НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗОНДОВ, ДНК-МИКРОЧИП, СПОСОБ ЕГО ПОЛУЧЕНИЯ, КОМПЛЕКТ ДЛЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ИССЛЕДОВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ Российский патент 2015 года по МПК C12Q1/68 

Описание патента на изобретение RU2551985C2

Область техники

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к молекулярно-генетическим исследованиям человека для диагностики наследственных заболеваний, предрасположенности к мультифакторным заболеваниям, имеющим генетическую составляющую, и персональной генетически-детерминированной реакции на фармацевтические препараты.

Приблизительно половина всех случаев наследования болезней происходит, когда мать и отец не страдают наследственными заболеваниями, однако являются скрытыми носителями поврежденных генов. Если ребенок наследует от каждого родителя такой поврежденный ген, это приведет к развитию болезни. Риск рождения больного ребенка у родителей-носителей составляет 25%, что с медико-генетической точки зрения характеризуется как высокий. Руководствуясь информацией о собственных генетических особенностях, полученной с помощью молекулярно-генетических исследований, а также используя современные возможности репродуктивной медицины, будущие родители смогут избежать рисков зачатия ребенка, больного тяжелым или смертельным наследственным заболеванием, и родить здорового ребенка.

Описание уровня техники

Известен способ скрининга новорожденных на такие наследственные заболевания, как муковисцидоз, врожденный гипотиреоз, галактоземия, фенилкетонурия за один анализ крови. Присутствие или отсутствие мутаций ДНК определяют с помощью гибридизации полученных фрагментов на специализированном олигонуклеотидном биочипе. Для этого используют амплификацию PAH, CFTR, PAX8, GALT генов и получение одноцепочного флюоресцентно меченного продукта методом ник-трансляции и рестрикции, приготавливают биочип для скрининга новорожденных на заболевания, содержащий набор иммобилизованных определенных олигонуклеотидов. Интерпретацию результатов гибридизации осуществляют путем сравнения интенсивности флюоресцентных сигналов, полученных при совершенной и несовершенной гибридизации. Несмотря на то что такое исследование позволяет получить новый ускоренный метод массового скрининга новорожденных на наличие предрасположенности к моногенным заболеваниям, он обладает ограниченной информативностью.

Известен принцип отбора полиморфизмов, описанный в EP 2463384. Однако авторами изучались и отбирались полиморфизмы, определяющие возникновение внезапной сердечной смерти без учета их территориальной распространенности.

Описание сущности изобретений

Задачей настоящей разработки является создание метода исследования ДНК человека на наличие большого количества мутаций и/или полиморфизмов с использованием биочипа.

Еще одна задача состоит в разработке и применении уникального набора олигонуклеотидных зондов, позволяющих определять мутации и/или полиморфизмы, включенного в диагностикум (биочип), который может быть использован для диагностики наиболее часто встречающихся мутаций и полиморфизмов, ассоциированных с наиболее частыми для популяций людей (этнических групп), населяющих определенную географическую территорию, наследственными и мультифакторными заболеваниями с наследственной составляющей.

Основной отличительной особенностью микрочипа является первый этап его разработки - определение мутаций и/или полиморфизмов, которые могут быть выявлены с его помощью. На данном этапе, исходят из генетических особенностей популяций, населяющих определенную территорию: в диагностикум (микрочип) входят только наиболее частые мутации и/или полиморфизмы, ассоциированные с наиболее частыми на данной территории наследственными и мультифакторными заболеваниями с наследственной составляющей. Таким образом, эффективность и информативность диагностики на конкретной территории с помощью такого диагностикума увеличивается по сравнению с прямыми аналогами, за счет способа подбора выявляемых мутаций, а не за счет увеличения их количества.

Состав мутаций, выявляемых с помощью микрочипа, оптимизирован и строго специфичен для этнических групп, населяющих заданную территорию на протяжении долгого времени. Таким образом, эффективность и информативность генетической диагностики наследственных заболеваний с применением данного набора гораздо выше, чем с применением имеющихся аналогов.

Под частотой встречаемости мутации или полиморфизма подразумевается ее распространенность в заданной популяции или у заданных этнических групп из расчета количества случаев ее гомозиготного носительства на 1000 человек. При этом под общемировой частотой подразумевается ее усредненная частота среди изученных популяций планеты. Данные об общемировых частотах встречаемости мутаций и/или полиморфизмов и частотах встречаемости в заданной популяции получаются из научной литературы.

В одном аспекте изобретение относится к набору олигонуклеотидных зондов, позволяющему детектировать комплекс (набор) мутаций и/или полиморфизмов для молекулярно-генетического исследования (скрининга) человека, при этом:

(a) не менее 10% (от 10% до 95%) от общего количества мутаций и/или полиморфизмов, которые могут быть определены, должно иметь частоту встречаемости у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей, превышающую в среднем общемировую встречаемость не менее чем в два раза (соотношение частоты встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции к среднемировой частоте составляет >2);

(b) нe менее 5% (от 5% до 90%) мутаций и/или полиморфизмов не должны встречаться у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей, отличных от выбранной;

(c) не более 10% (от 0% до 10%) мутаций и/или полиморфизмов, имеющих среднемировую частоту встречаемости, более чем в два раза превышающую частоту встречаемости у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей (соотношение среднемировой частоты к частоте встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции >2);

(d) не более 5% (от 0% до 5%) мутаций и/или полиморфизмов, не встречающихся у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции;

(e) остальное содержание (от 0-85%) мутаций и/или полиморфизмов, встречающихся у этнических групп, проживающих на выбранной территории, или в выбранной популяции может быть равно в среднем общемировой или не может превышать ее более чем в два раза (соотношение частоты встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции к среднемировой частоте составляет ≤2).

В ходе исследований было установлено, что именно с отбором исследуемых мутаций связана эффективность и информативность диагностики на конкретной территории, которые увеличиваются за счет того, что для диагностики взяты самые распространенные и специфичные для этой территории мутации.

В другом аспекте изобретение относится к способу получения ДНК-микрочипа.

ДНК-микрочипы получают методом печати олигонуклеотидных зондов, содержащих участки ДНК, позволяющие детектировать выбранные мутации и/или полиморфизмы на стеклянной пластине, покрытой аминосиланом (см. WO 2004073988).

Отличительной особенностью разработанного нами способа является этап предварительного отбора мутаций по установленному нами алгоритму. Способ позволяет получить уникальный микрочип для молекулярно-генетической диагностики человека, принадлежащего к этнической группе, проживающей на определенной географической территории в течение долгого времени, и повысить точность и информативность исследования.

Способ получения ДНК-микрочипа для молекулярно-генетического исследования человека, проживающего на выбранной территории или в выбранной популяции, включает:

I) отбор мутаций и/или полиморфизмов, предусматривающий:

(a) отбор не менее 10% (от 10% до 95%) от общего количества мутаций и/или полиморфизмов, которые могут быть определены, имеющих частоту встречаемости у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей, превышающую в среднем общемировую встречаемость не менее чем в два раза (соотношение частоты встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции к среднемировой частоте составляет >2);

(b) отбор не менее 5% (от 5% до 90%) мутаций и/или полиморфизмов не должен встречаться у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей, отличных от выбранной;

(c) отбор не более 10% (от 0% до 10%) мутаций и/или полиморфизмов, имеющих среднемировую частоту встречаемости, более чем в два раза превышающую частоту встречаемости у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции людей (соотношение среднемировой частоты к частоте встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции >2);

(d) Отбор не более 5% (от 0% до 5%) мутаций и/или полиморфизмов, не встречающихся у этнических групп, проживающих на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции;

(e) отбор остальных мутаций и/или полиморфизмов (от 0-85%), встречающихся у этнических групп, проживающих на выбранной территории, или в выбранной популяции может быть равен в среднем общемировой или не может превышать ее более чем в два раза (соотношение частоты встречаемости у населения, проживающего на выбранной территории, или в выбранной популяции к среднемировой частоте составляет ≤2);

II) получение олигонуклеотидных зондов, содержащих ДНК-участки, позволяющие детектировать отобранные мутации и/или полиморфизмы;

III) нанесение олигонуклеотидных зондов на стеклянную пластину, покрытую аминосиланом или другим адгезивом нуклеиновых кислот, при этом одна из сторон пластины обработана таким образом, что распространение в ней лазерного луча происходит за счет эффекта полного внутреннего отражения.

Предпочтительно, чтобы зонды были подобраны таким образом, чтобы точно детектировать мутацию или полиморфизм, указанный как по смысловой, так и по антисмысловой цепи ДНК.

Для детекции мутаций и полиморфизмов зонды отбирают согласно следующим критериям:

- отсутствие внутренней вторичной структуры;

- способность участвовать в специфичной элонгации фрагментов генов, содержащих участки, позволяющие в дальнейшем идентифицировать мутации и полиморфные варианты генов.

Настоящее устройство микрочип может использоваться в составе комплекта для молекулярно-генетической диагностики на основе реакции элонгации праймеров на ДНК-микроматрицах.

Разработанный ДНК-микрочип в составе комплекта позволяет единовременно выявлять носительство мутаций и/или полиморфизмов, ассоциированных с наследственными заболеваниями, и применяется для молекулярно-генетической диагностики наследственных заболеваний; предрасположенности к мультифакторным заболеваниям, имеющим генетическую составляющую, и персональной генетически-детерминированной реакции на фармацевтические препараты.

Комплект для молекулярно-генетического исследования человека, проживающего на выбранной территории или в выбранной популяции, включает:

- Набор ферментов и реактивов для подготовки матрицы реакции элонгации праймеров на микрочипе (англ. Arrayed Primer Extention - APEX), состоящий из ДНК-полимеразы, раствора магния, растворов дизоксинуклеотидов, урацил-N-гликозилазы, щелочной фосфатазы креветки.

- Праймеры для реакции ПЦР мультиплексные

- Набор для очистки продуктов ПЦР

- Набор для реакции APEX: ДНК-полимеразы, раствора магния, растворов флуоресцентно меченных дидезоксинуклеотидов для элонгации цепи

- ДНК-микрочип, адаптированный для молекулярно-генетического исследования людей, проживающих на определенной географической территории.

Применение наборов на основе технологии APEX описано в US 20070134691.

В качестве метода анализа ДНК-микрочипа был выбран способ, описанный в EP 1088214, что позволяет повысить точность, упростить методику генетической диагностики и сделать ее экономически выгодной.

Способ молекулярно-генетического исследования человека, принадлежащего к этносу, проживающему на выбранной территории в течение долгого времени, или в выбранной популяции, предусматривает использование нового комплекта для диагностики и регистрацию результатов анализа путем сравнения интенсивности флуоресцентных сигналов, при облучении ДНК-микрочипа лазерами различной длины волны.

Осуществление изобретений

Осуществление заявленной группы изобретений приведено на примере разработки средств для диагностики и ее осуществления для популяции людей, проживающих на территории Российской Федерации, однако данный принцип может быть применен к любой территории или государству.

Перечень и последовательность зондов, содержащих участки, позволяющие в дальнейшем идентифицировать мутации и полиморфные варианты генов, указанные в Таблице 1, представлена в Таблице 2.

В качестве мутаций, относящихся к категории (a) алгоритма отбора, можно привести следующие:

Ген Нуклеотидная замена Заболевание CFTR c.489+1G>T Муковисцидоз PAH c.1222C>T Фенилкетонурия BTD c.98_104delGCGGCTGinsTCC Дефицит биотинидазы

В качестве мутаций, относящихся к категории (b) алгоритма отбора, можно привести следующие:

Ген Нуклеотидная замена Заболевание TCIRG1 c.807+5G>A Аутосомно-рецессивный остеопетроз VHL c.598A>C Аутосомно-рецессивный эритроцитоз GJB1 c.259C>G Болезнь Шарко-Мари-Тута, тип 1A

В качестве мутаций, относящихся к категории (с) алгоритма отбора, можно привести следующие:

Ген Нуклеотидная замена Заболевание IKBKAP c.IVS20+6T>C Семейная дисаутономия DHCR7 c.278С>T Синдром SLOS HEXA c.805+1G>A Болезнь Тея-Сакса

В качестве мутаций, относящихся к категории (d) алгоритма отбора, можно привести следующие:

Ген Нуклеотидная замена Заболевание SLC26A4 c.2168A>G Синдром Пендреда SLC26A4 IVS7AS, A-G, -2 Синдром Пендреда NPHS1 c.3325C>T Нефротический синдром финского типа

В качестве мутаций, относящихся к категории (e) алгоритма отбора, можно привести следующие:

Ген Нуклеотидная замена Заболевание MEFV c.2080A>Т Периодическая болезнь MTND1 c.3460G>A Атрофия зрительного нерва Лебера GJB2 c.35delG Нейросенсорная тугоухость

Микрочип отличается нуклеотидной последовательностью зондов, закрепленных на ДНК-микрочипе для прохождения реакции элонгации праймеров на чипе (англ. Arrayed Primer Extention - APEX). В ходе реакции амплифицированные и фрагментированные участки генома, содержащие анализируемые мутации, денатурируются и наносятся на ДНК-микрочип.

Заявленный ДНК-микрочип используется в составе комплекта (см. таблицу 3) для диагностики наследственных заболеваний, осуществляемой в несколько этапов:

1) Получение геномной ДНК человека непосредственно из клинического образца (цельной периферической или пуповинной крови, или эритроцитарной массы или другого биологического образца).

2) Амплификация участков ДНК, содержащих мутации и полиморфизмы с использованием специфично подобранных праймеров.

3) Очистка продуктов ПЦР.

4) Фрагментация продуктов ПЦР.

5) Гибридизация полученных одноцепочечных фрагментов на ДНК-микрочипе с последующим достраиванием зондов на один специфично-меченный флуоресцентным маркером нуклеотид в месте мутации. При этом в качестве матрицы используются образцы анализируемой ДНК.

6) Регистрация результатов анализа путем сравнения интенсивности свечения флуоресцентных сигналов, при облучении ДНК-микрочипа лазерами различной длины волны.

Проведение ПЦР и фрагментации ДНК

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) используется для амплификации (увеличения копийности) участков геномной ДНК, несущих целевые мутации или однонуклеотидные полиморфизмы (SNP).

Часть дТТФ заменяется в ПЦР-миксе на дУТФ, что обеспечивает возможность дальнейшей фрагментации с помощью Урацил N-Гликозилазы (UNG). Продукты ПЦР объединяют, концентрируют и очищают от не встроившихся дНТФ с помощью щелочной фосфатазы креветок (SAP). После обработки SAP и UNG образцы нагревают для инактивации ферментов и расщепления ДНК в месте встройки урацила. Фрагментация длинных продуктов ПЦР обеспечивает лучшую гибридизацию с комплементарными олигонуклеотидами, иммобилизованными на стекле.

Проведение реакции APEX

Непосредственно перед реакцией элонгации праймеров на чипе (англ. Arrayed Primer Extention - APEX) фрагментированные продукты ПЦР денатурируют и переносят в реакционной смеси на разработанный чип (массив олигонуклеотидов на стекле). Реакционная смесь содержит буфер, одноцепочечные ДНК, термостабильную ДНК-полимеразу и четыре различных, индивидуально меченных флуорофорами терминаторных нуклеотидов.

Матрицезависимая ДНК полимеразная реакция проводится при постепенно увеличивающейся температуре для того, чтобы минимизировать образования олигонуклеотидами нежелательных вторичных структур, кроме того, обеспечить эффективную гибридизацию с целевыми фрагментами ДНК и поддержать на высоком уровне активность полимеразы. После инкубации свободный и не присоединенный ковалентными связями материал отмывается, что обеспечивает наилучшее соотношение сигнал-шум.

Детекция

Обработанные слайды, несущие на себе массив олигонуклеотидов, прошедших реакцию APEX, сканируют в микрочиповом сканере Genorama® QuattroImager™ (см. EP 1088214). Четыре лазера (поодиночке) используют для возбуждения разных красителей. Четыре хорошо спектрально разделенных красителя возбуждают с помощью полного внутреннего отражения лазерного луча в толще стеклянного слайда, работающего как световод. Свет, излучаемый флуорофорами в ответ на возбуждение, регистрируют с помощью ПЗС-камеры.

Поскольку для каждой реакции используют четыре различных красителя, для каждого микрочипа снимают четыре различных изображения излученного света. Каждый снимок соответствует своему красителю, соответственно отражает паттерн встраивания на чипе одного из четырех терминаторных нуклеотидов.

Анализ изображений и информации.

Сканирование сопровождается анализом с помощью Genorama® Genotyping Software™ («лазерный диск для генотипирования») для перевода информации о паттерне флуоресценции в нуклеотидную последовательность. Сначала нормируются интенсивности сигналов соответствующих красителей нуклеотидов-терминаторов. Сравниваются интенсивности сигналов в каждой точке расположения олигонуклеотидов во всех четырех изображениях, и наиболее интенсивный сигнал интерпретируется как соответствующий нуклеотид. В зависимости от того, встраивание какого нуклеотида произошло в точке мутации, делают вывод о статусе ее носительства у конкретного пациента.

Таким образом, уникальный набор мутаций и полиморфизмов может быть генотипирован с помощью разработанного микрочипа.

Обеспечена высокая специфичность (98%) и чувствительность (96%) при использовании в составе комплекта данного микрочипа для генетической диагностики при помощи реакции элонгации праймеров на ДНК-микроматрицах.

Данный микрочип позволяет детектировать мутации и полиморфизмы, а также ассоциированные с ними наследственные моногенные заболевания и предрасположенности к мультифакторным заболеваниям, включая муковисцидоз в одном исследовании, приведенные в таблице 1. ДНК-микрочип сфокусирован на популяцию России и предназначен для диагностики наиболее частых мутаций, ассоциированных с наследственными заболеваниями, и наиболее частых полимофризмов, ассоциированных с предрасположенностью к мультифакторным болезням и распространенных на территории Российской Федерации.

Клинические примеры

Клинический пример 1.

Больная Р-ва. Материалом для скринингового исследования служил образец эритроцитарной массы пуповинной крови.

Нами было проведено молекулярно-генетическое типирование с помощью заявляемого ДНК-микрочипа на 216 мутаций.

С помощью предлагаемого ДНК-микрочипа у больной Р-вой была выявлена ассоциированная с галактоземией мутация в гомозиготной форме с.-119 del/del в гене GALT.

Клинический пример 2.

Больная К-ва. Материалом для скринингового исследования служил образец периферической крови.

Нами было проведено молекулярно-генетическое типирование с помощью заявляемого ДНК-микрочипа на 216 мутаций.

С помощью предлагаемого ДНК-микрочипа у больной К-вой была выявлена ассоциированная с наследственной нейропатией зрительного нерва Лебера мутация в митохондриальном геноме. m. 1527A в гене MTCYB.

Клинический пример 3.

Больной С-ян. Материалом для скринингового исследования служил образец эритроцитарной массы пуповинной крови.

Нами было проведено молекулярно-генетическое типирование с помощью заявляемого ДНК-микрочипа на 216 мутаций.

С помощью предлагаемого ДНК-микрочипа у больного С-яна была выявлена ассоциированная с периодической болезнью мутация в гомозиготной форме c.442C/C в гене MEFV.

ДНК-микрочип может применяться для молекулярно-генетической диагностики в больницах, клинико-диагностических лабораториях и научно-исследовательских институтах. Данные исследования позволят здоровым людям получить информацию о своих генетических особенностях для поддержания собственного здоровья, а также предупредить рождение в их семье детей с тяжелой наследственной патологией.

Таблица 1 Ген Мутация (тривиальное название) Нуклеотидная замена (по номенклатуре HGVS) Аминокислотная замена (по номенклатуре HGVS) Заболевание CFTR 394deltt c.262_263deltt p.Leu88Ilefs*22 Муковисцидоз CFTR 621+1G->T c.489+1G>T Муковисцидоз CFTR R334W c.1000C>T p.Arg334Trp Муковисцидоз CFTR G551D c.1652G>A p.Gly551Asp Муковисцидоз CFTR 2184dela c.2052dela р. Lys684Asnf*38 Муковисцидоз CFTR 2183AA->G c.2051_2052delaai nsg p.Lys684Serfs*38 Муковисцидоз CFTR 2184insa c.2052_2053insa p.Gln685Thrfs*4 Муковисцидоз CFTR S1196X c.3587C>G p.Ser1196* Муковисцидоз CFTR 3849+10kbc->T c.3717+12191C>T Муковисцидоз CFTR N1303K c.3909C>G p.Asn1303Lys Муковисцидоз CFTR I1005R c.3014T>G p.Ile1005Arg Муковисцидоз PAH c.1222C>T p.Arg408Trp Фенилкетонурия PAH c.842C>T p.Pro281Leu Фенилкетонурия PAH IVS12+1g->a c.1315+1G>A Фенилкетонурия PAH c.473G>A p.Arg158Gln Фенилкетонурия PAH c.754C>T p.Arg252Trp Фенилкетонурия PAH c.1045T>C p.Ser349Pro Фенилкетонурия PAH c.1242A>G p.Tyr414Cys Фенилкетонурия

PAH IVS10nt546 IVS10-11G>A Фенилкетонурия PAH IVS4+5G>T Фенилкетонурия PAH c.143T>C p.Leu48Ser Фенилкетонурия PAH c.1206C>T p.Ala403Val Фенилкетонурия PAH c.929C>T p.Arg243* Фенилкетонурия PAH c.781C>T p.Arg261* Фенилкетонурия PTS C.95A>G C.94A>G p.Ser32Gly Фенилкетонурия III типа PTS C.216Т>A C.216T>A p.Asn72Lys Фенилкетонурия III типа PTS c.318C>T C.317C>T p.Thr106Met Фенилкетонурия III типа GALT c.584Т>С c.584T>C p.Leu195Pro Галактоземия GALT c.384A>G c.855G>T p.Lys285Asn Галактоземия GALT -119_-116delgtca c.-119_-116delgtca Галактоземия GALT IVS2-2A>G c.253-2A>G Галактоземия FKRP c.341C>G p.Ala114Gly Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2I CAPN3 C.550dela p.Thr184fs* Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2A CAPN3 c.598-612del15 p.Phe200_Leu204del Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2A SGCG c.87 dupt p.Gly30Trpfs*30 Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2С

SGCG c.525delt p.Phe175Leufs*20 Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2C SGCG c.848G>A p.Cys283Tyr Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2C SGCB c.377_384dupca gtagga c.377_384dup8 p.Gly129Glnfs*2 Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2E SGCA c.229C>T p.Arg77Cys Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2D SGCA c.850C>T p.Arg284Cys Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2D MFN2 C.280C>T p.Arg94Trp Нейропатия Шарко-Мари-Тута 2A LMNA c.398G>T p.Arg133Leu Нейропатия Шарко-Мари-Тута2 B1 LMNA c.892C>T p.Arg298Cys Нейропатия Шарко-Мари-Тута2 B1 LMNA c.l411C>T p.Arg471Cys Нейропатия Шарко-Мари-Тута2 B1 LMNA c.1579C>T p.Arg527Cys Нейропатия Шарко-Мари-Тута2 B1

GJB1 c.259C>G p.Pro87Ala Нейропатия Шарко-Мари-Тута IX GJB1 c.425G>A p.Arg142Gln Нейропатия Шарко-Мари-Тута IX GJB1 c.67C>T c.64C>T p.Arg22* Нейропатия Шарко-Мари-Тута IX GJB1 c.277A>G p.Met93Val Нейропатия Шарко-Мари-Тута IX GDAP1 C.715C>T p.Leu239Phe SH3TC2 c.3325C>T p.Arg1109* Нейропатия Шарко-Мари-Тута 2H FIG4 c.122T>C p.Ile41Thr Нейропатия Шарко-Мари-Тута 4J FGD4 c.893T>G p.Met298Arg Нейропатия Шарко-Мари-Тута 4H FGD4 c.893T>C p.Met298Thr Нейропатия Шарко-Мари-Тута 4H IKBKAP c.IVS20+6T>C c.2204+6T>C Семейная дисаутономия IKBKAP c.2087G>С p.Arg696Pro Семейная дисаутономия BSCL2 Asn88Ser c.455A>G p.Asn152Ser Спастическая параплегия Сильвера TOR1A (DYT1) IVS4+5g->t c.748+5G>T Торсионная дистония ДОФА-независимая

PNKD c.66C>T c.20C>T p.Ala7Val Пароксизмальная некинезиогенная дискинезия PNKD c.72C>T c.26C>T p.Ala9Val Пароксизмальная некинезиогенная дискинезия CLCN1 Gly190Ser c.568_569GG>TC p.Gly190Ser Миотония Томсена CLCN1 Ala493Glu c.1478C>A p.Ala493Glu Миотония Томсена CLCN1 c.2680C>T p.Arg894* Миотония Томсена CLCN1 c.180+3A>T Миотония Томсена CLCN1 c.1261C>T p.Arg421Cys Миотония Томсена CLCN1 C1649c>T p.Thr550Met Миотония Томсена PEX7 c.875A>Т p.Leu292* Точечная хондродисплазия SCN4A c.3938C>T p.Thr1313Met Гиперкалиемический периодический паралич SCN4A c.2111C>T p.Tyr704Met Гиперкалиемический периодический паралич SCN4A c.2023C>G p.Arg675Gly Нормокалиемический периодический паралич SCN4A c.2006G>A p.Arg669His Гипокалиемический периодический параличи

NF1 c.1070T>C p.Leu357Pro Нейрофиброматоз I типа NF1 c.2970delaat c.2970del3 p.Met991del Нейрофиброматоз I типа ATP7B c.3207C>A p.H1069Q Болезнь Вильсона-Коновалова ATP7B c.2906G>A p.R969Q Болезнь Вильсона-Коновалова ATP7B c.2299insc c.2304insc p.m769fs Болезнь Вильсона-Коновалова ATP7B c.3532dela p.t1178fs* Болезнь Вильсона-Коновалова TCIRG1 c.807+5G>A Аутосомно-рецессивный остеопетроз VHL c.598C>T Arg200Trp Аутосомно-репессивный эритроцитоз LAMA3 c.151insg c.152dupg Ларинго-онихо-кутанный синдром NPHS1 Arg1109X c.3205C>T p.Arg1069X Нефротический синдром финского типа MEFV c.2080A>T p.Met694Leu Периодическая болезнь MEFV c.1437C>G p.Phe479Leu Периодическая болезнь MEFV c.2282G>A p.Arg761His Периодическая болезнь

DHCR7 c.278C>T p.Thr93Met Синдром SLOS DHCR7 c.453G>A p.Trp151* Синдром SLOS DHCR7 c.452G>A p.Trp151* Синдром SLOS DHCR7 c.976G>T p.Val326Leu Синдром SLOS ACADM c.985A>G p.Glu304Lys Дефицит MCAD GBA IVS2+1G>A c.115+1G>A Болезнь Гоше GAA IVS1AS-13T>G c.-32-13T>G Болезнь Помпе GAA c.271G>A p.Asp91Asn Болезнь Помпе IDUA c.296C>Т c.208C>T p.Gln70* Болезнь Гурлера HEXA Ex11, 4bp INS c.1278instatc p.Tyr427fs Болезнь Тея-Сакса HEXA IVS12+1G>C c.1421+1G>C Болезнь Тея-Сакса HEXA IVS9+1G>A c.1073+1G>A Болезнь Тея-Сакса HEXA c.1444G>A p.Gly482Lys Болезнь Тея-Сакса SERPINA1 E342K, (Z mut) c.1096G>A p.Glu366Lys Дефицит альфа-1-аминотрипсина SERPINA1 c.792 A>T (S mut) c.863A>T p.Glu288Val Дефицит альфа-1-аминотрипсина SERPINA1 p.Met358Arg c.1145T>G p.Met382Arg Дефицит альфа-1-аминотрипсина RYR1 c.1840C>T p.Arg614Cys Злокачественная гипертермия RYR1 c.1021G>A p.Gly341Arg Злокачественная гипертермия RYR1 c.6502G>A p.Val2168Met Злокачественная гипертермия CACNA1 c.3333G>A p.Arg1086His Злокачественная

S гипертермия ASPA c.854A>C p.Glu285Ala Болезнь Кэнаван SMPD1 p.Arg496Leu c.1487C>T p.Arg498Leu Болезнь Нимана-Пика AB SMPD1 Leu302Pro c.911T>C p.Leu304Pro Болезнь Нимана-Пика AB SMPD1 c.1267C>T p.His423Tyr Болезнь Нимана-Пика AB LCT c.-13910C>T c.1917+326C>T Непереносимость лактозы POLG c.2243G>C p.Trp748Ser Синдром истощения митохондриально и ДНК POLG c.752C>T p.Thr251Ile Синдром истощения митохондриально и ДНК SURF1 c.845-846 delct p.Ser282fs Синдром Лея SURF1 326insAT delTCTGCCAGCC c.311-321del10ins2 p.Leu105* Синдром Лея MTTL1 c.3252A>G c.3252A>G Синдром MELAS MTND5 c.13730A c.13730A Атрофия зрительного нерва Лебера MTND1 c.3460G>A c.3460G>A Атрофия зрительного нерва Лебера MTND4 c.11778G>A c.11778G>A Атрофия зрительного нерва Лебера MTND4L c.10663T>C c.10663T>C Атрофия зрительного нерва Лебера

MTND6 c.14459G>A c.14459G>A Атрофия зрительного нерва Лебера MTCO3 c.9438G>A c.9438G>A p.Gly78Ser Атрофия зрительного нерва Лебера MTCO3 c.9804G>A c.9804G>A p.Ala200Thr Атрофия зрительного нерва Лебера ABCA4 (ABCR) c.2588G>C p.Gly863Ala Болезнь Штаргардта 1 типа ABCA4 (ABCR) c.3113C>T p.Ala1038Val Болезнь Штаргардта 1 типа ABCA4 (ABCR) c.5882G>A p.Gly1961Glu Болезнь Штаргардта 1 типа OPA1 c.1334G>A p.Arg445His Атрофия зрительного нерва с глухотой OPA1 Tyr582Cys c.1756A>G Tp.yr619cys Атрофия зрительного нерва с глухотой COCH c.208C>T p.Pro51Ser Аутосомно-доминантная глухота GJB2 35delg c.31_35delg p.Gly12fs Наследственная тугоухость GJB2 IVS1+1G>A (-3201G>A) c.-23+1G>A Наследственная тугоухость GJB2 312_325del14 c.313_326del14 p.Arg104fs Наследственная тугоухость SLC26A4 c.1246A>C p.Thr416Pro Синдром Пендреда

SLC26A4 c.2168A>G p.His723Arg Синдром Пендреда SLC26A4 IVS7AS, A-G, -2 c.919-2A>G Синдром Пендреда SLC26A4 c.1151A>G p.Glu384Gly Синдром Пендреда ADA c.631C>T p.Arg211Cys Дефицит аденозин-дезаминазы HBB c.25_26delaa p.Lys9fs* Бета-талассемия HBB IVS-II-1 (G->A) c.315+1G>A Бета-талассемия HBB IVS-I-110 (G->A) c.93-21G>A Бета-талассемия HBB IVS-I-6 (T->C) c.92+6T>C Бета-талассемия HBB Codon 44 (-C) c.135delc p.Ser45fs* Бета-талассемия HBB IVS-II-745 (C->G) c.316-106C>G Бета-талассемия HBB Codons 8/9(+G) c.27_28insg Бета-талассемия HBB IVS-I-1 (G->A) c.92+1G>A Бета-талассемия ABCD1 c.1411_12insa p.Gln472fs*555 Адренолейкодистрофия ABCD1 Arg617His c.1520G>A p.Arg617His Адренолейкодистрофия ABCD1 c.1553G>A p.Arg518Gln Адренолейкодистрофия ABCD1 c.1661G>A p.Arg554His Адренолейкодистрофия ABCD1 Arg660Trp c.19780Т p.Arg660Trp Адренолейкодистрофия

HMBS c.499C>T p.Arg167Trp Острая перемежающаяся порфирия HMBS c.518G>A p.Arg173Gln Острая перемежающаяся порфирия HMBS c.331G>A p.Gly111Arg Острая перемежающаяся порфирия KCNQ1 IVS1+1G>A 386+1G>A LQT синдром PRNP c.598G>A p.Glu200Lys Наследственные прионные болезни SLC26A2 c.835C>T p.Arg279Trp Диастрофическая дисплазия FLG 4-BP DEL, 2282CAGT c.2282 del4 p.Val762fs* Ихтиоз вульгарный PKHD1 c.107C>T p.Thr36Met Поликистоз почек аутосомно-рецессивный LMNA c.1445G>A p.Arg482Gln Семейная частичная липодистрофия, тип Данниган LMNA c.1445G>T p.Arg482Leu Семейная частичная липодистрофия, тип Данниган LMNA c.1751G>A p.Arg584His Семейная частичная липодистрофия, тип Данниган AGT c.803T>C p.Met268Thr Предрасположенность к поздним гестозам FGB c.-467G>A c.-463G>A Предрасположенность к инсульту

FGB c.-156C>T Предрасположены ость к инсульту F2 c.*97G>A G.25313G>A Предрасположенность к тромбофилии F5 c.1601G>A p.Arg534Gln Предрасположенность к тромбофилии MTHFR c.665C>T p.Ala222Val Предрасположенность к тромбофилии MTR c.2756A>G p.Asp919Gly Предрасположенность к тромбофилии CALCR Pro447Leu c.1442T>C p.Leu481Pro Предрасположенность к остеопорозу GSTP1 c.313A>G p.Ile105Val Регуляция детоксикации ксенобиотиков NAT-2 c.341T>C p.Ile114Thr Регуляция детоксикации ксенобиотиков NAT-2 c.481C>T p.Leu161Leu Регуляция детоксикации ксенобиотиков NAT-2 c.590G>A p.Arg197Gln Регуляция детоксикации ксенобиотиков CYP2C9 c.817dela p.Lys273fs* Регуляция метаболизма варфарина CYP4F2 c.1297G>A p.Val433Met Регуляция метаболизма варфарина

GGCX c.2084+45G>C Регуляция метаболизма варфарина NOD2 c.2722G>C p.Gly908Arg Болезнь Крона NOD2 c.3019_3020insc p.Leu1007fs* Болезнь Крона DLG5 c.419G>A p.Arg140Gln Болезнь Крона ALDH2 c.1510G>A p.Glu504Lys Регуляция метаболизма алкоголя ADH1B c.143A>G p.His48Arg Регуляция метаболизма алкоголя OPRM1 c.118A>G p.Asn40Asp Регуляция метаболизма опиатов ANKK1 c.2137G>A p.Glu713Lys Регуляция метаболизма опиатов HFE c.187C>G p.His63Asp Гемохроматоз HFE C.845G>A p.Cys282Tyr Гемохроматоз CSTB (STFB) Болезнь Унферрихта-Лундборга FGFR2 c.1025G>A p.Cys342Tyr Синдром Крузона FGFR2 c.758C>G p.Pro253Arg Синдром Пфайфера BTD c.98_104delGCGGCTGINSTCC c.98_104delGCGGCTGinsTCC p.Cys33fs* Дефицит биотинидазы BTD C.16120Т p.Arg538Cys Дефицит биотинидазы

BTD c.511G>A p.Ala171Thr Дефицит биотинидазы PPT1 c.364A>T p.Arg122Trp Нейрональный цероидный липофусциноз 1 типа DYSF c.855+1delg Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B DYSF c.937+1G>A Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B DYSF c.1566C>G p.Tyr522* Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B DYSF c.3373delg p.Glu1125Lysfs*9 Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B DYSF c.4872_4876delins cccc p.Glu1624Aspfs*9 Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B DYSF c.5979dupa p.Glu1994Argfs*3 Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B DYSF c.6124C>T p.Arg2042Cys Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B DYSF c.200_201delinsat p.Val67Asp Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B

CFTR c.276G>C p.Glu92Asp Поясно-конечностная мышечная дистрофия тип 2B CSTB (STFB) c.del313-314 c.del313-314 Болезнь Унферрихта-Лундборга CCR5 Delta_32 Delta_32 Регуляция проникновения ВИЧ в клетку CCR5 c.303T>A c.303T>A p.Cys101* Регуляция проникновения ВИЧ в клетку CCR5 c.-22459A>G c.-22459A>G Регуляция проникновения ВИЧ в клетку SRY1 (sy14) del SY14 Мужское бесплодие AZFC Sy254 del SY254 Мужское бесплодие AZFA Sy84 del SY84 Мужское бесплодие AZFB Sy1237 del SY1237 Мужское бесплодие AZFB SY1235 del SY1235 Мужское бесплодие AZFB SY1302 del SY1302 Мужское бесплодие AZFA SY1316 del SY1316 Мужское бесплодие AZFC Sy1196 del SY1196 Мужское бесплодие AZFC Sy1191 del SY1191 Мужское бесплодие

AZF SRY1-6 del SY1-6 Мужское бесплодие AZFC Sy1125 del SY1125 Мужское бесплодие AZFC Sy1206 del SY1206 Мужское бесплодие

Таблица 2 Последовательность зондов, закрепленных на ДНК-микрочипе. Ген Нуклеотидная замена (по номенклатуре HGVS) Смысловой зонд для реакции APEX Антисмысловой зонд для реакции APEX CFTR c.262_263delTT ATGTTTTTTCTGGAGATTTATGTTCTATGGAATCTTT TGAATGTACAAATGAGATCCTTACCCCTAAATATAAA CFTR c.489+1G>T CAGATGAGAATAGCTATGTTTAGTTTGATTTATAAGAAG ATGGGGCCTGTGCAAGGAAGTATTA CFTR c.1000C>T CCAAGTTTGCAGAGAAAGACAATATAGTTCTT AATGAGATGGTGGTGAATATTTTCC CFTR c.1652G>A GAAGGTGGAATCACACTGAGTGGAG TGCTAAAGAAATTCTTGCTCGTTGA CFTR c.2052delA CTGTCTCCTGGACAGAAACAAAAAA CAAACTCTCCAGTCTGTTTAGAAGATTG CFTR c.2051_2052delA AinsG GCTCCTGTCTCCTGGACAGAAACAAAAA CAAACTCTCCAGTCTGTTTAAAAGATTG CFTR c.2052_2053insA TGTCTCCTGGACAGAAACAAAAAAA CTCTCCAGTCTGTTTAAAAGATTGTTTTTTT CFTR c.35870G CAACTCTCGAAAGTTATGATTATTGAGAATT CCAGATGTCATCTTTCTTCACGTGT CFTR c.3717+12191C>T TCCATCTGTTGCAGTATTAAAATGG CATTTCCTTTCAGGGTGTCTTACTC CFTR c.3909C>G GAAAGTATTTATTCTTTCTGGAACATTTAGAAAAAA CACTCCACTGTTCATAGGGATCCAA CFTR c.3014T>G TTGTTATTAATTGTGATTGGAGCTA GGGTTCTAAAACTGCGACAACTGCT PAH c.1222C>T TAGGAACTTTGCTGCCACAATACCT GTCGTAGCGAACTGAGAAGGGCC

PAH c.842C>T GATTTCTTGGGTGTCCTGGCCTTCC GTCTGATGTACTGTGTGCTGTGGAAGACT PAH c.1315+1G>A GCTTAAGATTTTGGCTGATTCCATTAACA GAGTGGCCTCGTCAGGTGTAAATTACTTA PAH c.473G>A AAAGATCCTGTGTACCGTGCAAGAC GTAGGCAATGTCAGCAAACTGCTTC PAH c.754C>T TGGCTGGCCTGCTTTCCTCT CACGCCACCCAAGAAATCCC PAH c.1045Т>С GGATATGGTGCTGGGCTCCTG GGTCATACCTGTAATTCACCAAAGGATG PAH c.1242A>G TCGGCCCTTCTCAGTTCGCT AATCCTTTGGGTGTATGGGTCG PAH IVS10-11G>A TGATCCTGATTTAACAGTGATAATAACTTTTCACTT TTCTCTGATAAGCAGTACTGTAGGCCC PAH IVS4+5G>T GCAAGACGGAAGCAGTTTGCTGGTGA ATCTCATCCTACGGGCCATGGA PAH c.143Т>С CTCACTCAAAGAAGAAGTTGGTGCAT CTCAAATAAGCGCAATACTTTGGCC PAH c.1206C>T CATGAAAAGTACTGTGGCTACCATGAA AGGGCCGAGGTATTGTGGCA PAH c.929C>T CCCAGCTTGCACTGGTTTCCGCCTC GAGGAAAGCAGGCCAGCTACAGGTC PAH c.781C>T TTCTTGGGTGTCCTGGCCTTC TGATGTACTGTGTGCAGTGGAAGACTC PTS c.94A>G TGACTTTTTTTTTTTTTTTTGGTCAGTAAATTTCTA CCAAACAGTTTCAAGTTTTCTTCATCAC PTS c.216Т>A CCTGCTACGGGAATGGTTATGAA ACGTCCATATATTTTTTGAGATCAGCCAG

PTS c.317C>T TTTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTCTTATAGCA TCCCACATATAAACAGCTACATTTTCAGTC GALT c.584T>C ACAGGTATGGGCCAGCAGTTTCC CCTCACACTGGGCAATATCTGGC GALT c.855G>T CCATCATGAAGAAGCTCTTGACCAA GAAAGGACGTCTCAAAGAGGTTGTCATA GALT c.-119_-116delGTCA CAGGGCAGCCCAGTCAGTCA TGACCAGCCGCCAGCACG GALT c.253-2A>G GTGCTTCTAGCCTATCCTTGTCGGT GTGCTATCGTACTGGGGATTCACC FKRP c.341C>G TGAACCGGCCAGCCGCAG TAGGTCTCCGGGCGCGAG TGGACCGGCAAGCCGCAG CAPN3 c.550delA GTGGTTATAGATGACTGCCTGCCA GGTGAAAACCAGTTGATTGTTGTACGT CAPN3 c.598-612del15 CAAGTCCAACCACCGCAATGAG GCTTACTTAGCATAAGCCTTCTCCAGC SGCG c.87 dupT TTTTGTTTAGGGCCTGAAGGGGCTCTTTT CAAGGGGTGTCTCCACTGAATGTTCAAAA SGCG c.525delT GAGAATCAGTATGTCTACAAAATTGGCATTTAT AGACAGCGCTTTCTCCAGCCA SGCG c.848G>A CCGGTGTGAGCACCACGT CAGATGTGGTTGTGCTCCTGG SGCB c.377_384dup8 ATCCACCCTGTTTATAAAAGCACAGTAGGA AATTTTCATTTCGCCTTCCTCCTACTGT SGCA c.229C>T GACCTGCCCCGGTGGCTC GGCTGCGGTGGGTGTAGC SGCA c.850C>T ACCCACTGAGGCCCCAGAC CCAGAGCATCCACCAAGAAGTCAC MFN2 c.280C>T AGAAGCATCAGTGAGGTGCTGGCTC AAACCCACTTTCATGTGCCTCC

LMNA c.398G>T TGACCTGATAGCTGCTCAGGCTC AGACCCTCCAGGTCCTTCAGC LMNA c.892C>T CTGCAGCAATCGCGCATC GCCAGAGAGGCTGTCGATGC LMNA c.1411C>T CATGGGGAATTGGCAGATCAAG CAAGGGATCATCTCCATTCTGGC LMNA c.1579C>T GGGCTGCGGGAAAAGCCTG CAGTGGAGTTGATGAGAGCCGTAC GJB1 c.259C>G TGCAGCTCATCCTAGTTTCCACC CATGGCGACGAGGAGAGCTG GJB1 c.425G>A CTATGTCATCAGCGTGGTGTTCC ATGAAGACGTCCTCAAACAACAGC GJB1 c.64C>T CGGCATTCTACTGACATTGGC GATGAAGATGACCGAAAGCCATACTC GJB1 c.277A>G CCAGCTCTCCTCGTGGCC GCTGGTGAGCCACGTGCA GDAP1 c.715C>T GAAGAGGGCGAGCAACCTTGG AGGGTGAAGGATTCACCGCAGA SH3TC2 c.3325C>T ACAGGCATCATGCAGTCGAGTACTAC GCAAACTGCACAGCTTGCACTTACTC FIG4 c.122T>C GCAGAAACGAAATATCGTGTGTTGAAGA TGACCAAATCTTTTGGTTCTGTTCTATCA FGD4 c.893T>G TCAGAAATTGGCACCATTCCTTAAGA GCATTATCAAATCCTTTCACATATTCTCCATAC FGD4 c.893T>C TCAGAAATTGGCACCATTCCTTAAGA GCATTATCAAATCCTTTCACATATTCTCCATAC IKBKAP c.2204+6T>C ATTCGGAAGTGGTTGGACAAGTAAG AACTAGTCGCAAACAGTACAATGGC IKBKAP c.2087G>C CTGCGGAAAGTGGAGAGGGGTTCAC GTCCTGGGGCACAACAGTGACAATC

BSCL2 c.455A>G TCTGCTCCTTCCCTGTTGCCA GTCCACCCTTAGTCAGCGAGACA TOR1A (DYT1) c.748+5G>T GTGTCGGTTTTGAATAACAAGAACAGTGA CAGGCGGTGGATGGCCCTA PNKD c.20C>T CATGGTGGCGGTGGTAGCTG CGGCCCTTCAGCGCCGTA PNKD c.26C>T CGGCGTTGGTAGCTGCTACGG GCCCCCCGGACCTTCAGC CLCN1 c.568_569GG>TC CACATAATCTTTCAACGCTTTTAGGCTCT GATGTATTGTCTTCATTTCGGGGATT CLCN1 c.1478C>A CTTCCTTTTATCTTCCCTCTAGGAGCTG CATGATTTCTCCTACCAGCCTTCCAAAT CLCN1 c.2680C>T AGCTTCCGGAACACGACTTCAACT GCAGGTGCCCCGGTACTCTTTC CLCN1 c.180+3A>T AACGTCCAGCCCACACAGGT CTCCCCTCTCCCCTTAGAGCACTT CLCN1 c.1261C>T CTTCCTCTCCCAGTTGATGCCC GTCAAACAAAGTACTGATGGCTTCGC CLCN1 c1649C>T CACAGCTGTGATTTGCATCGAATTAA CAGCATGTGAGCAATCTGACCC PEX7 c.875A>T TGGAGCATCATACAGAGTTTACTTGTGGTT TGAGTGGGGCTCTGAATACTGAAGTCT SCN4A c.3938C>T TACTTAGGGGGGAAAGACATCTTTATGA TCATGTCGTTATAGTATTTCTTCTGTTCCTCC SCN4A c.2111C>T GGGGCGCTGGGTAACCTGA AACACGATGATAGCCAGCACCAGC SCN4A c.2023C>G CCTCCCTGCTTGGCAGCTG CGACTTGACCAGCTTGAAGACCC SCN4A c.2006G>A CCAACATACAGGGACTGTCTGTGCTAC GGTTTTGTGTACCAGACGGAAGGAG

NF1 c.1070T>C TTTTCTGTTGGGGTTTTTATAGAACCTGC CCTCTTGAGAATGGCTTACTTGGATTAAAA NF1 c.2970del3 CATCTAGGGCAAGCTAGCATTGAAAC AGTAGAATGCTTACCTGACCAGATTTAACATC ATP7B c.3207C>A GACTGCGGAGGCCAGCAGTGAACA TGGTGACTGCCACGACCAAGGG ATP7B c.2906G>A CACATCTCCCAGACAGAGGTGATCATCC CGTGATGGACGTCTGGAAAGCAAAC ATP7B c.2304insC ACATTCTTCGACACGCCCCCC AATGAACACAAAGAGCATGGGGGG ATP7B c.3532delA GACAGACCACGAGATGAAAGGACAG GTCAATAGCCACAAGGATGGCTG LAMA3 c.152dupG GTCAAAGTCAACTGCAAGCGAGTTATG GTTACCTGGCTGGGTCTAAACTCCAC NPHS1 c.3205C>T TCATCCTGGAAGGTTGGAAGAGGAC GGCTCTCCTCATATTCGTTCCTGACTC MEFV c.2080A>T GAATGGCTACTGGGTGGTGATAATG GACGCCTGGTACTCATTTTCCTTCA MEFV c.1437C>G ACTTCCTGGAGCAGCAAGAGCATTT CCACGTCCTCCAGTGAGGCCACAAA MEFV c.2282G>A CAACCTATCTTCAGCCCTGGGACAC AGGAGCTGTGTTCTTCCCTCCATCA DHCR7 c.278C>T ATCTGGGCCAAGACTCCACCTATAA GGTATAGATCTGGGCGGCTTTCCTC DHCR7 c.453G>A ATTAGATCAATGGCCTGCAAGCCTG AAACCAGAGCAGGTGCGTGAGGAG DHCR7 c.452G>A TATCAGATCAACGGCCTGCAAGCCT AACCAGAGCAGGTGCGTGAGGAGC DHCR7 c.976G>T GCCCCCTAGGGTCTGTACTTG CAGCTGCACGGGGTGGTACA

ACADM c.985A>G ATTTATGCTGGCTGAAATGGCAATG CTCTCTGGTAACTCATTCTAGCTAGTTCAACTT GBA c.115+1G>A CTTCAGGCAGTGTCGTGGGCATCAG CCTCCCCACTGCCTTGACTCACTCA GAA c.-32-13T>G CTCCCTGCTGAGCCCGCTT TCCTACAGGCCTGCGGGAGAAG GAA c.271G>A CCCCCCCAACAGCCGCTTC GCCTTGTCAGGGGCGCAAT IDUA c.208C>T TGACCAGTACTTCCTCAGCTGGGAC CACATAGGCGAGGTTGAGCTGCT HEXA c.1278insTATC GCCCCCTGGTACCTGAACCGTATATC TCCTTCCAGTCAGGGCCATAGGATA HEXA c.1421+1G>C ACACAAACCTGGTCCCAAGGCTCTG CCACCTCCCCCCCGAAAACCCTTA HEXA c.1073+1G>A AGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGAC GACCCCACCCACCCTCCTTCCTTCCTCA HEXA c.1444G>A CCAGAGCAGGTGCTGTTGCC GTCTACTTGTTGCTCCACAGCCTTT SERPINA1 c.1096G>A TGCATAAGGCTGTGCTGACCATCGAC CCCCAGCAGCTTCAGTCCCTTTCT SERPINA1 c.863A>T TGATGAGGGGAAACTACAGCACCTGG TTGGTGATGATATCGTGGGTGAGTTCATTT SERPINA1 c.1145T>G GCCATGTTTTTAGAGGCCATACCCA GAACTTGACCTCGGGGGGGATAGAC RYR1 c.18400T CAGTGTGTGTGTAATGGTGTGGCTGTA AGTTCTCAGTAATAAGATCTTGGTTGGAGC RYR1 c.1021G>A TGGGCCCCCCTGAGATCAAGTAC CTGCACCAAGCACAGTGACTCCC RYR1 c.6502G>A CAAATCCGCTCGCTGCTCATC TCCTGGGGGCCCATCTGCA

CACNA1S c.3333G>A ACCTGTCCTCTTGTATGTGTCACAGC CTTTCAGGGCATACTGTACACATTGG ASPA c.854A>C ACCGTGTACCCCGTGTTTGTGAATG TTCTTTCTTTTCGTAATATGCGGCC SMPD1 c.1487C>T CAGCCCCACATCCTTGCAAGTTACC GGAGTAGTTTCCATCTATTTGGTACACA SMPD1 c.911T>C GGCCCTGACCACCGTCACAGCAC CACTGGCCCCAGGAACTTCCTCACA SMPD1 c.1267C>T TGATTACGATCCTTAATTCTCCCTACTAGGTG CCTGGGGGAATGTGGCCAATTATAT LCT c.1917+326C>T TGCGCTGGCAATACAGATAAGATAATGTAG GAGGAGAGTTCCTTTGAGGCCAGGG POLG c.2243G>C GACGTGGACATCCCTGGCTGCT ACCTTGTGAGGCAGCTTGAAAAAC POLG c.752C>T CCTCATCCCCCTGGAGGTCCCTA GGGTGGGGCTGCTTGCACCA SURF1 c.845-846 delCT TTGCTTTCAACCCCTAGGTATGGACTCT AAACCACAGGTAGGATGTAGCTGCAGAG SURF1 c.311-321del10ins2 GAGTTCTGGCTGAGCCTGTCCC GGGGCAGCCATGCACTCACTC MTTL1 c.3252A>G TTTGTTAAGATGGCAGAGCCCGGTA ACCTGTGACTGTAAAGTTTTAAGTTTTATGCGA MTND5 c.13730A CAGCCGGAAGCCTATTCGCAG CGGGGGAAATGTTGTTAGTAATGAGAAAT MTND1 c.3460G>A GGGCTACTACAACCCTTCGCTGAC GGGGCTCTTTGGTGAAGAGTTTTATGG MTND4 c.11778G>A AAACTCAAACTACCAACGCACTCACAGTC TTTGAAGTCCTTGAGAGAGGATTATGATG

MTND4L c.10663Т>С TAGCCAATATTGTGCCTATTGCCATACTAG TGTTTCGCAGGCGGCAAAG MTND6 c.14459G>A ATGCCTCAGCATACTCCTCAATAGCCATC GGAATGATGGTTGTCTTTGGATATACTACAG МТСО3 c.9438G>A ACCACACACCACCTGTCCAAAAA TAATAAATAGGATTATCCCGTATCGAAGGC МТСО3 c.9804G>A GCATCTCCGGCTCAACATTTTTTGTA TGAAGTCCGTGGAAGCCTGTGG ABCA4 (ABCR) c.2588G>C CGTTCGACTTTCTCTGTTTATTTGTCTCTATTTTTAG CCAAGGAAGTGGGGTTCCATAGTCT ABCA4 (ABCR) c.3113C>T CCCAGCTGAAAGGAAAGTCCCAGGAGGAGG CAACATGGCTTCCATCTCAAGCTGG ABCA4 (ABCR) c.5882G>A CCAGCCCAGCAGTGGAGAGGCTGTGTGTCG AGTACCCACCTCTCCAGGGCGAACT OPA1 c.1334G>A TCAAATGGATCTGTGGATGCTGAAC ATTTGCCTGACCAAGTCTGTAACAATACTG OPA1 c.1756A>G TTTTAACCTTGAAACTGAATGGAAGAATAACT TCAAGTTACCGCAGGCGAGGA TCIRG1 c.807+5G>A AGCTAGGAGCTGCAGGAGGTGG TCCGGAAGGCCGGGGGCA VHL c.598C>T CCAAATGTGCAGAAAGACCTGGAG AATGCGCTCCTGTGTCAGCC СОСН c.208C>T GGAAAGAGAAAACAGATGTCCTCTGC CCTCAAGAGGGAAGCCCCCTG GJB2 c.31_35delG GGCACGCTGCAGACGATCCTGGGGG GTGGAaTGTTTGTTCACACCCCC GJB2 c.-23+1G>A CCGCCaCGCTTCCTCCCGACGCAG GCAGTCCGGGGCCGGCGGGCTCA

GJB2 c.313_326del14 CTACCGGAGACATGAGAAGAAGAGG GATGTCCTTAAATTCACTCTTTATCTCCCC SLC26A4 c.1246A>C CCGCACaGCCGTCCAGGAGAGC GTTCCTACCTGTGTCTTTCCTCCAG SLC26A4 c.2168A>G GAAAGGACACATTCTTTTTGACGGTCC CACTTGGTTCTGTAGATAGAGTATAGCATCA SLC26A4 c.919-2A>G GAGTTTTTAACATCTTTTGTTTTATTTC TATGAAATGGCAGTAGCAATTATCGTC SLC26A4 c.1151A>G CGTTGTCATCCAGTCTCTTCCTTAGG TGCTGATCCCAAAGGCAATGAAT ADA c.631C>T AGGCTTTGAAGAGCGGCATTCAC CCTCCCCGGCGTGGACAGTAC HBB c.25_26delAA TGGTGCATCTGAATCCTGAGGAG CCCACAGGGCAGTAACGGCAGAC HBB c.315+1G>A GCACGTGGATCTTGAGAACTTCAGG AAACATCAAGGGTCCCATAGACTCA HBB c.93-21G>A GCACTGACTCTCTCTGCCTATT GCAGCCTAAGGGTGGGAAAATAGAC HBB c.92+6T>C GGTGGTGAGGCACTGGGCAGGTTGG CTTAAACCTGTCTTGTAACCTTGAT HBB c.135delC CTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTC ATCAGGAGTGGACAGATCCCCAAAG HBB c.316-106C>G TTCATATTGCTAATAGCAGCTACAATCCAG TCCCAACCATAAAATAAAAGCAGAATGGTA HBB c.27_28insG ACCATGGTGCACCTGACTCCTGAGGAGAAG ACCTTGCCCCACAGGGCAGTAACGGCAGAC HBB c.92+1G>A AAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAG ACCTGTCTTGTAACCTTGATACCAA

ABCD1 c.1411_12insA GGCCAGGTGGTGGATGTGGAA TGTTCTCGCAGATGATCCCCTGTT ABCD1 c.1520G>A AAGCAGAGAATCGGCATGGCCC GGAGTGCTCACCTGTGGTAGAACATG ABCD1 c.1553G>A TGCAGCAAGAGCTCCCTGTTCC GCCAGAGCCCACCCAGGATC ABCD1 c.1661G>A CCTACATGTCTGTGGGCTCCCTGC GAGTCCGGGTAGATCACCTGGTCA ABCD1 c.1978C>T GCCCTGCTCTCCATCACCCAC GCACCTACCACAGGGAGGGCC HMBS c.499C>T CTGTGGTCTTTAGCAACTCTCCACAG GCCGTGTGTTGAGGTTTCCCC HMBS c.518G>A CAGCGGAGAAACCTCAACACCC CTGCTCGTCCAGTTTCCGAAGC HMBS c.331G>A TGCTTCCTCCTGGCTTCACCATC GCAAGACTCTTACTTGCAGATGGCTC KCNQ1 386+1G>A TGCTTCGTTTACCACTTCGCCGT TCGCCGGTGGCGATACTCA PRNP c.598G>A CACCAAGGGGGAGAACTTCACC CGCTCCATCATCTTAACGTCGGTCT SLC26A2 c.835C>T CAAATATCTTCTTGGGCTCAACCTTCCT ATGAGTGAGCCCACACCATTAGTCC FLG c.2282 del4 GGGACATTCAGAAGACTCAGACACACAGT AGCCTGTCTATGGCCTGACACTG PKHD1 c.107C>T AAGAAGGTAGCCTTGCAGGGGGAA CCTACCATCAAAAATGACTGTGATCCAC LMNA c.1445G>A GAATGTAGATGATCCCTTGCTGACTTACC TCAGGGTGAACTTTGGTGGGAAC LMNA c.1445G>T GAATGTAGATGATCCCTTGCTGACTTACC TCAGGGTGAACTTTGGTGGGAAC LMNA c.1751G>A GCTGAGTACAACCTGCGCTCGC AGGTCCCGCACAGCACGGTG

AGT c.803T>C TGGAAGACTGGCTGCTCCCTGA GGTGCTGTCCACACTGGCTCCC FGB c.-463G>A GATAAACACATGATGATATAACATTACTATTGATTTTAAT ACAATGACATAATTCTATTTCAAAAGGGGC FGB c.-156C>T AGACCAACAAAGAATAATAGTTGTATGACAAGTAAATAAG TCATTTAAGCAACATCTTCCCAGCAAA F2 g.25313G>A TATGGTTCCCAATAAAAGTGACTCTCAGC GAATAGCACTGGGAGCATTGAGGCT F5 c.1601G>A TGTAAGAGCAGATCCCCGGACAGGC TTACTTCAAGGACAAAACACCTGTATTCCT MTHFR c.665C>T TTGAAGGAGAAGGTGTCTGCGGGAG CAAAGAAAAGCTGAGTGATGATGAAATCG MTR c.2756A>G AAATCATGGAAGAATATGAAGATATTAGACAGG CTACCACTTACCTTGAGAGACTCATAATGG CALCR c.1442T>C CCAATTTACATCTGCCATCAGGAGC TTGGTTGTTGGCTGGTTCATTCCTC GSTP1 c.313A>G GGAGGACCTCCGCTGCAAATAC TCACATAGTTGGTGTAGATGAGGGAGA NAT-2 c.341T>C TCACCTTCTCCTGCAGGTGACCA CGACAATGTAATTCCTGCCGTCA NAT-2 c.481C>T TGCTTGACAGAAGAGAGAGGAATCTGGTAC ACTGCTCTCTCCTGATTTGGTCCA NAT-2 c.590G>A CACCAAAAAATATACTTATTTACGCTTGAACCTC AGGTATGTATTCATAGACTCAAAATCTTCAATTGTT CYP2C9 c.817delA GATTGCTTCCTGATGAAAATGGAGA GCGGTCACATAACTAAGCTTTTGTTTACATTTTACCT

CYP4F2 c.1297G>A CGGAACCCATCACAACCCAGCT ACCTCAGGGTCCGGCCACA GGCX c.2084+45G>C TTGTCATTGACATCATATGTTGGCAA CTCTCCCCAGGGGAAAGTTACCAAG NOD2 c.2722G>C GACTCTTTTGGCCTTTTCAGATTCTGG CCCTCGTCACCCACTCTGTTGC NOD2 c.3019_3020insC AAGCCCTCCTGCAGGCCC GATGGTGTCATTGCTTTCAAGGG DLG5 c.419G>A CACCACCCCTCCTCACTGACC GGTTCTCCACCTTCTCATTCACTTGC ALDH2 c.1510G>A GAGTACGGGCTGCTGGCATACACT AGGTCCCACACTCACAGTTTTCACTT ADH1B c.143A>G TCTGTAGATGGTGGCTGTAGGAATCTGTC TGCCACTAACCACGTGGTCATCTGTG OPRM1 c.118A>G GGGTCAACTTGTCCCACTTAGATGGC GATCGCATGGGTCGGACAGGT ANKK1 c.2137G>A ACAGCCATCCTCAAAGTGCTGGTC GTCCAGCTGGGCGCCTGCCT HFE c.187C>G TGACCAGCTGTTCGTGTTCTATGAT CGGGGCTCCACACGGCGACTCTCAT HFE c.845G>A CCTGGGGAAGAGCAGAGATATACGT ATCTAGGCCTGGGTGCTCCACCTGG CSTB (STFB) GCGACGAGGACTTCGTACACCTG GTTTTCATGATGGAGAGATTGGAACACTC FGFR2 c.1025G>A TTTGAGGACGCTGGGGAATATACGT TATCCCAATAGAATTACCCGCCAAG FGFR2 c.758C>G CCTCTCTCCACCAGAGAGATCGC CTTGGAGGATGGGCCGGTGA BTD c.98_104delGCGGCTGinsTCC AGCCAAAAGTAAGCTTGCTCTTTTCCTCT CTCCCAGGGCAACCACGTAA

BTD c.1612C>T GTGACGGCGGCTCTCTATGGG CACACTTTTCCTAGTCCCTCTCATACAAGC BTD c.511G>A CATCAGGGGAGATATGTTCTTGGTG CAAGGCTCCTTTGTCTCAAGATTGG PPT1 c.364A>T AATGGCATCTCTGAGCCACTGCCC CGGAGCTAAAACTCTCTTTTATTCCGTAGG DYSF c.855+1delG TGTTTGATGAGCCCATCTTTATCACG CGGAGAACACTTTGACTGCTGAGACATAC DYSF c.937+1G>A TGTGCACCATTTACAGAGAGCCCC TACGGCCAAAGTGGAGAGAACTCA DYSF c.1566C>G TCCCCACTTTTGGGCCCTGCTA CTCTGGGACTGCCATAGAGGTTGAT DYSF c.3373delG CGGCGTGATGGATGACAAGAGT AAGGTGGAGACGGACATGGAATCTT DYSF c.4872_4876delinsCCCC AACTACATCCCCTGCACGCTGGA CCAAGATGCCCCAATTTACTTTCCAAATA DYSF c.5979dupA TGGAAATGACCTTGGAGATTGTAGCA CCGCTCCTCATGCTCACTCTCT DYSF c.6124C>T CATGAAGTTCATCCTGTGGCGG AGGATGATGGCCCACCGGAAAC DYSF c.200_201delinsAT TGGACCAGGGCTCTGAGCTTCATG CCCATCTTCTCATGGTCTTTGACCAC CFTR c.276G>C ATTTCTCTGTTTTTCCCCTTTTGTAGGA GTAAGAGAGGCTGTACTGCTTTGGTGAC CSTB (STFB) c.del313-314 GACCTATTTCTGATCCTGACTTTGGACA TTTGTCAGTCTTCTGGCTGAAGGGC CCR5 Delta_32 TACACCTTCAGCTCTCATTTTCCATACA CCAGCCCCAAGATGACTATCTTTAATGT

CCR5 c.303T>A CCCTGTGGGACTTTGGAAATACAATGTG AAGCCTATAAAATAGAGCCCTGTCAAGAGTTG CCR5 c.-22459A>G ATACGGGGAGAGTGGAGAAAAAGGG ATCCTGGACTTCAGATTAACCCTGTGT SRY1 (sY14) DEL AAGATGGCTCTAGAGAATCCCAGAATG CCAGCTGCTTGCTGATCTCTGAGTTTC AZFc DEL TTTGACCCATAGGTACTAAAAATATCTTTGACA CCCGAATGACCAGCAGCCCT AZFa DEL CTTAATCTGCACGAAACATGGGCTG ACACTAAAGAAAGGGTCCCACTGAATCT AZFb DEL CTGGTGAAGCTAGTGAAGAAAGTTTATTTTCAG TTCCGTTGTTAGAGGCATATTTAAATTTTTAGAG AZFb DEL CAGTGAAACTGCAGCTGTCAAATGA TCCCACCTCGTGTCTCTTATCAATTC AZFb DEL CCAAATATCAGATCTGTGAGCCTTCCTAA GGCTCTGCCTGTAGCATTTTCCTCTG AZFa DEL AAAATTATCTGGGCATCAGCATGTGG TTCATTTGGGCTAAAAACTAGTCCTAATGC AZFc DEL TTCGCCTTCCGACGAGGACGATACT ACCTCTTAAGCTAGGAGCTCTAACCAATTAC AZFc DEL ACTTTTTACCATTTTTATACACTTTTATGCAAATC TACCGTTATAACAGGTAATTAAAACTGCTAAACAT AZF DEL TCGGCTTCAGTAAGCATTTTCCACT AGAGATCAGCAAGCAGCTGGGATAC AZFc DEL TTCTCTGTCTTACGGTGGAAGACAGAAC GGAATTAAAATTAGACTTTTGTCTACACTACACTG

AZFc DEL CTTGGTTCCCCCGCTTGCTGT TTTGACCAAATTTTTCTAACCAACGTAGAG

Таблица 3 Комплект для диагностики. Наименование 1 Набор для подготовки матрицы APEX: 1.1. ДНК-полимераза с «горячим стартом» (10 ед/мкл) 1.2. 10Х Буфер для реакции ПЦР с (NH4)2SO4 1.3. 25 mM MgCl2 1.4. 2,5 mM смесь dNTP (20% dUTP) 1.5. Урацил-N-Гликозилаза (UNG) (1 ед/мкл) 1.6. 10x UNG реакционный буфер 1.7. Щелочная фосфатаза креветки (sAP) 1 ед/мкл 2 Набор для реакции APEX 2.1. Смесь для реакции APEX 2.2. Антифэйд 3 Набор для очистки продуктов ПЦР 3.1. Колонки для очистки и пробирки для сбора 3.2. Связывающий буфер 3.3. Отмывочный буфер 3.4. Элюирующий буфер 4 ДНК-чипы для диагностики наследственных заболеваний, включая муковисцидоз 5 Покровное стекло «Лифтэр Слипс» 6 Порошок «Alcanox» 7 Покровное стекло 8 Праймеры для реакции ПНР мультиплексные

Похожие патенты RU2551985C2

название год авторы номер документа
Способ одновременной диагностики наследственных заболеваний 2015
  • Саввина Мира Таиржановна
  • Максимова Надежда Романовна
  • Кузнецов Артем Александрович
  • Гурьева Полина Иннокентьевна
  • Данилова Анастасия Лукична
  • Сухомясова Айталина Лукична
  • Каймонов Владимир Сергеевич
  • Яковлева Александра Еремеевна
  • Куртанов Харитон Алексеевич
  • Алексеева Елена Ивановна
RU2627115C2
СПОСОБ ИДЕНТИФИКАЦИИ ВЫЗЫВАЮЩИХ МУКОВИСЦИДОЗ МУТАЦИЙ В ГЕНЕ CFTR ЧЕЛОВЕКА, НАБОР ПРАЙМЕРОВ, БИОЧИП, НАБОР МИШЕНЕЙ И ТЕСТ-СИСТЕМА, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В СПОСОБЕ 2012
  • Воробьев Евгений Владимирович
RU2529717C2
СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ ПОПУЛЯЦИОННЫХ НАРУШЕНИЙ БИОТРАНСФОРМАЦИИ ЧУЖЕРОДНЫХ ВЕЩЕСТВ, ОБУСЛОВЛЕННЫХ ВОЗДЕЙСТВИЕМ ТЕХНОГЕННЫХ ХИМИЧЕСКИХ ФАКТОРОВ СРЕДЫ ОБИТАНИЯ 2012
  • Долгих Олег Владимирович
  • Зайцева Нина Владимировна
  • Кривцов Александр Владимирович
  • Гугович Алеся Михайловна
  • Дианова Дина Гумяровна
  • Харахорина Регина Атласовна
  • Лыхина Татьяна Станиславовна
  • Ланин Дмитрий Владимирович
RU2497120C1
Способ прогнозирования риска возникновения кожной патологии в виде меланоза или дисхромии у человека, ассоциированной с избыточной контаминацией мышьяком 2019
  • Долгих Олег Владимирович
  • Аликина Инга Николаевна
  • Кривцов Александр Владимирович
  • Гусельников Максим Анатольевич
  • Мазунина Алена Александровна
  • Никоношина Наталья Алексеевна
  • Челакова Юлия Александровна
  • Казакова Ольга Алексеевна
  • Вдовина Надежда Алексеевна
  • Мухачева Елена Александровна
RU2714325C1
Способ дифференциальной и подтверждающей молекулярно-генетической диагностики нейросенсорной тугоухости в популяции чувашей 2021
  • Зинченко Рена Абульфазовна
  • Петрова Ника Валентиновна
  • Балинова Наталья Валерьевна
  • Коновалов Федор Андреевич
  • Марахонов Андрей Владимирович
  • Васильева Татьяна Алексеевна
  • Абрукова Анна Викторовна
  • Кадышев Виталий Викторович
  • Куцев Сергей Иванович
RU2768033C1
ОПРЕДЕЛЕНИЕ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К РАКУ ПУТЕМ ИДЕНТИФИКАЦИИ ГЕНОТИПИЧЕСКИХ КОМБИНАЦИЙ СПЕЦИФИЧНЫХ ВАРИАНТОВ ГЕНОВ CYP1B1, BRCA2 И СНЕК2 2006
  • Любински Ян
  • Цыбульский Цезарий
  • Дебняк Тадеуш
  • Курзавский Гжегож
  • Сухи Янина
  • Серрано-Фернандес Пабло
  • Матиясик Иоанна
  • Горский Бохдан
RU2470998C2
Способ выявления нарушений физиологической иммуносупрессии у детей в первом поколении по мужской линии с отягощенной наследственностью в условиях избыточной экспозиции алюминием 2017
  • Долгих Олег Владимирович
  • Зайцева Нина Владимировна
  • Кривцов Александр Владимирович
  • Бубнова Ольга Алексеевна
  • Дианова Дина Гумяровна
  • Отавина Елена Алексеевна
  • Безрученко Надежда Владимировна
  • Гусельников Максим Анатольевич
  • Перминова Ирина Владимировна
  • Мазунина Алена Александровна
  • Никоношина Наталья Алексеевна
RU2655658C1
СПОСОБ АНАЛИЗА ГЕНЕТИЧЕСКОГО ПОЛИМОРФИЗМА ДЛЯ ПРОВЕДЕНИЯ ПОСТНАТАЛЬНОЙ ДНК-ДИАГНОСТИКИ МУКОВИСЦИДОЗА 2008
  • Пинелис Всеволод Григорьевич
  • Симонова Ольга Игоревна
  • Журкова Наталия Вячеславовна
  • Аверьянова Наталья Сергеевна
  • Асанов Алий Юрьевич
  • Баранов Александр Александрович
  • Глотов Андрей Сергеевич
  • Потулова Светлана Владимировна
  • Глотов Олег Сергеевич
  • Иващенко Татьяна Эдуардовна
  • Баранов Владислав Сергеевич
  • Айламазян Эдуард Карпович
RU2412247C2
Способ диагностики мутации c.-23+1G>A (rs80338940) гена GJB2 2020
  • Лоломадзе Елена Анатольевна
  • Ребриков Денис Владимирович
RU2746055C1
СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ РАЗВИТИЯ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ НОВООБРАЗОВАНИЙ В УСЛОВИЯХ РАДИАЦИОННОГО ВОЗДЕЙСТВИЯ 2012
  • Тахауов Равиль Манихович
  • Карпов Андрей Борисович
  • Литвяков Николай Васильевич
  • Гончарик Олеся Олеговна
  • Межерицкий Станислав Александрович
RU2521393C2

Реферат патента 2015 года НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗОНДОВ, ДНК-МИКРОЧИП, СПОСОБ ЕГО ПОЛУЧЕНИЯ, КОМПЛЕКТ ДЛЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ИССЛЕДОВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

Изобретение относится к области биохимии, в частности к набору олигонуклеотидных зондов для диагностики популяции людей, проживающих на территории РФ, на наследственные моногенные заболевания, путем выявления мутаций и/или полиморфизмов. Также заявлены способ получения ДНК-микрочипа, набор для исследования популяции людей, а также способ детекции ассоциированных с наследственными моногенными заболеваниями мутаций и/или полиморфизмов, в которых используется указанный набор олигонуклеотидных зондов. Изобретение позволяет повысить информативность, точность и сократить сроки исследования. 4 н.п. ф-лы, 3 табл., 3 пр.

Формула изобретения RU 2 551 985 C2

1. Набор олигонуклеотидных зондов, содержащих ДНК-участки, представленных в табл.2, для диагностики популяции людей, проживающих на территории РФ, на наследственные моногенные заболевания, путем выявления мутаций и/или полиморфизмов, подобранных таким образом, что:
(a) не менее 10% мутаций и/или полиморфизмов имеют частоту встречаемости у выбранной этнической группы и/или популяции людей, превышающую общемировую встречаемость не менее чем в два раза;
(b) не менее 5% мутаций и/или полиморфизмов не встречаются у этнических групп и/или популяций людей, отличных от выбранной;
(c) не более 10% мутаций и/или полиморфизмов имеют частоту встречаемости, более чем в два раза превышающую частоту встречаемости у выбранной этнической группы и/или популяции людей;
(d) не более 5% мутаций и/или полиморфизмов не встречаются у выбранной этнической группы и/или популяции людей;
(e) остальные мутации и/или полиморфизмы имеют частоту встречаемости у выбранной этнической группы и/или популяции людей, равную общемировой частоте встречаемости или не превышающую ее более чем в два раза.

2. Способ получения ДНК-микрочипа для диагностики популяции людей, проживающих на территории РФ, на наследственные моногенные заболевания, путем выявления мутаций и/или полиморфизмов, включающий:
I) получение олигонуклеотидных зондов, содержащих ДНК-участки, представленные в табл.2, позволяющие детектировать мутации и/или полиморфизмы из перечня, включающего:
(a) не менее 10% мутаций и/или полиморфизмов с частотой встречаемости у выбранной этнической группы и/или популяции людей, превышающей общемировую встречаемость не менее чем в два раза;
(b) не менее 5% мутаций и/или полиморфизмов, не встречающихся у этнических групп и/или популяций людей, отличных от выбранной;
(c) не более 10% мутаций и/или полиморфизмов с частотой встречаемости, более чем в два раза превышающей частоту встречаемости у выбранной этнической группы и/или популяции людей;
(d) не более 5% мутаций и/или полиморфизмов, не встречающихся у выбранной этнической группы и/или популяции людей;
(e) остальные мутации и/или полиморфизмы с частотой встречаемости у выбранной этнической группы и/или популяции людей, равной общемировой частоте встречаемости или не превышающей ее более чем в два раза;
II) нанесение олигонуклеотидных зондов на стеклянную пластину, покрытую адгезивом нуклеиновых кислот, при этом одна сторона пластины обработана таким образом, что распространение в ней лазерного луча происходит за счет эффекта полного внутреннего отражения.

3. Набор для исследования популяции людей, проживающих на территории РФ, на наследственные моногенные заболевания, путем выявления мутаций и/или полиморфизмов, включающий:
a) набор для подготовки матрицы реакции элонгации праймеров на ДНК-микрочипе
(APEX);
b) праймеры для реакции ПЦР мультиплексные;
c) набор для очистки продуктов ПЦР;
d) набор для реакции APEX по п.1;
e) ДНК-микрочип, полученный способом по п.2.

4. Способ детекции мутаций и/или полиморфизмов, ассоциированных с наследственными моногенными заболеваниями у популяции людей, проживающих на территории РФ, предусматривающий:
1) получение геномной ДНК человека, проведение ПЦР,
2) очистку и фрагментацию продуктов ПЦР,
3) проведение реакции APEX на ДНК-микрочипе, охарактеризованном в п. 2,
4) детекция мутаций и/или полиморфизмов путем сравнения интенсивности свечения флюоресцентных сигналов, при облучении ДНК-микрочипа лазерами различной длины волны.

Документы, цитированные в отчете о поиске Патент 2015 года RU2551985C2

Пресс для выдавливания из деревянных дисков заготовок для ниточных катушек 1923
  • Григорьев П.Н.
SU2007A1
Мешалка для паровых котлов или аккумуляторов 1928
  • Мурин Н.Н.
  • Прокофьев С.П.
SU17529A1
СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К ВЫСОКОГОРНОМУ ОТЕКУ ЛЕГКИХ 2003
  • Паша Абдул Кадар Мохаммад
  • Ахсан Аариф
RU2353656C2
СТЕПАНОВ В.А., Геномы, популяции, болезни: этническая геномика и персонифицированная медицина, ACTA NATURAE, ТОМ 2 N 4 (7), 2010, стр
Способ использования делительного аппарата ровничных (чесальных) машин, предназначенных для мериносовой шерсти, с целью переработки на них грубых шерстей 1921
  • Меньщиков В.Е.
SU18A1
ГЛОТОВ А.С
и др., Диагностика наследственнообусловленных заболеваний у детей с помощью ДНК-микрочиповой технологии, Вопросы Диагностики в Педиатрии, Том 1, N1, 2009, стр
Паровоз для отопления неспекающейся каменноугольной мелочью 1916
  • Драго С.И.
SU14A1

RU 2 551 985 C2

Авторы

Исаев Артур Александрович

Шевченко Константин Георгиевич

Кругляков Петр Владимирович

Даты

2015-06-10Публикация

2013-08-02Подача