АНТИТЕЛА ПРОТИВ SARS-COV-2 И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ Российский патент 2024 года по МПК C07K16/10 A61K39/395 A61P31/14 

Сведения о перечне последовательностей

Перечень последовательностей, связанных с данной заявкой, представлен в текстовом формате вместо бумажной копии и включен в данное описание посредством ссылки. Имя текстового файла, содержащего список последовательностей: 930585_402WO _SEQUENCE_LISTING.txt. Текстовый файл - 328 КБ, был создан 24 февраля 2021 года и передается в электронном виде через EFS-Web.

Предшествующий уровень техники

В конце 2019 года в китайском городе Ухань (Wuhan) появился новый бетакоронавирус. По состоянию на 19 февраля 2021 года во всем мире было подтверждено около 110 миллионов случаев инфицирования этим вирусом (называемым, среди прочего, SARS-CoV-2 (коронавирус-2 тяжелого острого респираторного синдрома) и первоначально идентифицированным как коронавирус Ухань), что привело к приблизительно 2,45 миллионам смертей. Необходимы методы предотвращения или лечения инфекции SARS-CoV-2 и диагностические инструменты для диагностики инфекции SARS-CoV-2.

Краткое описание графических материалов

На фиг. 1A и 1B показано связывание антителами (1A) S303 (VH SEQ ID NO:63; VL SEQ ID NO:67) и (1B) S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) по настоящему изобретению с рекомбинантным RBD (рецептор-связывающий домен) SARS-CoV-2, как описано в примере 2.

На фиг. 2A и 2B показана нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 с помощью определенных антител по настоящему изобретению, как описано в примере 4.

На фиг. 3A-3I показана нейтрализация инфекции SARS-CoV-2, как описано в примере 4. На фиг. 3A показывает нейтрализацию с помощью донорской плазмы у выживших жертв SARS-CoV-1. На фиг. 3B-3D и 3I показана нейтрализация с помощью супернатанта из В-клеток, экспрессирующих определенные антитела по настоящему изобретению. На фиг. 3E-3H показана нейтрализация с помощью определенных рекомбинантных антител IgG1.

На фиг. 4A и 4B показано связывание супернатанта В-клеток, содержащего антитело, с белком SARS-CoV-2, экспрессируемым на клетках ExpiCHO (CHO - клетки яичника китайского хомячка), как описано в примере 1. Графики, показывающие профили связывания антител S300-S310, обозначены рамками.

На фиг. 5A и 5B показано связывание антител S311 и S312 в супернатанте культивированных В-клеток с SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2, как описано в примере 6. Концентрации антител являются приблизительными. SARS S1 Sino: белок от Sino Biological. RBD2: RBD SARS-CoV-2, полученный собственными силами.

На фиг. 6A-6E показаны кривые (сверху) связывания некоторых антител по настоящему изобретению с RBD SARS-CoV-1 (SARS1) и RBD SARS-CoV-2 (SARS2), измеренные с помощью прибора Octet и кривые (снизу) значений KD. Значения KD для антител (например, менее 1,0×10^-12 M) с очень сильным связыванием и медленной диссоциацией являются приблизительными. Эти данные и эксперименты описаны далее в Примере 3.

На фиг. 7 показана нейтрализация инфекции с помощью антител S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:83) и S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168), по отдельности или в комбинации, против псевдотипированного SARS-CoV-2 вируса, как описано в примере 5.

На фиг. 8A-8K показаны кривые связывания некоторых антител с RBD SARS-CoV-1, RBD SARS-CoV-2 и эктодоменами различных коронавирусов, измеренных с помощью ELISA (иммуноферментный анализ). См. пример 8.

На фиг. 9 показана нейтрализация инфекции S309 rIgG1 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) и S315 rIgG1 (VH SEQ ID NO:178; VL SEQ ID NO:182) против псевдотипированного SARS-CoV-2 вируса, как описано в примере 7.

На фиг. 10 показана нейтрализация инфекции с помощью полноразмерного S309 rIgG1 и S309 rFab (оба из которых содержат VH с SEQ ID NO:105 и VL с SEQ ID NO:168) против псевдотипированного SARS-CoV-2 вируса, как описано в примере 7.

На фиг. 11 показано связывание антитела S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) со спайк-белком SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2, экспрессируемым на клетках ExpiCHO, как описано в примере 9. Сложенные гистограммы графиков проточной цитометрии демонстрируют дозозависимое связывание антитела S309 с SARS-CoV и SARS-CoV-2.

На фиг. 12A и 12B показано зависимое от концентрации связывание, измеренное с помощью проточной цитометрии для определенных антител, как описано в примере 9. На фиг. 12A показано связывание с SARS-CoV-2. На фиг. 12B показано связывание с SARS-CoV-1.

На фиг. 13 показана нейтрализация инфекции с помощью антител S303 (VH SEQ ID NO:63; VL SEQ ID NO:67), S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:83), S306 (VH SEQ ID NO:87; VL SEQ ID NO:91), S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168), S310 (VH SEQ ID NO:155; VL SEQ ID NO:159) и S315 (VH SEQ ID NO:178; VL SEQ ID NO:182) против псевдотипированного SARS-CoV-2 вируса, как описано в примере 4.

На фиг. 14A-14D показана аффинность/авидность связывания антител S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168), S303 (VH SEQ ID NO:63; VL SEQ ID NO:67), S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:83) и S315 (VH SEQ ID NO:178; VL SEQ ID NO:182) с RBD SARS-CoV-1 (справа) и SARS-CoV-2 (слева), как описано в примере 10.

На фиг. 15А и 15В показана конкуренция пар антител по настоящему изобретению за связывание с RBD SARS-CoV-1 (фиг. 15А) и SARS-CoV-2 (фиг. 15В), как описано в примере 12. Для каждого графика ось x показывает время (от 0 до 1000 секунд), а ось y показывает связывание с RBD, измеренным с помощью BLI (биослойная интерферометрия) (от 0 до 3 нм). Первое антитело указано на левой стороне матрицы, а второе антитело - на верхней части матрицы. Пунктирные вертикальные линии на фиг. 15В иллюстрируют переключение от первого антитела ко второму антителу. Справа ("I" - "IV" на фиг. 15А, "II" и "IV" на фиг. 15В) находятся антигенные сайты, определенные с помощью структурной информации, анализа "ускользнувших" мутантов и связывания эпитопов на основе BLI.

На фиг. 16 показана способность S309 мешать связыванию RBD SARS-CoV-1 (слева) или SARS-CoV-2 (справа) с ACE2 (ангиотензинпревращающий фермент 2) человека (hACE2), как описано в примере 13. hACE2 загружали на сенсоры BLI с последующей инкубацией сенсоров с RBD отдельно или RBD в комбинации с антителом. Вертикальная пунктирная линия указывает на начало ассоциации RBD с антителом или без антитела. На графике слева антитело S230 использовали в качестве положительного контроля ингибирования связывания RBD SARS-CoV-1 с ACE2 на основании предыдущих исследований (см. Walls и др., Cell 176(5):1023-1039.e15 (2019)).

На фиг. 17А И 17В показаны антителозависимые эффекты некоторых антител по настоящему изобретению против модели инфицированных клеток, как описано в примере 14. На фиг. 17A показана антителозависимая цитотоксичность с использованием первичных NK-эффекторных клеток (NK - естественные киллеры) и экспрессирующих SARS-CoV-2- клеток ExpiCHO в качестве клеток-мишеней. Гистограмма справа показывает ADCC (антителозависимая клеточно-опосредованная цитотоксичность) для указанного антитела (антител), рассчитанного как площадь под кривой (AUC). На фиг. 17B показан антителозависимый клеточный фагоцитоз с использованием PBMC (мононуклеарные клетки периферической крови) в качестве фагоцитарных клеток и PKF67-меченых SARS-CoV-2-экспрессирующих ExpiCHO в качестве клеток-мишеней. Линейные графики показывают среднюю интенсивность флуоресценции (MFI) PBMC после инкубации с клетками-мишенями и антителами, определенную для одного репрезентативного донора с FcγRIIIa с высокой аффинностью (Fc гамма рецептор IIIa) (символы показывают среднее значение ±SD (стандартное отклонение) повторностей).

На фиг. 18A-18J показаны кривые связывания некоторых антител с RBD SARS-CoV-1, RBD SARS-CoV-2 и эктодоменами различных штаммов коронавирусов, измеренных с помощью ELISA. См. пример 8. Рекомбинантные mAb (моноклональное антитело) тестировали с помощью ELISA в диапазоне концентраций от 5 до 0,00028 мг/мл. RBD2: рецептор-связывающий домен SARS-CoV-2. RBD1: рецептор-связывающий домен SARS-CoV (также называемый в настоящем документе SARS-CoV-1). Спайк-белок: стабилизированный префузионный тример указанного коронавируса. Некоторые антитела рекомбинантно экспрессировались как IgG1 (иммуноглоулин IgG1) (rIgG1), а некоторые антитела рекомбинантно экспрессировались как IgG1 с мутацией MLNS (M428L и N434S (нумерация EU)) в Fc (rIgG1-LS).

На фиг. 19A и 19B показана способность некоторых антител препятствовать связыванию RBD с человеческим ACE2, как описано в примере 13. Человеческий ACE2 (hACE2) загружали на сенсоры BLI с последующей инкубацией сенсоров только с RBD или RBD в комбинации с рекомбинантным антителом. Вертикальная пунктирная линия указывает на начало загрузки RBD с антителом или без антитела. RBD: рецептор-связывающий домен. На фиг. 19A показано связывание RBD SARS-CoV-1 с ACE2. На фиг. 19В показано связывание RBD SARS-CoV-2 с ACE2.

На фиг. 20A и 20B показаны аффинность связывания и авидность антитела S309 IgG (фиг. 20A) по сравнению с S309 Fab (фиг. 20B) для RBD SARS-CoV-1 (внизу каждой фиг.) и RBD SARS-CoV-2 (вверху каждой фиг.), как описано в примере 10. Как для IgG, так и для Fab: VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168. RBD загружали на цилиндры BLI и измеряли ассоциацию различных концентраций S309-IgG-MLNS или S309 Fab. Вертикальные пунктирные линии указывают на начало фазы диссоциации, когда цилиндры BLI были переключены на буфер.

На фиг. 21A-21C показана реактивность антител S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:83), S306 (VH SEQ ID NO:87; VL SEQ ID NO:91), S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) и S310 (VH SEQ ID NO:155; VL SEQ ID NO:159) против SARS-CoV-2, как описано в примере 15. На фиг. 21A показана реактивность антител S304, S306, S309 и S310 против лизата, экстрагированного T×100, клеток Vero E6, инфицированных SARS-CoV-2. На фиг. 21B показана реактивность тех же антител против лизата, экстрагированного SDS, клеток Vero E6, инфицированных SARS-CoV-2. На фиг. 21C показаны сыворотки выздоравливающего человека от SARS-CoV-1 против экстрагированного T×100 или экстрагированного SDS лизата клеток Vero E6, инфицированных SARS-CoV-2. На фиг. 21A и 21B также показаны данные для сравнительного антитела LCA57, которое является специфичным для спайк-белка MERS-CoV (Corti и др. PNAS 112(33):10473-10478 (2015).

На фиг. 22A-22D показана нейтрализация инфекции с помощью SARS-CoV-2 антител, что оценивалось по ингибированию экспрессии нуклеопротеина (NP) через 24 и 45 часов после инфицирования. См. пример 16. На фиг. 22A показана нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 с помощью S304 S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:83). На фиг. 22B показана нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 с помощью S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168. На фиг. 22C показана нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 комбинацией S304 и S309. На фиг. 22D показана контрольная нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 с помощью сравнительного антитела LCA57, которое является специфичным для спайк-белка MERS-CoV (коронавирус ближневосточного респираторного синдрома (Corti и др. PNAS 112(33):10473-10478 (2015).

На фиг. 23 показана нейтрализация инфекции с помощью антител S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) и S315 (VH SEQ ID NO:178; VL SEQ ID NO:182) отдельно или в комбинации против псевдотипированного SARS-CoV-2 вируса, как описано в примере 5.

На фиг. 24А И 24В показаны антителозависимые эффекты некоторых антител по настоящему изобретению против модели инфицированных клеток, как описано в примере 14. На фиг. 24A показана антителозависимая клеточно-опосредованная цитотоксичность (ADCC) с использованием первичных NK-эффекторных клеток и экспрессирующих SARS-CoV-2- клеток ExpiCHO в качестве клеток-мишеней. График показывает процент уничтожения клеток-мишеней после инкубации с антителом или комбинацией антител, показанных в условных обозначениях. На фиг. 24В показана ADCC для указанного антитела (антител), рассчитанная как площадь под кривой (AUC). Слева: AUC, определенная с использованием клеток с генотипом FcγRIIIa VV; справа: AUC, определенная для клеток с генотипом FcγRIIIa FF или FV.

На фиг. 25А и 25В показаны дополнительные антителозависимые эффекты некоторых антител по настоящему изобретению, как описано в примере 14. На фиг. 25A показан антителозависимый клеточный фагоцитоз (ADCP) с использованием PBMC в качестве фагоцитарных клеток и PKF67-меченых SARS-CoV-2-экспрессирующих ExpiCHO клетки в качестве клеток-мишеней. Графики показывают среднюю интенсивность флуоресценции (MFI) PBMC после инкубации с клетками-мишенями и антителами, определенную для одного репрезентативного донора c FcγRIIIa с высокой аффинностью (символы показывают среднее значение ±SD повторностей). На фиг. 24В показана ADCC для указанного антитела (антител), рассчитанная как площадь под кривой (AUC).

На фиг. 26 показано связывание антитела, измеренное с помощью проточной цитометрии. Связывание антитела S309 со спайк-белком SARS-CoV-2, экспрессируемым в клетках Expi-CHO, обнаруживали с помощью сортировки клеток с активированной флуоресценцией.

На фиг. 27 показано связывание антитела S309 (помеченного как "11" в ключе фигуры) и четырех сконструированных вариантов S309 (помеченного как "12" - "15", соответственно) с S-белком, измеренное с помощью проточной цитометрии. См. пример 9. Четыре сконструированных варианта антител являются следующими: S309 N55Q содержит мутацию N55Q в CDRH2, что приводит к последовательности варианта VH (SEQ ID NO:113), и последовательность VL дикого типа (SEQ ID NO:168) S309; S309 W50F содержит последовательность VH варианта W50F (SEQ ID NO: 129) и последовательность VL дикого типа (SEQ ID NO:168) S309; S309 W105F содержит последовательность VH варианта W105F (SEQ ID NO: 119) и последовательность VL дикого типа (SEQ ID NO:168) S309; и S309 W50F/G56A/W105F содержит последовательность варианта VH W50F/G56A/W105F (SEQ ID NO:172) и последовательность VL дикого типа S309. На фиг. 27 S309 N55Q помечен как «12», S309 W50F помечен как «13», S309 W105F помечен как «14», а S309 W50F-G56A-W105F помечен как «15». Связывание антитела со спайк-белком SARS-CoV-2, экспрессируемым на клетках Expi-CHO, обнаруживали с помощью флуоресцентно меченого вторичного антитела. Показаны данные двух экспериментов.

На фиг. 28 показана нейтрализация инфекции с помощью антитела S309 (называемое в фиг. "Вариант-11 (wt (дикий тип))") и четырех вариантных антител S309 против псевдотипированных SARS-CoV-2 вирусов, как описано в примере 19. На фиг. 28S309 N55Q помечен как «Вариант-12», S309 W50F помечен как «Вариант-13», S309 W105F помечен как «Вариант-14», а S309 W50F-G56A-W105F помечен как «Вариант-15». Псевдотипированные вирусы представляют собой псевдотипированные VSV (вирус везикулярного стоматита) со спайк-белком SARS-CoV-2.

На фиг. 29 показан обзор результатов анализов связывания и нейтрализации псевдовирусов с помощью антитела S309 ("S309-WT") и четырех сконструированных вариантов S309 ("N55Q"; "W50F"; "W105F"; "W50F/G56A/W105F"). Пунктирная горизонтальная линия показывает изменение функции сконструированного варианта по сравнению с базовой линией S309-WT. Заштрихованные различными способами полосы демонстрируют связывание с гликозилированным RBD, измеренное с помощью SPR (поверхностный плазмонный резонанс), связывание с дегликозилированным RBD, измеренное с помощью SPR, связывание с антигенэкспрессирующими клетками, измеренное с помощью FACS (cортировка клеток с активированной флуоресценцией), и нейтрализацию, измеренную с помощью псевдовирусов SARS-CoV-2.

На фиг. 30A-30F показана кинетика связывания примерных антител с гликозилированным или дегликозилированным RBD SARS-CoV-2, измеренная с помощью SPR. См. пример 18. Были протестированы антитела S309 (имеющие аминокислотные последовательности VH (SEQ ID NO:105) и VL (SEQ ID NO: 168) S309 дикого типа), S309 N55Q, S309 W50F, S309 W105F и S309 W50F/G56A/W105F. На фиг. 30A показана кинетика связывания антитела S309 дикого типа (2 повторных эксперимента). На фиг. 30B показана кинетика связывания S309 N55Q (снизу) по сравнению с антителом S309 дикого типа (сверху). На фиг. 30C показана кинетика связывания S309 W50F (снизу) по сравнению с антителом S309 дикого типа (сверху). На фиг. 30D показана кинетика связывания S309 W105F (снизу) по сравнению с антителом S309 дикого типа (сверху). На фиг. 30E показано связывание S309 W50F/G56A/W105F (снизу) по сравнению с антителом дикого типа S309 (сверху). На фиг. 30F показано связывание S309 W50F/G56A/W105F с использованием 10-минутного периода инъекции (сверху) или 3-минутного периода инъекции (снизу).

На фиг. 31 показана активация FcγRIIIa с высокой аффинностью (158V) (слева) или FcγRIIIa с низкой аффинностью (158F) (справа) антителами S303 (VH SEQ ID NO:63; VL SEQ ID NO:67), S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:83), S306 (VH SEQ ID NO:87; VL SEQ ID NO:91), S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) и комбинацией S309 и S315, наряду со сравнительным антителом S230. См. пример 20. Активацию измеряли с использованием S-экспрессирующих SARS-CoV-2 клеток ExpiCHO в качестве клеток-мишеней и репортерных клеток Jurkat, стабильно трансфицированных репортерным геном люциферазы, управляемым NFAT (ядерный фактор активированных Т-клеток). Активация FcγRIIIa приводит к NFAT-опосредованной экспрессии репортерного гена люциферазы. Результаты получены в результате одного эксперимента, одного или двух измерений на mAb (моноклональное антитело).

На фиг. 32 показана активация FcγRIIa с помощью примерных антител S303 (VH SEQ ID NO:63; VL SEQ ID NO:67), S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:83), S306 (VH SEQ ID NO:87; VL SEQ ID NO:91), S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) и комбинации S309 и S315, наряду со сравнительным моноклональным антителом S230. См. пример 20. Активацию измеряли с использованием S-экспрессирующих SARS-CoV-2 клеток ExpiCHO в качестве клеток-мишеней и репортерных клеток Jurkat, стабильно трансфицированных репортерным геном люциферазы, управляемым NFAT (ядерный фактор активированных Т-клеток). Активация FcγRIIa приводит к NFAT-опосредованной экспрессии репортерного гена люциферазы.

На фиг. 33A и 33B показано связывание антител S303 (VH SEQ ID NO:63; VL SEQ ID NO:67), S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:83), S306 (VH SEQ ID NO:87; VL SEQ ID NO:91), S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168), S310 (VH SEQ ID NO:155; VL SEQ ID NO:159) и S315 (VH SEQ ID NO:178; VL SEQ ID NO:182), наряду со сравнительными антителами S110, S230 и S109, с S-белком, экспрессируемым на поверхности клетки. См. пример 9. На фиг. 33A показано связывание с клетками ExpiCHO, трансфицированными S-белком SARS-CoV-2. На фиг. 33В показано связывание с клетками ExpiCHO, трансфицированными S-белком SARS-CoV-1. Среднюю интенсивность флуоресценции измеряли с помощью проточной цитометрии для каждого антитела. Исследованные концентрации антител указаны по оси X.

На фиг. 34 показана нейтрализация инфекции с помощью примерных антител S303 (VH SEQ ID NO:63; VL SEQ ID NO:67), S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:83), S306 (VH SEQ ID NO:87; VL SEQ ID NO:91), S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168), S310 (VH SEQ ID NO:155; VL SEQ ID NO:159) и S315 (VH SEQ ID NO:178; VL SEQ ID NO:182) против псевдотипированного SARS-CoV-2 вируса, как описано в примере 4. См. пример 4.

На фиг. 35A и 35B показана консервация остатков S-белка, как описано в примере 21. На фиг. 35A показаны варианты спайк-белка, встречающиеся с частотой n более 1 в виде сфер, отображаемых в закрытой (слева) и открытой (справа) форме полного тримерного спайк-эктодомена. RBD и другие домены спайк-белка показаны как указано. Показано 40 мутаций (из 2229 в общей сложности). Только остаток 367 (представляет собой 8) выделен в RBD, но не остатки 476 (n представляет собой 7) и 483 (n представляет собой 17). На фиг. 35B показано преобладание вариантов спайк-гликопротеинов по аминокислотам. Каждая точка является отдельным вариантом. Показаны местоположения домена A и RBD. Варианты, соответствующие пороговому значению частоты 0,1%, являются такими, как указано.

На фиг. 36 показана нейтрализация SARS-CoV-2-MLV (MLV - вирус лейкоза мышей) с помощью антитела S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) в комбинации с эквивалентным количеством антитела S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:83). Для коктейлей из антител концентрация, показанная на оси x, равна концентрации отдельных антител. См. пример 4.

На фиг. 37 показана нейтрализация SARS-CoV2-MLV с помощью антитела S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) в сочетании с эквимолярным количеством антител S315 (VH SEQ ID NO:178; VL SEQ ID NO:182). Для коктейлей из антител концентрация, показанная на оси x, равна концентрации отдельных антител. См. пример 4.

На фиг. 38A-38D показано связывание определенных антител с RBD SARS-CoV-2 и SARS-CoV-1, как описано в примере 6. Антитела экспрессировали рекомбинантно и связывание анализировали с использованием ELISA. 96-луночные планшеты для ELISA покрывали RBD SARS-CoV-2 (полученный собственными силами; остатки 331-550 спайк-белка из BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019, кат. № MN908947) при 10 мкг/мл и RBD SARS-CoV-1 (Sino Biological, 40150-V08B1) при 1 мкг/мл. После блокирования 1% BSA (бычий сывороточный альбумин) в PBS (фосфатно-солевой буфер) антитела добавляли в планшеты и инкубировали при комнатной температуре в течение одного часа. Планшеты промывали и добавляли вторичные антитела козы против IgG-AP человека (Southern Biotechnology, 2040-04). Субстрат п-нитрофинилфосфат (pNPP, Sigma-Aldrich, 337 71768) использовали для создания цвета. OD405 анализировали на планшетном ридере ELx808IU (Biotek). Слева на каждой фигуры показано связывание с RBD SARS-CoV-2, а справа показано связывание с RBD SARS-CoV-1.

На фиг. 39А и 39В показано связывание определенных антител со спайк-белком SARS-CoV-2 и SARS-CoV-1, как описано в примере 9. Клетки Expi-CHO временно трансфицировали phCMV1-SARS-CoV-2-S, SARS-спайк-pcDNA (ДНК (дезоксирибонуклеиновая кислота) елонирующая плазмиду).3 (штамм SARS) или пустой phCMV1 с использованием Expifectamine CHO Enhancer. Через два дня после трансфекции клетки собирали для иммуноокрашивания антителами. Для обнаружения использовали меченный Alexa647 вторичное антитело против Fc IgG человека. Связывание антител с трансфицированными клетками анализировали с помощью проточной цитометрии с использованием клеточного анализатора ZE5 (BioRad). На фиг. 39A показано связывание рекомбинантного антитела S300 (VH: SEQ ID NO:1; VL: SEQ ID NO:5). На фиг. 39B показано связывание рекомбинантного антитела S307. Символы показывают значения одного измерения. Слева на каждой фигуре показаны данные, представленные как % положительных клеток, а на правой панели показаны данные, представленные как средняя интенсивность флуоресценции (MFI).

На фиг. 40A и 40B показано связывание типовых антител с S-гликопротеинами SARS-CoV-2 (фиг. 40A) или SARS-CoV-1 (фиг. 40B), экспрессируемыми на поверхности клеток ExpiCHO, как описано в примере 9. Символы представляют собой повторности одного эксперимента.

На фиг. 41A и 41B показаны аффинность связывания и авидность IgG S309 (фиг. 41A) и Fab S309 (фиг. 41B) по отношению к RBD SARS-CoV-2 (сверху) или спайк-белку SARS-CoV-2 (снизу). Как для IgG, так и для Fab: VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168. См. Пример 11. Биотинилированный RBD SARS-CoV-2 или биотинилированный префузионный тример S-эктодомена SARS-CoV-2 загружали в биосенсоры стрептавидина и измеряли ассоциацию различных концентраций S309-IgG-MLNS (содержащего мутации M428L и N434S Fc (нумерация EU)) или Fab S309. Вертикальные пунктирные линии указывают на начало фазы диссоциации, когда биосенсоры были переключены на буфер.

На фиг. 42А И 42В показано связывание антител S303, S304, S306, S309, S310 и S315, наряду со сравнительными антителами S110, S124, S230 и S109, с S-белком, экспрессируемым на поверхности клетки. См. пример 9. На фиг.42A показано связывание с клетками ExpiCHO, трансфицированными S-белком SARS-CoV-2. На фиг. 42В показано связывание с клетками ExpiCHO, трансфицированными S-белком SARS-CoV-1. Среднюю интенсивность флуоресценции измеряли с помощью проточной цитометрии для каждого антитела. Исследованные концентрации антител указаны по оси X.

На фиг. 43 показано сохранение остатков спайк-белка, как описано в примере 21. Варианты спайк-белка, подтверждаемые по меньшей мере двумя последовательностями, как указано, сферами, отображенными в закрытой (слева) и открытой (справа) форме полного тримерного спайк-эктодомена. RBD и другие домены спайк-белка показаны как указано. Показаны 171 вариант (из 11 839 проанализированных последовательностей спайк-белка).

На фиг. 44A-44C показан отбор на устойчивость к SARS-CoV-2, как описано в примере 23. На фиг. 44А показана блок-схема, иллюстрирующая способ отбора на устойчивость. На фиг. 44B показана временная шкала, иллюстрирующая процедуру, используемую для каждого пассажа процесса отбора на устойчивость. На фиг. 44C показаны результаты отбора на устойчивость SARS-CoV-2 к антителу S309 N55Q MLNS GAALIE, содержащего VH согласно SEQ ID NO:113 и VL согласно SEQ ID NO:168, с мутациями G236A, A330L, I332E, M428L и N434S в Fc (нумерация EU).

На фиг. 45 показана антителозависимая цитотоксичность некоторых антител по настоящему изобретению с использованием первичных NK-клеток в качестве эффекторных клеток и SARS-CoV-2-экспрессирующих клеток ExpiCHO в качестве клеток-мишеней. См. пример 14. На графике показан процент уничтожения клеток-мишеней после инкубации с антителами S309 LS (также называемое в настоящем документе S309 MLNS), S309 GRLR (G236R/L328R; вариант, не связывающий FcR) или S309 LS GAALIE (также называемое в настоящем документе S309 MLNS GAALIE, содержащем мутации Fc G236A, A330L, I332E, M428L и N434S (нумерация EU)).

На фиг. 46 показана нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 в клетках легких человека Calu-3 (клеточная линия рака легкого человека) и клетках VeroE6 с помощью антитела S309 N55Q MLNS, как описано в примере 24.

На фиг. 47 показана нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 с помощью антитела S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168), как обнаружено с помощью нанолюциферазного анализа. См. пример 25. Ось X показывает концентрацию антител. Три кривые представляют собой анализы с использованием трех различных концентраций вируса в единицах MOI (множественность инфекции), как показано на рисунке справа. Данные собирали через шесть часов после инфицирования вирусом SARS-CoV-2. Рассчитанные значения IC50 (концентрация полумаксимального ингибирования) для каждого MOI показаны в полях под графиком.

На фиг. 48A и 48B показана нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 с помощью антитела S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168), как проанализировано с помощью IFA (иммунофлюоресцентный анализ). См. пример 25. Данные собирали через шесть часов после инфицирования вирусом SARS-CoV-2. На фиг. 48А показаны фотографии репрезентативных лунок, на которых ядра клеток окрашивали синим цветом, а нуклеокапсиды SARS-CoV-2 окрашивали красным цветом, что более ярко проявляется на фотографиях. Каждое красное пятно на каждом изображении представляет собой отдельную инфицированную клетку. Нейтрализация инфекции с помощью антитела S309 может наблюдаться как уменьшение количества ярких пятен, указывающих на инфицированные клетки, так как концентрация S309 была увеличена. Концентрации антител показаны сверху, а концентрации вирусов в единицах MOI (множественность инфекции) показаны слева. На фиг. 48B показаны количественные данные из анализа IFA. Рассчитанные значения IC50 для каждого MOI показаны в полях под графиком.

На фиг. 49 показана нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 с помощью антител S309 N55Q LS (также называемое в настоящем документе S309 N55Q MLNS, содержащего мутации Fc M428L/N434S (нумерация EU)) и S309 N55Q LS GAALIE (также называемое в настоящем документе S309 N55Q MLNS GAALIE, содержащего мутации Fc G236A, A330L, I332E, M428L и N434S (нумерация ЕС)). См. пример 26. Каждый из S309 N55Q LS и S309 N55Q LS GAALIE содержит VH, имеющий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:113, и VL, имеющий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:168. Данные представляют собой среднее значение четырех повторностей, +/- стандартное отклонение. Показанный график является репрезентативным для трех независимых экспериментов.

На фиг. 50A и 50B показана нейтрализация инфекции псевдотипированными SARS-CoV-2 вирусами с использованием антител S309 N55Q LS (также называемое в настоящем документе S309 N55Q MLNS, содержащего мутации Fc M428L/N434S (нумерация EU)) (фиг. 50A) и S309 N55Q LS GAALIE (также называемое в настоящем документе S309 N55Q MLNS GAALIE, содержащего мутации Fc G236A, A330L, I332E, M428L и N434S (нумерация EU)) (фиг. 50B). См. пример 27. Псевдотипированные вирусы представляют собой псевдотипированные VSV со спайк-белком SARS-CoV-2. Данные представляют собой среднее значение четырех повторностей, +/- стандартное отклонение. Каждый показанный график является репрезентативным для четырех независимых экспериментов.

На фиг. 51A и 51B показано связывание антител S309 N55Q MLNS (фиг. 51A) и S309 N55Q MLNS GAALIE (фиг. 51B) с RBD SARS-CoV-2, измеренное с помощью поверхностного плазмонного резонанса (SPR). См. пример 28. Значения взяты из двух независимых экспериментов.

На фиг. 52A и 52B показано связывание антител S309 N55Q LS (также называемое в настоящем документе S309 N55Q MLNS, содержащего мутации Fc M428L/N434S (нумерация EU)) (фиг. 52A) и S309 N55Q LS GAALIE (также называемое в настоящем документе S309 N55Q MLNS GAALIE, содержащего мутации Fc G236A, A330L, I332E, M428L и N434S (нумерация EU)) (фиг. 52B) с экспрессируемым на поверхности клетки спайк-белком SARS-CoV-2, как измерено с помощью проточной цитометрии. См. пример 29. Данные выражены в виде процента клеток, идентифицированных как положительные на связывание антител. Представленные результаты получены в ходе одного эксперимента и являются репрезентативными для трех независимых отдельных проведенных экспериментов.

На фиг. 53 показано связывание антител S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE с FcγRIIa человека (как аллеля R131 с низкой аффинностью, так и H131 с высокой аффинностью), FcγRIIIa (как аллеля F158 с низкой аффинностью, так и V158 с высокой аффинностью) и FCγRIIb с использованием SPR. См. пример 30. Биотинилированные очищенные FcγR захватывали на поверхности сенсорного чипа перед инъекцией антитела. Профили ассоциации и диссоциации (разделенные вертикальной пунктирной линией на каждом графике) измеряли в режиме реального времени как изменение сигнала SPR.

На фиг. 54 показано связывание антител S309 (VH: SEQ ID NO:105; VL: SEQ ID NO:168) LS (также называемое в настоящем документе S309 MLNS, содержащего мутации Fc M428L/N434S), S309 N55Q (VH: SEQ ID NO:113; VL: SEQ ID NO:168) LS (также называемое в настоящем документе S309 N55Q MLNS, содержащего мутации Fc M428L/N434S (нумерация EU)) и S309 N55Q LS GAALIE (также называемое в настоящем документе S309 N55Q MLNS GAALIE, содержащего мутации Fc G236A, A330L, I332E, M428L и N434S (нумерация EU)) с компонентом комплемента C1q, что измеряется с помощью BLI на приборе Octet. См. пример 31. Профили ассоциации и диссоциации (разделенные вертикальной пунктирной линией на графике) измеряли в режиме реального времени как изменение интерференционной картины.

На фиг. 55A-55D показана активация in vitro FcγR человека антителами S309 (VH: SEQ ID NO:105; VL: SEQ ID NO:168) LS (также называемое в настоящем документе S309 MLNS, содержащим мутации Fc M428L/N434S), S309 N55Q (VH: SEQ ID NO:113; VL: SEQ ID NO:168) LS (также называемое в настоящем документе как S309 N55Q MLNS, содержащим мутации Fc M428L/N434S) (нумерация EU) и S309 N55Q LS GAALIE (также называемое настоящем документе S309 N55Q MLNS GAALIE, содержащим мутации Fc G236A, A330L, I332E, M428L и N434S (нумерация EU), наряду с отрицательным контролем антител S309 GRLR. См. пример 32. Клетки CHO, стабильно трансфицированные спайк-белком SARS-CoV-2, служили в качестве мишеней антител. Серийные разведения антитела инкубировали с клетками-мишенями при комнатной температуре в течение 15 минут. Эффекторные клетки Jurkat, экспрессирующие указанный FcγR и сконструированные с помощью NFAT-опосредованного репортера люциферазы, ресуспендировали в буфере для анализа, а затем добавляли в планшеты для анализа. После инкубации при 37 °С в течение 18 часов добавляли реагент для люциферазного анализа Bio-Glo™ (Promega) и количественно определяли люминесценцию с помощью лиминометра (Bio-Tek). На графиках показана активация FcγRIIa человека (сверху слева), FcγRIIb (сверху справа), FcγRIIIa аллеля F158 с низкой аффинностью (снизу слева) и FCγRIIb аллеля V158 с высокой аффинностью (снизу справа). Показаны средние значения +/- стандартного отклонения повторностей.

На фиг. 56A и 56B показано опосредованное NK-клетками уничтожение (ADCC) клеток, экспрессирующих спайк-белок SARS-CoV-2, in vitro в присутствии антител S309 (VH: SEQ ID NO:105; VL: SEQ ID NO:168) LS (также называемое в настоящем документе S309 MLNS, содержащего мутации Fc M428L/N434S ), S309 N55Q (VH: SEQ ID NO:105; VL: SEQ ID NO:168) LS (также называемое в настоящем документе S309 N55Q MLNS, содержащего мутации Fc M428L/N434S (нумерация EU)) или S309 N55Q LS GAALIE (также называемое в настоящем документе как S309 N55Q MLNS GAALIE, содержащего Fc мутации G236A, A330L, I332E, M428L и N434S (нумерация EU)) или контрольного антитела S309 GRLR. См. пример 33. Серийные разведения антитела (серийно разбавленные в 10 раз в среде AIM-V от 40 000 нг/мл до 0,075 нг/мл) инкубировали с клетками CHO-CoV-2 со спайк-белком в течение 10 минут перед смешиванием с NK-клетками в течение 4 часов. NK-клетки свежевыделены от двух доноров, ранее генотипированных для гомозиготной экспрессии низкой аффинности (F/F158; фиг. 56A) или высокой аффинности (V/V158; фиг. 56B). ADCC измеряли с использованием анализа высвобождения LDH (лактатдегидрогеназа). Показаны средние значения +/- стандартное отклонение четырех повторностей.

На фиг. 57 показан моноцит-опосредованный фагоцитоз (ADCC) клеток, экспрессирующих спайк-белок SARS-CoV-2, in vitro в присутствии антител S309 (VH: SEQ ID NO:105; VL: SEQ ID NO:168) LS (также называемое в настоящем документе S309 MLNS, содержащего мутации Fc M428L/N434S), S309 N55Q (VH: SEQ ID NO:113; VL: SEQ ID NO:168) LS (также называемое в настоящем документе S309 N55Q MLNS, содержащего мутации Fc M428L и N434S (нумерация EU)) или S309 N55Q LS GAALIE (также называемое в настоящем документе как S309 N55Q MLNS GAALIE, содержащего Fc мутации G236A, A330L, I332E, M428L и N434S (нумерация EU)) или контрольного антитела S309 GRLR. См. пример 33. Антитела инкубировали с PKH67-мечеными клетками со спайк-белком CHO-CoV-2-в течение 10 минут перед смешиванием со свежевыделенными клетками PBMC, меченными Cell Trace Violet. Активность ADCP измеряли после инкубации в течение ночи с помощью проточной цитометрии в процентах от CD14+ моноцитов, которые были двойными положительными в отношении PKH67 и cell trace violet. Показаны средние значения +/- стандартного отклонения повторностей.

На фиг. 58A и 58B показано, что антитело S309 (VH: SEQ ID NO:105; VL: SEQ ID NO:168) ингибирует слияние клеток, опосредованное спайк-белком SARS-CoV-2. См. пример 34. На фиг. 58A показаны микрофотографии клеток, сконструированных для сверхэкспрессии спайк-белка SARS-CoV-2 в присутствии (снизу) или в отсутствии (сверху) S309. На фиг. 58B показаны количественные данные из анализа ингибирования слияния при различных концентрациях антитела.

На фиг. 59 представлены данные анализа на бляшкообразующие единицы; (FFU), демонстрирующие, что вариант антител S309 N55Q не вызывают опосредованного антителами усиления репликации SARS-CoV-2 в PBMC, полученных от доноров, или дендритных клетках человека. См. пример 35.

На фиг. 60 показана экспрессия (иммунофлуоресценция) трансгенов DC-SIGN (молекулы межклеточной адгезии дендритных клеток 3-захватывающего неинтегрина)/L-SIGN (молекула межклеточной адгезии клеток печени/лимфатического узла 3-захватывающего неинтегрина), DC-SIGN и ACE2 в клетках HEK293T (эмбриональная почка человека 293, экспрессирующая большой Т-антиген SV40), сконструированных для сверхэкспрессии указанного белка. См. пример 37.

На фиг. 61 показаны уровни инфекции псевдовирусом VSV в клетках HEK293T дикого типа и в клетках HEK293T, сконструированных для сверхэкспрессии DC-SIGN, L-SIGN или ACE2. Псевдовирус экспрессировал рекомбинантный спайк-белок SARS-CoV-2 с репортером люциферазы. См. пример 37.

На фиг. 62 показана нейтрализация моноклональным антителом S309 (VH SEQ ID NO:105, VL SEQ ID NO:168) инфекции псевдовирусом VSV в клетках HEK293T, сконструированных для сверхэкспрессии DC-SIGN, L-SIGN или ACE2. В этом примере антитело S309 содержит мутации Fc M428L и N434S (нумерация EU). См. пример 37.

На фиг. 63 показаны уровни инфекции живым SARS-CoV-2 в клетках HEK293T дикого типа и в клетках HEK293T, сконструированных для сверхэкспрессии DC-SIGN, L-SIGN или ACE2. Инфекцию определяли с использованием рекомбинантного S-белка с репортером люциферазы. См. пример 37.

На фиг. 64 показана нейтрализация примерным моноклональным антителом S309 (VH SEQ ID NO:105, VL SEQ ID NO:168) инфекции живым SARS-CoV-2 в клетках HEK293T, сконструированных для сверхэкспрессии DC-SIGN, L-SIGN или ACE2. В этом примере антитело S309 содержит мутации Fc M428L и N434S (нумерация EU). См. пример 37.

На фиг. 65показана экспрессия (иммунофлуоресценция) трансгенов L-SIGN, DC-SIGN, SIGLEC1 и ACE2 в клетках HEK293T, сконструированных для сверхэкспрессии указанного белка (белков). См. пример 37.

На фиг. 66 показаны уровни инфекции живым SARS-CoV-2 в клетках HEK293T дикого типа и в клетках HEK293T, сконструированных для сверхэкспрессии DC-SIGN, L-SIGN, SIGLEC-1 или ACE2. Инфекцию определяли с использованием рекомбинантного S-белка с репортером люциферазы. См. пример 37.

На фиг. 67 показана нейтрализация примерным моноклональным антителом S309 (VH SEQ ID NO:105, VL SEQ ID NO:168) инфекции живым вирусом SARS-CoV-2 в клетках HEK293T, сконструированных для сверхэкспрессии DC-SIGN, L-SIGN, SIGLEC-1 или ACE2. В этом примере антитело S309 содержит мутации Fc M428L и N434S (нумерация EU). См. пример 37.

На фиг. 68A и 68B показан анализ экспрессии рецепторных белков, включая белки CD209 (DC-SIGN) и SIGLEC в нескольких типах клеток. Размер точки коррелирует с процентом клеток указанного типа, которые экспрессируют белок, а интенсивность затенения точки коррелирует с уровнем экспрессии белка. См. пример 37.

На фиг. 69 показана инфекция, вызванная живым SARS-CoV-2, экспрессирующим N-люциферазу в клетках HEK293T («исходные») или клетках HEK293T, стабильно экспрессирующих DC-SIGN, L-SIGN, SIGLEC-1 или ACE2. Данные представляют собой эксперименты по тестированию SARS-CoV-2 при трех множественностях инфекций (MOI). См. пример 37.

На фиг. 70 показана инфекция VSV псевдотипированным SARS-CoV-2 в клетках HEK293T, клетках HeLa и клетках MRC5, временно трансдуцированных лентивирусом для экспрессии DC-SIGN, L-SIGN, SIGLEC-1 или ACE2. Неинфицированные клетки показаны как отрицательный контроль. См. пример 37.

На фиг. 71A и 71B показано связывание (измеренное с помощью биослойной интерферометрии) S309, S309 N55Q MLNS, S309 N55Q MLNS GAALIE (фиг. 71A) и сравнительных антител REGN10933 и REGN10987 (фиг. 71B) дикого типа с мутировавшими вариантами RBD. См. пример 39.

На фиг. 72 показана нейтрализация SARS-CoV-2 ("WT" представляет собой Wuhan-Hu-1; "UK" представляет собой SARS-CoV-2 вариант B.1.1.7; и "SA" представляет собой вариант B.1.351) псевдовируса MLV в клетках Vero-E6 с помощью антител S309, как описано в примере 39. Также оценивали сравнительные антитела REGN10987, REGN10933 и комбинацию REGN10987 + REGN10933.

На фиг. 73A-73D показано, что S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) обеспечивает надежную защиту против инфекции in vivo SARS-CoV-2. Сирийским хомякам вводили указанное количество mAb за 48 часов до интраназальной инфекции SARS-CoV-2. (A) Количественное определение вирусной РНК (рибонуклеиновая кислота) в легких через 4 дня после инфицирования. (B) Количественное определение реплицирующего вируса в гомогенатах легких, собранных через 4 дня после инфицирования с использованием анализа TCID50 (доза вируса, вызывающая цитопатический эффект у 50 % зараженных культур клеток). (C) Гистологический показатель легочной ткани оценивали через 4 дня после инфицирования. (D) Концентрация mAb, измеренная в сыворотке до инфицирования (день 0), обратно коррелирует с вирусной нагрузкой РНК в легком через 4 дня после инфицирования. См. пример 38.

Подробное описание изобретения

В настоящем документе предложены антитела и антигенсвязывающие фрагменты, которые способны связываться с SARS-CoV-2 (например, с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2 и/или RBD, как описано в настоящем документе, в вирионе SARS-CoV-2 и/или экспрессируемыми на поверхности клетки-хозяина, такой как клетка, инфицированная SARS-CoV-2). Клетка-хозяин может представлять собой, например, клетку легкого, клетку СНО (такую как, например, клетка ExpiCHO, трансфицированная для экспрессии поверхностного гликопротеина) или т. п. В некоторых вариантах осуществления раскрытые в настоящем документе антитела и антигенсвязывающие фрагменты могут нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 на модели инфекции in vitro и/или у субъекта-человека. Также предложены полинуклеотиды, кодирующие антитела и антигенсвязывающие фрагменты, векторы, клетки-хозяева и связанные композиции, а также способы применения антител, нуклеиновых кислот, векторов, клеток-хозяев и связанных композиций для лечения (например, уменьшения, задержки, устранения или предотвращения) инфекции SARS-CoV-2 у субъекта и/или для получения лекарственного средства для лечения инфекции SARS-CoV-2 у субъекта.

Прежде чем излагать это изобретение более подробно, может быть полезно для его понимания дать определения некоторых терминов, которые будут использоваться в настоящем документе. Дополнительные определения представлены на протяжении всего данного описания изобретения.

В контексте настоящего документа "SARS-CoV-2", также называемый в настоящем документе "уханьский коронавирус" или "уханьский вирус пневмонии рынка морепродуктов", или "уханьский CoV", или "новый CoV", или "nCoV", или "2019 nCoV", или "уханьский nCoV", представляет собой бетакоронавирус, предположительно принадлежащий к роду B (сарбековирус). SARS-CoV-2 был впервые выявлен в Ухане, провинция Хубэй, Китай, в конце 2019 года и распространился в Китае и других частях мира к началу 2020 года. Симптомы SARS-CoV-2 включают лихорадку, сухой кашель и одышку.

Геномная последовательность изолята SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 представлена в SEQ ID NO:163 (см. также GenBank MN908947.3, 23.01.2020), а аминокислотная трансляция генома представлена в SEQ ID NO:164 (см. также GenBank QHD43416.1, 23.01.2020). Как и другие коронавирусы (например, SARS CoV), SARS-CoV-2 содержит трансмембранный гликопротеин I типа "спайк" или поверхностный ("S"), содержащий рецептор-связывающий домен (RBD). Считается, что RBD опосредует проникновение коронавируса SARS линии B в клетки эпителия дыхательных путей путем связывания с ангиотензинпревращающим ферментом 2 (ACE2). В частности, считается, что рецептор-связывающий мотив (RBM) в RBD вируса взаимодействует с ACE2.

Аминокислотная последовательность поверхностного гликопротеина (S) SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 представлена в SEQ ID NO:165. Антитела и антигенсвязывающие фрагменты по настоящему изобретению способны связываться с поверхностным гликопротеином (S) SARS CoV-2, таким как Wuhan-Hu-1. Например, в некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с эпитопом в RBD S-белка Wuhan-Hu-1.

Аминокислотная последовательность RBD SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 представлена в SEQ ID NO:166. S-белок SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 имеет приблизительно 73% идентичности с аминокислотной последовательностью с S-белком SARS-CoV. Аминокислотная последовательность RBM SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 представлена в SEQ ID NO:167. SARS-CoV-2 RBD имеет сходство аминокислотной последовательности приблизительно от 75 до 77% с RBD коронавируса SARS, а SARS-CoV-2 Wuhan Hu-1RBM имеет сходство аминокислотной последовательности приблизительно 50% с RBM коронавируса SARS.

Если в настоящем документе не указано иное, SARS-CoV-2 Wuhan Hu-1 относится к вирусу, содержащему аминокислотную последовательность, представленную в любой одной или более из SEQ ID NO:164, 165 и 166, необязательно с геномной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:163.

Существует ряд новых вариантов SARS-CoV-2. Некоторые варианты SARS-CoV-2 содержат мутацию N439K, которая обладает повышенной аффинностью связывания с рецептором ACE2 человека (Thomson, E.C., и др., The circulating SARS-CoV-2 spike variant N439K maintains fitness while evading antibody-mediated immunity. bioRxiv, 2020). Некоторые варианты SARS-CoV-2 содержат мутацию N501Y, которая связана с повышенной трансмиссивностью, включая линии B.1.1.7 (также известные как 20I/501Y.V1 и VOC 202012/01; (мутации del69-70, del144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, и D1118H)) и B.1.351 (также известные как 20H/501Y.V2; мутации L18F, D80A, D215G, R246I, K417N, E484K, N501Y, D614G и A701V), которые были обнаружены в Великобритании и Южной Африке, соответственно (Tegally,H., и др. al, Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv, 2020: p. 2020.12.21.2024864; Leung, K., и др., Early empirical assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. medRxiv, 2020: p. 2020.12.20.20248581). B.1.351 также содержит две другие мутации в домене RBD спайк-белка SARS-CoV2, K417N и E484K (Tegally, H., и др., Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv, 2020: p. 2020.12.21.202486400). Другие варианты SARS-CoV-2 включают линию B.1.1.28, которая была впервые зарегистрирована в Бразилии; вариант P.1, линия B.1.1.28 (также известная как 20J/501Y.V3), который был впервые зарегистрирован в Японии; вариант L452R, который был впервые зарегистрирован в Калифорнии в Соединенных Штатах (Pan American Health Organization, Epidemiological update: Occurrence of variants of SARS-CoV-2 in the Americas, January 20, 2021, доступно на reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/2021-jan-20-phe-epi-update-SARS-CoV-2.pdf). Другие варианты SARS-CoV-2 включают SARS CoV-2 из группы 19A; SARS CoV-2 из группы 19B; SARS CoV-2 из группы 20A; SARS CoV-2 из группы 20B; SARS CoV-2 из группы 20C; SARS CoV-2 из группы 20D; SARS CoV-2 из группы 20E (EU1); SARS CoV-2 из группы 20F; SARS CoV-2 из группы 20G; и SARS CoV-2 B1.1.207; и другие линии SARS CoV-2, описанные в Rambaut, A., и др.., A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nat Microbiol 5, 1403-1407 (2020). Вышеуказанные варианты SARS-CoV-2 и их аминокислотные и нуклеотидные последовательности включены в настоящий документ посредством ссылки.

В настоящем описании любой диапазон концентраций, процентный диапазон, диапазон отношений или целочисленный диапазон, приведенные в настоящем документе, следует понимать как включающие значение любого целого числа в пределах указанного диапазона и, когда это необходимо, его фракций (таких как одна десятая и одна сотая целое число), если не указано иное. Кроме того, любой диапазон чисел, указанных в настоящем документе, относящийся к любому физическому признаку, такому как полимерные субъединицы, размер или толщина, следует понимать как включающее любое целое число в пределах указанного диапазона, если не указано иное. В контексте настоящего документа «около» означает ±20% от указанного диапазона, значения или структуры, если не указано иное. Следует понимать, что термины в единственном числе в контексте настоящего документа подразумевают "один или более" из перечисленных терминов. Таким образом, использование альтернативы (например, «или») следует понимать как одну, обе или любую комбинацию этих альтернатив. В контексте настоящего документа "включать", "иметь" и "содержать" используются как синонимы, а эти термины и их варианты следует рассматривать как неограничивающие.

«Необязательный» или «необязательно» означает, что описанный далее элемент, компонент, событие или обстоятельство необязательно должно иметь место, и что описание включает случаи, в которых элемент, компонент, событие или обстоятельство имеет место, и случаи, когда их нет.

Кроме того, следует понимать, что отдельные конструкции или группы конструкций, полученные из различных комбинаций структур и субъединиц, описанных в настоящей заявке, раскрыты в настоящей заявке в той же степени, как если бы каждая конструкция или группа конструкций была изложена отдельно. Таким образом, выбор конкретных структур или конкретных субъединиц находится в пределах объема настоящего изобретения.

Термин «состоящий по существу из» не эквивалентен термину «содержащий» и относится к указанным материалам или стадиям формулы изобретения или к тем, которые не оказывают существенного влияния на основные характеристики заявленного объекта изобретения. Например, белковый домен, область или модуль (например, связывающий домен) или белок "состоит по существу из" конкретной аминокислотной последовательности, когда аминокислотная последовательность домена, области, модуля или белка включает удлинения, делеции, мутации или их комбинацию (например, аминокислоты на амино- или карбоксиконце или между доменами), которые в комбинации вносят вклад не более чем в 20% (например, не более 15%, 10%, 8%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2% или 1%) длины домена, области, модуля или белка и по существу не влияют (т.е., не снижают активность более чем на 50%, например, не более чем на 40%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, 5% или 1%) на активность домена (доменов), области (областей), модуля (модулей) или белка (например, на аффинность связывания с мишенью связывающего белка).

В контексте настоящего документа "аминокислота" относится к встречающимся в природе и синтетическим аминокислотам, а также аналогам аминокислот и миметикам аминокислот, которые функционируют аналогично встречающимся в природе аминокислотам. Природные аминокислоты представляют собой аминокислоты, кодируемые генетическим кодом, а также те аминокислоты, которые впоследствии модифицируются, например, гидроксипролин, γ-карбоксиглутамат и O-фосфосерин. Аналоги аминокислот относятся к соединениям, которые имеют ту же основную химическую структуру, что и встречающаяся в природе аминокислота, то есть, α-углерод, который связан с водородом, карбоксильной группой, аминогруппой и R-группой, например, гомосерин, норлейцин, метионинсульфоксид, метионинметилсульфоний. Такие аналоги имеют модифицированные R-группы (например, норлейцин) или модифицированные пептидные остовы, но сохраняют ту же основную химическую структуру, что и встречающаяся в природе аминокислота. Миметики аминокислот относятся к химическим соединениям, которые имеют структуру, которая отличается от общей химической структуры аминокислоты, но которая функционирует аналогично встречающейся в природе аминокислоте.

В контексте настоящего документа "мутация" относится к изменению последовательности молекулы нуклеиновой кислоты или молекулы полипептида по сравнению с эталонной молекулой или молекулой нуклеиновой кислоты дикого типа или молекулой полипептида, соответственно. Мутация может привести к нескольким различным типам изменения последовательности, включая замену, вставку или делецию нуклеотида (нуклеотидов) или аминокислоты (аминокислот).

"Консервативная замена" относится к аминокислотным заменам, которые существенно не влияют или не изменяют характеристики связывания конкретного белка. Как правило, консервативные замены представляют собой замены, в которых замещенный аминокислотный остаток заменен аминокислотным остатком, имеющим схожую боковую цепь. Консервативные замены включают замену, основанную на одной из следующих групп: группа 1: аланин (Ala или A), глицин (Gly или G), серин (Ser или S), треонин (Thr или T); группа 2: аспарагиновая кислота (Asp или D), глутаминовая кислота (Glu или Z); группа 3: аспарагин (Asn или N), глутамин (Gln или Q); группа 4: аргинин (Arg или R), лизин (Lys или K), гистидин (His или H); группа 5: изолейцин (Ile или I), лейцин (Leu или L), метионин (Met или M), валин (Val или V); и группа 6: фенилаланин (Phe или F), тирозин (Tyr или Y), триптофан (Trp или W). Дополнительно или альтернативно, аминокислоты могут быть сгруппированы в консервативные группы замещения по аналогичной функции, химической структуре или составу (например, кислотные, основные, алифатические, ароматические или серосодержащие). Например, алифатическая группа может включать, для целей замены, Gly, Ala, Val, Leu и Ile. Другие группы консервативных замен включают: серосодержащие: Met и цистеин (Cys или C); кислые: Asp, Glu, Asn и Gln; небольшие алифатические, неполярные или слегка полярные остатки: Ala, Ser, Thr, Pro и Gly; полярные, отрицательно заряженные остатки и их амиды: Asp, Asn, Glu и Gln; полярные, положительно заряженные остатки: His, Arg и Lys; большие алифатические, неполярные остатки: Met, Leu, Ile, Val и Cys; и большие ароматические остатки: Phe, Tyr и Trp. Дополнительную информацию можно найти в Creighton (1984) Proteins, W.H. Freeman and Company.

В контексте настоящего документа "белок" или "полипептид" относится к полимеру аминокислотных остатков. Белки применяются к встречающимся в природе аминокислотным полимерам, а также к аминокислотным полимерам, в которых один или более аминокислотных остатков являются искусственными химическими миметиками соответствующей встречающейся в природе аминокислоты, и не встречающимся в природе аминокислотным полимерам. Также рассматриваются варианты белков, пептидов и полипептидов согласно настоящему изобретению. В некоторых вариантах осуществления варианты белков, пептидов и полипептидов содержат или состоят из аминокислотной последовательности, которая по меньшей мере на 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 99,9% идентична аминокислотной последовательности определенной или эталонной аминокислотной последовательности, как описано в настоящем документе.

"Молекула нуклеиновой кислоты" или "полинуклеотид" или "полинуклеиновая кислота" относится к полимерному соединению, включающему ковалентно связанные нуклеотиды, которые могут состоять из природных субъединиц (например, пуриновые или пиримидиновые основания) или неприродных субъединиц (например, морфолиновое кольцо). Пуриновые основания включают аденин, гуанин, гипоксантин и ксантин, а пиримидиновые основания включают урацил, тимин и цитозин. Молекулы нуклеиновой кислоты включают полирибонуклеиновую кислоту (РНК), которая включает мРНК (матричная РНК), микроРНК, миРНК (малая интерферирующая РНК), вирусную геномную РНК и синтетическую РНК, и полидезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК), которая включает кДНК (комплементарная ДНК), геномную ДНК и синтетическую ДНК, каждая из которых может быть одноцепочечной или двухцепочечной. В случае одноцепочечной цепи молекула нуклеиновой кислоты может представлять собой кодирующую цепь или некодирующую (антисмысловую) цепь. Молекула нуклеиновой кислоты, кодирующая аминокислотную последовательность, включает все нуклеотидные последовательности, кодирующие одну и ту же аминокислотную последовательность. Некоторые варианты нуклеотидных последовательностей могут также включать интрон (интроны) в той степени, в которой интрон (интроны) будет удален с помощью ко- или посттранскрипционных механизмов. Другими словами, различные нуклеотидные последовательности могут кодировать одну и ту же аминокислотную последовательность в результате избыточности или вырожденности генетического кода или путем сплайсинга.

Также рассматриваются варианты молекул нуклеиновых кислот по данному описанию. Варианты молекул нуклеиновой кислоты имеют по меньшей мере 70%, 75%, 80%, 85%, 90% и предпочтительно на 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 99,9% идентичности с молекулой нуклеиновой кислоты определенного или эталонного полинуклеотида, как описано в настоящем документе, или которые гибридизуются с полинуклеотидом в жестких условиях гибридизации, составляющих 0,015 М хлорида натрия, 0,0015 М цитрата натрия при около 65-68 °C или 0,015 М хлорида натрия, 0,0015 М цитрата натрия и 50% формамида при около 42 °C. Варианты молекул нуклеиновых кислот сохраняют способность кодировать их связывающий домен, имеющий функциональность, описанную в настоящем документе, такую как связывание молекулы-мишени.

"Процент идентичности последовательностей" относится к взаимосвязи между двумя или более последовательностями, как определено путем сравнения последовательностей. Предпочтительные способы определения идентичности последовательностей предназначены для обеспечения наилучшего соответствия между сравниваемыми последовательностями. Например, последовательности выровнены для целей оптимального сравнения (например, гэпы могут быть введены в одну или обе из первой и второй аминокислотной или нуклеотидной последовательности для оптимального выравнивания). Кроме того, негомологичные последовательности могут быть проигнорированы для целей сравнения. Процент идентичности последовательности, указанный в настоящем документе, рассчитывают по длине эталонной последовательности, если не указано иное. Способы определения идентичности и сходства последовательностей можно найти в общедоступных компьютерных программах. Выравнивание последовательностей и расчеты процента идентичности могут быть выполнены с использованием программы BLAST (например, BLAST 2.0, BLASTP, BLASTN или BLASTX). Математический алгоритм, используемый в программах BLAST, можно найти в Altschul и др., Nucleic Acids Res. 25:3389-3402, 1997. В контексте настоящего документа следует понимать, что для анализа при применении аналитического программного обеспечения результаты анализа основаны на «установленных по умолчанию значениях» упоминаемой программы. «Установленные по умолчанию значения» означают любой набор значений или показателей, загружаемых исходно с программным обеспечением при первом запуске.

Термин «выделенный» означает, что материал извлечен из своего исходного окружения (например, природной среды, если он встречается в естественных условиях). Например, встречающаяся в природе нуклеиновая кислота или полипептид, присутствующий в живом животном, не является выделенным, но та же нуклеиновая кислота или полипептид, отделенный от материалов, совместно с ним присутствующих в естественной системе, является выделенным. Такая нуклеиновая кислота может быть частью вектора и/или такая нуклеиновая кислота или полипептид могут быть частью композиции (например, клеточного лизата) и все еще могут быть выделены в том смысле, что такой вектор или композиция не является частью природной среды для нуклеиновой кислоты или полипептида. "Выделенный" может, в некоторых вариантах осуществления, также описывать антитело, антигенсвязывающий фрагмент, полинуклеотид, вектор, клетку-хозяина или композицию, которая находится вне организма человека.

Термин "ген" означает сегмент ДНК или РНК, участвующий в получении полипептидной цепи; в некоторых контекстах он включает области, предшествующие и следующие за кодирующей областью (например, 5’-нетранслируемая область (UTR) и 3’-UTR), а также промежуточные последовательности (интроны) между отдельными кодирующими сегментами (экзонами).

"Функциональный вариант" относится к полипептиду или полинуклеотиду, который структурно схож или по существу структурно схож с исходным или эталонным соединением согласно настоящему изобретению, но незначительно отличается по составу (например, одно основание, атом или функциональная группа отличаются, добавлены или удалены), так что полипептид или кодируемый полипептид способен выполнять по меньшей мере одну функцию исходного полипептида с по меньшей мере 50% эффективностью, предпочтительно по меньшей мере 55%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,9% или 100% уровнем активности исходного полипептида. Другими словами, функциональный вариант полипептида или кодируемого полипептида согласно настоящему изобретению имеет "сходное связывание", "сходную аффинность" или "сходную активность", когда функциональный вариант демонстрирует снижение производительности в выбранном анализе не более чем на 50% по сравнению с исходным или эталонным полипептидом, таким как анализ для измерения аффинности связывания (например, окрашивание Biacore® или тетрамером, измеряющее константу ассоциации (K_a) или диссоциации (K_D)).

В контексте настоящего документа "функциональная часть" или "функциональный фрагмент" относится к полипептиду или полинуклеотиду, который содержит только домен, часть или фрагмент исходного или эталонного соединения, и полипептид или кодируемый полипептид сохраняет по меньшей мере 50% активность, связанную с доменом, частью или фрагментом исходного или эталонного соединения, предпочтительно по меньшей мере 55%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99,9% или 100% уровень активности исходного полипептида, или обеспечивает биологическое преимущество (например, эффекторную функцию). «Функциональная часть» или «функциональный фрагмент» полипептида или кодируемого полипептида согласно настоящему изобретению имеет «аналогичное связывание» или «аналогичную активность», когда функциональная часть или фрагмент демонстрирует снижение производительности в выбранном анализе не более чем на 50% по сравнению с исходным или эталонным полипептидом (предпочтительно не более чем на 20% или 10%, или не более чем на логарифмическую (log) разницу по сравнению с исходным или эталонным по отношению к аффинности).

В контексте настоящего документа термин "сконструированный", "рекомбинантный" или "неприродный" относится к организму, микроорганизму, клетке, молекуле нуклеиновой кислоты или вектору, который включает по меньшей мере одно генетическое изменение или был модифицирован путем введения экзогенной или гетерологичной молекулы нуклеиновой кислоты, где такие изменения или модификации вводятся с помощью генной инженерии (т.е.вмешательства человека). Генетические изменения включают, например, модификации, вводящие экспрессируемые молекулы нуклеиновых кислот, кодирующие функциональную РНК, белки, слитые белки или ферменты, или другие добавления, делеции, замены молекул нуклеиновых кислот или другие функциональные нарушения генетического материала клетки. Дополнительные модификации включают, например, некодирующие регуляторные области, в которых модификации изменяют экспрессию полинуклеотида, гена или оперона.

В контексте настоящего документа термин "гетерологичный" или "неэндогенный" или "экзогенный" относится к любому гену, белку, соединению, молекуле нуклеиновой кислоты или активности, которая не является нативной для клетки-хозяина или субъекта, или любому гену, белку, соединению, молекуле нуклеиновой кислоты или активности, которая является нативной для клетки-хозяина или субъекта, который был изменен. Гетерологичные, неэндогенные или экзогенные включают гены, белки, соединения или молекулы нуклеиновых кислот, которые были мутированы или иным образом изменены таким образом, что структура, активность или и то и другое различаются между нативными и измененными генами, белками, соединениями или молекулами нуклеиновых кислот. В некоторых вариантах осуществления гетерологичные, неэндогенные или экзогенные гены, белки или молекулы нуклеиновых кислот (например, рецепторы, лиганды и т.д.) могут быть неэндогенными для клетки-хозяина или субъекта, но вместо этого нуклеиновые кислоты, кодирующие такие гены, белки или молекулы нуклеиновых кислот, могут быть добавлены в клетку-хозяина путем конъюгации, трансформации, трансфекции, электропорации или тому подобного, где добавленная молекула нуклеиновой кислоты может интегрироваться в геном клетки-хозяина или может существовать в виде внехромосомного генетического материала (например, в виде плазмиды или другого самовоспроизводящегося вектора). Термин "гомологичный" или "гомолог" относится к гену, белку, соединению, молекуле нуклеиновой кислоты или активности, обнаруженной в или полученной из клетки-хозяина, вида или штамма. Например, гетерологичный или экзогенный полинуклеотид или ген, кодирующий полипептид, может быть гомологичным нативному полинуклеотиду или гену и кодировать гомологичный полипептид или активность, но полинуклеотид или полипептид может иметь измененную структуру, последовательность, уровень экспрессии или любую их комбинацию. Неэндогенный полинуклеотид или ген, а также кодируемый полипептид или активность могут быть из одного и того же вида, другого вида или их комбинации.

В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты или ее часть, нативная для клетки-хозяина, будет считаться гетерологичной по отношению к клетке-хозяину, если она была изменена или мутирована, или молекула нуклеиновой кислоты, нативная для клетки-хозяина, может считаться гетерологичной, если она была изменена с помощью гетерологичной последовательности контроля экспрессии или была изменена с помощью эндогенной последовательности контроля экспрессии, обычно не связанной с молекулой нуклеиновой кислоты, нативной для клетки-хозяина. Кроме того, термин "гетерологичный" может относиться к биологической активности, которая отличается, изменена или не эндогенна для клетки-хозяина. Как описано в настоящем документе, более чем одна гетерологичная молекула нуклеиновой кислоты может быть введена в клетку-хозяина в виде отдельных молекул нуклеиновой кислоты, в виде множества индивидуально контролируемых генов, в виде молекулы полицистронной нуклеиновой кислоты, в виде одной молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей антитело или антигенсвязывающий фрагмент (или другой полипептид), или любую их комбинацию.

В контексте настоящего документа термин "эндогенный" или "нативный" относится к полинуклеотиду, гену, белку, соединению, молекуле или активности, которые обычно присутствуют в клетке-хозяине или субъекте.

В контексте настоящего документа «экспрессия» в данном контексте относится к процессу, посредством которого получали полипептид на основе кодирующей последовательности молекулы нуклеиновой кислоты, такой как ген. Способ может включать транскрипцию, посттранскрипционный контроль, посттранскрипционную модификацию, трансляцию, посттрансляционный контроль, посттрансляционную модификацию или любую их комбинацию. Экспрессируемая молекула нуклеиновой кислоты обычно функционально связана с последовательностью контроля экспрессии (например, промотором).

Термин "функционально связанный" относится к ассоциации двух или более молекул нуклеиновой кислоты на одном фрагменте нуклеиновой кислоты, так что функция одной из них зависит от другой. Например, промотор функционально связан с кодирующей последовательностью, если он способен регулировать экспрессию указанной кодирующей последовательности (т.е. кодирующая последовательность находится под транскрипционным контролем указанного промотора). "Несвязанный" означает, что ассоциированные генетические элементы не тесно связаны друг с другом и функция одного не влияет на другого.

Как описано в настоящем документе, более чем одна гетерологичная молекула нуклеиновой кислоты может быть введена в клетку-хозяина в виде отдельных молекул нуклеиновой кислоты, в виде множества индивидуально контролируемых генов, в виде молекулы полицистронной нуклеиновой кислоты, в виде одной молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей белок (например, тяжелую цепь антитела) или любую их комбинацию. Когда в клетку-хозяина вводят две или более гетерологичных молекул нуклеиновой кислоты, следует понимать, что две или более гетерологичных молекул нуклеиновой кислоты могут быть введены в виде одной молекулы нуклеиновой кислоты (например, на одном векторе), на отдельных векторах, интегрированных в хромосому-хозяина на одном сайте или нескольких сайтах, или любой их комбинации. Количество упомянутых гетерологичных молекул нуклеиновых кислот или белковых активностей относится к количеству кодирующих молекул нуклеиновых кислот или количеству белковых активностей, а не к количеству отдельных молекул нуклеиновых кислот, введенных в клетку-хозяина.

Термин «конструкция» относится к любому полинуклеотиду, который содержит рекомбинантную молекулу нуклеиновой кислоты (или, когда контекст явно указывает, слитый белок по настоящему изобретению). Конструкция (полинуклеотида) может присутствовать в векторе (например, бактериальном векторе, вирусном векторе) или может быть интегрирована в геном. "Вектор" представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, которая способна транспортировать другую молекулу нуклеиновой кислоты. Векторы могут представлять собой, например, плазмиды, космиды, вирусы, вектор РНК или линейную или круговую молекулу ДНК или РНК, которые могут включать хромосомные, нехромосомные, полусинтетические или синтетические молекулы нуклеиновых кислот. Векторы согласно настоящему изобретению также включают транспозонные системы (например, Sleeping Beauty, см., например, Geurts и др., Mol. Ther. 8:108, 2003: Mátés и др., Nat. Genet. 41:753, 2009). Примерные векторы представляют собой векторы, способные к автономной репликации (эписомальный вектор), способные доставлять полинуклеотид в геном клетки (например, вирусный вектор) или способные экспрессировать молекулы нуклеиновых кислот, с которыми они связаны (экспрессионные векторы).

В контексте настоящего документа "вектор экспрессии" или "вектор" относится к конструкции ДНК, содержащей молекулу нуклеиновой кислоты, которая функционально связана с подходящей контрольной последовательностью, способной осуществлять экспрессию молекулы нуклеиновой кислоты в подходящем хозяине. Такие контрольные последовательности включают промотор для осуществления транскрипции, необязательную операторную последовательность для контроля такой транскрипции, последовательность, кодирующую подходящие сайты связывания мРНК-рибосом, и последовательности, которые контролируют терминацию транскрипции и трансляции. Вектор может представлять собой плазмиду, фаговую частицу, вирус или просто потенциальную геномную вставку. После трансформации в подходящего хозяина вектор может реплицироваться и функционировать независимо от генома хозяина, или в некоторых случаях может интегрироваться в сам геном или доставлять полинуклеотид, содержащийся в векторе, в геном без последовательности вектора. В настоящем описании термины "плазмида", "экспрессионная плазмида", "вирус" и "вектор" часто используются взаимозаменяемо.

Термин "вводимый" в контексте вставки молекулы нуклеиновой кислоты в клетку означает "трансфекцию", "трансформацию" или "трансдукцию" и включает ссылку на включение молекулы нуклеиновой кислоты в эукариотическую или прокариотическую клетку, где молекула нуклеиновой кислоты может быть включена в геном клетки (например, хромосомы, плазмиды, пластиды или митохондриальной ДНК), преобразована в автономны репликон или временно экспрессирована (например, трансфицированная мРНК).

В некоторых вариантах осуществления полинуклеотиды согласно настоящему изобретению могут быть функционально связаны с определенными элементами вектора. Например, полинуклеотидные последовательности, которые необходимы для осуществления экспрессии и процессинга кодирующих последовательностей, с которыми они лигированы, могут быть функционально связаны. Последовательности контроля экспрессии могут включать соответствующие последовательности инициации, терминации, промотора и энхансера транскрипции; эффективные сигналы процессинга РНК, такие как сигналы сплайсинга и полиаденилирования; последовательности, которые стабилизируют цитоплазматическую мРНК; последовательности, которые повышают эффективность трансляции (т.е. консенсусные последовательности Козака); последовательности, которые повышают стабильность белка; и, возможно, последовательности, которые повышают секрецию белка. Последовательности контроля экспрессии могут быть функционально связаны, если они смежны с представляющим интерес геном и последовательностями контроля экспрессии, которые действуют в транс или на расстоянии для контроля представляющего интерес гена.

В некоторых вариантах осуществления вектор содержит плазмидный вектор или вирусный вектор (например, лентивирусный вектор или γ-ретровирусный вектор). Вирусные векторы включают ретровирус, аденовирус, парвовирус (например, аденоассоциированные вирусы), коронавирус, вирусы РНК с отрицательной цепью, такие как ортомиксовирус (например, вирус гриппа), рабдовирус (например, вирус бешенства и везикулярного стоматита), парамиксовирус (например, корь и Сендай), вирусы РНК с положительной цепью, такие как пикорнавирус и альфавирус, и вирусы двухцепочечной ДНК, включая аденовирус, герпесвирус (например, вирус простого герпеса 1 и 2 типов, вирус Эпштейна-Барра, цитомегаловирус) и поксвирус (например, осповакцны, оспу кур и оспу канареек). Другие вирусы включают, например, вирус Норуолк, тогавирус, флавивирус, реовирусы, паповавирус, гепаднавирус и вирус гепатита. Примеры ретровирусов включают лейкоз-саркому птиц, вирусы C-типа млекопитающих, вирусы B-типа, вирусы D-типа, группу HTLV-BLV, лентивирус, спумавирус (Coffin, J. M., Retroviridae: The viruses and their replication, In Fundamental Virology, Third Edition, B. N. Fields et al., Eds., Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, 1996).

"Ретровирусы" представляют собой вирусы, имеющие геном РНК, который обратно транскрибируется в ДНК с использованием фермента обратной транскриптазы, затем обратно транскрибируемая ДНК включается в геном клетки-хозяина. "Gammaretrovirus" относится к роду ретровирусов (Retroviridae). Примеры гаммаретровирусов включают вирус стволовых клеток мыши, вирус лейкоза мыши, вирус лейкоза кошек, вирус саркомы кошек и вирусы ретикулоэндотелиоза птиц.

"Лентивирусные векторы" включают в себя основанные на ВИЧ (вирус иммунодефицита человека) лентивирусные векторы для доставки генов, которые могут быть интегрирующими или неинтегрирующими, обладают относительно большой упаковочной емкостью и могут трансдуцировать ряд различных типов клеток. Лентивирусные векторы обычно генерируют после временной трансфекции трех (упаковки, оболочки и переноса) или более плазмид в клетки-продуценты. Как и ВИЧ, лентивирусные векторы проникают в клетку-мишень через взаимодействие гликопротеинов вирусной поверхности с рецепторами на поверхности клетки. При вводе вирусная РНК подвергается обратной транскрипции, которая опосредуется комплексом вирусной обратной транскриптазы. Продуктом обратной транскрипции является двухцепочечная линейная вирусная ДНК, которая является субстратом для вирусной интеграции в ДНК инфицированных клеток.

В некоторых вариантах осуществления вирусный вектор может представлять собой гаммаретровирус, например, векторы, полученные из вируса лейкоза мышей Молони (MLV). В других вариантах осуществления вирусный вектор может представлять собой более сложный вектор, полученный из ретровируса, например, вектор, полученный из лентивируса. К этой категории относятся векторы, происходящие из ВИЧ-1. Другие примеры включают лентивирусные векторы, полученные из ВИЧ-2, FIV (вирус иммунодефицита кошки), вируса инфекционной анемии лошадей, SIV и вируса Маеди-Висна (лентивируса овец). Способы применения ретровирусных и лентивирусных вирусных векторов и упаковки клеток для трансдукции клеток-хозяев млекопитающих с вирусными частицами, содержащими трансгены, известны в данной области техники и были описаны ранее, например, в: патенте США 8119772; Walchli и др., PLoS One 6:327930, 2011; Zhao и др., J. Immunol. 174:4415, 2005; Engels et al., Hum. Gene Ther. 14:1155, 2003; Frecha и др., Mol. Ther.18:1748, 2010; и Verhoeyen и др., Methods Mol. Biol. 506:97, 2009. Ретровирусные и лентивирусные векторные конструкции и системы экспрессии также коммерчески доступны. Другие вирусные векторы также могут быть использованы для доставки полинуклеотидов, включая ДНК-вирусные векторы, включая, например, векторы на основе аденовируса и векторы на основе аденоассоциированного вируса (AAV); векторы, полученные из вирусов простого герпеса (HSV), включая векторы ампликона, репликационно дефектный HSV и аттенуированный HSV (Krisky и др., Gene Ther. 5:1517, 1998).

Другие векторы, которые могут быть использованы с композициями и способами согласно настоящему изобретению, включают векторы, полученные из бакуловирусов и α-вирусов. (Jolly, D J. 1999. Emerging Viral Vectors. pp. 209-40 in Friedmann T. ed. The Development of Human Gene Therapy. New York: Cold Spring Harbor Lab), или плазмидные векторы (такие как "спящая красавица" или другие транспозонные векторы).

Когда геном вирусного вектора содержит множество полинуклеотидов, подлежащих экспрессии в клетке-хозяине в виде отдельных транскриптов, вирусный вектор может также содержать дополнительные последовательности между двумя (или более) транскриптами, обеспечивающие бицистронную или мультицистронную экспрессию. Примеры таких последовательностей, используемых в вирусных векторах, включают внутренние сайты входа рибосом (IRES), сайты расщепления фурином, вирусный пептид 2А или любую их комбинацию.

Плазмидные векторы, включая плазмидные векторы, кодирующие антитело на основе ДНК или антигенсвязывающий фрагмент, для прямого введения субъекту, описаны далее в настоящем документе.

В данном контексте термин "хозяин" относится к клетке или микроорганизму, предназначенному для генетической модификации гетерологичной молекулой нуклеиновой кислоты с получением представляющего интерес полипептида (например, антитела по настоящему изобретению).

Клетка-хозяин может включать любую отдельную клетку или клеточную культуру, которая может получать вектор или включение нуклеиновых кислот или экспрессирующих белков. Термин также охватывает потомство клетки-хозяина, генетически или фенотипически одинаковое или различное. Подходящие клетки-хозяева могут зависеть от вектора и могут включать клетки млекопитающих, клетки животных, клетки человека, клетки обезьяны, клетки насекомых, клетки дрожжей и бактериальные клетки. Эти клетки могут быть индуцированы для включения вектора или другого веества с помощью вирусного вектора, трансформации путем осаждения фосфата кальция, DEAE-декстрана (DEAE - диэтиламиноэтил), электропорации, микроинъекции или других способов. См., например, Sambrook и др., Molecular Cloning: A Laboratory Manual 2d ed. (Cold Spring Harbor Laboratory, 1989).

В контексте инфекции SARS-CoV-2 "хозяин" относится к клетке или субъекту (например, человеку), инфицированному SARS-CoV-2.

"Антиген" или "Ag" в данном контексте относится к иммуногенной молекуле, которая вызывает иммунный ответ. Этот иммунный ответ может включать продукцию антител, активацию специфических иммунологически-компетентных клеток, активацию комплемента, антителозависимую цитотоксичность или любую их комбинацию. Антиген (иммуногенная молекула) может представлять собой, например, пептид, гликопептид, полипептид, гликополипептид, полинуклеотид, полисахарид, липид или т. п. Очевидно, что антиген может быть синтезирован, получен рекомбинантным способом или получен из биологического образца. Примерные биологические образцы, которые могут содержать один или более антигенов, включают образцы тканей, образцы кала, клетки, биологические жидкости или их комбинации. Антигены могут продуцироваться клетками, которые были модифицированы или генетически сконструированы для экспрессии антигена. Антигены также могут присутствовать в SARS-CoV-2 (например, поверхностном гликопротеине или его части), например, присутствовать в вирионе, или экспрессироваться или презентироваться на поверхности клетки, инфицированной SARS-CoV-2.

Термин "эпитоп" или "антигенный эпитоп" включает любую молекулу, структуру, аминокислотную последовательность или детерминанту белка, которая распознается и специфически связывается родственной связывающей молекулой, такой как иммуноглобулин, или другой связывающей молекулой, доменом или белком. Эпитопные детерминанты обычно содержат расположенные на химически активные поверхностные группы молекул, такие как боковые цепи аминокислот или сахаров, и обычно обладают специфическими трехмерными структурными характеристиками, а также специфическими характеристиками заряда. Если антиген представляет собой или содержит пептид или белок, эпитоп может состоять из последовательных аминокислот (например, линейного эпитопа) или может состоять из аминокислот из различных частей или областей белка, которые сближены за счет сворачивания белка (например, прерывистого или конформационного эпитопа), или несмежных аминокислот, которые находятся в непосредственной близости независимо от сворачивания белка.

Антитела и антигенсвязывающие фрагменты

В одном аспекте настоящее изобретение относится к выделенному антителу или его антигенсвязывающему фрагменту, которые содержат вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, и способны связываться с поверхностным гликопротеином (S) SARS-CoV-2. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с поверхностным гликопротеином (S) SARS-CoV-2, экспрессируемом на поверхности клетки-хозяина, и/или на вирионе SARS-CoV-2.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению ассоциируется или объединяется с поверхностным эпитопом или антигеном гликопротеина SARS-CoV-2, содержащим указанный эпитоп, при этом существенно не ассоциируясь или не объединяясь с любыми другими молекулами или компонентами в образце.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению связывается или объединяется (например, связывается) с поверхностным эпитопом гликопротеина SARS-CoV-2, а также может связываться или объединяться с эпитопом из другого коронавируса (например, SARS CoV), присутствующего в образце, но существенно не ассоциирующегося или объединяющегося с любыми другими молекулами или компонентами в образце. Другими словами, в некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению является перекрестно реактивным по отношению к SARS-CoV-2 и одному или более дополнительным коронавирусам.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению специфически связывается с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2. В контексте настоящего документа "специфически связывается" относится к ассоциации или объединению антитела или антигенсвязывающего фрагмента с антигеном с аффинностью или K_a (т.е. константой равновесной ассоциации конкретного связывающего взаимодействия с единицами измерения 1/M) с 10⁵ M^-1 или более (что равно отношению скорости ассоциации [K_on] к скорости диссоциации [K_off] для этой реакции ассоциации), при этом не ассоциируясь или не объединяясь в значительной степени с любыми другими молекулами или компонентами в образце.В качестве альтернативы, аффинность может быть определена как равновесная константа диссоциации (K_d) отдельного связывающего взаимодействия, выражаемая в единицах измерения М (например, от 10^-5 M до 10^-13 M).Антитела могут быть классифицированы как "высокоаффинные" антитела или как "низкоаффинные" антитела. "Высокоаффинные" антитела относятся к тем антителам, которые имеют K_a по меньшей мере 10⁷ M^-1, по меньшей мере 10⁸ M^-1, по меньшей мере10⁹ M^-1, по меньшей мере 10¹⁰ M^-1, по меньшей мере10¹¹ M^-1, по меньшей мере 10¹² M^-1или по меньшей мере 10¹³ M^-1. «Низкоаффинные» антитела относятся к тем антителам, которые имеют K_a до 10⁷ M^-1, до 10⁶ M^-1, до 10⁵ M^-1. В качестве альтернативы, аффинность может быть определена как равновесная константа диссоциации (K_d) отдельного связывающего взаимодействия, выражаемая в единицах измерения М (например, от 10^-5 M до 10^-13 M).

В некоторых контекстах антитело и антигенсвязывающие фрагменты могут быть описаны со ссылкой на аффинность и/или авидность к антигену. Если не указано иное, авидность относится к общей силе связывания антитела или его антигенсвязывающего фрагмента с антигеном и отражает аффинность связывания, валентность антитела или антигенсвязывающего фрагмента (например, содержит ли антитело или антигенсвязывающий фрагмент один, два, три, четыре, пять, шесть, семь, восемь, девять, десять или более сайтов связывания) и, например, присутствует ли другой агент, который может влиять на связывание (например, неконкурентный ингибитор антитела или антигенсвязывающего фрагмента).

Известно множество анализов для идентификации антител по настоящему изобретению, которые связывают конкретную мишень, а также для определения аффинности связывающего домена или связывающего белка, таких как вестерн-блоттинг, ELISA (например, прямой, непрямой или сэндвич), аналитическое ультрацентрифугирование, спектроскопия и анализ поверхностного плазмонного резонанса (Biacore®) (см., например, Scatchard и др., Ann. N.Y. Acad. Sci. 51:660, 1949; Wilson, Science 295:2103, 2002; Wolff и др., Cancer Res. 53:2560, 1993; и патенты США № 5,283,173, 5,468,614 или их эквивалент). Также известны анализы для оценки аффинности или кажущейся аффинности или относительной аффинности.

В некоторых примерах связывание может быть определено путем рекомбинантной экспрессии антигена SARS-CoV-2 в клетке-хозяине (например, путем трансфекции) и иммуноокрашивания (например, фиксированной или фиксированной и пермеабилизированной) клетки-хозяина антителом и анализа связывания с помощью проточной цитометрии (например, с использованием анализатора клеток ZE5 (BioRad®) и программного обеспечения FlowJo (TreeStar). В некоторых вариантах осуществления положительное связывание может быть определено дифференциальным окрашиванием антителом клеток, экспрессирующих SARS-CoV-2, по сравнению с контрольными (например, имитирующими) клетками.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению связывается с S-белком SARS-CoV-2, как измерено с помощью биослойной интерферометрии. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент согласно настоящему изобретению связывается с S-белком SARS-CoV-2 с K_D менее чем около 4,5×10^-9 M, менее чем около 5×10^-9 M, менее чем около 1×10^-10 M, менее чем около 5×10^-10 M, менее чем около 1×10^-11 M, менее чем около 5×10^-11 M, менее чем около 1×10^-12 M или менее чем около 5×10^-12 M. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению связывается с RBD S-белка SARS-CoV-2 с K_D менее чем около 4,5×10^-9 M, менее чем около 5×10^-9 M, менее чем около 1×10^-10 M, менее чем около 5×10^-10 M, менее чем около 1×10^-11M, менее чем около 5×10^-11 M, менее чем около1×10^-12 M или менее чем около 5×10^-12 M. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению связывается с S-белком SARS-CoV-2 (например, гликозилированным или дегликозилированным S-белком RBD) с K_D, к_а и/или k_d, как показано в таблице 8, таблице 9 или таблице 10 настоящего документа.

В частных вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с гликозилированным S-белком RBD с K_D, составляющей около 0,35 нМ, около 0,36 нМ, около 0,37 нМ, около 0,38 нМ, около 0,39 нМ, около 0,40 нМ, около 0,41 нМ, около 0,42 нМ, около 0,43 нМ, около 0,44 нМ, около 0,45 нМ, около 0,46 нМ, около 0,47 нМ, около 0,48 нМ, около 0,49 нМ, около 0,50 нМ, около 0,51 нМ или около 1,7 нМ, необязательно измеренным с помощью поверхностного плазмонного резонанса, и/или с k_a, составляющей около 8,5e4 1/Мс, около 8,6e4 1/Мс, около 8,7e4 1/Мс, около 8,8e4 1/Мс, около 8,9e4 1/Мс, около 9,0e4 1/Мс, около 9,1e4 1/Мс, около 9,2e4 1/Мс, около 9,3e4 1/Мс, около 9,4e4 1/Мс, около 9,5e4 1/Мс, около 9,6e4 1/Мс, около 9,7e4 1/Мс, около 9,8e4 1/Мс, около 9,9e4 1/Мсили около 1,0e5 1/Мс, необязательно при измерении с помощью поверхностного плазмонного резонанса, и/или с k_d около 1,6e-4 1/с, около 3,3e-5 1/с, около 3,4e-5 1/с, около 3,5e-5 1/с, около 3,6e-5 1/с, около 3,7e-5 1/с, около 3,8e-5 1/с, около 3,9e-5 1/с, около 3,9e-5 1/с, около 4,0e-5 1/с, около 4,1e-5 1/S, около 4,2e-5 1/с, около 4,3e-5 1/с, около 4,4e-5 1/с, около 4,5e-5 1/с, около 4,6e-5 1/с, около 4,7e-5 1/с, около 4,8e-5 1/с, около 4,9e-5 1/с, около 5,0e-5 1/с около 5,1e-5 1/с, около 5,2e-5 1/с, около 5,3e-5 1/с, около 5,4e-5 1/с, около 5,5e-5 1/с, около 5,6e-5 1/с, около 5,7e-5 1/с, около 5,8e-5 1/с, около 5,9e-5 1/с, около 6,0e-5 1/с, около 6,1e-5 1/с, около 6,2e-5 1/с, около 6,3e-5 1/с, около 6,4e-5 1/с или около 6,5e-5 1/с, необязательно, как измерено с помощью поверхностного плазмонного резонанса.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент способны связываться с дегликозилированным S-белком RBD с K_D , составляющей около 0,95, около 0,96 нМ, около 0,97 нМ, около 0,98 нМ, около 0,99 нМ, около 1,0 нМ, около 1,1 нМ, около 1,2 нМ, около 1,3 нМ, около 1,4 нМ, около 1,5 нМ или около 1,6 нМ, необязательно, как измерено с помощью поверхностного плазмонного резонанса, и/или с k_a, составляющей около (1/с) около 2,5e5, около 2,6e5, около 2,7e5, около 2,8e5, около 2,9e5, около 3,0e5, около 3,1e5, необязательно, как измерено с помощью поверхностного плазмонного резонанса, и/или с k_d (1/с) около 2,8e-4, около 2,9e-4, около 3,0e-4, около 3,1e-4, около 3,2e-4, около 3,3e-4, около 3,4e-4, около 3,5e-4, около 3,6e-4, около 3,7e-4, около 3,8e-4, около 3,9e-4, около 4,0e-4, около 4,1e-4, около 4,2e-4, около 4,3e-4, около 4,4e-4, около 4,5e-4, около 4,6e-4 около 4,7e-4, около 4,8e-4, около 4,9e-4 или около 5,0e-4, как необязательно, как измерено с помощью поверхностного плазмонного резонанса.

В некоторых вариантах осуществления для определения связывания с RBD поверхностный плазмонный резонанс включает использование, проводимое с использованием сенсорного чипа с ковалентно иммобилизованным Fc против человека (например, из GE). Буфер может представлять собой 10 мМ HEPES (4-(2-гидроксиэтил)-1-пиперазинэтансульфоновая кислота) с pH 7,4, 150 мМ NaCl, 3 мМ EDTA (этилендиаминтетрауксусная кислота) и 0,05% моющего средства P20. SPR можно проводить при 25 °C. Антитела могут быть разведены от супернатанта жидкости до приблизительно 2 мкг/мл. Концентрации RBD могут составлять 0,8 нМ, 3,1 нМ, 12,5 нМ, 50 нМ и/или 200 нМ.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с рецептор-связывающим доменом (RBD) поверхностного гликопротеина SARS-CoV-2, когда RBD гликозилирован и/или дегликозилирован, где связывание определяли с использованием поверхностного плазмонного резонанса (SPR), где необязательно: (1) SPR выполняли с использованием прибора Biacore T200 с использованием одноциклового кинетического подхода, дополнительно необязательно с 3-минутным периодом инъекции и 20-минутным периодом диссоциации; (2) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент захватывали на поверхности; (3) RBD присутствует в концентрации 0,8 нМ, 3,1 нМ, 12,5 нМ., 50 нМ или 200 нМ; (4) антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с гликозилированным RBD с KD, составляющей около 2,0 нМ, около 1,9 нМ, около 1,8 нМ, около 1,7 нМ, около 1,6 нМ, около 1,5 нМ, около 1,4 нМ, около 1,3 нМ, около 1,2 нМ, около 1,1 нМ, около 1,0 нМ, около 0,9 нМ, около 0,8 нМ, около 0,7 нМ, около 0,6 нМ, около 0,5 нМ или около 0,4 нМ, или с KD, составляющей 0,4±0,05 нМ, или с KD, составляющей 0,45±0,05 нМ, или с KD, составляющей 0,5±0,05 нМ, или с KD 0,6±0,05 нМ, или с KD 0,7±0,05 нМ, или с KD 1,7±0,05 нМ; и/или (5) антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с дегликозилированной RBD с KD около 37,0 нМ, около 8,0 нМ, около 2,0 нМ, около 1,9 нМ, около 1,8 нМ, около 1,7 нМ, около 1,6 нМ, около 1,5 нМ, около 1,4 нМ, около 1,3 нМ, около 1,2 нМ, около 1,1 нМ, около 1,0 нМ, или около 0,9 нМ, или с KD 37,0±0,05 нМ, или с KD 8,0±0,05 нМ, или с KD 1,0±0,05 нМ, или с KD 0,9±0,05 нМ, или с KD 1,3±0,05 нМ, или с KD 1,8±0,05 нМ, или с KD 1,7±0,05 нМ.

В некоторых вариантах осуществления антитело по настоящему изобретению способно нейтрализовать инфекцию с помощью SARS-CoV-2. В данном контексте "нейтрализующее антитело" представляет собой антитело, которое может нейтрализовать, т.е. предотвращать, ингибировать, уменьшать, задерживать или препятствовать способности патогена инициировать и/или продлять инфекцию в организме хозяина. Нейтрализация может быть количественно оценена, например, путем оценки уровней РНК SARS-CoV-2 в образце (n, например, легкого), оценки вирусной нагрузки SARS-CoV-2 в образце (n, например, легкого), оценки гистопатологии образца (n, например, легкого) или тому подобное. Термины «нейтрализующее антитело» и «антитело, которое нейтрализует» или «антитела, которые нейтрализуют» используются в настоящем документе взаимозаменяемо. В любом из раскрытых в данном документе вариантов осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно предотвращать и/или нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 на модели инфекции in vitro и/или на животной модели инфекции in vivo (например, с использованием модели сирийского хомячка с интраназальным заражением SARS-CoV-2) и/или у человека. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 с IC90 (концентрация, необходимая для ингибирования репликации вируса на 90%), составляющей около 9 мкг/мл. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 с IC50, составляющей от около 16 до около 20 мкг/мл. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 или вирус, псевдотипированный SARS-CoV-2, с IC50 от около 0,3 до около 0,4 мкг/мл. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент, или композиция, содержащая два или более антител или антигенсвязывающих фрагментов по настоящему изобретению, способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 или вирус, псевдотипированный SARS-CoV-2, с IC50 от около 0,07 до около 0,08 мкг/мл.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент (i) распознает эпитоп в мотиве связывания рецептора ACE2 (RBM, SEQ ID NO:167) SARS-CoV-2; (ii) способно блокировать взаимодействие между SARS-CoV-2 и ACE2; (ii) способно связываться с S-белком SARS-CoV-2 с большей авидностью, чем с S-белком коронавируса SARS; (iv) способно окрашивать около 30%, около 35%, около 40%, около 50%, около 55%, около 56%, около 57%, около 58%, около 59%, около 60%, или более клеток-мишеней, экспрессирующих поверхностный гликопротеин SARS-CoV-2, в образце, содержащем около 50 000 клеток-мишеней (например, клетки ExpiCHO) в приблизительно 100 мкл, когда антитело или антигенсвязывающий фрагмент присутствует в концентрации 10 мкг/мл (например, окрашивание, определенное с помощью проточной цитометрии ELISA); (v) распознает эпитоп, который является консервативным в ACE2 RBM SARS-CoV-2 и в ACE2 RBM коронавируса SARS; (vi) является перекрестно-реактивным против коронавируса SARS-CoV-2 и SARS; (vii) распознает эпитоп в поверхностном гликопротеине SARS-CoV-2, который отсутствует в ACE2 RBM; или (viii) любая комбинация (i)-(vii).

В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент способно ингибировать взаимодействие между: (i) SARS-CoV-2 и человеческой DC-SIGN; (ii) SARS-CoV-2 и человеческой L-SIGN; (iii) SARS-CoV-2 и человеческим SIGLEC-1; или (iv) любой комбинацией (i)-(iii). Как описано в настоящем документе, DC-SIGN, L-SIGN и SIGLEC-1 могут быть вовлечены в инфекцию SARS-CoV-2 в ролях, включающих роли рецепторов связывания. Ингибирование взаимодействия между SARS-CoV-2 и DC-SIGN, L-SIGN и/или SIGLEC-1 может в некоторых контекстах нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2.

В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с поверхностным гликопротеином: (i) SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 (SEQ ID NO:165); (ii) SARS-CoV-2 B.1.1.7; (iii) SARS-CoV-2 B.1.351; (iv) SARS-CoV-2, содержащего любую одну или более из следующих мутаций по типу замены относительно SEQ ID NO:165: N501Y; S477N; N439K; L452R; E484K; Y453F; A520S; K417N; K417V; S494P; N501T; S477R; V367F; P384L; A522S; A522V; V382L; P330S; T478I; S477I; P479S; или (v) любой комбинации (i)-(iv).

Термины, понятные специалистам в данной области техники, каждый из которых имеет значение, приобретенное в данной области техники, если явно не определено иное в настоящем документе. Например, термин "антитело" относится к интактному антителу, содержащему по меньшей мере две тяжелые (H) цепи и две легкие (L) цепи, соединенные между собой дисульфидными связями, а также любую антигенсвязывающую часть или фрагмент интактного антитела, который обладает или сохраняет способность связываться с молекулой-мишенью антигена, распознаваемой интактным антителом, таким как фрагмент scFv, Fab или Fab'2. Таким образом, термин "антитело" в настоящем документе используется в самом широком смысле и включает поликлональные и моноклональные антитела, включая интактные антитела и их функциональные (антигенсвязывающие) фрагменты антител, включая фрагменты, связывающие фрагменты антигена (Fab), фрагменты F(ab')2, фрагменты Fab', фрагменты Fv, рекомбинантные фрагменты IgG (rIgG), фрагменты одноцепочечных антител, включая одноцепочечные вариабельные фрагменты (scFv), и фрагменты однодоменных антител (sd) (например, sdAb, sdFv, нанотело). Термин охватывает генетически сконструированные и/или иным образом модифицированные формы иммуноглобулинов, такие как интратела, пептидные антитела, химерные антитела, полностью человеческие антитела, гуманизированные антитела и гетероконъюгатные антитела, полиспецифические, например, биспецифические антитела, диатела, триатела, тетратела, тандем ди-scFv и тандем три-scFv. Если не указано иное, термин «антитело» следует понимать как охватывающий его функциональные фрагменты. Термин также охватывает интактные или полноразмерные антитела, включая антитела любого класса или подкласса, включая IgG и его подклассы (IgG1, IgG2, IgG3, IgG4), IgM, IgE, IgA и IgD.

Термины "V_L" или "VL" и "V_H" или "VH" относятся к вариабельной области связывания из легкой цепи антитела и тяжелой цепи антитела, соответственно. В некоторых вариантах осуществления VL представляет собой класс каппа (κ) (также "VK" в настоящем документе). В некоторых вариантах осуществления VL представляет собой класс лямбда (λ). Вариабельные связывающие области включают дискретные, четко определенные подобласти, известные как "определяющие комплементарность области" (CDR) и "каркасные области" (FR). Термины "область, определяющая комплементарность" и "CDR" являются синонимами "гипервариабельной области" или "HVR" и относятся к последовательностям аминокислот в пределах вариабельных областей антитела, которые, как правило, совместно придают антигенную специфичность и/или аффинность связывания антитела, при этом последовательные CDR (т.е. CDR1 и CDR2, CDR2 и CDR3) отделены друг от друга в первичной структуре каркасной областью. В каждой вариабельной области имеется три CDR (HCDR1, HCDR2, HCDR3; LCDR1, LCDR2, LCDR3; также называемые CDRH и CDRL, соответственно). В некоторых вариантах осуществления антитело VH содержит четыре FR и три CDR следующим образом: FR1-HCDR1-FR2-HCDR2-FR3-HCDR3-FR4; и антитело VL содержит четыре FR и три CDR следующим образом: FR1-LCDR1-FR2-LCDR2-FR3-LCDR3-FR4. Как правило, VH и VL вместе образуют антигенсвязывающий сайт через свои соответствующие CDR.

В контексте настоящего документа "вариант" CDR относится к функциональному варианту последовательности CDR, имеющей до 1-3 аминокислотных замен (например, консервативных или неконсервативных замен), делеций или их комбинаций.

Нумерация CDR и каркасных областей может быть в соответствии с любым известным способом или схемой, такой как схемы нумерации Kabat, Chothia, EU, IMGT и AHo (см., например, Kabat и др., "Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Social Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991,5th ed.; Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)); Lefranc и др., Dev. Comp. Immunol. 27:55, 2003; Honegger and Plückthun, J. Mol. Bio. 309:657-670 (2001)). Эквивалентные положения остатков можно аннотировать и сравнивать разные молекулы с помощью программного инструмента для нумерации и классификации рецепторов антигена (ANARCI) (2016, Bioinformatics 15:298-300). Соответственно, идентификация CDR примерной последовательности вариабельного домена (VH или VL), предложенной в настоящем документе, в соответствии с одной схемой нумерации не исключает антитело, содержащее CDR того же вариабельного домена, как определено с использованием другой схемы нумерации. В некоторых вариантах осуществления предлагается антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которое содержит CDR из последовательности VH согласно любой из SEQ ID NO:113, 1, 9-15, 23, 24, 27, 28-46, 55, 63, 79, 87, 95, 103, 105, 114-120, 129-146, 155, 172, 176-178, 194, 196, 198, 200, 202, 239, и 267, и из последовательности VL согласно любой из SEQ ID NO:168, 5, 47-50, 59, 67, 71-72, 75, 76, 83, 91, 99, 109, 147-150, 159, 182, 190, 234, и 243, как определено с использованием любого известного способа нумерации CDR, включая способы нумерации Kabat, Chothia, EU, IMGT, Martin (улучшенная Chothia), Contact и AHo. В некоторых вариантах осуществления CDR соответствуют способу нумерации IMGT. В некоторых вариантах осуществления CDR соответствуют способу нумерации антител, разработанному Chemical Computing Group (CCG); например, с использованием программного обеспечения Molecular Operating Environment (MOE) (www.chemcomp.com).

В некоторых вариантах осуществления предложено антитело или антигенсвязывающий фрагмент, которые содержат вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где: (i) CDRH1 содержит или состоит из аминокислотной последовательности согласно любой из SEQ ID NO:106, 2, 56, 64, 80, 88, 96, 156, 179, 195 или 240, или ее варианта последовательности, содержащего одну, две или три замены кислоты, одна или более из которых необязательно представляет собой консервативную замену и/или представляет собой замену аминокислоты, кодируемой зародышевой линией; (ii) CDRH2 содержит или состоит из аминокислотной последовательности согласно любой из SEQ ID NO:121, 3, 16-22, 57, 65, 81, 89, 97, 107, 122-126, 157, 180, 197, 199 или 241, или ее варианта последовательности, содержащего одну, две или три аминокислотные замены, одна или более из которых необязательно представляет собой консервативную замену и/или замену аминокислоты, кодируемой зародышевой линией; (iii) CDRH3 содержит или состоит из аминокислотной последовательности согласно любой из SEQ ID NO:108, 4, 25, 26, 58, 66, 82, 90, 98, 104, 127, 128, 158, 181, 201, 203 или 242, или их вариант последовательности, содержащий одну, две или три аминокислотные замены, одна или более из которых необязательно представляет собой консервативную замену и/или является заменой аминокислоты, кодируемой зародышевой линией; (iv) CDRL1 содержит или состоит из аминокислотной последовательности согласно любой из SEQ ID NO:169, 6, 51-54, 60, 68, 73, 74, 84, 92, 100, 110, 160, 183, 235 или 244, или ее варианта последовательности, содержащего одну, две или три аминокислотные замены, одну или более из которых замены необязательно представляют собой консервативную замену и/или являются заменой аминокислоты, кодируемой зародышевой линией; (v) CDRL2 содержит или состоит из аминокислотной последовательности согласно любой из SEQ ID NO:170, 7, 61, 69, 85, 93, 101, 111, 161, 184, 236 или 245, или ее варианта последовательности, содержащего одну, две или три аминокислотные замены, одна или более из которых необязательно представляет собой консервативную замену и/или является заменой аминокислоты, кодируемой зародышевой линией; и/или (vi) CDRL3 содержит или состоит из аминокислотной последовательности согласно любой из SEQ ID NO: №:171, 8, 62, 70, 77, 78, 86, 94, 102, 112, 151, 152, 153, 154, 162, 185, 237 или 246, или их вариант последовательности, содержащий одну, две или три аминокислотные замены, одна или более из которых необязательно представляет собой консервативную замену и/или замену аминокислоты, кодируемой зародышевой линией, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2, экспрессируемым на поверхности клетки-хозяина, на вирионе или и на том, и другом.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит аминокислотные последовательности VH и VL, которые кодируются:

(i) геном VH1-18 и геном VK3-20, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH1-18 и VK3-20, соответственно;

(ii) аллелем VH3-7 и аллелем VL3-25, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH3-7 и VL3-25, соответственно;

(iii) аллелем VH3-23 и аллелем VK1-5, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH3-23 и VK1-5, соответственно;

(iv) аллелем VH3-13 и аллелем VK1-39, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH3-13 и VK1-39, соответственно;

(v) аллелем VH1-18 и аллелем VK3-11, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH1-18 и VK3-11, соответственно; или

(vi) аллелем VH1-69 и аллелем VL2-23, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH1-69 и VL2-23, соответственно.

В любом из раскрытых в настоящем документе вариантов осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно предотвращать и/или нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 на модели инфекции in vitro и/или на животной модели инфекции in vivo и/или у человека.

В любом из раскрытых в настоящем документе вариантов осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент содержит аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3 согласно SEQ ID NO: (i) 2-4 и 6-8 или 235-237, соответственно; (ii) 2, любой из 16-22, 4 и 6-8 или 235-237, соответственно; (iii) 2, 3, любой из 25-26 и 6-8 или 235-237, соответственно; (iv) 2-4, 51, 7 и 8, соответственно; (v) 2-4, 52, 7 или 236 и 8 или 237, соответственно; (vi) 2-4, 53, 7 или 236 и 8 или 237, соответственно; (vii) 2-5, 54, 7 или 236 и 8 или 237, соответственно; (viii) 56-58 и 60-62, соответственно; (ix) 64-66 и 68-70, соответственно; (x) 64-66, 73 или 74, 69 и 70, соответственно; (xi) 64-66, 68-69 и 77 или 78, соответственно; (xii) 80-82 и 84-86, соответственно; (xiii) 88-90 и 92-94, соответственно; (xiv) 96-98 и 101-102, соответственно; (xv) 96, 97, 104 и 100-102, соответственно; (xvi) 106-108 и 110-112 или 169-171, соответственно; (xvii) 106, любой из 121-126, 108 и 110-112, соответственно; (xviii) 106, 107, 127 или 128 и 110-112, соответственно; (xix) 106-108, 110, 111 и 151, соответственно; (xx) 106-108, 110, 111 и 152, соответственно; (xxi) 106-108, 110, 111 и 153, соответственно; (xxii) 106-108, 110, 111 и 154., соответственно; (xxiii) 106, 107 или любой из 121-126, 108 или 127 или 128 и 169-171, соответственно; (xxiv) 156-158 и 160-162, соответственно; (xxv) 106, 123, 127 и 169-171, соответственно; (xxvi) 2, 17, 25, 6 или 235 или любой из 51-54, 7 или 236 и 8 или 237, соответственно; (xxvii) 2, 20, 25, 6 или 235 или любой из 51-54, 7 или 236 и 8 или 237, соответственно; (xxviii) 179-181 и 183-185, соответственно, (xxix) 195, 180, 181 и 183-185, соответственно; (xxx) 195, 197, 181 и 183-185, соответственно; (xxxi) 195, 199, 181 и 183-185, соответственно; (xxxii) 195, 197, 201 и 183-185, соответственно; (xxxiii) 195, 197, 203 и 183-185, соответственно; (xxxiv) 195, 199, 201 и 183-185, соответственно; (xxxv) 195, 199, 203 и 183-185, соответственно; (xxxvi) 179, 180, 181 и 183-185, соответственно; (xxxvii) 179, 197, 181 и 183-185, соответственно; (xxxviii) 179, 199, 181 и 183-185, соответственно; (xxxix) 179, 197, 201 и 183-185, соответственно; (xxxx) 179, 197, 203 и 183-185, соответственно; (xxxxi) 179, 199, 201 и 183-185, соответственно; (xxxxii) 179, 199, 203 и 183-185, соответственно; (xxxxiii) 179, 180, 201 и 183-185, соответственно; (xxxxiv) 179, 180, 203 и 183-185, соответственно; и (xxxxv) 240-242 и 244-246, соответственно.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO: 80-82 и 84-86, соответственно. В дополнительных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению связывается с S-белком SARS-CoV-2 с K_D менее чем около 4,5×10^-9 M, менее чем около 5×10^-9 M, менее чем около 1×10^-10 M, менее чем около 5×10^-10 M, менее чем около 1×10^-11 M, менее чем около 5×10^-11 M, менее чем около 1×10^-12 M или менее чем около 5×10^-12 M. В дополнительных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 и/или нейтрализовать инфекцию клетки-мишени вирусом, псевдотипированным SARS-CoV-2, с IC50 от около 16 до около 20 мкг/мл.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент согласно настоящему изобретению содержит аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO: 106-108 и 169-171 или 106, 121, 108 и 169-171, соответственно. В дополнительных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению связывается с S-белком SARS-CoV-2 с K_D менее чем около 4,5×10^-9 M, менее чем около 5×10^-9 M, менее чем около 1×10^-10 M, менее чем около 5×10^-10 M, менее чем около 1×10^-11 M, менее чем около 5×10^-11 M, менее чем около 1×10^-12 M или менее чем около 5×10^-12 M. В дополнительных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 и/или нейтрализовать инфекцию клетки-мишени вирусом, псевдотипированным SARS-CoV-2, с IC50 от около 0,3 до около 0,4 мкг/мл.

В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где каждый CDR независимо выбран из соответствующего CDR SARS-CoV-2 S300 mAb, SARS-CoV-2 S300-v1 mAb, SARS-CoV-2 S300-v1.1 mAb, SARS-CoV-2 S300-v1.2 mAb, SARS-CoV-2 S300-v1.3 mAb, SARS-CoV-2 S300-v1.4 mAb, SARS-CoV-2 S300-v1.5 mAb, SARS-CoV-2 S300-v1.6 mAb, SARS-CoV-2 S300-v1.7 mAb, или SARS-CoV-2 S300-v1.8 mAb SARS-CoV-2 S300-v1.9 mAb, SARS-CoV-2 S300-v2 mAb, SARS-CoV-2 S300-v2.1 mAb, SARS-CoV-2 S300-v2.2 mAb, SARS-CoV-2 S300-v2.3 mAb, SARS-CoV-2 S300-v2.4 mAb, SARS-CoV-2 S300-v2.5 mAb, SARS-CoV-2 S300-v2.6 mAb, SARS-CoV-2 S300-v2.7 mAb, SARS-CoV-2 S300-v2.8 mAb, SARS-CoV-2 S300-v2.9 mAb, SARS-CoV-2 S300-v2.10, SARS-CoV-2 S300-v2.11, SARS-CoV-2 S300-v3 mAb , SARS-CoV-2 S300-v3.1 mAb, SARS-CoV-2 S300-v3.2 mAb, SARS-CoV-2 S300-v3.3 mAb, SARS-CoV-2 S300-v3.4 mAb, SARS-CoV-2 S300-v3.5 mAb, SARS-CoV-2 S300-v3.6 mAb, SARS-CoV-2 S300-v3.7 mAb, SARS-CoV-2 S300-v3.8 mAb, SARS-CoV-2 S300-v3.9 mAb, SARS-CoV-2 S300-v10 mAb, SARS-CoV-2 S300-v11 mAb, SARS-CoV-2 S300-v12 mAb, SARS-CoV-2 S300-v13 mAb, SARS-S300-v14 mAb, SARS-CoV-2 S302 mAb, SARS-CoV-2 S303 mAb, SARS-CoV-2 S303-v1 mAb, SARS-CoV-2 S303-v2 mAb, SARS-CoV-2 S303-v3 mAb, SARS-CoV-2 S303-v4 mAb, SARS-CoV-2 S303-v5 mAb, SARS-CoV-2 S304 mAb, SARS-CoV-2 S306 mAb, SARS-CoV-2 S307 mAb, SARS-CoV-2 S308 mAb, SARS-CoV-2 S308-v1 mAb, SARS-CoV-2 S308-v2 mAb, SARS-CoV-2 S309 mAb, SARS-CoV-2 S309-v1 mAb, SARS-CoV-2 S309-v1.1 mAb, SARS-CoV-2 S309-v1.2 mAb, SARS-CoV-2 S309-v1.3 mAb, SARS-CoV-2 S309-v1.4 mAb, SARS-CoV-2 S309-v1.5 mAb, SARS-CoV-2 S309-v1.6 mAb, SARS-CoV-2 S309-v1.7 mAb, SARS-CoV-2 S309-v1.8 mAb, SARS-CoV-2 S309-v2 mAb, SARS-CoV-2 S309-v2.1 mAb, SARS-CoV-2 S309-v2.2 mAb, SARS-CoV-2 S309-v2.3 mAb, SARS-CoV-2 S309-v2.4 mAb, SARS-CoV-2 S309-v2.5 mAb, SARS-CoV-2 S309-v2.6 mAb, SARS-CoV-2 S309-v2.7 mAb, SARS-CoV-2 S309-v2.8 mAb, SARS-CoV-2 309-v2.9 mAb, SARS-CoV-2 S309-v3 mAb, SARS-CoV-2 S309-v3.1 mAb, SARS-CoV-2 S309-v3.2 mAb, SARS-CoV-2 S309-v3.3 mAb, SARS-CoV-2 S309-v3.4 mAb, SARS-CoV-2 S309-v3.5 mAb, SARS-CoV-2 S309-v3.6 mAb, SARS-CoV-2 S309-v3.7 mAb, SARS-CoV-2 S309-v3.8 mAb, SARS-CoV-2 S309-v9 mAb, SARS-CoV-2 S309-v10 mAb, SARS-CoV-2 S309-v11 mAb, SARS-CoV-2 S309-v12 mAb, SARS-CoV-2 S309-v13 mAb, SARS-CoV-2 S310 mAb, SARS-CoV-2 S311 mAb, SARS-CoV-2 S312 mAb, SARS-CoV-2 S315-v1 mAb, SARS-CoV-2 S315-v2 mAb, SARS-CoV-2 S315-v3 mAb, SARS-CoV-2 S315-v4 mAb, SARS-CoV-2 S315-v5 mAb, SARS-CoV-2 S315-v6 mAb, или SARS-CoV-2 S315-v7 mAb, как указано в таблице 2. То есть рассматриваются все комбинации CDR из mAb SARS-CoV-2 и их вариантных последовательностей, представленных в таблице 2.

Примерные антитела по настоящему изобретению включают антитело S309 и его сконструированные варианты. В частных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, выбранные из любой из аминокислотных последовательностей CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3 (соответственно), представленных в таблице 1.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит: CDRH1, CDRH2 и CDRH3 аминокислотной последовательности VH, представленной в любой из SEQ ID NO:105, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 172, и 267; и CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:168 (т.е.в соответствии с любым способом нумерации или определения CDR, известным в данной области техники, таким как IMGT, Kabat, Chothia, AHo, North, Contact, CCG, EU или Martin (улучшенная Chothia)).

В дополнительных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит VH, имеющий по меньшей мере 85% идентичности (т.е. 85%, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 или 100%) с аминокислотной последовательностью VH, представленной в таблице 1, и/или VL, имеющий по меньшей мере 85% идентичности (т.е.85%, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 или 100%) с аминокислотной последовательностью VL, представленной в таблице 1. В дополнительных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит VH, имеющий по меньшей мере 90% идентичности с аминокислотной последовательностью VH, представленной в таблице 1, и/или VL, имеющий по меньшей мере 90% идентичности с аминокислотной последовательностью VL, представленной в таблице 1. В дополнительных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит VH, имеющий по меньшей мере 95% идентичности с аминокислотной последовательностью VH, представленной в таблице 1, и/или VL, имеющий по меньшей мере 95% идентичности с аминокислотной последовательностью VL, представленной в таблице 1. В дополнительных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит VH, имеющий по меньшей мере 99% идентичности с аминокислотной последовательностью VH, представленной в таблице 1, и/или VL, имеющий по меньшей мере 99% идентичности с аминокислотной последовательностью VL, представленной в таблице 1. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит аминокислотную последовательность VH, выбранную из аминокислотных последовательностей VH, представленных в таблице 1, и аминокислотную последовательность VL, выбранную из аминокислотной последовательности VL, представленной в таблице 1.

Таблица 1. CDR (IMGT) и аминокислотные последовательности вариабельной области некоторых антител S309 CDRH1 GYPFTSYG (SEQ ID NO:106) CDRH2 ISTYNGNT (SEQ ID NO:107); ISTYQGNT (SEQ ID NO:121); ISTYNSNT (SEQ ID NO:122); ISTYNANT (SEQ ID NO:123); ISTYNQNT (SEQ ID NO:124); ISTYLGNT (SEQ ID NO:125); ISTYTGNT (SEQ ID NO:126) CDRH3 ARDYTRGAWFGESLIGGFDN (SEQ ID NO:108);
ARDYTRGAFFGESLIGGFDN (SEQ ID NO:127);
ARDYTRGAYFGESLIGGFDN (SEQ ID NO:128) VH QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:105)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:113)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNSNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:114)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNANTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:115)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNQNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:116)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYLGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:117)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYTGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:118)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:119)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAYFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:120)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:129)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGFISTYQGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:130)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNSNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:131)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNANTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:132)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNQNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:133)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGFISTYLGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:134)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGFISTYTGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:135)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:136)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAYFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:137)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:138)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGYISTYQGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:139)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNSNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:140)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNANTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:141)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNQNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:142)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGYISTYLGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:143)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGYISTYTGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:144)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:145)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGYISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAYFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:146)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGFISTYNANTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAFFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO:172)
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGX₁ISTYX₂X₃NTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAX₄FGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS
Где X₁ представляет собой W, F или Y; X₂ представляет собой N, Q, L или T; X₃ представляет собой G, S, A или Q; X₄ представляет собой W, F или Y CDRL1 QTVSSTS (SEQ ID NO:169) CDRL2 GAS (SEQ ID NO:170) CDRL3 QQHDTSLT (SEQ ID NO:171) VL EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTSLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLTFGGGTKVEIK (SEQ ID NO:168)

В частных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит CDRH1, CDRH2 и CDRH3 согласно SEQ ID NO:106, 107 или 121 или 122 или 123 или 124 или 125 или 126, и 108 или 127 или 128, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 согласно SEQ ID NO:169-171, соответственно. В некоторых вариантах осуществления указанное антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в: (a) SEQ ID NO:106, 121, 108, 169, 170 и 171, соответственно; (b) SEQ ID NO: 106, 121, 127, 169, 170 и 171, соответственно; (c) SEQ ID NO: 106, 121, 128, 169, 170 и 171, соответственно;

(d) SEQ ID NO: 106, 107, 108, 169, 170 и 171, соответственно; (e) SEQ ID NO: 106, 107, 127, 169, 170 и 171, соответственно; (f) SEQ ID NO: 106, 107, 128, 169, 170 и 171, соответственно; (g) SEQ ID NO: 106, 122, 108, 169, 170 и 171, соответственно; (h) SEQ ID NO: 106, 122, 127, 169, 170 и 171, соответственно;

(i) SEQ ID NO: 106, 122, 128, 169, 170 и 171, соответственно; (j) SEQ ID NO: 106, 123, 108, 169, 170 и 171, соответственно; (k) SEQ ID NO: 106, 123, 127, 169, 170 и 171, соответственно; (l) SEQ ID NO: 106, 123, 128, 169, 170 и 171, соответственно;

(m) SEQ ID NO: 106, 124, 108, 169, 170 и 171, соответственно; (n) SEQ ID NO: 106, 124, 127, 169, 170 и 171, соответственно; (o) SEQ ID NO: 106, 124, 128, 169, 170 и 171, соответственно; (p) SEQ ID NO: 106, 125, 108, 169, 170 и 171, соответственно; (q) SEQ ID NO: 106, 125, 127, 169, 170 и 171, соответственно;

(r) SEQ ID NO: 106, 125, 128, 169, 170 и 171, соответственно; (s) SEQ ID NO: 106, 126, 108, 169, 170 и 171, соответственно; (t) SEQ ID NO: 106, 126, 127, 169, 170 и 171, соответственно; или (u) SEQ ID NO: 106, 126, 128, 169, 170 и 171, соответственно.

В дополнительных вариантах осуществления VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в любой из SEQ ID NO:105, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 172, и 267, и VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:168.

Термин "CL" относится к "константной области легкой цепи иммуноглобулина" или "константной области легкой цепи", т.е. константной области из легкой цепи антитела. Термин "CH" относится к "константной области тяжелой цепи иммуноглобулина" или "константной области тяжелой цепи", которая дополнительно делится в зависимости от изотипа антитела на CH1, CH2 и CH3 (IgA, IgD, IgG) или домены CH1, CH2, CH3 и CH4 (IgE, IgM). Fc-область тяжелой цепи антитела описана далее в настоящем документе. В любом из раскрытых в настоящем документе вариантов осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент согласно настоящему изобретению содержит любую одну или более из CL, CH1, CH2 и CH3. В некоторых вариантах осуществления CL содержит аминокислотную последовательность, имеющую 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:174 или SEQ ID NO:193. В некоторых вариантах осуществления CH1-CH2-CH3 содержит аминокислотную последовательность, имеющую 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:173 или SEQ ID NO:175 или SEQ ID NO:265 или SEQ ID NO:266. Следует понимать, что, например, продукция в линии клеток млекопитающих может удалять один или более С-концевой лизин тяжелой цепи антитела (см., например, Liu и др. mAb 6(5): 1145-1154(2014)). Соответственно, антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению может содержать тяжелую цепь, CH1-CH3, CH3 или полипептид Fc, где С-концевой остаток лизина присутствует или отсутствует; другими словами, они охватывают варианты осуществления, в которых С-концевой остаток тяжелой цепи, CH1-CH3 или полипептид Fc не является лизином, и варианты осуществления, где лизин представляет собой С-концевой остаток. В некоторых вариантах осуществления композиция содержит множество антител и/или антигенсвязывающих фрагментов по настоящему изобретению, где одно или более антител или антигенсвязывающих фрагментов не содержит остаток лизина на С-конце тяжелой цепи, CH1-CH3 или полипептида Fc, и где одно или более антител или антигенсвязывающих фрагментов содержит остаток лизина на С-конце тяжелой цепи, CH1-CH3 или полипептида Fc.

"Fab" (антигенсвязывающий фрагмент) представляет собой часть антитела, которая связывается с антигенами и включает вариабельную область и CH1 тяжелой цепи, связанной с легкой цепью посредством межцепочечной дисульфидной связи. Каждый фрагмент Fab является одновалентным по отношению к связыванию антигена, то естьон имеет один антигенсвязывающий сайт. Лечение пепсином антитела дает один большой фрагмент F(ab')2, который примерно соответствует двум дисульфид-связанным Fab-фрагментам, обладающим двухвалентной антигенсвязывающей активностью и все еще способным к перекрестному связыванию антигена. Как Fab, так и F(ab’)2 являются примерами «антигенсвязывающих фрагментов». Фрагменты Fab' отличаются от фрагментов Fab наличием дополнительных нескольких остатков на карбоксильном конце домена CH1, включая один или более цистеинов из шарнирной области антитела. Fab'-SH в настоящем документе обозначает Fab', в котором остаток (остатки) цистеина константных доменов несут свободную тиольную группу. F(ab')2-фрагменты антител первоначально были получены в виде пар Fab'-фрагментов, имеющих между собой шарнирные остатки цистеина. Известны также другие химические сочетания фрагментов антител.

Фрагменты Fab могут быть соединены, например, с помощью пептидного линкера, с образованием одноцепочечного Fab, также называемого в настоящем документе "scFab". В этих вариантах осуществления межцепочечная дисульфидная связь, которая присутствует в нативном Fab, может отсутствовать, и линкер полностью или частично служит для связывания или соединения фрагментов Fab в одной полипептидной цепи. Fab-фрагмент, полученный из тяжелой цепи (например, содержащий, состоящий из или состоящий по существу из VH + CH1 или "Fd") и Fab-фрагмент, полученный из легкой цепи (например, содержащий, состоящий из или состоящий по существу из VL + CL), могут быть связаны в любом расположении с образованием scFab. Например, scFab может быть расположен в направлении от N-конца к C-концу в соответствии с (Fab-фрагмент тяжелой цепи - линкер - Fab-фрагмент легкой цепи) или (Fab-фрагмент легкой цепи - линкер - Fab-фрагмент тяжелой цепи). Пептидные линкеры и примерные линкерные последовательности для применения в scFab более подробно обсуждаются в настоящем документе.

ScFab может содержать любую комбинацию последовательностей VH и VL или любую комбинацию последовательностей CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, описанных в настоящем документе. В некоторых вариантах осуществления scFab содержит последовательность VH, представленную в SEQ ID NO: 105 или SEQ ID NO: 113, и последовательность VL, представленную в SEQ ID NO: 168. В некоторых вариантах осуществления изобретения scFab содержит последовательность CDRH1, представленную в SEQ ID NO: 106, последовательность CDRH2, представленную в SEQ ID NO: 107 или 121, последовательность CDRH3, представленную в SEQ ID NO: 108, последовательность CDRL1, представленную в SEQ ID NO: 169, последовательность CDRL2, представленную в SEQ ID NO: 170, и последовательность CDRL3, представленную в SEQ ID NO: 171. В некоторых вариантах осуществления scFab содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 218-219 или 226-227.

"Fv" представляет собой небольшой фрагмент антитела, который содержит полный антиген-распознающий и антиген-связывающий сайт. Этот фрагмент обычно состоит из димера одного домена вариабельной области тяжелой и одной легкой цепи в тесной нековалентной ассоциации. Однако даже один вариабельный домен (или половина Fv, содержащая только три CDR, специфичных к антигену) обладает способностью распознавать и связывать антиген, хотя обычно с более низкой аффинностью, чем целый сайт связывания.

"Одноцепочечный Fv", также сокращенно "sFv" или "scFv", представляют собой фрагменты антител, которые содержат домены антител V_H и V_L, соединенные в одну полипептидную цепь. В некоторых вариантах осуществления полипептид scFv содержит полипептидный линкер, расположенный между доменами V_H и V_L и связывающий их, что позволяет scFv сохранять или формировать желаемую структуру для связывания антигена. Такой пептидный линкер может быть включен в слитый полипептид с использованием стандартных методик, хорошо известных в данной области техники. Дополнительно или поочередно, Fv может иметь дисульфидную связь, образованную между VH и VL и стабилизирующим их. Обзор scFv см. в Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., Springer-Verlag, New York, pp. 269-315 (1994); Borrebaeck 1995, infra. В некоторых вариантах осуществления указанное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент содержит scFv, содержащий домен VH, домен VL и пептидный линкер, связывающий домен VH с доменом VL. В частных вариантах осуществления scFv содержит домен VH, связанный с доменом VL пептидным линкером, который может находиться в ориентации VH-линкер-VL или в ориентации VL-линкер-VH. Любой scFv по настоящему изобретению может быть сконструирован таким образом, что С-концевой домен VL связан короткой пептидной последовательностью с N-концом домена VH или наоборот (т.е., (N)VL(C)-линкер-(N)VH(C) или (N)VH(C)-линкер-(N)VL(C). В качестве альтернативы, в некоторых вариантах осуществления линкер может быть связан с N-концевой частью или концом домена VH, домена VL или обоими.

Последовательности пептидных линкеров могут быть выбраны, например, на основании: (1) их способности принимать гибкую расширенную конформацию; (2) их неспособности или отсутствия способности принимать вторичную структуру, которая может взаимодействовать с функциональными эпитопами на первом и втором полипептидах и/или на молекуле-мишени; и/или (3) отсутствия или относительного отсутствия гидрофобных или заряженных остатков, которые могут взаимодействовать с полипептидами и/или молекулой-мишенью. Другие соображения, касающиеся конструкции линкера (например, длина), могут включать конформацию или диапазон конформаций, в которых VH и VL могут образовывать функциональный антигенсвязывающий сайт. В некоторых вариантах осуществления пептидные линкерные последовательности содержат, например, остатки Gly, Asn и Ser. Другие близкие нейтральные аминокислоты, такие как Thr и Ala, также могут применяться в линкерной последовательности. Другие аминокислотные последовательности, которые могут быть использованы в качестве линкера, включают те, которые описаны в Maratea и др., Gene 40:39 46 (1985); Murphy м др., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:8258 8262 (1986); патент США № 4935233 и патенте США No. 4,751,180. Другие иллюстративные и неограничивающие примеры линкеров могут включать, например, Glu-Gly-Lys-Ser-Ser-Gly-Ser-Gly-Ser-Glu-Ser-Lys-Val-Asp (SEQ ID NO: 215) (Chaudhary и др., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1066-1070 (1990)) и Lys-Glu-Ser-Gly-Ser-Val-Ser-Ser-Glu-Gln-Leu-Ala-Gln-Phe-Arg-Ser-Leu-Asp (SEQ ID NO: 216) (Bird и др., Science 242:423-426 (1988)) и пентамер Gly-Gly-Gly-Gly-Ser (SEQ ID NO: 217), когда они присутствуют в одной итерации или повторяются от 1 до 5 или более раз или более; см., например, SEQ ID NO: 213. Может быть использован любой подходящий линкер, и, как правило, он может иметь длину около 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 15 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100 аминокислот или менее чем около 200 аминокислот в длину и предпочтительно будет содержать гибкую структуру (может обеспечивать гибкость и пространство для конформационного движения между двумя областями, доменами, мотивами, фрагментами или модулями, соединенными линкером) и предпочтительно будет биологически инертным и/или иметь низкий риск иммуногенности у человека. Иллюстративные линкеры включают те, которые содержат или состоят из аминокислотной последовательности, изложенной в любой одной или более из SEQ ID NO: 206-217. В некоторых вариантах осуществления изобретения линкер содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 75% (т.е. по меньшей мере около 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или более) идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 206-217.

scFv может быть сконструирован с использованием любой комбинации последовательностей VH и VL или любой комбинации последовательностей CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, описанных в настоящем документе. В некоторых вариантах осуществления scFv содержит последовательность VH, представленную в SEQ ID NO: 105 или SEQ ID NO: 113, и последовательность VL, представленную в SEQ ID NO: 168. В некоторых вариантах осуществления изобретения scFab содержит последовательность CDRH1, представленную в SEQ ID NO: 106, последовательность CDRH2, представленную в SEQ ID NO: 107 или 121, последовательность CDRH3, представленную в SEQ ID NO: 108, последовательность CDRL1, представленную в SEQ ID NO: 169, последовательность CDRL2, представленную в SEQ ID NO: 170, и последовательность CDRL3, представленную в SEQ ID NO: 171. В некоторых вариантах осуществления scFv может содержать аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 220-221 или SEQ ID NO: 228-229.

В некоторых вариантах осуществления изобретения линкерные последовательности не требуются; например, когда первый и второй полипептиды имеют несущественные N-концевые аминокислотные области, которые могут быть использованы для разделения функциональных доменов и предотвращения стерической интерференции.

Во время разработки антитела, ДНК в в локусах гена изменения (V), соединения (J), и разнообразия (D) может быть перестроена, и могут происходить вставки и/или делеции нуклеотидов в кодирующей последовательности. Соматические мутации могут быть кодированы полученной последовательностью и могут быть идентифицированы со ссылкой на соответствующую известную последовательность зародышевой линии. В некоторых контекстах соматические мутации, которые не являются критическими для необходимого свойства антитела (например, связывание с антигеном SARS-CoV-2) или которые придают нежелательное свойство антителу (например, повышенный риск иммуногенности у субъекта, которому вводят антитело), или и то, и другое, могут быть заменены соответствующей аминокислотой, кодируемой зародышевой линией, или другой аминокислотой, так что необходимое свойство антитела улучшается или поддерживается, а нежелательное свойство антитела уменьшается или нейтрализуется. Таким образом, в некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит по меньшей мере еще одну аминокислоту, кодируемую зародышевой линией в вариабельной области по сравнению с исходным антителом или антигенсвязывающим фрагментом, при условии, что исходное антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит одну или более соматических мутаций. Аминокислотные последовательности вариабельной области и CDR примерных антител против SARS-CoV-2 по настоящему изобретению представлены в таблице 2 настоящего документа.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит аминокислотную модификацию (например, мутацию по типу замены) для устранения нежелательного риска окисления, дезамидирования и/или изомеризации.

В настоящем документе также предложены варианты антител, которые содержат одно или более аминокислотных изменений в вариабельной области (например, VH, VL, каркасной области или CDR) по сравнению с раскрытым в настоящем документе ("исходным") антителом, где вариантное антитело способно связываться с антигеном SARS-CoV-2.

В некоторых вариантах осуществления изобретения VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 85% (т.е.85%, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 или 100%) идентичности с аминокислотной последовательностью согласно любой из SEQ ID NO: 1, 9-15, 23, 24, 27, 28-46, 55, 63, 79, 87, 95, 103, 105, 113-120, 129-146, 155, 172, 176-178, 194, 196, 198, 200, 202 и 239, где вариация необязательно ограничена одной или более каркасными областями и/или вариация содержит одну или более замен аминокислоты, кодируемой зародышевой линией; и/или (ii) VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 85% (т.е.85%, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 или 100%) идентичности с аминокислотной последовательностью согласно любой из SEQ ID NO: 5, 47-50, 59, 67, 71-72, 75, 76, 83, 91, 99, 109, 147-150, 159, 168, 182, 190, 234 и 243, где вариация необязательно ограничивается одной или более каркасными областями и/или вариация содержит одну или более замену аминокислоты, кодируемой зародышевой линией.

В некоторых вариантах осуществления изобретения антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит аминокислотные последовательности VH и VL, которые кодируются или являются такими же, как аминокислотные последовательности VH и VL, которые кодируются:

(i) геном VH1-18 и геном VK3-20, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH1-18 и VK3-20, соответственно;

(ii) аллелем VH3-7 и аллелем VL3-25, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH3-7 и VL3-25, соответственно;

(iii) аллелем VH3-23 и аллелем VK1-5, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH3-23 и VK1-5, соответственно;

(iv) аллелем VH3-13 и аллелем VK1-39, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH3-13 и VK1-39, соответственно;

(v) аллелем VH1-18 и аллелем VK3-11, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH1-18 и VK3-11, соответственно; или

(vi) аллелем VH1-69 и аллелем VL2-23, соответственно, или которые кодируются полинуклеотидом, имеющим по меньшей мере 90%, по меньшей мере 91%, по меньшей мере 92%, по меньшей мере 93%, по меньшей мере 94%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98% или по меньшей мере 99% идентичности с VH1-69 и VL2-23, соответственно.

В некоторых вариантах осуществления VH содержит или состоит из любой аминокислотной последовательности VH, представленной в таблице 2, и VL содержит или состоит из любой аминокислотной последовательности VL, приведенной в таблице 2. В частных вариантах осуществления VH и VL содержат или состоят из аминокислотных последовательностей согласно SEQ ID NO: (i) 1 и 5 или 234, соответственно; (ii) любой из 9-15 и 5 или 234, соответственно; (iii) 23 или 24 и 5 или 234, соответственно; (iv) 27 и 5 или 234, соответственно; (v) любой из 28-46 и 5 или 234, соответственно; (vi) 1 и любой из 47-50, соответственно; (vii) любой из 9-15 и любой из 47-50, соответственно; (viii) 23 или 24 и любой из 47-50, соответственно; (ix) 27 и любой из 47-50, соответственно; (x) любой из 28-46 и любой из 47-50, соответственно; (xi) 55 и 59, соответственно; (xii) 63 и 67, соответственно; (xiii) 63 и 71 или 72, соответственно; (xiv) 63 и 75 или 76, соответственно; (xv) 79 и 83, соответственно; (xvi) 87 и 91, соответственно; (xvii) 95 и 99, соответственно; (xviii) 103 и 99, соответственно; (xiv) 105 и 109 или 168, соответственно; (xx) любой из 113-120 и 109 или 168, соответственно; (xxi) 129 и 109 или 168, соответственно; (xxii) любой из 130-146 и 109 или 168, соответственно; (xxiii) 105 и любой из 147-150, соответственно; (xxiv) любой 113-120 и любой из 147-150, соответственно; (xxv) любой из 130-146 и любой из 147-150, соответственно; (xxvi) 155 и 159, соответственно; (xxvii) 172 и 168, соответственно; (xxviii) 176 или 177 и 5 или любой из 47-50, соответственно; (xxix) 178 и 182 или 190, соответственно (т.е. 178 и 182, соответственно, или 178 и 190, соответственно); (xxx) 194 и 182, соответственно; (xxxi) 196 и 182, соответственно; (xxxii) 198 и 182, соответственно; (xxxiii) 200 и 182, соответственно; (xxxiv) 202 и 182, соответственно; или (xxxv) 239 и 243, соответственно.

В некоторых вариантах осуществления антиген или антигенсвязывающий фрагмент согласно настоящему изобретению содержит VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:79, и VL, содержащий или состоящую из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:83. В дополнительных вариантах осуществления антиген или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:79, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:83, и связывается с S-белком SARS-CoV-2 с K_D менее чем около 4,5×10^-9 M, менее чем около 5×10^-9 M, менее чем около 1×10^-10 M, менее чем около 5×10^-10 M, менее чем около 1×10^-11 M, менее чем около 5×10^-11 M, менее чем около 1×10^-12 M или менее чем около 5×10^-12 M. В дополнительных вариантах осуществления антиген или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO: 79, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO: 83 и способную нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 или вирус, псевдотипированный SARS-CoV-2, с IC50 от около 16 до около 20 мкг/мл.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:105, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:168. В дополнительных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:105, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:168, и связывается с S-белком SARS-CoV-2 с K_D менее чем около 4,5×10^-9 M, менее чем около 5×10^-9 M, менее чем около 1×10^-10 M, менее чем около 5×10^-10 M, менее чем около 1×10^-11 M, менее чем около 5×10^-11 M, менее чем около 1×10^-12 M или менее чем около 5×10^-12 M. В дополнительных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:105, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:168 и способную нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 или вирус, псевдотипированный SARS-CoV-2, с IC50 от около 0,3 до около 0,4 мкг/мл.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:105, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:168, и связывается с S-белком RBD SARS-CoV-2 с EC50 (полумаксимальная эффективная концентрация) от около 11 до около 25 нг/мл. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:113, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:168, и связывается с S-белком RBD SARS-CoV-2 с EC50 от около 9 до около 23 нг/мл. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:129, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:168, и связывается с S-белком RBD SARS-CoV-2 с EC50 от около 8 до около 22 нг/мл. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:119, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:168, и связывается с S-белком RBD SARS-CoV-2 с EC50 от около 8 до около 22 нг/мл. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению содержит VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:172, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности согласно SEQ ID NO:168, и связывается с S-белком RBD SARS-CoV-2 с EC50 от около 7 до около 19 нг/мл.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению является моноспецифическим (например, связывается с одним эпитопом) или является полиспецифическим (например, связывается с несколькими эпитопами и/или молекулами-мишенями). Антитела и антигенсвязывающие фрагменты могут быть сконструированы в различных форматах. Примерные форматы антител, описанные в Spiess и др., Mol. Immunol. 67(2):95 (2015), и в Brinkmann и Kontermann, mAb 9(2): 182-212 (2017), форматы и способы их получения включены в настоящий документ посредством ссылки и включают, например, активаторы биспецифических Т-клеток (BiTE), DART, сборки "выступ-во-впадину" (KIH), сборки scFv-CH3-KIH, KIH антитела с общей легкой цепью, TandAbs, тройные тела, мини-тела TriBi, Fab-scFv, scFv-CH-CL-scFv, F(ab') 2-scFv2, четырехвалентные HCabs, интратела, CrossMabs, Fabs двойного действия (DAFs) (два в одном или четыре в одном), DutaMabs, DT-IGG, пары зарядов, Fab-arm Exchange, SEEDbodies, Triomabs, LZ-Y сборки, Fcabs, κλ-тела или ортотела Fabs, DVDgs (например, патент США № 8,258,268, форматы, которые включены в настоящий документ полностью посредством ссылки), IgFv- IgG(H)-scFv, scFv-(H)IgG, IgG(L)-scFv, scFv-(L)IgG, IgG(L,H)-Fv, IgG(H)-V, V(H)-IgG, IgG(L)-V, V(L)-IgG, KIH IgG-scFab, 2scFv-IgG, IgG-2scFv, scFv4-Ig, Zybody, и DVI-IgG, так же так называемые, как и FIT-Ig (например, публикация РСТ № WO 2015/103072, форматы которых полностью включены в настоящий документ посредством ссылки), так называемые форматы WuxiBody (например, публикация РСТ № WO 2019/057122, форматы которых полностью включены в настоящий документ посредством ссылки), и так называемые форматы Ig In-Elbow-Insert (вставка в изгиб) (IEI-Ig; например, публикации PCT № WO 2019/024979 и WO 2019/025391, форматы которых полностью включены в настоящий документ посредством ссылки).

В некоторых вариантах осуществления указанное антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит два или более доменов VH, два или более доменов VL или и то, и другое (т.е., два или более доменов VH и два или более доменов VL). В частных вариантах осуществления антигенсвязывающий фрагмент содержит формат (от N-конца к C-концу) VH-линкер-VL-линкер-VH-линкер-VL, где две последовательности VH могут быть одинаковыми или разными, и две последовательности VL могут быть одинаковыми или разными. Такие связанные scFv могут включать любую комбинацию доменов VH и VL, предназначенных для связывания с данной мишенью, и в форматах, содержащих два или более VH и/или два или более VL, могут быть связаны один, два или более различных эпитиопов или антигенов. Следует понимать, что форматы, включающие несколько антигенсвязывающих доменов, могут включать последовательности VH и/или VL в любой комбинации или ориентации. Например, антигенсвязывающий фрагмент может содержать формат VL-линкер-VH-линкер-VL-линкер-VH, VH-линкер-VL-линкер-VL-линкер-VH или VL-линкер-VH-линкер-VH-линкер-VL.

Моноспецифические или полиспецифические антитела или антигенсвязывающие фрагменты по настоящему изобретению могут содержать любую комбинацию последовательностей VH и VL и/или любую комбинацию последовательностей CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, описанных в настоящем документе. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит последовательность VH, представленную в SEQ ID NO:105 или SEQ ID NO:113, и последовательность VL, представленную в SEQ ID NO: 168. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит последовательность CDRH1, представленную в SEQ ID NO: 106, последовательность CDRH2, представленную в SEQ ID NO: 107 или 121, последовательность CDRH3, представленную в SEQ ID NO: 108, последовательность CDRL1, представленную в SEQ ID NO: 169, последовательность CDRL2, представленную в SEQ ID NO: 170, и последовательность CDRL3, представленную в SEQ ID NO: 171. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит аминокислотную последовательность, представленную в любой из SEQ ID NO: 222-225 или 230-233. Биспецифическое или полиспецифическое антитело или антигенсвязывающий фрагмент может, в некоторых вариантах осуществления изобретения, содержать один, два или более антигенсвязывающих доменов (например, VH и VL) согласно настоящему описанию. Могут присутствовать два или более связывающих домена, которые связываются с одним и тем же или другим эпитопом SARS-CoV-2, и биспецифическое или полиспецифическое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, предложенные в настоящем документе, могут, в некоторых вариантах осуществления, содержать дополнительный связывающий домен SARS-CoV-2 и/или могут содержать связывающий домен, который вообще связывается с другим антигеном или патогеном.

В любом из раскрытых в настоящем документе вариантов осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент могут быть полиспецифическими; например, биспецифическими, триспецифическими или т. п.

В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент содержит: (i) первый VH и первый VL; и (ii) второй VH и второй VL, где первый VH и второй VH являются различными и каждый независимо содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 85% (т.е.85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100%) идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 1, 9-15, 23, 24, 27-46, 55, 63, 79, 87, 95, 103, 105, 113-120, 129-146, 155, 172, 176-178, 194, 196, 198, 200, 202 и 239, и где первый VL и второй VL являются различными, и каждая независимо содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 85% (т.е.85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100%) идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO: 5, 47-50, 59, 67, 71, 72, 75, 76, 83, 91, 99, 109, 147-150, 159, 168, 182, 190, 234 и 243, и где первая VH и первая VL вместе образуют первый антигенсвязывающий сайт, и где второй VH и второй VL вместе образуют второй антигенсвязывающий сайт.

В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент содержит полипептид Fc или его фрагмент. "Fc" содержит карбоксиконцевые части (т.е. домены IgG CH2 и CH3 ) обеих цепей антитела H, удерживаемых вместе дисульфидами. "Эффекторные функции" антитела относятся к биологической активности, относящейся к Fc-области (Fc-области нативной последовательности или Fc-области варианта аминокислотной последовательности) антитела, и варьируются в зависимости от изотипа антитела. Примеры эффекторных функций антител включают: связывание C1q и комплемент-зависимую цитотоксичность; связывание с рецептором Fc; антитело-зависимую клеточно-опосредованную цитотоксичность (ADCC); фагоцитоз; подавление рецепторов поверхности клетки (например, рецептора B-клеток); и активацию B-клеток. Как обсуждается в настоящем документе, модификации (например, аминокислотные замены) могут быть сделаны в Fc-домене с целью модификации (например, улучшения, уменьшения или удаления) одной или более функциональных групп Fc-содержащего полипептида (например, антитела по настоящему изобретению). Такие функции включают, например, связывание с Fc-рецептором (FcR), модуляцию периода полужизни антитела (например, путем связывания с FcRn), функцию ADCC, связывание с белком A, связывание с белком G и связывание с комплементом. Аминокислотные модификации, которые модифицируют (например, улучшают, уменьшают или удаляют) Fc-функции, включают, например, TT250Q/M428L, M252Y/S254T/T256E, H433K/N434F, M428L/N434S, E233P/L234V/L235A/G236 + A327G/A330S/P331S, E333A, S239D/A330L/I332E, P257I/Q311, K326W/E333S, S239D/I332E/G236A, N297Q, K322A, S228P, L235E + E318A/K320A/K322A, L234A/L235A (также называемые в настоящем документе «LALA») и мутации L234A/L235A/P329G, которые обобщены и аннотированы в «Сконструированных Fc-областей», опубликованных InvenGo (2011) и доступны в Интернете по адресу invivogenPreview.com/DFre/review-Eng-Egene-Fegogen-in-in.pdf.utm_source=review&utm_medium=pdf&utm_campaign=review&utm_content=Engineered-Fc-Regions, и включены в настоящий документ посредством ссылки. Если из контекста не следует иное, аминокислотные остатки Fc пронумерованы в настоящем документе в соответствии с системой нумерации EU.

Например, для активации каскада комплемента белковый комплекс C1q может связываться по меньшей мере с двумя молекулами IgG1 или одной молекулой IgM, когда к антигенной мишени присоединена (Ward, E. S., и Ghetie, V., Ther. Immunol. 2 (1995) 77-94). Burton, D. R., раскрыл (Mol. Immunol. 22 (1985) 161-206), что область тяжелой цепи, содержащая аминокислотные остатки в положении 318 до 337, участвует в фиксации комплемента. Duncan, A. R., и Winter, G. (Nature 332 (1988) 738-740), используя сайт-специфический мутагенез, сообщили, что Glu318, Lys320 и Lys322 образуют сайт связывания с C1q. Роль остатков Glu318, Lys320 и Lys 322 в связывании C1q была подтверждена способностью короткого синтетического пептида, содержащего эти остатки, ингибировать опосредованный комплементом лизис.

Например, связывание FcR может быть опосредовано взаимодействием Fc-фрагмента (антитела) с Fc-рецепторами (FcR), которые представляют собой специализированные рецепторы клеточной поверхности на клетках, включая гемопоэтические клетки. Fc-рецепторы принадлежат к суперсемейству иммуноглобулинов и, как показано, опосредуют как удаление патогенов, покрытых антителами, путем фагоцитоза иммунных комплексов, так и лизис эритроцитов и различных других клеточных мишеней (например, опухолевых клеток), покрытых соответствующим антителом, посредством антителозависимой клеточной цитотоксичности (ADCC; Van de Winkel, J. G., и Anderson, C. L., J. Leukoc. Biol. 49 (1991) 511-524). FcR определяются их специфичностью для классов иммуноглобулинов; Fc-рецепторы для антител IgG называются FcγR, для IgE - FcεR, для IgA - FcαR и так далее, а неонатальные Fc-рецепторы называются FcRn. Связывание с Fc-рецептором описано, например, в Ravetch, J. V., и Kinet, J. P., Annu. Rev. Immunol. 9 (1991) 457-492; Capel, P. J., et al., Immunomethods 4 (1994) 25-34; de Haas, M., и др., J Lab. Clin. Med. 126 (1995) 330-341; и Gessner, J. E., и др., Ann. Hematol. 76 (1998) 231-248.

Перекрестное сшивание рецепторов Fc-доменом нативных антител IgG (FcγR) запускает широкий спектр эффекторных функций, включая фагоцитоз, антителозависимую клеточную цитотоксичность и высвобождение воспалительных медиаторов, а также клиренс иммунного комплекса и регуляцию продукции антител. В настоящем документе рассматриваются Fc-фрагменты, обеспечивающие перекрестное сшивание рецепторов (например, FcγR). У человека к настоящему времени были охарактеризованы три класса FcγR, которые представляют собой: (i) FcγRI (CD64), который связывает мономерный IgG с высокой аффинностью и экспрессируется на макрофагах, моноцитах, нейтрофилах и эозинофилах; (ii) FcγRII (CD32), который связывает комплексный IgG со средним или низким сродством, широко экспрессируется, в частности, на лейкоцитах, который, как полагают, является центральным игроком в опосредованном антителом иммунитете, и который может быть разделен на FcγRIIA, FcγRIIB и FcγRIIC, которые выполняют различные функции в иммунной системе, но связываются с подобной низкой аффиностью с IgG-Fc, и эктодомены этих рецепторов являются высоко гомологичными; и (iii) FcγRIII (CD16), который связывает IgG со средним или низким сродством и был обнаружен в двух формах: FcγRIIIA, который был обнаружен на NK-клетках, макрофагах, эозинофилах и некоторых моноцитах и T-клетках, и, как полагают, опосредует ADCC и FcγRIIIB, который высоко экспрессируется на нейтрофилах.

FcγRIIA обнаружен во многих клетках, участвующих в уничтожении (например, макрофагах, моноцитах, нейтрофилах), и, по-видимому, способен активировать процесс уничтожения. FcγRIIB, по-видимому, играет роль в ингибирующих процессах и обнаруживается на В-клетках, макрофагах и на тучных клетках и эозинофилах. Важно отметить, что 75% всех FcγRIIB обнаружено в печени (Ganesan, L. P. и др., 2012: "FcγRIIb on liver sinusoidal endothelium clears small immune complexes," Journal of Immunology 189: 4981-4988). FcγRIIB обильно экспрессируется на синусоидальном эндотелии печени, называемом LSEC, а в клетках Купфера в печени и LSEC являются основным местом клиренса малых иммунных комплексов (Ganesan, L. P. и др., 2012: FcγRIIb на синусоидальном эндотелии печени очищает малые иммунные комплексы. Journal of Immunology 189: 4981-4988).

В некоторых вариантах осуществления антитела, описанные в данном документе, и их антигенсвязывающие фрагменты содержат полипептид Fc или его фрагмент для связывания с FcγRIIb, в частности, область Fc, такую как, например, антитела IgG-типа. Кроме того, можно сконструировать Fc-фрагмент для усиления связывания FcγRIIB путем введения мутаций S267E и L328F, как описано Chu, S.Y. и др., 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926-3933. Таким образом, клиренс иммунных комплексов может быть увеличен (Chu, S., и др., 2014: Accelerated Clearance of IgE In Chimpanzees Is Mediated By Xmab7195, An Fc-Engineered Antibody With Enhanced Affinity For Inhibitory Receptor FcγRIIb. Am J Respir Crit, American Thoracic Society International Conference Abstracts). В некоторых вариантах осуществления антитела по настоящему изобретению или их антигенсвязывающие фрагменты содержат сконструированный фрагмент Fc с мутациями S267E и L328F, в частности, как описано в Chu, S.Y. и др., 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-edineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926-3933.

На В-клетках FcγRIIB может функционировать для подавления дальнейшей продукции иммуноглобулина и переключения изотипа на, например, класс IgE. Считается, что на макрофагах FcγRIIB ингибирует фагоцитоз, опосредованный через FcγRIIA. На эозинофилах и тучных клетках В-форма может способствовать подавлению активации этих клеток посредством связывания IgE с отдельным рецептором.

Что касается связывания FcγRI, модификация в нативном IgG по меньшей мере одного из E233-G236, P238, D265, N297, A327 и P329 снижает связывание с FcγRI. Остатки IgG2 в положениях 233-236, замещенные в соответствующие положения IgG1 и IgG4, снижают связывание IgG1 и IgG4 с FcγRI в 10³ раза и устраняют моноцитарный ответ человека на сенсибилизированные антителами эритроциты (Armour, K. L., и др. Eur. J. Immunol. 29 (1999) 2613-2624).

Что касается связывания FcγRII, то обнаружено снижение связывания с FcγRIIA, например, для мутации IgG по меньшей мере одного из E233-G236, P238, D265, N297, A327, P329, D270, Q295, A327, R292 и K414.

Двумя аллельными формами FcγRIIA человека являются вариант "H131", который связывается с Fc IgG1 с высокой аффинностью, и вариант "R131", который связывается с Fc IgG1 с низкой аффинностью. См., например, Bruhns и др., Blood 113:3716-3725 (2009).

Что касается связывания FcγRIII, то обнаружено снижение связывания с FcγRIIIA, например, для мутации по меньшей мере одного из E233-G236, P238, D265, N297, A327, P329, D270, Q295, A327, S239, E269, E293, Y296, V303, A327, K338 и D376. Картирование сайтов связывания на IgG1 человека для Fc-рецепторов, вышеупомянутые сайты мутации и способы измерения связывания с FcγRI и FcγRIIA описаны в Shields, R. L., и др., J. Biol. Chem. 276 (2001) 6591-6604.

Двумя аллельными формами FcγRIIIA человека являются вариант "F158", который связывается с Fc IgG1 с низкой аффинностью, и вариант "V158", который связывается с Fc IgG1 с высокой аффинностью. См., например, Bruhns и др., Blood 113:3716-3725 (2009).

Что касается связывания с FcγRII, то две области нативного Fc IgG, по-видимому, участвуют во взаимодействии между FcγRII и IgG, а именно (i) нижний шарнирный сайт Fc IgG, в частности, аминокислотные остатки L, L, G, G (234 - 237, нумерация EU), и (ii) смежная область домена CH2 Fc IgG, в частности, петля и цепи в верхнем домене CH2, прилегающие к нижней шарнирной области, например, в области P331 (Wines, B.D., и др., J. Immunol. 2000; 164: 5313 - 5318). Кроме того, FcγRI, по-видимому, связывается с одним и тем же сайтом на Fc IgG, тогда как FcRn и белок A связываются с другим сайтом на Fc IgG, который, по-видимому, находится на границе раздела CH2-CH3 (Wines, B.D., и др., J. Immunol. 2000; 164: 5313 - 5318).

Также рассматриваются мутации, которые увеличивают аффинность связывания полипептида Fc или его фрагмента по настоящему изобретению с (т.е., одним или более) рецептором Fcγ (например, по сравнению с эталонным полипептидом Fc или его фрагментом или содержащим его, который не содержит мутацию (мутации); например, полипептидом Fc дикого типа или его фрагментом (например, того же изотипа, что и полипептид Fc или его фрагмент, который содержит мутацию или мутации) или полипептидом Fc или его фрагментом, который иным образом идентичен или по существу идентичен полипептиду Fc или его фрагменту, который содержит мутацию или мутации). См., например, Delillo и Ravetch, Cell 161(5):1035-1045 (2015) и Ahmed и др., J. Struc. Biol. 194(1):78 (2016), мутации Fc и методики которых включены в настоящий документ посредством ссылки.

В любом из раскрытых в настоящем документе вариантов осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент могут содержать полипептид Fc или его фрагмент, содержащий мутацию, выбранную из G236A; S239D; A330L; и I332E; или комбинацию, включающую любые две или более из них; например, S239D/I332E; S239D/A330L/I332E; G236A/S239D/I332E; G236A/A330L/I332E (также называемую в настоящем документе "GAALIE"); или G236A/S239D/A330L/I332E. В некоторых вариантах осуществления изобретения полипептид Fc или его фрагмент не содержит S239D. В некоторых вариантах осуществления полипептид Fc или его фрагмент содержит S в положении 239.

В некоторых вариантах осуществления полипептид Fc или его фрагмент может содержать или состоять по меньшей мере из части полипептида Fc или его фрагмента, которая участвует в связывании со связыванием FcRn. В некоторых вариантах осуществления полипептид Fc или его фрагмент содержит одну или более аминокислотных модификаций, которые улучшают аффинность связывания с (например, усиливают связывание с) FcRn (например, при рН около 6,0) и, таким образом, в некоторых вариантах осуществления продлеваютпериод полувыведения молекулы in vivo, содержащей полипептид Fc или его фрагмент (например, по сравнению с эталонным (например, дикого типа) полипептидом Fc или его фрагментом или антителом, которое в противном случае является таким же, но не содержит модификацию (модификации)). В некоторых вариантах осуществления полипептид Fc или его фрагмент содержит или получен от Fc IgG, и мутация, продлевающая период полувыведения, включает одну любую одну или более из: M428L; N434S; N434H; N434A; N434S; M252Y; S254T; T256E; T250Q; P257I Q311I; D376V; T307A; E380A (нумерация EU). В некоторых вариантах осуществления мутация, продлевающая период полувыведения, включает M428L/N434S (также называемая в данном документе "MLNS" или "LS"). В некоторых вариантах осуществления мутация, продлевающая период полувыведения, включает M252Y/S254T/T256E. В некоторых вариантах осуществления мутация, продлевающая период полувыведения, включает T250Q/M428L. В некоторых вариантах осуществления мутация, продлевающая период полувыведения, включает P257I/Q311I. В некоторых вариантах осуществления мутация, продлевающая период полувыведения, включает P257I/N434H. В некоторых вариантах осуществления мутация, продлевающая период полувыведения, включает D376V/N434H. В некоторых вариантах осуществления мутация, продлевающая период полувыведения, включает T307A/E380A/N434A.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент включает Fc-фрагмент, который содержит замены M428L/N434S. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент включает полипептид Fc или его фрагмент, который содержит замены мутаций G236A/A330L/I332E. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит (например, IgG) Fc-фрагмент, который содержит мутацию G236A, мутацию A330L и мутацию I332E (GAALIE) и не содержит мутацию S239D (например, содержит нативный S в положении 239). В частных вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент включает полипептид Fc или его фрагмент, который содержит мутации по типу замены: M428L/N434S и G236A/A330L/I332E, и необязательно не содержит S239D. В некоторых вариантах осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент включает полипептид Fc или его фрагмент, который содержит мутации по типу замены: M428L/N434S и G236A/S239D/A330L/I332E.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит мутацию, которая изменяет гликозилирование, где мутация, которая изменяет гликозилирование, включает N297A, N297Q или N297G, и/или антитело или антигенсвязывающий фрагмент частично или полностью агликозилировано и/или частично или полностью афукозилировано. Известны линии клеток-хозяев и способы получения частично или полностью агликозилированных или частично или полностью афукозилированных антител и антигенсвязывающих фрагментов (см., например, публикацию РСТ № WO 2016/181357; Suzuki и др. Clin. Cancer Res. 13(6):1875-82 (2007); Huang и др. MAbs 6:1-12 (2018)).

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент способны вызывать непрерывную защиту in vivo у субъекта, даже если у субъекта не могут быть обнаружены детектируемые уровни антитела или антигенсвязывающего фрагмента (то есть, если антитело или антигенсвязывающий фрагмент было удалено от субъекта после введения). Такая защита упоминается в настоящем документе как вакцинальный эффект. Не ограничиваясь теорией, полагают, что дендритные клетки могут интернализировать комплексы антитела и антигена и после этого индуцировать или способствовать эндогенному иммунному ответу против антигена. В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит одну или более модификаций, таких как, например, мутации в Fc, содержащие G236A, A330L и I332E, которые способны активировать дендритные клетки, которые могут индуцировать, например, иммунитет Т-клеток к антигену.

В любом из раскрытых в настоящем документе вариантов осуществления антитело или его антигенсвязывающий фрагмент содержит полипептид Fc или его фрагмент, включая CH2 (или его фрагмент, CH3 (или его фрагмент) или CH2 и CH3, где CH2, CH3 или оба могут быть любого изотипа и могут содержать аминокислотные замены или другие модификации по сравнению с соответствующим CH2 или CH3 дикого типа, соответственно. В некоторых вариантах осуществления полипептид Fc по настоящему изобретению содержит два полипептида CH2-CH3, которые ассоциируются с образованием димера.

В любом из раскрытых в настоящем документе вариантов осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент может быть моноклональным. Термин "моноклональное антитело" (mAb) в настоящем документе относится к антителу, полученному из популяции по существу однородных антител, то есть отдельные антитела в составе популяции являются идентичными, за исключением возможных естественно присутствующих мутаций, которые могут присутствовать в небольших количествах. Моноклональные антитела являются высокоспецифичными, поскольку они направлены против одной области детерминанты. Кроме того, по сравнению с препаратами поликлональных антител, содержащими различные антитела, направленные против различных эпитопов, каждое моноклональное антитело направлено против одного эпитопа антигена. Кроме специфичности, моноклональные антитела обладают преимуществом, заключающимся в том, что их можно синтезировать в виде, не загрязненном другими антителами. Определение «моноклональный» не следует толковать как требующий продуцирования антитела каким-либо конкретным способом. Например, моноклональные антитела, пригодные для применения в настоящем изобретении, могут быть получены с помощью гибридомной методики, впервые описанной Kohler и др., Nature 256:495 (1975), или могут быть получены с использованием способов рекомбинантной ДНК в клетках бактерий, эукариотических животных или растений (см., например, патент США № 4816567). Моноклональные антитела также могут быть выделены из библиотек фаговых антител с использованием методик, описанных в Clackson и др., Nature, 352:624-628 (1991) и Marks и др., J. Mol. Biol., 222:581-597 (1991), например. Моноклональные антитела также могут быть получены с использованием способов, описанных в публикации РСТ № WO 2004/076677A2.

Антитела и антигенсвязывающие фрагменты согласно настоящему изобретению включают «химерные антитела», в которых часть тяжелой и/или легкой цепи идентична или гомологична соответствующим последовательностям антител, полученных от конкретного вида или принадлежащих к конкретному классу или подклассу антител, в то время как остальная часть цепи (цепей) идентична или гомологична соответствующим последовательностям антител, полученных от другого вида или принадлежащих к другому классу или подклассу антител, а также фрагментам таких антител, при условии, что они проявляют желаемую биологическую активность (см. патент США № 4,816,567; 5,530,101 и 7,498,415; и Morrison и др., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)). Например, химерные антитела могут содержать человеческие и нечеловеческие остатки. Кроме того, химерные антитела могут содержать остатки, которые не обнаружены в реципиентном антителе или в донорском антителе. Эти модификации сделаны для дополнительного улучшения характеристик антител. Для получения дополнительной информации см. Jones и др., Nature 321:522-525 (1986); Riechmann и др., Nature 332:323-329 (1988); и Presta, Curr. Op. Struct. Biol.2:593-596 (1992). Химерные антитела также включают приматизированные и гуманизированные антитела.

«Гуманизированное антитело» обычно считают антителом человека, которое содержит один или более аминокислотных остатков, введенных в него из источника, который не является человеком. Эти аминокислотные остатки нечеловеческого происхождения обычно берут из вариабельного домена. Гуманизация может быть выполнена по методу Winter и сотрудников (Jones и др., Nature, 321:522-525 (1986); Reichmann и др., Nature, 332:323-327 (1988); Verhoeyen и др.., Science, 239:1534-1536 (1988)), путем замены нечеловеческих вариабельных последовательностей на соответствующие последовательности человеческого антитела. Соответственно, такие «гуманизированные» антитела представляют собой химерные антитела (патент США № 4,816,567; 5,530,101 и 7,498,415), где по существу менее, чем интактный вариабельный домен человека, замещен соответствующей последовательностью из вида, не являющегося человеком. В некоторых случаях «гуманизированное» антитело представляет собой антитело, которое продуцируется нечеловеческой клеткой или клеткой животного, и содержит человеческие последовательности, например, домены H_C.

«Антитело человека» представляет собой антитело, содержащее только последовательности, которые присутствуют в антителе, продуцируемом человеком. Однако в данном контексте человеческие антитела могут содержать остатки или модификации, не обнаруженные в природном человеческом антителе (например, антителе, выделенном из человека), включая те модификации и варианты последовательностей, которые описаны в данном документе. Они, как правило, выполняются для дополнительного улучшения или повышения характеристик антител. В некоторых случаях антитела человека продуцируются трансгенными животными. Например, см. патент США № 5,770,429; 6,596,541 и 7,049,426.

В некоторых вариантах осуществления антитело или антигенсвязывающий фрагмент согласно настоящему изобретению является химерным, гуманизированным или человеческим.

Полинуклеотиды, векторы и клетки-хозяева

В другом аспекте настоящее изобретение относится к выделенным полинуклеотидам, которые кодируют любое из описанных в настоящем документе антител или их антигенсвязывающий фрагмент, или их часть (например, CDR, VH, VL, тяжелую цепь или легкую цепь). В некоторых вариантах осуществления полинуклеотид является кодон-оптимизированным для экспрессии в клетке-хозяине. После того, как кодирующая последовательность известна или идентифицирована, оптимизация кодонов может быть выполнена с использованием известных методик и инструментов, например, с использованием инструмента GenScript® OptimiumGene™ или Gen Synthesis by GeneArt® (ThermoFisher); см. также Scholten и др.., Clin. Immunol. 119:135, 2006). Кодон-оптимизированные последовательности включают последовательности, которые частично кодон-оптимизированы (то есть, один или множество кодонов оптимизированы для экспрессии в клетке-хозяине), и те, которые полностью кодон-оптимизированы.

Следует также понимать, что полинуклеотиды, кодирующие антитела и антигенсвязывающие фрагменты по настоящему изобретению, могут обладать различными нуклеотидными последовательностями, при этом все еще кодируя одно и то же антитело или антигенсвязывающий фрагмент из-за, например, вырожденности генетического кода, сплайсинга и т. п.

В некоторых вариантах осуществления полинуклеотид содержит полинуклеотид, обладающий по меньшей мере 50% (т.е. 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100%) идентичностью полинуклеотидной последовательности согласно любой одной или более из SEQ ID NO:186-189, 191-192, 238, 247, 248-250, 254-255 и 257-262.

Следует понимать, что в некоторых вариантах осуществления полинуклеотид, кодирующий антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержится в полинуклеотиде, который содержит другие последовательности и/или признаки, например, экспрессии антитела или антигенсвязывающего фрагмента в клетке-хозяине. Примерные признаки включают последовательность промотора, последовательность полиаденилирования, последовательность, которая кодирует сигнальный пептид (например, расположенный на N-конце экспрессированной тяжелой цепи антитела или легкой цепи), или тому подобное. Соответственно, в некоторых вариантах осуществления полинуклеотид дополнительно содержит полинуклеотидную последовательность, имеющую по меньшей мере 50% идентичности с, содержащей или состоящей из полинуклеотидной последовательности, представленной в любой из SEQ ID NO:251-253 и 263. В некоторых вариантах осуществления полинуклеотид содержит последовательность, которая кодирует сигнальный пептид (также называемый лидерной последовательностью), имеющий по меньшей мере 90% идентичности с, содержащей или состоящей из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 256 или SEQ ID NO: 264.

В любом из раскрытых в настоящем документе вариантов осуществления полинуклеотид может содержать дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК) или рибонуклеиновую кислоту (РНК). В некоторых вариантах осуществления изобретения РНК включает матричную РНК (мРНК).

Также предложены векторы, где векторы содержат или включают полинуклеотид, описанный в настоящем документе (например, полинуклеотид, кодирующий антитело или антигенсвязывающий фрагмент, который связывается с SARS-CoV-2). Вектор может содержать любой один или более из векторов, описанных в настоящем документе. В частных вариантах осуществления предложен вектор, который содержит конструкцию ДНК-плазмиды, кодирующую антитело или антигенсвязывающий фрагмент, или их часть (например, так называемое "DMAb"; см., например, Muthumani и др., J Infect Dis. 214(3):369-378 (2016); Muthumani и др.., Hum Vaccin Immunother 9:2253-2262 (2013)); Flingai и др., Sci Rep. 5:12616 (2015); и Elliott и др., NPJ Vaccines 18 (2017), где конструкции ДНК, кодирующие антитело, и родственные способы применения, включая введения того же самого, включены в настоящий документ в качестве ссылки).). В некоторых вариантах осуществления конструкция ДНК-плазмиды содержит одну открытую рамку считывания, кодирующую тяжелую цепь и легкую цепь (или VH и VL) антитела или антигенсвязывающего фрагмента, где последовательность, кодирующая тяжелую цепь, и последовательность, кодирующая легкую цепь, необязательно разделены полинуклеотидом, кодирующим сайт расщепления протеазой, и/или полинуклеотидом, кодирующим саморасщепляющийся пептид. В некоторых вариантах осуществления заместительные компоненты антитела или антигенсвязывающего фрагмента кодируются полинуклеотидом, содержащимся в одной плазмиде. В других вариантах осуществления заместительные компоненты антитела или антигенсвязывающего фрагмента кодируются полинуклеотидом, содержащимся в двух или более плазмидах (например, первая плазмида содержит полинуклеотид, кодирующий тяжелую цепь, VH или VH+CH, а вторая плазмида содержит полинуклеотид, кодирующий родственную легкую цепь, VL или VL+CL). В некоторых вариантах осуществления одна плазмида содержит полинуклеотид, кодирующий тяжелую цепь и/или легкую цепь из двух или более антител или антигенсвязывающих фрагментов согласно настоящему изобретению. Иллюстративный вектор экспрессии представляет собой pVax1, доступный от Invitrogen®. ДНК-плазмида по настоящему изобретению может быть доставлена субъекту, например, с помощью электропорации (например, внутримышечной электропорации) или с соответствующим составом (например, гиалуронидазой). В некоторых вариантах осуществления вектор согласно настоящему изобретению содержит нуклеотидную последовательность, кодирующую сигнальный пептид. Сигнальный пептид может присутствовать или не присутствовать (например, может быть ферментативно отщеплен от) на зрелом антителе или антигенсвязывающем фрагменте. В некоторых вариантах осуществления сигнальный пептид кодируется нуклеотидной последовательностью, представленной в SEQ ID NO: 252 или SEQ ID NO: 263, и/или сигнальный пептид содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:256 или SEQ ID NO: 264. В некоторых вариантах осуществления вектор согласно настоящему изобретению содержит сигнальную последовательность полиаденилирования. В некоторых вариантах осуществления сигнальная последовательность полиаденилирования содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 253.

В некоторых вариантах осуществления вектор согласно настоящему изобретению содержит промотор CMV. В некоторых вариантах осуществления промотор содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 251.

В дополнительном аспекте настоящее изобретение также относится к клетке-хозяину, экспрессирующей антитело или антигенсвязывающий фрагмент согласно настоящему изобретению; или содержащей или включающей вектор или полинуклеотид согласно настоящему изобретению.

Примеры таких клеток включают, но не ограничиваются ими, эукариотические клетки, например, дрожжевые клетки, клетки животных, клетки насекомых, клетки растений; и прокариотические клетки, включая E. coli. В некоторых вариантах осуществления изобретения клетки представляют собой клетки млекопитающих. В некоторых таких вариантах осуществления клетки представляют собой клеточную линию млекопитающих, такую как клетки CHO (например, клетки DHFR- CHO (Urlaub и др., PNAS 77:4216 (1980)), эмбриональные клетки почек человека (например, клетки HEK293T), клетки PER.C6, клетки Y0, клетки Sp2/0. Клетки NS0, клетки печени человека, например, клетки Hepa RG, клетки миеломы или клетки гибридомы. Другие примеры линий клеток-хозяев млекопитающих включают клетки Сертоли мыши (например, клетки TM4); линию CV1 почки обезьяны, трансформированную SV40 (COS-7); клетки почки новорожденного хомяка (BHK); клетки почки африканской зеленой мартышки (VERO-76); клетки почки обезьяны (CV1); клетки карциномы шейки матки человека (HELA); клетки легкого человека (W138); клетки печени человека (Hep G2); клетки почки собаки (MDCK); клетки печени крысы Buffalo (BRL 3A); опухоль молочной железы мыши (MMT 060562); клетки TRI; клетки MRC 5; и клетки FS4. Линии клеток-хозяев млекопитающих, подходящие для продукции антител, также включают те, которые описаны, например, в Yazaki и Wu, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B. K. C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, N.J.), pp. 255-268 (2003).

В некоторых вариантах осуществления клетка-хозяин представляет собой прокариотическую клетку, такую как E. coli. Экспрессия пептидов в прокариотических клетках, таких как E. coli , хорошо известна (см., например, Pluckthun, A. Bio/Technology 9:545-551 (1991). Например, антитела можно продуцировать в бактериях, в частности, если гликозилирование и Fc-эффекторные функции не нужны. Экспрессию фрагментов антител и полипептидов в бактериях см., например, в патенте США № 5,648,237; 5,789,199; и 5,840,523.

В частных вариантах осуществления клетка может быть трансфицирована вектором в соответствии с настоящим описанием с вектором экспрессии. Термин "трансфекция" относится к введению молекул нуклеиновых кислот, таких как молекулы ДНК или РНК (например, мРНК), в клетки, такие как эукариотические клетки. В контексте настоящего описания термин «трансфекция» охватывает любой известный специалисту способ введения молекул нуклеиновых кислот в клетки, например, в эукариотические клетки, в том числе в клетки млекопитающих. Такие способы включают, например, электропорацию, липофекцию, например, на основе катионных липидов и/или липосом, осаждение фосфатом кальция, трансфекцию на основе наночастиц, трансфекцию на основе вируса или трансфекцию на основе катионных полимеров, таких как DEAE-декстран или полиэтиленимин и т.д. В некоторых вариантах осуществления введение является невирусным.

Кроме того, клетки-хозяева согласно настоящему изобретению могут быть стабильно или временно трансфицированы вектором согласно настоящему изобретению, например, для экспрессии антитела или его антигенсвязывающего фрагмента согласно настоящему изобретению. В таких вариантах осуществления клетки могут быть стабильно трансфицированы вектором, как описано в настоящем документе. Альтернативно, клетки могут быть временно трансфицированы вектором в соответствии с настоящим изобретением, кодирующим антитело или антигенсвязывающий фрагмент, как описано в настоящем документе. В любом из раскрытых в данном документе вариантов осуществления полинуклеотид может быть гетерологичным клетке-хозяину.

Соответственно, настоящее изобретение также относится к рекомбинантным клеткам-хозяевам, которые гетерологично экспрессируют антитело или антигенсвязывающий фрагмент по настоящему изобретению. Например, клетка может быть разновидностью, которая отличается от разновидности, из которой было полностью или частично получено антитело (например, клетки CHO, экспрессирующие человеческое антитело или сконструированное человеческое антитело). В некоторых вариантах осуществления тип клетки клетки-хозяина в природе не экспрессирует антитело или антигенсвязывающий фрагмент. Кроме того, клетка-хозяин может вносить посттрансляционную модификацию (PTM; например, глизоцилирование или фукозилирование) антителу или антигенсвязывающему фрагменту, которое не присутствует в нативном состоянии антитела или антигенсвязывающего фрагмента (или в нативном состоянии исходного антитела, из которого было сконструировано или получено антитело или антигенсвязывающий фрагмент). Такой PTM может привести к функциональной разнице (например, пониженной иммуногенности). Соответственно, антитело или антигенсвязывающий фрагмент согласно настоящему изобретению, продуцируемые клеткой-хозяином, как описано в настоящем документе, могут содержать одну или более посттрансляционных модификаций, которые отличаются от антитела (или исходного антитела) в его нативном состоянии (например, антитело человека, продуцируемое клеткой CHO, может содержать более посттрансляционную модификацию, которая отличается от антитела при выделении из человека и/или продуцируется нативной В-клеткой человека или плазматической клеткой).

Клетки насекомых, пригодные для экспрессии связывающего белка по настоящему изобретению, известны в данной области техники и включают, например, клетки Spodoptera frugipera Sf9, клетки Trichoplusia ni BTI-TN5B1-4 и клетки Spodoptera frugipera SfSWT01“Mimic™”. См., например, Palmberger и др.., J. Biotechnol. 153(3-4):160-166 (2011). Выявлены многочисленные штаммы бакуловирусов, которые можно использовать в комбинации с клетками насекомых, особенно для трансфекции клеток Spodoptera frugiperda.

Эукариотические микроорганизмы, такие как нитчатые грибы или дрожжи, также являются подходящими хозяевами для клонирования или экспрессии векторов, кодирующих белок, и включают грибки и штаммы дрожжей с «гуманизированными» путями гликозилирования, что приводит к получению антитела с частично или полностью человеческим профилем гликозилирования. См . Gerngross, Nat. Biotech.22:1409-1414 (2004); Li et al., Nat. Biotech.24:210-215 (2006).

Растительные клетки также могут быть использованы в качестве хозяев для экспрессии связывающего белка согласно настоящему изобретению. Например, технология PLANTIBODIES™ (описана, например, в патенте США № 5,959,177; 6,040,498; 6,420,548; 7,125,978; и 6,417,429) используют трансгенные растения для получения антител.

В некоторых вариантах осуществления клетка-хозяин включает клетку млекопитающего. В частных вариантах осуществления клетка-хозяин представляет собой клетку СНО, клетку HEK293, клетку PER.C6, клетку Y0, клетку Sp2/0, клетку NS0, клетку печени человека, клетку миеломы или клетку гибридомы.

В родственном аспекте настоящее изобретение относится к способам получения антитела или антигенсвязывающего фрагмента, где способы включают культивирование клетки-хозяина по настоящему изобретению в условиях и в течение времени, достаточных для получения антитела или антигенсвязывающего фрагмента. Способы, пригодные для выделения и очистки рекомбинантно полученных антител, например, могут включать получение супернатантов из подходящих систем клетки-хозяина/вектора, которые секретируют рекомбинантное антитело в культуральную среду, а затем концентрирование среды с использованием коммерчески доступного фильтра. После концентрирования концентрат может быть нанесен на одну подходящую матрицу очистки или на ряд подходящих матриц, таких как аффинная матрица или ионообменная смола. Для дополнительной очистки рекомбинантного полипептида можно использовать одну или более стадий обращенно-фазовой HPLC (высокоэффективная жидкостная хроматография). Эти способы очистки также могут быть использованы при выделении иммуногена из его природной среды. Способы крупномасштабной продукции одного или более выделенных/рекомбинантных антител, описанных в настоящем документе, включают периодическую культуру клеток, за которой наблюдали и контролировали для поддержания соответствующих условий культивирования. Очистку растворимых антител можно проводить в соответствии со способами, описанными в настоящем документе и известными в данной области техники, и которые соответствуют законам и рекомендациям отечественных и зарубежных регулирующих органов.

Композиции

В настоящем документе также предложены композиции, которые содержат любое одно или более из описанных в настоящем документе антител, антигенсвязывающих фрагментов, полинуклеотидов, векторов или клеток-хозяев, по отдельности или в любой комбинации, и могут дополнительно содержать фармацевтически приемлемый носитель, вспомогательное вещество или разбавитель. Носители, эксципиенты и разбавители более подробно обсуждаются в данном документе.

В некоторых вариантах осуществления композиция содержит множество антител и/или антигенсвязывающих фрагментов по настоящему изобретению, где одно или более антител или антигенсвязывающих фрагментов не содержит остаток лизина на С-конце тяжелой цепи, CH1-CH3 или полипептида Fc, и где одно или более антител или антигенсвязывающих фрагментов содержит остаток лизина на С-конце тяжелой цепи, CH1-CH3 или полипептида Fc. В некоторых вариантах осуществления изобретения композиция содержит антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которые содержат аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:173, SEQ ID NO:175, SEQ ID NO:265 или SEQ ID NO:266.

В некоторых вариантах осуществления композиция содержит два или более различных антитела или антигенсвязывающие фрагменты в соответствии с настоящим изобретением. В некоторых вариантах осуществления антитела или антигенсвязывающие фрагменты для применения в комбинации, каждая независимо, имеют одну или более из следующих характеристик: нейтрализуют встречающиеся в природе варианты SARS-CoV-2; не конкурируют друг с другом за связывание со спайк-белком; связывают различные эпитопы спайк-белка; имеют сниженное образование устойчивости к SARS-CoV-2; в комбинации имеют сниженное образование устойчивости к SARS-CoV-2; эффективно нейтрализуют живой вирус SARS-CoV-2; проявляют аддитивные или синергетические эффекты на нейтрализацию живого вируса SARS-CoV-2 при использовании в комбинации; проявляют эффекторные функции; являются защитными в соответствующей модели (моделях) инфекции животного; способны продуцироваться в достаточных количествах для крупномасштабной продукции.

В некоторых вариантах осуществления композиция содержит первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 79, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 83; и второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащий, VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 105, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 168. В некоторых вариантах осуществления композиция содержит первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 80-82, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 84-86, соответственно, и второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащий вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 106-108, соответственно, и CDRL1 и CDRL3, или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 169-171, соответственно. В дополнительных вариантах осуществлений композиция способна нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 или вирус, псевдотипированный SARS-CoV-2, с IC50 от около 0,07 до около 0,08 мкг/мл. В некоторых вариантах осуществления композиция содержит первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 178, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 182 или SEQ ID NO: 190; и второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 105, и VL, содержащий, состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 168. В некоторых вариантах осуществления композиция содержит первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 179-181, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 183-185, соответственно, и второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO: 106-108, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 содержат аминокислотные последовательности, представленные в SEQ ID NO: 169-171, соответственно.

В некоторых вариантах осуществления композиция содержит первый вектор, содержащий первую плазмиду, и второй вектор, содержащий вторую плазмиду, где первая плазмида содержит полинуклеотид, кодирующий тяжелую цепь, VH или VH+CH, а вторая плазмида содержит полинуклеотид, кодирующий родственную легкую цепь, VL или VL+CL антитела или его антигенсвязывающего фрагмента. В некоторых вариантах осуществления композиция содержит полинуклеотид (например, мРНК), связанный с подходящим средством доставки или носителем. Примерные носители или носители для введения субъекту-человеку включают липид или липидное средство доставки, такой как липосома, твердая липидная наночастица, маслянистая суспензия, субмикронная липидная эмульсия, липидный микропузырь, обратная липидная мицелла, кохлеарная липосома, липидная микротрубочка, липидный микроцилиндр или липидная наночастица (LNP) или наноразмерная платформа (см., например, Li и др. Wilery Interdiscip Rev. Nanomed Nanobiotechnol. 11(2):e1530 (2019)). Принципы, реагенты и методики конструирования подходящей мРНК и составления мРНК-LNP и доставки их описаны, например, в Pardi и др. (J Control Release 217345-351(2015)); Thess и др.. (Mol Ther 23: 1456-1464 (2015)); Thran и др. (EMBO Mol Med 9(10):1434-1448 (2017); Kose и др. Sci. Immunol. 4 eaaw6647 (2019); и Sabnis и др. (Mol. Ther. 26: 1509-1519 (2018)), которые включают кэппинг, оптимизацию кодонов, нуклеозидную модификацию, очистку мРНК, включение мРНК в стабильные липидные наночастицы (например, ионизируемый катионный липид/фосфатидилхолин/холестерин/PEG-липид (PEG - полиэтиленгликоль); ионизируемый липид:дистеароил PC:холестерин:полиэтиленгликолевый липид (PC - фосфатидилхолин)) и подкожное, внутримышечное, внутрикожное, внутривенное, внутрибрюшинное и интратрахеальное введение, включены в настоящий документ посредством ссылки.

Способы и применения

В настоящем документе также предложены способы применения антитела или антигенсвязывающего фрагмента, нуклеиновой кислоты, вектора, клетки или композиции по настоящему изобретению при диагностике SARS-CoV-2 (например, у субъекта-человека или в образце, полученном от субъекта-человека).

Способы диагностики (например, in vitro, ex vivo) могут включать приведение в контакт антитела, фрагмента антитела (например, антигенсвязывающего фрагмента) с образцом. Такие образцы могут быть выделены из субъекта, например, выделенный образец ткани, взятый, например, из носовых ходов, полостей пазух, слюнных желез, легких, печени, поджелудочной железы, почек, уха, глаза, плаценты, пищеварительного тракта, сердца, яичников, гипофиза, надпочечников, щитовидной железы, мозга, кожи или крови. Способы диагностики могут также включать обнаружение комплекса антиген/антитело, в частности, после приведения в контакт антитела или фрагмента антитела с образцом. Такой этап обнаружения может быть выполнен в ламинарном шкафе, то есть без какого-либо приведения в контакт с организмом человека или животного. Примеры способов обнаружения хорошо известны специалисту в данной области техники и включают, например, ELISA (твердофазный иммуноферментный анализ), включая прямой, непрямой и многослойный ELISA.

В настоящем документе также предложены способы лечения субъекта с использованием антитела или антигенсвязывающего фрагмента по настоящему изобретению, или композиции, содержащей их, причем субъект имеет, как полагают, или подвержен риску инфицирования SARS-CoV-2. "Обработка", "лечение" или "облегчение" относится к медицинскому лечению заболевания, расстройства или состояния субъекта (например, человека или млекопитающего, не являющегося человеком, такого как примат, лошадь, кошка, собака, коза, мышь или крыса). Как правило, подходящую дозу или схему лечения, включающую антитело или композицию по настоящему изобретению, вводили в количестве, достаточном для получения терапевтического или профилактического эффекта. Терапевтический или профилактический/превентивный эффект включает улучшение клинического исхода; уменьшение или облегчение симптомов, связанных с заболеванием; уменьшение частоты возникновения симптомов; улучшение качества жизни; более длительный безрецидивный статус; уменьшение степени заболевания, стабилизацию состояния заболевания; задержку или предотвращение прогрессирования заболевания; ремиссию; выживаемость; продолжительную выживаемость; или любую их комбинацию. В некоторых вариантах осуществления терапевтический, профилактический/превентивный эффект включает уменьшение или предотвращение госпитализации прир лечении инфекции SARS-CoV-2 (т.е. статистически значимым образом). В некоторых вариантах осуществления терапевтический или профилактическоий/превентивный эффект включает сокращение продолжительности госпитализации при лечении инфекции SARS-CoV-2 (т.е. статистически значимым образом). В некоторых вариантах осуществления терапевтический или профилактический/превентивный эффект включает уменьшение или отмену потребности в респираторном вмешательстве, таком как интубация и/или применение респираторного устройства. В некоторых вариантах осуществления изобретения терапевтический или профилактический/превентивный эффект включает реверсию патологии поздней стадии заболевания и/или снижение смертности.

«Терапевтически эффективное количество» или «эффективное количество» антитела, антигенсвязывающего фрагмента, полинуклеотида, вектора, клетки-хозяина или композиции согласно настоящему изобретению относится к количеству композиции или молекулы, достаточному для получения терапевтического эффекта, включая улучшение клинического исхода; уменьшение или облегчение симптомов, связанных с заболеванием; снижение частоты возникновения симптомов; улучшение качества жизни; более длительный безрецидивный статус; уменьшение степени заболевания, стабилизация состояния заболевания; задержку прогрессирования заболевания; ремиссию; выживаемость; или продолжительное выживание статистически значимым образом. Когда речь идет об отдельном активном ингредиенте, вводимом отдельно, терапевтически эффективное количество относится к эффектам этого ингредиента или клетки, экспрессирующей этот ингредиент отдельно. Когда речь идет о комбинации, терапевтически эффективное количество относится к объединенным количествам активных ингредиентов или комбинированного вспомогательного активного ингредиента с клеткой, экспрессирующей активный ингредиент, что приводит к терапевтическому эффекту, независимо от того, вводится ли оно серийно, последовательно или одновременно. Комбинация может содержать, например, два различных антитела, которые специфически связывают антиген SARS-CoV-2, который в некоторых вариантах осуществления может представлять собой один и тот же или другой антиген коронавируса Wuhan, и/или может содержать одинаковые или разные эпитопы.

Соответственно, в некоторых вариантах осуществления предложены способы лечения инфекции SARS-CoV-2 у субъекта, где способы включают введение указанному субъекту эффективного количества антитела, антигенсвязывающего фрагмента, полинуклеотида, вектора, клетки-хозяина или композиции, как описано в настоящем документе.

Субъекты, которые могут быть подвергнуты лечению согласно настоящему изобретению, являются, в целом, субъектами людьми и другими приматами, такими как мартышки и обезьяны, для целей ветеринарной медицины. Другие модели организмов, такие как мыши и крысы, также могут быть подвергнуться лечению в соответствии с настоящим изобретением. В любом из вышеупомянутых вариантов осуществления субъект может быть субъектом человеком. Субъекты могут быть мужского или женского пола и могут быть любого подходящего возраста, включая младенцев, несовершеннолетних, подростков, взрослых и пожилых субъектов.

Считается, что ряд критериев способствует высокому риску тяжелых симптомов или смерти, связанных с инфекцией коронавируса SARS CoV-2. Они включают, но не ограничиваются этим, возраст, род занятий, общее состояние здоровья, ранее существовавшие состояния здоровья и привычки образа жизни. В некоторых вариантах осуществления субъект, получающий лечение в соответствии с настоящим изобретением, содержит один или более факторов риска.

В некоторых вариантах осуществления субъект человек, получающий лечение в соответствии с настоящим изобретением, представляет собой младенца, ребенка, подростка, взрослого среднего возраста или пожилого человека. В некоторых вариантах осуществления субъект человек, получающий лечение в соответствии с настоящим изобретением, моложе 1 года, или ему от 1 до 5 лет, или ему от 5 до 125 лет (например, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115 или 125 лет, включая любой и все возрасты в списке или между указанными возрастами). В некоторых вариантах осуществления возраст субъекта-человека, получающего лечение в соответствии с настоящим изобретением, составляет 0-19 лет, 20-44 года, 45-54 года, 55-64 года, 65-74 года, 75-84 года или 85 лет или старше. Особому риску, как полагают, подвергаются лица среднего и особенно пожилого возраста. В частных вариантах осуществления возраст субъекта-человека составляет 45-54 года, 55-64 года, 65-74 года, 75-84 года или 85 лет или старше. В некоторых вариантах осуществления субъектом человеком является мужчина. В некоторых вариантах осуществления субъект человек является женщина.

В некоторых вариантах осуществления субъект человек, получающий лечение в соответствии с настоящим изобретением, является резидентом дома престарелых или учреждения долгосрочного ухода, является работником хосписа, является медицинским работником или медицинским работником, является сотрудником скорой помощи, является членом семьи или другим человеком, находящемся в близком контакте с субъектом, у которого диагностирована или подозревается инфекция SARS-CoV-2, имеет избыточный вес или клинически ожирение, курит или курил, имеет или имел хроническое обструктивное заболевание легких (COPD), является астматиком (например, имеет умеренную или тяжелую астму), имеет аутоиммунное заболевание или состояние (например, диабет) и/или имеет ослабленную или истощенную иммунную систему (например, в связи со СПИД/ВИЧ-инфекцией (СПИД - синдром инфекции иммунодефицита, ВИЧ - вирус иммунодефицита человека), раком, таким как рак крови, лимфодеплетирующей терапией, такой как химиотерапия, трансплантацей костного мозга или органа, или генетическим иммунным состояние), имеет хроническое заболевание печени, имеет сердечно-сосудистое заболевание, заболевание легких или дефект сердца, работает или иным образом проводит время в непосредственной близости с другими, например, на фабрике, в центре доставки, в больнице и т.п.

В некоторых вариантах осуществления изобретения субъект, получающий лечение в соответствии с настоящим изобретением, получил вакцину против SARS-CoV-2, и вакцина была признана неэффективной, например, в результате поствакцинной инфекции или симптомов у субъекта, в результате клинического диагноза или научных или нормативных критериев.

В некоторых вариантах осуществления лечение осуществляли в качестве профилактики после контакта. В некоторых вариантах осуществления лечение осуществляли субъекту с заболеванием легкой или умеренной степени, который может находиться в амбулаторных условиях. В некоторых вариантах осуществлениях лечение осуществляли субъекту с заболеванием средней или тяжелой степени, например, требующим госпитализации.

Таким образом, типичные пути введения описанных в настоящем документе композиций включают, без ограничения, пероральный, местный, трансдермальный, ингаляционный, парентеральный, сублингвальный, буккальный, ректальный, вагинальный и интраназальный. Термин "парентеральный", как используется в настоящем документе, включает подкожные инъекции, внутривенные, внутримышечные, внутригрудинный инъекции или методики инфузий. В некоторых вариантах осуществления введение включает введение путем, выбранным из перорального, внутривенного, парентерального, внутрижелудочного, внутриплеврального, внутрилегочного, внутриректального, интрадермального, внутрибрюшинного, внутриопухолевого, подкожного, местного, трансдермального, внутричерепного, интратекального, интраназального и внутримышечного введения. В частных вариантах осуществления способ включает пероральное введение субъекту антитела, антигенсвязывающего фрагмента, полинуклеотида, вектора, клетки-хозяина или композиции.

Фармацевтические композиции в соответствии с некоторыми вариантами осуществления настоящего изобретения составлены таким образом, чтобы обеспечить биодоступность содержащихся в ней активных ингредиентов при введении композиции пациенту. Композиции, которые будут вводит субъекту или пациенту, могут иметь форму одной или более единиц дозирования, где, например, таблетка может представлять собой единичную единицу дозирования, и контейнер описанного в настоящем документе антитела или антигенсвязывающего фрагмента в аэрозольной форме может содержать множество дозированных единиц. Реальные способы получения таких дозированных форм известны или очевидны специалистам в данной области; например, см. Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20th Edition (Philadelphia College of Pharmacy and Science, 2000). Композиция, подлежащая введению, в любом случае будет содержать эффективное количество антитела или антигенсвязывающего фрагмента, полинуклеотида, вектора, клетки-хозяина или композиции по настоящему изобретению для лечения заболевания или состояния, представляющего интерес, в соответствии с настоящим изобретением.

Композиция может быть в форме твердого вещества или жидкости. В некоторых вариантах осуществления носитель (носители) являются твердыми частицами, так что композиции находятся, например, в форме таблетки или порошка. Носитель (носители) может быть жидким (жидкими), так что композиции представляют собой, например, масло для полости рта, инъекционную жидкость или аэрозоль, который можно применять, например, при ингаляционном введении. Когда фармацевтическая композиция предназначена для перорального введения, она предпочтительно находится либо в твердой, либо в жидкой форме, где полутвердая, полужидкая, суспензионная и гелевая формы включены в формы, рассматриваемые в настоящем документе как твердые или жидкие.

В качестве твердой композиции для перорального введения фармацевтическая композиция может быть составлена в виде порошка, гранулы, прессованной таблетки, пилюли, капсулы, жевательной резинки, облатки или т. п. Такая твердая композиция обычно содержит один или более инертных разбавителей или съедобных носителей. Кроме того, могут присутствовать одно или более из следующих веществ: связующие вещества, такие как карбоксиметилцеллюлоза, этилцеллюлоза, микрокристаллическая целлюлоза, трагакантовая камедь или желатин; вспомогательные вещества, такие как крахмал, лактоза или декстрины, дезинтегрирующие агенты, такие как альгиновая кислота, альгинат натрия, примогель, кукурузный крахмал и т. п.; смазывающие вещества, такие как стеарат магния или стеротекс; скользящие агенты, такие как коллоидный диоксид кремния; подсластители, такие как сахароза или сахарин; ароматизатор, такой как перечная мята, метилсалицилат или апельсиновый ароматизатор; и краситель. Когда композиция находится в форме капсулы, например, желатиновой капсулы, она может содержать, помимо веществ вышеуказанного типа, жидкий носитель, такой как полиэтиленгликоль или масло.

Композиция может быть в форме жидкости, например, эликсира, сиропа, раствора, эмульсии или суспензии. Жидкость может быть предназначена для перорального введения или для доставки путем инъекции, в качестве двух примеров. Если они предназначены для перорального введения, предпочтительные композиции содержат в дополнение к настоящим соединениям один или более подсластителей, консервантов, красящих веществ/красителей и усилителей вкуса. В композицию, предназначенную для введения путем инъекции могут быть включены одно или более из поверхностно-активного вещества, консерванта, смачивающего агента, диспергирующего агента, суспендирующего агента, буфера, стабилизатора и изотонического агента.

Жидкие фармацевтические композиции, будь то растворы, суспензии или другие подобные формы, могут включать один или несколько из следующих адъювантов: стерильные разбавители, такие как вода для инъекций, физиологический раствор, предпочтительно физиологический раствор, раствор Рингера, изотонический хлорид натрия, жирные масла, такие как синтетические моно- или диглицериды, которые могут служить растворителем или суспендирующей средой, полиэтиленгликоли, глицерин, пропиленгликоль или другие растворители; антибактериальные агенты, такие как бензиловый спирт или метилпарабен; антиоксиданты, такие как аскорбиновая кислота или бисульфит натрия; хелатообразующие агенты, такие как этилендиаминтетрауксусная кислота; буферы, такие как ацетаты, цитраты или фосфаты и агенты для достижения тоничности, такие как хлорид натрия или декстроза. Парентеральный препарат может быть включен в ампулы, одноразовые шприцы или флакон из стекло или пластика с несколькими дозами. Физиологический раствор является предпочтительным адъювантом. Инъецируемая фармацевтическая композиция, предпочтительно, является стерильной.

Жидкая композиция, предназначенная для парентерального или перорального введения, должна содержать количество антитела или антигенсвязывающего фрагмента, как описано в настоящем документе, таким образом, чтобы была получена подходящая дозировка. Как правило, это количество составляет по меньшей мере 0,01% от антитела или антигенсвязывающего фрагмента в композиции. Когда это предназначено для перорального введения, это количество может варьироваться от 0,1 до около 70% от массы композиции. Некоторые пероральные фармацевтические композиции содержат от около 4% до около 75% антитела или антигенсвязывающего фрагмента. В некоторых вариантах осуществления фармацевтические композиции и препараты согласно настоящему изобретению получали таким образом, что парентеральная единица дозирования содержит от 0,01 до 10% по массе антитела или антигенсвязывающего фрагмента перед разведением.

Композиция может быть предназначена для местного введения, и в этом случае носитель может подходящим образом содержать раствор, эмульсию, мазь или гелевую основу. Основа, например, может содержать одно или более из следующего: петролатум, ланолин, полиэтиленгликоли, пчелиный воск, минеральное масло, разбавители, такие как вода и спирт, и эмульгаторы и стабилизаторы. Загустители могут присутствовать в композиции для местного введения. Если композиция предназначена для трансдермального введения, она может включать трансдермальный пластырь или устройство для ионофореза. Фармацевтическая композиция может быть предназначена для ректального введения, в форме, например, суппозитория, который будет растворяться в прямой кишке и высвобождать лекарственное средство. Композиция для ректального введения может содержать маслянистую основу в качестве подходящего не раздражающего вспомогательного вещества. Такие основы включают, без ограничения, ланолин, масло какао и полиэтиленгликоль.

Композиция может содержать различные вещеста, которые модифицируют физическую форму твердой или жидкой единицы дозирования. Например, композиция может включать материалы, которые образуют оболочку покрытия вокруг активных ингредиентов. Вещества, которые образуют оболочку покрытия, обычно являются инертными и могут быть выбраны, например, из сахара, шеллака и других энтеросолюбильных покрывающих агентов. Альтернативно активные ингредиенты могут быть заключены в желатиновую капсулу. Композиция в твердой или жидкой форме может содержать агент, который связывается с антителом или антигенсвязывающим фрагментом согласно настоящему описанию и тем самым способствует доставке соединения. Подходящие агенты, которые могут действовать в этом качестве, включают моноклональные или поликлональные антитела, один или более белков или липосому. Композиция может состоять по существу из единиц дозирования, которые можно вводить в виде аэрозоля. Термин "аэрозоль" используется для обозначения различных систем, начиная с систем коллоидной природы и кончая системами, состоящими из упаковок под давлением. Доставка может осуществляться сжиженным или сжатым газом или с помощью подходящей насосной системы, которая дозирует активные ингредиенты. Аэрозоли могут доставляться в однофазных, двухфазных или трехфазных системах для доставки активного (активныых) ингредиента (ингридиентов). Доставка аэрозоля включает необходимый контейнер, активаторы, клапаны, субконтейнеры и т. п., которые вместе могут образовывать набор. Специалист в данной области техники без излишних экспериментов может определить предпочтительные аэрозоли.

Следует понимать, что композиции по настоящему изобретению также охватывают молекулы-носители для полинуклеотидов, как описано в настоящем документе (например, липидные наночастицы, платформы доставки в наноразмерном масштабе и т. п.).

Фармацевтические композиции могут быть получены с помощью методики, хорошо известной в данной области техники. Например, композиция, предназначенная для введения путем инъекции, может быть получена путем комбинирования композиции, которая содержит антитело, его антигенсвязывающий фрагмент или конъюгат антитела, как описано в настоящем документе, и, необязательно, одну или более солей, буферов и/или стабилизаторов, со стерильной дистиллированной водой с образованием раствора. Поверхностно-активное вещество может быть добавлено для облегчения образования гомогенного раствора или суспензии. Поверхностно-активные вещества представляют собой соединения, которые нековалентно взаимодействуют с пептидной композицией таким образом, чтобы облегчить растворение или гомогенную суспензию антитела или его антигенсвязывающего фрагмента в водной системе доставки.

В целом, подходящая доза и схема лечения обеспечивают композицию (композиции) в количестве, достаточном для обеспечения терапевтического и/или профилактического эффекта (такого, как описано в настоящем документе, включая улучшенный клинический исход (например, снижение частоты, продолжительности или тяжести диареи или связанного с ней обезвоживания, или воспаления, или более длительной безрецидивной и/или общей выживаемости, или уменьшение тяжести симптомов). Для профилактического применения доза должна быть достаточной для предотвращения, задержки возникновения или уменьшения тяжести заболевания, связанного с заболеванием или расстройством. Профилактический эффект композиций, вводимых в соответствии со способами, описанными в настоящем документе, может быть определена путем выполнения доклинических (включая исследования на животных in vitro и in vivo) и клинических исследований и анализа данных, полученных из них, с помощью соответствующих статистических, биологических и клинических способов и методик, все из которых могут быть легко осуществлены специалистом в данной области техники.

Композиции вводили в эффективном количестве (например, для лечения инфекции SARS-CoV-2), которое будет варьироваться в зависимости от множества факторов, включая активность конкретного применяемого соединения; метаболическую стабильность и продолжительность действия соединения; возраст, массу тела, общее состояние здоровья, пол и диету субъекта; режим и время введения; скорость выведения; комбинацию лекарственного средства; тяжесть конкретного расстройства или состояния; и субъект, проходящий терапию. В некоторых вариантах осуществления настоящего изобретения при последующем введении лекарственных средств в соответствии с составами и способами согласно настоящему изобретению у субъектов будет наблюдаться снижение одного или более симптомов, связанных с заболеванием или расстройством, подлежащим лечению, на от около 10% до около 99% по сравнению с субъектами, получающими плацебо, или другими подходящими контрольными субъектами.

Как правило, терапевтически эффективная суточная доза антитела или антигенсвязывающего фрагмента составляет (для млекопитающего весом 70 кг) от около 0,001 мг/кг (т.е.0,07 мг) до около 100 мг/кг (т.е. 7,0 г); предпочтительно терапевтически эффективная доза составляет (для млекопитающего весом 70 кг) от около 0,01 мг/кг (т.е.0,7 мг) до около 50 мг/кг (т.е.3,5 г); более предпочтительно терапевтически эффективная доза составляет (для млекопитающего весом 70 кг) от около 1 мг/кг (т.е.70 мг) до около 25 мг/кг (т.е.1,75 г). Для полинуклеотидов, векторов, клеток-хозяев и связанных композиций по настоящему изобретению терапевтически эффективная доза может отличаться от дозы для антитела или антигенсвязывающего фрагмента.

В некоторых вариантах осуществления способ включает введение антитела, антигенсвязывающего фрагмента, полинуклеотида, вектора, клетки-хозяина или композиции субъекту в количестве 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 раз или более.

В некоторых вариантах осуществления способ включает введение антитела, антигенсвязывающего фрагмента или композиции субъекту множество раз, где второе или последовательное введение осуществляли через около 6, около 7, около 8, около 9, около 10, около 11, около 12, около 24, около 48, около 74, около 96 часов или более после первого или предыдущего введения, соответственно.

В некоторых вариантах осуществления способ включает введение антитела, антигенсвязывающего фрагмента, полинуклеотида, вектора, клетки-хозяина или композиции по меньшей мере один раз до инфицирования субъекта SARS-CoV-2.

Композиции, содержащие антитело, антигенсвязывающий фрагмент, полинуклеотид, вектор, клетку-хозяина или композицию по настоящему изобретению, также можно вводить одновременно, до или после введения одного или более других терапевтических средств. Такая комбинированная терапия может включать введение одной фармацевтической лекарственной формы, которая содержит соединение по изобретению и один или более дополнительных активных агентов, а также введение композиций, содержащих антитело или антигенсвязывающий фрагмент по изобретению и каждый активный агент в своей отдельной лекарственной форме. Например, антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, как описано в настоящем документе, и другой активный агент можно вводить пациенту вместе в одной пероральной лекарственной композиции, такой как таблетка или капсула, или каждый агент вводили в отдельных пероральных лекарственных формах. Аналогичным образом, антитело или антигенсвязывающий фрагмент, как описано в настоящем документе, и другой активный агент могут быть введены субъекту вместе в одной парентеральной лекарственной композиции, такой как физиологический раствор или другой физиологически приемлемый раствор, или каждый агент может быть введен в отдельных парентеральных лекарственных формах. В тех случаях, когда используются отдельные лекарственные формы, композиции, содержащие антитело или антигенсвязывающий фрагмент и один или более дополнительных активных агентов, могут быть введены по существу в одно и то же время, то есть одновременно, или в разное время, то есть последовательно и в любом порядке; предполагается, что комбинированная терапия включает все эти схемы.

В некоторых вариантах осуществления настоящего изобретения предлагается комбинированная терапия, которая содержит одно или более антител к SARS-CoV-2 (или одну или более нуклеиновых кислот, клеток-хозяев, векторов или композиций) по настоящему изобретению и один или более противовоспалительных средств и/или один или более противовирусных средств. В конкретных вариантах осуществления один или более противовоспалительных средств включает кортикостероид, такой как, например, дексаметазон, преднизон или т. п. В некоторых вариантах осуществления один или более противовоспалительных средств включает антагонист цитокина, такой как, например, антитело, которое связывается с IL6 (IL -интерлейкин) (таким как силтуксимаб), или с IL-6R (рецептор IL-6) (таким как тоцилизумаб), или с IL-1β, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, FGF (фактор роста фибробластов), G-CSF (колониестимулирующий фактор гранулоцитов), GM-CSF (гранулоцитарно-макрофагальный колониестимулирующий фактор), IFN-γ (интерферон γ), IP-10 (интерферон-γ-индуцируемый белок 10), MCP-1 (моноцитарный хемоатрактантный белок), MIP-1A (MIP -макрофагальный белок воспаления), MIP1-B, PDGR (тромбоцитарный фактор роста), TNF-α (фактор некроза опухоли α) или VEGF (фактор роста эндотелия сосудов). В некоторых вариантах осуществления применяли противовоспалительные средства, такие как руксолитиниб и/или анакинра. В некоторых вариантах осуществления один или более противовирусных средств содержат нуклеотидные аналоги или пролекарства нуклетидных аналогов, такие как, например, ремдесивир, софосбувир, ацикловир и зидовудин. В частных вариантах осуществления противовирусное средство включает лопинавир, ритонавир, фавипиравир или любую их комбинацию. В некоторых вариантах осуществления комбинированная терапия включает леронлимаб. Противовоспалительные средства для применения в комбинированной терапии по настоящему изобретению также включают нестероидные противовоспалительные средства (NSAID). Следует понимать, что в такой комбинированной терапии одно или более антител (или одна или более нуклеиновых кислот, клеток-хозяев, векторов или композиций) и одно или более противовоспалительных средств и/или одно или более противовирусных средств могут быть введены в любом порядке и в любой последовательности или вместе.

В некоторых вариантах осуществления антитело (или одна или более нуклеиновых кислот, клеток-хозяев, векторов или композиций) вводили субъекту, который ранее получал один или более противовоспалительных средств и/или один или более противовирусных средств. В некоторых вариантах осуществления один или более противовоспалительных средств и/или один или более противовирусных средств вводили субъекту, которому ранее вводили антитело (или одну или более нуклеиновых кислот, клеток-хозяев, векторов или композиций).

В некоторых вариантах осуществления настоящего изобретения предлагается комбинированная терапия, которая содержит два или более антител против SARS-CoV-2 по настоящему изобретению. Способ может включать введение первого антитела субъекту, который получил второе антитело, или может включать введение двух или более антител вместе. Например, в частных вариантах осуществления предложен способ, который включает введение субъекту (а) первого антитела или антигенсвязывающего фрагмента, когда субъект получил второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент; (b) второго антитела или антигенсвязывающего фрагмента, когда субъект получил первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент; или (с) первого антитела или антигенсвязывающего фрагмента и второго антитела или антигенсвязывающего фрагмента.

В связанном аспекте предлагаются применения описанных в настоящем документе антител, антигенсвязывающих фрагментов, векторов, клеток-хозяев и композиций.

В некоторых вариантах осуществления предлагается антитело, антигенсвязывающий фрагмент, полинуклеотид, вектор, клетка-хозяин или композиция для применения в способе лечения инфекции SARS-CoV-2 у субъекта.

В некоторых вариантах осуществления данного изобретения предлагается антитело, антигенсвязывающий фрагмент или композиция для применения в способе изготовления или получения лекарственного средства для лечения инфекции SARS-CoV-2 у субъекта.

Настоящее изобретение также относится к следующим вариантам осуществления.

Вариант осуществления 1. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1 (область 1, определяющая комплементарность тяжелой цепи), CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1 (область 1, определяющая комплементарность легкой цепи), CDRL2 и CDRL3, где:

(i) CDRH1 содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в любой из SEQ ID NO:106, 2, 56, 64, 80, 88, 96, 156, 179, 195 или 240, или ее варианта последовательности, содержащего одну, две или три аминокислотные замены, одна или более из которых необязательно представляет собой консервативную замену и/или является заменой аминокислоты, кодируемой зародышевой линией;

(ii) CDRH2 содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в любой из SEQ ID NO:121, 3, 16-22, 57, 65, 81, 89, 97, 107, 122-126, 157, 180, 197, 199 или 241, или ее варианта последовательности, содержащего одну, две или три аминокислотные замены, одна или более из которых необязательно представляет собой консервативную замену и/или является заменой аминокислоты, кодируемой зародышевой линией;

(iii) CDRH3 содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в любой из SEQ ID NO:108, 4, 25, 26, 58, 66, 82, 90, 98, 104, 127, 128, 158, 181, 201, 203 или 242, или ее варианта последовательности, содержащего одну, две или три аминокислотные замены, одна или более из которых необязательно представляет собой консервативную замену и/или является заменой аминокислоты, кодируемой зародышевой линией;

(iv) CDRL1 содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в любой из SEQ ID NO:169, 6, 51-54, 60, 68, 73, 74, 84, 92, 100, 110, 160, 183, 235 или 244, или ее варианта последовательности, содержащего одну, две или три аминокислотные замены, одна или более из которых необязательно представляет собой консервативную замену и/или является заменой аминокислоты, кодируемой зародышевой линией;

(v) CDRL2 содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в любой из SEQ ID NO:170, 7, 61, 69, 85, 93, 101, 111, 161, 184, 236 или 245, или ее варианта последовательности, содержащего одну, две или три аминокислотные замены, одна или более из которых необязательно представляет собой консервативную замену и/или является заменой аминокислоты, кодируемой зародышевой линией; и/или

(vi) CDRL3 содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в любой из SEQ ID NO:171, 8, 62, 70, 77, 78, 86, 94, 102, 112, 151-154, 162, 185, 237 или 246, или ее варианта последовательности, содержащего одну, две или три аминокислотные замены, одна или более из которых необязательно представляет собой консервативную замену и/или является заменой аминокислоты, кодируемой зародышевой линией,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с поверхностным гликопротеином (S) SARS-CoV-2, экспрессируемом на клеточной поверхности клетки-хозяина, на вирионе SARS-CoV-2 или на обоих.

Вариант осуществления 2. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 1, способное нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 на модели инфекции in vitro и/или на животной модели инфекции in vivo и/или у человека.

Вариант осуществления 3. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1 или 2, содержащее аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:

(i) 106, 121, 108, 169, 170 и 171, соответственно;

(ii) 2-4 и 6-8 или 235-237, соответственно;

(iii) 2, любой из 16-22, 4 и 6-8 или 235-237, соответственно;

(iv) 2, 3, любой из 25-26 и 6-8 или 235-237, соответственно;

(v) 2-4, 51, 7 или 236 и 8 или 237, соответственно;

(vi) 2-4, 52, 7 или 236 и 8 или 237, соответственно;

(vii) 2-4, 53, 7 или 236 и 8 или 237, соответственно;

(viii) 2-5, 54, 7 или 236 и 8 или 237, соответственно;

(ix) 56-58 и 60-62 соответственно;

(x) 64-66 и 68-70 соответственно;

(xi) 64-66, 73 или 74, 69 и 70 соответственно;

(xii) 64-66, 68, 69 и 77 или 78 соответственно;

(xiii) 80-82 и 84-86 соответственно;

(xiv) 88-90 и 92-94, соответственно;

(xv) 96-98 и 101-102 соответственно;

(xvi) 96, 97, 104 и 100-102, соответственно;

(xvii) 106-108 и 169-171, соответственно;

(xviii) 106, любой из 121-126, 108 и 169-171, соответственно;

(xix) 106, 107, 127 или 128 и 169-171, соответственно;

(xx) 106, 107 или любой из 121-126, 108 и 169-171, соответственно;

(xxi) 156-158 и 160-162, соответственно;

(xxii) 106, 123, 127 и 169-171, соответственно;

(xxiii) 2, 17, 25, 6 или 235 или любой из 51-54, 7 или 236 и 8 или 237, соответственно;

(xxiv) 2, 20, 25, 6 или 235 или любой из 51-54, 7 или 236 и 8 или 237, соответственно;

(xxv) 179-181 и 183-185, соответственно;

(xxvi) 195, 180, 181 и 183-185, соответственно;

(xxvii) 195, 197, 181 и 183-185 соответственно;

(xxviii) 195, 199, 181 и 183-185 соответственно;

(xxiv) 195, 197, 201 и 183-185, соответственно;

(xxx) 195, 197, 203 и 183-185 соответственно;

(xxxi) 195, 199, 201 и 183-185, соответственно;

(xxxii) 195, 199, 203 и 183-185 соответственно;

(xxxiii) 179, 180, 181 и 183-185, соответственно;

(xxxiv) 179, 197, 181 и 183-185, соответственно;

(xxxv) 179, 199, 181 и 183-185, соответственно;

(xxxvi) 179, 197, 201 и 183-185, соответственно;

(xxxvii) 179, 197, 203 и 183-185, соответственно;

(xxxviii) 179, 199, 201 и 183-185, соответственно;

(xxxix) 179, 199, 203 и 183-185, соответственно;

(xxxx) 179, 180, 201 и 183-185, соответственно;

(xxxxi) 179, 180, 203 и 183-185, соответственно; или

(xxxxii) 240-242 и 244-246, соответственно.

Вариант осуществления 4. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-3, содержащее:

(i) аминокислотную последовательность CDRH1, представленную в SEQ ID NO:106;

(ii) аминокислотную последовательность CDRH2, представленную в SEQ ID NO:121, SEQ ID NO:107, SEQ ID NO:122, SEQ ID NO:123, SEQ ID NO:124, SEQ ID NO:125, или SEQ ID NO:126;

(iii) аминокислотную последовательность CDRH3, представленную в SEQ ID NO:108, SEQ ID NO:127 или SEQ ID NO:128;

(iv) аминокислотную последовательность CDRL1, представленную в SEQ ID NO:169;

(v) аминокислотную последовательность CDRL2, представленную в SEQ ID NO:170; и

(vi) аминокислотную последовательность CDRL3, представленную в SEQ ID NO:171,

где, необязательно, антитело или антигенсвязывающий фрагмент содержит аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в:

(a) SEQ ID NO:106, 121, 108, 169, 170 и 171, соответственно;

(b) SEQ ID NO:106, 121, 127, 169, 170 и 171, соответственно;

(c) SEQ ID NO:106, 121, 128, 169, 170 и 171, соответственно;

(d) SEQ ID NO:106, 107, 108, 169, 170 и 171, соответственно;

(e) SEQ ID NO:106, 107, 127, 169, 170 и 171, соответственно;

(f) SEQ ID NO:106, 107, 128, 169, 170 и 171, соответственно;

(g) SEQ ID NO:106, 122, 108, 169, 170 и 171, соответственно;

(h) SEQ ID NO:106, 122, 127, 169, 170 и 171, соответственно;

(i) SEQ ID NO:106, 122, 128, 169, 170 и 171, соответственно;

(j) SEQ ID NO:106, 123, 108, 169, 170 и 171, соответственно;

(k) SEQ ID NO:106, 123, 127, 169, 170 и 171, соответственно;

(l) SEQ ID NO:106, 123, 128, 169, 170 и 171, соответственно;

(m) SEQ ID NO:106, 124, 108, 169, 170 и 171, соответственно;

(n) SEQ ID NO:106, 124, 127, 169, 170 и 171, соответственно;

(o) SEQ ID NO:106, 124, 128, 169, 170 и 171, соответственно;

(p) SEQ ID NO:106, 125, 108, 169, 170 и 171, соответственно;

(q) SEQ ID NO:106, 125, 127, 169, 170 и 171, соответственно;

(r) SEQ ID NO:106, 125, 128, 169, 170 и 171, соответственно;

(s) SEQ ID NO:106, 126, 108, 169, 170 и 171, соответственно;

(t) SEQ ID NO:106, 126, 127, 169, 170 и 171, соответственно; или

(u) SEQ ID NO:106, 126, 128, 169, 170 и 171, соответственно.

Вариант осуществления 5. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий аминокислотную последовательность CDRH1, представленную в SEQ ID NO:106, аминокислотную последовательность CDRH2, представленную в SEQ ID NO:121, и аминокислотную последовательность CDRH3, представленную в SEQ ID NO:108, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий аминокислотную последовательность CDRL1, представленную в SEQ ID NO:169, аминокислотную последовательность CDRL2, представленную в SEQ ID NO:170, и аминокислотную последовательность CDRL3, представленную в SEQ ID NO:171,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с поверхностным гликопротеином (S) SARS-CoV-2, экспрессируемым на клеточной поверхности клетки-хозяина, на вирионе или на обоих.

Вариант осуществления 6. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 5, способное нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 на модели инфекции in vitro и/или на животной модели инфекции in vivo и/или у человека.

Вариант осуществления 7. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-6, содержащее:

(i) VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 85% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO:113, 1, 9-15, 23, 24, 27, 28-46, 55, 63, 79, 87, 95, 103, 105, 114-120, 129-146, 155, 172, 176-178, 194, 196, 198, 200, 202, 239 и 267, где изменение по сравнению с эталонной аминокислотной последовательностью VH, при его наличии, необязательно ограничено одной или более каркасными областями, и/или изменение содержит одну или более замен аминокислоты, кодируемой зародышевой линией; и/или

(ii) VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 85% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO:168, 5, 47-50, 59, 67, 71-72, 75, 76, 83, 91, 99, 109, 147-150, 159, 182, 190, 234 и 243, где изменение по сравнению с эталонной аминокислотной последовательностью VH, при его наличии, необязательно ограничено одной или более каркасными областями, и/или изменение содержит одну или более замен аминокислоты, кодируемой зародышевой линией.

Вариант осуществления 8. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществлений 1-7, где VH содержит или состоит из любой аминокислотной последовательности VH, представленной в Таблице 2, и где VL содержит или состоит из любой аминокислотной последовательности VL, представленной в Таблице 2, где, необязательно, VH и VL содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:

(i) 113 и 168, соответственно;

(ii) 1 и 5 или 234, соответственно;

(iii) любой из 9-15 и 5 или 234, соответственно;

(iv) 23 или 24 и 5 или 234, соответственно;

(v) 27 и 5 или 234, соответственно;

(vi) любой из 28-46 и 5 или 234, соответственно;

(vii) 1 и любой из 47-50, соответственно;

(viii) любой из 9-15 и любой из 47-50, соответственно;

(ix) 23 или 24 и любой из 47-50, соответственно;

(x) 27 и любой из 47-50, соответственно;

(xi) любой из 28-46 и любой из 47-50, соответственно;

(xii) 55 и 59, соответственно;

(xiii) 63 и 67, соответственно;

(xiv) 63 и 71 или 72, соответственно;

(xv) 63 и 75 или 76, соответственно;

(xvi) 79 и 83, соответственно;

(xvii) 87 и 91, соответственно;

(xviii) 95 и 99, соответственно;

(xix) 103 и 99, соответственно;

(xx) 105 и 168, соответственно;

(xxi) любой из 114-120 или 267 и 168, соответственно;

(xxii) 129 и 168, соответственно;

(xxiii) любой из 130-146 и 168, соответственно;

(xxiv) 105 и любой из 147-150, соответственно;

(xxv) любой из 113-120 и любой из 147-150, соответственно;

(xxvi) любой из 130-146 и любой из 147-150, соответственно;

(xxvii) 155 и 159, соответственно;

(xxviii) 172 и 168, соответственно;

(xxix) 176 или 177 и 5 или 234 или любой из 47-50, соответственно;

(xxx) 178 и 182 или 190, соответственно;

(xxxi) 194 и 182 соответственно;

(xxxii) 196 и 182, соответственно;

(xxxiii) 198 и 182, соответственно;

(xxxiv) 200 и 182, соответственно;

(xxxv) 202 и 182, соответственно; или

(xxxvi) 239 и 243, соответственно.

Вариант осуществления 9. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL), где VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:113, и VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 10. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL), где VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в любой из SEQ ID NO:105, 114-120, 129-146, 172 и 267, и VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 11. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL), где VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:79, и VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:83.

Вариант осуществления 12. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:80-82, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:84-86, соответственно,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с поверхностным гликопротеином (S) SARS-CoV-2, экспрессируемым на клеточной поверхности клетки-хозяина, на вирионе SARS-CoV-2 или на обоих.

Вариант осуществления 13. Выделенное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL), где VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:105, и VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 14. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:106-108, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:169-171, соответственно,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с поверхностным гликопротеином (S) SARS-CoV-2, экспрессируемым на клеточной поверхности клетки-хозяина, на вирионе SARS-CoV-2 или на обоих.

Вариант осуществления 15. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL), где VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:178, и VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:182 или SEQ ID NO:190.

Вариант осуществления 16. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:179-181, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:183-185, соответственно,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с поверхностным гликопротеином (S) SARS-CoV-2, экспрессируемым на клеточной поверхности клетки-хозяина, на вирионе SARS-CoV-2 или на обоих.

Вариант осуществления 17. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-16, которое:

(i) распознает эпитоп в мотиве связывания рецептора (RBM) ACE2 (SEQ ID NO:167) SARS-CoV-2;

(ii) способно блокировать взаимодействие между SARS-CoV-2 (например, RBM SARS-CoV-2) и ACE2;

(ii) способно связываться с S-белком SARS-CoV-2 с большей авидностью, чем с S-белком коронавируса SARS;

(iii) распознает эпитоп, который сохраняется в ACE2 RBM SARS-CoV-2 и в ACE2 RBM коронавируса SARS;

(vi) обладает перекрестной реактивностью в отношении SARS-CoV-2 и коронавируса SARS;

(vii) распознает эпитоп в поверхностном гликопротеине SARS-CoV-2, который не входит в RBM ACE2,

или

(viii) любая комбинация (i)-(vii).

Вариант осуществления 18. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-17, способное ингибировать взаимодействие между SARS-CoV-2 и любым одним или более из DC-SIGN, L-SIGN и SIGLEC-1.

Вариант осуществления 19. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-18, способное ингибировать взаимодействие между SARS-CoV-2 и любым одним или более из: DC-SIGN; L-SIGN; SIGLEC-1; CD22; CD33; CLEC4M, SIGLEC-16; SIGLEC-15; SIGLEC-14; SIGLEC-12; SIGLEC-11; SIGLEC-10; SIGLEC-9; SIGLEC-8; SIGLEC-7; SIGLEC-6; SIGLEC-5 или любой их комбинации.

Вариант осуществления 20. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-19, которое представляет собой изотип IgG, IgA, IgM, IgE или IgD.

Вариант осуществления 21. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-20, которое представляет собой изотип IgG, выбранный из IgG1, IgG2, IgG3 и IgG4.

Вариант осуществления 22. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-21, которое является человеческим, гуманизированными или химерными.

Вариант осуществления 23. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-22, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент включает антитело человека, моноклональное антитело, очищенное антитело, одноцепочечное антитело, Fab, Fab', F(ab')2, Fv, scFv или scFab.

Вариант осуществления 24. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 23, где scFab содержит:

(i) аминокислотную последовательность, представленную в любой из SEQ ID NO:218-219 и 226-227;

(ii) VL, содержащий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:168, и VH, содержащий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 105 или SEQ ID NO:113; или

(iii) CDRH1, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 106, CDRH2, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:107 или 121, CDRH3, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:108, CDRL1, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:169, CDRL2, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:170, и CDRL3, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:171.

Вариант осуществления 25. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 23, где scFv содержит:

(i) аминокислотную последовательность, представленную в любой из SEQ ID NO:220-221 или 228-229;

(ii) VL, содержащий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:168, и VH, содержащий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO: 105 или SEQ ID NO:113; или

(iii) CDRH1, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:106, CDRH2, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:107 или 121, CDRH3, содержащкю аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:108, CDRL1, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:169, CDRL2, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:170, и CDRL3, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:171.

Вариант осуществления 26. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 25, где scFv содержит более одного домена VH и более одного домена VL.

Вариант осуществления 27. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 26, где scFv содержит:

(i) аминокислотную последовательность, представленную в любой из SEQ ID NO:222-225 или SEQ ID NO:230-233;

(ii) два домена VL, каждый из которых содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:168, и два домена VH, каждый из которых содержит аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:105 или SEQ ID NO:113; или

(iii) два домена VL, каждый из которых содержит CDRL1, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:169, CDRL2, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:170, и CDRL3, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:171, и два домена VH, каждый из которых содержит CDRH1, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:106, CDRH2, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:107 или 121, CDRH3, содержащую аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:108.

Вариант осуществления 28. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-27, где что антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляет собой полиспецифическое антитело или антигенсвязывающий фрагмент.

Вариант осуществления 29. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 28, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляет собой биспецифическое антитело или антигенсвязывающий фрагмент.

Вариант осуществления 30. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 28 или 29, содержащее:

(i) первый VH и первый VL; и

(ii) второй VH и второй VL,

где первый VH и второй VH являются различными, и каждый независимо содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 85% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO:113, 1, 9-15, 23, 24, 27-46, 55, 63, 79, 87, 95, 103, 105, 114-120, 129-146, 155, 172, 176-178, 194, 196, 198, 200, 202, 239 и 267,

где первый VL и второй VL являются различными, и каждый независимо содержит аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере 85% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в любой из SEQ ID NO:168, 5, 47-50, 59, 67, 71, 72, 75, 76, 83, 91, 99, 109, 147-150, 159, 182, 190, 234 и 243;

и где первый VH и первый VL вместе образуют первый антигенсвязывающий сайт, и где второй VH и второй VL вместе образуют второй антигенсвязывающий сайт.

Вариант осуществления 31. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-30, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент дополнительно содержит полипептид Fc или его фрагмент.

Вариант осуществления 32. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 31, где полипептид Fc или его фрагмент содержит:

(i) мутацию, усиливающую связывание с FcRn по сравнению с эталонным полипептидом Fc, который не содержит мутацию; и/или

(ii) мутацию, усиливающую связывание с FcγR по сравнению с эталонным полипептидом Fc, который не содержит мутации.

Вариант осуществления 33. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 32, где мутация, усиливающая связывание с FcRn, включает: M428L; N434S; N434H; N434A; N434S; M252Y; S254T; T256E; T250Q; P257I; Q311I; D376V; T307A; E380A или любую их комбинацию.

Вариант осуществления 34. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 32 или 33, где мутация, усиливающая связывание с FcRn, включает:

(i) M428L/N434S;

(ii) M252Y/S254T/T256E;

(iii) T250Q/M428L;

(iv) P257I/Q311I;

(v) P257I/N434H;

(vi) D376V/N434H;

(vii) T307A/E380A/N434A или

(viii) любую комбинацию (i)-(vii).

Вариант осуществления 35. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из варианту осуществления 32-34, где мутация, усиливающая связывание с FcRn, включает M428L/N434S.

Вариант осуществления 36. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 32-35, где мутация, усиливающая связывание с FcγR, включает S239D; I332E; A330L; G236A или любую их комбинацию.

Вариант осуществления 37. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 32-36, где мутация, усиливающая связывание с FcγR, включает:

(i) S239D/I332E;

(ii) S239D/A330L/I332E;

(iii) G236A/S239D/I332E или

(iv) G236A/A330L/I332E.

Вариант осуществления 38. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-37:

которое содержит мутацию, которая изменяет гликозилирование, где мутация, которая изменяет гликозилирование, включает N297A, N297Q или N297G; и/или

которое является агликозилированным и/или афукозилированным.

Вариант осуществления 39. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 31-38, где полипептид Fc содержит мутацию L234A и мутацию L235A.

Вариант осуществления 40. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-39, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с S-белком SARS-CoV-2, как измерено с помощью биослойной интерферометрии.

Вариант осуществления 41. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 40, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с S-белком SARS-CoV-2 с KD (константа диссоциации) менее чем около 4,5×10^-9 M, например, менее чем 4,5×10^-9 M.

Вариант осуществления 42. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 40 или 41, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с S-белком SARS-CoV-2 с KD менее чем около 1,0×10^-10 M, например, менее чем 1,0×10^-10 M.

Вариант осуществления 43. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 40-42, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с S-белком SARS-CoV-2 с KD менее чем около 1,0×10^-11 M, например, менее чем 1,0×10^-11 M.

Вариант осуществления 44. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 40-43, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с S-белком SARS-CoV-2 с KD менее чем около 1×10^-12 M, например, менее чем 1×10^-12 M.

Вариант осуществления 45. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-44, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 и/или нейтрализовать инфекцию клетки-мишени с IC50 от около 16 до около 20 мкг/мл.

Вариант осуществления 46. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-45, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 и/или нейтрализовать инфекцию клетки-мишени с IC50 от около 0,3 до около 0,4 мкг/мл или от около 3 до около 4 нМ.

Вариант осуществления 47. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-46, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно индуцировать антителозависимую клеточно-опосредованную цитотоксичность (ADCC) и/или антителозависимый клеточный фагоцитоз (ADCP) против клетки-мишени, инфицированной SARS-CoV-2.

Вариант осуществления 48. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 40-47, где Fab антитела или антигенсвязывающего фрагмента способен связываться с S-белком SARS-CoV-2 с KD 2,0×10-9 или менее, 1,9×10^-9 или менее или 1,8×10^-9 или менее.

Вариант осуществления 49. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-48, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 и не конкурирует с человеческим ACE2 за связывание с S-белком SARS-CoV-2,

где, необязательно, нейтрализация включает нейтрализацию инфекции на модели инфекции in vitro.

Вариант осуществления 50. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-49, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 с IC50 3,0 нМ, 3,1 нМ, 3,2 нМ, 3,3 нМ, 3,4 нМ, 3,5 нМ, 3,6 нМ, 3,7 нМ, 3,8 нМ, 3,9 нМ или 4,0 нМ.

Вариант осуществления 51. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 47-50, где индуцирование ADCC включает активацию естественной клетки-киллера, которая содержит вариант V158 FcγRIIIa, естественной клетки-киллера, которая содержит вариант F158 FcγRIIIa, или и то, и другое.

Вариант осуществления 52. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 47-51, где ADCP включает вовлечение FcγRIIa и/или FcγRIIIa, экспрессируемых на поверхности фагоцитарной клетки, такой как моноцит, макрофаг или дендритная клетка.

Вариант осуществления 53. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которое конкурирует за связывание с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2 с антителом или антигенсвязывающим фрагментом по любому из вариантов осуществления 1-52, где, необязательно, антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно ингибировать взаимодействие между SARS-CoV-2 и любым одним или более из DC-SIGN, L-SIGN и SIGLEC-1.

Вариант осуществления 54. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которое конкурирует за связывание с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2 с антителом S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) и/или антителом S303 (VH SEQ ID NO:63; VL SEQ ID NO:67), где, необязательно, антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно ингибировать взаимодействие между SARS-CoV-2 и любым одним или более из DC-SIGN, L-SIGN и SIGLEC-1.

Вариант осуществления 55. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которое конкурирует за связывание с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2 с антителом S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:81) и/или антителом S315 (VH SEQ ID NO:178; VL SEQ ID NO:182).

Вариант осуществления 56. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-55, способное связываться с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2, когда поверхностный гликопротеин SARS-CoV-2 содержится в префузионном тримере.

Вариант осуществления 57. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-56, способное связываться с рецептор-связывающим доменом (RBD) поверхностного гликопротеина SARS-CoV-2, когда RBD гликозилирован и/или дегликозилирован, где связывание определяют с использованием поверхностного плазмонного резонанса (SPR), где необязательно:

(1) SPR проводят с использованием прибора Biacore T200 с использованием кинетического подхода с одним циклом, дополнительно необязательно с 3-минутным периодом введения и 20-минутным периодом диссоциации;

(2) антитело или антигенсвязывающий фрагмент захватывают на поверхности;

(3) RBD присутствует в концентрации, составляющей 0,8 нМ, 3,1 нМ, 12,5 нМ, 50 нМ или 200 нМ;

(4) антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с гликозилированным RBD с KD, составляющей около 2,0 нМ, около 1,9 нМ, около 1,8 нМ, около 1,7 нМ, около 1,6 нМ, около 1,5 нМ, около 1,4 нМ, около 1,3 нМ, около 1,2 нМ, около 1,1 нМ, около 1,0 нМ, около 0,9 нМ, около 0,8 нМ, около 0,7 нМ, около 0,6 нМ, около 0,5 нМ, около 0,4 нМ или около 0,3 нМ, или с KD, составляющей 0,4±0,05 нМ, или с KD, составляющей 0,45±0,05 нМ, или с KD, составляющей 0,5±0,05 нМ, или с KD, составляющей 0,6±0,05 нМ, или с KD, составляющей 0,7±0,05 нМ, или с KD, составляющей 1,7±0,05 нМ; и/или

(5) антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с дегликозилированным RBD с KD, составляющей около 37,0 нМ, около 8,0 нМ, около 2,0 нМ, около 1,9 нМ, около 1,8 нМ, около 1,7 нМ, около 1,6 нМ, около 1,5 нМ, около 1,4 нМ, около 1,3 нМ, около 1,2 нМ, около 1,1 нМ, около 1,0 нМ или около 0,9 нМ, или с KD, составляющей 37,0±0,05 нМ, или с KD, составляющей 8,0±0,05 нМ, или с KD, составляющей 1,0±0,05 нМ, или с KD, составляющей 0,9±0,05 нМ, или с KD, составляющей 1,3±0,05 нМ, или с KD, составляющей 1,8±0,05 нМ, или с KD, составляющей 1,7±0,05 нМ.

Вариант осуществления 58. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-57, способное нейтрализовать инфекцию, вызванную SARS-CoV-2, в клетке легкого человека, где, необязательно, клетка легкого человека включает клетку Calu-3 (клеточная линия рака легкого человека), где, дополнительно, необязательно, антитело или антигенсвязывающий фрагмент имеет IC50 нейтрализации, составляющую около 97 нг/мл.

Вариант осуществления 59. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-58, способное связываться с компонентом комплемента C1q человека, где необязательно связывание с C1q определяют с помощью биослойной интерферометрии (BLI), такой как с использованием прибора Octet.

Вариант осуществления 60. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-59, способное ингибировать слияние клеток, опосредованное поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2.

Вариант осуществления 61. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-60, которое не вызывает опосредованного антителом усиления репликации SARS-CoV-2 в мононуклеарной клетке периферической крови (PBMC), или дендритной клетке, полученных от донора человека.

Вариант осуществления 62. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-61, содержащее:

(i) CH1-CH3, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:173 или 175; и/или

(ii) CL, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:174 или SEQ ID NO:193.

Вариант осуществления 63. Выделенное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий аминокислотную последовательность области, определяющей комплементарность (CDR) H1, представленную в SEQ ID NO:106, аминокислотную последовательность CDRH2, представленную в SEQ ID NO:121, и аминокислотную последовательность CDRH3, представленную в SEQ ID NO:108, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий аминокислотную последовательность CDRL1, представленную в SEQ ID NO:169, аминокислотную последовательность CDRL2, представленную в SEQ ID NO:170, и аминокислотную последовательность CDRL3, представленную в SEQ ID NO:171,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с поверхностным гликопротеином (S) SARS-CoV-2, экспрессируемым на клеточной поверхности клетки-хозяина, на вирионе SARS-CoV-2 или на обоих.

Вариант осуществления 64. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из варианту осуществления 1-63, способное связываться с поверхностным гликопротеином (S):

(i) SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 (SEQ ID NO:165);

ii) SARS-CoV-2 B.1.1.7;

iii) SARS-CoV-2 B.1.351;

(iv) SARS-CoV-2, содержащего любую одну или более из следующих мутаций по типу замены относительно SEQ ID NO:165: N501Y; S477N; N439K; L452R; E484K; Y453F; A520S; K417N; K417V; S494P; N501T; S477R; V367F; P384L; A522S; A522V; V382L; P330S; T478I; S477I; P479S; или

(v) любой комбинации (i)-(iv).

Вариант осуществления 65. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 63 или 64, способное нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2:

(i) на модели инфекции in vitro;

(ii) на животной модели инфекции in vivo;

(iii) у человека; или

(iv) любой комбинацией (i)-(iii).

Вариант осуществления 66. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 63-65, где:

(i) VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 85% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:113; и/или

(ii) VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 85% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 67. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 63-66, где:

(i) VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 90% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:113; и/или

(ii) VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 90% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 68. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 63-67, где:

(i) VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 95% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:113; и/или

(ii) VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 95% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 69. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 63-68, где:

(i) VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 99% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:113; и/или

(ii) VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 99% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 70. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 63-69, способное ингибировать взаимодействие между:

(i) SARS-CoV-2 и человеческой DC-SIGN;

(ii) SARS-CoV-2 и человеческой L-SIGN;

(iii) SARS-CoV-2 и человеческим SIGLEC-1; или

(iv) любой комбинацией (i)-(iii).

Вариант осуществления 71. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 63-70, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент включает антитело человека, моноклональное антитело, очищенное антитело, одноцепочечное антитело, Fab, Fab', F(ab')2, Fv, scFv или scFab.

Вариант осуществления 72. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 63-71, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент дополнительно содержит полипептид Fc или его фрагмент.

Вариант осуществления 73. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 63-72, которое представляет собой изотип IgG, IgA, IgM, IgE или IgD.

Вариант осуществления 74. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 72 или 73, где полипептид Fc или его фрагмент содержит:

(i) мутацию, которая усиливает связывание с FcRn по сравнению с эталонным полипептидом Fc, который не содержит мутацию; и/или

(ii) мутацию, которая усиливает связывание с FcγR по сравнению с эталонным полипептидом Fc, который не содержит мутацию.

Вариант осуществления 75. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 74, где мутация, усиливающая связывание с FcRn, включает:

(i) M428L/N434S;

(ii) M252Y/S254T/T256E;

(iii) T250Q/M428L;

(iv) P257I/Q311I;

(v) P257I/N434H;

(vi) D376V/N434H;

(vii) T307A/E380A/N434A или

(viii) любую комбинацию (i)-(vii).

Вариант осуществления 76. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 75, где мутация, усиливающая связывание с FcRn, включает M428L/N434S.

Вариант осуществления 77. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 74-76, где мутация, усиливающая связывание с FcγR, включает S239D, I332E, A330L, G236A или любую их комбинацию.

Вариант осуществления 78. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 74, где мутация, усиливающая связывание с FcRn, включает:

(i) S239D/I332E;

(ii) S239D/A330L/I332E;

(iii) G236A/S239D/I332E; или

(iv) G236A/A330L/I332E.

Вариант осуществления 79. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 63-78, дополнительно содержащее CH1-CH3, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:265 или 266.

Вариант осуществления 80. Выделенное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH) и вариабельный домен легкой цепи (VL), где VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:113, и VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 81. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 80, способное нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2:

(i) на модели инфекции in vitro;

(ii) на животной модели инфекции in vivo;

(iii) у человека; или

(iv) любой комбинации (i)-(iii).

Вариант осуществления 82. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 80 или 81, способное ингибировать взаимодействие между:

i) SARS-CoV-2 и человеческой DC-SIGN;

ii) SARS-CoV-2 и человеческой L-SIGN;

iii) SARS-CoV-2 и человеческим SIGLEC-1; или

(iv) любой комбинацией (i)-(iii).

Вариант осуществления 83. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 80-82, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент дополнительно содержит полипептид Fc или его фрагмент.

Вариант осуществления 84. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 80-83, которое представляет собой изотип IgG, IgA, IgM, IgE или IgD.

Вариант осуществления 85. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из варианту осуществления 83 или 84, где полипептид Fc или его фрагмент содержит:

(i) мутацию, которая усиливает связывание с FcRn по сравнению с эталонным полипептидом Fc, который не содержит мутацию; и/или

(ii) мутацию, которая усиливает связывание с FcγR по сравнению с эталонным полипептидом Fc, который не содержит мутацию.

Вариант осуществления 86. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 85, где мутация, усиливающая связывание с FcRn, включает:

(i) M428L/N434S;

(ii) M252Y/S254T/T256E;

(iii) T250Q/M428L;

(iv) P257I/Q311I;

(v) P257I/N434H;

(vi) D376V/N434H;

(vii) T307A/E380A/N434A или

(viii) любую комбинацию (i)-(vii).

Вариант осуществления 87. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 86, где мутация, усиливающая связывание с FcRn, включает M428L/N434S.

Вариант осуществления 88. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 85-87, где мутация, усиливающая связывание с FcγR, включает S239D, I332E, A330L, G236A или любую их комбинацию.

Вариант осуществления 89. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 88, где мутация, усиливающая связывание с FcγR, включает:

(i) S239D/I332E;

(ii) S239D/A330L/I332E;

(iii) G236A/S239D/I332E или

(iv) G236A/A330L/I332E.

Вариант осуществления 90. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 80-89, дополнительно содержащее CH1-CH3, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:265 или 266.

Вариант осуществления 91. Выделенное антитело, которое содержит:

(i) тяжелую цепь, содержащую (i)(1) VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:113, и (i)(2) CH1-CH3, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:173; и

(ii) легкую цепь, содержащую (ii)(1) VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 168, и (ii)(2) CL, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:174.

Вариант осуществления 92. Выделенное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, способное связываться с поверхностным гликопротеином (S) SARS-CoV-2 и ингибировать взаимодействие между SARS-CoV-2 и человеческой DC-SIGN, человеческой L-SIGN, человеческим SIGLEC-1 или любой их комбинацией.

Вариант осуществления 93. Выделенное антитело, которое содержит:

(i) тяжелую цепь, содержащую (i)(1) VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:113, и (i)(2) CH1-CH3, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:175; и

(ii) легкую цепь, содержащую (ii)(1) VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 168, и (ii)(2) CL, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:174.

Вариант осуществления 94. Выделенное антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий аминокислотную последовательность области, определяющей комплементарность (CDR) H1, представленную в SEQ ID NO:106, аминокислотную последовательность CDRH2, представленную в SEQ ID NO:121, и аминокислотную последовательность CDRH3, представленную в SEQ ID NO:108, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий аминокислотную последовательность CDRL1, представленную в SEQ ID NO:169, аминокислотную последовательность CDRL2, представленную в SEQ ID NO:170, и аминокислотную последовательность CDRL3, представленную в SEQ ID NO:171,

где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно связываться с поверхностным гликопротеином (S) SARS-CoV-2, экспрессируемым на клеточной поверхности клетки-хозяина, на вирионе SARS-CoV-2 или на обоих.

Вариант осуществления 95. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 94, способное нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2:

(i) на модели инфекции in vitro;

(ii) на животной модели инфекции in vivo;

(iii) у человека; или

(iv) любой комбинации (i)-(iii).

Вариант осуществления 96. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 94 или 95, где:

(i) VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 85% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:113; и/или

(ii) VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, имеющей по меньшей мере 85% идентичности с аминокислотной последовательностью, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 97. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-96, где VH содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:113, и VL содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 98. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-97, которое:

(i) способно связываться с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2 с большей авидностью, чем с S-белком коронавируса SARS;

(ii) обладает перекрестной реактивностью в отношении SARS-CoV-2 и коронавируса SARS;

(iii) распознает эпитоп в поверхностном гликопротеине SARS-CoV-2, который не входит в RBM ACE2; или

(iv) любая комбинация (i)-(iii).

Вариант осуществления 99. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-98, которое представляет собой изотип IgG, IgA, IgM, IgE или IgD и предпочтительно представляет собой изотип IgG, выбранный из IgG1, IgG2, IgG3 и IgG4.

Вариант осуществления 100. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-99:

(i) которое является человеческим, гуманизированным или химерным;

(ii) где антитело или антигенсвязывающий фрагмент включает антитело человека, моноклональное антитело, очищенное антитело, одноцепочечное антитело, Fab, Fab', F(ab')2, Fv, scFv или scFab; и/или

(iii) где антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляет собой полиспецифическое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, где, необязательно, антигенсвязывающий фрагмент представляет собой биспецифическое антитело или антигенсвязывающий фрагмент.

Вариант осуществления 101. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-100, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент дополнительно содержит полипептид Fc или его фрагмент.

Вариант осуществления 102. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 101, где полипептид Fc или его фрагмент содержит:

(1) мутацию, усиливающую связывание с FcRn по сравнению с эталонным полипептидом Fc, который не содержит мутацию, где необязательно мутация, усиливающаяет связывание с FcRn, включает M428L, N434S, N434H, N434A, N434S, M252Y, S254T, T256E, T250Q, P257I, Q311I, D376V, T307A, E380A или любую их комбинацию, где дополнительно необязательно мутация, усиливающая связывание с FcRn, включает: (i) M428L/N434S; (ii) M252Y/S254T/T256E; (iii) T250Q/M428L; (iv) P257I/Q311I; (v) P257I/N434H; (vi) D376V/N434H; (vii) T307A/E380A/N434A; или (viii) любую комбинацию (i)-(vii) и/или

(2) мутацию, усиливающую связывание с FcγR по сравнению с эталонным полипептидом Fc, который не содержит мутацию, где необязательно мутация, усиливающая связывание с FcγR, включает S239D, I332E, A330L, G236A или любую их комбинацию, где дополнительно необязательно, мутация, усиливающая связывание с FcγR, включает: (i) S239D/I332E; (ii) S239D/A330L/I332E; (iii) G236A/S239D/I332E; или (iv) G236A/A330L/I332E.

Вариант осуществления 103. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 102, где мутация, усиливающая связывание с FcRn, включает M428L/N434S, и/или мутация, усиливающая связывание с FcγR, включает G236A/A330L/I332E.

Вариант осуществления 104. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-103, содержащее:

(i) CH1-CH3, имеющую 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с SEQ ID NO:173 или 175; и/или

(ii) CL, содержащую аминокислотную последовательность, имеющую 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичности с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO:174.

Вариант осуществления 105. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-104, которое содержит мутацию, изменяющую гликозилирование антитела или антигенсвязывающего фрагмента, где мутация, изменяющая гликозилирование антитела или антигенсвязывающего фрагмента, включает N297A, N297Q или N297G, и/или где антитело или антигенсвязывающий фрагмент является агликозилированным и/или афукозилированным.

Вариант осуществления 106. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 94-105, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2 с KD менее чем около 4,5×10^-9 М, менее чем около 5×10^-9 М, менее чем около 1×10^-10 М, менее чем около 5×10^-10 М, менее чем около 1×10^-11 М, менее чем около 5×10^-11 М или менее чем около 1×10^-12 М, как измерено с помощью биослойной интерферометрии, где необязательно антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2 с KD менее чем 1×10^-12 М, как измерено с помощью биослойной интерферометрии (например, путем иммобилизации антитела или его антигенсвязывающего фрагмента на сенсорах и погружения сенсоров в лунки, содержащие различные концентрации SARS-CoV-2 или RBD, регистрируя кинетику связывания антитела во время фазы ассоциации, после чего сенсоры погружаются в буфер, не наблюдая отделяя кинетики антитела SARS-CoV-2 или RD во время фазы диссоциации.Биосенсоры белка A (Pall ForteBio) можно использовать для иммобилизации рекомбинантных антител при 2,7 мкг/мл в течение 1 минуты, после этапа гидратации в течение 10 минут с помощью буфера для кинетического анализа (KB; 0,01% BSA (бычий сывороточный альбумин) без эндотоксинов, 0,002^ Tween-20 (твин), 0,005% NaN3 в PBS). Кривые ассоциации могут быть зарегестрированы в течение 5 минут путем инкубации сенсоров, покрытых антителами, с различными концентрациями RBD SARS-CoV-1 (Sino Biological) или RBD SARS-CoV-2 (полученный собственными силами в клетках Expi-CHO; остатки 331-550 спйк-белка из BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019, кат. № MN908947). Исследованная концентрация SARS-CoV-2 или RBD может составлять 10 мкг/мл, затем серийно разбавлятьтся 1:2,5 . Диссоциацию можно зарегистрировать в течение 9 минут, перемещая сенсоры в лунки, содержащие KB. Аффинности, представленные значениями KD, могут быть рассчитаны с использованием глобальной модели соответствия (Octet). Использовалось оборудование Octet Red96 (ForteBio).

Вариант осуществления 107. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-106, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно индуцировать антителозависимую клеточно-опосредованную цитотоксичность (ADCC) и/или антителозависимый клеточный фагоцитоз (ADCP) против клетки-мишени, инфицированной SARS-CoV-2,

где необязательно индуцирующая ADCC включает активацию естественной клетки-киллера, которая содержит вариант FcγRIIIa V158, естественной клетки-киллера, которая содержит вариант FcγRIIIa F158, или и то и другое, и/или индуцирующая ADCP включает вовлечение FcγRIIa, экспрессируемого на поверхности фагоцитарной клетки, такой как моноцит, макрофаг или дендритная клетка.

Вариант осуществления 108. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-107, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент представляет собой Fab, и Fab способен связываться с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2 с KD 2,0×10^-9 M или менее, 1,9×10^-9 M или менее или 1,8×10^-9 M или менее, как измерено с помощью биослойной интерферометрии.

Вариант осуществления 109. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-108, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 и не конкурирует с человеческим ACE2 за связывание с S-белком SARS-CoV-2.

Вариант осуществления 110. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, которое конкурирует за связывание с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2 с антителом или антигенсвязывающим фрагментом по любому из вариантов осуществления 94-109.

Вариант осуществления 111. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-110, способное связываться с поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2, когда поверхностный гликопротеин SARS-CoV-2 содержится в префузионном тримере.

Вариант осуществления 112. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-111, способное связываться с рецептор-связывающим доменом (RBD) поверхностного гликопротеина SARS-CoV-2, когда RBD гликозилирован и/или дегликозилирован, где связывание определяют с использованием поверхностного плазмонного резонанса (SPR), где необязательно:

(1) SPR проводят с использованием прибора Biacore T200 с использованием кинетического подхода с одним циклом, дополнительно необязательно с 3-минутным периодом введения и 20-минутным периодом диссоциации;

(2) антитело или антигенсвязывающий фрагмент захватывают на поверхности;

(3) RBD присутствует в концентрации, составляющей 0,8 нМ, 3,1 нМ, 12,5 нМ, 50 нМ или 200 нМ;

(4) антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с гликозилированым RBD с KD, составляющей около 0,6 нМ, около 0,5 нМ, около 0,4 нМ или около 0,3 нМ, или с KD, составляющей 0,3±0,05 нМ, или с KD, составляющей 0,4±0,05 нМ, или с KD, составляющей 0,45±0,05 нМ, или с KD, составляющей 0,5±0,05 нМ, или с KD, составляющей 0,6±0,05 нМ; и/или

(5) антитело или антигенсвязывающий фрагмент связывается с дегликозилированным RBD с KD, составляющей около 1,6 нМ, около 1,5 нМ, около 1,4 нМ, около 1,3 нМ, около 1,2 нМ, около 1,1 нМ, около 1,0.

Вариант осуществления 113. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-112, способное нейтрализовать инфекцию, вызванную SARS-CoV-2, в клетке легкого человека, где, необязательно, клетка легкого человека включает клетку Calu-3, где, дополнительно, необязательно, антитело или антигенсвязывающий фрагмент имеет IC50 нейтрализации, составляющую около 97 нг/мл.

Вариант осуществления 114. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-113, способное связываться с компонентом комплемента C1q человека, где необязательно связывание с C1q определяют с помощью биослойной интерферометрии (BLI), такой как с использованием прибора Octet.

Вариант осуществления 115. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-114, способное ингибировать слияние клеток, опосредованное поверхностным гликопротеином SARS-CoV-2.

Вариант осуществления 116. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-115, которое не вызывает опосредованного антителом усиления репликации SARS-CoV-2 в мононуклеарной клетке периферической крови (PBMC) или дендритной клетке, полученной от донора человека.

Вариант осуществления 117. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-116, способное ингибировать взаимодействие между:

i) SARS-CoV-2 и человеческой DC-SIGN;

ii) SARS-CoV-2 и человеческой L-SIGN;

iii) SARS-CoV-2 и человеческим SIGLEC-1; или

(iv) любой комбинацией (i)-(iii).

Вариант осуществления 118. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-117, способное связываться с поверхностным гликопротеином:

(i) SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 (SEQ ID NO:165);

(ii) SARS-CoV-2 B.1.1.7;

(iii) SARS-CoV-2 B.1.351;

(iv) SARS-CoV-2, содержащего любую одну или более из следующих мутаций по типу замены относительно SEQ ID NO:165: N501Y; S477N; N439K; L452R; E484K; Y453F; A520S; K417N; K417V; S494P; N501T; S477R; V367F; P384L; A522S; A522V; V382L; P330S; T478I; S477I; P479S; или

(v) любой комбинации (i)-(iv).

Вариант осуществления 119. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-118, где антитело или антигенсвязывающий фрагмент способно нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 с IC50 3,0 нМ, 3,1 нМ, 3,2 нМ, 3,3 нМ, 3,4 нМ, 3,5 нМ, 3,6 нМ, 3,7 нМ, 3,8 нМ, 3,9 нМ или 4,0 нМ.

Вариант осуществления 120. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-119, содержащее:

(i) тяжелую цепь, содержащую (i)(1) VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:113, и (i)(2) CH1-CH3, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:173; и

(ii) легкую цепь, содержащую (ii)(1) VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 168, и (ii)(2) CL, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:174.

Вариант осуществления 121. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-120, содержащее:

(i) тяжелую цепь, содержащую (i)(1) VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:113, и (i)(2) CH1-CH3, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:175; и

(ii) легкую цепь, содержащую (ii)(1) VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 168, и (ii)(2) CL, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:174.

Вариант осуществления 122. Выделенное антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 94-121, содержащее CH1-CH3, содержащую или состоящую из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:265 или 266.

Вариант осуществления 123. Выделенный полинуклеотид, кодирующий антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-122 или кодирующий VH, тяжелую цепь, VL и/или легкую цепь антитела или антигенсвязывающего фрагмента.

Вариант осуществления 124. Выделенный полинуклеотид по варианту осуществления 123, где полинуклеотид содержит дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК) или рибонуклеиновую кислоту (РНК), где РНК необязательно включает матричную РНК (мРНК).

Вариант осуществления 125. Выделенный полинуклеотид по варианту осуществления 123 или 124, который является кодон-оптимизированным для экспрессии в клетке-хозяине.

Вариант осуществления 126. Выделенный полинуклеотид по любому из вариантов осуществления 123-125, содержащий полинуклеотид, имеющий по меньшей мере 50% идентичности с полинуклеотидной последовательностью, представленной в любой одной или более из SEQ ID NO:186-189, 191-192, 238, 247, 248-255 и 257-262.

Вариант осуществления 127. Выделенный полинуклеотид по любому из вариантов осуществления 123-126, содержащий полинуклеотидную последовательность, представленную в любой одной или более из SEQ ID NO:249, 250 и 257-262.

Вариант осуществления 128. Рекомбинантный вектор, содержащий полинуклеотид по любому из вариантов осуществления 123-127.

Вариант осуществления 129. Клетка-хозяин, содержащая полинуклеотид по любому из вариантов осуществления 123-127 и/или вектор по варианту осуществления 128, где полинуклеотид является гетерологичным по отношению к клетке-хозяину.

Вариант осуществления 130. В-клетка человека, содержащая полинуклеотид по любому из вариантов осуществления 123-129, где полинуклеотид является гетерологичным по отношению к В-клетке человека и/или где В-клетка человека является иммортализованной.

Вариант осуществления 131. Композиция, содержащая

(i) антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-122;

(ii) полинуклеотид по любому из вариантов осуществления 123-127;

(iii) рекомбинантный вектор по варианту осуществления 128;

(iv) клетку-хозяина по варианту осyществления п. 129; и/или

(v) В-клетку человека по варианту осуществление 130

и фармацевтически приемлемое вспомогательное вещество, носитель или разбавитель.

Вариант осуществления 132. Композиция по варианту осуществления 131, содержащая два или более антитела или антигенсвязывающих фрагментов по любому из вариантов осуществления 1-122.

Вариант осуществления 133. Композиция по варианту осуществления 132, содержащая:

(i) первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:79, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:83; и

(ii) второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:105, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 134. Композиция по варианту осуществления 132, содержащая:

(i) первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:80-82, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:84-86, соответственно, и

(ii) второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:106-108, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:169-171, соответственно.

Вариант осуществления 135. Композиция по варианту осуществления 132, содержащая:

(i) первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:178, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:182 или SEQ ID NO:190; и

(ii) второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:105, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:168.

Вариант осуществления 136. Композиция по варианту осуществления 135, содержащая:

(i) первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:179-181, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:183-185, соответственно; и

(ii) второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:106-108, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:169-171, соответственно.

Вариант осуществления 137. Композиция по варианту осуществления 132, содержащая:

(i) первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:178, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:182 или SEQ ID NO:190; и

(ii) второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащие VH, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:63, и VL, содержащий или состоящий из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO:67, любой из SEQ ID NO:71-71 или любой из SEQ ID NO:75-76.

Вариант осуществления 138. Композиция по варианту осуществления 132, содержащая:

(i) первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:179-181, соответственно, и CDRL1, CDRL2 и CDRL3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:183-185, соответственно; и

(ii) второе антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее вариабельный домен тяжелой цепи (VH), содержащий CDRH1, CDRH2 и CDRH3, и вариабельный домен легкой цепи (VL), содержащий CDRL1, CDRL2 и CDRL3, где CDRH1, CDRH2 и CDRH3 содержат или состоят из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:64-66, соответственно, CDRL1 содержит или состоит из аминокислотных последовательностей, представленных в любой из SEQ ID NO:68, SEQ ID NO:73 или SEQ ID NO:74, CDRL2 содержит или состоит из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:69, и CDRL3 содержит или состоит из аминокислотных последовательностей, представленных в SEQ ID NO:70, SEQ ID NO:77 или SEQ ID NO:78.

Вариант осуществления 139. Композиция, содержащая (i) антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 8 или 9 и (ii) антитело или антигенсвязывающий фрагмент по варианту осуществления 10 или 11, где композиция способна нейтрализовать инфекцию SARS-CoV-2 с IC50 от около 0,07 до около 0,08 мкг/мл.

Вариант осуществления 140. Композиция, содержащая полинуклеотид по любому из вариантов осуществления 123-127, инкапсулированный в молекулу-носитель, где молекула-носитель необязательно включает липид, носитель, полученный из липида, такой как липосома, твердая липидная наночастица, маслянистая суспензия, субмикронная липидная эмульсия, липидный микропузырь, обратная липидная мицелла, кохлеарная липосома, липидная микротрубочка, липидный микроцилиндр, липидная наночастица (LNP) или наноразмерная платформа.

Вариант осуществления 141. Способ лечения инфекции SARS-CoV-2 у субъекта, включающий введение указанному субъекту эффективного количества:

(i) антитела или антигенсвязывающего фрагмента по любому из вариантов осуществления 1-122;

(ii) полинуклеотида по любому из вариантов осуществления 123-127;

(iii) рекомбинантного вектора по варианту осуществления 128;

(iv) клетки-хозяина по варианту осyществления п. 129;

(v) В-клетки человека по варианту осуществлениея 130 и/или

(vi) композиции по любому из вариантов осуществления 131-140.

Вариант осуществления 142. Способ ингибирования инфекции SARS-CoV-2 у субъекта, включающий введение указанному субъекту эффективного количества:

(i) антитела или антигенсвязывающего фрагмента по любому из вариантов осуществления 1-122;

(ii) полинуклеотида по любому из вариантов осуществления 123-127;

(iii) рекомбинантного вектора по варианту осуществления 128;

(iv) клетки-хозяина по варианту осyществления п. 129;

(v) В-клетки человека по варианту осуществлениея 130 и/или

(vi) композиции по любому из вариантов осуществления 131-140.

Вариант осуществления 143. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-122, полинуклеотид по любому из вариантов осуществления 123-127, рекомбинантный вектор по варианту осуществления 128, клетка-хозяин по варианту осуществления 129, В-клетка человека по вариантов осуществления 130 и/или композиция по любому из вариантов осуществления 131-140 для применения в способе лечения инфекции SARS-CoV-2 у субъекта.

Вариант осуществления 144. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-122, полинуклеотид по любому из вариантов осуществления 123-127, рекомбинантный вектор по варианту осуществления 128, клетка-хозяин по варианту осуществления 129, В-клетка человека по варианту осуществления 130 и/или композиция по любому из вариантов осуществления 131-140 для применения в способе ингибирования инфекции SARS-CoV-2 у субъекта.

Вариант осуществления 145. Антитело или антигенсвязывающий фрагмент по любому из вариантов осуществления 1-122, полинуклеотид по любому из вариантов осуществления 123-127, рекомбинантный вектор по варианту осуществления 128, клетка-хозяин по варианту осуществления 129, В-клетка человека по варианту осуществления 130 и/или композиция по любому из вариантов осуществления 131-140 в получении лекарственного средства для лечения инфекции SARS-CoV-2 у субъекта.

Вариант осуществления 146. Способ диагностики инфекции SARS-CoV-2 in vitro, включающий:

(i) приведение в контакт образца, полученного от субъекта, с антителом или антигенсвязывающим фрагментом по любому из вариантов осуществления 1-122 и

(ii) обнаружение комплекса, содержащего антиген и антитело или содержащего антиген и антигенсвязывающий фрагмент.

Вариант осуществления 147. Способ по варианту осуществления 146, где образец содержит кровь, выделенную из субъекта.

Вариант осуществления 148. Комбинация или композиция, содержащая:

(i) антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее

(i)(a) аминокислотную последовательность CDRH1 GYPFTSYG, аминокислотную последовательность CDRH2 ISTYNGNT или ISTYQGNT, аминокислотную последовательность CDRH3 ARDYTRGAWFGESLIGGFDN; аминокислотную последовательность CDRL1 или QTVSSTS, аминокислотную последовательность CDRL2 GAS и аминокислотную последовательность CDRL3 QHDTSLT; или

(i)(b) аминокислотную последовательность VH, содержащую или состоящую из QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYNGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS

или содержащую или состоящую из QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYPFTSYGISWVRQAPGQGLEWMGWISTYQGNTNYAQKFQGRVTMTTDTSTTGYMELRRLRSDDTAVYYCARDYTRGAWFGESLIGGFDNWGQGTLVTVSS,

и аминокислотную последовательность VL, содержащую или состоящую из EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQTVSSTSLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQHDTSLTFGGGTKVEIK;

и

(ii) антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее

(ii)(a) аминокислотные последовательности VH и VL, представленные в SEQ ID NO:79 и 83, соответственно;

(ii)(b) аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:80-82 и 84-86, соответственно;

(ii)(c) аминокислотные последовательности VH и VL, представленные в SEQ ID NO:178, или 194, или 196, или 198, или 200, или 202 и 182 или 190, соответственно; или

(ii)(d) аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:179 или 195, 180, или 197, или 199, 181, 201 или 203 и 183-185, соответственно.

Вариант осуществления 149. Способ предотвращения, или лечения, или нейтрализации коронавирусной инфекции у субъекта, включающий введение субъекту комбинации или композиции по варианту осуществления 148, где, необязательно, антитело или антигенсвязывающий фрагмент (i) и антитело или антигенсвязывающий фрагмент (ii) вводят параллельно, одновременно или последовательно.

Вариант осуществления 150. Способ предотвращения, или лечения, или нейтрализации коронавирусной инфекции у субъекта, включающий введение субъекту, который получил первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее:

(a) аминокислотные последовательности VH и VL, представленные в SEQ ID NO:79 и 83, соответственно; или

(b) аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:80-82 и 84-86, соответственно;

и второго антитела или антигенсвязывающего фрагмента, содержащего:

(a) аминокислотную последовательность VH, представленную в SEQ ID NO:105 или 113 и аминокислотную последовательность VL, представленную в SEQ ID NO: 168; или

(b) аминокислоты CDRH1, CDRH2 и CDRH3, представленные в SEQ ID NO: 106-108, соответственно, или SEQ ID NO:106, 121 и 108, соответственно, и аминокислотные последовательности CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:169-171, соответственно.

Вариант осуществления 151. Способ предотвращения, или лечения, или нейтрализации коронавирусной инфекции у субъекта, включающий введение субъекту, который получил первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее:

(a) аминокислотную последовательность VH, представленную в SEQ ID NO:105 или 113 и аминокислотную последовательность VL, представленную в SEQ ID NO: 168; или

(b) аминокислоты CDRH1, CDRH2 и CDRH3, представленные в SEQ ID NO: 106-108, соответственно, или SEQ ID NO:106, 121 и 108, соответственно, и аминокислотные последовательности CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:169-171, соответственно;

и второго антитела или антигенсвязывающего фрагмента, содержащеего:

(a) аминокислотные последовательности VH и VL, представленные в SEQ ID NO:79 и 83, соответственно; или

(b) аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:80-82 и 84-86, соответственно.

Вариант осуществления 152. Способ предотвращения, или лечения, или нейтрализации коронавирусной инфекции у субъекта, включающий введение субъекту, который получил первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее:

(a) аминокислотные последовательности VH и VL, представленные в SEQ ID NO:178, или 194, или 196, или 198, или 200, или 202 и 182 или 190, соответственно; или

(b) аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:179, или 195, 180, или 197, или 199, 181, 201 или 203 и 183-185, соответственно.

и второго антитела или антигенсвязывающего фрагмента, содержащего:

(a) аминокислотную последовательность VH, представленную в SEQ ID NO:105 или 113 и аминокислотную последовательность VL, представленную в SEQ ID NO: 168; или

(b) аминокислоты CDRH1, CDRH2 и CDRH3, представленные в SEQ ID NO: 106-108, соответственно, или SEQ ID NO:106, 121 и 108, соответственно, и аминокислотные последовательности CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:169-171, соответственно.

Вариант осуществления 153. Способ предотвращения, или лечения, или нейтрализации коронавирусной инфекции у субъекта, включающий введение субъекту, который получил первое антитело или антигенсвязывающий фрагмент, содержащее:

(a) аминокислотную последовательность VH, представленную в SEQ ID NO:105 или 113 и аминокислотную последовательность VL, представленную в SEQ ID NO: 168; или

(b) аминокислоты CDRH1, CDRH2 и CDRH3, представленные в SEQ ID NO: 106-108, соответственно, или SEQ ID NO:106, 121 и 108, соответственно, и аминокислотные последовательности CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:169-171, соответственно;

и второго антитела или антигенсвязывающего фрагмента, содержащеего:

(a) аминокислотные последовательности VH и VL, представленные в SEQ ID NO:178, или 194, или 196, или 198, или 200, или 202 и 182 или 190, соответственно; или

(b) аминокислотные последовательности CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 и CDRL3, представленные в SEQ ID NO:179 или 195, 180, или 197, или 199, 181, 201 или 203 и 183-185, соответственно.

Примеры

Пример 1

Моноклональные антитела человека, которые связывают спайк-белок SARS-CoV-2

В-клетки донора с предыдущей инфекцией SARS-CoV отсортировали и иммортализовали EBV (вирус Эпштейна - Барр) и подвергали скринингу в 384-луночных планшетах (способ, описанный в европейском патенте EP1597280B1, который включен в настоящий документ посредством ссылки).

Через две недели после иммортализации супернатанты иммортализованных В-клеток тестировали на связывание антитела со спайк-белком SARS-CoV-2 ("S") с помощью способа проточной цитометрии. Вкратце, клетки ExpiCHO трансфицировали S-белком SARS-CoV-2 (штамм BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019) или пустой плазмидой в качестве отрицательного контроля. Были идентифицированы четырнадцать моноклональных антител, которые связывают SARS-CoV-2 S, и были названы как SARS-CoV-2 S300 через SARS-CoV-2 S312 и SARS-CoV-2 S315 соответственно. Данные связывания для SARS-CoV-2 S300 через SARS-CoV-2 S310 показаны на фиг. 4A и 4B (на этих фигурах антитела обозначены как «S300»-«S310» соответственно). Графики, демонстрирующие положительное связывание, обозначены рамками.

Аминокислотные последовательности 3 областей, определяющих комплементарность тяжелой цепи (CDR) и легкой цепи (L) CDR3 некоторых из этих антител, наряду с процентной идентичностью последовательностей гена вариабельной области зародышевой линии (IMGT; imgt.org), представлены в таблице 3.

Пример 2

Связывание антител с RBD SARS-CoV-2 с использованием Octet

Биосенсоры стрепавидина (Pall ForteBio) использовали для иммобилизации антитела к Strep Tag II при 3 мкг/мл (клон 5A9F9, биотин, LabForce AG, Muttenz CH) после этапа гидратации в течение 10 минут с кинетическим буфером (KB; 0,01% BSA без эндотоксинов, 0,002^ Tween-20, 0,005% NaN3 в PBS). Затем RBD SARS-CoV-2 с Strep Tag II (полученный собственными силами) загружали в течение 6 мин в концентрации 4 мкг/мл в KB. Антитела из супернатанта В-клеток оставляли ассоциироваться в течение 1620 секунд (27 минут). Для наблюдения за диссоциацией сенсоры перемещали из раствора антитела в KB и контролировали диссоциацию антител.

"S303" mAb содержит аминокислотные последовательности S303-v1 VH и VL, представленные в таблице 2 (SEQ ID NO:63 и 67, соответственно). "S309" mAb содержит аминокислотные последовательности S309-v1 VH и S309-v13 VL, представленные в таблице 2 (SEQ ID NO: 105 и 168, соответственно). Аллели, кодирующие SEQ ID NO:109 и 147-150 из B-клетки S309, определяли как непродуктивные; SEQ ID NO:168 представляет собой продуктивный аллель.

Сравнение кривых связывания для мАт S303 и S309 с RBD SARS-CoV-2 (фиг. 1A и 1B) указывает на то, что S303 имеет как более высокую скорость ассоциации, так и более высокую скорость диссоциации, чем S309, что позволяет предположить, что S309 может связываться с RBD SARS-CoV-2 с более высокой аффинностью.

Пример 3

Оценка связывания антител с RBD SARS-CoV-2 и SARS-CoV-1 с использованием Octet

Если контекст явно не указывает на иное (например, что антитела присутствовали в супернатанте В-клеток или использовали фрагмент Fab антитела), антитела по настоящему изобретению описаны в этом и последующих примерах как рекомбинантно экспрессированные IgG1 человека, в некоторых случаях с аминокислотными мутациями в Fc, как описано в настоящем документе.

Аффинность связывания трех перекрестно-реактивных рекомбинантных антител к SARS-CoV/SARS-CoV-2 (S303 rIgG1, S304 rIgG1, S309 rIgG1) и двух специфических антител к SARS-CoV-1 (S109 rIgG1, S230 rIgG1) исследовали с помощью биослойной интерферометрии (BLI) с использованием Octet. Аффинность измеряли путем иммобилизации антитела на сенсорах и сенсорах погружения в лунки, содержащие различные концентрации RBD.

Кинетику связывания антитела с RBD регистрировали во время фазы ассоциации, после чего датчики погружали в буфер без антитела для наблюдения кинетики отделения антитела от RBD во время фазы диссоциации. Кратко, биосенсоры белка A (Pall ForteBio) использовали для иммобилизации рекомбинантных антител при 2,7 мкг/мл в течение 1 минуты, после этапа гидратации в течение 10 минут с помощью буфера для кинетического анализа (KB; 0,01% BSA без эндотоксинов, 0,002^ Tween-20, 0,005% NaN3 в PBS). Кривые ассоциации регестрировали в течение 5 минут путем инкубации сенсоров, покрытых антителами, с различными концентрациями RBD SARS-CoV-1 (Sino Biological) или RBD SARS-CoV-2 (полученный собственными силами в клетках Expi-CHO; остатки 331-550 спайк-белка из BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019, кат. № MN908947). Самая высокая протестированная концентрация RBD составляла 10 мкг/мл, затем серийно разбавляли 1:2,5 с. Диссоциацию регистрировали в течение 9 минут, перемещая сенсоры в лунки, содержащие KB. Аффинности, представленные значениями KD, рассчитывали с использованием глобальной модели соответствия (Octet). Использовали оборудование Octet Red96 (ForteBio).

На фиг. 6A-6E показаны кривые ассоциации и диссоциации для антител с использованием наивысшей испытанной концентрации RBD (10 мкг/мл). Переключение с раствора RBD на буфер индицируется вертикальной пунктирной линией. Тестировали три перекрестно-реактивных антитела (S303 rIgG1, S304 rIgG1 (VH с SEQ ID NO:79, VL с SEQ ID NO:73), S309 rIgG1 (VH с SEQ ID NO:105, VL с SEQ ID NO:168) и два специфических антитела к SARS-CoV-1 (S230 и S109). Все антитела продемонстрировали сильное связывание с RBD SARS-CoV-1. S230 и S109 не связывались с RBD SARS-CoV-2. Связывание S303 rIgG1, S304 rIgG1 и S309 rIGg1 с RBD SARS-CoV-2 находилось в диапазоне от наномолярного до субпикомолярного, причем S309 rIgG1 демонстрировал наивысшую аффинность. Значения KD указаны под графиками на фиг. 6A-6E. Значения KD представляют собой оценки (KD составляет менее 1,0×10^-12M), если связывание антител очень сильное, а диссоциация медленная. Точное значение KD для S309 rIgG1 не может быть измерено с помощью этого анализа, поскольку диссоциация была слишком медленной.

Пример 4

Нейтрализация инфекции SARS-CoV-2

Некомпетентные к репликации вирусы, псевдотипированные геном SARS-CoV-2 (изолят BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019; кат. № MN908947), была получена с использованием способов, описанных ранее (Temperton NJ, и др. (2005) Longitudinally profiling neutralizing antibody response to SARS coronavirus with pseudotypes. Emerg Infect Dis 11(3):411-416). Вкратце, клетки HEK293T/17 котрансфицировали S-экспрессирующей плазмидой S-клеточного SARS-CoV-2 (phCMV1, Genlantis) и вектором комплементарного репортерного гена вирусного генома pNL4-3. Luc+E-R+. Для измерения нейтрализации вирионов, кодирующих люциферазу, псевдотипированных S-белком SARS-CoV-2, как описано ранее, использовали одноцикловый анализ инфекционности (Temperton NJ, и др. (2007) A sensitive retroviral pseudotype assay for influenza H5N1-neutralizing antibodies. Influenza Other Respi Viruses 1(3):105-112.). Вкратце, соответствующие разведения супернатантов культуры, содержащих вирион, предварительно инкубировали при 37 °С в течение 1 часа с антителами в различных концентрациях, а затем смеси вируса и mAb добавляли к клеткам Vero E6, которые были посеяны за день до инфекции. Затем клетки лизировали реагентом Steady-Glo (Promega, E2520), и относительные единицы люминесценции (RLU) в клеточных лизатах определяли на микропланшетном ридере с люминометром (Synergy H1 Hybrid Multi-Mode Reader; Biotek). Снижение инфективности определяли путем сравнения RLU в присутствии и отсутствии антитела и выражали в процентах нейтрализации.

Антитела S300-v1 (VH: SEQ ID NO:1; VL: SEQ ID NO:5), S301, S302, S303-v1 (VH SEQ ID NO:63; VL SEQ ID NO:67), S304 (VH SEQ ID NO:79; VL SEQ ID NO:83), S306 (VH SEQ ID NO:87; VL SEQ ID NO:91), S307 (VH SEQ ID NO:239; VL SEQ ID NO:243), S308-v1, S309 (содержащая последовательность VH S309-v1, представленную в SEQ ID NO: 105, и последовательность VL S309-v13, представленную в SEQ ID NO: 168) и S310 тестировали на эффект нейтрализации (таблица 4, фиг. 2A). Антитела SARS-CoV-2 S300-v1 и SARS-CoV-2 S309 нейтрализовали инфекцию SARS-CoV-2 (фиг. 2A и 2B).

Таблица 4. Процент нейтрализации инфекции антителами (серия титрования) Разведение S300 S301 S302 S303 S304 S306 S307 S308 S309 S310 2 93 -31 -47 6 -21 -19 36 -46 65 -4 6 94 10 6 5 25 15 5 19 11 -15 18 75 21 -16 2 -22 -9 2 32 -29 -15 54 -41 7 -60 12 7 6 32 16 14 -6

Дополнительные анализы нейтрализации проводили с использованием плазмы от выживших пациентов после SARS CoV-1 и антител SARS-CoV-2 S309, S311, S312, S303-v1 (rIgG1), S304 (rIgG1), S306 (rIgG1), S310 (rIgG1) и S315 (фиг. 3A-3I). На фиг. 3А показана нейтрализующая активность донорской плазмы SARS-CoV. На фиг. 3B-3D и 3I показана нейтрализующая активность супернатанта из В-клеток, продуцирующих S309, S311, S312 и S315, соответственно. На фиг. 3E-3H показана нейтрализующая активность рекомбинантного антитела в различных концентрациях. Используя этот анализ, супернатант, содержащий антитело S309, S311, S312 или S315, нейтрализует инфекцию SARS-CoV-2.

Дополнительные анализы нейтрализации проводили с использованием антител S303, S304, S306, S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168), S310 и S315. На фиг. 13 показана нейтрализующая активность этих антител в различных концентрациях против MLV, псевдотипированного SARS-CoV-2. В качестве клеток-мишеней использовали DBT-клетки, стабильно трансфицированные ACE2 (DBT-ACE2). На фиг. 34 показана нейтрализующая активность против MLV, псевдотипированного SARS-CoV-1 этими антителами в различных концентрациях. Дополнительные данные нейтрализации для S304, S309, S304 + S309, S315 и S315 + S309 показаны на фиг. 36 и 37.

Пример 5

Нейтрализация инфекции SARS-CoV-2

Оценивали нейтрализующую активность двух кросс-нейтрализующих антител SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2, S304 rIgG1 и S309 (VH: SEQ ID NO:105; VL: SEQ ID NO:168) rIgG1, против вирусов, псевдотипированных SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2pp).

Использовали вирус мышиного лейкоза (MLV), псевдотипированный спайк-белком SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2pp). В качестве клеток-мишеней использовали DBT-клетки, стабильно трансфицированные ACE2 (DBT-ACE2). SARS-CoV-2pp активировали трипсином TPCK (тозилфенилаланилхлорметилкетон) в концентрации 10 мкг/мл. Активированный SARS-CoV-2pp добавляли к серии разведений антител (начиная с конечной концентрации 50 мкг/мл на антитело, 3-кратное разведение). Антитела тестировали в концентрациях от 50 мкг/мл до 0,02 мкг/мл. Для комбинации S304 rIgG1 и S309 rIgG1 начальные концентрации составляли 50 мкг/мл для каждого антитела, то есть общая начальная концентрация антитела составляла 100 мкг/мл. Клетки DBT-ACE2 добавляли к смесям антитело-вирус и инкубировали в течение 48 часов. Люминесценцию измеряли после аспирации супернатанта клеточной культуры и добавления устойчивого субстрата GLO (Promega).

В этом анализе S309 rIgG1 демонстрировал нейтрализацию IC50 инфекции 0,37 мкг/мл, а S304 rIgG1 демонстрировал IC50 приблизительно 17 мкг/мл. Комбинация этих двух антител продемонстрировала IC50 0,077 мкг/мл. См. фиг. 7 и таблицу 5.

Таблица 5. IC50 (мкг/мл) антител S309 S304 S304 + S309 IC50 0,3707 ~16,95 0,07704

Дальнейшие анализы нейтрализации проводили с использованием той же процедуры для рекомбинантных моноклональных антител S309 и S315, по отдельности и в комбинации. В этом анализе S309 демонстрировал IC50 1,091 мкг/мл, а S315 демонстрировал IC50 25,1 мкг/мл. Комбинация обоих этих антител демонстрировала IC50 0,3047 мкг/мл. См. фиг. 23 и таблицу 6.

Таблица 6. IC50 (мкг/мл) антител и комбинации антител S309 + S315 S309 S315 IC50 0,3047 1,091 25,10

Пример 6

Реактивность человеческих моноклональных антител против SARS-CoV и SARS-CoV-2

Реактивность дополнительных человеческих mAb "S311" и "S312" против субъедицы S1 спайк-белка и RBD белка SARS-CoV и SARS-CoV-2 оценивали с помощью твердофазного иммуноферментного анализа (ELISA).

96-луночные планшеты покрывали субъединицей S1 рекомбинантного спайк-белка SARS-CoV-2 (Sino Biological), RBD SARS-CoV-2 (Sino Biological или полученный собственными силами; остатки 331-550 спайка-белка из BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019, кат. № MN908947), субъединицей S1 рекомбинантного спайк-белка SARS-CoV Spike S1 (Sino Biological) или SARS-CoV RBD (Sino Biological).

Лунки промывали и блокировали PBS+1%BSA в течение 1 часа при комнатной температуре, а затем инкубировали с серийно разведенными mAb в течение 1 часа при комнатной температуре. Связанные mAb обнаруживали путем инкубации конъюгированных с щелочной фосфатазой козьих антител против IgG человека (Southern Biotechnology: 2040-04) в течение 1 часа при комнатной температуре и проявляли с помощью 1 мг/мл п-нитрофенилфосфатного субстрата в 0,1 М глициновом буфере (pH 10,4) в течение 30 минут при комнатной температуре. Значения оптической плотности (OD) измеряли при длине волны 405 нм в ридере ELISA (спектрофотометр Powerwave 340/96, BioTek).

Результаты показаны на фиг. 5A (SARS-CoV-2 S311) и фиг. 5B (SARS-CoV-2 S312).

Дальнейшие анализы проводили для исследования реактивности вариантов антител, сконструированных из S300, S305 или S307 к RBD SARS-CoV-2 и SARS-CoV-1, используя ту же процедуру, описанную выше в этом примере. Результаты показаны на фиг. 38A-38D. Антитело "S300 V4-rIgG1", как показано на фиг. 38C, содержит VH, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1, и VL (Vκ), содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:234. Антитело "S307 V3-rIgG1", как показано на фиг. 38D, содержит VH, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 239, и VL (Vκ), содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:243.

Пример 7

Нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 с помощью S309 и S315

Определяли нейтрализующую активность рекомбинантных антител S309 (VH: SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) rIgG1-MLNS и S315 rIgG1-MLNS против вирусов, псевдотипированных SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2pp). Эти рекомбинантные антитела содержали мутации M428L и N434S в домене Fc (см., например, Zalevsky и др., Nat. Biotechnol. 28(2):157-159 (2010); эта комбинация мутаций Fc также упоминается как "MLNS" или "LS" в настоящем описании, в том числе на фигурах).

Использовали вирус мышиного лейкоза (MLV), псевдотипированный спайк-белком SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2pp). В качестве клеток-мишеней использовали DBT-клетки, стабильно трансфицированные ACE2 (DBT-ACE2). SARS-CoV-2pp активировали трипсином TPCK в концентрации 10 мкг/мл. Активированный SARS-CoV-2pp добавляли к серии разведений тестируемого антитела. Клетки DBT-ACE2 добавляли к смесям антитело-вирус и инкубировали в течение 48 часов. Люминесценцию измеряли после аспирации супернатанта клеточной культуры и добавления устойчивого субстрата GLO (Promega). Сигнал люциферазы инфицированных клеток использовали для расчета процента нейтрализации по сравнению с контролем без антител.

S309 rIgG1 MLNS ("S309-rIgG1-LS" на фиг. 9) демонстрировало IC50 нейтрализации инфекции, составляющей приблизительно 3,9 нМ, а S315 rIgG1 MLNS ("S315-rIgG1-LSv1" на фиг. 9) демонстрировало IC50, составляющей приблизительно 111,7 мМ. См. фиг. 9.

Нейтрализующую активность S309-rFab сравнивали с активностью полноразмерного S309 rIgG1 MLNS ("S309-rIgG1-LS" на фиг. 10). Полноразмерное S309 rIgG-LS демонстрировало IC50 3,821 нМ, в то время как S309-rFab демонстрировало IC50 3,532 нМ. См. фиг. 10.

Пример 8

Реактивность антител против RBD SARS-CoV-1, RBD SARS-CoV-2 и эктодоменов различных коронавирусов

Реактивность моноклональных антител против RBD SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2 и спайк-белков SARS-CoV-1, SARS-CoV-2, OC43 и MERS коронавируса изучали с помощью твердофазного иммуноферментного анализа (ELISA). 384-луночные неглубокие планшеты для твердофазного ELISA покрывали стабилизированным префузионным тримером спайк-белка SARS-CoV-1, SARS-CoV-2, OC43 или MERS в концентрации 1 мкг/мл, или RBD SARS-CoV-2 (полученный собстивенными силами; остатки 331-550 спайк-белка BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019, кат. № MN908947) в концентрации 10 мкг/мл, или RBD SARS-CoV-1 (Sino Biological) в концентрации 1 мкг/мл.

Лунки промывали и блокировали PBS+1% BSA в течение 1 часа при комнатной температуре, а затем инкубировали с серийно разведенными антителами в течение 1-2 часов при комнатной температуре. Антитела тестировали в диапазоне концентраций от 5 до 0,00028 мкг/мл. Планшеты промывали и выявляли связанные антитела путем инкубации конъюгированного с щелочной фосфатазой козьего антитела против IgG человека (Southern Biotechnology: 2040-04) в течение 1 часа при комнатной температуре с последующим развитием цвета с использованием 1 мг/мл п-нитрофенилфосфатного субстрата (Sigma-Aldrich 71768) в 0,1 М глициновом буфере (pH 10,4) в течение 30 минут при комнатной температуре. Оптическую плотность (OD) измеряли при длине волны 405 нм в ридере ELISA (спектрофотометр Powerwave 340/96, BioTek).

Результаты анализа ELISA показаны на фиг. 8A-8K и 18A-18J. Рекомбинантные антитела, некоторые из которых несут мутации Fc MLNS, показаны с rIgG1.

Пример 9

Связывание антител с о спайк-белком SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2

Клетки ExpiCHO трансфицировали phCMV1-SARS-CoV-2-S, SARS-spike_pcDNA.3 (штамм SARS) или пустой phCMV1 с использованием Expifectamine CHO Enhancer. Через два дня после трансфекции клетки собирали для иммуноокрашивания антителами. Для обнаружения использовали меченное Alexa647 вторичное антитело против Fc IgG человека. Связывание моноклонального антитела с трансфицированными клетками анализировали с помощью проточной цитометрии с использованием клеточного анализатора ZE5 (Biorard) и программного обеспечения FlowJo (TreeStar). Положительное связывание определяли дифференциальным окрашиванием трансфектантов CoV-S по сравнению с имитацией трансфектантов. Антитело S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168) исследовали с помощью проточной цитометрии в концентрации 10 мкг/мл на способность окрашивать клетки ExpiCHO, экспрессирующие S-белок SARS-CoV-1 или SARS-CoV-2. Сложенные гистограммы графиков проточной цитометрии демонстрируют дозозависимое связывание антитела S309 с S-белком SARS-CoV или SARS-CoV-2. Результаты приведены на фиг. 11.

Связывание моноклональных антител S303, S304, S306, S309, S310, S315, S110, S124, S230 и S109 (все экспрессировались как rIgG1) с S-белком SARS-CoV-1 и S-белком SARS-CoV-2 измеряли с помощью проточной цитометрии. Результаты показаны на фиг. 12A, 12B, 40A и 40B. Восемь из тестируемых антител продемонстрировали значения EC50 в диапазоне от 1,4 нг/мл до 6100 нг/мл для связывания S-белка SARS-CoV-2 и от 0,8 нг/мл до 254 нг/мл для связывания S-белка SARS-CoV-1.

Дополнительные анализы связывания с использованием той же процедуры проводили для S309 и четырех сконструированных вариантов S309, несущих различные мутации в VH (N55Q, W50F, W105F или W50F + G56A + W105F). Результаты приведены на фиг. 27. Значения EC50 для каждого антитела, протестированного в этих анализах, показаны в таблице 7; номера, заключенные в скобки в столбце «Антитело» в таблице 7, соответствуют обозначениям на фиг. 27.

Таблица 7 Антитело VH SEQ ID NO: VL SEQ ID NO: EC50 (нг/мл) - эксперимент 1 EC50 (нг/мл) - эксперимент 2 S309 WT ("11") 105 168 23,1 11,5 S309 N55Q ("12") 113 168 22,3 9,6 S309 W50F ("13") 129 168 21,8 8,9 S309 W105F ("14") 119 168 21,4 8,4 S309 W50F-G56A-W105F ("15") 172 168 18,8 7,8

Дополнительные анализы связывания с использованием той же процедуры проводили с использованием антител S303, S304, S306, S309, S310, S315 и сравнительных антител S109, S110, S124 и S230. Результаты показаны на фиг. 33A и 42A (связывание с S-белком SARS-CoV-2) и 33B и 42B (связывание с S-белком SARS-CoV-1). MFI: средняя интенсивность флуоресценции, измеренная с помощью проточной цитометрии.

Такой же анализ проводили с использованием рекомбинантных антител S300 и S307. Результаты для антитела S300-rIgG1, которое содержит VH, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:1, и VL (Vκ), содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:234, показаны на фиг. 39A. Результаты для антитела S307-rIgG1, которое содержит VH, содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 239, и VL (Vκ), содержащий аминокислотную последовательность SEQ ID NO:24, показаны на фиг. 39B.

Пример 10

Связывание антител S309, S303, S304 и S315 с RBD SARS-CoV-2 и SARS-CoV-1

Аффинность рекомбинантных антител S309, S303, S304 и S315 к RBD CoV-1 и CoV-2 проверяли с помощью биослойной интерферометрии (BLI; Octet). Вкратце, His-меченную RBD SARS-CoV-1 или SARS-CoV-2 загружали в концентрации 3 мкг/мл в кинетическом буфере (KB) в течение 15 минут на биосенсоры против HIS (HIS2) (Molecular Devices, ForteBio). Ассоциацию полноразмерных антител проводили в KB при 15 мкг/мл в течение 5 минут. Ассоциацию Fab-фрагментов проводили в KB при 5 мкг/мл в течение 5 минут. Диссоциацию в KB измеряли в течение 10 минут. Аффинности, представленные значениями KD, рассчитывали с использованием глобальной модели соответствия (Octet). Использовали оборудование Octet Red96 (ForteBio).

На фиг. 14A-14D показаны кривые ассоциации и диссоциации для S309, S303, S304 и S315, соответственно. Каждое из этих антител связывается с RBD SARS-CoV-2 и SARS-CoV-1 с аффинностью от наномолярной до субпикомолярной. На фиг. 20A и 20B показаны кривые ассоциации и диссоциации для IgG S309 и Fab S309, соответственно. На этих фигурах вертикальной пунктирной линией обозначен переход от раствора антитела (или Fab) к буферу.

Пример 11

Связывание S309 IgG и S309 Fab с тримером эктодомена S-белка SARS-CoV-2 и RBD

Определение аффинности и авидности IgG1 и Fab-фрагмента: биотинилированный RBD SARS-CoV-2 (полученный собственными силами; аминокислотные остатки 331-550 спайк-белка из BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019, кат. № MN908947, биотинилированный EZ-Link NHS-PEG4-Biotin от ThermoFisher) и биотинилированный SARS-CoV-2 2P S с avi-меткой загружали при 7,5 мкг/мл в кинетическом буфере (KB; 0,01% BSA без эндотоксинов, 0,002% Tween-20, 0,005% NaN3 в PBS) в течение 8 минут на биосенсоры стрептавидина (Molecular Devices, ForteBio). Ассоциацию IgG1 и Fab с мишенью проводили в KB при 100, 33, 11, 3,6, 1,2 нМ в течение 5 минут. Диссоциацию в KB измеряли в течение 10 минут. Значения KD рассчитывали с использованием глобальной модели соответствия 1:1 (Octet).

Результаты показаны на фиг. 41A и 41B. В этом анализе IgG S309 связывался с RBD SARS-CoV-2 и с тримером S-эктодомена с субпикомолярной и пикомолярной авидностью, соответственно. S309 Fab, связанный как с RBD SARS-CoV-2, так и с тримером S-эктодомена с наномолярной и субнаномолярной аффинностью.

Пример 12

Конкурентное связывание антител с RBD SARS-CoV-1 или SARS-CoV-2

Конкурентное связывание пар моноклональных антител с RBD SARS-CoV-1 или RBD SARS-CoV-2 измеряли для идентификации соответствующих сайтов связывания антител.

Биосенсоры стрепавидина (Pall ForteBio) использовали для иммобилизации антитела к Strep Tag II при 3 мкг/мл (клон 5A9F9, биотин, LabForce AG, Muttenz CH) после этапа гидратации в течение 10 минут с кинетическим буфером (KB; 0,01% BSA без эндотоксинов, 0,002^ Tween-20, 0,005% NaN3 в PBS). Затем RBD SARS-CoV-1 или SARS-CoV-2 со Strep Tag II (полученный собственными силами) загружали на 6 минут в концентрации 4 мкг/мл в KB. Первому антителу давали ассоциироваться в течение определенного периода времени, а затем второму антителу давали ассоциироваться в течение 7 минут (420 секунд). На фиг. 15A показана конкуренция пар антител за связывание с RBD SARS-CoV-1. На фиг. 15B показана конкуренция пар антител за связывание с RBD SARS-CoV-2. Пунктирные вертикальные линии на фиг. 15A и 15B указывают на переход от первого антитела, указанного слева от матрицы, ко второму антителу, указанному в верхней части матрицы. Используя эти и другие данные, были идентифицированы четыре антигенные области или сайта (I-IV на фиг. 15A и 15B).

Пример 13

Интерференция с RBD: связывание ACE2 человека

Измеряли способность антител препятствовать связыванию RBD с человеческим ACE2. ACE2-His (Bio-Techne AG) загружали в течение 30 минут при 5 мкг/мл в кинетическом буфере (KB) на биосенсоры анти-HIS (HIS2) (молекулярные устройства-ForteBio) Fc кроличьего RBD SARS-CoV-1 или Fc мышиного RBD SARS-CoV-2 (Sino Biological Europe GmbH) при 1 мкг/мл ассоциировали в течение 15 минут после предварительной инкубации с антителом или без антитела при 30 мкг/мл в течение 30 минут. Диссоциацию контролировали в течение 5 минут. На фиг. 16 показаны данные, полученные с использованием антитела S309 или S230. На фиг. 19А и 19В показаны данные, полученные с использованием антител S304, S303 или S230 (фиг. 19А) или RBD и антитела S315 (фиг. 19В). Вертикальная пунктирная линия на каждой из фиг. 16, 19A и 19B указывает на начало загрузки RBD с антителом или без антитела.

Пример 14

Эффекторная функция антител

Опосредованная естественными киллерами (NK) антителозависимая клеточная цитотоксичность (ADCC) может способствовать контролю вируса путем уничтожения инфицированных клеток, презентирующих вирусный белок на своей поверхности. Чтобы исследовать способность антител использовать эту функцию, ADCC исследовали in vitro с использованием человеческих NK-клеток (выделенных из свежей крови здоровых доноров с использованием набора MACSxpress NK Isolation Kit (Miltenyi Biotec, кат. № 130-098-185)) в качестве эффекторных клеток и трансфицированных S-белком SARS-CoV-2 клеток ExpiCHO в качестве клеток-мишеней. Клетки-мишени инкубировали с различными количествами антитела и через 10 минут инкубировали с первичными NK-клетками человека в качестве эффекторных клеток при соотношении мишень:эффектор 9:1. Антителозависимое уничтожение клеток измеряли с использованием анализа высвобождения LDH (лактатдегидрогеназа) (набор для обнаружения цитотоксичности (LDH) (Roche; кат. № 11644793001)) после 4 часов инкубации при 37 °C.

Макрофагальный или дендритный клеточно-опосредованный антителозависимый клеточный фагоцитоз (ADCP) также может способствовать контролю вируса путем очистки инфицированных клеток и потенциальной стимуляции Т-клеточного ответа презентацией вирусного антигена. ADCP тестировали с использованием мононуклеарных клеток периферической крови в качестве фагоцитов и ExpiCHO, трансфицированных S-белком SARS-CoV-2, флуоресцентно меченным набором флуоресцентных клеточных линкеров PKH67 (Sigma Aldrich, кат. № MINI67) в качестве клеток-мишеней. Клетки-мишени инкубировали с различными количествами антител в течение 10 минут с последующей инкубацией с PBMC человека, выделенными из здоровых доноров, которые были флуоресцентно мечены Cell Trace Violet (Invitrogen, кат. № C34557) при соотношении эффектор:мишень 20:1. После инкубации в течение ночи при 37 °С клетки окрашивали антителом против CD14-APC человека (BD Pharmingen, кат. № 561708, клон M5E2) для окрашивания фагоцитарных клеток. Антитело-опосредованный фагоцитоз определяли с помощью проточной цитометрии, измеряя % моноцитов, которые были положительными на флуоресценцию PKH67.

Были протестированы антитела S309 (VH SEQ ID NO:105; VL SEQ ID NO:168), S304, S306, S315, S230 и комбинация S309 и S304.

На фиг. 17A показана функция ADCC антител с использованием первичных NK-эффекторных клеток и экспрессирующих S-белок SARS-CoV-2 ExpiCHO в качестве клеток-мишеней. Значения показывают среднее значение ±SD (стандартное отклонение) повторных измерений. На фиг. 17B показана функция ADCP антител с использованием PBMC в качестве фагоцитарных клеток и экспрессирующих S-белок ExpiCHO, меченных PKF67, в качестве клеток-мишеней. Значения показывают среднее значение ±SD (стандартное отклонение) повторных измерений.

Варианты Fc S309 тестировали на ADCC. S309-LS включает мутации Fc M428L и N434S. S309-GRLR включает мутацию Fc G236R/L328R, которая демонстрирует минимальное связывание с FcγR. S309-LS-GAALIE включает мутации Fc MLNS и GAALIE (G236A/A330L/I332E). Результаты приведены на фиг. 45.

Антитела S303, S304, S306, S309, S315 и комбинацию S309 и S315 анализировали на функцию ADCC и ADCP. На фиг. 24A показана ADCC антител с использованием первичных NK-эффекторных клеток и экспрессирующих S-белок SARS-CoV- или SARS-CoV-2 ExpiCHO в качестве клеток-мишеней. График на фиг. 24A иллюстрирует процент уничтожения, определенный для одного репрезентативного донора, гомозиготного по высокоаффинному FcγRIIIa (значения показывают среднее ±SD). На фиг. 24В показана площадь под кривой (AUC) для ответов клеток доноров, гомозиготных по высокоаффинному варианту FcγRIIIa 158V (VV), по сравнению с клетками доноров, гетерозиготными по 158V (FV) или гомозиготными по низкоаффинному варианту 158F (FF) (среднее ±SD). На фиг. 25A показан ADCP с использованием PBMC в качестве фагоцитарных клеток и экспрессирующих S-белок SARS-CoV-2 ExpiCHO, меченых PKH67 в качестве клеток-мишеней для одного репрезентативного донора. % ADCP указывает на процент моноцитов, положительных на PKH67. На фиг. 25B показана площадь под кривой (AUC) на ответы нескольких доноров.

Пример 15

Реактивность антител к клеточному лизату клеток, инфицированных SARS-CoV-2

Измеряли реактивность антител S304, S306, S309 и S310 против клеточного лизата клеток VeroE6, инфицированных SARS-CoV-2. На фиг. 21A показана реактивность антител, измеренная с помощью непрямого ELISA S-белка против T×100-экстрагированного лизата клеток VeroE6, инфицированных SARS-CoV-2. На фиг. 21В показана реактивность антител, измеренная с помощью непрямого ELISA S-белка против экстрагированного SDS (денатурированного) лизата клеток VeroE6, инфицированных SARS-CoV-2. На фигуре 21C показана реактивность сыворотки выздоравливающего человека от SARS-CoV-1, измеренная с помощью непрямого ELISA S-белка против экстрагированного T×100 или SDS лизата клеток VeroE6, инфицированных SARS-CoV-2.

Пример 16

Нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 с помощью антител S304 и S309 в отдельности или в комбинации

Нейтрализацию инфекции SARS-CoV-2 с помощью моноклональных антител S304 и S309 оценивали с помощью анализа живого вируса SARS-CoV-2. Анализ нейтрализации живого вируса количественно определяет количество инфицированных клеток путем окрашивания вирусного нуклеопротеина (NP) с NP-специфической поликлональной сывороткой кролика. Ингибирование оценивали путем измерения экспрессии NP через 24 и 45 часов после инфицирования. Иммуноферментный анализ (EIA) использовали для количественного определения уровня инфекции для каждого тестируемого разведения антител.

Данные показаны на фиг. 22A-22D. Нейтрализацию проводили в течение одного часа при комнатной температуре при указанных концентрациях антител с использованием клеток Vero E6 в монослое в 96-луночных планшетах. Лунки инфицировали 100 TCID50 вируса. Через 24 или 45 часов монослои фиксировали и окрашивали для ингибирования экспрессии NP. В сочетании S304 и S309 демонстрировали синергетическое усиление нейтрализации.

Пример 17

Получение варианта rIgG антител S309

Рекомбинантные антитела IgG1 получали с использованием последовательностей VH и VL антитела S309. В этом примере антитела называют "S309-11", "S309-12", "S309-13", "S309-14" и "S309-15", соответственно.

"S309-11" содержит последовательность VH дикого типа (SEQ ID NO: 105) и последовательность VL дикого типа (SEQ ID NO: 168) S309. "S309-12" содержит мутацию N55Q в CDRH2, обеспечивающую последовательность варианта VH (SEQ ID NO: 113) и последовательность VL дикого типа (SEQ ID NO: 168) S309. "S309-13" содержит мутацию W50F в VH (SEQ ID NO: 129) и последовательность VL дикого типа (SEQ ID NO: 168) S309. "S309-14" содержит последовательность варианта W105F VH (SEQ ID NO: 119) и последовательность VL дикого типа (SEQ ID NO: 168) S309. "S309-15" содержит вариант W50F/G56A/W105F VH (SEQ ID NO: 172) и последовательность VL дикого типа S309 (SEQ ID NO: 168). Рекомбинантное антитело S309 (S309-11) и каждый из четырех вариантов S309-12 - S309-15 получали путем временной трансфекции и экспрессии плазмидного вектора, кодирующего рекомбинантное антитело, в клетках HD 293F (GenScript). Плазмидный вектор, кодирующий антитела S309, также кодирует сигнальный пептид, как указано в SEQ ID NO:252. Этот сигнальный пептид обеспечивал превосходную продукцию антител по сравнению с другими протестированными сигнальными пептидами. Данные не показаны. Клетки собирали на 4 день, а экспрессию IgG подтверждали с помощью вестерн-блоттинга и анализа титра белка А.

Пример 18

Связывание S309 rIgG и вариантов с RBD SARS-CoV-2

Связывание рекомбинантного моноклонального антитела S309 и четырех вариантов S309, описанных в Примере 17 (S309-12 - S309-15), с RBD измеряли с использованием поверхностного плазмонного резонанса (SPR). Эксперименты SPR проводили с использованием прибора Biacore T200 с использованием кинетического подхода с одним циклом. Антитело, экспрессируемое как IgG, захватывали на поверхности и вводили возрастающие концентрации очищенного RBD SARS-CoV-2 гликозилированной или дегликозилированной формы. SPR проводили с использованием сенсорного чипа с ковалентно иммобилизованным Fc против человека (GE). Использовали буфер 10 мМ HEPES с pH 7,4, 150 мМ NaCl, 3 мМ EDTA и 0,05% моющего средства P20. Анализы проводили при 25 °C. Рекомбинантные антитела разбавляли из супернатанта до приблизительно 2 мкг/мл. Концентрации RBD составляли 0,8 нМ, 3,1 нМ, 12,5 нМ, 50 нМ и/или 200 нМ. Гликозилированную RBD получали путем экспрессии в клетках HEK293 и очищали с использованием одностадийной Ni-аффинной очистки. Дегликозилированный RBD получали путем экспрессии полученной внутренними силами в клетках Expi293, выращенных в присутствии кифунензина, очистки с использованием одностадийной Ni-аффинной очистки и обработки эндогликозидазой H. Кинетические анализы с одним циклом проводили с 3-минутными инъекциями и 20-минутными периодами диссоциации. Кинетику ассоциации и диссоциации контролировали и подгоняли к модели связывания для определения аффинности. Результаты показаны на фиг. 30A-30F и в таблице 8.

Таблица 8 Cупернатант mAb Гликозилированный RBD Дегликозилированный RBD S309 WT или вариант K_D K_a (1/Мс) K_d (1/с) K_D K_a (1/Мс) K_d (1/с) S309-11 (WT) 0,50 нМ 10,0e4 5,0e-5 0,91 нМ 3,0e5 2,8e-4 Репликация S309-11 (WT) 0,68 нМ 9,5e4 6,5e-5 0,98 нМ 2,9e5 2,9e-4 S309-12 (N55Q) 0,46 нМ 9,2e4 4,2e-5 1,3 нМ 2,7e5 3,6e-4 S309-13 (W50F) 0,51 нМ 9,9e4 5,0e-5 1,8 нМ 3,0e5 5,3e-4 S309-14 (W105F) 0,38 нМ 1,0e5 3,9e-5 7,9 нМ 9,8e5 7,7e-3 S309-15 (W50F/G56A/W105F) 1,7 нМ 9,9e4 1,6e-4 более 10 нМ расчетный Kd с подгонкой до стабильного состояния

Связывание с дегликозилированным RBD измеряли в двух разных анализах SPR с использованием разных параметров. В эксперименте 1 использовали 10-минутные инъекции и серию концентраций RBD из 4-кратных разведений от 100 нМ. В эксперименте 2 использовали 3-минутные инъекции и серию концентраций 4-кратных разведений от 200 нМ, как описано выше. Результаты приведены в таблице 9. Результаты эксперимента 1 для S309-15 также показаны на фиг. 30F, два верхних графика.

Таблица 9 Cупернатант mAb Эсперимент №1: Эксперимент №2: S309 WT или вариант K_D K_a (1/Мс) K_d (1/с) K_D K_a (1/Мс) K_d (1/с) S309-11 (WT) 0,83 нМ 3,0e5 2,5e-4 0,91 нМ 3,0e5 2,8e-4 Репликация S309-11 (WT) 0,91 нМ 3,0e5 2,7e-4 0,98 нМ 2,9e5 2,9e-4 S309-12 (N55Q) 1,2 нМ 2,7e5 3,2e-4 1,3 нМ 2,7e5 3,6e-4 S309-13 (W50F) 1,7 нМ 2,8e5 4,6e-4 1,8 нМ 3,0e5 5,3e-4 S309-14 (W105F) 14 нМ Подгонка до стабильного состояния 7,9 нМ 9,8e5 7,7e-3 S309-15 (W50F/G56A/W105F) 37 нМ Подгонка до стабильного состояния Подгонка до стабильного состояния невозможна

Связывание рекомбинантного антитела S309 и четырех сконструированных вариантов с RBD измеряли с помощью поверхностного плазмонного резонанса (SPR) с использованием той же процедуры, описанной выше, за исключением использования очищенных рекомбинантных антител, а не супернатанта клеточной культуры. Результаты показаны в таблице 10.

Таблица 10 Гликозилированный RBD Дегликозилированный RBD S309 WT или вариант VH K_D K_a (1/Мс) K_d (1/с) K_D K_a (1/Мс) K_d (1/с) S309-11 (WT) 0,26 нМ 9,3e4 2,4e-5 0,67 нМ 3,4e5 2,3e-4 S309-12 (N55Q) 0,39 нМ 8,5e4 3,3e-5 1,1 нМ 3,1e5 3,2e-4 S309-13 (W50F) 0,39 нМ 9,2e4 3,6e-5 1,4 нМ 3,5e5 4,9e-4 S309-14 (W105F) 0,35 нМ 9,6e5 3,4e-5 5,1 нМ 1,5e6 7,9e-3 S309-15 (W50F/G56A/W105F) 1,6 нМ 9,4e4 1,5e-4 более 10 нМ расчетный Kd с подгонкой до стабильного состояния S309 G56A 0,54 нМ 9,3e4 5,1e-5 0,70 нМ 3,4e5 2,4e-4

Пример 19

Нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 с помощью антител S309

Нейтрализующую активность S309 и четырех сконструированных вариантов S309, описанных в примерах 17 и 18 ("S309-12" - "S309-15"), определяли с использованием системы репортерного псевдотипирования люциферазы на основе VSV (Kerafast). Псевдотипированные частицы VSV и антитело смешивали в DMEM и оставляли для инкубации в течение 30 минут при 37 °С. Затем инфицирующей смеси давали инкубироваться с клетками Vero E6 в течение 1 часа при 37 °С с последующим добавлением DMEM с Pen-Strep и 10% FBS (инфицирующая смесь не удалялась). Клетки инкубировали при 37 °С в течение 18-24 часов. Люциферазу измеряли с помощью планшетного ридера Ensight (Perkin Elmer) после добавления реагента Bio-Glo (Promega). Результаты приведены на фиг. 28. На фиг. 28 варианты 11 - 15 соответствуют S309-11 - S309-15 соответственно. Расчетные значения EC50, основанные на этом эксперименте, приведены в таблице 11.

Таблица 11 Антитело EC50 (нг/мл) S309-11 (WT VH) 109 S309-12 (N55Q VH) 103 S309-13 (W50F VH) 97 S309-14 (W105F VH) 65 S309-15 (W50F/G56A/W105F VH) 53

Пример 20

Антителозависимая активация FcγRIIIa или FcγRIIa человека

Исследовали антителозависимую активацию FcγRIIIa или FcγRIIa человека. Клетки ExpiCHO временно трансфицировали SARS-CoV-2 (BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019) и инкубировали с титрованными концентрациями антитела в течение 10 минут. Затем клетки ExpiCHO инкубировали с клетками Jurkat, экспрессирующими FcγRIIIa или FcγRIIa на своей поверхности, и стабильно трансфицировали геном люциферазы, управляемым NFAT (Promega, кат. № G9798 и G7018) при соотношении эффектор-мишень 6:1 для FcγRIIIa и 5:1 для FcγRIIa. Активация FcγR человека в этом биологическом анализе приводит к NFAT-опосредованной экспрессии репортерного гена люциферазы. Люминесценцию измеряли после 21 часа инкубации при 37 °С с 5% CO₂, используя реагент для анализа люциферазы Bio-Glo-TM в соответствии с инструкциями производителя. Были проанализированы антитела S303, S304, S306, S309, S315 и комбинация S309 и S315, а также сравнительное антитело S230. Результаты показаны на фиг. 31 и 32.

Пример 21

Анализ последовательностей S-гликопротеина SARS-CoV-2

Анализ последовательностей S-гликопротеина 2229 изолятов SARS-CoV-2 показал, что на S-эктодомене SARS-CoV-2 произошло несколько мутаций с переменной частотой. На фиг. 35A показаны варианты спайк-белка, встречающиеся с частотой n более 1 в виде сфер, отображаемых в закрытой и открытой форме полного тримерного спайк-эктодомена. RBD и другие домены спайк-белка показаны как указано. Показано 40 мутаций (из 2229 в общей сложности). Из-за отсутствия детализации в структурах PDB в RBD выделен только остаток 367 (n представляет собой 8), а остатки 476 (n представляет собой 7) и 483 (n представляет собой 17) не выделены. На фиг. 35B показано распространение вариантов спайк-гликопротеинов по аминокислотам. Каждая точка является отдельным вариантом. Показаны местоположения домена A и RBD. Варианты, соответствующие пороговому значению частоты 0,1%, являются такими, как указано.

Дальнейший анализ последовательностей S-гликопротеина проводили с использованием 11 839 изолятов SARS-CoV-2. На фиг. 43 показаны варианты, поддерживаемые по меньшей мере двумя последовательностями (распространенность более 0,01%), визуализируемыми в виде указанных сфер, отображаемых в закрытой (слева) и открытой (справа) форме полного тримерного эктодомена спайка. Каждая точка является отдельным вариантом. На фиг. 43 показаны варианты спайк-белка, подтверждаемые по меньшей мере двумя последовательностями, как указано, сферами, отображенными в закрытой (слева) и открытой (справа) форме полного тримерного спайк-эктодомена. RBD и другие домены спайк-белка показаны как указано. Показаны 171 вариант (из 11 839 проанализированных последовательностей спайк-белка). Варианты помечаются, если их распространенность превышает 1% (только D614G) или если они находятся в пределах RBD. Также указывается местоположение консервации N343.

Пример 22

Конкуренция антитела S309 с антителами, выделенными от пациентов с SARS-CoV-2

Моноклональные антитела человека, выделенные у пациентов, которые выздоровели от инфекции SARS-CoV-2, тестировали на перекрывающиеся сайты связывания RBD с антителом S309 (VH: SEQ ID NO:105; VL: SEQ ID NO:113). Анализы конкуренции проводили с использованием Octet (прибор: Octet Red96, ForteBio). Анти-HIS сенсоры (BIOSENSOR ANTI-PENTA-HIS (HIS1K)1*1ST) использовали для иммобилизации полученного собственными силами His-меченого RBD SARS-CoV-2 (остатки 331-550 спайк-белка из BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019, кат. № MN908947) в концентрации 3 мкг/мл. Антитела ассоциировали в течение 6 мин при 15 мкг/мл. Все белки разбавляли в кинетическом буфере (KB). Затем конкурирующие антитела ассоциировали в той же концентрации в течение дополнительных 6 минут. Было показано, что два антитела конкурируют с S309 за связывание с RBD, но, в отличие от S309, они не нейтрализуют SARS-CoV-2. Данные не показаны.

Пример 23

Выбор устойчивости к SARS-CoV-2 против моноклонального антитела S309-12-MLNS

Для изучения отбора устойчивости, SARS CoV-2 пассировали в течение более одного месяца в присутствии клеток Vero E6 и фиксированных концентраций антитела S309 N55Q MLNS GAALIE (VH с SEQ ID NO:113 и VL с SEQ ID NO:168, с мутациями G236A, A330L, I332E, M428L и N434S в Fc). Экспериментальная схема проиллюстрирована на фиг. 44А. Детали инфекции и непрерывного культивирования вирусов обобщены на фиг. 44В. Цитопатогенный эффект (CPE) оценивали путем визуального осмотра планшетов. Даже при отсутствии CPE титры вирусов оценивали с помощью анализа на бляшкообразование с наложением метилцеллюлозы. Результаты приведены на фиг. 44C. Признаков вирусного прорыва в лунках, обработанных антителами, не наблюдалось даже при минимальной тестируемой концентрации антител. Данные являются репрезентативными для лунок в трех повторностях.

Пример 24

Нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 клеток легких человека Calu-3 с помощью антитела S309

Антитело S309 N55Q MLNS (VH с SEQ ID NO:113 и VL с SEQ ID NO:168, с мутациями M428L и N434S в Fc) тестировали на его способность нейтрализовать живую инфекцию SARS-CoV-2 клеток легких человека Calu-3 (которые являются положительными для трансмембранной протеазы TMPRSS2) и клеток VeroE6 с использованием анализа нанолюциферазы. Результаты, включая рассчитанные значения IC50, показаны на фиг. 46.

Пример 25

Нейтрализация инфекции SARS-CoV-2 с помощью антитела S309

Антитело S309 тестировали на его способность нейтрализовать живую инфекцию вируса SARS-CoV-2 с помощью анализа нанолюциферазы и анализа IFA. Вкратце, клетки Vero E6 инфицировали живым вирусом люциферазы SARS-CoV-2 в течение шести часов. Данные собирали с использованием трех различных концентраций антител: 1, 0,1 и 0,01 MOI. Результаты анализа нанолюциферазы показаны на фиг. 47. Результаты анализа IFA показаны на фиг. 48A (репрезентативные лунки, подсчитанные в IFA) и 48B (количественные данные с использованием цитирования 5). Рассчитанные значения IC50 для каждого MOI показаны в полях под графиком на фиг. 47 и 48B. Примечательно, что в данном формате инфекции не наблюдалось скоплений инфекции (или очагов).

Пример 26

Нейтрализация живой инфекции SARS-CoV-2 с помощью антител S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE

Антитела S309 N55Q MLNS (также называемые в настоящем документе S309 N55Q LS, содержащие мутации Fc M428L/N434S) и S309 N55Q MLNS GAALIE (также называемые в настоящем документе S309 N55Q LS GAALIE, содержащие мутации Fc G236A, A330L, I332E, M428L и N434S) анализировали на способность нейтрализовать инфекцию живым вирусом SARS-CoV-2. Каждый из S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE содержит VH, имеющий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:113, и VL, имеющий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:168. Результаты приведены на фиг. 49. Рассчитанная EC50 для S309 N55Q MLNS составляла 100,1 нг/мл. Рассчитанная EC50 для S309 N55Q MLNS GAALIE составляла 78,3 нг/мл.

Пример 27

Нейтрализация вируса, псевдотипированного SARS-CoV-2 с помощью антител S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE

Протестировали нейтрализацию вируса, псевдотипированного SARS-CoV-2 с помощью антител S309 N55Q MLNS (также называемыми в настоящем документе S309 N55Q LS) и S309 N55Q MLNS GAALIE (также называемым в настоящем документе S309 N55Q MLNS GAALIE). Каждый из S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE содержит VH, имеющий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:113, и VL, имеющий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:168. Псевдотипированный вирус представлял собой VSV, псевдотипированый спайк-белком SARS-CoV-2. Результаты показаны на фиг. 50A (S309 N55Q MLNS) и фиг. 50B (S309 N55Q MLNS GAALIE). Рассчитанное значение EC50 для S309 N55Q MLNS составляло 24,06 нг/мл. Рассчитанное значение EC50 для S309 N55Q MLNS GAALIE составило 22,09 нг/мл.

Пример 28

Связывание антител S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE с RBD SARS-CoV-2

Связывание антител S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE с RBD SARS-CoV-2 измеряли с помощью поверхностного плазмонного резонанса (SPR). Каждый из S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE содержит VH, имеющий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:113, и VL, имеющий аминокислотную последовательность, представленную в SEQ ID NO:168. Результаты показаны на фиг. 51A (S309 N55Q MLNS) и фиг. 51B (S309 N55Q MLNS GAALIE).

Пример 29

Связывание антител S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE со спайк-белком SARS-CoV-2

Связывание антител S309 N55Q MLNS (также называемых в настоящем документе S309 N55Q LS) и S309 N55Q MLNS GAALIE (также называемых в настоящем документе S309 N55Q LS GAALIE) с SARS-CoV-2, со спайк-белком SARS-CoV-2 измеряли с помощью проточной цитометрии. Каждый из S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE содержит VH, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:113, и VL, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:168. Результаты показаны на фиг. 51A (S309 N55Q MLNS) и фиг. 51B (S309 N55Q MLNS GAALIE). Данные выражены в виде процента клеток, идентифицированных как положительные на связывание антител.

Пример 30

Связывание антител S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE с рецепторами Fcγ человека

Связывание антител S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE с рецепторами Fcγ человека анализировали с использованием SPR. Измеряли связывание с FcγRIIa (как низкоаффинными аллелями R131, так и высокоаффинными аллелями H131), FcγRIIIa (как низкоаффинными аллелями F158, так и высокоаффинными аллелями V158) и FCγRIIb. Каждый из S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE содержит VH, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:113, и VL, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:168.

Реагент Biotin CAPture (модифицированный стрептавидин) вводили во все проточные ячейки чипа сенсора CAP, закрепленного в Biacore T200 (Cytiva). Биотинилированные Fc-рецепторы в концентрации 1 мкг/мл вводили через одну проточную кювету со скоростью 10 мкл/мин в течение 60 секунд (один рецептор на проточную кювету), при этом одна проточная кювета резервировалась в качестве эталонной поверхности. Антитело в концентрации 100 мкг/мл (разведенное в HBS-EP+) вводили во все проточные ячейки в течение 200 секунд с использованием скорости потока 30 мкл/мин, и проводили мониторинг ассоциации. Диссоциацию контролировали еще в течение 200 секунд после инъекции. Данные собирали при 10 Гц. После каждого измерения связывания вводили реагент CAP Regeneration для подготовки поверхности к новому циклу. Эксперименты проводили при 25 °C, образцы перед инъекцией выдерживали при 15 °C в приборе. Результаты показаны на фиг. 53 (где мутация MLNS обозначена как "LS" в ключе фигуры).

Пример 31

Связывание антител S309 MLNS, S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE с компонентом комплемента C1q

Связывание антител S309 MLNS (также называемых в настоящем документе S309 LS), S309 N55Q MLNS (также называемых в настоящем документе S309 N55Q LS) и S309 N55Q MLNS GAALIE (также называемых в настоящем документе S309 N55Q LS GAALIE) с компонентом комплемента C1q измеряли с помощью биослойной интерферометрии (BLI) на приборе Octet. S309 MLNS содержит VH, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:105, и VL, имеющую последовательность, представленную в SEQ ID NO:168. Каждый из S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE содержит VH, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:113, и VL, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:168.

Античеловеческие Fab (CH1-специфичные) сенсоры использовали для захвата антитела при 10 мкг/мл в течение 10 минут. Затем сенсоры, нагруженные IgG, подвергали воздействию кинетического буфера, содержащего 3 мкг/мл очищенного человеческого C1q, в течение 4 минут с последующей стадией диссоциации в том же буфере в течение дополнительных 4 минут. Профили ассоциации и диссоциации измеряли в режиме реального времени как изменения интерференционной картины. Результаты приведены на фиг. 54.

Пример 32

Активация Fc гамма-рецепторов человека in vitro антителами S309 MLNS, S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE

Способность антител S309 MLNS, S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE вызывать антителозависимую активацию рецепторов Fcγ человека анализировали in vitro. S309 MLNS содержит VH, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:105, и VL, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:168. Каждый из S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE содержит VH, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:113, и VL, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:168.

Каждый из S309 MLNS (также называемый в настоящем документе S309 LS), S309 N55Q MLNS (также называемый в настоящем документе S309 N55Q LS), S309 N55Q MLNS GAALIE (также называемый в настоящем документе S309 N55Q LS GAALIE) и контрольное антитело S309-GRLR серийно разводили в 6 раз в буфере для анализа от 10 000 нг/мл до 0,006 нг/мл. Девятиточечные серийные разведения антитела инкубировали с 12 500 (для FcγRIIIa и FcγRIIb) или 10000 (для FcγRIIa) клеток CHO со спайк-белком CoV-2 на 96-луночную планшетную лунку в белом планшете с плоским дном в течение 15 минут при комнатной температуре. Эффекторные клетки Jurkat, экспрессирующие указанные FcγR и стабильно трансфицированные геном люциферазы, управляемым NFAT, размораживали, разбавляли в буфере для анализа и добавляли в планшет при соотношении эффекторных и целевых клеток 6:1 для FcRγIIIa и FcγRIIb или 5:1 для FcγRIIa. Контрольные лунки были включены для измерения независимой от антитела активации (содержащей клетки-мишени и эффекторные клетки, но не содержащей антитела) и фоновой люминесценции планшета (лунки, содержащие только аналитический буфер). Планшеты инкубировали в течение 18 часов при 37 °C с 5% CO₂. Активация FcγR человека в этом биологическом анализе приводит к NFAT-опосредованной экспрессии репортерного гена люциферазы. Люминесценцию измеряли с помощью люминометра после добавления реагента для анализа люциферазы Bio-Glo™ в соответствии с инструкциями производителя. Результаты приведены на фиг. 55.

Пример 33

Эффекторная функция антител S309 MLNS, S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE

Антитела S309 MLNS (также называемые в настоящем документе как S309 LS), S309 N55Q MLNS (также называемые в настоящем документе как S309 N55Q LS) и S309 N55Q MLNS GAALIE (также называемые в настоящем документе как S309 N55Q LS GAALIE) анализировали на их способность стимулировать антитело-зависимую от NK-клеток клеточно-опосредованную цитотоксичность (ADCC) и моноцитарно-опосредованный антитело-зависимый клеточный фагоцитоз (ADCP) против клеток, экспрессирующих спайк-белок CoV-2.

S309 MLNS содержит VH, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:105, и VL, имеющую последовательность, представленную в SEQ ID NO:168. Каждый из S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE содержит VH, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:113, и VL, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:168.

ADCC измеряли in vitro путем экспонирования свежевыделенных NK-клеток человека от двух генотипированных доноров, экспрессирующих гомозиготный низкоаффинный (F/F158) или высокоаффинный (V/V158) FcγRIIIa, к антителу, предварительно инкубированному с клетками со спайк-белком CHO-CoV-2, и измерения высвобождения LDH в качестве считывания в соответствии с инструкциями производителя (набор для обнаружения цитотоксичности (LDH), Roche) после 4 часов инкубации при 37 °C. Вкратце, планшеты центрифугировали в течение 4 минут при 400 x g, и 35 мкл супернатанта переносили в плоский 384-луночный планшет. Готовили реагент LDH и добавляли 35 мкл в каждую лунку. Используя кинетический протокол, поглощение при 490 нм и 650 нм измеряли один раз каждые 2 минуты в течение 8 минут, и в качестве результата использовали наклон кинетической кривой. Процент специфического лизиса определяли с помощью следующей формулы: (специфическое высвобождение - спонтанное высвобождение)/(максимальное высвобождение - спонтанное высвобождение) ×100. Результаты приведены на фиг. 56.

Способность антител S309 MLNS, S309 N55Q MLNS, S309 N55Q MLNS GAALIE и контрольного антитела S309-GRLR стимулировать ADCP первичными моноцитами CD14+ измеряли in vitro путем воздействия свежевыделенными PBMC человека (мечеными cell trace violet) на CHO клетки, экспрессирующие спайк-белок CoV-2 (мечеными набором флуоресцентных клеточных линкеров PKH67 (Sigma Aldrich)), которые предварительно инкубировали с антителом. Последовательные разведения mAb (серийно разведенных в 5 раз от 5000 нг/мл до 0,32 нг/мл в RPMI-1640 (PPMI - Онкологический институт имени Розуэлла Парка) + L-глутамин с добавлением 10% Hyclone FBS + 2x анти-анти (антибиотик-антимикотик)) инкубировали с 10 000 клеток CHO со спайк-белком CoV-2 на лунку 96-луночного полипропиленового планшета в течение 10 минут. Первичные PBMC были флуоресцентно мечены Cell Trace Violet в соответствии с инструкциями производителя. Затем смеси клеток-мишеней и антител инкубировали с мечеными PBMC в соотношении эффектор/мишень 16:1. Активность ADCP измеряли после инкубации в течение ночи путем мечения популяции моноцитов для CD14 и измерения процента Cell trace violet⁺ PKH67⁺ среди моноцитов CD14⁺ с помощью проточной цитометрии. Результаты приведены на фиг. 57.

Пример 34

Влияние антитела S309 на слияние клеток, опосредованное спайк-белком SARS-CoV-2

Влияние антитела S309 (VH: SEQ ID NO:105; VL: SEQ ID NO:168) на слияние, опосредованное спайк-белком SARS-CoV-2, тестировали с использованием клеток, сконструированных для сверхэкспрессии спайк-белка на поверхности клетки. Добавление S309 к этим клеточным культурам ингибировало слияние клетка-клетка. Результаты показаны на фиг. 58A (микрофотографии) и 58B (количественные данные).

Пример 35

Влияние антител S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE на репликацию SARS-CoV-2

Влияние антител S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE на репликацию SARS-CoV-2 испытывали в клетках VeroE6, PBMC и дендритных клетках. Каждый из S309 N55Q MLNS и S309 N55Q MLNS GAALIE содержит VH, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:113, и VL, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO:168.

Вирус SARS-CoV-2 инкубировали в течение одного часа с S309 N55Q MLNS или S309 N55Q MLNS GAALIE. Затем смесь вирус/антитело добавляли к высеянным на планшет клеткам VeroE6, PBMC или дендритным клеткам, полученным из моноцитов (MoDC). После инкубации клеток со смесью вирус/антитело в течение одного часа при 37 °С, клетки промывали и инкубировали в течение еще 72 часов в свежей среде. Затем супернатант из культивируемых клеток анализировали на бляшкообразующие единицы (FFU). Супернатант разбавляли 1:5 и добавляли к клеткам VeroE6. Через один час при 37 °С клетки VeroE6 накладывали метилцеллюлозой. Через 24 часа дальнейшей инкубации культуры клеток VeroE6 окрашивали на нуклеопротеин SARS-CoV-2. Результаты приведены на фиг. 59. Данные для антитела S309 N55Q MLNS показаны на верхнем графике. Данные для антитела S309 N55Q MLNS GAALIE показаны на нижнем графике. Эти 72-часовые данные репликации являются репрезентативными для результатов через 24 и 48 часов.

Пример 36

Материалы и методы

Скрининг на основе проточной цитометрии для связывания с S-белком CoV, экспрессируемым на клетках млекопитающих

Клетки ExpiCHO трансфицировали S-белком SARS-CoV-2, SARS-CoV и MERS-CoV или пустой плазмидой в качестве отрицательного контроля. Затем моноклональные антитела тестировали с помощью проточной цитометрии в концентрации 10 мкг/мл на их способность окрашивать клетки ExpiCHO, экспрессирующие S-белок 2019-nCoV, SARS-CoV, MERS-CoV или имитационная клетка трансфектант.

Временная экспрессия рекомбинантного белка SARS-CoV-2

Полноразмерный ген S штамма SARS-CoV-2 (2019-nCoV-S) изолята BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019 (кат. № MN908947) был кодон-оптимизирован для экспрессии клеток человека и клонирован в вектор экспрессии phCMV1 (Genlantis). Клетки Expi-CHO временно трансфицировали phCMV1-SARS-CoV-2-S, phCMV1-MERS-CoV-S (London1/2012), SARS-spike_pcDNA.3 (штамм SARS) или пустой phCMV1 (имитация) с использованием Expifectamine CHO Enhancer. Через два дня после трансфекции клетки собирали, фиксировали или фиксировали и пермеабилизировали сапонином для иммуноокрашивания панелью моноклональных антител, реагирующих на рецептор-связывающий домен (RBD) SARS-CoV. Для обнаружения использовали меченное Alexa647 вторичное антитело против Fc IgG человека. Связывание антитела с трансфицированными клетками анализировали с помощью проточной цитометрии с использованием клеточного анализатора ZE5 (Biorard) и программного обеспечения FlowJo (TreeStar). Положительное связывание определяли дифференциальным окрашиванием CoV-S трансфектантов по сравнению с имитационными трансфектантами.

Эксперименты по конкурированию с использованием Octet (BLI, биослойная интерферометрия)

Если в настоящем документе не указано иное, для иммобилизации S1 субъединцы белка SARS-CoV (Sino Biological Europe GmbH) использовали анти-His сенсоры (BIOSENSOR ANTI-PENTA-HIS (HIS1K)). Сенсоры гидратировали в течение 10 мин кинетическим буфером (KB; 0,01% BSA без эндотоксинов, 0,002^ Tween-20, 0,005% NaN3 в PBS). Затем субъединицу S1 белка SARS-CoV загружали в течение 8 мин в концентрации 10 мкг/мл в KB. Антитела ассоциировали в течение 6 мин при 15 мкг/мл для полноразмерных mAb nCoV-10 и nCov-6 mAb или 5 мкг/мл для Fab nCoV-4 и в последующем эксперименте, включающем nCoV-1 все при 10 мкг/мл. Затем конкурирующие антитела ассоциировали в той же концентрации в течение дополнительных 6 минут.

Эксперименты по конкурированию с использованием Octet (BLI, биослойная интерферометрия)

Для экспериментов по конкурированию ACE2, ACE2-His (Bio-Techne AG) загружали в течение 30 минут при 5 мкг/мл в KB на анти-HIS биосенсоры (HIS2) (Molecular Devices-ForteBio). SARS-CoV-1 RBD-rabbitFc или SARS-CoV-2 RBD-mouseFc (Sino Biological Europe GmbH) в концентрации 1 мкг/мл ассоциировали в течение 15 минут после предварительной инкубации с антителом или без антитела (30 мкг/мл, 30 минут). Диссоциацию контролировали в течение 5 минут.

Определение аффинности с использованием Octet (BLI, биослойная интерферометрия)

Для определения K_D полноразмерных антител использовали биосенсоры белка A (Pall ForteBio) для иммобилизации рекомбинантных антител при 2,7 мкг/мл в течение 1 минуты после этапа гидратации в течение 10 минут с помощью кинетического буфера. Кривые ассоциации регистрировали в течение 5 минут путем инкубации сенсоров, покрытых антителами, с различной концентрацией RBD SARS-CoV-1 (Sino Biological) или RBD SARS-CoV-2 (полученный собственными силами; остатки 331-550 спайк-белка BetaCoV/Wuhan-Hu-1/2019, кат. № MN908947). Самая высокая протестированная концентрация RBD составляла 10 мкг/мл, затем серийно разбавляли 1:2,5 с. Диссоциацию регистрировали в течение 9 минут, перемещая сенсоры в лунки, содержащие KB. Значения K_D рассчитывали с использованием глобальной модели соответствия (Octet). Использовали оборудование Octet Red96 (ForteBio).

Для определения K_D полноразмерных антител по сравнению с Fab-фрагментами His-меченные RBD SARS-CoV-1 или SARS-CoV-2 загружали в концентрации 3 мкг/мл в KB в течение 15 минут на анти-HIS биосенсоры (HIS2) (Molecular Devices, ForteBio). Ассоциацию полноразмерного антитела и Fab проводили в KB при 15 мкг/мл и 5 мкг/мл соответственно в течение 5 минут. Диссоциацию в KB измеряли в течение 10 минут.

Связывание ELISA

Реактивность mAb с субъединицей S1 спайк-белка SARS-CoV (штамм WH20) определяли с помощью твердофазного иммуноферментного анализа (ELISA). Вкратце, 96-луночные планшеты покрывали 3 мкг/мл субъединицы S1 рекомбинантного спайк-белка SARS-CoV (Sino. Biological). Лунки промывали и блокировали PBS+1%BSA в течение 1 часа при комнатной температуре, а затем инкубировали с серийно разведенными mAb в течение 1 часа при комнатной температуре. Связанные mAb обнаруживали путем инкубации конъюгированных с щелочной фосфатазой козьих антител против IgG человека (Southern Biotechnology: 2040-04) в течение 1 часа при комнатной температуре и проявляли с помощью 1 мг/мл п-нитрофенилфосфатного субстрата в 0,1 М глициновом буфере (pH 10,4) в течение 30 минут при комнатной температуре. Оптическую плотность (OD) измеряли при длине волны 405 нм в ридере ELISA (спектрофотометр Powerwave 340/96, BioTek).

Анализ нейтрализации

Если не указано иное, использовали вирус мышиного лейкоза (MLV), псевдотипированный спайк-белком SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2pp) или спайк-белком SARS-CoV-1 (SARS-CoV-1pp). В качестве клеток-мишеней использовали DBT-клетки, стабильно трансфицированные ACE2 (DBT-ACE2). SARS-CoV-2pp или SARS-CoV-1pp активировали трипсином TPCK в концентрации 10 мкг/мл. Активированный SARS-CoV-2pp или SARS-CoV-1pp добавляли к серии разведений антител (начиная с конечной концентрации 50 мкг/мл на антитело, 3-кратное разведение). Клетки DBT-ACE2 добавляли к смесям антитело-вирус и инкубировали в течение 48 часов. Люминесценцию измеряли после аспирации супернатанта клеточной культуры и добавления устойчивого субстрата GLO (Promega).

Если не указано иное, в анализах нейтрализации псевдотипированных частиц используется система псевдотипирования репортеров люциферазы на основе VSV (Kerafast). Псевдотипированные частицы VSV и антитело смешивали в DMEM и оставляли инкубироваться в течение 30 минут при 37 °C. Инфекционную смесь затем инкубировали с клетками Vero E6 в течение 1 часа при 37 °C с последующим добавлением DMEM с Pen-Strep и 10% FBS (инфекционная смесь не удаляется). Клетки инкубировали при 37 °C в течение 18-24 часов. Люциферазу измеряли с помощью планшетного ридера Ensight (Perkin Elmer) после добавления реагента Bio-Glo (Promega).

SPR кинетического подхода с одним циклом

Эксперименты SPR проводили с использованием прибора Biacore T200 с использованием кинетического подхода с одним циклом. S309 IgG захватывали на поверхности и вводили возрастающие концентрации очищенного RBD SARS-CoV-2 гликозилированного или дегликозилированного. Кинетику ассоциации и диссоциации контролировали и подгоняли к модели связывания для определения аффинности.

Экспрессия рекомбинантных антител

Рекомбинантные антитела экспрессировали в клетках ExpiCHO, временно котрансфицированных плазмидами, экспрессирующими тяжелую и легкую цепи, как описано ранее. (Stettler и др. (2016) Specificity, cross-reactivity, and function of antibodies elicited by Zika virus infection. Science, 353(6301), 823-826) Моноклональные антитела S303, S304, S306, S309, S310 и S315 экспрессировали в виде антител rIgG-MLNS. Мутация MLNS обеспечивает более длительный период полувыведения in vivo. (Zalevsky и др. (2010) Enhanced antibody half-life improves in vivo activity. Nature Biotechnology, 28(2), 157-159)

Выравнивание последовательностей

Геномные последовательности SARS-CoV-2 были загружены из GISAID 29 марта 2020 г. с использованием фильтров «полный (более 29 000 п.н. (пар нуклеотидов))» и «исключение с низким охватом». Последовательности летучих мышей и панголина удаляли с получением последовательностей только для человека. ORF (открытая рамка считывания) спайк-белка локализовали путем выполнения выравнивания генома эталонного белка (YP_009724390.1) с GeneWise2. Неполные совпадения и ORF, содержащие вставку/делецию, были сохранены и включены в последующий анализ. Нуклеотидные последовательности транслировали in silico с использованием seqkit. Удаляли последовательности с более чем 10% неопределенных аминокислот (из-за распознавания N оснований). Выравнивание нескольких последовательностей проводили с использованием MAFFT. Варианты определяли путем сравнения выровненных последовательностей (n сосавляет 2229) с эталонной последовательностью с использованием R/Bioconductor Package Biostrings. Аналогичную стратегию использовали для извлечения и трансляции последовательностей спайк-белка из геномов SARS-CoV, полученных из ViPR (критерии поиска: коронавирус, связанный с SARS, полноразмерные геномы, хозяин-человек, депонированный до декабря 2019 года, чтобы исключить SARS-CoV-2, n составляет 53). Исходные последовательности генома SARS-CoV содержали все основные опубликованные штаммы, такие как Urbani, Tor2, TW1, P2, Frankfurt1 и другие. Последовательности панголина, показанные в Tsan-Yuk Lam и др., были получены из GISAID. Последовательности летучих мышей из трех кладов сарбековирусов, как показано в Lu и др. (Lancet 2020), были получены из Genbank. Последовательности циветы и енотовидной собаки аналогичным образом были получены из Genbank.

Пример 37

ACE2-независимый механизм нейтрализации SARS-CoV2 с помощью антитела S309

В следующих экспериментах антитело S309 (VH с SEQ ID NO:105, VL с SEQ ID NO:168) экспрессировали в виде рекомбинантного IgG1 с мутациями Fc M428L и N434S. Исследовали влияние сверхэкспрессии ACE2 на нейтрализацию инфекции спомощью антитела S309. Клетки Vero E6 или Vero E6-TMPRSS2 инфицировали SARS-CoV-2 (изолят USA-WA1/2020) при MOI 0,01 в присутствии S309 (10 мкг/мл). Клетки фиксировали через 24 часа после инфицирования, вирусный нуклеокапсидный белок подвергали иммуноокрашиванию и количественному определению. Окрашивание нуклеокапсида практически отсутствовало в клетках, обработанных антителами. S309 имело IC50 (нг/мл) в клетках Vero E6, составляла 65, и в клетках Vero E6-TMPRSS2, составляла 91 (данные не показаны).

Панель из 7 клеточных линий (HeLa, 293T (wt), Vero E6, Huh7, 293T ACE2, MRC 5-ACE2-TMPRSS2, A549-ACE2-TMPRSS2 клон 5, A549-ACE2-TMPRSS2 клон 10) была инфицирована SARS-CoV-2-Nluc или VSV, псевдотипированным спайк-белком SARS-CoV-2 в присутствии S309. Сигнал люциферазы определяли количественно через 24 часа после инфицирования. Максимальные значения нейтрализации S309 были такими, как показано в таблице 12.

Таблица 12. Максимальные значения нейтрализации с помощью S309 Тип клетки Вирус/псевдотип SARS-CoV-2-Nluc Псевдотипированный VSV Vero E6 более 99 % более 99 % Vero E6-TMPRSS2 более 99 % 96% Huh7 98% 78% 293T ACE2 26% 34% MRC5-ACE2-TMPRSS2 87% 45% A549-ACE2-TMPRSS2 клон 5 89% 65% A549-ACE2-TMPRSS2 клон 10 81% 42%

Связывание очищенного, меченного флуоресцентной меткой спайк-белка SARS-CoV-2 с этими клеточными линиями количественно определяли с помощью проточной цитометрии. Клетки HeLa и 239T WT имели самые низкие значения MFI, за которыми следовали клетки Huh7 и VeroE6. Клетки 293T ACE2 (максимальная нейтрализация), MRC 5-ACE2-TMPRSS2 (третье по величине значение нейтрализации), клон 5 A549-ACE2-TMPRSS2 (четвертое по величине значение нейтрализации) и клон 10 A549-ACE2-TMPRSS2 (второе по величине значение нейтрализации) имели более высокие значения MFI. Был определен корреляционный анализ между максимальным потенциалом нейтрализации связывания с добавкой S309; значения корреляции Spearman S309 составили: r составляет -0,94 для обеих вирусных моделей. p составляет 0,017.

Чтобы дополнительно охарактеризовать клеточные линии, чувствительные к SARS-CoV-2, семь клеточных линий, описанных выше, инкубировали с очищенным, флуоресцентно меченным спайк-белком SARS-CoV-2 или белком RBD, и связывание белка количественно определяли с помощью проточной цитометрии. В порядке убывания MFI клеточные линии представляли собой: A549-ACE2-TMPRSS2 клон 10; 293T ACE2; MRC 5-ACE2-TMPRSS2; A549-ACE2-TMPRSS2 клон 5; Vero E6; Huh7; 293T (wt); и HeLa.

Отобранные лектины и опубликованные кандидаты в рецепторы были проверены с использованием клеток HEK293T, инфицированных вирусами VSV, псевдотипированными SARS-CoV-2. ACE2, DC-SIGN, L-SIGN и SIGLEC-1 дали самые высокие сигналы. ACE2 обеспечивал сигнал приблизительно 10⁵ относительных люминесцентных единиц (RLU), а DC-SIGN, SIGLEC-1 и L-SIGN имели сигналы приблизительно 10⁴ RLU. Все остальные протестированные лектины/кандидаты дали сигналы приблизительно 10²-10³ RLU.

Клетки HEK 293T, HeLa и MRC5 временно трансдуцировали для сверхэкспрессии DC-SIGN, L-SIGN, SIGLEC1 или ACE2 и инфицировали вирусами VSV, псевдотириванными SARS-CoV-2. Неинфицированные клетки и нетрансдуцированные клетки были включены в качестве контролей. В клетках HEK293T ACE2, DC-SIGN, SIGLEC-1 и L-SIGN обеспечивали значительное усиление инфекции. В клетках HeLa и MRC5 только ACE2 усиливал инфекцию.

Стабильные клеточные линии HEK293T, сверхэкспрессирующие DC-SIGN, L-SIGN, SIGLEC-1 или ACE2, инфицировали аутентичным SARS-CoV-2 (MOI 0,1), фиксировали и иммуноокрашивали через 24 часа для нуклеопротеина SARS-CoV-2. В качестве контролей использовали клетки дикого типа (инфицированные и неинфицированные). Усиленное окрашивание наблюдалось в клетках, сверхэкспрессирующих DC-SIGN, L-SIGN или SIGLEC-1, и окрашивание было значительно увеличено в клетках, сверхэкспрессирующих ACE2.

Стабильные клеточные линии инфицировали SARS-CoV-2-Nluc, а уровни люциферазы определяли количественно через 24 часа. В порядке возрастания RLU: неинфицированные (около 10²-10³ RLU); исходные 293T (около 10⁴ RLU); DC-SIGN (около 10⁵ RLU); L-SIGN (около 10⁵ RLU); SIGLEC-1 (около 10⁵-10⁶ RLU ); ACE2 (более 10⁷ RLU).

Стабильные клеточные линии инкубировали с различными концентрациями анти-SIGLEC1 mAb (клон 7-239) и инфицировали SARS-CoV-2-Nluc. Инфекция в процентах от необработанных клеток оставалась близкой к превышению 100% в клетках 293T, экспрессирующих DC-SIGN, L-SIGN или ACE2, но упала ниже 50% (0,2 мкг/мл анти-SIGLEC) до уровня, близкого к 0 (1 мкг/мл или 5 мкг/мл анти-SIGLEC) в клетках 293T, экспрессирующих SIGLEC-1.

Уровни экспрессии отдельных потенциальных кандидатов корецептора SARS-CoV-2 в одной клетке определяли в различных типах клеток легкого, полученных из Human Lung Cell Atlas (Атлас клеток легких человека) (nature.com/articles/s41586-020-2922-4). DC-SIGN, L-SIGN и SIGLEC-1 экспрессируются в различных типах клеток в легком на уровнях, аналогичных или даже выше, чем ACE2.

Связывание антител, нацеленных на DC-/L-SIGN, DC-SIGN, SIGLEC1 или ACE2 на клетках HEK293T, стабильно сверхэкспрессирующих соответствующий рецептор связывания, анализировали с помощью проточной цитометрии и иммунофлуоресцентного анализа. Клетки HEK 293T, сверхэкспрессирующие соответствующие рецепторы связывания, инфицировали VSV, псевдотипированным спайк-белком дикого типа или мутантным спайк-белком SARS-COV-2 линии B1.1.7. Люминесценцию анализировали на следующий день после инфицирования. Инфекция была усилена в клетках, экспрессирующих рецепторы связывания. Инфекция с помощью VSV, псевдотипированного любым спайк-белком, была аналогичной для каждой испытуемой группы. Клетки, экспрессирующие ACE2, давали самый высокий сигнал люминесценции.

Клетки Vero E6, дифференцированные in vitro moDC или PBMC инфицировали SARS-CoV-2 с MOI 0,01. Через 24 часа после инфицирования клетки фиксировали, иммуноокрашивали на вирусный нуклеокапсидный белок и количественно определяли инфицированные клетки. Только клетки VeroE6 показали инфекцию (около 7% клеток). Супернатант инфицированных клеток брали через 24, 48 и 72 часа и количественно определяли титр инфекционного вируса с помощью анализа FFU на клетках Vero E6.

Были оценены основные типы клеток с обнаруживаемым геномом SARS-CoV-2 в жидкости бронхоальвеолярного лаважа (BALF) и мокроте пациентов с тяжелым течением COVID-19. Был построен график t-SNE, и было определено количество каждого типа клеток SARS-CoV-2+ (всего n составляет 3085 клеток от 8 субъектов в публикации Ren и др. Cell 2021). Типы клеток включали T-клетки, NK-клетки, клетки плазмы, нейтрофилы, макрофаги, реснитчатые клетки, плоскоклеточные и секреторные. Экспрессию ACE2, DC-SIGN, L-SIGN, SIGLEC-1 и их комбинаций оценивали для каждого типа клеток.

Количество транскриптов ACE2, DC-SIGN (CD209), L-SIGN (CLEC4M), SIGLEC1 коррелировали с количеством РНК SARS-CoV-2 в макрофагах и секреторных клетках. Корреляция была основана на подсчетах (до преобразования логарифма), от Ren и др. Cell 2021).

Репрезентативные данные, демонстрирующие экспрессию рецепторов в стабильных клеточных линиях HEK293T, показаны на фиг. 60. Клеточные линии генерировали для сверхэкспрессии DC-SIGN, L-SIGN или ACE2 путем трансдукции клеток HEK293T лентивирусом, кодирующим трансген, и проводили иммунофлуоресцентные анализы для оценки экспрессии трансгена.

Репрезентативные данные, демонстрирующие способность псевдотипированного вируса VSV, экспрессирующего S-белок SARS-CoV-2 с репортером люциферазы, инфицировать клетки HEK293T (с использованием люминесцентного анализа), показаны на фиг. 61; экспрессия DC-SIGN или L-SIGN увеличивала уровни инфекции псевдотипированного вируса более чем в 10 раз по сравнению с инфекцией клеток HEK293T WT, и экспрессия ACE2 увеличивала уровни инфекции пседотипированным вирусом более чем в 100 раз по сравнению с инфекцией клеток HEK293T WT.

Нейтрализующую активность примерного mAb S309 против пседотипированного вируса VSV оценивали в сконструированных клетках HEK293T. Данные показаны на фиг. 62; S309 полностью нейтрализовало инфекцию с помощью DC-SIGN и L-SIGN и, в меньшей степени, ACE2.

Способность живого SARS-CoV-2 с репортером люциферазы инфицировать клетки HEK293T исследовали с помощью люминесцентного анализа. Данные показаны на фиг. 63; экспрессия DC-SIGN или L-SIGN увеличивала уровни инфекции живым вирусом более чем в 3 раза по сравнению с инфекцией клеток HEK293T WT, и экспрессия ACE2 увеличивала уровни инфекции живым вирусом более чем в 100 раз по сравнению с инфекцией клеток HEK293T WT.

Нейтрализующую активность mAb S309 против пседотипированного вируса VSV оценивали в сконструированных клетках HEK293T. Данные показаны на фиг. 64; S309 полностью нейтрализовало инфекцию с помощью DC-SIGN и L-SIGN и, в меньшей степени, нейтрализовало заражение через ACE2.

Были проведены эксперименты для изучения того, может ли антитело S309 нейтрализовать проникновение SARS-CoV-2 через SIGLEC-1. Вкратце, стабильные клеточные линии HEK293T создавали, как описано выше, для сверхэкспрессии DC-SIGN/L-SIGN, DC-SIGN, SIGLEC-1 или ACE2. Данные экспрессии показаны на фиг. 65. Как показано на фиг. 66; экспрессия DC-SIGN, L-SIGN или SIGLEC увеличивала уровни инфекции живым вирусом более чем в 10 раз по сравнению с инфекцией клеток HEK293T WT, и экспрессия ACE2 увеличивала уровни инфекции псевдотипированным вирусом более чем в 100 раз по сравнению с инфекцией клеток HEK293T WT. Как показано на фиг. 67, S309 полностью нейтрализовало инфекцию через DC-SIGN, L-SIGN и SIGLEC-1.

Экспрессию DC-SIGN (CD209) и других белков рецепторов клеточной поверхности, включая SIGLEC-1 и другие SIGLEC, определяли на различных типах клеток. Данные обобщены на фиг. 68A и 68B.

Были проведены дальнейшие эксперименты для исследования функции (функций) DC-SIGN, L-SIGN и SIGLEC-1 при инфекции SARS-CoV-2. В одном наборе экспериментов клетки HEK293T, стабильно экспрессирующие DC-SIGN, L-SIGN, SIGLEC-1 или ACE2, инфицировали живым Nluc SARS-CoV-2 при трех различных множествах инфекций (MOI): 0,01, 0,1 и 1). Инфекцию определяли с использованием относительных люминесцентных единиц и сравнивали с инфекцией в клетках HEK293T (исходных). Данные показаны на фиг. 69. При наименьшем тестируемом MOI наблюдалось увеличение инфекции в клетках, экспрессирующих DC-SIGN, L-SIGN или SIGLEC. На самом высоком тестируемом MOI, инфекция не была дополнительно усилена по сравнению с исходной экспрессией DC-SIGN, L-SIGN или SIGLEC. Эти данные показывают, что тсходные клетки 293T восприимчивы к инфекции SARS-CoV-2 и L-SIGN, DC-SIGN и SIGLEC-1 усиливают уровни инфекции, но не функционируют как первичные рецепторы инфекции.

В другом наборе экспериментов клетки 293T, клетки HeLa и клетки MRC5 временно трансдуцировали лентивирусом, кодирующим DC-SIGN, L-SIGN, SIGLEC-1 или ACE2, и инфицировали псевдотипированным вирусом VSV через три дня после трансдукции. Данные показаны на фиг. 70. В то время как клетки 293T показали низкий уровень восприимчивости (по сравнению с неинфицированными и нетрансдуцированными), клетки HeLa и MRC5 были полностью устойчивы к вирусу. Низкий уровень инфекции в клетках 293T может быть увеличен путем экспрессии L-SIGN, DC-SIGN или SIGLEC-1, что соответствует роли этих белков, а также факторов связывания. Клетки HeLa и MRC5 оставались устойчивыми к инфекции даже после экспрессии L-SIGN, DC-SIGN или SIGLEC-1 и становились восприимчивыми только после экспрессии ACE2. Эти данные показывают, что L-SIGN, DC-SIGN и SIGLEC-1 не являются первичными рецепторами для SARS-CoV-2.

Пример 38

Эффективность in vivo антитела S309

Эффективность S309 исследовали на сирийских хомяках. Эта животная модель представляет собой на сегодняшний день наиболее релевантную модель инфекции SARS-CoV-2, которая не требовала чрезмерной экспрессии in vivo ACE2 для поддержания продуктивной инфекции и заболевания. Профилактическое введение S309 индуцировало дозозависимую защиту от инфекции SARS-CoV-2 и повреждения тканей у хомяков, что продемонстрировали уровни вирусной РНК, вирусная нагрузка, а также гистопатологическая оценка легких (фиг. 73A-7C). Эти данные показывают, что плохая и неполная нейтрализация проникновения S309 in vitro при использовании клеток, сверхэкспрессирующих ACE2, не нарушала in vivo эффективность mAb, не имеющих RBM.

S309, несущее мутацию N297A, имеет сниженную способность запускать эффекторные функции вследствие снижения взаимодействия с рецепторами Fcγ. Это было дополнительно подтверждено снижением связывания варианта S309-N297A с моноцитами хомяка в селезенке. Эффективность in vivo, измеренная с помощью mAb N297A, аналогична или просто немного уступает S309 wt, что указывает на то, что нейтрализующая способность mAb преобладает над его способностью выполнять эффекторную функцию в этих условиях. Концентрация S309 в сыворотке, необходимая для снижения вирусной РНК в легком на 90%, составляла 9 мкг/мл, фиг. 73D.

Пример 39

Активность антител против вариантов SARS-CoV-2

Появился ряд вариантов SARS-CoV-2, при этом в конце 2020 года было зарегистрировано увеличение числа случаев инфицирования вариантами. Мотив связывания рецептора (RBM), по-видимому, является особенно изменчив в отношении к мутации. Заметные появляющиеся варианты наблюдались в Шотландии, Великобритании, Южной Африке, Калифорнии, Колумбусе и у норок в Дании, и сообщалось, что некоторые мутации обеспечивают ускользание от антител или нейтрализацию сыворотки. Эксперименты проводили для оценки способности антител S309 нейтрализовать варианты. S309 N55Q MLNS (VH: SEQ ID NO:113; VL: SEQ ID NO:168; с мутациями Fc M428L и N434S) тестировали против SARS-CoV-2, с панелью из 20 наиболее часто встречающихся мутаций варианта RBD SARS-CoV-2, как определено с помощью считывания последовательности. Антитела REGN10933 и REGN10987 (Hansen и др., Science 369(6506):1010-1014; eabd0827-0810 (2020) и PDB 6XDG (rcsb.org/structure/6XDG)) были включены для сравнения. Результаты обобщены в Таблице 13.

Y означает менее чем трехкратное снижение нейтрализации живого вируса или псевдотипированного вируса;

N означает более чем трехкратное снижение нейтрализации живого вируса или псевдотипированного вируса;

P представляет собой нейтрализацию антителом прогнозируется из-за того, что вариантная аминокислота находится вне эпитопа;

? означает неизвестно.

Таблица 13. Сводка результатов нейтрализации с помощью антител против вариантов коронавируса SARS CoV-2 Вариант мутации S309 N55Q MLNS REGN10933 REGN10987 N501Y (британский, южноафриканский и бразильский мутант) Y Y Y S477N Y Y Y N439K (шотландский мутант) Y Y N L452R (калифорнийский мутант) Y P P E484K (южноафриканский и бразильский мутант) Y N Y Y453F (мутант норки) Y N N (уменьшение в 4 раза) A520S Y Y Y K417N (южноафриканский мутант) Y (K417N/V) N Y (K417N/E/V) S494P Y N P S477R P ? P V367F Y Y Y P384L Y P P A522S Y P P A522V Y P P V382L Y P P N501T Y P P P330S Y P P T478I Y ? P S477I Y ? P P479S Y P P

Y означает менее чем трехкратное снижение нейтрализации живого вируса или псевдотипированного вируса;

N означает более чем трехкратное снижение нейтрализации живого вируса или псевдотипированного вируса;

P представляет собой нейтрализацию антителом прогнозируется из-за того, что вариантная аминокислота находится вне эпитопа;

? означает неизвестно.

Общее количество секвенированных мутантов SARS-CoV-2, которые, как известно, ускользают от антител (по состоянию на 29 января 2021 г.), составляло: S309 N55Q MLNS = 29; REGN10987 = 10425; REGN10933 = 3621.

Связывание антител S309 с вариантом RBD SARS-CoV-2 оценивали с помощью BLI. Оценивали S309 (VH: SEQ ID NO:105; VL: SEQ ID NO:168) с Fc дикого типа и S309 N55Q (VH: SEQ ID NO:113; VL: SEQ ID NO:168), несущие мутации Fc MLNS или MLNS + GAALIE. REGN10987 и REGN10933 были включены в качестве сравнения. Вкратце, антитела разбавляли в кинетическом буфере при 3 мкг/мл и загружали на сенсоры белка А в течение 75 секунд. После короткого этапа уравновешивания в кинетическом буфере загруженные сенсоры перемещали в лунки, содержащие варианты RBD, при 5 мкг/мл в кинетическом буфере и фиксировали ассоциацию в течение 3 минут. Диссоциацию комплекса проводили в кинетическом буфере в течение 3 минут. Данные показаны на фиг. 71A-71B; "WT" = Wuhan-Hu-1 с D614G; "Тройной мутант" в нижнем ряду = Wuhan-Hu-1 с D614G и добавлены южноафриканский вариант B.1.351 с мутациями RBD K417N, E484K и N501Y. Другие мутации, присутствующие в южнойафриканском варианте B.1.351, не присутствовали в тестируемом RBD «SA».

Нейтрализацию с помощью антител S309 против вариантов SARS-CoV-2 оценивали с использованием псевдотипированного вируса MLV и клеток-мишеней Vero-E6, экспрессирующих TMPRSS2. Оценивали S309 (VH: SEQ ID NO:105; VL: SEQ ID NO:168) с Fc дикого типа и S309 N55Q (VH: SEQ ID NO:113; VL: SEQ ID NO:168), несущие мутации Fc MLNS или MLNS + GAALIE. Также оценивали REGN10987, REGN10933 и комбинацию REGN10987 + REGN10933. Данные показаны на фиг. 72. "WT" означает Wuhan-Hu-1; "UK" означает SARS-CoV-2 вариант B.1.1.7; и "SA" означает вариант B.1.351.

Различные варианты осуществления, описанные в настоящем документе, можно объединять, получая дополнительные варианты осуществления. Все патенты США, публикации патентных заявок США, патентные заявки США, иностранные патенты, иностранные патентные заявки и непатентные публикации, указанные в настоящем описании и/или перечисленные информационном листе заявки, включая патентную заявку США 62/981,984, поданную 26 февраля, 2020, патентную заявку США 62/982,661, поданную 27 февраля, 2020, патентную заявку США 62/987,298, поданную 9 марта, 2020, патентную заявку США 62/989,522, поданную 13 марта, 2020, патентную заявку США 62/990,369, поданную 16 марта, 2020, патентную заявку США 62/992,082, поданную 19 марта, 2020, патентную заявку США 62/994,235, поданную 24 марта, 2020, патентную заявку США 63/001,204, поданную 27 марта, 2020, патентную заявку США 63/003,214, поданную 31 марта, 2020, патентную заявку США 63/005,206, поданную 3 апреля, 2020, патентную заявку США 63/010,589, поданную 15 апреля, 2020, патентную заявку США 63/011,971, поданную 17 апреля, 2020, патентную заявку США 63/014,024, поданную 22 апреля, 2020, патентную заявку США 63/023,788, поданную 12 мая, 2020, патентную заявку США 63/025,133, поданную 14 мая, 2020, патентную заявку США 63/039,813, поданную 16 июня, 2020, патентную заявку США 63/043,653, поданную 24 июня, 2020, патентную заявку США 63/050,331, поданную 10 июля, 2020, и патентную заявку США 63/052,810, поданную 16 июля, 2020, полностью включены в настоящий документ посредством ссылки. Аспекты вариантов осуществления может быть модифицировано, если необходимо использовать концепции различных патентов, заявок и публикаций для обеспечения еще нескольких дополниительных вариантов осуществления.

В настоящий вариант осуществления можно вносить указанные и другие изменения в свете вышеприведенного подробного описания. В целом, термины, используемые в следующей формуле изобретения, не должны толковаться как ограничивающие формулу изобретения конкретными вариантами осуществления, раскрытыми в описании и формуле изобретения, но должны толковаться как включающие все возможные варианты осуществления вместе с полным объемом эквивалентов, на которые распространяется такая формула изобретения. Соответственно, формула изобретения не ограничена описанием.

--->

ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> ВИР БАЙОТЕКНОЛОДЖИ, ИНК.

ХУМАБС БИОМЕД СА

<120> АНТИТЕЛА ПРОТИВ SARS-COV-2 И СПОСОБЫ ИХ ПРИМЕНЕНИЯ

<130> 930585.402WO

<140> PCT

<141> 2021-02-25

<150> US 62/981,984

<151> 2020-02-26

<150> US 62/982,661

<151> 2020-02-27

<150> US 62/987,298

<151> 2020-03-09

<150> US 62/989,522

<151> 2020-03-13

<150> US 62/990,369

<151> 2020-03-16

<150> US 62/992,082

<151> 2020-03-19

<150> US 62/994,235

<151> 2020-03-24

<150> US 63/001,204

<151> 2020-03-27

<150> US 63/003,214

<151> 2020-03-31

<150> US 63/005,206

<151> 2020-04-03

<150> US 63/010,589

<151> 2020-04-15

<150> US 63/011,971

<151> 2020-04-17

<150> US 63/014,024

<151> 2020-04-22

<150> US 63/023,788

<151> 2020-05-12

<150> US 63/025,133

<151> 2020-05-14

<150> US 63/039,813

<151> 2020-06-16

<150> US 63/043,653

<151> 2020-06-24

<150> US 63/050,331

<151> 2020-07-10

<150> US 63/052,810

<151> 2020-07-16

<160> 267

<170> FastSEQ для Windows версии 4.0

<210> 1

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 1

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Trp Val Asn Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 2

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH1 S300-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 2

Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Tyr

1 5

<210> 3

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S300-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 3

Val Asn Gly Tyr Ser Gly Ala Thr

1 5

<210> 4

<211> 16

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S300-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 4

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

1 5 10 15

<210> 5

<211> 109

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S300-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 5

Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Pro Ser Ser

20 25 30

Cys Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Gly Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Arg Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Ser Ser Pro

85 90 95

Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 6

<211> 7

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S300-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 6

Gln Ser Val Pro Ser Ser Cys

1 5

<210> 7

<211> 3

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL2 S300-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 7

Gly Ala Ser

1

<210> 8

<211> 10

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S300-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 8

Gln Gln Tyr Gly Ser Ser Pro Pro Leu Thr

1 5 10

<210> 9

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v1.1 mAb SARS-CoV-2

<400> 9

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Trp Val Gln Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 10

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v1.2 mAb SARS-CoV-2

<400> 10

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Trp Val Asn Ala Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 11

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v1.3 mAb SARS-CoV-2

<400> 11

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Trp Val Asn Ser Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 12

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v1.4 mAb SARS-CoV-2

<400> 12

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Trp Val Asn Pro Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 13

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v1.5 mAb SARS-CoV-2

<400> 13

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Trp Val Asn Gln Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 14

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v1.6 mAb SARS-CoV-2

<400> 14

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Trp Val Leu Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 15

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v1.7 mAb SARS-CoV-2

<400> 15

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Trp Val Thr Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 16

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S300-v1.1 mAb SARS-CoV-2

<400> 16

Val Gln Gly Tyr Ser Gly Ala Thr

1 5

<210> 17

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S300-v1.2 mAb SARS-CoV-2

<400> 17

Val Asn Ala Tyr Ser Gly Ala Thr

1 5

<210> 18

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S300-v1.3 mAb SARS-CoV-2

<400> 18

Val Asn Ser Tyr Ser Gly Ala Thr

1 5

<210> 19

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S300-v1.4 mAb SARS-CoV-2

<400> 19

Val Asn Pro Tyr Ser Gly Ala Thr

1 5

<210> 20

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S300-v1.5 mAb SARS-CoV-2

<400> 20

Val Asn Gln Tyr Ser Gly Ala Thr

1 5

<210> 21

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S300-v1.6 mAb SARS-CoV-2

<400> 21

Val Leu Gly Tyr Ser Gly Ala Thr

1 5

<210> 22

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S300-v1.7 mAb SARS-CoV-2

<400> 22

Val Thr Gly Tyr Ser Gly Ala Thr

1 5

<210> 23

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v1.8 mAb SARS-CoV-2

<400> 23

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Trp Val Asn Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Phe Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 24

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v1.9 mAb SARS-CoV-2

<400> 24

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Trp Val Asn Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Tyr Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 25

<211> 16

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S300-v1.8 mAb SARS-CoV-2

<400> 25

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Phe Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

1 5 10 15

<210> 26

<211> 16

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S300-v1.9 mAb SARS-CoV-2

<400> 26

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Tyr Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

1 5 10 15

<210> 27

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v2 mAb SARS-CoV-2

<400> 27

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Asn Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 28

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v2.1 mAb SARS-CoV-2

<400> 28

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Gln Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 29

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v2.2 mAb SARS-CoV-2

<400> 29

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Asn Ala Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 30

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v2.3 mAb SARS-CoV-2

<400> 30

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Asn Ser Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 31

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v2.4 mAb SARS-CoV-2

<400> 31

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Asn Pro Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 32

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v2.5 mAb SARS-CoV-2

<400> 32

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Asn Gln Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 33

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v2.6 mAb SARS-CoV-2

<400> 33

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Leu Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 34

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v2.7 mAb SARS-CoV-2

<400> 34

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Thr Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 35

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v2.8 mAb SARS-CoV-2

<400> 35

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Asn Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Phe Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 36

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v2.9 mAb SARS-CoV-2

<400> 36

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Asn Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Tyr Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 37

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v3 mAb SARS-CoV-2

<400> 37

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Tyr Val Asn Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 38

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v3.1 mAb SARS-CoV-2

<400> 38

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Tyr Val Gln Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 39

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v3.2 mAb SARS-CoV-2

<400> 39

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Tyr Val Asn Ala Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 40

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v3.3 mAb SARS-CoV-2

<400> 40

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Tyr Val Asn Ser Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 41

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v3.4 mAb SARS-CoV-2

<400> 41

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Tyr Val Asn Pro Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 42

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v3.5 mAb SARS-CoV-2

<400> 42

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Tyr Val Asn Gln Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 43

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v3.6 mAb SARS-CoV-2

<400> 43

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Tyr Val Leu Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 44

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v3.7 mAb SARS-CoV-2

<400> 44

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Tyr Val Thr Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Trp Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 45

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v3.8 mAb SARS-CoV-2

<400> 45

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Tyr Val Asn Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Phe Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 46

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S300-v3.9 mAb SARS-CoV-2

<400> 46

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Tyr Val Asn Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Tyr Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 47

<211> 109

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S300-v10 mAb SARS-CoV-2

<400> 47

Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Pro Ser Ser

20 25 30

Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Gly Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Arg Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Ser Ser Pro

85 90 95

Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 48

<211> 109

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S300-v11 mAb SARS-CoV-2

<400> 48

Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Pro Ser Ser

20 25 30

Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Gly Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Arg Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Ser Ser Pro

85 90 95

Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 49

<211> 109

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S300-v12 mAb SARS-CoV-2

<400> 49

Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Pro Ser Ser

20 25 30

Thr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Gly Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Arg Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Ser Ser Pro

85 90 95

Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 50

<211> 109

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S300-v13 mAb SARS-CoV-2

<400> 50

Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Pro Ser Ser

20 25 30

Ala Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Gly Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Arg Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Ser Ser Pro

85 90 95

Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 51

<211> 7

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S300-v10 mAb SARS-CoV-2

<400> 51

Gln Ser Val Pro Ser Ser Tyr

1 5

<210> 52

<211> 7

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S300-v11 mAb SARS-CoV-2

<400> 52

Gln Ser Val Pro Ser Ser Ser

1 5

<210> 53

<211> 7

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S300-v12 mAb SARS-CoV-2

<400> 53

Gln Ser Val Pro Ser Ser Thr

1 5

<210> 54

<211> 7

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S300-v13 mAb SARS-CoV-2

<400> 54

Gln Ser Val Pro Ser Ser Ala

1 5

<210> 55

<211> 121

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S302 mAb SARS-CoV-2

<400> 55

Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr

20 25 30

Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Val Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Lys Tyr Tyr Ala Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Lys Asp Ile Ser Ser Gly Trp Asp Arg Val Phe Asp Tyr Trp Gly

100 105 110

Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 56

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH1 S302 mAb SARS-CoV-2

<400> 56

Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Gly

1 5

<210> 57

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S302 mAb SARS-CoV-2

<400> 57

Ile Ser Tyr Asp Gly Ser Asn Lys

1 5

<210> 58

<211> 14

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S302 mAb SARS-CoV-2

<400> 58

Ala Lys Asp Ile Ser Ser Gly Trp Asp Arg Val Phe Asp Tyr

1 5 10

<210> 59

<211> 108

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S302 mAb SARS-CoV-2

<400> 59

Glu Ile Leu Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Thr Ser Gln Ser Val Gly Ser Ser

20 25 30

Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Ala Ala Ser Ser Arg Ala Ile Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Gly Ser Ser Pro

85 90 95

Trp Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 60

<211> 7

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S302 mAb SARS-CoV-2

<400> 60

Gln Ser Val Gly Ser Ser Tyr

1 5

<210> 61

<211> 3

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL2 S302 mAb SARS-CoV-2

<400> 61

Ala Ala Ser

1

<210> 62

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S302 mAb SARS-CoV-2

<400> 62

Gln Gln Tyr Gly Ser Ser Pro Trp Thr

1 5

<210> 63

<211> 124

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S303-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 63

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Leu Thr Tyr

20 25 30

Ser Met Asn Trp Val Arg Gln Thr Pro Gly Lys Arg Leu Gln Trp Val

35 40 45

Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ala Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Thr Val Thr Ala Asp Asp Thr Ala Ile Tyr Phe Cys

85 90 95

Ala Arg Glu Arg Asp Asp Ile Phe Pro Met Gly Leu Asn Ala Phe Asp

100 105 110

Ile Trp Gly Gln Gly Ala Met Val Ile Val Ser Ser

115 120

<210> 64

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH1 S303-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 64

Gly Phe Thr Phe Leu Thr Tyr Ser

1 5

<210> 65

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S303-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 65

Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ala Thr

1 5

<210> 66

<211> 17

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S303-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 66

Ala Arg Glu Arg Asp Asp Ile Phe Pro Met Gly Leu Asn Ala Phe Asp

1 5 10 15

Ile

<210> 67

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S303-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 67

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Thr Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Asn Trp

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Lys Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Asp Asp Ser Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asp Thr Tyr Ser Trp

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 68

<211> 6

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S303-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 68

Gln Ser Ile Ser Asn Trp

1 5

<210> 69

<211> 3

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL2 S303-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 69

Lys Ala Ser

1

<210> 70

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S303-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 70

Gln Gln Tyr Asp Thr Tyr Ser Trp Thr

1 5

<210> 71

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S303-v2 mAb SARS-CoV-2

<400> 71

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Thr Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Asn Phe

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Lys Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Asp Asp Ser Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asp Thr Tyr Ser Trp

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 72

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S303-v3 mAb SARS-CoV-2

<400> 72

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Thr Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Asn Tyr

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Lys Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Asp Asp Ser Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asp Thr Tyr Ser Trp

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 73

<211> 6

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S303-v2 mAb SARS-CoV-2

<400> 73

Gln Ser Ile Ser Asn Phe

1 5

<210> 74

<211> 6

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S303-v3 mAb SARS-CoV-2

<400> 74

Gln Ser Ile Ser Asn Tyr

1 5

<210> 75

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S303-v4 mAb SARS-CoV-2

<400> 75

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Thr Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Asn Trp

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Lys Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Asp Asp Ser Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asp Thr Tyr Ser Phe

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 76

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S303-v5 mAb SARS-CoV-2

<400> 76

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Thr Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Ser Asn Trp

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Lys Ala Ser Ser Leu Glu Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Asp Asp Ser Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Asp Thr Tyr Ser Tyr

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 77

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S303-v4 mAb SARS-CoV-2

<400> 77

Gln Gln Tyr Asp Thr Tyr Ser Phe Thr

1 5

<210> 78

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S303-v5 mAb SARS-CoV-2

<400> 78

Gln Gln Tyr Asp Thr Tyr Ser Tyr Thr

1 5

<210> 79

<211> 120

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S304 mAb SARS-CoV-2

<400> 79

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr

20 25 30

Asp Met His Trp Val Arg Gln Thr Thr Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ser Thr Ile Gly Thr Ala Gly Asp Thr Tyr Tyr Pro Asp Ser Val Lys

50 55 60

Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Glu Asp Ala Lys Asn Ser Leu Tyr Leu

65 70 75 80

Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Gly Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala

85 90 95

Arg Gly Asp Ser Ser Gly Tyr Tyr Tyr Tyr Phe Asp Tyr Trp Gly Gln

100 105 110

Gly Thr Leu Leu Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 80

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH1 S304 mAb SARS-CoV-2

<400> 80

Gly Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Asp

1 5

<210> 81

<211> 7

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S304 mAb SARS-CoV-2

<400> 81

Ile Gly Thr Ala Gly Asp Thr

1 5

<210> 82

<211> 14

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S304 mAb SARS-CoV-2

<400> 82

Ala Arg Gly Asp Ser Ser Gly Tyr Tyr Tyr Tyr Phe Asp Tyr

1 5 10

<210> 83

<211> 108

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S304 mAb SARS-CoV-2

<400> 83

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ala Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Ser Ile Gly Ser Tyr

20 25 30

Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Ala Ala Ser Ser Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Ile Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Tyr Val Ser Pro Thr

85 90 95

Tyr Thr Phe Gly Pro Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys

100 105

<210> 84

<211> 6

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S304 mAb SARS-CoV-2

<400> 84

Gln Ser Ile Gly Ser Tyr

1 5

<210> 85

<211> 3

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL2 S304 mAb SARS-CoV-2

<400> 85

Ala Ala Ser

1

<210> 86

<211> 10

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S304 mAb SARS-CoV-2

<400> 86

Gln Gln Ser Tyr Val Ser Pro Thr Tyr Thr

1 5 10

<210> 87

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S306 mAb SARS-CoV-2

<400> 87

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Thr Tyr Thr Phe Thr Ser Phe

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Thr Thr Tyr Ser Gly Asp Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Asn Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Ser Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Ser Asp Tyr Phe Asp Ser Ser Gly Tyr Tyr His Ser Phe Asp Tyr

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 88

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH1 S306 mAb SARS-CoV-2

<400> 88

Thr Tyr Thr Phe Thr Ser Phe Gly

1 5

<210> 89

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S306 mAb SARS-CoV-2

<400> 89

Ile Thr Thr Tyr Ser Gly Asp Thr

1 5

<210> 90

<211> 16

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S306 mAb SARS-CoV-2

<400> 90

Ala Ser Asp Tyr Phe Asp Ser Ser Gly Tyr Tyr His Ser Phe Asp Tyr

1 5 10 15

<210> 91

<211> 109

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S306 mAb SARS-CoV-2

<400> 91

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Asp Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Asp Ala Ser Lys Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Arg Ser Asn Trp Pro Pro

85 90 95

Gly Cys Ser Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 92

<211> 6

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S306 mAb SARS-CoV-2

<400> 92

Gln Ser Val Ser Ser Tyr

1 5

<210> 93

<211> 3

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL2 S306 mAb SARS-CoV-2

<400> 93

Asp Ala Ser

1

<210> 94

<211> 11

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S306 mAb SARS-CoV-2

<400> 94

Gln Gln Arg Ser Asn Trp Pro Pro Gly Cys Ser

1 5 10

<210> 95

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S308-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 95

Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Arg Phe Thr Phe Ser Ser Tyr

20 25 30

Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Val Ile Trp His Asp Gly Asn Asn Lys His Tyr Gly Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Val Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Thr Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Ala Val Thr Thr Phe Lys Gly Ser Gly Arg Ala Arg Met Arg

100 105 110

Gly Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 96

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH1 S308-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 96

Arg Phe Thr Phe Ser Ser Tyr Gly

1 5

<210> 97

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S308-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 97

Ile Trp His Asp Gly Asn Asn Lys

1 5

<210> 98

<211> 20

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S308-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 98

Ala Arg Ala Val Thr Thr Phe Lys Gly Ser Gly Arg Ala Arg Met Arg

1 5 10 15

Gly Met Asp Val

20

<210> 99

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S308-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 99

Asp Ile Gln Leu Thr Gln Ser Pro Ser Phe Leu Ser Ala Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Asn Thr Tyr

20 25 30

Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Ala Ala Ser Thr Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Glu Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln His Leu Asp Thr Tyr Pro Phe

85 90 95

Thr Phe Gly Pro Gly Thr Lys Val Asp Ile Lys

100 105

<210> 100

<211> 6

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S308-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 100

Gln Gly Ile Asn Thr Tyr

1 5

<210> 101

<211> 3

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL2 S308-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 101

Ala Ala Ser

1

<210> 102

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S308-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 102

Gln His Leu Asp Thr Tyr Pro Phe Thr

1 5

<210> 103

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S308-v2 mAb SARS-CoV-2

<400> 103

Gln Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Val Val Gln Pro Gly Arg

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Arg Phe Thr Phe Ser Ser Tyr

20 25 30

Gly Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Val Ile Trp His Asp Gly Asn Asn Lys His Tyr Gly Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Val Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Thr Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Ala Val Thr Thr Phe Lys Gly Ser Gly Arg Ala Arg Leu Arg

100 105 110

Gly Met Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 104

<211> 20

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S308-v2 mAb SARS-CoV-2

<400> 104

Ala Arg Ala Val Thr Thr Phe Lys Gly Ser Gly Arg Ala Arg Leu Arg

1 5 10 15

Gly Met Asp Val

20

<210> 105

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 105

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 106

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH1 S309-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 106

Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly

1 5

<210> 107

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S309-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 107

Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr

1 5

<210> 108

<211> 20

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S309-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 108

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

1 5 10 15

Gly Phe Asp Asn

20

<210> 109

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S309-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 109

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Thr Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Asn Asn Tyr

20 25 30

Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Val Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Gly Ala Ser Thr Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Arg Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Gly Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Val Ala Ser Tyr Tyr Cys Arg Lys Tyr Asn Ser Ala Pro Trp

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Arg Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 110

<211> 6

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S309-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 110

Gln Gly Ile Asn Asn Tyr

1 5

<210> 111

<211> 3

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL2 S309-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 111

Gly Ala Ser

1

<210> 112

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S309-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 112

Arg Lys Tyr Asn Ser Ala Pro Trp Thr

1 5

<210> 113

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v1.1 mAb SARS-CoV-2

<400> 113

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Gln Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 114

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v1.2 mAb SARS-CoV-2

<400> 114

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Ser Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 115

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v1.3 mAb SARS-CoV-2

<400> 115

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Ala Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 116

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v1.4 mAb SARS-CoV-2

<400> 116

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gln Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 117

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v1.5 mAb SARS-CoV-2

<400> 117

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Leu Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 118

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v1.6 mAb SARS-CoV-2

<400> 118

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Thr Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 119

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v1.7 mAb SARS-CoV-2

<400> 119

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Phe Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 120

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v1.8 mAb SARS-CoV-2

<400> 120

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Tyr Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 121

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S309-v1.1 mAb SARS-CoV-2

<400> 121

Ile Ser Thr Tyr Gln Gly Asn Thr

1 5

<210> 122

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S309-v1.2 mAb SARS-CoV-2

<400> 122

Ile Ser Thr Tyr Asn Ser Asn Thr

1 5

<210> 123

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S309-v1.3 mAb SARS-CoV-2

<400> 123

Ile Ser Thr Tyr Asn Ala Asn Thr

1 5

<210> 124

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S309-v1.4 mAb SARS-CoV-2

<400> 124

Ile Ser Thr Tyr Asn Gln Asn Thr

1 5

<210> 125

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S309-v1.5 mAb SARS-CoV-2

<400> 125

Ile Ser Thr Tyr Leu Gly Asn Thr

1 5

<210> 126

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S309-v1.6 mAb SARS-CoV-2

<400> 126

Ile Ser Thr Tyr Thr Gly Asn Thr

1 5

<210> 127

<211> 20

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S309-v1.7 mAb SARS-CoV-2

<400> 127

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Phe Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

1 5 10 15

Gly Phe Asp Asn

20

<210> 128

<211> 20

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S309-v1.8 mAb SARS-CoV-2

<400> 128

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Tyr Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

1 5 10 15

Gly Phe Asp Asn

20

<210> 129

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v2 mAb SARS-CoV-2

<400> 129

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Phe Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 130

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v2.1 mAb SARS-CoV-2

<400> 130

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Phe Ile Ser Thr Tyr Gln Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 131

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v2.2 mAb SARS-CoV-2

<400> 131

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Phe Ile Ser Thr Tyr Asn Ser Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 132

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v2.3 mAb SARS-CoV-2

<400> 132

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Phe Ile Ser Thr Tyr Asn Ala Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 133

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v2.4 mAb SARS-CoV-2

<400> 133

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Phe Ile Ser Thr Tyr Asn Gln Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 134

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v2.5 mAb SARS-CoV-2

<400> 134

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Phe Ile Ser Thr Tyr Leu Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 135

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v2.6 mAb SARS-CoV-2

<400> 135

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Phe Ile Ser Thr Tyr Thr Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 136

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v2.7 mAb SARS-CoV-2

<400> 136

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Phe Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Phe Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 137

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v2.8 mAb SARS-CoV-2

<400> 137

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Phe Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Tyr Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 138

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v3 mAb SARS-CoV-2

<400> 138

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Tyr Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 139

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v3.1 mAb SARS-CoV-2

<400> 139

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Tyr Ile Ser Thr Tyr Gln Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 140

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v3.2 mAb SARS-CoV-2

<400> 140

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Tyr Ile Ser Thr Tyr Asn Ser Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 141

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v3.3 mAb SARS-CoV-2

<400> 141

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Tyr Ile Ser Thr Tyr Asn Ala Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 142

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v3.4 mAb SARS-CoV-2

<400> 142

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Tyr Ile Ser Thr Tyr Asn Gln Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 143

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v3.5 mAb SARS-CoV-2

<400> 143

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Tyr Ile Ser Thr Tyr Leu Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 144

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v3.6 mAb SARS-CoV-2

<400> 144

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Tyr Ile Ser Thr Tyr Thr Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 145

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v3.7 mAb SARS-CoV-2

<400> 145

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Tyr Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Phe Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 146

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S309-v3.8 mAb SARS-CoV-2

<400> 146

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Tyr Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Tyr Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 147

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S309-v9 mAb SARS-CoV-2

<400> 147

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Thr Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Asn Asn Tyr

20 25 30

Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Val Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Gly Ala Ser Thr Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Arg Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Gly Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Val Ala Ser Tyr Tyr Cys Arg Lys Tyr Asn Ser Ala Pro Gly

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Arg Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 148

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S309-v10 mAb SARS-CoV-2

<400> 148

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Thr Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Asn Asn Tyr

20 25 30

Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Val Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Gly Ala Ser Thr Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Arg Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Gly Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Val Ala Ser Tyr Tyr Cys Arg Lys Tyr Asn Ser Ala Pro Arg

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Arg Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 149

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S309-v11 mAb SARS-CoV-2

<400> 149

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Thr Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Asn Asn Tyr

20 25 30

Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Val Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Gly Ala Ser Thr Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Arg Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Gly Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Val Ala Ser Tyr Tyr Cys Arg Lys Tyr Asn Ser Ala Pro Phe

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Arg Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 150

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S309-v12 mAb SARS-CoV-2

<400> 150

Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Thr Ser Val Gly

1 5 10 15

Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Gly Ile Asn Asn Tyr

20 25 30

Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Val Pro Lys Leu Leu Ile

35 40 45

Tyr Gly Ala Ser Thr Leu Gln Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Arg Gly

50 55 60

Ser Gly Ser Gly Thr Gly Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro

65 70 75 80

Glu Asp Val Ala Ser Tyr Tyr Cys Arg Lys Tyr Asn Ser Ala Pro Tyr

85 90 95

Thr Phe Gly Gln Gly Thr Arg Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 151

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S309-v9 mAb SARS-CoV-2

<400> 151

Arg Lys Tyr Asn Ser Ala Pro Gly Thr

1 5

<210> 152

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S309-v10 mAb SARS-CoV-2

<400> 152

Arg Lys Tyr Asn Ser Ala Pro Arg Thr

1 5

<210> 153

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S309-v11 mAb SARS-CoV-2

<400> 153

Arg Lys Tyr Asn Ser Ala Pro Phe Thr

1 5

<210> 154

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S309-v12 mAb SARS-CoV-2

<400> 154

Arg Lys Tyr Asn Ser Ala Pro Tyr Thr

1 5

<210> 155

<211> 126

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VH S310 mAb SARS-CoV-2

<400> 155

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Leu Lys Lys Pro Gly Ser

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Gly Thr Phe Asn Ser Tyr

20 25 30

Ser Phe Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Gly Ile Ile Pro Val Leu Gly Thr Ser Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Ala Val Thr Ala Asp Glu Phe Thr Thr Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Thr Arg Thr Tyr Asp Ser Ser Gly Tyr Arg Pro Tyr Tyr Tyr Gly

100 105 110

Leu Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr Pro Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 156

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH1 S310 mAb SARS-CoV-2

<400> 156

Gly Gly Thr Phe Asn Ser Tyr Ser

1 5

<210> 157

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH2 S310 mAb SARS-CoV-2

<400> 157

Ile Ile Pro Val Leu Gly Thr Ser

1 5

<210> 158

<211> 19

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRH3 S310 mAb SARS-CoV-2

<400> 158

Ala Thr Arg Thr Tyr Asp Ser Ser Gly Tyr Arg Pro Tyr Tyr Tyr Gly

1 5 10 15

Leu Asp Val

<210> 159

<211> 110

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность VL (VK) S310 mAb SARS-CoV-2

<400> 159

Gln Ser Ala Leu Thr Gln Pro Ala Ser Val Ser Gly Ser Pro Gly Gln

1 5 10 15

Ser Ile Thr Ile Ser Cys Thr Gly Thr Ser Ser Asp Val Gly Ser Tyr

20 25 30

Asn Leu Val Ser Trp Tyr Gln Gln Arg Pro Gly Lys Ala Pro Glu Leu

35 40 45

Met Ile Tyr Glu Val Thr Lys Arg Pro Ser Gly Leu Ser Asn Arg Phe

50 55 60

Ser Gly Ser Lys Ser Gly Asn Thr Ala Ser Leu Thr Ile Ser Gly Leu

65 70 75 80

Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Cys Ser Tyr Ala Gly Ser

85 90 95

Asp Thr Val Ile Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Thr Val Leu

100 105 110

<210> 160

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL1 S310 mAb SARS-CoV-2

<400> 160

Ser Ser Asp Val Gly Ser Tyr Asn Leu

1 5

<210> 161

<211> 3

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL2 S310 mAb SARS-CoV-2

<400> 161

Glu Val Thr

1

<210> 162

<211> 10

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность CDRL3 S310 mAb SARS-CoV-2

<400> 162

Cys Ser Tyr Ala Gly Ser Asp Thr Val Ile

1 5 10

<210> 163

<211> 29902

<212> ДНК

<213> бетакоронавирус SARS коронавирус 2

<400> 163

attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct 60

gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact 120

cacgcagtat aattaataac taattactgt cgttgacagg acacgagtaa ctcgtctatc 180

ttctgcaggc tgcttacggt ttcgtccgtg ttgcagccga tcatcagcac atctaggttt 240

cgtccgggtg tgaccgaaag gtaagatgga gagccttgtc cctggtttca acgagaaaac 300

acacgtccaa ctcagtttgc ctgttttaca ggttcgcgac gtgctcgtac gtggctttgg 360

agactccgtg gaggaggtct tatcagaggc cgtcaacatc ttaaagatgg cacttgtggc 420

ttagtagaag ttgaaaaagg cgttttgcct caacttgaac agccctatgt gttcatcaaa 480

cgttcggatg ctcgaactgc acctcatggt catgttatgg ttgagctggt agcagaactc 540

gaaggcattc agtacggtcg tagtggtgag acacttggtg tccttgtccc tcatgtgggc 600

gaaataccag tggcttaccg caaggttctt cttcgtaaga acggtaataa aggagctggt 660

ggccatagtt acggcgccga tctaaagtca tttgacttag gcgacgagct tggcactgat 720

ccttatgaag attttcaaga aaactggaac actaaacata gcagtggtgt tacccgtgaa 780

ctcatgcgtg agcttaacgg aggggcatac actcgctatg tcgataacaa cttctgtggc 840

cctgatggct accctcttga gtgcattaaa gaccttctag cacgtgctgg taaagcttca 900

tgcactttgt ccgaacaact ggactttatt gacactaaga ggggtgtata ctgctgccgt 960

gaacatgagc atgaaattgc ttggtacacg gaacgttctg aaaagagcta tgaattgcag 1020

acaccttttg aaattaaatt ggcaaagaaa tttgacacct tcaatgggga atgtccaaat 1080

tttgtatttc ccttaaattc cataatcaag actattcaac caagggttga aaagaaaaag 1140

cttgatggct ttatgggtag aattcgatct gtctatccag ttgcgtcacc aaatgaatgc 1200

aaccaaatgt gcctttcaac tctcatgaag tgtgatcatt gtggtgaaac ttcatggcag 1260

acgggcgatt ttgttaaagc cacttgcgaa ttttgtggca ctgagaattt gactaaagaa 1320

ggtgccacta cttgtggtta cttaccccaa aatgctgttg ttaaaattta ttgtccagca 1380

tgtcacaatt cagaagtagg acctgagcat agtcttgccg aataccataa tgaatctggc 1440

ttgaaaacca ttcttcgtaa gggtggtcgc actattgcct ttggaggctg tgtgttctct 1500

tatgttggtt gccataacaa gtgtgcctat tgggttccac gtgctagcgc taacataggt 1560

tgtaaccata caggtgttgt tggagaaggt tccgaaggtc ttaatgacaa ccttcttgaa 1620

atactccaaa aagagaaagt caacatcaat attgttggtg actttaaact taatgaagag 1680

atcgccatta ttttggcatc tttttctgct tccacaagtg cttttgtgga aactgtgaaa 1740

ggtttggatt ataaagcatt caaacaaatt gttgaatcct gtggtaattt taaagttaca 1800

aaaggaaaag ctaaaaaagg tgcctggaat attggtgaac agaaatcaat actgagtcct 1860

ctttatgcat ttgcatcaga ggctgctcgt gttgtacgat caattttctc ccgcactctt 1920

gaaactgctc aaaattctgt gcgtgtttta cagaaggccg ctataacaat actagatgga 1980

atttcacagt attcactgag actcattgat gctatgatgt tcacatctga tttggctact 2040

aacaatctag ttgtaatggc ctacattaca ggtggtgttg ttcagttgac ttcgcagtgg 2100

ctaactaaca tctttggcac tgtttatgaa aaactcaaac ccgtccttga ttggcttgaa 2160

gagaagttta aggaaggtgt agagtttctt agagacggtt gggaaattgt taaatttatc 2220

tcaacctgtg cttgtgaaat tgtcggtgga caaattgtca cctgtgcaaa ggaaattaag 2280

gagagtgttc agacattctt taagcttgta aataaatttt tggctttgtg tgctgactct 2340

atcattattg gtggagctaa acttaaagcc ttgaatttag gtgaaacatt tgtcacgcac 2400

tcaaagggat tgtacagaaa gtgtgttaaa tccagagaag aaactggcct actcatgcct 2460

ctaaaagccc caaaagaaat tatcttctta gagggagaaa cacttcccac agaagtgtta 2520

acagaggaag ttgtcttgaa aactggtgat ttacaaccat tagaacaacc tactagtgaa 2580

gctgttgaag ctccattggt tggtacacca gtttgtatta acgggcttat gttgctcgaa 2640

atcaaagaca cagaaaagta ctgtgccctt gcacctaata tgatggtaac aaacaatacc 2700

ttcacactca aaggcggtgc accaacaaag gttacttttg gtgatgacac tgtgatagaa 2760

gtgcaaggtt acaagagtgt gaatatcact tttgaacttg atgaaaggat tgataaagta 2820

cttaatgaga agtgctctgc ctatacagtt gaactcggta cagaagtaaa tgagttcgcc 2880

tgtgttgtgg cagatgctgt cataaaaact ttgcaaccag tatctgaatt acttacacca 2940

ctgggcattg atttagatga gtggagtatg gctacatact acttatttga tgagtctggt 3000

gagtttaaat tggcttcaca tatgtattgt tctttctacc ctccagatga ggatgaagaa 3060

gaaggtgatt gtgaagaaga agagtttgag ccatcaactc aatatgagta tggtactgaa 3120

gatgattacc aaggtaaacc tttggaattt ggtgccactt ctgctgctct tcaacctgaa 3180

gaagagcaag aagaagattg gttagatgat gatagtcaac aaactgttgg tcaacaagac 3240

ggcagtgagg acaatcagac aactactatt caaacaattg ttgaggttca acctcaatta 3300

gagatggaac ttacaccagt tgttcagact attgaagtga atagttttag tggttattta 3360

aaacttactg acaatgtata cattaaaaat gcagacattg tggaagaagc taaaaaggta 3420

aaaccaacag tggttgttaa tgcagccaat gtttacctta aacatggagg aggtgttgca 3480

ggagccttaa ataaggctac taacaatgcc atgcaagttg aatctgatga ttacatagct 3540

actaatggac cacttaaagt gggtggtagt tgtgttttaa gcggacacaa tcttgctaaa 3600

cactgtcttc atgttgtcgg cccaaatgtt aacaaaggtg aagacattca acttcttaag 3660

agtgcttatg aaaattttaa tcagcacgaa gttctacttg caccattatt atcagctggt 3720

atttttggtg ctgaccctat acattcttta agagtttgtg tagatactgt tcgcacaaat 3780

gtctacttag ctgtctttga taaaaatctc tatgacaaac ttgtttcaag ctttttggaa 3840

atgaagagtg aaaagcaagt tgaacaaaag atcgctgaga ttcctaaaga ggaagttaag 3900

ccatttataa ctgaaagtaa accttcagtt gaacagagaa aacaagatga taagaaaatc 3960

aaagcttgtg ttgaagaagt tacaacaact ctggaagaaa ctaagttcct cacagaaaac 4020

ttgttacttt atattgacat taatggcaat cttcatccag attctgccac tcttgttagt 4080

gacattgaca tcactttctt aaagaaagat gctccatata tagtgggtga tgttgttcaa 4140

gagggtgttt taactgctgt ggttatacct actaaaaagg ctggtggcac tactgaaatg 4200

ctagcgaaag ctttgagaaa agtgccaaca gacaattata taaccactta cccgggtcag 4260

ggtttaaatg gttacactgt agaggaggca aagacagtgc ttaaaaagtg taaaagtgcc 4320

ttttacattc taccatctat tatctctaat gagaagcaag aaattcttgg aactgtttct 4380

tggaatttgc gagaaatgct tgcacatgca gaagaaacac gcaaattaat gcctgtctgt 4440

gtggaaacta aagccatagt ttcaactata cagcgtaaat ataagggtat taaaatacaa 4500

gagggtgtgg ttgattatgg tgctagattt tacttttaca ccagtaaaac aactgtagcg 4560

tcacttatca acacacttaa cgatctaaat gaaactcttg ttacaatgcc acttggctat 4620

gtaacacatg gcttaaattt ggaagaagct gctcggtata tgagatctct caaagtgcca 4680

gctacagttt ctgtttcttc acctgatgct gttacagcgt ataatggtta tcttacttct 4740

tcttctaaaa cacctgaaga acattttatt gaaaccatct cacttgctgg ttcctataaa 4800

gattggtcct attctggaca atctacacaa ctaggtatag aatttcttaa gagaggtgat 4860

aaaagtgtat attacactag taatcctacc acattccacc tagatggtga agttatcacc 4920

tttgacaatc ttaagacact tctttctttg agagaagtga ggactattaa ggtgtttaca 4980

acagtagaca acattaacct ccacacgcaa gttgtggaca tgtcaatgac atatggacaa 5040

cagtttggtc caacttattt ggatggagct gatgttacta aaataaaacc tcataattca 5100

catgaaggta aaacatttta tgttttacct aatgatgaca ctctacgtgt tgaggctttt 5160

gagtactacc acacaactga tcctagtttt ctgggtaggt acatgtcagc attaaatcac 5220

actaaaaagt ggaaataccc acaagttaat ggtttaactt ctattaaatg ggcagataac 5280

aactgttatc ttgccactgc attgttaaca ctccaacaaa tagagttgaa gtttaatcca 5340

cctgctctac aagatgctta ttacagagca agggctggtg aagctgctaa cttttgtgca 5400

cttatcttag cctactgtaa taagacagta ggtgagttag gtgatgttag agaaacaatg 5460

agttacttgt ttcaacatgc caatttagat tcttgcaaaa gagtcttgaa cgtggtgtgt 5520

aaaacttgtg gacaacagca gacaaccctt aagggtgtag aagctgttat gtacatgggc 5580

acactttctt atgaacaatt taagaaaggt gttcagatac cttgtacgtg tggtaaacaa 5640

gctacaaaat atctagtaca acaggagtca ccttttgtta tgatgtcagc accacctgct 5700

cagtatgaac ttaagcatgg tacatttact tgtgctagtg agtacactgg taattaccag 5760

tgtggtcact ataaacatat aacttctaaa gaaactttgt attgcataga cggtgcttta 5820

cttacaaagt cctcagaata caaaggtcct attacggatg ttttctacaa agaaaacagt 5880

tacacaacaa ccataaaacc agttacttat aaattggatg gtgttgtttg tacagaaatt 5940

gaccctaagt tggacaatta ttataagaaa gacaattctt atttcacaga gcaaccaatt 6000

gatcttgtac caaaccaacc atatccaaac gcaagcttcg ataattttaa gtttgtatgt 6060

gataatatca aatttgctga tgatttaaac cagttaactg gttataagaa acctgcttca 6120

agagagctta aagttacatt tttccctgac ttaaatggtg atgtggtggc tattgattat 6180

aaacactaca caccctcttt taagaaagga gctaaattgt tacataaacc tattgtttgg 6240

catgttaaca atgcaactaa taaagccacg tataaaccaa atacctggtg tatacgttgt 6300

ctttggagca caaaaccagt tgaaacatca aattcgtttg atgtactgaa gtcagaggac 6360

gcgcagggaa tggataatct tgcctgcgaa gatctaaaac cagtctctga agaagtagtg 6420

gaaaatccta ccatacagaa agacgttctt gagtgtaatg tgaaaactac cgaagttgta 6480

ggagacatta tacttaaacc agcaaataat agtttaaaaa ttacagaaga ggttggccac 6540

acagatctaa tggctgctta tgtagacaat tctagtctta ctattaagaa acctaatgaa 6600

ttatctagag tattaggttt gaaaaccctt gctactcatg gtttagctgc tgttaatagt 6660

gtcccttggg atactatagc taattatgct aagccttttc ttaacaaagt tgttagtaca 6720

actactaaca tagttacacg gtgtttaaac cgtgtttgta ctaattatat gccttatttc 6780

tttactttat tgctacaatt gtgtactttt actagaagta caaattctag aattaaagca 6840

tctatgccga ctactatagc aaagaatact gttaagagtg tcggtaaatt ttgtctagag 6900

gcttcattta attatttgaa gtcacctaat ttttctaaac tgataaatat tataatttgg 6960

tttttactat taagtgtttg cctaggttct ttaatctact caaccgctgc tttaggtgtt 7020

ttaatgtcta atttaggcat gccttcttac tgtactggtt acagagaagg ctatttgaac 7080

tctactaatg tcactattgc aacctactgt actggttcta taccttgtag tgtttgtctt 7140

agtggtttag attctttaga cacctatcct tctttagaaa ctatacaaat taccatttca 7200

tcttttaaat gggatttaac tgcttttggc ttagttgcag agtggttttt ggcatatatt 7260

cttttcacta ggtttttcta tgtacttgga ttggctgcaa tcatgcaatt gtttttcagc 7320

tattttgcag tacattttat tagtaattct tggcttatgt ggttaataat taatcttgta 7380

caaatggccc cgatttcagc tatggttaga atgtacatct tctttgcatc attttattat 7440

gtatggaaaa gttatgtgca tgttgtagac ggttgtaatt catcaacttg tatgatgtgt 7500

tacaaacgta atagagcaac aagagtcgaa tgtacaacta ttgttaatgg tgttagaagg 7560

tccttttatg tctatgctaa tggaggtaaa ggcttttgca aactacacaa ttggaattgt 7620

gttaattgtg atacattctg tgctggtagt acatttatta gtgatgaagt tgcgagagac 7680

ttgtcactac agtttaaaag accaataaat cctactgacc agtcttctta catcgttgat 7740

agtgttacag tgaagaatgg ttccatccat ctttactttg ataaagctgg tcaaaagact 7800

tatgaaagac attctctctc tcattttgtt aacttagaca acctgagagc taataacact 7860

aaaggttcat tgcctattaa tgttatagtt tttgatggta aatcaaaatg tgaagaatca 7920

tctgcaaaat cagcgtctgt ttactacagt cagcttatgt gtcaacctat actgttacta 7980

gatcaggcat tagtgtctga tgttggtgat agtgcggaag ttgcagttaa aatgtttgat 8040

gcttacgtta atacgttttc atcaactttt aacgtaccaa tggaaaaact caaaacacta 8100

gttgcaactg cagaagctga acttgcaaag aatgtgtcct tagacaatgt cttatctact 8160

tttatttcag cagctcggca agggtttgtt gattcagatg tagaaactaa agatgttgtt 8220

gaatgtctta aattgtcaca tcaatctgac atagaagtta ctggcgatag ttgtaataac 8280

tatatgctca cctataacaa agttgaaaac atgacacccc gtgaccttgg tgcttgtatt 8340

gactgtagtg cgcgtcatat taatgcgcag gtagcaaaaa gtcacaacat tgctttgata 8400

tggaacgtta aagatttcat gtcattgtct gaacaactac gaaaacaaat acgtagtgct 8460

gctaaaaaga ataacttacc ttttaagttg acatgtgcaa ctactagaca agttgttaat 8520

gttgtaacaa caaagatagc acttaagggt ggtaaaattg ttaataattg gttgaagcag 8580

ttaattaaag ttacacttgt gttccttttt gttgctgcta ttttctattt aataacacct 8640

gttcatgtca tgtctaaaca tactgacttt tcaagtgaaa tcataggata caaggctatt 8700

gatggtggtg tcactcgtga catagcatct acagatactt gttttgctaa caaacatgct 8760

gattttgaca catggtttag ccagcgtggt ggtagttata ctaatgacaa agcttgccca 8820

ttgattgctg cagtcataac aagagaagtg ggttttgtcg tgcctggttt gcctggcacg 8880

atattacgca caactaatgg tgactttttg catttcttac ctagagtttt tagtgcagtt 8940

ggtaacatct gttacacacc atcaaaactt atagagtaca ctgactttgc aacatcagct 9000

tgtgttttgg ctgctgaatg tacaattttt aaagatgctt ctggtaagcc agtaccatat 9060

tgttatgata ccaatgtact agaaggttct gttgcttatg aaagtttacg ccctgacaca 9120

cgttatgtgc tcatggatgg ctctattatt caatttccta acacctacct tgaaggttct 9180

gttagagtgg taacaacttt tgattctgag tactgtaggc acggcacttg tgaaagatca 9240

gaagctggtg tttgtgtatc tactagtggt agatgggtac ttaacaatga ttattacaga 9300

tctttaccag gagttttctg tggtgtagat gctgtaaatt tacttactaa tatgtttaca 9360

ccactaattc aacctattgg tgctttggac atatcagcat ctatagtagc tggtggtatt 9420

gtagctatcg tagtaacatg ccttgcctac tattttatga ggtttagaag agcttttggt 9480

gaatacagtc atgtagttgc ctttaatact ttactattcc ttatgtcatt cactgtactc 9540

tgtttaacac cagtttactc attcttacct ggtgtttatt ctgttattta cttgtacttg 9600

acattttatc ttactaatga tgtttctttt ttagcacata ttcagtggat ggttatgttc 9660

acacctttag tacctttctg gataacaatt gcttatatca tttgtatttc cacaaagcat 9720

ttctattggt tctttagtaa ttacctaaag agacgtgtag tctttaatgg tgtttccttt 9780

agtacttttg aagaagctgc gctgtgcacc tttttgttaa ataaagaaat gtatctaaag 9840

ttgcgtagtg atgtgctatt acctcttacg caatataata gatacttagc tctttataat 9900

aagtacaagt attttagtgg agcaatggat acaactagct acagagaagc tgcttgttgt 9960

catctcgcaa aggctctcaa tgacttcagt aactcaggtt ctgatgttct ttaccaacca 10020

ccacaaacct ctatcacctc agctgttttg cagagtggtt ttagaaaaat ggcattccca 10080

tctggtaaag ttgagggttg tatggtacaa gtaacttgtg gtacaactac acttaacggt 10140

ctttggcttg atgacgtagt ttactgtcca agacatgtga tctgcacctc tgaagacatg 10200

cttaacccta attatgaaga tttactcatt cgtaagtcta atcataattt cttggtacag 10260

gctggtaatg ttcaactcag ggttattgga cattctatgc aaaattgtgt acttaagctt 10320

aaggttgata cagccaatcc taagacacct aagtataagt ttgttcgcat tcaaccagga 10380

cagacttttt cagtgttagc ttgttacaat ggttcaccat ctggtgttta ccaatgtgct 10440

atgaggccca atttcactat taagggttca ttccttaatg gttcatgtgg tagtgttggt 10500

tttaacatag attatgactg tgtctctttt tgttacatgc accatatgga attaccaact 10560

ggagttcatg ctggcacaga cttagaaggt aacttttatg gaccttttgt tgacaggcaa 10620

acagcacaag cagctggtac ggacacaact attacagtta atgttttagc ttggttgtac 10680

gctgctgtta taaatggaga caggtggttt ctcaatcgat ttaccacaac tcttaatgac 10740

tttaaccttg tggctatgaa gtacaattat gaacctctaa cacaagacca tgttgacata 10800

ctaggacctc tttctgctca aactggaatt gccgttttag atatgtgtgc ttcattaaaa 10860

gaattactgc aaaatggtat gaatggacgt accatattgg gtagtgcttt attagaagat 10920

gaatttacac cttttgatgt tgttagacaa tgctcaggtg ttactttcca aagtgcagtg 10980

aaaagaacaa tcaagggtac acaccactgg ttgttactca caattttgac ttcactttta 11040

gttttagtcc agagtactca atggtctttg ttcttttttt tgtatgaaaa tgccttttta 11100

ccttttgcta tgggtattat tgctatgtct gcttttgcaa tgatgtttgt caaacataag 11160

catgcatttc tctgtttgtt tttgttacct tctcttgcca ctgtagctta ttttaatatg 11220

gtctatatgc ctgctagttg ggtgatgcgt attatgacat ggttggatat ggttgatact 11280

agtttgtctg gttttaagct aaaagactgt gttatgtatg catcagctgt agtgttacta 11340

atccttatga cagcaagaac tgtgtatgat gatggtgcta ggagagtgtg gacacttatg 11400

aatgtcttga cactcgttta taaagtttat tatggtaatg ctttagatca agccatttcc 11460

atgtgggctc ttataatctc tgttacttct aactactcag gtgtagttac aactgtcatg 11520

tttttggcca gaggtattgt ttttatgtgt gttgagtatt gccctatttt cttcataact 11580

ggtaatacac ttcagtgtat aatgctagtt tattgtttct taggctattt ttgtacttgt 11640

tactttggcc tcttttgttt actcaaccgc tactttagac tgactcttgg tgtttatgat 11700

tacttagttt ctacacagga gtttagatat atgaattcac agggactact cccacccaag 11760

aatagcatag atgccttcaa actcaacatt aaattgttgg gtgttggtgg caaaccttgt 11820

atcaaagtag ccactgtaca gtctaaaatg tcagatgtaa agtgcacatc agtagtctta 11880

ctctcagttt tgcaacaact cagagtagaa tcatcatcta aattgtgggc tcaatgtgtc 11940

cagttacaca atgacattct cttagctaaa gatactactg aagcctttga aaaaatggtt 12000

tcactacttt ctgttttgct ttccatgcag ggtgctgtag acataaacaa gctttgtgaa 12060

gaaatgctgg acaacagggc aaccttacaa gctatagcct cagagtttag ttcccttcca 12120

tcatatgcag cttttgctac tgctcaagaa gcttatgagc aggctgttgc taatggtgat 12180

tctgaagttg ttcttaaaaa gttgaagaag tctttgaatg tggctaaatc tgaatttgac 12240

cgtgatgcag ccatgcaacg taagttggaa aagatggctg atcaagctat gacccaaatg 12300

tataaacagg ctagatctga ggacaagagg gcaaaagtta ctagtgctat gcagacaatg 12360

cttttcacta tgcttagaaa gttggataat gatgcactca acaacattat caacaatgca 12420

agagatggtt gtgttccctt gaacataata cctcttacaa cagcagccaa actaatggtt 12480

gtcataccag actataacac atataaaaat acgtgtgatg gtacaacatt tacttatgca 12540

tcagcattgt gggaaatcca acaggttgta gatgcagata gtaaaattgt tcaacttagt 12600

gaaattagta tggacaattc acctaattta gcatggcctc ttattgtaac agctttaagg 12660

gccaattctg ctgtcaaatt acagaataat gagcttagtc ctgttgcact acgacagatg 12720

tcttgtgctg ccggtactac acaaactgct tgcactgatg acaatgcgtt agcttactac 12780

aacacaacaa agggaggtag gtttgtactt gcactgttat ccgatttaca ggatttgaaa 12840

tgggctagat tccctaagag tgatggaact ggtactatct atacagaact ggaaccacct 12900

tgtaggtttg ttacagacac acctaaaggt cctaaagtga agtatttata ctttattaaa 12960

ggattaaaca acctaaatag aggtatggta cttggtagtt tagctgccac agtacgtcta 13020

caagctggta atgcaacaga agtgcctgcc aattcaactg tattatcttt ctgtgctttt 13080

gctgtagatg ctgctaaagc ttacaaagat tatctagcta gtgggggaca accaatcact 13140

aattgtgtta agatgttgtg tacacacact ggtactggtc aggcaataac agttacaccg 13200

gaagccaata tggatcaaga atcctttggt ggtgcatcgt gttgtctgta ctgccgttgc 13260

cacatagatc atccaaatcc taaaggattt tgtgacttaa aaggtaagta tgtacaaata 13320

cctacaactt gtgctaatga ccctgtgggt tttacactta aaaacacagt ctgtaccgtc 13380

tgcggtatgt ggaaaggtta tggctgtagt tgtgatcaac tccgcgaacc catgcttcag 13440

tcagctgatg cacaatcgtt tttaaacggg tttgcggtgt aagtgcagcc cgtcttacac 13500

cgtgcggcac aggcactagt actgatgtcg tatacagggc ttttgacatc tacaatgata 13560

aagtagctgg ttttgctaaa ttcctaaaaa ctaattgttg tcgcttccaa gaaaaggacg 13620

aagatgacaa tttaattgat tcttactttg tagttaagag acacactttc tctaactacc 13680

aacatgaaga aacaatttat aatttactta aggattgtcc agctgttgct aaacatgact 13740

tctttaagtt tagaatagac ggtgacatgg taccacatat atcacgtcaa cgtcttacta 13800

aatacacaat ggcagacctc gtctatgctt taaggcattt tgatgaaggt aattgtgaca 13860

cattaaaaga aatacttgtc acatacaatt gttgtgatga tgattatttc aataaaaagg 13920

actggtatga ttttgtagaa aacccagata tattacgcgt atacgccaac ttaggtgaac 13980

gtgtacgcca agctttgtta aaaacagtac aattctgtga tgccatgcga aatgctggta 14040

ttgttggtgt actgacatta gataatcaag atctcaatgg taactggtat gatttcggtg 14100

atttcataca aaccacgcca ggtagtggag ttcctgttgt agattcttat tattcattgt 14160

taatgcctat attaaccttg accagggctt taactgcaga gtcacatgtt gacactgact 14220

taacaaagcc ttacattaag tgggatttgt taaaatatga cttcacggaa gagaggttaa 14280

aactctttga ccgttatttt aaatattggg atcagacata ccacccaaat tgtgttaact 14340

gtttggatga cagatgcatt ctgcattgtg caaactttaa tgttttattc tctacagtgt 14400

tcccacctac aagttttgga ccactagtga gaaaaatatt tgttgatggt gttccatttg 14460

tagtttcaac tggataccac ttcagagagc taggtgttgt acataatcag gatgtaaact 14520

tacatagctc tagacttagt tttaaggaat tacttgtgta tgctgctgac cctgctatgc 14580

acgctgcttc tggtaatcta ttactagata aacgcactac gtgcttttca gtagctgcac 14640

ttactaacaa tgttgctttt caaactgtca aacccggtaa ttttaacaaa gacttctatg 14700

actttgctgt gtctaagggt ttctttaagg aaggaagttc tgttgaatta aaacacttct 14760

tctttgctca ggatggtaat gctgctatca gcgattatga ctactatcgt tataatctac 14820

caacaatgtg tgatatcaga caactactat ttgtagttga agttgttgat aagtactttg 14880

attgttacga tggtggctgt attaatgcta accaagtcat cgtcaacaac ctagacaaat 14940

cagctggttt tccatttaat aaatggggta aggctagact ttattatgat tcaatgagtt 15000

atgaggatca agatgcactt ttcgcatata caaaacgtaa tgtcatccct actataactc 15060

aaatgaatct taagtatgcc attagtgcaa agaatagagc tcgcaccgta gctggtgtct 15120

ctatctgtag tactatgacc aatagacagt ttcatcaaaa attattgaaa tcaatagccg 15180

ccactagagg agctactgta gtaattggaa caagcaaatt ctatggtggt tggcacaaca 15240

tgttaaaaac tgtttatagt gatgtagaaa accctcacct tatgggttgg gattatccta 15300

aatgtgatag agccatgcct aacatgctta gaattatggc ctcacttgtt cttgctcgca 15360

aacatacaac gtgttgtagc ttgtcacacc gtttctatag attagctaat gagtgtgctc 15420

aagtattgag tgaaatggtc atgtgtggcg gttcactata tgttaaacca ggtggaacct 15480

catcaggaga tgccacaact gcttatgcta atagtgtttt taacatttgt caagctgtca 15540

cggccaatgt taatgcactt ttatctactg atggtaacaa aattgccgat aagtatgtcc 15600

gcaatttaca acacagactt tatgagtgtc tctatagaaa tagagatgtt gacacagact 15660

ttgtgaatga gttttacgca tatttgcgta aacatttctc aatgatgata ctctctgacg 15720

atgctgttgt gtgtttcaat agcacttatg catctcaagg tctagtggct agcataaaga 15780

actttaagtc agttctttat tatcaaaaca atgtttttat gtctgaagca aaatgttgga 15840

ctgagactga ccttactaaa ggacctcatg aattttgctc tcaacataca atgctagtta 15900

aacagggtga tgattatgtg taccttcctt acccagatcc atcaagaatc ctaggggccg 15960

gctgttttgt agatgatatc gtaaaaacag atggtacact tatgattgaa cggttcgtgt 16020

ctttagctat agatgcttac ccacttacta aacatcctaa tcaggagtat gctgatgtct 16080

ttcatttgta cttacaatac ataagaaagc tacatgatga gttaacagga cacatgttag 16140

acatgtattc tgttatgctt actaatgata acacttcaag gtattgggaa cctgagtttt 16200

atgaggctat gtacacaccg catacagtct tacaggctgt tggggcttgt gttctttgca 16260

attcacagac ttcattaaga tgtggtgctt gcatacgtag accattctta tgttgtaaat 16320

gctgttacga ccatgtcata tcaacatcac ataaattagt cttgtctgtt aatccgtatg 16380

tttgcaatgc tccaggttgt gatgtcacag atgtgactca actttactta ggaggtatga 16440

gctattattg taaatcacat aaaccaccca ttagttttcc attgtgtgct aatggacaag 16500

tttttggttt atataaaaat acatgtgttg gtagcgataa tgttactgac tttaatgcaa 16560

ttgcaacatg tgactggaca aatgctggtg attacatttt agctaacacc tgtactgaaa 16620

gactcaagct ttttgcagca gaaacgctca aagctactga ggagacattt aaactgtctt 16680

atggtattgc tactgtacgt gaagtgctgt ctgacagaga attacatctt tcatgggaag 16740

ttggtaaacc tagaccacca cttaaccgaa attatgtctt tactggttat cgtgtaacta 16800

aaaacagtaa agtacaaata ggagagtaca cctttgaaaa aggtgactat ggtgatgctg 16860

ttgtttaccg aggtacaaca acttacaaat taaatgttgg tgattatttt gtgctgacat 16920

cacatacagt aatgccatta agtgcaccta cactagtgcc acaagagcac tatgttagaa 16980

ttactggctt atacccaaca ctcaatatct cagatgagtt ttctagcaat gttgcaaatt 17040

atcaaaaggt tggtatgcaa aagtattcta cactccaggg accacctggt actggtaaga 17100

gtcattttgc tattggccta gctctctact acccttctgc tcgcatagtg tatacagctt 17160

gctctcatgc cgctgttgat gcactatgtg agaaggcatt aaaatatttg cctatagata 17220

aatgtagtag aattatacct gcacgtgctc gtgtagagtg ttttgataaa ttcaaagtga 17280

attcaacatt agaacagtat gtcttttgta ctgtaaatgc attgcctgag acgacagcag 17340

atatagttgt ctttgatgaa atttcaatgg ccacaaatta tgatttgagt gttgtcaatg 17400

ccagattacg tgctaagcac tatgtgtaca ttggcgaccc tgctcaatta cctgcaccac 17460

gcacattgct aactaagggc acactagaac cagaatattt caattcagtg tgtagactta 17520

tgaaaactat aggtccagac atgttcctcg gaacttgtcg gcgttgtcct gctgaaattg 17580

ttgacactgt gagtgctttg gtttatgata ataagcttaa agcacataaa gacaaatcag 17640

ctcaatgctt taaaatgttt tataagggtg ttatcacgca tgatgtttca tctgcaatta 17700

acaggccaca aataggcgtg gtaagagaat tccttacacg taaccctgct tggagaaaag 17760

ctgtctttat ttcaccttat aattcacaga atgctgtagc ctcaaagatt ttgggactac 17820

caactcaaac tgttgattca tcacagggct cagaatatga ctatgtcata ttcactcaaa 17880

ccactgaaac agctcactct tgtaatgtaa acagatttaa tgttgctatt accagagcaa 17940

aagtaggcat actttgcata atgtctgata gagaccttta tgacaagttg caatttacaa 18000

gtcttgaaat tccacgtagg aatgtggcaa ctttacaagc tgaaaatgta acaggactct 18060

ttaaagattg tagtaaggta atcactgggt tacatcctac acaggcacct acacacctca 18120

gtgttgacac taaattcaaa actgaaggtt tatgtgttga catacctggc atacctaagg 18180

acatgaccta tagaagactc atctctatga tgggttttaa aatgaattat caagttaatg 18240

gttaccctaa catgtttatc acccgcgaag aagctataag acatgtacgt gcatggattg 18300

gcttcgatgt cgaggggtgt catgctacta gagaagctgt tggtaccaat ttacctttac 18360

agctaggttt ttctacaggt gttaacctag ttgctgtacc tacaggttat gttgatacac 18420

ctaataatac agatttttcc agagttagtg ctaaaccacc gcctggagat caatttaaac 18480

acctcatacc acttatgtac aaaggacttc cttggaatgt agtgcgtata aagattgtac 18540

aaatgttaag tgacacactt aaaaatctct ctgacagagt cgtatttgtc ttatgggcac 18600

atggctttga gttgacatct atgaagtatt ttgtgaaaat aggacctgag cgcacctgtt 18660

gtctatgtga tagacgtgcc acatgctttt ccactgcttc agacacttat gcctgttggc 18720

atcattctat tggatttgat tacgtctata atccgtttat gattgatgtt caacaatggg 18780

gttttacagg taacctacaa agcaaccatg atctgtattg tcaagtccat ggtaatgcac 18840

atgtagctag ttgtgatgca atcatgacta ggtgtctagc tgtccacgag tgctttgtta 18900

agcgtgttga ctggactatt gaatatccta taattggtga tgaactgaag attaatgcgg 18960

cttgtagaaa ggttcaacac atggttgtta aagctgcatt attagcagac aaattcccag 19020

ttcttcacga cattggtaac cctaaagcta ttaagtgtgt acctcaagct gatgtagaat 19080

ggaagttcta tgatgcacag ccttgtagtg acaaagctta taaaatagaa gaattattct 19140

attcttatgc cacacattct gacaaattca cagatggtgt atgcctattt tggaattgca 19200

atgtcgatag atatcctgct aattccattg tttgtagatt tgacactaga gtgctatcta 19260

accttaactt gcctggttgt gatggtggca gtttgtatgt aaataaacat gcattccaca 19320

caccagcttt tgataaaagt gcttttgtta atttaaaaca attaccattt ttctattact 19380

ctgacagtcc atgtgagtct catggaaaac aagtagtgtc agatatagat tatgtaccac 19440

taaagtctgc tacgtgtata acacgttgca atttaggtgg tgctgtctgt agacatcatg 19500

ctaatgagta cagattgtat ctcgatgctt ataacatgat gatctcagct ggctttagct 19560

tgtgggttta caaacaattt gatacttata acctctggaa cacttttaca agacttcaga 19620

gtttagaaaa tgtggctttt aatgttgtaa ataagggaca ctttgatgga caacagggtg 19680

aagtaccagt ttctatcatt aataacactg tttacacaaa agttgatggt gttgatgtag 19740

aattgtttga aaataaaaca acattacctg ttaatgtagc atttgagctt tgggctaagc 19800

gcaacattaa accagtacca gaggtgaaaa tactcaataa tttgggtgtg gacattgctg 19860

ctaatactgt gatctgggac tacaaaagag atgctccagc acatatatct actattggtg 19920

tttgttctat gactgacata gccaagaaac caactgaaac gatttgtgca ccactcactg 19980

tcttttttga tggtagagtt gatggtcaag tagacttatt tagaaatgcc cgtaatggtg 20040

ttcttattac agaaggtagt gttaaaggtt tacaaccatc tgtaggtccc aaacaagcta 20100

gtcttaatgg agtcacatta attggagaag ccgtaaaaac acagttcaat tattataaga 20160

aagttgatgg tgttgtccaa caattacctg aaacttactt tactcagagt agaaatttac 20220

aagaatttaa acccaggagt caaatggaaa ttgatttctt agaattagct atggatgaat 20280

tcattgaacg gtataaatta gaaggctatg ccttcgaaca tatcgtttat ggagatttta 20340

gtcatagtca gttaggtggt ttacatctac tgattggact agctaaacgt tttaaggaat 20400

caccttttga attagaagat tttattccta tggacagtac agttaaaaac tatttcataa 20460

cagatgcgca aacaggttca tctaagtgtg tgtgttctgt tattgattta ttacttgatg 20520

attttgttga aataataaaa tcccaagatt tatctgtagt ttctaaggtt gtcaaagtga 20580

ctattgacta tacagaaatt tcatttatgc tttggtgtaa agatggccat gtagaaacat 20640

tttacccaaa attacaatct agtcaagcgt ggcaaccggg tgttgctatg cctaatcttt 20700

acaaaatgca aagaatgcta ttagaaaagt gtgaccttca aaattatggt gatagtgcaa 20760

cattacctaa aggcataatg atgaatgtcg caaaatatac tcaactgtgt caatatttaa 20820

acacattaac attagctgta ccctataata tgagagttat acattttggt gctggttctg 20880

ataaaggagt tgcaccaggt acagctgttt taagacagtg gttgcctacg ggtacgctgc 20940

ttgtcgattc agatcttaat gactttgtct ctgatgcaga ttcaactttg attggtgatt 21000

gtgcaactgt acatacagct aataaatggg atctcattat tagtgatatg tacgacccta 21060

agactaaaaa tgttacaaaa gaaaatgact ctaaagaggg ttttttcact tacatttgtg 21120

ggtttataca acaaaagcta gctcttggag gttccgtggc tataaagata acagaacatt 21180

cttggaatgc tgatctttat aagctcatgg gacacttcgc atggtggaca gcctttgtta 21240

ctaatgtgaa tgcgtcatca tctgaagcat ttttaattgg atgtaattat cttggcaaac 21300

cacgcgaaca aatagatggt tatgtcatgc atgcaaatta catattttgg aggaatacaa 21360

atccaattca gttgtcttcc tattctttat ttgacatgag taaatttccc cttaaattaa 21420

ggggtactgc tgttatgtct ttaaaagaag gtcaaatcaa tgatatgatt ttatctcttc 21480

ttagtaaagg tagacttata attagagaaa acaacagagt tgttatttct agtgatgttc 21540

ttgttaacaa ctaaacgaac aatgtttgtt tttcttgttt tattgccact agtctctagt 21600

cagtgtgtta atcttacaac cagaactcaa ttaccccctg catacactaa ttctttcaca 21660

cgtggtgttt attaccctga caaagttttc agatcctcag ttttacattc aactcaggac 21720

ttgttcttac ctttcttttc caatgttact tggttccatg ctatacatgt ctctgggacc 21780

aatggtacta agaggtttga taaccctgtc ctaccattta atgatggtgt ttattttgct 21840

tccactgaga agtctaacat aataagaggc tggatttttg gtactacttt agattcgaag 21900

acccagtccc tacttattgt taataacgct actaatgttg ttattaaagt ctgtgaattt 21960

caattttgta atgatccatt tttgggtgtt tattaccaca aaaacaacaa aagttggatg 22020

gaaagtgagt tcagagttta ttctagtgcg aataattgca cttttgaata tgtctctcag 22080

ccttttctta tggaccttga aggaaaacag ggtaatttca aaaatcttag ggaatttgtg 22140

tttaagaata ttgatggtta ttttaaaata tattctaagc acacgcctat taatttagtg 22200

cgtgatctcc ctcagggttt ttcggcttta gaaccattgg tagatttgcc aataggtatt 22260

aacatcacta ggtttcaaac tttacttgct ttacatagaa gttatttgac tcctggtgat 22320

tcttcttcag gttggacagc tggtgctgca gcttattatg tgggttatct tcaacctagg 22380

acttttctat taaaatataa tgaaaatgga accattacag atgctgtaga ctgtgcactt 22440

gaccctctct cagaaacaaa gtgtacgttg aaatccttca ctgtagaaaa aggaatctat 22500

caaacttcta actttagagt ccaaccaaca gaatctattg ttagatttcc taatattaca 22560

aacttgtgcc cttttggtga agtttttaac gccaccagat ttgcatctgt ttatgcttgg 22620

aacaggaaga gaatcagcaa ctgtgttgct gattattctg tcctatataa ttccgcatca 22680

ttttccactt ttaagtgtta tggagtgtct cctactaaat taaatgatct ctgctttact 22740

aatgtctatg cagattcatt tgtaattaga ggtgatgaag tcagacaaat cgctccaggg 22800

caaactggaa agattgctga ttataattat aaattaccag atgattttac aggctgcgtt 22860

atagcttgga attctaacaa tcttgattct aaggttggtg gtaattataa ttacctgtat 22920

agattgttta ggaagtctaa tctcaaacct tttgagagag atatttcaac tgaaatctat 22980

caggccggta gcacaccttg taatggtgtt gaaggtttta attgttactt tcctttacaa 23040

tcatatggtt tccaacccac taatggtgtt ggttaccaac catacagagt agtagtactt 23100

tcttttgaac ttctacatgc accagcaact gtttgtggac ctaaaaagtc tactaatttg 23160

gttaaaaaca aatgtgtcaa tttcaacttc aatggtttaa caggcacagg tgttcttact 23220

gagtctaaca aaaagtttct gcctttccaa caatttggca gagacattgc tgacactact 23280

gatgctgtcc gtgatccaca gacacttgag attcttgaca ttacaccatg ttcttttggt 23340

ggtgtcagtg ttataacacc aggaacaaat acttctaacc aggttgctgt tctttatcag 23400

gatgttaact gcacagaagt ccctgttgct attcatgcag atcaacttac tcctacttgg 23460

cgtgtttatt ctacaggttc taatgttttt caaacacgtg caggctgttt aataggggct 23520

gaacatgtca acaactcata tgagtgtgac atacccattg gtgcaggtat atgcgctagt 23580

tatcagactc agactaattc tcctcggcgg gcacgtagtg tagctagtca atccatcatt 23640

gcctacacta tgtcacttgg tgcagaaaat tcagttgctt actctaataa ctctattgcc 23700

atacccacaa attttactat tagtgttacc acagaaattc taccagtgtc tatgaccaag 23760

acatcagtag attgtacaat gtacatttgt ggtgattcaa ctgaatgcag caatcttttg 23820

ttgcaatatg gcagtttttg tacacaatta aaccgtgctt taactggaat agctgttgaa 23880

caagacaaaa acacccaaga agtttttgca caagtcaaac aaatttacaa aacaccacca 23940

attaaagatt ttggtggttt taatttttca caaatattac cagatccatc aaaaccaagc 24000

aagaggtcat ttattgaaga tctacttttc aacaaagtga cacttgcaga tgctggcttc 24060

atcaaacaat atggtgattg ccttggtgat attgctgcta gagacctcat ttgtgcacaa 24120

aagtttaacg gccttactgt tttgccacct ttgctcacag atgaaatgat tgctcaatac 24180

acttctgcac tgttagcggg tacaatcact tctggttgga cctttggtgc aggtgctgca 24240

ttacaaatac catttgctat gcaaatggct tataggttta atggtattgg agttacacag 24300

aatgttctct atgagaacca aaaattgatt gccaaccaat ttaatagtgc tattggcaaa 24360

attcaagact cactttcttc cacagcaagt gcacttggaa aacttcaaga tgtggtcaac 24420

caaaatgcac aagctttaaa cacgcttgtt aaacaactta gctccaattt tggtgcaatt 24480

tcaagtgttt taaatgatat cctttcacgt cttgacaaag ttgaggctga agtgcaaatt 24540

gataggttga tcacaggcag acttcaaagt ttgcagacat atgtgactca acaattaatt 24600

agagctgcag aaatcagagc ttctgctaat cttgctgcta ctaaaatgtc agagtgtgta 24660

cttggacaat caaaaagagt tgatttttgt ggaaagggct atcatcttat gtccttccct 24720

cagtcagcac ctcatggtgt agtcttcttg catgtgactt atgtccctgc acaagaaaag 24780

aacttcacaa ctgctcctgc catttgtcat gatggaaaag cacactttcc tcgtgaaggt 24840

gtctttgttt caaatggcac acactggttt gtaacacaaa ggaattttta tgaaccacaa 24900

atcattacta cagacaacac atttgtgtct ggtaactgtg atgttgtaat aggaattgtc 24960

aacaacacag tttatgatcc tttgcaacct gaattagact cattcaagga ggagttagat 25020

aaatatttta agaatcatac atcaccagat gttgatttag gtgacatctc tggcattaat 25080

gcttcagttg taaacattca aaaagaaatt gaccgcctca atgaggttgc caagaattta 25140

aatgaatctc tcatcgatct ccaagaactt ggaaagtatg agcagtatat aaaatggcca 25200

tggtacattt ggctaggttt tatagctggc ttgattgcca tagtaatggt gacaattatg 25260

ctttgctgta tgaccagttg ctgtagttgt ctcaagggct gttgttcttg tggatcctgc 25320

tgcaaatttg atgaagacga ctctgagcca gtgctcaaag gagtcaaatt acattacaca 25380

taaacgaact tatggatttg tttatgagaa tcttcacaat tggaactgta actttgaagc 25440

aaggtgaaat caaggatgct actccttcag attttgttcg cgctactgca acgataccga 25500

tacaagcctc actccctttc ggatggctta ttgttggcgt tgcacttctt gctgtttttc 25560

agagcgcttc caaaatcata accctcaaaa agagatggca actagcactc tccaagggtg 25620

ttcactttgt ttgcaacttg ctgttgttgt ttgtaacagt ttactcacac cttttgctcg 25680

ttgctgctgg ccttgaagcc ccttttctct atctttatgc tttagtctac ttcttgcaga 25740

gtataaactt tgtaagaata ataatgaggc tttggctttg ctggaaatgc cgttccaaaa 25800

acccattact ttatgatgcc aactattttc tttgctggca tactaattgt tacgactatt 25860

gtatacctta caatagtgta acttcttcaa ttgtcattac ttcaggtgat ggcacaacaa 25920

gtcctatttc tgaacatgac taccagattg gtggttatac tgaaaaatgg gaatctggag 25980

taaaagactg tgttgtatta cacagttact tcacttcaga ctattaccag ctgtactcaa 26040

ctcaattgag tacagacact ggtgttgaac atgttacctt cttcatctac aataaaattg 26100

ttgatgagcc tgaagaacat gtccaaattc acacaatcga cggttcatcc ggagttgtta 26160

atccagtaat ggaaccaatt tatgatgaac cgacgacgac tactagcgtg cctttgtaag 26220

cacaagctga tgagtacgaa cttatgtact cattcgtttc ggaagagaca ggtacgttaa 26280

tagttaatag cgtacttctt tttcttgctt tcgtggtatt cttgctagtt acactagcca 26340

tccttactgc gcttcgattg tgtgcgtact gctgcaatat tgttaacgtg agtcttgtaa 26400

aaccttcttt ttacgtttac tctcgtgtta aaaatctgaa ttcttctaga gttcctgatc 26460

ttctggtcta aacgaactaa atattatatt agtttttctg tttggaactt taattttagc 26520

catggcagat tccaacggta ctattaccgt tgaagagctt aaaaagctcc ttgaacaatg 26580

gaacctagta ataggtttcc tattccttac atggatttgt cttctacaat ttgcctatgc 26640

caacaggaat aggtttttgt atataattaa gttaattttc ctctggctgt tatggccagt 26700

aactttagct tgttttgtgc ttgctgctgt ttacagaata aattggatca ccggtggaat 26760

tgctatcgca atggcttgtc ttgtaggctt gatgtggctc agctacttca ttgcttcttt 26820

cagactgttt gcgcgtacgc gttccatgtg gtcattcaat ccagaaacta acattcttct 26880

caacgtgcca ctccatggca ctattctgac cagaccgctt ctagaaagtg aactcgtaat 26940

cggagctgtg atccttcgtg gacatcttcg tattgctgga caccatctag gacgctgtga 27000

catcaaggac ctgcctaaag aaatcactgt tgctacatca cgaacgcttt cttattacaa 27060

attgggagct tcgcagcgtg tagcaggtga ctcaggtttt gctgcataca gtcgctacag 27120

gattggcaac tataaattaa acacagacca ttccagtagc agtgacaata ttgctttgct 27180

tgtacagtaa gtgacaacag atgtttcatc tcgttgactt tcaggttact atagcagaga 27240

tattactaat tattatgagg acttttaaag tttccatttg gaatcttgat tacatcataa 27300

acctcataat taaaaattta tctaagtcac taactgagaa taaatattct caattagatg 27360

aagagcaacc aatggagatt gattaaacga acatgaaaat tattcttttc ttggcactga 27420

taacactcgc tacttgtgag ctttatcact accaagagtg tgttagaggt acaacagtac 27480

ttttaaaaga accttgctct tctggaacat acgagggcaa ttcaccattt catcctctag 27540

ctgataacaa atttgcactg acttgcttta gcactcaatt tgcttttgct tgtcctgacg 27600

gcgtaaaaca cgtctatcag ttacgtgcca gatcagtttc acctaaactg ttcatcagac 27660

aagaggaagt tcaagaactt tactctccaa tttttcttat tgttgcggca atagtgttta 27720

taacactttg cttcacactc aaaagaaaga cagaatgatt gaactttcat taattgactt 27780

ctatttgtgc tttttagcct ttctgctatt ccttgtttta attatgctta ttatcttttg 27840

gttctcactt gaactgcaag atcataatga aacttgtcac gcctaaacga acatgaaatt 27900

tcttgttttc ttaggaatca tcacaactgt agctgcattt caccaagaat gtagtttaca 27960

gtcatgtact caacatcaac catatgtagt tgatgacccg tgtcctattc acttctattc 28020

taaatggtat attagagtag gagctagaaa atcagcacct ttaattgaat tgtgcgtgga 28080

tgaggctggt tctaaatcac ccattcagta catcgatatc ggtaattata cagtttcctg 28140

tttacctttt acaattaatt gccaggaacc taaattgggt agtcttgtag tgcgttgttc 28200

gttctatgaa gactttttag agtatcatga cgttcgtgtt gttttagatt tcatctaaac 28260

gaacaaacta aaatgtctga taatggaccc caaaatcagc gaaatgcacc ccgcattacg 28320

tttggtggac cctcagattc aactggcagt aaccagaatg gagaacgcag tggggcgcga 28380

tcaaaacaac gtcggcccca aggtttaccc aataatactg cgtcttggtt caccgctctc 28440

actcaacatg gcaaggaaga ccttaaattc cctcgaggac aaggcgttcc aattaacacc 28500

aatagcagtc cagatgacca aattggctac taccgaagag ctaccagacg aattcgtggt 28560

ggtgacggta aaatgaaaga tctcagtcca agatggtatt tctactacct aggaactggg 28620

ccagaagctg gacttcccta tggtgctaac aaagacggca tcatatgggt tgcaactgag 28680

ggagccttga atacaccaaa agatcacatt ggcacccgca atcctgctaa caatgctgca 28740

atcgtgctac aacttcctca aggaacaaca ttgccaaaag gcttctacgc agaagggagc 28800

agaggcggca gtcaagcctc ttctcgttcc tcatcacgta gtcgcaacag ttcaagaaat 28860

tcaactccag gcagcagtag gggaacttct cctgctagaa tggctggcaa tggcggtgat 28920

gctgctcttg ctttgctgct gcttgacaga ttgaaccagc ttgagagcaa aatgtctggt 28980

aaaggccaac aacaacaagg ccaaactgtc actaagaaat ctgctgctga ggcttctaag 29040

aagcctcggc aaaaacgtac tgccactaaa gcatacaatg taacacaagc tttcggcaga 29100

cgtggtccag aacaaaccca aggaaatttt ggggaccagg aactaatcag acaaggaact 29160

gattacaaac attggccgca aattgcacaa tttgccccca gcgcttcagc gttcttcgga 29220

atgtcgcgca ttggcatgga agtcacacct tcgggaacgt ggttgaccta cacaggtgcc 29280

atcaaattgg atgacaaaga tccaaatttc aaagatcaag tcattttgct gaataagcat 29340

attgacgcat acaaaacatt cccaccaaca gagcctaaaa aggacaaaaa gaagaaggct 29400

gatgaaactc aagccttacc gcagagacag aagaaacagc aaactgtgac tcttcttcct 29460

gctgcagatt tggatgattt ctccaaacaa ttgcaacaat ccatgagcag tgctgactca 29520

actcaggcct aaactcatgc agaccacaca aggcagatgg gctatataaa cgttttcgct 29580

tttccgttta cgatatatag tctactcttg tgcagaatga attctcgtaa ctacatagca 29640

caagtagatg tagttaactt taatctcaca tagcaatctt taatcagtgt gtaacattag 29700

ggaggacttg aaagagccac cacattttca ccgaggccac gcggagtacg atcgagtgta 29760

cagtgaacaa tgctagggag agctgcctat atggaagagc cctaatgtgt aaaattaatt 29820

ttagtagtgc tatccccatg tgattttaat agcttcttag gagaatgaca aaaaaaaaaa 29880

aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aa 29902

<210> 164

<211> 7096

<212> ПРТ

<213> бетакоронавирус SARS коронавирус 2

<400> 164

Met Glu Ser Leu Val Pro Gly Phe Asn Glu Lys Thr His Val Gln Leu

1 5 10 15

Ser Leu Pro Val Leu Gln Val Arg Asp Val Leu Val Arg Gly Phe Gly

20 25 30

Asp Ser Val Glu Glu Val Leu Ser Glu Ala Arg Gln His Leu Lys Asp

35 40 45

Gly Thr Cys Gly Leu Val Glu Val Glu Lys Gly Val Leu Pro Gln Leu

50 55 60

Glu Gln Pro Tyr Val Phe Ile Lys Arg Ser Asp Ala Arg Thr Ala Pro

65 70 75 80

His Gly His Val Met Val Glu Leu Val Ala Glu Leu Glu Gly Ile Gln

85 90 95

Tyr Gly Arg Ser Gly Glu Thr Leu Gly Val Leu Val Pro His Val Gly

100 105 110

Glu Ile Pro Val Ala Tyr Arg Lys Val Leu Leu Arg Lys Asn Gly Asn

115 120 125

Lys Gly Ala Gly Gly His Ser Tyr Gly Ala Asp Leu Lys Ser Phe Asp

130 135 140

Leu Gly Asp Glu Leu Gly Thr Asp Pro Tyr Glu Asp Phe Gln Glu Asn

145 150 155 160

Trp Asn Thr Lys His Ser Ser Gly Val Thr Arg Glu Leu Met Arg Glu

165 170 175

Leu Asn Gly Gly Ala Tyr Thr Arg Tyr Val Asp Asn Asn Phe Cys Gly

180 185 190

Pro Asp Gly Tyr Pro Leu Glu Cys Ile Lys Asp Leu Leu Ala Arg Ala

195 200 205

Gly Lys Ala Ser Cys Thr Leu Ser Glu Gln Leu Asp Phe Ile Asp Thr

210 215 220

Lys Arg Gly Val Tyr Cys Cys Arg Glu His Glu His Glu Ile Ala Trp

225 230 235 240

Tyr Thr Glu Arg Ser Glu Lys Ser Tyr Glu Leu Gln Thr Pro Phe Glu

245 250 255

Ile Lys Leu Ala Lys Lys Phe Asp Thr Phe Asn Gly Glu Cys Pro Asn

260 265 270

Phe Val Phe Pro Leu Asn Ser Ile Ile Lys Thr Ile Gln Pro Arg Val

275 280 285

Glu Lys Lys Lys Leu Asp Gly Phe Met Gly Arg Ile Arg Ser Val Tyr

290 295 300

Pro Val Ala Ser Pro Asn Glu Cys Asn Gln Met Cys Leu Ser Thr Leu

305 310 315 320

Met Lys Cys Asp His Cys Gly Glu Thr Ser Trp Gln Thr Gly Asp Phe

325 330 335

Val Lys Ala Thr Cys Glu Phe Cys Gly Thr Glu Asn Leu Thr Lys Glu

340 345 350

Gly Ala Thr Thr Cys Gly Tyr Leu Pro Gln Asn Ala Val Val Lys Ile

355 360 365

Tyr Cys Pro Ala Cys His Asn Ser Glu Val Gly Pro Glu His Ser Leu

370 375 380

Ala Glu Tyr His Asn Glu Ser Gly Leu Lys Thr Ile Leu Arg Lys Gly

385 390 395 400

Gly Arg Thr Ile Ala Phe Gly Gly Cys Val Phe Ser Tyr Val Gly Cys

405 410 415

His Asn Lys Cys Ala Tyr Trp Val Pro Arg Ala Ser Ala Asn Ile Gly

420 425 430

Cys Asn His Thr Gly Val Val Gly Glu Gly Ser Glu Gly Leu Asn Asp

435 440 445

Asn Leu Leu Glu Ile Leu Gln Lys Glu Lys Val Asn Ile Asn Ile Val

450 455 460

Gly Asp Phe Lys Leu Asn Glu Glu Ile Ala Ile Ile Leu Ala Ser Phe

465 470 475 480

Ser Ala Ser Thr Ser Ala Phe Val Glu Thr Val Lys Gly Leu Asp Tyr

485 490 495

Lys Ala Phe Lys Gln Ile Val Glu Ser Cys Gly Asn Phe Lys Val Thr

500 505 510

Lys Gly Lys Ala Lys Lys Gly Ala Trp Asn Ile Gly Glu Gln Lys Ser

515 520 525

Ile Leu Ser Pro Leu Tyr Ala Phe Ala Ser Glu Ala Ala Arg Val Val

530 535 540

Arg Ser Ile Phe Ser Arg Thr Leu Glu Thr Ala Gln Asn Ser Val Arg

545 550 555 560

Val Leu Gln Lys Ala Ala Ile Thr Ile Leu Asp Gly Ile Ser Gln Tyr

565 570 575

Ser Leu Arg Leu Ile Asp Ala Met Met Phe Thr Ser Asp Leu Ala Thr

580 585 590

Asn Asn Leu Val Val Met Ala Tyr Ile Thr Gly Gly Val Val Gln Leu

595 600 605

Thr Ser Gln Trp Leu Thr Asn Ile Phe Gly Thr Val Tyr Glu Lys Leu

610 615 620

Lys Pro Val Leu Asp Trp Leu Glu Glu Lys Phe Lys Glu Gly Val Glu

625 630 635 640

Phe Leu Arg Asp Gly Trp Glu Ile Val Lys Phe Ile Ser Thr Cys Ala

645 650 655

Cys Glu Ile Val Gly Gly Gln Ile Val Thr Cys Ala Lys Glu Ile Lys

660 665 670

Glu Ser Val Gln Thr Phe Phe Lys Leu Val Asn Lys Phe Leu Ala Leu

675 680 685

Cys Ala Asp Ser Ile Ile Ile Gly Gly Ala Lys Leu Lys Ala Leu Asn

690 695 700

Leu Gly Glu Thr Phe Val Thr His Ser Lys Gly Leu Tyr Arg Lys Cys

705 710 715 720

Val Lys Ser Arg Glu Glu Thr Gly Leu Leu Met Pro Leu Lys Ala Pro

725 730 735

Lys Glu Ile Ile Phe Leu Glu Gly Glu Thr Leu Pro Thr Glu Val Leu

740 745 750

Thr Glu Glu Val Val Leu Lys Thr Gly Asp Leu Gln Pro Leu Glu Gln

755 760 765

Pro Thr Ser Glu Ala Val Glu Ala Pro Leu Val Gly Thr Pro Val Cys

770 775 780

Ile Asn Gly Leu Met Leu Leu Glu Ile Lys Asp Thr Glu Lys Tyr Cys

785 790 795 800

Ala Leu Ala Pro Asn Met Met Val Thr Asn Asn Thr Phe Thr Leu Lys

805 810 815

Gly Gly Ala Pro Thr Lys Val Thr Phe Gly Asp Asp Thr Val Ile Glu

820 825 830

Val Gln Gly Tyr Lys Ser Val Asn Ile Thr Phe Glu Leu Asp Glu Arg

835 840 845

Ile Asp Lys Val Leu Asn Glu Lys Cys Ser Ala Tyr Thr Val Glu Leu

850 855 860

Gly Thr Glu Val Asn Glu Phe Ala Cys Val Val Ala Asp Ala Val Ile

865 870 875 880

Lys Thr Leu Gln Pro Val Ser Glu Leu Leu Thr Pro Leu Gly Ile Asp

885 890 895

Leu Asp Glu Trp Ser Met Ala Thr Tyr Tyr Leu Phe Asp Glu Ser Gly

900 905 910

Glu Phe Lys Leu Ala Ser His Met Tyr Cys Ser Phe Tyr Pro Pro Asp

915 920 925

Glu Asp Glu Glu Glu Gly Asp Cys Glu Glu Glu Glu Phe Glu Pro Ser

930 935 940

Thr Gln Tyr Glu Tyr Gly Thr Glu Asp Asp Tyr Gln Gly Lys Pro Leu

945 950 955 960

Glu Phe Gly Ala Thr Ser Ala Ala Leu Gln Pro Glu Glu Glu Gln Glu

965 970 975

Glu Asp Trp Leu Asp Asp Asp Ser Gln Gln Thr Val Gly Gln Gln Asp

980 985 990

Gly Ser Glu Asp Asn Gln Thr Thr Thr Ile Gln Thr Ile Val Glu Val

995 1000 1005

Gln Pro Gln Leu Glu Met Glu Leu Thr Pro Val Val Gln Thr Ile

1010 1015 1020

Glu Val Asn Ser Phe Ser Gly Tyr Leu Lys Leu Thr Asp Asn Val

1025 1030 1035

Tyr Ile Lys Asn Ala Asp Ile Val Glu Glu Ala Lys Lys Val Lys

1040 1045 1050

Pro Thr Val Val Val Asn Ala Ala Asn Val Tyr Leu Lys His Gly

1055 1060 1065

Gly Gly Val Ala Gly Ala Leu Asn Lys Ala Thr Asn Asn Ala Met

1070 1075 1080

Gln Val Glu Ser Asp Asp Tyr Ile Ala Thr Asn Gly Pro Leu Lys

1085 1090 1095

Val Gly Gly Ser Cys Val Leu Ser Gly His Asn Leu Ala Lys His

1100 1105 1110

Cys Leu His Val Val Gly Pro Asn Val Asn Lys Gly Glu Asp Ile

1115 1120 1125

Gln Leu Leu Lys Ser Ala Tyr Glu Asn Phe Asn Gln His Glu Val

1130 1135 1140

Leu Leu Ala Pro Leu Leu Ser Ala Gly Ile Phe Gly Ala Asp Pro

1145 1150 1155

Ile His Ser Leu Arg Val Cys Val Asp Thr Val Arg Thr Asn Val

1160 1165 1170

Tyr Leu Ala Val Phe Asp Lys Asn Leu Tyr Asp Lys Leu Val Ser

1175 1180 1185

Ser Phe Leu Glu Met Lys Ser Glu Lys Gln Val Glu Gln Lys Ile

1190 1195 1200

Ala Glu Ile Pro Lys Glu Glu Val Lys Pro Phe Ile Thr Glu Ser

1205 1210 1215

Lys Pro Ser Val Glu Gln Arg Lys Gln Asp Asp Lys Lys Ile Lys

1220 1225 1230

Ala Cys Val Glu Glu Val Thr Thr Thr Leu Glu Glu Thr Lys Phe

1235 1240 1245

Leu Thr Glu Asn Leu Leu Leu Tyr Ile Asp Ile Asn Gly Asn Leu

1250 1255 1260

His Pro Asp Ser Ala Thr Leu Val Ser Asp Ile Asp Ile Thr Phe

1265 1270 1275

Leu Lys Lys Asp Ala Pro Tyr Ile Val Gly Asp Val Val Gln Glu

1280 1285 1290

Gly Val Leu Thr Ala Val Val Ile Pro Thr Lys Lys Ala Gly Gly

1295 1300 1305

Thr Thr Glu Met Leu Ala Lys Ala Leu Arg Lys Val Pro Thr Asp

1310 1315 1320

Asn Tyr Ile Thr Thr Tyr Pro Gly Gln Gly Leu Asn Gly Tyr Thr

1325 1330 1335

Val Glu Glu Ala Lys Thr Val Leu Lys Lys Cys Lys Ser Ala Phe

1340 1345 1350

Tyr Ile Leu Pro Ser Ile Ile Ser Asn Glu Lys Gln Glu Ile Leu

1355 1360 1365

Gly Thr Val Ser Trp Asn Leu Arg Glu Met Leu Ala His Ala Glu

1370 1375 1380

Glu Thr Arg Lys Leu Met Pro Val Cys Val Glu Thr Lys Ala Ile

1385 1390 1395

Val Ser Thr Ile Gln Arg Lys Tyr Lys Gly Ile Lys Ile Gln Glu

1400 1405 1410

Gly Val Val Asp Tyr Gly Ala Arg Phe Tyr Phe Tyr Thr Ser Lys

1415 1420 1425

Thr Thr Val Ala Ser Leu Ile Asn Thr Leu Asn Asp Leu Asn Glu

1430 1435 1440

Thr Leu Val Thr Met Pro Leu Gly Tyr Val Thr His Gly Leu Asn

1445 1450 1455

Leu Glu Glu Ala Ala Arg Tyr Met Arg Ser Leu Lys Val Pro Ala

1460 1465 1470

Thr Val Ser Val Ser Ser Pro Asp Ala Val Thr Ala Tyr Asn Gly

1475 1480 1485

Tyr Leu Thr Ser Ser Ser Lys Thr Pro Glu Glu His Phe Ile Glu

1490 1495 1500

Thr Ile Ser Leu Ala Gly Ser Tyr Lys Asp Trp Ser Tyr Ser Gly

1505 1510 1515

Gln Ser Thr Gln Leu Gly Ile Glu Phe Leu Lys Arg Gly Asp Lys

1520 1525 1530

Ser Val Tyr Tyr Thr Ser Asn Pro Thr Thr Phe His Leu Asp Gly

1535 1540 1545

Glu Val Ile Thr Phe Asp Asn Leu Lys Thr Leu Leu Ser Leu Arg

1550 1555 1560

Glu Val Arg Thr Ile Lys Val Phe Thr Thr Val Asp Asn Ile Asn

1565 1570 1575

Leu His Thr Gln Val Val Asp Met Ser Met Thr Tyr Gly Gln Gln

1580 1585 1590

Phe Gly Pro Thr Tyr Leu Asp Gly Ala Asp Val Thr Lys Ile Lys

1595 1600 1605

Pro His Asn Ser His Glu Gly Lys Thr Phe Tyr Val Leu Pro Asn

1610 1615 1620

Asp Asp Thr Leu Arg Val Glu Ala Phe Glu Tyr Tyr His Thr Thr

1625 1630 1635

Asp Pro Ser Phe Leu Gly Arg Tyr Met Ser Ala Leu Asn His Thr

1640 1645 1650

Lys Lys Trp Lys Tyr Pro Gln Val Asn Gly Leu Thr Ser Ile Lys

1655 1660 1665

Trp Ala Asp Asn Asn Cys Tyr Leu Ala Thr Ala Leu Leu Thr Leu

1670 1675 1680

Gln Gln Ile Glu Leu Lys Phe Asn Pro Pro Ala Leu Gln Asp Ala

1685 1690 1695

Tyr Tyr Arg Ala Arg Ala Gly Glu Ala Ala Asn Phe Cys Ala Leu

1700 1705 1710

Ile Leu Ala Tyr Cys Asn Lys Thr Val Gly Glu Leu Gly Asp Val

1715 1720 1725

Arg Glu Thr Met Ser Tyr Leu Phe Gln His Ala Asn Leu Asp Ser

1730 1735 1740

Cys Lys Arg Val Leu Asn Val Val Cys Lys Thr Cys Gly Gln Gln

1745 1750 1755

Gln Thr Thr Leu Lys Gly Val Glu Ala Val Met Tyr Met Gly Thr

1760 1765 1770

Leu Ser Tyr Glu Gln Phe Lys Lys Gly Val Gln Ile Pro Cys Thr

1775 1780 1785

Cys Gly Lys Gln Ala Thr Lys Tyr Leu Val Gln Gln Glu Ser Pro

1790 1795 1800

Phe Val Met Met Ser Ala Pro Pro Ala Gln Tyr Glu Leu Lys His

1805 1810 1815

Gly Thr Phe Thr Cys Ala Ser Glu Tyr Thr Gly Asn Tyr Gln Cys

1820 1825 1830

Gly His Tyr Lys His Ile Thr Ser Lys Glu Thr Leu Tyr Cys Ile

1835 1840 1845

Asp Gly Ala Leu Leu Thr Lys Ser Ser Glu Tyr Lys Gly Pro Ile

1850 1855 1860

Thr Asp Val Phe Tyr Lys Glu Asn Ser Tyr Thr Thr Thr Ile Lys

1865 1870 1875

Pro Val Thr Tyr Lys Leu Asp Gly Val Val Cys Thr Glu Ile Asp

1880 1885 1890

Pro Lys Leu Asp Asn Tyr Tyr Lys Lys Asp Asn Ser Tyr Phe Thr

1895 1900 1905

Glu Gln Pro Ile Asp Leu Val Pro Asn Gln Pro Tyr Pro Asn Ala

1910 1915 1920

Ser Phe Asp Asn Phe Lys Phe Val Cys Asp Asn Ile Lys Phe Ala

1925 1930 1935

Asp Asp Leu Asn Gln Leu Thr Gly Tyr Lys Lys Pro Ala Ser Arg

1940 1945 1950

Glu Leu Lys Val Thr Phe Phe Pro Asp Leu Asn Gly Asp Val Val

1955 1960 1965

Ala Ile Asp Tyr Lys His Tyr Thr Pro Ser Phe Lys Lys Gly Ala

1970 1975 1980

Lys Leu Leu His Lys Pro Ile Val Trp His Val Asn Asn Ala Thr

1985 1990 1995

Asn Lys Ala Thr Tyr Lys Pro Asn Thr Trp Cys Ile Arg Cys Leu

2000 2005 2010

Trp Ser Thr Lys Pro Val Glu Thr Ser Asn Ser Phe Asp Val Leu

2015 2020 2025

Lys Ser Glu Asp Ala Gln Gly Met Asp Asn Leu Ala Cys Glu Asp

2030 2035 2040

Leu Lys Pro Val Ser Glu Glu Val Val Glu Asn Pro Thr Ile Gln

2045 2050 2055

Lys Asp Val Leu Glu Cys Asn Val Lys Thr Thr Glu Val Val Gly

2060 2065 2070

Asp Ile Ile Leu Lys Pro Ala Asn Asn Ser Leu Lys Ile Thr Glu

2075 2080 2085

Glu Val Gly His Thr Asp Leu Met Ala Ala Tyr Val Asp Asn Ser

2090 2095 2100

Ser Leu Thr Ile Lys Lys Pro Asn Glu Leu Ser Arg Val Leu Gly

2105 2110 2115

Leu Lys Thr Leu Ala Thr His Gly Leu Ala Ala Val Asn Ser Val

2120 2125 2130

Pro Trp Asp Thr Ile Ala Asn Tyr Ala Lys Pro Phe Leu Asn Lys

2135 2140 2145

Val Val Ser Thr Thr Thr Asn Ile Val Thr Arg Cys Leu Asn Arg

2150 2155 2160

Val Cys Thr Asn Tyr Met Pro Tyr Phe Phe Thr Leu Leu Leu Gln

2165 2170 2175

Leu Cys Thr Phe Thr Arg Ser Thr Asn Ser Arg Ile Lys Ala Ser

2180 2185 2190

Met Pro Thr Thr Ile Ala Lys Asn Thr Val Lys Ser Val Gly Lys

2195 2200 2205

Phe Cys Leu Glu Ala Ser Phe Asn Tyr Leu Lys Ser Pro Asn Phe

2210 2215 2220

Ser Lys Leu Ile Asn Ile Ile Ile Trp Phe Leu Leu Leu Ser Val

2225 2230 2235

Cys Leu Gly Ser Leu Ile Tyr Ser Thr Ala Ala Leu Gly Val Leu

2240 2245 2250

Met Ser Asn Leu Gly Met Pro Ser Tyr Cys Thr Gly Tyr Arg Glu

2255 2260 2265

Gly Tyr Leu Asn Ser Thr Asn Val Thr Ile Ala Thr Tyr Cys Thr

2270 2275 2280

Gly Ser Ile Pro Cys Ser Val Cys Leu Ser Gly Leu Asp Ser Leu

2285 2290 2295

Asp Thr Tyr Pro Ser Leu Glu Thr Ile Gln Ile Thr Ile Ser Ser

2300 2305 2310

Phe Lys Trp Asp Leu Thr Ala Phe Gly Leu Val Ala Glu Trp Phe

2315 2320 2325

Leu Ala Tyr Ile Leu Phe Thr Arg Phe Phe Tyr Val Leu Gly Leu

2330 2335 2340

Ala Ala Ile Met Gln Leu Phe Phe Ser Tyr Phe Ala Val His Phe

2345 2350 2355

Ile Ser Asn Ser Trp Leu Met Trp Leu Ile Ile Asn Leu Val Gln

2360 2365 2370

Met Ala Pro Ile Ser Ala Met Val Arg Met Tyr Ile Phe Phe Ala

2375 2380 2385

Ser Phe Tyr Tyr Val Trp Lys Ser Tyr Val His Val Val Asp Gly

2390 2395 2400

Cys Asn Ser Ser Thr Cys Met Met Cys Tyr Lys Arg Asn Arg Ala

2405 2410 2415

Thr Arg Val Glu Cys Thr Thr Ile Val Asn Gly Val Arg Arg Ser

2420 2425 2430

Phe Tyr Val Tyr Ala Asn Gly Gly Lys Gly Phe Cys Lys Leu His

2435 2440 2445

Asn Trp Asn Cys Val Asn Cys Asp Thr Phe Cys Ala Gly Ser Thr

2450 2455 2460

Phe Ile Ser Asp Glu Val Ala Arg Asp Leu Ser Leu Gln Phe Lys

2465 2470 2475

Arg Pro Ile Asn Pro Thr Asp Gln Ser Ser Tyr Ile Val Asp Ser

2480 2485 2490

Val Thr Val Lys Asn Gly Ser Ile His Leu Tyr Phe Asp Lys Ala

2495 2500 2505

Gly Gln Lys Thr Tyr Glu Arg His Ser Leu Ser His Phe Val Asn

2510 2515 2520

Leu Asp Asn Leu Arg Ala Asn Asn Thr Lys Gly Ser Leu Pro Ile

2525 2530 2535

Asn Val Ile Val Phe Asp Gly Lys Ser Lys Cys Glu Glu Ser Ser

2540 2545 2550

Ala Lys Ser Ala Ser Val Tyr Tyr Ser Gln Leu Met Cys Gln Pro

2555 2560 2565

Ile Leu Leu Leu Asp Gln Ala Leu Val Ser Asp Val Gly Asp Ser

2570 2575 2580

Ala Glu Val Ala Val Lys Met Phe Asp Ala Tyr Val Asn Thr Phe

2585 2590 2595

Ser Ser Thr Phe Asn Val Pro Met Glu Lys Leu Lys Thr Leu Val

2600 2605 2610

Ala Thr Ala Glu Ala Glu Leu Ala Lys Asn Val Ser Leu Asp Asn

2615 2620 2625

Val Leu Ser Thr Phe Ile Ser Ala Ala Arg Gln Gly Phe Val Asp

2630 2635 2640

Ser Asp Val Glu Thr Lys Asp Val Val Glu Cys Leu Lys Leu Ser

2645 2650 2655

His Gln Ser Asp Ile Glu Val Thr Gly Asp Ser Cys Asn Asn Tyr

2660 2665 2670

Met Leu Thr Tyr Asn Lys Val Glu Asn Met Thr Pro Arg Asp Leu

2675 2680 2685

Gly Ala Cys Ile Asp Cys Ser Ala Arg His Ile Asn Ala Gln Val

2690 2695 2700

Ala Lys Ser His Asn Ile Ala Leu Ile Trp Asn Val Lys Asp Phe

2705 2710 2715

Met Ser Leu Ser Glu Gln Leu Arg Lys Gln Ile Arg Ser Ala Ala

2720 2725 2730

Lys Lys Asn Asn Leu Pro Phe Lys Leu Thr Cys Ala Thr Thr Arg

2735 2740 2745

Gln Val Val Asn Val Val Thr Thr Lys Ile Ala Leu Lys Gly Gly

2750 2755 2760

Lys Ile Val Asn Asn Trp Leu Lys Gln Leu Ile Lys Val Thr Leu

2765 2770 2775

Val Phe Leu Phe Val Ala Ala Ile Phe Tyr Leu Ile Thr Pro Val

2780 2785 2790

His Val Met Ser Lys His Thr Asp Phe Ser Ser Glu Ile Ile Gly

2795 2800 2805

Tyr Lys Ala Ile Asp Gly Gly Val Thr Arg Asp Ile Ala Ser Thr

2810 2815 2820

Asp Thr Cys Phe Ala Asn Lys His Ala Asp Phe Asp Thr Trp Phe

2825 2830 2835

Ser Gln Arg Gly Gly Ser Tyr Thr Asn Asp Lys Ala Cys Pro Leu

2840 2845 2850

Ile Ala Ala Val Ile Thr Arg Glu Val Gly Phe Val Val Pro Gly

2855 2860 2865

Leu Pro Gly Thr Ile Leu Arg Thr Thr Asn Gly Asp Phe Leu His

2870 2875 2880

Phe Leu Pro Arg Val Phe Ser Ala Val Gly Asn Ile Cys Tyr Thr

2885 2890 2895

Pro Ser Lys Leu Ile Glu Tyr Thr Asp Phe Ala Thr Ser Ala Cys

2900 2905 2910

Val Leu Ala Ala Glu Cys Thr Ile Phe Lys Asp Ala Ser Gly Lys

2915 2920 2925

Pro Val Pro Tyr Cys Tyr Asp Thr Asn Val Leu Glu Gly Ser Val

2930 2935 2940

Ala Tyr Glu Ser Leu Arg Pro Asp Thr Arg Tyr Val Leu Met Asp

2945 2950 2955

Gly Ser Ile Ile Gln Phe Pro Asn Thr Tyr Leu Glu Gly Ser Val

2960 2965 2970

Arg Val Val Thr Thr Phe Asp Ser Glu Tyr Cys Arg His Gly Thr

2975 2980 2985

Cys Glu Arg Ser Glu Ala Gly Val Cys Val Ser Thr Ser Gly Arg

2990 2995 3000

Trp Val Leu Asn Asn Asp Tyr Tyr Arg Ser Leu Pro Gly Val Phe

3005 3010 3015

Cys Gly Val Asp Ala Val Asn Leu Leu Thr Asn Met Phe Thr Pro

3020 3025 3030

Leu Ile Gln Pro Ile Gly Ala Leu Asp Ile Ser Ala Ser Ile Val

3035 3040 3045

Ala Gly Gly Ile Val Ala Ile Val Val Thr Cys Leu Ala Tyr Tyr

3050 3055 3060

Phe Met Arg Phe Arg Arg Ala Phe Gly Glu Tyr Ser His Val Val

3065 3070 3075

Ala Phe Asn Thr Leu Leu Phe Leu Met Ser Phe Thr Val Leu Cys

3080 3085 3090

Leu Thr Pro Val Tyr Ser Phe Leu Pro Gly Val Tyr Ser Val Ile

3095 3100 3105

Tyr Leu Tyr Leu Thr Phe Tyr Leu Thr Asn Asp Val Ser Phe Leu

3110 3115 3120

Ala His Ile Gln Trp Met Val Met Phe Thr Pro Leu Val Pro Phe

3125 3130 3135

Trp Ile Thr Ile Ala Tyr Ile Ile Cys Ile Ser Thr Lys His Phe

3140 3145 3150

Tyr Trp Phe Phe Ser Asn Tyr Leu Lys Arg Arg Val Val Phe Asn

3155 3160 3165

Gly Val Ser Phe Ser Thr Phe Glu Glu Ala Ala Leu Cys Thr Phe

3170 3175 3180

Leu Leu Asn Lys Glu Met Tyr Leu Lys Leu Arg Ser Asp Val Leu

3185 3190 3195

Leu Pro Leu Thr Gln Tyr Asn Arg Tyr Leu Ala Leu Tyr Asn Lys

3200 3205 3210

Tyr Lys Tyr Phe Ser Gly Ala Met Asp Thr Thr Ser Tyr Arg Glu

3215 3220 3225

Ala Ala Cys Cys His Leu Ala Lys Ala Leu Asn Asp Phe Ser Asn

3230 3235 3240

Ser Gly Ser Asp Val Leu Tyr Gln Pro Pro Gln Thr Ser Ile Thr

3245 3250 3255

Ser Ala Val Leu Gln Ser Gly Phe Arg Lys Met Ala Phe Pro Ser

3260 3265 3270

Gly Lys Val Glu Gly Cys Met Val Gln Val Thr Cys Gly Thr Thr

3275 3280 3285

Thr Leu Asn Gly Leu Trp Leu Asp Asp Val Val Tyr Cys Pro Arg

3290 3295 3300

His Val Ile Cys Thr Ser Glu Asp Met Leu Asn Pro Asn Tyr Glu

3305 3310 3315

Asp Leu Leu Ile Arg Lys Ser Asn His Asn Phe Leu Val Gln Ala

3320 3325 3330

Gly Asn Val Gln Leu Arg Val Ile Gly His Ser Met Gln Asn Cys

3335 3340 3345

Val Leu Lys Leu Lys Val Asp Thr Ala Asn Pro Lys Thr Pro Lys

3350 3355 3360

Tyr Lys Phe Val Arg Ile Gln Pro Gly Gln Thr Phe Ser Val Leu

3365 3370 3375

Ala Cys Tyr Asn Gly Ser Pro Ser Gly Val Tyr Gln Cys Ala Met

3380 3385 3390

Arg Pro Asn Phe Thr Ile Lys Gly Ser Phe Leu Asn Gly Ser Cys

3395 3400 3405

Gly Ser Val Gly Phe Asn Ile Asp Tyr Asp Cys Val Ser Phe Cys

3410 3415 3420

Tyr Met His His Met Glu Leu Pro Thr Gly Val His Ala Gly Thr

3425 3430 3435

Asp Leu Glu Gly Asn Phe Tyr Gly Pro Phe Val Asp Arg Gln Thr

3440 3445 3450

Ala Gln Ala Ala Gly Thr Asp Thr Thr Ile Thr Val Asn Val Leu

3455 3460 3465

Ala Trp Leu Tyr Ala Ala Val Ile Asn Gly Asp Arg Trp Phe Leu

3470 3475 3480

Asn Arg Phe Thr Thr Thr Leu Asn Asp Phe Asn Leu Val Ala Met

3485 3490 3495

Lys Tyr Asn Tyr Glu Pro Leu Thr Gln Asp His Val Asp Ile Leu

3500 3505 3510

Gly Pro Leu Ser Ala Gln Thr Gly Ile Ala Val Leu Asp Met Cys

3515 3520 3525

Ala Ser Leu Lys Glu Leu Leu Gln Asn Gly Met Asn Gly Arg Thr

3530 3535 3540

Ile Leu Gly Ser Ala Leu Leu Glu Asp Glu Phe Thr Pro Phe Asp

3545 3550 3555

Val Val Arg Gln Cys Ser Gly Val Thr Phe Gln Ser Ala Val Lys

3560 3565 3570

Arg Thr Ile Lys Gly Thr His His Trp Leu Leu Leu Thr Ile Leu

3575 3580 3585

Thr Ser Leu Leu Val Leu Val Gln Ser Thr Gln Trp Ser Leu Phe

3590 3595 3600

Phe Phe Leu Tyr Glu Asn Ala Phe Leu Pro Phe Ala Met Gly Ile

3605 3610 3615

Ile Ala Met Ser Ala Phe Ala Met Met Phe Val Lys His Lys His

3620 3625 3630

Ala Phe Leu Cys Leu Phe Leu Leu Pro Ser Leu Ala Thr Val Ala

3635 3640 3645

Tyr Phe Asn Met Val Tyr Met Pro Ala Ser Trp Val Met Arg Ile

3650 3655 3660

Met Thr Trp Leu Asp Met Val Asp Thr Ser Leu Ser Gly Phe Lys

3665 3670 3675

Leu Lys Asp Cys Val Met Tyr Ala Ser Ala Val Val Leu Leu Ile

3680 3685 3690

Leu Met Thr Ala Arg Thr Val Tyr Asp Asp Gly Ala Arg Arg Val

3695 3700 3705

Trp Thr Leu Met Asn Val Leu Thr Leu Val Tyr Lys Val Tyr Tyr

3710 3715 3720

Gly Asn Ala Leu Asp Gln Ala Ile Ser Met Trp Ala Leu Ile Ile

3725 3730 3735

Ser Val Thr Ser Asn Tyr Ser Gly Val Val Thr Thr Val Met Phe

3740 3745 3750

Leu Ala Arg Gly Ile Val Phe Met Cys Val Glu Tyr Cys Pro Ile

3755 3760 3765

Phe Phe Ile Thr Gly Asn Thr Leu Gln Cys Ile Met Leu Val Tyr

3770 3775 3780

Cys Phe Leu Gly Tyr Phe Cys Thr Cys Tyr Phe Gly Leu Phe Cys

3785 3790 3795

Leu Leu Asn Arg Tyr Phe Arg Leu Thr Leu Gly Val Tyr Asp Tyr

3800 3805 3810

Leu Val Ser Thr Gln Glu Phe Arg Tyr Met Asn Ser Gln Gly Leu

3815 3820 3825

Leu Pro Pro Lys Asn Ser Ile Asp Ala Phe Lys Leu Asn Ile Lys

3830 3835 3840

Leu Leu Gly Val Gly Gly Lys Pro Cys Ile Lys Val Ala Thr Val

3845 3850 3855

Gln Ser Lys Met Ser Asp Val Lys Cys Thr Ser Val Val Leu Leu

3860 3865 3870

Ser Val Leu Gln Gln Leu Arg Val Glu Ser Ser Ser Lys Leu Trp

3875 3880 3885

Ala Gln Cys Val Gln Leu His Asn Asp Ile Leu Leu Ala Lys Asp

3890 3895 3900

Thr Thr Glu Ala Phe Glu Lys Met Val Ser Leu Leu Ser Val Leu

3905 3910 3915

Leu Ser Met Gln Gly Ala Val Asp Ile Asn Lys Leu Cys Glu Glu

3920 3925 3930

Met Leu Asp Asn Arg Ala Thr Leu Gln Ala Ile Ala Ser Glu Phe

3935 3940 3945

Ser Ser Leu Pro Ser Tyr Ala Ala Phe Ala Thr Ala Gln Glu Ala

3950 3955 3960

Tyr Glu Gln Ala Val Ala Asn Gly Asp Ser Glu Val Val Leu Lys

3965 3970 3975

Lys Leu Lys Lys Ser Leu Asn Val Ala Lys Ser Glu Phe Asp Arg

3980 3985 3990

Asp Ala Ala Met Gln Arg Lys Leu Glu Lys Met Ala Asp Gln Ala

3995 4000 4005

Met Thr Gln Met Tyr Lys Gln Ala Arg Ser Glu Asp Lys Arg Ala

4010 4015 4020

Lys Val Thr Ser Ala Met Gln Thr Met Leu Phe Thr Met Leu Arg

4025 4030 4035

Lys Leu Asp Asn Asp Ala Leu Asn Asn Ile Ile Asn Asn Ala Arg

4040 4045 4050

Asp Gly Cys Val Pro Leu Asn Ile Ile Pro Leu Thr Thr Ala Ala

4055 4060 4065

Lys Leu Met Val Val Ile Pro Asp Tyr Asn Thr Tyr Lys Asn Thr

4070 4075 4080

Cys Asp Gly Thr Thr Phe Thr Tyr Ala Ser Ala Leu Trp Glu Ile

4085 4090 4095

Gln Gln Val Val Asp Ala Asp Ser Lys Ile Val Gln Leu Ser Glu

4100 4105 4110

Ile Ser Met Asp Asn Ser Pro Asn Leu Ala Trp Pro Leu Ile Val

4115 4120 4125

Thr Ala Leu Arg Ala Asn Ser Ala Val Lys Leu Gln Asn Asn Glu

4130 4135 4140

Leu Ser Pro Val Ala Leu Arg Gln Met Ser Cys Ala Ala Gly Thr

4145 4150 4155

Thr Gln Thr Ala Cys Thr Asp Asp Asn Ala Leu Ala Tyr Tyr Asn

4160 4165 4170

Thr Thr Lys Gly Gly Arg Phe Val Leu Ala Leu Leu Ser Asp Leu

4175 4180 4185

Gln Asp Leu Lys Trp Ala Arg Phe Pro Lys Ser Asp Gly Thr Gly

4190 4195 4200

Thr Ile Tyr Thr Glu Leu Glu Pro Pro Cys Arg Phe Val Thr Asp

4205 4210 4215

Thr Pro Lys Gly Pro Lys Val Lys Tyr Leu Tyr Phe Ile Lys Gly

4220 4225 4230

Leu Asn Asn Leu Asn Arg Gly Met Val Leu Gly Ser Leu Ala Ala

4235 4240 4245

Thr Val Arg Leu Gln Ala Gly Asn Ala Thr Glu Val Pro Ala Asn

4250 4255 4260

Ser Thr Val Leu Ser Phe Cys Ala Phe Ala Val Asp Ala Ala Lys

4265 4270 4275

Ala Tyr Lys Asp Tyr Leu Ala Ser Gly Gly Gln Pro Ile Thr Asn

4280 4285 4290

Cys Val Lys Met Leu Cys Thr His Thr Gly Thr Gly Gln Ala Ile

4295 4300 4305

Thr Val Thr Pro Glu Ala Asn Met Asp Gln Glu Ser Phe Gly Gly

4310 4315 4320

Ala Ser Cys Cys Leu Tyr Cys Arg Cys His Ile Asp His Pro Asn

4325 4330 4335

Pro Lys Gly Phe Cys Asp Leu Lys Gly Lys Tyr Val Gln Ile Pro

4340 4345 4350

Thr Thr Cys Ala Asn Asp Pro Val Gly Phe Thr Leu Lys Asn Thr

4355 4360 4365

Val Cys Thr Val Cys Gly Met Trp Lys Gly Tyr Gly Cys Ser Cys

4370 4375 4380

Asp Gln Leu Arg Glu Pro Met Leu Gln Ser Ala Asp Ala Gln Ser

4385 4390 4395

Phe Leu Asn Arg Val Cys Gly Val Ser Ala Ala Arg Leu Thr Pro

4400 4405 4410

Cys Gly Thr Gly Thr Ser Thr Asp Val Val Tyr Arg Ala Phe Asp

4415 4420 4425

Ile Tyr Asn Asp Lys Val Ala Gly Phe Ala Lys Phe Leu Lys Thr

4430 4435 4440

Asn Cys Cys Arg Phe Gln Glu Lys Asp Glu Asp Asp Asn Leu Ile

4445 4450 4455

Asp Ser Tyr Phe Val Val Lys Arg His Thr Phe Ser Asn Tyr Gln

4460 4465 4470

His Glu Glu Thr Ile Tyr Asn Leu Leu Lys Asp Cys Pro Ala Val

4475 4480 4485

Ala Lys His Asp Phe Phe Lys Phe Arg Ile Asp Gly Asp Met Val

4490 4495 4500

Pro His Ile Ser Arg Gln Arg Leu Thr Lys Tyr Thr Met Ala Asp

4505 4510 4515

Leu Val Tyr Ala Leu Arg His Phe Asp Glu Gly Asn Cys Asp Thr

4520 4525 4530

Leu Lys Glu Ile Leu Val Thr Tyr Asn Cys Cys Asp Asp Asp Tyr

4535 4540 4545

Phe Asn Lys Lys Asp Trp Tyr Asp Phe Val Glu Asn Pro Asp Ile

4550 4555 4560

Leu Arg Val Tyr Ala Asn Leu Gly Glu Arg Val Arg Gln Ala Leu

4565 4570 4575

Leu Lys Thr Val Gln Phe Cys Asp Ala Met Arg Asn Ala Gly Ile

4580 4585 4590

Val Gly Val Leu Thr Leu Asp Asn Gln Asp Leu Asn Gly Asn Trp

4595 4600 4605

Tyr Asp Phe Gly Asp Phe Ile Gln Thr Thr Pro Gly Ser Gly Val

4610 4615 4620

Pro Val Val Asp Ser Tyr Tyr Ser Leu Leu Met Pro Ile Leu Thr

4625 4630 4635

Leu Thr Arg Ala Leu Thr Ala Glu Ser His Val Asp Thr Asp Leu

4640 4645 4650

Thr Lys Pro Tyr Ile Lys Trp Asp Leu Leu Lys Tyr Asp Phe Thr

4655 4660 4665

Glu Glu Arg Leu Lys Leu Phe Asp Arg Tyr Phe Lys Tyr Trp Asp

4670 4675 4680

Gln Thr Tyr His Pro Asn Cys Val Asn Cys Leu Asp Asp Arg Cys

4685 4690 4695

Ile Leu His Cys Ala Asn Phe Asn Val Leu Phe Ser Thr Val Phe

4700 4705 4710

Pro Pro Thr Ser Phe Gly Pro Leu Val Arg Lys Ile Phe Val Asp

4715 4720 4725

Gly Val Pro Phe Val Val Ser Thr Gly Tyr His Phe Arg Glu Leu

4730 4735 4740

Gly Val Val His Asn Gln Asp Val Asn Leu His Ser Ser Arg Leu

4745 4750 4755

Ser Phe Lys Glu Leu Leu Val Tyr Ala Ala Asp Pro Ala Met His

4760 4765 4770

Ala Ala Ser Gly Asn Leu Leu Leu Asp Lys Arg Thr Thr Cys Phe

4775 4780 4785

Ser Val Ala Ala Leu Thr Asn Asn Val Ala Phe Gln Thr Val Lys

4790 4795 4800

Pro Gly Asn Phe Asn Lys Asp Phe Tyr Asp Phe Ala Val Ser Lys

4805 4810 4815

Gly Phe Phe Lys Glu Gly Ser Ser Val Glu Leu Lys His Phe Phe

4820 4825 4830

Phe Ala Gln Asp Gly Asn Ala Ala Ile Ser Asp Tyr Asp Tyr Tyr

4835 4840 4845

Arg Tyr Asn Leu Pro Thr Met Cys Asp Ile Arg Gln Leu Leu Phe

4850 4855 4860

Val Val Glu Val Val Asp Lys Tyr Phe Asp Cys Tyr Asp Gly Gly

4865 4870 4875

Cys Ile Asn Ala Asn Gln Val Ile Val Asn Asn Leu Asp Lys Ser

4880 4885 4890

Ala Gly Phe Pro Phe Asn Lys Trp Gly Lys Ala Arg Leu Tyr Tyr

4895 4900 4905

Asp Ser Met Ser Tyr Glu Asp Gln Asp Ala Leu Phe Ala Tyr Thr

4910 4915 4920

Lys Arg Asn Val Ile Pro Thr Ile Thr Gln Met Asn Leu Lys Tyr

4925 4930 4935

Ala Ile Ser Ala Lys Asn Arg Ala Arg Thr Val Ala Gly Val Ser

4940 4945 4950

Ile Cys Ser Thr Met Thr Asn Arg Gln Phe His Gln Lys Leu Leu

4955 4960 4965

Lys Ser Ile Ala Ala Thr Arg Gly Ala Thr Val Val Ile Gly Thr

4970 4975 4980

Ser Lys Phe Tyr Gly Gly Trp His Asn Met Leu Lys Thr Val Tyr

4985 4990 4995

Ser Asp Val Glu Asn Pro His Leu Met Gly Trp Asp Tyr Pro Lys

5000 5005 5010

Cys Asp Arg Ala Met Pro Asn Met Leu Arg Ile Met Ala Ser Leu

5015 5020 5025

Val Leu Ala Arg Lys His Thr Thr Cys Cys Ser Leu Ser His Arg

5030 5035 5040

Phe Tyr Arg Leu Ala Asn Glu Cys Ala Gln Val Leu Ser Glu Met

5045 5050 5055

Val Met Cys Gly Gly Ser Leu Tyr Val Lys Pro Gly Gly Thr Ser

5060 5065 5070

Ser Gly Asp Ala Thr Thr Ala Tyr Ala Asn Ser Val Phe Asn Ile

5075 5080 5085

Cys Gln Ala Val Thr Ala Asn Val Asn Ala Leu Leu Ser Thr Asp

5090 5095 5100

Gly Asn Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Val Arg Asn Leu Gln His Arg

5105 5110 5115

Leu Tyr Glu Cys Leu Tyr Arg Asn Arg Asp Val Asp Thr Asp Phe

5120 5125 5130

Val Asn Glu Phe Tyr Ala Tyr Leu Arg Lys His Phe Ser Met Met

5135 5140 5145

Ile Leu Ser Asp Asp Ala Val Val Cys Phe Asn Ser Thr Tyr Ala

5150 5155 5160

Ser Gln Gly Leu Val Ala Ser Ile Lys Asn Phe Lys Ser Val Leu

5165 5170 5175

Tyr Tyr Gln Asn Asn Val Phe Met Ser Glu Ala Lys Cys Trp Thr

5180 5185 5190

Glu Thr Asp Leu Thr Lys Gly Pro His Glu Phe Cys Ser Gln His

5195 5200 5205

Thr Met Leu Val Lys Gln Gly Asp Asp Tyr Val Tyr Leu Pro Tyr

5210 5215 5220

Pro Asp Pro Ser Arg Ile Leu Gly Ala Gly Cys Phe Val Asp Asp

5225 5230 5235

Ile Val Lys Thr Asp Gly Thr Leu Met Ile Glu Arg Phe Val Ser

5240 5245 5250

Leu Ala Ile Asp Ala Tyr Pro Leu Thr Lys His Pro Asn Gln Glu

5255 5260 5265

Tyr Ala Asp Val Phe His Leu Tyr Leu Gln Tyr Ile Arg Lys Leu

5270 5275 5280

His Asp Glu Leu Thr Gly His Met Leu Asp Met Tyr Ser Val Met

5285 5290 5295

Leu Thr Asn Asp Asn Thr Ser Arg Tyr Trp Glu Pro Glu Phe Tyr

5300 5305 5310

Glu Ala Met Tyr Thr Pro His Thr Val Leu Gln Ala Val Gly Ala

5315 5320 5325

Cys Val Leu Cys Asn Ser Gln Thr Ser Leu Arg Cys Gly Ala Cys

5330 5335 5340

Ile Arg Arg Pro Phe Leu Cys Cys Lys Cys Cys Tyr Asp His Val

5345 5350 5355

Ile Ser Thr Ser His Lys Leu Val Leu Ser Val Asn Pro Tyr Val

5360 5365 5370

Cys Asn Ala Pro Gly Cys Asp Val Thr Asp Val Thr Gln Leu Tyr

5375 5380 5385

Leu Gly Gly Met Ser Tyr Tyr Cys Lys Ser His Lys Pro Pro Ile

5390 5395 5400

Ser Phe Pro Leu Cys Ala Asn Gly Gln Val Phe Gly Leu Tyr Lys

5405 5410 5415

Asn Thr Cys Val Gly Ser Asp Asn Val Thr Asp Phe Asn Ala Ile

5420 5425 5430

Ala Thr Cys Asp Trp Thr Asn Ala Gly Asp Tyr Ile Leu Ala Asn

5435 5440 5445

Thr Cys Thr Glu Arg Leu Lys Leu Phe Ala Ala Glu Thr Leu Lys

5450 5455 5460

Ala Thr Glu Glu Thr Phe Lys Leu Ser Tyr Gly Ile Ala Thr Val

5465 5470 5475

Arg Glu Val Leu Ser Asp Arg Glu Leu His Leu Ser Trp Glu Val

5480 5485 5490

Gly Lys Pro Arg Pro Pro Leu Asn Arg Asn Tyr Val Phe Thr Gly

5495 5500 5505

Tyr Arg Val Thr Lys Asn Ser Lys Val Gln Ile Gly Glu Tyr Thr

5510 5515 5520

Phe Glu Lys Gly Asp Tyr Gly Asp Ala Val Val Tyr Arg Gly Thr

5525 5530 5535

Thr Thr Tyr Lys Leu Asn Val Gly Asp Tyr Phe Val Leu Thr Ser

5540 5545 5550

His Thr Val Met Pro Leu Ser Ala Pro Thr Leu Val Pro Gln Glu

5555 5560 5565

His Tyr Val Arg Ile Thr Gly Leu Tyr Pro Thr Leu Asn Ile Ser

5570 5575 5580

Asp Glu Phe Ser Ser Asn Val Ala Asn Tyr Gln Lys Val Gly Met

5585 5590 5595

Gln Lys Tyr Ser Thr Leu Gln Gly Pro Pro Gly Thr Gly Lys Ser

5600 5605 5610

His Phe Ala Ile Gly Leu Ala Leu Tyr Tyr Pro Ser Ala Arg Ile

5615 5620 5625

Val Tyr Thr Ala Cys Ser His Ala Ala Val Asp Ala Leu Cys Glu

5630 5635 5640

Lys Ala Leu Lys Tyr Leu Pro Ile Asp Lys Cys Ser Arg Ile Ile

5645 5650 5655

Pro Ala Arg Ala Arg Val Glu Cys Phe Asp Lys Phe Lys Val Asn

5660 5665 5670

Ser Thr Leu Glu Gln Tyr Val Phe Cys Thr Val Asn Ala Leu Pro

5675 5680 5685

Glu Thr Thr Ala Asp Ile Val Val Phe Asp Glu Ile Ser Met Ala

5690 5695 5700

Thr Asn Tyr Asp Leu Ser Val Val Asn Ala Arg Leu Arg Ala Lys

5705 5710 5715

His Tyr Val Tyr Ile Gly Asp Pro Ala Gln Leu Pro Ala Pro Arg

5720 5725 5730

Thr Leu Leu Thr Lys Gly Thr Leu Glu Pro Glu Tyr Phe Asn Ser

5735 5740 5745

Val Cys Arg Leu Met Lys Thr Ile Gly Pro Asp Met Phe Leu Gly

5750 5755 5760

Thr Cys Arg Arg Cys Pro Ala Glu Ile Val Asp Thr Val Ser Ala

5765 5770 5775

Leu Val Tyr Asp Asn Lys Leu Lys Ala His Lys Asp Lys Ser Ala

5780 5785 5790

Gln Cys Phe Lys Met Phe Tyr Lys Gly Val Ile Thr His Asp Val

5795 5800 5805

Ser Ser Ala Ile Asn Arg Pro Gln Ile Gly Val Val Arg Glu Phe

5810 5815 5820

Leu Thr Arg Asn Pro Ala Trp Arg Lys Ala Val Phe Ile Ser Pro

5825 5830 5835

Tyr Asn Ser Gln Asn Ala Val Ala Ser Lys Ile Leu Gly Leu Pro

5840 5845 5850

Thr Gln Thr Val Asp Ser Ser Gln Gly Ser Glu Tyr Asp Tyr Val

5855 5860 5865

Ile Phe Thr Gln Thr Thr Glu Thr Ala His Ser Cys Asn Val Asn

5870 5875 5880

Arg Phe Asn Val Ala Ile Thr Arg Ala Lys Val Gly Ile Leu Cys

5885 5890 5895

Ile Met Ser Asp Arg Asp Leu Tyr Asp Lys Leu Gln Phe Thr Ser

5900 5905 5910

Leu Glu Ile Pro Arg Arg Asn Val Ala Thr Leu Gln Ala Glu Asn

5915 5920 5925

Val Thr Gly Leu Phe Lys Asp Cys Ser Lys Val Ile Thr Gly Leu

5930 5935 5940

His Pro Thr Gln Ala Pro Thr His Leu Ser Val Asp Thr Lys Phe

5945 5950 5955

Lys Thr Glu Gly Leu Cys Val Asp Ile Pro Gly Ile Pro Lys Asp

5960 5965 5970

Met Thr Tyr Arg Arg Leu Ile Ser Met Met Gly Phe Lys Met Asn

5975 5980 5985

Tyr Gln Val Asn Gly Tyr Pro Asn Met Phe Ile Thr Arg Glu Glu

5990 5995 6000

Ala Ile Arg His Val Arg Ala Trp Ile Gly Phe Asp Val Glu Gly

6005 6010 6015

Cys His Ala Thr Arg Glu Ala Val Gly Thr Asn Leu Pro Leu Gln

6020 6025 6030

Leu Gly Phe Ser Thr Gly Val Asn Leu Val Ala Val Pro Thr Gly

6035 6040 6045

Tyr Val Asp Thr Pro Asn Asn Thr Asp Phe Ser Arg Val Ser Ala

6050 6055 6060

Lys Pro Pro Pro Gly Asp Gln Phe Lys His Leu Ile Pro Leu Met

6065 6070 6075

Tyr Lys Gly Leu Pro Trp Asn Val Val Arg Ile Lys Ile Val Gln

6080 6085 6090

Met Leu Ser Asp Thr Leu Lys Asn Leu Ser Asp Arg Val Val Phe

6095 6100 6105

Val Leu Trp Ala His Gly Phe Glu Leu Thr Ser Met Lys Tyr Phe

6110 6115 6120

Val Lys Ile Gly Pro Glu Arg Thr Cys Cys Leu Cys Asp Arg Arg

6125 6130 6135

Ala Thr Cys Phe Ser Thr Ala Ser Asp Thr Tyr Ala Cys Trp His

6140 6145 6150

His Ser Ile Gly Phe Asp Tyr Val Tyr Asn Pro Phe Met Ile Asp

6155 6160 6165

Val Gln Gln Trp Gly Phe Thr Gly Asn Leu Gln Ser Asn His Asp

6170 6175 6180

Leu Tyr Cys Gln Val His Gly Asn Ala His Val Ala Ser Cys Asp

6185 6190 6195

Ala Ile Met Thr Arg Cys Leu Ala Val His Glu Cys Phe Val Lys

6200 6205 6210

Arg Val Asp Trp Thr Ile Glu Tyr Pro Ile Ile Gly Asp Glu Leu

6215 6220 6225

Lys Ile Asn Ala Ala Cys Arg Lys Val Gln His Met Val Val Lys

6230 6235 6240

Ala Ala Leu Leu Ala Asp Lys Phe Pro Val Leu His Asp Ile Gly

6245 6250 6255

Asn Pro Lys Ala Ile Lys Cys Val Pro Gln Ala Asp Val Glu Trp

6260 6265 6270

Lys Phe Tyr Asp Ala Gln Pro Cys Ser Asp Lys Ala Tyr Lys Ile

6275 6280 6285

Glu Glu Leu Phe Tyr Ser Tyr Ala Thr His Ser Asp Lys Phe Thr

6290 6295 6300

Asp Gly Val Cys Leu Phe Trp Asn Cys Asn Val Asp Arg Tyr Pro

6305 6310 6315

Ala Asn Ser Ile Val Cys Arg Phe Asp Thr Arg Val Leu Ser Asn

6320 6325 6330

Leu Asn Leu Pro Gly Cys Asp Gly Gly Ser Leu Tyr Val Asn Lys

6335 6340 6345

His Ala Phe His Thr Pro Ala Phe Asp Lys Ser Ala Phe Val Asn

6350 6355 6360

Leu Lys Gln Leu Pro Phe Phe Tyr Tyr Ser Asp Ser Pro Cys Glu

6365 6370 6375

Ser His Gly Lys Gln Val Val Ser Asp Ile Asp Tyr Val Pro Leu

6380 6385 6390

Lys Ser Ala Thr Cys Ile Thr Arg Cys Asn Leu Gly Gly Ala Val

6395 6400 6405

Cys Arg His His Ala Asn Glu Tyr Arg Leu Tyr Leu Asp Ala Tyr

6410 6415 6420

Asn Met Met Ile Ser Ala Gly Phe Ser Leu Trp Val Tyr Lys Gln

6425 6430 6435

Phe Asp Thr Tyr Asn Leu Trp Asn Thr Phe Thr Arg Leu Gln Ser

6440 6445 6450

Leu Glu Asn Val Ala Phe Asn Val Val Asn Lys Gly His Phe Asp

6455 6460 6465

Gly Gln Gln Gly Glu Val Pro Val Ser Ile Ile Asn Asn Thr Val

6470 6475 6480

Tyr Thr Lys Val Asp Gly Val Asp Val Glu Leu Phe Glu Asn Lys

6485 6490 6495

Thr Thr Leu Pro Val Asn Val Ala Phe Glu Leu Trp Ala Lys Arg

6500 6505 6510

Asn Ile Lys Pro Val Pro Glu Val Lys Ile Leu Asn Asn Leu Gly

6515 6520 6525

Val Asp Ile Ala Ala Asn Thr Val Ile Trp Asp Tyr Lys Arg Asp

6530 6535 6540

Ala Pro Ala His Ile Ser Thr Ile Gly Val Cys Ser Met Thr Asp

6545 6550 6555

Ile Ala Lys Lys Pro Thr Glu Thr Ile Cys Ala Pro Leu Thr Val

6560 6565 6570

Phe Phe Asp Gly Arg Val Asp Gly Gln Val Asp Leu Phe Arg Asn

6575 6580 6585

Ala Arg Asn Gly Val Leu Ile Thr Glu Gly Ser Val Lys Gly Leu

6590 6595 6600

Gln Pro Ser Val Gly Pro Lys Gln Ala Ser Leu Asn Gly Val Thr

6605 6610 6615

Leu Ile Gly Glu Ala Val Lys Thr Gln Phe Asn Tyr Tyr Lys Lys

6620 6625 6630

Val Asp Gly Val Val Gln Gln Leu Pro Glu Thr Tyr Phe Thr Gln

6635 6640 6645

Ser Arg Asn Leu Gln Glu Phe Lys Pro Arg Ser Gln Met Glu Ile

6650 6655 6660

Asp Phe Leu Glu Leu Ala Met Asp Glu Phe Ile Glu Arg Tyr Lys

6665 6670 6675

Leu Glu Gly Tyr Ala Phe Glu His Ile Val Tyr Gly Asp Phe Ser

6680 6685 6690

His Ser Gln Leu Gly Gly Leu His Leu Leu Ile Gly Leu Ala Lys

6695 6700 6705

Arg Phe Lys Glu Ser Pro Phe Glu Leu Glu Asp Phe Ile Pro Met

6710 6715 6720

Asp Ser Thr Val Lys Asn Tyr Phe Ile Thr Asp Ala Gln Thr Gly

6725 6730 6735

Ser Ser Lys Cys Val Cys Ser Val Ile Asp Leu Leu Leu Asp Asp

6740 6745 6750

Phe Val Glu Ile Ile Lys Ser Gln Asp Leu Ser Val Val Ser Lys

6755 6760 6765

Val Val Lys Val Thr Ile Asp Tyr Thr Glu Ile Ser Phe Met Leu

6770 6775 6780

Trp Cys Lys Asp Gly His Val Glu Thr Phe Tyr Pro Lys Leu Gln

6785 6790 6795

Ser Ser Gln Ala Trp Gln Pro Gly Val Ala Met Pro Asn Leu Tyr

6800 6805 6810

Lys Met Gln Arg Met Leu Leu Glu Lys Cys Asp Leu Gln Asn Tyr

6815 6820 6825

Gly Asp Ser Ala Thr Leu Pro Lys Gly Ile Met Met Asn Val Ala

6830 6835 6840

Lys Tyr Thr Gln Leu Cys Gln Tyr Leu Asn Thr Leu Thr Leu Ala

6845 6850 6855

Val Pro Tyr Asn Met Arg Val Ile His Phe Gly Ala Gly Ser Asp

6860 6865 6870

Lys Gly Val Ala Pro Gly Thr Ala Val Leu Arg Gln Trp Leu Pro

6875 6880 6885

Thr Gly Thr Leu Leu Val Asp Ser Asp Leu Asn Asp Phe Val Ser

6890 6895 6900

Asp Ala Asp Ser Thr Leu Ile Gly Asp Cys Ala Thr Val His Thr

6905 6910 6915

Ala Asn Lys Trp Asp Leu Ile Ile Ser Asp Met Tyr Asp Pro Lys

6920 6925 6930

Thr Lys Asn Val Thr Lys Glu Asn Asp Ser Lys Glu Gly Phe Phe

6935 6940 6945

Thr Tyr Ile Cys Gly Phe Ile Gln Gln Lys Leu Ala Leu Gly Gly

6950 6955 6960

Ser Val Ala Ile Lys Ile Thr Glu His Ser Trp Asn Ala Asp Leu

6965 6970 6975

Tyr Lys Leu Met Gly His Phe Ala Trp Trp Thr Ala Phe Val Thr

6980 6985 6990

Asn Val Asn Ala Ser Ser Ser Glu Ala Phe Leu Ile Gly Cys Asn

6995 7000 7005

Tyr Leu Gly Lys Pro Arg Glu Gln Ile Asp Gly Tyr Val Met His

7010 7015 7020

Ala Asn Tyr Ile Phe Trp Arg Asn Thr Asn Pro Ile Gln Leu Ser

7025 7030 7035

Ser Tyr Ser Leu Phe Asp Met Ser Lys Phe Pro Leu Lys Leu Arg

7040 7045 7050

Gly Thr Ala Val Met Ser Leu Lys Glu Gly Gln Ile Asn Asp Met

7055 7060 7065

Ile Leu Ser Leu Leu Ser Lys Gly Arg Leu Ile Ile Arg Glu Asn

7070 7075 7080

Asn Arg Val Val Ile Ser Ser Asp Val Leu Val Asn Asn

7085 7090 7095

<210> 165

<211> 1273

<212> ПРТ

<213> бетакоронавирус SARS коронавирус 2

<400> 165

Met Phe Val Phe Leu Val Leu Leu Pro Leu Val Ser Ser Gln Cys Val

1 5 10 15

Asn Leu Thr Thr Arg Thr Gln Leu Pro Pro Ala Tyr Thr Asn Ser Phe

20 25 30

Thr Arg Gly Val Tyr Tyr Pro Asp Lys Val Phe Arg Ser Ser Val Leu

35 40 45

His Ser Thr Gln Asp Leu Phe Leu Pro Phe Phe Ser Asn Val Thr Trp

50 55 60

Phe His Ala Ile His Val Ser Gly Thr Asn Gly Thr Lys Arg Phe Asp

65 70 75 80

Asn Pro Val Leu Pro Phe Asn Asp Gly Val Tyr Phe Ala Ser Thr Glu

85 90 95

Lys Ser Asn Ile Ile Arg Gly Trp Ile Phe Gly Thr Thr Leu Asp Ser

100 105 110

Lys Thr Gln Ser Leu Leu Ile Val Asn Asn Ala Thr Asn Val Val Ile

115 120 125

Lys Val Cys Glu Phe Gln Phe Cys Asn Asp Pro Phe Leu Gly Val Tyr

130 135 140

Tyr His Lys Asn Asn Lys Ser Trp Met Glu Ser Glu Phe Arg Val Tyr

145 150 155 160

Ser Ser Ala Asn Asn Cys Thr Phe Glu Tyr Val Ser Gln Pro Phe Leu

165 170 175

Met Asp Leu Glu Gly Lys Gln Gly Asn Phe Lys Asn Leu Arg Glu Phe

180 185 190

Val Phe Lys Asn Ile Asp Gly Tyr Phe Lys Ile Tyr Ser Lys His Thr

195 200 205

Pro Ile Asn Leu Val Arg Asp Leu Pro Gln Gly Phe Ser Ala Leu Glu

210 215 220

Pro Leu Val Asp Leu Pro Ile Gly Ile Asn Ile Thr Arg Phe Gln Thr

225 230 235 240

Leu Leu Ala Leu His Arg Ser Tyr Leu Thr Pro Gly Asp Ser Ser Ser

245 250 255

Gly Trp Thr Ala Gly Ala Ala Ala Tyr Tyr Val Gly Tyr Leu Gln Pro

260 265 270

Arg Thr Phe Leu Leu Lys Tyr Asn Glu Asn Gly Thr Ile Thr Asp Ala

275 280 285

Val Asp Cys Ala Leu Asp Pro Leu Ser Glu Thr Lys Cys Thr Leu Lys

290 295 300

Ser Phe Thr Val Glu Lys Gly Ile Tyr Gln Thr Ser Asn Phe Arg Val

305 310 315 320

Gln Pro Thr Glu Ser Ile Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr Asn Leu Cys

325 330 335

Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Arg Phe Ala Ser Val Tyr Ala

340 345 350

Trp Asn Arg Lys Arg Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr Ser Val Leu

355 360 365

Tyr Asn Ser Ala Ser Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val Ser Pro

370 375 380

Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Thr Asn Val Tyr Ala Asp Ser Phe

385 390 395 400

Val Ile Arg Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln Thr Gly

405 410 415

Lys Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Thr Gly Cys

420 425 430

Val Ile Ala Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly Gly Asn

435 440 445

Tyr Asn Tyr Leu Tyr Arg Leu Phe Arg Lys Ser Asn Leu Lys Pro Phe

450 455 460

Glu Arg Asp Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr Pro Cys

465 470 475 480

Asn Gly Val Glu Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser Tyr Gly

485 490 495

Phe Gln Pro Thr Asn Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val Val

500 505 510

Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Pro Lys

515 520 525

Lys Ser Thr Asn Leu Val Lys Asn Lys Cys Val Asn Phe Asn Phe Asn

530 535 540

Gly Leu Thr Gly Thr Gly Val Leu Thr Glu Ser Asn Lys Lys Phe Leu

545 550 555 560

Pro Phe Gln Gln Phe Gly Arg Asp Ile Ala Asp Thr Thr Asp Ala Val

565 570 575

Arg Asp Pro Gln Thr Leu Glu Ile Leu Asp Ile Thr Pro Cys Ser Phe

580 585 590

Gly Gly Val Ser Val Ile Thr Pro Gly Thr Asn Thr Ser Asn Gln Val

595 600 605

Ala Val Leu Tyr Gln Asp Val Asn Cys Thr Glu Val Pro Val Ala Ile

610 615 620

His Ala Asp Gln Leu Thr Pro Thr Trp Arg Val Tyr Ser Thr Gly Ser

625 630 635 640

Asn Val Phe Gln Thr Arg Ala Gly Cys Leu Ile Gly Ala Glu His Val

645 650 655

Asn Asn Ser Tyr Glu Cys Asp Ile Pro Ile Gly Ala Gly Ile Cys Ala

660 665 670

Ser Tyr Gln Thr Gln Thr Asn Ser Pro Arg Arg Ala Arg Ser Val Ala

675 680 685

Ser Gln Ser Ile Ile Ala Tyr Thr Met Ser Leu Gly Ala Glu Asn Ser

690 695 700

Val Ala Tyr Ser Asn Asn Ser Ile Ala Ile Pro Thr Asn Phe Thr Ile

705 710 715 720

Ser Val Thr Thr Glu Ile Leu Pro Val Ser Met Thr Lys Thr Ser Val

725 730 735

Asp Cys Thr Met Tyr Ile Cys Gly Asp Ser Thr Glu Cys Ser Asn Leu

740 745 750

Leu Leu Gln Tyr Gly Ser Phe Cys Thr Gln Leu Asn Arg Ala Leu Thr

755 760 765

Gly Ile Ala Val Glu Gln Asp Lys Asn Thr Gln Glu Val Phe Ala Gln

770 775 780

Val Lys Gln Ile Tyr Lys Thr Pro Pro Ile Lys Asp Phe Gly Gly Phe

785 790 795 800

Asn Phe Ser Gln Ile Leu Pro Asp Pro Ser Lys Pro Ser Lys Arg Ser

805 810 815

Phe Ile Glu Asp Leu Leu Phe Asn Lys Val Thr Leu Ala Asp Ala Gly

820 825 830

Phe Ile Lys Gln Tyr Gly Asp Cys Leu Gly Asp Ile Ala Ala Arg Asp

835 840 845

Leu Ile Cys Ala Gln Lys Phe Asn Gly Leu Thr Val Leu Pro Pro Leu

850 855 860

Leu Thr Asp Glu Met Ile Ala Gln Tyr Thr Ser Ala Leu Leu Ala Gly

865 870 875 880

Thr Ile Thr Ser Gly Trp Thr Phe Gly Ala Gly Ala Ala Leu Gln Ile

885 890 895

Pro Phe Ala Met Gln Met Ala Tyr Arg Phe Asn Gly Ile Gly Val Thr

900 905 910

Gln Asn Val Leu Tyr Glu Asn Gln Lys Leu Ile Ala Asn Gln Phe Asn

915 920 925

Ser Ala Ile Gly Lys Ile Gln Asp Ser Leu Ser Ser Thr Ala Ser Ala

930 935 940

Leu Gly Lys Leu Gln Asp Val Val Asn Gln Asn Ala Gln Ala Leu Asn

945 950 955 960

Thr Leu Val Lys Gln Leu Ser Ser Asn Phe Gly Ala Ile Ser Ser Val

965 970 975

Leu Asn Asp Ile Leu Ser Arg Leu Asp Lys Val Glu Ala Glu Val Gln

980 985 990

Ile Asp Arg Leu Ile Thr Gly Arg Leu Gln Ser Leu Gln Thr Tyr Val

995 1000 1005

Thr Gln Gln Leu Ile Arg Ala Ala Glu Ile Arg Ala Ser Ala Asn Leu

1010 1015 1020

Ala Ala Thr Lys Met Ser Glu Cys Val Leu Gly Gln Ser Lys Arg Val

1025 1030 1035 1040

Asp Phe Cys Gly Lys Gly Tyr His Leu Met Ser Phe Pro Gln Ser Ala

1045 1050 1055

Pro His Gly Val Val Phe Leu His Val Thr Tyr Val Pro Ala Gln Glu

1060 1065 1070

Lys Asn Phe Thr Thr Ala Pro Ala Ile Cys His Asp Gly Lys Ala His

1075 1080 1085

Phe Pro Arg Glu Gly Val Phe Val Ser Asn Gly Thr His Trp Phe Val

1090 1095 1100

Thr Gln Arg Asn Phe Tyr Glu Pro Gln Ile Ile Thr Thr Asp Asn Thr

1105 1110 1115 1120

Phe Val Ser Gly Asn Cys Asp Val Val Ile Gly Ile Val Asn Asn Thr

1125 1130 1135

Val Tyr Asp Pro Leu Gln Pro Glu Leu Asp Ser Phe Lys Glu Glu Leu

1140 1145 1150

Asp Lys Tyr Phe Lys Asn His Thr Ser Pro Asp Val Asp Leu Gly Asp

1155 1160 1165

Ile Ser Gly Ile Asn Ala Ser Val Val Asn Ile Gln Lys Glu Ile Asp

1170 1175 1180

Arg Leu Asn Glu Val Ala Lys Asn Leu Asn Glu Ser Leu Ile Asp Leu

1185 1190 1195 1200

Gln Glu Leu Gly Lys Tyr Glu Gln Tyr Ile Lys Trp Pro Trp Tyr Ile

1205 1210 1215

Trp Leu Gly Phe Ile Ala Gly Leu Ile Ala Ile Val Met Val Thr Ile

1220 1225 1230

Met Leu Cys Cys Met Thr Ser Cys Cys Ser Cys Leu Lys Gly Cys Cys

1235 1240 1245

Ser Cys Gly Ser Cys Cys Lys Phe Asp Glu Asp Asp Ser Glu Pro Val

1250 1255 1260

Leu Lys Gly Val Lys Leu His Tyr Thr

1265 1270

<210> 166

<211> 220

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> RBD поверхностного гликопротеина [вирус пневмонии

рынка морепродуктов в Ухане]

<400> 166

Asn Ile Thr Asn Leu Cys Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Arg

1 5 10 15

Phe Ala Ser Val Tyr Ala Trp Asn Arg Lys Arg Ile Ser Asn Cys Val

20 25 30

Ala Asp Tyr Ser Val Leu Tyr Asn Ser Ala Ser Phe Ser Thr Phe Lys

35 40 45

Cys Tyr Gly Val Ser Pro Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Thr Asn

50 55 60

Val Tyr Ala Asp Ser Phe Val Ile Arg Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile

65 70 75 80

Ala Pro Gly Gln Thr Gly Lys Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro

85 90 95

Asp Asp Phe Thr Gly Cys Val Ile Ala Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp

100 105 110

Ser Lys Val Gly Gly Asn Tyr Asn Tyr Leu Tyr Arg Leu Phe Arg Lys

115 120 125

Ser Asn Leu Lys Pro Phe Glu Arg Asp Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln

130 135 140

Ala Gly Ser Thr Pro Cys Asn Gly Val Glu Gly Phe Asn Cys Tyr Phe

145 150 155 160

Pro Leu Gln Ser Tyr Gly Phe Gln Pro Thr Asn Gly Val Gly Tyr Gln

165 170 175

Pro Tyr Arg Val Val Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala

180 185 190

Thr Val Cys Gly Pro Lys Lys Ser Thr Asn Leu Val Lys Asn Lys Cys

195 200 205

Val Asn Phe Asn Phe Asn Gly Leu Thr Gly Thr Gly

210 215 220

<210> 167

<211> 72

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Рецептор-связывающий мотив (RBM) в поверхностном

гликопротеине RBD [вирус пневмонии рынка морепродуктов в

Ухане]

<400> 167

Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly Gly Asn Tyr Asn Tyr Leu

1 5 10 15

Tyr Arg Leu Phe Arg Lys Ser Asn Leu Lys Pro Phe Glu Arg Asp Ile

20 25 30

Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr Pro Cys Asn Gly Val Glu

35 40 45

Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser Tyr Gly Phe Gln Pro Thr

50 55 60

Asn Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr

65 70

<210> 168

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL (VK) S309-v13 mAb SARS-CoV-2

<400> 168

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr

20 25 30

Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu

85 90 95

Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

100 105

<210> 169

<211> 7

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL1 S309-v13 mAb SARS-CoV-2

<400> 169

Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser

1 5

<210> 170

<211> 3

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL2 S309-v13 mAb SARS-CoV-2

<400> 170

Gly Ala Ser

1

<210> 171

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL3 S309-v13 mAb SARS-CoV-2

<400> 171

Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr

1 5

<210> 172

<211> 127

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH S309-v2.9 mAb SARS-CoV-2

<400> 172

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Phe Ile Ser Thr Tyr Asn Ala Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Phe Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 173

<211> 330

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CH1-CH3 G1m17 SARS-CoV-2; IgG1*01 LS

<400> 173

Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys

1 5 10 15

Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr

20 25 30

Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser

35 40 45

Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser

50 55 60

Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr

65 70 75 80

Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys

85 90 95

Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys

100 105 110

Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro

115 120 125

Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys

130 135 140

Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp

145 150 155 160

Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu

165 170 175

Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu

180 185 190

His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn

195 200 205

Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly

210 215 220

Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu

225 230 235 240

Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr

245 250 255

Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn

260 265 270

Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe

275 280 285

Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn

290 295 300

Val Phe Ser Cys Ser Val Leu His Glu Ala Leu His Ser His Tyr Thr

305 310 315 320

Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys

325 330

<210> 174

<211> 107

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CL (Ck) mAb SARS-CoV-2 IgKC*01 k1m3

<400> 174

Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu

1 5 10 15

Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe

20 25 30

Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln

35 40 45

Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser

50 55 60

Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu

65 70 75 80

Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser

85 90 95

Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys

100 105

<210> 175

<211> 330

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CH1-CH3 G1m17 SARS-CoV-2; IgG1*01 LS GAALIE

<400> 175

Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys

1 5 10 15

Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr

20 25 30

Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser

35 40 45

Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser

50 55 60

Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr

65 70 75 80

Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys

85 90 95

Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys

100 105 110

Pro Ala Pro Glu Leu Leu Ala Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro

115 120 125

Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys

130 135 140

Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp

145 150 155 160

Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu

165 170 175

Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu

180 185 190

His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn

195 200 205

Lys Ala Leu Pro Leu Pro Glu Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly

210 215 220

Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu

225 230 235 240

Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr

245 250 255

Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn

260 265 270

Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe

275 280 285

Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn

290 295 300

Val Phe Ser Cys Ser Val Leu His Glu Ala Leu His Ser His Tyr Thr

305 310 315 320

Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys

325 330

<210> 176

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH S300-v2.10 mAb SARS-CoV-2

<400> 176

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Asn Ala Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Phe Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 177

<211> 123

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH S300-v2.11 mAb SARS-CoV-2

<400> 177

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Pro Glu Trp Leu

35 40 45

Gly Phe Val Gln Gly Tyr Ser Gly Ala Thr Arg Tyr Ala Gln Lys Tyr

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Arg Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Gln Leu Ser Arg Leu Arg Pro Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Arg Pro Ser His Glu Phe Ala Met Tyr Phe Phe Asp Asn

100 105 110

Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 178

<211> 124

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH S315-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 178

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr

20 25 30

Trp Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Leu Trp Trp Asn Asp Gln Ala His Tyr Tyr Gly Met Asp

100 105 110

Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 179

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH1 S315-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 179

Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr Trp

1 5

<210> 180

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH2 S315-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 180

Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys

1 5

<210> 181

<211> 17

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH3 S315-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 181

Ala Arg Asp Leu Trp Trp Asn Asp Gln Ala His Tyr Tyr Gly Met Asp

1 5 10 15

Val

<210> 182

<211> 106

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL S315-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 182

Ser Tyr Glu Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ser Pro Gly Gln

1 5 10 15

Thr Ala Arg Ile Thr Cys Ser Gly Asp Ala Phe Pro Asn Gln Tyr Ala

20 25 30

Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Val Met Leu Ile Tyr

35 40 45

Lys Asp Ser Glu Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe Phe Gly Ser

50 55 60

Ser Ser Gly Thr Thr Val Thr Leu Thr Ile Arg Gly Val Gln Ala Glu

65 70 75 80

Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Ala Asp Ser Ser Gly Thr Val

85 90 95

Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu

100 105

<210> 183

<211> 6

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL1 S315-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 183

Ala Phe Pro Asn Gln Tyr

1 5

<210> 184

<211> 3

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL2 S315-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 184

Lys Asp Ser

1

<210> 185

<211> 9

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL3 S315-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 185

Gln Ser Ala Asp Ser Ser Gly Thr Val

1 5

<210> 186

<211> 373

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH S315-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 186

gaggtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtccagc ctggggggtc cctgagactc 60

tcctgtgcag cctctggatt cacctttagt aattattgga tgacctgggt ccgccaggct 120

ccagggaagg ggctggagtg ggtggccaac ataaagcaag atggaagtga gaaatactat 180

gtggactctg tgaagggccg attcaccatc tccagagaca acgccaagaa ctcactgtat 240

ctgcaaatga acagcctgag agccgaggac acggctgtgt attactgtgc gagagatctt 300

tggtggaacg accaggctca ctactacggt atggacgtct ggggccaagg gaccacggtc 360

accgtctcct cag 373

<210> 187

<211> 319

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL S315-v1 mAb SARS-CoV-2

<400> 187

tcctatgagc tgacacagcc accctcggtg tcagtgtccc caggacagac ggccaggatc 60

acctgctctg gagatgcatt cccaaaccaa tatgcttatt ggtaccagca gaagccaggc 120

caggcccctg tgatgctgat ctataaagac agtgagaggc cctcagggat ccctgagcga 180

ttctttggct ccagctcagg gacaacagtc acgttgacca tcagaggagt ccaggcagaa 240

gacgaggctg actattactg tcaatcagca gacagcagtg gtaccgtgtt cggcggaggg 300

accaagctga ccgtcctag 319

<210> 188

<211> 372

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH S315-v1 mAb SARS-CoV-2 (nt - кодон-оптимизированная)

<400> 188

gaagtgcagc ttgtcgagag cggcggaggc ctcgttcagc caggtgggag tctccgtctt 60

tcatgcgccg cttcaggatt tacgttctcc aactactgga tgacatgggt gaggcaggca 120

cctgggaagg ggctggagtg ggtggctaac atcaagcagg acggatctga aaaatattat 180

gtagattctg tgaaggggcg gtttaccatc tcaagggata atgccaaaaa ctctttgtat 240

ttacagatga actctcttcg agccgaggac accgccgttt actactgtgc ccgagatcta 300

tggtggaatg accaggctca ctattatgga atggacgtgt ggggccaggg tactaccgtt 360

accgtctcct ca 372

<210> 189

<211> 318

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL S315-v1 mAb SARS-CoV-2 (nt- кодон-оптимизированная)

<400> 189

tcttacgagc tcacccagcc accctcagtg tcagtgagcc ctggccaaac agctcgcatc 60

acctgttcag gtgacgcctt tccaaatcag tacgcctact ggtatcagca gaaacccggc 120

caggcacccg ttatgctcat ctacaaagat tctgagcggc catccggtat ccccgaacgc 180

tttttcggaa gctccagtgg gactacagtt acacttacta tccggggagt gcaagctgaa 240

gatgaggccg actattattg ccagagcgca gactcctcag gcacagtgtt tgggggcggg 300

actaaactaa ctgtgctg 318

<210> 190

<211> 106

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL S315-v2 mAb SARS-CoV-2

<400> 190

Ser Tyr Glu Leu Thr Gln Pro Pro Ser Val Ser Val Ser Pro Gly Gln

1 5 10 15

Thr Ala Arg Ile Thr Cys Ser Gly Asp Ala Phe Pro Asn Gln Tyr Ala

20 25 30

Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Val Met Leu Ile Tyr

35 40 45

Lys Asp Ser Glu Arg Pro Ser Gly Ile Pro Glu Arg Phe Phe Gly Ser

50 55 60

Ser Ser Gly Thr Thr Val Thr Leu Thr Ile Ser Gly Val Gln Ala Glu

65 70 75 80

Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Ser Ala Asp Ser Ser Gly Thr Val

85 90 95

Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu

100 105

<210> 191

<211> 319

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL S315-v2 mAb SARS-CoV-2

<400> 191

tcctatgagc tgacacagcc accctcggtg tcagtgtccc caggacagac ggccaggatc 60

acctgctctg gagatgcatt cccaaaccaa tatgcttatt ggtaccagca gaagccaggc 120

caggcccctg tgatgctgat ctataaagac agtgagaggc cctcagggat ccctgagcga 180

ttctttggct ccagctcagg gacaacagtc acgttgacca tcagtggagt ccaggcagaa 240

gacgaggctg actattactg tcaatcagca gacagcagtg gtaccgtgtt cggcggaggg 300

accaagctga ccgtcctag 319

<210> 192

<211> 318

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VL S315-v2 mAb SARS-CoV-2 (nt - кодон-оптимизированная)

<400> 192

tcctacgagc tcacccagcc cccctcagtc tctgtgtctc ctggacagac agccagaatc 60

acctgctcgg gagatgcttt tcccaaccaa tacgcctact ggtaccaaca gaaaccaggt 120

caggcgcctg tcatgctgat ttataaagac tcagagcggc cttcaggaat tcccgaaaga 180

ttcttcggga gttcaagcgg aactaccgtg accttaacca taagcggggt gcaggccgaa 240

gatgaagcag actattattg ccagagtgcc gatagtagtg gcacagtctt tggggggggg 300

acaaagctga cagtactc 318

<210> 193

<211> 106

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CL mAb IgLC*01 SARS-CoV-2

<400> 193

Gly Gln Pro Lys Ala Ala Pro Ser Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser

1 5 10 15

Glu Glu Leu Gln Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ile Ser Asp

20 25 30

Phe Tyr Pro Gly Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Ser Ser Pro

35 40 45

Val Lys Ala Gly Val Glu Thr Thr Thr Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn

50 55 60

Lys Tyr Ala Ala Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys

65 70 75 80

Ser His Arg Ser Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val

85 90 95

Glu Lys Thr Val Ala Pro Thr Glu Cys Ser

100 105

<210> 194

<211> 124

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH S315-v3 mAb SARS-CoV-2

<400> 194

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr

20 25 30

Phe Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Leu Trp Trp Asn Asp Gln Ala His Tyr Tyr Gly Met Asp

100 105 110

Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 195

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH1 S315-v3 mAb SARS-CoV-2

<400> 195

Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr Phe

1 5

<210> 196

<211> 124

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH S315-v4 mAb SARS-CoV-2

<400> 196

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr

20 25 30

Trp Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Asn Ile Lys Gln Asp Ala Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Leu Trp Trp Asn Asp Gln Ala His Tyr Tyr Gly Met Asp

100 105 110

Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 197

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH2 S315-v4 mAb SARS-CoV-2

<400> 197

Ile Lys Gln Asp Ala Ser Glu Lys

1 5

<210> 198

<211> 124

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH S315-v5 mAb SARS-CoV-2

<400> 198

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr

20 25 30

Trp Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Asn Ile Lys Gln Glu Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Leu Trp Trp Asn Asp Gln Ala His Tyr Tyr Gly Met Asp

100 105 110

Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 199

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH2 S315-v5 mAb SARS-CoV-2

<400> 199

Ile Lys Gln Glu Gly Ser Glu Lys

1 5

<210> 200

<211> 124

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH S315-v6 mAb SARS-CoV-2

<400> 200

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr

20 25 30

Trp Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Leu Phe Trp Asn Asp Gln Ala His Tyr Tyr Gly Met Asp

100 105 110

Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 201

<211> 17

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH3 S315-v6 mAb SARS-CoV-2

<400> 201

Ala Arg Asp Leu Phe Trp Asn Asp Gln Ala His Tyr Tyr Gly Met Asp

1 5 10 15

Val

<210> 202

<211> 124

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> VH S315-v7 mAb SARS-CoV-2

<400> 202

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asn Tyr

20 25 30

Trp Met Thr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Ala Asn Ile Lys Gln Asp Gly Ser Glu Lys Tyr Tyr Val Asp Ser Val

50 55 60

Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ala Lys Asn Ser Leu Tyr

65 70 75 80

Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Leu Trp Phe Asn Asp Gln Ala His Tyr Tyr Gly Met Asp

100 105 110

Val Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 203

<211> 17

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH3 S315-v7 mAb SARS-CoV-2

<400> 203

Ala Arg Asp Leu Trp Phe Asn Asp Gln Ala His Tyr Tyr Gly Met Asp

1 5 10 15

Val

<210> 204

<211> 230

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Тяжелая цепь IgHG1*01 Fd SARS-CoV-2

<400> 204

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala

115 120 125

Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser

130 135 140

Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe

145 150 155 160

Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly

165 170 175

Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu

180 185 190

Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr

195 200 205

Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg

210 215 220

Val Glu Pro Lys Ser Cys

225 230

<210> 205

<211> 214

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Легкая цепь IgKC*01 SARS-CoV-2

<400> 205

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr

20 25 30

Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu

85 90 95

Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala

100 105 110

Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly

115 120 125

Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala

130 135 140

Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln

145 150 155 160

Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser

165 170 175

Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr

180 185 190

Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser

195 200 205

Phe Asn Arg Gly Glu Cys

210

<210> 206

<211> 18

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<400> 206

Gly Ser Thr Ser Gly Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly Ser Thr

1 5 10 15

Lys Gly

<210> 207

<211> 10

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<400> 207

Gly Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly

1 5 10

<210> 208

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<400> 208

Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly

1 5

<210> 209

<211> 8

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<400> 209

Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu

1 5

<210> 210

<211> 6

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<220>

<221> ВАРИАНТ

<222> 1

<223> Xaa представляет собой положительно заряженную аминокислоту

и Z представляет собой глицин или отрицательно

заряженную аминокислоту

<220>

<221> ВАРИАНТ

<222> (3)...(5)

<223> Xaa представляет собой Gly или Ser

<400> 210

Xaa Pro Xaa Xaa Xaa Glx

1 5

<210> 211

<211> 121

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<220>

<221> ВАРИАНТ

<222> (2)...(10)

<223> любая одна или все аминокислоты 2-10 могут либо присутствовать,

либо отсутствовать

<220>

<221> ВАРИАНТ

<222> (12)...(121)

<223> любая одна или все аминокислоты 12-121 могут либо

присутствовать, либо отсутствовать

<400> 211

Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly

1 5 10 15

Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly

20 25 30

Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly

35 40 45

Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly

50 55 60

Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly

65 70 75 80

Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly

85 90 95

Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly

100 105 110

Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser

115 120

<210> 212

<211> 15

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<400> 212

Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser

1 5 10 15

<210> 213

<211> 50

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<400> 213

Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly

1 5 10 15

Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly

20 25 30

Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly

35 40 45

Gly Ser

50

<210> 214

<211> 18

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<400> 214

Gly Ser Thr Ser Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly

1 5 10 15

Ser Ser

<210> 215

<211> 14

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<400> 215

Glu Gly Lys Ser Ser Gly Ser Gly Ser Glu Ser Lys Val Asp

1 5 10

<210> 216

<211> 18

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<400> 216

Lys Glu Ser Gly Ser Val Ser Ser Glu Gln Leu Ala Gln Phe Arg Ser

1 5 10 15

Leu Asp

<210> 217

<211> 5

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер

<400> 217

Gly Gly Gly Gly Ser

1 5

<210> 218

<211> 494

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность

S309-scFab (H-L) SARS-CoV-2

<400> 218

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala

115 120 125

Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser

130 135 140

Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe

145 150 155 160

Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly

165 170 175

Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu

180 185 190

Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr

195 200 205

Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg

210 215 220

Val Glu Pro Lys Ser Cys Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser

225 230 235 240

Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly

245 250 255

Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly

260 265 270

Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro

275 280 285

Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg

290 295 300

Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys

305 310 315 320

Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala

325 330 335

Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe

340 345 350

Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr

355 360 365

Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val

370 375 380

Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro

385 390 395 400

Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu

405 410 415

Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn

420 425 430

Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser

435 440 445

Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala

450 455 460

Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly

465 470 475 480

Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys

485 490

<210> 219

<211> 494

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> S309-scFab (L-H) SARS-CoV-2

<400> 219

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr

20 25 30

Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu

85 90 95

Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala

100 105 110

Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly

115 120 125

Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala

130 135 140

Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln

145 150 155 160

Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser

165 170 175

Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr

180 185 190

Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser

195 200 205

Phe Asn Arg Gly Glu Cys Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser

210 215 220

Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly

225 230 235 240

Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly

245 250 255

Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly

260 265 270

Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala

275 280 285

Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala

290 295 300

Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly

305 310 315 320

Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr

325 330 335

Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser

340 345 350

Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala

355 360 365

Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly

370 375 380

Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe

385 390 395 400

Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu

405 410 415

Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp

420 425 430

Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu

435 440 445

Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser

450 455 460

Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro

465 470 475 480

Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys

485 490

<210> 220

<211> 249

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> S309-scFv (VH-VL) SARS-CoV-2

<400> 220

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly

115 120 125

Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Ile

130 135 140

Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg

145 150 155 160

Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser Leu

165 170 175

Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr

180 185 190

Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser

195 200 205

Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu Pro Glu

210 215 220

Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr Phe

225 230 235 240

Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

245

<210> 221

<211> 249

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> S309-scFv (VL-VH) SARS-CoV-2

<400> 221

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr

20 25 30

Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu

85 90 95

Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Gly Gly Gly Gly Ser

100 105 110

Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Val Gln Leu Val Gln

115 120 125

Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys

130 135 140

Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly Ile Ser Trp Val Arg

145 150 155 160

Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly Trp Ile Ser Thr Tyr

165 170 175

Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Gln Gly Arg Val Thr Met

180 185 190

Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr Met Glu Leu Arg Arg Leu

195 200 205

Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp Tyr Thr Arg

210 215 220

Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly Gly Phe Asp Asn Trp Gly

225 230 235 240

Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

245

<210> 222

<211> 518

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> S309-scFv (VH-VL)-(VH-VL) SARS-CoV-2

<400> 222

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly

115 120 125

Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Ile

130 135 140

Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg

145 150 155 160

Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser Leu

165 170 175

Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr

180 185 190

Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser

195 200 205

Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu Pro Glu

210 215 220

Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr Phe

225 230 235 240

Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly

245 250 255

Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Val Gln

260 265 270

Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys

275 280 285

Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly Ile Ser

290 295 300

Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly Trp Ile

305 310 315 320

Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Gln Gly Arg

325 330 335

Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr Met Glu Leu

340 345 350

Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp

355 360 365

Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly Gly Phe Asp

370 375 380

Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly

385 390 395 400

Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Ile Val Leu Thr

405 410 415

Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg Ala Thr Leu

420 425 430

Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser Leu Ala Trp Tyr

435 440 445

Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Gly Ala Ser

450 455 460

Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly

465 470 475 480

Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala

485 490 495

Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr Phe Gly Gly Gly

500 505 510

Thr Lys Val Glu Ile Lys

515

<210> 223

<211> 518

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> S309-scFv-(VH-VL)-(VL-VH) SARS-CoV-2

<400> 223

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly

115 120 125

Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Ile

130 135 140

Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg

145 150 155 160

Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser Leu

165 170 175

Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr

180 185 190

Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser

195 200 205

Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu Pro Glu

210 215 220

Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr Phe

225 230 235 240

Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly

245 250 255

Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Ile Val

260 265 270

Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg Ala

275 280 285

Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser Leu Ala

290 295 300

Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Gly

305 310 315 320

Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly

325 330 335

Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu Pro Glu Asp

340 345 350

Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr Phe Gly

355 360 365

Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly

370 375 380

Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala

385 390 395 400

Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser

405 410 415

Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro

420 425 430

Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn

435 440 445

Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp

450 455 460

Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp

465 470 475 480

Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp

485 490 495

Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr

500 505 510

Leu Val Thr Val Ser Ser

515

<210> 224

<211> 518

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> S309-scFv-(VL-VH)-(VH-VL) SARS-CoV-2

<400> 224

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr

20 25 30

Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu

85 90 95

Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Gly Gly Gly Gly Ser

100 105 110

Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Val Gln Leu Val Gln

115 120 125

Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys

130 135 140

Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly Ile Ser Trp Val Arg

145 150 155 160

Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly Trp Ile Ser Thr Tyr

165 170 175

Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Gln Gly Arg Val Thr Met

180 185 190

Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr Met Glu Leu Arg Arg Leu

195 200 205

Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp Tyr Thr Arg

210 215 220

Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly Gly Phe Asp Asn Trp Gly

225 230 235 240

Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly

245 250 255

Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Val Gln

260 265 270

Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys

275 280 285

Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly Ile Ser

290 295 300

Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly Trp Ile

305 310 315 320

Ser Thr Tyr Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Gln Gly Arg

325 330 335

Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr Met Glu Leu

340 345 350

Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp

355 360 365

Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly Gly Phe Asp

370 375 380

Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly

385 390 395 400

Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Ile Val Leu Thr

405 410 415

Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg Ala Thr Leu

420 425 430

Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser Leu Ala Trp Tyr

435 440 445

Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Gly Ala Ser

450 455 460

Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly

465 470 475 480

Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala

485 490 495

Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr Phe Gly Gly Gly

500 505 510

Thr Lys Val Glu Ile Lys

515

<210> 225

<211> 518

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность

S309-scFv-(VL-VH)-(VL-VH) SARS-CoV-2

<400> 225

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr

20 25 30

Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu

85 90 95

Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Gly Gly Gly Gly Ser

100 105 110

Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Val Gln Leu Val Gln

115 120 125

Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys

130 135 140

Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly Ile Ser Trp Val Arg

145 150 155 160

Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly Trp Ile Ser Thr Tyr

165 170 175

Asn Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Gln Gly Arg Val Thr Met

180 185 190

Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr Met Glu Leu Arg Arg Leu

195 200 205

Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp Tyr Thr Arg

210 215 220

Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly Gly Phe Asp Asn Trp Gly

225 230 235 240

Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly

245 250 255

Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Ile Val

260 265 270

Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg Ala

275 280 285

Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser Leu Ala

290 295 300

Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Gly

305 310 315 320

Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly

325 330 335

Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu Pro Glu Asp

340 345 350

Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr Phe Gly

355 360 365

Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly

370 375 380

Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala

385 390 395 400

Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser

405 410 415

Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro

420 425 430

Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Asn Gly Asn

435 440 445

Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp

450 455 460

Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp

465 470 475 480

Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp

485 490 495

Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr

500 505 510

Leu Val Thr Val Ser Ser

515

<210> 226

<211> 494

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность S309-scFab-(H-L)

v1.1 SARS-CoV-2

<400> 226

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Gln Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala

115 120 125

Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser

130 135 140

Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe

145 150 155 160

Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly

165 170 175

Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu

180 185 190

Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr

195 200 205

Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg

210 215 220

Val Glu Pro Lys Ser Cys Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser

225 230 235 240

Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly

245 250 255

Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly

260 265 270

Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro

275 280 285

Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg

290 295 300

Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys

305 310 315 320

Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala

325 330 335

Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe

340 345 350

Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr

355 360 365

Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val

370 375 380

Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro

385 390 395 400

Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu

405 410 415

Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn

420 425 430

Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser

435 440 445

Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala

450 455 460

Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly

465 470 475 480

Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys

485 490

<210> 227

<211> 494

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность S309-scFab-(L-H)

v1.1 SARS-CoV-2

<400> 227

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr

20 25 30

Ser Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu

35 40 45

Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser

50 55 60

Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu

65 70 75 80

Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu

85 90 95

Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala

100 105 110

Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly

115 120 125

Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala

130 135 140

Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln

145 150 155 160

Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser

165 170 175

Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr

180 185 190

Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser

195 200 205

Phe Asn Arg Gly Glu Cys Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser

210 215 220

Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly

225 230 235 240

Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly

245 250 255

Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly

260 265 270

Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala

275 280 285

Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala

290 295 300

Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Gln Gly

305 310 315 320

Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr

325 330 335

Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser

340 345 350

Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala

355 360 365

Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly

370 375 380

Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe

385 390 395 400

Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu

405 410 415

Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp

420 425 430

Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu

435 440 445

Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser

450 455 460

Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro

465 470 475 480

Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys

485 490

<210> 228

<211> 249

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность S309-scFv-(VH-VL)

v1.1 SARS-CoV-2

<400> 228

Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Pro Phe Thr Ser Tyr

20 25 30

Gly Ile Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met

35 40 45

Gly Trp Ile Ser Thr Tyr Gln Gly Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Lys Phe

50 55 60

Gln Gly Arg Val Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Thr Thr Thr Gly Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Arg Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Asp Tyr Thr Arg Gly Ala Trp Phe Gly Glu Ser Leu Ile Gly

100 105 110

Gly Phe Asp Asn Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly

115 120 125

Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Ile

130 135 140

Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly Glu Arg

145 150 155 160

Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr Ser Leu

165 170 175

Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile Tyr

180 185 190

Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser

195 200 205

Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu Pro Glu

210 215 220

Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Asp Thr Ser Leu Thr Phe

225 230 235 240

Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys

245

<210> 229

<211> 249

<212> ПРТ

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Синтетическая последовательность S309-scFv-(VL-VH)

v1.1 SARS-CoV-2

<400> 229

Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly

1 5 10 15

Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Thr Val Ser Ser Thr

20 25 30