Набор реагентов для выявления РНК вируса SARS-CoV-2, возбудителя нового коронавирусного заболевания COVID-2019, методом обратной транскрипции-полимеразной цепной реакции в реальном времени Российский патент 2020 года по МПК C12N15/11 C12Q1/6806 

Описание патента на изобретение RU2732608C1

Изобретение относится к области вирусологии и биотехнологии, а именно - к разработке средств выявления и идентификации возбудителей опасных инфекционных заболеваний вирусной этиологии, и может быть использовано для выявления РНК вируса SARS-CoV-2 в клинических биологических пробах.

Случаи пневмонии неясной этиологии были зарегистрированы в начале декабря 2019 г. в г. Ухань (КНР), власти КНР известили ВОЗ о вспышке нового заболевания 31 декабря 2020 г. [Shih G., Sun L.H. Specter of possible new virus emerging from central China raises alarms across Asia // Washington Post, 8 January 2020 [Электронный ресурс] URL: https://flipboard.com@WashPost/specter-of-possible-new-virus-emerging-from-central-china-raises-alarms-across-a/a-LVUQPrl5Qi6rS4m5HImRlg%3Aa%3A419161690-66088e4a98%2Fwashingtonpost.com. (дата обращения: 09.01.2020); The continuing COVID-2019 epidemic threat of novel coronaviruses in global health - The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan China / D.S. Hu, E.I. Azhar, T.A. Madani et al. // Intern. J. Infect. Dis. - 2020. - Vol. 91. - P. 264-266].

Большинство подтвержденных случаев заболевания были зарегистрированы у рабочих и покупателей Южно-китайского оптового рынка морепродуктов в г.Ухань, поэтому с высокой долей вероятности вспышка заболевания, в дальнейшем получившего название COVID-2019 (англ. COrona VIrus Disease), была ассоциирована с указанным рынком морепродуктов. Рынок был закрыт только 1 января 2020 г., однако, как показали дальнейшие события, это не предотвратило распространение инфекции по всему миру.

Согласно решению ВОЗ, ситуация со всемирным распространением COVID-2019 была признана пандемией [ВОЗ объявила пандемию коронавируса [Электронный ресурс] URL: https//ruslan.rtcom/world/news/72746/ (дата обращения 11.03.2020)].

Коронавирусы образуют подсемейство Coronavirinae в пределах семейства Coronaviridae, порядка Nidovirales. Согласно классификации Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV), в настоящее время семейство Coronaviridae включает 4 рода: Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus и Deltacoronavirus. Коронавирусы распределены на роды на основе принципов филогении и определения степени гомологии для семи высококонсервативных доменов репликазного полипротеина [De GrootRJ. Family Coronaviridae // King AMQ. Virus taxonomy, the 9th report of the international committee on taxonomy of viruses / ed. by M.J. Adams, E.B. Cartens, E.J. Lefkowitz. - Academic Press: San Diego, CA - 2012. - P. 806-828].

Заболевание человека вызывают представители родов Alphacoronavirus и Betacoronavirus. Генетическое разнообразие короновирусов и их изменчивость обеспечивается за счет высокой частоты рекомбинации их геномной РНК и способностью геномов коронавирусов приобретать и утрачивать домены [De Groot R.J. Family Coronaviridae // King AMQ. Virus taxonomy, the 9th report of the international committee on taxonomy of viruses / ed. by M.J. Adams, E.B. Cartens, E.J. Lefkowitz. - Academic Press: San Diego, CA - 2012. - P. 806-828; Nidovirales: evolving the largest RNA virus genome / A.E Gorbalenya, L. Enjuanes, J. Ziebuhr, E.J. Snijder // Virus Res. -2006. - Vol. 117. - P. 17-37; Masters P.S. The molecular biology of coronaviruses // Adv. Virus Res. - 2006. - Vol. 66. - P. 193-292; Snijder E.J. Unique and conserved features of genome and proteome of SARS-coronavirus, an early split-off from the coronavirus group 2 lineage // J. Mol. Biol. - 2003. - Vol.331. - P. 991-1004].

Именно эти факторы способствуют спонтанному появлению новых коронавирусов, которые способны адаптироваться к новым хозяевам и экологическим нишам, что потенциально может быть причиной возникновения вспышек вызываемых ими заболеваний.

Полногеномное секвенирование геномной РНК нового коронавируса проведено в первой половине января 2020 г. Размер генома составил 29903 нуклеотидных остатка (и.о.), структура его генома сходна со структурой генома других коронавирусов: 5' - нетранслируемый регион (№№ позиций генома 1-265), открытые рамки считывания OFR-1A (266-13468) и OFR-1B (13468-21555), ген S (21563-25384), ген OFR-3A (25393-26220), ген Е (26245-26472), ген М (26523-27191), ген OFR-6 (27202-27387), ген OFR-7 (27394-27759), ген OFR-8 (27894-28259), генЫ (28274-29533), ген OFR-10 (29556-29674), нетранслируемый регион (29675-29903) - 3' [CDC Novel coronavirus, (COVID-2019) Wuhan, China [Электронный ресурс] URL: https://www.cdc.gov/coronavirus/COVID-2019/summary.html. (дата обращения 29.01.2020); Qin A., Hernández J.C. China Reports First Death From New Virus //_The New York Times, 10 January 2020 [Электронный ресурс]. URL: htttps://www.wikizero.com/2019%E2%80%9320_outbreak_of_novel_coronavirus_(2019-nCoV) (дата обращения: 12.01.2020); China reports 136 more cases in two days (in Chinese) // Wuhan Municipal Health Commission [Электронный ресурс] Archived from the original on 20 January 2020 (дата обращения 20.01.2020)].

Изучение молекулярно-генетических характеристик коронавируса SARS-CoV-2 имеет важное значение при создании эффективных средств выявления и идентификации возбудителя и диагностики COVID-2019.

Последовательность геномной РНК SARS-CoV-2 сходна с таковой у коронавирусов, выделенных от летучих мышей (уровень гомологии более 90%) и отличается от MERS-CoV и SARS-CoV. Уровень гомологии с SARS-CoV не более 80% [CDC Novel coronavirus, (COVID-2019) Wuhan, China [Электронный ресурс] URL: https://www.cdc.gov/coronavirus/COVID-2019/summary.html. (дата обращения 29.01.2020)].

Анализ структуры генома позволяет предположить, что с большой долей вероятности коронавирус SARS-CoV-2 является продуктом положительной селекции вследствие мутационной изменчивости коронавируса панголинов [On the origin and evolution of SARS-CoV-2 / X. Tang, C. Wu, X. Li et al. [Электронный ресурс] URL: https://acadimic/oup.com/nsr/advance-article-abstract/doi/10.1093/nsr/nwaa 038/57775463 (дата обращения 09.03.2020)].

Особенностью SARS-CoV-2 является высокая аффинность рецептор-связывающего S-белка к ангеотензин-превращающему ферменту 2 (АПФ2) человека, что может быть использовано для входа в чувствительные клетки также, как и в случае инфицирования вирусом SARS-CoV [Uncanny similarity of unique insert in the COVID-2019 spike protein to EQV-1 gpl20 and Gag / P. Pradhan, A.K. Pandey, A. Mishra et al. // bioRxiv preprint firs posted online 31.01.2020 [Электронный ресурс] URL: http://dx.doi.org/10.1101/2020/0130.927871 (дата обращения 06.02.2020); Snijder E.J. Unique and conserved features of genome and proteome of SARS-coronavirus, an early split-off from the coronavirus group 2 lineage // J. Mol. Biol. - 2003. - Vol. 331. - P. 991-1004].

Генетический анализ 103 проанализированных изолятов вируса SARS-CoV-2 позволил выявить линию L, более вирулентную для человека, и менее вирулентную линию S, являющуюся предком линии L. Полногеномное секвенирование показало, что геномы данных линий различаются заменами в позициях 8782 (ген OFR-1A) и 28144 (ген OFR-8). Замена в позиции 8782 (линия S-T, линия L-C) является синонимической. Замена в позиции 28144 (линия S-C, линия L-T) приводит к замене серина (для линии S) в позиции 84 аминокислотной последовательности белка, кодируемого геном OFR-8 на лейцин (для линии L) [On the origin and evolution of SARS-CoV-2 / X. Tang, C. Wu, X. Li et al. [Электронный ресурс] URL: https://acadimic/oup.com/nsr/advance-article-abstract/doi/10.1093/nsr/nwaa 038/57775463 (дата обращения 09.03.2020)].

При отсутствие средств профилактики и лечения заболевания, вызванного SARS-CoV-2, приоритетным направлением совершенствования системы биологической защиты населения Российской Федерации при возникновении чрезвычайной ситуации биологического характера в результате возможного возникновения вспышки на ее территории является разработка средств выявления и идентификации возбудителя. Ведущее положение при создании такого рода средств занимают методы молекулярной биологии и молекулярной генетики.

Важное значение имеет такой показатель используемого метода, как чувствительность. Чем выше чувствительность используемого метода исследования, тем меньше возможность получения ложноотрицательных результатов. Для COVID-2019 этот показатель является особо актуальным, поскольку у ряда инфицированных (особенно вирусом SARS-CoV-2, относящимся к линии S) заболевание протекает без выраженных симптомов, но трансмиссия возбудителя осуществляется.

Целью настоящего изобретения является разработка олигонуклеотидных праймеров и создание набора реагентов для выявления РНК вируса SARS-CoV-2, возбудителя нового коронавирусного заболевания COVID-2019, методом обратной транскрипции-полимеразной цепной реакции в реальном времени (ОТ-ПЦР-РВ), включающего разработанные олигонуклеотидные праймеры в качестве специфических компонентов для постановки реакции при исследовании клинических и биологических проб.

Для этого были проведены следующие исследования:

- изучена структура генома вируса SARS-CoV-2, проведено ее сравнение со структурами геномов вирусов SARS-CoV и MERS-CoV, выявлены вариабельные и консервативные участки геномов патогенных для человека коронавирусов;

- на основе проведенного анализа обоснован выбор амплифицируемой области генома;

- разработаны олигонуклеотидные праймеры и зонд, используемые в качестве специфических компонентов набора реагентов;

- обоснован состав специфических и неспецифических компонентов набора;

- обоснованы параметры проведения реакции амплификации;

- определена чувствительность, специфичность, воспроизводимость метода ОТ-ПЦР-РВ при использовании разработанных нами специфических компонентов набора реагентов;

- при использовании разработанного набора реагентов продемонстрирована возможность воспроизводимого выявления РНК вируса SARS-CoV-2 в клинических пробах, полученных от больных COVID-2019, при ее концентрации не менее 1⋅103 геном-эквивалентов (Г-Э) в 1 см3.

Сущность изобретения заключается в том, что выявление РНК вируса SARS-CoV-2, возбудителя нового коронавирусного заболевания COVID-2019, осуществляется методом ОТ-ПЦР-РВ с использованием разработанных олигонуклеотидных праймеров, обладающих активностью прямого и обратного праймеров в полимеразной цепной реакции, и олигонуклеотидного зонда, имеющих специфическую область гибридизации (позиции нуклеотидных остатков 5327-5518) в составе генома вируса SARS-CoV-2 в области гена OFR-1A, находящихся в лиофильно высушенном состоянии, и являющимися специфическими компонентами набора реагентов для выявления; и позволяет осуществлять воспроизводимое выявление РНК вируса SARS-CoV-2 в клинических биологических пробах с концентрацией РНК не менее 1⋅103 Г-Э в 1 см3.

Следует отметить, что использование лиофильно высушенных компонентов (олигонуклеотидных праймеров и зонда) допускает возможность транспортировки набора реагентов без соблюдения требований «холодовой цепи».

Набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 - возбудителя COVID-2019, разработанный в ГНЦВБ «Вектор», зарегистрированный Росздравнадзором (11.02.2020 г., рег. №РЗН/2020/9677) имеет аналогичное предназначение и может считаться аналогом представляемого изобретения [Клещенко Е., ТоргашевА. Тест на коронавирус для России [Электронный ресурс] URL: https://pcr.neus//state/test-na-koronavirus-dlya-rossii (дата обращения 17.03.2020)].

К признакам представляемого изобретения, отличающимся от аналога, следует отнести:

- комплектность набора. В заявляемом нами наборе присутствуют все специфические и неспецифические компоненты, необходимые для исследования проб. В наборе-аналоге отсутствуют реагенты для экстракции вирусной РНК и проведения обратной транскрипции, что создает неудобства в процессе лабораторной диагностики;

- в заявляемом наборе реагентов в качестве положительного контрольного образца (ПКО) используется синтетическая РНК, нуклеотидная последовательность которой соответствует фрагменту последовательности гена OFR-1A генома вируса SARS-CoV-2, что позволяет контролировать стадию обратной транскрипции. В качестве ПКО в наборе-аналоге используется рекомбинантная плазмида с вставкой кДНК геномной РНК, причем в наборе-аналоге отсутствуют: реагент, позволяющий контролировать стадию обратной транскрипции, и внутренний контрольный образец (ВКО);

- олигонуклеотидные праймеры и зонд заявляемого набора находятся в лиофильно высушенном состоянии, тогда как в наборе-аналоге - в жидком, что существенно осложняет условия хранения и транспортировки;

- чувствительность заявляемого набора составляет 1⋅103 Г-Э⋅см-3. Согласно паспортным данным, чувствительность метода ОТ-ПЦР-РВ набора-аналога составляет 1⋅10 Г-Э⋅см-3. Меньшая чувствительность набора-аналога может привести к гиподиагностике заболевания вследствие получения ложноотрицательных результатов.

Структура олигонуклеотидных праймеров и зонда, специфичных по отношению к указанному участку генома вируса SARS-CoV-2, представленная в данной заявке, в мире аналогов не имеет.

Техническим результатом изобретения является воспроизводимое выявление РНК коронавируса SARS-CoV-2 в клинических и биологических пробах, при ее концентрации не менее 1⋅103 Г-Э⋅см-3 без соблюдения требований «холодовой цепи» при транспортировке набора.

Указанный технический результат изобретения достигается за счет:

- выбора олигонуклеотидных праймеров, имеющих специфические области гибридизации в составе открытой рамки считывания OFR-1A коронавируса SARS-CoV-2, синтеза олигонуклеотидных праймеров, обладающих активностью прямого и обратного праймеров в ПЦР;

- комплектности набора, включающего специфические и неспецифические компоненты, необходимые для исследования проб;

- лиофильного высушивания синтезированных олигонуклеотидных праймеров и зонда.

Подбор олигонуклеотидных праймеров проводился с использованием программного обеспечения Vector NTI. Разработанные праймеры являются видоспецифичными в отношении коронавируса SARS-CoV-2.

Праймеры были синтезированы путем твердофазного химического синтеза с последующей очисткой методами электрофореза в полиакриламидном геле и высокоэффективной жидкостной хроматографии.

Для повышения сохраняемости указанных специфических компонентов набора реагентов и обеспечения возможности транспортировки набора реагентов без соблюдения требований «холодовой цепи» проведено лиофильное высушивание синтезированных олигонуклеотидных праймеров и зонда, что позволяет осуществлять гарантийное хранение набора реагентов при температуре плюс 4°С в течение 12 месяцев.

Состав заявляемого нами набора реагентов, представлен в таблице 1.

Предлагаемое техническое решение является новым, поскольку в общедоступных источниках в Российской Федерации неизвестен набор реагентов, включающий все необходимые специфические и неспецифические компоненты, обеспечивающие воспроизводимое выявление РНК вируса SARS-CoV-2 методом ОТ-ПЦР-РВ, при ее концентрации в исследуемых пробах не менее 1⋅103 Г-Э⋅см-3 без соблюдения требований «холодовой цепи» при транспортировке набора.

Предлагаемое техническое решение имеет изобретательский уровень, поскольку предлагаемые олигонуклеотидные праймеры и зонд для выявления РНК вируса SARS-CoV-2 методом ОТ-ПЦР-РВ были разработаны в результате выбора и синтеза праймеров, имеющих ген OFR-1A в качестве области гибридизации в составе генома вируса SARS-CoV-2, что обеспечивает выявление РНК указанного вируса методом ОТ-ПЦР-РВ с получением воспроизводимых результатов в препаратах, с концентрацией РНК не менее 1,0⋅103 Г-Э⋅см-3.

Предлагаемое техническое решение промышленно применимо, поскольку для его реализации может быть использовано типовое биотехнологическое оборудование, а также широко распространенные в биотехнологической промышленности реактивы и материалы.

Заявляемый набор реагентов, на основе разработанных праймеров и олигонуклеотидного зонда целесообразно использовать при исследовании материала от больных, а также при подозрениях на COVID-2019 и индикации вируса SARS-CoV-2 в пробах окружающей среды, для проведения эпидемиологического мониторинга.

Возможность осуществления заявляемого изобретения показана следующим примерами.

Пример 1. Оценка специфичности разработанных олигонуклеотидов в отношении близкородственных гетерологичных коронавирусов

Для оценки специфичности разработанных олигонуклеотидов в отношении близкородственных гетерологичных коронавирусов с помощью программы AlignX пакета VectorNTIv.11 было подготовлено множественное выравнивание генома коронавируса, и гетерологичных коронавирусов. Результаты теоретического анализа специфичности представлены в таблице 2.

Результаты, представленные в таблице 2, позволяют сделать вывод, что в связи со значительным количеством нуклеотидных замен амплификация гетерологичных коронавирусов с помощью разработанных праймеров и зонда невозможна.

Пример 2. Экспериментальное исследование аналитической чувствительности и воспроизводимости метода ОТ-ПЦР-РВ при использовании разработанного набора реагентов

Чувствительность, специфичность, воспроизводимость метода ОТ-ПЦР-РВ при использовании разработанных нами специфических компонентов набора реагентов определяли с помощью искусственно созданной ГИК, представляющей собой синтетическую РНК, характеризующуюся следующей первичной структурой:

Определение аналитической чувствительности биологическим (вирусологическим) методом проводили следующим образом. Путем разведений, выполненных двукратным шагом приготовляли пробы, содержащие различные количества Г-Э. Полученные препараты подвергали анализу с помощью в ОТ-ПЦР-РВ при использовании разработанных нами олигонуклеотидных праймеров и зонда. Результаты анализа представлены в таблице 3.

Результаты расчетов, представленные в таблице 3, позволяют сделать вывод, что использование разработанных нами олигонуклеотидных праймеров и зонда ОТ-ПЦР-РВ позволит специфично выявлять РНК вируса SARS-CoV-2 в препаратах РНК, с концентрацией не менее 1,0⋅103 Г-Е⋅см-3. Суммарное количество положительных определений для концентрации 1,0⋅103 Г-Е⋅см-3 составляет 20 из 20, что соответствует воспроизводимости не менее 95% [Генес B.C. Некоторые простые методы кибернетической обработки данных диагностических и физиологических исследований. - М.: Наука, 1967. - 208 с.].

Таким образом, значение аналитической чувствительности составляет 1,0⋅103 Г-Е⋅см-3 с воспроизводимостью не менее 95%.

Пример 3. Экспериментальное исследование специфичности ОТ-ПЦР-РВ при использовании разработанного набора реагентов

Для экспериментального исследования специфичности ОТ-ПЦР-РВ при использовании разработанного набора реагентов оценивали препараты нуклеиновых кислот, полученные из вирусов, представляющих различные таксономические группы возбудителей острых респираторных заболеваний: коронавирусы SARS-CoV, MERS-CoV, CoV-OC43, CoV-229E, вирусы гриппа А (антигенные подтипы H1N1, H2N3, H5N1). Аналиты предоставлены Институтом им. Н.Ф. Гамалеи.

Критерием специфичности служило наличие флуоресцентного сигнала по каналу R6G при анализе препаратов РНК вируса SARS-CoV-2 и отсутствие сигнала по данному каналу при анализе гетерологичных РНК и ДНК.

Анализ проводили в трех повторностях с использованием критерия «единственного различия» - аналит обнаружен / аналит не обнаружен.

Результат считали истинно положительным в случае обнаружения аналита во всех пробирках с ГИК SARS-CoV-2 вируса MERS по каналу ROX.

Результат считали ложноотрицательным в случае отсутствия обнаружения аналита в любой из пробирок с ГИК SARS-CoV-2 по каналу ROX.

Результат считали истинно отрицательным в случае отсутствия обнаружения аналита во всех пробирках с РНК остальных мишеней по каналам R6G и ROX.

Результат считали ложноположительным в случае обнаружения аналита в любой из пробирок с РНК остальных мишеней по каналам R6G или ROX.

Критерием, согласно которому набор реагентов считали выдержавшим испытания на аналитическую специфичность, считали истинно положительный результат в отношении РНК вируса SARS-CoV-2 при истинно отрицательном результате в отношении всех остальных аналитов.

Результаты экспериментов, представленные в таблице 4, подтверждают специфичность испытываемого набора реагентов в отношении вируса SARS-CoV-2. Штаммы гетерологичных микроорганизмов не выявляются.

Пример 4. Анализ клинических проб, полученных от больных COVID-2019 и лиц с подозрением на COVID-2019 с помощью ОТ-ПЦР-РВ при использовании разработанного набора реагентов

В эксперименте определяли наличие РНК вируса SARS-CoV-2 в клинических пробах больных COVID-2019 и лиц с подозрением на COVID-2019 (сыворотки крови и носоглоточные смывы). Результаты исследований представлены в таблице 5.

Таким образом, разработанный в ФГБУ «48 ЦНИИ» Минобороны России набор реагентов, предназначенный для проведения диагностики заболевания COVID-2019, позволяет проводить воспроизводимое выявление РНК вируса SARS-CoV-2 при ее концентрации в исследуемых пробах не менее 1⋅103 геном-эквивалентов в 1 см3 без соблюдения требований «холодовой цепи» при транспортировке набора.

Похожие патенты RU2732608C1

название год авторы номер документа
Набор реагентов для выявления РНК вируса SARS-CoV-2 методом прямой полимеразной цепной реакции в режиме реального времени 2022
  • Марданлы Сейфаддин Гашим Оглы
  • Помазанов Владимир Васильевич
  • Жигалева Ольга Николаевна
  • Гашенко Татьяна Юрьевна
RU2795939C2
НАБОР РЕАГЕНТОВ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ РНК SARS-COV-2 МЕТОДОМ ПЕТЛЕВОЙ ИЗОТЕРМИЧЕСКОЙ АМПЛИФИКАЦИИ В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ (КОВИГЕН-LAMP) 2022
  • Алексеев Яков Игоревич
  • Варламов Дмитрий Александрович
  • Кибирев Ярослав Александрович
  • Кузнецовский Андрей Владимирович
  • Павлов Даниил Леонидович
  • Туманов Александр Сергеевич
RU2779189C1
Набор олигонуклеотидов и способ мультиплексной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени для выявления РНК SARS-CoV-2 2021
  • Абдуллаев Адхамжон Одилович
  • Макарик Татьяна Викторовна
  • Судариков Андрей Борисович
  • Февралёва Ирина Серафимовна
  • Глинщикова Ольга Анатольевна
RU2752902C1
Тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией 2021
  • Мусаева Тамила Даировна
  • Тимофеева Мария Максимовна
  • Елшин Никита Дмитриевич
  • Фадеев Артём Викторович
  • Комиссаров Андрей Борисович
  • Лиознов Дмитрий Анатольевич
RU2761481C1
Набор праймеров для видоспецифичного обнаружения коронавируса SARS-CoV-2 по фрагменту гена Е 2022
  • Лапа Сергей Анатольевич
  • Шершов Валерий Евгеньевич
  • Чудинов Александр Васильевич
RU2797000C1
Набор синтетических олигодезоксирибонуклеотидов и способ количественной оценки вирусной нагрузки SARS-CoV-2 в тканях различных органов методом количественной полимеразной цепной реакции в реальном времени 2021
  • Одилов Акмалжон Адхамжонович
  • Волков Алексей Вадимович
  • Бабиченко Игорь Иванович
RU2761358C1
Олигонуклеотиды для определения мутации S:L452R SARS-CoV-2 2022
  • Есьман Анна Сергеевна
  • Миронов Константин Олегович
  • Черкашина Анна Сергеевна
  • Саламайкина Светлана Андреевна
  • Голубева Анна Геннадьевна
  • Акимкин Василий Геннадьевич
RU2795018C1
Олигонуклеотиды для определения мутации S:P681R SARS-CoV-2 2022
  • Есьман Анна Сергеевна
  • Миронов Константин Олегович
  • Черкашина Анна Сергеевна
  • Саламайкина Светлана Андреевна
  • Голубева Анна Геннадьевна
  • Акимкин Василий Геннадьевич
RU2795019C1
Тест-система для обнаружения РНК вируса SARS-CoV-2 в биоматериале от животных, пищевых продуктах и объектах окружающей среды методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени 2021
  • Тимина Анна Михайловна
  • Яковлева Анастасия Сергеевна
  • Щербаков Алексей Владимирович
  • Чвала Илья Александрович
RU2756474C1
Олигонуклеотиды для определения мутации S:delHV69-70 SARS-CoV-2 2022
  • Есьман Анна Сергеевна
  • Миронов Константин Олегович
  • Черкашина Анна Сергеевна
  • Саламайкина Светлана Андреевна
  • Голубева Анна Геннадьевна
  • Акимкин Василий Геннадьевич
RU2795014C1

Реферат патента 2020 года Набор реагентов для выявления РНК вируса SARS-CoV-2, возбудителя нового коронавирусного заболевания COVID-2019, методом обратной транскрипции-полимеразной цепной реакции в реальном времени

Изобретение относится к области молекулярной биологии, вирусологии и биотехнологии, а именно - к разработке средств выявления и идентификации возбудителей опасных инфекционных заболеваний вирусной этиологии, и может быть использовано для выявления РНК вируса SARS-CoV-2. Представлен набор олигонуклеотидных праймеров и меченного флуоресцентным красителем олигонуклеотидного зонда для выявления РНК вируса SARS-CoV-2 со следующей структурой: прямой праймер SARS-CoV-2_up: 5’-TTGAAGTTTAATCCACCTGCT-3’; обратный праймер SARS-CoV-2_low: 5’-ACCGTTCAAGACTCTTTTGC-3’; меченный флуоресцентным красителем олигонуклеотидный зонд: 5’-(R6G)-CTTATTACAGAGCAAGGGCTGGTGAAG-(RTQ2)-3’. Также представлен набор реагентов для выявления РНК вируса SARS-CoV-2 методом обратной транскрипции-полимеразной цепной реакции в реальном времени, содержащий обратную транскриптазу (MMLV-ревертазу), Тас-полимеразу, эквимолярную смесь четырех дезоксинуклеотидтрифосфатов, внутренний контрольный образец, отрицательный контрольный образец, набор олигонуклеотидных праймеров и меченного флуоресцентным красителем олигонуклеотидного зонда по п. 1, положительный контрольный образец, в качестве которого используется синтетическая РНК, последовательность которой соответствует области гибридизации олигонуклеотидных праймеров, при этом олигонуклеотидные праймеры и зонд используют в лиофильно высушенном состоянии. Изобретение позволяет осуществлять воспроизводимое выявление РНК вируса SARS-CoV-2 в клинических биологических пробах с концентрацией РНК не менее 1⋅103 Г-Э в 1 см3 без соблюдения требований «холодовой цепи» при транспортировке набора. 2 н.п. ф-лы, 6 табл., 4 пр.

Формула изобретения RU 2 732 608 C1

1. Набор олигонуклеотидных праймеров и меченного флуоресцентным красителем олигонуклеотидного зонда для выявления РНК вируса SARS-CoV-2 со следующей структурой:

- прямой праймер SARS-CoV-2_up:

5’-TTGAAGTTTAATCCACCTGCT-3’;

- обратный праймер, SARS-CoV-2_low:

5’-ACCGTTCAAGACTCTTTTGC-3’;

- меченный флуоресцентным красителем олигонуклеотидный зонд:

5’-(R6G)-CTTATTACAGAGCAAGGGCTGGTGAAG-(RTQ2)-3’.

2. Набор реагентов для выявления РНК вируса SARS-CoV-2 методом обратной транскрипции-полимеразной цепной реакции в реальном времени, содержащий обратную транскриптазу (MMLV-ревертазу), Тас-полимеразу, эквимолярную смесь четырех дезоксинуклеотидтрифосфатов, внутренний контрольный образец, отрицательный контрольный образец, набор олигонуклеотидных праймеров и меченного флуоресцентным красителем олигонуклеотидного зонда по п. 1, положительный контрольный образец, в качестве которого используется синтетическая РНК, последовательность которой соответствует области гибридизации олигонуклеотидных праймеров, при этом олигонуклеотидные праймеры и зонд используют в лиофильно высушенном состоянии.

Документы, цитированные в отчете о поиске Патент 2020 года RU2732608C1

CN 105018644 B, 29.05.2018
СПОСОБЫ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ РИСКА ИНТЕРСТИЦИАЛЬНОЙ ПНЕВМОНИИ 2014
  • Шварц Дэвид А.
  • Фингерлин Таша И.
  • Чжан Вэймин
RU2670148C2
НАБОР ОЛИГОДЕЗОКСИРИБОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО МЕЧЕНЫХ ЗОНДОВ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ РНК КОРОНАВИРУСОВ ВИДОВ 229Е, NL63, ОС43, HKU1 МЕТОДОМ ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНОЙ ОБРАТНО-ТРАНСКРИПТАЗНОЙ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ 2011
  • Сергеева Елена Игоревна
  • Терновой Владимир Александрович
  • Агафонов Александр Петрович
  • Сергеев Александр Николаевич
RU2473702C1
СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЙ ДИАГНОСТИКИ РЕСПИРАТОРНЫХ ВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЙ МЕТОДОМ МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ПЦР С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ И ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДЛЯ ЕГО ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ 2010
  • Файзулоев Евгений Бахтиерович
  • Никонова Александра Александровна
  • Оксанич Алексей Сергеевич
  • Лободанов Сергей Александрович
  • Малахо Софья Гарифовна
  • Зверев Виталий Васильевич
RU2460803C2
НАБОР ОЛИГОДЕЗОКСИРИБОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕННОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ РНК КОРОНАВИРУСА ЧЕЛОВЕКА, АССОЦИИРОВАННОГО С ТЯЖЕЛЫМ ОСТРЫМ РЕСПИРАТОРНЫМ СИНДРОМОМ 2012
  • Сергеева Елена Игоревна
  • Терновой Владимир Александрович
  • Агафонов Александр Петрович
  • Сергеев Александр Николаевич
RU2504585C1

RU 2 732 608 C1

Авторы

Алексеев Яков Игоревич

Борисевич Сергей Владимирович

Варламов Дмитрий Александрович

Казанцев Алексей Васильевич

Карулина Наталья Васильевна

Кириллов Игорь Анатольевич

Кириллова Светлана Леонидовна

Кузубов Алексей Владимирович

Кутаев Дмитрий Анатольевич

Лебедев Виталий Николаевич

Маношкин Александр Владимирович

Мельников Денис Геннадьевич

Павельев Дмитрий Игоревич

Петров Александр Анатольевич

Сизикова Татьяна Евгеньевна

Хмуренко Степан Никитович

Целиков Евгений Михайлович

Чухраля Олег Васильевич

Даты

2020-09-21Публикация

2020-04-09Подача