КОМБИНАЦИИ АНТИТЕЛ К STAPHYLOCOCCUS AUREUS Российский патент 2023 года по МПК A61K39/40 C07K16/12 A61P31/04 

ПРЕДПОСЫЛКИ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0001] Инфекции, вызываемые бактериальными патогенами, устойчивыми к противомикробным препаратам (AMR), представляют собой растущую угрозу для здоровья населения. Текущая эпидемия, вызываемая AMR-патогенами, частично вызвана эмпирической терапией антибиотиками широкого спектра действия. Это привело к исследованию способов, специфических в отношении патогенов, включая применение моноклональных антител (mAb), для предотвращения или лечения серьезных бактериальных инфекций. В настоящее время множество моноклональных антител находится на стадии разработки для предупреждения или лечения антибиотикорезистентных бактериальных инфекций (см., например, DiGiandomenico, A., and B.R. Sellman, Curr. Opin. Microbiol., 27: 78-85, (2015)). Такие стратегии пассивной иммунизации обеспечивают немедленный и мощный иммуноглобулиновый ответ против целевого патогена. В идеале моноклональное антитело или смесь моноклональных антител обеспечивают несколько механизмов действия для нейтрализации ключевых механизмов бактериальной вирулентности и усиления врожденного иммунного ответа хозяина, обеспечивая тем самым наибольшую возможность для достижения клинического успеха.

[0002] Staphylococcus aureus представляет собой бактериальный патоген, вызывающий широкий спектр заболеваний, включая инфекции кожи и мягких тканей, эндокардит, остеомиелит, пневмонию и бактериемию (Lowy, FD, N. Engl. J. Med., 339 (8): 520-32 (1998)). Доклинические исследования показывают, что подходы на основе моноклональных антител являются перспективными для профилактики и дополнительной терапии инфекций, вызванных S. aureus (см., например, Hazenbos et al., PLoS Pathog., 9(10):e1003653. doi: 10.1371/journal.ppat.10036532013 (2013); Rouha, H., MAbs, 7(1): 243-254 (2015); Foletti et al., J. Mol. Biol., 425(10): 1641-1654 (2013); Karauzum et al., J Biol Chem., 287(30): 25203-15 (2012); and Hua et al., Antimicrob Agents Chemother., 58(2): 1108-17 (2014)). Однако лечения отдельными антителами может быть недостаточно для борьбы со всеми инфекциями, вызываемыми Staphylococcus aureus. Таким образом, остается потребность в композициях и способах для лечения инфекций, вызываемых Staphylococcus aureus, в частности инфекций, резистентных к существующим в настоящее время антибиотикам, которые обеспечивают широкий охват заболеваний и штаммов. В настоящем изобретении представлены такие композиции и способы.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0003] В данном документе показано, что комбинации антител, которые нацеливаются на несколько различных факторов бактериальной вирулентности посредством комплементарного механизма действия, могут обеспечить широкий охват штаммов и широкий охват заболеваний. Иллюстративные модели на животных, обеспечивающие широту охвата штаммов и заболеваний, охватываемых комбинациями антител, представленных в данном документе, показаны на фигуре 1.

[0004] В данном документе представлены способы лечения или предотвращения инфекции, вызываемой Staphylococcus aureus (S. aureus), у субъекта, включающие введение субъекту (а) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с альфа-токсином (AT) S. aureus, (b) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с фактором слипания A (ClfA) S. aureus, и (c) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus.

[0005] В данном документе также представлены способы лечения или предотвращения инфекции, вызываемой S. aureus, у субъекта, включающие введение субъекту антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, и (a) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с альфа-токсином (AT) S. aureus, или (b) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с фактором слипания A (ClfA) S. aureus.

[0006] В данном документе также предусмотрены композиции, содержащие (a) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с AT S. aureus, (b) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, и (c) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus.

[0007] В данном документе также представлены композиции, содержащие антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, и (a) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с AT S. aureus, или (b) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus.

[0008] В определенных случаях композиция предназначена для применения в лечении или предотвращении у субъекта инфекции, вызываемой S. aureus.

[0009] В данном документе также представлены антитела и их антигенсвязывающие фрагменты, которые связываются с AT S. aureus, для применения в лечении или предотвращении у субъекта инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с ClfA S. aureus, и антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus.

[0010] В данном документе также представлены антитела и их антигенсвязывающие фрагменты, которые связываются с ClfA S. aureus, для применения в лечении или предотвращении у субъекта инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с AT S. aureus, и антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus.

[0011] В данном документе также представлены антитела и их антигенсвязывающие фрагменты, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, для применения в лечении или предотвращении у субъекта инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с AT S. aureus, и/или антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с ClfA S. aureus.

[0012] В определенных случаях композиция применяется в получении лекарственного препарата, предназначенного для лечения или предотвращения у субъекта инфекции, вызываемой S. aureus.

[0013] В данном документе также представлены варианты применения антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с AT S. aureus, в получении лекарственного препарата, предназначенного для лечения или предотвращения у субъекта инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с ClfA S. aureus, и антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus.

[0014] В данном документе также представлены варианты применения антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с ClfA S. aureus, в получении лекарственного препарата, предназначенного для лечения или предотвращения у субъекта инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с AT S. aureus, и антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus.

[0015] В данном документе также представлены варианты применения антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, в получении лекарственного препарата, предназначенного для лечения или предотвращения у субъекта инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с AT S. aureus, и/или антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с ClfA S. aureus.

[0016] В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, связываются с тем же эпитопом АТS. aureus, что и антитело, содержащее VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:33. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, конкурентно подавляют связывание антитела, содержащего VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:33, с АТ S. aureus. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат определяющую комплементарность область (CDR) 1 вариабельной области тяжелой цепи (VH), содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:1, CDR2 VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:2, CDR3 VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:3, CDR1 вариабельной области легкой цепи (VL), содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:10, CDR2 VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:11, и CDR3 VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:12. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:33. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат тяжелую цепь, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:47. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат легкую цепь, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:52. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат CDR1 VH, CDR2 VH, CDR3 VH, CDR1 VL, CDR2 VL и CDR3 VL MEDI4893. В определенных случаях CDR представляют собой CDR, определенные по Кабату, CDR, определенные по Чотиа, или CDR, определенные по AbM. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, дополнительно содержат константную область тяжелой цепи. В определенных случаях константная область тяжелой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина IgG₁, IgG₂, IgG₃, IgG₄, IgA₁ и IgA₂. В определенных случаях константная область тяжелой цепи представляет собой константную область человеческого IgG₁. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, дополнительно содержат константную область легкой цепи. В определенных случаях константная область легкой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей легкой цепи человеческого иммуноглобулина IgGκ и IgGλ. В определенных случаях константная область легкой цепи представляет собой константную область легкой цепи человеческого IgGκ. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, представляют собой антитело класса IgG или его антигенсвязывающий фрагмент. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. Aureus, содержат Fc-область, которая была сконструирована для увеличения времени полужизни. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат Fc-область с мутацией YTE. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, представляют собой моноклональное антитело или антигенсвязывающий фрагмент. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, представляют собой полноразмерное антитело. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит Fab, Fab', F(ab')₂, одноцепочечный Fv (scFv), связанный дисульфидной связью Fv, интраантитело, IgGΔCH2, миниантитело, F(ab')₃, тетраантитело, триантитело, диантитело, DVD-Ig, Fcab, mAb², (scFv)₂ или scFv-Fc. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, характеризуются аффинностью по отношению к АТ S. aureus, составляющей 80-100 пM.

[0017] В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, связываются с тем же эпитопом ClfA S. aureus, что и антитело, содержащее VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20, и VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:34. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfAS. aureus, конкурентно подавляют связывание антитела, содержащего VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20, и VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:34, с ClfA S. aureus. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, содержат CDR1 VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:4, CDR2 VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:5, CDR3 VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:6, CDR1 VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:13, CDR2 VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:14, и CDR3 VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:15. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, содержат VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:20. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, содержат VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:34. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, содержат константный домен тяжелой цепи, содержащий аминокислотную последовательность CSYHLC (SEQ ID NO:55). В определенных случаях константный домен тяжелой цепи содержит аминокислотную последовательность MHEACSYHLCQKSLSLS (SEQ ID NO:56). В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, содержат тяжелую цепь, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:49. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, содержат легкую цепь, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:53. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, содержат CDR1 VH, CDR2 VH, CDR3 VH, CDR1 VL, CDR2 VL и CDR3 VL SAR114-N3Y. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с белком ClfA S. aureus, содержат CDR1 VH, CDR2 VH, CDR3 VH, CDR1 VL, CDR2 VL и CDR3 VL 11H10, SAR72, SAR80, SAR113, SAR132, SAR352, SAR372, SAR510, SAR547, SAS1, SAS19 или SAS203. В определенных случаях CDR представляют собой CDR, определенные по Кабату, CDR, определенные по Чотиа, или CDR, определенные по AbM. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые специфически связываются с ClfA S. aureus, содержат VH и VL, где VH содержит аминокислотную последовательность, представленную под любым из SEQ ID NO:21-31 и 68. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые специфически связываются с ClfA S. aureus, содержат VH и VL, где VL содержит аминокислотную последовательность, представленную под любым из SEQ ID NO: 35-45 и 69. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, содержат последовательности VH и VL, содержащие аминокислотные последовательности, представленные под (a) SEQ ID NO:21 и 35 соответственно, (b) SEQ ID NO:22 и 36 соответственно, (c) SEQ ID NO:23 и 37 соответственно, (d) SEQ ID NO:24 и 38 соответственно, (e) SEQ ID NO:25 и 39 соответственно, (f) SEQ ID NO:26 и 40 соответственно, (g) SEQ ID NO:27 и 41 соответственно, (h) SEQ ID NO:28 и 42 соответственно, (i) SEQ ID NO:29 и 43 соответственно, (j) SEQ ID NO:30 и 44 соответственно, (k) SEQ ID NO:31 и 45 соответственно или (l) SEQ ID NO: 68 и 69 соответственно. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, дополнительно содержат константную область тяжелой цепи. В определенных случаях константная область тяжелой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина IgG₁, IgG₂, IgG₃, IgG₄, IgA₁ и IgA₂. В определенных случаях константная область тяжелой цепи представляет собой константную область человеческого IgG₁. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, дополнительно содержат константную область легкой цепи. В определенных случаях константная область легкой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей легкой цепи человеческого иммуноглобулина IgGκ и IgGλ. В определенных случаях константная область легкой цепи представляет собой константную область легкой цепи человеческого IgGκ. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, содержат мутацию, которая увеличивает время полужизни по сравнению с таким же антителом без мутации у мышей с человеческим FcRn. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, содержат мутацию, которая увеличивает время полужизни по сравнению с таким же антителом без мутации, и где мутация не подавляет активность OPK по сравнению с таким же антителом или антигенсвязывающим фрагментом без мутации. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, представляют собой моноклональное антитело или антигенсвязывающий фрагмент. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, представляют собой полноразмерное антитело. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, представляют собой антигенсвязывающий фрагмент. В определенных случаях антигенсвязывающий фрагмент содержит Fab, Fab', F(ab')₂, одноцепочечный Fv (scFv), связанный дисульфидной связью Fv, интраантитело, IgGΔCH2, миниантитело, F(ab')₃, тетраантитело, триантитело, диантитело, DVD-Ig, Fcab, mAb², (scFv)₂ или scFv-Fc. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, характеризуются значениями IC50 по отношению к ClfA001, ClfA002 и ClfA004 в анализе подавления связывания с фибриногеном, которые находятся в пределах 2 мкг/мл друг от друга. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, характеризуются значениями IC50 по отношению к ClfA001, ClfA002 и ClfA004 в анализе подавления связывания с фибриногеном, все из которых находятся в диапазоне от 1 мкг/мл до 5 мкг/мл. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus,, характеризуются значениями аффинности связывания (K_D) по отношению к ClfA001, ClfA002 и ClfA004, все из которых находятся в диапазоне от 200 до 350 пM. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, характеризуются значениями аффинности связывания (K_D), составляющими менее 1 нM, по отношению ко всем генотипам ClfA. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, имеют чистоту мономера, которая снижается на не более чем 5% после воздействия на антитело или антигенсвязывающий фрагмент типичным белым светом при 2 клк/ч при 23⁰C в течение 14 дней.

[0018] В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, связываются с LukF, LukD и/или HlgB, и/или где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент нейтрализуют LukF, LukD и/или HlgB. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, связываются с LukF, LukD и HlgB, и/или где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент нейтрализуют LukF, LukD и HlgB. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, связываются с тем же эпитопом лейкотоксина S. aureus, что и антитело, содержащее VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:32, и VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:46. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, конкурентно подавляют связывание антитела, содержащего VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:32, и VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:46, с лейкотоксином S. aureus. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат CDR1 VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:7, CDR2 VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:8, CDR3 VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:9, CDR1 VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:16, CDR2 VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:17, и CDR3 VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:18. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:32. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:46. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат тяжелую цепь, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:50. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат легкую цепь, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:54. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат CDR1 VH, CDR2 VH, CDR3 VH, CDR1 VL, CDR2 VL и CDR3 VL SAN481-SYT. В определенных случаях CDR представляют собой CDR, определенные по Кабату, CDR, определенные по Чотиа, или CDR, определенные по AbM. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, дополнительно содержат константную область тяжелой цепи. В определенных случаях константная область тяжелой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина IgG₁, IgG₂, IgG₃, IgG₄, IgA₁ и IgA₂. В определенных случаях константная область тяжелой цепи представляет собой константную область человеческого IgG₁. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, дополнительно содержат константную область легкой цепи. В определенных случаях константная область легкой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей легкой цепи человеческого иммуноглобулина IgGκ и IgGλ. В определенных случаях константная область легкой цепи представляет собой константную область легкой цепи человеческого IgGκ. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, представляют собой антитело класса IgG или его антигенсвязывающий фрагмент. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат Fc-область, которая была сконструирована для увеличения времени полужизни. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат Fc-область с мутацией YTE. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, представляют собой моноклональное антитело или антигенсвязывающий фрагмент. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, представляют собой полноразмерное антитело. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, представляют собой антигенсвязывающий фрагмент. В определенных случаях антигенсвязывающий фрагмент содержит Fab, Fab', F(ab')₂, одноцепочечный Fv (scFv), связанный дисульфидной связью Fv, интраантитело, IgGΔCH2, миниантитело, F(ab')₃, тетраантитело, триантитело, диантитело, DVD-Ig, Fcab, mAb², (scFv)₂ или scFv-Fc. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, характеризуются аффинностью по отношению к LukF, LukD и HlgAB S. aureus, составляющей менее 75 пM. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, характеризуются сопоставимыми значениями аффинности связывания по отношению к LukF, LukD и HIgB.

[0019] В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой сепсис. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой бактериемию. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой пневмонию. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой пневмонию, вызываемую S. aureus, представляющую собой пневмонию в отделении интенсивной терапии (ICU). В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой инфекцию кожи или мягких тканей (SSTI). В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой инфекцию нижних конечностей у больного диабетом. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой язву при синдроме диабетической стопы (DFU). В определенных случаях DFU является неинфицированной. В определенных случаях DFU является инфицированной. В определенных случаях DFU представляет собой DFU 1, 2 или 3 степени. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой инфекцию костей или суставов. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой инфекцию суставов, инфекцию, ассоциированную с медицинским изделием в организме, раневую инфекцию, хирургическую раневую инфекцию или остеомиелит.

[0020] В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, субъектом является субъект хирургического профиля.

[0021] В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, предусматривает инфекцию антибиотикорезистентным S. aureus.

[0022] В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, у субъекта имеется диабет. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, субъекта является человеком.

[0023] В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, лечение или предотвращение инфекции, вызываемой S. aureus, включает подавление агглютинации, обусловленной S. аureus, нейтрализацию токсинов, индуцирование опсонофагоцитоза, подавление связывания фибриногена, обусловленного S. aureus, подавление агглютинации, обусловленной S. aureus, подавление образования тромбоэмболических очагов, подавление сепсиса, ассоциированного с S. aureus, или любую комбинацию вышеизложенного.

[0024] В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, вводят в одной фармацевтической композиции. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, вводят в отдельных фармацевтических композициях. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, вводят в одной фармацевтической композиции. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, вводят в отдельных фармацевтических композициях. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, вводят в одной фармацевтической композиции. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S. aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, вводят в отдельных фармацевтических композициях. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, отдельные фармацевтические композиции вводят одновременно. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, отдельные фармацевтические композиции вводят последовательно. В определенных случаях способа, композиции, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfА S. aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, вводят в одной фармацевтической композиции.

[0025] В данном документе также представлены способы лечения или предотвращения инфекции, вызываемой S. aureus, у субъекта с диабетом, включающие введение субъекту антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с АТ S. aureus.

[0026] В данном документе также представлены антитела или их антигенсвязывающие фрагменты, которые связываются с АТ S. aureus, для применения в лечении или предотвращении инфекции, вызываемой S. aureus, у субъекта с диабетом.

[0027] В данном документе также представлены варианты применения антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с АТ S. aureus, в получении лекарственного препарата, предназначенного для лечения или предотвращения инфекции, вызываемой S. aureus, у субъекта с диабетом.

[0028] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, связываются с тем же эпитопом АТS. aureus, что и антитело, содержащее VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:33.

[0029] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, конкурентно подавляют связывание антитела, содержащего VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19, и VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:33, с АТ S. aureus.

[0030] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат CDR1 VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:1, CDR2 VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:2, CDR3 VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:3, CDR1 VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:10, CDR2 VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:11, и CDR3 VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:12.

[0031] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат VH, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:19.

[0032] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат VL, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:33.

[0033] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат тяжелую цепь, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:47.

[0034] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат легкую цепь, содержащую аминокислотную последовательность под SEQ ID NO:52.

[0035] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат CDR1 VH, CDR2 VH, CDR3 VH, CDR1 VL, CDR2 VL и CDR3 VL MEDI4893. В определенных случаях CDR представляют собой CDR, определенные по Кабату, CDR, определенные по Чотиа, или CDR, определенные по AbM.

[0036] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, дополнительно содержат константную область тяжелой цепи. В определенных случаях константная область тяжелой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина IgG₁, IgG₂, IgG₃, IgG₄, IgA₁ и IgA₂. В определенных случаях константная область тяжелой цепи представляет собой константную область человеческого IgG₁.

[0037] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, дополнительно содержат константную область легкой цепи. В определенных случаях константная область легкой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей легкой цепи человеческого иммуноглобулина IgGκ и IgGλ. В определенных случаях константная область легкой цепи представляет собой константную область легкой цепи человеческого IgGκ.

[0038] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, представляют собой антитело класса IgG или его антигенсвязывающий фрагмент.

[0039] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат Fc-область, которая была сконструирована для увеличения времени полужизни.

[0040] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, содержат Fc-область с мутацией YTE.

[0041] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, представляют собой моноклональное антитело или антигенсвязывающий фрагмент.

[0042] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. аureus, представляют собой полноразмерное антитело.

[0043] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, представляют собой антигенсвязывающий фрагмент. В определенных случаях антигенсвязывающий фрагмент содержит Fab, Fab', F(ab')₂, одноцепочечный Fv (scFv), связанный дисульфидной связью Fv, интраантитело, IgGΔCH2, миниантитело, F(ab')₃, тетраантитело, триантитело, диантитело, DVD-Ig, Fcab, mAb², (scFv)₂ или scFv-Fc.

[0044] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S. aureus, характеризуются аффинностью по отношению к АТ S. aureus, составляющей 80-100 пМ.

[0045] В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой сепсис. В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой бактериемию. В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой пневмонию. В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой пневмонию в ICU. В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой SSTI. В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой инфекцию нижних конечностей у больного диабетом. В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой DFU. В определенных случаях DFU является неинфицированной. В определенных случаях DFU является инфицированной. В определенных случаях DFU представляет собой DFU 1, 2 или 3 степени. В определенных случаях способа, антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или применения, представленных в данном документе, инфекция, вызываемая S. aureus, представляет собой инфекцию костей или суставов.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ НЕСКОЛЬКИХ ИЗОБРАЖЕНИЙ ГРАФИЧЕСКИХ МАТЕРИАЛОВ

[0046] На фигуре 1 схематически показано, что с помощью ряда моделей на животных обосновывается применение комбинации антител, направленных против альфа-токсина (AT), фактора слипания A (ClfA) и лейкотоксинов, для достижения широкого охвата штаммов и заболеваний.

[0047] Фигура 2 представляет собой график, показывающий эффективность комбинации антител, направленных против AT, ClfA и лейкотоксинов (MEDI6389), в подавлении гемолиза эритроцитов (RBC) по сравнению с эффективностью антитела, направленного только против AT (MEDI4893*), и с эффективностью комбинации антител, направленных против ClfA (SAR114) и лейкотоксинов (SAN481-SYT*). (См. пример 1.)

[0048] Фигура 3 представляет собой график, показывающий эффективность комбинации антител, направленных против AT, ClfA и лейкотоксинов (MEDI6389), в поддержании выживаемости моноцитов по сравнению с эффективностью антитела, направленного только против лейкотоксинов (SAN481-SYT*), и с эффективностью комбинации антител, направленных против AT (MEDI4893*) и ClfA (SAR114). (См. пример 1.)

[0049] Фигура 4 представляет собой график, показывающий эффективность комбинации антител, направленных против AT, ClfA и лейкотоксинов (MEDI6389), в подавлении связывания фибриногена (Fg) по сравнению с эффективностью антитела, направленного только против ClfA (SAR114), и эффективностью комбинации антител, направленных против AT (MEDI4893*) и лейкотоксинов (SAN481-SYT*). (См. пример 1.)

[0050] На фигуре 5 представлен график и изображения, показывающие, что комбинация SAN481-SYT* и MEDI4893* превосходит по активности SAN481-SYT* или MEDI4893* по отдельности в модели дермонекроза с изолятом раны, вызываемой S. aureus. (См. пример 2.)

[0051] На фигуре 6 представлены графики, показывающие, что нейтрализация AT, ClfA и лейкотоксинов необходима для защиты на модели бактериемии кролика. (См. пример 3.)

[0052] На фигуре 7 представлены графики, сравнивающие эффективность комбинации антител, направленных против AT, ClfA и лейкотоксинов (MEDI6389), в отношении двух разных бактериальных инфекций кровотока: HA-MRSA NRS382 (верхняя панель) и CA-MRSA SF8300 (нижняя панель). (См. пример 4.)

[0053] На фигуре 8 представлен график и изображения, показывающие, что смешанная инфекция, вызываемая S. aureus (SA), Pseudomonas aeruginosa (PA) и Streptococcus pyogenes (SP), приводила к замедленному закрытию кожных поражений в модели дермонекроза у мышей с диабетом по сравнению с инфекцией, вызываемой только SA. На изображениях показаны поражения на 43 день после внутрикожного заражения. (См. пример 5.)

[0054] На фигуре 9 представлены графики и изображения, показывающие, что комбинация антител, направленных против AT, ClfA и лейкотоксинов (MEDI6389), приводит к улучшению заживления ран, вызванных смешанными бактериальными инфекциями. (См. пример 5.)

[0055] На фигуре 10 представлено выравнивание последовательностей HIgB (SEQ ID NO:59), LukF (SEQ ID NO:60) и LukD (SEQ ID NO:61).

[0056] На фигурах 11A-G показано, что повышенные уровни глюкозы коррелируют с более тяжелыми инфекциями, вызываемыми S. aureus. (A и B). После инфицирования S. aureus у мышей db/db (A) и STZ (B) с диабетом наблюдалась повышенная смертность по сравнению с контрольными животными, не страдающими диабетом. (C) После инфицирования S. aureus у мышей db/db с диабетом наблюдались такие же уровни S. aureus в почках, как и у контрольных животных, не страдающих диабетом. (D) После инфицирования S. aureus у мышей STZ с диабетом в почках наблюдались такие же уровни S. aureus в почках, как и у контрольных животных, не страдающих диабетом. (E, F и G) Лечение розиглитазоном в течение 1 недели до инфицирования S. aureus приводило к снижению уровней глюкозы в циркулирующей крови (E) и увеличению выживаемости (F), но не влияло на бактериальную нагрузку в почках (G). (См. пример 7.)

[0057] На фигурах 12A-D показано, что системная инфекция у хозяина с диабетом приводит к AT-зависимому увеличению уровней циркулирующих NET. (A) После инфицирования S. aureus с помощью ELISA обнаруживали повышенные сывороточные уровни NET у мышей с диабетом по сравнению с контрольными животными, не страдающими диабетом. (B) Нейтрализация альфа-токсина (AT) S. aureus с помощью моноклонального антитела к альфа-токсину MEDI4893* приводила к значительному снижению количества комплексов NE-DNA в сыворотке крови у мышей с диабетом через 48 часов после инфицирования. (C) После инфицирования S. aureus с помощью вестерн-блоттинга показано повышенное содержание цитринулированного гистона H3 (H3cit) у мышей с диабетом по сравнению с контрольными животными, не страдающими диабетом. (D) Нейтрализация АТ S. aureus приводила к увеличению выживаемости мышей с диабетом, инфицированных S. aureus. (См. пример 8.)

[0058] На фигурах 13A-D показано, что у мышей db/db с диабетом повышено количество нейтрофилов низкой плотности (LDN). (A) После инфицирования S. aureus количество LDN в крови инфицированных мышей db/db с диабетом было значительно увеличено по сравнению с неинфицированными мышами db/db или контрольными животными, не страдающими диабетом. (B) Лечение розиглитазоном в течение 1 недели до инфицирования S. aureus приводило к снижению LDN через 48 часов после инфицирования. (C и D) Нейтрализация АТ S. aureus до инфицирования приводила к снижению LDN (C), но не влияла на общее количество нейтрофилов (D) у мышей db/db с диабетом. (См. пример 9.)

[0059] На фигуре 14 показано, что после инфицирования S. aureus у мышей STZ с диабетом наблюдалось повышение количества нейтрофилов низкой плотности LDN. (См. пример 9.)

[0060] На фигуре 15A-D показано, что доставка TGFβ-нейтрализующего антитела до инфицирования является защитной для мышей с диабетом. (A) TGFβ значительно увеличивал количество LDN в крови db/db с диабетом, но не в крови контрольных животных, не страдающих диабетом. (B и C) Доставка TGFβ-нейтрализующего антитела, обеспеченная до инфицирования S. aureus, приводила к снижению количества LDN в крови (B), но не влияла на количество бактерий в почках (C). (D) Доставка TGFβ-нейтрализующего антитела, обеспеченная до инфицирования, приводила к увеличению выживаемости мышей db/db с диабетом. (См. пример 10.)

[0061] На фигурах 16A-E показано, что блокирование пути αVβ6/8 до инфицирования является защитным у мышей с диабетом. (A) Количество β8-положительных воспалительных моноцитов и дендритных клеток (DC) увеличивалось в печени мышей db/db с диабетом, но не у мышей C57BKS после инфицирования. (B) Экспрессия интегрина увеличивалась на поверхности моноцитов, а общее количество DC (но не плотность β8 на DC) возрастало. (C) Нейтрализация αVβ6/8 перед инфицированием приводила к снижению LDN в кровотоке по сравнению с введением антитела к αVβ6 или контрольного антитела (c-IgG). (D) Нейтрализация αVβ6/8 перед инфицированием не влияла на количество бактерий в почках. (E) Нейтрализация αVβ6/8 перед инфицированием приводила к увеличению выживаемости по сравнению с введением контрольного антитела (c-IgG). (См. пример 10.)

[0062] На фигурах 17A-C показано, что AT влияет на активацию TGFβ независимо от экспрессии αVβ8 на клетках врожденного иммунитета. (A) Уровни pSMAD были выше в печени инфицированных мышей с диабетом по сравнению с наивными мышами с диабетом и инфицированными мышами, не страдающими диабетом. (B) Нейтрализация AT приводила к значительному снижению уровней pSMAD в печени. (C) Нейтрализация AT не приводила к изменению количества клеток врожденного иммунитета, экспрессирующих αVβ8. (См. пример 11.)

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0063] В настоящем изобретении представлены комбинации антител и их антигенсвязывающих фрагментов (например, моноклональных антител и их антигенсвязывающих фрагментов), которые связываются с альфа-токсином (AT), фактором слипания A (ClfA) и по меньшей мере одним лейкотоксином Staphylococcus aureus (S. aureus). В настоящем изобретении также представлены способы применения таких комбинаций, например, для лечения или предупреждения инфекций, вызываемых S. aureus.

Определения

[0064] Используемый в данном документе термин “альфа-токсин” или “AT” относится к полипептидам бактериального альфа-токсина, включая без ограничения нативные полипептиды альфа-токсина и изоформы полипептидов альфа-токсина. Термин “альфа-токсин” охватывает полноразмерные непроцессированные полипептиды альфа-токсина, а также формы полипептидов альфа-токсина, которые появляются в результате процессинга внутри клетки. Используемый в данном документе термин "альфа-токсин S. aureus" относится к полипептиду, содержащему следующую аминокислотную последовательность: adsdiniktgttdigsnttvktgdlvtydkengmhkkvfysfiddknhnkkllvirtkgtiagqyrvyseeganksglawpsafkvqlqlpdnevaqisdyyprnsidtkeymstltygfngnvtgddtgkiggliganvsightlkyvqpdfktilesptdkkvgwkvifnnmvnqnwgpydrdswnpvygnqlfmktrngsmkaadnfldpnkassllssgfspdfatvitmdrkaskqqtnidviyervrddyqlhwtstnwkgtntkdkwtdrsserykidwekeemtn (SEQ ID NO:57). Мутант H35L альфа-токсина S. aureus имеет последовательность adsdiniktgttdigsnttvktgdlvtydkengmlkkvfysfiddknhnkkllvirtkgtiagqyrvyseeganksglawpsafkvqlqlpdnevaqisdyyprnsidtkeymstltygfngnvtgddtgkiggliganvsightlkyvqpdfktilesptdkkvgwkvifnnmvnqnwgpydrdswnpvygnqlfmktrngsmkaadnfldpnkassllssgfspdfatvitmdrkaskqqtnidviyervrddyqlhwtstnwkgtntkdkwtdrsserykidwekeemtn (SEQ ID NO:58).

[0065] Термины “полинуклеотид альфа-токсина”, “нуклеотид альфа-токсина” или “нуклеиновая кислота альфа-токсина” относятся к полинуклеотиду, кодирующему альфа-токсин.

[0066] Используемый в данном документе термин “фактор слипания A” или “ClfA” относится к полипептидам бактериального фактора слипания A, включая без ограничения нативные полипептиды фактора слипания A и изоформы полипептидов фактора слипания A. Термин “фактор слипания A” охватывает полноразмерные непроцессированные полипептиды фактора слипания A, а также формы полипептидов фактора слипания A, которые появляются в результате процессинга внутри клетки. Термины “полинуклеотид фактора слипания A”, “нуклеотид фактора слипания А” или “нуклеиновая кислота фактора слипания А” относятся к полинуклеотиду, кодирующему альфа-токсин.

[0067] Используемый в данном документе термин “лейкотоксин” относится к полипептидам бактериального лейкотоксина, включая без ограничения нативные полипептиды лейкотоксина и изоформы полипептидов лейкотоксина. Термин “лейкотоксин” охватывает полноразмерные непроцессированные полипептиды лейкотоксина, а также формы полипептидов лейкотоксина, которые появляются в результате процессинга внутри клетки. Лейкотоксины включают LukSF, лейкотоксин ED (LukED), HlgAB, HlgCB) и лейкотоксин AB (LukAB, также известный как LukGH). Используемый в данном документе термин "HIgB S. aureus" относится к полипептиду, содержащему аминокислотную последовательность SEQ ID NO:59. Используемый в данном документе термин "LukF S. aureus" относится к полипептиду, содержащему аминокислотную последовательность SEQ ID NO:60. Используемый в данном документе термин "LukD S. aureus" относится к полипептиду, содержащему аминокислотную последовательность SEQ ID NO:61. Используемый в данном документе термин "HIgB S. aureus" относится к полипептиду, содержащему аминокислотную последовательность SEQ ID NO:59. (См. фигуру 10.) Термины “полинуклеотид лейкотоксина”, “нуклеотид лейкотоксина” или “нуклеиновая кислота лейкотоксина” относятся к полинуклеотиду, кодирующему лейкотоксин.

[0068] Термин “антитело” обозначает молекулу иммуноглобулина, которая распознает мишень, такую как белок, полипептид, пептид, углевод, полинуклеотид, липид или комбинации вышеуказанных, и специфично связывается с ней посредством по меньшей мере одного антигенраспознающего участка в вариабельной области молекулы иммуноглобулина. Используемый в данном документе термин “антитело” охватывает интактные поликлональные антитела, интактные моноклональные антитела, химерные антитела, гуманизированные антитела, человеческие антитела, слитые белки, содержащие антитело, а также любую другую модифицированную молекулу иммуноглобулина при условии, что антитела проявляют требуемую биологическую активность. Антитело может относиться к любому из пяти основных классов иммуноглобулинов: IgA, IgD, IgE, IgG и IgM или их подклассов (изотипов) (например, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 и IgA2) на основании идентичности их константных доменов тяжелой цепи, обозначаемых соответственно как альфа, дельта, эпсилон, гамма и мю. Разные классы иммуноглобулинов имеют различные и хорошо известные структуры субъединиц и трехмерные пространственные конфигурации. Антитела могут быть "голыми" или конъюгированными с другими молекулами, такими как токсины, радиоактивные изотопы и т.д.

[0069] Термин "моноклональные антитела", используемый в данном документе, относится к антителам, которые продуцируются одним клоном B-клеток и связываются с одним и тем же эпитопом. И наоборот, термин "поликлональные антитела" относится к популяции антител, которые продуцируются различными B-клетками и связываются с различными эпитопами одного и того же антигена.

[0070] Термин “фрагмент антитела” относится к части интактного антитела. “Антигенсвязывающий фрагмент”, “антигенсвязывающий домен” или “антигенсвязывающая область” относится к части интактного антитела, которая связывается с антигеном. Антигенсвязывающий фрагмент может содержать области интактного антитела, распознающие антиген (например, определяющие комплементарность области (CDR)). Примеры антигенсвязывающих фрагментов антител включают без ограничения Fab-, Fab'-, F(ab')2- и Fv-фрагменты, линейные антитела и одноцепочечные антитела. Антигенсвязывающий фрагмент антитела может быть получен у любого вида животных, таких как грызуны (например, мышь, крыса или хомяк) и у людей, или может быть получен искусственно.

[0071] Полное антитело, как правило, состоит из четырех полипептидов: двух идентичных копий полипептида тяжелой (H) цепи и двух идентичных копий полипептида легкой (L) цепи. Каждая из тяжелых цепей содержит одну N-концевую вариабельную (VH) область и три C-концевых константных (CH1, CH2 и CH3) области, и каждая легкая цепь содержит одну N-концевую вариабельную (VL) область и одну C-концевую константную (CL) область. Вариабельные области каждой пары легкой и тяжелой цепей образуют антигенсвязывающий сайт антитела. Области VH и VL характеризуются одинаковой общей структурой, при этом каждая область содержит четыре каркасные области, последовательности которых являются относительно консервативными. Используемый в данном документе термин “каркасная область” относится к относительно консервативным аминокислотным последовательностям в вариабельной области, которые расположены между гипервариабельными или определяющими комплементарность областями (CDR). В каждом вариабельном домене присутствуют четыре каркасных области, которые обозначены FR1, FR2, FR3 и FR4. Каркасные области образуют β-складки, которые обеспечивают структурный каркас вариабельной области (см., например C.A. Janeway et al. (eds.), Immunobiology, 5^th Ed., Garland Publishing, New York, NY (2001)). Три CDR, известные как CDR1, CDR2 и CDR3, образуют “гипервариабельную область” антитела, которая отвечает за связывание антигена.

[0072] Термины “VL” и “домен VL” используются взаимозаменяемо для обозначения вариабельной области легкой цепи антитела.

[0073] Термины “VH” и “VH домен” используются взаимозаменяемо для обозначения вариабельной области тяжелой цепи антитела.

[0074] Выражение “нумерация по Кабату” и подобные выражения известны в данной области техники и относятся к системе нумерации аминокислотных остатков в вариабельных областях тяжелой и легкой цепей антитела или его антигенсвязывающего фрагмента. В определенных случаях CDR могут быть определены в соответствии с системой нумерации по Кабату (см., например, Kabat EA & Wu TT (1971) Ann NY Acad Sci 190: 382-391 and Kabat EA et al., (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242). Согласно используемой системы нумерации по Кабату CDR в молекуле тяжелой цепи антитела, как правило, присутствуют в положениях аминокислот с 31 по 35, которые необязательно могут включать одну или две дополнительные аминокислоты, следующие после 35 (обозначены в схеме нумерации по Кабату как 35A и 35B) (CDR1), положениях аминокислот с 50 по 65 (CDR2) и положениях аминокислот с 95 по 102 (CDR3). Используя систему нумерации по Кабату, CDR в молекуле легкой цепи антитела, как правило, присутствуют в положениях аминокислот с 24 по 34 (CDR1), в положениях аминокислот с 50 по 56 (CDR2) и в положениях аминокислот с 89 по 97 (CDR3). В конкретном варианте осуществления CDR антител, описанных в данном документе, были определены в соответствии со схемой нумерации по Кабату.

[0075] В отличие от этого Чотиа ссылается на расположение структурных петель (Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)). Конец петли CDR-H1 по Чотиа при нумерации с использованием системы нумерации по Кабату варьирует от H32 до H34 в зависимости от длины петли (это обусловлено тем, что в соответствии со схемой нумерации по Кабату вставки расположены в H35A и H35B; при этом если не присутствуют ни 35A, ни 35B, то петля заканчивается на 32; если присутствует только 35A, то петля заканчивается на 33; если присутствуют как 35A, так и 35B, то петля заканчивается на 34). Определение гипервариабельных участков по AbM представляет собой компромисс между определением CDR по Кабату и структурных петель по Чотиа и применяется в программном обеспечении для моделирования антител AbM от Oxford Molecular.

[0076] Используемый в данном документе термин “константная область” или “константный домен” являются взаимозаменяемыми и имеют свое значение, общепринятое в данной области техники. Константная область представляет собой часть антитела, например, карбокси-концевую часть легкой и/или тяжелой цепи, которая не вовлечена непосредственно в связывание антитела с антигеном, но может проявлять различные эффекторные функции, такие как взаимодействие с Fc-рецептором. Константная область молекулы иммуноглобулина обычно имеет более консервативную аминокислотную последовательность по сравнению с вариабельным доменом иммуноглобулина.

[0077] Используемый в данном документе “термин тяжелая цепь”, когда он используется в отношении антитела, может относиться к любому отдельному типу, например, альфа (α), дельта (δ), эпсилон (ε), гамма (γ) и мю (µ), исходя из аминокислотной последовательности константного домена, которые дают начало классам антител IgA, IgD, IgE, IgG и IgM соответственно, включая подклассы IgG, например, IgG₁, IgG₂, IgG₃ и IgG₄. Аминокислотные последовательности тяжелых цепей хорошо известны в данной области техники. В конкретных вариантах осуществления тяжелая цепь представляет собой человеческую тяжелую цепь.

[0078] Используемый в данном документе термин “легкая цепь” при использовании в отношении антитела может относиться к любому отдельному типу, например, каппа (κ) или лямбда (λ), исходя из аминокислотной последовательности константных доменов. Аминокислотные последовательности легких цепей хорошо известны в данной области техники. В конкретных вариантах осуществления легкая цепь представляет собой человеческую легкую цепь.

[0079] “Химерное” антитело относится к антителу или его фрагменту, содержащему как человеческие области, так и области, отличные от человеческих. “Гуманизированное” антитело представляет собой антитело, содержащее каркас человеческого антитела и по меньшей мере одну CDR, полученную из антитела, отличного от человеческого, или произошедшую из него. Антитела, отличные от человеческих, включают антитела, выделенные у любого животного, отличного от человека, такого как, например, грызун (например, мышь или крыса). Гуманизированное антитело может содержать одну, две или три CDR, полученных из антитела, отличного от человеческого, или произошедших из него. Полностью человеческое антитело не содержит аминокислотных остатков, полученных от животного, отличного от человека, или произошедших из него. Следует принимать во внимание, что полностью человеческие и гуманизированное антитела несут меньший риск индуцирования иммунных ответов у людей, чем мышиные или химерные антитела (см., например, Harding et al., mAbs, 2(3): 256-26 (2010)).

[0080] Используемый в данном документе термин “эпитоп” относится к локализованной области антигена, с которой может специфически связываться антитело или его антигенсвязывающий фрагмент. Эпитоп может представлять собой, например, смежные аминокислоты полипептида (линейный или смежный эпитоп), или эпитоп может, например, собираться из двух или более несмежных областей полипептида или полипептидов (конформационный, нелинейный, прерывистый или несмежный эпитоп). В определенных вариантах осуществления эпитоп, с которым связывается антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, можно определить, например, с помощью ЯМР-спектроскопии, рентгеноструктурных кристаллографических исследований, анализов ELISA, водородно-дейтериевого обмена в сочетании с масс-спектрометрией (например, жидкостной хроматографией-масс-спектрометрией с электрораспылением), анализов сканирования олигопептидов на основе матрицы и/или картирующего мутагенеза (например, сайт-направленного картирующего мутагенеза). Для рентгеновской кристаллографии кристаллизацию можно выполнять с использованием любой из известных в данной области техники методик (например, Giegé R et al., (1994) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 50(Pt 4): 339-350; McPherson A (1990) Eur J Biochem 189: 1-23; Chayen NE (1997) Structure 5: 1269-1274; McPherson A (1976) J Biol Chem 251: 6300-6303). Кристаллы антитело/его антигенсвязывающий фрагмент: антиген можно изучать с использованием хорошо известных рентгеноструктурных методик и можно уточнять с использованием компьютерного программного обеспечения, такого как X-PLOR (Yale University, 1992, распространяется Molecular Simulations, Inc.; см., например, Meth Enzymol (1985) volumes 114 & 115, eds Wyckoff HW et al.,; US 2004/0014194) и BUSTER (Bricogne G (1993) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 49(Pt 1): 37-60; Bricogne G (1997) Meth Enzymol 276A: 361-423, ed. Carter CW; Roversi P et al., (2000) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 56(Pt 10): 1316-1323). Исследования по картирующему мутагенезу можно выполнить с использованием любого способа, известного специалисту в данной области техники. См., например, Champe M et al., (1995) J Biol Chem 270: 1388-1394 и Cunningham BC & Wells JA (1989) Science 244: 1081-1085 для описания методов мутагенеза, включая методы мутагенеза с аланиновым сканированием.

[0081] Антитело, которое “связывается с тем же эпитопом”, что и референтное антитело, относится к антителу, которое связывается с теми же аминокислотными остатками, что и референтное антитело. Способность антитела связываться с тем же эпитопом, что и референтное антитело, можно определить с помощью анализа на основе водородно-дейтериевого обмена (см. Coales et al. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009; 23: 639-647) или рентгеновской кристаллографии.

[0082] Используемые в данном документе термины “иммуноспецифически связывается”, “иммуноспецифически распознает”, “специфически связывает” и “специфически распознает” являются аналогичными терминами в контексте антител или их антигенсвязывающих фрагментов. Эти термины указывают на то, что антитело или его антигенсвязывающий фрагмент связывается с эпитопом посредством своего антигенсвязывающего домена, и что связывание предполагает некоторую степень комплементарности между антигенсвязывающим доменом и эпитопом. Соответственно, например, антитело, которое “специфически связывается” с первым лейкотоксином S. aureus, может также связываться с другими лейкотоксинами S. aureus, но степень связывания с неродственным белком, отличным от лейкотоксина, составляет менее приблизительно 10% от связывания антитела с первым лейкотоксином S. aureus при измерении, например, с помощью радиоиммунологического анализа (RIA), твердофазного иммуноферментного анализа (ELISA), анализа связывания BiaCore или Оctet.

[0083] Утверждается, что антитело "конкурентно подавляет" связывание референтного антитела с данным эпитопом, если оно преимущественно связывается с этим эпитопом или перекрывающимся эпитопом в такой степени, что оно до некоторой степени блокирует связывание референтного антитела с эпитопом. Конкурентное подавление можно определить с помощью любого способа, известного в данной области техники, например, с помощью конкурентных анализов ELISA. Можно сказать, что антитело конкурентно подавляет связывание референтного антитела с данным эпитопом на по меньшей мере 90%, на по меньшей мере 80%, на по меньшей мере 70%, на по меньшей мере 60% или на по меньшей мере 50%.

[0084] Термин “последовательность нуклеиновой кислоты” предназначен для охвата полимера ДНК или РНК, т. е. полинуклеотида, который может быть одноцепочечным или двухцепочечным, и который может содержать неприродные или измененные нуклеотиды. Термины “нуклеиновая кислота” и “полинуклеотид”, используемые в данном документе, относятся к полимерной форме нуклеотидов любой длины, или к рибонуклеотидам (РНК), или к дезоксирибонуклеотидам (ДНК). Эти термины относятся к первичной структуре молекулы и, таким образом, включают двух- и одноцепочечную ДНК, а также двух- и одноцепочечную РНК. В качестве эквивалентов термины включают аналоги РНК или ДНК, полученные из аналогов нуклеотидов и модифицированных полинуклеотидов, таких как без ограничения метилированные и/или кэпированные полинуклеотиды. Нуклеиновые кислоты, как правило, связаны через фосфатные связи с образованием последовательностей нуклеиновых кислот или полинуклеотидов, хотя в данной области техники известны многие другие связи (например, фосфоротиоаты, боранофосфаты и т. п.).

[0085] Инфекция, вызываемая S. aureus, может проявляться, например, в виде инфекции кожи или мягких тканей (SSTI) или бактериемии. Бактерии S. aureus могут распространяться с кровотоком и инфицировать определенные участки тела, вызывая пневмонию, пневмонию в ICU, инфекцию нижних конечностей у больного диабетом, диабетическую язву стопы (DFU), инфекцию костей или суставов, инфекцию, ассоциированную с медицинским изделием в организме, раневую инфекцию, хирургическую раневую инфекцию или остеомиелит.

[0086] Термины “трансфекция”, “трансформация” или “трансдукция”, используемые в данном документе, относятся к введению одного или нескольких экзогенных полинуклеотидов в клетку-хозяина с использованием физических или химических методов. Многие методы трансфекции известны в данной области техники и включают, например, совместное осаждение ДНК фосфатом кальция (см., например Murray E.J. (ed.), Methods in Molecular Biology, Vol. 7, Gene Transfer and Expression Protocols, Humana Press (1991)); DEAE-декстраном; электропорацию; катионную трансфекцию, опосредованную липосомами; бомбардировку микрочастицами с помощью частиц вольфрама (Johnston, Nature, 346: 776-777 (1990)); и совместное осаждение ДНК фосфатом стронция (Brash et al., Mol. Cell Biol., 7: 2031-2034 (1987)). Фаговые или вирусные векторы могут быть введены в клетки-хозяева после роста инфекционных частиц в подходящих упаковывающих клетках, многие из которых являются коммерчески доступными.

[0087] Используемые в данном документе термины “лечение”, “осуществление лечения” и т.п. относятся к получению необходимого фармакологического и/или физиологического эффекта. В одном варианте осуществления эффект является терапевтическим, т.е. эффект обеспечивает частичное или полное излечение заболевания и/или неблагоприятного симптома, относящегося к заболеванию.

[0088] “Терапевтически эффективное количество” относится к количеству, эффективному в дозах и в течение периодов времени, необходимых для достижения требуемого терапевтического результата (например, лечения инфекции, вызываемой S. aureus). Терапевтически эффективное количество может варьироваться в соответствии с такими факторами, как состояние заболевания, возраст, пол и вес индивидуума и способность антитела или антигенсвязывающего фрагмента вызывать необходимый ответ у индивидуума.

[0089] “Профилактически эффективное количество” относится к количеству, эффективному в дозах и в течение периодов времени, необходимых для достижения требуемого профилактического результата (например, предупреждения инфекции, вызываемой S. aureus, или возникновения заболевания).

[0090] Выражения “вводить”, “осуществление введения”, “введение” и т.п., используемые в данном документе, относятся к способам, которые можно применять для осуществления доставки лекарственного средства, например, комбинации антител к S. aureus или их антигенсвязывающих фрагментов к требуемому месту биологического действия (например, внутривенное введение). Методики введения, которые можно использовать со средствами и способами, описанными в данном документе, можно найти, например, в Goodman and Gilman, The Pharmacological Basis of Therapeutics, текущее издание, Pergamon и в Remington’s, Pharmaceutical Sciences, текущее издание, Mack Publishing Co., Easton, Pa.

[0091] Введение "в комбинации с" одним или несколькими дополнительными терапевтическими средствами включает одновременное (совместное) или последовательное введение в любом порядке.

[0092] Используемые в настоящем изобретении и формуле изобретения формы единственного числа включают формы множественного числа, если из контекста явно не следует иное.

[0093] Если конкретно не указано или не очевидно из контекста, используемый в данном документе союз "или" понимают как включающий. Выражение "и/или", используемое в данном документе в такой фразе, как "A и/или B", предназначено для включения "как А, так и В", "А или В", "А" и "В". Аналогичным образом термин "и/или", используемый в такой фразе, как "A, B и/или C", предназначен для охвата каждого из следующих вариантов осуществления: А, В и С; А, В или С; А или С; А или В; В или С; А и С; А и В; В и С; А (отдельно); В (отдельно) и С (отдельно).

Антитела к Staphylococcus aureus и их комбинации

[0094] В данном документе предусмотрено, что антитела и их антигенсвязывающие фрагменты (например, моноклональные антитела и фрагменты), которые связываются с белками S. aureus, можно использовать в комбинации. В частности, антитела и их антигенсвязывающие фрагменты, которые связываются с белком, представляющим собой альфа-токсин (AT) S. aureus, антитела и их антигенсвязывающие фрагменты, которые связываются с белком, представляющим собой фактор слипания А (ClfA) S. aureus, и антитела и их антигенсвязывающие фрагменты, которые связываются с по меньшей мере одним белком, представляющим собой лейкотоксин S. aureus, можно успешно использовать в комбинации.

[0095] Альфа-токсин (AT) является ключевым фактором вирулентности при некоторых заболеваниях, вызываемых S. aureus, включая пневмонию, инфекции кожи и мягких тканей (SSTI) и бактериемию (Bubeck Wardenburg, J. and O. Schneewind, J. Exp. Med., 205: 287-294 (2008); Inoshima et al., J. Invest. Dermatol., 132: 1513-1516 (2012) и Foletti et al., выше). Пассивная иммунизация моноклональными антителами к AT снижала тяжесть заболевания в моделях пневмонии и дермонекроза (Hua et al., Antimicrob. Agents Chemother., 58: 1108-1117 (2014); Tkaczyk et al., Clin. Vaccine Immunol., 19: 377-385 (2012) и Ragle, B.E. and J. Wardenburg Bubeck, Infect. Immun., 77: 2712-2718 (2009)), а вакцинация анатоксином AT, содержащим мутацию H35L (ATH35L), защищала от смерти в мышиных моделях бактериемии с летальным исходом и пневмонии (Bubeck Wardenburg выше, Foletti et al. выше, Hua et al. выше, Ragle выше, Menzies, B.E. and D.S Kernodle, Infect. Immun., 77: 2712-2718 (2009) и Adhikari et al., PLoS One, 7: e38567 (2012)). AT способствует множеству аспектов патогенеза, обусловленного S. aureus, во время бактериемии и сепсиса, включая стимуляцию гипервоспалительного ответа, характерного для сепсиса, и активацию ADAM10-опосредованного расщепления эндотелиальных плотных контактов, что приводит к нарушению целостности сосудов (Powers et al., J. Infect. Dis., 206: 352-356 (2012); Wilke, G.A. and J. Bubeck Wardenburg, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 107: 13473-13478 (2010) и Becker et al., J Innate Immun., 6: 619-631 (2014)). Также было продемонстрировано, что AT нацеливается на тромбоциты, что предотвращает восстановление поврежденного эндотелиального барьера и способствует дисфункции органов за счет образования агрегатов тромбоцитов и нейтрофилов (Powers et al., Cell Host Microbe, 17: 775-787 (2015)). Структура и функция альфа-токсина подробно описаны, например, в Bhakdi, S. and J. Tranum-Jensen, Microbiol. Mol. Biol. Rev., 55(4): 733-751 (1991).

[0096] Моноклональные и поликлональные антитела, которые связывают AT, известны в данной области техники (см., например, Hua et al., Antimicrob. Agents Chemother., 58(2): 1108-1117 (2014) и Oganesyan et al., J. Biol. Chem., 289: 29874-29880 (2014)) и коммерчески доступны от, например, Sigma Aldrich (Сент-Луис, Миссури) и AbCam (Кембридж, Массачусетс). Иллюстративные антитела, которые связываются с AT, раскрыты, например, в патентных документах WO 2012/109285 и WO 2014/074540 (которые оба включены в данный документ посредством ссылки во всей своей полноте).

[0097] В одном случае антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с альфа-токсином (AT) S. aureus, содержат, состоят по сути из или состоят из (i) полипептида тяжелой цепи, содержащего аминокислотную последовательность CDR1 под SEQ ID NO:1, аминокислотную последовательность CDR2 под SEQ ID NO:2 и аминокислотную последовательность CDR3 под SEQ ID NO:3, и (ii) полипептида легкой цепи, содержащего аминокислотную последовательность CDR1 под SEQ ID NO:10, аминокислотную последовательность CDR2 под SEQ ID NO:11 и аминокислотную последовательность CDR3 под SEQ ID NO:12. В другом случае полипептид тяжелой цепи антитела или антигенсвязывающего фрагмента (например, моноклонального антитела или фрагмента), который специфически связывается с АТ S. aureus, содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности вариабельной области под SEQ ID NO:19. В другом случае полипептид легкой цепи антитела или антигенсвязывающего фрагмента (например, моноклонального антитела или фрагмента), который специфически связывается с АТ S. aureus, содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности вариабельной области под SEQ ID NO:33. В другом случае антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с АТ S. aureus, содержат, состоят по сути из или состоят из вариабельной области тяжелой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:19, и вариабельной области легкой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:33. В другом случае антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с АТ S. aureus, содержат, состоят по сути из или состоят из тяжелой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:47, и/или вариабельной области легкой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:52.

[0098] Было продемонстрировано, что среди многих поверхностных адгезинов S. aureus фактор слипания A (ClfA) играет важную роль в серьезных инфекциях кровотока (Foster et al., Nat. Rev. Microbiol., 12: 49-62 (2014) и Murphy et al., Hum. Vaccin., 7(Suppl): 51-59 (2011)). ClfA связывает фибриноген и способствует как прикреплению бактерий к фибриногену, так и слипанию бактерий, поэтому оба действия являются ключевыми в развитии инфекции кровотока, вызванной S. aureus (Vaudaux et al., Infect. Immun., 63: 585-590 (1995); McDevitt et al., Mol. Microbiol., 11: 237-248 (1994) и McDevitt et al., Eur. J. Biochem., 247: 416-424 (1997)). ClfA, связанный с фибрином или фибриногеном в месте повреждения, или нанесенный на постоянное устройство, может способствовать слипанию бактерий (Foster et al., выше) и скоплению бактерий, что, как считается, увеличивает бактериальную инвазивность (McDevitt et al., Eur. J. Biochem., 247: 416-424 (1997); McAdow et al., PLoS Pathog., 7:e1002307 (2011); Flick et al., Blood, 121: 1783-1794 (2013) и Rothfork et al., J. Immunol., 171: 5389-5395 (2003)). Также сообщалось, что ClfA нарушает депонирование комплемента, необходимое для опсонофагоцитарного уничтожения бактерий (OPK) (Hair et al., Infect. Immun., 78: 1717-1727 (2010)). В соответствии с этими наблюдениями, изогенные мутанты ΔclfA проявляли пониженную вирулентность в моделях инфекции (McAdow et al., выше; Josefsson et al., PLoS One, 3: e2206 (2008) и Josefsson et al., J Infect. Dis., 184: 1572-1580 (2001)). Кроме того, пассивная иммунизация человеческим обогащенным внутривенным (в/в) иммуноглобулином (Ig) (INH-A21 или Veronate) или моноклональным антителом (тефибазумабом или аурексисом) к ClfA улучшала исходы заболевания у пациентов с инфекциями кровотока, вызванными S. aureus (Vernachio et al., Antimcirob. Agents Chemother., 47: 3400-3406 (2003) и Vernachio et al., Antimicrob. Agents Chemother., 50: 511-518 (2006)). Однако эти препараты на основе антител не улучшили результаты клинических исследований профилактики или вспомогательной терапии ванкомицином для предотвращения или лечения бактериемии, вызванной S. aureus, у младенцев с очень низкой массой тела при рождении (DeJonge et al., J. Pediatr., 151: 260-265 (2007); Capparelli et al., Antimicrob. Agents Chemother., 49: 4121-4127 (2005) и Bloom et al., Pediatr. Infect. Dis., 24: 858-866 (2005)). Структура и функция ClfA подробно описаны, например, в McDevitt et al., Mol. Microbiol., 11: 237-248 (1994)).

[0099] Моноклональные и поликлональные антитела, которые связывают ClfA, известны в данной области техники (см., например патент США 7364738; Hall et al., Infect. Immun., 71(12): 6864-6870 (2003) и Vernachio et al., Antimicrob. Agents Chemother., 47(11): 3400-3406 (2003)) и коммерчески доступны от, например, Creative Biolabs (Ширли, Нью-Йорк). Иллюстративные антитела, которые связываются с ClfA, раскрыты, например, в патентных документах WO 2014/074540 и US 62/70262 (которые оба включены в данный документ посредством ссылки во всей своей полноте).

[00100] В одном случае антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с фактором слипания А (ClfA) S. aureus, содержат, состоят по сути из или состоят из (i) полипептида тяжелой цепи, содержащего аминокислотную последовательность CDR1 под SEQ ID NO:4, аминокислотную последовательность CDR2 под SEQ ID NO:5 и аминокислотную последовательность CDR3 под SEQ ID NO:6, и (ii) полипептида легкой цепи, содержащего аминокислотную последовательность CDR1 под SEQ ID NO:13, аминокислотную последовательность CDR2 под SEQ ID NO:14 и аминокислотную последовательность CDR3 под SEQ ID NO:15. В другом случае полипептид тяжелой цепи антитела или антигенсвязывающего фрагмента (например, моноклонального антитела или фрагмента), который специфически связывается с ClfA S. aureus, содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности вариабельной области под SEQ ID NO:20. В другом случае полипептид легкой цепи антитела или антигенсвязывающего фрагмента (например, моноклонального антитела или фрагмента), который специфически связывается с ClfA S. aureus, содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности вариабельной области под SEQ ID NO:34. В другом случае антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с ClfA S. aureus, содержат, состоят по сути из или состоят из вариабельной области тяжелой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:20, и вариабельной области легкой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:34. В определенных случаях антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с ClfA S. aureus, содержат константный домен тяжелой цепи, содержащий аминокислотную последовательность CSYHLC (SEQ ID NO:55), MHEACSYHLCQKSLSLS (SEQ ID NO:56) или аминокислоты 233-454 из SEQ ID NO:49. В другом случае антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с ClfA S. aureus, содержат, состоят по сути из или состоят из тяжелой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:49, и/или вариабельной области легкой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:53.

[00101] В другом случае антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с ClfA S. aureus (например, антитело с CDR, VH и/или VL или тяжелой или легкой цепями из SAR114-N3Y), характеризуются значениями IC50 по отношению к ClfA001, ClfA002 и ClfA004 в анализе подавления связывания фибриногена, которые находятся в пределах 2 мкг/мл друг от друга. Например, IC₅₀ антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по отношению ко всем ClfA001, ClfA002 и ClfA004 могут находиться в диапазоне от 1 мкг/мл до 5 мкг/мл. Все значения аффинности связывания (K_D) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по отношению к ClfA001, ClfA002 и ClfA004 могут находиться в диапазоне от 200 до 350 пМ.

[00102] В другом случае антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с ClfA S. aureus (например, антитело с CDR, VH и/или VL или тяжелой или легкой цепями из SAR114-N3Y), характеризуются мономерной чистотой, которая снижается на не более чем 5% после воздействия типичным белым светом при 2 клк/ч при температуре 23°C в течение 14 дней.

[00103] Лейкотоксины представляют собой еще один тип фактора вирулентности S. aureus. Лейкотоксины нацелены на разрушение широкого спектра иммунных клеток. Лейкотоксины включают лейкоцидин Пантона-Валентайна (LukSF-PV, также известный как LukSF), лейкотоксин ED (LukED), гамма-гемолизин (который существует в виде двух токсинов: HlgAB и HlgCB) и лейкотоксин AB (LukAB, также известный как LukGH). В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином, связываются с LukF, LukD и/или HIgAB. В определенных случаях антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином, связываются с LukF, LukD и HIgB.

[00104] В одном случае антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат, состоят по сути из или состоят из (i) полипептида тяжелой цепи, содержащего аминокислотную последовательность CDR1 под SEQ ID NO:7, аминокислотную последовательность CDR2 под SEQ ID NO:8 и аминокислотную последовательность CDR3 под SEQ ID NO:9, и (ii) полипептида легкой цепи, содержащего аминокислотную последовательность CDR1 под SEQ ID NO:16, аминокислотную последовательность CDR2 под SEQ ID NO:17 и аминокислотную последовательность CDR3 под SEQ ID NO:18. В другом случае полипептид тяжелой цепи антитела или антигенсвязывающего фрагмента (например, моноклонального антитела или фрагмента), который специфически связывается с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности вариабельной области под SEQ ID NO:32. В другом случае полипептид легкой цепи антитела или антигенсвязывающего фрагмента (например, моноклонального антитела или фрагмента), который специфически связывается с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности вариабельной области под SEQ ID NO:46. В другом случае антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат, состоят по сути из или состоят из вариабельной области тяжелой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:32, и вариабельной области легкой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:46. В другом случае антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые специфически связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат, состоят по сути из или состоят из тяжелой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:50, и/или вариабельной области легкой цепи, которая содержит, состоит по сути из или состоит из аминокислотной последовательности под SEQ ID NO:54.

[00105] Последовательности иллюстративных антител к AT, к ClFA и к лейкотоксину представлены ниже. Дополнительные антитела к AT представлены, например, в патенте США № 9527905, который включен в данный документ посредством ссылки во всей своей полноте. В определенных случаях описанные в данном документе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент связываются с AT, ClfA или по меньшей мере одним лейкотоксином и содержат шесть CDR антитела, перечисленных в двух таблицах ниже (т. е. три CDR VH антитела, перечисленных в первой таблице, и три CDR VL того же антитела, перечисленных во второй таблице).

[00106] Антитело к AT MEDI4893 представляет собой вариант MEDI4893* или “LC10” с увеличенным временем полужизни (YTE), описанный ранее в публикациях международных патентных заявок WO 2012/109285 и WO 2014/074540 (которые обе включены в данный документ посредством ссылки во всей своей полноте). Антитело к ClfA SAR114-N3Y описано в предварительной заявке на патент США № 62/702762. Антитело к лейкотоксину SAN481-SYT представляет собой вариант SAN481-SYT* с увеличенным временем полужизни (YTE). SAN481-SYT* не содержит мутацию YTE.

Аминокислотные последовательности CDR VH

Название антитела Мишень для антитела CDR1 VH
(SEQ ID NO:) CDR2 VH
(SEQ ID NO:) CDR3 VH
(SEQ ID NO:) MEDI4893 и MEDI4893* AT SHDMH (SEQ ID NO:1) GIGTAGDTYYPDSVKG (SEQ ID NO:2) DRYSPTGHYYGMDV
(SEQ ID NO:3) SAR114
и SAR114-N3Y ClfA NSYWS (SEQ ID NO:4) YLYSSGRTNYTPSLKS (SEQ ID NO:5) THLGGFHYGGGFWFDP (SEQ ID NO:6) 11H10 ClfA SFAMS (SEQ ID NO:62) AISGSGGNTYYADSVKG (SEQ ID NO:63) IAFDI (SEQ ID NO:64) SAN481-SYT и SAN481-SYT* Лейкотоксин TYAMH (SEQ ID NO:7) VTSFDGSNEYYIDSVKG (SEQ ID NO:8) DEYTGGWYSVGY (SEQ ID NO:9)

Аминокислотные последовательности CDR VL

Антитело Мишень для антитела CDR1 VL
(SEQ ID NO:) CDR2 VL
(SEQ ID NO:) CDR3 VL
(SEQ ID NO:) MEDI4893 и MEDI4893* AT RASQSISSWLA
(SEQ ID NO:10) KASSLES (SEQ ID NO:11) KQYADYWT
(SEQ ID NO:12) SAR114
и
SAR114-N3Y ClfA RASQSITSYLN
(SEQ ID NO:13) ASSSLQS (SEQ ID NO:14) QESYSTPPT (SEQ ID NO15) 11H10 ClfA RASQGIRNDLG (SEQ ID NO:65) VASSLQS (SEQ ID NO:66) LQHNSYPFT (SEQ ID NO:67) SAN481-SYT и SAN481-SYT * Лейкотоксин SGSSYNIGSNYVY (SEQ ID NO:16) RSIQRPS (SEQ ID NO:17) AAWDDSLRAWV (SEQ ID NO:18)

[00107] В определенных случаях описанные в данном документе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент связываются с AT, ClfA или по меньшей мере одним лейкотоксином и содержат VH антитела, перечисленного в следующей таблице, например, в комбинации с VL.

Аминокислотная последовательность вариабельной области тяжелой цепи (VH)

Антитело Мишень для антитела Аминокислотная последовательность VH (SEQ ID NO) MEDI4893 и MEDI4893* AT EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSHDMHWVRQATGKGLEWVSGIGTAGDTYYPDSVKGRFTISRENAKNSLYLQMNSLRAGDTAVYYCARDRYSPTGHYYGMDVWGQGTTVTVSS (SEQ ID NO:19) SAR114
и
SAR114-N3Y ClfA QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSIQNSYWSWIRQPPGKGLEWIGYLYSSGRTNYTPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTHLGGFHYGGGFWFDPWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:20) 11H10 ClfA EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSFAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGNTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKIAFDIWGQGTMVTVSS (SEQ ID NO:68) SAR72 ClfA EVQLVESGGGLVKPGGSLRVSCAASGFSFRNALMSWVRQAPGKGLEWVGRSKTDGGTTDYAAPVKGRFTISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTTGPGGGPPGDYYYDGMDVWGQGTTVTVSS (SEQ ID NO:21) SAR80 ClfA EVQLVESGGDLVKPGGSLRLSCAASGFTFSDAWMTWVRQAPGKGLEWVGRIRSKTAGGTTDYAAPVKGRFTISRDDSKNTLYLQMTSLKIEDTALYYCMTDGLGLLNFGDSDPHHYWGQGTRVTVSS (SEQ ID NO:22) SAR113 ClfA EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKAXGYXFTSYWIGWVRQVPGKGLEWMGIIYPGDSDTRHSPSFQGQVTISVDKSISTAYLQWSSLKASDSAMYYCARHQSGSHGFDAFEIWGQGTMVTVSS (SEQ ID NO:23) SAR132 ClfA EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYNFTNYWIAWVRQMPGKGLEWMGIIYSGDSDTRYSPSFLGQVSISVDKSFTTAYLQWRSLKASDTAMYYCARRPGGQKPYDYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:24) SAR352 ClfA EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFNNAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSETAGGTTDYAAPVKGRFSISRDDSRNTLYLEMNSLKTEDTAVYYCTTDSYTPLEEPCPNGVCYTYYYYGMDVWGQGTTVTVSS (SEQ ID NO:25) SAR372 ClfA EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFIFNRYSMNWVRQAPGKGLEWVSYISSSSSPIYYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRDEDTAVYYCASRVTLGLEFDFWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:26) SAR510 ClfA QVTLRESGPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVGWIRQPPGKALEWLALIEWDDDKYYNTSLKTRLSISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTGTYYCARHSSSSRGFDYWGQGALVTVSS (SEQ ID NO:27) SAR547 ClfA EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTTYWIAWVRQMPGKGLEWMGIIYPGDSDTRYSPSFQGQVTISADKSTATAYLQWSSLNASDSAMYYCARQGGSHGYDAFHMWGQGTMVTVSS (SEQ ID NO:28) SAS1 ClfA EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCTASGFTFSTYALNWVRQAPGKGLEWVAGINGTGYNTYYADSVRGRFTISRDNSKNTVTLEMNSLRVEDTATYYCHKVPWWGQGTLVSVSS (SEQ ID NO: 29) SAS19 ClfA QVQLQESGPRLVKPSETLSLTCFVSGGSINNSYWTWIRQPPGQGLEWIGFVFSSGRTNYSPSLKSRVTISVDTSKNLFSLRLTSVTAADTAVYFCARQVHYDFWSGYSLTKTNWFDPWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:30) SAS203 ClfA QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCVVSGGSINNSYWTWIRQPPGQGLEWIGFVYSSGRTYYSPSLKSRVTISVDTSKNFFSLRLNSVTAADTAVYFCARQVHYDLWSGYSLTKTNWFDPWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:31) SAN481-SYT и SAN481-SYT* Лейкотоксин QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFTFSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:32)

[00108] В определенных случаях описанные в данном документе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент связываются с AT, ClfA или по меньшей мере одним лейкотоксином и содержат VL антитела, перечисленного в следующей таблице, например, в комбинации с VH, необязательно VH того же указанного антитела, перечисленного в предыдущей таблице.

Аминокислотная последовательность вариабельной области легкой цепи (VL)

Антитело Мишень для антитела Аминокислотная последовательность VL (SEQ ID NO) MEDI4893 и MEDI4893* AT DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASSLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCKQYADYWTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO:33) SAR114
и
SAR114-N3Y ClfA DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSITSYLNWYQQKPGKAPKLLIYASSSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQESYSTPPTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO:34) 11H10 ClfA DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKRLIYVASSLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCLQHNSYPFTFGPGTKVDIK (SEQ ID NO:69) SAR72 ClfA SYELTQPPSVSVSPGQTARITCSGDAVPKKYAYWYQQKSGQAPVLVIYEDKKRPSGIPERFSGSSSGTMATLTISGAQVEDEADYYCYSTDSSEGVFGGGTKLTVL (SEQ ID NO:35) SAR80 ClfA SYELTQPPSVSVSPGQTARITCSGDALPKKYAYWYQQKSGQAPVLVIHEDTKRPSGIPERFSGSSSGTMATLTISGAQVEDEADYHCYSTDSSGVVFGGGTKLTVL (SEQ ID NO:36) SAR113 ClfA DIVLTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQGVLSRSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYNNLRTFGQGTKVEIR (SEQ ID NO:37) SAR132 ClfA DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQRISNWLAWYQKKPGKAPKLLIYKASTLESEVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDLATYYCHQYISYYTFGQGTKLEIK (SEQ ID NO:38) SAR352 ClfA QSVLTQPPSVSAAPGEKVTISCSGSSSNIGANSVSWYQQFPGTAPKLLIYDNDKRPSGVPDRFSGSKSGTSATLGITGLQTGDEADYYCGTWVGILSAGWVFGGGTKLTVL (SEQ ID NO:39) SAR372 ClfA EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSNLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISSLKPEDFAVYYCQLRSNWAYTFGQGTKLEIK (SEQ ID NO:40) SAR510 ClfA SYGLTQPPSVSVSPGQTARITCSGDALAKQYVYWYQQKPGQAPVLVIDKDRERPSGIPERFSGSSSGTTVTLTISGVQAEDEADYYCQSADSSRTYVFGTGTKVTVL (SEQ ID NO: 41) SAR547 ClfA DVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSLVHSDGNTYLNWFQQRPGQSPRRLIYKVSNRDSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQGTHLTWTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO:42) SAS1 ClfA DIVLTQSPESLAVSLGERATISCKSSQSLFFKSNNKNYLAWYQQKPGQPPKVIIYWASTRESGVPARFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYFCHQYYSTQYSFGQGTKLEIK (SEQ ID NO:43) SAS19 ClfA DIQMTQSPSSLSASVGDTVTITCRTSQSISNFLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRVNGSTSGTEFTLTLSSLQPEDFATYYCQQSYSTPWTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO:44) SAS203 ClfA DIQMTQSPSSLSASVGDTVTITCRTSQSISNFLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFNGSTSGTDFTLTLSSLQPEDFATYYCQQSYSTPWTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO:45) SAN481-SYT и SAN481-SYT* Лейкотоксин QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSYNIGSNYVYWYQQFPGTAPKLLISRSIQRPSGVPDRFSGSKSVTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLRAWVFGGGTKLTVL (SEQ ID NO:46)

[00109] В определенных случаях описанные в данном документе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент связываются с AT, ClfA или по меньшей мере одним лейкотоксином и содержат тяжелую цепь антитела, перечисленного в следующей таблице, например, в комбинации с легкой цепью.

Аминокислотные последовательности полноразмерной тяжелой цепи

Антитело Мишень для антитела Аминокислотная последовательность полноразмерной тяжелой цепи (SEQ ID NO) MEDI4893 AT EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSHDMHWVRQATGKGLEWVSGIGTAGDTYYPDSVKGRFTISRENAKNSLYLQMNSLRAGDTAVYYCARDRYSPTGHYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLYITREPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:47) MEDI4893* AT EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSHDMHWVRQATGKGLEWVSGIGTAGDTYYPDSVKGRFTISRENAKNSLYLQMNSLRAGDTAVYYCARDRYSPTGHYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:48) SAR114-N3Y ClfA QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSIQNSYWSWIRQPPGKGLEWIGYLYSSGRTNYTPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTHLGGFHYGGGFWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEACSYHLCQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:49) SAR114 ClfA QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSIQNSYWSWIRQPPGKGLEWIGYLYSSGRTNYTPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTHLGGFHYGGGFWFDPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:70) SAN481-SYT Лейкотоксин QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFTFSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLYITREPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:50) SAN481-SYT* Лейкотоксин QLQLVESGGGAVQPGRSLKLSCAASGFTFSTYAMHWVRQAPGRGLEWVAVTSFDGSNEYYIDSVKGRFTISRDNTKNTLYLQMTGLRVEDTALYFCARDEYTGGWYSVGYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:51)

[00110] В определенных случаях описанные в данном документе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент связываются с AT, ClfA или по меньшей мере одним лейкотоксином и содержат легкую цепь антитела, перечисленного в следующей таблице, например, в комбинации с тяжелой цепью, необязательно тяжелой цепью того же указанного антитела, перечисленного в предыдущей таблице.

Аминокислотные последовательности полноразмерной легкой цепи

Антитело Мишень для антитела Аминокислотная последовательность полноразмерной легкой цепи (SEQ ID NO) MEDI4893 и MEDI4893* AT DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASSLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCKQYADYWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE (SEQ ID NO:52) SAR114-N3Y ClfA DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSITSYLNWYQQKPGKAPKLLIYASSSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQESYSTPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO:53) SAN481-SYT и SAN481-SYT* Лейкотоксин QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSYNIGSNYVYWYQQFPGTAPKLLISRSIQRPSGVPDRFSGSKSVTSASLAISGLRSEDEADYYCAAWDDSLRAWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS (SEQ ID NO:54)

[00111] В определенных аспектах CDR антитела или его антигенсвязывающего фрагмента могут быть определены в соответствии со схемой нумерации по Чотиа, которая относится к местоположению структурных петель иммуноглобулина (см., например, Chothia C & Lesk AM, (1987), J Mol Biol 196: 901-917; Al-Lazikani B et al., (1997) J Mol Biol 273: 927-948; Chothia C et al., (1992) J Mol Biol 227: 799-817; Tramontano A et al., (1990) J Mol Biol 215(1): 175-82 и патент США № 7709226). Как правило, при использовании системы нумерации по Кабату петля по Чотиа CDR-H1 присутствует на аминокислотах тяжелой цепи в положениях с 26 по 32, 33 или 34, петля по Чотиа CDR-H2 присутствует на аминокислотах тяжелой цепи в положениях с 52 по 56, и петля по Чотиа CDR-H3 присутствует на аминокислотах тяжелой цепи в положениях с 95 по 102, тогда как петля по Чотиа CDR-L1 присутствует на аминокислотах легкой цепи в положениях с 24 по 34, петля по Чотиа CDR-L2 присутствует на аминокислотах легкой цепи в положениях с 50 по 56 и петля по Чотиа CDR-L3 присутствует на аминокислотах легкой цепи в положениях с 89 по 97. Конец петли CDR-H1 по Чотиа при нумерации с использованием системы нумерации по Кабату варьирует от H32 до H34 в зависимости от длины петли (это обусловлено тем, что в соответствии со схемой нумерации по Кабату вставки расположены в H35A и H35B; при этом если не присутствуют ни 35A, ни 35B, то петля заканчивается на 32; если присутствует только 35A, то петля заканчивается на 33; если присутствуют как 35A, так и 35B, то петля заканчивается на 34).

[00112] В определенных аспектах в данном документе представлены комбинации антител и их антигенсвязывающих фрагментов, которые содержат CDR VH и VL по Чотиа антител MEDI4893, SAR114-N3Y и/или SAN481-SYT. В определенных вариантах осуществления антитела или их антигенсвязывающие фрагменты содержат одну или несколько CDR, в которых CDR по Чотиа и Кабату имеют одинаковую аминокислотную последовательность. В определенных вариантах осуществления, в данном документе предусмотрены антитела и их антигенсвязывающие фрагменты, которые содержат комбинации CDR по Кабату и CDR по Чотиа.

[00113] В определенных случаях CDR антитела или его антигенсвязывающего фрагмента могут быть определены в соответствии с системой нумерации IMGT, как описано в Lefranc MP, (1999) The Immunologist 7: 132-136 and Lefranc M-P et al., (1999) Nucleic Acids Res 27: 209-212. В соответствии со схемой нумерации IMGT VH-CDR1 находится в положениях 26-35, VH-CDR2 находится в положениях 51-57, VH-CDR3 находится в положениях 93-102, VL-CDR1 находится в положениях 27-32, VL-CDR2 находится в положениях 50-52 и VL-CDR3 находится в положениях 89-97. В конкретном варианте осуществления в данном документе представлены комбинации антител и их антигенсвязывающих фрагментов, которые содержат CDR VH и VL согласно IMGT антител MEDI4893, SAR114-N3Y и/или SAN481-SYT, например, как описано в Lefranc M-P (1999) выше и Lefranc M-P et al., (1999) выше).

[00114] В определенных случаях CDR антитела или его антигенсвязывающего фрагмента могут быть определены согласно MacCallum RM et al., (1996) J Mol Biol 262: 732-745. См. также, например, Martin A. “Protein Sequence and Structure Analysis of Antibody Variable Domains,” in Antibody Engineering, Kontermann and Dübel, eds., Chapter 31, pp. 422-439, Springer-Verlag, Berlin (2001). В конкретном варианте осуществления в данном документе представлены комбинации антител или их антигенсвязывающих фрагментов, которые содержат CDR VH и VL антител MEDI4893, SAR114-N3Y и/или SAN481-SYT, определенные посредством способа, описанного в MacCallum RM et al.

[00115] В определенных случаях CDR антитела или его антигенсвязывающего фрагмента могут быть определены в соответствии со схемой нумерации AbM, которая относится к гипервариабельным областям AbM, которые представляют собой компромисс между CDR по Кабату и структурными петлями по Чотиа и используются в программном обеспечении для моделирования антител AbM от Oxford Molecular (Oxford Molecular Group, Inc.). В конкретном варианте осуществления в данном документе представлены комбинации антител или их антигенсвязывающих фрагментов, которые содержат CDR VH и VL антител MEDI4893, SAR114-N3Y и/или SAN481-SYT, определенные в соответствии со схемой нумерации AbM.

[00116] В другом аспекте антитело или его антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), описанные в данном документе, могут содержать константную область (Fc) любого подходящего класса (IgG, IgA, IgD, IgM и IgE), которая была модифицирована для улучшения времени полужизни антитела или антигенсвязывающего фрагмента, (например, моноклонального антитела или фрагмента). Например, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), описанные в данном документе, могут содержать Fc, которая содержит мутацию, продлевающую время полужизни, по сравнению с таким же антителом без мутации.

[00117] Конструирование Fc-области широко используется в данной области техники для увеличения времени полужизни терапевтических антител и защиты от разрушения in vivo. В некоторых вариантах осуществления Fc-область антитела IgG или антигенсвязывающего фрагмента может быть модифицирована для увеличения аффинности молекулы IgG по отношению к неонатальному Fc-рецептору (FcRn), который опосредует катаболизм IgG и защищает молекулы IgG от разрушения. Подходящие аминокислотные замены или модификации Fc-области известны в данной области техники и включают, например, тройную замену M252Y/S254T/T256E (обозначаемую как “YTE”) (см., например патент США № 7658921; публикацию заявки на патент США № 2014/0302058 и Yu et al., Antimicrob. Agents Chemother., 61(1): e01020-16 (2017)). В определенных аспектах антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые связываются с АТ S. aureus, содержат Fc-область, содержащую мутацию YTE. В определенных аспектах антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат Fc-область, содержащую мутацию YTE. В определенных аспектах антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые связываются с АТ S. aureus, содержат Fc-область, содержащую мутацию YTE, и антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, содержат Fc-область, содержащую мутацию YTE.

[00118] В другом аспекте Fc-область может содержать последовательность CSYHLC (называемую “N3Y”; SEQ ID NO:55). В определенных аспектах антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), которые связываются с ClfA S. aureus, содержат Fc-область, содержащую Fc-вариант N3Y.

[00119] В другом аспекте антитело или его антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), описанные в данном документе, могут содержать константную область (Fc) любого подходящего класса (IgG, IgA, IgD, IgM и IgE), которая была модифицирована для улучшения эффекторных функций (например, опсонофагоцитарного уничтожения бактерий (OPK)), где время полужизни антитела или антигенсвязывающего фрагмента (например, моноклонального антитела или фрагмента) необязательно также улучшено. Например, описанные в данном документе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент) могут содержать Fc, которая содержит мутацию, которая увеличивает время полужизни по сравнению с таким же антителом без мутации, и где мутация не подавляет активность OPK по сравнению с таким же антителом или антигенсвязывающим фрагментом без мутации. Fc-вариант N3Y, в частности, проявляет улучшенные фармакокинетические (PK) свойства (например, персистирование в сыворотке крови) и эффекторные функции (например, опсонофагоцитарное уничтожение бактерий (OPK)) в определенных антителах по сравнению с вариантами YTE.

[00120] Антитело или антигенсвязывающий фрагмент (например, моноклональное антитело или фрагмент), описанные в данном документе, могут представлять собой человеческое антитело, гуманизированное антитело, антитело, отличное от человеческого, или химерное антитело, или могут быть получены из них. В одном аспекте описанные в данном документе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент являются полностью человеческим антителом.

[00121] Человеческое антитело, антитело, отличное от человеческого, химерное антитело или гуманизированное антитело можно получить посредством любых способов, в том числе с помощью in vitro источников (например, гибридомы или клеточной линии, рекомбинантно продуцирующей антитело) и in vivo источников (например, грызунов, миндалин человека). Способы получения антител известны в данной области техники и описаны, например, в Köhler and Milstein, Eur. J. Immunol., 5: 511-519 (1976); Harlow and Lane (eds.), Antibodies: A Laboratory Manual, CSH Press (1988) и Janeway et al. (eds.), Immunobiology, 5^th Ed., Garland Publishing, New York, N.Y. (2001)). В определенных вариантах осуществления человеческое антитело или химерное антитело можно получить с использованием трансгенного животного (например, мыши), в котором один или несколько генов эндогенного иммуноглобулина заменены одним или несколькими генами человеческого иммуноглобулина. Примеры трансгенных мышей, у которых гены эндогенных антител эффективно заменены генами человеческих антител, включают без ограничения, Medarex HUMAB-MOUSE™, Kirin TC MOUSE™ и Kyowa Kirin KM-MOUSE™ (см., например Lonberg, Nat. Biotechnol., 23(9): 1117-25 (2005) и Lonberg, Handb. Exp. Pharmacol., 181: 69-97 (2008)). Гуманизированное антитело может быть получено с использованием любой подходящей методики, известной в данной области техники (см., например An, Z. (ed.), Therapeutic Monoclonal Antibodies: From Bench to Clinic, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, N.J. (2009)), включая, например, пересадку CDR, отличных от человеческих, на каркас человеческого антитела (см., например Kashmiri et al., Methods, 36(1): 25-34 (2005) и Hou et al., J. Biochem., 144(1): 115-120 (2008)). В одном варианте осуществления гуманизированное антитело можно получить с использованием способов, описанных, например, в публикации заявки на патент США 2011/0287485 A1.

Нуклеиновые кислоты, векторы и клетки-хозяева

[00122] Также в данном документе представлены одна или несколько выделенных последовательностей нуклеиновых кислот, которые кодируют антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с AT, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA, или антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином (где необязательно одно или несколько антител или их антигенсвязывающих фрагментов представляют собой моноклональное антитело или фрагмент).

[00123] В настоящем изобретении дополнительно представлены один или несколько векторов, содержащих одну или несколько последовательностей нуклеиновых кислот, кодирующих антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с AT, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA, и/или антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином (где необязательно одно или несколько антител или их антигенсвязывающих фрагментов представляют собой моноклональное антитело или фрагмент). Вектор может быть, например, плазмидой, эписомой, космидой, вирусным вектором (например, ретровирусным или аденовирусным) или фагом. Подходящие векторы и способы получения векторов хорошо известны в данной области техники (см., например, Sambrook et al., Molecular Cloning, a Laboratory Manual, 3^rd edition, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2001) и Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Associates and John Wiley & Sons, New York, N.Y. (1994)).

[00124] В дополнение к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с AT, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA, и/или антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином (где необязательно одно или несколько антител или их антигенсвязывающих фрагментов представляют собой моноклональное антитело или фрагмент), вектор предпочтительно содержит последовательности контроля экспрессии, такие как промоторы, энхансеры, сигналы полиаденилирования, терминаторы транскрипции, внутренние участки посадки рибосомы (IRES) и т.п., которые обеспечивают экспрессию кодирующей последовательности в клетке-хозяине. Примеры последовательностей контроля экспрессии известны в данной области техники и описаны, например, в Goeddel, Gene Expression Technology: Methods in Enzymology, Vol. 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990).

[00125] Вектор(ы), содержащий(-е) нуклеиновую(-ые) кислоту(-ы), кодирующую(-ие) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с AT, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA, или антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином (где необязательно одно или несколько антител или их антигенсвязывающих фрагментов представляют собой моноклональное антитело или фрагмент), можно вводить в клетку-хозяина, которая способна экспрессировать кодируемые им полипептиды, включающую любую подходящую прокариотическую или эукариотическую клетку. Таким образом, в настоящем изобретении предусматривается изолированная клетка, содержащая вектор. Клетки-хозяева, которые можно использовать, включают клетки, которые легко и стабильно растут, имеют достаточно высокие темпы роста, хорошо охарактеризованные системы экспрессии и легко и эффективно трансформируются или трансфицируются. Примеры подходящих прокариотических клеток включают без ограничения клетки из родов Bacillus (такие как Bacillus subtilis и Bacillus brevis), Escherichia (такие как E. coli), Pseudomonas, Streptomyces, Salmonella и Erwinia. Особенно применимые прокариотические клетки включают разные штаммы Escherichia coli (например, K12, HB101 (ATCC № 33694), DH5a, DH10, MC1061 (ATCC № 53338) и CC102). Подходящие эукариотические клетки известны в данной области техники и включают, например, дрожжевые клетки, клетки насекомых и клетки млекопитающих. В одном варианте осуществления вектор экспрессируется в клетках млекопитающих. Ряд подходящих клеток-хозяев млекопитающих известен в данной области техники, и многие из них доступны в Американской коллекции типовых культур (ATCC, Манассас, Виргиния). Примеры подходящих клеток млекопитающих включают без ограничения клетки яичника китайского хомячка (СНО) (АТСС № CCL61), СНО DHFR-клетки (Urlaub et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97: 4216-4220 (1980)), клетки почки эмбриона человека (HEK) 293 или 293T (ATCC № CRL1573) и клетки 3T3 (ATCC № CCL92). Другими подходящими клеточными линиями млекопитающих являются линии клеток COS-1 обезьяны (ATCC № CRL1650) и COS-7 (ATCC № CRL1651), а также линия клеток CV-1 (ATCC № CCL70). Желательно, чтобы клетка млекопитающего являлась клеткой человека. Например, клетка млекопитающего может быть лимфоидной клеткой человека или лимфоидной клеткой, полученной из клеточной линии, такой как линия клеток пре-В-лимфоцитов, линия клеток PER.C6® (Crucell Holland BV, Нидерланды) или клетки почки эмбриона человека (HEK) 293 или 293T (ATCC № CRL1573).

[00126] Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая аминокислоты любого из антител или антигенсвязывающих фрагментов (необязательно моноклональных антител или фрагментов), описанных в данном документе, может быть введена в клетку посредством трансфекции, трансформации или трансдукции.

Фармацевтические композиции и способы применения комбинаций антител к Staphylococcus aureus

[00127] В настоящем изобретении представлена композиция, содержащая эффективное количество любого из антител или их антигенсвязывающих фрагментов, описанных в данном документе, или их комбинации и фармацевтически приемлемый носитель. В одном варианте осуществления, например, композиция может содержать первое антитело или его антигенсвязывающий фрагмент (необязательно моноклональное), которые специфически связываются с белком, представляющим собой альфа-токсин S. aureus, как описано выше, второе антитело или его антигенсвязывающий фрагмент (необязательно моноклональное), которые специфически связываются с белком, представляющим собой ClfA S. aureus, и третье антитело или его антигенсвязывающий фрагмент (необязательно моноклональное), которые специфически связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus, как описано выше, и фармацевтически приемлемый носитель. В качестве альтернативы композиция может содержать фармацевтически приемлемый носитель и любое одно или любые два из (i) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые специфически связываются с AT S. aureus, (ii) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые специфически связываются с ClfA S. aureus, (iii) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые специфически связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S. aureus.

[00128] В другом аспекте композиция может содержать последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующие AT-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент, ClfA-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент и/или лейкотоксин-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент, или один или несколько векторов, содержащих такие последовательности нуклеиновой кислоты. В одном аспекте композиция представляет собой фармацевтически приемлемую (например, физиологически приемлемую) композицию, которая содержит носитель, такой как фармацевтически приемлемый (например, физиологически приемлемый) носитель, и последовательность(-и) нуклеиновой кислоты AT-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента, ClfA-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента и/или антитела к лейкотоксину или антигенсвязывающего фрагмента, или вектор(ы).

[00129] В контексте настоящего изобретения можно использовать любой подходящий носитель, и такие носители хорошо известны в данной области техники. Выбор носителя будет частично определен конкретным местом, куда можно вводить композицию, и конкретным способом, используемым для введения композиции. Композиция необязательно может быть стерильной. Композиция может быть заморожена или лиофилизирована для хранения и восстановлена​в подходящем стерильном носителе перед использованием. Композиции могут быть получены в соответствии с традиционными методиками, описанными, например, в Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21^st Edition, Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, PA (2001).

[00130] Желательно, чтобы композиция содержала AT-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент, ClfA-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент и лейкотоксин-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент в количестве, которое эффективно для лечения или предотвращения инфекции, вызываемой S. aureus. В другом аспекте композиция содержит АТ-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент в количестве, которое эффективно для лечения или предотвращения инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с ClfA-связывающим антителом или антигенсвязывающим фрагментом и лейкотоксин-связывающим антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В другом аспекте композиция содержит ClfA-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент в количестве, которое эффективно для лечения или предотвращения инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с AT-связывающим антителом или антигенсвязывающим фрагментом и лейкотоксин-связывающим антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В другом аспекте композиция содержит лейкотоксин-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент в количестве, которое эффективно для лечения или предотвращения инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с AT-связывающим антителом или антигенсвязывающим фрагментом и ClfA-связывающим антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В другом аспекте композиция содержит АТ-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент и ClfA-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент в количестве, которое эффективно для лечения или предотвращения инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с лейкотоксин-связывающим антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В другом аспекте композиция содержит АТ-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент и лейкотоксин-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент в количестве, которое эффективно для лечения или предотвращения инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с ClfA-связывающим антителом или антигенсвязывающим фрагментом. В другом аспекте композиция содержит ClfA-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент и лейкотоксин-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент в количестве, которое эффективно для лечения или предотвращения инфекции, вызываемой S. aureus, в комбинации с AT-связывающим антителом или антигенсвязывающим фрагментом.

[00131] С этой целью раскрытый способ включает введение терапевтически эффективного количества или профилактически эффективного количества AT-связывающего антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, ClfA-связывающего антитела или его антигенсвязывающего фрагмента и лейкотоксин-связывающего антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или композиции, содержащей любое из вышеуказанных антител или фрагментов (включая моноклональные антитела или фрагменты) или их комбинацию.

[00132] В настоящем изобретении представлен способ лечения или предотвращения инфекции, вызываемой Staphylococcus aureus (S. aureus), у субъекта (например, человека), который включает введение AT-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента, ClfA-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента и/или лейкотоксин-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента, описанных в данном документе, нуждающемуся в этом субъекту, вследствие чего обеспечивается лечение или предупреждение у субъекта инфекции, вызываемой S. aureus. В настоящем изобретении также представлено применение AT-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента, ClfA-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента и/или лейкотоксин-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента, описанных в данном документе, или композиции, содержащей любое из антител или их фрагментов, описанных в данном документе, или их комбинацию в изготовлении лекарственного препарата, предназначенного для лечения или предупреждения инфекции, вызываемой S. aureus.

[00133] Как описано в данном документе, Staphylococcus aureus является основным патогеном человека, вызывающим широкий спектр клинических инфекций. S. aureus является основной причиной бактериемии и инфекционного эндокардита, а также костно-суставных, кожных инфекций и инфекций мягких тканей, плевропульмональных инфекций и инфекций, вызванных медицинским изделием в организме. Примерно 30% человеческой популяции колонизированы S. aureus (Wertheim et al., Lancet Infect. Dis., 5: 751-762 (2005)). Симптомы кожных инфекций, вызванных S. aureus, включают, например, фурункулы, воспаление тканей и импетиго. S. aureus также может вызывать пищевое отравление, заражение крови (также известное как бактериемия), синдром токсического шока и септический артрит. Эпидемиология, патофизиология и клинические проявления инфекций, вызываемых S. aureus, подробно описаны, например, в Tong et al., Clin. Microbiol. Rev., 28(3): 603-661 (2015), и были секвенированы геномы нескольких различных штаммов S. aureus (см., например GenBank/EMBL № доступа BX571856, BX571857, BX571858, FN433596, FN433597, FN433598, HE681097, FR821777, FR821778, FR821779 и FR821780). Как обсуждается в данном документе, субъект (например, человек) может иметь диабет.

[00134] В определенных случаях терапевтически эффективное количество AT-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента, ClfA-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента или лейкотоксин-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента представляет собой количество, которого достаточно для подавления сепсиса, ассоциированного с S. aureus, подавления агглютинации, обусловленной S. aureus, подавления образования тромбоэмболических очагов, нейтрализации альфа-токсина, нейтрализации LukSF, HlgAB, HlgCB и LukED, индуцирования опсонофагоцитоза, подавления связывания фибриногена, обусловленного S. aureus, подавления агглютинации, обусловленной S. aureus, или любой комбинации вышеперечисленного у человека.

[00135] В качестве альтернативы фармакологический и/или физиологический эффект может быть профилактическим, т. е. эффект обеспечивает полное или частичное предотвращение возникновения заболевания или его симптома. В данном отношении раскрытый способ включает введение “профилактически эффективного количества” AT-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента, ClfA-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента и/или лейкотоксин-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента (включая моноклональные антитела или фрагменты).

[00136] Терапевтическую или профилактическую эффективность можно контролировать путем периодической оценки пациентов, получающих лечение. При повторных введениях в течение нескольких дней или дольше, в зависимости от состояния, лечение можно повторять до тех пор, пока не произойдет требуемое подавление симптомов заболевания. Однако могут быть полезны и другие схемы приема, которые входят в объем настоящего изобретения. Необходимая доза может быть доставлена посредством​однократного болюсного введения композиции, многократного болюсного введения композиции или непрерывного инфузионного введения композиции.

[00137] Способ лечения или предотвращения инфекции, вызываемой S. aureus, может включать введение AT-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента, ClfA-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента и/или лейкотоксин-связывающего антитела или антигенсвязывающего фрагмента в одной композиции или в разных композициях. Когда субъекту вводят отдельные композиции, каждую из композиций можно вводить одновременно или последовательно в любом порядке.

[00138] Композиция(-и), содержащая(-ие) эффективное количество любого из описанных в данном документе антител или их антигенсвязывающих фрагментов или их комбинации, последовательность(-и) нуклеиновой кислоты, кодирующей любое из вышеперечисленных, или вектор, содержащий последовательность нуклеиновой кислоты, может(могут) быть введена(введены) субъекту, такому как человек, с использованием стандартных методик введения, включая внутривенный, внутрибрюшинный, подкожный и внутримышечный пути введения. Композиция может быть подходящей для парентерального введения. Используемый в данном документе термин “парентеральный” включает внутривенное, внутримышечное, подкожное и внутрибрюшинное введение. В некоторых вариантах осуществления композицию вводят субъекту с использованием периферической системной доставки путем внутривенной, внутрибрюшинной или подкожной инъекции.

[00139] AT-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент, ClfA-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент и/или лейкотоксин-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент или композиция(ии), содержащая(-ие) их, может(могут) быть введена(-ны) отдельно или в комбинации с другими лекарственными средствами (например, в качестве адъюванта), обычно используемыми для лечения инфекций, вызываемых S. aureus. Композиция(ии), содержащая(-ие) AT-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент, ClfA-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент и/или лейкотоксин-связывающее антитело или антигенсвязывающий фрагмент, может(могут) использоваться в комбинации, например, с одним или несколькими антибиотиками, такими как устойчивый к пенициллиназе β-лактамный антибиотик (например, оксациллин или флуклоксациллин). Гентамицин можно использовать для лечения серьезных инфекций, таких как эндокардит. Однако большинство штаммов S. aureus в настоящее время устойчивы к пенициллину, и двое из 100 человек являются носителями метициллин-резистентных штаммов S. aureus (MRSA). Инфекции, вызываемые MRSA, как правило, лечат ванкомицином, а незначительные кожные инфекции можно лечить мазью с тройным антибиотиком.

[00140] Следующие примеры дополнительно иллюстрируют настоящее изобретение, но, разумеется, их не следует рассматривать как каким-либо образом ограничивающие его объем.

ПРИМЕР 1

[00141] В данном примере демонстрируется, что антитела, которые связываются с альфа-токсином (AT), фактором слипания A (ClfA) и лейкотоксинами, не влияют на активность друг друга in vitro при использовании в комбинации.

[00142] Было проведено несколько экспериментов, чтобы определить, будет ли использование в комбинации антител, связывающихся с AT, ClfA и лейкотоксинами, препятствовать проявлению активности в любого из этих отдельных анализов. В этих экспериментах антитела MEDI4893*, SAR114 и SAN481-SYT* использовались в комбинации и совокупности называются “MEDI6389”.

[00143] Был проведен анализ подавления гемолиза эритроцитов (RBC), чтобы определить, препятствуют ли антитела SAR114 к ClfA или SAN481-SYT* к лейкотоксину проявлению активности MEDI4893*. Промытые эритроциты кролика (50 мкл) инкубировали с нативным альфа-токсином (0,1 мкг/мл в 25 мкл) и 25 мкл серийно разведенных MEDI4893*, SAN481_SYT*+SAR114 или тройной комбинации mAb (MEDI6389), что показано на фигуре 2. Нерелевантное mAb c-IgG использовали в качестве отрицательного контроля. После 2 ч инкубации при 37°C измеряли высвобождение гемоглобина в 50 мл супернатантов при OD450 нм. % подавления гемолиза определяли как: 100*[(OD_AT+mAb)/(OD_{AT отдельно})]. Результаты, показанные на фигуре 2 и в таблице 1 ниже, демонстрируют, что применение трех антител в комбинации (MED6389) было приблизительно так же эффективно в отношении подавления гемолиза эритроцитов, как и применение отдельно MEDI4893*.

[00144] Был проведен анализ жизнеспособности моноцитов, чтобы определить, препятствуют ли антитела MEDI4893* к AT или SAR114 к ClfA проявлению активности SAN481-SYT*. Линию человеческих моноцитарных клеток HL-60 (5e4/лунка/25 мкл) инкубировали в течение 2 ч при 37°C со смесью LukS+LukF (100 нг/мл каждого) и с серийно разведенными, как показано на фигуре 3, SAN481_SYT*, MEDI4893*+SAR114 или тройной комбинацией mAb (MEDI6389). Нерелевантное mAb c-IgG использовали в качестве отрицательного контроля. Жизнеспособность клеток количественно определяли путем измерения люминесцентного сигнала в анализе Cell Glo (Promega) в соответствии с инструкциями производителя. % жизнеспособности рассчитывали следующим образом: 100*[(OD_{клеток+LukSF+mAb})/(OD_{клеток отдельно})]. Результаты, показанные на фигуре 3 и в таблице 1 ниже, демонстрируют, что применение трех антител в комбинации (MED6389) было приблизительно так же эффективно в отношении поддержания жизнеспособности моноцитов, как и применение отдельно SAN481-SYT*.

[00145] Был проведен анализ подавления связывания фибриногена, чтобы определить, препятствуют ли антитела MEDI4893* к AT или SAN481-SYT* к лейкотоксину проявлению активности SAR114. Покрытый фибриногеном 96-луночный планшет (4 мкг/мл) блокировали с использованием PBS 2% BSA и после промывки инкубировали в течение 1 ч при комнатной температуре с биотинилированным ClfA001 (2 мкг/мл) и серийно разведенными SAR114, MEDI4893*+SAN481_SYT* или тройной комбинацией mAb (MEDI6389), что показано на фигуре 4. После 3 промывок планшеты инкубировали со стрептавидин-фикоэритрином при 1:10000 в течение 1 ч и после добавления 100 мкл TMB и 100 мкл 0,2 M H₂S0₄ считывали сигнал при OD_450нм. Нерелевантное mAb c-IgG использовали в качестве отрицательного контроля. Процент (%) подавления связывания фибриногена рассчитывали как: 100*[(OD _ClfA+mAb)/(OD _{ClfA отдельно})]. Результаты, показанные на фигуре 4 и в таблице 1 ниже, демонстрируют, что применение трех антител в комбинации (MED6389) было приблизительно так же эффективно в отношении подавления связывания фибриногена, как и применение отдельно SAR114.

Таблица 1.

IC50 (мкг/мл) MEDI4893* SAN481-SYT* SAR114 MEDI6389 Анализ RBC 0,1731 0,1635 Жизнеспособность моноцитов 0,225 0,2246 Связывание Fg 3,02 2,63

[00146] Применение комбинации из трех антител (MEDI6389) не подавляло активность MEDI4893 в анализе RBC, активность SAN481* в анализе жизнеспособности моноцитов или связывание Fg с SAR114.

ПРИМЕР 2

[00147] В данном примере демонстрирует, что комбинация антител, которые связываются с альфа-токсином (AT) и лейкотоксинами, превосходит любое антитело по отдельности в модели заживления ран.

[00148] В этих экспериментах самок мышей Balb/c в возрасте 6-7 недель (n=5) иммунизировали внутрибрюшинно с использованием (i) 0,5 мг/кг контрольного антитела (c-IgG), (ii) 0,1 мг/кг антитела MEDI4893* к AT, (iii) 0,5 мг/кг антитела SAN481-SYT* к лейкотоксину или (iv) одновременно MEDI4893* (0,1 мг/кг) и SAN481-SYT* (0,5 мг/кг). Затем через 24 ч мышей внутрикожно инфицировали изолятом 1447526, полученным из раны (5e7 КОЕ в 50 мкл PBS).

[00149] Образование очагов поражения контролировали в течение 17 дней и результаты показаны на фигуре 5. Размеры очагов поражения были значительно меньше у мышей, получавших комбинацию антител к AT и к лейкотоксину, чем у мышей, получавших любое из антител по отдельности (p<0,05 и обозначено (*)). Изображения на фигуре 5 показывают очаги поражения на 7 день после инфицирования.

ПРИМЕР 3

[00150] В данном примере демонстрируется, что нейтрализация альфа-токсина (AT), фактора слипания A (ClfA) и лейкотоксинов необходима для защиты in vivo в модели бактериемии кроликов.

[00151] В этих экспериментах 3-месячным самкам кроликов (n=7) внутривенно вводили (i) контрольное антитело IgG, (ii) антитело SAN481-SYT* к лейкотоксину, (iii) SAN481-SYT* и антитело SAR114 к ClfA, (iv) SAR114 и антитело MEDI4893* к AT, (v) SAN481-SYT* и MEDI4893* или (vi) SAN481-SYT*, SAR114 и MEDI4893*, т.е. MEDI6389. Все антитела вводили в дозе 5 мг/кг, кроме контрольного антитела, которое вводили в дозе 15 мг/кг. Затем через 12 часов кроликов внутривенно инфицировали CA-MRSA SF8300.

[00152] Выживаемость контролировали в течение четырех дней после заражения, и комбинация SAN481-SYT*, SAR114 и MEDI4893* (MEDI6389) или MEDI4893*+SAN481_SYT* значительно улучшала выживаемость по сравнению с c-IgG, что показано посредством логарифмического рангового критерия Мантеля-Кокса (р=0,0001). Результаты показаны на фигуре 6. В особенности следует отметить, что ни целенаправленное воздействие на AT и ClfA, ни целенаправленное воздействие на лейкотоксины недостаточно для защиты в данной модели летальной бактериемии кроликов.

ПРИМЕР 4

[00153] В данном примере демонстрируется, что нейтрализация альфа-токсина (AT), фактора слипания A (ClfA) и лейкотоксинов необходима для защиты in vivo в модели инфекции кровотока у кроликов.

[00154] В данных экспериментах трехмесячным самкам кроликов (n=12) внутривенно вводили 15 мг/кг (i) контрольного антитела IgG, (ii) антитела SAN481-SYT* к лейкотоксину, (iii) антитела SAR114 к ClfA и антитела MEDI4893* к AT, (iv) SAN481-SYT* и MEDI4893* или (vi) SAN481-SYT*, SAR114 и MEDI4893*, т.e. MEDI6389. Затем через 12 часов кроликов инфицировали путем внутривенного введения HA-MRSA NRS382 или CA-MRSA SF8300.

[00155] Выживаемость контролировали в течение четырех дней после заражения, а результаты показаны на фигуре 7. Комбинация SAN481-SYT*, SAR114 и MEDI4893*(MEDI6389) или MEDI4893*+SAN481_SYT* значительно улучшала выживаемость по сравнению с c-IgG, что показано посредством логарифмического рангового критерия Мантеля-Кокса (p=0,0015 для NRS382 и p=0,0001 для SF8300), и она была наиболее эффективной в увеличении выживаемости после введения бактерий HA-MRSA NRS382 или CA-MRSA SF8300.

ПРИМЕР 5

[00156] В данном примере демонстрирует, что комбинация антител, которые связываются с альфа-токсином (AT), фактором слипания A (ClfA) и лейкотоксинами (MEDI6389), улучшает заживление ран, возникающих в результате смешанных бактериальных инфекций, в модели дермонекроза у мышей с диабетом.

[00157] Смешанные бактериальные инфекции сравнивали с инфекциями, вызванными одной бактерией, у семинедельных самцов (n=10) мышей с диабетом 2 типа (BKS.Cg-m +/+ Lepr^db). Мышей внутрикожно инфицировали смесью S. aureus (SA; 5e6 КОЕ), Pseudomonas aeruginosa (A; 5 КОЕ) и Streptococcus pyogenes (SP; 1e1 КОЕ) до 50 мкл в PBS или SA (5e6 КОЕ). Размеры очагов поражения контролировали в течение 43 дней. Результаты, показанные на фигуре 8, демонстрируют, что смешанные инфекции приводят к задержке времени закрытия раны в этой модели дермонекроза у мышей с диабетом по сравнению с инфекциями, которые обусловлены только заражением SA.

[00158] Исследовали влияние комбинации MEDI6389 (содержащей mAb к AT MEDI4893*, mAb к ClfA SAR114 и mAb к лейкотоксину SAN481_SYT*) на время закрытия раны и бактериальную нагрузку. Мышей пассивно иммунизировали внутрибрюшинно с использованием MEDI6389 (каждое mAb в дозе 15 мг/кг) или контрольного IgG c-IgG (15 мг/кг) и через 24 часа внутрикожно инфицировали SA/SP/PA. За очагами поражениями наблюдали в течение 43 дней, а на 7, 14 и 21 дни количество бактерий подсчитывали в очагах поражения кожи. Результаты, показанные на фигуре 9, демонстрируют, что MED6389 улучшает заживление ран и снижает количество бактерий в смешанных бактериальных очагах поражения кожи в данной модели дермонекроза у мышей с диабетом.

ПРИМЕР 6

[00159] В данном примере представлены материалы и методики, использованные в примерах 7-11.

Модель системной инфекции in vivo

[00160] Замороженные чистые культуры S. aureus USA300 штамма SF8300 размораживали и разводили до соответствующего инокулята в стерильном PBS, pH 7,2 (Invitrogen) (Hua et al., Antimicrob Agents Chemother. 58:1108-17 (2014)). Свободных от патогенной микрофлоры 7-8-недельных самок мышей BKS.Cg-Dok7<m>+/+Lepr, db>/J (db/db), C57BKS, C57BL/6J - STZ и C57BL/6J (The Jackson Laboratory) на короткий срок анестезировали и поддерживали на 3% изофлуране (Butler Schein™ Animal Health) с кислородом при скорости 3 л/мин и внутривенно инфицировали. Все бактериальные суспензии вводили в 100 мкл PBS. В выбранных экспериментах нейтрализующие антитела MEDI4893*, антитела к αVβ6/8, антитела к αVβ6, c-IgG (антитела MedImmune), антитела к TGFβ (клон 1D11.16.8, BioXcell) или контрольный мышиный IgG1 вводили (15 мг/кг) в 0,5 мл внутрибрюшинно (в/б) за 24 часа до заражения. Розиглитазон (Sigma-Aldrich) вводили (10 мг/кг) перорально в течение 7 дней. Мышей инфицировали через 24 часа после введения последней дозы розиглитазона. Животных умерщвляли с использованием CO₂ в указанные моменты времени и для анализа отбирали кровь, печень или почки. Бактериальную нагрузку в почках определяли путем посева серийных разведений образцов на TSA.

ELISA-анализ NET

[00161] Для измерения NET использовали гибридный набор из 2 различных наборов ELISA. Планшеты исходно покрывали захватывающим антителом к эластазе (R&D Systems). Свежие образцы сыворотки крови добавляли в покрытые лунки, затем инкубировали и промывали. Затем использовали антитело к DNA-POD (Roche) для обнаружения ДНК в захваченных белках в лунках. Планшеты обрабатывали раствором ABTS и стоп-раствором ABTS. Поглощение измеряли при 405 нм на планшет-ридере с использованием программного обеспечения SoftMax Pro.

Очистка HDN и LDN

[00162] Нейтрофилы высокой и низкой плотности (HDN и LDN) выделяли из цельной крови. После умерщвления кровь отбирали и покрывали histopaque 1077 (Sigma-Aldrich). Клетки разделяли центрифугированием (500 g, 30 минут). Нижнюю фракцию обрабатывали лизирующим буфером ACK (Thermo Fisher Scientific) для удаления эритроцитов из нейтрофилов с высокой плотностью. Верхнюю фракцию (PBMC) промывали 2 раза PBS и нейтрофилы низкой плотности выделяли с использованием набора EasySep Mouse Neutrophil Enrichment Kit (Stemcell Technologies). Очищенные популяции клеток лизировали для анализа белков или РНК.

Проточная цитометрия

[00163] Цельную кровь или очищенные клетки низкой плотности дважды промывали ледяным буфером для FACS (PBS с 5% фетальной бычьей сывороткой и 0,1% азидом натрия). Fc-рецепторы блокировали антителами к CD16/CD32 мыши (eBioscience) и клетки окрашивали антителами к мышиному CD45 (конъюгированные с PE, клон FA-11), CD11c (конъюгированные с APC-Cy5.5 или FITC, клон N418), CD11b (конъюгированные с BV605, клон M1/70), Ly6-G (конъюгированные с BV421 или PE-Cy7, клон 1A8) и Ly6-C. Изображения клеток получали с использованием проточного цитометра LSR II (BD Biosciences) и анализировали посредством FlowJo. К каждому образцу добавляли известную концентрацию счетных гранул (Bangs Laboratories) для подсчета количества клеток.

Вестерн-блоттинг

[00164] Клетки лизировали буфером Ripa (ThermoFisher Scientific), содержащим ингибитор протеаз cOmplete™ (Sigma), и замораживали. В выбранных экспериментах осуществляли иммунопреципитацию IP3R с использованием антитела к IP3R (Abcam, кат. № ab5804) и набора для иммунопреципитации белка G Dynabeads (ThermoFisher Scientific). Равные количества белка разделяли на 4-12% гелях бис-трис NuPage и переносили на PVDF-мембраны (ThermoFisher Scientific). Иммунодетекцию выполняли с использованием антитела к H3Cit (Abcam, кат. № ab5103), антитела к лактоферрину (Abcam, кат. № ab77705), антитела к MMP9 (Abcam, кат. № ab38898), антитела к IP3R (Abcam, кат. № ab5804), антитела к P-Ser/Thr (Abcam, кат. № ab17464) и антитела к актину (Sigma, кат. № A3854). Визуальный анализ белков проводили посредством системы визуализации Odyssey (Li-COR).

ПРИМЕР 7

[00165] В данном примере демонстрируется, что повышенные уровни глюкозы коррелируют с более тяжелыми инфекциями, вызываемыми S. aureus.

[00166] Две модели диабета у мышей, STZ-индуцированного и у db/db, использовали для изучения влияния диабета в отношении системного ответа на системную инфекцию, вызываемую S. aureus. В каждой модели у мышей с диабетом уровень глюкозы не натощак превышал 450 дг/мл, в то время как уровни у контрольных животных, не страдающих диабетом, составляли менее 200 дг/мл. Мышей инфицировали с использованием 5e7 КОЕ S. aureus (USA300, SF8300). Забор КОЕ проводили из почек через 48 часов после инфицирования, а смертность контролировали в течение 14 дней. Повышенную смертность наблюдали как в модели STZ (P=0,0011), так и в модели db/db (P=0,0241) по сравнению с контрольными животными, не страдающими диабетом (фиг. 11A и 11B). Следует отметить, что это не коррелировало с различием в КОЕ бактерий, выделенных из почек через 48 часов после инфицирования (фиг. 11C и 11D). Чтобы подтвердить, что повышенная смертность является следствием повышенного уровня глюкозы у хозяина с диабетом, мышей лечили розиглитазоном в течение 1 недели до заражения для снижения уровней глюкозы в циркулирующей крови (фиг. 11E). Розиглитазон значительно снизил смертность (P=0,0041) после заражения S. aureus, однако бактериальная нагрузка в почках не изменилась (фиг. 11F и 11G).

[00167] Также следует отметить, что у мышей с диабетом не наблюдалось нарушения клиренса по сравнению с контрольными животными, не страдающими диабетом. Это подчеркивает вклад чрезмерного воспаления или патологически усиленного ответа организма хозяина в повышение смертности.

ПРИМЕР 8

[00168] В данном примере демонстрируется, что у мышей с диабетом возникает усиленный NETоз.

[00169] Нейтрофилы в организме хозяина, страдающего диабетом, или при повышенном уровне глюкозы становятся все более склонными к NETозу. На популяции с диабетом было показано, что высвобождение NET ухудшает заживление ран у мышей, а присутствие NET в сыворотке крови коррелирует с незаживающими ранами у пациентов (Fadini, G. P. et al., Diabetes 65: 1061-1071 (2016) и Wong, S. L. et al., Nat Med 21: 815-819 (2015)). Нейтрофилы также высвобождают NET в ответ на бактериальную инфекцию, поэтому было высказано предположение, что инфекция, вызываемая S. aureus, приведет к увеличению системного высвобождения NET у мышей с диабетом. Комплексы нейтрофильной эластазы и двухцепочечной ДНК используют для измерения образования NET и количественно оценивают с помощью ELISA (Fadini, G. P. et al., Diabetes 65: 1061-1071 (2016)). Значительное увеличение (P=0,0003) NET в сыворотке крови наблюдали у мышей с диабетом, внутривенно инфицированных S. aureus, в течение 24 часов, тогда как значительного увеличения у контрольных мышей, не страдающих диабетом, не наблюдалось (фиг. 12A). Уровни циркулирующих NET не отличались у неинфицированных мышей с диабетом и без диабета.

[00170] Альфа-токсин (AT), высвобождаемый S. aureus, связывается с рецептором ADAM10 на поверхности тромбоцитов. (Нейтрофилы не экспрессируют ADAM10.) В ответ на AT тромбоциты агрегируют и связываются с циркулирующими нейтрофилами, что приводит к активации передачи сигналов, опосредованной каспазой-1, и продуцированию NET (Powers, M. E. et al., Cell Host Microbe 17: 775-787 (2015) и Surewaard, B. G. J. et al. Cell Host Microbe 24: 271-284 (2018)). В соответствии с этими результатами нейтрализация AT моноклональным антителом MEDI4893* значительно снижает количество комплексов NE-ДНК в сыворотке крови через 48 часов после инфицирования у животных с диабетом (фиг. 12B). Повышение AT-зависимого продуцирования NET было подтверждено через 48 часов после инфицирования увеличением количества цитринулированного гистона H3 (H3cit) в печени, что обнаружено посредством вестерн-блоттинга (фиг. 12C). Визуальный анализ срезов печени, иммуногистохимически окрашенных антителом к Ly6G для маркировки нейтрофилов и антителом к H3cit, также показала повышение AT-зависимых NET (т. е. меньшее окрашивание антителом к H3cit в печени мышей, получавших MEDI4893*) (Cohen TS, et al. Staphylococcus aureus drives expansion of low density neutrophils in diabetic mice. JCI 2019, в печати). Нейтрализация AT значительно увеличивала выживаемость (P=0,0255) мышей с диабетом, инфицированных S. aureus (фиг. 12D). Эти данные показывают, что системная инфекция у хозяина с диабетом приводит к AT-зависимому увеличению уровней циркулирующих NET, которое может подавляться путем использования MEDI4893*.

ПРИМЕР 9

[00171] В данном примере демонстрируется, что нейтрофилы низкой плотности коррелируют с повышенным NETозом.

[00172] Подобно макрофагам нейтрофилы можно разделить на разные классы на основе функциональных характеристик. Было показано, что тяжелые ожоги изменяют фенотип циркулирующих нейтрофилов и влияют на экспрессию TLR, продуцирование цитокинов и их способность управлять поляризацией макрофагов (Tsuda, Y. et al. Immunity 21: 215-226 (2004)). Нейтрофилы уникальны тем, что их можно разделить по плотности клеток. Нейтрофилы высокой плотности являются противоопухолевыми фагоцитарными клетками, тогда как нейтрофилы низкой плотности считаются проопухолевыми клетками с дефектом фагоцитарной активности (Sagiv, J. Y. et al. Cell Rep 10: 562-573 (2015)). Хотя Tsuda et. al. не измеряли плотность нейтрофилов, выделенных у мышей, восприимчивых к инфекции S. aureus, форма ядер в этих нейтрофилах была похожа на форму ядер в клетках низкой плотности (Sagiv, J. Y. et al. Cell Rep 10: 562-573 (2015) и Fridlender, Z. G. et al. Cancer Cell 16: 183-194 (2009)). Формы ядер в нейтрофилах, полученных от мышей, не страдающих диабетом, и мышей с диабетом, также имели разительные различия. Ядро в клетках, выделенных у мышей, не страдающих диабетом, было многодольчатым или круглым, в то время как в крови мышей с диабетом наблюдали большое количество клеток с кольцевидными ядрами (Cohen TS, et al. Staphylococcus aureus drives expansion of low density neutrophils in diabetic mice. JCI 2019, в печати). Данные структуры были аналогичны структурам, описанным Tsuda et. al, которые обнаруживаются в клетках, выделенных у мышей, восприимчивых к S. aureus, указывая на то, что у мышей с диабетом может быть повышенное количество нейтрофилов низкой плотности или нейтрофилов с нарушенной иммунной функцией.

[00173] Избыточное продуцирование NET является характеристикой нейтрофилов низкой плотности (LDN), и была выдвинута гипотеза, что большее количество LDN у инфицированных мышей с диабетом ответственно за увеличение количества NET (Villanueva, E. et al. J Immunol 187: 538-552 (2011)). Кровь отбирали у мышей C57BKS и db/db через 48 часов после в/в заражения и анализировали на присутствие LDN. Количество LDN в крови инфицированных мышей db/db было значительно увеличено по сравнению с неинфицированными мышами db/db (P < 0,0001), а также инфицированными контрольными мышами C57BKS (P=0,0003) (фиг. 13A). У мышей C57BKS не наблюдалось увеличения LDN (фиг. 13A). Аналогичное увеличение наблюдалось у мышей с STZ-индуцированным диабетом, но не у контрольных мышей C57BL/6 (фиг. 14). Снижение уровней глюкозы с использованием розиглитазона до инфицирования приводило к значительному (P=0,0116) уменьшению LDN через 48 часов после инфицирования (фиг. 13B).

[00174] Чтобы гарантировать, что наблюдения не основываются на дегранулированных нейтрофилах, LDN и нейтрофилы высокой плотности (HDN) выделяли из крови инфицированных мышей db/db и измеряли количества лактоферрина (вторичные гранулы) и MMP9 (третичные гранулы) посредством вестерн-блоттинга. Наблюдались эквивалентные количества обоих показателей, указывая на то, что LDN имеют сходное содержание гранул по сравнению с HDN (Cohen TS, et al. Staphylococcus aureus drives expansion of low density neutrophils in diabetic mice. JCI 2019, в печати). Нейтрализация AT предотвращала системное высвобождение NET, поэтому оценивали влияние AT на количество LDN. Измеряли LDN в крови у мышей db/db, обработанных c-IgG или MEDI4893* за 24 часа до инфицирования и инфицированных S. aureus в течение 48 часов. Наблюдали значительное снижение LDN у мышей, которым профилактически вводили MEDI4893* (фиг. 13C), в то время как общее количество нейтрофилов не изменялось (фиг. 13D), указывая на то, что AT способствует увеличению числа LDN.

[00175] Эти данные показывают, что LDN вносят вклад в патологический процесс, связанный с инфекцией S. aureus у больных диабетом, и что эти LDN связаны с чрезмерным высвобождением NET как в печени, ключевом органе-мишени системных инфекций, так и системно в крови. Кроме того, MEDI4893* снижает LDN у мышей с диабетом.

ПРИМЕР 10

[00176] В данном примере демонстрирует, что TGFß способствует увеличению количества LDN.

[00177] TGFβ задействован в качестве центрального регулятора фенотипа нейтрофилов, и в моделях опухолей он может управлять фенотипическим переключением нейтрофилов высокой плотности на нейтрофилы низкой плотности (Sagiv, J. Y. et al. Cell Rep 10: 562-573 (2015) и Fridlender, Z. G. et al. Cancer Cell 16: 183-194 (2009). Sagiv et. al. продемонстрировали, что добавление TGFβ к крови, отобранной у мышей с опухолью, но не у наивных мышей, приведет к увеличению количества LDN in vitro (там же). Это исследование повторили с кровью мышей, не страдающих диабетом, и мышей с диабетом. Добавление TGFβ к крови животных с диабетом приводило к значительному увеличению (P=0,0021) количества LDN (фиг. 15A). Такой же эффект не наблюдали в крови животных, не страдающих диабетом. На основе этих данных in vitro, демонстрирующих, что TGFβ может приводить к увеличению количества LDN, протестировали его необходимость для их индуцирования путем блокирования in vivo. Мышей с диабетом профилактически обработали нейтрализующими антителами к TGFβ за 24 часа до инфицирования S. aureus. Количество LDN в кровотоке было значительно снижено (P=0,0003) за счет подавления TGFβ, в то время как количество бактерий в почках было одинаковым между группами (фиг. 15B и 15C). Выживаемость значительно улучшалась (P=0,0072) при нейтрализации TGFβ (фиг. 15D). Визуальный анализ NET в печени продемонстрировал потерю NET при нейтрализации TGFβ (Cohen TS, et al. Staphylococcus aureus drives expansion of low density neutrophils in diabetic mice. JCI 2019, в печати). Эти данные свидетельствуют о том, что снижение LDN путем блокирования TGFβ может способствовать выживаемости.

[00178] TGFβ секретируется в форме пробелка (про-TGFβ) и требует расщепления для активации. Связывание про-TGFβ интегрином αVβ8 было сопряжено с его активацией и предотвращением колита, а его экспрессия на субпопуляциях дендритных клеток и моноцитов возрастает в ответ на воспаление (Travis, M. A. et al. Nature 449: 361-365 (2007) и Kelly, A. et al. J Exp Med, doi:10.1084/jem.20171491 (2018)). Чтобы определить, влияет ли инфекция, вызываемая S. aureus, на экспрессию интегрина αVβ8, клетки врожденного иммунитета выделяли из печени и селезенки мышей C57BKS и db/db через 24 часа после инфицирования и анализировали экспрессию αVβ8 посредством проточной цитометрии. Количество β8-положительных воспалительных моноцитов и дендритных клеток увеличивалось в печени мышей db/db, но не мышей C57BKS, после инфицирования (фиг. 16A). Примечательно, что хотя экспрессия интегрина на поверхности моноцитов увеличивалась, увеличивалось общее количество DC, а не плотность β8 (фиг. 16B). Чтобы продемонстрировать функциональную значимость αVβ8 в данной модели, мышей профилактически обрабатывали антителами, нейтрализующими αVβ6/8, αVβ6, или c-IgG, и инфицировали S. aureus. Через сорок восемь часов после инфицирования уровни LDN были значительно снижены (P=0,0090) в кровотоке у мышей, обработанных нейтрализующим αVβ6/8 антителом, по сравнению с c-IgG (фиг. 16C). Нейтрализация только αVβ6 не уменьшала количество данных клеток. Подавление интегрина не влияло на количество бактерий в почках через 48 часов после инфицирования (фиг. 16D). Выживаемость была значительно улучшена у мышей, обработанных антителом к αVβ6/8, по сравнению с мышами, обработанными c-IgG (фиг. 16E). Следовательно, согласуясь с прямой нейтрализацией TGFβ, блокирование интегрина, ответственного за активацию данного пути, было защитным у мышей с диабетом.

[00179] Эти данные показывают, что нейтрализация αVβ6/8 или TGFβ предотвращает повышение LDN и снижает смертность. Эти данные также показывают, что дендритные клетки играют ключевую роль в патогенезе инфекции у больных диабетом из-за их способности активировать TGFβ и способствовать увеличению количества LDN.

ПРИМЕР 11

[00180] В данном примере демонстрирует, что AT управляет активацией TGFß.

[00181] Было высказано предположение о том, что AT влияет на количество LDN, воздействуя на путь TGFβ. После активации TGFβ связывается со своим рецепторным комплексом, активирует факторы транскрипции SMAD и управляет экспрессией зависимых генов. Следовательно, активацию передачи сигналов SMAD обычно используют в качестве косвенного измерения активации TGFβ. Уровни pSMAD анализировали в печени мышей с диабетом и без диабета, инфицированных (24 часа) S. aureus. Значительное повышение уровней pSMAD наблюдали в печени инфицированных мышей с диабетом по сравнению с «наивными» мышами с диабетом (P <0,0001) и инфицированными мышами, не страдающими диабетом (P=0,0338) (фиг. 17A). У мышей с диабетом MEDI4893* приводило к значительному снижению (P <0,0001) уровней pSMAD в печени, указывая на то, что AT вносит вклад в активацию передачи сигналов TGFβ (фиг. 17B). Нейтрализация AT не приводила к изменению количества клеток врожденного иммунитета, экспрессирующих αVβ8 (фиг. 17C). Эти данные показывают, что AT влияет на активацию TGFβ посредством механизма, который не зависит от экспрессии αVβ8 на клетках врожденного иммунитета. Соответственно, нейтрализация AT, который является ключевым фактором вирулентности S. aureus, ограничивает активацию передачи сигналов TGFβ и, таким образом, приводит к снижению количества LDN и высвобождения NET.

[00182] Эти данные показывают, что помимо связывания с ADAM10 на тромбоцитах, AT может действовать посредством второго пути, который изменяет фенотип нейтрофилов и последующий ответ на инфекцию, вызываемую S. aureus. У хозяина с диабетом АТ-зависимая активация передачи сигналов TGFβ запускает увеличение количества LDN. Таким образом, AT способствует как увеличению популяции LDN, которые спонтанно высвобождают NET, так и активации тромбоцитов, которые могут связывать и дополнительно активировать нейтрофилы.

[00183] Все ссылки, включая публикации, заявки на патенты и патенты, цитируемые в данном документе, включены в данный документ посредством ссылки в той же степени, как если бы каждый документ был конкретно и отдельно указан как включенный посредством ссылки и был представлен во всей своей полноте в данном документе.

[00184] Использование выражений и терминов в единственном числе и выражения “по меньшей мере один” и подобных определений в контексте описания настоящего изобретения (особенно в контексте нижеследующей формулы изобретения) должно истолковываться как охватывающее как единственное число, так и множественное число, если в данном документе не указано иное или иное явно не противоречит контексту. Использование выражения “по меньшей мере один”, после которого следует перечень из одного или нескольких элементов (например, “по меньшей мере один из A и B”) подразумевает один элемент, выбранный из списка элементов (A или B), или любую комбинацию из двух или более из перечисленных элементов (A и B), если в данном документе не указано иное или иное явно не противоречит контексту. Выражения “состоящий”, “имеющий”, “включающий” и “содержащий” следует понимать, как открытые термины (т.е. означающие “включающий без ограничения”), если не указано иное. Предусматривается, что приведение диапазонов значений в данном документе служит исключительно в качестве способа сокращения индивидуального указания каждого отдельного значения, входящего в данный диапазон, если в данном документе не указано иное, и каждое отдельное значение включено в настоящее описание, как если бы оно было индивидуально упомянуто в данном документе. Все способы, описанные в данном документе, могут выполняться в любом подходящем порядке, если в данном документе не указано иное или иное явно не противоречит контексту. Применение всех возможных примеров или иллюстративных фраз (например, “такой как”), предусмотренных в данном документе, предназначено исключительно для лучшего освещения настоящего изобретения, а не для формулирования ограничения объема настоящего изобретения, если не заявлено иное. Никакая фраза в настоящем описании не должна толковаться как указание, что какой-либо незаявленный элемент является существенным для осуществления настоящего изобретения на практике.

[00185] Предпочтительные варианты осуществления данного изобретения описаны в данном документе, включая лучший вариант, известный авторам настоящего изобретения, для осуществления настоящего изобретения. Варианты этих предпочтительных вариантов осуществления могут стать очевидными для специалистов в данной области техники после ознакомления с вышеуказанным описанием. Авторы настоящего изобретения ожидают, что специалисты в данной области техники используют такие варианты как подходящие, и авторы настоящего изобретения предполагают, что настоящее изобретение будет реализовано на практике иначе, чем конкретно описано в данном документе. Соответственно, настоящее изобретение включает все модификации и эквиваленты объекта, упомянутого в прилагаемой формуле изобретения, как это разрешено действующим законодательством. Более того, любая комбинация вышеописанных элементов во всех возможных их вариантах охватывается настоящим изобретением, если в данном документе не указано иное или иное явно не противоречит контексту.

--->

ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> МЕДИММЬЮН, ЭлЭлСи

<120> КОМБИНАЦИИ АНТИТЕЛ К STAPHYLOCOCCUS AUREUS

<130> 2943.102PC03

<150> US 62/833,297

<151> 2019-04-12

<150> US 62/743,490

<151> 2018-10-09

<160> 70

<170> PatentIn версия 3.5

<210> 1

<211> 5

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR1

<400> 1

Ser His Asp Met His

1 5

<210> 2

<211> 16

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR2

<400> 2

Gly Ile Gly Thr Ala Gly Asp Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys Gly

1 5 10 15

<210> 3

<211> 14

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR3

<400> 3

Asp Arg Tyr Ser Pro Thr Gly His Tyr Tyr Gly Met Asp Val

1 5 10

<210> 4

<211> 5

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR1

<400> 4

Asn Ser Tyr Trp Ser

1 5

<210> 5

<211> 16

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR2

<400> 5

Tyr Leu Tyr Ser Ser Gly Arg Thr Asn Tyr Thr Pro Ser Leu Lys Ser

1 5 10 15

<210> 6

<211> 16

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR3

<400> 6

Thr His Leu Gly Gly Phe His Tyr Gly Gly Gly Phe Trp Phe Asp Pro

1 5 10 15

<210> 7

<211> 5

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR1

<400> 7

Thr Tyr Ala Met His

1 5

<210> 8

<211> 17

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR2

<400> 8

Val Thr Ser Phe Asp Gly Ser Asn Glu Tyr Tyr Ile Asp Ser Val Lys

1 5 10 15

Gly

<210> 9

<211> 12

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR3

<400> 9

Asp Glu Tyr Thr Gly Gly Trp Tyr Ser Val Gly Tyr

1 5 10

<210> 10

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR1

<400> 10

Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Ser Trp Leu Ala

1 5 10

<210> 11

<211> 7

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR2

<400> 11

Lys Ala Ser Ser Leu Glu Ser

1 5

<210> 12

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR3

<400> 12

Lys Gln Tyr Ala Asp Tyr Trp Thr

1 5

<210> 13

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR1

<400> 13

Arg Ala Ser Gln Ser Ile Thr Ser Tyr Leu Asn

1 5 10

<210> 14

<211> 7

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR2

<400> 14

Ala Ser Ser Ser Leu Gln Ser

1 5

<210> 15

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR3

<400> 15

Gln Glu Ser Tyr Ser Thr Pro Pro Thr

1 5

<210> 16

<211> 13

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR1

<400> 16

Ser Gly Ser Ser Tyr Asn Ile Gly Ser Asn Tyr Val Tyr

1 5 10

<210> 17

<211> 7

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR2

<400> 17

Arg Ser Ile Gln Arg Pro Ser

1 5

<210> 18

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR3

<400> 18

Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Arg Ala Trp Val

1 5 10

<210> 19

<211> 122

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 19

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser His

20 25 30

Asp Met His Trp Val Arg Gln Ala Thr Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ser Gly Ile Gly Thr Ala Gly Asp Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys

50 55 60

Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Glu Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr Leu

65 70 75 80

Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Gly Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala

85 90 95

Arg Asp Arg Tyr Ser Pro Thr Gly His Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp

100 105 110

Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 20

<211> 124

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 20

Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Glu

1 5 10 15

Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Gly Ser Ile Gln Asn Ser

20 25 30

Tyr Trp Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Ile

35 40 45

Gly Tyr Leu Tyr Ser Ser Gly Arg Thr Asn Tyr Thr Pro Ser Leu Lys

50 55 60

Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Thr Ser Lys Asn Gln Phe Ser Leu

65 70 75 80

Lys Leu Ser Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala

85 90 95

Arg Thr His Leu Gly Gly Phe His Tyr Gly Gly Gly Phe Trp Phe Asp

100 105 110

Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 21

<211> 126

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 21

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Val Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Ser Phe Arg Asn Ala

20 25 30

Leu Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Gly Arg Ser Lys Thr Asp Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala Pro Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Thr Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Thr Thr Gly Pro Gly Gly Gly Pro Pro Gly Asp Tyr Tyr Tyr Asp Gly

100 105 110

Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 22

<211> 127

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 22

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Asp Leu Val Lys Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ala

20 25 30

Trp Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Gly Arg Ile Arg Ser Lys Thr Ala Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala

50 55 60

Pro Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Thr

65 70 75 80

Leu Tyr Leu Gln Met Thr Ser Leu Lys Ile Glu Asp Thr Ala Leu Tyr

85 90 95

Tyr Cys Met Thr Asp Gly Leu Gly Leu Leu Asn Phe Gly Asp Ser Asp

100 105 110

Pro His His Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Arg Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 23

<211> 122

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<220>

<221> другой_признак

<222> (25)..(25)

<223> Xaa может представлять собой любую втречающуюся в природе аминокислоту

<220>

<221> другой_признак

<222> (28)..(28)

<223> Xaa может представлять собой любую втречающуюся в природе аминокислоту

<400> 23

Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu

1 5 10 15

Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Ala Xaa Gly Tyr Xaa Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Trp Ile Gly Trp Val Arg Gln Val Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Ile Ile Tyr Pro Gly Asp Ser Asp Thr Arg His Ser Pro Ser Phe

50 55 60

Gln Gly Gln Val Thr Ile Ser Val Asp Lys Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Trp Ser Ser Leu Lys Ala Ser Asp Ser Ala Met Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg His Gln Ser Gly Ser His Gly Phe Asp Ala Phe Glu Ile Trp

100 105 110

Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 24

<211> 119

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 24

Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu

1 5 10 15

Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Gly Ser Gly Tyr Asn Phe Thr Asn Tyr

20 25 30

Trp Ile Ala Trp Val Arg Gln Met Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Ile Ile Tyr Ser Gly Asp Ser Asp Thr Arg Tyr Ser Pro Ser Phe

50 55 60

Leu Gly Gln Val Ser Ile Ser Val Asp Lys Ser Phe Thr Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Trp Arg Ser Leu Lys Ala Ser Asp Thr Ala Met Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Arg Pro Gly Gly Gln Lys Pro Tyr Asp Tyr Trp Gly Gln Gly

100 105 110

Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115

<210> 25

<211> 136

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 25

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Asn Asn Ala

20 25 30

Trp Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Gly Arg Ile Lys Ser Glu Thr Ala Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Ala Ala

50 55 60

Pro Val Lys Gly Arg Phe Ser Ile Ser Arg Asp Asp Ser Arg Asn Thr

65 70 75 80

Leu Tyr Leu Glu Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr

85 90 95

Tyr Cys Thr Thr Asp Ser Tyr Thr Pro Leu Glu Glu Pro Cys Pro Asn

100 105 110

Gly Val Cys Tyr Thr Tyr Tyr Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp Gly Gln

115 120 125

Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

130 135

<210> 26

<211> 119

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 26

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Ile Phe Asn Arg Tyr

20 25 30

Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ser Tyr Ile Ser Ser Ser Ser Ser Pro Ile Tyr Tyr Ala Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Asp Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Ser Arg Val Thr Leu Gly Leu Glu Phe Asp Phe Trp Gly Gln Gly

100 105 110

Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115

<210> 27

<211> 120

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 27

Gln Val Thr Leu Arg Glu Ser Gly Pro Ala Leu Val Lys Pro Thr Gln

1 5 10 15

Thr Leu Thr Leu Thr Cys Thr Phe Ser Gly Phe Ser Leu Ser Thr Ser

20 25 30

Gly Met Cys Val Gly Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Ala Leu Glu

35 40 45

Trp Leu Ala Leu Ile Glu Trp Asp Asp Asp Lys Tyr Tyr Asn Thr Ser

50 55 60

Leu Lys Thr Arg Leu Ser Ile Ser Lys Asp Thr Ser Lys Asn Gln Val

65 70 75 80

Val Leu Thr Met Thr Asn Met Asp Pro Val Asp Thr Gly Thr Tyr Tyr

85 90 95

Cys Ala Arg His Ser Ser Ser Ser Arg Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln

100 105 110

Gly Ala Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 28

<211> 121

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 28

Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Glu

1 5 10 15

Ser Leu Lys Ile Ser Cys Lys Gly Ser Gly Tyr Ser Phe Thr Thr Tyr

20 25 30

Trp Ile Ala Trp Val Arg Gln Met Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Ile Ile Tyr Pro Gly Asp Ser Asp Thr Arg Tyr Ser Pro Ser Phe

50 55 60

Gln Gly Gln Val Thr Ile Ser Ala Asp Lys Ser Thr Ala Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Trp Ser Ser Leu Asn Ala Ser Asp Ser Ala Met Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Gln Gly Gly Ser His Gly Tyr Asp Ala Phe His Met Trp Gly

100 105 110

Gln Gly Thr Met Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 29

<211> 112

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 29

Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Thr Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr

20 25 30

Ala Leu Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Gly Ile Asn Gly Thr Gly Tyr Asn Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val

50 55 60

Arg Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Val Thr

65 70 75 80

Leu Glu Met Asn Ser Leu Arg Val Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Tyr Cys

85 90 95

His Lys Val Pro Trp Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Ser Val Ser Ser

100 105 110

<210> 30

<211> 128

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 30

Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Arg Leu Val Lys Pro Ser Glu

1 5 10 15

Thr Leu Ser Leu Thr Cys Phe Val Ser Gly Gly Ser Ile Asn Asn Ser

20 25 30

Tyr Trp Thr Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile

35 40 45

Gly Phe Val Phe Ser Ser Gly Arg Thr Asn Tyr Ser Pro Ser Leu Lys

50 55 60

Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Thr Ser Lys Asn Leu Phe Ser Leu

65 70 75 80

Arg Leu Thr Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Ala

85 90 95

Arg Gln Val His Tyr Asp Phe Trp Ser Gly Tyr Ser Leu Thr Lys Thr

100 105 110

Asn Trp Phe Asp Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 31

<211> 128

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 31

Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Glu

1 5 10 15

Thr Leu Ser Leu Thr Cys Val Val Ser Gly Gly Ser Ile Asn Asn Ser

20 25 30

Tyr Trp Thr Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile

35 40 45

Gly Phe Val Tyr Ser Ser Gly Arg Thr Tyr Tyr Ser Pro Ser Leu Lys

50 55 60

Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Thr Ser Lys Asn Phe Phe Ser Leu

65 70 75 80

Arg Leu Asn Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys Ala

85 90 95

Arg Gln Val His Tyr Asp Leu Trp Ser Gly Tyr Ser Leu Thr Lys Thr

100 105 110

Asn Trp Phe Asp Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 32

<211> 121

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 32

Gln Leu Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Ala Val Gln Pro Gly Arg

1 5 10 15

Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr

20 25 30

Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Val Thr Ser Phe Asp Gly Ser Asn Glu Tyr Tyr Ile Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Thr Lys Asn Thr Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Thr Gly Leu Arg Val Glu Asp Thr Ala Leu Tyr Phe Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Glu Tyr Thr Gly Gly Trp Tyr Ser Val Gly Tyr Trp Gly

100 105 110

Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 33

<211> 106

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 33

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Thr Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Ser Trp

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Lys Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Asp Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Lys Gln Tyr Ala Asp Tyr Trp Thr

85 90 95

Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 34

<211> 107

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 34

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Thr Ser Tyr

20 25 30

Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Ala Ser Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Glu Ser Tyr Ser Thr Pro Pro

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 35

<211> 106

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 35

Ser Tyr Glu Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ser Pro Gly Gln

1 5 10 15

Thr Ala Arg Ile Thr Cys Ser Gly Asp Ala Val Pro Lys Lys Tyr Ala

20 25 30

Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Ser Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Ile Tyr

35 40 45

Glu Asp Lys Lys Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe Ser Gly Ser

50 55 60

Ser Ser Gly Thr Met Ala Thr Leu Thr Ile Ser Gly Ala Gln Val Glu

65 70 75 80

Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Tyr Ser Thr Asp Ser Ser Glu Gly Val

85 90 95

Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu

100 105

<210> 36

<211> 106

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 36

Ser Tyr Glu Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ser Pro Gly Gln

1 5 10 15

Thr Ala Arg Ile Thr Cys Ser Gly Asp Ala Leu Pro Lys Lys Tyr Ala

20 25 30

Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Ser Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Ile His

35 40 45

Glu Asp Thr Lys Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe Ser Gly Ser

50 55 60

Ser Ser Gly Thr Met Ala Thr Leu Thr Ile Ser Gly Ala Gln Val Glu

65 70 75 80

Asp Glu Ala Asp Tyr His Cys Tyr Ser Thr Asp Ser Ser Gly Val Val

85 90 95

Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu

100 105

<210> 37

<211> 113

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 37

Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Ile Asn Cys Lys Ser Ser Gln Gly Val Leu Ser Arg

20 25 30

Ser Asn Asn Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln

35 40 45

Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val

50 55 60

Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr

65 70 75 80

Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln

85 90 95

Tyr Tyr Asn Asn Leu Arg Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile

100 105 110

Arg

<210> 38

<211> 106

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 38

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Thr Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Arg Ile Ser Asn Trp

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Lys Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Lys Ala Ser Thr Leu Glu Ser Glu Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Asp Asp Leu Ala Thr Tyr Tyr Cys His Gln Tyr Ile Ser Tyr Tyr Thr

85 90 95

Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys

100 105

<210> 39

<211> 111

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 39

Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Ala Ala Pro Gly Glu

1 5 10 15

Lys Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Ser Asn Ile Gly Ala Asn

20 25 30

Ser Val Ser Trp Tyr Gln Gln Phe Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Asp Asn Asp Lys Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Lys Ser Gly Thr Ser Ala Thr Leu Gly Ile Thr Gly Leu Gln

65 70 75 80

Thr Gly Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gly Thr Trp Val Gly Ile Leu

85 90 95

Ser Ala Gly Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu

100 105 110

<210> 40

<211> 107

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 40

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Asn

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Lys Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Leu Arg Ser Asn Trp Ala Tyr

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys

100 105

<210> 41

<211> 107

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 41

Ser Tyr Gly Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ser Pro Gly Gln

1 5 10 15

Thr Ala Arg Ile Thr Cys Ser Gly Asp Ala Leu Ala Lys Gln Tyr Val

20 25 30

Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Val Leu Val Ile Asp

35 40 45

Lys Asp Arg Glu Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe Ser Gly Ser

50 55 60

Ser Ser Gly Thr Thr Val Thr Leu Thr Ile Ser Gly Val Gln Ala Glu

65 70 75 80

Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Ala Asp Ser Ser Arg Thr Tyr

85 90 95

Val Phe Gly Thr Gly Thr Lys Val Thr Val Leu

100 105

<210> 42

<211> 112

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 42

Asp Val Val Met Thr Gln Ser Pro Leu Ser Leu Pro Val Thr Leu Gly

1 5 10 15

Gln Pro Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Gln Ser Leu Val His Ser

20 25 30

Asp Gly Asn Thr Tyr Leu Asn Trp Phe Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ser

35 40 45

Pro Arg Arg Leu Ile Tyr Lys Val Ser Asn Arg Asp Ser Gly Val Pro

50 55 60

Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile

65 70 75 80

Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Val Gly Val Tyr Tyr Cys Met Gln Gly

85 90 95

Thr His Leu Thr Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105 110

<210> 43

<211> 113

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 43

Asp Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Glu Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Ile Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Phe Phe Lys

20 25 30

Ser Asn Asn Lys Asn Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln

35 40 45

Pro Pro Lys Val Ile Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val

50 55 60

Pro Ala Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr

65 70 75 80

Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Phe Cys His Gln

85 90 95

Tyr Tyr Ser Thr Gln Tyr Ser Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile

100 105 110

Lys

<210> 44

<211> 107

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 44

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Thr Val Thr Ile Thr Cys Arg Thr Ser Gln Ser Ile Ser Asn Phe

20 25 30

Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Val Asn Gly

50 55 60

Ser Thr Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Leu Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Tyr Ser Thr Pro Trp

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 45

<211> 107

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 45

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Thr Val Thr Ile Thr Cys Arg Thr Ser Gln Ser Ile Ser Asn Phe

20 25 30

Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Asn Gly

50 55 60

Ser Thr Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Leu Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Tyr Ser Thr Pro Trp

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 46

<211> 110

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 46

Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln

1 5 10 15

Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Tyr Asn Ile Gly Ser Asn

20 25 30

Tyr Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Phe Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu

35 40 45

Ile Ser Arg Ser Ile Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Lys Ser Val Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg

65 70 75 80

Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu

85 90 95

Arg Ala Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu

100 105 110

<210> 47

<211> 452

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность полноразмерной тяжелой цепи

<400> 47

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser His

20 25 30

Asp Met His Trp Val Arg Gln Ala Thr Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ser Gly Ile Gly Thr Ala Gly Asp Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys

50 55 60

Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Glu Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr Leu

65 70 75 80

Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Gly Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala

85 90 95

Arg Asp Arg Tyr Ser Pro Thr Gly His Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp

100 105 110

Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro

115 120 125

Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr

130 135 140

Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr

145 150 155 160

Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro

165 170 175

Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr

180 185 190

Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn

195 200 205

His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser

210 215 220

Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu

225 230 235 240

Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu

245 250 255

Tyr Ile Thr Arg Glu Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser

260 265 270

His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu

275 280 285

Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr

290 295 300

Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn

305 310 315 320

Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro

325 330 335

Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln

340 345 350

Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val

355 360 365

Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val

370 375 380

Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro

385 390 395 400

Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr

405 410 415

Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val

420 425 430

Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu

435 440 445

Ser Pro Gly Lys

450

<210> 48

<211> 452

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность полноразмерной тяжелой цепи

<400> 48

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser His

20 25 30

Asp Met His Trp Val Arg Gln Ala Thr Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ser Gly Ile Gly Thr Ala Gly Asp Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys

50 55 60

Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Glu Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr Leu

65 70 75 80

Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Gly Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala

85 90 95

Arg Asp Arg Tyr Ser Pro Thr Gly His Tyr Tyr Gly Met Asp Val Trp

100 105 110

Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro

115 120 125

Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr

130 135 140

Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr

145 150 155 160

Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro

165 170 175

Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr

180 185 190

Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn

195 200 205

His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser

210 215 220

Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu

225 230 235 240

Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu

245 250 255

Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser

260 265 270

His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu

275 280 285

Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr

290 295 300

Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn

305 310 315 320

Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro

325 330 335

Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln

340 345 350

Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val

355 360 365

Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val

370 375 380

Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro

385 390 395 400

Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr

405 410 415

Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val

420 425 430

Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu

435 440 445

Ser Pro Gly Lys

450

<210> 49

<211> 454

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность полноразмерной тяжелой цепи

<400> 49

Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Glu

1 5 10 15

Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Gly Ser Ile Gln Asn Ser

20 25 30

Tyr Trp Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Ile

35 40 45

Gly Tyr Leu Tyr Ser Ser Gly Arg Thr Asn Tyr Thr Pro Ser Leu Lys

50 55 60

Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Thr Ser Lys Asn Gln Phe Ser Leu

65 70 75 80

Lys Leu Ser Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala

85 90 95

Arg Thr His Leu Gly Gly Phe His Tyr Gly Gly Gly Phe Trp Phe Asp

100 105 110

Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys

115 120 125

Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly

130 135 140

Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro

145 150 155 160

Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr

165 170 175

Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val

180 185 190

Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn

195 200 205

Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro

210 215 220

Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu

225 230 235 240

Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp

245 250 255

Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp

260 265 270

Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly

275 280 285

Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn

290 295 300

Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp

305 310 315 320

Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro

325 330 335

Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu

340 345 350

Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn

355 360 365

Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile

370 375 380

Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr

385 390 395 400

Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys

405 410 415

Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys

420 425 430

Ser Val Met His Glu Ala Cys Ser Tyr His Leu Cys Gln Lys Ser Leu

435 440 445

Ser Leu Ser Pro Gly Lys

450

<210> 50

<211> 451

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность полноразмерной тяжелой цепи

<400> 50

Gln Leu Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Ala Val Gln Pro Gly Arg

1 5 10 15

Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr

20 25 30

Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Val Thr Ser Phe Asp Gly Ser Asn Glu Tyr Tyr Ile Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Thr Lys Asn Thr Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Thr Gly Leu Arg Val Glu Asp Thr Ala Leu Tyr Phe Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Glu Tyr Thr Gly Gly Trp Tyr Ser Val Gly Tyr Trp Gly

100 105 110

Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser

115 120 125

Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala

130 135 140

Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val

145 150 155 160

Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala

165 170 175

Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val

180 185 190

Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His

195 200 205

Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys

210 215 220

Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly

225 230 235 240

Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Tyr

245 250 255

Ile Thr Arg Glu Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His

260 265 270

Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val

275 280 285

His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr

290 295 300

Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly

305 310 315 320

Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile

325 330 335

Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val

340 345 350

Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser

355 360 365

Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu

370 375 380

Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro

385 390 395 400

Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val

405 410 415

Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met

420 425 430

His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser

435 440 445

Pro Gly Lys

450

<210> 51

<211> 451

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность полноразмерной тяжелой цепи

<400> 51

Gln Leu Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Ala Val Gln Pro Gly Arg

1 5 10 15

Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr

20 25 30

Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Val Thr Ser Phe Asp Gly Ser Asn Glu Tyr Tyr Ile Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Thr Lys Asn Thr Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Thr Gly Leu Arg Val Glu Asp Thr Ala Leu Tyr Phe Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Glu Tyr Thr Gly Gly Trp Tyr Ser Val Gly Tyr Trp Gly

100 105 110

Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser

115 120 125

Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala

130 135 140

Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val

145 150 155 160

Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala

165 170 175

Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val

180 185 190

Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His

195 200 205

Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys

210 215 220

Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly

225 230 235 240

Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met

245 250 255

Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His

260 265 270

Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val

275 280 285

His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr

290 295 300

Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly

305 310 315 320

Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile

325 330 335

Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val

340 345 350

Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser

355 360 365

Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu

370 375 380

Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro

385 390 395 400

Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val

405 410 415

Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met

420 425 430

His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser

435 440 445

Pro Gly Lys

450

<210> 52

<211> 212

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность полноразмерной легкой цепи

<400> 52

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Thr Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Ser Trp

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Lys Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Asp Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Lys Gln Tyr Ala Asp Tyr Trp Thr

85 90 95

Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro

100 105 110

Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr

115 120 125

Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys

130 135 140

Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu

145 150 155 160

Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser

165 170 175

Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala

180 185 190

Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe

195 200 205

Asn Arg Gly Glu

210

<210> 53

<211> 214

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность полноразмерной легкой цепи

<400> 53

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Thr Ser Tyr

20 25 30

Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Ala Ser Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Glu Ser Tyr Ser Thr Pro Pro

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala

100 105 110

Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly

115 120 125

Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala

130 135 140

Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln

145 150 155 160

Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser

165 170 175

Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr

180 185 190

Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser

195 200 205

Phe Asn Arg Gly Glu Cys

210

<210> 54

<211> 216

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность полноразмерной легкой цепи

<400> 54

Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln

1 5 10 15

Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Tyr Asn Ile Gly Ser Asn

20 25 30

Tyr Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Phe Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu

35 40 45

Ile Ser Arg Ser Ile Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Lys Ser Val Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg

65 70 75 80

Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu

85 90 95

Arg Ala Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Gln

100 105 110

Pro Lys Ala Ala Pro Ser Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser Glu Glu

115 120 125

Leu Gln Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ile Ser Asp Phe Tyr

130 135 140

Pro Gly Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Ser Ser Pro Val Lys

145 150 155 160

Ala Gly Val Glu Thr Thr Thr Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn Lys Tyr

165 170 175

Ala Ala Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys Ser His

180 185 190

Arg Ser Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val Glu Lys

195 200 205

Thr Val Ala Pro Thr Glu Cys Ser

210 215

<210> 55

<211> 6

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Fc-область

<400> 55

Cys Ser Tyr His Leu Cys

1 5

<210> 56

<211> 17

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> константный домен тяжелой цепи

<400> 56

Met His Glu Ala Cys Ser Tyr His Leu Cys Gln Lys Ser Leu Ser Leu

1 5 10 15

Ser

<210> 57

<211> 293

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Альфа-токсин S. aureus

<400> 57

Ala Asp Ser Asp Ile Asn Ile Lys Thr Gly Thr Thr Asp Ile Gly Ser

1 5 10 15

Asn Thr Thr Val Lys Thr Gly Asp Leu Val Thr Tyr Asp Lys Glu Asn

20 25 30

Gly Met His Lys Lys Val Phe Tyr Ser Phe Ile Asp Asp Lys Asn His

35 40 45

Asn Lys Lys Leu Leu Val Ile Arg Thr Lys Gly Thr Ile Ala Gly Gln

50 55 60

Tyr Arg Val Tyr Ser Glu Glu Gly Ala Asn Lys Ser Gly Leu Ala Trp

65 70 75 80

Pro Ser Ala Phe Lys Val Gln Leu Gln Leu Pro Asp Asn Glu Val Ala

85 90 95

Gln Ile Ser Asp Tyr Tyr Pro Arg Asn Ser Ile Asp Thr Lys Glu Tyr

100 105 110

Met Ser Thr Leu Thr Tyr Gly Phe Asn Gly Asn Val Thr Gly Asp Asp

115 120 125

Thr Gly Lys Ile Gly Gly Leu Ile Gly Ala Asn Val Ser Ile Gly His

130 135 140

Thr Leu Lys Tyr Val Gln Pro Asp Phe Lys Thr Ile Leu Glu Ser Pro

145 150 155 160

Thr Asp Lys Lys Val Gly Trp Lys Val Ile Phe Asn Asn Met Val Asn

165 170 175

Gln Asn Trp Gly Pro Tyr Asp Arg Asp Ser Trp Asn Pro Val Tyr Gly

180 185 190

Asn Gln Leu Phe Met Lys Thr Arg Asn Gly Ser Met Lys Ala Ala Asp

195 200 205

Asn Phe Leu Asp Pro Asn Lys Ala Ser Ser Leu Leu Ser Ser Gly Phe

210 215 220

Ser Pro Asp Phe Ala Thr Val Ile Thr Met Asp Arg Lys Ala Ser Lys

225 230 235 240

Gln Gln Thr Asn Ile Asp Val Ile Tyr Glu Arg Val Arg Asp Asp Tyr

245 250 255

Gln Leu His Trp Thr Ser Thr Asn Trp Lys Gly Thr Asn Thr Lys Asp

260 265 270

Lys Trp Thr Asp Arg Ser Ser Glu Arg Tyr Lys Ile Asp Trp Glu Lys

275 280 285

Glu Glu Met Thr Asn

290

<210> 58

<211> 293

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Мутантный альфа-токсин H35L S. aureus

<400> 58

Ala Asp Ser Asp Ile Asn Ile Lys Thr Gly Thr Thr Asp Ile Gly Ser

1 5 10 15

Asn Thr Thr Val Lys Thr Gly Asp Leu Val Thr Tyr Asp Lys Glu Asn

20 25 30

Gly Met Leu Lys Lys Val Phe Tyr Ser Phe Ile Asp Asp Lys Asn His

35 40 45

Asn Lys Lys Leu Leu Val Ile Arg Thr Lys Gly Thr Ile Ala Gly Gln

50 55 60

Tyr Arg Val Tyr Ser Glu Glu Gly Ala Asn Lys Ser Gly Leu Ala Trp

65 70 75 80

Pro Ser Ala Phe Lys Val Gln Leu Gln Leu Pro Asp Asn Glu Val Ala

85 90 95

Gln Ile Ser Asp Tyr Tyr Pro Arg Asn Ser Ile Asp Thr Lys Glu Tyr

100 105 110

Met Ser Thr Leu Thr Tyr Gly Phe Asn Gly Asn Val Thr Gly Asp Asp

115 120 125

Thr Gly Lys Ile Gly Gly Leu Ile Gly Ala Asn Val Ser Ile Gly His

130 135 140

Thr Leu Lys Tyr Val Gln Pro Asp Phe Lys Thr Ile Leu Glu Ser Pro

145 150 155 160

Thr Asp Lys Lys Val Gly Trp Lys Val Ile Phe Asn Asn Met Val Asn

165 170 175

Gln Asn Trp Gly Pro Tyr Asp Arg Asp Ser Trp Asn Pro Val Tyr Gly

180 185 190

Asn Gln Leu Phe Met Lys Thr Arg Asn Gly Ser Met Lys Ala Ala Asp

195 200 205

Asn Phe Leu Asp Pro Asn Lys Ala Ser Ser Leu Leu Ser Ser Gly Phe

210 215 220

Ser Pro Asp Phe Ala Thr Val Ile Thr Met Asp Arg Lys Ala Ser Lys

225 230 235 240

Gln Gln Thr Asn Ile Asp Val Ile Tyr Glu Arg Val Arg Asp Asp Tyr

245 250 255

Gln Leu His Trp Thr Ser Thr Asn Trp Lys Gly Thr Asn Thr Lys Asp

260 265 270

Lys Trp Thr Asp Arg Ser Ser Glu Arg Tyr Lys Ile Asp Trp Glu Lys

275 280 285

Glu Glu Met Thr Asn

290

<210> 59

<211> 300

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> HIgB S. aureus

<400> 59

Gly Glu Gly Lys Ile Thr Pro Val Ser Val Lys Lys Val Asp Asp Lys

1 5 10 15

Val Thr Leu Tyr Lys Thr Thr Ala Thr Ala Asp Ser Asp Lys Phe Lys

20 25 30

Ile Ser Gln Ile Leu Thr Phe Asn Phe Ile Lys Asp Lys Ser Tyr Asp

35 40 45

Lys Asp Thr Leu Val Leu Lys Ala Thr Gly Asn Ile Asn Ser Gly Phe

50 55 60

Val Lys Pro Asn Pro Asn Asp Tyr Asp Phe Ser Lys Leu Tyr Trp Gly

65 70 75 80

Ala Lys Tyr Asn Val Ser Ile Ser Ser Gln Ser Asn Asp Ser Val Asn

85 90 95

Val Val Asp Tyr Ala Pro Lys Asn Gln Asn Glu Glu Phe Gln Val Gln

100 105 110

Asn Thr Leu Gly Tyr Thr Phe Gly Gly Asp Ile Ser Ile Ser Asn Gly

115 120 125

Leu Ser Gly Gly Leu Asn Gly Asn Thr Ala Phe Ser Glu Thr Ile Asn

130 135 140

Tyr Lys Gln Glu Ser Tyr Arg Thr Thr Leu Ser Arg Asn Thr Asn Tyr

145 150 155 160

Lys Asn Val Gly Trp Gly Val Glu Ala His Lys Ile Met Asn Asn Gly

165 170 175

Trp Gly Pro Tyr Gly Arg Asp Ser Phe His Pro Thr Tyr Gly Asn Glu

180 185 190

Leu Phe Leu Ala Gly Arg Gln Ser Ser Ala Tyr Ala Gly Gln Asn Phe

195 200 205

Ile Ala Gln His Gln Met Pro Leu Leu Ser Arg Ser Asn Phe Asn Pro

210 215 220

Glu Phe Leu Ser Val Leu Ser His Arg Gln Asp Gly Ala Lys Lys Ser

225 230 235 240

Lys Ile Thr Val Thr Tyr Gln Arg Glu Met Asp Leu Tyr Gln Ile Arg

245 250 255

Trp Asn Gly Phe Tyr Trp Ala Gly Ala Asn Tyr Lys Asn Phe Lys Thr

260 265 270

Arg Thr Phe Lys Ser Thr Tyr Glu Ile Asp Trp Glu Asn His Lys Val

275 280 285

Lys Leu Leu Asp Thr Lys Glu Thr Glu Asn Asn Lys

290 295 300

<210> 60

<211> 302

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> LukF S. aureus

<400> 60

Gly Ala Gln His Ile Thr Pro Val Ser Glu Lys Lys Val Asp Asp Lys

1 5 10 15

Ile Thr Leu Tyr Lys Thr Thr Ala Thr Ser Asp Ser Asp Lys Leu Lys

20 25 30

Ile Ser Gln Ile Leu Thr Phe Asn Phe Ile Lys Asp Lys Ser Tyr Asp

35 40 45

Lys Asp Thr Leu Ile Leu Lys Ala Ala Gly Asn Ile Tyr Ser Gly Tyr

50 55 60

Thr Lys Pro Asn Pro Lys Asp Thr Ile Ser Ser Gln Phe Tyr Trp Gly

65 70 75 80

Ser Lys Tyr Asn Ile Ser Ile Asn Ser Asp Ser Asn Asp Ser Val Asn

85 90 95

Val Val Asp Tyr Ala Pro Lys Asn Gln Asn Glu Glu Phe Gln Val Gln

100 105 110

Gln Thr Val Gly Tyr Ser Tyr Gly Gly Asp Ile Asn Ile Ser Asn Gly

115 120 125

Leu Ser Gly Gly Gly Asn Gly Ser Lys Ser Phe Ser Glu Thr Ile Asn

130 135 140

Tyr Lys Gln Glu Ser Tyr Arg Thr Ser Leu Asp Lys Arg Thr Asn Phe

145 150 155 160

Lys Lys Ile Gly Trp Asp Val Glu Ala His Lys Ile Met Asn Asn Gly

165 170 175

Trp Gly Pro Tyr Gly Arg Asp Ser Tyr His Ser Thr Tyr Gly Asn Glu

180 185 190

Met Phe Leu Gly Ser Arg Gln Ser Asn Leu Asn Ala Gly Gln Asn Phe

195 200 205

Leu Glu Tyr His Lys Met Pro Val Leu Ser Arg Gly Asn Phe Asn Pro

210 215 220

Glu Phe Ile Gly Val Leu Ser Arg Lys Gln Asn Ala Ala Lys Lys Ser

225 230 235 240

Lys Ile Thr Val Thr Tyr Gln Arg Glu Met Asp Arg Tyr Thr Asn Phe

245 250 255

Trp Asn Gln Leu His Trp Ile Gly Asn Asn Tyr Lys Asp Glu Asn Arg

260 265 270

Ala Thr His Thr Ser Ile Tyr Glu Val Asp Trp Glu Asn His Thr Val

275 280 285

Lys Leu Ile Asp Thr Gln Ser Lys Glu Lys Asn Pro Met Ser

290 295 300

<210> 61

<211> 302

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> LukD S. aureus

<400> 61

Gly Ala Gln His Ile Thr Pro Val Ser Glu Lys Lys Val Asp Asp Lys

1 5 10 15

Ile Thr Leu Tyr Lys Thr Thr Ala Thr Ser Asp Asn Asp Lys Leu Asn

20 25 30

Ile Ser Gln Ile Leu Thr Phe Asn Phe Ile Lys Asp Lys Ser Tyr Asp

35 40 45

Lys Asp Thr Leu Val Leu Lys Ala Ala Gly Asn Ile Asn Ser Gly Tyr

50 55 60

Lys Lys Pro Asn Pro Lys Asp Tyr Asn Tyr Ser Gln Phe Tyr Trp Gly

65 70 75 80

Gly Lys Tyr Asn Val Ser Val Ser Ser Glu Ser Asn Asp Ala Val Asn

85 90 95

Val Val Asp Tyr Ala Pro Lys Asn Gln Asn Glu Glu Phe Gln Val Gln

100 105 110

Gln Thr Leu Gly Tyr Ser Tyr Gly Gly Asp Ile Asn Ile Ser Asn Gly

115 120 125

Leu Ser Gly Gly Leu Asn Gly Ser Lys Ser Phe Ser Glu Thr Ile Asn

130 135 140

Tyr Lys Gln Glu Ser Tyr Arg Thr Thr Ile Asp Arg Lys Thr Asn His

145 150 155 160

Lys Ser Ile Gly Trp Gly Val Glu Ala His Lys Ile Met Asn Asn Gly

165 170 175

Trp Gly Pro Tyr Gly Arg Asp Ser Tyr Asp Pro Thr Tyr Gly Asn Glu

180 185 190

Leu Phe Leu Gly Gly Arg Gln Ser Ser Ser Asn Ala Gly Gln Asn Phe

195 200 205

Leu Pro Thr His Gln Met Pro Leu Leu Ala Arg Gly Asn Phe Asn Pro

210 215 220

Glu Phe Ile Ser Val Leu Ser His Lys Gln Asn Asp Thr Lys Lys Ser

225 230 235 240

Lys Ile Lys Val Thr Tyr Gln Arg Glu Met Asp Arg Tyr Thr Asn Gln

245 250 255

Trp Asn Arg Leu His Trp Val Gly Asn Asn Tyr Lys Asn Gln Asn Thr

260 265 270

Val Thr Phe Thr Ser Thr Tyr Glu Val Asp Trp Gln Asn His Thr Val

275 280 285

Lys Leu Ile Gly Thr Asp Ser Lys Glu Thr Asn Pro Gly Val

290 295 300

<210> 62

<211> 5

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR1

<400> 62

Ser Phe Ala Met Ser

1 5

<210> 63

<211> 17

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR2

<400> 63

Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Asn Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys

1 5 10 15

Gly

<210> 64

<211> 5

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH CDR3

<400> 64

Ile Ala Phe Asp Ile

1 5

<210> 65

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR1

<400> 65

Arg Ala Ser Gln Gly Ile Arg Asn Asp Leu Gly

1 5 10

<210> 66

<211> 7

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR2

<400> 66

Val Ala Ser Ser Leu Gln Ser

1 5

<210> 67

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL CDR3

<400> 67

Leu Gln His Asn Ser Tyr Pro Phe Thr

1 5

<210> 68

<211> 114

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VН

<400> 68

Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Phe

20 25 30

Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Asn Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Lys Ile Ala Phe Asp Ile Trp Gly Gln Gly Thr Met Val Thr Val

100 105 110

Ser Ser

<210> 69

<211> 107

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность VL

<400> 69

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Arg Asn Asp

20 25 30

Leu Gly Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Arg Leu Ile

35 40 45

Tyr Val Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Leu Gln His Asn Ser Tyr Pro Phe

85 90 95

Thr Phe Gly Pro Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys

100 105

<210> 70

<211> 454

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Аминокислотная последовательность полноразмерной легкой цепи

<400> 70

Gln Val Gln Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Lys Pro Ser Glu

1 5 10 15

Thr Leu Ser Leu Thr Cys Thr Val Ser Gly Gly Ser Ile Gln Asn Ser

20 25 30

Tyr Trp Ser Trp Ile Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Ile

35 40 45

Gly Tyr Leu Tyr Ser Ser Gly Arg Thr Asn Tyr Thr Pro Ser Leu Lys

50 55 60

Ser Arg Val Thr Ile Ser Val Asp Thr Ser Lys Asn Gln Phe Ser Leu

65 70 75 80

Lys Leu Ser Ser Val Thr Ala Ala Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala

85 90 95

Arg Thr His Leu Gly Gly Phe His Tyr Gly Gly Gly Phe Trp Phe Asp

100 105 110

Pro Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys

115 120 125

Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly

130 135 140

Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro

145 150 155 160

Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr

165 170 175

Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val

180 185 190

Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn

195 200 205

Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro

210 215 220

Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu

225 230 235 240

Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp

245 250 255

Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp

260 265 270

Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly

275 280 285

Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn

290 295 300

Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp

305 310 315 320

Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro

325 330 335

Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu

340 345 350

Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn

355 360 365

Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile

370 375 380

Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr

385 390 395 400

Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys

405 410 415

Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys

420 425 430

Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu

435 440 445

Ser Leu Ser Pro Gly Lys

450

<---

Группа изобретений относится к области фармацевтики и медицины. 1 и 2 объекты представляют собой способы лечения или профилактики инфекции, вызываемой Staphylococcus aureus (S.aureus) у индивида, включающие введение индивиду антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются по меньшей мере с одним лейкотоксином S.aureus, и антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с альфа-токсином S.aureus (AT), и/или антителa или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с фактором слипания А S.aureus (ClfA). 3 и 4 объекты – композиции для лечения или профилактики инфекции, вызываемой S.aureus, у индивида, содержащие вышеуказанные антитела. 5-7 объекты – применение одного из вышеуказанных антител или их антигенсвязывающих фрагментов для получения лекарственного средства для лечения или профилактики инфекции, вызываемой S.aureus, у индивида, в комбинации с другими вышеуказанными антителами. Технический результат заключается в обеспечении широкого охвата штаммов для лечения или профилактики инфекции, вызываемой S.aureus у индивида, комбинацией антител, которые нацеливаются на несколько различных факторов бактериальной вирулентности посредством комплементарного механизма действия. 7 н. и 80 з.п. ф-лы, 17 ил., 7 табл., 11 пр.

1. Способ лечения или профилактики инфекции, вызываемой Staphylococcus aureus (S.aureus) у индивида, включающий введение индивиду

(а) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с альфа-токсином S.aureus (AT) и содержат

область, определяющая комплементарность вариабельной области тяжелой цепи (VH) (CDR)1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:2,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:3,

CDR1 вариабельной области легкой цепи (VL), содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:10,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:11, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:12,

(b) антителa или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с фактором слипания А S.aureus (ClfA) и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:4,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:5,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:6,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:13,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:14, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:15, и

(c) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются по меньшей мере с одним лейкотоксином S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:8,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:16,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:17, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:18.

2. Способ лечения или профилактики инфекции, вызываемой Staphylococcus aureus (S.aureus) у индивида, включающий введение индивиду антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются по меньшей мере с одним лейкотоксином S.aureus, и

(а) антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с альфа-токсином S.aureus (AT) и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:2,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:3,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:10,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:11, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:12, или

(b) антителa или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с фактором слипания А S.aureus (ClfA) и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:4,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:5,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:6,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:13,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:14, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:15.

3. Композиция для лечения или профилактики инфекции, вызываемой S.aureus, у индивида, содержащая (а) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:2,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:3,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:10,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:11, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:12,

(b) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:4,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:5,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:6,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:13,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:14, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:15, и

(c) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются по меньшей мере с одним лейкотоксином S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:8,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:16,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:17, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:18.

4. Композиция для лечения или профилактики инфекции S.aureus у индивида, содержащая антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются по меньшей мере с одним лейкотоксином S.aureus, и (а) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:2,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:3,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:10,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:11, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:12, или

(b) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:4,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:5,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:6,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:13,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:14, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:15.

5. Применение антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с альфа-токсином S.aureus (AT) и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:2,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:3,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:10,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:11, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:12,

для получения лекарственного средства для лечения или профилактики инфекции, вызываемой S.aureus, у индивида, в комбинации с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с ClfA S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:4,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:5,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:6,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:13,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:14, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:15, и

антителом или его антигенсвязывающем фрагментом, которые связываются по меньшей мере с одним лейкотоксином S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:8,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:16,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:17, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:18.

6. Применение антителa или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются с ClfA S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:4,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:5,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:6,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:13,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:14, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:15

для получения лекарственного средства для лечения или профилактики инфекции, вызываемой S.aureus, у индивида, в комбинации с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с АТ S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:2,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:3,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:10,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:11, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:12,

и антителом или его антигенсвязывающем фрагментом, которые связываются по меньшей мере с одним лейкотоксином S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:8,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:16,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:17, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:18.

7. Применение антитела или его антигенсвязывающего фрагмента, которые связываются по меньшей мере с одним лейкотоксином S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:7,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:8,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:9,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:16,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:17, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:18

для получения лекарственного средства для лечения или профилактики инфекции, вызываемой S.aureus, у индивида, в комбинации с антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с АТ S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:2,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:3,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:10,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:11, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:12, и/или

антителом или его антигенсвязывающим фрагментом, которые связываются с ClfA S.aureus и содержат

VH CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:4,

VH CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:5,

VH CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:6,

VL CDR1, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:13,

VL CDR2, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:14, и

VL CDR3, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:15.

8. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-7,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus, содержат

VH, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:19 и

VL, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:33.

9. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-8,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus, содержат

тяжелую цепь, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:47, и

легкую цепь, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:52.

10. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-9,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus, также содержат константную область тяжелой цепи.

11. Способ, композиция или применение по п.10,

где константная область тяжелой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей тяжелой цепи иммуноглобулина человека IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 и IgA2.

12. Способ, композиция или применение по п.10,

где константная область тяжелой цепи представляет собой константную область IgG1 человека.

13. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-4,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus, также содержат константную область легкой цепи.

14. Способ, композиция или применение по п.13,

где константная область легкой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей легкой цепи иммуноглобулина человека IgGk и IgGλ.

15. Способ, композиция или применение по п.13,

где константная область легкой цепи представляет собой константную область легкой цепи IgGk человека.

16. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-15,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus, представляют собой антитело IgG или его антигенсвязывающий фрагмент.

17. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-16,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus, содержат область Fc, которая была сконструирована для улучшения периода полураспада.

18. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-17,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus, содержат область Fc с мутацией YTE.

19. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-18,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus, представляют собой моноклональное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.

20. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-19,

где антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, которые связывают с АТ S.aureus, является полноразмерным антителом.

21. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-19,

где антигенсвязывающий фрагмент, или антитело, который связывается с АТ S.aureus, представляет собой антигенсвязывающий фрагмент.

22. Способ, композиция или применение по п.21,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus,

где антигенсвязывающий фрагмент содержит Fab, Fab', F(ab')₂, одноцепочечный Fv (scFv), дисульфид-связанный Fv, интраантитело, IgGΔCH2, миниантитело, F(ab')₃, тетраантитело, триантитело, диантитело, DVD-Ig, Fcab, mАb₂, (scFv)₂, или scFv-Fc.

23. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-22,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с АТ S.aureus, имеет аффинность 80-100 пМ в отношении АТ S.aureus.

24. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-23,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, содержат

VH, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:20, и

VL, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:34.

25. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-24,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, содержат константную область тяжелой цепи, содержащую аминокислотную последовательность CSYHLC (SEQ ID NO:55).

26. Способ, композиция или применение по п.25,

где указанная константная область тяжелой цепи содержит аминокислотную последовательность MHEACSYHLCQKSLSLS (SEQ ID NO:56).

27. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-26,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, содержат

тяжелую цепь, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:49, и

легкую цепь, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:53.

28. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-24,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, также содержат константную область тяжелой цепи.

29. Способ, композиция или применение по п.28,

где константная область тяжелой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей тяжелой цепи иммуноглобулина человека IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 и IgA2.

30. Способ, композиция или применение по п.28,

где константная область тяжелой цепи представляет собой константную область IgG1 человека.

31. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-30,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, также содержат константную область легкой цепи.

32. Способ, композиция или применение по п.31,

где константная область легкой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей легкой цепи иммуноглобулина человека IgGk и IgGλ.

33. Способ, композиция или применение по п.31,

где константная область легкой цепи представлет собой константную область легкой цепи IgGk человека.

34. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-33,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, содержат мутацию, которая повышает период полураспада по сравнению с тем же антителом без мутации в человеческом FcRn мыши.

35. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-34,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, содержат мутацию, которая повышает период полураспада по сравнению с тем же антителом без мутации, и

где мутация не ингибирует активность OPK по сравнению с таким же антителом или антигенсвязывающим фрагментом без мутации.

36. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-35,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, представляют собой моноклональное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.

37. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-36,

где антитело, или антигенсвязывающий фрагмент, которые связывают с ClfA S.aureus, является полноразмерным антителом.

38. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-36,

где антигенсвязывающий фрагмент, или антитело, который связывается с ClfA S.aureus, представляет собой антигенсвязывающий фрагмент.

39. Способ, композиция или применение по п.38,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus,

где антигенсвязывающий фрагмент содержит Fab, Fab', F(ab')₂, одноцепочечный Fv (scFv), дисульфид-связанный Fv, интраантитело, IgGΔCH2, миниантитело, F(ab')₃, тетраантитело, триантитело, диантитело, DVD-Ig, Fcab, mАb₂, (scFv)₂, или scFv-Fc.

40. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-39,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, имеют IC50 по отношению к ClfA001, ClfA002 и ClfA004 в анализе подавления связывания с фибриногеном, которые находятся в пределах 2 мкг/мл друг от друга.

41. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-40,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, имеют IC50 по отношению к ClfA001, ClfA002 и ClfA004 в анализе подавления связывания с фибриногеном, которые находятся в пределах 1 мкг/мл - 5 мкг/мл.

42. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-41,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, имеют аффинность связывания (KD) по отношению к ClfA001, ClfA002 и ClfA004, каждый из которых находится в пределах 200-350 пM.

43. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-42,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, имеют аффинность связывания (KD), составляющим менее 1 нM, по отношению ко всем генотипам ClfA.

44. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-43,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, имеют чистоту мономера, которая снижается на не более чем 5% после воздействия на антитело или антигенсвязывающий фрагмент типичным белым светом при 2 кЛк/ч при 23°C в течение 14 дней.

45. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-44,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются по меньшей мере с одним лейкотоксином S.aureus, содержат

VH, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:32, и

VL, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:46.

46. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-45,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются по меньшей мере с одним лейкотоксином S.aureus, содержат

тяжелую цепь, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:50, и

легкую цепь, содержащую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:54.

47. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-45,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются по меньшей мере с лейкотоксином S.aureus, также содержат константную область тяжелой цепи.

48. Способ, композиция или применение по п.47,

где константная область тяжелой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей тяжелой цепи иммуноглобулина человека IgG₁, IgG₂, IgG₃, IgG₄, IgA₁ и IgA₂.

49. Способ, композиция или применение по п.47,

где константная область тяжелой цепи представляет собой константную область IgG1 человека.

50. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-49,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются по меньшей мере с лейкотоксином S.aureus, также содержат константную область легкой цепи.

51. Способ, композиция или применение по п.50,

где константная область легкой цепи выбрана из группы, состоящей из константных областей легкой цепи иммуноглобулина человека IgGk и IgGλ.

52. Способ, композиция или применение по п.50,

где константная область легкой цепи представляет собой константную область легкой цепи IgGk человека.

53. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-52,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются по меньшей мере с лейкотоксином S.aureus, представляют собой антитело IgG или его антигенсвязывающий фрагмент.

54. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-53,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются по меньшей мере с лейкотоксином S.aureus, содержат область Fc, которая была сконструирована для улучшения периода полураспада.

55. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-54,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются по меньшей мере с лейкотоксином S.aureus, содержат область Fc с мутацией YTE.

56. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-55,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются по меньшей мере с лейкотоксином S.aureus, представляют собой моноклональное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.

57. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-56,

где антитело, или его антигенсвязывающий фрагмент, которое связывается по меньшей мере с лейкотоксином S.aureus, является полноразмерным антителом.

58. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-56,

антигенсвязывающий фрагмент, или антитело, который связывается по меньшей мере с лейкотоксином S.aureus, представляет собой антигенсвязывающий фрагмент.

59. Способ, композиция или применение по п.58,

где антигенсвязывающий фрагмент содержит Fab, Fab', F(ab')₂, одноцепочечный Fv (scFv), дисульфид-связанный Fv, интраантитело, IgGΔCH2, миниантитело, F(ab')₃, тетраантитело, триантитело, диантитело, DVD-Ig, Fcab, mАb2, (scFv)₂, или scFv-Fc.

60. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-59,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S.aureus, имеют аффинность по отношению к LukF, LukD и HlgB S.aureus, составляющую менее 75 пМ.

61. Способ, композиция или применение по любому из пп.1-60,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S.aureus, имеют сходную аффинность связывания по отношению к LukF, LukD и HIgB.

62. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-61,

где инфекция, вызываемая S.aureus, представляет собой сепсис.

63. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-61,

где инфекция, вызываемая S.aureus, представляет собой бактериемию.

64. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-61,

где инфекция, вызываемая S.aureus, представляет собой пневмонию.

65. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-61,

где инфекция, вызываемая S.aureus, представляет собой пневмонию в ICU.

66. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-61,

где инфекция, вызываемая S.aureus, представляет собой инфекцию кожи или мягких тканей (SSTI).

67. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-61,

где инфекция, вызываемая S.aureus, представляет собой инфекцию нижних конечностей у больного диабетом.

68. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-61,

где инфекция, вызываемая S.aureus, представляет собой язву диабетической стопы (DFU).

69. Способ, композиция или применение по п.68,

где DFU является неинфицированной.

70. Способ, композиция или применение по п.68,

где DFU является инфицированной.

71. Способ, композиция или применение по п.68,

где DFU представляет собой DFU 1, 2 или 3 степени.

72. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-61,

где инфекция, вызываемая S.aureus, представляет собой инфекцию костей или суставов.

73. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-61,

где инфекция, вызываемая S.aureus, представляет собой инфекцию суставов, инфекцию, ассоциированную с медицинским изделием в организме, раневую инфекцию, хирургическую раневую инфекцию или остеомиелит.

74. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-73,

где индивидом является объект хирургического вмешательства.

75. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-74,

где инфекция, вызываемая S.aureus, включает инфекцию антибиотикорезистентным S.aureus.

76. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-75,

где индивид страдает диабетом.

77. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-76,

где индивидом является человек.

78. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-77,

где лечение или профилактика инфекции, вызываемой S.aureus, включает подавление агглютинации, обусловленной S. аureus, нейтрализацию токсинов, индуцирование опсонофагоцитоза, подавление связывания фибриногена, обусловленного S.aureus, подавление агглютинации, обусловленной S.aureus, подавление образования тромбоэмболических очагов, подавление сепсиса, ассоциированного с S.aureus, или любую комбинацию вышеизложенного.

79. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-78,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с AT S.aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, вводят в одной фармацевтической композиции.

80. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-78,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с AT S.aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, вводят в отдельных фармацевтических композициях.

81. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-78,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с AT S.aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S.aureus, вводят в одной фармацевтической композиции.

82. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-78,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с AT S.aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S.aureus, вводят в отдельных фармацевтических композициях.

83. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-78,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S.aureus, вводят в одной фармацевтической композиции.

84. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-78,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S.aureus, вводят в отдельных фармацевтических композициях.

85. Способ, композиция или применение по любому из пп.80, 82 и 84,

где отдельные фармацевтические композиции вводят одновременно.

86. Способ, композиция или применение по любому из пп.80, 82 и 84,

где отдельные фармацевтические композиции вводят последовательно.

87. Способ, композиция или применение по любому из пп.1, 2 и 5-78,

где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с AT S.aureus, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с ClfA S.aureus, и антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые связываются с по меньшей мере одним лейкотоксином S.aureus, вводят в одной фармацевтической композиции.