НАБОР ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ, НАБОР ЗОНДОВ И НАБОР ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ НОВОГО ТИПА КОРОНАВИРУСА COVID-19 И СПОСОБ ЕГО ВЫЯВЛЕНИЯ Российский патент 2022 года по МПК C12Q1/68 

Описание патента на изобретение RU2772130C1

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ, К КОТОРОЙ ОТНОСИТСЯ ИЗОБРЕТЕНИЕ

[0001] Настоящее изобретение относится к области техники выявления вируса и, в частности, к набору праймеров (реагентов) для обнаружения нуклеиновых кислот, набору зондов, набору для выявления нового типа коронавируса COVID-19 и к способу его выявления.

ПРЕДПОСЫЛКИ К СОЗДАНИЮ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0002] Новый тип коронавируса относится к роду β-коронавирусов, при этом он включает оболочки, частицы округлой или овальной, зачастую плеоморфной формы диаметром 60-140 нм, и его геномная последовательность представляет собой одноцепочечную РНК (29903bp), а его генетические характеристики безусловно отличаются от характеристик SARSr-CoV и MERSr-CoV. Результаты последних исследований продемонстрировали, что степень гомологии с SARS-подобным коронавирусом, который заражает летучих мышей (bat-SL-CoVZC45) составляет более 85%. На основе последних эпидемиологических исследований было установлено, что инкубационный период заболевания составляет 1-14 дней, в большинстве случаев 3-7 дней, сопровождаемый повышенной температурой, слабостью и сухим кашлем в качестве основных симптомов его проявления. У некоторых пациентов может отмечаться заложенность носа, боль в горле, диарея и т.д. У тяжёлых пациентов зачастую развивается одышка и (или) гипоксемия через одну неделю после проявления болезни. В тяжелых случаях проявление указанных симптомов сопровождается развитием острого респираторного дистресс-синдрома, септического шока, трудно устранимого метаболического ацидоза, нарушением свертываемости крови и т.д.

[0003] Новый тип коронавируса (COVID-19) вызывает острое респираторное инфекционное заболевание, при этом заболевание было отнесено к инфекционным заболеваниям Класса B, предусмотренным в «Законе Китайской Народной Республики о профилактике и борьбе с инфекционными заболеваниями», и лечение данного заболевания относится к инфекционным заболеваниям Класса B. Во всем мире складывается тяжелая ситуация, характеризующаяся прогрессированием пневмонии, вызываемой новым типом коронавируса, число подтвержденных и предполагаемых случаев заболевания постоянно растет, огромная нагрузка ложится на лечебно-диагностические учреждения, при этом новый тип коронавируса может представлять угрозу заражения в течение продолжительного периода времени. В этой связи разработка высокочувствительной системы для выявления нового типа коронавируса способствует принятию мер профилактики и контроля заболевания, вызываемого новым типом коронавируса, эффективной охраны здоровья и обеспечения безопасности людей, а также содействует общей экономической и социальной стабильности.

[0004] С начала 2020 года также публиковались материалы, содержащие информацию о наборах праймеров для выявления нового типа коронавируса (COVID-19). Например, в заявке № CN111057797A, поданной 19 января 2020 г. и опубликованной 24 апреля 2020 г., были раскрыты праймеры и зонды, наборы и способы количественной флуоресцентной ПЦР в реальном времени для выявления нового типа коронавируса 2019-nCoV; например, в заявке № CN111118228A, поданной 31 марта 2020 г. и опубликованной 8 мая 2020 г., раскрывался набор для обнаружения нуклеиновой кислоты нового типа коронавируса COVID-19 и способ его применения, а также были

2

опубликованы аналогичные заявки. Тем не менее, с точки зрения применения в клинической практике степень точности является низкой, и существует вероятность получения ложноположительных и ложноотрицательных результатов.

КРАТКОЕ ИЗЛОЖЕНИЕ СУЩЕСТВА ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0005] Цель настоящего изобретения заключается, по меньшей мере, в разрешении проблем предшествующего уровня техники, связанных с необходимостью повышения точности обнаружения и снижения вероятности получения ложноотрицательных и ложноположительных результатов тестов.

[0006] В той связи первая цель настоящего изобретения заключается в создании набора праймеров для обнаружения нуклеиновых кислот нового типа коронавируса COVID-19, содержащего две пары специфических праймеров, включающие нижеприведенные нуклеотидные последовательности:

[0007] пара специфических праймеров для фрагмента гена ORF1ab вируса:

[0008] ORF1ab-F: как показано в SEQ ID NO: 1,

[0009] 5′-TTTAGTTCCCTTCCATCATATGCA-3′;

[0010] ORF1ab-R: как показано в SEQ ID NO: 2;

[0011] 5′-ATTCAGATTTAGCCACATTCAAAGA-3′;

[0012] пара специфических праймеров для сегмента гена N вируса:

[0013] N-F: как показано в SEQ ID NO: 3,

[0014] 5′-ATTGCACAATTTGCCCCCAG-3′;

[0015] N-R: как показано в SEQ ID NO: 4.

[0016] 5′-CATCCAATTTGATGGCACCTG-3′.

[0017] Набор праймеров для выявления нового типа коронавируса COVID-19, предлагаемый настоящим изобретением, обладает, по меньшей мере, нижеприведенными преимуществами.

[0018] Две пары специфических праймеров соответственно нацелены на высококонсервативную область гена ORF1ab и гена N нового типа коронавируса. Обнаружение фрагментов гена ORF1ab и гена N может помочь в диагностировании инфекции, вызванной новым типом коронавируса. При этом путем оптимизации последовательности праймеров может быть повышена чувствительность выявления нового типа коронавируса, а также может быть предотвращена вероятность получения ложноотрицательных и ложноположительных результатов тестов. В соответствии со стандартной кривой могут быть обнаружены положительные пробы с минимальной концентрацией 15 копий/мл.

[0019] Вторая цель настоящего изобретения заключается в создании набора зондов, используемых в комбинации с набором праймеров для выявления нового типа коронавируса COVID-19, включающего следующие зонды:

[0020] зонд для фрагмента гена ORF1ab вируса:

[0021] ORF1ab-P: как показано в SEQ ID NO: 5,

[0022] 5′-TTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATGAGC-3′;

[0023] зонд для фрагментов гена N вируса:

[0024] N-P: как показано в SEQ ID NO: 6,

[0025] 5′-TTCTTCGGAATGTCGCGCATTG-3′.

[0026] В предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения каждый 5’-конец зонда мечен флуоресцентной репортерной группой, и каждый 3’-конец зонда мечен флуоресцентной тушащей группой.

[0027] В процессе амплификации в ПЦР, если зонд является интактным, ввиду того, что флуоресцентная тушащая группа расположена в

непосредственной близости от флуоресцентной репортерной группы, флуоресценция, излучаемая флуоресцентным репортерным геном, поглощается тушащей группой, в результате чего флуоресцентный сигнал не излучается. При удлинении праймера зонд, связанный с матрицей, обрезается ферментом Taq (5'→3' экзонуклеазная активность), флуоресцентная репортерная группа отделяется от флуоресцентной тушащей группы, в результате чего генерируется флуоресцентный сигнал. Прибор для проведения количественной ПЦР с флуоресцентной детекцией автоматически вычерчивает кривую амплификации в реальном времени на основе детектированного флуоресцентного сигнала, с целью выявления нового типа коронавируса на уровне нуклеиновых кислот. Результаты теста могут быть качественными или количественными, и качественное выявление нового типа коронавируса может быть осуществлено путем непосредственного определения наличия или отсутствия соответствующей кривой амплификации. Соответствующая стандартная кривая может быть вычерчена в соответствии с значением порогового цикла различных стандартных градиентов концентрация, в то время как количественные результаты могут быть получены путем вычисления значения порогового цикла пробы. Кроме того, основываясь на общем понимании в данной области техники, флуоресцентные репортерные группы различных зондов могут различаться таким образом, чтобы амплификация различных фрагментов генов в одной реакционной пробирке обеспечивала генерирование флуоресцентных сигналов различных диапазонов длин волн для упрощения процесса выявления нового типа коронавируса.

[0028] В более предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения 5’-конец зонда для фрагмента гена ORF1ab-P вируса мечен флуоресцентной репортерной группой FAM, и 3’-конец мечен флуоресцентной тушащей группой BHQ1; 5’-конец зонда для фрагмента гена NP мечен флуоресцентной репортерной группой HEX, и 3’-конец мечен флуоресцентной тушащей группой BHQ1.

[0029] Третья цель настоящего изобретения заключается в создании набора для выявления нового типа коронавируса COVID-19, при этом набор для выявления нового типа коронавируса включает вышеупомянутый набор праймеров и вышеупомянутый набор зондов.

[0030] В предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения набор для выявления нового типа коронавируса дополнительно включает пару праймеров внутреннего стандарта и зонд внутреннего стандарта;

[0031] из них, нуклеотидная последовательность пары праймеров внутреннего стандарта выглядит следующим образом:

[0032] RNP-F: как показано в SEQ ID NO: 7,

[0033] 5′- AGATTTGGACCTGCGAGCG-3′;

[0034] RNP-R: как показано в SEQ ID NO: 8,

[0035] 5′-GAGCGGCTGTCTCCACAAGT-3′;

[0036] нуклеотидная последовательность зонда внутреннего стандарта выглядит следующим образом:

[0037] RNP-P: как показано в SEQ ID NO: 9,

[0038] 5′-TTCTGACCTGAAGGCTCTGCGCG-3′.

[0039] Внутренним стандартом, используемым в наборе, является рибонуклеотид человека P (РНаза P, рибонуклеопротеин (RNP)). Внутренний стандарт используют для определения того, получена ли ткань подходящего пациента или проба секреции. Весь экспериментальный процесс сбора, транспортировки и экстракции тестируемых проб находится

под полным контролем во избежание получения ложноотрицательных результатов теста.

[0040] В предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения 5’-конец RNP-P мечен флуоресцентной репортерной группой, и 3’-конец мечен флуоресцентной тушащей группой.

[0041] Флуоресцентная репортерная группа зонда внутреннего стандарта также может быть группой, отличающейся от флуоресцентной репортерной группы вышеупомянутого зонда выявления нового типа коронавируса, например, TEXAS RED, и BHQ2 выбран для флуоресцентной тушащей группы. Таким образом, обеспечивается детектирование флуоресценции в канале (красителе) TEXAS RED/ROX.

[0042] В предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения набор для выявления нового типа коронавируса, предлагаемый настоящим изобретением, дополнительно включает смесь фермента ОT-ПЦР и буфера для ОТ-ПЦР.

[0043] В предпочтительном варианте осуществления набор для выявления нового типа коронавируса, предлагаемый настоящим изобретением, дополнительно включает пробу положительного контроля и пробу отрицательного контроля. Проба положительного контроля способна полностью амплифицировать фрагмент гена-мишени, соответствующий праймеру, в процессе амплификация, такой как стандартный штамм инактивированного вируса, плазмиды, содержащие соответствующей фрагмент гена-мишени (фрагмент гена ORFlab, фрагмент гена N, фрагмент гена RNP) и т.д. Проба отрицательного контроля представляет собой воду, используемую для растворения матричной РНК, например, воду, обработанную диэтилпилокарбонатом.

[0044] В предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения набор для выявления нового типа коронавируса, предлагаемого настоящим изобретением, дополнительно включает реагент для экстракции нуклеиновых кислот. Экстракция вирусных нуклеиновых кислот в пробе осуществляется с помощью соответствующего реагента для экстракции нуклеиновых кислот с целью обеспечения проведения последующих процессов амплификации и обнаружения.

[0045] Четвертая цель настоящего изобретения заключается в создании способа выявления нового типа коронавируса с использованием вышеупомянутого набора для выявления указанного вируса.

[0046] Способ выявления нового типа коронавируса включает следующие этапы:

[0047] выделение тотальной РНК из тестируемых проб;

[0048] использование тестируемых проб тотальной РНК в качестве матрицы; использование вышеупомянутого набора праймеров для амплификации и для выявления набора зондов в ПЦР после обратной транскрипции;

[0049] проведение анализа продуктов амплификации и определение того, содержат ли тестируемые пробы новый тип коронавируса в зависимости от появления кривой амплификации.

[0050] В соответствии со способом выявления нового типа коронавируса в некоторых вариантах осуществления настоящего изобретения программа реакции амплификации в ПЦР составляет 50°С, 5 мин; 95°С, 10 сек; 95°С, 5 сек; 60°С, 30 сек; с 40 циклами.

[0051] Способ ОТ-ПЦР в реальном времени с флуоресцентной детекцией занимает только 1 час и 10 минут, начиная от экстракции нуклеиновых кислот до завершения выявления нового типа коронавируса. Способ является легким в использовании, характеризуется высокой

чувствительностью и представляет собой оперативный и эффективный лабораторный способ выявления нового типа коронавируса для диагностики инфекционного заболевания.

[0052] Две пары специфических праймеров соответственно нацелены на высококонсервативную область гена ORF1ab и гена N нового типа коронавируса. Выявление фрагментов гена ORF1ab и гена N позволяет диагностировать инфекцию, вызываемую новым типом коронавируса. При этом путем оптимизации последовательности праймеров может быть повышена чувствительность обнаружения нового типа коронавируса, снижена вероятность получения ложноотрицательных и ложноположительных результатов тестов и вероятность необнаружения нового типа коронавируса.

[0053] Вышеупомянутые способы выявления нового типа коронавируса с использованием вышеупомянутых наборов могут найти применение для дополнительной диагностики нового типа коронавируса, в результате чего может быть обеспечено оперативное получение информации о вспышках эпидемии, вызываемой новым типом коронавируса, и оказано надежное техническое содействие, направленное на проведение профилактических мер и мер по борьбе с эпидемией, вызываемой новым типом коронавируса. Этот фактор имеет первостепенное значение для предотвращения будущих вспышек заболевания, вызываемых неизвестными новыми типами коронавируса.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙ

[0054] На Фиг. 1 проиллюстрированы результаты амплификации с использованием набора мультиплексного ПЦР-анализа (Multiplex PCR Kit) для выявления нового типа коронавируса в соответствии с примером настоящего изобретения.

[0055] На Фиг. 2 проиллюстрирована стандартная кривая и кривая амплификации одной и той же пробы при различных концентрациях разведения. На Фиг. 2-1 представлена стандартная кривая, основанная на кривой амплификации Фиг. 2-2, при этом концентрация положительных плазмид составляет 4 мкг\мл, и соответствующее количество копий составляет 1* 1010 копий/мл, C1~C7 соответствует 1*102~8 копий/мл после многократного разведения; взяв значение порогового цикла (Ct)<40 в качестве отрицательного критерия, предел выявления нового типа коронавируса с использованием разработанного набора составляет 15 копий/мл.

[0056] На Фиг. 3 проиллюстрировано, что для экстракции РНК использовали исходный раствор положительной пробы D с применение соответственно разработанных наборов, набора A (Фиг. 3-1), набора B (Фиг. 3-2) и набора C (Фиг. 3-3), произвольно выбранных на рынке. Условия амплификации соответственно амплифицировали согласно инструкциям к наборам A, B и C. Пробу D протестировали как положительную для всех наборов. Значение порогового цикла набора настоящего изобретения ниже по сравнению с произвольно выбранными наборами, и при этом его чувствительность выше.

[0057] На Фиг. 4-1 проиллюстрировано, что исходный раствор положительной пробы D разводили 8 раз для экстрагирования РНК в качестве матрицы и использовали разработанный набор и набор A, произвольно выбранный на рынке. Реакционная система ПЦР и условия амплификации представляли собой условия протекания реакции, предусмотренные инструкцией к набору A; разработанный набор отличался максимальным значением порогового цикла чувствительности (Ct), составлявшим 36,2, что рассматривалось как положительная проба.

Значение порогового цикла набора A достигало 38,3, и это определялось как сомнительная проба в соответствии с инструкциями к набору.

[0058] На Фиг. 4-2 проиллюстрировано, что положительную пробу D разбавляли для экстрагирования РНК в качестве матрицы, и соответственно использовали разработанный набор (набор настоящего изобретения) и набор B, произвольно выбранный на рынке (Фиг. 4-2). Система ПЦР и условия амплификации представляли собой условия протекания реакции, предусмотренные инструкцией к набору B, максимальное значение порогового цикла чувствительности разработанного набора составляло 36,4, что рассматривалось как положительная проба. Значение порогового цикла набора B превысило 40, и это определялось как отрицательная проба в соответствии с инструкциями к набору, что приводило к ложноотрицательным результатам.

[0059] На Фиг. 4-3 проиллюстрировано, что исходный раствор положительной пробы D разводили 8 раз для экстрагирования РНК в качестве матрицы. Соответственно использовали разработанный набор и набор C, произвольно выбранный на рынке (Фиг. 4-3). Система ПЦР и условия амплификации представляли собой условия протекания реакции, предусмотренные инструкцией к набору C. Максимальное значение пороговое цикла чувствительности разработанного набора составляло 38,2, и это определялось как сомнительная проба. Значение порогового цикла чувствительности набора C превысило 40, и это определялось как отрицательная проба в соответствии с инструкциями к набору, что приводило к ложноотрицательным результатам.

ОПИСАНИЕ ВАРИАНТОВ ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ НАСТОЯЩЕГО ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0060] Ниже приведено ясное и полное описание идеи настоящего изобретения и достигаемые технические эффекты со ссылкой на варианты осуществления для полного понимания целей, характерных особенностей и эффектов настоящего изобретения. Безусловно, описанные варианты осуществления настоящего изобретения являются лишь частью вариантов осуществления настоящего изобретения, а не всеми из них. Исходя из вариантов осуществления настоящего изобретения, другие варианты осуществления настоящего изобретения, созданные специалистами в данной области техники без осуществления изобретательской деятельности, относятся к объему правовой охраны настоящего изобретения.

[0061] Пример 1

[0062] В примере предлагается набор праймеров и зондов для выявления нового типа коронавируса. На основе технологии TaqMan с использованием флуоресцентных зондов, соответствующие специфические праймеры для выявления нового типа коронавируса и зонды Taqman могут быть разработаны на основе высококонсервативных областей гена ORF1ab и гена N нового типа коронавируса. При этом, при использовании РНП человека в качестве внутреннего стандарта могут быть разработаны соответствующие пары праймеров и зонды внутреннего стандарта. Детальная информация приведена в Таблице 1 ниже:

[0063] Таблица 1: Информация о праймерах и зондах

Наименование последовательности Последовательность ORF1ab-F 5′-TTTAGTTCCCTTCCATCATATGCA-3′ ORF1ab-R 5′-ATTCAGATTTAGCCACATTCAAAGA-3′ ORF1ab-P 5′FAM-TTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATGAGC-3′BHQ1

--->

ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> ХУЧЖОУ СЕНТРAЛ ХОСПИТЕЛ

ХУЧЖОУ СЕНТЕР ФОР ДИЗИЗ КОНТРОЛ ЭНД ПРИВЕНШН

<120> НАБОР ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ,

НАБОР ЗОНДОВ И НАБОР ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ НОВОГО ТИПА КОРОНАВИРУСА COVID-19

И СПОСОБ ЕГО ВЫЯВЛЕНИЯ

<141> 2020-12-02

<160> 9

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 24

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(24)

<223> ORF1ab-F

<400> 1

tttagttccc ttccatcata tgca 24

<210> 2

<211> 25

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(25)

<223> ORF1ab-R

<400> 2

attcagattt agccacattc aaaga 25

<210> 3

<211> 20

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(20)

<223> N-F

<400> 3

attgcacaat ttgcccccag 20

<210> 4

<211> 21

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(21)

<223> N-R

<400> 4

catccaattt gatggcacct g 21

<210> 5

<211> 29

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(29)

<223> ORF1ab-P

<400> 5

ttttgctact gctcaagaag cttatgagc 29

<210> 6

<211> 22

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(22)

<223> N-P

<400> 6

ttcttcggaa tgtcgcgcat tg 22

<210> 7

<211> 19

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(19)

<223> RNP-F

<400> 7

agatttggac ctgcgagcg 19

<210> 8

<211> 20

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(20)

<223> RNP-R

<400> 8

gagcggctgt ctccacaagt 20

<210> 9

<211> 23

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(23)

<223> RNP-P

<400> 9

ttctgacctg aaggctctgc gcg 23

<---

Похожие патенты RU2772130C1

название год авторы номер документа
Набор олигонуклеотидов и способ мультиплексной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени для выявления РНК SARS-CoV-2 2021
  • Абдуллаев Адхамжон Одилович
  • Макарик Татьяна Викторовна
  • Судариков Андрей Борисович
  • Февралёва Ирина Серафимовна
  • Глинщикова Ольга Анатольевна
RU2752902C1
Способ выявления кДНК коронавируса SARS-CoV-2 с помощью синтетических олигонуклеотидных праймеров в полимеразной цепной реакции 2020
  • Дрозд Сергей Феликсович
  • Павлова Галина Валериевна
  • Головин Андрей Викторович
RU2727054C1
Набор олигодезоксирибонуклетидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации РНК коронавирусов человека SARS и 2019-nCoV методом ОТ-ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме реального времени 2020
  • Боднев Сергей Александрович
  • Трегубчак Татьяна Владимировна
  • Болдырев Александр Николаевич
  • Пьянков Олег Викторович
  • Богрянцева Марина Поликарповна
  • Чуб Елена Владимировна
  • Гаврилова Елена Васильевна
  • Максютов Ринат Амирович
RU2733665C1
Тест-система и способ для выявления РНК коронавируса SARS-COV-2, вируса-возбудителя коронавирусного заболевания 2019 COVID-19, методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (Варианты) 2020
  • Филиппов Михаил Александрович
  • Минашкин Михаил Михайлович
  • Татарникова Ольга Геннадьевна
  • Позднякова Наталья Вячеславовна
RU2731390C1
Олигонуклеотиды для определения мутации S:L452R SARS-CoV-2 2022
  • Есьман Анна Сергеевна
  • Миронов Константин Олегович
  • Черкашина Анна Сергеевна
  • Саламайкина Светлана Андреевна
  • Голубева Анна Геннадьевна
  • Акимкин Василий Геннадьевич
RU2795018C1
Тест-система для выявления SARS-CoV-2, Influenza virus A, Influenza virus B методом одношаговой полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией 2021
  • Мусаева Тамила Даировна
  • Тимофеева Мария Максимовна
  • Елшин Никита Дмитриевич
  • Фадеев Артём Викторович
  • Комиссаров Андрей Борисович
  • Лиознов Дмитрий Анатольевич
RU2761481C1
Набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации РНК коронавируса человека 2019-nCoV методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме реального времени 2020
  • Терновой Владимир Александрович
  • Чуб Елена Владимировна
  • Гладышева Анастасия Витальевна
  • Богрянцева Марина Поликарповна
  • Пономарева Евгения Павловна
  • Трегубчак Татьяна Владимировна
  • Гаврилова Елена Васильевна
  • Максютов Ринат Амирович
RU2734300C1
НАБОР РЕАГЕНТОВ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ РНК SARS-COV-2 МЕТОДОМ ПЕТЛЕВОЙ ИЗОТЕРМИЧЕСКОЙ АМПЛИФИКАЦИИ В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ (КОВИГЕН-LAMP) 2022
  • Алексеев Яков Игоревич
  • Варламов Дмитрий Александрович
  • Кибирев Ярослав Александрович
  • Кузнецовский Андрей Владимирович
  • Павлов Даниил Леонидович
  • Туманов Александр Сергеевич
RU2779189C1
Олигонуклеотиды для определения мутации S:P681R SARS-CoV-2 2022
  • Есьман Анна Сергеевна
  • Миронов Константин Олегович
  • Черкашина Анна Сергеевна
  • Саламайкина Светлана Андреевна
  • Голубева Анна Геннадьевна
  • Акимкин Василий Геннадьевич
RU2795019C1
Набор для выявления коронавируса SARS-CoV-2 2021
  • Евдокимовский Эдуард Владимирович
  • Белецкий Игорь Петрович
  • Глухова Ксения Алексеевна
RU2765497C1

Иллюстрации к изобретению RU 2 772 130 C1

Реферат патента 2022 года НАБОР ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ, НАБОР ЗОНДОВ И НАБОР ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ НОВОГО ТИПА КОРОНАВИРУСА COVID-19 И СПОСОБ ЕГО ВЫЯВЛЕНИЯ

Изобретение относится к области вирусологии. Описан набор праймеров для выявления нового типа коронавируса COVID-19, включающий две пары специфических праймеров, включающие нижеприведенные нуклеотидные последовательности: пару специфических праймеров для фрагмента гена ORF1ab вируса: ORF1ab-F: как показано в SEQ ID NO: 1, ORF1ab-R: как показано в SEQ ID NO: 2; пару специфических праймеров для сегмента гена N вируса: N-F: как показано в SEQ ID NO: 3, N-R: как показано в SEQ ID NO: 4. Также описан набор для выявления нового типа коронавируса COVID-19, включающий указанный набор праймеров для выявления нового типа коронавируса, а также пару праймеров внутреннего стандарта и зонд внутреннего стандарта, из них нуклеотидная последовательность пары праймеров внутреннего стандарта выглядит следующим образом: RNP-F: как показано в SEQ ID NO: 7, RNP-R: как показано в SEQ ID NO: 8; нуклеотидная последовательность зонда внутреннего стандарта выглядит следующим образом: RNP-P: как показано в SEQ ID NO: 9. Изобретение расширяет арсенал средств выявления SARS-CoV-2. 2 н. и 5 з.п. ф-лы, 4 ил., 1 табл., 1 пр.

Формула изобретения RU 2 772 130 C1

1. Набор праймеров для выявления нового типа коронавируса COVID-19, отличающийся тем, что он включает две пары специфических праймеров, включающие нижеприведенные нуклеотидные последовательности:

пару специфических праймеров для фрагмента гена ORF1ab вируса:

ORF1ab-F: как показано в SEQ ID NO: 1,

ORF1ab-R: как показано в SEQ ID NO: 2;

пару специфических праймеров для сегмента гена N вируса:

N-F: как показано в SEQ ID NO: 3,

N-R: как показано в SEQ ID NO: 4.

2. Набор для выявления нового типа коронавируса COVID-19, отличающийся тем, что набор включает набор праймеров по п. 1 для выявления нового типа коронавируса, пару праймеров внутреннего стандарта и зонд внутреннего стандарта,

из них нуклеотидная последовательность пары праймеров внутреннего стандарта выглядит следующим образом:

RNP-F: как показано в SEQ ID NO: 7,

RNP-R: как показано в SEQ ID NO: 8;

нуклеотидная последовательность зонда внутреннего стандарта выглядит следующим образом:

RNP-P: как показано в SEQ ID NO: 9.

3. Набор для выявления нового типа коронавируса COVID-19 по п. 2, отличающийся тем, что набор дополнительно включает два зонда, включающие нижеприведенные нуклеотидные последовательности:

зонд для фрагмента гена ORF1ab вируса:

ORF1ab-P: как показано в SEQ ID NO: 5;

зонд для фрагментов гена N вируса:

N-P: как показано в SEQ ID NO: 6.

4. Набор по п. 2, отличающийся тем, что 5’-конец RNP-P мечен флуоресцентной репортерной группой, и 3’-конец мечен флуоресцентной тушащей группой.

5. Набор по п. 4, отличающийся тем, что 5’-конец RNP-P мечен флуоресцентной репортерной группой TEXAS RED, и 3’-конец мечен флуоресцентной тушащей группой BHQ2.

6. Набор по п. 5, дополнительно включающий смесь ферментов ОТ-ПЦР и буфера для ОТ-ПЦР.

7. Набор по п. 6, дополнительно включающий положительную контрольную пробу и отрицательную контрольную пробу.

Документы, цитированные в отчете о поиске Патент 2022 года RU2772130C1

Набор олигодезоксирибонуклетидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации РНК коронавирусов человека SARS и 2019-nCoV методом ОТ-ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме реального времени 2020
  • Боднев Сергей Александрович
  • Трегубчак Татьяна Владимировна
  • Болдырев Александр Николаевич
  • Пьянков Олег Викторович
  • Богрянцева Марина Поликарповна
  • Чуб Елена Владимировна
  • Гаврилова Елена Васильевна
  • Максютов Ринат Амирович
RU2733665C1
Набор реагентов для выявления РНК вируса SARS-CoV-2, возбудителя нового коронавирусного заболевания COVID-2019, методом обратной транскрипции-полимеразной цепной реакции в реальном времени 2020
  • Алексеев Яков Игоревич
  • Борисевич Сергей Владимирович
  • Варламов Дмитрий Александрович
  • Казанцев Алексей Васильевич
  • Карулина Наталья Васильевна
  • Кириллов Игорь Анатольевич
  • Кириллова Светлана Леонидовна
  • Кузубов Алексей Владимирович
  • Кутаев Дмитрий Анатольевич
  • Лебедев Виталий Николаевич
  • Маношкин Александр Владимирович
  • Мельников Денис Геннадьевич
  • Павельев Дмитрий Игоревич
  • Петров Александр Анатольевич
  • Сизикова Татьяна Евгеньевна
  • Хмуренко Степан Никитович
  • Целиков Евгений Михайлович
  • Чухраля Олег Васильевич
RU2732608C1
CN 111763769 A, 13.10.2020
CN 111363860 A, 03.07.2020
Сизова Е.Н., Шмакова Л.Н., Видякина Е.В., МЕДИЦИНСКАЯ ЭКОЛОГИЯ SARS-CoV-2 (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ), Вятский медицинский вестник, No 3 (67), 2020, стр
Дорожная спиртовая кухня 1918
  • Кузнецов В.Я.
SU98A1

RU 2 772 130 C1

Авторы

Вэй, Юньхай

Донг, Хайян

Ян, Хайбин

Шао, Цзе

Цзинь, Мэйхуа

Сю, Дэшун

Джи, Лей

Даты

2022-05-18Публикация

2021-05-25Подача