КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ Т-КЛЕТОЧНОЙ ТЕРАПИИ С ХИМЕРНЫМ АНТИГЕННЫМ РЕЦЕПТОРОМ И ИХ ПРИМЕНЕНИЯ Российский патент 2024 года по МПК A61K9/00 A61K35/17 A61K39/395 A61K47/54 A61P31/00 A61P35/00 

РАЗДЕЛ СВЯЗАННОЙ ИНФОРМАЦИИ

Эта заявка заявляет приоритет по дате предварительной заявки США № 62/560588, поданной 19 сентября 2017 года, содержание которой настоящим включено посредством ссылки в полном объеме.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

Достигнуты серьезные успехи в клиническом лечении онкологических заболеваний с помощью иммунотерапии. Одним из наиболее эффективных методов лечения, разработанных на сегодняшний день, является адоптивная клеточная терапия с использованием Т-клеток, содержащих химерный антигенный рецептор (CAR-Т-клетки или CAR-T). CAR-T представляют собой аутологичные лимфоциты пациента, трансдуцированные синтетическим антигенным рецептором, образованным путем слияния антигенсвязывающего домена с сигнальной цепью CD3 из комплекса Т-клеточного рецептора и костимулирующего домена одного из множества хорошо известных корецепторов, которые обеспечивают поддерживающие сигналы во время активации Т-клеток. CAR-T-клетки продемонстрировали сильный полноценный ответ при гематологических злокачественных новообразованиях, и FDA недавно одобрило терапию CAR-T для лечения В-клеточного лейкоза.

Однако в настоящее время CAR-T-клетки просто инфузируют пациентам, и клетки не получают никакой дополнительной стимуляции, за исключением случаев опухолевых клеток in vivo, в которых отсутствуют многие ключевые сигнальные стимулы, обычно предоставляемые Т-клеткам для обеспечения их полной эффекторной функции. Кроме того, CAR-T-клетки не могут функционально сохраняться у некоторых пациентов и в целом демонстрируют плохой ответ при солидных опухолях. Соответственно, существует потребность в агентах, которые улучшают CAR-T-клеточную терапию.

СУЩНОСТЬ РАСКРЫТИЯ

Настоящее раскрытие основано, по меньшей мере частично, на открытии того, что лиганды химерного антигенного рецептора (CAR) эффективно доставляются в лимфатические узлы с использованием амфифильного конъюгата, который связывается с человеческим сывороточным альбумином и расщепляется в мембранах резидентных антигенпрезентирующих клеток (APC), тем самым совместно презентируя лиганд CAR-T-клетки на поверхности клетки вместе с сигналами костимуляции нативного цитокина/рецептора. Не ограничиваясь какой-либо теорией, полагают, что эти двойные свойства амфифильных конъюгатов (то есть нацеливание на лимфатические узлы и вставка в мембрану) объединяются, чтобы создать бустерную вакцину для CAR-T-клеток, которая эффективно наращивает CAR-T-клетки in vivo, увеличивает их функциональность и усиливает противоопухолевую активность.

Было продемонстрировано, что конъюгат амфифильного лиганда, содержащий либо метку, либо опухолеассоциированный антиген, активирует и индуцирует пролиферацию Т-клеток, экспрессирующих CAR, содержащий метку либо опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, или оба. Примечательно, что такие конъюгаты амфифильного лиганда сохраняли эту активность in vivo, что позволяло наращивать и активировать CAR-T-клетки после введения пациенту. Кроме того, введение конъюгатов амфифильного лиганда по изобретению также приводило к значительному увеличению инфильтрации CAR-T в опухоли, и инфильтрирующие опухоль CAR-T-клетки проявляли повышенную реактивность против опухолевых клеток, несмотря на поверхностную экспрессию ингибиторов контрольных точек PD1 и TIM3. Лечение с использованием конъюгатов амфифильных лигандов по изобретению с CAR-T-клеточной терапией значительно задерживает рост опухоли и увеличивает выживаемость.

Настоящее раскрытие также основано, по меньшей мере частично, на открытии того, что конъюгаты амфифильного лиганда, описанные в настоящем документе, преодолевают слабые ответы CAR-T-клеток, продемонстрированные в солидных опухолях. Как продемонстрировано в настоящем описании, введение CAR-T-клеток, экспрессирующих опухолеассоциированный антиген, способно задерживать рост солидных опухолей и увеличивать выживаемость мышей-носителей опухолей при введении клеток в комбинации с конъюгатом амфифильного лиганда по сравнению с контролем и CAR-Т-клетками, индивидуально.

Кроме того, раскрытие основано, по меньшей мере частично, на открытии того факта, что повышенная эффективность CAR-T-клеточной терапии в комбинации с конъюгатом амфифильного лиганда по настоящему изобретению сохраняется в условиях отсутствия лимфодеплеции. Современная CAR-T-клеточная терапия требует лимфодеплеции, что связано с серьезной токсичностью. Как прдемонстрировано в данном описании, CAR-T-клеточная терапия в комбинации с конъюгатом амфифильного лиганда, описанным в настоящем изобретении, приводила к задержке роста опухоли и увеличению выживаемости мышей-носителей опухоли без лимфодеплеции. Задержка роста опухоли и увеличение выживаемости было сравнимо с этими параметрами у мышей, подвергнутых лимфодеплеции, которые получали такой же терапевтический режим. Не желая быть связанными какой-либо теорией, эти результаты указывают на то, что введение конъюгата амфифильного лиганда по настоящему изобретению может устранить необходимость в лимфодеплеции до CAR-T-клеточной терапии, тем самым снижая токсичность для пациента.

Соответственно, в одном аспекте настоящее раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему лиганд химерного антигенного рецептора (CAR) и липид, функционально связанный с лигандом CAR. В некоторых аспектах липид встраивается в клеточную мембрану в физиологических условиях. В некоторых аспектах липид связывается с альбумином в физиологических условиях. В некоторых аспектах липид встраивается в клеточную мембрану в физиологических условиях и связывается с альбумином в физиологических условиях. В некоторых аспектах конъюгат амфифильного лиганда содержит липид, который доставляется в лимфатические узлы и встраивается в клеточные мембраны резидентных антигенпрезентирующих клеток (APC), таким образом совместно презентируя CAR-T-клеточный лиганд на поверхности клетки вместе с костимулирующими сигналами нативных цитокинов/рецепторов.

В любом из вышеупомянутых или связанных аспектов конъюгат амфифильного лиганда по настоящему изобретению содержит диациллипид. В некоторых аспектах диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 12-30 углеводородных единиц. В некоторых аспектах диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 14-25 углеводородных единиц. В некоторых аспектах диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 16-20 углеводородных единиц. В некоторых аспектах диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 углеводородных единиц. В некоторых аспектах диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 18 углеводородных единиц.

В любом из вышеупомянутых или связанных аспектов конъюгат амфифильного лиганда содержит лиганд CAR, функционально связанный с липидом через линкер. В некоторых аспектах линкер выбран из группы, состоящей из гидрофильных полимеров, ряда гидрофильных аминокислот, полисахаридов или их комбинации. В некоторых аспектах линкер содержит «N» последовательных единиц полиэтиленгликоля, где N находится в диапазоне 25-50.

В других аспектах раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему лиганд CAR, функционально связанный с диациллипидом через линкер, где диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 12-30 углеводородных единиц, и где линкер содержит «N» последовательных полиэтиленгликолевых единиц, где N находится в диапазоне 25-50.

В любом из вышеупомянутых или связанных аспектов конъюгат амфифильного лиганда по настоящему изобретению содержит лиганд CAR, который является меткой. В некоторых аспектах метка выбрана из группы, состоящей из изотиоцианата флуоресцеина (FITC), стрептавидина, биотина, динитрофенола, перидинин-хлорофилл-белкового комплекса, зеленого флуоресцентного белка, фикоэритрина (PE), пероксидазы хрена, пальмитоилирования, нитрозилирования, щелочной фосфатазы, глюкозооксидазы и мальтоза-связывающего белка.

В других аспектах конъюгат амфифильного лиганда содержит лиганд CAR, который представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент. Типичные опухолевые антигены включают один или более из CD19, CD20, CD22, легкой цепи k, CD30, CD33, CD123, CD38, ROR1, ErbB2, ErbB3/4, EGFr vIII, карциноэмбрионального антигена, EGP2, EGP40, мезотелина, TAG72, PSMA, NKG2D-лигандов, B7-H6, рецептора IL-13, MUC1, MUC16, CA9, GD2, GD3, HMW-MAA, CD171, Lewis Y, G250/CALX, HLA-AI MAGE A1, HLA-A2 NY-ESO-1, PSC1, фолатного рецептора α, CD44v7/8, 8H9, NCAM, рецепторов VEGF, 5T4, фетального AchR, лигандов NKG2D, CD44v6, TEM1 и/или TEM8.

В других аспектах раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему липид, функционально связанный с изотиоцианатом флуоресцеина (FITC) через полиэтиленгликолевый фрагмент. В других аспектах раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему липид, функционально связанный с фрагментом опухолеассоциированного антигена (например, CD19, CD20, CD22, HER2, EGFRvII) через полиэтиленгликолевый фрагмент. В некоторых аспектах липид представляет собой 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE), а полиэтиленгликолевый фрагмент представляет собой PEG-2000.

В любом из вышеупомянутых или связанных аспектов конъюгат амфифильного лиганда по изобретению содержит липид, где липид представляет собой 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE). В некоторых аспектах конъюгат амфифильного лиганда по изобретению содержит 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE), связанный с лигандом CAR через PEG-2000.

В другом аспекте раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE), функционально связанный с изотиоцианатом флуоресцеина (FITC) через полиэтиленгликолевый фрагмент. В других аспектах раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE), функционально связанному с фрагментом опухолеассоциированного антигена (например, CD19, CD20, CD22, HER2, EGFRvII) через полиэтиленгликолевый фрагмент.

Еще в других аспектах раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE), функционально связанному с изотиоцианатом флуоресцеина (FITC) через PEG-2000. Еще в других аспектах раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE), функционально связанному с фрагментом опухолеассоциированного антигена (например, CD19, CD20, CD22, HER2, EGFRvII) через PEG-2000.

В любом из вышеупомянутых или связанных аспектов конъюгат амфифильного лиганда по изобретению содержит лиганд CAR, который связывается с CAR, где CAR содержит домен костимуляции.

В любом из вышеупомянутых или связанных аспектов конъюгат амфифильного лиганда по изобретению содержит лиганд CAR, который связывается с CAR, где CAR содержит биспецифический связывающий домен. В некоторых аспектах биспецифический связывающий домен содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен (например, CD19, CD20, CD22, HER2, EGFRvII). В некоторых аспектах биспецифический связывающий домен содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен (например, CD19, CD20, CD22, HER2, EGFRvII) и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен (например, CD19, CD20, CD22, HER2, EGFRvII). В некоторых аспектах биспецифический связывающий домен содержит домен связывания метки и опухолеассоциириованный антигенсвязывающий домен, и где лиганд CAR является меткой. В некоторых аспектах биспецифический связывающий домен содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, и где лиганд CAR содержит первый или второй опухолеассоциированный антиген или его фрагмент.

В любом из вышеупомянутых или связанных аспектов конъюгат амфифильного лиганда по изобретению содержит лиганд CAR, содержащий метку, и CAR содержит домен связывания метки. В других аспектах, лиганд CAR представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент, и CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен.

В другом аспекте раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему диациллипид, функционально связанный с меткой, где метка связывается с CAR, содержащим домен связывания метки. В другом аспекте раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему диациллипид, функционально связанный с меткой посредством полиэтиленгликолевого фрагмента, причем метка связывается с CAR, содержащим домен связывания метки.

В другом аспекте раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему диациллипид, функционально связанный с меткой, где метка связывается с CAR, содержащим домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен. В другом аспекте раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему диациллипид, функционально связанный с меткой посредством полиэтиленгликолевого фрагмента, причем метка связывается с CAR, содержащим домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен.

В другом аспекте раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему диациллипид, функционально связанный с опухолеассоциированным антигеном или его фрагментом, где опухолеассоциированный антиген связывается с CAR, содержащим опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен (например, CD19, CD20, CD22, HER2, EGFRvII). В другом аспекте раскрытие относится к конъюгату амфифильного лиганда, содержащему диациллипид, функционально связанный с опухолеассоциированным антигеном или его фрагментом через полиэтиленгликолевый фрагмент, где опухолеассоциированный антиген или его фрагмент связывается с CAR, содержащим опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен. В некоторых аспектах CAR содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, где конъюгат амфифильного лиганда содержит либо первый, либо второй опухолеассоциированный антиген.

В других аспектах раскрытие относится к композиции, содержащей конъюгат амфифильного лиганда, как описано в настоящем документе, и фармацевтически приемлемый носитель.

В других аспектах раскрытие относится к иммуногенной композиции, содержащей композицию, описанную в настоящем документе, и адъювант.

В некоторых аспектах иммуногенная композиция содержит адъювант, где адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, конъюгированный с липидом, с линкером или без него, и необязательно полярное соединение. В некоторых аспектах иммуностимулирующий олигонуклеотид связывается с образраспознающим рецептором. В некоторых аспектах иммуностимулирующий олигонуклеотид содержит CpG. В некоторых аспектах иммуностимулирующий олигонуклеотид является лигандом для toll-подобного рецептора.

В любом из вышеупомянутых аспектов амфифильный олигонуклеотидный конъюгат содержит линкер, где линкер представляет собой олигонуклеотидный линкер. В некоторых аспектах олигонуклеотидный линкер содержит «N» последовательных гуанинов, где N находится в диапазоне 0-2. В некоторых аспектах липид амфифильного олигонуклеотидного конъюгата представляет собой диациллипид. В некоторых аспектах диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 12-30 углеводородных единиц. В некоторых аспектах диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 14-25 углеводородных единиц. В некоторых аспектах диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 16-20 углеводородных единиц. В некоторых аспектах диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 углеводородных единиц. В некоторых аспектах диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 18 углеводородных единиц.

В других аспектах иммуногенная композиция содержит адъювант, где адъювант представляет собой циклический ди-GMP (CDG).

В другом аспекте раскрытие относится к способам активации, наращивания или увеличения пролиферации CAR-T-клеток у пациента, включающим введение пациенту конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции, описанных в настоящем документе. В некоторых аспектах пролиферация CAR(-) T-клеток у пациента не увеличивается. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой метку. В некоторых аспектах CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является меткой. В некоторых аспектах CAR содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является первым или вторым опухолеассоциированным антигеном или его фрагментом.

Еще в других аспектах раскрытие относится к способам уменьшения или снижения размера опухоли или ингибирования опухолевого роста у пациента, нуждающегося в этом, включающим введение пациенту конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции, описанных в настоящем документе, где пациент получает или получил CAR-T-клеточную терапию. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой метку. В некоторых аспектах CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является меткой. В некоторых аспектах CAR содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является первым или вторым опухолеассоциированным антигеном или его фрагментом.

В дополнительных аспектах раскрытие относится к способам индукции противоопухолевого ответа у пациента с онкологическим заболеванием, включающим введение пациенту конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции, описанных в настоящем документе, где пациент получает или получил CAR-T-клеточную терапию. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой метку. В некоторых аспектах CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является меткой. В некоторых аспектах CAR содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является первым или вторым опухолеассоциированным антигеном или его фрагментом.

В других аспектах раскрытие относится к способам стимуляции иммунного ответа пациента на популяцию клеток-мишеней или ткани-мишени, экспрессирующих антиген, причем способ включает введение пациенту CAR-T-клеток, нацеленных на антиген, и конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции, описанных в настоящем документе. В некоторых аспектах иммунный ответ представляет собой иммунный ответ, опосредованный Т-клетками, или противоопухолевый иммунный ответ. В некоторых аспектах популяцией клеток-мишеней или тканью-мишенью являются опухолевые клетки или опухолевая ткань. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой метку. В некоторых аспектах CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является меткой. В некоторых аспектах CAR содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является первым или вторым опухолеассоциированным антигеном или его фрагментом.

В другом аспекте раскрытие относится к способам стимуляции иммунного ответа пациента на популяцию клеток-мишеней или ткани-мишени, экспрессирующих антиген, причем способ включает введение пациенту CAR-T-клеток, нацеленных на антиген, и конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции, описанных в настоящем документе, где популяция клеток-мишеней или ткань-мишень представляют собой популяцию клеток или ткань, инфицированных вирусом. В некоторых аспектах вирус является вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ). В некоторых аспектах иммунный ответ представляет собой иммунный ответ, опосредованный Т-клетками. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой метку.

В дополнительных аспектах раскрытие относится к способам лечения пациента, имеющего заболевание, расстройство или состояние, связанное с экспрессией или повышенной экспрессией антигена, причем способы включают введение пациенту CAR-T-клеток, нацеленных на антиген, и конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции, описанных в настоящем документе. В некоторых аспектах антиген представляет собой вирусный антиген или опухолевый антиген. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой метку. В некоторых аспектах CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является меткой.

В любом из вышеупомянутых аспектов способ включает введение конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции пациенту до получения CAR-T-клеток. В других аспектах способ включает введение конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции пациенту после получения CAR-T-клеток. В других аспектах способ включает введение конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции пациенту одновременно с введением CAR-T-клеток.

В любом из вышеупомянутых связанных аспектов конъюгат амфифильного лиганда по изобретению доставляется в лимфатические узлы. В некоторых аспектах конъюгат амфифильного лиганда доставляется в паховый лимфатический узел и подмышечный лимфатический узел. В некоторых аспектах конъюгат амфифильного лиганда встраивается в мембрану антигенпрезентирующих клеток при доставке в лимфатические узлы. В некоторых аспектах антигенпрезентирующие клетки представляют собой медуллярные макрофаги, CD8+ дендритные клетки и/или CD11b+ дендритные клетки.

В любом из вышеупомянутых аспектов лиганд CAR удерживается в лимфатических узлах в течение по меньшей мере 4 дней, по меньшей мере 5 дней, по меньшей мере 6 дней, по меньшей мере 7 дней, по меньшей мере 8 дней, по меньшей мере 9 дней, по меньшей мере 10 дней, по меньшей мере 11 дней, по меньшей мере 12 дней, по меньшей мере 13 дней, по меньшей мере 14 дней, по меньшей мере 15 дней, по меньшей мере 16 дней, по меньшей мере 17 дней, по меньшей мере 18 дней, по меньшей мере 19 дней, по меньшей мере 20 дней, по меньшей мере 21 дня, по меньшей мере 22 дней, по меньшей мере 23 дней, по меньшей мере 24 дней или по меньшей мере 25 дней.

В любом из вышеупомянутых аспектов, где лиганд CAR является меткой, а CAR содержит домен связывания метки, способы дополнительно включают введение композиции меченых белков, и где домен связывания метки связывается с мечеными белками. В некоторых аспектах белок меченого белка представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых аспектах домен связывания метки представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых аспектах композицию меченых белков вводят пациенту до введения CAR-T-клеток и конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции. В других аспектах композицию меченых белков вводят пациенту одновременно с введением CAR-T-клеток и конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции. Еще в других аспектах композицию меченых белков вводят пациенту после введения CAR-T-клеток и конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции.

В любом из вышеупомянутых аспектов CAR-T-клетки вводят до введения конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции. В других аспектах CAR-T-клетки вводят после введения конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции. Еще в других аспектах CAR-T-клетки вводят одновременно с введением конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции.

В любом из вышеупомянутых аспектов конъюгат, композицию или иммуногенную композицию амфифильного лиганда, описанные в настоящем документе, вводят парентерально в лимфатический узел, не дренирующий опухоль, парентерально в лимфатический узел, дренирующий опухоль, или внутриопухолево.

В любом из вышеупомянутых аспектов у пациента имеется онкологическое заболевание. В любом из вышеперечисленных аспектов пациентом является человек.

В другом аспекте раскрытие относится к набору, содержащему контейнер, содержащий композицию конъюгата амфифильного лиганда, описанную в настоящем документе, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению композиции для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой метку. В некоторых аспектах CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является меткой. В некоторых аспектах CAR содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является первым или вторым опухолеассоциированным антигеном или его фрагментом.

Еще в других аспектах раскрытие относится к набору, содержащему лекарственное средство, содержащее композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, необязательный фармацевтически приемлемый носитель, и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению лекарственного средства индивидуально или в комбинации с композицией, содержащей адъювант и необязательный фармацевтически приемлемый носитель для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой метку. В некоторых аспектах CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является меткой. В некоторых аспектах CAR содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является первым или вторым опухолеассоциированным антигеном или его фрагментом.

В других аспектах раскрытие относится к набору, содержащему контейнер, содержащий композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению вакцинной композиции для активации, наращивания или увеличения пролиферации CAR-Т-клеток у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой метку. В некоторых аспектах CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является меткой. В некоторых аспектах CAR содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является первым или вторым опухолеассоциированным антигеном или его фрагментом.

В некоторых аспектах раскрытие относится к набору, содержащему лекарственное средство, содержащее композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению лекарственного средства индивидуально или в комбинации с композицией, содержащей адъювант и необязательный фармацевтически приемлемый носитель для активации, наращивания или увеличения пролиферации CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой метку. В некоторых аспектах CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент. В некоторых аспектах CAR содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является меткой. В некоторых аспектах CAR содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда является первым или вторым опухолеассоциированным антигеном или его фрагментом.

В любом из вышеперечисленных аспектов набор содержит адъювант и инструкции по введению адъюванта для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых аспектах адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, как описано в настоящем документе.

В другом аспекте раскрытие относится к применению конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции, описанных в настоящем документе, для активации, наращивания или увеличения пролиферации CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию.

Еще в других аспектах раскрытие относится к применению конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции, описанных в настоящем документе, для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума.

В другом аспекте раскрытие относится к применению конъюгата амфифильного лиганда, композиции или иммуногенной композиции, описанных в настоящем документе, при изготовлении лекарственного средства для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума.

В других аспектах раскрытие относится к набору, содержащему лекарственное средство, содержащее композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению композиции для лечения или задержки прогрессирования вирусной инфекции в индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых аспектах набор содержит композицию меченых белков и инструкции по введению композиции меченых белков, где CAR содержит домен связывания метки, который связывается с мечеными белками. В некоторых аспектах набор содержит адъювант и инструкции по введению адъюванта для лечения или задержки прогрессирования вирусной инфекции у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых аспектах адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, описанный в настоящем документе.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙ

На ФИГ. 1А схематически представлены конъюгаты амфифильного лиганда, содержащие липидный хвост (например, DSPE), конъюгированный с небольшим молекулой (вверху), коротким линейным пептидом (в середине) или белковым доменом (внизу) через линкер PEG-2000.

На ФИГ. 1В представлена схема, иллюстрирующая взаимодействие между антигенпрезентирующей клеткой, декорированной конъюгатом амфифильного лиганда, содержащим лиганд химерного антигенного рецептора (CAR), и CAR-T-клеткой.

На ФИГ.2А схематично представлена доменная структура и ориентация трансмембранного анти-FITC CAR.

На ФИГ. 2В представлен график данных проточной цитометрии, показывающий степень поверхностной экспрессии анти-FITC-CAR после ретровирусной трансдукции в первичные Т-клетки мыши.

На ФИГ. 2C представлен график, показывающий количественное определение IFNγ, продуцируемого анти-FITC CAR-T-клетками после взаимодействия с клетками K562, декорированными DSPE-PEG-FITC, различной концентрации, как указано. ***р <0,0001, **р <0,01, *р <0,05.

На ФИГ. 2D представлен график, показывающий процент клеточной смерти клеток DC2.4, покрытых DSPE-PEG-FITC, через 6 часов после совместного культивирования с FITC-CAR-T-клетками при соотношении эффектор к мишени (E:T) 10:1. ***р <0,0001, **р <0,01, *р <0,05.

На ФИГ. 3А представлен график, показывающий степень удержания DSPE-PEG-FITC (измеренную по эффективности излучения) в лимфатических узлах, удаленных у мышей, через последующие дни после вакцинации только DSPE-PEG-FITC или индивидуально FITC в различных дозах, как указано.

На ФИГ. 3B представлен график, показывающий поглощение DSPE-PEG-FITC различными лимфоидными популяциями в дренирующих паховых лимфатических узлах через 24 часа после подкожной инъекции.

На ФИГ. 3C представлен график данных проточной цитометрии, отражающих поглощение DSP-PEG-FITC при различных дозах тремя различными APC после подкожной инъекции.

На ФИГ. 4 представлен график, показывающий индекс пролиферации FITC CAR-T-клеток в паховых лимфатических узлах, примированных PBS, c-di-GMP (CDG), DSPE-PEG-FITC или DSPE-PEG-FITC+CDG. Эффект PBS и CDG индивидуально оценивали через один день после вакцинации.

На ФИГ. 5 представлен график, изображающий презентирование DSPE-PEG-FITC на поверхности антигенпрезентирующих клеток с CDG или без него в популяциях клеток лимфатических узлов. Лимфатические узлы собирали через 24 часа и 3 дня после вакцинации DSPE-PEG-FITC +/- CDG. ***р <0,0001, **р <0,01, *р <0,05.

На ФИГ. 6 представлены графики, изображающие среднюю интенсивность флуоресценции (MFI) различных костимулирующих молекул на DSPE-PEG-FITC поглощающих CD11c+ клетках с CDG или без него. ***р <0,0001, **р <0,01, *р <0,05.

На ФИГ. 7 представлена схема, изображающая экспериментальную временную шкалу (вверху) и график, показывающий процент CD45.1 FITC CAR-T-клеток с двумя раундами вакцинации DSPE-PEG-FITC у мышей CD45.2 с лимфодеплецией (внизу). ***р <0,0001, **р <0,01, *р <0,05.

На ФИГ. 8 представлена схема, изображающая экспериментальную временную шкалу (вверху) и график, показывающий процент CD45.1 FITC CAR-T-клеток с двумя раундами вакцинации DSPE-PEG-FITC у мышей CD45.2 без лимфодеплеции. ***р <0,0001, **р <0,01, *р <0,05.

На ФИГ. 9 представлен график, показывающий ответ антител с течением времени на повторную вакцинацию DSPE-PEG-FITC. ***р <0,0001, **р <0,01, *р <0,05.

На ФИГ. 10А представлена схема, показывающая пептид EGFRvIII, конъюгированный с DSPE-PEG.

На ФИГ. 10B показана поверхностная экспрессия EGFRvIII CAR на мышиных Т-клетках после иммунизации DSPE-PEG-EGFRvIII.

На ФИГ. 10C показана пролиферация EGFRvIII CAR-T-клеток в лимфатических узлах через 48 часов после вакцинации DSPE-PEG-EGFRvIII, что определено путем отслеживания с помощью celltrace violet.

На ФИГ. 11А представлен график, показывающий количественное определение IFNγ, продуцируемого EGFRvIII CAR-T-клетками или контрольными T-клетками после взаимодействия с клетками глиомы CT-2A с EGFRvIII или без него, экспрессируемого на клеточной поверхности. ***р <0,0001, **р <0,01, *р <0,05.

На ФИГ. 11B представлен график, показывающий процент клеточной смерти клеток глиомы CT-2A, несущих EGFR или EGFRvIII дикого типа, после совместного культивирования с EGFRvIII CAR-T-клетками или контрольными T-клетками. ***р <0,0001, **р <0,01, *р <0,05.

На ФИГ. 12 представлен график, изображающий процентное содержание EGFRvIII CAR-T-клеток у мышей, которым вводили DSPE-PEG-EGFRvIII («VAX») или контрольную вакцинацию.

На ФИГ. 13 представлен график, показывающий секрецию цитокинов (IFNγ и TNFα) циркулирующих CAR-T или не-CAR-T-клеток (n=5) в ответ на EGFRvIII-экспрессирующие клетки-мишени с DSPE-PEG-EGFRvIII («VAX») или без этого in vitro.

На ФИГ. 14 представлена схема, изображающая временную шкалу эксперимента (вверху) и график, показывающий инфильтрацию опухоли EGFRvIII CAR-T-клеток, измеренную по количеству CAR-T-клеток на 1 мг опухоли у мышей, которым имплантировали клетки CT-2A, экспрессирующие EGFRvIII, и которым вводили DSPE-PEG-EGFRvIII («PepVIII Vax»).

На ФИГ. 15 представлен график, показывающий секрецию цитокинов (IFNγ и TNFα) инфильтрирующими опухоль CAR-T-клетками в ответ на PBS или DSPE-PEG-EGFRvIII («VAX»).

На ФИГ. 16 представлены графики, изображающие уровень экспрессии гранзима B (слева) и пролиферации, как определено с помощью Ki67 (справа) инфильтрирующих опухоль CAR-T-клеток в ответ на PBS или DSPE-PEG-EGFRvIII («PepVIII Vax»).

На ФИГ. 17 представлен график, изображающий экспрессию PD-1 и TIM3 на инфильтрирующих опухоль EGFRvIII CAR-Т-клетках с или без DSPE-PEG-EGFRvIII («VAX»).

На ФИГ. 18А представлен график, показывающий объем опухоли у мышей-носителей опухоли CT-2A, получавших вакцинацию EGFRvIII CAR-T +/- DSPE-PEG-EGFRvIII («VAX») в условиях лимфодеплеции. ***р <0,0001, **р <0,01, *р <0,05.

На ФИГ. 18B представлен график выживаемости Каплана-Мейера у мышей-носителей опухоли CT-2A ФИГ.18А.

На ФИГ. 19 представлена схема биспецифической конструкции FITC-антиген CAR, нацеленной как на FITC, так и на меланома-специфический антиген TRP1.

На ФИГ. 20 представлен график, изображающий экспрессию FITC-TRP1 CAR на поверхности Т-клеток.

На ФИГ. 21 представлен график, изображающий секрецию IFNγ CAR-Т-клетками, содержащими биспецифическую конструкцию FITC-TRP1, при совместном культивировании с клетками K562, покрытыми DSPE-PEG-FITC, или клетками B16F10. Моноспецифические FITC-CAR-Т-клетки и TRP1-CAR-Т-клетки были включены в качестве контроля. ***р <0,0001, **р <0,01, *р <0,05.

На ФИГ. 22 представлен график, показывающий процент клеточной смерти TRP1-экспрессирующих клеток-мишеней при совместном культивировании с биспецифическими FITC-TRP1-CAR-T-клетками или моноспецифическими TRP1-CAR-T-клетками in vitro. Совместное культивирование проводили в течение 6 часов при соотношении эффектор/мишень (E:T) 10:1.

На ФИГ.23 представлен график, изображающий пролиферацию FITC-TRP1-CAR-T-клеток в лимфатических узлах через 48 часов после вакцинации DSPE-PEG-FITC, измеренную путем отслеживания с помощью celltrace violet.

На ФИГ. 24А и 24В показаны опухолевый рост (ФИГ. 24А) и выживаемость животных (ФИГ. 24В) у мышей-носителей опухоли B16F10, получавших только биспецифическую FITC-TRP1-CAR-T-клеточную терапию или вакцинацию CAR-T плюс DSPE-PEG-FITC («VAX») с предварительным кондиционированием в условиях лимфодеплеции.

На ФИГ. 25 представлен график, изображающий количество биспецифических FITC-TRP1-CAR-T-клеток в периферической крови мышей, получающих вакцинацию PBS или DSPE-PEG-FITC («VAX»).

На ФИГ. 26 представлен график, изображающий инфильтрацию FITC/TRP1-CAR-Т-клеток в опухоль B16F10 у мышей, получающих вакцинацию PBS или DSPE-PEG-FITC.

На ФИГ. 27А и 27В показаны опухолевый рост (ФИГ. 27А) и выживаемость животных (ФИГ. 27В) у мышей-носителей опухоли B16F10 без лимфодеплеции, которым вводили только биспецифическую FITC-TRP1-CAR-T-клеточную терапию или вакцинацию CAR-T плюс DSPE-PEG-FITC («VAX»).

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ

Обзор

Различные заболевания характеризуются развитием прогрессирующей иммуносупрессии у пациента. Наличие ослабленного иммунного ответа у пациентов со злокачественными новообразованиями особенно хорошо задокументировано. У онкологических пациентов и мышей-носителей опухолей проявляются различные измененные иммунные функции, такие как снижение гиперчувствительности замедленного типа, снижение литической функции и пролиферативный ответ лимфоцитов. Усиление иммунных функций у онкологических пациентов может оказать положительное влияние на борьбу с опухолью.

Т-клеточная терапия с химерным антигенным рецептором (CAR) была успешной при лечении гематологических злокачественных новообразований. Однако CAR-T-клетки не могут функционально сохраняться у некоторых пациентов и в целом демонстрируют слабые ответы при солидных опухолях. Современные протоколы CAR-T-терапии основаны на инфузиях большого количества CAR-T-клеток, которые могут вымирать или быстро терять функциональную активность против опухолей. Благодаря доклиническим моделям животных известно, что наращивание Т-клеток in vivo посредством вакцинации является одной из наиболее эффективных стратегий повышения эффективности Т-клеточной терапии, но традиционная вакцина не может стимулировать CAR-T через их химерный антигенный рецептор.

На основании настоящего изобретения усиление активации и пролиферации CAR-T достигается с использованием конъюгата амфифильного лиганда, содержащего лиганд химерного антигенного рецептора и липид. Конъюгаты амфифильного лиганда по изобретению обеспечивают решение нескольких недостатков современных подходов к образованию терапевтических CAR-T-клеток путем стимуляции переносимых CAR-T-клеток in vivo, что может снизить количество инфузированных CAR-T-клеток, необходимых для длительного терапевтического ответа, и может уменьшить потребность в лимфодеплеции пациента.

Определения

Термины, используемые в формуле изобретения и спецификации, определены ниже, если не указано иное.

Следует отметить, что при использовании в описании и прилагаемой формуле изобретения, формы единственного числа включают ссылки на множественное число, если контекст явно не предписывает иное.

Используемый в настоящем описании термин «примерно» будет понятен специалистам в данной области техники и будет варьироваться до некоторой степени в зависимости от контекста, в котором он используется. Если есть употребления этого термина, которые не понятны специалистам в данной области техники, учитывая контекст, в котором он используется, то «примерно» будет означать до плюс или минус 10% от конкретного значения.

Используемый в настоящем описании термин «адъювант» относится к соединению, которое с определенным иммуногеном или антигеном будет увеличивать или иным образом изменять или модифицировать результирующий иммунный ответ. Модификация иммунного ответа включает в себя усиление или расширение специфичности антител или клеточных иммунных ответов. Модификация иммунного ответа также может означать уменьшение или подавление определенных антигенспецифических иммунных ответов. В определенных вариантах осуществления адъювант представляет собой циклический динуклеотид. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой иммуностимулирующий олигонуклеотид, как описано в настоящем документе. В некоторых вариантах осуществления адъювант вводят до, одновременно или после введения конъюгата амфифильного лиганда или композиции, содержащей конъюгат. В некоторых вариантах осуществления адъювант совместно включают в состав той же композиции, что и конъюгат амфифильного лиганда.

«Аминокислота» относится к природным и синтетическим аминокислотам, а также к аминокислотным аналогам и аминокислотным миметикам, которые функционируют аналогично природным аминокислотам. Аминокислоты, встречающиеся в природе, представляют собой аминокислоты, кодируемые генетическим кодом, а также те аминокислоты, которые позднее модифицируются, например, гидроксипролин, γ-карбоксиглутамат и O-фосфосерин. Аминокислотные аналоги относятся к соединениям, которые имеют ту же основную химическую структуру, что и встречающаяся в природе аминокислота, то есть α-углерод, который связан с водородом, карбоксильной группой, аминогруппой и R-группой, например, гомосерин, норлейцин, метионинсульфоксид, метионин метилсульфоний. Такие аналоги содержат модифицированные R-группы (например, норлейцин) или модифицированные пептидные остовы, но сохраняют ту же основную химическую структуру, что и встречающаяся в природе аминокислота. Аминокислотные миметики относятся к химическим соединениям, которые имеют структуру, которая отличается от общей химической структуры аминокислоты, но которые функционируют аналогично природной аминокислоте.

Аминокислоты могут упоминаться в настоящем документе либо их общеизвестными трехбуквенными символами, либо однобуквенными символами, рекомендованными Комиссией по биохимической номенклатуре IUPAC-IUB. Нуклеотиды также могут быть обозначены их общепринятыми однобуквенными кодами.

«Аминокислотная замена» относится к замене, по меньшей мере, одного существующего аминокислотного остатка в предварительно определенной аминокислотной последовательности (аминокислотной последовательности исходного полипептида) вторым, другим «замещающим» аминокислотным остатком. «Аминокислотная вставка» относится к включению по меньшей мере одной дополнительной аминокислоты в заданную аминокислотную последовательность. Хотя вставка обычно состоит из вставки одного или двух аминокислотных остатков, могут быть сделаны настоящие более крупные «пептидные вставки», например, вставка примерно от трех примерно до пяти или даже примерно до десяти, пятнадцати или двадцати аминокислотных остатков. Вставленный остаток(остатки) может быть встречающимся в природе или не встречающимся в природе, как описано выше. «Аминокислотная делеция» относится к удалению по меньшей мере одного аминокислотного остатка из заранее определенной аминокислотной последовательности.

Используемый в настоящем описании термин «амфифил» или «амфифильный» относится к конъюгату, включающему гидрофильную головную группу и гидрофобный хвост, тем самым образуя амфифильный конъюгат. В некоторых вариантах осуществления амфифильный конъюгат содержит лиганд химерного антигенного рецептора (CAR) и один или более гидрофобных липидных хвостов, и называется в настоящем описании «конъюгатом амфифильного лиганда». В некоторых вариантах осуществления амфифильный конъюгат дополнительно содержит полимер (например, полиэтиленгликоль), где полимер конъюгирован с одним или более липидами или лигандом CAR.

Термин «улучшение» относится к любому терапевтически полезному результату при лечении болезненного состояния, например онкологического заболевания, включая профилактику, уменьшение тяжести или прогрессирование, ремиссию или излечение.

Используемый в настоящем описании термин «антигенный состав» или «антигенная композиция» или «иммуногенная композиция» относится к препарату, который при введении позвоночному, особенно млекопитающему, будет вызывать иммунный ответ.

Термин «антигенпрезентирующая клетка» или «АРС» представляет собой клетку, которая презентирует чужеродный антиген в комплексе с МНС на своей поверхности. Т-клетки распознают этот комплекс, используя Т-клеточный рецептор (TCR). Примеры APC включают, но не ограничиваются ими, дендритные клетки (DC), мононуклеарные клетки периферической крови (PBMC), моноциты (такие как THP-1), B-лимфобластоидные клетки (такие как C1R.A2, 1518 B-LCL) и моноцитарные дендритные клетки (DC). Некоторые APC интернализуют антигены либо фагоцитозом, либо рецептор-опосредованным эндоцитозом.

Используемый в настоящем описании термин «биспецифическое» или «бифункциональное антитело» относится к искусственному гибридному антителу или его фрагменту, имеющему две разные пары тяжелой/легкой цепи и два разных сайта связывания. Биспецифичные антитела могут быть получены различными способами, включая слияние гибридом или связывание Fab'-фрагментов. См., например, Songsivilai & Lachmann, (1990) Clin. Exp. Immunol. 79: 315-321; Kostelny et al., (1992) J. Immunol. 148: 1547-1553.

Используемый в настоящем описании термин «химерный антигенный рецептор (CAR)» относится к искусственному трансмембранному белковому рецептору, содержащему (i) внеклеточный домен, способный связываться по меньшей мере с одним заранее определенным лигандом или антигеном CAR, или с заранее определенным лигандом и антигеном CAR, (ii) внутриклеточный сегмент, содержащий один или более цитоплазматических доменов, полученных из белков сигнальной трансдукции, отличных от полипептида, из которого происходит внеклеточный домен, и (iii) трансмембранный домен. «Химерный антигенный рецептор (CAR)» иногда называют «химерным рецептором», «T-body» или «химерным иммунным рецептором (CIR)».

Выражение «лиганд CAR», используемое взаимозаменяемо с «CAR-антигеном», означает любую природную или синтетическую молекулу (например, низкомолекулярное соединение, белок, пептид, липид, углевод, нуклеиновую кислоту) или ее часть или фрагмент, которые могут специфически связываться с CAR (например, внеклеточный домен CAR). В некоторых вариантах осуществления лиганд CAR представляет собой опухолеассоциированный антиген или его фрагмент. В некоторых вариантах осуществления лиганд CAR является меткой. Специалист в данной области может определить подходящий лиганд CAR для использования в конъюгате амфифильного лиганда на основе CAR, используемого в клеточной терапии.

«Внутриклеточный сигнальный домен» означает любой олигопептидный или полипептидный домен, который, как известно, функционирует для передачи сигнала, вызывающего активацию или ингибирование биологического процесса в клетке, например активацию иммунной клетки, такой как Т-клетка или NK-клетка. Примеры включают ILR цепь, CD28 и/или CD3ζ.

Используемый в настоящем описании термин «опухолевый антиген» относится к (i) опухолеспецифическим антигенам, (ii) опухолеассоциированным антигенам, (iii) клеткам, которые экспрессируют опухолеспецифические антигены, (iv) клеткам, которые экспрессируют опухолеассоциириованные антигены, (v) эмбриональным антигенам на опухолях, (vi) аутологичным опухолевым клеткам, (vii) опухолеспецифическим мембранным антигенам, (viii) опухолеассоциированным мембранным антигенам, (ix) рецепторам факторов роста, (x) лигандам факторов роста и (xi) к любым другим типам антигенов или антигенпрезентирующих клеток или материалов, связанных с опухолью.

Используемый в настоящем описании термин «CG-олигодезоксинуклеотиды (CG-ODN)», также называемые «CpG ODN», представляет собой короткие одноцепочечные молекулы синтетической ДНК, которые содержат цитозиновый нуклеотид (C), за которым следует гуаниновый нуклеотид (G). В определенных вариантах осуществления иммуностимулирующий олигонуклеотид представляет собой CG ODN.

Используемый в настоящем описании термин «костимулирующий лиганд» включает молекулу антигенпрезентирующей клетки (например, АРС, дендритную клетку, В-клетку и тому подобное), которая специфически связывает родственную костимулирующую молекулу на Т-клетке, тем самым обеспечивая сигнал, который в дополнение к первичному сигналу, обеспечиваемому, например, связыванием комплекса TCR/CD3 с молекулой МНС с пептидной нагрузкой, опосредует ответ Т-клеток, включая, но не ограничиваясь этим, пролиферацию, активацию, дифференцировку, и тому подобное. Костимулирующий лиганд может включать, но не ограничивается ими, CD7, B7-1 (CD80), B7-2 (CD86), PD-L 1, PD-L2, 4-1BBL, OX40L, индуцируемый костимулирующий лиганд (ICOS-L), молекулу межклеточной адгезии (rCAM), CD30L, CD40, CD70, CD83, HLA-G, MICA, MICB, HVEM, бета-рецептор лимфотоксина, TR6, ILT3, ILT4, HVEM, агонист или антитело, связывающее рецептор лиганда Toll, и лиганд, который специфически связывается с B7-H3. Костимулирующий лиганд также включает, помимо прочего, антитело, которое специфически связывается с костимулирующей молекулой, присутствующей в Т-клетке, такой как, без ограничения, CD27, CD28, 4-IBB, OX40, CD30, CD40, PD-1, 1COS, антиген-1, ассоциированный с функцией лимфоцитов (LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C, B7-H3 и лиганд, который специфически связывается с CD83.

«Костимулирующая молекула» относится к родственному связывающему партнеру на Т-клетке, который специфически связывается с костимулирующим лигандом, тем самым опосредуя костимулирующий ответ Т-клетки, такой как, но не ограничиваясь этим, пролиферация. Костимулирующие молекулы включают, но не ограничиваются ими, молекулу МНС класса I, BTLA и рецептор лиганда Toll.

«Костимулирующий сигнал», используемый в настоящем описании, относится к сигналу, который в комбинации с первичным сигналом, таким как лигирование TCR/CD3, приводит к Т-клеточной пролиферации и/или положительной или отрицательной регуляции ключевых молекул.

Полипептидная или аминокислотная последовательность, «полученная из» указанного полипептида или белка, относится к происхождению полипептида. Предпочтительно, полипептид или аминокислотная последовательность, которая получена из конкретной последовательности, имеет аминокислотную последовательность, которая по существу идентична этой последовательности или ее части, где часть состоит, по меньшей мере, из 10-20 аминокислот, предпочтительно, по меньшей мере, из 20- 30 аминокислот, более предпочтительно, по меньшей мере, 30-50 аминокислот, или которые могут быть идентифицированы специалистом в данной области иным образом как имеющие свое происхождение в последовательности.

Полипептиды, полученные из другого пептида, могут иметь одну или более мутаций относительно исходного полипептида, например, один или более аминокислотных остатков, которые были замещены другим аминокислотным остатком или которые имеют одну или более вставок или делеций аминокислотных остатков.

Полипептид может содержать аминокислотную последовательность, которая не встречается в природе. Такие варианты обязательно имеют менее чем 100% идентичности последовательности или сходства с исходной молекулой. В предпочтительном варианте осуществления вариант будет иметь аминокислотную последовательность примерно от 75% до менее чем 100% идентичности или сходства аминокислотной последовательности с аминокислотной последовательностью исходного полипептида, более предпочтительно примерно от 80% до менее чем 100%, более предпочтительно примерно от 85% до менее чем 100%, более предпочтительно примерно от 90% до менее чем 100% (например, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%) и наиболее предпочтительно примерно от 95% до менее чем 100%, например, по длине вариантной молекулы.

В одном варианте осуществления имеется одно аминокислотное различие между исходной полипептидной последовательностью и полученной из нее последовательностью. Идентичность или сходство в отношении этой последовательности определяется в настоящем описании как процент аминокислотных остатков в последовательности-кандидате, которые идентичны (то есть, один и тот же остаток) с исходными аминокислотными остатками после выравнивания последовательностей и введения пропусков, если необходимо, для достижения максимального процента идентичности последовательности.

Используемый в настоящем описании термин «перекрестная презентация» антигена относится к презентации экзогенных белковых антигенов Т-клеткам через молекулы МНС класса I и класса II на АРС.

Используемый в настоящем описании термин «ответ цитотоксических Т-лимфоцитов (CTL)» относится к иммунному ответу, индуцированному цитотоксическими Т-клетками. Ответы CTL опосредуются, главным образом, CD8+ T-клетками.

Используемый в настоящем описании термин «эффективная доза» или «эффективная дозировка» определяется как количество, достаточное для достижения или, по меньшей мере, частичного достижения целевого эффекта. Термин «терапевтически эффективная доза» определяется как количество, достаточное для излечения или, по меньшей мере, частичной остановки заболевания и его осложнений у пациента, уже страдающего от заболевания. Количества, эффективные для этого применения, будут зависеть от тяжести расстройства, которое подвергают лечению, и общего состояния собственной иммунной системы пациента.

Используемый в настоящем описании термин «эффекторная клетка» или «эффекторная иммунная клетка» относится к клетке, участвующей в иммунном ответе, например, в стимуляции иммунного эффекторного ответа. В некоторых вариантах осуществления иммунные эффекторные клетки специфически распознают антиген. Примеры иммунных эффекторных клеток включают, но не ограничиваются ими, клетки-натуральные киллеры (NK), B-клетки, моноциты, макрофаги, T-клетки (например, цитотоксические T-лимфоциты (CTL). В некоторых вариантах осуществления эффекторная клетка представляет собой Т-клетку.

Используемый в настоящем описании термин «иммунная эффекторная функция» или «иммунный эффекторный ответ» относится к функции или ответу иммунной эффекторной клетки, которая стимулирует иммунный ответ на мишень.

Используемый в настоящем описании термин «гематологическое онкологическое заболевание» включает лимфому, лейкоз, миелому или лимфоидное злокачественное образование, а также рак селезенки и лимфатических узлов. Типичные лимфомы включают как В-клеточные лимфомы (В-клеточное гематологическое онкологическое заболевание), так и Т-клеточные лимфомы. В-клеточные лимфомы включают как лимфомы Ходжкина, так и большинство неходжкинских лимфом. Неограничивающие примеры В-клеточных лимфом включают диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому, фолликулярную лимфому, лимфому, ассоциированную со слизистой оболочкой, лимфому мелкоклеточного типа (перекрывается с хроническим лимфоцитарным лейкозом), лимфому мантийных клеток (MCL), лимфому Беркитта, медиастенальную крупноклеточную B-клеточную лимфому, макроглобулинемию Вальденстрема, нодулярную B-клеточную лимфому маргинальной зоны, лимфому маргинальной зоны селезенки, интраваскулярную крупноклеточную B-клеточную лимфому, первичную выпотную лимфому, лимфоматоидный гранулематоз. Неограничивающие примеры Т-клеточных лимфом включают экстранодальные Т-клеточные лимфомы, кожные Т-клеточные лимфомы, анапластические крупноклеточные лимфомы и ангиоиммунобластные Т-клеточные лимфомы. Гематологические злокачественные новообразования также включают лейкоз, такой как, но не ограничиваясь этим, вторичный лейкоз, хронический лимфолейкоз, острый миелогенный лейкоз, хронический миелогенный лейкоз и острый лимфобластный лейкоз. Гематологические злокачественные новообразования дополнительно включают миеломы, такие как множественная миелома и тлеющая множественная миелома, но не ограничиваются ими. Другие гематологические и/или ассоциированные с В- или Т-клетками онкологические заболевания охватываются термином гемобластоз.

Используемая в настоящем описании «иммунная клетка» представляет собой клетку гематопоэтического происхождения, которая играет роль в иммунном ответе. Иммунные клетки включают лимфоциты (например, В-клетки и Т-клетки), клетки-натуральные киллеры и миелоидные клетки (например, моноциты, макрофаги, эозинофилы, тучные клетки, базофилы и гранулоциты).

Используемый в настоящем описании термин «иммуностимулирующий олигонуклеотид» представляет собой олигонуклеотид, который может стимулировать (например, индуцировать или усиливать) иммунный ответ.

Термины «индукция иммунного ответа» и «усиление иммунного ответа» используются взаимозаменяемо и относятся к стимуляции иммунного ответа (т. е. пассивного или адаптивного) на конкретный антиген. Термин «индуцировать», используемый в отношении индукции CDC или ADCC, относится к стимуляции конкретных механизмов прямого уничтожения клеток.

Используемый в настоящем описании термин «нуждающийся в профилактике», «нуждающийся в лечении» или «нуждающийся в этом» относится к пациенту, который по решению соответствующего врача (например, врача, медсестры или практикующей медсестры в случае людей; ветеринара, в случае млекопитающих, отличных от человека), получит разумную пользу от данного лечения (такого как лечение композицией, содержащей конъюгат амфифильного лиганда).

Термин «in vivo» относится к процессам, которые происходят в живом организме.

Используемые в настоящем описании термины «связанный», «функционально связанный», «слитый» или «слияние» используются взаимозаменяемо. Эти термины относятся к объединению еще двух элементов или компонентов или доменов с помощью соответствующих средств, включая химическую конъюгацию или технологию рекомбинантной ДНК. Способы химической конъюгации (например, с использованием гетеробифункциональных сшивающих агентов) известны в данной области как способы технологии рекомбинантной ДНК.

Термин «липид» относится к биомолекуле, которая растворима в неполярных растворителях и нерастворима в воде. Липиды часто описывают как гидрофобные или амфифильные молекулы, которые позволяют им образовывать структуры, такие как везикулы или мембраны, в водных средах. Липиды включают жирные кислоты, глицеролипиды, глицерофосфолипиды, сфинголипиды, стероидные липиды (включая холестерин), пренольные липиды, сахаролипиды и поликетиды. В некоторых вариантах осуществления липид, подходящий для конъюгатов амфифильных лигандов по изобретению, связывается с человеческим сывороточным альбумином в физиологических условиях. В некоторых вариантах осуществления липид, подходящий для конъюгатов амфифильных лигандов по изобретению, встраивается в клеточную мембрану в физиологических условиях. В некоторых вариантах осуществления липид связывается с альбумином и встраивается в клеточную мембрану в физиологических условиях. В некоторых вариантах осуществления липид представляет собой диациллипид. В некоторых вариантах осуществления диациллипид содержит более чем 12 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид содержит по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17 или по меньшей мере 18 атомов углерода.

Термин «млекопитающее» или «объект» или «пациент», используемый в настоящем описании, включает как человека, так и млекопитающих, отличных от человека, и включает, но не ограничиваясь ими, человека, приматов, отличных от человека, собак, кошек, мышей, мышей, коров, лошадей и свиней.

«Нуклеиновая кислота» относится к дезоксирибонуклеотидам или рибонуклеотидам и их полимерам в одноцепочечной или двухцепочечной форме. Если конкретно не ограничено, то термин охватывает нуклеиновые кислоты, содержащие известные аналоги природных нуклеотидов, которые обладают свойствами связывания, сходными с эталонной нуклеиновой кислотой, и метаболизируются подобно встречающимся в природе нуклеотидам. Если не указано иное, конкретная последовательность нуклеиновой кислоты также неявно охватывает ее консервативно модифицированные варианты (например, замены вырожденного кодона) и комплементарные последовательности, а также явно указанную последовательность. В частности, замены вырожденных кодонов могут быть достигнуты путем генерирования последовательностей, в которых третье положение одного или более выбранных (или всех) кодонов замещено смешанными основаниями и/или остатками дезоксиинозина (Batzer et al., Nucleic Acid Res. 19: 5081, 1991; Ohtsuka et al., J. Biol. Chem. 260: 2605-2608, 1985); и Cassol et al., 1992; Rossolini et al., Mol. Cell. Probes 8:91-98, 1994). Для аргинина и лейцина модификации на втором основании также могут быть консервативными. Термин нуклеиновая кислота используется взаимозаменяемо с геном, кДНК и мРНК, кодируемой геном.

Полинуклеотиды по настоящему изобретению могут состоять из любого полирибонуклеотида или полидезоксрибонуклеотида, который может быть немодифицированной РНК или ДНК или модифицированной РНК или ДНК. Например, полинуклеотиды могут состоять из одно- и двухцепочечной ДНК, ДНК, представляющей собой смесь одно- и двухцепочечных областей, одно- и двухцепочечной РНК, и РНК, представляющей собой смесь одно- и двухцепочечных областей, гибридные молекулы, содержащие ДНК и РНК, которые могут быть одноцепочечными или, более типично, двухцепочечными или смесью одноцепочечных и двухцепочечных областей. Кроме того, полинуклеотид может состоять из трехцепочечных областей, включающих РНК или ДНК или как РНК, так и ДНК. Полинуклеотид также может содержать одно или более модифицированных оснований или остовов ДНК или РНК, модифицированных для стабильности или по другим причинам. «Модифицированные» основания включают, например, тритилированные основания и необычные основания, такие как инозин. Различные модификации могут быть внесены в ДНК и РНК; таким образом, «полинуклеотид» охватывает химически, ферментативно или метаболически модифицированные формы.

В некоторых вариантах осуществления пептиды по изобретению кодируются нуклеотидной последовательностью. Нуклеотидные последовательности по изобретению могут быть полезны для ряда применений, включая клонирование, генную терапию, экспрессию и очистку белка, введение мутации, ДНК-вакцинацию нуждающегося в ней хозяина, генерирование антител, например, для пассивной иммунизации, ПЦР, генерации праймера и зонда и тому подобное.

Используемый в настоящем описании термин «парентеральное введение», «вводимый парентерально» и другие грамматически эквивалентные выражения относятся к способам введения, отличным от энтерального и местного введения, обычно путем инъекции, и включают без ограничения внутривенное, интраназальное, внутриглазное, внутримышечное введение, внутриартериальные, интратекальные, интракапсулярные, интраорбитальные, внутрисердечные, внутрикожные, внутрибрюшинные, транстрахеальные, подкожные, субкутикулярные, внутрисуставные, субкапсулярные, субарахноидальные, интраспинальные, эпидуральные, интрацеребральные, внутричерепные, интракаротидные и интрастернальные инъекции и инфузии.

Как правило, при использовании в настоящем описании, «фармацевтически приемлемый» относится к тем соединениям, материалам, композициям и/или лекарственным формам, которые в рамках здравого медицинского заключения подходят для использования в контакте с тканями, органами и/или жидкостями организма человека и животных без чрезмерной токсичности, раздражения, аллергической реакции или других проблем или осложнений, соразмерных с разумным соотношением пользы/риска.

Используемый в настоящем описании термин «физиологические условия» относится к состоянию in vivo пациента. В некоторых вариантах осуществления физиологическое состояние относится к нейтральному рН (например, рН в диапазоне 6-8).

«Полипептид», «пептид» и «белок» используются в настоящем описании взаимозаменяемо для обозначения полимера из аминокислотных остатков. Термины применяются к аминокислотным полимерам, в которых один или более аминокислотных остатков представляют собой искусственный химический миметик соответствующей встречающейся в природе аминокислоты, а также к встречающимся в природе аминокислотным полимерам и неприродному аминокислотному полимеру.

Используемый в настоящем описании термин «низкомолекулярное соединение» представляет собой молекулу с молекулярной массой ниже примерно 500 дальтон.

Используемый в настоящем описании термин «пациент» включает любого человека или животное, не являющееся человеком. Например, способы и композиции по настоящему изобретению можно использовать для лечения пациента с онкологическим заболеванием или инфекцией. Термин «животное, отличное от человека», включает всех позвоночных животных, например млекопитающих и не млекопитающих, таких как приматы, отличные от человека, овцы, собаки, коровы, куры, земноводные, рептилии и т. д.

Термин «достаточное количество» или «количество, достаточное для», означает количество, достаточное для достижения целевого эффекта, например количество, достаточное для уменьшения диаметра опухоли. Термин «Т-клетка» относится к типу лейкоцитов, которые можно отличить от других лейкоцитов по наличию Т-клеточного рецептора на поверхности клетки. Существует несколько подмножеств Т-клеток, включая, но не ограничиваясь этим, Т-хелперные клетки (также называемые как T_H-клетки или CD4+ T-клетки) и подтипы, включая T_H1, T_H2, T_H3, T_H17, T_H9 и T_FH, цитотоксические T-клетки (то есть T_C-клетки, CD8+ T-клетки, цитотоксические T-лимфоциты, клетки T-киллеры, киллерные T-клетки), T-клетки памяти и подтипы, включая T-клетки центральной памяти (клетки T_CM), эффекторные T-клетки памяти (клетки T_EM и T_EMRA) и резидентные T-клетки памяти (клетки T_RM), регуляторные T-клетки (или T_reg-клетки или супрессорные T-клетки) и подтипы, включая CD4+ FOXP3+ T_reg-клетки, CD4+ FOXP3- T_reg-клетки, Tr1-клетки, Th3-клетки и Treg17-клетки, T-клетки натуральные киллеры (также называемые как NKT-клетки), связанные со слизистой оболочкой инвариантные T-клетки (MAIT) и гамма-дельта-T-клетки (γδ T-клетки), включая Vγ9/Vδ2 T-клетки. Любая одна или более из вышеупомянутых или не упомянутых Т-клеток могут быть типами клеток-мишеней для способа применения изобретения.

Используемый в настоящем описании термин «Т-клеточная активация» или «активация Т-клеток» относится к клеточному процессу, в котором зрелые Т-клетки, которые экспрессируют антигенспецифические рецепторы Т-клеток на своих поверхностях, распознают свои родственные антигены и в ответ вступают в клеточный цикл, секретируют цитокины или литические ферменты и инициируют или становятся компетентным для выполнения клеточных эффекторных функций. Активация Т-клеток требует, чтобы по меньшей мере два сигнала стали полностью активированными. Первый происходит после включения Т-клеточного антигенспецифического рецептора (TCR) комплексом антигена главного комплекса гистосовместимости (МНС), а второй - после последующего включения костимулирующих молекул (например, CD28). Эти сигналы передаются в ядро и приводят к клональной экспансии Т-клеток, активизации маркеров активации на клеточной поверхности, дифференцировке в эффекторные клетки, индукции цитотоксичности или секреции цитокинов, индукции апоптоза или их комбинации.

Используемый в настоящем описании термин «ответ, опосредованный Т-клетками», относится к любому ответу, опосредованному Т-клетками, включая, но не ограничиваясь этим, эффекторные Т-клетки (например, клетки CD8+) и хелперные Т-клетки (например, клетки CD4+). Ответы, опосредованные Т-клетками, включают, например, цитотоксичность и пролиферацию Т-клеток.

Термин «цитотоксичность Т-клеток» включает любой иммунный ответ, опосредованный активацией CD8+ Т-клеток. Типичные иммунные ответы включают продуцирование цитокинов, пролиферацию CD8+ T-клеток, продуцирование гранзима или перфорина и клиренс инфекционного агента.

«Терапевтическое антитело» представляет собой антитело, фрагмент антитела или конструкцию, которая получена из антитела и может связываться с антигеном клеточной поверхности на клетке-мишени, вызывая терапевтический эффект. Такие антитела могут быть химерными, гуманизированными или полностью человеческими антителами. В данной области техники известны способы получения таких антител. Такие антитела включают одноцепочечные Fc-фрагменты антител, мини-тела и диатела. Любое из терапевтических антител, известных в данной области, которые могут быть использованы для лечения онкологического заболевания, может быть использовано в комбинированной терапии с композициями, описанными в настоящем документе. Терапевтические антитела могут быть моноклональными антителами или поликлональными антителами. В предпочтительных вариантах осуществления терапевтические антитела нацелены на опухолевые антигены. В некоторых вариантах осуществления терапевтическое антитело содержит домен связывания метки, который распознается конъюгатом амфифильного лиганда, содержащим метку.

Используемый в настоящем описании термин «терапевтический белок» относится к любому полипептиду, белку, варианту белка, слитому белку и/или его фрагменту, который может быть введен пациенту в качестве лекарственного средства.

Термин «терапевтически эффективное количество» представляет собой количество, которое эффективно для ослабления симптома заболевания. Терапевтически эффективное количество может представлять собой «профилактически эффективное количество», так как профилактика может рассматриваться как терапия.

Термины «лечить» и «лечение», используемые в настоящем описании, относятся к терапевтическим или профилактическим мерам, описанным в настоящем документе. Способы «лечения» включают введение пациенту, нуждающемуся в таком лечении, конъюгата амфифильного лиганда по настоящему изобретению, например пациенту, получающему CAR-Т-клеточную терапию. В некоторых вариантах осуществления конъюгат амфифильного лиганда вводят пациенту, нуждающемуся в усиленном иммунном ответе против конкретного антигена, или пациенту, который в конечном итоге может приобрести такое расстройство, чтобы предотвратить, вылечить, отсрочить, уменьшить тяжесть или улучшить один или более симптомов расстройства или рецидивирующего расстройства или для того, чтобы продлить выживаемость пациента сверх ожидаемого в отсутствие такого лечения.

Используемый в настоящем описании термин «вакцина» относится к составу, который содержит конъюгат амфифильного лиганда, как описано в настоящем документе, в сочетании с адъювантом, который находится в форме, которую можно вводить позвоночному, и который вызывает защитный иммунный ответ, достаточный для индукции иммунитета для предотвращения и/или ослабления инфекции или заболевания и/или для уменьшения по меньшей мере одного симптома инфекции или заболевания, и/или для повышения эффективности другой дозы синтетической наночастицы. Как правило, вакцина содержит обычную среду с физиологическим раствором или забуференным водным раствором, в котором композиция, описанная в настоящем документе, суспендирована или растворена. В этой форме композицию, как описано в настоящем документе, используют для предотвращения, ослабления или иного лечения инфекции или заболевания. При введении хозяину вакцина вызывает иммунный ответ, включая, но не ограничиваясь этим, продукцию антител и/или цитокинов и/или активацию цитотоксических Т-клеток, антигенпрезентирующих клеток, хелперных Т-клеток, дендритных клеток и/или другие клеточные ответы.

Химерные антигенные рецепторы

В некоторых аспектах раскрытие относится к композициям и способам, которые можно использовать или осуществлять совместно с эффекторными клетками, содержащими химерный антигенный рецептор (CAR).

Химерные антигенные рецепторы (CAR) представляют собой генетически сконструированные искусственные трансмембранные рецепторы, которые придают произвольную специфичность лиганду на иммунной эффекторной клетке (например, Т-клетке, клетке-натуральном киллере или другой иммунной клетке) и которые приводят к активации эффекторной клетки при распознавании и связывании с лигандом. Обычно эти рецепторы используются для придания антигенной специфичности моноклонального антитела на Т-клетке.

В некоторых вариантах осуществления CAR содержат три домена: 1) эктодомен, обычно содержащий сигнальный пептид, область распознавания лиганда или антигена (например, scFv) и гибкий спейсер; 2) трансмембранный (ТМ) домен; 3) эндодомен (альтернативно известный как «домен активации»), обычно содержащий один или более внутриклеточных сигнальных доменов. Эктодомен CAR находится вне клетки и подвергается воздействию внеклеточного пространства, благодаря чему он доступен для взаимодействия со своим родственным лигандом. Домен TM позволяет закреплять CAR в клеточной мембране эффекторной клетки. Третий эндодомен (также известный как «домен активации») способствует активации эффекторных клеток при связывании CAR со своим специфическим лигандом. В некоторых вариантах осуществления активация эффекторных клеток включает индукцию продукции цитокинов и хемокинов, а также активацию цитолитической активности клеток. В некоторых вариантах осуществления CAR перенаправляют цитотоксичность на опухолевые клетки.

В некоторых вариантах осуществления CAR содержат лиганд- или антигенспецифический домен распознавания, который связывается со специфическим лигандом-мишенью или антигеном (также называемым связывающим доменом). В некоторых вариантах осуществления связывающий домен представляет собой вариабельный фрагмент одноцепочечного антитела (scFv), связанный лиганд или внеклеточный домен корецептора, слитый с трансмембранным доменом, который, в свою очередь, связан с сигнальным доменом. В некоторых вариантах осуществления сигнальный домен получен из CD3 или FcRγ. В некоторых вариантах осуществления CAR содержит один или более костимулирующих доменов, полученных из белка, такого как CD28, CD137 (также известного как 4-IBB), CD134 (также известного как OX40) и CD278 (также известного как ICOS).

Рекрутирование антигенсвязывающего домена CAR с его антигеном-мишенью на поверхность клетки-мишени приводит к кластеризации CAR и доставляет стимул активации в CAR-содержащую клетку. В некоторых вариантах осуществления основной характеристикой CAR является их способность перенаправлять специфичность иммунных эффекторных клеток, тем самым вызывая пролиферацию, продукцию цитокинов, фагоцитоз или продукцию молекул, которые могут опосредовать клеточную смерть экспрессирующей антиген-мишень клетки независимо от главного комплекса гистосовместимости (MHC), используя специфические для клетки способности к нацеливанию моноклональных антител, растворимых лигандов или специфических для клеток корецепторов. Хотя было показано, что CAR на основе scFv, сконструированные так, чтобы содержать сигнальный домен из CD3ζ или FcRγ, доставляют мощный сигнал для активации и эффекторной функции Т-клеток, их недостаточно для того, чтобы вызывать сигналы, которые способствуют выживанию и экспансии Т-клеток в отсутствие сопутствующего костимулирующего сигнала. Было показано, что новое поколение CAR, содержащих связывающий домен, шарнир, трансмембранный и сигнальный домен, полученные из CD3ζ или FcRγ, вместе с одним или более костимулирующими сигнальными доменами (например, внутриклеточные костимулирующие домены, полученные из CD28, CD137, CD134 и CD278) более эффективно направляет противоопухолевую активность, а также повышает секрецию цитокинов, литическую активность, выживаемость и пролиферацию в CAR-экспрессирующих T-клетках in vitro, на животных моделях и у онкологических пациентов (Milone et al., Molecular Therapy, 2009; 17: 1453-1464; Zhong et al., Molecular Therapy, 2010; 18: 413-420; Carpenito et al., PNAS, 2009; 106: 3360-3365).

В некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки, экспрессирующие химерный антигенный рецептор (например, CAR-T-клетки), представляют собой клетки, которые получены от пациента с заболеванием или состоянием, и которые генетически модифицированы in vitro для экспрессии по меньшей мере одного CAR с произвольной специфичностью к лиганду. Клетки выполняют по меньшей мере одну эффекторную функцию (например, индукцию цитокинов), которая стимулируется или индуцируется специфическим связыванием лиганда с CAR и которая полезна для лечения заболевания или состояния того же пациента. Эффекторными клетками могут быть Т-клетки (например, цитотоксические Т-клетки или хелперные Т-клетки). Специалист в данной области поймет, что другие типы клеток (например, клетка-натуральный киллер или стволовая клетка) могут экспрессировать CAR, и что эффекторная клетка, содержащая химерный антигенный рецептор, может включать эффекторную клетку, отличную от Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления эффекторная клетка представляет собой Т-клетку (например, цитотоксическую Т-клетку), которая выполняет свою эффекторную функцию (например, ответ цитотоксической Т-клетки) на клетку-мишень, когда вводится в контакт или находится вблизи мишени или клетки-мишени (например, опухолевой клетки) (см., например, Chang and Chen (2017) Trends Mol Med 23 (5): 430-450).

Длительное экспонирование Т-клеток с их родственным антигеном может привести к истощению эффекторных функций, что делает возможным персистенцию инфицированных или трансформированных клеток. Недавно разработанные стратегии стимулирования или омоложения эффекторной функции хозяина с использованием агентов, которые вызывают иммунную блокаду контрольной точки, привели к успеху в лечении нескольких видов онкологических заболеваний. Появляются данные, свидетельствующие о том, что истощение Т-клеток может также представлять собой существенное препятствие для поддержания продолжительной противоопухолевой активности Т-клеток, экспрессирующих химерный антигенный рецептор (CAR-T-клетки). В некоторых вариантах осуществления состояние дифференцировки собранных пациентом Т-клеток до трансдукции CAR и режим кондиционирования, которому пациент подвергается перед повторным введением CAR-T-клеток (например, добавление или исключение алкилирующих агентов, флударабина, облучение всего тела), могут глубоко влиять на персистенцию и цитотоксический потенциал CAR-T-клеток. Условия культивирования in vitro, которые способствуют стимуляции (через анти-CD3/CD28 или стимулирующие клетки) и наращиванию (через цитокины, такие как IL-2) популяции Т-клеток, также могут изменять статус дифференцировки и эффекторную функцию CAR-T-клеток (Ghoneim et al., (2016) Trends in Molecular Medicine 22 (12): 1000-1011).

Настоящее раскрытие затрагивает несколько недостатков современных подходов к получению терапевтических CAR-T-клеток. Существующие способы получения терапевтических CAR-T-клеток часто требуют экстенсивного культивирования клеток in vitro для получения достаточного количества модифицированных клеток для переноса адоптивных клеток, в процессе чего естественная идентичность или состояние дифференцировки Т-клеток могли измениться, и функция Т-клеток могла быть нарушена. Кроме того, когда пациенты срочно нуждаются в терапии для предотвращения прогрессирования заболевания, время, необходимое для генерирования достаточного количества CAR-T-клеток, может не совпадать с возможностью лечить пациента, что приводит к неблагоприятному исходу лечения и к смерти пациента. Композиции и способы, предложенные в раскрытии, преодолевают это препятствие и предлагают целесообразный и более физиологически релевантный терапевтический подход путем стимуляции активации и пролиферации CAR-T-клеток in vivo. Кроме того, текущий режим CAR-T-клеточной терапии требует заблаговременной лимфодеплеции, которая ослабляет здоровье пациентов и разрушает питательную среду, которая может улучшить эффективность CAR-T. В некоторых аспектах раскрытие относится к способам стимуляции адоптивно переносимых CAR-T-клеток таким образом, что они все еще могут трансплантироваться, активно пролиферировать и наращиваться in vivo в отсутствие лимфодеплеции.

В настоящее время CAR-T-клеточная терапия основана только на специально сконструированном костимулирующем сигнале для поддержания эффекторной функции CAR-T. Отсутствие других костимулирующих сигналов и естественной стимулирующей среды может привести к неполному созреванию Т-клеток и к усилению истощения Т-клеток. В одном аспекте раскрытие относится к способам и композициям для рекрутирования Т-клеток в лимфатические узлы, физиологически релевантную среду активации для иммунных клеток, и совместное введение адъюванта для активации APC, которые обеспечивают полный набор важных костимулирующих сигналов для оптимальной CAR-Т-клеточной активации.

В некоторых вариантах осуществления, в частности, для лечения ALL и/или NHL, подходящие CAR нацелены на CD19 или CD20. Неограничивающие примеры включают CAR, содержащие структуру: (i) анти-CD19 scFv, домен CD8 H/TM, домен CS 4-1BB и сигнальный домен TCR CD3ζ; (ii) анти-CD19 scFv, шарнирный и трансмембранный домен CD28, костимулирующий домен CD28 и сигнальный домен TCR CD3ζ; и (iii) анти-CD20 scFv, шарнирный и трансмембранный домен IgG, костимулирующий домен CD28/4-1BB и сигнальный домен TCR CD3ζ. В некоторых вариантах осуществления эффекторная клетка, содержащая CAR, подходящая для комбинации с раскрытыми в настоящем описании комбинациями и способами, нацелена на CD19 или CD20, включая, но не ограничиваясь этим, Kymriah™ (tisagenlecleucel; Novartis; ранее CTL019) и Yescarta™ (axicabtagene ciloleucel; Kite Pharma).

Перенацеленные CAR-T-клетки

В некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки (например, T-клетки), модифицированные для экспрессии CAR, который связывается с универсальным иммунным рецептором, меткой, переключателем или Fc-областью иммуноглобулина, являются подходящими для композиций и способов, описанных в настоящем документе.

В некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки (например, Т-клетки) модифицированы для экспрессии универсального иммунного рецептора или UnivIR. Один тип UnivIR представляет собой биотин-связывающий иммунный рецептор (BBIR) (см., например, патентную публикацию США US20140234348 A1, включенную в настоящее описание посредством ссылки в полном объеме). Другие примеры способов и композиций, относящихся к универсальным химерным рецепторам и/или эффекторным клеткам, экспрессирующим универсальные химерные рецепторы, описаны в международных заявках на патент WO 2016123122 A1, WO 2017143094 A1, WO 2013074916 A1, заявке на патент США US 20160348073 A1, каждая из которых включена в настоящее описание посредством ссылки в полном объеме.

В некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки (например, Т-клетки) модифицированы для экспрессии универсального модульного химерного антигенного рецептора против метки (UniCAR). Эта система обеспечивает перенацеливание иммунных клеток, трансплантированных UniCAR, против множества антигенов (см., например, патентную публикацию США US 20170240612 A1, включенную в настоящее описание посредством ссылки в полном объеме; Cartellieri et al., (2016) Journal of Cancer Journal 6, e458, включенный в настоящее описание посредством ссылки в полном объеме).

В некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки (например, T-клетки) модифицированы для экспрессии переключаемых химерных антигенных рецепторов и переключателей эффекторных клеток, содержащих химерный антигенный рецептор (CAR-EC). В этой системе переключатели CAR-EC содержат первую область, которая связана химерным антигенным рецептором на CAR-EC, и вторую область, которая связывает молекулу клеточной поверхности на клетке-мишени, стимулируя тем самым иммунный ответ от CAR-EC, которая цитотоксична для связанной клетки-мишени. В некоторых вариантах осуществления CAR-EC представляет собой Т-клетку, причем переключатель CAR-EC может действовать как «включатель» для активности CAR-EC. Активность можно «выключить», уменьшив или прекратив введение переключателя. Эти переключатели CAR-EC могут использоваться с раскрытыми в настоящем описании CAR-EC, а также с существующими CAR-Т-клетками для лечения заболевания или состояния, такого как онкологическое заболевание, где клетка-мишень представляет собой злокачественную клетку. Такое лечение может упоминаться в настоящем описании как переключаемая иммунотерапия (публикация патента США US 9624276 B2, включенная в настоящее описание посредством ссылки в полном объеме).

В некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки (например, T-клетки) модифицируют для экспрессии рецептора, который связывает Fc-часть иммуноглобулинов человека (например, CD16V-BB-ζ) (Kudo et al., (2014) Cancer Res 74 (1): 93-103, включенной в настоящее описание посредством ссылки в полном объеме).

В некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки (например, T-клетки) модифицированы для экспрессии универсального иммунного рецептора (например, переключаемого CAR, sCAR), который связывает пептидный неоэпитоп (PNE). В некоторых вариантах осуществления пептидный неоэпитоп (PNE) был включен в определенные различные местоположения в антителе, нацеленном на антиген (переключатель антитела). Следовательно, специфичность sCAR-T-клеток перенацеливается только против PNE, не встречающегося в протеоме человека, что позволяет ортогональное взаимодействие между sCAR-T-клеткой и переключателем антитела. Таким образом, sCAR-T-клетки строго зависят от присутствия переключения антитела, чтобы стать полностью активированным, исключая таким образом нецелевое распознавание CAR-T-клетками эндогенных тканей или антигенов пр отсутствии переключателя антитела (Arcangeli et al., (2016) Transl Cancer Res 5 (Suppl 2): S174-S177, полностью включено в настоящее описание посредством ссылки в полном объеме). Другие примеры переключаемых CAR предоставлены патентной заявкой США US20160272718A1, включенной в настоящее описание посредством ссылки в полном объеме.

Используемый в настоящем описании термин «метка» охватывает универсальный иммунный рецептор, метку, переключатель или Fc-область иммуноглобулина, как описано выше. В некоторых вариантах осуществления эффекторная клетка модифицирована для экспрессии CAR, содержащего домен связывания метки. В некоторых вариантах осуществления CAR связывает изотиоцианат флуоресцеина (FITC), стрептавидин, биотин, динитрофенол, перидинин-хлорофилл-белковый комплекс, зеленый флуоресцентный белок, фикоэритрин (PE), пероксидазу хрена, пальмитоилирование, нитрозилирование, щелочную фосфатазу, глюкозооксидазу или мальтоза-связывающий белок.

Химерные антигенные рецепторы против метки (AT-CAR)

Существует несколько ограничений для общего клинического применения CAR-Т-клеток. Например, поскольку не существует единственного опухолевого антигена, универсально экспрессируемого всеми типами злокачественных новообразований, каждый scFv в CAR должен быть сконструирован со специфичностью для опухолевого антигена-мишени. Кроме того, опухолевые антигены, на которые нацелен CAR, могут быть подавлены или мутированы в ответ на лечение, приводящее к уклонению опухоли от иммунологического ответа.

В качестве альтернативы были разработаны клетки, содержащие универсальные химерные антигенные рецепторы против метки (AT-CAR) и CAR-T. Например, человеческие Т-клетки были сконструированы для экспрессии CAR против флуоресцеин-изотиоцианата (FITC) (обозначенного анти-FITC-CAR). Эта платформа использует преимущества высокоаффинного взаимодействия между scFv против FITC (на поверхности клетки) и FITC, а также способность конъюгировать молекулы FITC (или другие метки) с любым пртивоопухолевым моноклональным антителом, таким как цетуксимаб (анти-EGFR), ретуксимаб (анти-CD20) и герцептин (анти-Her2).

Соответственно, в некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки (например, T-клетки) модифицируют для экспрессии универсального химерного антигенного рецептора против метки (AT-CAR), как описано, по меньшей мере, в WO 2012082841 и US20160129109A1, включенных в настоящий документ посредством ссылки в полном объеме. В таких AT-CAR-системах Т-клетки распознают и связываются с мечеными белками, такими как антитела. Например, в некоторых вариантах осуществления AT-CAR-Т-клетка распознает меченые меткой антитела, такие как FITC-меченные антитела. В некоторых вариантах осуществления антитело против опухолевого антигена конъюгируют с меткой (например, FITC) и вводят до, одновременно или после AT-CAR-терапии. Антитела против опухолевых антигенов известны специалистам в данной области.

Как указано, специфичность связывания домена, связывающего метку, зависит от идентичности метки, которая конъюгирована с белком, который используется для связывания клеток-мишеней. Например, в некоторых аспектах раскрытия меткой является FITC, доменом связывания метки является scFv против FITC. Альтернативно, в некоторых аспектах изобретения метка представляет собой биотин или РЕ (фикоэритрин), а домен связывания метки представляет собой анти-биотин scFv или анти-РЕ scFv.

В некоторых вариантах осуществления белок каждой композиции меченых белков является одинаковым или отличается, и белок представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых аспектах антитело или его антигенсвязывающий фрагмент представляет собой цетуксимаб (анти-EGFR), нимотузумаб (анти-EGFR), панитумумаб (анти-EGFR), ретуксимаб (анти-CD20), омализумаб (анти-CD20), тоситумомаб (анти-CD20), трастузумаб (анти-Her2), гемтузумаб (анти-CD33), алемтузумаб (анти-CD52) и бевакузимаб (анти-VEGF).

Таким образом, в некоторых вариантах осуществления меченые белки включают FITC-конъюгированные антитела, биотин-конъюгированные антитела, PE-конъюгированные антитела, гистидин-конъюгированные антитела и стрептавидин-конъюгированные антитела, где антитело связывается с TAA или TSA, экспрессируемыми клетками-мишенями, Например, меченые белки включают, но не ограничиваются ими, FITC-конъюгированный цетуксимаб, FITC-конъюгированный ретуксимаб, FITC-конъюгированный герцептин, биотин-конъюгированный цетуксимаб, биотин-конъюгированный ретуксимаб, биотин-конъюгированный герцептин, PE-конъюгированный цетуксимаб, PE-конъюгированный ретуксимаб, PE-конъюгированный герцептин, конъюгированный с гистидином цетуксимаб, конъюгированный с гистидином ретуксимаб, конъюгированный с гистидином герцептин, конъюгированный со стрептавидином цетуксимаб, конъюгированный со стрептавидином ретуксимабин и конъюгированный со стрептавидином герцептин.

В некоторых вариантах осуществления AT-CAR каждой популяции AT-CAR-экспрессирующих Т-клеток является одинаковым или отличается, и AT-CAR содержит домен связывания метки, трансмембранный домен и домен активации. В некоторых вариантах осуществления домен связывания метки представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых аспектах домен связывания метки специфически связывается с FITC, биотином, PE, гистидином или стрептавидином. В некоторых вариантах осуществления домен связывания метки представляет собой антигенсвязывающий фрагмент, а антигенсвязывающий фрагмент представляет собой одноцепочечный вариабельный фрагмент (scFv), такой как scFv, который специфически связывается с FITC, биотином, PE, гистидином или стрептавидином. В некоторых вариантах осуществления трансмембранный домен представляет собой шарнирный и трансмембранный участки человеческой цепи CD8α. В некоторых вариантах осуществления домен активации включает одну или более цитоплазматических областей CD28, цитоплазматических областей CD137 (41BB), OX40, HVEM, CD3ζ и FcRε.

В некоторых вариантах осуществления метка каждой композиции меченых белков одинакова или отличается, и метка выбрана из группы, состоящей из изотиоцианата флуоресцеина (FITC), стрептавидина, биотина, гистидина, динитрофенола, перидинин-хлорофилл-белкового комплекса, зеленого флуоресцентного белка, фикоэритрин (РЕ), пероксидазы хрена, пальмитоилирования, нитрозилирования, щелочной фосфатазы, глюкозооксидазы, мальтоза-связывающего белка.

Метка может быть конъюгирована с белками с использованием таких методов, как химическая конденсация и использование реагентов перекрестной сшивки. Альтернативно, могут быть получены полинуклеотидные векторы, которые кодируют меченые белки в виде слитых белков. Затем клеточные линии могут быть сконструированы для экспрессии меченых белков, и меченые белки могут быть выделены из культуральной среды, очищены и использованы в описанных в настоящем документе способах.

В некоторых вариантах осуществления меченые белки вводят пациенту до или одновременно или после введения AT-CAR-экспрессирующих Т-клеток. В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к способу лечения онкологического заболевания у пациента, включающему: (а) введение композиции меченых белков пациенту, нуждающемуся в лечении, где меченые белки связываются с опухолевой клеткой у пациента, и (b) введение терапевтически эффективной популяции Т-клеток, экспрессирующих химерный антигенный рецептор против метки (AT-CAR), пациенту, где Т-клетки, экспрессирующие AT-CAR, связываются с мечеными белками и индуцируют смерть опухолевых клеток, что позволяет лечить онкологическое заболевание у пациента.

Эффекторные клетки с тандемным CAR (TanCAR)

Наблюдалось, что при использовании подхода CAR для лечения онкологического заболевания, гетерогенность опухоли и иммуноредактирование может привести к ускользанию от лечения CAR (Grupp et al., New Eng. J. Med (2013) 368: 1509-1518). В качестве альтернативного подхода были разработаны биспецифические CAR, известные как тандемные CAR или TanCAR, в попытке одновременного нацеливания на несколько опухолеспецифических маркеров. В TanCAR внеклеточный домен содержит две антигенсвязывающие специфичности в тандеме, соединенные линкером. Таким образом, обе специфичности связывания (scFv) связаны с одной трансмембранной частью: одна scFv располагается рядом с мембраной, а другая находится в дистальном положении. В качестве примера TanCAR Grada et al. (Mol Ther Nucleic Acids (2013) 2, e105) описывает TanCAR, который включает scFv, специфичный для CD19, за которым следует линкер Gly-Ser и scFv, специфичный для HER2. HER2-scFv находился в околомембранном положении, а CD19-scFv - в дистальном положении. Было показано, что TanCAR индуцирует отличную реактивность Т-клеток против каждого из двух разграниченных опухолевых антигенов.

Соответственно, некоторые аспекты раскрытия относятся к тандемному химерному антигенному рецептору, который обеспечивает биспецифическую активацию и нацеливание Т-клеток. Хотя настоящее раскрытие относится к биспецифичности для CAR, в некоторых аспектах CAR способны нацеливаться на три, четыре или более опухолевых антигенов. Нацеливание на множество антигенов с использованием CAR-Т-клеток может усиливать активацию Т-клеток и/или компенсировать ускользание опухоли от иммунологического надзора за счет потери антигена. TanCAR могут также нацеливаться на множество экспрессируемых антигенов, нацеливаться на различные опухоли, используя один и тот же клеточный продукт с широкой специфичностью, и/или обеспечивать лучший профиль токсичности с менее интенсивной передачей сигналов CAR, достигая одинаковых результатов благодаря множественной специфичности.

В некоторых вариантах осуществления раскрытие относится к TanCAR, который включает в себя два домена нацеливания. В некоторых вариантах осуществления раскрытие относится к мультиспецифическому TanCAR, который включает три или более доменов нацеливания. В другом варианте осуществления настоящее изобретение относится к первому CAR и второму CAR на поверхности клетки, причем каждый CAR содержит антигенсвязывающий домен, причем антигенсвязывающий домен первого CAR связывается с первым опухолевым антигеном (например, CD19, CD20, CD22, HER2) и антигенсвязывающий домен второго CAR связывается с другим (отличным) опухолевым антигеном. TanCAR описаны в US 20160303230 A1 и US 20170340705 A1, включенных в настоящий документ посредством ссылки.

В некоторых вариантах осуществления TanCAR по изобретению нацелен на два или более опухолевых антигена. Типичные опухолевые антигены включают один или более из CD19, CD20, CD22, k легкой цепи, CD30, CD33, CD123, CD38, ROR1, ErbB2, ErbB3/4, EGFr vIII, карциноэмбриональный антиген, EGP2, EGP40, мезотелин, TAG72, PSMA, NKG2D-лиганды, B7-H6, рецептор IL-13, MUC1, MUC16, CA9, GD2, GD3, HMW-MAA, CD171, Lewis Y, G250/CALX, HLA-AI MAGE A1, HLA-A2 NY-ESO- 1, PSC1, фолатный рецептор α, CD44v7/8, 8H9, NCAM, рецепторы VEGF, 5T4, фетальный AchR, лиганды NKG2D, CD44v6, TEM1 и/или TEM8.

В некоторых вариантах осуществления раскрытие относится к биспецифическому TanCAR, который нацелен на CD19 и другой опухолевый антиген. В некоторых вариантах осуществления раскрытие относится к биспецифическому TanCAR, который нацелен на CD22 и другой опухолевый антиген. В некоторых вариантах осуществления изобретение относится к биспецифическому TanCAR, который нацелен на HER2 и другой опухолевый антиген. В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к биспецифическому TanCAR, который нацелен на IL13R-альфа2 и другой опухолевый антиген. В некоторых вариантах осуществления изобретение относится к биспецифическому TanCAR, который нацелен на VEGF-A и другой опухолевый антиген. В некоторых вариантах осуществления изобретение относится к биспецифическому TanCAR, который нацелен на Tem8 и другой опухолевый антиген. В некоторых вариантах осуществления изобретение относится к биспецифическому TanCAR, который нацелен на FAP и другой опухолевый антиген. В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к биспецифическому TanCAR, который нацелен на EphA2 и другой опухолевый антиген. В некоторых вариантах осуществления изобретение относится к биспецифическому TanCAR, который нацелен на один или более, два или более, три или более или четыре или более следующих опухолевых антигенов: CD19, CD22, HER2, IL13R-альфа2, VEGF-A, Tem8, FAP или EphA2 и любая их комбинация. В некоторых вариантах осуществления раскрытие относится к биспецифическому TanCAR, который нацелен на HER2 и IL13R-альфа2. В некоторых вариантах осуществления раскрытие относится к биспецифическому TanCAR, который нацелен на CD19 и CD22.

Способы генерации химерных антигенных рецепторов и эффекторных клеток с CAR

В некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки пациента (например, Т-клетки) генетически модифицируют химерным антигенным рецептором (Sadelain et al., Cancer Discov. 3: 388-398, 2013). Например, предоставляется эффекторная клетка (например, T-клетка), и рекомбинантная нуклеиновая кислота, кодирующая химерный антигенный рецептор, вводится в эффекторную клетку, полученную от пациента (например, T-клетку), чтобы генерировать клетку с CAR. В некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки (например, Т-клетки), полученные не от пациента, генетически модифицированы химерным антигенным рецептором. Например, в некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки (например, Т-клетки) представляют собой аллогенные клетки, которые были разработаны для использования в качестве «готовой» адоптивной клеточной терапии, такие как Т-клетки с универсальным химерным антигенным рецептором (UCART), как разработано от Cellectis. UCART - это аллогенные CAR-T-клетки, которые были сконструированы для лечения наибольшего числа пациентов с определенным типом онкологического заболевания. Неограничивающие примеры UCART, разрабатываемых Cellectis, включают те, которые нацелены на следующие опухолевые антигены: CD19, CD123, CD22, CS1 и CD38.

Множество различных способов, известных в данной области, могут быть использованы для введения любой из нуклеиновых кислот или экспрессирующих векторов, описанных в настоящем документе, в эффекторную клетку (например, Т-клетку). Неограничивающие примеры способов введения нуклеиновой кислоты в эффекторную клетку (например, Т-клетку) включают: липофекцию, трансфекцию (например, трансфекцию фосфатом кальция, трансфекцию с использованием высокоразветвленных органических соединений, трансфекцию с использованием катионных полимеров, трансфекцию на основе дендримера, оптическую трансфекцию, трансфекцию на основе частиц (например, трансфекцию с наночастицами) или трансфекцию с использованием липосом (например, катионных липосом)), микроинъекцию, электропорацию, сжатие клеток, сонопорацию, слияние протопластов, импалефекцию, гидродинамическую доставку, генную пушку, магнитофекцию, вирусную трансфекцию и нуклеофекцию. Кроме того, известная в данной области технология редактирования генома CRISPR/Cas9 может использоваться для введения нуклеиновых кислот CAR в эффекторные клетки (например, T-клетки) и/или для введения других генетических модификаций (например, как описано ниже) в эффекторные клетки (например, T-клетки) для усиления активности клеток с CAR (для использования технологии CRISPR/Cas9 в связи с CAR-T-клетками, см., например, US 9890393; US 8855297; US 2017/0175128; US 2016/0184362; US 2016/0272999; WO 2015/161276; WO 2014/191128; CN 106755088; CN 106591363; CN 106480097; CN 106399375; CN 104894068).

В настоящем описании предложны способы, которые можно использовать для создания любых из клеток или композиций, описанных в настоящем документе, где каждая клетка может экспрессировать CAR (например, любой из CAR, описанных в настоящем документе).

Химерные антигенные рецепторы (CAR) включают антигенсвязывающий домен, трансмембранный домен и цитоплазматический сигнальный домен, который включает цитоплазматическую последовательность CD3ζ, достаточную для стимуляции Т-клетки, когда антигенсвязывающий домен связывается с антигеном, и, необязательно, цитоплазматическую последовательность одного или более (например, двух, трех или четырех) костимулирующих белков (например, цитоплазматическую последовательность одного или более из B7-H3, BTLA, CD2, CD7, CD27, CD28, CD30, CD40, CD40L, CD80, CD160, CD244, ICOS, LAG3, LFA-1, LIGHT, NKG2C, 4-1BB, OX40, PD-1, PD-L1, TIM3 и лиганда, который специфически связывается с CD83), которые обеспечивают костимуляцию Т-клетки, когда антигенсвязывающий домен связывается с антигеном. В некоторых вариантах осуществления CAR может дополнительно включать в себя линкер. Неограничивающие аспекты и особенности CAR описаны ниже. Дополнительные аспекты CAR и клеток с CAR, включая типичные антигенсвязывающие домены, линкеры, трансмембранные домены и цитоплазматические сигнальные домены, описаны, например, в Kakarla et al., Cancer J. 20: 151-155, 2014; Srivastava et al., Trends Immunol. 36: 494-502, 2015; Nishio et al., Oncoimmunology 4 (2): e988098, 2015; Ghorashian et al., Br. J. Haematol. 169:463-478, 2015; Levine, Cancer Gene Ther. 22: 79-84, 2015; Jensen et al., Curr. Opin. Immunol. 33: 9-15, 2015; Singh et al., Cancer Gene Ther. 22: 95-100, 2015; Li et al., Zhongguo Shi Yan Xue Ye Xue Za Zhi 22: 1753-1756, 2014; Gill et al., Immunol. Rev. 263:68-89, 2015; Magee et al., Discov. Med. 18:265-271, 2014; Gargett et al., Front. Pharmacol. 5:235, 2014; Yuan et al., Zhongguo Shi Yan Xue Ye Xue Za Zhi 22:1137-1141, 2014; Pedgram et al., Cancer J. 20:127-133, 2014; Eshhar et al., Cancer J. 20:123-126, 2014; Ramos et al., Cancer J. 20:112-118, 2014; Maus et al., Blood 123:2625-2635, 2014; Jena et al., Curr. Hematol. Malig. Rep. 9:50-56, 2014; Maher et al., Curr. Gene Ther. 14: 35-43, 2014; Riches et al., Discov. Med. 16: 295-302, 2013; Cheadle et al., Immunol. Rev. 257: 83-90, 2014; Davila et al., Int. J. Hematol. 99: 361-371, 2014; Xu et al., Cancer Lett. 343: 172-178, 2014; Kochenderfer et al., Nat. Rev. Clin. Oncol. 10:267-276, 2013; Hosing et al., Curr. Hematol. Malig. Rep. 8: 60-70, 2013; Hombach et al., Curr. Mol. Med. 13: 1079-1088, 2013; Xu et al., Leuk. Lymphoma 54:255-260, 2013; Gilham et al., Trends Mol. Med. 18: 377-384, 2012; Lipowska-Bhalla et al., Cancer Immunol. Immunother. 61: 953-962, 2012; Chmielewski et al., Cancer Immunol. Immunother. 61:1269-1277, 2013; Jena et al., Blood 116:1035-1044, 2010; Dotti et al, Immunology Reviews 257(1): 107-126, 2013; Dai et al., Journal of the National Cancer Institute 108(7): djv439, 2016; Wang and Riviere, Molecular Therapy-Oncolytics 3: 16015, 2016; Публикация патентной заявки США №. 2018/0057609; 2018/0037625; 2017/0362295; 2017/0137783; 2016/0152723, 2016/0206656, 2016/0199412, 2016/0208018, 2015/0232880, 2015/0225480; 2015/0224143; 2015/0224142; 2015/0190428; 2015/0196599; 2015/0152181; 2015/0140023; 2015/0118202; 2015/0110760; 2015/0099299; 2015/0093822; 2015/0093401; 2015/0051266; 2015/0050729; 2015/0024482; 2015/0023937; 2015/0017141; 2015/0017136; 2015/0017120; 2014/0370045; 2014/0370017; 2014/0369977; 2014/0349402; 2014/0328812; 2014/0322275; 2014/0322216; 2014/0322212; 2014/0322183; 2014/0314795; 2014/0308259; 2014/0301993; 2014/0296492; 2014/0294784; 2014/0286973; 2014/0274909; 2014/0274801; 2014/0271635; 2014/0271582; 2014/0271581; 2014/0271579; 2014/0255363; 2014/0242701; 2014/0242049; 2014/0227272; 2014/0219975; 2014/0170114; 2014/0134720; 2014/0134142; 2014/0120622; 2014/0120136; 2014/0106449; 2014/0106449; 2014/0099340; 2014/0086828; 2014/0065629; 2014/0050708; 2014/0024809; 2013/0344039; 2013/0323214; 2013/0315884; 2013/0309258; 2013/0288368; 2013/0287752; 2013/0287748; 2013/0280221; 2013/0280220; 2013/0266551; 2013/0216528; 2013/0202622; 2013/0071414; 2012/0321667; 2012/0302466; 2012/0301448; 2012/0301447; 2012/0060230; 2011/0213288; 2011/0158957; 2011/0104128; 2011/0038836; 2007/0036773; и 2004/0043401. Дополнительные аспекты CAR и клеток с CAR, включая типичные антигенсвязывающие домены, линкеры, трансмембранные домены и цитоплазматические сигнальные домены, описаны в WO 2016/168595; WO 12/079000; 2015/0141347; 2015/0031624; 2015/0030597; 2014/0378389; 2014/0219978; 2014/0206620; 2014/0037628; 2013/0274203; 2013/0225668; 2013/0116167; 2012/0230962; 2012/0213783; 2012/0093842; 2012/0071420; 2012/0015888; 2011/0268754; 2010/0297093; 2010/0158881; 2010/0034834; 2010/0015113; 2009/0304657; 2004/0043401; 2014/0322253; 2015/0118208; 2015/0038684; 2014/0024601; 2012/0148552; 2011/0223129; 2009/0257994; 2008/0160607; 2008/0003683; 2013/0121960; 2011/0052554; и 2010/0178276.

A. Антигенсвязывающие домены

Антигенсвязывающие домены, включенные в химерный антигенный рецептор (CAR), могут специфически связываться с антигеном (например, опухолеассоциированным антигеном (TAA) или антигеном, который не экспрессируется на незлокачественной клетке), или универсальным рецептором (например, меткой). Неограничивающие примеры антигенсвязывающего домена включают в себя: моноклональное антитело (например, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgM, IgE и IgD) (например, полностью человеческое или химерное (например, гуманизированное) антитело), антигенсвязывающий фрагмент антитела (например, фрагменты Fab, Fab 'или F(ab')₂) (например, фрагмент полностью человеческого или химерного (например, гуманизированного) антитела), диатело, триатело, тетратело, минитело, scFv, scFv-Fc, (scFv)₂, scFab, bis-scFv, hc-IgG, BiTE, однодоменное антитело (например, с доменом V-NAR или доменом VhH), IgNAR и полиспецифическое (например, биспецифическое) антитело. Способы получения этих антигенсвязывающих доменов известны в данной области.

В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающий домен включает в себя по меньшей мере одну (например, одну, две, три, четыре, пять или шесть) CDR (например, любую из трех CDR вариабельного домена легкой цепи иммуноглобулина или любую из трех CDR из вариабельного домена тяжелой цепи иммуноглобулина) антитела, которое способно специфически связываться с антигеном-мишенью, такого как молекулы иммуноглобулина (например, молекулы иммуноглобулина с легкой или тяжелой цепью) и иммунологически активные (антигенсвязывающие) фрагменты молекул иммуноглобулинов.

В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающий домен представляет собой одноцепочечное антитело (например, с доменом V-NAR или доменом V_HH или любое одноцепочечное антитело, как описано в настоящем документе). В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающий домен представляет собой цельную молекулу антитела (например, человеческого, гуманизированного или химерного антитела) или мультимерное антитело (например, биспецифическое антитело).

В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающие домены включают фрагменты антител и полиспецифические (например, биспецифические) антитела или фрагменты антител. Примеры антител и их антигенсвязывающих фрагментов включают, но не ограничиваются ими: одноцепочечные Fv (scFv), Fab-фрагменты, Fab'-фрагменты, F(ab')₂, дисульфид-связанные Fvs (sdFvs), Fvs и фрагменты, содержащие или домен VL, или домен VH.

Дополнительные антигенсвязывающие домены, представленные в настоящем документе, представляют собой поликлональные, моноклональные, полиспецифические (мультимерные, например, биспецифические), человеческие антитела, химерные антитела (например, химера человека-мыши), одноцепочечные антитела, антитела, продуцируемые внутри клетки (т.е. интратела) и их антигенсвязывающие фрагменты. Антитела или их антигенсвязывающие фрагменты могут быть любого типа (например, IgG, IgE, IgM, IgD, IgA и IgY), класса (например, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 и IgA2) или подкласса. В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающий домен представляет собой антитело IgG1 или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых примерах антигенсвязывающий домен представляет собой антитело IgG4 или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающий домен представляет собой иммуноглобулин, содержащий тяжелую и легкую цепь.

Дополнительными примерами антигенсвязывающих доменов являются антигенсвязывающие фрагменты IgG (например, антигенсвязывающий фрагмент IgG1, IgG2, IgG3 или IgG4) (например, антигенсвязывающий фрагмент человеческого или гуманизированного IgG, например человеческого или гуманизированного IgG1, IgG2, IgG3 или IgG4), антигенсвязывающий фрагмент IgA (например, антигенсвязывающий фрагмент IgA1 или IgA2) (например, антигенсвязывающий фрагмент человеческого или гуманизированного IgA, например, человеческого или гуманизированного IgA1 или IgA2), антигенсвязывающий фрагмент IgD (например, антигенсвязывающий фрагмент человеческого или гуманизированного IgD), антигенсвязывающий фрагмент IgE (например, антигенсвязывающий фрагмент человеческого или гуманизированного IgE) или антигенсвязывающий фрагмент IgM (например, антигенсвязывающий фрагмент человеческого или гуманизированного IgM).

В некоторых вариантах антигенсвязывающий домен может связываться с конкретным антигеном (например, с опухолеспецифическим антигеном) с аффинностью (KD), составляющей примерно или менее чем 1×10^-7 М (например, примерно или менее чем 1×10^-8 М, примерно или менее чем 5×10^-9 М, примерно или менее чем 2×10^-9 М или примерно или менее чем 1×10^-9 М), например, в физиологическом растворе или в фосфатно-буферном солевом растворе.

Специалистам в данной области должно быть понятно, что выбор антигенсвязывающего домена для включения в CAR зависит от типа и количества лигандов, которые определяют поверхность клетки (например, опухолевой клетки или опухоли), на которую он должен быть нацелен у нуждающегося в этом пациента и/или зависит от лиганда, присутствующего в конъюгате амфифильного лиганда. Например, в некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающий домен выбран для распознавания лиганда, который действует как маркер клеточной поверхности на опухолевых клетках, или является опухолеассоциированным антигеном (например, CD19, CD30, Her2/neu, EGFR или BCMA) или опухолеспецифическим антигеном (TSA). В некоторых вариантах антигенсвязывающий домен распознает лиганд на конъюгате амфифильного лиганда.

В некоторых вариантах осуществления эффекторные клетки CAR (например, CAR-T-клетки) содержат молекулу CAR, которая связывается с опухолевым антигеном (например, содержит опухолевый антигенсвязывающий домен). В некоторых вариантах осуществления молекула CAR содержит антигенсвязывающий домен, который распознает опухолевый антиген солидной опухоли (например, рака молочной железы, рака толстой кишки и т. д.). В некоторых вариантах осуществления молекула CAR представляет собой тандемную молекулу CAR, как описано выше, которая содержит по меньшей мере два антигенсвязывающих домена. В некоторых вариантах осуществления молекула CAR содержит антигенсвязывающий домен, который распознает опухолевый антиген гематологического злокачественного образования (например, лейкоза, острого лимфоцитарного лейкоза, острого миелоцитарного лейкоза, острого промиелоцитарного лейкоза, хронического лейкоза, хронического миелоцитарного (гранулоцитарного) лейкоза, хронического лимфоцитарного лейкоза, лимфомы мантийных клеток, первичной лимфомы центральной нервной системы, лимфомы Беркитта и В-клеточной лимфомы маргинальной зоны, полицитемии, болезни Ходжкина, неходжкинской болезни, множественной миеломы и т. д.).

В некоторых вариантах осуществления опухолевый антиген представляет собой опухолеспецифический антиген (TSA). TSA уникален для опухолевых клеток и не встречается на других клетках организма. В некоторых вариантах осуществления опухолевый антиген представляет собой опухолеассоциированный антиген (TAA). TAA не является уникальным для опухолевой клетки и вместо этого также экспрессируется на нормальной клетке в условиях, которые не могут вызвать состояние иммунологической толерантности к антигену. Экспрессия антигена на опухоли может происходить в условиях, которые позволяют иммунной системе реагировать на антиген. В некоторых вариантах осуществления TAA экспрессируются на нормальных клетках во время развития плода, когда иммунная система является незрелой и неспособной реагировать, или обычно присутствуют на чрезвычайно низком уровне на нормальных клетках, но при этом экспрессируются на гораздо более высоком уровне на опухолевых клетках.

В некоторых вариантах осуществления опухолеассоциированный антиген определяют путем секвенирования опухолевых клеток пациента и выявления мутантных белков, обнаруживаемых только в опухоли. Эти антигены называются «неоантигенами». После того, как неоантиген был идентифицирован, против него могут быть получены терапевтические антитела и использованы в описанных в настоящем документе способах.

В некоторых вариантах осуществления опухолевый антиген представляет собой антиген эпителиального рака (например, молочной железы, желудочно-кишечного тракта, легкого), простата-специфический опухолевый антиген (PSA) или простата-специфический мембранный антиген (PSMA), антиген рака мочевого пузыря, антиген рака легкого (например, мелкоклеточного рака легкого), антиген рака толстой кишки, рака яичников, антиген рака головного мозга, антиген рака желудка, антиген почечно-клеточного рака, антиген рака поджелудочной железы, антиген рака печени, антиген рака пищевода, антиген рака головы и шеи или антиген колоректального рака. В некоторых вариантах осуществления опухолевый антиген является антигеном лимфомы (например, неходжкинской лимфомы или лимфомы Ходжкина), антигеном В-клеточной лимфомы, антигеном лейкоза, антигеном миеломы (например, множественной миеломы или миеломы плазмы), антиген острого лимфобластного лейкоза, антиген хронического миелоидного лейкоза или антиген острого миелогенного лейкоза.

Опухолевые антигены (например, опухолеассоциированные антигены (TAA) и опухолеспецифические антигены (TSA)), на которые могут воздействовать эффекторные клетки с CAR (например, CAR-T-клетки), включают, но не ограничиваются ими, 1GH-IGK, 43-9F, 5T4, 791Tgp72, белок, ассоциированный с ациклофилином C, альфа-фетопротеин (AFP), α-актинин-4, A3, антиген, специфичный к антителу A33, ART-4, B7, Ba 733, BAGE, BCR-ABL, бета-катенин, бета-HCG, BrE3-антиген, BCA225, BTAA, CA125, CA15-3\CA27.29\BCAA, CA195, CA242, CA-50, CAM43, CAMEL, CAP-1, карбоангидразу IX, c-Met, CA19-9, CA72-4, CAM 17.1, CASP-8/m, CCCL19, CCCL21, CD1, CD1a, CD2, CD3, CD4, CD5, CD8, CD11A, CD14, CD15, CD16, CD18, CD19, CD20, CD21, CD22, CD23, CD25, CD29, CD30, CD32b, CD33, CD37, CD38, CD40, CD40L, CD44, CD45, CD46, CD52, CD54, CD55, CD59, CD64, CD66a-e, CD67, CD68, CD70, CD70L, CD74, CD79a, CD79b, CD80, CD83, CD95, CD126, CD132, CD133, CD138, CD147, CD154, CDC27, CDK4, CDK4m, CDKN2A, CO-029, CTLA4, CXCR4, CXCR7, CXCL12, HIF-1a, антиген-p, специфичный для толстой кишки (CSAp), CEA (CE) ACAM5), CEACAM6, c-Met, DAM, E2A-PRL, EGFR, EGFRvIII, EGP-1 (TROP-2), EGP-2, ELF2-M, Ep-CAM, фактор роста фибробластов (FGF), FGF-5, Flt-1, Flt-3, фолатный рецептор, антиген G250, Ga733VEpCAM, GAGE, gp100, GRO-β, H4-RET, HLA-DR, HM1.24, хорионический гонадотропин человека (HCG) и его субъединицы, HER2/neu, HMGB-1, фактор, индуцируемый гипоксией (HIF-1), HSP70-2M, HST-2, HTgp-175, Ia, IGF-1R, IFN-γ, IFN-α, IFN-β, IFN-λ, IL- 4R, IL-6R, IL-13R, IL-15R, IL-17R, IL-18R, IL-2, IL-6, IL-8, IL-12, IL-15, IL-17, IL-18, IL-23, IL-25, инсулиноподобный фактор роста-1 (IGF-1), KC4-антиген, KSA, KS-1-антиген, KS1-4, LAGE-1a, Le-Y, LDR/FUT, M344, MA-50, фактор ингибирования миграции макрофагов (MIF), MAGE, MAGE-1, MAGE-3, MAGE-4, MAGE-5, MAGE-6, MART-1, MART-2, TRAG-3, mCRP, MCP -1, MIP-1A, MIP-1B, MIF, MG7-Ag, MOV18, MUC1, MUC2, MUC3, MUC4, MUC5ac, MUC13, MUC16, MUM-1/2, MUM-3, MYL-RAR, NB/70K, Nm23H1, NuMA, NCA66, NCA95, NCA90, NY-ESO-1, p15, p16, p185erbB2, p180erbB3, антиген PAM4, муцин рака поджелудочной железы, рецептор PD1 (PD-1), лиганд 1 рецептора PD-1 (PD-L1), лиганд 2 рецептора PD-1 (PD-L2), PI5, фактор роста плаценты, p53, PLAGL2, простатическую кислую фосфатазу Pmel17, PSA, PRAME, PSMA, PlGF, ILGF, ILGF-1R, IL-6, IL-25, RCAS1, RS5, RAGE, RANTES, Ras, T101, SAGE, S100, сурвивин, сурвивин-2B, SDDCAG16, TA-90\Mac2 связывающий белок, TAAL6, TAC, TAG-72, TLP, тенасцин, рецепторы TRAIL, TRP-1, TRP-2, TSP-180, TNF-α, антиген Tn, антигены Томсона-Фриденрайха, антигены некроза опухолей, тирозиназу, VEGFR, ED-B фибронектин, WT-1, 17-1A-антиген, факторы комплемента C3, C3a, C3b, C5a, C5, маркер ангиогенеза, bcl-2, bcl-6 и K-ras, онкогенный маркер и онкогенный продукт(см. например, Sensi et al., Clin Cancer Res 2006, 12: 5023-32; Parmiani et al., J. Immunol. 2007, 178: 1975-79; Novellino et al. Cancer Immunol Immunother 2005, 54: 187-207).

В некоторых вариантах осуществления опухолевый антиген представляет собой вирусный антиген, полученный из вируса, связанного с хроническим заболеванием или онкологическим заболеванием человека (таким как рак шейки матки). Например, в некоторых вариантах осуществления вирусный антиген происходит из вируса Эпштейна-Барра (EBV), антигенов HPV E6 и/или E7, вируса гепатита C (HCV), вируса гепатита B (HBV) или цитомегаловируса (CMV).

Типичные онкологические заболевания или опухоли и опухолеспецифические антигены, ассоциированные с такими опухолями (но не исключительно), включают острый лимфобластный лейкоз (etv6, aml1, циклофилин b), В-клеточную лимфому (Ig-идиотип), глиому (E-кадгерин, α-катенин, β-катенин, γ-катенин, p120ctn), рак мочевого пузыря (p21ras), рак билиарного тракта (p21ras), рак молочной железы (семейство MUC, HER2/neu, c-erbB-2), рак шейки матки (p53, p21ras), рак толстой кишки (p21ras, HER2/neu, c-erbB-2, семейство MUC), колоректальный рак (колоректальный ассоциированный антиген (CRC) -CO17-1A/GA733, APC), хориокарцинома (CEA), эпителиоцитарный рак (циклофилин b), рак желудочно-кишечного тракта (HER2/neu, c-erbB-2, гликопротеин ga733), гепатоцеллюлярный рак (α-фетопротеин), лимфома Ходжкина (Imp-1, EBNA-1), рак легкого (CEA, MAGE-3, NY-ESO-1)), лейкоз, вызванный лимфоидными клетками (циклофилин b), меланома (белок p5, gp75, онкофетальный антиген, ганглиозиды GM2 и GD2, Melan-A/MART-1, cdc27, MAGE-3, p21ras, gp100), миелома (семейство MUC), p21ras), немелкоклеточный рак легкого (HER 2/neu, c-erbB-2), рак носоглотки (Imp-1, EBNA-1), рак яичников (семейство MUC, HER2/neu, c-erbB-2), рак предстательной железы (простат-специфический антиген (PSA) и его антигенные эпитопы PSA-1, PSA-2 и PSA-3, PSMA, HER2/neu, c-erbB-2, ga733 гликопротеин), рак почки (HER2/neu, c-erbB-2), плоскоклеточный рак шейка матки и пищевода, рак яичка (NY-ESO-1) и Т-клеточный лейкоз (эпитопы HTLV-1), а также вирусные продукты или белки.

В некоторых вариантах осуществления иммунная эффекторная клетка, содержащая молекулу CAR (например, CAR-T-клетка), используемая в способах, раскрытых в настоящем описании, экспрессирует CAR, включающий мезотелин-связывающий домен (то есть CAR-Т-клетка специфически распознает мезотелин). Мезотелин является опухолевым антигеном, который сверхэкспрессируется при различных видах опухолей, включая рак яичников, рак легких и поджелудочной железы.

В некоторых вариантах осуществления иммунная эффекторная клетка, содержащая молекулу CAR (например, CAR-T-клетка), используемая в способах, раскрытых в настоящем описании, экспрессирует CAR, содержащий CD19-связывающий домен. В некоторых вариантах осуществления иммунная эффекторная клетка, содержащая молекулу CAR (например, CAR-T-клетка), используемая в способах, раскрытых в настоящем описании, экспрессирует CAR, содержащий домен связывания HER2. В некоторых вариантах осуществления иммунная эффекторная клетка, содержащая молекулу CAR (например, CAR-T-клетка), используемая в способах, раскрытых в настоящем описании, экспрессирует CAR, содержащий домен связывания EGFR.

В некоторых вариантах осуществления эффекторная клетка с CAR, экспрессирующая CAR, содержащий домен нацеливания на CD19 или связывания с ним, представляет собой Kymriah™ (tisagenlecleucel; Novartis; см. WO 2016109410, включено в настоящее описание посредством ссылки в полном объеме) или Yescarta™ (axicabtagene ciloleucel; Kite; см. US 20160346326, включено в настоящее описание посредством ссылки в полном объеме).

B. Линкер

В настоящем документе предложены CAR, которые необязательно могут включать линкер (1) между антигенсвязывающим доменом и трансмембранным доменом и/или (2) между трансмембранным доменом и цитоплазматическим сигнальным доменом. В некоторых вариантах осуществления линкер может представлять собой полипептидный линкер. Например, линкер может иметь длину в диапазоне примерно от 1 аминокислоты и примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, примерно 30 аминокислот, примерно 25 аминокислот, примерно 20 аминокислот, примерно 18 аминокислот, примерно 16 аминокислот, примерно 14 аминокислот, примерно 12 аминокислот, примерно 10 аминокислот, примерно 8 аминокислот, примерно 6 аминокислот, примерно 4 аминокислот, или примерно 2 аминокислот; примерно от 2 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, примерно 30 аминокислот, примерно 25 аминокислот, примерно 20 аминокислот, примерно 18 аминокислот, примерно 16 аминокислот, примерно 14 аминокислот, примерно 12 аминокислот, примерно 10 аминокислот, примерно 8 аминокислот, примерно 6 аминокислот, или примерно 4 аминокислот; примерно 4 аминокислот to примерно 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, примерно 30 аминокислот, примерно 25 аминокислот, примерно 20 аминокислот, примерно 18 аминокислот, примерно 16 аминокислот, примерно 14 аминокислот, примерно 12 аминокислот, примерно 10 аминокислот, примерно 8 аминокислот, или примерно 6 аминокислот; примерно от 6 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, примерно 30 аминокислот, примерно 25 аминокислот, примерно 20 аминокислот, примерно 18 аминокислот, примерно 16 аминокислот, примерно 14 аминокислот, примерно 12 аминокислот, примерно 10 аминокислот, или примерно 8 аминокислот; примерно от 8 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, примерно 30 аминокислот, примерно 25 аминокислот, примерно 20 аминокислот, примерно 18 аминокислот, примерно 16 аминокислот, примерно 14 аминокислот, примерно 12 аминокислот, или примерно 10 аминокислот; примерно от 10 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, примерно 30 аминокислот, примерно 25 аминокислот, примерно 20 аминокислот, примерно 18 аминокислот, примерно 16 аминокислот, примерно 14 аминокислот, или примерно 12 аминокислот; примерно от 12 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, примерно 30 аминокислот, примерно 25 аминокислот, примерно 20 аминокислот, примерно 18 аминокислот, примерно 16 аминокислот, или примерно 14 аминокислот; примерно от 14 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, примерно 30 аминокислот, примерно 25 аминокислот, примерно 20 аминокислот, примерно 18 аминокислот, или примерно 16 аминокислот; примерно от 16 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, примерно 30 аминокислот, примерно 25 аминокислот, примерно 20 аминокислот, или примерно 18 аминокислот; примерно от 18 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, примерно 30 аминокислот, примерно 25 аминокислот, или примерно 20 аминокислот; примерно от 20 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, примерно 30 аминокислот, или примерно 25 аминокислот; примерно от 25 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, примерно 35 аминокислот, или примерно 30 аминокислот; примерно от 30 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, примерно 40 аминокислот, или примерно 35 аминокислот; примерно от 35 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, примерно 50 аминокислот, или примерно 40 аминокислот; примерно от 40 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, примерно 60 аминокислот, или примерно 50 аминокислот; примерно от 50 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, примерно 70 аминокислот, или примерно 60 аминокислот; примерно от 60 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 150 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, примерно 80 аминокислот, или примерно 70 аминокислот; примерно от 70 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, примерно 90 аминокислот, или примерно 80 аминокислот; примерно от 80 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, примерно 100 аминокислот, или примерно 90 аминокислот; примерно от 90 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, примерно 200 аминокислот, или примерно 100 аминокислот; примерно от 100 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, примерно 300 аминокислот, или примерно 200 аминокислот; примерно от 200 аминокислот примерно до 500 аминокислот, примерно 400 аминокислот, или примерно 300 аминокислот; примерно от 300 аминокислот примерно до 500 аминокислот или примерно 400 аминокислот; или примерно от 400 аминокислот примерно до 500 аминокислот.

Дополнительные примеры и аспекты линкеров описаны в цитированной в настоящем описании литературе и таким образом включены в настоящее описание в полном объеме.

C. Трансмембранные домены

В некоторых вариантах осуществления CAR, описанные в настоящем документе, также включают трансмембранный домен. В некоторых вариантах осуществления трансмембранный домен естественно связан с последовательностью в цитоплазматическом домене. В некоторых вариантах осуществления трансмембранный домен может быть модифицирован одной или более (например, двумя, тремя, четырьмя, пятью, шестью, семью, восемью, девятью или десятью) аминокислотными заменами, чтобы избежать связывания домена с другими трансмембранными доменами (например, трансмембранными доменами одного и того же или разных поверхностных мембранных белков), чтобы минимизировать взаимодействия с другими членами рецепторного комплекса.

В некоторых вариантах осуществления трансмембранный домен может быть получен из природного источника. В некоторых вариантах осуществления трансмембранный домен может быть получен из любого мембраносвязанного или трансмембранного белка. Неограничивающие примеры трансмембранных доменов, которые могут быть использованы в настоящем документе, могут быть получены из следующих:(например, включают, по меньшей мере, трансмембранную последовательность или часть трансмембранной последовательности) альфа-, бета- или дзета-цепи Т-клеточного рецептора, CD28, CD3-эпсилон, CD33, CD37, CD64, CD80, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22, CD86, CD134, CD137 или CD154.

В некоторых вариантах осуществления трансмембранный домен может быть синтетическим. Например, в некоторых вариантах осуществления, где трансмембранный домен получен из синтетического источника, трансмембранный домен может включать (например, преимущественно включать) гидрофобные остатки (например, лейцин и валин). В некоторых вариантах осуществления синтетический трансмембранный домен будет включать, по меньшей мере, один (например, по меньшей мере, два, по меньшей мере, три, по меньшей мере, четыре, по меньшей мере, пять или, по меньшей мере, шесть) триплет фенилаланина, триптофана и валина на конце синтетического трансмембранного домена. В некоторых вариантах осуществления трансмембранный домен CAR может включать шарнирный домен CD8.

Дополнительные конкретные примеры трансмембранных доменов описаны в литературе, цитированной в настоящем описании.

D. Цитоплазматические домены

Кроме того, в настоящем описании предложены молекулы CAR, которые содержат, например, цитоплазматический сигнальный домен, который включает цитоплазматическую последовательность CD3ζ, достаточную для стимуляции Т-клетки, когда антигенсвязывающий домен связывается с антигеном, и, необязательно, цитоплазматическую последовательность одного или более из костимулирующих белков (например, цитоплазматическую последовательность одного или более из CD27, CD28, 4-1BB, OX40, CD30, CD40L, CD40, PD-1, PD-L1, ICOS, LFA-1, CD2, CD7, CD160, LIGHT, BTLA, TIM3, CD244, CD80, LAG3, NKG2C, B7-H3, лиганда, который специфически связывается с CD83, и любой из последовательностей ITAM, описанных в настоящем документе или известных в данной области техники), которые обеспечивают костимуляцию Т-клетки. Стимуляция иммунной эффекторной клетки с CAR может привести к активации одной или более противоопухолевых активностей иммунной эффекторной клетки с CAR. Например, в некоторых вариантах осуществления стимуляция иммунной эффекторной клетки с CAR может приводить к увеличению цитолитической активности или хелперной активности иммунной эффекторной клетки с CAR, включая секрецию цитокинов. В некоторых вариантах осуществления весь внутриклеточный сигнальный домен костимулирующего белка включен в цитоплазматический сигнальный домен. В некоторых вариантах осуществления цитоплазматический сигнальный домен включает в себя усеченную часть внутриклеточного сигнального домена костимулирующего белка (например, усеченную часть внутриклеточного сигнального домена, который передает сигнал эффекторной функции в иммунную эффекторную клетку с CAR). Неограничивающие примеры внутриклеточных сигнальных доменов, которые могут быть включены в цитоплазматический сигнальный домен, включают цитоплазматические последовательности Т-клеточного рецептора (TCR) и корецепторов, которые действуют совместно, инициируя сигнальную трансдукцию после рекрутирования антигенного рецептора, а также любые варианты этих последовательностей, которые включают по меньшей мере одну (например, одну, две, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять или десять) замену и имеют одинаковую или примерно одинаковую функциональную способность.

В некоторых вариантах осуществления цитоплазматический сигнальный домен может включать два отдельных класса цитоплазматических сигнальных последовательностей: сигнальные последовательности, которые инициируют антиген-зависимую активацию через TCR (первичные цитоплазматические сигнальные последовательности) (например, цитоплазматическая сигнальная последовательность CD3ζ), и цитоплазматическая последовательность одного или более костимулирующих белков, которые действуют антиген-независимым образом, чтобы обеспечить вторичный или костимулирующий сигнал (вторичные цитоплазматические сигнальные последовательности).

В некоторых вариантах осуществления цитоплазматический домен CAR может быть сконструирован так, чтобы он включал сигнальный домен CD3ζ сам по себе или в комбинации с любой другой желаемой цитоплазматической сигнальной последовательностью (последовательностями), полезной в контексте CAR. В некоторых примерах цитоплазматический домен CAR может включать участок цепи CD3ζ и костимулирующую цитоплазматическую сигнальную последовательность. Костимулирующая цитоплазматическая сигнальная последовательность относится к части CAR, включающей цитоплазматическую сигнальную последовательность костимулирующего белка (например, CD27, CD28, 4-IBB (CD 137), OX40, CD30, CD40, PD-1, ICOS, антиген-1, ассоциированный с функцией лимфоцитов (LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C, B7-H3 и лиганд, который специфически связывается с CD83).

В некоторых вариантах осуществления цитоплазматические сигнальные последовательности в цитоплазматическом сигнальном домене CAR расположены в случайном порядке. В некоторых вариантах осуществления цитоплазматические сигнальные последовательности в цитоплазматическом сигнальном домене CAR связаны друг с другом в определенном порядке. В некоторых вариантах осуществления линкер (например, любой из линкеров, описанных в настоящем документе) можно использовать для образования связи между различными цитоплазматическими сигнальными последовательностями.

В некоторых вариантах осуществления цитоплазматический сигнальный домен предназначен для включения цитоплазматической сигнальной последовательности CD3ζ и цитоплазматической сигнальной последовательности костимулирующего белка CD28. В некоторых вариантах осуществления цитоплазматический сигнальный домен сконструирован так, чтобы включать цитоплазматическую сигнальную последовательность CD3ζ и цитоплазматическую сигнальную последовательность костимулирующего белка 4-IBB. В некоторых вариантах осуществления цитоплазматический сигнальный домен предназначен для включения цитоплазматической сигнальной последовательности CD3ζ и цитоплазматической сигнальной последовательности костимулирующих белков CD28 и 4-1BB. В некоторых вариантах осуществления цитоплазматический сигнальный домен не включает цитоплазматические сигнальные последовательности 4-1BB.

Дополнительная модификация CAR-T-клеток

В другом варианте осуществления терапевтическая эффективность эффекторных клеток с CAR (например, CAR-T-клеток) повышается путем разрушения гена метилцитозиндиоксигеназы (например, Tetl, Tet2, Tet3), что приводит к снижению общего уровня 5-гидроксиметилцитозина в сочетанием с усилением пролиферации, регуляцией продукции и дегрануляции эффекторных цитокинов и, следовательно, увеличением пролиферации и/или функции эффекторных клеток с CAR (например, CAR-T-клеток), как описано в публикации PCT WO 2017/049166. Таким образом, эффекторная клетка (например, T-клетка) может быть сконструирована так, чтобы экспрессировать CAR, и где экспрессия и/или функция Tetl, Tet2 и/или Tet3 в указанной эффекторной клетке (например, T-клетке) была уменьшена или устранена.

В другом варианте осуществления терапевтическая эффективность эффекторных клеток с CAR (например, CAR-T-клеток) повышается за счет использования эффекторной клетки (например, T-клетки), которая конститутивно экспрессирует CAR (называемой безусловным CAR) и условно экспрессирует другой полезный агент для лечения онкологического заболевания, как описано в публикации РСТ WO 2016/126608 и публикации США №2018/0044424. В таких вариантах осуществления условно экспрессируемый агент экспрессируется при активации эффекторной клетки (например, Т-клетки), например, при связывании безусловного CAR с его мишенью. В одном варианте осуществления условно экспрессируемый агент представляет собой CAR (называемый здесь условным CAR). В другом варианте осуществления условно экспрессируемый агент ингибирует ингибитор контрольной точки иммунного ответа. В другом варианте осуществления условно экспрессированный агент улучшает или усиливает эффективность CAR и может включать цитокин.

В другом варианте осуществления терапевтическая эффективность CAR-T-клеток повышается путем модификации CAR-T-клетки нуклеиновой кислотой, которая способна изменять (например, подавлять) экспрессию эндогенного гена, выбранного из группы, состоящей из α-цепи TCR, β-цепи TCR, бета-2-микроглобулина, молекулы HLA, CTLA-4, PD1 и FAS, как описано в публикации РСТ WO 2016/069282 и публикации США № 2017/0335331.

В другом варианте осуществления терапевтическая эффективность CAR-Т-клеток повышается путем совместной экспрессии в Т-клетках CAR и одного или более энхансеров примирования Т-клеток («ETP»), как описано в публикации РСТ WO 2015/112626 и публикации США №2016/0340406. Добавление компонента ETP к CAR-Т-клетке обеспечивает улучшенную функцию «профессиональной» антигенпрезентирующей клетки (APC). В варианте осуществления CAR и один или более ETP транзиторно коэкспрессируются в T-клетке. Таким образом, сконструированные Т-клетки безопасны (учитывая транзиторную природу экспрессии CAR/ETP) и индуцируют длительный иммунитет через функцию APC.

В другом варианте осуществления терапевтическая эффективность CAR-Т-клеток повышается за счет совместной экспрессии в Т-клетках CAR и ингибирующего мембранного белка (IMP), содержащего домен связывания (или димеризации), как описано в публикации РСТ WO 2016/055551 и Публикации США №2017/0292118. CAR и IMP, оба реагируют на растворимое соединение, особенно через второй связывающий домен, содержащийся в CAR, допуская таким образом совместную локализацию путем димеризации или распознавания лиганда ингибирующего сигнального домена, переносимого IMP, и домена сигнальной трансдукции, переносимого CAR, с получением эффекта выключения активации CAR. Ингибирующий сигнальный домен предпочтительно представляет собой белок 1 программируемой смерти (PD-1), который ослабляет опосредованную Т-клеточным рецептором (TCR) активацию продукции IL-2 и пролиферацию Т-клеток.

В другом варианте осуществления терапевтическая эффективность CAR-T-клеток повышается с использованием системы, в которой при добавлении низкомолекулярных соединений получают контролируемые изменения конформации внеклеточной части CAR, содержащей антигенсвязывающий домен, как описано в публикации PCT WO 2017/032777. Эта интегрированная система переключает взаимодействие между антигеном и антигенсвязывающим доменом между состояниями включения/выключения. Будучи способными контролировать конформацию внеклеточной части CAR, можно непосредственно модулировать нижестоящие функции CAR-T-клетки, такие как цитотоксичность. Таким образом, CAR может быть охарактеризован тем, что он включает: a) по меньшей мере, один эктодомен, который содержит: i) внеклеточный антигенсвязывающий домен; и ii) домен переключения, содержащий по меньшей мере первый домен, связывающий мультимеризующий лиганд, и домен, связывающий второй мультимеризующий лиганд, которые способны связываться с заранее определенным поливалентным лигандом с образованием мультимера, содержащего указанные два домена связывания и поливалентный лиганд, с которым они способны к связыванию; b) по меньшей мере, один трансмембранный домен; и c) по меньшей мере, один эндодомен, содержащий домен сигнальной трансдукции, и, необязательно, костимулирующий домен; где домен переключения расположен между внеклеточным антигенсвязывающим доменом и трансмембранным доменом.

Амфифильные конъюгаты

A. Обзор

Была разработана технология амфифильных вакцин, которая включает связывание адъювантов или антигенов (например, пептидов) с липофильными полимерными хвостами, что способствует локализации вакцин в лимфатическом узле (Liu et al. (2014) Nature 507: 519-522). Такие амфифильные антигены (например, амф-пептиды) также способны встраиваться в клеточные мембраны (см., например, Liu et al. (2011) Angewandte Chemie-Intl. Ed. 50: 7052-7055). Соответственно, настоящее изобретение относится к амфифильным конъюгатам, содержащим лиганд CAR, для использования в стимуляции, наращивании и активации эффекторных клеток с CAR (например, CAR-T-клеток).

В некоторых вариантах осуществления амфифильные конъюгаты по изобретению используются с терапией с использованием клеток, экспрессирующих химерный антигенный рецептор (CAR) (например, CAR-T-клеточная терапия). В некоторых вариантах осуществления амфифильные конъюгаты по изобретению стимулируют специфический иммунный ответ против конкретной мишени, такой как опухолеассоциированный антиген. В некоторых вариантах осуществления амфифильные конъюгаты по настоящему изобретению стимулируют пролиферацию экспрессирующих CAR клеток (например, CAR-T-клеток) in vivo. В некоторых вариантах осуществления амфифильные конъюгаты по настоящему изобретению содержат лиганд CAR, называемый в настоящем описании как конъюгат амфифильного лиганда. В некоторых вариантах осуществления амфифильный конъюгат содержит иммуностимулирующий олигонуклеотид и упоминается в настоящем описании как амфифильный олигонуклеотидный конъюгат.

Как показано на Фигуре 1А, раскрыто разнообразие структур конъюгатов амфифильных лигандов, в которых липофильный фрагмент или «липидный хвост» (например, DSPE) связан (например, ковалентно связан) через линкер (например, PEG-2000) с лигандом CAR. Модульность этой конструкции позволяет использовать различные лиганды, включая, но не ограничиваясь ими, низкомолекулярные соединения (например, FITC), короткие пептиды (например, линейный пептид, обеспечивающий эпитоп, специфичный для CAR), или модульные белковые домены (например, свернутый полипептид или полипептидный фрагмент, обеспечивающий конформационный эпитоп, специфичный для CAR), который должен быть связан с липидом (например, ковалентно), что приводит к получению конъюгатов амфифильного лиганда с индивидуальной специфичностью.

Не ограничиваясь какой-либо теорией, конъюгат амфифильного лиганда по изобретению, как полагают, доставляется главным образом в лимфатические узлы, где липидная хвостовая часть встраивается в мембрану антигенпрезентирующих клеток (APC), что приводит к декорированию APC лигандом CAR. (Фигура 1B). Встроенные лиганды CAR функционируют в качестве специфических мишеней для CAR, экспрессируемых на поверхности клеток, экспрессирующих CAR (например, CAR-T-клеток) (которые вводят до, после или совместно с конъюгатом амфифильного лиганда по изобретению), что приводит к рекрутированию клеток, экспрессирующих CAR, к АРС, декорированным лигандом CAR. Взаимодействие CAR со встроенным лигандом CAR обеспечивает стимулирующий сигнал через CAR, в то время как APC дополнительно презентируют другие встречающиеся в природе костимулирующие сигналы, что приводит к оптимальной активации клеток, экспрессирующих CAR, длительному выживанию и эффективному формированию памяти.

B. Липидные конъюгаты

В некоторых вариантах осуществления липидный конъюгат (например, амфифильный конъюгат), как описано в US 2013/0295129, включенном в настоящее описание посредством ссылки, используется в способах, раскрытых в настоящем описании. В некоторых вариантах осуществления липидный конъюгат содержит гидрофобный хвост, который встраивается в клеточную мембрану. В некоторых вариантах осуществления липидный конъюгат содержит альбумин-связывающий липид для эффективного направления конъюгата к лимфатическим узлам in vivo. В некоторых вариантах осуществления липидный конъюгат содержит альбумин-связывающий липид, содержащий гидрофобный хвост, где гидрофобный хвост встраивается в клеточную мембрану, и где конъюгат эффективно направляется к лимфатическим узлам in vivo. В некоторых вариантах осуществления липидные конъюгаты связываются с эндогенным альбумином, который направляет их в лимфатические и дренирующие лимфатические узлы, где они накапливаются вследствие фильтрации альбумина антигенпрезентирующими клетками. В некоторых вариантах осуществления липидный конъюгат включает антигенный пептид или молекулярный адъювант и тем самым индуцирует или усиливает устойчивый иммунный ответ. В некоторых вариантах осуществления липидный конъюгат включает лиганд CAR и, таким образом, индуцирует или усиливает экспансию, пролиферацию и/или активацию клеток, экспрессирующих CAR (например, эффекторных клеток с CAR, например CAR-T-клеток). Липидные конъюгаты, содержащие лиганд CAR, называют «конъюгатами амфифильного лиганда», как определено выше.

В некоторых вариантах осуществления липидные конъюгаты, эффективно направляемые к лимфатическим узлам, называют «конъюгатами для нацеливания на лимфатические узлы». В некоторых вариантах осуществления конъюгаты, нацеленные на лимфатические узлы, содержат высоколипофильный альбумин-связывающий домен (например, альбумин-связывающий липид) и карго, такой как лиганд CAR или молекулярный адъювант. В некоторых вариантах осуществления конъюгаты, нацеленные на лимфатические узлы, включают три домена: высоколипофильный альбумин-связывающий домен (например, альбумин-связывающий липид), карго, такой как лиганд CAR или молекулярный адъювант, и полярный блок-линкер, который способствует растворимости конъюгата и снижает способность липида встраиваться в клеточные плазматические мембраны. Соответственно, в некоторых вариантах осуществления общая структура конъюгата представляет собой LPC, где «L» представляет собой альбумин-связывающий липид, «P» представляет собой полярный блок, а «C» представляет собой карго, такой как лиганд CAR или молекулярный адъювант. В некоторых вариантах осуществления сам карго также может служить в качестве домена полярного блока, и отдельный домен полярного блока не требуется. Следовательно, в некоторых вариантах осуществления конъюгат имеет только два домена: альбумин-связывающий липид и карго.

В некоторых вариантах осуществления карго конъюгата представляет собой лиганд CAR, в результате чего получается конъюгат амфифильного лиганда. В некоторых вариантах осуществления конъюгат амфифильного лиганда вводят или включают в состав с адъювантом, где адъювант представляет собой амфифильный лиганд, содержащий молекулярный адъювант, такой как иммуностимулирующий олигонуклеотид или пептидный антиген, в качестве карго.

(i) Липиды

В некоторых вариантах осуществления липидный компонент амфифильных конъюгатов содержит гидрофобный хвост. В некоторых вариантах осуществления гидрофобный хвост встраивается в клеточную мембрану. В некоторых вариантах осуществления липид является линейным, разветвленным или циклическим. В некоторых вариантах осуществления длина липида составляет более чем 12 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 13 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 14 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 15 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 16 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 17 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 18 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 19 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 20 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 21 атом углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 22 атома углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 23 атома углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 24 атома углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 25 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 26 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 27 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 28 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 29 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину 30 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления липид имеет длину по меньшей мере 17-18 атомов углерода, но может быть короче, если он демонстрирует хорошее связывание альбумина и адекватное нацеливание на лимфатические узлы.

Конъюгаты, нацеленные на лимфатический узел, включают конъюгаты амфифильного лиганда и амфифильные олигонуклеотидные конъюгаты, которые могут доставляться из места доставки через лимфу в лимфатический узел. В некоторых вариантах осуществления активность частично зависит от способности конъюгата связываться с альбумином в крови пациента. Следовательно, конъюгаты, нацеленные на лимфатический узел, обычно включают липид, который может связываться с альбумином в физиологических условиях. Липиды, подходящие для нацеливания на лимфатический узел, могут быть выбраны на основе способности липида или липидного конъюгата, включая липид, связываться с альбумином. Подходящие способы тестирования способности липида или липидного конъюгата связываться с альбумином известны в данной области.

Например, в некоторых вариантах осуществления множеству липидных конъюгатов дают возможность самопроизвольно образовывать мицеллы в водном растворе. Мицеллы инкубируют с альбумином или раствором, включающим альбумин, таким как фетальная бычья сыворотка (FBS). Образцы можно анализировать, например, с помощью ИФА, эксклюзионной хроматографии или другими методами, чтобы определить, произошло ли связывание. Липидные конъюгаты могут быть выбраны в качестве конъюгатов, нацеленных на лимфатические узлы, если в присутствии альбумина или раствора, включающего альбумин, такого как фетальная бычья сыворотка (FBS), мицеллы диссоциируют, а липидные конъюгаты связываются с альбумином, как обсуждалось выше.

Примеры предпочтительных липидов для использования в липидных конъюгатах, нацеленных на лимфатические узлы, включают, но не ограничиваются ими, жирные кислоты с алифатическими хвостами из 8-30 атомов углерода, включая, но не ограничиваясь этим, линейные ненасыщенные и насыщенные жирные кислоты, разветвленные насыщенные и ненасыщенные жирные кислоты и производные жирных кислот, такие как сложные эфиры жирных кислот, амиды жирных кислот и тиоэфиры жирных кислот, диациллипиды, холестерин, производные холестерина и стероидные кислоты, такие как желчные кислоты, липид А или их комбинации. В некоторых вариантах осуществления липид является насыщенным. В некоторых вариантах осуществления липид содержит, по меньшей мере, один липидный хвост, содержащий 8-30, 12-30, 15-25 или 16-20 атомов углерода.

В некоторых вариантах осуществления липид представляет собой диациллипид или липид с двумя хвостами. В некоторых вариантах осуществления хвосты в диациллипиде содержат примерно от 8 примерно до 30 атомов углерода и могут быть насыщенными, ненасыщенными или их комбинациями. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит примерно от 8 примерно до 30 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 12 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 13 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 14 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 15 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 16 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 17 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 18 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 19 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 20 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 21 атом углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 22 атома углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 23 атома углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 24 атома углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 25 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 26 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 27 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 28 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 29 атомов углерода. В некоторых вариантах осуществления диациллипид является насыщенным, и каждый хвост содержит 30 атомов углерода. Хвосты могут быть связаны с головной группой через сложноэфирные связи, амидные связи, тиоэфирные связи или их комбинации. В конкретном варианте осуществления диациллипиды представляют собой фосфатные липиды, гликолипиды, сфинголипиды или их комбинации.

В некоторых вариантах осуществления липид представляет собой 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE). В некоторых вариантах осуществления диациллипид синтезируют, как описано в US 9107904, включенном в настоящее описание посредством ссылки в полном объеме. В некоторых вариантах осуществления диациллипид синтезируют, как указано ниже:

Предпочтительно, конъюгаты, нацеленные на лимфатические узлы, включают липид, который имеет длину 8 или более углеродных единиц. Считается, что увеличение количества липидных единиц может уменьшить вставку липида в плазматическую мембрану клеток, позволяя липидному конъюгату оставаться свободным, чтобы связывать альбумин и осуществлять доставку к лимфатическому узлу.

Например, в некоторых вариантах осуществления липид может представлять собой диациллипид, состоящий из двух С18-углеводородных хвостов. В некоторых вариантах осуществления липид, предназначенный для использования для получения липидных конъюгатов, нацеленных на лимфатические узлы, не является углеводородом с одной цепью (например, С18).

(ii) Молекулярные адъюванты

В некоторых вариантах осуществления амфифильные олигонуклеотидные конъюгаты используют с конъюгатом амфифильного лиганда. Олигонуклеотидные конъюгаты обычно содержат иммуностимулирующий олигонуклеотид.

В некоторых вариантах осуществления иммуностимулирующий олигонуклеотид может служить в качестве лиганда для образ-распознающих рецепторов (PRR). Примеры PRR включают Toll-подобное семейство сигнальных молекул, которые играют роль в инициации врожденных иммунных ответов, а также влияют на более поздние и более антигенспецифические адаптивные иммунные ответы. Следовательно, олигонуклеотид может служить лигандом для сигнальной молекулы Toll-подобного семейства, такой как Toll-подобный рецептор 9 (TLR9).

Например, неметилированные сайты CpG могут быть обнаружены с помощью TLR9 на плазмоцитоидных дендритных клетках и В-клетках у человека (Zaida, et al., Infection and Immunity, 76 (5): 2123-2129, (2008)). Следовательно, последовательность олигонуклеотида может включать один или более неметилированных цитозин-гуаниновых (CG или CpG, используемых взаимозаменяемо) динуклеотидных мотивов. «P» относится к фосфодиэфирному остову ДНК, как более подробно обсуждается ниже, причем некоторые олигонуклеотиды, включая CG, могут иметь модифицированный остов, например, фосфоротиоатный (PS) остов.

В определенных вариантах осуществления иммуностимулирующий олигонуклеотид может содержать более чем один CG-динуклеотид, которые располагаются либо смежно, либо разделены промежуточным нуклеотидом (нуклеотидами). Мотив (мотивы) CpG может располагаться внутри олигонуклеотидной последовательности. Многочисленные нуклеотидные последовательности стимулируют TLR9 с вариациями количества и расположения динуклеотида (динуклеотидов) CG, а также точных последовательностей оснований, фланкирующих димеры CG.

Как правило, CG ODN классифицируют на основании их последовательности, вторичных структур и влияния на мононуклеарные клетки периферической крови человека (PBMC). Пять классов представляют собой класс A (тип D), класс B (тип K), класс C, класс P и класс S (Vollmer, J & Krieg, AM, Advanced drug delivery reviews 61 (3): 195-204 (2009), включено в настоящее описание посредством ссылки). CG ODN могут стимулировать выработку интерферонов типа I (например, IFNα) и индуцировать созревание дендритных клеток (DC). Некоторые классы ODN также являются сильными активаторами клеток-натуральных киллеров (NK) посредством непрямой передачи сигналов цитокинов. Некоторые классы являются сильными стимуляторами созревания В-клеток и моноцитов человека (Weiner, GL, PNAS USA 94 (20): 10833-7 (1997); Dalpke, AH, Immunology 106 (1): 102-12 (2002); Hartmann, G, J of Immun. 164 (3): 1617-2 (2000), каждая из которых включена в настоящее описание посредством ссылки).

Согласно некоторым вариантам осуществления олигонуклоетидный конъюгат липофильного-CpG используется для усиления иммунного ответа на антиген. Липофильный CpG-олигонуклеотид представлен следующим образом, где «L» представляет собой липофильное соединение, такое как диациллипид, «Gn» представляет собой линкер в виде гуанинового повтора, а «n» равно 1, 2, 3, 4 или 5.

5'-L-GnTCCATGACGTTCCTGACGTT-3'

Другие PRR Toll-подобные рецепторы включают TLR3 и TLR7, которые могут распознавать двухцепочечную РНК, одноцепочечную и короткую двухцепочечную РНК, соответственно, и рецепторы, подобные гену 1, индуцируемому ретиноевой кислотой (RIG-I), а именно RIG-I и ген 5, ассоциированный с дифференцировкой меланомы (MDA5), которые наиболее известны как РНК-чувствительные рецепторы в цитозоле. Следовательно, в некоторых вариантах осуществления олигонуклеотид содержит функциональный лиганд для TLR3, TLR7 или RIG-I-подобных рецепторов или их комбинаций.

Примеры иммуностимулирующих олигонуклеотидов и способы их получения известны в данной области, см., например, Bodera, P. Recent Pat Inflamm Allergy Drug Discov. 5 (1): 87-93 (2011), которая включена в настоящее описание посредством ссылки.

В некоторых вариантах осуществления олигонуклеотидный карго включает две или более иммуностимулирующих последовательностей.

Длина олигонуклеотида может составлять от 2 до 100 нуклеотидных оснований, включая, например, 5 нуклеотидных оснований в длину, 10 нуклеотидных оснований в длину, 15 нуклеотидных оснований в длину, 20 нуклеотидных оснований в длину, 25 нуклеотидных оснований в длину, 30 нуклеотидных оснований в длину, 35 нуклеотидных оснований в длину, 40 нуклеотидных оснований в длину, 45 нуклеотидных оснований в длину, 50 нуклеотидных оснований в длину, 60 нуклеотидных оснований в длину, 70 нуклеотидных оснований в длину, 80 нуклеотидных оснований в длину, 90 нуклеотидных оснований в длину 95 нуклеотидных оснований в длину, 98 нуклеотидных оснований в длину, 100 нуклеотидных оснований в длину или более.

3'-конец или 5'-конец олигонуклеотидов может быть конъюгирован с полярным блоком или липидом. В некоторых вариантах осуществления 5'-конец олигонуклеотида связан с полярным блоком или липидом.

Олигонуклеотидами могут быть нуклеотиды ДНК или РНК, которые обычно включают гетероциклическое основание (основание нуклеиновой кислоты), сахарный фрагмент, присоединенный к гетероциклическому основанию, и фосфатный фрагмент, который этерифицирует гидроксильную группу сахарного фрагмента. Основные встречающиеся в природе нуклеотиды включают урацил, тимин, цитозин, аденин и гуанин в качестве гетероциклических оснований и сахара рибозу или дезоксирибозу, связанные фосфодиэфирными связями. В некоторых вариантах осуществления олигонуклеотиды состоят из аналогов нуклеотидов, которые были химически модифицированы для улучшения стабильности, периода полужизни или специфичности или аффинности к рецептору-мишени по сравнению с аналогом ДНК или РНК. Химические модификации включают химическую модификацию нуклеиновых оснований, сахарных фрагментов, нуклеотидных связей или их комбинации. Используемый в настоящем описании термин «модифицированный нуклеотид» или «химически модифицированный нуклеотид» определяет нуклеотид, который имеет химическую модификацию одного или более компонентов гетероциклического основания, сахарного фрагмента или фосфатного фрагмента. В некоторых вариантах осуществления заряд модифицированного нуклеотида снижается по сравнению с олигонуклеотидами ДНК или РНК той же нуклеотидной последовательности. Например, олигонуклеотид может иметь низкий отрицательный заряд, отсутствие заряда или положительный заряд.

Как правило, нуклеозидные аналоги поддерживают основания, способные к водородному связыванию путем спаривания оснований Уотсона-Крика со стандартными полинуклеотидными основаниями, где аналоговый остов представляет основания таким образом, чтобы позволить такое водородное связывание специфичным для последовательности образом между молекулой-аналогом олигонуклеотида и основаниями в стандартном полинуклеотиде (например, одноцепочечная РНК или одноцепочечная ДНК). В некоторых вариантах осуществления аналоги имеют по существу незаряженный фосфорсодержащий остов.

(iii) Лиганд химерного антигенного рецептора

В некоторых вариантах осуществления лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой антигенный белок или полипептид, такой как опухолеассоциированный антиген или его часть. В некоторых вариантах осуществления лиганд CAR представляет собой низкомолекулярное соединение, пептидный или белковый домен или его фрагмент. В некоторых вариантах осуществления лиганд связывается с CAR на клетках, экспрессирующих CAR (например, CAR-T-клетки). Соответственно, способы и композиции, описанные в настоящем документе, используют конъюгат амфифильного лиганда, комплементарный клетке, экспрессирующей CAR (например, CAR-T-клетке). В некоторых вариантах осуществления лиганд CAR связывается с любым из CAR, описанных выше.

В некоторых вариантах осуществления пептид состоит из 2-100 аминокислот, включая, например, 5 аминокислот, 10 аминокислот, 15 аминокислот, 20 аминокислот, 25 аминокислот, 30 аминокислот, 35 аминокислот, 40 аминокислот, 45 аминокислоты или 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления пептид содержит более чем 50 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления пептид содержит > 100 аминокислот.

В некоторых вариантах белок/пептид является линейным, разветвленным или циклическим. В некоторых вариантах осуществления пептид включает D-аминокислоты, L-аминокислоты или их комбинацию. В некоторых вариантах осуществления пептид или белок конъюгированы с полярным блоком или липидом на N-конце или С-конце пептида или белка.

В некоторых вариантах осуществления белок или полипептид может представлять собой любой белок или пептид, который может индуцировать или усиливать способность иммунной системы вырабатывать антитела и Т-клеточные ответы на белок или пептид. Опухолевый антиген представляет собой антиген, который обычно экспрессируется преимущественно опухолевыми клетками (то есть он экспрессируется на более высоких уровнях в опухолевых клетках, чем на не опухолевых клетках), и в некоторых случаях он экспрессируется исключительно опухолевыми клетками. Опухолевый антиген может быть экспрессирован в опухолевой клетке или на поверхности опухолевой клетки. Опухолевым антигеном может быть, но не ограничиваясь этим, CD19, TRP-1, TRP-2, MART-1/Melan-A, gp100, аденозин-деаминаза-связывающий белок (ADAbp), FAP, циклофилин b, колоректальный ассоциированный антиген (CRC) -C017-1A/GA733, карциноэмбриональный антиген (CEA), CAP-1, CAP-2, etv6, AML1, простата-специфический антиген (PSA), PSA-1, PSA-2, PSA-3, простата-специфический мембранный антиген (PSMA), Т-клеточный рецептор/CD3-дзета-цепь и CD20. Опухолевый антиген может быть выбран из группы, состоящей из MAGE-A1, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A5, MAGE-A6, MAGE-A7, MAGE-A8, MAGE-A9, MAGE-A10, MAGE-A11, MAGE-A12, MAGE-Xp2 (MAGE-B2), MAGE-Xp3 (MAGE-B3), MAGE-Xp4 (MAGE-B4), MAGE-C1, MAGE-C2, MAGE-C3, MAGE- C4, MAGE-05), GAGE-1, GAGE-2, GAGE-3, GAGE-4, GAGE-5, GAGE-6, GAGE-7, GAGE-8, GAGE-9, BAGE, RAGE, LAGE-1, NAG, GnT-V, MUM-1, CDK4, тирозиназы, p53, семейства MUC, HER2/neu, p21ras, RCAS1, α-фетопротеина, E-кадгерина, α-катенина, β-катенина, γ-катенина, p120ctn, gp100Pmel117, PRAME, NY-ESO-1, cdc27, белка аденоматозного полипоза кишечника (APC), фодрина, Connexin 37, Ig-идиотипа, p15, gp75, ганглиозида GM2, ганглиозида GD2, белков вируса папилломы человека, семейства Smad опухолевых антигенов, lmp-1, P1A, EBV-кодируемого ядерного антигена (EBNA)-1, гликогенфосфорилазы мозга, SSX-1, SSX-2 (HOM-MEL-40), SSX-1, SSX-4, SSX-5, SCP- 1 и CT-7, CD20 или c-erbB-2.

В некоторых вариантах осуществления способы и композиции по настоящему изобретению используются в комбинации с суспензией Kymriah™ (tisagenlecleucel; Novartis) для внутривенной инфузии, ранее CTL019. Например, в одном варианте осуществления композиция по настоящему изобретению содержит конъюгат амфифильного лиганда, в котором лиганд CAR представляет собой CD19, или его антигенную часть. Такие композиции можно вводить пациентам в комбинации с CD19-специфичной CAR-T-клеткой (например, популяцией CD19-специфических CAR-T-клеток), такой как Kymriah™ (tisagenlecleucel; Novartis), для лечения онкологического заболевания, например, B-клеточного острого лимфобластного лейкоза (ALL).

Подходящие антигены известны в данной области и доступны из коммерческих правительственных и научных источников. В некоторых вариантах осуществления антигены представляют собой цельные инактивированные или облученные опухолевые клетки. Антигены могут быть очищенными или частично очищенными полипептидами, полученными из опухолей. Антигенами могут быть рекомбинантные полипептиды, продуцируемые путем экспрессии ДНК, кодирующей полипептидный антиген, в гетерологичной системе экспрессии. Антигенами могут быть ДНК, кодирующие антигенный белок целиком или частично. ДНК может быть в форме векторной ДНК, такой как плазмидная ДНК.

В некоторых вариантах осуществления антигены могут быть предоставлены в виде одиночных антигенов или могут быть предоставлены в комбинации. Антигены также могут быть предоставлены в виде сложных смесей полипептидов или нуклеиновых кислот.

В некоторых вариантах осуществления лиганд CAR конъюгата амфифильного лиганда представляет собой метку, которая связывается с CAR, содержащим домен связывания метки, как описано выше. В некоторых вариантах осуществления метка представляет собой изотиоцианат флуоресцеина (FITC), стрептавидин, биотин, динитрофенол, перидинин-хлорофилл- белковый комплекс, зеленый флуоресцентный белок, фикоэритрин (РЕ), пероксидазу хрена, пальмитоилирование, нитрозилирование, щелочную фосфатазу, глюкозооксидазу, или мальтоза-связывающий белок.

В некоторых вариантах осуществления CAR включает в себя опухолевый антигенсвязывающий домен, и лиганд CAR представляет собой опухолевый антиген или его фрагмент. В некоторых вариантах осуществления CAR содержит домен связывания метки (например, AT-CAR), и лиганд CAR является меткой. В некоторых вариантах осуществления CAR является тандемным CAR, и лиганд CAR связывается по меньшей мере с одним из антигенсвязывающих доменов, присутствующих в тандемном CAR. В некоторых вариантах осуществления CAR является биспецифическим и содержит опухолевый антигенсвязывающий домен и домен связывания метки, а лиганд CAR является меткой. В некоторых вариантах осуществления CAR является биспецифическим и содержит опухолевый антигенсвязывающий домен и домен связывания метки, а лиганд CAR является опухолевым антигеном или его фрагментом. В некоторых вариантах осуществления CAR содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен, а лиганд CAR является первым или вторым опухолеассоциированным антигеном.

(iv) Полярный блок/линкер

Чтобы конъюгат эффективно доставлялся в лимфатический узел, конъюгат должен оставаться растворимым. Следовательно, в некоторых вариантах осуществления между карго и липидом включен полярный блок-линкер для повышения растворимости конъюгата. Полярный блок уменьшает или предотвращает способность липида встраиваться в плазматическую мембрану клеток, таких как клетки в ткани, прилегающей к месту инъекции. Полярный блок также может снижать или предотвращать способность карго, таких как синтетические олигонуклеотиды, содержащие остов PS, неспецифически связываться с белками внеклеточного матрикса в месте введения. В некоторых вариантах осуществления полярный блок увеличивает растворимость конъюгата, не препятствуя его способности связываться с альбумином. Считается, что эта комбинация характеристик позволяет конъюгату связываться с альбумином, присутствующим в сыворотке или интерстициальной жидкости, и оставаться в кровотоке до тех пор, пока альбумин не будет доставлен и сохранен в лимфатическом узле. В некоторых вариантах осуществления карго функционирует как полярный блок, и поэтому отдельный полярный блок не требуется.

Длина и состав полярного блока могут быть отрегулированы на основе выбранного липида и карго. Например, для олигонуклеотидных конъюгатов сам олигонуклеотид может быть достаточно полярным, чтобы обеспечить растворимость конъюгата, например, олигонуклеотиды, которые имеют длину 10, 15, 20 или более нуклеотидов. Следовательно, в некоторых вариантах осуществления не требуется никакого дополнительного полярного блока-линкера. Однако в зависимости от аминокислотной последовательности некоторые липидированные пептиды могут быть практически нерастворимыми. В этих случаях может быть желательно включить полярный блок, который имитирует эффект полярного олигонуклеотида.

В некоторых вариантах осуществления полярный блок используется в качестве части любого из липидных конъюгатов, подходящих для использования в способах, раскрытых в настоящем описании, например, амфифильные олигонуклеотидные конъюгаты и конъюгаты амфифильного лиганда, которые уменьшают вставку в клеточную мембрану/предпочтительное разделение по альбумину. В некоторых вариантах осуществления подходящие полярные блоки включают, но не ограничиваются ими, олигонуклеотиды, такие как обсуждаемые выше, гидрофильный полимер, включающий, но не ограничиваясь этим, поли (этиленгликоль) (MW: от 500 Да до 20000 Да), полиакриламид (MW: 500 Да до 20000 Да), полиакриловая кислота; ряд гидрофильных аминокислот, таких как серин, треонин, цистеин, тирозин, аспарагин, глутамин, аспарагиновая кислота, глутаминовая кислота, лизин, аргинин, гистидин или их комбинации, полисахариды, включая, но не ограничиваясь этим, декстран (MW: 1000 Да до 2 000 000 Да) или их комбинации.

В некоторых вариантах осуществления полярный блок, будь то отдельный компонент или сам карго, обеспечивает растворимость для всего липидного конъюгата на основе молекулярной массы полярного блока. Например, в некоторых вариантах осуществления полярный блок, имеющий молекулярную массу 2000 Да, является достаточным для того, чтобы сделать липидный конъюгат растворимым для связывания альбумина. В некоторых вариантах осуществления полярный блок имеет молекулярную массу примерно от 300 примерно до 20000 Да. В некоторых вариантах осуществления полярный блок имеет молекулярную массу примерно от 1000 примерно до 15000 Да. В некоторых вариантах осуществления полярный блок имеет молекулярную массу примерно от 1500 примерно до 10000 Да. В некоторых вариантах осуществления полярный блок имеет молекулярную массу примерно от 2000 примерно до 5000 Да. В некоторых вариантах осуществления полярный блок имеет молекулярную массу примерно от 1000 примерно до 2500 Да. В некоторых вариантах осуществления полярный блок имеет молекулярную массу примерно от 1000 примерно до 3000 Да. В некоторых вариантах осуществления полярный блок имеет молекулярную массу примерно от 1000 примерно до 3500 Да. В некоторых вариантах осуществления полярный блок имеет молекулярную массу примерно от 1000 примерно до 4000 Да. В некоторых вариантах осуществления полярный блок имеет молекулярную массу примерно от 1000 примерно до 5000 Да. В некоторых вариантах осуществления полярный блок имеет молекулярную массу примерно от 5000 примерно до 10000 Да. В некоторых вариантах осуществления полярный блок имеет молекулярную массу примерно от 15000 примерно до 20000 Да.

В некоторых вариантах осуществления гидрофобный липид и линкер/карго ковалентно связаны. В некоторых вариантах осуществления ковалентная связь представляет собой нерасщепляемую связь или расщепляемую связь. В некоторых вариантах осуществления нерасщепляемая связь включает амидную связь или фосфатную связь, а расщепляемая связь включает дисульфидную связь, связь, расщепляемую кислотой, сложноэфирную связь, ангидридную связь, биодеградируемую связь или расщепляемую ферментом связь.

a. Этиленгликолевые линкеры

В некоторых вариантах осуществления полярный блок представляет собой одну или более единиц этиленгликоля (EG), более предпочтительно две или более единиц EG (то есть полиэтиленгликоль (PEG)). Например, в некоторых вариантах осуществления липидный конъюгат включает карго (то есть, лиганд CAR или молекулярный адъювант) и гидрофобный липид, связанный молекулой полиэтиленгликоля (PEG) или его производным или аналогом.

В некоторых вариантах осуществления липидные конъюгаты, подходящие для использования в способах, раскрытых в настоящем документе, содержат лиганд CAR, связанный с PEG, который, в свою очередь, связан с гидрофобным липидным конъюгатом или конъюгатом липид-Gn-ON, либо ковалентно, либо посредством образования белок-олиго-конъюгатов, которые гибридизуются с олиго-мицеллами. Точное количество единиц EG зависит от липида и карго, однако обычно полярный блок может иметь примерно от 1 примерно до 100, примерно от 20 примерно до 80, примерно от 30 примерно до 70 или примерно от 40 примерно до 60 единиц EG. В некоторых вариантах осуществления полярный блок содержит примерно от 45 до 55 единиц EG. Например, в некоторых вариантах осуществления полярный блок содержит 48 единиц EG.

В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 300-20000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 1000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 1500 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 2000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 2500 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 3000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 3500 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 4000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 5000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 6000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 7000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 8000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 9000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 10000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 11000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 12000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 13000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 14000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 15000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 16000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 17000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 18000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 19000 дальтон. В некоторых вариантах осуществления молекула PEG имеет молекулярную массу примерно 20000 дальтон.

b. Олигонуклеотидные линкеры

Как обсуждалось выше, в определенных вариантах осуществления полярный блок представляет собой олигонуклеотид. Полярный блок-линкер может иметь любую последовательность, например, последовательность олигонуклеотида может быть случайной последовательностью или последовательностью, специально выбранной для ее молекулярных или биохимических свойств (например, высокополярной). В некоторых вариантах осуществления полярный блок-линкер включает одну или более последовательностей последовательно расположенных аденина (A), цитозина (C), гуанина (G), тимина (T), урацила (U) или их аналогов. В некоторых вариантах осуществления полярный блок-линкер состоит из ряда последовательно расположенных аденина (A), цитозина (C), гуанина (G), тимина (T), урацила (U) или их аналогов.

В некоторых вариантах осуществления линкер представляет собой один или более гуанинов, например от 1 до 10 гуанинов. Было обнаружено, что изменение количества гуанинов между карго, таким как олигонуклеотид CpG, и липидным хвостом контролирует стабильность мицелл в присутствии белков сыворотки. Следовательно, количество гуанинов в линкере может быть выбрано на основании желаемой аффинности конъюгата к сывороточным белкам, таким как альбумин. Когда карго представляет собой иммуностимулирующий олигонуклеотид CpG, а липидный хвост представляет собой диациллипид, количество гуанинов влияет на способность мицелл, образующихся в водном растворе, диссоциировать в присутствии сыворотки: 20% нестабилизированных мицелл (липо-G₀T₁₀-CG) были интактными, в то время как оставшиеся 80% были разрушены и связаны с компонентами FBS. В присутствии гуанинов процент интактных мицелл увеличивался с 36% (липо-G₂T₈-CG) до 73% (липо-G₄T₆-CG) и, наконец, достигал 90% (липо-G₆T₄-CG). Увеличение количества гуанинов до восьми (липо-G₈T₂-CG) и десяти (липо-G₁₀T₀-CG) не привело к дальнейшему повышению стабильности мицелл.

Следовательно, в некоторых вариантах осуществления линкер в конъюгате для нацеливания на лимфатический узел, подходящий для использования в способах, раскрытых в настоящем описании, может включать 0, 1 или 2 гуанина. Как более подробно обсуждается ниже, линкеры, которые включают 3 или более последовательно расположенных гуанинов, могут быть использованы для образования мицеллостабилизирующих конъюгатов со свойствами, которые подходят для использования в способах, раскрытых в настоящем описании.

C. Иммуногенные Композиции

Липидные конъюгаты, подходящие для использования в способах, раскрытых в настоящем документе, можно использовать в иммуногенных композициях или в качестве компонентов в вакцинах. Как правило, иммуногенные композиции, раскрытые в настоящем описании, включают адъювант, антиген или их комбинацию. Комбинация адъюванта и антигена может называться вакциной. При введении пациенту в комбинации адъювант и антиген можно вводить в отдельных фармацевтических композициях или их можно вводить вместе в одной и той же фармацевтической композиции. При введении в комбинации адъювант может представлять собой липидный конъюгат, антиген может представлять собой липидный конъюгат или адъювант и антиген могут представлять собой липидные конъюгаты.

В некоторых вариантах осуществления иммуногенная композиция, подходящая для использования в раскрытых в настоящем описании способах, включает конъюгат амфифильного лиганда, вводимый индивидуально или в комбинации с адъювантом. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой, без ограничения, квасцы (например, гидроксид алюминия, фосфат алюминия); сапонины, очищенные из коры дерева Q. saponaria, такие как QS21 (гликолипид, который элюируется в 21-м пике с помощью фракционирования ВЭЖХ; Antigenics, Inc., Worcester, MA); поли [ди (карбоксилатофенокси) фосфазен (полимер PCPP; Вирусный научно-исследовательский институт, США), лиганд Flt3, фактор элонгации Leishmania (очищенный белок Leishmania; Corixa Corporation, Сиэтл, Вашингтон), ISCOMS (иммуностимулирующие комплексы, содержащие смешанные сапонины, липиды и образуют частицы размером с вирус с порами, которые могут удерживать антиген; CSL, Мельбурн, Австралия), Pam3Cys, SB-AS4 (система адъювантов SmithKline Beecham # 4, которая содержит квасцы и MPL; SBB, Бельгия), неионные блок-сополимеры, которые образуют мицеллы, такие как CRL 1005 (они содержат линейную цепь гидрофобного полиоксипропилена, фланкированную цепями полиоксиэтилена, Vaxcel, Inc., Норкросс, Джорджия) и Montanide IMS (например, IMS 1312, наночастицы на водной основе в сочетании с растворимым иммуностимулятором Seppic).

В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой лиганд TLR, такой как обсуждаемый выше. В некоторых вариантах осуществления адъюванты, которые действуют через TLR3, включают, без ограничения, двухцепочечную РНК. В некоторых вариантах осуществления адъюванты, которые действуют через TLR4, включают, без ограничения, производные липополисахаридов, такие как монофосфориллипид A (MPLA; Ribi ImmunoChem Research, Inc., Hamilton, Mont) и мурамилдипептид (MDP; Ribi) и треонилмурамилдипептид (t-MDP; Ribi); ОМ-174 (дисахарид глюкозамина, связанный с липидом А; OM Pharma SA, Мейрин, Швейцария). В некоторых вариантах осуществления адъюванты, которые действуют через TLR5, включают, без ограничения, флагеллин. В некоторых вариантах осуществления адъюванты, которые действуют через TLR7 и/или TLR8, включают одноцепочечную РНК, олигорибонуклеотиды (ORN), синтетические низкомолекулярные соединения, такие как имидазохинолинамины (например, имиквимод (R-837), ресиквимод (R-848)). В некоторых вариантах осуществления адъюванты, действующие через TLR9, включают ДНК вирусного или бактериального происхождения или синтетические олигодезоксинуклеотиды (ODN), такие как CpG ODN. В некоторых вариантах осуществления другой класс адъювантов представляет собой фосфоротиоатсодержащие молекулы, такие как аналоги фосфоротиоатных нуклеотидов и нуклеиновые кислоты, содержащие фосфоротиоатные основные связи.

В некоторых вариантах осуществления адъювант выбран из масляных эмульсий (например, адъюванта Фрейнда); составов сапонина; виросом и вирусоподобных частиц; бактериальных и микробных производных; иммуностимулирующих олигонуклеотидов; АДФ-рибозилирующих токсинов и детоксифицированных производных; квасцов; БЦЖ; минеральных композиций (например, минеральных солей, таких как соли алюминия и соли кальция, гидроксиды, фосфаты, сульфаты и т. д.); биоадгезивов и/или мукоадгезивов; микрочастиц; липосом; составов полиоксиэтиленового эфира и сложного эфира полиоксиэтилена; полифосфазена; мурамильных пептидов; соединений имидазохинолона; и поверхностно-активных веществ (например, лизолецитина, плюроновых полиолов, полианионов, пептидов, масляных эмульсий, гемоцианина лимфы улитки и динитрофенола).

В некоторых вариантах осуществления адъювант выбран из иммуномодуляторов, таких как цитокины, интерлейкины (например, IL-1, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-12 и т. д.), интерфероны (например, интерферон-гамма), макрофагколониестимулирующий фактор и фактор некроза опухолей.

В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, как описано выше.

В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой агонист STING (STimulator of Interferon Genes (стимулятор генов интерферона)). Сигнальный путь STING в иммунных клетках является центральным медиатором врожденного иммунного ответа и при стимуляции индуцирует экспрессию различных интерферонов, цитокинов и факторов рекрутирования Т-клеток, которые амплифицируют и усиливают иммунную активность. Недавняя работа показала, что агонисты STING являются эффективными адъювантами и эффективно вызывают иммунный ответ, как описано, например, в Dubensky T., et al., Therapeutic Advances in Vaccines, Vol. 1 (4): 131-143 (2013); и Hanson, M., et al., The Journal of Clinical Investigation, Vol. 125 (6): 2532-2546 (2015), настоящим включено посредством ссылки.

В некоторых вариантах осуществления агонист STING представляет собой циклический динуклеотид. В некоторых вариантах осуществления циклические динуклеотиды включают, но не ограничиваются ими, cdAMP, cdGMP, cdIMP, c-AMP-GMP, c-AMP-IMP и c-GMP-IMP и их аналоги, включая, но не ограничиваясь этим, фосфоротиоатные аналоги. В некоторых вариантах осуществления подходящие циклические динуклеотиды для использования в настоящем раскрытии описаны более подробно, например, в патентах США №7709458 и 7592326; WO 2007/054279; US 2014/0205653; и Yan et al. Bioorg. Med. Chem Lett. 18: 5631 (2008), каждая из которых включена в настоящее описание посредством ссылки.

В некоторых вариантах осуществления агонист STING является химически синтезированным. В некоторых вариантах осуществления агонист STING представляет собой аналог встречающегося в природе циклического динуклеотида. Агонисты STING, включая аналоги циклических динуклеотидов, подходящие для использования в раскрытии, представлены в патентах США №7709458 и 7592326; и US 2014/0205653.

Способы получения полипептидов

В некоторых вариантах осуществления полипептиды, описанные в настоящем документе для использования в амфифильных конъюгатах (например, опухолеассоциированные антигены), получают в трансформированных клетках-хозяевах с использованием технологий рекомбинантной ДНК. Для этого получают рекомбинантную молекулу ДНК, кодирующую пептид. Способы получения таких молекул ДНК хорошо известны в данной области. Например, последовательности, кодирующие пептиды, могут быть вырезаны из ДНК с использованием подходящих ферментов рестрикции. Альтернативно, молекула ДНК может быть синтезирована с использованием методов химического синтеза, таких как фосфороамидатный метод. Также можно использовать комбинацию этих методов.

Способы получения полипептидов также включают вектор, способный экспрессировать пептиды в соответствующем хозяине. Вектор содержит молекулу ДНК, которая кодирует пептиды, функционально связанные с соответствующими последовательностями контроля экспрессии. Способы воздействия на это функциональное связывание либо до, либо после того, как молекула ДНК вставлена в вектор, хорошо известны. Последовательности контроля экспрессии включают промоторы, активаторы, энхансеры, операторы, рибосомные нуклеазные домены, старт-сигналы, стоп-сигналы, кэп-сигналы, сигналы полиаденилирования и другие сигналы, связанные с контролем транскрипции или трансляции.

Полученный вектор с молекулой ДНК используется для трансформации соответствующего хозяина. Эта трансформация может быть выполнена с использованием способов, хорошо известных в данной области.

Любая из большого числа доступных и хорошо известных клеток-хозяев может быть подходящей для использования в способах, раскрытых в настоящем описании. Выбор конкретного хозяина зависит от ряда факторов, признанных в данной области. К ним относятся, например, совместимость с выбранным экспрессирующим вектором, токсичность пептидов, кодируемых молекулой ДНК, скорость трансформации, легкость восстановления пептидов, характеристики экспрессии, биобезопасность и стоимость. Баланс этих факторов должен быть достигнут при понимании того, что не все хозяева могут быть одинаково эффективны для экспрессии определенной последовательности ДНК. В рамках этих общих руководящих принципов полезные микробные хозяева включают бактерии (такие как E.coli sp.), дрожжи (такие как Saccharomyces sp.) и другие грибы, насекомые, растения, культуры клеток млекопитающих (включая человека) или другие хозяева, известные в данной области.

Затем трансформированный хозяин культивируют и очищают. Клетки-хозяева могут культивироваться в обычных условиях ферментации, так что экспрессируются желаемые соединения. Такие условия ферментации хорошо известны в данной области. Наконец, пептиды очищают из культуры способами, хорошо известными в данной области.

Соединения также могут быть получены синтетическими способами. Например, могут быть использованы методы твердофазного синтеза. Подходящие методы хорошо известны в данной области и включают методы, описанные в Merrifield (1973), Chem. Polypeptides, pp. 335-61 (Katsoyannis и Panayotis eds.); Merrifield (1963), J. Am. Chem. Soc. 85: 2149; Davis et al. (1985), Biochem. Intl. 10: 394-414; Stewart and Young (1969), Solid Phase Peptide Synthesis; (Пат. США No. 3941763; Finn et al. (1976), The Proteins (3rd ed.) 2: 105-253; и Erickson et al. (1976), The Proteins (3rd ed.) 2: 257-527. Твердофазный синтез является предпочтительным методом получения индивидуальных пептидов, поскольку он является наиболее экономически эффективным методом получения небольших пептидов. Соединения, которые содержат модифицированные пептиды или которые содержат непептидные группы, могут быть синтезированы с помощью хорошо известных методов органической химии.

Другие способы экспрессии/синтеза молекул обычно известны специалистам в данной области.

Молекулы нуклеиновой кислоты, описанные выше, могут содержаться в векторе, который способен направлять их экспрессию, например, в клетке, которая была трансдуцирована этим вектором. Соответственно, помимо полипептидных мутантов экспрессирующие векторы, содержащие молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую мутант, и клетки, трансфецированные этими векторами, входят в число определенных вариантов осуществления.

Векторы, подходящие для использования, включают векторы на основе Т7 для использования в бактериях (см., например, Rosenberg et al., Gene 56: 125, 1987), экспрессирующий вектор pMSXND для использования в клетках млекопитающих (Lee and Nathans, J. Biol. Chem. 263: 3521, 1988), и бакуловирусные векторы (например, экспрессирующий вектор pBacPAKS от Clontech, Palo Alto, CA) для использования в клетках насекомых. Вставки нуклеиновой кислоты, которые кодируют представляющий интерес полипептид в таких векторах, могут быть функционально связаны с промотором, который выбирается на основании, например, типа клеток, в которых предполагается экспрессия. Например, промотор T7 можно использовать в бактериях, промотор полиэдрина можно использовать в клетках насекомых, а промотор цитомегаловируса или металлотионеина можно использовать в клетках млекопитающих. Кроме того, в случае высших эукариот широко доступны тканеспецифичные и специфичные для типа клеток промоторы. Эти промоторы названы так за их способность направлять экспрессию молекулы нуклеиновой кислоты в данном типе ткани или клетки в организме. Опытные специалисты хорошо осведомлены о многочисленных промоторах и других регуляторных элементах, которые можно использовать для направления экспрессии нуклеиновых кислот.

В дополнение к последовательностям, которые облегчают транскрипцию вставленной молекулы нуклеиновой кислоты, векторы могут содержать последовательности начала репликации и другие гены, которые кодируют селектируемый маркер. Например, ген устойчивости к неомицину (neor) придает устойчивость к G418 клеткам, в которых он экспрессируется, и, таким образом, допускает фенотипический отбор трансфецированных клеток. Специалисты в данной области могут легко определить, подходит ли данный регуляторный элемент или селектируемый маркер для использования в конкретном экспериментальном контексте.

Вирусные векторы, которые подходят для использования, включают, например, ретровирусные, аденовирусные и аденоассоциированные векторы, векторы вируса герпеса, вируса обезьяны 40 (SV40) и вирусы бычьей папилломы (см., например, Gluzman (Ed.), Eukaryotic Viral Vectors, CSH Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.).

Прокариотические или эукариотические клетки, которые содержат и экспрессируют молекулу нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептидный мутант, также пригодны для использования. Клетка представляет собой трансфецированную клетку, то есть клетку, в которую молекула нуклеиновой кислоты, например молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая мутантный полипептид, была введена с помощью методов рекомбинантной ДНК. Потомство такой клетки также считается подходящим для использования в способах, раскрытых в настоящем описании.

Точные компоненты экспрессирующей системы не являются критическими. Например, полипептидный мутант может продуцироваться в прокариотическом хозяине, таком как бактерия Е.coli, или в эукариотическом хозяине, таком как клетка насекомого (например, клетка Sf21), или клетках млекопитающих (например, клетки COS, клетки NIH 3T3 или клетки HeLa). Эти клетки доступны из многих источников, включая Американскую коллекцию типовых культур (Манассас, Вирджиния). При выборе экспрессирующей системы важно только то, что компоненты совместимы друг с другом. Профессионалы или обычные специалисты могут принять такое решение. Кроме того, если требуется руководство при выборе экспрессирующей системы, квалифицированные специалисты могут проконсультироваться с Ausubel et al. (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, New York, N.Y., 1993) и Pouwels et al. (Cloning Vectors: A Laboratory Manual, 1985 Suppl. 1987).

Экспрессированные полипептиды могут быть очищены из экспрессирующей системы с использованием рутинных биохимических процедур и могут быть использованы, например, для конъюгации с липидом, как описано в настоящем документе.

Фармацевтическая композиция и способы введения

В некоторых вариантах осуществления конъюгат амфифильного лиганда и клетки, экспрессирующие CAR (например, CAR-T-клетки) вводят вместе (одновременно или последовательно). В некоторых вариантах осуществления конъюгат амфифильного лиганда и адъювант (например, амфифильный олигонуклеотидный конъюгат) вводят вместе (одновременно или последовательно). В некоторых вариантах осуществления конъюгат амфифильного лиганда, адъювант (например, амфифильный олигонуклеотидный конъюгат) и клетки, экспрессирующие CAR (например, CAR-T-клетки), вводят вместе (одновременно или последовательно). В некоторых вариантах осуществления конъюгат амфифильного лиганда и клетки, экспрессирующие CAR (например, CAR-T-клетки), вводят раздельно. В некоторых вариантах осуществления конъюгат амфифильного лиганда и адъювант (например, амфифильный олигонуклеотидный конъюгат) вводят раздельно. В некоторых вариантах осуществления конъюгат амфифильного лиганда, адъювант (например, амфифильный олигонуклеотидный конъюгат) и CAR-экспрессирующие клетки (например, CAR-T-клетки) вводят раздельно.

В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к фармацевтической композиции, содержащей конъюгат амфифильного лиганда с фармацевтически приемлемым разбавителем, носителем, солюбилизатором, эмульгатором, консервантом и/или адъювантом. В некоторых вариантах адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой агонист STING (например, CDG). В некоторых вариантах осуществления адъювант готовят в виде отдельной фармацевтической композиции.

В некоторых вариантах осуществления приемлемые материалы состава предпочтительно являются нетоксичными для реципиентов в используемых дозировках и концентрациях. В некоторых вариантах осуществления материал(ы) состава предназначены для s.c. (подкожного) и/или i.v. (внутривенного) введения. В некоторых вариантах осуществления фармацевтическая композиция содержит материалы для модификации, поддержания или сохранения, например, pH, осмоляльности, вязкости, прозрачности, цвета, изотоничности, запаха, стерильности, стабильности, скорости растворения или высвобождения, адсорбции или проникновения композиции. В некоторых вариантах осуществления подходящие материалы состава включают, но не ограничиваются ими, аминокислоты (такие как глицин, глутамин, аспарагин, аргинин или лизин); противомикробные агенты; антиоксиданты (такие как аскорбиновая кислота, сульфит натрия или гидросульфит натрия); буферы (такие как борат, бикарбонат, трис-HCl, цитраты, фосфаты или другие органические кислоты); объемообразующие агенты (такие как маннит или глицин); хелатирующие агенты (такие как этилендиаминтетрауксусная кислота (ЭДТА)); комплексообразующие агенты (такие как кофеин, поливинилпирролидон, бета-циклодекстрин или гидроксипропил-бета-циклодекстрин); наполнители; моносахариды; дисахариды; и другие углеводы (такие как глюкоза, манноза или декстрины); белки (такие как сывороточный альбумин, желатин или иммуноглобулины); красители, ароматизаторы и разбавители; эмульгаторы; гидрофильные полимеры (такие как поливинилпирролидон); низкомолекулярные полипептиды; солеобразующие противоионы (такие как натрий); консерванты (такие как хлорид бензалкония, бензойная кислота, салициловая кислота, тимеросал, фенетиловый спирт, метилпарабен, пропилпарабен, хлоргексидин, сорбиновая кислота или перекись водорода); растворители (такие как глицерин, пропиленгликоль или полиэтиленгликоль); сахарные спирты (такие как маннит или сорбит); суспендирующие агенты; поверхностно-активные вещества или смачивающие агенты (такие как плюроники, ПЭГ, сложные эфиры сорбита, полисорбаты, такие как полисорбат 20, полисорбат 80, тритон, трометамин, лецитин, холестерин, тилоксапал); агенты, повышающие стабильность (такие как сахароза или сорбит); агенты, повышающие тоничность (такие как галогениды щелочных металлов, предпочтительно хлорид натрия или калия, сорбит маннита); средства доставки; разбавители; вспомогательные вещества и/или фармацевтические адъюванты. (Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Edition, A.R. Gennaro, ed., Mack Publishing Company (1995). В некоторых вариантах осуществления состав содержит PBS; 20 мМ NaOAC, рН 5,2, 50 мМ NaCl; и/или 10 мМ NAOAC, pH 5,2, 9% сахарозы. В некоторых вариантах осуществления оптимальная фармацевтическая композиция определяется специалистом в данной области в зависимости, например, от предполагаемого пути введения, формата доставки и желаемой дозировки. См., например, Remington's Pharmaceutical Sciences, выше. В некоторых вариантах осуществления такие композиции могут влиять на физическое состояние, стабильность, скорость высвобождения in vivo и скорость выведения in vivo амфифильного конъюгата.

В некоторых вариантах осуществления первичный носитель или носитель в фармацевтической композиции может быть водным или неводным по природе. Например, в некоторых вариантах осуществления подходящим носителем является вода для инъекций, физиологический солевой раствор или искусственная спинномозговая жидкость, возможно, дополненная другими материалами, обычными в композициях для парентерального введения. В некоторых вариантах осуществления солевой раствор содержит изотонический фосфатно-буферный солевой раствор. В некоторых вариантах осуществления нейтральный забуференный солевой раствор или солевой раствор, смешанный с сывороточным альбумином, являются еще одним примерным носителем. В некоторых вариантах осуществления фармацевтические композиции содержат буфер Tris с рН примерно 7-8,5 или ацетатный буфер с рН примерно 4-5,5, который может дополнительно включать сорбит или его подходящий заменитель. В некоторых вариантах осуществления композицию, содержащую амфифильный конъюгат, можно приготовить для хранения путем смешивания выбранной композиции, имеющей желаемую степень чистоты, с необязательными составными агентами (Remington's Pharmaceutical Sciences, выше) в форме лиофилизированной массы или водного раствора. Кроме того, в некоторых вариантах осуществления композиция, содержащая амфифильный конъюгат, может быть приготовлена в виде лиофилизата с использованием подходящих вспомогательных веществ, таких как сахароза.

В некоторых вариантах осуществления фармацевтическая композиция может быть выбрана для парентеральной доставки. В некоторых вариантах осуществления композиции могут быть выбраны для ингаляции или для доставки через пищеварительный тракт, например, перорально. Приготовление таких фармацевтически приемлемых композиций находится в компетенции специалиста в данной области.

В некоторых вариантах осуществления компоненты состава присутствуют в концентрациях, которые являются приемлемыми для места введения. В некоторых вариантах осуществления буферы используются для поддержания композиции при физиологическом pH или при слегка более низком pH, обычно в диапазоне pH примерно от 5 примерно до 8.

В некоторых вариантах осуществления, когда предполагается парентеральное введение, терапевтическая композиция может быть представлена в форме апирогенного, парентерально приемлемого водного раствора, содержащего амфифильный конъюгат, в фармацевтически приемлемом носителе. В некоторых вариантах осуществления носителем для парентеральной инъекции является стерильная дистиллированная вода, в которой амфифильный конъюгат приготовлен в виде стерильного изотонического раствора, надлежащим образом сохраненного. В некоторых вариантах осуществления препарат может включать желаемый молекулярный состав с агентом, таким как инъецируемые микросферы, биодеградируемые частицы, полимерные соединения (такие как полимолочная кислота или полигликолевая кислота), гранулы или липосомы, которые могут обеспечивать контролируемое или замедленное высвобождение продукта, который затем может быть доставлен посредством депо-инъекции. В некоторых вариантах осуществления также может быть использована гиалуроновая кислота, которая может стимулировать длительную циркуляцию крови. В некоторых вариантах осуществления имплантируемые устройства для доставки лекарственных средств могут использоваться для введения желаемой молекулы.

В некоторых вариантах осуществления фармацевтическая композиция может быть составлена для ингаляции. В некоторых вариантах осуществления амфифильный конъюгат может быть приготовлен в виде сухого порошка для ингаляции. В некоторых вариантах осуществления ингаляционный раствор, содержащий амфифильный конъюгат, может быть приготовлен с пропеллентом для аэрозольной доставки. В некоторых вариантах осуществления растворы могут распыляться. Легочное введение дополнительно описано в заявке PCT № PCT/US94/001875, в которой описана легочная доставка химически модифицированных белков.

В некоторых вариантах осуществления предполагается, что составы можно вводить перорально. В некоторых вариантах осуществления амфифильный конъюгат, который вводят таким способом, может быть приготовлен с носителями или без тех носителей, которые обычно используются при смешивании твердых лекарственных форм, таких как таблетки и капсулы. В некоторых вариантах осуществления может быть разработана капсула для высвобождения активной части состава в точке желудочно-кишечного тракта, когда биодоступность максимальна и пресистемная деградация минимизирована. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один дополнительный агент может быть включен для облегчения абсорбции амфифильного конъюгата. В некоторых вариантах осуществления также могут использоваться разбавители, ароматизаторы, воски с низкой температурой плавления, растительные масла, смазывающие вещества, суспендирующие агенты, дезинтегрирующие агенты таблеток и связующие вещества.

В некоторых вариантах осуществления фармацевтическая композиция может включать эффективное количество амфифильного конъюгата в смеси с нетоксичными вспомогательными веществами, которые подходят для изготовления таблеток. В некоторых вариантах осуществления путем растворения таблеток в стерильной воде или другом подходящем носителе могут быть приготовлены растворы в единой лекарственной форме. В некоторых вариантах осуществления подходящие вспомогательные вещества включают, но не ограничиваются ими, инертные разбавители, такие как карбонат кальция, карбонат или бикарбонат натрия, лактоза или фосфат кальция; или связующие агенты, такие как крахмал, желатин или акация; или смазывающие агенты, такие как стеарат магния, стеариновая кислота или тальк.

Специалистам в данной области техники будут очевидны дополнительные фармацевтические композиции, включая составы, содержащие амфифильный конъюгат в составах с длительной или контролируемой доставкой. В некоторых вариантах осуществления специалистам в данной области техники также известны способы приготовления множества других средств с замедленной или контролируемой доставкой, таких как липосомные носители, биодеградируемые микрочастицы или пористые гранулы и депо-инъекции. См. например, заявку PCT № PCT/US93/00829, в которой описано контролируемое высвобождение пористых полимерных микрочастиц для доставки фармацевтических композиций. В некоторых вариантах осуществления препараты с замедленным высвобождением могут включать полупроницаемые полимерные матрицы в форме профильных изделий, например пленки или микрокапсулы. Матрицы с замедленным высвобождением могут включать сложные полиэфиры, гидрогели, полилактиды (Пат. США №3773919 и EP 058481), сополимеры L-глутаминовой кислоты и гамма-этил-L-глутамата (Sidman et al., Biopolymers, 22: 547-556 (1983)), поли (2-гидроксиэтилметакрилат) (Langer et al. al., J. Biomed. Mater. Res., 15: 167-277 (1981) и Langer, Chem. Tech., 12: 98-105 (1982)), этиленвинилацетат (Langer et al., Выше) или поли-D(-)-3-гидроксибутириновая кислота (ЕР 133988). В некоторых вариантах осуществления композиции с замедленным высвобождением могут также включать липосомы, которые могут быть получены любым из нескольких способов, известных в данной области. Смотри, например, Eppstein et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82: 3688-3692 (1985); ЕР 036676; ЕР 088046 и ЕР 143949.

В некоторых вариантах осуществления фармацевтическая композиция для применения in vivo является стерильной. В некоторых вариантах осуществления стерильность достигается путем фильтрации через стерильные фильтрующие мембраны. В определенных вариантах осуществления, где композиция лиофилизирована, стерилизацию с использованием этого способа проводят либо до, либо после лиофилизации и восстановления. В некоторых вариантах осуществления композицию для парентерального введения хранят в лиофилизированной форме или в растворе. В некоторых вариантах осуществления парентеральные композиции помещают в контейнер, имеющий стерильное отверстие для доступа, например, пакет для внутривенного раствора или флакон, имеющий пробку, прокалываемую иглой для подкожных инъекций.

В некоторых вариантах осуществления, после приготовления фармацевтической композиции ее хранят в стерильных флаконах в виде раствора, суспензии, геля, эмульсии, твердого вещества или в виде дегидратированного или лиофилизированного порошка. В некоторых вариантах осуществления такие составы хранятся либо в готовой к употреблению форме, либо в форме (например, лиофилизированной), которая восстанавливается перед введением.

В некоторых вариантах осуществления предоставляются наборы для изготовления единичной дозы для введения. В некоторых вариантах осуществления набор может содержать как первый контейнер с сухим белком, так и второй контейнер с водным составом. В некоторых вариантах осуществления включены наборы, содержащие однокамерные и многокамерные предварительно заполненные шприцы (например, шприцы для жидкости и шприцы для лиофилизата).

В некоторых вариантах осуществления эффективное количество фармацевтической композиции, содержащей амфифильный конъюгат, для терапевтического применения будет зависеть, например, от терапевтического контекста и целей. Специалист в данной области поймет, что соответствующие уровни дозировки для лечения, в соответствии с определенными вариантами осуществления, таким образом, будут варьироваться частично в зависимости от доставленной молекулы, показаний, для которых используется амфифильный конъюгат, пути введения и размера (массы тела, поверхности тела или размера органа) и/или состояния (возраста и общего состояния здоровья) пациента. В некоторых вариантах осуществления врач может подбирать дозировку и модифицировать способ введения для получения оптимального терапевтического эффекта.

В некоторых вариантах осуществления частота дозирования будет учитывать фармакокинетические параметры амфифильного конъюгата в используемой композиции. В некоторых вариантах осуществления врач будет вводить композицию до тех пор, пока не будет достигнута дозировка, при которой достигается желаемый эффект. Следовательно, в некоторых вариантах осуществления композицию можно вводить в виде одной дозы или в виде двух или более доз (которые могут содержать или не содержать одно и то же количество желаемой молекулы) в течение времени или в виде непрерывной инфузии через имплантационное устройство или катетер. Дальнейшее уточнение подходящей дозировки обычно выполняется специалистами в данной области техники и находится в рамках задач, обычно выполняемых ими. В некоторых вариантах осуществления подходящие дозы могут быть определены путем использования соответствующих данных доза-ответ.

В некоторых вариантах осуществления способ введения фармацевтической композиции находится в соответствии с известными способами, например, перорально, путем инъекции внутривенно, внутрибрюшинным, внутримозговым (внутрипаренхиматозным), внутрицеребровентрикулярным, внутримышечным, подкожным, внутриглазным, внутриартериальным, интрапортальным путем или внутрь очага поражения; системами замедленного высвобождения или имплантационными устройствами. В некоторых вариантах осуществления композиции могут вводиться путем болюсной инъекции или непрерывно путем инфузии или посредством имплантационного устройства. В некоторых вариантах осуществления отдельные элементы комбинированной терапии могут вводиться различными путями.

В некоторых вариантах осуществления композицию можно вводить локально посредством имплантации мембраны, губки или другого подходящего материала, на котором желаемая молекула была абсорбирована или инкапсулирована. В некоторых вариантах осуществления, где используется устройство для имплантации, устройство может быть имплантировано в любую подходящую ткань или орган, и доставка желаемой молекулы может осуществляться посредством диффузии, болюса с замедленным высвобождением или непрерывного введения. В некоторых вариантах осуществления может быть желательно использовать фармацевтическую композицию, содержащую амфифильный конъюгат, ex vivo. В таких случаях клетки, ткани и/или органы, которые были удалены от пациента, подвергают воздействию фармацевтической композиции, содержащей амфифильный конъюгат, после чего клетки, ткани и/или органы впоследствии имплантируют обратно пациенту.

В некоторых вариантах осуществления амфифильный конъюгат может быть доставлен путем имплантации определенных клеток, которые были генетически сконструированы, с использованием способов, таких как описанные в настоящем документе, для экспрессии и секреции конъюгата. В некоторых вариантах осуществления такие клетки могут быть клетками животных или человека и могут быть аутологичными, гетерологичными или ксеногенными. В некоторых вариантах осуществления клетки могут быть иммортализованы. В некоторых вариантах осуществления для снижения вероятности иммунологического ответа клетки могут быть инкапсулированы, чтобы избежать инфильтрации окружающих тканей. В некоторых вариантах осуществления инкапсулирующие материалы обычно представляют собой биосовместимые, полупроницаемые полимерные оболочки или мембраны, которые обеспечивают высвобождение белкового продукта (продуктов), но предотвращают разрушение клеток иммунной системой пациента или другими вредными факторами из окружающих тканей.

Методы использования

В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к способам размножения или активации эффекторных клеток с CAR (например, CAR-T-клеток) in vivo у пациента, включающим введение композиции, содержащей амфифильный липидный конъюгат, описанный в настоящем документе.

В некоторых вариантах осуществления изобретение относится к способам стимуляции пролиферации эффекторных клеток с CAR (например, CAR-T-клеток) in vivo у пациента, включающим введение композиции, содержащей амфифильный липидный конъюгат, описанный в настоящем документе.

Способы определения наращивания, активации и пролиферации клеток известны специалистам в данной области. Например, количество клеток в указанном месте (например, лимфатические узлы, кровь, опухоль) может быть определено путем выделения клеток и анализа их с помощью проточной цитометрии. В некоторых вариантах осуществления клетки окрашивают соответствующими маркерами, такими как маркеры активации (например, CD80, CD86, 41BBL, ICOSL или OX40L) и/или маркеры пролиферации (например, Ki67). В некоторых вариантах осуществления количество клеток измеряют путем введения красителя (например, кристаллического фиолетового) в клетки и измерения разведения красителя во времени, где разбавление указывает на пролиферацию клеток.

В некоторых вариантах осуществления раскрытие относится к способам лечения пациента, имеющего заболевание, расстройство или состояние, связанное с экспрессией или повышенной экспрессией антигена, включающим введение пациенту эффекторных клеток с CAR (например, CAR-T-клеток), нацеленных на антиген, и амфифильного липидного конъюгата.

В некоторых вариантах осуществления пациенту вводят эффекторные клетки с CAR (например, CAR-T-клетки) до получения амфифильного липидного конъюгата. В некоторых вариантах осуществления пациенту вводят эффекторные клетки с CAR (например, CAR-T-клетки) после получения амфифильного липидного конъюгата. В некоторых вариантах осуществления пациенту вводят эффекторные клетки с CAR (например, CAR-T-клетки) и амфифильный липидный конъюгат последовательно или одновременно.

В некоторых вариантах осуществления, где CAR содержит домен связывания метки, способы, раскрытые в настоящем описании, дополнительно включают введение композиции меченых белков, где домен связывания метки связывается с мечеными белками. В некоторых вариантах осуществления белок меченого белка представляет собой антитело или антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления домен связывания метки, представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент. В некоторых вариантах осуществления композицию меченых белков вводят пациенту до введения эффекторной клетки с CAR (например, CAR-T-клетки) и конъюгата амфифильного лиганда. В некоторых вариантах осуществления композицию меченых белков вводят пациенту одновременно (одновременно или последовательно) с эффекторными клетками с CAR (например, CAR-T-клетками) и конъюгатом амфифильного лиганда. В некоторых вариантах осуществления композицию меченых белков вводят пациенту после введения эффекторных клеток CAR (например, CAR-T-клеток) и конъюгата амфифильного лиганда.

Онкологическое заболевание и противоопухолевая иммунотерапия

В некоторых вариантах осуществления конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, полезен для лечения расстройства, связанного с аномалией апоптоза или процесса дифференцировки (например, клеточно-пролиферативные расстройства (например, гиперпролиферативные расстройства) или расстройства дифференцировки клеток, такие как при онкологическом заболевании). Неограничивающие примеры онкологических заболеваний, которые поддаются лечению способами по настоящему изобретению, описаны ниже.

Примеры клеточных пролиферативных расстройств и/или расстройств дифференцировки включают онкологические заболевания (например, карциному, саркому, метастатические расстройства или гематопоэтические опухолевые расстройства, например лейкозы). Метастатическая опухоль может возникать из множества первичных типов опухолей, включая, помимо прочего, опухоли предстательной железы, толстой кишки, легкого, молочной железы и печени. Соответственно, используемые в настоящем описании композиции, содержащие конъюгат амфифильного лиганда, можно вводить пациенту, у которого есть онкологическое заболевание.

Используемые в настоящем описании термины «онкологическое заболевание» (или «опухолевый»), «гиперпролиферативный» и «неопластический» относятся к клеткам, обладающим способностью к автономному росту (то есть аномального состояния или состояния, характеризующегося быстро пролиферирующими клетками). Гиперпролиферативные и неопластические болезненные состояния могут быть классифицированы как патологические (т.е. характеризующие или составляющие болезненное состояние), или они могут быть классифицированы как непатологические (то есть как отклонение от нормального, но не связанного с болезненным состоянием). Термины предназначены для включения всех типов опухолевого роста или онкогенных процессов, метастатических тканей или злокачественно трансформированных клеток, тканей или органов, независимо от гистопатологического типа или стадии инвазивности. «Патологические гиперпролиферативные» клетки встречаются при болезненных состояниях, характеризующихся ростом злокачественной опухоли. Примеры непатологических гиперпролиферативных клеток включают пролиферацию клеток, связанную с заживлением раны.

Термины «злокачественное новообразование» или «новообразование» используются для обозначения злокачественных новообразований различных систем органов, в том числе поражающих легкие, молочную железу, щитовидную железу, лимфатические узлы и лимфоидную ткань, желудочно-кишечные органы и мочеполовый тракт, а также аденокарциномы, которые обычно включают злокачественные новообразования, такие как большинство видов рака толстой кишки, почечно-клеточный рак, рак предстательной железы и/или опухоли яичка, немелкоклеточная карцинома легкого, рак тонкой кишки и рак пищевода.

Термин «карцинома» известен в данной области и относится к злокачественным опухолям эпителиальной или эндокринной ткани, включая карциномы дыхательной системы, карциномы желудочно-кишечного тракта, карциномы мочеполовой системы, карциномы яичка, карциномы молочной железы, карциномы предстательной железы, карциномы эндокринной системы и меланомы. Конъюгат амфифильного лиганда может быть использован для лечения пациентов, у которых есть подозрения на наличие или высокий риск развития любого типа рака, включая рак почки или меланому, или любое вирусное заболевание. Типичные карциномы включают те, которые образуются из ткани шейки матки, легкого, предстательной железы, молочной железы, головы и шеи, толстой кишки и яичника. Термин также включает карциносаркомы, которые включают злокачественные опухоли, состоящие из карциноматозных и саркоматозных тканей. «Аденокарцинома» относится к карциноме, происходящей из железистой ткани или в которой опухолевые клетки образуют узнаваемые железистые структуры.

Дополнительные примеры пролиферативных расстройств включают гематопоэтические неопластические расстройства. Используемый в настоящем описании термин «гематопоэтические опухолевые расстройства» включает заболевания, связанные с гиперпластическими/неопластическими клетками гематопоэтического происхождения, например, возникающие из миелоидных, лимфоидных или эритроидных линий или их клеток-предшественников. Предпочтительно заболевания возникают из слабо дифференцированных острых лейкозов (например, эритробластный лейкоз и острый мегакариобластный лейкоз). Дополнительные типичные миелоидные расстройства включают, но не ограничиваются ими, острый промиелоидный лейкоз (APML), острый миелогенный лейкоз (AML) и хронический миелогенный лейкоз (CML) (обзор Vaickus, L. (1991) Crit. Rev. in Oncol./Hemotol. 11: 267-97); лимфоидные злокачественные образования включают, но не ограничиваются ими, острый лимфобластный лейкоз (ALL), который включает В-клеточный ALL и Т-клеточный ALL, хронический лимфолейкоз (CLL), пролимфоцитарный лейкоз (PLL), волосатоклеточный лейкоз (HLL) и макроглобулинемию Вальденстрома (WM). Дополнительные формы злокачественных лимфом включают, но не ограничиваются ими, неходжкинские лимфомы и их варианты, периферические Т-клеточные лимфомы, Т-клеточные лейкозы/лимфомы (ATL) взрослых, кожные Т-клеточные лимфомы (CTCL), крупноклеточный гранулярные лимфоцитарные лейкозы (LGF), болезнь Ходжкина и болезнь Рида-Штернберга.

Специалистам в данной области будет понятно, что количество амфифильного конъюгата, достаточное для уменьшения роста и размера опухоли, или терапевтически эффективного количества будет зависеть не только от конкретного выбранного соединения или композиции, но также от пути введения, характера состояния, подлежащего лечению, а также возраста и состояния пациента, и в конечном итоге будут решаться врачом пациента или фармацевтом. Продолжительность времени, в течение которого пациент будет получать соединение, используемое в настоящем способе, будет варьироваться на индивидуальной основе.

В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к способам уменьшения или снижения размера опухоли или ингибирования опухолевого роста у пациента, нуждающегося в этом, включающим введение пациенту амфифильного липидного конъюгата, описанного в настоящем документе, где пациент получает или получил терапию с эффекторными клетками с CAR (например, CAR-T-клеточную терапию). В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к способам индукции противоопухолевого ответа у пациента с онкологическим заболеванием, включающим введение пациенту амфифильного липидного конъюгата, описанного в настоящем документе, где пациент получает или получал терапию эффекторными клетками с CAR (например, CAR-Т-клеточную терапию).

В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к способам стимуляции иммунного ответа пациента на популяцию клеток-мишеней или ткани-мишени, экспрессирующие антиген, причем способы включают введение эффекторных клеток с CAR (например, CAR-T-клеток), нацеленных на антиген, и амфифильного липидного конъюгата. В некоторых вариантах осуществления иммунный ответ представляет собой иммунный ответ, опосредованный Т-клетками. В некоторых вариантах осуществления иммунный ответ представляет собой противоопухолевый иммунный ответ. В некоторых вариантах осуществления популяция клеток-мишеней или ткань-мишень представляют собой опухолевые клетки или опухолевую ткань.

Специалистам в данной области будет понятно, что ссылка в данном документе на лечение распространяется на профилактику, а также на лечение отмеченных видов онокологических заболеваний и их симптомов.

Инфекционные заболевания

В некоторых вариантах осуществления амфифильный липидный конъюгат, раскрытый в настоящем описании, полезен для лечения острых или хронических инфекционных заболеваний. Поскольку вирусные инфекции выводятся, главным образом, Т-клетками, повышение активности Т-клеток терапевтически полезно в ситуациях, когда более быстрый или тщательный клиренс инфекционного вирусного агента может быть полезным для животного или человека. Недавно CAR-T-клеточная терапия была исследована на предмет ее полезности при лечении вирусных инфекций, таких как вирус иммунодефицита человека (ВИЧ), как описано в публикации PCT № WO 2015/077789; Hale et al., (2017) Engineering HIV-Resistant, Anti-HIV Chimeric Antigen Receptor T Cells. Molecular Therapy, Vol. 25(3): 570-579; Liu et al., (2016). ABSTRACT. Journal of Virology, 90(21), 9712-9724; Liu et al., (2015). ABSTRACT. Journal of Virology, 89(13), 6685-6694; Sahu et al., (2013). Virology, 446(1-2), 268-275.

Таким образом, в некоторых вариантах осуществления конъюгаты амфифильного лиганда вводят для лечения местных или системных вирусных инфекций, включая, но не ограничиваясь этим, вирусные инфекции в виде иммунодефицита (например, ВИЧ), папилломы (например, ВПЧ), герпеса (например, ВПГ), энцефалита, гриппа (например, вируса гриппа A человека) и простуды (например, человеческого риновируса). В некоторых вариантах осуществления фармацевтические композиции, включающие конъюгаты амфифильного лиганда, вводят местно для лечения вирусных заболеваний кожи, таких как герпесные поражения или опоясывающий лишай, или генитальные бородавки. В некоторых вариантах осуществления конъюгаты амфифильного лиганда вводят для лечения системных вирусных заболеваний, включая, но не ограничиваясь этим, СПИД, грипп, простуду или энцефалит.

В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к способам увеличения пролиферации эффекторных клеток с CAR (например, CAR-T-клеток) in vivo у пациента с вирусной инфекцией, включающим введение композиции, содержащей конъюгат амфифильного лиганда, где CAR содержит домен связывания вирусного пептида (например, домен, связывающий HIV Env), и где конъюгат амфифильного лиганда содержит вирусный пептид (например, HIV Env).

В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к способам наращивания эффекторных клеток с CAR (например, CAR-T-клеток) in vivo у пациента с вирусной инфекцией, включающим введение композиции, содержащей конъюгат амфифильного лиганда, где CAR содержит домен связывания вирусного пептида (например, домен, связывающий HIV Env), и где конъюгат амфифильного лиганда содержит вирусный пептид (например, HIV Env).

В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к способам снижения вирусной инфекции у пациента, нуждающегося в этом, включающим введение пациенту амфифильного липидного конъюгата, описанного в настоящем документе, где пациент получает или получал терапию эффекторными клетками с CAR (например, CAR-T-клеточную терапию). В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к способам индукции противовирусного ответа у пациента с онкологическим заболеванием, включающим введение пациенту амфифильного липидного конъюгата, описанного в настоящем документе, где пациент получает или получал терапию эффекторными клетками с CAR (например, CAR- Т-клеточную терапию).

Специалистам в данной области будет понятно, что ссылка в данном документе на лечение распространяется на профилактику, а также на лечение отмеченных инфекций и симптомов.

Наборы

В настоящем описании представлены наборы, содержащие по меньшей мере конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, и инструкции по применению. В некоторых вариантах осуществления наборы содержат в подходящем контейнере конъюгат амфифильного лиганда, один или более контролей и различные буферы, реагенты, ферменты и другие стандартные ингредиенты, хорошо известные в данной области. В некоторых вариантах осуществления наборы дополнительно содержат адъювант (например, амфифильный олигонуклеотидный конъюгат или агонист STING (например, CDG)). Соответственно, в некоторых вариантах осуществления конъюгат амфифильного лиганда и адъювант находятся в одном флаконе. В некоторых вариантах осуществления конъюгат амфифильного лиганда и адъювант находятся в отдельных флаконах.

В некоторых вариантах осуществления контейнер представляет собой, по меньшей мере, один флакон, лунку, пробирку, колбу, пузырек, шприц или другое контейнерное средство, в которое может быть помещен конъюгат амфифильного лиганда, а в некоторых случаях, соответствующим образом аликвотирован. Когда предоставляется дополнительный компонент, набор может содержать дополнительные контейнеры, в которые может быть помещено это соединение. Наборы могут также включать средства для содержания конъюгата амфифильного лиганда и любые другие контейнеры с реагентами в строгой изоляции для коммерческой продажи. Такие контейнеры могут включать контейнеры для инъекции или пластиковые контейнеры, полученные методом выдувания, в которые помещаются нужные флаконы. Контейнеры и/или наборы могут включать маркировку с инструкциями по применению и/или предупреждениями.

В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к набору, содержащему контейнер, содержащий композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, необязательный фармацевтически приемлемый носитель, и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению композиции для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых вариантах осуществления набор дополнительно содержит адъювант и инструкции по введению адъюванта для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, описанный в настоящем документе. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой агонист STING. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой CDG.

В некоторых вариантах осуществления раскрытие относится к набору, содержащему лекарственное средство, содержащее композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, необязательный фармацевтически приемлемый носитель, и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции для введения лекарственного средства индивидуально или в комбинации с композицией, содержащей адъювант и необязательный фармацевтически приемлемый носитель для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию.

В некоторых вариантах осуществления настоящее изобретение относится к набору, содержащему контейнер, содержащий композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, необязательный фармацевтически приемлемый носитель, и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению композиции вакцины для наращивания CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых вариантах осуществления набор дополнительно содержит адъювант и инструкции по введению адъюванта для наращивания CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, описанный в настоящем документе. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой агонист STING. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой CDG.

В некоторых вариантах осуществления раскрытие относится к набору, содержащему лекарственное средство, содержащее композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, необязательный фармацевтически приемлемый носитель, и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции для введения лекарственного средства отдельно или в комбинации с композицией, содержащей адъювант и необязательный фармацевтически приемлемый носитель для наращивания CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, описанный в настоящем документе. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой агонист STING. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой CDG.

В некоторых вариантах осуществления раскрытие относится к набору, содержащему контейнер, содержащий композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, необязательный фармацевтически приемлемый носитель, и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению композиции для увеличения пролиферации CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию. В некоторых аспектах набор дополнительно содержит адъювант и инструкции по введению адъюванта для увеличения пролиферации CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, описанный в настоящем документе. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой агонист STING. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой CDG.

В некоторых вариантах осуществления раскрытие относится к набору, содержащему лекарственное средство, содержащее композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, описанный в настоящем документе, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции для введения лекарственного средства индивидуально или в комбинации с композицией, содержащей адъювант и необязательный фармацевтически приемлемый носитель для увеличения пролиферации CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, описанный в настоящем документе. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой агонист STING. В некоторых вариантах осуществления адъювант представляет собой CDG.

В некоторых вариантах осуществления любой из описанных в настоящем документе наборов дополнительно содержит CAR-T-клетки, содержащие CAR, который связывается с лигандом CAR, присутствующим в конъюгате амфифильного лиганда.

Другие варианты осуществления раскрытия

Во всем этом разделе термин «вариант осуществления» сокращен как «Е», за которым следует порядковый номер. Например, E1 представляет собой эквивалент варианту осуществления 1.

E1. Способ наращивания T-клеток химерного антигенного рецептора (CAR) или увеличения пролиферации CAR-T-клеток in vivo у пациента, включающий введение композиции в количестве, достаточном для наращивания CAR-T-клеток у пациента, где композиция содержит конъюгат амфифильного лиганда, содержащий липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E2. Способ по варианту осуществления 1, отличающийся тем, что конъюгат амфифильного лиганда связывается с альбумином в физиологических условиях.

E3. Способ по варианту осуществления 2, отличающийся тем, что пролиферация CAR(-) T-клеток у пациента не увеличивается.

E4. Способ уменьшения или снижения размера опухоли или ингибирования опухолевого роста у пациента, нуждающегося в этом, включающий введение пациенту композиции, где пациент получает или получил терапию Т-клетками, содержащими химерный антигенный рецептор (CAR), и где композиция содержит конъюгат амфифильного лиганда, содержащий липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E5. Способ индукции противоопухолевого ответа у пациента с онкологическим заболеванием, включающий введение пациенту композиции, где пациент получает или получил терапию Т-клетками, содержащими химерный антигенный рецептор (CAR), и где композиция содержит конъюгат амфифильного лиганда содержащий липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E6. Способ стимуляции иммунного ответа у пациента на популяцию клеток-мишеней или ткань-мишень, экспрессирующую антиген, причем способ включает введение пациенту Т-клеток, содержащих химерный антигенный рецептор (CAR), нацеленных на антиген, и композиции, где композиция содержит конъюгат амфифильного лиганда, содержащий липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E7. Способ по варианту осуществления 6, отличающийся тем, что иммунный ответ представляет собой иммунный ответ, опосредованный Т-клетками, или противоопухолевый иммунный ответ.

E8. Способ по варианту осуществления 6 или 7, отличающийся тем, что популяцией клеток-мишеней или тканью-мишенью являются опухолевые клетки или опухолевая ткань.

E9. Способ лечения пациента, имеющего заболевание, расстройство или состояние, связанное с экспрессией или повышенной экспрессией антигена, причем способ включает введение пациенту Т-клеток, содержащих химерный антигенный рецептор (CAR), нацеленный на антиген, и композиции, где композиция содержит конъюгат амфифильного лиганда, содержащий липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E10. Способ по любому из вариантов осуществления 1-3, отличающийся тем, что пациенту вводят композицию до получения CAR-Т-клеток.

E11. Способ по любому из вариантов осуществления 1-3, отличающийся тем, что пациенту вводят композицию после получения CAR-Т-клеток.

E12. Способ по любому из вариантов осуществления 1-3, отличающийся тем, что композицию и CAR-Т-клетки вводят одновременно.

E13. Способ по любому из предыдущих вариантов осуществления, отличающийся тем, что CAR-Т-клетки содержат один домен костимуляции.

E14. Способ по варианту осуществления 13, отличающийся тем, что один домен костимуляции представляет собой CD28 или 4-1BB.

E15. Способ по любому из вариантов осуществления 1-14, отличающийся тем, что конъюгат амфифильного лиганда доставляется в лимфатические узлы.

E16. Способ по любому из вариантов осуществления 1-14, отличающийся тем, что конъюгат амфифильного лиганда доставляется в паховый лимфатический узел и подмышечный лимфатический узел.

E17. Способ по любому из вариантов осуществления 1-16, отличающийся тем, что конъюгат амфифильного лиганда вставляется в мембрану антигенпрезентирующих клеток при доставке в лимфатические узлы.

E18. Способ по варианту осуществления 17, отличающийся тем, что антигенпрезентирующие клетки представляют собой медуллярные макрофаги, CD8+ дендритные клетки и/или CDllb+ дендритные клетки.

E19. Способ по любому из вариантов осуществления 1-18, отличающийся тем, что лиганд CAR удерживается в лимфатических узлах в течение по меньшей мере 4 дней, по меньшей мере 5 дней, по меньшей мере 6 дней, по меньшей мере 7 дней, по меньшей мере 8 дней, по меньшей мере 9 дни, по меньшей мере 10 дней, по меньшей мере 11 дней, по меньшей мере 12 дней, по меньшей мере 13 дней, по меньшей мере 14 дней, по меньшей мере 15 дней, по меньшей мере 16 дней, по меньшей мере 17 дней, по меньшей мере 18 дней, по меньшей мере 19 дней, по меньшей мере 20 дней, по меньшей мере 21 день, по меньшей мере 22 дня, по меньшей мере 23 дня, по меньшей мере 24 дня или по меньшей мере 25 дней.

E20. Способ по любому из вариантов осуществления 1-19, отличающийся тем, что композиция дополнительно содержит адъювант.

E21. Способ по варианту осуществления 20, отличающийся тем, что адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, конъюгированный с липидом, с линкером или без него, и необязательно полярное соединение.

E22. Способ по п. 21, отличающийся тем, что иммуностимулирующий олигонуклеотид связывается с образ-распознающим рецептором.

E23. Способ по п. 22, отличающийся тем, что иммуностимулирующий олигонуклеотид содержит CpG.

E24. Способ по п. 21, отличающийся тем, что иммуностимулирующий олигонуклеотид представляет собой лиганд для Toll-подобного рецептора.

E25. Способ по любому из вариантов осуществления 1-20, отличающийся тем, что линкер выбран из группы, состоящей из гидрофильных полимеров, ряда гидрофильных аминокислот, полисахаридов или их комбинации.

E26. Способ по любому из вариантов осуществления 1-20, отличающийся тем, что линкер содержит «N» последовательных единиц полиэтиленгликоля, где N находится в диапазоне 25-50.

E27. Способ по любому из вариантов осуществления 1-26, отличающийся тем, что липид представляет собой диациллипид.

E28. Способ по любому из вариантов осуществления 21-24, отличающийся тем, что линкер представляет собой олигонуклеотидный линкер.

E29. Способ по п. 28, отличающийся тем, что олигонуклеотидный линкер содержит «N» последовательных гуанинов, где N находится в диапазоне 0-2.

E30. Способ по любому из вариантов осуществления 21-24 и 28-29, отличающийся тем, что липид представляет собой диациллипид.

E31. Способ по любому из вариантов осуществления 1-30, отличающийся тем, что лиганд CAR представляет собой опухолеассоциированный антиген, и где CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен.

E32. Способ по любому из вариантов осуществления 1-30, отличающийся тем, что лиганд CAR является меткой, и где CAR содержит домен связывания метки.

E33. Способ по п. 32, отличающийся тем, что метка выбрана из группы, состоящей из изотиоцианата флуоресцеина (FITC), стрептавидина, биотина, динитрофенола, перидинин-хлорофилл-белкового комплекса, зеленого флуоресцентного белка, фикоэритрина (PE), пероксидазы хрена, пальмитоилирования, нитрозилирования, щелочной фосфатазы, глюкозооксидазы и мальтоза-связывающего белка.

E34. Способ по варианту осуществления 32 или 33, дополнительно включающий введение композиции меченых белков и где домен связывания метки связывается с мечеными белками.

E35. Способ по варианту осуществления 34, отличающийся тем, что белок меченого белка представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.

E36. Способ по варианту осуществления 34 или 35, отличающийся тем, что домен связывания метки представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.

E37. Способ по любому из вариантов осуществления 34-36, отличающийся тем, что композицию меченых белков вводят пациенту до введения CAR-Т-клеток и композиции, содержащей конъюгат амфифильного лиганда.

E38. Способ по любому из вариантов осуществления 34-36, отличающийся тем, что композицию меченых белков вводят пациенту одновременно с введением CAR-Т-клеток и композицией, содержащей конъюгат амфифильного лиганда.

E39. Способ по любому из вариантов осуществления 34-36, отличающийся тем, что композицию меченых белков вводят пациенту после введения CAR-Т-клеток и композиции, содержащей конъюгат амфифильного лиганда.

E40. Способ по любому из вариантов осуществления 37-39, отличающийся тем, что CAR-Т-клетки вводят перед введением композиции, содержащей конъюгат амфифильного лиганда.

E41. Способ по любому из вариантов осуществления 37-39, отличающийся тем, что CAR-T-клетки вводят после введения композиции, содержащей конъюгат амфифильного лиганда.

E42. Способ по любому из вариантов осуществления 37-39, отличающийся тем, что CAR-T-клетки вводят одновременно с введением композиции, содержащей конъюгат амфифильного лиганда.

E43. Способ по любому из вариантов осуществления 1-3 и 6-42, отличающийся тем, что пациент имеет онкологическое заболевание.

E44. Способ по любому из вариантов осуществления 1-43, отличающийся тем, что пациентом является человек.

E45. Композиция, содержащая конъюгат амфифильного лиганда, где конъюгат амфифильного лиганда содержит лиганд химерного антигенного рецептора (CAR), липид и, необязательно, линкер и фармацевтически приемлемый носитель.

E46. Композиция по варианту осуществления 45, отличающаяся тем, что линкер выбран из группы, состоящей из гидрофильных полимеров, ряда гидрофильных аминокислот, полисахаридов или их комбинации.

E47. Композиция по варианту осуществления 45, отличающаяся тем, что линкер содержит «N» последовательных полиэтиленгликолевых единиц, где N находится в диапазооне 25-50.

E48. Композиция по любому из вариантов осуществления 45-47, отличающаяся тем, что липид представляет собой диациллипид.

E49. Композиция по любому из вариантов осуществления 45-48, отличающаяся тем, что лиганд CAR представляет собой метку.

E50. Композиция по варианту осуществления 49, отличающаяся тем, что метка выбрана из группы, состоящей из изотиоцианата флуоресцеина (FITC), стрептавидина, биотина, динитрофенола, перидинин-хлорофилл-белкового комплекса, зеленого флуоресцентного белка, фикоэритрина (РЕ), пероксидазы хрена, пальмитоилирования, нитрозилирования, щелочной фосфатазы, глюкозооксидазы и мальтоза-связывающего белка.

E51. Иммуногенная композиция, содержащая композицию по любому из вариантов осуществления 45-50 и адъювант.

E52. Иммуногенная композиция по варианту осуществления 51, отличающаяся тем, что адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, конъюгированный с липидом, с линкером или без него, и необязательно полярное соединение.

E53. Иммуногенная композиция по варианту осуществления 52, отличающаяся тем, что иммуностимулирующий олигонуклеотид связывается с образ-распознающим рецептором.

E54. Иммуногенная композиция по варианту осуществления 53, отличающаяся тем, что иммуностимулирующий олигонуклеотид содержит CpG.

E55. Иммуногенная композиция по варианту осуществления 52, отличающаяся тем, что иммуностимулирующий олигонуклеотид представляет собой лиганд для toll-подобного рецептора.

E56. Иммуногенная композиция по любому из вариантов осуществления 52-55, отличающаяся тем, что липид представляет собой диациллипид.

E57. Иммуногенная композиция по любому из вариантов осуществления 52-56, отличающаяся тем, что линкер представляет собой олигонуклеотидный линкер.

E58. Иммуногенная композиция по варианту осуществления 57, отличающаяся тем, что олигонуклеотидный линкер содержит «N» последовательных гуанинов, где N находится в диапазоне 0-2.

E59. Набор, содержащий контейнер, содержащий композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащую инструкции по введению композиции для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию, где конъюгат амфифильного лиганда содержит липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E60. Набор по варианту осуществления 59, дополнительно содержащий адъювант и инструкции по введению адъюванта для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего терапию Т-клетками, содержащими химерный антигенный рецептор (CAR).

E61. Набор по варианту осуществления 60, отличающийся тем, что адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, конъюгированный с липидом, с линкером или без него, и необязательно полярное соединение.

E62. Набор, содержащий лекарственное средство, содержащее композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащую инструкции для введения лекарственного средства индивидуально или в комбинации с композицией, содержащей адъювант и необязательный фармацевтически приемлемый носитель, для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего терапию Т-клетками, содержащими химерный антигенный рецептор (CAR), где конъюгат амфифильного лиганда содержит липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E63. Набор, содержащий контейнер, содержащий композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащую инструкции по введению вакцины, содержащей композицию, для наращивания CAR-Т-клеток у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию, где конъюгат амфифильного лиганда содержит липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E64. Набор по варианту осуществления 63, дополнительно содержащий адъювант и инструкции по введению адъюванта для наращивания CAR-Т-клеток у индивидуума, получающего терапию Т-клетками, содержащими химерный антигенный рецептор (CAR).

E65. Набор по варианту осуществления 64, отличающийся тем, что адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, конъюгированный с липидом с линкером или без него, и необязательно полярное соединение.

E66. Набор, содержащий лекарственное средство, содержащее композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции для введения лекарственного средства индивидуально или в комбинации с композицией, содержащей адъювант и необязательный фармацевтически приемлемый носитель, для наращивания CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию, где конъюгат амфифильного лиганда содержит липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E67. Набор, содержащий контейнер, содержащий композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению композиции для увеличения пролиферации CAR-Т-клеток у индивидуума, получающего терапию CAR-Т-клетками, где амфифильный конъюгат лиганда содержит липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E68. Набор по варианту осуществления 67, дополнительно содержащий адъювант и инструкции по введению адъюванта для увеличения пролиферации CAR-Т-клеток у индивидуума, получающего терапию Т-клетками, содержащими химерный антигенный рецептор (CAR).

E69. Набор по варианту осуществления 66 или 68, отличающийся тем, что адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, конъюгированный с липидом, с линкером или без него, и необязательно полярное соединение.

E70. Набор, содержащий лекарственное средство, содержащее композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению лекарственного средства индивидуально или в комбинации с композицией, содержащей адъювант и необязательный фармацевтически приемлемый носитель, для увеличения пролиферация CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-T-клеточную терапию, где конъюгат амфифильного лиганда содержит липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E71. Применение композиции по любому из вариантов осуществления 45-50, иммуногенной композиции по любому из вариантов осуществления 51-58 или набора по любому из вариантов осуществления 59-70 для применения в наращивании CAR-Т-клеток in vivo у пациента.

E72. Применение композиции по любому из вариантов осуществления 45-50, иммуногенной композиции по любому из вариантов осуществления 51-58 или набора по любому из вариантов осуществления 59-70 для применения для увеличения пролиферации CAR-Т-клеток in vivo у пациента.

E73. Применение композиции по любому из вариантов осуществления 45-50, иммуногенной композиции по любому из вариантов осуществления 51-58 или набора по любому из вариантов осуществления 59-70 для применения в лечении или задержке прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума.

E74. Применение композиции по любому из вариантов осуществления 45-50 для изготовления лекарственного средства для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, где лекарственное средство включает композицию и необязательный фармацевтически приемлемый носитель.

E75. Композиция, содержащая конъюгат амфифильного лиганда, где конъюгат амфифильного лиганда содержит липид, конъюгированный с изотиоцианатом флуоресцеина (FITC) через полиэтиленгликолевый фрагмент.

E76. Композиция по варианту осуществления 75, отличающаяся тем, что липид представляет собой 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE), и где полиэтиленгликолевый фрагмент представляет собой PEG-2000.

E77. Иммуногенная композиция, содержащая конъюгат амфифильного лиганда и адъювант, где конъюгат амфифильного лиганда содержит липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер, и где адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, конъюгированный с липидом, с линкером или без него и, необязательно, полярное соединение.

E78. Иммуногенная композиция, содержащая конъюгат амфифильного лиганда и адъювант, в котором конъюгат амфифильного лиганда содержит липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер, где лиганд CAR является меткой, а адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, конъюгированный с липидом, с линкером или без него, и необязательно полярное соединение.

E79. Способ по любому из вариантов осуществления 4-44, отличающийся тем, что конъюгат амфифильного лиганда связывается с альбумином в физиологических условиях.

E80. Способ по любому из вариантов осуществления 21-24 и 27-44, отличающийся тем, что амфифильный олигонуклеотидный конъюгат связывается с альбумином в физиологических условиях.

E81. Способ по любому из вариантов осуществления 1-44, отличающийся тем, что указанный способ включает введение композиции, содержащей конъюгат амфифильного лиганда, парентерально в лимфатический узел, не дренирующий опухоль, парентерально в лимфатический узел, дренирующий опухоль, или внутриопухолево.

E82. Способ по варианту осуществления 6, отличающийся тем, что популяция клеток-мишеней или ткань-мишень представляет собой популяцию клеток или ткани, инфицированные вирусом.

E83. Способ по варианту осуществления 82, отличающийся тем, что вирус представляет собой вирус иммунодефицита человека (ВИЧ).

E84. Способ по варианту осуществления 82 или 83, отличающийся тем, что иммунный ответ представляет собой иммунный ответ, опосредованный Т-клетками.

E85. Способ по варианту осуществления 9, отличающийся тем, что антиген представляет собой вирусный антиген или опухолевый антиген.

E86. Набор, содержащий контейнер, содержащий композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, необязательный фармацевтически приемлемый носитель и вкладыш в упаковку, содержащую инструкции по введению композиции для лечения или задержки прогрессирования вирусной инфекции у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию, где амфифильный лиганд содержит липид, лиганд CAR и, необязательно, линкер.

E87. Набор по варианту осуществления 86, дополнительно содержащий адъювант и инструкции по введению адъюванта для лечения или задержки прогрессирования вирусной инфекции у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию.

E88. Набор по варианту осуществления 87, отличающийся тем, что адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, конъюгированный с липидом, с линкером или без него, и необязательно полярное соединение.

E89. Набор по любому из вариантов осуществления 59-70 и 86-88, отличающийся тем, что конъюгат амфифильного лиганда содержит линкер, выбранный из группы, состоящей из гидрофильных полимеров, последовательности гидрофильных аминокислот, полисахаридов или их комбинации.

E90. Набор по любому из вариантов осуществления 59-70 и 86-88, отличающийся тем, что конъюгат амфифильного лиганда содержит линкер, содержащий «N» последовательных полиэтиленгликолевых единиц, где N находится в диапазоне 25-50.

E91. Набор по любому из вариантов осуществления 59-70 и 86-90, отличающийся тем, что липид представляет собой диациллипид.

E92. Набор по любому из вариантов осуществления 61, 65, 69 или 88, отличающийся тем, что амфифильный олигонуклеотидный конъюгат содержит олигонуклеотидный линкер.

E93. Набор по варианту осуществления 92, отличающийся тем, что олигонуклеотидный линкер содержит «N» последовательных гуанинов, где N находится в диапазоне 0-2.

E94. Набор по любому из вариантов осуществления 59-70 и 89-93, отличающийся тем, что лиганд CAR представляет собой опухолеассоциированный антиген, и где CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен.

E95. Набор по любому из вариантов осуществления 59-70 и 89-93, отличающийся тем, что лиганд CAR представляет собой метку, и где CAR содержит домен связывания метки.

E96. Набор по варианту осуществления 95, отличающийся тем, что метка выбрана из группы, состоящей из изотиоцианата флуоресцеина (FITC), стрептавидина, биотина, динитрофенола, перидинин-хлорофилл-белкового комплекса, зеленого флуоресцентного белка, фикоэритрина (РЕ), пероксидазы хрена, пальмитоилирования, нитрозилирования, щелочной фосфатазы, глюкозооксидазы мальтоза-связывающего белка.

E97. Набор по варианту осуществления 95 или 96, отличающийся тем, что набор дополнительно содержит композицию меченых белков и инструкции по введению композиции меченых белков, где домен связывания метки связывается с мечеными белками.

E98. Набор по варианту осуществления 97, отличающийся тем, что белок меченого белка представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.

E99. Иммуногенная композиция по варианту осуществления 77 или 78, отличающаяся тем, что конъюгат амфифильного лиганда содержит линкер, выбранный из группы, состоящей из гидрофильных полимеров, последовательности гидрофильных аминокислот, полисахаридов или их комбинации.

E100. Иммуногенная композиция по варианту осуществления 77 или 78, отличающаяся тем, что конъюгат амфифильного лиганда содержит линкер, содержащий «N» последовательных полиэтиленгликолевых единиц, где N находится в диапазоне 25-50.

E101. Иммуногенная композиция по вариантам осуществления 77, 78, 99 или 100, отличающаяся тем, что липид представляет собой диациллипид.

E102. Иммуногенная композиция по варианту осуществления 77 или 99-101, отличающаяся тем, что лиганд CAR представляет собой опухолеассоциированный антиген или вирусный антиген.

E103. Иммуногенная композиция по вариантам осуществления 77, 78 или 99-102, отличающаяся тем, что амфифильный олигонуклеотидный конъюгат содержит олигонуклеотидный линкер.

E104. Иммуногенная композиция по варианту осуществления 103, отличающаяся тем, что олигонуклеотидный линкер содержит «N» последовательных гуанинов, где N находится в диапазоне 0-2.

E105. Иммуногенная композиция по любому из вариантов осуществления 78, 99-101 и 103-104, отличающаяся тем, что метка выбрана из группы, состоящей из изотиоцианата флуоресцеина (FITC), стрептавидина, биотина, динитрофенола, перидинин-хлорофилл-белкового комплекса, зеленого флуоресцентного белка, фикоэритрина (PE), пероксидазы хрена, пальмитоилирования, нитрозилирования, щелочной фосфатазы, глюкозооксидазы мальтоза-связывающего белка.

Настоящее раскрытие дополнительно иллюстрируется следующими примерами, которые не должны рассматриваться как дополнительное ограничение. Содержание всех фигур и всех ссылок, патентов и опубликованных патентных заявок, цитируемых в данной заявке, прямо включено в настоящее описание посредством ссылки.

ПРИМЕРЫ

Ниже приведены примеры конкретных вариантов осуществления способов, описанных в настоящем документе. Примеры предлагаются только в иллюстративных целях и никоим образом не предназначены для ограничения объема настоящего изобретения. Были предприняты усилия для обеспечения точности по отношению к используемым числам (например, количествам, температурам и т. д.), но, конечно, могут быть допущены некоторые экспериментальные ошибки и отклонения.

Пример 1: Генерация DSPE-PEG-FITC и DSPE-PEG-пептид/белковый лиганд

Из-за плохой персистенции CAR-T-клеток в некоторых популяциях пациентов и неспособности терапии CAR-T вызывать оптимальный ответ при солидных опухолях было выдвинуто предположение, что более мощное наращивание CAR-T-клеток и расширенная функциональность могут быть достигнуты путем стимуляции посредством самого CAR. Для этого использовали альбумин-связывающие фосфолипидные полимеры, как описано ранее (Liu, H., Moynihan, KD, Zheng, Y., Szeto, GL, Li, AV, Huang, B., Irvine, DJ (2014), Structure-based programming of lymph-node targeting in molecular vaccines. Nature, 507 (7493), 519-522.). В частности, низкомолекулярный, пептидный или белковый лиганд для CAR присоединяется к полимер-липидному хвосту, как показано на ФИГ. 1А, с образованием амфифильной вакцины.

Первоначально использовался CAR с перенацеливанием, в котором химерный антигенный рецептор распознает низкомолекулярный флуоресцеин (FITC), который направлен против опухолей через FITC-конъюгированное противоопухолевое антитело (Ma, JS, Kim, JY, Kazane, SA, Choi, SH, Yun, HY, Kim, MS, Cao, Y. (2016). Versatile strategy for controlling the specificity and activity of engineered T cells. Proc Natl Acad Sci U S A, 113 (4), E450-458). Родственным лигандом является FITC-поли(этиленгликоль(PEG)-DSPE(«DSPE-PEG-FITC»). На ФИГ.1В схематически показана стимуляция CAR-Т-клеток антигенпрезентирующими клетками, покрытыми соответствующей амфифильной вакциной.

Для создания вакцины DSPE-PEG-FITC PE (фосфоэтаноламин) липид (например, DSPE) растворяли в 500 мкл CHCl3 и 500 мкл DMF, 3 экв. триэтиламина и 1,2 экв. флуоресцеина-PEG2000-NHS (Creative PEG Works Inc.), и реакционную смесь перемешивали в течение ночи. Амфифильные вещества флуоресцеин PEG очищали с помощью ВЭЖХ с обращенной фазой, используя колонку С4 (BioBasic-4, 200 мм х 4,6 мм, Thermo Scientific), 100 мМ буфер триэтиламин-уксусная кислота (TEAA, pH 7,5) - метанол (0-30 мин. 10-100%) в качестве элюента. Конечные продукты растворяли в H₂O и количественно определяли с помощью УФ-видимой спектроскопии (флуоресцеин, коэффициент экстинкции 70000 М^-1см^-1 при 490 нм, pH 9) и характеризовали масс-спектрометрией MALDI-TOF. Чтобы получить DSPE-PEG-пептид/белковый лиганд, N-концевые цистеин-модифицированные пептиды или белковый лиганд растворяли в DMF и смешивали с 2 эквивалентами малеимид-PEG2000-DSPE (Laysan Bio, Inc.), и смесь перемешивали при 25°С в течение 24 часов. Биоконъюгация была признана по существу полной с помощью анализа ВЭЖХ. Пептидные амфифилы были охарактеризованы с помощью масс-спектрометрии MALDI-TOF. Затем пептидные конъюгаты разбавляли в 10хddH₂O и лиофилизировали в порошок, снова растворяли в H2O и хранили при -80°C.

Пример 2: Активация in vitro анти-FITC CAR-T-клеток клетками, покрытыми DSPE-PEG-FITC

Чтобы определить влияние конъюгата амфифильного лиганда на T-клетки, содержащие химерный антигенный рецептор (CAR), стимуляцию CAR-T-клеток in vitro оценивали после совместного культивирования с антигенпрезентирующими клетками (APC), обеспечивающими конъюгат амфифильного лиганда. В частности, модельные CAR-T-клетки, экспрессирующие анти-FITC-CAR, получали путем ретровирусной трансдукции ДНК-вектора, содержащего кодирующую область анти-FITC (флуоресцеин) scFV (4m5.3), слитую в рамке с областью, кодирующей метку эпитопа Myc, и с кодирующей областью CAR, содержащей трансмембранный домен CD8, сигнальный домен CD28 и сигнальный домен CD3z в первичные Т-клетки мыши. Доменная структура и ориентация анти-FITC CAR, помеченного Myc, изображены на ФИГ. 2А. Поверхностную экспрессию Myc-меченного анти-FITC CAR в первичных мышиных Т-клетках количественно определяли путем инкубации трансдуцированных клеток с флуоресцентно меченным анти-Myc-антителом и количественной оценки флуоресцентных клеток с помощью проточной цитометрии (ФИГ. 2B).

Затем модельные клетки-мишени, клетки K562, тестировали на эффективную вставку в мембрану конъюгата амфифильного лиганда, содержащего липофильный фрагмент (т. е. DSPE), ковалентно связанный с FITC через линкер PEG-2000. При низких дозах (т. е. 25 нМ) DSPE-PEG-FITC повышение концентрации в сыворотке почти полностью отменяет поверхностную вставку. Однако в высоких дозах (500 нМ) DSPE-PEG-FITC сохранял высокий уровень декорирования клеточной поверхности (данные не показаны).

Чтобы имитировать антигенпрезентирующие клетки в лимфатических узлах, дендритные клетки (DC2.4) декорировали DSPE-PEG-FITC с увеличением концентрации, а затем совместно культивировали с анти-FITC CAR-T-клетками в течение 0, 48 и 96 часов. Способность FITC-меченных клеток DC2.4 стимулировать анти-FITC CAR Т-клетки контролировали по секреции IFNγ CAR-T-клетками. Хотя большинство молекул FITC, по-видимому, интернализировалось в течение 24 часов, сильная индукция IFNγ CAR-T-клетками наблюдалась в момент 0 и 48 часов, затем снижалась в момент 96 часов (данные не показаны) и наблюдалась дозозависимая активация (ФИГ. 2С). Кроме того, когда FITC-меченные клетки DC2.4 совместно культивировали с клетками FITC-CAR-T в течение 6 часов при соотношении эффектор:мишень (E:T) 10:1, клетки DC2.4 уничтожались, когда FITC-CAR-T-клетки вводили с DSPE-PEG-FITC (ФИГ. 2D). Кроме того, как сообщалось ранее (Ma et al., 2016), совместное культивирование FITC-CAR-T-клеток с CD19+ клетками-мишенями в присутствии FITC-конъюгированного анти-CD19-антитела, но не контрольного антитела, приводило к мощной активации CAR-T-клеток, определяемой секрецией IFNγ (данные не показаны). В целом, эти результаты показывают, что конъюгаты амфифильного лиганда способны активировать CAR-T-клетки.

Пример 3: Доставка DSPE-PEG-FITC в лимфатический узел (LN), удержание и поглощение APC

На основании результатов Примера 2 затем было определено, может ли конъюгат амфифильного лиганда DSPE-PEG-FITC покрывать антигенпрезентирующие клетки в лимфатических узлах (LN) для примирования клеток FITC-CAR-T in vivo. Для оценки доставки DSPE-PEG-FITC в лимфатический узел и удержания и поглощения APC мышам C57BL/6 вводили различные дозы DSPE-PEG-FITC. В частности, паховый LN, подмышечный LN и подвздошный LN собирали через 24 часа после введения 2 нмоль, 5 нмоль или 10 нмоль доз DSPE-PEG-FITC в хвостовую вену мышей. Свободный FITC был использован в качестве контроля. Мышей умерщвляли и LN удаляли в разные моменты времени для визуализации IVIS (возбуждение 465 нм, излучение 520 нм) для мониторинга удержания LN сигнала FITC. Наиболее эффективное дренирование было в паховый LN, а затем подмышечный LN (данные не показаны). При высоких дозах также наблюдалось, что DSPE-PEG-FITC дренирует в подвздошный LN.

Хотя сигнал FITC был почти потерян при самой низкой дозе (2 нмоль) через 4 дня, сигнал сохранялся в течение более чем 21 дня при высокой дозе (10 нмоль) DSPE-PEG-FITC (ФИГ. 3A). Свободный сигнал FITC был потерян через 24 часа (ФИГ. 3А). Анализ проточной цитометрией клеток LN выявил значительное поглощение DSPE-PEG-FITC в дендритных клетках CD8+ и CD11b+ (DC), а также макрофагах, но минимальное накопление в Т-клетках или В-клетках (ФИГ. 3B и 3C). Конфокальная визуализация LN показала, что DSPE-PEG-ITC первоначально накапливался в межфолликулярных областях через 1 день, но со временем распределялся на CD11c+ DC в T-клетках, и отсортированные клетки FITC+CD11c+ из этих LN ярко окрашивались антителом против FITC (данные не показаны).

В целом, эти результаты показывают, что конъюгат амфифильного лиганда экспрессируется на антигенпрезентирующих клетках в лимфатических узлах.

Пример 4: DSPE-PEG-FITC, удерживаемый в LN, сильно стимулирует пролиферацию CAR-Т-клеток

Чтобы оценить, приведет ли DSPE-PEG-FITC, накапливающийся на антигенпрезентирующих клетках лимфатического узла, к примированию CAR-Т-клеток и как долго этот стимулирующий эффект будет длиться, в день 1 мышам вводили PBS, c-di-GMP (25 мкг), DSPE-PEG-FITC (10 нмоль) или DSPE-PEG-FITC (10 нмоль) + c-di-GMP (25 мкг) вводили мышам дикого типа C57Bl/6. После различных моментов времени, как указано на временной шкале на ФИГ. 7А, 2×10⁶ CTV-меченных CAR-T-клеток переносили в каждую мышь посредством инъекции в хвостовую вену. CAR-T-клетки титровали, чтобы они представляли собой смесь клеток CAR+ и CAR- в соотношении 1:1. Еще через 48 часов мышей умерщвляли и LN удаляли для анализа FACS. Как показано в репрезентативных результатах на ФИГ.7B, до 7 дней после вакцинации FITC-CAR-T эффективно стимулировали в лимфатическом узле через 48 часов после адоптивного переноса, и это совместное введение сильного адъюванта, стимулирующего Т-клетки, циклического di-GMP (CDG, агонист STING) значительно увеличивало стимуляцию DSPE-PEG-FITC до 14 дней (ФИГ.7B). Минимальная пролиферация CAR-T-клеток наблюдалась у контрольных мышей, получавших PBS или только адъювант. Эти результаты указывают на способность конъюгата амфифильного лиганда индуцировать пролиферацию CAR-T-клеток in vivo.

Кроме того, совместное введение CDG значительно увеличило продолжительность и доступность DSPE-PEG-FITC на множественных поверхностях клеток APC, включая макрофаги и CD11c+ CD11b+ DC (ФИГ.5). Кроме того, совместное введение CDG увеличивало уровень экспрессии нескольких костимулирующих молекул, то есть CD80, CD86, 41BBL, ICOSL и OX40L, по сравнению только с DSPE-PEG-FITC (ФИГ.6). Экспрессию измеряли через 24 часа и 3 дня после вакцинации.

Пример 5: Влияние DSPE-PEG-FITC на длительное наращивание CAR-T-клеток

Чтобы проследить влияние DSPE-PEG-FITC на длительное наращивание CAR-T-клеток in vivo, была использована модель конгенной трансплантации CD45.1/CD45.2. Конкретно, мыши-реципиенты с лимфодеплецией CD45.2 получали различные дозы CD45.1 донорных FITC CAR-T клеток (0,25×10⁶; 0,05×10⁶; 0,01×10⁶) в день 0. Через 24 часа мыши получали PBS или вакцинировались 10 нмоль DSPE-PEG-FITC с или без 25 мкг CDG. На ФИГ. 7 представлена временная шкала эксперимента. Процент циркулирующих CAR-T-клеток определяли анализом FACS периферической крови, собранной через 7 и 14 дней после вакцинации. CAR-Т-клетки определяли как популяцию CD3+ CD8+/Myc tag+.

Резкое продольное наращивание CD45.1 CAR-T наблюдалось после вакцинации DSPE-PEG-FITC, индивидуально или в комбинации с CDG. В частности, группа 0,25×10⁶ заняла > 70%, а группа 0,05×10⁶ > 50% периферических CD8+ Т-клеток через 7 дней после первой вакцинации, что было значительно больше, чем у мышей, которым переносили 10×10⁶ ex vivo нарощенных CAR-T-клеток. (ФИГ.7). Со второй загрузкой группа 0,01×10⁶ также достигла 50% к 14 дню.

Кроме того, эффективность DSPE-PEG-FITC была оценена у мышей без лимфодеплеции. Схемы с лимфодеплецией повышают эффективность адоптивной клеточной терапии, но связаны с серьезной токсичностью. Учитывая мощное усиление CAR-T с помощью DSPE-PEG-FITC в условиях лимфодеплеции, затем было рассмотрено, может ли DSPE-PEF-FITC наращивать CAR-T-клетки до значительного уровня у мышей без лимфодеплеции. В частности, множественные дозы клеток CD45.1 FITC CAR-T переносили мышам-реципиентам без лимфодеплеции CD45.2, после чего следовали той же схеме вакцинации и последующему анализу, описанному выше, показанному на ФИГ.8. Результаты также показаны на ФИГ. 8, которые указывают на то, что контрольные мыши, которые получали 10×10⁶ CAR-T, имели только ~ 5% циркулирующей популяции CD8+ Т-клеток, в то время как мыши, которые получали 0,25×10⁶ CAR-T плюс DSPE-PEG-FITC, достигли ~ 10% к 14 дню, и ~ 20% было достигнуто в группе 1×10⁶ CART-T. Одной из проблем было то, что повторная вакцинация может вызывать появление антител против FITC при конъюгации с DSPE-PEG, блокируя тем самым их стимуляцию на CAR в лимфатических узлах. Однако никакого ответа антител не наблюдалось, когда FITC конъюгировали с DSPE-PEG или с белком-носителем OVA (ФИГ. 9), поскольку DSPE-PEG не предоставлял источник помощи Т-клеток.

В целом, эти результаты показали, что вакцина DSPE-PEG-FITC в комбинации с адъювантом (то есть CDG) действовала как мощная бустерная вакцина CAR-T in vivo.

Пример 6: Эффективность амфифильной вакцины с опухолеспецифическим антигеном

Затем оценивали, можно ли использовать ту же концепцию бустерной вакцины, описанную в Примерах выше, для полноценного опухолевого антиген-специфического CAR. В частности, использовали мышиный EGFRvIII-специфичный CAR 139scFv, который распознает короткий линейный эпитоп, полученный из EGFRvIII (Sampson, et al. (2014). EGFRvIII mCAR-modified T-cell therapy cures mice with established intracerebral glioma and generates host immunity against tumor-antigen loss. Clin Cancer Res, 20 (4), 972-984). Этим CAR трансдуцировали мышиные Т-клетки, и молекулу вакцинного пептида амфифил-EGFRvIII синтезировали следующим способом: модифицированный цистеином по C-концу пептид EGFRvIII, растворенный в диметилформамиде (DMSO), смешивали с 2,5 эквивалентами 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин-N- [малеимид (полиэтиленгликоль)-2000] (DSPE-PEG2k) и 1 эквивалентом трис(2-карбоксиэтил)фосфина гидрохлорида и каталитического количества триэтиламина. Смесь перемешивали при комнатной температуре в течение 24 часов и затем очищали на ВЭЖХ и растворяли в H₂O. Схема амфифильной вакцины DSPE-PEG-EGFRvIII показана на ФИГ. 10А, и на ФИГ. 10B показана экспрессия анти-EGFRvIII CAR на Т-клетках.

Подобно DSPE-PEG-FITC, DSPE-PEG-EGFRvIII, вставленный в клеточные мембраны in vitro, и клетки, покрытые DSPE-PEG-EGFRvIII, стимулировали EGFRvIII-CAR-T-клетки (данные не показаны). Кроме того, иммунизация мышей с использованием 10 мкг DSPE-PEG-EGFRvIII и адъюванта (25 мкг циклического di-GMP) через 24 часа после внутривенной инъекции 2×10⁶ клеток, меченных «celltrace violet» (CTV) EGFRvIII-CAR-T, запускает обширную пролиферацию CAR-T-клеток в дренирующем паховом лимфатическом узле in vivo через 48 часов (ФИГ. 10C). Чтобы проверить терапевтическое воздействие бустерной вакцинации, мышиные клетки глиомы CT-2A трансдуцировали EGFRvIII и культивировали совместно с EGFRvIII-CAR-T-клетками. CAR-T-клетки секретировали IFNγ в присутствии клеток глиомы CT-2A, экспрессирующих EGFRvIII (ФИГ.11A). Кроме того, совместное культивирование клеток глиомы CT-2A, экспрессирующих EGFR или EGFRvIII дикого типа, с EGFRvIII-CAR-T в соотношении 1:10 в течение 6 часов in vitro приводило к эффективному уничтожению EGFRvIII-экспрессирующих EGFR, но не экспрессирующих EGFR дикого типа клеток глиомы CT-2A, клетками EGFRvIII-CAR-T (ФИГ. 11B).

Для дальнейшего исследования эффективности амфифильной вакцины DSPE-PEG-EGFRvIII была использована модель in vivo. В частности, мышам CD45.2 C57Bl/6 дикого типа имплантировали 4×10⁶ EGFRvIII-экспрессирующих клеток CT-2A. На 7-й день мыши-носители опухоли CT-2A-mEGFRvIII, получали сублетальное облучение и последующую инфузию различных доз клеток EGFRvIII CAR-T, полученных от мышей CD45.1, с последующим добавлением или 10 мкг DSPE-PEG-EGFRvIII плюс 25 мкг CDG или без добавления. В группе, получившей 10×10⁶ CAR-T-клеток, циркулирующие CAR-T-клетки составляли ~ 40% CD8+ T-клеток периферической крови (ФИГ.12). Мыши, которые получали меньшее число клеток, имели минимальное количество циркулирующих CAR-T-клеток, однако резкое наращивание EGFRvIII CAR-T было достигнуто в группах, которые получали DSPE-PEG-EGFRvIII плюс CDG (ФИГ. 12).

Для оценки влияния конъюгата амфифильного лиганда на функцию CAR T EGFRvIII проводили внутриклеточное окрашивание цитокинов (ICS) с использованием периферической крови, собранной через 7 дней после вакцинации. Мононуклеарные клетки периферической крови (PBMC) смешивали с клетками CT-2A, экспрессирующими EGFRvIII, в соотношении 1:1 в 96-луночном планшете в течение 6 часов в присутствии 1xgolgiplug. Затем клетки поверхностно окрашивали, фиксировали и пермеабилизовали, затем дополнительно окрашивали антителами против IFNγ и антителами против TNFα для оценки продукции цитокинов стимулированными или не стимулированными вакцинами EGFRvIII CAR-Т-клетками в респонсивных клетках-мишенях. EGFRvIII CAR-T-клетки, стимулированные DSPE-PEG-EGFRvIII, обладали значительно улучшенной функциональностью, причем большая часть циркулирующих CAR-T реагировала на опухолевые клетки-мишени (ФИГ. 13). Кроме того, значительно увеличенная инфильтрация CAR-T в опухоль в группе, стимулированной DSPE-PEG-EGFRvIII+CDG, наблюдалась на 7-й день после вакцинации, что было определено с помощью FACS, анализируя количество CAR-T-клеток на мг опухоли (ФИГ. 14). Кроме того, инфильтрирующиеся в опухоль CAR-T-клетки проявляли повышенную реактивность против опухолевых клеток через 7 дней после вакцинации. В частности, ФИГ. 15 показывает, что уровень секреции цитокинов инфильтрирующими опухоль CAR-T-клетками был повышен в присутствии DSPE-PEG-EGFRvIII+CDG относительно PBS, тогда как на ФИГ. 16 показан уровень гранзима B, индикатора цитотоксичности, повышенного в инфильтрирующихся в опухоль клетках CAR-T, и Ki67, показатель пролиферации, также был повышен. Интересно, что эта повышенная реакционная способность имела место, несмотря на поверхностную экспрессию PD1 и TIM3 (ФИГ. 17). Животные, которые получали как CAR-T, так и DSPE-PEG-EGFRvIII+CDG, значительно задерживали рост опухоли (ФИГ. 18A) и увеличивали выживаемость (ФИГ. 18B). Примечательно, что как и у мышей, вакцинированных DSPE-PEG-FITC, не было выявлено никакого ответа антител против EGFRvIII после четырех раундов еженедельной вакцинации, и после каждой вакцинации наблюдалась лишь небольшая потеря массы, что указывало на токсичность на управляемом уровне (данные не показаны).

Пример 7. Конструирование и эффективность биспецифических CAR-T-клеток, вакцинированных DSPE-PEG-FITC.

Использование суррогатного пептидного лиганда для CAR-Т-клеток является эффективным, но некоторые CAR распознают трехмерные структурные эпитопы (De Oliveira, et al. (2013). A CD19/Fc fusion protein for detection of anti-CD19 chimeric antigen receptors. J Transl Med, 11, 23. doi: 10.1186/1479-5876-11-23), для которых может быть трудно или невозможно идентифицировать простой суррогатный лиганд. Чтобы устранить такие ограничения и обеспечить средства для усиления любого CAR, независимо от природы его связывающего домена или его специфичности, был разработан тандемный биспецифичный CAR на основе scFv. В частности, анти-FITC scFV 4m5.3 добавляли к N-концевому внеклеточному домену CAR, нацеленному на опухоль, через (G4S) 4 пептидный линкер сразу после N-концевого сигнального пептида (ФИГ. 19). Чтобы оценить осуществимость этого подхода, использовали биспецифический мышиный CAR, нацеленный как на FITC, так и на ассоциированный с меланомой антиген TRP1, который хорошо экспрессируется в первичных Т-клетках мыши. ФИГ. 20 показывает экспрессию биспецифического CAR на T-клетках. Чтобы подтвердить специфичность реакции этого биспецифического CAR, FITC/TRP1-CAR-Т-клетки совместно культивировали либо с клетками-мишенями, покрытыми DSPE-PEG-FITC, либо с клетками B16F10, экспрессирующими TRP1, при соотношении эффектор:мишень 10:1 в течение 6 часов в in vitro, FITC/TRP1-CAR-T реагировали на оба антигена специфически и сильно, как показано секрецией IFNγ (ФИГ. 21). Кроме того, FITC/TRP1-CAR-Т-клетки уничтожали клетки-мишени TRP1+ эквивалентно моноспецифическим TRP1-CAR-Т-клеткам, как было определено путем совместного культивирования клеток в течение 6 часов при соотношении эффектор и мишень (E:T) 10:1. (ФИГ. 22). In vivo вакцинация DSPE-PEG-FITC надежно стимулировала пролиферацию биспецифических FITC/TRP1-CAR-T, что было определено с помощью транспорта celltrace violet через 48 часов после вакцинации (ФИГ. 23).

Для оценки терапевтического потенциала биспецифических CAR-T с DSPE-PEG-FITC плюс CDG мышам дикого типа C57Bl/6 имплантировали 5×10⁵ опухолевых клеток B16F10. Через 5 дней животные с опухолями получали лимфодефицитную обработку облучением 500 сГр с последующей внутривенной инъекцией 10×10⁶ FITC/TRP1 CAR-T-клеток на следующий день. Только CAR-T-клетки оказывали небольшое влияние на рост опухоли по сравнению с контрольными T-клетками, тогда как мыши, которые получали как CAR-T, так и вакцину (10 нмоль DSPE-PEG-FITC+25 мкг CDG), демонстрировали резкое замедление опухолевого роста (ФИГ. 24A) и значительно увеличенную выживаемость (ФИГ. 24B). Это соответствовало повышенным уровням циркулирующего CAR-T (ФИГ. 25) и усиленной инфильтрации опухоли (ФИГ. 26). Потеря массы тела также контролировалась в группах животных, которые получили вакцинацию (данные не показаны).

Мотивированную мощным наращиванием CAR-T и функциональным улучшением с помощью повышения DSPE-PEG-FITC+CDG, терапевтическую эффективность CAR-T плюс DSPE-PEG-FITC+CDG оценивали у мышей-носителей опухоли без предварительного кондиционирования лимфодеплецией. Для облегчения отслеживания in vivo CD45.1 FITC/TRP1 CAR-T-клетки переносили мышам-реципиентам CD45.2 с меланомой B16F10, следуя аналогичной схеме вакцинации. Мыши, которые получали только CAR-T, имели почти неразличимый рост опухоли, как и те, которые получали контрольные T-клетки, в то время как комбинированная обработка с помощью вакцинации CAR-T и DSPE-PEG-FITC+CDG значительно задерживала рост опухоли и увеличивала выживаемость животных (ФИГ. 27А и 27В) с минимальным влиянием на массу животных (данные не показаны).

Хотя DSPE-PEG-FITC преимущественно доставляется и накапливается в лимфатических узлах и включается в APC, располагающиеся в лимфатических узлах, небольшой процент амфифилов может проникать в периферическую кровь и попадать в фоновые клетки, делая их de novo мишенями CAR-T. Чтобы проанализировать такую непреднамеренную токсичность, вызванную амфифилами, избежавшими лимфодренажа, DSPE-PEG-FITC вводили внутривенно мышам NSG, которые имеют серьезно дефектные лимфатические узлы, чтобы стимулировать FITC CAR-T-клетки. Тем не менее, была незначительная стимуляция пролиферации FITC CAR-T (данные не показаны).

В целом, эти результаты показали, что CAR-T-клеточная терапия эффективна при солидных опухолях с использованием амфифильной вакцины.

Эквиваленты

Специалистам данной области техники понятно, и они могут установить, используя не более чем обычные эксперименты, многие эквиваленты конкретных вариантов осуществления, описанных в настоящем документе. Такие эквиваленты предназначены для охвата следующей формулой изобретения.

--->

СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY

<120> КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ Т-КЛЕТОЧНОЙ ТЕРАПИИ С ХИМЕРНЫМ АНТИГЕННЫМ

РЕЦЕПТРОМ И ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

<130> MITN-043PC

<140> PCT/US2018/051764

<141> 2018-09-19

<150> US 62/560,588

<151> 2017-09-19

<160> 2

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 14

<212> Белок

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая: EGFRvIII пептид, конъюгированный с DSPE-PEG

<400> 1

Leu Glu Glu Lys Lys Gly Asn Tyr Val Val Thr Asp His Cys

1 5 10

<210> 2

<211> 25

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая: Липофильный-CpG олигонуклеотид

<220>

<221> прочие_признаки

<222> (1)..(5)

<223> присутствует по меньшей мере один "g" и может присутствовать до

4 "g" или они могут отсутствовать

<220>

<221> модифицированное_основание

<222> (1)..(1)

<223> Липофильное соединение

<400> 2

gggggtccat gacgttcctg acgtt 25

<---

Группа изобретений относится к применению конъюгата амфифильного лиганда для активации, наращивания или увеличения пролиферации Т-клеток с химерным антигенным рецептором (CAR) у субъекта, где конъюгат амфифильного лиганда содержит: лиганд CAR, который связывается с CAR, экспрессируемым указанными CAR-T-клетками, и липид, функционально связанный с лигандом CAR, где липид имеет длину более 12 углеводородных единиц, также относится к способу активации, наращивания или увеличения пролиферации CAR-T-клеток у пациента, также относится к способу уменьшения или снижения размера опухоли или ингибирования опухолевого роста у пациента, нуждающегося в этом, отличающемуся тем, что пациент получает или получил CAR-T-клеточную терапию, также относится к способу индукции противоопухолевого ответа у пациента с онкологическим заболеванием, отличающемуся тем, что пациент получает или получил CAR-T-клеточную терапию, также относится к способу стимуляции иммунного ответа у пациента на популяцию клеток-мишеней или ткань-мишень, экспрессирующую антиген, также относится к способу лечения пациента, имеющего заболевание, расстройство или состояние, связанное с экспрессией или повышенной экспрессией антигена, также относится к набору для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию, и также относится к набору для активации, наращивания или увеличения пролиферации CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию. Группа изобретений обеспечивает лечение или замедление прогрессирования рака у индивидуума, получающего терапию CAR-T-клетками, обеспечивает увеличение пролиферации Т-клеток с химерным антигенным рецептором (CAR) у субъекта, обеспечивает уменьшение или снижение размера опухоли или ингибирование роста опухоли у субъекта, индукцию противоопухолевого ответа, стимуляцию иммунного ответа на популяцию клеток-мишеней или ткань-мишень, экспрессирующую антиген, у субъекта или лечение субъекта, имеющего заболевание, нарушение или состояние, связанное с экспрессией или повышенной экспрессией антигена. 10 н. и 85 з.п. ф-лы, 7 пр., 39 ил.

1. Применение конъюгата амфифильного лиганда для активации, наращивания или увеличения пролиферации Т-клеток с химерным антигенным рецептором (CAR) у субъекта, где конъюгат амфифильного лиганда содержит:

лиганд CAR, который связывается с CAR, экспрессируемым указанными CAR-T-клетками, и

липид, функционально связанный с лигандом CAR,

где липид имеет длину более 12 углеводородных единиц.

2. Применение по п. 1, отличающееся тем, что липид встраивается в клеточную мембрану при физиологических условиях, связывается с альбумином при физиологических условиях или и то и другое.

3. Применение по п. 1 или 2, отличающееся тем, что липид представляет собой диациллипид.

4. Применение по п. 3, отличающееся тем, что диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 12-30 углеводородных единиц, 14-25 углеводородных единиц, 16-20 углеводородных единиц или 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 углеводородных единиц.

5. Применение по любому из пп. 1-4, отличающееся тем, что лиганд CAR функционально связан с липидом через линкер.

6. Применение по п. 5, отличающееся тем, что линкер выбран из группы, состоящей из гидрофильных полимеров, ряда гидрофильных аминокислот, полисахаридов или их комбинации.

7. Применение по п. 5, отличающееся тем, что линкер содержит N последовательных полиэтиленгликолевых единиц, где N находится в диапазоне 25-50.

8. Применение по любому из пп. 1-7, отличающееся тем, что CAR содержит домен связывания метки и лиганд CAR представляет собой метку.

9. Применение по п. 8, отличающееся тем, что метка выбрана из группы, состоящей из стрептавидина, биотина, динитрофенола, перидинин-хлорофилл-белкового комплекса, зеленого флуоресцентного белка, фикоэритрина (РЕ), пероксидазы хрена, пальмитоилирования, нитрозилирования, щелочной фосфатазы, глюкозооксидазы и мальтозосвязывающего белка.

10. Применение по любому из пп. 1-7, отличающееся тем, что CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и лиганд CAR представляет собой опухолеспецифический антиген.

11. Применение по любому из пп. 1-10, отличающееся тем, что липид представляет собой 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE) и где полиэтиленгликолевой группой является PEG-2000.

12. Применение по любому из пп. 1-11, отличающееся тем, что CAR содержит домен костимуляции.

13. Применение по любому из пп. 1-12, отличающееся тем, что CAR содержит биспецифический связывающий домен.

14. Применение по п. 13, отличающееся тем, что биспецифический связывающий домен содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен или содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен.

15. Применение по п. 13, отличающееся тем, что биспецифический связывающий домен содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и где лиганд CAR является меткой.

16. Применение по п. 13, отличающееся тем, что биспецифический связывающий домен содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и где лиганд CAR является первым или вторым опухолеассоциированным антигеном или его фрагментом.

17. Применение по любому из пп. 1-16, отличающееся тем, что применение дополнительно включает введение адъюванта.

18. Применение по п. 17, отличающееся тем, что адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, конъюгированный с липидом, с линкером или без него.

19. Применение по п. 18, отличающееся тем, что иммуностимулирующий олигонуклеотид связывается с образраспознающим рецептором.

20. Применение по п. 19, отличающееся тем, что иммуностимулирующий олигонуклеотид содержит CpG.

21. Применение по п. 18, отличающееся тем, что иммуностимулирующий олигонуклеотид является лигандом для toll-подобного рецептора.

22. Применение по любому из пп. 18-21, отличающееся тем, что линкер представляет собой олигонуклеотидный линкер.

23. Применение по п. 22, отличающееся тем, что олигонуклеотидный линкер содержит N последовательных гуанинов, где N находится в диапазоне 0-2.

24. Применение по любому из пп. 18-23, отличающееся тем, что липид представляет собой диациллипид.

25. Применение по п. 24, отличающееся тем, что диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 12-30 углеводородных единиц.

26. Применение по п. 17, отличающееся тем, что адъювант представляет собой циклический di-GMP (CDG).

27. Способ активации, наращивания или увеличения пролиферации CAR-T-клеток у пациента, включающий введение пациенту конъюгата амфифильного лиганда, содержащего:

лиганд CAR, который связывается с CAR, экспрессируемым указанными CAR-T-клетками, и

липид, функционально связанный с лигандом CAR,

где липид имеет длину более 12 углеводородных единиц.

28. Способ по п. 27, отличающийся тем, что пролиферация CAR(-) T-клеток у пациента не увеличивается.

29. Способ уменьшения или снижения размера опухоли или ингибирования опухолевого роста у пациента, нуждающегося в этом, отличающийся тем, что пациент получает или получил CAR-T-клеточную терапию, включающий введение пациенту конъюгата амфифильного лиганда, содержащего:

лиганд CAR, который связывается с CAR, экспрессируемым указанными CAR-T-клетками, и

липид, функционально связанный с лигандом CAR,

где липид имеет длину более 12 углеводородных единиц.

30. Способ по любому из пп. 27-29, отличающийся тем, что пациенту вводят конъюгат амфифильного лиганда, композицию или иммуногенную композицию до получения CAR-Т-клеток.

31. Способ по любому из пп. 27-29, отличающийся тем, что пациенту вводят конъюгат амфифильного лиганда, композицию или иммуногенную композицию после получения CAR-T-клеток.

32. Способ по любому из пп. 27-29, отличающийся тем, что конъюгат амфифильного лиганда, композицию или иммуногенную композицию и CAR-T-клетки вводят одновременно.

33. Способ индукции противоопухолевого ответа у пациента с онкологическим заболеванием, отличающийся тем, что пациент получает или получил CAR-T-клеточную терапию, включающий введение пациенту конъюгата амфифильного лиганда, содержащего:

лиганд CAR, который связывается с CAR, экспрессируемым указанными CAR-T-клетками, и

липид, функционально связанный с лигандом CAR,

где липид имеет длину более 12 углеводородных единиц.

34. Способ стимуляции иммунного ответа у пациента на популяцию клеток-мишеней или ткань-мишень, экспрессирующую антиген, причем способ включает введение пациенту CAR-T-клеток, нацеленных на антиген, и конъюгата амфифильного лиганда, содержащего:

лиганд CAR, который связывается с CAR, экспрессируемым указанными CAR-T-клетками, и

липид, функционально связанный с лигандом CAR,

где липид имеет длину более 12 углеводородных единиц.

35. Способ по п. 34, отличающийся тем, что популяция клеток-мишеней или ткань-мишень представляют собой популяцию клеток или ткань, инфицированные вирусом.

36. Способ по п. 35, отличающийся тем, что вирус представляет собой вирус иммунодефицита человека (ВИЧ).

37. Способ по п. 35 или 36, отличающийся тем, что иммунный ответ представляет собой иммунный ответ, опосредованный Т-клетками.

38. Способ по п. 34, отличающийся тем, что иммунный ответ представляет собой иммунный ответ, опосредованный Т-клетками, или противоопухолевый иммунный ответ.

39. Способ по п. 34 или 38, отличающийся тем, что популяция клеток-мишеней или ткань-мишень представляют собой опухолевые клетки или опухолевую ткань.

40. Способ лечения пациента, имеющего заболевание, расстройство или состояние, связанное с экспрессией или повышенной экспрессией антигена, включающий введение пациенту CAR-T-клеток, нацеленных на антиген, и конъюгата амфифильного лиганда, содержащего:

лиганд CAR, который связывается с CAR, экспрессируемым указанными CAR-T-клетками, и

липид, функционально связанный с лигандом CAR,

где липид имеет длину более 12 углеводородных единиц.

41. Способ по п. 40, отличающийся тем, что антиген представляет собой вирусный антиген или опухолевый антиген.

42. Способ по любому из пп. 27-41, отличающийся тем, что конъюгат амфифильного лиганда доставляется в лимфатические узлы.

43. Способ по любому из пп. 27-41, отличающийся тем, что конъюгат амфифильного лиганда доставляется в паховый лимфатический узел и подмышечный лимфатический узел.

44. Способ по любому из пп. 27-43, отличающийся тем, что конъюгат амфифильного лиганда встраивается в мембрану антигенпрезентирующих клеток после доставки в лимфатические узлы.

45. Способ по п. 44, отличающийся тем, что антигенпрезентирующими клетками являются медуллярные макрофаги, CD8+ дендритные клетки и/или CD11b+ дендритные клетки.

46. Способ по любому из пп. 27-45, отличающийся тем, что лиганд CAR удерживается в лимфатических узлах в течение по меньшей мере 4 дней, по меньшей мере 5 дней, по меньшей мере 6 дней, по меньшей мере 7 дней, по меньшей мере 8 дней, по меньшей мере 9 дней, по меньшей мере 10 дней, по меньшей мере 11 дней, по меньшей мере 12 дней, по меньшей мере 13 дней, по меньшей мере 14 дней, по меньшей мере 15 дней, по меньшей мере 16 дней, по меньшей мере 17 дней, по меньшей мере 18 дней, по меньшей мере 19 дней, по меньшей мере 20 дней, по меньшей мере 21 дня, по меньшей мере 22 дней, по меньшей мере 23 дней, по меньшей мере 24 дней или по меньшей мере 25 дней.

47. Способ по любому из пп. 27-46, отличающийся тем, что лигандом CAR является метка, где CAR содержит домен связывания метки, и где способ дополнительно включает введение композиции меченых белков, и где домен связывания метки связывается с мечеными белками.

48. Способ по п. 47, отличающийся тем, что белок в меченом белке представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.

49. Способ по п. 47 или 48, отличающийся тем, что домен связывания метки представляет собой антитело или его антигенсвязывающий фрагмент.

50. Способ по любому из пп. 47-49, отличающийся тем, что композицию меченых белков вводят пациенту до введения CAR-T-клеток и конъюгата амфифильного лиганда.

51. Способ по любому из пп. 47-49, отличающийся тем, что композицию меченых белков вводят пациенту одновременно с введением CAR-T-клеток и конъюгата амфифильного лиганда.

52. Способ по любому из пп. 47-49, отличающийся тем, что композицию меченых белков вводят пациенту после введения CAR-T-клеток и конъюгата амфифильного лиганда.

53. Способ по любому из пп. 50-52, отличающийся тем, что CAR-T-клетки вводят до введения конъюгата амфифильного лиганда.

54. Способ по любому из пп. 50-52, отличающийся тем, что CAR-T-клетки вводят после введения конъюгата амфифильного лиганда.

55. Способ по любому из пп. 50-52, отличающийся тем, что CAR-T-клетки вводят одновременно с введением конъюгата амфифильного лиганда.

56. Способ по любому из пп. 27-32 и 48-55, отличающийся тем, что пациент имеет онкологическое заболевание.

57. Способ по любому из пп. 27-56, отличающийся тем, что пациентом является человек.

58. Способ по любому из пп. 27-57, включающий введение конъюгата амфифильного лиганда парентерально в лимфатический узел, не дренирующий опухоль, парентерально в лимфатический узел, дренирующий опухоль, или внутриопухолево.

59. Способ по любому из пп. 27-58, где липид конъюгата амфифильного лиганда встраивается в клеточную мембрану в физиологических условиях, связывает альбумин в физиологических условиях или и то и другое.

60. Способ по любому из пп. 27-59, где липид представляет собой диациллипид.

61. Способ по п. 60, где диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 12-30 углеводородных звеньев, 14-25 углеводородных звеньев, 16-20 углеводородных звеньев или 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 углеводородных единиц.

62. Способ по любому из пп. 27-61, где лиганд CAR функционально связан с липидом через линкер.

63. Способ по п. 62, где линкер выбран из группы, состоящей из гидрофильных полимеров, цепочки гидрофильных аминокислот, полисахаридов или их комбинации.

64. Способ по п. 63, где линкер содержит N последовательных звеньев полиэтиленгликоля, где N составляет от 25 до 50.

65. Способ по любому из пп. 27-64, где CAR содержит домен, связывающий метку, и где лиганд CAR представляет собой метку.

66. Способ по п. 65, где метка выбрана из группы, состоящей из стрептавидина, биотина, динитрофенола, перидинин-хлорофилл-белкового комплекса, зеленого флуоресцентного белка, фикоэритрина (PE), пероксидазы хрена, пальмитоилирования, нитрозилирования, щелочной фосфатазы, глюкозооксидазы и мальтозосвязывающего белка.

67. Способ по любому из пп. 27-64, где CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и где лиганд CAR представляет собой опухолеассоциированный антиген.

68. Способ по любому из пп. 27-67, где липид представляет собой 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE) и полиэтиленгликолевый фрагмент представляет собой PEG-2000.

69. Способ по любому из пп. 27-68, отличающийся тем, что CAR содержит домен костимуляции.

70. Способ по любому из пп. 27-69, где CAR содержит биспецифический связывающий домен.

71. Способ по п. 70, где биспецифический связывающий домен содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен или содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен.

72. Способ по п. 70, где биспецифический связывающий домен содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и где лиганд CAR представляет собой метку.

73. Способ по п. 70, где биспецифический связывающий домен содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и где лиганд CAR представляет собой первый или второй опухолеассоциированный антиген или его фрагмент.

74. Набор, содержащий контейнер, содержащий композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению композиции,

для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию,

где конъюгат амфифильного лиганда содержит:

лиганд CAR, который связывается с CAR, экспрессируемым указанными CAR-T-клетками, и

липид, функционально связанный с лигандом CAR,

где липид имеет длину более 12 углеводородных единиц.

75. Набор, содержащий лекарственное средство, содержащее композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению лекарственного средства индивидуально или в комбинации с композицией, содержащей адъювант,

для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию,

где конъюгат амфифильного лиганда содержит:

лиганд CAR, который связывается с CAR, экспрессируемым указанными CAR-T-клетками, и

липид, функционально связанный с лигандом CAR,

где липид имеет длину более 12 углеводородных единиц.

76. Набор, содержащий контейнер, содержащий композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению вакцинной композиции,

для активации, наращивания или увеличения пролиферации CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию,

где конъюгат амфифильного лиганда содержит:

лиганд CAR, который связывается с CAR, экспрессируемым указанными CAR-T-клетками, и

липид, функционально связанный с лигандом CAR,

где липид имеет длину более 12 углеводородных единиц.

77. Набор, содержащий лекарственное средство, содержащее композицию, содержащую конъюгат амфифильного лиганда, и вкладыш в упаковку, содержащий инструкции по введению лекарственного средства индивидуально или в комбинации с композицией, содержащей адъювант,

для активации, наращивания или увеличения пролиферации CAR-T-клеток у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию,

где конъюгат амфифильного лиганда содержит:

лиганд CAR, который связывается с CAR, экспрессируемым указанными CAR-T-клетками, и

липид, функционально связанный с лигандом CAR,

где липид имеет длину более 12 углеводородных единиц.

78. Набор по п. 74 или 76, дополнительно содержащий адъювант и инструкции по введению адъюванта для лечения или задержки прогрессирования онкологического заболевания у индивидуума, получающего CAR-Т-клеточную терапию.

79. Набор по любому из пп. 75, 77 и 78, отличающийся тем, что адъювант представляет собой амфифильный олигонуклеотидный конъюгат, содержащий иммуностимулирующий олигонуклеотид, конъюгированный с липидом, с линкером или без него.

80. Набор по любому из пп. 74-79, отличающийся тем, что композиция дополнительно содержит фармацевтически приемлемый носитель.

81. Набор по любому из пп. 74-80, где липид конъюгата амфифильного лиганда встраивается в клеточную мембрану в физиологических условиях, связывает альбумин в физиологических условиях или и то и другое.

82. Набор по любому из пп. 74-81, где липид представляет собой диациллипид.

83. Набор по п. 82, где диациллипид содержит ацильные цепи, содержащие 12-30 углеводородных звеньев, 14-25 углеводородных звеньев, 16-20 углеводородных звеньев или 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 углеводородных единиц.

84. Набор по любому из пп. 74-83, где лиганд CAR функционально связан с липидом через линкер.

85. Набор по п. 84, где линкер выбран из группы, состоящей из гидрофильных полимеров, цепочки гидрофильных аминокислот, полисахаридов или их комбинации.

86. Набор по п. 85, где линкер содержит N последовательных звеньев полиэтиленгликоля, где N составляет от 25 до 50.

87. Набор по любому из пп. 76-86, где CAR содержит домен, связывающий метку, и где лиганд CAR представляет собой метку.

88. Набор по п. 87, где метка выбрана из группы, состоящей из стрептавидина, биотина, динитрофенола, перидинин-хлорофилл-белкового комплекса, зеленого флуоресцентного белка, фикоэритрина (PE), пероксидазы хрена, пальмитоилирования, нитрозилирования, щелочной фосфатазы, глюкозооксидазы и мальтозосвязывающего белка.

89. Набор по любому из пп. 74-86, где CAR содержит опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и где лиганд CAR представляет собой опухолеассоциированный антиген.

90. Набор по любому из пп. 74-89, где липид представляет собой 1,2-дистеароил-sn-глицеро-3-фосфоэтаноламин (DSPE) и полиэтиленгликолевый фрагмент представляет собой PEG-2000.

91. Набор по любому из пп. 74-90, отличающийся тем, что CAR содержит домен костимуляции.

92. Набор по любому из пп. 74-91, где CAR содержит биспецифический связывающий домен.

93. Набор по п. 92, где биспецифический связывающий домен содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен или содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен.

94. Набор по п. 92, где биспецифический связывающий домен содержит домен связывания метки и опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и где лиганд CAR представляет собой метку.

95. Набор по п. 92, где биспецифический связывающий домен содержит первый опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и второй опухолеассоциированный антигенсвязывающий домен и где лиганд CAR представляет собой первый или второй опухолеассоциированный антиген или его фрагмент.