СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ РИСКА ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ И/ИЛИ ЯИЧНИКОВ У ПАЦИЕНТОВ ПОСЛЕ ТРАНСПЛАНТАЦИИ ПОЧКИ Российский патент 2024 года по МПК C12Q1/68 C12Q1/6827 

Область техники, к которой относится изобретение

Изобретение относится к медицине, трансплантологии, онкологии, может быть использовано для прогнозирования наследственных форм рака органов репродуктивной системы (рака молочной железы и рака яичников) у пациентов после трансплантации почки. Изобретение основано на выявлении патогенных гетерозиготных вариантов мутаций генов BRIP1 и BRCA1. Изобретение позволяет выявить предрасположенность пациентов к раку молочной железы и раку яичников после трансплантации почки.

Уровень техники

Анализ более чем полувекового опыта трансплантации аллогенных органов в клиниках мира показывает постепенное увеличение популяции людей, живущих с пересаженными органами: в 2002 г. число таких пациентов составило 150 тыс. (Sayegh, Carpenter, 2004), к 2010 году оно увеличилось втрое. Согласно данным International Pancreas Transplant Registry (IPTR), с 1966 г. по 2008 г. в мире было выполнено более 30000 трансплантаций поджелудочной железы. За период 2004-2008 гг. наиболее частым видом была симультанная трансплантация комплекса поджелудочная железа-почка (73%) (Gruessner А.С., Sutherland D.E. Pancreas transplant outcomes for United States (US) cases as reported to the United Network for Organ Sharing (UNOS) and the International Pancreas Transplant Registry (IPTR), Clin. Transpl. 2008. 45-56).

На фоне увеличения численности пациентов с трансплантированными солидными органами пропорционально высоким стал риск развития онкологических заболеваний, которые становятся причиной низкого качества жизни и высокой смертности пациентов с пересаженными органами (Хубутия, М.Ш., «Трансплантация органов и тканей в многопрофильном научном центре», Москва, 2011 г. стр. 411-413). В этой связи актуальным является выявление у пациентов с трансплантированными органами риска возникновения злокачественных новообразований для своевременной консультации с врачом онкологом и трансплантологом, и, при необходимости, коррекции иммуносупрессивной терапии.

Возникновение опухолей женской репродуктивной системы у пациенток с трансплантированными органами в настоящее время является констатируемым фактом. По результатам исследования Уэльского университета, среди 200000 случаев трансплантаций онкологические заболевания встречались в 22-26% случаев (Site-specific meta-SIRs for population-based studies of solid organ transplant recipients. [Modified from Lancet, 370, Grulich et al., 59-67. Copyright Elsevier (2007)]. Ежегодно в мире регистрируется 11 млн. новых случаев рака и более 6,6 млн. смертей в год от онкологических заболеваний у женщин. От 5 до 40% злокачественных новообразований всех анатомических локализаций имеют наследственную этиологию, и этот процент возрастает пропорционально росту общей заболеваемости. Рак репродуктивной системы, включая рак молочной железы, является одним из наиболее распространенных и наиболее смертоносных видов рака среди женщин. Заболеваемость раком молочной железы быстро растет во всем мире (2,1 миллиона новых случаев и 700000 смертей в год) [F. Bray, J. Ferlay, I. Soerjomataram, R. Siegel, L. Torre, A. Jemal, Global cancer statistics 2018: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries., CA A J. Clin. 00 (2018) 1-31]. Увеличение опухолей репродуктивной системы после пересадки почки ведет к снижению отдаленной посттрансплантационной выживаемости.

Из уровня техники известно использование различных предикторов для прогнозирования риска злокачественных заболеваний молочной железы или яичников, включая мутации различных генов. Следует отметить, что в настоящее время изучение генетических заболеваний является приоритетным направлением исследований во всем мире, и базы данных с клинической информацией постоянно пополняются. В практике клинического секвенирования процент диагностированных случаев растет с каждым годом, поэтому в некоторых случаях повторный анализ данных секвенирования может приводить к установлению диагноза, даже если изначально он не был поставлен. При этом некоторые медицинские процедуры, такие как пересадка костного мозга или переливание крови, а также трансплантация солидных органов, включая пересадку почки, могут оказывать влияние на результаты ранее проведенных исследований в отношении мутаций определенных генов, ассоциированных с какими-либо заболеваниями. Выявленные варианты мутаций при определенных заболеваниях не всегда объясняют все клинические проявления у пациента. Предоставление большего количества клинически значимой информации может помочь более точной оценке значимости выявленных вариантов мутаций в определенных генах. (Genome Aggregation Database (gnomAD). http://gnomad.broadinstitute.org/; ClinVar. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/; Clinical Genome Resourse, ClinGene. https://www.clinicalgenome.org/; Ensembl. http://www.ensembl.org/index.html; Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the Ameri can College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015).

Из уровня техники известен широкий перечень патогенных и вероятно патогенных вариантов мутаций, присутствующих в некоторых генах (АСТА2, АСТС1, АРС, АРОВ, АТР7В, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CACNA1S, COL3A1, DSC2, DSG2, DSP, FBN1, GLA, KCNH2, KCNQ1, LDLR, LMNA, MEN 1, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, MYBPC3, MYH11, MYH7, MYL2, MYL3, NF2, ОТС, PCSK9, РКР2, PMS2, PRKAG2, PTEN, RBI, RET, RYR1, RYR2, SCN5A, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SMAD3, SMAD4, STK11, TGFBR1, TGFBR2, ТМЕМ43, TNNI3, TNNT2, ТР53, ТРМ1, TSC1, TSC2, VHL, WT1) (Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med. 2017). Эти гены связаны с определенными генетическими заболеваниями, нуждающимися в медицинском контроле. Однако в представленных рекомендациях отсутствуют сведения о связи мутаций отдельных генов с риском развития наследственных форм рака органов репродуктивной системы (рака молочной железы и рака яичников) у пациентов после трансплантации почки.

Известно что мутации в генах BRCA1 и BRCA2 отвечают почти за половину наследственных мутаций при раке молочной железы [N. Tung, С.Battelli, В. Allen, R. Kaldate, S. Bhatnagar, K. Bowles, K. Timms, J.E. Garber, C. Herold, L. Ellisen, J. Krejdovsky, K. DeLeonardis, K. Sedgwick, K. Soltis, B. Roa, R.J. Wenstrup, A.R. Hartman, Frequency of mutations in individuals with breast cancer referred for BRCA1 and BRCA2 testing using next-generation sequencing with a 25-gene panel, Cancer. (2015).]. Мутации BRCA1 (5382insC, 4154delA, 185delAG) находят в 16% случаев рака молочной железы высокого риска в России [A.G. Iyevleva, E.N. Suspitsin, K. Kroeze, T.V. Gorodnova, A.P. Sokolenko, K.G. Buslov, D.A. Voskresenskiy, A.V. Togo, S.P. Kovalenko, N. van der Stoep, P. Devilee, E.N. Imyanitov, Non-founder BRCA1 mutations in Russian breast cancer patients, Cancer Lett. (2010)]. Модификации сдвига рамки считывания 5382insC в экзоне 20 являются наиболее частыми мутациями у пациентов, относящихся к славянским популяциям с раком молочной железы и раком яичников. Однако, не смотря на большое количество проведенных исследований в данной области, отсутствуют данные, подтверждающие возможность использования мутаций генов BRCA1 и BRCA2 в качестве предикторов рака молочной железы и рака яичников у пациентов после трансплантации почки.

Известен также способ прогнозирования наследственной предрасположенности к раку молочной железы на основе идентификации мутации в гене BLM (RU 2522501). Способ включает проведение амплификации коротких фрагментов гена BLM протяженностью до 200 п. о., с последующим высокоразрешающим плавлением, включающим оптимизированный для гена BLM этап формирования гетеродуплексов: быстрый нагрев до 95°С и медленное снижение температуры до 50°С; выбирают один фрагмент с аберрантным профилем плавления для секвенирования, секвенируют выбранный фрагмент и при выявлении мутации гена BLM прогнозируют наследственную предрасположенность к раку молочной железы. В отличии от описаного метода, предложенный способ прогнозирования риска злокачественных заболевание после трансплантации почки являетсяя менее трудоемким и как следствии экономически более приоритетным.

Известен способ диагностики предрасположенности к раку молочной железы (RU 2470998). Известный способ выявления повышенного риска заболевания субъекта-человека раком молочной железы основан на результатах анализа образца ДНК на наличие SNP в позициях 142, 355 и 4326 гена CYP1B1; делеционных вариантов 1100 delC, del5395, а также IVS2+1G>A гена СНЕК2 и замены С5972Т в гене BRCA2. При этом в способе определены комбинированные генотипы по всем указанным позициям трех названных генов, при которых риск развития рака молочной железы превышает сумму эффектов, определяемых соответствующими вариантами каждого из трех генов в отдельности, которые рассматриваются как признак особой предрасположенности субъекта к заболеванию (непропорционально высокого риска заболевания) раком молочной железы. Недостатком данного способа является сложность в расчете предрасположенности человека к раку молочной железы после проведения генотипирования, которая может привести к неоднозначному интерпретированию полученных результатов. Кроме того, в одном гене анализируются сразу несколько мутаций (в гене CYP1B1), а также делеция и нуклеотидные замены в других генах, что значительно увеличивает трудоемкость, стоимость и время анализа. При этом отсутствуют данные о возможности применения данного способа диагностики злокачественного поражения молочной железы в отношении пациентов после трансплантации почки.

Наиболее близким к заявляемому решению является способ диагностики предрасположенности к раку молочной железы в русской популяции на основе ПЦР-ПДРФ (RU 2723585 С2). Способ выявления предрасположенности к раку молочной железы основан на амплификации трех регионов генов BRCA1 и BRCA2 с последующим рестрикционным анализом амплифицированных регионов. Способ включает выделение ДНК из крови пациента, для чего могут быть использованы как методы органической экстракции, так и коммерческие доступные наборы для выделения ДНК из крови; проведение трех отдельных реакций ПЦР (№1, №2, №3) с определенными праймерами и условиями реакции. При выявлении мутации в ходе реакции №2 определяют, что пациент имеет относительный риск развития наследственного рака молочной железы, в 6,66 раз меньший, чем у людей, не имеющих этой мутации (OR=0,15). При выявлении мутации в ходе реакции №3 пациент имеет относительный риск развития наследственного рака молочной железы, в 2,76 раз больший, чем у людей, не имеющих этой мутации (OR=2,76). При выявлении мутации в ходе реакций №2 и №3 одновременно, пациент имеет относительный риск развития наследственного рака молочной железы, в 2,41 раз меньший, чем у людей, не имеющих этих мутаций (OR=0,414). При выявлении мутации в ходе реакций №1 и №3 одновременно, пациент имеет относительный риск развития наследственного рака молочной железы, в 19, 18 раз больший, чем у людей, не имеющих этих мутаций (OR=19, 18). При выявлении мутации в ходе реакций №1, №2 и №3 одновременно, пациент имеет относительный риск развития наследственного рака молочной железы, в 2,88 раз больший, чем у людей, не имеющих этих мутаций (OR=2,88).

Однако данный способ характеризуется использованием в качестве группы контроля образцов крови здоровых людей, продолжительным временем проведения исследования, которое, в зависимости от способа выделения ДНК из биологических образцов, составляет от 4,5 до 6 часов, при этом данный метод диагностики сложно считать точным в связи с относительностью рисков показателей наследственного рака молочной железы.

Технической проблемой, решаемой настоящим изобретением, является разработка способа прогнозирования риска злокачественных заболеваний молочной железы или яичников у пациентов после трансплантации почки, устраняющего все перечисленные выше недостатки.

Раскрытие сущности изобретения

Техническим результатом является выявление у пациентов после трансплантации почки предрасположенности к раку молочной железы и раку яичников.

Технический результат достигается способом прогнозирования риска злокачественных заболеваний молочной железы или яичников у пациентов после трансплантации почки, включающим забор венозной крови у пациента не ранее чем через 60 дней после трансплантации почки, выделение ДНК из полученного образца, подготовку библиотек ДНК, секвенирование ДНК - секвенирование белок-кодирующих генов человека методом парно-концевых прочтений с использованием целевого обогащения геномной ДНК, и выявление варианта мутации гена BRIP1 по результатам биоинформатического анализа данных секвенирования ДНК, при этом при выявлении у пациентов после трансплантации почки варианта мутации гена BRIP1 в гетерозиготном состоянии во 2-м экзоне из 20, приводящего к замене аминокислоты лизин на аспарагин в положении 14 - p.Lys14Asn, мутация типа миссенс, прогнозируют высокий риск злокачественных заболеваний молочной железы или яичников.

Для повышения точности при построении прогноза при выявлении мутации гена BRIP 1 дополнительно определяют изменение ДНК (hg19), изменение транскрипта и изменение белка chr17:g.59938859C>A ENST00000259008.2: c.42G>T ENSP00000259008.2: p.Lys14Asn.

Наиболее высокую точность прогнозирования риска злокачественных заболеваний молочной железы или яичников у пациентов после трансплантации почки получают при исследовании вариантов мутаций двух генов - BRIP1 и BRCA1. При дополнительном выявлении варианта мутации rs80357906 в гетерозиготном состоянии в 20-м экзоне гена BRCA1, приводящего к сдвигу рамки считывания, начиная с 1777 кодона, и преждевременной терминации синтеза белка - p.Gln1777ProfsTer74, мутация типа фреймшифт, прогнозируют высокий риск злокачественных заболеваний молочной железы или яичников.

Вариант патогенной мутации гена BRIP1, ранее не описанный в литературе - вариант в гетерозиготном состоянии во 2-м экзоне (из 20) в гене BRIP1, приводящий к замене аминокислоты лизин на аспарагин в положении 14 (p.Lys14Asn, мутация типа миссенс), а также сочетание данного варианта мутации с вариантом в гене BRCA1, были выявлены при обследовании группы пациенток по поводу рака молочной железы после трансплантации почки.

Группе пациенток из 55 человек после трансплантации почки, болеющих раком молочной железы, раком яичников, колоректальным раком, раком влагалища и раком щитовидной железы, было проведено исследование клинического экзома с помощью метода полноэкзомного секвенирования нового поколения. Забор крови на наличие герминальных мутаций осуществляли с 2020 по 2022 год вне зависимости от наличия семейного онкологического анамнеза. Все пациентки получали иммуносупрессивную терапию более 5 лет. У 17 (15 ВRCA + 2 BRIP) из них выявлены мутации в генах репарации ДНК, оставшиеся 38 пациенток вошли в группу спорадического рака. Так как мутация в гене BRCA2 отмечалась только у 1 пациентки, эту больную оценивали вместе с группой BRCA1-мутированных пациенток и охарактеризовали данную группу как BRCA-позитивную. Медиана возраста пациенток на момент постановки диагноза для BRCA-позитивных больных составила 53 года (диапазон от 33 до 70 лет) и была такой же, как медиана возраста в группе с отсутствием данных мутаций (медиана 53, диапазон от 26 до 78 лет). При раке молочной железы мутации чаще встречались у пациенток с III, чем с I-II стадией заболевания. Все тестированные больные, получающие химиотерапию препаратами 1-й линии и неоадъювантном режиме, получали лечение препаратами платины. Семь больных получили лечение в виде монотерапии платиной и 27 пациентов - препаратами платины с таксанами. У 10 /55 (18,1%) пациенток был обнаружен ген ВRIР1 - ранее не описанный вариант в литературе в гетерозиготном состоянии во 2 экзоне (из 20), приводящий к замене аминокислоты лизин на аспарагин в положении 14 (p.Lys14ASN), что является миссенс-мутацией. Возраст больных составил 58 и 56 лет, в обоих случаях был рак молочной железы с гистотипом инвазивной протоковой карциномы.

Осуществление изобретения

Заявленный способ основан на выделении ДНК из крови пациента, который достигается путем дифференцированного применения данных полного секвенирования экзома. Идентификация мутаций в описываемом способе осуществляется путем выявления патогенных мутаций в генах BRCA1 и BRIP1 на основе биоинформатического анализа данных секвенирования ДНК, которое может быть реализовано с помощью известных методов (https://genetico.ru/laboratoriya).

Заявленный способ реализуют следующим образом.

На первом этапе выполняют забор венозной крови у пациентов (не ранее чем через 60 дней после трансплантации почки). Далее осуществляют выделение ДНК из полученных образцов, подготовку библиотек ДНК, секвенирование экзома, секвенирование белок-кодирующих генов человека методом парно-концевых прочтений проводят с использованием целевого обогащения геномной ДНК. С использованием прибора (системы целевого обогащения) llumina NovaSeq 6000, среднее покрытие - процент целевых нуклеотидов с покрытием >10Х составил 98.9%. Данные секвенирования анализируются с помощью автоматизированного алгоритма, заключающего в себя оценку параметров качества секвенирования (модуль FASTQC); удаление адаптеров и последовательностей с низким качеством (модуль SEQPURGE); выравнивание прочтения на версию hg19 генома человека (модуль BWA MEM); фильтрацию оптических и ПЦР дубликатов (модуль SAMBLASTER); локальную оптимизацию выравнивании (модуль ABRA2); обнаружение вариантов и их фильтрация согласно качеству (пакет FREEBAYES) и аннотацию вариантов относительно баз данных с клинической информацией (модуль ENSEMBL-VEP).

Затем осуществляют биоинформатическую обработку результатов.

Данные секвенирования могут быть проанализированы с помощью автоматизированного алгоритма, включающего в себя оценку параметров качества секвенирования (модуль FASTQC); удаление адаптеров и последовательностей с низким качеством (модуль SEQPURGE); выравнивание прочтения на версию hg19 генома человека (модуль BWA MEM); фильтрацию оптических и ПЦР дубликатов (модуль SAMBLASTER); локальную оптимизацию выравнивания (модуль ABRA2); обнаружение вариантов и их фильтрацию согласно качеству (пакет FREEBAYES) и аннотацию вариантов относительно баз данных с клинической информацией (модуль ENSEMBL-VEP). Алгоритм был протестирован на экзомных данных, для которых существует расшифровка генома «золотого стандарта» (данные Genome in a Bottle). Чувствительность алгоритма составила 98,6%, и средняя специфичность - 99,1%. При поиске клинически значимых генетических вариантов были отфильтрованы варианты, не влияющие на структуру белка и при этом не отмеченные как патогенные в базе данных ClinVar, а также все варианты, не отмеченные как патогенные в базе данных ClinVar, с максимальной частотой встречаемости в популяциях более 2%. Во всех генах, потенциально имеющих отношение к заболеванию пациента, каждый из вариантов был проанализирован на предмет влияния на структуру и функцию белка, эволюционную консервативность позиции, клинический статус, частоту встречаемости и тип наследования соответствующего гена и классифицирован в одну из пяти категорий (патогенные варианты, вероятно патогенные варианты, варианты неопределенного значения, вероятно безвредные варианты, безвредные) в соответствии с рекомендациями ACMG (Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015). Варианты из категории «Патогенные варианты», «Вероятно патогенные варианты» и «Варианты неопределенного значения» включены в заключение в формате, соответствующем рекомендациям HGVS.

В случае выявления предрасположенности к раку молочной железы или раку яичников пациенту рекомендуется консультация онколога, врача-генетика и трансплантолога для определения дальнейшей тактики лечения и стратегии превентивной терапии онкологических рисков по результатам дообследования.

Заявленный способ был использован в клинической практике. Была отмечена достаточно высокая частота встречаемости наследственного рака молочной железы и рака яичников среди женщин с опухолями репродуктивной системы после трансплантации почки по сравнению со спорадическими формами этих видов рака - 27,2% и 23,6%, cсоответственно, встречаемость наследственного рака яичников была реже чем спорадического- 3,6% и 12,7 % cсоответственно. Из 15 BRCA-позитивных пациенток 6/15 (40%) имели отягощенный семейный онкологический анамнез, 5/15 (33%) не имели семейного онкоанамнеза. В группе пациенток, у которых не было обнаружено носительства мутаций в генах BRCA, у 21/38 (56%), также были родственники с наличием опухолевых заболеваний, таких как рак молочной железы, рак яичников и рак желудка. Преобладающим гистотипом рака молочной железы у пациенток в обеих группах были инвазивная протоковая и неинфильтрирующая внутрипротоковая карциномы. У одной пациентки, имеющей поражение раком молочной железы - 1/15 (6,66%) из BRCA-позитивных больных встретилась инфильтративно-отечная форма и у 2/15 (13,3%) больных - рак яичников, представленный серозной аденокарциномой. В BRCA-позитивной группе 8/15 женщин (53,3%) были с мутацией BRCA1 5382 ins C, 3/15 (20%) - с мутацией BRCA1 2080 del A и 2/15 (13,33%) - с мутацией BRCA1 4153 del A. По 1 пациентке имели редкие мутации BRCA1 T300/G, BRCA1 M1V (120A>G). У 1 больной была обнаружена мутация в гене BRCA2 (BRCA2 6174 del T). В отдельную группу вошли 2 клинических случаях были идентифицированы мутации в генах BRCA1 и ВRIР1

Также среди больных раком молочной железы с гистотипом инвазивной протоковой карциномы были ВRIР1-позитивные пациентки. 10 /55 (18,1%) имели ранее не описанный вариант в литературе в гетерозиготном состоянии во 2-м экзоне (из 20), приводящий к замене аминокислоты лизин на аспарагин в положении 14 (p.Lys14ASN), что является миссенс-мутацией, возраст выявления составил 56 и 58 лет.

Примеры реализации изобретения

Пример 1. Пациентка Б. 1953 г.р Состояние после аллотрансплантации трупной почки в 20019 году, ХПН терминальная стадия. Сопутствующая патология: Узловой эутиреоидный зоб. Дивертикулез ниcходящей ободочной кишки без признаков дивертикулита, ИБС, стенокардия напряжения IIФК, атеросклеротический кардиосклероз, атеросклероз аорты, сосудов головного мозга. Вторичная артериальная гипертензия II стадии. Лапароскопическая холицистэктомия в 2004г. Через 5 месяцев выполнено забор крови с последующим выделением ДНК из полученных образцов и выполнением секвенирования ДНК. Получено заключение данных секвенирования ВRIР1-позитивного ответа. Обнаружен ранее не описанный в литературе вариант мутации в гетерозиготном состоянии во 2 экзоне (из 20) в гене BRIP1, приводящего к замене аминокислоты лизин на аспарагин в положении 14 (p.Lys14Asn, мутация типа миссенс), сделан вывод о предрасположенности пациентки к раку молочной железы (114480; AD) или раку яичников. Дополнительно были получены данные об изменении ДНК (hg19), изменении транскрипта и изменении белка - chr17:g.59938859C>A ENST00000259008.2: c.42G>T ENSP00000259008.2: p.Lys14Asn.

Выполнено дообследование с последующей консультацией онколога и врача генетика. В 2021 году состояние после комплексного лечения рака молочной железы Т1aN0М0, IA cтадия после радикальной мастэктомии с сохранением грудных мышц, проведена неоадьювантная полихимиотерапия 6 курсов с последующей гормонотерапией в течении 2 лет.

Пример 2. Пациентка Ф. 1965 г.р. Состояние после аллотрансплантации трупной почки в 2019 году. Через 8 месяцев выполнено забор крови с последующим выделением ДНК из полученных образцов и выполнением секвенирования ДНК. Получено заключение данных секвенирования ВRIР1 - позитивного ответа и ВRCА1 - позитивного ответа. Обнаружен ранее не описанный в литературе вариант мутации в гетерозиготном состоянии во 2 экзоне (из 20) в гене BRIP1, приводящего к замене аминокислоты лизин на аспарагин в положении 14 (p.Lys14Asn, мутация типа миссенс), а также вариант мутации в гене ВRCА 1 (rs80357906) в гетерозиготном состоянии в 20 экзоне гена BRCA1, приводящего к сдвигу рамки считывания, начиная с 1777 кодона, и преждевременной терминации синтеза белка (p.Gln1777ProfsTer74, мутация типа фреймшифт). Выполнено дообследование с последующей консультацией онколога и врача генетика. У пациентке выявлены первично множественные раки ПМР: в 2021 рак яичников T1СN0M0, также выявлен рак левой молочной железы T2N0M0 (инфильтративно- протоковый гистотип, G3, люминальный подтип B). В 2022 году у пациентки состояние после радикальной мастэктомии с сохранением грудных мышц, неоадьювантной полихимиотерапии 3 курсов и адьювантной полихимиотерапии 6 курсов, лучевой терапии с суммарной очаговой дозой 45Гр, назначена последующая гормонотерапия в течении 5 лет.

Таким образом, проведенные исследования демонстрируют высокую точность прогнозирования (предрасположенности) или диагностики рака молочной железы или рака яичников у пациентов после трансплантации почки.

Изобретение относится к области биотехнологии. Описан способ прогнозирования риска злокачественных заболеваний молочной железы и яичников у пациентов после трансплантации почки. Способ включает забор венозной крови у пациента не ранее чем через 60 дней после трансплантации почки, выделение ДНК из полученного образца, подготовку библиотек ДНК, секвенирование ДНК. В случае выявления у пациентов после трансплантации почки варианта мутации гена BRIP1 в гетерозиготном состоянии во 2-м экзоне из 20, приводящего к замене аминокислоты лизин на аспарагин в положении 14 - p.Lys14Asn, мутация типа миссенс, прогнозируют высокий риск злокачественных заболеваний молочной железы или яичников. Техническим результатом является выявление у пациентов после трансплантации почки предрасположенности к раку молочной железы и раку яичников. 3 з.п. ф-лы, 2 пр.

1. Способ прогнозирования риска злокачественных заболеваний молочной железы и яичников у пациентов после трансплантации почки, включающий забор венозной крови у пациента не ранее чем через 60 дней после трансплантации почки, выделение ДНК из полученного образца, подготовку библиотек ДНК, секвенирование ДНК - секвенирование белок-кодирующих генов человека методом парно-концевых прочтений с использованием целевого обогащения геномной ДНК, с последующим биоинформатическим анализом данных секвенирования ДНК, и в случае выявления у пациентов после трансплантации почки варианта мутации гена BRIP1 в гетерозиготном состоянии во 2-м экзоне из 20, приводящего к замене аминокислоты лизин на аспарагин в положении 14 - p.Lys14Asn, мутация типа миссенс, прогнозируют высокий риск злокачественных заболеваний молочной железы или яичников.

2. Способ по п.1, характеризующийся тем, что дополнительно при выявлении варианта мутации гена BRIP1 определяют изменение ДНК (hg19), изменение транскрипта и изменение белка chr17:g.59938859C>A ENST00000259008.2: c.42G>T ENSP00000259008.2: p.Lys14Asn.

3. Способ по п.1, характеризующийся тем, что высокий риск злокачественных заболеваний молочной железы или яичников прогнозируют при выявлении у пациентов после трансплантации почки варианта мутации гена BRIP1 в сочетании с вариантом мутации гена BRCA1.

4. Способ по п.3, характеризующийся тем, что при выявлении варианта мутации гена BRCA1 определяют вариант мутации rs80357906 в гетерозиготном состоянии в 20-м экзоне гена BRCA1, приводящий к сдвигу рамки считывания, начиная с 1777 кодона, и преждевременной терминации синтеза белка - p.Gln1777ProfsTer74, к фреймшифт - мутации.