Способ ранней диагностики рецидивов рака прямой кишки при мониторинге течения заболевания Российский патент 2024 года по МПК G01N33/58 G01N33/574 C12Q1/6806 C12Q1/686 C12Q1/6876 C12Q1/6886 

Изобретение относится к области медицины, конкретно к онкологии, и касается способов ранней диагностики рецидивов рака прямой кишки.

В настоящее время рак прямой кишки (РПК) в России занимает лидирующие позиции в структуре онкологической заболеваемости и смертности (1).

Основным методом лечения местнораспространенного РПК является комбинированный, который включает пролонгированный курс предоперационной химиолучевой терапии и радикальную операцию, что позволяет снизить частоту местных рецидивов и повысить выживаемость больных (2, 3). Однако, несмотря на высокие онкологические результаты, применение данного лечебного подхода у больных с поражением верхнеампулярного отдела прямой кишки ограничено в связи с риском развития лучевых реакций и осложнений.

С указанных позиций в последние годы при раке верхнеампулярного отдела прямой кишки разрабатывается новая тактика лечения, основанная на проведении на предоперационном этапе только системной химиотерапии (без облучения), которая демонстрирует обнадеживающие результаты (4-6).

Вместе с тем, несмотря на определенные достижения в лечении РПК, проблема прогрессировала заболевания остается открытой. В связи с этим при выборе тактики лечения большое значение уделяется прогнозу и ранней диагностике рецидива заболевания.

Патогенез РПК в целом характеризуются последовательным накоплением молекулярно-генетических изменений и существенным изменением транскриптома, протеома клеток. Изменение статуса метилирования ДНК предшествует генетическим мутациям и, как правило, определяет развитие молекулярных событий при канцерогенезе (7, 8). Признаком злокачественной трансформации, связанным с нарушением правильного профиля метилирования, является как глобальное общее снижение уровня метилирования (гипометилирование повторяющихся последовательностей LINE-1, Alu и др.), так и локальное увеличение уровня метилирования отдельных районов (гиперметилирование генов опухолевой супрессии, гипометилирование онкогенов) (9). При изменениях уровня метилирования может наблюдаться активация (гипометилирование онкогенов) или подавление экспрессии генов (гиперметилирование генов опухолевой супрессии) (10).

Одним из последних достижений молекулярной онкологии является внедрение в практику онкодиагностики нового малоинвазивного метода «жидкой биопсии», который включает исследование образцов крови с целью выявления внеклеточных опухолевых ДНК, отражающих молекулярные изменения, характерные для опухоли (11, 12). В этом плане чрезвычайно актуальным представляется изучение молекулярно-генетических изменений в составе внеклеточных ДНК, которые специфичны для колоректального рака, и последующая разработка стратегии ранней диагностики рецидивов заболевания. Известно, что при онкопатологиях в составе как внеклеточной циркулирующей ДНК (цирДНК) плазмы крови, так и цирДНК, связанной с поверхностью клеток крови (скп-цирДНК), накапливаются фрагменты опухоле-специфичных метилированных ДНК, которые являются потенциальными онкомаркерами (13). Показано, что определение во внеклеточных ДНК крови уровня метилирования как однокопийных генов, так и повторяющихся последовательностей позволяет повысить чувствительность диагностического теста (13, 14).

Исследовательские группы под руководством Symonds E.L. et al (2018), Chang S.C. et al. (2020), Jin S. et al. (2021) проводили определение метилированных маркеров (панель, включающая гены ВСАТ1 и IKZF1; ген ТМЕМ240; панель, включающая гены SEPTIN9 и SDC2) в плазме крови больных колоректальным раком с целью мониторинга течения заболевания (15, 16, 17). Однако, они оценивали только уровень метилирования однокопийных генов и не определяли уровень метилирования повторяющихся последовательностей, что могло бы повысить чувствительность такой диагностической тест-системы. В настоящих работах использовались только две контрольные точки (до лечения и на 12 сутки после операции или до лечения и через 12 месяцев после операции), что не позволяет осуществлять регулярную и своевременную диагностику на протяжении первых 24-х месяцев наблюдения, которые являются самыми критичными с позиций риска развития прогрессирования заболевания.

Наиболее близким к предлагаемому (прототипом) является способ диагностики колоректального рака, основанный на определении метилированных маркеров во внеклеточных ДНК крови (генов ITGA4, ЕМВР1, ТМЕМ163, SFMBT2, ELMO, ZNF543, CHST10, CCNA1, BEND4, KRBA1, S1PR1, PPP1R16B) (18). Однако, для мониторинга РПК указанный способ имеет ряд недостатков:

1) не определена информативность данных метилированных маркеров конкретно для больных РПК;

2) данный способ может быть применим только для диагностики РПК, но не для мониторинга течения заболевания;

3) анализ профиля метилирования ДНК с использованием метода бисульфитного секвенирования позволяет проводить определение уровня метилирования одновременно нескольких генов (12 мишеней), но требует большого количества исходного генетического материала (от 500 нг до 1 мкг ДНК);

4) высокая стоимость проведения подобного исследования (от 500 тыс.руб.);

5) большая трудоемкость данного способа определения уровня метилирования генов.

Новый технический результат - повышение точности и информативности ранней диагностики рецидивов РПК за счет проведения регулярного сравнительного анализа уровня метилирования однокопийных генов (SEPTIN9, IKZF1) и повторяющихся последовательностей (LINE-1) во внеклеточных ДНК крови на этапах динамического наблюдения.

Для решения поставленной задачи в способе ранней диагностики рецидивов рака прямой кишки, путем исследования венозной крови пациентов, в которой определяют уровень метилированных маркеров во внеклеточных ДНК крови, определяют уровень метилированных генов SEPTIN9, IKZF1 и повторяющихся последовательностей LINE-1 и при увеличении уровня метилирования генов SEPTIN9, IKZF1 и снижении уровня метилирования последовательностей LINE-1 у больных в ходе динамического наблюдения через 3, 6 и 9 месяцев, 1 и 2 года после проведенного лечения в 2 раза и более в сравнении с уровнем метилирования на 10-15 сутки после операции определяют рецидив РПК.

Изобретение соответствует критерию «новизна», так как для мониторинга РПК ранее не использовался комплексный анализ уровня метилирования однокопийных генов SEPTIN9, IKZF1 и повторяющихся последовательностей LINE-1 в составе внеклеточных ДНК плазмы крови и внеклеточных ДНК, связанных с поверхностью клеток крови. Кроме того, не проводилось определение данных метилированных маркеров на ближайших и отдаленных этапах мониторинга у больных РПК.

Благодаря наличию указанных признаков в данном способе, а также использованию их в совокупности и определенной последовательности действий можно сделать вывод о соответствии заявляемого способа «изобретательскому уровню».

Изобретение соответствует критерию «промышленно применимо», так как оно может использоваться в клинической практике для ранней диагностики рецидивов РПК.

Способ осуществляют следующим образом.

1. Получение плазмы крови и выделение внеклеточных ДНК. Образцы венозной крови стабилизируют и фракционируют на плазму и клетки крови в течение 4 часов с момента ее забора. Образцы центрифугируют 20 мин при 400×g, затем переносят плазму в отдельные пробирки и центрифугируют повторно 20 мин при 1200×g. Полученный супернатант аликвотируют и хранят при температуре -80°С. Непосредственно перед проведением молекулярно-генетического анализа замороженные образцы плазмы крови размораживают и центрифугируют 5 мин при 3000×g для удаления криопреципитата. Полученный супернатант используют для выделения внеклеточных ДНК (внДНК). ВнДНК выделяют с использованием наборов фирмы QIAamp MinElute ccfDNA Kit (Qiagen, США). Далее проводят бисульфитную конверсию ДНК с помощью наборов «EZ DNA Methylation-Direct Kit» (Zymo Research, США).

2. Реакция количественной метил-специфичной ПЦР. Концентрацию метилированных фрагментов генов SEPTIN9, IKZF1 определяют с использованием TaqMan ПЦР. Каждую реакцию проводят в конечном объеме 25 мкл, содержащем 2,5 мкл ДНК, 60 нМ специфического праймера для каждого гена, 30 нМ флуоресцентной пробы для каждого гена, 1 U ДНК-полимеразы, 10Х ПЦР-буфер и 25 нМ dNTP, 50 нМ MgCl. Программа ПЦР включает следующие этапы: нагрев реакционной смеси при температуре 95°С в течение 3, затем амплификация в течение 40 циклов в следующем режиме: при температуре 95°С в течение 10 сек, отжиг и элонгация, регистрация флуоресцентного сигнала (при температуре 56°С - для гена SEPTIN 9; при температуре 60,4°С - для гена IKZF1) в течение 10 сек. Амплификацию осуществляют в приборе CFX96 (Bio-Rad, США). В качестве контроля используют препарат полностью метилированной ДНК (ZymoResearch, США). Делают 5 точек разведения - 70% - 35% - 18% - 9% - 4%. Относительно данной калибровочной кривой оценивают уровень метилирования генов в исследуемых образцах.

Концентрацию метилированных фрагментов LINE-1 определяют с использованием TaqMan ПЦР. Программа ПЦР включает следующие этапы: нагрев реакционной смеси при температуре 95°С в течение 3, затем амплификация в течение 40 циклов в следующем режиме: при температуре 95°С в течение 10 сек, отжиг и элонгация, регистрация флуоресцентного сигнала при температуре 52°С в течение 60 сек. Реакцию ПЦР ставят в конечном объеме 25 мкл, содержащем компоненты: 2,5 мкл ДНК, 50 мМ MgCl₂, 10Х ПЦР-буфер, 25 мМ dNTP, 60 нМ специфического праймера, 30 нМ олигонуклеотидной пробы, 1 U Taq ДНК полимеразы.

Кроме того, оценивают концентрацию фрагментов LINE-1, не содержащих метилированные CpG-сайты с помощью ПЦР с использованием флуоресцентного красителя EvaGreen (Biotium, США). Программа ПЦР включает следующие этапы: нагрев реакционной смеси при температуре 95°С в течение 3, затем амплификация в течение 40 циклов в следующем режиме: при температуре 95°С в течение 10 сек, при температуре 60°С в течение 20 сек, отжиг и элонгация, регистрация флуоресцентного сигнала при температуре 72°С в течение 20 сек, при температуре 76,5°С в течение 15 сек. Реакцию ПЦР ставят в конечном объеме 25 мкл, содержащем компоненты: 2,5 мкл ДНК, 50 мМ MgCl₂, 10Х ПЦР-буфер, 25 мМ dNTP, 60 нМ специфического праймера, 10Х красителя Eva Green, 1 U Taq ДНК полимеразы. Амплификацию осуществляют в приборе CFX96 (Bio-Rad, США). Количество метилированных фрагментов LINE-1 и фрагментов LINE-1, не содержащих CpG-сайты, оценивают в геном-эквивалентах на 1 мл крови. Далее вычисляют индекс метилирования (ИМ) по формуле ИМ %=100 × (число метилированных фрагментов/(число метилированных + число неметилированных фрагментов).

Последовательности праймеров и флуоресцентных проб представлены в Таблице:

В ходе динамического наблюдения больных через 3, 6 и 9 месяцев, 1 и 2 года после проведенного лечения при увеличении уровня метилирования генов (SEPTIN9, IKZF1) и снижении уровня метилирования последовательностей LINE-1 в 2 раза и более в сравнении с уровнем метилирования на 10-15 сутки после операции определяют рецидив РПК.

Обоснование способа: разработка методов, пригодных для выявления РПК на доклинической / ранней стадиях по анализу маркеров в крови и других биологических жидкостях, представляет собой важнейшее направление в современной онкологии. С указанных позиций наиболее перспективными кандидатами для мониторинга РПК являются молекулярно-генетические маркеры на основе циркулирующих в крови внеклеточных нуклеиновых кислот, представленных ДНК, РНК и микроРНК.

В последние годы в мировой науке стремительно увеличивается количество исследований по циркулирующим метилированным маркерам, которые проводятся с целью ранней диагностики колоректального рака, прогноза и оценки эффективности лечения (15-17, 19, 20, 21, 22, 23). Необходимо отметить, что менее всего освещены вопросы мониторинга колоректального рака, в частности РПК. Так, в доступной литературе отсутствует четкое мнение о том, какие аберрантно-метилированные гены необходимо исследовать и в какие использовать временные интервалы. Это может быть обусловлено рядом причин как технического, так и общего характера, а именно: различная чувствительность методик по определению метилированных маркеров, качество проведения бисульфитной конверсии ДНК, условия пробоподготовки и выделения внеклеточных ДНК, не корректное формирование групп больных (ввиду недоучета патогенетически значимых признаков) и др.

Отбор генов интереса для использования их в качестве маркеров в предлагаемом способе осуществлялся по следующим критериям:

1) доказано присутствие аберрантно-метилированных форм данных генов во внеклеточных ДНК плазмы крови;

2) уровень метилирования данных генов значимо отличается (увеличение уровня метилирования генов опухолевой супресии или снижение уровня метилирования онкогенов) у больных колоректальным раком по сравнению со здоровыми донорами (15, 17, 19, 21, 22).

Так, были выбраны следующие гены:

1) ген SEPTIN9 - ген, участвующий в регуляции клеточного цикла. При онкопатологии ген гиперметилирован (согласно базе данных GeneCards - http://www.genecards.org).

2) ген IKZF1 - ген, кодирующий транскрипционный фактор связывания ДНК. При онкопатологии ген гиперметилирован (согласно базе данных GeneCards -http://www.genecards.org).

3) LINE-1 - длинные диспергированные повторяющиеся последовательности ДНК в геноме эукариот. В норме гиперметилированы, при развитии онкопатологии -гипометилированы (http://www.pubmed.ncbi.nlm.nih.gov).

Анализ изменения уровня метилирования вышеуказанных генов в крови больных РПК на этапах динамического наблюдения - через 3, 6 и 9 месяцев, 1 и 2 года после проведенного лечения в 2 раза и более в сравнении с уровнем метилирования на 10-15 сутки после операции позволяет точно и своевременно диагностировать рецидив заболевания на доклинической / ранней стадиях, когда опухоль еще не определяется при проведении стандартного инструментального обследования и не имеет клинических проявлений. При выявлении маркерного рецидива РПК больным показано углубленное клинико-инструментальное обследование, на основании которого вырабатывается стратегия дальнейшего противоопухолевого лечения.

Сущность предлагаемого способа иллюстрируется следующими примерами.

Больной 1.

Больной Т., 57 лет, диагноз: Рак верхнеампулярного отдела прямой кишки, стадия pT_4aN₁M₀. Гистологическое заключение №6148-67/20 - умереннодифференцированная аденокарцинома с инвазией всех слоев стенки кишки, с врастанием в окружающую клетчатку, с метастазами в 2 из 6 лимфоузлов, с врастанием в стенку сосуда, периневральный рост. Лечебный патоморфоз по Mandard 3 степени (TRG 3). Границы резекции, включая циркулярный край резекции, без опухолевых клеток.

В рамках комбинированного лечения проведено 3 курса предоперационной химиотерапии по схеме XELOX с эффектом частичная регрессия. Операция (28.02.2020 г.) - лапароскопическая низкая передняя резекция прямой кишки.

Через 9 месяцев после завершения лечения при молекулярно-генетическом исследовании выявлено увеличение уровня метилирования генов SEPTIN9, IKZF1 и снижение уровня метилирования последовательностей LINE-1 в 2 раза в сравнении с уровнем на 10-15 сутки после операции. В последующем, через 3 месяца, в ходе динамического наблюдения пациента (февраль 2021 г.) на основании инструментальных методов обследовании было подтверждено прогрессирование опухолевого процесса в виде метастатического поражения печени.

Пример 2.

Больной Ю., 59 лет, диагноз: Рак верхнеампулярного отдела прямой кишки, стадия pT₃N₀M₀. Гистологическое заключение №2585-6000/20 - умереннодифференцированная аденокарцинома с инвазией в серозный слой стенки кишки, без метастазов в 4 лимфоузлах. Лечебный патоморфоз по Mandard 4 степени (TRG 4). Границы резекции без опухолевых клеток.

Проведено комбинированное лечение: 3 курса предоперационной химиотерапии по схеме XELOX с эффектом частичная регрессия и хирургическое лечение (31.01.2020 г.) - лапароскопическая передняя резекция прямой кишки.

При молекулярно-генетическом исследовании не выявлено значимых изменений уровня метилирования генов SEPTIN9, IKZF1 и уровня метилирования последовательностей LINE-1 в сравнении с уровнем на 10-15 сутки после операции. В ходе динамического наблюдения пациента в течение 24 месяцев после завершения лечения при инструментальном обследовании признаков прогрессирования заболевания нет.

Предлагаемый способ основан на анализе данных клинико-инструментальных обследований, амбулаторных и медицинских карт больных, проведении молекулярно-генетических исследований (анализ профиля метилирования).

Для реализации молекулярно-генетического этапа изучали биологический материал от 4 больных с диагнозом РПК. Возраст больных составил 58,6 (43-72) лет. Распространенность опухолевого процесса - mrT_4aN₀M₀, mrT_3-4aN₁M₀. Гистологический тип опухоли - аденокарцинома различной степени дифференцировки. Дистальный полюс опухоли находился на расстоянии >10 см от анокутанной линии.

До начала лечения всем больным выполнялось комплексное обследование, включающее магнитно-резонансную томографию (МРТ) органов малого таза, видеоколоноскопию с биопсией опухоли для гистологического исследования, компьютерную томографию органов грудной клетки и брюшной полости.

У всех больных проводилось комбинированное лечение, включающее 3 курса предоперационной химиотерапии по схеме XELOX и радикальную операцию в объеме лапароскопической передней резекции прямой кишки.

Для анализа уровня метилирования генов SEPTIN9, IKZF1 и последовательностей LINE-1 во внеклеточных ДНК крови проводился забор венозной крови до лечения (при первичном обращении), после 3-х курсов предоперационной химиотерапии, на 10-15 сутки после хирургического лечения и далее через 3, 6 и 9 месяцев, 1 и 2 года после операции. У 2-х пациентов без прогрессирования заболевания не было выявлено значимого изменения уровня метилирования генов SEPTIN9, IKZF1 и уровня метилирования последовательностей LINE-1 в сравнении с уровнем на 10-15 сутки после операции. У 2-х больных с признаками прогрессирования выявлено увеличение уровня метилирования генов SEPTIN9, IKZF1 и снижение уровня метилирования последовательностей LINE-1 в 2 раза и более в сравнении с уровнем на 10-15 сутки после операции.

На фиг. 1 представлены результаты, отражающие характер изменения уровня метилирования исследуемых генов во внеклеточных ДНК крови у больных без прогрессирования заболевания и у больных с признаками прогрессирования РПК, а именно характер изменения уровня метилирования генов SEPTIN9, IKZF1 и последовательностей LINE-1 во внеклеточных ДНК крови у больных с признаками прогрессирования заболевания (А) и без прогрессирования (Б). 1 - до лечения, 2 - после предоперационной химиотерапии, 3 - на 10-15 сутки после операции, 4 - в ходе динамического наблюдения пациента, через 9 месяцев, 5 - в ходе динамического наблюдения пациента, через 1 год.

Таким образом, использование данного способа позволяет достичь нового технического результата, а именно повысить точность и информативность ранней диагностики рецидивов РПК за счет проведения регулярного сравнительного анализа уровня метилирования однокопийных генов SEPTIN9, IKZF1 и повторяющихся последовательностей LINE-1 во внеклеточных ДНК крови на этапах динамического наблюдения.

Источники информации, принятые во внимание при составлении описания:

1. Состояние онкологической помощи населению России в 2021 году / Под ред. А.Д. Каприна, В.В. Старинского, А.О. Шахзадовой. - М.: МНИОИ им. П.А. Герцена - филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России, 2022. - 239 с.

2. McCarthy K., Pearson K., Fulton R., Hewitt J. Pre-operative chemoradiation for non-metastatic locally advanced rectal cancer // Cochrane Database Syst. Rev., 2012;12:CD008368. DOI: 10.1002/14651858.CD008368.pub2.

3. Ferrari L., Fichera A. Neoadjuvant chemoradiation therapy and pathological complete response in rectal cancer // Gastroenterol Rep. 2015;3(4):277-88. DOI: 10.1093/gastro/gov039

4. Koizumi M., Yamada Т., Shinji S. et al. Feasibility of Neoadjuvant FOLFOX Therapy Without Radiotherapy for Baseline Resectable Rectal Cancer // In Vivo. 2018 Jul-Aug; 32(4):937-943. doi: 10.21873/invivo.11332

5. Schrag D., Weiser M.R., Goodman K.A. et al. Neoadjuvant chemotherapy without routine use of radiation therapy for patients with locally advanced rectal cancer: a pilot trial // J Clin Oncol. 2014 Feb 20;32(6):513-8. doi: 10.1200/JCO.2013.51.7904

6. Cercek A., Weiser M.R., Goodman K.A. et al. Complete pathologic response in the primary of rectal or colon cancer treated with FOLFOX without radiation // Journal of Clinical Oncology. 2010;28:15 suppl, 3649-3649.

7. Edwards J. R., Yarychkivska O., Boulard M. et al. DNA methylation and DNA methyltransferases // Epigenetics & chromatin. - 2017. - T. 10. - №. 1. - C. 1-10.

8. Dai X. et al. Methylation multiplicity and its clinical values in cancer // Expert reviews in molecular medicine. - 2021. - T. 23.

9. Ehrlich M. DNA hypermethylation in disease: mechanisms and clinical relevance // Epigenetics. - 2019. - T. 14. - №. 12. - С. 1141-1163.

10. Silva C. P., Kamens H. M. Cigarette smoke-induced alterations in blood: A review of research on DNA methylation and gene expression // Experimental and clinical psychopharmacology. - 2021. - T. 29. - №. 1. - С. 116.

11. Thierry A.R., El Messaoudi S., Gahan P.B., Anker P., Stroun M. Origins, structures, and functions of circulating DNA in oncology. // Cancer Metastasis Rev. - 2016. - T. 3. - №3. - C. 347-376.

12. Pantel K., Alix-Panabieres C. Liquid biopsy in 2016: Circulating tumour cells and cell-free DNA in gastrointestinal cancer // Nat Rev Gastroenterol Hepatol. - 2017. - T. 14. - №2. -C. 73-74.

13. Rykova E.Y., Ponomaryova A.A., Zaporozhchenko I.A., et al. Circulating DNA-based lung cancer diagnostics and follow-up: looking for epigenetic markers // Transl Cancer Res. - 2018. - T. 7 (Приложение 2). - С. 153-170.

14. Ponomaryova A.A., Rykova E.Y., Azhikina T.L. et al. Long interspersed nuclear element-1 methylation status in the circulating DNA from blood of patients with mal ignant and chronic inflammatory lung diseases // Eur J Cancer Prev. - 2021. - T. 30, №. 2. - C. 127-131.

15. Symonds EX., Pedersen S.K., Murray D.H. et al. Circulating tumour DNA for monitoring colorectal cancer-a prospective cohort study to assess relationship to tissue methylation, cancer characteristics and surgical resection // Clin Epigenetics. - 2018. - T. 10. - C. 63.

16. Chang S.C., Liew P.L., Ansar M. et al. Hypermethylation and decreased expression of TMEM240 are potential early-onset biomarkers for colorectal cancer detection, poor prognosis, and early recurrence prediction // Clin Epigenetics. - 2020. - T. 12, №1. - C. 67.

17. Jin S., Zhu D., Shao F. et al. Efficient detection and post-surgical monitoring of colon cancer with a multi-marker DNA methylation liquid biopsy // Proc Natl Acad Sci USA. - 2021. -T. 118, №5. - C. e2017421118.

18. Патент USA, WO/2021/202351, «Methods and systems for detecting colorectal cancer via nucleic acid methylation analysis», опубликован 07.10.2021. Applicants: FREENOME HOLDINGS, INC. [US]/[US]. Inventors: St. John J., Kothen-Hill S.,Yang R., Drake A.

19. Pedersen SK, Symonds EL, Baker RT. et al. Evaluation of an assay for methylated BCAT1 and IKZF1 in plasma for detection of colorectal neoplasia // BMC Cancer. - 2015. - T. 15. - C. 654.

20. Matthaios D., Balgkouranidou I., Karayiannakis A. et al. Methylation status of the APC and RASSF1A promoter in cell-free circulating DNA and its prognostic role in patients with colorectal cancer // Oncol Lett. - 2016. - T. 12, №1. - C. 748-756.

21. Nagai Y.. Sunami E., Yamamoto Y. et al. LINE-1 hypomelhylation status of circulating cell-free DNA in plasma as a biomarker for colorectal cancer // Oncotarget. - 2017. - T. 8 C. 11906-11916.

22. Zhao, Guodong et al. "Multiplex methylated DNA testing in plasma with high sensitivity and specificity for colorectal cancer screening // Cancer Medicine. - 2019. - T. 8. - C. 5619-5628.

23. Wang Y.H., Chang S.C., Ansar M. et al. Epsl5 Homology Domain-Containing Protein 3 Hypermethylation as a Prognostic and Predictive Marker for Colorectal Cancer // Biomedicines. - 2021. - T. 9, №5. - C. 453.

Изобретение относится к медицине, а именно к онкологии, и может быть использовано для ранней диагностики рецидивов рака прямой кишки (РПК) при мониторинге течения заболевания. Определяют уровень метилирования генов SEPTIN9, IKZF1 и повторяющихся последовательностей LINE-1 во внеклеточных ДНК крови в ходе динамического наблюдения через 3, 6 и 9 месяцев, 1 и 2 года после проведенного лечения. При увеличении уровня метилирования генов SEPTIN9, IKZF1 и снижении уровня метилирования последовательностей LINE-1 в 2 раза и более в сравнении с уровнем метилирования на 10-15 сутки после операции определяют рецидив РПК. Способ обеспечивает повышение точности и информативности ранней диагностики рецидивов РПК за счет проведения регулярного сравнительного анализа уровня метилирования однокопийных генов SEPTIN9, IKZF1 и повторяющихся последовательностей LINE-1 во внеклеточных ДНК крови на этапах динамического наблюдения. 1 ил., 1 табл., 2 пр.

Способ ранней диагностики рецидивов рака прямой кишки (РПК) при мониторинге течения заболевания, включающий определение метилированных маркеров во внеклеточных ДНК крови, отличающийся тем, что определяют уровень метилирования генов SEPTIN9, IKZF1 и повторяющихся последовательностей LINE-1 во внеклеточных ДНК крови в ходе динамического наблюдения через 3, 6 и 9 месяцев, 1 и 2 года после проведенного лечения и при увеличении уровня метилирования генов SEPTIN9, IKZF1 и снижении уровня метилирования последовательностей LINE-1 в 2 раза и более в сравнении с уровнем метилирования на 10-15 сутки после операции определяют рецидив рака прямой кишки.