиентами или носителями, такими как масло какао, полиэтиленгликоль или воск для суппозиториев, которые являются твердыми при температуре окружающей среды, но жидкими при температуре тела, и поэтому плавятся в прямой кишке или вагинальной полости и высвобождают активное соединение.

[00207] Твердые дозированные формы для перорального введения включают капсулы, таблетки, пилюли, порошки и гранулы. В таких твердых дозированных формах активное соединение смешано по меньшей мере с одним инертным фармацевтически приемлемым эксципиентом или носителем, таким как цитрат натрия или дикальцийфосфат, и/или а) наполнителями или расширителями, такими как крахмалы, лактоза, сахароза, глюкоза, маннит и кремниевая кислота, b) связующими веществами, такими как, например, карбоксиметилцеллюлоза, альгинаты, желатин, поливинилпирролидинон, сахароза и аравийская камедь, c) увлажнителями, такими как глицерин, d) дезинтегрирующими агентами, такими как агар-агар, карбонат кальция, картофельный или тапиоковый крахмал, альгиновая кислота, некоторые силикаты и карбонат натрия, e) агентами, замедляющими растворение, такими как парафин, f) ускорителями абсорбции, такими как соединения четвертичного аммония, g) смачивающими агентами, такими как, например, цетиловый спирт и моностеарат глицерина, h) абсорбентами, такими как каолин и бентонитовая глина, и i) смазывающими веществами, такими как тальк, стеарат кальция, стеарат магния, твердые полиэтиленгликоли, лаурилсульфат натрия и их смеси. В случае капсул, таблеток и пилюль дозированная форма может также включать буферные агенты.

[00208] Твердые композиции подобного типа также могут применяться в качестве наполнителей в мягких и твердых желатиновых капсулах с применением таких эксципиентов, как лактоза или молочный сахар, а также полиэтиленгликоли с высокой молекулярной массой и т. п. Твердые дозированные формы таблеток, драже, капсул, пилюль и гранул могут быть приготовлены с покрытиями и оболочками, такими как энтеросолюбильные покрытия и другие покрытия, хорошо известные в области фармацевтических препаратов. Они могут необязательно включать агенты, придающие непрозрачность, а также могут быть композицией, которая высвобождает активный ингредиент (ингредиенты) только или предпочтительно в определенной части кишечного тракта, необязательно, отсроченным образом. Примеры композиций для заливки, которые можно применять, включают полимерные вещества и воски. Твердые композиции подобного типа также могут применяться в качестве наполнителей в мягких и твердых желатиновых капсулах с применением таких эксципиентов, как лактоза или молочный сахар, а также полэтиленгликолей с высокой молекулярной массой и т. п.

[00209] Активные соединения также могут быть в микроинкапсулированной форме с одним или более эксципиентами, как указано выше. Твердые дозированные формы таблеток, драже, капсул, пилюль и гранул могут быть приготовлены с покрытиями и оболочками, такими как энтеросолюбильные покрытия, покрытия, контролирующие высвобождение, и другие покрытия, хорошо известные в области фармацевтических препаратов. В таких твердых дозированных формах активное соединение может быть смешано по меньшей мере с одним инертным разбавителем, таким как сахароза, лактоза или крахмал. Такие дозированные формы могут также включать, как это принято на практике, дополнительные вещества, отличные от инертных разбавителей, например, смазывающие вещества для таблетирования и другие вспомогательные вещества для таблетирования, такие как стеарат магния и микрокристаллическая целлюлоза. В случае капсул, таблеток и пилюль дозированные формы могут также включать буферные агенты. Они могут необязательно включать агенты, придающие непрозрачность, а также могут быть композицией, которая высвобождает активный ингредиент (ингредиенты) только или предпочтительно в определенной части кишечного тракта, необязательно, отсроченным образом. Примеры композиций для заливки, которые можно применять, включают полимерные вещества и воски.

[00210] Дозированные формы для местного или трансдермального введения соединения по настоящему изобретению включают мази, пасты, кремы, лосьоны, гели, порошки, растворы, спреи, ингалянты или пластыри. Активный компонент смешивают в стерильных условиях с фармацевтически приемлемым носителем и любыми необходимыми консервантами или буферами, которые могут потребоваться. Офтальмологическая композиция, ушные капли и глазные капли также входят в объем настоящего изобретения. Кроме того, настоящее изобретение предполагает применение трансдермальных пластырей, которые имеют дополнительное преимущество, заключающееся в обеспечении контролируемой доставки соединения в организм. Такие дозированные формы могут быть получены путем растворения или распределения соединения в подходящей среде. Усилители абсорбции также могут применяться для увеличения проникновения соединения через кожу. Скорость можно контролировать либо путем обеспечения мембраны, контролирующей скорость, либо путем диспергирования соединения в полимерной матрице или геле.

Воспалительные заболевания, расстройства или состояния

[00211] Соединения, описанные в настоящей заявке, пригодны при лечении воспалительных или обструктивных заболеваний дыхательных путей, что приводит, например, к уменьшению повреждения тканей, воспаления дыхательных путей, гиперреактивности бронхов, ремоделирования или прогрессирования заболевания. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние представляет собой воспалительные или обструктивные заболевания дыхательных путей, включая, помимо прочего, астму любого типа или происхождения, включая как наследственную (неаллергическую) астму, так и приобретенную (аллергическую) астму, легкую астму, астму средней степени тяжести, тяжелую астму, бронхитическую астму, астму, вызванную физической нагрузкой, профессиональную астму и астму, вызванную бактериальной инфекцией. Под лечением астмы также следует понимать лечение субъектов, например, возрастом менее 4 или 5 лет, с симптомами свистящего дыхания и диагностированным или диагностируемым как «младенцы с хрипом», установленной категорией пациентов, вызывающей серьезное медицинское беспокойство, и в настоящее время часто идентифицируемых как астматики на начальной или ранней стадии.

[00212] Соединения, описанные в настоящей заявке, пригодны при лечении гетероиммунных заболеваний. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние представляет собой гетероиммунные заболевания, включая, помимо прочего, болезнь «трансплантат против хозяина», трансплантацию, переливание крови, анафилаксию, аллергию (например, аллергию на пыльцу растений, латекс, лекарственные средства, продукты питания, яды насекомых, шерсть животных, перхоть животных, пылевых клещей или кал тараканов), гиперчувствительность I типа, аллергический конъюнктивит, аллергический ринит и атопический дерматит.

[00213] Доказательством профилактической эффективности лечения астмы будет снижение частоты или тяжести симптоматических приступов, например, острого астматического или бронхоконстрикторного приступа, улучшения функции легких или повышенной гиперреактивности дыхательных путей. Об этом также может свидетельствовать снижение потребности в другой симптоматической терапии, такой как терапия для или предназначенная для ограничения или прекращения симптоматической атаки, когда она возникает, например, противовоспалительные или бронхолитические средства. Профилактический эффект при астме может быть очевиден, в частности, у субъектов, склонных к «утреннему погружению». «Утреннее погружение» является признанным астматическим синдром, общим для значительного процента астматиков и характеризующимся приступом астмы, например между примерно 4 и 6 часами утра, то есть в то время, которое обычно значительно удалено от любой ранее назначенной симптоматической терапии астмы.

[00214] В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние выбрано из острого повреждения легких (ALI), синдрома острого респираторного дистресс-синдрома (ARDS) у взрослых, хронического обструктивного заболевания легких, дыхательных путей или легких (COPD, COAD или COLD), включая хронический бронхит или связанной с ним одышки, эмфиземы, а также обострения гиперреактивности дыхательных путей вследствие другой лекарственной терапии, в частности, другой ингаляционной лекарственной терапии. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние представляет собой бронхит, при этом бронхит представляет собой бронхит любого типа или происхождения, включая, но не ограничиваясь ими, острый, арахидический, катаральный, крупусный, хронический или фтиноидный бронхит. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние представляет собой пневмокониоз (воспалительное, обычно профессиональное заболевание легких, часто сопровождающееся обструкцией дыхательных путей, хронической или острой, и вызванное повтрояющимся вдыханием пыли) любого типа или происхождения, включая, например, алюмоз, антракоз, асбестоз, халикоз, птилоз, сидероз, силикоз, табакоз и биссиноз.

[00215] В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние представляет собой расстройство, связанное с эозинофилами, например эозинофилию. В некоторых вариантах осуществления расстройство, связанное с эозинофилами, представляет собой расстройство дыхательных путей, связанное с эозинофилами (например, включающее патологическую эозинофильную инфильтрацию легочных тканей), включая гиперэозинофилию, поскольку оно влияет на дыхательные пути и/или легкие, а также, например, связанные с эозинофилами расстройства дыхательных путей, являющиеся следствием или сопутствующими синдрому Лоффлера, эозинофильной пневмонии, паразитарной (в частности, многоклеточная) инвазии (включая тропическую эозинофилию), бронхолегочного аспергиллеза, узлового полиартериита (включая синдром Чарджа-Стросса), эозинофильной гранулемы и связанного с эозинофилами расстройства дыхательных путей, вызванное реакцией на лекарственные препараты.

[00216] Соединения, описанные в настоящей заявке, также пригодны при лечении воспалительных или аллергических состояний кожи. В некоторых вариантах осуществления воспалительное или аллергическое состояние кожи выбрано из псориаза, контактного дерматита, атопического дерматита, очаговой алопеции, мультиформной эритемы, герпетиформного дерматита, склеродермии, витилиго, гиперчувствительного ангиита, крапивницы, буллезного пемфигоида, красной волчанки, системной красной волчанки, пузырчатки обыкновенной, листовидной пузырчатки, паранеопластической пузырчатки, приобретенного буллезного эпидермолиза, обыкновенных угрей и других воспалительных или аллергических состояний кожи.

[00217] В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние представляет собой заболевание или состояние, имеющее воспалительный компонент, например заболевания и состояния глаз, такие как глазная аллергия, конъюнктивит, сухой кератоконъюнктивит, увеит и весенний конъюнктивит, заболевания и состояния, влияющие на нос, включая аллергический ринит, и воспалительное заболевание, в которое вовлечены аутоиммунные реакции или имеющие аутоиммунный компонент или этиологию, включая аутоиммунные гематологические расстройства (например, гемолитическая анемия, апластическая анемия, истинная эритроцитарная анемия и идиопатическая тромбоцитопения), системную красную волчанку, ревматоидный артрит, полихондрит, склеродермию, гранулематоз Вегенера, дерматомиозит, хронический актинвые гепатит, синдром Стивена-Джонсона, идиопатический спру, аутоиммунное воспалительное заболевание кишечника (например, язвенный колит и болезнь Крона), синдром раздраженного кишечника, целиакию, пародонтит, заболевание гиалиновой мембраны, заболевание почек, гломерулярную болезнь, алкогольную болезнь печени, рассеянный склероз, эндокринную офтальмопатию, болезнь Грейвса, саркоидоз, альвеолит, хронический гиперчувствительный пневмонит, рассеянный склероз, первичный билиарный цирроз, увеит (передний и задний), синдром Шегрена, сухой кератоконъюнктивит, увеит и весенний кератоконъюнктивит, интерстициальный фиброз легких, псориатический артрит, системный ювенильный идиопатический артрит, криопирин-ассоциированный периодический синдром, синдром Макла-Уэллса, нефрит, васкулит, дивертикулит, интерстициальный цистит, гломерулонефрит (с нефротическим синдромом и без него, включая идиопатический нефротический синдром или нефропатию с минальными изменениями), хроническую гранулематозную болезнь, эндометриоз, лептоспириоз, почечную недостаточность, глаукому, заболевание сетчатки, старение, головную боль, боль, комплексный региональный болевой синдром, гипертрофию сердца, истощение мышц, катаболические расстройства, ожирение, задержку роста плода, кишечную недостаточность, гиперхлоестеринемию, болезнь сердца, хроническую сердечную недостаточность, мезотелиому, ангидротическую экодермальную дисплазию, болезнь Бехчета, синдром недержания пигмента, болезнь Педжета, острый или хронический панкреатит, синдром наследственной периодической лихорадки, астму (аллергическую и неаллергическую, легкую, умеренную, тяжелую, бронхитическую и вызванную физической нагрузкой), острое повреждение легких, острый респираторный дистресс-синдром, эозинофилию, гиперчувствительность, анафилаксию, носовой синусит, глазную аллергию, заболевания, вызванные диоксидом кремния, ХОБЛ (уменьшение повреждений, воспаление дыхательных путей, гиперреактивность бронхов, ремоделирование или прогрессирование заболевания), легочные заболевания, муковисцидоз, кислотно-индуцированное повреждение легких, легочную гипертензию, полинейропатию, катаракту, воспаление мышц в сочетании с системным склерозом, миозит с тельцами включения, тяжелую миастению, тиреоидит, болезнь Аддисона, красный плоский лишай, диабет 1 типа или диабет 2 типа, аппендицит, атопический дерматит, астму, аллергию, блефарит, бронхиолит, бронхит, бурсит, цервицит, холангит, холецистит, хроническое отторжение трансплантата, колит, конъюнктивит, болезнь Крона, цистит, дакриоаденит, дерматит, дерматомиозит, энцефалит, эндокардит, эндометрит, энтерит, энтероколит, эпикондилит, эпидидимит, фасциит, фиброзит, гастрит, гастроэнтерит, пурпуру Геноха-Шонлейна, гепатит, гнойный гидраденит, нефропатию иммуноглобулина А, интерстициальную болезнь легких, ларингит, мастит, менингит, миелит, миокардит, миозит, нефрит, оофорит, орхит, остеит, отит, панкреатит, паротит, перикардит, перитонит, фарингит, плеврит, флебит, пневмонит, пневмонию, полимиозит, проктит, простатит, пиелонефрит, ринит, сальпингит, синусит, стоматит, синовит, тендинит, тонзиллит, язвенный колит, увеит, вагинит, васкулит или вульвит.

[00218] В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние представляет собой острое или хроническое отторжение трансплантата при трансплантации почки, печени, сердца, легочной артерии или болезнь «трансплантат против хозяина» при трансплантации костного мозга.

[00219] В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние представляет собой воспалительное заболевание, расстройство или состояние кожи. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние кожи выбрано из контактного дерматита, атопического дерматита, очаговой алопеции, мультиформной эритемы, герпетиформного дерматита, склеродермии, витилиго, гиперчувствительного ангиита, крапивницы, буллезного пемфигоида, пузырчатки обыкновенной, листовидной пузырчатки, паранеопластической пузырчатки, приобретенного буллезного эпидермолиза и других воспалительных или аллергических состояний кожи.

[00220] В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние выбрано из острой и хронической подагры, хронического подагрического артрита, псориаза, псориатического артрита, ревматоидного артрита, ювенильного ревматоидного артрита, системного ювенильного идиопатического артрита (SJIA), криопирин-ассоциированного периодического синдрома (CAPS), синдрома Макла-Уэллса и остеоартрита.

[00221] В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние представляет собой заболевание, опосредованное TH17. В некоторых вариантах осуществления заболевание, опосредованное TH17, выбрано из системной красной волчанки, рассеянного склероза и воспалительного заболевания кишечника (включая болезнь Крона или язвенный колит).

[00222] В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние выбрано из синдрома Шегрена, аллергических расстройств, остеоартрита, состояний глаз, таких как глазная аллергия, конъюнктивит, сухой кератоконъюнктивит и весенний конъюнктивит, а также заболеваний, поражающих нос, таких как аллергический ринит.

[00223] В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние связано с трансплантацией. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние связано с трансплантацией органа, отторжением трансплантата органа и/или заболеванием «трансплантат против хозяина».

[00224] В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние представляет собой аутоиммунное расстройство. В некоторых вариантах осуществления аутоиммунное расстройство представляет собой диабет 1 типа, системную красную волчанку, рассеянный склероз, псориаз, болезнь Бехчета, синдром POEMS, болезнь Крона, язвенный колит, анкилозирующий спондилит, аксиальный спондилоартрит, первичный билиарный цирроз, аутоиммунный гепатит или воспалительное заболевание кишечника.

[00225] В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние представляет собой воспалительное расстройство. В некоторых вариантах осуществления воспалительное расстройство представляет собой ревматоидный артрит, астму, хроническое обструктивное заболевание легких, псориаз, гепатомегалию, болезнь Крона, язвенный колит, анкилозирующий спондилит, аксиальный спондилоартрит, первичный билиарный цирроз, ревматическую полимиалгию, гигантоклеточный артериит или воспалительное заболевание кишечника.

[00226] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния поджелудочной железы. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние поджелудочной железы выбрано из диабета 1 типа, диабета 2 типа, острого и хронического панкреатита.

[00227] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния почек. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние почек выбрано из гломерулосклероза, гломерулонефрита, нефрита, острого повреждения почек, болезни Бергера, синдрома Гудпастура, гранулематоза Вегенера и острого или хронического отторжения трансплантата почки.

[00228] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к способу лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния печени. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние в печени выбрано из неалкогольного стеатогепатита (НАСГ), неалкогольной жировой болезни печени (НАЖБП), холестатического заболевания печени, склерозирующего холангита и острого или хронического отторжения трансплантата печени.

[00229] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния легких. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние легких выбрано из хронической обструктивной болезни легких (ХОБЛ), астмы, легочного фиброза, легочной гипертензии, саркоидоза и острого или хронического отторжения трансплантата легких.

[00230] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния кожи. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние кожи выбрано из контактного дерматита, атопического дерматита, псориаза, очаговой алопеции, мультиформной эритемы, герпетиформного дерматита, склеродермии, витилиго, гиперчувствительного ангиита, крапивницы, буллезного пемфигоида, пузырчатки обыкновенной, листовидной пузырчатки, паранеопластической пузырчатки, приобретенного буллезного эпидермолиза, акне, келоидного рубца и других воспалительных или аллергических состояний кожи.

[00231] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния сосуда/крови. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние сосуда/крови выбрано из болезни Бехчета, васкулита, сепсиса, ангиогенеза опухоли, атеросклероза, пролиферативного сосудистого заболевания и рестеноза.

[00232] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния глаза. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние глаза выбрано из конъюнктивита, склерита, эписклерита, панувеита, хориоидита, хориоретинита, нейроретинита, увеита, воспалительного заболевания глазницы и оптического неврита.

[00233] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния центральной или периферической нервной системы. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние центральной или периферической нервной системы выбрано из невирусного и вирусного энцефалита и менингита, депрессии, нейропатической боли, включая хроническую боль, черепно-мозговой травмы, включая инсульт, болезни Альцгеймера, болезни Паркинсона, миелита, болезни Шарко-Мари-Тута 1 типа (включая CMT1A и CMT1B), рассеянного склероза, бокового амиотрофического склероза (БАС), болезни Крейтцфельда-Якоба, демиелинизирующей полинейропатии и периферической нейропатии.

[00234] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения аутоиммунного заболевания, расстройства или состояния. В некоторых вариантах осуществления аутоиммунное заболевание, расстройство или состояние выбрано из волчанки, в том числе кожи и почек, синдрома Гийена-Барре, тяжелой миастении, тиреоидита Хашимото, идиопатической пурпуры, апластической анемии, болезни Грейвса и миокардита.

[00235] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния кишечника. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние кишечника выбрано из кишечной недостаточности, язвенного колита и болезни Крона.

[00236] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния репродуктивной системы. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние репродуктивной системы выбрано из эндометриоза, фибромы матки, дисплазии или роста простаты и дисплазии шейки матки.

[00237] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния кости и/или суставов. В некоторых вариантах осуществления воспалительное заболевание, расстройство или состояние кости и/или суставов выбрано из ювенильного идиопатического артрита, псориатического артрита, пародонтита и артрита кистей, стоп, лодыжки, колена, бедра, плеча, локтя или позвоночника и/или деминерализации.

[00238] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения связанного со СПИДом или сопутствующего СПИДу воспалительного расстройства или состояния.

Комбинированная терапия воспалительных заболеваний, расстройств или состояний

[00239] В зависимости от конкретного состояния или заболевания, которое необходимо лечить, дополнительные терапевтические агенты, которые обычно вводят для лечения этого состояния, можно вводить в комбинации с соединениями и композициями, как описано в настоящей заявке. В контексте настоящего описания дополнительные терапевтические агенты, которые обычно вводят для лечения конкретного заболевания или состояния, известны как «подходящие для заболевания или состояния, подлежащего лечению».

[00240] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения или композиции, как описано в настоящей заявке, в комбинации с другим терапевтическим агентом.

[00241] Эти дополнительные агенты можно вводить отдельно от предусмотренной комбинированной терапии в качестве части режима многократного приема. Альтернативно, эти агенты могут быть частью единичной дозированной формы, смешанной вместе с соединением по настоящему изобретению в единой композиции. При введении в качестве части режима многократного приема два активных агента можно вводить одновременно, последовательно или в течение определенного периода времени отдельно друг от друга, обычно в пределах пяти часов друг от друга.

[00242] Применяемые в настоящей заявке термины «комбинация», «комбинированный» и связанные с ними термины относятся к одновременному или последовательному введению терапевтических агентов в соответствии с настоящей заявкой. Например, комбинацию по настоящему изобретению можно вводить с другим терапевтическим агентом одновременно или последовательно в отдельных единичных дозированных формах или вместе в одной единичной дозированной форме.

[00243] Количество дополнительного терапевтического агента, присутствующего в композициях по настоящему изобретению, будет не больше, чем количество, которое обычно вводится в композиции, включающей этот терапевтический агент в качестве единственного активного агента. Предпочтительно количество дополнительного терапевтического агента в раскрытых в настоящей заявке композициях будет находиться в диапазоне от примерно 50 до 100 % от количества, обычно присутствующего в композиции, включающей этот агент в качестве единственного терапевтически активного агента.

[00244] Комбинация может приводить к аддитивному или синергическому эффекту, где более низкие дозы одного или обоих соединений могут применяться для достижения аналогичной эффективности или те же дозы могут приводить к значительному повышению эффективности.

[00245] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает композицию, включающую соединение, как описано в настоящей заявке, и один или более дополнительных терапевтических агентов. Терапевтический агент можно вводить вместе с соединением, как описано в настоящей заявке, или можно вводить до или после введения соединения, как описано в настоящей заявке. Подходящие терапевтические агенты более подробно описаны ниже. В некоторых вариантах осуществления соединение, описанное в настоящей заявке, можно вводить в течение 5 минут, 10 минут, 15 минут, 30 минут, 1 часа, 2 часов, 3 часов, 4 часов, 5 часов, 6 часов, 7 часов, 8 часов, 9 часов, 10 часов, 11 часов, 12 часов, 13 часов, 14 часов, 15 часов, 16 часов, 17 часов или 18 часов до терапевтического агента. В некоторых вариантах осуществления соединение, как описано в настоящей заявке, можно вводить в течение 5 минут, 10 минут, 15 минут, 30 минут, 1 часа, 2 часов, 3 часов, 4 часов, 5 часов, 6 часов, 7 часов, 8 часов, 9 часов, 10 часов, 11 часов, 12 часов, 13 часов, 14 часов, 15 часов, 16 часов, 17 часов или 18 часов после терапевтического агента.

[00246] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния путем введения нуждающемуся в этом пациенту соединения, как описано в настоящей заявке, и одного или более дополнительных терапевтических агентов. Такие дополнительные терапевтические агенты могут быть небольшими молекулами или рекомбинантными биологическими агентами и включают, например, ацетаминофен, нестероидные противовоспалительные препараты (НПВП), такие как аспирин, ибупрофен, напроксен, этодолак (Lodine®) и целекоксиб, колхицин (Colcrys®), кортикостероиды, такие как преднизон, преднизолон, метилпреднизолон, гидрокортизон и тому подобное, пробенецид, аллопуринол, фебуксостат (Uloric®), сульфасалазин (Azulfidine®), противомалярийные средства, такие как гидроксихлорохин (Plaquenoquil®) и хлорохин (Aralen®), метотрексат (Rheumatrex®), соли золота, такие как тиоглюкоза золота (Solganal®), тиомалат золота (Myochrysine®) и ауранофин (Ridaura®), D-пеницилламин (Depen® или Cuprimine®), азатиоприн (Imuran®), циклофосфамид (Cytoxan®), хлорамбуцил (Leukeran®), циклоспорин (Sandimmune®, Neoral®), такролимус, сиролимус, микофенолят, лефлуномид (Arava®) и «анти-TNF» агенты, такие как этанерцепт (Enbrel®), инфликсимаб (Remicade®), голимумаб (Simponi®), цертолизумаб пэгол (Cimzia®) и адалимумаб (Humira®), «анти-IL-1» агенты, такие как анакинра (Kineret®) и рилонасепт (Arcalyst®), антитела против Т-клеток, такие как тимоглобулин, иммуноглобулины для внутривенного введения (IVIg), канакинумаб (Ilaris®), анти-Jak ингибиторы, такие как тофацитиниб, антитела, такие как ритуксимаб (Rituxan®), «анти-Т-клеточные» агенты, такие как абатацепт (Orencia®), «анти-IL-6» агенты, такие как тоцилизумаб (Actemra®), диклофенак, кортизон, гиалуроновую кислоту (Synvisc® или Hyalgan®), моноклональные антитела, такие как танезумаб, антикоагулянты, такие как гепарин (Calcinparine® или Liquaemin®) и варфарин (Coumadin®), противодиарейные средства, такие как дифеноксилат (Lomotil®) и лоперамид (Imodium®), агенты, связывающие желчные кислоты, такие как холестирамин, алосетрон (Lotronex®), любипростон (Amitiza®), слабительные средства, такие как молоко магнезии, полиэтиленгликоль (MiraLax®), Dulcolax®, Correctol® и Senokot®, антихолинергические или спазмолитические средства как дицикломин (Bentyl®), Singulair®, агонисты бета-2, такие как альбутерол (Ventolin® HFA, Proventil® HFA), левалбутерол (Xopenex®), метапротеренол (Alupent®), пирбутерола ацетат (Maxair®) сульфат тербуталина (Brethaire®), ксинафоат салметерола (Serevent®) и формотерол (Foradil®), антихолинергические агенты, такие как ипратропия бромид (Atrovent®) и тиотропиум (Spiriva®), ингаляционные кортикостероиды, такие как дипропионат беклометазона (Beclovent®, Qvar®, и Vanceril®), триамцинолона ацетонид (Azmacort®), мометазон (Asthmanex®), будесонид (Pulmocort®) и флунизолид (Aerobid®), Afviar®, Symbicort®, Dulera®, кромолин натрия (Intal®), метилксантины, такие как теофиллин (Theo-Dur®, Theolair®, Slo-bid®, Uniphyl®, Theo-24®) и аминофиллин, антитела IgE, такие как омализумаб (Xolair®), нуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы, такие как зидовудин (Retrovir®), абакавир (Ziagen®), абакавир/ламивудин (Epzicom®), абакавир/ламивудин/зидовудин (Trizivir®), диданозин (Videx®), эмтрицитабин (Emtriva®), ламивудин (Epivir®), ламивудин/зидовудин (Combivir®), ставудин (Zerit®) и залцитабин (Hivid®), ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы, такие как делавирдин (Rescriptor®), эфавиренз (Sustiva®), неваирапин (Viramune®) и этравирин (Intelence®), нуклеотидные ингибиторы обратной транскриптазы, такие как тенофовир (Viread®), ингибиторы протеаз, такие как ампренавир (Agenerase®), атазанавир (Reyataz®), дарунавир (Prezista®), фосампренавир (Lexiva®), индинавир (Crixivan®), лопинавир и ритонавир (Kaletra®), нелфинавир (Viracept®), ритонавир (Norvir®), саквинавир (Fortovase® или Invirase®) и типранавир (Aptivus®), ингибиторы проникновения, такие как энфувиртид (Fuzeon®) и маравирок (Selzentry®), ингибиторы интегразы, такие как ралтегравир (Isentress®), доксорубицин (Hydrodaunorubicin®), винкристин (Oncovin®), бортезомиб (Velcade®) и дексаметазон (Decadron®) в сочетании с леналидомидом (Revlimid®), анти-IL36 агенты, такие как BI655130, ингибиторы дигидрооротат дегидрогеназы, такие как IMU-838, анти-OX40 агенты, такие как KHK-4083, микробиомные агенты, такие как RBX2660, SER-287, ингибиторы киназ узкого спектра, такие как TOP-1288, анти-CD40 агенты, такие как BI-655064 и FFP-104, агонисты гуанилатциклазы, такие как долканатид, ингибиторы сфингозинкиназы, такие как опаганиб, анти-IL-12/IL-23 агенты, такие как AK-101, ингибиторы комплекса убиквитин-протеин-лигазы, такие как BBT-401, модуляторы рецепторов сфингозина, такие как BMS-986166, ингибиторы P38MAPK/PDE4, такие как CBS-3595, антагонисты CCR9, такие как CCX-507, антагонисты FimH, такие как EB-8018, ингибиторы HIF-PH, такие как FG-6874, стабилизатор HIF-1α, такой как GB-004, ингибиторы белка MAP3K8, такие как GS-4875, антитела к LAG-3, такие как GSK-2831781, ингибиторы киназы RIP2, такие как GSK-2983559, агонист рецептора Фарнезоид X, такой как MET-409, антагонисты CCK2, такие как PNB-001, антагонисты рецептора IL-23, такие как PTG-200, антагонисты рецептора Purinergic P2X7, такие как SGM-1019, ингибиторы PDE4, такие как апремиласт, ингибиторы ICAM-1, такие как как аликафорсен натрия, анти-IL23 агенты, такие как гуселкумаб, бразикумаб и миркизумаб, анти-IL-15 агенты, такие как AMG-714, ингибиторы TYK-2, такие как BMS-986165, активаторы NK-клеток, такие как CNDO-201, ингибиторы киназы RIP-1, такие как GSK-2982772, анти-NKGD2 агенты, такие как JNJ-4500, антитела CXCL-10, такие как JT-02, агонисты рецептора IL-22, такие как RG-7880, антагонисты GATA-3, такие как SB-012 и ингибиторы рецептора колониестимулирующего фактора-1, такие как эдикотиниб, или любую их комбинацию(и).

[00247] В другом варианте осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения подагры, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, как описано в настоящей заявке, и одного или более дополнительных терапевтических агентов, выбранных из нестероидных противовоспалительных средств (НПВП), таких как аспирин, ибупрофен, напроксен, этодолак (Lodine®) и целекоксиб, колхицин (Colcrys®), кортикостероиды, такие как преднизон, преднизолон, метилпреднизолон, гидрокортизон и подобные, пробенецида, аллопуринола и фебуксостата (Uloric®).

[00248] В другом варианте осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения ревматоидного артрита, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, как описано в настоящей заявке, и одного или более дополнительных терапевтических агентов, выбранных из нестероидных противовоспалительных средств (НПВН), таких как аспирин, ибупрофен, напроксен, этодолак (Lodine®) и целекоксиб, кортикостероиды, такие как преднизон, преднизолон, метилпреднизолон, гидрокортизон и подобные, сульфасалазина (Azulfidine®), противомалярийных средств, такие как гидроксихлорохин (Plaquenil®) и хлорохин (Aralen®), метотрексата (Rheumatrex®), солей золота, таких как тиоглюкоза золота (Solganal®), тиомалат золота (Myochrysine®) и ауранофин (Ridaura®), D-пеницилламина (Depen® или Cuprimine®), азатиоприна (Imuran®), циклофосфамида (Cytoxan®), хлорамбуцила (Leukeran®), циклоспорина (Sandimmune®), лефлуномида (Arava®) и «анти-TNF» агентов, таких как этанерцепт (Enbrel®), инфликсимаб (Remicade®), голимумаб (Simponi®), цертолизумаб пэгол (Cimzia®) и адалимумаб (Humira®), «анти-IL-1» агентов, таких как анакинра (Kineret®) и рилонасепт (Arcalyst®), антител, таких как ритуксимаб (Rituxan®), «анти-Т-клеточных» агентов, таких как абатацепт (Orencia®) и «анти-IL-6» агентов, таких как тоцилизумаб (Actemra®).

[00249] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения остеоартрита, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, как описано в настоящей заявке, и одного или более дополнительных терапевтических агентов, выбранных из ацетаминофена, нестероидных противовоспалительных средств (НПВП), таких как аспирин, ибупрофен, напроксен, этодолак (Lodine®) и целекоксиб, диклофенака, кортизона, гиалуроновой кислоты (Synvisc® или Hyalgan®) и моноклональных антител, таких как танезумаб.

[00250] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения волчанки, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, как описано в настоящей заявке, и одного или более дополнительных терапевтических агентов, выбранных из ацетаминофена, нестероидных противовоспалительных средств (НПВП), таких как аспирин, ибупрофен, напроксен, этодолак (Lodine®) и целекоксиб, кортикостероидов, таких как преднизон, преднизолон, метилпреднизолон, гидрокортизон и подобного, антималярийных препаратов, такие как гидроксихлорохин (Plaquenil®) и хлорохин (Cycloptoxanide®), циклофосфамид (Cytoxan®), метотрексат (Rheumatrex®), азатиоприн (Imuran®) и антикоагулянтов, таких как гепарин (Calcinparine® или Liquaemin®) и варфарин (Coumadin®).

[00251] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения болезни Крона, язвенного колита или воспалительного заболевания кишечника, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, как описано в настоящей заявке, и одного или более дополнительных терапевтических агентов, выбранных из месаламина (Asacol®), сульфасалазина (Azulfidine®), противодиарейных средств, таких как дифеноксилат (Lomotil®) и лоперамид (Imodium®), средств, связывающих желчные кислоты, таких как холестирамин, алосетрон (Lotronex®), любипростон (Amitiza®), слабительных средств, таких как молоко магнезии, полиэтиленгликоль (MiraLax®), Dulcolax®, Correctol® и Senokot®, а также антихолинэргеческих или спазмалитических средств, таких как дицикломин (Bentyl®), терапий анти-TNF, стероидов и антибиотиков, таких как Flagyl или ципрофлоксацин.

[00252] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения астмы, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, как описано в настоящей заявке, и одного или более дополнительных терапевтических агентов, выбранных из Singulair®, агонистов бета-2, таких как альбутерол (Ventolin® HFA, Proventil® HFA), левалбутерол (Xopenex®), метапротеренол (Alupent®), пирбутерола ацетат (Maxair®), сульфат тербуталина (Brethaire®), ксинафоат салметерол (Serevent®) и формотерол (Foradil®), антихолинергических агентов, таких как ипратропия бромид (Atrovent®) и тиотропиум (Spiriva®), ингаляционных кортикостероидов, таких как преднизон, преднизолон, дипропионат беклометазона (Beclovent®, Qvar® и Vanceril®), триамцинолона ацетонид (Azmacort®), мометазон (Asthmanex®), будесонид (Pulmocort®), флунизолид (Aerobid®), Afviar®, Symbicort® и Dulera®, кромолина натрия (Intal®), метилксантинов, таких как теофиллин (Theo-Dur®, Theolair®, Slo-bid®, Uniphyl®, Theo-24®) и аминофиллин, и антител IgE, таких как oмализумаб (Xolair®).

[00253] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения ХОБЛ, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, как описано в настоящей заявке, и одного или более дополнительных терапевтических агентов, выбранных из агонистов бета-2, таких как альбутерол (Ventolin® HFA, Proventil® HFA), левалбутерол (Xopenex®), метапротеренол (Alupent®), пирбутерола ацетат (Maxair®), сульфат тербуталина (Brethaire®), ксинафоат салметерол (Serevent®) и формотерол (Foradil®), антихолинергических агентов, таких как ипратропия бромид (Atrovent®) и тиотропиум (Spiriva®), метилксантинов, таких как теофиллин (Theo-Dur®, Theolair®, Slo-bid®, Uniphyl®, Theo-24®) и аминофиллин, ингаляционных кортикостероидов, таких как преднизон, преднизолон, дипропионат беклометазона (Beclovent®, Qvar® и Vanceril®), триамцинолона ацетонид (Azmacort®), мометазон (Asthmanex®), будесонид (Pulmocort®), флунизолид (Aerobid®), Afviar®, Symbicort® и Dulera®.

[00254] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения ВИЧ, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, как описано в настоящей заявке, и одного или более дополнительных терапевтических агентов, выбранных из нуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы, таких как зидовудин (Retrovir®), абакавир (Ziagen®), абакавир/ламивудин (Epzicom®), абакавир/ламивудин/зидовудин (Trizivir®), диданозин (Videx®), эмтрицитабин (Emtriva®), ламивудин (Epivir®), ламивудин/зидовудин (Combivir®), ставудин (Zerit®) и залцитабин (Hivid®), ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы, таких как делавирдин (Rescriptor®), эфавиренц (Sustiva®), неваирапин (Viramune®) и этравирин (Intelence®), нуклеотидных ингибиторов обратной транскриптазы, таких как тенофовир (Viread®), ингибиторов протеаз, таких как ампренавир (Agenerase®), атазанавир (Reyataz®), дарунавир (Prezista®), фосампренавир (Lexiva®), индинавир (Crixivan®), лопинавир и ритонавир (Kaletra®), нелфинавир (Viracept®), ритонавир (Norvir®), саквинавир (Fortovase® или Invirase®) и типранавир (Aptivus®), ингибиторов проникновения, таких как энфувиртид (Fuzeon®) и маравирок (Selzentry®), ингибиторов интегразы, таких как ралтегравир (Isentress®), и их комбинаций.

[00255] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения отторжения трансплантата органа или заболевания «трансплантат против хозяина», включающий введение нуждающемуся в этом пациенту соединения, как описано в настоящей заявке, и одного или более дополнительных терапевтических агентов, выбранных из стероида, циклоспорина, FK506, рапамицина, ингибитора передачи сигналов hedgehog, ингибитора BTK, ингибитора JAK/pan-JAK, ингибитора TYK2, ингибитора PI3K и ингибитора SYK.

[00256] Соединения по изобретению также пригодны в качестве со-терапевтических соединений для применения в комбинации с другими лекарственными веществами, такими как противовоспалительные, бронхолитические или антигистаминные лекарственные вещества, в частности, при лечении обструктивных или воспалительных заболеваний дыхательных путей, таких как те, которые были упомянуты выше, например, для усиления терапевтической активности таких лекарственных средств или для уменьшения требуемой дозировки или потенциальных побочных эффектов таких лекарственных средств. Соединение по настоящему изобретению может быть смешано с другим лекарственным веществом в фиксированной фармацевтической композиции или его можно вводить отдельно, до, одновременно или после другого лекарственного вещества. Соответственно, изобретение включает комбинацию соединения изобретения, как описано выше, с противовоспалительным, бронхолитическим, антигистаминным или противокашлевым лекарственным веществом, причем указанное соединение изобретения и указанное лекарственное вещество находятся в одной или разных фармацевтических композициях.

[00257] Подходящие противовоспалительные лекарственные средства включают стероиды, в частности глюкокортикостероиды, такие как будесонид, дипропионат беклометазона, флутиказона пропионат, циклесонид или мометазона фуроат; нестероидные агонисты рецепторов глюкокортикоидов; антагонисты LTB4, такие как LY293111, CGS025019C, CP-195543, SC-53228, BIIL 284, ONO 4057, SB 209247; антагонисты LTD4, такие как монтелукаст и зафирлукаст; ингибиторы PDE4, такие как циломиласт (Ariflo® GlaxoSmithKline), рофлумиласт (Byk Gulden), V-11294A (Napp), BAY19-8004 (Bayer), SCH-351591 (Schering-Plough), арофиллин (Almirall Prodesfarma), PD189659/PD168787 (ParkeDavis), AWD-12-281 (Asta Medica), CDC-801 (Celgene), SeICID™ CC-10004 (Celgene), VM554/UM565 (Vernalis), T-440 (Tanabe), KW-4490 (Kyowa Hakko Kogyo); агонисты A2a; антагонисты A2b; и агонисты бета-2-адренорецепторов, такие как альбутерол (сальбутамол), метапротеренол, тербуталин, салметерол, фенотерол, прокатерол и особенно формотерол и их фармацевтически приемлемые соли. Подходящие бронхолитические лекарственные препараты включают антихолинергические или антимускариновые соединения, в частности ипратропия бромид, окситропия бромид, соли тиотропиума и CHF 4226 (Chiesi), и гликопирролат.

[00258] Подходящие антигистаминные лекарственные вещества включают цетиризина гидрохлорид, ацетаминофен, клемастина фумарат, прометазин, лоратидин, дезлоратидин, дифенгидрамин и фексофенадина гидрохлорид, активастин, астемизол, азеластин, эбастин, эпинастин, мизоластин и тефенадин.

[00259] Другими пригодными комбинациями соединений по изобретению с противовоспалительными лекарственными средствами являются комбинации с антагонистами хемокиновых рецепторов, например CCR-1, CCR-2, CCR-3, CCR-4, CCR-5, CCR-6, CCR-7, CCR-8, CCR-9 и CCR10, CXCR1, CXCR2, CXCR3, CXCR4, CXCR5, в частности с CCR-5 антагонистами, такими как антагонисты Schering-Plough SC-351125, SCH-55700 и SCH-D, и антагонистами Takeda, такими как N-[[4-[[[6,7-дигидро-2-(4-метилфенил)-5H-бензоциклогептен-8-ил]карбонил]амино]фенил]-метил]тетрагидро-N,N-диметил-2H-пиран-4-аминийхлорид (TAK-770).

[00260] Структура активных соединений, идентифицированных кодовыми номерами, общими или торговыми названиями, может быть взята из действующего издания стандартного справочника «The Merck Index» или баз данных, например Patents International (например, IMS World Publications).

[00261] Соединение по настоящему изобретению можно вводить отдельно или в комбинации с одним или более другими терапевтическими соединениями, возможна комбинированная терапия в форме фиксированных комбинаций или введение соединения по настоящему изобретению и одного или более других терапевтических соединений в шахматном порядке или введение независимо друг от друга, или комбинированное введение фиксированных комбинаций и одного или более других терапевтических соединений.

[00262] Эти дополнительные агенты можно вводить отдельно от композиции, включающей соединение по изобретению, в качестве части режима многократного приема. Альтернативно, эти агенты могут быть частью единичной лекарственной формы, смешанные вместе с соединением по настоящему изобретению в единой композиции. При введении в качестве части режима многократного приема два активных агента можно вводить одновременно, последовательно или в течение определенного периода времени отдельно друг от друга, обычно в пределах пяти часов друг от друга.

[00263] Применяемые в настоящей заявке термины «комбинация», «комбинированный» и связанные с ними термины относятся к одновременному или последовательному введению терапевтических агентов в соответствии с настоящим изобретением. Например, соединение по настоящему изобретению можно вводить с другим терапевтическим агентом одновременно или последовательно в отдельных единичных дозированных формах или вместе в одиной единичной дозированной форме. Соответственно, настоящее изобретение обеспечивает единичную дозированную форму, включающую соединение по настоящему изобретению, дополнительный терапевтический агент и фармацевтически приемлемый носитель, вспомогательное вещество или наполнитель.

[00264] Количество как соединения, как описано в настоящей заявке, так и дополнительного терапевтического агента (в тех композициях, которые включают дополнительный терапевтический агент, как описано выше), которое может быть объединено с материалами носителя для получения единичной дозированной формы, будет варьироваться в зависимости от пациента, которого лечат, и конкретного способа введения. Предпочтительно, композиции по настоящему изобретению должны быть составлены таким образом, чтобы можно было вводить дозу от 0,01 до 100 мг/кг массы тела/день соединения по настоящему изобретению.

[00265] В тех композициях, которые включают дополнительный терапевтический агент, этот дополнительный терапевтический агент и соединение по настоящему изобретению могут действовать синергетически. Следовательно, количество дополнительного терапевтического агента в таких композициях будет меньше, чем количество, требуемое при монотерапии с применением только этого терапевтического агента. В таких композициях можно вводить дозу от 0,01 до 1000 мкг/кг массы тела/день дополнительного терапевтического агента.

[00266] Количество дополнительного терапевтического агента, присутствующего в композициях по настоящему изобретению, будет не больше, чем количество, которое обычно вводится в композиции, включающий этот терапевтический агент в качестве единственного активного агента. Предпочтительно количество дополнительного терапевтического агента в раскрытых в настоящей заявке композициях будет находиться в диапазоне от примерно 50 до 100 % от количества, обычно присутствующего в композиции, включающей этот агент в качестве единственного терапевтически активного агента.

[00267] Соединения по настоящему изобретению или их фармацевтические композиции также могут быть включены в композиции для покрытия имплантируемого медицинского устройства, такого как протезы, искусственные клапаны, сосудистые трансплантаты, стенты и катетеры. Сосудистые стенты, например, применялись для преодоления рестеноза (повторного сужения стенки сосуда после травмы). Однако пациенты, использующие стенты или другие имплантируемые устройства, подвергаются риску образования сгустков или активации тромбоцитов. Эти нежелательные эффекты можно предотвратить или смягчить путем предварительного покрытия устройства фармацевтически приемлемой композицией, включающей ингибитор киназы. Имплантируемые устройства, покрытые соединением по настоящему изобретению, представляют собой еще один вариант осуществления настоящего изобретения.

Рак

[00268] Рак включает, в одном варианте осуществления, без ограничения, лейкозы (например, острый лейкоз, острый лимфоцитарный лейкоз, острый миелоцитарный лейкоз, острый миелобластный лейкоз, острый промиелоцитарный лейкоз, острый миеломоноцитарный лейкоз, острый моноцитарный лейкоз, острый эритролейкоз, хронический лейкоз, хронический миелоцитарный лейкоз, хронический лимфоцитарный лейкоз), истинную полицитемию, лимфому (например, болезнь Ходжкина или неходжкинская болезнь), макроглобулинемию Вальденстрема, множественную миелому, болезнь тяжелых цепей и солидные опухоли, такие как саркомы и карциномы (например, фибросаркома, миксосакркома, липосаркома, хондросаркома, остеогенная саркома, хордома, ангиосаркома, эндотелиосаркома, лимфангиосаркома, лимфангиоэндотелиосаркома, синовиома, мезотелиома, опухоль Юинга, лейомиосаркома, рабдомиосаркома, рак толстой кишки, рак поджелудочной железы, рак молочной железы, рак яичников, рак предстательной железы, плоскоклеточная карцинома, базально-клеточная карцинома, аденокарцинома, карцинома потовых желез, карцинома сальных желез, папиллярная карцинома, папиллярные аденокарциномы, цистаденокарцинома, медуллярная карцинома, бронхогенная карцинома, почечно-клеточная карцинома, гепатома, карцинома желчных протоков, хориокарцинома, семинома, эмбриональная карцинома, опухоль Вильмиса, рак шейки матки, рак матки, рак яичка, рак легкого, мелкоклеточный рак легкого, рак мочевого пузыря, эпителиальная карцинома, глиома, астроцитома, мультиформная глиобластома (GBM, также известная как глиобластома), медуллобластома, краниофарингиома, эпендимома, пинеалома, гемангиобластома, акустическая невриома, олигодендроглиома, шваннома, нейрофибросаркома, менингиома, меланома, нейробластома и ретинобластома).

[00269] В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой глиому, астроцитому, мультиформную глиобластому (GBM, также известную как глиобластома), медуллобластому, краниофарингиому, эпендимому, пинеалому, гемангиобластому, акустическую невриому, олигодендроглиому, шванному, нейрофибросаркому, менингиому, меланому, нейробластому или ретинобластому.

[00270] В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой акустическую невриому, астроцитому (например, степень I - пилоцитарную астроцитому, степень II - астроцитому низкой степени, степень III - анапластическую астроцитому или степень IV - глиобластому (GBM)), хордому, лимфому ЦНС (центральная нервная система), краниофарингиому, глиому ствола головного мозга, эпендимому, смешанную глиому, глиому зрительного нерва, субэпендимому, медуллобластому, менингиому, метастатическую опухоль головного мозга, олигодендроглиому, опухоли гипофиза, примитивную нейроэктодермальную опухоль (PNET) или шванному. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой тип рака, который чаще встречается у детей, чем у взрослых, такой как глиома ствола головного мозга, краниофарингиома, эпендимома, ювенильная пилоцитарная астроцитома (JPA), медуллобластома, глиома зрительного нерва, опухоль эпифиза, примитивные нейроэктодермальные опухоли (PNET) или рабдоидная опухоль. В некоторых вариантах осуществления пациентом является взрослый человек. В некоторых вариантах осуществления пациентом является ребенок или педиатрический пациент.

[00271] Рак включает, в другом варианте осуществления, без ограничения, мезотелиому, гепатобилиарный (печеночный и желчный проток), рак костей, рак поджелудочной железы, рак кожи, рак головы или шеи, кожную или внутриглазную меланому, рак яичников, рак толстой кишки, рак прямой кишки, рак анального канала, рак желудка, желудочно-кишечного тракта (желудочный, колоректальный и двенадцатиперстный), рак матки, карциному маточных труб, карциному эндометрия, карциному шейки матки, карциному влагалища, карциному вульвы, болезнь Ходжкина, рак пищевода, рак тонкой кишки, рак эндокринной системы, рак щитовидной железы, рак паращитовидной железы, рак надпочечников, саркому мягких тканей, рак уретры, рак полового члена, рак предстательной железы, рак яичек, хронический или острый лейкоз, хронический миелоидный лейкоз, лимфоцитарные лимфомы, рак мочевого пузыря, рак почки или мочеточника, почечно-клеточную карциному, карциному почечной лоханки, неходжкинскую лимфому, опухоли оси позвоночника, глиому ствола головного мозга, аденому гипофиза, адренокортикальный рак надпочечников, рак желчного пузыря, множественную миелому, холангиокарциному, фибросаркому, нейробластому, ретинобластому или комбинацию одного или более из вышеперечисленных видов рака.

[00272] В некоторых вариантах осуществления рак выбран из гепатоцеллюлярной карциномы, рака яичников, эпителиального рака яичников или рака маточной трубы; папиллярной серозной цистаденокарциномы или серозно-папиллярной карциномы матки (UPSC); рака предстательной железы; рака яичек; рака желчного пузыря; гепатохолангиокарциномы; синовиальной саркомы мягких тканей и костей; рабдомиосаркомы; остеосаркомы; хондросаркомы; саркомы Юинга; анапластического рака щитовидной железы; адренокортикальной аденомы; рака поджелудочной железы; карциномы протока поджелудочной железы или аденокарциномы поджелудочной железы; рака желудочно-кишечного тракта/желудка (GIST); лимфомы; плоскоклеточной карциномы головы и шеи (SCCHN); рака слюнной железы; глиомы или рака мозга; ассоциированных с нейрофиброматозом-1 злокачественных опухолей оболочки периферических нервов (MPNST); макроглобулинемии Вальденстрема или медуллобластомы.

[00273] В некоторых вариантах осуществления рак выбран из гепатоцеллюлярной карциномы (HCC), гепатобластомы, рака толстой кишки, рака прямой кишки, рака яичников, эпителиального рака яичников, рака маточной трубы, папиллярной серозной цистаденокарциномы, серозно-папиллярной карциномы матки (UPSC), гепатохолангиокарциномы, синовиальной саркомы мягких тканей и костей, рабдомиосаркомы, остеосаркомы, анапластического рака щитовидной железы, адренокортикальной аденомы, рака поджелудочной железы, карциномы протока поджелудочной железы, аденокарциномы поджелудочной железы, глиомы, ассоциированных с нейрофиброматозом-1 злокачественных опухолей оболочки периферических нервов (MPNST), макроглобулинемии Вальденстрема или медуллобластомы.

[00274] В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой солидную опухоль, такую как саркома, карцинома или лимфома. Солидные опухоли обычно включают аномальную массу ткани, которая обычно не включает кисты или жидкие участки. В некоторых вариантах осуществления рак выбран из почечно-клеточной карциномы или рака почки; гепатоцеллюлярной карциномы (HCC) или гепатобластомы, или рака печени; меланомы; рака молочной железы; колоректальной карциномы или колоректального рака; рака толстой кишки; рака прямой кишки; рака анального канала; рака легкого, такого как немелкоклеточный рак легкого (NSCLC) или мелкоклеточный рак легкого (SCLC); рака яичников, эпителиального рака яичников, карциномы яичников или рака маточной трубы; папиллярной серозной цистаденокарциномы или серозно-папиллярной карциномы матки (UPSC); рака предстательной железы; рака яичек; рака желчного пузыря; гепатохолангиокарциномы; синовиальной саркомы мягких тканей и костей; рабдомиосаркомы; остеосаркомы; хондросаркомы; саркомы Юинга; анапластического рака щитовидной железы; адренокортикальной карциномы; рака поджелудочной железы; карциномы протока поджелудочной железы или аденокарциномы поджелудочной железы; рака желудочно-кишечного тракта/желудка (GIST); лимфомы; плоскоклеточной карциномы головы и шеи (SCCHN); рака слюнной железы; глиомы или рака мозга; ассоциированных с нейрофиброматозом-1 злокачественных опухолей оболочки периферических нервов (MPNST), макроглобулинемии Вальденстрема или медуллобластомы.

[00275] В некоторых вариантах осуществления рак выбран из почечно-клеточной карциномы, гепатоцеллюлярной карциномы (HCC), гепатобластомы, колоректальной карциномы, колоректального рака, рака толстой кишки, рака прямой кишки, рака анального канала, рака яичников, эпителиального рака яичников, карциномы яичников, рака маточной трубы, папиллярной серозной цистаденокарциномы, серозно-папиллярной карциномы матки (UPSC), гепатохолангиокарциномы, синовиальной саркомы мягких тканей и костей, рабдомиосаркомы, остеосаркомы, хондросаркомы, анапластического рака щитовидной железы, адренокортикальной карциномы, рака поджелудочной железы, карциномы протока поджелудочной железы, аденокарциномы поджелудочной железы, глиомы, рака мозга, ассоциированных с нейрофиброматозом-1 злокачественных опухолей оболочки периферических нервов (MPNST), макроглобулинемии Вальденстрема или медуллобластомы.

[00276] В некоторых вариантах осуществления рак выбран из гепатоцеллюлярной карциномы (HCC), гепатобластомы, рака толстой кишки, рака прямой кишки, рака яичников, эпителиального рака яичников, карциномы яичников, рака маточной трубы, папиллярной серозной цистаденокарциномы, серозно-папиллярной карциномы матки (UPSC), гепатохолангиокарциномы, синовиальной саркомы мягких тканей и костей, рабдомиосаркомы, остеосаркомы, анапластического рака щитовидной железы, адренокортикальной карциномы, рака поджелудочной железы, карциномы протока поджелудочной железы, аденокарциномы поджелудочной железы, глиомы, ассоциированных с нейрофиброматозом-1 злокачественных опухолей оболочки периферических нервов (MPNST), макроглобулинемии Вальденстрема или медуллобластомы.

[00277] В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой гепатоцеллюлярную карциному (HCC). В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой гепатобластому. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой рак толстой кишки. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой рак прямой кишки. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой рак яичников или карциному яичников. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой эпителиальный рак яичников. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой рак маточной трубы. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой папиллярную серозную цистаденокарциному. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой серозно-папиллярную карциному матки (UPSC). В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой гепатохолангиокарциному. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой синовиальную саркому мягких тканей и костей. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой рабдомиосаркому. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой остеосаркому. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой анапластический рак щитовидной железы. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой адренокортикальную карциному. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой рак поджелудочной железы или карциному протока поджелудочной железы. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой аденокарциному поджелудочной железы. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой глиому. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой злокачественные опухоли оболочки периферических нервов (MPNST). В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой ассоциированные с нейрофиброматозом-1 MPNST. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой макроглобулинемию Вальденстрема. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой медуллобластому.

[00278] В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой вирус-ассоциированный рак, включая солидные опухоли, связанные с вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), неизлечимые солидные опухоли, положительные по вирусу папилломы человека (ВПЧ)-16, и Т-клеточный лейкоз взрослых, который вызывается вирусом T-клеточного лейкоза человека типа I (HTLV-I) и представляет собой высокоагрессивную форму CD4+ Т-клеточного лейкоза, характеризующуюся клональной интеграцией HTLV-I в лейкозные клетки (см. https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT02631746); а также вирус-ассоциированные опухоли при раке желудка, карциноме носоглотки, раке шейки матки, раке влагалища, раке вульвы, плоскоклеточной карциноме головы и шеи и карциноме из клеток Меркеля (см. Https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT02488759; см. также https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT0240886; https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02426892).

[00279] В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой меланомный рак. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой рак молочной железы. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой рак легкого. В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой мелкоклеточный рак легкого (SCLC). В некоторых вариантах осуществления рак представляет собой немелкоклеточный рак легкого (NSCLC).

[00280] В некоторых вариантах осуществления рак лечат путем остановки дальнейшего роста опухоли. В некоторых вариантах осуществления рак лечат путем уменьшения размера (например, объема или массы) опухоли по меньшей мере на 5 %, 10 %, 25 %, 50 %, 75 %, 90 % или 99 % относительно размера опухоли до лечения. В некоторых вариантах осуществления рак лечат путем уменьшения величины опухоли у пациента по меньшей мере на 5 %, 10 %, 25 %, 50 %, 75 %, 90 % или 99 % относительно величины опухоли до лечения.

Комбинированная терапия рака

[00281] В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает способ лечения раскрытого заболевания или состояния, включающий введение нуждающемуся в этом пациенту эффективного количества соединения, раскрытого в настоящей заявке, или его фармацевтически приемлемой соли и одновременное или последовательное совместное введение эффективного количества одного или более дополнительных терапевтических агентов, таких как описанные в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления способ включает совместное введение одного дополнительного терапевтического агента. В некоторых вариантах осуществления способ включает совместное введение двух дополнительных терапевтических агентов. В некоторых вариантах осуществления комбинация раскрытого соединения и дополнительного терапевтического агента или агентов действует синергетически.

[00282] Соединение по настоящему изобретению также можно применять в комбинации с известными терапевтическими процессами, например, с введением гормонов или облучением. В некоторых вариантах осуществления предлагаемое соединение применяется в качестве радиосенсибилизатора, особенно для лечения опухолей, которые проявляют плохую чувствительность к лучевой терапии.

[00283] Соединение по настоящему изобретению можно вводить отдельно или в комбинации с одним или более другими терапевтическими соединениями, возможна комбинированная терапия в форме фиксированных комбинаций или введение соединения по настоящему изобретению и одного или более других терапевтических соединений в шахматном порядке или независимо друг от друга, или комбинированное введение фиксированных комбинаций и одного или более других терапевтических соединений. Соединение по настоящему изобретению, помимо или в дополнение, можно вводить, в частности, для терапии опухолей в комбинации с химиотерапией, лучевой терапией, иммунотерапией, фототерапией, хирургическим вмешательством или их комбинацией. В равной степени возможна длительная терапия, как и адъювантная терапия, в контексте других лечебных стратегий, как описано выше. Другие возможными способами лечения являются терапия для поддержания состояния пациента после регрессии опухоли или даже химиопрофилактическая терапия, например, у пациентов из группы риска.

[00284] Один или более других терапевтических агентов можно вводить отдельно от соединения или композиции по настоящему изобретению в качестве части режима многократного приема. Альтернативно, один или более других терапевтических агентов могут быть частью единичной дозированной формы, смешанных вместе с соединением по настоящему изобретению в единой композиции. При введении в виде режима многократного приема один или более других терапевтических агентов и соединение или композиция по настоящему изобретению могут вводиться одновременно, последовательно или в течение определенного периода времени отдельно друг от друга, например, в пределах 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 18, 20, 21, 22, 23 или 24 часов друг от друга. В некоторых вариантах осуществления одно или более других терапевтических средств и соединение или композиция по настоящему изобретению вводятся в виде режима многократного приема в течение более чем 24 часов отдельно друг от друга.

[00285] Применяемые в настоящей заявке термины «комбинация», «комбинированный» и связанные с ними термины относятся к одновременному или последовательному введению терапевтических агентов в соответствии с настоящим изобретением. Например, соединение по настоящему изобретению можно вводить с одним или более другими терапевтическими агентами одновременно или последовательно в отдельных единичных дозированных формах или вместе в одной единичной дозированной форме. Соответственно, настоящее изобретение обеспечивает единичную дозированную форму, включающую соединение по настоящему изобретению, один или более других терапевтических агентов и фармацевтически приемлемый носитель, вспомогательное вещество или наполнитель.

[00286] Количество соединения по изобретению и одного или более других терапевтических агентов (в тех композициях, которые включают дополнительный терапевтический агент, как описано выше), которые могут быть объединены с материалами носителя для получения единичной дозированной формы, будет варьироваться в зависимости от пациента, которого лечат, и конкретного способа введения. Предпочтительно композиция по изобретению должна быть составлена таким образом, чтобы можно было вводить дозу от 0,01 до 100 мг/кг массы тела/день соединения по изобретению.

[00287] В тех композициях, которые включают один или более других терапевтических агентов, один или более других терапевтических агентов и соединение по настоящему изобретению могут действовать синергетически. Следовательно, количество одного или более других терапевтических агентов в таких композициях может быть меньше, чем количество, требуемое при монотерапии с применением только этого терапевтического агента. В таких композициях можно вводить дозу от 0,01 до 1000 мкг/кг массы тела/день одного или более других терапевтических агентов.

[00288] Количество одного или более других терапевтических агентов, присутствующих в композициях по настоящему изобретению, может быть не больше, чем количество, которое обычно вводится в композиции, включающей этот терапевтический агент в качестве единственного активного агента. Предпочтительно количество одного или более других терапевтических агентов в раскрытых в настоящей заявке композициях будет находиться в диапазоне от примерно 50 до 100 % от количества, обычно присутствующего в композиции, включающей этот агент в качестве единственного терапевтически активного агента. В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов вводят в дозировке примерно 50 %, примерно 55 %, примерно 60 %, примерно 65 %, примерно 70 %, примерно 75 %, примерно 80 %, примерно 85 %, примерно 90 % или примерно 95 % от количества, обычно вводимого для этого агента. Применяемая в настоящей заявке фраза «обычно вводимый» означает количество одобренного FDA (Управление по контролю качества продуктов и лекарств) терапевтического агента, разрешенного для приема в соответствии с вкладышем на этикетке FDA.

[00289] Соединения по настоящему изобретению или их фармацевтические композиции также могут быть включены в композиции для покрытия имплантируемого медицинского устройства, такого как протезы, искусственные клапаны, сосудистые трансплантаты, стенты и катетеры. Сосудистые стенты, например, применялись для преодоления рестеноза (повторного сужения стенки сосуда после травмы). Однако пациенты, использующие стенты или другие имплантируемые устройства, подвергаются риску образования сгустков или активации тромбоцитов. Эти нежелательные эффекты можно предотвратить или смягчить путем предварительного покрытия устройства фармацевтически приемлемой композицией, включающей ингибитор киназы. Имплантируемые устройства, покрытые соединением по настоящему изобретению, представляют собой еще один вариант осуществления настоящего изобретения.

Примеры других терапевтических агентов

[00290] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор поли-АДФ-рибозо-полимеразы (PARP). В некоторых вариантах осуществления ингибитор PARP выбран из олапариба (Lynparza®, AstraZeneca); рукапариба (Rubraca®, Clovis Oncology); нирапариба (Zejula®, Tesaro); талазопариба (MDV3800/BMN 673/LT00673, Medivation/Pfizer/Biomarin); велипариба (ABT-888, AbbVie) и BGB-290 (BeiGene, Inc).

[00291] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор гистондеацетилазы (HDAC). В некоторых вариантах осуществления ингибитор HDAC выбран из вориностата (Zolinza®, Merck); ромидепсина (Istodax®, Celgene); панобиностата (Farydak®, Novartis); белиностата (Beleodaq®, Spectrum Pharmaceuticals); энтиностата (SNDX-275, Syndax Pharmaceuticals) (NCT00866333) и хидамида (Epidaza®, HBI-8000, Chipscreen Biosciences, Китай).

[00292] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор CDK, такой как ингибитор CDK4/CDK6. В некоторых вариантах осуществления ингибитор CDK 4/6 выбран из палбоциклиба (Ibrance®, Pfizer); рибоциклиба (Kisqali®, Novartis); абемациклиба (Ly2835219, Eli Lilly) и трилациклиба (G1T28, G1 Therapeutics).

[00293] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор фосфатидилинозитол-3-киназы (PI3K). В некоторых вариантах осуществления ингибитор PI3K выбран из идеалализиба (Zydelig®, Gilead), алпелисиба (BYL719, Novartis), тазелисиба (GDC-0032, Genentech/Roche); пиктилизиба (GDC-0941, Genentech/Roche); копанлисиба (BAY806946, Bayer); дувелисиба (ранее IPI-145, Infinity Pharmaceuticals); PQR309 (Piqur Therapeutics, Швейцария) и TGR1202 (ранее RP5230, TG Therapeutics).

[00294] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой терапевтические средства на основе платины, также называемые платинами. Платины вызывают перекрестное сшивание ДНК, так что они ингибируют репарацию ДНК и/или синтез ДНК, в основном в быстро воспроизводящихся клетках, таких как раковые клетки. В некоторых вариантах осуществления терапевтическое средство на основе платины выбрано из цисплатина (Platinol®, Bristol-Myers Squibb); карбоплатина (Paraplatin®, Bristol-Myers Squibb; также Teva; Pfizer); оксалиплатина (Eloxitin® Sanofi-Aventis); недаплатина (Aqupla®, Shionogi), пикоплатина (Poniard Pharmaceuticals) и сатраплатина (JM-216, Agennix).

[00295] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой соединение таксана, которое вызывает разрушение микротрубочек, которые необходимы для деления клеток. В некоторых вариантах осуществления соединение таксана выбрано из паклитаксела (Taxol®, Bristol-Myers Squibb), доцетаксела (Taxotere®, Sanofi-Aventis; Docefrez®, Sun Pharmaceutical), связанного с альбумином паклитаксела (Abraxane®; Abraxis/Celgene), кабазитаксела (Jevtana®, Sanofi-Aventis) и SID530 (SK Chemicals, Co.) (NCT00931008).

[00296] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой нуклеозидный ингибитор или терапевтический агент, который препятствует нормальному синтезу ДНК, синтезу белка, репликации клеток или иным образом будет ингибировать быстро пролиферирующие клетки.

[00297] В некоторых вариантах осуществления нуклеозидный ингибитор выбран из трабектидина (гуанидин-алкилирующий агент, Yondelis®, Janssen Oncology), мехлорэтамина (алкилирующий агент, Valchlor®, Aktelion Pharmaceuticals); винкристина (Oncovin®, Eli Lilly; Vincasar®, Teva Pharmaceuticals; Marqibo®, Talon Therapeutics); темозоломида (пролекарство алкилирующего агента 5-(3-метилтриазен-1-ил)-имидазол-4-карбоксамида (MTIC) Temodar®, Merck); цитарабина для инъекций (ara-C, антиметаболический аналог цитидина, Pfizer); ломустина (алкилирующий агент, CeeNU®, Bristol-Myers Squibb; Gleostine®, NextSource Biotechnology); азацитидина (пиримидиновый нуклеозидный аналог цитидина, Vidaza®, Celgene); омацетаксина мепесукцината (сложный эфир цефалотаксина) (ингибитор синтеза белка, Synribo®; Teva Pharmaceuticals); аспарагиназы Erwinia chrysanthemi (фермент для снижения включения аспарагина, Elspar®, Lundbeck; Erwinaze®, EUSA Pharma); мезилата эрибулина (ингибитор микротрубочек, антимитотик на основе тубулина, Halaven®, Eisai); кабазитаксела (ингибитор микротрубочек, антимитотик на основе тубулина, Jevtana®, Sanofi-Aventis); капацетрина (ингибитор тимидилатсинтазы, Xeloda®, Genentech); бендамустина (бифункциональное производное мехлорэтамина, которое, как полагают, образует поперечные связи между нитями ДНК, Treanda®, Cephalon/Teva); иксабепилона (полусинтетический аналог эпотилона B, ингибитор микротрубочек, антимитотик на основе тубулина, Ixempra®, Bristol-Myers Squibb); неларабина (пролекарство аналога дезоксигуанозина, ингибитор метаболизма нуклеозидов, Arranon®, Novartis); клорафабина (пролекарство ингибитора рибонуклеотидредуктазы, конкурентный ингибитор дезоксицитидина, Clolar®, Sanofi-Aventis) и трифлуридина и типирацила (аналог нуклеозидов на основе тимидина и ингибитор тимидинфосфорилазы, Lonsurf®, Taiho Oncology).

[00298] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор киназы или антагонист VEGF-R. Утвержденные ингибиторы VEGF и ингибиторы киназ, применимые в настоящем изобретении, включают: бевацизумаб (Avastin®, Genentech/Roche), моноклональное антитело против VEGF; рамуцирумаб (Cyramza®, Eli Lilly), антитело против VEGFR-2 и зив-афлиберцепт, также известный как VEGF Trap (Zaltrap®; Regeneron/Sanofi). Ингибиторы VEGF-R, такие как регорафениб (Stivarga®, Bayer); вандетаниб (Caprelsa®, AstraZeneca); акситиниб (Inlyta®, Pfizer) и ленватиниб (Lenvima®, Eisai); ингибиторы Raf, такие как сорафениб (Nexavar®, Bayer AG и Onyx); дабрафениб (Tafinlar®, Novartis) и вемурафениб (Zelboraf®, Genentech/Roche); ингибиторы MEK, такие как кобиметаниб (Cotellic®, Exelexis/Genentech/Roche); траметиниб (Mekinist®, Novartis); ингибиторы тирозинкиназы Bcr-Abl, такие как иматиниб (Gleevec®, Novartis); нилотиниб (Tasigna®, Novartis); дазатиниб (Sprycel®, BristolMyersSquibb); босутиниб (Bosulif®, Pfizer) и понатиниб (Inclusig®, Ariad Pharmaceuticals); ингибиторы Her2 и EGFR, такие как гефитиниб (Iressa®, AstraZeneca); эрлотиниб (Tarceeva®, Genentech/Roche/Astellas); лапатиниб (Tykerb®, Novartis); афатиниб (Gilotrif®, Boehringer Ingelheim); осимертиниб (нацеленный на активированный EGFR, Tagrisso®, AstraZeneca) и бригатиниб (Alunbrig®, Ariad Pharmaceuticals); ингибиторы c-Met и VEGFR-2, такие как кабозанитиб (Cometriq®, Exelexis); и ингибиторы мультикиназ, такие как сунитиниб (Sutent®, Pfizer); пазопаниб (Votrient®, Novartis); ингибиторы ALK, такие как кризотиниб (Xalkori®, Pfizer); церитиниб (Zykadia®, Novartis) и алектиниб (Alecenza®, Genentech/Roche); ингибиторы тирозинкиназы Брутона, такие как ибрутиниб (Imbruvica®, Pharmacyclics/Janssen); и ингибиторы рецептора Flt3, такие как мидостаурин (Rydapt®, Novartis).

[00299] Другие ингибиторы киназ и антагонисты VEGF-R, которые находятся в стадии разработки и могут быть применены в настоящем изобретении, включают тивозаниб (Aveo Pharmaecuticals); ваталаниб (Bayer/Novartis); люцитаниб (Clovis Oncology); довитиниб (TKI258, Novartis); чиауаниб (Chipscreen Biosciences); CEP-11981 (Cephalon); линифаниб (Abbott Laboratories); нератиниб (HKI-272, Puma Biotechnology); радотиниб (Supect®, IY5511, Il-Yang Pharmaceuticals, Южная Корея); руксолитиниб (Jakafi®, Incyte Corporation); PTC299 (PTC Therapeutics); CP-547632 (Pfizer); форетиниб (Exelexis, GlaxoSmithKline); хизартиниб (Daiichi Sankyo) и мотесаниб (Amgen/Takeda).

[00300] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор mTOR, который ингибирует пролиферацию клеток, ангиогенез и захват глюкозы. В некоторых вариантах осуществления ингибитор mTOR представляет собой эверолимус (Afinitor®, Novartis); темсиролимус (Torisel®, Pfizer) и сиролимус (Rapamune®, Pfizer).

[00301] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор протеасом. Утвержденные ингибиторы протеасом, применимые в настоящем изобретении, включают бортезомиб (Velcade®, Takeda); карфилзомиб (Кипролис®, Амджен) и иксазомиб (Ninlaro®, Takeda).

[00302] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой антагонист фактора роста, такой как антагонист тромбоцитарного фактора роста (PDGF) или эпидермального фактора роста (EGF) или его рецептора (EGFR). Утвержденные антагонисты PDGF, которые можно применять в настоящем изобретении, включают оларатумаб (Lartruvo®; Eli Lilly). Утвержденные антагонисты EGFR, которые можно применять в настоящем изобретении, включают цетуксимаб (Erbitux®, Eli Lilly); нецитумумаб (Portrazza®, Eli Lilly), панитумумаб (Vectibix®, Amgen) и осимертиниб (нацеленный на активированный EGFR, Tagrisso®, AstraZeneca).

[00303] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор ароматазы. В некоторых вариантах осуществления ингибитор ароматазы выбран из экземестана (Aromasin®, Pfizer); анастазола (Arimidex®, AstraZeneca) и летрозола (Femara®, Novartis).

[00304] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов являются антагонистами пути hedgehog. Утвержденные ингибиторы пути hedgehog, которые можно применять в настоящем изобретении, включают сонидегиб (Odomzo®, Sun Pharmaceuticals); и висмодегиб (Evedge®, Genentech), оба для лечения базальноклеточной карциномы.

[00305] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор фолиевой кислоты. Утвержденные ингибиторы фолиевой кислоты, применимые в настоящем изобретении, включают пеметрексед (Alimta®, Eli Lilly).

[00306] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор CC-хемокинового рецептора 4 (CCR4). Изучаемые ингибиторы CCR4, которые могут быть применены в настоящем изобретении, включают могамулизумаб (Poteligeo®, Kyowa Hakko Kirin, Япония).

[00307] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор изоцитратдегидрогеназы (IDH). Изучаемые ингибиторы IDH, которые можно применять в настоящем изобретении, включают AG120 (Celgene; NCT02677922); AG221 (Celgene, NCT02677922; NCT02577406); BAY1436032 (Bayer, NCT02746081); IDH305 (Novartis, NCT02987010).

[00308] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор аргиназы. Изучаемые ингибиторы аргиназы, которые можно применять в настоящем изобретении, включают AEB1102 (пегилированную рекомбинантную аргиназу, Aeglea Biotherapeutics), которая изучается в фазе 1 клинических испытаний острого миелоидного лейкоза и миелодиспластического синдрома (NCT02732184) и твердых опухолей (NCT02561234); и CB-1158 (Calithera Biosciences).

[00309] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор глутаминазы. Изучаемые ингибиторы глутаминазы, которые можно применять в настоящем изобретении, включают CB-839 (Calithera Biosciences).

[00310] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой антитело, которое связывается с опухолевыми антигенами, то есть с белками, экспрессируемыми на клеточной поверхности опухолевых клеток. Одобренные антитела, которые связываются с опухолевыми антигенами, которые можно применять в настоящем изобретении, включают ритуксимаб (Rituxan®, Genentech/BiogenIdec); офатумумаб (анти-CD20, Arzerra®, GlaxoSmithKline); обинутузумаб (анти-CD20, Gazyva®, Genentech), ибритумомаб (анти-CD20 и иттрий-90, Zevalin®, Spectrum Pharmaceuticals); даратумумаб (анти-CD38, Darzalex®, Janssen Biotech), динутуксимаб (антигликолипид GD2, Unituxin®, United Therapeutics); трастузумаб (анти-HER2, Herceptin®, Genentech); адо-трастузумаб эмтанзин (анти-HER2, слитый с эмтанзином, Kadcyla®, Genentech); и пертузумаб (анти-HER2, Perjeta®, Genentech); и брентуксимаб ведотин (конъюгат анти-CD30-лекарственное средство, Adcetris®, Seattle Genetics).

[00311] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор топоизомеразы. Утвержденные ингибиторы топоизомеразы, применимые в настоящем изобретении, включают иринотекан (Onivyde®, Merrimack Pharmaceuticals); топотекан (Hycamtin®, GlaxoSmithKline). Изучаемые ингибиторы топоизомеразы, которые можно применять в настоящем изобретении, включают пиксантрон (Pixuvri®, CTI Biopharma).

[00312] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор антиапоптотических белков, таких как BCL-2. Утвержденные антиапоптотические средства, которые можно применять в настоящем изобретении, включают венетоклакс (Venclexta®, AbbVie/Genentech) и блинатумомаб (Blincyto®, Amgen). Другие терапевтические агенты, нацеленные на апоптотические белки, которые прошли клинические испытания и могут быть применены в настоящем изобретении, включают навитоклакс (ABT-263, Abbott), ингибитор BCL-2 (NCT02079740).

[00313] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор рецептора андрогенов. Утвержденные ингибиторы рецепторов андрогенов, применимые в настоящем изобретении, включают энзалутамид (Xtandi®, Astellas/Medivation); одобренные ингибиторы синтеза андрогенов включают абиратерон (Zytiga®, Centocor/Ortho); одобренный антагонист рецептора гонадотропин-рилизинг-гормона (GnRH) (дегараликс, Firmagon®, Ferring Pharmaceuticals).

[00314] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой селективный модулятор рецептора эстрогена (SERM), который препятствует синтезу или активности эстрогенов. Утвержденные SERM, применимые в настоящем изобретении, включают ралоксифен (Evista®, Eli Lilly).

[00315] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор резорбции кости. Утвержденным терапевтическим средством, подавляющим резорбцию кости, является деносумаб (Xgeva®, Amgen), антитело, которое связывается с RANKL, предотвращает связывание с его рецептором RANK, обнаруженным на поверхности остеокластов, их предшественников и гигантских клеток, подобных остеокластам, которые опосредуют костную патологию при солидных опухолях с костными метастазами. Другие одобренные терапевтические средства, ингибирующие резорбцию костей, включают бисфосфонаты, такие как золедроновая кислота (Zometa®, Novartis).

[00316] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор взаимодействия между двумя основными белками-супрессорами р53, MDMX и MDM2. Изучаемые ингибиторы белков супрессии p53, которые можно применять в настоящем изобретении, включают ALRN-6924 (Aileron), сшитый пептид, который одинаково связывается и нарушает взаимодействие MDMX и MDM2 с p53. ALRN-6924 в настоящее время проходит клинические испытания для лечения AML, продвинутого миелодиспластического синдрома (МДС) и периферической Т-клеточной лимфомы (ПТКЛ) (NCT02909972; NCT02264613).

[00317] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой ингибитор трансформирующего фактора роста-бета (TGF-бета или TGFβ). Изучаемые ингибиторы белков TGF-бета, которые можно применять в настоящем изобретении, включают NIS793 (Novartis), антитело против TGF-бета, тестируемое в клинике для лечения различных видов рака, включая рак молочной железы, легких, гепатоцеллюлярный, колоректальный, панкреатический, рак предстательной железы и почек (NCT 02947165). В некоторых вариантах осуществления ингибитор белков TGF-бета представляет собой фрезолимумаб (GC1008; Sanofi-Genzyme), который изучается для лечения меланомы (NCT00923169); почечно-клеточной карциномы (NCT00356460) и немелкоклеточного рака легкого (NCT02581787). Кроме того, в некоторых вариантах осуществления дополнительный терапевтический агент представляет собой ловушку TGF-бета, такую как описано у Connolly et al. (2012) Int'l J. Biological Sciences 8: 964-978. Одним терапевтическим соединением, которое в настоящее время проходит клинические испытания для лечения солидных опухолей, является M7824 (Merck KgaA - ранее MSB0011459X), которое представляет собой биспецифическое соединение-ловушку против PD-L1/TGFβ (NCT02699515); и (NCT02517398). M7824 состоит из полностью человеческого антитела IgG1 против PD-L1, слитого с внеклеточным доменом человеческого рецептора TGF-бета II, который функционирует как «ловушка» TGFβ.

[00318] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов выбраны из глембатумумаб ведотин-монометилауристатина E (MMAE) (Celldex), антитела против гликопротеина NMB (gpNMB) (CR011), связанного с цитотоксическим MMAE. gpNMB является белком, сверхэкспрессируемым множеством типов опухолей, связанных со способностью раковых клеток метастазировать.

[00319] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой антипролиферативное соединение. Такие антипролиферативные соединения включают, но не ограничиваются ими, ингибиторы ароматазы; антиэстрогены; ингибиторы топоизомеразы I; ингибиторы топоизомеразы II; активные соединения микротрубочек; алкилирующие соединения; ингибиторы гистондеацетилазы; соединения, которые вызывают процессы дифференцировки клеток; ингибиторы циклооксигеназы; ингибиторы ММП; ингибиторы mTOR; противоопухолевые антиметаболиты; соединения платины; соединения, нацеленные на/снижающие активность протеин или липидкиназы, и другие антиангиогенные соединения; соединения, которые нацелены на, уменьшают или ингибируют активность протеиновой или липидной фосфатазы; агонисты гонадорелина; антиандрогены; ингибиторы метионинаминопептидазы; ингибиторы матриксной металлопротеиназы; бисфосфонаты; модификаторы биологического ответа; антипролиферативные антитела; ингибиторы гепараназы; ингибиторы онкогенных изоформ Ras; ингибиторы теломеразы; ингибиторы протеасом; соединения, применяемые при лечении гематологических злокачественных новообразований; соединения, которые нацелены на, уменьшают или ингибируют активность Flt-3; ингибиторы Hsp90, такие как 17-AAG (17-аллиламиногельданамицин, NSC330507), 17-DMAG (17-диметиламиноэтиламино-17-деметокси-гельданамицин, NSC707545), IPI-504, CNF1010, CNF2024, CNF1010 от Conforma Therapeutics; темозоломид (Temodal®); ингибиторы белка кинезинового веретена, такие как SB715992 или SB743921 от GlaxoSmithKline или пентамидин/хлорпромазин от CombinatoRx; ингибиторы MEK, такие как ARRY142886 от Array BioPharma, AZd₆244 от AstraZeneca, PD181461 от Pfizer и лейковорин.

[00320] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор ароматазы» относится к соединению, которое ингибирует выработку эстрогена, например, превращение субстратов андростендиона и тестостерона в эстрон и эстрадиол соответственно. Термин включает, но не ограничивается ими, стероиды, особенно атаместан, экземестан и форместан, и, в частности, нестероиды, особенно аминоглутетимид, роглетимид, пиридоглютетимид, трилостан, тестолактон, кетоконазол, ворозол, фадрозол, анастрозол и летрозол. Экземестан продается под торговым наименованием Aromasin™. Форместан продается под торговым наименованием Lentaron™. Фадрозол продается под торговым наименованием Afema™. Анастрозол продается под торговым наименованием Arimidex™. Летрозол продается под торговыми названиями Femara™ или Femar™. Аминоглутетимид продается под торговым наименованием Orimeten™. Комбинация по изобретению, включающая химиотерапевтический агент, который представляет собой ингибитор ароматазы, особенно пригодна для лечения опухолей, положительных по рецепторам гормонов, таких как опухоли молочной железы.

[00321] Применяемый в настоящей заявке термин «антиэстроген» относится к соединению, которое противодействует действию эстрогенов на уровне рецептора эстрогена. Термин включает, но не ограничивается ими, тамоксифен, фулвестрант, ралоксифен и гидрохлорид ралоксифена. Тамоксифен продается под торговым наименованием Nolvadex™. Гидрохлорид ралоксифена продается под торговым наименованием Evista™. Фулвестрант можно вводить под торговым наименованием Faslodex™. Комбинация по изобретению, включающая химиотерапевтический агент, который представляет собой антиэстроген, особенно пригодна для лечения опухолей, положительных по рецепторам эстрогена, таких как опухоли молочной железы.

[00322] Применяемый в настоящей заявке термин «антиандроген» относится к любому веществу, которое способно ингибировать биологические эффекты андрогенных гормонов, и включает, но не ограничивается, бикалутамид (Casodex™). Применяемый в настоящей заявке термин «агонист гонадорелина» включает, но не ограничивается ими, абареликс, гозерелин и гозерелин ацетат. Гозерелин можно вводить под торговым наименованием Zoladex™.

[00323] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор топоизомеразы I» включает, но не ограничивается ими, топотекан, гиматекан, иринотекан, камптотециан и его аналоги, 9-нитрокамптотецин и макромолекулярный конъюгат камптотецина PNU-166148. Иринотекан можно вводить, например, в том виде, в котором он продается, например, под торговой маркой Camptosar™. Топотекан продается под торговым наименованием Hycamptin™.

[00324] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор топоизомеразы II» включает, но не ограничивается ими, антрациклины, такие как доксорубицин (включая липосомальные препараты, такие как Caelyx™), даунорубицин, эпирубицин, идарубицин и неморубицин, антрахиноны митоксантрон и лозоксантрон, и подофиллотоксины этопозид и тенипозид. Этопозид продается под торговым наименованием Etopophos™. Тенипозид продается под торговым наименованием VM 26-Бристол. Доксорубицин продается под торговым наименованием Acriblastin™ или Adriamycin™. Эпирубицин продается под торговым названием Farmorubicin™. Идарубицин продается под торговым названием Zavedos™. Митоксантрон продается под торговым наименованием Novantron™.

[00325] Термин «активный агент микротрубочек» относится к соединениям, стабилизирующим микротрубочки, дестабилизирующим микротрубочки, и ингибиторам полимеризации микротрубочек, включая, но не ограничиваясь ими, таксаны, такие как паклитаксел и доцетаксел; алкалоиды барвинка, такие как винбластин или сульфат винбластина, винкристин или сульфат винкристина и винорелбин; дискодермолиды; кохицин и эпотилоны и их производные. Паклитаксел продается под торговым наименованием Taxol™. Доцетаксел продается под торговым наименованием Taxotere™. Сульфат винбластина продается под торговым наименованием Vinblastin R.P™. Сульфат винкристина продается под торговым наименованием Farmistin™.

[00326] Применяемый в настоящей заявке термин «алкилирующий агент» включает, но не ограничивается ими, циклофосфамид, ифосфамид, мелфалан или нитрозомочевину (BCNU или глиадель). Циклофосфамид продается под торговым названием Cyclostin™. Ифосфамид продается под торговым наименованием Holoxan™.

[00327] Термин «ингибиторы гистондеацетилазы» или «ингибиторы HDAC» относится к соединениям, которые ингибируют гистондеацетилазу и обладают антипролиферативной активностью. Это включает, но не ограничивается, субероиланилид гидроксамовую кислоту (SAHA).

[00328] Термин «противоопухолевый антиметаболит» включает, но не ограничивается ими, 5-фторурацил или 5-FU, капецитабин, гемцитабин, соединения, деметилирующие ДНК, такие как 5-азацитидин и децитабин, метотрексат и эдатрексат, и антагонисты фолиевой кислоты, такие как пеметрексед. Капецитабин продается под торговым наименованием Xeloda™. Гемцитабин продается под торговым наименованием Gemzar™.

[00329] Применяемый в настоящей заявке термин «соединение платины» включает, но не ограничивается ими, карбоплатин, цис-платин, цисплатин и оксалиплатин. Карбоплатин можно вводить, например, в той форме, в которой он продается, например, под торговой маркой Carboplat™. Оксалиплатин можно вводить, например, в той форме, в которой он продается, например, под торговой маркой Eloxatin™.

[00330] Применяемый в настоящей заявке термин «соединения, нацеленные на/снижающие активность протеин или липидкиназы; или активность протеин или липид фосфатазы; или другие антиангиогенные соединения» включает, но не ограничивается ими, протеинтирозинкиназу и/или серин, и/или ингибиторы треонинкиназы или ингибиторы липидкиназы, такие как а) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность рецепторов тромбоцитарного фактора роста (PDGFR), такие как соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность PDGFR, особенно соединения, которые ингибируют рецептор PDGF, такие как производное N-фенил-2-пиримидин-амина, такое как иматиниб, SU101, SU6668 и GFB-111; b) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность рецепторов фактора роста фибробластов (FGFR); c) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность рецептора инсулиноподобного фактора роста I (IGF-IR), такие как соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность IGF-IR, особенно соединения, которые ингибируют киназную активность IGF-I рецептора, или антитела, которые нацелены на внеклеточный домен рецептора IGF-I или его факторы роста; d) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность рецептора Trk семейства тирозинкиназ, или ингибиторы эфрина B4; e) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность рецептора AxI семейства тирозинкиназ; f) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность рецептора Ret тирозинкиназы; g) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность рецептора Kit/SCFR тирозинкиназы, такие как иматиниб; h) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность рецептора C-kit тирозинкиназ, которые являются частью семейства PDGFR, такие как соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность рецептора c-Kit семейства тирозинкиназ, особенно соединения которые ингибируют рецептор c-Kit, такие как иматиниб; i) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность членов семейства c-Abl, их продуктов слияния генов (например, киназы BCR-Abl) и мутантов, такие как соединения, которые нацелены на снижение или ингибирование активности членов семейства c-Abl и их продуктов слияния генов, такие как производное N-фенил-2-пиримидин-амина, такое как иматиниб или нилотиниб (AMN107); PD180970; AG957; NSC 680410; PD173955 от ParkeDavis; или дазатиниб (BMS-354825); j) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность членов семейства протеинкиназы C (PKC) и Raf серин/треониновых киназ, членов семейства MEK, SRC, JAK/pan-JAK, FAK, PDK1, PKB/Akt, Ras/MAPK, PI3K, SYK, TYK2, BTK и TEC и/или членов семейства циклин-зависимых киназ (CDK), включая производные стауроспорина, такие как мидостаурин; примеры других соединений включают UCN-01, сафингол, BAY 43-9006, бриостатин 1, перифозин; ильмофозин; RO 318220 и RO 320432; GO 6976; lsis 3521; LY333531/LY379196; изохинолиновые соединения; ИФТ; PD184352 или QAN697 (ингибитор P13K), или AT7519 (ингибитор CDK); k) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность ингибиторов протеин-тирозинкиназы, такие как соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность ингибиторов протеин-тирозинкиназы, включают мезилат иматиниба (Gleevec™) или тирфостин, такой как тирфостин A23/RG- 50810; AG 99; тирфостин AG 213; тирфостин AG 1748; тирфостин AG 490; тирфостин B44; энантиомер тирфостина B44 (+); тирфостин AG 555; AG 494; тирфостин AG 556, AG957 и адапостин (адамантиловый эфир 4-{[(2,5-дигидроксифенил)метил]амино}-бензойной кислоты; NSC 680410, адапостин); l) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность семейства эпидермальных факторов роста рецепторных тирозинкиназ (EGFR₁ ErbB2, ErbB3, ErbB4 в виде гомо- или гетеродимеров) и их мутантов, такие как соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность семейства рецепторов эпидермального фактора роста, в частности, соединения, белки или антитела, которые ингибируют членов семейства тирозинкиназ рецептора EGF, таких как рецептор EGF, ErbB2, ErbB3 и ErbB4, или связываются с EGF или родственными лигандами EGF, CP 358774, ZD 1839, ZM 105180; трастузумаб (Herceptin™), цетуксимаб (Erbitux™), Иресса (Iressa), Тарцева (Tarceva), OSI-774, Cl-1033, EKB-569, GW-2016, E1.1, E2.4, E2.5, E6.2, E6.4, E2.11, E6.3 или E7.6.3 и производные 7H-пирроло-[2,3-d]пиримидина; m) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность рецептора c-Met, такие как соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность c-Met, особенно соединения, которые ингибируют киназную активность рецептора c-Met, или антитела, нацеленные на внеклеточный домен c-Met или связывается с HGF, n) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие киназную активность одного или более членов семейства JAK (JAK1/JAK2/JAK3/TYK2 и/или pan-JAK), включая, но не ограничиваясь ими, PRT-062070, SB-1578, барицитиниб, пакритиниб, момелотиниб, VX-509, AZD-1480, TG-101348, тофацитиниб и руксолитиниб; о) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие киназную активность киназы PI3 (PI3K), включая, помимо прочего, ATU-027, SF-1126, DS-7423, PBI-05204, GSK-2126458, ZSTK-474, бупарлисиб, пиктрелисиб, PF-4691502, BYL-719, дактолизиб, XL-147, XL-765 и иделалисиб; и q) соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие сигнальные эффекты путей белка hedgehog (Hh) или сглаженного рецептора (SMO), включая, помимо прочего, циклопамин, висмодегиб, итраконазол, эрисмодегиб и IPI-926 (саридегиб).

[00331] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор PI3K» включает, но не ограничивается ими, соединения, обладающие ингибирующей активностью в отношении одного или более ферментов семейства фосфатидилинозитол-3-киназ, включая, но не ограничиваясь ими, PI3Kα, PI3Kγ, PI3Kδ, PI3Kβ, PI3K-C2α, PI3K-C2β, PI3K-C2γ, Vps34, p110-α, p110-β, p110-γ, p110-δ, p85-α, p85-β, p55-γ, p150, p101 и p87. Примеры ингибиторов PI3K, применимых в настоящем изобретении, включают, но не ограничиваются ими, ATU-027, SF-1126, DS-7423, PBI-05204, GSK-2126458, ZSTK-474, бупарлисиб, пиктрелисиб, PF-4691502, BYL-719, дактолизиб, XL-147, XL-765 и иделалисиб.

[00332] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор Bcl-2» включает, но не ограничивается ими, соединения, обладающие ингибирующей активностью в отношении белка B-клеточной лимфомы 2 (Bcl-2), включая, но не ограничиваясь ими, ABT-199, ABT-731, ABT-737, апогоссипол, ингибиторы Ascenta pan-Bcl-2, куркумин (и его аналоги), двойные ингибиторы Bcl-2/Bcl-xL (Infinity Pharmaceuticals/Novartis Pharmaceuticals), Genasense (G3139), HA14-1 (и их аналоги; см. WO2008118802), навитоклакс (и его аналоги, см. US7390799), NH-1 (Shenayng Pharmaceutical University), обатоклакс (и его аналоги, см. WO2004106328), S-001 (Gloria Pharmaceuticals), соединения серии TW (Мичиганский университет), и венетоклакс. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Bcl-2 представляет собой низкомолекулярное терапевтическое средство. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Bcl-2 представляет собой пептидомиметик.

[00333] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор BTK» включает, но не ограничивается ими, соединения, обладающие ингибирующей активностью в отношении тирозинкиназы Брутона (BTK), включая, но не ограничиваясь ими, AVL-292 и ибрутиниб.

[00334] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор SYK» включает, но не ограничивается ими, соединения, обладающие ингибирующей активностью в отношении тирозинкиназы селезенки (SYK), включая, но не ограничиваясь ими, PRT-062070, R-343, R-333, Excellair, PRT-062607 и фостаматиниб.

[00335] Дополнительные примеры соединений, ингибирующих BTK, и состояний, которые можно лечить такими соединениями в комбинации с соединениями по настоящему изобретению, можно найти в WO2008039218 и WO2011090760, которые полностью включены в настоящую заявку посредством ссылки.

[00336] Дополнительные примеры соединений, ингибирующих SYK, и состояний, которые можно лечить такими соединениями в комбинации с соединениями по настоящему изобретению, можно найти в WO2003063794, WO2005007623 и WO2006078846, которые полностью включены в настоящую заявку посредством ссылки.

[00337] Дополнительные примеры соединений, ингибирующих PI3K, и состояний, которые можно лечить такими соединениями в комбинации с соединениями по настоящему изобретению, можно найти в WO2004019973, WO2004089925, WO2007016176, US8138347, WO2002088112, WO2007084786, WO2007129161, WO2006122806, WO2005113554 и WO2007044729, которые полностью включены в настоящую заявку посредством ссылки.

[00338] Дополнительные примеры соединений, ингибирующих JAK, и состояний, которые можно лечить такими соединениями в комбинации с соединениями по настоящему изобретению, можно найти в WO2009114512, WO2008109943, WO2007053452, WO2000142246 и WO2007070514, которые полностью включены в настоящую заявку посредством ссылки.

[00339] Другие антиангиогенные соединения включают соединения, имеющие другой механизм активности, например, не связанный с ингибированием протеин или липидкиназ, например, талидомид (Thalomid™) и TNP-470.

[00340] Примеры ингибиторов протеасом, пригодных для применения в комбинации с соединениями по изобретению, включают, но не ограничиваются ими, бортезомиб, дисульфирам, эпигаллокатехин-3-галлат (EGCG), салиноспорамид A, карфилзомиб, ONX-0912, CEP-18770 и MLN9708.

[00341] Соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность протеин или липид фосфатазы, представляют собой, например, ингибиторы фосфатазы 1, фосфатазы 2A или CDC25, такие как окадаиновая кислота или ее производное.

[00342] Соединения, которые индуцируют процессы дифференцировки клеток, включают, но не ограничиваются ими, ретиноевую кислоту, α-, γ- или δ-токоферол или α- γ- или δ-токотриенол.

[00343] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор циклооксигеназы» включает, но не ограничивается ими, ингибиторы Cox-2, 5-алкилзамещенную 2-ариламинофенилуксусную кислоту и производные, такие как целекоксиб (Celebrex™), рофекоксиб (Vioxx™), эторикоксиб, валдекоксиб или 5-алкил-2-ариламинофенилуксусную кислоту, такую как 5-метил-2-(2'-хлор-6'-фторанилино)фенилуксусная кислота, люмиракоксиб.

[00344] Применяемый в настоящей заявке термин «бисфосфонаты» включает, но не ограничивается ими, этридоновую, клодроновую, тилудроновую, памидроновую, алендроновую, ибандроновую, ризедроновую и золедроновую кислоты. Этридоновая кислота продается под торговым названием Didronel™. Клодроновая кислота продается под торговым названием Bonefos™. Тилудроновая кислота продается под торговым названием Skelid™. Памидроновая кислота продается под торговым названием Aredia™. Алендроновая кислота продается под торговым названием Fosamax™. Ибандроновая кислота продается под торговым названием Bondranat™. Ризедроновая кислота продается под торговым названием Actonel ™. Золедроновая кислота продается под торговым названием Zometa™. Термин «ингибиторы mTOR» относится к соединениям, которые ингибируют мишень рапамицина млекопитающих (mTOR) и которые обладают антипролиферативной активностью, таким как сиролимус (Rapamune®), эверолимус (Certican™), CCI-779 и ABT578.

[00345] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор гепараназы» относится к соединениям, которые нацелены на, снижают или ингибируют разложение сульфата гепарина. Термин включает, но не ограничивается, PI-88. Применяемый в настоящей заявке термин «модификатор биологического ответа» относится к лимфокину или интерферонам.

[00346] Термин «ингибитор онкогенных изоформ Ras», такой как H-Ras, K-Ras или N-Ras, в контексте настоящего описания относится к соединениям, которые нацелены на, снижают или ингибируют онкогенную активность Ras; например, «ингибитор фарнезилтрансферазы», такой как L-744832, DK8G557 или R115777 (Zarnestra™). Термин «ингибитор теломеразы» в контексте настоящего описания относится к соединениям, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность теломеразы. Соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность теломеразы, представляют собой, в частности, соединения, которые ингибируют рецептор теломеразы, такие как теломестатин.

[00347] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор метионинаминопептидазы» относится к соединениям, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность метионинаминопептидазы. Соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность метионинаминопептидазы, включают, но не ограничиваются ими, бенгамид или его производное.

[00348] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор протеасомы», относится к соединениям, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность протеасомы. Соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность протеасомы, включают, помимо прочего, бортезомиб (Velcade™) и MLN 341.

[00349] Применяемый в настоящей заявке «ингибитор матриксной металлопротеиназы» или («ингибитор ММП») включает, но не ограничивается ими, пептидомиметические и непептидомиметические ингибиторы коллагена, производные тетрациклина, например, гидроксаматный пептидомиметический ингибитор батимастат и его перорально биодоступный аналог маримастат (BB-2516), приномастат (AG3340), метастат (NSC 683551), BMS-279251, BAY 12-9566, TAA211, MMI270B или AAJ996.

[00350] Применяемый в настоящей заявке термин «соединения, применяемые при лечении гематологических злокачественных новообразований» включает, но не ограничивается ими, ингибиторы FMS-подобной тирозинкиназы, которые представляют собой соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие активность рецепторов FMS-подобных тирозинкиназ (Flt-3R); интерферон, 1-β-D-арабинофурансилцитозин (ara-c) и бисульфан; и ингибиторы ALK, которые представляют собой соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют киназу анапластической лимфомы.

[00351] Соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность рецепторов FMS-подобной тирозинкиназы (Flt-3R), являются, в частности, соединениями, белками или антителами, которые ингибируют членов семейства киназ рецепторов Flt-3R, такими как PKC412, мидостаурин, производное стауроспорина, SU11248 и MLN518.

[00352] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибиторы HSP90» включает, но не ограничивается ими, соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие собственную АТФ-азную активность HSP90; уменьшающие, нацеленные на, снижающие или ингибирующие HSP90 клиентские белки через убиквитиновый протеосомный путь. Соединения, нацеленные на, снижающие или ингибирующие собственную АТФ-азную активность HSP90, представляют собой, в частности, соединения, белки или антитела, которые ингибируют АТФ-азную активность HSP90, такие как 17-аллиламино,17-деметоксигельданамицин (17AAG), производное гельданамицина; другие родственные гельданамицину соединения; радицикол и ингибиторы HDAC.

[00353] Термин «антипролиферативные антитела» в контексте настоящего описания включает, но не ограничивается ими, трастузумаб (Herceptin™), трастузумаб-DM1, эрбитукс, бевацизумаб (Avastin™), ритуксимаб (Rituxan®), PRO64553 (анти-CD40) и антитело 2C4. Под антителами подразумеваются интактные моноклональные антитела, поликлональные антитела, мультиспецифические антитела, образованные по меньшей мере из 2 интактных антител, и фрагменты антител, если они проявляют требуемую биологическую активность.

[00354] Для лечения острого миелоидного лейкоза (AML) соединения по настоящему изобретению можно применять в комбинации со стандартными терапиями лейкоза, особенно в комбинации с терапиями, применяемыми для лечения AML. В частности, соединения по настоящему изобретению можно вводить в комбинации, например, с ингибиторами фарнезилтрансферазы и/или другими лекарственными средствами, пригодными для лечения AML, такими как даунорубицин, адриамицин, Ara-C, VP-16, тенипозид, митоксантрон, идарубицин, карбоплатин и PKC412.

[00355] Другие противолейкозные соединения включают, например, Ara-C, аналог пиримидина, который является 2'-альфа-гидрокси-рибоз(арабинозидным) производным дезоксицитидина. Также включен пуриновый аналог гипоксантина, 6-меркаптопурин (6-MP) и флударабин фосфат. Соединения, которые нацелены на, снижают или ингибируют активность ингибиторов гистондеацетилаз (HDAC), такие как бутират натрия и субероиланилид гидроксамовая кислота (SAHA), ингибируют активность ферментов, известных как гистондеацетилазы. Конкретные ингибиторы HDAC включают MS275, SAHA, FK228 (ранее FR901228), трихостатин А и соединения, описанные в US 6,552,065, включая, но не ограничиваясь ими, N-гидрокси-3-[4-[[[2-(2-метил-1H-индол-3-ил)-этил]-амино]метил]фенил]-2E-2-пропенамид или его фармацевтически приемлемую соль и N-гидрокси-3-[4-[(2-гидроксиэтил){2-(1H-индол-3-ил)этил]-амино]метил]фенил]-2E-2-пропенамид или его фармацевтически приемлемую соль, особенно лактатную соль. Антагонисты рецептора соматостатина в контексте настоящего описания относятся к соединениям, которые нацелены на, лечат или ингибируют рецептор соматостатина, таким как октреотид и SOM230. Подходы к повреждению опухолевых клеток относятся к таким подходам, как ионизирующее излучение. Термин «ионизирующее излучение», упомянутый выше и ниже, означает ионизирующее излучение, которое возникает либо в виде электромагнитных лучей (таких как рентгеновские лучи и гамма-лучи), либо в виде частиц (таких как альфа- и бета-частицы). Ионизирующее излучение применяется в лучевой терапии, но не ограничивается ею, и известно в данной области техники. См. Hellman, Principles of Radiation Therapy, Cancer, in Principles and Practice of Oncology, Devita et al., Eds., 4th Edition, Vol. 1. С. 248-275 (1993).

[00356] Также в список включены EDG-связывающие препараты и ингибиторы рибонуклеотидредуктазы. Применяемый в настоящей заявке термин «EDG-связывающие препараты» относится к классу иммуносупрессантов, которые модулируют рециркуляцию лимфоцитов, например FTY720. Термин «ингибиторы рибонуклеотидредуктазы» относится к аналогам пиримидиновых или пуриновых нуклеозидов, включая, помимо прочего, флударабин и/или цитозинарабинозид (аrа-С), 6-тиогуанин, 5-фторурацил, кладрибин, 6-меркаптопурин (особенно в комбинации с ara-C против ALL (острый лимфоцитарный лейкоз)) и/или пентостатин. Ингибиторы рибонуклеотидредуктазы представляют собой, в частности, производные гидроксимочевины или 2-гидрокси-1H-изоиндол-1,3-диона.

[00357] Также в частности включены такие соединения, белки или моноклональные антитела к VEGF, такие как 1-(4-хлоранилино)-4-(4-пиридилметил)фталазин или его фармацевтически приемлемая соль, 1-(4-хлоранилино)-4-(4-пиридилметил)фталазина сукцинат; Angiostatin™; Endostatin™; амиды антраниловой кислоты; ZD4190; Zd₆474; SU5416; SU6668; бевацизумаб; или антитела против VEGF, или антитела против рецептора VEGF, такие как rhuMAb и RHUFab, аптамер VEGF, такой как Macugon; ингибиторы FLT-4, ингибиторы FLT-3, антитела IgGI к VEGFR-2, ангиозим (RPI 4610) и бевацизумаб (Avastin™).

[00358] Применяемая в настоящей заявке фотодинамическая терапия относится к терапии, которая применяет определенные химические вещества, известные как фотосенсибилизирующие соединения, для лечения или профилактики рака. Примеры фотодинамической терапии включают лечение такими соединениями, как Visudyne™ и порфимер натрия.

[00359] Применяемый в настоящей заявке термин «ангиостатические стероиды» относится к соединениям, которые блокируют или ингибируют ангиогенез, таким как, например, анекортав, триамцинолон, гидрокортизон, 11-α-эпигидрокотизол, кортексолон, 17α-гидроксипрогестерон, кортикостерон, дезоксикортикостерон, тестостерон, эстрон и дексаметазон.

[00360] Имплантаты, включающие кортикостероиды, относятся к таким соединениям, как флуоцинолон и дексаметазон.

[00361] Другие химиотерапевтические соединения включают, но не ограничиваются ими, растительные алкалоиды, гормональные соединения и антагонисты; модификаторы биологического ответа, предпочтительно лимфокины или интерфероны; антисмысловые олигонуклеотиды или производные олигонуклеотидов; кшРНК (малые РНК, образующие шпильки) или миРНК; или разные соединения или соединения с другим или неизвестным механизмом действия.

[00362] Структура активных соединений, идентифицированных кодовыми номерами, родовыми названиями или торговыми названиями, может быть взята из действующего издания стандартного справочника «The Merck Index» или баз данных, например Patents International (например, IMS World Publications).

Примеры иммуноонкологических агентов

[00363] В некоторых вариантах осуществления один или более других терапевтических агентов представляют собой иммуноонкологический агент. Применяемый в настоящей заявке термин «иммуноонкологический агент» относится к агенту, который эффективен для усиления, стимуляции и/или повышения иммунных ответов у субъекта. В некоторых вариантах осуществления введение иммуноонкологического агента с соединением по изобретению имеет синергический эффект при лечении рака.

[00364] Иммуноонкологический агент может быть, например, низкомолекулярным лекарственным средством, антителом, биологической или небольшой молекулой. Примеры биологических иммуноонкологических агентов включают, но не ограничиваются ими, противораковые вакцины, антитела и цитокины. В некоторых вариантах осуществления антитело представляет собой моноклональное антитело. В некоторых вариантах осуществления моноклональное антитело является гуманизированным или человеческим.

[00365] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент является (i) агонистом стимулирующего (включая ко-стимулирующий) рецептора или (ii) антагонистом ингибирующего (включая ко-ингибирующий) сигнала на Т-клетках, оба из которых приводят к усилению антиген-специфических Т-клеточных ответов.

[00366] Некоторые из стимулирующих и ингибирующих молекул являются членами суперсемейства иммуноглобулинов (IgSF). Одним из важных семейств мембраносвязанных лигандов, которые связываются с ко-стимулирующими или ко-ингибирующими рецепторами, является семейство B7, которое включает B7-1, B7-2, B7-H1 (PD-L1), B7-DC (PD-L2), B7-H2 (ICOS-L), B7-H3, B7-H4, B7-H5 (VISTA) и B7-H6. Другим семейством мембраносвязанных лигандов, которые связываются с ко-стимулирующими или ко-ингибирующими рецепторами, является семейство TNF молекул, которые связываются с родственными членами семейства рецепторов TNF, которые включают CD40 и CD40L, OX-40, OX-40L, CD70, CD27L, CD30, CD30L, 4-1BBL, CD137 (4-1BB), TRAIL/Apo2-L, TRAILR1/DR4, TRAILR2/DR5, TRAILR3, TRAILR4, OPG, RANK, RANKL, TWEAKR/Fn14, TWEAK, BAFFR, EDAR, XEDAR, TACI, APRIL, BCMA, LTβR, LIGHT, DcR3, HVEM, VEGI/TL1A, TRAMP/DR3, EDAR, EDA1, XEDAR, EDA2, TNFR1, лимфотоксин α/TNFβ, TNFR2, TNFα, LTβR, лимфотоксин α1β2, FAS, FASL, RELT, DR6, TROY, NGFR.

[00367] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой цитокин, который ингибирует активацию Т-клеток (например, IL-6, IL-10, TGF-β, VEGF и другие иммуносупрессивные цитокины), или цитокин, который стимулирует активацию Т-клеток, для стимуляции иммунного ответа.

[00368] В некоторых вариантах осуществления комбинация соединения по настоящему изобретению и иммуноонкологического агента может стимулировать Т-клеточные ответы. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой: (i) антагонист белка, который ингибирует активацию Т-клеток (например, ингибиторы иммунных контрольных точек), такого как CTLA-4, PD-1, PD-L1, PD-L2, LAG-3, TIM-3, галектин 9, CEACAM-1, BTLA, CD69, галектин-1, TIGIT, CD113, GPR56, VISTA, 2B4, CD48, GARP, PD1H, LAIR1, TIM-1 и TIM-4; или (ii) агонист белка, который стимулирует активацию Т-клеток, такой как B7-1, B7-2, CD28, 4-1BB (CD137), 4-1BBL, ICOS, ICOS-L, OX40, OX40L, GITR, GITRL, CD70, CD27, CD40, DR3 и CD28H.

[00369] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент является антагонистом ингибирующих рецепторов на NK-клетках или агонистами активирующих рецепторов на NK-клетках. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой антагонисты KIR, такие как лирилумаб.

[00370] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой агент, который ингибирует или истощает макрофаги или моноциты, включая, но не ограничиваясь ими, антагонисты CSF-1R, такие как антагонистические антитела CSF-1R, включая RG7155 (WO11/70024, WO11/107553, WO11/131407, WO13/87699, WO13/119716, WO13/132044) или FPA-008 (WO11/140249; WO13169264; WO14/036357).

[00371] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент выбран из агонистических агентов, которые связывают положительные ко-стимулирующие рецепторы, блокирующих агентов, которые ослабляют передачу сигналов через ингибирующие рецепторы, антагонистов и одного или более агентов, которые системно повышают частоту появления противоопухолевых Т-клеток, агентов, которые преодолевают различные иммуносупрессивные пути в микроокружении опухоли (например, блокируют взаимодействие с ингибирующим рецептором (например, взаимодействие PD-L1/PD-1), истощают или ингибируют Treg (например, применяя моноклональные антитела против CD25 (например, даклизумаб) или путем ex vivo анти-CD25-гранулярного истощения), ингибируют метаболические ферменты, такие как IDO, или обращают/предотвращают энергию или истощение Т-клеток) и агентов, которые запускают активацию врожденного иммунитета и/или воспаление на участках опухоли.

[00372] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой антагонист CTLA-4. В некоторых вариантах осуществления антагонист CTLA-4 представляет собой антагонистическое антитело к CTLA-4. В некоторых вариантах осуществления антагонистическое антитело к CTLA-4 представляет собой YERVOY (ипилимумаб) или тремелимумаб.

[00373] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой антагонист PD-1. В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 вводят инфузией. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой антитело или его антигенсвязывающую часть, которое специфически связывается с рецептором запрограммированной гибели-1 (PD-1) и ингибирует активность PD-1. В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-1 представляет собой антагонистическое антитело к PD-1. В некоторых вариантах осуществления антагонистическое антитело к PD-1 представляет собой OPDIVO (ниволумаб), KEYTRUDA (пембролизумаб) или MEDI-0680 (AMP-514; WO2012/145493). В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологическим агентом может быть пидилизумаб (CT-011). В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой рекомбинантный белок, состоящий из внеклеточного домена PD-L2 (B7-DC), слитого с Fc-частью IgG1, называемый AMP-224.

[00374] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой антагонист PD-L1. В некоторых вариантах осуществления антагонист PD-L1 представляет собой антагонистическое антитело к PD-L1. В некоторых вариантах осуществления антитело к PD-L1 представляет собой MPDL3280A (RG7446; WO2010/077634), дурвалумаб (MEDI4736), BMS-936559 (WO2007/005874) и MSB0010718C (WO2013/79174).

[00375] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой антагонист LAG-3. В некоторых вариантах осуществления антагонист LAG-3 представляет собой антагонистическое антитело к LAG-3. В некоторых вариантах осуществления антитело к LAG3 представляет собой BMS-986016 (WO10/19570, WO14/08218) или IMP-731, или IMP-321 (WO08/132601, WO009/44273).

[00376] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой агонист CD137 (4-1BB). В некоторых вариантах осуществления агонист CD137 (4-1BB) представляет собой агонистическое антитело к CD137. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD137 представляет собой урелумаб или PF-05082566 (WO12/32433).

[00377] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой агонист GITR. В некоторых вариантах осуществления агонист GITR представляет собой агонистическое антитело к GITR. В некоторых вариантах осуществления антитело к GITR представляет собой BMS-986153, BMS-986156, TRX-518 (WO006/105021, WO009/009116) или MK-4166 (WO11/028683).

[00378] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой антагонист индоламин (2,3)-диоксигеназы (IDO). В некоторых вариантах осуществления антагонист IDO выбран из эпакадостата (INCB024360, Incyte); индоксимода (NLG-8189, NewLink Genetics Corporation); капманитиба (INC280, Novartis); GDC-0919 (Genentech/Roche); PF-06840003 (Pfizer); BMS:F001287 (Bristol-Myers Squibb); Phy906/KD108 (Phytoceutica); фермента, расщепляющего кинуренин (Kynase, Kyn Therapeutics); и NLG-919 (WO09/73620, WO009/1156652, WO11/56652, WO12/142237).

[00379] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой агонист OX40. В некоторых вариантах осуществления агонист OX40 представляет собой агонистическое антитело к OX40. В некоторых вариантах осуществления антитело к OX40 представляет собой MEDI-6383 или MEDI-6469.

[00380] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой антагонист OX40L. В некоторых вариантах осуществления антагонист OX40L представляет собой антагонистическое антитело к OX40. В некоторых вариантах осуществления антагонист OX40L представляет собой RG-7888 (WO06/029879).

[00381] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой агонист CD40. В некоторых вариантах осуществления агонист CD40 представляет собой агонистическое антитело к CD40. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой антагонист CD40. В некоторых вариантах осуществления антагонист CD40 представляет собой антагонистическое антитело к CD40. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD40 представляет собой люкатумумаб или дацетузумаб.

[00382] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой агонист CD27. В некоторых вариантах осуществления агонист CD27 представляет собой агонистическое антитело к CD27. В некоторых вариантах осуществления антитело к CD27 представляет собой варлилумаб.

[00383] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой MGA271 (к B7H3) (WO11/109400).

[00384] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой абаговомаб, адекатумумаб, афутузумаб, алемтузумаб, анатумомаб, мафенатокс, аполизумаб, атезолимаб, авелумаб, блинатумомаб, BMS-936559, катумаксомузаб, дурвалумаб, эпакадостат, эпратузумаб, индоксимод, инотузумаб озогамицин, интелумумаб, ипилимумаб, изатуксимаб, ламбролизумаб, MED14736, MPDL3280A, ниволумаб, обинутузумаб, окаратузумаб, офатумумаб, олататумаб, пембролизумаб, пидилизумаб, ритуксимаб, тицилимумаб, самализумаб или тремелимумаб.

[00385] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой иммуностимулирующее средство. Например, антитела, блокирующие оси ингибирования PD-1 и PD-L1, могут высвобождать активированные опухолево-реактивные Т-клетки, и в клинических испытаниях было показано, что они вызывают стойкие противоопухолевые ответы во все большем числе гистологий опухолей, включая некоторые типы опухолей, которые обычно не считались чувствительными к иммунотерапии. См., например, Okazaki, T. et al. (2013) Nat. Immunol. 14, 1212-1218; Zou et al. (2016) Sci. Transl. Med. 8. Анти-PD-1 антитело ниволумаб (Opdivo®, Bristol-Myers Squibb, также известное как ONO-4538, MDX1106 и BMS-936558) продемонстрировало потенциал для улучшения общей выживаемости у пациентов с ПКР (почечно-клеточный рак), у которых наблюдалось прогрессирование заболевания во время или после предшествующей антиангиогенной терапии.

[00386] В некоторых вариантах осуществления иммуномодулирующее терапевтическое средство специфически индуцирует апоптоз опухолевых клеток. Утвержденные иммуномодулирующие терапевтические средства, которые можно применять в настоящем изобретении, включают помалидомид (Pomalyst®, Celgene); леналидомид (Revlimid®, Celgene); ингенола мебутат (Picato®, LEO Pharma).

[00387] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой противораковую вакцину. В некоторых вариантах осуществления противораковая вакцина выбрана из сипулеуцел-Т (Provenge®, Dendreon/Valeant Pharmaceuticals), который был одобрен для лечения бессимптомного или минимально симптоматического метастатического кастрационно-резистентного (гормонорезистентного) рака предстательной железы; и талимогена лахерпарепвека (Imlygic®, BioVex/Amgen, ранее известный как T-VEC), генетически модифицированной онколитической вирусной терапия, одобренной для лечения неоперабельных кожных, подкожных и узловых поражений при меланоме. В некоторых вариантах осуществления изобретения иммуноонкологический агент выбран из онколитической вирусной терапии, такой как пексастимоген девацирепвек (PexaVec/JX-594, SillaJen/ранее Jennerex Biotherapeutics), тимидинкиназа(TK)-дефицитного вируса осповакцины, сконструированного для экспрессии GM-CSF, для гепатоцеллюлярной карциномы (NCT02562755) и меланомы (NCT00429312); пелареореп (Reolysin®, Oncolytics Biotech), вариант респираторного кишечного орфанного вируса (реовирус), который не реплицируется в клетках, не активированных RAS, при многих раковых заболеваниях, включая колоректальный рак (NCT01622543); рак предстательной железы (NCT01619813); плоскоклеточный рак головы и шеи (NCT01166542); аденокарцинома поджелудочной железы (NCT00998322) и немелкоклеточный рак легкого (NSCLC) (NCT 00861627); энаденотуцирев (NG-348, PsiOxus, ранее известный как ColoAd1), аденовирус, сконструированный для экспрессии полноразмерного CD80 и фрагмента антитела, специфичного для белка CD3 Т-клеточного рецептора, при раке яичников (NCT02028117); метастатических или распространенных эпителиальных опухолях, таких как колоректальный рак, рак мочевого пузыря, плоскоклеточный рак головы и шеи и рак слюнных желез (NCT02636036); ONCOS-102 (Targovax/ранее Oncos), аденовирус, сконструированный для экспрессии GM-CSF, при меланоме (NCT03003676) и заболевании брюшины, колоректальном раке или раке яичников (NCT02963831); GL-ONC1 (GLV-1h68/GLV-1h153, Genelux GmbH), вирусы осповакцины, сконструированные для экспрессии бета-галактозидазы (бета-гал)/бета-глюкуронидазы или бета-гал/симпортера йодида натрия (hNIS) человека, соответственно были изучены при перитонеальном карциноматозе (NCT01443260); раке маточной трубы, раке яичников (NCT 02759588); или CG0070 (Cold Genesys), аденовирус, сконструированный для экспрессии GM-CSF, при раке мочевого пузыря (NCT02365818).

[00388] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент выбран из JX-929 (SillaJen/ранее Jennerex Biotherapeutics), вируса осповакцины с дефицитом ТК и фактора роста осповакцины, сконструированного для экспрессии цитозиндезаминазы, которая способна превращать пролекарство 5-фторцитозин в цитотоксическое лекарственное средство 5-фторурацил; TG01 и TG02 (Targovax/ранее Oncos), пептидных иммунотерапевтических агентов, нацеленных на трудно поддающиеся лечению мутации RAS; и TILT-123 (TILT Biotherapeutics), сконструированного аденовируса, обозначенного: Ad5/3-E2F-delta24-hTNFα-IRES-hIL20; и VSV-GP (ViraTherapeutics), вируса везикулярного стоматита (VSV), сконструированного для экспрессии гликопротеина (GP) вируса лимфоцитарного хориоменингита (LCMV), который может быть дополнительно сконструирован для экспрессии антигенов, предназначенных для повышения антиген-специфического ответа CD8+ Т-клеток.

[00389] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой Т-клетку, сконструированную для экспрессии химерного антигенного рецептора или CAR. Т-клетки, сконструированные для экспрессии такого химерного антигенного рецептора, называются CAR-T-клетками.

[00390] Сконструированы CAR, которые состоят из связывающих доменов, которые могут происходить из природных лигандов, одноцепочечных вариабельных фрагментов (scFv), полученных из моноклональных антител, специфичных к антигенам клеточной поверхности, слитых с эндодоменами, которые являются функциональным концом Т-клеточного рецептора (TCR), таких как сигнальный домен CD3-zeta из TCR, который способен генерировать сигнал активации в Т-лимфоцитах. После связывания антигена такие CAR связываются с эндогенными сигнальными путями в эффекторной клетке и генерируют активирующие сигналы, подобные тем, которые инициируются комплексом TCR.

[00391] Например, в некоторых вариантах осуществления CAR-T-клетка является одной из тех, что описаны в патенте США 8906682 (июнь; настоящим полностью включен в качестве ссылки), в котором описаны CAR-T-клетки, сконструированные таким образом, чтобы они включали внеклеточный домен, имеющий антигенсвязывающий домен (такой как домен, который связывается с CD19), слитый с внутриклеточным сигнальным доменом дзета-цепи Т-клеточного антигенного рецепторного комплекса (например, дзета-CD3). При экспрессии в Т-клетке CAR способен перенаправлять распознавание антигена на основе специфичности связывания антигена. В случае CD19 антиген экспрессируется на злокачественных В-клетках. В настоящее время проводится более 200 клинических испытаний CAR-T по широкому спектру показаний [https://clinicaltrials.gov/ct2/results?term=chimeric+antigen+receptors&pg=1].

[00392] В некоторых вариантах осуществления иммуностимулирующее средство представляет собой активатор орфанного рецептора, связанного с рецептором ретиноевой кислоты γ (RORγt). RORγt является фактором транскрипции, который играет ключевую роль в дифференцировке и поддержании эффекторных субпопуляций 17-го типа CD4+ (Th17) и CD8+ (Tc17) Т-клеток, а также в дифференцировке IL-17, экспрессирующих субпопуляции клеток врожденного иммунитета, таких как NK клетки. В некоторых вариантах осуществления активатором RORγt является LYC-55716 (Lycera), который в настоящее время проходит клинические испытания для лечения солидных опухолей (NCT02929862).

[00393] В некоторых вариантах осуществления иммуностимулирующее средство представляет собой агонист или активатор toll-подобного рецептора (TLR). Подходящие активаторы TLR включают агонист или активатор TLR9, такой как SD-101 (Dynavax). SD-101 представляет собой иммуностимулирующий CpG, который изучается на В-клеточных, фолликулярных и других лимфомах (NCT02254772). Агонисты или активаторы TLR8, которые можно применять в настоящем изобретении, включают мотолимод (VTX-2337, VentiRx Pharmaceuticals), который изучается для лечения плоскоклеточного рака головы и шеи (NCT02124850) и рака яичников (NCT02431559).

[00394] Другие иммуноонкологические агенты, которые можно применять в настоящем изобретении, включают урелумаб (BMS-663513, Bristol-Myers Squibb), моноклональное антитело против CD137; варлилумаб (CDX-1127, Celldex Therapeutics), моноклональное антитело против CD27; BMS-986178 (Bristol-Myers Squibb), моноклональное антитело против OX40; лирилумаб (IPH2102/BMS-986015, Innate Pharma, Bristol-Myers Squibb), моноклональное антитело против KIR; монализумаб (IPH2201, Innate Pharma, AstraZeneca), моноклональное антитело против NKG2A; андекаликсимаб (GS-5745, Gilead Sciences), антитело против MMP9; MK-4166 (Merck & Co.), моноклональное антитело против GITR.

[00395] В некоторых вариантах осуществления иммуностимулирующее средство выбрано из элотузумаба, мифамуртида, агониста или активатора toll-подобного рецептора и активатора RORγt.

[00396] В некоторых вариантах осуществления иммуностимулирующее терапевтическое средство представляет собой рекомбинантный человеческий интерлейкин 15 (rhIL-15). rhIL-15 был протестирован в клинике для лечения меланомы и почечно-клеточной карциномы (NCT01021059 и NCT01369888) и лейкозов (NCT02689453). В некоторых вариантах осуществления иммуностимулирующее средство представляет собой рекомбинантный человеческий интерлейкин 12 (rhIL-12). В некоторых вариантах осуществления иммунотерапевтический препарат на основе IL-15 представляет собой гетеродимерный IL-15 (hetIL-15, Novartis/Admune), слитый комплекс, состоящий из синтетической формы эндогенного IL-15 в комплексе с растворимым IL-15-связывающим альфа-цепь рецептора белком IL-15 (IL15: sIL-15RA), который был протестирован в фазе 1 клинических испытаний для меланомы, почечно-клеточной карциномы, немелкоклеточного рака легкого и плоскоклеточного рака головы и шеи (NCT02452268). В некоторых вариантах осуществления рекомбинантный интерлейкин 12 человека (rhIL-12) представляет собой NM-IL-12 (Neumedicines, Inc.), NCT02544724 или NCT02542124.

[00397] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент выбран из агентов, описанных в Jerry L. Adams ET. AL., «Big opportunities for small molecules in immuno-oncology», Cancer Therapy 2015, Vol. 14, p. 603-622, который полностью включен в настоящее описание посредством ссылки. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент выбран из примеров, описанных в Таблице 1 Jerry L. Adams ET. AL. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой небольшую молекулу, нацеленную на иммунную онкологическую мишень, выбранную из тех, которые перечислены в Таблице 2 Jerry L. Adams ET. AL. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой низкомолекулярный агент, выбранный из тех, что перечислены в Таблице 2 Jerry L. Adams ET. AL.

[00398] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент выбирают из низкомолекулярных иммуноонкологических агентов, описанных в Peter L. Toogood, «Small molecule immuno-oncology therapeutic agents», Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 2018, Vol. 28, p. 319-329, которые полностью включены в настоящее описание посредством ссылки. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой агент, нацеленный на сигнальные пути, как описано у Peter L. Toogood.

[00399] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент выбран из агентов, описанных в Sandra L. Ross et al., «Bispecific T cell engager (BiTE®) antibody constructs can mediate bystander tumor cell killing», PLoS ONE 12(8): e0183390, которые полностью включены в настоящую заявку посредством ссылки. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой конструкцию биспецифического антитела, привлекающего Т-клетки (BiTE®). В некоторых вариантах осуществления конструкция биспецифического антитела, привлекающего Т-клетки (BiTE®), представляет собой конструкцию биспецифического антитела CD19/CD3. В некоторых вариантах осуществления конструкция биспецифического антитела, привлекающего Т-клетки (BiTE®), представляет собой конструкцию биспецифического антитела EGFR/CD3. В некоторых вариантах осуществления конструкция биспецифического антитела, привлекающего Т-клетки (BiTE®), активирует Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления конструкция биспецифического антитела, привлекающего Т-клетки (BiTE®), активирует Т-клетки, которые высвобождают цитокины, вызывающие усиленную регуляцию молекулы межклеточной адгезии 1 (ICAM-1) и FAS на клетках-свидетелях. В некоторых вариантах осуществления конструкция биспецифического антитела, привлекающего Т-клетки (BiTE®), активирует Т-клетки, что приводит к индуцированному лизису клеток-свидетелей. В некоторых вариантах осуществления клетки-свидетели находятся в солидных опухолях. В некоторых вариантах осуществления лизируемые клетки-свидетели находятся рядом с активированными BiTE® Т-клетками. В некоторых вариантах осуществления клетки-свидетели включают раковые клетки отрицательные в отношении опухоль-ассоциированного антигена (ТАА). В некоторых вариантах осуществления клетки-свидетели включают EGFR-отрицательные раковые клетки. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой антитело, которое блокирует ось PD-L1/PD1 и/или CTLA4. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой увеличенную ex-vivo Т-клетку, инфильтрирующую опухоль. В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой конструкцию биспецифического антитела или химерные антигенные рецепторы (CAR), которые напрямую связывают Т-клетки с опухоль-ассоциированными поверхностными антигенами (TAA).

Примеры ингибиторов иммунных контрольных точек

[00400] В некоторых вариантах осуществления иммуноонкологический агент представляет собой ингибитор иммунных контрольных точек, как описано в настоящей заявке.

[00401] Применяемый в настоящей заявке термин «ингибитор контрольной точки» относится к агентам, пригодным для предотвращения того, что раковые клетки избегают иммунную систему пациента. Один из основных механизмов подрыва противоопухолевого иммунитета известен как «истощение Т-клеток», который возникает в результате хронического воздействия антигенов, которое привело к усилению регуляции ингибирующих рецепторов. Эти ингибирующие рецепторы служат иммунными контрольными точками для предотвращения неконтролируемых иммунных реакций.

[00402] PD-1 и ко-ингибирующие рецепторы, такие как цитотоксический Т-лимфоцитарный антиген 4 (CTLA-4, B и T-лимфоцитарный аттенюатор (BTLA; CD272), Т-клеточный иммуноглобулин и муциновый домен-3 (Tim-3), ген активации лимфоцитов-3 (Lag-3; CD223) и другие, часто называются регуляторами контрольных точек. Они действуют как молекулярные «привратники», которые позволяют внеклеточной информации диктовать, должна ли продолжаться прогрессия клеточного цикла и другие процессы внутриклеточной передачи сигналов.

[00403] В некоторых вариантах осуществления ингибитор иммунной контрольной точки представляет собой антитело к PD-1. PD-1 связывается с рецептором запрограммированной гибели клеток 1 (PD-1), чтобы предотвратить связывание рецептора с ингибирующим лигандом PDL-1, тем самым подавляя способность опухолей подавлять противоопухолевый иммунный ответ хозяина.

[00404] В одном аспекте ингибитор контрольной точки представляет собой биологическое терапевтическое средство или небольшую молекулу. В другом аспекте ингибитор контрольной точки представляет собой моноклональное антитело, гуманизированное антитело, полностью человеческое антитело, слитый белок или их комбинацию. В дополнительном аспекте ингибитор контрольной точки ингибирует белок контрольной точки, выбранный из CTLA-4, PDL1, PDL2, PD1, B7-H3, B7-H4, BTLA, HVEM, TIM3, GAL9, LAG3, VISTA, KIR, 2B4, CD160, CGEN-15049, CHK 1, CHK2, A2aR, лигандов семейства B-7 или их комбинации. В дополнительном аспекте ингибитор контрольной точки взаимодействует с лигандом белка контрольной точки, выбранным из CTLA-4, PDL1, PDL2, PD1, B7-H3, B7-H4, BTLA, HVEM, TIM3, GAL9, LAG3, VISTA, KIR, 2B4, CD160, CGEN-15049, CHK 1, CHK2, A2aR, лигандов семейства B-7 или их комбинации. В одном аспекте ингибитор контрольной точки представляет собой иммуностимулирующее средство, фактор роста Т-клеток, интерлейкин, антитело, вакцину или их комбинацию. В дополнительном аспекте интерлейкин представляет собой IL-7 или IL-15. В конкретном аспекте интерлейкин представляет собой гликозилированный IL-7. В дополнительном аспекте вакцина представляет собой вакцину на основе дендритных клеток (DC).

[00405] Ингибиторы контрольных точек включают любой агент, который блокирует или ингибирует статистически значимым образом ингибирующие пути иммунной системы. Такие ингибиторы могут включать низкомолекулярные ингибиторы или могут включать антитела или их антигенсвязывающие фрагменты, которые связываются и блокируют или ингибируют рецепторы иммунных контрольных точек, или антитела, которые связываются и блокируют или ингибируют лиганды рецепторов иммунных контрольных точек. Иллюстративные молекулы контрольных точек, которые могут быть мишенями для блокирования или ингибирования, включают, помимо прочего, CTLA-4, PDL1, PDL2, PD1, B7-H3, B7-H4, BTLA, HVEM, GAL9, LAG3, TIM3, VISTA, KIR, 2B4 (принадлежит к семейству молекул CD2 и экспрессируется на всех NK, γδ и Т-клетках памяти CD8+ (αβ)), CD160 (также обозначаемый как BY55), CGEN-15049, киназы CHK 1 и CHK2, A2aR и различные лиганды семейства B-7. Лиганды семейства B7 включают, но не ограничиваются ими, B7-1, B7-2, B7-DC, B7-H1, B7-H2, B7-H3, B7-H4, B7-H5, B7-H6 и B7-H7. Ингибиторы контрольных точек включают антитела или их антигенсвязывающие фрагменты, другие связывающие белки, биологические терапевтические средства или небольшие молекулы, которые связываются и блокируют или ингибируют активность одного или более из CTLA-4, PDL1, PDL2, PD1, BTLA, HVEM, TIM3, GAL9, LAG3, VISTA, KIR, 2B4, CD160 и CGEN-15049. Иллюстративные ингибиторы иммунных контрольных точек включают тремелимумаб (CTLA-4 блокирующее антитело), анти-OX40, моноклональные антитела к PD-L1 (анти-B7-H1; MEDI4736), MK-3475 (блокатор PD-1), ниволумаб (антитело против PD1), CT-011 (антитело против PDL), моноклональное антитело BY55, AMP224 (антитело против PDL1), BMS-936559 (антитело против PDL1), MPLDL3280A (антитело против PDL1), MSB0010718C (антитело против PDL1) и ипилимумаб (анти-CTLA-4 ингибитор контрольной точки). Лиганды белка контрольных точек включают, но не ограничиваются ими, PD-L1, PD-L2, B7-H3, B7-H4, CD28, CD86 и TIM-3.

[00406] В некоторых вариантах осуществления ингибитор иммунной контрольной точки выбран из антагониста PD-1, антагониста PD-L1 и антагониста CTLA-4. В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольной точки выбран из группы, состоящей из ниволумаба (Opdivo®), ипилимумаба (Yervoy®) и пембролизумаба (Keytruda®). В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольной точки выбран из ниволумаба (антитело против PD-1, Opdivo®, Bristol-Myers Squibb); пембролизумаба (антитело против PD-1, Keytruda®, Merck); ипилимумаба (антитело против CTLA-4, Yervoy®, Bristol-Myers Squibb); дурвалумаба (антитело против PD-L1, Imfinzi®, AstraZeneca) и атезолизумаба (антитело против PD-L1, Tecentriq®, Genentech).

[00407] В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольной точки выбран из группы, состоящей из ламбролизумаба (MK-3475), ниволумаба (BMS-936558), пидилизумаба (CT-011), AMP-224, MDX-1105, MEDI4736, MPDL3280A, BMS-936559, ипилимумаба, лирлумаба, IPH2101, пембролизумаба (Keytruda®) и тремелимумаба.

[00408] В некоторых вариантах осуществления ингибитор иммунных контрольных точек представляет собой REGN2810 (Regeneron), антитело против PD-1, испытанное на пациентах с базальноклеточной карциномой (NCT03132636); NSCLC (NCT03088540); кожной плоскоклеточной карциномой (NCT02760498); лимфомой (NCT02651662) и меланомой (NCT03002376); пидилизумаб (CureTech), также известный как CT-011, антитело, которое связывается с PD-1, в клинических испытаниях диффузной крупноклеточной В-клеточной лимфомы и множественной миеломы; авелумаб (Bavencio®, Pfizer/Merck KGaA), также известный как MSB0010718C), полностью человеческое антитело IgG1 против PD-L1, в клинических испытаниях немелкоклеточного рака легких, карциномы из клеток Меркеля, мезотелиомы, солидных опухолей, рака почек, рака яичников, рака мочевого пузыря, рака головы и шеи и рака желудка; или PDR001 (Novartis), ингибирующее антитело, которое связывается с PD-1, в клинических испытаниях немелкоклеточного рака легкого, меланомы, тройного отрицательного рака молочной железы и распространенных или метастатических солидных опухолей. Тремелимумаб (CP-675,206; Astrazeneca) представляет собой полностью человеческое моноклональное антитело против CTLA-4, которое было изучено в клинических испытаниях по ряду показаний, включая: мезотелиому, колоректальный рак, рак почки, рак молочной железы, рак легкого и немелкоклеточный рак легкого, аденокарциному протока поджелудочной железы, рак поджелудочной железы, рак зародышевых клеток, плоскоклеточный рак головы и шеи, гепатоцеллюлярную карциному, рак предстательной железы, рак эндометрия, метастатический рак в печени, рак печени, крупноклеточная B-клеточная лимфома, рак яичников, рак шейки матки, метастатический анапластический рак щитовидной железы, уротелиальный рак, рак маточной трубы, множественная миелому, рак мочевого пузыря, саркому мягких тканей и меланому. AGEN-1884 (Agenus) представляет собой антитело против CTLA4, которое изучается в фазе 1 клинических испытаний для распространенных солидных опухолей (NCT02694822).

[00409] В некоторых вариантах осуществления изобретения ингибитор контрольной точки представляет собой ингибитор белка 3, содержащего Т-клеточный иммуноглобулин муцин (TIM-3). Ингибиторы TIM-3, которые можно применять в настоящем изобретении, включают TSR-022, LY3321367 и MBG453. TSR-022 (Tesaro) представляет собой антитело против TIM-3, которое изучается на солидных опухолях (NCT02817633). LY3321367 (Eli Lilly) представляет собой антитело против TIM-3, которое изучается на солидных опухолях (NCT03099109). MBG453 (Novartis) представляет собой антитело против TIM-3, которое изучается при распространенных злокачественных новообразованиях (NCT02608268).

[00410] В некоторых вариантах осуществления изобретения ингибитор контрольной точки представляет собой ингибитор иммунорецептора Т-клеток с доменами Ig и ITIM или TIGIT, иммунный рецептор определенных Т-клеток и NK-клеток. Ингибиторы TIGIT, которые можно применять в настоящем изобретении, включают BMS-986207 (Bristol-Myers Squibb), моноклональное антитело против TIGIT (NCT02913313); OMP-313M32 (Oncomed) и моноклональное антитело против TIGIT (NCT03119428).

[00411] В некоторых вариантах осуществления ингибитор контрольной точки представляет собой ингибитор гена активации лимфоцитов-3 (LAG-3). Ингибиторы LAG-3, которые можно применять в настоящем изобретении, включают BMS-986016, и REGN3767, и IMP321. BMS-986016 (Bristol-Myers Squibb), антитело против LAG-3, изучается при глиобластоме и глиосаркоме (NCT02658981). REGN3767 (Regeneron) также является антителом против LAG-3 и изучается при злокачественных новообразованиях (NCT03005782). IMP321 (Immutep S.A.) представляет собой слитый белок LAG-3-Ig, изучаемый при меланоме (NCT02676869); аденокарциноме (NCT02614833) и метастатическом раке молочной железы (NCT00349934).

[00412] Ингибиторы контрольных точек, которые можно применять в настоящем изобретении, включают агонисты OX40. Агонисты OX40, которые изучаются в клинических испытаниях, включают PF-04518600/PF-8600 (Pfizer), агонистическое антитело против OX40, при метастатическом раке почки (NCT03092856) и распространенных формах рака и новообразованиях (NCT02554812; NCT05082566); GSK3174998 (Merck), агонистическое антитело против OX40, в испытаниях рака фазы 1 (NCT02528357); MEDI0562 (Medimmune/AstraZeneca), агонистическое антитело против OX40, при распространенных солидных опухолях (NCT02318394 и NCT02705482); MEDI6469, агонистическое антитело против OX40 (Medimmune/AstraZeneca), у пациентов с колоректальным раком (NCT02559024), раком молочной железы (NCT01862900), раком головы и шеи (NCT02274155) и метастатическим раком предстательной железы (NCT01303705); и BMS-986178 (Bristol-Myers Squibb), агонистическое антитело против OX40, при распространенных формах рака (NCT02737475).

[00413] Ингибиторы контрольных точек, которые можно применять в настоящем изобретении, включают агонисты CD137 (также называемые 4-1BB). Агонисты CD137, которые изучаются в клинических испытаниях, включают утомилумаб (PF-05082566, Pfizer), агонистическое антитело против CD137, при диффузной крупноклеточной B-клеточной лимфоме (NCT02951156) и при распространенных формах рака и новообразованиях (NCT02554812 и NCT05082566); урелумаб (BMS-663513, Bristol-Myers Squibb), агонистическое антитело против CD137, при меланоме и раке кожи (NCT02652455) и глиобластоме, и глиосаркоме (NCT02658981).

[00414] Ингибиторы контрольных точек, которые можно применять в настоящем изобретении, включают агонисты CD27. Агонисты CD27, которые изучаются в клинических испытаниях, включают варлилумаб (CDX-1127, Celldex Therapeutics), агонистическое антитело против CD27, при плоскоклеточном раке головы и шеи, карциноме яичников, колоректальном раке, почечно-клеточном раке и глиобластоме (NCT02335918); лимфомах (NCT01460134); и глиоме, и астроцитоме (NCT02924038).

[00415] Ингибиторы контрольных точек, которые можно применять в настоящем изобретении, включают агонисты рецептора фактора некроза опухоли, индуцированного глюкокортикоидами (GITR). Агонисты GITR, которые изучаются в клинических испытаниях, включают TRX518 (Leap Therapeutics), агонистическое антитело против GITR, при злокачественной меланоме и других злокачественных солидных опухолях (NCT01239134 и NCT02628574); GWN323 (Novartis), агонистическое антитело против GITR, в солидных опухолях и лимфомах (NCT 02740270); INCAGN01876 (Incyte/Agenus), агонистическое антитело против GITR, при распространенных формах рака (NCT02697591 и NCT03126110); MK-4166 (Merck), агонистическое антитело против GITR, в солидных опухолях (NCT02132754) и MEDI1873 (Medimmune/AstraZeneca), молекула агонистического гексамерного лиганда GITR с доменом Fc человеческого IgG1, в распространенных солидных опухолях (NCT02583165).

[00416] Ингибиторы контрольных точек, которые можно применять в настоящем изобретении, включают агонисты индуцибельного ко-стимулятора Т-клеток (ICOS, также известного как CD278). Агонисты ICOS, которые изучаются в клинических испытаниях, включают MEDI-570 (Medimmune), агонистическое антитело против ICOS, при лимфомах (NCT02520791); GSK3359609 (Merck), агонистическое антитело против ICOS, в фазе 1 (NCT02723955); JTX-2011 (Jounce Therapeutics), агонистическое антитело против ICOS, в фазе 1 (NCT02904226).

[00417] Ингибиторы контрольных точек, которые можно применять в настоящем изобретении, включают ингибиторы киллерных IgG-подобных рецепторов (KIR). Ингибиторы KIR, которые изучаются в клинических испытаниях, включают лирилумаб (IPH2102/BMS-986015, Innate Pharma/Bristol-Myers Squibb), антитело против KIR, при лейкозе (NCT01687387, NCT02399917, NCT02481297, NCT02599649), множественной миеломе (NCT02252263) и лимфоме (NCT01592370); IPH2101 (1-7F9, Innate Pharma) при миеломе (NCT01222286 и NCT01217203) и IPH4102 (Innate Pharma), антитело против KIR, которое связывается с тремя доменами длинного цитоплазматического хвоста (KIR3DL2), в лимфоме (NCT02593045).

[00418] Ингибиторы контрольных точек, которые можно применять в настоящем изобретении, включают CD47 ингибиторы взаимодействия между CD47 и сигнальным регуляторным белком альфа (SIRPa). Ингибиторы CD47/SIRPa, которые изучаются в клинических испытаниях, включают ALX-148 (Alexo Therapeutics), антагонистический вариант (SIRPa), который связывается с CD47 и предотвращает опосредованную CD47/SIRPa передачу сигналов (NCT03013218) в фазе 1; TTI-621 (SIRPa-Fc, Trillium Therapeutics), растворимый рекомбинантный слитый белок, созданный путем связывания N-концевого CD47-связывающего домена SIRPa с Fc-доменом человеческого IgG1, действует, связывая человеческий CD47 и препятствуя доставке им сигнала «не ешьте» («do not eat») макрофагам, проходит клинические испытания в фазе 1 (NCT02890368 и NCT02663518); CC-90002 (Celgene), антитело против CD47, при лейкозах (NCT02641002) и Hu5F9-G4 (Forty Seven, Inc.) при колоректальных новообразованиях и солидных опухолях (NCT02953782), остром миелоидном лейкозе (NCT02678338) и лимфоме (NCT02953509).

[00419] Ингибиторы контрольных точек, которые можно применять в настоящем изобретении, включают ингибиторы CD73. Ингибиторы CD73, которые изучаются в клинических испытаниях, включают MEDI9447 (Medimmune), антитело против CD73, в солидных опухолях (NCT02503774) и BMS-986179 (Bristol-Myers Squibb), антитело против CD73, в солидных опухолях (NCT02754141).

[00420] Ингибиторы контрольных точек, которые можно применять в настоящем изобретении, включают агонисты белка стимулятора генов интерферона (STING, также известного как трансмембранный белок 173 или TMEM173). Агонисты STING, которые изучаются в клинических испытаниях, включают MK-1454 (Merck), агонистический синтетический циклический динуклеотид, при лимфоме (NCT03010176) и ADU-S100 (MIW815, Aduro Biotech/Novartis), агонистический синтетический циклический динуклеотид, в фазе 1 (NCT02675439 и NCT03172936).

[00421] Ингибиторы контрольных точек, которые можно применять в настоящем изобретении, включают ингибиторы CSF1R. Ингибиторы CSF1R, которые изучаются в клинических испытаниях, включают пексидартиниб (PLX3397, Plexxikon), низкомолекулярный ингибитор CSF1R при колоректальном раке, раке поджелудочной железы, метастатическом и распространенном раке (NCT02777710) и меланоме, немелкоклеточном раке легкого, плоскоклеточном раке головы и шеи, стромальной опухоли желудочно-кишечного тракта (GIST) и раке яичников (NCT02452424), и IMC-CS4 (LY3022855, Lilly), антитело против CSF-1R, при раке поджелудочной железы (NCT03153410), меланоме (NCT03101254) и солидных опухолях (NCT02718911); и BLZ945 (4-[2((1R,2R)-2-гидроксициклогексиламино)-бензотиазол-6-илоксил]-пиридин-2-карбоновая кислота метиламид, Novartis), перорально доступный ингибитор CSF1R, при распространенных солидных опухолях (NCT02829723).

[00422] Ингибиторы контрольных точек, которые можно применять в настоящем изобретении, включают ингибиторы рецептора NKG2A. Ингибиторы рецептора NKG2A, которые изучаются в клинических испытаниях, включают монализумаб (IPH2201, Innate Pharma), антитело против NKG2A, при новообразованиях головы и шеи (NCT02643550) и хроническом лимфоцитарном лейкозе (NCT02557516).

[00423] В некоторых вариантах осуществления ингибитор иммунных контрольных точек выбран из ниволумаба, пембролизумаба, ипилимумаба, авелумаба, дурвалумаба, атезолизумаба или пидилизумаба.

[00424] В дополнение к способам профилактики и/или лечения, как описано выше, настоящее изобретение также обеспечивает соответствующее применение для профилактики и/или лечения заболевания, расстройства или состояния, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение обеспечивает применение соединения или его фармацевтически приемлемой соли, как описано в настоящей заявке, для профилактики и/или лечения вирусной инфекции, или воспалительного заболевания, расстройства или состояния, или рака, как описано в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления изобретения применение для профилактики и/или лечения ВИЧ-инфекции, как предусмотрено изобретением, предназначено для пациента, у которого наличие и/или уровень экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ в качестве биомаркера измеряется и/или отслеживается с помощью описанных в настоящей заявке способов. В некоторых вариантах осуществления применение для профилактики и/или лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, как предусмотрено в изобретении, предназначено для пациента, у которого наличие и/или уровень экспрессии сплайсированной длинной некодирующей РНК в локусе miR-124 в качестве биомаркера измеряется и/или отслеживается описанными в настоящей заявке способами.

[00425] В настоящей заявке дополнительно обеспечено соединение формул I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id, IV, IVa, IVb, IVb', IVc или IVd, как определено выше, или их фармацевтически приемлемых солей, для применения для лечения или профилактики воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака у нуждающегося в этом пациента. В некоторых вариантах осуществления соединение формул I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id, IV, IVa, IVb, IVb', IVc или IVd, как определено выше, или их фармацевтически приемлемых солей, для применения в качестве противовоспалительного агента, предназначенного для пациентов, у которых наличие и/или уровень экспрессии сплайсированной длинной некодирующей РНК в локусе miR-124 отслеживается в образце крови и/или ткани указанного пациента до и/или во время указанного применения.

[00426] В настоящей заявке дополнительно обеспечено соединение формул I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id, IV, IVa, IVb, IVb', IVc или IVd, как определено выше, или их фармацевтически приемлемых солей, для применения для лечения ВИЧ-инфекции у нуждающегося в этом пациента. В некоторых вариантах осуществления соединения формул I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id, IV, IVa, IVb, IVb', IVc или IVd, как определено выше, или их фармацевтически приемлемых солей, для применения в качестве лечебного средства для ВИЧ, предназначенного для пациентов, у которых наличие и/или уровень экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ отслеживается в образце крови и/или ткани указанного пациента в ходе указанного применения.

Дополнительные примерные варианты осуществления:

1. Способ применения варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. No. 1 в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции или эффективности терапевтического лечения ВИЧ-инфекции, включающий измерение наличия или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. No. 1 в биологическом образце.

2. Способ оценки биологического эффекта соединения при лечении ВИЧ-инфекции, включающий измерение наличия или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. No. 1 в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции.

3. Способ скрининга соединения или вакцины для профилактики и/или лечения ВИЧ-инфекции, включающий измерение наличия или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. No. 1 в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции.

4. Способ лечения ВИЧ-инфекции, включающий введение пациенту терапевтического лечения и измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ. ID. No. 1 у пациента.

5. Способ применения днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака или эффективности терапевтического лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, включающий измерение наличия или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в биологическом образце.

6. Способ оценки биологического эффекта соединения или медицинского устройства при лечении воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, включающий измерение наличия или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака.

7. Способ скрининга соединения или медицинского устройства при лечении воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, включающий измерение наличия или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 в качестве биомаркера воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака.

8. Способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, включающий введение терапевтического лечения пациенту и измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента.

9. Способ лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, включающий введение терапевтического лечения пациенту и измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии miR-124 у пациента.

10. Способ отбора пациента для терапевтического лечения воспалительного заболевания, расстройства или состояния или рака, включающий измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1 у пациента.

11. Способ отбора пациента для терапевтического лечения, включающий измерение и/или мониторинг наличия и/или уровня экспрессии miR-124 у пациента.

12. Способ по любому из вариантов осуществления 4 и 8-11, где терапевтическое лечение представляет собой соединение формулы I:

I

или его фармацевтически приемлемой соли, где:

Z представляет собой C или N;

V представляет собой C или N;

означает ароматическое кольцо, в котором V представляет собой C или N, и когда V представляет собой N, V находится в орто-, мета- или пара-положении относительно Z;

каждый R независимо представляет собой водород, галоген, -CN, гидроксил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₃)фторалкокси, (C₃-C₆)циклоалкил, -NO₂, -NR₁R₂, (C₁-C₄)алкокси, фенокси, - NR₁-SO₂-NR₁R₂, -NR₁-SO₂-R₁, -NR₁-C(=O)-R₁, -NR₁-C(=O)-NR₁R₂, -SO₂-NR₁R₂, -SO₃H, -O-SO₂-OR₃, -O-P(=O)-(OR₃)(OR₄), -O-CH₂-COOR₃, (C₁-C₃)алкил, причем указанный алкил необязательно моно- или ди-замещен гидроксильной группой, или группу формулы (IIa):

, или группу формулы (IIIa): ;

Q представляет собой N или O, при условии, что R'' отсутсвует, когда Q представляет собой O;

каждый из R₁ и R₂ независимо представляет собой водород или (C₁-C₃)алкил;

каждый из R₃ и R₄ независимо представляет собой водород, Li⁺, Na⁺, K⁺, N⁺(Ra)₄ или бензил;

n равен 1, 2 или 3;

n' равен 1, 2 или 3;

каждый R' независимо представляет собой водород, (C₁-C₃)алкил, гидроксил, галоген, -NO₂, -NR₁R₂, морфолинил, морфолино, N-метилпиперазинил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₄)алкокси, O-P(=O)-(OR₃)(OR₄), -CN, группу формулы (IIa):

, или группу формулы (IIIa): ;

A представляет собой ковалентную связь, кислород или NH;

B представляет собой ковалентную связь или NH;

m равен 1, 2, 3, 4 или 5;

p равен 1, 2 или 3;

каждый из Ra и Rb независимо представляет собой водород, (C₁-C₅)алкил или (C₃-C₆)циклоалкил, или

Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют насыщенный 5- или 6-членный гетероцикл, причем указанный гетероцикл необязательно замещен одним или более Ra, при условии, что, когда R' представляет собой группу (IIa) или (IIIa), n' может быть равен 2 или 3, только если другие группы R' отличаются от указанной группы (IIa) или (IIIa); и

R'' представляет собой водород, (C₁-C₄)алкил или группу формулы (IIa), как определено в настоящей заявке.

13. Способ согласно варианту осуществления изобретения 12, где соединение выбрано из формул Ia-Id:

Ia Ib Ic Ib'
Id

или их фармацевтически приемлемых солей.

14. Способ по варианту осуществления 12 или 13, где соединение представляет собой ABX464 или его фармацевтически приемлемую соль.

15. Способ по любому из вариантов осуществления 4 или 8-11, где терапевтическое лечение представляет собой соединение формулы IV:

IV

или его фармацевтически приемлемую соль, где каждая из переменных V, Z, R, R', n и n' представляет собой такую, как описано в варианте осуществления 8.

16. Способ соогласно варианту осуществления 15, где соединение выбрано из формул IVa-IVd:

IVa
IVb IVc
IVb'
IVd

или их фармацевтически приемлемой соли.

Пример

Человеческие образцы

[00427] Все эксперименты с биопсией человека проводились в соответствии с соответствующими инструкциями и правилами. Эксперименты были одобрены AEMPS (Испанское агентство, Испанское агентство по контролю за лекарственными средствами и медицинскими изделиями) № AEMPS: 16-0728 по контракту № EudraCT: 2016-002797-1título ESTUDIO ABIERTODE LA SEGURIDAD, FARMACOCINÉTICA Y FARMACODINÁMICA DE ABX464 EN ADULTOS SERONEGATIVOS Y SEROPOSITIVOS PARA EL VIH-1. Информированное согласие было получено от всех субъектов.

Культура клеток, инфекция и трансфекция

[00428] Лейкоцитарные пленки от ВИЧ-отрицательных индивидуумов получали в местном центре донорства крови Centre de transfusion sanguine Montpellier. Мононуклеарные клетки периферической крови человека (PBMC) выделяли центрифугированием в градиенте фиколла (Histopaque, Sigma). CD4+ и CD8+ Т-клетки очищали от PBMC после центрифугирования в градиенте фиколла с помощью положительного отбора на гранулах человеческих CD4+ и положительного отбора на гранулах CD8+, соответственно (Miltenyi). PBMC, CD4+ и CD8+ Т-клетки выращивали при 37 °C и 5% CO₂ до плотности 1,5×10⁶ клеток/мл в среде RPMI GlutaMAX (Life Technologies) с добавлением 10% фетальной телячьей сыворотки (FCS) (Thermo Fisher), 40 Ед/мл IL2 (PeproTech) и 5 мкг/мл PHA (Roche) в течение 2 дней. Через три дня клетки ресуспендировали при концентрации 1,5×10⁶ клеток/мл в RPMI с добавлением 10% FCS и 40 Ед/мл IL2 и разделяли на две части (инфицированные и неинфицированные клетки). Клетки инфицировали 80 нг p24/10⁶ клеток штаммом YU-2 в течение 4-6 часов, а затем промывали PBS перед обновлением среды.

[00429] Затем как инфицированные, так и неинфицированные клетки центрифугировали и ресуспендировали до плотности 1,5×10⁶ клеток/мл в среде с добавлением разбавленного лекарственного средства, солюбилизированного в ДМСО (Sigma) до конечной концентрации ДМСО 0,05 %, или антиретровирусных соединений в соответствии с инструкциями производителя. Клетки обрабатывали в течение 6 дней с обновлением среды на 3 день. Титрование p24 ВИЧ выполняли с помощью ELISA из супернатантов культур клеток с помощью набора Innotest (Ingen) в соответствии с инструкциями производителя.

[00430] Для создания макрофагов, происходящих из моноцитов, моноциты выделяли с применением CD14+ положительных микрогранул (Miltenyi) и культивировали в среде X-VIVO 10 (Lonza) с добавлением 10 мМ HEPES (4-(2-гидроксиэтил)-1-пиперазин этансульфоновая кислота), 1 мМ пирувата натрия, 1% заменимых аминокислот, 10% FBS, 10 нг/мл GM-CSF (гранулоцитарно-макрофагальный колониестимулирующий фактор) и 100 нг/мл M-CSF (макрофагальный колониестимулирующий фактор) в течение 7 дней с обновлением среды на 3 день. После 7 дней дифференцировки клетки промывали, высевали в 6-луночные планшеты и инкубировали в течение 24 часов в среде без добавления цитокинов. Клетки обрабатывали в течение 6 дней с частичной заменой среды на 3 день.

[00431] Клетки HeLa из ATCC культивировали при 37 °C и 5% CO₂ в среде DMEM GlutaMAX (Life Technologies) с добавлением 10% FCS (Thermo Fisher). Область, соответствующая днРНК0599-205, синтезировали с помощью IDT (Integratde DNA Technologies) и клонировали в pcДНК3.1 (pcDNA3.1) для создания плазмиды pc-днРНК-0599-205. pc-днРНК-0599-205 (2 мкг на 400000 клеток) временно трансфицировали в клетки HeLa с применением реактива jetPEI (Polyplus) в соответствии с инструкциями производителя.

микроРНК (ОТ-к)-ПЦР анализ

[00432] микроРНК экстрагировали из PBMC, CD4+ или CD8+ Т-клеток с применением набора NucleoSpin miRNeasy (Macherey-Nagel) в соответствии с инструкциями производителя. Обратную транскрипцию (ОТ) микроРНК проводили с применением набора miScript II RT (Qiagen). Полученную кДНК применяли в качестве матрицы для количественной ПЦР (кПЦР) в реальном времени, выполняемой с помощью набора miScript SYBR Green PCR (Qiagen) вместе с соответствующими праймерами (Qiagen). Применяли специфический праймер miR-124 (Hs_miR-124a), специфичный для контроля праймер (Ce_miR-39) и два специфичных для гена домашнего хозяйства (miR-26 и miR-191) праймера (Hs_miR-26a и Hs_miR-191) для выполнения сравнительной кПЦР. ПЦР-анализ выполняли на LightCycler 480 Instrument II (Roche Molecular Systems, Inc). Все реакции проводили в трех параллелях. Относительные уровни miR-124 рассчитывали с применением способа 2^-ΔΔCt.

[00433] Общую РНК экстрагировали из макрофагов с помощью набора Macherey-Nagel NucleoSpin miRNeasy. Обратную транскрипцию (ОТ) микроРНК выполняли на 2 мкл общей РНК в соответствии с протоколом анализа микроРНК TaqMan Advanced от Applied Biosystems для кПЦР TaqMan. Для проведения сравнительной количественной ПЦР применяли специфический праймер miR-124 (Hs_miR-124a), праймер, специфичный для спайкового контроля (Ce_miR-39) и специфические для гена домашнего хозяйства (miR-191) праймеры (Hs_miR-191). Циклы ПЦР анализировали с помощью программного обеспечения Applied Biosystems ViiA 7.

Количественное определение miR-124 в биоптатах человека

[00434] Количественное определение miR-124 проводили на образцах ректальной биопсии пациентов, которые были собраны в тканевые контейнеры PAXgene (PreAnalytiX). Экстракцию РНК проводили с применением набора микроРНК для ткани PAXgene (PreAnalytiX) в соответствии с протоколом производителя. Вкратце, образцы погружали в 250 мкл буфера TM1 в 2 мл микроцентрифужной пробирке Safe-Lock, содержащей одну 5-миллиметровую бусину из нержавеющей стали. Образцы разрушали и гомогенизировали с применением аппарата Qiagen TissueLyser в течение 2×2 минут при 20 Гц. Остальную часть процедуры выполняли в соответствии с протоколом производителя. В конце процедуры каждую РНК элюировали 32 мкл буфера TM4. Концентрацию и чистоту РНК измеряли с помощью спектрофотометра NanoDrop ND-1000 (Thermo Scientific). Целостность РНК оценивали с помощью Agilent 2200 TapeStation с лентой RNA ScreenTape. Матрицы кДНК получали с применением набора TaqMan Advanced miRNA cDNA Synthesis Kit (Applied Biosystems), начиная с 10 нг общей матрицы РНК и следуя протоколу производителя. кПЦР выполняли с применением двух тестов TaqMan Advanced miRNA (Applied Biosystems), один нацелен на miR-124-1 микроРНК (идентификатор анализа: 477879_mir), и другой нацелен на эндогенную микроРНК, miR16 (идентификатор анализа: 477860_mir), которая применялась в качестве референса для нормализации данных экспрессии в соответствии с инструкциями производителя. кПЦР выполняли на LightCycler 480 Instrument II (Roche Molecular Systems, Inc). Все анализы были помечены с применением химии FAM-MGB.

Статистический анализ данных

[00435] Все статистические анализы и графики выполняли с помощью программного обеспечения R v3.5. Для нормализации и обработки авторы изобретения применяли edgeR v3.22.1, EDASeq v2.14 и DESeq2 v1.20. Авторы изобретения решили производить подсчет в миллионах (CPM) по сравнению с расшифровкой по миллиону (TPM) в основном потому, что TPM отбрасывает много информации об исходном количественном подсчете и, следовательно, создает слишком много шума в дифференциальном тестировании. Для начала отфильтровали данные. Авторы изобретения считали, что ген будет экспрессироваться на разумном уровне в выборке, если было осуществлено по меньшей мере пять подсчетов на каждый миллион отображенных считываний в этой выборке. Для выбора маркера авторы изобретения применяли пороговое значение ошибки α типа 1^(*), равное 5 %, что обеспечило очень гибкий подход к дифференциальному анализу, несмотря на отсутствие повторов. По той же причине отсечка log₂-кратного изменения была установлена на 1,5 как для положительных, так и для отрицательных значений, а отсечка p-значения обычно составляла ≤ 0,05. Эти подходящие отсечки позволили авторам изобретения идентифицировать гены, экспрессирующиеся по-разному. Значения частоты ложных открытий (FDR) были вычислены в иллюстративных целях, но не были приняты во внимание при принятии решения из-за отсутствия повторов. Первой выбрали методологию Бенджамини и Хохберга. Эта процедура обеспечивает менее строгий контроль ошибок типа 1 по сравнению с процедурами для определения коэффициента групповой вероятности ошибки (FWER) (такими как коррекция Бонферрони). Авторы изобретения добавили график MDS для данных с пакетами R и edgeR. График MDS дает график, на котором расстояния между образцами соответствуют ведущему биологическому коэффициенту вариации (BCV) между этими образцами. На этом графике авторы изобретения не наблюдали разделения между условиями DMSO-NI, 464-NI, DMSOI и 464-I. Авторы изобретения также создали несколько вулканных диаграмм с помощью пакета R и EDASeq. Эти графики хорошо представляли тестирование дифференциальной экспрессии (DE) в экспериментах секвенирования РНК. Эти графики показали log₂-кратное изменение (FC) и -log₁₀ p-значений для всех генов, исследованных в тесте DE. Выделенные зеленые точки представляют собой маркеры, которые удовлетворяли авторским критериям выбора (значимы как для p-значения, так и для log₂FC). Желтыми точками выделены гены, которые удовлетворяли критерию log₂FC, но не соответствовали критерию p-значения. Авторы изобретения сохранили эти точки для дальнейшего исследования, хотя они не имели решающего значения.

Секвенирование и биоинформатический анализ

РНК CaptureSeq РНК ВИЧ и клеточных микроРНК

[00436] Общую РНК экстрагировали из инфицированных и неинфицированных образцов PBMC с применением реагента TRIzol (Invitrogen) в соответствии с протоколом производителя. Концентрацию и чистоту РНК определяли с помощью набора RNA 6000 Bioanalyzer (Agilent). Для синтеза кДНК 1 мкг общей РНК обрабатывали ДНКазой I (Invitrogen) и затем применяли в качестве матрицы для обратной транскрипции с применением набора Verso cDNA со смесью случайных гексамеров и заякоренного олиго-dT (Thermo Scientific), в соответствии с инструкций производителя. После получения библиотеки KAPA Hyper Prep (ROCHE) из 1 мкг общей РНК, авторы изобретения приступили к захвату SeqCap EZ (ROCHE), следуя рекомендациям производителя. Гибридный отбор выполняли с помощью специальной библиотеки SeqCap EZ Choice Library (Roche NimbleGen), включающей следующие области; хромосома 8 (от 9,760,617 до 9,761,780 и от 65,285,285 до 65,296,944), хромосома 20 (от 61,797,549 до 61,812,855), хромосома 1 (от 1,102,000 до 1,106,000), хромосома 13 (от 92,000,074 до 92,006,833), хромосома 15 (от 22,512,831 до 2,513,641) и геном штамма ВИЧ Ada8. Эта библиотека была разработана через портал NimbleDesign (v1.2.R1) с применением сборки генома hg19 NCBI Build 37.1/GRCh37. Секвенирование выполняли на NextSeq 500 (Illumina) с 18 образцами на картридже HighOutput (2 × 400 миллионов считываний по 75 оснований в каждом).

Секвенирование CD4+ Т-клеток

[00437] Полный подробный отчет с описанием полного анализа был отправлен в Gene Expression Omnibus (GEO, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE116073). Экстракцию общей РНК проводили с помощью набора Qiagen miRNeasy®. Концентрацию РНК определяли с помощью флуорометрического количественного анализа Qubit®, а чистоту с помощью набора RNA 6000 Bioanalyzer (Agilent). Библиотеки секвенированной РНК сконструировали с помощью набора для подготовки образцов многонитевой мРНК TruSeq (протокол с низкой пропускной способностью) от Illumina в соответствии с инструкцией производителя. Для создания библиотек применяли аликвоты по 1,2 мкг общей РНК. Конечные библиотеки кДНК проверяли с помощью анализатора фрагментов (Advanced Analytical, Ankeny, IA) и количественно определяли с помощью набора KAPA qPCR (Kapa Biosystems, Wilmington, MA). На 8 дорожках секвенирования проточной кюветы V4 в равных пропорциях наборами по 4 библиотеки на дорожку объединяли 32 библиотеки, денатурировали NaOH и разбавляли до 16 пМ перед кластеризацией. Формирование кластера, гибридизация праймеров и одностороннее считывание, 50-цикловое секвенирование выполняли на cBot и HiSeq 2500 (Illumina, San Diego, CA) соответственно. Анализ изображений и распознавание азотистых оснований выполняли с применением программного обеспечения HiSeq Control с компонентом анализа в реальном времени (Real-Time Analysis). Демультиплексирование выполняли с применением программного обеспечения для анализа секвенирования Illumina. Качество данных оценивали с помощью FastQC от Института Бабрахама (Babraham Institute) и программного обеспечения SAV (Sequence Analysis Viewer) компании Illumina. Потенциальные контаминации (загрязнения) исследовали с помощью программного обеспечения FastQ Screen от Инститта Бабрахама.

[00438] Для исследования активности сплайсинга авторы изобретения применяли SUPPA v2.0.0, инструмент, разработанный на Python 3.4 и специально созданный для этого подхода. Чтобы изучить сплайсинг в нескольких условиях, авторы изобретения выполнили три модульных операции, которые осуществлялись отдельно. Первым шагом было создание событий из файла аннотаций, обычно называемого файлом GTF (общий формат передачи). Вторым шагом было количественное определение уровней включения событий (PSI) в авторских выборках. Наконец, для всех повторов рассчитывали дифференциальный сплайсинг в нескольких условиях.

[00439] Чтобы сгенерировать различные альтернативные события сплайсинга из входного файла аннотации (формат GTF), способ считывает транскрипт и информацию о генах исключительно из строк «экзонов» в GTF. Затем он генерирует события и выводит файл «ioe», который включает взаимосвязь между каждым событием и транскриптами, которые разделяют это конкретное событие. В частности, он обеспечивает транскрипты, которые вносят вклад в числитель (одна форма события) и знаменатель (обе формы события) расчета PSI. Для генерации значений PSI SUPPA считывает файл «ioe», сгенерированный на первом шаге, и файл выражения транскрипции с изобилием транскриптов.

[00440] SUPPA рассчитывает величину изменений сплайсинга (ΔPSI) и их значимость в биологических условиях, применяя четыре повтора для каждого условия. Условия анализируются в последовательном порядке, указанном в качестве входных данных. Статистическая значимость рассчитывается путем сравнения наблюдаемого ΔPSI между условиями с распределением ΔPSI между повторами в зависимости от экспрессии гена (измеренной как экспрессия транскриптов, определяющих события). Применяя результаты анализа дифференциального сплайсинга, авторы изобретения классифицировали события на четыре основные группы: альтернативный 5' сайт сплайсинга (A5), альтернативный 3' сайт сплайсинга (A3), альтернативный первый и последний экзоны (Альт. экзоны) и сохраненный интрон (RI). Применяя эту классификацию, авторы изобретения классифицировали события дифференциального сплайсинга, встречающиеся при различных сравнениях образцов, с применением очень строгой отсечки разницы psi-оценки (ΔPSI), фиксированной на уровне более 0,4, и значения p менее 0,05. Авторы изобретения применяли простые сценарии Perl для создания таблиц необработанного подсчета из выходных данных SUPPA.

Анализ массива микроРНК

[00441] Общую РНК экстрагировали из инфицированных и неинфицированных образцов PBMC с применением набора miRNeasy (Qiagen) в соответствии с протоколом производителя. Концентрации РНК определяли с помощью спектрофотометра Nanodrop (ThermoFisher). Контроль качества выполняли с применением метрик консоли экспрессии. Полный подробный отчет с описанием полного анализа был отправлен в GEO (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE116148). Все массивы микроРНК нормализовали с применением метода нормализации «RMA+DABG» в Affymetrix Expression Console с применением специальных файлов аннотаций, загруженных с веб-сервера Affymetrix. Считали, что зонды экспрессируются, если р-значение DABG было меньше 0,05, и не эксперссировались в противном случае. Считалось, что микроРНК экспрессируется в одном условии, если зонд экспрессируется в 3/4 или более повторах. Наконец, считалось, что микроРНК дифференциально экспрессируется в условиях A и B, если 1) она экспрессируется в A или B; 2) ее кратность больше или равна 1,5; и 3) p-значение для парного t-критерия было меньше или равно 0,05.

[00442] Вулканные диаграммы строили с применением R. Они показывают M-значение (log₂(кратное изменение)) и -log₁₀(p-значение) всех микроРНК для сравнения 464_I против DMSO_I, 464_NI против DMSO_NI и DMSO_I против DMSO_NI. Значительно (FC больше или равно 1,5 и p-значение меньше или равно 0,05) усиленную регуляцию микроРНК выделяли красным, а пониженную регуляцию микроРНК зеленым.

Массив низкой плотности TaqMan (TLDA)

[00443] Профилирование микроРНК образцов выполняли с применением панелей A и B микроРНК человека TaqMan Array (Life Technologies). Каждая карта TLDA детектировала 384 признака, включая 377 человеческих микроРНК, три эндогенных контроля малых РНК (один из них в четырех экземплярах) и отрицательный контроль. Всего определили 754 микроРНК человека. Обратную транскрипцию и предварительную амплификацию выполняли в соответствии с инструкциями производителя (праймеры Megaplex™ RT и праймеры Megaplex™ PreAmp, Life Technologies). На карту TLDA применяли девять микролитров разбавленного предварительно амплифицированного продукта, добавленных к 900 мкл общей смеси. Количественную ПЦР в реальном времени проводили с помощью системы ПЦР в реальном времени ViiA 7, а данные собирали с помощью программного обеспечения производителя ViiA™. Программное обеспечение Gene Expression Suite (Applied Biosystems) в дальнейшем применялось для обработки данных массива. Автоматические пороги проверялись индивидуально и при необходимости корректировались.

[00444] На этапе предварительной обработки данных программное обеспечение HiSeq контроля и анализа в реальном времени автоматически в реальном времени генерирует анализ изображений, распознавания азотистых оснований и качества азотистых оснований. «Грязные» необработанные считывания определяли как считывания, включающие последовательность адаптера или высокое включение неизвестных оснований и считывания низкого качества. Эти считывания удаляли перед последующим анализом, чтобы уменьшить шум данных. Этапы фильтрации были следующими:

Качество библиотек секвенированных РНК сначала оценивали с помощью программного обеспечения FastQC v0.11.5. Авторы изобретения применяли средство поиска контаминаций FastQ Screen, чтобы проверить соответствие большого набора данных разным геномам, представляющим потенциальные источники контаминации. Программное обеспечение генерирует график, показывающий пропорции считываний, совпадающих с различными протестированными геномами. FastQ Screen применяет выравниватель Bowtie2. Выравнивание выполняется на подмножестве последовательностей каждого образца.

Затем считывания подвергали стандартному контролю качества (QC) и критериям фильтрации в соответствии со следующими параметрами: (1) обрезка и очистка считываний, выровненных с праймерами и/или адаптерами, (2) считывания с более чем 50 % низкокачественных оснований (значение качества меньше или равно 15) за одно считывание, и (3) считывания с более чем 10 % неизвестных оснований (N оснований). Авторы изобретения применяли программу под названием Trimmomatic для удаления праймеров и некачественных считываний. После фильтрации авторы изобретения удалили короткие считывания (менее 36 п.о.); остальные считывания называли «чистыми считываниями» и сохраняли в формате FASTQ.

Убедившись в качестве данных секвенирования, авторы изобретения приступили к выравниванию чистых считываний в файлах FASTQ с рефрентной последовательностью. Выравнивания проводили с применением инструмента TopHat2 v2.0.8b против референтного генома человека GRCh38.

[00445] TopHat2 представляет собой выравниватель с поддержкой сплайсинга, который применяет выравниватель Bowtie2 для выравнивания данных перед подсчетом считываний, отображенных для каждого гена. Поведение Bowtie2 корректировали для поддержки локального выравнивания путем настройки чувствительности. Выводы TopHat2 хранились в файлах BAM (обычно accept_hits.bam), которые включали все выравнивания. Выводы TopHat2 также сообщали статистику выравнивания. Поскольку для подсчета считываний затем требовался формат файла SAM, файлы BAM сортировали по имени и преобразовывали в формат SAM с помощью программного обеспечения SAMtools-1.3.1. Чтобы вычислить необработанные подсчеты на уровне генов из отображенных считываний в каждой библиотеке, авторы изобретения применяли инструмент htseq-count v0.6.1p1 из пакета Python HTSeq, применяя режим единичного подсчета по умолчанию. Пакет HTSeq создал таблицу необработанных подсчетов для каждой библиотеки, которая была необходима для определения уровня экспрессии каждого гена. Скрининг DEG (дифференциально экспрессируемый ген) направлен на обнаружение генов, дифференциально экспрессируемых в разных образцах, и выполнение для них дальнейшего функционального анализа. Уровни экспрессии генов и DEG были рассчитаны с помощью программного обеспечения R и набора пакетов R. Авторы изобретения решили сосредоточить свои усилия и ограничить статистический анализ только конкретными библиотеками, чтобы обрисовать и получить более глубокое понимание эффекта ABX464. В своей работе авторы изобретения решили сравнить библиотеки DMSO с DMSOi, библиотеки ABX464 с DMSO и библиотеки 464i с DMSOi. Кроме того, для получения значимого результата в своем статистическом дизайне авторы изобретения рассматривали 4 доноров как биологические повторы.

Проточная цитометрия

[00446] PBMC или CD4+ Т-клетки от разных доноров в суспензии метили соответствующими моноклональными антителами против человека (mAb) (все от BioLegend). Промывку и разведения реагентов проводили с помощью буфера FACS (PBS, включающий 2% фетальную телячью сыворотку и 0,05% азида натрия [NaN3]). Весь отбор выполняли на проточном цитометре Cyan ADP (Beckman Coulter). Данные анализировали с помощью программного обеспечения FlowJo (Ashland, OR). Клеточный мусор и мертвые клетки исключали по их светорассеивающим характеристикам.

Измерение несплайсированной и сплайсированной днРНК 599-205

[00447] Реакции ретротранскрипции (RT) проводили с 1 мкг общей РНК с применением набора Maxima First Strand cDNA Synthesis Kit (ThermoFisher Scientific). Удаление геномной ДНК выполняли перед амплификацией, но, тем не менее, отрицательный контроль RT проводили без фермента, чтобы подтвердить отсутствие контаминации ДНК. кПЦР выполняли с применением смеси LightCycler® 480 SYBR Green I Master Mix (Roche) и следующих праймеров: общая днРНК 599-205 Fwd (CCCTCCACCACTTGGGAC) и общая днРНК 599-205 Rev (GACCTGGGGATTCAGCCTTC), не сплайсированная днРНК 599-205 Fwd (GAACAAAGAGCCTTTGGAAGAC) и несплайсированная днРНК 599-205 Rev (GGAAGGGACCACAGCATC), сплайсированная днРНК 599-205 Fwd (CACTCAGCGATGGAGGAAA) и сплайсированная днРНК 599-205 Rev (CCAATCACACAGACAATGAGATAAC), внутренний контроль β-актин Fwd (GTGAAGGTGACAGCAGTCGGTT) и β-актин Rev (GAAGTGGGGTGGCTTTTAGGA). Условия запуска амплификации были следующими: 95 °C (10 секунд), 58 °C (30 секунд) и 72 °C (30 секунд) для 40 циклов.

Результаты

1. ABX464 генерирует варианты сплайсинга РНК ВИЧ

[00448] Чтобы профилировать вирусные транскрипционные события, модулируемые ABX464, и тем самым оценить всю глубину транскриптома ВИЧ, авторы изобретения применяли недавно описанную стратегию целевого захвата и секвенирования РНК (RNA CaptureSeq). Эта стратегия включает построение мозаичных массивов по геному ВИЧ, против которых гибридизуются, элюируются и секвенируются кДНК. RNA CaptureSeq похож на предыдущие методы захвата в растворе и подходы к секвенированию экзома, но в сочетании с технологией глубокого секвенирования обеспечивает насыщенное покрытие и позволяет надежно собирать редкие и неаннотированные транскрипты ВИЧ.

[00449] PBMC от 6 ВИЧ-отрицательных доноров были инфицированы штаммом YU-2 с последующей обработкой ABX464. Протокол по изобретению привел к легкой инфекции, которая не привела к гибели клеток через 8 дней после инфицирования (dpi), и репликацию вируса ингибировали более чем на 70 % с помощью 5 мкМ ABX464 (Фиг. 1B). После захвата кДНК из инфицированных клеток, которые не обрабатывали и обрабатывали ABX464, подготовили и секвенировали библиотеки с применением средства секвенирования Illumina. Чтобы выделить потенциальные новые события сплайсинга, индуцированные ABX464, авторы изобретения применяли специальный биоинформационный конвейер, основным этапом которого была сборка предполагаемых транскриптов из целевых считываний секвенирования РНК для построения контигов (Illumina paired-end 2×75 bp) (Фиг. 6 A и B). Затем предполагаемые транскрипты (контиги) сопоставляли с геномом ВИЧ. Наборы данных профилирования ВИЧ, примененные в этом анализе, обеспечили высокое покрытие последовательности (от 2 до 30 миллионов считываний для генома размером 9 килобаз), что позволило провести глубокую количественную оценку вариантов сплайсинга ВИЧ. Авторы изобретения смогли надежно количественно оценить каждый альтернативный сплайсинг ВИЧ в широком диапазоне обилия транскриптов и показать, что, хотя обработка ABX464 привела к усилению сплайсинга, ABX464 не способствовал генерации ни одного варианта сплайсинга помимо существующих (Фиг. 1С, табл. III).

[00450] Чтобы проверить, приводит ли усиленный сплайсинг под действием ABX464 к появлению новых вариантов вирусной РНК, отфильтровали и анализировали события сплайсинга. После сопоставления контигов с геномом штамма YU-2, последний применяли в качестве якоря для дополнительной кластеризации и сборки новых транскриптов ВИЧ. Частичные генные структуры, полученные в результате выравнивания сплайсинга, объединяли в тех случаях, когда они имели общие последовательные сайты сплайсинга, охватывающие интронную вирусную последовательность. Сформированные таким образом суперструктуры соответствуют всем возможным структурам генов ВИЧ, для которых каждый полный экзон поддерживается по меньшей мере одним из выравниваний. На уровне транскрипта ВИЧ это привело к образованию суперсборок, где каждая суперсборка представляет собой слияние исходных контигов, соответствующих предсказанной суперструктуре. Примечательно, что привязка контигов к геномной последовательности ВИЧ-1 и требование, чтобы все сайты сплайсинга в слитых контигах совпадали, исключали образование ложных суперсборок. На фиг. 1С и в таблице III представлено распределение числа контигов, которые были слиты для образования одной суперсборки для каждого донора. В то время как во всех образцах, обработанных ABX464, большинство собранных контигов (90 %) соответствовали сплайсированным РНК (Фиг. 1С, Табл. IV и Фиг. 7) или малым РНК, включающим последовательности gag-pol, которые могут освобождаться от интронов, в необработанных образцах сплайсированные РНК составляли незначительную часть (менее 24 %), а большинство контигов соответствовали полноразмерной несплайсированной вирусной РНК (более 74 %) (Фиг. 1С, Табл. IV и Фиг. 7). Этот результат показал, что ABX464 преимущественно генерировал сплайсированные варианты РНК ВИЧ в инфицированных PBMC, что нарушало последующий синтез полноразмерной пре-мРНК ВИЧ-1 и сборку инфекционных частиц, тем самым приводя к ингибированию вирусной репликации.

[00451] Интересно, что один из вариантов сплайсинга, образовавшихся в результате обработки ABX464 (Фиг. 1 A и D), присутствовал в клетках, инфицированных штаммами YU-2 и Ada-M, и никакого полиморфизма в его последовательности не было обнаружено в B и C подтипах ВИЧ-1, которые сильно ингибировались ABX464. Более того, этот новый вариант сплайсинга был обнаружен с помощью секвенирования с длинным считыванием, что указывает на дополнительную точность этого способа в определении сложных и редких сплайсированных изоформ и оценке их относительного количества. Этот новый вариант РНК может генерировать иммуногенные пептиды или быть токсичным для клеток, включающих провирусную ДНК. Это согласуется со снижением вирусной нагрузки и уменьшением уровня вирусной ДНК (ABIVAX, данные в файле), наблюдаемыми у пациентов с ВИЧ, получавших ABX464. Таким образом, ABX464 не только усилил сплайсинг РНК ВИЧ, но и создал новый вариант сплайсинга ВИЧ.

[00452] В таблице III показаны сборки считываний и подсчет контигов, полученных из PBMC, инфицированных штаммом YU2, либо не обработанных (D1_DMSO, D4_DMSO, D5_DMSO, D6_DMSO, D7_DMSO и D8_DMSO), либо обработанных ABX464 (D1_464, D4_464, D5_464, D6_464, D7_464 и D8_464).

[00453] В Таблице IV показаны подсчеты контигов транскриптов полной мРНК или сплайсированной РНК Gag, Pol, vif, vpr, tat, rev, vpu и env из PBMC, инфицированных штаммом YU2, либо не обработанных (D1_DMSO, D4_DMSO, D5_DMSO, D6_DMSO, D7_DMSO и D8_DMSO), либо обработанных ABX464 (D1_464, D4_464, D5_464, D6_464, D7_464 и D8_464).

Таблица III.

Наименования LIB (библиотеки) Общее количество парно-концевых считываний перед чисткой Общее количество парно-концевых считываний после чистки адаптеров Общее количество парно-концевых считываний после чистки от контаминации Всего собранных контигов Отображенные контиги D1_DMSO 7 948 802 7 884 109 7 006 433 683 63 D4_DMSO 30 625 849 30 363 868 27 810 800 1873 373 D5_DMSO 27 140 691 26 874 233 23 571 947 693 273 D6_DMSO 2 997 402 2 927 628 2 674 892 558 38 D7_DMSO 15 024 678 14 803 409 13 887 294 1489 190 D8_DMSO 17 570 815 17 386 693 16 491 699 1687 180 D1_464 4 940 644 4 879 559 4 557 902 362 90 D4_464 30 800 345 30 505 238 28 468 138 1413 225 D5_464 1 973 736 1 939 172 1 826 516 293 17 D6_464 4 450 825 4 385 103 4 174 706 227 49 D7_464 7 374 222 7 279 017 6 912 908 982 46 D8_464 8 507 861 8 381 026 7 835 264 759 48

Таблица IV.

Библиотеки YU2 Полная мРНК Gag Pol Vif vpr tat rev vpu env D1_DMSO 123 6 9 2 6 2 2 5 3 D4_DMSO 174 6 12 5 5 7 9 11 8 D5_DMSO 194 6 7 6 4 8 11 5 10 D6_DMSO 80 3 10 3 2 8 2 4 2 D7_DMSO 146 6 6 2 7 2 8 3 6 D8_DMSO 166 8 4 9 2 4 3 10 4 D1_464 11 18 67 32 14 16 23 7 59 D4_464 13 42 61 34 14 18 21 5 42 D5_464 6 25 17 15 9 19 17 13 37 D6_464 32 13 14 16 12 15 9 11 13 D7_464 15 19 12 12 11 18 12 11 35 D8_464 6 26 35 25 12 24 29 17 42

2. ABX464 не влияет на клеточный сплайсинг

[00454] Чтобы убедиться, что ABX464 действует конкретно на сплайсинг ВИЧ и не оказывает существенного или глобального влияния на события сплайсинга генов человека, авторы изобретения применяли высокопроизводительный метод секвенирования РНК. Многие исследования полногеномной экспрессии ВИЧ-инфекции основаны на анализе общих мононуклеарных клеток периферической крови (PBMC), которые состоят из более чем десятка клеточных субпопуляций, включая Т-клетки, В-клетки, NK-клетки и моноциты. Чтобы избежать разбавления специфических сигналов экспрессии генов определенных клеточных субпопуляций сигналами от других клеток и, таким образом, снижения специфичности этого подхода, авторы изобретения применяли очищенные CD4+ T-клетки из PBMC 4 доноров. CD4+ Т-клетки не были инфицированы или инфицированы штаммом YU-2 и не обрабатывались или обрабатывались ABX464 в течение 6 дней с последующим высокопроизводительным секвенированием РНК. Каждый набор исходных данных образцов включал от 44 до 105 миллионов одноконцевых считываний (50 п.о.), в среднем около 60 миллионов необработанных считываний на образец (Фиг. 2А). Более 97 % оснований имели показатель качества больше или равно Q20. Около 98 % всех необработанных считываний сопоставили с последовательностью генома человека (GRCh38), что дало в среднем 60 миллионов считываний у человека на образец для дальнейшего анализа. Считывания, которые были правильно сопоставлены (около 98 % от общего числа исходных считываний) с местоположениями генов и транскриптов (файл аннотации GTF) (Фиг. 2A), впоследствии были проанализированы с применением собственных пакетов для нормализации и оценки количества транскриптов. Анализ многомерного масштабирования (MDS) представляет собой неконтролируемый глобальный подход к анализу, который пригоден для уменьшения размерности данных экспрессии генов (Фиг. 2B). MDS минимизирует размерность, сохраняя расстояния между точками данных, и позволяет проецировать многомерные генные данные всего на два или три новых измерения, которые объясняют большую часть дисперсии. В результате можно визуально интерпретировать основные тенденции в данных, например, с точки зрения сходства между различными точками данных. MDS полученных данных по экспрессии генов показал, без каких-либо выбросов, что разные доноры хорошо разделились и распределились по препаратам DMSO (необработанные) и ABX464, которые были инфицированы или не инфицированы. Показанная дисперсия зависела от донора (кластеризация по донорам), но не зависела от лечения (отсутствие структуры данных, связанных с различными видами лечения), что позволяет предположить, что молекула ABX464 не вызвала значительного различия в экспрессии гена CD4+ Т-клеток (Фиг. 2B).

[00455] Для грубой оценки событий альтернативного сплайсинга, модулируемых ABX464 в инфицированных и неинфицированных CD4+ Т-клетках, авторы изобретения сравнили количество считываний, приходящихся на стыки экзон-экзон в разных образцах (Фиг. 2C). Хотя выравнивание считываний по границам экзонов было чисто случайным, авторы изобретения не наблюдали грубых различий в общем количестве считываний, соответствующих стыкам экзон-экзон, между обработанными и необработанными CD4+ Т-клетками, как инфицированными, так и неинфицированными, в любом из образцов (Фиг. 2C). Для более статистически квалифицированной оценки альтернативного сплайсинга в этих CD4+ Т-клетках аторы изобретения применяли способ анализа дифференциального сплайсинга в различных условиях, названный SUPPA (сверхбыстрый конвейер для анализа альтернативного сплайсинга). События альтернативного сплайсинга классифицировали на пять основных групп: альтернативный 5' сайт сплайсинга (A5SS), альтернативный 3' сайт сплайсинга (A3SS), альтернативные первый и последний экзоны (Альт. экзоны) и сохраненный экзон (RI) (Фиг. 2C). Для каждого из вариантов транскрипции для каждого образца рассчитывали «процентный индекс сплайсинга (psi)» (ψ-значение). Применяя строгую отсечку, разницу ψ-значения для необработанного образца фиксировали на уровне 0,4, а p-значение фиксировали на уровне 0,05 для того, чтобы события дифференциального сплайсинга, вызванные обработкой ABX464, считались значимыми. Количество значимых событий для каждого из 5 возможных событий AS представлено на фиг. 2C и в таблице I. Не было обнаружено событий типа переключения, когда разница в psi-значении составляла ровно 1 или -1. Далее авторы изобретения рассчитали ψ-значения транскриптов в неинфицированных и инфицированных CD4+ Т-клетках (Фиг. 2C). В инфицированных или неинфицированных образцах CD4+ Т не было обнаружено никаких событий типа переключение, по сравнению с образцами, обработанными ABX464 (Фиг. 2C). Точное количество общих и дифференциальных событий сплайсинга между инфицированными и неинфицированными CD4+ Т-клетками, обработанными ABX464, было очень низким (менее 10 событий, Таблица I), в то время как истощение NCBP1 (белковый комплекс 1, связывающий ядерный кэп), компонента CBC, в стволовых клетках только на 50 % привело к большим вариациям, с 81 Альт. экзоном, 12 A5'SS, 10 A3'SS и 206 IR событиями (Фиг. 2C). Высокий уровень IR указывал на то, что комплекс CBC является основным компонентом, предотвращающим накопление несплайсированной РНК, так как большинство несплайсированных транскриптов будут деградировать в результате нонсенс-опосредованного распада (NMD). Сравнение показаний покрытия считывания экзонов общего высокоэкспрессируемого гена B2M в условиях ABX464 и DMSO у 4 доноров показало, что ABX464 не увеличивает количество событий сплайсинга в B2M (Фиг. 2D). Таким образом, обработка ABX464 не вызывала альтернативного сплайсинга транскриптов, и поэтому ABX464 не способен резко изменить экспрессию генов в активированных CD4+ Т-клетках. В соответствии с этим результатом, анализ FACS очищенных активированных CD4+ Т-клеток или PBMC от 7 доноров через 6 дней обработки ABX464 не выявил никаких изменений в субпопуляции CCR6/CXCR3 или CD45/CCR7 (Th17/Th1 и эффекторные клетки памяти, соответственно) (Фиг. 8).

[00456] В таблице I ниже перечислены события сплайсинга в CD4 Т-клетках: инфицированные против неинфицированных (DMSO_I против DMSO), неинфицированные, обработанные ABX464, против неинфицированных и необработанных (464 против DMSO) и инфицированные, обработанные ABX464, против инфицированных и необработанных (464_I против DMSO_I).

Таблица I.

ABX464_NI_против_DMSO_NI Обозначение гена Идентификатор группы (Ensembl ID) Описание Тип события LINC01119 ENSG00000239332 длинная межгенная небелковая кодирующая РНК 1119 A3 STMND1 ENSG00000230873 статмин домен, включающий 1 Альт. экзоны ZNF177 ENSG00000188629 белок цинкового пальца 177 A3 FGF22 ENSG00000070388 фактор роста фибробластов 22 A3 AL139035.1 ENSG00000280710 на основе клонов Альт. экзоны MRPL52 ENSG00000172590 митохондриальный рибосомный белок L52 A5; Альт. экзоны HCG20 ENSG00000228022 Комплекс HLA, группа 20 (небелковое кодирование) Альт. экзоны RHBDD2 ENSG00000005486 ромбовидный домен, включающий 2 Альт. экзоны

ABX464_I_против_DMSO_I Обозначение гена Ensembl ID Описание Тип события AL157955.2 ENSG00000258826 на основе клонов A3 TMEM147 ENSG00000105677 трансмембранный белок 147 RI COX6C ENSG00000164919 субъединица 6C цитохром с оксидазы Альт экзоны ATIC ENSG00000138363 5-аминоимидазол-4-карбоксамид рибонуклеотид формилтрансфераза/IMP циклогидролаза A5 STMND1 ENSG00000230873 статмин домен, включающий 1 Альт экзоны GEM ENSG00000164949 GTP-связывающий белок, сверхэкспрессирующийся в скелетных мышцах Альт экзоны CDRT15 ENSG00000223510 Транскрипт 15 дублированной области CMT1A A5 WDR72 ENSG00000166415 WD повторяющийся домен 72 A5 SMIM11A ENSG00000205670 малый интегральный мембранный белок 11A AL EGLN2 ENSG00000269858 фактор 2, индуцируемый гипоксией, семейства egl-9 Альт экзоны GNRHR2 ENSG00000211451 рецептор гонадотропин-рилизинг-гормона 2 (псевдоген) RI ZNF584 ENSG00000171574 белок цинкового пальца 584 A3 LINC01869 ENSG00000180279 длинная межгенная небелковая кодирующая РНК 1869 A3

DMSO_I_против_DMSO_NI Обозначение гена Ensembl ID Описание Тип события CHTF8 ENSG00000168802 коэффициент достоверности передачи хромосомы 8 Альт экзоны KCTD2 ENSG00000180901 домен тетрамеризации калиевого канала, включающий 2 A5 ETS1 ENSG00000134954 протоонкоген ETS 1; фактор транскрипции A5 RASAL2-AS1 ENSG00000224687 RASAL2 антисмысловая РНК 1 A5 SLC16A9 ENSG00000165449 семейство носителей растворенных веществ 16 член 9 Альт экзоны RPP40 ENSG00000124787 субъединица p40 рибонуклеазы P/MRP Альт экзоны

3. ABX464 не изменяет экспрессию клеточных генов

[00457] Чтобы определить, индуцирует ли ABX464 количественные изменения в транскриптоме инфицированных клеток, авторы изобретения измерили уровни транскриптов (см. Фиг. 6 для конвейера) на основе данных секвенирования РНК. Во всех образцах было обнаружено более 60000 различных транскриптов. После нормализации количества подсчетов на миллион (CPM) транскрипты каждого образца отфильтровывали с пороговым значением покрытия CPM больше 5; то есть ген считался экспрессированным в образце, если он имел по меньшей мере пять подсчетов на каждый миллион отображенных считываний в этом образце. Поскольку в данном эксперименте применялись четыре донора, для каждого условия (инфицированные/неинфицированные клетки с/без обработки ABX464) было доступно четыре повтора, и ген считался экспрессированным, если он был экспрессирован по меньшей мере пятью подсчетами на каждый миллион отображенных считываний во всех повторах. Следуя этим критериям отбора, авторы изобретения получили список транскриптов, общих для всех образцов, включающий 11700 различных транскриптов со средним числом около 3000 необработанных подсчетов на транскрипт. Применяя значения CPM квалифицированных генов, построили график глобальной экспрессии для каждого донора. В условиях легкой инфекции, примененных в этом исследовании, авторы изобретения не обнаружили сильных изменений в экспрессии генов: только у 15 генов была уменьшена регуляция в ответ на инфекцию в необработанных образцах (Фиг. 2E, верхняя панель, Таблица II). Обработка ABX464 привела к усилению регуляции 9 генов в инфицированных образцах, а также к пониженной регуляции 6 и к усиленной регуляции 7 генов в неинфицированных образцах (Фиг. 2E, средняя и нижняя панели, соответственно; Таблица II), демонстрируя средний эффект обработки ABX464 на экспрессию гена (Фиг. 2E). Шесть генов, у которых была усилена регуляция после обработки ABX464, были общими между инфицированными и неинфицированными образцами, что позволяет предположить, что это усиленная регуляция была опосредована обработкой ABX464 и не зависела от инфекции. Три из шести генов, TOR1AIP2, SCML1 и PPP1R2, имели кратные изменения выше 3 с p-значениями 10^-5. Интересно, что недавно было показано, что TOR1AIP2, белок, который, как полагают, регулирует сворачивание белка, а также внутриклеточный трафик, ограничивает поздние стадии репликации ВИЧ и, следовательно, может быть эффектором изменений, вызванных ABX464.

[00458] В таблице II ниже перечислены гены, модулированные в T CD4-клетках: инфицированные против неинфицированных (DMSO_I против DMSO), неинфицированные, обработанные ABX464, против неинфицированных и необработанных (464 против DMSO) и инфицированные, обработанные ABX464, против инфицированных и необработанных (464_I против DMSO_I). Гены с усиленной регуляцией выделены жирным шрифтом, а гены с пониженной регуляцией выделены курсивом.

Таблица II.

DMSO_I_против_DMSO_NI Обозначение гена Ensembl ID Хромосома Описание log₂(FC) FC Р-значение SNORD104 ENSG00000199753 17 малая ядрышковая РНК, C/D box 104 -1,593239134 0,3314265 0,000113748 MZT2B ENSG00000152082 2 белок, организующий митотическое веретено 2B -1,545615646 0,342549493 0,005014214 HLA-L ENSG00000243753 6 главный комплекс гистосовместимости, класс I, L (псевдоген) -2,155554923 0,224446745 0,018996735 FMO5 ENSG00000131781 1 флавинсодержащая монооксигеназа 5 -2,32723033 0,199266303 0,022279359 RP11-69M1.6 ENSG00000279865 12 псевдоген -1,75254756 0,296777256 0,040623948 UBE4A ENSG00000110344 11 фактор убиквитинирования E4A -2,226441782 0,2136851 0,039977521 SNORD3A ENSG00000263934 17 малая ядрышковая РНК, C/D box 3A -2,648926643 0,159438656 0,041651979 HIST1H1E ENSG00000168298 6 гистоновый кластер 1 член семьи H1 -2,769812645 0,146623409 0,043246739 PKD2 ENSG00000118762 4 полицистин 2, катионный канал транзиторного рецепторного потенциала -3,020380563 0,123246573 0,014543367 NAALADL1 ENSG00000168060 11 N-ацетилированная альфа-связанная кислая дипептидаза, подобная 1 -3,333148179 0,099225299 0,012581 RNU4-1 ENSG00000200795 12 РНК, U4 малое ядро 1 -3,972391545 0,063707563 0,014002979 RNU4-2 ENSG00000202538 12 РНК, U4 малое ядро 2 -3,830896068 0,070272495 0,010356151 MOSPD3 ENSG00000106330 7 подвижный домен спермиев, включающий 3 -3,845633809 0,069558286 0,022670456 FP236383.10 ENSG00000277105 8 микроРНК -3,494083339 0,088751583 0,040882842 NBPF20 ENSG00000162825 1 семейство брейкпоинтов (точечных разырвов) нейробластомы, член 20 -4,017571383 0,061743395 0,001624932

ABX464_NI_против DMSO_NI Обозначение гена Ensembl ID Хромосома Описание log₂(FC) FC Р-значение SNORD3A ENSG00000263934 17 малая ядрышковая РНК, C/D box 3A -2,923985868 0,13176 0,026481173 HELLS ENSG00000119969 10 геликаза, лимфоид специфическая -2,246421514 0,21075 0,018558217 MZT2B ENSG00000152082 2 белок, организующий митотическое веретено 2B -1,658291634 0,31681 0,002657817 HIST1H1D ENSG00000124575 6 гистоновый кластер 1 член семейства H1 d -1,559586171 0,33925 5,18E-05 RPS19BP1 ENSG00000187051 22 рибосомный белок S19 связывающий белок 1 -1,566230636 0,33769 0,000115799 NDUFB7 ENSG00000099795 19 НАДН: субъединица В7 убихинон оксидоредуктазы -1,520475764 0,34857 0,000168054 CECR1 ENSG00000093072 22 Аденозиндезаминаза 2 1,842665068 3,58672 2,65E-18 DPF2 ENSG00000133884 11 двойные пальцы PHD 2 1,560531204 2,94962 2,45E-11 HOPX ENSG00000171476 4 Гомеобокс HOP 1,744005457 3,34964 1,47E-07 LARS2 ENSG00000011376 3 лейцил-тРНК синтетаза 2, митохондриальная 1,580307045 2,99033 0,026767164 TOR1AIP2 ENSG00000169905 1 торсин 1A взаимодействующий белок 2 3,485915121 11,20379 2,59E-16 SCML1 ENSG00000047634 X Scm белок группы polycomb, подобный 1 3,229297195 9,37811 9,67E-11 PPP1R2 ENSG00000184203 3 субъединица 2 регуляторного ингибитора протеинфосфатазы 1 3,136231549 8,79224 2,52E-05

ABX464_I_против_DMSO_I Обозначение гена Ensembl ID Хромосома Описание log₂(FC) FC Р-значение CECR1 ENSG00000093072 22 Аденозиндезаминаза 2 1,770654479 3,41208711 4,33E-17 DPF2 ENSG00000133884 11 двойные пальцы PHD 2 1,61885639 3,071314797 4,52E-12 NOP9 ENSG00000196943 14 Ядрышковый белок NOP9 1,594464835 3,019824765 4,35E-06 LGALS3 ENSG00000131981 14 галектин 3 1,589357824 3,009153755 0,723536038 LARS2 ENSG00000011376 3 лейцил-тРНК синтетаза 2, митохондриальная 1,580389838 2,990506469 0,025849185 SCML1 ENSG00000047634 X Scm белок группы polycomb, подобный 1 2,85086263 7,214316067 3,52E-09 NBPF20 ENSG00000162825 1 семейство брейкпоинтов нейробластомы, член 20 3,029199621 8,163566761 0,013076519 TOR1AIP2 ENSG00000169905 1 торсин 1A взаимодействующий белок 2 3,84681594 14,38821722 6,11E-19 PPP1R2 ENSG00000184203 3 субъединица 2 регуляторного ингибитора протеинфосфатазы 1 4,073227898 16,83308732 1,35E-07

4. ABX464 усиливает регуляцию miR-124

[00459] Поскольку комплекс CBC, на который нацелен ABX464, участвует в биогенезе малых некодирующих РНК, и раскрытый глобальный анализ до сих пор не включал их, авторы изобретения решили оценить, регулируются ли микроРНК или малые ядрышковые РНК (мякРНК) с помощью ABX464 по-разному. Авторы изобретения выполнили микроматричный анализ этих РНК из PBMC 6 доноров. Клетки, инфицированные штаммом YU-2 с последующей обработкой ABX464, сравнивали с неинфицированными и необработанными контролями. В общей сложности 104 человеческих микроРНК и 40 мякРНК значительно по-разному экспрессировались в инфицированных PBMC по сравнению с неинфицированными PBMC (данные не предоставлены), с ошибкой обнаружения менее 0,05 и кратным изменением более 1,5. Кластерный анализ выявил полное разделение инфицированных и неинфицированных образцов на основании профилей экспрессии дифференциально экспрессируемых микроРНК (Фиг. 3A). В то время как инфекция привела к существенному изменению экспрессии малых некодирующих РНК (Фиг. 3A, левая панель), обработка ABX464 индуцировала воспроизводимую усиленную регуляцию одной микроРНК, miR-124, в инфицированных и неинфицированных клетках (Фиг. 3A, средняя и правая панели соответственно). Чтобы подтвердить этот результат, авторы изобретения применяли другой способ профилирования микроРНК, TaqMan Low Density Array (TLDA), который основан на ПЦР с обратной транскрипцией в реальном времени с возможностью скрининга 760 микроРНК (Фиг. 9A). И снова наблюдалось, что только miR-124 активируется под действием ABX464. Кроме того, количественная ПЦР общей РНК, выделенной из инфицированных и неинфицированных PBMC 5 доноров, показала, что инфекция привела к небольшому снижению экспрессии miR-124 (Фиг. 3B, также видно в общем анализе на Фиг. 3A), но обработка ABX464 привела к значительной активации miR-124 как в инфицированных, так и в неинфицированных клетках (Фиг. 3B). Затем авторы изобретения определили, может ли наблюдаемый ответ miR-124 на обработку ABX464 в PBMC быть отнесен к конкретным типам клеток. Применяя очищенные клетки CD4+, CD8 и макрофаги, авторы изобретения обнаружили, что обработка ABX464 приводила к усилению регуляции miR-124 в лимфоидных клетках (Фиг. 3C), но не в моноцитарных макрофагах, где экспрессия miR-124 не обнаруживалась (Фиг. 3C, Фиг. 9В). Наконец, авторы изобретения доказали, что эта усиленная регуляция miR-124 специфична для класса малых молекул ABX, поскольку другие антиретровирусные препараты, такие как маравирок, эфавиренц, дарунавир и AZT, не усиливают экспрессию miR-124 в PBMC, тогда как ABX530, молекула, обладающая теми же свойствами, что и ABX464, вызывала повышение экспрессии miR-124 в такой же степени, что и ABX464 (Фиг. 3D).

[00460] В последние годы miR-124 стал одним из важнейших модуляторов иммунитета и воспаления. miR-124 известен как ключевой регулятор покоя микроглии в центральной нервной системе и как модулятор активации моноцитов и макрофагов. miR-124 также играет важную роль как во врожденном, так и в адаптивном иммунном ответе. В частности, было показано, что miR-124 является критическим медиатором холинергического противовоспалительного действия за счет снижения продукции IL-6, TNF-α и MCP-1. Интересно, что IL-6, TNF-α и MCP-1 были активированы в широко применяемой DSS-индуцированной экспериментальной мышиной модели колита, тогда как ABX464 снижал экспрессию этих провоспалительных цитокинов. Устойчивая активация иммунной системы и системное воспаление также играют центральную роль в патогенезе ВИЧ-инфекции. У многих ВИЧ-инфицированных индивидуумов, получающих антиретровирусную терапию (АРТ), наблюдается остаточное воспаление, ассоциированное с заболеваемостью и смертностью, не связанными со СПИДом. Основываясь на наблюдаемом подавлении экспрессии miR-124 при ВИЧ-инфекции PBMC или CD4+ Т-клеток и последующей активации с помощью лечения ABX464, атовры изобртеения решили проверить, наблюдалась ли аналогичная модуляция экспрессии miR-124 у пациентов с ВИЧ, проходящих антиретровирусную терапию (АРТ). Поскольку хроническое воспалительное состояние у пациентов, получающих комбинированную АРТ, в первую очередь связано со степенью повреждения лимфоидной ткани, ассоциированной с кишечником, экспрессия miR-124 отслеживалась в ректальных биоптатах ВИЧ-инфицированных пациентов, получающих АРТ и получавших ABX464 (N=9). Экспрессия miR-124 снижалась у пациентов с ВИЧ, получавших АРТ, по сравнению с ее экспрессией в биоптатах толстой кишки от здоровых доноров (N=10). Обработка ABX464 в течение 28 дней восстанавливала экспрессию miR-124 до уровня здоровых доноров (Фиг. 3E). Когда обработка ABX464 была остановлена на 28 дней, экспрессия miR-124 снизилась до уровня, наблюдавшегося до лечения (Фиг. 9 C и D), указывая на то, что наблюдаемые изменения экспрессии были специфически обусловлены ABX464. Таким образом, ABX464 модулирует экспрессию miR-124 как in vitro, так и у пациентов с ВИЧ.

5. ABX464-индуцированный сплайсинг длинной некодирующей РНК в локусе miR-124-1 приводит к усиленной регуляции miR-124

[00461] miR-124 кодируется тремя независимыми генами, miR-124-1, miR-124-2 и miR-124-3, расположенными на хромосомах 8 и 20 человека (Фиг. 4A). Чтобы определить, какой из этих генов индуцируется ABX464, авторы изобретения применяли целевую РНК CaptureSeq для оценки полной глубины транскриптома. Увеличенную глубину секвенирования РНК CaptureSeq вместе со сборкой транскриптов ab initio применяли для определения того, на какой локус влияет обработка ABX464 (Фиг. 4 A и B). Авторы изобретения реконструировали все транскрипты, собранные в рамках данных предварительного захвата секвенированной РНК, с одинаковой однородностью покрытия транскриптов (реконструировано 100 % цепей транскриптов; Фиг. 4 A и B). Общее количество считываний для необработанных, а также обработанных ABX464 образцов варьировалось от 2 до 30 миллионов в инфицированных и неинфицированных PBMC (Таблица V). Количество считываний с трех локусов, кодирующих miR-124, в обработанных образцах было в 4-12 раз выше, чем в необработанных образцах (Фиг. 4B, Таблица V), что подтверждает, что ABX464 приводит к значительному увеличению miR-124. Напротив, ABX464 не влиял на экспрессию miR-429 (Фиг. 4B), расположенной вне области miR-124, еще раз показывая специфичность ABX464 в нацеливании на miR-124.

[00462] Большинство выровненных считываний из 10-kb областей каждого локуса происходило из miR-124-1 и miR-124-3, тогда как количество выровненных считываний из miR-124-2 было довольно низким даже после обработки ABX464 (Фиг. 4В). Эффект ABX464 на экспрессию miR-124 был наиболее выражен из локуса miR-124-1 (Фиг. 4B). Все отображенные считывания из локуса miR-124-1 в обработанных образцах выровнены с miR-124 и окружающей его областью размером 2 килобазы. Внимательное изучение этой области показало, что последовательность miR-124 встроена в длинную некодирующую РНК (днРНК 0599-205) в локусе miR-124-1 (Фиг. 4 A и C).

[00463] Глубина секвенирования РНК CaptureSeq позволила собрать ab initio транскрипты, демонстрирующие сложный массив паттернов сплайсинга. Этот подход показал, что сплайсинг днРНК 0599-205 активируется ABX464, и этот сплайсинг не присутствовал в необработанных образцах (Фиг. 4 C и D). Большинство контигов в необработанных образцах выравнены с несплайсированной днРНК 0599-205. Отображение считываний на стыках сплайсинга (J1, J2, J3 и J4) и стыках экзон-экзон (J5 и J6) этой днРНК позволило количественно оценить сплайсированные и несплайсированные РНК в обработанных образцах (Фиг. 4D). После 8 дней обработки ABX464, что, как предполагали авторы изобретения, достаточно для достижения транскриптами стабильного уровня, уровень несплайсированной РНК был в девять раз выше, чем уровень сплайсированной РНК. Поскольку сплайсированная РНК более стабильна, чем несплайсированная РНК, следует учитывать, что сплайсированная днРНК 0599-205 является источником усиленной регуляции miR-124 и, следовательно, становится менее стабильной. В соответствии с этим предсказанием, авторы изобретения обнаружили, что продукция miR-124 (считывания, сопоставленные только с областью miR-124 размером 85 п.о.) компенсировала отсутствие сплайсированной днРНК 0599-205 (Фиг. 4D).

[00464] Таблица V показывает количество считываний для трех генов, кодирующих miR-124; mir124.1, mir124.2 и mir124.3 в PBMC либо необработанных (D1_DMSO, D4_DMSO, D5_DMSO, D6_DMSO, D7_DMSO и D8_DMSO), либо обработанных ABX464 (D1_464, D4_464, D5_464, D6_464, D7_464 и D8_464).

Таблица V

Наименования LIB Общее количество считываний mir124.1 mir124.2 mir124.3 D1_DMSO 4 879 559 116164 2580 21900 D4_DMSO 30 505 238 51798 1204 5306 D5_DMSO 1 939 172 16352 1440 11709 D6_DMSO 4 385 103 13294 5358 8498 D7_DMSO 7 279 017 45480 17676 55708 D8_DMSO 8 381 026 30950 8830 18253 D1_464 7 884 109 4014 704 6439 D4_464 30 363 868 7114 4 701 D5_464 26 874 233 4748 4222 21941 D6_464 2 927 628 324 362 2542 D7_464 14 803 409 2486 2326 14460 D8_464 17 386 693 1088 5452 7772

6. Сплайсинг днРНК 0599-205 необходим для продукции miR-124

[00465] Чтобы напрямую оценить вклад днРНК 0599-205 в продукцию miR-124, авторы изобретения клонировали геномную последовательность хромосомы 8 от 9,903,167 до 9,904,210 днРНК 0599-205 в плазмидный вектор (Фиг. 5A). Как сплайсированные, так и несплайсированные транскрипты днРНК 0599-205 можно было легко обнаружить в трансфицированных клетках HeLa (Фиг. 5B). Однако авторам изобретения не удалось обнаружить усиленную регуляцию miR-124 в трансфицированных клетках HeLa в ответ на обработку ABX464, поскольку сплайсинг максимален в клетках HeLa, и комплекс CBC мог бы оказать влияние на сайт транскрипции (Фиг. 5B). Однако временная трансфекция плазмиды в клетки HeLa приводила к резкому (в 1250 раз) увеличению уровней miR-124 (Фиг. 5C, левая панель). Напротив, когда сайты сплайсинга днРНК 0599-205 мутируют, обнаруживаются только следы miR-124 (Фиг. 5C, левая панель). В соответствии с тем фактом, что несплайсированная днРНК 0599-205 менее стабильна, количество мутированной днРНК 0599-205 меньше, чем у дикого типа (Фиг. 5C, правая панель). В целом результаты демонстрируют, что сплайсинг днРНК 0599-205 является предпосылкой для продукции mir-124.

Обсуждение

[00466] Настоящее исследование дает новое представление о механизме действия ABX464 в усилении регуляции противовоспалительного miR-124 у пролеченных пациентов с ЯК (язвенный колит) и в ингибировании репликации вируса у пациентов с ВИЧ. ABX464 связывает CBC (ABIVAX, данные в файле), комплекс, который стимулирует реакции процессинга кэпированных РНК, включая их сплайсинг, образование 3'-конца, деградацию и транспорт. Учитывая, что CBC, как полагают, связывает все классы m7G-кэпированных РНК, включая предшественники и зрелые формы мРНК, стабильные длинные некодирующие РНК (днРНК), неаденилированные гистоновые РНК и предшественники сплайсосомных малых ядерных РНК (мяРНК), важно понять, как связывание ABX464 с комплексом CBC достигает своей специфичности. Как вариация сплайсинга РНК ВИЧ, так и днРНК 0599-205 устойчиво индуцируются ABX464. Авторы изобретения не знают причину этого. Возможно, слабые сайты сплайсинга, характерные для обоих транскриптов, лежат в основе индукции этих событий сплайсинга комплексом ABX464-CBC. Перед экспортом в цитоплазму большинство генов, кодирующих человеческие белки, подвергаются сплайсингу, если они не подверглись деградации в ядре, а в цитоплазме для контроля качества мРНК важен первый этап трансляции. днРНК 0599-205, как и любая РНК в клетке, будет деградировать или оставаться на своем сайте транскрипции, что характерно для многих длинных кодирующих РНК. Последовательность miR-124 находится в 3-м экзоне днРНК 0599-205, что также является специфической ситуацией, потому что большинство микроРНК обычно классифицируются как «межгенные» или «интронные» в зависимости от их геномного положения. Известно, что межгенные микроРНК транскрибируются как независимые транскрипционные единицы, в то время как интронные микроРНК, как полагают, процессируются из интронов их транскрипционных единиц-хозяев и, следовательно, имеют общие регуляторные механизмы и паттерны экспрессии с их генами-хозяевами. Поскольку обработка ABX464 не вызвала никаких вариаций микроРНК, кроме miR-124, и очень мало вариаций экспрессии генов, которые могли бы быть хозяевами микроРНК, авторы изобретения полагают, что взаимодействие ABX464-CBC индуцирует специфический эффект вирусной РНК и биогенеза miR-124. Последнее также подтверждается тем фактом, что miR-124 транскрибируется 3 локусами, но только локус miR-124.1 подвергается воздействию ABX464, а также для продукции miR-124 требуется сплайсинг днРНК 0599-205 (Фиг. 5).

[00467] Функции ядерного кэпа опосредуются белками CBP80 и CBP20, которые ко-транскрипционно связываются с зарождающейся РНК. CBP20 напрямую взаимодействует с кэпом m7G через свой классический мотив распознавания РНК (RRM), в то время как CBP80 обеспечивает высокоаффинное связывание полного CBC и служит платформой для взаимодействия с другими факторами. Авторы изобретения продемонстрировали, что ABX464, связываясь с CBC, предотвращает продукцию несплайсированной вирусной РНК, необходимой для репликации вируса, и индуцирует продукцию miR-124 из днРНК-0599-205. Однако ABX464 оказывал незначительное влияние на сплайсинг клеток. Следовательно, ABX464 действует как усилитель вирусного, но не клеточного сплайсинга. Связывание ABX464 может изменить конформацию CBC, чтобы обеспечить эффективное взаимодействие CBP80 с фактором сплайсинга и, таким образом, сделать распознавание вирусных сайтов сплайсинга более эффективным. Известно, что РНК ВИЧ имеет субоптимальные сайты сплайсинга, что позволяет ингибировать сплайсинг первичного транскрипта размером 9 килобаз на более поздних стадиях инфекции. Напротив, большинству клеточных генов для экспрессии требуется сплайсинг, а несплайсированные интрон-включающие транскрипты сохраняются в ядре, где они деградируют. Истощение NCBP1 на 50 % приводит к усилению регуляции несплайсированных транскриптов IR, подтверждая роль CBC в NMD. ABX464 следит за тем, чтобы вирусная РНК ВИЧ подвергалась сплайсингу (поскольку она транскрибируется из интегрированной провирусной ДНК, напоминающей любой ген в клетке), экспортировалась, а несплайсированная вирусная РНК деградировала (предположительно, с помощью NMD). ABX464 не изменяет ни одну из функций CBC, поэтому не ожидается, что ABX464, связывая комплекс CBC, изменит общий биогенез РНК в клетке. Однако очень мало известно о комплексе CBC при ВИЧ-инфекции или активации иммунных клеток. Обнаружение того, что ABX464 связывается с CBC и вызывает специфические изменения в иммунных клетках; сверхэкспрессию miR-124 путем модулирования сплайсинга длинной кодирующей РНК 0599-205 и усиление сплайсинга РНК ВИЧ, будет иметь большое значение для понимания участия CBC в ВИЧ-инфекции и воспалении.

[00468] Предсказание силы сайта сплайсинга с применением максимальной энтропии (MaxEnt) показало, что 5'-сайт сплайсинга между экзоном 2 и интроном 2 днРНК 0599-205 очень слаб по сравнению с другим сайтом сплайсинга (Таблица VI). Поскольку несплайсированная днРНК 0599-205 не может выйти из ядра из-за механизмов контроля качества и контроля, опосредованного CBC, сплайсированная днРНК 0599-205 представляет собой форму хранения микроРНК, возможно, в дополнение к другим функциональным свойствам интактного сплайсированного транскрипта. Это хранилище может поддерживаться за счет низкой транскрипционной и деградационной активности несплайсированной днРНК 0599-205 и продуцирования только низких уровней высвобождения зрелой miR-124 в нормальных условиях. Действительно, когда днРНК 0599-205 не сплайсирована, ее судьба аналогична судьбе других короткоживущих транскриптов, чувствительных к комплексу CBC, называемому CBC-NEXT, который способствует деградации РНК через экзосому ядерной РНК. Соответственно, сплайсинг днРНК 0599-205 является необходимым условием для продукции miR-124. Сплайсинг днРНК 0599-205 важен для стабилизации зрелого транскрипта для распознавания механизмом процессинга микроРНК и тем самым для продуцирования miR-124. Таким образом, обработка ABX464 может обеспечить быстрое высвобождение большого количества miR-124 посредством сплайсинга днРНК 0599-205 без необходимости транскрипционной активации локуса днРНК 0599-205. У пациентов с ВИЧ это может быть механизмом, с помощью которого miR-124 активируется после обработки ABX464 (Фиг. 3E).

[00469] Клетки HeLa, включающие большой избыток факторов сплайсинга, эффективно продуцируют продукты сплайсинга вирусной РНК ВИЧ и большое количество miR-124 из трансфицированных конструкций ВИЧ и днРНК 0599-205 соответственно. Таким образом, ABX464 не препятствует нормальной функции CBC в сплайсинге, но делает его более эффективным. Поскольку вирусные, но не клеточные гены требуют несплайсированного состояния для вирусной репликации, а сплайсинг днРНК 0599-205 может влиять на экспрессию miR-124, ABX464 ингибирует репликацию вируса и индуцирует противовоспалительную экспрессию miR-124. Большое количество исследований в различных клетках и системах показало, что miR-124 является критическим модулятором воспалительных и иммунологических реакций. Обнаружение того, что ABX464 усиливает экспрессию miR-124 у инфицированных пациентов, может стать большим преимуществом при лечении остаточного воспаления, связанного с заболеваемостью и смертностью, не связанными со СПИДом, у пациентов с ВИЧ. Во многих случаях miR-124 действует как негативный регулятор воспалительных сигналов, обеспечивая отрицательную обратную связь, помогая поддерживать гомеостаз. Кроме того, пациенты с язвенным колитом, получавшие ABX464, также демонстрируют повышение miR-124, показывая свидетельства надежного и устойчивого сигнала эффективности ABX464. Таким образом, ABX464 представляет собой небольшую молекулу с терапевтическим потенциалом не только против ВИЧ, но и против воспалительных заболеваний.

[00470] В таблице VI показан прогноз силы сайта сплайсинга с применением максимальной энтропии (MaxEnt). Оценка MAXENT для 5' сайтов сплайсинга и 3' сайтов сплайсинга на стыках экзон1-интрон1-экзон2 (экзон1-экзон2 сс) и экзон2-интрон2-экзон3 (экзон2-экзон3 сс).

Таблица VI

5' сс последовательность Оценка MAXENT 3' сс последовательность Оценка MAXENT Консенсус CAG/guaagu 10,86 ugucccuuuuuuuuccacag/CUG 12,6 Экзон1-Экзон2 сс GAG/guaaag 9,65 uccuccuuuccuuuccucag/GAG 11,46 Экзон2-Экзон3 сс GCG/gcggga -4,66 uccuccuuuccuuccucag/GAG 11,46

Последовательности

SEQ ID N 1

GGAAAATCTCTAGCAGTGGCGCCCGAACAGGGACTTGAAAGCGAAAGGAAAACCAGAGGAGCTCTCTCGACGCAGGACTCGGCTTGCTGAAGCGCGCACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACTGGAAGAAGCGGAGACAGCGACGAAGACCTCCTCAGGACAGTCAGACTCATCAAAGTTCTCTATCAAAGCA

SEQ ID N 2

ggaaaatctctagcagtggcgcccgaacagggacttgaaagcgaaaggaaaaccagaggagctctctcgacgcaggactc ggcttgctgaagcgcgcacggcaagaggcgaggggcggcgactg

SEQ ID N 3

Gaagaagcggagacagcgacgaagacctcctcaggacagtcagactcatcaaagttctctatcaaagca

--->

ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> ABIVAX

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

INSTITUT CURIE

UNIVERSITE DE MONTPELLIER

<120> БИОМАРКЕРЫ И ПРИМЕНЕНИЯ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ ВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЙ,

ВОСПАЛЕНИЙ ИЛИ РАКА

<130> PR86007

<150> EP18306784

<151> 2018-12-20

<160> 18

<170> BiSSAP 1.3.6

<210> 1

<211> 193

<212> РНК

<213> Homo sapiens

<220>

<223> Новая предполагаемая последовательность мРНК

<400> 1

ggaaaatctc tagcagtggc gcccgaacag ggacttgaaa gcgaaaggaa aaccagagga

60

gctctctcga cgcaggactc ggcttgctga agcgcgcacg gcaagaggcg aggggcggcg

120

actggaagaa gcggagacag cgacgaagac ctcctcagga cagtcagact catcaaagtt

180

ctctatcaaa gca

193

<210> 2

<211> 124

<212> РНК

<213> Homo sapiens

<220>

<223> Экзон 1: 615-739

<400> 2

ggaaaatctc tagcagtggc gcccgaacag ggacttgaaa gcgaaaggaa aaccagagga

60

gctctctcga cgcaggactc ggcttgctga agcgcgcacg gcaagaggcg aggggcggcg

120

actg

124

<210> 3

<211> 69

<212> РНК

<213> Homo sapiens

<220>

<223> Экзон 2: 5976-6045

<400> 3

gaagaagcgg agacagcgac gaagacctcc tcaggacagt cagactcatc aaagttctct

60

atcaaagca

69

<210> 4

<211> 23

<212> РНК

<213> Homo sapiens

<220>

<223> Консенсусная 3ʹcc последовательность

<400> 4

ugucccuuuu uuuuccacag cug

23

<210> 5

<211> 23

<212> РНК

<213> Homo sapiens

<220>

<223> Экзон1-Экзон2 3ʹcc последовательность

<400> 5

uccuccuuuc cuuuccucag gag

23

<210> 6

<211> 22

<212> РНК

<213> Homo sapiens

<220>

<223> Экзон2-Экзон3 3ʹcc последовательность

<400> 6

uccuccuuuc cuuccucagg ag

22

<210> 7

<211> 18

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Праймер общей днРНК 599-205 Fwd

<400> 7

ccctccacca cttgggac

18

<210> 8

<211> 20

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Праймер общей днРНК 599-205 Rev

<400> 8

gacctgggga ttcagccttc

20

<210> 9

<211> 22

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Праймер несплайсированной днРНК 599-205 Fwd

<400> 9

gaacaaagag cctttggaag ac

22

<210> 10

<211> 18

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Праймер несплайсированной днРНК 599-205 Rev

<400> 10

ggaagggacc acagcatc

18

<210> 11

<211> 19

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Праймер сплайсированной днРНК 599-205 Fwd

<400> 11

cactcagcga tggaggaaa

19

<210> 12

<211> 25

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Праймер сплайсированной днРНК 599-205 Rev

<400> 12

ccaatcacac agacaatgag ataac

25

<210> 13

<211> 22

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Праймер внутреннего контроля β-актина Fwd

<400> 13

gtgaaggtga cagcagtcgg tt

22

<210> 14

<211> 21

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Праймер β-актина Rev

<400> 14

gaagtggggt ggcttttagg a

21

<210> 15

<211> 1164

<212> РНК

<213> Homo sapiens

<220>

<223> днРНК 0599-205

<400> 15

tcttcttcct ctctctctct ctctctctgt ctctctctct ctcgtctctc ttcctttccc

60

ccctccacca cttgggacct gagcgagagg actgcagcag gcgagttccg gaaggctgaa

120

tccccaggtc ccagccccgg accgcggcaa ctcgcccctg cggcacgccc ggcccggctg

180

cgcccccact cagcgatgga ggtaaagagg cggcggccgc gcgccctgcc ccggctgccg

240

ctgccgagtc cccgctgctc tccttgtcct tcgctctctt cttcctcctc ctagtcccct

300

tcagtttcct gggcgaagca gagggcgaca tgggtgggtg ggttgctgcg ctggggcgag

360

gtggggtcga tgttgttttt tcattgtctg gagctgcagg ggaggcgagg cgcggggaaa

420

ggggcgaggg gagccggggt aattaacacg ggggaggcac ccctccgtct cccacttcca

480

cccacacccc catccctcca ccccctccgc tttgcaggaa aaagcctgga tgcgaaagga

540

tgggggagaa caaagagcct ttggaagacg tcgctgttat ctcattgtct gtgtgattgg

600

gggagctgcg gcggggagga tgctgtggtc ccttcctccg gcgttcccca cccccatccc

660

tctccccgct gtcagtgcgc acgcacacgc gccgcttttt atttcttttt cctggttttc

720

ttattccatc ttctacccac ccctcttcct ttctttcacc tttccttcct tccttcctcc

780

tttccttcct caggagaaag gcctctctct ccgtgttcac agcggacctt gatttaaatg

840

tccatacaat taaggcacgc ggtgaatgcc aagaatgggg ctggctgagc accgtgggtc

900

ggcgagggcc cgccaaggaa ggagcgaccg accgagccag gcgccctccg cagacctccg

960

cgcagcggcc gcgggcgcga ggggaggggt ctggagctcc ctccggctgc ctgtcccgca

1020

ccggagcccg tggggtgggg aggtgtgcag cctgtgacag acaggggctt agagatgcaa

1080

acagactcag ggagagaaac agaagctgat tctgtgacag aagcagatct gtgcagcaca

1140

gatgcggtgt gcgtggggag gggg

1164

<210> 16

<211> 141

<212> РНК

<213> Homo sapiens

<220>

<223> Экзон 1 днРНК

<400> 16

ccctccacca cttgggacct gagcgagagg actgcagcag gcgagttccg gaaggctgaa

60

tccccaggtc ccagccccgg accgcggcaa ctcgcccctg cggcacgccc ggcccggctg

120

cgcccccact cagcgatgga g

141

<210> 17

<211> 93

<212> РНК

<213> Homo sapiens

<220>

<223> Экзон 2 днРНК

<400> 17

gaaaaagcct ggatgcgaaa ggatggggga gaacaaagag cctttggaag acgtcgctgt

60

tatctcattg tctgtgtgat tgggggagct gcg

93

<210> 18

<211> 311

<212> РНК

<213> Homo sapiens

<220>

<223> Экзон 3 днРНК

<400> 18

gagaaaggcc tctctctccg tgttcacagc ggaccttgat ttaaatgtcc atacaattaa

60

ggcacgcggt gaatgccaag aatggggctg gctgagcacc gtgggtcggc gagggcccgc

120

caaggaagga gcgaccgacc gagccaggcg ccctccgcag acctccgcgc agcggccgcg

180

ggcgcgaggg gaggggtctg gagctccctc cggctgcctg tcccgcaccg gagcccgtgg

240

ggtggggagg tgtgcagcct gtgacagaca ggggcttaga gatgcaaaca gactcaggga

300

gagaaacaga a

311

<---

Изобретение относится к биотехнологии. Описано применение варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ ID NO 1 в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции или эффективности терапевтического лечения ВИЧ-инфекции, в качестве биомаркера для оценки биологического эффекта соединения при лечении ВИЧ-инфекции или биомаркера для скрининга соединения или вакцины при профилактике и/или лечении ВИЧ-инфекции. Описан соответствующий способ лечения ВИЧ-инфекции, где применяют вариант сплайсинга ВИЧ с SEQ ID NO 1 в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции или эффективности терапевтического лечения. ABX464 изменяет сплайсинг вирусной РНК, но не клеточный сплайсинг, и индуцирует сплайсинг длинной некодирующей РНК в локусе miR-124, что приводит к усилению регуляции противовоспалительного miR124. 7 н. и 12 з.п. ф-лы, 9 ил., 9 табл.

1. Применение варианта сплайсинга ВИЧ (вирус иммунодефицита человека) с SEQ ID NO 1 в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции или эффективности терапевтического лечения ВИЧ-инфекции.

2. Применение варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ ID NO 1 в качестве биомаркера для оценки биологического эффекта соединения при лечении ВИЧ-инфекции.

3. Применение варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ ID NO 1 в качестве биомаркера для скрининга соединения или вакцины при профилактике и/или лечении ВИЧ-инфекции.

4. Способ лечения ВИЧ-инфекции, где вариант сплайсинга ВИЧ с SEQ ID NO 1 применяют в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции или эффективности терапевтического лечения, где терапевтическое лечение включает введение соединения формулы I

I

или его фармацевтически приемлемой соли,

где Z представляет собой C или N;

V представляет собой C или N;

означает ароматическое кольцо, в котором V представляет собой C или N и, когда V представляет собой N, V находится в орто-, мета- или пара-положении относительно Z;

каждый R независимо представляет собой водород, галоген, -CN, гидроксил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₃)фторалкокси, (C₃-C₆)циклоалкил, -NO₂, -NR₁R₂, (C₁-C₄)алкокси, фенокси, -NR₁-SO₂-NR₁R₂, -NR₁-SO₂-R₁, -NR₁-C(=O)-R₁, -NR₁-C(═O)-NR₁R₂, -SO₂-NR₁R₂, -SO₃H, -O-SO₂-OR₃, -O-P(═O)-(OR₃)(OR₄), -O-CH₂-COOR₃, (C₁-C₃)алкил, причем указанный алкил необязательно моно- или ди-замещен гидроксильной группой, группу формулы (IIa)

или группу формулы (IIIa)

;

Q представляет собой N или O, при условии, что R'' отсутствует, когда Q представляет собой O;

каждый из R₁ и R₂ независимо представляет собой водород или (C₁-C₃)алкил;

каждый из R₃ и R₄ независимо представляет собой водород, Li⁺, Na⁺, K⁺, N⁺(Ra)₄ или бензил;

n равен 1, 2 или 3;

n' равен 1, 2 или 3;

каждый R' независимо представляет собой водород, (C₁-C₃)алкил, гидроксил, галоген, -NO₂, -NR₁R₂, морфолинил, морфолино, N-метилпиперазинил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₄)алкокси, -O-P(═O)-(OR₃)(OR₄), -CN, группу формулы (IIa)

или группу формулы (IIIa)

;

A представляет собой ковалентную связь, кислород или NH;

B представляет собой ковалентную связь или NH;

m равен 1, 2, 3, 4 или 5;

p равен 1, 2 или 3;

каждый из Ra и Rb независимо представляет собой водород, (C₁-C₅)алкил или (C₃-C₆)циклоалкил, или

Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют насыщенный 5- или 6-членный гетероцикл, причем указанный гетероцикл необязательно замещен одним или более Ra, при условии, что, когда R' представляет собой группу (IIa) или (IIIa), n' может быть равен 2 или 3, только если другие группы R' отличаются от указанной группы (IIa) или (IIIa); и

R'' представляет собой водород, (C₁-C₄)алкил или группу формулы (IIa), как определено в настоящей формуле.

5. Применение по п. 1, где терапевтическое лечение включает введение соединения формулы I

I

или его фармацевтически приемлемой соли,

где Z представляет собой C или N;

V представляет собой C или N;

означает ароматическое кольцо, в котором V представляет собой C или N и, когда V представляет собой N, V находится в орто-, мета- или пара-положении относительно Z;

каждый R независимо представляет собой водород, галоген, -CN, гидроксил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₃)фторалкокси, (C₃-C₆)циклоалкил, -NO₂, -NR₁R₂, (C₁-C₄)алкокси, фенокси, -NR₁-SO₂-NR₁R₂, -NR₁-SO₂-R₁, -NR₁-C(=O)-R₁, -NR₁-C(═O)-NR₁R₂, -SO₂-NR₁R₂, -SO₃H, -O-SO₂-OR₃, -O-P(═O)-(OR₃)(OR₄), -O-CH₂-COOR₃, (C₁-C₃)алкил, причем указанный алкил необязательно моно- или ди-замещен гидроксильной группой, группу формулы (IIa)

или группу формулы (IIIa)

;

Q представляет собой N или O, при условии, что R'' отсутствует, когда Q представляет собой O;

каждый из R₁ и R₂ независимо представляет собой водород или (C₁-C₃)алкил;

каждый из R₃ и R₄ независимо представляет собой водород, Li⁺, Na⁺, K⁺, N⁺(Ra)₄ или бензил;

n равен 1, 2 или 3;

n' равен 1, 2 или 3;

каждый R' независимо представляет собой водород, (C₁-C₃)алкил, гидроксил, галоген, -NO₂, -NR₁R₂, морфолинил, морфолино, N-метилпиперазинил, (C₁-C₃)фторалкил, (C₁-C₄)алкокси, -O-P(═O)-(OR₃)(OR₄), -CN, группу формулы (IIa)

или группу формулы (IIIa)

;

A представляет собой ковалентную связь, кислород или NH;

B представляет собой ковалентную связь или NH;

m равен 1, 2, 3, 4 или 5;

p равен 1, 2 или 3;

каждый из Ra и Rb независимо представляет собой водород, (C₁-C₅)алкил или (C₃-C₆)циклоалкил, или

Ra и Rb вместе с атомом азота, к которому они присоединены, образуют насыщенный 5- или 6-членный гетероцикл, причем указанный гетероцикл необязательно замещен одним или более Ra, при условии, что, когда R' представляет собой группу (IIa) или (IIIa), n' может быть равен 2 или 3, только если другие группы R' отличаются от указанной группы (IIa) или (IIIa); и

R'' представляет собой водород, (C₁-C₄)алкил или группу формулы (IIa), как определено в настоящей формуле.

6. Применение по п. 5, где соединение выбрано из формул Ia-Id:

или их фармацевтически приемлемой соли.

7. Применение по п. 5 или 6, где соединение представляет собой ABX464 или его фармацевтически приемлемую соль.

8. Способ по п. 4, где соединение выбрано из формул Ia-Id:

или их фармацевтически приемлемой соли.

9. Способ по п. 8, где соединение представляет собой ABX464 или его фармацевтически приемлемую соль.

10. Применение по п. 1, где терапевтическое лечение включает введение соединения формулы IV

IV

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных V, Z, R, R’, n и n’ представляет собой такую, как описано в п. 5.

11. Применение по п. 10, где соединение выбрано из формул IVa-IVd:

или их фармацевтически приемлемой соли.

12. Способ по п. 4, где терапевтическое лечение включает введение соединения формулы IV

IV

или его фармацевтически приемлемой соли, где каждая из переменных V, Z, R, R’, n и n’ представляет собой такую, как описано в п. 4.

13. Способ по п. 12, где соединение выбрано из формул IVa-IVd:

или их фармацевтически приемлемой соли.

14. Применение in vitro или ex vivo варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ ID NO 1 в качестве биомаркера ВИЧ-инфекции или эффективности терапевтического лечения ВИЧ-инфекции.

15. Применение in vitro или ex vivo варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ ID NO 1 в качестве биомаркера для оценки биологического эффекта соединения при лечении ВИЧ-инфекции.

16. Применение in vitro или ex vivo варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ ID NO 1 в качестве биомаркера для скрининга соединения или вакцины при профилактике и/или лечении ВИЧ-инфекции.

17. Применение in vitro или ex vivo по п. 14, где терапевтическое лечение включает введение соединения формулы I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id или IV, IVa, IVb, IVb', IVc, IVd, IV; такого как ABX464, или его фармацевтически приемлемой соли.

18. Применение in vitro или ex vivo по п. 15 или 16, где соединение имеет формулу I, Ia, Ib, Ib', Ic, Id или IV, IVa, IVb, IVb', IVc, IV; такое как ABX464, или его фармацевтически приемлемая соль.

19. Применение по любому из пп. 14-18, где измеренный уровень экспрессии указанного варианта сплайсинга ВИЧ с SEQ ID NO 1, или указанного варианта сплайсинга днРНК 0599-205 в локусе miR-124-1, или указанной miR-124 в выделенном биологическом образце сравнивают с контрольным референтным значением.