ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА НА РОДСТВЕННЫЕ ЗАЯВКИ
Настоящая заявка заявляет приоритет согласно 35 U.S.С. §119 (е) по предварительной заявке на патент США №61/921242, поданной 27 декабря 2013 года, предварительной заявке на патент США №62/051886, поданной 17 сентября 2014 года и предварительной заявке на патент США №62/051899, поданной 17 сентября 2014 года, полное содержание которых включено в данный документ посредством отсылки.
ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ
Изобретение относится к конъюгатам лекарственного средства, композициям, содержащим то же самое лекарственное средство, и способам применения таких конъюгатов лекарственного средства и композиций для лечения рака и других заболеваний.
УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ
Белок VAR2CSA
Протеогликаны представляют собой белки, конъюгированные с цепями гликозаминогликана (GAG). Эти белки распределяются внутри клетки, на клеточной мембране и во внеклеточном матриксе, выполняя различные функции: формирования хрящевой матрицы; структурной организации тканей; организации базальных мембран; регулирования роли секреторных везикул; связывания цитокинов, хемокинов, факторов роста и морфогенов; рецепторов протеазы и ингибиторов протеазы; корецепторов, рецепторов фактора роста тирозинкиназного типа; в качестве эндоцитических рецепторов; облегчения прикрепления клеток, межклеточных взаимодействий и подвижности клеток, а также миграции клеток.
Малярийный паразит Plasmodium falciparum применяет протеогликаны клетки-хозяина практически на всех этапах его сложного жизненного цикла. Спорозоит заражает гепатоциты в печени посредством экспрессирующегося на поверхности циркумспорозоитного белка, взаимодействующего с высокосульфатированными гепарансульфатпротеогликанами (HSPG). Инфекция на стадии мерозоитов эритроцитов медиируется с помощью связывания ЕВА-175 с сиаловой кислотой на гликофорине А. Кроме того, ряд белков Erythrocyte Membrane Protein 1 Plasmodium falciparum (PfEMP1), опосредующих эндотелиальную адгезию хозяина, были описаны как гликансвязывающие. Одним из них является VAR2CSA, который является уникальным членом семейства белков PfEMP1. VAR2CSA связывается с высоким сродством с отдельной формой хондроитинсульфата A (CSA), прикрепленной к протеогликанам, так называемому хондроитинсульфату протеогликану (CSPG), в межворсинчатых пространствах плаценты. Этот тип CSA называют CSA плацентарного типа (plCSA). VAR2CSA представляет собой крупный мультидоменный белок (350 кДа), экспрессируемый на поверхности инфицированных P. falciparum эритроцитов (IE), взаимодействие VAR2CSA-plCSA несет ответственность за специфическое по отношению к плаценте секвестрирование при плацентарной малярии (РМ). Важно отметить, что рекомбинантный полноразмерный эктодомен VAR2CSA от паразитов типа FCR3 и 3D7 показал сродство к plCSA в низком наномолярном диапазоне.
CSA относится к семейству гликозаминогликанов (GAG), которые являются линейными полимерами чередующихся остатков аминосахаров и аскорбиновой кислоты, прикрепленных к протеогликанам. Существуют несколько типов GAG, в том числе; хондроитинсульфат (CS), дерматансульфат (DS или CSB), гепарансульфат (HS) и гепарин. В то время как полисахаридный остов этих GAG является простым, значительное разнообразие возникает в модификациях, таких как сульфатирование и уронатная эпимеризация. Это является основой для широкого разнообразия в доменной структуре и биологических активностях различных GAG.
CS взаимодействует со многими важными факторами, такими как гормоны роста, цитокины, хемокины и молекулы адгезии и, как полагают, участвует в структурной стабилизации, цитокинезе, пролиферации клеток, дифференциации, миграции клеток, морфогенезе тканей, органогенезе, инфекции и заживлении ран. Цепи CS состоят из чередующихся единиц остатков N-ацетил-D-галактозамина (GalNAc) и глюкуроновой кислоты. Глюкуроновая кислота может быть сульфатирована по ее С2 положению, а GalNAc может быть сульфатирован по С4 и/или С6, образовывая различные фрагменты дисахаридов. Варьирование модификациями сахарного остова делает возможной структурную и функциональную разнородность цепей CS.
Хондроитинсульфат протеогликан 4 (CSPG4), также известный как высокомолекулярный ассоциированный с меланомой антиген (HMW-MAA) или ассоциированный с меланомой хондроитинсульфат протеогликан (MSCP), представляет собой протеогликан клеточной поверхности, который, как было показано, экспрессируется клетками миеломы. CSPG4/MSCP/HMW-MAA представляет собой большой протеогликан, характеризующийся наличием цепей CS на белковом остове.
VAR2CSA сохраняет свою способность связываться с высоким сродством и специфичностью с некоторыми хондроитинсульфат протеогликанами с минимальными структурными элементами последовательности полипептида. Коровый plCSA-связывающий сайт находится в пределах домена DBL2X, в том числе небольших частей фланкирующих междоменных областей. Связывание не зависит от области ID2b или от фланкирующих областей DBL1X или DBL3X, как предполагалось ранее. Минимальная связывающая область представляет собой ID1-DBL2Xb, который связывает CSPG с характеристиками, сравнимыми с полноразмерным VAR2CSA. Минимальная связывающая область ID1-DBL2Xb намного меньше полноразмерного VAR2CSA, имеет молекулярную массу только 62 кДа. Этот фрагмент VAR2CSA и другие полипептиды VAR2CSA связываются с высоким и специфическим сродством с раковыми клетками и тканями, это связывание предлагается как связывание посредством специфического взаимодействия с хондроитинсульфат протеогликанами, экспрессируемыми на поверхности раковых клеток или в окружающем внеклеточном матриксе (Salanti et al., WO 2013/117705). Соответственно, это специфическое и высокоаффинное связывание может быть применено для нацеливания раковых клеток или других тканей или клеток с высокой или иной экспрессией, такой как аномальная экспрессия, данного конкретного типа хондроитинсульфат протеогликана.
В области медицины существует потребность в стабильных конъюгатах белок-лекарственное средство, которые могут высвобождать биологически активные соединения селективно в желаемых целевых позициях, имеющих высокую, или иную аномальную экспрессию хондроитинсульфат протеогликанов. Данное изобретение удовлетворяет этим потребностям и обеспечивает дополнительные связанные с этим преимущества.
СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Вкратце, данное изобретение относится к биологически активным конъюгатам белок-лекарственное средство и способам применения таких конъюгатов белок-лекарственное средство. Предлагаемое представляет собой конъюгаты белок-лекарственное средство, которые представляют собой соединения Формулы I:
где:
Т представляет собой нацеливающую функциональную группу, содержащую полипептид VAR2CSA;
L-P выбран из: L1-P1 или L2-P2;
L1 представляет собой линкер или L1 отсутствует;
Р1 представляет собой моновалентный радикал соединения Формулы XIV
где:
R16 и R17 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н и насыщенной или ненасыщенной функциональной группы, имеющей линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, и атомы углерода необязательно замещены с помощью: -ОН, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -СНО, -COSH или -NO2; или R17 и R20 являются конденсированными и образуют кольцо;
R18 и R19 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н, R25 и ArR25- или R18 и R19 соединены с образованием кольца;
R20 выбран из группы, состоящей из: Н, R25, ArR25- и Ar; или R20 и R17 являются конденсированными и образуют кольцо;
R21 выбран из группы, состоящей из: Н, R25 и ArR25-;
R22 и R23 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н, R25 и ArR25-;
R24 представляет собой: -Y-(CO)NHSO2-R26
R25 определен как насыщенная или ненасыщенная функциональная группа, имеющая линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, от нуля до четырех атомов азота, от нуля до четырех атомов кислорода и от нуля до четырех атомов серы, и атомы углерода необязательно замещены: =O, =S, ОН, -OR28, -O2CR28, -SH, -SR28, -SOCR28, -NH2, -NHR28, -N(R28)2, -NHCOR28, -NR28COR28, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R28, -CHO, -COR28, -CONH2, -CONHR28, -CON(R28)2, -COSH, -COSR28, -NO2, -SO3H, -SOR28, -SO2R28, где R28 представляет собой линейную, разветвленную или циклическую, из от одного до десяти атомов углерода насыщенную или ненасыщенную алкильную группу;
кольцо, образованное путем присоединения R18 и R19, представляет собой 3-7-членный неароматический циклический скелет в рамках определения R25,
Y определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: линейной, насыщенной или ненасыщенной, алкильной группы из от одного до шести атомов углерода, необязательно замещенной с помощью R25, ArR25- или X; и
X определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: -ОН, -OR25, =O, =S, -O2CR25, -SH, -SR25, -SOCR25, -NH2, -NHR25, -N(R25)2, -NHCOR25, -NRCOR25, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R25, -CHO, -COR25, -CONH2, -CONHR25, -CON(R25)2, -COSH, -COSR25, -NO2, -SO3H, -SOR25 и -SO2R25;
R26 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила, необязательно замещенного гетероарила, -COR27, -CSR27, -OR27 и -NHR27, где каждый R27 представляет собой, независимо, необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкил, необязательно замещенный арил, необязательно замещенный гетероциклил или необязательно замещенный гетероарил; и
L2 представляет собой линкер или L2 отсутствует;
Р2 представляет собой биологически активное соединение; и
L2-P2 имеет следующую структуру (III):
где:
R выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила, необязательно замещенного гетероарила, -COR27 -CSR27, -OR27 и -NHR27, где каждый R27 представляет собой, независимо, необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкил, необязательно замещенный арил, необязательно замещенный гетероциклил или необязательно замещенный гетероарил или R отсутствует;
Р3 представляет собой оставшуюся часть соединения Р2; и
L3 необязательно представляет собой оставшуюся часть линкера L2, при условии, что присутствует L2.
В предпочтительном варианте реализации изобретения R выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила, или R отсутствует.
В другом варианте реализации изобретения предлагается способ применения в терапии соединения Формулы I. В частности, данное описание предлагает способ лечения рака у млекопитающего, включающий введение нуждающемуся в этом млекопитающему эффективного количества соединения Формулы I или фармацевтической композиции, содержащей соединение Формулы I и фармацевтически приемлемый носитель, разбавитель или вспомогательное средство.
В другом варианте реализации изобретения данное описание предлагает способ ингибирования роста опухоли у млекопитающего, включающий введение нуждающемуся в этом млекопитающему эффективное количество соединения Формулы I или фармацевтической композиции, содержащей соединение Формулы I и фармацевтически приемлемый носитель, разбавитель или вспомогательное вещество.
В другом варианте реализации изобретения данное описание предлагает способ лизиса раковых клеток in vitro с применением соединения конструкции. В другом варианте реализации изобретения данное описание предлагает способ лизиса раковых клеток in vivo у млекопитающего, включающий введение нуждающемуся в этом млекопитающему эффективного количества соединения Формулы I или фармацевтической композиции, содержащей соединение Формулы I и фармацевтически приемлемый носитель, разбавитель или вспомогательное вещество.
Эти и другие аспекты изобретения будут очевидны при ссылке на следующее подробное описание.
КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙ
Фигура 1 иллюстрирует обобщенные данные цитотоксичности (ЕС50) для каждого из соединений А-Е в случае двух клеточных линий (НСС1954 и Jurkat)
Фигура 2 иллюстрирует графическое представление данных цитотоксичности в случае соединения А на двух клеточных линиях (НСС1954 и Jurkat)
Фигура 3 иллюстрирует графическое представление данных цитотоксичности в случае соединения В на двух клеточных линиях (НСС1954 и Jurkat).
Фигура 4 иллюстрирует графическое представление данных цитотоксичности в случае соединения С на двух клеточных линиях (НСС1954 и Jurkat).
Фигура 5 иллюстрирует графическое представление данных цитотоксичности в случае соединения D на двух клеточных линиях (НСС1954 и Jurkat).
Фигура 6 иллюстрирует графическое представление данных цитотоксичности в случае соединения Е на двух клеточных линиях (НСС1954 и Jurkat).
Фигура 7 иллюстрирует in vivo результаты введения Соединения F, Соединения 14 или Соединения 23 на объем опухоли у самок бестимусных мышей с мутацией по гену nude с развившимися опухолями
Фигура 8: иллюстрирует обработанную с помощью MaxEnt1 SEC-СВЭЖХ-QTof-МС интактную массу VAR2-соединение О. Сигналы MS при 115323 Да, 117662 Да и 119999 Да согласуются с конъюгацией 1, 3 и 5 токсинов, со средним уровнем конъюгации ~4 токсина на белок.
Фигура 9 иллюстрирует: обработанную с помощью MaxEnt1 SEC-СВЭЖХ-QTof-МС интактную массу VAR2-Соединение KK. Профайл восстановленных из свертки данных MS согласуется с конъюгацией вплоть до 5 токсинов (Соединение KK), но со средним содержанием лекарственного средства ~2,5 лекарственных средств.
Фигура 10 иллюстрирует анализ свободного неконъюгированного токсин-линкер в получении конъюгата VAR2CSA-лекарственное средство. Ось X: Время. Ось Y: Интенсивность. Линии (основанные на уменьшении высоты вершины) соответствуют 20 нМ лекарственного средства-линкера, 10 нМ лекарственного средства-линкера, 1 нМ лекарственного средства-линкера, 0,5 нМ лекарственного средства-линкера и аналита.
Фигура 11 иллюстрирует специфику связывания немодифицированных DBL1-ID2a (МР1255) с клеточной линией Myla2059 в присутствие или отсутствие CSA (Sigma С9819).
Фигура 12 иллюстрирует специфику связывания VAR2-Соединение О (конъюгат цистеина) с клеточной линией Myla2059 в присутствие или отсутствие CSA (Sigma С9819).
Фигура 13 иллюстрирует специфику связывания VAR2-Соединение KK (конъюгат лизина) с клеточной линией Myla2059 в присутствие или отсутствие CSA (Sigma С9819).
Фигура 14 иллюстрирует цитотоксичность конъюгата VAR2CSA-лекарственное средство по отношению к клеткам Colo205. Применяемый белок VAR2 представлял собой DBL1-ID2a. VAR2-Соединение О - круги. VAR2-Соединение О с добавлением CSA (Sigma С9819) - ромбы. Отдельно CSA - квадраты.
Фигура 15 иллюстрирует цитотоксичность конъюгатов VAR2CSA-лекарственное средство по отношению к клеткам Colo205. VAR2-Соединение О, полученное с помощью конъюгации с цистеином - треугольники. VAR2-Соединение KK, полученное с помощью конъюгации с лизином - круги.
Фигура 16 иллюстрирует цитотоксичность конъюгатов VAR2CSA-лекарственное средство по отношению к клеткам Colo205. VAR2-Соединение О - круги. Отдельно токсин-линкер - квадраты.
Фигура 17 иллюстрирует цитотоксичность конъюгатов VAR2CSA-лекарственное средство по отношению к клеткам UM-UC 3. VAR2-Соединение О - круги. Отдельно VAR2CSA - ромбы.
Фигура 18 иллюстрирует цитотоксичность конъюгатов VAR2CSA-лекарственное средство по отношению к клеткам U138 MG. VAR2-Соединение О - круги. Отдельно VAR2CSA - ромбы.
Фигура 19 иллюстрирует цитотоксичность конъюгатов VAR2CSA-лекарственное средство по отношению к клеткам OVCAR-3. VAR2-Соединение О - круги. Отдельно VAR2CSA - ромбы.
Фигура 20 иллюстрирует массы тел мышей в исследовании переносимости VAR2-Соединение О.
Фигура 21 иллюстрирует массы тел мышей в исследовании эффективности ксенотрансплантанта Karpas 299 после трех IV доз исследуемых соединений.
Фигура 22 иллюстрирует объемы опухолей мышей в исследовании эффективности ксенотрансплантанта Karpas 299 после трех IV доз исследуемых соединений.
Фигура 23 иллюстрирует массы тел мышей в исследовании эффективности рака простаты РС3.
Фигура 24 иллюстрирует объемы опухолей мышей в исследовании эффективности рака простаты РС3.
ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ
В следующем описании некоторые конкретные детали изложены для того, чтобы обеспечить полное понимание различных вариантов реализации изобретения. Тем не менее, специалисту в данной области техники будет понятно, что изобретение может быть осуществлено на практике без этих деталей.
ОПРЕДЕЛЕНИЯ
Если не указано иное, следующие термины и фразы, как применяют в данном документе, предназначены для того, чтобы иметь следующие значения. Если в данном документе применяют торговые наименования, заявители намерены независимо включать состав продукта торгового наименования, дженериковое лекарственное средство и активный фармацевтический ингредиент(ы) продукта торгового наименования.
Если контекст не требует иного, во всем описании и формуле изобретения, слово "содержать" и его вариации, такие как "содержит" и "содержащий", должны толковаться в открытом, всеобъемлющем смысле, то есть как "в том числе, но не ограничиваясь этим".
Ссылка в данном описании на "отдельный вариант реализации изобретения" или "вариант реализации изобретения" означает, что конкретный признак, структура или характеристика, описанные в связи с вариантом реализации изобретения, включены в по меньшей мере один из вариантов данного описания. Таким образом, появления фраз, таких как "в одном варианте реализации изобретения" или "в варианте реализации изобретения" в различных местах по всему данному описанию не обязательно относится все к тому же варианту реализации изобретения. Следует понимать, что некоторые признаки, описанные в данном документе, которые для ясности описаны в контексте отдельных вариантов реализации данного изобретения, также могут быть представлены в комбинации в одном варианте реализации настоящего изобретения. Наоборот, различные признаки, описанные в данном документе, которые для краткости описаны в контексте отдельного варианта реализации изобретения, также могут быть представлены отдельно или в любой подходящей подкомбинации.
Химические группы
Все комбинации вариантов реализации изобретения, относящиеся к химическим группам, представленным переменными (например, R1-R50, Q, X, Y и Z), содержащимися в общих химических формулах, описанных в данном документе (например, II, XIV, XV и XX), специально охватываются данным изобретением так же, как если бы каждая комбинация была по отдельности процитирована в явном виде, в той степени, что такие комбинации охватывают соединения, которые приводят к получению стабильных соединений (т.е., соединения, которые могут быть выделены, охарактеризованы и исследованы на биологическую активность). Кроме того, все подкомбинации химических групп, перечисленных в вариантах реализации изобретения, описывающих такие переменных, а также все подкомбинации применения и медицинских показаний, описанных в данном документе, также конкретно охватываются данным изобретением так же, как если бы каждая субкомбинация химических групп и подкомбинация применений и медицинских показаний были по отдельности и в явном виде изложены в данном документе. Кроме того, в случае, если список заместителей указан для любой конкретной переменной (например, R1-R50, Q, X, Y и Z) в конкретном варианте реализации изобретения и/или пункте формулы изобретения, следует понимать, что каждый отдельный заместитель может быть удален из конкретного варианта реализации изобретения и/или пункта формулы изобретения и что оставшийся список заместителей будет рассматриваться в пределах данного описания.
Термин "ацилокси", как применяют в данном документе, включает -ОС(O)-алкил, где алкил является таким, как определено в данном документе. Примеры ацилокси включают, но без ограничения этим: формилокси, ацетокси, пропионилокси, изобутирилокси, пивалоилокси и тому подобное.
Термин "ацилтио", как применяют в данном документе, соответствует -SC(O)-алкилу, где алкил является таким, как определено в данном документе. Примеры ацилтио включают, но без ограничения этим: формилтио, ацетилтио, пропионилтио, изобутирилтио, пивалоилтио и тому подобное.
Термин "алкоксикарбонил", как применяют в данном документе, соответствует -С(O)O-алкилу. Примеры алкоксикарбонила включают, но без ограничения этим: метоксикарбонил, этоксикарбонил, н-пропоксикарбонил, изопропоксикарбонил, н-бутоксикарбонил, втор-бутоксикарбонил, изобутоксикарбонил, трет-бутоксикарбонил, пентилоксикарбонил, изопентилоксикарбонил, трет-пентилоксикарбонил, нео-пентилоксикарбонил, 1-метилбутоксикарбонил, 2-метилбутоксикарбонил, н-гексилоксикарбонил и тому подобное.
"Алкил" соответствует прямой или разветвленной углеводородной цепи, состоящей исключительно из атомов углерода и водорода, которая является насыщенной или ненасыщенной (т.е., содержит одну или более двойных и/или тройных связей), имеющей от одного до двенадцати атомов углерода (С1-С12 алкил), предпочтительно, от одного до восьми атомов углерода (C1-C8 алкил) или от одного до шести атомов углерода (C1-С6 алкил), и которая прикреплена к остальной части молекулы с помощью одинарной связи, например, метил, этил, н-пропил, 1-метилэтил (изо-пропил), н-бутил, н-пентил, 1,1-диметилэтил (трет-бутил), 3-метилгексил, 2-метилгексил, этенил, проп-1-енил, бут-1-енил, пент-1-енил, пента-1,4-диенил, этинил, пропинил, бутинил, пентинил, гексинил и тому подобное. Если в описании конкретно не указано иное, алкильная группа может быть необязательно замещена.
"Алкилен", "алкиленовая цепь" или "алкилдиил" соответствует прямой или разветвленной двухвалентной углеводородной цепи, связывающей остаток молекулы с замещающей группой, состоящей исключительно из атомов углерода и водорода, которая является насыщенной или ненасыщенной (т.е., содержит одну или более двойных и/или тройных связей), и имеющей от одного до двенадцати атомов углерода, например, метилен, этилен, пропилен, н-бутилен, этенилен, пропенилен, н-бутенилен, пропинилен, н-бутинилен и тому подобное. Алкиленовая цепь прикреплена к остальной части молекулы посредством одинарной или двойной связи, а к замещающей группе посредством одинарной или двойной связи. Точки прикрепления алкиленовой цепи к остальной части молекулы и к замещающей группе может иметь вид одного атома углерода или любых двух атомов углерода в цепи. Если в описании конкретно не указано иное, алкиленовая цепь может быть необязательно замещена.
Термин "алкенилдиил", как применяют в данном документе, соответствует прямому или разветвленному ненасыщенному углеводородному бирадикалу, содержащему указанное количество атомов углерода и одну или более углерод-углеродных двойных связей, например, С2-С6 алкенилдиил, С2-С4 алкенилдиил или С2 алкенилдиил. Примеры алкенилдиила включают, но без ограничения этим: этенилдиил, н-пропенилдиил, изопропенилдиил, н-бутенилдиил, втор-бутенилдиил, изобутенилдиил, трет-бутенилдиил, пентенилдиил, изопентенилдиил, трет-пентенилдиил, нео-пентенилдиил, 1-метилбутенилдиил, 2-метилбутенилдиил, н-гексенилдиил и тому подобное.
"Алкокси" соответствует заместителю формулы -ORa, где Ra представляет собой алкильный заместитель, как определено выше, содержащий от одного до двенадцати атомов углерода. Если в описании конкретно не указано иное, алкокси группа может быть необязательно замещена.
"Алкиламино" соответствует заместителю формулы -NHRa или -NRaRa, где каждый Ra представляет собой независимо алкильный заместитель, как определено выше, содержащий от одного до двенадцати атомов углерода. Если в описании конкретно не указано иное, алкиламино группа может быть необязательно замещена.
"Амино" соответствует заместителю -NH2.
Термин "аминоциклоалкил", как применяют в данном документе, соответствует циклоалкильной группе, замещенной одним аминозаместителем, таким образом, как эти термины определены в данном документе. Примеры аминоциклоалкила включают, но без ограничения этим: аминоциклопропил, аминоциклобутил, аминоциклопентил, аминоциклогексил и тому подобное.
Термин "аминоалкил", как применяют в данном документе, соответствует алкильной группе, замещенной одним аминозаместителем, таким образом, как эти термины определены в данном документе. Примеры аминоалкила включают, но без ограничения этим: аминометил, аминоэтил, амино-н-пропил, амино-изопропил, амино-н-бутил, амино-втор-бутил, аминоизобутил, амино-трет-бутил, аминопентил, аминоизопентил, амино-трет-пентил, амино-нео-пентил, амино-1-метилбутил, амино-2-метилбутил, амино-н-гексил и тому подобное.
Термин "аминоарил", как применяют в данном документе, соответствует арильной группе, замещенной одним аминозаместителем, таким образом, как эти термины определены в данном документе. Примеры аминоарила включают, но без ограничения этим: аминофенил, аминонафталенил и тому подобное.
"Арил" соответствует заместителю на основе углеводородной кольцевой системе, содержащей водород, от 6 до 18 атомов углерода и по меньшей мере одно ароматическое кольцо. Для целей данного описания арильный заместитель может быть моноциклической, бициклической, трициклической или тетрациклической кольцевой системой, которая может содержать конденсированные или мостиковые кольцевые системы. Арильные заместители включают, но без ограничения этим, арильные заместители, полученные из ацеантрилена, аценафтилена, ацефенантрилена, антрацена, азулена, бензола, хризена, флуорантена, флуорену, ассим-индацена, сим-индацена, индана, индена, нафталина, феналена, фенантрена, плеядена, пирена и трифенилена. Если в описании конкретно не указано иное, термин "арил" или префикс "ар-" (такой, как в "аралкил") предназначен для включения арильных заместителей, которые являются необязательно замещенными.
"Аралкил" соответствует заместителю формулы -Rb-Rc, где Rb представляет собой алкиленовую цепь, как определено выше, и Rc представляет собой один или более арильных заместителей, как определено выше, например, бензил, дифенилметил и тому подобное. Если в описании конкретно не указано иное, аралкильная группа может быть необязательно замещена.
Термин "карбоксамид", как применяют в данном документе, соответствует -C(O)NH2.
Термин "карбоксил", как применяют в данном документе, соответствует -С(O)ОН.
"Циано" соответствует заместителю -CN.
"Циклоалкил" или "карбоциклическое кольцо" соответствует стабильному неароматическому моноциклическому или полициклическому углеводородному заместителю, состоящему исключительно из атомов углерода и атомов водорода, который может включать конденсированные или мостиковые кольцевые системы, имеющие от трех до пятнадцати атомов углерода, предпочтительно, имеющие от трех до десяти атомов углерода, и который насыщен или ненасыщен и прикреплен к остальной части молекулы одинарной связью. Моноциклические радикалы включают, например, циклопропил, циклобутил, циклопентил, циклогексил, циклогептил и циклооктил. Полициклические заместители содержат, например, адамантил, норборнил, декалинил, 7,7-диметил-бицикло[2.2.1]гептанил и тому подобное. Если в описании конкретно не указано иное, циклоалкильная группа может быть необязательно замещена.
"Циклоалкилалкил" соответствует заместителю формулы -RbRd где Rd представляет собой алкиленовую цепь, как определено выше и Rg представляет собой циклоалкильный заместитель, как определено выше. Если в описании конкретно не указано иное, циклоалкилалкильная группа может быть необязательно замещена.
"Конденсированный" соответствует любой кольцевой структуре, описанной в данном документе, которая конденсирована с существующей кольцевой структурой в соединениях по данному описанию. При условии, что конденсированное кольцо является гетероциклильным кольцом или гетероарильным кольцом, любой атом углерода существующей кольцевой структуры, которая становится частью слитого гетероциклильного кольца или конденсированного гетероарильного кольца, может быть заменен на атом азота.
"Галогено" или "галоген" соответствует брому, хлору, фтору или йоду.
"Галогеналкил" соответствует алкильному радикалу, как определено выше, который замещен одним или более галогенными заместителями, как определено выше, например, трифторметилом, дифторметилом, трихлорметилом, 2,2,2-трифторэтилом, 1,2-дифторэтилом, 3-бром-2-фторпропилом, 1,2-дибромэтилом и тому подобное. Если в описании конкретно не указано иное, галогеналкильная группа может быть необязательно замещена.
Термин "галогеналкокси", как применяют в данном документе, соответствует -О-галогеналкилу, причем галогеналкил является таким, как определено в данном документе. Примеры галогеналкокси включают, но без ограничения этим: дифторметокси, трифторметокси, 2,2,2-трифторэтокси, пентафторэтокси и тому подобное.
"Гетероарил" соответствует заместителю на основе 5-14-членной кольцевой системы, содержащему атомы водорода, от одного до тринадцати атомов углерода, от одного до шести гетероатомов, выбранных из группы, состоящей из азота, кислорода и серы, а также по меньшей мере одного ароматического кольца. Для целей данного описания, гетероарильный заместитель может быть моноциклической, бициклической, трициклической или тетрациклической кольцевой системой, которая может содержать конденсированные или мостиковые кольцевые системы; и атомы азота, углерода или серы в гетероарильном заместителе могут быть необязательно окислены; при этом атом азота может быть необязательно кватернизирован. Примеры включают, но без ограничения этим, азепинил, акридинил, бензимидазолил, бензотиазолил, бензиндолил, бензодиоксолил, бензофуранил, бензоксазолил, бензотиазолил, бензотиадиазолил, бензо[b][1,4]диоксипенил, 1,4-бензодиоксанил, бензонафтофуранил, бензоксазолил, бензодиоксолил, бензодиоксинил, бензопиранил, бензопиранонил, бензофуранил, бензофуранонил, бензотиенил (бензотиофенил), бензотриазолил, бензо[4,6]имидазо[1,2-а]пиридинил, карбазолил, циннолинил, дибензофуранил, дибензотиофенил, фуранил, фуранонил, изотиазолил, имидазолил, индазолил, индолил, индазолил, изоиндолил, индолинил, изоиндолинил, изохинолил, индолизинил, изоксазолил, нафтиридинил, оксадиазолил, 2-оксоазепинил, оксазолил, оксиранил, 1-оксидопиридинил, 1-оксидопиримидинил, 1-оксидопиразинил, 1-оксидопиридазинил, 1-фенил-1H-пирролил, феназинил, фенотиазинил, феноксазинил, фталазинил, птеридинил, пуринил, пирролил, пиразолил, пиридинил, пиразинил, пиримидинил, пиридазинил, хиназолинил, хиноксалинил, хинолинил, хинуклидинил, изохинолинил, тетрагидрохинолинил, тиазолил, тиадиазолил, триазолил, тетразолил, триазинил и тиофенил (т.е. тиенил). Если в описании конкретно не указано иное, гетероарильная группа может быть необязательно замещена.
"N-гетероарил" соответствует гетероарильному заместителю, как определено выше, содержащему по меньшей мере один атом азота, и где точка прикрепления гетероарильного заместителя к остальной части молекулы имеет вид атома азота в гетероарильном заместителе. Если в описании конкретно не указано иное, N-гетероарильная группа может быть необязательно замещена.
"Гетероарилалкил" соответствует заместителю формулы -RbRf, где Rb представляет собой алкиленовую цепь, как определено выше, и Rf представляет собой гетероарильный заместитель, как определено выше. Если в описании конкретно не указано иное, гетероарилалкильная группа может быть необязательно замещена.
Термин "гетероарилдиил", как применяют в данном документе, соответствует бивалентный радикал, полученный из 6-12-членной моно- или бициклической кольцевой системы, в которой по меньшей мере один кольцевой атом представляет собой гетероатом и по меньшей мере одно кольцо является ароматическим. Примеры гетероатома включают, но без ограничения этим: О, S, N и тому подобное. Примеры гетероарилдиила включают, но без ограничения этим: тиазолилдиил, 2,4-тиазолилдиил, триазолилдиил, 1,2,3-триазолил-1,4-диил, пиридилдиил, бензофуранилдиил, пиразинилдиил, пиридазинилдиил, пиримидинилдиил, триазинилдиил, хинолинилдиил, бензоксазолилдиил, бензотиазолилдиил, 1H-бензимидазолилдиил, изохинолинилдиил, хиназолинилдиил, хиноксалинилдиил, пирролилдиил, индолилдиил, 1H-бензоимидазол-2-илдиил, бензо[1,3]диоксол-5-илдиил, 3,4-дигидро-2H-бензо[1,4]оксазин-7-илдиил, 2,3-дигидро-бензофуран-7-илдиил, 2,3-дигидро-индол-1-илдиил и тому подобное. Примеры включают, но без ограничения этим, и тому подобное.
"Гетероциклил" или "гетероциклическое кольцо" соответствует стабильному 3--18-членному не-ароматическому кольцевому заместителю, который состоит из от двух до двенадцати атомов углерода и от одного до шести гетероатомов, выбранных из группы, состоящей из азота, кислорода и серы. Если в описании конкретно не указано иное, гетероциклильный заместитель может быть моноциклической, бициклической, трициклической или тетрациклической кольцевой системой, которая может содержать конденсированные или мостиковые кольцевые системы; и атомы азота, углерода или серы в гетероциклильном заместителе могут быть необязательно окислены; при этом атом азота может быть необязательно кватернизирован; и гетероциклильный заместитель может быть частично или полностью насыщенным. Примеры подобных гетероциклильных радикалов включают, но не ограничиваясь этим, диоксоланил, тиенил[1,3]дитианил, декагидроизохинолил, имидазолинил, имидазолидинил, изотиазолидинил, изоксазолидинил, морфолинил, октагидроиндолил, октагидроизоиндолил, 2-оксопиперазинил, 2-оксопиперидинил, 2-оксопирролидинил, оксазолидинил, пиперидинил, пиперазинил, 4-пиперидонил, пирролидинил, пиразолидинил, хинуклидинил, тиазолидинил, тетрагидрофурил, тритианил, тетрагидропиранил, тиоморфолинил, тиаморфолинил, 1-оксо-тиоморфолинил и 1,1-диоксо-тиоморфолинил. Если в описании конкретно не указано иное, гетероциклильная группа может быть необязательно замещена.
"N-гетероциклил" соответствует гетероциклильному заместителю, как определено выше, содержащему по меньшей мере один атом азота, и где точка прикрепления гетероциклильного заместителя к остальной части молекулы имеет вид атома азота в гетероциклильном заместителе. Если в описании конкретно не указано иное, N-гетероциклильная группа может быть необязательно замещена.
"Гетероциклилалкил" соответствует заместителю формулы -RbRe, где Rb представляет собой алкиленовую цепь, как определено выше, и Re представляет собой гетероциклильный заместитель, как определено выше, и если гетероциклил представляет собой азотсодержащий гетероциклил, гетероциклил может быть прикреплен к алкильному заместителю на атоме азота. Если в описании конкретно не указано иное, гетероциклилалкильная группа может быть необязательно замещена.
Термин "гетероциклилдиил", как применяют в данном документе, соответствует бивалентному радикалу, полученному из 3-12-членной моно- или бициклической неароматической кольцевой системы, в которой по меньшей мере один кольцевой атом представляет собой гетероатом. Примеры гетероатома включают, но без ограничения этим: О, S, N и тому подобное. Гетероциклилдиильный заместитель может быть прикреплен с помощью любых двух из имеющихся кольцевых атомов, например, кольцевыми атомами углерода или кольцевыми атомами азота. В некоторых вариантах реализации изобретения гетероциклилдиил представляет собой содержащее 3, 4, 5, 6 или 7 членов кольцо. Примеры гетероциклилдиильной группы включают, но без ограничения этим: азиридин-1-илдиил, азиридин-2-илдиил, азетидин-1-илдиил, азетидин-2-илдиил, азетидин-3-илдиил, пиперидин-1-илдиил, пиперидин-2-илдиил, пиперидин-3-илдиил, пиперидин-4-илдиил, морфолин-2-илдиил, морфолин-3-илдиил, морфолин-4-илдиил, пиперазин-1-илдиил, пиперазин-2-илдиил, пиперазин-3-илдиил, пиперазин-4-илдиил, пирролидин-1-илдиил, пирролидин-2-илдиил, пирролидин-3-илдиил, [1,3]-диоксолан-2-илдиил, тиоморфолин-4-илдиил, [1,4]оксазепан-4-илдиил, 1,1-диоксо-1λ6-тиоморфолин-4-илдиил, азепан-1-илдиил, азепан-2-илдиил, азепан-3-илдиил, азепан-4-илдиил, октагидрохинолин-1-илдиил, октагидроизохинолин-2-илдиил и тому подобное.
"Гидрокси" или "гидроксил" соответствует заместителю -ОН.
Термин "гидроксиалкил", как применяют в данном документе, соответствует алкильной группе, замещенной одним гидроксизаместителем, таким образом, как эти термины определены в данном документе. Примеры гидроксиалкила включают, но без ограничения этим: гидроксиметил, гидроксиэтил, гидрокси-н-пропил, гидроксиизопропил, гидрокси-н-бутил, гидрокси-втор-бутил, гидроксиизобутил, гидрокси-трет-бутил, гидроксипентил, гидроксиизопентил, гидрокси-трет-пентил, гидрокси-нео-пентил, гидрокси-1-метилбутил, гидрокси-2-метилбутил, гидрокси-н-гексил и тому подобное.
"Имино" соответствует заместителю =NH.
"Тиоалкил" соответствует заместителю формулы -SRa, где Ra представляет собой алкильный заместитель, как определено выше, содержащий от одного до двенадцати атомов углерода. Если в описании конкретно не указано иное, тиоалкильная группа может быть необязательно замещена.
"Нитро" соответствует заместителю -NO2.
"Оксо" соответствует заместителю =O.
"Тиол" соответствует заместителю -SH.
"Тиоксо" соответствует заместителю =S.
Термин "замещенный", применяемый в данном документе, означает любую из вышеперечисленных групп (т.е., алкил, алкилен, алкокси, алкиламино, тиоалкил, арил, аралкил, циклоалкил, циклоалкилалкил, галогеналкил, гетероциклил, N-гетероциклил, гетероциклилалкил, гетероарил, N-гетероарил и/или гетероарилалкил), где по меньшей мере один атом водорода замещен на связь с неводородными атомами, такими как, но не ограничиваясь этим: атом галогена, такой как F, Cl, Br и I; атом кислорода в группе, такой как гидроксильные группы, алкоксильные группы и сложноэфирные группы; атом серы в группах, таких как тиольные группы, тиоалкильные группы, сульфонные группы, сульфонильные группы и сульфоксидные группы; атом азота в группах, таких как азиды, амины, амиды, алкиламины, диалкиламины, ариламины, алкилариламины, диариламины, N-оксиды, имиды, глицины и енамины; атом кремния в группах, таких как триалкилсилильные группы, диалкиларилсилильные группы, алкилдиарилсилильные группы и триарилсилильные группы; и другие гетероатомы в других различных группах. "Замещенный" также означает любую из вышеуказанных групп, в которых один или более атомов водорода заменен на связь более высокого порядка (например, двойную или тройную связь) с гетероатомом, таким как кислород в оксо, карбониле, карбоксиле и сложноэфирных группах; и азот в группах, таких как имины, оксимы, гидразоны и нитрилы. Например, "замещенный" включает любые из вышеуказанных групп, в которых один или несколько атомов водорода замещены -NRgRh, -NRgC(=O)Rh, -NRgC(=O)NRgRh, -NRgC(=O)ORh, -NRgC(=NRg)NRgRh, -NRgSO2Rh, -OC(=O)NRgRh, -ORg, -SRg, -SORg, -SO2Rg, -OSO2Rg, -SO2ORg, =NSO2Rg и -SO2NRgRh. "Замещенный также означает любую из указанных выше групп, в которых один или несколько атомов водорода замещены -C(=O)Rg, -C(=O)ORg, -C(=O)NRgRh, -CH2SO2Rg, -CH2SO2NRgRh. В изложенном выше, Rg и Rh являются одинаковыми или различными и независимо друг от друга представляют собой водород, алкил, алкокси, алкиламино, тиоалкил, арил, аралкил, циклоалкил, циклоалкилалкил, галогеналкил, гетероциклил, N-гетероциклил, гетероциклилалкил, гетероарил, N-гетероарил и/или гетероарилалкил. "Замещенный" дополнительно означает любую из вышеуказанных групп, в которых один или более атомов водорода замещен на связь с амино, циано, гидроксильной, имино, нитро, оксо, тиоксо, галогенной, алкильной, алкокси, алкиламино, тиоалкильной, арильной, аралкильной, циклоалкильной, циклоалкильной, галогеналкильной, гетероциклильной, N-гетероциклильной, гетероциклилалкильной, гетероарильной, N-гетероарильной и/или гетероарилалкильной группой. Кроме того, каждый из вышеуказанных заместителей может быть необязательно замещен одним или более из вышеперечисленных заместителей.
Данное описание также предназначено для того, чтобы охватывать все фармацевтически приемлемые соединения Формулы I, которые являются меченными изотопами, при этом один или более атомов замещены атомом, имеющим другую атомную массу или массовое число. Примеры изотопов, которые могут быть введены в описанные соединения, включают изотопы водорода, углерода, азота, кислорода, фосфора, фтора, хлора и йода, такие как 2Н, 3Н, 11С, 13С, 14С, 13N, 15N, 15O, 17O, 18O, 31Р, 32Р, 35S, 18F, 36Cl, 123I и 125I, соответственно. Эти меченные радиоактивным изотопом соединения являются применимыми для того, чтобы помочь определить или измерить эффективность соединений, с помощью исследования, например, сайта, режима действия или аффинности связывания с фармакологически важным сайтом действия. Некоторые меченные изотопами соединения, описанные в данном документе, например, те, которые включают радиоактивный изотоп, являются применимыми в исследованиях распределения в тканях лекарственного средства и/или субстрата. Радиоактивный изотоп тритий, т.е. 3Н, и углерод-14, т.е. 14С, являются особенно применимыми для этой цели ввиду легкости их введения и готовых способов обнаружения.
Замещение тяжелыми изотопами, такими как дейтерий, т.е. 2Н, может давать некоторые терапевтические преимущества в результате более высокой метаболической стабильности, например, повышенное in vivo время полужизни или сниженные требования к дозировки, и, следовательно, при некоторых обстоятельствах может быть предпочтительным.
Замещение излучающими позитрон изотопами, такими как 11С, 18F, 15O и 13N, может быть применимым в исследованиях с помощью позитронно-эмиссионной томографии (ПЭТ) для изучения степени занятости рецептора субстратом. Меченные изотопами соединения, описанные в данном документе, обычно могут быть получены стандартными способами, известными специалистам в этой области техники, или способами, аналогичными способам, описанным в Получениях и Примерах, как изложено ниже, с применением соответствующего меченного изотопами реагента вместо немеченного реагента, применяемого ранее.
Данное описание также предназначено для того, чтобы охватывать in vivo продуктов метаболизма, описанных соединений. Такие продукты могут быть результатом, например, окисления, восстановления, гидролиза, амидирования, эстерификации и тому подобного, введенного соединение, в первую очередь за счет ферментативных способов. Соответственно, данное описание включает соединения, полученные по способу, включающему введение соединения по данному описанию млекопитающему в течение периода времени, достаточного для получения его метаболического продукта. Такие продукты, как правило, идентифицируют путем введения меченного радиоактивным изотопом соединения по данному описанию в детектируемой дозе животному, такому как крыса, мышь, морская свинки, обезьяна или человек, что дает достаточное время для того, чтобы происходил обмен веществ и выделение его продуктов преобразования из мочи, крови или других биологических образцов.
Соединения по данному описанию, или их фармацевтически приемлемые соли могут содержать один или несколько асимметрических центров и могут, таким образом, приводить к энантиомерам, диастереомерам и другим стереоизомерным формам, которые могут быть определены в терминах абсолютной стереохимии как (R)- или (S)- или как (D)- или (L)- в случае аминокислот. Данное описание подразумевает включение всех таких возможных изомеров, а также их рацемических и оптически чистых форм. Оптически активные (+) и (-), (R)- и (S)- или (D)- и (L)-изомеры могут быть получены с применением хиральных синтонов или хиральных реагентов, или разделены с применением традиционных технологий, например, хроматографии и фракционной кристаллизации. Традиционные способы получения/выделения индивидуальных энантиомеров включают хиральный синтез из подходящего оптически чистого прекурсора или разделение рацемата (или рацемата соли или производного) с применением, например, хиральной жидкостной хроматографии высокого давления (ВЭЖХ). При условии, что соединения, описанные в данном документе, содержат олефиновые двойные связи или другие центры геометрической асимметрии и если не указано иное, предполагается, что соединения включают и Е, и Z геометрические изомеры. Таким же образом, также должны быть включены все таутомерные формы.
Другие определения
Термин "аминокислота" или "аминокислотный остаток", как применяют в данном документе, включает любую из двадцати встречающихся в природе аминокислот, D-форму любой из встречающихся в природе аминокислот, не встречающиеся в природе аминокислоты, а также их производные, аналоги и миметики. Любая аминокислота, в том числе встречающиеся в природе аминокислоты, могут быть приобретены коммерчески или синтезированы по способам, известным в данной области техники. Примеры не встречающихся в природе аминокислот включают цитруллин ("Cit"), норлейцин ("Nle"), норвалин ("Nva"), n-аланин, L- или D-нафталанин, орнитин ("Orn"), гомоаргинин (homoArg) и другие, хорошо известные в данной области техники химии пептидов, в том числе и те, которые описаны в М. Bodanzsky, "Principles of Peptide Synthesis," 1st and 2nd revised ed., Springer-Verlag, New York, N.Y., 1984 and 1993 и Stewart and Young, "Solid Phase Peptide Synthesis," 2nd ed., Pierce Chemical Co., Rockford, Ill., 1984. Обычные аминокислоты могут быть названы их полным названием, стандартным однобуквенным обозначением или стандартным трехбуквенным обозначением, например: A, Ala, аланин; С, Cys, цистеин; D, Asp, аспарагиновая; Е, Glu, глутаминовая кислота; F, Phe, фенилаланин; G, Gly, глицин; Н, His, гистидин; I, Ile изолейцин; K, Lys, лизин; L, Leu, лейцин; М, Met, метионин; N, Asn, аспарагин; Р, Pro, пролин; Q, Gln, глутамин; R, Arg, аргинин; S, Ser, серин; Т, Thr, треонин; V, Val, валин; W, Trp, триптофан; X, Hyp, гидроксипролин; Y, Tyr, тирозин. Любые и все аминокислоты в составах по данному изобретению могут быть встречающимися в природе, синтетическими и их производными или миметиками. При условии, что аминокислотные остатки содержат один или несколько хиральных центров, любой из D, L, мезо, трео или эритро (в зависимости от конкретного случая) рацематов или их смесей входит в объем данного изобретения.
Термин "другая аминокислота", как применяют в данном документе, означает, что аминокислота отличается от аминокислоты, присутствующей в этом положении в природе. Это включает, но не ограничиваясь этим, аминокислоты, которые могут быть закодированы полинуклеотидом. В некоторых вариантах реализации изобретения отличная аминокислота находится в естественной L-форме и может быть закодирована полинуклеотидом.
Термин "конструкция" предназначен для обозначения сегмента полинуклеотид, который может быть основан на в полной мере или частично встречающейся в природе нуклеотидной последовательности, кодирующей представляющий интерес полипептид. Конструкция может необязательно содержать другие полинуклеотидные сегменты. Аналогичным образом, термин "аминокислоты, которые могут быть закодированы с помощью полинуклеотидных конструкций", охватывает аминокислоты, которые могут быть закодированы с помощью полинуклеотидных конструкций, определенных выше, т.е. такие аминокислоты, как Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe, Trp, Pro, Gly, Ser, Thr, Cys, Tyr, Asn, Glu, Lys, Arg, His, Asp и Gln.
Термин "DBL2Xb", как применяют в данном документе, соответствует домену VAR2CSA, характеризующемуся тем, что имеет аминокислотную последовательность с по меньшей мере 70% идентичности последовательности с аминокислотной последовательностью, идентифицированной по 153-577 из SEQ ID NO: 1.
Термин "производное", как применяют в данном документе, предназначен для обозначения полипептида VAR2CSA, проявляющего по существу такую же или улучшенную биологическую активность по сравнению с VAR2CSA дикого типа, идентифицированному по SEQ ID NO: 55 или SEQ ID NO: 56 или их фрагменту, в котором одна или более аминокислот исходного пептида были химически модифицированы, например, алкилированием, ПЭГилированием, ацилированием, образованием сложного эфира или образованием амида или тому подобным.
"Представляющие интерес болезнь или состояние" включают заболевания и состояния, связанные с экспрессированием, таким как аномальная экспрессия CSA, например, при раке, артрите, артрозе, рассеянном склерозе, лечении после нейронального повреждения, восстановлении хряща, заживлении ран, а также при псориазе.
"Эффективное количество" или "терапевтически эффективное количество" соответствует таковому количеству соединения, описанного в данном документе, которое, при введении млекопитающему, предпочтительно, человеку, является достаточным для осуществления лечения, как определено ниже, конкретного показания (например, рака или опухолевых клеток у млекопитающего, предпочтительно, человека). Количество соединения, описанного в данном документе, которое представляет собой "терапевтически эффективное количество", будет варьироваться в зависимости от соединения, состояния и его тяжести, способа введения, возраста млекопитающего, подлежащего лечению, но может быть определено обычным способом обычным специалистом в данной области с учетом его собственных знаний и этого раскрытия.
Фразы "функциональный вариант", "функциональный фрагмент" и "функциональные производные", как применяют в данном документе, соответствуют вариантам, фрагментам, процессированным версиям, а также производным SEQ ID NO: 55 или SEQ ID NO: 56, таким, как любая из SEQ ID NO: 1, 3-5, 10, 11, 29, 34, 36-38, 41, 43-45, 48, 53-56, полипептиды которых содержат связанные с помощью эфирной связи последовательности SEQ ID NO: 55 или SEQ ID NO: 56 и по меньшей мере обладают способностью связывать plCSA. Соответственно, такие полипептиды представляют собой полипептиды VAR2CSA, как применяют в данном документе. Следует понимать, что функциональный вариант VAR2CSA или функциональный фрагмент могут иметь два или три признака, выбранных из того, они являются и вариантом и/или фрагментом и/или производным. Функциональный вариант или фрагмент полипептида VAR2CSA включают те, которые проявляют по меньшей мере около 25%, например, по меньшей мере около 50%, например, по меньшей мере около 75%, например, по меньшей мере около 90% аффинности связывания полипептида VAR2CSA дикого типа, который был получен в клетках того же типа в анализах при исследовании, как описано в данном документе или в WO 2013/117705.
Термин "иммунологический фрагмент", как применяют в данном документе, соответствует фрагменту аминокислотной последовательности, который обладает в основном теми же функциональными активностями и той же пространственной ориентацией, для того, чтобы быть распознанным нацеливающей функциональной группой. Соответственно, специфическая нацеливающая функциональная группа будет связывать как полипептид, так и иммунологические фрагменты.
Термин "внутриклеточный метаболит" соответствует соединению, получаемому в результате метаболического процесса или реакции внутри клетки на соединение, описанное в данном документе (например, конъюгат VAR2CSA-лекарственное средство). Метаболический процесс или реакция могут быть ферментативным способом, таким как протеолитическое расщепление пептидного линкера заявленного соединения или гидролиз функциональной группы, такой как гидразон, сложный эфир или амид в пределах заявленного соединения, или деградацией части или всей нацеливающей функциональной группы. В контексте конъюгатов, внутриклеточные метаболиты могут включать, но без ограничения этим, полипептиды VAR2CSA и свободное лекарственное средство, которые могут быть разделены внутриклеточно, т.е., после ввода, диффузии, поглощения или транспорта в клетку (например, путем ферментативного расщепления конъюгата внутриклеточным ферментом или деградации полипептида VAR2CSA).
В контексте конъюгатов, термины "расщепленный внутриклеточно" и "внутриклеточное расщепление" относятся к метаболическим процессам или реакциям внутри клетки на соединение, описанное в данном документе, посредством чего ковалентное присоединение, например, линкер между несущей полезную нагрузку и нацеливающей функциональной группой разрушается, в результате чего свободное лекарственное средство диссоциирует от функциональной группы внутри клетки. В некоторых вариантах реализации изобретения отщепленные функциональные группы заявленных соединений являются внутриклеточными метаболитами. Соответственно, в одном варианте реализации изобретение предлагает соединения, которые являются продуктами расщепления соединения Формулы I, чьи продукты расщепления включают соединения Формулы II. В качестве альтернативы, лекарственное средство может быть освобождено посредством деградации или протеолиза полипептида VAR2CSA.
Термин "внеклеточное расщепление" относится к метаболическому процессу или реакции вне клетки на соединение, описанное в данном документе, посредством чего ковалентное присоединение, например, линкер между несущей полезную нагрузку и нацеливающей функциональной группой разрушается, в результате чего свободное лекарственное средство диссоциирует от функциональной группы вне клетки. В некоторых вариантах реализации изобретения отщепленные функциональные группы заявленных соединений изначально представляют собой внеклеточные метаболиты, которые могут перемещаться внутрь клетки с помощью диффузии и проницаемости клеток или транспортировки.
Термин "выделенный полипептид" соответствует полипептиду, описанному в данном документе, который (1) был отделен от по меньшей мере около 50 процентов полинуклеотидов, липидов, углеводов или других материалов (т.е., загрязняющих примесей), с которыми он связан в природе (не включая посттрансляционные модификации). Предпочтительно, выделенный полипептид по существу свободен от каких-либо других загрязняющих полипептидов или других загрязняющих примесей, которые находятся в своей естественной среде, которая будет мешать его терапевтическому, диагностическому, профилактическому или исследовательскому применению.
Термин "ID1", как применяют в данном документе, соответствует домену VAR2CSA, характеризующемуся тем, что имеет аминокислотную последовательность с по меньшей мере 70% идентичности последовательности с аминокислотной последовательностью, идентифицированной по 1-152 из SEQ ID NO: 1.
Термин "ID2a", как применяют в данном документе, соответствует домену VAR2CSA, характеризующемуся тем, что имеет аминокислотную последовательность с по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26, по меньшей мере 27, по меньшей мере 28, по меньшей мере 29, по меньшей мере 30, по меньшей мере 31, по меньшей мере 32, по меньшей мере 33, по меньшей мере 34, по меньшей мере 35, по меньшей мере 36, по меньшей мере 37, по меньшей мере 38, по меньшей мере 39, по меньшей мере 40, по меньшей мере 41, по меньшей мере 42, по меньшей мере 43, по меньшей мере 44, по меньшей мере 45, по меньшей мере 46, по меньшей мере 47, по меньшей мере 48, по меньшей мере 49, по меньшей мере 50, по меньшей мере 51, по меньшей мере 52, по меньшей мере 53, по меньшей мере 54, по меньшей мере 55, по меньшей мере 56, по меньшей мере 57, по меньшей мере 58, по меньшей мере 59, по меньшей мере 60, по меньшей мере 61 или по меньшей мере 62, например, 63 последовательных аминокислот от N-конца аминокислот 578-640 из SEQ ID NO: 1 и с по меньшей мере 70% идентичности последовательности по отношению к такой последовательности последовательных аминокислот. В некоторых вариантах реализации изобретения идентичность аминокислотной последовательности, упоминаемой в данном документе, с по меньшей мере 70% любой последовательности, идентифицированной с помощью SEQ ID NO: 1-57 или ее фрагмента, соответствует последовательности с по меньшей мере 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 8, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99% идентичности последовательности по отношению к этой последовательности.
"Млекопитающее" включает людей и как домашних животных, таких как лабораторные животные, так и одомашненных животных (например, кошек, собак, свиней, крупный рогатый скот, овец, коз, лошадей, кроликов) и промысловых животных, таких как дикие животные и подобное.
Термин "микроорганизм", как применяют в данном документе, соответствует бактериям, грибам, археям, протистам (таким как зеленые водоросли и планктон), планариям и амебам. В пределах этого определения лежат патогенные микроорганизмы.
Полипептид с "нативной последовательностью" представляет собой тот, который имеет ту же самую аминокислотную последовательность, что и полипептид, полученный из природы. Такие полипептиды с нативной последовательностью могут быть выделены из природных источников или могут быть получены с помощью рекомбинантных или синтетических способов. Таким образом, полипептид с нативной последовательностью может иметь аминокислотную последовательность встречающегося в природе полипептида человека, полипептида мыши или полипептида от любых других видов млекопитающих.
"Необязательный" или "необязательно" означает, что впоследствии описанное событие обстоятельств может произойти или может не произойти, и что описание включает случаи, когда указанное событие или обстоятельство имеет место, и случаи, в которых его нет. Например, "необязательно замещенного арил" означает, что арильный заместитель может быть замещен или может не быть замещен, и что описание включает как замещенные арильные заместители, так и арильные заместители, не имеющие замещения.
"Фармацевтическая композиция" соответствует составу соединения по данному описанию и среде, которая, как правило, является приемлемой в данной области техники для доставки биологически активного соединение млекопитающим, например, людям. Подобная среда включает все фармацевтически приемлемые для этого носители, разбавители или вспомогательные средства.
"Фармацевтически приемлемый носитель, разбавитель или вспомогательное вещество" включает, без ограничения, любой адъювант, носитель, вспомогательное вещество, вещество, способствующее скольжению, подсластитель разбавитель, консервант, краситель/красящее вещество, усилитель вкуса, поверхностно-активное вещество, смачивающее средство, диспергирующее средство, суспендирующее средство, стабилизатор, изотоническое средство, растворитель или эмульгатор, который был одобрен United States Food and Drug Administration как приемлемый для применения на людях или домашних животных.
"Фармацевтически приемлемая соль" включает соли присоединения как кислоты, так и основания. "Фармацевтически приемлемая соль присоединения кислоты" соответствует тем солям, которые сохраняют биологическую эффективность и свойства свободных оснований, которые не являются биологически или иным образом нежелательными, и которые образованы с помощью неорганических кислот, таких как, но не ограничиваясь этим, хлористоводородной кислоты, бромистоводородной кислоты, серной кислоты, азотной кислоты, фосфорной кислоты и подобного, и органических кислот, таких как, но не ограничиваясь этим, уксусной кислоты, 2,2-дохлоруксусной кислоты, адипиновой кислоты, альгиновой кислоты, аскорбиновой кислоты, аспарагиновой кислоты, бензолсульфоновой кислоты, бензойной кислоты, 4-ацетамидобензойной кислоты, камфорной кислоты, камфор-10-сульфокислоты, каприновой кислоты, капроновой кислоты, каприловой кислоты, угольной кислоты, коричной кислоты, лимонной кислоты, цикламиновой кислоты, додецилсерной кислоты, этан-1,2-дисульфоновой кислоты, этансульфоновой кислоты, 2-гидроксиэтансульфоновой кислоты, муравьиной кислоты, фумаровой кислоты, галактаровой кислоты, гентизиновой кислоты, глюкогептоновой кислоты, глюконовой кислоты, глюкуроновой кислоты, глутаминовой кислоты, глутаровой кислоты, 2-оксо-глутаровой кислоты, глицерофосфорной кислоты, гликолевой кислоты, гиппуровой кислоты, изомасляной кислоты, молочной кислоты, лактобионовой кислоты, лауриновой кислоты, малеиновой кислоты, яблочной кислоты, малоновой кислоты, миндальной кислоты, метансульфоновой кислоты, муциновой кислоты, нафталин-1,5-дисульфокислоты, нафталин-2-сульфоновой кислоты, 1-гидрокси-2-нафтойной кислоты, никотиновой кислоты, олеиновой кислоты, оротовой кислоты, щавелевой кислоты, пальмитиновой кислоты, памовой кислоты, пропионовой кислоты, пироглутаминовой кислоты, пировиноградной кислоты, салициловой кислоты, 4-аминосалициловой кислоты, себациновой кислоты, стеариновой кислоты, янтарной кислоты, винной кислоты, тиоциановой кислоты, n-толуолсульфоновой кислоты, трифторуксусной кислоты, ундециленовой кислоты и подобных. "Фармацевтически приемлемая соль присоединения основания" соответствует тем солям, которые сохраняют биологическую эффективность и свойства свободных кислот, которые не являются биологически или иным образом нежелательными. Эти соли получают добавлением неорганического основания или органического основания к свободной кислоте. Соли, полученные из неорганических оснований, включают, но не ограничиваясь этим, соли натрия, калия, лития, аммония, кальция, магния, железа, цинка, меди, марганца, алюминия и подобное. Предпочтительными неорганическими солями являются соли аммония, натрия, калия, кальция и магния. Соли, полученные из органических оснований, включают, но не ограничиваясь этим, соли первичных, вторичных и третичных аминов, замещенных аминов, в том числе встречающихся в природе замещенных аминов, циклических аминов и катионобменных смол, таких как аммоний, изопропиламин, триметиламин, диэтиламин, триэтиламин, трипропиламин, диэтаноламин, этаноламин, динол, 2-диметиламиноэтанол, 2-диэтиламиноэтанол, дициклогексиламин, лизин, аргинин, гистидин, кофеин, прокаин, гидрабамин, холин, бетаин, бенетамин, бензатин, этилендиамин, глюкозамин, метилглюкамин, теобромин, триэтаноламин, трометамин, пурины, пиперазин, пиперидин, N-этилпиперидин, полиаминные смолы и подобное. Особенно предпочтительными органическими основаниями являются изопропиламин, диэтиламин, этаноламин, триметиламин, дициклогексиламин, холин и кофеин.
"Пролекарство", как предполагается, определяет соединение, которое может быть преобразовано в биологически активное соединение в физиологических условиях или с помощью сольволиза. Таким образом, термин "пролекарство" соответствует метаболическому прекурсору соединения по описанию, который является фармацевтически приемлемым. Пролекарство может быть активным или неактивным, когда его вводят субъекту, нуждающемуся в этом, но in vivo преобразуется в активное соединение по описанию. Пролекарства, как правило, быстро трансформируются in vivo с получением исходного соединения, например, с помощью гидролиза в крови. Пролекарственное соединение часто дает преимущества растворимости, тканевой совместимости или замедленного высвобождения в организме млекопитающих (смотри, Bundgard, Н., Design of Prodrugs (1985), pp. 7-9, 21-24 (Elsevier, Amsterdam)). Обсуждение пролекарств приведено у Higuchi, Т., et al., A.C.S. Symposium Series, Vol. 14 и в Bioreversible Carriers in Drug Design, Ed. Edward B. Roche, American Pharmaceutical Association and Pergamon Press, 1987. Пролекарства соединения по данному описанию могут быть получены путем модификации функциональных групп, присутствующих в соединении по данному описанию, таким образом, что модификации расщепляются, либо в обычной процедуре, либо in vivo, до родоначального соединения по описанию. Пролекарства включают соединения по описанию, в которых гидрокси, амино или меркапто группа связана с любой группой, которая, при условии, что пролекарство соединения по описанию вводят субъекту, относящемуся к млекопитающим, расщепляется с образованием свободной гидрокси, свободной амино или свободной меркаптогруппы, соответственно. Примеры пролекарств включают, но без ограничения этим, ацетатные, формиатные и бензоатные производные спирта или амидные производные амина функциональных групп в соединениях по данному описанию и тому подобное.
Термин "защитная группа", как применяют в данном документе, соответствует лабильной химической функциональной группе, которая известна в данной области техники для защиты реакционноспособных групп, в том числе, без ограничения, гидроксильных и амино групп, от нежелательных реакций в процессе синтеза. Гидроксильные и амино группы, которые защищены защитной группой, упоминаются в данном документе как "защищенные гидроксильные группы" и "защищенные амино группы", соответственно. Защитные группы обычно применяют избирательно и/или независимо друг от друга для защиты сайтов во время реакций на других реакционноспособных сайтах, а затем могут быть удалены, чтобы оставить незащищенную группу как есть, или с возможностью для применения в дальнейших реакциях. Защитные группы, как известно в данной области техники, описаны, в общем, в Greene and Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 3rd edition, John Wiley & Sons, New York (1999). Группы могут быть выборочно включены в соединения по данному описанию в качестве прекурсоров. Например, аминогруппа может быть помещена в соединение по данному описанию как азидогруппа, которая может быть химически преобразована в аминогруппу в нужной точке синтеза. Как правило, группы защищены или присутствуют в качестве прекурсора, который будет инертным по отношению к реакциям, которые модифицируют другие области родоначальной молекулы для конверсии в их конечные группы в соответствующее время. Дополнительно типичные защитные группы или группы-предшественники обсуждаются в Agrawal, et al., Protocols for Oligonucleotide Conjugates, Eds, Humana Press; New Jersey, 1994; Vol. 26 pp. 1-72. Примеры "гидроксильных защитных групп" включают, но без ограничения этим, трет-бутил, трет-бутоксиметил, метоксиметил, тетрагидропиранил, 1-этоксиэтил, 1-(2-хлорэтокси)этил, 2-триметилсилилэтил, n-хлорфенил, 2,4-динитрофенил, бензил, 2,6-дихлорбензил, дифенилметил, n-нитробензил, трифенилметил, триметилсилил, триэтилсилил, трет-бутилдиметилсилил, трет-бутилдифенилсилил (TBDPS), трифенилсилил, бензоилформиат, ацетат, хлорацетат, трихлорацетат, трифторацетат, пивалоат, бензоат, n-фенилбензоат, 9-флуоренилметилкарбонат, мезилат и тозилат. Примеры "аминозащитных групп" включают, но без ограничения этим, карбаматзащитные группы, такие как 2-триметилсилилэтоксикарбонил (Teoc), 1-метил-1-(4-бифенилил)этоксикарбонил (Врос), трет-бутоксикарбонил (ВОС), аллилоксикарбонил (Alloc), 9-флуоренилметилоксикарбонил (Fmoc) и бензилоксикарбонил (Cbz); амидзащитные группы, такие как формил, ацетил, тригалогенацетил, бензоил и нитрофенилацетил; сульфонамидзащитные группы, такие как 2-нитробензолсульфонил; и иминзащитные группы и защитные группы циклического имида, такие как фталимидо и дитиасукциноил.
Часто при кристаллизациях получают сольват соединения по описанию. Как применяют в данном документе, термин "сольват" соответствует агрегату, который включает в себя одну или более молекул соединения по описанию с одной или более молекулами растворителя. Растворитель может представлять собой воду, в этом случае сольват может быть гидратом. В качестве альтернативы, растворитель может быть органическим растворителем. Таким образом, соединения по данному описанию могут существовать в виде гидрата, в том числе моногидрата, дигидрата, полугидрата, сесквигидрата, тригидрата, тетрагидрата и подобного, а также в соответствующих сольватированных формах. Соединение по данному описанию может быть настоящими сольватами, тогда как в других случаях соединение по данному описанию может просто сохранить занесенную воду или представлять собой смесь воды плюс некоторый занесенный растворитель.
"Стабильное соединение" и "стабильная структура" предназначены для обозначения соединения, которое является достаточно устойчивым для того, чтобы выдержать выделение до применимой степени чистоты из реакционной смеси, и составления в эффективное терапевтическое средство.
Термин "идентичность последовательности", как известно в данной области техники, соответствует соотношению между последовательностями двух или более молекул полипептида или двух или более молекул нуклеиновых кислот, как определено путем сравнения последовательностей. В данной области техники, "идентичность" также означает, что степень связанности последовательности между молекулами нуклеиновых кислот или между полипептидами, в зависимости от обстоятельств, может быть таким, как это определено с помощью количества соответствий между строками из двух или более нуклеотидных остатков или двух или более аминокислотных остатков. "Идентичность" измеряет процент одинаковых эквивалентов между меньшей из двух или более последовательностей с выравниванием по гэпу (если таковой имеется), рассматриваемых в рамках конкретной математической модели или компьютерной программы (т.е., "алгоритмов"). Термин "сходство" представляет собой родственное понятие, но в отличие от "идентичности", соответствует соотношению последовательностей, которое включает в себя как идентичные эквиваленты, так и эквиваленты консервативной замены. Поэтому в тех случаях, когда имеются консервативные замены, степень сходства между двумя полипептидами будет выше, чем процент идентичности между этими двумя полипептидами.
"Стереоизомер" соответствует соединению, созданному из тех же атомов, связанных теми же связями, но имеющему различные трехмерные структуры, которые не являются взаимозаменяемыми. Данное описание предусматривает различные стереоизомеры и их смеси и включает "энантиомеры", которые соответствуют двум стереоизомерам, чьи молекулы являются не накладывающимися друг на друга зеркальными изображениями друг друга.
"Таутомер" соответствует сдвигу протона от одного атома молекулы на другой атом этой же молекулы. Данное описание включает таутомеры любого из указанных соединений.
"Лечить" или "лечение", как применяют в данном документе, охватывает лечение представляющего интерес заболевания или состояния у млекопитающего, предпочтительно, человека, имеющего представляющее интерес заболевание или состояние, и включает:
(i) профилактику заболевания или состояния с момента возникновения у млекопитающего, в частности, при условии, что такое млекопитающее предрасположено к состоянию, но еще не было диагностировано как имеющее его;
(ii) подавление заболевания или состояния, т.е., прекращение его развития;
(iii) облегчение заболевания или состояния, т.е., то, что приводит к ремиссии заболевания или состояния; или
(iv) облегчение симптомов, получаемых от заболевания или состояния, т.е., облегчение боли без разрешения лежащего в ее основе заболевания или состояния.
В одном варианте реализации изобретения термин "полипептид VAR2CSA", как применяют в данном документе, соответствует внеклеточной части специфического белка Erythrocyte Membrane Protein 1 (PfEMP1), экспрессируемого с помощью взаимодействия Plasmodium falciparum с хондроитинсульфат протеогликанами (CSPG), и характеризующегося тем, что последовательность из SEQ ID NO: 55 или SEQ ID NO: 56 или их фрагменты, варианты или производные со способностью связывать plCSA, которые могут быть представлены на протеогликане (CSPG). В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA по меньшей мере содержит фрагмент белка VAR2CSA, фрагмент которого состоит из непрерывной аминокислотной последовательности a) ID1 и b) DBL2Xb. В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA по меньшей мере содержит фрагмент белка VAR2CSA, фрагмент которого состоит из непрерывной аминокислотной последовательности a) ID1, b) DBL2Xb и с) ID2a. В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA конкурирует за связывание с plCSA с полипептидом VAR2CSA, состоящим из непрерывной аминокислотной последовательности a) ID1 и b) DBL2Xb. В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA конкурирует за связывание с plCSA с полипептидом VAR2CSA, состоящим из непрерывной аминокислотной последовательности a) ID1, b) DBL2Xb и с) ID2a. В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA конкурирует за связывание с plCSA с полипептидом VAR2CSA, содержащим аминокислотную последовательность в SEQ ID NO: 55 или SEQ ID NO: 56. Включенное в определение полипептида VAR2CSA представляет собой полипептиды, описанные в Salanti A. et al. Mol. Micro 2003 Jul; 49(1):179-91; в Khunrae P. et al., J Mol Biol. 2010 Apr 2; 397(3):826-34, в Srivastava A. et al., Proc Natl Acad Sci USA. 2010 Mar 16; 107(11):4884-9, в 
M. et al, J Biol Chem. 2011 May 6; 286(18):15908-17, и в Srivastava A. et al., PLoS One. 2011; 6(5):e20270.
Термины "вариант" или "варианты", как применяют в данном документе, соответствуют полипептиду VAR2CSA, имеющему аминокислотную последовательность из SEQ ID NO: 55 или SEQ ID NO: 56, или фрагментам полипептида VAR2CSA, содержащим аминокислотную последовательность из SEQ ID NO: 1-54, фрагменты или варианты которых сохраняют способность связывать plCSA на протеогликанах (CSPG), при этом одна или более аминокислот замещены на другую аминокислоту и/или при этом одна или более аминокислот были удалены и/или при этом одна или более аминокислот были вставлены в полипептид и/или при этом одна или более аминокислот были добавлены в полипептид. Такое добавление может иметь место либо на N-конце, либо на С-конце, либо на обоих концах. "Вариант" или "варианты" в рамках этого определения до сих пор имеют функциональную активность с точки зрения того, чтобы быть в состоянии связывать plCSA. Соответственно, такие полипептиды представляют собой полипептиды VAR2CSA, как применяют в данном документе. В отдельном варианте реализации изобретения вариант имеет по меньшей мере 70%, например, по меньшей мере 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 или 99% идентичности последовательности с последовательностью из SEQ ID NO: 1-57, например, последовательность из SEQ ID NO: 1, 3-5, 10, 11, 29, 34, 36-38, 41, 43-45, 48, 53-56, 60-70, 72-75.
Термин "вектор", как применяют в данном документе, означает любое образование нуклеиновой кислоты, способной к амплификации в клетке-хозяине. Таким образом, вектор может быть автономно реплицирующимся вектором т.е. вектором, который существует как экстрахромосомная единица, репликация которой не зависит от хромосомной репликации, например, плазмида. В качестве альтернативы, вектор может быть таким, который при введении в клетку-хозяина интегрируется в геном клетки-хозяев и реплицируется вместе с хромосомой (хромосомами), в которую он был интегрирован. Выбор вектора часто будет зависеть от клетки-хозяина, в которую он должен быть введен. Векторы включают, но без ограничения этим, плазмидные векторы, фаговые векторы, вирусные или космидные векторы. Векторы обычно содержат начало репликации и по меньшей мере один селектируемый ген, т.е., ген, который кодирует продукт, который можно было легко обнаружить или наличие которого имеет важное значение для роста клеток.
СОЕДИНЕНИЯ
Предлагаемое представляет собой конъюгаты белок-лекарственное средство, которые представляют собой соединения Формулы I:
где:
Т представляет собой нацеливающую функциональную группу, содержащую полипептид VAR2CSA;
L-P выбран из: L1-P1 или L2-P2;
L1 представляет собой линкер или L1 отсутствует;
Р1 представляет собой моновалентный радикал соединения Формулы XIV
где:
R16 и R17 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н и насыщенной или ненасыщенной функциональной группы, имеющей линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, и атомы углерода необязательно замещены: -ОН, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -СО2Н, -СНО, -COSH или -NO2; или R17 и R20 являются конденсированными и образуют кольцо;
R18 и R19 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н, R25 и ArR25- или R18 и R19 соединены с образованием кольца;
R20 выбран из группы, состоящей из: Н, R25, ArR25- и Ar; или R20 и R17 являются конденсированными и образуют кольцо;
R21 выбран из группы, состоящей из: Н, R25 и ArR25-;
R22 и R23 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н, R25 и ArR25-;
R24 представляет собой: -Y-(CO)NHSO2-R26
R25 определен как насыщенная или ненасыщенная функциональная группа, имеющая линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, от нуля до четырех атомов азота, от нуля до четырех атомов кислорода и от нуля до четырех атомов серы, и атомы углерода необязательно замещены: =O, =S, ОН, -OR28, -O2CR28, -SH, -SR28, -SOCR28, -NH2, -NHR28, -N(R28)2, -NHCOR28, -NR28COR28, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R28, -CHO, -COR28, -CONH2, -CONHR28, -CON(R28)2, -COSH, -COSR28, -NO2, -SO3H, -SOR28, -SO2R28, где R28 представляет собой линейную, разветвленную или циклическую, из от одного до десяти атомов углерода насыщенный или ненасыщенную алкильную группу;
кольцо, образованное путем присоединения R18 и R19, представляет собой трех-семичленный неароматический циклический скелет в рамках определения R25,
Y определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: линейной, насыщенной или ненасыщенной, алкильной группы из от одного до шести атомов углерода, необязательно замещенной с помощью R25, ArR25- или X; и
X определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: -ОН, -OR25, =O, =S, -O2CR25, -SH, -SR25, -SOCR25, -NH2, -NHR25, -N(R25)2, -NHCOR25, -NRCOR25, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R25, -CHO, -COR25, -CONH2, -CONHR25, -CON(R25)2, -COSH, -COSR25, -NO2, -SO3H, -SOR25 и -SO2R25;
R26 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила, необязательно замещенного гетероарила, -COR27, -CSR27, -OR27 и -NHR27, где каждый R27 представляет собой, независимо, необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкил, необязательно замещенный арил, необязательно замещенный гетероциклил или необязательно замещенный гетероарил; и
L2 представляет собой линкер или L2 отсутствует;
Р2 представляет собой биологически активное соединение; и
L2-P2 имеет следующую структуру (III):
где:
R выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила, необязательно замещенного гетероарила, -COR27 -CSR27, -OR27 и -NHR27 где каждый R27 независимо представляет собой необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкил, необязательно замещенный арил, необязательно замещенный гетероциклил, необязательно замещенный гетероарила или R отсутствует;
Р3 представляет собой оставшуюся часть соединения Р2; и
L3 необязательно представляет собой оставшуюся часть линкера L2, при условии, что присутствует L2.
В предпочтительном варианте реализации изобретения R выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила, или R отсутствует.
В некоторых вариантах реализации изобретения L2 присутствует и Т и L2 связаны посредством пептидной связи. В некоторых вариантах реализации изобретения R присутствует и L2 присутствует и L2 и Р2 связаны посредством пептидной связи. В некоторых вариантах реализации изобретения L2 отсутствует, R присутствует, а Т и Р2 связаны посредством пептидной связи.
В некоторых вариантах реализации изобретения одна несущая полезную нагрузку молекула связана с одной молекулой линкера. В некоторых вариантах реализации изобретения множество несущих полезную нагрузку молекул связано с одной и той же молекулой линкера. В некоторых вариантах реализации изобретения одна молекула линкера связана с одной нацеливающей функциональной группой. В некоторых вариантах реализации изобретения множество молекул линкера связано с одной и той же нацеливающей функциональной группой. "Соотношение лекарственное средство-антитело" или "DAR" предназначается для того, чтобы указать количество функциональных групп лекарственного средства, конъюгированных с нацеливающей функциональной группой (антитело).
НАЦЕЛИВАЮЩАЯ ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ГРУППА (Т)
Нацеливающая функциональная группа может образовывать связь с линкерным звеном (L) или несущим полезную нагрузку соединением (Р). Нацеливающая функциональная группа может образовывать связь с линкерной функциональной группой или несущим полезную нагрузку соединением посредством гетероатома нацеливающей функциональной группы. Гетероатомы, которые могут присутствовать на нацеливающей функциональной группе, включают серу (в одном варианте реализации изобретения, от сульфгидрильной группы Т), кислород (в одном варианте реализации изобретения, от карбонильной, карбоксильной или гидроксильной группы Т) и азота (в одном варианте реализации изобретения, от первичной или вторичной аминогруппы Т). Эти гетероатомы могут присутствовать на нацеливающей функциональной группе в естественном состоянии нацеливающей функциональной группы, либо могут быть введены в нацеливающую функциональную группу, например, путем химической модификации или рекомбинантными способами.
В некоторых вариантах реализации изобретения нацеливающая функциональная группа имеет сульфгидрильную группу и связи с линкерной функциональной группой посредством атома серы сульфгидрильной группы. В другом варианте реализации изобретения нацеливающая функциональная группа имеет один или более остатков лизина, которые могут быть химически модифицированы для введения одной или более сульфгидрильных групп. Нацеливающая функциональная группа связывается с линкерной функциональной группой посредством сульфгидрильной группы. Реагенты, которые могут быть применены для модификации лизинов, включают, но без ограничения этим, N-сукцинимидил-S-ацетилтиоацетат (SATA) и 2-иминотиолангидрохлорид (реагент Траута).
В другом варианте реализации изобретения линкерная функциональная группа может иметь одну или более углеводных групп, которые могут быть химически модифицированы для того, чтобы иметь одну или более сульфгидрильных групп. Нацеливающая функциональная группа связывается с линкерной функциональной группой посредством атома серы сульфгидрильной группы. В еще одном варианте реализации изобретения нацеливающая функциональная группа может иметь одну или более углеводных групп, которые могут быть окислены, чтобы обеспечить альдегидную группу (-СНО) (смотри, например, Laguzza et al., 1989, J. Med. Chem. 32(3):548-55). Соответствующий альдегид может образовывать связь с реакционноспособным сайтом части линкерной функциональной группы. Реакционноспособные сайты, которые могут вступать в реакцию с карбонильной группой нацеливающей функциональной группы, включают, но без ограничения этим, гидразин и гидроксиламин. Другие протоколы для модификации белков для присоединения или ассоциации несущих полезную нагрузку соединений описаны в Coligan et al., Current Protocols in Protein Science, vol. 2, John Wiley & Sons (2002).
Предлагаемое представляет собой соединения Формулы I:
где Т представляет собой специфическую функциональную группу, содержащую полипептид VAR2CSA.
Нацеливающая функциональная группа, описанная в данном документе, содержит в своем объеме любую молекулу, содержащую полипептид VAR2CSA, как описано в данном документе. В предпочтительном варианте реализации изобретения нацеливающая функциональная группа представляет собой белок, содержащий полипептид VAR2CSA. В другом предпочтительном варианте реализации изобретения нацеливающая функциональная группа главным образом состоит из полипептида VAR2CSA. В другом предпочтительном варианте реализации изобретения нацеливающая функциональная группа состоит из полипептида VAR2CSA. В предпочтительном варианте реализации изобретения полипептид VAR2CSA представляет собой полипептид VAR2CSA, описанный в WO 2013/117705.
Белок VAR2CSA может быть получен рекомбинантно из любого числа типов клеток хозяина, как будет установлено специалистом с соответствующей квалификацией в данной области техники. В одном варианте реализации изобретения полипептид VAR2CSA получают рекомбинантно с применением системы клеток млекопитающих. В другом варианте реализации изобретения полипептид VAR2CSA получают с применением системы клеток отличных от млекопитающих субъектов. В одном варианте реализации изобретения полипептид VAR2CSA получают с применением системы клеток насекомых. Как будет оценено специалистом с соответствующей квалификацией в данной области техники, паттерн гликозилирования рекомбинантного полипептида VAR2CSA, получаемый с помощью различных типов клеток, может отличаться.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA не является минимальным связывающим фрагментом. В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA представляет собой минимальный связывающий фрагмент. В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA состоит из непрерывной аминокислотной последовательности a) ID1, b) DBL2Xb и, необязательно, с) ID2a. В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA содержит ID2a.
VAR2CSA, часть белка малярии, может связываться со специфическим к раку антигеном и внеклеточным CSPG с очень высокой специфичностью и очень высокой прочностью связывания. VAR2CSA медиирует адгезию инфицированных паразитом клеток исключительно с CSA, прикрепленной к протеогликанам (CSPG) в плаценте беременных женщин. Было показано, что рекомбинантный белок связывается с plCSA с беспрецедентно высоким сродством и специфичностью. Это может произойти из-за взаимодействия с plCSA, которое не только зависит от заряженных сульфатов, но и от остова CS. CS, который присутствует в плаценте, как полагают, очень похож с CS, представленным на различных раковых клетках, в том числе раковых стволовых клеток (Salanti et al., WO 2013/117705). Это подтверждается тем фактом, что инфицированные VAR2CSA-экспрессирующим паразитом клетки специфически прилипают к plCSA на клетках меланомы С32 и клетках рака мозга человека. С помощью сочетания VAR2CSA с апоптотической или цитотоксической полезной нагрузкой, соединения, описанные в данном документе, могут быть применены для специфического нацеливания и устранения раковых клеток и раковых стволовых клеток. plCSA может присутствовать на нескольких остовах белка, например, CSPG4, CD44, бигликана, декорина, версикана, аггрекана (основного CSPG в хряще), перлекана, синдекана и других, приведенных в Таблице 1.
VAR2CSA связывает plCSA в межворсинчатых пространствах плаценты с аффинностью ниже 10 нМ. Получали меньшие рекомбинантные части VAR2CSA, которые связывают plCSA с характеристиками, аналогичными таковым в случае полноразмерного и нативного белка VAR2CSA. В Таблице 2 приведена аффинность plCSA по отношению к некоторым полипептидам VAR2CSA с применением технологии биосенсоров. Аффинность приводят как величину KD (нМ), определенную в кинетических экспериментах с применением биосенсора на основе пьезокварцевого микровзвешивания (Attana А100). н/д: белки, для которых величина KD не может быть определена, вследствие отсутствия связывания с plCSA.
Рекомбинантный белок VAR2CSA не связывается с другим CS, таким как хондроитинсульфат С (C6S) или высокосульфатированным GAG, такие как гепарансульфат (HS). Рекомбинантные белки могут быть получены для связывания с высоким сродством с plCSA в различных системах экспрессии, например, клетках S2, клетках Т. ni, клетках СНО и штаммах Е. coli, в том числе BL21 и SHuffle.
Определяли меньшее, чем в случае полноразмерных VAR2CSA, количество полипептидов VAR2CSA, которые связывают plCSA с очень высокой аффинностью (нМ) и высокой специфичностью (Salanti et al., WO 2013/117705). Как показано в данном документе, такой типичный полипептид VAR2CSA (75 кДа) прочно связывается при низких концентрациях в широком диапазоне раковых клеточных линий, в том числе меланомы кожи (С32, MeWo), карциномы легких (А549), карциномы молочной железы (НСС1395), остеосаркомы (U205, MNNG/HOS), рабдомиосаркомы (RH30) и кожной Т-клеточной лимфомы (Таблицы 3 и 4). В качестве контрольной молекулы применяют другой белок VAR2CSA, который идентичен минимальной связывающей конструкции VAR2CSA, за исключением процессирования 151 аминокислот в С-концевой части молекулы. Это процессирование удаляет связывание plCSA. Рекомбинантный VAR2CSA связывает все экспрессирующие CSPG4 клеточные линии и клеточные линии рака, экспрессирующие другие молекулы CSPG, имеющие цепи plCSA (например, Т-клеточную лимфому). Рекомбинантный белок VAR2CSA не может взаимодействовать с эритроцитами человека и мононуклеарными клетками периферической крови (РВМС) (Таблица 3).
Клетки, зараженные возбудителями малярии, прилипают к клеткам меланомы С32, вероятно, посредством специфического взаимодействия между CSPG4 и VAR2CSA. Таким образом, предполагается, что соединения, описанные в данном документе, могут быть применены в качестве терапевтических соединений, нацеливающих plCSA на различные раковые клетки. Преимущества нацеливания plCSA на раковые клетки с помощью полипептидов VAR2CSA по сравнению с другими способами лечения в настоящее время развития многочисленны: 1) Взаимодействие между VAR2CSA и plCSA имеет беспрецедентно высокую аффинность и высокую специфичность; 2) VAR2CSA является эволюционно рафинированным белком малярии и, таким образом, маловероятно, что терапия будет разрушать толерантность и вызывать аутоиммунные реакции у пациента; 3) VAR2CSA представляет собой стабильный белок, который является хорошо исследованным и может быть высокоэкспрессированным в организмах, совместимых с крупномасштабным производством белка; 4) VAR2CSA представляет собой полиморфный белок с множеством серовариантов. Для того, чтобы избежать проблем с нейтрализующими антителами, повторная терапия может быть предложена с помощью различных серовариантов; 5) VAR2CSA внеклеточно естественным образом подвергается действию P. falciparum-инфицированного красного кровяного тельца и, таким образом, по своей природе является стабильным белком в сыворотке крови человека и было показано, что он является в высшей степени устойчивым к протеазе.
Соединения, описанные в данном документе, применяют взаимодействие между полипептидами VAR2CSA и plCSA. Это взаимодействие представляет собой высокоаффинное взаимодействие и отдельное применение таких соединений является направленным на раковые клетки и раковые стволовые клетки, экспрессирующие целевой plCSA. Соответственно, соединения, описанные в данном документе, могут быть применены для нацеливания раковых клеток с минимальной побочной токсичностью по отношению к plCSA-отрицательной ткани.
plCSA также принимает участие в других заболеваний и патологических состояниях, таких как, например, артрит, артроз, рассеянный склероз и лечение после нейронального повреждения, восстановление хряща, заживление ран, а также при псориазе. Соответственно, соединения, описанные в данном документе, являются применимыми при лечении любого подобного заболевания или состояния. Например, соединения, описанные в данном документе, являются применимыми для нацеливания лекарственных средств, которые блокируют медиируемую протеазой деградацию аггрекана при артрите и артрозе. Соединения, описанные в данном документе, могут также быть применимыми для нацеливания противовоспалительных лекарственных средств на пораженные ткани и для доставки ингибиторов, таких как ингибиторы ADAMTS4 и -5. Соединения, описанные в данном документе, могут быть применимыми для нацеливания лекарственных средств, которые стимулируют выработку аггрекана с помощью хондроцитов.
Соединения, описанные в данном документе, могут быть применимыми для нацеливания лекарственных средств, которые подвергают деградации CSPG или ингибируют получение CSPG в пораженной нервной ткани, таких как хондроитиназа ABC, которая разрезает сахарные цепи корового белка молекул CSPG; ксилозиды, которые уменьшают получение CSPG; и лекарственных средств, которые ингибируют ферменты, важные для получения CSPG, такие как хондроитинсинтаза или фактор полимеризации хондроитина. Примеры таких лекарственных средств включают: 4-фторглюкозамин, n-нитрофенил-бета-D-ксилоксид и 4-метил-умбеллиферил-бета-D-ксилопиранозид.
Соединения, описанные в данном документе, могут также быть применимыми для нацеливания и поддержания цитокинов, таких как IL1-альфа, стимулирующий получение ADAMTS4, который впоследствии расщепляет CSPG.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, состоит из непрерывной аминокислотной последовательности a) ID1, b) DBL2Xb и, необязательно, с) ID2a.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, содержит ID2a.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, не содержит ID2a.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, дополнительно содержит аминокислотную последовательность на N- или С-конце или в пределах последовательности фрагмента белка VAR2CSA из не более 100 аминокислот, например, не более 90 аминокислот, например, не более 80 аминокислот, например, не более 70 аминокислот, например, не более 60 аминокислот, например, не более 50 аминокислот, например, не более 40 аминокислот, например, не более 30 аминокислот, например, не более 20 аминокислот, например, не более 18 аминокислот, например, не более 16 аминокислот, например, не более 14 аминокислот, например, не более 12 аминокислот, например, не более 10 аминокислот, например, не более 8 аминокислот, например, не более 6 аминокислот, например, не более 4 аминокислот, например, не более 2 аминокислот, полученных из любой части полипептида VAR2CSA, как описано в данном документе, который не является частью ID1, DBL2Xb или ID2a.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, дополнительно содержит аминокислотную последовательность на N- или С-конце или в пределах последовательности фрагмента белка VAR2CSA из не более 100 аминокислот, например, не более 90 аминокислот, например, не более 80 аминокислот, например, не более 70 аминокислот, например, не более 60 аминокислот, например, не более 50 аминокислот, например, не более 40 аминокислот, например, не более 30 аминокислот, например, не более 20 аминокислот, например, не более 18 аминокислот, например, не более 16 аминокислот, например, не более 14 аминокислот, например, не более 12 аминокислот, например, не более 10 аминокислот, например, не более 8 аминокислот, например, не более 6 аминокислот, например, не более 4 аминокислот, например, не более 2 аминокислот, чью аминокислотную последовательность не получали из любой части полипептида VAR2CSA, как описано в данном документе.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, связывает хондроитинсульфат A (CSA) на протеогликанах (CSPG) с аффинностью, как измеряли с помощью KD, ниже 100 нМ, например, ниже 80 нМ, например, ниже 70 нМ, например, ниже 60 нМ, например, ниже 50 нМ, например, ниже 40 нМ, например, ниже 30 нМ, например, ниже 26 нМ, например, ниже 24 нМ, например, ниже 22 нМ, например, ниже 20 нМ, например, ниже 18 нМ, например, ниже 16 нМ, например, ниже 14 нМ, например, ниже 12 нМ, например, ниже 10 нМ, например, ниже 9 нМ, например, ниже 8 нМ, например, ниже 7 нМ, например, ниже 6 нМ или ниже 4 нМ.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, связывает plCSA на протеогликанах (CSPG) с аффинностью, как измеряли с помощью KD, ниже 100 нМ, например, ниже 80 нМ, например, ниже 70 нМ, например, ниже 60 нМ, например, ниже 50 нМ, например, ниже 40 нМ, например, ниже 30 нМ, например, ниже 26 нМ, например, ниже 24 нМ, например, ниже 22 нМ, например, ниже 20 нМ, например, ниже 18 нМ, например, ниже 16 нМ, например, ниже 14 нМ, например, ниже 12 нМ, например, ниже 10 нМ, например, ниже 9 нМ, например, ниже 8 нМ, например, ниже 7 нМ, например, ниже 6 нМ или ниже 4 нМ.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 70% идентичности последовательности с любой аминокислотной последовательностью из 1-577 из SEQ ID NO: 1, 1-592 из SEQ ID NO: 3, 1-579 из SEQ ID NO: 4, 1-576 из SEQ ID NO: 5, 1-586 из SEQ ID NO: 10, 1-579 из SEQ ID NO: 11, 1-565 из SEQ ID NO: 29, 1-584 из SEQ ID NO: 34, 1-569 из SEQ ID NO: 36, 1-575 из SEQ ID NO: 37, 1-592 из SEQ ID NO: 38, 1-603 из SEQ ID NO: 41, 1-588 из SEQ ID NO: 43, 1-565 из SEQ ID NO: 44, 1-589 из SEQ ID NO: 45, 1-573 из SEQ ID NO: 48, 1-583 из SEQ ID NO: 53 или 1-569 из SEQ ID NO: 54.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 70% идентичности последовательности с аминокислотной последовательностью из 578-640 из SEQ ID NO: 1, 593-656 из SEQ ID NO: 3, 580-643 из SEQ ID NO: 4, 577-640 из SEQ ID NO: 5, 587-650 из SEQ ID NO: 10, 580-643 из SEQ ID NO: 11, 566-628 из SEQ ID NO: 29, 585-647 из SEQ ID NO: 34, 570-632 из SEQ ID NO: 36, 576-639 из SEQ ID NO: 37, 593-655 из SEQ ID NO: 38, 604-667 из SEQ ID NO: 41, 589-652 из SEQ ID NO: 43, 566-628 из SEQ ID NO: 44, 590-653 из SEQ ID NO: 45, 574-637 из SEQ ID NO: 48, 584-646 из SEQ ID NO: 53 или 570-632 из SEQ ID NO: 54.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 70% идентичности последовательности с аминокислотной последовательностью из SEQ ID NO: 2, 6, 8, 9, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 39, 40, 42, 46, 47, 49, 50, 51 или 52.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, состоит из последовательности 30 аминокислот, имеющей по меньшей мере 70% идентичности последовательности с любой аминокислотной последовательностью из 1-577 из SEQ ID NO: 1, 1-592 из SEQ ID NO: 3, 1-579 из SEQ ID NO: 4, 1-576 из SEQ ID NO: 5, 1-586 из SEQ ID NO: 10, 1-579 из SEQ ID NO: 11, 1-565 из SEQ ID NO: 29, 1-584 из SEQ ID NO: 34, 1-569 из SEQ ID NO: 36, 1-575 из SEQ ID NO: 37, 1-592 из SEQ ID NO: 38, 1-603 из SEQ ID NO: 41, 1-588 из SEQ ID NO: 43, 1-565 из SEQ ID NO: 44, 1-589 из SEQ ID NO: 45, 1-573 из SEQ ID NO: 48, 1-583 из SEQ ID NO: 53 или 1-569 из SEQ ID NO: 54.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, состоит из аминокислотной последовательности, выбранной из списка, состоящего из SEQ ID NO: 1, 3-5, 10, 11, 29, 34, 36-38, 41, 43-45, 48, 53 и 54.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, состоит из аминокислотной последовательности, имеющей длину менее 700 аминокислот, например, менее 690 аминокислот, например, менее 680 аминокислот, например, менее 670 аминокислот, например, менее 660 аминокислот, например, менее 650 аминокислот, например, менее 640 аминокислот, например, менее 630 аминокислот, например, менее 620 аминокислот, например, менее 610 аминокислот, например, менее 600 аминокислот, например, менее 590 аминокислот, например, менее 580 аминокислот, например, менее 570 аминокислоты.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, имеет молекулярную массу менее около 100 кДа при невосстанавливающих условиях на SDS-PAGE.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, представляет собой рекомбинантный белок.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, является негликозилированным.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, является гликозилированным.
В некоторых аспектах данного изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, содержит последовательность как определено с помощью одной или более последовательностей, выбранных из SEQ ID NO: 57 или их функционального варианта или фрагмента.
В некоторых вариантах реализации изобретения полипептид VAR2CSA, описанный в данном документе, содержит ингибитор протеазы, такой, как основной панкреатический ингибитор трипсина (BPTI) на конце, например, N-конце, белковой последовательности, например, последовательности, определенной с помощью SEQ ID NO: 57.
Модификации полипептида VAR2CSA
С помощью консервативных модификациях аминокислотной последовательности из SEQ ID NO: 1-56 (и соответствующие модификации кодирующих нуклеотидов) получают полипептиды VAR2CSA, имеющие функциональные и химические характеристики, аналогичные таковым у встречающихся в природе полипептидов VAR2CSA. В отличие от этого, существенные изменения функциональных и/или химических характеристик полипептида VAR2CSA могут быть достигнуты с помощью выбора замен в аминокислотной последовательности из SEQ ID NO: 1-56, которые значительно различаются по своему действию на сохранение (a) структуры молекулярного остова в области замены, например, в виде листовой или спиральной конформации, (b) заряда или гидрофобности молекулы в целевом сайте или (c) объемной части боковой цепи. Например, "консервативная замена аминокислоты" может вовлекать замену нативного аминокислотного остатка на ненативный остаток таким образом, чтобы незначительно влиять или вообще не влиять на полярность заряда аминокислотного остатка в этом положении. Кроме того, любой нативный остаток в полипептиде может также быть замещен на аланин, как было ранее описано в случае "сканирующего аланином мутагенеза" (смотри, например, MacLennan et al., 1998, Acta Physiol. Scand. Suppl. 643:55-67; Sasaki et al., 1998, Adv. Biophys. 35:1-24, где обсуждают сканирующий аланином мутагенез). Желаемая замена аминокислот (либо консервативная, либо неконсервативная) может быть определена специалистом в данной области техники, в то же время такие замены являются желательными. Например, замены аминокислот могут быть применены для идентификации важных остатков полипептида VAR2CSA или для увеличения аффинности полипептида VAR2CSA, описанного в данном документе.
Встречающиеся в природе остатки возможно разделить на классы на основе общих свойств боковых цепей: 1) гидрофобные: норлейцин, Met, Ala, Val, Leu, Ile; 2) нейтральные гидрофильные: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln; 3) кислые: Asp, Glu; 4) основные: His, Lys, Arg; 5) остатки, которые влияют на ориентацию цепи: Gly, Pro; и 6) ароматические: Trp, Tyr, Phe. Неконсервативные замены могут вовлекать, например, обмен члена одного из этих классов на член другого класса. Такие замещенные остатки могут быть введены в области полипептида VAR2CSA Plasmodium falciparum, которые являются гомологичными полипептидам VAR2CSA, не принадлежащим виду Plasmodium falciparum, или в негомологичные области молекулы. При создании таких изменений, может быть рассмотрен индекс гидрофобности аминокислот.
Каждой аминокислоте присвоен индекс гидрофобности на основе ее характеристик гидрофобности и заряда, они представляют собой: изолейцин (+4,5); валин (+4,2); лейцин (+3,8); фенилаланин (+2,8); цистеин/цистин (+2,5); метионин (+1,9); аланин (+1,8); глицин (-0,4); треонин (-0,7); серин (-0,8); триптофан (-0,9); тирозин (-1,3); пролин (-1,6); гистидин (-3,2); глутамат (-3,5); глутамин (-3,5); аспартат (-3,5); аспарагин (-3,5); лизин (-3,9); и аргинин (-4,5). В данной области техники объясняют важность индекса гидрофобности аминокислоты в придании белку интерактивной биологической функции. Kyte et al., J. Mol. Biol., 157:105-131 (1982). Известно, что некоторые аминокислоты могут быть замещены на другие аминокислоты, имеющие аналогичный индекс или показатель гидрофобности и по-прежнему сохраняющие подобную биологическую активность. При проведении изменений на основе индекса гидрофобности, замена аминокислот, чьи индексы гидрофобности находятся в пределах ±2, является предпочтительным, те, которые находятся в пределах ±1, являются особенно предпочтительными, а те, которые находятся в пределах ±0,5, являются наиболее предпочтительными.
Также в данной области техники понятно, что замена схожих аминокислот может быть эффективно осуществлена на основе гидрофильности, особенно там, где биологически функционально эквивалентный создаваемый белок или пептид, таким образом, предназначен для применения в иммунологических вариантах реализации изобретения. Наибольшая локальная средняя гидрофильность белка, что регулируется гидрофильностью смежных аминокислот, коррелирует с его иммуногенностью и антигенными свойствами, т.е., с биологическим свойством белка. Аминокислотным остаткам были присвоены следующие величины гидрофильности: аргинин (+3,0); изолейцин (+3,0); аспартат (+3,0±1); глутамат (+3,0±1); серин (+0,3); аспарагин (+0,2); глутамин (+0,2); глицин (0); треонин (-0,4); пролин (-0,5±1); аланин (-0,5); гистидин (-0,5); цистеин (-1,0); метионин (-1,3); валин (-1,5); лейцин (-1,8); лизин (-1,8); тирозин (-2,3); фенилаланин (-2,5); триптофан (-3,4). При проведении изменений на основе схожих величин гидрофильности, замена аминокислот, чьи величины гидрофильности находятся в пределах ±2, является предпочтительным, те, которые находятся в пределах ±1, являются особенно предпочтительными, а те, которые находятся в пределах ±0,5, являются наиболее предпочтительными. На основе гидрофильности первичных аминокислотных последовательностей возможно также идентифицировать эпитопы. Эти области также упоминаются как "эпитопные коровые области".
Специалист в данной области техники сможет определить подходящие варианты полипептида, как указано в SEQ ID NO: 1-57, с применением хорошо известных технологий. Для определения подходящих областей молекулы, которые могут быть изменены, не нарушая активности, специалист в данной области техники может нацеливать на области, которые, как полагают, не являются важными для активности. Например, при условии, что известны подобные полипептиды с аналогичными активностями от тех же видов или от других видов, специалист в данной области техники может сравнить аминокислотную последовательность полипептида VAR2CSA с такими подобными полипептидами. С помощью такого сравнения, среди подобных полипептидов возможно идентифицировать остатки и части молекул, которые являются консервативными. Следует принять во внимание, что изменения в тех областях полипептида VAR2CSA, которые не являются консервативными по отношению к таким подобным полипептидам, могли бы с меньшей вероятностью негативно влиять на биологическую активность и/или структуру полипептида VAR2CSA. Специалистам в этой области техники также известно, что даже в относительно консервативных областях возможно заменить химически подобные аминокислоты на встречающиеся в природе остатки при сохранении активности (консервативные замены аминокислотного остатка). Поэтому, даже области, которые могут быть важны для биологической активности или для структуры, могут быть подвергнуты консервативным заменам аминокислот без разрушения биологической активности или без негативного влияния на структуру полипептида.
Кроме того, специалист в данной области может рассмотреть структурно-функциональные исследования идентифицирующих остатков в аналогичных полипептидах, которые являются важными для активности или структуры. В свете такого сравнения возможно предсказать важность аминокислотных остатков в полипептиде VAR2CSA, соответствующих аминокислотным остаткам, которые являются важными для активности или структуры в аналогичных полипептидах. Специалист в данной области техники может выбрать химически подобные замены аминокислот в случае таких предсказанных важных аминокислотных остатков полипептидов VAR2CSA, описанных в данном документе. Специалист в данной области может также проанализировать трехмерную структуру и аминокислотную последовательность по отношению к таковой структуре аналогичных полипептидов. В свете этой информации специалист в данной области техники может предсказывать выравнивание аминокислотных остатков полипептида VAR2CSA относительно его трехмерной структуры.
Специалист в данной области техники может избрать вариант не осуществления кардинальных изменений аминокислотных остатков, которые, по прогнозам, находятся на поверхности белка, так как такие остатки могут быть вовлечены в важные взаимодействия с другими молекулами. Более того, специалист в данной области техники может получить исследуемые варианты, содержащие одну замену аминокислоты в каждом желаемом аминокислотном остатке. Варианты затем могут быть подвергнуты скринингу с применением анализов активности, как описано в данном документе. Такие варианты могут быть применены для сбора информации о подходящих вариантах. Например, если обнаружено, что изменение в конкретном аминокислотном остатке привело к разрушению, нежелательному снижению или неподходящей активности, варианты с такими изменениями возможно избежать. Другими словами, на основе информации, полученной из таких стандартных экспериментов, специалист в данной области техники может легко определить аминокислоты, где дополнительные замены следует избегать либо отдельно, либо в сочетании с другими мутациями.
Ряд научных публикаций был посвящен предсказанию вторичной структуры. Смотри Moult J., Curr. Op. in Biotech., 7(4):422-427 (1996), Chou et al., Biochemistry, 13(2):222-245 (1974); Chou et al., Biochemistry, 113(2):211-222 (1974); Chou et al., Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol, 47:45-148 (1978); Chou et al., Ann. Rev. Biochem., 47:251-276 и Chou et al., Biophys. J., 26:367-384 (1979). Более того, в настоящее время доступны компьютерные программы, способные помочь с предсказанием вторичной структуры. Один из способов предсказания вторичной структуры основан на моделировании гомологии. Например, два полипептида или белка, которые имеют идентичность последовательности больше 30% или сходство больше 40%, часто имеют сходные структурные топологии. Рост базы данных структур белков (PDB) в последнее время обеспечил повышенную предсказуемость вторичной структуры, в том числе потенциального количества складок в пределах структуры полипептида или белка. Смотри Holm et al., Nucl. Acid. Res., 27(1):244-247 (1999). Было высказано предположение (Brenner et al, Curr. Op. Struct. Biol., 7(3):369-376 (1997)), что существует ограниченное количество складок в данном полипептиде или белке и это, как только критическое число структур было разрешено, резко увеличило точность предсказания структуры.
Дополнительные способы предсказания вторичной структуры включают в себя "протягивание" (Jones, D., Curr. Opin. Struct. Biol., 7(3):377-87 (1997); Sippl et al., Structure, 4(1):15-9 (1996)), "профильный анализ" (Bowie et al., Science, 253:164-170 (1991); Gribskov et al., Meth. Enzymol., 183:146-159 (1990); Gribskov et al., Proc. Nat. Acad. Sci., 84(13):4355-4358 (1987)) и "эволюционную связь" (Смотри Home, выше, и Brenner, выше).
Идентичность и сходство связанных полипептидов могут быть легко рассчитаны с помощью известны способов. Такие способы включают, но без ограничения этим, те, которые описаны в Computational Molecular Biology, Lesk, A.M., ed., Oxford University Press, New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D.W., ed., Academic Press, New York, 1993; Computer Analysis of Sequence Data, Part 1, Griffin, A.M., and Griffin, H.G., eds., Humana Press, New Jersey, 1994; Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M. Stockton Press, New York, 1991; и Carillo et al., SIAM J. Applied Math., 48:1073 (1988).
Предпочтительные способы определения идентичности и/или сходства разрабатывали для того, чтобы получить наибольшее совпадение между исследованными последовательностями. Способы определения идентичности и сходство описаны в общедоступных компьютерных программах. Предпочтительные способы, основанные на компьютерных программах, для определения идентичности и сходства между двумя последовательностями включают, но без ограничения этим, пакет программ GCG, в том числе GAP (Devereux et al., Nucl. Acid. Res., 12:387 (1984); Genetics Computer Group, University of Wisconsin, Madison, Wis.), BLASTP, BLASTN и FASTA (Altschul et al., J. Mol. Biol., 215:403-410 (1990)). Программа BLASTX общедоступна от National Center for Biotechnology Information (NCBI) и других источников (BLAST Manual, Altschul et al. NCB/NLM/NIH Bethesda, Md. 20894; Altschul et al., выше). Для определения идентичности также может быть применен общеизвестный алгоритм Smith Waterman.
Некоторые схемы выравнивания для выравнивания двух аминокислотных последовательностей могут давать совпадение только короткой области двух последовательностей и эта небольшая выровненная область может иметь очень высокую идентичность последовательности, даже если нет никаких существенных соотношений между двумя полноразмерными последовательностями. Соответственно, в предпочтительном варианте реализации изобретения выбранный способ выравнивания (программа GAP) приведет к выравниванию, которое охватывает по меньшей мере 50 смежных аминокислот целевого полипептида.
Например, с применением компьютерного алгоритма GAP (Genetics Computer Group, University of Wisconsin, Мэдисон, Висконсин), два полипептида, для которых должен быть определен процент идентичности последовательности, выравнивают для оптимального совпадения их соответствующих аминокислот ("совпадающий промежуток", как определено с помощью алгоритма). В сочетании с алгоритмом применяют штраф на внесение делеции в выравнивание (который рассчитывается как взятая 3 раза средняя диагональ, "средняя диагональ" представляет собой среднее значение диагонали применяемой матрицы сравнения; "диагональ" представляет собой результат или количество, присваиваемое каждому идеальному совпадению аминокислоты с помощью конкретной матрицы сравнения) и штраф на продолжение делеции (который, как правило, представляет собой одну десятую часть штрафа на внесение делеции в выравнивание), а также матрицу сравнения, такую как РАМ 250 или BLOSUM 62. Алгоритмом также применяется стандартная матрица сравнения (смотри Dayhoff et al., Atlas of Protein Sequence and Structure, vol. 5, supp, 3 (1978) в случае матрицы сравнения РАМ 250; Henikoff et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA, 89:10915-10919 (1992) в случае матрицы сравнения BLOSUM 62).
Предпочтительные параметры сравнения последовательности полипептида включают следующие: Алгоритм: Needleman et al., J. Mol. Biol, 48:443-453 (1970); Матрица сравнения: BLOSUM 62 из Henikoff et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:10915-10919 (1992); Штраф на введение делеции: 12, Штраф за удлинение делеции: 4, Порог сходства: 0. Программа GAP является применимой с вышеуказанными параметрами. Вышеупомянутые параметры являются параметрами по умолчанию для сравнений полипептидов (наряду с отсутствием штрафа на введение концевых делеций) с применением алгоритма GAP. Предпочтительные параметры для сравнений последовательностей молекул нуклеиновых кислот включают следующие: Алгоритм: Needleman et al., J. Mol Biol., 48:443-453 (1970); Матрица сравнения: совпадения = +10, несовпадение = 0, Штраф на введение делеции: 50, Штраф за удлинение делеции: 3. Программа GAP также является применимой с вышеуказанными параметрами. Вышеупомянутые параметры являются параметрами по умолчанию для сравнений молекул нуклеиновых кислот.
Могут быть применены другие иллюстративные алгоритмы, штрафы на внесение делеции в выравнивание, штрафы на продолжение делеции, матрицы сравнения, пороги сходства и т.д., в том числе, изложенные в Program Manual, Wisconsin Package, Version 9, September, 1997. Специалистам в данной области техники будут очевидны конкретные варианты, которые будут сделаны и которые будут зависеть от конкретного сравнения, которое будут осуществлять, например, DNA с DNA, белка с белком, белка с DNA; и, кроме того, проводится ли сравнение между данными парами последовательностей (в случае которых обычно являются предпочтительными GAP или BestFit) или между одной последовательностью и большой базой данных последовательностей (в случае которых являются предпочтительными FASTA или BLASTA).
Изменения в аминокислотной последовательности могут быть выполнены с помощью различных технологий. Модификация последовательности нуклеиновой кислоты может быть осуществлена с помощью сайт-специфического мутагенеза. Технологии мутагенеза конкретных участков хорошо известны в данной области техники и описаны в, например, Zoller and Smith (DNA 3:479-488, 1984) или "Splicing by extension overlap", Horton et al., Gene 77, 1989, pp. 61-68. Таким образом, применяя нуклеотидную и аминокислотную последовательности VAR2CSA, в выбор возможно ввести изменение(я). Аналогичным образом, способы получения DNA с помощью полимеразной цепной реакции с применением специфических праймеров хорошо известны специалистам в данной области техники (сравни с PCR Protocols, 1990, Academic Press, San Diego, СA, USA).
Полипептиды, описанные в данном документе, могут также содержать не встречающиеся в природе аминокислотные остатки. Не встречающиеся в природе аминокислоты включают, без ограничения, бета-аланин, дезаминогистидин, транс-3-метилпролин, 2,4-метанопролин, цис-4-гидроксипролин, транс-4-гидроксипролин, N-метилглицин, аллотреонин, метилтреонин, гидроксиэтилцистеин, гидроксиэтилгомоцистеин, нитроглутамин, гомоглутамин, пипеколиновую кислоту, тиазолидинкарбоновую кислоту, дегидропролин, 3- и 4-метилпролин, 3,3-диметилпролин, трет-лейцин, норвалин, 2-азафенилаланин, 3-азафенилаланин, 4-азафенилаланин и 4-фторфенилаланин. В данной области техники известно несколько способов включения в полипептиды не встречающихся в природе аминокислотных остатков. Например, может быть применена in vitro система, в которой нонсенс-мутации подавляются с применением химически аминоацилированной супрессорной tRNA. В данной области техники известны способы синтеза аминокислот и аминоацитилирования tRNA. Транскрипцию и трансляцию плазмид, содержащих нонсенс-мутации, осуществляют в бесклеточной системе, содержащей экстракт Е. coli S30 и коммерчески доступные ферменты и другие реагенты. Полипептиды очищают с помощью хроматографии. Смотри, например, Robertson et al., J. Am. Chem. Soc. 113:2722, 1991; Ellman et al., Methods Enzymol. 202:301, 1991; Chung et al., Science 259:806-9, 1993; и Chung et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:10145-9, 1993). Bo втором способе трансляцию осуществляют в ооцитах Xenopus с помощью микроинъекции мутировавших mRNA и химически аминоацилированных супрессорных tRNA (Turcatti et al., J. Biol. Chem. 271:19991-8, 1996). В пределах третьего способа, клетки Е. coli культивируют в отсутствие естественной аминокислоты, которую должны заменять (например, фенилаланин) и в присутствии желаемой не встречающейся в природе аминокислоты(аминокислот) (например, 2-азафенилаланина, 3-азафенилаланина, 4-азафенилаланина или 4-фторфенилаланина). Не встречающуюся в природе аминокислоту включают в полипептид на месте ее природного аналога. Смотри, Koide et al., Biochem. 33:7470-6, 1994. Встречающиеся в природе аминокислотные остатки могут быть преобразованы в не встречающиеся в природе виды с помощью in vitro химической модификации. Химическая модификация может быть объединена с сайт-направленным мутагенезом, чтобы еще больше расширить диапазон замен (Wynn and Richards, Protein Sci. 2:395-403, 1993).
Конструкции нуклеиновой кислоты VAR2CSA
Полипептиды VAR2CSA, описанные в данном документе, могут быть получены посредством технологий рекомбинантных нуклеиновых кислот. В общем, клонированную последовательность нуклеиновой кислоты VAR2CSA дикого типа модифицируют с целью кодировать желаемый белок. Эту модифицированную последовательность затем вставляют в экспрессирующий вектор, который, в свою очередь, трансформируют или трансфицируют в клетки-хозяева. В качестве клеток-хозяев могут быть применены высшие эукариотические клетки, в частности, культивируемые клетки млекопитающих. Прокариотические клетки, такие как Lactococcus lactis или Е. coli, также могут быть применены для того, чтобы экспрессировать полипептиды до тех пор, пока эти прокариоты способны производить дисульфидные связи или белок ренатурирован или может быть ренатурирован правильным образом. Кроме того, для экспрессии белка также могут быть применены штаммы дрожжей, среди прочих, Saccharomyces cerevisiae и P. Pichia.
Конструкция нуклеиновой кислоты, кодирующая полипептиды VAR2CSA, описанные в данном документе, соответственно, может быть геномного происхождения или происхождения от cDNA, например, полученной путем получения геномной библиотеки или библиотеки cDNA и скрининга последовательностей DNA, кодирующих весь или часть полипептида с помощью гибридизации с применением синтетических олигонуклеотидных зондов в соответствии со стандартными технологиями (сравни Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd. Ed. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York, 1989).
Конструкция нуклеиновой кислоты, кодирующая полипептид VAR2CSA, может также быть получена синтетически с помощью установленных стандартных способов, например, способа на основе фосфоамидита, описанного Beaucage and Caruthers, Tetrahedron Letters 22 (1981), 1859-1869, или способа, описанного Matthes et al., EMBO Journal 3 (1984), 801-805. В соответствии со способом на основе фосфорамидита, олигонуклеотиды синтезируют, например, в автоматическом DNA-синтезаторе, очищают, ренатурируют, лигируют и клонируют в подходящих векторах. Последовательности DNA, кодирующие полипептиды VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанные в данном документе, могут быть также получены с помощью полимеразной цепной реакции с применением специфических праймеров, например, как описано в US 4683202, Saiki et al., Science 239 (1988), 487-491 или Sambrook et al., выше.
Кроме того, конструкция нуклеиновой кислоты может быть смешанного синтетического и геномного, смешанного синтетического происхождения и происхождения на основе cDNA или смешанного геномного происхождения и происхождения на основе cDNA, полученной путем лигирования фрагментов синтетического, геномного происхождения или происхождения на основе cDNA (в зависимости от обстоятельств), причем фрагменты соответствуют различным частям полной конструкции нуклеиновой кислоты, в соответствии со стандартными технологиями.
Конструкция нуклеиновой кислоты, предпочтительно, представляет собой конструкцию DNA. Последовательности DNA для применения при получении полипептидов VAR2CSA, описанных в данном документе, как правило, кодируют препрополипептид на аминоконце VAR2CSA для получения надлежащей посттрансляционной обработки и секреции из клетки-хозяина.
Последовательности DNA, кодирующие полипептиды VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанные в данном документе, обычно вставляют в рекомбинантный вектор, который может быть любым вектором, который в целях удобства может быть подвергнут рекомбинантным процедурам DNA, и выбор вектора будет часто зависеть от клетки-хозяина, в которую он должен быть введен. Таким образом, вектор может быть автономно реплицирующимся вектором, т.е. вектором, который существует как экстрахромосомная единица, репликация которой не зависит от хромосомной репликации, например, плазмида. В качестве альтернативы, вектор может быть таким, который при введении в клетку-хозяина интегрируется в геном клетки-хозяев и реплицируется вместе с хромосомой (хромосомами), в которую он был интегрирован.
Вектор, предпочтительно, представляет собой экспрессирующий вектор, в котором последовательность DNA, кодирующая полипептиды VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанные в данном документе, функционально связана с дополнительными сегментами, необходимыми для транскрипции DNA. В общем, экспрессирующий вектор получают из плазмидной или вирусной DNA или может содержать элементы обеих. Термин "функционально связанный" указывает на то, что сегменты расположены таким образом, что они функционируют совместно для их прямых назначений, например, транскрипция инициируется в промоторе и проходит через последовательность DNA, кодирующую полипептид.
Экспрессирующие векторы в случае применения в экспрессии полипептидов VAR2CSA, описанных в данном документе, будут содержать промотор, способный направлять транскрипцию клонированного гена или cDNA. Промотор может быть любой последовательностью DNA, которая иллюстрирует транскрипционную активность в выбранной клетке-хозяине, и может быть получен из кодирующих гены белков, либо гомологичных, либо гетерологичных клетке-хозяину.
Примеры промоторов, подходящих для направления транскрипции DNA, кодирующей полипептид VAR2CSA Plasmodium falciparum в клетках млекопитающих, содержат промотор SV40 (Subramani et al., Mol. Cell Biol. 1 (1981), 854-864), промотор MT-1 (ген металлотионеина) (Palmiter et al., Science 222 (1983), 809-814), промотор CMV (Boshart et al., Cell 41:521-530, 1985) и основной запаздывающий промотор аденовируса 2 (Kaufman and Sharp, Mol. Cell. Biol, 2:1304-1319, 1982).
Примеры подходящего промотора, в случае применения в клетках насекомых, включают промотор полиэдрина (US 4745051; Vasuvedan et al., FEBS Lett. 311, (1992) 7-11), промотор P10 (J.M. Vlak et al., J. Gen. Virology 69, 1988, pp. 765-776), основной промотор белка вируса полиэдроза Autographa californica (ЕР 397485), промотор немедленно-раннего гена бакуловируса (US 5155037; US 5162222) и промотор немедленно-раннего гена бакуловируса 39K (US 5155037; US 5162222).
Примеры подходящих промоторов в случае применения в клетках-хозяевах дрожжей включают промоторы из гликолитических генов дрожжей (Hitzeman et al., J. Biol. Chem. 255 (1980), 12073-12080; Alber and Kawasaki, J. Mol. Appl. Gen. 1 (1982), 419-434), гены алкогольдегидрогеназы (Young et al., в Genetic Engineering of Microorganisms for Chemicals (Hollaender et al., eds.), Plenum Press, New York, 1982), TPI1 (US 4599311) и промоторы ADH2-4c (Russell et al., Nature 304 (1983), 652-654).
Примеры подходящих промоторов в случае применения в клетках-хозяевах нитчатых грибов включают, например, промотор ADH3 (McKnight et al., The EMBO J. 4 (1985), 2093-2099) и промотор tpiA. Примеры других применимых промоторов представляют собой промоторы, полученные из гена, кодирующего амилазу TAKA А. oryzae, аспарагиновую протеиназу Rhizomucor miehei, нейтральную альфа-амилазу A. niger, кислотостабильную альфа-амилазу A. niger, A. niger или глюкоамилазу A. awamori (gluA), липазу Rhizomucor miehei, щелочную протеазу A. oryzae, триозофосфатизомеразу A. oryzae или ацетамидазу A. nidulans. Предпочтительными являются промоторы ТАКА-амилазы и gluA. Подходящие промоторы упоминаются в, например ЕР 238023 и ЕР 383779.
Последовательности DNA, кодирующие полипептиды VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанные в данном документе, могут также, при необходимости, быть функционально соединенными с соответствующим терминатором, таким как терминатор гормона роста человека (Palmiter et al., Science 222, 1983, pp. 809-814) или терминаторы TPI1 (Alber and Kawasaki, J. Mol. Appl. Gen. 1, 1982, pp. 419-434) или ADH3 (McKnight et al., The EMBO J. 4,1985, pp. 2093-2099). Экспрессирующие векторы могут также содержать набор сайтов сплайсинга RNA, расположенный по ходу транскрипции от промотора и против хода транскрипции от места вставки самой последовательности VAR2CSA. Предпочтительные сайты сплайсинга RNA могут быть получены из аденовирусных генов и/или генов иммуноглобулина. Кроме того, содержащееся в экспрессирующих векторах представляет собой сигнал полиаденилирования, расположенный по ходу транскрипции от сайта введения. Особенно предпочтительные сигналы полиаденилирования содержат ранний или поздний сигнал полиаденилирования от SV40 (Kaufman and Sharp, там же), сигнал полиаденилирования из области аденовируса Elb, терминатор гена гормона роста человека (DeNoto et al. Nucl. Acids Res. 9:3719-3730, 1981) и сигнал полиаденилирования из Plasmodium falciparum, гены человека или крупного рогатого скота. Экспрессирующие векторы могут также содержать некодирующую вирусную лидерную последовательность, такую как лидерная трехкомпонентная последовательность аденовируса 2, расположенная между сайтами промотора и сплайсинга RNA; и последовательности энхансера, такого как энхансер SV40.
Чтобы направить полипептиды VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанные в данном документе, в секреторный путь метаболизма клеток-хозяев, секреторная сигнальная последовательность (также известный как лидерная, препропоследовательность или препоследовательность) может быть обеспечена в рекомбинантном векторе. Секреторная сигнальная последовательность присоединяется к последовательности DNA, кодирующей полипептиды VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанные в данном документе, в правильной рамке считывания. Секреторная сигнальная последовательности обычно расположена на 5' по отношению к последовательности DNA, кодирующей пептид. Секреторная сигнальная последовательность может быть такой, которая, как правило, связана с белком или может быть из гена, кодирующего другой секретируемый белок.
В случае секреции из дрожжевых клеток, секреторная сигнальная последовательность может кодировать любой сигнальный пептид, который обеспечивает эффективное направление экспрессированных полипептидов VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанных в данном документе, в секреторный путь метаболизма клетки. Сигнальный пептид может быть встречающимся в природе сигнальным пептидом или его функциональной частью или он может быть синтетическим пептидом. Подходящие сигнальные пептиды, как оказалось, являются сигнальным пептидом альфа-фактора (см. US 4870008), сигнальным пептидом слюнной амилазы мыши (см. О. Hagenbuchle et al., Nature 289, 1981, pp. 643-646), модифицированным сигнальным пептидом карбоксипептидазы (см. L.A. Vails et al., Cell 48, 1987, pp. 887-897), сигнальным пептидом BAR1 дрожжей (см. WO 87/02670) или сигнальным пептидом аспарагиновой протеазы 3 дрожжей (YAP3) (см. М. Egel-Mitani et al., Yeast 6, 1990, pp. 127-137).
Для эффективной секреции в дрожжах, лидерный пептид кодирующей последовательности также может быть вставлен по ходу транскрипции сигнальной последовательности и против хода транскрипции последовательности DNA, кодирующей полипептиды VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанные в данном документе. Функцией лидерного пептида является возможность позволить экспрессированному пептиду быть направленным из эндоплазматического ретикулума к аппарату Гольджи и далее к секреторной везикуле для секреции в культуральную среду (т.е. вынос полипептидов VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанных в данном документе, через клеточную стенку или по меньшей мере через клеточную мембрану в периплазматическое пространство дрожжевой клетки). Лидерный пептид может быть лидером дрожжевого альфа-фактора (применение которого описано в, например, US 4546082, US 4870008, ЕР 16201, ЕР 123294, ЕР 123544 и ЕР 163529). В качестве альтернативы, лидерный пептид может представлять собой синтетический лидерный пептид, который, нужно отметить, является лидерным пептидом, не встречающимся в природе. Синтетические лидерные пептиды могут, например, быть сконструированы таким образом, как описано в разделе WO 89/02463 или WO 92/11378.
Для применения в нитчатых грибах сигнальный пептид может быть получен из гена, кодирующего амилазу или глюкоамилазу Aspergillus sp., гена, кодирующего липазу или протеазу Rhizomucor miehei или липазу Humicola lanuginosa. Сигнальный пептид, предпочтительно, получают из гена, кодирующего амилазу TAKA A. oryzae, нейтральную альфа-амилазу A. niger, кислотостойкую амилазу A. niger или глюкоамилазу A. niger. Подходящие сигнальные пептиды описаны в, например, ЕР 238023 и ЕР 215594.
Для применения в клетках насекомых сигнальный пептид может быть получен из гена насекомого (см. WO 90/05783), такого как сигнальный пептид прекурсора адипокинетического гормона lepidopteran Manduca sexta (см. US 5023328).
Процедуры, применяемые для лигирования последовательностей DNA, кодирующие полипептиды VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанные в данном документе, промотор и, необязательно, терминатор и/или секреторную сигнальную последовательность, соответственно, и для того, чтобы вставить их в соответствующие векторы, содержащие информацию, необходимую для репликации, хорошо известны специалистам в данной области (см., к примеру, Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, New York, 1989).
Способы трансфекции клеток млекопитающих и экспрессии последовательностей DNA, введенных в клетки, описаны в, например, Kaufman and Sharp, J. Mol. Biol. 159 (1982), 601-621; Southern and Berg, J. Mol. Appl. Genet. 1 (1982), 327-341; Loyter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 79 (1982), 422-426; Wigler et al., Cell 14 (1978), 725; Corsaro and Pearson, Somatic Cell Genetics 7 (1981), 603, Graham and van der Eb, Virology 52 (1973), 456; и Neumann et al., EMBO J. 1 (1982), 841-845.
Клонированные последовательности DNA вводят в культивированные клетки млекопитающих с помощью, например, опосредованной фосфатом кальция трансфекции (Wigler et al., Cell 14:725-732, 1978; Corsaro and Pearson, Somatic Cell Genetics 7:603-616, 1981; Graham and Van der Eb, Virology 52d:456-467, 1973) или электропорации (Neumann et al., EMBO J. 1:841-845, 1982). Для того, чтобы идентифицировать и выбрать клетки, которые экспрессируют экзогенную DNA, ген, который привносит селектируемый фенотип (селективный маркер), как правило, вводят в клетки вместе с геном или cDNA, представляющей интерес. Предпочтительные селектируемые маркеры содержат гены, которые придают устойчивость к лекарственных средствам, таким как неомицин, гигромицин и метотрексат. Селективный маркер может быть амплифицируемым селектируемым маркером. Предпочтительные амплифицируемые селектируемые маркеры представляют собой последовательность дигидрофолат-редуктазы (DHFR). Селективные маркеры рассматриваются Thilly (Mammalian Cell Technology, Butterworth Publishers, Стоунхем, Массачусетс). Специалист в данной области техники будет легко иметь возможность выбирать подходящие селектируемые маркеры.
Селективные маркеры могут быть введены в клетку на отдельной плазмиде в то же самое время, что и представляющего интерес ген, или же они могут быть введены на той же плазмиде. Если на той же плазмиде, селектируемый маркер и ген, представляющий интерес, могут быть под контролем различных промоторов или одного и того же промотора, причем в последнем варианте получают двухцистронный транскрипт. Конструкции такого типа известны в данной области техники (например, Levinson and Simonsen, U.S. 4713339). Кроме того, может быть полезным добавление к смеси, которую вводят в клетки, дополнительной DNA, известной как "DNA-носитель".
После того, как клетки поглощают DNA, их выращивают в подходящей среде для роста, обычно, 1-2 дня, для начала экспрессии представляющего интерес гена. В этом контексте, "подходящая для выращивания среда" означает среду, содержащую питательные вещества и другие компоненты, необходимые для роста клеток и экспрессии представляющего интерес полипептида VAR2CSA Plasmodium falciparum. Среда, как правило, содержит источник углерода, источник азота, незаменимые аминокислоты, ценные сахара, витамины, соли, фосфолипиды, белок и факторы роста. Выбор лекарственного средства затем применяют для выбора в случае роста клеток, которые экспрессируют селектируемый маркер в стабильной форме. В случае клеток, которые были трансфицированы с амплифицируемым селективным маркером, концентрация лекарственного средства может быть увеличена, чтобы выбрать увеличенное число копий клонированных последовательностей, тем самым увеличивая уровни экспрессии. Клоны стабильно трансфицированных клеток затем подвергают скринингу экспрессии представляющего интерес полипептида VAR2CSA Plasmodium falciparum.
Клетка-хозяин, в которую вводят последовательности DNA, кодирующие полипептиды VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанные в данном документе, может представлять собой любую клетку, которая способна продуцировать посттрансляционно модифицированные полипептиды, и включает дрожжи, грибы и высшие эукариотические клетки.
Примеры клеточных линий млекопитающих в случае применения в данном изобретении представляют собой клеточные линии COS-1 (АТСС CRL 1650), почек новорожденного хомяка (BHK) и 293 (АТСС CRL 1573; Graham et al., J. Gen. Virol. 36:59-72, 1977). Предпочтительная клеточная линия BHK представляет собой клеточную линию BHK tk-ts13 (Waechter and Baserga, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 79:1106-1110, 1982), именуемую в дальнейшем клетки BHK 570. Клеточную линию BHK 570 депонировали в American Type Culture Collection, 12301 Parklawn Dr., Rockville, Md. 20852, под номером АТСС CRL 10314. Клеточная линия ВНК tk-ts13 также доступна из АТСС под номером CRL 1632. Кроме того, в данном изобретении может быть применен ряд других клеточных линий, в том числе клетки Rat Hep I (гепатома крысы; АТСС CRL 1600), Rat Hep II (гепатома крысы; АТСС CRL 1548), TCMK (АТСС CCL 139), легких человека (АТСС НВ 8065), NCTC 1469 (АТСС CCL 9,1), СНО (АТСС CCL 61) и DUKX (Urlaub and Chasin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216-4220, 1980).
Примеры подходящих дрожжевых клеток включают клетки Saccharomyces spp. или Schizosac-charomyces spp., в частности, штаммы Saccharomyces cerevisiae или Saccharomyces kluyveri. Способы трансформации дрожжевых клеток с гетерологичной DNA и продуцирования гетерологичных полипептидов оттуда описаны, например, в US 4599311, US 4931373, US 4870008, 5037743 и US 4845075. Трансформированные клетки отбирают по фенотипу, определяемому селективным маркером, обычно по устойчивости к лекарственному средству или способности расти в отсутствии определенного питательного вещества, например, лейцина. Предпочтительный вектор в случае применения в дрожжах представляет собой вектор РОТ1, описанный в US 4931373. Последовательности DNA, кодирующие полипептиды VAR2CSA Plasmodium falciparum, описанные в данном документе, могут предшествовать сигнальной последовательности и, не обязательно, лидерной последовательности, например, как описано выше. Дополнительными примерами подходящих дрожжевых клеток являются штаммы Kluyveromyces, такие как K. lactis, Hansenula, например, Н. polymorpha, или Pichia, например P. pastoris (см. Gleeson et al., J. Gen. Microbiol. 132, 1986, pp. 3459-3465; US 4882279).
Примеры других грибковых клеток представляют собой клетки нитчатых грибов, например, Aspergillus spp., Neurospora spp., Fusarium spp. или Trichoderma spp., в частности, штаммы A. oryzae, A. nidulans и A. niger. Применение Aspergillus spp. в случае экспрессии белков описано в, например, ЕР 272277, ЕР 238023, ЕР 184438. Трансформация F. oxysporum может, к примеру, быть осуществлена таким образом, как описано Malardier et al., 1989, Gene 78: 147-156. Трансформация Trichoderma spp. может быть осуществлена таким образом, как описано в ЕР 244234.
Когда мицелиальные грибы применяют в качестве клетки-хозяина, она может быть трансформирована с помощью конструкции DNA, описанной в данном документе, обычно путем интеграции DNA в конструкцию в хромосоме хозяина для получения рекомбинантной клетки-хозяина. Эта интеграция, как правило, рассматривается как преимущество, так как последовательность DNA, скорее всего, будет стабильно поддерживаться в клетке. Интеграция конструкций DNA в хромосому хозяина может быть выполнена в соответствии с обычными способами, например, с помощью гомологичной или гетерологичной рекомбинации.
Трансформация клеток насекомых и продуцирование гетерологичных полипептидов в них могут быть выполнены таким образом, как описано в US 4745051; US 4879236; US 5155037; US 5162222; и ЕР 397485. Клеточная линия насекомых, применяемая в качестве хозяина, может соответствующим образом быть клеточной линией Lepidoptera, такой как клетки Spodoptera frugiperda или клетки Trichoplusia ni (см. US 5077214). Условия культивирования могут соответствующим образом быть такими, как описано в, к примеру, WO 89/01029 или WO 89/01028, или в любой из вышеуказанных ссылок.
Преобразованную или трансфицированную клетку-хозяина, описанную выше, затем культивируют в подходящей питательной среде в условиях, допускающих экспрессию полипептида VAR2CSA Plasmodium falciparum, после чего весь или часть полученного пептида могут быть выделены из культуры. Среда, применяемая для культивирования клеток, может быть любым обычным носителем, подходящим для выращивания клеток-хозяев, таких как минимальная или комплексная среда, содержащая соответствующие добавки. Подходящие среды доступны от коммерческих поставщиков или могут быть получены в соответствии с опубликованными составами (например, в каталогах American Type Culture Collection). Полипептид VAR2CSA Plasmodium falciparum, продуцируемый клетками, можно быть затем выделен из культуральной среды с помощью обычных процедур, в том числе отделением клеток-хозяев от среды центрифугированием или фильтрацией, осаждением белковых компонентов супернатанта или фильтрата с помощью соли, например, сульфата аммония, очистки с помощью различных хроматографических способов, например, ионообменной хроматографии, гель-фильтрационной хроматографии, аффинной хроматографии или тому подобного, в зависимости от типа рассматриваемого полипептида.
Для производства полипептидов VAR2CSA, описанных в данном документе, могут быть применены трансгенные технологии для животных. Предпочтительным является получение белков в молочных железах самки млекопитающего хозяина. Экспрессия в молочной железе и последующая секреция представляющего интерес белка в молоко преодолевает многие трудности, с которыми сталкиваются белки из других источников при выделении. Молоко является легко собираемым, доступным в больших количествах и хорошо исследованным биохимически. Кроме того, основные молочные белки присутствуют в молоке при высоких концентрациях (обычно от около 1 до 15 г/л).
С коммерческой точки зрения, его явно предпочтительнее применять в качестве хозяина, от видов, которые имеют большой надой молока. Несмотря на то, что могут быть применены более мелкие животные, такие как мыши и крысы (и являются предпочтительными при доказательстве принципиального этапа), то предпочтительно применять сельскохозяйственных млекопитающих, в том числе, но не ограничиваясь этим, свиней, коз, овец и крупного рогатого скота. Овцы являются особенно предпочтительными из-за таких факторов, как предыдущая история трансгеноза у этих видов, надой молока, стоимость и доступность оборудования для сбора овечьего молока (смотри, например, WO 88/00239 для сравнения факторов, влияющих на выбор видов хозяина). В общем случае является желательным выбрать породу животного-хозяина, которая была выведена для молочного применения, например, овца East Friesland, или для ведения молочному скоту путем разведения трансгенной линии позднее. В любом случае, следует применять животных с известным хорошим состоянием здоровья.
Чтобы получить экспрессию в молочной железе, применяют транскрипционный промотор из гена молочного белка. Гены молочного белка включают те гены, которые кодируют казенны (смотри U.S. 5304489), бета-лактоглобулин, лактальбумин и сывороточный кислый белок. Промотор бета-лактоглобулина (BLG) является предпочтительным. В случае гена бета-лактоглобулина крупного рогатого скота, как правило, будет применяться область по меньшей мере проксимальных 406 п.о. 5' фланкирующей последовательности гена, хотя большие части 5' фланкирующей последовательности, вплоть до около 5 т.п.о., являются предпочтительными, такими как ~4,25 т.п.о. сегмента DNA, охватывающего 5' фланкирующий промотор, и без кодирующей части гена бета-лактоглобулина (смотри Whitelaw et al., Biochem. J. 286: 31 39 (1992)). Подобные фрагменты промотора DNA других видов также являются подходящими.
Другие области гена бета-лактоглобулина также могут быть включены в конструкции, так же как и геномные области гена могут быть экспрессированы. В данной области техники принято считать, что конструкции испытывают недостаток интронов, например, плохо экспрессируют, по сравнению с теми, которые содержат такие последовательности DNA (смотри Brinster et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 836 840 (1988); Palmiter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:478 482 (1991); Whitelaw et al., Transgenic Res. 1: 3 13 (1991); WO 89/01343; и WO 91/02318). В связи с этим, как правило, является предпочтительным, когда это возможно, применять геномные последовательности, содержащие все или некоторые из нативных интронов гена, кодирующего представляющий интерес белок или полипептид, таким образом, что дальнейшее включение по меньшей мере некоторых из интронов, например, гена бета-лактоглобулина, является предпочтительным. Одна такая область представляет собой сегмент DNA, который предлагают для сплайсинга интрона и полиаденилирования RNA от 3' некодирующей области гена бета-лактоглобулина крупного рогатого скота. При замещении на природные некодирующие 3' последовательности гена, этот сегмент бета-лактоглобулина крупного рогатого скота может и усилить, и стабилизировать уровни экспрессии представляющего интерес белка или полипептида. В пределах других вариантов реализации изобретения область, окружающую инициирование ATG последовательности VAR2CSA, заменяют на соответствующие последовательности из гена специфического белка молока. Такая замена обеспечивает специфическую к предположительной ткани среду инициации для усиления экспрессии. Является удобным заменить все препро и 5' некодирующие последовательности VAR2CSA на таковые, например, из гена BLG, тем не менее, меньшие области могут быть заменены.
В случае экспрессии полипептидов VAR2CSA, описанных в данном документе, у трансгенных животных, сегмент DNA, кодирующий VAR2CSA, функционально связан с дополнительными сегментами DNA, необходимыми для его экспрессии с целью получения единиц экспрессии. Такие дополнительные сегменты включают вышеупомянутый промотор, а также последовательности, которые обеспечивают терминацию транскрипции и полиаденилирования mRNA. Единицы экспрессии будут дополнительно включать в себя сегмент DNA, кодирующий последовательность секреторного сигнала, функционально связанную с сегментом, кодирующим модифицированный VAR2CSA. Секреторная сигнальная последовательность может быть нативной секреторной сигнальной последовательностью или может быть таковой от другого белка, такого как молочный белок (смотри, например, von Heijne, Nucl. Acids Res. 14: 4683-90 (1986); и Meade et al., U.S. 4,873,316).
Построение единиц экспрессии в случае применения у трансгенных животных удобно осуществлять с помощью введения последовательности VAR2CSA в плазмидный или фаговый вектор, содержащий дополнительные сегменты DNA, хотя единица экспрессии может быть сконструирована с помощью по существу любой последовательности лигирований. Это является особенно удобным, для того, чтобы обеспечить вектор, содержащий сегмент DNA, кодирующий молочный белок, и для замены кодирующей последовательности молочного белка таковым из варианта VAR2CSA; создавая, тем самым, слияние генов, содержащее последовательности контроля экспрессии гена молочного белка. В любом случае, клонирование единиц экспрессии в плазмидах или других векторах облегчает амплификацию последовательности VAR2CSA. Амплификацию удобно проводить в бактериальных (например, Е. coli) клетках-хозяевах, таким образом, векторы обычно будут включать начало репликации и селектируемый маркерный функционал в бактериальных клетках-хозяевах. Единицу экспрессии затем вводят в оплодотворенные яйца (в том числе эмбрионы на ранних этапах) выбранных видов хозяев. Введение гетерологичной DNA может быть осуществлено по одному из нескольких путей, в том числе микроинъекцией (например, патент США №4873191), ретровирусной инфекцией (Jaenisch, Science 240: 1468-74 (1988)) или сайт-направленной интеграцией с применением эмбриональных стволовых (ES) клеток (рассмотрен Bradley et al., Biotechnology 10: 534-9 (1992)). Яйца затем имплантируют в яйцеводы или матки ложнобеременных самок и позволяют им развиваться до срока. Потомство, несущее введенную DNA в их зародышевой линии, может передать DNA их потомству нормальным, Менделевским путем, способствующим развитию трансгенных стад. Общие методики получения трансгенных животных известны в данной области техники (смотри, например, Hogan et al., Manipulating the Mouse Embryo: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1986; Simons et al., Biotechnology 6: 179-83 (1988); Wall et al., Biol. Reprod. 32: 645 651 (1985); Buhler et al., Biotechnology 8: 140-3 (1990); Ebert et al., Biotechnology 9: 835-8 (1991); Krimpenfort et al., Biotechnology 9: 844-7 (1991); Wall et al., J. Cell. Biochem. 49: 113-20 (1992); U.S. 4873191; U.S. 4873316; WO 88/00239, WO 90/05188, WO 92/11757; и GB 87/00458). Технологии введения чужеродных последовательностей DNA в млекопитающих и их зародышевые клетки первоначально были разработаны на мышах (смотри, например, Gordon et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77: 7380-84 (1980); Gordon and Ruddle, Science 214: 1244-46 (1981); Palmiter and Brinster, Cell 41: 343-5 (1985); Brinster et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82: 4438-42 (1985); и Hogan et al. (там же)). Эти способы были впоследствии адаптированы для применения в случае крупных животных, в том числе сельскохозяйственных видов (смотри, например, WO 88/00239, WO 90/05188 и WO 92/11757; и Simons et al., Biotechnology 6: 179-83 (1988)). Подводя итог, в наиболее эффективном пути, применяемом на сегодняшний день в генерации трансгенных мышей или сельскохозяйственных животных, несколько сотен линейных молекул представляющей интерес DNA впрыскивают в одно из про ядер оплодотворенной яйцеклетки в соответствии с установленными технологиями. Также могут быть применены инъекции DNA в цитоплазму зиготы.
Также могут быть применено получение трансгенных растений. Экспрессия может быть генерализованной или направленной на конкретный орган, такой как клубень (смотри, Hiatt, Nature 344:469 479 (1990); Edelbaum et al., J. Interferon Res. 12:449 453 (1992); Sijmons et al., Biotechnology 8:217-21 (1990); и ЕР 0255378).
Полипептиды VAR2CSA, описанные в данном документе, могут быть выделены из клеточной культуральной среды или молока. Полипептиды VAR2CSA, описанные в данном документе, могут быть очищены с помощью различных способов, известных в данной области, в том числе, но не ограничиваясь этим, с помощью хроматографии (например, ионообменной, аффинной, гидрофобной, с хроматофокусированием и вытеснительной), электрофоретических процедур (например, препаративного изоэлектрическо фокусирования (IEF), дифференциальной растворимости (например, осаждения сульфатом аммония) или экстракции (смотри, например, Protein Purification, J.-С. Janson and Lars Ryden, editors, VCH Publishers, New York, 1989). Предпочтительно, они могут быть очищены с помощью аффинной хроматографии на колонке с анти-VAR2CSA антителом. Дополнительная очистка может быть достигнута с помощью обычных способов химической очистки, таких как высокоэффективная жидкостная хроматография. Другие способы очистки, в том числе осаждение цитратом бария, известны в данной области техники и могут быть применены в очистке полипептидов VAR2CSA, описанных в данном документе (смотри, например, Scopes, R., Protein Purification, Springer-Verlag, N.Y., 1982).
Для терапевтических целей является предпочтительным, чтобы полипептиды VAR2CSA, описанные в данном документе, являлись по существу чистыми. Таким образом, в предпочтительном варианте реализации изобретения полипептиды VAR2CSA, описанные в данном документе, очищают до по меньшей мере около 90-95% гемогенности, предпочтительно, до по меньшей мере около 98% гемогенности. Чистота может быть оценена с помощью, например, гель-электрофореза и аминоконцевого секвенирования аминокислот.
ЛИНКЕРНАЯ ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ГРУППА L1
Предлагаемое представляет собой соединения Формулы IV:
где:
Т представляет собой нацеливающую функциональную группу, содержащую полипептид VAR2CSA;
L1 представляет собой линкер или L1 отсутствует; и
Р1 представляет собой моновалентный радикал соединения Формулы XIV
где R16, R17, R18, R19, R20, R21, R22, R23 и R24 являются такими, как описано в данном документе выше и ниже.
Линкерная функциональная группа L1 представляет собой бифункциональное соединение, которое может быть применено для связывания несущей полезную нагрузку Р1 и нацеливающей функциональной группы Т для образования конъюгата соединения, T-L1-Р1. Такие конъюгаты делают возможной селективную доставку лекарственных средств к целевым клеткам (например, клетки опухоли). Линкерные функциональные группы содержат бивалентный заместитель, такой как алкилдиил, арилдиил, гетероарилдиил, функциональные группы, такие как: -(CR2)nO(CR2)n-, повторяющиеся единицы алкилокси (например, полиэтиленокси, PEG, полиметиленокси) и алкиламино (например, полиэтиленамино, Jeffamine™); а сложные эфиры двухосновых кислот и амиды включают сукцинат, сукцинамид, дигликолят, малонат и капроамид. Соединения, описанные в данном документе, могут быть получены с применением линкерной функциональной группы, имеющей реакционноспособный сайт для связывания несущей полезную нагрузку и нацеливающей функциональной группы.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 имеет реакционноспособный сайт, имеющий электрофильный группу, которая является реакционноспособной по отношению к нуклеофильной группы, присутствующей на Т. Применимые нуклеофильные группы на Т содержат, но без ограничения этим, сульфгидрильные, гидроксильные и амино группы. Гетероатом нуклеофильной группы из Т является реакционноспособным по отношению к электрофильной группе из L1 и образует ковалентную связь с L1. Применимые электрофильные группы включают, но без ограничения этим малеимидные и галогенацетамидные группы. Нуклеофильная группа на Т обеспечивают удобный сайт для прикрепления к L1.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 имеет реакционноспособный сайт, имеющий электрофильный группу, которая является реакционноспособной по отношению к нуклеофильной группы, присутствующей на нацеливающей функциональной группе. Применимые электрофильные группы на нацеливающей функциональной группе включают, но без ограничения этим, альдегидные и кетонные карбонильные группы. Гетероатом нуклеофильной группы из L1 может вступать в реакцию с электрофильной группой на нацеливающей функциональной группе и образует ковалентную связь с нацеливающей функциональной группой. Применимые нуклеофильные группы из L1 включают, но без ограничения этим, гидразид, оксим, амино, гидразин, тиосемикарбазон, гидразинкарбоксилат и арилгидразид. Электрофильная группа на нацеливающей функциональной группе предлагает удобный сайт для прикрепления к L1.
Функциональные группы карбоксильных кислот и функциональные группы хлорформиат также являются применимыми реакционноспособными сайтами для L1, потому что они могут вступать в реакцию, например, с аминогруппой из Р1 с образованием амидной связи. Также применимой в качестве реакционноспособного сайта является карбонатная функциональная группа на L1, такая как, но без ограничения этим, р-нитрофенилкарбонат, которая может вступать в реакцию, например, с аминогруппой из Р1 для образования карбаматной связи.
Следует принять во внимание, что в данном изобретении могут быть применены любые линкерные функциональные группы, указанные в текущем уровне техники, и, в частности, указанные для применения в контексте доставки лекарственного средства. В некоторых вариантах реализации изобретения могут быть применены линкеры с характеристиками, которые хорошо подходят для конкретного применения, такие как восприимчивость к ферментативному расщеплению или химическому расщеплению в представляющей интерес клетке.
Без ограничения объема предыдущего заявления, в одном варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2012/113847. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 8288352. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5028697. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5006652. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5094849. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5053394. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5122368. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5387578. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5547667. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5622929. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5708146. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 6468522. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 6103236. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 6638509. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 6214345. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 6759509. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2007/103288. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2008/083312. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2003/068144. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2004/016801. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2009/134976. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2009/134952. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2009/134977. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2002/08180. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2004/043493. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2007/018431. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2003/026577. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2005/077090. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2005/082023. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2007/011968. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2007/038658. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2007/059404. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2006/110476. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2005/112919. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в WO 2008/103693. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 6756037. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 7087229. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 7122189. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 7332164. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5556623. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5643573. В другом варианте реализации изобретения L1 содержит линкерную функциональную группу, описанную в U.S. 5665358. Также могут быть применены линкеры L1, содержащие саморасщепляющийся компонент. Например, смотри патент США №6214345. Пример саморасщепляющегося компонента представляет собой n-аминобензилкарбамоил (РАВС). В изобретении могут быть применены коммерчески доступные линкеры. Например, могут быть применены коммерчески доступный расщепляемый линкер сульфосукцинимидил-6-[3'(2-пиридилдитио)-пропионамидо]гексаноат (sulfo-LC-SPDP: № в каталоге Thermo Pierce 21650) и нерасщепляемый линкер сукцинимидил-4-[N-малеимидометил]циклогексан-1-карбоксилат (SMCC: № в каталоге Thermo Pierce 22360), как показано в данном документе. Смотри также, WO 2012171020, WO 2010138719, диапазон коммерчески доступных линкеров, например, от Concortis http://www.concortis.com/home. Смотри также Kim et al., Bioconjugate Chemistry, 21(8): 1513-1519 AUG 2010. Смотри также EP 2326349. Смотри также не содержащие медь линкеры, получаемые с помощью клик-химии, Angew. Chem. Int. Ed., 2010, 49, p. 9422-9425, ChemBioChem, 2011, 12, p. 1309-1312, http://www.synaffix.com/technology/.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит: SPDP, SMCC, vcPABC, MCvcPABC, MTvc, ADvc, малеимид, NHS, биотин, стрептавидин, нейтравидин, гликозид или их комбинацию.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит SPDP.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит SMCC.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит vcPABC.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит MCvcPABC.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит MTvc.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит ADvc.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит малеимид.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит NHS.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит биотин.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит стрептавидин.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит нейтравидин.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 содержит гликозид.
В некоторых вариантах реализации изобретения L1 отсутствует.
НЕСУЩАЯ ПОЛЕЗНУЮ НАГРУЗКУ ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ГРУППА Р1
Talpir, R. et al. (1994) Tetrahedron Lett. 35:4453-6 описывает встречающееся в природе соединение гемиастерлин, стабильный трипептид, полученный из морских губок, который приводит к деполимеризации микротрубочек и прекращению митоза в клетках. Гемиастерлин состоит из необычных и сверхнасыщенных аминокислот, особенности которых, как считают, вносят свой вклад в его активность. Ряд групп изменяли отдельные структурные элементы гемиастерлина для оценки соотношений структура-активность и оценки активности аналогов гемиастерлина. Смотри, например, Zask et al., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 14:4353-4358, 2004; Zask et al., J Med Chem, 47:4774-4786, 2004; Yamashita et al., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 14:5317-5322, 2004; PCT/GB96/00942; WO 2004/026293; WO 96/33211; и U.S. 7579323.
Были описаны аналоги гемиастерлина с модификациями в "А-сегменте" или аминоконцевом сегменте (смотри, например, Zask et al., J Med Chem, 47:4774-4786, 2004; Yamashita et al., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 14:5317-5322, 2004; U.S. 7579323). U.S. 7579323 описывает аналог гемиастерлина, упоминаемый как HTI-286, в котором индольная функциональная группа заменена на фенильную группу. HTI-286 обладает мощной антимитотической активностью и был оценен в клинических испытаниях для лечения рака (Ratain et al., Proc Am Soc Clin Oncol, 22:129, 2003).
Также были описаны аналоги гемиастерлина с модификациями в "D-сегменте" или карбоксиконцевом сегменте (смотри, например, WO 2004/026293; Zask et al., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 14:4353-4358, 2004; Zask et al., J Med Chem, 47:4774-4786, 2004). Большинство модификаций на карбокси-конце приводит к соединениям со значительно сниженной, по сравнению с родоначальной карбоновой кислотой активностью. Смотри, например, WO 2004/026293, в частности, Таблицу 12. Zask et al., (J Med Chem, 47:4774-4786, 2004) также сообщают, что амидные аналоги, полученные с применением простых циклических и ациклических аминов, демонстрируют значительное снижение активности (уменьшение на от одного до трех порядков). Среди немногих допускаемых модификаций, Zask et al., (Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 14:4353-4358, 2004) сообщают, что добавление этерифицированных циклических аминокислот на карбокси-конце дает тетрапептидные аналоги с подобными пролилу содержащими сложный эфир концами, некоторые из которых обладают активностью, сравнимой с родоначальным соединением в исследуемой раковой клеточной линии.
В то время, как было сгенерировано большое разнообразие аналогов гемиастерлина, многие, в том числе широкое разнообразие соединений с изменениями на карбокси-конце, демонстрируют снижение активности, что ограничивает полезность в способах лечения. Тем не менее, некоторые аналоги гемиастерлина, модифицированные добавлением N-ацилсульфонамидной функциональной группы на карбокси-конце, такие как те, которые раскрыты в международной заявке № PCT/US14/29463 или патенте США №14/213504, демонстрируют значительную противораковую активность в широком диапазоне раковых клеточных линий.
Соответственно, предлагаемое представляет собой соединения Формулы IV:
где:
Т представляет собой нацеливающую функциональную группу, содержащую полипептид VAR2CSA;
L1 представляет собой линкер или L отсутствует; и
Р1 представляет собой моновалентный радикал соединения Формулы XIV:
где:
R16 и R17 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н и насыщенной или ненасыщенной функциональной группы, имеющей линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, и атомы углерода необязательно замещены: -ОН, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -СО2Н, -СНО, -COSH или -NO2; или R17 и R20 являются конденсированными и образуют кольцо;
R18 и R19 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н, R25 и ArR25- или R18 и R19 соединены с образованием кольца;
R20 выбран из группы, состоящей из: Н, R25, ArR25- и Ar; или R20 и R17 являются конденсированными и образуют кольцо;
R21 выбран из группы, состоящей из: Н, R25 и ArR25-;
R22 и R23 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н, R25 и ArR25-;
R24 представляет собой: -Y-(CO)NHSO2-R26
R25 определен как насыщенная или ненасыщенная функциональная группа, имеющая линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, от нуля до четырех атомов азота, от нуля до четырех атомов кислорода и от нуля до четырех атомов серы, и атомы углерода необязательно замещены: =O, =S, ОН, -OR28, -O2CR28, -SH, -SR28, -SOCR28, -NH2, -NHR28, -N(R28)2, -NHCOR28, -NR28COR28, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R28, -CHO, -COR28, -CONH2, -CONHR28, -CON(R28)2, -COSH, -COSR28, -NO2, -SO3H, -SOR28, -SO2R28, где R28 представляет собой линейную, разветвленную или циклическую, из от одного до десяти атомов углерода насыщенную или ненасыщенную алкильную группу;
кольцо, образованное путем присоединения R18 и R19, представляет собой трех-семичленный неароматический циклический скелет в рамках определения R25,
Y определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: линейной, насыщенной или ненасыщенной, алкильной группы из от одного до шести атомов углерода, необязательно замещенной с помощью R25, ArR25- или X; и
X определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: -ОН, -OR25, =O, =S, -O2CR25, -SH, -SR25, -SOCR25, -NH2, -NHR25, -N(R25)2, -NHCOR25, -NRCOR25, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R25, -CHO, -COR25, -CONH2, -CONHR25, -CON(R25)2, -COSH, -COSR25, -NO2, -SO3H, -SOR25 и -SO2R25;
R26 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила, -COR27, -CSR27, -OR27 и -NHR27 где каждый R27 представляет собой, независимо, необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкил, необязательно замещенный арил, необязательно замещенный гетероциклил или необязательно замещенный гетероарил;
или его стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемую соль.
В предпочтительном варианте реализации изобретения R26 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила.
В одном варианте реализации изобретения Ar представляет собой ароматическое кольцо, выбранное из группы, состоящей из: фенила, нафтила, антрацила, пирролила.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р1 представляет собой моновалентный радикал соединения Формулы XV:
где:
R26 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила, необязательно замещенного гетероарила, -COR27, -CSR27 -OR27 и -NHR27 где каждый R27 представляет собой, независимо, алкил, необязательно замещенный галогеном, -ОН или -SH;
R29 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила;
R30 выбран из группы, состоящей из Н и C1-6 алкила;
R31 выбран из группы, состоящей из Н и C1-6 алкила;
R32 и R38 независимо выбраны из группы, состоящей из Н, C1-6 алкила и -SH, при условии, что R32 и R38 не могут одновременно представлять собой Н;
R33, R34, R35 и R36 независимо представляют собой Н и C1-6 алкил, по меньшей мере один из R33 и R34 представляет собой Н; или R34 и R35 образуют двойную связь, R33 представляет собой Н и R36 представляет собой Н или C1-6 алкил; и
R37 выбран из группы, состоящей из Н и C1-6 алкила;
или его стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемую соль.
В предпочтительном варианте реализации изобретения R26 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила.
В дополнительном варианте реализации изобретения каждый необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкила, необязательно замещенный арила, необязательно замещенный гетероциклил и необязательно замещенный гетероарил представляет собой, независимо, необязательно замещенного с помощью =O, =S, -ОН, -OR27, -O2CR27, -SH, -SR27, -SOCR27, -NH2, -N3, -NHR27, -N(R27)2, -NHCOR27, -NR27COR27, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R27, -CHO, -COR27, -CONH2, -CONHR27, -CON(R27)2, -COSH, -COSR27, -NO2, -SO3H, -SOR27 или -SO2R27, где каждый R27 представляет собой, независимо, алкил, необязательно замещенный галогеном, -ОН или -SH.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения каждый необязательно замещенный арил и необязательно замещенный гетероарил независимо выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного фенила, необязательно замещенного нафтила, необязательно замещенного антрацила, необязательно замещенного фенантрила, необязательно замещенного фурила, необязательно замещенного пирролила, необязательно замещенного тиофенила, необязательно замещенного бензофурила, необязательно замещенного бензотиофенила, необязательно замещенного хинолинила, необязательно замещенного изохинолинила, необязательно замещенного имидазолила, необязательно замещенного тиазолила, необязательно замещенного оксазолила и необязательно замещенного пиридинила.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения R29 выбран из одной из следующих структур XVI, XVII, XVIII и XIX:
;
;
; и
,
где:
Q представляет собой CR39 или N;
Z представляет собой C(R39)2, NR39, S или О;
каждый R39 независимо выбран из группы, состоящей из Н, -ОН, -R27, -OR27, -O2CR27, -SH, -SR27, -SOCR27, -NH2, -N3, -NHR27, -N(R27)2, -NHCOR27, -NR27COR27, -R27NH2, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R27, -CHO, -COR27, -CONH2, -CONHR27, -CON(R27)2, -COSH, -COSR27, -NO2, -SO3H, -SOR27 и -SO2R27, где каждый R27 представляет собой, независимо, алкил, необязательно замещенный галогеном, -ОН или -SH.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения R29 выбран из группы, состоящей из:
; и 
где каждый R39 независимо выбран из группы, состоящей из Н, -ОН, -R27, -OR27, -O2CR27, -SH, -SR27, -SOCR27, -NH2, -N3, -NHR27, -N(R27)2, -NHCOR27, -NR27COR27, -R27NH2, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R27, -CHO, -COR27, -CONH2, -CONHR27, -CON(R27)2, -COSH, -COSR27, -NO2, -SO3H, -SOR27 и -SO2R27, где каждый R27 представляет собой, независимо, алкил, необязательно замещенный галогеном, -ОН или -SH.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения R29 выбран из группы, состоящей из:
;
;
;
;
;
;
и 
.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения R29 представляет собой:
.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения каждый R30, R31, R32 и R38 представляет собой метил.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения R30 представляет собой Н, R31 представляет собой метил, R32 представляет собой метил и R38 представляет собой метил.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р1 представляет собой моновалентный радикал соединения Формулы XX:
где:
R40 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила, необязательно замещенного гетероарила, -COR27, -CSR27, -OR27, и -NHR27 где каждый R27 независимо представляет собой необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкил, необязательно замещенный арил, необязательно замещенный гетероциклил, необязательно замещенный гетероарил;
R41 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила;
R30 выбран из группы, состоящей из Н и C1-6 алкила;
R31 выбран из группы, состоящей из Н и C1-6 алкила; и
R32 выбран из группы, состоящей из C1-6 алкила и -SH,
или его стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемая соль.
В предпочтительном варианте реализации изобретения R40 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила.
В дополнительном варианте реализации изобретения каждый необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкил, необязательно замещенный арил, необязательно замещенный гетероциклил и необязательно замещенный гетероарил, независимо, необязательно замещен с помощью =O, =S, -ОН, -OR42, -O2CR42, -SH, -SR42, -SOCR42, -NH2, -N3, -NHR42, -N(R42)2, -NHCOR42, -NR42COR42, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R42, -CHO, -COR42, -CONH2, -CONHR42, -CON(R42)2, -COSH, -COSR42, -NO2, -SO3H, -SOR42 или -SO2R42, где каждый R42 представляет собой, независимо, алкил, необязательно замещенный галогеном, -ОН или -SH.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения каждый необязательно замещенный арил и необязательно замещенный гетероарил независимо выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного фенила, необязательно замещенного нафтила, необязательно замещенного антрацила, необязательно замещенного фенантрила, необязательно замещенного фурила, необязательно замещенного пирролила, необязательно замещенного тиофенила, необязательно замещенного бензофурила, необязательно замещенного бензотиофенила, необязательно замещенного хинолинила, необязательно замещенного изохинолинила, необязательно замещенного имидазолила, необязательно замещенного тиазолила, необязательно замещенного оксазолила и необязательно замещенного пиридинила.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения R41 выбран из одной из следующих структур XVI, XVII, XVIII и XIX:
;
;
; и
,
где:
Q представляет собой CR43 или N;
Z представляет собой C(R43)2, NR43, S или О;
каждый R43 независимо выбран из группы, состоящей из Н, -ОН, -OR42, -O2CR42, -SH, -SR42, -SOCR42, -NH2, -N3, -NHR42, -N(R42)2, -NHCOR42, -NR42COR42, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R42, -CHO, -COR42, -CONH2, -CONHR42, -CON(R42)2, -COSH, -COSR42, -NO2, -SO3H, -SOR42 и -SO2R42, где каждый R42 представляет собой, независимо, алкил, необязательно замещенный галогеном, -ОН или -SH.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения R41 выбран из группы, состоящей из:
;
;
;
;
; и 
.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения R41 представляет собой:
.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения каждый R30, R31 и R32 представляет собой метил.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения R30 представляет собой Н, R31 представляет собой метил и R32 представляет собой метил.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р1 представляет собой моновалентный радикал соединения Формулы II:
где:
R1 выбран из: арила, С3-С7 циклоалкила и гетероарила, каждый из которых необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из: С1-С4 ацилтио, С2-С4 алкенила, С1-С4 алкила, С1-С4 алкиламино, С1-С4 алкокси, амино, амино-С1-С4 алкила, галогена, С1-С4 галогеналкила, гидроксила, гидрокси-С1-С4 алкила и тио, где С2-С4 алкенил, С1-С4 алкиламино и С1-С4 алкокси дополнительно необязательно замещены одним заместителем, выбранным из С1-С4 алкиларила, гидроксила и тио;
каждый R2 и R3 независимо выбран из: Н и C1-С6 алкила;
R4 выбран из группы, состоящей из C1-С6 алкила и тио; и
R5 выбран из: C1-С6 алкила, арила, арил-С1-С6 алкила, С3-С7 циклоалкила, гетероарила и гетероциклила, каждый необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из: C1-С6 алкокси, C1-С6 алкоксикарбонила, C1-С6 алкила, C1-С6 алкиламино, амино, амино-С1-С6 алкила, аминоарила, амино-С3-С7 циклоалкила, арила, карбоксамида, карбоксила, С3-С7 циклоалкила, циано, C1-С6 галогеналкила, C1-С6 галогеналкокси, галогена, гидроксила, нитро, тио и тио-C1-С6 алкила; и
В некоторых вариантах реализации изобретения R1 выбран из: выбран из: Н, арила, С3-С7 циклоалкила и гетероарила, каждый из которых необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из: С1-С4 ацилтио, С2-С4 алкенила, С1-С4 алкила, С1-С4 алкиламино, С1-С4 алкокси, амино, амино-C1-С4 алкила, галогена, С1-С4 галогеналкила, гидроксила, гидрокси-С1-С4 алкила и тио, где С2-С4 алкенил, С1-С4 алкиламино и С1-С4 алкокси дополнительно необязательно замещен одним заместителем, выбранным из п-толила, гидроксила и тио.
В некоторых вариантах реализации изобретения R1 выбран из: Н, арила, С3-С7 циклоалкила и гетероарила, каждый из которых необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из: (2-гидроксиэтил)амино, (2-меркаптоэтил)амино, 2-(ацетилтио)этокси, 2-аминоэтокси, 2-гидроксиэтокси, 2-меркаптоэтокси, 3-метокси, 4-метилстирила, амино, аминометила, хлора, фтора, гидроксила, гидроксиметила, метила, тио, трифторметила.
В некоторых вариантах реализации изобретения R1 выбран из: Н, циклогексила, 1Н-индол-3-ила, фенила и тиен-2-ила, каждый из которых необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из: (2-гидроксиэтил)амино, (2-меркаптоэтил)амино, 2-(ацетилтио)этокси, 2-аминоэтокси, 2-гидроксиэтокси, 2-меркаптоэтокси, 3-метокси, 4-метилстирила, амино, аминометила, хлора, фтора, гидроксила, гидроксиметила, метила, тио и трифторметила.
В некоторых вариантах реализации изобретения R1 выбран из: Н,1H-индол-3-ила, 1-метил-1H-индол-3-ила, 2-метоксифенила, 3-((2-гидроксиэтил)амино)фенила, 3-((2-меркаптоэтил)амино)фенила, 3-(2-(ацетилтио)этокси)фенила, 3-(2-гидроксиэтокси)фенила, 3-(2-меркаптоэтокси)фенила, 3-(4-метилстирил)фенила, 3-(аминометил)фенила, 3-(гидроксиметил)фенила, 3-гидроксифенила, 3,5-дифторфенила, 3,5-диметилфенила, 3-аминофенила, 3-хлорфенила, 3-меркаптофенила, 3-метоксифенила, 3-трифторметилфенила, 4-((2-гидроксиэтил)амино)фенила, 4-((2-меркаптоэтил)амино)фенила, 4-(2-(ацетилтио)этокси)фенила, 4-(2-аминоэтокси)фенила, 4-(2-гидроксиэтокси)фенила, 4-(2-меркаптоэтокси)фенила, 4-(аминометил)фенила, 4-(гидроксиметил)фенила, 4-аминофенила, 4-гидроксифенила, 4-меркаптофенила, 4-метоксифенила, циклогексила, тиен-2-ила, м-толила и фенила.
В некоторых вариантах реализации изобретения R1 выбран из: Н,1H-индол-3-ила, 1-метил-1H-индол-3-ила, 2-метоксифенила, 3-((2-гидроксиэтил)амино)фенила, 3-((2-меркаптоэтил)амино)фенила, 3-(2-гидроксиэтокси)фенила, 3-(2-меркаптоэтокси)фенила, 3,5-дифторфенила, 3,5-диметилфенила, 3-хлорфенила, 3-меркаптофенила, 3-метоксифенила, 3-трифторметилфенила, 4-((2-гидроксиэтил)амино)фенила, 4-((2-меркаптоэтил)амино)фенила, 4-4-(2-гидроксиэтокси)фенила, 4-(2-меркаптоэтокси)фенила, 4-меркаптофенила, 4-метоксифенила, циклогексила, тиен-2-ила, м-толила и фенила.
В некоторых вариантах реализации изобретения R1 представляет собой фенил.
В некоторых вариантах реализации изобретения R2 представляет собой Н.
В некоторых вариантах реализации изобретения R2 представляет собой метил.
В некоторых вариантах реализации изобретения R3 представляет собой метил.
В некоторых вариантах реализации изобретения R4 представляет собой метил.
В некоторых вариантах реализации изобретения R5 выбран из: C1-С6 алкила, арила, арил-С1-С6 алкила, С3-С7 циклоалкила, гетероарила и гетероциклила, причем каждый необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из: 1-аминоциклопропила, 4-аминофенила, амино, аминометила, брома, трет-бутила, карбоксамида, карбоксила, хлора, циано, циклопентила, этила, фтора, гидрокси, изопропила, метокси, метила, нитро, фенила, пиридин-3-ила, тио, тиометила, трифторметокси и трифторметила.
В некоторых вариантах реализации изобретения R5 выбран из: 5,6,7,8-тетрагидронафтален-1-ила, бензила, циклогексила, этила, гексан-2-ила, метила, нафтален-2-ила, пиперидин-1-ила, фенила, пропила, пиридин-3-ила и тиен-2-ила, причем каждый необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из: 1-аминоциклопропила, 4-аминофенила, амино, аминометила, брома, трет-бутила, карбоксамида, карбоксила, хлора, циано, циклопентила, этила, фтора, гидрокси, изопропила, метокси, метила, нитро, фенила, пиридин-3-ила, тио, тиометила, трифторметокси и трифторметила.
В некоторых вариантах реализации изобретения R5 выбран из: 4-аминобензила, 4-(аминометил)бензила, 4-(аминометил)фенила, 4-аминофенила, бензила, 3-меркаптопропила, 2-меркаптоэтила, 4-(меркаптометил)фенила, n-толила, метила, 2,4,6-триметилфенила, 4-(трифторметокси)фенила, 2,4,6-триизопропилфенила, 4-трет-бутилфенила, 4-хлорфенила, 3-цианофенила, 2-нитрофенила, 4-метокси-2-нитрофенила, 4-аминокарбонил-2-нитрофенила, 4-метоксифенила, 4-аминофенила, фенила, 2-фторбензила, пиперидин-1-ила, о-толила, 4-бромфенила, нафтален-2-ила, 4-метоксикарбонилфенила, 2-(трифторметил)бензила, гексан-2-ила, 2-метоксиэтила, циклопентилметила, циклогексила, пиридин-3-илметила, 4-карбоксифенила, 3-аминофенила, пиридин-3-ила, тиен-2-ила, 4-гидроксифенила, 4-(1-аминоциклопропил)бензила, 4-(1-аминоциклопропил)фенила, 2-метилбензила, 4-нитробензила, 4-хлорбензила, фенетила, 4-бромбензила, 4-цианобензила, 3-нитробензила, 4-трет-бутилбензила, 2-нитробензила, 4-нитрофенетила, 2-хлор-3-метоксикарбонилфенила, 2-аминофенила, [1,1'-бифенил]-4-ила, 4'-амино-[1,1'-бифенил]-4-ила, 4-фторбензила, 3-(трифторметил)бензила, 3-(трифторметокси)бензила, 3,4-дихлорбензила, 2-цианобензила, 3-хлорбензила, 4-амино-2-этилфенила, 4-амино-3-(трифторметокси)фенила, 4-амино-2,3-диметилфенила, 4-амино-5,6,7,8-тетрагидронафтален-1-ила, 4-амино-3-метилфенила, 4-амино-3-фторфенила, 4-амино-3-этилфенила и 4-амино-3-(трифторметил)фенила.
В некоторых вариантах реализации изобретения R5 выбран из: арила и арил-C1-C6 алкила, причем каждый необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из: амино и амино-С1-С6 алкила.
В некоторых вариантах реализации изобретения R5 выбран из: 4-аминобензила, 4-(аминометил)бензила, 4-(аминометил)фенила, 4-аминофенила и бензила.
В некоторых вариантах реализации изобретения R5 представляет собой 4-аминобензил.
В некоторых вариантах реализации изобретения R5 представляет собой 4-(аминометил)бензил.
В некоторых вариантах реализации изобретения R5 представляет собой 4-(аминометил)фенил.
В некоторых вариантах реализации изобретения R5 представляет собой 4-аминофенил.
В некоторых вариантах реализации изобретения где R5 представляет собой бензил.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р1 представляет собой моновалентный радикал соединения, описанного в международной заявке № PCT/US14/29463 или патенте США №14/213504.
Специалисту в данной области техники с удовлетворительными знаниями будет понятно, что соединения Формулы XIV могут быть соответствующим образом изменены, чтобы облегчить реакцию конъюгации с L1, или, при условии, что L1 отсутствует, с Т, и образование конъюгата T-L1-P1 или Т-Р1. Может быть применена любая точка присоединения Р1. В некоторых вариантах реализации изобретения С-конец Р1 образует точку присоединения в конъюгате T-L1-P1. В другом варианте реализации изобретения N-конец Р1 образует точку присоединения в конъюгате T-L1-P1. В другом варианте реализации изобретения боковая цепь Р1 образует точку присоединения в конъюгате T-L1-P1.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р1 представляет собой разрушающий микротрубочки пептидный токсин, который ковалентно связан с L1 через боковую цепь N-концевой аминокислоты из Р1, или, при условии, что L1 отсутствует, Р1 ковалентно связан с Т через боковую цепь N-концевой аминокислоты из Р1. В одном варианте реализации изобретения разрушающий микротрубочки пептидный токсин представляет собой гемиастерлин или его аналог и токсин ковалентно связан в конъюгат посредством индольной функциональной группы в боковой цепи N-концевой аминокислоты пептида токсина. В другом варианте реализации изобретения разрушающий микротрубочки пептидный токсин представляет собой HTI-286 или его аналог и токсин ковалентно связан в конъюгат посредством фенильной группы в боковой цепи N-концевой аминокислоты пептида токсина. В одном варианте реализации изобретения разрушающий микротрубочки пептидный токсин представляет собой тубулизин или его аналог и токсин ковалентно связан в конъюгат посредством индольной функциональной группы в боковой цепи N-концевой аминокислоты пептида токсина. В одном варианте реализации изобретения разрушающий микротрубочки пептидный токсин представляет собой ауристатин или его аналог и токсин ковалентно связан в конъюгат посредством индольной функциональной группы в боковой цепи N-концевой аминокислоты пептида токсина. В одном варианте реализации изобретения разрушающий микротрубочки пептидный токсин представляет собой соединение, имеющее структуру XIV, XV или XX.
В некоторых вариантах реализации изобретения соединение T-L1-P1 имеет антимитотическую активность и следующую структуру (XXI):
где Т представляет собой нацеливающую функциональную группу, как описано в данном документе, L представляет собой необязательный линкер, как описано в данном документе, и РТ представляет собой разрушающий микротрубочки пептидный токсин, который ковалентно связан с L1 посредством боковой цепи N-концевой аминокислоты из РТ, или, при условии, что L отсутствует, РТ ковалентно связан с Т посредством боковой цепи N-концевой аминокислоты из РТ.
В одном варианте реализации изобретения предлагаются конъюгаты VAR2CSA-лекарственное средство, содержащие разрушающие микротрубочки пептидные токсины, которые связаны с конъюгатом посредством боковой цепи N-концевой аминокислоты.
В одном варианте реализации изобретения T-L1-PT имеет следующую структуру (XXII):
где,
R16 и R17 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н и насыщенной или ненасыщенной функциональной группы, имеющей линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, и атомы углерода необязательно замещены: -ОН, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -СО2Н, -СНО, -COSH или -NO2;
R18 и R19 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н, R, ArR25- или R18 и R19 соединены с образованием кольца;
R44 выбран из группы, состоящей из: Н, R46, ArR25-, Ar-R25-Ar, R25-Ar-Ar, Ar-Ar-R25- и Ar, где каждый R25 и каждый Ar могут быть замещены, и атомы углерода в цепи могут быть заменены на от нуля до десяти гетероатомов, например, в углеродную цепь могут быть включены О, S или N; и где R46 представляет собой -(СН2-СН2-O)m-, где m равен целому числу от одного до пятнадцати;
R21 выбран из группы, состоящей из: Н, R25 и ArR25-;
R22 и R23 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н, R и ArR25-; и
R45 представляет собой Z-C(O)-Y-; -Z-C(O)NHS(O)2-R26; или -Y-C(O)NHS(O)2-R26;
где,
Z определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: -ОН, -OR25; -SH; -SR25; -NH2; -NR25CH(R47)COOH; и -NHCH(R47)COOH, где R47 представляет собой функциональная группу, имеющую формулу: R25 или -(CH2)nNR48R49, где n=1-4 и R48 и R49 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н; R25; и -C(NH)(NH2);
Y определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: линейной, насыщенной или ненасыщенной, алкильной группы из от одного до шести атомов углерода, необязательно замещенной с помощью R25, ArR25- или X; и
X определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: -ОН, -OR25, =O, =S, -O2CR25, -SH, -SR25, -SOCR25, -NH2, -NHR25, -N(R25)2, -NHCOR25, -NRCOR25, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -C02R25, -CHO, -COR25, -CONH2, -CONHR25, -CON(R25)2, -COSH, -COSR25, -NO2, -SO3H, -SOR25 и -SO2R25;
R26 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклил и необязательно замещенного гетероарила, COR27 -CSR27, -OR27 и -NHR27, где каждый R27 представляет собой, независимо, необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкила, необязательно замещенный арила, необязательно замещенный гетероциклил или необязательно замещенный гетероарил.
R25 определен как насыщенная или ненасыщенная функциональная группа, имеющая линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, от нуля до четырех атомов азота, от нуля до четырех атомов кислорода и от нуля до четырех атомов серы, и атомы углерода необязательно замещены: =O, =S, ОН, -OR28, -O2CR28, -SH, -SR28, -SOCR28, -NH2, -NHR28, -N(R28)2, -NHCOR28, -NR28COR28, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R28, -CHO, -COR28, -CONH2, -CONHR28, -CON(R28)2, -COSH, -COSR28, -NO2, -SO3H, -SOR28, -SO2R28, где R28 представляет собой линейную, разветвленную или циклическую, насыщенную или ненасыщенную алкильную группу из от одного до десяти атомов углерода;
кольцо, образованное путем присоединения R18 и R19, представляет собой трех-семичленный неароматический циклический скелет в рамках определения R25,
Y определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: линейной, насыщенной или ненасыщенной, алкильной группы из от одного до шести атомов углерода, необязательно замещенной с помощью R, ArR25- или X; и,
X определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: -ОН, -OR, =O, =S, -O2CR25, -SH, -SR25, -SOCR25, -NH2, -NHR25, -N(R25)2, -NHCOR25, -NRCOR25, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R25, -CHO, -COR25, -CONH2, -CONHR25, -CON(R25)2, -COSH, -COSR25, -NO2, -SO3H, -SOR25 и -SO2R25;
или ее стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемая соль.
В предпочтительном варианте реализации изобретения R26 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила.
В одном варианте реализации изобретения Ar представляет собой ароматическое кольцо, выбранное из группы, состоящей из: фенила, нафтила, антрацила, пирролила.
В одном варианте реализации изобретения R45 представляет собой Z-C(O)-Y-, где Z и Y определены таким образом, как указано выше.
В одном варианте реализации изобретения R45 представляет собой -Z-C(O)NHS(O)2-R26, где Z и R26 определены таким образом, как указано выше.
В одном варианте реализации изобретения R45 представляет собой -Y-C(O)NHS(O)2-R26, где Y и R26 определены таким образом, как указано выше.
В другом варианте реализации изобретения T-L1-PT имеет следующую структуру (XXIII):
где,
R29 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила;
R30 выбран из группы, состоящей из Н и С1-6 алкила;
R31 выбран из группы, состоящей из Н и С1-6 алкила;
R32 и R38 независимо выбраны из группы, состоящей из Н, C1-6 алкила и -SH, при условии, что и R32, и R38 заместители не могут представлять собой Н;
R45 представляет собой Z-C(O)-Y-; -Z-C(O)NHS(O)2-R26; или -Y-C(O)NHS(O)2-R26;
где Y и R26 определены таким образом, как указано выше;
Z определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: -ОН, -OR; -SH; -SR25; -NH2; -NR25CH(R47)COOH; и -NHCH(R47)COOH, где R47 представляет собой функциональная группу, имеющую формулу: R25 или -(CH2)nNR48R49, где n=1-4 и R48 и R49 независимо выбраны из группы, состоящей из: Н; R25; и -C(NH)(NH2),
R25 определен как насыщенная или ненасыщенная функциональная группа, имеющая линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, от нуля до четырех атомов азота, от нуля до четырех атомов кислорода и от нуля до четырех атомов серы, и атомы углерода необязательно замещены: =O, =S, ОН, -OR28, -O2CR28, -SH, -SR28, -SOCR28, -NH2, -NHR28, -N(R28)2, -NHCOR28, -NR28COR28, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R28, -CHO, -COR28, -CONH2, -CONHR28, -CON(R28)2, -COSH, -COSR28, -NO2, -SO3H, -SOR28, -SO2R28, где R28 представляет собой линейную, разветвленную или циклическую, насыщенную или ненасыщенную алкильную группу из от одного до десяти атомов углерода;
Y определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: линейной, насыщенной или ненасыщенной, алкильной группы из от одного до шести атомов углерода, необязательно замещенной с помощью R25, ArR25- или X; и
X определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: -ОН, -OR25, =O, =S, -O2CR25, -SH, -SR25, -SOCR25, -NH2, -NHR25, -N(R)2, -NHCOR25, -NRCOR25, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R25, -CHO, -COR25, -CONH2, -CONHR25, -CON(R25)2, -COSH, -COSR25, -NO2, -SO3H, -SOR25 и -SO2R25;
или ее стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемая соль.
В другом варианте реализации изобретения T-L1-PT имеет следующую структуру (XXIV):
где,
R29 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила;
R30 выбран из группы, состоящей из Н и С1-6 алкила;
R31 выбран из группы, состоящей из Н и С1-6 алкила;
R32 и R38 независимо выбраны из группы, состоящей из Н, C1-6 алкила и -SH, при условии, что и R32, и R38 заместители не могут представлять собой Н;
R50 представляет собой Z-C(O)-Y-, где Z определены таким образом, как указано выше,
R25 определен как насыщенная или ненасыщенная функциональная группа, имеющая линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, от нуля до четырех атомов азота, от нуля до четырех атомов кислорода и от нуля до четырех атомов серы, и атомы углерода необязательно замещены: =O, =S, ОН, -OR28, -O2CR28, -SH, -SR28, -SOCR28, -NH2, -NHR28, -N(R28)2, -NHCOR28, -NR28COR28, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R28, -CHO, -COR28, -CONH2, -CONHR28, -CON(R28)2, -COSH, -COSR28, -NO2, -SO3H, -SOR28, -SO2R28, где R28 представляет собой линейную, разветвленную или циклическую, насыщенную или ненасыщенную алкильную группу из от одного до десяти атомов углерода;
Y определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: линейной, насыщенной или ненасыщенной, алкильной группы из от одного до шести атомов углерода, необязательно замещенной с помощью R25, ArR25- или X; и
X определен как функциональная группа, выбранная из группы, состоящей из: -ОН, -OR25, =O, =S, -O2CR25, -SH, -SR25, -SOCR25, -NH2, -NHR25, -N(R25)2, -NHCOR25, -NRCOR25, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R25, -CHO, -COR25, -CONH2, -CONHR25, -CON(R25)2, -COSH, -COSR25, -NO2, -SO3H, -SOR25 и -SO2R25;
или ее стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемая соль.
В другом варианте реализации изобретения T-L1-PT имеет следующую структуру (XXV):
где,
R26 выбран из группы, состоящей из Н, необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила, необязательно замещенного гетероарила, -COR27, -CSR27, -OR27, -SR27 и -NHR27, где каждый R27 представляет собой, независимо, необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкил, необязательно замещенный арил, необязательно замещенный гетероциклил или необязательно замещенный гетероарил;
R29 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила;
R30 выбран из группы, состоящей из Н и C1-6 алкила;
R31 выбран из группы, состоящей из Н и C1-6 алкила;
R32 и R38 независимо выбраны из группы, состоящей из Н, C1-6 алкила и -SH, при условии, что и R32, и R38 заместители не могут представлять собой Н;
или его стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемая соль.
В другом варианте реализации изобретения T-L1-PT имеет следующую структуру (XXVI):
где,
R29 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила;
R30 выбран из группы, состоящей из Н и C1-6 алкила;
R31 выбран из группы, состоящей из Н и C1-6 алкила;
R32 и R38 независимо выбраны из группы, состоящей из Н, C1-6 алкила и -SH, при условии, что и R32, и R38 заместители не могут представлять собой Н;
или ее стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемая соль.
В другом варианте реализации изобретения T-L1-PT имеет следующую структуру (XXVII):
где,
R29 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила;
или ее стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемая соль.
В другом варианте реализации изобретения T-L1-PT имеет следующую структуру (XXVIII):
где,
R25 определен как насыщенная или ненасыщенная функциональная группа, имеющая линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, от нуля до четырех атомов азота, от нуля до четырех атомов кислорода и от нуля до четырех атомов серы, и атомы углерода необязательно замещены: =O, =S, ОН, -OR28, -O2CR28, -SH, -SR28, -SOCR28, -NH2, -NHR28, -N(R28)2, -NHCOR28, -NR28COR28, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R28, -CHO, -COR28, -CONH2, -CONHR28, -CON(R28)2, -COSH, -COSR28, -NO2, -SO3H, -SOR28, -SO2R28, где R28 представляет собой линейную, разветвленную или циклическую, насыщенную или ненасыщенную алкильную группу из от одного до десяти атомов углерода,
или ее стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемая соль.
В другом варианте реализации изобретения T-L1-PT имеет следующую структуру (XXIX):
где,
R25 определен как насыщенная или ненасыщенная функциональная группа, имеющая линейный, разветвленный или неароматический циклический скелет, содержащий от одного до десяти атомов углерода, от нуля до четырех атомов азота, от нуля до четырех атомов кислорода и от нуля до четырех атомов серы, и атомы углерода необязательно замещены: =O, =S, ОН, -OR28, -O2CR28, -SH, -SR28, -SOCR28, -NH2, -NHR28, -N(R28)2, -NHCOR28, -NR28COR28, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R28, -CHO, -COR28, -CONH2, -CONHR28, -CON(R28)2, -COSH, -COSR28, -NO2, -SO3H, -SOR28, -SO2R28, где R28 представляет собой линейную, разветвленную или циклическую, насыщенную или ненасыщенную алкильную группу из от одного до десяти атомов углерода, или ее стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемая соль.
В дополнительном варианте реализации изобретения (РТ) представляет собой аналог гемиастерлина, такой как тот, который описан в US 7579323, включенный в данное описание в виде ссылки во всей ее полноте и для всех целей. В дополнительном варианте реализации изобретения, (РТ) представляет собой аналог гемиастерлина, такой как тот, который описан в заявке на патент США №: 10/666722 или в заявке на патент США №: 10/911300, каждый из которых включен в данное описание в виде ссылки во всей своей полноте и для всех целей.
ЛИНКЕРНАЯ ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ГРУППА L2
Предлагаемое представляет собой соединения Формулы VII:
где:
Т представляет собой нацеливающую функциональную группу, содержащую полипептид VAR2CSA;
L2 представляет собой линкер или L2 отсутствует;
Р2 представляет собой биологически активное соединение; и
L2-P2 имеет следующую структуру (III):
где:
R выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила, необязательно замещенного гетероарила, -COR27, -CSR27, -OR27 и -NHR27, где каждый R27 независимо представляет собой необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкил, необязательно замещенный арил, необязательно замещенный гетероциклил, необязательно замещенный гетероарила или R отсутствует;
Р3 представляет собой оставшуюся часть соединения Р2; и
L3 необязательно представляет собой оставшуюся часть линкера L2, при условии, что присутствует L2.
В предпочтительном варианте реализации изобретения R выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила, или R отсутствует.
Также предлагаются соединения, содержащие несущее полезную нагрузку соединение, связанное с нацеливающей функциональной группой, содержащее полипептид VAR2CSA в конъюгате, который является ферментативно расщепляемым и способен высвобождать несущее полезную нагрузку соединение из нацеливающей функциональной группы при ферментативном расщеплении. В некоторых вариантах реализации изобретения несущее полезную нагрузку соединение представляет собой биологически активное соединение. В некоторых вариантах реализации изобретения несущее полезную нагрузку соединение представляет собой цитотоксическое или цитостатическое лекарственное средство.
Как описано в данном документе, содержащие N-ацилсульфонамид расщепляемые конъюгаты могут быть синтезированы таким образом, что N-ацилсульфонамидная функциональная группа ковалентно связана с химической группой, (R), ковалентно связанной с атомом азота, который образует ферментативно расщепляемую пептидную связь (мостиковую пептидную связь (JPB)) с карбонильной группой аминокислоты, образующей часть аминокислотной последовательности, способствуя ферментативному расщеплению JPB. Также могут быть применены функциональные группы, схожие с N-ацилсульфонамидами, такими как N-ацилсульфамамиды.
Соответственно, в одном варианте реализации изобретения, изобретение предлагает соединения Формулы VII:
где Р2 представляет собой биологически активное соединение, L2 представляет собой линкер и Т представляет собой нацеливающую функциональную группу, содержащую VAR2CSA, где Р2 имеет следующую структуру (V):
и где L2-T имеет следующую структуру (VI):
где Р4 представляет собой оставшуюся часть несущего полезную нагрузку соединения Р2, где группа -NH-, связанная с R в Формуле V, образует пептидную связь (JPB) с AA1 в Формуле VI, где указанная JPB является ферментативно расщепляемой, где R выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила, где каждая АА независимо представляет собой аминокислоту, где n равен целому числу от 0 до 25, где L4 необязательно представляет собой оставшуюся часть линкера L2, где Т представляет собой нацеливающую функциональную группу и где AA1-(AA)n, взятый вместе, содержит аминокислотную последовательность, способную облегчать ферментативное расщепление указанной JPB.
В некоторых вариантах реализации изобретения R выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила, необязательно замещенного гетероарила, -COR27, -CSR27, -OR27 и -NHR27, где каждый R27 представляет собой, независимо, необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкила, необязательно замещенный арила, необязательно замещенный гетероциклила и необязательно замещенный гетероарил.
В некоторых вариантах реализации изобретения R выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила. В некоторых вариантах реализации изобретения -R-NH- Формулы V выбран из:
,
,
,
,
,
и 
где каждый n независимо равен целому числу от 0 до 10.
В некоторых вариантах реализации изобретения -R-NH- Формулы V выбран из:
,
,
и 
.
В некоторых вариантах реализации изобретения -R-NH- Формулы V выбран из:
,
и 
.
В одном варианте реализации изобретения расщепление JPB приводит к соединению Формулы VIII:
где Р4 соответствует Р4 в Формуле V.
В одном варианте реализации изобретения расщепление JPB приводит к соединению Формулы XXIX:
где Р4 соответствует Р4 в Формуле V.
В одном варианте реализации изобретения расщепление JPB приводит к соединению Формулы IX:
где Р4 соответствует Р4 в Формуле V.
В отдельном варианте реализации изобретения, Р2 имеет следующую структуру (X):
или его стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемая соль и L2-T имеет следующую структуру (IV):
где:
R6 выбран из: арила, С3-С7 циклоалкила и гетероарила, каждый из которых необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из: С1-С4 ацилтио, С2-С4 алкенила, С1-С4 алкила, С1-С4 алкиламино, С1-С4 алкокси, амино, амино-С1-С4 алкила, галогена, С1-С4 галогеналкила, гидроксила, гидрокси-С1-С4 алкила и тио, где С2-С4 алкенил, С1-С4 алкиламино и С1-С4 алкокси дополнительно необязательно замещены одним заместителем, выбранным из С1-С4 алкиларила, гидроксила и тио;
каждый R7 и R8 независимо выбран из: Н и C1-С6 алкила;
R9 выбран из группы, состоящей из C1-С6 алкила и тио; и
где группа -NH-, связанная с R10 в Формуле X, образует мостиковую пептидную связь (JPB) с AA1 в Формуле IV, где JPB является ферментативно расщепляемой, где каждая АА независимо представляет собой аминокислоту, где n равен целому числу от 0 до 25, где L3 представляет собой оставшуюся часть (если таковые имеются) линкера L2, где Т представляет собой нацеливающую функциональную группу, AA1-(AA)n, взятый вместе, содержит аминокислотную последовательность, способную облегчать ферментативное расщепление указанной JPB.
В некоторых вариантах реализации изобретения R10 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила, необязательно замещенного гетероарила, -COR27, -CSR27 -OR27 и -NHR27, где каждый R27 представляет собой, независимо, необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкил, необязательно замещенный арил, необязательно замещенный гетероциклил и необязательно замещенный гетероарил.
В некоторых вариантах реализации изобретения R10 выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила. В некоторых вариантах реализации изобретения -R10-NH- Формулы X выбран из:
,
,
,
,
,
и 
где каждый n независимо равен целому числу от 0 до 10.
В некоторых вариантах реализации изобретения -R10-NH- Формулы X выбран из:
,
,
и 
.
В некоторых вариантах реализации изобретения -R10-NH- Формулы X выбран из:
,
и 
.
В одном варианте реализации изобретения расщепление JPB приводит к соединению Формулы VIII:
где Р4 соответствует Р4 в Формуле V.
В одном варианте реализации изобретения расщепление JPB приводит к соединению Формулы XXIX:
где Р4 соответствует Р4 в Формуле V.
В одном варианте реализации изобретения расщепление JPB приводит к соединению Формулы IX:
где Р4 соответствует Р4 в Формуле V.
Линкерная функциональная группа L2 характеризуется с точки зрения собранного конъюгата, описанного в данном документе. Соответственно, L2, как характеризуется в данном документе, не обязательно, но может соответствовать конкретному реагенту, применяемому в синтезе конъюгата. Компоненты L2 могут быть внесены с помощью ряда реагентов. Соответственно, L2 представляет собой бифункциональную единицу, которая связывает несущая полезную нагрузку соединение (Р2) с нацеливающей функциональной группой (Т) для образования конъюгата соединения, T-L2-P2, который может быть расщеплен ферментативно по мостиковой пептидной связи (JPB) между Р2 и L2 для высвобождения Р2. Такие конъюгаты делают возможной селективную доставку несущей полезную нагрузку Р2 к целевым клеткам (например, клетки опухоли).
Линкер L2 и нацеливающая функциональная группа Т, взятые вместе, имеют следующую структуру (VI):
где карбонил AA1 образует пептидную связь, называемую в данном документе мостиковой пептидной связью (JPB) с группой -NH-, связанной с R в Формуле V, где JPB является ферментативно расщепляемой, где каждая АА независимо представляет собой аминокислоту, где x равен целому числу от 0 до 25, где L3 представляет собой оставшуюся часть (если таковые имеются) линкера L2, где Т представляет собой нацеливающую функциональную группу, и где AA1-(AA)n содержит аминокислотную последовательность, способную облегчать ферментативное расщепление JPB.
Аминокислотная единица AA1-(AA)n содержит распознавание последовательности, которая предлагает расщепление мостиковой пептидной связи (JPB) для высвобождения несущей полезную нагрузку Р2 из нацеливающей функциональной группы Т. Может быть применена любая последовательность, способная обеспечить такое ферментативное расщепление. Такие последовательности включают, но без ограничения этим, пригодные последовательности, описанные в US 6214345. Например, в данном изобретении могут быть применены аминокислотные последовательности, известные в данной области техники, чтобы направить расщепление пептидной связи, связываюшей саморасщепляющуюся единицу РАВС, непосредственно на аминокислотную последовательность. Дополнительные аминокислотные последовательности, применимые в данном изобретении, могут быть легко определены экспериментально специалистом в данной области техники с удовлетворительными знаниями. В некоторых вариантах реализации изобретения аминокислотная единица, AA1-(AA)n, делает возможным расщепление (JPB) с помощью протеазы, тем самым облегчая высвобождение несущей полезную нагрузку Р2 из конъюгата при воздействии таких протеаз. В некоторых вариантах реализации изобретения они содержат внутриклеточные протеазы, такие как лизосомальные ферменты. В еще одних дополнительных вариантах реализации изобретения они содержат внеклеточные протеазы.
Типовые аминокислотные единицы (АА)1-(АА)x включают, но без ограничения этим, дипептид, трипептид, тетрапептид и/или пентапептид. Типовые дипептиды содержат: Val-Cit, Ala-Phe, Phe-Lys, Val-Ala, Val-Lys(Ac), Phe-Lys(Ac) или Me-Val-Cit. Следует отметить, что в то время, как способ наименования пептидов и белков представляет собой перечисление аминокислотной последовательности от N-конца до С-конца, конфигурация JPB является таковой, что (АА)1 представляет собой аминокислоту С-конца в аминокислотной последовательности (АА)1-(АА)x. Соответственно, в варианте реализации изобретения, в котором аминокислотная последовательность, облегчающая ферментативное расщепление JPB, представляла собой валин-цитрулин, (АА)1 в Формуле (III) может представлять собой цитруллин и карбонильная группа цитруллина может образовать JPB с группой -NH-, связанной с (R) в структуре (II). В некоторых вариантах реализации изобретения дополнительные аминокислоты связаны с валин-цитрулин посредством N-конца валина и, соответственно, "x" в случае (АА)x равен целому числу больше единицы.
Типовые трипептиды содержат: Gly-Val-Cit, Pro-Pro-Pro, D-Ala-Phe-Lys, (D)-Val-Leu-Lys, Gly-Gly-Arg и Ala-Ala-Asn. Для иллюстрации и ясности, при условии, что трипептид представляет собой (gly-val-cit), (АА)1 Формулы (III) представляет собой цитрулин. Аминокислотная единица может содержать аминокислотные остатки, которые встречаются в природе, а также минорные аминокислоты и не встречающиеся в природе аналоги аминокислот, такие как цитрулин. D-аминокислоты включены для применения по изобретению. Аминокислотные единицы могут быть разработаны и оптимизированы по их селективности по отношению к ферментативному расщеплению конкретным ферментом, например, ассоциированной с опухолью протеазой, катепсином В, С и D или плазминпротеазой.
Типовые тетрапептиды содержат: Lys-Ser-Gly-Arg, Gly-Phe-Leu-Gly, Leu-Ser-Gly-Arg, Ala-Leu-Ala-Leu, Gly-Gly-Gly-Arg-Arg, Gly-Lys-Ala-Phe-Arg-Arg и HomoGly-Arg-Ser-Arg-Gly
Типовые аминокислотные последовательности в случае применения в линкерах по изобретению содержат аминокислотные последовательности в пределах Phe-Lys, Val-Lys, Ala-Lys, Val-Cit, Phe-Cit, Leu-Cit, Ile-Cit, Trp-Cit, Phe-Arg. Эти последовательности были применены для высвобождения доксорубицина. Смотри, например, Таблицу 1, Dubowchik, Firestone et al. Bioconjugate Chem. 2002, 13, 855-869 и ссылки, содержащиеся в нем. Другой пример аминокислотной последовательности для применения в линкерах по данному изобретению представляет собой Pro-Pro (смотри, например, Gianolio et al. Cancer Chemother Pharmacol 2012 70, 439-449). Смотри также Firestone et al., US 6214345, в случае аминокислотных последовательностей, применимых в данном изобретении. Смотри также Miao et al., WO 2013/173392, в случае аминокислотных последовательностей, применимых в данном изобретении, содержат, но без ограничения этим, аминокислотные последовательности, содержащие не встречающиеся в природе аминокислоты. Смотри также Dubowchik et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 8:3341-3346, 1998. Смотри также Burke et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 19:2650-2653, 2009. Смотри также Jeffrey et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362, 2006. Специалисту в данной области техники с удовлетворительными знаниями будет очевидно, что дополнительные аминокислоты могут быть включены в линкер (L) на N-конце аминокислотной последовательности, которая облегчает ферментативное расщепление JPB.
В одном примере, JPB является расщепляемой с помощью протеазы, которая связана с заболеванием. В другом примере, JPB является расщепляемой с помощью протеазы, активирующей или связанной с раком в целом. В еще одном примере, JPB является расщепляемой с помощью протеазы, секретируемой связанными с раком клетками.
В другом примере, JPB является расщепляемой с помощью фермента, который усиливает свою активность или связан с конкретным типом рака.
В некоторых вариантах реализации изобретения оставшаяся часть линкера (L3) содержит удлиненную функциональную группу (S) между аминокислотной единицей, AA1-(AA)n, и нацеливающей функциональной группой, как показано в следующих структурах (XIa) и (XIb):
где карбонил AA1 образует пептидную связь, называемую в данном документе мостиковой пептидной связью (JPB) с группой -NH-, связанной с R в Формуле V, где JPB является ферментативно расщепляемой, где каждая АА независимо представляет собой аминокислоту, где n равен целому числу от 0 до 25, где L4 представляет собой оставшуюся часть (если таковые имеются) L3, где S представляет собой единицу удлинения, Т представляет собой нацеливающую функциональную группу и где AA1-(AA)n содержит аминокислотную последовательность, способную облегчать ферментативное расщепление JPB. В конкретных вариантах реализации изобретения эта единица удлинения является такой, как описано в US 7964566 и US 6214345.
НЕСУЩАЯ ПОЛЕЗНУЮ НАГРУЗКУ ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ГРУППА (Р2)
Предлагаемое представляет собой соединения Формулы VII:
где:
Т представляет собой нацеливающую функциональную группу, содержащую полипептид VAR2CSA;
L2 представляет собой линкер или L2 отсутствует;
Р2 представляет собой биологически активное соединение; и
L2-P2 имеет следующую структуру (III):
где:
R выбран из группы, состоящей из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила, или R отсутствует.
Р3 представляет собой оставшуюся часть соединения Р2; и
L3 необязательно представляет собой оставшуюся часть линкера L2, при условии, что присутствует L2.
Также как и с линкерной функциональной группой L2, несущая полезную нагрузку Р2 характеризуется с точки зрения собранного конъюгата, описанного в данном документе. Соответственно, несущая полезную нагрузку Р2, как характеризуется в данном документе, не обязательно, но может соответствовать конкретному реагенту, применяемому в синтезе конъюгата. Компоненты несущей полезную нагрузку Р2 могут быть внесены с помощью ряда реагентов. Включенное в объем Р2 представляет собой предшественники биологически активных соединений, которые могут быть in vivo превращены в биологически активные соединения.
Широкое множество соединений может быть применено для сборки желательных несущих полезную нагрузку компонентов конъюгата, описанных в данном документе. Любое соединение, которое представляет собой такой же функционал, что и амид, таким образом, как в Формуле VIII, или что и соединение, содержащее группу N-ацилсульфонамид-R-NH2, как в Формуле IX, может быть доставлено в клетку-мишень или ткань с применением технологии данного конъюгата. По изобретению находят применение любые соединения-прекурсоры, которые могут быть применены (непосредственно или после соответствующей модификации) для получения амидов Формулы VIII или соединений N-ацилсульфонамид-R-NH2 Формулы IX. Особенно предпочтительными являются содержащие амид лекарственные средства, содержащие карбоновую кислоту лекарственные средства, которые имеют активные амидные производные, содержащие карбоновую кислоту лекарственные средства и лекарственные средства, имеющие Формулу IX. Путь синтеза и конкретные применяемые реагенты для получения соединений Формулы VII не являются ограничивающими. Следует принять во внимание, что в сочетании с группой "R", соединения Формулы IX могут быть аналогичны N-ацилсульфонамидам (например, сульфамамидам).
В некоторых вариантах реализации изобретения соединения Формулы VII могут быть применены для доставки биологически активных соединений Формулы VIII или IX. Подходящие несущие полезную нагрузку соединения Р2, которые могут быть предпочтительно доставлены к целевым месторасположениям посредством композиций, описанных в данном документе, в том числе, например, противовоспалительных средств, цитотоксических средств и противораковых лекарственных средств. В некоторых вариантах реализации изобретения соединения Формулы VIII и IX показывают цитотоксическую или цитостатическую активность.
Не ограничивающие примеры несущих полезную цитотоксическую нагрузку соединений, которые могут быть конденсированы или конъюгированы с нацеливающими функциональными группами, содержащими полипептиды VAR2CSA, описанные в данном документе, представляют собой химиотерапевтические средства, выбранные из калицеамицина, цисплатина, адриамицина, ауристатина, доксорубицина, мейтансиноида, таксола, эктейнасцидина, гельданамицина, метотрексата и их производных, а также их комбинаций и тому подобного для подходящей терапии рака. Примеры цитотоксических белков, конденсированных с нацеливающими функциональными группами, содержащими полипептиды VAR2CSA, представляют собой экзотоксин A Pseudomonas, дифтерийный токсин, рициновый токсин, противовирусный белок Pokeweed, сапорин, гелонин и их варианты.
Несущая полезную нагрузку молекула, предпочтительно, избирательно направляется к клетке, которая экспресирует plCSA и содержит противораковые средства, радиоизотопы, токсины, цитостатические или цитолитические препараты, и т.д. Противораковые средства содержат, например, антрациклины (доксорубицин, даунорубицин, эпирубицин, идаруцибин, валрубицин, митоксантрон), алкилирующие средства на основе платины и на основе отличных от платины веществ (цисплатин, карбоплатин, оксалиплатин, мехлорэтамин, циклофосфамид, хлорамбуцил, ифосфамид, бусульфан, кармустин, дакарбазин, ломустин, прокарбазин), алкалоиды барвинка (винкристин, винбластин, винорелбин, виндезин), таксаны (таксол и децетаксел), ингибиторы топоизомеразы I (камптотецин, иринотекан, топотекан), ингибиторы топоизомеразы II (амсакрин, этопозид, этопозид фосфат, тенипозид и другие производные алкалоидов, встречающихся в природе в корне American Mayapple (Podophyllum peltatum)), неантрациклиновые цитотоксические антибиотики (дактиномицин, блеомицин, пликамицин и митомицины), анти-стероиды (например, аминоглютетимид), аналоги нуклеозидов (цитарабидин, фторурацил и меркаптопурин), антиметаболиты (метотрексат и тиогуанин), аналоги дихлорбифенилтрихлорэтана (такие как митотан) и индуцирующие реактивные формы кислорода (ROS) соединения (в том числе, но не ограничиваясь этим, пиперлонгумин и бета-фенилэтил изотиоцианат). Другие противораковые средства описаны, например, в Goodman and Gilman, "The Pharmacological Basis of Therapeutics", 8th Edition, 1990, McGraw-Hill, Inc., в частности, в Chapter 52 (Antineoplastic Agents (Paul Calabresi and Bruce A. Chabner). Токсины могут быть белками, такими как антивирусный белок Pokeweed, холерный токсин, коклюшный токсин, рицин, гелонин, абрин, дифтерийный экзотоксин или экзотоксин Pseudomonas. Остатки токсина могут также быть излучающими высокую энергию радионуклидами, такими как кобальт-60. Конъюгат VAR2CSA-полипептид может быть применен вместе с проникающими в клетку пептидами (СРР), чтобы облегчить транспортировку конъюгата сквозь клеточные мембраны плазмы. Проникающие в клетку пептиды нашли широкое применение в медицине в качестве средств доставки лекарственных средств при лечении различных заболеваний, в том числе рака и вирусных ингибиторов. Примеры СРР включают, но без ограничения этим: трансдействующий активатор транскрипции (Tat) от вируса иммунодефицита человека; рер-1 (ChariotTM); R8, azo-R8; SMoC. (Okuyama M et al. Nat Methods. 2007 Feb; 4(2):153-9M; Soane L and Fiskum GJ Neurochem. 2005 Oct; 95(1):230-43; Loudet A et al. Org Biomol Chem. 2008 Dec 21; 6(24):4516-22).
В некоторых вариантах реализации изобретения нацеливающую функциональную группу, содержащую полипептид VAR2CSA, конъюгируют с противовоспалительным средством, в том числе стероидными гормонами. Хрящи и рубцовая ткань, как известно, содержат CSPG в больших количествах. Соответственно, является применимым направление противовоспалительных средств, таких как нестероидные противовоспалительные соединения, модифицирующих заболевание противоревматических лекарственных средств (таких как метотрексат, азатиоприн, сульфасалазин, циклоспорин, пеницилламин, лефлуномид или золото), биологических противовоспалительных лекарственных средств (таких как ингибитор фактора некроза опухоли, антагонисты рецепторов интерлейкина-1, CD20-антитело, инсулиноподобный фактор роста 1) и стероидных гормонов или альтернативных соединений к таким тканям.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р2 представляет собой цитотоксическое соединение.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р2 представляет собой цитотоксическое соединение, например, соединение, описанное в U.S. 7579323; WO 2004/026293; U.S. 8129407; US 2014/0227295; WO 2013/068874; US 2013/0095123; US 2013/0190243; WO 2014/126198; EP 2740493; WO 2014086942; WO 2013072813; WO 2012166559; WO 2012166560; WO 2012123423; WO 2011154359; WO 2006063707; WO 2003008378; WO 2002000263; US 2013/224228; WO 2013/085925; WO 2014/009774; US 8476451; U.S. 2011/0027274; или родственные заявки или патенты или Lundquist et al., Organic Letters, (3), pp. 781-783, 2001; Domling et al., Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 7235-7239; Kaur et al., Biochem J., (2006), 396:235-242; Steinmetz et al., Angew. Chem. Int. Ed. 2004, 43, 4888-4892; Khalil et al., ChemBioChem 2006, 7, 678-683; Peltier et al., J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16018-16019.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р2 представляет собой разрушающий микротрубочки пептидный токсин.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р2 представляет собой гемиастерлин или его аналог.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р2 представляет собой тубулизин или его аналог.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р2 представляет собой ауристатин или его аналог.
В некоторых вариантах реализации изобретения цитотоксическое соединение выбрано из: калихеамицина, ауристатина, доксорубицина, майтансиноида, таксола, эктейнасцидина, гелданамицина, метотрексата экзотоксина A Pseudomonas, дифтерийного токсина, рицинового токсина, противовирусного белка Pokeweed, сапорина, гелонина, пирролобензодиазепинов (PBD) и их функциональных вариантов, фрагментов и комбинаций.
В некоторых вариантах реализации изобретения цитотоксическое соединение представляет собой поликетид из Lithoplocamia lithistoides. Примеры поликетидов из Lithoplocamia lithistoides включают те, которые описаны в 
et al., J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 10164-10171. В некоторых вариантах реализации изобретения поликетид из Lithoplocamia lithistoides выбран из: РМ050489 и РМ060184.
В некоторых вариантах реализации изобретения цитотоксическое соединение представляет собой синтетический хемотоксин, не полученный из встречающегося в природе соединения.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р2 представляет собой противовоспалительное соединение.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р2 представляет собой разрушающий микротрубочки пептидный токсин. В одном варианте реализации изобретения разрушающий микротрубочки пептидный токсин представляет собой гемиастерлин или его аналог. В другом варианте реализации изобретения разрушающий микротрубочки пептидный токсин представляет собой HTI-286 или его аналог. В одном варианте реализации изобретения разрушающий микротрубочки пептидный токсин представляет собой ауристатин или его аналог. В одном варианте реализации изобретения разрушающий микротрубочки пептидный токсин представляет собой соединение, имеющее структуру XIII, XIV или XIX.
В некоторых вариантах реализации изобретения Р2 представляет собой соединение Формулы XIII
или его стереоизомер, пролекарство или фармацевтически приемлемую соль, где:
R11 выбран из: арила, С3-С7 циклоалкила и гетероарила, каждый из которых необязательно замещен одним или более заместителями, выбранными из: С1-С4 ацилтио, С2-С4 алкенила, С1-С4 алкила, С1-С4 алкиламино, С1-С4 алкокси, амино, амино-C1-С4 алкила, галогена, С1-С4 галогеналкила, гидроксила, гидрокси-С1-С4 алкила и тио, где С2-С4 алкенил, С1-С4 алкиламино и С1-С4 алкокси дополнительно необязательно замещены одним заместителем, выбранным из С1-С4 алкиларила, гидроксила и тио;
каждый R12 и R13 независимо выбран из: Н и C1-С6 алкила;
R14 выбран из группы, состоящей из C1-С6 алкила и тио; и
R15 имеет такое же определение, что и R10 в Формуле X.
В одном варианте реализации изобретения R11 выбран из: фенила, 1H-индол-3-ила, 1-метил-1H-индол-3-ила, циклогексила, 4-метоксифенила, 2-метоксифенила, 3,5-диметилфенила и м-толила.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения каждый R12, R13 и R14 представляет собой метил.
В другом дополнительном варианте реализации изобретения R12 представляет собой Н, R13 представляет собой метил и R14 представляет собой метил.
СПОСОБЫ ПОЛУЧЕНИЯ КОНЪЮГАТОВ VAR2CSA-ЛЕКАРСТВЕННОЕ СРЕДСТВО
Предлагаемое представляет собой способы получения соединений Формулы I. Как будет понятно специалисту в данной области техники с удовлетворительными знаниями, доступно широкое множество способов ковалентного связывания T-L-P. Для связывания компонентов конъюгата может быть применен любой известный способ. Любая известная технология линкера может быть применена для связывания Т с Р. Кроме того, Т, L и Р могут быть модифицированы любым подходящим способом, как признается специалистом в данной области техники с удовлетворительными знаниями, для того, чтобы облегчить образование конъюгата.
Соединения Формулы I могут быть получены с применением широкого диапазона путей синтеза и широкого спектра реагентов. Например, N-ацилсульфонамидная функциональная группа и группа R Формулы III могут присутствовать в одних и тех же реагентах или в различных реагентах. N-ацилсульфонамидная функциональная группа может присутствовать на одном реагенте или может быть образованы с помощью двух реагентов на этапе реакции конъюгации. JPB может быть интактной в пределах реагента или может быть образована с помощью двух реагентов на этапе реакции конъюгации. JPB может быть интактной в пределах отдельного реагента, который также содержит аминокислотную последовательность, облегчающую ферментативное расщепление JPB, или аминокислотная последовательность, облегчающая ферментативное расщепление, может быть образована и принесена вместе с JPB с помощью множественных реагентов на этапе реакции конъюгации.
В некоторых вариантах реализации изобретения соединения Формулы I получают с помощью конъюгации Т с прекурсором L-P Формулы XII:
где FG представляет собой функциональную группу, которая образует ковалентную связь с одним или более атомами нацеливающей функциональной группы. В дополнительных вариантах реализации изобретения FG образует связь с гетероатомом нацеливающей функциональной группы. В конкретных вариантах реализации изобретения группа FG содержит малеимид. Как будет понятно специалисту в данной области техники с удовлетворительными знаниями, могут быть применены дополнительные функциональные группы и технологии образования связи, в том числе, но без ограничения этим, последовательности трансглютаминазы, химия 2-бромацетамида, химии гликозилирования и другие. Смотри, например, химию связи, описанную в WO 2013173391, WO 2013173392, WO 2013173393 и US 7964566.
ПОКАЗАНИЯ К ПРИМЕНЕНИЮ
Соединения, описанные в данном документе, могут быть применены в широком диапазоне показаний, связанных с экспрессией, таких как аномальная экспрессия plCSA, например, при различных типах рака, таких как метастатические типы рака, в том числе, но не ограничиваясь этим, меланомах, саркомах, олигодендроцитомах, опухолях головного мозга, лейкемиях, лимфомах и карциномах легких, молочной железы, уротелия, толстой кишки, поджелудочной железы и печени. Соединения, описанные в данном документе, также могут быть применены в случае раковых стволовых клеток и, соответственно, нацеливают клетки перед развитием в рак. Другие условия, связанные с экспрессией, такие как аномальная экспрессия plCSA, являются условиями развития хрящевой и/или рубцовой ткани.
Соответственно, предлагаемое представляет собой способы лечения любого показания, связанного с экспрессией, такой как аномальная экспрессия plCSA, например, при раке, артрите, артрозе, рассеянном склерозе, патологических состояниях, вызванных нейрональным повреждением, состояниях хрящевой и рубцовой ткани, например, при ревматизме, восстановлении хряща, заживлении ран или при псориазе; способы, включающие введение терапевтически или профилактически эффективного количества соединения, описанного в данном документе, нуждающемуся в этом субъекту.
Также предлагаемое представляет собой соединения для лечения любых показаний, связанных с состоянием, которое связано с экспрессией, такой как аномальная экспрессия plCSA, например, при раке, артрите, артрозе, рассеянном склерозе, патологических состояниях, вызванных нейрональным повреждением, состояниях хрящевой и рубцовой ткани, например, при ревматизме, восстановлении хряща, заживлении ран или при псориазе.
Соединения, описанные в данном документе, могут быть применены для идентифицирования, отслеживания и нацеливания системного микрометастаза in vivo. Практически все первичные опухоли, в том числе раковые заболевания кроветворной системы, имеют потенциал развития в метастазирование, которое в высшей степени связано с плохим терапевтическим исходом для пациентов.
В некоторых вариантах реализации изобретения соединения, описанные в данном документе, являются применимыми при лечении злокачественной меланомы, в том числе кожной, офтальмологической и конъюнктивальной меланомы, имеющей CSPG4 с цепями plCSA на поверхности клеток меланомы. Эта цепь GAG, как полагают, участвует в митозе и метастазировании. Тем не менее, CSPG4 является специфичным не только к меланоме. Анализы тканевых микропанелей и монослоев, выполненные на основе данных от крупных панелей ткани человека и клеточных линий, позволяют предположить, что CSPG4 и другие типы plCSA-содержащих протеогликанов могут присутствовать в широком диапазоне типов рака, происходящих из всех трех клеточных зародышевых слоев. Эти типы рака включают карциномы (карциному молочной железы, карциному поджелудочной железы, карциному яичников, карциному эндометрия, гепатоцеллюлярную карциному, карциному легких, карциному толстой кишки, карциному предстательной железы, карциному шейки матки, карциному семенников, базально-клеточную карциному кожи, прозрачную клеточную карциному почечных клеток, креатинизированную плоскоклеточную карциному головы и шеи, плоскоклеточную карциному кожи, креатинизированную плоскоклеточную карциному вульвы и базальноклеточную карциному вульвы), саркомы (липосаркому молочной железы, фибросаркому, дедифференцированную хондро- и липосаркому, леймиосаркому, липосаркому, миксоидную липосаркому, леймиосаркому тела матки, остеосаркому, саркому Юинга и рабдомиосаркому), гемопоэтические типы рака (хроническую лимфоцитарную лейкемию (CLL), острую лимфоцитарную лейкемию (ALL), острую лимфатическую лейкемию (AML), лимфому В-клеток, Т-клеток и больших гранулярных), опухоли нейроэпителиальной ткани, такие как астроцитомы (плеоморфную ксантоастроцитому, фибриллярные астроцитомы, анапластическую астроцитому, мультиформную глиобластому), олигодрендроглиому, эпендимому, опухоль хороидального сплетения, олигоастроцитому, глиосаркому, ганглиоглиому, ретинобластому, нейроцитому, нейробластомы (эстезионейробластому и ганглионейробластому), медуллобластому, атипичные тератоидные рабдоидные опухоли и все виды нейроэндокринного рака.
Хондроитинсульфат протеогликаны (CSPG) также являются важным компонентом внеклеточного матрикса центральной нервной системы (ЦНС), в том числе глаза и суставного хряща. Внеклеточный CSPG критически вовлечен в патогенез артрита и отсутствие регенерации после нейронального повреждения. Потеря внеклеточного CSPG имеет решающее значение для развития артрита и артроза, а высокие локальные концентрации внеклеточного CSPG предотвращают нейронального нароста после нейронального повреждения. Соответственно, соединения, описанные в данном документе, могут быть применены не только при лечении показаний, связанных со злокачественным ростом, например, при раках, но и для увеличения или уменьшения присутствия CSPG во внеклеточной среде, для того, чтобы лечить артрит, артроз и для повышения нейронного восстановления после повреждения аксонов, в том числе рассеянного склероза.
Соединения, описанные в данном документе, могут быть применены для нацеливания соединений, которые предотвращают деградацию или восстановление внеклеточного CSPG, таких как гормоны роста или противовоспалительные соединения или белковые ингибиторы, на хрящевую ткань, суставы и нервную ткань.
Соединения, описанные в данном документе, могут быть применены для нацеливания соединений, которые усиливают деградацию или предотвращают получение внеклеточных CSPG, таких как хондроитиназы ABC, которые разрезают сахарные цепи белковой сердцевины молекул CSPG. Ксилоциды, которые снижают получение CSPG, или лекарственные средства, ингибирующие ферменты, важные для получения CSPG, таких как хондроитин-синтаза или полимеризационной фактор хондроитина (такой как 4-фтор-глюкозамин, n-нитрофенил-бета-D-ксилоксид, 4-метил-умбеллиферил-бета-D-ксилопиранозид), на поврежденной нервной ткани.
В некоторых вариантах реализации изобретения рак выбран из кожной, офтальмологической или конъюнктивальной меланомы; карцином (тройной негативной и метапластической карциномы молочной железы, карциномы поджелудочной железы, карциномы яичников, карциномы эндометрия, гепатоцеллюлярной карциномы, карциномы легких, карциномы толстой кишки, карциномы предстательной железы, карциномы шейки матки, карциномы семенников, базально-клеточной карциномы кожи, прозрачной клеточной карциномы почечных клеток, креатинизированной плоскоклеточной карциномы головы и шеи, плоскоклеточной карциномы кожи, креатинизированной плоскоклеточной карциномы вульвы и базальноклеточной карциномы вульвы); сарком (липосаркомы молочной железы, фибросаркомы, дедифференцированной хондро- и липосаркомы, леймиосаркомы, липосаркомы, миксоидной липосаркомы, леймиосаркомы тела матки, остеосаркомы, саркомы Юинга и рабдомиосаркомы); гемопоэтических типов рака (хронической лимфоцитарной лейкемии (CLL), острой лимфоцитарной лейкемии (ALL), острой лимфатической лейкемии (AML), лимфомы В-клеток, Т-клеток и больших гранулярных); опухолей нейроэпителиальной ткани, таких как астроцитомы (плеоморфной ксантоастроцитомы, фибриллярных астроцитом, анапластической астроцитомы, мультиформной глиобластомы), олигодрендроглиомы, эпендимомы, опухоли хороидального сплетения, олигоастроцитомы, глиосаркомы, ганглиоглиомы, ретинобластомы, нейроцитомы, нейробластом (эстезионейробластомы и ганглионейробластомы), медуллобластомы и атипичных тератоидных рабдоидных опухолей; и любых других экспрессирующих plCSA подтипов рака. В некоторых вариантах реализации изобретения рак выбран из всех экспрессирующих plCSA злокачественных опухолей, в том числе карцином (в том числе, но без ограничения этим, карциномы молочной железы, карциномы поджелудочной железы, карциномы яичников, карциномы эндометрия, гепатоцеллюлярной карциномы, карциномы легких, карциномы толстой кишки, карциномы предстательной железы, карциномы шейки матки, карциномы семенников, базально-клеточной карциномы кожи, прозрачной клеточной карциномы почечных клеток, креатинизированной плоскоклеточной карциномы головы и шеи, плоскоклеточной карциномы кожи, креатинизированной плоскоклеточной карциномы вульвы и базальноклеточной карциномы вульвы); сарком (в том числе, но без ограничения этим, фибросаркомы, дедифференцированной хондро- и липосаркомы, леймиосаркомы, липосаркомы, миксоидной липосаркомы, леймиосаркомы тела матки, остеосаркомы, саркомы Юинга и рабдомиосаркомы, синовиальной саркомы, одиночной фиброзной опухоли); гемопоэтических типов рака (в том числе, но без ограничения этим, хронической лимфоцитарной лейкемии (CLL), острой лимфоцитарной лейкемии (ALL), острой лимфатической лейкемии (AML), лимфомы в-клеток, т-клеток и больших гранулярных клеток), опухолей нейроэпителиальной ткани, таких как, но без ограничения этим, астроцитом (плеоморфной ксантоастроцитомы, фибриллярных астроцитом, анапластической астроцитомы, мультиформной глиобластомы), олигодрендроглиомы, эпендимомы, опухоли хороидального сплетения, олигоастроцитомы, глиосаркомы, ганглиоглиомы, ретинобластомы, нейроцитомы, нейробластом (эстезионейробластомы и ганглионейробластомы), медуллобластомы и атипичных тератоидных рабдоидных опухолей; и всех видов нейроэндокринного рака.
Солидные опухоли, рассматриваемые для лечения с применением описанных в настоящее время соединений включают, но без ограничения этим: саркому, фибросаркому, миксосаркому, липосаркому, хондросаркому, остеогенную саркому, хордому, ангиосаркому, эндотелиосаркому, лимфангиосаркому, лимфангиоэндотелиосаркому, синовиому, мезотелиому, опухоль Юинга, лейомиосаркому, рабдомиосаркому, рак толстой кишки, колоректальный рак, рак почки, рак поджелудочной железы, рак кости, рак молочной рак, рак яичников, рак предстательной железы, рак пищевода, рак желудка (например, рак желудочно-кишечного тракта), рак полости рта, назальный рак, рак горла, плоскоклеточный рак (например, легких), базально-клеточный рак, аденокарциному (например, легких), карциному потовых желез, карциному сальных желез, папиллярную карциному, папиллярную аденокарциному, цистаденокарциному, медуллярную карциному, бронхогенную карциному, почечно-клеточную карциному, гепатому, карциному желчного протока, хориокарциному, семиному, эмбриональную карциному, опухоль Вильмса, рак шейки матки, рак матки, рак яичек, мелкоклеточную карциному легких, карциному мочевого пузыря, рак легких, немелкоклеточный рак легких, эпителиальную карциному, глиому, глиобластому, мультиформную астроцитому, медуллобластому, краниофарингиому, эпендимому, пинеалому, гемангиобластому, невриному слухового нерва, олигодендроглиому, менингиому, рак кожи, меланому нейробластому и ретинобластому. Переносимые кровью виды рака, рассматриваемые для лечения с применением описанных в настоящее время соединений, включают, но без ограничения этим: острый лимфобластный лейкоз "ALL", острый лимфобластный В-клеточный лейкоз, острый лимфобластный Т-клеточный лейкоз, острый миелобластный лейкоз "AML" острый промиелоцитарный лейкоз "APL", острый монобластный лейкоз, острый эритролейкемический лейкоз, острый мегакариобластный лейкоз, острый миеломоноцитарный лейкоз, острый нелимфоцитарный лейкоз, острый недифференцированный лейкоз, хронический миелоцитарный лейкоз "CML", хронический лимфоцитарный лейкоз "CLL", лейкоз ворсистых клеток и множественную миелому. Острые и хронические лейкозы, рассматриваемые для лечения с применением описанных в настоящее время соединений, включают, но без ограничения этим: лимфобластный, миелобластный, лимфобластный и миелоцитарный лейкозы. Лимфомы, рассматриваемые для лечения с применением описанных в настоящее время соединений, включают, но без ограничения этим: болезнь Ходжкина, неходжкинскую лимфому, множественную миелому, макроглобулинемию Вальденстрема, болезнь тяжелых цепей и истинную полицитемию. Другие виды рака, рассматриваемые для лечения с применением описанных в настоящее время соединений, включают, но без ограничения этим: перитонеальный рак, гепатоцеллюлярный рак, гепатому, рак слюнных желез, рак вульвы, щитовидной железы, рак полового члена, рак анального канала, рак головы и шеи, почечно-клеточный рак, острый анапластический крупноклеточный рак и кожный анапластический крупноклеточный рак.
Не ограничивающие примеры подлежащих лечению расстройств в данном документе включают доброкачественные и злокачественные опухоли; лейкоз и лимфоидные злокачественные опухоли, в частности, молочной железы, яичников, желудка, эндометрия, слюнной железы, легкоих, почек, толстой кишки, щитовидной железы, поджелудочной железы, простаты или рак мочевого пузыря; нервной системы, глиальные, астроцитов, гипоталамуса и другие железистые, макрофагиальные, эпителиальные, стромальные и бластоцельные расстройства, аутоиммунное заболевание, воспалительное заболевание, фиброз и инфекционное заболевание. С учетом характеристик и, в частности, эффективности заявленных соединений, специалисту в данной области техники с удовлетворительными знаниями будет очевидно, что соединения, описанные в данном документе, могут быть указаны для применения при лечении любого заболевания, при котором является желательным усиление цитотоксического или цитотоксического влияния на клетку-мишень. Виды рака, в том числе, но без ограничения этим, опухоль, метастаз или другое заболевание или расстройство, характеризующиеся неконтролируемым или нежелательным ростом клеток, возможно лечить или предотвращать путем введения описанных в данном документе соединений.
Терапевтически эффективное количество соединения по отношению к лечению рака может уменьшить количество раковых клеток; уменьшить размер опухоли; ингибировать (т.е., замедлить до некоторой степени и, предпочтительно, остановить) инфильтрацию раковой клетки в периферические органы; ингибировать (т.е., замедлить до некоторой степени и, предпочтительно, остановить) метастаз опухоли; ингибировать, до некоторой степени, рост опухоли; увеличить время выживания; и/или облегчить в некоторой степени один или более симптомов, связанных с раком. До той степени, в которой лекарственное средство может предотвратить рост и/или убить существующие раковые клетки, оно может быть цитостатическим и/или цитотоксическим. Соединения по данному изобретению являются, предпочтительно, цитотоксическими. В случае терапии рака эффективность может, например, быть измерена путем оценки времени до прогрессирования заболевания (ТТР) и/или определения скорости отклика (RR).
Соединения, описанные в данном документе, также могут быть применены in vitro или ex vivo способом, например, таким образом, как для лечения некоторых видов рака, в том числе, но без ограничения этим, лейкозов и лимфом, такое лечение включает трансплантации аутологичных стволовых клеток. Это может включать многоступенчатый способ, в котором аутологичные гемопоэтические стволовые клетки животного собирают и очищают ото всех раковых клеток, от которых оставшуюся популяцию клеток костного мозга животного затем избавляют с помощью введения высокой дозы соединения, описанного в данном документе, с или без сопутствующей лучевой терапии в высоких дозах лучевой терапии, а трансплантант стволовых клеток вливают обратно животному. Затем предлагается поддерживающий уход, в то время как функция костного мозга восстанавливается, а животное выздоравливает.
Комбинированная терапия
В других вариантах реализации изобретения предлагают способы лечения или предотвращения рака, в том числе введение нуждающемуся в этом пациенту эффективного количества соединения, описанного в данном документе, в комбинации с дополнительным способом лечения. В некоторых вариантах реализации изобретения дополнительный способ лечения включает лечение с помощью химиотерапевтического средства. В одном варианте реализации изобретения химиотерапевтическое средство является таким, по отношению к которому лечение рака не оказалось резистентным. В другом варианте реализации изобретения химиотерапевтическое средство является таким, по отношению к которому лечение рака оказалось резистентным. Соединение, описанное в данном документе, может быть введено перед, после или в то же самое время, что и химиотерапевтическое средство.
Подходящие противораковые средства включают, но без ограничения этим, метотрексат, таксол, L-аспарагиназу, меркаптопурин, тиогуанин, гидроксимочевину, цитарабин, циклофосфамид, ифосфамид, нитрозомочевины, цисплатин, карбоплатин, митомицин, дакарбазин, прокарбизин, топотекан, азотистые иприты, цитоксан, этопозид, 5-фторурацил, BCNU, иринотекан, камптотецины, блеомицин, доксорубицин, идарубицин, даунорубицин, актиномицин D, дактиномицин, пликамицин, митоксантрон, аспарагиназу, винбластин, винкристин, виндезин, винорелбин, паклитаксел и доцетаксел.
Другие примеры химиотерапевтических средств включают алкилирующие средства, такие как тиотепа и CYTOXAN® циклофосфамид; алкилсульфонаты, такие как бусульфан, треосульфан, импросульфан и пипосульфан; азиридины, такие как бензодопа, карбоквон, метуредопа и уредопа; этиленимины и метиламеламины, в том числе алтретамин, триэтиленмеламин, триэтиленфосфорамид, триэтилентиофосфорамид и триметилолмеламин; TLK 286 (TELCYTA™); ацетогенины (особенно буллатацин и буллатацинон); дельта-9-тетрагидроканнабинол (дронабинол, MARINOL®); бета-лапахон; лапахол; колхицины; бетулиновую кислоту; камптотецин (в том числе синтетический аналог топотекана (HYCAMTIN®), СРТ-11 (иринотекан, CAMPTOSAR®), ацетилкамптотецин, скополетин и 9-аминокамптотецин); бриостатин; каллистатин; СС-1065 (в том числе его синтетические аналоги адозелезин, карзелезин и бизелезин); подофиллотоксин; подофиллиновая кислота; тенипозид; криптофицины (в частности, криптофицин 1 и криптофицин 8); доластатин; дуокармицин (в том числе синтетические аналоги KW-2189 и СВ1-ТМ1); элеутеробин; панкратистатин; саркодиктиин; спонгистатин; азотистые иприты, такие как хлорамбуцил, хлорнафазин, хлорфосфамид, эстрамустин, ифосфамид, мехлорэтамин, гидрохлорид оксида мехлорэтамина, мелфалан, новэмбихин, фенестерин, преднимустин, трофосфамид и урациловый иприт; триазины, такие как декарбазин; нитрозомочевины, такие как кармустин, хлорозотоцин, фотемустин, ломустин, нимустин и ранимнустин; эпиподофилины, такие как этопозид, тенипозид, топотекан, 9-аминокамптотецин, камптотецин оркристанол; бисфосфонаты, такие как клодронат; антибиотики, такие как энедииновые антибиотики (например, калихеамицин, особенно, калихеамицин гамма1I и калихеамицин омегаl1 (смотри, например, Agnew, Chem. Intl. Ed. Engl., 33:183-186 (1994)) и антрациклины, такие как аннамицин, AD 32, алкарубицин, даунорубицин, дексразоксан, DX-52-1, эпирубицин, GPX-100, идаруцибин, KRN5500, меногарил, динемицин, в том числе динемицин А, эсперамицин, неокарциностатин хромофор и связанные с хромопротеиновыми энедииновыми антибиотиками хромофоры, аклациномизины, актиномицин, аутрамицин, азасерин, блеомицины (например, А2 и В2), кактиномицин, карабицин, каминомицин, карзинофилин, хромомициниз, дактиномицин, деторубицин, 6-диазо-5-оксо-L-норлейцин, доксорубицин ADRIAMYCIN® (в том числе морфолино-доксорубицин, цианоморфолино-доксорубицин, 2-пирролино-доксорубицин, липосомальный доксорубицин и дезоксидоксорубицин), эзорубицин, марцелломицин, митомицины, такие как митомицин С, микофенольную кислоту, ногаламицин, оливомицины, пепломицин, потфиромицин, пуромицин, квеламицин, родорубицин, стрептонигрин, стрептозоцин, туберцидин, убенимекс, циностатин и зорубициа; фотодинамические терапии, такие как вертопорфин (BPD-MA), фталоцианин, фотосенсибилизатор Рс4 и деметокси-гипокреллин A (2BA-2-DMHA); аналоги фолиевой кислоты, такие как деноптерин, птероптерин, и триметрексат; аналоги пурина, такие как флударабин, 6-меркаптопурин, тиамиприн и тиогуанин; аналоги пиримидина, такие как анцитабин, азацитидин, 6-азауридин, кармофур, цитарабин, цитозинарабинозид, дидезоксиуридин, доксифлуридин, эноцитабин и флоксуридин; андрогены, такие как калустерон, дромостанолона пропионат, эпитиостанол, мепитиостан и тестолактон; средства, угнетающие функции надпочечников, такие как аминоглютетимид, митотан и трилостан; компенсатор фолиевой кислоты, такой как фолиновой кислоты (лейковорин); ацеглатон; антифолатные противоопухолевые средства, такие как ALIMTA®, LY231514 пеметрексед, ингибиторы дигидрофолатредуктазы, такие как метотрексат и триметрексат; антиметаболиты, такие как 5-фторурацил (5-FU) и его пролекарства, такие как UFT, S-1 и капецитабин, флоксуридин, доксифлуридин и ратитрексед; и ингибиторы тимидилатсинтазы и ингибиторы глицинамид рибонуклеотид формилтрансферазы, такие как ралтитрексед (TOMUDEX®, TDX); ингибиторы дигидропиримидиндегидрогеназы, такие как енилурацил; алдофосфамид гликозид; аминолевулиновую кислоту; амсакрин; бестрабуцил; бисантрен; эдатраксат; дефофамин; демеколцин; диазиквон; элформитин; эллиптиниум ацетат; эпотилон; этоглюцид; нитрат галлия; гидроксимочевину; лентинан; лонидаини; мейтансиноиды, такие как маитанзин и ансамитоцины; митогуазон; митоксантрон; мопиданмол; нитраэрин; пентостатин; фенамет; пирарубицин; лозоксантрон; 2-этилгидразид; прокарбазин; полисахаридный комплекс PSK® (JHS Natural Products, Юджин, Орегон); разоксан; ризоксин; сизофиран; спирогерманий; тунеазоновую кислоту; триазиквон; 2,2',2''-трихлортриэтиламин; трихотецины (особенно токсин Т-2, верракурин А, роридин А и ангуидин); уретан; виндезин (ELDISINE®, FILDESIN®); дакарбазин; манномустин; митобронитол; митолактол; пипоброман; гацитозин; арабинозид ("Ara-C"); циклофосфамид; тиотепа; таксоиды и таксаны, например, паклитаксел TAXOL® (Bristol-Myers Squibb Oncology, Принстон, Нью-ДжЕРСИ), ABRAXANE™ свободные от Cremophor альбуминовые нанокомпозиции паклитаксела (American Pharmaceutical Partners, Шаумбург, Иллинойс) и доксетаксель TAXOTERE® (Rhone-Poulenc Rorer, Антони, Франция); хлорамбуцил; гемцитабин (GEMZAR®); 6-тиогуанин; меркаптопурин; платину; аналоги платины или аналоги на основе платины, такие как цисплатин, оксалиплатин и карбоплатин; винбластин (VELBAN®); этопозид (VP-16); ифосфамид; митоксантрон; винкристин (ONCOVIN®); алкалоид барвинка; винорелбин (NAVELBINE®); велкейд; ревлимид; талидомид; IMiD3; ловастатин; верапамил; тапсигаргин; 1-метил-4-фенилпиридиний; ингибиторы клеточного цикла, такие как стауроспорином; новантрон; эдатрексат; дауномицин; митоксантрон; аминоптерин; кселода; ибандроната; ингибитор топоизомеразы RFS 2000; дифторметилорнитин (DMFO); аналоги витамина D3, такие как ЕВ 1089, СВ 1093 и KH 1060; ретиноиды, такие как ретиноевая кислота; их фармацевтически приемлемые соли, кислоты или производные любого из указанных выше; а также комбинации двух или более из указанных выше, такие, как CHOP, аббревиация в случае комбинированной терапии циклофосфамидом, доксорубицином, винкристином и преднизолоном, и FOLFOX, аббревиация в случае схемы лечения с оксалиплатином (ELOXATIN™), объединенным с 5-FU и лейковорином.
Антигормональные средства, которые действуют регулируя или ингибируя действие гормонов на опухоли, такие как антиэстрогены и селективные модуляторы рецептора эстрогена (SERM), в том числе, например, тамоксифен (в том числе тамоксифен NOLVADEX®), ралоксифен, мегестрол, дролоксифен, 4-гидрокситамоксифен, триоксифен, кеоксифен, LYL17018, онапристон и торемифен FARESTON®; ингибиторы ароматазы, которые ингибируют фермент ароматазы, регулирующий выработку эстрогена в надпочечниках, такие как, например, 4(5)-имидазолы, аминоглутетимид, мегестролацетат MEGASE®, экземестан AROMASIN®, форместан, фадрозол, ворозол RIVISOR®, летрозол FEMARA® и анастрозол ARIMIDEX®; и антиандрогены, такие как флутамид, бикалутамид, нилутамид, бикалутамид, лейпролид и гозерелин; а также троксацитабин (1,3-диоксолановый аналог нуклеозида цитозина); антисмысловые олигонуклеотиды, в частности те, которые ингибируют экспрессию генов в сигнальных путях, вовлеченных в пролиферацию адгезивных клеток, таких как, например, PKC-альфа, Raf, H-Ras и рецептор эпидермального фактора роста (EGF-R); вакцины, такие как вакцины для генной терапии, например, вакцина ALLOVECTIN®, вакцина LEUVECTIN® и вакцина VAXID®; rIL-2 PROLEUKIN®; ингибитор топоизомеразы 1 LURTOTECAN®; rmRH ABARELIX®; и фармацевтически приемлемые соли, кислоты или производные любого из указанных выше.
В некоторых вариантах реализации изобретения дополнительный способ лечения представляет собой лучевую терапию. Соединение, описанное в данном документе, может быть введено перед, после или в то же самое время, что и облучение.
Соединения, описанные в данном документе, кроме того, могут быть введены пациенту, который подвергся или будет подвергаться хирургическому вмешательству в качестве лечения рака.
В конкретном варианте реализации изобретения соединение, описанное в данном документе вводят одновременно с химиотерапевтическим средством или с лучевой терапией. В другом конкретном варианте реализации изобретения химиотерапевтическое средство или лучевую терапию вводят до или после введения соединения, описанного в данном документе, в одном аспекте по меньшей мере час, пять часов, 12 часов, день, неделя, месяц, в дополнительных аспектах несколько месяцев (например, вплоть до трех месяцев), до или после введения соединения, описанного в данном документе.
Химиотерапевтическое средство можно вводить в течение ряда сессий. Любой один или комбинация химиотерапевтических средств могут быть введены перечисленным в данном описании или иным способом, известным в данной области техники. Что касается радиации, в зависимости от типа рака, подлежащего лечению, может быть применен любой протокол лучевой терапии. Например, но не в качестве ограничения, может быть введено рентгеновское излучение; в частности, мегавольтаж с высокой энергией (излучение больше, что 1 Мэв) возможно применять для глубоко расположенных опухолей, а в случае рака кожи возможно применять электронный пучок и ортовольтажное рентгеновское излучение. Также могут быть введены гамма-излучающие радиоизотопы, такие как радиоактивные изотопы радия, кобальта и других элементов.
Кроме того, способы лечения рака с помощью соединения, описанного в данном документе, предлагают в качестве альтернативы химиотерапии или лучевой терапии, при условии, что химиотерапия или лучевая терапия оказалась или может оказаться слишком токсичной, например, приводит к неприемлемым или невыносимым побочным эффектам в случае субъекта, подлежащего лечению. Кроме того, способы лечения рака с помощью соединения, описанного в данном документе предлагают в качестве альтернативы хирургическому вмешательству, при условии, что хирургическое вмешательство было подтсверждено или может оказаться неприемлемым или невыносимым для пациента, подлежащего лечению.
Предлагаемое представляет собой способы лечения рака у млекопитающего, включающий введение нуждающемуся в этом млекопитающему эффективного количества соединения или фармацевтической композиции, описанных в данном документе.
Также предложены способы увеличения выживаемости млекопитающего, имеющего рак, включающие введение нуждающемуся в этом млекопитающему эффективного количества соединения или фармацевтической композиции, описанных в данном документе.
Также предлагаемое представляет собой способы ингибирования роста опухоли у млекопитающего, включающие введение нуждающемуся в этом млекопитающему эффективного количества соединения или фармацевтической композиции, описанных в данном документе.
Также предлагаемое представляет собой соединения и фармацевтические композиции, описанные в данном документе в случае применения в способе лечения организма человечека или животного с помощью терапии.
Также предлагаемое представляет собой соединения и фармацевтические композиции, описанные в данном документе, в случае применения при лечении рака у млекопитающего.
Также предлагаемое представляет собой соединения и фармацевтические композиции, описанные в данном документе в случае применения для увеличении выживаемости млекопитающего, страдающего раком.
Также предлагаемое представляет собой соединения и фармацевтические композиции, описанные в данном документе в случае применения в отношении ингибирования роста опухоли у млекопитающего.
Также предлагаемое представляет собой применения соединения, описанного в данном документе, в изготовлении лекарственного средства для лечения рака у млекопитающего.
Также предлагаемое представляет собой применения соединения, описанного в данном документе, в изготовлении лекарственного средства для увеличении выживаемости млекопитающего, страдающего раком.
Также предлагаемое представляет собой применения соединения, описанного в данном документе, в изготовлении лекарственного средства для ингибирования роста опухоли у млекопитающего.
В некоторых вариантах реализации изобретения рак выбран из: карцином, сарком, рака кроветворных органов и опухолей нейроэпителиальной ткани.
Также предлагаемое представляет собой способы лечения показания, выбранного из: рака, артрита, артроза, рассеянного склероза, нейронального повреждения, повреждения хряща и псориаза у млекопитающего, включающий введение нуждающемуся в этом млекопитающему эффективного количества соединения или фармацевтической композиции, описанных в данном документе.
Также предлагаемое представляет собой соединения и фармацевтические композиции, описанные в данном документе в случае применения в способе лечения показания, выбранного из: рака, артрита, артроза, рассеянного склероза, нейронального повреждения, повреждения хряща и псориаза.
Также предлагаемое представляет собой применения соединения, описанного в данном документе, в изготовлении лекарственного средства лечения показания, выбранного из: рака, артрита, артроза, рассеянного склероза, нейронального повреждения, повреждения хряща и псориаза.
Также предлагаемое представляет собой способы лечения показания, выбранного из: артрита, рассеянного склероза и псориаза у млекопитающего, включающие введение нуждающемуся в этом млекопитающему эффективного количества соединения или фармацевтической композиции, описанных в данном документе.
Также предлагаемое представляет собой соединения и фармацевтические композиции, описанные в данном документе, в случае применения в способе лечения показания, выбранного из: артрита, рассеянного склероза и псориаза.
Также предлагаемое представляет собой применения соединения, описанного в данном документе, в изготовлении лекарственного средства для лечения показания, выбранного из: артрита, рассеянного склероза и псориаза.
ВВЕДЕНИЕ
Предлагаемое представляет собой фармацевтические композиции, содержащие соединение, описанное в данном документе, и фармацевтически приемлемый носитель, разбавитель или вспомогательное вещество.
Для целей введения, соединения по данному описанию могут быть введены в качестве исходного химического вещества или могут быть составлены в виде фармацевтических композиций. Фармацевтические композиции по данному описанию содержат соединение, описанное в данном документе, и фармацевтически приемлемый носитель, разбавитель или вспомогательное вещество. Соединение, описанное в данном документе, присутствует в композиции в количестве, которое является эффективным для лечения конкретного представляющего интерес заболевания или состояния, например, в количестве, достаточном для лечения рака или роста опухолевых клеток, и, предпочтительно, с приемлемой для пациента токсичностью. Активность соединений, описанных в данном документе, может быть определена специалистом в данной области техники, например, таким образом, как описано в Примерах ниже. Соответствующие концентрации и дозы могут быть легко определены специалистом в данной области техники.
Введение соединений описанные в данном документе или их фармацевтически приемлемых солей, в чистом виде, либо в соответствующей фармацевтической композиции, может быть осуществлено с помощью любых приемлемых способов введения средства для обслуживания подобных целей. Фармацевтические композиции по данному описанию могут быть получены путем объединения соединения, описанного в данном документе, с соответствующим фармацевтически приемлемым носителем, разбавителем или вспомогательным средством, и может быть составлены в препараты в твердой, полутвердой, жидкой или газообразных формах, таких как таблетки, капсулы, порошки, гранулы, мази, растворы, суппозитории, инъекции, средства для ингаляции, гели, микросферы и аэрозоли. Типичные пути введения таких фармацевтических композиций включают, без ограничения, пероральный, местный, трансдермальный, с помощью ингаляции, парентеральный, сублингвальный, буккальный, ректальный, вагинальный и назальный. Термин парентеральный, как применяют в данном документе, включают технологии подкожных инъекций, внутривенной, внутримышечной, интрацистернальной инъекции или инфузии. Фармацевтические композиции по данному описанию составляют с тем, чтобы позволить активным ингредиентам, содержащимся в данном документе, быть биологически доступными при введении композиции пациенту. Композиции, которые будут введены субъекту или пациенту, принимают форму одной или более дозированных единиц, при условии, что, например, таблетка может быть отдельной единичной дозой и контейнер соединения, описанного в данном документе, в форме аэрозоля может содержать множество дозированных единиц. Современные способы получени таких дозированных единиц известны или будут очевидны специалисту в данной области техники; например, смотри Remington: The Science and Practice of Pharmacy (22nd ed.) eds. Loyd V. Allen, Jr., et al., Pharmaceutical Press, 2012. Композиция для введения будет, в любом случае, содержать, количество соединения, описанного в данном документе, терапевтически эффективное для лечения заболевания или состояния, представляющего интерес, в соответствии с идеями по данному описанию.
Фармацевтическая композиция, описанная в данном документе, может быть в виде твердого вещества или жидкости. В одном аспекте, носитель(и) является дисперсным, так, что композиции имеют, например, форму таблетки или порошка. Носитель(и) может быть жидким, с композициями, которые представляют собой, например, пероральный сироп, жидкости для инъекций или аэрозоль, который является применимым для, например, ингаляционного введения.
Если они предназначены для перорального введения, фармацевтические композиции по данному описанию, как правило, имеют либо твердую или жидкую форму, при условии, что полутвердая, полужидкая формы, формы суспензия и геля включены в пределы форм, рассматриваемых в данном документе, либо в виде твердого вещества, либо жидкости.
В качестве твердой композиции для перорального введения, фармацевтические композиции могут быть составлены в виде порошка, гранулы, спрессованной таблетки, пилюли, капсулы, жевательной резинки, облатки или подобной формы. Такая твердая композиция, как правило, содержит один или более инертных разбавителей или съедобных носителей. Кроме того, могут присутствовать одно или более из следующих: связующие вещества, такие как карбоксиметилцеллюлоза, этилцеллюлоза, микрокристаллическая целлюлоза, смола трагаканта или желатин; вспомогательные средства, такие как крахмал, лактоза или декстрины, разрыхлители, такие как альгиновая кислота, альгинат натрия, Primogel, кукурузный крахмал и тому подобное; смазывающие вещества, такие как стеарат магния или Sterotex; вещества, способствующие скольжению, такие как коллоидный диоксид кремния; подсластители, такие как сахароза или сахарин; ароматизирующее средство, такое как перечная мята, метилсалицилат или апельсиновый ароматизатор; и окрашивающее средство.
При условии, что фармацевтическая композиция имеет форму капсулы, например, желатиновой капсулы, она может содержать, в дополнение к материалам указанного выше типа, жидкий носитель, такой как полиэтиленгликоль или масло.
Фармацевтические композиции, описанные в данном документе, может быть в форме жидкости, например, эликсира, сиропа, раствора, эмульсии или суспензии. Жидкость может быть для перорального введения или для доставки с помощью инъекции, в качестве двух примеров. Когда они предназначены для перорального введения, фармацевтические композиции, описанные в данном документе, как правило, содержат, в дополнение к данному соединению, одно или более подслащивающее средство, консерванты, краситель/пигмент и интенсификатор вкусоароматических свойств. В композицию, предназначенную для введения путем инъекции, может быть включено одно или более поверхностно-активное вещество, консервант, смачивающее средство, диспергирующее средство, суспендирующее средство, буфер, стабилизатор и изотоническое средство.
Жидкие фармацевтические композиции, описанные в данном документе, будь то растворы, суспензии или другие подобные формы, могут содержать один или более из следующих адъювантов: стерильные разбавители, такие как вода для инъекций, физиологический раствор, предпочтительно, физиологический раствор, раствор Рингера, изотонический раствор хлорида натрия, нелетучее масло, такое как синтетические моно- или диглицериды, которые могут служить в качестве растворителя или суспендирующей среды, полиэтиленгликоли, глицерин, пропиленгликоль или другие растворители; антибактериальные средства, такие как бензиловый спирт или метилпарабен; антиоксиданты, такие как аскорбиновая кислота или бисульфит натрия; хелатирующие средства, такие как этилендиаминтетрауксусная кислота; буферы, такие как ацетаты, цитраты или фосфаты, и средства для регулирования тоничности, такие как хлорид натрия или декстроза. Парентеральные препараты могут быть заключены в ампулы, одноразовые шприцы или пузырьки, содержащие множество доз, изготовленные из стекла или пластика. Физиологический раствор представляет собой предпочтительный адъювант. Инъектируемая фармацевтическая композиция является, предпочтительно, стерильной.
Жидкая фармацевтическая композиция, описанная в данном документе, предназначенные для либо парентерального, либо перорального введения, должна содержать такое количество соединения, описанного в данном документе, что, таким образом, будет получена подходящая дозировка.
Фармацевтические композиции, описанные в данном документе, могут быть предназначены для местного применения, в этом случае носитель может подходящим образом включать раствор, эмульсию, мазь или гелевую основу. Основа, например, может содержать одно или более из следующего: вазелин, ланолин, полиэтиленгликоли, пчелиный воск, минеральное масло, разбавители, такие как вода и спирт, и эмульгаторы и стабилизаторы. В фармацевтической композиции для местного применения могут присутствовать загустители. Если она предназначена для трансдермального введения, композиция может содержать трансдермальный пластырь или устройство для ионтофореза.
Фармацевтические композиции, описанные в данном документе, могут быть предназначены для ректального введения, в форме, например, суппозитория, который будет расплавляться в прямой кишке и высвобождать лекарственное средство. Композиции для ректального введения могут содержать масляную основу в качестве подходящего нераздражающего вспомогательного средства. Такие основы включают, без ограничения, ланолин, масло какао и полиэтиленгликоль.
Фармацевтические композиции, описанные в данном документе, могут содержать различные материалы, которые модифицируют физическую форму твердой или жидкой дозированной единицы. Например, композиция может содержать материалы, которые образуют покрывающую оболочку вокруг активных ингредиентов. Материалы, которые образуют покрывающую оболочку, обычно инертны и могут быть выбраны из, например, сахара, шеллака и других энтеросолюбильных покрывающих средств. Альтернативно, активные ингредиенты могут быть заключены в желатиновую капсулу.
Фармацевтические композиции, описанные в данном документе, могут быть получены в дозированных единицах, которые могут быть введены в виде аэрозоля. Термин аэрозоль применяют для обозначения различных систем, начиная от коллоидной природы систем, состоящих из упаковок под повышенным давлением. Доставка может быть осуществлена с помощью сжиженного или сжатого газа или с помощью насосной системы, которая дозирует активные ингредиенты. Аэрозоли соединений, описанных в данном документе, могут быть доставлены в однофазной, двухфазной или трехфазной системах для того, чтобы доставить активный ингредиент(ы). Доставка аэрозоля включает необходимый контейнер, активаторы, клапаны, субконтейнеры и тому подобное, что вместе может образовывать набор. Специалист в данной области техники без лишних экспериментов может определить предпочтительные аэрозоли.
Фармацевтические композиции, описанные в данном документе, могут быть получены с помощью методики, хорошо известной в фармацевтической области техники. Например, фармацевтическая композиция, предназначенная для введения путем инъекции, может быть получена путем объединения соединения, описанного в данном документе со стерильной дистиллированной водой таким для того, чтобы образовать раствор. Поверхностно-активное вещество может быть добавлено для того, чтобы облегчить образование гомогенного раствора или суспензии. Поверхностно-активные вещества представляют собой соединения, которые нековалентно взаимодействуют с соединением, описанным в данном документе, чтобы облегчить растворение или гомогенизировать суспензию соединения в водной системе доставки.
Соединения, описанные в данном документе, или их фармацевтически приемлемые соли, вводят в терапевтически эффективном количестве, которое будут меняться в зависимости от различных факторов, в том числе активности конкретного применяемого соединения; метаболической стабильность и продолжительности действия соединения; возраста, массы тела, общего состояния здоровья, пола и режима питания пациента; режима и время введения; скорости выведения; сочетания лекарственных средств; тяжести конкретного заболевания или состояния; и субъекта, который подвергается терапии.
Соединения, описанные в данном документе, или их фармацевтически приемлемые производные, могут также вводиться одновременно с, перед или после введения одного или более терапевтических средств. Такая комбинированная терапия включает введение одного состава с фармацевтическим препаратом, который содержит соединение, описанное в данном документе, и одного или более дополнительных активных средств, а также введения соединения, описанного в данном документе, и каждого активного средства в его собственном отдельном составе с фармацевтическим препаратом. Например, соединение, описанное в данном документе и другое активное средство может быть введено пациенту вместе в единой пероральной лекарственной композиции, такой как таблетки или капсулы, или каждое средство вводят в виде отдельных пероральных составов. При условии, что применяют отдельные пероральные составы, соединения, описанные в данном документе, и одно или более дополнительных активных средств могут быть введены по существу в то же самое время, т.е., одновременно или в разные периоды времени, т.е., последовательно; комбинированную терапию понимают как такую, которая включает все эти схемы.
ПРИМЕРЫ
Следующие Примеры иллюстрируют различные способы получения соединений, описанных в данном документе, т.е., соединений Формулы I и связанных формул. Будет понятно, что специалист в данной области техники может быть в состоянии получить эти соединения подобными способами или с помощью объединения других способов, известных специалисту в данной области техники. Следует также понимать, что специалист в данной области техники смог бы получить, таким же образом, как это описано ниже, другие соединения Формулы I, конкретно не проиллюстрированные ниже, с применением соответствующего исходных компонентов и модифицируя при необходимости параметры синтеза. В общем, исходные компоненты могут быть получены из источников, таких как Sigma Aldrich, Lancaster Synthesis, Inc., Maybridge, Matrix Scientific, TCI и Fluorochem, USA, и т.д. или синтезированы в соответствии с источниками, известными специалистам в данной области (смотри, например, Advanced Organic Chemistry: Reactions, Mechanisms, and Structure, 5th edition (Wiley, December 2000)) получены таким образом, как описано в данном документе.
Следующие примеры предлагают в целях иллюстрации, а не ограничения.
Пример 1: Получение процессированных рекомбинантных белков VAR2CSA.
Все процессирования белков получали в соответствии с ранее определенными границами доменов (
et al. J Biol Chem 286: 15908-17). Домен CIDRPAM разделяли на два домена ID2a и ID2b, где ID2a представлет собой N-концевую часть CIDRPAM, не содержащую CIDR-подобную последовательность, a ID2b соответствует CIDR-подобной последовательности. Существует две границы DBL2X-DBL2Xa и DBL2Xb. DBL2Xb содержал 93 аминокислоты ID2a. Праймеры, применяемые в клонировании, приведены в Таблице 5. Фрагменты экспрессировали в клетках насекомых, инфицированных бакуловирусом, или клетках Е. coli С3029Н в виде растворимых белков, таким образом, как описано в Способах 1 и 2. Большинство белков получали на основании генотипа FCR3. Некоторые FCR3 фрагменты не экспрессируются и их вместо этого получали на основании фенотипа 3D7. Полипептиды VAR2CSA от обоих генотипов связываются с plCSA в равной степени.
Способ 1: Клонирование и экспрессия белка в клетках насекомых.
Фрагменты последовательности VAR2CSA амплифицировали из генов VAR2CSA FCR3 (учетный номер GenBank GU249598) или 3D7 (учетный номер GenBank 3Q247428) с оптимизированным кодоном с применением специфических праймеров (Таблица 5). Простые фрагменты амплифицировали с помощью одностадийной PCR. Конструкции аминокислотных замен выполняли с помощью двустадийной PCR. В первой PCR амплифицировала два фрагмента кодон-оптимизированной матрицы FCR3, содержащей перекрывающиеся комплементарные концы. Вторая PCR амплифицировала общую конструкцию с применением двух перекрывающихся фрагментов в качестве матрицы с применением праймеров, специфичных в случае внешних границ. Все фрагменты для подтверждения секвенировали. Фрагменты клонировали в бакуловирусный вектор pAcGP67-A (BD Biosciences), модифицированный для того, чтобы содержать метку V5 и His на С-конце. Белки экспрессировали в инфицированные бакуловирусом клетки насекомых в виде растворимого белка, секретируемого в супернатант клеточной культуры. В кратком изложении, линеаризованную DNA Baculovirus Вакракб (BD Biosciences) совместно трансфицировали с плазмидами pAcGP67-A в клетки насекомых Sf9 для генерации рекомбинантных вирусных частиц. 10 мл второй амплификации применяли для инфицирования клеток High-Five в 400 мл не содержащей сыворотку среды (10486, GIBCO) при плотности 1×106 клеток/мл. Секретированный рекомбинантный белок собирали спустя 3 дня после первичной инфекции. Супернатант отфильтровывали (0,2 мкм), подвергали диализу и концентрировали перед очисткой белка. Отфильтрованный супернатант, содержащий секретируемый рекомбинантный белок, подвергали диализу с применением AKTA в поперечном потоке (GE Healthcare). Диализ осуществляли в 10 мМ NaH2PO4 (pH 7,4, Sigma-Aldrich) и 500 мМ NaCl. Получаемый раствор отфильтровывали (0,2 мкм) и добавляли имидазол до конечной концентрации 15 мМ. Белок затем очищали на 1 мл колонке HisSelect (Н8286, Sigma-Aldrich). Связанный белок элюировали с помощью 10 мМ NaH2PO4 (pH 7,4), 500 мМ NaCl и 500 мМ имидазола. Чистоту и структурную целостность белка оценивали с помощью SDS-PAGE.
Способ 2: Экспрессия белка в клетках Е. coli
Рекомбинантные белки VAR2CSA экспрессировали в клетках SHuffle Е. coli С3029Н или С3030. 20 мл теплой среды 2xYT [+АМР] засевали клоном Е. coli, несущим соответствующую плазмиду, и инкубировали в течение ночи при 37°С в течение ночи при встряхивании (150 об./мин.). 800 мл предварительно нагретой 2xYT [+АМР] в 5 л колбе далее засевали с помощью 16 мл стартовой культуры и инкубировали при 37°С при встряхивании (100-150 об./мин.) до тех пор, пока OD600 не достигала 0,5-0,8, после чего температуру доводили до 20°С. Спустя 20 минут культуру индуцировали с помощью 80 мкл 1 М IPTG и инкубировали в течение дополнительных 18-20 часов при встряхивании (100-150 об./мин.). Клетки собирали центрифугированием (10000×g, 10 мин.) и ресуспендировали осадок в 40 мл буфера для лизиса (10 мМ NaPO4 (pH 7,2), 0,5 М NaCl, 60 мМ имидазола + таблетка ингибитора протеазы CMPIT без EDTA на 20 мл буфера) и разделяли на две 50 мл центрифужные пробирки. Клетки подвергали лизису путем обработки ультразвуком (2×5 мин.) на льду и удаляли дебрис с помощью центрифугирования (40000×g, 30 мин., 4°С). Супернатанты отфильтровывали (0,2 мкм) в пробирку на льду и либо непосредственно очищали, либо замораживали при -20°С.
Пример 2: Получение T-L2-P2.
Схема 1
Схема 1 иллюстрирует конкретный вариант реализации общей схемы синтеза L2-P2. В дополнительных вариантах реализации изобретения защитную группу (PG1) удаляли из токсина (Р2) перед добавлением аминокислоты (например, АА1-АА2). В некоторых вариантах реализации изобретения якорь содержит функциональную группу, которая может образовывать ковалентную связь с целевой функциональной группой (Т). В других вариантах реализации изобретения якорь содержит удлиненную единицу.
Схема 2
Схема 2 иллюстрирует конкретный вариант реализации общей схемы для конвергентного синтеза комплекса P-L, где JPB между несущей полезной нагрузку последовательностью и последовательностью АА собирали перед установлением удлиненной и якорной функциональных групп. Этот синтетический способ был применен для получения следующих соединений: Соединения G, Соединения Н, Соединения I, Соединения J, Соединения K, Соединения L, Соединения М, Соединения N, Соединения О, Соединения Р, Соединения Q, Соединения R, Соединения U, Соединения ЕЕ, Соединения FF, Соединения GG, Соединения НН, Соединения II и Соединения JJ.
Схема 3
Схема 3 иллюстрирует конкретный вариант реализации общей схемы для конвергентного синтеза комплекса P-L, где JPB устанавливали между несущей полезной нагрузку последовательностью и протеолитической последовательностью, которая уже содержит функциональность удлиненной и якорной функциональной группы. Этот синтетический способ был применен для получения следующих соединений: Соединения S, Соединения Т, Соединения W, Соединения X, Соединения Y, Соединения Z, Соединения АА, Соединения ВВ, Соединения СС и Соединения DD.
В некоторых вариантах реализации изобретения общая схема включает такие процедуры, как описаны ниже. Как будет понятно специалисту в данной области техники с удовлетворительными знаниями, эти процедуры являются иллюстрациями некоторых вариантов реализации изобретения и могут быть выполнены с альтернативными растворителями, реагентами и защитными группами, известными как приемлемые в данной области техники.
Пример 2.1: Общая процедура 1 - Установление трифторацетамида.
К перемешиваемой суспензии амина в 1,4-диоксане добавляли трифторуксусный ангидрид (1,1 эквивалента). Реакционную смесь переносили из суспензии в раствор и обратно в суспензию снова. Протекание реакции контролировали с помощью ТСХ и/или ВЭЖХ-МС в случае завершения. После того, как исходный материал был полностью израсходован, реакционную смесь разбавляли гексанами или диэтиловым эфиром, фильтровали на воронке Бюхнера и высушивали полученные твердые вещества при пониженном давлении с получением чистого трифторацетамида.
Пример 2.2: Общая процедура 2 - Образование N-ацилсульфонамида, медиированное DCC/ДМАП.
К перемешиваемому раствору кислоты в дихлорметане добавляли раствор сульфонамида (1,3 эквивалента, в дихлорметане, N,N-диметилформамиде или их смеси, при необходимости). Добавляли дициклогексилкарбодиимид (1,2 эквивалентов), а после этого N,N-диметиламинопиридин (1,2 эквивалентов). Протекание реакции контролировали с помощью ВЭЖХ-МС (обычно 16 ч.), а избыток побочных продуктов может быть осажден с помощью добавления диэтилового эфира. Твердые вещества удаляли с помощью фильтрации и промывали с помощью 1:1 диэтилового эфира/дихлорметана. Объединенные органические слои концентрировали, а остаток очищали с помощью хроматографии на силикагеле для получения желаемого N-ацилсульфонамида.
Пример 2.3: Общая процедура 3 - Омыление трифторацетамида.
К раствору содержащей трифторацетамид конструкции в 1,4-диоксане или метаноле добавляли гидроксид лития (10 эквивалентов) и воду (10% об./об.). Реакционную смесь оставляли перемешиваться при комнатной температуре или необязательно нагревали до 50°С. Протекание реакции контролировали с помощью ВЭЖХ-МС. После завершения, летучие вещества удаляли при пониженном давлении и водный слой гасили водным раствором 5% м./об. лимонной кислоты или 1 М соляной кислоты. Получаемый водный раствор промывали последовательно дихлорметаном или этилацетатом и объединяли органические фазы, высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали. Реакционный продукт либо применяли "как есть", либо очищали с помощью хроматографии на силикагеле при необходимости.
Пример 2.4: Общая процедура 4 - Медиированное HATU образование пептидной связи.
К перемешиваемому раствору карбоновой кислоты в минимальном количестве дихлорметана или N,N-диметилформамида или их смеси, при 0°С добавляли HATU (1,05-1,2 эквивалента) и либо N,N-диизопропиламин (2-4 эквивалента), либо 2,4,6-коллидин (2-4 эквивалента). Перемешивание продолжали в течение короткого индуктивного периода (5-20 минут), в течение которого в реакционную смесь загружали раствор амина в дихлорметане. Реакционную смесь давали возможность нагреться до комнатной температуры и контролировали ее прохождение с помощью ВЭЖХ-МС. После завершения, летучие вещества удаляли при пониженном давлении и остаточный материал очищали с помощью хроматографии на силикагеле или обращенно-фазовой ВЭЖХ, чтобы предоставить амид с достаточной чистотой.
Пример 2.5: Общая процедура 5 - Удаление группы Fmoc.
Защищенное группой соединение растворяли в 20% пиперидине в N,N-диметилформамиде. Протекание реакции контролировали с помощью ВЭЖХ-МС. Когда реакция завершалась, все летучие вещества удаляли при пониженном давлении для получения остатка, который либо очищали с помощью хроматографии на силикагеле, либо применяли непосредственно на следующем этапе.
Пример 2.6: Общая процедура 6 - N-ацилирование аминов с применением NHS-активированных сложных эфиров.
К раствору амина в минимальном количестве N-диметилформамида добавляли соответствующий содержащий N-гидроксисукцинимид сложный эфир (1,5 эквивалента). Протекание реакции контролировали с помощью ВЭЖХ-МС (обычно ~16 ч.), после чего все летучие вещества удаляли при пониженном давлении. Остаток затем очищали либо с помощью хроматографии на силикагеле, либо с помощью обращенно-фазовой ВЭЖХ для получения желаемого амидного продукта.
Пример 2.7: Общая процедура 7 - Удаление группы Boc.
К раствору защищенного группой Boc соединения в дихлорметане добавляли 10% об./об. трифторуксусной кислоты. Протекание реакции контролировали с помощью ВЭЖХ-МС. После того, как реакция завершалась, все летучие вещества удаляли при пониженном давлении. Остаточный материал очищали либо с помощью обращенно-фазовой ВЭЖХ, хроматографии на силикагеле, либо осаждением из смеси холодного метанола/дихлорметана/диэтилового эфира.
Пример 2.7.1: Общая процедура 8 - Синтез 4-анилиносульфонамида.
К перемешиваемой суспензии или раствору исходного анилина в CH2Cl2 (0,1 М) добавляли трифторуксусный ангидрид (1,1 экв.). Реакционную смесь оставляли перемешиваться в течение ~1 ч., после чего его концентрировали при пониженном давлении. Остаток дважды растворяли в CHCl3 и концентрировали для получения желаемого трифторацетанилида с количественным выходом с предполагаемыми аналитическими результатами.
Трифторацетанилид (~8 ммоль) растворяли в CHCl3 (10 мл). Хлорсульфоновую кислоту (3 экв.) добавляли при перемешивании. Получаемый раствор нагревали до 70°С в течение 1 часа, затем охлаждали до комнатной температуры, в то время как при перемешивании добавляли тионилхлорид (2 экв.). Полученную двухфазную смесь снова нагревали до 70°С в течение 15 минут. Реакционную смесь затем дважды разбавляли с помощью CHCl3 и концентрировали in vacuo для удаления избытка кислот.
Получаемую фенилхлорсульфоновую кислоту растворяли в 1,4-диоксане (~10 мл) и добавляли получаемый раствор по каплям к концентрированному раствору водного аммиака (10 мл) при 0°С при интенсивном перемешивании. Реакционную смесь гасили добавлением 1 М лимонной кислоты и доводили до pH=3. В большинстве случаев, сульфонамид осаждали и отфильтровывали непосредственно из водной фазы; в тех случаях, когда продукт не осаждался, реакционную смесь разбавляли этилацетатом (~100 мл), переносили в делительную воронку и промывали органическую фазу раствором соли перед тем, как высушивали над MgSO4 и концентрировали для получения желаемых замещенных 4-трифторацетанилидом сульфонамидов.
Пример 2.7.2: Общая процедура 9 - Альтернативное медиированное ацилбензотриазолом образование N-ацилсульфонамида.
Эту процедура была составлена на основе описанной в ARKIVOC 2004 (xii), 14-22.
Пример 2.7.3: Общая процедура 10 - Медиированное EDCI/Cu(II) образование пептидной связи.
К перемешиваемому раствору карбоновой кислоты в минимальном количестве 30% N,N-диметилформамида в дихлорметане добавляли 1-этил-3-(3-диметиламинопропил)карбодиимид (0,95 экв.), 1-гидрокси-7-азабензотриазол (1,0 экв.), амин (0,33 экв.) и безводный хлорид меди (II) (1,0 экв.) последовательно с короткой паузой между каждым дополнительным реагентом. Перемешивание продолжали при комнатной температуре и контролировали протекание реакции с помощью ВЭЖХ-МС. После завершения, при пониженном давлении удаляли летучие вещества и очищали остаточный материал с помощью хроматографии на силикагеле или обращенно-фазовой ВЭЖХ, чтобы предоставить желаемый амид с достаточной чистотой.
Пример 2.7.4: Общая процедура 11 - Омыление сложного эфира.
К раствору сложного эфира, содержащему соединение в 1,4-диоксане или метаноле добавляли гидроксид лития (10 эквивалентов) и воду (10% об./об.). Реакционную смесь оставляли перемешиваться при комнатной температуре или необязательно нагревали до 50°С. Протекание реакции контролировали с помощью ВЭЖХ-МС. После завершения, летучие вещества удаляли при пониженном давлении, доводили pH водного слоя, при необходимости, и промывали последовательно дихлорметаном или этилацетатом. Органические фазы объединяли, высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали. Реакционный продукт либо применяли "как есть", либо очищали с помощью хроматографии на силикагеле при необходимости.
Пример 2.8.1: Fmoc-Val-Cit-OH: (R)-2-((R)-2-(((9H-Флуорен-9-ил-метокси)карбониламино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентановая кислота, Fmoc-валин-цитрулин-ОН.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Dubowchik et al., Bioconjugate Chem., 2002, 13, 855-869. 1H ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 12,56 (с, 1Н), 8,21 (д, J=7,3 Гц, 1Н), 7,90 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 7,76 (т, J=7,0 Гц, 2Н), 7,49-7,39 (м, 3Н), 7,38-7,23 (м, 2Н), 5,96 (т, J=5,9 Гц, 1H), 5,40 (с, 2Н), 4,34-4,09 (м, 4Н), 3,93 (дд, J=9,1, 7,1 Гц, 1Н), 3,39 (к, J=7,0 Гц, 3Н), 2,96 (к, J=6,5 Гц, 2Н), 1,97 (д, J=6,9 Гц, 1Н), 1,86-1,63 (м, 1H), 1,57 (дтд, J=13,9, 9,0, 5,4 Гц, 1H), 1,41 (дгепт, J=13,2, 6,9 Гц, 2Н), 0,88 (дд, J=13,3, 6,7 Гц, 6Н). C26H32N4O6 рассч. [М+Н]+ 497,23. обнаружено [М+Н]+ 497,19.
Пример 2.8.2: Fmoc-Val-Cit-OH: (S)-2-((S)-2-(((9H-Флуорен-9-ил-метокси)карбониламино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентановая кислота, Fmoc-валин-цитрулин-ОН.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Dubowchik et al., Bioconjugate Chem., 2002, 13, 855-869. 1H ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 12,56 (с, 1Н), 8,21 (д, J=7,3 Гц, 1Н), 7,90 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 7,76 (т, J=7,0 Гц, 2Н), 7,49-7,39 (м, 3Н), 7,38-7,23 (м, 2Н), 5,96 (т, J=5,9 Гц, 1H), 5,40 (с, 2Н), 4,34-4,09 (м, 4Н), 3,93 (дд, J=9,1, 7,1 Гц, 1H), 3,39 (к, J=7,0 Гц, 3Н), 2,96 (к, J=6,5 Гц, 2Н), 1,97 (д, J=6,9 Гц, 1Н), 1,86-1,63 (м, 1H), 1,57 (дтд, J=13,9, 9,0, 5,4 Гц, 1Н), 1,41 (дгепт, J=13,2, 6,9 Гц, 2Н), 0,88 (дд, J=13,3, 6,7 Гц, 6Н).). C26H32N4O6 рассч. [М+Н]+ 497,23. обнаружено [М+Н]+ 497,19.
Пример 2.9: MC-NHS: 2,5-Диоксопирролидин-1-ил 6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-l-ил)гексаноат.
К перемешиваемому раствору 6-аминокапроновой кислоты (10,0 г, 76,2 ммоль, 1,0 экв.) в уксусной кислоте (75 мл), добавляли малеиновый ангидрид (7,85 г, 80,0 ммоль, 1,05 экв.). Твердым веществам потребовалось несколько минут, чтобы растворить, затем, спустя ок. 5 мин., начинало выпадать белое твердое вещество. Спустя час, суспензия густела до белого осадка на фильтре. Этот материал сгребали на воронку с фильтрующим дном, промывали с помощью толуола и высушивали in vacuo при нагревании, чтобы удалить все следы уксусной кислоты. Промежуточный порошок переносили в толуоле (250 мл), добавляли триэтиламин (21,3 мл, 152 ммоль, 2,0 экв.) и нагревали смесь с обратным холодильником с ловушкой Дина-Старка.. Спустя 5 ч. кипячения с обратным холодильником, смесь охлаждали и декантировали чистый слой толуола от остальной части липкого остатка в колбе. Толуол удаляли in vacuo для получения триэтиламинной соли 6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексаноата. Соль перерастворяли в толуоле и добавляли небольшое количество уксусной кислоты, затем концентрировали. Далее, смесь переносили в 50% насыщенный бикарбонат натрия и добавляли 1 М HCl, чтобы довести pH до 3, образуя мутный осадок. Его трижды экстрагировали EtOAc, объединенные органические слои высушивали над сульфатом натрия, отфильтровывали и концентрировали in vacuo для получения чистого 6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексаноата (3,08 г, 19%). К перемешиваемому раствору 6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексаноата (3,08 г, 14,6 ммоль, 1,0 экв.) и N-гидроксисукцинимида (1,76 г, 15,3 ммоль, 1,05 экв.) в EtOAc (30 мл) при 0°С добавляли дициклогексилкарбодиимид (3,16 г, 15,3 ммоль, 1,05 экв.). Реакционную смесь затем оставляли нагреваться до комнатной температуры. Спустя 20 ч., реакционную смесь отфильтровывали, промывали с помощью EtOAc и концентрировали фильтрат. Остаток очищали с помощью флэш-хроматографии для получения указанного в названии соединения (2,16 г, 48%) в виде прозрачного масла, которое медленно затвердевало до воскообразного твердого вещества белого цвета. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 6,71 (с, 2Н), 3,56 (т, J=7,2 Гц, 2Н), 2,86 (с, 4Н), 2,63 (т, J=7,4 Гц, 2Н), 1,80 (п, J=7,4 Гц, 2Н), 1,73-1,57 (м, 2Н), 1,50-1,35 (м, 2Н). м/з рассч. для C14H16N2O6 = 308,10. Обнаружено [М+Н]+ = 309,13. Rf = 0,28 (50% EtOAc/Гекс.).
Пример 2.10: Fmoc-Phe-Lys(Boc)-OH: (R)-2((R)-2(((9H-Флуорен-9-ил-метокси)карбониламино)-3-фенилпропанамидо)-6-(трет-бутоксикарбониламино)гексановая кислота; Fmoc-фенилаланин-лизин(Boc)-OH.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Walker et al., Bioorganic Med Chem Lett, 2004, 14, 4323-4327. 1H ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 8,28 (д, J=7,7 Гц, 1H), 7,89 (д, J=7,6 Гц, 2H), 7,71-7,57 (м, 2Н), 7,41 (тд, J=7,6, 3,8 Гц, 2Н), 7,33 (т, J=7,5 Гц, 2Н), 7,30-7,23 (м, 4Н), 7,19 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,79 (т, J=5,6 Гц, 1H), 4,37-4,24 (м, 1Н), 4,24-4,07 (м, 5Н), 3,02 (дд, J=13,8, 3,5 Гц, 1H), 2,95-2,83 (м, 2Н), 2,83-2,71 (м, 1Н), 1,82-1,68 (м, 1Н), 1,68-1,51 (м, 1Н), 1,46-1,22 (м, 13Н). м/з рассч. для C35H41N3O7 = 615,29. Обнаружено [М+Н]+ = 616,27, [М-Вос+2Н]+ = 516,16.
Пример 2.11: МТ-ОН: 3-(2-(2-(2-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)этокси)этокси)этокси)пропановая кислота.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Warnecke, A., Kratz, F. Bioconjugate Chemistry 2003, 14, 377-387. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 6,74 (с, 2Н), 3,87-3,72 (м, 4Н), 3,72-3,62 (м, 10Н), 2,73-2,64 (м, 2Н). м/з рассч. для C13H29NO7 = 301,12. Обнаружено [М+Н]+ = 302,14.
Пример 2.12: MT-NHS: 2,5-Диоксопирролидин-1-ил 3-(2-(2-(2-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1Н-пиррол-1-ил)этокси)этокси)этокси)пропаноат.
МТ-ОН (2,6 г, 8,6 ммоль, 1,0 экв.) обрабатывали дициклогексилкарбодиимидом (1,87 г, 9,06 ммоль, 1,05 экв.) и N-гидроксисукцинимидом (1,04 г, 6,06 ммоль, 1,05 экв.) в 30 мл 5:1 EtOAc/диоксана при к.т. Спустя 36 ч., смесь отфильтровывали, промывали с помощью EtOAc и очищали остаток с помощью флэш-хроматографии для получения указанного в названии соединения (309 мг, 9,0%) в виде прозрачного масла вместе с исходным материалом (1,31 г, 50% восстановленного). 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 6,72 (с, 2Н), 3,87 (т, J=6,4 Гц, 2Н), 3,74 (т, J=5,6 Гц, 2Н), 3,70-3,58 (м, 10Н), 2,93 (т, J=6,4 Гц, 2Н), 2,86 (с, 4Н), 1,32-1,19 (м, 2Н). м/з рассч. для C17H22N2O9 = 398,13. Обнаружено [М+Н]+ = 399,15, [M+Na]+ = 421,14. Rf = 0,59 (10% (5% АсОН/МеОН)/10% Гекс./CH2Cl2).
Пример 2.13: Boc-HTI-286-OH: (6S,9S,12S,E)-9-трет-Бутил-12-изопропил-2,2,5,11,14-пентаметил-4,7,10-триоксо-6-(2-фенилпропан-2-ил)-3-окса-5,8,11-триазапентадец-13-ен-15-овая кислота.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Nieman et al. J. Nat. Prod. 2003, 66, 183-199. 1H ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,57 (д, J=7,3 Гц, 2H), 7,48 (т, J=7,8 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,80 (дк, J=9,8, 1,6 Гц, 1Н), 5,08 (т, J=10,2 Гц, 1H), 4,95 (с, 1Н), 4,37 (с, 1Н), 3,17 (с, 3Н), 2,53 (с, 3Н), 2,15-2,02 (м, 1Н), 1,94 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,50 (с, 3Н), 1,41 (с, 3Н), 1,10 (с, 9Н), 0,93 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,92 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C32H51N3O6 рассч. [М+Н]+ 574,38. обнаружено [M+Na]+ 586,42, [М+Н]+ 574,46, [М-Вос+2Н]+ 474,39.
Пример 2.14: Получение (S,E)-N-(4-(((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)метил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамида (Соединение G).
Этап 1: 4-(Азидометил)бензолсульфонамид.
К перемешиваемому раствору 4-(бромметил)бензолсульфонамида (0,50 г) в N,N-диметилформамиде (1 мл) добавляли азид натрия (0,20 г). Суспензию нагревали до 50°С в течение 3 часов, в этой точке растворитель удаляли при пониженном давлении. Остаток разделяли между этилацетатом и водой. Органическую фазу промывали раствором соли, высушивали над сульфатом магния, отфильтровывали и концентрировали досуха для получения указанного в названии соединения в виде сиропа, который затвердевал при выдерживании. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 8,06-7,91 (м, 2Н), 7,58-7,44 (м, 2Н), 4,96 (с, 2Н), 4,48 (с, 2Н).
Этап 2: 4-(Аминометил)бензолсульфонамид.
К раствору 4-(азидометил)бензолсульфонамида (0,354 г) в метаноле (10 мл) в круглодонной колбе, снабженной магнитной мешалкой, добавляли 10% Pd/C (0,05 г). Из колбы откачивали газы при пониженном давлении и загружали водородом. Эту откачку и загрузку повторяли трижды, после чего суспензию оставляли перемешиваться в течение ночи. Через 16 ч., анализ ТСХ показывала полное расходование исходного материала. Реакционную смесь разбавляли метанолом (40 мл), добавляли Celite® и отфильтровывали смесь сквозь стеклянную воронку с фильтрующим дном. Получаемый раствор концентрировали досуха. 1Н ЯМР предполагал, что материал был достаточно чистым на этом этапе для дополнительного применения без очистки. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 7,77 (м, 2Н), 7,53 (м, 2Н), 5,76 (с, 2Н), 3,76 (д, J=11,9 Гц, 2Н).
Этап 3: 2,2,2-Трифтор-N-(4-сульфамоилбензил)ацетамид.
Указанное в названии соединение синтезировали с помощью реакции 4-(аминометил)бензолсульфонамида с TFAA в соответствии с Общей процедурой 1, со спектром 1Н ЯМР, который был осложнен ротамерами. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 7,91-7,75 (м, 2Н), 7,55-7,31 (м, 4Н), 4,72 (м, 2Н), 4,47 (д, J=6,0 Гц, 1Н), 3,18 (с, 2Н).
Этап 4: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-2,5-диметил-6-оксо-6-(4-((2,2,2-трифторацетамидо)метил)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат).
Указанное в названии соединение синтезировали из Boc-HTI-286-OH в соответствии с Общей процедурой 2. 1 ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,11-7,99 (м, 2Н), 7,50 (дд, J=18,3, 7,9 Гц, 4Н), 7,39-7,07 (м, 7Н), 6,43 (д, =9,0 Гц, 1Н), 5,17 (с, 1Н), 4,68 (д, J=8,9 Гц, 1H), 4,56 (с, 2Н), 3,00 (д, J=33,9 Гц, 3Н), 2,88 (д, J=7,6 Гц, 3Н), 2,34 (с, 2Н), 2,00 (д, J=13,6 Гц, 1Н), 1,81 (д, J=6,4 Гц, 3Н), 1,43 (с, 13Н), 0,98-0,68 (м, 14Н). C41H58F3N5O8S рассч. [М+Н]+ 838,40; обнаружено [M+Na]+ 860,48; [М+Н]+ 838,46; [М-Вос+2Н]+ 738,33.
Этап 5: (S,E)-N-(4-(Аминометил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из трет-бутил-(S)-1-((S)-1-((S,E)-2,5-диметил-6-оксо-6-(4-((2,2,2-трифторацетамидо)метил)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата) в соответствии с Общими процедурами 3 и 7. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,13 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 7,68 (д, J=8,4 Гц, 2Н), 7,59-7,41 (м, 4Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,51 (дд, J=9,4, 1,7 Гц, 1Н), 5,01 (т, J=9,9 Гц, 1Н), 4,37 (с, 1Н), 4,24 (с, 2Н), 3,17 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,12-1,96 (м, 1Н), 1,84 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (м, 6Н). C34H51N5O5S рассч. [М+Н]+ 642,38; обнаружено [М+Н]+ 642,40.
Этап 6: (9H-Флуорен-9-ил)метил(S)-1-((S)-1-(4-(N-(S,E)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)бензиламино)-1-оксо-5-уреидопентан-2-иламино)-3-метил-1-оксобутан-2-илкарбамат.
Синтезировали из (S,E)-N-(4-(аминометил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамида и Fmoc-Val-Cit-OH в соответствии с Общей процедурой 4 с незначительной контаминацией DIPEA и АсОН. Материал применяли "как есть" на последующем этапе. C60H81N9O10S рассч. [М+Н]+ 1120,58; обнаружено [М+Н]+ 1120,68.
Этап 7: (S,E)-N-(4-(((S)-2-((S)-2-Амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)метил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение синтезировали начиная с (9H-флуорен-9-ил)метил(S)-1-((S)-1-(4-(N(S,E)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)бензиламино)-1-оксо-5-уреидопентан-2-иламино)-3-метил-1-оксобутан-2-илкарбамата в соответствии с Общей процедурой 5.
Этап 8: (S,E)-N-(4-(((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)метил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение синтезировали из (S,E)-N-(4-(((S)-2-((S)-2-амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)метил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамида и MC-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. 1Н ЯМР (600 МГц, метанол-d4) δ 7,89 (д, J=8,0 Гц, 2Н), 7,53-7,47 (м, 2Н), 7,39 (t, J=7,5 Гц, 4Н), 7,28 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,82 (с, 2Н), 6,67 (д, J=9,3 Гц, 1Н), 5,03 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,51-4,35 (м, 3Н), 4,18 (д, J=7,4 Гц, 1Н), 3,65 (с, 1H), 3,50 (т, J=7,1 Гц, 2Н), 3,31 (с, 3Н), 3,20-3,01 (м, 5Н), 2,35-2,18 (м, 5Н), 2,08 (дк, J=13,9, 6,9 Гц, 1Н), 2,02-1,91 (м, 6Н), 1,91-1,77 (м, 4Н), 1,72 (дтд, J=14,0, 9,3, 5,2 Гц, 1H), 1,66-1,40 (м, 10Н), 1,37 (с, 3Н), 1,34-1,24 (м, 3Н), 1,03 (с, 9Н), 0,96 (дд, J=6,8, 4,0 Гц, 6Н), 0,91-0,86 (м, 3Н), 0,84 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C55H82N10O11S рассч. [М+Н]+ 1091,59; обнаружено [М+Н]+ 1091,67.
Пример 2.15: Получение (S,E)-N-(4-(((R)-6-амино-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)метил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамида (Соединение Н).
Этап 1: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-(аминометил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат.
Указанное в названии соединение получали из трет-бутил(S)-1-((S)-1-((S,E)-2,5-диметил-6-оксо-6-(4-((2,2,2-трифторацетамидо)метил)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата) в соответствии с Общей процедурой 3. Смотри исследование выше.
Этап 2: трет-Бутил(S)-1-(((S)-1-(((S,E)-6-(4-((5R,8R)-5-бензил-8-(4-((трет-бутоксикарбонил)амино)бутил)-1-(9H-флуорен-9-ил)-3,6,9-триоксо-2-окса-4,7,10-триазаундекан-11-ил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат (Соединение Н-1)
Указанное в названии соединение получали из трет-бутил(S)-1-(((S)-1-(((S,E)-6-(4-(аминометил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата и Fmoc-Phe-Lys(Boc)-OH в соответствии с Общей процедурой 4. C74H98N8O13S рассч. м/з = 1338,70 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1339,86, [M+Na]+ = 1361,88, [M+K]+ = 1377,95, [М-Вос+2Н]+ = 1239,83, [М-2Вос+3Н]+ = 1139,72.
Этап 3: трет-Бутил(S)-1-(((S)-1-(((S,E)-6-(4-(((R)-2-((R)-2-амино-3-фенилпропанамидо)-6-((трет-бутоксикарбонил)амино)гексанамидо)метил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат (Соединение Н-2).
Указанное в названии соединение получали из Соединения Н-1 в соответствии с Общей процедурой 5. C59H88N8O11S рассч. м/з = 1116,63 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1117,78, [M+Na]+ = 1139,80, [М-Вос+2Н]+ = 1017,72, [М-2Вос+3Н]+ = 917,64.
Этап 4: трет-Бутил(S)-1-(((S)-1-(((S,E)-6-(4-(((R)-6-((трет-бутоксикарбонил)амино)-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)метил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат (Соединение Н-3).
Указанное в названии соединение получали из Соединения Н-2 и MC-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. C69H99N9O14S рассч. м/з = 1309,70 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1310,89, [M+Na]+ = 1332,91, [М-Вос+2Н]+ = 1210,86, [М-2Вос+3Н]+ = 1110,77.
Этап 5: (S,E)-N-(4-(((R)-6-Амино-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)метил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Соединения Н-3 в соответствии с Общей процедурой 7. C59H83N9O10S рассч. м/з = 1109,60 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1110,76, [M+Na]+ = 1132,75, [(М+2Н)/2]2+ = 556,11.
Пример 2.16: Получение (S,E)-N-(4-(((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)метилбензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение I).
Этап 1: 2,2,2-Трифтор-N-(4-(сульфамоилметил)бензил)ацетамид.
Указанное в названии соединение синтезировали из коммерчески доступного (4-(аминометил)фенил)метансульфонамида и TFAA с применением Общей процедуры 1. 1Н ЯМР (400 МГц, ацетон-d6) δ 9,05 (с, 1Н), 7,48-7,40 (м, 2Н), 7,40-7,32 (м, 2Н), 6,17 (с, 1Н), 4,56 (д, J=6,1 Гц, 2Н), 4,35 (с, 2Н).
Этап 2: (S,E)-2,5-Диметил-N-((4-((2,2,2-трифторацетамидо)метил)бензил)сульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение I-1).
Указанное в названии соединение синтезировали из Boc-HTI-286-OH и 2,2,2-трифтор-N-(4-(сульфамоилметил)бензил)ацетамида в соответствии с Общей процедурой 2. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,49 (д, J=1,1 Гц, 2Н), 7,41-7,27 (м, 5Н), 7,21 (д, J=8,0 Гц, 2Н), 6,36 (д, J=9,4 Гц, 1Н), 5,18 (с, 1H), 4,99 (с, 2Н), 4,69 (с, 3Н), 4,46 (с, 3Н), 3,06-2,91 (м, 3Н), 2,88 (д, J=4,7 Гц, 3Н), 2,04 (д, J=1,8 Гц, 1Н), 1,88 (д, J=13,5 Гц, 3Н), 1,79-1,69 (м, 1Н), 1,68-1,57 (м, 1H), 1,52 (д, J=8,2 Гц, 3Н), 1,44 (с, 9Н), 1,23-1,12 (м, 1Н), 0,97 (т, J=7,4 Гц, 1H), 0,90 (д, J=6,0 Гц, 9Н), 0,80 (д, J=6,8 Гц, 3Н). C42H60F3N5O8S рассч. м/з = 851,41 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 852,47, [M+Na]+ = 874,47, [М-Вос+2Н]+ = 752,38.
Этап 3: (S,E)-N-((4-(Аминометил)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение I-2).
Указанное в названии соединение получали из Соединения I-1 в соответствии с Общей процедурой 3. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,49 (т, J=8,0 Гц, 2Н), 7,40-7,30 (м, 4Н), 7,28 (д, J=1,9 Гц, 2Н), 7,22 (к, J=1,9 Гц, 1Н), 6,48 (д, J=9,4 Гц, 1H), 5,19 (с, 1H), 5,07-4,94 (м, 2Н), 4,72 (с, 1Н), 4,48 (с, 2Н), 3,77 (с, 2Н), 3,05-2,82 (м, 3Н), 1,92-1,82 (м, 4Н), 1,58-1,32 (м, 16Н), 0,97-0,85 (м, 12Н), 0,85-0,74 (м, 4Н). C40H61N5O7S рассч. м/з = 755,43 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 756,46, [M+Na]+ = 778,48, [М-Вос+2Н]+ = 656,39.
Этап 4: (S,E)-N-((4-(((S)-2-((S)-2-(((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)метил)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение I-3).
Указанное в названии соединение получали из Соединения I-2 и Fmoc-Val-Cit-OH в соответствии с Общей процедурой 4. C66H91N9O12S рассч. м/з = 1233,65 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1234,82, [M+Na]+ = 1256,80, [М-Вос+2Н]+ = 1134,73.
Этап 5: (S,E)-N-((4-(((S)-2-((S)-2-амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)метил)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение I-4).
Указанное в названии соединение получали из Соединения I-3 в соответствии с Общей процедурой 5. C51H81N9O10S рассч. м/з = 1011,58 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1012,72, [M+Na]+ = 1034,68, [М-Вос+2Н]+ = 912,66.
Этап 6: (S,E)-N-((4-(((S)-2-((S)-2-((5-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)пентил)амино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)метил)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение I-5).
Указанное в названии соединение получали из Соединения I-4 и MC-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. C61H92N10O13S рассч. м/з = 1204,66 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1205,84, [M+Na]+ 1227,82, [М-Вос+2Н]+ = 1105,75.
Этап 7: (S,E)-N-(4-(((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)метилбензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Соединения I-5 в соответствии с Общей процедурой 7. C56H84N10O11S рассч. м/з = 1104,60 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1105,78, [M+Na]+ = 1127,76, [(М+2Н)/2]2+ = 553,60.
Пример 2.17: Получение (S,E)-N-(4-(((R)-6-Амино-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)метил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамида (Соединение J).
Этап 1: (S,E)-N-((4-(((R)-6-((трет-Бутоксикарбонил)амино)-2-((R)-2-((((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)метил)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение J-1).
Указанное в названии соединение получали из Соединения I-2 и Fmoc-Phe-Lys(Boc)-ОН в соответствии с Общей процедурой 4. C75H100N8O13S рассч. м/з = 1352,71 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1353,96, [M+Na]+ = 1375,83, [М-Вос+2Н]+ = 1253,78, [М-2Вос+Н]+ = 1153,70.
Этап 2: (S,E)-N-((4-(((R)-6-((трет-Бутоксикарбонил)амино)-2-((R)-2-амино-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)метил)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение J-2).
Указанное в названии соединение получали из Соединения J-1 в соответствии с Общей процедурой 5. C60H90N8O11S рассч. м/з = 1130,64 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1131,75, [M+Na]+ = 1153,75, [М-Вос+2Н]+ = 1031,68, [М-2Вос+3Н]+ = 931,61.
Этап 3: (S,E)-N-(4-(((R)-6-((трет-Бутоксикарбонил)амино)-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)метил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение J-3).
Указанное в названии соединение получали из Соединения J-2 и MC-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. C70H101N9O14S рассч. м/з = 1323,72 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1324,96, [M+Na]+ = 1346,94, [М-Вос+2Н]+ = 1224,87, [М-2Вос+3Н]+ = 1124,79.
Этап 4: (S,E)-N-(4-(((R)-6-Амино-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)метил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение J).
Указанное в названии соединение получали из Соединения J-3 в соответствии с Общей процедурой 7. C60H85N9O10S рассч. м/з = 1123,61 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1124,75, [M+Na]+ = 1146,77, [(М+2Н)/2]2+ = 563,09.
Пример 2.18: Получение (S,E)-N-(4-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамида (Соединение K).
Этап 1: 2,2,2-Трифтор-N-(4-(сульфамоилметилфенил)ацетамид.
Указанное в названии соединение синтезировали из коммерчески доступного (4-аминофенил)метансульфонамида и TFAA с применением Общей процедуры 1. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 11,31 (с, 1H), 7,79-7,51 (м, 2Н), 7,51-7,23 (м, 2Н), 6,85 (с, 2Н), 4,27 (с, 2Н).
Этап 2: (S,E)-2,5-Диметил-N-((4-(2,2,2-трифторацетамидо)бензил)сульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение K-1).
Указанное в названии соединение синтезировали из Boc-HTI-286-OH и 2,2,2-трифтор-N-(4-(сульфамоилметил)фенил)ацетамида в соответствии с Общей процедурой 2. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 8,81 (с, 1H), 7,66-7,50 (м, 3Н), 7,50-7,31 (м, 5Н), 7,23 (т, J=7,7 Гц, 1Н), 6,35 (дд, J=9,2, 1,6 Гц, 1H), 6,22 (д, J=8,8 Гц, 1Н), 5,34 (с, 1Н), 5,05-4,80 (м, 3Н), 4,72-4,40 (м, 2Н), 2,97-2,74 (м, 3Н), 2,60 (с, 3Н), 1,95 (м, 4Н), 1,68-1,35 (м, 15Н), 1,02-0,63 (м, 15Н). C41H58F3N5O8S рассч. [М+Н]+ 838,40; обнаружено [M+Na]+ 860,48; [М+Н]+ 838,52; [М-Вос+2Н]+ 738,39.
Этап 3: (S,E)-N-((4-Аминобензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение K-2).
Указанное в названии соединение получали из Соединения K-2 в соответствии с Общей процедурой 3. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,63-7,39 (м, 2Н), 7,35 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,22 (т, J=7,3 Гц, 1H), 7,16-7,03 (м, 2Н), 6,73-6,54 (м, 2Н), 6,36 (дд, J=9,2, 1,6 Гц, 1Н), 6,07 (с, 1Н), 5,00 (м, 2Н), 4,60 (с, 3Н), 2,98-2,75 (м, 6Н), 1,97-1,71 (м, 4Н), 1,68-1,34 (м, 15Н), 0,97-0,63 (м, 15Н). C39H59N5O7S рассч. [М+Н]+ 742,41; обнаружено [М+Н]+ 742,47; [М-Вос+2Н]+ 642,40.
Этап 4: (S,E)-N-((4-((R)-2-((R)-2-((((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение K-3).
Указанное в названии соединение получали из Соединения K-2 и Fmoc-Val-Cit-OH в соответствии с Общей процедурой 4. C65H89N9O12S рассч. [М+Н]+ 1220,64; обнаружено [М+Н]+ 1220,97; [М-Вос+2Н]+ 1120,87.
Этап 5: (S,E)-N-((4-((R)-2-((R)-2-Амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение K-4).
Указанное в названии соединение получали из Соединения K-3 в соответствии с Общей процедурой 5. C50H79N9O10S рассч. [M+Na]+ 998,57; обнаружено [М+14]+ 998,75; [М-Вос+Н]+ 898,69.
Этап 6: (S,E)-N-(4-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение K-5).
Указанное в названии соединение получали с помощью реакции Соединения K-4 с MC-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. C60H90N10O13S рассч. [М+Н]+ 1191,64; обнаружено [М+Н]+ 1191,74; [М-Вос+2Н]+ 1091,67.
Этап 7: (S,E)-N-(4-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Соединения K-5 в соответствии с Общей процедурой 7. C55H82N10O11S рассч. [М+Н]+ 1091,59; обнаружено [М+Н]+ 1091,67.
Пример 2.19: Получение (S,E)-N-((4-((14R,17R)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамида (Соединение L).
Этап 1: (S,E)-N-((4-((14R,17R)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение L-1).
К перемешиваемому раствору Соединения K-4 (40,0 мг, 0,040 ммоль, 1,0 экв.) в CH2Cl2 (0,5 мл) добавляли МТ-ОН (18,1 мг, 0,060 ммоль, 1,5 экв.). Далее, добавляли триэтиламин (0,017 мл, 0,120 ммоль, 3,0 экв.), затем реагент Mukiyama (15,4 мг, 0,060 ммоль, 1,5 экв.). Спустя 3 ч., добавляли приблизительно один эквивалент кислоты, триэтиламина и реагента Mukiyama и спустя более 30 мин. ВЭЖХ указывала расход исходного материала Соединения K-4. Реакционную смесь разбавляли с помощью 0,25 мл гексанов и загружали непосредственно на флэш-хроматографию для получения указанного в названии соединения (29,3 мг, 57%) в виде прозрачной желтой пленки. C63H96N10O16S рассч. м/з = 1280,67. Обнаружено [М+Н]+ = 1281,94, [M+Na]+ = 1303,91, [М-Вос+2Н]+ = 1181,86. Rf = 0,45 (10% (5% АсОН/МеОН)/10% Гекс./CH2Cl2)
Этап 2: (S,E)-N-((4-((14R,17R)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 7 из Соединения L-1. C58H88N10O14S рассч. м/з в случае = 1180,62. Обнаружено [М+Н]+ = 1181,82, [(М+2Н)/2]2+ = 591,60.
Пример 2.20: (S,Е)-N-(4-((R)-6-Амино-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение М).
Этап 1: (S,Е)-N-((4-((R)-6-((трет-Бутоксикарбонил)(метил)амино)-2-((R)-2-((((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение М-1).
Указанное в названии соединение получали из Соединения K-2 и Fmoc-Phe-Lys(Boc)-OH в соответствии с Общей процедурой 4. C74H98N8O13S рассч. м/з = 1338,70 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1339,96, [M+Na]+ = 1361,92, [М-Вос+2Н]+ = 1239,85, [М-2 Вос+Н]+ = 1139,77.
Этап 2: (S,E)-N-((4-((R)-6-((трет-Бутоксикарбонил)(метил)амино)-2-((R)-2-амино-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение М-2).
Указанное в названии соединение получали из Соединения М-1 в соответствии с Общей процедурой 5. C59H88N8O11S рассч. м/з = 1116,63 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1117,78, [M+Na]+ = 1139,80, [М-Вос+Н]+ = 1017,72, [М-2Вос+3Н]+ = 917,64.
Этап 3: (S,E)-N-(4-((R)-6-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение М-3).
Указанное в названии соединение получали из Соединения М-2 и MC-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. C69H99N9O14S рассч. м/з = 1309,70 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1310,93, [M+Na]+ = 1332,89, [М-Вос+2Н]+ = 1210,84, [М-2Вос+3Н]+ = 1110,76.
Этап 4: (S,E)-N-(4-((R)-6-Амино-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Соединения М-3 в соответствии с Общей процедурой 7. C59H83N9O10S рассч. м/з = 1109,60 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1110,71, [M+Na]+ = 1132,74, [(М+2Н)/2]2+ = 556,18.
Пример 2.21: Получение (S,E)-N-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамида (Соединение N).
Этап 1: 2,2,2-Трифтор-N-(4-сульфамоилфенил)ацетамид.
Указанное в названии соединение синтезировали из коммерчески доступного сульфаниламида и TFAA с применением Общей процедуры 1.
Этап 2: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-2,5-диметил-6-оксо-6-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат.
Указанное в названии соединение синтезировали из Boc-HTI-286-OH и 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоилфенил)ацетамида в соответствии с Общей процедурой 2. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,14-8,03 (м, 2Н), 7,98-7,83 (м, 3Н), 7,47 (д, J=7,6 Гц, 21-I), 7,32 (д, J=7,6, 2Н), 7,20 (к, J=7,4, 6,2 Гц, 2Н), 6,44 (д, J=9,1 Гц, 1H), 5,16 (с, 1H), 4,68 (д, J=9,0 Гц, I Н), 3,08-2,95 (м, 3Н), 2,87 (д, J=6,4 Гц, 3Н), 2,01 (м, 6Н), 1,80 (д, J=11,7 Гц, 3Н), 1,62 (д, J=6,4 Гц, 114), 1,52-1,36 (м, 14Н), 1,26 (м, 1H), 0,98-0,72 (м, 15Н). C40H56F3N5O8S рассч. [М+Н]+ 824,38; обнаружено [M+Na]+ 846,43; [М+Н]+ 824,40; [М-Вос+2Н]+ 724,34.
Этап 3: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-аминофенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-Диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат (Соединение N-1c).
Указанное в названии соединение получали из трет-бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-2,5-диметил-6-оксо-6-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата в соответствии с Общей процедурой 3.
Этап 4: трет-Бутил((S)-1-(((S)-1-(((S,E)-6-(4-((S)-2-((S)-2-((((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил)(метил)карбамат (Соединение N-1).
Синтезировали из трет-бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-аминофенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата и Fmoc-Val-Cit-OH в соответствии с Общей процедурой 4. C64H87N9O12S рассч. [М+Н]+ 1206,62; обнаружено [M+Na]+ 1230,81; [М+Н]+ 1206,73; [М-Вос+2Н]+ 1106,63.
Этап 5: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-((S)-2-((S)-2-амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат.
Указанное в названии соединение получали из Соединения N-1 в соответствии с Общей процедурой 5. C49H77N9O10S рассч. [М+Н]+ 984,55; обнаружено [М+Н]+ 984,63; [М-Вос+2Н]+ 884,57.
Этап 6: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат.
Указанное в названии соединение получали из трет-бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-((S)-2-((S)-2-амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата и MC-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. C59H88N10O13S рассч. [М+Н]+ 1177,63; обнаружено [M+Na]+ 1199,74; [М+Н]+ 1177,85; [М-Вос+2Н]+ 1077,68.
Этап 7: (S,E)-N-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из трет-бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата в соответствии с Общей процедурой 7. C54H80N10O11S рассч. [М+Н]+ 1077,63; обнаружено [М+Н]+ 1077,68.
Пример 2.22: Получение (S,E)-N-((4-((14R,17R)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамида (Соединение О).
Этап 1: трет-Бутил((S)-1-(((S)-1-(((S,E)-6-(4-((14R,17R)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил)(метил)карбамат.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 6 из трет-бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-((S)-2-((S)-2-амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата и MT-NHS. м/з рассч. для C62H94N10O16S = 1266,66. Обнаружено [М+Н]+ = 1267,87 [M+Na]+ = 1289,86, [М-Вос+2Н]+ = 1167,82. Rf = 0,49 (10% (5% АсОН/МеОН)/CH2Cl2).
Этап 2: (S,E)-N-((4-((14R,17R)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 7 из трет-бутил((S)-1-(((S)-1-(((S,E)-6-(4-((14R,17R)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил)(метил)карбамата. м/з рассч. для C57H86N10O14S = 1166,60. Обнаружено [М+Н]+ = 1167,67, [(М+2Н)/2]2+ = 584,57.
Пример 2.23: Получение (S,E)-N-(4-(1-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамида (Соединение Р).
Этап 1: 4-(тритилтиометил)бензонитрил.
Тритилмеркаптан (1,48 г, 5,36 ммоль, 1,05 экв.) в ТГФ (5 мл) добавляли по каплям к перемешиваемой суспензии гидрида натрия (60% дисперсия в минеральном масле, 214 мг, 5,36 ммоль, 1,05 экв.) в ТГФ (5 мл) под N2 при 0°С. Спустя 15 мин., добавляли 4-(бромметил)бензонитрил (1,00 г, 5,10 ммоль, 1,0 экв.) в ТГФ (5 мл) и оставляли реакционную смесь нагреваться до к.т.. Спустя 1 ч., ТСХ показывала полное превращение исходного материала. Реакционную смесь гасили с помощью добавления насыщенного хлорида аммония, затем немного dH2O. Смесь экстрагировали эфиром трижды, промывали насыщенным раствором соли, высушивали над сульфатом натрия и концентрировали в виде вязкого желтого масла. Очистка с помощью флэш-хроматографии давала указанное в названии соединение (1,76 г, 88%) в виде светло-белого порошка. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,52 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,47 (д, J=7,1 Гц, 6Н), 7,33 (т, J=7,5 Гц, 6Н), 7,26 (т, J=7,2 Гц, 3Н), 7,19 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 3,40 (с, 2Н). м/з рассч. для C27H21NS = 391,14. Обнаружено [M+Na]+ = 414,13. Rf = 0,32 (10% EtOAc/Гекс.).
Этап 2: 1-(4-(Тритилтиометил)фенил)циклопропанамин.
4-(Тритилтиометил)бензонитрил (1,47 г, 3,75 ммоль, 1,0 экв.) переносили в 40 мл ТГФ, под атмосферой N2, затем охлаждали до -78°С. К этому раствору добавляли Ti(O-iPr)4 (1,21 мл, 4,13 ммоль, 1,1 экв.), затем добавляли по каплям этилмагнийбромид (3 М, 2,75 мл, 8,26 ммоль, 2,2 экв.) за 5 мин. Ванну с сухим льдом удаляли, позволяя раствору достигнуть к.т. Спустя 45 мин. при к.т., добавляли BF3⋅Et2O (0,93 мл, 7,51 ммоль, 2,0 экв.) к в настоящее время очень темной реакционной смеси. После перемешивания в течение дополнительных 2,5 ч., реакционную смесь гасили с помощью 5 мл 2 М HCl, с последующим доведением pH до сильного основания с помощью около 15 мл 2 М NaOH. К смеси добавляли немного воды, затем ее экстрагировали трижды с помощью 75 мл EtOAc, промывали один раз с помощью dH2O, один раз насыщенным раствором соли, высушивали над сульфатом натрия и концентрировали до прозрачного масла. Материал очищали с помощью флэш-хроматографии для получения указанного в названии соединения (680 мг, 36%) в виде прозрачного масла. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,49 (д, J=7,8 Гц, 6Н), 7,33 (т, J=7,7 Гц, 6Н), 7,26 (т, J=7,2 Гц, 3Н), 7,20 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,11 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 3,32 (с, 2Н), 1,06 (дд, J=7,9, 5,0 Гц, 2Н), 0,95 (дд, J=7,9, 4,7 Гц, 2Н). м/з рассч. для C29H27NS = 421,19. Обнаружено [М+Н]+ = 422,19. Rf = 0,21 (50% EtOAc/Гекс.).
Этап 3: 2,2,2-Трифтор-N-(1-(4-(тритилтиометил)фенил)циклопропил)ацетамид.
К перемешиваемому раствору 1-(4-(тритилтиометил)фенил)циклопропанамина (680 мг, 1,61 ммоль, 1,0 экв.) в CH2Cl2 добавляли трифторуксусный ангидрид (0,448 мл, 3,22 ммоль, 2,0 экв.) и триэтиламин (0,45 мл, 3,22 ммоль, 2,0 экв.). Спустя два часа, ТСХ и ВЭЖХ показывали полное превращение исходного материала. Реакционную смесь гасили с помощью добавления 3 мл NaHCO3, затем добавляли немного dH2O и экстрагировали смесь с помощью CH2Cl2 трижды. Объединенные органические слои промывали насыщенным раствором соли, высушивали над сульфатом натрия и концентрировали до желтой пены, давая указанное в названии соединение (715 мг, 86%) в достаточной степени чистоты, чтобы перейти к следующему этапу. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,48 (д, J=7,7 Гц, 6Н), 7,32 (т, J=7,6 Гц, 6Н), 7,25 (т, J=7,2 Гц, 3Н), 7,19 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,10 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 6,83 (с, 1Н), 3,31 (с, 2Н), 1,40-1,24 (м, 4Н). м/з рассч. для C31H26F3NOS = 517,17. Обнаружено [M+Na]+ = 540,25. Rf = 0,71 (50% EtOAc/Гекс.).
Этап 4: 2,2,2-Трифтор-N-(1-(4-(меркаптометил)фенил)циклопропил)ацетамид.
2,2,2-Трифтор-N-(1-(4-(тритилтиометил)фенил)циклопропил)ацетамид (715 мг, 1,38 ммоль, 1,0 экв.) в 5 мл CH2Cl2 обрабатывали с помощью 2,5 мл TFA. Спустя 1 мин., добавляли TIPSH (0,42 мл, 2,1 ммоль, 1,5 экв.), в результате чего исчезал желтый цвет. Спустя 30 мин., ТСХ показывала, что реакция завершилась. Смесь концентрировали, затем испаряли совместно один раз с СН2С12 и дважды с толуолом. Остаток очищали с помощью флэш-хроматографии для получения указанного в названии соединения (261 мг, 69%) в виде белого твердого вещества. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,35-7,23 (м, 4Н), 6,87 (с, 1H), 3,74 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 1,77 (т, J=7,6 Гц, 1Н), 1,36 (с, 4Н). Rf = 0,47 (20% EtOAc/Гекс.).
Этап 5: 2,2,2-Трифтор-N-(1-(4-(сульфамоилметил)фенил)циклопропил)ацетамид.
К перемешиваемому раствору 2,2,2-трифтор-N-(1-(4-(меркаптометил)фенил)циклопропил)ацетамида (220 мг, 0,799 ммоль, 1,0 экв.) в ацетонитриле добавляли dH2O (0,029 мл, 1,6 ммоль, 2,0 экв.), тетрабутиламмонийхлорид (110 мг, 0,40 ммоль, 0,5 экв.), а затем N-хлорсукцинимид (320 мг, 2,40 ммоль, 3,0 экв.). Спустя 20 минут, отсутствие исходного материала было заметно для ТСХ. Спустя 90 мин., добавляли концентрированный NH4OH (0,18 мл, 3,2 ммоль, 4,0 экв.). Спустя 10 минут, добавляли 1 мл NH4Cl и экстрагировали смесь трижды с помощью EtOAc. Объединенные органические слои промывали дважды с помощью dH2O, один раз насыщенным раствором соли, высушивали над сульфатом натрия и концентрировали до прозрачного масла. Остаток очищали с помощью флэш-хроматографии для получения указанного в названии соединения (192 мг, 74%) в виде белого твердого вещества. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 10,21 (с, 1H), 7,31 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,16 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 6,85 (с, 2Н), 4,23 (с, 2Н), 1,27 (дт, J=6,1, 2,3 Гц, 4Н). Rf = 0,26 (50% EtOAc/Гекс.).
Этап 6: (S,E)-2,5-Диметил-N-((4-(1-(2,2,2-трифторацетамидо)циклопропил)бензил)сульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение Р-1).
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 2 из 2,2,2-трифтор-N-(1-(4-(сульфамоилметил)фенил)циклопропил)ацетамида и Boc-HTI-286-ОН. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 8,54 (с, 1Н), 7,78 (с, 1Н), 7,36 (д, J=7,1 Гц, 2Н), 7,31-7,23 (м, 2Н), 7,23-7,11 (м, 5Н), 6,33 (д, J=9,3 Гц, 1Н), 6,28-6,14 (м, 1Н), 5,35 (с, 1H), 4,97 (т, J=10,3 Гц, 1H), 4,84 (д, J=13,7 Гц, 1H), 4,70-4,56 (м, 1Н), 4,50 (д, =8,9 Гц, 1Н), 2,90 (с, 3Н), 2,59 (с, 3Н), 1,90 (с, 3Н), 1,82-1,72 (м, 1Н), 1,62-1,57 (м, 3Н), 1,55 (с, 3Н), 1,47 (с, 9Н), 1,45-1,34 (м, 4Н), 0,85 (д, J=6,5 Гц, 2Н), 0,82-0,67 (м, 12Н). м/з рассч. для C44H62F3N5O8S = 877,43. Обнаружено [M+Na]+ = 900,67. Rf = 0,34 (50% (2% АсОН/EtOAc)/Гекс.).
Этап 7: (S,E)-N-((4-(1-Аминоциклопропил)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение Р-2).
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 3 в МеОН/H2O из Соединения Р-1. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,62-7,48 (м, 4Н), 7,35 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,31-7,12 (м, 3Н), 6,51 (д, J=6,8 Гц, 1Н), 6,36-6,18 (м, 1Н), 5,29 (с, 1Н), 5,00-4,86 (м, 1Н), 4,67 (с, 2Н), 4,60 (д, J=9,3 Гц, 1Н), 3,07-2,73 (м, 6Н), 2,02-1,84 (м, 4Н), 1,68-1,51 (м, 6Н), 1,47 (с, 9Н), 1,45-1,38 (м, 2Н), 1,16 (с, 2Н), 0,89-0,81 (м, 1211), 0,80 (д, J=6,7 Гц, 3Н). м/з рассч. для C42H63N5O7S = 781,44. Обнаружено [М+Н]+ = 782,63.
Этап 8: (S,E)-N-((4-(1-((R)-2-((R)-2-((((9H-Флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение Р-3).
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 4 из Соединения Р-2 и Fmoc-Val-Cit-OH. м/з рассч. для C68H93N9O12S = 1259,67. Обнаружено [М+Н]+ = 1261,11, [M+Na]+ = 1283,06, [М-Вос+2Н]+ = 1160,97. Rf = 0,54 (5% МеОН/(2% AcOH/EtOAc)).
Этап 9: (S,E)-N-((4-(1-((R)-2-((R)-2-Амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)бензил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение Р-4).
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 5 из Соединения Р-3. м/з рассч. для C53H83N9O10S = 1037,60. Обнаружено [М+Н]+ = 1038,90, [М-Вос+2Н]+ = 938,78. Rf~0,1 (25% МеОН/CH2Cl2).
Этап 10: (S,E)-N-(4-(1-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение Р-5).
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 6 из Соединения Р-4 и MC-NHS. м/з рассч. для C63H94N10O13S = 1230,67. Обнаружено [М+Н]+ = 1232,11, [M+Na]+ = 1254,09, [М-Вос+2Н]+ = 1132,01. Rf = 0,44 (10% (5% АсОН/МеОН)/CH2Cl2).
Этап 11: (S,E)-N-(4-(1-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 7 из Соединения Р-5. м/з рассч. для C58H86N10O11S = 1130,62. Обнаружено [М+Н]+=1131,95, [(М+2Н)/2]2+ = 566,69.
Пример 2.24: (S,Е)-N-(4-(1-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение Q).
Этап 1: 1-Фенилциклопропанамин.
Указанное в названии соединение получали таким образом, как описано в Bertus, Р., Szymoniak, J.J. Org. Chem., 2003, 68, 7133-7136 из бензонитрила (1,0 мл, 9,7 ммоль) для получения 270 мг (21%). 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,44-7,28 (м, 4Н), 7,27-7,15 (м, 1Н), 1,18-1,06 (м, 2Н), 1,07-0,95 (м, 2Н). Rf = 0,28 (5% (5% NH4OH/MeOH)/CH2Cl2).
Этап 2: 2,2,2-Трифтор-N-(1-фенилциклопропил)ацетамид.
К перемешиваемому раствору 1-фенилциклопропанамина (270 мг, 2,03 ммоль, 1,0 экв.) в диоксане (5 мл) добавляли трифторуксусный ангидрид (0,310 мл, 2,23 ммоль, 1,1 экв.). Спустя 5 мин., ТСХ показывала полное превращение исходного материала. Смесь концентрировали, затем совместно выпаривали один раз с помощью CH2Cl2 и один раз с толуолом для получения указанного в названии соединения (453 мг, 97%) как хлопьевидного белого порошка. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,47-7,15 (м, 5Н), 6,88 (с, 1H), 1,65 (с, 4Н). м/з рассч. для C11H10F3NO = 229,07. Обнаружено [М+Н]+ = 230,14. Rf = 0,82 (5% (5% NH4OH/MeOH)/CH2Cl2).
Этап 3: 2,2,2-Трифтор-N-(1-(4-сульфамоилфенил)циклопропил)ацетамид.
К перемешиваемой хлорсульфоновой кислоте (0,78 мл, 11,8 ммоль, 6,0 экв.) при 0°С порционно добавляли твердый 2,2,2-трифтор-N-(1-фенилциклопропил)ацетамид (450 мг, 1,96 ммоль, 1,0 экв.), поддерживая низкую температуру. После завершения добавления, смесь нагревали до 50°С. Спустя 1 минуту, выделение газа прекратилось, а реакционной смеси давали остыть. Смесь медленно добавляли в стакан льда, помня о разбрызгивания. Твердое вещество, которое оставляли во льду, отфильтровывали. Это твердое вещество высушивали in vacuo и затем переносили в ТГФ (4 мл). Добавляли концентрированный NH4OH (0,44 мл, 7,85 ммоль, 4,0 экв.), превращая раствор в зелено-черный. Спустя 2 мин., ТСХ показывала полный расход интермедиата сульфонилхлорида. 2 М HCl добавляли до тех пор, пока цвет не исчез, затем смесь экстрагировали трижды с помощью EtOAc, промывали один раз насыщенным NaHCO3, один раз насыщенным раствором соли, высушивали над сульфатом натрия и концентрировали до хлопьевидного белого твердого вещества. Неочищенный материал очищали с помощью флэш-хроматографии для получения указанного в названии соединения (235 мг, 39%) в виде белого твердого вещества. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 10,28 (с, 1Н), 7,76 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 7,32 (д, J=8,1 Гц, 2Н), 7,31 (с, 2Н), 1,42-1,35 (м, 2Н), 1,35-1,27 (м, 2Н). м/з рассч. для C11H11F3N2O3S = 308,04. Обнаружено [М+Н]+ = 309,07. Rf = 0,27 (50% EtOAc/Гекс.).
Этап 4: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-2,5-диметил-6-оксо-6-(4-(1-(2,2,2-трифторацетамидо)циклопропил)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 2 из 2,2,2-трифтор-N-(1-(4-сульфамоилфенил)циклопропил)ацетамида и Boc-HTI-286-OH. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 8,51 (с, 1Н), 8,08 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 7,42-7,32 (м, 2Н), 7,32-7,23 (м, 2Н), 7,23-7,10 (м, 3Н), 6,46 (д, J=9,0 Гц, 1H), 6,17-6,08 (м, 1H), 5,29 (с, 1Н), 4,97-4,76 (м, 1Н), 4,56 (д, J=8,8 Гц, 1Н), 2,90 (д, J=10,4 Гц, 6Н), 2,01-1,79 (м, 4Н), 1,62 (с, 3Н), 1,53 (с, 3Н), 1,49 (с, 4Н), 1,46 (с, 9Н), 0,86 (т, J=6,9 Гц, 3Н), 0,81 (д, =6,8 Гц, 3Н), 0,77 (с, 9Н). м/з рассч. для C43H60F3N5O8S = 863,41. Обнаружено [М+Н]+ = 864,56, [M+Na]+ = 886,52, [М-Вос+2Н]+ = 764,44. Rf=0,34 (50% (2% АсОН/EtOAc)/Гекс.).
Этап 5: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-(1-аминоциклопропил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 3 в диоксанах из Соединения трет-бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-2,5-диметил-6-оксо-6-(4-(1-(2,2,2-трифторацетамидо)циклопропил)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,97 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 7,52 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 7,51-7,43 (м, 2Н), 7,32 (т, J=7,5 Гц, 2Н), 7,20 (т, J=8,4 Гц, 1H), 6,55 (д, J=9,0 Гц, 1H), 5,17 (с, 1H), 5,03-4,94 (м, 1H), 4,70 (д, J=9,0 Гц, 1Н), 2,94 (с, 3Н), 2,88 (с, 3Н), 1,94-1,89 (м, 1Н), 1,80 (с, 3Н), 1,53 (с, 3Н), 1,51 (с, 3Н), 1,43 (с, 9Н), 1,40-1,37 (м, 2Н), 1,36-1,32 (м, 2Н), 0,87 (д, J=6,0 Гц, 12Н), 0,82-0,76 (м, 3Н). м/з рассч. для C41H61N5O7S = 767,43. Обнаружено [М+Н]+ = 768,51 [М-Вос+2Н]+ = 668,38. Rf = 0,32 (10% EtOAc/Гекс.).
Этап 6: трет-Бутил((S)-1-(((S)-1-(((S,E)-6-(4-(1-((R)-2-((R)-2-((((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбонил)амино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил)(метил)карбамат (Соединение Q-1).
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 4 из трет-бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-(1-аминоциклопропил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата и Fmoc-Val-Cit-OH. м/з рассч. для C67H91N9O12S = 1245,65. Обнаружено [М+Н]+ = 1246,89, [M+Na]+ = 1268,88, [М-Вос+2Н]+ = 1146,82. Rf = 0,52 (5% МеОН/(2% АсОН/EtOAc)).
Этап 7: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-(1-((R)-2-((R)-2-амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат (Соединение Q-2).
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 5 из Соединения Q-1. м/з рассч. для C52H81N9O10S = 1023,58. Обнаружено [М+Н]+ = 1024,72, [М-Вос+2Н]+ = 924,66.
Этап 8: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-(1-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 6 из трет-бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-(1-((R)-2-((R)-2-амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата и MC-NHS. м/з рассч. для C62H92N10O13S = 1216,66. Обнаружено [М+Н]+=1217,89, [M+Na]+ = 1239,94, [М-Вос+2Н]+ = 1117,82. Rf = 0,39 (10% (5% AcOH/MeOH)/CH2C12).
Этап 9: (S,E)-N-(4-(1-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 7 из соединения трет-бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-6-(4-(1-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата. м/з рассч. для C57H84N10O11S = 1116,60. Обнаружено [М+Н]+ = 1117,77, [(М+2Н)/2]2+ = 559,56.
Пример 2.25: 2,5-Диоксопирролидин-1-ил 6-((R)-1-((R)-1-(4-(N-((S,E)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)фениламино)-1-оксо-5-уреидопентан-2-иламино)-3-метил-1-оксобутан-2-иламино)-6-оксогексаноат (Соединение KK).
Этап 1: 2,2,2-Трифтор-N-(4-сульфамоилфенил)ацетамид.
Указанное в названии соединение синтезировали из коммерчески доступного сульфаниламида и TFAA с применением Общей процедуры 1.
Этап 2: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-2,5-диметил-6-оксо-6-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамат.
Указанное в названии соединение синтезировали из Boc-HTI-286-OH и 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоилфенил)ацетамида в соответствии с Общей процедурой 2. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,14-8,03 (м, 2Н), 7,98-7,83 (м, 3Н), 7,47 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,32 (д, J=7,6, 2Н), 7,20 (к, J=7,4, 6,2 Гц, 2Н), 6,44 (д, J=9,1 Гц, 1Н), 5,16 (с, 1Н), 4,68 (д, J=9,0 Гц, 1Н), 3,08-2,95 (м, 3Н), 2,87 (д, J=6,4 Гц, 3Н), 2,01 (м, 6Н), 1,80 (д, J=11,7 Гц, 3Н), 1,62 (д, J=6,4 Гц, 1H), 1,52-1,36 (м, 14Н), 1,26 (м, 1H), 0,98-0,72 (м, 15Н). C40H56F3N5O8S рассч. [М+Н]+ 824,38; обнаружено [M+Na]+ 846,43; [М+Н]+ 824,40; [М-Вос+Н]+ 724,34. МС обнаружила; 846,43 [M+Na]+; 824,40 [М+Н]+; 724,34 [М-Вос+Н]+.
Этап 3: трет-Бутил((S)-1-(((S)-1-(((S,E)-6-(4-((R)-2-((R)-2-((трет-бутоксикарбонил)амино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил)(метил)карбамат.
Указанное в названии соединение синтезировали из трет-бутил(S)-1-((S)-1-(((S,E)-2,5-диметил-6-оксо-6-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил(метил)карбамата с помощью первого высвобождения анилина из трифторацетанилида в соответствии с Общей процедурой 4, с последующим сочетанием с Boc-Val-Cit-OH (синтезировали в соответствии с US 2010/0233190) в соответствии с Общей процедурой 5. С небольшого образца удаляли защитную группу в соответствии с Общей процедурой 9 для разрешения ротамеров и облегчения анализа ЯМР. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,00 (д, J=8,9 Гц, 2Н), 7,83 (д, J=8,9 Гц, 2Н), 7,55 (д, J=7,8 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,2 Гц, 1H), 6,51-6,44 (м, 1Н), 5,05-4,97 (м, 1H), 4,64 (дд, J=9,3, 4,7 Гц, 1Н), 4,35 (с, 1Н), 3,77-3,70 (м, 1H), 3,30-3,20 (м, 1Н), 3,21-3,08 (м, 4Н), 2,51 (с, 3Н), 2,30-2,20 (м, 1H), 2,13-1,99 (м, 1Н), 1,99-1,71 (м, 4Н), 1,72-1,54 (м, 2Н), 1,47 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,16-0,99 (м, 15Н), 0,91 (т, J=6,2 Гц, 6Н). C54H85N9O12S рассч. [М+Н]+ 1083,60; обнаружено [M+Na]+ 1106,8.
Этап 4: 2,5-Диоксопирролидин-1-ил 6-((R)-1-((R)-1-(4-(N-((S,E)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)фениламино)-1-оксо-5-уреидопентан-2-иламино)-3-метил-1-оксобутан-2-иламино)-6-оксогексаноат.
К раствору трет-бутил((S)-1-(((S)-1-(((S,E)-6-(4-((R)-2-((R)-2-((трет-бутоксикарбонил)амино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксо-3-фенилбутан-2-ил)(метил)карбамата (0,05 г, 0,046 ммоль) в дихлорметане (2 мл) добавляли трифторуксусную кислоту (1 мл). Реакционную смесь контролировали с помощью ВЭЖХ-МС и после завершения выпаривали при пониженном давлении и дважды концентрировали из толуола для удаления избытка TFA. Получаемую остаток растворяли в N,N-диметилформамиде (2 мл). Раствор перемешивали, охлаждали до 0°С и добавляли диизопропилэтиламин (0,008 мл, 1 экв.) и бис-N-гидроксисукцинимидиладипат (полученный в соответствии с Mishra et al., Molecular Pharmaceutics, 10, (10), 3903-3912, 2013, 0,062 г, 4 экв.). Реакционную смесь оставляли перемешиваться в течение ночи, в то время как ВЭЖХ-МС показала, что исходный пептид был преобразован в новый продукт. Реакционную смесь концентрировали при пониженном давлении, растворяли в ацетоне и получаемый раствор очищали с помощью преп. ВЭЖХ для получения указанного в названии соединения (0,0145 г) в виде белого порошка после лиофилизации. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6 с обменом D2O) δ 8,68 (д, J=8,1 Гц, 1Н), 7,92-7,83 (м, 2Н), 7,80 (д, J=8,8 Гц, 2Н), 7,47 (д, J=7,8 Гц, 2Н), 7,41 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,31 (дд, J=8,3, 6,1 Гц, 1Н), 6,49 (д, J=9,1 Гц, 1H), 4,86 (т, J=9,9 Гц, 1Н), 4,75 (д, J=8,1 Гц, 1Н), 4,37 (д, J=7,3 Гц, 2Н), 4,17 (д, J=6,9 Гц, 1Н), 3,10-2,87 (м, 5Н), 2,80 (с, 4Н), 2,71-2,60 (м, 2Н), 2,37-2,11 (м, 5Н), 2,01-1,92 (м, 2Н), 1,69 (с, 3Н), 1,64-1,58 (м, 5Н), 1,36 (с, 5Н), 1,22 (с, 3Н), 0,95 (с, 9Н), 0,81 (м, 12Н). C54H80N10O13S рассч. м/з = 1108,56 обнаружено [M+H]+ = 1109,54.
Пример 3: Получение T-L1-P1.
Пример 3.1: Общая процедура 8 - Установление трифторацетамида.
К перемешиваемой суспензии амина в 1,4-диоксане добавляли трифторуксусный ангидрид (1,1 эквивалента). Реакционную смесь переносили из суспензии в раствор и обратно в суспензию снова. Протекание реакции контролировали с помощью ТСХ и/или ВЭЖХ-МС в случае завершения. После того, как исходный материал был полностью израсходован, реакционную смесь разбавляли гексанами или диэтиловым эфиром, фильтровали на воронке Бюхнера и высушивали полученные твердые вещества при пониженном давлении с получением чистого трифторацетамида.
Пример 3.2: Общая процедура 9 - Образование N-ацилсульфонамида, медиированное DCC/ДМАП.
К перемешиваемому раствору кислоты в дихлорметане добавляли раствор сульфонамида (1,3 эквивалентов, в дихлорметане, N,N-диметилформамиде или их смесь, при необходимости). Добавляли дициклогексилкарбодиимид (1,2 эквивалентов) и после этого N,N-диметиламинопиридин (1,2 эквивалентов). Протекание реакции контролировали с помощью ВЭЖХ-МС (обычно 16 ч.) и избыток побочных продуктов может быть осаждена с помощью добавления диэтилового эфира. Твердые вещества удаляли с помощью фильтрации и промывали с помощью 1:1 диэтилового эфира/дихлорметана. Объединенные органические слои концентрировали и очищали остаток с помощью хроматографии на силикагеле или, необязательно, преп. ВЭЖХ для получения желаемого N-ацилсульфонамида.
Пример 3.3: Общая процедура 10 - Общее омыление.
К раствору трифторацетамида или сложного эфира, содержащему конструкцию в 1,4-диоксане или метаноле, добавляли гидроксид лития (10 эквивалентов) и воду (10% об./об.). Реакционную смесь оставляли перемешиваться при комнатной температуре или необязательно нагревали до 50°С. Протекание реакции контролировали с помощью ВЭЖХ-МС. После завершения, летучие вещества удаляли при пониженном давлении, доводили pH водного слоя, при необходимости, и промывали последовательно дихлорметаном или этилацетатом. Органические фазы объединяли, высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали. Реакционный продукт либо применяли "как есть", либо очищали с помощью хроматографии на силикагеле при необходимости.
Пример 3.4: Общая процедура 11 - Медиированное HATU образование пептидной связи.
К перемешиваемому раствору карбоновой кислоты в минимальном количестве дихлорметана или N,N-диметилформамида или их смеси, при 0°С добавляли HATU (эквивалентов) и N,N-диизопропилэтиламин (4 эквивалентов). Перемешивание продолжали в течение короткого индуктивного периода (5-20 минут), в течение которого в реакционную смесь загружали раствор амина в дихлорметане. Реакционную смесь давали возможность нагреться до комнатной температуры и контролировали ее прохождение с помощью ВЭЖХ-МС. После завершения, летучие вещества удаляли при пониженном давлении и остаточный материал очищали с помощью хроматографии на силикагеле или обращенно-фазовой ВЭЖХ чтобы предоставить амид с достаточной чистотой.
Пример 3.5: Общая процедура 12 - Удаление группы Boc.
К раствору защищенной группой Boc конструкции в дихлорметане добавляли 10% об./об. трифторуксусной кислоты. Протекание реакции контролировали с помощью ВЭЖХ-МС. После завершения, все летучие вещества удаляли при пониженном давлении. Остаточный материал очищали либо с помощью обращенно-фазовой ВЭЖХ, хроматографии на силикагеле, либо осаждением из смеси холодного метанола/дихлорметана/диэтилового эфира.
Пример 3.6: Общая процедура 13 - Катализированное Pd перекрестное сочетание Suzuki.
Суспензию арилбромида, арил (или алкенил) бороновой кислоты (1,5 экв.), Pd(OAc)2 (10 мол. %), 2-(ди-трет-бутилфосфино)бифенила (20 мол. %) и K3PO4 (3 экв.) в ТГФ перемешивали под N2 при температуре окружающей среды в течение 16 ч. (или 50°С в течение 2 ч.). Получаемую коричневую реакционную смесь разбавляли эфиром и промывали с помощью 1 М NaOH (3×). Водные сливы объединяли и экстрагировали эфиром (2×). Органические фазы объединяли, высушивали над MgSO4, отфильтровывали, концентрировали in vacuo и очищали посредством колоночной хроматографии на силикагеле (элюировали смесями МеОН/CH2Cl2) для получения продукта перекрестного сочетания.
Пример 3.7: Общая процедура 14 - Катализированное Cu перекрестное сочетание Ullman (установление метокси).
Смесь арилбромида, CuBr (20 мол. %), NaOMe (20 экв., 4,9 М в МеОН) и EtOAc (1,5 экв.) перемешивали под N2 при 95°С в течение 16 ч. Получаемую смесь разбавляли с помощью Н2О и выливали в холодную (0°С) перемешиваемую 1 М лимонную кислоту. После перемешивания в течение 10 мин., смесь экстрагировали с помощью EtOAc (4×). Органические фазы объединяли, промывали с помощью H2O (2×) и солевого раствора (1×), высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали in vacuo. Продукт применяли на следующем этапе без дополнительной очистки.
Пример 3.8: Общая процедура 15 - Синтез винилогических сложных аминоэфиров.
Процедура в случае синтеза амида Weinreb, восстановления и его последующего олефинирования, как описано у Nieman J.A. et al. J. Nat. Prod. 2003, 66, 183-199, применяли для желаемых коммерчески доступных аминокислот без каких-либо модификаций.
Пример 3.9: Общая процедура 16 - Создание Вос-трет-лейцин-(Ме)-винилогической аминокислоты.
С винилогических сложных аминоэфиров снимали защитные группы и сочетали с Вос-трет-лейцином, в соответствии с процедурами, описанными у Nieman J.A. et al. J. Nat. Prod. 2003, 66, 183-199, без каких-либо модификаций.
Пример 3.10: Общая процедура 17 - Образование сульфонамида из алкилгалогенида.
К суспензии желаемого алкилгалогенида в 2:1 Н2О/EtOH добавляли сульфит натрия (1,2 экв.). Получаемую смесь нагревали с обратным холодильником в течение 6-24 ч. Реакционную смесь затем охлаждали до комнатной температуры, растворители удаляли при пониженном давлении для удаления этанола и осаждали продукт. Алкилсульфонат натрия отфильтровывали, собирали и высушивали in vacuo. Эти твердые вещества затем суспендировали в дихлорметане и добавляли при перемешивании пентахлорид фосфора (2 экв.). Получаемую суспензию нагревали с обратным холодильником в течение 2 ч. и оставляли охлаждаться до комнатной температуры. Реакционные смеси затем охлаждали 0°С и добавляли по каплям воду, чтобы израсходовать избыток пентахлорида фосфора. Смесь переносили в разделительную воронку и промывали органическую фазу раствором соли, высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали для получения желаемого сульфонилхлорида. Таким образом, полученный хлорид после этого растворяли в ТГФ и добавляли по каплям к перемешиваемому водному раствору концентрированного гидроксида аммония при 0°С. После завершения добавления, реакционную смесь концентрировали при пониженном давлении и разбавляли водой и этилацетатом. Органическую фазу промывали раствором соли, высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали для получения желаемого сульфонамида с достаточной для дальнейшего применения чистотой.
Пример 3.11: Общая процедура 18 - Образование сульфонамида из замещенных арильных соединений.
К перемешиваемой смеси желаемого арилзамещенного соединения в хлороформе добавляли хлорсульфоновую кислоту (4 экв.). Реакционную смесь нагревали до 70°С в течение 1 ч. и оставляли охлаждаться до комнатной температуры. Добавляли тионилхлорид (2 экв.) и реакционную смесь снова нагревали до 70°С в течение 1 часа. Содержимое реакционного сосуда концентрировали при пониженном давлении для получения масла, которое после этого дважды растворяли в толуоле и концентрировали при пониженном давлении для удаления остаточной кислоты. Оставшийся материал растворяли в ТГФ и добавляли по каплям к концентрированному, перемешиваемому раствору гидроксида аммония при 0°С. После того, как добавление было завершено, реакционную смесь концентрировали при пониженном давлении и разделяли остаток между этилацетатом и водой. Органическую фазу промывали раствором соли, высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали для получения желаемого фенилсульфонамида с достаточной для дальнейшего применения чистотой.
Пример 3.12: Общая процедура 19 - Образование сульфамамида.
Процедуры, применяемые для получения желаемых сульфаниламидов, были адаптированы из Winum, J.-Y. et al., Org Lett, 2001, 3(14), 2241-2243
Пример 3.13: Общая процедура 20 - Получение MC-VC-PABC-токсинов (L1-P1)
Соответствующий интермедиат амин или анилин переносили в DMF (~90 мг/мл) и к нему добавляли гидрат 1-гидроксибензотриазола (0,3 экв.), затем коммерчески полученный MC-VC-PABC-PNP (4-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил 4-нитрофенилкарбонат) (1,3 экв.) таким образом, как описано в Firestone, et al. Добавляли US 6214345, а затем пиридин (25 экв.). Реакционную смесь покрывали для защиты от света и перемешивали при температуре окружающей среды в течение 24-48 ч. Реакционная смесь могла быть очищена с помощью концентрирования смеси и осуществления флэш-хроматографии непосредственно по отношению к неочищенной смеси или, альтернативно, ее могли разбавлять с помощью ДМСО до соответствующего объема и вводили непосредственно в препаративную ВЭЖХ для получения чистой конструкции MC-VC-PABC-R.
Все сульфонамиды и сульфамамиды или прекурсоры материалов, применяемых в следующих процедурах, приобретали коммерчески и изменяли, при необходимости, таким образом, чтобы они были подходящими для применения. В частности, Общие процедуры 8, 17, 18 и 19 применяли для изменения коммерчески доступных исходных материалов, если ниже не указано иное. Сульфамидные аналоги N-ацилсульфонамида, содержащие соединения, описанные в данном документе, могут быть синтезированы специалистом в данной области техники с удовлетворительными знаниями на основе идей, описанных в данном документе, и знания в данной области и включены в объем изобретения.
Пример 3.14: 3-Бромпропан-1-сульфонамид.
К перемешиваемой дисперсии бромида калия (1,904 г) в воде (2,8 мл) добавляли 1,3-пропансультон. Реакционную смесь нагревали до 60°С при перемешивании в течение 1 часа и оставляли охлаждаться до комнатной температуры. Этанол (~45 мл) добавляли при перемешивании и образовывался осадок. Суспензию отфильтровывали на воронке Бюхнера и собирали и высушивали твердые вещества при высоком вакууме в течение ночи для получения 3-бромпропана-1-сульфоната калия (2,90 г, 12,0 ммоль) в виде белого твердого вещества. Вышеуказанное твердое вещество добавляли в круглодонную колбу, оборудованную мешалкой. Добавляли пентахлорид фосфора (3,22 г, 1,3 экв.) в виде одной порции и осторожно встряхивали колбу, чтобы смешать твердые частицы. Наблюдалось образование газа и твердые частицы становились слегка расплавленными. К смеси добавляли одну каплю воды и наблюдали бурное выделение газа, с более значительным плавлением реакционной смеси. Колбу погружали в масляную баню при температуре 70°С и изменяли расплавленную смесь, чтобы попытаться сделать ее как можно более равномерной. Спустя 10 минут нагревания, колбу оставляли охлаждаться до комнатной температуры, загружали лед (~60 мл) и диэтиловый эфир (~80 мл) и энергично перемешивали. Двухфазную смесь переносили в разделительную воронку, органический слой промывали раствором соли, затем высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали до общего объема ~25 мл. Эфирный слой добавляли в 100 мл круглодонную колбу, добавляли мешалка и охлаждали колбу до 0°С в ледяной бане. Добавляли аммиак (NH4OH, 28% водн., 5 мл) при интенсивном перемешивании и образовывалась эмульсия. После того, как эмульсия отстаивалась, добавляли раствор соли (~20 мл) и диэтиловый эфир (~20 мл), а смесь переносили в разделительную воронку. Органическую фазу разделяли, высушивали над MgSO4 и концентрировали для получения указанного в названии соединения в виде густого сиропа, который затвердевал при выдерживании (0,782 г). 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ (ч./млн.) = 2,24 (п, 2Н, J=6,5 Гц), 3,12 (т, 2Н, J=6,5 Гц), 3,66 (т, 2Н, J=6,5 Гц), 6,91 (с, 2Н).
Пример 3.15: 3-(Тритилтио)пропан-1-сульфонамид.
К перемешиваемому раствору трифенилметантиола (0,276 г) в N,N-диметилформамиде при 0°С добавляли гидрид натрия (0,04 г, 1 экв.). После того, как бурное выделение пузырьков газа прекращалось, добавляли 3-бромпропан-1-сульфонамид (0,100 г, 0,5 экв.) в виде твердого вещества одной порцией и реакционной смеси давали возможность нагреться до комнатной температуры. Протекание реакции контролировали с помощью ВЭЖХ-МС и ТСХ (40% EtOAc в гексанах). Спустя 2 ч., реакцию гасили водой (~0,5 мл) и концентрировали на роторном испарителе при высоком вакууме. Получаемое масло разделяли между этилацетатом и раствором соли, переносили в разделительную воронку и промывали органическую фазу раствором соли, высушивали над MgSO4, концентрировали и очищали с помощью флэш-хроматографии (5-50% EtOAc в гексанах) для получения указанного в названии соединения (0,135 г) в виде белого кристаллического твердого вещества. 1Н ЯМР (400 МГц, CD3OD) δ (ч./млн.) = 1,77-1,85 (м, 2Н), 2,35 (т, 2Н, J=6,5 Гц), 2,95-2,99 (т, 2Н, J=6,5 Гц), 7,22-7,33 (м, 9Н), 7,40-7,45 (м, 6Н).
Пример 3.16: (6S,9S,12S,E)-9-трет-Бутил-12-изопропил-2,2,5,11,14-пентаметил-4,7,10-триоксо-6-(2-фенилпропан-2-ил)-3-окса-5,8,11-триазапентадец-13-ен-15-овая кислота.
Синтезировали в соответствии с Nieman J.A. et al. J. Nat. Prod. 2003, 66, 183-199.
Пример 3.17 (S,Е)-N-(3-Меркаптопропилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение А).
Пример 3.17 синтезировали из Примеров 3.15 и 3.16 в соответствии с Общими процедурами 9 и 12 с включением триизопропилсилана (2 экв.) в Процедуру 14. 1Н ЯМР (400 МГц, CD3OD) δ (ч./млн.) = 0,88 (3Н, д, J=6,2 Гц), 0,94 (3Н, д, J=6,2 Гц), 1,08 (с, 9Н), 1,40 (с, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,94 (д, 3Н, J=1,29 Гц), 2,03-2,16 (м, 3Н), 2,41 (с, 3Н), 2,67 (т, 2Н, J=9,76 Гц), 3,16 (с, 3Н), 3,46-3,50 (м, 2Н), 4,08 (уш с, 1H), 4,94 (с, 1Н), 5,07 (т, 1Н, J=10,0 Гц), 6,59 (д, 1H, J=9,5 Гц), 7,32-7,37 (м, 1Н), 7,41-7,48 (м, 2Н), 7,50-7,57 (м, 2Н).
Способы, описанные выше, применяли для получения следующих аналогичных соединений.
Пример 3.18: 2,2'-Дисульфандиилдиэтансульфонамид.
Синтезировали таким образом, как описано у Lemaire, Н. и Rieger, М в J. Org. Chem., 1961, 1330-1331.
Пример 3.19 (S,E)-N-(2-Меркаптоэтилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение В).
К раствору (6S,9S,12S,E)-9-трет-бутил-12-изопропил-2,2,5,11,14-пентаметил-4,7,10-триоксо-6-(2-фенилпропан-2-ил)-3-окса-5,8,11-триазапентадец-13-ен-15-овой кислоты (0,138 г, 2,4 экв.) в дихлорметане (4 мл) добавляли 2,2'-дисульфандиилдиэтансульфонамид (0,028 г), диизопропилкарбодиимид (0,044 мл, 2,4 экв.) и N,N-диметилпиридин (0,034 г, 2,8 экв.). Перемешивание продолжали в течение 16 ч., после чего анализ с помощью ТСХ (5% МеОН (с 5% АсОН) в 70/30 CH2Cl2/гексаны) показывал полное израсходование дисульфандисульфонамида. Реакционную смесь разбавляли гексанами (~5 мл), отфильтровывали для удаления твердых веществ, концентрировали и очищали получаемое масло с помощью флэш-хроматографии. Хроматографически очищенные материалы затем растворяли в дихлорметане (3 мл), добавляли мешалку, а затем трифторуксусную кислоту (0,60 мл) и триизопропилсилан (0,20 мл). Смесь тотчас же становилась желтой, с обесцвечиванием за 5 минут, а превращение материала в желаемый продукт контролировали с помощью ВЭЖХ-МС. После полного превращения, реакционную смесь концентрировали досуха и очищали остаток с помощью флэш-хроматографии (0-15% МеОН (содержащего 5% АсОН) в 80/20 CH2Cl2/гексаны). ВЭЖХ-МС показала, что этот изолят представляет собой смесь свободного тиола и дисульфида. 1Н ЯМР (400 МГц, CD3OD) δ (ч./млн.) = 0,88 (3Н, д, J=6,2 Гц), 0,93 (3Н, д, J=6,2 Гц), 1,07 (с, 9Н), 1,40 (с, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,91-2,05 (м, 5Н), 2,32 (с, 3Н), 2,67 (т, 2Н, J=9,76 Гц), 3,07-3,18 (м, 5Н), 3,52-3,59 (м, 2Н), 3,85 (с, 1Н), НН 4,08 (уш с, 1Н), 4,93 (с, 1Н), 5,09 (т, 1Н, J=10,0 Гц), 6,76 (д, 1H, J=9,5 Гц), 7,29-7,35 (м, 1Н), 7,39-7,46 (м, 2Н), 7,49-7,55 (м, 2Н). C29H48N4O5S2 рассч. [М+Н]+ = 598,15 а.е.м.; обнаружено м/з = 598,16.
Пример 3.20: 4-(Тритилтиометил)бензолсульфонамид.
К перемешиваемому раствору трифенилметантиола (0,276 г, 2 экв.) в N,N-диметилформамиде (3 мл) при 0°С добавляли гидрид натрия (60% об./об. дисперсия в минеральном масле, 0,04 г, 2 экв.). Когда бурное выделение пузырьков газа прекращалось, добавляли 4-(бромметил)бензолсульфонамид (0,125 г, 1 экв.) в виде одной порции, а реакционной смеси давали возможность нагреться до комнатной температуры. ВЭЖХ-МС через 20 минут показывала, что превращение завершилось. Реакционную смесь гасили уксусной кислотой (~0,2 мл), концентрировали досуха in vacuo, а далее остаток разделяли между этилацетатом и раствором соли. Органический слой разделяли, высушивали над MgSO4, отфильтровывали, концентрировали и очищали с помощью флэш-хроматографии (0-50% этилацетата в гексанах). Фракции, содержащие желаемый материал, концентрировали досуха, чтобы предоставить желаемое соединение в виде бесцветного твердого вещества (0,200 г). 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ ч./млн. 3.38 (с, 2Н), 7.24-7.35 (м, 7Н), 7.36-7.44 (м, 12Н), 7.67-7.73 (м, 2Н).
Пример 3.21 (S,E)-N-(4-(Меркаптометил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение С).
Указанное в названии соединение получали из Примеров 3.16 и 3.20 в соответствии с Общими процедурами 9 и 12 1Н ЯМР (400 МГц, CD3OD) δ (ч./млн.) = 0,88 (д, 3Н, J=6,2 Гц), 0,91 (д, 3Н, J=6,2 Гц), 1,06 (с, 9Н), 1,38 (с, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,86 (с, 3Н), 1,99-2,05 (м, 1H), 2,41 (с, 3Н), 2,67 (т, 2Н, J=9,76 Гц), 3,14 (с, 3Н), 3,80 (с, 2Н), НН 4,10 (уш с, 1Н), 4,93 (с, 1Н), 5,00 (т, 1H, J=10,0 Гц), 6,54 (д, 1Н, J=9,5 Гц), 7,30-7,51 (м, 5Н), 7,52-7,58 (м, 2Н), 7,90-7,97 (м, 2Н). C34H50N4O5S2 рассч. [М+Н]+ = 659,25 а.е.м.; обнаружено м/з = 659,37.
Пример 3.22 (S,E)-2,5-Диметил-N-тозил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение D).
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и тозилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, CD3OD) δ (ч./млн.) = 0,88-0,94 (м, 6Н), 1,06 (с, 9Н), 1,35 (с, 3Н), 1,45 (с, 3Н), 1,86 (с, 3Н), 2,02-2,11 (м, 1Н), 2,44 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 3,17 (с, 3Н), НН 4,35 (с, 1Н), 4,89-4,99 (м, 2Н), 6,48 (д, 1Н, J=9,5 Гц), 7,30-7,43 (м, 4Н), 7,43-7,50 (м, 2Н), 7,51-7,57 (м, 2Н). C34H50N4O5S рассч. [М+Н]+ = 627,15 а.е.м.; обнаружено м/з = 621,31.
Пример 3.23 (S,E)-2,5-Диметил-N-(метилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение Е).
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и метансульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, CD3OD) δ (ч./млн.) = 0,87-0,98 (м, 6Н), 1,09 (с, 9Н), 1,40 (с, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,97 (с, 3Н), 2,03-2,13 (м, 1Н), 2,52 (с, 3Н), 2,67 (т, 2H, J=9,76 Гц), 3,18 (с, 3Н),3,31 (с, 3Н), 4,38 (с, 1Н), 4,94 (д, 1Н, J=8,2 Гц), 5,07 (т, 1Н, J=10,0 Гц), 6,54 (д, 1Н, J=9,5 Гц), 7,30-7,40 (м, 1Н), 7,40-7,51 (м, 2Н), 7,51-7,59 (м, 2Н). C28H46N4O5S рассч. [М+Н]+ = 551,30 а.е.м.; обнаружено м/з = 551,34.
Пример 3.24 (S,E)-2,5-Диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еновая кислота (Соединение F).
Указанное в названии соединение синтезировали с применением таким способов, как описано у Nieman et al. в J. Nat. Prod. 2003, 66, 183-199.
Пример 3.25: (S,E)-N-(Мезитилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и мезитилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,60-7,55 (м, 2Н), 7,47 (м, 2Н), 7,37 (м, 1Н), 7,03 (с, 2Н), 6,50 (д, J=6 Гц, 1H), 5,06-4,91 (м, 3Н), 4,34 (с, 1H), 3,17 (с, 3Н), 2,68 (с, 6Н), 2,51 (с, 3Н), 2,31 (с, 3Н), 2,07 (м, 6,6 Гц, 2Н), 1,87 (с, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,09-1,04 (м, J=16,8 Гц, 10Н), 0,92 (т, J=6,3 Гц, 6Н). C36H54N4O5S рассч. м/з = 654,38 обнаружено [М+Н]+ = 655,03.
Пример 3.26: (S,E)-2,5-Диметил-N-(4-(трифторметокси)фенилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-трифторметоксифенилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,16 (дд, J=8,7, 1,4 Гц, 1Н), 7,69-7,28 (м, 4Н), 6,52 (д, J=9,2 Гц, 1H), 5,02-4,95 (м, 1Н), 4,92 (с, 0Н), 4,35 (с, 1Н), 3,17 (с, 1H), 2,51 (с, 1H), 2,05 (ддд, J=15,9, 10,9, 3,7 Гц, 1H), 1,87 (с, 1Н), 1,47 (с, 1Н), 1,36 (с, 1H), 1,07 (с, 4Н), 0,91 (т, J=6,1 Гц, 3Н). C34H47F3N4O6S рассч. м/з = 696,32 обнаружено [М+Н]+ = 697,26.
Пример 3.27: (S,E)-N-(Бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Фигура 7, Соединение 14).
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и бензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,56 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,3 Гц, 2Н), 7,38 (ушс, 6Н), 6,39 (д, J=9,4 Гц, 1Н), 5,06 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,93 (с, 1Н), 4,75 (с, 2Н), 4,36 (с, 1H), 3,13 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,06-1,95 (м, 4Н), 1,48 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,90 (т, J=6,2 Гц, 6Н). C34H47F3N4O6S рассч. м/з = 626,35 обнаружено [М+Н]+ = 626,99.
Пример 3.28: (S,E)-2,5-Диметил-N-(2,4,6-триизопропилфенилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,4,6-триизопропилфенилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,61-7,53 (м, 2Н), 7,47 (т, J=7,8 Гц, 2Н), 7,41-7,33 (м, 1Н), 7,27 (с, 2Н), 6,50 (дд, J=9,6, 1,8 Гц, 1Н), 5,05 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,92 (с, 1Н), 4,43-4,26 (м, 3Н), 3,16 (с, 3Н), 2,94 (дд, J=14,3, 7,4 Гц, 1H), 2,51 (с, 3Н), 2,07-1,99 (м, 2Н), 1,90 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,48 (с, 4Н), 1,39 (с, 3Н), 1,33-1,22 (м, 18Н), 1,11 (с, 2Н), 1,06 (с, 9Н), 0,91 (т, J=6,0 Гц, 7Н). C42H66N4O5S рассч. м/з = 738,48 обнаружено [М+Н]+ = 738,10.
Пример 3.29: (S,E)-N-(4-трет-Бутилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-трет-бутилфенилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,98 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 7,64 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 7,55 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,7 Гц, 3Н), 7,37 (т, J=7,1 Гц, 1Н), 6,48 (дд, J=9,6, 1,8 Гц, 1H), 4,99 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1Н), 4,35 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,38 (с, 10Н), 1,06 (с, 9Н), 0,91 (т, J=6,2 Гц, 7Н). C42H66N4O5S рассч. м/з = 668,40 обнаружено [М+Н]+ = 669,28.
Пример 3.30: (S,E)-N-(4-Хлорфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-хлорфенилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,03 (д, J=8,7 Гц, 2Н), 7,60 (д, J=8,7 Гц, 2Н), 7,57-7,51 (м, 2Н), 7,47 (дд, J=8,6, 6,9 Гц, 2Н), 7,42-7,32 (м, 1Н), 6,50 (дд, J=9,2, 1,7 Гц, 1Н), 4,96 (дд, J=10,9, 9,1 Гц, 2Н), 4,92 (с, 1Н), 4,35 (с, 1Н), 3,17 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,14-2,03 (м, 1Н), 2,01 (с, 1H), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,5, 4,6 Гц, 7Н). C33H47ClN4O5S рассч. м/з = 646,30 обнаружено [М+Н]+ = 647,20.
Пример 3.31: (S,E)-N-(3-Цианофенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 3-цианофенилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,38 (с, 1H), 8,31 (дт, J=8,0, 1,5 Гц, 1Н), 8,02-7,92 (м, 1Н), 7,75 (т, J=7,9 Гц, 1Н), 7,53 (д, J=1,2 Гц, 1Н), 7,48 (дд, J=8,6, 6,9 Гц, 2Н), 7,43-7,33 (м, 1H), 6,55 (дд, J=9,3, 1,7 Гц, 1Н), 4,93 (д, J=5,4 Гц, 2Н), 4,35 (с, 1Н), 3,18 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,15-1,98 (м, 2Н), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,45 (с, 3Н), 1,32 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (дд, J=6,6, 3,9 Гц, 7Н). C34H47N5O5S рассч. м/з = 637,33 обнаружено [М+Н]+ = 638,00
Пример 3.32: (S,E)-2,5-Диметил-N-(2-нитрофенилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2-нитрофенилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,36-8,27 (м, 1H), 7,82 (дд, J=5,9, 3,8 Гц, 3Н), 7,61-7,51 (м, 2Н), 7,47 (дд, J=8,6, 6,9 Гц, 2Н), 7,42-7,31 (м, 1H), 6,63 (дд, J=9,5, 1,7 Гц, 1H), 5,03 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,93 (с, 1Н), 4,36 (с, 1Н), 3,18 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,12-2,01 (м, 1Н), 1,88 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,97-0,86 (м, 6Н). C34H47N5O5S рассч. м/з = 657,32 обнаружено [М+Н]+ = 658,21.
Пример 3.33: (S,E)-N-(4-Метокси-2-нитрофенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2-нитро-4-метоксифенилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,24 (д, J=8,9 Гц, 1Н), 7,59-7,51 (м, 2Н), 7,47 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,44-7,25 (м, 4Н), 6,60 (дд, J=9,2, 1,7 Гц, 1Н), 5,03 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,93 (с, 1H), 4,36 (с, 1Н), 3,97 (с, 3Н), 3,18 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,13-2,02 (м, 1H), 1,89 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,38 (с, 3Н), 1,11 (с, 2Н), 1,06 (с, 9Н), 0,99-0,88 (м, 6Н). C34H49N5O8S рассч. м/з = 687,33 обнаружено [М+Н]+ = 689,23.
Пример 3.34: 4-(N-((S,E)-2,5-Диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)-3-нитробензамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 3-нитро-4-сульфамоилбензамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,35 (д, J=8,0 Гц, 1H), 8,22 (д, J=8,0 Гц, 2Н), 7,59-7,51 (м, 2Н), 7,47 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,70-6,57 (м, 1Н), 5,04 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,94 (с, 1Н), 4,37 (с, 1H), 3,17 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,05 (ддд, J=10,3, 7,4, 5,5 Гц, 1Н), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,38 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,92 (дд, J=14,7, 6,8 Гц, 6Н). C34H48N6O8S рассч. м/з = 700,33 обнаружено [М+Н]+ = 701,28.
Пример 3.35: (S,E)-N-(4-Метоксифенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-метоксифенилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,97 (д, J=9,0 Гц, 2Н), 7,54 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 7,46 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,36 (т, J=7,2 Гц, 1Н), 7,06 (д, J=9,0 Гц, 2Н), 6,48 (дд, J=9,3, 1,9 Гц, 1Н), 4,97 (т, J=9,9 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1H), 4,22 (с, 1H), 3,89 (с, 3Н), 3,15 (с, 3Н), 2,46 (с, 3Н), 2,10-1,99 (м, 2Н), 1,86 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,94-0,84 (м, 6Н). C34H50N4O6S рассч. м/з = 642,35 обнаружено [М+Н]+ = 643,31.
Пример 3.36: (S,E)-2,5-Диметил-N-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Фигура 7, Соединение 23).
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоилфенил)ацетамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,06 (д, J=8,9 Гц, 2Н), 7,88 (д, J=8,9 Гц, 2Н), 7,52 (д, J=7,1 Гц, 2Н), 7,49-7,40 (м, 3Н), 7,35 (дд, J=8,1, 6,1 Гц, 1Н), 6,47 (дд, J=9,2, 1,8 Гц, 1Н), 4,33 (с, 1Н), 3,15 (с, 3Н), 2,48 (с, 3Н), 2,13-1,96 (м, 2Н), 1,85 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,43 (с, 3Н), 1,33 (с, 3Н), 1,04 (с, 9Н), 0,89 (дд, J=6,8, 4,7 Гц, 6Н). C35H48F3N5O6S рассч. м/з = 723,33 обнаружено [М+Н]+ = 724,08.
Пример 3.37: (S,E)-N-(4-Аминофенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение 886).
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоилфенил)ацетамида с применением Общих процедур 2, 3 и 7 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,71 (д, J=8,8 Гц, 2Н), 7,55 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,47 (д, J=6,9 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=6,8 Гц, 1Н), 6,67 (д, J=8,8 Гц, 2Н), 6,44 (дд, J=9,2, 1,6 Гц, 1Н), 4,97 (т, J=9,7 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1Н), 4,36 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,16-2,00 (м, 1H), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (д, J=6,4 Гц, 3Н), 0,91 (д, J=6,3 Гц, 3Н). C33H49N5O5S рассч. м/з = 627,35 обнаружено [М+Н]+ = 628,35.
Пример 3.38: (S,E)-2,5-Диметил-N-(фенилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и фенилсульфонамида с применением Общих процедур 2, и 7. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,06-7,95 (м, 2Н), 7,63-7,40 (м, 8Н), 7,40-7,30 (м, 1H), 6,53 (дд, J=9,3, 1,6 Гц, 1Н), 5,05-4,95 (м, 1H), 4,22 (с, 1Н), 3,14 (с, 3Н), 2,45 (с, 3Н), 2,09-1,95 (м, 1H), 1,85 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,89 (дд, J=11,9, 6,5 Гц, 7Н). C33H48N4O5S рассч. м/з = 612,33 обнаружено [М+Н]+ = 613,06.
Пример 3.39: (S,E)-N-(N-(2-Фторбензил)сульфамоил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
2-Фторбензилсульфамамид получали из 2-фторбензиламина в соответствии с Общей процедурой 14; указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2-фторбензилсульфамамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,63-7,41 (м, 6Н), 7,41-7,26 (м, 3Н), 7,14 (тд, J=7,5, 1,2 Гц, 1Н), 7,07 (ддд, J=9,5, 8,2, 1,1 Гц, 1Н), 6,37 (дд, J=9,4, 1,7 Гц, 1H), 5,07-4,97 (м, 1Н), 4,37 (с, 1Н), 4,33 (с, 2Н), 3,15 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,10-1,97 (м, 1Н), 1,83 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,97-0,84 (м, 6Н). C34H50FN5O5S рассч. м/з = 659,35 обнаружено [М+Н]+ = 660,28.
Пример 3.40: (S,E)-2,5-Диметил-N-(пиперидин-1-илсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Пиперидин-1-сульфонамид синтезировали из пиперидина в соответствии с Общей процедурой 14; указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и пиперидин-1-сульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,55 (д, J=1,2 Гц, 1H), 7,47 (т, J=7,6 Гц, 3Н), 7,42-7,29 (м, 1H), 6,48 (дд, J=9,7,1,8 Гц, 1H), 5,05 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,39 (с, 1Н), 3,18 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,07 (д, J=10,5 Гц, 1Н), 1,96 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,61 (ддд, J=20,0, 10,3, 5,4 Гц, 9Н), 1,49 (с, 4Н), 1,39 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,99-0,84 (м, 9Н). C32H53N5O5S рассч. м/з = 619,38 обнаружено [М+Н]+ = 620,38.
Пример 3.41: (S,E)-2,5-Диметил-N-(о-толилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2-толуолсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,10 (дд, J=8,0, 1,4 Гц, 1H), 7,60-7,33 (м, 11Н), 6,52 (дд, J=9,6, 1,7 Гц, 1Н), 5,04-4,90 (м, 2Н), 4,35 (с, 1Н), 3,18 (с, 3Н), 2,67 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,15-2,03 (м, 2Н), 2,01 (с, 1H), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,35 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (т, J=6,3 Гц, 6Н). C34H50N4O5S рассч. м/з = 626,35 обнаружено [М+Н]+ = 627,05.
Пример 3.42: (S,E)-N-(4-Бромфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-бромфенилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,95 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 7,76 (д, J=8,0 Гц, 2Н), 7,55 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 7,47 (дд, J=8,6, 6,9 Гц, 2Н), 7,41-7,29 (м, 1Н), 6,51 (д, J=9,0 Гц, 1Н), 4,35 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,06 (дт, J=10,7, 6,3 Гц, 1H), 1,87 (с, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,9, 4,9 Гц, 8Н). C33H47BrN4O5S рассч. м/з = 690,25 обнаружено [М+Н]+ = 691,17, 693,18.
Пример 3.43: (S,E)-2,5-Диметил-N-(нафтален-2-илсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2-нафтилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,69-8,62 (м, 1Н), 8,47 (д, J=8,2 Гц, 1H), 8,14-7,95 (м, 5Н), 7,71 (дддд, J=18,4, 8,2, 6,9, 1,4 Гц, 2Н), 7,57-7,50 (м, 2Н), 7,46 (дд, J=8,6, 6,9 Гц, 2Н), 7,42-7,33 (м, 1Н), 6,50 (дд, J=9,3, 1,5 Гц, 1Н), 4,92-4,87 (м, 1H), 4,34 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,13-1,99 (м, 1Н), 1,85 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,44 (с, 3Н), 1,34 (с, 3Н), 1,04 (с, 9Н), 0,90 (дд, J=6,6, 4,0 Гц, 6Н). C37H50N4O5S рассч. м/з = 662,35 обнаружено [М+Н]+ = 663,32.
Пример 3.44: Метил-4-(N-((S,E)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)бензоат.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-карбоксиметилфенилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,24-8,10 (м, 4Н), 7,58-7,50 (м, 2Н), 7,47 (дд, J=8,6, 6,9 Гц, 2Н), 7,41-7,33 (м, 1Н), 6,52 (дд, J=9,2, 1,6 Гц, 1Н), 4,35 (с, 1Н), 3,97 (с, 3Н), 3,18 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,15-2,00 (м, 1Н), 1,86 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,45 (с, 3Н), 1,35 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,7, 3,8 Гц, 6Н). C35H50N4O7S рассч. м/з = 670,34 обнаружено [М+Н]+ = 671,10.
Пример 3.45: (S,E)-2,5-Диметил-N-(N-(2-(трифторметил)бензил)сульфамоил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2-трифторметилбензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1H ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,78 (д, J=7,9 Гц, 1H), 7,74-7,67 (м, 1Н), 7,64 (дд, J=8,1, 6,7 Гц, 1Н), 7,60-7,52 (м, 2Н), 7,48 (дд, J=8,5, 6,8 Гц, 4Н), 7,42-7,33 (м, 1Н), 6,48-6,40 (м, 1Н), 5,11-5,02 (м, 1H), 4,45 (с, 2Н), 4,37 (с, 1H), 3,17 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,11-1,99 (м, 2Н), 1,92 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,40 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,92 (дд, J=9,3, 6,7 Гц, 6Н). C35H50F3N5O5S рассч. м/з = 709,35 обнаружено [М+Н]+ = 710,02.
Пример 3.46: (4S,E)-N-(Гексан-2-илсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и гексан-2-сульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,56-7,48 (м, 2Н), 7,42 (т, J=7,8 Гц, 2Н), 7,31 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,58-6,50 (м, 1Н), 5,05 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,92 (с, 1H), 3,84 (с, 1Н), 3,65 (дт, J=10,8, 4,3 Гц, 1Н), 3,14 (с, 3Н), 2,32 (с, 3Н), 2,09-1,96 (м, 2Н), 1,93 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,61-1,27 (м, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,98-0,90 (м, 6Н), 0,87 (д, J=6,5 Гц, 3Н). C33H56N4O5S рассч. м/з = 620,40 обнаружено [М+Н]+ = 621,55.
Пример 3.47: (S,E)-N-(2-Метоксиэтилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2-метоксиэтансульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,56 (д, J=7,8 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,51 (д, J=9,4 Гц, 1Н), 5,07 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,95 (с, 1Н), 4,33 (с, 1Н), 3,82 (т, J=5,8 Гц, 2Н), 3,70 (к, J=5,2 Гц, 2Н), 3,18 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,18-2,00 (м, 1Н), 1,95 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,93 (дд, J=14,8, 6,6 Гц, 6Н). C30H50N4O6S рассч. м/з = 594,35 обнаружено [М+Н]+ = 595,44.
Пример 3.48: (S,E)-N-(Циклопентилметилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и циклопентилметансульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,61-7,52 (м, 2Н), 7,48 (дд, J=8,6, 6,9 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,4 Гц, 1Н), 6,54 (дд, J=9,4, 1,7 Гц, 1Н), 5,06 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,94 (с, 1Н), 4,37 (с, 1Н), 3,52 (дд, J=7,0, 5,4 Гц, 3Н), 3,18 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,35 (п, J=8,1 Гц, 1Н), 2,16-1,89 (м, 6Н), 1,77-1,53 (м, 4Н), 1,49 (с, 3Н), 1,45-1,26 (м, 5Н), 1,09 (с, 9Н), 0,93 (дд, J=11,3, 6,7 Гц, 6Н). C33H54N4O5S рассч. м/з = 618,38 обнаружено [М+Н]+ = 619,54.
Пример 3.49: (S)-Метил-2-(трет-бутоксикарбонил(метил)амино)-3-(4-цианофенил)-3-метилбутаноат.
К смеси сложного метилового эфира Примера 3.51 (0,06 г, 0,15 ммоль), трис(дибензилиденацетон)дипалладия(0) (0,014 г, 0,015 ммоль), 1,1'-бис(дифенилфосфино)ферроцена (0,02 г, 0,25 экв.), ацетата магния (0,013 г, 0,06 ммоль), цинковой пыли (0,004 г, 0,06 ммоль) и цианида цинка (0,0264 г, 0,225 ммоль) под баней азота добавляли N-диметилформамид/воду (0,8/0,08 мл). Реакционную смесь продували газообразным азотом, затем пробирку герметично закрывали и погружали в масляную баню с температурой 105°С. Реакционную смесь оставляли перемешиваться в течение ночи и оставляли охлаждаться до комнатной температуры. Анализ с помощью ВЭЖХ-МС показал хорошее превращение в желаемый продукт. Реакционную смесь концентрировали при пониженном давлении, суспендировали в CH2Cl2, а получаемую суспензию очищали с помощью хроматографии на силикагеле (15-25% EtOAc в гексанах) для получения конечного соединения в виде бесцветного масла (0,036 г, 69%). 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,69-7,35 (м, 4Н), 5,24 (с, 1Н), 3,54 (с, 3Н), 2,74 (с, 3Н), 1,51 (с, 3Н), 1,45-1,25 (м, 12Н).
Пример 3.50: (S)-Метил-2-(трет-бутоксикарбонил(метил)амино)-3-(4-((трет-бутоксикарбониламино)метил)фенил)-3-метилбутаноат.
К раствору бензонитрила (0,300 г, 0,87 ммоль) в метаноле/уксусной кислоте (10:1, 9 мл) в сосуд шейкера добавляли палладиевую чернь. В пробирку загружали газообразный азот при 60 фунт/кв. дюйм и шейкер включали на 24 ч. В это время, сосуд продували Н2 при пониженном давлении. Реакционную смесь разбавляли метанолом и отфильтровывали суспензию сквозь слой Celite®. Фильтрат концентрировали до светло-желтого масла и перерастворяли в дихлорметане (5 мл). t-Бутилбикарбонат (0,524 г, 2,0 экв.) и триэтиламин (0,846 мл, 5 экв.) добавляли к раствору при 0°С при перемешивании. Реакционную смесь оставляли перемешиваться в течение 3 ч., в то время как ВЭЖХ-МС показывала полное расходование амина. Реакционную смесь концентрировали при пониженном давлении и очищали с помощью хроматографии на силикагеле (диэтиловый эфир в гексанах, 15-30%) для получения указанного в названии соединения в виде бесцветного масла (0,232 г, 60%). 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,38 (дд, J=16,6, 8,0 Гц, 2Н), 7,23 (д, J=7,7 Гц, 2Н), 5,27 (с, 1Н), 4,31 (с, 2Н), 3,61 (с, 3Н), 2,78 (с, 3Н), 1,50-1,61 (м, 6Н), 1,47 (д, J=15,2 Гц, 18Н).
Пример 3.51: (S)-3-(4-Бромфенил)-2-(трет-бутоксикарбонил(метил)амино)-3-метилбутановая кислота.
К перемешиваемому раствору (S)-метил 3-(4-бромфенил)-2-(трет-бутоксикарбонил(метил)амино)-3-метилбутаноата (0,710 г, 1,77 ммоль) в 1,4-диоксане (4 мл) добавляли воду (1 мл) (2 мл) и моногидрат гидроксида лития (0,367 г, 8,9 ммоль). Реакционную смесь нагревали до 50°С и контролировали с помощью ВЭЖХ ее завершение. Реакционную смесь охлаждали до комнатной температуры, подкисляли до pH 3 с помощью 1 М лимонной кислоты и концентрировали почти досуха при пониженном давлении. Остаток переносили в ~20 мл этилацетата, промывали раствором соли, высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали для получения аналитически чистый материал, который применяли без дополнительной обработки. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,44 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 7,33 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 5,18 (с, 1Н), 2,71 (с, 3Н), 1,60-1,42 (м, 15Н).
Пример 3.52: (S)-3-(4-Азидофенил)-2-(трет-бутоксикарбонил(метил)амино)-3-метилбутановая кислота.
В открытую пробирку для работы под высоким давлением, содержащую магнитную мешалку, добавляли Пример 3.51 (0,690 г, 1,8 ммоль), йодид меди(I) (0,034 г, 0,18 ммоль), азид натрия (0,350 г, 5,4 ммоль), N1,N2-диметилэтан-1,2-диамин (0,029 мл, 0,27 ммоль), аскорбат натрия (0,036 г, 0,18 ммоль), гидроксид натрия (0,072 г, 1,8 ммоль), этанол (6 мл) и воду (1 мл). Суспензию продувают газообразным азотом, сосуд герметизировали и погружали в масляную баню при 105°С при интенсивном перемешивании. Протекание реакции контролировали с помощью ВЭЖХ-МС в течение 24 ч., в то время как оставалось немного исходного материала. Реакционную смесь разбавляли этилацетатом (~20 мл) и промывали раствором соли. Водный слой экстрагировали 2× с помощью ~20 мл этилацетата. Органические слои объединяли, высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали при пониженном давлении. Остаток очищали с помощью хроматографии на силикагеле (20-65% EtOAc (содержащий 2% об./об. АсОН) в гексанах) для получения указанного в названии соединения в виде бесцветного масла (0,475 г, 75%). 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,44 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 6,99 (дд, J=9,0, 3,4 Гц, 2Н), 5,24 (с, 1Н), 2,71 (с, 3Н), 1,63-1,38 (м, 18Н).
Пример 3.53: (S,E)-N-(Бензилсульфонил)-4-((S)-2-((S)-3-(4-цианофенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.49 и (S,E)-4-((S)-2-амино-N,3,3-триметилбутанамидо)-N-(бензилсульфонил)-2,5-диметилгекс-2-енамида с применением Общих процедур 10, 11 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,83 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,73 (д, J=8,4 Гц, 2Н), 7,38 (д, J=2,6 Гц, 5Н), 6,39 (дд, J=9,2, 1,8 Гц, 1H), 5,04 (т, J=10,1 Гц, 1H), 4,91 (с, 1Н), 4,75 (с, 2Н), 4,34 (с, 1Н), 3,12 (с, 3Н), 2,54 (с, 3Н), 2,05-1,97 (м, 2Н), 1,95 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,52 (с, 3Н), 1,41 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=11,2, 4,8 Гц, 6Н). C35H49N5O5S рассч. м/з = 651,35 обнаружено [М+Н]+ = 652,4.
Пример 3.54: (S,E)-4-((S)-2-((S)-3-(4-(Аминометил)фенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-N-(бензилсульфонил)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.50 и (S,E)-4-((S)-2-амино-N,3,3-триметилбутанамидо)-N-(бензилсульфонил)-2,5-диметилгекс-2-енамида с применением Общих процедур 10, 11 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,63 (т, J=8,8 Гц, 2Н), 7,54 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 7,49-7,43 (м, 3Н), 7,39 (м, 2Н), 6,39 (д, J=9,4 Гц, 1Н), 5,05-4,97 (м, 1Н), 4,75 (с, 2Н), 4,35 (с, 3Н), 4,16 (с, 2Н), 3,14 (с, 3Н), 2,54 (с, 3Н), 2,03 (м, 1Н), 1,95 (с, 3Н), 1,51 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,31 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,98-0,81 (м, 6Н).
Пример 3.55: (S,E)-4-((S)-2-((S)-3-(4-Азидофенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-N-(бензилсульфонил)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.52 и (S,E)-4-((S)-2-амино-N,3,3-триметилбутанамидо)-N-(бензилсульфонил)-2,5-диметилгекс-2-енамида с применением Общих процедур 11 и 12. C34H49N7O5S рассч. м/з = 667,35 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 668,4.
Пример 3.56: (S,E)-4-((S)-2-((S)-3-(4-Аминофенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-N-(бензилсульфонил)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
К перемешиваемому раствору защищенного с помощью Boc Примера 3.55 (0,035 г, 0,046 ммоль) в этаноле (1,6 мл) и воде (0,5 мл) добавляли цинковую пыль (0,015 г, 0,23 ммоль) и хлорид аммония (0,025 г, 0,46 ммоль). Спустя 1 ч. ВЭЖХ-МС показывала полное расходование исходного материала. Реакционную смесь гасили гидроксидом аммония (~0,1 мл) и разбавляли этилацетатом (5 мл). Реакционную смесь отфильтровывали, твердые вещества промывали этилацетатом (5 мл) и двухфазный фильтрат переносили в разделительную воронку. Водную фазу промывали дважды с помощью этилацетата (5 мл) и объединяли органические фазы, промывали раствором соли, высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали. Реакционный продукт очищали с помощью хроматографии на силикагеле (5-15% МеОН в CH2Cl2) для получения защищенного с помощью Boc интермедиата в виде бесцветного стекла (0,027 г, 66%). С интермедиата снимали защиту в соответствии с Общей процедурой 12 для получения указанного в названии соединения. C34H51N5O5S рассч. м/з = 641,36 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 642,4.
Пример 3.57: (S,E)-N-(Циклогексилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и циклогексилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,61-7,52 (м, 2Н), 7,47 (дд, J=8,6, 6,9 Гц, 2Н), 7,36 (г, J=1,5 Гц, 1Н), 6,61-6,50 (м, 1H), 5,11-4,99 (м, 1H), 4,94 (с, 1H), 4,28 (с, 1H), 3,59-3,51 (м, 1H), 3,18 (с, 3Н), 2,48 (с, 3Н), 2,20-2,00 (м, 4Н), 1,97-1,87 (м, 6Н), 1,78-1,69 (м, 1H), 1,60 (тд, J=14,2, 10,9 Гц, 2Н), 1,48 (с, 3Н), 1,44-1,23 (м, 6Н), 1,09 (с, 9Н), 0,93 (дд, J=13,7, 6,6 Гц, 7Н). C33H54N4O5S рассч. м/з = 618,38 обнаружено [М+Н]+ = 619,47.
Пример 3.58: (S,E)-2,5-Диметил-N-(пиридин-3-илметилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и пиридин-3-илметансульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,55 (д, 7=1,7 Гц, 1H), 8,48 (дд, J=5,0, 1,6 Гц, 1Н), 7,89 (д, J=8,0 Гц, 0Н), 7,55 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,50-7,39 (м, 2Н), 7,35 (с, 1Н), 6,52 (дд, J=9,6, 2,0 Гц, 1Н), 5,05 (с, 0Н), 4,94 (с, 1H), 4,64 (с, 2Н), 4,19 (с, 1H), 3,11 (с, 3Н), 2,45 (с, 3Н), 1,91 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,07 (с, 8Н), 0,89 (дд, J=15,1, 6,5 Гц, 6Н). C33H54N4O5S рассч. м/з = 627,35 обнаружено [М+Н]+ = 628,35.
Пример 3.59: 4-(N-((S,E)-2,5-Диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)бензойная кислота.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и метил-4-сульфамоилбензоата с применением Общих процедур 9, 10 и 12. 1H ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,25-8,07 (м, 4Н), 7,54 (д, J=7,8 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,55 (д, J=9,3 Гц, 1Н), 4,98 (т, J=9,9 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1Н), 4,36 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,06 (к, J=9,0, 7,7 Гц, 1Н), 1,88 (с, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,91 (т, J=6,0 Гц, 6Н).
Пример 3.60: (S,E)-2,5-Диметил-N-(3-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(3-сульфамоилфенил)ацетамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,49 (п, J=2,2 Гц, 1H), 7,90 (дтд, J=6,0, 4,8, 2,9 Гц, 2Н), 7,64-7,56 (м, 1Н), 7,53 (тт, J=5,4, 4,3, 1,8 Гц, 2Н), 7,51-7,42 (м, 2Н), 7,41-7,28 (м, 1H), 6,56-6,38 (м, 1Н), 4,97 (с, 1H), 4,90 (д, J=3,3 Гц, 1H), 4,35 (с, 1H), 3,16 (д, J=15,5 Гц, 3Н), 2,49 (д, J=14,2 Гц, 3Н), 2,14-2,01 (м, 1Н), 1,89-1,83 (м, 3Н), 1,57-1,28 (м, 6Н), 1,14-0,94 (м, 9Н), 0,95-0,85 (м, 6Н). 13С ЯМР (101 МГц, метанол-d4) δ 172,26, 168,81, 167,10, 167,00, 144,95, 141,82, 138,82, 138,47, 135,31, 130,71, 130,38, 128,91, 127,36, 126,65, 126,32, 121,39, 71,20, 66,92, 57,87, 57,78, 42,05, 35,83, 34,15, 32,66, 30,84, 29,79, 26,95, 21,39, 19,84, 19,82, 15,45, 14,03. 19F ЯМР (377 МГц, метанол-d4) δ -76,96, -77,07. C35H48F3N5O6S рассч. м/з = 723,33 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 724,30, [M+Na]+ = 746,30.
Пример 3.61: (S,E)-N-(3-Аминофенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(3-сульфамоилфенил)ацетамида с применением Общих процедур 9, 10 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,55 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 7,51-7,45 (м, 2Н), 7,43-7,20 (м, 4Н), 6,97 (д, J=8,1 Гц, 1Н), 6,48 (д, J=9,4 Гц, 1H), 5,02-4,89 (м, 2Н), 4,36 (с, 1Н), 3,17 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,14-2,00 (м, 1Н), 1,88 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,35 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (д, J=6,3 Гц, 3Н), 0,90 (с, 3Н). C33H49N5O5S рассч. м/з = 627,35 обнаружено [М+Н]+ = 628,36.
Пример 3.62: (S,E)-2,5-Диметил-N-(пиридин-3-илсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и пиридин-3-сульфонамида с применением Общих процедур 2 и 7. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 9,18 (с, 1H), 8,80 (с, 1Н), 8,46 (дт, J=8,2, 1,8 Гц, 1Н), 7,65 (дд, J=8,1, 4,9 Гц, 1H), 7,54 (д, J=7,3 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,8 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,54 (д, J=9,3 Гц, 1Н), 5,01-4,88 (м, 2Н), 4,36 (с, 1Н), 3,18 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,15-2,01 (м, 1Н), 1,86 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,33 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (д, J=3,3 Гц, 3Н), 0,91 (д, J=3,5 Гц, 3Н). C32H47N5O5S рассч. м/з = 613,33 обнаружено [М+Н]+ = 614,23.
Пример 3.63: (S,E)-2,5-Диметил-N-(тиофен-2-илсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и тиофен-2-сульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,93-7,82 (м, 2Н), 7,55 (д, J=8,3 Гц, 1H), 7,48 (т, J=7,8 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,2 Гц, 1Н), 7,15 (дд, J=5,0, 3,8 Гц, 1H), 6,51 (д, J=9,1 Гц, 1H), 5,02-4,93 (м, 2Н), 4,36 (с, 1Н), 3,18 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,15-2,01 (м, 1Н), 1,89 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,34 (с, 3Н), 1,08 (с, 9Н), 0,93 (д, J=4,8 Гц, 3Н), 0,91 (д, J=4,7 Гц, 3Н). C31H46N4O5S2 рассч. м/з = 618,29 обнаружено [М+Н]+ = 619,24.
Пример 3.64: (S,E)-N-(4-Гидроксифенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-(трет-бутилдиметилсилилокси)бензолсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,89 (д, J=8,8 Гц, 2Н), 7,55 (д, J=7,0 Гц, 1H), 7,47 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,91 (д, J=8,9 Гц, 2Н), 6,46 (д, J=9,2 Гц, 1H), 4,97 (д, J=10,2 Гц, 1H), 4,92 (с, 1Н), 4,33 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,11-2,00 (м, 1Н), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (д, J=6,5 Гц, 4Н), 0,89 (д, J=6,7 Гц, 3Н). C33H48N4O6S рассч. м/з = 628,33 обнаружено [М+Н]+ = 629,38.
Пример 3.65: 4-(Тритилтиометил)бензонитрил
Тритилмеркаптан (1,48 г, 5,36 ммоль, 1,05 экв.) в ТГФ (5 мл) добавляли по каплям к перемешиваемой суспензии гидрида натрия (60% дисперсия в минеральном масле, 214 мг, 5,36 ммоль, 1,05 экв.) в ТГФ (5 мл) под N2 при 0°С. Спустя 15 мин., добавляли 4-(бромметил)бензонитрил (1,00 г, 5,10 ммоль, 1,0 экв.) в ТГФ (5 мл) и реакционную смесь оставляли нагреваться до к.т. Спустя 1 ч., ТСХ показывала полное превращение исходного материала. Реакционную смесь гасили с помощью добавления насыщенного хлорида аммония, затем немного dH2O. Смесь экстрагировали трижды эфиром, промывали насыщенным раствором соли, высушивали над сульфатом натрия и концентрировали в виде вязкого желтого масла. Очистка с помощью флэш-хроматографии давала указанное в названии соединение (1,76 г, 88%) в виде светло-белого порошка. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,52 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,47 (д, J=7,1 Гц, 6Н), 7,33 (т, J=7,5 Гц, 6Н), 7,26 (т, J=7,2 Гц, 3Н), 7,19 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 3,40 (с, 2Н). м/з рассч. для C27H21NS = 391,14. Обнаружено [M+Na]+ = 414,13. Rf = 0,32 (10% EtOAc/Гекс.).
Пример 3.66: 1-(4-(Тритилтиометил)фенил)циклопропанамин.
4-(Тритилтиометил)бензонитрил (1,47 г, 3,75 ммоль, 1,0 экв.) переносили в 40 мл ТГФ, под атмосферой N2, затем охлаждали до -78°С. К этому раствору добавляли Ti(O-iPr)4 (1,21 мл, 4,13 ммоль, 1,1 экв.), затем добавляли по каплям этилмагнийбромид (3 М, 2,75 мл, 8,26 ммоль, 2,2 экв.) за 5 мин. Ванну с сухим льдом удаляли, позволяя раствору достигнуть к.т. Спустя 45 мин. при к.т., добавляли BF3⋅Et2O (0,93 мл, 7,51 ммоль, 2,0 экв.) к в настоящее время очень темной реакционной смеси. После перемешивания в течение дополнительных 2,5 ч., реакционную смесь гасили с помощью 5 мл 2 М HCl, с последующим доведением pH до сильного основания с помощью около 15 мл 2 М NaOH. К смеси добавляли немного воды, затем ее экстрагировали трижды с помощью 75 мл EtOAc, промывали один раз с помощью dH2O, один раз насыщенным раствором соли, высушивали над сульфатом натрия и концентрировали до прозрачного масла. Материал очищали с помощью флэш-хроматографии для получения указанного в названии соединения (680 мг, 36%) в виде прозрачного масла. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,49 (д, J=7,8 Гц, 6Н), 7,33 (т, J=7,7 Гц, 6Н), 7,26 (т, J=7,2 Гц, 3Н), 7,20 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,11 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 3,32 (с, 2Н), 1,06 (дд, J=7,9, 5,0 Гц, 2Н), 0,95 (дд, J=7,9, 4,7 Гц, 2Н). м/з рассч. для C29H27NS = 421,19. Обнаружено [М+Н]+ = 422,19. Rf = 0,21 (50% EtOAc/Гекс.).
Пример 3.67: 2,2,2-Трифтор-N-(1-(4-(тритилтиометил)фенил)циклопропил)ацетамид.
К перемешиваемому раствору 1-(4-(тритилтиометил)фенил)циклопропанамина (680 мг, 1,61 ммоль, 1,0 экв.) в CH2Cl2 добавляли трифторуксусный ангидрид (0,448 мл, 3,22 ммоль, 2,0 экв.) и триэтиламин (0,45 мл, 3,22 ммоль, 2,0 экв.). Спустя два часа, ТСХ и ВЭЖХ показывали полное превращение исходного материала. Реакционную смесь гасили с помощью добавления 3 мл NaHCO3, затем добавляли немного dH2O и экстрагировали смесь трижды с помощью CH2Cl2. Объединенные органические слои промывали насыщенным раствором соли, высушивали над сульфатом натрия и концентрировали до желтой пены, давая указанное в названии соединение (715 мг, 86%) в достаточной степени чистоты, чтобы перейти к следующему этапу. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,48 (д, J=7,7 Гц, 6Н), 7,32 (т, J=7,6 Гц, 6Н), 7,25 (т, J=7,2 Гц, 3Н), 7,19 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,10 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 6,83 (с, 1Н), 3,31 (с, 2Н), 1,40-1,24 (м, 4Н). м/з рассч. для C31H26F3NOS = 517,17. Обнаружено [M+Na]+ = 540,25. Rf = 0,71 (50% EtOAc/Гекс.).
Пример 3.68: 2,2,2-Трифтор-N-(1-(4-(меркаптометил)фенил)циклопропил)ацетамид.
2,2,2-Трифтор-N-(1-(4-(тритилтиометил)фенил)циклопропил)ацетамид (715 мг, 1,38 ммоль, 1,0 экв.) в 5 мл CH2Cl2 обрабатывали с помощью 2,5 мл TFA. Спустя 1 мин., добавляли TIPSH (0,42 мл, 2,1 ммоль, 1,5 экв.), в результате чего исчезал желтый цвет. Спустя 30 мин., ТСХ показывала, что реакция завершилась. Смесь концентрировали, затем испаряли совместно один раз с CH2Cl2 и дважды с толуолом. Остаток очищали с помощью флэш-хроматографии для получения указанного в названии соединения (261 мг, 69%) в виде белого твердого вещества. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,35-7,23 (м, 4Н), 6,87 (с, 1H), 3,74 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 1,77 (т, J=7,6 Гц, 1H), 1,36 (с, 4Н). Rf = 0,47 (20% EtOAc/Гекс.).
Пример 3.69: 2,2,2-Трифтор-N-(1-(4-(сульфамоилметил)фенил)циклопропил)ацетамид.
К перемешиваемому раствору 2,2,2-трифтор-N-(1-(4-(меркаптометил)фенил)циклопропил)ацетамида (220 мг, 0,799 ммоль, 1,0 экв.) в ацетонитриле добавляли dH2O (0,029 мл, 1,6 ммоль, 2,0 экв.), тетрабутиламмонийхлорид (110 мг, 0,40 ммоль, 0,5 экв.), а затем N-хлорсукцинимид (320 мг, 2,40 ммоль, 3,0 экв.). Спустя 20 минут, отсутствие исходного материала было заметно для ТСХ. Спустя 90 мин., добавляли концентрированный NH4OH (0,18 мл, 3,2 ммоль, 4,0 экв.). Спустя 10 минут, добавляли 1 мл NH4Cl и экстрагировали смесь трижды с помощью EtOAc. Объединенные органические слои промывали дважды с помощью dH2O, один раз насыщенным раствором соли, высушивали над сульфатом натрия и концентрировали до прозрачного масла. Остаток очищали с помощью флэш-хроматографии для получения указанного в названии соединения (192 мг, 74%) в виде белого твердого вещества. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 10,21 (с, 1H), 7,31 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,16 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 6,85 (с, 2Н), 4,23 (с, 2Н), 1,27 (дт, J=6,1, 2,3 Гц, 4Н). Rf = 0,26 (50% EtOAc/Гекс.).
Пример 3.70: (S,E)-2,5-Диметил-N-(4-(1-(2,2,2-трифторацетамидо)циклопропил)бензилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и Примера 3.69 с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,56 (д, J=8,4 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,4 Гц, 1Н), 7,32 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 7,28 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 6,37 (д, J=9,6 Гц, 1Н), 5,07 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,94 (с, 1Н), 4,72 (с, 2Н), 4,37 (с, 1H), 3,13 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,08-1,96 (м, 1Н), 1,96 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,40 (с, 3Н), 1,35-1,27 (м, 4Н), 1,10 (с, 9Н), 0,92 (д, J=7,1 Гц, 3Н), 0,89 (д, J=6,8 Гц, 3Н). 13С ЯМР (101 МГц, MeOD) δ 170,93, 168,81, 165,64, 143,58, 142,24, 136,87, 134,19, 130,64, 129,00, 127,63, 127,53, 125,95, 125,61, 69,90, 57,10, 57,02, 56,39, 40,73, 34,55, 34,25, 32,80, 30,60, 29,33, 28,39, 25,57, 20,11, 18,38, 18,34, 16,21, 16,15, 14,04, 12,85. C39H54F3N5O6S рассч. м/з = 777,37 обнаружено [М+Н]+ = 778,55.
Пример 3.71: (S,E)-N-(4-(1-Аминоциклопропил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и Примера 3.69 с применением Общих процедур 9, 10 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,56 (д, J=8,7 Гц, 2Н), 7,51 (с, 4Н), 7,47 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,49 (д, J=9,5 Гц, 1H), 5,07 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,94 (с, 1Н), 4,81 (д, J=14,0 Гц, 1Н), 4,77 (д, J=13,8 Гц, 1H), 4,39 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,11-1,99 (м, 1Н), 1,97 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,49 (с, 8Н), 1,45-1,41 (м, 2Н), 1,40 (с, 3Н), 1,34-1,26 (м, 2Н), 1,10 (с, 9Н), 0,93 (д, J=6,2 Гц, 3Н), 0,90 (д, J=6,3 Гц, 3Н). 13С ЯМР (101 МГц, MeOD) δ 170,94, 169,00, 165,69, 143,57, 137,54, 137,12, 134,38, 131,43, 129,66, 128,98, 127,51, 125,98, 69,85, 65,51, 57,68, 57,15, 56,39, 40,72, 36,16, 34,51, 32,80, 30,68, 29,42, 28,40, 25,61, 20,14, 18,42, 18,39, 14,05, 12,86, 11,80. C37H55N5O5S рассч. м/з = 681,39 обнаружено [М+Н]+ = 682,49.
Пример 3.72: 1-Фенилциклопропанамин.
Указанное в названии соединение получали таким образом, как описано в Bertus, Р., Szymoniak, J.J. Org. Chem., 2003, 68, 7133-7136 из бензонитрила (1,0 мл, 9,7 ммоль) для получения 270 мг (21%). 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,44-7,28 (м, 4Н), 7,27-7,15 (м, 1H), 1,18-1,06 (м, 2Н), 1,07-0,95 (м, 2Н). Rf = 0,28 (5% (5% NH4OH/MeOH)/CH2Cl2).
Пример 3.73: 2,2,2-Трифтор-N-(1-фенилциклопропил)ацетамид.
К перемешиваемому раствору 1-фенилциклопропанамина (270 мг, 2,03 ммоль, 1,0 экв.) в диоксане (5 мл) добавляли трифторуксусный ангидрид (0,310 мл, 2,23 ммоль, 1,1 экв.). Спустя 5 мин., ТСХ показывала полное превращение исходного материала. Смесь концентрировали, затем совместно выпаривали один раз с помощью CH2Cl2 и один раз с толуолом для получения указанного в названии соединения (453 мг, 97%) как хлопьевидного белого порошка. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 7,47-7,15 (м, 5Н), 6,88 (с, 1H), 1,65 (с, 4Н). м/з рассч. для C11H10F3NO = 229,07. Обнаружено [М+Н]+ = 230,14. Rf = 0,82 (5% (5% NH4OH/MeOH)/CH2Cl2).
Пример 3.74: 2,2,2-Трифтор-N-(1-(4-сульфамоилфенил)циклопропил)ацетамид.
К перемешиваемой хлорсульфоновой кислоте (0,78 мл, 11,8 ммоль, 6,0 экв.) при 0°С порционно добавляли твердый 2,2,2-трифтор-N-(1-фенилциклопропил)ацетамид (450 мг, 1,96 ммоль, 1,0 экв.), поддерживая низкую температуру. После завершения добавления, смесь нагревали до 50°С. Спустя 10 минут, выделение газа прекратилось, а реакционной смеси давали остыть. Смесь медленно добавляли в стакан льда, помня о разбрызгивания. Твердое вещество, которое оставляли во льду, отфильтровывали. Это твердое вещество высушивали in vacuo и затем переносили в ТГФ (4 мл). Добавляли концентрированный NH4OH (0,44 мл, 7,85 ммоль, 4,0 экв.), превращая раствор в зелено-черный. Спустя 2 мин., ТСХ показывала полный расход интермедиата сульфонилхлорида. 2 М HCl добавляли до тех пор, пока цвет не исчез, затем смесь экстрагировали трижды с помощью EtOAc, промывали один раз насыщенным NaHCO3, один раз насыщенным раствором соли, высушивали над сульфатом натрия и концентрировали до хлопьевидного белого твердого вещества. Неочищенный материал очищали с помощью флэш-хроматографии для получения указанного в названии соединения (235 мг, 39%) в виде белого твердого вещества. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 10,28 (с, 1H), 7,76 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 7,32 (д, J=8,1 Гц, 2Н), 7,31 (с, 2Н), 1,42-1,35 (м, 2Н), 1,35-1,27 (м, 2Н). м/з рассч. для C11H11F3N2O3S = 308,04. Обнаружено [М+Н]+ = 309,07. Rf = 0,27 (50% EtOAc/Гекс.).
Пример 3.75: (S,E)-2,5-Диметил-N-(4-(1-(2,2,2-трифторацетамидо)циклопропил)фенилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и Примера 3.3.74 с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,00 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 7,55 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,48-7,33 (м, 4Н), 6,47 (дд, J=9,4, 1,6 Гц, 1H), 5,00 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1Н), 4,35 (с, 1Н), 3,15 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,11-2,00 (м, 1H), 1,86 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,47 (д, J=6,2 Гц, 3Н), 1,45 (с, 2Н), 1,43 (с, 2Н), 1,38 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,91 (д, J=6,1 Гц, 3Н), 0,89 (д, J=6,2 Гц, 3Н). C37H50F3N5O6S рассч. м/з = 763,36 обнаружено [М+Н]+ = 764,45.
Пример 3.76: (S,E)-N-(4-(1-Аминоциклопропил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(1-(4-сульфамоилфенил)циклопропил)ацетамида с применением Общих процедур 9, 10 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,13 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 7,66 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 7,55 (д, J=7,2 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,2 Гц, 1Н), 6,50 (дд, J=9,4, 1,7 Гц, 1Н), 5,02 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,93 (д, J=4,9 Гц, 1H), 4,38 (с, 1H), 3,16 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,12-1,99 (м, 1H), 1,84 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,51-1,46 (м, 5Н), 1,46-1,42 (м, 2Н), 1,38 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,7, 1,7 Гц, 6Н). C36H53N5O5S рассч. м/з = 667,38 обнаружено [М+Н]+ = 668,40.
Пример 3.77: (S,E)-2,5-Диметил-N-(2-метилбензилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2-метилбензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,61-7,52 (м, 2Н), 7,48 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 7,30-7,23 (м, 3Н), 7,22-7,14 (м, 1Н), 6,48 (дд, J=9,3, 1,7 Гц, 1H), 5,08 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,94 (с, 1Н), 4,81 (с, 2Н), 4,34 (с, 1H), 3,15 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,48 (с, 3Н), 2,08-2,00 (м, 1Н), 1,98 (д, J=1,1 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,40 (с, 3Н), 1,10 (с, 9Н), 0,93 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,91 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C35H52N4O5S рассч. м/з = 640,37 обнаружено [М+Н]+ = 641,41.
Пример 3.78: (S,E)-2,5-Диметил-N-(4-нитробензилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-нитробензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,18 (д, J=8,7 Гц, 2Н), 7,64 (д, J=8,7 Гц, 2Н), 7,52 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 7,42 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,31 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,55 (д, J=9,4 Гц, 1Н), 5,04 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1Н), 4,63 (с, 2Н), 3,08 (с, 3Н), 2,32 (с, 3Н), 1,95 (дт, J=11,4, 6,6 Гц, 4Н), 1,89 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,38 (с, 3Н), 1,05 (с, 9Н), 0,89 (д, J=6,5 Гц, 3Н), 0,85 (д, J=6,5 Гц, 3Н). C34H49N5O7S рассч. м/з = 671,34 обнаружено [М+Н]+ = 672,36.
Пример 3.79: (S,E)-N-(4-Хлорбензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-хлорбензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,56 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,44-7,34 (м, 5Н), 6,39 (д, J=9,5 Гц, 1Н), 5,06 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,94 (с, 1Н), 4,75 (с, 2Н), 4,35 (с, 1H), 3,13 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,06-1,95 (м, 1Н), 1,95 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,91 (д, J=6,1 Гц, 3Н), 0,89 (д, J=5,9 Гц, 3Н). C34H49ClN4O5S рассч. м/з = 660,31 обнаружено [М+Н]+ = 661,32.
Пример 3.80: (S,E)-2,5-Диметил-N-(фенетилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и гомобензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,56 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,5 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,4 Гц, 1Н), 7,34-7,28 (м, 2Н), 7,28-7,20 (м, 3Н), 6,47 (дд, J=9,2, 1,7 Гц, 1Н), 5,03 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,94 (с, 1Н), 4,36 (д, J=2,3 Гц, 2Н), 3,78 (тд, J=7,5, 4,1 Гц, 2Н), 3,17 (с, 3Н), 3,12 (т, J=7,8 Гц, 2Н), 2,51 (с, 3Н), 2,14-2,01 (м, 1Н), 1,89 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,94 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,91 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C35H52N4O5S рассч. м/з = 640,37 обнаружено [М+Н]+ = 641,36.
Пример 3.81: (S,E)-N-(4-Бромбензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-бромбензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,60-7,51 (м, 4Н), 7,48 (т, J=1,1 Гц, 2Н), 7,39 (с, 1Н), 7,31 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 6,38 (д, J=9,3 Гц, 1Н), 5,06 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,93 (с, 1Н), 4,74 (с, 2Н), 4,36 (с, 1Н), 3,13 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,03-1,98 (м, 1Н), 1,95 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,91 (д, J=6,1 Гц, 3Н), 0,89 (д, J=6,3 Гц, 3Н) C34H49BrN4O5S рассч. м/з = 704,26 обнаружено [М+Н]+ = 705,23.
Пример 3.82: (S,E)-N-(4-Цианобензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-цианобензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,77 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 7,64-7,53 (м, 4Н), 7,48 (т, J=1,1 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,41 (дд, J=9,3, 1,7 Гц, 1H), 5,05 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,94 (с, 1Н), 4,87 (с, 2Н), 4,36 (с, 1Н), 3,14 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,06-1,98 (м, 1Н), 1,95 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,91 (д, J=4,0 Гц, 3Н), 0,90 (д, J=4,0 Гц, 3Н). C35H49N5O5S рассч. м/з = 651,35 обнаружено [М+Н]+ = 652,38.
Пример 3.83: (S,E)-2,5-Диметил-N-(3-нитробензилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 3-нитробензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,29 (д, J=8,0 Гц, 1Н), 8,26 (с, 1H), 7,83 (д, J=7,8 Гц, 1Н), 7,67 (т, J=8,0 Гц, 1Н), 7,56 (д, J=1,2 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,43 (дд, J=9,4, 1,7 Гц, 1H), 5,05 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,93 (с, 2Н), 4,93 (с, 1Н), 4,36 (с, 1H), 3,13 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,08-1,98 (м, 1Н), 1,96 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,89 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,88 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C34H49N5O7S рассч. м/з = 671,34 обнаружено [М+Н]+ = 672,39.
Пример 3.84: (S,E)-N-(4-трет-Бутилбензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и А-трет-бутилбензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,56 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,43 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,3 Гц, 1H), 7,30 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 6,39 (дд, J=9,4, 1,6 Гц, 1Н), 5,07 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,93 (с, 1Н), 4,72 (с, 2Н), 4,37 (с, 1Н), 3,13 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,06-1,98 (м, 1H), 1,96 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,33 (с, 9Н), 1,10 (с, 9Н), 0,92 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,89 (д, J=6,5 Гц, 3Н). C38H58N4O5S рассч. м/з = 682,41 обнаружено [М+Н]+ = 683,47.
Пример 3.85: (S,E)-2,5-Диметил-N-(2-нитробензилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2-нитробензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,03 (дд, J=8,0, 1,4 Гц, 1Н), 7,72 (тд, J=7,5, 1,5 Гц, 1H), 7,65 (тд, J=7,7, 1,6 Гц, 1H), 7,60 (дд, J=7,6, 1,6 Гц, 1H), 7,56 (д, J=7,2 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,43 (дд, J=9,4, 1,6 Гц, 1H), 5,31 (д, J=14,2 Гц, 1H), 5,26 (д, J=15,3 Гц, 1H), 5,06 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,94 (с, 1H), 4,37 (с, 1Н), 3,15 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,08-1,98 (м, 1H), 1,96 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,10 (с, 9Н), 0,92 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,90 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C34H49N5O7S рассч. м/з = 671,34 обнаружено [М+Н]+ = 672,39.
Пример 3.86: (S,E)-2,5-Диметил-N-(4-нитрофенетилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-нитрогомобензилсульфонамида с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,19 (д, J=8,7 Гц, 2Н), 7,58-7,51 (м, 4Н), 7,47 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,47 (дд, J=9,5, 1,7 Гц, 1H), 5,00 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,93 (с, 1Н), 4,36 (с, 1H), 3,91 (дд, J=14,9, 8,5 Гц, 1H), 3,84 (дд, J=12,9, 8,5 Гц, 1H), 3,28 (т, J=7,5 Гц, 2Н), 3,16 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,12-1,98 (м, 1Н), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,08 (с, 9Н), 0,91 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,91 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C35H51N5O7S рассч. м/з = 685,35 обнаружено [М+Н]+ = 686,38.
Пример 3.87: Метил-4-хлор-3-(N-((S,E)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)бензоат.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и метил-4-хлор-3-сульфамоилбензоата с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,80 (д, J=2,1 Гц, 1Н), 8,20 (дд, J=8,3, 2,1 Гц, 1H), 7,71 (д, J=8,3 Гц, 1Н), 7,59-7,52 (м, 2Н), 7,47 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,40-7,32 (м, 1H), 6,63-6,56 (м, 1H), 5,02 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,37 (с, 1Н), 3,98 (с, 3Н), 3,18 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,13-2,00 (м, 1H), 1,86 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,96-0,87 (м, 6Н). 13С ЯМР (101 МГц, метанол-d4) δ 170,87, 165,65, 164,87, 143,61, 137,01, 136,04, 134,29, 133,23, 131,81, 129,16, 128,98, 128,88, 127,50, 125,98, 69,81, 65,53, 57,39, 56,35, 56,15, 55,37, 51,86, 40,70, 34,51, 32,77, 30,80, 29,39, 28,44, 26,18, 25,56, 20,06, 18,40, 14,06, 12,74. C35H49ClN4O7S рассч. м/з = 704,30 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 705,25, [M+Na]+ = 727,25.
Пример 3.88: 2,2,2-Трифтор-N-(4-(сульфамоилметил)бензил)ацетамид.
Указанное в названии соединение синтезировали из коммерчески доступного (4-(аминометил)фенил)метансульфонамида и TFAA с применением Общей процедуры 8. 1Н ЯМР (400 МГц, ацетон-d6) δ 9,05 (с, 1Н), 7,48-7,40 (м, 2Н), 7,40-7,32 (м, 2Н), 6,17 (с, 1Н), 4,56 (д, J=6,1 Гц, 2Н), 4,35 (с, 2Н).
Пример 3.89: (S,E)-2,5-Диметил-N-(4-((2,2,2-трифторацетамидо)метил)бензилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и Примера 3.88 с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,57-7,49 (м, 2Н), 7,45 (т, J=7,5 Гц, 2Н), 7,33 (п, J=8,8, 7,9 Гц, 5Н), 6,37 (д, J=9,7 Гц, 1H), 5,09-5,00 (м, 1Н), 4,69 (с, 2Н), 4,44 (с, 2Н), 4,30 (с, 1H), 3,10 (с, 3Н), 2,45 (д, J=17,5 Гц, 3Н), 2,02-1,87 (м, 4Н), 1,46 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,95-0,81 (м, 6Н). 19F ЯМР (377 МГц, метанол-d4) δ -76,94, -77,24. C37H52F3N5O6S рассч. м/з = 751,36 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 752,46, [M+Na]+ = 774,38.
Пример 3.90: (S,E)-N-(4-(Аминометил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Получали из Примера 3.16 и Примера 3.88 с применением Общих процедур 9, 10 и 12 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,60-7,54 (м, 2Н), 7,54-7,50 (м, 4Н), 7,47 (д, J=8,1 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,4 Гц, 1Н), 6,49 (дд, J=9,5, 1,5 Гц, 1Н), 5,07 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,94 (с, 1Н), 4,83 (д, J=14,3 Гц, 1H), 4,79 (д, J=13,9 Гц, 1H), 4,38 (с, 1H), 4,16 (с, 2Н), 3,16 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,10-2,00 (м, 1H), 1,97 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,40 (с, 3Н), 1,10 (с, 9Н), 0,93 (д, J=6,9 Гц, 3Н), 0,91 (д, J=7,0 Гц, 3Н). C35H53N5O5S рассч. м/з = 655,4; обнаружено [М+Н]+ = 656,3, [М+2Н]2+ = 328,8.
Пример 3.91: 2,2,2-Трифтор-N-(4-(сульфамоилметил)фенил)ацетамид.
Указанное в названии соединение синтезировали из коммерчески доступного (4-аминофенил)метансульфонамида и TFAA с применением Общей процедуры 8. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 11,31 (с, 1H), 7,79-7,51 (м, 2Н), 7,51-7,23 (м, 2Н), 6,85 (с, 2Н), 4,27 (с, 2Н).
Пример 3.92: (S,E)-2,5-Диметил-N-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)бензилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и Примера 3.91 с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,68 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 7,54 (д, J=7,1 Гц, 2Н), 7,45 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (дд, J=10,6, 5,0 Гц, 3Н), 6,34 (д, J=9,4 Гц, 1H), 5,04 (т, J=10,1 Гц, 2Н), 4,74 (с, 2Н), 4,35 (с, 1Н), 3,10 (с, 3Н), 2,49 (с, 3Н), 2,02-1,94 (м, 1Н), 1,93 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,88 (д, J=6,3 Гц, 3Н), 0,86 (с, 3Н). 19F ЯМР (377 МГц, метанол-d4) δ -76,97, -77,05. C36H50F3N5O6S рассч. м/з = 737,34 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 738,38, [M+Na]+ = 760,35.
Пример 3.93: (S,E)-N-(4-Аминобензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и Примера 3.91 с применением Общих процедур 9, 10 и 12. 1H ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,56 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 7,20 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 6,87 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 6,39 (д, J=9,4 Гц, 1H), 5,07 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,95 (с, 1H), 4,64 (с, 2Н), 4,38 (с, 1Н), 3,14 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,07-1,98 (м, 1Н), 1,96 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,10 (с, 9Н), 0,92 (д, J=6,7 Гц, 3Н), 0,90 (д, J=6,4 Гц, 3Н). C34H51N5O5S рассч. м/з = 641,4; обнаружено [М+Н]+ = 642,3.
Пример 3.94: 4-(Азидометил)бензолсульфонамид.
К перемешиваемому раствору 4-(бромметил)бензолсульфонамида (0,50 г) в N,N-диметилформамиде (1 мл) добавляли азид натрия (0,20 г). Суспензию нагревали до 50°С в течение 3 часов, после чего растворитель удаляли при пониженном давлении. Остаток разделяли между этилацетатом и водой. Органическую фазу промывали раствором соли, высушивали над сульфатом магния, отфильтровывали и концентрировали досуха для получения указанного в названии соединения в виде сиропа, который затвердевал при выдерживании. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 8,06-7,91 (м, 2Н), 7,58-7,44 (м, 2Н), 4,96 (с, 2Н), 4,48 (с, 2Н).
Пример 3.95: 4-(Аминометил)бензолсульфонамид
К раствору 4-(азидометил)бензолсульфонамида (0,354 г) в метаноле (10 мл) в круглодонной колбе, снабженной магнитной мешалкой, добавляли 10% Pd/C (~0,05 г). Из колбы откачивали газы при пониженном давлении и загружали водородом. Эту откачку и загрузку повторяли трижды, после чего суспензию оставляли перемешиваться в течение ночи. Через 16 ч., анализ ТСХ показывала полное расходование исходного материала. Реакционную смесь разбавляли метанолом (40 мл), добавляли Celite и отфильтровывали смесь сквозь стеклянную воронку с фильтрующим дном. Получаемый раствор концентрировали досуха. 1Н ЯМР предполагал, что материал был достаточно чистым на этом этапе для дополнительного применения без очистки. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 7,77 (м, 2Н), 7,53 (м, 2Н), 5,76 (с, 2Н), 3,76 (д, J=11,9 Гц, 2Н).
Пример 3.96: 2,2,2-Трифтор-N-(4-сульфамоилбензил)ацетамид.
Указанное в названии соединение синтезировали с помощью реакции 4-(аминометил)бензолсульфонамида с TFAA в соответствии с Общей процедурой 8, со спектром 1Н ЯМР, который был осложнен ротамерами. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 7,91-7,75 (м, 2Н), 7,55-7,31 (м, 4Н), 4,72 (м, 2Н), 4,47 (д, J=6,0 Гц, 1H), 3,18 (с, 2Н).
Пример 3.97: (S,E)-2,5-Диметил-N-(4-((2,2,2-трифторацетамидо)метил)фенилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и Примера 3.96 с применением Общих процедур 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,02 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 7,58-7,42 (м, 7Н), 7,35 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,46 (д, J=8,5 Гц, 1H), 4,97 (д, J=10,4 Гц, 1H), 4,54 (с, 2Н), 4,33 (с, 1H), 3,14 (с, 3Н), 2,48 (с, 3Н), 2,11-1,97 (м, 1Н), 1,83 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,53 (с, 1Н), 1,44 (с, 3Н), 1,34 (с, 3Н), 1,04 (с, 9Н), 0,89 (д, J=3,9 Гц, 3Н), 0,88 (д, J=4,1 Гц, 3Н). 19F ЯМР (377 МГц, метанол-d4) δ-76,94, -77,26. C36H50F3N5O6S рассч. м/з = 737,34 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 738,39, [M+Na]+ = 760,41
Пример 3.98: (S,E)-N-(4-(Аминометил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Получали из Примера 3.16 и Примера 3.96 с применением Общих процедур 9, 10 и 12 1H ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,13 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 7,68 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 7,55 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,51 (дд, J=9,2, 1,8 Гц, 1Н), 5,01 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,37 (с, 1Н), 4,24 (с, 2Н), 3,17 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,13-1,97 (м, 1H), 1,84 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,7, 2,0 Гц, 7Н). C34H51N5OS рассч. м/з = 641,36 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 642,4.
Пример 3.99: (S,E)-N-(Бензилсульфонил)-4-((S)-2-((S)-3-(4-бромфенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.51 и (S,E)-4-((S)-2-амино-N,3,3-триметилбутанамидо)-N-(бензилсульфонил)-2,5-диметилгекс-2-енамида с применением Общих процедур 11 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,62 (т, J=9,2 Гц, 2Н), 7,50-7,43 (м, 2Н), 7,38 (д, J=2,2 Гц, 5Н), 6,38 (дд, J=9,5, 1,8 Гц, 1Н), 5,05 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1Н), 4,75 (д, J=2,2 Гц, 2Н), 4,30 (с, 1Н), 3,12 (с, 3Н), 2,53 (с, 3Н), 2,06-1,97 (м, 1H), 1,95 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,94-0,86 (м, 6Н). C34H49BrN4O5S рассч. м/з = 704,26 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 705,29, [M+Na]+ = 727,36.
Пример 3.100: (S,E)-4-((S)-2-((S)-3-(4'-Ацетилбифенил-4-ил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-N-(бензилсульфонил)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 13 из защищенного с помощью Boc Примера 3.99 и 4-ацетилфенилбороновой кислоты. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,15-8,08 (м, 2Н), 7,86-7,76 (м, 4Н), 7,66 (дд, J=14,7, 8,4 Гц, 2Н), 7,38 (д, J=4,9 Гц, 5Н), 6,39 (д, J=9,3 Гц, 1Н), 5,05 (т, J=10,1 Гц, 1H), 4,94 (с, 1H), 4,75 (д, J=4,1 Гц, 2Н), 4,37 (д, J=16,1 Гц, 1H), 3,13 (д, J=3,4 Гц, 3Н), 2,67 (с, 3Н), 2,53 (д, J=11,6 Гц, 3Н), 2,01 (с, 1Н), 1,96 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,54 (д, J=3,7 Гц, 3Н), 1,44 (с, 3Н), 1,09 (д, J=2,7 Гц, 9Н), 0,96-0,83 (м, 6Н). C42H56N4O6S рассч. м/з = 744,39 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 745,42, [M+Na]+ = 767,36.
Пример 3.101: (S,E)-N-(Бензилсульфонил)-4-((S)-2-((S)-3-(4'-метоксибифенил-4-ил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 13 из защищенного с помощью Boc Примера 3.99 и 4-метоксифенилбороновой кислоты. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,74-7,53 (м, 6Н), 7,38 (д, J=4,7 Гц, 5Н), 7,08-6,99 (м, 2Н), 6,43-6,35 (м, 1H), 5,06 (с, 1H), 4,94 (с, 1Н), 4,75 (д, J=4,1 Гц, 2Н), 4,38 (с, 1Н), 3,86 (с, 3Н), 3,13 (с, 3Н), 2,54 (с, 3Н), 1,99 (д, J=11,0 Гц, 1Н), 1,96 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,51 (с, 3Н), 1,43 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,96-0,85 (м, J=6,0, 5,1 Гц, 6Н). C41H56N4O6S рассч. м/з = 732,39 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 733,41, [M+Na]+ = 755,40.
Пример 3.102: (S,E)-N-(Бензилсульфонил)-4-((S)-2-((S)-3-(бифенил-4-ил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 13 из защищенного с помощью Boc Примера 3.99 и фенилбороновой кислоты. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,86-7,51 (м, 6Н), 7,48 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,43-7,33 (м, 6Н), 6,39 (д, J=9,5 Гц, 1Н), 5,06 (т, J=10,1 Гц, 1Н), 4,94 (с, 1Н), 4,75 (д, J=3,3 Гц, 2Н), 4,37 (д, J=14,4 Гц, 1Н), 3,13 (д, J=3,7 Гц, 3Н), 2,55 (д, J=4,5 Гц, 3Н), 2,06-1,97 (м, 1Н), 1,96 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,52 (с, 3Н), 1,44 (д, J=4,5 Гц, 3Н), 1,09 (д, J=5,6 Гц, 9Н), 0,96-0,83 (м, 6Н). C40H54N4O5S рассч. м/з = 702,38 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 703,40, [M+Na]+ = 725,45.
Пример 3.103: (S,E)-N-(Бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-(4-(4-метилстирил)фенил)бутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 13 из защищенного с помощью Boc Примера 3.99 и (E)-4-метилстирилбороновой кислоты. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,65 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,54 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,47 (д, J=7,8 Гц, 2Н), 7,38 (с, 5Н), 7,26-7,11 (м, 4Н), 6,39 (д, J=9,3 Гц, 1H), 5,06 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,97-4,91 (м, 1Н), 4,76 (с, 2Н), 4,36 (с, 1H), 3,12 (д, J=8,9 Гц, 3Н), 2,54 (с, 3Н), 2,37 (с, 3Н), 2,05-1,97 (м, 1H), 1,97-1,93 (м, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,41 (с, 3Н), 1,09 (д, J=3,5 Гц, 9Н), 0,91 (тк, J=10,8, 4,9 Гц, 6Н). C43H58N4O5S рассч. м/з = 742,41 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 743,44, [M+Na]+ = 765,41.
Пример 3.104: (S,E)-N-(Бензилсульфонил)-4-((S)-2-((S)-3-(4-метоксифенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 14 из защищенного с помощью Boc Примера 3.99. Основной диастереомер: 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,44 (дд, J=12,9, 8,6 Гц, 2Н), 7,40-7,34 (м, 5Н), 7,00 (т, J=8,4 Гц, 2Н), 6,38 (д, J=9,2 Гц, 1Н), 5,05 (т, J=9,9 Гц, 1Н), 4,93 (с, 1Н), 4,75 (д, J=1,8 Гц, 2Н), 4,29 (с, 1H), 3,84 (с, 3Н), 3,12 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,04-1,98 (м, 1H), 1,95 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,45 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,92-0,86 (м, 6Н). Минорный диастереомер: 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,44 (дд, J=12,9, 8,6 Гц, 2Н), 7,40-7,34 (м, 5Н), 7,00 (т, J=8,4 Гц, 2Н), 6,38 (д, J=9,2 Гц, 1H), 4,99 (т, J=10,1 Гц, 1Н), 4,93 (с, 1H), 4,75 (д, J=1,8 Гц, 2Н), 4,26 (с, 1H), 3,82 (с, 3Н), 3,11 (с, 3Н), 2,47 (с, 3Н), 2,04-1,98 (м, 1Н), 1,92 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,53 (с, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 0,94 (с, 9Н), 0,92-0,86 (м, 6Н). C35H52N4O6S рассч. м/з = 656,36 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 657,35, [M+Na]+ = 679,25.
Пример 3.105: (S,E)-N-(Бензилсульфонил)-4-((S)-2-((R)-3-(3-метоксифенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Общей процедурой 14 из защищенного с помощью Boc (S,E)-N-(бензилсульфонил)-4-((S)-2-((S)-3-(3-бромфенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-енамида. Два диастереомерных продукта получали из содержащего диастереомерные примеси исходного материала и были разделяемыми с помощью преп. ВЭЖХ. Основной диастереомер: 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,51-7,32 (м, 6Н), 7,14-7,07 (м, 1H), 7,06 (т, J=2,2 Гц, 1Н), 6,98-6,90 (м, 1Н), 6,38 (дд, J=9,6, 1,7 Гц, 1Н), 4,99 (т, J=10,3 Гц, 1Н), 4,93 (с, 1Н), 4,75 (д, J=1,8 Гц, 2Н), 4,32 (с, 1Н), 3,85 (с, 3Н), 3,11 (с, 3Н), 2,47 (с, 3Н), 2,04-1,96 (м, 1H), 1,93 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,54 (с, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 0,96 (с, 9Н), 0,89 (дд, J=6,6, 3,4 Гц, 6Н). Минорный диастереомер: соответствует Примеру 3.106 (непосредственно следующий) в случае спектральных данных 1Н ЯМР C35H52N4O6S рассч. м/з = 656,36 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 657,36, [M+Na]+ = 679,29.
Пример 3.106: (S,E)-N-(Бензилсульфонил)-4-((S)-2-((S)-3-(3-метоксифенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с Примером 3.105. Два диастереомерных продукта получали из содержащего диастереомерные примеси исходного материала и были разделяемыми с помощью преп. ВЭЖХ. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,39 (д, J=5,5 Гц, 6Н), 7,11 (дд, J=4,9, 2,8 Гц, 3Н), 6,38 (д, J=9,4 Гц, 1Н), 5,06 (д, J=9,5 Гц, 1H), 4,93 (с, 1Н), 4,76 (с, 2Н), 4,35 (с, 1Н), 3,86 (с, 3Н), 3,13 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,05-1,97 (м, 1Н), 1,95 (д, J=1,6 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,38 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,90 (т, J=6,6 Гц, 6Н). C35H52N4O6S рассч. м/з = 656,36 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 657,36, [M+Na]+ = 679,32.
Пример 3.107: (S,E)-N-(Бензилсульфонил)-4-((S)-2-((S)-3-(4-(2-гидроксиэтокси)фенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали следующим образом: смесь защищенного с помощью Boc Примера 3.99, CuI (10 мол. %), 3,4,7,8-тетраметил-1,10-фенантролина (20 мол. %), Cs2CO3 (2,5 экв.) и этиленгликоля (90 экв.) перемешивали под N2 при 130°С в течение 20 ч. Получаемую смесь разбавляли с помощью Н2О, аккуратно подкисляли с помощью 1 М лимонной кислоты и экстрагировали с помощью CH2Cl2 (5×). Органические фазы объединяли, промывали раствором соли (1×), высушивали над MgSO4, отфильтровывали, концентрировали in vacuo и очищали посредством колоночной хроматографии на силикагеле (элюировали смесями AcOH/EtOAc/гексаны) для получения продукта перекрестного сочетания, с которого после этого снимали защиту и очищали в соответствии с Общей процедурой 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,46 (д, J=8,8 Гц, 2Н), 7,38 (д, J=2,5 Гц, 5Н), 7,05 (д, J=8,4 Гц, 2Н), 6,38 (д, J=9,5 Гц, 1Н), 5,05 (т, J=10,1 Гц, 1Н), 4,93 (с, 1Н), 4,76 (с, 2Н), 4,28 (д, J=11,0 Гц, 1H), 4,13-4,04 (м, 2Н), 3,90 (т, J=4,6 Гц, 2Н), 3,12 (д, J=6,2 Гц, 3Н), 2,50 (д, J=16,9 Гц, 3Н), 2,05-1,97 (м, 1Н), 1,94 (д, J=11,0 Гц, 3Н), 1,56-1,34 (м, 6Н), 1,09 (с, 9Н), 0,90 (т, J=6,4 Гц, 6Н). C36H54N4O7S рассч. м/з = 686,37 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 687,42, [M+Na]+ = 709,37.
Пример 3.108: S-2-(4-((S)-4-((S)-1-(((S,E)-2,5-Диметил-6-оксо-6-(бензилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-иламино)-2-метил-3-(метиламино)-4-оксобутан-2-ил)фенокси)этилэтантиоат.
Указанное в названии соединение получали следующим образом: Трибутилфосфин (6 экв.) добавляли к холодному (0°С) перемешиваемому раствору ди-трет-бутилазодикарбоксилата (6 экв.) в ТГФ. Спустя 0,5 ч, добавляли раствор защищенного с помощью Boc Примера 3.107 (1 экв.) в ТГФ, а после чего раствор AcSH (4,5 экв.) в ТГФ. Бледно-желтую смесь перемешивали при 0°С в течение 1 ч., затем при температуре окружающей среды в течение 23 ч. Получаемую смесь концентрировали in vacuo, растворяли in EtOAc и последовательно промывали с помощью 1М HCl (2×), нас-го NH4Cl (1×) и раствора соли (1×). Органические фазы высушивали над MgSO4, отфильтровывали, концентрировали in vacuo и очищали посредством колоночной хроматографии на силикагеле (элюировали AcOH/EtOAc/гексаны mixtures) для получения Вос-защищенного тиоацетатного продукта (ВЭЖХ/MS-[M+Na]+ = 867,47). Тиоацетат растворяли в CH2Cl2 и обрабатывали с помощью TFA. После перемешивания в течение 1 ч., реакционную смесь концентрировали in vacuo. Желтый/коричневый остаток растворяли в минимальном количестве CH2Cl2, охлаждали до 0°С и обрабатывали эфиром для осаждения желаемого аминотиоацетата в виде белесоватого твердого вещества в 10% выхода за два этапа синтеза. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,46 (д, J=8,7 Гц, 2Н), 7,38 (д, J=2,4 Гц, 5Н), 7,03 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 6,38 (д, J=9,5 Гц, 1Н), 5,05 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,93 (с, 1Н), 4,75 (с, 2Н), 4,27 (д, J=11,4 Гц, 1Н), 4,14 (т, J=6,6 Гц, 2Н), 3,28 (т, J=6,6 Гц, 2Н), 3,11 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 2,49 (д, J=15,5 Гц, 3Н), 2,38 (с, 3Н), 2,05-1,97 (м, 1Н), 1,95 (с, 3Н), 1,45 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,08 (с, 9Н), 0,96-0,85 (м, 6Н). C38H56N4O7S2 рассч. м/з = 744,36 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 745,39, [M+Na]+ = 777,32.
Пример 3.109: (S,E)-4-((S)-2-((S)-3-(4-(2-Аминоэтокси)фенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-N-(бензилсульфонил)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали следующим образом: Et3N (4 экв.) добавляли к холодному (0°С) перемешиваемому раствору MsCl (3,7 экв.) в CH2Cl2. Спустя 2 мин., добавляли раствор защищенного с помощью Boc Примера 3.107 в CH2Cl2. Бледно-желтую смесь перемешивали на холоде в течение 5 мин. и затем при температуре окружающей среды в течение 72 ч. Получаемую смесь разбавляли с помощью ЕtOАс и последовательно промывали с помощью 1М лимонной кислоты (1×), 1М NaHCO3 (1×) и раствора соли (1×). Органические фазы высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали in vacuo для получения мезилатного спирта (ВЭЖХ/MS-[M+Na]+ = 887,42), который применяли на следующем этапе без дополнительной очистки.
Мезилат растворяли в DMF и обрабатывали с помощью NaN3 (7 экв.). Получаемую суспензию перемешивали при температуре окружающей среды в течение 18 ч. и затем при 60°С в течение 5 ч. Реакционную смесь разбавляли с помощью Н2О, подкисляли с помощью 1 М НС1 и экстрагировали с помощью CH2Cl2 (4×). Объединенные органические слои высушивали над MgSO4, отфильтровывали и концентрировали in vacuo для получения азидо продукта (ВЭЖХ/MS-[M+Na]+ = 834,44), который применяли на следующем этапе без дополнительной очистки.
Азид растворяли в ТГФ/Н2О (10:1) и обрабатывали с помощью трибутилфосфина (3,5 экв.). Смесь перемешивали при температуре окружающей среды в течение 21 ч. и затем концентрировали in vacuo. Получаемый остаток растворяли в EtOAc и последовательно промывали с помощью 1 М HCl (3×), 1 М NaHCO3 (3×), H2O (2×) и раствора соли (2×). Органические фазы высушивали над MgSO4, отфильтровывали, концентрировали in vacuo и очищали посредством колоночной хроматографии на силикагеле (элюировали смесями МеОН/CH2Cl2) для получения первичного амина в виде белого твердого вещества (ВЭЖХ/MS-[M+H]+ = 786,45).
Амин растворяли в CH2Cl2 и обрабатывали с помощью TFA. После перемешивания в течение 1 ч., реакционную смесь концентрировали in vacuo. Белесоватый твердый остаток растворяли в минимальном количестве МеОН, охлаждали до 0°С и обрабатывали эфиром для осаждения желаемого продукта диамина в виде белесоватого твердого вещества в 6% выхода за четыре этапа синтеза. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,50 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 7,37 (с, 5Н), 7,09 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 6,41 (д, J=9,4 Гц, 1Н), 5,02 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,91 (с, 1Н), 4,70 (с, 2Н), 4,27 (т, J=5,0 Гц, 2Н), 3,40 (т, J=5,0 Гц, 2Н), 3,37 (с, 1H), 3,12 (с, 3Н), 2,47 (с, 3Н), 2,06-1,95 (м, 1H), 1,94 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,45 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,08 (с, 9Н), 0,89 (дд, J=9,7, 6,6 Гц, 6Н). C38H55N5O6S рассч. м/з = 685,39 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 686,32, [M+Na]+ = 708,27, [(М+2Н)/2]2+ = 343,77.
Пример 3.110: (S,E)-2,5-Диметил-N-(2-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(2-сульфамоилфенил)ацетамида в соответствии с Общими процедурами 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,27 (д, J=8,4 Гц, 1H), 8,05 (д, J=7,8 Гц, 1Н), 7,67 (т, J=7,9 Гц, 1Н), 7,54 (д, J=8,1 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=1,1 Гц, 2Н), 7,40 (дт, J=13,3, 7,4 Гц, 2Н), 6,57 (д, J=9,2 Гц, 1Н), 4,92 (с, 2Н), 4,34 (с, 1Н), 3,17 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,06 (м, 1Н), 1,87 (д, J=1,3 Гц, 3Н), 1,45 (с, 3Н), 1,33 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,6, 3,5 Гц, 6Н). 19F ЯМР (377 МГц, метанол-d4) δ-76,96,-77,73. C35H48F3N5O6S рассч. м/з = 723,33 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 723,34, [M+Na]+ = 746,23.
Пример 3.111: (S,E)-N-(2-Аминофенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(2-сульфамоилфенил)ацетамида в соответствии с Общими процедурами 9, 10 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,75 (дд, J=8,2, 1,5 Гц, 1Н), 7,55 (д, J=7,8 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=1,1 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,4 Гц, 1H), 7,33-7,27 (м, 1H), 6,81 (д, J=8,2 Гц, 1Н), 6,69 (т, J=7,5 Гц, 1Н), 6,49 (дд, J=9,1, 1,5 Гц, 1Н), 4,97 (т, J=10,1 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1Н), 4,35 (с, 1H), 3,17 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,07 (м, 1H), 1,88 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,92 (т, J=6,8 Гц, 6Н). C33H49N5O5S рассч. м/з = 627,35 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 628,36, [M+Na]+ = 650,37, [(М+2Н)/2]2+ = 314,76.
Пример 3.112: (S,E)-N-(Бифенил-4-илсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали с применением из защищенного с помощью Boc Примера 3.69 с фенилбороновой кислотой в соответствии с Общими процедурами 13 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,12 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 7,83 (д, J=8,4 Гц, 2Н), 7,71 (д, J=7,7 Гц, 2Н), 7,52 (дд, J=11,6, 7,6 Гц, 4Н), 7,45 (т, J=7,3 Гц, 3Н), 7,36 (т, J=7,2 Гц, 1Н), 6,52 (д, J=9,4 Гц, 1H), 4,96 (т, J=9,5 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1Н), 4,33 (с, 1H), 3,18 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,14-2,03 (м, 1Н), 1,88 (с, 3Н), 1,45 (с, 3Н), 1,35 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (т, J=6,9 Гц, 6Н). C39H52N4O5S рассч. м/з = 688,37 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 689,10, [M+Na]+ = 711,32.
Пример 3.113: (S,E)-N-(4'-Аминобифенил-4-илсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из защищенного с помощью Boc Примера 3.81 с 4-(трет-бутоксикарбониламино)фенилбороновой кислотой в соответствии с Общими процедурами 13 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,05 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 7,75 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 7,59-7,51 (м, 4Н), 7,45 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,36 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,91 (д, J=8,3 Гц, 2Н), 6,50 (д, J=9,1 Гц, 1H), 4,98-4,92 (м, 1H), 4,91 (с, 1Н), 4,34 (с, 1Н), 3,18 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,13-2,03 (м, 1H), 1,88 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,45 (с, 3Н), 1,35 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,92 (т, J=6,2 Гц, 6Н). C39H53N5O5S рассч. м/з = 703,38 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 704,26, [M+Na]+ = 726,41, [(М+2Н)/2]2+ = 352,77.
Пример 3.114: (S,E)-N-(4-Фторбензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 4-фторбензилсульфонамида в соответствии с Общими процедурами 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,60-7,52 (м, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,44-7,34 (м, 3Н), 7,18-7,05 (м, 2Н), 6,41 (дд, J=9,5, 1,7 Гц, 1Н), 5,06 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,94 (с, 1H), 4,74 (с, 2Н), 4,35 (с, 1H), 3,13 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,07-1,97 (м, 1H), 1,95 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,90 (т, J=6,3 Гц, 6Н). C34H49FN4O5S рассч. м/з = 644,34 обнаружено [М+Н]+ = 645,32.
Пример 3.115: (S,E)-2,5-Диметил-N-(3-(трифторметил)бензилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 3-трифторбензилсульфонамида в соответствии с Общими процедурами 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,74-7,64 (м, 3Н), 7,61 (д, J=7,7 Гц, 1Н), 7,60-7,54 (м, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,42 (дд, J=9,4, 1,7 Гц, 1H), 5,06 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,93 (с, 1Н), 4,36 (с, 1H), 3,13 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,07-1,97 (м, 1Н), 1,95 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,08 (с, 9Н), 0,89 (д, J=6,5 Гц, 6Н). C35H49F3N4O5S рассч. м/з = 694,34 обнаружено [М+Н]+ = 695,38.
Пример 3.116: (S,E)-2,5-Диметил-N-(3-(трифторметокси)бензилсульфонил)-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 3-трифторметоксибензилсульфонамида в соответствии с Общими процедурами 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,56 (д, J=7,8 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,9 Гц, 3Н), 7,43-7,36 (м, 2Н), 7,32 (д, J=9,3 Гц, 2Н), 6,43 (дд, J=9,4, 1,7 Гц, 1Н), 5,06 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,93 (с, 1Н), 4,82 (с, 2Н), 4,35 (с, 1H), 3,13 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,07-1,97 (м, 1H), 1,95 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,08 (с, 9Н), 0,90 (дд, J=6,6,4,3 Гц, 6Н). C35H49F3N4O6S рассч. м/з = 710,33 обнаружено [М+Н]+ = 711,38.
Пример 3.117: (S,E)-N-(3,4-Дихлорбензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 3,4-дихлорбензилсульфонамида в соответствии с Общими процедурами 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,56 (тд, J=5,2, 4,5, 1,9 Гц, 4Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,3 Гц, 1H), 7,33 (дд, J=8,4, 2,1 Гц, 1Н), 6,41 (дд, J=9,5, 1,8 Гц, 1Н), 5,06 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,93 (с, 1Н), 4,77 (с, 2Н), 4,36 (с, 1H), 3,14 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,07-1,97 (м, 1Н), 1,95 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,08 (с, 9Н), 0,90 (дд, J=6,6,4,9 Гц, 6Н). C34H48Cl2N4O5S рассч. м/з = 694,27 обнаружено [М+Н]+ = 695,32.
Пример 3.118: (S,E)-N-(2-Цианобензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2-цианобензилсульфонамида в соответствии с Общими процедурами 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,81 (дд, J=7,7, 1,3 Гц, 1Н), 7,72 (тд, J=7,7, 1,3 Гц, 1Н), 7,66 (д, J=7,7 Гц, 1H), 7,62-7,59 (м, 1Н), 7,58-7,53 (м, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,50 (д, J=9,4 Гц, 1H), 5,08 (дд, J=10,6, 9,3 Гц, 1H), 4,99 (с, 2Н), 4,95 (с, 1Н), 4,36 (с, 1H), 3,16 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,09-1,99 (м, 1Н), 1,98 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,10 (с, 9Н), 0,94 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,91 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C35H49N5O5S рассч. м/з = 651,35 обнаружено [М+Н]+ = 652,38.
Пример 3.119: (S,E)-N-(3-Хлорбензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 3-хлорбензилсульфонамида в соответствии с Общими процедурами 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,58-7,53 (м, 2Н), 7,48 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,43-7,34 (м, 4Н), 7,32 (д, J=7,5 Гц, 1Н), 6,42 (д, J=9,5 Гц, 1Н), 5,06 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,94 (с, 1H), 4,74 (с, 2Н), 4,33 (с, 1Н), 3,13 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,07-1,97 (м, 1Н), 1,95 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,08 (с, 9Н), 0,90 (т, J=7,2 Гц, 6Н). C34H49ClN4O5S рассч. м/з = 660,31 обнаружено [М+Н]+ = 661,32.
Пример 3.120: (107) (S,E)-N-(4-Амино-2-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2-этилбензилсульфонамида в соответствии с Общими процедурами 9 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,79 (д, J=8,7 Гц, 1Н), 7,55 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,4 Гц, 1Н), 6,57 (д, J=2,3 Гц, 1H), 6,54 (дд, J=8,8, 2,4 Гц, 1Н), 6,46 (д, J=9,4 Гц, 1H), 5,01 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1Н), 4,34 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,99-2,90 (м, 2Н), 2,50 (с, 3Н), 2,11-2,00 (м, 1H), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,38 (с, 3Н), 1,22 (т, J=7,5 Гц, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,6 Гц, 6Н). C35H53N5O5S рассч. м/з = 655,38 обнаружено [М+Н]+ = 656,4.
Пример 3.121: (S,E)-N-(4-Амино-3-(трифторметокси)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоил-2-(трифторметокси)фенил)ацетамида в соответствии с Общими процедурами 9, 10 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,81-7,75 (м, 1Н), 7,71 (дд, J=8,7, 2,1 Гц, 1Н), 7,55 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,1 Гц, 1H), 6,89 (д, J=8,7 Гц, 1H), 6,51-6,42 (м, 1H), 4,98 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,92 (т, J=4,1 Гц, 1H), 4,37 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,12-2,01 (м, 1H), 1,88 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (дд, J=6,6 Гц, 6Н). C34H48F3N5O6S рассч. м/з = 711,33 обнаружено [М+Н]+ = 712,4.
Пример 3.122: (S,E)-N-(4-Амино-2,3-диметилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоил-2,3-диметилфенил)ацетамида в соответствии с Общими процедурами 9, 10 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,75 (д, J=8,8 Гц, 1Н), 7,55 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=6,9 Гц, 1H), 6,63 (д, J=8,8 Гц, 1H), 6,46 (д, J=9,7 Гц, 1Н), 5,00 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,93 (с, 1Н), 4,32 (с, 1Н), 3,17 (с, 3Н), 2,54 (с, 3Н), 2,49 (с, 3Н), 2,09 (с, 3Н), 2,08-2,02 (м, 1Н), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (дд, J=6,8, 6,5 Гц, 6Н). C35H53N5O5S рассч. м/з = 655,38 обнаружено [М+Н]+ = 656,4.
Пример 3.123: (S,E)-N-(4-Амино-5,6,7,8-тетрагидронафтален-1-илсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоил-5,6,7,8-тетрагидронафтален-1-ил)ацетамида в соответствии с Общими процедурами 9, 10 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,74 (д, J=8,7 Гц, 1H), 7,55 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,2 Гц, 1H), 6,60 (д, J=8,7 Гц, 1Н), 6,46 (д, J=9,2 Гц, 1Н), 5,00 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,95-4,91 (м, 1Н), 4,36 (с, 1H), 3,17 (с, 3Н), 3,10-3,05 (м, 2Н), 2,51 (с, 3Н), 2,46 (т, J=6,5 Гц, 2Н), 2,10-2,02 (м, 1Н), 1,88 (с, 3Н), 1,87-1,75 (м, 4Н), 1,47 (с, 3Н), 1,38 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (дд, J=7,1 Гц, 6Н). C37H55N5O5S рассч. м/з = 681,39 обнаружено [М+Н]+ = 682,4.
Пример 3.124: (S,E)-N-(4-Амино-3-метилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(2-метил-4-сульфамоилфенил)ацетамида в соответствии с Общими процедурами 9, 10 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,64 (с, 1H), 7,61 (дд, J=8,5, 2,3 Гц, 1H), 7,57-7,51 (м, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,41-7,35 (м, 1H), 6,71 (д, J=8,5 Гц, 1H), 6,43 (дд, J=9,3, 1,6 Гц, 1H), 4,96 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1H), 4,35 (с, 1H), 3,16 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,17 (с, 3Н), 2,10-2,01 (м, 1Н), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,3 Гц, 6Н). C34H51N5O5S рассч. м/з = 641,36 обнаружено [М+Н]+ = 642,4.
Пример 3.125: (S,E)-N-(4-Амино-3-фторфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(2-фтор-4-сульфамоилфенил)ацетамида в соответствии с Общими процедурами 9, 10 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,62-7,55 (м, 3Н), 7,54 (с, 1Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,85 (т, J=8,6 Гц, 1Н), 6,45 (д, J=9,3 Гц, 1Н), 4,98 (т, J=9,9 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1H), 4,34 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,12-2,00 (м, 1H), 1,88 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,8 Гц, 6Н). C33H48FN5O5S рассч. м/з = 645,34 обнаружено [М+Н]+ = 646,4.
Пример 3.126: (S,E)-N-(4-Амино-3-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(2-этил-4-сульфамоилфенил)ацетамида в соответствии с Общими процедурами 9, 10 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,66 (д, J=2,3 Гц, 1Н), 7,61 (дд, J=8,6, 2,3 Гц, 1Н), 7,55 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,71 (д, J=8,5 Гц, 1Н), 6,43 (дд, J=9,3, 1,7 Гц, 1Н), 4,96 (т, J=9,9 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1H), 4,35 (с, 1H), 3,16 (с, 3Н), 2,54 (дд, J=7,4, 2,2 Гц, 2Н), 2,51 (с, 3Н), 2,12-1,99 (м, 1Н), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,27 (т, J=7,5 Гц, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,4 Гц, 6Н) C35H53N5O5S рассч. м/з = 655,38 обнаружено [М+Н]+ = 656,5.
Пример 3.127: (S,E)-N-(4-Амино-3-(трифторметил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение получали из Примера 3.16 и 2,2,2-трифтор-N-(2-трифторметил-4-сульфамоилфенил)ацетамида в соответствии с Общими процедурами 9, 10 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,04 (с, 1Н), 7,87 (д, J=8,8 Гц, 1H), 7,55 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,3 Гц, 2Н), 7,36 (дд, J=14,5, 7,4 Гц, 1Н), 6,89 (д, J=8,9 Гц, 1Н), 6,47 (д, J=9,3 Гц, 1H), 4,99 (т, J=10,2 Гц, 1H), 4,92 (с, 1Н), 4,33 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,11-2,00 (м, 1H), 1,88 (с, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=7,0 Гц, 6Н). C34H48F3N5O5S рассч. м/з = 695,33 обнаружено [М+Н]+ = 696,4.
Пример 3.128: (S)-1-Изопропил-N-((S)-1-(((S,E)-6-(3-меркаптопропилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)пиперидин-2-карбоксамид.
К раствору (S,E)-этил 4-((S)-2-(трет-бутоксикарбониламино)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еноата (0,373 г, 0,905 ммоль) в CH2Cl2 (5 мл) добавляли трифторуксусную кислоту (2 мл). Реакцию контролировали с помощью ВЭЖХ и по завершению превращения исходного материала концентрировали при пониженном давлении. N-изопропилпипеколиновую кислоту (0,200 г, 1,3 экв.) растворяли в CH2Cl2 (5 мл) и перемешивали при 0°С, к ней добавляли HBTU (0,450 г, 1,3 экв.) и N,N-диизопропилэтиламин (0,400 мкл, 2,5 экв.). Спустя 10 минут, указанный выше дипептид с удаленной защитной группой добавляли в виде раствора в CH2Cl2 (~1 мл). Реакционную смесь контролировали с помощью ВЭЖХ до полного превращения дипептида, в то время как всю реакционную смесь концентрировали при пониженном давлении. Неочищенную реакционную смесь растворяли в CH2Cl2 и очищали с помощью хроматографии на силикагеле (1-20% МеОН (5% NH4OH) в CH2Cl2).
Получаемый сложный эфир омыляли с помощью LiOH в 1,4-диоксане. Получаемую карбоновую кислоту (0,128 г, 0,29 ммоль) растворяли в CH2Cl2 (5 мл) и к перемешиваемому раствору добавляли дициклогексилкарбодиимид (0,084 г, 1,4 экв.), N,N-диметиламинопиридин (0,05 г, 1,4 экв.) и 3-(тритилтио)пропан-1-сульфонамид (0,174 г, 1,5 экв.). Получаемую смесь перемешивали в течение ночи и контролировали протекание реакции с помощью ВЭЖХ-МС. Когда реакция завершалась, смесь концентрировали при пониженном давлении и очищали остаток с помощью хроматографии на силикагеле (5-30% МеОН в CH2Cl2) для получения S-тритильного производного родоначального соединения в виде бесцветного масла (0,056 г), 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,44-7,35 (м, 6Н), 7,36-7,15 (м, 9Н), 6,56 (дд, J=9,1, 1,7 Гц, 1H), 5,03 (дд, J=10,6, 9,3 Гц, 1Н), 4,73 (с, 1Н), 4,05 (дд, J=11,5, 3,3 Гц, 1Н), 3,51-3,37 (м, 2Н), 3,25-3,15 (м, 2Н), 3,09 (с, 3Н), 2,92 (тд, J=12,5, 2,9 Гц, 1Н), 2,31 (т, J=7,2 Гц, 2Н), 2,18-1,70 (м, 15Н), 1,61 (ддт, J=12,8, 8,4, 4,9 Гц, 1Н), 1,28 (дд, J=30,1, 6,7 Гц, 7Н), 1,04 (с, 9Н), 0,88 (дд, J=37,3, 6,5 Гц, 6Н).
И, наконец, защищенный тритилом тиол растворяли в CH2Cl2 (3 мл) и добавляли трифторуксусную кислоту (0,6 мл) с триизопропилсиланом (0,1 мл). Реакционную смесь контролировали с помощью ВЭЖХ-МС и по завершению, концентрировали насухо при пониженном давлении. Остаток переносили в CH2Cl2 (~0,8 мл) с парой капель этанола и охлаждали до 0°С в ледяной бане. Холодный диэтиловый эфир (~3 мл) добавляли при интенсивном перемешивании для получения белого преципитата, который собирали с помощью фильтрации на воронке Бюхнера при высушивании в условиях высокого вакуума для получения родоначального соединения в виде аморфного белого твердого вещества. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 6,52 (д, J=9,0 Гц, 1Н), 5,06 (дд, J=10,7, 8,8 Гц, 1Н), 4,73 (с, 1Н), 4,16-4,04 (м, 1H), 3,69-3,56 (м, 2Н), 3,48 (дд, J=13,3, 7,2 Гц, 2Н), 3,15 (с, 3Н), 3,03-2,94 (м, 1H), 2,68 (т, J=6,9 Гц, 1H), 2,24-1,77 (м, 11Н), 1,61 (с, 1H), 1,31 (дд, J=27,2, 6,7 Гц, 6Н), 1,06 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=34,1, 6,6 Гц, 6Н).
Пример 3.129: (S)-N-((S)-1-((S)-2-((E)-3-(3-Меркаптопропилсульфонамидо)-2-метил-3-оксопроп-1-енил)пирролидин-1-ил)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамид.
Указанное в названии соединение синтезировали из Вос-пролин и Примера 3.15 в соответствии с Общими процедурами 15, 16, 9, 10, 12 и другими из Nieman J.A. et al. J. Nat. Prod. 2003, 66, 183-199. Соединение выделяли в виде двух стереоизомеров в соотношении приблизительно 1:1. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,57-7,12 (м, 5Н), 6,39 (дд, J=9,4, 1,6 Гц, 0,5Н), 6,31 (дд, J=8,2, 1,5 Гц, 0,5Н), 4,72 (к, J=7,5 Гц, 0,5Н), 4,66-4,56 (м, 0,5Н), 4,40 (с, 0,5Н), 4,28 (д, J=11,9 Гц, 1Н), 3,81 (м, 0,5Н), 3,76-3,56 (м, 3Н), 2,77-2,64 (м, 2Н), 2,59 (м, 3Н), 2,39-2,22 (м, 1H), 2,18-1,72 (м, 7Н), 1,61-1,33 (м, 6Н), 1,15-0,85 (м, 11Н). C29H46N4O5S2 рассч. м/з = 594,35 обнаружено [М+Н]+ = 595,3.
Пример 3.130: (S)-N-((S)-1-(2-(3-(3-Меркаптопропилсульфонамидо)-2-метил-3-оксопроп-1-енил)пиперидин-1-ил)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамид.
Указанное в названии соединение синтезировали из Вос-гомопролин и Примера 3.15 в соответствии с Общими процедурами 15, 16, 9, 10, 12 и другими из Nieman J.A. et al. J. Nat. Prod. 2003, 66, 183-199. Соединение выделяли в виде двух стереоизомеров в соотношении приблизительно 2:3. 1Н ЯМР (600 МГц, метанол-d4) δ 7,55 (д, J=7,8 Гц, 1Н), 7,46 (м, 3Н), 7,38 (м, 1Н), 6,81 (д, J=8,3 Гц, 0,6Н), 6,79 (д, J=7,8 Гц, 0,4Н), 5,66 (м, 0,6Н), 5,12 (м, 0,4Н), 5,05 (с, 0,6Н), 4,86 (с, 0,4Н), 4,42 (д, J=14,9 Гц, 0,4Н), 4,35 (с, 0,6Н), 4,26 (с, 0,4Н), 4,12 (д, J=13,8 Гц, 0,6Н), 3,64 (д, J=7,6 Гц, 1Н), 3,63 (д, J=7,4 Гц, 1H), 3,39 (м, 0,6Н), 2,94 (тд, J=13,8, 2,6 Гц, 0,4Н), 2,68 (т, J=6,7 Гц, 2Н), 2,56 (м, 3Н), 2,10 (м, 3,5Н), 1,97 (с, 1,5Н), 1,90-1,70 (м, 7Н), 1,65-1,29 (м, 6Н), 1,07 (с, 3,5Н), 1,04 (с, 4,5Н) ч./млн.. C30H47N4O5S2 рассч. м/з = 608,31; обнаружено [М+Н]+ = 609,32.
Пример 3.131: (S)-N-((S)-1-(2-(3-(4-(Меркаптометил)фенилсульфонамидо)-2-метил-3-оксопроп-1-енил)пиперидин-1-ил)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамид.
Указанное в названии соединение синтезировали из Вос-гомопролин и Примера 3.20 в соответствии с Общими процедурами 15, 16, 9, 10, 12 и другими из Nieman J.A. et al. J. Nat. Prod. 2003, 66, 183-199. Соединение выделяли в виде двух стереоизомеров в соотношении приблизительно 2:3. 1Н ЯМР (600 МГц, метанол-d4) δ 8,02 (д, J=8,4 Гц, 0,8Н), 8,00 (д, J=8,5 Гц, 1,2Н), 7,58 (д, J=8,5 Гц, 1Н), 7,54 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 7,45 (т, J=8,2 Гц, 2Н), 7,40 (д, J=7,2 Гц, 0,6Н), 7,36 (м, 1Н), 7,31 (т, J=7,1 Гц, 0,4Н), 6,74 (д, J=8,2 Гц, 1H), 5,59 (м, 0,6Н), 5,06 (м, 0,4Н), 5,02 (с, 0,6Н), 4,84 (с, 0,4Н), 4,39 (д, J=12,5 Гц, 0,4Н), 4,34 (с, 0,6Н), 4,20 (с, 0,4Н), 4,08 (д, J=12,0 Гц, 0,6Н), 3,83 (с, 1,2Н), 3,73 (с, 0,8Н), 3,35 (м, 0,6Н), 2,93 (тд, J=13,6, 3,0 Гц, 0,4Н), 2,55 (м, 3Н), 2,00 (с, H), 1,90-1,51 (м, 7Н), 1,51-1,30 (м, 4Н), 1,30 (с, 1Н), 1,15 (с, 1Н), 1,04 (с, 3,5Н), 1,01 (с, 4,5Н) ч./млн. C34H47N4O5S2 рассч. м/з = 656,31; обнаружено [М+Н]+ = 657,30.
Пример 3.132: MC-VC-PABC-3.90.
Указанное в названии соединение получали с помощью применения Общих процедур 20 и 12 из защищенного с помощью Boc Примера 3.90. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,58 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,49 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,36-7,24 (м, 6Н), 7,22 (д, J=7,8 Гц, 2Н), 6,81 (с, 2Н), 6,57 (д, J=9,1 Гц, 1Н), 5,08 (с, 2Н), 5,04 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,91 (с, 1H), 4,53 (дд, J=9,0, 5,1 Гц, 1H), 4,40 (с, 2Н), 4,28 (с, 2Н), 4,19 (д, J=7,4 Гц, 1H), 3,49 (т, J=7,1 Гц, 2Н), 3,26-3,11 (м, 2Н), 3,07-2,93 (м, 3Н), 2,30 (т, J=7,4 Гц, 2Н), 2,18 (с, 3Н), 2,15-2,05 (м, 1Н), 1,99-1,91 (м, 1Н), 1,89 (с, 3Н), 1,83-1,72 (м, 1Н), 1,72-1,53 (м, 7Н), 1,44 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,35-1,27 (м, 2Н), 1,03 (с, 9Н), 1,00 (д, J=6,8 Гц, 3Н), 0,99 (д, J=6,7 Гц, 3Н), 0,88 (д, J=6,5 Гц, 3Н), 0,82 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C64H91N11O13S рассч. м/з = 1253,7; обнаружено [М+Н]+ = 1254,8.
Пример 3.133: 4-((R)-2-((R)-2-(6-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)бензил 4-(N-((S,E)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)бензилкарбамат (MC-VC-РАВС-3.98).
Указанное в названии соединение получали с помощью применения Общих процедур 20 и 12 по отношению к защищенному с помощью Boc Примера 3.98. C63H89N11O13S рассч. м/з = 1239,6; обнаружено [М+Н]+ = 1240,9.
Пример 3.134: MC-VC-PABC-3.93.
Указанное в названии соединение получали с помощью применения Общих процедур 20 и 12 по отношению к защищенному с помощью Boc Примера 3.93. C63H89N11O13S рассч. м/з = 1239,6; обнаружено [М+Н]+ = 1240,9.
Пример 3.135: MC-VC-PABC-3.54.
Указанное в названии соединение получали с помощью применения Общей процедуры 20 по отношению к защищенному с помощью Boc Примера 3.54. C64H91N11O13S рассч. м/з = 1253,65; обнаружено [М+Н]+ = 1254,75, [М+2Н]2+ = 628,20.
Пример 3.136: (R)-N-(Бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гексанамид.
Суспензию Примера 3.27 и 10% палладиевого катализатора на углеродном носителе (25 мол. % Pd) в ледяной уксусной кислоте перемешивали под атмосферой H2 (1 атм.) при температуре окружающей среды. Спустя 142 ч., реакционную смесь суспензию пропускали сквозь слой Celite, промывали с помощью МеОН (5×) и концентрировали in vacuo. Оставшуюся светло-коричневый неочищенную пленку растворяли и очищали с помощью препаративной ВЭЖХ (30-70% MeCN/H2O с 0,1% TFA) и лиофилизировали для получения одного диастереомера восстановленного продукта в виде бледно-желтого твердого вещества в 15% выхода 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,55 (д, J=7,2 Гц, 2Н), 7,46 (т, J=7,8 Гц, 2Н), 7,43-7,31 (м, 6Н), 5,01 (с, 1Н), 4,79 (д, J=14,1 Гц, 1Н), 4,65 (д, J=14,1 Гц, 1H), 4,35 (с, 1H), 4,24 (с, 1H), 3,07 (с, 3Н), 2,52 (с, 3Н), 2,27 (м, J=10,3, 7,0, 3,2 Гц, 1Н), 2,14 (ддд, J=13,5, 10,6, 2,7 Гц, 2Н), 1,78 (д, J=8,6 Гц, 1Н), 1,47 (с, 3Н), 1,34 (с, 3Н), 1,15 (д, J=6,9 Гц, 3Н), 1,14 (с, 9Н), 1,04 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,82 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C34H52N4O5S рассч. м/з = 628,37 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 629,6, [M+Na]+ = 651.
Пример 3.137: 3-Метил-3-(4-бромфенил)-бутановая кислота.
К энергично перемешиваемому раствору бромбензола (4,70 г, 30,0 ммоль) и 3,3-диметилакриловой кислоты (1,00 г, 10,0 ммоль) в 20 мл CH2Cl2 охлаждали до -10°С в NH4Cl (водн.)/ледяной бане, порционно добавляли твердый AlCl3, поддерживая внутреннюю температуру ниже -5°С. Раствор желтел, затем, после добавления, становился коричневым. Спустя один час, анализ с помощью ЖХ и ТСХ показывает полное расходование ключевого компонента реакции. Реакционную смесь затем гасили с помощью добавления 1 М лимонной кислоты, что вызывает обесцвечивание коричневого цвета до желтого. Получаемую полужидкую суспензию экстрагировали четыре раза с помощью 20 мл Et2O, объединенные органические слои промывали с помощью NaCl (нас), высушивали над Na2SO4(н) и концентрировали in vacuo с нагреванием до 45°С для удаления растворителя и остаточного бромбензола. Получаемое масло затвердевало медленно. Перекристаллизация неочищенного твердого вещества в гексанах давала указанное в названии соединение (1,29 г, 50%) в виде кластеров белых призм. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ (ч./млн.) 7,42 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 7,23 (д, J=8,6 Гц, 2Н), 2,63 (с, 2Н), 1,43 (с, 6Н). C11H13BrO2 рассч. [М+Н]+ = 257,02 а.е.м.; обнаружено м/з = 257,03. Rf = 0,21 (20% (2% АсОН/EtOAc)/Гекс.).
Пример 3.138: 3-Метил-3-(3-бромфенил)-бутановая кислота.
Указанное в названии соединение получали таким же образом, что и 3-метил-3-фенилбутановую кислоту в Nieman J.A., et al. J. Nat. Prod. 2003, 66, 183-199, с применением бромбензола вместо бензола в качестве растворителя и заменяя кислотно-щелочную обработку с помощью простой экстракции реакционной смеси из 1М лимонной кислоты и трех последовательных перекристаллизаций из гексанов. Из неочищенного продукт, обогащенного желаемым мета-изомером в виде смеси 2:1, указанное в названии соединение может быть получено в виде белых коротких игл с чистотой более 95%. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ (ч./млн.) 7,49 (т, J=1,9 Гц, 1Н), 7,34 (ддд, J=7,9, 1,9, 1,0 Гц, 1Н), 7,29 (ддд, J=7,9, 1,9, 1,0 Гц, 1Н), 7,18 (т, J=7,9 Гц, 1Н), 2,64 (с, 2Н), 1,44 (с, 6Н). C11H13BrO2 рассч. [М+Н]+ = 257,02 а.е.м.; обнаружено м/з = 257,01. Rf = 0,21 (20% (2% АсОН/EtOAc)/Гекс.).
Пример 3.139: (S)-Метил-3-(4-бромфенил)-2-(трет-бутоксикарбонил(метил)амино)-3-метилбутаноат.
Указанное в названии соединение синтезировали из Примера 3.137 в соответствии с последовательностью процедур, описанных Nieman et al. в случае синтеза (S)-метил 2-(трет-бутоксикарбонил(метил)амино)-3-метил-3-фенилбутаноата.
Пример 3.140: (S)-2-((трет-Бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-(4-((14-гидрокси-3,6,9,12-тетраоксатетрадецил)окси)фенил)-3-метилбутановая кислота.
К перемешиваемому раствору Примера 3.81 (157 мг, 0,405 ммоль) в пентаэтиленгликоле (1,5 мл) добавляли CsCO3 (330 мг, 1,01 ммоль), 3,4,7,8-тетраметил-1,10-фенантролин (57 мг, 0,24 ммоль) и CuI (23 мг, 0,12 ммоль). Колбу продували азотом, затем ее запечатывали и нагревали до 130°С, раствор быстро краснел, становился коричневым, чернел. Спустя 40 ч., реакция казалась практически завершенной с помощью анализа ВЭЖХ. Таким образом, смесь оставляли охлаждаться до температуры окружающей среды, разбавляли с помощью H2O и переносили в большую колбу Эрленмейера с мешалкой. Эту смесь осторожно подкисляли до pH~3 с помощью 1М лимонной кислоты, обращая внимание на то, чтобы не допустить перетекание пенной смеси. Смесь затем экстрагировали пять раз с помощью CH2Cl2, объединенные органические экстракты промывали с помощью NaCl (нас), высушивали над Na2SO4 (н) и концентрировали in vacuo для получения около 300 мг неочищенного масла. Очистка с помощью флэш-хроматографии (1-10% МеОН/(2% АсОН/EtOAc)) давала указанное в названии соединение (66 мг, 30%) в виде прозрачной пленки, которая существовала как совокупность N-Boc ротамеров в соотношении приблизительно 2:1. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ (ч./млн.) 7,35 (д, J=7,8 Гц, 1,3Н), 7,30 (д, J=7,6 Гц, 0,7Н), 6,87 (д, J=7,1 Гц, 2Н), 5,07 (с, 0,7Н), 4,93 (с, 0,3Н), 4,14 (м, 2Н), 3,86 (м, 2Н), 3,70 (м, 16Н), 2,83 (с, 1Н), 2,72 (с, 2Н), 1,54 (с, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,45 (с, 9Н). C27H45NO10 рассч. [М+Н]+ = 544,31 а.е.м.; обнаружено м/з = 544,36. Rf = 0,36 (5% МеОН/(2% АсОН/EtOAc)).
Пример 3.141: (S)-2-((трет-Бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-(4-(2-(2-(2-(2-гидроксиэтокси)этокси)этокси)этокси)фенил)-3-метилбутановая кислота.
Указанное в названии соединение получали в соответствии с указанным выше способом из Примера 3.81 (132 мг, 0,341 ммоль), CsCO3 (278 мг, 0,853 ммоль), 3,4,7,8-тетраметил-1,10-фенантролина (24 мг, 0,10 ммоль) и CuI (10 мг, 0,051 ммоль). Флэш-хроматография (1-10% МеОН/(2% АсОН/EtOAc)) давала указанное в названии соединение (66 мг, 38%) в виде прозрачного масла в соотношении N-Boc ротамеров приблизительно 2:1. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ (ч./млн.) 7,34 (д, J=8,4 Гц, 1,3Н), 7,29 (д, J=8,1 Гц, 0,7Н), 6,85 (д, J=8,4 Гц, 2Н), 5,05 (с, 0,7Н), 4,91 (с, 0,3Н), 4,13 (т, J=4,6 Гц, 2Н), 3,87-3,79 (м, 2Н), 3,76-3,60 (м, 10Н), 3,59 (т, J=4,1 Гц, 2Н), 2,80 (с, 1Н), 2,69 (с, 2Н), 1,53 (с, 3Н), 1,48 (с, 3Н), 1,44 (с, 9Н). C25H41NO9 рассч. [М+Н]+ = 500,29 а.е.м.; обнаружено м/з = 500,36. Rf = 0,46 (5% МеОН/(2% АсОН/EtOAc)).
Пример 3.142: (S)-3-(3-((14-Гидрокси-3,6,9,12-тетраоксатетрадецил)окси)фенил)-3-метил-2-(метиламино)бутановая кислота.
Прекурсор указанного в названии соединения, (S)-3-(3-бромфенил)-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-метилбутановую кислоту, получали из Примера 3.138, следуя процедурам, описанным в Neiman et al. Таким образом, следуя описанным выше процедурам, из (S)-3-(3-бромфенил)-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-метилбутановой кислоты (166 мг, 0,43 ммоль), CsCO3 (330 мг, 1,01 ммоль), 3,4,7,8-тетраметил-1,10-фенантролина (31 мг, 0,13 ммоль) и CuI (12,3, 0,060 ммоль) в 1,5 мл пентаэтиленгликоля нагревали до 130°С в течение двух дней, указанное в названии соединение (73 мг, 31%) получали в виде прозрачного масла после флэш-хроматографии (1-10% МеОН/(2% АсОН/EtOAc)) в соотношении N-Boc ротамеров приблизительно 2:1. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ (ч./млн.) 7,17 (т, J=7,8 Гц, 1Н), 7,14-7,07 (м, 1Н), 7,07-6,93 (м, 2Н), 6,74 (д, J=8,0 Гц, 1H), 5,11 (с, 0,7Н), 4,93 (с, 0,3Н), 4,25-4,03 (м, 2Н), 3,91-3,77 (м, 2Н), 3,78-3,66 (м, 2Н), 3,69-3,43 (с, 14Н), 2,72 (с, 1H), 2,65 (с, 1Н), 1,51 (с, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,45 (с, 9Н). C27H45NO10 рассч. [М+Н]+ = 544,31 а.е.м.; обнаружено м/з = 544,34.
Пример 3.143: (6S,9S,12S,E)-Этил-9-(трет-бутил)-12-изопропил-2,2,5,11,14-пентаметил-4,7,10-триоксо-6-(2-(4-((16-оксо-3,6,9,12-тетраокса-15-тиагептадецил)окси)фенил)пропан-2-ил)-3-окса-5,8,11-триазапентадец-13-ен-15-оат.
(S)-2-((трет-Бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-(4-((14-гидрокси-3,6,9,12-тетраоксатетрадецил)окси)фенил)-3-метилбутановую кислоту (65 мг, 0,120 ммоль) сочетали с (S,E)-этил 4-((S)-2-амино-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еноатом с помощью HATU и DIPEA, следуя той же стехиометрии и процедуре, что и описаны в общих процедурах сочетания в Nieman et al., для получения промежуточного свободного спирта после очистки с помощью флэш-хроматографии (1-10% МеОН/(2% АсОН/EtOAc)). Далее, к трифенилфосфину (40 мг, 0,15 ммоль) в 0,75 мл ТГФ под N2 при 0°С добавляли ди-трет-бутилазодикарбоксилат (35 мг, 0,15 ммоль) в виде одной порции. Спустя 35 минут, выпадает белый осадок, а реакционную смесь стало трудно размешивать. К этой суспензии добавляли раствор промежуточного спирта (42 мг, 0,050 ммоль) в 0,75 мл ТГФ, разбавляя преципитат достаточным для восстановления перемешивания образом. Спустя пять минут, добавляли тиоуксусную кислоту (5,7 мг, 0,075 ммоль) в 0,05 мл ТГФ, в результате чего весь желтый цвет в смеси обесцвечивался. Спустя 30 мин., реакционной смеси давали возможность нагреться до температуры окружающей среды. Осадок исчезал спустя еще 15 мин., а анализ с помощью ТСХ и ЖХМС показывал почти полное превращение. Спустя еще 40 минут, реакционную смесь концентрировали in vacuo, затем подвергали непосредственно флэш-хроматографии (40-100% EtOAc/Гекс. затем до 10% MeOH/EtOAc) для получения указанного в названии соединения (26 мг, 57%) в виде прозрачной пленки. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ (ч./млн.) 7,43 (д, J=8,4 Гц, 1,3Н), 7,31 (д, J=8,3 Гц, 0,7Н), 6,97-6,72 (м, 2Н), 6,62 (дд, J=9,3, 1,6 Гц, 1Н), 6,14 (д, J=9,6 Гц, 1Н), 5,22 (с, 0,7Н), 5,12-4,99 (м, 1Н), 4,84 (с, 0,3Н), 4,69 (д, J=9,3 Гц, 0,3Н), 4,60 (д, J=8,9 Гц, 0,7Н), 4,19 (к, J=7,2 Гц, 2Н), 4,09 (тд, J=4,6, 2,3 Гц, 2Н), 3,84 (т, J=4,9 Гц, 2Н), 3,77-3,70 (м, 2Н), 3,70-3,61 (м, 10Н), 3,59 (т, J=6,4 Гц, 2Н), 3,07 (т, J=6,4 Гц, 2Н), 2,97-2,91 (м, 3Н), 2,84 (с, 3Н), 2,32 (с, 3Н), 1,87 (с, 3Н), 1,49 (с, 3Н), 1,43 (с, 9Н), 1,35 (с, 3Н), 1,30 (т, J=7,1 Гц, 3Н), 0,87 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,80 (д, J=16,6 Гц, 3Н), 0,77 (с, 9Н). C46H77N3O12S рассч. [М+Н]+ = 896,53 а.е.м.; обнаружено м/з = 896,77. Rf = 0,56 (80% EtOAc/Гекс.).
Пример 3.144: (6S,9S,12S,E)-Этил 9-(трет-бутил)-12-изопропил-2,2,5,11,14-пентаметил-4,7,10-триоксо-6-(2-(4-((13-оксо-3,6,9-триокса-12-тиатетрадецил)окси)фенил)пропан-2-ил)-3-окса-5,8,11-триазапентадец-13-ен-15-оат.
Указанное в названии соединение получали из (S)-2-((трет-бутоксикарбонил)(метил)амино)-3-(4-(2-(2-(2-(2-гидроксиэтокси)этокси)этокси) этокси)фенил)-3-метилбутановой кислоты (66 мг, 0,065 ммоль) следуя той же процедуре, описанной выше, для получения 32 мг (57%) в виде прозрачной пленки после флэш-хроматографии (20-100% EtOAc/Гекс.) 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ (ч./млн.) 7,44 (д, J=8,5 Гц, 1,3Н), 7,32 (д, J=8,5 Гц, 0,7Н), 6,95-6,77 (м, 2Н), 6,62 (дд, J=9,2, 1,7 Гц, 1H), 6,09 (д, J=9,1 Гц, 1H), 5,24 (с, 0,7Н), 5,13-4,95 (м, 1Н), 4,84 (с, 0,3Н), 4,69 (д, J=9,6 Гц, 0,3Н), 4,60 (д, J=9,0 Гц, 0,7Н), 4,19 (к, J=7,1 Гц, 2Н), 4,09 (тд, J=4,7, 2,4 Гц, 2Н), 3,84 (т, J=4,9 Гц, 2Н), 3,72 (дд, J=5,7, 3,2 Гц, 2Н), 3,70-3,65 (м, 2Н), 3,66-3,62 (м, 4Н), 3,60 (т, J=6,5 Гц, 2Н), 3,09 (т, J=6,5 Гц, 2Н), 2,96-2,88 (м, 3Н), 2,84 (с, 3Н), 2,33 (с, 3Н), 1,88 (д, J=3,5 Гц, 3Н), 1,49 (с, 2Н), 1,43 (д, J=5,5 Гц, 11Н), 1,35 (с, 2Н), 1,30 (т, J=7,1 Гц, 2Н), 0,87 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,80 (д, J=15,9 Гц, 3Н), 0,76 (с, 9Н). C44H73N3O11S рассч. [М+Н]+ = 852,51 а.е.м.; обнаружено м/з = 852,79. Rf = 0,60 (60% EtOAc/Гекс.).
Пример 3.145: (6S,9S,12S,Е)-Этил 9-(трет-бутил)-12-изопропил-2,2,5,11,14-пентаметил-4,7,10-триоксо-6-(2-(3-((16-оксо-3,6,9-триокса-12-тиатетрадецил)окси)фенил)пропан-2-ил)-3-окса-5,8,11-триазапентадец-13-ен-15-оат.
Указанное в названии соединение получали из (S)-3-(3-((14-гидрокси-3,6,9,12-тетраоксатетрадецил)окси)фенил)-3-метил-2-(метиламино)бутановой кислоты (73 мг, 0,080 ммоль), следуя той же процедуре, описанной выше, для получения 66 мг (47%) в виде прозрачной пленки после флэш-хроматографии (20-100% EtOAc/Гекс.). 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ (ч./млн.) 7,25-6,92 (м, 3Н), 6,78-6,70 (м, 1Н), 6,62 (д, J=8,9 Гц, 1Н), 6,12 (д, J=8,9 Гц, 1H), 5,26 (с, 0,7Н), 5,12-4,99 (м, 1Н), 4,89 (с, 0,3Н), 4,74-4,56 (м, 1H), 4,19 (к, J=7,2 Гц, 1H), 4,16-4,03 (м, 2Н), 3,84 (тд, J=5,0, 3,2 Гц, 2Н), 3,77-3,61 (м, 14Н), 3,60 (т, J=6,4 Гц, 2Н), 3,09 (т, J=6,5 Гц, 2Н), 2,97-2,75 (м, 6Н), 2,33 (с, 3Н), 1,91-1,83 (м, 3Н), 1,52-1,35 (м, 16Н), 1,26 (т, J=7,1 Гц, 3Н), 0,87 (д, J=6,0 Гц, 3Н), 0,81 (д, J=12,9 Гц, 3Н), 0,77 (с, 9Н). C46H77N3O12S рассч. [М+Н]+ = 896,53 а.е.м.; обнаружено м/з = 896,68. Rf = 0,61 (75% EtOAc/Гекс.).
Пример 3.146: Дисульфид (S,E)-4-((S)-2-((S)-3-(4-((14-меркапто-3,6,9,12-тетраоксатетрадецил)окси)фенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еновой кислоты.
Указанное в названии соединение получали с помощью омыления, затем TFA способствует удалению Boc, в соответствии с точными способами, описанными в Nieman et al., из (6S,9S,12S,E)-этил 9-(трет-бутил)-12-изопропил-2,2,5,11,14-пентаметил-4,7,10-триоксо-6-(2-(4-((16-оксо-3,6,9,12-тетраокса-15-тиагептадецил)окси)фенил)пропан-2-ил)-3-окса-5,8,11-триазапентадец-13-ен-15-оата (26 мг, 0,029 ммоль) для получения указанного в названии соединения (16 мг, 90%) в виде прозрачного стекла после полного удаления избытка TFA. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ (ч./млн.) 8,43 (д, J=8,1 Гц, 1Н), 7,47 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 7,08-6,94 (м, 2Н), 6,80 (дк, J=9,9, 1,5 Гц, 1Н), 5,08 (т, J=10,1 Гц, 1Н), 4,94 (д, J=8,1 Гц, 1Н), 4,32 (с, 1Н), 4,21-4,12 (м, 2Н), 3,93-3,81 (м, 3Н), 3,76 (т, J=6,4 Гц, 2Н), 3,76-3,72 (м, 2Н), 3,72-3,62 (м, 10Н), 3,17 (с, 3Н), 2,92 (т, J=6,4 Гц, 2Н), 2,61-2,47 (м, 3Н), 2,14-2,00 (м, 1Н), 1,94 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,40 (д, J=7,7 Гц, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,94 (д, J=5,0 Гц, 3Н), 0,92 (д, J=4,8 Гц, 3Н). C74H124N6O18S2 рассч. [М+Н]+ = 1449,85 а.е.м.; обнаружено м/з = 1450,49.
Пример 3.147: (S,E)-4-((S)-2-((S)-3-(4-((14-Меркапто-3,6,9,12-тетраоксатетрадецил)окси)фенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еновая кислота.
Соединение Примера 3.146 восстанавливали в соответствии со способами, приведенными ниже, для получения заявленного соединения.
Пример 3.148: Дисульфид (S,E)-4-((S)-2-((S)-3-(4-(2-(2-(2-(2-меркаптоэтокси)этокси)этокси)этокси)фенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еновой кислоты.
Указанное в названии соединение получали с помощью омыления, затем TFA способствует удалению Boc, в соответствии с точными способами, описанными в Nieman et al., из (6S,9S,12S,E)-этил 9-(трет-бутил)-12-изопропил-2,2,5,11,14-пентаметил-4,7,10-триоксо-6-(2-(4-((13-оксо-3,6,9-триокса-12-тиагептадецил)окси)фенил)пропан-2-ил)-3-окса-5,8,11-триазапентадец-13-ен-15-оата (32 мг, 0,037 ммоль) для получения указанного в названии соединения (29 мг, 86%) в виде прозрачного стекла после полного удаления избытка TFA. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ (ч./млн.) 8,39 (д, J=8,2 Гц, 1Н), 7,44 (д, J=8,9 Гц, 2Н), 7,01 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 6,77 (д, J=7,9 Гц, 1H), 5,05 (т, J=10,1 Гц, 1Н), 4,92 (д, J=8,3 Гц, 1Н), 4,28 (с, 1Н), 4,15 (дд, J=5,8, 3,4 Гц, 2Н), 3,89-3,80 (м, 2Н), 3,73 (т, J=6,4 Гц, 2Н), 3,72-3,69 (м, 2Н), 3,69-3,60 (м, 6Н), 3,14 (с, 3Н), 2,89 (т, J=6,4 Гц, 2Н), 2,50 (с, 3Н), 2,11-1,97 (м, 1Н), 1,91 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,43 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,92-0,87 (м, 6Н). C70H118N6O16S2 рассч. [М+Н]+ = 1361,80 а.е.м.; обнаружено м/з = 1362,26.
Пример 3.149: (S,E)-4-((S)-2-((S)-3-(4-(2-(2-(2-(2-Меркаптоэтокси)этокси)этокси)этокси)фенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еновая кислота.
Соединение Примера 3.148 восстанавливали в соответствии со способами, приведенными ниже, для получения заявленного соединения.
Пример 3.150: (S,E)-4-((S)-2-((S)-3-(3-((14-Меркапто-3,6,9,12-тетраоксатетрадецил)окси)фенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еновая кислота.
Указанное в названии соединение получали с помощью омыления, затем TFA способствует удалению Boc, в соответствии с точными способами, описанными в Nieman et al., из (6S,9S,12S,E)-этил-9-(трет-бутил)-12-изопропил-2,2,5,11,14-пентаметил-4,7,10-триоксо-6-(2-(3-((16-оксо-3,6,9,12-тетраокса-15-тиагептадецил)окси)фенил)пропан-2-ил)-3-окса-5,8,11-триазапентадец-13-ен-15-оата (56 мг, 0,029 ммоль) для получения указанного в названии соединения (43 мг, 82%) в виде белесоватой пены после полного удаления избытка TFA. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ (ч./млн.) 8,48 (д, J=8,3 Гц, 1H), 7,47-7,29 (м, 1Н), 7,21-7,04 (м, 1Н), 6,95 (т, J=9,4 Гц, 1H), 6,80 (д, J=9,7 Гц, 1H), 5,08 (т, J=10,1 Гц, 1Н), 4,97-4,94 (м, 1Н), 4,38 (с, 1Н), 4,24-4,13 (м, 2Н), 3,95-3,82 (м, 2Н), 3,80-3,58 (м, 14Н), 3,17 (с, 3Н), 2,92 (т, J=6,4 Гц, 2Н), 2,53 (с, 3Н), 2,11-2,03 (м, 1Н), 1,94 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,40 (с, 3Н), 1,09 (с, 9Н), 0,93 (дт, J=11,2, 3,4 Гц, 15Н). C74H124N6O18S2 рассч. [М+Н]+ = 1449,85 а.е.м.; обнаружено м/з = 1450,06.
Пример 3.151: (S,E)-4-((S)-2-((S)-3-(3-((14-Меркапто-3,6,9,12-тетраоксатетрадецил)окси)фенил)-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еновая кислота
Соединение Примера 3.150 восстанавливали в соответствии со способами, приведенными ниже, для получения заявленного соединения.
Пример 3.152: (S,E)-N-(Бензилсульфонил)-4-((S)-2-((S)-3-циклогексил-3-метил-2-(метиламино)бутанамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-енамид.
Указанное в названии соединение синтезировали из (S)-2-(трет-бутоксикарбонил(метил)амино)-3-циклогексил-3-метилбутановой кислоты, которая была получена с помощью Zask et al., J. Med. Chem. 2004, 47, (19), 4774-4786 и (S,E)-4-((S)-2-амино-N,3,3-триметилбутанамидо)-N-(бензилсульфонил)-2,5-диметилгекс-2-енамида, полученного с применением Общих процедур 15, 16, 10 и 9 с помощью применения Общих процедур 11 и 12. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,38 (с, 5Н), 6,37 (дд, J=9,4,1,7 Гц, 1Н), 5,01 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,91 (с, 1Н), 4,75 (с, 2Н), 4,01 (с, 1H), 3,10 (с, 3Н), 2,66 (с, 3Н), 2,05-1,91 (м, 4Н), 1,91-1,67 (м, 6Н), 1,45-1,28 (м, 3Н), 1,29-1,01 (м, 17Н), 0,95-0,75 (м, 9Н). C34H56N4O5S рассч. м/з = 632,40 обнаружено [М+Н]+ = 633,35.
Пример 3.153: МС-VC-PABC-3.71.
Указанное в названии соединение получали с помощью применения Общей процедуры 20 и 12 по отношению к защищенному с помощью Boc Примера 3.58. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,60 (д, J=8,1 Гц, 2Н), 7,56 (д, J=7,8 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 7,33 (д, J=8,2 Гц, 2Н), 7,26 (д, J=8,0 Гц, 2Н), 7,22 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 6,81 (с, 2Н), 6,37 (д, J=9,3 Гц, 1H), 5,13-5,01 (м, 3Н), 4,96 (с, 1H), 4,70 (с, 2Н), 4,56-4,51 (м, 1Н), 4,38 (с, 1Н), 4,23-4,16 (м, 1H), 3,50 (т, J=7,1 Гц, 2Н), 3,27-3,19 (м, 1Н), 3,18-3,04 (м, 4Н), 2,52 (с, 3Н), 2,30 (т, J=7,4 Гц, 2Н), 2,15-2,05 (м, 1H), 1,96 (с, 3Н), 1,98-1,88 (м, 1Н), 1,83-1,73 (м, 1H), 1,64 (дк, J=23,1, 7,3 Гц, 7Н), 1,48 (с, 3Н), 1,39 (с, 3Н), 1,37-1,30 (м, 2Н), 1,27 (с, 2Н), 1,21 (с, 2Н), 1,08 (с, 9Н), 1,00 (д, J=6,7 Гц, 3Н), 0,99 (д, J=6,8 Гц, 3Н), 0,91 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,88 (д, J=6,5 Гц, 3Н). C66H93N11O13S рассч. м/з = 1279,7 обнаружено [М+Н]+ = 1281,0.
Пример 3.154: MC-VC-PABC-3.76.
Указанное в названии соединение получали с помощью применения Общих процедур 20 и 12 по отношению к защищенному с помощью Boc Примера 3.76. C65H91N11O13S рассч. м/з = 1265,7 обнаружено [М+Н]+ = 1266,7
Специалистам в данной области техники понятно, что может быть возможным осуществление химических превращений, показанных на схемах выше, с модификациями одного или более параметров. В качестве примеров, для химии могут быть подходящими альтернативные ненуклеофильные растворители, такие как ТГФ, DMF, толуол и т.д. Температура реакции может варьироваться. Альтернативные реагенты могут быть пригодны в качестве дегидратирующих или кислото-активирующих средств, которые обычно применяют в реакциях образования амида, такого как пентафторфенильные сложные эфиры, сложные эфиры NHS, EDAC, HBTU, НОВТ etc.
Пример 3.155: Fmoc-Val-Lys(Boc)-OH: (S)-2-((S)-2-(((9Н-Флуорен-9-ил)метокси)карбониламино)-3-метилбутанамидо)-6-(трет-бутоксикарбониламино)гексановая кислота.
Указанное в названии соединение получали, основываясь на процедуре из М.А. Walker, et al. Bio. Org. Med. Chem. Lett. 2004, 14, 4323-4327, исходя из (S)-2,5-диоксопирролидин-1-ил 2-(((9Н-флуорен-9-ил)метокси)карбониламино)-3-метилбутаноата. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,28 (д, J=7,8 Гц, 1H), 7,82 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 7,69 (т, J=7,1 Гц, 2Н), 7,41 (т, J=7,5 Гц, 2Н), 7,33 (тд, J=7,5, 1,2 Гц, 2Н), 7,20 (д, J=8,5 Гц, 1Н), 4,49-4,36 (м, 3Н), 4,26 (т, J=7,0 Гц, 1H), 3,97 (т, J=8,0 Гц, 1Н), 3,05-2,97 (м, 2Н), 2,08 (дк, J=13,3, 6,6 Гц, 1H), 1,93-1,84 (м, 1Н), 1,81-1,66 (м, 1Н), 1,54-1,43 (м, 4Н), 1,40 (с, 9Н), 1,01 (д, J=6,8 Гц, 3Н), 0,98 (д, J=6,8 Гц, 3Н). м/з рассч. для C31H41N3O7 = 567,3 обнаружено [М-Вос+Н+]+ = 468,8.
Пример 3.156: Boc-Val-Cit-OH: (S)-2-((S)-2-(трет-Бутоксикарбониламино)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентановая кислота.
Указанное в названии соединение синтезировали в соответствии с US 2010/0233190 А1 с совпадающими спектроскопическими данными.
Пример 3.157: H-Val-Cit-OH: (S)-2-((S)-2-Амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентановая кислота.
Указанное в названии соединение получали из Boc-VC-OH в соответствии с Общей процедурой 7. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 8,69 (д, J=7,4 Гц, 1Н), 8,21-7,97 (м, 3Н), 4,24 (тд, J=8,2, 4,9 Гц, 1Н), 3,97 (с, 0Н), 3,63 (дд, J=9,2, 4,0 Гц, 1Н), 2,98 (т, J=6,8 Гц, 2Н), 2,60 (с, 1Н), 2,10 (г, J=6,8 Гц, 1Н), 1,85-1,69 (м, 1H), 1,61 (дтд, J=14,1, 9,0, 5,6 Гц, 1Н), 1,45 (дтд, J=14,7, 8,2, 7,3, 3,7 Гц, 2Н), 0,97 (дд, J=6,9, 5,0 Гц, 6Н).
Пример 3.158: Fmoc-Ala(D)-Phe-Lys(Boc)-OH: (5R,8S,11S)-8-Бензил-11-(4-(трет-бутоксикарбониламино)бутил)-1-(9Н-флуорен-9-ил)-5-метил-3,6,9-триоксо-2-окса-4,7,10-триазадодекан-12-овая кислота.
Указанное в названии соединение получали из Примера 2.10 с помощью общей процедуре 5, с последующей обработкой с помощью (R)-2,5-диоксопирролидин-1-ил 2-(((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбониламино)пропаноата в общей процедуре 9. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 12,57 (с, 1Н), 8,20 (д, J=7,6 Гц, 1H), 8,12 (д, J=8,8 Гц, 1Н), 7,89 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 7,71 (т, J=6,7 Гц, 2Н), 7,48-7,37 (м, 3Н), 7,33 (т, J=7,4 Гц, 2Н), 7,30-7,13 (м, 5Н), 6,77 (т, J=5,1 Гц, 1H), 4,59 (тд, J=10,8, 10,3, 3,5 Гц, 1H), 4,33-4,10 (м, 4Н), 4,02 (к, J=7,1 Гц, 1H), 3,10 (дд, J=13,8, 2,8 Гц, 1Н), 2,94-2,87 (м, 2Н), 2,79-2,67 (м, 1Н), 1,75-1,70 (м, 1Н), 1,62 (с, 1Н), 1,37 (с, 4Н), 1,36 (с, 9Н), 0,96 (д, J=7,1 Гц, 3Н). м/з рассч. для C31H41N3O7 = 686,3 обнаружено [M+Na+]+ = 709,9.
Пример 3.159: Fmoc-Phe(D)-Phe-Lys-OH: (5R,8S,11S)-5,8-дибензил-11-(4-(трет-бутоксикарбониламино)бутил)-1-(9Н-флуорен-9-ил)-3,6,9-триоксо-2-окса-4,7,10-триазадодекан-12-овая кислота.
Указанное в названии соединение получали из Примера 2.10 с помощью общей процедуре 5, с последующей обработкой с помощью (R)-2,5-диоксопирролидин-1-ил 2-(((9H-флуорен-9-ил)метокси)карбониламино)-3-фенилпропаноата в общей процедуре 9. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 12,59 (с, 1Н), 8,39 (д, J=8,7 Гц, 1Н), 8,31 (д, J=7,6 Гц, 1Н), 7,88 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 7,62 (т, J=8,2 Гц, 2Н), 7,47 (д, J=8,7 Гц, 1Н), 7,41 (т, J=7,1 Гц, 2Н), 7,35-7,10 (м, 12Н), 6,77 (т, J=5,7 Гц, 1H), 4,73-4,62 (м, 1Н), 4,28-4,03 (м, 5Н), 3,09 (дд, J=13,7, 3,8 Гц, 1H), 2,93-2,87 (м, 2Н), 2,74 (дд, J=13,7, 10,4 Гц, 1H), 2,58 (дд, J=13,8, 3,4 Гц, 1Н), 2,48-2,35 (м, 1Н), 1,84- 1,68 (м, 1H), 1,68-1,55 (м, 1Н), 1,40-1,33 (м, 13H). м/з рассч. для C31H41N3O7 = 762,4 обнаружено [M+Na+]+ = 785,9.
Пример 3.160: (S,E)-N-(4-(1-((14S,17S)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)циклопропил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение R)
Этап 1: (S,Е)-N-(4-(1-((S)-2-((S)-2-амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)циклопропил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (R-1) синтезировали из Соединения Q-2 в соответствии с Общей процедурой 7. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,97-7,90 (м, 2Н), 7,59-7,51 (м, 2Н), 7,47 (дд, J=8,5, 6,9 Гц, 2Н), 7,44-7,34 (м, 3Н), 6,46 (дд, J=9,4, 1,7 Гц, 1Н), 5,02 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,93 (с, 1Н), 4,43 (дд, J=8,6, 5,8 Гц, 1Н), 4,35 (с, 1H), 3,71 (д, J=5,7 Гц, 1H), 3,23-3,09 (м, 5Н), 2,51 (с, 3Н), 2,22 (дт, J=13,4, 6,7 Гц, 1Н), 2,04 (к, J=8,8, 7,8 Гц, 1Н), 1,89-1,68 (м, 4Н), 1,58 (дк, J=14,5, 8,7, 8,3 Гц, 2Н), 1,48 (с, 4Н), 1,36 (д, J=14,3 Гц, 5Н), 1,15-0,99 (м, 16Н), 0,90 (дд, J=6,6, 3,4 Гц, 6Н). м/з рассч. для C47H73N9O8S = 923,53. Обнаружено [М+Н]+ = 924,8.
Этап 2: (S,E)-N-(4-(1-((14S,17S)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)циклопропил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид синтезировали из R-1 и MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6 перед очисткой с помощью препаративной ВЭЖХ-МС. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,99-7,91 (м, 2Н), 7,60-7,52 (м, 2Н), 7,48 (т, J=1,1 Гц, 2Н), 7,44-7,31 (м, 3Н), 6,84 (с, 2Н), 6,45 (дд, J=9,3, 1,7 Гц, 1H), 5,00 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,94 (с, 1H), 4,35 (д, J=5,3 Гц, 2Н), 4,21 (д, J=6,9 Гц, 1H), 3,81-3,67 (м, 4Н), 3,67-3,54 (м, 10Н), 3,25-3,05 (м, 5Н), 2,64-2,47 (м, 5Н), 2,20-1,99 (м, 2Н), 1,85 (д, J=1,3 Гц, 4Н), 1,73 (дк, J=9,5, 4,5 Гц, 1H), 1,66-1,28 (м, 11Н), 1,12-0,94 (м, 16Н), 0,90 (дд, J=6,6, 4,9 Гц, 6Н). м/з рассч. для C60H90N10O14S = 1206,64. Обнаружено [М+Н]+ = 1207,9.
Пример 3.161: (R)-N-((2S,3S)-1-(((S,E)-6-(4-((14S,17S)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3-метил-1-оксопентан-2-ил)-1-метилпиперидин-2-карбоксамид (Соединение S).
Этап 1: (S,Е)-Этил 4-(трет-бутоксикарбонил(метил)амино)-2,5-диметилгекс-2-еноат, Boc-ICD-OEt (S-1) синтезировали из (S,E)-этил-2,5-диметил-4-(метиламино)гекс-2-еноата (синтезировали в соответствии с US 7579323 В1) и Вос-изолейцин-ОН и с применением Общей процедуры 4. ЯМР предлагается в случае образца, обработанного с помощью TFA для удаления Вос-группы, и разрешает ротамеры в спектре. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 6,68 (дд, J=9,5, 1,8 Гц, 1Н), 5,33 (с, 0Н), 4,97 (т, J=9,9 Гц, 1Н), 4,36 (д, J=4,1 Гц, 1H), 4,25 (к, J=7,1 Гц, 2Н), 3,56 (с, 1H), 2,96 (с, 3Н), 2,07-1,83 (м, 5Н), 1,53 (с, 1Н), 1,34 (т, J=7,1 Гц, 3Н), 1,12 (д, J=7,0 Гц, 3Н), 1,00-0,83 (м, 9Н).
Этап 2: (S,E)-4-((2S,3R)-2-(трет-Бутоксикарбониламино)-N,3-диметилпентанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еновую кислоту (S-2) получали из Boc-ICD-OEt с применением Общей процедуры 11. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 6,79 (дд, J=9,3, 1,7 Гц, 1Н), 5,28 (д, J=9,1 Гц, 1Н), 5,11 (дд, J=10,6, 9,2 Гц, 1Н), 4,46-4,34 (м, 1Н), 3,01 (с, 3Н), 1,94 (с, J=1,5 Гц, 4Н), 1,77-1,54 (м, 2Н), 1,44 (с, 9Н), 1,14 (дт, J=15,8, 8,0 Гц, 1Н), 0,97-0,81 (м, 12Н).
Этап 3: (S,E)-4-((2S,3S)-N,3-Диметил-2-((R)-1-метилпиперидин-2-карбоксамидо)пентанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еновую кислоту (S-3) синтезировали из Соединения S-1 в соответствии с Общей процедурой 7 и вступлением в реакцию высвободившегося амина с D-(N-метил)-пипеколиновой кислотов с применением Общей процедуры 4. И, наконец, С-концевой карбоксилат высвобождали с применением Общей процедуры 11 перед очисткой с помощью препаративной ВЭЖХ. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 6,77 (дд, J=9,5, 1,4 Гц, 1H), 5,04 (т, J=10,1 Гц, 1Н), 4,65-4,56 (м, 1H), 3,79-3,69 (м, 1Н), 3,54-3,45 (м, 1Н), 3,12 (с, 3Н), 3,10-3,06 (м, 1Н), 2,76 (с, 3Н), 2,21-2,10 (м, 1Н), 2,08-2,00 (м, 1Н), 2,01-1,92 (м, 2Н), 1,90 (д, J=1,5 Гц, 3Н), 1,88-1,72 (м, 3Н), 1,69-1,52 (м, 2Н), 1,31-1,16 (м, 1Н), 0,98-0,86 (м, 12Н). C22H39N3O4 рассч. м/з = 409,29 обнаружено [М+Н]+ = 410,91
Этап 4: (S,E)-4-((2S,3S)-2-Амино-N,3-диметилпентанамидо)-2,5-диметил-N-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонил)гекс-2-енамид (S-4) получали из Соединения S-2 в соответствии с Общей процедурой 11, с последующим получением N-ацилсульфонамида с помощью 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоилфенил)ацетамида в соответствии с Общей процедурой 1, а затем Общей процедурой 7. 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 8,00-7,85 (м, 2Н), 7,76 (д, J=8,8 Гц, 2Н), 6,39 (дд, J=9,2, 1,8 Гц, 1Н), 4,45-4,30 (м, 1Н), 4,14 (д, J=4,1 Гц, 1Н), 2,82 (с, 3Н), 2,08-1,91 (м, 1Н), 1,67 (с, J=1,5 Гц, 3Н), 1,41-1,35 (м, J=13,3, 7,6, 3,2 Гц, 1Н), 1,10-0,88 (м, 4Н), 0,77 (ддд, J=17,2, 9,0, 5,4 Гц, 9Н).
Этап 5: (R)-N-((2S,3S)-1-(((S,E)-2,5-Диметил-6-оксо-6-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3-метил-1-оксопентан-2-ил)-1-метилпиперидин-2-карбоксамид (S-5) получали из Соединения S-4 и N-метил-D-пипеколиновой кислоты в соответствии с Общей процедурой 4. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,97 (д, 2Н), 7,77 (д, 2Н), 7,67 (д, J=8,6 Гц, ОН), 6,60 (д, J=9,2 Гц, 1Н), 4,96 (т, J=9,9 Гц, 1Н), 4,61 (д, J=8,8 Гц, 1Н), 3,75 (гепт, J=6,6 Гц, 1Н), 3,19-3,10 (м, 1H), 3,06 (с, 3Н), 2,45 (с, 2Н), 2,39 (с, 3Н), 2,01-1,88 (м, 3Н), 1,84 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,78-1,54 (м, 5Н), 1,25-1,13 (м, 1H), 0,92 (с, 1H), 0,91-0,86 (м, 8Н), 0,83 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C30H44F3N5O6S рассч. м/з = 659,30 обнаружено [М+Н]+ = 660,88
Этап 6: (R)-N-((2S,3S)-1-(((S,E)-6-(4-Аминофенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3-метил-1-оксопентан-2-ил)-1-метилпиперидин-2-карбоксамид (L-6) получали из Соединения S-5 в соответствии с Общей процедурой 3. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,72 (д, 2Н), 6,69 (д, 2Н), 6,42 (дд, J=9,2, 1,7 Гц, 1Н), 4,61-4,55 (м, 1H), 3,72 (дд, J=12,2, 3,2 Гц, 1H), 3,52-3,44 (м, 1Н), 3,37 (с, 3Н), 3,12 (с, 3Н), 3,09-3,03 (м, 1H), 2,71 (с, 3Н), 2,20-1,92 (м, 3Н), 1,84 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,80-1,72 (м, 2Н), 1,67-1,53 (м, 2Н), 1,29-1,16 (м, 1H), 0,96-0,85 (м, 12Н). C28H45N5O5S рассч. м/з = 563,31 обнаружено [М+Н]+ = 564,93.
Этап 7: (R)-N-((2S,3S)-1-(((S,E)-6-(4-((14S,17S)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3-метил-1-оксопентан-2-ил)-1-метилпиперидин-2-карбоксамид получали из Соединения S-6 и MT-Val-Cit-OH в соответствии с Общей процедурой 10. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,00 (д, 2Н), 7,88 (д, 2Н), 6,83 (с, 2Н), 6,46 (дд, J=9,1, 1,6 Гц, 1Н), 4,57 (д, J=8,3 Гц, 1Н), 4,55-4,52 (м, 1H), 4,22 (д, J=6,9 Гц, 1H), 3,80-3,73 (м, 3Н), 3,73-3,66 (м, 2Н), 3,66-3,60 (м, 2Н), 3,58 (д, J=2,2 Гц, 8Н), 3,52-3,43 (м, 1H), 3,26-3,19 (м, 1H), 3,17-3,13 (м, 2Н), 3,12 (с, 4Н), 2,71 (с, 3Н), 2,61-2,55 (м, 2Н), 2,21-2,01 (м, 3Н), 2,00-1,88 (м, 3Н), 1,83 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,81-1,71 (м, 4Н), 1,68-1,52 (м, 4Н), 1,29-1,14 (м, 1Н), 1,01 (т, J=6,8 Гц, 6Н), 0,94-0,86 (м, 12Н). C52H82N10O14S рассч. м/з = 1102,57 обнаружено [М+Н]+ = 1104,22
Пример 3.162: (R)-N-((S)-1-(((S,E)-6-(4-((14S,17S)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)-1-метилпиперидин-2-карбоксамид (Соединение Т).
Этап 1: (S,E)-2,5-Диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((R)-1-метилпиперидин-2-карбоксамидо)бутанамидо)гекс-2-еновую кислоту (Т-1) получали из (S,E)-этил 4-((S)-2-амино-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еноата (синтезировали в соответствии с US 7579323 В1) и D-N-метил-пипеколиновой кислоты в соответствии с Общими процедурами 4 и 11. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 6,60 (дд, J=9,4, 1,7 Гц, 1H), 5.04 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,77 (с, 1H), 4,62 (с, 1Н), 3,30-3,23 (м, 1Н), 3,10 (с, 3Н), 2,68 (т, J=12,2 Гц, 1Н), 2,52 (с, 3Н), 2,04 (с, 1Н), 2,02-1,93 (м, 2Н), 1,90 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,88-1,79 (м, 1H), 1,77-1,62 (м, 2Н), 1,56-1,43 (м, 1Н), 1,04 (с, 9Н), 0,92 (д, J=6,6 Гц, 3Н), 0,85 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C22H39N3O4 рассч. м/з = 409,29 обнаружено [М+Н]+ = 410,92
Этап 2: (R)-N-((S)-1-(((S,E)-2,5-Диметил-6-оксо-6-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)-1-метилпиперидин-2-карбоксамид (Т-2) получали из Соединения Т-1 и 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоилфенил)ацетамида с применением Общей процедуры 2. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,08 (д, J=8,8 Гц, 2Н), 7,92 (д, J=8,9 Гц, 2Н), 6,47 (д, J=9,0 Гц, 1H), 5,01-4,92 (м, 1Н), 4,70 (с, 1Н), 3,82 (д, J=12,3 Гц, 1H), 3,53-3,43 (м, 1Н), 3,13 (с, 3Н), 2,72 (с, 3Н), 2,22-1,90 (м, 4Н), 1,85 (д, J=1,4 Гц, 5Н), 1,60 (м, 1H), 1,40-1,22 (м, 4Н), 1,03 (с, 9Н), 0,89 (дд, J=17,1, 6,5 Гц, 6Н). C30H44F3N5O6S рассч. м/з = 659,76 обнаружено [М+Н]+ = 660,95
Этап 3: (R)-N-((S)-1-(((S,E)-6-(4-Аминофенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)-1-метилпиперидин-2-карбоксамид (Т-3) получали из Соединения Т-2 в соответствии с Общей процедурой 3. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,76-7,66 (м, 2Н), 6,74-6,64 (м, 2Н), 6,42 (дд, J=8,9, 1,7 Гц, 1Н), 4,94 (м, 1Н), 4,70 (с, 1Н), 3,82 (дд, J=12,2, 3,1 Гц, 1Н), 3,54-3,42 (м, 1H), 3,13 (с, 4Н), 2,70 (с, 3Н), 2,16 (д, J=14,6 Гц, 1Н), 2,11-2,01 (м, 1H), 1,96 (д, 7=12,9 Гц, 2Н), 1,89-1,51 (м, 6Н), 1,03 (с, 9Н), 0,89 (дд, J=16,3, 6,5 Гц, 6Н). C28H45N5O5S рассч. м/з = 563,31 обнаружено [М+Н]+ = 564,93.
Этап 4: (R)-N-((S)-1-(((S,E)-6-(4-((14S,17S)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)-1-метилпиперидин-2-карбоксамид получали из Соединения Т-3 и MT-Val-Cit-OH в соответствии с Общей процедурой 10. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,00 (д, J=8,9 Гц, 2Н), 7,88 (д, J=8,7 Гц, 2Н), 6,83 (с, 2Н), 6,46 (д, J=9,1 Гц, 1Н), 4,96-4,91 (м, 1Н), 4,72-4,68 (м, 1Н), 4,58-4,51 (м, 1Н), 4,22 (т, J=7,2 Гц, 1H), 3,83-3,73 (м, 3Н), 3,72-3,67 (м, 2Н), 3,65-3,61 (м, 2Н), 3,61-3,55 (м, 8Н), 3,52-3,46 (м, 1H), 3,27-3,19 (м, 1Н), 3,13 (с, 3Н), 3,09-3,03 (м, 1Н), 2,69 (с, 3Н), 2,58 (т, J=6,0 Гц, 2Н), 2,19-2,01 (м, 4Н), 2,00-1,90 (м, 3Н), 1,84 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,83-1,72 (м, 3Н), 1,61 (д, J=9,0 Гц, 3Н), 1,03 (с, 11Н), 1,00 (д, J=6,8 Гц, 4Н), 0,91 (д, J=6,5 Гц, 3Н), 0,87 (д, J=6,6 Гц, 3Н). C52H82N10O14S рассч. м/з = 1102,57 обнаружено [М+Н]+ = 1104,30
Пример 3.163: (R)-N-((S)-1-(((S,E)-6-(4-((14S,17S)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)-1-изопропилпиперидин-2-карбоксамид (Соединение U).
Этап 1: (R)-N-((S)-1-(((S,E)-2,5-Диметил-6-оксо-6-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонамидо)гекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)-1-изопропилпиперидин-2-карбоксамид (U-1) получали из (S,E)-4-((S)-2-((R)-1-изопропилпиперидин-2-карбоксамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еновой кислоты (получали в соответствии с US 2012/0309938 A1) и 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоилфенил)ацетамида с применением Общей процедуры 3. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,00 (д, J=8,8 Гц, 2Н), 7,83 (д, J=8,8 Гц, 2Н), 6,56 (д, J=9,1 Гц, 1Н), 4,69 (с, 1H), 4,12 (дд, J=11,6, 3,3 Гц, 1H), 3,95 (гепт, J=6,2 Гц, 1H), 3,54-3,41 (м, 2Н), 3,37 (с, 3Н), 3,08 (с, 3Н), 3,04-2,89 (м, 1Н), 2,13 (дд, J=17,2, 6,4 Гц, 1Н), 2,00-1,88 (м, 4Н), 1,84 (д, J=1,5 Гц, 4Н), 1,71-1,52 (м, 1H), 1,29 (дд, J=28,0, 6,7 Гц, 8Н), 1,17 (д, J=6,1 Гц, 6Н), 1,01 (с, 10Н), 0,86 (дд, J=28,2, 6,5 Гц, 7Н). C32H48F3N5O6S рассч. м/з = 687,33 обнаружено [М+Н]+ = 688,9.
Этап 2: (R)-N-((S)-1-(((S,E)-6-(4-Аминофенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)-1-изопропилпиперидин-2-карбоксамид (U-2) получали из Соединения U-1 в соответствии с Общей процедурой 3. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,75-7,62 (м, 2Н), 6,74-6,62 (м, 2Н), 6,59-6,35 (м, 1Н), 4,70 (с, 1Н), 4,09 (дд, J=11,7, 3,3 Гц, 1Н), 3,52-3,38 (м, 2Н), 3,10 (с, 3Н), 3,02-2,87 (м, 1H), 2,12 (д, J=11,9 Гц, 1Н), 2,06-1,73 (м, 11Н), 1,70-1,50 (м, 1Н), 1,28 (дд, J=28,8, 6,7 Гц, 6Н), 1,02 (с, 9Н), 0,87 (дд, J=27,7, 6,5 Гц, 6Н). C30H49N5O5S рассч. м/з = 591,35 обнаружено [М+Н]+ = 593,0.
Этап 3: трет-Бутил(S)-1-((S)-1-(4-(N-((S,E)-4-((S)-2-((R)-1-изопропилпиперидин-2-карбоксамидо)-N,3,3-триметилбутанамидо)-2,5-диметилгекс-2-еноил)сульфамоил)фениламино)-1-оксо-5-уреидопентан-2-иламино)-3-метил-1-оксобутан-2-илкарбамат (U-3) синтезировали из соединения U-2 и Boc-Val-Cit-OH в соответствии с Общей процедурой 10. C46H77N9O10S рассч. м/з = 947,55 обнаружено [М+Н]+ = 949,2.
Этап 4: (R)-N-((S)-1-(((S,E)-6-(4-((14S,17S)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенилсульфонамидо)-2,5-диметил-6-оксогекс-4-ен-3-ил)(метил)амино)-3,3-диметил-1-оксобутан-2-ил)-1-изопропилпиперидин-2-карбоксамид получали из Соединения U-3 и MT-NHS в соответствии с Общими процедурами 7 и 6 и очищали с помощью препаративной ВЭЖХ-МС. C54H86N10O14S рассч. м/з = 1130,60 обнаружено [М+Н]+ = 1132,5.
Пример 3.164: (S)-N-(4-((N-((2R,3R)-3-((S)-1-((3R,4S,5R)-4-((S)-2-((S)-(Диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N,3-диметилбутанамидо)-3-метокси-5-метилгептаноил)пирролидин-2-ил)-3-метокси-2-метилпропаноил)сульфамоил)метил)фенил)-2-((S)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12-оксо-3,6,9-триокса-13-азапентадеканамидо)-5-уреидопентанамид (Соединение W).
Этап 1: трет-Бутил(S)-1-(((3R,4S,5R)-3-Метокси-1-((S)-2-((1R,2R)-1-метокси-2-метил-3-оксо-3-((4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенил)метилсульфонамидо)пропил)пирролидин-1-ил)-5-метил-1-оксогептан-4-ил)(метил)амино)-3-метил-1-оксобутан-2-илкарбамат (W-1) получали из коммерчески доступных Boc-Val-Dil-Dap-OH и 2,2,2-трифтор-N-(4-(сульфамоилметил)фенил)ацетамида посредством Общей процедуры 2. C38H60F3N5O10S рассч. м/з = 835,40 обнаружено [М+Н]+ = 836,7.
Этап 2: (S)-2-((S)-2-(Диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N-((3R,4S,5R)-3-метокси-1-((S)-2-((1R,2R)-1-метокси-2-метил-3-оксо-3-((4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенил)метилсульфонамидо)пропил)пирролидин-1-ил)-5-метил-1-оксогептан-4-ил)-N,3-диметилбутанамид (W-2) получали из Соединения W-1 и N,N-диметилвалина в соответствии с Общей процедурой 4. C40H65F3N6O9S рассч. м/з = 862,45 обнаружено [М+Н]+ = 863,2.
Этап 3: (S)-N-((3R,4S,5R)-1-((S)-2-((1R,2R)-3-((4-Аминофенил)метилсульфонамидо)-1-метокси-2-метил-3-оксопропил)пирролидин-1-ил)-3-метокси-5-метил-1-оксогептан-4-ил)-2-((S)-2-(диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N,3-диметилбутанамид (W-3) получали из Соединения W-2 с помощью следующей Общей процедуры 3. C38H66N6O8S рассч. м/з = 766,47 обнаружено [M-C7H8O2S+H]+ = 599,0 (Фрагментирование хинонметида и потеря 4-аминобензилсульфоната).
Этап 4: (S)-N-(4-((N-((2R,3R)-3-((S)-1-((3R,4S,5R)-4-((S)-2-((S)-2-(Диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N,3-диметилбутанамидо)-3-метокси-5-метилгептаноил)пирролидин-2-ил)-3-метокси-2-метилпропаноил)сульфамоил)метил)фенил)-2-((S)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12-оксо-3,6,9-триокса-13-азапентадеканамидо)-5-уреидопентанамид синтезировали с применением Общей процедуры 10 из MT-VAL-CIT-ОН и Соединения W-3 и очищали с помощью препаративной хроматографии ВЭЖХ. C61H101N11O17S рассч. м/з = 1305,73 обнаружено [М+Н]+ = 1306,9.
Пример 3.165: (S)-N-(4-(N-((S)-2-((2R,3R)-3-((S)-1-((3R,4S,5R)-4-((S)-2-((S)-2-(Диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N,3-диметилбутанамидо)-3-метокси-5-метилгептаноил)пирролидин-2-ил)-3-метокси-2-метилпропанамидо)-3-фенилпропаноил)сульфамоил)фенил)-2-((S)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12-оксо-3,6,9-триокса-13-азапентадеканамидо)-5-уреидопентанамид (Соединение X).
Этап 1: (S)-2-Амино-3-фенил-N-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонил)пропанамид (Х-1) получали из Вос-фенилаланина и 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоилфенил)ацетамида в соответствии с Общими процедурами 2 и 7. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 11,42 (с, 1Н), 7,84 (д, J=8,7 Гц, 2Н), 7,73-7,64 (м, 1Н), 7,69 (д, J=8,7 Гц, 2Н), 7,24-7,14 (м, 3Н), 7,13-7,06 (м, 2Н), 3,65-3,60 (м, 1H), 3,06 (дд, J=14,2, 5,1 Гц, 1Н), 2,91 (дд, J=14,1, 7,1 Гц, 1H). C17H16F3N3O4S рассч. м/з = 415,08 обнаружено [М+Н]+ = 416,5.
Этап 2: трет-Бутил(S)-1-(((3R,4S,5R)-3-метокси-1-((S)-2-((1R,2R)-1-метокси-2-метил-3-оксо-3-((S)-1-оксо-3-фенил-1-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонамидо)пропан-2-иламино)пропил)пирролидин-1-ил)-5-метил-1-оксогептан-4-ил)(метил)амино)-3-метил-1-оксобутан-2-илкарбамат (Х-2) синтезировали из коммерчески доступного Boc-Val-Dip-Dap-OH (0,07 г) и соединения Х-1 с применением Общей процедуры 4. C46H67F3N6O11S рассч. м/з = 968,45 обнаружено [M+Na]+ = 992,1.
Этап 3: (S)-2-((S)-2-(Диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N-((3R,4S,5R)-3-метокси-1-((S)-2-((1R,2R)-1-метокси-2-метил-3-оксо-3-((S)-1-оксо-3-фенил-1-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилсульфонамидо)пропан-2-иламино)пропил)пирролидин-1-ил)-5-метил-1-оксогептан-4-ил)-N,3-диметилбутанамид (Х-3) получали из Соединения Х-2 (110 мг) и N,N-диметилвалина с применением Общих процедур 7 и 4. C48H72F3N7O10S рассч. м/з = 995,50 обнаружено [М+Н]+ 997,3.
Этап 4: (S)-N-((3R,4S,5R)-1-((S)-2-((1R,2R)-3-((S)-1-(4-Аминофенилсульфонамидо)-1-оксо-3-фенилпропан-2-иламино)-1-метокси-2-метил-3-оксопропил)пирролидин-1-ил)-3-метокси-5-метил-1-оксогептан-4-ил)-2-((S)-2-(диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N,3-диметилбутанамид (Х-4) получали из Соединения Х-3 (100 мг) с применением Общей процедуры 3. C46H73N7O9S рассч. м/з = 899,52 обнаружено [М+Н]+ 901,3.
Этап 5: (S)-N-(4-(N-((S)-2-((2R,3R)-3-((S)-1-((3R,4S,5R)-4-((S)-2-((S)-2-(Диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N,3-диметилбутанамидо)-3-метокси-5-метилгептаноил)пирролидин-2-ил)-3-метокси-2-метилпропанамидо)-3-фенилпропаноил)сульфамоил)фенил)-2-((S)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12-оксо-3,6,9-триокса-13-азапентадеканамидо)-5-уреидопентанамид получали из Соединения Х-4 (25 мг) и MT-Val-Cit-OH (63 мг) с применением Общей процедуры 10. C70H110N12O18S рассч. м/з = 1438,8 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1440,2, [(М+2Н)/2]2+ = 720,5.
Пример 3.166: (S)-N-((3R,4S,5R)-1-((S)-2-((1R,2R)-3-((S)-1-(4-Аминофенилметилсульфонамидо)-1-оксо-3-фенилпропан-2-иламино)-1-метокси-2-метил-3-оксопропил)пирролидин-1-ил)-3-метокси-5-метил-1-оксогептан-4-ил)-2-((S)-2-(диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N,3-диметилбутанамид (Соединение Y)
Этап 1: (S)-2-Амино-3-фенил-N-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)бензилсульфонил)пропанамид (Y-1) получали из Вос-фенилаланина и 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоилфенил)ацетамида, в соответствии с Общими процедурами 9 и 7. (S)-трет-бутил-1-оксо-3-фенил-1-(фенилметилсульфонамидо)пропан-2-илкарбамат 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 7,76-7,71 (м, 2Н), 7,58 (д, J=8,4 Гц, 2Н), 7,36-7,21 (м, 8Н), 4,34 (д, J=13,1 Гц, 1Н), 4,30 (д, J=13,1 Гц, 1Н), 3,62 (дд, J=8,2, 4,6 Гц, 1Н), 3,21-3,09 (м, 1Н), 2,89 (дд, J=14,3, 8,3 Гц, 1Н). C18H18F3N3O4S рассч. м/з = 429,10 обнаружено [М+Н]+ = 430,7.
Этап 2: трет-Бутил(S)-1-(((3R,4S,5R)-3-метокси-1-((S)-2-((1R,2R)-1-метокси-2-метил-3-оксо-3-((S)-1-оксо-3-фенил-1-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилметилсульфонамидо)пропан-2-иламино)пропил)пирролидин-1-ил)-5-метил-1-оксогептан-4-ил)(метил)амино)-3-метил-1-оксобутан-2-илкарбамат (Y-2) получали из коммерчески доступного Boc-Val-Dil-Dap-OH и соединения Y-1 с помощью следующей Общей процедуры 4. C47H69F3N6O11S рассч. м/з = 982,47 обнаружено [M+Na]+ = 1006,2.
Этап 3: (S)-2-((S)-2-(Диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N-((3R,4S,5R)-3-метокси-1-((S)-2-((1R,2R)-1-метокси-2-метил-3-оксо-3-((S)-1-оксо-3-фенил-1-(4-(2,2,2-трифторацетамидо)фенилметилсульфонамидо)пропан-2-иламино)пропил)пирролидин-1-ил)-5-метил-1-оксогептан-4-ил)-N,3-диметилбутанамид (Y-3) получали из Соединения Y-2 и N,N-диметилвалина в соответствии с Общими процедурами 7 и 4. C49H74F3N7O10S рассч. м/з = 1009,52 обнаружено [М+Н]+ = 1011,0.
Этап 4: (S)-N-((3R,4S,5R)-1-((S)-2-((1R,2R)-3-((S)-1-(4-Аминофенилметилсульфонамидо)-1-оксо-3-фенилпропан-2-иламино)-1-метокси-2-метил-3-оксопропил)пирролидин-1-ил)-3-метокси-5-метил-1-оксогептан-4-ил)-2-((S)-2-(диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N,3-диметилбутанамид (Y-4) получали из Соединения Y-3 в соответствии с Общей процедурой 3. C47H75N7O9S рассч. м/з = 913,53 обнаружено [M-C7H8O2S+Na]+ = 768,1 (Фрагментирование хинонметида и потеря 4-аминобензилсульфоната).
Этап 5: (S)-N-((3R,4S,5R)-1-((S)-2-((1R,2R)-3-((S)-1-(4-Аминофенилметилсульфонамидо)-1-оксо-3-фенилпропан-2-иламино)-1-метокси-2-метил-3-оксопропил)пирролидин-1-ил)-3-метокси-5-метил-1-оксогептан-4-ил)-2-((S)-2-(диметиламино)-3-метилбутанамидо)-N,3-диметилбутанамид получали из Соединения Y-4 и MT-Val-Cit-OH в соответствии с Общей процедурой 10, с последующей очисткой с помощью препаративной ВЭЖХ. C71H112N12O18S рассч. м/з = 1452,8 обнаружено [М+Н+]+ = 1454,6.
Пример 3.167: (S,E)-N-(4-((14R,17R)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)-2,3-диметилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение Z)
Этап 1: N-(2,3-Диметил-4-сульфамоилфенил)-2,2,2-трифторацетамид (Z-1) синтезировали из 2,3-диметиланилина в соответствии с Общей процедурой 8. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 11,25 (с, 1H), 7,79 (д, J=8,5 Гц, 1H), 7,48 (с, 2Н), 7,29 (д, J=8,5 Гц, 1H), 2,55 (с, 3Н), 2,14 (с, 3Н).
Этап 2: (S,E)-N-(4-Амино-2,3-диметилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Z-2) синтезировали из Boc-HTI-286-OH и Соединения Z-1 с применением Общих процедур 2, 3 и 7.
1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,75 (д, J=8,8 Гц, 1Н), 7,55 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 7,47 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=6,9 Гц, 1H), 6,63 (д, J=8,8 Гц, 1Н), 6,46 (д, J=9,7 Гц, 1Н), 5,00 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,93 (с, 1Н), 4,32 (с, 1Н), 3,17 (с, 3Н), 2,54 (с, 3Н), 2,49 (с, 3Н), 2,09 (с, 3Н), 2,08-2,02 (м, 1Н), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (дд, J=6,8, 6,5 Гц, 6Н). C35H53N5O5S рассч. м/з = 655,38 обнаружено [М+Н]+ = 656,4.
Этап 3: (S,E)-N-(4-((14R,17R)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)-2,3-диметилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид синтезировали из Соединения Z-2 и MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,01 (дд, J=11,0, 8,2 Гц, 2Н), 7,60-7,51 (м, 2Н), 7,47 (дд, J=8,5, 6,8 Гц, 3Н), 7,41-7,31 (м, 1H), 6,83 (с, 2Н), 6,50 (дд, J=9,5, 1,8 Гц, 1Н), 5,01 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,93 (т, J=4,1 Гц, 1H), 4,60 (м, 1Н), 4,36 (с, 1Н), 4,30-4,17 (м, 1Н), 3,80-3,67 (м, 4Н), 3,64 (тд, J=5,5, 1,2 Гц, 2Н), 3,60 (д, J=3,2 Гц, 7Н), 3,29-3,13 (м, 5Н), 2,67-2,46 (м, 9Н), 2,24 (с, 3Н), 2,20-1,92 (м, 4Н), 1,93-1,75 (м, 3Н), 1,65 (дп, J=16,0, 7,8 Гц, 2Н), 1,43 (д, J=38,9 Гц, 6Н), 1,14-0,96 (м, 16Н), 0,92 (т, J=6,8 Гц, 6Н). C59H90N10O14S рассч. м/з = 1194,64 обнаружено [М+Н]+ 1195,51; [М+2Н/2]+ 599,09.
Пример 3.168: (S,E)-N-(4-((14R,17R)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)-5,6,7,8-тетрагидронафтален-1-илсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение АА).
Этап 1: 2,2,2-трифтор-N-(4-сульфамоил-5,6,7,8-тетрагидронафтален-1-ил)ацетамид (АА-1) синтезировали из 5,6,7,8-тетрагидронафтален-1-амина в соответствии с Общей процедурой 8. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 11,04 (с, 1H), 7,79 (д, J=8,4 Гц, 1Н), 7,46 (с, 2Н), 7,30 (д, J=8,4 Гц, 1Н), 3,14 (с, 1Н), 2,77 (д, J=15,4 Гц, 1Н), 2,72-2,57 (м, 4Н), 1,73 (п, J=3,3 Гц, 4Н).
Этап 2: (S,E)-N-(4-амино-5,6,7,8-тетрагидронафтален-1-илсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (АА-2) синтезировали из Boc-HTI-286-OH и соединения АА-1 с применением Общих процедур 2, 3 и 7. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,74 (д, J=8,7 Гц, 1Н), 7,55 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,2 Гц, 1Н), 6,60 (д, J=8,7 Гц, 1H), 6,46 (д, J=9,2 Гц, 1Н), 5,00 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,95-4,91 (м, 1Н), 4,36 (с, 1Н), 3,17 (с, 3Н), 3,10-3,05 (м, 2Н), 2,51 (с, 3Н), 2,46 (т, J=6,5 Гц, 2Н), 2,10-2,02 (м, 1Н), 1,88 (с, 3Н), 1,87-1,75 (м, 4Н), 1,47 (с, 3Н), 1,38 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,92 (дд, J=7,1 Гц, 6Н). C37H55N5O5S рассч. м/з = 681,39 обнаружено [М+Н]+ = 682,4.
Этап 3: (S,E)-N-(4-((14R,17R)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)-5,6,7,8-тетрагидронафтален-1-илсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид синтезировали из Соединения АА-2 и MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,98 (д, J=8,7 Гц, 1H), 7,62 (д, J=8,7 Гц, 1Н), 7,59-7,51 (м, 2Н), 7,47 (дд, J=8,5, 6,8 Гц, 2Н), 7,42-7,30 (м, 1Н), 6,83 (с, 2Н), 6,50 (дд, J=9,5, 1,8 Гц, 1Н), 5,01 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,93 (т, J=4,1 Гц, 1Н), 4,62 (тд, J=8,1, 7,5, 5,0 Гц, 1Н), 4,37 (с, 1Н), 4,29-4,18 (м, 1H), 3,75 (т, J=6,0 Гц, 2Н), 3,72-3,67 (м, 2Н), 3,64 (тд, J=5,9, 1,5 Гц, 2Н), 3,29-3,08 (м, 7Н), 2,74 (д, J=6,0 Гц, 2Н), 2,62-2,46 (м, 5Н), 2,20-1,94 (м, 4Н), 1,91-1,75 (м, 7Н), 1,70-1,58 (м, 2Н), 1,48 (с, 3Н), 1,38 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 1,00 (дд, J=6,8, 3,4 Гц, 6Н), 0,92 (т, J=6,6 Гц, 6Н). C61H92N10O14S рассч. м/з = 1220,65 обнаружено [М+Н]+ 1221,48; [(М+2Н)/2]+ 611,39.
Пример 3.169: (S,E)-N-(4-((14R,17R)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)-3-фторфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение ВВ).
Этап 1: 2,2,2-трифтор-N-(2-фтор-4-сульфамоилфенил)ацетамид (ВВ-1) синтезировали из 2-фторанилина в соответствии с Общей процедурой 8. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 11,58 (с, 1Н), 7,85-7,66 (м, 3Н), 7,56 (с, 2Н).
Этап 2: (S,E)-N-(4-амино-3-фторфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (ВВ-2) синтезировали из Boc-HTI-286-OH и Соединения ВВ-1 с применением Общих процедур 2, 3 и 7.
1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,62-7,55 (м, 3Н), 7,54 (с, 1Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,85 (т, J=8,6 Гц, 1H), 6,45 (д, J=9,3 Гц, 1Н), 4,98 (т, J=9,9 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1Н), 4,34 (с, 1H), 3,16 (с, 3Н), 2,50 (с, 3Н), 2,12-2,00 (м, 1Н), 1,88 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,8 Гц, 6Н).
C33H48FN5O5S рассч. м/з = 645,34 [М+Н]+ = 646,4
Этап 3: (S,E)-N-(4-((14R,17R)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)-3-фторфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид синтезировали из Соединения ВВ-2 и MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,42-8,28 (м, 1H), 7,91-7,77 (м, 2Н), 7,58-7,51 (м, 2Н), 7,47 (т, J=7,8 Гц, 2Н), 7,42-7,32 (м, 1H), 6,84 (с, 2Н), 6,50 (дд, J=9,3, 1,8 Гц, 1H), 5,02-4,90 (м, 2Н), 4,67 (тд, J=7,9, 7,2, 4,8 Гц, 1H), 4,35 (с, 1Н), 4,26 (т, J=7,5 Гц, 1Н), 3,76 (т, J=6,1 Гц, 2Н), 3,70 (тд, J=5,5, 1,2 Гц, 2Н), 3,67-3,53 (м, 10Н), 3,28-3,06 (м, 5Н), 2,61-2,47 (м, 5Н), 2,19-2,01 (м, 2Н), 2,01-1,71 (м, 4Н), 1,61 (дт, J=15,2, 7,1 Гц, 2Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,13-0,95 (м, 16Н), 0,91 (дд, J=6,6, 4,9 Гц, 6Н).
C57H85FN10O14S рассч. м/з = 1184,60 обнаружено [М+Н]+ 1185,47; [(М+2Н)/2]+ 593,41.
Пример 3.170: (S,E)-N-(4-((14R,17R)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)-2-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение СС)
Этап 1: N-(3-Этил-4-сульфамоилфенил)-2,2,2-трифторацетамид (СС-1) синтезировали из 3-этиланилина в соответствии с Общей процедурой 8. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 11,48 (с, 1H), 7,89 (д, J=8,5 Гц, 1H), 7,75-7,63 (м, 2Н), 7,45 (с, 2Н), 3,02 (к, J=7,5 Гц, 2Н), 1,24 (т, J=7,4 Гц, 3Н).
Этап 2: (S,E)-N-(4-Амино-2-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (СС-2) синтезировали из Boc-HTI-286-OH и Соединения СС-1 с применением Общих процедур 2, 3 и 7.
1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,79 (д, J=8,7 Гц, 1H), 7,55 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,6 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,4 Гц, 1Н), 6,57 (д, J=2,3 Гц, 1H), 6,54 (дд, J=8,8, 2,4 Гц, 1Н), 6,46 (д, J=9,4 Гц, 1Н), 5,01 (т, J=10,0 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1H), 4,34 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,99-2,90 (м, 2Н), 2,50 (с, 3Н), 2,11-2,00 (м, 1Н), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,47 (с, 3Н), 1,38 (с, 3Н), 1,22 (т, J=7,5 Гц, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,6 Гц, 6Н).
C35H53N5O5S рассч. м/з = 655,38 [М+Н]+ = 656,4.
Этап 3: (S,E)-N-(4-((14R,17R)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)-2-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид синтезировали из Соединения СС-2 и MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,04 (д, J=8,8 Гц, 1Н), 7,77 (д, J=2,2 Гц, 1H), 7,67 (дд, J=8,8, 2,2 Гц, 1H), 7,54 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,46 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,36 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,83 (с, 2Н), 6,51 (дд, J=9,5, 1,9 Гц, 1H), 5,01 (т, J=10,0 Гц, 1H), 4,92 (д, J=8,4 Гц, 2Н), 4,60-4,47 (м, 1Н), 4,37 (с, 1Н), 4,23 (д, J=6,9 Гц, 1H), 3,82-3,72 (м, 2Н), 3,69 (дд, J=6,0, 4,5 Гц, 2Н), 3,66-3,52 (м, 10Н), 3,28-3,10 (м, 5Н), 3,06 (к, J=7,4 Гц, 2Н), 2,58 (т, J=6,0 Гц, 2Н), 2,52 (с, 3Н), 2,20-1,90 (м, 3Н), 1,87 (с, 3Н), 1,84-1,72 (м, 1H), 1,64-1,55 (м, 2Н), 1,47 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,26 (т, J=7,5 Гц, 3Н), 1,10-0,96 (м, 15Н), 0,91 (дд, J=6,6, 4,0 Гц, 6Н). C59H90N10O14S рассч. м/з = 1194,64 обнаружено [М+Н]+ 1195,57; [(М+2Н)/2]+ 599,12
Пример 3.171: (S,E)-N-(4-((14R,17R)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)-3-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение DD).
Этап 1: N-(2-этил-4-сульфамоилфенил)-2,2,2-трифторацетамид (DD-1) синтезировали из 2-этиланилина в соответствии с Общей процедурой 1. 1Н ЯМР (400 МГц, ДМСО-d6) δ 11,21 (с, 1H), 7,80 (д, J=2,1 Гц, 1H), 7,72 (дд, J=8,2, 2,2 Гц, 1H), 7,48 (д, J=8,3 Гц, 1Н), 7,41 (с, 2Н), 2,64 (к, J=7,6 Гц, 2Н), 1,16 (т, J=7,5 Гц, 3Н).
Этап 2: (S,E)-N-(4-амино-3-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (DD-2) синтезировали из Boc-HTI-286-OH и Соединения DD-1 с применением Общих процедур 2, 3 и 7. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,66 (д, J=2,3 Гц, 1H), 7,61 (дд, J=8,6, 2,3 Гц, 1H), 7,55 (д, J=7,6 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,37 (т, J=7,3 Гц, 1Н), 6,71 (д, J=8,5 Гц, 1Н), 6,43 (дд, J=9,3, 1,7 Гц, 1H), 4,96 (т, J=9,9 Гц, 1Н), 4,92 (с, 1Н), 4,35 (с, 1Н), 3,16 (с, 3Н), 2,54 (дд, J=7,4, 2,2 Гц, 2Н), 2,51 (с, 3Н), 2,12-1,99 (м, 1Н), 1,87 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,27 (т, J=7,5 Гц, 3Н), 1,07 (с, 9Н), 0,91 (дд, J=6,4 Гц, 6Н). C35H53N5O5S рассч. м/з = 655,38 [М+Н]+ = 656,5.
Этап 3: (S,E)-N-(4-((14R,17R)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)-3-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид синтезировали из Соединения DD-2 и MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,97 (д, J=2,3 Гц, 1Н), 7,87 (дд, J=8,5, 2,3 Гц, 1Н), 7,77 (д, J=8,5 Гц, 1H), 7,59-7,51 (м, 2Н), 7,51-7,42 (м, 2Н), 7,41-7,34 (м, 1Н), 6,84 (с, 2Н), 6,48 (дд, J=9,4, 1,8 Гц, 1Н), 4,98 (т, J=9,9 Гц, 1H), 4,92 (д, J=8,4 Гц, 1Н), 4,64 (тд, J=8,4, 7,6, 3,7 Гц, 1Н), 4,36 (с, 1H), 4,25 (д, J=7,0 Гц, 1Н), 3,82-3,67 (м, 4Н), 3,67-3,53 (м, 10Н), 3,29-3,09 (м, 5Н), 2,77 (к, J=7,5 Гц, 2Н), 2,62-2,46 (м, 5Н), 2,20-1,95 (м, 4Н), 1,91-1,74 (м, 4Н), 1,72-1,60 (м, 2Н), 1,47 (с, 3Н), 1,37 (с, 3Н), 1,27 (т, J=7,5 Гц, 3Н), 1,12-0,95 (м, 16Н), 0,91 (дд, J=6,6, 4,6 Гц, 6Н). C59H90N10O14S рассч. м/з = 1194,64 обнаружено [М+Н]+ 1195,54; [(М+2Н)/2]+ 599,09.
Пример 3.172: (S)-N-(4-(N-((S,E)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)фенил)-1-((S)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-метил-12-оксо-3,6,9-триокса-13-азапентадекане)пирролидин-2-карбоксамид (Соединение ЕЕ).
Синтезировали из Соединения N-1c и Boc-Ala-Pro-ОН в соответствии с Общей процедурой 10, с последующим удалением Boc в соответствии с Общей процедурой 7 и установлением MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6 перед очисткой с помощью препаративной ВЭЖХ. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,99 (д, J=8,9 Гц, 2Н), 7,81 (д, J=8,5 Гц, 2Н), 7,55 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,3 Гц, 1H), 6,84 (с, 2Н), 6,54-6,42 (м, 1Н), 5,07-4,95 (м, 2Н), 4,67 (т, J=6,8 Гц, 1H), 4,57 (дд, J=8,4, 4,6 Гц, 1H), 4,35 (с, 1H), 3,95-3,83 (м, 1H), 3,80-3,66 (м, 5Н), 3,61 (дд, J=18,6, 4,6 Гц, 10Н), 3,16 (с, 3Н), 2,58-2,42 (м, 5Н), 2,36 (д, J=18,0 Гц, 1Н), 2,23-1,98 (м, 4Н), 1,86 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,43-1,31 (м, 6Н), 1,07 (с, 10Н), 0,91 (т, J=6,3 Гц, 6Н). C59H90N10O14S рассч. м/з = 1078,54 обнаружено [М+Н]+ 1079,48; [(М+2Н)/2]+ 540,27.
Пример 3.173: (S,E)-N-(4-((S)-6-Амино-2-((S)-2-(3-(2-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)этокси)пропанамидо)-3-фенилпропанамидо)гексанамидо)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение FF).
Указанное в названии соединение получали из Соединения N-1c и Fmoc-Phe-Lys(Boc)-OH в соответствии с Общей процедурой 10, с последующим удалением в соответствии с Общей процедурой 5, ацилированием с помощью MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6 и снятием защиты в соответствии с Общей процедурой 7 перед очисткой с помощью препаративной ВЭЖХ. C61H87N9O13S рассч. м/з = 1185,6 обнаружено [М+Н+]+ = 1186,6 и [(М+2Н+)/2]2+ = 593,9.
Пример 3.174: (S,E)-N-((4-((14S,17S)-17-(4-Аминобутил)-1-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенил)сульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение GG).
Указанное в названии соединение получали из Соединения N-1c и Fmoc-Val-Lys(Boc)-OH в соответствии с Общей процедурой 10, с последующим удалением в соответствии с Общей процедурой 5, перед ацилированием с помощью MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6 и снятием защиты в соответствии с Общей процедурой 7 перед очисткой с помощью препаративной ВЭЖХ. C57H87N9O13S рассч. м/з = 1137,6 обнаружено [М+Н+]+ = 1138,5 и [(М+2Н+)/2]2+ = 569,8.
Пример 3.175: (S,E)-N-(4-((2S,5S,8R)-2-(4-Аминобутил)-5-бензил-15-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-8-метил-4,7,10-триоксо-13-окса-3,6,9-триазапентадеканамидо)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение НН).
Указанное в названии соединение получали из Соединения N-1c и Fmoc-Ala-Phe(D)-Lys(Boc)-OH в соответствии с Общей процедурой 10. Получаемый материал, очищенный с помощью флэш-хроматографии, затем подвергали Общей процедуре 5 для удаления защитной группы Fmoc, с последующей обработкой с помощью MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6 и снятием защиты в соответствии с Общей процедурой 7 перед очисткой с помощью препаративной ВЭЖХ. C64H92N10O14S рассч. м/з = 1256,7 обнаружено [М+Н+]+ = 1258,3 и [(М+2Н+)/2]2+ = 630,2.
Пример 3.176: (S,E)-N-(4-((2S,5S,8R)-2-(4-Аминобутил)-5,8-дибензил-15-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-4,7,10-триоксо-13-окса-3,6,9-триазапентадеканамидо)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение II).
Указанное в названии соединение получали из Соединения N-1c и Fmoc-Phe-Phe(D)-Lys(Boc)-OH в соответствии с Общей процедурой 10, удалением защитной группы Fmoc посредством Общей процедуры 5, реакции с MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6 и снятием защиты в соответствии с Общей процедурой 7, с последующей очисткой с помощью препаративной ВЭЖХ. C69H94N10O14S рассч. м/з = 1332,7 обнаружено [М+Н+]+ = 1334,3 и [(М+2Н+)/2]2+ = 668,2.
Пример 3.177: (S,E)-N-(2-((14S,17S)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение JJ).
Этап 1: 2,2,2-Трифтор-N-(2-сульфамоилфенил)ацетамид (JJ-1) получали из 2-аминобензолсульфонамида в соответствии с Общей процедурой 1.
Этап 2: (S,E)-N-(2-Аминофенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (JJ-2) получали из Соединения JJ-1 и Boc-HTI-286-OH в соответствии с Общими процедурами 2 и 3. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 7,75 (дд, J=8,2, 1,5 Гц, 1H), 7,55 (д, J=7,8 Гц, 2Н), 7,48 (т, J=7,7 Гц, 2Н), 7,38 (т, J=7,4 Гц, 1Н), 7,33-7,27 (м, 1Н), 6,81 (д, J=8,2 Гц, 1Н), 6,69 (т, J=7,5 Гц, 1H), 6,49 (дд, J=9,1, 1,5 Гц, 1H), 4,97 (т, J=10,1 Гц, 1H), 4,92 (с, 1H), 4,35 (с, 1Н), 3,17 (с, 3Н), 2,51 (с, 3Н), 2,07 (м, 1Н), 1,88 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,46 (с, 3Н), 1,36 (с, 3Н), 1,06 (с, 9Н), 0,92 (т, J=6,8 Гц, 6H). C33H49N5O5S рассч. м/з = 627,35 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 628,36, [M+Na]+ = 650,37, [(М+2Н)/2]2+ = 314,76.
Этап 3: трет-Бутил((S)-1-(((S)-1-((2-(N-((S,E)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-((трет-бутоксикарбонил)метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)фенил)амино)-1-оксо-5-уреидопентан-2-ил)амино)-3-метил-1-оксобутан-2-ил)карбамат (JJ-3) получали из Соединения JJ-2 и Boc-Val-Cit-OH в соответствии с Общей процедурой 10. C54H85N9O12S рассч. м/з = 1083,60 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1084,8, [M+Na]+ = 1106,7.
Этап 4: (S,E)-N-(2-((S)-2-((S)-2-Амино-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (JJ-4) получали из Соединения JJ-3 в соответствии с Общей процедурой 7. C44H69N9O8S рассч. м/з = 883,50 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 884,6, [M+Na]+ = 906,6, [(М+2Н)/2]2+ = 442,8.
Этап 5: (S,E)-N-(2-((14S,17S)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадеканамидо)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид получали из Соединения JJ-4 и MT-NHS в соответствии с Общей процедурой 6 перед очисткой с помощью препаративной ВЭЖХ-МС. 1Н ЯМР (400 МГц, метанол-d4) δ 8,16 (д, J=8,3 Гц, 1Н), 7,95 (дд, J=8,0, 1,6 Гц, 1H), 7,50 (д, J=7,9 Гц, 2Н), 7,42 (дт, J=15,5, 7,8 Гц, 3Н), 7,29 (т, J=7,3 Гц, 1H), 7,19 (т, J=7,5 Гц, 1H), 6,85 (с, 2Н), 6,62 (д, J=9,3 Гц, 1Н), 4,66 (с, 1H), 4,61 (дд, J=9,1,4,5 Гц, 1H), 4,37 (д, J=6,9 Гц, 1Н), 3,76 (дд, J=7,5, 5,7 Гц, 2Н), 3,73-3,67 (м, 2Н), 3,67-3,56 (м, 10Н), 3,29-3,13 (м, 4Н), 3,11 (с, 3Н), 2,70 (с, 6Н), 2,65-2,49 (м, 2Н), 2,22 (с, 3Н), 2,11 (д, J=7,5 Гц, 2Н), 2,00 (дт, J=17,2, 6,2 Гц, 2Н), 1,86 (д, J=1,4 Гц, 3Н), 1,66 (дт, J=14,5, 7,8 Гц, 2Н), 1,01 (д, J=13,3 Гц, 15Н), 0,87 (дд, J=21,4, 6,6 Гц, 6Н). C57H86N10O14S рассч. м/з = 1166,60 а.е.м.; обнаружено [М+Н]+ = 1167,8, [M+Na]+ = 1189,9, [(М+2Н)/2]2+ = 584,4.
Пример 3.178: MT-Val-Cit-OH: (14R,17R)-1-(2,5-Диоксо-2,5-дигидро-1H-пиррол-1-ил)-14-изопропил-12,15-диоксо-17-(3-уреидопропил)-3,6,9-триокса-13,16-диазаоктадекан-18-овая кислота.
Указанное в названии соединение получали из H-VC-OH (0,50 г, 1,287 ммоль)) и MT-NHS (0,512 г, 1,287 ммоль) с N,N-диизопропилэтиламином (0,448 мл, 2 экв.) в диоксанах (0,50 мл). После расходования исходного материала (~16 ч., оценивали с помощью ВЭЖХ-МС), реакционную смесь концентрировали in vacuo и получаемое масло очищали с помощью препаративной ВЭЖХ-МС. Лиофилизация желаемых фракций давала указанное в названии соединение в виде белого порошка (0,351 г, 63%). 1Н ЯМР (400 МГц, хлороформ-d) δ 6,76 (с, 2Н), 4,54-4,59 (м, 1Н), 4,33-4,38 (м, J=7,6 Гц, 1Н), 3,85-3,70 (м, 5Н), 3,60-3,68 (м, 10Н), 3,18-3,22 (м, 2Н), 2,55-2,62 (м, 2Н), 2,10-2,18 (м, 1Н), 1,90-2,05 (м, 1Н), 1,72-1,85 (м, 1Н), 1,54-1,65 (м, 2Н), 0,98 (т, J=6,6 Гц, 6Н).
Пример 3.179: Другие репрезентативные соединения (Р1).
Следующие типичные соединения могут быть получены в соответствии с вышеупомянутыми процедурами. Специалисту в данной области техники с удовлетворительными знаниями будет понятно, что следующие соединения являются синтетически доступными с применением раскрытия WO 2004/026293 для достижения реагента-прекурсора и применяя Общие процедуры с соответствующим сульфонамидом.
Пример 4: Получение некоторых соединения Формулы I.
Белки:
Процессированные рекомбинантные белки VAR2CSA (смотри 
et al. в случае границ домена - J. Biol. Chem. 286: 15908-15917) экспрессировали в Е. coli или эукариотических системах экспрессии и очищали в соответствии с общими способами ниже.
Общие способы очистки в случае рекомбинантных белков VAR2CSA
Рекомбинантный DBL1-ID2a и ID1-ID2a получали в стабильных трансфицированных клетках Drosophila Schneider-2 (S2) или в трансфекцированных бакуловирусом клетках насекомых. Собранный супернатанты культуры подвергали диафильтрации с применением 
Crossflow. Меченные HIS версии двух белков очищали на 5 мл колонках HisTrap HP Ni++ и элюировали с помощью 350 мМ имидазола. Элюированные фракции дополнительно очищали на колонке Superdex200 GF (в: 1xPBS, 0,5М NaCl, pH 7,2 с 1 таблеткой ингибитора протеазы CMPIT на 300 мл буфера) и отбирали мономерные фракции для дальнейшего анализа и сочетания с токсином. Рекомбинантные белки VAR2CSA с или без полигистидиновой меткой также очищали с применением стандартных ионообменных колонок (отрицательный и положительный отбор) и дополнительно очищали на колонках с применением гидрофобного взаимодействия, а также ионного взаимодействия. Белки также очищали на колонках с связанным антителом или антителами, специфичными к VAR2CSA, опираясь на специфическое взаимодействие между реагентами специфических по отношению к VAR2CSA антител и белком VAR2CSA. Белки элюировали в градиенте NaCl или градиенте pH, идущем от 7,4 до 2, с последующей немедленной нейтрализацией в основном буфере. Для стабилизации белка во время очистки применяли (каждый в отдельности или в комбинации) следующие соединения: гидроксиэктоин, сахароза, ЭДТА, D-сорбит, ксилит, дегидрат D-(+)- трегалозы, моногидрат бетаина, триптон, Gly-gly-gly, Gly-gly, 6-аминокапроновая кислота, L-серин, β-аланин, L-гистидин, глицин, L-аргинин, L-аргинин + L-глутаминовая кислота, таурин, не обладающий поверхностной активностью сульфобетаин 211 (NDSB-211)
Рекомбинантные белки VAR2CSA, экспрессированные в клетках С3029Н или С3030Н Е. coli, очищали от клеточных лизатов, полученных обработкой с помощью ультразвука. Меченные полигистидином белки очищали на 5 мл колонках HisTrap HP Ni++ и элюировали с помощью 350 мМ имидазола. Элюированные фракции дополнительно очищали на колонке Superdex200 GF (in: 1xPBS, 0,5М NaCl, pH 7,2 с 1 таблеткой ингибитора протеазы CMPIT на 300 мл буфера) и отбирали мономерные фракции для дальнейшего анализа и сочетания с токсином.
Клеточно-связывающая панель:
Многочисленные раковые клеточные линии подвергали скринингу на связывание с VAR2CSA с помощью FACS. Таблица 6 обобщает связывание рекомбинантного DBL1-ID2a с панелью раковых клеточных линий. Сигнал от окрашивания VAR2CSA (среднее значение интенсивности флуоресценции связанного V5-меченного VAR2CSA обнаруживали с помощью анти-V5-FITC mIgG2ak) сравнивали с фоном (среднее значение интенсивности флуоресценции связанного V5-меченного VAR2CSA обнаруживали с помощью контрольного антитела изотипа mIgG2a-FITC).
Общий способ: Связывание рекомбинантного VAR2CSA с раковыми клетками с помощью FACS
Клетки устанавливали в логарифмической фазе роста в их соответствующей среде роста перед анализом. На следующий день проводили окрашивание, питательную среду аспирировали и отбрасывали. Для промывания клеток в сосуд для культивирования добавляли 5 мл PBS, a PBS затем удаляли с помощью аспирации. В этот момент добавляли буфер для диссоциации клеток (3 мл; Sigma С5914), чтобы зафиксировать клеточные линии и клетки инкубировали до тех пор, пока отставание не наблюдали под микроскопом. Реагент для диссоциации клеток нейтрализовали с помощью 7 мл сыворотки, содержащей культуральную среду, а жизнеспособность клеток определяли с применением анализа вытеснения трипанового синего. В качестве альтернативы, клетки суспензии анализировали на выживаемость непосредственно после промывания с помощью PBS. Клетки добавляли на нижнюю часть 96-луночного планшета с V-образным дном (50000 клеток/лунку) и осаждали центрифугированием (400×g, 3 мин.). После удаления супернатанта, для ресуспендирования дебриса добавляли 15 мкл V5-меченного рекомбинантного VAR2CSA (400 нМ) или буфера FACS (PBS + 1% FBS). После инкубации на льду в течение одного часа, планшеты промывали с помощью добавления 200 мкл буфера FACS, центрифугирования (400×g, 3 мин.), удаления супернатанта, ресуспендирования дебриса в 200 мкл буфера FACS с разрушением дебриса, центрифугирования (400×g, 3 мин.) и, наконец, удаления супернатанта. Дебрисы ресуспендировали в 25 мкл либо анти-V5-FITC mIgG2ak (разбавление 1:100), либо mIgG2a-FITC (разбавление 2 мкг/мл) и 7A.A.D (2,5 мкг/мл). Планшеты инкубировали на льду в течение 0,5 часов перед промыванием клеток таким образом, как описано выше. Дебрисы затем ресуспендировали в 75 мкл буфера FACS и анализировали с помощью проточной цитометрии. Данные представлены в виде средней геометрической флуоресценции живых клеток (популяция 7-AAD-отрицательных) в канале FITC
Типовые условия конъюгирования:
Общий способ: Сочетание на остатках цистеина с функционализированными малеимидом токсинами
Аликвоту процессированного рекомбинантного белка VAR2CSA DBL1-ID2a (серия MP1255; 197 мкл; 181 мкг) размораживали на льду и обрабатывали после этого на льду. К раствору белка добавляли функционализированный малеимидом токсин (2,4 мкл маточного раствора 10 мМ ДМСО; 15,0 эквивалентов по отношению к белку) с тщательным и немедленным смешиванием. Реакция протекала в течение 90 минут, после чего раствор наносили на спин-колонку для обессоливания Zeba (Pierce, продукт №87766, серия №198863), предварительно обработанную помощью PBS. Восстановленный элюат перед применением разделяли на аликвоты и замораживали при -80°С.
Примеры функционализированных малеимидом токсинов
Соединение О
MCvcPABC-3.90
Общий способ: Сочетание на остатках лизина с функционализированными NHS-эфирами токсинами
Аликвоту процессированного рекомбинантного белка VAR2CSA DBL1-ID2a (197 мкл; 181 мкг) размораживали на льду и после этого обрабатывали на льду. К раствору белка добавляли функционализированный NHS-эфиром токсин (3,2 мкл маточного раствора 5 мМ ДМСО; 10,0 эквивалентов по отношению к белку) с тщательным и немедленным смешиванием. Реакция протекала в течение 90 минут, после чего раствор наносили на спин-колонку для обессоливания Zeba (Pierce, продукт №87766, серия №198863), предварительно обработанную помощью PBS. Восстановленный элюат перед применением разделяли на аликвоты и замораживали при -80°С.
Пример функционализированных N-гидроксисукцинимидиловыми эфирами токсинов
Соединение KK
Стандартные процедуры исследования:
1. Очищенные конъюгаты лекарственного средства оценивали на общее содержание белка (анализ ВСА, протокол microBCA Pierce).
2. Конъюгаты VAR2CSA оценивали наряду с неизмененным VAR2CSA на деградацию и или олигомеризацию посредством SDS-PAGE, как при восстанавливающих, так и невосстанавливающих условиях, применяя окрашивание с помощью Coomassie Blue и соответствующие стандарты белка.
3. Очищенные конъюгаты VAR2CSA лекарственные средства оценивали (наряду с неизмененным VAR2CSA) для оценки загрузки лекарственного средства с помощью эксклюзионной ультра высокоэффективной жидкостной хроматографии с масс-спектрометрией (SEC-СВЭЖХ-QTof-MC). Среднее соотношение лекарственное средство-VAR2CSA (DVR) оценивали из развернутого масс-спектра посредством оценки интенсивностей пиков, соответствующих VAR2CSA + 1 лекарственное средство, 2 лекарственных средств, 3 лекарственных средств и т.д.
Общий способ: Анализ SEC-СВЭЖХ-ИЭР-ToF-МС конъюгатов VAR2CSA для определения DVR
Замороженные аликвоты конъюгатов VAR2CSA перед анализом SEC-EsiTofMS размораживали. Анализ SEC осуществляли с помощью 1,7 мкм 4,6×150 мм колонки WATERS Acquity UPLC ВЕН200 SEC и подвижная фаза состояла из смеси ацетонитрил/вода/трифторуксусная кислота/муравьиная кислота, (30/70/0,1/0,1, об./об./об./об. % - трифторуксусную кислоту в некоторых случаях опускали) и температура колонки составляла 30°С. В колонку SEC вводили 10 мкл образца. Время элюирования составляло 11,0 мин. Конъюгаты VAR2CSA и VAR2CSA элюировали при ~3,4 мин. Данные МС общего ионного тока (TIC) получали на масс-спектрометре Quatro-Premier QToF с электрораспылением источника ионов (WATERS 20 Corporation) в диапазоне 500-4500 м/з с применением программного обеспечения для сбора данных MassLynx (Waters Corporation). Данные по массы компонентов образца получали в V-режиме определения положительных ионов и источник Esi работал при температуре источника: 150°С, температура десольватация: 350°С, десольватационный газ: 800 л/ч., Напряжение на пробоотборном конусе: 60 В, Капиллярное напряжение: 3,0 кВ, десольватационный газ: азот и газ для соударений: аргон. Суммированные масс-спектры TIC пика образца разворачивали с помощью алгоритма MaxEnt1 для получения нейтральных массовых данных компонента образца.
Типовые данные в случае определения среднего соотношения лекарственное средство-VAR2CSA:
Конъюгаты VAR2CSA (DBL1-ID2a), полученные с помощью модификации остатков цистеина и лизина функционализированным малеимидом токсином (Соединение О) или функционализированным NHS токсином (Соединение KK), оценивали на загрузку токсином с помощью SEC-MC таким образом, как описано в Общем способе. Расчетная масса, полученная в случае немодифицированного белка прекурсора, составляла 114162 Да.
Фигура 8 иллюстрирует обработанную с помощью MaxEnt1 SEC-СВЭЖХ-QTof-MC интактную массу VAR2-соединение О. Сигналы MS при 115323 Да, 117662 Да и 119999 Да согласуются с конъюгацией 1, 3 и 5 токсинов, со средним уровнем конъюгации ~4 токсинов на белок.
Фигура 9 иллюстрирует: обработанную с помощью MaxEnt1 SEC-СВЭЖХ-QTof-МС интактную массу VAR2-Соединение KK. Профайл восстановленных из свертки данных MS согласуется с конъюгацией вплоть до 5 токсинов (Соединение KK), но со средним содержанием лекарственного средства ~2,5 лекарственных средств.
4. Конъюгаты оценивали на наличие неконъюгированного линкер-токсина или свободного токсина с помощью СВЭЖХ-ЭРИ-тройной квадрупольный масс-спектрометрии. Любое неконъюгированное лекарственное средство в очищенном продукте экстрагировали с помощью преципитации белка с помощью 0,1% муравьиной кислоты в ацетонитриле. Экстракт отфильтровывали сквозь отсекающий молекулярную массу 3 кДа фильтр (Amicon). Получаемый фильтрат анализировали с помощью RP-СВЭЖХ-МСМС для количественного определения количества неконъюгированного лекарственного средства. Количество неконъюгированного лекарственного средства определяли количественно против калибровочной кривой свободного лекарственного средства (и свободного лекарственного средства-линкера). Применяемое оборудование СВЭЖХ-МСМС состоит из сверхэффективной жидкостной хроматографии (Waters Acquity™ UPLC) с тандемными детекторами PDA и TQD Waters Acquity™. Контроль за оборудованием и сбор данных осуществляли с помощью персонального компьютера и хроматографического программного обеспечения Waters Empower-2™.
Детектирование соединения О в образце VAR2-соединение О получали с помощью общего способа конъюгации, выше.
Типовые данные свободного ИЭР-МС на основе анализа свободного лекарственного средства приведены на Фигуре 10. Аналогичный результат был получен в случае свободного лекарственного средства Соединения 886 отдельно.
5. Конъюгаты VAR2CSA-лекарственное средство оценивали с помощью проточной цитометрии +/- CSA (Sigma С9819) на связывание со "стандартной" клеточной линией кожной Т-клеточной лимфомы Myla 2059 для оценки специфичности связывания. Связывание опухоль-клетка plCSA может быть ингибировано с помощью инкубирования VAR2CSA с избытком растворимого CSA. Это секвестрирует VAR2CSA в растворе и ингибирует связывание plCSA на клеточной поверхности. Предполагается, что окрашивание на поверхности клеток, наблюдаемое в присутствии избыточного количества растворимого CSA, указывало бы на не специфическое связывание VAR2CSA с клетками.
Общий способ: Определение связывающей специфичности конъюгата VAR2CSA-лекарственное средство на основе проточной цитометрии
Клетки устанавливали в логарифмической фазе роста в их соответствующей среде для роста перед анализом. В день высева клетки аспирировали, ресуспендировали в PBS + 2% FBS, подсчитывали и определяли жизнеспособность клеток с применением анализа вытеснения трипанового синего. Клетки добавляли на нижнюю часть 96-луночного планшета с V-образным дном (50000 клеток/лунку) и осаждали центрифугированием (400×g, 3 мин.). После удаления супернатанта, добавляли 62,5 мкл конъюгатов VAR2CSA или VAR2CSA (+/-400 мкг/мл CSA) или буфер FACS в одной или более концентрациях (400 нМ для получения предельного связывания; титрование до ~1 нМ) и ресуспендировали дебрисы. После инкубации на льду в течение 0,5 часа, планшеты промывали с помощью добавления 200 мкл буфера FACS, центрифугирования (400×g, 3 мин.), удаления супернатанта, ресуспендирования дебриса в 200 мкл буфера FACS с разрушением дебриса, центрифугирования (400×g, 3 мин.) и, наконец, удаления супернатанта. Дебрисы ресуспендировали в 25 мкл либо анти-V5-FITC mIgG2ak (разбавление 1:100), либо mIgG2a-FITC (разбавление 2 мкг/мл) и 7A.A.D (2,5 мкг/мл). Планшеты инкубировали на льду в течение 0,5 часов перед промыванием клеток, таким образом, как описано выше. Дебрисы затем ресуспендировали в 50 мкл буфера FACS и анализировали с помощью проточной цитометрии. Данные представлены в виде средней геометрической флуоресценции живых клеток (7-AAD-отрицательная популяция) в канале FITC
Фигуры 11-13 показывают специфичность связывания некоторых соединений Формулы I с клеточной линией Myla2059.
6. Конъюгаты VAR2CSA-лекарственное средство оценивали на активность в пробирке против широкого спектра раковых клеточных линий. Клетки инкубировали с различными концентрациями каждого конъюгата, инкубировали при условиях роста и оценивали на жизнеспособность клеток в заданный момент времени. Таблица 7 обобщает цитотоксическую активность типичного конъюгата лекарственного средства против 34 раковых клеточных линий человека. В качестве отрицательного контроля, клеточные линии K562 №14 с "нокаутированным" CSA (или K562 №16) также могут быть обработаны конъюгатами VAR2CSA-лекарственное средство. K562 №14 и №16 с помощью FACS показывали низкое связывание с VAR2CSA, тем самым предполагая, что значительный цитотоксический эффект конъюгатов на этой клеточной линии будет возникать только в присутствии избытка свободного токсина.
Общий способ: Анализ клеточной цитотоксичности конъюгатов VAR2CSA-лекарственное средство
За день до добавления исследуемых соединений, адгезивные клетки добавляли в 96-луночные обработанные тканевой культурой микротитрационные планшеты с непрозрачными стенками с применением полной среды для роста при плотности 2500 клеток/100 микролиторв (мкл) среды (клетки Colo205 добавляли при плотности 5000 клеток/100 мкл среды). Клетки инкубировали в течение одной ночи при 37°С/5% СО2, чтобы дать возможность клеткам прикрепляться к поверхности микротитрационного планшета. В тот день, когда добавляли исследуемые соединения, в раздельные 96-луночные микротитрационные планшеты добавляли суспензионные клеточные линии при 2500 клеток/100 мкл с применением рекомендуемой среды для роста. Конъюгаты лекарственного средства разбавляли непосредственно в среде для роста в пятикратной желаемой конечной концентрации и затем титровали 1:3, восемь этапов. Контроль, без исследуемого соединения (только среда для роста) включали на каждом планшете для микротитрования в шести параллельных анализах. Титрования полученное соединение/конъюгат белок-лекарственное средство добавляли (двадцать пять мкл/лунку) к клеткам в трех параллельных анализах. Клетки и титрования инкубировали при 37°С/5% СО2 в течение пяти ночей. После инкубирования, измеряли жизнеспособность клеток с применением реагента CellTiter-Glo® путем добавления тридцати мкл полученного CellTiter-Glo® в каждую лунку с пробой. Пробу инкубировали в течение по меньшей мере двадцати минут в темноте перед измерением испускаемой люминесценции с применением микропланшета-люминометра (время интегрирования 500 мс). Собранные относительные световые единицы (RLU) переводили в % цитотоксичности с применением упоминаемого выше контроля только со средой для роста (% цитотоксичности = 1 - [RLU лунки/средние RLU контроля только со средой для роста]).
Типовые данные цитотоксичности проиллюстрированы на Фигурах 14-19.
Пример 5: Исследование переносимости
План исследования
Самкам CD-1 мышей (Harlan Laboratories) инъецировали исследуемое соединение VAR2-соединение О в дозе 1,0 мг/кг q2dx3. Повышение или сокращения дозы по результатам оценки переносимости препарата, как указано в исследовании Группировка 8 Таблица. Мышей взвешивали 3х в неделю в течение 12 дней.
Результаты
Обработка
Все животные получали их дозы таким образом, как указано в Записи о инъекциях.
Массы тела
Ни в одной группе не наблюдалось значительной потери массы тела. Массы тела (средние величины ± со.) проиллюстрированы на Фигуре 20.
Выводы
В случае экспериментов с VAR2-соединение О, не было погибших мышей до запланированного умерщвления в День 12, что указывает на то, что дозы испытания (вплоть до 15 мг/кг) являлись переносимыми.
Пример 6: Исследование эффективности ксенотрансплантата Karpas 299
Обзор исследования
Самкам мышей C.B-17/IcrHsd-Prkdcscid (Harlan Laboratories) имплантировали подкожно в спину клеточную линию Т-клеточной лимфомы человека Karpas 299. Karpas 299 была создана из периферической крови 2 5-летнего мужчины с неходжкинской Т-клеточной лимфомой в 1986; в настоящее время классифицируемая как CD30+ анапластическая крупноклеточная лимфомы (ALCL). Исходные лабораторные линии были отрицательными на микоплазму. Опухоли развивались в течение 19 дней и исследуемые соединения были после этого сгруппированы в соответствии с объемом опухоли, так что каждая группа (n=7) имела равномерное распределение объемов опухолей. Средний объем опухоли в первый день лечения (день 21) составлял более 150 мм3. Исследуемые вещества вводили внутривенно в День 1, 3 и 6 (в общей сложности три инъекции) в дозах, указанных в таблице группировок исследования. Массу тела и объем опухоли измеряли каждый понедельник, среду и пятницу. Животные оставались в исследовании до тех пор, пока их опухоли не достигали 800 мм3 или они, в противном случае, требовали эвтаназии из-за достижения момента умерщвления с целью избавить их от мучений.
Результаты
Массы тела исследуемых мышей после трех в/в доз исследуемых веществ приведены на Фигуре 21. Объемы опухолей исследуемых мышей после трех в/в доз исследуемых веществ приведены на Фигуре 22. Статистический анализ объема опухоли с помощью посттестов по способу Бонферрони на основе двухфакторного дисперсионного анализа приведены в Таблице 10.
Заключение
В заключение, VAR2-соединение О ингибирует рост опухоли Karpas 299.
Пример 7: Исследование эффективности рака простаты РС3
Обзор исследования
Самцам "голых" мышей с nu/nu мутацией (Harlan Laboratories) имплантировали подкожно в спину клеточную линию рака простаты РС3 в 100 мкл Matrigel®, и на правую, и на левую поверхности. Исходные лабораторные линии были отрицательными на микоплазму. Опухоли развивались в течение 28 дней, и исследуемые соединения были сгруппированы в соответствии с объемом опухоли, так что каждая группа имела равномерное распределение объемов опухолей. Средний объем опухоли в первый день лечения составлял более 200 мм3. Исследуемые вещества вводили внутривенно в День 1, 3 и 6 (в общей сложности три инъекции) в дозах, указанных в таблице группировок исследования. Массу тела и объем опухоли измеряли каждый понедельник, среду и пятницу. Животные оставались в исследовании до тех пор, пока их опухоли не достигали 1000 мм3 или они, в противном случае, требовали эвтаназии из-за достижения момента умерщвления с целью избавить их от мучений.
Результаты
Массы тела
Массы тела исследуемых мышей проиллюстрированы на Фигуре 23. Не было никакой разницы в потере массы тела между различными группами испытуемых. Наблюдаемая потеря массы тела зависела от увеличения объема опухоли. Признаки клинической токсичности не наблюдались.
Объемы опухолей
Объемы опухолей исследуемых мышей проиллюстрированы на Фигуре 24. Данные иллюстрируют средний объем опухоли и стандартную ошибку среднего значения (Объем опухоли рассчитывали по формуле V=0.5×W×L×l. Статистическую оценку осуществляли с помощью Т-критерия, как показано в Таблице 12.
Некропсия
Мышей умерщвляли, когда общий объем опухоли достигал 1000 мм3 или когда наблюдали такие клинические признаки, как потеря массы тела. Некропсия не показала каких-либо признаков токсичности или отклонений от нормы. Количество мышей, достигающих момента умерщвления, приведено в Таблице 13
Выводы
В заключение, VAR2-соединение О ингибирует рост опухоли РС3. Через двадцать дней после последней обработки, среднее значение объема опухоли группы VAR2-соединение О по-прежнему было стабильным и было значительно ниже групп носителя, VAR2 и Соединения 886.
Все патенты США, публикации заявок на патент США, заявки на патент США, иностранные патенты, заявки на иностранные патенты и непатентной публикации, упомянутые в данном описании, включены в данный документ в качестве ссылки, во всей их полноте в части, не противоречащей данному описанию. Из приведенного выше следует понимать, что, хоть конкретные варианты реализации изобретения, описанные в данном документе, описаны в данном документе для целей иллюстрации, различные модификации могут быть сделаны без отхода от духа и объема, описанных в данном документе. Соответственно, раскрытие не ограничено ничем, кроме прилагаемой формулы изобретения.
Предполагается, что различные части данного описания могут быть объединены любым подходящим способом. Например, данные примеры, способы, аспекты, варианты реализации изобретения или тому подобное может быть соответствующим образом осуществлены или объединены с любым другим вариантом реализации изобретения, способа, примера или аспекта изобретения.
Если не указано иное, все технические и научные термины, применяемые в данном документе, имеют то же значение, которое обычно понимается специалистом с обычной квалификацией в данной области техники, к которой это изобретение принадлежит.
Применение примеров в описании, в том числе примеров терминов, в данном документе представлено только для иллюстративных целей и не предназначено для ограничения объема и значения вариантов реализации изобретения. Числовые диапазоны указаны включая числа, определяющие диапазон. В описании, слово "содержащий" применяют в качестве не ограничивающего термина, по существу, эквивалентного фразе "в том числе, но без ограничения этим", и слово "содержит" имеет соответствующее значение.
| название | год | авторы | номер документа |
|---|---|---|---|
| СУЛЬФОНАМИДСОДЕРЖАЩИЕ СВЯЗЫВАЮЩИЕ СИСТЕМЫ ДЛЯ ЛЕКАРСТВЕННЫХ КОНЪЮГАТОВ | 2014 |
|
RU2729194C2 |
| АНТИБАКТЕРИАЛЬНЫЕ АГЕНТЫ | 1999 |
|
RU2246941C2 |
| ПРОИЗВОДНЫЕ 3-ОКСО-1-ЦИКЛОБУТЕНА И ФАРМАЦЕВТИЧЕСКАЯ КОМПОЗИЦИЯ НА ИХ ОСНОВЕ | 2002 |
|
RU2296753C2 |
| СИНТЕЗ ГАЛИХОНДРИНОВ | 2018 |
|
RU2794176C2 |
| ЦИТОСТАТИЧЕСКИЕ АГЕНТЫ | 1998 |
|
RU2187499C2 |
| ГИДРОКСИПУРИНОВЫЕ СОЕДИНЕНИЯ И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ | 2016 |
|
RU2685417C1 |
| ЗАМЕЩЕННЫЕ БИАРИЛЬНЫЕ СОЕДИНЕНИЯ ИЛИ ЗАМЕЩЕННЫЕ ПИРИДИНЫ И ФАРМАЦЕВТИЧЕСКИЕ КОМПОЗИЦИИ НА ИХ ОСНОВЕ | 1997 |
|
RU2195443C2 |
| ПРОИЗВОДНЫЕ БЕНЗОФУРИЛПИРОНА, СОДЕРЖАЩИЕ ИХ ЛЕКАРСТВЕННЫЕ СРЕДСТВА И ФАРМАЦЕВТИЧЕСКАЯ КОМПОЗИЦИЯ | 1999 |
|
RU2199536C2 |
| β-D-2'-ДЕЗОКСИ-2'-α-ФТОР-2'-β-С-ЗАМЕЩЕННЫЕ-2-МОДИФИЦИРОВАННЫЕ-N6-ЗАМЕЩЕННЫЕ ПУРИНОВЫЕ НУКЛЕОТИДЫ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ ВЫЗВАННЫХ HCV ЗАБОЛЕВАНИЙ | 2016 |
|
RU2764767C2 |
| ЗАМЕЩЕННЫЕ ПРОИЗВОДНЫЕ БЕНЗОПИРАНА ПРОТИВ АРИТМИИ | 2002 |
|
RU2291867C2 |
Изобретение относится к конъюгатам VAR2CSA-лекарственное средство, имеющим биологическую активность. Конъюгаты и фармацевтические композиции, содержащие такие конъюгаты, предназначены для применения в способе лечения рака. 3 н. и 19 з.п. ф-лы, 24 ил., 13 табл., 7 пр.
1. Конъюгат Формулы I:
где:
Т представляет собой нацеливающую функциональную группу, содержащую полипептид VAR2CSA, причем полипептид VAR2CSA содержит непрерывную аминокислотную последовательность ID1 и DBL2Xb, и
L-P представляет собой L2-P2,
где:
Р2 имеет следующую структуру (X):
и L2-T имеет следующую структуру (VI):
где:
R6 выбран из: арила, С3-С7 циклоалкила и гетероарила, каждый из которых необязательно замещен одним или более из заместителей, выбранных из: С1-С4 ацилтио, С2-С4 алкенила, С1-С4 алкила, С1-С4 алкиламино, С1-С4 алкокси, амино, амино-С1-С4 алкила, гало, C1-С4 галоалкила, гидроксила, гидрокси-С1-С4 алкила и тио, где С2-С4 алкенил, С1-С4 алкиламино и С1-С4 алкокси дополнительно необязательно замещены одним заместителем, выбранным из С1-С4 алкиларила, гидроксила и тио;
R7 и R8 каждый независимо представляет собой Н или C1-C6 алкил;
R9 представляет собой C1-C6 алкил или тио;
R10 выбран из необязательно замещенного алкила, необязательно замещенного алкиламино, необязательно замещенного циклоалкила, необязательно замещенного арила, необязательно замещенного гетероциклила и необязательно замещенного гетероарила;
каждый АА независимо представляет собой аминокислоту;
n представляет собой целое число от 0 до 25;
L4 представляет собой остальную часть линкера L2 или отсутствует;
Т представляет собой нацеливающий фрагмент;
где указанная группа -NH-, связанная с R10 в структуре (X), образует соединительную пептидную связь (JPB) с AA1 в структуре (VI), причем JPB является ферментативно расщепляемой, и
где AA1-(AA)n содержит аминокислотную последовательность, способную облегчать ферментативное расщепление указанной JPB; где:
каждый алкил представляет собой линейную или разветвленную, насыщенную или ненасыщенную углеводородную цепь, имеющую от одного до двенадцати атомов углерода;
каждый алкиламино имеет структуру -NHRa или -NRaRa, где каждый Ra независимо представляет собой алкил;
каждый циклоалкил представляет собой неароматический моноциклический углеводород, имеющий от трех до десяти атомов углерода;
каждый арил представляет собой углеводородную кольцевую систему, содержащую от шести до восемнадцати атомов углерода и по меньшей мере одно ароматическое кольцо;
каждый гетероциклил представляет собой 3-18-членное неароматическое кольцо, содержащее от двух до двенадцати атомов углерода и от одного до шести гетероатомов, выбранных из N, О и S; и
каждый гетероарил представляет собой 5-14-членную кольцевую систему, содержащую от одного до тринадцати атомов углерода, от одного до шести гетероатомов, выбранных из N, О и S, и по меньшей мере одно ароматическое кольцо; и
где каждый необязательно замещенный алкил, необязательно замещенный алкиламино, необязательно замещенный циклоалкил, необязательно замещенный арил, необязательно замещенный гетероциклил и необязательно замещенный гетероарил независимо друг от друга необязательно замещен одним или более из: алкила, арила, циклоалкила, гетероарила, =O, =S, -ОН, -OR24, -O2CR24, -SH, -SR24, -SOCR24, -NH2, -N3, -NHR24, -N(R24)2, -NHCOR24, -NR24COR24, -I, -Br, -Cl, -F, -CN, -CO2H, -CO2R24, -CHO, -COR24, -CONH2, -CONHR24, -CON(R24)2, -COSH, -COSR24, -NO2, -SO3H, -SOR24 или -SO2R24, где каждый R24 независимо представляет собой алкил, необязательно замещенный галогеном, -ОН, -NH2 или -SH, и где каждый алкил, арил, циклоалкил или гетероарил является необязательно замещенным.
2. Конъюгат по п. 1, отличающийся тем, что указанный полипептид VAR2CSA дополнительно содержит непрерывную аминокислотную последовательность ID2a.
3. Конъюгат по п. 2, отличающийся тем, что указанный полипептид VAR2CSA дополнительно содержит аминокислотную последовательность на N- или С-конце длиной 100 аминокислот или меньше, полученную из части SEQ ID NO: 55 или SEQ ID NO: 56, причем указанная часть не представляет собой 1D1, DBL2Xb или ID2a.
4. Конъюгат по п. 1, отличающийся тем, что указанный полипептид VAR2CSA связывает хондроитинсульфат A (CSA) на протеогликанах (CSPG) с аффинностью, как измеряли с помощью KD, ниже чем 100 нМ.
5. Конъюгат по п. 1, отличающийся тем, что указанный полипептид VAR2CSA содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 70% идентичности последовательности с аминокислотной последовательностью, выбранной из: аминокислот 1-577 из SEQ ID NO: 1; аминокислот 1-592 из SEQ ID NO: 3; аминокислот 1-579 из SEQ ID NO: 4; аминокислот 1-576 из SEQ ID NO: 5; аминокислот 1-586 из SEQ ID NO: 10; аминокислот 1-579 из SEQ ID NO: 11; аминокислот 1-565 из SEQ ID NO: 29; аминокислот 1-584 из SEQ ID NO: 34; аминокислот 1-569 из SEQ ID NO:36; аминокислот 1-575 из SEQ ID NO: 37; аминокислот 1-592 из SEQ ID NO: 38; аминокислот 1-603 из SEQ ID NO: 41; аминокислот 1-588 из SEQ ID NO: 43; аминокислот 1-565 из SEQ ID NO: 44; аминокислот 1-589 из SEQ ID NO: 45; аминокислот 1-573 из SEQ ID NO: 48; аминокислот 1-583 из SEQ ID NO: 53; аминокислот 1-569 из SEQ ID NO: 54; аминокислот 578-640 из SEQ ID NO: 1; аминокислот 593-656 из SEQ ID NO: 3; аминокислот 580-643 из SEQ ID NO: 4; аминокислот 577-640 из SEQ ID NO: 5; аминокислот 587-650 из SEQ ID NO: 10; аминокислот 580-643 из SEQ ID NO: 11; аминокислот 566-628 из SEQ ID NO: 29; аминокислот 585-647 из SEQ ID NO: 34; аминокислот 570-632 из SEQ ID NO: 36; аминокислот-576-639 из SEQ ID NO: 37; аминокислот 593-655 из SEQ ID NO: 38; аминокислот 604-667 из SEQ ID NO: 41; аминокислот 589-652 из SEQ ID NO: 43; аминокислот 566-628 из SEQ ID NO: 44; аминокислот 590-653 из SEQ ID NO: 45; аминокислот 574-637 из SEQ ID NO: 48; аминокислот 584-646 из SEQ ID NO: 53; аминокислот 570-632 из SEQ ID NO: 54; SEQ ID NO: 2; SEQ ID NO: 6; SEQ ID NO: 7; SEQ ID NO: 8; SEQ ID NO: 9; SEQ ID NO: 12; SEQ ID NO: 13; SEQ ID NO: 14; SEQ ID NO: 15; SEQ ID NO: 16; SEQ ID NO: 17; SEQ ID NO: 18; SEQ ID NO: 19; SEQ ID NO: 20; SEQ ID NO: 21; SEQ ID NO: 22; SEQ ID NO: 23; SEQ ID NO: 24; SEQ ID NO: 25; SEQ ID NO: 26; SEQ ID NO: 27; SEQ ID NO: 28; SEQ ID NO: 30; SEQ ID NO: 31; SEQ ID NO:32; SEQ ID NO: 33; SEQ ID NO: 35; SEQ ID NO: 39; SEQ ID NO: 40; SEQ ID NO: 42; SEQ ID NO: 46; SEQ ID NO: 47; SEQ ID NO: 49; SEQ ID NO: 50; SEQ ID NO: 51; SEQ ID NO: 52; SEQ ID NO: 1; SEQ ID NO: 3; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 5; SEQ ID NO: 10; SEQ ID NO: 11; SEQ ID NO: 29; SEQ ID NO: 34; SEQ ID NO: 36; SEQ ID NO: 37; SEQ ID NO: 38; SEQ ID NO: 41; SEQ ID NO: 43; SEQ ID NO: 44; SEQ ID NO: 45; SEQ ID NO: 48; SEQ ID NO: 53; и SEQ ID NO: 54.
6. Конъюгат по п. 1, отличающийся тем, что указанный полипептид VAR2CSA содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 70% идентичности последовательности с аминокислотной последовательностью, выбранной из: аминокислот 1-577 из SEQ ID NO: 1; аминокислот 1-592 из SEQ ID NO: 3; аминокислот 1-579 из SEQ ID NO: 4; аминокислот 1-576 из SEQ ID NO: 5; аминокислот 1-586 из SEQ ID NO: 10; аминокислот 1-579 из SEQ ID NO: 11; аминокислот 1-565 из SEQ ID NO: 29; аминокислот 1-584 из SEQ ID NO: 34; аминокислот 1-569 из SEQ ID NO: 36; аминокислот 1-575 из SEQ ID NO: 37; аминокислот 1-592 из SEQ ID NO: 38; аминокислот 1-603 из SEQ ID NO:41; аминокислот 1-588 из SEQ ID NO: 43; аминокислот 1-565 из SEQ ID NO: 44; аминокислот 1-589 из SEQ ID NO: 45; аминокислот 1-573 из SEQ ID NO: 48; аминокислот 1-583 из SEQ ID NO: 53; аминокислот 1-569 из SEQ ID NO: 54; SEQ ID NO: 1; SEQ ID NO: 3; SEQ ID NO: 4; SEQ ID NO: 5; SEQ ID NO: 10; SEQ ID NO: 11; SEQ ID NO: 29; SEQ ID NO: 34; SEQ ID NO: 36; SEQ ID NO: 37; SEQ ID NO: 38; SEQ ID NO: 41; SEQ ID NO: 43; SEQ ID NO: 44; SEQ ID NO: 45; SEQ ID NO: 48; SEQ ID NO: 53; и SEQ ID NO: 54.
7. Конъюгат по п. 1, отличающийся тем, что указанный полипептид VAR2CSA состоит из аминокислотной последовательности, имеющей длину менее чем 700 аминокислот.
8. Конъюгат по п. 1, отличающийся тем, что указанный полипептид VAR2CSA представляет собой рекомбинантный белок.
9. Конъюгат по п. 1, отличающийся тем, что указанный полипептид VAR2CSA является негликозилированным.
10. Конъюгат по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что -R10-NH- структуры X выбрано из:
где каждый n независимо представляет собой целое число от 0 до 10.
11. Конъюгат по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что AA1-(AA)n выбран из: Phe-Lys, Val-Lys, Ala-Lys, Val-Cit, Phe-Cit, Leu-Cit, Ile-Cit, Trp-Cit, Phe-Arg, (D)Phe-Phe-Lys и (D)Ala-Phe-Lys.
12. Конъюгат по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что L4 содержит повторяющиеся алкоксигруппы, амид двухосновной кислоты, сложный эфир двухосновной кислоты или их комбинацию.
13. Конъюгат по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что Р2 представляет собой моновалентный радикал одного из следующих соединений:
а) 4-(N-((S,Е)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-еноил)сульфамоил)-3-нитробензамид;
b) (S,E)-N-(4-аминофенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение 886);
c) (S,E)-N-(3-аминофенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
d) (S,E)-N-(4-(1-аминоциклопропил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
e) (S,E)-N-(4-(1-аминоциклопропил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
f) (S,E)-N-(4-(аминометил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
g) (S,E)-N-(4-аминобензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
h) (S,E)-N-(4-(аминометил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
i) (S,E)-N-(3-аминофенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
j) (S,E)-N-(4'-аминобифенил-4-илсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
k) (S,E)-N-(4-амино-2-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
l) (S,E)-N-(4-амино-3-(трифторметокси)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
m) (S,E)-N-(4-амино-2-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
n) (S,E)-N-(4-амино-5,6,7,8-тетрагидронафталин-1-илсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
о) (S,E)-N-(4-амино-2-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
р) (S,E)-N-(4-амино-3-фторфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид; или
q) (S,E)-N-(4-амино-2-этилфенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
14. Конъюгат по п. 13, отличающийся тем, что AA1-(AA)n выбран из: Phe-Lys, Val-Lys, Ala-Lys, Val-Cit, Phe-Cit, Leu-Cit, Ile-Cit, Trp-Cit, Phe-Arg, (D)Phe-Phe-Lys и (D)Ala-Phe-Lys.
15. Конъюгат по п. 13, отличающийся тем, что L4 содержит повторяющиеся алкоксигруппы, амид двухосновной кислоты, сложный эфир двухосновной кислоты или их комбинацию.
16. Конъюгат по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что Р2 представляет собой моновалентный радикал одного из следующих соединений:
a) (S,E)-N-(4-аминофенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение 886);
b) (S,E)-N-(4-(1-аминоциклопропил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
c) (S,E)-N-(4-(1-аминоциклопропил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
d) (S,E)-N-(4-(аминометил)бензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид;
e) (S,E)-N-(4-аминобензилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3- метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид или
f) (S,E)-N-(4-(аминометил)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид.
17. Конъюгат по п. 16, отличающеийся тем, что AA1-(AA)n выбран из: Phe-Lys, Val-Lys, Ala-Lys, Val-Cit, Phe-Cit, Leu-Cit, Ile-Cit, Trp-Cit, Phe-Arg, (D)Phe-Phe-Lys и (D)Ala-Phe-Lys.
18. Конъюгат по п. 16, отличающийся тем, что L4 содержит повторяющиеся алкоксигруппы, амид двухосновной кислоты, сложный эфир двухосновной кислоты или их комбинацию.
19. Конъюгат по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что L2-P2 представляет собой моновалентный радикал одного из следующих соединений:
а) (S,E)-N-(4-((S)-2-((S)-2-(6-(2,5-диоксо-2,5-дигидро-1Н-пиррол-1-ил)гексанамидо)-3-метилбутанамидо)-5-уреидопентанамидо)фенилсульфонил)-2,5-диметил-4-((S)-N,3,3-триметил-2-((S)-3-метил-2-(метиламино)-3-фенилбутанамидо)бутанамидо)гекс-2-енамид (Соединение N);
или
b) Соединение O:
или
c) Соединение KK:
20. Фармацевтическая композиция для лечения рака, содержащая эффективное количество конъюгата по любому из пп. 1-19 и фармацевтически приемлемый носитель, разбавитель или вспомогательное вещество.
21. Способ лечения рака у млекопитающего или увеличения выживаемости у млекопитающего, имеющего рак, или ингибирования роста опухоли у млекопитающего, включающий введение нуждающемуся в этом млекопитающему эффективного количества конъюгата по любому из пп. 1-19 или фармацевтической композиции по п. 20.
22. Способ по п. 21, отличающийся тем, что указанный рак представляет собой карциному, саркому, рак кроветворных органов или опухоль нейроэпителиальной ткани.
| EA 201491494 A1, 30.01.2015 | |||
| WO 2004026293 A2, 01.04.2004 | |||
| WO 2006027711 A2, 16.03.2006. |
