По настоящей заявке испрашивается приоритет заявке США с серийным номером № 62/061553, поданной 8 октября 2014 года, и заявке США с серийным номером № 62/144682, поданной 8 апреля 2015 года, содержание которых включено в настоящее описание в качестве ссылок в полном объеме.

СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

Настоящая заявка содержит список последовательностей, который предоставлен в электронной форме в формате ASCII и, таким образом, включен в настоящее описание в качестве ссылки в полном объеме. Указанная копия ASCII, созданная 7 октября 2015 года, названа N2067-7057WO_SL.txt и имеет размер 219221 байт.

ОБЛАСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Изобретение относится к биомаркерам злокачественной опухоли и к их применению.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ, К КОТОРОМУ ОТНОСИТСЯ ИЗОБРЕТЕНИЕ

Многие пациенты с B-клеточными злокачественными опухолями не могут быть вылечены с использованием стандартной терапии. Кроме того, традиционные варианты лечения часто имеют серьезные побочные эффекты. Были предприняты попытки иммунотерапии злокачественной опухоли, однако некоторые препятствия делают ее клиническую эффективность труднодостижимой целью. Хотя были идентифицированы сотни так называемых опухолевых антигенов, они, как правило, являются собственными по происхождению и, таким образом, слабоиммуногенными. Более того, опухоли используют несколько механизмов, которые делают их противодействующими началу и усилению иммунной атаки.

Последние разработки с использованием терапии аутологичными модифицированными химерным рецептором антигена (CAR) T-клетками (CART), которая основана на перенацеливании T-клеток на подходящую молекулу клеточной поверхности на злокачественных клетках, таких как B-клеточные злокачественные опухоли, демонстрируют перспективные результаты в отношении приспособления сил иммунной системы к лечению B-клеточных новообразований и других злокачественных опухолей (см., например, Sadelain et al., Cancer Discovery 3:388-398 (2013)). Например, клинические результаты для CART19, которые связываются с CD19 (т.е. "CTL019"), показали перспективность в отношении установления полных ремиссий у пациентов, страдающих хроническим лимфоцитарным лейкозом (CLL), а также детским острым лимфоцитарным лейкозом (ALL) (см., например, Kalos et al., SCI TRANSL MED 3:95ra73 (2011), Porter et al., NEJM 365:725-733 (2011), Grupp et al., NEJM 368:1509-1518 (2013)).

Помимо способности химерного рецептора антигена на генетически модифицированных T-клетках распознавать и разрушать клетки-мишени, успешная терапия терапевтическими T-клетками должна иметь возможность пролиферации, персистирования с течением времени и дальнейшего мониторинга ускользнувших лейкозных клеток. Изменчивое фенотипическое состояние T-клеток, представляющее собой анергию, подавление или истощение, будет оказывать эффекты на эффективность трансформированных CAR T-клеток. Чтобы быть эффективными, трансформированные CAR T-клетки пациента должны персистировать и сохранять способность к пролиферации в ответ на антиген CAR.

Таким образом, существует потребность в способе применения биомаркеров для дифференциальной диагностики и лечения злокачественной опухоли с помощью терапии CAR-экспрессирующими клетками (например, T-клетками, NK-клетками). В частности, существует неудовлетворенная потребность в эффективных прогностических факторах терапевтического ответа у индивидуумов, имеющих гематологическую злокачественную опухоль, такую как CLL и ALL, на терапию CAR-экспрессирующими клетками, например, CTL019 или другими клетками, экспрессирующими CAR против CD19.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Настоящее изобретение относится к идентификации и применению анализируемых соединений, профилей анализируемых соединений или маркеров (например, профили экспрессии генов, проточной цитометрии и/или экспрессии белков), обладающих клинической значимостью при злокачественной опухоли (например, гематологической злокачественной опухоли, такой как хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL) и острый лимфоцитарный лейкоз (ALL)). В некоторых вариантах осуществления изобретение относится к идентификационной информации о генах, экспрессия которых на уровне транскрипции и на белковом уровне коррелирует с прогрессированием CLL и ALL, например, в качестве средства для прогнозирования ответа на терапию клетками, экспрессирующими химерный рецептор антигена (CAR) (например, терапию, включающую клетку (например, иммунную эффекторную клетку или популяцию клеток), которая экспрессирует CAR, который связывается с CD19 (также обозначаемая в настоящем описании как "CAR19" или клетка, экспрессирующая "CAR против CD19"). В определенных вариантах осуществления, оценивают один или несколько из сигнатуры набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, биомаркера, приведенного в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, биомаркера CD27, биомаркера CD45RO, биомаркера PD-1, биомаркера LAG-3, биомаркера TIM-3, биомаркера IL2RA, биомаркера IL21, биомаркера CD4, биомаркера CD8, сигнатуры набора генов TH1+ T-хелперных клеток, сигнатуры набора генов TH2+ T-хелперных клеток, сигнатуры набора генов T-клеток памяти (например, CD8+ T-клеток памяти, например, наивных T-клеток (TN), например, стволовых клеток памяти (T_SCM), например, центральных T-клеток памяти (Т_CM), например эффекторных T-клеток памяти (Т_EM)), и их комбинации. Эти профили экспрессии генов можно использовать для диагностики и/или прогнозирования злокачественной опухоли, например, гематологической злокачественной опухоли, такой как CLL и ALL, и они являются особенно пригодными для прогнозирования того, будет ли индивидуум, у которого диагностирована злокачественная опухоль, например, гематологическая злокачественная опухоль, такая как CLL или ALL, хорошо отвечать на терапию CAR (например, терапию CAR против CD19, как описано в настоящем описании, например, на терапию CTL019). По сравнению с клиническими параметрами или биохимическими маркерами, используемыми в существующих способах прогнозирования, профили экспрессии генов, описанных в настоящем описании, обеспечивают более надежные характерные признаки прогрессирования гематологической злокачественной опухоли (например, прогрессирования CLL и ALL) и обеспечивают более надежную несубъективную основу для выбора подходящих терапевтических режимов.

Среди прочего, настоящее изобретение относится к новым генным сигнатурам, например, на уровне транскрипции и на белковом уровне, которые прогнозируют ответ индивидуума на терапию клеткой, экспрессирующей CAR, например, CAR против CD19 (например, клеткой, экспрессирующей CAR против CD19, например, T-клеткой, NK-клеткой, описанной в настоящем описании, например, такой как CTL019) при злокачественной опухоли, например, гематологической злокачественной опухоли, такой как CLL и ALL, и к способам их применения.

Настоящее изобретение демонстрирует, по меньшей мере частично, что профили экспрессии и генные сигнатуры, например, на уровне транскрипции и на белковом уровне, являются пригодными для различения отвечающего индивидуума, частично отвечающего индивидуума, неотвечающего индивидуума, индивидуума, у которого возникнет рецидив, или индивидуума, у которого не возникнет рецидива, при терапии, включающей CAR-экспрессирующую клетку (например, CAR-экспрессирующую иммунную эффекторную клетку, например, T-клетку или NK-клетку) (также обозначаемой в настоящем описании как "терапия CAR-экспрессирующими клетками"), злокачественной опухоли (например, гематологической злокачественной опухоли, такой как CLL и ALL). В одном варианте осуществления CAR-экспрессирующая клетка представляет собой клетку, экспрессирующую CAR против CD19. В одном варианте осуществления терапия представляет собой терапию CTL019. В некоторых вариантах осуществления профили экспрессии и генные сигнатуры, описанные в настоящем описании, различают индивидуума, отвечающего на клетку, экспрессирующую CAR (или CAR против CD19), индивидуума, частично отвечающего на клетку, экспрессирующую CAR (или CAR против CD19), или индивидуума, не отвечающего на клетку, экспрессирующую CAR (или CAR против CD19) (например, индивидуума, отвечающего на CTL019, индивидуума, частично отвечающего на CTL019, и индивидуума, не отвечающего CTL019); или индивидуума, у которого возникнет рецидив при терапии клеткой, экспрессирующей CAR (или CAR против CD19), или индивидуума, у которого не возникнет рецидива при терапии клеткой, экспрессирующей CAR (или CAR против CD19) (например, индивидуума, у которого возникнет рецидив при терапии CTL019, или индивидуума, у которого не возникнет рецидива при терапии CTL019), при злокачественной опухоли (например, гематологической злокачественной опухоли, такой как CLL и ALL). Настоящее изобретение охватывает идентификацию новых генных сигнатур, прогнозирующих ответ у индивидуума на терапию CAR-экспрессирующими клетки, например, терапию клетками, экспрессирующими CAR против CD19, такими как CTL019.

Таким образом, в рамках настоящего изобретения описаны способы, системы, композиции и наборы для идентификации, оценки и/или лечения индивидуума, имеющего злокачественную опухоль. Иллюстративные злокачественные опухоли включают, но не ограничиваются ими, В-клеточный острый лимфоцитарный лейкоз (B-ALL), T-клеточный острый лимфоцитарный лейкоз (T-ALL), острый лимфоцитарный лейкоз (ALL), хронический миелогенный лейкоз (CML), хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL), В-клеточный промиелоцитарный лейкоз, новообразование из бластных плазмацитоидных дендритных клеток, лимфому Беркитта, диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, фолликулярную лимфому, волосатоклеточный лейкоз, мелкоклеточную или крупноклеточную фолликулярную лимфому, злокачественные лимфопролиферативные состояния, лимфому MALT, лимфому из клеток мантийной зоны (MCL), лимфому из клеток маргинальной зоны, множественную миелому, миелодисплазию и миелодиспластический синдром, неходжкинскую лимфому, лимфому Ходжкина (HL), плазмабластную лимфому, новообразование из плазмацитоидных дендритных клеток и макроглобулинемию Вальденстрема. В одном варианте осуществления злокачественная опухоль представляет собой ALL. В другом варианте осуществления злокачественная опухоль представляет собой CLL. В одном варианте осуществления злокачественная опухоль ассоциирована с экспрессией CD19.

Таким образом, в одном аспекте изобретение относится к способу оценки индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, например, гематологическую злокачественную опухоль. Способ включает получение величины статуса ответа или рецидива (например, величины статуса ответа или рецидива, как описано в настоящем описании) при терапии, включающей CAR-экспрессирующую клетку (например, множество (например, популяцию) CAR (например, CAR19)-экспрессирующих клеток), для индивидуума, где указанная величина указывает на статус способности индивидуума к ответу или рецидиву при терапии CAR-экспрессирующими клетками.

В родственном аспекте изобретение относится к способу оценки или мониторинга эффективности терапии CAR-экспрессирующими клетками у индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, например, гематологическую злокачественную опухоль. Способ включает получение величины статуса ответа или рецидива (например, величина статуса ответа или рецидива, как описано в настоящем описании) при терапии, включающей CAR-экспрессирующую клетку (например, множество (например, популяцию) CAR(например, CAR19)-экспрессирующих клеток), для индивидуума, где указанная величина указывает на эффективность терапии CAR-экспрессирующими клетками, тем самым, осуществляя оценку эффективности терапии CAR-экспрессирующими клетками у индивидуума.

В другом аспекте изобретение относится к способу лечения индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, например, гематологическую злокачественную опухоль. Способ включает введение индивидууму терапевтически эффективной дозы терапии CAR-экспрессирующими клетками, если индивидуум идентифицирован как отвечающий (например, идентифицирован как полностью отвечающий индивидуум, частично отвечающий индивидуум или индивидуум, у которого не возникнет рецидива) на терапию, включающую CAR-экспрессирующую клетку (например, множество (например, популяцию) CAR(например, CAR19)-экспрессирующих клеток), где указанная идентификация включает определение величины статуса ответа или рецидива (например, определение величины статуса ответа или рецидива, как описано в настоящем описании).

В родственном аспекте изобретение относится к способу лечения злокачественной опухоли, например, гематологической злокачественной опухоли, у индивидуума. Способ включает получение величины статуса ответа или рецидива (например, величины статуса ответа или рецидива, как описано в настоящем описании) на терапию, включающую CAR-экспрессирующую клетку (например, множество (например, популяцию) CAR(например, CAR19)-экспрессирующих клеток), для индивидуума; и, после получения указанной величины, лечение злокачественной опухоли.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, величина статуса ответа или рецидива включает один, два, три, четыре, пять, шесть, семь или более (все) из следующих показателей:

(i) уровень или активность CD27 и/или CD45RO- (например, CD27+ CD45RO-) иммунных эффекторных клеток, например, в популяции CD4+ или CD8+ T-клеток, у индивидуума, например, в образце от индивидуума (например, образец, полученный посредством афереза, или образец продукта CAR-экспрессирующих клеток);

(ii) уровень или активность одного, двух, трех или более (например, всех) из покоящихся клеток T_EFF, покоящихся клеток T_REG, более молодых T-клеток (например, более молодых CD4 или CD8 клеток, или гамма/дельта T-клеток), или ранних T-клеток памяти или их комбинации, у индивидуума, например, в образце от индивидуума (например, образец, полученный посредством афереза, или образец продукта CAR-экспрессирующих клеток);

(iii) уровень или активность одного, двух, трех или более (например, всех) из активированных клеток T_EFF, активированных клеток T_REG, более старых T-клеток (например, более старых CD4 или CD8 клеток), или поздних T-клеток памяти или их комбинации, у индивидуума, например, в образце от индивидуума (например, образец, полученный посредством афереза, или произведенный образец продукта CAR-экспрессирующих клеток);

(iv) уровень или активность маркера истощения иммунных клеток, например, одного, двух или нескольких ингибиторов иммунной точки контроля (например, PD-1, TIM-3 и/или LAG-3) у индивидуума, например, в образце от индивидуума (например, образец, полученный посредством афереза, или произведенный образец продукта CAR-экспрессирующих клеток);

(v) уровень или активность одного, двух, трех, четырех, пяти, десяти, двадцати или более из биомаркеров, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 16, таблице 17, таблице 18, таблице 20, на фиг.2B, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1 или сигнатуры набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19;

(vi) уровень или активность цитокинов (например, качество набора цитокинов) в образце продукта CAR-экспрессирующих клеток, например, в образце продукта CAR19-экспрессирующих клеток (например, CTL019), где цитокин выбран из одного, двух, трех, четырех, пяти или более (или всех) из цитокинов, приведенных в таблице 16;

(vii) эффективность трансдукции CAR-экспрессирующих клеток в образце продукта CAR-экспрессирующих клеток; или

(viii) количество CD27+ PD-1- клеток у индивидуума, например, в образце от индивидуума (например, образец, полученный посредством афереза, или образец продукта CAR-экспрессирующих клеток, например, в образце продукта CAR19-экспрессирующих клеток (например, CTL019)), например, количество, превышающее или равное 1×10⁷ клеток.

В одном аспекте изобретение относится к терапии CAR-экспрессирующими клетками (например, CART-клеткой против CD19, например, клеткой CTL019) для применения для лечения индивидуума, где CAR-экспрессирующие клетки анализируют способом, описанным в настоящем описании, например, до или после трансдукции или трансфекции нуклеиновой кислотой CAR. В родственном аспекте изобретение относится к терапии CAR-экспрессирующими клетками (например, CART-клеткой против CD19, например, CTL019-клеткой), для применения для лечения индивидуума, который идентифицирован как отвечающий (например, идентифицирован как полностью отвечающий, частично отвечающий индивидуум или индивидуум, у которого не возникнет рецидива) на терапию, включающую популяцию CAR-экспрессирующих клеток (например, популяцию CAR19-экспрессирующих клеток). Композиция для применения может обеспечивать один, два, три, четыре, пять, шесть, семь или более (все) из (i)-(viii) измеренных показателей, описанных в настоящем описании.

Альтернативно или в комбинации со способами и композициями для применения, описанными в настоящем описании, после определения указанной величины проводят одно, два, три, четыре, пять, шесть, семь или более (например, все) из:

идентификации индивидуума как полностью отвечающего, частично отвечающего или не отвечающего индивидуума, или индивидуума, у которого возникнет рецидив, или индивидуума, у которого не возникнет рецидива;

проведения, например, у отвечающего индивидуума или индивидуума, у которого не возникнет рецидива, терапии CAR-экспрессирующими клетками;

проведения измененного дозирования терапии CAR-экспрессирующими клетками;

изменения схемы или длительности терапии CAR-экспрессирующими клетками;

введения, например, не отвечающему индивидууму или частично отвечающему индивидууму, дополнительного средства в комбинации с терапией CAR-экспрессирующими клетками, например, ингибитора точки контроля, например, ингибитора точки контроля, описанного в настоящем описании;

проведения у не отвечающего индивидуума или частично отвечающего индивидуума терапии, которая увеличивает количество более молодых T-клеток у индивидуума, перед проведением терапии CAR-экспрессирующими клетками;

модификации процесса терапии, например, процесса производства CAR-экспрессирующих клеток, например, увеличения содержания более молодых T-клеток перед введением нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, или увеличение эффективности трансдукции, например, для индивидуума, идентифицированного как не отвечающий индивидуум или частично отвечающий индивидуум;

проведения альтернативной терапии, например, для не отвечающего индивидуума, или частично отвечающего индивидуума, или индивидуума, у которого возникнет рецидив, например, стандартной терапии конкретного типа злокачественной опухоли; или

если индивидуум представляет собой или идентифицирован как не отвечающий индивидуум или индивидуум, у которого возникнет рецидив, снижения популяции клеток T_REG и/или показателей генной сигнатуры T_REG, например, посредством одного или нескольких из истощения CD25 или введения циклофосфамида, антитела против GITR, ингибитора mTOR или их комбинации.

В определенных вариантах осуществления индивидуума предварительно лечат антителом против GITR. В определенном варианте осуществления индивидуума лечат антителом против GITR перед инфузией или реинфузией.

В некоторых вариантах осуществления индивидуум представляет собой пациента с CLL.

В другом аспекте изобретение относится к способу или анализу для идентификации индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, как имеющего увеличенную или уменьшенную вероятность ответа на лечение, которое включает CAR-экспрессирующую клетку (например, множество (например, популяцию) CAR(например, CAR19)-экспрессирующих клеток). Способ включает:

(1) предоставление, например, получение, образца от индивидуума;

(2) определение уровня или активности одного или нескольких из биомаркеров, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1 в образце;

где различие, например, статистически значимое различие, между определенным уровнем по сравнению с эталонным уровнем прогнозирует способность индивидуума отвечать на терапию CAR-экспрессирующими клетками; и

(3) (необязательно) идентификацию индивидуума как полностью отвечающего индивидуума, частично отвечающего индивидуума, не отвечающего индивидуума, индивидуума, у которого возникнет рецидив, или индивидуума, у которого не возникнет рецидива, на терапию CAR-экспрессирующими клетками.

В другом аспекте, изобретение относится к способу лечения индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, включающему:

определение того, имеет ли индивидуум увеличенную вероятность ответа или уменьшенную вероятность рецидива при терапии CAR-экспрессирующии клетками (например, терапия CAR19-экспрессирующими клетками, например, CTL019) путем определения уровня или активности одного или нескольких из биомаркеров, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), на фиг.2B, в таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1, или сигнатуры набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, в образце индивидуума, например, относительно эталонного уровня; и

введение индивидууму терапевтически эффективной дозы терапии CAR-экспрессирующими клетками.

В другом аспекте изобретение относится к способу лечения индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, включающему:

(1) определение того, имеет ли индивидуум увеличенную вероятность рецидива при терапии CAR-экспрессирующими клетками, путем получения величины уровня или активности одного или нескольких маркеров, приведенных в таблицах настоящего описания, например, в таблице 17, в образце от индивидуума (например, образец, полученный посредством афереза, или произведенный образец CAR-экспрессирующего продукта), где отличие, например, статистически значимое отличие, уровня или активности одного или нескольких биомаркерных генов относительно эталонной величины указывает на увеличенную вероятность рецидива при терапии CAR-экспрессирующими клетками; и

(2) для индивидуума с увеличенной вероятностью рецидива, снижение популяции клеток T_REG и/или показателей генной сигнатуры T_REG; и

(3) введение индивидууму терапевтически эффективной дозы терапии CAR-экспрессирующими клетками.

Дополнительные признаки и варианты осуществления настоящего изобретения включают одно или несколько из следующих.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, иммунная клетка имеет фенотип истощения, например, совместно экспрессирует по меньшей мере два маркера истощения, например, совместно экспрессирует PD-1 и TIM-3. В других вариантах осуществления иммунная клетка имеет фенотип истощения, например, совместно экспрессирует по меньшей мере два маркера истощения, например, совместно экспрессирует PD-1 и LAG-3.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов, систем, композиций для применения и наборов, описанных в настоящем описании терапия CAR-экспрессирующими клетками включает множество (например, популяцию) CAR-экспрессирующих иммунных эффекторных клеток, например, множество (например, популяцию) T-клеток или NK-клеток, или их комбинацию. В одном варианте осуществления терапия CAR-экспрессирующими клетками представляет собой терапию CAR19 (например, терапию CTL019). В одном варианте осуществления терапия CAR-экспрессирующими клетками включает или состоит из CTL019. В одном варианте осуществления CAR-экспрессирующая клетка представляет собой продукт CTL019. В одном варианте осуществления CAR-экспрессирующая клетка представляет собой T-клетку. В одном варианте осуществления CAR-экспрессирующая клетка представляет собой NK-клетку.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, один или несколько показателей из (i)-(viii) получают для образца индивидуума, полученного посредством афереза. Образец, полученный посредством афереза, можно оценивать до инфузии или реинфузии.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, один или несколько из показателей (i)-(viii) получают для образца произведенного продукта CAR-экспрессирующих клеток, например, образца продукта CAR19-экспрессирующих клеток (например, CTL019). Произведенный продукт CAR-экспрессирующих клеток можно оценивать до инфузии или реинфузии.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, индивидуума оценивают до, в процессе или после проведения терапии CAR-экспрессирующими клетками.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, гематологическая злокачественная опухоль представляет собой ALL или CLL. Индивидуум может представлять собой пациента-человека.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, клетку, например, популяцию иммунных эффекторных клеток (например, клетки, экспрессирующие молекулу CAR, описанную в настоящем описании) вводят в комбинации с ингибитором молекулы иммунной точки контроля, выбранным из одного или нескольких из PD1, PD-L1, PD-L2, CTLA4, TIM3, CEACAM (например, CEACAM-1, CEACAM-3 и/или CEACAM-5), LAG3, VISTA, BTLA, TIGIT, LAIR1, CD160, 2B4, CD80, CD86, B7-H3 (CD276), B7-H4 (VTCN1), HVEM (TNFRSF14 или CD270), KIR, A2aR, MHC класса I, MHC класса II, GAL9, аденозина, TGFR (например, TGFR-бета) или их комбинации.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, индивидууму проводят сопутствующее лечение средством, например, ингибитором mTOR и/или ингибитором точки контроля. В некоторых вариантах осуществления индивидууму проводят лечение средством, например, ингибитором mTOR и/или ингибитором точки контроля, после терапии CAR-эспрессирующими клетками. В некоторых вариантах осуществления индивидууму проводят предварительное лечение средством, например, ингибитором mTOR и/или ингибитором точки контроля, до начала терапии CAR-экспрессирующими клетками.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, популяцию клеток T_REG и/или показатели генной сигнатуры T_REG снижают до сбора клеток для производства. В некоторых вариантах осуществления популяцию клеток T_REG и/или показатели генной сигнатуры T_REG снижают до терапии CAR-экспрессирующими клетками (например, T-клетками, NK-клетками). В некоторых вариантах осуществления популяцию клеток T_REG и/или показатели генной сигнатуры T_REG снижают посредством введения циклофосфамида, антитела против GITR, ингибитора mTOR или их комбинации.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, величина статуса ответа или рецидива включает показатель комбинации генной сигнатуры и биомаркера. В некоторых вариантах осуществления величина статуса ответа или рецидива включает показатель сигнатуры набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, и комбинации одного или нескольких из: биомаркера, приведенного в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L или KLRG1.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, способ дополнительно включает идентификацию индивидуума как отвечающего (например, полностью отвечающего или частично отвечающего) индивидуума, не отвечающего индивидуума, индивидуума, у которого возникнет рецидив, или индивидуума, у которого не возникнет рецидива, на основании одного или нескольких из (i)-(viii).

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, один или несколько показателей из (i)-(viii) оценивает один или несколько из профилей экспрессии генов, проточной цитометрии или экспрессии белка.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, профиль экспрессии включает одну или несколько генных сигнатур на основе уровней экспрессии мРНК выбранных генов, полученной из образца, полученного посредством афереза, или образца произведенного продукта клеток, экспрессирующих CAR против CD19 (например, CTL019). В одном варианте осуществления профиль экспрессии включает один, два, три, четыре, пять, десять, двадцать или более биомаркеров, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 16, таблице 17, таблице 18, таблице 20, на фиг.2B, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1, или сигнатуры набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, уровень или активность CD8+ T-клеток оценивают с использованием профиля или сигнатуры, указывающих на процент CD8+ T-клеток в образце.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, уровень или активность CD27+ CD45RO- иммунных эффекторных клеток оценивают с использованием профиля или сигнатуры, указывающих на процент CD27+ CD45RO- иммунных эффекторных клеток в образце.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, уровень или активность, например, в (i), (ii) или (v), оценивают с использованием профиля или генной сигнатуры согласно одному, двум, трем, четырем, пяти, десяти, двадцати, пятидесяти, шестидесяти, семидесяти, ста или более биомаркеров или наборов генов, приведенных в таблицах 1A, 1B, 3, 4, 5, 6 или на фиг.2B.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, уровень или активность одного, двух или более ингибиторов иммунной точки контроля оценивают, например, с использованием проточной цитометрии, в качестве индикатора процента PD-1+/LAG-3+ клеток в популяции CAR-экспрессирующих клеток (например, популяции CAR19+ клеток).

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, уровень или активность одного, двух или более ингибиторов иммунной точки контроля оценивают, например, с использованием проточной цитометрии, в качестве индикатора процента PD-1+/TIM-3+ клеток в популяции CAR-экспрессирующих клеток (например, популяции CAR19+ клеток).

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, уровень или активность одного, двух, трех, четырех, пяти, десяти, двадцати, пятидесяти, шестидесяти, семидесяти ста или более биомаркеров или наборов генов, приведенных в таблице 7A, таблице 7B, таблице 8 и на фиг.2B, прогнозируют ответ индивидуума на продукт CAR19+ клеток (например, CTL019).

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, величина статуса ответа или рецидива включает показатель уровня или активности одного, двух, трех, четырех, пяти, десяти, двадцати или более (например, всех) биомаркеров, имеющих данное значение p FDR, приведенных в настоящем описании, например, в таблице настоящего описания. В некоторых вариантах осуществления значение p FDR составляет менее 0,2, 0,1, 0,05, 0,02, 0,01, 0,005, 0,002 или 0,001. В некоторых вариантах осуществления значение p FDR составляет менее 0,1 или 0,01. В некоторых вариантах осуществления биомаркеры представляют собой биомаркеры, приведенные в таблице 1A, таблице 1B, таблице 16, таблице 17, таблице 18 или таблице 20, или их комбинацию. В некоторых вариантах осуществления показатель включает показатель для всех биомаркеров, приведенных в таблице 1A, которые имеют значение p ниже порогового уровня 0,2, 0,1, 0,05, 0,02, 0,01, 0,005, 0,002 или 0,001. В некоторых вариантах осуществления показатель включает показатель для всех биомаркеров, приведенных в таблице 1B, которые имеют значение p ниже порогового уровня 0,2, 0,1, 0,05, 0,02, 0,01, 0,005, 0,002 или 0,001. В некоторых вариантах осуществления показатель включает показатель для всех биомаркеров, приведенных в таблице 16, которые имеют значение p ниже порогового уровня 0,2, 0,1, 0,05, 0,02, 0,01, 0,005, 0,002 или 0,001. В некоторых вариантах осуществления показатель включает показатель для всех биомаркеров, приведенных в таблице 17, которые имеют значение p ниже порогового уровня 0,2, 0,1, 0,05, 0,02, 0,01, 0,005, 0,002 или 0,001. В некоторых вариантах осуществления показатель включает показатель для всех биомаркеров, приведенных в таблице 18, которые имеют значение p ниже порогового уровня 0,2, 0,1, 0,05, 0,02, 0,01, 0,005, 0,002 или 0,001. В некоторых вариантах осуществления показатель включает показатель для всех биомаркеров, приведенных в таблице 20, которые имеют значение p ниже порогового уровня 0,2, 0,1, 0,05, 0,02, 0,01, 0,005, 0,002 или 0,001. В некоторых вариантах осуществления показатель включает показатель для всех биомаркеров, имеющих значение p ниже порогового уровня. В некоторых вариантах осуществления показатель включает показатель для одного, двух, трех, четырех, пяти, десяти, двадцати, пятидесяти или ста биомаркеров, имеющих значение p ниже порогового уровня. В некоторых вариантах осуществления показатель включает показатель по меньшей мере для одного, двух, трех, четырех, пяти, десяти, двадцати, пятидесяти или ста биомаркеров, имеющих значение p ниже порогового уровня. В некоторых вариантах осуществления показатель включает показатель для 1-5, 5-10, 10-20, 20-50 или 50-100 биомаркеров, имеющих значение p ниже порогового уровня.

В некоторых вариантах осуществления биомаркеры, приведенные в таблице 7B, которые обозначены как "CR" в таблице, активированы у полностью отвечающих индивидуумов по сравнению с не отвечающими индивидуумами. В некоторых вариантах осуществления биомаркеры, приведенные в таблице 7B, которые обозначены как "NR" в таблице, активированы у не отвечающих индивидуумов по сравнению с полностью отвечающими индивидуумами.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, биомаркер представляет собой секретируемый биомаркер или биомаркер клеточной поверхности, приведенный в таблице 8. Например, количественное определение биомаркера можно проводить посредством проточной цитометрии.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, отвечающий индивидуум (например, полностью отвечающий индивидуум) имеет или идентифицирован как имеющий более высокий уровень или активность одного, двух или более (всех) из GZMK, PPF1BP2 или наивных T-клеток по сравнению с не отвечающим индивидуумом.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, не отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий, более высокий уровень или активность одного, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи или более (например, всех) из IL22, IL-2RA, IL-21, IRF8, IL8, CCL17, CCL22, эффекторных T-клеток или регуляторных T-клеток, по сравнению с отвечающим индивидуумом.

В одном варианте осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, индивидуум, у которого возникнет рецидив, представляет собой пациента, имеющего или идентифицированного как имеющий увеличенный уровень экспрессии одного или нескольких (например, 2, 3, 4 или всех из) следующих генов по сравнению с индивидуумами, у которых не возникнет рецидива: MIR199A1, MIR1203, uc021ovp, ITM2C и HLA-DQB1, и/или сниженный уровень экспрессии одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или всех) из следующих генов по сравнению с индивидуумами, у которых не возникнет рецидива: PPIAL4D, TTTY10, TXLNG2P, MIR4650-1, KDM5D, USP9Y, PRKY, RPS4Y2, RPS4Y1, NCRNA00185, SULT1E1 и EIF1AY.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, полностью отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий, например, более высокий на статистически значимом уровне, процент CD8+ T-клеток по сравнению с эталонной величиной, например, процентом CD8+ T-клеток у не отвечающих индивидуумов.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, полностью отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий процент (например, 5%, 6%, 7%, 10%, 15%, 20%, 25%, 27%, 30%, 35%, или 40% или более) CD27+ CD45RO- иммунных эффекторных клеток, например, в популяции CD8+, по сравнению с эталонной величиной, например, количеством CD27+ CD45RO- иммунных эффекторных клеток у не отвечающего индивидуума.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, полностью отвечающий индивидуум или частично отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий, например, более высокий на статистически значимом уровне, процент CD4+ T-клеток по сравнению с эталонной величиной, например, процентом CD4+ T-клеток у не отвечающего индивидуума.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, полностью отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий процент одного, двух, трех или более (например, всех) из покоящихся клеток T_EFF, покоящихся клеток T_REG, более молодых T-клеток (например, более молодых CD4 или CD8-клеток, или гамма/дельта T-клеток), или ранних T-клеток памяти или их комбинации, по сравнению с эталонной величиной, например, количеством покоящихся клеток T_EFF, покоящихся клеток T_REG, более молодых T-клеток (например, более молодых CD4 или CD8 клеток) или ранних T-клеток памяти, у не отвечающего индивидуума.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, не отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий процент одного, двух, трех или более (например, всех) из активированных клеток T_EFF, активированных клеток T_REG, более старых T-клеток (например, более старых CD4 или CD8 клеток), или поздних T-клеток памяти или их комбинации, по сравнению с эталонной величиной, например, количеством активированных клеток T_EFF, активированных клеток T_REG, более старых T-клеток (например, более старых CD4 или CD8 клеток), или поздних T-клеток памяти, у отвечающего индивидуума.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, не отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий процент маркера истощения иммунных клеток, например, одного, двух или нескольких ингибиторов иммунной точки контроля (например, PD-1, TIM-3 и/или LAG-3). В одном варианте осуществления не отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий процент экспрессирующих PD-1 или LAG-3 иммунных эффекторных клеток (например, CD4+ T-клеток и/или CD8+ T-клеток) (например, CAR-экспрессирующих CD4+ клеток и/или CD8+ T-клеток) по сравнению с процентом экспрессирующих PD-1 или LAG-3 иммунных эффекторных клеток у отвечающего индивидуума.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, не отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий процент иммунных клеток, имеющих фенотип истощения, например, иммунных клеток, которые коэкспрессируют по меньшей мере два маркера истощения, например, коэкспрессируют PD-1 и TIM-3. В других вариантах осуществления не отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий процент иммунных клеток, имеющих фенотип истощения, например, иммунных клеток, которые совместно экспрессируют по меньшей мере два маркера истощения, например, совместно экспрессируют PD-1 и LAG-3.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, не отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий процент PD-1+/LAG-3+ клеток в популяции CAR-экспрессирующих клеток (например, популяции CAR19+ клеток) по сравнению с отвечающим индивидуумом (например, полностью отвечающим индивидуумом) при терапии CAR-экспрессирующими клетками.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, частично отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий процент PD-1+/LAG-3+ клеток, чем отвечающий индивидуум, в популяции CAR-экспрессирующих клеток (например, в популяции CAR19+ клеток).

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, не отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий фенотип истощения PD1+ CAR+ и коэкспрессию LAG3 в популяции CAR-экспрессирующих клеток (например, популяции CAR19+ клеток).

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, не отвечающий индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий более высокий процент PD-1+/TIM-3+ клеток в популяции CAR-экспрессирующих клеток (например, популяции CAR19+ клеток) по сравнению с отвечающим индивидуумом (например, полностью отвечающим индивидуумом).

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, частично отвечающие индивидуумы имеют или идентифицированы как имеющие более высокий процент PD-1+/TIM-3+ клеток, чем отвечающие индивидуумы, в популяции CAR-экспрессирующих клеток (например, в популяции CAR19+ клеток).

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, присутствие CD8+ CD27+ CD45RO- T-клеток в образце, полученном посредством афереза, является положительным прогностическим фактором для ответа индивидуума на терапию CAR-экспрессирующими клетками (например, терапию CAR19 (например, терапию CTL019)).

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, высокий процент PD1+ CAR+ и LAG3+ или TIM3+ T-клеток в образце, полученном посредством афереза, является фактором плохого прогноза для ответа индивидуума на терапию CAR-экспрессирующими клетками (например, терапию CAR19 (например, терапию CTL019)).

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, отвечающий индивидуум (например, полностью отвечающий индивидуум) на терапию CAR19 имеет или идентифицирован как имеющий профиль биомаркеров, приведенный в таблице 9.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, не отвечающий индивидуум на терапию CAR19 имеет или идентифицирован как имеющий биомаркер, включающий один или несколько из PD-1+ иммунных эффеткорных клеток, TIM-3+ иммунных эффекторных клеток, LAG-3+ иммунных эффекторных клеток, KLRG1+ иммунных эффекторных клеток, CD27-иммунных эффекторных клеток, активированных клеток T_EFF, активированных клеток T_REG, активированных TH1, активированных TH2, стимулированных клеток памяти или поздних T-клеток памяти, или их комбинации.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, не отвечающий индивидуум на терапию CAR19 имеет или идентифицирован как имеющий профиль биомаркеров, приведенный в таблице 10.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, экспрессия одного, двух, трех, четырех или более (всех) из KLRG1, CD57, CD27, CD122 или CD62L является прогностическим фактором ответа пациента на терапию CTL019.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, индивидуум, у которого не возникнет рецидива, представляет собой пациента с B-ALL, и он имеет или идентифицирован как имеющий один или несколько профилей экспрессии (например, профилей экспрессии белков или генов) или генных сигнатур, характерных для покоящихся клеток T_EFF или покоящихся клеток T_REG.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, пациент, у которого возникнет рецидив, представляет собой пациента с B-ALL, и он имеет или идентифицирован как имеющий один или несколько профилей экспрессии (например, профилей экспрессии белков или генов) или генных сигнатур, характерных для активированных клеток T_EFF или активированных клеток T_REG.

В некоторых вариантах осуществления любых из вышеуказанных способов и композиций для применения, клетка T_REG (например, активированная клетка T_REG) имеет повышенную экспрессию одного или нескольких (например, по меньшей мере 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70 или всех) из следующих биомаркеров: AIM2, ALAS1, BATF, C5orf32, CCL17, CD40LG, CHAC2, CSF1, CTSL1, EBNA1BP2, EDARADD, EMP1, EPAS1, FABP5, FAM40B, FKBP4, FOSL1, GCLM, GK, GPR56, HMOX1, HSPD1, HSPE1, IKBIP, IL10, IL13, IL15RA, IL1RN, IL2RA, IL3, IL4, IL5, IL9, KCNK5, LTA, MANF, MIR1182, MIR155, MIR155HG, MYOF, NDUFAF1, NLN, NME1, NME1-NME2, PANX2, PDIA6, PGAM4, PPIL1, PPPDE2, PRDX4, PRKAR1B, PSMD1, PSMD11, PUS7, RBBP8, SLC27A2, SLC39A14, SLC43A3, SRXN1, STIP1, STT3A, TBX21, TNFRSF11A, TNFRSF1B, TNFRSF8, TNFRSF9, TXN, UCK2, VDR, VTRNA1-3, WDR12, YWHAG, ZDHHC16 или ZNF282. Повышенную экспрессию можно измерять, например, через 16 часов после стимуляции. Повышенную экспрессию можно определять, например, путем измерения уровней РНК указанных генов.

В некоторых вариантах осуществления любых из вышеупомянутых способов и композиций для применения, клетка T_EFF (например, активированная клетка T_EFF) имеет повышенную экспрессию одного или нескольких (например, по меньшей мере 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70 или всех) из следующих биомаркеров: AIM2, ALAS1, B4GALT5, BATF, C3orf26, C4orf43, CCL3, CCL4, ССТЗ, CCT7, CD40LG, CHAC2, CSF2, CTNNA1, EBNA1BP2, EDARADD, EEF1E1, EIF2B3, EIF2S1, FABP5, FAM40B, FKBP4, FOSL1, GFOD1, GLRX2, HSPD1, HSPE1, IFNG, IL15RA, IL21, IL2RA, IL3, KCNK5, KIAA0020, LARP4, LRP8, LTA, MANF, MIR1182, MIR155, MIR155HG, MTCH2, MYOF, NDUFAF1, NLN, NME1, NME1-NME2, OTUD7B, PAM, PDIA6, PEA15, PFKM, PGAM1, PGAM4, PPIL1, PRDX4, PRSS23, PSMD1, PSMD11, PSMD14, PTRH2, PUS7, RBBP8, RPF2, RPP25, SFXN1, SLC27A2, SLC39A14, SLC43A3, SORD, SPR, SRXN1, STIP1, STT3A, TBX21, TMCC2, TMEM165, TNFRSF9, TXN, TXNDC5, UCK2, VDR, WDR12, YWHAG или ZDHHC16. Повышенную экспрессию можно измерять, например, через 16 часов после стимуляции. Повышенную экспрессию можно определять, например, путем измерения уровней РНК указанных генов.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, индивидуум, у которого возникнет рецидив, представляет собой пациента с B-ALL, и он имеет или идентифицирован как имеющий один или несколько профилей экспрессии белков или генов, включающих один, два, три, четыре, пять, десять или более генов согласно таблице 7A, таблице 7B или фиг.2B или их комбинацию.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, индивидуум, у которого возникнет рецидив, имеет или идентифицирован как имеющий повышенный уровень одного или нескольких биомаркеров клеток T_REG или их комбинацию. В некоторых вариантах осуществления индивидуум, у которого возникнет рецидив, имеет или идентифицирован как имеющий повышенную экспрессию одного или нескольких (например, по меньшей мере 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70 или всех) из следующих генов: AIM2, AFAS1, BATF, C5orf32, CCL17, CD40LG, CHAC2, CSF1, CTSL1, EBNA1BP2, EDARADD, EMP1, EPAS1, FABP5, FAM40B, FKBP4, FOSL1, GCLM, GK, GPR56, HMOX1, HSPD1, HSPE1, IKBIP, IL10, IL13, IL15RA, IL1RN, IL2RA, IL3, IL4, IL5, IL9, KCNK5, LTA, MANF, MIR1182, MIR155, MIR155HG, MYOF, NDUFAF1, NLN, NME1, NME1-NME2, PANX2, PDIA6, PGAM4, PPIL1, PPPDE2, PRDX4, PRKAR1B, PSMD1, PSMD11, PUS7, RBBP8, SLC27A2, SLC39A14, SLC43A3, SRXN1, STIP1, STT3A, TBX21, TNFRSF11A, TNFRSF1B, TNFRSF8, TNFRSF9, TXN, UCK2, VDR, VTRNA1-3, WDR12, YWHAG, ZDHHC16 или ZNF282. В определенном варианте осуществления индивидуум, у которого возникнет рецидив, имеет или идентифицирован как имеющий повышенную экспрессию одного или нескольких (например, по меньшей мере 10, 20, 25 или всех) из следующих генов: C5orf32, CCL17, CSF1, CTSL1, EMP1, EPAS1, GCLM, GK, GPR56, HMOX1, IKBIP, IL10, IL13, IL1RN, IL4, IL5, IL9, MIR155, PANX2, PGAM4, PRKAR1B, TNFRSF11A, TNFRSF1B, TNFRSF8, VTRNA1-3 или ZNF282. Повышенную экспрессию можно измерять, например, через 16 часов после стимуляции. Повышенную экспрессию можно определять, например, путем измерения уровня РНК указанных генов.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий повышенный уровень одного или нескольких биомаркеров клеток T_EFF или их комбинации. В некоторых вариантах осуществления индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий повышенную экспрессию одного или нескольких (например, по меньшей мере 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70 или всех) из следующих генов: AIM2, ALAS1, B4GALT5, BATF, C3orf26, C4orf43, CCL3, CCL4, CCT3, CCT7, CD40LG, CHAC2, CSF2, CTNNA1, EBNA1BP2, EDARADD, EEF1E1, EIF2B3, EIF2S1, FABP5, FAM40B, FKBP4, FOSL1, GFOD1, GLRX2, HSPD1, HSPE1, IFNG, IL15RA, IL21, IL2RA, IL3, KCNK5, KIAA0020, LARP4, LRP8, LTA, MANF, MIR1182, MIR155, MIR155HG, MTCH2, MYOF, NDUFAF1, NLN, NME1, NME1-NME2, OTUD7B, PAM, PDIA6, PEA15, PFKM, PGAM1, PGAM4, PPIL1, PRDX4, PRSS23, PSMD1, PSMD11, PSMD14, PTRH2, PUS7, RBBP8, RPF2, RPP25, SFXN1, SLC27A2, SLC39A14, SLC43A3, SORD, SPR, SRXN1, STIP1, STT3A, TBX21, TMCC2, TMEM165, TNFRSF9, TXN, TXNDC5, UCK2, VDR, WDR12, YWHAG или ZDHHC16. В определенном варианте осуществления индивидуум имеет или идентифицирован как имеющий повышенную экспрессию одного или нескольких (например, по меньшей мере 10, 20, 25 или всех) из следующих генов: B4GALT5, C3orf26, C4orf43, CCL3, CCL4, ССТЗ, CCT7, CSF2, CTNNA1, EEF1E1, EIF2B3, EIF2S1, GFOD1, GLRX2, IL21, IL2RA, IL3, KIAA0020, LARP4, LRP8, OTUD7B, РАМ, PEA15, PFKM, PGAM1, PGAM4, PRSS23, PSMD1, PSMD11, PSMD14, PTRH2, RPF2, SORD, SPR, TMCC2, TMEM165 или TXNDC5. Повышенную экспрессию можно измерять, например, через 16 часов после стимуляции. Повышенную экспрессию можно определять, например, путем измерения уровней РНК указанных генов.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, отвечающий индивидуум (например, полностью или частично отвечающий индивидуум) имеет один, два, три или более (или все) из следующих профилей:

(i) имеет увеличенное количество CD27+ иммунных эффекторных клеток по сравнению с эталонной величиной, например, количеством CD27+ иммунных эффекторных клеток у не отвечающего индивидуума;

(ii) имеет большее количество CD8+ T-клеток по сравнению с эталонной величиной, например, количеством CD8+ T-клеток у не отвечающего индивидуума;

(iii) имеет более низкое количество иммунных клеток, экспрессирующих один или несколько ингибиторов точки контроля, например, ингибиторов точки контроля, выбранных из PD-1, LAG-3, TIM-3 или KLRG-1, или их комбинации, по сравнению с эталонной величиной, например, количеством клеток, экспрессирующих один или несколько ингибиторов точки контроля, у не отвечающего индивидуума; или

(iv) имеет более высокое количество одной, двух, трех, четырех или более (всех) из покоящихся клеток T_EFF, покоящихся клеток T_REG, более молодых клеток, наивных клеток CD4, нестимулированных клеток памяти или ранних T-клеток памяти, или их комбинации, по сравнению с эталонной величиной, например, количеством покоящихся клеток T_EFF, покоящихся клеток T_REG, более молодых клеток, наивных клеток CD4, нестимулированных клеток памяти или ранних T-клеток памяти, у не отвечающих индивидуумов.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, уровень или активность цитокинов, например, согласно (vi), выбраны из уровня или активности одного, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми или более (или всех) из цитокинов CCL20/MIP3a, IL17A, IL6, GM-CSF, IFN γ, IL10, IL13, IL2, IL21, IL4, IL5, IL9 или TNFα, или их комбинации. Цитокин может быть выбран из одного, двух, трех, четырех или более (всех) из IL-17a, CCL20, IL2, IL6 или TNFα. В одном варианте осуществления увеличенный уровень или активность цитокинов, выбранных из одного или обоих из IL-17a и CCL20, указывает на увеличенную способность к ответу или сниженную способность к рецидиву. В некоторых вариантах осуществления уровень цитокинов измеряют после активации T-клеток.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, эффективность трансдукции 15% или выше, например, согласно (vii), указывает на увеличенную способность к ответу или сниженную способность к рецидиву.

В некоторых вариантах осуществления любых из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, эффективность трансдукции менее 15%, например, согласно (vii), указывает на сниженную способность к ответу или увеличенную способность к рецидиву.

В другом аспекте изобретение относится к способу идентификации индивидуума, который вероятно будет отвечать (например, полностью отвечающего индивидуума или частично отвечающего индивидуума, индивидуума, у которого не возникнет рецидива) на терапию, включающую CAR-экспрессирующие клетки (например, T-клетки, NK-клетки) (например, терапию клетками, экспрессирующими CAR против CD19, например, описанными в настоящем описании, например, терапию CTL019). В одном варианте осуществления статус ответа (например, полностью отвечающий индивидуум, частично отвечающий индивидуум, не отвечающий индивидуум, индивидуум, у которого возникнет рецидив, или индивидуум, у которого не возникнет рецидива, на терапию, включающую CAR-экспрессирующие клетки (например, T-клетки, NK-клетки)) определяют путем измерения одного или нескольких из сигнатуры набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, биомаркера, приведенного в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, биомаркера CD27, биомаркера CD45RO, биомаркера PD-1, биомаркера LAG-3, биомаркера TIM-3, биомаркера IL2RA, биомаркера IL21, биомаркера CD4, биомаркера CD8, сигнатуры набора генов TH1+ T-хелперных клеток, сигнатуры набора генов TH2+ T-хелперных клеток, сигнатуры набора генов T-клеток памяти (например, CD8+ T-клеток памяти, например, наивных T-клеток (T_N), например, стволовых клеток памяти (T_SCM), например, центральных T-клеток памяти (T_CM) например, эффекторных T-клеток памяти (Т_EM)), и их комбинаций. В одном варианте осуществления полностью отвечающий индивидуум (CR) имеет, например, два, три, четыре или более (например, все) из CD27⁺, CD45RO^-, PD-1^-, LAG-3^- и TIM-3^-, как описано в таблице 9. В одном варианте осуществления не отвечающий индивидуум (NR) имеет, например, два, три или более (например, все) из CD27^- CD45RO⁺, PD-1⁺, LAG-3⁺ и TIM-3⁺, как описано в таблице 10.

В одном варианте осуществления статус ответа или рецидива (например, полностью отвечающий индивидуум, частично отвечающий индивидуум, не отвечающий индивидуум, индивидуум, у которого возникнет рецидив, или индивидуум, у которого не возникнет рецидива при терапии CAR-экспрессирующими клетками) определяют путем оценки, например, измерения, двух, трех, четырех пяти, шести, семи, восьми, девяти, десяти, пятнадцати или более из сигнатуры набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, биомаркера, приведенного в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L и KLRG1.

В одном варианте осуществления любые из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, можно использовать до проведения терапии CAR-экспрессирующими клетками. В некоторых вариантах осуществления описанные способы можно использовать до, одновременно или в процессе терапии CAR-экспрессирующими клетками.

В одном варианте осуществления любые из способов и композиций для применения, описанных в настоящем описании, можно использовать для идентификации индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, например, гематологическую злокачественную опухоль, например, такую как CLL или ALL, как имеющего увеличенную или сниженную вероятность ответа на лечение, которое включает терапию CAR-экспрессирующими клетками (например, T-клетками, NK-клетками), например, терапию клетками, экспрессирующими CAR против CD19. Способ включает: (1) получение образца от индивидуума (например, образца, полученного посредством афереза крови индивидуума; и/ или например, образца произведенного продукта, например, модифицированных способами генной инженерии T-клеток); (2) определение уровня (например, величины или активности) одного или нескольких биомаркеров (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более), приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L и KLRG1 в образце; и (3) (необязательно) сравнение определенного уровня одного или нескольких биомаркеров с эталонным уровнем; и (4) идентификацию индивидуума как полностью отвечающего индивидуума, частично отвечающего индивидуума, не отвечающего индивидуума, индивидуума, у которого возникнет рецидив, или индивидуума, у которого не возникнет рецидива, при терапии CAR-экспрессирующими клетками. В некоторых вариантах осуществления различие, например, статистически значимое различие, между определенным уровнем и эталонным уровнем является прогностическим фактором для способности индивидуумов отвечать на терапию CAR-экспрессирующими клетками.

В одном аспекте описанные способы включают (1) получение образца (например, образца индивидуума, полученного посредством афереза; и/ или например, образца произведенного продукта, например, модифицированных способами генной инженерии T-клеток, например, образца произведенного продукта клеток, экспрессирующих CAR против CD19); (2) получение, например, определение генной сигнатуры образца; и (3) (необязательно) сравнение генной сигнатуры с эталонной генной сигнатурой; где отличие, например, статистически значимое отличие, в уровне экспрессии одного или нескольких биомаркеров в определенной генной сигнатуре является прогностическим фактором для способности индивидуума отвечать на терапию CAR-экспрессирующими клетками. В одном варианте осуществления генная сигнатура включает один или несколько маркеров, выбранных из таблицы 1A, таблицы 1B, таблицы 2, таблицы 3, таблицы 4, таблицы 5, таблицы 6, таблицы 7A, таблицы 7B, таблицы 8, таблицы 9, таблицы 10, таблицы 14 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблицы 17, таблицы 18, таблицы 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD 122, CD62L, KLRG1 и их комбинаций. В одном варианте осуществления образец представляет собой биологический образец, выбранный из образца крови, плазмы или сыворотки. В конкретном варианте осуществления биологический образец представляет собой образец крови. В одном варианте осуществления образец представляет собой образец, полученный посредством афереза, например, иммунные эффекторные клетки (например, T-клетки), полученные из крови индивидуума. В одном варианте осуществления образец представляет собой образец произведенного продукта, например, модифицированных способами генной инженерии T-клеток, например, произведенного продукта клеток, экспрессирующих CAR против CD19.

В одном аспекте предусматриваются способы определения способности к ответу у индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, например, гематологическую злокачественную опухоль, например, такую как CLL или ALL, на лечение, включающее терапию CAR-экспрессирующими клетками (например, T-клетками, NK-клетками), например, терапию клетками, экспрессирующими CAR против CD19, например, описанными в настоящем описании. Способ включает: определение уровня или активности одного или нескольких биомаркеров (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более), приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L и KLRG1 в образце, полученном до лечения; где отличие, например, статистически значимое отличие, уровня (например, количества или активности) одного или нескольких маркеров в образце относительно заданной величины указывает на увеличенную способность к ответу на клетки, экспрессирующие CAR. В одном варианте осуществления образец представляет собой биологический образец, выбранный из образца крови, плазмы или сыворотки. В конкретном варианте осуществления биологический образец представляет собой образец крови. В одном варианте осуществления образец представляет собой образец, полученный посредством афереза, например, T-клетки, полученные из крови индивидуума. В одном варианте осуществления образец представляет собой образец произведенного продукта, например, модифицированных способами генной инженерии T-клеток, полученных из крови индивидуума, например, произведенного продукта CAR-экспрессирующих клеток, например, произведенного продукта клеток, экспрессирующих CAR против CD19.

В одном варианте осуществления предусматриваются способы оценки индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, например, гематологическую злокачественную опухоль, например, такую как CLL или ALL, включающие получение величины статуса ответа или рецидива для индивидуума, которая включает один или несколько (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) из следующих показателей: биомаркер, приведенный в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), Таблице 17, таблице 18, таблице 20, биомаркер CD27, биомаркер CD45RO, биомаркер PD-1, биомаркер LAG-3, биомаркер TIM-3, биомаркер IL2RA, биомаркер IL21, биомаркер CD4+, биомаркер CD8+, сигнатура набора генов TH1+ T-хелперных клеток, сигнатура набора генов TH2+ T-хелперных клеток, сигнатура набора генов T-клеток памяти (например, CD8+ T-клеток памяти, например, наивных T-клеток (T_N), например стволовых клеток памяти (T_SCM), например центральных T-клеток памяти (T_CM), например, эффекторных T-клеток памяти (T_EM)), и сигнатура набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19 (например, T-клеток, NK-клеток), тем самым, оценивая индивидуума. В одном варианте осуществления способы включают количественное определение одного или нескольких из следующих: биомаркер, приведенный в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1, и сигнатура набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19. В одном варианте осуществления способы включают количественное определение одного или нескольких из следующих: биомаркер, приведенный в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1, и сигнатура набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, для оценки индивидуума, имеющего CLL. В другом варианте осуществления способы включают количественное определение одного или нескольких из следующих: биомаркер, приведенный в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1, и сигнатура набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, для оценки индивидуума, имеющего ALL. В одном варианте осуществления способ включает количественное определение одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) из следующих: биомаркер, приведенный в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1, или сигнатура набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, в биологическом образце, выбранном из образца крови, плазмы или сыворотки. В конкретном варианте осуществления биологический образец представляет собой образец крови. В одном варианте осуществления образец представляет собой образец, полученный посредством афереза, например, T-клетки, полученные из крови индивидуума. В одном варианте осуществления образец представляет собой образец произведенного продукта, например, модифицированных способами генной инженерии T-клеток, например, полученных из крови индивидуума, например, произведенного продукта CAR-экспрессирующих клеток, например, произведенного продукта клеток, экспрессирующих CAR против CD19.

В одном варианте осуществления предусматриваются способы оценки или мониторинга эффективности терапии CAR-экспрессирующими клетками (например, T-клетками, NK-клетками), например, терапии клетками, экспрессирующими CAR против CD19, у индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, включающие получение величины статуса ответа или рецидива для индивидуума, которое включает количественное определение одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) из следующих: биомаркер, приведенный в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, биомаркер CD27, биомаркер CD45RO, биомаркер PD-1, биомаркер LAG-3, биомаркер TIM-3, биомаркер IL2RA, биомаркер IL21, биомаркер CD4+, биомаркер CD8+, сигнатура набора генов TH1+ T-хелперных клеток, сигнатура набора генов TH2+ T-хелперных клеток, сигнатура набора генов T-клеток памяти (например, CD8+ T-клеток памяти, например, наивных T-клеток (T_N), например стволовых клеток памяти (T_SCM), например центральных T-клеток памяти (T_CM), например, эффекторных T-клеток памяти (T_EM)), и сигнатура набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19 (например, T-клеток, NK-клеток), тем самым, оценивая или осуществляя мониторинг эффективности терапии CAR-экспрессирующими клетками у индивидуума. В одном варианте осуществления способы включают количественное определение одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) из следующих: биомаркер, приведенный в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1, или сигнатура набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19. В одном варианте осуществления способы включают количественное определение одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) из следующих: биомаркер, приведенный в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1, или сигнатура набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, для оценки или мониторинга эффективности терапии CAR-экспрессирующими клетками у индивидуума, имеющего CLL. В другом варианте осуществления способы включают количественное определение одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) из следующих: биомаркер, приведенный в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD 122, CD62L, KLRG1, или сигнатура набора генов клетки, экспрессирующей CAR против CD19, для оценки или мониторинга эффективности терапии CAR-экспрессирующими клетками у индивидуума, имеющего ALL. В одном варианте осуществления способ включает количественное определение одного или нескольких из следующих (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более): биомаркер, приведенный в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1 или сигнатура набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, в биологическом образце, выбранном из образца крови, плазмы или сыворотки. В конкретном варианте осуществления биологический образец представляет собой образец крови. В одном варианте осуществления образец представляет собой образец, полученный посредством афереза, например, T-клетки, полученные из крови индивидуума. В одном варианте осуществления образец представляет собой образец произведенного продукта, например, модифицированных способами генной инженерии T-клеток, например, полученных из крови индивидуума.

В одном варианте осуществления предусматриваются способы прогнозирования вероятности успеха терапии CAR-экспрессирующими клетками, например, терапии клетками, экспрессирующими CAR против CD19, например, описанными в настоящем описании, у индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, причем указанный способ включает стадии предоставления биологического образца от индивидуума; определения уровней экспрессии одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) генов, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6) и таблице 17, для получения профиля экспрессии генов в образце; и на основе полученного профиля экспрессии генов предоставления прогноза для индивидуума. В одном варианте осуществления биологический образец включает, но не ограничивается ими, образец крови, плазмы или сыворотки. В конкретном варианте осуществления биологический образец представляет собой образец крови.

В одном варианте осуществления образец представляет собой образец, полученный посредством афереза, например, T-клетки, полученные из крови индивидуума. В одном варианте осуществления индивидуум имеет CLL. В одном варианте осуществления индивидуум имеет ALL.

В другом аспекте предусматриваются способы лечения индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, например, гематологическую злокачественную опухоль. В одном варианте осуществления предусматриваются способы лечения индивидуума, имеющего злокачественную опухоль, включающие определение того, имеет ли индивидуум отличие, например, статистически значимое отличие, в уровне экспрессии одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) маркеров, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6) и таблице 17, относительно эталонного уровня, и, если существует отличие, например, статистически значимое отличие, между определенным уровнем и эталонным уровнем, введение индивидууму терапевтически эффективной дозы CAR-экспрессирующих клеток (например, T-клеток, NK-клеток), тем самым, осуществляя лечение индивидуума. В одном варианте осуществления, где существует различие, например, статистически значимое различие, между определенным уровнем и эталонным уровнем, причем способ включает модификацию продукта CAR-экспрессирующих клеток перед инфузией индивидууму. В одном варианте осуществления, когда существует различие, например, статистически значимое различие, между определенным уровнем и эталонным уровнем, способ включает модификацию производства продукта CAR-экспрессирующих клеток перед инфузией индивидууму. В одном варианте осуществления если существует различие, например, статистически значимое различие, между определенным уровнем и эталонным уровнем, способ включает коррекцию инфузируемой дозы CAR-экспрессирующих клеток для достижения эффекта против злокачественной опухоли.

В одном варианте осуществления способы лечения, описанные в настоящем описании, включают определение того, имеет ли индивидуум вероятность ответа на терапию CAR-экспрессирующими клетками (например, T-клетками, NK-клетками), например, терапию клетками, экспрессирующими CAR против CD19, например, терапию клетками, экспрессирующими CAR против CD19, путем сравнения уровня одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) маркеров, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15 и таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6) в образце от индивидуума относительно эталонного уровня, где отличие, например, статистически значимое отличие, в уровне экспрессии одного или нескольких маркерных генов относительно эталонного уровня указывает на увеличенную вероятность ответа; и введение индивидууму терапевтически эффективной дозы CAR-экспрессирующих клеток, тем самым, осуществляя лечение индивидуума. В одном варианте осуществления образец выбран из образца крови, плазмы или сыворотки. В одном варианте осуществления образец представляет собой образец, полученный посредством афереза, например, T-клетки, полученные из крови индивидуума.

В одном варианте осуществления способы лечения, описанные в настоящем описании, кроме того, включают получение образца от индивидуума; определение уровня одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) маркеров, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L и KLRG1, в образце; сравнение определенного уровня одного или нескольких маркеров, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L и KLRG1, с эталонным уровнем; и введение терапевтически эффективной дозы CAR-экспрессирующей клетки (например, T-клетки, NK-клетки), если индивидуум идентифицирован как имеющий отличие, например, статистически значимое отличие, в определенном уровне одного или нескольких маркеров, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L и KLRG1, относительно эталонного уровня, в образце.

В одном варианте осуществления способы лечения, описанные в настоящем описании, включают или дополнительно включают получение величины статуса ответа или рецидива для индивидуума, которая включает один или несколько (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) из следующих показателей: биомаркер, приведенный в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, биомаркер CD27, биомаркер CD45RO, биомаркер PD-1, биомаркер LAG-3, биомаркер TIM-3, биомаркер IL2RA, биомаркер IL21, биомаркер CD4, биомаркер CD8, сигнатура набора генов TH1+ T-хелперных клеток, сигнатура набора генов TH2+ T-хелперных клеток, сигнатура набора генов T-клеток памяти (например, CD8+ T-клеток памяти, например, наивных T-клеток (T_N), например, стволовых клеток памяти (T_SCM), например, центральных T-клеток памяти (T_CM), например, эффекторных T-клеток памяти (T_EM)), и сигнатура набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, и в соответствии с определением статуса ответа или рецидива, проведение одного, двух, трех, четырех или более из: идентификации индивидуума как полностью отвечающего, частично отвечающего или не отвечающего индивидуума; проведения терапии CAR-экспрессирующими клетками; выбора или изменения дозирования терапии CAR-экспрессирующими клетками; выбора или изменения схемы или продолжительности терапии CAR-экспрессирующими клетками; введения, например, не отвечающему индивидууму или частично отвечающему индивидууму, дополнительного средства в комбинации с терапией CAR-экспрессирующими клетками, например, ингибитором точки контроля, например, ингибитором точки контроля, описанным в настоящем описании, или ингибитором киназы, например, ингибитором киназы, описанным в настоящем описании; проведения не отвечающему индивидууму или частично отвечающему индивидууму терапии, которая увеличивает количество наивных T-клеток у индивидуума, перед проведением терапии CAR-экспрессирующими клетками; модификации процесса производства для терапии CAR-экспрессирующими клетками, например, увеличения в количестве наивных T-клеток перед введением нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, например, для индивидуума, идентифицированного как не отвечающий индивидуум или частично отвечающий индивидуум; или выбора альтернативной терапии, например, стандартной терапии конкретной злокачественной опухоли (например, как описано в настоящем описании), например, для не отвечающего индивидуума, частично отвечающего индивидуума или индивидуума, у которого возникнет рецидив; тем самым, осуществляя лечение злокачественной опухоли у индивидуума.

Системы

В другом аспекте настоящее изобретение относится к наборам для прогнозирования ответа индивидуума на терапию CAR-экспрессирующими клетками (например, T-клетками, NK-клетками), например, терапию клетками, экспрессирующими CAR против CD19, например, терапию клетками, экспрессирующими CAR против CD19, описанную в настоящем описании. Наборы содержат по меньшей мере один реагент, который специфически обнаруживает уровень или активность набора генов (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более генов), выбранных из таблицы 1A, таблицы 1B, таблицы 7A, таблицы 7B, таблицы 8, таблицы 9, таблицы 10, таблицы 14, таблицы 15, таблицы 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблицы 17, таблицы 18, таблицы 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L и/или KLRG1; и инструкцию по применению наборов, например, для прогнозирования ответа индивидуума на терапию CAR-экспрессирующими клетками. В некоторых вариантах осуществления в указанных инструкциях по применению описано, что, если один или несколько обнаруженных уровней экспрессии отличаются, например превышают, от эталонного уровня, индивидуум с большей вероятностью будет положительно отвечать на терапию CAR-экспрессирующими клетками. В некоторых вариантах осуществления в указанных инструкциях по применению описано, что, если один или несколько из обнаруженных уровней экспрессии является меньшим, чем эталонный уровень, индивидуум с большей вероятностью будет отвечать положительно на терапию CAR-экспрессирующими клетками. В некоторых вариантах осуществления, если уровень или активность PD-1, LAG-3 или TIM-3, или любой их комбинации, являются меньшими, чем эталонная величина, индивидуум с большей вероятностью будет положительно отвечать на терапию.

В определенных вариантах осуществления по меньшей мере один реагент, который специфически обнаруживает уровни экспрессии набора генов, содержит зонд нуклеиновой кислоты, комплементарный мРНК, экспрессируемой с генов, например, кДНК или олигонуклеотид. Зонд нуклеиновой кислоты может быть иммобилизован на поверхности подложки или может находиться в растворе. Набор реагентов может обнаруживать экспрессию полипептидов, например, поверхностных полипептидов, кодируемых указанным набором генов. В одном варианте осуществления зонд нуклеиновой кислоты содержит нуклеиновую кислоту размером приблизительно 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 или 100 остатков нуклеиновой кислоты, комплементарных последовательности нуклеиновой кислоты биомаркера, приведенного в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L и/или KLRG1. Кроме того, наборы могут содержать одно или несколько из: буфер/реагенты и протокол для экстракции, буфер/реагенты и протокол для амплификации, буфер/реагенты и протокол для гибридизации и буфер/реагенты и протокол для мечения.

В определенных вариантах осуществления наборы, кроме того, содержат по меньшей мере одну сигнатуру набора генов клетки, экспрессирующей CAR против CD19 (например, T-клетки, NK-клетки). В одном варианте осуществления набор, кроме того, включает стандартный эталон.

В одном варианте осуществления индивидуум имеет CLL.

В одном варианте осуществления индивидуум имеет ALL.

В одном варианте осуществления индивидуум имеет В-клеточный ALL.

В одном аспекте изобретение относится к реакционной смеси, содержащей по меньшей мере один реагент, который специфически выявляет уровни экспрессии набора генов (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более генов), выбранных из таблицы 1A, таблицы 1B, таблицы 7A, таблицы 7B, таблицы 8, таблицы 9, таблицы 10, таблицы 14, таблицы 15, таблицы 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблицы 17, таблицы 18, таблицы 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L и/или KLRG1; и биологический образец. В одном варианте осуществления образец выбран из образца крови, плазмы или сыворотки. В одном варианте осуществления образец представляет собой образец, полученный посредством афереза, например, T-клетки, полученные из крови индивидуума. В одном варианте осуществления образец содержит CAR-экспрессирующие клетки, например, CART-экспрессирующие клетки, например, клетки CART19.

В определенных вариантах осуществления по меньшей мере один реагент, который специфически выявляет уровни экспрессии набора генов, содержит зонд нуклеиновой кислоты, комплементарный мРНК, экспрессируемой с генов, например, кДНК или олигонуклеотид. Зонд нуклеиновой кислоты может быть иммобилизован на поверхности подложки или может находиться в растворе. Набор реагентов может обнаруживать экспрессию полипептидов, например, поверхностных полипептидов, кодируемых указанным набором генов. В одном варианте осуществления зонд нуклеиновой кислоты включает нуклеиновую кислоту размером приблизительно 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 или 100 остатков нуклеиновой кислоты, комплементарную последовательности нуклеиновой кислоты биомаркера, приведенного в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L и/или KLRG1. Кроме того, реакционная смесь может содержать одно или несколько из: буфер/реагенты и протокол для экстракции, буфер/реагенты и протокол для амплификации, буфер/реагенты и протокол для гибридизации и буфер/реагенты и протокол для мечения.

В другом аспекте настоящее изобретение относится к системе для оценки злокачественной опухоли у индивидуума. Система содержит по меньшей мере один процессор, функционально подсоединенный к памяти, причем по меньшей мере один процессор в процессе работы настроен на проведение одной или нескольких стадий, описанных в настоящем описании.

В другом аспекте настоящее изобретение относится к системе для оценки злокачественной опухоли у индивидуума. Система включает по меньшей мере один процессор, функционально подсоединенный к памяти, причем по меньшей мере один процессор в процессе работы настроен на:

получение величины статуса ответа или рецидива, которая включает один, два, три, четыре, пять, шесть, семь или более (все) из следующих показателей:

(i) уровень или активность CD27 и/или CD45RO- (например, CD27+ CD45RO-) иммунных эффекторных клеток, например, в популяции CD4+ или CD8+ T-клеток, в образце (например, образец, полученный посредством афереза, или образец продукта CAR-экспрессирующих клеток);

(ii) уровень или активность одного, двух, трех или более (например, всех) из покоящихся клеток T_EFF, покоящихся клеток T_REG, более молодых T-клеток (например, более молодых CD4 или CD8 клеток, или гамма/дельта T-клеток), или ранних T-клеток памяти или их комбинации, в образце (например, образец, полученный посредством афереза, или образец продукта CAR-экспрессирующих клеток);

(iii) уровень или активность одного, двух, трех или более (например, всех) из активированных клеток T_EFF, активированных клеток T_REG, более старых T-клеток (например, более старых CD4 или CD8 клеток), или поздних T-клеток памяти или их комбинации, в образце (например, образец, полученный посредством афереза, или произведенный образец продукта CAR-экспрессирующих клеток);

(iv) уровень или активность маркера истощения иммунных клеток, например, одного, двух или нескольких ингибиторов иммунной точки контроля (например, PD-1, TIM-3 и/или LAG-3) в образце (например, образец, полученный посредством афереза, или произведенный образец продукта CAR-экспрессирующих клеток);

(v) уровень или активность одного, двух, трех, четырех, пяти, десяти, двадцати или более из биомаркеров, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 16, таблице 17, таблице 18, таблице 20, на фиг.2B, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1 или сигнатуры набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19;

(vi) уровень или активность цитокинов (например, качество набора цитокинов) в образце продукта CAR-экспрессирующих клеток, например, в образце продукта CAR19-экспрессирующих клеток (например, CTL019), где цитокин выбран из одного, двух, трех, четырех, пяти или более (или всех) из цитокинов, приведенных в таблице 16;

(vii) эффективность трансдукции CAR-экспрессирующих клеток в образце продукта CAR-экспрессирующих клеток; или

(viii) количество CD27+ PD-1- клеток у индивидуума, например, в образце от индивидуума (например, образец, полученный посредством афереза, или образец продукта CAR-экспрессирующих клеток, например, в образце продукта CAR19-экспрессирующих клеток (например, CTL019)), например, количество, превышающее или равное 1×10⁷ клеток.

после определения величины статуса ответа проведение одного, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи или более (например, всех) из:

идентификации индивидуума как полностью отвечающего индивидуума, частично отвечающего индивидуума, не отвечающего индивидуума, индивидуума, у которого возникнет рецидив, или индивидуума, у которого не возникнет рецидива;

рекомендации проведения терапии CAR-экспрессирующими клетками;

рекомендации выбора или изменения дозирования терапии CAR-экспрессирующими клетками;

рекомендации выбора или изменения схемы или продолжительности терапии CAR-экспрессирующими клетками;

рекомендации введения, например, не отвечающему или частично отвечающему индивидууму, дополнительного средства в комбинации с терапией CAR-экспрессирующими клетками, например, ингибитора точки контроля, например, ингибитора точки контроля, описанного в настоящем описании;

рекомендации проведения у не отвечающего или частично отвечающего индивидуума терапии, которая повышает количество наивных T-клеток у индивидуума перед проведением терапии CAR-экспрессирующими клетками;

рекомендации модифицировать процесс производства для терапии CAR-экспрессирующими клетками, например, увеличения в количестве наивных T-клеток перед введением нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, например, для индивидуума, идентифицированного как не отвечающий или частично отвечающий индивидуум;

рекомендации модифицировать продукт CAR-экспрессирующих клеток перед инфузией пациенту;

рекомендации скорректировать инфузируемую дозу CAR-экспрессирующих клеток для достижения клинической эффективности;

рекомендации проведения альтернативной терапии, например, для не отвечающего или частично отвечающего индивидуума или для индивидуума, у которого возникнет рецидив;

рекомендации выбрать альтернативную терапию, например, для не отвечающего индивидуума или частично отвечающего индивидуума, например, стандартную терапию для конкретного типа злокачественной опухоли, или

если индивидуум является или идентифицирован как не отвечающий индивидуум или индивидуум, у которого возникнет рецидив, рекомендации снизить популяцию клеток T_REG и/или показатели сигнатуры клеток T_REG, например, путем истощения CD25, введения циклофосфамида, антитела против GITR, ингибитора mTOR или их комбинации.

В одном варианте осуществления величина включает показатель сигнатуры наборы генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, и комбинацию одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) из: биомаркера, приведенного в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, биомаркера CD27, биомаркера CD45RO, биомаркера PD-1, биомаркера LAG-3, биомаркера TIM-3, биомаркера IL2RA, биомаркера IL21, биомаркера CD4, биомаркера CD8, сигнатуры набора генов TH1+ T-хелперных клеток, сигнатуры набора генов TH2+ T-хелперных клеток и сигнатуры набора генов T-клеток памяти (например, CD8+ T-клеток памяти, например, наивных T-клеток (T_N), например, стволовых клеток памяти (T_SCM), например, центральных T-клеток памяти (Т_CM), например эффекторных T-клеток памяти (Т_EM)); и после определения величины статуса ответа, проведение одного, двух, трех, четырех или более из: идентификации индивидуума как полностью отвечающего, частично отвечающего или не отвечающего индивидуума; рекомендации терапии CAR-экспрессирующими клетками; рекомендации выбора или изменения дозирования терапии CAR-экспрессирующими клетками; рекомендации альтернативной терапии, рекомендации комбинированной терапии, например, комбинации с терапией CAR-экспрессирующими клетками, рекомендации изменить процесс производства для терапии CAR-экспрессирующими клетками.

В одном варианте осуществления по меньшей мере один процессор во время работы настроен на: получение величины статуса ответа, которая включает показатель сигнатуры набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19, и комбинации одного или нескольких (например, 2, 3, 4, 5, 10, 15 или более) из: биомаркера, приведенного в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14, таблице 15, таблице 16 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 17, таблице 18, таблице 20, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L и KLRG1; и после определения величины статуса ответа проведение одного, двух, трех, четырех или более из: идентификации индивидуума как полностью отвечающего, частично отвечающего или не отвечающего индивидуума; рекомендации терапии CAR-экспрессирующими клетками; рекомендации выбора или изменения дозирования терапии CAR-экспрессирующими клетками; рекомендации альтернативной терапии, например, стандартной терапии для конкретной злокачественной опухоли (например, как описано в настоящем описании); рекомендации комбинированной терапии, например, комбинации с терапией CAR-экспрессирующими клетками, рекомендации изменить процесс производства для терапии CAR-экспрессирующими клетками, например, как описано в настоящем описании.

Способы производства

В другом аспекте изобретение относится к способу оценки эффективности продукта CAR-экспрессирующих клеток, например, образца продукта CAR19-экспрессирующих клеток (например, CTL019). Способ включает получение одной, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми или более (например, всех) из величин:

(i) уровень или активность CD27 и/или CD45RO- (например, CD27+ CD45RO-) иммунных эффекторных клеток, например, в популяции CD4+ или CD8+ T-клеток, в продукте CAR-экспрессирующих клеток;

(ii) уровень или активность одного, двух, трех или более (например, всех) из покоящихся клеток T_EFF, покоящихся клеток T_REG, более молодых T-клеток (например, более молодых CD4 или CD8 клеток, или гамма/дельта T-клеток), или ранних T-клеток памяти или их комбинации в продукте CAR-экспрессирующих клеток;

(iii) уровень или активность одного, двух, трех или более (например, всех) из активированных клеток TEFF, активированных клеток TREG, более старых T-клеток (например, более старых CD4 или CD8 клеток), или поздних T-клеток памяти или их комбинации в продукте CAR-экспрессирующих клеток;

(iv) уровень или активность маркера истощения иммунных клеток, например, одного, двух или нескольких ингибиторов иммунной точки контроля (например, PD-1, TIM-3 и/или LAG-3) в продукте CAR-экспрессирующих клеток;

(v) уровень или активность одного, двух, трех, четырех, пяти, десяти, двадцати или более из биомаркеров, приведенных в таблице 1A, таблице 1B, таблице 7A, таблице 7B, таблице 8, таблице 9, таблице 10, таблице 14 (например, CCL20, IL-17a и/или IL-6), таблице 16, таблице 17, таблице 18, таблице 20, на фиг.2B, PD-1, LAG-3, TIM-3, CD57, CD27, CD122, CD62L, KLRG1 или сигнатуры набора генов клеток, экспрессирующих CAR против CD19;

(vi) уровень или активность цитокинов в образце продукта CAR-экспрессирующих клеток, например, в образце продукта CAR19-экспрессирующих клеток (например, CTL019), где цитокин выбран из одного, двух, трех, четырех, пяти или более (или всех) из цитокинов, приведенных в таблице 16;

(vii) эффективность трансдукции CAR-экспрессирующих клеток в продукте;

(viii) количество CD27+ PD-1- клеток у индивидуума, например, в образце от индивидуума (например, образец, полученный посредством афереза, или образец продукта CAR-экспрессирующих клеток, например, в образце продукта CAR19-экспрессирующих клеток (например, CTL019)), например, количество, превышающее или равное 1×10⁷ клеток; или

(ix) уровень или активность клеток T_REG или клеточной популяции,

где увеличение (i), (ii), (vi), (vii), (viii) или любой их комбинации указывает на увеличенную эффективность продукта CAR-экспрессирующих клеток, и

где увеличение (iii), (iv), (ix) или любой их комбинации указывает на снижение эффективности продукта CAR-экспрессирующих клеток.

В родственном аспекте изобретение относится к способу оптимизации производства продукта CAR-экспрессирующих клеток, например, образца продукта клеток, экспрессирующих CAR19 (например, CTL019). Способ включает:

(1) получение образца, содержащего CAR-экспрессирующую клетку (например, популяцию CAR-экспрессирующих иммунных эффекторных клеток);

(2) активацию CAR-экспрессирующей клетки in vitro;

(3) оценку эффективности активированных CAR-экспрессирующих клеток посредством определения одного, двух, трех, четырех, пяти, шести, семи, восьми или более (например, всех) из: