Изобретение относится к новым способам производства семейства антигенных пептидов, обладающих антивирусным действием, а также к пептидным библиотекам, полученным с использованием указанных способов, и композициям на их основе. Способ производства антигенных пептидов включает выявление множества вариабельных позиций в участке белка патогенного организма; выбор пептидной последовательности белка патогенного организма, включающей множество вариабельных позиций; подбор одного или более замещающих аминокислотных остатков для одной из вариабельных позиций или последовательностей, обладающих антигенным сходством с аминокислотными остатками в вариабельной позиции данного белка в естественных условиях, с помощью матрицы антигенного сходства аминокислот, показывающей возможность замены одного аминокислотного остатка другим с сохранением взаимодействия антитела с антигеном, скорректированный в соответствии с частотами аминокислот в гипервариабельных участках; включение подобранных замещающих аминокислотных остатков в пептидную последовательность; синтез семейства антигенных пептидов. Изобретение также относится к способу вызова иммунного ответа и способу диагностики ВИЧ-инфекции с использованием семейства пептидов, полученных согласно способам изобретения. 12 н. и 221 з.п. ф-лы, 43 табл., 1 ил.
1. Способ производства семейства антигенных пептидов, обладающих антивирусным действием, включающий:
выявление множества вариабельных позиций в участке белка патогенного организма;
выбор пептидной последовательности белка патогенного организма, включающей множество вариабельных позиций;
подбор одного или более замещающих аминокислотных остатков для одной из вариабельных позиций или последовательностей, обладающих антигенным сходством с аминокислотными остатками в вариабельной позиции данного белка в естественных условиях, с помощью матрицы антигенного сходства аминокислот, показывающей возможность замены одного аминокислотного остатка другим с сохранением взаимодействия антитела с антигеном, скорректированный в соответствии с частотами аминокислот в гипервариабельных участках;
включение подобранных замещающих аминокислотных остатков в пептидную последовательность;
синтез семейства антигенных пептидов.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что подбор одного или более замещающих аминокислотных остатков включает в себя определение частоты встречаемости каждого аминокислотного остатка в семействе антигенных пептидов.3. Способ по п.1, отличающийся тем, что белок патогенного организма связан с вирусом.4. Способ по п.3, отличающийся тем, что вирус - это ВИЧ.5. Способ по п.1, отличающийся тем, что белок патогенного организма - это белок gp 120 ВИЧ.6. Способ по п.5, отличающийся тем, что участок выбирается из множества, включающего в себя участки V1, V2, V3, V4 и V5.7. Способ по п.1, включающий в себя определение антигенного сходства между пептидом семейства и участком человеческого белка.8. Способ по п.7, включающий в себя удаление пептида из семейства антигенных пептидов перед созданием семейства в случае, если выявленное антигенное сходство пептида семейства с участком человеческого белка превышает заданный порог.9. Способ по п.1, отличающийся тем, что семейство антигенных пептидов включает в себя члены, не встречающиеся в естественных условиях в рассматриваемой позиции, в сумме обладающие антигенным сходством со всеми встречающимися в естественных условиях последовательностями участка белка патогенного организма.10. Способ по п.1, отличающийся тем, что подбор последовательностей включает в себя идентификацию пептидных последовательностей семейства, рассматриваемых в качестве представителей разнообразия последовательностей семейства в целом.11. Способ по п.10, отличающийся тем, что идентифицируют менее 500 последовательностей.12. Способ по п.10, отличающийся тем, что идентификация включает в себя расчет расстояний между пептидными последовательностями семейства.13. Способ по п.12, отличающийся тем, что расчет расстояний включает в себя использование матрицы антигенного сходства, указанной в п.1.14. Способ по п.1, отличающийся тем, что создание семейства антигенных пептидов включает в себя химический синтез семейства пептидов.15. Способ по п.14, отличающийся тем, что химический синтез включает в себя комбинаторный синтез, в ходе которого пептиды формируются в смеси различных последовательностей.16. Способ по п.14, отличающийся тем, что химический синтез включает в себя параллельный синтез, в ходе которого каждый пептид формируется отдельно от других пептидов.17. Способ по п.16, включающий в себя смешивание отдельных пептидов.18. Композиция для создания вакцины для профилактики и терапии вирусных заболеваний, включающая в себя семейство антигенных пептидов, полученных по способу по п.1, в котором каждый антигенный пептид семейства отличается от других антигенных пептидов этого семейства по положению хотя бы одной аминокислоты.19. Композиция по п.18, отличающаяся тем, что семейство включает в себя более 150 антигенных пептидов.20. Композиция по п.18, отличающаяся тем, что семейство включает в себя более 1000 антигенных пептидов.21. Композиция по п.18, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 100000 антигенных пептидов.22. Композиция по п.18, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 50000 антигенных пептидов.23. Композиция по п.18, отличающаяся тем, что семейство включает в себя от 1000 до 50000 антигенных пептидов.24. Композиция по п.18, отличающаяся тем, что белок патогенного организма - это белок gp120 ВИЧ.25. Композиция по п.24, отличающаяся тем, что вариабельный участок выбирается из множества, включающего в себя участок V3.26. Композиция по п.25, отличающаяся тем, что семейство антигенных пептидов включает в себя последовательности, обладающие антигенным сходством с последовательностями определенного подтипа ВИЧ.27. Композиция по п.26, отличающаяся тем, что подтип выбирается из множества, включающего в себя подтип А, подтип В, подтип С, подтип D, подтип F, подтип G и их комбинации.28. Композиция по п.18, отличающаяся тем, что, по меньшей мере, два семейства антигенных пептидов смешаны вместе.29. Композиция по п.18, отличающаяся тем, что семейство включает в себя множественный антигенный пептид.30. Пептидная библиотека, включающая в себя семейство пептидов, полученных по способу по п.1, обладающая антигенным сходством с участком V3 белка gp120 ВИЧ подтипов А, В, С, D, F, G формулыX1-C-X2-R-P-X3-N-N-T-R-X4-X5-X6-X7-X8-G-X9-G-X10-X11-X12-X13-X14-T-G-X15-I-X16-G-X17-I-R-X18-A-X19-C-X20,
где каждый из участков Х1-Х20 имеет длину 0, 1, 2 или 3 аминокислотных остатка.
31. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X1 обозначает аминокислоту N, V, Т или Е.32. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X2 обозначает аминокислоту Т или I.33. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X3 обозначает аминокислоту N, S, G или Y.34. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X4 обозначает аминокислоту K, Q или Т.35. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X5 обозначает аминокислоту S, G или R.36. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X6 обозначает аминокислоту I, Т или М.37. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X7 обозначает аминокислоту Н, R, Р, S или N.38. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X8 обозначает аминокислоту I или М.39. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X9 обозначает аминокислоту Р или L.40. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X10 обозначает аминокислоту R или Q.41. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X11 обозначает аминокислоту А, Т или V.42. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X12 обозначает аминокислоту F или W.43. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X13 обозначает аминокислоту Y, F или Н.44. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X14 обозначает аминокислоту А или Т.45. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X15 обозначает аминокислоту D, Q, А или R.46. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X16 обозначает аминокислоту I или Т.47. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X17 обозначает аминокислоту D или N.48. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х18 обозначает аминокислоту Q или K.49. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X19 обозначает аминокислоту Н или Y.50. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х20 обозначает аминокислоту N или Т.51. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X1 обозначает аминокислоту N, V, Т или Е; знак X2 обозначает аминокислоту Т или I; знак X3 обозначает аминокислоту N, S, G или Y; знак X4 обозначает аминокислоту K, Q или Т; знак X5 обозначает аминокислоту S, G или R; знак X6 обозначает аминокислоту I, Т или М; знак X7 обозначает аминокислоту Н, R, Р, S или N; знак Х8 обозначает аминокислоту I или М; знак Х9 обозначает аминокислоту Р или L; знак X10 обозначает аминокислоту R или Q; знак Х11 обозначает аминокислоту А, Т или V; знак Х12 обозначает аминокислоту F или W; знак Х13 обозначает аминокислоту Y, F или Н; знак X14 обозначает аминокислоту А или Т; знак X15 обозначает аминокислоту D, Q, А или R; знак X16 обозначает аминокислоту I или Т; знак X17 обозначает аминокислоту D или N; знак X18 обозначает аминокислоту Q или K; знак X19 обозначает аминокислоту Н или Y; знак Х20 обозначает аминокислоту N или Т.52. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что, по меньшей мере, два семейства антигенных пептидов смешаны вместе.53. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что семейство включает в себя более 150 антигенных пептидов.54. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 100000 антигенных пептидов.55. Пептидная библиотека по п.30, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 500 пептидных последовательностей, рассматриваемых в качестве представителей разнообразия последовательностей семейства в целом.56. Пептидная библиотека, включающая в себя семейство пептидов, полученных по способу по п.1, обладающая антигенным сходством с участком V3 белка gp120 ВИЧ подтипа А, формулыX1-C-X2-R-P-X3-N-N-X4-R-X5-X6-V-X7-I-G-P-G-X8-X9-F-X10-X11-X12-X13-X14-I-X15-G-X16-I-R-X17-A-X18-C-X19,
где каждый из участков Х1-Х19 имеет длину 0, 1, 2 или 3 аминокислотных остатка.
57. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X1 обозначает аминокислоту N, Т или D.58. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X2 обозначает аминокислоту Т или I.59. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X3 обозначает аминокислоту N, G или S.60. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X4 обозначает аминокислоту Т или K.61. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X5 обозначает аминокислоту K, Т или Q.62. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X6 обозначает аминокислоту S, G, R или N.63. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X7 обозначает аминокислоту R или Н.64. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х8 обозначает аминокислоту Q или R.65. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X9 обозначает аминокислоту А, Т или V.66. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X10 обозначает аминокислоту Y, F или Н.67. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X11 обозначает аминокислоту А или Т.68. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X12 обозначает аминокислоту Т, R, А или отсутствие остатка.69. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X13 обозначает аминокислоту G, D или отсутствие остатка.70. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X14 обозначает аминокислоту D, A, N, R или V.71. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X15 обозначает аминокислоту I или Т.72. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X16 обозначает аминокислоту D или N.73. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X17 обозначает аминокислоту Q, К или Е.74. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X18 обозначает аминокислоту Н или Y.75. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X19 обозначает аминокислоту N, Т или Е.76. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X1 обозначает аминокислоту N, Т или D; знак X2 обозначает аминокислоту Т или I; знак X3 обозначает аминокислоту N, G или S; знак X4 обозначает аминокислоту Т или К; знак X5 обозначает аминокислоту K, Т или Q; знак X6 обозначает аминокислоту S, G, R или N; знак X7 обозначает аминокислоту R или Н; знак X8 обозначает аминокислоту Q или R; знак X9 обозначает аминокислоту А, Т или V; знак X10 обозначает аминокислоту Y, F или Н; знак X11 обозначает аминокислоту А или Т; знак X12 обозначает аминокислоту Т, R, А или отсутствие остатка; знак Х13 обозначает аминокислоту G, D или отсутствие остатка; знак X14 обозначает аминокислоту D, А, N, R или V; знак X15 обозначает аминокислоту I или Т; знак X16 обозначает аминокислоту D или N; знак X17 обозначает аминокислоту Q, К или Е; знак X18 обозначает аминокислоту Н или Y; знак X19 обозначает аминокислоту N, Т или Е.77. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что, по меньшей мере, два семейства антигенных пептидов смешаны вместе.78. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что семейство включает в себя более 150 антигенных пептидов.79. Пептидная библиотека по п.56, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 100000 антигенных пептидов.80. Пептидная библиотека по п.56(73), отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 500 пептидных последовательностей, рассматриваемых в качестве представителей разнообразия последовательностей семейства в целом.81. Пептидная библиотека, включающая в себя семейство пептидов, полученных по способу по п.1, обладающая антигенным сходством с участком V3 белка gp120 ВИЧ подтипа В, формулыX1-C-X2-R-P-X3-N-N-T-R-K-X4-I-X5-X6-G-X7-G-X8-X9-X10-X11-X12-T-X13-X14-I-X15-G-X16-I-R-X17-A-X18-C-X19,
где каждый из участков Х1-Х19 имеет длину 0, 1, 2 или 3 аминокислотных остатка.
82. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X1 обозначает аминокислоту N, Т или Н.83. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х2 обозначает аминокислоту Т или I.84. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X3 обозначает аминокислоту N, S или G.85. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X4 обозначает аминокислоту S, G или R.86. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X5 обозначает аминокислоту Н, Р, N, Т или Y.87. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X6 обозначает аминокислоту I или М.88. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X7 обозначает аминокислоту Р, L или W.89. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X8 обозначает аминокислоту R, Q, G или S.90. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X9 обозначает аминокислоту А, V или Т.91. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X10 обозначает аминокислоту F, W или V.92. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х11 обозначает аминокислоту Y, F или Н.93. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X12 обозначает аминокислоту Т или А.94. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X13 обозначает аминокислоту G, Е или R.95. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X14 обозначает аминокислоту Е, Q, R или G.96. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X15 обозначает аминокислоту I или Т.97. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X16 обозначает аминокислоту D или N.98. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X17 обозначает аминокислоту Q или K.99. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х18 обозначает аминокислоту Н или Y.100. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X19 обозначает аминокислоту N или Т.101. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х1 обозначает аминокислоту N, Т или Н; знак Х2 обозначает аминокислоту Т или I; знак X3 обозначает аминокислоту N, S или G; знак X4 обозначает аминокислоту S, G или R; знак X5 обозначает аминокислоту Н, Р, N, Т или Y; знак X6 обозначает аминокислоту I или М; знак Х7 обозначает аминокислоту Р, L или W; знак Х8 обозначает аминокислоту R, Q, G или S; знак X9 обозначает аминокислоту А, V или Т; знак X10 обозначает аминокислоту F, W или V; знак Х11 обозначает аминокислоту Y, F или Н; знак Х12 обозначает аминокислоту Т или А; знак Х13 обозначает аминокислоту G, Е или R; знак X14 обозначает аминокислоту Е, Q, R или G; знак X15 обозначает аминокислоту I или Т; знак X16 обозначает аминокислоту D или N; знак X17 обозначает аминокислоту Q или K; знак X18 обозначает аминокислоту Н или Y; знак X19 обозначает аминокислоту N или Т.102. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что, по меньшей мере, два семейства антигенных пептидов смешаны вместе.103. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что семейство включает в себя более 150 антигенных пептидов.104. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 100000 антигенных пептидов.105. Пептидная библиотека по п.81, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 500 пептидных последовательностей, рассматриваемых в качестве представителей разнообразия последовательностей семейства в целом.106. Пептидная библиотека, включающая в себя семейство пептидов, полученных по способу по п.1, обладающая антигенным сходством с участком V3 белка gp120 ВИЧ подтипа С, формулыX1-C-X2-R-P-X3-N-N-T-R-X4-X5-X6-X7-I-G-P-G-Q-X8-F-X9-X10-T-X11-X12-I-X13-G-X14-I-R-Х15-А-Х16-С-Х17,
где каждый из участков X1-X17 имеет длину 0, 1, 2 или 3 аминокислотных остатка.
107. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X1 обозначает аминокислоту V, N, Е, Т, М или R.108. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х2 обозначает аминокислоту Т, I или А.109. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X3 обозначает аминокислоту N, G, S или Н.110. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X4 обозначает аминокислоту K, Е или Q.111. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X5 обозначает аминокислоту S или G.112. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X6 обозначает аминокислоту I или М.113. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X7 обозначает аминокислоту R или G.114. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X8 обозначает аминокислоту Т, А или V.115. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X9 обозначает аминокислоту Y или F.116. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X10 обозначает аминокислоту А или Т.117. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х11 обозначает аминокислоту G, N, D, K или Т.118. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X12 обозначает аминокислоту D, G, N, S или I.119. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X13 обозначает аминокислоту I или Т.120. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X14 обозначает аминокислоту D или N.121. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X15 обозначает аминокислоту Q, K, Е, L или Н.122. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X16 обозначает аминокислоту Н, Y или N.123. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X17 обозначает аминокислоту N, Т, I, D или Н.124. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X1 обозначает аминокислоту V, N, Е, Т, М или R; знак X2 обозначает аминокислоту Т, I или А; знак X3 обозначает аминокислоту N, G, S или Н; знак X4 обозначает аминокислоту K, Е или Q; знак X5 обозначает аминокислоту S или G; знак X6 обозначает аминокислоту I или М; знак X7 обозначает аминокислоту R или G; знак Х8 обозначает аминокислоту Т, А или V; знак Х9 обозначает аминокислоту Y или F; знак Х10 обозначает аминокислоту А или Т; знак Х11 обозначает аминокислоту G, N, D, K или Т; знак X12 обозначает аминокислоту D, G, N, S или I; знак X13 обозначает аминокислоту I или Т; знак X14 обозначает аминокислоту D или N; знак X15 обозначает аминокислоту Q, K, Е, L или Н; знак X16 обозначает аминокислоту Н, Y или N; знак X17 обозначает аминокислоту N, Т, I, D или Н.125. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что, по меньшей мере, два семейства антигенных пептидов смешаны вместе.126. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что семейство включает в себя более 150 антигенных пептидов.127. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 100000 антигенных пептидов.128. Пептидная библиотека по п.106, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 500 пептидных последовательностей, рассматриваемых в качестве представителей разнообразия последовательностей семейства в целом.129. Пептидная библиотека, включающая в себя семейство пептидов, полученных по способу по п.1, обладающая антигенным сходством с участком V3 белка gp120 ВИЧ подтипа D, формулыX1-C-X2-R-P-X3-X4-X5-X6-R-X7-X8-X9-X10-I-G-X11-G-X12-X13-X14-X15-X16-T-X17-X18-G-X19-I-X20-Х21-А-Х22-С-Х23,
где каждый из участков Х1-Х23 имеет длину 0, 1, 2 или 3 аминокислотных остатка.
130. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X1 обозначает аминокислоту N или Т.131. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х2 обозначает аминокислоту Т или I.132. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X3 обозначает аминокислоту Y или N.133. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X4 обозначает аминокислоту N или К.134. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X5 обозначает аминокислоту N или К.135(167). Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X6 обозначает аминокислоту Т, I или К.
136. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X7 обозначает аминокислоту Q или R.137. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х8 обозначает аминокислоту S, R или G.138. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X9 обозначает аминокислоту Т или I.139. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X10 обозначает аминокислоту Н, Р, S или R.140. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х11 обозначает аминокислоту Р, L, S или Q.141. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X12 обозначает аминокислоту Q или R.142. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X13 обозначает аминокислоту А или Т.143. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X14 обозначает аминокислоту L или Y.144. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X15 обозначает аминокислоту Y или F.145. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X16 обозначает аминокислоту Т или А.146. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X17 обозначает аминокислоту I или K.147. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X18 обозначает аминокислоту I, Т или K.148. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X19 обозначает аминокислоту D или N.149. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X20 обозначает аминокислоту R или G.150. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X21 обозначает аминокислоту Q или К.151. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X22 обозначает аминокислоту Н или Y.152. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X23 обозначает аминокислоту N, Т или K.153. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х1 обозначает аминокислоту N или Т; знак Х2 обозначает аминокислоту Т или I; знак X3 обозначает аминокислоту Y или N; знак X4 обозначает аминокислоту N или K; знак X5 обозначает аминокислоту N или K; знак X6 обозначает аминокислоту Т, I или K; знак X7 обозначает аминокислоту Q или R; знак X8 обозначает аминокислоту S, R или G; знак X9 обозначает аминокислоту Т или I; знак X10 обозначает аминокислоту Н, Р, S или R; знак Х11 обозначает аминокислоту Р, L, S или Q; знак Х12 обозначает аминокислоту Q или R; знак X13 обозначает аминокислоту А или Т; знак X14 обозначает аминокислоту L или Y; знак X15 обозначает аминокислоту Y или F; знак X16 обозначает аминокислоту Т или А; знак Х17 обозначает аминокислоту I или K; знак Х18 обозначает аминокислоту I, Т или K; знак X19 обозначает аминокислоту D или N; знак X20 обозначает аминокислоту R или G; знак X21 обозначает аминокислоту Q или K; знак X22 обозначает аминокислоту Н или Y; знак X23 обозначает аминокислоту N, Т или K.154. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что, по меньшей мере, два семейства антигенных пептидов смешаны вместе.155. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что семейство включает в себя более 150 антигенных пептидов.156. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 100000 антигенных пептидов.157. Пептидная библиотека по п.129, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 500 пептидных последовательностей, рассматриваемых в качестве представителей разнообразия последовательностей семейства в целом.158. Пептидная библиотека, включающая в себя семейство пептидов, полученных по способу по п.1, обладающая антигенным сходством с участком V3 белка gp120 ВИЧ подтипа F, формулыX1-C-T-R-P-X2-N-N-X3-R-K-X4-I-X5-L-G-P-G-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-I-X14-G-Х15-I-R-X16-A-X17-C-Х18,
где каждый из участков Х1-X18 имеет длину 0, 1, 2 или 3 аминокислотных остатка.
159. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X1 обозначает аминокислоту N или Т.160. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х2 обозначает аминокислоту N или S.161. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X3 обозначает аминокислоту Т или I.162. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X4 обозначает аминокислоту S, G или R.163. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X5 обозначает аминокислоту Н, R, Q, Р, Y или S.164. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X6 обозначает аминокислоту Q, R или Н.165. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X7 обозначает аминокислоту А, V или Т.166. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X8 обозначает аминокислоту F или I.167. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X9 обозначает аминокислоту Y, Н или F.168. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X10 обозначает аминокислоту А или Т.169. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X11 обозначает аминокислоту Т или А.170. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X12 обозначает аминокислоту G, D или S.171. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X13 обозначает аминокислоту D, А или N.172. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X14 обозначает аминокислоту I или Т.173. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X15 обозначает аминокислоту D или N.174. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X16 обозначает аминокислоту К или Q.175. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X17 обозначает аминокислоту Н или Y.176. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х18 обозначает аминокислоту N, I, D или K.177. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак Х1 обозначает аминокислоту N или Т; знак Х2 обозначает аминокислоту N или S; знак X3 обозначает аминокислоту Т или I; знак X4 обозначает аминокислоту S, G или R; знак X5 обозначает аминокислоту Н, R, Q, Р, Y или S; знак X6 обозначает аминокислоту Q, R или Н; знак X7 обозначает аминокислоту А, V или Т; знак X8 обозначает аминокислоту F или I; знак X9 обозначает аминокислоту Y, Н или F; знак X10 обозначает аминокислоту А или Т; знак Х11 обозначает аминокислоту Т или А; знак X12 обозначает аминокислоту G, D или S; знак X13 обозначает аминокислоту D, А или N; знак X14 обозначает аминокислоту I или Т; знак X15 обозначает аминокислоту D или N; знак X16 обозначает аминокислоту К или Q; знак X17 обозначает аминокислоту Н или Y; знак Х18 обозначает аминокислоту N, I, D, K или X.178. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что, по меньшей мере, два семейства антигенных пептидов смешаны вместе.179. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что семейство включает в себя более 150 антигенных пептидов.180. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 100000 антигенных пептидов.181. Пептидная библиотека по п.158, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 500 пептидных последовательностей, рассматриваемых в качестве представителей разнообразия последовательностей семейства в целом.182. Пептидная библиотека, включающая в себя семейство пептидов, полученных по способу по п.1, обладающая антигенным сходством с участком V3 белка gp120 ВИЧ подтипа G, формулыX1-C-X2-R-P-X3-N-N-T-R-K-S-X4-X5-X6-G-X7-X8-X9-X10-X11-X12-X13-T-X14-I-X15-G-X16-I-R-Х17-А-Х18-С-Х19,
где каждый из участков Х1-Х19 имеет длину 0, 1, 2 или 3 аминокислотных остатка.
183. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X1 обозначает аминокислоту N, I, Т, М или R.184. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X2 обозначает аминокислоту Т или I.185. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X3 обозначает аминокислоту N или S.186. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X4 обозначает аминокислоту I или K.187. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X5 обозначает аминокислоту Т, R, Н, Р или N.188. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X6 обозначает аминокислоту F или I.189. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X7 обозначает аминокислоту Р, Т, или L.190. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X8 обозначает аминокислоту G или R.191. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X9 обозначает аминокислоту Q, R, Н или G.192. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X10 обозначает аминокислоту А, Т или V.193. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X11 обозначает аминокислоту F, I или S.194. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X12 обозначает аминокислоту Y или Н.195. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X13 обозначает аминокислоту А или Т.196. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X14 обозначает аминокислоту G, D или S.197. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X15 обозначает аминокислоту I или Т.198. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X16 обозначает аминокислоту D или N.199. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X17 обозначает аминокислоту Q, L, K или Р.200. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X18 обозначает аминокислоту Н, Y или F.201. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X19 обозначает аминокислоту N, К или Т.202. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что для каждого пептида семейства знак X1 обозначает аминокислоту N, I, Т, М или R; знак X2 обозначает аминокислоту Т или I; знак X3 обозначает аминокислоту N или S; знак X4 обозначает аминокислоту I или K; знак X5 обозначает аминокислоту Т, R, Н, Р или N; знак Х6 обозначает аминокислоту F или I; знак Х7 обозначает аминокислоту Р, Т, или L; знак X8 обозначает аминокислоту G или R; знак X9 обозначает аминокислоту Q, R, Н или G; знак X10 обозначает аминокислоту А, Т или V; знак X11 обозначает аминокислоту F, I или S; знак X12 обозначает аминокислоту Y или Н; знак X13 обозначает аминокислоту А или Т; знак X14 обозначает аминокислоту G, D или S; знак Х15 обозначает аминокислоту I или Т; знак X16 обозначает аминокислоту D или N; знак Х17 обозначает аминокислоту Q, L, К или Р; знак X18 обозначает аминокислоту Н, Y или F; знак X19 обозначает аминокислоту N, K или Т.203. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что, по меньшей мере, два семейства антигенных пептидов смешаны вместе.204. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что семейство включает в себя более 150 антигенных пептидов.205. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 100000 антигенных пептидов.206. Пептидная библиотека по п.182, отличающаяся тем, что семейство включает в себя менее 500 пептидных последовательностей, рассматриваемых в качестве представителей разнообразия последовательностей семейства в целом.207. Способ вызова иммунного ответа, включающий в себя введение объекту композиции, содержащей семейство антигенных пептидов, полученных по п.1, в которое входят последовательности аминокислот, обладающие антигенным сходством с аминокислотными последовательностями вариабельного участка белка патогенного организма.208. Способ по п.207, отличающийся тем, что композиция вводится объекту до инфицирования патогенным организмом.209. Способ по п.208, отличающийся тем, что семейство антигенных пептидов включает в себя последовательности аминокислот, обладающие антигенным сходством с аминокислотными последовательностями подтипа белка патогенного организма.210. Способ по п.208, отличающийся тем, что семейство антигенных пептидов включает в себя последовательности аминокислот, обладающие антигенным сходством с аминокислотными последовательностями более чем одного подтипа белка патогенного организма.211. Способ по п.207, отличающийся тем, что композиция вводится объекту, инфицированному патогенным организмом.212. Способ по п.211, отличающийся тем, что объект инфицирован подтипом патогенного организма.213. Способ по п.212, отличающийся тем, что семейство антигенных пептидов включает в себя последовательности аминокислот, обладающие антигенным сходством с аминокислотными последовательностями того подтипа, которым инфицирован объект.214. Способ создания семейства пептидных последовательностей, обладающих антивирусным действием, включающий:выявление множества вариабельных позиций в участке белка соответствующего патогенного организма;
выбор пептидной последовательности белка соответствующего патогенного организма, включающей множество вариабельных позиций;
подбор одного или более замещающих аминокислотных остатков для одной из вариабельных позиций или последовательностей, обладающих антигенным сходством с аминокислотными остатками в вариабельной позиции данного белка в естественных условиях, с помощью матрицы антигенного сходства аминокислот, показывающей возможность замены одного аминокислотного остатка другим с сохранением взаимодействия антитела с антигеном, скорректированный в соответствии с частотами аминокислот в гипервариабельных участках;
создание семейства пептидных последовательностей.
215. Способ по п.214, включающий в себя приписывание определенной частоты встречаемости каждому замещающему аминокислотному остатку в семействе антигенных пептидов.216. Способ по п.215, отличающийся тем, что включает в себя определение частоты встречаемости вариаций в естественных условиях.217. Способ по п.214, включающий в себя определение антигенного сходства между пептидом семейства и участком человеческого белка.218. Способ по п.217, включающий в себя удаление пептида из семейства антигенных пептидов в случае, если выявленное антигенное сходство пептида семейства с участком человеческого белка превышает заданный порог.219. Способ по п.214, отличающийся тем, что семейство антигенных пептидов включает в себя члены, не встречающиеся в естественных условиях в рассматриваемой позиции, в сумме обладающие антигенным сходством со всеми встречающимися в естественных условиях последовательностями участка белка патогенного организма.220. Способ по п.214, отличающийся тем, что подбор последовательностей включает в себя идентификацию пептидных последовательностей семейства, рассматриваемых в качестве представителей разнообразия последовательностей семейства в целом.221. Способ по п.220, отличающийся тем, что идентифицируют менее 500 последовательностей.222. Способ по п.220, отличающийся тем, что идентификация включает в себя расчет расстояний между пептидными последовательностями семейства.223. Способ по п.222, отличающийся тем, что расчет расстояний включает в себя использование матрицы антигенного сходства, указанной в п.214.224. Способ по п.256, включающий в себя идентификацию пептидных последовательностей семейства, обладающих антигенным сходством с подтипом белка патогенного организма.225. Способ по п.214, отличающийся тем, что патогенный организм - это вирус.226. Способ по п.225, отличающийся тем, что вирус - это ВИЧ.227. Способ по п.226, отличающийся тем, что белок патогенного организма - это gp120.228. Способ по п.227, отличающийся тем, что участок выбирается из множества, включающего в себя участки V1, V2, V3, V4 и V5.229. Способ диагностики ВИЧ-инфекции, включающий в себя контакт исследуемого образца с семейством пептидов, полученных способом по п.1, содержащих аминокислотные последовательности, обладающие антигенным сходством с аминокислотными последовательностями вариабельного участка белка патогенного организма, определяемое на основе использования матрицы, указанной в п.1, в котором каждый антигенный пептид семейства отличается от других антигенных пептидов этого семейства по положению хотя бы одной аминокислоты.230. Способ по п.229, отличающийся тем, что семейство пептидов обладает антигенным сходством с gp120 определенного подтипа ВИЧ.231. Способ по п.229, отличающийся тем, что семейство пептидов обладает антигенным сходством с gp120 более чем одного подтипа ВИЧ.232. Способ по п.229, включающий в себя иммобилизацию семейства пептидов на субстрате перед контактом с исследуемым образцом.233. Способ по п.229, включающий в себя определение в образце антител, специфически связывающихся семейством пептидов.
