Изобретение относится к области ветеринарной вирусологии и биотехнологии, может быть использовано для разработки и изготовления средств диагностики африканской чумы свиней.
Африканская чума свиней (АЧС) - контагиозная вирусная болезнь свиней и диких кабанов, летальность при которой достигает 100 %. Этиологическим агентом АЧС является оболочечный вирус с двухцепочечной ДНК, принадлежащий к семейству Asfarviridae, роду Asfivirus. Длина вирусного генома может варьироваться от 170 до 190 тысяч пар нуклеотидов (т.п.н.), кодирующих 150-195 открытых рамок считывания (ОРС), в зависимости от генотипа вируса [1]. Геном вируса разделен на три области: левая вариабельная область (LVR) от 38 до 47 т.п.н., правая вариабельная область (RVR) от 13 до 16 т.п.н. и центральная консервативная область (CCR) от 125,2 до 126,3 т.п.н. [2].
В настоящее время известно более 400 штаммов и изолятов вируса АЧС, обнаруженных на территории стран Карибского бассейна, Азии, Африки и Восточной Европы. Данные исследований различных штаммов демонстрируют, что вирус АЧС обладает выраженной вариабельностью вирулентных, иммуногенных, антигенных и культуральных свойств [3].
В настоящее время изоляты вируса АЧС подразделяются на 24 генотипа на основании последовательности С-концевой области гена B646L, кодирующего мажорный структурный белок vp72 [4]. Кроме того, ряд исследователей в настоящее время выделяют 24 кластера внутри генотипа II, основанных на анализе распространения генетических вариантов наиболее значимых геномных маркеров [5].
Известен референс-штамм Georgia 2007/1, выделенный от павших домашних свиней в Имеретии (Грузия) при первой вспышки АЧС на территории евроазиатского континента, вызванной вирусом II генотипа. В начале современной эпизоотии (2007 г.) у свиней регистрировалась клиническая картина острого течения АЧС (геморрагического диатеза и лихорадки) и летальность до 100 % [6].
Известен штамм Arm 07, выделенный в Армении в 2007 году, - наиболее приближенный генетический вариант к родительскому Georgia 2007/1, охарактеризованный как референтный для оценки протективных свойств вакцин-кандидатов против АЧС [7].
Мазлум А. с соавт. (2021 г.) описаны штаммы «ASFV/Ulyanovsk 19/WB-5699» и «ASFV/Kabardino-Balkaria 19/WB-964» (из Центральной России), «ASFV/Kaliningrad 18/WB-9766» и «ASFV/Kaliningrad 19/WB-101682 (из Калининградской области), «ASFV/Primorsky 19/WB-6723» и «ASFV/Amur/WB-6905» (из Дальневосточного Федерального округа), демонстрирующие высокое филогенетическое родство с исходным Georgia 2007/1 [8, 9].
К тому же, в многочисленных работах Шотина А.Р. с соавт., показаны клинические формы острого/подострого течений у свиней при заражении штаммами из Центральной, Западной и Восточной России [10-12]. Таким образом, все генетические варианты вируса АЧС II генотипа, дивергентные из штамма Georgia 2007/1, проявляют аналогичные иммуно- и молекулярно-биологические свойства.
Известен штамм OUR T88/3, который обладает низкой вирулентностью и индуцирует защиту у животных при контрольном заражении гомологичным вирулентным вирусом АЧС. Однако, у некоторых свиней после инокуляции наблюдаются побочные реакции, включая лихорадку и опухлость суставов. Он был выделен более тридцати лет назад, генетически и антигенно отличается отныне существующих вариантов вируса АЧС, циркулирующего на территории Евразии. Он принадлежит к I генотипу и IV сероиммунотипу, поэтому применение его в дальнейшем в качестве компонента диагностических систем является нецелесообразным [13]. Подобными характеристиками обладает и штамм Конго-49 (K49) I генотипа 2 сероиммунотипа, выделенного во время вспышки африканской чумы свиней в Бельгийском Конго (ныне Демократическая Республика Конго) в 1949 году [14].
С момента заноса вируса африканской чумы свиней в Грузию в 2007 году и последующего его распространения, вспышки болезни в Европе и Азии были вызваны генотипом II, за исключением энзоотичной ситуации на острове Сардиния (Италия), где генотип I персистировал с 1978 года, а также официальной нотификации Китайской Народной Республикой в 2021 году единственного эпизоотического очага среди домашних свиней, вызванного генотипом I [15, 16]. На основании результатов полногеномного анализа трех изолятов «Pig/Jiangsu/LG/2021» (JS/LG/21), «Pig/Henan/123014/2022» (HeN/123014/22) и «Pig/Inner Mongolia/DQDM/2022» (IM/DQDM/22), выделенных в 2021 и 2022 гг из биологического материала от свиней в провинциях Цзянсу, Хэнань и Автономном районе Внутренняя Монголия, соответственно, показано, что все эти изоляты являются рекомбинантами вируса генотипов I и II. Кроме того, данные изоляты имели значительный процент идентичности последовательностей между собой [17].
В 2023 г. на территории Приморского края от домашней свиньи в результате лабораторно-диагностических исследований в ФГБУ «ВНИИЗЖ» был выделен изолят вируса АЧС. При проведении научных исследований в ФГБУ «ВНИИЗЖ» изолят был охарактеризован, депонирован и получил название - штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023».
По результатам сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей выделенный штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС принадлежит к новому рекомбинантному варианту между генотипами I и II, гомологичному изолятам, выделенным на территории Китая в 2021 и 2022 гг., и значительно отличается от циркулирующих в настоящее время на территории России и других стран вариантов возбудителя.
Настоящее изобретение позволяет расширить арсенал штаммов вируса африканской чумы свиней, сформировавшихся по причине генетических взаимодействий (рекомбинации) и обладающих высоким уровнем генетической гетерогенности от известных в мире («Georgia 2007/1»; «OURT88 3» и других).
Штамм вируса АЧС «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» депонирован во Всероссийской государственной коллекции экзотических типов вирусов ящура и других патогенов животных (ГКШМ) ФГБУ «ВНИИЗЖ», под регистрационным номером: №707- деп/24 - ГКШМ ФГБУ «ВНИИЗЖ».
Экспериментально подтверждена возможность использования штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС для разработки и изготовления средств диагностики африканской чумы свиней.
Сущность изобретения отражена на графических изображениях:
Фиг. 1 - Дендрограмма, отражающая филогенетическое родство штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС с эпизоотическими штаммами, выделенными в Российской Федерации, Китае и Европе.
Фиг. 2 - Филогенетический анализ на основе маркерных участков: A. MGF 505-5R, Б. B646L, В. K145R, Г. MGF 505-9R/10R.
Фиг. 3 - Результаты электрофоретического разделения ПЦР-продуктов всех трех фрагментов (MGF 505-9R/10R, B646L и K145R) для штаммов K49 (генотип I, обозначен цифрой 1), «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» (рекомбинант, обозначен цифрой 2), Arm 07 (генотип II, обозначен цифрой 3). К- отрицательный контроль реакции.
Сущность изобретения пояснена следующими перечнями последовательностей:
SEQ ID NO:1 представляет последовательность генома штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса африканской чумы свиней.
Штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса африканской чумы свиней характеризуется следующими признаками и свойствами.
Морфологические признаки
Штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса африканской чумы свиней классифицирован и, согласно Международному Комитету по Таксономии Вирусов (International Committee on Taxonomy of Viruses - ICTV), относится к виду African swine fever virus, роду Asfivirus, семейству Asfarviridae. Возбудитель АЧС представляет собой крупный ДНК-содержащий оболочечный вирус с икосаэдрическим капсидом. Во внутриклеточных вирусных частицах (размер около 200-215 нм) выявлено не менее 28 структурных белков.
Антигенные свойства
По антигенным свойствам штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС относится к сероиммунотипу VIII на основе последовательности гена EP402R, кодирующего гликопротеин CD2v, ответственного за сероиммунотипирование.
Гено- и хемотаксономическая характеристики
Методом нуклеотидного секвенирования определена первичная структура полного генома штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС. Полная последовательность генома штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» получена путем генерации 148 611 160 прочтений и сопоставлена с образцами штаммов Georgia 2007/1 (FR682468), OUR T88/3 (AM712240) и «Pig/Jiangsu/LG/2021» (OQ504956), а также собрана de novo. Единая консенсусная последовательность получена как в результате сборки de novo, так и при картировании с последовательностью «Pig/Jiangsu/LG/2021» (OQ504956). Исходные тотальные прочтения (n=74018381) сопоставляли с референсной последовательностью со средним покрытием 39 771,59 прочтений/на нуклеотид. Последовательности, собранные обоими способами, оказались идентичны.
Выравнивание генома длиной 185 265 п.н. штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» выполняли в программе Bioedit v7.2.5 с последовательностями изолятов из России, Грузии, Китая и штамма генотипа I OUR T88/3, полученных из GenBank. Штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» имел 99,9917%-ную идентичность (гомологичность) с тремя рекомбинантными изолятами из Китая («Pig/Jiangsu/LG/2021» (OQ504956), «Pig/Inner-Mongolia/DQDM/2022» (OQ504955) и «Pig/Henan/123014/2022» (OQ504954).
Дополнительные признаки и свойства
Патогенность - патогенен для домашних свиней.
Вирулентность - высоковирулентный для естественно-восприимчивых животных (домашних свиней) при внутримышечном заражении.
Стабильность - сохраняет исходные биологические свойства при пассировании в чувствительной первичной культуре клеток селезенки свиньи в течение срока наблюдения (3 пассажа).
Биотехнологические характеристики
Штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС репродуцируется в первичных культурах клеток, в том числе селезенки свиньи (СС).
При лабораторном испытании проведено 5 последовательных пассажей штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС в первичной культуре клеток СС. Культурально-биологические (репродукционные) свойства определяют титрованием вируса после проведения каждого пассажа в соответствии с утвержденными методическими рекомендациями [18].
Сущность предлагаемого изобретения пояснена примерами его исследования, которые не ограничивают объем изобретения.
Пример 1. Изучение репродукционных свойств штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС в первичной культуре клеток СС.
При выделении изолята вируса АЧС с целью получения его однородной популяции, обладающей стандартизированными биологическими свойствами, использовали комплекс вирусологических методов, предусмотренных методическими указаниями по выделению и титрованию вируса АЧС в культуре клеток СС [8].
Выделение штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС проводили в данной культуре клеток с последующим накоплением в течение 5 последовательных пассажей. Клеточную линию выращивали в культуральной питательной среде Игла, в стационарных условиях во флаконах с площадью поверхности 25 см2, отмывали от ростовой среды и заражали суспензией рекомбинантного штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС (множественность заражения (MOI) составляла 10 ГАдЕ50/на клетку). После 30-минутной адсорбции вируса на клетках конфлюэнтного монослоя при температуре 37 ± 0,5°C во флаконы вносили по 5,0 см3 поддерживающей среды и инкубировали при температуре 37±0,5°C. После полной дезадгезии гемадсорбирующих клеток с субстрата в суспензию материал подвергали замораживанию-оттаиванию, центрифугированию при 3000 g в течение 15 мин. Полученный вируссодержащий материал использовали для проведения последующих пассажей с целью увеличения вирусной нагрузки. Титр рекомбинантного штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС в культуре клеток СС представлен в таблице 1, данные которой свидетельствуют о высокой репликационной способности рекомбинантного штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС к клеточной культуре. В течение первого пассажа титр инфекционной активности штамма вируса АЧС составил 5,50±0,05 lg ГАдЕ50/см3 (n=3). По итогам второго пассажа в указанной культуре клеток накопление вируса увеличилось на 0,5 lg ГАдЕ50/см3 и составило 6,0±0,05 lg ГАдЕ50/см3 (n=3). На этапах третьего-пятого пассажа титр инфекционной активности исследуемого штамма оставался константным и составлял 6,0±0,04 lg ГАдЕ50/см3 соответственно, при n=3.
Пример 2. Анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей геномных маркеров вируса.
После выделения вируса АЧС штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023», образцы использовались для выделения ДНК и постановки полимеразной цепной реакции (ПЦР) с целью амплификации маркерных фрагментов генома: B646L (длина фрагмента 478 п.н.), CVR (ген B602L - 372 п.н.), O174L (673 п.н.), K145R (501 п.н.), MGF 505-9R/10R (210 п.н.) и MGF 505-5R (620 п.н.). Реакцию проводили в соответствии с утвержденными методическими рекомендации по субгенотипированию изолятов вируса АЧС [19].
Полученные ПЦР-продукты использованы для проведения секвенирования по Сэнгеру. Выравнивание последовательностей генов осуществляли с использованием программы Bioedit v.7.2.5 относительно референс-штаммов Georgia 2007/1 (генотип II, Грузия, 2007 г., №FR682468.2) и OUR T88/3» (генотип I, Португалия, 1988 г., №AM712240), полученных из международной базы данных Genbank. Результаты исследований представлены в таблице 2.
Секвенирование последовательностей маркеров K145R, O174L и IGR I73L/I329R штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС показало их соответствие с данными для штамма Georgia 2007/1 - принадлежность к генотипу II вируса АЧС. При этом, генетические последовательности маркеров B646L, MGF 505-5R, CVR и MGF 505-9R/10R данного штамма идентичны аналогичным последовательностям референс-штамма «OUR T88/3» (генотип I вируса АЧС), что подтверждает наличие рекомбинаций в его геноме (Фиг. 1).
Пример 3. Филогенетический анализ штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС.
Филогенетический анализ проводили в сравнении с данными из открытых источников, описывающих изоляты вируса АЧС выделенные в 2018-2023 гг. на территории Приморского края и других субъектов России. В качестве референс-образцов вируса АЧС I и II генотипов использовали генетические последовательности из международной базы данных Genbank штаммов «OUR T88/3» (№AM712240) и Georgia 2007/1 (№FR682468.2), соответственно, а также последовательности рекомбинантного (мозаичная структура с сайтами, принадлежащими изолятам I и II генотипа) варианта, выявленного во время вспышек инфекции в 2021-2022 гг. у домашних свиней в провинциях Хэнань, Внутренняя Монголия, Цзянсу («Pig/Jiangsu/LG/2021» (JS/LG/21; номер доступа OQ504956), «Pig/Henan/123014/2022» (HeN/123014/22; номер доступа OQ54954) и «Pig/Inner Mongolia/DQDM/2022» (IM/DQDM/22; номер доступа OQ504955).
При определении филогенетического родства штаммов вируса АЧС из России, Грузии и Китая использовали метод максимального правдоподобия (Bootstrap=1000), модели Tamura-Nei (Gamma Distributed with Invariant Sites (G+I)), который проведен на основе 4 маркерных участков: A. MGF 505-5R Б. B646L, В. K145R, Г. MGF 505-9R/10R (Фиг. 2).
Анализ последовательностей генетического маркера K145R показал 100%-ную идентичность штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» со штаммом Georgia 2007/1 (генотип II), в то время как в других маркерных фрагментах генома (MGF 505-9R/10R, и B646L) были идентифицированы несколько точечных мутаций (замен и инсерций), сравнительный анализ которых показал 100%-ое сходство с последовательностью аналогичных маркеров у штамма OUR T88/3 (генотип I). Генетическая структура фрагмента MGF 505-5R штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» показала его принадлежность к рекомбинантным изолятам из Китая.
Пример 4. Исследование биологических свойств штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса африканской чумы свиней.
Проводили заражение штаммом «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС шести голов домашних поросят живым весом 20-25 кг/гол. внутримышечно в инфицирующей дозе 10 ГАдЕ50/гол. Две головы служили индикаторными животными, их содержали при прямом контакте с инфицированными. Оценку клинических признаков и патологоанатомических изменений проводили согласно утвержденным «Методическим указаниям по оценке клинических признаков и патологоанатомических изменений при экспериментальном заражении вирусом африканской чумы свиней» [20]. Результаты исследования приведены в таблице 3.
Штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС является высоковирулентным, контагиозным и вызывает 100%-ную летальность у восприимчивых животных.
Наблюдаемые клинические признаки и патологоанатомические изменения в тканях и органах у экспериментальных поросят являлись характерными для острого течения АЧС.
Пример 5. Получение положительных контрольных образцов для разработки и изготовления средств диагностики на основе ПЦР
Использование штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» лежит в основе разработки методов дифференциации рекомбинантных вариантов от изолятов первого и второго генотипа вируса АЧС с помощью ПЦР и нуклеотидного секвенирования.
Сущность таких методов заключается в комплексном обнаружении фрагментов генома вируса АЧС (например, B646L, K145R, межгенная область MGF 505-9R/10R) методом ПЦР с электрофоретической детекцией, косвенном определении длины фрагмента MGF 505-9R/10R, показывающей различные значения у генотипа II и I. При подозрении на генотип I проводится секвенирование участка, ответственного за генотипирование (B646L), а также фрагмента K145R, после чего изолят интерпретируют как «рекомбинантный» или «принадлежащий генотипу I» или «принадлежащий генотипу II».
При визуальной оценке длины фрагментов генов B646L и K145R не наблюдали различий между изолятами вируса АЧС, относящихся к генотипу I и II, т.к. составляют 478 и 501 п.н. соответственно. При этом использование праймеров, фланкирующих межгенную область MGF 505-9R/10R позволяет провести визуальную дифференциацию на этапе электрофореза, так как размер ПЦР-продукта у вируса АЧС генотипа I (и рекомбинанта) на 93 п.н. короче (459 п.н.), чем у генотипа II (552 п.н.). При соответствии исследуемого образца штамму Arm 07 принадлежность изолята к рекомбинантному варианту или генотипу I исключали. При длине фрагмента MGF 505-9R/10R, соответствующей генотипу I или рекомбинанту, ПЦР-продукт генов B646L и K145R у исследуемого образца вырезали из агарозного геля и исследовали секвенированием по методу Ф .Сэнгера (Фиг. 3).
Нуклеотидная последовательность гена K145R у штаммов генотипа I и II отличаются. Несмотря на то, что ген B646L у рекомбинантного варианта соответствует генотипу I, последовательность K145R у него гомологична вирусу АЧС генотипа II. В связи с этим выполняли выравнивание полученных нуклеотидных последовательностей фрагментов генов K145R и B646L, в качестве референс-штамма использовали штаммы Georgia 2007/1 (генотип II, FR682468.2) и OUR T88/3 (генотип I, AM712240), как показано на филогенетическом древе (Фиг. 2: Б - B646L; В - K145R).
Окончательный результат о принадлежности исследуемого изолята к генотипу I или рекомбинантному варианту устанавливали согласно интерпретации, изложенной в таблице 4.
При этом в качестве одного из положительных контролей дифференцирующих протоколов использовали вируссодержащий материал - культуру клеток костного мозга свиней (КК КМС), зараженную штаммом вируса АЧС «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023».
Таким образом, выделен, охарактеризован и депонирован в ГКШМ ФГБУ «ВНИИЗЖ» штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС, являющийся рекомбинантным вариантом с мозаичной структурой генома (сайты рекомбинации от изолятов I и II генотипов), проявляющий высокую вирулентность для домашних свиней при внутримышечном заражении и высокие репродукционные свойства в первичной культуре клеток СС и применим для разработки и изготовления средств диагностики африканской чумы свиней.
Источники информации, принятые во внимание при составлении описания изобретения к заявке на выдачу патента Российской Федерации на изобретение «Штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» рекомбинантного вируса африканской чумы свиней для разработки и изготовления средств диагностики».
1. Dixon L.K., Chapman D.A.G., Netherton C.L., Upton C. African swine fever virus replication and genomics. Virus Res. 2013;173:3-14.
2. Yáñez R.J., Rodríguez J.M., Nogal M.L., Yuste L., Enríquez C., Rodriguez J.F., Viñuela E. Analysis of the complete nucleotide sequence of African swine fever virus. Virology. 1995 Apr 1;208(1):249-78.
3. D.Е. De Tray, African swine fever / De Tray D.E., // Adv. Vet. Sci. Comp. Med. - 1963. - №19. P. 299-333
4. Quembo C.J., Jori F., Vosloo W., Heath L. Genetic characterization of African swine fever virus isolates from soft ticks at the wildlife/domestic interface in Mozambique and identification of a novel genotype. Transbound Emerg Dis. 2018 Apr;65(2):420-431.
5. Gallardo C., Casado N., Soler A., Djadjovski I., Krivko L., Madueño E., et al. A multi gene-approach genotyping method identifies 24 genetic clusters within the genotype II-European African swine fever viruses circulating from 2007 to 2022. Front. Vet. Sci. 2023; (10): 1112850.
6. Chapman DA, Darby AC, Da Silva M, Upton C, Radford AD, Dixon LK. Genomic analysis of highly virulent Georgia 2007/1 isolate of African swine fever virus. Emerg Infect Dis. 2011 Apr;17(4):599-605. doi: 10.3201/eid1704.101283.
7. Pérez-Núñez D, Castillo-Rosa E, Vigara-Astillero G, García-Belmonte R, Gallardo C, Revilla Y. Identification and Isolation of Two Different Subpopulations Within African Swine Fever Virus Arm/07 Stock. Vaccines (Basel). 2020 Oct 25;8(4):625. doi: 10.3390/vaccines8040625.
8. Mazloum, A.; van Schalkwyk, A.; Shotin, A.;Igolkin, A.; Shevchenko, I.; Gruzdev,K.N.; Vlasova, N. Comparative Analysis of Full Genome Sequences of African Swine Fever Virus Isolates Taken from Wild Boars in Russia in 2019. Pathogens 2021, 10, 521.
9. Mazloum A, van Schalkwyk A, Shotin A, Zinyakov N, Igolkin A, Chernyshev R, Debeljak Z, Korennoy F and Sprygin AV(2023) Whole-genome sequencing of African swine fever virus from wild boars in the Kaliningrad region reveals unique and distinguishing genomic mutations. Front. Vet. Sci. 9:1019808.
10. Шотин А.Р., Иголкин А.С., Мазлум А., Шевченко И.В., Аронова Е.В., Груздев К.Н. Изучение биологических свойств изолята вируса африканской чумы свиней ASFV/KALININGRAD 17/WB-13869. Сельскохозяйственная биология. 2023; 58(4): 773-83. DOI: https://doi.org/10.15389/agrobiology.2023.4.773rus
11. Шотин А.Р., Чернышев Р.С., Морозова Е.О., Иголкин А.С., Груздев К.Н., Колбин И.С., Лаврентьев И.А., Мазлум А. Молекулярно-биологические свойства изолята вируса африканской чумы свиней (Asfarviridae: Asfivirus) ASF/Tatarstan 20/WB-12276. Вопросы вирусологии. 2023; 68(4): 302-314. DOI:https://doi.org/10.36233/0507-4088-182
12. Шотин А.Р., Иголкин А.С., Мазлум А., Шевченко И.В., Бардина Н.С., Морозова Е.О. и др. Африканская чума свиней в Приморском крае: эпизоотическая ситуация и молекулярно-биологические свойства изолята, выделенного из трубчатой кости от дикого кабана. Ветеринария сегодня. 2022; 11(4): 347-58. https://doi.org/10.29326/2304-196X-2022-11-4-347-358
13. Boinas,F.S., Hutchings, G.H., Dixon,L.K., Wilkinson,P.J., 2004. Characterization of pathogenic and non-pathogenic African swine fever virus isolates from Ornithodoros erraticus in habiting pig premisesin Portugal.J.Gen.Virol. 85, 2177-2187.
14. Koltsov A, Tulman ER, Namsrayn S, Kutish GF, Koltsova G. Complete genome sequence of virulent genotype I African swine fever virus strain K49 from the Democratic Republic of the Congo, isolated from a domestic pig (Sus scrofa domesticus). Arch Virol. 2022 Nov;167(11):2377-2380. doi: 10.1007/s00705-022-05543-2.
15. Sun E., Huang L., Zhang X., Zhang J., Shen D., Zhang Z., et al. Genotype I African swine fever viruses emerged in domestic pigs in China and caused chronic infection. Emerg. Microbes Infect. 2021; 10(1): 2183-93. Zhou, X. et al Emergence of African Swine Fever in China, 2018. Transbound. Emerg. Dis.
16. Fiori M.S., Sanna D., Scarpa F., Floris M., Di Nardo A., Ferretti L., Loi F., Cappai S., Sechi A.M., Angioi P.P., Zinellu S., Sirica R., Evangelista E., Casu M., Franzoni G., Oggiano A., Dei Giudici S. A Deeper Insight into Evolutionary Patterns and Phylogenetic History of ASFV Epidemics in Sardinia (Italy) through Extensive Genomic Sequencing. Viruses. 2021 Oct 4;13(10):1994.
17. Zhao D., Sun E., Huang L., Ding L., Zhu Y., Zhang J., et al. Highly lethal genotype I and II recombinant African swine fever viruses detected in pigs. Nat. Commun. 2023; 14(1): 3096.
18. Мазлум А., Шарыпова Д.В., Гаврилова В.Л., Пузанкова О.С., Жуков И.Ю., Аронова Е.В., Власова Н.Н., Иголкин А.С. Методические рекомендации по выделению и титрованию вируса африканской чумы свиней в культуре клеток селезенки свиней: утв. ФГБУ "ВНИИЗЖ" 15.03.2019 г. / 09-19, - Владимир, 2019. - 24 с.
19. Чернышев Р.С., Мазлум А., Зиняков Н.Г., Садчикова А.С., Лаврентьев И.А., Иголкин А.С. Методические рекомендации по молекулярно-эпизоотологической кластеризации изолятов вируса африканской чумы свиней методом субгенотипирования: утв. ФГБЦ "ВНИИЗЖ" 15.03.2024 г. / 25-24, - Владимир, 2024. - 33 с.
20. Методические указания по оценке клинических признаков и патологоанатомических изменений при экспериментальном заражении вирусом африканской чумы свиней.: утв. Россельхознадзором в 2017 г. / МУ 40-15; ФГБУ «ВНИИЗЖ». - Владимир: 2017. - 21 с.
Таблица 1
Титр штамма «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» рекомбинантного вируса АЧС при заражении культуры клеток СС
(n=3)
ГАдЕ50 - гемадсорбирующая единица 50.
Таблица 2
Анализ изменений в последовательностях геномных маркеров вируса АЧС
Таблица 3
Биологические свойства штамма «ASFV Primorsky 2023/DP-4560.Rec» вируса АЧС рекомбинантного типа
Таблица 4
Интерпретация результатов секвенирования и выравнивания
Изобретение относится к области биотехнологии. Выделен, охарактеризован и депонирован в ГКШМ ФГБУ «ВНИИЗЖ» (регистрационный номер №707- деп/24- ГКШМ ФГБУ «ВНИИЗЖ») штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» вируса АЧС, являющийся рекомбинантным вариантом с мозаичной структурой генома (сайты рекомбинации от изолятов I и II генотипов), проявляющий высокую вирулентность для домашних свиней при внутримышечном заражении и высокие репродукционные свойства в первичной культуре клеток СС. Изобретение позволяет расширить арсенал штаммов вируса АЧС, сформировавшихся по причине генетических взаимодействий (рекомбинации) и обладающих высоким уровнем генетической гетерогенности от известных. 3 ил., 4 табл., 5 пр.
Штамм «ASF/Primorsky/DP-4560.Rec/2023» рекомбинантного вируса африканской чумы свиней, депонированный во Всероссийской государственной коллекции экзотических типов вируса ящура и других патогенов животных (ГКШМ) ФГБУ «ВНИИЗЖ» под регистрационным номером №707 - деп/24 – ГКШМ ФГБУ «ВНИИЗЖ», предназначенный для разработки и изготовления средств диагностики рекомбинантного вируса африканской чумы свиней.
