СПОСОБЫ ИММУНОТЕРАПИИ Российский патент 2021 года по МПК G01N33/53 A61K35/17 A61P25/28 

Родственные заявки

Для настоящей заявки испрашивается приоритет по предварительной заявке на патент США под регистрационным номером 62/341360, поданной 25 мая 2016, и предварительной заявке на патент США под регистрационным номером 62/487814, поданной 20 апреля, 2017, каждая из которых во всей своей полноте включена в настоящее описание посредством ссылки.

Предшествующий уровень техники

Адоптивная иммунотерапия включает имплантацию или вливание ассоциированных с заболеванием T-клеток, таких как цитотоксические Т-клетки (CTL), индивидуумам в целях распознавания ассоциированных с заболеванием клеток, нацеливания на эти клетки и их разрушения. Адоптивная иммунотерапия становится высокоперспективным способом лечения многих заболеваний и расстройств, включая рак, инфекционные заболевания и аутоиммунные заболевания. Однако, эффективность адоптивной иммунотерапии может варьироваться для каждого клеточного образца, а поэтому необходимо разработать способы предсказания вероятной терапевтической эффективности иммунотерапевтического образца.

Сущность изобретения

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к способам отбора образцов, содержащих T-клетки (например, CD4-Т-клетки или CD8-T-клетки, такие как CTL), для их использования в адоптивной иммунотерапии и/или для их включения в банк клеток, исходя из уровня экспрессии CD107a, интерферона-гамма (IFNg), интерлейкина 2 (IL-2), фактора некроза опухоли (TNF), гранзима B (GzmB), гранзима K (GzmK) и/или перфорина (Prf) общими лимфоцитами, T-клетками, CD8-T-клетками и/или CD4-Т-клетками в образцах. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы отбирают, исходя из уровня экспрессии CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3 и/или CTLA-4 общими лимфоцитами, T-клетками, CD8-T-клетками и/или CD4-Т-клетками в образцах. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы отбирают, исходя из уровня экспрессии антигенспецифических T-клеточных рецепторов (TCR) общими лимфоцитами, T-клетками, CD8-T-клетками и/или CD4-Т-клетками в образцах. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы отбирают, если уровень экспрессии CD107a, интерферона-гамма IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR превышает пороговый уровень согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF и CD-107a выше порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы не отбирают, если уровень экспрессии CD107a, интерферона-гамма (IFNg), интерлейкина-2 (IL-2), фактора некроза опухоли (TNF), гранзима B (GzmB), гранзима K (GzmK), перфорина (Prf), CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR ниже порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы не отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF и CD107a ниже порогового уровня согласно изобретению. В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к способам лечения индивидуума, нуждающегося в этом (например, индивидуума, страдающего раком, вирусной инфекцией и/или аутоиммунным заболеванием), путем введения этому индивидууму образца, содержащего T-клетки (например, CD4-Т-клетки или CD8-T-клетки, такие как CTL) и выбранного описанным здесь способом. В некоторых вариантах осуществления изобретения, настоящее изобретение относится к способу получения банка клеточных образцов, содержащих T-клетки (например, CD4-Т-клетки или CD8-T-клетки, такие как CTL) для адоптивной иммунотерапии, где указанный способ включает добавление одного или более образцов, отобранных описанным здесь способом, в банк клеток. В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к банку клеток, полученному описанным здесь способом.

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к способам отбора образцов, содержащих T-клетки (например, CD8-T-клетки и/или CD4-Т-клетки), для их использования в адоптивной иммунотерапии и/или для их включения в банк клеток исходя из уровня экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR общими лимфоцитами, T-клетками, CD8-T-клетками и/или CD4-Т-клетками в образцах. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR выше порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF и CD-107a выше порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы не отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR ниже порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы не отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF и CD-107a ниже порогового уровня согласно изобретению. В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к способам лечения индивидуума, нуждающегося в этом (например, индивидуума, страдающего раком, вирусной инфекцией и/или аутоиммунным заболеванием), путем введения этому индивидууму образца, содержащего T-клетки (например, CD8-T-клетки и/или CD4-Т-клетки) и выбранного описанным здесь способом. В некоторых своих вариантах, настоящее изобретение относится к способу получения банка клеточных образцов, содержащих T-клетки (например, CD8-T-клетки и/или CD4-Т-клетки) для адоптивной иммунотерапии, где указанный способ включает добавление одного или более образцов, отобранных описанным здесь способом, в банк клеток. В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к банку клеток, полученному описанным здесь способом.

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к способам отбора образца, содержащего T-клетки (например, CD8-T-клетки и/или CD4-Т-клетки), для размножения ex vivo (например, крупномасштабного размножения для включения в банк клеток или для адоптивного переноса) исходя из уровня экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR частью общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце. Так, например, в некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы сначала отбирают путем размножения в небольшом мастшабе и/или индуцирования пролиферации T-клеток из части образца, а затем оценки уровня экспрессии одного или более из IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR частью общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR выше порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF и CD-107a выше порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы не отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR ниже порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образцы не отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF и CD-107a ниже порогового уровня согласно изобретению.

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к способам отбора индивидуума для проведения аутологичной адоптивной T-клеточной иммунотерапии (например, с использованием CD8- или CD4-T-клеток) и/или индивидуума как донора T-клеток, исходя из уровня экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR общими лимфоцитами, T-клетками, CD8-T-клетками и/или CD4-Т-клетками в образце, взятом у индивидуума. Так, например, в некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуумов сначала отбирают путем осуществления размножения и/или индуцирования пролиферации T-клеток (например, CD8- и/или CD4-T-клеток) в образце, взятом у индивидуума, и оценки уровня экспрессии одного или более из IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR общими лимфоцитами, T-клетками, CD8-T-клетками и/или CD4-Т-клетками. В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуума отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR выше порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуума отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF и CD-107a выше порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуума не отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR ниже порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуума не отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF и CD-107a ниже порогового уровня согласно изобретению.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 0,5%, 0,6%, 0,7%, 0,8%, 0,9%, 1%, 1,1%, 1,2%, 1,3%, 1,4%, 1,5%, 1,6%, 1,7%, 1,8%, 1,9%, 2%, 2,5%, 3%, 3,5%, 4%, 4,5%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24% или 25% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют CD107a.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 0,5%, 0,6%, 0,7%, 0,8%, 0,9%, 1%, 1,1%, 1,2%, 1,3%, 1,4%, 1,5%, 1,6%, 1,7%, 1,8%, 1,9%, 2%, 2,5%, 3%, 3,5%, 4%, 4,5%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24% или 25% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют IFNg.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 0,5%, 0,6%, 0,7%, 0,8%, 0,9%, 1%, 1,1%, 1,2%, 1,3%, 1,4%, 1,5%, 1,6%, 1,7%, 1,8%, 1,9%, 2%, 2,5%, 3%, 3,5%, 4%, 4,5%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24% или 25% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют IL-2.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 0,5%, 0,6%, 0,7%, 0,8%, 0,9%, 1%, 1,1%, 1,2%, 1,3%, 1,4%, 1,5%, 1,6%, 1,7%, 1,8%, 1,9%, 2%, 2,5%, 3%, 3,5%, 4%, 4,5%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24% или 25% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют TNF.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24% или 25% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют гранзим K.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14% или 15% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% или 80% общих лимфоцитов в образце экспрессируют CD8.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 1%, 2%, 3%, 4%5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24% или 25% общих лимфоцитов в образце экспрессируют CD4.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют PD-1.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют TIM-3.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют LAG-3.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют CTLA-4.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют CTLA-4.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень является приемлемым, если по меньшей мере приблизительно 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% или 80% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток экспрессируют антигенспецифический TCR.

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к способу лечения заболевания или расстройства у индивидуума, нуждающегося в этом, где указанный способ включает введение индивидууму, нуждающемуся в этом, образца, полученного из банка клеток согласно изобретению, и/или T-клеток (например, CD4-Т-клеток или CD8-T-клеток, таких как CTL) из банка клеток согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, заболеванием или расстройством является рак (например, EBV-ассоциированный рак, такой как карцинома носоглотки, NK/T-клеточная лимфома, EBV-ассоциированная карцинома кишечника или EBV-ассоциированная лейомиосаркома). В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуум имеет лимфопролиферативное расстройство после трансплантации (ЛРПТ). В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуум имеет лимфопролиферативное расстройство после трансплантации (ЛРПТ) и расстройство, ассоциированное с иммунодефицитом (например, ВИЧ/СПИД или расстройство, ассоциированное с X-сцепленным ингибитором апоптоза (XIAP)). В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуум имеет аутоиммунное расстройство, такое как рассеянный склероз, ревматоидный артрит, системная красная волчанка, глютеновая болезнь, другие системные аутоиммунные заболевания (САЗ) или воспалительное заболевание кишечника (ВЗК). В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки (например, CD4-Т-клетки или CD8-T-клетки, такие как CTL) являются аллогенными для индивидуума.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR определяют с помощью клеточного сортинга с активацией флуоресценции (FACS). В некоторых вариантах осуществления изобретения, уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR определяют с помощью ELISpot. В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки (например, CD8-T-клетки и/или CD4-Т-клетки) в образце экспрессируют TCR, специфичный к пептиду вируса Эпштейна-Барра (EBV) (например, к пептиду LMP1, к пептиду LMP2A или к пептиду EBNA1), презентированному на MHC (например, MHC класса I или класса II).

В некоторых вариантах осуществления изобретения, отобранный образец вводят индивидууму, нуждающемуся в этом. В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки (например, CD8- и/или CD4-Т-клетки) являются аллогенными для индивидуума (например, образец, содержащий T-клетки, был взят из банка клеток). В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки (например, CD8- и/или CD4-Т-клетки) являются аутологичными для индивидуума.

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к способу получения образца, содержащего T-клетки (например, CD8- и/или CD4-Т-клетки), для адоптивной иммунотерапии, где указанный способ включает инкубирование образца, содержащего T-клетки (например, CD8- и/или CD4-Т-клетки), с антигенпрезентирующими клетками (АПК), презентирующими пептидный антиген на МНС (например, МНС класса I и/или класса II) так, чтобы T-клетки, экспрессирующие TCR, специфичный к пептидному антигену, презентированному на МНС, пролиферировались, с последующим определением уровня экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR T-клетками в образце. В некоторых вариантах осуществления изобретения, пептидом является пептид EBV (например, пептид LMP1, пептид LMP2A или пептид EBNA1).

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к способу лечения заболевания или расстройства у индивидуума, нуждающегося в этом, где указанный способ включает введение индивидууму, нуждающемуся в этом, T-клеток из образца, выбранного описанным здесь способом и/или полученного из банка клеток согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, заболеванием или расстройством является рак (например, EBV-ассоциированный рак, такой как карцинома носоглотки, NK/T-клеточная лимфома, EBV-ассоциированная карцинома кишечника или EBV-ассоциированная лейомиосаркома). В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуум имеет лимфопролиферативное расстройство после трансплантации (ЛРПТ). В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуум имеет лимфопролиферативное расстройство после трансплантации (ЛРПТ) и расстройство, ассоциированное с иммунодефицитом (например, ВИЧ/СПИД или расстройство, ассоциированное с X-сцепленным ингибитором апоптоза (XIAP)). В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуум имеет аутоиммунное расстройство, такое как рассеянный склероз, ревматоидный артрит, системная красная волчанка, глютеновая болезнь, другие системные аутоиммунные заболевания (САЗ) или воспалительное заболевание кишечника (ВЗК). В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки являются аллогенными для индивидуума.

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к банку образцов клеток, содержащих T-клетки (например, CD8- и/или CD4-Т-клетки), которые были обогащены образцами, где по меньшей мере пороговый уровень лимфоцитов в этом образце экспрессирует IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифический TCR. В некоторых вариантах осуществления изобретения, по меньшей мере 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%. 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% образцов в банке клеток представляют собой образцы, содержащие T-клетки (например, CD8- и/или CD4-Т-клетки), где по меньшей мере пороговый уровень лимфоцитов в этом образце экспрессирует IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифический TCR.

Настоящее изобретение относится к способам отбора индивидуума для адоптивной иммунотерапии путем размножения и/или индуцирования пролиферации T-клеток (например, CD8- и/или CD4-Т-клетки) в образце, взятом у индивидуума, и оценки уровня экспрессии одного или более из IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR T-клетками. В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуума отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR выше порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуума не отбирают, если уровень экспрессии IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR ниже порогового уровня согласно изобретению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуум имеет заболевание или расстройство. В некоторых вариантах осуществления изобретения, заболеванием или расстройством является рак (например, EBV-ассоциированный рак, такой как карцинома носоглотки, NK/T-клеточная лимфома, EBV-ассоциированная карцинома кишечника или EBV-ассоциированная лейомиосаркома). В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуум имеет лимфопролиферативное расстройство после трансплантации (ЛРПТ). В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуум имеет лимфопролиферативное расстройство после трансплантации (ЛРПТ) и расстройство, ассоциированное с иммунодефицитом (например, ВИЧ/СПИД или расстройство, ассоциированное с X-сцепленным ингибитором апоптоза (XIAP)). В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуум имеет аутоиммунное расстройство, такое как рассеянный склероз, ревматоидный артрит, системная красная волчанка, глютеновая болезнь, другие системные аутоиммунные заболевания (САЗ) или воспалительное заболевание кишечника (ВЗК).

Краткое описание чертежей

На фигуре 1 представлены три панели, где показано, что размноженные T-клетки E1-LMPpoly являются функционально компетентными и экспрессируют иммунные молекулы сверочных точек. На панели A указан процент позитивных по HLA-мультимеру и позитивных по CD8 лимфоцитов, которые экспрессируют CD107a, IFN-γ, IL-2 и/или TNF. На панели A указан процент позитивных по HLA-мультимеру и позитивных по CD8 лимфоцитов, которые экспрессируют гранзим B (GzmB), гранзим K (GzmK) и/или перфорин (Prf). На панели C указан процент позитивных по HLA-мультимеру и позитивных по CD8 лимфоцитов, которые экспрессируют PD-1, TIM-3, LAG-3 и CTLA-4.

На фигуре 2 представлены две панели и показан T-клеточный фенотип композиций CTL, вводимых пациентам с минимальным остаточным заболеванием (N/MRD) и пациентам с острым рецидивирующим/метастазирующим заболеванием (ОРМЗ). У пациентов с ОРМЗ наблюдается либо стабильное состояние (SD), либо прогрессирующее заболевание (PD) после CTL-иммунотерапии. На панели A указан процент CD8-позитивных T-клеткок после проведения CTL-иммунотерапии, а на панели В указано общее число LMP/EBNA-1-специфических T-клеток после проведения CTL-иммунотерапии.

На фигуре 3 представлены две панели и показан T-клеточный фенотип композиций CTL, вводимых пациентам с минимальным остаточным заболеванием (N/MRD) и пациентам с острым рецидивирующим/метастазирующим заболеванием (ОРМЗ). У пациентов с ОРМЗ наблюдается либо стабильное состояние (SD), либо прогрессирующее заболевание (PD) после CTL-иммунотерапии. На панели A указан процент лимфоцитов, позитивных по гранзиму B (GzmB+), позитивных по гранзиму K (GzmK+) и позитивных по перфорину (PRF+) после проведения CTL-иммунотерапии. На панели В указан процент лимфоцитов, позитивных по PD-1, TIM-3, LAG-3 и CTLA-4, после проведения CTL-иммунотерапии

На фигуре 4 указан процент CD8-T-клеток, экспрессирующих гранзим B (GzmB), гранзим K (GzmK) и/или перфорин (Prf).

На фигуре 5 указан процент LMP/EBNA1-специфических T-клеток для различных категорий респондентов и не-респондентов.

На фигуре 6 показано, что ответы на адоптивную иммунотерапию коррелирует с EBV-реактивностью, как было определено по уровню экспрессии CD107A, IFNg, IL-2 и TNF.

На фигуре 7 указан процент общих лимфоцитов, экспрессирующих CD107a, IFN-γ, IL-2 и/или TNF у респондентов и не-респондентов.

На фигуре 8 указан процент CD8-T-клеток, экспрессирующих CD107a, IFN-γ, IL-2 и/или TNF у респондентов и не-респондентов.

На фигуре 9 указан процент CD8-T-клеток, экспрессирующих CD107a, IFN-γ, IL-2 и TNF у респондентов и не-респондентов.

Подробное описание изобретения

Определения

Для удобства, ниже приводятся некоторые термины, употребляемые в описании, в Примерах и в прилагаемой формуле изобретения.

Употребляемые здесь артикли «а» и «an» относятся к одному или более, чем к одному (то есть, по меньшей мере к одному) грамматическому объекту, с которым употребляется данный артикль. Так, например, слово «элемент», употребляемый с артиклем «an» («an element»), означает один элемент или более, чем один элемент.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, CTL-композиция также содержит адъювант. Используемый здесь термин «адъювант» в своем широком смысле означает агент, который влияет на иммунологический или физиологический ответ у пациента или индивидуума. Так, например, адъювант может повышать уровень антигена в течение определенного периода времени или на представляющем интерес участке, таком как опухоль; стимулировать поглощение антигена антигенпрезентирующих клеток; активировать макрофаги и лимфоциты и поддерживать продуцирование цитокинов. При изменении иммунного ответа, адъювант позволяет вводить меньшую дозу агента, взаимодействующего с иммунной системой, для повышения эффективности или безопасности конкретной дозы этого агента. Так, например, адъювант может предотвращать истощение T-клеткок и повышать эффективность или безопасность конкретного агента, взаимодействующего с иммунной системой. Примерами адъювантов, являются, но не ограничиваются ими, иммуномодуляторный белок, адъювант 65, α-GalCer, фосфат алюминия, гидроксид алюминия, фосфат кальция, β-глюкановый пептид, ДНК CpG, GPI-0100, липид A, липополисахарид, Липовант, Монтанид, N-ацетил-мурамил-L-аланил-D-изоглутамин, Pam3CSK4, Quil A и димиколят трегалозы.

Используемый здесь термин «введение» означает доставку фармацевтического средства или композиции индивидууму и включает, но не ограничиваются ими, введение как медицинским персоналом, так и самим индивидуумом. Такое средство может содержать, например, описанный здесь пептид, антигенпрезентирующую клетку согласно изобретению и/или CTL согласно изобретению. Термины «биологический образец», «образец ткани» или просто «образец» относятся к коллекции клеток, полученных из ткани индивидуума. Источником образца ткани может быть твердая ткань, взятая из свежего, замороженного и/или консервированного органа; образец ткани; биоптат или аспират; кровь или любые ее компоненты; сыворотка, кровь, физиологические жидкости, такие как цереброспинальная жидкость, амниотическая жидкость, перитонеальная жидкость или интерстициальная жидкость, моча, слюна, кал, слезы или клетки, взятые в любой период беременности или развития организма индивидуума.

Термин «связывание» или «взаимодействие» относится к ассоциации, которая может представлять собой стабильную ассоциацию между двумя молекулами, например, между Т-клеточным рецептором (TCR) и пептидом/МНС, в результате, например, электростатических, гидрофобных, ионных взаимодействий и/или водородных связей в физиологических условиях.

Используемый здесь термин «рак» включает, но не ограничивается ими, солидные опухоли и гематогенные опухоли. Термин «рак» включает заболевания кожи, тканей, органов, костей, хрящей, крови и сосудов. Термин «рак» также охватывает первичные и метастатические раковые опухоли.

Термин «эпитоп» означает белковую детерминанту, способную специфически связываться с антителом. Эпитопы обычно состоят из химически активных поверхностных групп молекул, таких как аминокислоты или боковые цепи сахаров. Некоторые эпитопы могут быть определены как конкретная аминокислотная последовательность, с которой может связываться Т-клеточный рецептор или антитело.

Используемый здесь термин «фармацевтически приемлемый» относится к агентам, соединениям, материалам, композициям и/или лекарственным формвм, которые, в соответствии со стандартной медицинской практикой являются подходящими для их применения для контактирования с тканями человека и животных без излишней токсичности, раздражения, аллергической реакции или других проблем или осложнений в соответствии с приемлемым соотношением польза/риск.

Используемый здесь термин «фармацевтически приемлемый носитель» означает фармацевтически приемлемое вещество, композицию или носитель, такие как жидкий или твердый наполнитель, разбавитель, эксципиент или растворитель, входящий в состав соединений, участвующих в переносе или в транспорте агента из одного органа или части тела в другой орган или часть тела. Каждый носитель должен быть «приемлемым» с точки зрения его совместимости с другими ингредиентами композиции и безопасности для пациента. Некоторыми примерами соединений, которые могут служить в качестве фармацевтически приемлемых носителей, являются: (1) сахара, такие как лактоза, глюкоза и сахароза; (2) крахмалы, такие как кукурузный крахмал и картофельный крахмал; (3) целлюлоза и ее производные, такие как натрий-содержащая карбоксиметилцеллюлоза, этилцеллюлоза и ацетат целлюлозы; (4) порошкообразная трагакантовая камедь; (5) солод; (6) желатин; (7) тальк; (8) наполнители, такие как масло какао и воски для суппозиториев; (9) масла, такие как арахисовое масло, масло семян хлопчатника, сафлоровое масло, кунжутное масло, оливковое масло, кукурузное масло и соевое масло; (10) гликоли, такие как пропиленгликоль; (11) многоатомные спирты, такие как глицерин, сорбит, маннит и полиэтиленгликоль; (12) сложные эфиры, такие как этилолеат и этиллаурат; (13) агар; (14) забуферивающие агенты, такие как гидроксид магния и гидроксид алюминия; (15) альгиновая кислота; (16) апирогенная вода; (17) изотонический физиологический раствор; (18) раствор Рингера; (19) этиловый спирт; (20) рН-забуференные растворы; (21) сложные полиэфиры, поликарбонаты и/или полиангидриды; и (22) другие нетоксичные совместимые вещества, используемые в фармацевтических препаратах.

Используемое здесь терапевтическое средство, которое «предотвращает» развитие состояния, означает соединение, которое, при его введении, в статистически выбранный образец до начала развития расстройства или состояния, снижает риск развития расстройства или состояния в обработанном образце по сравнению с необработанным контрольным образцом, или замедляет начало развития симптомов или снижает тяжесть одного или более симптомов расстройства или состояния по сравнению с необработанным контрольным образцом. Используемый здесь термин «индивидуум относится к человеку или животному, не являющемуся человеком, которые были отобраны для лечения или терапии.

Используемые здесь термины «терапевтически эффективное количество» и «эффективное количество» означают количество агента, которое является эффективным для достижения желаемого терапевтического эффекта по меньшей мере в субполуляции клеток у индивидуума при соответствующем соотношении польза/риск, подходящем для любого проводимого лечения.

«Лечение» заболевания у индивидуума или «лечение» индивидуума, страдающего заболеванием, означает фармацевтическое лечение индивидуума, например, введение ему лекарственного средства так, чтобы это приводило к ослаблению или предотвращению по меньшей мере одного симптома заболевания.

T-клетки

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к способам отбора T-клеток (например, CD8-T-клеток, таких как CTL и/или CD4-Т-клеток) или образца, содержащего T-клетки (например, CD8-T-клетки, такие как CTL, и/или CD4-Т-клетки) для адоптивной иммунотерапии, для размножения и/или для включения в банк клеток, например, путем определения уровня экспрессии биомаркера (например, IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR) в общих лимфоцитах, T-клетках, CD8-T-клетках и/или CD4-Т-клетках и отбора образца для адоптивной иммунотерапии, размножения или для включения в банк клеток, если пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует один или более биомаркеров.

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение также относится к способам отбора индивидуума для проведения адоптивной иммунотерапии или для взятия образца, содержащего T-клетки (например, для включения в банк клеток или для их использования для адоптивной терапии), путем получения образца, содержащего T-клетки индивидуума, и определения уровня экспрессии биомаркера (например, IFNg, IL-2, TNF, GzmB, GzmK, Prf, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3, CTLA-4 и/или антигенспецифического TCR) в общих лимфоцитах, T-клетках, CD8-T-клетках и/или CD4-Т-клетках в образце и отбора индивидуума для адоптивной иммунотерапии или для взятия образца, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует биомаркер. В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клеткой является цитотоксический Т-лимфоцит (CTL).

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2 в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии TNF в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует TNF. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует гранзим B. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует гранзим K. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a и IFNg в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a и IFNg. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a и IL-2 в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a и IL-2. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a и TNF в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a и TNF. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2 и TNF в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2 и TNF. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg и TNF в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg и TNF. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2 и IFNg в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2 и IFNg.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a и гранзим B. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a и гранзим K. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a и перфорин. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2 и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2 и гранзим K. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2 и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2 и гранзим B. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2 и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2 и перфорин. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg и гранзим B. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg и гранзим K. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg и перфорин. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии TNF и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует TNF и гранзим B. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии TNF и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует TNF и гранзим K. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии TNF и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует TNF и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии гранзима B и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует гранзим B и гранзим K. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии перфорина и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует перфорин и гранзим K. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IL-2 и IFNg в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, IL-2 и IFNg.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, TNF и IFNg в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, TNF и IFNg.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, TNF и IFNg в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, TNF и IFNg.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IL-2 и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, IL-2 и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IL-2, и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, IL-2 и гранзим K.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IL-2 и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, IL-2 и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, TNF и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, TNF и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, TNF и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, TNF и гранзим K.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, TNF и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, TNF и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IFNg и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, IL-2 и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IFNg и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, IL-2 и гранзим K.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IFNg и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, IL-2 и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, TNF и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, TNF и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, TNF и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, TNF и гранзим K.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, TNF и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, TNF и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg, TNF и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, TNF и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg, TNF и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, TNF и гранзим K.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg, TNF и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, TNF и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, TNF и IFNg в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, TNF и IFNg.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии гранзима K, гранзима B и/или перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует гранзим K, гранзим B и/или перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IL-2, TNF и IFNg в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, IL-2, TNF и IFNg.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IL-2, TNF и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, IL-2, TNF и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IL-2, TNF и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, IL-2, TNF и гранзим K.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IL-2, TNF и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, IL-2, TNF и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IL-2, IFNg и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, IL-2, IFNg и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IL-2, IFNg и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, IL-2, IFNg и гранзим K.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, IL-2, IFNg и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, IL-2, IFNg и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии TNF, IL-2, IFNg и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует TNF, IL-2, IFNg и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии TNF, IL-2, IFNg и гранзима K в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует TNF, IL-2, IFNg и гранзим K.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии TNF, IL-2, IFNg и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует TNF, IL-2, IFNg и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии TNF, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует TNF, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии CD107a, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует CD107a, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии TNF, CD107a, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует TNF, CD107a, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии TNF, IFNg, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует TNF, IFNg, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии TNF, IL-2, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует TNF, IL-2, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, CD107a, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, CD107a, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg, CD107a, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, CD107a, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg, IL-2, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, IL-2, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, CD107a, TNF, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, CD107a, TNF, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg, CD107a, TNF, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, CD107a, TNF, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, CD107a, TNF, гранзима K и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, CD107a, TNF, гранзим K и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg, CD107a, TNF, гранзима K и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, CD107a, TNF, гранзим K и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, CD107a, TNF, гранзима K и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, CD107a, TNF, гранзим K и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg, CD107a, TNF, гранзима K и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, CD107a, TNF, гранзим K и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, IFNg, TNF, гранзима K и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, IFNg, TNF, гранзим K и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IFNg, CD107a, TNF, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IFNg, CD107a, TNF, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, CD107a, TNF, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, CD107a, TNF, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, IFNg, TNF, гранзима K, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, IFNg, TNF, гранзим K, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, CD107a, TNF, IFNg, гранзима B и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, CD107a, TNF, IFNg, гранзим B и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, CD107a, TNF, IFNg, гранзима K и перфорина в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, CD107a, TNF, IFNg, гранзим K и перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, CD107a, TNF, IFNg, гранзима K и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, CD107a, TNF, IFNg, гранзим K и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает определение уровня экспрессии IL-2, CD107a, TNF, IFNg, гранзима K, перфорина и гранзима B в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует IL-2, CD107a, TNF, IFNg, перфорин, гранзим K и гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих CD107a в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 0,5%, 0,6%, 0,7%, 0,8%, 0,9%, 1,0%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют CD107a.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих IFNg в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 0,5%, 0,6%, 0,7%, 0,8%, 0,9%, 1,0%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют IFNg.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих IL-2 в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 0,5%, 0,6%, 0,7%, 0,8%, 0,9%, 1,0%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют IL-2.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих TNF в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 0,5%, 0,6%, 0,7%, 0,8%, 0,9%, 1,0%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют TNF.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих CD107a в образце, является неприемлемым, если менее, чем 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, 0,4%, 0,3%, 0,2% или 0,1% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют CD107a.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих IFNg в образце, является неприемлемым, если менее, чем 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, 0,4%, 0,3%, 0,2% или 0,1% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют IFNg.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих IL-2 в образце, является неприемлемым, если менее, чем 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, 0,4%, 0,3%, 0,2% или 0,1% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют IL-2.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих TNF в образце, является неприемлемым, если менее, чем 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,9%, 0,8%, 0,7%, 0,6%, 0,5%, 0,4%, 0,3%, 0,2% или 0,1% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют TNF. В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих гранзим B в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24% или 25% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих гранзим К в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют гранзим K.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих перфорин в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14% или 15% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих гранзим B в образце, является неприемлемым, если менее, чем 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24% или 25% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют гранзим B.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих гранзим К в образце, является неприемлемым, если менее, чем 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют гранзим K.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих перфорин в образце, является неприемлемым, если менее, чем 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14% или 15% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют перфорин.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ также включает определение уровня экспрессии CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3 и/или CTLA-4 в образце и отбор образца или индивидуума, если по меньшей мере пороговая часть общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессирует гранзим B, гранзим K, перфорин, CD8, CD4, PD-1, TIM-3, LAG-3 и/или CTLA-4.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, экспрессирующих CD8 в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29% или 30% лимфоцитов в образце экспрессируют CD8.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, экспрессирующих CD4 в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 0,5%, 0,6%, 0,7%, 0,8%, 0,9%, 1,0%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% лимфоцитов в образце экспрессируют CD4.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих PD-1 в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют PD-1.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих TIM-3 в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют TIM-3.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих LAG-3 в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют LAG-3.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих CTLA4 в образце, является приемлемым, если по меньшей мере 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют CTLA-4.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, экспрессирующих CD8 в образце, является неприемлемым, если менее, чем 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29% или 30% общих лимфоцитов в образце экспрессируют CD8.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, экспрессирующих CD4 в образце, является неприемлемым, если менее, чем 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14% 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 21%, 22%, 23%, 24%, 25%, 26%, 27%, 28%, 29% или 30% общих лимфоцитов в образце экспрессируют CD4.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих PD-1 в образце, является неприемлемым, если менее, чем 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют PD-1.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих TIM-3 в образце, является неприемлемым, если менее, чем 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют TIM-3.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих LAG-3 в образце, является неприемлемым, если менее, чем 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют LAG-3.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пороговый уровень общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток, экспрессирующих CTLA-4 в образце, является неприемлемым, если менее, чем 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19% или 20% общих лимфоцитов, T-клеток, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток в образце экспрессируют CTLA-4.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки (например, CD8- и/или CD4-Т-клетки) согласно изобретению экспрессируют Т-клеточный рецептор, который специфически связывается с пептидом, презентированным на MHC (например, на МНС класса I и/или MHC класса II). В некоторых вариантах осуществления изобретения, MHC представляет собой МНС класса I. В некоторых вариантах осуществления изобретения, МНС класса I имеет полипептид α-цепи, который представляет собой HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E, HLA-F, HLA-g, HLA-K или HLA-L. В некоторых вариантах осуществления изобретения, пептидом является пептид, описанный в настоящей заявке. В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки в образце экспрессируют TCR, специфичный к пептиду вируса Эпштейна-Барра (EBV) (например, к пептиду LMP1, пептиду LMP2A или пептиду EBNA1), презентированному на МНС класса I. В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки экспрессируют один или более пептидов EBV или их фрагментов.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, в описанных здесь способах согласно изобретению может быть проведен любой анализ, позволяющий детектировать экспрессию соответствующего биомаркера. В некоторых вариантах осуществления изобретения, биомаркеры детектируют с помощью клеточного сортинга с активацией флуоресценции (FACS). В некоторых вариантах осуществления изобретения, биомаркеры детектируют с помощью ELISpot. В некоторых вариантах осуществления изобретения, биомаркеры детектируют под микроскопом (например, флуоресцентным микроскопом).

Описанные здесь T-клетки могут быть получены и активированы (например, перед их отбором) путем индуцирования пептид-специфической пролиферации T-клеток и/или активации путем инкубирования образца, содержащего T-клетки, с антигенпрезентирующими T-клетками (АПК), что будет приводить к индуцированию пролиферации T-клеток. В некоторых вариантах осуществления изобретения, АПК презентируют описанный здесь пептид (например, пептид, содержащий одну или более последовательностей эпитопов LMP1, LMP2A или EBNA1). В некоторых вариантах осуществления изобретения, АПК представляют собой В-клетки, антигенпрезентирующие T-клетки, дендритные клетки или искусственные антигенпрезентирующие клетки (например, клетки aK562).

Дендритные клетки для использования в этом способе могут быть получены путем взятия мононуклеарных клеток периферической крови (МКПК) из образца, выделенного у пациента, и их адгезии на пластик. Обычно адгезии подвергается популяция моноцитов, а все другие клетки могут быть отмыты. Затем, адгезивную популяцию дифференцируют по IL-4 и GM-CSF для продуцирования дендритных клеток из этих моноцитов. Эти клетки могут быть подвергнуты созреванию путем добавления IL-1β, IL-6, PGE-1 и TNF-α (которые активируют важные костимулирующие молекулы на поверхности дендритных клеток), а затем их трансдуцируют с использованием одного или более пептидов согласно изобретению.

АПК, которые презентируют один или более описанных здесь пептидов, могут быть получены путем контактирования АПК с пептидом, содержащим Т-клеточный эпитоп, и/или нуклеиновой кислотой, кодирующей пептид, содержащий Т-клеточный эпитоп. В некоторых вариантах осуществления изобретения, АПК подвергают облучению. В некоторых вариантах осуществления изобретения, АПК презентируют описанный здесь пептид (например, пептид, содержащий одну или более последовательностей эпитопов LMP1, LMP2A или EBNA1). Клетка, презентирующая описанный здесь пептид, может быть получена стандартными методами, известными специалистам. Так, например, клетка может быть подвергнута импульсной обработке для инициации поглощения пептида. В некоторых вариантах осуществления изобретения, клетки трансфецируют нуклеиновой кислотой, кодирующей пептид согласно изобретению. Настоящее изобретение относится к способам продуцирования антигенпрезентирующих клеток (АПК), включающим импульсную обработку клеток описанными здесь пептидами. Репрезентативные примеры продуцирования антигенпрезентирующих клеток можно найти в заявке WO2013088114, которая во всей своей полноте включена в настоящее описание посредством ссылки.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь способы включают стадии получения, активации и/или индуцирования пролиферации T-клеток (например, CTL, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток), которые распознают один или более описанных здесь эпитопов T-клеток (например, CTL) перед отбором. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образец, содержащий T-клетки (то есть, образец МКПК), инкубируют в культуре с описанными здесь АПК (например, с АПК, которые презентируют пептид, содержащий Т-клеточный эпитоп на комплексе МНС класса I). В некоторых вариантах осуществления изобретения, АПК являются аутологичными для индивидуума, у которого были взяты T-клетки. В некоторых вариантах осуществления изобретения, АПК не являются аутологичными (то есть, они являются аллогенными) для индивидуума, у которого были взяты T-клетки. В некоторых вариантах осуществления изобретения, образец, содержащий T-клетки, инкубируют 2 или более раз с описанными здесь АПК. В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки инкубируют с АПК в присутствии по меньшей мере одного цитокина. В некоторых вариантах осуществления изобретения, цитокинами являются IL-4, IL-7 и/или IL-15. Репрезентативные методы индуцирования пролифераци T-клеток с использованием АПК описаны, например, в публикации заявки на патент США No. 2015/0017723, которая включена в настоящее описание посредством ссылки.

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к способам, включающим введение индивидууму образцов и/или T-клеток (например, CTL, CD8-T-клеток и/или CD4-Т-клеток), выбранных описанным здесь способом, для лечения и/или профилактики заболевания или расстройства (например, рака, инфекционного заболевания и/или аутоиммунного расстройства). В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает введение индивидууму эффективного количества описанных здесь T-клеток. В некоторых вариантах осуществления изобретения, композиция включает комбинацию из множества (например, двух или более) описанных здесь T-клеток согласно изобретению (например, CD4-Т-клеток или CD8-T-клеток, таких как CTL). В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки являются аутологичными для индивидуума. В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки, перед их введением индивидууму, хранят в банке клеток.

Пептиды

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь способы и композиции относятся к пептид-специфическим T-клеткам (например, к CTL, CD8-T-клеткам и/или CD4-Т-клеткам). В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанные способы включают получение таких T-клеток, например, путем инкубирования образца, содержащего T-клетки (то есть, образца МКПК), с антигенпрезентирующими клетками (АПК), которые презентируют один или более описанных здесь Т-клеточных эпитопов (например, АПК, которые презентируют описанный здесь пептид, содержащий эпитоп CTL на комплексе МНС класса I).

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат последовательность любого белка вируса EBV (например, последовательность по меньшей мере из 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20 смежных аминокислот любого белка EBV). В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат не более, чем 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11 или 10 смежных аминокислот вирусного белка EBV.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат последовательность LMP1 (например, последовательность по меньшей мере из 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20 смежных аминокислот LMP1). В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат не более, чем 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11 или 10 смежных аминокислот LMP1. Репрезентативная аминокислотная последовательность LMP1 представлена ниже (SEQ ID NO: 1):

1 mdldlergpp gprrpprgpp lssyialall llllallfwl yiimsnwtgg allvlyafal

61 mlviiiliif ifrrdllcpl galcllllmi tlllialwnl hgqalylgiv lfifgcllvl

121 giwvyfleil wrlgatiwql lafflaffld illliialyl qqnwwtllvd llwlllflai

181 liwmyyhgqr hsdehhhdds lphpqqatdd ssnhsdsnsn egrhhllvsg agdapplcsq

241 nlgapgggpd ngpqdpdntd dngpqdpdnt ddngphdplp qdpdntddng pqdpdntddn

301 gphdplphnp sdsagndggp pnlteevenk ggdrgppsmt dggggdphlp tlllgtsgsg

361 gddddphgpv qlsyyd

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат последовательность LMP2A (например, последовательность по меньшей мере из 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20 смежных аминокислот LMP2A). В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат не более, чем 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11 или 10 смежных аминокислот LMP2A. Репрезентативная аминокислотная последовательность LMP2A представлена ниже (SEQ ID NO: 2):

1 mgslemvpmg agppspggdp dgddggnnsq ypsasgsdgn tptppndeer esneeppppy

61 edldwgngdr hsdyqplgnq dpslylglqh dgndglpppp ysprddssqh iyeeagrgsm

121 npvclpviva pylfwlaaia ascftasvst vvtatglals llllaavass yaaaqrkllt

181 pvtvltavvt ffaicltwri edppfnsllf allaaagglq giyvlvmlvl lilayrrrwr

241 rltvcggimf lacvlvlivd avlqlspllg avtvvsmtll llafvlwlss pgglgtlgaa

301 lltlaaalal laslilgtln lttmfllmll wtlvvllics scsscpltki llarlflyal

361 allllasali aggsilqtnf kslsstefip nlfcmllliv agilfilail tewgsgnrty

421 gpvfmclggl ltmvagavwl tvmtntllsa wiltagflif ligfalfgvi rccryccyyc

481 ltleseerpp tpyrntv

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат последовательность EBNA1 (например, последовательность по меньшей мере из 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20 смежных аминокислот EBNA1). В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат не более, чем 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11 или 10 смежных аминокислот EBNA1. Репрезентативная аминокислотная последовательность EBNA1 представлена ниже (SEQ ID NO: 3):

1 pffhpvgead yfeylqeggp dgepdvppga ieqgpaddpg egpstgprgq gdggrrkkgg

61 wfgkhrgqgg snpkfeniae glrvllarsh vertteegtw vagvfvyggs ktslynlrrg

121 talaipqcrl tplsrlpfgm apgpgpqpgp lresivcyfm vflqthifae vlkdaikdlv

181 mtkpaptcni kvtvcsfddg vdlppwfppm vegaaaegdd gddgdeggdg degeegqe

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пептид содержит последовательность эпитопа, представленную в Таблице 1.

Таблица 1. Репрезентативные эпитопы вирусного белка EBV

Пептидная последовательность HLA-рестрикция SEQ ID No: PYLFWLAAI A*2301/A*2402/03 4 SSCSSCPLSKI A*1101 5 TYGPVFMCL A*2402 6 RRRWRRLTV B*27/02/04/05/06/09 7 LLSAWILTA A*0203 8 LTAGFLIFL A*0206 9 CLGGLLTMV A*0201 10 VMSNTLLSAW A*25/A*26 11 MSNTLLSAW B*58 12 IEDPPFNSL B*4001 13 YLLEMLWRL A*02 14 YLQQNWWTL A*02 15 ALLVLYSFA A*02 16 IALYLQQNW B*57/B*58 17 FLYALALLL A*0201 18 WTLVVLLI A*24 19 CPLSKILL B*0801 20 HPVGEADYFEY B*35 21 RPQKRPSCI B*0702 22 IPQCRLTPL B*0702 23 LSRLPFGMA B*5701 24 YNLRRGTAL B*0801 25 VLKDAIKDL A*0203 26 FVYGGSKTSL C*0303/C*0304 27 FVYGGSKTSLY A*26 28 HPVGEADYF B*53 29 LQTHIFAEV A*0206 30 FMVFLQTHI A*0201 31

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат два или более Т-клеточных эпитопов (например, вирусных эпитопов). В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20 Т-клеточных эпитопов. Так, например, в некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат два или более Т-клеточных эпитопов, соединенных линкерами (например, полипептидными линкерами).

В некоторых вариантах осуществления изобретения, последовательность пептидов содержит последовательность вирусного белка, в которую были введены 1 или более (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более) консервативных модификаций. Используемый здесь термин «консервативные модификации последовательности» означает аминокислотные модификации, которые не оказывают значительного влияния на взаимодействие между Т-клеточным рецептором (TCR) и пептидом, содержащим аминокислотную последовательность, презентированную на MHC, или не изменяют такого взаимодействия. Такими консервативными модификациями являются аминокислотные замены, добавления (например, добавления аминокислот к N- или С-концу пептида) и делеции (например, делеции аминокислот у N- или С-конца пептида). Консервативными аминокислотными заменами являются замены, при которых аминокислотный остаток заменяют аминокислотным остатком, имеющим аналогичную боковую цепь. Семейства аминокислотных остатков, имеющих аналогичные боковые цепи, определены в литературе. Такие семейства включают аминокислоты с основными боковыми цепями (например, лизин, аргинин, гистидин), с кислотными боковыми цепями (например, аспарагиновую кислоту, глутаминовую кислоту), незаряженными полярными боковыми цепями (например, глицин, аспарагин, глутамин, серин, треонин, тирозин, цистеин, триптофан), с неполярными боковыми цепями (например, аланин, валин, лейцин, изолейцин, пролин, фенилаланин, метионин), с бета-разветвленными боковыми цепями (например, треонин, валин, изолейцин) и с ароматическими боковыми цепями (например, тирозин, фенилаланин, триптофан, гистидин). Таким образом, один или более аминокислотных остатков описанных здесь пептидов могут быть заменены другими аминокислотными остатками, принадлежащими к семейству аминокислот с одинаковыми боковыми цепями, и такой модифицированный пептид может быть протестирован на сохранение уровня связывания с TCR методами, известными специалистам. Модификации могут быть введены в антитело стандартными методами, известными специалистам, такими как сайт-направленный мутагенез и ПЦР-опосредованный мутагенез.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь пептиды содержат последовательность, которая по меньшей мере на 80%, 85%, 90%, 95% или 100% идентична последовательности белка (например, последовательности фрагмента вирусного белка). Для определения процента идентичности двух аминокислотных последовательностей, эти последовательности выравнивают для их оптимального сравнения (например, пробелы могут быть введены в одну первую и вторую аминокислотную последовательность или в обе эти последовательности для оптимального сопоставления, и неидентичные последовательности можно не принимать во внимание при сравнении). Затем сравнивают аминокислотные остатки в соответствующих аминокислотных положениях. Если положения в первой последовательности занято таким же аминокислотным остатком, как и в соответствующем положении во второй последовательности, то это означает, что молекулы являются идентичными в этом положении. Процент идентичности двух последовательностей зависит от числа идентичных положений в этих последовательностях с учетом числа пробелов и длины каждого пробела, которые должны быть введены для оптимального выравнивания двух последовательностей.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, пептидом является химерный или гибридный пептид. Используемый здесь термин «химерный пептид» или «гибридный пептид» включает пептид, имеющий описанную здесь последовательность, связанную с другим пептидом, имеющим последовательность, не связанную с ним в природе. Так, например, отдельный пептид может быть присоединен к N-концу или С-концу описанного здесь пептида либо непосредственно, либо посредством пептидной связи, либо посредством химического линкера. В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанный здесь пептид присоединяют к другому пептиду, содержащему различные эпитопы. В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанный здесь пептид присоединен к пептидам, содержащим эпитопы, специфичные для других вирусных и/или инфекционных заболеваний.

Описанный здесь химерный пептид или гибридный пептид может быть получен стандартными методами рекомбинантных ДНК. Так, например, фрагменты ДНК, кодирующие различные пептидные последовательности, лигируют стандартныами методами с сохранением рамки считывания, например, посредством затупленных концов или ступенчатых концов для лигирования, посредством гидролиза рестриктирующими ферментами для получения соответствующих концов, посредством достраивания липких концов, если это необходимо, а также обработки щелочной фосфатазой для предотвращения нежелательного связывания, и ферментативного лигирования. В другом варианте осуществления изобретения, гибридный ген может быть синтезирован стандартными методами, включая методы с использованием автоматизированных синтезаторов ДНК. Альтернативно, ПЦР-амплификация генных фрагментов может быть осуществлена с использованием якорных праймеров, создающих комплементарные выступающие концы между двумя смежными генными фрагментами, которые могут быть затем подвергнуты отжигу и повторной амплификации с получением химерной генной последовательности (см., например, Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel et al., eds., John Wiley & Sons: 1992). Кроме того, многие экспрессионные векторы, которые уже кодируют гибридную молекулу, являются коммерчески доступными.

Описанные здесь пептиды могут быть выделены из источников клеток или тканей по соответствующей схеме очистки стандартными методами очистки белков, и могут быть получены методами рекомбинантных ДНК и/или могут быть химически синтезированы стандартными методами пептидного синтеза. Описанные здесь пептиды могут быть продуцированы в прокариотических или эукариотических клетках-хозяевах посредством экспрессии нуклеотидов, кодирующих пептид(ы) согласно изобретению. Альтернативно, такие пептиды могут быть синтезированы химическими методами. Методы экспрессии гетерологичных пептидов в рекомбинантных хозяевах, химического синтеза пептидов и трансляции in vitro хорошо известны специалистам, а также описаны в руководствах Maniatis et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (1989), 2nd Ed., Cold Spring Harbor, N. Y.; Berger и Kimmel, Methods in Enzymology, Volume 152, Guide to Molecular Cloning Techniques (1987), Academic Press, Inc., San Diego, Calif.; Merrifield, J. (1969) J. Am. Chem. Soc. 91:501; Chaiken I. M. (1981) CRC Crit. Rev. Biochem. 11:255; Kaiser et al. (1989) Science 243:187; Merrifield, B. (1986) Science 232:342; Kent, S. B. H. (1988) Annu. Rev. Biochem. 57:957; и Offord, R. E. (1980) Semisynthetic Proteins, Wiley Publishing, которые вводятся в настоящее описание посредством ссылки.

В некоторых своих аспектах, настоящее изобретение относится к молекулам нуклеиновой кислоты, кодирующим описанные здесь пептиды. В некоторых вариантах осуществления изобретения, молекулой нуклеиновой кислоты является вектор. В некоторых вариантах осуществления изобретения, нуклеиновой кислоты является вирусный вектор, такой как аденовирусный экспрессионный вектор, который содержит описанные здесь молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанный здесь вектор кодирует множество описанных здесь эпитопов (например, в качестве полиэпитопа). В некоторых вариантах осуществления изобретения, вектор кодирует по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20 описанных здесь эпитопов (например, эпитопов, представленных в Таблице 1).

В некоторых вариантах осуществления изобретения, вектором является AdE1-LMPpoly. Вектор AdE1-LMPpoly кодирует полиэпитоп из эпитопов определенных CTL, происходящих от LMP1 и LMP2 и присоединенных к последовательности EBNA1, не содержащей повтора Gly-Ala. Вектор AdE1-LMPpoly описан, например, в публикациях Smith et al., Cancer Research 72:1116 (2012); Duraiswamy et al., Cancer Research 64:1483-9 (2004); и Smith et al., J. Immunol 117:4897-906, каждая из которых вводится в настоящее описание посредством ссылки.

Используемый здесь термин «вектор» означает молекулу нуклеиновой кислоты, способную переносить другую нуклеиновую кислоту, с которой она связана. Одним из типов вектора является «плазмида», представляющая собой кольцевую двухцепочечную ДНК-петлю, в которую могут быть лигированы дополнительные сегменты ДНК. Другим типом вектора является вирусный вектор, где дополнительные сегменты ДНК могут быть лигированы в вирусный геном. Некоторые векторы способны автономно реплицироваться в клетке-хозяине, в которую их вводят (например, бактериальные векторы, имеющие бактериальный ориджин репликации, и эписомные векторы млекопитающих). Другие векторы (например, не-эписомные векторы млекопитающих) могут быть интегрированы в геном клетки-хозяина после их введения в клетку-хозяина, где они могут реплицироваться вместе с геномом хозяина. Кроме того, некоторые векторы могут регулировать экспрессию генов. Такие векторы называются здесь «рекомбинантными экспрессионными векторами» (или просто «экспрессионными векторами»). В некоторых своих вариантах, настоящее изобретение относится к нуклеиновым кислотам, функционально присоединенным к одной или более регуляторным последовательностям (например, к промотору) в экспрессионном векторе. В некоторых вариантах осуществления изобретения, в клетке транскрибируется описанная здесь нуклеиновая кислота, что приводит к экспрессии описанного здесь пептида. Молекула нуклеиновой кислоты может быть интегрирована в геном клетки, либо она может находиться за пределами хромосомы.

В некоторых своих вариантах, настоящее изобретение относится к клеткам, которые содержат описанную здесь нуклеиновую кислоту (например, нуклеиновую кислоту, кодирующую описанный здесь пептид). Клеткой может быть, например, прокариотическая клетка, эукариотическая клетка, клетка млекопитающих, птиц, мышей и/или человека. В некоторых вариантах осуществления изобретения, клеткой является клетка млекопитающего. В некоторых вариантах осуществления изобретения, клеткой является АПК (например, антигенпрезентирующая T-клетка, дендритная клетка, В-клетка или клетка aK562). В способах согласно изобретению описанная здесь нуклеиновая кислота может быть введена в клетку в виде нуклеиновой кислоты без носителя для доставки в комбинации с реагентом для доставки. В некоторых вариантах осуществления изобретения, в способах согласно изобретению может быть применен любой метод доставки нуклеиновой кислоты, известный специалистам. Подходящими реагентами для доставки являются, но не ограничиваются ими, например, липофильный реагент TKO Mirus Transit; липофектин; липофектамин; целлфектин; поликатионы (например, полилизин), ателоколлаген, наноплексы и липосомы. В некоторые вариантах описанных здесь способов, липосомы используют для доставки нуклеиновой кислоты в клетку или индивидууму. Липосомы, подходящие для их использования в описанных здесь способах, могут быть получены из стандартных липидов, образующих везикулы, которые обычно включают нейтральные или отрицательно заряженные фосфолипиды и стерол, такой как холестерин. Выбор липидов обычно зависит от таких факторов, как нужный размер липосомы и время полужизни липосом в кровотоке. Существуют различные методы получения липосом, и эти методы, например, описаны в публикации Szoka et al. (1980), Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 9:467; и в патентах США NN. 4235871, 4501728, 4837028 и 5019369, полное описание которых включено в настоящее описание посредством ссылки.

Терапевтические методы

В некоторых своих вариантах, настоящее изобретение относится к способам лечения рака, инфекции или аутоиммунного расстройства у индивидуума путем введения этому индивидууму образца, выбранного в соответствии с описанным здесь способом и/или пептид-специфических T-клеток, выделенных из образца, выбранного в соответствии с описанным здесь способом.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь способы могут быть применены для лечения любого заболевания или расстройства (например, рака). Примерами являются описанные здесь некоторые варианты, методы и T-клетки (например, CTL, CD8-T-клетки и/или CD4-Т-клетки), которые могут быть использованы для лечения любой раковой или предраковой опухоли. В некоторых вариантах осуществления изобретения, рак включает солидную опухоль. Раковыми клетками, которые могут быть удалены с применением описанных здесь способов и композиций, являются, но не ограничиваются ими, раковые клетки мочевого пузыря, крови, кости, костного мозга, головного мозга, молочной железы, толстой кишки, пищевода, желудочно-кишечного тракта, десны, головы, почек, печени, легких, носоглотки, шеи, яичника, предстательной железы, кожи, желудка, яичек, языка или матки. Кроме того, рак может быть, в частности, отнесен к нижеследующим гистологическим типам, которыми являются, но не ограничиваются ими, злокачественные новообразования; карцинома; недифференцированная карцинома; гигантоклеточная карцинома и карцинома веретенообразных клеток; мелкоклеточная карцинома; папиллярная карцинома; плоскоклеточная карцинома; лимфоэпителиальная карцинома; базальноклеточная карцинома; карцинома пиломатрикса; карцинома переходных клеток; папиллярная карцинома переходных клеток; аденокарцинома; злокачественная гастринома; холангиокарцинома; гепатоцеллюлярная карцинома; комбинированная гепатоцеллюлярная карцинома и холангиокарцинома; трабекулярная аденокарцинома; аденоидно-кистозная карцинома; аденокарцинома в аденоматозном полипе; аденокарцинома; наследственный полипоз толстой кишки; солидная карцинома; злокачественная карциноидная опухоль; бранхиоло-альвеолярная аденокарцинома; папиллярная аденокарцинома; хромофобная карцинома; ацидофильная карцинома; оксифильная аденокарцинома; базофильная карцинома; аденокарцинома прозрачных клеток; карцинома гранулярных клеток; фолликулярная аденокарцинома; папиллярная и фолликулярная аденокарциномы; неинкапсулирующая склерозирующая карцинома; карцинома коры надпочечников; эндометриоидная карцинома; карцинома кожных придатков; апокринная аденокарцинома; аденокарцинома сальных желез; церуминома; мукоэпидермоидная карцинома; цистаденокарцинома; папиллярная цистаденокарцинома; папиллярная серозная цистаденокарцинома; цистаденокарцинома слизистой; аденокарцинома слизистой; карцинома клеток сигнетового кольца; карцинома инфильтрирующих протоков; медуллярная карцинома; очаговая карцинома; воспалительная карцинома; заболевание молочной железы Педжета; карцинома железистых клеток; железисто-плоскоклеточная карцинома; аденокарцинома с плоскоклеточной метаплазией; злокачественная тимома; злокачественная опухоль стромы яичников; злокачественная текома; злокачественная опухоль гранулезных клеток; и злокачественная робластома; карцинома клеток Сертоли; злокачественная опухоль клеток Лейдига; злокачественная опухоль жировых клеток; злокачественная параганглиома; злокачественная параганглиома области, не относящейся к молочной железе; феохромоцитома; гломангиосаркома; злокачественная меланома; беспигментная меланома; поверхностная распространяющаяся меланома; злокачественная меланома гигантского пигментного невуса; меланома эпителиоидных клеток; злокачественный голубой невус; саркома; фибросаркома; злокачественная фиброзная гистиоцитома; миксосаркома, липосаркома; лейомиосаркома; рабдомиосаркома; эмбриональная рабдомиосаркома; альвеолярная рабдомиосаркома; стромальная саркома; злокачественная смешанная опухоль; смешанная опухоль мюллеровских протоков; нефробластома; гепатобластома; карциносаркома; злокачественная мезенхимома; злокачественная опухоль Бреннера; злокачественная опухоль филлодийных клеток; синовиальная саркома; злокачественная мезотелиома; дисгерминома; эмбриональная карцинома; злокачественная тератома; злокачественная струма яичника; хориокарцинома; злокачественная мезонефрома; гемангиосаркома; злокачественная гемангиоэндотелиома; саркома Капоши; злокачественная гемангиоперицитома; лимфангиосаркома; остеосаркома; юкстакортикальная остеосаркома; хондросаркома; злокачественная хондробластома; мезенхимальная хондросаркома; гигантоклеточная опухоль кости; саркома Юинга; злокачественная одонтогенная опухоль; амелобластная одонтосаркома; злокачественная амелобластома; амелобластная фибросаркома; злокачественная пинеалома; хордома; злокачественная глиома; эпендимома; астроцитома; астроцитома протоплазмы; фибриллярная астроцитома; астробластома; глиобластома; олигодендроглиома; олигодендробластома; первичная нейроэктодермальная опухоль; саркома мозжечка; ганглионейробластома; нейробластома; ретинобластома; нейрогенная опухоль обонятельных органов; злокачественная менингиома; нейрофибросаркома; злокачественная нейролеммома; злокачественная опухоль гранулезных клеток; злокачественная лимфома; болезнь Ходжкина; лимфома Ходжкина; парагранулема; мелкоклеточная лимфоцитарная злокачественная лимфома; диффузная крупноклеточная злокачественная лимфома; фолликулярная злокачественная лимфома; грибовидный микоз; другие специфические неходжкинские лимфомы; злокачественный гистиоцитоз; множественная миелома; саркома тучных клеток; иммунопролиферативное заболевание тонкого кишечника; лейкоз; лимфолейкоз; лейкоз клеток плазмы; эритролейкоз; лимфосаркома; клеточный лейкоз; миелоидный лейкоз; базофильный лейкоз; эозинофильный лейкоз; моноцитарный лейкоз; лейкоз тучных клеток; мегакариобластный лейкоз; миелоидная саркома; и ретикулоэндотелиоз.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь способы применяются для лечения EBV-ассоциированного рака. В некоторых вариантах осуществления изобретения, EBV-ассоциированным раком является EBV-ассоциированная карцинома носоглотки, лимфопролиферативное расстройство после трансплантации (ЛРПТ), лимфома NK/T-клеток, EBV+рак желудка или EBV+лейомиосаркома. В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидуум имеет ЛРПТ и расстройство, ассоциированное с иммунодефицитом (например, ВИЧ/СПИД или расстройство, ассоциированное с X-сцепленным ингибитором апоптоза (XIAP)). В некоторых вариантах осуществления изобретения, у индивидуума наблюдается ремиссия. В некоторых вариантах осуществления изобретения, у индивидуума не было обнаружено радиографически или молекулярно детектируемого заболевания, но у него сохраняется высокий риск рецидива.

В некоторых своих вариантах, настоящее изобретение относится к способам лечения аутоиммунного заболевания с использованием описанных здесь Т-клеток (например, CD4-Т-клеток или CD8-T-клеток, таких как CTL). Примерами аутоиммунных заболеваний являются гломерулонефрит, артрит, заболевание, напоминающее застойную кардиомиопатию, язвенный колит, синдром Сьегрена, болезнь Крона, системная красная волчанка, хронический ревматоидный артрит, рассеянный склероз, псориаз, аллергический контактный дерматит, полимиозит, пахидермия, нодозный периартериит, ревматическая лихорадка, вульгарное витилиго, болезнь Бехчета, болезнь Хашимото, болезнь Аддисона, дерматомиозит, тяжелая миастения, синдром Рейтера, болезнь Грейвса, пернициозная анемия, болезнь стерильности, пузырчатка, аутоиммунная тромбопеническая пурпура, аутоиммунная гемолитическая анемия, острый и хронический гепатит, болезнь Аддисона, антифосфолипидный синдром, атопическая аллергия, аутоиммунный атрофический гастрит, аутоиммунная ахлоргидрия, глютеновая болезнь, синдром Кушинга, дерматомиозит, дисковидная красная волчанка, синдром Гудпасчера, тиреоидит Хашимото, идиопатическая атрофия надпочечников, идиопатическая тромбоцитопения, инсулинзависимый диабет, синдром Ламберта-Итона, волчаночный гепатит, лимфопения, смешанное заболевание соединительной ткани, пузырчатка, вульгарная пузырчатка, пернициозная анемия, факогенный увеит, нодозный полиартериит, полигландулярные аутосиндромы, первичный билиарный цирроз, первичный склерозирующий холангит, синдром Рейно, рецидивирующий полихондрит, синдром Шмидта, ограниченная склеродермия (или синдром CREST), симпатическая офтальмия, системная красная волчанка, артериит Такаясу, височный артериит, тиреотоксикоз, инсулинорезистентность типа B, язвенный колит и гранулематоз Вегенера.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь методы могут быть применены для лечения РС. В некоторых вариантах осуществления изобретения, РС представляет собой рецидивирующий-ремиттирующий РС, вторичный прогрессирующий РС, первичный прогрессирующий РС или постоянно рецидивирующий РС.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь способы применяются для лечения САЗ. Так, например, в некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь способы применяются для лечения ревматоидного артрита, системной красной волчанки и/или синдрома Сьегрена.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь способы применяются для лечения ВЗК. Так, например, в некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь способы применяются для лечения болезни Крона (регионального заболевания кишечника, например, в не-острой и острой формах) и/или язвенного колита (например, в не-острой и острой формах). В некоторых вариантах осуществления изобретения, описанные здесь способы применяются для лечения синдрома раздраженного кишечника; микроскопического колита; лимфоцитарно-плазмоцитарного энтерита; глютеновой болезни; коллагенозного колита; лимфоцитарного колита; эозинофильного энтероколита; колита неясной этиологии; инфекционного колита (колита, вызываемого вирусами, бактериями или простейшими, например, колита, вызываемого амебами) (например, колита, вызываемого Clostridium dificile); псевдомембранозного колита (некрозирующего колита); ишемического воспалительного заболевания кишечника; болезни Бехчета; саркоидоза; склеродермии; дисплазии, ассоциированной с ВЗК; опухолей или поражений, ассоциированных с дисплазией; и/или первичного склерозирующего холангита.

Уровни фактических доз активных ингредиентов в фармацевтических композициях согласно изобретению могут варьироваться в зависимости от количества активного ингредиента, необходимого для эффективного достижения желаемого терапевтического ответа у конкретного пациента, от композиции и способа введения, без какого-либо токсического воздействия на пациента.

Уровень выбранной дозы зависит от ряда факторов, включая активность конкретно используемого агента; способ введения; время введения; скорость экскреции или метаболизма конкретно используемого соединения; продолжительность лечения; наличие других лекарственных средств, соединений и/или веществ, используемых в комбинации с конкретным соединением; возраст, пол, масса, состояние, общее состояние здоровья пациента и наличие в анамнезе пациента заболевания, подвергаемого лечению, и другие факторы, хорошо известные специалистам-медикам.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, индивидууму вводят вирус (например, EBV или CMV), так, чтобы вирусные частицы могли детектироваться в крови индивидуума. В некоторых вариантах осуществления изобретения, способ также включает измерение уровня вирусной нагрузки у индивидуума (например, до или после введения пептид-специфических T-клеток (например, CD4-Т-клеток или CD8-T-клеток, таких как CTL) индивидууму). Определение вирусной нагрузки у индивидуума может служить хорошим прогностическим показателем эффективности иммунотерапии. В некоторых вариантах осуществления изобретения, отбор T-клеток (например, CD4-Т-клеток или CD8-T-клеток, таких как CTL) также включает определение числа вирусных копий ДНК у индивидуума (например, в образце ткани или в пробе крови). В некоторых вариантах осуществления изобретения, вирусную нагрузку определяют два или более раз.

В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает отбор аллогенных T-клеток (например, CD4-Т-клеток или CD8-T-клеток, таких как CTL) из банка клеток (например, предварительно полученного банка эпитоп-специфических CTL третьей партии, взятых у донора) для адоптивной иммунотерапии путем определения уровня экспрессии биомаркера в популяции CTL. В некоторых вариантах осуществления изобретения определяют уровень экспрессии двух или более биомаркеров. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ также включает отбор аллогенных T-клеток (например, CD4-Т-клеток или CD8-T-клеток, таких как CTL), поскольку они экспрессируют TCR, рестриктированные по MHC класса I, которые кодируются аллелем HLA, присутствующим у индивидуума. В некоторых вариантах осуществления изобретения, T-клетки (например, CD4-Т-клетки или CD8-T-клетки, такие как CTL) отбирают, если в T-клетках (например, в CD4-Т-клетках или CD8-T-клетках, таких как CTL) и у индивидуума имеются общие по меньшей мере 2 (например, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6) аллелей HLA, а CTL рестриктированы по общим аллелям HLA. В некоторых вариантах осуществления изобретения, указанный способ включает оценку TCR-репертуара предварительно полученных эпитоп-специфических T-клеток третьей партии, взятых у донора (то есть, аллогенных T-клеток) с помощью проточной цитометрии. В некоторых вариантах осуществления изобретения, эпитоп-специфические T-клетки детектируют с помощью анализа на тетрамеры, ELISA-анализа, вестерн-блот-анализа, анализа с помощью флуоресцентной микроскопии, анализа методом деградации по Эдману и/или масс-спетрометрического анализа (например, секвенирования белка). В некоторых вариантах осуществления изобретения, TCR-репертуар анализируют с использованием нуклеинокислотного зонда, путем анализа на амплификацию нуклеиновой кислоты и/или секвенирующего анализа.

Примеры

Пример 1

Пятьдесят два пациента с карциномой носоглотки (КНГ) были включены в программу исследования по LMP1&2- и EBNA1-специфической CTL-иммунотерапии для лечения EBV-ассоциированной КНГ, и в эту программу был включен 41 пациент с активным прогрессирующим заболеванием после паллиативной химиотерапии (с активным рецидивирующим/метастазирующим заболеванием или ОРМЗ) и 11 пациентов с минимальным остаточным заболеванием или без этого заболевания (N/MRD) после стандартной лучевой терапии/химиотерапии.

Двадцати пациентам с активным заболеванием и 9 пациентам с N/MRD вводили минимум 2 дозы (в пределах 2-8 доз) и в среднем, всего 1,1×10⁸ клеток (в пределах: 5,7×10⁷-2,4×10⁸). Клинические показатели для пациентов, которым проводили адоптивную Т-клеточную терапию, представлены в таблицах 1 и 2. Из оставшихся 23 пациентов, 1 пациент умер после введения одной дозы, 5 пациентам назначали T-клеточную терапию, но не проводили из-за болезни, 12 пациентов не удовлетворяли критериям включения в группу испытаний из-за низкой специфичности или низкого клеточного выхода, а 5 пациентов выбыли из испытаний до начала T-клеточной терапии.

Для продуцирования LMP/EBNA1-специфических T-клеток было взято 100-300 мл периферической крови, которая была использована для получения мононуклеарных клеток периферической крови (МКПК). Затем, вектор AdEl-LMPpoly был использован для инфицирования 30% МКПК (MOI=10:1), которые затем облучали и совместно культивировали с оставшимися МКПК в течение двух недель. В культуры через каждые 3-4 дня добавляли свежую среду для роста и 120 МЕ/мл рекомбинантного IL-2 (Komtur Pharmaceuticals, Frieburg, Germany). Культивированные T-клетки тестировали на антигенную специфичность с помощью анализа на присутствие внутриклеточного цитокина и на микробное заражение перед вливанием.

Для характеризации T-клеток, вводимых индивидуумам, определяли полихроматический профиль этих клеток. Тетрамеры МНС получали в лаборатории. T-клетки инкубировали в течение 20 минут при 4°C с АПК-меченными тетрамерами МНС класса I, специфичными к HLA A11-рестриктированному эпитопу SSCSSCPLSKI (LMP2A), к HLA A24-рестриктированному эпитопу TYGPVFMCL (LMP2A) и к HLA Cw03-рестриктированному эпитопу FVYGGSKTSL (EBNA1). Для оценки поверхностного фенотипа, клетки инкубировали в течение еще 30 минут со следующими антителами: с V500-конъюгированным анти-CD8 антителом, с PECy7-конъюгированным анти-CD4 антителом и с AF700-конъюгированным анти-CD3 антителом; или с V500-конъюгированным анти-CD8 антителом, с AF700-конъюгированным анти-CD4 антителом, с PECy7-конъюгированным анти-CD56 антителом, с eFluor 450-конъюгированным анти-CD4 антителом и анти-CD14 антителом; или с V500-конъюгированным анти-CD8 антителом, с PECy7-конъюгированным анти-CD4 антителом, с биотин-конъюгированным анти-CD57 антителом, а затем с анти-CD27 антителом, конъюгированным со стрептавидином, каскадным желтым и ФЭ; с perCPCy5.5--конъюгированным анти-CD28 антителом, ФИТЦ-конъюгированным анти- CD45RA антителом и с AF700-конъюгированным анти-CCR7 антителом; или с V500-конъюгированным анти-CD8 антителом, с PECy7-конъюгированным анти-CD4 антителом, с ФЭ-конъюгированным анти- TIM3 антителом, с ФИТЦ-конъюгированным анти-LAG3 антителом и с BV786-конъюгированным анти-PD-1 антителом. Для внутриклеточного анализа, клетки обрабатывали буфером для фиксации/проницаемости BD TF, а затем окрашивали в присутствии Perm/Wash следующими антителами: BV421-конъюгированным антителом против перфорина, AF700-конъюгированным антителом против гранзима B и ФИТЦ-конъюгированным антителом против гранзима K или BV421- конъюгированным анти-CTLA-4 антителом. Клетки получали с использованием BD LSR Fortessa с помощью компьютерной программы FACSDiva (BD Biosciences) и после их получения проводили анализ с использованием программы FlowJo (TreeStar). Как показано на Фигуре 1, T-клетки, размноженные в El-LMPpoly, были функционально компетентными.

Как показано на Фигуре 1, уровень экспрессии GzmB, GzmK, Prf, PD-1, TIM-3, LAG-3 и/или CTLA4 может быть определен в T-клетках до их использования в адоптивной иммунотерапии.

Пациентов с ОРМЗ разделяли на две группы: группу пациентов со стабильным заболеванием (обозначаемым СЗ) и группу пациентов с прогрессирующим заболеванием (обозначаемым ПЗ) после CTL-иммунотерапии. Кружками указаны отдельные пациенты. Как видно на Фигуре 2, у пациентов с ОРМЗ, которым вводили CTL-композиции с более высоким процентом CD8⁺-T-клеток и/или с большшим числом LMP/EBNA-1-специфических T-клеток, повышалась вероятность стабилизации заболевания. Аналогичным образом, как показано на Фигуре 3, у пациентов с ОРМЗ, которым вводили CTL-композиции с более высоким уровнем экспрессии GzmB, GzmK, Prf, PD-1, TIM-3, LAG-3 и/или CTLA4, также повышалась вероятность стабилизации заболевания.

Пример 2

Для лечения пациентов с прогрессирующим РС была проведена Т-клеточная терапия с использованием аутологичных EBV-специфических T-клеток. Каждому пациенту вводили его собственные T-клетки, стимулированные ex vivo, для усиления реактивности с EBNA1, LMP1 и LMP2A и для мониторинга клинических ответов. После стимуляции ex vivo и перед введением, образцы T-клеток оценивали на экспрессию CD107a, интерферона-гамма (IFNg), интерлейкина 2 (IL-2), фактора некроза опухоли (TNF), гранзима B (GzmB), гранзима K (GzmK) и перфорина (Prf) с помощью FACS. Затем, два раза в неделю вводили четыре возрастающих дозы путем вливания. Результаты лечения были оценены по следующим параметрам, таким как показатели жизненно важных функций; изменения нейрологических симптомов; оценка неврологических функций, включая EDSS; оценка когнитивной функции; оценка на усталость; скрининг на депрессию; оценка качества жизни (QOL); анализ крови; МРТ головного и спинного мозга с использованием гадолиниевого контрастного красителя; и анализ цереброспинальной жидкости (CSF) на интратекальное продуцирование IgG.

Как показано на Фигуре 4, у респондентов, по сравнению с не-респондентами, наблюдалась тенденция к увеличению процентов CD8-T-клеток, экспрессирующих GzmB, GzmK и Prf. Дополнительные данные, указывающие на фенотипическую характеризацию T-клеток, после их адоптивного переноса, представлены в Таблице 2.

Таблица 2: Процент общих лимфоцитов, которые экспрессируют CD107a, IFNg, IL-2 и TNF (ND=данные не приводятся)

Пациент Респондент CD107a IFNg IL-2 TNF 1 Да 0,0% 0,0% 0,0% 0,0% 2 Нет 0,1% 0,1% 0,0% 0,0% 3 Да 8,9% 8,5% 5,1% 9,5% 4 Да 2,5% 2,3% 1,4% 2,4% 5 Да 26,4% 23,1% 13,7% 24,3% 6 Нет 0,1% 0,1% 0,0% 0,1% 7 ND 0,0% 0,0% ND 0,0% 8 ND 0,0% 0,0% ND 0,0% 9 ND 14,3% 13,2% ND 12,7%

Процент LMP/EBNA1-специфических T-клеток в образцах, определенный исходя из ответа пациента и уровня экспрессии комбинаций CD107(a), IFNg, IL-2 и TNF, указан на Фигуре 5 и Фигуре 9. Как можно видеть на этих фигурах, положительный ответ пациента в высокой степени коррелирует с экспрессией всех четырех генов в LMP/EBNA1-специфических T-клетках. Следует отметить, что ответ пациента коррелирует с EBV-реактивностью введенных T-клеток, как было определено по уровню экспрессии CD107a, IFNg, IL-2 и TNF (Фигуры 6-8). Дополнительные данные, указывающие на фенотипическую характеризацию T-клеток, после их адоптивного переноса, представлены в Таблице 3.

Таблица 3: Процент CD8-T-клеток, которые экспрессируют CD107a, IFNg, IL-2 и TNF (ND=данные не приводятся)

Пациент Респондент CD107a IFNg IL-2 TNF 1 Да 0,0% 0,0% 0,0% 0,0% 2 Нет 0,8% 0,7% 0,2% 0,4% 3 Да 23,2% 22,3% 12,0% 23,8% 4 Да 13,3% 14,2% 8,6% 14,6% 5 Да 51,7% 45,5% 27,0% 47,8% 6 Нет 0,4% 0,3% 0,2% 0,4% 7 ND 0,0% 0,0% ND 0,1% 8 ND 0,1% 0,1% ND 0,0% 9 ND 32,4% 29,8% ND 28,8%

Все публикации, патенты, патентные заявки и упомянутые здесь регистрационные номера последовательностей во всей своей полноте вводятся в настоящее описание посредством ссылки, как если бы каждая отдельная публикация, патент или патентная заявка были конкретно и отдельно введены в настоящее описание посредством ссылки. В случае разночтений следует отдать предпочтение описанию, представленному в настоящей заявке, включая любые имеющиеся в ней определения.

Для специалиста в данной области будут очевидны многие эквиваленты конкретных вариантов осуществления описанного здесь изобретения, либо эти эквиваленты могут определены путем не более, чем рутинного экспериментирования. Такие эквиваленты входят в объем прилагаемой формулы изобретения.

Группа изобретений относится к области медицины и фармацевтики и может быть использована для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза. Раскрыты способы отбора образца, содержащего T-клетки, для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза и для включения в банк клеток для указанной терапии, где указанные способы включают определение экспрессии одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF общими лимфоцитами или CD8⁺ лимфоцитами в образце. Также группа изобретений относится к банку клеток для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза (варианты), полученному с помощью указанных способов отбора образца, и способам отбора образца, содержащего T-клетки, для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза для размножения ex vivo. Группа изобретений обеспечивает повышение эффективности терапии рассеянного склероза. 14 н. и 74 з.п. ф-лы, 9 ил., 3 табл., 2 пр.

1. Способ отбора образца, содержащего T-клетки, для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, где указанный способ включает определение экспрессии одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF общими лимфоцитами в образце и отбор образца для адоптивной иммунотерапии, если по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце экспрессирует один или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF, где

(a) по меньшей мере 2,5% общих лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a,

(b) по меньшей мере 2,3% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg,

(c) по меньшей мере 1,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2, и

(d) по меньшей мере 2,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

2. Способ отбора образца, содержащего T-клетки, для включения в банк клеток для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, где указанный способ включает определение экспрессии одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF общими лимфоцитами в образце и отбор образца для включения в банк клеток, если по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце экспрессирует один или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF, где

(a) по меньшей мере 2,5% общих лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a,

(b) по меньшей мере 2,3% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg,

(c) по меньшей мере 1,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2, и

(d) по меньшей мере 2,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

3. Способ отбора, для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, образца, содержащего T-клетки, из библиотеки образцов, содержащих T-клетки, где указанный способ включает скрининг библиотеки образцов на экспрессию одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF общими лимфоцитами в образцах и отбор образца из библиотеки образцов для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, где по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце экспрессирует один или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF, где

(a) по меньшей мере 2,5% общих лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a,

(b) по меньшей мере 2,3% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg,

(c) по меньшей мере 1,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2, и

(d) по меньшей мере 2,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

4. Способ отбора, для включения в банк клеток для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, образцов, содержащих T-клетки, из библиотеки образцов, где указанный способ включает скрининг библиотеки образцов на экспрессию одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF общими лимфоцитами в образцах и отбор образцов для их включения в банк клеток, где по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце экспрессирует один или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF, где

(a) по меньшей мере 2,5% общих лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a,

(b) по меньшей мере 2,3% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg,

(c) по меньшей мере 1,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2, и

(d) по меньшей мере 2,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

5. Способ отбора образца, содержащего T-клетки, для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза для размножения ex vivo, где указанный способ включает:

(a) индуцирование пролиферации T-клеток из части образца,

(b) определение экспрессии одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF общими лимфоцитами в части образца; и

(c) отбор образца для размножения, если по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов экспрессирует по меньшей мере один из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF, где

(i) по меньшей мере 2,5% общих лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a,

(ii) по меньшей мере 2,3% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg,

(iii) по меньшей мере 1,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2, и

(iv) по меньшей мере 2,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

6. Способ по п. 5, также включающий отбор образца для включения в банк клеток.

7. Способ по п. 5, также включающий отбор образца для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза.

8. Способ по любому из пп. 1-7, где экспрессию одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF определяют с помощью клеточного сортинга с активацией флуоресценции (FACS) или ELISpot.

9. Способ по любому из пп. 1-7, где T-клетки инкубируют с антигенпрезентирующими клетками для индуцирования пролиферации T-клеток до определения экспрессии одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF общими лимфоцитами.

10. Способ по любому из пп. 1-7, также включающий определение экспрессии CD8 клетками в образце и отбор образца, если по меньшей мере 20% клеток в образце экспрессируют CD8.

11. Способ по п. 10, где образец отбирают, если по меньшей мере 25% клеток экспрессируют CD8.

12. Способ по п. 10, где образец отбирают, если по меньшей мере 30% клеток экспрессируют CD8.

13. Способ по любому из пп. 1-7, также включающий определение уровня экспрессии CD4 клетками в образце и отбор образца, если по меньшей мере 10% клеток экспрессируют CD4.

14. Способ по п. 13, где образец отбирают, если по меньшей мере 15% клеток в образце экспрессируют CD4.

15. Способ по п. 13, где образец отбирают, если по меньшей мере 25% клеток в образце экспрессируют CD4.

16. Способ по любому из пп. 1-7, где отобранные T-клетки хранят в банке клеток после отбора.

17. Способ по любому из пп. 1-7, где T-клетки экспрессируют TCR, специфичный к пептиду вируса Эпштейна-Барра, презентированному на МНС класса I.

18. Способ по п. 17, где пептид EBV содержит пептид LMP1.

19. Способ по п. 17, где пептид EBV содержит пептид LMP2A.

20. Способ по п. 17, где пептид EBV содержит пептид EBNA1.

21. Способ по любому из пп. 1-7, также включающий введение отобранных T-клеток индивидууму, нуждающемуся в этом.

22. Способ по п. 21, где индивидуум, нуждающийся в этом, имеет рассеянный склероз.

23. Способ по п. 22, где индивидуум, нуждающийся в этом, имеет прогрессирующий рассеянный склероз.

24. Способ по п. 21, где T-клетки являются аллогенными для индивидуума.

25. Способ по п. 24, где T-клетки получают из банка клеток.

26. Способ по п. 21, где T-клетки являются аутологичными для индивидуума.

27. Способ по любому из пп. 1-7, где T-клетками являются CD8-T-клетки.

28. Способ по п. 27, где CD8-T-клетками являются цитотоксические T-лимфоциты (CTL).

29. Способ по п. 28, где CTL экспрессируют IFNg, TNF, IL-2 и CD107.

30. Способ по любому из пп. 1-7, где T-клетками являются CD4-T-клетки.

31. Банк клеточных образцов, включающих T-клетки, для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, где банк клеток обогащен образцами, в которых по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце экспрессирует биомаркер, где пороговый уровень общих лимфоцитов, экспрессирующих биомаркер, представляет собой уровень, при котором:

(a) по меньшей мере 2,5% общих лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a;

(b) по меньшей мере 2,3% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg;

(с) по меньшей мере 1,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2; или

(d) по меньшей мере 2,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

32. Банк клеток по п. 31, где пороговый уровень общих лимфоцитов, экспрессирующих биомаркер, представляет собой уровень, при котором:

(a) 2,5% общих лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a;

(b) 2,3% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg;

(с) 1,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2; и

(d) 2,4% общих лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

33. Банк клеток по п. 31, где банк клеток обогащен образцами, в которых по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце экспрессирует два или более биомаркера.

34. Банк клеток по п. 31, где банк клеток обогащен образцами, в которых по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце экспрессирует три или более биомаркера.

35. Банк клеток по п. 31, где банк клеток обогащен образцами, в которых по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце экспрессирует четыре биомаркера.

36. Банк клеток по любому из пп. 31-35, где по меньшей мере 25% образцов в банке клеток имеет по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце, экспрессирующих биомаркер.

37. Банк клеток по любому из пп. 31-35, где по меньшей мере 50% образцов в банке клеток имеет по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце, экспрессирующих биомаркер.

38. Банк клеток по любому из пп. 31-35, где по меньшей мере 75% образцов в банке клеток имеет по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце, экспрессирующих биомаркер.

39. Банк клеток по любому из пп. 31-35, где 100% образцов в банке клеток имеет по меньшей мере пороговый уровень общих лимфоцитов в образце, экспрессирующих биомаркер.

40. Банк клеток по любому из пп. 31-35, где T-клетками являются CD8-T-клетки.

41. Банк клеток по п. 40, где CD8-T-клетками являются цитотоксические T-лимфоциты (CTL).

42. Банк клеток по п. 41, где CTL экспрессируют IFNg, TNF, IL-2 и CD107.

43. Банк клеток по любому из пп. 31-35, где T-клетками являются CD4-T-клетки.

44. Банк клеток для лечения рассеянного склероза, полученный способом по любому из пп. 1-7.

45. Способ отбора образца, содержащего T-клетки, для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, где указанный способ включает определение экспрессии одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF CD8⁺ лимфоцитами в образце и отбор образца для адоптивной иммунотерапии, если по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессирует один или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF, где

(a) по меньшей мере 13,3% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a,

(b) по меньшей мере 14,2% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg,

(c) по меньшей мере 8,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2, и

(d) по меньшей мере 14,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

46. Способ отбора образца, содержащего T-клетки, для включения в банк клеток для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, где указанный способ включает определение экспрессии одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF CD8⁺ лимфоцитами в образце и отбор образца для включения в банк клеток, если по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессирует один или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF, где

(a) по меньшей мере 13,3% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a,

(b) по меньшей мере 14,2% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg,

(c) по меньшей мере 8,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2, и

(d) по меньшей мере 14,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

47. Способ отбора, для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, образца, содержащего T-клетки, из библиотеки образцов, содержащих T-клетки, где указанный способ включает скрининг библиотеки образцов на экспрессию одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF CD8⁺ лимфоцитами в образцах и отбор образца из библиотеки образцов для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, где по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессирует один или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF, где

(a) по меньшей мере 13,3% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a,

(b) по меньшей мере 14,2% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg,

(c) по меньшей мере 8,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2, и

(d) по меньшей мере 14,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

48. Способ отбора, для включения в банк клеток для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, образцов, содержащих T-клетки, из библиотеки образцов, где указанный способ включает скрининг библиотеки образцов на экспрессию одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF, CD8⁺ лимфоцитами в образцах и отбор образцов для их включения в банк клеток, где по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессирует один или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF, где

(a) по меньшей мере 13,3% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a,

(b) по меньшей мере 14,2% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg,

(c) по меньшей мере 8,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2, и

(d) по меньшей мере 14,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

49. Способ отбора образца, содержащего T-клетки, для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза для размножения ex vivo, где указанный способ включает:

(a) индуцирование пролиферации T-клеток из части образца,

(b) определение экспрессии одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF CD8⁺ лимфоцитами в части образца; и

(c) отбор образца для размножения, если по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов экспрессирует по меньшей мере один из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF, где

(i) по меньшей мере 13,3% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a,

(ii) по меньшей мере 14,2% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg,

(iii) по меньшей мере 8,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2, и

(iv) по меньшей мере 14,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

50. Способ по п. 49, также включающий отбор образца для включения в банк клеток.

51. Способ по п. 49, также включающий отбор образца для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза.

52. Способ по любому из пп. 45-51, где экспрессию одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF определяют с помощью клеточного сортинга с активацией флуоресценции (FACS) или ELISpot.

53. Способ по любому из пп. 45-51, где T-клетки инкубируют с антигенпрезентирующими клетками для индуцирования пролиферации T-клеток до определения экспрессии одного или более из CD107a, IFNg, IL-2 и TNF CD8⁺ лимфоцитами.

54. Способ по любому из пп. 45-51, также включающий определение экспрессии CD8 клетками в образце и отбор образца, если по меньшей мере 20% клеток в образце экспрессируют CD8.

55. Способ по п. 54, где образец отбирают, если по меньшей мере 25% клеток экспрессируют CD8.

56. Способ по п. 54, где образец отбирают, если по меньшей мере 30% клеток экспрессируют CD8.

57. Способ по любому из пп. 45-51, также включающий определение уровня экспрессии CD4 клетками в образце и отбор образца, если по меньшей мере 10% клеток экспрессируют CD4.

58. Способ по п. 57, где образец отбирают, если по меньшей мере 15% клеток в образце экспрессируют CD4.

59. Способ по п. 57, где образец отбирают, если по меньшей мере 25% клеток в образце экспрессируют CD4.

60. Способ по любому из пп. 45-51, где отобранные T-клетки хранят в банке клеток после отбора.

61. Способ по любому из пп. 45-51, где T-клетки экспрессируют TCR, специфичный к пептиду вируса Эпштейна-Барра, презентированному на МНС класса I.

62. Способ по п. 61, где пептид EBV содержит пептид LMP1.

63. Способ по п. 61, где пептид EBV содержит пептид LMP2A.

64. Способ по п. 61, где пептид EBV содержит пептид EBNA1.

65. Способ по любому из пп. 45-51, также включающий введение отобранных T-клеток индивидууму, нуждающемуся в этом.

66. Способ по п. 65, где индивидуум, нуждающийся в этом, имеет рассеянный склероз.

67. Способ по п. 66, где индивидуум, нуждающийся в этом, имеет прогрессирующий рассеянный склероз.

68. Способ по п. 67, где T-клетки являются аллогенными для индивидуума.

69. Способ по п. 68, где T-клетки получают из банка клеток.

70. Способ по п. 65, где T-клетки являются аутологичными для индивидуума.

71. Способ по любому из пп. 45-51, где T-клетками являются CD8-T-клетки.

72. Способ по п. 71, где CD8-T-клетками являются цитотоксические T-лимфоциты (CTL).

73. Способ по п. 72, где CTL экспрессируют IFNg, TNF, IL-2 и CD107.

74. Способ по любому из пп. 45-51, где T-клетками являются CD4-T-клетки.

75. Банк клеточных образцов, включающих T-клетки, для адоптивной иммунотерапии рассеянного склероза, где банк клеток обогащен образцами, в которых по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессирует биомаркер, где пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов, экспрессирующих биомаркер, представляет собой уровень, при котором:

(a) по меньшей мере 13,3% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a;

(b) по меньшей мере 14,2% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg;

(с) по меньшей мере 8,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2; или

(d) по меньшей мере 14,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

76. Банк клеток по п. 75, где пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов, экспрессирующих биомаркер, представляет собой уровень, при котором:

(a) 13,3% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют CD107a;

(b) 14,2% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IFNg;

(с) 8,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют IL-2; или

(d) 14,6% CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессируют TNF.

77. Банк клеток по п. 75, где банк клеток обогащен образцами, в которых по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессирует два или более биомаркера.

78. Банк клеток по п. 75, где банк клеток обогащен образцами, в которых по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессирует три или более биомаркера.

79. Банк клеток по п. 75, где банк клеток обогащен образцами, в которых по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце экспрессирует четыре биомаркера.

80. Банк клеток по любому из пп. 75-79, где по меньшей мере 25% образцов в банке клеток имеет по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце, экспрессирующих биомаркер.

81. Банк клеток по любому из пп. 75-79, где по меньшей мере 50% образцов в банке клеток имеет по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце, экспрессирующих биомаркер.

82. Банк клеток по любому из пп. 75-79, где по меньшей мере 75% образцов в банке клеток имеет по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце, экспрессирующих биомаркер.

83. Банк клеток по любому из пп. 75-79, где 100% образцов в банке клеток имеет по меньшей мере пороговый уровень CD8⁺ лимфоцитов в образце, экспрессирующих биомаркер.

84. Банк клеток по любому из пп. 75-79, где T-клетками являются CD8-T-клетки.

85. Банк клеток по п. 84, где CD8-T-клетками являются цитотоксические T-лимфоциты (CTL).

86. Банк клеток по п. 85, где CTL экспрессируют IFNg, TNF, IL-2 и CD107.

87. Банк клеток по любому из пп. 75-79, где T-клетками являются CD4-T-клетки.

88. Банк клеток для лечения рассеянного склероза, полученный способом по любому из пп. 45-51.