НЕОАНТИГЕНЫ И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ Российский патент 2023 года по МПК C12N5/783 A61K38/17 A61K39/00 C07K14/82 A61P35/04 

ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА

По настоящей заявке испрашивается приоритет временных заявок на патенты США №№ 62/687,188, поданной 19 июня 2018 и 62/800,735, поданной 4 февраля 2019; которые полностью включены в настоящее описание в качестве ссылок.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

Иммунотерапия рака представляет собой использование иммунной системы для лечения рака. В иммунотерапии используют тот факт, что раковые клетки часто имеют на своей поверхности молекулы, которые могут быть обнаружены иммунной системой, известные как опухолевые антигены, которые часто являются белками или другими макромолекулами (например, углеводами). Активная иммунотерапия направляет иммунную систему на опухолевые клетки через нацеливания на опухолевые антигены. Пассивные иммунотерапия усиливает существующие противоопухолевые ответы и включает использование моноклональных антител, лимфоцитов и цитокинов. Опухолевые вакцины обычно состоят из опухолевых антигенов и иммуностимулирующих молекул (например, адъювантов, цитокинов или лигандов TLR), которые работают вместе, чтобы индуцировать антигенспецифические цитотоксические Т-клетки (CTL), которые распознают и лизируют опухолевые клетки. Одним из важнейших препятствий на пути разработки лечебной и опухолеспецифической иммунотерапии является идентификация и выбор высокоспецифичных и ограниченных опухолевых антигенов, чтобы избежать аутоиммунитета.

Неоантигены опухоли, которые возникают в результате генетических изменений (например, инверсий, транслокаций, делеций, миссенс-мутаций, мутаций сайтов сплайсинга и т.д.) в злокачественных клетках, представляют собой наиболее специфичный для опухоли класс антигенов и могут быть специфичными для пациента или гетерогенными. Неоантигены опухоли уникальны для опухолевой клетки, поскольку мутация и соответствующий ей белок присутствуют только в опухоли. Они также не имеют центральной толерантности и, следовательно, с большей вероятностью являются иммуногенными. Поэтому опухолевые неоантигены являются отличной мишенью для иммунного распознавания, включая и гуморальный, и клеточный иммунитет. Однако опухолевые неоантигены редко использовали в противораковых вакцинах или иммуногенных композициях из-за технических трудностей в их идентификации, выборе оптимизированных антигенов и производстве неоантигенов для использования в вакцине или иммуногенной композиции. Следовательно, все еще существует необходимость разработки дополнительных противораковых терапий.

ВВЕДЕНИЕ В КАЧЕСТВЕ ССЫЛКИ

Все публикации, патенты и заявки на патенты, упомянутые в этом описании, включены в него в качестве ссылки в той же степени, как если бы каждая отдельная публикация, патент или заявка на патент были специально и индивидуально указаны как подлежащие включению посредством ссылки.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

В некоторых аспектах изобретение относится к композиции, содержащей по меньшей мере один полипептид, содержащий две или более мутантных RAS пептидных последовательностей, выбранных из группы, состоящей из KLVVVGADGV (SEQ ID NO: 1), KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 2), KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 3), LVVVGADGV (SEQ ID NO: 4), LVVVGACGV (SEQ ID NO: 5), LVVVGAVGV (SEQ ID NO: 6); GADGVGKSAL (SEQ ID NO: 7), GACGVGKSAL (SEQ ID NO: 8), GAVGVGKSAL (SEQ ID NO: 9), GADGVGKSA (SEQ ID NO: 10), GACGVGKSA (SEQ ID NO: 11), GAVGVGKSA (SEQ ID NO: 12); и/или VVGADGVGK (SEQ ID NO: 13), VVGACGVGK (SEQ ID NO: 14), VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 15), VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 16), VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 17), VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 18); по меньшей мере один полинуклеотид, кодирующий по меньшей мере один полипептид.

В некоторых вариантах осуществления, композиция содержит смесь трех или нескольких мутантных RAS пептидных последовательностей.

В некоторых аспектах, изобретение относится к композиции, содержащей: по меньшей мере один полипептид, содержащий две или более мутантных RAS пептидных последовательностей, каждая из которых содержит: по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот мутантного RAS белка, содержащего мутацию на G12, и мутацию на G12; дополнительно, где три или более аминокислотных остатков, которые являются гетерологичными мутантному RAS белку, связаны с N-концом или C-концом двух или более мутантных RAS пептидных последовательностей, где три или более аминокислотных остатков улучшают обработку мутантных RAS пептидных последовательностей в клетке и/или улучшают презентирование эпитопа мутантных RAS пептидных последовательностей; или по меньшей мере один полинуклеотид, кодирующий по меньшей мере один полипептид.

В некоторых вариантах осуществления, три или более аминокислотных остатков, которые являются гетерологичными мутантному RAS белку, связаны с N-концом или C-концом двух или более мутантных RAS пептидных последовательностей, содержащих аминокислотную последовательность белка CMV, такого как pp65, HIV или MART-1.

В некоторых вариантах осуществления, три или более аминокислотных остатков, которые гетерологичны мутантному RAS белку, связаны с N-концом или C-концом двух или более мутантных RAS пептидных последовательностей, содержащих по меньшей мере 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 или 40 аминокислот.

В некоторых вариантах осуществления, три или более аминокислотных остатков, которые являются гетерологичными мутантному RAS белку, связаны с N-концом или C-концом двух или более мутантных RAS пептидных последовательностей, содержащих не более 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100 аминокислот.

В некоторых аспектах, изобретение относится к композиции, содержащей по меньшей мере один полипептид формулы (Xaa_N)_N-(Xaa_RAS)_P-(Xaa_C)_C, где P является целым числом более 7; (XaaRAS)_P является мутантной RAS пептидной последовательностью, содержащей по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот мутантного RAS белка; по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот, содержащих по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот последовательности Lys1 Leu2 Val3 Val4 Val5 Gly6 Ala7 Xaa8 Gly9 Val10 Gly11 Lys12 Ser13 Ala14 Leu15 (SEQ ID NO: 19) N равно (i) 0 или (ii) целому числу более 2; (Xaa_N)_N является любой аминокислотной последовательностью, гетерологичной мутантному RAS белку; C равно (i) 0 или (ii) целому числу более 2; (Xaa_C)_C является любой аминокислотной последовательностью, гетерологичной мутантному RAS белку; Xaa8 выбран из группы, состоящей из Asp, Val, Cys, Ala, Arg и Ser; полипептид не является KLVVVGAVGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 20); и оба N и C не равны 0; или по меньшей мере один полинуклеотид, кодирующий по меньшей мере один полипептид.

В некоторых вариантах осуществления, (Xaa)_N и/или (XaaC)_C содержит аминокислотную последовательность белка CMV, такого как pp65, HIV или MART-1.

В некоторых вариантах осуществления, N и/или C является целым числом более 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 или 40.

В некоторых вариантах осуществления, N и/или C является целым числом менее 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 50, 60, 70, 80, 90 или 100.

В некоторых вариантах осуществления, N равно 0.

В некоторых вариантах осуществления, C равно 0.

В некоторых аспектах, изобретение относится к композиции, содержащей по меньшей мере один полипептид, содержащий аминокислотную последовательность Xaa₁-Xaa₂-Val₃-Val₄-Val₅-Gly₆-Ala₇-Xaa₈-Gly₉-Xaa₁₀, (SEQ ID NO: 21) где Xaa₁ не является Ala; при условии, что если Xaa₁ не является Lys, Xaa₂ является Leu и/или Xaa₁₀ является Gly; Xaa₂ не является Glu; при условии, что если Xaa₂ не является Leu, Xaa₁ является Lys и/или Xaa₁₀ является Gly; Xaa₈ выбран из группы, состоящей из Asp, Val, Cys, Ala, Arg и Ser; при условии, что если Xaa₈ является Glu, Xaa1 не является Tyr и/или Xaa₂ не является Leu, и при условии, что если Xaa₈ является Val, Xaa₁ не является Lys; Xaa₁₀ является любой аминокислотой; при условии, что если Xaa₁₀ не является Gly, Xaa₁ является Lys и/или Xaa₂ является Leu; и полипептид содержит HLA-A02:01-ограниченный T-клеточный эпитоп, HLA-A03:01-ограниченный Т-клеточный эпитоп, HLA-A11:01-ограниченный Т-клеточный эпитоп, HLA-A03:02-ограниченный Т-клеточный эпитоп, HLA-A30:01-ограниченный Т-клеточный эпитоп, HLA-A31:01-ограниченный Т-клеточный эпитоп, HLA-A33:01-ограниченный Т-клеточный эпитоп, HLA-A33:03-ограниченный Т-клеточный эпитоп, HLA-A68:01-ограниченный Т-клеточный эпитоп или HLA-A74:01-ограниченный Т-клеточный эпитоп, который связывается с HLA-A02:01, HLA-A03:01, HLA-A11:01, HLA-A03:02, HLA-A30:01, HLA-A31:01, HLA-A33:01, HLA-A33:03, HLA-A68:01 и/или HLA-A74:01 молекулой; и вызывает ответ HLA-A02:01-ограниченной цитотоксической Т-клетки, ответ HLA-A02:01-ограниченной цитотоксической Т-клетки, ответ HLA-A03:01-ограниченной цитотоксической Т-клетки, ответ HLA-A11:01-ограниченной цитотоксической Т-клетки, ответ HLA-A03:02-ограниченной цитотоксической Т-клетки, ответ HLA-A30:01-ограниченной цитотоксической Т-клетки, ответ HLA-A31:01-ограниченной цитотоксической Т-клетки, ответ HLA-A33:01-ограниченной цитотоксической Т-клетки, ответ HLA-A33:03-ограниченной цитотоксической Т-клетки, ответ HLA-A68:01-ограниченной цитотоксической Т-клетки или ответ HLA-A74:01-ограниченной цитотоксической Т-клетки; и который связывается с HLA-A02:01, HLA-A03:01, HLA-A11:01, HLA-A03:02, HLA-A30:01, HLA-A31:01, HLA-A33:01, HLA-A33:03, HLA-A68:01 и/или HLA-A74:01; или по меньшей мере один полинуклеотид, кодирующий по меньшей мере один полипептид.

В некоторых аспектах, изобретение относится к композиции, содержащей по меньшей мере один полипептид, содержащий одну или более мутантных RAS пептидных последовательностей, каждая из которых содержит: по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот мутантного RAS белка, содержащего G12A, G12C, G12D, G12R, G12S или G12V мутацию, и G12A, G12C, G12D, G12R, G12S или G12V мутацию; и дополнительно где пептид: содержит мутацию, не кодируемую геномом раковой клетки и имеющую аффинность или прогнозируемую аффинность 150 нМ или менее к HLA-A02:01 аллелю и/или период полужизни 2 часа или более, или имеет период полужизни 2 часа или более и аффинность или прогнозируемую аффинность 150 нМ или менее к HLA-A02:01 аллелю, HLA-A03:01 аллелю, HLA-A11:01 аллелю, HLA-A03:02 аллелю, HLA-A30:01 аллелю, HLA-A31:01 аллелю, HLA-A33:01 аллелю, HLA-A33:03 аллелю, HLA-A68:01 аллелю или HLA-A74:01 аллелю и/или HLA-C08:02 аллелю; или по меньшей мере один полинуклеотид, кодирующий по меньшей мере один полипептид.

В некоторых вариантах осуществления, композиция дополнительно содержит (i) пептид, содержащий пептидную последовательность из одной из таблиц 3-14 или (ii) полинуклеотид, кодирующий пептид, содержащий последовательность из таблицы 3-14.

В некоторых аспектах, изобретение относится к композиции, содержащей: (a) по меньшей мере один полипептид, содержащий одну или более RAS пептидных последовательностей, выбранных из группы, состоящей из: DTAGHEEY (SEQ ID NO: 22), TAGHEEYSAM (SEQ ID NO: 23), DILDTAGHE (SEQ ID NO: 24), DILDTAGH (SEQ ID NO: 25), ILDTAGHEE (SEQ ID NO: 26), ILDTAGHE (SEQ ID NO: 27), DILDTAGHEEY (SEQ ID NO: 28), DTAGHEEYS (SEQ ID NO: 29), LLDILDTAGH (SEQ ID NO: 30), DILDTAGRE (SEQ ID NO: 31), DILDTAGR (SEQ ID NO: 32), ILDTAGREE (SEQ ID NO: 33), ILDTAGRE (SEQ ID NO: 34), CLLDILDTAGR (SEQ ID NO: 35), TAGREEYSAM (SEQ ID NO: 36), REEYSAMRD (SEQ ID NO: 37), DTAGKEEYSAM (SEQ ID NO: 38), CLLDILDTAGK (SEQ ID NO: 39), DTAGKEEY (SEQ ID NO: 40), LLDILDTAGK (SEQ ID NO: 41), ILDTAGKE (SEQ ID NO: 42), ILDTAGKEE (SEQ ID NO: 43), DTAGLEEY (SEQ ID NO: 44), ILDTAGLE (SEQ ID NO: 45), DILDTAGL (SEQ ID NO: 46), ILDTAGLEE (SEQ ID NO: 47), GLEEYSAMRDQY (SEQ ID NO: 48), LLDILDTAGLE (SEQ ID NO: 49), LDILDTAGL (SEQ ID NO: 50), DILDTAGLE (SEQ ID NO: 51), DILDTAGLEEY (SEQ ID NO: 52), AGVGKSAL (SEQ ID NO: 53), GAAGVGKSAL (SEQ ID NO: 54), AAGVGKSAL (SEQ ID NO: 55), CGVGKSAL (SEQ ID NO: 56), ACGVGKSAL (SEQ ID NO: 57), DGVGKSAL (SEQ ID NO: 58), ADGVGKSAL (SEQ ID NO: 59), DGVGKSALTI (SEQ ID NO: 60), GARGVGKSA (SEQ ID NO: 61), KLVVVGARGV (SEQ ID NO: 62), VVVGARGV (SEQ ID NO: 63), SGVGKSAL (SEQ ID NO: 64), VVVGASGVGK (SEQ ID NO: 65), GASGVGKSAL (SEQ ID NO: 66), VGVGKSAL (SEQ ID NO: 67), VVVGAGCVGK (SEQ ID NO: 68), KLVVVGAGC (SEQ ID NO: 69), GDVGKSAL (SEQ ID NO: 70), DVGKSALTI (SEQ ID NO: 71), VVVGAGDVGK (SEQ ID NO: 72), TAGKEEYSAM (SEQ ID NO: 73), DTAGHEEYSAM (SEQ ID NO: 74), TAGHEEYSA (SEQ ID NO: 75), DTAGREEYSAM (SEQ ID NO: 76), TAGKEEYSA (SEQ ID NO: 77), AAGVGKSA (SEQ ID NO: 78), AGCVGKSAL (SEQ ID NO: 79), AGDVGKSAL (SEQ ID NO: 80), AGKEEYSAMR (SEQ ID NO: 81), AGVGKSALTI (SEQ ID NO: 82), ARGVGKSAL (SEQ ID NO: 83), ASGVGKSA (SEQ ID NO: 84), ASGVGKSAL (SEQ ID NO: 85), AVGVGKSA (SEQ ID NO: 86), CVGKSALTI (SEQ ID NO: 87), DILDTAGK (SEQ ID NO: 88), DILDTAGREEY (SEQ ID NO: 89), DTAGHEEYSAMR (SEQ ID NO: 90), DTAGKEEYS (SEQ ID NO: 91), DTAGKEEYSAMR (SEQ ID NO: 92), DTAGLEEYS (SEQ ID NO: 93), DTAGLEEYSA (SEQ ID NO: 94), DTAGLEEYSAMR (SEQ ID NO: 95), DTAGREEYS (SEQ ID NO: 96), DTAGREEYSAMR (SEQ ID NO: 97), GAAGVGKSA (SEQ ID NO: 98), GACGVGKSA (SEQ ID NO: 99), GACGVGKSAL (SEQ ID NO: 100), GADGVGKS (SEQ ID NO: 101), GAGDVGKSA (SEQ ID NO: 102), GAGDVGKSAL (SEQ ID NO: 103), GASGVGKSA (SEQ ID NO: 104), GCVGKSAL (SEQ ID NO: 105), GCVGKSALTI (SEQ ID NO: 106), GHEEYSAM (SEQ ID NO: 107), GKEEYSAM (SEQ ID NO: 108), GLEEYSAMR (SEQ ID NO: 109), GREEYSAM (SEQ ID NO: 110), GREEYSAMR (SEQ ID NO: 111), HEEYSAMRD (SEQ ID NO: 112), KEEYSAMRD (SEQ ID NO: 113), KLVVVGASG (SEQ ID NO: 114), LDILDTAGR (SEQ ID NO: 115), LEEYSAMRD (SEQ ID NO: 116), LVVVGARGV (SEQ ID NO: 117), LVVVGASGV (SEQ ID NO: 118), REEYSAMRDQY (SEQ ID NO: 119), RGVGKSAL (SEQ ID NO: 120), TAGLEEYSA (SEQ ID NO: 121), TEYKLVVVGAA (SEQ ID NO: 122), VGAAGVGKSA (SEQ ID NO: 123), VGADGVGK (SEQ ID NO: 124), VGASGVGKSA (SEQ ID NO: 125), VGVGKSALTI (SEQ ID NO: 126), VVVGAAGV (SEQ ID NO: 127), VVVGAVGV (SEQ ID NO: 128), YKLVVVGAC (SEQ ID NO: 129), YKLVVVGAD (SEQ ID NO: 130), YKLVVVGAR (SEQ ID NO: 131) и DILDTAGKE (SEQ ID NO: 132); или (b) по меньшей мере один полинуклеотид, кодирующий по меньшей мере один полипептид.

В некоторых вариантах осуществления, композиция дополнительно содержит (i) пептид, содержащий пептидную последовательность из одной из таблиц 1-14 или (ii) полинуклеотид, кодирующий пептид, содержащий последовательность из таблицы 1-14.

В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна из мутантных RAS пептидных последовательностей содержит N или C концевую аминокислотную последовательность длиной по меньшей мере 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 или 40 аминокислот, где N или C концевым удлинением является RAS аминокислотная последовательность дикого типа или не гетерологичная RAS аминокислотная последовательность.

В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один полипептид содержит по меньшей мере 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 мутантных RAS пептидных последовательностей.

В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один полипептид содержит по меньшей мере два полипептида или по меньшей мере один полинуклеотид, содержащий, по меньшей мере два полинуклеотида.

В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна из мутантных RAS пептидных последовательностей содержит по меньшей мере 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 или 40 непрерывных аминокислот мутантного RAS белка.

В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 мутантных RAS пептидных последовательностей содержат по меньшей мере 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 или 40 непрерывных аминокислот мутантного RAS белка.

В некоторых вариантах осуществления, каждая из мутантных RAS пептидных последовательностей каждая из двух или более RAS пептидных последовательностей содержат по меньшей мере 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 или 40 непрерывных аминокислот мутантного RAS белка.

В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один полипептид содержит по меньшей мере одну мутантную RAS пептидную последовательность, которая связывается с или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA-A02:01 аллелем, HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем и/или HLA-C08:02 аллелем.

В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один полипептид содержит по меньшей мере одну мутантную RAS пептидную последовательность, которая связывается с или предположительно связывается с белком, кодируемым: HLA-A02:01 аллелем и HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем или HLA-A74:01 аллелем; HLA-A02:01 аллелем и HLA-C08:02 аллелем; HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем или HLA-A74:01 аллелем и HLA-C08:02 аллелем; или HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем или HLA-A74:01 аллелем и аллелем и HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем или HLA-A74:01 аллелем.

В некоторых вариантах осуществления, мутантные RAS пептидные последовательности содержат первую мутантную RAS пептидную последовательность, которая связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA-A02:01 аллелем, HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем, HLA-A74:01 аллелем и/или HLA-C08:02 аллелем; и вторую мутантную RAS пептидную последовательность, которая связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA-A02:01 аллелем, HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем, HLA-A74:01 аллелем и/или HLA-C08:02 аллелем; где первая мутантная RAS пептидная последовательность связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелями, отличными от таковых для второй мутантной RAS пептидной последовательности.

В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один полипептид содержит по меньшей мере одну мутантную RAS пептидную последовательность, которая связывается с белком, кодируемым HLA аллелем с аффинностью менее чем 10 мкМ, менее чем 1 мкМ, менее чем 500 нМ, менее чем 400 нМ, менее чем 300 нМ, менее чем 250 нМ, менее чем 200 нМ, менее чем 150 нМ, менее чем 100 нМ или менее чем 50 нМ.

В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один полипептид содержит по меньшей мере одну мутантную RAS пептидную последовательность, которая связывается с белком, кодируемым HLA аллелем со стабильностью более чем 24 часа, более чем 12 часов, более чем 9 часов, более чем 6 часов, более чем 5 часов, более чем 4 часа, более чем 3 часа, более чем 2 часа, более чем 1 час, более чем 45 минут, более чем 30 минут, более чем 15 минут или более чем 10 минут.

В некоторых вариантах осуществления, HLA аллель выбирают из группы, состоящей из HLA-A02:01 аллеля, HLA-A03:01 аллеля, HLA-A11:01 аллеля, HLA-A03:02 аллеля, HLA-A30:01 аллеля, HLA-A31:01 аллеля, HLA-A33:01 аллеля, HLA-A33:03 аллеля, HLA-A68:01 аллеля, HLA-A74:01 аллеля и/или HLA-C08:02 аллеля и любой их комбинации.

В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один полипептид содержит по меньшей мере одну из следующих последовательностей: LVVVGACGV (SEQ ID NO: 133), KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 134), LVVVGADGV (SEQ ID NO: 135), KLVVVGADGV (SEQ ID NO: 136), LVVVGAVGV (SEQ ID NO: 137), KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 138), VVGACGVGK (SEQ ID NO: 139), VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 140), VVGADGVGK (SEQ ID NO: 141), VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 142), VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 143), VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 144), VVGACGVGK (SEQ ID NO: 145), VVGADGVGK (SEQ ID NO: 146), VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 147), VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 148) и VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 149).

В некоторых вариантах осуществления, мутантные RAS пептидные последовательности содержат по меньшей мере одну или две из следующих последовательностей: KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 150), FLVVVGACGL (SEQ ID NO: 151), FMVVVGACGI (SEQ ID NO: 152), FLVVVGACGI (SEQ ID NO: 153), FMVVVGACGV (SEQ ID NO: 154), FLVVVGACGV (SEQ ID NO: 155), MLVVVGACGV (SEQ ID NO: 156), FMVVVGACGL (SEQ ID NO: 157), YLVVVGACGV (SEQ ID NO: 158), KMVVVGACGV (SEQ ID NO: 159), YMVVVGACGV (SEQ ID NO: 160) и MMVVVGACGV (SEQ ID NO: 161).

В некоторых вариантах осуществления, мутантные RAS пептидные последовательности содержат по меньшей мере одну или две из следующих последовательностей: TEYKLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 162); WQAGILARKLVVVGAVGVQGQNLKYQ (SEQ ID NO: 163); HSYTTAEKLVVVGAVGVILGVLLLI (SEQ ID NO: 164); PLTEEKIKKLVVVGAVGVEKEGKISK (SEQ ID NO: 165); GALHFKPGSRKLVVVGAVGVAASDFIFLVT (SEQ ID NO: 166); RRANKDATAEKLVVVGAVGVKELKQVASPF (SEQ ID NO: 167); KAFISHEEKRKLVVVGAVGVKKKLINEKKE (SEQ ID NO: 168); TDLSSRFSKSKLVVVGAVGVKKCDISLQFF (SEQ ID NO: 169); FDLGGGTFDVKLVVVGAVGVKSTAGDTHLG (SEQ ID NO: 170); или CLLLHYSVSKKLVVVGAVGVATFYVAVTVP (SEQ ID NO: 171).

В некоторых вариантах осуществления, (Xaa)N содержит аминокислотную последовательность IDIIMKIRNA (SEQ ID NO: 172), FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFIIFFIFFWMC (SEQ ID NO: 173), FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFAAFWFW (SEQ ID NO: 174), IFFIFFIIFFFFFFFFFFFFIIIIIIIWEC (SEQ ID NO: 175), FIFFFIIFFFFFIFFFFFIFIIIIIIFWEC (SEQ ID NO: 176), TEY, WQAGILAR (SEQ ID NO: 177), HSYTTAE (SEQ ID NO: 178), PLTEEKIK (SEQ ID NO: 179), GALHFKPGSR (SEQ ID NO: 180), RRANKDATAE (SEQ ID NO: 181), KAFISHEEKR (SEQ ID NO: 182), TDLSSRFSKS (SEQ ID NO: 183), FDLGGGTFDV (SEQ ID NO: 184), CLLLHYSVSK (SEQ ID NO: 185) или MTEYKLVVV (SEQ ID NO: 186).

В некоторых вариантах осуществления, (XaaC)C содержит аминокислотную последовательность KKNKKDDIKD (SEQ ID NO: 187), AGNDDDDDDDDDDDDDDDDDKKDKDDDDDD (SEQ ID NO: 188), AGNKKKKKKKNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN (SEQ ID NO: 189), AGRDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD (SEQ ID NO: 190), GKSALTIQL (SEQ ID NO: 191), GKSALTI (SEQ ID NO: 192), QGQNLKYQ (SEQ ID NO: 193), ILGVLLLI (SEQ ID NO: 194), EKEGKISK (SEQ ID NO: 195), AASDFIFLVT (SEQ ID NO: 196), KELKQVASPF (SEQ ID NO: 197), KKKLINEKKE (SEQ ID NO: 198), KKCDISLQFF (SEQ ID NO: 199), KSTAGDTHLG (SEQ ID NO: 200), ATFYVAVTVP (SEQ ID NO: 201), LTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDG (SEQ ID NO: 202) или TIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGE (SEQ ID NO: 203).

В некоторых вариантах осуществления, первая мутантная RAS пептидная последовательность содержит первый неоэпитоп мутантного RAS белка и вторая мутантная RAS пептидная последовательность содержит второй неоэпитоп мутантного RAS белка, где первая мутантная RAS пептидная последовательность отличается от мутантной RAS пептидной последовательности, и где первый неоэпитоп содержит по меньшей мере одну мутантную аминокислоту, и второй неоэпитоп содержит ту же мутантную аминокислоту.

В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна из мутантных RAS пептидных последовательностей содержит мутантную аминокислоту, не кодируемую геномом раковой клетки субъекта.

В некоторых вариантах осуществления, каждая из мутантных RAS пептидных последовательностей присутствует в концентрации по меньшей мере 1 мкг/мл, по меньшей мере 10 мкг/мл, по меньшей мере 25 мкг/мл, по меньшей мере 50 мкг/мл или по меньшей мере 100 мкг/мл.

В некоторых вариантах осуществления, каждая из мутантных RAS пептидных последовательностей присутствует в концентрации не более 5000 мкг/мл, не более 2500 мкг/мл, не более 1000 мкг/мл, не более 750 мкг/мл, не более 500 мкг/мл, не более 400 мкг/мл или не более 300 мкг/мл.

В некоторых вариантах осуществления, каждая из мутантных RAS пептидных последовательностей присутствует в концентрации от 10 мкг/мл до 5000 мкг/мл, 10 мкг/мл до 4000 мкг/мл, 10 мкг/мл до 3000 мкг/мл, 10 мкг/мл до 2000 мкг/мл, 10 мкг/мл до 1000 мкг/мл, 25 мкг/мл до 500 мкг/мл или 50 мкг/мл до 300 мкг/мл.

В некоторых вариантах осуществления, композиция дополнительно содержит разные мутантные RAS пептидные последовательности с G13A, G13C, G13D, G13R, G13S, G13V, G12A, G12C, G12D, G12R, G12S, G12V или Q61 мутацией.

В некоторых вариантах осуществления, композиция дополнительно содержит иммуномодулирующий агент или адъювант.

В некоторых вариантах осуществления, адъювантом является полиICLC.

В некоторых аспектах изобретение относится к фармацевтической композиции, содержащей: описанную здесь композицию и фармацевтически приемлемый эксципиент.

В некоторых вариантах осуществления, фармацевтическая композиция содержит рН модификатор, присутствующий в концентрации менее чем 1 мМ или более чем 1 мМ.

В некоторых вариантах осуществления, фармацевтической композицией является вакцинная композиция.

В некоторых вариантах осуществления, фармацевтическая композиция является водной.

В некоторых вариантах осуществления, один или более из по меньшей мере одного полипептида связан pI>5 и HYDRO >-6, pI>8 и HYDRO >-8, pI<5 и HYDRO >-5, pI>9 и HYDRO <-8, pI>7 и значение HYDRO >-5,5, pI<4,3 и -4 ≥ HYDRO ≥-8, pI>0 и HYDRO <-8, pI>0 и HYDRO >-4 или pI>4,3 и -4≥ HYDRO ≥-8, pI>0 и HYDRO >-4 или pI>4,3 и HYDRO ≤-4, pI>0 и HYDRO >-4 или pI>4,3 и -4≥ HYDRO ≥-9, 5≥ pI ≥12 и -4≥ HYDRO ≥-9.

В некоторых вариантах осуществления, рН модификатором является основание.

В некоторых вариантах осуществления, рН модификатором является конъюгат основания и слабой кислоты.

В некоторых вариантах осуществления, рН модификатором является фармацевтически приемлемая соль.

В некоторых вариантах осуществления, рН модификатором является дикарбоксилат или трикарбоксилат.

В некоторых вариантах осуществления, рН модификатором является лимонная кислота и/или цитрат.

В некоторых вариантах осуществления, цитратом является цитрат динатрия и/или цитрат тринатрия.

В некоторых вариантах осуществления, рН модификатором является янтарная кислота и/или сукцинат.

В некоторых вариантах осуществления, сукцинатом является сукцинат динатрия и/или сукцинат мононатрия.

В некоторых вариантах осуществления, сукцинатом является гексагидрат сукцината динатрия.

В некоторых вариантах осуществления, рН модификатором присутствует в концентрации от 0,1 мМ до 1 мМ.

В некоторых вариантах осуществления, фармацевтически приемлемый носитель содержит жидкость.

В некоторых вариантах осуществления, фармацевтически приемлемый носитель содержит воду.

В некоторых вариантах осуществления, фармацевтически приемлемый носитель содержит сахар.

В некоторых вариантах осуществления, сахар содержит декстрозу или маннит.

В некоторых вариантах осуществления, декстроза присутствует в концентрации от 1-10% масс/об.

В некоторых вариантах осуществления, сахар содержит трегалозу.

В некоторых вариантах осуществления, сахар содержит сахарозу.

В некоторых вариантах осуществления, фармацевтически приемлемый носитель содержит диметилсульфоксид (ДМСО).

В некоторых вариантах осуществления, ДМСО присутствует в концентрации от 0,1% до 10%, 0,5% до 5% или 1% до 3%.

В некоторых вариантах осуществления, фармацевтически приемлемый носитель не содержит диметилсульфоксид (ДМСО).

В некоторых вариантах осуществления, фармацевтическая композиция является лиофилизируемой.

В некоторых вариантах осуществления, фармацевтическая композиция дополнительно содержит иммуномодулятор или адъювант.

В некоторых вариантах осуществления, иммуномодулятор или адъювант выбран из группы, состоящей из поли-ICLC, 1018 ISS, солей алюминия, Amplivax, AS15, BCG, CP-870,893, CpG7909, CyaA, ARNAX, STING агонистов, dSLIM, GM-CSF, FLT-3L, IC30, IC31, Имиквимода, ImuFact IMP321, IS Patch, ISS, ISCOMATRIX, Juvlmmune, LipoVac, MF59, монофосфориллипида A, Монтанида IMS 1312, Монтанида ISA 206, Монтанида ISA 50V, Монтанида ISA-51, OK-432, OM-174, OM-197-MP-EC, ONTAK, PepTel®, векторной системы, PLGA микрочастиц, резиквимода, SRL172, Виросом и других вирусоподобных частиц, YF-17D, VEGF ловушки, R848, бета-глюкана, Pam3Cys и Aquila’s QS21 стимулона.

В некоторых вариантах осуществления, иммуномодулятор или адъювант содержит поли-ICLC.

В некоторых вариантах осуществления, отношение поли-ICLC к пептидам в фармацевтической композиции составляет от 2:1 до 1:10 об:об.

В некоторых вариантах осуществления, отношение поли-ICLC к пептидам в фармацевтической композиции составляет приблизительно 1:1, 1:2, 1:3, 1:4 или 1:5 об:об.

В некоторых вариантах осуществления, отношение поли-ICLC к пептидам в фармацевтической композиции составляет приблизительно 1:3 об:об.

В некоторых аспектах изобретение относится к способу лечения субъекта, страдающего раком, включающему введение субъекту фармацевтической композиции, описанной в настоящем изобретении.

В некоторых аспектах изобретение относится к способу лечения субъекта, страдающего раком, включающему введение субъекту пептида с последовательностью VVGADGVGK (SEQ ID NO: 204), VVGACGVGK (SEQ ID NO: 205), VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 206), VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 207), VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 208), VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 209), где субъект экспрессирует белок, кодируемый HLA-A02:01 аллелем, HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем, HLA-A74:01 аллелем или HLA-C08:02 аллелем геном субъекта.

В некоторых аспектах изобретение относится к способу лечения субъекта, страдающего раком, включающему введение субъекту мутантного RAS пептида или нуклеиновой кислоты, кодирующей мутантный RAS пептид, где мутантный RAS пептид содержит по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот мутантного RAS белка, содержащего мутацию на G12, где пептид содержит мутацию на G12 и связывается с HLA-A11:01 или HLA-A03:01, где субъект идентифицирован как экспрессирующий белок, кодируемый HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем или HLA-A74:01 аллелем.

В некоторых аспектах изобретение относится к способу лечения субъекта, страдающего раком, включающему введение субъекту пептида, содержащего последовательность GADGVGKSAL (SEQ ID NO: 210), GACGVGKSAL (SEQ ID NO: 211), GAVGVGKSAL (SEQ ID NO: 212), GADGVGKSA (SEQ ID NO: 213), GACGVGKSA (SEQ ID NO: 214) или GAVGVGKSA (SEQ ID NO: 215); где субъект экспрессирует белок, кодируемый HLA-A02:01 аллелем, HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем, HLA-A74:01 аллелем или HLA-C08:02 аллелем генома субъекта, который связывается с пептидом.

В некоторых аспектах изобретение относится к способу лечения субъекта, страдающего раком, включающему введение субъекту первого и второго пептида или нуклеиновой кислоты, кодирующей первый и второй пептид, где первый и второй пептиды содержат меньшей мере две из: (1) KLVVVGADGV (SEQ ID NO: 216), KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 217), KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 218), LVVVGADGV (SEQ ID NO: 219), LVVVGACGV (SEQ ID NO: 220), LVVVGAVGV (SEQ ID NO: 221); (2) GADGVGKSAL (SEQ ID NO: 222), GACGVGKSAL (SEQ ID NO: 223), GAVGVGKSAL (SEQ ID NO: 224), GADGVGKSA (SEQ ID NO: 225), GACGVGKSA (SEQ ID NO: 226), GAVGVGKSA (SEQ ID NO: 227); и (3) VVGADGVGK (SEQ ID NO: 228), VVGACGVGK (SEQ ID NO: 229), VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 230), VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 231), VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 232), VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 233); где экспрессия HLA аллеля субъекта неизвестна во время введения.

В некоторых аспектах изобретение относится к способу лечения субъекта, страдающего раком, включающему введение субъекту мутантного RAS пептида или нуклеиновой кислоты, кодирующей мутантный RAS пептид, где мутантный RAS пептид содержит по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот мутантного RAS белка, содержащего G12C мутацию, где пептид содержит G12C мутацию, и дополнительно где пептид содержит стабилизирующую мутацию, не кодируемую геномом раковой клетки, где субъект экспрессирует белок, кодируемый HLA-A02:01 аллелем, HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем, HLA-A74:01 аллелем или HLA-C08:02 аллелем.

В некоторых аспектах изобретение относится к способу идентификации субъекта, страдающего раком, как кандидата для терапии, где способ идентификацию субъекта как субъекта, который экспрессирует белок, кодируемый HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем или HLA-A74:01 аллелем, где терапевтическим агентом является мутантный RAS пептид, где мутантный RAS пептид содержит по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот мутантного RAS белка, содержащего мутацию на G12, где пептид содержит мутацию на G12 и связывается с белком, кодируемым HLA-A03:01 аллелем, HLA-A11:01 аллелем, HLA-A03:02 аллелем, HLA-A30:01 аллелем, HLA-A31:01 аллелем, HLA-A33:01 аллелем, HLA-A33:03 аллелем, HLA-A68:01 аллелем или HLA-A74:01 аллелем.

В некоторых вариантах осуществления, способ дополнительно включает введение субъекту терапевтического агента.

В некоторых аспектах изобретение относится к способу лечения субъекта, страдающего раком, где способ включает: (a) идентификацию первого белка, экспрессируемого субъектом, где первый белок кодируется первым HLA аллелем субъекта, и где первым HLA аллелем является HLA аллель, представленный в одной из таблиц 1-14; и (b) введение субъекту (i) первого мутантного RAS пептида, где первым мутантным RAS пептидом является пептид к первому HLA аллелю, представленному в одной из таблиц 1-14 или (ii) полинуклеиновой кислоты, кодирующей первый мутантный RAS пептид.

В некоторых вариантах осуществления, способ дополнительно включает идентификацию второго белка, экспрессируемого субъектом, где второй белок кодируется вторым HLA аллелем субъекта, и где вторым HLA аллелем является HLA аллель, представленный в одной из таблиц 1-14.

В некоторых вариантах осуществления, способ дополнительно включает введение субъекту (i) второго мутантного RAS пептида, где вторым мутантным RAS пептидом является пептид ко второму HLA аллелю, представленному в одной из таблиц 1-14 или (ii) полинуклеиновой кислоты, кодирующей второй мутантный RAS пептид.

В некоторых вариантах осуществления, первый HLA аллель отличается от второго HLA аллеля.

В некоторых вариантах осуществления, первый мутантный RAS пептид отличается от второго мутантного RAS пептида.

Например, в некоторых вариантах осуществления, первый белок, экспрессируемый субъектом, кодируется HLA-A03:01, представленным, например, в таблице 11, и способ включает введение субъекту первого мутантного RAS пептида, содержащего последовательность VVGASGVGK (SEQ ID NO: 234), или полинуклеиновой кислоты, кодирующей первый мутантный RAS пептид.

Например, в некоторых вариантах осуществления, первый белок, экспрессируемый субъектом, кодируется HLA-A03:01 представленной, например, в таблице 5, и способ включает введение субъекту первого мутантного RAS пептида, содержащего последовательность CLLDILDTAGK (SEQ ID NO: 235) или полинуклеиновой кислоты, кодирующей первый мутантный RAS пептид.

В качестве другого примера, в некоторых вариантах осуществления, второй белок, экспрессируемый субъектом, кодируется HLA-A11:01, представленным, например, в таблице 11, и способ включает введение субъекту второго мутантного RAS пептида, содержащего последовательность VVVGASGVGK (SEQ ID NO: 236) или полинуклеиновой кислоты, кодирующей второй мутантный RAS пептид.

В качестве еще одного примера, в некоторых вариантах осуществления, второй белок, экспрессируемый субъектом, кодируется HLA-C08:02, представленным, например, в таблице 9, и способ включает введение субъекту второго мутантного RAS пептида, содержащего последовательность GADGVGKSAL (SEQ ID NO: 237), или полинуклеиновой кислоты, кодирующей второй мутантный RAS пептид.

В некоторых вариантах осуществления, у субъекта вызывается иммунный ответ.

В некоторых вариантах осуществления, иммунным ответом является гуморальный ответ.

В некоторых вариантах осуществления, мутантные RAS пептидные последовательности вводят одновременно, отдельно или последовательно.

В некоторых вариантах осуществления, первый пептид вводят последовательно через период времени, достаточны для того, чтобы второй пептид активировал вторую T-клетку.

В некоторых вариантах осуществления, рак выбран из группы, состоящей из рака легких, немелкоклеточного рака легких, рака поджелудочной железы, колоректального рака, рака матки и рака печени.

В некоторых вариантах осуществления, способ дополнительно включает введение по меньшей мере одного дополнительного терапевтического агента или способа воздействия.

В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одним дополнительным терапевтическим агентом или способом воздействия является хирургическое вмешательство, ингибитор контрольной точки, антитело или его фрагмент, химиотерапевтический агент, облучение, вакцина, малая молекула, Т-клетка, вектор и APC, полинуклеотид, онколитический вирус или любая их комбинация.

В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одним дополнительным терапевтическим агентом является анти-PD-1 агент и анти-PD-L1 агент, анти-CTLA-4 агент или анти-CD40 агент.

В некоторых вариантах осуществления, дополнительный терапевтический агент вводят до, одновременно с или после введения мутантных RAS пептидных последовательностей.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙ

Признаки настоящего раскрытия подробно изложены в прилагаемой формуле изобретения. Лучшее понимание признаков и преимуществ настоящего изобретения будет получено со ссылкой на следующее подробное описание, в котором представлены иллюстративные варианты осуществления, в которых используются принципы раскрытия, и прилагаемые чертежи, в которых:

На ФИГ. 1 показана типовая схема процесса для определения RAS эпитопов, которые могут индуцировать CD8+ и/или CD4+ T клетки.

На ФИГ. 2A и 2B показано краткое изложение экспериментов, показывающих, что спрогнозированные RAS G12C эпитопы к HLA-A11:01 (слева), и RAS G12V эпитопы к HLA-A11:01 (справа) могут быть определены масс спектрометрией. На фиг. 2А показаны SEQ ID NOS 2540-2544 и на фиг. 2В показаны SEQ ID NOS 2545-2565, все, соответственно, в порядке появления.

На Фиг. 3A и 3B изображены иллюстративные мультимерные графики специфических к RAS-мутанту ответов CD8+ T-клетки.

На ФИГ. 3C изображены примерные результаты, показывающие антигенспецифические ответы CD8⁺ T-клетки на длинный пептид, содержащий минимальный эпитоп для KRAS G12V на HLA-A11:01. Указаны последовательности длинного пептида, применяемого для стимулирования ответа, а также последовательность минимального эпитопа, применяемого для мультимерного окрашивания. На фиг. 3С показаны SEQ ID NOS 2566 и 2567, соответственно, в порядке появления.

На ФИГ. 4A представлен график, показывающий антигенспецифическую индукцию IFNγ. Показаны уровни IFNγ образцов с имитацией трансдукции или трансдуцированных лентивирусным вектором экспрессии, кодирующим мутантный RAS пептид.

На ФИГ. 4B представлен график, показывающий активацию активной каспазы 3 на клетках-мишенях. Показана доля живых клеток-мишеней, положительных к каспазе-A, образцов с имитацией трансдукции или трансдуцированных лентивирусным вектором экспрессии, кодирующим мутантный RAS пептид.

На ФИГ. 5A представлен график, показывающий антигенспецифическую индукцию IL-2 совместное культивирование T-клеток, экспрессирующих TCR, специфический к мутантному RAS пептиду, с клетками-мишенями, трансдуцированными 9mer или 11mer мутантным RAS пептидом. Данные показывают, что RAS-специфические Т-клетки распознают мутированные клетки и активируют цитотоксический механизм.

На ФИГ. 5B представлен график, показывающий антигенспецифическую индукцию IL-2 через совместное культивирование T-клеток, экспрессирующих TCR, специфический к 9mer или 11mer мутантному RAS пептиду, с клетками-мишенями, загруженными с повышающимися концентрациями мутантного RAS пептида. Данные показывают, что RAS-специфические T клетки распознают мутированные клетки и активируют цитотоксический механизм.

На ФИГ. 5C представлен график, показывающий антигенспецифическую индукцию IL-2 через совместное культивирование T-клеток, экспрессирующих TCR, специфический к мутантному RAS пептиду, с клетками-мишенями, трансдуцированными трансдуцированными 9mer мутантным RAS пептидом. Данные показывают, что RAS-специфические T клетки распознают мутированные клетки и активируют цитотоксический механизм.

На ФИГ. 5D представлен график, показывающий антигенспецифическую индукцию IL-2 через совместное культивирование T-клеток, экспрессирующих TCR, специфический к 9mer мутантному RAS пептиду, с клетками-мишенями, загруженными с повышающимися концентрациями мутантного RAS пептида. Данные показывают, что RAS-специфические T клетки распознают мутированные клетки и активируют цитотоксический механизм.

На Фиг. 5E-5H показана антигенспецифическая цитотоксичная активность Т-клеток, экспрессирующих TCR, специфический к мутантным RAS пептидам. Данные показывают, что RAS-специфические TCR могут вызывать специфическое распознавание клеток, несущих мутированный пептид, и соответствующего MHC-I, и активировать цитотоксический механизм.

На ФИГ. 6 изображен FACS анализ антигенспецифической индукции уровней IFNγ CD4+ клеток от здорового донора, стимулированных APC, загруженными с или без мутантного RAS пептида.

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ

В настоящем изобретении описаны новые иммунотерапевтические агенты и их применение, основанное на открытии неоантигенов, возникающих в результате мутационных событий, уникальных для опухоли индивидуума. Соответственно, настоящее раскрытие, описанное в настоящем изобретении, относится к пептидам, полинуклеотидам, кодирующим пептиды, и агентам, связывающим пептиды, которые могут быть использованы, например, для стимуляции иммунного ответа на опухолеассоциированный антиген или неоэпитоп, для создания иммуногенной композиции или противораковой вакцины для использования в лечении заболевания.

Следующее описание и примеры подробно иллюстрируют варианты осуществления настоящего раскрытия. Следует понимать, что настоящее описание не ограничивается конкретными вариантами осуществления, описанными в настоящем изобретении, и как таковое может варьировать. Специалистам в данной области техники понятно, что существует множество вариации и модификации настоящего описания, которые входят в его объем.

Все термины предназначены для понимания так, как они будут поняты специалистом в данной области. Если не указано иное, все технические и научные термины, используемые в настоящем изобретении, имеют то же значение, которое обычно понимается специалистом в области, к которой принадлежит раскрытие.

Заголовки разделов, используемые в настоящем описании, предназначены только для организационных целей и не должны рассматриваться как ограничивающие описанный объект изобретения.

Хотя различные признаки настоящего раскрытия могут быть описаны в контексте одного варианта осуществления, эти признаки также могут быть представлены отдельно или в любой подходящей комбинации. И наоборот, хотя настоящее раскрытие может быть описано в настоящем изобретении в контексте отдельных вариантов осуществления для ясности, настоящее раскрытие также может быть реализовано в одном варианте осуществления.

Следующие ниже определения дополняют определения в данной области техники и относятся к текущей заявке и не должны относиться к какому-либо родственному или не родственному случаю, например, к какому-либо совместному патенту или заявке. Хотя любые методы и материалы, подобные или эквивалентные описанным в настоящем изобретении, могут использоваться на практике для тестирования настоящего раскрытия, предпочтительные материалы и методы описаны в настоящем изобретении. Соответственно, терминология, используемая в настоящем изобретении, предназначена только для описания конкретных вариантов осуществления, и не предназначена для ограничения.

I. Определения

Терминология, используемая в настоящем изобретении, предназначена только для описания конкретных случаев и не предназначена для ограничения. В этой заявке использование единственного числа включает множественное число, если специально не указано иное. Используемые здесь формы единственного числа также предназначены для включения форм множественного числа, если контекст явно не указывает иное.

В этой заявке использование «или» означает «и/или», если не указано иное. Термины «и/или» и «любая их комбинация» и их грамматические эквиваленты, используемые в настоящем изобретении, могут использоваться взаимозаменяемо. Эти термины могут означать, что любая комбинация рассматривается конкретно. Исключительно в иллюстративных целях, следующие фразы «A, B и/или C» или «A, B, C или любые их комбинации» могут означать «A индивидуально; B индивидуально; C индивидуально; A и B; B и C; A и C; и A, B и C». Термин «или» может использоваться совместно или по отдельности, если контекст специально не относится к отдельному использованию.

Термин «примерно» или «приблизительно» может означать в пределах допустимого диапазона ошибок для конкретного значения, как определено специалистом в данной области техники, что будет частично зависеть от того, как значение измеряется или определяется, т.е. ограничений системы измерения. Например, «приблизительно» может означать в пределах 1 или более 1 стандартного отклонения в соответствии с практикой в данной области техники. Альтернативно, «приблизительно» может означать диапазон вплоть до 20%, до 10%, до 5% или до 1% от заданного значения. Альтернативно, особенно в отношении биологических систем или процессов, термин может означать в пределах порядка величины в пределах 5-кратного и, более предпочтительно, 2-кратного значения. Если конкретные значения описаны в заявке и формуле изобретения, если не указано иное, должно быть принято значение термина «приблизительно» в пределах допустимого диапазона ошибок для конкретного значения.

В этом описании и формуле изобретения используются слова «содержащий» (и любая форма слова содержащий, такая как «содержать» и «содержит»), «имеющий» (и любая форма слова имеющий, например «иметь» и «имеет»), «включающий» (и любая форма слова включающий, такая как «включает» и «включать») или «содержащий» (и любая форма слова содержащий, такая как «содержит» и «содержать») являются включающими или открытыми и не исключают дополнительных не перечисленных элементов или стадий способа. Предполагается, что любой вариант осуществления, обсуждаемый в этом описании, может быть реализован в отношении любого способа или композиции настоящего раскрытия, и наоборот. Кроме того, композиции настоящего раскрытия могут быть использованы для достижения способов настоящего раскрытия.

Ссылка в описании на «некоторые варианты осуществления», «вариант осуществления», «один вариант осуществления» или «другие варианты осуществления» означает, что конкретный признак, структура или характеристика, описанные в связи с вариантами осуществления, включены по меньшей мере в некоторые варианты осуществления, но не обязательно все варианты осуществления, настоящего раскрытия. Для облегчения понимания настоящего раскрытия ниже определен ряд терминов и фраз.

«Главный комплекс гистосовместимости» или «MHC» является кластером генов, которые играют роль в контроле клеточных взаимодействий, отвечающих за физиологические иммунные ответы. У людей, MHC комплекс также известен как комплекс человеческих лейкоцитарных антигенов (HLA). Подробное описание MHC и HLA комплексов можно найти в Paul, Fundamental Immunology, 3^rd Ed., Raven Press, New York (1993). «Белки или молекулы главного комплекса гистосовместимости (MHC)», «MHC молекулы», «MHC белки» или «HLA белки» следует понимать как белки, способные связывать пептиды, возникающие при протеолитическом расщеплении белковых антигенов, представляющие потенциальные лимфоцитарные эпитопы, (например, T-клеточный эпитоп и B-клеточный эпитоп), транспортируя их на поверхности клетки и презентируя их там специфическим клеткам, в частности, цитотоксическим T-лимфоцитам, T-хелперным клеткам или B-клеткам. Главный комплекс гистосовместимости в геноме содержит генетическую область, генные продукты которой, экспрессированные на поверхности клетки, являются важными для связывания и презентирования эндогенных и/или чужих антигенов и, следовательно, для регулирования иммунологических процессов. Главный комплекс гистосовместимости классифицирован на группы генов, кодирующих разные белки, а именно молекулы MHC класса I и молекулы MHC класса II. Клеточная биология и профили экспрессии двух MHC классов адаптированы для этих разных ролей.

«Человеческий лейкоцитарный антиген» или «HLA» является белком главного комплекса гистосовместимости (MHC) человека I класса или II класса (см., например, Stites, et al., Immunology, 8^thEd., Lange Publishing, Los Altos, Calif. (1994).

«Полипептид», «пептид» и их грамматические эквиваленты в настоящем изобретении относятся к полимерам аминокислотных остатков, обычно, L-аминокислот, соединенных друг с другом обычно пептидными связями между α-амино и карбоксильными группами соседних аминокислот. Полипептиды и пептиды включают, но не ограничены ими, мутантные пептиды, «неоантигенные пептиды» и «неоантигенные пептиды». Полипептиды или пептиды могут быть разной длины, либо в их нейтральных (незаряженных) формах, либо в формах, которые являются солями, и либо не иметь модификаций, таких как гликозилирование, окисление боковых цепей или фосфорилирование, либо содержать эти модификации, при условии, что модификация не нарушает биологическую активность полипептидов, как описано здесь. «Зрелым белком» является белок, который имеет полную длину и который, необязательно, включает гликозилирование или другие модификации, типичные для белка в данной клеточной среде. Полипептиды и белки, описанные здесь (включая их функциональные части и функциональные варианты) могут содержать синтетические аминокислоты вместо одной или нескольких существующих в природе аминокислот. Такие синтетические аминокислоты известны в данной области и включают, например, аминоциклогексанкарбоновую кислоту, норлейцин, α-амино-н-декановую кислоту, гомосерин, S-ацетиламинометилцистеин, транс-3- и транс-4-гидроксипролин, 4-аминофенилаланин, 4-нитрофенилаланин, 4-хлорфенилаланин, 4-карбоксифенилаланин, β-фенилсерин, β-гидроксифенилаланин, фенилглицин, α-нафтилаланин, циклогексилаланин, циклогексилглицин, индолин-2-карбоновую кислоту, 1,2,3,4-тетрагидроизохинолин-3-карбоновую кислоту, аминомалоновую кислоту, моноамид аминомалоновой кислоты, N'-бензил-N'-метиллизин, N',N'-дибензиллизин, 6-гидроксилизин, орнитин, α-аминоциклопентанкарбоновую кислоту, α-аминоциклогексанкарбоновую кислоту, α-аминоциклогептанкарбоновую кислоту, α-(2-амино-2-норборнан)карбоновую кислоту, α,γ-диаминомасляную кислоту, α,β-диаминопропионовую кислоту, гомофенилаланин и α-трет-бутилглицин. Настоящее описание также предполагает, что экспрессия полипептидов, описанных в настоящем изобретении, в сконструированной клетке может быть связана с посттрансляционными модификациями одной или нескольких аминокислот полипептидных конструктов. Неограничивающие примеры посттрансляционных модификаций включают фосфорилирование, ацилирование, включая ацетилирование и формилирование, гликозилирование (включая N-связанное и O-связанное), амидирование, гидроксилирование, алкилирование, включая метилирование и этилирование, убиквитинирование, добавление пирролидонкарбоновой кислоты, образование дисульфидных мостиков, сульфатирование, миристоилирование, пальмитоилирование, изопренилирование, фарнезилирование, геранилирование, глипиирование, липоилирование и йодирование.

Пептид или полипептид может содержать по меньшей мере одну фланкирующую последовательность. Термин «фланкирующая последовательность» в настоящем изобретении относится к фрагменту или области пептида, которая не является частью эпитопа.

«Иммуногенный» пептид или «иммуногенный» эпитоп или «пептидный эпитоп» является пептидом, который содержит аллель-специфический мотив так, что пептид будет связывать HLA молекулу и вызывать клеточно-опосредованный или гуморальный ответ, например, ответ цитотоксического T лимфоцита (CTL (например, CD8⁺)), хелперного T лимфоцита (Th (например, CD4⁺)) и/или B лимфоцита. Таким образом, иммуногенные пептиды, описанные в настоящем изобретении, способны связываться с подходящей HLA молекулой и затем вызывать CTL (цитотоксический) ответ или HTL (и гуморальный) ответ, на пептид.

«Неоантиген» означает класс опухолевых антигенов, которые возникают в результате опухолеспецифических изменений белков. Неоантигены включают, но не ограничены ими, опухолевые антигены, которые возникают, например, в результате замещения в белковой последовательности, мутации со сдвигом рамки считывания, слияния полипептида, делеции внутри рамки считывания, вставки, экспрессии эндогенных ретровирусных полипептидов и опухолеспецифической сверхэкспрессии полипептидов.

Термин «остаток» относится к аминокислотному остатку или аминокислотному миметическому остатку, включенному в пептид или белок посредством амидной связи или миметика амидной связи или нуклеинов кислот (ДНК или РНК), которые кодируют аминокислоту или аминокислотный миметик.

«Неоэпитоп», «опухолеспецифический неоэпитоп» или «опухолевый антиген» относится к эпитопу или антигенопределяющей области, которая не присутствует в эталоне, таком как не болезненная клетка, например, не раковая клетка или зародышевая клетка, но найден в болезненной клетке, например, раковой клетке. Включены ситуации, когда соответствующий эпитоп найден в нормальной не болезненной клетке или зародышевой клетке, но, из-за одной или нескольких мутаций в болезненной клетке, например, раковой клетке, последовательность эпитопа изменена так, чтобы получился неоэпитоп. Термин «неоэпитоп» в настоящем изобретении относится к антигенной определяющей области в пептиде или неоантигенном пептиде. Неоэпитоп может содержать по меньшей мере один «якорный остаток» и по меньшей мере одну «фланкирующая область якорного остатка». Неоэпитоп может дополнительно содержать «область разделения». Термин «якорный остаток» относится к аминокислотному остатку, который связывает карманы на HLA, что приводит к специфичности взаимодействий с HLA. В некоторых случаях, якорный остаток может быть в каноническом якорном положении. В других случаях, якорный остаток может быть не в каноническом якорном положении. Неоэпитопы могут связываться с HLA молекулами через первичный и вторичный якорные остатки, проникающие в карманы в пептидных полостях связывания. В пептидных полостях связывания, определенные аминокислоты составляют карманы, которые принимают соответствующие боковые цепи якорных остатков представленных неоэпитопов. Пептидсвязывающие предпочтения существуют среди разных аллелей и HLA I и HLA II молекул. Молекулы HLA I класса связывают короткие неоэпитопы, N- и C-концы которых заякорены в карманах, расположенных на концах неоэпитопной полости связывания. Хотя большинство связывающих неоэпитопов HLA I класса составляют приблизительно 9 аминокислот, более длинные эпитопы могут быть размещены через вспучивание их центральной части, с получением связывающих неоэпитопов из приблизительно 8-12 аминокислот. Неоэпитопы, связывающие белки HLA II класса, не ограничены по размеру и могут варьировать от приблизительно 16 до 25 аминокислот. Связывающая полость неоэпитопа в молекулах HLA II класса открыта на обоих концах, что позволяет связывание пептидов с относительно большой длиной. Хотя коровый сегмент длиной 9 аминокислотных остатков больше всего участвуют в распознавании неоэпитопа, фланкирующие области якорного остатка также являются важными для специфичности пептида к аллеля HLA II класса. В некоторых случаях, фланкирующей областью якорного остатка являются N-концевые остатки. В другом случае, фланкирующей областью якорного остатка являются C-концевые остатки. В еще одном случае, фланкирующей областью якорного остатка являются и N-концевые остатки и C-концевые остатки. В некоторых случаях, фланкирующая область якорного остатка фланкирована по меньшей мере двумя якорными остатками. Фланкирующая область якорного остатка, фланкированная якорными остатками, является «областью разделения.»

«Эталон» может использоваться для корреляции и сравнения результатов, полученных в способах согласно настоящему описанию из образца опухоли. Обычно «эталон» может быть получен на основе одного или более нормальных образцов, в частности, образцов, которые не поражены раковой болезнью, либо полученных от пациента, либо от одного или более разных индивидуумов, например, здоровых индивидуумов, в частности индивидуумов одного вида. «Эталон» может быть определен эмпирически тестированием достаточно большого количества нормальных образцов.

«Эпитоп» представляет собой совокупность признаков молекулы, таких как первичная, вторичная и третичная пептидная структура, и заряд, которые вместе образуют сайт, распознаваемый, например, иммуноглобулином, T-клеточным рецептором, HLA молекулой или химерным антигенным рецептором. Альтернативно, эпитоп может быть определен как совокупность аминокислотных остатков, которые вовлечены в распознавание конкретным иммуноглобулином, или в контексте Т-клеток, остатки которых необходимы для распознавания белками T-клеточного рецептора, химерными антигенными рецепторами и/или рецепторами главного комплекса гистосовместимости (MHC). «T-клеточный эпитоп» понимают как значение для пептидной последовательности, которая может быть связана MHC молекулами I или II класса в форме пептид-презентирующей MHC молекулы или MHC комплекса, и затем, в этой форме, может быть распознана и связана Т-клетками, такими как T-лимфоциты или T-хелперные клетки. Эпитопы могут быть получены выделением из природного источника, или они могут быть синтезированы согласно стандартным протоколам в данной области техники. Синтетические эпитопы могут содержать искусственные аминокислотные остатки, «аминокислотные миметики», такие как D изомеры существующих в природе L аминокислотных остатков или не существующие в природе аминокислотные остатки, такие как циклогексилаланин. В настоящем описании, эпитопы в некоторых случаях могут быть обозначены как пептиды или пептидные эпитопы. Должно быть понятно, что белки или пептиды, которые составляют эпитоп или описанный в настоящем изобретении аналог, а также дополнительные аминокислоты также включены в настоящее описание. В определенных вариантах осуществления, пептид содержит фрагмент антигена. В определенных вариантах осуществления, существует ограничение по длине пептида настоящего описания. Вариант осуществления, который ограничен по длине, возникает, когда бело или пептид, содержащий эпитоп, описанный в настоящем изобретении, содержит область (т.е. непрерывный ряд аминокислотных остатков), имеющую 100% идентичность с нативной последовательностью. Чтобы избежать определения эпитопа по прочтению, например, для полных природных молекул, существует ограничение на длину любой области, которая на 100% идентична нативной пептидной последовательности. Таким образом, для пептида, содержащего эпитоп, описанный в настоящем изобретении, и область со 100% идентичностью с нативной пептидной последовательностью, область со 100% идентичностью с нативной последовательностью обычно имеет длину: менее или равную 600 аминокислотным остаткам, менее или равную 500 аминокислотным остаткам, менее или равную 400 аминокислотным остаткам, менее или равную 250 аминокислотным остаткам, менее или равную 100 аминокислотным остаткам, менее или равную 85 аминокислотным остаткам, менее или равную 75 аминокислотным остаткам менее или равную 65 аминокислотным остаткам и менее или равную 50 аминокислотным остаткам. В определенных вариантах осуществления, «эпитоп», описанный в настоящем изобретении, состоит из пептида, имеющего область с менее чем 51 аминокислотными остатками, которая имеет 100% идентичность с нативной пептидной последовательностью, с любым шагом до 5 аминокислотных остатков; например, 50, 49, 48, 47, 46, 45, 44, 43, 42, 41, 40, 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31, 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 или 1 аминокислотных остатков.

Номенклатура, используемая для описания пептидов или белков, соответствует общепринятой практике, когда аминогруппа представлена слева (амино или N-конец), а карбоксильная группа представлена справа (карбоксильный или C-конец) каждого аминокислотного остатка. Когда в пептидном эпитопе упоминаются положения аминокислотного остатка, они нумеруются в направлении от амино к карбоксилу, причем положение один представляет собой остаток, расположенный на амино конце эпитопа или пептида или белка, частью которого он может быть. В формуле, представляющей выбранные конкретные варианты осуществления настоящего описания, амино и карбоксильные концевые группы, хотя конкретно не показаны, находятся в той форме, которую они принимают при физиологических значениях pH, если не указано иное. В структурной формуле аминокислоты каждый остаток обычно представлен стандартными трехбуквенными или однобуквенными обозначениями. L-форма аминокислотного остатка представлена одной заглавной буквой или первой заглавной буквой трехбуквенного символа, и D-форма таких аминокислотных остатков, имеющих D-формы, представлена одной строчной буквой или трехбуквенным строчным символом. Однако когда используются трехбуквенные символы или полные имена без заглавных букв, они могут относиться к L аминокислотным остаткам. Глицин не имеет асимметричного атома углерода и обозначен просто как «Gly» или «G». Аминокислотные последовательности пептидов, указанных здесь, обычно обозначены с использованием стандартного однобуквенного символа. (A, аланин; C, цистеин; D, аспарагиновая кислота; E, глутаминовая кислота; F, фенилаланин; G, глицин; H, гистидин; I, изолейцин; K, лизин; L, лейцин; M, метионин; N, аспарагин; P, пролин; Q, глутамин; R, аргинин; S, серин; T, треонин; V, валин; W, триптофан; и Y, тирозин.)

Термин «мутация» относится к изменению или различию в последовательности нуклеиновых кислот (замещению, добавлению или делеции нуклеотидов) по сравнению с эталоном. «Соматическая мутация» может возникать в любой из клеток тела, кроме зародышевых клеток (сперматозоидов и яйцеклеток), и поэтому не передается детям. Эти изменения могут (но не всегда) вызывать рак или другие заболевания. В некоторых вариантах осуществления, мутация представляет собой не-несмысловую мутацию. Термин «не-несмысловая мутация» относится к мутации, например, нуклеотидному замещению, которое не вызывает изменение аминокислоты, такому как аминокислотное замещение в продукте трансляции. «Сдвиг рамки» возникает, когда мутация разрывает нормальную фазу периодичности кодона гена (также известной как «рамка считывания»), вызывая трансляцию ненативной белковой последовательности. Возможно, что разные мутации в гене могут дать одну и ту же измененную рамку считывания.

«Консервативной» аминокислотной заменой является такая, в которой один аминокислотный остаток заменен другим аминокислотным остатком, имеющих похожую боковую цепь. Семейства аминокислотных остатков, имеющих одинаковые боковые цепи, определены в данной области техники, включая основные боковые цепи (например, лизин, аргинин, гистидин), кислотные боковые цепи (например, аспарагиновая кислота, глутаминовая кислота), незаряженные полярные боковые цепи (например, глицин, аспарагин, глутамин, серин, треонин, тирозин, цистеин), неполярные боковые цепи (например, аланин, валин, лейцин, изолейцин, пролин, фенилаланин, метионин, триптофан), бета-разветвленные боковые цепи (например, треонин, валин, изолейцин) и ароматические боковые цепи (например, тирозин, фенилаланин, триптофан, гистидин). Например, замещение фенилаланина на тирозин является консервативным замещением. Способы идентификации нуклеотидных и аминокислотных консервативных замен, которые не исключают пептидную функцию, хорошо известны в данной области техники.

В настоящем изобретении, термин «аффинность» относится к мере силы связывания между двумя членами связывающейся пары, например, HLA-связывающего пептида и HLA I или II класса. K_D является константой диссоциации и выражается в единицах молярности. Константа аффинности является обратным показателем константы диссоциации. Константу аффинности иногда используют в качестве общего термина для описания этого химического вещества. Она является прямой мерой энергии связывания. Аффинность может быть определена экспериментально, например, поверхностным плазмонным резонансом (SPR) с использованием коммерчески доступных Biacore SPR единиц. Аффинность также может быть выражена как ингибирующая концентрация 50 (IC₅₀), то есть концентрация, при которой 50% пептида замещается. Аналогично, ln(IC₅₀) относится к натуральному логарифму IC₅₀. K_off относится к константе скорости диссоциации, например, для диссоциации HLA-связывающего пептида и HLA I или II класса. В настоящем описании, результаты «данных связывания» могут быть выражены через «IC₅₀». IC₅₀ является концентрацией тестированного пептида в анализе связывания, при которой наблюдается 50% ингибирование связывания меченного эталонного пептида. С учетом условий, в которых проводят анализы (т.е., ограничивая концентрации HLA белка и меченного эталонного пептида), эти значения приблизительно соответствуют значениям K_D. Анализы для определения связывания хорошо известны в данной области техники и описаны подробно, например, в PCT публикациях WO 94/20127 и WO 94/03205, и других публикациях, таких как Sidney et al., Current Protocols in Immunology 18,3,1 (1998); Sidney, et al., J. Immunol. 154:247 (1995); и Sette, et al., Mol. Immunol. 31:813 (1994). Альтернативно, связывание может быть выражено относительно связывания эталонным стандартным пептидом. Например, может быть на основе его IC₅₀, относительно IC₅₀ эталонного стандартного пептида. Связывание также может быть определено с использованием других аналитических систем, включая такие, в которых используют: живые клетки (например, Ceppellini et al., Nature 339:392 (1989); Christnick et al., Nature 352:67 (1991); Busch et al., Int. Immunol. 2:443 (1990); Hill et al., J. Immunol. 147:189 (1991); del Guercio et al., J. Immunol. 154:685 (1995)), бесклеточные системы с использованием лизатов после обработки детергентом (например, Cerundolo et al., J. Immunol. 21:2069 (1991)), иммобилизованные очищенные MHC (например, Hill et al., J. Immunol. 152, 2890 (1994); Marshall et al., J. Immunol. 152:4946 (1994)), системы ELISA (например, Reay et al., EMBO J. 11:2829 (1992)), поверхностный плазмонный резонанс (например, Khilko et al., J. Biol. Chem. 268:15425 (1993)); анализы в растворимой фазе с большой интенсивностью потока (Hammer et al., J. Exp. Med. 180:2353 (1994)), и измерение стабилизации или сборки MHC I класса (например, Ljunggren et al., Nature 346:476 (1990); Schumacher et al., Cell 62:563 (1990); Townsend et al., Cell 62:285 (1990); Parker et al., J. Immunol. 149:1896 (1992)). «Перекрестно-реагирующее связывание» означает, что пептид связан более чем одной молекулой HLA; синонимом является вырожденное связывание.

Термин «производный» и его грамматические эквиваленты при использовании для обсуждения эпитопа является синонимом «полученного» и его грамматических эквивалентов. Производный эпитоп может быть выделен из природного источника или может быть синтезирован в соответствии со стандартными протоколами в данной области техники. Синтетические эпитопы могут содержать искусственные аминокислотные остатки, «аминокислотные миметики», такие как D-изомеры существующих в природе L-аминокислотных остатков, или не существующих в природе аминокислотных остатков, таких как циклогексилаланин. Производный или полученный эпитоп может быть аналогом нативного эпитопа.

«Нативная» или «дикого типа» последовательность относится к последовательности, обнаруженной в природе. Такая последовательность может содержать более длинную последовательность в природе.

«Рецептор» понимается как биологическая молекула или группа молекул, способная связывать лиганд. Рецептор может служить для передачи информации в клетку, клеточное образование или организм. Рецептор содержит по меньшей мере одну рецепторную единицу, например, где каждая рецепторная единица может состоять из молекулы белка. Рецептор имеет структуру, которая дополняет структуру лиганда, и может образовывать комплекс с лигандом в качестве партнера по связыванию. Информация передается, в частности, посредством конформационных изменений рецептора после образования комплекса лиганда на поверхности клетки. В некоторых вариантах осуществления, рецептор следует понимать как, в частности, белки MHC I и II классов, способные образовывать комплекс рецептор/лиганд с лигандом, в частности пептидом или пептидным фрагментом подходящей длины.

Под «лигандом» следует понимать молекулу, которая имеет структуру, комплементарную структуре рецептора, и способна образовывать комплекс с этим рецептором. В некоторых вариантах осуществления, лиганд следует понимать как пептид или фрагмент пептида, который имеет подходящую длину и подходящие связывающие мотивы в своей аминокислотной последовательности, так что пептид или пептидный фрагмент способен образовывать комплекс с белками MHC I класса или MHC II класса.

В некоторых вариантах осуществления, «комплекс рецептор/лиганд» также понимают как «комплекс рецептор/пептид» или «комплекс рецептор/пептидный фрагмент», включающий пептид- или пептидный фрагмент-презентирующую MHC молекулу I класса или II класса.

«Синтетический пептид» относится к пептиду, который получают из не существующего в природе источника, например, сделанного человеком. Такие пептиды могут быть получены с использованием таких способов, как химический синтез или технология рекомбинантной ДНК. «Синтетические пептиды» включают «слитые белки».

Термин «мотив» относится к шаблону остатков в аминокислотной последовательности определенной длины, например, пептиде с менее чем приблизительно 15 аминокислотными остатками в длину, или менее чем приблизительно 13 аминокислотных остатков в длину, например, от приблизительно 8 до приблизительно 13 аминокислотных остатков (например, 8, 9, 10, 11, 12 или 13) для мотива HLA I класса, и от приблизительно 6 до приблизительно 25 аминокислотных остатков (например, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 или 25) для мотива HLA II класса, который распознается конкретной HLA молекулой. Мотивы обычно различаются для каждого HLA белка, кодируемого данной humHLA аллелем. Эти мотивы отличаются своими шаблонами первичного и вторичного якорных остатков. В некоторых вариантах осуществления, мотив MHC I класса идентифицирует пептид из 9, 10 или 11 аминокислотных остатков в длину.

Термин «существующий в природе» и его грамматические эквиваленты в настоящем изобретении относится к тому факту, что объект может быть найден в природе. Например, пептид или нуклеиновая кислота, которая присутствует в организме (включая вирусы) и может быть выделена из источника в природе, и которая не была намеренно модифицирована человеком в лаборатории, является существующей в природе.

Согласно настоящему описанию, термин «вакцина» относится к фармацевтическому препарату (фармацевтической композиции) или продукта, который при введении вызывает иммунный ответ, например, клеточный или гуморальный иммунный ответ, который распознает и атакует патоген или болезненную клетку, такую как раковая клетка. Вакцина может использоваться для профилактики или лечения заболевания. Термин «индивидуализированная противораковая вакцина» или «персонализированная противораковая вакцина» относится к конкретному онкологическому пациенту и означает, что противораковая вакцина адаптирована к нуждам или специальным обстоятельствам индивидуального онкологического пациента.

«Защитный иммунный ответ» или «терапевтический иммунный ответ» относится к CTL и/или HTL ответу на антиген, производный из патогенного антигена (например, опухолевого антигена), который некоторым образом предотвращает или по меньшей мере частично останавливает симптомы заболевания, побочные эффекты или развитие. Иммунный ответ также может включать ответ антитела, которому способствует стимулирование хелперных Т-клеток.

«Процессирование антигена» или «процессирование» его грамматические эквиваленты относятся к разложению полипептида или антигена на продукты процессирования, которые являются фрагментами указанного полипептида или антигена (например, разложению полипептида на пептиды) и ассоциации одного или более таких фрагментов (например, через связывание) с MHC молекулами для презентирования клетками, например, антигенпрезентирующими клетками, специфическим Т-клеткам.

«Антигенпрезентирующие клетки» (APC) являются клетками, которые презентируют пептидные фрагменты или белковые антигены в ассоциации с MHC молекулами на их клеточной поверхности. Некоторые APC могут активировать антиген определенных Т-клеток. Профессиональные антигенпрезентирующие клетки являются очень эффективными при интернализации антигена, либо фагоцитозом, либо рецептор-опосредованным эндоцитозом, и последующем представлении фрагмента антигена, связанного с MHC молекулой II класса, на их мембране. Т-клетка распознает и взаимодействует с комплексом антиген-MHC молекула II класса на мембране антигенпрезентирующей клетки. Дополнительный костимулирующий сигнал затем продуцируется антигенпрезентирующей клеткой, что приводит к активации Т-клетки. Экспрессия костимулирующих молекул является определяющим признаком профессиональных антигенпрезентирующих клеток. Основными типами профессиональных антигенпрезентирующих клеток являются дендритные клетки, которые имеют широчайший диапазон презентирования антигена, и вероятно наиболее важными антигенпрезентирующими клетками, макрофагами, B-клетками и определенными активированными эпителиальными клетками. Дендритные клетки (DC) являются популяциями лейкоцитов, которые презентируют антигены, уловленные в периферических тканях, Т-клеткам через оба пути презентирования антигена MHC I и II класса. Хорошо известно, что дендритные клетки являются мощными стимуляторами иммунных ответов, и активация этих клеток является критической стадией индукции противоопухолевого иммунитета. Дендритные клетки удобным образом разделены на категории «незрелые» и «зрелые» клетки, которые могут использоваться в качестве простого пути разграничения двух хорошо охарактеризованных фенотипов. Однако это номенклатура не должна рассматриваться как исключающая все возможные промежуточные стадии дифференциации. Незрелые дендритные клетки характеризуются как антигенпрезентирующие клетки с высокой возможностью к поглощению и процессированию антигена, что коррелирует с высокой экспрессией Fc рецептора (FcR) и рецептор маннозы. Зрелый фенотип обычно характеризуется более низкой экспрессией этих маркеров, но высокой экспрессии поверхностноклеточных молекул, ответственных за активацию Т-клетки, таких как MHC I класса и II класса, адгезивные молекулы (например, CD54 и CD11) и костимулирующие молекулы (например, CD40, CD80, CD86 и 4-1 BB).

Термины «идентичный» и его грамматические эквиваленты в настоящем изобретении или «идентичность последовательности» в контексте двух последовательностей нуклеиновых кислот или аминокислотных последовательностей полипептидов относятся к остаткам в двух последовательностях, которые являются одинаковыми при выравнивании для максимального соответствии в определенном окне сравнения. «Окно сравнения» в настоящем изобретении относится к сегменту из по меньшей мере приблизительно 20 непрерывных положений, обычно от приблизительно 50 до приблизительно 200, более обычно, от приблизительно 100 до приблизительно 150, в котором последовательность может сравниваться с эталонной последовательностью с тем же количеством непрерывных положений после оптимального выравнивания двух последовательностей. Способы выравнивания последовательностей для сравнения хорошо известны в данной области техники. Оптимальное выравнивание последовательностей для сравнения может быть проведено с использованием алгоритма поиска локальной гомологии Смита-Уотермана по Smith and Waterman, Adv. Appl. Math., 2:482 (1981); алгоритма выравнивания по Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol., 48:443 (1970); способом поиска сходства по Pearson and Lipman, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 85:2444 (1988); компьютеризованными воплощениями этих алгоритмов (включая, но не ограничиваясь ими, CLUSTAL в программе PC/Gene от Intelligentics, Mountain View Calif., GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA и TFASTA в Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group (GCG), 575 Science Dr., Madison, Wis., U.S.A.); программа CLUSTAL хорошо описана у Higgins and Sharp, Gene, 73:237-244 (1988) и Higgins and Sharp, CABIOS, 5:151-153 (1989); Corpet et al., Nucleic acids Res., 16:10881-10890 (1988); Huang et al., Computer Applications in Biosciences, 8:155-165 (1992); и Pearson et al., Methods in Molecular Biology, 24:307-331 (1994). Выравнивание часто проводят осмотром и ручным выравниванием. В одном классе вариантов осуществления, полипептиды в настоящем изобретении имеют по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%or 100% идентичность последовательности к эталонному полипептиду или его фрагменту, например, по данным BLASTP (или CLUSTAL или любой другой доступной программы выравнивания) с использованием параметров по умолчанию. Аналогично, нуклеиновые кислоты также могут быть описаны со ссылкой на исходную нуклеиновую кислоту, например, они могут иметь 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 98%, 99% или 100% идентичность последовательности к эталонной нуклеиновой кислоте или ее фрагменту, например, по данным BLASTN (или CLUSTAL или любой другой доступной программы выравнивания) с использованием параметров по умолчанию. Когда говорят, что одна молекула имеет определенный процент идентичности с большей молекулой, это означает, что когда две молекулы оптимально выровнены, указанный процент остатков в меньшей молекуле находит совпадающий остаток в большей молекуле в соответствии с порядком, в котором две молекулы оптимально выровнены.

Термин «по существу идентичная» и его грамматические эквиваленты в применении к нуклеиновым кислотам или аминокислотным последовательностям означает, что нуклеиновая кислота или аминокислотная последовательность содержит последовательность, которая имеет по меньшей мере 90% идентичность последовательности или более, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 98% и по меньшей мере 99%, по сравнению с эталонной последовательностью, с использованием программ, описанных выше, например, BLAST, с использованием стандартных параметров. Например, в программе BLASTN (для нуклеотидных последовательностей) в качестве параметров по умолчанию используют длину слова (W) 11, ожидаемое значение (E) 10, M=5, N=-4 и сравнение обеих цепей. Для аминокислотных последовательностей, в программе BLASTP в качестве параметров по умолчанию используют длину слова (W) 3, ожидаемое значение (E) 10 и матрицу замен BLOSUM62 (см. Henikoff&Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915 (1992)). Процент идентичности последовательности определяют сравнением двух оптимально выровненных последовательностей в пределах окна сравнения, где часть полинуклеотидной последовательности в окне сравнения может содержать добавления или делеции (т.е., гэпы) по сравнению с эталонной последовательностью (которая не содержит добавления и делеции) для оптимального выравнивания двух последовательностей. Процент рассчитывают определением количества положений, в которых идентичные основания нуклеиновых кислот или аминокислотные остатки существуют в обеих последовательностях с получением количества совпадающих положений, делением количества совпадающих положений на общее количество положений в окне сравнения и умножением результата на 100 с получением процента идентичности последовательности. В вариантах осуществления, существенная идентичность существует в пределах области последовательностей, которая составляет по меньшей мере приблизительно 50 остатков в длину, в пределах области из по меньшей мере приблизительно 100 остатков, и в вариантах осуществления, последовательности по существу идентичны по, по меньшей мере приблизительно 150 остаткам. В вариантах осуществления, последовательности по существу идентичны по всей длине кодирующих областей.

Термин «вектор» в настоящем изобретении означает конструкцию, которая способна доставлять и обычно экспрессировать один или более генов или последовательностей, представляющих интерес, в клетке-хозяине. Примеры векторов включают, но не ограничены ими, вирусные векторы, векторы экспрессии голых ДНК и РНК, плазмиду, космиду или фаговые векторы, векторы экспрессии ДНК и РНК, ассоциированные с катионными конденсирующими агентами и векторы экспрессии ДНК и РНК, инкапсулированные в липосомах.

Полипептид, антитело, полинуклеотид, вектор, клетка или композиция, которые «выделены» являются полипептидом, антителом, полинуклеотидом, вектором, клеткой или композицией, которые имеют форму, не найденную в природе. Выделенные полипептиды, антитела, полинуклеотиды, векторы, клетки или композиции включают такие, которые очищены до степени, в которой они больше не имеют форму, в которой они найдены в природе. В некоторых вариантах осуществления, полипептид, антитело, полинуклеотид, вектор, клетка или композиция, которые выделены, являются по существу чистыми. В некоторых вариантах осуществления, «выделенный полинуклеотид» охватывает ПЦР или количественную ПЦР реакцию, содержащую полинуклеотид, амплифицированный в ПЦР или количественной ПЦР реакции.

Термин «выделенный», «биологически чистый» или их грамматические эквиваленты относятся к материалу, который по существу или практически чист от компонентов, которые обычно сопровождают материал в том виде, в котором он находится в своем нативном состоянии. Таким образом, выделенные пептиды, описанные в настоящем изобретении, не содержат некоторые или все материалы, обычно ассоциированные с пептидами в их in situ среде. «Выделенный» эпитоп относится к эпитопу, который не включает полную последовательность антигена, из которого получен эпитоп. Обычно «выделенный» эпитоп не имеет присоединенных к нему дополнительных аминокислотных остатков, которые имеются в последовательности, которая имеет 100% идентичность по всей длине нативной последовательности. Нативной последовательностью может быть последовательность, такая как опухолеассоциированный антиген, из которого получен эпитоп. Таким образом, термин «выделенный» означает, что материал удаляют из его оригинальной среды (например, природной среды, если он существует в природе). «Выделенной» нуклеиновой кислотой является нуклеиновая кислота, удаленная из ее природной среды. Например, существующий в природе полинуклеотид или пептид, присутствующий в живом животном, не является выделенным, но тот же полинуклеотид или пептид, отделенный от некоторых или всех сосуществующих материалов в природной системе, является выделенным. Такой полинуклеотид может быть частью вектора, и/или такой полинуклеотид или пептид может быть частью композиции, и все еще быть «выделенным» в том, что такой вектор или композиция не является частью его природной среды. Выделенные РНК молекулы включают in vivo или in vitro РНК транскрипты ДНК молекул, описанные в настоящем изобретении, и дополнительно включают такие молекулы, полученные синтетически.

Термин «по существу очищенный» и его грамматические эквиваленты в настоящем изобретении относится к последовательности нуклеиновых кислот, полипептиду, белку или другому соединению, которое по существу не содержит, т.е., более чем на приблизительно 50% не содержит, более чем на приблизительно 70% не содержит, более чем на приблизительно 90% не содержит полинуклеотиды, белки, полипептиды и другие молекулы, с которыми нуклеиновая кислота, полипептид, белок или другие соединения ассоциированы в природе.

Термин «по существу чистый» в настоящем изобретении относится к материалу, который, по меньшей мере на 50% чистый (т.е., не содержит примеси), по меньшей мере на 90% чистый, по меньшей мере на 95% чистый, по меньшей мере на 98% чистый или по меньшей мере на 99% чистый.

Термины «полинуклеотид», «нуклеотид», «нуклеиновая кислота», «полинуклеиновая кислота» или «олигонуклеотид» и их грамматические эквиваленты используют взаимозаменяемо в настоящем изобретении и относятся к полимерам нуклеотидов любой длины и включают ДНК и РНК, например, мРНК. Таким образом, эти термины включают двух- и одноцепочечную ДНК, трехцепочечную ДНК, а также двух- и одноцепочечную РНК. Они также включают модифицированные, например, метилированные и/или кэпированные, и не модифицированные формы полинуклеотида. Термин также включает молекулы, которые включают не существующие в природе или синтетические нуклеотиды, а также аналоги нуклеотидов. Последовательности нуклеиновых кислот и векторы, раскрытые или рассматриваемые здесь, могут быть введены в клетку, например, трансфекцией, трансформацией или трансдукцией. Нуклеотиды могут быть деоксирибонуклеотидами, рибонуклеотидами, модифицированными нуклеотидами или основаниями, и/или их аналогами или любым субстратом, который может быть введен в полимер ДНК или РНК полимеразой. В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотид и нуклеиновая кислота могут быть in vitro транскрибированной мРНК. В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотидом, который вводят с использованием способов настоящего описания, является мРНК.

«Трансфекция», «трансформация» или «трансдукция» в настоящем изобретении относится к введению одного или более экзогенных полинуклеотидов в клетку-хозяина с использованием физических или химических способов. Многие методики трансфекции известны в данной области техники и включают, например, соосаждение ДНК и фосфата кальция (см., например, Murray E. J. (ed.), Methods in Molecular Biology, Vol. 7, Gene Transfer and Expression Protocols, Humana Press (1991)); DEAE-декстран; электропорацию; катионную липосома-опосредованную трансфекцию; усиленную частицами вольфрама бомбардировку микрочастицами (Johnston, Nature, 346: 776-777 (1990)); и соосаждение ДНК и фосфата стронция (Brash et al., Mol. Cell Biol., 7: 2031-2034 (1987)). Фаговые или вирусные векторы могут быть введены в клетки-хозяина, после роста инфекционных частиц в подходящих упаковывающих клетках, многие из которых коммерчески доступны.

Нуклеиновые кислоты и/или последовательности нуклеиновых кислот являются «гомологичными», если они получены, естественно или искусственно, из общей анцестральной нуклеиновой кислоты или последовательности нуклеиновых кислот. Белки и/или белковые последовательности являются «гомологичными», если их кодирующие ДНК получают, естественно или искусственно, из общей анцестральной нуклеиновой кислоты или последовательности нуклеиновых кислот. Гомологичные молекулы могут быть названы гомологами. Например, любые существующие в природе белки, описанные в настоящем изобретении, могут быть модифицированы любым доступным способом мутагенеза. При экспрессировании эти мутагенизированные нуклеиновые кислоты кодируют полипептид, который является гомологичным к белку, кодированному оригинальной нуклеиновой кислотой. Гомология обычно выводится из идентичности последовательности между двумя или несколькими нуклеиновыми кислотами или белками (или их последовательностями). Точный процент идентичности между последовательностями, который используют для установления гомологии, варьируется в зависимости от рассматриваемой нуклеиновой кислоты и белка, но не менее 25% идентичность последовательности обычно используют для установления гомологии. Более высокие уровни идентичности последовательности, например, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% или 99% или более, также могут быть использованы для установления гомологии. Способы определения процентов идентичности последовательности (например, BLASTP и BLASTN с использованием параметров по умолчанию) описаны в настоящем изобретении и обычно доступны.

Термин «субъект» относится к любому животному (например, млекопитающему), включая, но не ограничиваясь ими, человека, приматов, не являющихся человеком, собак, кошачьих, грызунов и подобных, которые должны быть реципиентами определенного лечения. Обычно термины «субъект» и «пациент» используются здесь взаимозаменяемо по отношению к человеку.

Термины «эффективное количество», или «терапевтически эффективное количество» или «терапевтический эффект» относятся к количеству терапевтического средства, эффективному для «лечения» заболевания или расстройства у субъекта или млекопитающего. Терапевтически эффективное количество лекарственного средства оказывает терапевтический эффект и как таковое может предотвращать развитие заболевания или расстройства; замедлять развитие болезни или расстройства; замедлять прогрессирование заболевания или расстройства; облегчать до некоторой степени один или более симптомов, связанных с заболеванием или расстройством; снижать заболеваемость и смертность; улучшать качество жизни; или давать комбинацию таких эффектов.

Термины «лечение» или «лечить» или «облегчение» или «облегчать» относится к обоим (1) терапевтическим мерам, которые излечивают, замедляют, уменьшают симптомы и/или останавливают прогрессирование диагностированного патологического состояния или расстройства; и (2) профилактическим или превентивным мерам, которые предотвращают или замедляют развитие целевого патологического состояния или расстройства. Таким образом, те, кто нуждается в лечении, включают тех, кто уже страдает этим расстройством; тех, кто склонен к расстройству; и тех, у кого расстройство необходимо предотвратить.

«Фармацевтически приемлемая» относится к обычно нетоксичной, инертной и/или физиологически совместимой композиции или компоненту композиции.

«Фармацевтический эксципиент» или «эксципиент» включает материал, такой как адъювант, носитель, pH регулирующие и буферные агенты, агенты, регулирующие тоничность, увлажняющие агенты, консерванты и подобные. «Фармацевтический эксципиент» представляет собой эксципиент, который является фармацевтически приемлемым.

II. Неоантигены и их применение

Одним из критических препятствий на пути разработки лечебной и опухолеспецифической иммунотерапии является идентификация и выбор высокоспецифичных и ограниченных опухолевых антигенов для предотвращения аутоиммунитета. Опухолевые неоантигены, которые возникают в результате генетических изменений (например, инверсий, транслокаций, делеций, миссенс-мутаций, мутаций сайтов сплайсинга и т.д.) в злокачественных Т-клетках, представляют собой опухолеспецифический класс антигенов. Неоантигены редко применяли в противораковой вакцине или иммуногенных композициях из-за технических трудностей их идентификации, выбора оптимизированных антигенов и продуцирования неоантигенов для использования в вакцине или иммуногенной композиции. Эти проблемы могут быть решены путем: идентификации мутаций в новообразованиях/опухолях, которые присутствуют на уровне ДНК в опухоли, но не в совпадающих образцах зародышевой линии от большой доли субъектов, страдающих раком; анализа идентифицированных мутаций с помощью одного или более алгоритмов прогнозирования связывания пептид-MHC для создания множества неоантигенных Т-клеточных эпитопов, которые экспрессируются в новообразовании/опухоли и которые связываются с высокой долей HLA-аллелей пациента; и синтеза множества неоантигенных пептидов, выбранных из наборов всех неоантигенных пептидов, и спрогнозированных связывающих пептидов для использования в противораковой вакцине или иммуногенной композиции, подходящей для лечения большой доли субъектов, страдающих раком.

Например, транслирование информации секвенирования пептидов в терапевтическую вакцину может включать прогнозирование мутировавших пептидов, которые могут связываться с молекулами HLA у большой доли индивидуумов. Для эффективного выбора того, какие конкретные мутации использовать в качестве иммуногена, необходима способность прогнозировать, какие мутированные пептиды будут эффективно связываться с высокой долей HLA-аллелей пациента. В последнее время подходы к обучению на основе нейронных сетей с проверенными связывающими и несвязывающими пептидами повысили точность алгоритмов прогнозирования для основных HLA-A и -B аллелей. Однако даже с использованием передовых алгоритмов на основе нейронных сетей для кодирования правил связывания HLA-пептидов, несколько факторов ограничивают возможность прогнозирования пептидов, презентированных на HLA аллелях.

Другой пример трансляции информации последовательности пептидов в терапевтическую вакцину может включать составление препарата в виде мультиэпитопной вакцины длинных пептидов. Нацеливание на как можно больше мутировавших эпитопов позволяет использовать огромные возможности иммунной системы, предотвращая возможность иммунологического ускользания через понижающее модулирование иммунного таргетированного генного продукта, и компенсировать известную неточность подходов к прогнозированию эпитопов. Синтетические пептиды предоставляют полезные средства для эффективного получения множества иммуногенов и для быстрой трансляции идентификации мутантных эпитопов в эффективную вакцину. Пептиды могут быть легко синтезированы химически и легко очищены с использованием реагентов, свободных от загрязняющих бактерий или животных веществ. Небольшой размер позволяет четко сфокусировать внимание на мутированной области белка и также снижает нерелевантную антигенную конкуренцию со стороны других компонентов (антигенов не мутированного белка или вирусного вектора).

Еще один пример трансляции информации пептидной последовательности в терапевтическую вакцину может включать комбинацию с сильным вакцинным адъювантом. Для эффективных вакцин может потребоваться сильный адъювант, чтобы инициировать иммунный ответ. Например, поли-ICLC, агонист TLR3 и домены РНК-геликазы MDA5 и RIG3, продемонстрировали несколько желательных свойств для вакцинного адъюванта. Эти свойства включают индукцию локальной и системной активации иммунных клеток in vivo, продуцирование стимулирующих хемокинов и цитокинов и стимулирование антигенпрезентирующих ДК. Более того, поли-ICLC может индуцировать надежные CD4⁺ и CD8⁺ ответы у человека. Важно отметить, что поразительное сходство в активации путей транскрипции и передачи сигнала было замечено у субъектов, вакцинированных поли-ICLC, и у добровольцев, получивших высокоэффективную репликационно-компетентную вакцину против желтой лихорадки. Кроме того, >90% пациентов с карциномой яичников, иммунизированных поли-ICLC в сочетании с пептидной вакциной NYESO-1 (в дополнение к Монтаниду), продемонстрировали индукцию CD4⁺ и CD8⁺ Т-клеток, а также ответы антитела к пептиду в недавней 1 фазе исследования. В то же время поли-ICLC был тщательно протестирован в более чем 25 клинических испытаниях и в настоящее время показал относительно доброкачественный профиль токсичности.

В некоторых аспектах, изобретение относится к композиции, содержащей: первый пептид, содержащий первый неоэпитоп белка, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп того же белка, полинуклеотид, кодирующий первый пептид и второй пептид, одну или более APC, содержащих первый пептид и второй пептид, или первый Т-клеточный рецептор (TCR), специфический для первого неоэпитопа, в комплексе с белком HLA, и второй TCR, специфический для второго неоэпитопа в комплексе с белком HLA; где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый неоэпитоп содержит мутацию, и второй неоэпитоп содержит ту же мутацию.

В некоторых аспектах, изобретение относится к композиции, содержащей: первый пептид, содержащий первый неоэпитоп области белка и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп области того же белка, где первый эпитоп и второй эпитоп содержат по меньшей мере одну аминокислоту области, которая является одинаковой, полинуклеотид, кодирующий первый пептид и второй пептид, одну или более АРС, содержащих первый пептид и второй пептид, или первый Т-клеточный рецептор (TCR), специфический для первого неоэпитопа в комплексе с HLA белком и второй TCR, специфический для второго неоэпитопа в комплексе с HLA белком; где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый эпитоп содержит первую мутацию, и второй эпитоп содержит вторую мутацию.

В некоторых вариантах осуществления, первая мутация и вторая мутация являются одинаковыми. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид и второй пептид являются разными молекулами. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп содержит первый неоэпитоп области того же белка, где второй неоэпитоп содержит второй неоэпитоп области того же белка. В некоторых вариантах осуществления, первый эпитоп и второй эпитоп содержат по меньшей мере одну аминокислоту области, которая является одинаковой. В некоторых вариантах осуществления, область белка содержит по меньшей мере 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 40, 50, 60,70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 600, 700, 800, 900 или 1000 непрерывных аминокислот белка. В некоторых вариантах осуществления, область белка содержит не более не более 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 40, 50, 60,70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 600, 700, 800, 900 или 1000 непрерывных аминокислот белка. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп связывается с белком HLA I класса с получением комплекса HLA I класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп связывается с белком HLA II класса с образованием комплекса HLA II класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп связывается с белком HLA I класса с образованием комплекс HLA I класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп связывается с белком HLA II класса с образованием комплекса HLA II класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, первым неоэпитопом является первый неоэпитопный пептид, процессированный из первого пептида и/или вторым неоэпитопом является второй неоэпитопный пептид, процессированный из второго пептида. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп короче в длину, чем первый пептид и/или второй неоэпитоп короче в длину чем второй пептид. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитопный пептид процессирован антигенпрезентирующей клеткой (APC), содержащей первый пептид и/или второй неоэпитопный пептид процессирован APC, содержащей второй пептид. В некоторых вариантах осуществления, первый эпитоп активирует CD8⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, второй эпитоп активирует CD4⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, второй эпитоп активирует CD8⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, первый эпитоп активирует CD4⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, TCR CD4⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA II класса-пептид, содержащим первый или второй пептид. В некоторых вариантах осуществления, TCR CD8⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA I класса-пептид, содержащим первый или второй пептид. В некоторых вариантах осуществления, TCR CD4⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA I класса-пептид, содержащим первый или второй пептид. В некоторых вариантах осуществления, TCR CD8⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA II класса-пептид содержащим первый или второй пептид. В некоторых вариантах осуществления, одна или более APC содержат первую APC, содержащую первый пептид, и вторую APC, содержащую второй пептид. В некоторых вариантах осуществления, мутация выбрана из группы, состоящей из точечной мутации, мутации сайта сплайсинга, мутации со сдвигом рамки, мутации слитого гена и любой их комбинации. В некоторых вариантах осуществления, первый эпитоп и второй эпитоп содержат последовательность, кодируемую геном из таблицы 1 или 2. В некоторых вариантах осуществления, белок кодируется геном из таблицы 1 или 2. В некоторых вариантах осуществления, мутацией является мутация из столбца 2 таблицы 1 или 2. В некоторых вариантах осуществления, мутацией является мутация из столбца 1 таблиц 3-14. В некоторых вариантах осуществления, белком является KRAS. В некоторых вариантах осуществления, один полипептид содержит первый пептид и второй пептид, или один полинуклеотид кодирует первый пептид и второй пептид. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид и второй пептид кодированы последовательностью, транскрибированной из одного и того же сайта начала транскрипции. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид кодируется последовательностью, транскрибированной из первого сайта начала транскрипции и второй пептид кодируется последовательностью, транскрибированной из второго сайта начала транскрипции. В некоторых вариантах осуществления, один полипептид имеет длину по меньшей мере 18; 19; 20; 21; 22; 23; 24; 25; 26; 27; 28; 29; 30; 40; 50; 60;70; 80; 90; 100; 150; 200; 250; 300; 350; 400; 450; 500; 600; 700; 800; 900; 1000; 1,500; 2000; 2500; 3000; 4000; 5000; 7500; или 10000 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, полипептид содержит первую последовательность с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью последовательности к первой соответствующей последовательности дикого типа; и вторую последовательность с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью последовательности ко второй соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, полипептид содержит первую последовательность из по меньшей мере 8 или 9 непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью последовательности к первой соответствующей последовательности дикого типа; и вторую последовательность из по меньшей мере 16 или 17 непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью последовательности ко второй соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, второй пептид длиннее первого пептида. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид длиннее второго пептида. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид имеет длину по меньшей мере 9; 10; 11; 12; 13; 14; 15; 16; 17; 18; 19; 20; 21; 22; 23; 24; 25; 26; 27; 28; 29; 30; 40; 50; 60;70; 80; 90; 100; 150; 200; 250; 300; 350; 400; 450; 500; 600; 700; 800; 900; 1000; 1500; 2000; 2500; 3000; 4000; 5000; 7500; или 10000 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, второй пептид имеет длину по меньшей мере 17; 18; 19; 20; 21; 22; 23; 24; 25; 26; 27; 28; 29; 30; 40; 50; 60;70; 80; 90; 100; 150; 200; 250; 300; 350; 400; 450; 500; 600; 700; 800; 900; 1000; 1500; 2000; 2500; 3000; 4000; 5000; 7500; или 10000 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид содержит последовательность из по меньшей мере 9 непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, второй пептид содержит последовательность из по меньшей мере 17 непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, второй эпитоп длиннее первого эпитопа. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп имеет длину по меньшей мере 8 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп имеет длину, от 8 до 12 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп содержит последовательность из по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот, где по меньшей мере 2 из 8 непрерывных аминокислот отличаются в соответствующих положениях от последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп имеет длину по меньшей мере 16 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп имеет длину от 16 до 25 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп содержит последовательность из по меньшей мере 16 непрерывных аминокислот, где по меньшей мере 2 из 16 непрерывных аминокислот отличаются в соответствующих положениях от последовательности дикого типа.

В некоторых вариантах осуществления, первый пептид содержит по меньшей мере одну дополнительную мутацию. В некоторых вариантах осуществления, одна или более из по меньшей мере одной дополнительной мутации не является мутацией в первом неоэпитопе. В некоторых вариантах осуществления, одна или более из по меньшей мере одной дополнительной мутации является мутацией в первом неоэпитопе. В некоторых вариантах осуществления, второй пептид содержит по меньшей мере одну дополнительную мутацию. В некоторых вариантах осуществления, одна или более из по меньшей мере одной дополнительной мутации не является мутацией во втором неоэпитопе. В некоторых вариантах осуществления, одна или более из по меньшей мере одной дополнительной мутации является мутацией во втором неоэпитопе. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид, второй пептид или оба содержат по меньшей мере одну фланкирующую последовательность, где по меньшей мере одна фланкирующая последовательность находится выше или ниже неоэпитопа. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая последовательность имеет по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичность последовательности к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая последовательность содержит последовательность не дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одной фланкирующей последовательностью является N-концевая фланкирующая последовательность. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одной фланкирующей последовательностью является C-концевая фланкирующая последовательность. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая последовательность первого пептида имеет по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичность последовательности к, по меньшей мере одной фланкирующей последовательности второго пептида. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая область первого пептида отличается от, по меньшей мере одной фланкирующей области второго пептида. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один фланкирующий остаток содержит мутацию. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп, второй неоэпитоп или оба содержат по меньшей мере один якорный остаток. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток первого неоэпитопа находится в каноническом якорном положении. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток первого неоэпитопа находится в не каноническом якорном положении. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток второго неоэпитопа находится в каноническом якорном положении. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток второго неоэпитопа находится в не каноническом якорном положении. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток первого неоэпитопа отличается от по меньшей мере одного якорного остатка второго неоэпитопа. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток является остатком дикого типа. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток является замещением. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и/или второй неоэпитоп связывается с HLA белком с большей аффинностью, чем соответствующий неоэпитоп без замещения. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и/или второй неоэпитоп связывается с HLA белком с большей аффинностью, чем соответствующая последовательность дикого типа без замещения. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток не содержит мутацию. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп, второй неоэпитоп или оба содержат по меньшей мере одну фланкирующую область якорного остатка. В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп содержит по меньшей мере один якорный остаток. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток содержит по меньшей мере два якорных остатка. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере два якорных остатка разделены областью разделения, содержащей по меньшей мере 1 аминокислоту. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая область якорного остатка не находится внутри области разделения. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая область якорного остатка находится выше N-концевого якорного остатка из по меньшей мере двух якорных остатков ниже C-концевого якорного остатка из по меньшей мере двух якорных остатков и (a) и (b).

В некоторых вариантах осуществления, композиция содержит адъювант. В некоторых вариантах осуществления, композиция содержит один или более дополнительных пептидов, где один или более дополнительных пептидов содержат третий неоэпитоп. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй неоэпитоп связывается с HLA белком с большей аффинностью, чем соответствующая последовательность дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй неоэпитоп связывается с HLA белком с K_D или IC₅₀ менее чем 1000 нМ, 900 нМ, 800 нМ, 700 нМ, 600 нМ, 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй неоэпитоп связывается с HLA белком I класса с K_D или IC₅₀ менее чем 1000 нМ, 900 нМ, 800 нМ, 700 нМ, 600 нМ, 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй неоэпитоп связывается с HLA белком II класса с K_D или IC₅₀ менее чем 1000 нМ, 900 нМ, 800 нМ, 700 нМ, 600 нМ, 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй неоэпитоп связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, экспрессируемым субъектом. В некоторых вариантах осуществления, мутация не присутствует в не раковой клетке субъекта. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй неоэпитоп кодируется геном или экспрессированным геном раковых клеток субъекта. В некоторых вариантах осуществления, композиция содержит первую Т-клетку, содержащую первый TCR. В некоторых вариантах осуществления, композиция содержит вторую Т-клетку, содержащую второй TCR. В некоторых вариантах осуществления, первый TCR содержит не нативный внутриклеточный домен и/или второй TCR содержит не нативный внутриклеточный домен. В некоторых вариантах осуществления, первый TCR является растворимым TCR и/или второй TCR является растворимым TCR. В некоторых вариантах осуществления, первая и/или вторая Т-клетка является цитотоксичной Т-клеткой. В некоторых вариантах осуществления, первая и/или вторая Т-клетка является гамма дельта Т-клеткой. В некоторых вариантах осуществления, первая и/или вторая Т-клетка является хелперной Т-клеткой. В некоторых вариантах осуществления, первой Т-клеткой является Т-клетка, стимулированная, размноженная или индуцированная первым неоэпитопом и/или второй Т-клеткой является Т-клетка, стимулированная, размноженная или индуцированная вторым неоэпитопом. В некоторых вариантах осуществления, первая и/или вторая Т-клетка является аутологичной Т-клеткой. В некоторых вариантах осуществления, первая и/или вторая Т-клетка является аллогенной Т-клеткой. В некоторых вариантах осуществления, первая и/или вторая Т-клетка является сконструированной Т-клеткой. В некоторых вариантах осуществления, первая и/или вторая Т-клетка является Т-клеткой клеточной линии. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй TCR связывается с комплексом HLA-пептид с K_D или IC₅₀ менее чем 1000 нМ, 900 нМ, 800 нМ, 700 нМ, 600 нМ, 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ. В некоторых аспектах изобретение относится к вектору, содержащему полинуклеотид, кодирующий первый и второй пептид, описанный в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотид функционально связан с промотором. В некоторых вариантах осуществления, вектором является самоамплифицирующий РНК репликон, плазмида, фаг, траспосон, космида, вирус или вирион. В некоторых вариантах осуществления, вектором является вирусный вектор. В некоторых вариантах осуществления, вектор получают из ретровируса, лентивируса, аденовируса, аденоассоциированного вируса, герпесвируса, поксвируса, альфа вируса, вируса осповакцины, вируса гепатита B, папилломавируса человека или их псевдотипа. В некоторых вариантах осуществления, вектором является не вирусный вектор. В некоторых вариантах осуществления, не вирусным вектором является наночастицы, катионный липид, катионный полимер, металлический нанополимер, наностержень, липосома, мицелла, микропузырек, пептид, способствующий проникновению в клетку или липосфера.

В некоторых аспектах изобретение относится к фармацевтической композиции, содержащей: композицию, описанную в настоящем изобретении, или вектор, описанный в настоящем изобретении; и фармацевтически приемлемый эксципиент.

В некоторых вариантах осуществления, множество клеток являются аутологичными клетками. В некоторых вариантах осуществления, множество APC клеток являются аутологичные клетки. В некоторых вариантах осуществления, множеством Т-клеток являются аутологичные клетки. В некоторых вариантах осуществления, фармацевтические композиции дополнительно содержат иммуномодулирующий агент или адъювант. В некоторых вариантах осуществления, иммуномодулирующим агентом является цитокин. В некоторых вариантах осуществления, адъювантом является Хилтонол.

В некоторых аспектах изобретение относится к способу лечения рака, где способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, фармацевтической композиции, описанной в настоящем изобретении.

В некоторых аспектах изобретение относится к способу профилактики резистентности в противораковой терапии, где способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, фармацевтической композиции, описанной в настоящем изобретении.

В некоторых аспектах изобретение относится к способу индуцирования иммунного ответа, где способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, фармацевтической композиции, описанной в настоящем изобретении.

В некоторых вариантах осуществления, иммунным ответом является гуморальный ответ. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид и второй пептид вводят одновременно, отдельно или последовательно. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид последовательно вводят после второго пептида. В некоторых вариантах осуществления, второй пептид последовательно вводят после первого пептида. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид последовательно вводят после периода времени, достаточного для активации Т-клеток вторым пептидом. В некоторых вариантах осуществления, второй пептид последовательно вводят после периода времени, достаточного для активации Т-клеток первым пептидом. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид последовательно вводят после второго пептида для рестимуляции Т-клеток. В некоторых вариантах осуществления, второй пептид последовательно вводят после первого пептид для рестимуляции Т-клеток. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид вводят для стимуляции Т-клеток и второй пептид вводят после первого пептида для рестимуляции Т-клеток. В некоторых вариантах осуществления, второй пептид вводят для стимуляции Т-клеток и первый пептид вводят после второго пептида для рестимуляции Т-клеток. В некоторых вариантах осуществления, субъект имеет рак, где рак выбран из группы, состоящей из меланомы, рака яичников, рака легкого, рака предстательной железы, рака молочной железы, колоректального рака, эндометриального рака и хронического лимфоцитарного лейкоза (ХЛЛ). В некоторых вариантах осуществления, субъект имеет рак молочной железы, резистентный к антиэстрогенной терапии. В некоторых вариантах осуществления, рак молочной железы экспрессирует рецептор эстрогена с мутацией. В некоторых вариантах осуществления, субъект имеет ХЛЛ, резистентный к терапии ибрутинибом. В некоторых вариантах осуществления, ХЛЛ экспрессирует тирозинктназу Брутона с мутацией, такой как C481S мутация. В некоторых вариантах осуществления, субъект имеет рак легкого, который резистентен к ингибитору тирозинкиназы. В некоторых вариантах осуществления, рак легких экспрессирует рецептор эпидермального фактора роста (EGFR) с мутацией, такой как T790M, L792F или C797S мутация. В некоторых вариантах осуществления, множество APC клеток, содержащих первый пептид, и множество APC клеток, содержащих второй пептид, вводят одновременно, отдельно или последовательно. В некоторых вариантах осуществления, множество Т-клеток, содержащих первый пептид, и множество Т-клеток, содержащих второй пептид, вводят одновременно, отдельно или последовательно. В некоторых вариантах осуществления, способ дополнительно включает введение по меньшей мере одного дополнительного терапевтического агента или способа воздействия. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одним дополнительным терапевтическим агентом или способом воздействия является хирургическое вмешательство, ингибитор контрольной точки, антитело или его фрагмент, химиотерапевтический агент, облучение, вакцина, малая молекула, Т-клетка, вектор и APC, полинуклеотид, онколитический вирус или любая их комбинация. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одним дополнительным терапевтическим агентом является анти-PD-1 агент и анти-PD-L1 агент, анти-CTLA-4 агент или анти-CD40 агент. В некоторых вариантах осуществления, дополнительный терапевтический агент вводят до, одновременно или после введения фармацевтической композиции, описанной в настоящем изобретении.

III. Пептиды

В некоторых аспектах настоящее описание относитсся к выделенным пептидам, которые содержат опухолеспецифическую мутацию из таблицы 1-14. Эти пептиды и полипептиды названы здесь «неоантигенные пептиды» или «неоантигенные полипептиды». Полипептиды или пептиды могут иметь множество длин, быть либо в ней тральной (незаряженной) форме, либо в формах, которые являются солями, и либо не содержать модификации, такие как гликозилирование, окисление боковой цепи или фосфорилирование, либо содержать эти модификации, при условии, что модификации не разрушат биологическую активность полипептидов, как описано в настоящем изобретении.

Таблица 1

Ген Типовое изменение белка Контекст мутации последовательности Пептиды (примеры HLA аллеля) Типовые заболевания ТАБЛИЦА 1A ТОЧЕЧНАЯ МУТАЦИЯ¹ ABL1 E255K VADGLITTLHYPAPKRNKPTVYGVSPNYDKWEMERTDITMKHKLGGGQYGKVYEGVWKKYSLTVAVKTLKEDTMEVEEFLKEAAVMKEIKHPNLVQLLGVC (SEQ ID NO: 238) GQYGKVYEG (A02.01) (SEQ ID NO: 377)
GQYGKVYEGV (A02.01) (SEQ ID NO: 378)
KLGGGQYGK (A03.01) (SEQ ID NO: 379)
KLGGGQYGKV (A02.01) (SEQ ID NO: 380)
KVYEGVWKK (A02.01, A03.01) (SEQ ID NO: 381)
KVYEGVWKKY (A03.01) (SEQ ID NO: 382)
QYGKVYEGV (A24.02) (SEQ ID NO: 383)
QYGKVYEGVW (A24.02) (SEQ ID NO: 384) Хронический миелоидный лейкоз (ХМЛ), Острый лимфоцитарный лейкоз (ОЛЛ), Желудочно-кишечные стромальные опухоли (ЖКСО) ABL1 E255V VADGLITTLHYPAPKRNKPTVYGVSPNYDKWEMERTDITMKHKLGGGQYGVVYEGVWKKYSLTVAVKTLKEDTMEVEEFLKEAAVMKEIKHPNLVQLLGVC(SEQ ID NO: 239) GQYGVVYEG (A02.01) (SEQ ID NO: 385)
GQYGVVYEGV (A02.01) (SEQ ID NO: 386)
KLGGGQYGV (A02.01) (SEQ ID NO: 387)
KLGGGQYGVV (A02.01) (SEQ ID NO: 388)
QYGVVYEGV (A24.02) (SEQ ID NO: 389)
QYGVVYEGVW (A24.02) (SEQ ID NO: 390)
VVYEGVWKK (A02.01, A03.01) (SEQ ID NO: 391)
VVYEGVWKKY (A03.01) (SEQ ID NO: 392) Хронический миелоидный лейкоз (ХМЛ), Острый лимфоцитарный лейкоз (ОЛЛ), Желудочно-кишечные стромальные опухоли (ЖКСО) ABL1 M351T LLGVCTREPPFYIITEFMTYGNLLDYLRECNRQEVNAVVLLYMATQISSATEYLEKKNFIHRDLAARNCLVGENHLVKVADFGLSRLMTGDTYTAHAGAKF (SEQ ID NO: 240) ATQISSATEY (A01.01) (SEQ ID NO: 393)
ISSATEYLEK (A03.01) (SEQ ID NO: 394)
SSATEYLEK (A03.01) (SEQ ID NO: 395)
TQISSATEYL (A02.01) (SEQ ID NO: 396)
YMATQISSAT (A02.01) (SEQ ID NO: 397) Хронический миелоидный лейкоз (ХМЛ), Острый лимфоцитарный лейкоз (ОЛЛ), Желудочно-кишечные стромальные опухоли (ЖКСО) ABL1 T315I SLTVAVKTLKEDTMEVEEFLKEAAVMKEIKHPNLVQLLGVCTREPPFYIIIEFMTYGNLLDYLRECNRQEVNAVVLLYMATQISSAMEYLEKKNFIHRDLA (SEQ ID NO: 241) FYIIIEFMTY (A24.02) (SEQ ID NO: 398)
IIEFMTYGNL (A02.01) (SEQ ID NO: 399)
IIIEFMTYG (A02.01) (SEQ ID NO: 400)
IIIEFMTYGN (A02.01) (SEQ ID NO: 401)
YIIIEFMTYG (A02.01) (SEQ ID NO: 402) Хронический миелоидный лейкоз (ХМЛ), Острый лимфоцитарный лейкоз (ОЛЛ), Желудочно-кишечные стромальные опухоли (ЖКСО) ABL1 Y253H STVADGLITTLHYPAPKRNKPTVYGVSPNYDKWEMERTDITMKHKLGGGQHGEVYEGVWKKYSLTVAVKTLKEDTMEVEEFLKEAAVMKEIKHPNLVQLLG (SEQ ID NO: 242) GQHGEVYEGV (A02.01) (SEQ ID NO: 403)
KLGGGQHGEV (A02.01) (SEQ ID NO: 404) Хронический миелоидный лейкоз (ХМЛ), Острый лимфоцитарный лейкоз (ОЛЛ), Желудочно-кишечные стромальные опухоли (ЖКСО) ALK G1269A SSLAMLDLLHVARDIACGCQYLEENHFIHRDIAARNCLLTCPGPGRVAKIADFGMARDIYRASYYRKGGCAMLPVKWMPPEAFMEGIFTSKTDTWSFGVLL (SEQ ID NO: 243) KIADFGMAR (A03.01) (SEQ ID NO: 405)
RVAKIADFGM (A02.01, B07.02) (SEQ ID NO: 406) НМКРЛ ALK L1196M QVAVKTLPEVCSEQDELDFLMEALIISKFNHQNIVRCIGVSLQSLPRFILMELMAGGDLKSFLRETRPRPSQPSSLAMLDLLHVARDIACGCQYLEENHFI (SEQ ID NO: 244) FILMELMAGG (A02.01) (SEQ ID NO: 407)
ILMELMAGG (A02.01) (SEQ ID NO: 408)
ILMELMAGGD (A02.01) (SEQ ID NO: 409)
LMELMAGGDL (A02.01) (SEQ ID NO: 410)
LPRFILMEL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 411)
LPRFILMELM (B07.02) (SEQ ID NO: 412)
LQSLPRFILM (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 413)
SLPRFILMEL (A02.01, A24.02, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 414) НМКРЛ BRAF V600E MIKLIDIARQTAQGMDYLHAKSIIHRDLKSNNIFLHEDLTVKIGDFGLATEKSRWSGSHQFEQLSGSILWMAPEVIRMQDKNPYSFQSDVYAFGIVLYELM (SEQ ID NO: 245) LATEKSRWS (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 415)
LATEKSRWSG (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 416) CRC, GBM, KIRP, LUAD, SKCM, THCA BTK C481S MIKEGSMSEDEFIEEAKVMMNLSHEKLVQLYGVCTKQRPIFIITEYMANGSLLNYLREMRHRFQTQQLLEMCKDVCEAMEYLESKQFLHRDLAARNCLVND (SEQ ID NO: 246) EYMANGSLL (A24.02) (SEQ ID NO: 417)
MANGSLLNY (A01.01, A03.01, A11.01) (SEQ ID NO: 418)
MANGSLLNYL (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 419)
SLLNYLREM (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 420)
YMANGSLLN (A02.01) (SEQ ID NO: 421)
YMANGSLLNY (A01.01, A03.01, A11.01) (SEQ ID NO: 422) ХЛЛ EEF1B2 S43G MGFGDLKSPAGLQVLNDYLADKSYIEGYVPSQADVAVFEAVSGPPPADLCHALRWYNHIKSYEKEKASLPGVKKALGKYGPADVEDTTGSGAT (SEQ ID NO: 247) GPPPADLCHAL (B07.02) (SEQ ID NO: 423) BLCA, KIRP, PRAD, SKCM EGFR S492R SLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYAHTINWKKLFGTSGQKTKIIRNRGENSCKATGQVCHALCSPEGCWGPEPRDCVSCRNVSRGRECVDKCNLL (SEQ ID NO: 248) IIRNRGENSCK (A03.01) (SEQ ID NO: 424) CRC EGFR T790M IPVAIKELREATSPKANKEILDEAYVMASVDNPHVCRLLGICLTSTVQLIMQLMPFGCLLDYVREHKDNIGSQYLLNWCVQIAKGMNYLEDRRLVHRDLAA (SEQ ID NO: 249) CLTSTVQLIM (A01.01, A02.01) (SEQ ID NO: 425)
IMQLMPFGC (A02.01) (SEQ ID NO: 426)
IMQLMPFGCL (A02.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 427)
LIMQLMPFG (A02.01) (SEQ ID NO: 428)
LIMQLMPFGC (A02.01) (SEQ ID NO: 429)
LTSTVQLIM (A01.01) (SEQ ID NO: 430)
MQLMPFGCL (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 431)
MQLMPFGCLL (A02.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 432)
QLIMQLMPF (A02.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 433)
QLIMQLMPFG (A02.01) (SEQ ID NO: 434)
STVQLIMQL (A02.01) (SEQ ID NO: 435)
VQLIMQLMPF (A02.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 436) НМКРЛ, PRAD ERBB3 V104M ERCEVVMGNLEIVLTGHNADLSFLQWIREVTGYVLVAMNEFSTLPLPNLRMVRGTQVYDGKFAIFVMLNYNTNSSHALRQLRLTQLTEILSGGVYIEKNDK (SEQ ID NO: 250) CRC, Рак желудка ESR1 D538G HLMAKAGLTLQQQHQRLAQLLLILSHIRHMSNKGMEHLYSMKCKNVVPLYGLLLEMLDAHRLHAPTSRGGASVEETDQSHLATAGSTSSHSLQKYYITGEA (SEQ ID NO: 251) GLLLEMLDA (A02.01) (SEQ ID NO: 437)
LYGLLLEML (A24.02) (SEQ ID NO: 438)
NVVPLYGLL (A02.01) (SEQ ID NO: 439)
PLYGLLLEM (A02.01) (SEQ ID NO: 440)
PLYGLLLEML (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 441)
VPLYGLLLEM (B07.02) (SEQ ID NO: 442)
VVPLYGLLL (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 443) Рак молочной железы ESR1 S463P NQGKCVEGMVEIFDMLLATSSRFRMMNLQGEEFVCLKSIILLNSGVYTFLPSTLKSLEEKDHIHRVLDKITDTLIHLMAKAGLTLQQQHQRLAQLLLILSH (SEQ ID NO: 252) FLPSTLKSL (A02.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 444)
GVYTFLPST (A02.01) (SEQ ID NO: 445)
GVYTFLPSTL (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 446)
TFLPSTLKSL (A24.02) (SEQ ID NO: 447)
VYTFLPSTL (A24.02) (SEQ ID NO: 448)
YTFLPSTLK (A03.01) (SEQ ID NO: 449) Рак молочной железы ESR1 Y537C IHLMAKAGLTLQQQHQRLAQLLLILSHIRHMSNKGMEHLYSMKCKNVVPLCDLLLEMLDAHRLHAPTSRGGASVEETDQSHLATAGSTSSHSLQKYYITGE (SEQ ID NO: 253) NVVPLCDLL (A02.01) (SEQ ID NO: 450)
NVVPLCDLLL (A02.01) (SEQ ID NO: 451)
PLCDLLLEM (A02.01) (SEQ ID NO: 452)PLCDLLLEML (A02.01) (SEQ ID NO: 453)
VPLCDLLLEM (B07.02) (SEQ ID NO: 454)
VVPLCDLLL (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 455) Рак молочной железы ESR1 Y537N IHLMAKAGLTLQQQHQRLAQLLLILSHIRHMSNKGMEHLYSMKCKNVVPLNDLLLEMLDAHRLHAPTSRGGASVEETDQSHLATAGSTSSHSLQKYYITGE (SEQ ID NO: 254) NVVPLNDLL (A02.01) (SEQ ID NO: 456)
NVVPLNDLLL (A02.01) (SEQ ID NO: 457)
PLNDLLLEM (A02.01) (SEQ ID NO: 458)
PLNDLLLEML (A02.01) (SEQ ID NO: 459)
VPLNDLLLEM (B07.02) (SEQ ID NO: 460) Рак молочной железы ESR1 Y537S IHLMAKAGLTLQQQHQRLAQLLLILSHIRHMSNKGMEHLYSMKCKNVVPLSDLLLEMLDAHRLHAPTSRGGASVEETDQSHLATAGSTSSHSLQKYYITGE (SEQ ID NO: 255) NVVPLSDLL (A02.01) (SEQ ID NO: 461)
NVVPLSDLLL (A02.01) (SEQ ID NO: 462)
PLSDLLLEM (A02.01) (SEQ ID NO: 463)
PLSDLLLEML (A02.01) (SEQ ID NO: 464)
VPLSDLLLEM (B07.02) (SEQ ID NO: 465)
VVPLSDLLL (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 466) Рак молочной железы FGFR3 S249C HRIGGIKLRHQQWSLVMESVVPSDRGNYTCVVENKFGSIRQTYTLDVLERCPHRPILQAGLPANQTAVLGSDVEFHCKVYSDAQPHIQWLKHVEVNGSKVG (SEQ ID NO: 256) VLERCPHRPI (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 467)
YTLDVLERC (A02.01) (SEQ ID NO: 468) BLCA, HNSC, KIRP, LUSC FRG1B L52S AVKLSDSRIALKSGYGKYLGINSDELVGHSDAIGPREQWEPVFQNGKMALSASNSCFIRCNEAGDIEAKSKTAGEEEMIKIRSCAEKETKKKDDIPEEDKG (SEQ ID NO: 257) FQNGKMALS (A02.01) (SEQ ID NO: 469) GBM, KIRP, PRAD, SKCM HER2 V777L
(Резистентность) GSGAFGTVYKGIWIPDGENVKIPVAIKVLRENTSPKANKEILDEAYVMAGLGSPYVSRLLGICLTSTVQLVTQLMPYGCLLDHVRENRGRLGSQDLLNWCM (SEQ ID NO: 258) VMAGLGSPYV (A02.01, A03.01) (SEQ ID NO: 470) BRCA IDH1 R132H RVEEFKLKQMWKSPNGTIRNILGGTVFREAIICKNIPRLVSGWVKPIIIGHHAYGDQYRATDFVVPGPGKVEITYTPSDGTQKVTYLVHNFEEGGGVAMGM (SEQ ID NO: 259) KPIIIGHHA (B07.02) (SEQ ID NO: 471) BLCA, GBM, PRAD IDH1 R132C RVEEFKLKQMWKSPNGTIRNILGGTVFREAIICKNIPRLVSGWVKPIIIGCHAYGDQYRATDFVVPGPGKVEITYTPSDGTQKVTYLVHNFEEGGGVAMGM (SEQ ID NO: 260) KPIIIGCHA (B07.02) (SEQ ID NO: 472) BLCA, GBM, PRAD IDH1 R132G RVEEFKLKQMWKSPNGTIRNILGGTVFREAIICKNIPRLVSGWVKPIIIGGHAYGDQYRATDFVVPGPGKVEITYTPSDGTQKVTYLVHNFEEGGGVAMGM (SEQ ID NO: 261) KPIIIGGHA (B07.02) (SEQ ID NO: 473) BLCA, BRCA, CRC, GBM, HNSC, LUAD, PAAD, PRAD, UCEC IDH1 R132S RVEEFKLKQMWKSPNGTIRNILGGTVFREAIICKNIPRLVSGWVKPIIIGSHAYGDQYRATDFVVPGPGKVEITYTPSDGTQKVTYLVHNFEEGGGVAMGM (SEQ ID NO: 262) KPIIIGSHA (B07.02) (SEQ ID NO: 474) BLCA, BRCA, GBM, HNSC, LIHC, LUAD, LUSC, PAAD, SKCM, UCEC KIT T670I VAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIVNLLGACTIGGPTLVIIEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYKNLLHSKESSCSDSTNE (SEQ ID NO: 263) IIEYCCYGDL (A02.01) (SEQ ID NO: 475)
TIGGPTLVII (A02.01) (SEQ ID NO: 476)
VIIEYCCYG (A02.01) (SEQ ID NO: 477) Желудочно-кишечные стромальные опухоли (ЖКСО) KIT V654A VEATAYGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHLTEREALMSELKVLSYLGNHMNIANLLGACTIGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDSFICSKQEDHAEAALYK (SEQ ID NO: 264) HMNIANLLGA (A02.01) (SEQ ID NO: 478)
IANLLGACTI (A02.01) (SEQ ID NO: 479)
MNIANLLGA (A02.01) (SEQ ID NO: 480)
YLGNHMNIA (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 481)
YLGNHMNIAN (A02.01) (SEQ ID NO: 482) Желудочно-кишечные стромальные опухоли (ЖКСО) MEK C121S ISELGAGNGGVVFKVSHKPSGLVMARKLIHLEIKPAIRNQIIRELQVLHESNSPYIVGFYGAFYSDGEISICMEHMDGGSLDQVLKKAGRIPEQILGKVSI (SEQ ID NO: 265) VLHESNSPY (A03.01) (SEQ ID NO: 483)
VLHESNSPYI (A02.01) (SEQ ID NO: 484) Меланома MEK P124L LGAGNGGVVFKVSHKPSGLVMARKLIHLEIKPAIRNQIIRELQVLHECNSLYIVGFYGAFYSDGEISICMEHMDGGSLDQVLKKAGRIPEQILGKVSIAVI (SEQ ID NO: 266) LQVLHECNSL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 485)
LYIVGFYGAF (A24.02) (SEQ ID NO: 486)
NSLYIVGFY (A01.01) (SEQ ID NO: 487)
QVLHECNSL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 488)
SLYIVGFYG (A02.01) (SEQ ID NO: 489)
SLYIVGFYGA (A02.01) (SEQ ID NO: 490)
VLHECNSLY (A03.01) (SEQ ID NO: 491)
VLHECNSLYI (A02.01, A03.01) (SEQ ID NO: 492) Меланома MYC E39D MPLNVSFTNRNYDLDYDSVQPYFYCDEEENFYQQQQQSDLQPPAPSEDIWKKFELLPTPPLSPSRRSGLCSPSYVAVTPFSLRGDNDGG (SEQ ID NO: 267) FYQQQQQSDL (A24.02) (SEQ ID NO: 493)
QQQSDLQPPA (A02.01) (SEQ ID NO: 494)
QQSDLQPPA (A02.01) (SEQ ID NO: 495)
YQQQQQSDL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 496) Рак лимфатической системы; Лимфома Буркитта MYC P57S FTNRNYDLDYDSVQPYFYCDEEENFYQQQQQSELQPPAPSEDIWKKFELLSTPPLSPSRRSGLCSPSYVAVTPFSLRGDNDGGGGSFSTADQLEMVTELLG (SEQ ID NO: 268) FELLSTPPL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 497)
LLSTPPLSPS (A02.01) (SEQ ID NO: 498) Рак лимфатической системы MYC T58I TNRNYDLDYDSVQPYFYCDEEENFYQQQQQSELQPPAPSEDIWKKFELLPIPPLSPSRRSGLCSPSYVAVTPFSLRGDNDGGGGSFSTADQLEMVTELLGG (SEQ ID NO: 269) FELLPIPPL (A02.01) (SEQ ID NO: 499)
IWKKFELLPI (A24.02) (SEQ ID NO: 500)
LLPIPPLSPS (A02.01, B07.02) (SEQ ID NO: 501)
LPIPPLSPS (B07.02) (SEQ ID NO: 502) Нейробластома PDGFRa T674I VAVKMLKPTARSSEKQALMSELKIMTHLGPHLNIVNLLGACTKSGPIYIIIEYCFYGDLVNYLHKNRDSFLSHHPEKPKKELDIFGLNPADESTRSYVILS (SEQ ID NO: 270) IIEYCFYGDL (A02.01) (SEQ ID NO: 503)
IIIEYCFYG (A02.01) (SEQ ID NO: 504)
IYIIIEYCF (A24.02) (SEQ ID NO: 505)
IYIIIEYCFY (A24.02) (SEQ ID NO: 506)
YIIIEYCFYG (A02.01) (SEQ ID NO: 507) Хронический эозинофильный лейкоз PIK3CA E542K IEEHANWSVSREAGFSYSHAGLSNRLARDNELRENDKEQLKAISTRDPLSKITEQEKDFLWSHRHYCVTIPEILPKLLLSVKWNSRDEVAQMYCLVKDWPP(SEQ ID NO: 271) KITEQEKDFL (A02.01) (SEQ ID NO: 508) BLCA, BRCA, CESC, CRC, GBM, HNSC, KIRC, KIRP, LIHC, LUAD, LUSC, PRAD, UCEC PIK3CA E545K HANWSVSREAGFSYSHAGLSNRLARDNELRENDKEQLKAISTRDPLSEITKQEKDFLWSHRHYCVTIPEILPKLLLSVKWNSRDEVAQMYCLVKDWPPIKP(SEQ ID NO: 272) STRDPLSEITK (A03.01) (SEQ ID NO: 509)
DPLSEITK (A03.01) (SEQ ID NO: 510) BLCA, BRCA, CESC, CRC, GBM, HNSC, KIRC, KIRP, LIHC, LUAD, LUSC, PRAD, SKCM, UCEC PIK3CA H1047R LFINLFSMMLGSGMPELQSFDDIAYIRKTLALDKTEQEALEYFMKQMNDARHGGWTTKMDWIFHTIKQHALN(SEQ ID NO: 273) BRCA, CESC, CRC, GBM, HNSC, LIHC, LUAD, LUSC, PRAD, UCEC POLE P286R QRGGVITDEEETSKKIADQLDNIVDMREYDVPYHIRLSIDIETTKLPLKFRDAETDQIMMISYMIDGQGYLITNREIVSEDIEDFEFTPKPEYEGPFCVFN(SEQ ID NO: 274) LPLKFRDAET (B07.02) (SEQ ID NO: 511) Колоректальная аденокарцинома; Аденокарцинома матки/эндометрия; Колоректальная аденокарцинома, MSI+; Аденокарцинома матки/эндометрия, MSI+; Эндометриоидная аденокарцинома; Серозная карцинома эндометрия; Карциносаркома эндометрия - злокачественная мезодермальная смешанная опухоль; Глиома; Астроцитома; GBM PTEN R130Q KFNCRVAQYPFEDHNPPQLELIKPFCEDLDQWLSEDDNHVAAIHCKAGKGQTGVMICAYLLHRGKFLKAQEALDFYGEVRTRDKKGVTIPSQRRYVYYYSY(SEQ ID NO: 275) QTGVMICAYL (A02.01) (SEQ ID NO: 512) BRCA, CESC, CRC, GBM, KIRC, LUSC, UCEC RAC1 P29S MQAIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNAFSGEYIPTVFDNYSANVMVDGKPVNLGLWDTAGQEDYDRLRPLSYPQTVGET(SEQ ID NO: 276) AFSGEYIPTV (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 513) Меланома TP53 G245S IRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGSMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEP(SEQ ID NO: 277) SMNRRPILT (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 514)
YMCNSSCMGS (A02.01) (SEQ ID NO: 515) BLCA, BRCA, CRC, GBM, HNSC, LUSC, PAAD, PRAD TP53 R175H TYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAMAIYKQSQHMTEVVRHCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEV(SEQ ID NO: 278) BLCA, BRCA, CRC, GBM, HNSC, LUAD, PAAD, PRAD, UCEC TP53 R248Q EGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNQRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHE(SEQ ID NO: 279) GMNQRPILT (A02.01) (SEQ ID NO: 516) BLCA, BRCA, CRC, GBM, HNSC, KIRC, LIHC, LUSC, PAAD, PRAD, UCEC TP53 R248W EGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNWRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHE(SEQ ID NO: 280) GMNWRPILT (A02.01) (SEQ ID NO: 517) BLCA, BRCA, CRC, GBM, HNSC, LIHC, LUSC, PAAD, SKCM, UCEC TP53 R273C PEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVCVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPL(SEQ ID NO: 281) LLGRNSFEVC (A02.01) (SEQ ID NO: 518) BLCA, BRCA, CRC, GBM, HNSC, LUSC, PAAD, UCEC ТАБЛИЦА 1B MSI-АССОЦИИРОВАННЫ СДВИГИ РАМКИ¹ ACVR2A D96fs; +1 GVEPCYGDKDKRRHCFATWKNISGSIEIVKQGCWLDDINCYDRTDCVEKKRQP* (SEQ ID NO: 282) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча ACVR2A D96fs; -1 GVEPCYGDKDKRRHCFATWKNISGSIEIVKQGCWLDDINCYDRTDCVEKKTALKYIFVAVRAICVMKSFLIFRRWKSHSPLQIQLHLSHPITTSCSIPWCHLC* (SEQ ID NO: 283) ALKYIFVAV (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 519)
ALKYIFVAVR (A03.01) (SEQ ID NO: 520)
AVRAICVMK (A03.01) (SEQ ID NO: 521)
AVRAICVMKS (A03.01) (SEQ ID NO: 522)
CVEKKTALK (A03.01) (SEQ ID NO: 523)
CVEKKTALKY (A01.01) (SEQ ID NO: 524)
CVMKSFLIF (A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 525)
CVMKSFLIFR (A03.01) (SEQ ID NO: 526)
FLIFRRWKS (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 527)
FRRWKSHSPL (B08.01) (SEQ ID NO: 528)
FVAVRAICV (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 529)
FVAVRAICVM (B08.01) (SEQ ID NO: 530)
IQLHLSHPI (A02.01) (SEQ ID NO: 531)
KSFLIFRRWK (A03.01) (SEQ ID NO: 532)
KTALKYIFV (A02.01) (SEQ ID NO: 533)
KYIFVAVRAI (A24.02) (SEQ ID NO: 534)
RWKSHSPLQI (A24.02) (SEQ ID NO: 535)
TALKYIFVAV (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 536)
VAVRAICVMK (A03.01) (SEQ ID NO: 537)
VMKSFLIFR (A03.01) (SEQ ID NO: 538)
VMKSFLIFRR (A03.01) (SEQ ID NO: 539)
YIFVAVRAI (A02.01) (SEQ ID NO: 540) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча C15ORF40 L132fs; +1 TAEAVNVAIAAPPSEGEANAELCRYLSKVLELRKSDVVLDKVGLALFFFFFETKSCSVAQAGVQWRSLGSLQPPPPGFKLFSCLSFLSSWDYRRMPPCLANFCIFNRDGVSPCWSGWS* (SEQ ID NO: 284) ALFFFFFET (A02.01) (SEQ ID NO: 541)
ALFFFFFETK (A03.01) (SEQ ID NO: 542)
AQAGVQWRSL (A02.01) (SEQ ID NO: 543)
CLANFCIFNR (A03.01) (SEQ ID NO: 544)
CLSFLSSWDY (A01.01, A03.01) (SEQ ID NO: 545)
FFETKSCSV (B08.01) (SEQ ID NO: 546)
FFFETKSCSV (A02.01) (SEQ ID NO: 547)
FKLFSCLSFL (A02.01) (SEQ ID NO: 548)
FLSSWDYRRM (A02.01) (SEQ ID NO: 549)
GFKLFSCLSF (A24.02) (SEQ ID NO: 550)
KLFSCLSFL (A02.01, A03.01) (SEQ ID NO: 551)
KLFSCLSFLS (A02.01, A03.01) (SEQ ID NO: 552)
LALFFFFFET (A02.01) (SEQ ID NO: 553)
LFFFFFETK (A03.01) (SEQ ID NO: 554)
LSFLSSWDY (A01.01) (SEQ ID NO: 555)
LSFLSSWDYR (A03.01) (SEQ ID NO: 556)
RMPPCLANF (A24.02) (SEQ ID NO: 557)
RRMPPCLANF (A24.02) (SEQ ID NO: 558)
SLQPPPPGFK (A03.01) (SEQ ID NO: 559)
VQWRSLGSL (A02.01) (SEQ ID NO: 560) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча CNOT1 L1544fs; +1 LSVIIFFFVYIWHWALPLILNNHHICLMSSIILDCNSVRQSIMSVCFFFFSVIFSTRCLTDSRYPNICWFK* (SEQ ID NO: 285) FFFSVIFST (A02.01) (SEQ ID NO: 561)
MSVCFFFFSV (A02.01) (SEQ ID NO: 562)
SVCFFFFSV (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 563)
SVCFFFFSVI (A02.01) (SEQ ID NO: 564) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча CNOT1 L1544fs; -1 LSVIIFFFVYIWHWALPLILNNHHICLMSSIILDCNSVRQSIMSVCFFFFCYILNTMFDR* (SEQ ID NO: 286) FFCYILNTMF (A24.02) (SEQ ID NO: 565)
MSVCFFFFCY (A01.01) (SEQ ID NO: 566)
SVCFFFFCYI (A02.01) (SEQ ID NO: 567) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча EIF2B3 A151fs;
-1 VLVLSCDLITDVALHEVVDLFRAYDASLAMLMRKGQDSIEPVPGQKGKKKQWSSVTSLEWTAQERGCSSWLMKQTWMKSWSLRDPSYRSILEYVSTRVLWMPTSTV* (SEQ ID NO: 287) KQWSSVTSL (A02.01) (SEQ ID NO: 568)
VLWMPTSTV (A02.01) (SEQ ID NO: 569) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча EPHB2 K1020fs; -1 SIQVMRAQMNQIQSVEGQPLARRPRATGRTKRCQPRDVTKKTCNSNDGKKREWEKRKQILGGGGKYKEYFLKRILIRKAMTVLAGDKKGLGRFMRCVQSETKAVSLQLPLGR* (SEQ ID NO: 288) (SEQ ID NO: 289) ILIRKAMTV (A02.01) (SEQ ID NO: 570) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча ESRP1 N512fs; +1 LDFLGEFATDIRTHGVHMVLNHQGRPSGDAFIQMKSADRAFMAAQKCHKKKHEGQIC* (SEQ ID NO: 290) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча ESRP1 N512fs; -1 LDFLGEFATDIRTHGVHMVLNHQGRPSGDAFIQMKSADRAFMAAQKCHKKT* MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча FAM111B A273fs; -1 GALCKDGRFRSDIGEFEWKLKEGHKKIYGKQSMVDEVSGKVLEMDISKKKHYNRKISIKKLNRMKVPLMKLITRV* (SEQ ID NO: 291) RMKVPLMK (A03.01) (SEQ ID NO: 571) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча GBP3 T585fs; -1 RERAQLLEEQEKTLTSKLQEQARVLKERCQGESTQLQNEIQKLQKTLKKKPRDICRIS* (SEQ ID NO: 292) TLKKKPRDI (B08.01) (SEQ ID NO: 572) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча JAK1 P861fs; +1 VNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQNLIEGFEALLKTSN* (SEQ ID NO: 293) LIEGFEALLK (A03.01) (SEQ ID NO: 573) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча JAK1 K860fs;
-1 CRPVTPSCKELADLMTRCMNYDPNQRPFFRAIMRDINKLEEQNPDIVSEKNQQLKWTPHILKSAS* (SEQ ID NO: 294) QQLKWTPHI (A02.01) (SEQ ID NO: 574)
QLKWTPHILK (A03.01) (SEQ ID NO: 575)
IVSEKNQQLK (A03.01) (SEQ ID NO: 576)
QLKWTPHILK (A03.01) (SEQ ID NO: 577)
QQLKWTPHI (A24.02) (SEQ ID NO: 578)
NQQLKWTPHIL (B08.01) (SEQ ID NO: 579)
NQQLKWTPHI (B08.01) (SEQ ID NO: 580)
QLKWTPHIL (B08.01) (SEQ ID NO: 581) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча LMAN1 E305fs; +1 DDHDVLSFLTFQLTEPGKEPPTPDKEISEKEKEKYQEEFEHFQQELDKKKRGIPEGPPRPPRAACGGNI* (SEQ ID NO: 295) GPPRPPRAAC (B07.02) (SEQ ID NO: 582)
PPRPPRAAC (B07.02) (SEQ ID NO: 583) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча LMAN1 E305fs; -1 DDHDVLSFLTFQLTEPGKEPPTPDKEISEKEKEKYQEEFEHFQQELDKKKRNSRRATPTSKGSLRRKYLRV* (SEQ ID NO: 296) SLRRKYLRV (B08.01) (SEQ ID NO: 584) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча MSH3 N385fs; +1 TKSTLIGEDVNPLIKLDDAVNVDEIMTDTSTSYLLCISENKENVRDKKKGQHFYWHCGSAACHRRGCV* (SEQ ID NO: 297) SAACHRRGCV (B08.01) (SEQ ID NO: 585) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча MSH3 K383fs;
-1 LYTKSTLIGEDVNPLIKLDDAVNVDEIMTDTSTSYLLCISENKENVRDKKRATFLLALWECSLPQARLCLIVSRTLLLVQS* (SEQ ID NO: 298) ALWECSLPQA (A02.01) (SEQ ID NO: 586)
CLIVSRTLL (B08.01) (SEQ ID NO: 587)
CLIVSRTLLL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 588)
FLLALWECS (A02.01) (SEQ ID NO: 589)
FLLALWECSL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 590)
IVSRTLLLV (A02.01) (SEQ ID NO: 591)
LIVSRTLLL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 592)
LIVSRTLLLV (A02.01) (SEQ ID NO: 593)
LLALWECSL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 594)
LPQARLCLI (B08.01, B07.02) (SEQ ID NO: 595)
LPQARLCLIV (B08.01) (SEQ ID NO: 596) (SEQ ID NO: 597)
NVRDKKRATF (B08.01)
SLPQARLCLI (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 598) MSI+CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча NDUFC2 A70fs; +1 LPPPKLTDPRLLYIGFLGYCSGLIDNLIRRRPIATAGLHRQLLYITAFFFCWILSCKT* (SEQ ID NO: 299) FFCWILSCK (A03.01) (SEQ ID NO: 599)
FFFCWILSCK (A03.01) (SEQ ID NO: 600)
ITAFFFCWI (A02.01) (SEQ ID NO: 601)
LYITAFFFCW (A24.02) (SEQ ID NO: 602)
YITAFFFCWI (A02.01) (SEQ ID NO: 603) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча NDUFC2 F69fs; -1 SLPPPKLTDPRLLYIGFLGYCSGLIDNLIRRRPIATAGLHRQLLYITAFFLLDIIL* (SEQ ID NO: 300) ITAFFLLDI (A02.01) (SEQ ID NO: 604)
LLYITAFFL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 605)
LLYITAFFLL (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 606)
LYITAFFLL (A24.02) (SEQ ID NO: 607)
LYITAFFLLD (A24.02) (SEQ ID NO: 608)
YITAFFLLDI (A02.01) (SEQ ID NO: 609) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча RBM27 Q817; +1 NQSGGAGEDCQIFSTPGHPKMIYSSSNLKTPSKLCSGSKSHDVQEVLKKKTGSNEVTTRYEEKKTGSVRKANRMPKDVNIQVRKKQKHETRRKSKYNEDFERAWREDLTIKR* (SEQ ID NO: 301) GSNEVTTRY (A01.01) (SEQ ID NO: 610)
MPKDVNIQV (B07.02) (SEQ ID NO: 611)
TGSNEVTTRY (A01.01) (SEQ ID NO: 612) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча RPL22 K16fs; +1 MAPVKKLVVKGGKKKEASSEVHS* (SEQ ID NO: 302) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча RPL22 K15fs; -1 MAPVKKLVVKGGKKRSKF* (SEQ ID NO: 303) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча SEC31A I462fs; 1 MPSHQGAEQQQQQHHVFISQVVTEKEFLSRSDQLQQAVQSQGFINYCQKKN* (SEQ ID NO: 304) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча SEC31A I462fs;
-1 MPSHQGAEQQQQQHHVFISQVVTEKEFLSRSDQLQQAVQSQGFINYCQKKLMLLRLNLRKMCGPF* (SEQ ID NO: 305) KKLMLLRLNL (A02.01) (SEQ ID NO: 613)
KLMLLRLNL (A02.01, A03.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 614)
KLMLLRLNLR (A03.01) (SEQ ID NO: 615)
LLRLNLRKM (B08.01) (SEQ ID NO: 616)
LMLLRLNL (B08.01) (SEQ ID NO: 617)
LMLLRLNLRK (A03.01) (SEQ ID NO: 618)
LNLRKMCGPF (B08.01) (SEQ ID NO: 619)
MLLRLNLRK (A03.01) (SEQ ID NO: 620)
MLLRLNLRKM (A02.01, A03.01, B08.01) (SEQ ID NO: 621)
NLRKMCGPF (B08.01) (SEQ ID NO: 622)
NYCQKKLMLL (A24.02) (SEQ ID NO: 623)
YCQKKLMLL (B08.01) (SEQ ID NO: 624) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча SEC63 K530fs; +1 AEVFEKEQSICAAEEQPAEDGQGETNKNRTKGGWQQKSKGPKKTAKSKKKETFKKKTYTCAITTVKATETKAGKWSRWE* (SEQ ID NO: 306) FKKKTYTCAI (B08.01) (SEQ ID NO: 625)
ITTVKATETK (A03.01) (SEQ ID NO: 626)
KSKKKETFK (A03.01) (SEQ ID NO: 627)
KSKKKETFKK (A03.01) (SEQ ID NO: 628)
KTYTCAITTV (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 629)
TFKKKTYTC (B08.01) (SEQ ID NO: 630)
TYTCAITTV (A24.02) (SEQ ID NO: 631)
TYTCAITTVK (A03.01) (SEQ ID NO: 632)
YTCAITTVK (A03.01) (SEQ ID NO: 633) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча SEC63 K529fs; -1 MAEVFEKEQSICAAEEQPAEDGQGETNKNRTKGGWQQKSKGPKKTAKSKKRNL* (SEQ ID NO: 307) TAKSKKRNL (B08.01) (SEQ ID NO: 634) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча SLC35F5 C248fs; -1 NIMEIRQLPSSHALEAKLSRMSYPVKEQESILKTVGKLTATQVAKISFFFALCGFWQICHIKKHFQTHKLL* (SEQ ID NO: 308) FALCGFWQI (A02.01) (SEQ ID NO: 635) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча SMAP1 K172fs; +1 YEKKKYYDKNAIAITNISSSDAPLQPLVSSPSLQAAVDKNKLEKEKEKKKGREKERKGARKAGKTTYS* (SEQ ID NO: 309) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча SMAP1 K171fs; -1 KYEKKKYYDKNAIAITNISSSDAPLQPLVSSPSLQAAVDKNKLEKEKEKKRKRKREKRSQKSRQNHLQLKSCRRKISNWSLKKVPALKKLRSPLWIF* (SEQ ID NO: 310) LKKLRSPL (B08.01) (SEQ ID NO: 636)
SLKKVPAL (B08.01) (SEQ ID NO: 637)
RKISNWSLKK (A03.01) (SEQ ID NO: 638)
VPALKKLRSPL (B07.02) (SEQ ID NO: 639) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча TFAM E148fs; +1 IYQDAYRAEWQVYKEEISRFKEQLTPSQIMSLEKEIMDKHLKRKAMTKKKRVNTAWKTKKTSFSL* (SEQ ID NO: 311) KRVNTAWKTK (A03.01) (SEQ ID NO: 640)
MTKKKRVNTA (B08.01) (SEQ ID NO: 641)
RVNTAWKTK (A03.01) (SEQ ID NO: 642)
RVNTAWKTKK (A03.01) (SEQ ID NO: 643)
TKKKRVNTA (B08.01) (SEQ ID NO: 644)
WKTKKTSFSL (B08.01) (SEQ ID NO: 645) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча TFAM E148fs; -1 IYQDAYRAEWQVYKEEISRFKEQLTPSQIMSLEKEIMDKHLKRKAMTKKKS* (SEQ ID NO: 312) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча TGFBR2 P129fs; +1 KPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKAW* (SEQ ID NO: 313) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча TGFBR2 K128fs: -1 EKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKSLVRLSSCVPVALMSAMTTSSSQKNITPAILTCC* (SEQ ID NO: 314) ALMSAMTTS (A02.01) (SEQ ID NO: 646)
AMTTSSSQK (A03.01, A11.01) (SEQ ID NO: 647)
AMTTSSSQKN (A03.01) (SEQ ID NO: 648)
CIMKEKKSL (B08.01) (SEQ ID NO: 649)
CIMKEKKSLV (B08.01) (SEQ ID NO: 650)
IMKEKKSL (B08.01) (SEQ ID NO: 651)
IMKEKKSLV (B08.01) (SEQ ID NO: 652)
KSLVRLSSCV (A02.01) (SEQ ID NO: 653)
LVRLSSCVPV (A02.01) (SEQ ID NO: 654)
RLSSCVPVA (A02.01, A03.01) (SEQ ID NO: 655)
RLSSCVPVAL (A02.01) (SEQ ID NO: 656)
SAMTTSSSQK (A03.01, A11.01) (SEQ ID NO: 657)
SLVRLSSCV (A02.01) (SEQ ID NO: 658)
VPVALMSAM (B07.02) (SEQ ID NO: 659)
VRLSSCVPVA (A02.01) (SEQ ID NO: 660) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча THAP5 K99fs; -1 VPSKYQFLCSDHFTPDSLDIRWGIRYLKQTAVPTIFSLPEDNQGKDPSKKNPRRKTWKMRKKYAQKPSQKNHLY* (SEQ ID NO: 315) KMRKKYAQK (A03.01) (SEQ ID NO: 661) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча TTK R854fs; -1 GTTEEMKYVLGQLVGLNSPNSILKAAKTLYEHYSGGESHNSSSSKTFEKKGEKNDLQLFVMSDTTYKIYWTVILLNPCGNLHLKTTSL* (SEQ ID NO: 316) FVMSDTTYK (A03.01) (SEQ ID NO: 662)
FVMSDTTYKI (A02.01) (SEQ ID NO: 663)
KTFEKKGEK (A03.01) (SEQ ID NO: 664)
LFVMSDTTYK (A03.01) (SEQ ID NO: 665)
MSDTTYKIY (A01.01) (SEQ ID NO: 666)
VMSDTTYKI (A02.01) (SEQ ID NO: 667)
VMSDTTYKIY (A01.01) (SEQ ID NO: 668) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча XPOT F126fs; -1 QQLIRETLISWLQAQMLNPQPEKTFIRNKAAQVFALLFVTEYLTKWPKFFLTFSQ* (SEQ ID NO: 317) YLTKWPKFFL (A02.01) (SEQ ID NO: 669) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча ТАБЛИЦА 1C СДВИГ РАМКИ¹ APC V1352fs
F1354fs
Q1378fs
S1398fs AKFQQCHSTLEPNPADCRVLVYLQNQPGTKLLNFLQERNLPPKVVLRHPKVHLNTMFRRPHSCLADVLLSVHLIVLRVVRLPAPFRVNHAVEW*(SEQ ID NO: 318) FLQERNLPP (A02.01) (SEQ ID NO: 670)
FRRPHSCLA (B08.01) (SEQ ID NO: 671)
LIVLRVVRL (B08.01) (SEQ ID NO: 672)
LLSVHLIVL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 673) CRC, LUAD, UCEC, STAD APC S1421fs
R1435fs
T1438fs
P1442fs
P1443fs
V1452fs
P1453fs
K1462fs
E1464fs APVIFQIALDKPCHQAEVKHLHHLLKQLKPSEKYLKIKHLLLKRERVDLSKLQ* (SEQ ID NO: 319) EVKHLHHLL (B08.01) (SEQ ID NO: 674)
HLHHLLKQLK (A03.01) (SEQ ID NO: 675)
HLLLKRERV (B08.01) (SEQ ID NO: 676)
KIKHLLLKR (A03.01) (SEQ ID NO: 677)
KPSEKYLKI (B07.02) (SEQ ID NO: 678)
KYLKIKHLL (A24.02) (SEQ ID NO: 679)
KYLKIKHLLL (A24.02) (SEQ ID NO: 680)
LLKQLKPSEK (A03.01) (SEQ ID NO: 681)
LLKRERVDL (B08.01) (SEQ ID NO: 682)
LLLKRERVDL (B08.01) (SEQ ID NO: 683)
QLKPSEKYLK (A03.01) (SEQ ID NO: 684)
YLKIKHLLL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 685)
YLKIKHLLLK (A03.01) (SEQ ID NO: 686) CRC, LUAD, UCEC, STAD APC T1487fs
H1490fs
L1488fs MLQFRGSRFFQMLILYYILPRKVLQMDFLVHPA* (SEQ ID NO: 320) ILPRKVLQM (B08.01) (SEQ ID NO: 687)
KVLQMDFLV (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 688)
LPRKVLQMDF (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 689)
LQMDFLVHPA (A02.01) (SEQ ID NO: 690)
QMDFLVHPA (A02.01) (SEQ ID NO: 691)
YILPRKVLQM (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 692) CRC, LUAD, UCEC, STAD ARID1A Q1306fs
S1316fs
Y1324fs
T1348fs
G1351fs
G1378fs
P1467fs ALGPHSRISCLPTQTRGCILLAATPRSSSSSSSNDMIPMAISSPPKAPLLAAPSPASRLQCINSNSRITSGQWMAHMALLPSGTKGRCTACHTALGRGSLSSSSCPQPSPSLPASNKLPSLPLSKMYTTSMAMPILPLPQLLLSADQQAAPRTNFHSSLAETVSLHPLAPMPSKTCHHK* (SEQ ID NO: 321) APSPASRLQC (B07.02) (SEQ ID NO: 693)
HPLAPMPSKT (B07.02) (SEQ ID NO: 694)
ILPLPQLLL (A02.01) (SEQ ID NO: 695)
LLLSADQQA (A02.01) (SEQ ID NO: 696)
LPTQTRGCI (B07.02) (SEQ ID NO: 697)
LPTQTRGCIL (B07.02) (SEQ ID NO: 698)
RISCLPTQTR (A03.01) (SEQ ID NO: 699)
SLAETVSLH (A03.01) (SEQ ID NO: 700)
TPRSSSSSS (B07.02) (SEQ ID NO: 701)
TPRSSSSSSS (B07.02) (SEQ ID NO: 702) STAD, UCEC, BLCA, BRCA, LUSC, CESC, KIRC, UCS ARID1A S674fs
P725fs
R727fs
I736fs AHQGFPAAKESRVIQLSLLSLLIPPLTCLASEALPRPLLALPPVLLSLAQDHSRLLQCQATRCHLGHPVASRTASCILP* (SEQ ID NO: 322) ALPPVLLSL (A02.01) ) (SEQ ID NO: 703)
ALPPVLLSLA (A02.01) SEQ ID NO: 704)
ALPRPLLAL (A02.01) (SEQ ID NO: 705)
ASRTASCIL (B07.02) (SEQ ID NO: 706)
EALPRPLLAL (B08.01) (SEQ ID NO: 707)
HLGHPVASR (A03.01) (SEQ ID NO: 708)
HPVASRTAS (B07.02) (SEQ ID NO: 709)
HPVASRTASC (B07.02) (SEQ ID NO: 710)
IIQLSLLSLL (A02.01) (SEQ ID NO: 711)
IQLSLLSLL (A02.01) (SEQ ID NO: 712)
IQLSLLSLLI (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 713)
LLALPPVLL (A02.01) (SEQ ID NO: 714)
LLIPPLTCL (A02.01) (SEQ ID NO: 715)
LLIPPLTCLA (A02.01) (SEQ ID NO: 716)
LLSLLIPPL (A02.01) (SEQ ID NO: 717)
LLSLLIPPLT (A02.01) (SEQ ID NO: 718)
LPRPLLALPP (B07.02) (SEQ ID NO: 719)
QLSLLSLLI (A02.01) (SEQ ID NO: 720)
RLLQCQATR (A03.01) (SEQ ID NO: 721)
RPLLALPPV (B07.02) (SEQ ID NO: 722)
RPLLALPPVL (B07.02) (SEQ ID NO: 723)
SLAQDHSRL (A02.01) (SEQ ID NO: 724)
SLAQDHSRLL (A02.01) (SEQ ID NO: 725)
SLLIPPLTCL (A02.01) (SEQ ID NO: 726)
SLLSLLIPP (A02.01) (SEQ ID NO: 727)
SLLSLLIPPL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 728) STAD, UCEC, BLCA, BRCA, LUSC, CESC, KIRC, UCS ARID1A G414fs
Q473fs
H477fs
S499fs
P504fs
Q548fs
P549fs PILAATGTSVRTAARTWVPRAAIRVPDPAAVPDDHAGPGAECHGRPLLYTADSSLWTTRPQRVWSTGPDSILQPAKSSPSAAAATLLPATTVPDPSCPTFVSAAATVSTTTAPVLSASILPAAIPASTSAVPGSIPLPAVDDTAAPPEPAPLLTATGSVSLPAAATSAASTLDALPAGCVSSAPVSAVPANCLFPAALPSTAGAISRFIWVSGILSPLNDLQ* (SEQ ID NO: 323) AAATSAASTL (B07.02) (SEQ ID NO: 729)
AAIPASTSAV (B07.02) (SEQ ID NO: 730)
AIPASTSAV (A02.01) (SEQ ID NO: 731)
ALPAGCVSSA (A02.01) (SEQ ID NO: 732)
APLLTATGSV (B07.02) (SEQ ID NO: 733)
APVLSASIL (B07.02) (SEQ ID NO: 734)
ATLLPATTV (A02.01) (SEQ ID NO: 735)
ATVSTTTAPV (A02.01) (SEQ ID NO: 736)
AVPANCLFPA (A02.01) (SEQ ID NO: 737)
CLFPAALPST (A02.01) (SEQ ID NO: 738)
CPTFVSAAA (B07.02) (SEQ ID NO: 739)
FPAALPSTA (B07.02) (SEQ ID NO: 740)
FPAALPSTAG (B07.02) (SEQ ID NO: 741)
GAECHGRPL (B07.02) (SEQ ID NO: 742)
GAISRFIWV (A02.01) (SEQ ID NO: 743)
ILPAAIPAST (A02.01) (SEQ ID NO: 744)
IWVSGILSPL (A24.02) (SEQ ID NO: 745)
LLTATGSVSL (A02.01) (SEQ ID NO: 746)
LLYTADSSL (A02.01) (SEQ ID NO: 747)
LPAAATSAA (B07.02) (SEQ ID NO: 748)
LPAAATSAAS (B07.02) (SEQ ID NO: 749)
LPAAIPAST (B07.02) (SEQ ID NO: 750)
LPAGCVSSA (B07.02) (SEQ ID NO: 751)
LPAGCVSSAP (B07.02) (SEQ ID NO: 752)
LYTADSSLW (A24.02) (SEQ ID NO: 753)
QPAKSSPSA (B07.02) (SEQ ID NO: 754)
QPAKSSPSAA (B07.02) (SEQ ID NO: 755)
RFIWVSGIL (A24.02) (SEQ ID NO: 756)
RPQRVWSTG (B07.02) (SEQ ID NO: 757)
RVWSTGPDSI (A02.01) (SEQ ID NO: 758)
SAVPGSIPL (B07.02) (SEQ ID NO: 759)
SILPAAIPA (A02.01) (SEQ ID NO: 760)
SLPAAATSA (A02.01) (SEQ ID NO: 761)
SLPAAATSAA (A02.01) (SEQ ID NO: 762)
SLWTTRPQR (A03.01) (SEQ ID NO: 763)
SLWTTRPQRV (A02.01) (SEQ ID NO: 764)
SPSAAAATL (B07.02) (SEQ ID NO: 765)
SPSAAAATLL (B07.02) (SEQ ID NO: 766)
TLDALPAGCV (A02.01) (SEQ ID NO: 767)
TVSTTTAPV (A02.01) (SEQ ID NO: 768)
VLSASILPA (A02.01) (SEQ ID NO: 769)
VLSASILPAA (A02.01) (SEQ ID NO: 770)
VPANCLFPA (B07.02) (SEQ ID NO: 771)
VPANCLFPAA (B07.02) (SEQ ID NO: 772)
VPDPSCPTF (B07.02) (SEQ ID NO: 773)
VPGSIPLPA (B07.02) (SEQ ID NO: 774)
VPGSIPLPAV (B07.02) (SEQ ID NO: 775)
WVSGILSPL (A02.01) (SEQ ID NO: 776)
YTADSSLWTT (A02.01) (SEQ ID NO: 777) STAD, UCEC, BLCA, BRCA, LUSC, CESC, KIRC, UCS ARID1A T433fs
A441fs
Y447fs
P483fs
P484fs
P504fs
S519fs
H544fs
P549fs
P554fs
Q563fs PCRAGRRVPWAASLIHSRFLLMDNKAPAGMVNRARLHITTSKVLTLSSSSHPTPSNHRPRPLMPNLRISSSHSLNHHSSSPLSLHTPSSHPSLHISSPRLHTPPSSRRHSSTPRASPPTHSHRLSLLTSSSNLSSQHPRRSPSRLRILSPSLSSPSKLPIPSSASLHRRSYLKIHLGLRHPQPPQ* (SEQ ID NO: 324) APAGMVNRA (B07.02) (SEQ ID NO: 778)
ASLHRRSYL (B08.01) (SEQ ID NO: 779)
ASLHRRSYLK (A03.01) (SEQ ID NO: 780)
FLLMDNKAPA (A02.01) (SEQ ID NO: 781)
HPRRSPSRL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 782)
HPSLHISSP (B07.02) (SEQ ID NO: 783)
HRRSYLKIHL (B08.01) (SEQ ID NO: 784)
HSRFLLMDNK (A03.01) (SEQ ID NO: 785)
KLPIPSSASL (A02.01) (SEQ ID NO: 786)
KVLTLSSSSH (A03.01) (SEQ ID NO: 787)
LIHSRFLLM (B08.01) (SEQ ID NO: 788)
LLMDNKAPA (A02.01) (SEQ ID NO: 789)
LMDNKAPAGM (A02.01) (SEQ ID NO: 790)
LPIPSSASL (B07.02) (SEQ ID NO: 791)
MPNLRISSS (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 792)
MPNLRISSSH (B07.02) (SEQ ID NO: 793)
NLRISSSHSL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 794)
PPTHSHRLSL (B07.02) (SEQ ID NO: 795)
RAGRRVPWAA (B08.01) (SEQ ID NO: 796)
RARLHITTSK (A03.01) (SEQ ID NO: 797)
RISSSHSLNH (A03.01) (SEQ ID NO: 798)
RLHTPPSSR (A03.01) (SEQ ID NO: 799)
RLHTPPSSRR (A03.01) (SEQ ID NO: 800)
RLRILSPSL (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 801)
RPLMPNLRI (B07.02) (SEQ ID NO: 802)
RPRPLMPNL (B07.02) (SEQ ID NO: 803)
SASLHRRSYL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 804)
SLHISSPRL (A02.01) (SEQ ID NO: 805)
SLHRRSYLK (A03.01) (SEQ ID NO: 806)
SLHRRSYLKI (B08.01) (SEQ ID NO: 807)
SLIHSRFLL (A02.01) (SEQ ID NO: 808)
SLIHSRFLLM (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 809)
SLLTSSSNL (A02.01) (SEQ ID NO: 810)
SLNHHSSSPL (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 811)
SLSSPSKLPI (A02.01) (SEQ ID NO: 812)
SPLSLHTPS (B07.02) (SEQ ID NO: 813)
SPLSLHTPSS (B07.02) (SEQ ID NO: 814)
SPPTHSHRL (B07.02) (SEQ ID NO: 815)
SPRLHTPPS (B07.02) (SEQ ID NO: 816)
SPRLHTPPSS (B07.02) (SEQ ID NO: 817)
SPSLSSPSKL (B07.02) (SEQ ID NO: 818)
SYLKIHLGL (A24.02) (SEQ ID NO: 819)
TPSNHRPRPL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 820)
TPSSHPSLHI (B07.02) (SEQ ID NO: 821) STAD, UCEC, BLCA, BRCA, LUSC, CESC, KIRC, UCS ARID1A A2137fs
P2139fs
L1970fs
V1994fs RTNPTVRMRPHCVPFWTGRILLPSAASVCPIPFEACHLCQAMTLRCPNTQGCCSSWAS* (SEQ ID NO: 325) CVPFWTGRIL (B07.02) (SEQ ID NO: 822)
HCVPFWTGRIL (B07.02) (SEQ ID NO: 823)
ILLPSAASV (A02.01) (SEQ ID NO: 824)
ILLPSAASVC (A02.01) (SEQ ID NO: 825)
LLPSAASVCPI (A02.01) (SEQ ID NO: 826)
LPSAASVCPI (B07.02) (SEQ ID NO: 827)
MRPHCVPF (B08.01) (SEQ ID NO: 828)
RILLPSAASV (A02.01) (SEQ ID NO: 829)
RMRPHCVPF (A24.02, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 830)
RMRPHCVPFW (A24.02) (SEQ ID NO: 831)
RTNPTVRMR (A03.01) (SEQ ID NO: 832)
SVCPIPFEA (A02.01) (SEQ ID NO: 833)
TVRMRPHCV (B08.01) (SEQ ID NO: 834)
TVRMRPHCVPF (B08.01) (SEQ ID NO: 835)
VPFWTGRIL (B07.02) (SEQ ID NO: 836)
VPFWTGRILL (B07.02) (SEQ ID NO: 837)
VRMRPHCVPF (B08.01) (SEQ ID NO: 838) STAD, UCEC, BLCA, BRCA, LUSC, CESC, KIRC, UCS ARID1A N756fs
S764fs
T783fs
Q799fs
A817fs TNQALPKIEVICRGTPRCPSTVPPSPAQPYLRVSLPEDRYTQAWAPTSRTPWGAMVPRGVSMAHKVATPGSQTIMPCPMPTTPVQAWLEA* (SEQ ID NO: 326) AMVPRGVSM (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 839)
AMVPRGVSMA (A02.01) (SEQ ID NO: 840)
AWAPTSRTPW (A24.02) (SEQ ID NO: 841)
CPMPTTPVQA (B07.02) (SEQ ID NO: 842)
CPSTVPPSPA (B07.02) (SEQ ID NO: 843)
GAMVPRGVSM (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 844)
MPCPMPTTPV (B07.02) (SEQ ID NO: 845)
MPTTPVQAW (B07.02) (SEQ ID NO: 846)
MPTTPVQAWL (B07.02) (SEQ ID NO: 847)
SLPEDRYTQA (A02.01) (SEQ ID NO: 848)
SPAQPYLRV (B07.02) (SEQ ID NO: 849)
SPAQPYLRVS (B07.02) (SEQ ID NO: 850)
TIMPCPMPT (A02.01) (SEQ ID NO: 851)
TPVQAWLEA (B07.02) (SEQ ID NO: 852)
TSRTPWGAM (B07.02) (SEQ ID NO: 853)
VPPSPAQPYL (B07.02) (SEQ ID NO: 854)
VPRGVSMAH (B07.02) (SEQ ID NO: 855) STAD, UCEC, BLCA, BRCA, LUSC, CESC, KIRC, UCS β2M N62fs
E67fs
L74fs
F82fs
T91fs
E94fs RMERELKKWSIQTCLSARTGLSISCTTLNSPPLKKMSMPAV* (SEQ ID NO: 327) CLSARTGLSI (B08.01) (SEQ ID NO: 856)
CTTLNSPPLK (A03.01) (SEQ ID NO: 857)
GLSISCTTL (A02.01) (SEQ ID NO: 858)
SPPLKKMSM (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 859)
TLNSPPLKK (A03.01) (SEQ ID NO: 860)
TTLNSPPLK (A03.01) (SEQ ID NO: 861)
TTLNSPPLKK (A03.01) (SEQ ID NO: 862) CRC, STAD, SKCM, HNSC β2M L13fs
S14fs LCSRYSLFLAWRLSSVLQRFRFTHVIQQRMESQIS* (SEQ ID NO: 328) LQRFRFTHV (B08.01) (SEQ ID NO: 863)
LQRFRFTHVI (B08.01) (SEQ ID NO: 864)
RLSSVLQRF (A24.02) (SEQ ID NO: 865)
RLSSVLQRFR (A03.01) (SEQ ID NO: 866)
VLQRFRFTHV (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 867) CRC, STAD, SKCM, HNSC CDH1 A691fs
P708fs
L711fs RSACVTVKGPLASVGRHSLSKQDCKFLPFWGFLEEFLLC* (SEQ ID NO: 329) ASVGRHSLSK (A03.01) (SEQ ID NO: 868)
KFLPFWGFL (A24.02) (SEQ ID NO: 869)
LASVGRHSL (B07.02) (SEQ ID NO: 870)
LPFWGFLEEF (B07.02) (SEQ ID NO: 871)
PFWGFLEEF (A24.02) (SEQ ID NO: 872)
SVGRHSLSK (A03.01) (SEQ ID NO: 873) ILC LumA Рак молочной железы CDH1 H121fs
P126fs
H128fs
N144fs
V157fs
P159fs
N166fs
N181fs
F189fs
P201fs
F205fs IQWGTTTAPRPIRPPFLESKQNCSHFPTPLLASEDRRETGLFLPSAAQKMKKAHFLKTWFRSNPTKTKKARFSTASLAKELTHPLLVSLLLKEKQDG* (SEQ ID NO: 330) APRPIRPPF (B07.02) (SEQ ID NO: 874)
APRPIRPPFL (B07.02) (SEQ ID NO: 875)
AQKMKKAHFL (B08.01) (SEQ ID NO: 876)
FLPSAAQKM (A02.01) (SEQ ID NO: 877)
GLFLPSAAQK (A03.01) (SEQ ID NO: 878)
HPLLVSLLL (B07.02) (SEQ ID NO: 879)
KAHFLKTWFR (A03.01) (SEQ ID NO: 880)
KARFSTASL (B07.02) (SEQ ID NO: 881)
KMKKAHFLK (A03.01) (SEQ ID NO: 882)
KTWFRSNPTK (A03.01) (SEQ ID NO: 883)
LAKELTHPL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 884)
LAKELTHPLL (B08.01) (SEQ ID NO: 885)
NPTKTKKARF (B07.02) (SEQ ID NO: 886)
QKMKKAHFL (B08.01) (SEQ ID NO: 887)
RFSTASLAK (A03.01) (SEQ ID NO: 888)
RPIRPPFLES (B07.02) (SEQ ID NO: 889)
RSNPTKTKK (A03.01) (SEQ ID NO: 890)
SLAKELTHPL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 891)
TKKARFSTA (B08.01) (SEQ ID NO: 892) ILC LumA Рак молочной железы CDH1 V114fs
P127fs
V132fs
P160fs PTDPFLGLRLGLHLQKVFHQSHAEYSGAPPPPPAPSGLRFWNPSRIAHISQLLSWPQKTEERLGYSSHQLPRK* (SEQ ID NO: 331) GLRFWNPSR (A03.01) (SEQ ID NO: 893)
ISQLLSWPQK (A03.01) (SEQ ID NO: 894)
RIAHISQLL (A02.01) (SEQ ID NO: 895)
RLGYSSHQL (A02.01) (SEQ ID NO: 896)
SQLLSWPQK (A03.01) (SEQ ID NO: 897)
SRIAHISQL (B08.01) (SEQ ID NO: 898)
WPQKTEERL (B07.02) (SEQ ID NO: 899)
YSSHQLPRK (A03.01) (SEQ ID NO: 900) ILC LumA Рак молочной железы CDH1 L731fs
R749fs
E757fs
G759fs FCCSCCFFGGERWSKSPYCPQRMTPGTTFITMMKKEAEKRTRTLT* (SEQ ID NO: 332) CPQRMTPGTT (B07.02) (SEQ ID NO: 901)
EAEKRTRTL (B08.01) (SEQ ID NO: 902)
GTTFITMMK (A03.01) (SEQ ID NO: 903)
GTTFITMMKK (A03.01) (SEQ ID NO: 904)
ITMMKKEAEK (A03.01) (SEQ ID NO: 905)
RMTPGTTFI (A02.01) (SEQ ID NO: 906)
SPYCPQRMT (B07.02) (SEQ ID NO: 907)
TMMKKEAEK (A03.01) (SEQ ID NO: 908)
TPGTTFITM (B07.02) (SEQ ID NO: 909)
TPGTTFITMM (B07.02) (SEQ ID NO: 910)
TTFITMMKK (A03.01) (SEQ ID NO: 911) ILC LumA Рак молочной железы CDH1 S19fs
E24fs
S36fs WRRNCKAPVSLRKSVQTPARSSPARPDRTRRLPSLGVPGQPWALGAAASRRCCCCCRSPLGSARSRSPATLALTPRATRSRCPGATWREAASWAE* (SEQ ID NO: 333) CPGATWREA (B07.02) (SEQ ID NO: 912)
CPGATWREAA (B07.02) (SEQ ID NO: 913)
RSRCPGATWR (A03.01) (SEQ ID NO: 914)
TPRATRSRC (B07.02) (SEQ ID NO: 915) ILC LumA Рак молочной железы GATA3 P394fs
P387fs
S398fs
H400fs
M401fs
S408fs
P409fs
S408fs
P409fs
T419fs
H424fs
P425fs
S427fs
F431fs
S430fs
H434fs
H435fs
S438fs
M443fs
G444fs
*445fs PGRPLQTHVLPEPHLALQPLQPHADHAHADAPAIQPVLWTTPPLQHGHRHGLEPCSMLTGPPARVPAVPFDLHFCRSSIMKPKRDGYMFLKAESKIMFATLQRSSLWCLCSNH* (SEQ ID NO: 334) HVLPEPHLAL (B07.02) (SEQ ID NO: 916)
RPLQTHVLPE (B07.02) (SEQ ID NO: 917)
VLWTTPPLQH (A03.01) (SEQ ID NO: 918) Рак молочной железы GATA3 P426fs
H434fs
P433fs
T441fs PRPRRCTRHPACPLDHTTPPAWSPPWVRALLDAHRAPSESPCSPFRLAFLQEQYHEA* (SEQ ID NO: 335) APSESPCSPF (B07.02) (SEQ ID NO: 919)
CPLDHTTPPA (B07.02) (SEQ ID NO: 920)
FLQEQYHEA (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 921)
RLAFLQEQYH (A03.01) (SEQ ID NO: 922)
SPCSPFRLAF (B07.02) (SEQ ID NO: 923)
SPPWVRALL (B07.02) (SEQ ID NO: 924)
YPACPLDHTT (B07.02) (SEQ ID NO: 925) Рак молочной железы MLL2 P519fs
E524fs
P647fs
S654fs
L656fs
R755fs
L761fs
Q773fs TRRCHCCPHLRSHPCPHHLRNHPRPHHLRHHACHHHLRNCPHPHFLRHCTCPGRWRNRPSLRRLRSLLCLPHLNHHLFLHWRSRPCLHRKSHPHLLHLRRLYPHHLKHRPCPHHLKNLLCPRHLRNCPLPRHLKHLACLHHLRSHPCPLHLKSHPCLHHRRHLVCSHHLKSLLCPLHLRSLPFPHHLRHHACPHHLRTRLCPHHLKNHLCPPHLRYRAYPPCLWCHACLHRLRNLPCPHRLRSLPRPLHLRLHASPHHLRTPPHPHHLRTHLLPHHRRTRSCPCRWRSHPCCHYLRSRNSAPGPRGRTCHPGLRSRTCPPGLRSHTYLRRLRSHTCPPSLRSHAYALCLRSHTCPPRLRDHICPLSLRNCTCPPRLRSRTCLLCLRSHACPPNLRNHTCPPSLRSHACPPGLRNRICPLSLRSHPCPLGLKSPLRSQANALHLRSCPCSLPLGNHPYLPCLESQPCLSLGNHLCPLCPRSCRCPHLGSHPCRLS* (SEQ ID NO: 336) ALHLRSCPC (B08.01) (SEQ ID NO: 926)
CLHHRRHLV (B08.01) (SEQ ID NO: 927)
CLHHRRHLVC (B08.01) (SEQ ID NO: 928)
CLHRKSHPHL (B08.01) (SEQ ID NO: 929)
CLRSHACPP (B08.01) (SEQ ID NO: 930)
CLRSHTCPP (B08.01) (SEQ ID NO: 931)
CLWCHACLH (A03.01) (SEQ ID NO: 932)
CPHHLKNHL (B07.02) (SEQ ID NO: 933)
CPHHLKNLL (B07.02) (SEQ ID NO: 934)
CPHHLRTRL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 935)
CPLHLRSLPF (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 936)
CPLPRHLKHL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 937)
CPLSLRSHPC (B07.02) (SEQ ID NO: 938)
CPRHLRNCPL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 939)
FPHHLRHHA (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 940)
FPHHLRHHAC (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 941)
GLRSRTCPP (B08.01) (SEQ ID NO: 942)
HACLHRLRNL (B08.01) (SEQ ID NO: 943)
HLACLHHLR (A03.01) (SEQ ID NO: 944)
HLCPPHLRY (A03.01) (SEQ ID NO: 945)
HLCPPHLRYR (A03.01) (SEQ ID NO: 946)
HLKHLACLH (A03.01) (SEQ ID NO: 947)
HLKHRPCPH (B08.01) (SEQ ID NO: 948)
HLKNHLCPP (B08.01) (SEQ ID NO: 949)
HLKSHPCLH (A03.01) (SEQ ID NO: 950)
HLKSLLCPL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 951)
HLLHLRRLY (A03.01) (SEQ ID NO: 952)
HLRNCPLPR (A03.01) (SEQ ID NO: 953)
HLRNCPLPRH (A03.01) (SEQ ID NO: 954)
HLRRLYPHHL (B08.01) (SEQ ID NO: 955)
HLRSHPCPL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 956)
HLRSHPCPLH (A03.01) (SEQ ID NO: 957)
HLRSLPFPH (A03.01) (SEQ ID NO: 958)
HLRTRLCPH (A03.01, B08.01) (SEQ ID NO: 959)
HLVCSHHLK (A03.01) (SEQ ID NO: 960)
HPCLHHRRHL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 961)
HPGLRSRTC (B07.02) (SEQ ID NO: 962)
HPHLLHLRRL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 963)
HRKSHPHLL (B08.01) (SEQ ID NO: 964)
HRRTRSCPC (B08.01) (SEQ ID NO: 965)
KSHPHLLHLR (A03.01) (SEQ ID NO: 966)
KSLLCPLHLR (A03.01) (SEQ ID NO: 967)
LLCPLHLRSL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 968)
LLHLRRLYPH (B08.01) (SEQ ID NO: 969)
LPRHLKHLA (B07.02) (SEQ ID NO: 970)
LPRHLKHLAC (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 971)
LRRLRSHTC (B08.01) (SEQ ID NO: 972)
LRRLYPHHL (B08.01) (SEQ ID NO: 973)
LVCSHHLKSL (B08.01) (SEQ ID NO: 974)
NLRNHTCPPS (B08.01) (SEQ ID NO: 975)
PLHLRSLPF (B08.01) (SEQ ID NO: 976)
RLCPHHLKNH (A03.01) (SEQ ID NO: 977)
RLYPHHLKH (A03.01) (SEQ ID NO: 978)
RLYPHHLKHR (A03.01) (SEQ ID NO: 979)
RPCPHHLKNL (B07.02) (SEQ ID NO: 980)
RSHPCPLHLK (A03.01) (SEQ ID NO: 981)
RSLPFPHHLR (A03.01) (SEQ ID NO: 982)
RTRLCPHHL (B07.02) (SEQ ID NO: 983)
RTRLCPHHLK (A03.01) (SEQ ID NO: 984)
SLLCPLHLR (A03.01) (SEQ ID NO: 985)
SLRSHACPP (B08.01) (SEQ ID NO: 986)
SPLRSQANA (B07.02) (SEQ ID NO: 987)
YLRRLRSHT (B08.01) (SEQ ID NO: 988)
YPHHLKHRPC (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 989) STAD, BLCA, CRC, HNSC, BRCA PTEN I122fs
I135fs
A148fs
L152fs
D162fs
I168fs SWKGTNWCNDMCIFITSGQIFKGTRGPRFLWGSKDQRQKGSNYSQSEALCVLL* (SEQ ID NO: 337) FITSGQIFK (A03.01) (SEQ ID NO: 990)
IFITSGQIF (A24.02) (SEQ ID NO: 991)
SQSEALCVL (A02.01) (SEQ ID NO: 992)
SQSEALCVLL (A02.01) (SEQ ID NO: 993) UCEC, PRAD, SKCM, STAD, BRCA, LUSC, KIRC, LIHC, KIRP, GBM PTEN L265fs
K266fs KRTKCFTFG* (SEQ ID NO: 338) UCEC, PRAD, SKCM, STAD, BRCA, LUSC, KIRC, LIHC, KIRP, GBM PTEN A39fs
E40fs
V45fs
R47fs
N48fs PIFIQTLLLWDFLQKDLKAYTGTILMM* (SEQ ID NO: 339) AYTGTILMM (A24.02) (SEQ ID NO: 994)
DLKAYTGTIL (B08.01) (SEQ ID NO: 995) UCEC, PRAD, SKCM, STAD, BRCA, LUSC, KIRC, LIHC, KIRP, GBM PTEN T319fs
T321fs
K327fs
A328fs
A333fs QKMILTKQIKTKPTDTFLQILR* (SEQ ID NO: 340) ILTKQIKTK (A03.01) (SEQ ID NO: 996)
KMILTKQIK (A03.01) (SEQ ID NO: 997)
KPTDTFLQI (B07.02) (SEQ ID NO: 998)
KPTDTFLQIL (B07.02) (SEQ ID NO: 999)
MILTKQIKTK (A03.01) (SEQ ID NO: 1000) UCEC, PRAD, SKCM, STAD, BRCA, LUSC, KIRC, LIHC, KIRP, GBM PTEN N63fs
E73fs
A86fs
N94fs GFWIQSIKTITRYTIFVLKDIMTPPNLIAELHNILLKTITHHS* (SEQ ID NO: 341) ITRYTIFVLK (A03.01) (SEQ ID NO: 1001)
LIAELHNIL (A02.01) (SEQ ID NO: 1002)
LIAELHNILL (A02.01) (SEQ ID NO: 1003)
MTPPNLIAEL (A02.01) (SEQ ID NO: 1004)
NLIAELHNI (A02.01) (SEQ ID NO: 1005)
NLIAELHNIL (A02.01) (SEQ ID NO: 1006)
RYTIFVLKDI (A24.02) (SEQ ID NO: 1007)
TITRYTIFVL (A02.01) (SEQ ID NO: 1008)
TPPNLIAEL (B07.02) (SEQ ID NO: 1009) UCEC, PRAD, SKCM, STAD, BRCA, LUSC, KIRC, LIHC, KIRP, GBM PTEN T202fs
G209fs
C211fs
I224fs
G230fs
P231fs
R233fs
D236fs NYSNVQWRNLQSSVCGLPAKGEDIFLQFRTHTTGRQVHVL* (SEQ ID NO: 342) FLQFRTHTT (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1010)
LPAKGEDIFL (B07.02) (SEQ ID NO: 1011)
LQFRTHTTGR (A03.01) (SEQ ID NO: 1012)
NLQSSVCGL (A02.01) (SEQ ID NO: 1013)
SSVCGLPAK (A03.01) (SEQ ID NO: 1014)
VQWRNLQSSV (A02.01) (SEQ ID NO: 1015) UCEC, PRAD, SKCM, STAD, BRCA, LUSC, KIRC, LIHC, KIRP, GBM PTEN G251fs
E256fs
K260fs
Q261fs
L265fs
M270fs
H272fs
T286fs
E288fs YQSRVLPQTEQDAKKGQNVSLLGKYILHTRTRGNLRKSRKWKSM* (SEQ ID NO: 343) GQNVSLLGK (A03.01) (SEQ ID NO: 1016)
HTRTRGNLRK (A03.01) (SEQ ID NO: 1017)
ILHTRTRGNL (B08.01) (SEQ ID NO: 1018)
KGQNVSLLGK (A03.01) (SEQ ID NO: 1019)
LLGKYILHT (A02.01) (SEQ ID NO: 1020)
LRKSRKWKSM (B08.01) (SEQ ID NO: 1021)
SLLGKYILH (A03.01) (SEQ ID NO: 1022)
SLLGKYILHT (A02.01) (SEQ ID NO: 1023) UCEC, PRAD, SKCM, STAD, BRCA, LUSC, KIRC, LIHC, KIRP, GBM TP53 A70fs
P72fs
A76fs
A79fs
P89fs
W91fs
S96fs
V97fs
V97fs
G108fs
G117fs
S121fs
V122fs
C124fs
K139fs
V143fs SSQNARGCSPRGPCTSSSYTGGPCTSPLLAPVIFCPFPENLPGQLRFPSGLLAFWDSQVCDLHVLPCPQQDVLPTGQDLPCAAVG* (SEQ ID NO: 344) CTSPLLAPV (A02.01) (SEQ ID NO: 1024)
FPENLPGQL (B07.02) (SEQ ID NO: 1025)
GLLAFWDSQV (A02.01) (SEQ ID NO: 1026)
IFCPFPENL (A24.02) (SEQ ID NO: 1027)
LLAFWDSQV (A02.01) (SEQ ID NO: 1028)
LLAPVIFCP (A02.01) (SEQ ID NO: 1029)
LLAPVIFCPF (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 1030)
LPCPQQDVL (B07.02) (SEQ ID NO: 1031)
RFPSGLLAF (A24.02) (SEQ ID NO: 1032)
RFPSGLLAFW (A24.02) (SEQ ID NO: 1033)
SPLLAPVIF (B07.02) (SEQ ID NO: 1034)
SPRGPCTSS (B07.02) (SEQ ID NO: 1035)
SPRGPCTSSS (B07.02) (SEQ ID NO: 1036)
SQVCDLHVL (A02.01) (SEQ ID NO: 1037)
VIFCPFPENL (A02.01) (SEQ ID NO: 1038) BRCA, CRC, LUAD, PRAD, HNSC, LUSC, PAAD, STAD, BLCA, OV, LIHC, SKCM, UCEC, LAML, UCS, KICH, GBM, ACC TP53 V173fs
H178fs
D186fs
H193fs
L194fs
E198fs
V203fs
E204fs
L206fs
D207fs
N210fs
T211fs
F212fs
V225fs
S241fs GAAPTMSAAQIAMVWPLLSILSEWKEICVWSIWMTETLFDIVWWCPMSRLRLALTVPPSTTTTCVTVPAWAA* (SEQ ID NO: 345) AMVWPLLSI (A02.01) (SEQ ID NO: 1039)
AMVWPLLSIL (A02.01) (SEQ ID NO: 1040)
AQIAMVWPL (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 1041)
AQIAMVWPLL (A02.01) (SEQ ID NO: 1042)
CPMSRLRLA (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1043)
CPMSRLRLAL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1044)
IAMVWPLLSI (A02.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1045)
ILSEWKEICV (A02.01) (SEQ ID NO: 1046)
IVWWCPMSR (A03.01) (SEQ ID NO: 1047)
IVWWCPMSRL (A02.01) (SEQ ID NO: 1048)
IWMTETLFDI (A24.02) (SEQ ID NO: 1049)
LLSILSEWK (A03.01) (SEQ ID NO: 1050)
MSAAQIAMV (A02.01) (SEQ ID NO: 1051)
MSRLRLALT (B08.01) (SEQ ID NO: 1052)
MSRLRLALTV (B08.01) (SEQ ID NO: 1053)
MVWPLLSIL (A02.01) (SEQ ID NO: 1054)
RLALTVPPST (A02.01) (SEQ ID NO: 1055)
TLFDIVWWC (A02.01) (SEQ ID NO: 1056)
TLFDIVWWCP (A02.01) (SEQ ID NO: 1057)
TMSAAQIAMV (A02.01) (SEQ ID NO: 1058)
VWSIWMTETL (A24.02) (SEQ ID NO: 1059)
WMTETLFDI (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 1060)
WMTETLFDIV (A01.01, A02.01) (SEQ ID NO: 1061) BRCA, CRC, LUAD, PRAD, HNSC, LUSC, PAAD, STAD, BLCA, OV, LIHC, SKCM, UCEC, LAML, UCS, KICH, GBM, ACC TP53 R248fs
P250fs
S260fs
N263fs
G266fs
N268fs
V272fs
V274fs
P278fs
D281fs
R282fs
T284fs
E285fs
L289fs
K292fs
P301fs
S303fs
T312fs
S314fs
K319fs
K320fs
P322fs
Y327fs
F328fs
L330fs
R333fs
R335fs
R337fs
E339fs TGGPSSPSSHWKTPVVIYWDGTALRCVFVPVLGETGAQRKRISARKGSLTTSCPQGALSEHCPTTPAPLPSQRRNHWMENISPFRSVGVSASRCSES* (SEQ ID NO: 346) ALRCVFVPV (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1062)
ALRCVFVPVL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1063)
ALSEHCPTT (A02.01) (SEQ ID NO: 1064)
AQRKRISARK (A03.01) (SEQ ID NO: 1065)
GAQRKRISA (B08.01) (SEQ ID NO: 1066)
HWMENISPF (A24.02) (SEQ ID NO: 1067)
LPSQRRNHW (B07.02) (SEQ ID NO: 1068)
LPSQRRNHWM (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1069)
NISPFRSVGV (A02.01) (SEQ ID NO: 1070)
RISARKGSL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1071)
SPFRSVGVSA (B07.02) (SEQ ID NO: 1072)
SPSSHWKTPV (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1073)
TALRCVFVPV (A02.01) (SEQ ID NO: 1074)
VIYWDGTAL (A02.01) (SEQ ID NO: 1075)
VIYWDGTALR (A03.01) (SEQ ID NO: 1076)
VLGETGAQRK (A03.01) (SEQ ID NO: 1077) BRCA, CRC, LUAD, PRAD, HNSC, LUSC, PAAD, STAD, BLCA, OV, LIHC, SKCM, UCEC, LAML, UCS, KICH, GBM, ACC TP53 S149fs
P151fs
P152fs
V157fs
Q165fs
S166fs
H168fs
V173fs FHTPARHPRPRHGHLQAVTAHDGGCEALPPP* (SEQ ID NO: 347) HPRPRHGHL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1078)
HPRPRHGHLQ (B07.02) (SEQ ID NO: 1079)
RPRHGHLQA (B07.02) (SEQ ID NO: 1080)
RPRHGHLQAV (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1081) BRCA, CRC, LUAD, PRAD, HNSC, LUSC, PAAD, STAD, BLCA, OV, LIHC, SKCM, UCEC, LAML, UCS, KICH, GBM, ACC TP53 P47fs
D48fs
D49fs
Q52fs
F54fs
E56fs
P58fs
P60fs
E62fs
M66fs
P72fs
V73fs
P75fs
A78fs
P82fs
P85fs
S96fs
P98fs
T102fs
Y103fs
G108fs
F109fs
R110fs
G117fs CCPRTILNNGSLKTQVQMKLPECQRLLPPWPLHQQLLHRRPLHQPPPGPCHLLSLPRKPTRAATVSVWASCILGQPSL* (SEQ ID NO: 348) GSLKTQVQMK (A03.01) (SEQ ID NO: 1082)
PPGPCHLLSL (B07.02) (SEQ ID NO: 1083)
RTILNNGSLK (A03.01) (SEQ ID NO: 1084)
SLKTQVQMK (A03.01) (SEQ ID NO: 1085)
SLKTQVQMKL (B08.01) (SEQ ID NO: 1086)
TILNNGSLK (A03.01) (SEQ ID NO: 1087) BRCA, CRC, LUAD, PRAD, HNSC, LUSC, PAAD, STAD, BLCA, OV, LIHC, SKCM, UCEC, LAML, UCS, KICH, GBM, ACC TP53 L26fs
P27fs
P34fs
P36fs
A39fs
Q38fs VRKHFQTYGNYFLKTTFCPPCRPKQWMI* (SEQ ID NO: 349) CPPCRPKQWM (B07.02) (SEQ ID NO: 1088)
TTFCPPCRPK (A03.01) (SEQ ID NO: 1089) BRCA, CRC, LUAD, PRAD, HNSC, LUSC, PAAD, STAD, BLCA, OV, LIHC, SKCM, UCEC, LAML, UCS, KICH, GBM, ACC TP53 C124fs
L130fs
N131fs
C135fs
K139fs
A138fs
T140fs
V143fs
Q144fs
V147fs
T150fs
P151fs
P152fs
G154fs
R156fs
R158fs
A161fs LARTPLPSTRCFANWPRPALCSCGLIPHPRPAPASAPWPSTSSHST* (SEQ ID NO: 350) CFANWPRPAL (A24.02) (SEQ ID NO: 1090)
FANWPRPAL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1091)
GLIPHPRPA (A02.01) (SEQ ID NO: 1092)
HPRPAPASA (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1093)
HPRPAPASAP (B07.02) (SEQ ID NO: 1094)
IPHPRPAPA (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1095)
IPHPRPAPAS (B07.02) (SEQ ID NO: 1096)
RPALCSCGL (B07.02) (SEQ ID NO: 1097)
RPALCSCGLI (B07.02) (SEQ ID NO: 1098)
TPLPSTRCF (B07.02) (SEQ ID NO: 1099)
WPRPALCSC (B07.02) (SEQ ID NO: 1100)
WPRPALCSCG (B07.02) (SEQ ID NO: 1101) BRCA, CRC, LUAD, PRAD, HNSC, LUSC, PAAD, STAD, BLCA, OV, LIHC, SKCM, UCEC, LAML, UCS, KICH, GBM, ACC VHL L178fs
D179fs
L184fs
T202fs
R205fs
D213fs
G212fs ELQETGHRQVALRRSGRPPKCAERPGAADTGAHCTSTDGRLKISVETYTVSSQLLMVLMSLDLDTGLVPSLVSKCLILRVK* (SEQ ID NO: 351) ALRRSGRPPK (A03.01) (SEQ ID NO: 1102)
GLVPSLVSK (A03.01) (SEQ ID NO: 1103)
KISVETYTV (A02.01) (SEQ ID NO: 1104)
LLMVLMSLDL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1105)
LMSLDLDTGL (A02.01) (SEQ ID NO: 1106)
LMVLMSLDL (A02.01) (SEQ ID NO: 1107)
LVSKCLILRV (A02.01) (SEQ ID NO: 1108)
QLLMVLMSL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1109)
RPGAADTGA (B07.02) (SEQ ID NO: 1110)
RPGAADTGAH (B07.02) (SEQ ID NO: 1111)
SLDLDTGLV (A02.01) (SEQ ID NO: 1112)
SLVSKCLIL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1113)
SQLLMVLMSL (A02.01) (SEQ ID NO: 1114)
TVSSQLLMV (A02.01) (SEQ ID NO: 1115)
TYTVSSQLL (A24.02) (SEQ ID NO: 1116)
TYTVSSQLLM (A24.02) (SEQ ID NO: 1117)
VLMSLDLDT (A02.01) (SEQ ID NO: 1118)
VPSLVSKCL (B07.02) (SEQ ID NO: 1119)
VSKCLILRVK (A03.01) (SEQ ID NO: 1120)
YTVSSQLLM (A01.01) (SEQ ID NO: 1121)
YTVSSQLLMV (A02.01) (SEQ ID NO: 1122) KIRC, KIRP VHL L158fs
K159fs
R161fs
Q164fs KSDASRLSGA* (SEQ ID NO: 352) KIRC, KIRP VHL P146fs
I147fs
F148fs
L158fs RTAYFCQYHTASVYSERAMPPGCPEPSQA* (SEQ ID NO: 353) FCQYHTASV (B08.01) (SEQ ID NO: 1123) KIRC, KIRP VHL S68fs
S72fs
I75fs
S80fs
P86fs
P97fs
I109fs
H115fs
L116fs
G123fs
T124fs
N131fs
L135fs
V137fs
G144fs
D143fs
I147fs TRASPPRSSSAIAVRASCCPYGSTSTASRSPTQRCRLARAAASTATEVTFGSSEMQGHTMGFWLTKLNYLCHLSMLTDSLFLPISHCQCIL* (SEQ ID NO: 354) CPYGSTSTA (B07.02) (SEQ ID NO: 1124)
CPYGSTSTAS (B07.02) (SEQ ID NO: 1125)
LARAAASTAT (B07.02) (SEQ ID NO: 1126)
MLTDSLFLP (A02.01) (SEQ ID NO: 1127)
PPRSSSAIAV (B07.02) (SEQ ID NO: 1128)
RAAASTATEV (B07.02) (SEQ ID NO: 1129)
SPPRSSSAI (B07.02) (SEQ ID NO: 1130)
SPPRSSSAIA (B07.02) (SEQ ID NO: 1131)
SPTQRCRLA (B07.02) (SEQ ID NO: 1132)
TQRCRLARA (B08.01) (SEQ ID NO: 1133)
TQRCRLARAA (B08.01) (SEQ ID NO: 1134) KIRC, KIRP VHL K171fs
P172fs
N174fs
L178fs
D179fs
L188fs SSLRITGDWTSSGRSTKIWKTTQMCRKTWSG* (SEQ ID NO: 355) KIWKTTQMCR (A03.01) (SEQ ID NO: 1135)
WTSSGRSTK (A03.01) (SEQ ID NO: 1136) KIRC, KIRP VHL V62fs
V66fs
Q73fs
V84fs
F91fs
T100fs
P103fs
S111fs
L116fs
H115fs
D126fs RRRRGGVGRRGVRPGRVRPGGTGRRGGDGGRAAAARAALGELARALPGHLLQSQSARRAARMAQLRRRAAALPNAAAWHGPPHPQLPRSPLALQRCRDTRWASG* (SEQ ID NO: 356) ALGELARAL (A02.01) (SEQ ID NO: 1137)
AQLRRRAAA (B08.01) (SEQ ID NO: 1138)
AQLRRRAAAL (B08.01) (SEQ ID NO: 1139)
ARRAARMAQL (B08.01) (SEQ ID NO: 1140)
HPQLPRSPL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1141)
HPQLPRSPLA (B07.02) (SEQ ID NO: 1142)
LARALPGHL (B07.02) (SEQ ID NO: 1143)
LARALPGHLL (B07.02) (SEQ ID NO: 1144)
MAQLRRRAA (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1145)
MAQLRRRAAA (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1146)
QLRRRAAAL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1147)
RAAALPNAAA (B07.02) (SEQ ID NO: 1148)
RMAQLRRRAA (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1149)
SQSARRAARM (B08.01) (SEQ ID NO: 1150) KIRC, KIRP ТАБЛИЦА 1D КРИПТИЧЕСИЙ ЭКЗОН ¹ AR-v7 криптический конечный экзон SCKVFFKRAAEGKQKYLCASRNDCTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGEKFRVGNCKHLKMTRP* (SEQ ID NO: 357) GMTLGEKFRV (A02:01) (SEQ ID NO: 1151)
RVGNCKHLK (A03.01) (SEQ ID NO: 1152) Рак предстательной железы, Резистентный к кастрации рак предстательной железы ТАБЛИЦА 1E СЛИЯНИЕ ВНЕ РАМКИ СЧИТЫВАНИЯ^1,3 AC011997,1:LRRC69 AC011997,1:LRRC69
*вне рамки считыва ния MAGAPPPASLPPCSLISDCCASNQRDSVGVGPSEP:G:NNIKICNESASRK* (SEQ ID NO: 358) GPSEPGNNI (B07.02) (SEQ ID NO: 1153)
KICNESASRK (A03.01) (SEQ ID NO: 1154) LUSC, Рак молочной железы, Рак головы и шеи, LUAD EEF1DP3 EEF1DP3:FRY *вне рамки считыва ния HGWRPFLPVRARSRWNRRLDVTVANGR:S:WKYGWSLLRVPQVNGIQVLNVSLKSSSNVISYE* (SEQ ID NO: 359) GIQVLNVSLK (A03.01) (SEQ ID NO: 1155)
IQVLNVSLK (A03.01) (SEQ ID NO: 1156)
KSSSNVISY (A01.01, A03.01) (SEQ ID NO: 1157)
KYGWSLLRV (A24.02) (SEQ ID NO: 1158)
RSWKYGWSL (A02.01) (SEQ ID NO: 1159)
SLKSSSNVI (B08.01) (SEQ ID NO: 1160)
SWKYGWSLL (A24.02) (SEQ ID NO: 1161)
TVANGRSWK (A03.01) (SEQ ID NO: 1162)
VPQVNGIQV (B07.02) (SEQ ID NO: 1163)
VPQVNGIQVL (B07.02) (SEQ ID NO: 1164)
VTVANGRSWK (A03.01) (SEQ ID NO: 1165)
WSLLRVPQV (B08.01) (SEQ ID NO: 1166) Рак молочной железы MAD1L1:MAFK MAD1L1:MAFK RLKEVFQTKIQEFRKACYTLTGYQIDITTENQYRLTSLYAEHPGDCLIFK::LRVPGSSVLVTVPGL* (SEQ ID NO: 360) HPGDCLIFKL (B07.02) (SEQ ID NO: 1167)
KLRVPGSSV (B07.02) (SEQ ID NO: 1168)
KLRVPGSSVL (B07.02) (SEQ ID NO: 1169)
RVPGSSVLV (A02.01) (SEQ ID NO: 1170)
SVLVTVPGL (A02.01) (SEQ ID NO: 1171)
VPGSSVLVTV (B07.02) (SEQ ID NO: 1172) ХЛЛ PPP1R1B:STARD3 PPP1R1B:STARD3 AEVLKVIRQSAGQKTTCGQGLEGPWERPPPLDESERDGGSEDQVEDPALS:A:LLLRPRPPRPEVGAHQDEQAAQGADPRLGAQPACRGLPGLLTVPQPEPLLAPPSAA* (SEQ ID NO: 361) ALLLRPRPPR (A03.01) (SEQ ID NO: 1173)
ALSALLLRPR (A03.01) (SEQ ID NO: 1174) Рак молочной железы ТАБЛИЦА 1F ДЕЛЕЦИИ И СЛЯИНИЯ В РАМКЕ СЧИТЫВАНИЯ^1,2 BCR:ABL BCR:ABL ERAEWRENIREQQKKCFRSFSLTSVELQMLTNSCVKLQTVHSIPLTINKE::EALQRPVASDFEPQGLSEAARWNSKENLLAGPSENDPNLFVALYDFVASG (SEQ ID NO: 362) LTINKEEAL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1175) ХМЛ, ОМЛ BCR:ABL BCR:ABL ELQMLTNSCVKLQTVHSIPLTINKEDDESPGLYGFLNVIVHSATGFKQSS:K:ALQRPVASDFEPQGLSEAARWNSKENLLAGPSENDPNLFVALYDFVASGD (SEQ ID NO: 363) IVHSATGFK (A03.01) (SEQ ID NO: 1176)
ATGFKQSSK (A03.01) (SEQ ID NO: 1177) ХМЛ, ОМЛ C11orf95:RELA C11orf95:RELA ISNSWDAHLGLGACGEAEGLGVQGAEEEEEEEEEEEEEGAGVPACPPKGP:E:LFPLIFPAEPAQASGPYVEIIEQPKQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGERSTD (SEQ ID NO: 364) ELFPLIFPA (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1178)
KGPELFPLI (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 1179)
KGPELFPLIF (A24.02) (SEQ ID NO: 1180) Супертенториальные эпендимомы CBFB:MYH11 (вариант «тип a») LQRLDGMGCLEFDEERAQQEDALAQQAFEEARRRTREFEDRDRSHREEME::VHELEKSKRALETQMEEMKTQLEELEDELQATEDAKLRLEVNMQALKGQF (SEQ ID NO: 365) ОМЛ CD74:ROS1 (экзон6: экзон32) KGSFPENLRHLKNTMETIDWKVFESWMHHWLLFEMSRHSLEQKPTDAPPK::AGVPNKPGIPKLLEGSKNSIQWEKAEDNGCRITYYILEIRKSTSNNLQNQ (SEQ ID NO: 366) KPTDAPPKAGV (B07.02) (SEQ ID NO: 1181) НМКРЛ, резистентность к Кризотинибу EGFR EGFRvIII (внутрен няя деле ция) MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKK:G:NYVVTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKD (SEQ ID NO: 367) ALEEKKGNYV (A02.01) (SEQ ID NO: 1182) GBM EGFR:SEPT14 EGFR:SEPT14 LPQPPICTIDVYMIMVKCWMIDADSRPKFRELIIEFSKMARDPQRYLVIQ::LQDKFEHLKMIQQEEIRKLEEEKKQLEGEIIDFYKMKAASEALQTQLSTD (SEQ ID NO: 368) IQLQDKFEHL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1183)
QLQDKFEHL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1184)
QLQDKFEHLK (A03.01) (SEQ ID NO: 1185)
YLVIQLQDKF (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 1186) GBM, Глиома, Рак головы и шеи EML4: ALK EML4:ALK SWENSDDSRNKLSKIPSTPKLIPKVTKTADKHKDVIINQAKMSTREKNSQ:V:YRRKHQELQAMQMELQSPEYKLSKLRTSTIMTDYNPNYCFAGKTSSISDL (SEQ ID NO: 369) QVYRRKHQEL (B08.01) (SEQ ID NO: 1187)
STREKNSQV (B08.01) (SEQ ID NO: 1188)
VYRRKHQEL (A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1189) НМКРЛ FGFR3: TACC3 FGFR3: TACC3 EGHRMDKPANCTHDLYMIMRECWHAAPSQRPTFKQLVEDLDRVLTVTSTD::VKATQEENRELRSRCEELHGKNLELGKIMDRFEEVVYQAMEEVQKQKELS (SEQ ID NO: 370) VLTVTSTDV (A02.01) (SEQ ID NO: 1190)
VLTVTSTDVK (A03.01) (SEQ ID NO: 1191) Рак мочевого пузыря, LUSC NAB: STAT6 NAB:STAT6 «« RDNTLLLRRVELFSLSRQVARESTYLSSLKGSRLHPEELGGPPLKKLKQE::ATSKSQIMSLWGLVSKMPPEKVQRLYVDFPQHLRHLLGDWLESQPWEFLVGSDAFCC (SEQ ID NO: 371) IMSLWGLVS (A02.01) (SEQ ID NO: 1192)
IMSLWGLVSK (A03.01) (SEQ ID NO: 1193)
KLKQEATSK (A03.01) (SEQ ID NO: 1194)
QIMSLWGLV (A02.01) (SEQ ID NO: 1195)
SQIMSLWGL (A02.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1196)
SQIMSLWGLV (A02.01) (SEQ ID NO: 1197)
TSKSQIMSL (B08.01) (SEQ ID NO: 1198) Доброкачественная мезотелиома NDRG1: ERG NDRG1:ERG MSREMQDVDLAEVKPLVEKGETITGLLQEFDVQ::EALSVVSEDQSLFECAYGTPHLAKTEMTASSSSDYGQTSKMSPRVPQQDW (SEQ ID NO: 372) LLQEFDVQEA (A02.01) (SEQ ID NO: 1199)
LQEFDVQEAL (A02.01) (SEQ ID NO: 1200) Рак предстательной железы PML: RARA PML:RARA (экзон3: экзон3) VLDMHGFLRQALCRLRQEEPQSLQAAVRTDGFDEFKVRLQDLSSCITQGK:A:IETQSSSSEEIVPSPPSPPPLPRIYKPCFVCQDKSSGYHYGVSACEGCKG (SEQ ID NO: 373) Острый промиелоцитарный лейкоз PML: RARA PML:RARA (экзон6: экзон3) RSSPEQPRPSTSKAVSPPHLDGPPSPRSPVIGSEVFLPNSNHVASGAGEA:A:IETQSSSSEEIVPSPPSPPPLPRIYKPCFVCQDKSSGYHYGVSACEGCKG (SEQ ID NO: 374) Острый промиелоцитарный лейкоз RUNX1 RUNX1 (ex5)-RUNX1T1 (ex2) VARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPPQVATYHRAIKITVDGPREPR:N:RTEKHSTMPDSPVDVKTQSRLTPPTMPPPPTTQGAPRTSSFTPTTLTNGT (SEQ ID NO: 375) GPREPRNRT (B07.02) (SEQ ID NO: 1201)
RNRTEKHSTM (B08.01) (SEQ ID NO: 1202) ОМЛ TMPRSS2:ERG TMPRSS2: ERG MALNS::EALSVVSEDQSLFECAYGTPHLAKTEMTASSSSDYGQTSKMSPRVPQQDW (SEQ ID NO: 376) ALNSEALSV (A02.01) (SEQ ID NO: 1203)
ALNSEALSVV (A02.01) (SEQ ID NO: 1204)
MALNSEALSV (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1205) Рак предстательной железы

¹Подчеркнутые АК представляют не нативные АК

²Выделенные жирным АК представляют нативные АК аминокислотной последовательности, кодируемой вторым из двух слитых генов

³Выделенные жирным и подчеркнутые АК представляют не нативные АК аминокислотной последовательности, кодируемой вторым из двух слитых генов из-за сдвига рамки считывания.

Таблица 2

Ген Типовое изменение белка Контекст мутации последовательности Пептиды (примеры HLA аллеля) Типовые заболевания ТАБЛИЦА 2A ТОЧЕЧНЫЕ МУТАЦИИ¹ AKT1 E17K MSDVAIVKEGWLHKRGKYIKTWRPRYFLLKNDGTFIGYKERPQDVDQREAPLNNFSVAQCQLMKTER (SEQ ID NO: 1206) KYIKTWRPRY (A24.02) (SEQ ID NO: 1248)
WLHKRGKYI (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1249)
WLHKRGKYIK (A03.01) (SEQ ID NO: 1250) BRCA, CESC, HNSC, LUSC, PRAD, SKCM, THCA ANAPC1 T537A TMLVLEGSGNLVLYTGVVRVGKVFIPGLPAPSLTMSNTMPRPSTPLDGVSAPKPLSKLLGSLDEVVLLSPVPELRDSSKLHDSLYNEDCTFQQLGTYIHSI (SEQ ID NO: 1207) APKPLSKLL (B07.02) (SEQ ID NO: 1251)
GVSAPKPLSK (A03.01) (SEQ ID NO: 1252)
VSAPKPLSK (A03.01) (SEQ ID NO: 1253) GBM, LUSC, PAAD, PRAD, SKCM FGFR3 S249C HRIGGIKLRHQQWSLVMESVVPSDRGNYTCVVENKFGSIRQTYTLDVLERCPHRPILQAGLPANQTAVLGSDVEFHCKVYSDAQPHIQWLKHVEVNGSKVG (SEQ ID NO: 1208) CPHRPILQA (B07.02) (SEQ ID NO: 1254) BLCA, HNSC, KIRP, LUSC FRG1B I10T MREPIYMHSTMVFLPWELHTKKGPSPPEQFMAVKLSDSRTALKSGYGKYLGINSDELVGHSDAIGPREQWEPVFQNGKMALLASNSCFIR (SEQ ID NO: 1209) KLSDSRTAL (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1255)
KLSDSRTALK (A03.01) (SEQ ID NO: 1256)
LSDSRTALK (A01.01, A03.01) (SEQ ID NO: 1257)
RTALKSGYGK (A03.01) (SEQ ID NO: 1258)
TALKSGYGK (A03.01) (SEQ ID NO: 1259) KIRP, PRAD, SKCM FRG1B L52S AVKLSDSRIALKSGYGKYLGINSDELVGHSDAIGPREQWEPVFQNGKMALSASNSCFIRCNEAGDIEAKSKTAGEEEMIKIRSCAEKETKKKDDIPEEDKG (SEQ ID NO: 1210) ALSASNSCF (A02.01, A24.02, B07.02) (SEQ ID NO: 1260)
ALSASNSCFI (A02.01) (SEQ ID NO: 1261)
FQNGKMALSA (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1262) GBM, KIRP, PRAD, SKCM HER2 L755S
(Резистент ность) AMPNQAQMRILKETELRKVKVLGSGAFGTVYKGIWIPDGENVKIPVAIKVSRENTSPKANKEILDEAYVMAGVGSPYVSRLLGICLTSTVQLVTQLMPYGC (SEQ ID NO: 1211) KVSRENTSPK (A03.01) (SEQ ID NO: 1263) BRCA IDH1 R132G RVEEFKLKQMWKSPNGTIRNILGGTVFREAIICKNIPRLVSGWVKPIIIGGHAYGDQYRATDFVVPGPGKVEITYTPSDGTQKVTYLVHNFEEGGGVAMGM (SEQ ID NO: 1212) KPIIIGGHAY (B07.02) (SEQ ID NO: 1264) BLCA, BRCA, CRC, GBM, HNSC, LUAD, PAAD, PRAD, UCEC KRAS G12C MTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE (SEQ ID NO: 1213) KLVVVGACGV (A02.01) (SEQ ID NO: 1265)
LVVVGACGV (A02.01) (SEQ ID NO: 1266)
VVGACGVGK (A03.01, A11.01) (SEQ ID NO: 1267)
VVVGACGVGK (A03.01) (SEQ ID NO: 1268) BRCA, CESC, CRC, HNSC, LUAD, PAAD, UCEC KRAS G12D MTEYKLVVVGADGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE (SEQ ID NO: 1214) VVGADGVGK (A11.01) (SEQ ID NO: 1269)
VVVGADGVGK (A11.01) (SEQ ID NO: 1270)
KLVVVGADGV (A02.01) (SEQ ID NO: 1271)
LVVVGADGV (A02.01) (SEQ ID NO: 1272) BLCA, BRCA, CESC, CRC, GBM, HNSC, KIRP, LIHC, LUAD, PAAD, SKCM, UCEC KRAS G12V MTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE (SEQ ID NO: 1215) KLVVVGAVGV (A02.01) (SEQ ID NO: 1273)
LVVVGAVGV (A02.01) (SEQ ID NO: 1274)
VVGAVGVGK (A03.01, A11.01) (SEQ ID NO: 1275)
VVVGAVGVGK (A03.01, A11.01) (SEQ ID NO: 1276) BRCA, CESC, CRC, LUAD, PAAD, THCA, UCEC KRAS Q61H AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGHEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPM (SEQ ID NO: 1216) ILDTAGHEEY (A01.01) (SEQ ID NO: 1277) CRC, LUSC, PAAD, SKCM, UCEC KRAS Q61L AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGLEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPM (SEQ ID NO: 1217) ILDTAGLEEY (A01.01) (SEQ ID NO: 1278)
LLDILDTAGL (A02.01) (SEQ ID NO: 1279) CRC, GBM, HNSC, LUAD, SKCM, UCEC NRAS Q61K AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGKEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDVPM (SEQ ID NO: 1218) ILDTAGKEEY (A01.01) (SEQ ID NO: 1280) BLCA, CRC, LIHC, LUAD, LUSC, SKCM, THCA, UCEC NRAS Q61R AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGREEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDVPM (SEQ ID NO: 1219) ILDTAGREEY (A01.01) (SEQ ID NO: 1281) BLCA, CRC, LUSC, PAAD, PRAD, SKCM, THCA, UCEC PIK3CA E542K IEEHANWSVSREAGFSYSHAGLSNRLARDNELRENDKEQLKAISTRDPLSKITEQEKDFLWSHRHYCVTIPEILPKLLLSVKWNSRDEVAQMYCLVKDWPP (SEQ ID NO: 1220) AISTRDPLSK (A03.01) (SEQ ID NO: 1282) BLCA, BRCA, CESC, CRC, GBM, HNSC, KIRC, KIRP, LIHC, LUAD, LUSC, PRAD, UCEC PTEN R130Q KFNCRVAQYPFEDHNPPQLELIKPFCEDLDQWLSEDDNHVAAIHCKAGKGQTGVMICAYLLHRGKFLKAQEALDFYGEVRTRDKKGVTIPSQRRYVYYYSY (SEQ ID NO: 1221) QTGVMICAY (A01.01) (SEQ ID NO: 1283) BRCA, CESC, CRC, GBM, KIRC, LUSC, UCEC RAC1 P29S MQAIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNAFSGEYIPTVFDNYSANVMVDGKPVNLGLWDTAGQEDYDRLRPLSYPQTVGET (SEQ ID NO: 1222) FSGEYIPTV (A02.01) (SEQ ID NO: 1284)
TTNAFSGEY (A01.01) (SEQ ID NO: 1285)
YTTNAFSGEY (A01.01) (SEQ ID NO: 1286) Меланома SF3B1 K700E AVCKSKKSWQARHTGIKIVQQIAILMGCAILPHLRSLVEIIEHGLVDEQQEVRTISALAIAALAEAATPYGIESFDSVLKPLWKGIRQHRGKGLAAFLKAI (SEQ ID NO: 1223) GLVDEQQEV (A02.01) (SEQ ID NO: 1287) ОМЛ, ассоциированный с МДС; Хронический лимфоцитарный лейкоз-мелкоклеточная лимфоцитарная лимфома; Миелодиспластический синдром; ОМЛ; Люминальная NS карцинома молочной железы; Хронический миелоидный лейкоз; Протоковая карцинома поджелудочной железы; Хронический миеломоноцитарный лейкоз; Хронический лимфоцитарный лейкоз-мелкоклеточная лимфоцитарная лимфома; Миелофиброз; Миелодиспластический синдром; PRAD; Эссенциальная тромбоцитемия; Медулломиобластома SPOP F133L YLSLYLLLVSCPKSEVRAKFKFSILNAKGEETKAMESQRAYRFVQGKDWGLKKFIRRDFLLDEANGLLPDDKLTLFCEVSVVQDSVNISGQNTMNMVKVPE (SEQ ID NO: 1224) FVQGKDWGL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1288) PRAD SPOP F133V YLSLYLLLVSCPKSEVRAKFKFSILNAKGEETKAMESQRAYRFVQGKDWGVKKFIRRDFLLDEANGLLPDDKLTLFCEVSVVQDSVNISGQNTMNMVKVPE (SEQ ID NO: 1225) FVQGKDWGV (A02.01) (SEQ ID NO: 1289) PRAD TP53 G245S IRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGSMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEP (SEQ ID NO: 1226) CMGSMNRRPI (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1290)
GSMNRRPIL (B08.01) (SEQ ID NO: 1291)
MGSMNRRPI (B08.01) (SEQ ID NO: 1292)
MGSMNRRPIL (B08.01) (SEQ ID NO: 1293)
SMNRRPILTI (A02.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1294) BLCA, BRCA, CRC, GBM, HNSC, LUSC, PAAD, PRAD TP53 R248Q EGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNQRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHE (SEQ ID NO: 1227) CMGGMNQRPI (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1295)
GMNQRPILTI (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1296)
NQRPILTII (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1297) BLCA, BRCA, CRC, GBM, HNSC, KIRC, LIHC, LUSC, PAAD, PRAD, UCEC TP53 R248W EGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNWRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHE (SEQ ID NO: 1228) CMGGMNWRPI (A02.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1298)
GMNWRPILTI (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1299)
MNWRPILTI (A02.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1300)
MNWRPILTII (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 1301) BLCA, BRCA, CRC, GBM, HNSC, LIHC, LUSC, PAAD, SKCM, UCEC TP53 R273C PEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVCVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPL (SEQ ID NO: 1229) NSFEVCVCA (A02.01) (SEQ ID NO: 1302) BLCA, BRCA, CRC, GBM, HNSC, LUSC, PAAD, UCEC TP53 R273H PEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVHVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPL (SEQ ID NO: 1230) NSFEVHVCA (A02.01) (SEQ ID NO: 1303) BRCA, CRC, GBM, HNSC, LIHC, LUSC, PAAD, UCEC TP53 Y220C TEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPCEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSF (SEQ ID NO: 1231) VVPCEPPEV (A02.01) (SEQ ID NO: 1304)
VVVPCEPPEV (A02.01) (SEQ ID NO: 1305) BLCA, BRCA, GBM, HNSC, LIHC, LUAD, LUSC, PAAD, SKCM, UCEC ТАБЛИЦА 2B MSI-АССОЦИИРОВАННЫЕ СДВИГИ РАМКИ¹ MSH6 F1088fs; +1 YNFDKNYKDWQSAVECIAVLDVLLCLANYSRGGDGPMCRPVILLPEDTPPLLRA (SEQ ID NO: 1232) ILLPEDTPPL (A02.01) (SEQ ID NO: 1306)
LLPEDTPPL (A02.01) (SEQ ID NO: 1307) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка, Синдром Линча ТАБЛИЦА 2C СДВИГ РАМКИ СЧИТЫВАНИЯ¹ APC F1354fs AKFQQCHSTLEPNPADCRVLVYLQNQPGTKLLNFLQERNLPPKVVLRHPKVHLNTMFRRPHSCLADVLLSVHLIVLRVVRLPAPFRVNHAVEW* (SEQ ID NO: 1233) APFRVNHAV (B07.02) (SEQ ID NO: 1308)
CLADVLLSV (A02.01) (SEQ ID NO: 1309)
FLQERNLPPK (A03.01) (SEQ ID NO: 1310)
HLIVLRVVRL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1311)
HPKVHLNTM (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1312)
HPKVHLNTMF (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1313)
KVHLNTMFR (A03.01) (SEQ ID NO: 1314)
KVHLNTMFRR (A03.01) (SEQ ID NO: 1315)
LPAPFRVNHA (B07.02) (SEQ ID NO: 1316)
MFRRPHSCL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1317)
MFRRPHSCLA (B08.01) (SEQ ID NO: 1318)
NTMFRRPHSC (B08.01) (SEQ ID NO: 1319)
RPHSCLADV (B07.02) (SEQ ID NO: 1320)
RPHSCLADVL (B07.02) (SEQ ID NO: 1321)
RVVRLPAPFR (A03.01) (SEQ ID NO: 1322)
SVHLIVLRV (A02.01) (SEQ ID NO: 1323)
TMFRRPHSC (B08.01) (SEQ ID NO: 1324)
TMFRRPHSCL (A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1325)
VLLSVHLIV (A02.01) (SEQ ID NO: 1326)
VLLSVHLIVL (A02.01) (SEQ ID NO: 1327)
VLRVVRLPA (B08.01) (SEQ ID NO: 1328)
VVRLPAPFR (A03.01) (SEQ ID NO: 1329) CRC, LUAD, UCEC, STAD ARID1A Y1324fs ALGPHSRISCLPTQTRGCILLAATPRSSSSSSSNDMIPMAISSPPKAPLLAAPSPASRLQCINSNSRITSGQWMAHMALLPSGTKGRCTACHTALGRGSLSSSSCPQPSPSLPASNKLPSLPLSKMYTTSMAMPILPLPQLLLSADQQAAPRTNFHSSLAETVSLHPLAPMPSKTCHHK* (SEQ ID NO: 1234) AMPILPLPQL (A02.01) (SEQ ID NO: 1330)
APLLAAPSPA (B07.02) (SEQ ID NO: 1331)
APRTNFHSS (B07.02) (SEQ ID NO: 1332)
APRTNFHSSL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1333)
CPQPSPSLPA (B07.02) (SEQ ID NO: 1334)
GQWMAHMAL (A02.01) (SEQ ID NO: 1335)
GQWMAHMALL (A02.01) (SEQ ID NO: 1336)
HMALLPSGTK (A03.01) (SEQ ID NO: 1337)
HTALGRGSL (B07.02) (SEQ ID NO: 1338)
IPMAISSPP (B07.02) (SEQ ID NO: 1339)
IPMAISSPPK (B07.02) (SEQ ID NO: 1340)
KLPSLPLSK (A03.01) (SEQ ID NO: 1341)
KLPSLPLSKM (A02.01) (SEQ ID NO: 1342)
KMYTTSMAM (A02.01, A03.01) (SEQ ID NO: 1343)
LLAAPSPASR (A03.01) (SEQ ID NO: 1344)
LLLSADQQAA (A02.01) (SEQ ID NO: 1345)
LLSADQQAA (A02.01) (SEQ ID NO: 1346)
LPASNKLPS (B07.02) (SEQ ID NO: 1347)
LPASNKLPSL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1348)
LPLPQLLLSA (B07.02) (SEQ ID NO: 1349)
LPSLPLSKM (B07.02) (SEQ ID NO: 1350)
LSKMYTTSM (B08.01) (SEQ ID NO: 1351)
MALLPSGTK (A03.01) (SEQ ID NO: 1352)
MPILPLPQL (B07.02) (SEQ ID NO: 1353)
MPILPLPQLL (B07.02) (SEQ ID NO: 1354)
MYTTSMAMPI (A24.02) (SEQ ID NO: 1355)
PMAISSPPK (A03.01) (SEQ ID NO: 1356)
QWMAHMALL (A24.02) (SEQ ID NO: 1357)
SKMYTTSMAM (B07.02) (SEQ ID NO: 1358)
SMAMPILPL (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1359)
SNKLPSLPL (B08.01) (SEQ ID NO: 1360)
SPASRLQCI (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1361)
SPPKAPLLAA (B07.02) (SEQ ID NO: 1362)
SPSLPASNKL (B07.02) (SEQ ID NO: 1363)
YTTSMAMPI (A02.01) (SEQ ID NO: 1364)
YTTSMAMPIL (A02.01) (SEQ ID NO: 1365) STAD, UCEC, BLCA, BRCA, LUSC, CESC, KIRC, UCS ARID1A G1848fs RSYRRMIHLWWTAQISLGVCRSLTVACCTGGLVGGTPLSISRPTSRARQSCCLPGLTHPAHQPLGSM* (SEQ ID NO: 1235) CLPGLTHPA (A02.01) (SEQ ID NO: 1366)
GLTHPAHQPL (A02.01) (SEQ ID NO: 1367)
HPAHQPLGSM (B07.02) (SEQ ID NO: 1368)
LTHPAHQPL (B07.02) (SEQ ID NO: 1369)
RPTSRARQSC (B07.02) (SEQ ID NO: 1370)
RQSCCLPGL (A02.01) (SEQ ID NO: 1371)
TSRARQSCCL (B08.01) (SEQ ID NO: 1372) STAD, UCEC, BLCA, BRCA, LUSC, CESC, KIRC, UCS β2M L13fs QHSGRDVSLRGLSCARATLSFWPGGYPAYSKDSGLLTSSSREWKVKFPELLCVWVSSIRH* (SEQ ID NO: 1236) ELLCVWVSSI (A02.01) (SEQ ID NO: 1373)
EWKVKFPEL (B08.01) (SEQ ID NO: 1374)
KFPELLCVW (A24.02) (SEQ ID NO: 1375)
LLCVWVSSI (A02.01) (SEQ ID NO: 1376)
LLTSSSREWK (A03.01) (SEQ ID NO: 1377)
LTSSSREWK (A03.01) (SEQ ID NO: 1378)
YPAYSKDSGL (B07.02) (SEQ ID NO: 1379) CRC, STAD, SKCM, HNSC GATA3 L328fs
N334fs AQAKAVCSQESRDVLCELSDHHNHTLEEECQWGPCLQCLWALLQASQY* (SEQ ID NO: 1237) CLQCLWALL (A02.01) (SEQ ID NO: 1380)
CQWGPCLQCL (A02.01) (SEQ ID NO: 1381)
QWGPCLQCL (A24.02) (SEQ ID NO: 1382)
QWGPCLQCLW (A24.02) (SEQ ID NO: 1383) Рак молочной железы GATA3 H400fs
S408fs
S408fs
S430fs
H434fs
H435fs PGRPLQTHVLPEPHLALQPLQPHADHAHADAPAIQPVLWTTPPLQHGHRHGLEPCSMLTGPPARVPAVPFDLHFCRSSIMKPKRDGYMFLKAESKIMFATLQRSSLWCLCSNH* (SEQ ID NO: 1238) AIQPVLWTT (A02.01) (SEQ ID NO: 1384)
ALQPLQPHA (A02.01) (SEQ ID NO: 1385)
DLHFCRSSIM (B08.01) (SEQ ID NO: 1386)
EPHLALQPL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1387)
ESKIMFATL (B08.01) (SEQ ID NO: 1388)
FATLQRSSL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1389)
FLKAESKIM (B08.01) (SEQ ID NO: 1390)
FLKAESKIMF (B08.01) (SEQ ID NO: 1391)
GPPARVPAV (B07.02) (SEQ ID NO: 1392)
IMKPKRDGYM (B08.01) (SEQ ID NO: 1393)
KIMFATLQR (A03.01) (SEQ ID NO: 1394)
KPKRDGYMF (B07.02) (SEQ ID NO: 1395)
KPKRDGYMFL (B07.02) (SEQ ID NO: 1396)
LHFCRSSIM (B08.01) (SEQ ID NO: 1397)
LQHGHRHGL (B08.01) (SEQ ID NO: 1398)
MFATLQRSSL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1399)
MFLKAESKI (A24.02) (SEQ ID NO: 1400)
MLTGPPARV (A02.01) (SEQ ID NO: 1401)
QPVLWTTPPL (B07.02) (SEQ ID NO: 1402)
SMLTGPPARV (A02.01) (SEQ ID NO: 1403)
TLQRSSLWCL (A02.01) (SEQ ID NO: 1404)
VLPEPHLAL (A02.01) (SEQ ID NO: 1405)
VPAVPFDLHF (B07.02) (SEQ ID NO: 1406)
YMFLKAESK (A03.01) (SEQ ID NO: 1407)
YMFLKAESKI (A02.01, A03.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1408) Рак молочной железы MLL2 P647fs
L656fs TRRCHCCPHLRSHPCPHHLRNHPRPHHLRHHACHHHLRNCPHPHFLRHCTCPGRWRNRPSLRRLRSLLCLPHLNHHLFLHWRSRPCLHRKSHPHLLHLRRLYPHHLKHRPCPHHLKNLLCPRHLRNCPLPRHLKHLACLHHLRSHPCPLHLKSHPCLHHRRHLVCSHHLKSLLCPLHLRSLPFPHHLRHHACPHHLRTRLCPHHLKNHLCPPHLRYRAYPPCLWCHACLHRLRNLPCPHRLRSLPRPLHLRLHASPHHLRTPPHPHHLRTHLLPHHRRTRSCPCRWRSHPCCHYLRSRNSAPGPRGRTCHPGLRSRTCPPGLRSHTYLRRLRSHTCPPSLRSHAYALCLRSHTCPPRLRDHICPLSLRNCTCPPRLRSRTCLLCLRSHACPPNLRNHTCPPSLRSHACPPGLRNRICPLSLRSHPCPLGLKSPLRSQANALHLRSCPCSLPLGNHPYLPCLESQPCLSLGNHLCPLCPRSCRCPHLGSHPCRLS* (SEQ ID NO: 1239) APGPRGRTC (B07.02) (SEQ ID NO: 1409)
CLRSHTCPPR (A03.01) (SEQ ID NO: 1410)
CLWCHACLHR (A03.01) (SEQ ID NO: 1411)
CPHLGSHPC (B07.02) (SEQ ID NO: 1412)
CPLGLKSPL (B07.02) (SEQ ID NO: 1413)
CPRSCRCPH (B07.02) (SEQ ID NO: 1414)
CPRSCRCPHL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1415)
CSLPLGNHPY (A01.01) (SEQ ID NO: 1416)
GLRNRICPL (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1417)
GLRSHTYLR (A03.01) (SEQ ID NO: 1418)
GLRSHTYLRR (A03.01) (SEQ ID NO: 1419)
GPRGRTCHPG (B07.02) (SEQ ID NO: 1420)
HLGSHPCRL (B08.01) (SEQ ID NO: 1421)
HLRLHASPH (A03.01) (SEQ ID NO: 1422)
HLRSCPCSL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1423)
HLRTHLLPH (A03.01) (SEQ ID NO: 1424)
HLRTHLLPHH (A03.01) (SEQ ID NO: 1425)
HLRYRAYPP (B08.01) (SEQ ID NO: 1426)
HLRYRAYPPC (B08.01) (SEQ ID NO: 1427)
HPHHLRTHL (B07.02) (SEQ ID NO: 1428)
HPHHLRTHLL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1429)
HTYLRRLRSH (A03.01) (SEQ ID NO: 1430)
LPCPHRLRSL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1431)
LPHHRRTRSC (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1432)
LPLGNHPYL (B07.02) (SEQ ID NO: 1433)
LPRPLHLRL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1434)
NLRNHTCPP (B08.01) (SEQ ID NO: 1435)
PPRLRSRTCL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1436)
RLHASPHHL (A02.01) (SEQ ID NO: 1437)
RLHASPHHLR (A03.01) (SEQ ID NO: 1438)
RLRDHICPL (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1439)
RLRNLPCPH (A03.01) (SEQ ID NO: 1440)
RLRNLPCPHR (A03.01) (SEQ ID NO: 1441)
RLRSHTCPP (B08.01) (SEQ ID NO: 1442)
RLRSLPRPL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1443)
RLRSLPRPLH (A03.01) (SEQ ID NO: 1444)
RLRSRTCLL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1445)
RNRICPLSL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1446)
RPLHLRLHA (B07.02) (SEQ ID NO: 1447)
RPLHLRLHAS (B07.02) (SEQ ID NO: 1448)
RSHACPPGLR (A03.01) (SEQ ID NO: 1449)
RSHACPPNLR (A03.01) (SEQ ID NO: 1450)
RSHAYALCLR (A03.01) (SEQ ID NO: 1451)
RSHPCCHYLR (A03.01) (SEQ ID NO: 1452)
RSHPCPLGLK (A03.01) (SEQ ID NO: 1453)
RSHTCPPSLR (A03.01) (SEQ ID NO: 1454)
RSLPRPLHLR (A03.01) (SEQ ID NO: 1455)
RSRTCLLCL (B07.02) (SEQ ID NO: 1456)
RSRTCLLCLR (A03.01) (SEQ ID NO: 1457)
RSRTCPPGL (B07.02) (SEQ ID NO: 1458)
RSRTCPPGLR (A03.01) (SEQ ID NO: 1459)
RTHLLPHHRR (A03.01) (SEQ ID NO: 1460)
RTRSCPCRWR (A03.01) (SEQ ID NO: 1461)
RYRAYPPCL (A24.02) (SEQ ID NO: 1462)
RYRAYPPCLW (A24.02) (SEQ ID NO: 1463)
SLGNHLCPL (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1464)
SLPLGNHPYL (A02.01) (SEQ ID NO: 1465)
SLPRPLHLRL (A02.01) (SEQ ID NO: 1466)
SLRNCTCPPR (A03.01) (SEQ ID NO: 1467)
SLRSHAYAL (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1468)
SLRSHPCPL (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1469)
SPHHLRTPP (B07.02) (SEQ ID NO: 1470)
SPHHLRTPPH (B07.02) (SEQ ID NO: 1471)
SPLRSQANAL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1472)
YLRRLRSHTC (B08.01) (SEQ ID NO: 1473)
YLRSRNSAP (B08.01) (SEQ ID NO: 1474)
YLRSRNSAPG (B08.01) (SEQ ID NO: 1475) STAD, BLCA, CRC, HNSC, BRCA MLL2 P2354fs GPRSHPLPRLWHLLLQVTQTSFALAPTLTHMLSPH* (SEQ ID NO: 1240) ALAPTLTHM (A02.01) (SEQ ID NO: 1476)
ALAPTLTHML (A02.01) (SEQ ID NO: 1477)
LLQVTQTSFA (A02.01) (SEQ ID NO: 1478)
LQVTQTSFAL (A02.01) (SEQ ID NO: 1479)
RLWHLLLQV (A02.01) (SEQ ID NO: 1480)
RLWHLLLQVT (A02.01) (SEQ ID NO: 1481) STAD, BLCA, CRC, HNSC, BRCA RNF43 G659fs PLGLVPWTRWCPQGKPRFPAMSTTTATGTTTTKSGSSGMAGSLAQKPESPSPGLLFLGHSPSQSHLLLISKSPDPTQQPLRGGSLTHSAPGPSLSQPLAQLTPPASAPVPAVCSTCKNPASLPDTHRGKGGGVPPSPPLALGPRMQLCTQLARFFPITPPVWHILGPQRHTP* (SEQ ID NO: 1241) CTQLARFFPI (A24.02) (SEQ ID NO: 1482)
FFPITPPVW (A24.02) (SEQ ID NO: 1483)
FPITPPVWHI (B07.02) (SEQ ID NO: 1484)
GPRMQLCTQL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1485)
ITPPVWHIL (A24.02) (SEQ ID NO: 1486)
LALGPRMQL (B07.02) (SEQ ID NO: 1487)
MQLCTQLARF (A24.02) (SEQ ID NO: 1488)
RFFPITPPV (A02.01, A24.02) (SEQ ID NO: 1489)
RFFPITPPVW (A24.02) (SEQ ID NO: 1490)
RMQLCTQLA (A02.01) (SEQ ID NO: 1491)
RMQLCTQLAR (A03.01) (SEQ ID NO: 1492)
SPPLALGPRM (B07.02) (SEQ ID NO: 1493)
TQLARFFPI (A02.01, A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1494) STAD SMAP1 E169fs KYEKKKYYDKNAIAITNISSSDAPLQPLVSSPSLQAAVDKNKLEKEKEKKRKRKREKRSQKSRQNHLQLKSCRRKISNWSLKKVPALKKLRSPLWIF (SEQ ID NO: 1242) KSRQNHLQL (B07.02) (SEQ ID NO: 1495)
ALKKLRSPL (B08.01, B07.02) (SEQ ID NO: 1496)
HLQLKSCRRK (A03.01) (SEQ ID NO: 1497)
KISNWSLKK (A03.01, A11.01) (SEQ ID NO: 1498)
KISNWSLKKV (A03.01) (SEQ ID NO: 1499)
KLRSPLWIF (A24.02) (SEQ ID NO: 1500)
KSRQNHLQLK (A03.01) (SEQ ID NO: 1501)
NWSLKKVPAL (B08.01) (SEQ ID NO: 1502)
SLKKVPALK (A03.01, A11.01) (SEQ ID NO: 1503)
SLKKVPALKK (A03.01) (SEQ ID NO: 1504)
SQKSRQNHL (B08.01) (SEQ ID NO: 1505)
WSLKKVPAL (B08.01) (SEQ ID NO: 1506)
WSLKKVPALK (A03.01) (SEQ ID NO: 1507) MSI+ CRC, MSI+ Рак матки/эндометрия, MSI+ Рак желудка TP53 P58fs
P72fs
G108fs
R110fs CCPRTILNNGSLKTQVQMKLPECQRLLPPWPLHQQLLHRRPLHQPPPGPCHLLSLPRKPTRAATVSVWASCILGQPSL* (SEQ ID NO: 1243) KLPECQRLL (A02.01) (SEQ ID NO: 1508)
KPTRAATVSV (B07.02) (SEQ ID NO: 1509)
LPPWPLHQQL (B07.02) (SEQ ID NO: 1510)
LPRKPTRAA (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1511)
LPRKPTRAAT (B07.02) (SEQ ID NO: 1512)
QQLLHRRPL (B08.01) (SEQ ID NO: 1513)
RLLPPWPLH (A03.01) (SEQ ID NO: 1514) BRCA, CRC, LUAD, PRAD, HNSC, LUSC, PAAD, STAD, BLCA, OV, LIHC, SKCM, UCEC, LAML, UCS, KICH, GBM, ACC TP53 P152fs LARTPLPSTRCFANWPRPALCSCGLIPHPRPAPASAPWPSTSSHST* (SEQ ID NO: 1244) APASAPWPST (B07.02) (SEQ ID NO: 1515)
APWPSTSSH (B07.02) (SEQ ID NO: 1516)
RPAPASAPW (B07.02) (SEQ ID NO: 1517)
WPSTSSHST (B07.02) (SEQ ID NO: 1518) BRCA, CRC, LUAD, PRAD, HNSC, LUSC, PAAD, STAD, BLCA, OV, LIHC, SKCM, UCEC, LAML, UCS, KICH, GBM, ACC UBR5 K2120fs SQGLYSSSASSGKCLMEVTVDRNCLEVLPTKMSYAANLKNVMNMQNRQKKKGKNSPCCQKKLRVQNQGHLLMILLHN* (SEQ ID NO: 1245) RVQNQGHLL (B07.02) (SEQ ID NO: 1519) VHL L116fs
G123fs TRASPPRSSSAIAVRASCCPYGSTSTASRSPTQRCRLARAAASTATEVTFGSSEMQGHTMGFWLTKLNYLCHLSMLTDSLFLPISHCQCIL* (SEQ ID NO: 1246) FLPISHCQCI (A02.01) (SEQ ID NO: 1520)
FWLTKLNYL (A24.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1521)
HLSMLTDSL (A02.01) (SEQ ID NO: 1522)
HTMGFWLTK (A03.01) (SEQ ID NO: 1523)
HTMGFWLTKL (A02.01) (SEQ ID NO: 1524)
KLNYLCHLSM (A02.01) (SEQ ID NO: 1525)
LPISHCQCI (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1526)
LPISHCQCIL (B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1527)
LTDSLFLPI (A01.01, A02.01) (SEQ ID NO: 1528)
LTKLNYLCHL (B08.01) (SEQ ID NO: 1529)
MLTDSLFLPI (A01.01, A02.01, B08.01) (SEQ ID NO: 1530)
MQGHTMGFWL (A02.01) (SEQ ID NO: 1531)
NYLCHLSML (A24.02) (SEQ ID NO: 1532)
SMLTDSLFL (A02.01) (SEQ ID NO: 1533)
TMGFWLTKL (A02.01) (SEQ ID NO: 1534)
YLCHLSMLT (A02.01) (SEQ ID NO: 1535) KIRC, KIRP ТАБЛИЦА 2D ВСТАВКА¹ HER2 G776insYVMA LGSGAFGTVYKGIWIPDGENVKIPVAIKVLRENTSPKANKEILDEAYVMAYVMAGVGSPYVSRLLGICLTSTVQLVTQLMPYGCLLDHVRENRGRLGSQDLLNW (SEQ ID NO: 1247) ILDEAYVMAY (A01.01) (SEQ ID NO: 1536)
VMAYVMAGV (A02.01) (SEQ ID NO: 1537)
YVMAYVMAG (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1538)
YVMAYVMAGV (A02.01, B07.02, B08.01) (SEQ ID NO: 1539) Рак легкого

¹Подчеркнутые АК представляют не нативные АК

²Выделенные жирным АК представляют нативные АК аминокислотной последовательности, кодируемой вторым из двух слитых генов

³Выделенные жирным и подчеркнутые АК представляют не нативные АК аминокислотной последовательности, кодируемой вторым из двух слитых генов из-за сдвига рамки считывания.

В таблицах выше, одно или несколько типовых слияний, последовательность, которая указана перед первым «:» принадлежит к последовательности экзона полипептида, кодируемого первым геном, последовательность, которая указана после второго «:», принадлежит к последовательности экзона полипептида, кодируемого вторым геном, и аминокислота, которая указана между символами «:», кодируется кодоном, который разделяет последовательность экзона полипептида, кодируемого первым геном и последовательность экзона полипептида, кодируемого вторым геном.

Однако в некоторых вариантах осуществления, например, NAB:STAT6, NAB экзон связан с 5’ UTR STAT6 и первая аминокислота, которая появляется после границы, является нормальным старт-кодоном STAT6 (в этом сайте рамка отсутствует (так как она не является нормально транслированной).

AR-V7 в таблицах выше также может рассматриваться, в некоторых вариантах осуществления, как вариант сплайсинга AR гена, который кодирует белок, который не имеет домена связывания лиганда, найденного в полноцепочечном AR.

В некоторых вариантах осуществления, способы секвенирования используют для идентификации опухолеспецифических мутаций. Любой подходящий способ секвенирования может использоваться согласно настоящему описанию, например, технологии секвенирования следующего поколения. Способы секвенирования третьего поколения могут быть заменены на технологию NGS в будущем для ускорения стадии секвенирования способа. Для целей классификации: термины «Секвенирование следующего поколения» или «NGS» в контексте настоящего описания означают все новые технологии секвенирования с высокой пропускной способностью, которые, в отличие от «обычной» методологии секвенирования, известной как химия по Сэнгеру, считывает шаблоны нуклеиновой кислоты произвольно, параллельно по всему геному, путем разделение всего генома на мелкие части. Такие технологии NGS (также известные как технологии массового параллельного секвенирования) способны доставлять информацию последовательности нуклеиновых кислот всего генома, экзома, транскриптома (всех транскрибированных последовательностей генома) или метилома (всех метилированных последовательностей генома) в осень короткие периоды времени, например в пределах 1-2 недель, например, в пределах 1-7 дней или в пределах менее чем 24 часов, и позволяют, в принципе, подходы к секвенированию отдельной клетки. Множество NGS платформ, которые коммерчески доступны или которые упомянуты в литературе, могут использоваться в контексте настоящего описания, например, описанные подробно в WO 2012/159643.

В некоторых вариантах осуществления, пептид, описанный в настоящем изобретении, может одержать, но не ограничен ими, приблизительно 5, приблизительно 6, приблизительно 7, приблизительно 8, приблизительно 9, приблизительно 10, приблизительно 11, приблизительно 12, приблизительно 13, приблизительно 14, приблизительно 15, приблизительно 16, приблизительно 17, приблизительно 18, приблизительно 19, приблизительно 20, приблизительно 21, приблизительно 22, приблизительно 23, приблизительно 24, приблизительно 25, приблизительно 26, приблизительно 27, приблизительно 28, приблизительно 29, приблизительно 30, приблизительно 31, приблизительно 32, приблизительно 33, приблизительно 34, приблизительно 35, приблизительно 36, приблизительно 37, приблизительно 38, приблизительно 39, приблизительно 40, приблизительно 41, приблизительно 42, приблизительно 43, приблизительно 44, приблизительно 45, приблизительно 46, приблизительно 47, приблизительно 48, приблизительно 49, приблизительно 50, приблизительно 60, приблизительно 70, приблизительно 80, приблизительно 90, приблизительно 100, приблизительно 110, приблизительно 120, приблизительно 150, приблизительно 200, приблизительно 300, приблизительно 350, приблизительно 400, приблизительно 450, приблизительно 500, приблизительно 600, приблизительно 700, приблизительно 800, приблизительно 900, приблизительно 1000, приблизительно 1500, приблизительно 2000, приблизительно 2500, приблизительно 3000, приблизительно 4000, приблизительно 5000, приблизительно 7500, приблизительно 10000 аминокислот или более аминокислотных остатков, и любой получаемый из них интервал. В конкретных вариантах осуществления, молекула неоантигенного пептида равна или менее 100 аминокислот.

В некоторых вариантах осуществления, пептиды могут быть от приблизительно 8 и до приблизительно 50 аминокислотных остатков в длину, или от приблизительно 8 и приблизительно 30, от приблизительно 8 и приблизительно 20, от приблизительно 8 и приблизительно 18, от приблизительно 8 и приблизительно 15 или от приблизительно 8 и приблизительно 12 аминокислотных остатков в длину. В некоторых вариантах осуществления, пептиды могут быть от приблизительно 8 и приблизительно 500 аминокислотных остатков в длину или от приблизительно 8 и приблизительно 450, от приблизительно 8 и приблизительно 400, от приблизительно 8 и приблизительно 350, от приблизительно 8 и приблизительно 300, от приблизительно 8 и приблизительно 250, от приблизительно 8 и приблизительно 200, от приблизительно 8 и приблизительно 150, от приблизительно 8 и приблизительно 100, от приблизительно 8 и приблизительно 50 или от приблизительно 8 и приблизительно 30 аминокислотных остатков в длину.

В некоторых вариантах осуществления, пептиды могут быть по меньшей мере 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50 или более аминокислотных остатков в длину. В некоторых вариантах осуществления, пептиды могут быть по меньшей мере 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 55, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500 или более аминокислотных остатков в длину. В некоторых вариантах осуществления, пептиды могут быть не более 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50 или менее аминокислотных остатков в длину. В некоторых вариантах осуществления, пептиды могут быть не более 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 55, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500 или менее аминокислотных остатков в длину.

В некоторых вариантах осуществления, пептиды имеют общую длину по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, по меньшей мере 26, по меньшей мере 27, по меньшей мере 28, по меньшей мере 29, по меньшей мере 30, по меньшей мере 40, по меньшей мере 50, по меньшей мере 60, по меньшей мере 70, по меньшей мере 80, по меньшей мере 90, по меньшей мере 100, по меньшей мере 150, по меньшей мере 200, по меньшей мере 250, по меньшей мере 300, по меньшей мере 350, по меньшей мере 400, по меньшей мере 450 или по меньшей мере 500 аминокислот.

В некоторых вариантах осуществления, пептиды имеют общую длину не более 8, не более 9, не более 10, не более 11, не более 12, не более 13, не более 14, не более 15, не более 16, не более 17, не более 18, не более 19, не более 20, не более 21, не более 22, не более 23, не более 24, не более 25, не более 26, не более 27, не более 28, не более 29, не более 30, не более 40, не более 50, не более 60, не более 70, не более 80, не более 90, не более 100, не более 150, не более 200, не более 250, не более 300, не более 350, не более 400, не более 450 или не более 500 аминокислот.

Более длинный пептид может быть обозначен несколькими путями. В некоторых вариантах осуществления, когда HLA-связывающий пептиды спрогнозированы или известны, более длинный пептид содержит (1) отдельные связывающие пептиды с удлинениями 2-5 аминокислот в направлении N- и C-концов каждого генного продукта; или (2) соединение в цепочку некоторых или всех связывающих пептидов с удлиненными последовательностями для каждого. В других вариантах осуществления, когда секвенирование обнаруживает длинную (>10 остатков) неоэпитопную последовательность, присутствующую в опухоли (например, из-за сдвига рамки, сквозного прохождения или включения интрона, которые приводят в новой пептидной последовательности), более длинный пептид может состоять из целого ряда новых опухолеспецифических аминокислот, либо в виде одного длинного пептида, либо нескольких перекрывающихся более длинных пептидов. В некоторых вариантах осуществления, применение более длинного пептида допускает эндогенное процессирование клетками пациента и может привести к более эффективной презентации антигена и индукции Т-клеточных ответов. В некоторых вариантах осуществления, можно использовать два или несколько пептидов, где пептиды перекрываются и выложены над длинным неоантигенным пептидом.

В некоторых вариантах осуществления, пептиды могут иметь значение pI от приблизительно 0,5 до приблизительно 12, от приблизительно 2 до приблизительно 10 или от приблизительно 4 до приблизительно 8. В некоторых вариантах осуществления, пептиды могут иметь значение pI, по меньшей мере 4,5, 5, 5,5, 6, 6,5, 7, 7,5 или более. В некоторых вариантах осуществления, пептиды могут иметь значение pI не более 4,5, 5, 5,5, 6, 6,5, 7, 7,5 или менее.

В некоторых вариантах осуществления, пептид, описанный в настоящем изобретении, может быть в растворе, лиофилизированными или могут быть в кристаллической форме. В некоторых вариантах осуществления, пептид, описанный в настоящем изобретении, может быть получен синтетически, технологией рекомбинантной ДНК или химическим синтезом, или может быть выделен из природных источников, таких как нативные опухоли или патогенные организмы. Неоэпитопы могут быть синтезированы отдельно или объединены прямо или косвенно в пептид. Хотя пептид, описанный в настоящем изобретении, может быть по существу свободным от других существующих в природе белков клетки-хозяина и их фрагментов, в некоторых вариантах осуществления, пептид может быть синтетически конъюгирован так, чтобы объединиться с нативными фрагментами или частицами.

В некоторых вариантах осуществления, пептид, описанный в настоящем изобретении, может быть получен множеством путей. В некоторых вариантах осуществления, пептиды могут быть синтезированы в растворе или на твердой подложке согласно обычным методам. Разные автоматические синтезаторы коммерчески доступны и могут использоваться согласно известным протоколам. См., например, Stewart & Young, Solid Phase Peptide Synthesis, 2d. Ed., Pierce Chemical Co., 1984. Далее, отдельные пептиды могут быть объединены с использованием химического лигирования с получением больших пептидов, которые все еще находятся в пределах настоящего описания.

Альтернативно, может использоваться технология рекомбинантной ДНК, где нуклеотидная последовательность, которая кодирует пептид, вставленный в вектор экспрессии, трансформирована или трансфицирована в подходящую клетку-хозяина, и культивирована в условиях, подходящих для экспрессии. Эти методы обычно известны в данной области техники, как описано в общем в Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989). Таким образом, рекомбинантные пептиды, которые содержат один или более неоантигенных пептидов, описанных в настоящем изобретении, может использоваться для презентирования подходящего Т-клеточного эпитопа.

В некоторых вариантах осуществления, пептид кодируется геном с точечной мутацией, полученной в результате аминокислотного замещения нативного пептида. В некоторых вариантах осуществления, пептид кодируется геном с точечной мутацией, полученной в результате мутации со сдвигом рамки считывания. Сдвиг рамки считывания происходит, когда мутация разрывает нормальную фазу периодичности кодона гена (также известную как «рамка считывания»), получая трансляцию не нативной белковой последовательности. Различные мутации в гене могут приводить к некоторому изменению рамки считывания. В некоторых вариантах осуществления, пептид, кодируемый геном с мутацией, дает слитый полипептид, делецию внутри рамки считывания, вставку, экспрессию эндогенных вирусных полипептидов и опухолеспецифическую сверхэкспрессию полипептидов. В некоторых вариантах осуществления, пептид кодируется слиянием первого гена со вторым геном. В некоторых вариантах осуществления, пептид кодируется слиянием внутри рамки считывания первого гена со вторым геном. В некоторых вариантах осуществления, пептид кодируется слиянием первого гена с экзоном сплайс-варианта первого гена. В некоторых вариантах осуществления, пептид кодируется слиянием первого гена с криптическим экзоном первого гена. В некоторых вариантах осуществления, пептид кодируется слиянием первого гена со вторым геном, где пептид содержит аминокислотную последовательность, кодируемую последовательностью вне рамки считывания, полученной при слиянии.

В некоторых аспектах, настоящее описание относится к композиции, содержащей по меньшей мере два или более двух пептидов. В некоторых вариантах осуществления, композиция, описанная в настоящем изобретении, содержит по меньшей мере два отдельных пептида. В некоторых вариантах осуществления, композиция, описанная в настоящем изобретении, содержит первый пептид, содержащий первый неоэпитоп, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп. В некоторых вариантах осуществления, первый и второй пептиды получают из одного и того же белка. По меньшей мере два отдельных пептида могут варьировать по длине, аминокислотной последовательности или обоих. Пептиды могут быть получены из любого белка, про который известно или было обнаружено, что он содержит опухолеспецифическую мутацию. В некоторых вариантах осуществления, композиция, описанная в настоящем изобретении, содержит первый пептид, содержащий первый неоэпитоп белка, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп того же белка, где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый неоэпитоп содержит мутацию, и второй неоэпитоп содержит ту же мутацию. В некоторых вариантах осуществления, композиция, описанная в настоящем изобретении, содержит первый пептид, содержащий первый неоэпитоп первой области белка, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп второй области того же белка, где первая область содержит по меньшей мере одну аминокислоту второй области, где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый эпитоп содержит первую мутацию и второй эпитоп содержит вторую мутацию. В некоторых вариантах осуществления, первая мутация и вторая мутация являются одинаковыми. В некоторых вариантах осуществления, мутация выбрана из группы, состоящей из точечной мутации, мутации сайта сплайсинга, мутации со сдвигом рамки, мутации сквозного прохождения, мутации слияния гена и любой их комбинации.

В некоторых вариантах осуществления, пептид может быть получен из белка с мутацией замещения, например, KRAS G12C, G12D, G12V, Q61H или Q61L мутацией или NRAS Q61K или Q61R мутацией. Замещение может быть расположено в любом месте вдоль пептида. Например, оно может быть расположено в N-концевой трети пептида, центральной трети пептида или C-концевой трети пептида. В другом варианте осуществления, замещенный остаток расположен в 2-5 остатках от N-конца или в 2-5 остатках от C-конца. Пептиды также могут быть получены из опухолеспецифических мутаций вставки, где пептид содержит один или более или все вставленные остатки.

В некоторых вариантах осуществления, первый пептид содержит по меньшей мере одну дополнительную мутацию. В некоторых вариантах осуществления, одна или более из по меньшей мере одной дополнительной мутации не является мутацией в первом неоэпитопе. В некоторых вариантах осуществления, одна или более из по меньшей мере одной дополнительной мутации является мутацией в первом неоэпитопе. В некоторых вариантах осуществления, второй пептид содержит по меньшей мере одну дополнительную мутацию. В некоторых вариантах осуществления, одна или более из по меньшей мере одной дополнительной мутации не является мутацией во втором неоэпитопе. В некоторых вариантах осуществления, одна или более из по меньшей мере одной дополнительной мутации является мутацией во втором неоэпитопе.

В некоторых аспектах, это описание относится к композиции, содержащей один полипептид, содержащий первый пептид и второй пептид, или один полинуклеотид, кодирующий первый пептид и второй пептид. В некоторых вариантах осуществления, композиция по изобретению содержит один или более дополнительных пептидов, один или более дополнительных пептидов содержит третий неоэпитоп. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид и второй пептид кодированы последовательностью, транскрибированной из одного и того же сайта начала транскрипции. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид кодируется последовательностью, транскрибированной из первого сайта начала транскрипции, и второй пептид кодируется последовательностью, транскрибированной из второго сайта начала транскрипции. В некоторых вариантах осуществления, где полипептид имеет длину по меньшей мере 26; 27; 28; 29; 30; 40; 50; 60; 70; 80; 90; 100; 150; 200; 250; 300; 350; 400; 450; 500; 600; 700; 800; 900; 1000; 1500; 2000; 2500; 3000; 4000; 5000; 7500; или 10000 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, полипептид содержит первую последовательность с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа; и вторую последовательность с, меньшей мере, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, полипептид содержит первую последовательность из по меньшей мере 8 или 9 непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа; и вторую последовательность из по меньшей мере 16 или 17 непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа.

В некоторых вариантах осуществления, второй пептид длиннее первого пептида. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид длиннее второго пептида. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид имеет длину по меньшей мере 9; 10; 11; 12; 13; 14; 15; 16; 17; 18; 19; 20; 21; 22; 23; 24; 25; 26; 27; 28; 29; 30; 40; 50; 60; 70; 80; 90; 100; 150; 200; 250; 300; 350; 400; 450; 500; 600; 700; 800; 900; 1000; 1500; 2000; 2500; 3000; 4000; 5000; 7500; или 10000 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, второй пептид имеет длину по меньшей мере 17; 18; 19; 20; 21; 22; 23; 24; 25; 26; 27; 28; 29; 30; 40; 50; 60; 70; 80; 90; 100; 150; 200; 250; 300; 350; 400; 450; 500; 600; 700; 800; 900; 1000; 1500; 2000; 2500; 3000; 4000; 5000; 7500; или 10000 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, первый пептид содержит последовательность из по меньшей мере 9 непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, второй пептид содержит последовательность из по меньшей мере 17 непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа.

В некоторых вариантах осуществления, первый пептид, второй пептид или оба содержат по меньшей мере одну фланкирующую последовательность, где по меньшей мере одна фланкирующая последовательность находится выше или ниже неоэпитопа. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая последовательность имеет по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичность последовательности к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая последовательность содержит последовательность не дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одной фланкирующей последовательностью является N-концевая фланкирующая последовательность. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одой фланкирующей последовательностью является C-концевая фланкирующая последовательность. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая последовательность первого пептида имеет по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичность последовательности к, по меньшей мере одной фланкирующей последовательности второго пептида. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая область первого пептида отличается от, по меньшей мере одной фланкирующей области второго пептида. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один фланкирующий остаток содержит мутацию.

В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, содержащую по меньшей мере одну мутантную аминокислоту. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, содержащую по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более мутантных аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более не мутантных аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более не мутантных аминокислот выше, по меньшей мере одной мутантной аминокислоты. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более не мутантных аминокислот ниже, по меньшей мере одной мутантной аминокислоты. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более не мутантных аминокислот выше, по меньшей мере одной мутантной аминокислоты; и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более не мутантных аминокислот ниже, по меньшей мере одной мутантной аминокислоты.

В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоантигенную пептидную последовательность, изображенную в таблицах 1-14. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, изображенную в таблицах 1-14. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, содержащую по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту), изображенную в таблицах 1-14. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность содержащую по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более мутантных аминокислот (подчеркнутых аминокислот), изображенных в таблицах 1-14. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, содержащую по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту) и по меньшей мере одну выделенную жирным аминокислоту, изображенную в таблицах 1-14. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту) и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или не мутантные аминокислоты, изображенные в таблицах 1-14. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту) и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более не мутантных аминокислот выше, по крайней мере, одной из мутантных аминокислот, изображенных в таблицах 1-14. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту) и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более не мутантных аминокислот ниже по меньшей мере одной из мутантных аминокислот, изображенных в таблицах 1-14. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту) и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более не мутантных аминокислот выше по меньшей мере одной из мутантных аминокислот, и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более не мутантных аминокислот ниже, по крайней мере, одной из мутантных аминокислот, изображенных в таблицах 1-14.

В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту и, последовательность выше, по меньшей мере одной мутантной аминокислоты с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту и последовательность ниже по меньшей мере одной мутантной аминокислоты с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту и последовательность выше по меньшей мере одной мутантной аминокислоты с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа, и последовательность ниже, по меньшей мере одной мутантной аминокислоты с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа.

В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную кислоту и последовательность выше, по меньшей мере одной мутантной аминокислоты, содержащей по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную кислоту и последовательность ниже, по меньшей мере одной мутантной аминокислоты, содержащей по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную кислоту, последовательность выше, по меньшей мере одной мутантной аминокислоты, содержащей по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа, и последовательность ниже по меньшей мере одной мутантной аминокислоты, содержащей по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа.

В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту), изображенную в таблицах 1-14, и последовательность выше по меньшей мере одной мутантной аминокислоты с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту), изображенную в таблицах 1-14, и последовательность ниже по меньшей мере одной мутантной аминокислоты с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту), изображенную в таблицах 1-14, и последовательность выше по меньшей мере одной мутантной аминокислоты с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа, и последовательность ниже по меньшей мере одной мутантной аминокислоты с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа.

В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту), изображенную в таблицах 1-14, и последовательность выше по меньшей мере одной мутантной аминокислоты, содержащей по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту), изображенную в таблицах 1-14, и последовательность ниже по меньшей мере одной мутантной аминокислоты, содержащей по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, пептид содержит неоэпитопную последовательность, полученную из белка, содержащего по меньшей мере одну мутантную аминокислоту (подчеркнутую аминокислоту), изображенную в таблицах 1-14, последовательность выше по меньшей мере одной мутантной аминокислоты, содержащей по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа, и последовательность ниже по меньшей мере одной мутантной аминокислоты, содержащей по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 или более непрерывных аминокислот с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к соответствующей последовательности дикого типа.

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12C мутацию, содержит последовательность MTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE (SEQ ID NO: 1540). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12 C мутацию, содержит неоэпитопную последовательность KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 1541). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12 C мутацию, содержит неоэпитопную последовательность LVVVGACGV (SEQ ID NO: 1542). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12 C мутацию, содержит неоэпитопную последовательность VVGACGVGK (SEQ ID NO: 1543). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12 C мутацию, содержит неоэпитопную последовательность VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 1544).

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12D мутацию, содержит последовательность MTEYKLVVVGADGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE (SEQ ID NO: 1545). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12D мутацию, содержит неоэпитопную последовательность VVGADGVGK (SEQ ID NO: 1546). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12D мутацию, содержит неоэпитопную последовательность VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 1547). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12D мутацию, содержит неоэпитопную последовательность KLVVVGADGV (SEQ ID NO: 1548). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12D мутацию, содержит неоэпитопную последовательность LVVVGADGV (SEQ ID NO: 1549).

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12V мутацию, содержит последовательность MTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE (SEQ ID NO: 1550). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12V мутацию, содержит неоэпитопную последовательность KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 1551). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12V мутацию, содержит неоэпитопную последовательность LVVVGAVGV (SEQ ID NO: 1552). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12V мутацию, содержит неоэпитопную последовательность VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 1553). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS G12V мутацию, содержит неоэпитопную последовательность VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 1554).

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS Q61H мутацию, содержит последовательность AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGHEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPM (SEQ ID NO: 1555). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS Q61H мутацию, содержит неоэпитопную последовательность ILDTAGHEEY (SEQ ID NO: 1556).

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS Q61L мутацию, содержит последовательность AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGLEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPM (SEQ ID NO: 1557). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS Q61L мутацию, содержит неоэпитопную последовательность ILDTAGLEEY (SEQ ID NO: 1558). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий KRAS Q61L мутацию, содержит неоэпитопную последовательность LLDILDTAGL (SEQ ID NO: 1559).

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий NRAS Q61K мутацию, содержит последовательность AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGKEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDVPM (SEQ ID NO: 1560). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий NRAS Q61K мутацию, содержит неоэпитопную последовательность ILDTAGKEEY (SEQ ID NO: 1561).

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий NRAS Q61R мутацию, содержит последовательность AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGREEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDVPM (SEQ ID NO: 1562). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий NRAS Q61R мутацию, содержит неоэпитопную последовательность ILDTAGREEY (SEQ ID NO: 1563).

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий мутацию TMPRSS2:ERG слияния, содержит неоэпитопную последовательность MALNS::EALSVVSEDQSLFECAYGTPHLAKTEMTASSSSDYGQTSKMSPRVPQQDWALNSEALSV (SEQ ID NO: 1564). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий мутацию TMPRSS2:ERG слияния, содержит неоэпитопную последовательность ALNSEALSVV (SEQ ID NO: 1565). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий мутацию TMPRSS2:ERG слияния, содержит неоэпитопную последовательность MALNSEALSV (SEQ ID NO: 1566). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS Q61H мутацию, содержит последовательность TCLLDILDTAGHEEYSAMRDQYM (SEQ ID NO: 1567).

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS Q61H мутацию, содержит последовательность, представленную в таблице 3. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 3, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлены в соответствующем столбце в таблице 3 рядом с пептидной последовательностью.

Таблица 3. Пептидные последовательности, содержащие RAS Q61H мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 1568 ILDTAGHEEY HLA-A36:01 1 1569 ILDTAGHEEY HLA-A01:01 2 1570 DTAGHEEYSAM HLA-A26:01 3 1571 DTAGHEEYSAM HLA-A25:01 4 1572 GHEEYSAM HLA-B15:09 4 1573 DTAGHEEY HLA-A26:01 5 1574 ILDTAGHEE HLA-C08:02 5 1575 AGHEEYSAM HLA-C01:02 6 1576 AGHEEYSAM HLA-B46:01 6 1577 DTAGHEEY HLA-A25:01 6 1578 DTAGHEEY HLA-A01:01 6 1579 DTAGHEEY HLA-B18:01 7 1580 DTAGHEEY HLA-A36:01 7 1581 ILDTAGHEE HLA-C05:01 7 1582 ILDTAGHEE HLA-A02:07 7 1583 ILDTAGHEEY HLA-A29:02 7 1584 ILDTAGHEEY HLA-C08:02 7 1585 HEEYSAMRD HLA-B49:01 8 1586 TAGHEEYSA HLA-B35:03 8 1587 DTAGHEEYS HLA-A68:02 9 1588 DTAGHEEYSAMR HLA-A68:01 9 1589 GHEEYSAM HLA-B39:01 9 1590 ILDTAGHEE HLA-A01:01 9 1591 LDTAGHEEY HLA-B53:01 9 1592 HEEYSAMRD HLA-B41:01 10 1593 ILDTAGHEE HLA-A36:01 10 1594 DTAGHEEY HLA-B58:01 11 1595 LLDILDTAGH HLA-A01:01 12 1596 TAGHEEYSAM HLA-B35:03 12 1597 LDTAGHEEY HLA-B35:01 13 1598 DILDTAGHE HLA-A26:01 14 1599 DTAGHEEY HLA-C12:03 14 1600 ILDTAGHEEY HLA-C05:01 14 1601 AGHEEYSAM HLA-A30:02 15 1602 DILDTAGHEEY HLA-A25:01 15 1603 DTAGHEEY HLA-C02:02 15 1604 ILDTAGHEE HLA-C04:01 15 1605 DILDTAGH HLA-A26:01 16 1606 ILDTAGHEE HLA-A02:01 16 1607 LDTAGHEEY HLA-A29:02 16 1608 ILDTAGHE HLA-A01:01 17 1609 LDTAGHEEY HLA-B18:01 17 1610 AGHEEYSAM HLA-C14:03 18 1611 DILDTAGHEEY HLA-A29:02 18 1612 DTAGHEEYS HLA-A26:01 18 1613 ILDTAGHEEY HLA-B15:01 18 1614 DTAGHEEYSA HLA-A68:02 19 1615 ILDTAGHE HLA-C05:01 19 1616 ILDTAGHEEY HLA-A02:07 19 1617 ILDTAGHEEY HLA-A30:02 19 1618 LDTAGHEEY HLA-A36:01 19 1619 AGHEEYSAM HLA-C14:02 20 1620 AGHEEYSAM HLA-B15:03 20 1621 LLDILDTAGH HLA-A02:07 20

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS Q61R мутацию, содержит последовательность TCLLDILDTAGREEYSAMRDQYM (SEQ ID NO: 1622). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS Q61R мутацию, содержит последовательность, представленную в таблице 4. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 4, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлен в соответствующем столбце в таблице 4 рядом с пептидной последовательностью.

Таблица 4. Пептидные последовательности, содержащие RAS Q61R мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 1623 ILDTAGREEY HLA-A36:01 1 1624 ILDTAGREEY HLA-A01:01 2 1625 DTAGREEYSAM HLA-A26:01 3 1626 DILDTAGR HLA-A33:03 4 1627 DILDTAGR HLA-A68:01 5 1628 DTAGREEY HLA-A26:01 6 1629 DTAGREEYSAM HLA-A25:01 6 1630 CLLDILDTAGR HLA-A74:01 7 1631 DTAGREEY HLA-A01:01 7 1632 REEYSAMRD HLA-B41:01 7 1633 GREEYSAMR HLA-B27:05 8 1634 ILDTAGREE HLA-C08:02 8 1635 ILDTAGREEY HLA-A29:02 8 1636 REEYSAMRD HLA-B49:01 8 1637 AGREEYSAM HLA-B46:01 9 1638 DTAGREEY HLA-B18:01 9 1639 DTAGREEY HLA-A25:01 9 1640 DTAGREEY HLA-A36:01 9 1641 DILDTAGR HLA-A74:01 10 1642 DILDTAGRE HLA-A26:01 10 1643 ILDTAGREE HLA-C05:01 10 1644 DILDTAGR HLA-A26:01 11 1645 GREEYSAM HLA-B39:01 11 1646 AGREEYSAM HLA-B15:03 12 1647 GREEYSAM HLA-C07:02 12 1648 ILDTAGREE HLA-A01:01 12 1649 TAGREEYSA HLA-B35:03 12 1650 ILDTAGREEY HLA-A30:02 13 1651 DTAGREEYS HLA-A68:02 14 1652 ILDTAGRE HLA-A01:01 14 1653 CLLDILDTAGR HLA-A31:01 15 1654 DTAGREEYSAMR HLA-A68:01 15 1655 LLDILDTAGR HLA-A01:01 15 1656 DTAGREEY HLA-B58:01 16 1657 ILDTAGREEY HLA-C08:02 16 1658 DILDTAGR HLA-A31:01 17 1659 ILDTAGREE HLA-C04:01 17 1660 ILDTAGREEY HLA-A32:01 17 1661 LLDILDTAGR HLA-A74:01 17 1662 TAGREEYSAM HLA-B35:03 17 1663 DILDTAGREEY HLA-A32:01 18 1664 ILDTAGRE HLA-C05:01 18 1665 ILDTAGREE HLA-A02:07 18 1666 REEYSAMRD HLA-B40:01 18 1667 AGREEYSAM HLA-B15:01 19 1668 AGREEYSAMR HLA-A31:01 19 1669 ILDTAGRE HLA-A36:01 19 1670 LDILDTAGR HLA-A68:01 19 1671 LDTAGREEY HLA-A29:02 19 1672 LDTAGREEY HLA-B35:01 19 1673 REEYSAMRD HLA-B45:01 19 1674 REEYSAMRDQY HLA-A36:01 19 1675 DTAGREEY HLA-C02:02 20

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS Q61K мутацию, содержит последовательность TCLLDILDTAGKEEYSAMRDQYM (SEQ ID NO: 1676). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS Q61K мутацию, содержит последовательность, представленную в таблице 5. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 5, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлен в соответствующем столбце в таблице 5 рядом с пептидной последовательностью.

Таблица 5. Пептидные последовательности, содержащие RAS Q61K мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 1677 ILDTAGKEEY HLA-A36:01 1 1678 ILDTAGKEEY HLA-A01:01 2 1679 DTAGKEEYSAM HLA-A26:01 3 1680 CLLDILDTAGK HLA-A03:01 4 1681 DTAGKEEY HLA-A01:01 5 1682 DTAGKEEY HLA-A26:01 5 1683 DTAGKEEYSAM HLA-A25:01 5 1684 AGKEEYSAM HLA-B46:01 6 1685 DILDTAGKE HLA-A26:01 7 1686 KEEYSAMRD HLA-B41:01 7 1687 DTAGKEEY HLA-B18:01 8 1688 GKEEYSAM HLA-B15:03 8 1689 ILDTAGKEE HLA-C08:02 8 1690 ILDTAGKEEY HLA-A29:02 8 1691 DTAGKEEYS HLA-A68:02 9 1692 LDTAGKEEY HLA-B53:01 9 1693 TAGKEEYSA HLA-B35:03 9 1694 DILDTAGK HLA-A68:01 10 1695 DTAGKEEY HLA-A36:01 10 1696 KEEYSAMRD HLA-B49:01 10 1697 LDTAGKEEY HLA-C07:01 10 1698 DTAGKEEYSAMR HLA-A68:01 11 1699 ILDTAGKEE HLA-C05:01 11 1700 ILDTAGKEEY HLA-C08:02 11 1701 LLDILDTAGK HLA-A01:01 12 1702 AGKEEYSAM HLA-A30:02 13 1703 DTAGKEEY HLA-A25:01 13 1704 DTAGKEEYS HLA-A26:01 13 1705 ILDTAGKE HLA-C05:01 13 1706 LDTAGKEEY HLA-B35:01 13 1707 AGKEEYSAMR HLA-A31:01 14 1708 DILDTAGK HLA-A33:03 14 1709 ILDTAGKE HLA-A01:01 14 1710 ILDTAGKEE HLA-A01:01 14 1711 ILDTAGKEE HLA-A02:07 14 1712 TAGKEEYSAM HLA-B35:03 14 1713 AGKEEYSAM HLA-B15:01 15 1714 ILDTAGKEEY HLA-A30:02 15 1715 LDTAGKEEY HLA-B46:01 15 1716 DTAGKEEY HLA-B58:01 16 1717 ILDTAGKEEY HLA-C05:01 17 1718 AGKEEYSAM HLA-A30:01 18 1719 AGKEEYSAM HLA-B15:03 18 1720 DTAGKEEY HLA-C02:02 18 1721 LDTAGKEEY HLA-A29:02 18

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS Q61L мутацию, содержит последовательность TCLLDILDTAGLEEYSAMRDQYM (SEQ ID NO: 1722). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS Q61L мутацию, содержит последовательность, представленную в таблице 6. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 6, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлен в соответствующем столбце в таблице 6 рядом с пептидной последовательностью.

Таблица 6. Пептидные последовательности, содержащие RAS Q61L мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 1723 ILDTAGLEEY HLA-A36:01 1 1724 ILDTAGLEEY HLA-A01:01 2 1725 LLDILDTAGL HLA-A02:07 3 1726 GLEEYSAMRDQY HLA-A36:01 4 1727 DTAGLEEY HLA-A25:01 5 1728 DTAGLEEY HLA-A26:01 5 1729 DTAGLEEYSAM HLA-A26:01 5 1730 DTAGLEEY HLA-A01:01 6 1731 ILDTAGLEE HLA-C08:02 6 1732 ILDTAGLEE HLA-A01:01 6 1733 CLLDILDTAGL HLA-A02:04 7 1734 ILDTAGLEE HLA-A36:01 7 1735 LLDILDTAGL HLA-A01:01 7 1736 DILDTAGL HLA-B14:02 8 1737 DILDTAGLEEY HLA-A25:01 8 1738 DTAGLEEYS HLA-A68:02 8 1739 DTAGLEEYSAM HLA-A25:01 8 1740 GLEEYSAMR HLA-A74:01 8 1741 ILDTAGLE HLA-A01:01 8 1742 DILDTAGLEEY HLA-A26:01 9 1743 DTAGLEEY HLA-A36:01 9 1744 ILDTAGLEEY HLA-A29:02 9 1745 DILDTAGL HLA-B08:01 10 1746 DTAGLEEY HLA-B18:01 10 1747 ILDTAGLEE HLA-A02:07 10 1748 LDTAGLEEY HLA-B35:01 10 1749 CLLDILDTAGL HLA-A02:01 11 1750 DTAGLEEY HLA-C02:02 11 1751 ILDTAGLEE HLA-C05:01 11 1752 ILDTAGLEEY HLA-C08:02 11 1753 ILDTAGLEEY HLA-A02:07 11 1754 LLDILDTAGL HLA-C08:02 11 1755 DILDTAGL HLA-A26:01 12 1756 LDTAGLEEY HLA-B53:01 12 1757 DTAGLEEY HLA-C03:02 13 1758 DTAGLEEY HLA-B58:01 13 1759 ILDTAGLEEY HLA-A30:02 13 1760 LLDILDTAGL HLA-C05:01 13 1761 LLDILDTAGL HLA-C04:01 13 1762 DTAGLEEYSAMR HLA-A68:01 14 1763 ILDTAGLE HLA-A36:01 15 1764 LLDILDTAGL HLA-A02:01 15 1765 AGLEEYSAM HLA-B15:03 16 1766 DTAGLEEYSA HLA-A68:02 16 1767 GLEEYSAMRDQY HLA-A01:01 16 1768 ILDTAGLE HLA-C04:01 16 1769 ILDTAGLEEY HLA-B15:01 16 1770 LDILDTAGL HLA-B37:01 16 1771 AGLEEYSAM HLA-A30:02 17 1772 AGLEEYSAM HLA-B48:01 17 1773 AGLEEYSAMR HLA-A31:01 17 1774 ILDTAGLEE HLA-C04:01 17 1775 LDTAGLEEY HLA-C03:02 17 1776 AGLEEYSAM HLA-C14:02 18 1777 GLEEYSAMR HLA-A31:01 18 1778 LEEYSAMRD HLA-B41:01 18 1779 LLDILDTAGLE HLA-A01:01 18 1780 AGLEEYSAM HLA-C14:03 19 1781 LDILDTAGL HLA-B40:02 19 1782 LDTAGLEEY HLA-A29:02 19 1783 DILDTAGLE HLA-A26:01 20 1784 DTAGLEEY HLA-B15:01 20 1785 ILDTAGLEEY HLA-A02:01 20 1786 LDTAGLEEY HLA-A36:01 20 1787 LDTAGLEEY HLA-B46:01 20 1788 DTAGLEEY HLA-A68:02 21 1789 DTAGLEEY HLA-C12:03 21 1790 ILDTAGLE HLA-C05:01 21 1791 LDTAGLEEY HLA-B18:01 21 1792 LEEYSAMRD HLA-B49:01 21 1793 TAGLEEYSA HLA-B54:01 21 1794 DILDTAGLEEY HLA-A29:02 22 1795 GLEEYSAM HLA-C05:01 22

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12A мутацию, содержит последовательность MTEYKLVVVGAAGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 1796). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12A мутацию, содержит последовательность, представленную в таблице 7. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 7, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлен в соответствующем столбце в таблице 7 рядом с пептидной последовательностью.

Таблица 7. Пептидные последовательности, содержащие RAS G12A мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 1797 AAGVGKSAL HLA-C03:04 1 1798 VVVGAAGVGK HLA-A11:01 1 1799 VVGAAGVGK HLA-A11:01 2 1800 TEYKLVVVGAA HLA-B50:01 3 1801 VVGAAGVGK HLA-A03:01 3 1802 VVVGAAGVGK HLA-A68:01 3 1803 AAGVGKSAL HLA-C08:02 4 1804 AAGVGKSAL HLA-C08:01 4 1805 AAGVGKSAL HLA-B46:01 4 1806 AAGVGKSAL HLA-B81:01 5 1807 GAAGVGKSAL HLA-B48:01 5 1808 LVVVGAAGV HLA-A68:02 5 1809 AAGVGKSAL HLA-C03:04 1 1810 VVVGAAGVGK HLA-A11:01 1 1811 VVGAAGVGK HLA-A11:01 2 1812 TEYKLVVVGAA HLA-B50:01 3 1813 VVGAAGVGK HLA-A03:01 3 1814 VVVGAAGVGK HLA-A68:01 3 1815 AAGVGKSAL HLA-C08:02 4 1816 AAGVGKSAL HLA-C08:01 4 1817 AAGVGKSAL HLA-B46:01 4 1818 AAGVGKSAL HLA-B81:01 5 1819 AAGVGKSAL HLA-C03:02 5 1820 AAGVGKSAL HLA-C01:02 5 1821 GAAGVGKSAL HLA-B48:01 5 1822 LVVVGAAGV HLA-A68:02 5 1823 AAGVGKSAL HLA-C03:03 6 1824 VVGAAGVGK HLA-A68:01 6 1825 GAAGVGKSAL HLA-B81:01 7 1826 VVVGAAGVGK HLA-A03:01 7 1827 AAGVGKSAL HLA-C05:01 8 1828 AAGVGKSAL HLA-C12:03 8 1829 GAAGVGKSA HLA-B46:01 8 1830 VVGAAGVGK HLA-A30:01 8 1831 GAAGVGKSA HLA-B55:01 9 1832 KLVVVGAAGV HLA-A02:01 9 1833 AGVGKSAL HLA-B08:01 10 1834 GAAGVGKSAL HLA-C03:04 10 1835 AAGVGKSAL HLA-C17:01 11 1836 GAAGVGKSAL HLA-C03:03 11 1837 VVVGAAGV HLA-A68:02 11 1838 YKLVVVGAA HLA-B54:01 11 1839 AAGVGKSAL HLA-B48:01 12 1840 AGVGKSAL HLA-C03:04 12 1841 AGVGKSAL HLA-C07:01 12 1842 VVVGAAGVGK HLA-A30:01 12 1843 AAGVGKSA HLA-B46:01 13 1844 KLVVVGAAGV HLA-A02:07 13 1845 YKLVVVGAA HLA-B50:01 13 1846 AAGVGKSAL HLA-B07:02 14 1847 GAAGVGKSAL HLA-A68:02 14 1848 VVGAAGVGK HLA-A74:01 14 1849 AGVGKSAL HLA-C08:01 15 1850 GAAGVGKSAL HLA-C17:01 15 1851 GAAGVGKSAL HLA-C08:01 16 1852 GAAGVGKSAL HLA-B35:03 16 1853 AAGVGKSAL HLA-C02:02 17 1854 AAGVGKSAL HLA-B35:03 17 1855 AAGVGKSAL HLA-C12:02 17 1856 AAGVGKSAL HLA-C14:03 17 1857 GAAGVGKSA HLA-B50:01 17 1858 AGVGKSAL HLA-C03:02 18 1859 GAAGVGKSA HLA-C03:04 18 1860 LVVVGAAGV HLA-B55:01 18 1861 TEYKLVVVGAA HLA-B41:01 18 1862 AGVGKSAL HLA-C01:02 19 1863 GAAGVGKSA HLA-B54:01 19 1864 GAAGVGKSAL HLA-B07:02 19 1865 VGAAGVGKSA HLA-B55:01 19 1866 AGVGKSAL HLA-B48:01 20 1867 AGVGKSALTI HLA-B49:01 20 1868 VVVGAAGV HLA-B55:01 20

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12C мутацию, содержит последовательность MTEYKLVVVGACGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 1869). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12C мутацию, содержит последовательность, представленную в таблице 8. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 8, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлен в соответствующем столбце в таблице 8 рядом с пептидной последовательностью.

Таблица 8. Пептидные последовательности, содержащие RAS G12C мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 1870 VVVGACGVGK HLA-A11:01 1 1871 VVGACGVGK HLA-A03:01 2 1872 VVGACGVGK HLA-A11:01 3 1873 VVVGACGVGK HLA-A68:01 4 1874 VVGACGVGK HLA-A68:01 5 1875 VVVGACGVGK HLA-A03:01 5 1876 VVGACGVGK HLA-A30:01 6 1877 ACGVGKSAL HLA-B81:01 7 1878 ACGVGKSAL HLA-C01:02 7 1879 ACGVGKSAL HLA-C14:03 8 1880 ACGVGKSAL HLA-C03:04 9 1881 VVVGACGVGK HLA-A30:01 9 1882 ACGVGKSAL HLA-C14:02 10 1883 CGVGKSAL HLA-B08:01 10 1884 KLVVVGACGV HLA-A02:01 10 1885 ACGVGKSAL HLA-B07:02 11 1886 GACGVGKSAL HLA-B48:01 12 1887 GACGVGKSAL HLA-C03:03 13 1888 ACGVGKSAL HLA-B48:01 14 1889 ACGVGKSAL HLA-B40:01 14 1890 YKLVVVGAC HLA-B48:01 14 1891 YKLVVVGAC HLA-B15:03 14 1892 GACGVGKSA HLA-B46:01 15 1893 GACGVGKSAL HLA-C03:04 15 1894 GACGVGKSAL HLA-C01:02 15 1895 LVVVGACGV HLA-A68:02 15 1896 CGVGKSAL HLA-C03:04 16 1897 GACGVGKSAL HLA-C08:02 16 1898 VVGACGVGK HLA-A74:01 16

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12D мутацию, содержит последовательность MTEYKLVVVGADGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 1899). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12D мутацию, содержит последовательность, представленную в таблице 9. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 9, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлен в соответствующем столбце в таблице 9 рядом с пептидной последовательностью

Таблица 9. Пептидные последовательности, содержащие RAS G12D мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 1900 GADGVGKSAL HLA-C08:02 1 1901 GADGVGKSAL HLA-C05:01 2 1902 VVVGADGVGK HLA-A11:01 3 1903 DGVGKSAL HLA-B14:02 4 1904 VVGADGVGK HLA-A11:01 4 1905 VVGADGVGK HLA-A03:01 5 1906 DGVGKSAL HLA-B08:01 6 1907 VVVGADGVGK HLA-A68:01 6 1908 GADGVGKSAL HLA-C03:03 7 1909 VVGADGVGK HLA-A30:01 7 1910 ADGVGKSAL HLA-B37:01 8 1911 GADGVGKSAL HLA-C08:01 8 1912 VVGADGVGK HLA-A68:01 8 1913 GADGVGKSA HLA-C08:02 9 1914 GADGVGKSAL HLA-B35:03 9 1915 GADGVGKS HLA-C05:01 10 1916 GADGVGKSA HLA-C05:01 10 1917 ADGVGKSAL HLA-C07:01 11 1918 VVVGADGVGK HLA-A03:01 11 1919 ADGVGKSAL HLA-B40:02 12 1920 ADGVGKSAL HLA-B46:01 13 1921 GADGVGKSAL HLA-C03:04 13 1922 ADGVGKSAL HLA-B81:01 14 1923 GADGVGKSAL HLA-C17:01 14 1924 VVVGADGVGK HLA-A30:01 14 1925 GADGVGKSA HLA-B35:03 15 1926 GADGVGKSA HLA-B46:01 15 1927 GADGVGKSAL HLA-B48:01 15 1928 KLVVVGADGV HLA-A02:01 15 1929 LVVVGADGV HLA-A68:02 15 1930 VGADGVGKSA HLA-B55:01 15 1931 VVGADGVGK HLA-A74:01 16 1932 GADGVGKSA HLA-B53:01 17 1933 KLVVVGADGV HLA-A02:07 17 1934 VGADGVGK HLA-A68:01 17 1935 YKLVVVGAD HLA-B48:01 17 1936 ADGVGKSAL HLA-C14:03 18 1937 DGVGKSALTI HLA-B51:01 18 1938 VGADGVGK HLA-A11:01 18

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12R мутацию, содержит последовательность MTEYKLVVVGARGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 1939). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12R мутацию, содержит последовательность, представленную в таблице 10. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 10, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлен в соответствующем столбце в таблице 10 рядом с пептидной последовательностью.

Таблица 10. Пептидные последовательности, содержащие RAS G12R мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 1940 VVGARGVGK HLA-A11:01 1 1941 VVVGARGVGK HLA-A68:01 1 1942 GARGVGKSA HLA-B46:01 2 1943 ARGVGKSAL HLA-B27:05 3 1944 GARGVGKSA HLA-B55:01 3 1945 RGVGKSAL HLA-C07:01 4 1946 VVGARGVGK HLA-A30:01 5 1947 ARGVGKSAL HLA-B38:01 6 1948 ARGVGKSAL HLA-B14:02 6 1949 VVGARGVGK HLA-A68:01 6 1950 VVVGARGVGK HLA-A03:01 7 1951 GARGVGKSAL HLA-B48:01 8 1952 RGVGKSAL HLA-B48:01 8 1953 RGVGKSALTI HLA-A23:01 8 1954 ARGVGKSAL HLA-C06:02 9 1955 GARGVGKSA HLA-A30:01 9 1956 GARGVGKSAL HLA-B81:01 9 1957 VVVGARGVGK HLA-A30:01 9 1958 GARGVGKSAL HLA-B07:02 10 1959 LVVVGARGV HLA-C06:02 10 1960 RGVGKSAL HLA-B81:01 10 1961 VVGARGVGK HLA-A74:01 11 1962 KLVVVGARGV HLA-A02:01 12 1963 LVVVGARGV HLA-B55:01 12 1964 YKLVVVGAR HLA-A33:03 12 1965 KLVVVGAR HLA-A74:01 13 1966 KLVVVGARGV HLA-B13:02 13 1967 RGVGKSAL HLA-C01:02 13 1968 LVVVGARGV HLA-A68:02 14 1969 VVVGARGV HLA-B55:01 14 1970 ARGVGKSAL HLA-B15:09 15 1971 ARGVGKSAL HLA-C14:03 16 1972 GARGVGKSA HLA-B54:01 16 1973 VVVGARGV HLA-B52:01 16

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12S мутацию, содержит последовательность MTEYKLVVVGASGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 1974). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12S мутацию, содержит последовательность, представленную в таблице 11. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 11, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлен в соответствующем столбце в таблице 11 рядом с пептидной последовательностью.

Таблица 11. Пептидные последовательности, содержащие RAS G12S мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 1975 VVVGASGVGK HLA-A11:01 1 1976 VVGASGVGK HLA-A11:01 2 1977 VVGASGVGK HLA-A03:01 3 1978 VVVGASGVGK HLA-A68:01 4 1979 ASGVGKSAL HLA-C03:04 5 1980 ASGVGKSAL HLA-B46:01 5 1981 VVGASGVGK HLA-A68:01 6 1982 VVVGASGVGK HLA-A03:01 6 1983 ASGVGKSAL HLA-C01:02 7 1984 GASGVGKSAL HLA-B48:01 7 1985 ASGVGKSAL HLA-C07:01 8 1986 ASGVGKSAL HLA-C08:02 9 1987 GASGVGKSAL HLA-B81:01 9 1988 SGVGKSAL HLA-B08:01 9 1989 ASGVGKSAL HLA-C03:03 10 1990 ASGVGKSAL HLA-C03:02 10 1991 SGVGKSAL HLA-B14:02 10 1992 VVGASGVGK HLA-A30:01 10 1993 ASGVGKSAL HLA-C08:01 11 1994 VVVGASGVGK HLA-A30:01 11 1995 GASGVGKSAL HLA-B35:03 12 1996 SGVGKSAL HLA-C07:01 12 1997 ASGVGKSAL HLA-B81:01 13 1998 GASGVGKSA HLA-B55:01 13 1999 GASGVGKSAL HLA-C03:03 13 2000 KLVVVGASGV HLA-A02:01 13 2001 LVVVGASGV HLA-A68:02 13 2002 SGVGKSAL HLA-C01:02 13 2003 ASGVGKSA HLA-B46:01 14 2004 ASGVGKSAL HLA-C15:02 14 2005 GASGVGKSAL HLA-C08:01 15 2006 SGVGKSAL HLA-C03:04 15 2007 ASGVGKSAL HLA-C05:01 16 2008 GASGVGKSAL HLA-C03:04 16 2009 VVGASGVGK HLA-A74:01 16 2010 ASGVGKSAL HLA-B48:01 17 2011 GASGVGKSAL HLA-C01:02 17 2012 SGVGKSAL HLA-C03:02 17 2013 SGVGKSALTI HLA-A23:01 17 2014 VGASGVGKSA HLA-B55:01 18 2015 ASGVGKSAL HLA-C12:03 19 2016 ASGVGKSAL HLA-B57:03 19 2017 KLVVVGASGV HLA-A02:07 19 2018 SGVGKSAL HLA-B81:01 19 2019 ASGVGKSAL HLA-C17:01 20 2020 KLVVVGASG HLA-A32:01 20

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12V мутацию, содержит последовательность MTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 2021). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G12V мутацию, содержит последовательность, представленную в таблице 12. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 12, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлен в соответствующем столбце в таблице 12 рядом с пептидной последовательностью.

Таблица 12. Пептидные последовательности, содержащие RAS G12V мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 2022 VVGAVGVGK HLA-A03:01 1 2023 VVGAVGVGK HLA-A11:01 2 2024 VVVGAVGVGK HLA-A11:01 2 2025 VVVGAVGVGK HLA-A68:01 3 2026 VVGAVGVGK HLA-A68:01 4 2027 LVVVGAVGV HLA-A68:02 5 2028 VVGAVGVGK HLA-A30:01 5 2029 AVGVGKSAL HLA-B81:01 6 2030 KLVVVGAVGV HLA-A02:01 6 2031 AVGVGKSAL HLA-B46:01 7 2032 GAVGVGKSAL HLA-C03:03 7 2033 GAVGVGKSAL HLA-B48:01 7 2034 VVVGAVGVGK HLA-A03:01 7 2035 AVGVGKSAL HLA-C03:04 8 2036 GAVGVGKSAL HLA-C03:04 8 2037 KLVVVGAVGV HLA-A02:07 9 2038 VGVGKSAL HLA-B08:01 9 2039 VVVGAVGV HLA-A68:02 9 2040 AVGVGKSAL HLA-C08:02 10 2041 AVGVGKSAL HLA-B07:02 10 2042 GAVGVGKSAL HLA-B35:03 10 2043 AVGVGKSAL HLA-C08:01 11 2044 AVGVGKSAL HLA-C01:02 11 2045 GAVGVGKSA HLA-B55:01 11 2046 GAVGVGKSAL HLA-B81:01 11 2047 GAVGVGKSAL HLA-C08:01 11 2048 KLVVVGAVGV HLA-B13:02 11 2049 VGVGKSAL HLA-C03:04 11 2050 AVGVGKSAL HLA-A32:01 12 2051 GAVGVGKSA HLA-B46:01 12 2052 VGVGKSAL HLA-C03:02 12 2053 VGVGKSALTI HLA-A23:01 12 2054 GAVGVGKSA HLA-B54:01 13 2055 VGVGKSAL HLA-C01:02 ,3 2056 AVGVGKSAL HLA-B48:01 14 2057 AVGVGKSAL HLA-C03:03 14 2058 AVGVGKSAL HLA-B42:01 14 2059 LVVVGAVGV HLA-B55:01 14 2060 VGVGKSAL HLA-C08:01 14 2061 VVGAVGVGK HLA-A74:01 14 2062 AVGVGKSAL HLA-C05:01 15 2063 AVGVGKSAL HLA-C03:02 15 2064 GAVGVGKSA HLA-C03:04 15 2065 KLVVVGAVGV HLA-A02:04 15 2066 LVVVGAVGV HLA-A02:07 15 2067 VGVGKSAL HLA-B14:02 15 2068 VVVGAVGVGK HLA-A30:01 15 2069 VVGAVGVGK HLA-B81:01 16 2070 VVVGAVGV HLA-B55:01 16 2071 AVGVGKSAL HLA-C14:03 17 2072 AVGVGKSAL HLA-B15:01 17 2073 LVVVGAVGV HLA-B54:01 17 2074 AVGVGKSA HLA-B55:01 18 2075 AVGVGKSAL HLA-C17:01 18 2076 GAVGVGKSA HLA-B50:01 19 2077 GAVGVGKSAL HLA-C17:01 19 2078 YKLVVVGAV HLA-A02:04 19 2079 GAVGVGKSAL HLA-B35:01 20 2080 VVGAVGVGK HLA-A31:01 20 2081 YKLVVVGAV HLA-B51:01 20

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G13C мутацию, содержит последовательность MTEYKLVVVGAGCVGKSALTIQL (SEQ ID NO: 2082). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G13C мутацию, содержит последовательность представленную в таблице 13. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 13, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлен в соответствующем столбце в таблице 13 рядом с пептидной последовательностью.

Таблица 13. Пептидные последовательности, содержащие RAS G13C мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 2083 VVVGAGCVGK HLA-A11:01 1 2084 VVGAGCVGK HLA-A11:01 2 2085 AGCVGKSAL HLA-C01:02 3 2086 VVGAGCVGK HLA-A03:01 4 2087 VVVGAGCVGK HLA-A68:01 4 2088 CVGKSALTI HLA-B13:02 5 2089 VVGAGCVGK HLA-A68:01 5 2090 VVGAGCVGK HLA-A30:01 6 2091 AGCVGKSAL HLA-B48:01 7 2092 AGCVGKSAL HLA-C03:04 8 2093 GCVGKSALTI HLA-B49:01 8 2094 AGCVGKSAL HLA-C08:02 9 2095 VVVGAGCVGK HLA-A03:01 9 2096 KLVVVGAGC HLA-A30:02 10 2097 GCVGKSAL HLA-C07:01 11 2098 VVGAGCVGK HLA-A74:01 12 2099 AGCVGKSAL HLA-C14:03 13 2100 KLVVVGAGC HLA-B15:01 14

В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G13D мутацию, содержит последовательность MTEYKLVVVGAGDVGKSALTIQL (SEQ DI NO: 2101). В некоторых вариантах осуществления, пептид, содержащий RAS G13D мутацию, содержит последовательность представленную в таблице 14. В некоторых вариантах осуществления, пептидная последовательность, представленная в таблице 14, связывается или предположительно связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, где аллель представлен в соответствующем столбце в таблице 14 рядом с пептидной последовательностью.

Таблица 14. Пептидные последовательности, содержащие RAS G13D мутацию, соответствующий HLA аллель и ранг связывающего потенциала

SEQ ID NO: Пептид Аллель Ранг связывающего потенциала 2102 AGDVGKSAL HLA-C08:02 1 2103 AGDVGKSAL HLA-C05:01 2 2104 VVGAGDVGK HLA-A11:01 3 2105 VVVGAGDVGK HLA-A11:01 3 2106 VVVGAGDVGK HLA-A68:01 4 2107 GAGDVGKSA HLA-B46:01 5 2108 GAGDVGKSAL HLA-B48:01 5 2109 VVGAGDVGK HLA-A68:01 5 2110 VVGAGDVGK HLA-A03:01 5 2111 AGDVGKSAL HLA-C03:04 6 2112 AGDVGKSAL HLA-C04:01 6 2113 AGDVGKSAL HLA-C01:02 6 2114 DVGKSALTI HLA-B13:02 6 2115 DVGKSALTI HLA-A25:01 6 2116 GDVGKSAL HLA-C07:01 6 2117 GDVGKSAL HLA-B40:02 7 2118 GDVGKSAL HLA-B37:01 8 2119 AGDVGKSAL HLA-B48:01 9 2120 DVGKSALTI HLA-B51:01 10 2121 VVGAGDVGK HLA-A30:01 10 2122 GAGDVGKSAL HLA-C08:01 11 2123 GAGDVGKSAL HLA-B81:01 11 2124 AGDVGKSAL HLA-C08:01 12 2125 GAGDVGKSAL HLA-C03:04 12 2126 DVGKSALTI HLA-B53:01 13 2127 AGDVGKSAL HLA-B07:02 14 2128 AGDVGKSAL HLA-B46:01 14 2129 DVGKSALTI HLA-A26:01 14 2130 VVGAGDVGK HLA-A74:01 14 2131 GAGDVGKSA HLA-B54:01 15 2132 DVGKSALTI HLA-B38:01 16 2133 GAGDVGKSAL HLA-C03:03 16 2134 VVVGAGDVGK HLA-A03:01 16

А. Пептидные модификации

В некоторых вариантах осуществления, настоящее описание включает модифицированные пептиды. Модификация может включать ковалентную химическую модификацию, которая не изменяет первичную аминокислотную последовательность самого антигенного пептида. Модификации могут давать пептиды с желаемыми свойствами, например, пролонгированным in vivo периодом полужизни, повышенной стабильностью, пониженным клиренсом, измененной иммуногенностью или аллергенностью, позволяющими индуцировать конкретные антитела, клеточным таргетированием, поглощением антигена, процессированием антигена, HLA аффинностью, HLA стабильностью или презентированием антигена. В некоторых вариантах осуществления, пептид может содержать одну или более последовательностей, которые улучшают процессирование и презентирование эпитопов через APC, например, для создания иммунного ответа.

В некоторых вариантах осуществления, пептид может быть модифицирован с получением желаемых признаков. Например, способность пептидов индуцировать CTL активность может быть усилена связью с последовательностью, которая содержит по меньшей мере один эпитоп, который способен индуцировать ответ T-хелперной клетки. В некоторых вариантах осуществления, иммуногенные пептиды/T-хелперные конъюгаты связаны спейсерной молекулой. В некоторых вариантах осуществления, спейсер содержит относительно малые нейтральные молекулы, такие как аминокислоты или миметики аминокислот, которые по существу не изменяются в физиологических условиях. Спейсеры могут быть выбраны из, например, Ala, Gly или нейтральных спейсеров не полярных аминокислот или нейтральных полярных аминокислот. Следует понимать, что необязательно присутствующий спейсер не обязательно должен состоять из тех же остатков и, таким образом, может быть гетеро- или гомо-олигомером. Неоантигенный пептид может быть связан с T-хелперным пептид либо напрямую, либо через спейсер на амино или карбокси конце пептида. Амино конец неоантигенного пептида или Т-хелперного пептида может быть ацилирован. Примеры Т-хелперных пептидов включают остатки столбнячного токсина 830-843, остатки гриппа 307-319 и остатки малярийного циркумспорозоита 382-398 и остатки 378-389.

Пептидные последовательности настоящего описания необязательно могут быть изменены через изменения на уровне ДНК, в частности, мутированием ДНК, кодирующей пептид, на предварительно выбранных основаниях так, что образуются кодоны, которые будут транслировать в желаемые аминокислоты.

В некоторых вариантах осуществления, пептид, описанный в настоящем изобретении, может содержать замещения для модификации физического свойства (например, стабильности или растворимости) полученного пептида. Например, пептиды могут быть модифицированы замещением цистеина (C) α-аминомасляной кислотой («B»). Из-за его химической природы, цистеин имеет склонность образовывать дисульфидные мостики и в достаточной степени изменять пептид структурно, чтобы уменьшить связывающую способность. Замещение C α-аминомасляной кислотой не только облегчает эту проблему, но фактически улучшает способность связывания и перекрестного связывания в некоторых случаях. Замещение цистеина α-аминомасляной кислотой может происходить на любом остатке неоантигенного пептида, например, в якорных или не якорных положениях эпитопа или аналога в пептиде, или на других положениях пептида.

Пептид также может быть модифицирован путем увеличения или уменьшения аминокислотных последовательностей соединения, например, путем добавления или делеции аминокислот. Пептиды или аналоги также могут быть модифицированы путем изменения порядка или композиции определенных остатков. Специалист в данной области поймет, что определенные аминокислотные остатки, необходимые для биологической активности, например, те, которые находятся в критических местах контакта или консервативные остатки, обычно не могут быть изменены без неблагоприятного воздействия на биологическую активность. Некритические аминокислоты не должны ограничиваться теми, которые существуют в природе в белках, такими как L-α-аминокислоты или их D-изомеры, но могут также включать не природные аминокислоты, такие как β-γ-δ-аминокислоты, а также многие производные L-α-аминокислот.

В некоторых вариантах осуществления, пептид может быть модифицирован с использованием ряда пептидов с отдельными аминокислотными замещениями для определения действия электростатического заряда, гидрофобности и т.д. на связывание HLA. Например, ряд положительно заряженных (например, Lys или Arg) отрицательно заряженных (например, Glu) аминокислотных замен может быть проверен по всей длине пептида, выявляя разные шаблоны чувствительность в отношении разных молекул HLA и Т-клеточных рецепторов. Кроме того, могут использоваться множественные замещения с использованием малых, относительно нейтральных групп, таких как Ala, Gly, Pro или подобные остатки. Замещения могут быть гомо-олигомерами или гетеро-олигомерами. Количество и типы остатков, которые замещены или добавлены, зависят от расстояния, необходимого между необходимыми точками контакта и определенными искомыми функциональными атрибутами (например, гидрофобностью или гидрофильностью). Повышенная аффинность связывания для HLA молекулы или Т-клеточного рецептора также может быть достигнута такими замещениями, по сравнению с аффинностью исходного пептида. В любом случае, такие замещения должны применять аминокислотные остатки или другие молекулярных фрагменты, выбранные для избегания, например, пространственной или зарядной интерференции, которая может разорвать связывание. Аминокислотные замещения обычно состоят из единичных остатков. Замещения, делеции или любая их комбинация могут быть объединены для получения конечного пептида.

В некоторых вариантах осуществления, пептид, описанный в настоящем изобретении, может содержать аминокислотные миметики или не существующие в природе аминокислотные остатки, например, D- или L-нафтилаланин; D- или L-фенилглицин; D- или L-2-тиенеилаланин; D- или L-1, -2, 3- или 4-пиренеилаланин; D- или L-3 тиенеилаланин; D- или L-(2-пиридинил)аланин; D- или L-(3-пиридинил)аланин; D- или L-(2-пиразинил)аланин; D- или L-(4-изопропил)фенилглицин; D-(трифторметил)фенилглицин; D-(трифторметил)фенилаланин; D-ρ-фторфенилаланин; D- или L-ρ-бифенилфенилаланин; D- или L-ρ-метоксибифенилфенилаланин; D- или L-2-индол(аллил)аланины; и, D- или L-алкилаланины, где алкильная группа может быть замещенным или незамещенным метилом, этилом, пропилом, гексилом, бутилом, пентилом, изопропилом, изобутилом, втор-бутилом, изопентилом или не кислыми аминокислотными остатками. Ароматические кольца не существующих в природе аминокислот включают, например, тиазолильными, тиофенильными, пиразолильными, бензимидазолильными, нафтильными, фуранильными, пирролильными и пиридильными ароматическими кольцами. Модифицированные пептиды, которые имеют разные аминокислотные миметики или не существующие в природе аминокислотные остатки, могут повысить стабильность in vivo. Такие пептиды также могут иметь улучшенный период полужизни или производственные свойства.

В некоторых вариантах осуществления, пептид, описанный в настоящем изобретении, может быть модифицирован концевым-NH₂ ацилированием, например, алканоильным (C₁-C₂₀) или тиогликолильным ацетилированием, концевым карбоксильным амидированием, например, аммиаком, метиламином и т.д. В некоторых вариантах осуществления, эти модификации могут обеспечивать сайты для связывания с подложкой или молекулой. В некоторых вариантах осуществления, пептид, описанный в настоящем изобретении, может содержать такие модификации, как, но не ограниченные ими, гликозилирование, окисление боковой цепи, биотинилирование, фосфорилирование, добавление поверхностно-активного материала, например жира, или может быть химически модифицирован, например, ацетилированием и т.д. Более того, связи в пептиде могут отличаться от пептидных связей, например, ковалентных связей, сложных эфирных или простых эфирных связей, дисульфидных связей, водородных связей, ионных связей и т.д.

В некоторых вариантах осуществления, пептид, описанный в настоящем изобретении, может содержать носители, такие, которые известны в данной области техники, например, тироглобулин, альбумины, такие как сывороточный альбумин человека, столбнячный токсин, полиаминокислотные остатки, такие как поли L-лизиновая и поли L-глутаминовая кислота, белки вируса гриппа, коровый белок вируса гепатита B, и подобные.

Пептиды могут быть дополнительно модифицированы так, чтобы содержать дополнительные химические группы, не являющиеся обычно частью белка. Такие производные группы могут улучшить растворимость, биологический период полужизни, абсорбцию белка или аффинность связывания. Группы также могут снижать или устранять любые нежелательные побочные эффекты пептидов и подобных. Обзор таких групп может быть найден в Remington’s Pharmaceutical Sciences, 20th ed., Mack Publishing Co., Easton, PA (2000). Например, неоантигенные пептиды, имеющие желаемую активность, могут быть модифицированы, при необходимости, так, чтобы обеспечивать определенные желаемые характеристики, например улучшенные фармакологические характеристики, при этом повышая или по меньшей мере сохраняя по существу всю биологическую активность немодифицированного пептида для связывания HLA молекулы и активации подходящей Т-клетки. Например, пептид может быть подвергнут разным изменениям, таким как замещения, консервативные или не консервативные, где такие изменения могут дать определенные преимущества при их применении, такие как улучшенное связывание HLA. Такие консервативные замещения могут охватывать замещение аминокислотного остатка другим аминокислотным остатком, который биологически и/или химически аналогичен, например, одного гидрофобного остатка на другой или одного полярного остатка на другой. Эффект отдельных аминокислотных замен также может быть опробован с использованием D-аминокислот. Такие модификации могут быть сделаны с использованием хорошо известных методов пептидного синтеза, как описано у, например, Merrifield, Science 232:341-347 (1986), Barany & Merrifield, The Peptides, Gross & Meienhofer, eds. (N.Y., Academic Press), pp. 1-284 (1979); и Stewart & Young, Solid Phase Peptide Synthesis, (Rockford, III., Pierce), 2d Ed. (1984).

В некоторых вариантах осуществления, пептид, описанный в настоящем изобретении, может быть конъюгирован до больших, медленно метаболизированных макромолекул, таких как белки; полисахариды, такие как сефароза, агароза, целлюлоза, целлюлозные шарики; полимерные аминокислоты, такие как полиглутаминовая кислота, полилизин; аминокислотные сополимеры; инактивированные вирусные частицы; инактивированные бактериальные токсины, такие как токсин дифтерии, столбняка, холеры, молекулы лейкотоксина; инактивированные бактерии; и дендритные клетки.

Изменения пептида могут включать, помимо прочего, конъюгацию с белком носителя, конъюгацию с лигандом, конъюгацию с антителом, ПЭГилирование, полисиалилирование, HESилирование, рекомбинантные миметики ПЭГ, слияние Fc, слияние альбумина, прикрепление наночастиц, инкапсулирование наночастиц, слияние холестерина, слияние железа, ацилирование, амидирование, гликозилирование, окисление боковой цепи, фосфорилирование, биотинилирование, добавление поверхностно-активного вещества, добавление миметиков аминокислот или добавление не существующих в природе аминокислот.

Гликозилирование может влиять на физические свойства белков, а также может быть важным для стабильности, секреции и субклеточной локализации белка. Подходящее гликозилирование может быть важным для биологической активности. Фактически, некоторые гены из эукариотических организмов при экспрессии в бактерии (например, E. coli), которые не имеют клеточных процессов для гликозилирующих белков, дают белки, которые восстанавливаются с незначительной или отсутствием активности благодаря отсутствию гликозилирования. Добавление сайтов гликозилирования может осуществляться через изменение аминокислотной последовательности. Изменение пептида или белка может быть поведено, например, добавлением или замещением одним или несколькими сериновыми или треониновыми остатками (для O-связанных сайтов гликозилирования) или аспарагиновыми остатками (для N-связанных сайтов гликозилирования). Структуры N-связанных O-связанных олигосахаридов и сахарных остатков, найденных в каждом типе, могут быть разными. Одним типом сахара, который обычно находят в обоих, является N-ацетилнейраминовая кислота (далее названная сиаловая кислота). Сиаловая кислота обычно является концевым остатком обоих, N-связанных и O-связанных олигосахаридов и, благодаря ее отрицательному заряду, может придавать кислые свойства гликопротеину. Варианты осуществления настоящего описания включают создание и применение вариантов N-гликозилирования. Удаление углеводов может осуществляться химически или ферментативно или замещение кодонов, кодирующих аминокислотные остатки, которые гликозилированы. Методы химического дегдикозилирования известны, и ферментативное расщепление углеводных групп на полипептидах может достигаться с использованием множества эндо- и гликозидаз.

Дополнительные подходящие компоненты и молекулы для конъюгации включают, например, молекулы для нацеливания на лимфатическую систему, тиреоглобулин; альбумины, такие как сывороточный альбумин человека (HAS); столбнячный токсин; токсин дифтерии; полиаминокислоты, такие как поли(D-лизин:D-глутаминовая кислота); полипептиды VP6 ротавирусов; гемагглютинин вируса гриппа, нуклеопротеин вируса гриппа; гемоцианин лимфы улитки (KLH); и коровый белок и поверхностный антиген вируса гепатита В; или любая комбинация вышеперечисленного.

Другим типом модификации является конъюгация (например, связывание) одного или более дополнительных компонентов или молекул на N- и/или C-концах полипептидной последовательности, такой как другой белок (например, белок, имеющий аминокислотную последовательность, гетерологичную белку субъекта) или молекула носителя. Таким образом, типовая полипептидная последовательность может быть представлена в виде конъюгата с другим компонентом или молекулой. В некоторых вариантах осуществления, слияние альбумина с пептидом или белком настоящего описания может, например, быть достигнуто такой генетической манипуляцией, что ДНК, кодирующая HSA или его фрагмент, соединена с ДНК, кодирующей одну или более полипептидных последовательностей. Поэтому подходящий хозяин может быть трансформирован или трансфицирован слитыми нуклеотидными последовательностями в форме, например, подходящего плазмида так, чтобы экспрессировать слитый полипептид. Экспрессии могут быть проведены in vitro из, например, прокариотических или эукариотических клеток, или in vivo из, например, трансгенного организма. В некоторых вариантах осуществления настоящего описания, экспрессию слитого белка проводят в клеточных линиях млекопитающих, например, клеточных линиях CHO. Более того, сам альбумин может быть модифицирован для продления его периода полужизни в кровотоке. Слияние модифицированного альбумина с одним или несколькими полипептидами может быть достигнуто методами генетической манипуляции, описанными выше, или химической конъюгацией; полученная слитая молекула имеет период полужизни, который превышает таковой для слияний с не модифицированным альбумином (см., например, WO2011/051489). Несколько стратегий связывания альбумина были разработаны как альтернативы прямому слиянию, включая связывание с альбумином через цепь конъюгированных жирных кислот (ацилирование). Поскольку сывороточный альбумин является транспортным белком для жирных кислот, эти природные лиганды с альбумин-связывающей активностью были использованы для продления периода полужизни низкобелковых терапевтических агентов.

Дополнительные кандидатные компоненты и молекулы для конъюгации включают такие, которые подходят для выделения или очистки. Неограничивающие примеры включают связывающие молекулы, такие как биотин (пара специфического связывания биотин-авидин), антитело, рецептор, лиганд, лектин или молекулы, которые содержат твердую подложку, включая, например, пластиковые или полистирольные сферы, пластинки или шарики, магнитные шарики, тест-полоски и мембраны. Для разделения конъюгатов по разнице зарядов могут использоваться такие способы очистки, как катионообменная хроматография, которая эффективно разделяет конъюгаты на их различные молекулярные массы. Содержание фракций, полученных с помощью катионообменной хроматографии, может быть идентифицировано по молекулярной массе с использованием обычных способов, например, масс спектроскопии, SDS-PAGE или известных методов разделения молекулярных единиц по молекулярной массе.

В некоторых вариантах осуществления, амино или карбоксильный конец пептидной или белковой последовательности настоящего описания может был слит с Fc область иммуноглобулина (например, Fc человека) с образованием слитого конъюгата (или слитой молекулы). Было показано, что Fc слитые конъюгаты повышают системный период полужизни биофармацевтических препаратов, и поэтому биофармацевтический препарат может потребовать менее частого введения. Fc связывается с неонатальным Fc рецептором (FcRn) в эндотелиальных клетках, которые выстилают кровеносные сосуды, и, при связывании, Fc слитая молекула защищена от разложения повторного выделения в кровоток, дольше сохраняя молекулу в кровотоке. Таким образом, полагают, что Fc связывание является механизмом, посредством которого эндогенный IgG сохраняет свой длинный период полужизни в плазме. Чаще методика Fc-слияния связывает одну копию биофармацевтического агента с Fc областью антитела для оптимизации фармакокинетических или фармакодинамических свойств биофармацевтического агента по сравнению с традиционными Fc-слитыми конъюгатами.

В настоящем раскрытии рассматривается использование или модификация известных в настоящее время или разрабатываемых в будущем пептидов для улучшения одного или более свойств. Один из таких способов продления периода полужизни в кровотоке, повышения стабильности, снижения клиренса или изменения иммуногенности или аллергенности пептидов настоящего описания включает модификацию пептидных последовательностей путем HESилирования, при котором используются производные гидроксиэтилкрахмала, связанные с другими молекулами для изменения характеристик молекулы. Различные аспекты HESилирования описаны, например, в заявках на патент США №№ 2007/0134197 и 2006/0258607.

Стабильность пептида может быть проанализирована множеством путей. Например, пептидазы и разные биологические среды, такие как плазма и сыворотка человека, используют для тестирования стабильности. См., например, Verhoef, et al., Eur. J. Drug Metab. Pharmacokinetics 11:291 (1986). Период полужизни пептидов, описанный в настоящем изобретении, удобным образом определяют с использованием анализа 25% сыворотки человека (об./об.). Протокол следующий: объединенную сыворотку человека (тип AB, не инактивированная нагреванием) разрушают центрифугированием до применения. Сыворотку затем разводят до 25% добавлением RPMI-1640 или другой подходящей средой для культуры тканей. В заранее определенные интервалы времени, небольшое количество реакционного раствора удаляют и добавляют либо к 6% водной трихлоруксусной кислоте (ТХК), либо к этанолу. Мутный реакционный образец охлаждают (4°C) в течение 15 минут и затем центрифугируют до получения дебриса осажденных сывороточных белков. Присутствие пептидов затем определяют ВЭЖХ с обращенной фазой с использованием стабильность-специфических условий хроматографии.

Проблемы, связанные с коротким периодом полужизни в плазме или предрасположенностью к расщеплению протеазы, могут быть преодолены различными модификацицами, включая конъюгацию или связывание пептидных или белковых последовательностей с любым из множества не белковоподобных полимеров, например, полиэтиленгликолем (ПЭГ), полипропиленгликолем или полиоксиалкиленами. (см., например, обычно через связывающую группу, ковалентно связанную как с белком, так и с небелковоподобным полимером, например, ПЭГ). Было показано, что такие биомолекулы, конъюгированные с ПЭГ, обладают клинически полезными свойствами, включая лучшую физическую стабильность, защиту от подверженности ферментативной деградации, повышенную растворимость, более длительный in vivo период полужизни в кровотоке и пониженный клиренс, пониженную иммуногенность и антигенность, и пониженную токсичность.

ПЭГ, подходящие для конъюгации с полипептидной или белковой последовательностью, обычно растворимы в воде при комнатной температуры и имеют общую формулу R-(O-CH₂-CH₂)_n-O-R, где R является водородом или защитной группой, такой как алкильная или алканоильная группа, и где n является целым числом от 1 до 1000. Если R является защитной группой, она обычно имеет 1-8 атомов углерода. ПЭГ, конъюгированный с полипептидной последовательностью, может быть линейным или разветвленным. Разветвленные производные ПЭГ, «звездообразные-ПЭГ» и ПЭГ с множеством ответвлений рассматриваются настоящим описанием. Настоящее описание также охватывает композиции конъюгатов, где ПЭГ имеют разные значения n, и таким образом, разные ПЭГ присутствуют в определенных соотношениях. Например, некоторые композиции содержит смесь конъюгатов, где n=1, 2, 3 и 4. В некоторых композициях, доля конъюгатов, где n=1, составляет 18-25%, доля конъюгатов, где n=2, составляет 50-66%, доля конъюгатов, где n=3, составляет 12-16%, и доля конъюгатов, где n=4 составляет вплоть до 5%. Такие композиции могут быть получены в условиях реакции и способами очистки, известным в данной области техники. Например, катионообменная хроматография может использоваться для разделения конъюгатов, с последующей идентификации доли, которая содержит конъюгат, имеющий, например, желаемое количество присоединенных ПЭГ, очищенных от немодифицированных белковых последовательностей и от конъюгатов, имеющих другое количество присоединенных ПЭГ.

ПЭГ может быть связан с пептидом или белком согласно настоящему описанию через концевую реакционноспособную группу («спейсер»). Спейсером является, например, концевую реакционноспособную группу, которая опосредует связь между свободными амино или карбоксильными группами одной или нескольких полипептидных последовательностей и ПЭГ. ПЭГ, имеющий спейсер, который может быть связан со свободной аминогруппой, включает N-гидроксисукцинимидный ПЭГ, который может быть получен активацией сложного эфира янтарной кислоты ПЭГ N-гидроксисукцинилимидом. Другим активированным ПЭГ, который может быть связан со свободной аминогруппой, является 2,4-бис(O-метоксиполиэтиленгликоль)-6-хлор-s-триазин, который может быть получен взаимодействием монометилового эфира ПЭГ с цианурхлоридом. Активированный ПЭГ, который связан со свободной карбоксильной группой, включает полиоксиэтилендиамин.

Конъюгацию одной или нескольких пептидных или белковых последовательностей настоящего описания с ПЭГ, имеющим спейсер, можно проводить разными обычными способами. Например, реакция конъюгации может проводиться в растворе при pH от 5 до 10, при температуре от 4°C до комнатной температуры, в течение от 30 минут до 20 часов, с использованием молярного отношения реагента к пептиду/белку от 4:1 до 30:1. Условия реакции могут быть выбраны для прямой реакции с получением преимущественно желаемой степени замещения. В общем, низкая температура, низкий pH (например, pH=5) и короткое время реакции имеют тенденцию к снижению числа присоединенных ПЭГ, а высокая температура, рН от нейтрального к высокому (например, pH>7) и более длительно время реакции имеют тенденцию к повышению количества присоединенных ПЭГ. Разные средства, известные в данной области техники, могут использоваться для остановки реакции. В некоторых вариантах осуществления, реакцию останавливают подкислением реакционной смеси и замораживанием при, например, -20°C.

Настоящее описание также охватывает использование миметиков ПЭГ. Были разработаны рекомбинантные ПЭГ миметики, которые сохраняют признаки ПЭГ (например, повышенный период полужизни в сыворотке) при приобретении некоторых дополнительных преимущественных свойств. В качестве примера, простые полипептидные цепи (содержащие, например, Ala, Glu, Gly, Pro, Ser и Thr), способные образовывать расширенную конформацию, подобную ПЭГ, могут быть получены рекомбинантно, уже конденсированными с представляющим интерес пептидным или белковым лекарственным средством (например, AmunixXTEN; Mountain View, CA). Это устраняет необходимость в дополнительной стадии конъюгации во время производственного процесса. Более того, установленные методы молекулярной биологии позволяют контролировать состав боковых цепей полипептидных цепей, позволяя оптимизировать иммуногенность и производственные свойства.

В. Неоэпитопы

Неоэпитоп содержит неоантигенную определяющую часть неоантигенного пептида или неоантигенного полипептида, которая распознается иммунной системой. Неоэпитоп относится к эпитопу, который не присутствует в эталоне, таком как не болезненная клетка, например, не раковая клетка или зародышевая клетка, но найдет в болезненной клетке, например, раковой клетке. Включены ситуации, когда соответствующий эпитоп обнаруживается в нормальной здоровой клетке или зародышевой клетке, но из-за одной или нескольких мутации в болезненной клетке, например, в раковой клетке, последовательность эпитопов изменяется, что дает неоэпитоп. Термин «неоэпитоп» применяется взаимозаменяемо с «опухолеспецифическим неоэпитопом» в настоящем описании для обозначения ряда остатков, обычно, L-аминокислот, соединенных друг с другом, обычно пептидными связями между α-амино и карбоксильными группами соседних аминокислот. Неоэпитоп может иметь множество длин, либо в нейтральных (незаряженных) формах, либо в формах, которые являются солями, и либо не содержат модификации, такие как гликозилирование, окисление побочной цепи или фосфорилирование, либо содержат эти модификации, при условии, что модификация не разрушает биологическую активность полипептидов, как описано здесь. В настоящем описании представлены выделенные неоэпитопы, которые содержат опухолеспецифическую мутацию из таблиц 1-14.

В некоторых вариантах осуществления, неоэпитопы, описанные в настоящем изобретении для HLA I класса, имеют 13 остатков или менее в длину и обычно состоят из от приблизительно 8 до приблизительно 12 остатков, в частности, 9 или 10 остатков. В некоторых вариантах осуществления, неоэпитопы, описанные в настоящем изобретении для HLA II класса, имеют 25 остатков или менее в длину и обычно состоят из от приблизительно 16 до приблизительно 25 остатков.

В некоторых вариантах осуществления, композиция, описанная в настоящем изобретении, содержит первый пептид, содержащий первый неоэпитоп белка, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп того же белка, где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый неоэпитоп содержит мутацию и второй неоэпитоп содержит ту же мутацию. В некоторых вариантах осуществления, композиция, описанная в настоящем изобретении, содержит первый пептид, содержащий первый неоэпитоп первой области белка и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп второй области того же белка, где первая область содержит по меньшей мере одну аминокислоту второй области, где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый эпитоп содержит первую мутацию и второй эпитоп содержит вторую мутацию. В некоторых вариантах осуществления, первая мутация и вторая мутация являются одинаковыми. В некоторых вариантах осуществления, мутация выбрана из группы, состоящей из точечной мутации, мутации сайта сплайсинга, мутации со сдвигом рамки, мутации сквозного прохождения, мутации слияния гена и любой их комбинации.

В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп связывается с белком HLA I класса с образованием комплекса HLA I класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп связывается с белком HLA II класса с образованием комплекса HLA II класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп связывается с белком HLA I класса с образованием комплекса HLA I класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп связывается с белком HLA II класса с образованием комплекса HLA II класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, первый эпитоп активирует CD8⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, первый эпитоп активирует CD4⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, второй эпитоп активирует CD4⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, второй эпитоп активирует CD8⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, TCR из CD4⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA II класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, TCR из CD8⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA II класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, TCR из CD8⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA I класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, TCR CD4⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA I класса-пептид.

В некоторых вариантах осуществления, второй эпитоп длиннее первого эпитопа. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп имеет длину по меньшей мере 8 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп имеет длину, от 8 до 12 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп содержит последовательность, по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот, где по меньшей мере 1 из 8 непрерывных аминокислот отличается в соответствующих положениях от последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп содержит последовательность из по меньшей мере 8 непрерывных аминокислот, где по меньшей мере 2 из 8 непрерывных аминокислот отличаются в соответствующих положениях от последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп имеет длину по меньшей мере 16 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп имеет длину от 16 до 25 аминокислот. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп содержит последовательность из по меньшей мере 16 непрерывных аминокислот, где по меньшей мере 1 из 16 непрерывных аминокислот отличаются в соответствующих положениях от последовательности дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп содержит последовательность, по меньшей мере 16 непрерывных аминокислот, где по меньшей мере 2 из 16 непрерывных аминокислот отличаются в соответствующих положениях от последовательности дикого типа.

В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп содержит по меньшей мере один якорный остаток. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп, второй неоэпитоп или оба содержат по меньшей мере один якорный остаток. В одном варианте осуществления по меньшей мере один якорный остаток первого неоэпитопа находится в каноническом якорном положении или не каноническом якорном положении. В другом варианте осуществления по меньшей мере один якорный остаток второго неоэпитопа находится в каноническом якорном положении или не каноническом якорном положении. В еще одном варианте осуществления по меньшей мере один якорный остаток первого неоэпитопа отличается от, по меньшей мере одного якорного остатка второго неоэпитопа.

В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток является остатком дикого типа. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток является замещением. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один якорный остаток не содержит мутацию.

В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп или оба содержат по меньшей мере одну фланкирующую область якорного остатка. В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп содержит по меньшей мере один якорный остаток. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один из якорных остатков содержит по меньшей мере два якорных остатка. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере два якорных остатка разделены областью разделения, содержащей по меньшей мере 1 аминокислоту. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая область якорного остатка не находится внутри области разделения. В некоторых вариантах осуществления, по меньшей мере одна фланкирующая область якорного остатка находится (a) выше N-концевого якорного остатка из по меньшей мере двух якорных остатков; (b) ниже C-концевого якорного остатка из по меньшей мере двух якорных остатков; или оба варианте (a) и (b).

В некоторых вариантах осуществления, неоэпитопы связывают HLA белок (например, HLA I класса или HLA II класса). В некоторых вариантах осуществления, неоэпитопы связывают HLA белок с большей аффинностью, чем соответствующий пептид дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп имеет IC₅₀ менее чем 5000 нМ, менее чем1000 нМ, менее чем 500 нМ, менее чем 100 нМ, менее чем 50 нМ или менее.

В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп может иметь аффинность связывания HLA от приблизительно 1пМ до приблизительно 1мМ, приблизительно 100 пМ и приблизительно 500 мкМ, приблизительно 500 пМ и приблизительно 10 мкМ, приблизительно 1 нМ и приблизительно 1 мкМ или приблизительно 10 нМ и приблизительно 1 мкМ. В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп может иметь аффинность связывания HLA, по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 700, 800, 900 или 1000 нМ или более. В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп может иметь аффинность связывания HLA не более 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 700, 800, 900 или 1000 нМ.

В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй неоэпитоп связывается с HLA белком с большей аффинностью, чем соответствующий неоэпитоп дикого типа. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй неоэпитоп связывается с HLA белком с K_D или an IC₅₀ менее чем 1000 нМ, 900 нМ, 800 нМ, 700 нМ, 600 нМ, 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй неоэпитоп связывается с HLA белком I класса с K_D или IC₅₀ менее чем 1000 нМ, 900 нМ, 800 нМ, 700 нМ, 600 нМ, 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй неоэпитоп связывается с HLA белком II класса с K_D или IC₅₀ менее чем 2000 нМ, 1500 нМ, 1000 нМ, 900 нМ, 800 нМ, 700 нМ, 600 нМ, 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ.

В аспекте, первый и/или второй неоэпитоп связывается с белком, кодируемым HLA аллелем, экспрессируемым субъектом. В другом аспекте, мутация не присутствует в не раковых клетках субъекта. В еще одном аспекте, первый и/или второй неоэпитоп кодируется геном или экспрессированным геном раковых клеток субъекта.

В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп содержит мутацию, изображенную в столбце 2 таблицы 1 или 2 или столбце 1 из таблиц 3-14. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп содержит мутацию, изображенную в столбце 2 таблицы 1 или 2 или столбце 1 из таблиц 3-14. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из TMPRSS2:ERG слитого белка. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из TMPRSS2:ERG слитого белка, содержащего последовательность S::E из последовательности MALNS::EALSVVSEDQSLFECAYGTPHLAKTEMTASSSSDYGQTSKMSPRVPQQDWALNSEALSV (SEQ ID NO: 2135). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность ALNSEALSVV (SEQ ID NO: 2136). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность MALNSEALSV (SEQ ID NO: 2137).

В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из KRAS белка. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из NRAS белка. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из KRAS белка, содержащего мутацию G12C, G12D, G12V, Q61H или Q61L замещением. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из NRAS белка, содержащего мутацию Q61K или Q61R замещения. В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп содержит мутацию замещения, например, KRAS G12C, G12D, G12V, Q61H или Q61L мутацию или NRAS Q61K или Q61R мутацию. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из KRAS или NRAS белковой последовательности MTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE (SEQ ID NO: 2138). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность KLVVVGACGV (SEQ ID NO: 2139). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность LVVVGACGV (SEQ ID NO: 2140). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность VVGACGVGK (SEQ ID NO: 2141). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 2142). В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из a KRAS или NRAS белковой последовательности MTEYKLVVVGADGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQEVVGADGVGK (SEQ ID NO: 2143). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность VVVGADGVGK (SEQ ID NO: 2144). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность KLVVVGADGV (SEQ ID NO: 2145). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность LVVVGADGV (SEQ ID NO: 2146).

В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из KRAS или NRAS белковой последовательности MTEYKLVVVGAVGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQE (SEQ ID NO: 2147). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 2148). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность LVVVGAVGV (SEQ ID NO: 2149). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 2150). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 2151).

В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из KRAS или NRAS белковой последовательности AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGHEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPM (SEQ ID NO: 2152). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность ILDTAGHEEY (SEQ ID NO: 2153).

В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из KRAS или NRAS белковой последовательности AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGLEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPM (SEQ ID NO: 2154). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность ILDTAGLEEY (SEQ ID NO: 2155). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность LLDILDTAGL (SEQ ID NO: 2156).

В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из KRAS или NRAS белковой последовательности AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGKEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDVPM (SEQ ID NO: 2157). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность ILDTAGKEEY (SEQ ID NO: 2158).

В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп получают из KRAS или NRAS белковой последовательности AGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGREEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNSKSFADINLYREQIKRVKDSDDVPM (SEQ ID NO: 2159). Например, первый неоэпитоп и второй неоэпитоп может содержать последовательность ILDTAGREEY (SEQ ID NO: 2160).

В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из: DTAGHEEY (SEQ ID NO: 2161), TAGHEEYSAM (SEQ ID NO: 2162), DILDTAGHE (SEQ ID NO: 2163), DILDTAGH (SEQ ID NO: 2164), ILDTAGHEE (SEQ ID NO: 2165), ILDTAGHE (SEQ ID NO: 2166), DILDTAGHEEY (SEQ ID NO: 2167), DTAGHEEYS (SEQ ID NO: 2168), LLDILDTAGH (SEQ ID NO: 2169), DILDTAGRE (SEQ ID NO: 2170), DILDTAGR (SEQ ID NO: 2171), ILDTAGREE(SEQ ID NO: 2172), ILDTAGRE (SEQ ID NO: 2173), CLLDILDTAGR (SEQ ID NO: 2174), TAGREEYSAM (SEQ ID NO: 2175), REEYSAMRD (SEQ ID NO: 2176), DTAGKEEYSAM (SEQ ID NO: 2177), CLLDILDTAGK (SEQ ID NO: 2178), DTAGKEEY (SEQ ID NO: 2179), LLDILDTAGK (SEQ ID NO: 2180), ILDTAGKE (SEQ ID NO: 2181), ILDTAGKEE (SEQ ID NO: 2182), DTAGLEEY (SEQ ID NO: 2183), ILDTAGLE (SEQ ID NO: 2184), DILDTAGL (SEQ ID NO: 2185), ILDTAGLEE (SEQ ID NO: 2186), GLEEYSAMRDQY (SEQ ID NO: 2187), LLDILDTAGLE (SEQ ID NO: 2188), LDILDTAGL (SEQ ID NO: 2189), DILDTAGLE (SEQ ID NO: 2190), DILDTAGLEEY (SEQ ID NO: 2191), AGVGKSAL (SEQ ID NO: 2192), GAAGVGKSAL (SEQ ID NO: 2193), AAGVGKSAL (SEQ ID NO: 2194), CGVGKSAL (SEQ ID NO: 2195), ACGVGKSAL (SEQ ID NO: 2196), DGVGKSAL (SEQ ID NO: 2197), ADGVGKSAL (SEQ ID NO: 2198), DGVGKSALTI (SEQ ID NO: 2199), GARGVGKSA (SEQ ID NO: 2200), KLVVVGARGV (SEQ ID NO: 2201), VVVGARGV (SEQ ID NO: 2202), SGVGKSAL (SEQ ID NO: 2203), VVVGASGVGK (SEQ ID NO: 2204), GASGVGKSAL (SEQ ID NO: 2205), VGVGKSAL (SEQ ID NO: 2206), VVVGAGCVGK (SEQ ID NO: 2207), KLVVVGAGC (SEQ ID NO: 2208), GDVGKSAL (SEQ ID NO: 2209), DVGKSALTI (SEQ ID NO: 2210), VVVGAGDVGK (SEQ ID NO: 2211), TAGKEEYSAM (SEQ ID NO: 2212), DTAGHEEYSAM (SEQ ID NO: 2213), TAGHEEYSA (SEQ ID NO: 2214), DTAGREEYSAM (SEQ ID NO: 2215), TAGKEEYSA (SEQ ID NO: 2216), AAGVGKSA (SEQ ID NO: 2217), AGCVGKSAL (SEQ ID NO: 2218), AGDVGKSAL (SEQ ID NO: 2219), AGKEEYSAMR (SEQ ID NO: 2220), AGVGKSALTI (SEQ ID NO: 2221), ARGVGKSAL (SEQ ID NO: 2222), ASGVGKSA (SEQ ID NO: 2223), ASGVGKSAL (SEQ ID NO: 2224), AVGVGKSA (SEQ ID NO: 2225), CVGKSALTI (SEQ ID NO: 2226), DILDTAGK (SEQ ID NO: 2227), DILDTAGREEY (SEQ ID NO: 2228), DTAGHEEYSAMR (SEQ ID NO: 2229), DTAGKEEYS (SEQ ID NO: 2230), DTAGKEEYSAMR (SEQ ID NO: 2231), DTAGLEEYS (SEQ ID NO: 2232), DTAGLEEYSA (SEQ ID NO: 2233), DTAGLEEYSAMR (SEQ ID NO: 2234), DTAGREEYS (SEQ ID NO: 2235), DTAGREEYSAMR (SEQ ID NO: 2236), GAAGVGKSA (SEQ ID NO: 2237), GACGVGKSA (SEQ ID NO: 2238), GACGVGKSAL (SEQ ID NO: 2239), GADGVGKS (SEQ ID NO: 2240), GAGDVGKSA (SEQ ID NO: 2241), GAGDVGKSAL (SEQ ID NO: 2242), GASGVGKSA (SEQ ID NO: 2243), GCVGKSAL (SEQ ID NO: 2244), GCVGKSALTI (SEQ ID NO: 2245), GHEEYSAM (SEQ ID NO: 2246), GKEEYSAM (SEQ ID NO: 2247), GLEEYSAMR (SEQ ID NO: 2248), GREEYSAM (SEQ ID NO: 2249), GREEYSAMR (SEQ ID NO: 2250), HEEYSAMRD (SEQ ID NO: 2251), KEEYSAMRD (SEQ ID NO: 2252), KLVVVGASG (SEQ ID NO: 2253), LDILDTAGR (SEQ ID NO: 2254), LEEYSAMRD (SEQ ID NO: 2255), LVVVGARGV (SEQ ID NO: 2256), LVVVGASGV (SEQ ID NO: 2257), REEYSAMRDQY (SEQ ID NO: 2258), RGVGKSAL (SEQ ID NO: 2259), TAGLEEYSA (SEQ ID NO: 2260), TEYKLVVVGAA (SEQ ID NO: 2261), VGAAGVGKSA(SEQ ID NO: 2262), VGADGVGK (SEQ ID NO: 2263), VGASGVGKSA (SEQ ID NO: 2264), VGVGKSALTI (SEQ ID NO: 2265), VVVGAAGV (SEQ ID NO: 2266), VVVGAVGV (SEQ ID NO: 2267), YKLVVVGAC (SEQ ID NO: 2268), YKLVVVGAD (SEQ ID NO: 2269), YKLVVVGAR (SEQ ID NO: 2270), и DILDTAGKE (SEQ ID NO: 2271).

Замещение может быть расположено в любом месте по всей длине неоэпитопа. Например, оно может быть расположено в N-концевой трети пептида, центральной трети пептида или C-концевой трети пептида. В другом вариантом осуществления, замещенный остаток расположен на расстоянии 2-5 остатков от N-конца или 2-5 остатков от C-конца. Пептиды могут быть аналогичным образом получены из опухолеспецифических мутаций вставки, где пептид включает один или более или все вставленные остатки.

В некоторых вариантах осуществления, пептид, описанный в настоящем изобретении, может быть легко синтезирован химическим с использованием реагентов, которые не содержат загрязняющие бактерии или животные вещества (Merrifield RB: Solid phase peptide synthesis. I. The synthesis of a tetrapeptide. J. Am. Chem. Soc.85:2149-54, 1963). В некоторых вариантах осуществления, пептиды получают (1) параллельным твердофазным синтезом на многоканальных инструментах с использованием однородного синтеза и условий расщепления; (2) очисткой над ОФ-ВЭЖХ колонкой с десорбцией колонки; и повторной промывкой, но не заменой, между пептидами; с последующим (3) анализом с ограниченным набором наиболее информативных анализов. Good Manufacturing Practices (GMP) отпечаток может быть определен для набора пептидов для отдельного пациента, тем самым требуя подходящих перенастроек только между синтезом пептидов для разных пациентов.

С. Полинуклеотиды

Альтернативно, нуклеиновая кислота (например, полинуклеотид), кодирующая пептид настоящего описания, может использоваться для получения неоантигенного пептида in vitro. Полинуклеотидом может быть, например, ДНК, кДНК, ПНК, CNA, РНК, одно- и/или двухцепочечные или нативные или стабилизированные формы полинуклеотидов, такие как, например полинуклеотиды с фосфоротиоатным скелетом, или их комбинации, и они могут содержать или не содержать интроны до тех пор, пока они кодируют пептид. В некоторых вариантах осуществления in vitro трансляцию используют для получения пептида.

Изобретение относится к неоантигенным полинуклеотидам, кодирующим каждый из неоантигенных пептидов, описанных в настоящем описании. Термины «полинуклеотид», «нуклеотиды» или «нуклеиновая кислота» используют взаимозаменяемо с «мутантным полинуклеотидом», «мутантным нуклеотидом», «мутантной нуклеиновой кислотой», «неоантигенным полинуклеотидом», «неоантигенным нуклеотидом» или «неоантигенной мутантной нуклеиновой кислотой» в настоящем описании. Разные последовательности нуклеиновых кислот могут кодировать один и тот же пептид из-за избытка генетического кода. Каждая из этих нуклеиновых кислот попадает в объем настоящего описания. Нуклеиновые кислоты, кодирующие пептиды, могут быть ДНК или РНК, например, мРНК или комбинацией ДНК и РНК. В некоторых вариантах осуществления, нуклеиновой кислотой, кодирующей пептид, является самоамплифицирующаяся мРНК (Brito et al., Adv. Genet. 2015; 89:179-233). Любой подходящий полинуклеотид, который кодирует пептид, описанный в настоящем изобретении, попадает в объем настоящего описания.

Термин «РНК» включает, и в некоторых вариантах осуществления, относится к «мРНК». Термин «мРНК» означает «мессенджер-РНК» и относится к «транскрипту», который создан с использованием шаблона ДНК и кодирует пептид или полипептид. Обычно, мРНК содержит 5’-UTR, область, кодирующую белок и 3’-UTR. мРНК обладает только ограниченным периодом полужизни в клетках и in vitro. В некоторых вариантах осуществления, мРНК является самоамплифицирующейся мРНК. В контексте настоящего описания, мРНК может быть создана in vitro транскрипцией из шаблона ДНК. Методика транскрипции in vitro известна специалисту в данной области техники. Например, существует множество коммерчески доступных наборов для in vitro транскрипции.

Стабильность и эффективность трансляции РНК может быть модифицирована по требованию. Например, РНК может быть стабилизирована, и ее трансляция повышена одной или несколькими модификациями, имеющими стабилизирующий эффект и/или повышающими эффективность трансляции РНК. Такие модификации описаны, например, в PCT/EP2006/009448, включенном сюда в качестве ссылки. Для повышения экспрессии РНК, применяемой согласно настоящему описанию, она может быть модифицирована в пределах кодирующей области, т.е., последовательности, кодирующей экспрессируемый пептид или белок, без изменения последовательности экспрессируемого пептида или белка, так, чтобы повысить содержание GC для повышения стабильности мРНК и для проведения оптимизации кодона и, следовательно, улучшения трансляции в клетках.

Термин «модификация» в контексте РНК, применяемой в настоящем описании, включает любую модификацию РНК, которая не присутствует в природе в указанной РНК. В некоторых вариантах осуществления, РНК не имеет не кэпированных 5’-трифосфатов. Удаление таких не кэпированных 5’-трифосфатов может быть достигнуто обработкой РНК фосфатазой. В других вариантах осуществления, РНК может иметь модифицированные рибонуклеотиды для повышения ее стабильности и/или снижения цитотоксичности. В некоторых вариантах осуществления, 5-метилцитидин может быть заменен частично или полностью в РНК, например, на цитидин. Альтернативно, псевдоуридин заменен частично или полностью, например, на уридин.

В некоторых вариантах осуществления, термин «модификация» относится к получению РНК с 5’-кэпом или аналогом 5’-кэпа. Термин «5’-кэп» относится к кэповой структуре, найденной на 5’-конце молекулы мРНК, и обычно состоит из гуанозинового нуклеотида, соединенного с мРНК через необычную 5’-5’ трифосфатную связь. В некоторых вариантах осуществления, этот гуанозин метилирован в 7-положении. Термин «обычный 5’-кэп» относится к существующему в природе РНК 5’-кэпу, к 7-метилгуанозиновому кэпу (m G). В контексте настоящего описания, термин «5’-кэп» включает аналог 5’-кэпа, который имеет сходство с кэповой структурой РНК и модифицирован так, чтобы обладать способностью стабилизировать РНК и/или усиливать трансляцию РНК, если присоединен к ней in vivo и/или в клетке.

В некоторых вариантах осуществления, мРНК, кодирующую неоантигенный пептид настоящего описания, вводят субъекту, нуждающемуся в этом. В некоторых вариантах осуществления, настоящее описание относится к молекулам РНК, олигорибонуклеотида и полирибонуклеотида, содержащим модифицированный нуклеозид, векторам генной терапии, содержащим их, способам генной терапии и способам подавления транскрипции генов, включающим их. В некоторых вариантах осуществления, вводимая мРНК содержит по меньшей мере один модифицированный нуклеозид.

Полинуклеотиды, кодирующие пептиды, описанные в настоящем изобретении, могут быть синтезированы химическими методами, например, способом фосфотриэфира из Matteucci, et al., J. Am. Chem. Soc. 103:3185 (1981). Полинуклеотиды, кодирующие пептиды, содержащие или состоящие из аналога, могут быть получены просто замещением подходящего и желаемого основания нуклеиновой кислоты для тех, которые кодируют нативный эпитоп.

Полинуклеотиды, описанные в настоящем изобретении, могут содержать один или более синтетических или природных интронов в транскрибированной области. Включение последовательностей стабилизации мРНК и последовательностей для репликации в клетках млекопитающих также может рассматриваться для повышения экспрессии полинуклеотида. Кроме того, полинуклеотид, описанный в настоящем изобретении, может содержать иммуностимулирующие последовательности (ISS или CpG). Эти последовательности могут быть включены в вектор вне полинуклеотида, кодирующего последовательность, для улучшения иммуногенности.

В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотиды могут содержать последовательность для пептида или белка, слитого в одной и той же рамке считывания с полинуклеотидом, которые помогают, например, в экспрессии и/или секреции пептида или белка из клетки-хозяина (например, лидерную последовательность, которая функционирует как секреторная последовательность для контроля транспорта полипептида из клетки). Полипептидом, имеющим лидерную последовательность, является пред-белок, и может иметь лидерную последовательность, отщепляемую клеткой-хозяином с образование зрелой формы полипептида.

В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотиды могут содержать кодирующие последовательности для пептида или белка, слитого в одной и той же рамке считывания для маркерной последовательности, которые позволяют, например, очистку кодируемого пептида, который затем может быть введен в персонализированную вакцину от заболевания или иммуногенную композицию. Например, маркерной последовательностью может быть гекса-гистидиновая метка (SEQ ID NO: 2272), дополненная pQE-9 вектором для обеспечивания очистки зрелого полипептида, конденсированного с маркером, в случае бактериального хозяина, или маркерной последовательностью может быть гемагглютининовая (HA) метка, полученная из гемагглютининового белка гриппа, если хозяином является млекопитающее (например, COS-7 клетки). Дополнительные метки включают, но не ограничены ими, Кальмодулиновые метки, FLAG метки, Myc метки, S метки, SBP метки, Softag 1, Softag 3, V5 метку, Xpress метку, Isopeptag, SpyTag, метки биотин-карбоксильного белка-носителя (BCCP), GST метки, флуоресцентные белковые метки (например, метки зеленого флуоресцентного белка), метки связывающего белка мальтозы, Nus метки, Strep-tag, тиоредоксиновую метку, TC метку, Ty метку и подобные.

В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотиды могут содержать кодирующую последовательность для одного или более описанных в настоящее время пептидов или белков, конденсированных в одной и той же рамке считывания для создания одного конкатамеризованного неоантигенного пептидного конструкта, способного производить множество неоантигенных пептидов.

В некоторых вариантах осуществления, ДНК последовательность сконструирована с использованием рекомбинантной методики через выделение или синтез ДНК последовательности, кодирующей представляющий интерес белок дикого типа. Необязательно, последовательность может быть мутагенизирована сайт-спейифическим мутагенезом с получением ее функциональных аналогов. См., например Zoeller et al., Proc. Nat’l. Acad. Sci. USA 81:5662-5066 (1984) и патент США № 4,588,585. В другом варианте осуществления, ДНК последовательность, кодирующая представляющий интерес пептид или белок, может быть сконструирована химическим синтезом с использованием олигонуклеотидного синтезатора. Такие олигонуклеотиды могут быть созданы на основе аминокислотной последовательности желаемого пептида и выбора таких кодонов, которые предпочтительны в клетке-хозяине, в которой продуцируется представляющий интерес рекомбинантный полипептид. Стандартные способы могут использоваться для синтеза выделенной полинуклеотидной последовательности, кодирующей выделенный полипептид, представляющий интерес. Например, полная аминокислотная последовательность может использоваться для конструирования гена с возможной последовательностью, восстановленной по полипептиду. Далее, может быть синтезирован ДНК олигомер, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую конкретный выделенный полипептид. Например, несколько малых олигонуклеотидов, кодирующий части желаемого полипептида, могут быть синтезированы и затем лигированы. Отдельные олигонуклеотиды обычно содержат 5’ или 3’ концевые нуклеотиды для комплементрной сборки.

После сборки (например, синтезом, сайт-направленным мутагенезом или другим способом), полинуклеотидные последовательности, кодирующие конкретный выделенный полипептид, представляющий интерес, вставляют в вектор экспрессии и необязательно функционально связывают с контрольной последовательностью экспрессии для экспрессии белка в желаемом хозяине. Правильность сборки может быть подтверждена секвенированием нуклеотида, рестрикционным картированием и экспрессией биологически активного полипептида в подходящем хозяине. Как хорошо известно в данной области техники, для получения высоких уровней экспрессии трансфицированного гена у хозяина, ген может быть функционально связан с транскрипционной и трансляционной контрольными последовательностями экспрессии, которые являются функциональными в выбранном хозяине экспрессии.

Таким образом, настоящее описание также относится к векторам, и векторам экспрессии, используемым для получения и введения неоантигенных пептидов и неоэпитопов, описанных в настоящем изобретении, и к клеткам-хозяевам, содержащим такие векторы.

IV. Векторы

В некоторых вариантах осуществления, также может быть получен вектор экспрессии, способный экспрессировать пептид или белок, описанный в настоящем изобретении. Векторы экспрессии для разных типов клеток хорошо известны в данной области техники и могут быть выбраны без излишнего экспериментирования. Обычно ДНК вставляют в вектор экспрессии, такой как плазмида, в нужной ориентации и корректной рамке считывания для экспрессии. При необходимости, ДНК может быть связана с подходящими транскрипционными и трансляционными регулирующими контрольными нуклеотидными последовательностями, распознанными желаемым хозяином (например, бактерией), хотя такие контроли обычно доступны в векторе экспрессии. Затем вектор вводят в бактерию-хозяина для клонирования с использованием стандартных методов (см., например, Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.).

Большое количество систем векторов и хозяин, подходящих для продуцирования и введения неоантигенного пептида, описанного в настоящем изобретении, известно специалистам в данной области техники и коммерчески доступны. Следующие векторы представлены в качестве примера. Бактериальные: pQE70, pQE60, pQE-9 (Qiagen), pBS, pD10, phagescript, psiX174, pBluescript SK, pbsks, pNH8A, pNH16a, pNH18A, pNH46A (Stratagene); ptrc99a, pKK223-3, pKK233-3, pDR540, pRIT5 (Pharmacia); pCR (Invitrogen). Эукариотические: pWLHEO, pSV2CAT, pOG44, pXT1, pSG (Stratagene) pSVK3, pBPV, pМSG, pSVL (Pharmacia); p75.6 (Valentis); pCEP (Invitrogen); pCEI (Epimmune). Однако любой другой плазимд или вектор может использоваться, пока он является реплицируемым и жизнеспособным в хозяине.

Для экспрессии неоантигенных пептидов, описанных в настоящем изобретении, кодирующие последовательности будут представлены функционально связанными старт- и стоп-кодонами, промотором и терминаторными областями, и в некоторых вариантах осуществления, и системой репликации для получения вектора экспрессии для экспрессии в желаемом клеточном хозяине. Например, промоторные последовательности, совместимые с бактериальными хозяевами, могут быть представлены в плазмидах, содержащих удобные сайты рестрикции для вставки желаемой кодирующей последовательности. Полученные векторы экспрессии трансформируют в подходящих бактериальных хозяев.

Векторы экспрессии млекопитающих содержат точку начала репликации, подходящий промотор и энхансер, и также необходимые сайты связывания рибосом, сайт полиаденилирования, сайты донора и акцептора сплайсинга, транскрипционные стоп-кодоны и 5’ фланкирующие не транскрибированные последовательности. Такие промоторы также могут быть получены из вирусных источников, таких как, например, цитомегаловирус человека (CMV-IE промотор) или вирус простого герпеса, тип 1 (HSV TK промотор). Последовательности нуклеиновых кислот, полученные сплайсингом SV40, и сайты полиаденилирования могут использоваться для получения требуемых не транскрибированных генетических элементов.

Рекомбинантные векторы экспрессии могут использоваться для амплификации и экспрессирования ДНК, кодирующей пептид или белок, описанный в настоящем изобретении. Рекомбинантные векторы экспрессии являются реплицируемыми ДНК конструктами, которые имеют синтетические или кДНК-полученные ДНК фрагменты, кодирующие пептид или биоэквивалентный аналог, функционально связанный с подходящими транскрипционными или трансляционными регулирующими элементами, полученными из генов млекопитающих, микробов, вирусов или насекомых. Транскрипционная единица обычно состоит из (1) генетического элемента или элементов, имеющих регулирующую роль в экспрессии гена, например, транскрипционных промоторов или энхансеров, (2) структурной или кодирующей последовательности, которая транскрибирована в мРНК и транслирована в белок, и (3) подходящих последовательностей начала и окончания транскрипции и трансляции, как подробно описано в настоящем изобретении. Такие регулирующие элементы могут включать последовательность-оператор для контроля транскрипции. Способность реплицироваться в хозяине обычно предоставляется точкой начала репликации, и дополнительно может быть введен ген селекции для улучшения распознавания трансформантов. Области ДНК являются функционально связанными, когда они являются функционально родственными друг другу. Например, ДНК для сигнального пептида (секреторного лидера) функционально связана с ДНК для полипептида, если он экспрессирован как предшественник, который участвует в секреции полипептида; промотор функционально связан с кодирующей последовательностью, если он контролирует транскрипцию последовательности; или сайт связывания рибосомы функционально связан кодирующей последовательностью, если он расположен так, чтобы позволить трансляцию. Обычно функционально связанный означает непрерывный, и в случае секреторных лидеров, означает непрерывный и в рамке связывания. Структурные элементы, предназначенные для применения в системах экспрессии дрожжей, включают лидерную последовательность, позволяющую внеклеточную секрецию транслированного белка клеткой-хозяином. Альтернативно, если рекомбинантный белок экспрессирован без лидерной или транспортной последовательности, он может включать N-концевой метиониновый остаток. Этот остаток может быть впоследствии необязательно отщеплен от экспрессируемого рекомбинантного белка для получения конечного продукта.

Обычно рекомбинантные векторы экспрессии включают точки начала репликации и выбираемые маркеры, позволяющие трансформацию клетки-хозяина, например, ген резистентности к ампициллину E. coli и ген S. cerevisiae TRP1, и промотор, полученный из сверхэкспрессируемого гена для направления транскрипции расположенной ниже структурной последовательности. Такие промоторы могут быть получены из оперонов, кодирующих гликолитические ферменты, такие как 3-фосфоглицераткиназа (PGK), кислая фосфатаза или белки теплового шока, среди прочих. Гетерологичная структурная последовательность собрана в подходяще фазе с последовательностями начала и окончания трансляции, и в некоторых вариантах осуществления, лидерной последовательностью, способной направлять секрецию транслированного белка в периплазматическое пространство или внеклеточную среду. Необязательно, гетерологичная последовательность может кодировать слитый белок, включающий N-концевой идентификационный пептид, придающий желаемые характеристики, например, стабилизацию или упрощенную очистку экспрессируемого рекомбинантного продукта.

Полинуклеотиды, кодирующие неоантигенные пептиды, описанные в настоящем изобретении, также могут содержать последовательность сигнала убиквитинирования, и/или таргетную последовательность, такую как сигнальная последовательность эндоплазматического ретикулюма (ER) для улучшения движения полученного пептида в эндоплазматический ретикулюм.

В некоторых вариантах осуществления, неоантигенный пептид, описанный в настоящем изобретении, также может вводиться и/или экспрессироваться вирусными или бактериальными векторами. Примеры векторов экспрессии включают ослабленных вирусных хозяев, таких как осповакцина или оспа кур. В качестве примера такого подхода, вирус осповакцины используют в качестве вектора для экспрессирования нуклеотидных последовательностей, которые кодируют неоантигенные пептиды, описанные в настоящем изобретении. Векторы осповакцины и способы, используемые в протоколах иммунизации, описаны в, например, патенте США № 4,722,848. Другим вектором является BCG (бацилла Кальмета-Герена). BCG векторы описаны у Stover et al., Nature 351:456-460 (1991).

Множество других векторов, используемых для терапевтического введения или иммунизации неоантигенными полипептидами, описанными в настоящем изобретении, например, адено и адено-ассоциированные вирусные векторы, ретровирусные векторы, векторы Salmonella Typhimurium, векторы детоксифицированного сибиреязвенного токсина, векторы вируса Сендай, поксвирусные векторы, канаривирусные векторы, и векторы вируса кур, и подобные, будет очевидно специалисту в данной области техники из представленного здесь описания. В некоторых вариантах осуществления, вектором является модифицированный вирус осповакцины Анкара (VA) (например, баварский северный (MVA-BN)).

Среди векторов, которые могут использоваться в практике настоящего описания, интеграция в геном хозяина клетки возможна способами переноса гена ретровируса, часто дающими долговременную экспрессию вставленного трансгена. В некоторых вариантах осуществления, ретровирусом является лентивирус. Дополнительно, высокая эффективность трансдукции наблюдается во многих разных типах клеток и тканях-мишенях. Тропизм ретровируса может быть изменен введением чужих оболочечных белков, расширением потенциальной целевой популяции клеток-мишеней. Ретровирус также может быть сконструирован так, чтобы позволить условную экспрессию вставленного трансгена, так, что только определенные типы клеток инфицированы лентивирусом. Специфические к типу клеток промоторы могут использоваться для направленной экспрессии в определенных типах клеток. Лентивирусными векторами являются ретровирусные векторы (и следовательно, и лентивирусные и ретровирусные векторы могут использоваться в практике настоящего описания). Более того, лентивирусные векторы способны трансдуцировать или заражать не делящиеся клетки и обычно давать высокие вирусные титры. Выбор системы переноса ретровирусного гена поэтому может зависеть от ткани-мишени. Ретровирусные векторы состоят из цис-действующих длинных концевых повторов с упаковочной способностью вплоть до 6-10 т.н. чужих последовательностей. Минимальное количество цис-действующих LTR является достаточным для репликации и упаковки векторов, которые затем используют для интеграции желаемых нуклеиновых кислот в клетки-мишени для получения постоянной экспрессии. Широко применяемые ретровирусные векторы, которые могут использоваться в практике настоящего описания, включают такие, которые основаны на вирусе лейкоза мышей (MuLV), вирусе лейкоза гиббонов (GaLV), вирусе иммунодефицита обезьян (SIV), вирусе иммунодефицита человека (HIV) и их комбинаций (см., например, Buchscher et al., (1992) J. Virol. 66:2731-2739; Johann et al., (1992) J. Virol.66:1635-1640; Sommnerfelt et al., (1990) Virol,176:58-59; Wilson et al., (1998) J. Virol.63:2374-2378; Miller et al., (1991) J. Virol.65:2220-2224; PCT/US94/05700).

Также в практике настоящего описания может быть использован минимальный лентивирусный вектор не приматов, такой как лентивирусный вектор на основе вируса инфекционной анемии лошадей (EIAV). Эти векторы могут иметь цитомегаловирусный (CMV) промотор, управляющий экспрессией гена-мишени. Соответственно настоящее описание рассматривает, среди вектора(ов), применимых на практике настоящего описания: вирусные векторы, включая ретровирусные вирусы и лентивирусные векторы.

Также в практике настоящего описания можно использовать аденовирусный вектор. Одним из преимуществ рекомбинантных аденовирусов является способность эффективно переносить и экспрессировать рекомбинантные гены в различных клетках и тканях млекопитающих in vitro и in vivo, что приводит к высокой экспрессии перенесенных нуклеиновых кислот. Кроме того, способность продуктивно заражать покоящиеся клетки расширяет полезность рекомбинантных аденовирусных векторов. Кроме того, высокие уровни экспрессии гарантируют, что продукты нуклеиновых кислот будут экспрессироваться до уровней, достаточных для создания иммунного ответа (см., например, патент США № 7,029,848, включенный сюда в качестве ссылки).

Что касается аденовирусных векторов, используемых в практике настоящего описания, следует упомянуть патент США № 6,955,808. Используемый аденовирусный вектор может быть выбран из группы, состоящей из векторов Ad5, Ad35, Ad11, C6 и C7. Были опубликованы последовательности генома аденовируса 5 («Ad5»). (Chroboczek, J., Bieber, F., и Jacrot, B. (1992) The Sequence of the Genome of Adenovirus Type 5 and Its Comparison with the Genome of Adenovirus Type 2, Virology 186, 280-285; содержание которой включено сюда в качестве ссылки). Ad35 векторы описаны в патентах США №№ 6,974,695, 6,913,922 и 6,869,794. Векторы Ad11 описаны в Патенте США № 6,913,922. C6 аденовирусные векторы описаны в Патентах США №№ 6,780,407; 6,537,594; 6,309,647; 6,265,189; 6,156,567; 6,090,393; 5,942,235 и 5,833,975. C7 векторы описаны в Патенте США № 6,277,558. Также могут использоваться аденовирусные векторы, которые являются E1-дефектными или лишенными, E3-дефектными или лишенными и/или E4-дефектными или лишенными. Определенные аденовирусы, имеющие мутации в E1 области, имеют улучшенный диапазон безопасности, та как E1-дефектные аденовирусные мутанты являются дефектными по репликации в не пермиссивных клетках, или, как минимум, являются сильно ослабленными. Аденовирусы, имеющие мутации в E3 области, могут иметь улучшенную иммуногенность через механизм разрушения, где аденовирус подавляет молекулы MHC I класса. Аденовирусы, имеющие E4 мутации, могут иметь пониженную иммуногенность аденовирусного вектора из-за подавления экспрессии «поздних» генов. Такие векторы могут быть особенно полезны при повторной ревакцинации с использованием того же вектора, при желании. Аденовирусные векторы, у которых есть делеции и мутации в E1, E3, E4; E1 и E3; и E1 и E4, могут использоваться в соответствии с настоящим описанием.

Кроме того, «выпотрошенные» аденовирусные векторы, в которых все вирусные гены были удалены, также могут использоваться в соответствии с настоящим описанием. Такие векторы требуют вирусов-помощников для их репликации и требует специальных 293 клеточных линий человека, экспрессирующих и E1a и Cre, условие, которое не существует в природной среде. Такие «выпотрошенные» векторы являются не иммуногенными, и поэтому векторы могут быть инокулированы множество раз для ревакцинации. «Выпотрошенные» аденовирусные векторы могут использоваться для вставки гетерологичных вставок/генов, таких как трансгены настоящего описания, и даже могут использоваться для совместной доставки большого количества гетерологичных вставок/генов.

В некоторых вариантах осуществления, доставка происходит через аденовирус, который может быть в одной ревакцинирующей дозе. В некоторых вариантах осуществления, аденовирус доставляют множеством доз. Для in vivo доставки, AAV является предпочтительными перед другими вирусными векторами из-за низкой токсичности и высокой вероятности возникновения инсерционного мутагенеза из-за того, что он не интегрируется в геном хозяина. AAV имеет предел упаковки 4,5 или 4,75 п.н. Конструкты больше 4,5 или 4,75 п.н. вызывают значительно меньшее продуцирование вируса. Существует множество промоторов, которые могут использоваться для управления экспрессии молекулы нуклеиновой кислоты. AAV ITR может служить в качестве промотора и является преимущественными для того, чтобы исключить необходимость в дополнительном элементе промотора.

Для повсеместной экспрессии могут использоваться следующие промоторы: CMV, CAG, CBh, PGK, SV40, тяжелые или легкие цепи ферритина и т.д. Для экспрессии в мозге могут использоваться следующие промоторы: SynapsinI для всех нейронов, CaMKIIalpha для возбуждающих нейронов, GAD67 или GAD65 или VGAT для GABAергических нейронов и т.д. Промоторы, применяемые для управления синтезом РНК, могут включать: Pol III промоторы, такие как U6 или H1. Применение Pol II промотора и интронных кассет может использоваться для экспрессирования направляющей РНК (нРНК). Что касается AAV векторов, применяемых на практике настоящего описания, следует упомянуть Патенты США №№ 5658785, 7115391, 7172893, 6953690, 6936466, 6924128, 6893865, 6793926, 6537540, 6475769 и 6258595, и цитированные там документы. Что касается AAV, AAV может быть AAV1, AAV2, AAV5 или любой их комбинацией. Можно выбрать AAV в отношении таргетируемых клеток; например, можно выбрать AAV серотипы 1, 2, 5 или гибридный капсид AAV1, AAV2, AAV5 или любую их комбинацию для таргетирования и клеток мозга или нейронных клеток; и можно выбрать AAV4 для таргетирования сердечной ткани. AAV8 используют для доставки в печень. В некоторых вариантах осуществления доставка происходит через AAV. Доза может быть скорректирована для уравновешивания терапевтической пользы и любых побочных эффектов.

В некоторых вариантах осуществления, в описанной здесь композиции используют поксвирус. Они включают ортопоксвирус, авипокс, осповакцину, MVA, NYVAC, канарипокс, ALVAC, оспу кур, TROVAC и т.д. (см., например, Verardiet al., Hum. Vaccin. Immunother. 2012 Jul; 8(7):961-70; и Moss, Vaccine. 2013; 31(39): 4220-4222). Поксвирусные векторы экспрессии были описаны в 1982 и быстро стали широко использоваться для развития вакцин, а также для исследования во множестве областей. Преимущества векторов включают простую конструкцию, способность размещать большие количества чужих ДНК и высокие уровни экспрессии. Информация, касающаяся поксвирусов, которые могут использоваться на практике настоящего описания, таких как субсемейство поксвирусов Chordopoxvirinae (поксвирусов позвоночных), например, ортопоксвирусов и авипоксвирусов, например, вируса осповакцины (например, штамма Wyeth, штамма WR (например, ATCC® VR-1354), штамма Copenhagen, NYVAC, NYVAC,1, NYVAC.2, MVA, MVA-BN), канарипоксвирусов (например, штамма Wheatley C93, ALVAC), вируса оспы кур (например, штамма FP9, штамма Webster, TROVAC), вируса оспы голубей, вируса оспы голубей, вируса оспы перепелов и вируса оспы енотов, кроме прочего, их синтетических или не существующих в природе рекомбинантов, их применения и способов получения и применения таких рекомбинантов может быть найдена в научной и патентной литературе.

В некоторых вариантах осуществления, вирус осповакцины используют в вакцине против заболевания или иммуногенной композиции для экспрессирования антигена. (Rolph et al., Recombinant viruses as vaccines and immunological tools. Curr. Opin. Immunol. 9:517-524, 1997). Рекомбинантный вирус осповакцины способен реплицировать в цитоплазме зараженной клетки-хозяина, и поэтому полипептид, представляющий интерес, может вызывать иммунный ответ. Более того, поксвирусы широко используют в качестве векторов вакцины или иммуногенной композиции благодаря их способности поражать кодированные антигены для процессирования путем главного комплекса гистосовместимости I класса через прямое заражение иммунных клеток, в частности, антигенпрезентирующих клеток, а также благодаря их способности к самодобавлению.

В некоторых вариантах осуществления, ALVAC используют в качестве вектора в вакцине против заболевания или иммуногенной композиции. ALVAC является канарипоксвирусом, который может быть модифицирован для экспрессии чужих трансгенов, и применяется в качестве способа вакцинации против прокариотических и эукариотических антигенов (Horig H, Lee DS, Conkright W, et al. Phase I clinical trial of a recombinant canarypoxvirus (ALVAC) vaccine expressing human carcinoembryonic antigene и B7.1 co-stimulatory molecule. Cancer Immunol. Immunother. 2000;49:504-14; von Mehren M, Arlen P, Tsang KY, et al. Pilot study of a dual gene recombinant avipox vaccine containing both carcinoembryonic antigene (CEA) и B7.1 transgenes in patients with recurrent CEA-expressing adenocarcinomas. Clin. Cancer. Res. 2000;6:2219-28; Musey L, Ding Y, Elizaga M, et al. HIV-1 vaccination administered intramuscularly can induce both systemic и mucosal Т-cell immunity in HIV-1-uninfected individuals. J. Immunol. 2003;171:1094-101; Paoletti E. Applications of pox virus vectors to vaccination: an update. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 1996;93:11349-53; патент США № 7,255,862). К клиническом исследовании I фазы ALVAC вирус, экспрессирующий опухолевый антиген CEA, показывает превосходный профиль безопасности и дает усиленные специфические Т-клеточные ответы у выбранных пациентов; объективные клинические ответы, однако, не наблюдались (Marshall JL, Hawkins MJ, Tsang KY, et al. Phase I study in cancer patients of a replication-defective avipox recombinant vaccine that expresses human carcinoembryonic antigen. J. Clin. Oncol. 1999; 17:332-7).

В некоторых вариантах осуществления, модифицированный вирус осповакцины Анкара (MVA) может использоваться в качестве вирусного вектора для антигенной вакцины или иммуногенной композиции. MVA является членом семейства Ортопоксвирусов и был создан приблизительно 570 серийными пассажами на фибробластах куриных эмбрионов штамма Анкара вируса осповакцины (CVA) (см., например, Mayr, A., et al., Infection 3, 6-14, 1975). Следствием этих пассажей является MVA вирус, содержащий на 31 тысячу нуклеотидов меньше геномной информации, по сравнению с CVA, и сильно ограниченный относительно клетки-хозяина (Meyer, H. et al., J. Gen. Virol. 72, 1031-1038, 1991). MVA характеризуется экстремальным ослаблением, а именно, пониженной вирулентностью или способностью заражать, но все еще сохраняет превосходную иммуногенность. При тестировании на множестве животных моделей, MVA доказал свою авирулентность даже у индивидуумов с подавленным иммунитетом. Более того, MVA-BN®-HER2 является кандидатной иммунотерапией, разработанной для лечения HER-2-положительного рака молочной железы, находящейся в настоящее время на стадии клинических испытаний. (Mandl et al., Cancer Immunol. Immunother. Jan 2012; 61(1): 19-29). Способы получения и применения рекомбинантного MVA описаны (например, см. патенты США №№ 8,309,098 и 5,185,146, включенных сюда в качестве ссылки полностью).

Подходящие клетки-хозяева для экспрессии полипептида включают прокариоты, дрожжи, клетки насекомых или высшие эукариотические клетки под контролем соответствующих промоторов. Прокариоты включают грамотрицательные или грамположительные организмы, например E. coli или бациллы. Высшие эукариотические клетки включают устойчивые клеточные линии млекопитающих. Также могут быть использованы системы трансляции, не содержащие клеток. Соответствующее клонирование и векторы экспрессии для использования с клетками-хозяевами бактерий, грибов, дрожжей и млекопитающих хорошо известны в данной области техники (см. Pouwels et al., Cloning Vectors: A Laboratory Manual, Elsevier, N.Y., 1985).

Для экспрессии рекомбинантного белка также предпочтительно используют различные системы культивирования клеток млекопитающих или насекомых. Экспрессия рекомбинантных белков в клетках млекопитающих может быть осуществлена, потому что такие белки обычно правильно уложены, соответствующим образом модифицированы и полностью функциональны. Примеры подходящих линий клеток-хозяев млекопитающих включают линии COS-7 клеток почек обезьяны, описанные у Gluzman (Cell 23:175, 1981), и другие клеточные линии, способные экспрессировать подходящий вектор, включая, например, L-клетки, C127, 3T3, клетки яичников китайского хомяка (CHO), 293, HeLa и BHK клеточные линии. Векторы экспрессии млекопитающих могут содержать не транскрибированные элементы, такие как точка начала репликации, подходящий промотор и энхансер, связанный с экспрессируемым геном, и другие 5’ или 3’ фланкирующие не транскрибированные последовательности, и 5’ или 3’не транслированные последовательности, такие как необходимые сайты связывания рибосомы, сайт полиаденилирования, сайты донора и акцептора сплайсинга и последовательности терминации транскрипции. Бакуловирусные системы для продуцирования гетерологичных белков в клетках насекомых рассматриваются у Luckow and Summers, Bio/Technology 6:47 (1988).

Клетки-хозяева генетически сконструированы (трансдуцированы или трансформированы или трансфицированы) векторами, которые могут быть, например, вектором клонирования или вектором экспрессии. Вектор может быть, например, в форме плазмиды, вирусной частицы, фага и т. д. Сконструированные клетки-хозяева можно культивировать в обычных питательных средах, модифицированных должным образом для активации промоторов, отбора трансформантов или амплификации полинуклеотидов. Условия культивирования, такие как температура, pH и подобные, являются теми, которые ранее использовались для клеток-хозяев, выбранных для экспрессии, и будут очевидны специалисту в данной области техники.

Типовые примеры подходящих хозяев, которые могут быть указаны: бактериальные клетки, такие как E. coli, Bacillus subtilis, Salmonella typhimurium и разные виды из рода Pseudomonas, Streptomyces и Staphylococcus; клетки грибов, таких как дрожжи; клетки насекомых, таких как Drosophila и Sf9; клетки животных, такие как линии COS-7 фибробластов почек обезьян, описанные у Gluzman, Cell 23:175 (1981), и другие клеточные линии, способные экспрессировать совместимый вектор, например, C127, 3T3, CHO, HeLa и BHK клеточные линии или меланома Боуэса; клетки растений и т.д. Считается, что выбор подходящего хозяина находится в пределах компетенции специалистов в данной области, исходя из изложенных здесь идей.

Также могут использоваться клетки-хозяева насекомых или животных, применяющие подходящие векторы и контрольные последовательности. Примеры систем экспрессии млекопитающих включают линии COS-7 фибробластов почек обезьян, описанные у Gluzman, Cell 23:175 (1981), и другие клеточные линии, способные экспрессировать совместимый вектор, например, C127, 3T3, CHO, HeLa и BHK клеточные линии.

Полинуклеотиды, описанные в настоящем изобретении, могут вводиться и экспрессироваться в клетках человека (например, в иммунных клетках, включая дендритные клетки). Таблица использования человеческих кодонов может использоваться для выбора кодонов для каждой аминокислоты. Такие полинуклеотиды содержат спейсерные аминокислотные остатки между эпитопами и/или аналогами, такие как описанные выше, или могут включать встречающиеся в природе фланкирующие последовательности, соседние к эпитопам и/или аналогам (и/или CTL (например, CD8⁺), Th (например, CD4⁺) и B-клеточные эпитопы).

Стандартные регуляторные последовательности, хорошо известные специалистам в данной области, могут быть включены в вектор для обеспечения экспрессии в клетках-мишенях человека. Желательны несколько элементов: промотор с расположенным ниже сайтом клонирования полинуклеотида, например, вставкой минигена; сигнал полиаденилирования для эффективного прекращения транскрипции; точка начала репликации E. coli; и селективный маркер E. coli (например, резистентность к ампициллину или канамицину). Для этой цели могут использоваться многочисленные промоторы, например промотор цитомегаловируса человека (hCMV). См., например, Патенты США №№ 5,580,859 и 5,589,466 для других подходящих последовательностей промотора. В некоторых вариантах осуществления, промотором является промотор CMV-IE.

Подходящие векторы экспрессии для эукариотических хозяев, особенно млекопитающих или людей, включают, например, векторы, содержащие последовательности контроля экспрессии из SV40, вируса папилломы крупного рогатого скота, аденовируса и цитомегаловируса. Полезные векторы экспрессии для бактериальных хозяев включают известные бактериальные плазмиды, такие как плазмиды из Escherichia coli, включая pCR1, pBR322, пМВ9 и их производные, плазмиды с более широким кругом хозяев, такие как M13 и нитчатые одноцепочечные фаги ДНК.

Векторы могут быть введены в ткани животных множеством различных способов. Двумя наиболее популярными подходами являются инъекция ДНК в солевом растворе с использованием гиподермальной иглы и доставка генной пушкой. Схема создания плазмиды ДНК-вакцины и ее последующей доставки хозяину двумя способами показана в Scientific American (Weiner et al., (1999) Scientific American 281 (1): 34-41). Инъекцию в солевом растворе обычно проводят внутримышечно (ВМ) в скелетные мышцы или внутрикожно (ВК) с доставкой ДНК во внеклеточные пространства. Этому может способствовать электропорация, временно повреждая мышечные волокна миотоксинами, такими как бупивакаин; или применение гипертонических растворов солевого раствора или сахарозы (Alarcon et al., (1999). Adv. Parasitol. Advances in Parasitology 42: 343-410). На иммунные ответы на эти способы доставки может влиять множество факторов, включая тип иглы, положение иглы, скорость инъекции, объем инъекции, тип мышц, и возраст, пол и физиологическое состояние животного, которому делают инъекцию (Alarcon et al., (1999). Adv. Parasitol. Advances in Parasitology 42: 343-410).

Доставка генной пушкой, другой обычно используемый способ доставки, баллистически ускоряет плазмидную ДНК (пДНК), которая была адсорбирована на микрочастицах золота или вольфрама, в клетки-мишени, с использованием сжатого гелия в качестве ускорителя (Alarcon et al., (1999). Adv. Parasitol. Advances in Parasitology 42: 343-410; Lewis et al., (1999). Advances in Virus Research (Academic Press) 54: 129-88).

Альтернативные способы доставки могут включать аэрозольную инстилляцию голой ДНК на поверхности слизистых оболочек, таких как слизистая оболочка носа и легких (Lewis et al., (1999).Advances in Virus Research (Academic Press) 54: 129-88) и местное введение пДНК на слизистую глаза и влагалища (Lewis et al., (1999) Advances in Virus Research (Academic Press) 54: 129-88). Доставка на поверхность слизистой оболочки также достигается с использованием препаратов катионных липосом-ДНК, биоразлагаемых микросфер, ослабленных векторов Shigella или Listeria для перорального введения на слизистую оболочку кишечника и рекомбинантных аденовирусных векторов. ДНК или РНК также могут быть доставлены в клетки после легкого механического разрушения клеточной мембраны, временно пермеабилизирующего клетки. Такое легкое механическое разрушение мембраны может быть достигнуто путем осторожного проталкивания клеток через небольшое отверстие (Sharei et al., Ex Vivo Cytosolic Delivery of Functional Macromolecules to Immune Cells, PLOS ONE (2015)).

Химические средства для введения полинуклеотида в клетку-хозяина включают коллоидные дисперсионные системы, такие как макромолекулярные комплексы, нанокапсулы, микросферы, шарики и системы на основе жиров, включая эмульсии масло-в-воде, мицеллы, смешанные мицеллы и липосомы. Типовой коллоидной системой для использования в качестве средства доставки in vitro и in vivo являются липосомы (например, искусственные мембранные везикулы). В случае, когда используется не вирусная система доставки, типовым средством доставки является липосома. «Липосома» является общим термином, охватывающим множество одно- и многослойных жировых носителей, полученных путем образования заключенных жировых бислоев или агрегатов. Липосомы можно охарактеризовать как имеющие везикулярные структуры с фосфолипидной двухслойной мембраной и внутренней водной средой. Многослойные липосомы содержат несколько жировых слоев, разделенных водной средой. Они образуются спонтанно при суспендировании фосфолипидов в избытке водной среды. Жировые компоненты претерпевают само-реаранжировку до образования закрытых структур и захватывают воду и растворенные вещества между жировыми бислоями (Ghosh et al., Glycobiology 5: 505-10 (1991)). Однако также охватываются композиции, которые имеют структуру в растворе, отличную от нормальной везикулярной структуры. Например, жиры могут принимать мицеллярную структуру или просто существовать в виде неоднородных агрегатов жировых молекул. Также рассматриваются комплексы липофектамин-нуклеиновая кислота.

Предполагается использование жировых составов для введения нуклеиновых кислот в клетку-хозяина (in vitro, ex vivo или in vivo). В другом аспекте, нуклеиновые кислоты могут быть связаны с жиром. Нуклеиновые кислоты, связанные с жиром, могут быть инкапсулированы в водную внутреннюю часть липосомы, вкраплены в жировой бислой липосомы, присоединены к липосоме через связывающую молекулу, которая связана как с липосомой, так и с олигонуклеотидом, заключены в липосому, образует комплекс с липосомой, диспергированы в растворе, содержащем жир, смешаны с жиром, объединены с жиром, содержатся в виде суспензии в жире, содержатся или образуют комплекс с мицеллой или другим образом связаны с липидом. Композиции, связанные с жиром, жиром/ДНК или жиром/вектором экспрессии, не ограничиваются какой-либо конкретной структурой в растворе. Например, они могут присутствовать в двухслойной структуре, в виде мицелл или со «свернутой» структурой. Они также могут быть просто вкраплены в раствор, который вероятно может образовывать агрегаты неоднородного размера или формы. Жирами являются жирные вещества, которые могут быть существующими в природе или синтетическими жирами. Например, жиры включают жировые капли, которые естественным образом встречаются в цитоплазме, а также класс соединений, которые содержат длиноцепочечные алифатические углеводороды и их производные, такие как жирные кислоты, спирты, амины, аминоспирты и альдегиды.

Жиры, подходящие для применения, могут быть получены из коммерческих источников. Например, димиристилфосфатидилхолин («ДМФХ») может быть получен от Sigma, St. Louis, Mo.; дицетилфосфат («ДЦФ») может быть получен от K & K Laboratories (Plainview, N.Y.); холестерин («Choi») может быть получен от Calbiochem-Behring; димиристилфосфатидилглицерин («ДМФГ») и другие жиры могут быть получены от Avanti Polar Lipids, Inc. (Birmingham, Ala.). Исходные растворы жиров в хлороформе или хлороформе/метаноле могут храниться при приблизительно -20°C. Хлороформ используют в качестве единственного растворителя, так как он испаряется более легко, чем метанол.

В некоторых вариантах осуществления, вектор содержит полинуклеотид, кодирующий первый пептид, содержащий первый неоэпитоп, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп. В некоторых вариантах осуществления, первый и второй пептиды получают из одного и того же белка. По меньшей мере два отдельных пептида могут варьировать по длине, аминокислотной последовательности или обоих. Пептиды получают из любого белка, о котором известно или обнаружено, что он содержит опухолеспецифическую мутацию. В некоторых вариантах осуществления, вектор содержит первый пептид, содержащий первый неоэпитоп белка, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп того же белка, где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый неоэпитоп содержит мутацию и второй неоэпитоп содержит ту же мутацию. В некоторых вариантах осуществления, вектор содержит первый пептид содержащий первый неоэпитоп первой области белка, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп второй области того же белка, где первая область содержит по меньшей мере одну аминокислоту второй области, где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый эпитоп содержит первую мутацию и второй эпитоп содержит вторую мутацию. В некоторых вариантах осуществления, первая мутация и вторая мутация являются одинаковыми. В некоторых вариантах осуществления, мутация выбрана из группы, состоящей из точечной мутации, мутации сайта сплайсинга, мутации со сдвигом рамки, мутации сквозного прохождения, мутации слияния гена и любой их комбинации.

В некоторых вариантах осуществления, вектор содержит полинуклеотид, функционально связанный с промотором. В некоторых вариантах осуществления, вектором является самоамплифицирующийся репликон РНК, плазмиду, фаг, транспозон, космиду, вирус или вирион. В некоторых вариантах осуществления, вектор получают из ретровируса, лентивируса, аденовируса, аденоассоциированного вируса, вируса герпеса, вируса оспы, альфа-вируса, вируса осповакцины, вируса гепатита В, папилломавируса человека или их псевдотипа. В некоторых вариантах осуществления, вектором является не вирусный вектор. В некоторых вариантах осуществления, не вирусным вектором является наночастица, катионный липид, катионный полимер, металлический нанополимер, наностержень, липосома, мицелла, микропузырьки, проникающий в клетку пептид или липосфера.

V. Т-клеточные рецепторы

В одном аспекте, настоящее описание относится к клеткам, экспрессирующим неоантиген-распознающий рецептор, который активирует иммунореактивную клетку (например, Т-клеточный рецептор (TCR) или химерный антигенный рецептор (CAR)), и способам использования таких клеток для лечения заболевания, которое требует усиленного иммунного ответа. Такие клетки включают генетически модифицированные иммунореактивные клетки (например, Т-клетки, естественные киллеры (NK), цитотоксические T-лимфоциты (CTL (CD8⁺)), хелперные T-лимфоциты (Th (например, CD4⁺)), клетки, экспрессирующие антигенраспознающий рецептор (например, TCR или CAR), который связывает один из неоантигенных пептидов, описанных в настоящем изобретении, и способы их применения для лечения новообразований и или патологий, где желательно повышение антигенспецифического иммунного ответа. Активация Т-клетки опосредуется TCR или CAR, нацеленным на антиген.

Изобретение относится к клеткам, экспрессирующим комбинацию антигенраспознающего рецептора, который активирует иммунореактивную клетку (например, TCR, CAR) и химерного костимулирующего рецептора (CCR), и способам применения таких клеток для лечения заболевания, которое требует усиленный иммунный ответ. В некоторых вариантах осуществления опухолевые антигенспецифические Т-клетки, NK клетки, CTL клетки или другие иммунореактивные клетки используются в качестве челноков для селективного обогащения одного или более костимулирующих лигандов для лечения или профилактики новообразования. Такие клетки вводят человеку, нуждающемуся в этом, для лечения или профилактики определенного рака.

В некоторых вариантах осуществления, опухолевые антигенспецифические лимфоциты человека, которые могут использоваться в способах согласно настоящему описанию, включают, без ограничений, периферические донорные лимфоциты, генетически модифицированные для экспрессии химерных антигенных рецепторов (CAR) (Sadelain, M., et al. 2003 Nat Rev Cancer 3:35-45), периферические донорные лимфоциты, генетически модифицированные для экспрессии комплекса полноразмерного опухолевого антигенраспознающего Т-клеточного рецептора, содержащего a и p гетеродимер (Morgan, R. A., et al. 2006 Science 314:126-129), лимфоцитарные культуры, полученные из инфильтрующих опухоль лимфоцитов (TIL) в биопсиях опухоли (Panelli, M. C., et al. 2000 J Immunol 164:495-504; Panelli, M. C., et al. 2000 J Immunol 164:4382-4392), селективно in vitro размноженные антигенспецифические лейкоциты периферической крови, применяющие искусственные антигенпрезентирующие клетки (AAPC) или активированные дендритные клетки (Dupont, J., et al. 2005 Cancer Res 65:5417-5427; Papanicolaou, G. A., et al. 2003 Blood 102:2498-2505). Т-клетки могут быть аутологичными, аллогенными или получены in vitro их сконструированных клеток-предшественников или стволовых клеток.

В некоторых вариантах осуществления иммунорапевтическим агентом является сконструированный рецептор. В некоторых вариантах осуществления, сконструированным рецептором является химерный антигенный рецептор (CAR), Т-клеточный рецептор (TCR) или B-клеточный рецептор (BCR), адоптивная Т-клеточная терапия (ACT) или ее производное. В других аспектах, В некоторых аспектах сконструированным рецептором является химерный антигенный рецептор (CAR). В некоторых аспектах, CAR является CAR первого поколения. В других аспектах, CAR является CAR второго поколения. В дополнительных других аспектах, CAR является CAR третьего поколения. В некоторых аспектах, CAR содержит внеклеточную часть, трансмембранную часть и внутриклеточную часть. В некоторых аспектах, внутриклеточная часть содержит по меньшей мере один костимулирующий домен Т-клетки. В некоторых аспектах, костимулирующий домен Т-клетки выбран из группы, состоящей из CD27, CD28, TNFRS9 (4-1BB), TNFRSF4 (OX40), TNFRSF8 (CD30), CD40LG (CD40L), ICOS, ITGB2 (LFA-1), CD2, CD7, KLRC2 (NKG2C), TNFRS18 (GITR), TNFRSF14 (HVEM) или любой их комбинации.

В некоторых аспектах сконструированный рецептор связывает мишень. В некоторых аспектах связывание специфично для пептида, специфичного для одного или более субъектов, страдающих заболеванием или состоянием.

В некоторых аспектах иммунорапевтическим агентом является клетка, подробно описанная в настоящем изобретении. В некоторых аспектах иммунорапевтическим агентом является клетка, содержащая рецептор, который специфически связывает пептид или неоэпитоп, описанный в настоящем изобретении. В некоторых аспектах, иммунорапевтическим агентом является клетка, применяемая в комбинации с пептидами/нуклеиновыми кислотами настоящего описания. В некоторых вариантах, клеткой является клетка пациента. В некоторых вариантах осуществления, клеткой является Т-клетка. В некоторых вариантах осуществления клеткой является лимфоцит, инфильтрирующий опухоль.

В некоторых аспектах, субъекта с состоянием или заболеванием лечат на основе Т-клеточного репертуара субъекта. В некоторых вариантах осуществления, пептид или неоэпитоп выбран на основе репертуара Т-клеточного рецептора субъекта. В некоторых вариантах осуществления, субъекта лечат Т-клетками, экспрессирующими TCR, специфический для пептида или неоэпитопа, как описано в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, субъекта лечат пептидом или неоэпитопом, специфическим для TCR, например, специфическим для субъекта TCR. В некоторых вариантах осуществления, субъекта лечат пептидом или неоэпитопом, специфическим для Т-клеток, экспрессирующих TCR, например, специфические для субъекта TCR. В некоторых вариантах осуществления, субъекта лечат пептидом или неоэпитопом, специфическим для специфических для субъекта TCR.

В некоторых вариантах осуществления, композиция, описанная в настоящем изобретении, выбрана на основе TCR, идентифицированных у одного или более субъектов. В некоторых вариантах осуществления идентификацию Т-клеточного репертуара и тестирование в функциональных анализах используют для определения композиции, которую следует ввести одному или нескольким субъектам с состоянием или заболеванием. В некоторых вариантах осуществления, композиция является антигенной вакциной, содержащей один или более пептидов или белков, как описано в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, вакцина включает специфические для субъекта неоантигенные пептиды. В некоторых вариантах осуществления, пептиды для включения в вакцину выбирают на основе количественной оценки специфических для субъекта TCR, которые связываются с неоэпитопами. В некоторых вариантах осуществления, пептиды выбирают на основе аффинности связывания пептида с TCR. В некоторых вариантах осуществления, выбор основан на сочетании количества и аффинности связывания. Например, TCR, который сильно связывается с неоэпитопом в функциональном анализе, но не очень широко представлен в репертуаре TCR, может быть хорошим кандидатом для антигенной вакцины, потому что Т-клетки, экспрессирующие TCR, будут преимущественно амплифицированы.

В некоторых вариантах осуществления, пептид или белок выбирают для введения одному или нескольким субъектам на основе связывания с TCR. В некоторых вариантах осуществления, Т-клетки, такие как Т-клетки от субъекта с заболеванием или состоянием, могут быть размножены. Размноженные Т-клетки, которые экспрессируют TCR, специфический для неоантигенного пептида или неоэпитопа, могут быть введены обратно субъекту. В некоторых вариантах осуществления, подходящие клетки, например, PBMC, трансдуцируют или трансфицируют полинуклеотидами для экспрессии TCR, специфического для неоантигенного пептида или неоэпитопа, и вводят субъекту. Т-клетки, экспрессирующие TCR, специфический для неоантигенного пептида или неоэпитопа, могут быть размножены и введены обратно субъекту. В некоторых вариантах осуществления, Т-клетки, которые экспрессируют TCR, специфический для неоантигенного пептида или неоэпитопа, которые вызывают цитолитическую активность при инкубировании с аутологичной болезненной тканью, могут быть размножены и введены субъекту. В некоторых вариантах осуществления, Т-клетки, используемые в функциональных анализах, приводящих к связыванию с неоантигенным пептидом или неоэпитопом, могут быть размножены и введены субъекту. В некоторых вариантах осуществления, TCR, определенные как связывающиеся со специфическими для субъекта неоантигенными пептидами или неоэпитопами, могут быть экспрессированы в Т-клетках и вводиться субъекту.

В варианте осуществления, настоящее описание относится к композиции, содержащей первый пептид, содержащий первый неоэпитоп, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп, где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый неоэпитоп содержит мутацию и второй неоэпитоп содержит ту же мутацию. В некоторых вариантах осуществления, композиция по изобретению содержит первую Т-клетку, содержащую первый Т-клеточный рецептор (TCR), специфический для первого неоэпитопа, и вторую Т-клетку, содержащую второй TCR, специфический для второго неоэпитопа. В некоторых вариантах осуществления, первый и второй пептиды получают из одного и того же белка.

В другом варианте осуществления, настоящее описание относится к композиции, содержащей первый пептид, содержащий первый неоэпитоп первой области белка, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп второй области того же белка, где первая область содержит по меньшей мере одну аминокислоту второй области, где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый эпитоп содержит первую мутацию и второй эпитоп содержит вторую мутацию. В некоторых вариантах осуществления, композиция по изобретению содержит первую Т-клетку, содержащую первый Т-клеточный рецептор (TCR), специфический для первого неоэпитопа, и вторую Т-клетку, содержащую второй TCR, специфический для второго неоэпитопа. В некоторых вариантах осуществления, первая мутация и вторая мутация являются одинаковыми.

В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп связывается с белком HLA I класса с образованием комплекса HLA I класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, первый неоэпитоп связывается с белком HLA II класса с образованием комплекса HLA II класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп связывается с II класса HLA белком с образованием комплекса HLA II класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, второй неоэпитоп связывается с белком HLA I класса с образованием комплекса HLA I класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, первый эпитоп активирует CD8⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, первый эпитоп активирует CD4⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, второй эпитоп активирует CD4⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, второй эпитоп активирует CD8⁺ Т-клетки. В некоторых вариантах осуществления, TCR CD4⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA II класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, TCR CD8⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA II класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, TCR CD8⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA I класса-пептид. В некоторых вариантах осуществления, TCR CD4⁺ Т-клетки связывается с комплексом HLA I класса-пептид.

В некоторых вариантах осуществления, первым TCR является первый химерный антигенный рецептор, специфический для первого неоэпитопа, и вторым TCR является второй химерный антигенный рецептор, специфический для второго неоэпитопа. В некоторых вариантах осуществления, первой Т-клеткой является цитотоксическая Т-клетка. В некоторых вариантах осуществления, первой Т-клеткой является гамма дельта Т-клетка. В некоторых вариантах осуществления, второй Т-клеткой является хелперная Т-клетка. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй TCR связывается с комплексом HLA-пептид с K_D или IC₅₀ менее чем 1000 нМ, 900 нМ, 800 нМ, 700 нМ, 600 нМ, 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй TCR связывается с комплексом HLA I класса-пептид с K_D или IC₅₀ менее чем 1000 нМ, 900 нМ, 800 нМ, 700 нМ, 600 нМ, 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ. В некоторых вариантах осуществления, первый и/или второй TCR связывается с комплексом HLA II класса-пептид с K_D или IC₅₀ менее чем 2000, 1500, 1000 нМ, 900 нМ, 800 нМ, 700 нМ, 600 нМ, 500 нМ, 250 нМ, 150 нМ, 100 нМ, 50 нМ, 25 нМ или 10 нМ.

VI. Антигенпрезентирующие клетки

Неоантигенный пептид или белок могут быть представлены в виде антигенпрезентирующих клеток (например, дендритных клеток), содержащих такие пептиды, белки или полинуклеотиды, которые описаны в настоящем изобретении. В других вариантах осуществления, такие антигенпрезентирующие клетки используют для стимуляции Т-клеток для применения у пациентов. Таким образом, одним вариантом осуществления настоящего описания является композиция, содержащая, по меньшей мере одну антигенпрезентирующую клетку (например, дендритную клетку), которая активирована или загружена одним или несколькими неоантигенными пептидами или полинуклеотидами, описанными в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, такие APC являются аутологичными (например, аутологичными дендритными клетками). Альтернативно, мононуклеарные клетки периферической крови (PBMC), выделенные у пациента, могут быть загружены неоантигенными пептидами или полинуклеотидами ex vivo. В связанных вариантах осуществления, такие APC или PBMC вводят обратно пациенту. В некоторых вариантах осуществления, антигенпрезентирующими клетками являются дендритные клетки. В родственных вариантах осуществления, дендритными клетками являются аутологические дендритные клетки, которые активированы неоантигенным пептидом или нуклеиновой кислотой. Неоантигенным пептидом может быть любой подходящий пептид, который вызывает соответствующий Т-клеточный ответ. Т-клеточная терапия с использованием аутологичных дендритных клеток, активированных пептидами из опухолеассоциированного антигена, описана у Murphy et al. (1996) The Prostate 29, 371-380 и Tjua et al. (1997) The Prostate 32, 272-278. В некоторых вариантах осуществления, Т-клеткой является CTL (например, CD8⁺). В некоторых вариантах осуществления, Т-клеткой является хелперный T лимфоцит (Th (например, CD4⁺)).

В некоторых вариантах осуществления, настоящее описание представляет композицию, содержащую иммуногенную фармацевтическую композицию на клеточной основе, которая также может быть введена субъекту. Например, иммуногенная фармацевтическая композиция на основе антигенпрезентирующих клеток (APC) может быть составлена с использованием любых хорошо известных подходящих методик, носителей и эксципиентов, которые известны в данной области техники. APC включают моноциты, клетки, полученные из моноцитов, макрофаги и дендритные клетки. Иногда иммуногенная фармацевтическая композиция на основе APC может быть иммуногенной фармацевтической композицией на основе дендритных клеток.

Иммуногенная фармацевтическая композиция на основе дендритных клеток может быть получена любыми способами, хорошо известными в данной области. В некоторых случаях, иммуногенные фармацевтические композиции на основе дендритных клеток могут быть получены способом ex vivo или in vivo. Способ ex vivo может включать использование аутологичных ДК, активированных ex vivo полипептидами, описанными в настоящем изобретении, для активации или загрузки ДК перед введением пациенту. Способ in vivo может включать нацеливание на определенные рецепторы ДК с использованием антител, сопряженных с полипептидами, описанными в настоящем изобретении. Иммуногенная фармацевтическая композиция на основе ДК может дополнительно содержать активаторы ДК, такие как агонисты TLR3, TLR-7-8 и CD40. Иммуногенная фармацевтическая композиция на основе ДК может дополнительно содержать адъюванты и фармацевтически приемлемый носитель.

Антигенпрезентирующие клетки (APC) могут быть получены из различных источников, включая человека и приматов, не относящихся к человеку, или млекопитающих и позвоночных. В определенных вариантах осуществления, APC могут быть получены из крови человека или позвоночного животного, отличного от человека. APC также можно выделить из обогащенной популяции лейкоцитов. Популяции лейкоцитов могут быть получены способами, известными специалистам в данной области. Такие способы обычно включают сбор гепаринизированной крови, аферез или лейкоферез, приготовление лейкоцитарной пленки, розеткообразованием, центрифугированием, центрифугированием в градиенте плотности (например, с использованием Фиколла, коллоидных частиц диоксида кремния и сахарозы), дифференциальным лизисом не лейкоцитарных клеток и фильтрацией. Популяция лейкоцитов также может быть получена путем сбора крови у субъекта, дефибрилляции для удаления тромбоцитов и лизиса эритроцитов. Популяция лейкоцитов может быть необязательно обогащена моноцитарными предшественниками дендритных клеток.

Популяции клеток крови могут быть получены от различных субъектов в соответствии с желаемым использованием обогащенной популяции лейкоцитов. Субъектом может быть здоровый субъект. Альтернативно, клетки крови могут быть получены от субъекта, нуждающегося в иммуностимуляции, такого как, например, больной раком или пациент, для которого иммуностимуляция будет полезной. Аналогичным образом, клетки крови могут быть получены от субъекта, нуждающегося в подавлении иммунитета, такого как, например, пациент, страдающий аутоиммунным заболеванием (например, ревматоидным артритом, диабетом, волчанкой, рассеянным склерозом и подобным). Популяция лейкоцитов также может быть получена от HLA-совпадающего здорового индивидуума.

Когда кровь используется в качестве источника APC, лейкоциты крови могут быть получены с использованием обычных способов, которые сохраняют их жизнеспособность. Согласно одному аспекту настоящего описания, кровь может быть разбавлена средой, которая может содержать или не содержать гепарин или подходящий антикоагулянт. Объем крови к среде может составлять приблизительно 1:1. Клетки могут быть концентрированы центрифугированием крови в среде приблизительно при 1000 об/мин (150 g) при 4°C. Тромбоциты и эритроциты могут быть истощены путем ресуспендирования клеток в любом количестве растворов, известных в данной области техники, которые лизируют эритроциты, например хлориде аммония. Например, смесь может быть средой и хлоридом аммония в соотношении приблизительно 1:1 по объему. Клетки могут быть концентрированы центрифугированием и промыты в желаемом растворе до получения популяции лейкоцитов, по существу свободных от тромбоцитов и эритроцитов. Любой изотонический раствор, обычно используемый в культуре тканей, может быть использован в качестве среды для отделения лейкоцитов крови от тромбоцитов и эритроцитов. Примерами таких изотонических растворов могут быть физиологический раствор с фосфатным буфером, сбалансированный солевой раствор Хэнкса и полная среда для выращивания. APC и/или клетки-предшественники APC также могут быть очищены элютриацеией.

В одном варианте осуществления, APC могут быть не номинальными APC в воспалительных или другим образом активированных условиях. Например, не номинальные APC могут включать эпителиальные клетки, стимулированные гамма-интерфероном, Т-клетками, B-клетками и/или моноцитами, активированными факторами или условиями, которые индуцируют активность APC. Такие не номинальные АРС могут быть получены способами, известными в данной области.

APC могут быть культивированы, размножены, дифференцированы и/или доведены до созревания, при желании, в соответствии с типом APC. APC могут быть культивированы в любом подходящем культуральном сосуде, таком как, например, чашки для культивирования, колбы, культуральные пакеты и биореакторы.

В некоторых вариантах осуществления APC могут быть культивированы в подходящей культуре или среде для выращивания для поддержания и/или увеличения количества APC в препарате. Культуральные среды могут быть выбраны в соответствии с типом выделенных APC. Например, зрелые APC, такие как зрелые дендритные клетки, могут быть культивированы в питательной среде, подходящей для их сохранения и размножения. Культуральная среда может быть дополнена аминокислотами, витаминами, антибиотиками, двухвалентными катионами и подобными. Кроме того, в среды для выращивания могут быть включены цитокины, факторы роста и/или гормоны. Например, для сохранения и/или размножения зрелых дендритных клеток, могут быть добавлены цитокины, такие как гранулоцитарный/макрофагальный колониестимулирующий фактор (GM-CSF), FMS-подобный тирозинкиназный 3 лиганд (FLT-3L) и/или интерлейкин 4 (IL-4). В других вариантах осуществления, незрелые APC могут быть культивированы и/или размножены. Незрелые дендритные клетки могут сохранять способность поглощать целевую мРНК и процессировать новый антиген. В некоторых вариантах осуществления, незрелые дендритные клетки могут быть культивированы в среде, подходящей для их сохранения и культивирования. К культуральной среде могут быть добавлены аминокислоты, витамины, антибиотики, двухвалентные катионы и подобные. Кроме того, цитокины, факторы роста и/или гормоны могут быть включены в среду для выращивания.

Или незрелые APC могут быть культивированы или размножены. Препараты незрелых APC могут созревать с образованием зрелых APC. Созревание APC может происходить во время или после воздействия неоантигенных пептидов. В определенных вариантах осуществления, препараты незрелых дендритных клеток могут быть созревшими. Подходящие факторы созревания включают, например, цитокины TNF-α, бактериальные продукты (например, БЦЖ) и подобные. В другом аспекте, выделенные предшественники APC могут быть использованы для приготовления препаратов незрелых APC. Предшественники APC могут быть культивированы, дифференцированы и/или созревшими. В некоторых вариантах осуществления, моноцитарные предшественники дендритных клеток могут быть культивированы в присутствии подходящей культуральной среды с добавлением аминокислот, витаминов, цитокинов и/или двухвалентных катионов, чтобы способствовать дифференциации предшественников моноцитарных дендритных клеток в незрелые дендритные клетки. В некоторых вариантах осуществления, APC предшественники выделяют из PBMC. PBMC могут быть получены от донора, например, донора-человека, и могут быть использованы свежими или заморожены для будущего использования. В некоторых вариантах осуществления, APC получают из одного или более препаратов APC. В некоторых вариантах осуществления, APC содержит APC, загруженную первым и вторым неоантигенными пептидами, содержащими первый и второй неоэпитопы или полинуклеотиды, кодирующие первый и второй неоантигенные пептиды, содержащие первый и второй неоэпитопы. В некоторых вариантах осуществления, APC является аутологичной APC, аллогенной APC или искусственной APC.

В варианте осуществления, настоящее раскрытие относится к композиции, содержащей APC, содержащую первый пептид, содержащий первый неоэпитоп, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп, где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый неоэпитоп содержит мутацию и второй неоэпитоп содержит ту же мутацию. В некоторых вариантах осуществления, первый и второй пептиды получают из одного и того же белка. В другом варианте осуществления, настоящее описание относится к композиции, содержащей APC, содержащую первый пептид, содержащий первый неоэпитоп первой области белка, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп второй области того же белка, где первая область содержит по меньшей мере одну аминокислоту второй области, где первый пептид отличается от второго пептида и где первый эпитоп содержит первую мутацию и второй эпитоп содержит вторую мутацию. В некоторых вариантах осуществления, первая мутация и вторая мутация являются одинаковыми.

VII. Адъюванты

Адъювант может использоваться для усиления иммунного ответа (гуморального и/или клеточного), вызванного у пациента, получающего композицию, представленную в настоящем изобретении. Иногда адъюванты могут вызвать ответ Th1-типа. Иногда адъюванты могут вызывать ответ Th2-типа. Ответ Th1-типа может характеризоваться продуцированием цитокинов, таких как IFN-γ, в отличие от ответа Th2-типа, который может характеризоваться продуцированием цитокинов, таких как IL-4, IL-5 и IL-10.

В некоторых аспектах, адъюванты на основе жиров, такие как MPLA и MDP, могут использоваться с иммуногенными фармацевтическими композициями, описанными здесь. Монофосфорил-липид A (MPLA), например, является адъювантом, который вызывает повышенное презентирование липосомального антигена к специфическим T лимфоцитам. Кроме того, мурамилдипептид (MDP) также может использоваться в качестве подходящего адъюванта в сочетании с иммуногенными фармацевтическими составами, описанными в настоящем изобретении.

Подходящие адъюванты известны в данной области техники (см., WO 2015/095811) и включают, но не ограничены ими, поли(I:C), поли-ICLC, Хилтонол, STING агонист, 1018 ISS, соли алюминия, Ампливакс, AS15, BCG, CP-870,893, CpG7909, CyaA, dSLIM, GM-CSF, FLT-3L, IC30, IC31, Имиквимод, ImuFact IMP321, IS Patch, ISS, ISCOMATRIX, JuvImmune, LipoVac, MF59, монофосфорил-липид A, Монтанид IMS 1312, Монтанид ISA 206, Монтанид ISA 50V, Монтанид ISA-51, OK-432, OM-174, OM-197-MP-EC, ONTAK, PepTel®. векторную систему, PLG микрочастицы, резиквимод, SRL172, виросомы и другие вирусоподобные частицы, YF-17D, VEGF ловушку, R848, бета-глюкан, Pam3Cys, Pam3CSK4, Aquila’s QS21 стимулон (Aquila Biotech, Worcester, Mass., USA), который получают из сапонина, микобактериальные экстракты и синтетические миметики бактериальных клеточных стенок и другие запатентованные адъюванты, такие как Ribi’s Detox. Quil или Superfos. Адъюванты также включают неполный Freund’s или GM-CSF. Некоторые иммунологические адъюванты (например, MF59) специфические для дендритных клеток, и их получение описаны ранее (Dupuis M, et al., Cell Immunol. 1998; 186(1):18-27; Allison A C; Dev. Biol. Stand. 1998; 92:3-11) (Mosca et al. Frontiers in Bioscience, 2007; 12:4050-4060) (Gamvrellis et al. Immunol & Cell Biol. 2004; 82: 506-516). Также могут использоваться цитокины. Несколько цитокинов были напрямую связаны с влиянием на миграцию дендритных клеток в лимфоидные ткани (например, TNF-альфа), усилением созревания дендритных клеток в эффективные антигенпрезентирующие клетки для T-лимфоцитов (например, GM-CSF, FLT-3L, PGE1, PGE2, IL-1, IL-1b, IL-4, IL-6 и CD40L) (Патент США № 5,849,589, полностью включенный сюда в качестве ссылки) и действием в качестве иммуноадъювантов (например, IL-12) (Gabrilovich D I, et al., J.Immunother. Emphasis Tumor Immunol. 1996 (6):414-418).

Адъювант также может содержать стимулирующие молекулы, такие как цитокины. Не ограничивающие примеры цитокинов включают: CCL20, α-интерферон(IFN-α), β-интерферон (IFN-β), γ-интерферон, фактор роста тромбоцитов (PDGF), TNFα, TNFβ (лимфотоксин альфа (LTα)), GM-CSF, FLT-3L, эпидермальный фактор роста (EGF), кожный хемокин, привлекающий Т-клетки (CTACK), эпителиальный хемокин, экспрессируемый вилочковой железой (TECK), ассоциированный со слизистой эпителиальный хемокин (MEC), IL-12, IL-15,, IL-28, MHC, CD80, CD86, IL-1, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-10, IL-18, MCP-1, MIP-la, MIP-1-, IL-8, L-селектин, P-селектин, E-селектин, CD34, GlyCAM-1, MadCAM-1, LFA-1, VLA-1, Mac-1, pl50.95, PECAM, ICAM-1, ICAM-2, ICAM-3, CD2, LFA-3, M-CSF, G-CSF, мутантные формы IL-18, CD40, CD40L, фактор роста сосудов, фактор роста фибробластов, IL-7, фактор роста нервов, фактор роста эндотелия сосудов, Fas, TNF рецептор, Fit, Apo-1, p55, WSL-1, DR3, TRAMP, Apo-3, AIR, LARD, NGRF, DR4, DRS, KILLER, TRAIL-R2, TRICK2, DR6, Каспазу ICE, Fos, c-jun, Sp-1, Ap-1, Ap-2, p38, p65Rel, MyD88, IRAK, TRAF6, IκB, неактивный NIK, SAP K, SAP-I, JNK, гены интерферонового ответа, NFκB, Bax, TRAIL, TRAILrec, TRAILrecDRC5, TRAIL-R3, TRAIL-R4, RANK, RANK ЛИГАНД, Ox40, Ox40 ЛИГАНД, NKG2D, MICA, MICB, NKG2A, NKG2B, NKG2C, NKG2E, NKG2F, TAPI, и TAP2.

Дополнительные адъюванты включают: MCP-1, MIP-la, MIP-lp, IL-8, RANTES, L-селектин, P-селектин, E-селектин, CD34, GlyCAM-1, MadCAM-1, LFA-1, VLA-1, Mac-1, pl50.95, PECAM, ICAM-1, ICAM-2, ICAM-3, CD2, LFA-3, M-CSF, G-CSF, IL-4, мутантные формы IL-18, CD40, CD40L, фактор роста сосудов, фактор роста фибробластов, IL-7, IL-22, фактор роста нервов, фактор роста эндотелия сосудов, Fas, TNF рецептор, Fit, Apo-1, p55, WSL-1, DR3, TRAMP, Apo-3, AIR, LARD, NGRF, DR4, DR5, KILLER, TRAIL-R2, TRICK2, DR6, Каспазу ICE, Fos, c-jun, Sp-1, Ap-1, Ap-2, p38, p65Rel, MyD88, IRAK, TRAF6, IκB, Inactive NIK, SAP K, SAP-1, JNK, гены интерферонового ответа, NFκB, Bax, TRAIL, TRAILrec, TRAILrecDRC5, TRAIL-R3, TRAIL-R4, RANK, RANK ЛИГАНД, Ox40, Ox40 ЛИГАНД, NKG2D, MICA, MICB, NKG2A, NKG2B, NKG2C, NKG2E, NKG2F, TAP1, TAP2 и их функциональные фрагменты.

В некоторых аспектах, адъювантом может быть модулятор толл-подобного рецептора. Примеры модуляторов толл-подобных рецепторов включают TLR-9 агонисты и не ограничены низкомолекулярными модуляторами толл-подобных рецепторов, таких как Имиквимод. Другие примеры адъювантов, которые используют в комбинации с иммуногенной фармацевтической композицией, описанной в настоящем изобретении, могут включать, но не ограничены ими, сапонин, CpG ODN и подобные. Иногда адъювант выбирают из бактериальных токсоидов, полиоксипропилен-полиоксиэтиленовых блок-полимеров, солей алюминия, липосом, CpG полимеров, эмульсий масло-в-воде или их комбинации. Иногда адъювант представляет собой эмульсию масло-в-воде. Эмульсия типа масло-в-воде может включать, по меньшей мере одно масло и по меньшей мере одно поверхностно-активное вещество, при этом масла и поверхностно-активные вещества являются биоразлагаемыми (метаболизируемыми) и биосовместимыми. Капли масла в эмульсии могут быть менее 5 мкм в диаметре и даже могут иметь субмикронный диаметр, причем такие небольшие размеры достигаются с помощью микрофлюидизатора для получения стабильных эмульсий. Капли размером менее 220 нм можно подвергать стерилизации фильтрованием.

VIII. Способы лечения и фармацевтические композиции

Неоантигенные терапевтические средства (например, пептиды, полинуклеотиды, TCR, CAR, клетки, содержащие TCR или CAR, APC или дендритные клетки, содержащие полипептид, дендритные клетки, содержащие полинуклеотид, антитело и т. д.), описанные в настоящем изобретении, используют во множестве областей, включая, но не ограничиваясь ими, терапевтические способы лечения, такие как лечение рака. В некоторых вариантах осуществления терапевтические способы лечения включают иммунотерапию. В определенных вариантах осуществления, неоантигенный пептид полезен для активации, стимулирования, увеличения и/или усиления иммунного ответа, перенаправления существующего иммунного ответа на новую мишень, повышения иммуногенности опухоли, ингибирования роста опухоли, уменьшения объема опухоли, увеличения апоптоза опухолевых клеток и/или снижения онкогенности опухоли. Способы применения могут быть способами in vitro, ex vivo или in vivo.

В некоторых аспектах настоящее описание относится к способам активации иммунного ответа у субъекта с использованием неоантигенного пептида или белка, описанного в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, настоящее раскрытие относится к способм стимуляции иммунного ответа у субъекта с использованием неоантигенного пептида, описанного в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, настоящее раскрытие относится к способам повышения иммунного ответа у субъекта с использованием неоантигенного пептида, описанного в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, настоящее раскрытие относится к способам усиления иммунного ответа с использованием неоантигенного пептида. В некоторых вариантах осуществления активация, стимуляция, повышение и/или усиление иммунного ответа включает повышение клеточно-опосредованного иммунитета. В некоторых вариантах осуществления, активация, стимуляция, повышение и/или усиление иммунного ответа включает повышение Т-клеточной активности или гуморального иммунитета. В некоторых вариантах осуществления, активация, стимуляция, повышение и/или усиление иммунного ответа включает повышение активности CTL или Th. В некоторых вариантах осуществления, активация, стимуляция, повышение и/или усиление иммунного ответа включает повышение активности NK клеток. В некоторых вариантах осуществления, активация, стимуляция, повышение и/или усиление иммунного ответа включает увеличение Т-клеточной активности и увеличение активности NK клеток. В некоторых вариантах осуществления, активация, стимуляция, повышение и/или усиление иммунного ответа включает повышение CTL активности и повышение активности NK клеток. В некоторых вариантах осуществления, активация, стимуляция, повышение и/или усиление иммунного ответа включает ингибирование или снижение подавляющей активности T регуляторных (Treg) клеток. В некоторых вариантах осуществления, иммунный ответ является результатом антигенной стимуляции. В некоторых вариантах осуществления, антигенная стимуляция является опухолевой клеткой. В некоторых вариантах осуществления, антигенной стимуляцией является рак.

В некоторых вариантах осуществления, настоящее описание относится к способам активации, стимулирования, повышения и/или усиления иммунного ответа с использованием неоантигенного пептида, описанного в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, терапевтически эффективного количества неоантигенного пептида, который доставляет неоантигенный пептид или полинуклеотид в опухолевую клетку. В некоторых вариантах осуществления, способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, терапевтически эффективного количества неоантигенного пептида, интернализованного опухолевой клеткой. В некоторых вариантах осуществления, способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, терапевтически эффективного количества неоантигенного пептида, который интернализуется опухолевой клеткой, где неоантигенный пептид процессируется клеткой. В некоторых вариантах осуществления, способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, терапевтически эффективного количества неоантигенного полипептида, который интернализуется опухолевой клеткой, где неоэпитоп презентирован на поверхности опухолевой клетки. В некоторых вариантах осуществления, способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, терапевтически эффективного количества неоантигенного полипептида, который интернализуется опухолевой клеткой, процессируется клеткой, и где антигенный пептид презентирован на поверхности опухолевой клетки.

В некоторых вариантах осуществления, способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, терапевтически эффективного количества неоантигенного пептида или полинуклеотида, описанного в настоящем изобретении, который доставляет экзогенный полипептид, содержащий по меньшей мере один неоантигенный пептид, в опухолевую клетку, где по меньшей мере один неоэпитоп, полученный из неоантигенного пептида, презентирован на поверхности опухолевой клетки. В некоторых вариантах осуществления, антигенный пептид презентирован на поверхности опухолевой клетки в комплексе с молекулой MHC I класса. В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп презентирован на поверхности опухолевой клетки в комплексе с молекулой MHC II класса.

В некоторых вариантах осуществления, способ включает контактирование опухолевой клетки с неоантигенным полипептидом или полинуклеотидом, описанным в настоящем изобретении, который доставляет экзогенный полипептид, содержащий по меньшей мере один неоантигенный пептид, в опухолевую клетку, где по меньшей мере один неоэпитоп, полученный из по меньшей мере одного неоантигенного пептида, презентирован на поверхности опухолевой клетки. В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп презентирован на поверхности опухолевой клетки в комплексе с молекулой MHC I класса. В некоторых вариантах осуществления, неоэпитоп презентирован на поверхности опухолевой клетки в комплексе с молекулой MHC II класса.

В некоторых вариантах осуществления, способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, терапевтически эффективного количества неоантигенного полипептида или полинуклеотида, описанного в настоящем изобретении, который доставляет экзогенный полипептид, содержащий по меньшей мере один антигенный пептид, в опухолевую клетку, где неоэпитоп презентирован на поверхности опухолевой клетки, и индуцируется иммунный ответ против опухолевой клетки. В некоторых вариантах осуществления, повышается иммунный ответ против опухолевой клетки. В некоторых вариантах осуществления, неоантигенный полипептид или полинуклеотид доставляет экзогенный полипептид, содержащий по меньшей мере один неоантигенный пептид, в опухолевую клетку, где неоэпитоп презентирован на поверхности опухолевой клетки, и подавляется рост опухоли.

В некоторых вариантах осуществления, способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, терапевтически эффективного количества неоантигенного полипептида или полинуклеотида, описанного в настоящем изобретении, который доставляет экзогенный полипептид, содержащий по меньшей мере один неоантигенный пептид, в опухолевую клетку, где неоэпитоп полученный из по меньшей мере одного неоантигенного пептида, презентирован на поверхности опухолевой клетки, и индуцируется уничтожение Т-клетки, направленное против опухолевой клетки. В некоторых вариантах осуществления, усиливается уничтожение Т-клетки, направленное против опухолевых клеток. В некоторых вариантах осуществления, усиливается уничтожение Т-клетки, направленное против опухолевой клетки.

В некоторых вариантах осуществления, способ повышения иммунного ответа у субъекта включает введение субъекту терапевтически эффективного количества неоантигенного терапевтического агента, описанного в настоящем изобретении, где агентом является антитело, которое специфически связывает неоантиген, описанный в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, способ повышения иммунного ответа у субъекта включает введение субъекту терапевтически эффективного количества антитела.

Настоящее описание относится к способам перенаправления существующего иммунного ответа на опухоль. В некоторых вариантах осуществления, способ перенаправления существующего иммунного ответа на опухоль включает введение субъекту терапевтически эффективного количества неоантигена, описанного в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, существующий иммунный ответ направлен против вируса. В некоторых вариантах осуществления, вирус выбран из группы, состоящей из: вируса кори, вируса варицелла-зостер (VZV; вируса ветряной оспы), вируса гриппа, вируса эпидемического паротита, полиовируса, вируса краснухи, ротавируса, вируса гепатита A (HAV), вируса гепатита B (HBV), вируса Эпштейн-Барр (EBV) и цитомегаловируса (CMV). В некоторых вариантах осуществления, вирусом является вирус ветряной оспы. В некоторых вариантах осуществления, вирусом является цитомегаловирус. В некоторых вариантах осуществления, вирусом является вирус кори. В некоторых вариантах осуществления, существующий иммунный ответ был приобретен после естественной вирусной инфекции. В некоторых вариантах осуществления, существующий иммунный ответ был приобретен после вакцинации против вируса. В некоторых вариантах осуществления, существующим иммунным ответом является клеточно-опосредованный ответ. В некоторых вариантах осуществления, существующий иммунный ответ включает цитотоксические Т-клетки (CTL) или Th клетки.

В некоторых вариантах осуществления, способ перенаправления существующего иммунного ответа на опухоль у субъекта включает введение слитого белка, содержащего (i) антитело, которое специфически связывает неоантиген, и (ii), в меньшей степени, одного неоантигенного пептида, описанного в настоящем изобретении, где (а) слитый белок интернализуется опухолевой клеткой после связывания с опухоль-ассоциированным антигеном или неоэпитопом; (б) неоантигенный пептид процессируется и презентируется на поверхности опухолевой клетки, ассоциированной с молекулой MHC I класса; и (c) комплекс неоантигенного пептида/MHC I класса распознается цитотоксическими Т-клетками. В некоторых вариантах осуществления, цитотоксическими Т-клетками являются Т-клетки памяти. В некоторых вариантах осуществления, Т-клетки памяти являются результатом вакцинации неоантигенным пептидом.

Настоящее описание относится к способам повышения иммуногенности опухоли. В некоторых вариантах осуществления, способ повышения иммуногенности опухоли включает контактирование опухоли или опухолевых клеток с эффективным количеством неоантигенного терапевтического средства, описанного в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, способ повышения иммуногенности опухоли включает введение субъекту терапевтически эффективного количества неоантигена, описанного в настоящем изобретении.

Настоящее описание также относится к способам ингибирования роста опухоли с использованием неоантигенного терапевтического средства, описанного в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, способ ингибирования роста опухоли включает контактирование смеси клеток с неоантигенным терапевтическим агентом in vitro. Например, линия иммортализованных клеток или линия раковых клеток, смешанная с иммунными клетками (например, Т-клетками), культивируют в среде, в которую добавлен неоантигенный пептид. В некоторых вариантах осуществления опухолевые клетки выделяют из образца пациента, например, биопсии ткани, плеврального выпота или образца крови, смешанного с иммунными клетками (например, Т-клетками), и культивируют в среде, в которую добавлен неоантигенный терапевтический агент. В некоторых вариантах осуществления, неоантигенный терапевтический агент увеличивает, стимулирует и/или усиливает активность иммунных клеток. В некоторых вариантах осуществления, неоантигенный терапевтический агент подавляет рост опухолевых клеток. В некоторых вариантах осуществления, неоантигенный терапевтический агент активирует уничтожение опухолевых клеток.

В некоторых вариантах осуществления субъектом является человек. В некоторых вариантах осуществления, субъекта имеет опухоль или субъекта имел опухоль, которая была, по меньшей мере частично удалена.

В некоторых вариантах осуществления, способ ингибирования роста опухоли включает перенаправление существующего иммунного ответа на новую мишень, включающий введение субъекту терапевтически эффективного количества неоантигенного терапевтического агента, где существующий иммунный ответ направлен против антигенного пептида, доставленного в опухолевую клетку неоантигенным пептидом.

В некоторых вариантах осуществления, опухоль включает раковые стволовые клетки. В некоторых вариантах осуществления, частота раковых стволовых клеток в опухоли снижается при введении неоантигенного терапевтического агента. В некоторых вариантах осуществления, представлен способ снижения частоты появления раковых стволовых клеток в опухоли у субъекта, включающий введение субъекту эффективного количества неоантигенного терапевтического агента.

Кроме того, в некоторых аспектах настоящее описание относится к способу снижения онкогенности опухоли у субъекта, включающему введение субъекту терапевтически эффективного количества неоантигенного терапевтического агента, описанного в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, опухоль включает раковые стволовые клетки. В некоторых вариантах осуществления, канцерогенность опухоли снижается за счет уменьшения частоты попадания раковых стволовых клеток в опухоль. В некоторых вариантах осуществления, способы включают использование неоантигенного терапевтического агента, описанного в настоящем изобретении. В определенных вариантах осуществления, частота появления раковых стволовых клеток в опухоли снижается путем введения неоантигенного терапевтического средства, описанного в настоящем изобретении.

В некоторых вариантах осуществления, опухолью является солидная опухоль. В некоторых вариантах осуществления, опухолью является опухоль, выбранная из группы, состоящей из: колоректальной опухоли, опухоли поджелудочной железы, опухоли легкого, опухоли яичника, опухоли печени, опухоли молочной железы, опухоли почки, опухоли предстательной железы, нейроэндокринной опухоли, опухоли желудочно-кишечного тракта, меланомы, опухоли шейки матки, опухоли мочевого пузыря, глиобластомы, опухоли головы и шеи. В определенных вариантах осуществления, опухолью является колоректальная опухоль. В определенных вариантах осуществления, опухолью является опухоль яичников. В некоторых вариантах осуществления, опухолью является опухоль молочной железы. В некоторых вариантах осуществления, опухолью является опухоль легкого. В определенных вариантах осуществления, опухолью является опухоль поджелудочной железы. В определенных вариантах осуществления, опухолью является меланома. В некоторых вариантах осуществления, опухолью является солидная опухоль.

Изобретение дополнительно относится к способам лечения рака у субъекта, включающим введение субъекту терапевтически эффективного количества неоантигенного терапевтического агента, описанного в настоящем изобретении.

В некоторых вариантах осуществления, способ лечения рака включает перенаправление существующего иммунного ответа на новую мишень, где способ включает введение субъекту терапевтически эффективного количества неоантигенного терапевтического агента, где существующий иммунный ответ направлен против антигенного пептида, доставленного в раковую клетку неоантигенным пептидом.

Настоящее раскрытие относится к способам лечения рака, включающим введение субъекту терапевтически эффективного количества неоантигенного терапевтического агента, описанного в настоящем изобретении (например, субъекту, нуждающемуся в лечении). В некоторых вариантах осуществления, субъектом является человек. В некоторых вариантах осуществления, у субъекта имеется раковая опухоль. В некоторых вариантах осуществления, у субъекта была опухоль, по меньшей мере частично удаленная.

Субъектами могут быть, например, млекопитающие, люди, беременные женщины, пожилые люди, взрослые, подростки, младшие школьники, дети, малыши, младенцы, новорожденные или новорожденные в возрасте до одного месяца. Субъектом может быть пациент. В некоторых случаях субъектом может быть человек. В некоторых случаях, субъектом может быть ребенок (т.е. молодой человек, не достигший возраста полового созревания). В некоторых случаях субъектом может быть младенец. В некоторых случаях субъектом может быть ребенок, находящийся на искусственном вскармливании. В некоторых случаях субъектом может быть человек, участвующий в клиническом исследовании. В некоторых случаях, субъектом может быть лабораторное животное, например, млекопитающее или грызун. В некоторых случаях, субъектом может быть мышь. В некоторых случаях, субъект может страдать ожирением или избыточным весом.

В некоторых вариантах осуществления, субъект ранее был лечен одной или несколькими другими противораковыми средствами лечения. В некоторых вариантах осуществления, субъект ранее был лечен одной или несколькими из радиотерапии, химиотерапии или иммунотерапии. В некоторых вариантах осуществления, субъект ранее был лечен одной, двумя, тремя, четырьмя или пятью линиями предшествующей терапии. В некоторых вариантах осуществления, предшествующей терапией является цитотоксическая терапия.

В некоторых вариантах осуществления, раком является рак, выбранный из группы, состоящей из колоректального рака, рака поджелудочной железы, рака легкого, рака яичников, рака молочной железы, рака почек, рака предстательной железы, желудочно-кишечного рака, меланомы, рака шейки матки, нейроэндокринного рака, рака мочевого пузыря, глиобластомы и рака головы и шеи. В определенных вариантах осуществления, раком является рак поджелудочной железы. В некоторых вариантах осуществления, раком является рак яичников. В некоторых вариантах осуществления, раком является колоректальный рак. В некоторых вариантах осуществления, раком является рак молочной железы. В некоторых вариантах осуществления, раком является рак предстательной железы. В некоторых вариантах осуществления, раком является рак легкого. В некоторых вариантах осуществления, раком является меланома. В некоторых вариантах осуществления, раком является солидный рак. В некоторых вариантах осуществления, рак содержит солидную опухоль.

В некоторых вариантах осуществления, раком является a гематологический рак. В некотором варианте осуществления, рак выбран из группы, состоящей из: острого миелогенного лейкоза (ОМЛ), лимфомы Ходжкина, множественной миеломы, Т-клеточного острого лимфобластного лейкоза (T-ОЛЛ), хронического лимфоцитарного лейкоза (ХЛЛ), волосатоклеточного лейкоза, хронического миелогенного лейкоза (ХМЛ), неходжкинской лимфомы, диффузной B-крупноклеточной лимфомы (DLBCL) мантийноклеточной лимфомы (MCL) и Т-клеточной лимфомы кожи (CTCL).

В некоторых вариантах осуществления, неоантигенный терапевтический агент вводят в виде комбинированной терапии. Комбинированная терапия с двумя или несколькими терапевтическими агентами использует агенты, которые работают через разные механизмы действия, хотя это не является обязательным. Комбинированная терапия с использованием агентов с разными механизмами действия может дать аддитивный или синергетический эффект. Комбинированная терапия может позволить более низкую дозу каждого агента, чем используется в монотерапии, тем самым уменьшая токсические побочные эффекты и/или увеличивая терапевтический индекс агента(ов). Комбинированная терапия может снизить вероятность развития резистентных раковых клеток. В некоторых вариантах осуществления, комбинированная терапия включает терапевтический агент, который влияет на иммунный ответ (например, улучшает или активирует ответ), и терапевтический агент, который влияет (например, ингибирует или уничтожает) на опухолевые/раковые клетки.

В некоторых случаях, иммуногеннная фармацевтическая композиция может вводиться с дополнительным агентом. Выбор дополнительного агента может зависеть, по меньшей мере частично, от лечимого состояния. Дополнительные агент может включать, например, ингибитор контрольной точки, такой как анти-PD1, анти-CTLA4, анти-PD-L1, анти CD40 или анти-TIM3 агент (например, анти-PD1, анти-CTLA4, анти-PD-L1, анти CD40 или анти-TIM3 антитело); или любой агент, оказывающие терапевтическое действие на патогенную инфекцию (например, вирусную инфекцию), включая, например, лекарственные средства, применяемые для лечения воспалительных состояний, такие как НСПВС, например, ибупрофен, напроксен, ацетаминофен, кетопрофен или аспирин. Например, ингибитором контрольной точки может быть PD-1/PD-L1 антагонист, выбранный из группы, состоящей из: ниволумаба (ONO-4538/BMS-936558, MDX1 106, OPDIVO), пембролизумаба (MK-3475, KEYTRUDA), пидилизумаба (CT-011) и MPDL328OA (ROCHE). В качестве другого примера, составы могут дополнительно содержать один или более добавок, таких как витамин C, E или другие антиоксиданты.

Способы описания могут использоваться для лечения любого типа рака, известного в данной области. Неограничивающие примеры рака, подлежащего лечению способами настоящего описания, могут включать меланому (например, метастатическую злокачественную меланому), рак почек (например, светлоклеточную карциному), рак предстательной железы (например, гормонорезистентную аденокарциному предстательной железы), аденокарциному поджелудочной железы, рак молочной железы, рак толстой кишки, рак легкого (например, немелкоклеточный рак легкого), рак пищевода, плоскоклеточный рак головы и шеи, рак печени, рак яичников, рак шейки матки, рак щитовидной железы, глиобластому, глиому, лейкоз, лимфому и другие неопластические злокачественные новообразования.

Кроме того, заболевание или состояние, представленные в настоящем изобретении, включают устойчивые к лечению или рецидивирующие злокачественные новообразования, рост которых может быть подавлен с использованием способов лечения по настоящему описанию. В некоторых вариантах осуществления, рак, подлежащий лечению с помощью способов лечения в настоящем описании, выбран из группы, состоящей из карциномы, плоскоклеточного рака, аденокарциномы, саркомы, рака эндометрия, рака молочной железы, рака яичников, рака шейки матки, рака маточной трубы, первичного рака брюшины, рака толстой кишки, колоректального рака, плоскоклеточного рака аногенитальной области, меланомы, почечно-клеточного рака, рака легкого, немелкоклеточного рака легкого, плоскоклеточного рака легкого, рака желудка, рака мочевого пузыря, рака мочевого пузыря, рака печени, рака щитовидной железы, рака гортани, рака слюнной железы, рака пищевода, рака головы и шеи, глиобластомы, глиомы, плоскоклеточного рака головы и шеи, рака предстательной железы, рака поджелудочной железы, мезотелиомы, саркомы, гематологического рака, лейкоза, лимфомы, невромы и их комбинации. В некоторых вариантах осуществления, рак, подлежащий лечению способами, представленными в настоящем описании, включает, например, карциному, плоскоклеточную карциному (например, цервикального канала, века, конъюнктивы оболочки, влагалища, легкого, ротовой полости, кожи, мочевого пузыря, языка, гортани и пищевода) и аденокарциному (например, предстательной железы, тонкого кишечника, эндометрия, цервикального канала, толстой кишки, легкого, поджелудочной железы, пищевода, прямой кишки, матки, желудка, молочной железы и яичника). В некоторых вариантах осуществления, рак, подлежащий лечению способами, представленными в настоящем описании, дополнительно включает саркому (например, миогенную саркому), лейкоз, неврому, меланому и лимфому. В некоторых вариантах осуществления, раком, подлежащим лечению способами, представленными в настоящем описании, является рак молочной железы. В некоторых вариантах осуществления, раком, подлежащим лечению способами, представленными в настоящем описании, является трижды негативный рак молочной железы (TNBC). В некоторых вариантах осуществления, раком, подлежащим лечению способами, представленными в настоящем описании, является рак яичников. В некоторых вариантах осуществления, раком, подлежащим лечению способами, представленными в настоящем описании, является колоректальный рак.

В некоторых вариантах осуществления, пациент или популяция пациентов, лечимых фармацевтической композицией настоящего описания, имеет солидную опухоль. В некоторых вариантах осуществления, солидной опухолью является меланома, почечно-клеточная карцинома, рак легкого, рак мочевого пузыря, рак молочной железы, рак шейки матки, рак толстой кишки, рак желчного пузыря, рак гортани, рак печени, рак щитовидной железы, рак желудка, рак слюнной железы, рак предстательной железы, рак поджелудочной железы или карцинома из клеток Меркеля. В некоторых вариантах осуществления, пациент или популяция пациентов, лечимых фармацевтической композицией настоящего описания, имеет гематологический рак. В некоторых вариантах осуществления, пациент имеет гематологический рак, такой как диффузная B-крупноклеточная лимфома («DLBCL»), лимфома Ходжкина («HL»), не ходжскинская лимфома («NHL»), фолликулярная лимфома («FL»), острый миелоидный лейкоз («ОМЛ») или множественная миелома («MM»). В некоторых вариантах осуществления, лечимый пациент или популяция пациентов имеет рак, выбранный из группы, состоящей из рака яичников, рака легкого и меланомы.

Конкретные примеры рака, который можно предотвратить и/или лечить в соответствии с настоящим описанием, включают, но не ограничены ими, следующие: рак почек, рак почки, мультиформную глиобластому, метастатический рак молочной железы; карциному молочной железы; саркому молочной железы; нейрофиброму; нейрофиброматоз; детские опухоли; нейробластому; злокачественную меланому; карциномы эпидермиса; лейкозы, такие как, но не ограниченные ими, острый лейкоз, острый лимфоцитарный лейкоз, острые миелоцитарные лейкозы, такие как миелобластный, промиелоцитарный, миеломоноцитарный, моноцитарный, эритролейкозный лейкоз и микродиспластический синдром, хронические лейкозы, такие как, но не ограниченные ими, хронический миелоцитарный (гранулоцитарный) лейкоз, хронический лимфоцитарный лейкоз, волосатоклеточный лейкоз; истинную полицитемию; лимфомы, такие как, помимо прочего, болезнь Ходжкина, неходжкинскую болезнь; множественные миеломы, такие как вялотекущая множественная миелома, несекреторная миелома, остеосклеротическая миелома, лейкоз плазматических клеток, солитарная плазмоцитома и экстрамедуллярная плазмоцитома; макроглобулинемию Вальденстрема; моноклональную гаммопатию неустановленного значения; доброкачественную моноклональную гаммопатию; болезнь тяжелых цепей; рак костей и саркомы соединительной ткани, такие как, но не ограниченные ими, саркома костей, миеломная болезнь костей, множественная миелома, остеосаркома костей, вызванная холестеатомой, костная болезнь Педжета, остеосаркома, хондросаркома, саркома Юинга, злокачественная гигантоклеточная опухоль, фибросаркома кости, хордома, саркома надкостницы, саркома мягких тканей, ангиосаркома (гемангиосаркома), фибросаркома, саркома Капоши, лейомиосаркома, липосаркома, лимфангиосаркома, неврилеммома, рабдомиосаркома и синовиальная саркома; опухоли головного мозга, такие как, но не ограниченные ими, глиома, астроцитома, глиома ствола головного мозга, эпендимома, олигодендроглиома, неглиальная опухоль, неврилеммома слухового нерва, краниофарингиома, медуллобластома, менингиома, пинеоцитома, пинеобластома и первичная лимфома головного мозга; рак молочной железы, включающий, но не ограниченный ими, аденокарциному, дольковую (мелкоклеточную) карциному, внутрипротоковую карциному, медуллярный рак молочной железы, муцинозный рак молочной железы, тубулярный рак молочной железы, папиллярный рак молочной железы, болезнь Педжета (включая ювенильную болезнь Педжета) и воспалительный рак молочной железы; рак надпочечников, такой как, но не ограниченный ими, феохромоцитома и адренокортикальная карцинома; рак щитовидной железы, такой как, но не ограниченный ими, папиллярный или фолликулярный рак щитовидной железы, медуллярный рак щитовидной железы и анапластический рак щитовидной железы; рак поджелудочной железы, такой как, но не ограниченный ими, инсулинома, гастринома, глюкагонома, випома, опухоль, секретирующая соматостатин, и карциноидная опухоль или опухоль островковых клеток; рак гипофиза, такой как, но не ограниченный ими, болезнь Кушинга, пролактин-секретирующая опухоль, акромегалия и несахарный диабет; злокачественные опухоли глаза, такие как, но не ограниченные ими, глазная меланома, такая как меланома радужной оболочки, хориоидальная меланома и меланома ресничного тела, и ретинобластома; рак влагалища, такой как плоскоклеточный рак, аденокарцинома и меланома; рак вульвы, такой как плоскоклеточная карцинома, меланома, аденокарцинома, базальноклеточная карцинома, саркома и болезнь Педжета; рак шейки матки, такой как, но не ограниченный ими, плоскоклеточная карцинома и аденокарцинома; рак матки, такой как, но не ограниченный ими, карцинома эндометрия и саркома матки; рак яичников, такой как, но не ограниченный ими, эпителиальная карцинома яичника, пограничная опухоль, опухоль зародышевых клеток и стромальная опухоль; карцинома шейки матки; рак пищевода, такой как, но не ограниченный ими, плоскоклеточный рак, аденокарцинома, аденокистозная карцинома, мукоэпидермоидная карцинома, аденосквамозная карцинома, саркома, меланома, плазмоцитома, веррукозная карцинома и овсяно-клеточная (мелкоклеточная) карцинома; рак желудка, такой как, но не ограниченный ими, аденокарцинома, грибовидный (полипоидный), изъязвление, поверхностное распространение, диффузное распространение, злокачественная лимфома, липосаркома, фибросаркома и карциносаркома; рак толстой кишки; колоректальный рак, колоректальный рак с мутацией KRAS; карцинома толстой кишки; рак прямой кишки; рак печени, такой как, но не ограниченный ими, печеночно-клеточная карцинома и гепатобластома, рак желчного пузыря, такой как аденокарцинома; холангиокарциномы, такие как, но не ограниченные ими, папиллярная, узловая и диффузная; рак легкого, такой как немелкоклеточный рак легкого с мутацией KRAS, немелкоклеточный рак легкого, плоскоклеточный рак (эпидермоидная карцинома), аденокарцинома, крупноклеточный рак и мелкоклеточный рак легкого; карцинома легкого; злокачественные опухоли яичка, такие как, но не ограниченные ими, герминальная опухоль, семинома, анапластическая, классическая (типичная), сперматоцитарная, несеминома, эмбриональная карцинома, тератомная карцинома, хориокарцинома (опухоль желточного мешка), рак предстательной железы, такой как, но не ограниченный ими, андроген-независимый рак предстательной железы, андроген-зависимый рак предстательной железы, аденокарцинома, лейомиосаркома и рабдомиосаркома; рак пениса; рак ротовой полости, такой как, но не ограниченный ими, плоскоклеточный рак; базальный рак; рак слюнных желез, такой как, но не ограниченный ими, аденокарцинома, мукоэпидермоидная карцинома и аденокистозная карцинома; рак глотки, такой как, но не ограниченный ими, плоскоклеточный рак и веррукозный; рак кожи, такой как, но не ограниченный ими, базально-клеточная карцинома, плоскоклеточная карцинома и меланома, поверхностно-распространенная меланома, узловая меланома, злокачественное лентиго, акраллентигинозная меланома; рак почек, такой как, но не ограниченный ими, почечно-клеточный рак, аденокарцинома, гипернефрома, фибросаркома, переходно-клеточный рак (почечной лоханки и/или уретры); рак почек; опухоль Вильмса; рак мочевого пузыря, такой как, но не ограниченный ими, переходно-клеточная карцинома, плоскоклеточный рак, аденокарцинома, карциносаркома. Кроме того, рак включает миксосаркому, остеогенную саркому, эндотелиосаркому, лимфангиоэндотелиосаркому, мезотелиому, синовиому, гемангиобластому, эпителиальную карциному, цистаденокарциному, бронхогенную карциному, карциному потовых желез и карциному сальных желез, папиллярную карциному и папиллярные аденокарциномы.

Раки включают, но не ограничены ими, В-клеточный рак, например, множественную миелому, макроглобулинемию Вальденстрема, заболевания тяжелых цепей, такие как, например, болезнь альфа-цепи, болезнь гамма-цепи, болезнь мю-цепи, доброкачественную моноклональную гаммопатию, иммуноцитарный амилоидоз, меланомы, рак молочной железы, рак легкого, рак бронхов, колоректальный рак, рак предстательной железы (например, метастатический, гормонорезистентный рак предстательной железы), рак поджелудочной железы, рак желудка, рак яичников, рак мочевого пузыря, рак мозга или рак центральной нервной системы, рак периферической нервной системы, рак пищевода, рак шейки матки, рак матки или эндометрия, рак полости рта или глотки, рак печени, рак почки, рак яичек, рак желчных путей, рак тонкой кишки или аппендикса, рак слюнной железы, рак щитовидной железы, рак надпочечников, остеосаркому, хондросаркому, рак гематологических тканей и подобные. Другие не ограничивающие примеры типов рака, применимых к способам, охватываемым настоящим описанием, включают саркомы и карциномы человека, например, фибросаркому, миксосаркому, липосаркому, хондросаркому, остеогенную саркому, хордому, ангиосаркому, эндотелиосаркому, лимфангиосаркому, лимфангиоэндотелиосаркому, синовиому, мезотелиому, опухоль Юинга, лейомиосаркому, рабдомиосаркому, карциному толстой кишки, колоректальный рак, рак поджелудочной железы, рак молочной железы, рак яичников, плоскоклеточный рак, базальноклеточную карциному, аденокарциному, карциному потовых желез, карциному сальных желез, папиллярную карциному, папиллярную аденокарциному, цистаденокарциному, медуллярную карциному, бронхогенную карциному, почечно-клеточную карциному, гепатому, карциному желчных протоков, рак печени, хориокарциному, семиному, эмбриональную карциному, рак кости, опухоль шейки матки, опухоль Вильмса, рак яичек, карциному легких, мелкоклеточную карциному легких, карциному мочевого пузыря, эпителиальную карциному, глиому, астроцитому, медуллобластому, краниофарингиому, эпендимому, пинеалому, гемангиобластому, невриломму слухового нерва, олигодендроглиому, менингиому, меланому, нейробластому, ретинобластому; лейкозы, например острый лимфоцитарный лейкоз и острый миелоцитарный лейкоз (миелобластный, промиелоцитарный, миеломоноцитарный, моноцитарный и эритролейкоз); хронический лейкоз (хронический миелоцитарный (гранулоцитарный) лейкоз и хронический лимфоцитарный лейкоз); и истинную полицитемию, лимфому (болезнь Ходжкина и неходжкинскую болезнь), множественную миелому, макроглобулинемию Вальденстрема и болезнь тяжелой цепи. В некоторых вариантах осуществления, раком, фенотип которого определяется способом настоящего описания, является эпителиальный рак, такой как, но не ограниченный ими, рак мочевого пузыря, рак молочной железы, рак шейки матки, рак толстой кишки, гинекологические раки, рак почек, рак гортани, рак легкого, рак полости рта, рак головы и шеи, рак яичников, рак поджелудочной железы, рак предстательной железы или рак кожи. В других вариантах осуществления, раком является рак молочной железы, рак предстательной железы, рак легкого или рак толстой кишки. В дополнительных других вариантах осуществления, эпителиальным раком является немелкоклеточный рак легкого, непапиллярная почечно-клеточная карцинома, карцинома шейки матки, карцинома яичников (например, серозная карцинома яичников) или карцинома молочной железы. Эпителиальные раки могут быть охарактеризованы разными другими путями, включающими, но не ограниченными ими, серозный, эндометриоидный, муцинозный, светлоклеточный, псевдомуцинозный или недифференцированный. В некоторых вариантах осуществления, настоящее описание используют при лечении, диагностики и/или прогнозировании лимфомы или ее подтипов, включая, но не ограничиваясь ими, мантийноклеточную лимфому. Лимфопролиферативные расстройства также считаются пролиферативными заболеваниями.

В некоторых вариантах осуществления комбинация агента, описанного в настоящем изобретении, и по меньшей мере одно дополнительное терапевтического агента дает аддитивный или синергетический результат. В некоторых вариантах осуществления, комбинированная терапия приводит к увеличению терапевтического индекса агента. В некоторых вариантах осуществления, комбинированная терапия приводит к увеличению терапевтического индекса дополнительного терапевтического агента(ов). В некоторых вариантах осуществления, комбинированная терапия приводит к снижению токсичности и/или побочных эффектов агента. В некоторых вариантах осуществления, комбинированная терапия приводит к снижению токсичности и/или побочных эффектов дополнительного терапевтического агента(ов).

В определенных вариантах осуществления, в дополнение к введению неоантигенного терапевтического агента, описанного в настоящем изобретении, способ или лечение дополнительно включает введение по меньшей мере одного дополнительного терапевтического агента. Дополнительный терапевтический агент можно вводить до, одновременно и/или после введения агента. В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один дополнительный терапевтический агент включает 1, 2, 3 или более дополнительных терапевтических агентов.

Терапевтические агенты, которые можно вводить в комбинации с неоантигенным терапевтическим агентом, описанным в настоящем изобретении, включают химиотерапевтические агенты. Таким образом, в некоторых вариантах осуществления, способ или лечение включают введение агента, описанного в настоящем изобретении, в комбинации с химиотерапевтическим агентом или в комбинации с коктейлем из химиотерапевтических агентов. Лечение агентом может происходить до, одновременно или после проведения химиотерапии. Комбинированное введение может включать совместное введение, либо в одном фармацевтическом составе, либо с использованием отдельных составов, либо последовательное введение в любом порядке, но обычно в течение такого периода времени, чтобы все активные агенты могли проявить свою биологическую активность одновременно. Приготовление и схемы дозирования таких химиотерапевтических агентов можно использовать в соответствии с инструкциями производителя или как определено эмпирически опытным практикующим специалистом. Схемы получения и дозирования для такой химиотерапии также описаны в The Chemotherapy Source Book, 4th Edition, 2008, M. C. Perry, Editor, Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, PA.

Подходящие классы химиотерапевтических агентов включают, например, анти-тубулиновые агенты, ауристатины, агенты, связывающие малые бороздки ДНК, ингибиторы репликации ДНК, алкилирующие агенты (например, комплексы платины, такие как цисплатин, моно(платина), бис(платина) и трехъядерные комплексы платины и карбоплатин), антрациклины, антибиотики, анти-фолаты, антиметаболиты, химиотерапевтические сенсибилизаторы, дуокармицины, этопозиды, фторированные пиримидины, ионофоры, лекситропсины, нитрозомочевины, платинолы, пуриновые антиметаболиты, пуромицины, радиационные сенсибилизаторы, стероиды, таксаны, ингибиторы топоизомеразы, алкалоиды барвинка и подобные. В некоторых вариантах осуществления, вторым терапевтическим агентом является алкилирующий агент, антиметаболит, антимитотик, ингибитор топоизомеразы или ингибитор ангиогенеза.

Химиотерапевтические агенты, используемые в настоящем изобретении, включают, но не ограничены ими, алкилирующие агенты, такие как тиотепа и циклофосфамид (CYTOXAN); алкилсульфонаты, такие как бусульфан, импросульфан и пипосульфан; азиридины, такие как бензодопа, карбохон, метуредопа и уредопа; этиленимины и метиламеламины, включая альтретамин, триэтиленмеламин, триэтиленфосфорамид, триэтилентиофосфорамид и триметилоломеламим; азотистые иприты, такие как хлорамбуцил, хлорнафазин, холофосфамид, эстрамустин, ифосфамид, мехлорэтамин, гидрохлорид оксида мехлорэтамина, мелфалан, новембихин, фенестерин, преднимустин, трофосфамид, урациловый иприт; нитрозомочевины, такие как кармустин, хлорозотоцин, фотемустин, ломустин, нимустин, ранимустин; антибиотики, такие как аклациномизин, актиномицин, аутрамицин, азасерин, блеомицины, кактиномицин, калихеамицин, карабицин, каминомицин, карзинофилин, хромомицины, дактиномицин, даунорубицин, деторубицин, 6-диазо-5-оксо-L-норлейцин, доксорубицин, эпирубицин, эзорубицин, идарубицин, марцелломицин, митомицины, микофеноловая кислота, ногаламицин, оливомицины, пепломицин, потфиромицин, пуромицин, келамицин, родорубицин, стрептонигрин, стрептозоцин, туберцидин, убенимекс, зиностатин, зорубицин; антиметаболиты, такие как метотрексат и 5-фторурацил (5-FU); аналоги фолиевой кислоты, такие как деноптерин, метотрексат, птероптерин, триметрексат; аналоги пурина, такие как флударабин, 6-меркаптопурин, тиамиприн, тиогуанин; аналоги пиримидина, такие как анцитабин, азацитидин, 6-азауридин, кармофур, цитозинарабинозид, дидеоксиуридин, доксифлуридин, эноцитабин, флоксуридин, 5-FU; андрогены, такие как калустерон, дромостанолона пропионат, эпитиостанол, мепитиостан, тестолактон; средства, угнетающие функции надпочечников, такие как аминоглутетимид, митотан, трилостан; восполнители фолиевой кислоты, такие как фолиевая кислота; ацеглатон; гликозид альдофосфамида; аминолевулиновая кислота; амсакрин; бестрабуцил; бисантрен; эдатраксат; дефосфамин; демеколцин; диазиквон; элформитин; эллиптиния ацетат; этоглюцид; нитрат галлия; гидроксимочевина; лентинан; лонидамин; митогуазон; митоксантрон; мопидамол; нитракрин; пентостатин; фенамет; пирарубицин; подофиллиновая кислота; 2-этилгидразид; прокарбазин; PSK; разоксан; сизофуран; спирогерманий; тенуазоновая кислота; триазиквон; 2,2’,2’’-трихлортриэтиламин; уретан; виндезин; дакарбазин; манномустин; митобронитол; митолактол; пипоброман; гацитозин; арабинозид (Ara-C); таксоиды, например, паклитаксел (TAXOL) и доцетаксел (TAXOTERE); хлорамбуцил; гемцитабин; 6-тиогуанин; меркаптопурин; аналоги платины, такие как цисплатин и карбоплатин; винбластин; платина; этопозид (VP-16); ифосфамид; митомицин C; митоксантрон; винкристин; винорелбин; пупокнавелбин; новантрон; тенипозид; дауномицин; аминоптерин; ибандронат; CPT11; ингибитор топоизомеразы RFS 2000; дифторметилорнитин (DMFO); ретиноевая кислота; эсперамицины; капецитабин (XELODA); и фармацевтически приемлемые соли, кислоты или производные любого из вышеперечисленных. Химиотерапевтические агенты также включают антигормональные агенты, которые регулируют или ингибируют действие гормонов на опухоли, такие как антиэстрогены, включая, например, тамоксифен, ралоксифен, 4(5)-имидазолы, ингибирующие ароматазу, 4-гидрокситамоксифен, триоксифен, кеоксифен, LY117018, онапристон и торемифен (FARESTON); и антиандрогены, такие как флутамид, нилутамид, бикалутамид, лейпролид и гозерелин; и фармацевтически приемлемые соли, кислоты или производные любого из вышеперечисленных. В определенных вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является цисплатин. В определенных вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является карбоплатин.

В некоторых вариантах осуществления, химиотерапевтическим агентом является ингибитор топоизомеразы. Ингибиторами топоизомеразы являются химиотерапевтические агенты, которые препятствуют действию фермента топоизомеразы (например, топоизомеразы I или II). Ингибиторы топоизомеразы включают, но не ограничены ими, доксорубицин HCl, даунорубицин цитрат, митоксантрон HCl, актиномицин D, этопозид, топотекан HCl, тенипозид (VM-26) и иринотекан, а также фармацевтически приемлемые соли, кислоты или производные любых из них. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является иринотекан.

В некоторых вариантах осуществления, химиотерапевтическим средством является антиметаболит. Антиметаболитом является химическое вещество со структурой, которая подобна метаболиту, необходимому для нормальных биохимических реакций, но имеет достаточно отличий, чтобы влиять на одну или более нормальных функций клеток, таких как деление клеток. Антиметаболиты включают, но не ограничены ими, гемцитабин, фторурацил, капецитабин, метотрексат натрия, ралитрексед, пеметрексед, тегафур, цитозинарабинозид, тиогуанин, 5-азацитидин, 6-меркаптопурин, азатиоприн, 6-тиогуанин, пентостатин, флударабин фосфат и кладрибин, а также фармацевтически приемлемые соли, кислоты или производные любого из них. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является гемцитабин.

В некоторых вариантах осуществления, химиотерапевтическим агентом является антимитотический агент, включая, но не ограничиваясь ими, агенты, которые связывают тубулин. В некоторых вариантах осуществления, агентом является таксан. В некоторых вариантах осуществления, агентом является паклитаксел или доцетаксел, фармацевтически приемлемая соль, кислота или производное паклитаксела или доцетаксела. В некоторых вариантах осуществления, агентом является паклитаксел (TAXOL), доцетаксел (TAXOTERE), связанный с альбумином паклитаксел (ABRAXANE), DHA-паклитаксел или PG-паклитаксел. В некоторых альтернативных вариантах осуществления, антимитотический агент включает алкалоид барвинка, такой как винкристин, винбластин, винорелбин или виндезин, или их фармацевтически приемлемые соли, кислоты или производные. В некоторых вариантах осуществления, антимитотическим агентом является кинезин Eg5 или ингибитор митотической киназы, такой как Aurora A или Plk1. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является паклитаксел. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является связанный с альбумином паклитаксел.

В некоторых вариантах осуществления, дополнительный терапевтический агент включает агент, такой как малая молекула. Например, лечение может включать комбинированное введение агента по настоящему описанию с малой молекулой, которая действует как ингибитор против опухолеассоциированных антигенов, включая, но не ограничиваясь ими, EGFR, HER2 (ErbB2) и/или VEGF. В некоторых вариантах осуществления, агент по настоящему описанию вводят в комбинации с ингибитором протеинкиназы, выбранным из группы, состоящей из: гефитиниба (IRESSA), эрлотиниба (TARCEVA), сунитиниба (SUTENT), лапатиниба, вандетаниба (ZACTIMA), AEE788, CI-1033, цедираниба (RECENTIN), сорафениба (NEXAVAR) и пазопаниба (GW786034B). В некоторых вариантах осуществления, дополнительный терапевтический агент включает ингибитор mTOR. В другом варианте осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является химиотерапия или другие ингибиторы, которые снижают количество клеток Treg. В некоторых вариантах осуществления, терапевтическим агентом является циклофосфамид или анти-CTLA4 антитело. В другом варианте осуществления, дополнительный терапевтический агент снижает присутствие полученных из миелоида клеток-суппрессоров. В дополнительном варианте осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является карботаксол. В другом варианте осуществления, дополнительный терапевтический агент сдвигает клетки к ответу T хелпера 1. В дополнительном варианте осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является ибрутиниб.

В некоторых вариантах осуществления, дополнительный терапевтический агент включает биологическую молекулу, такую как антитело. Например, лечение может включать комбинированное введение агента настоящего описания с антителами против опухолеассоциированных антигенов, включая, но не ограничиваясь ими, антитела, которые связывают EGFR, HER2/ErbB2 и/или VEGF. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является антитело, специфическое к маркеру раковой стволовой клетки. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является антитело, которое является ингибитором ангиогенеза (например, анти-VEGF или VEGF рецептор антитело). В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является бевацизумаб (AVASTIN), рамуцирумаб, трастузумаб (HERCEPTIN), пертузумаб (OMNITARG), панитумумаб (VECTIBIX), нимотузумаб, залутумумаб или цетуксимаб (ERBITUX).

Агенты и композиции по изобретению могут использоваться индивидуально или в комбинации с обычными терапевтическими схемами, такими как хирургия, облучение, химиотерапия и/или трансплантация костного мозга (аутологичная, сингенная, аллогенная или не родственная). Набор опухолевых антигенов может использоваться, например, у большой части онкологических больных.

В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере один или более химиотерапевтических агентов можно вводить в дополнение к композиции, содержащей иммуногенную вакцину. В некоторых вариантах осуществления, один или более химиотерапевтических агентов могут принадлежать к разным классам химиотерапевтических агентов.

Примеры химиотерапевтических агентов включают, но не ограничены ими, алкилирующие агенты, такие как азотистые иприты (например, мехлоретамин (азотистый иприт), хлорамбуцил, циклофосфамид (Cytoxan®), ифосфамид и мелфалан); нитрозомочевины (например, N-нитрозо-N-метилмочевина, стрептозоцин, кармустин (BCNU), ломустин и семустин); алкилсульфонаты (например, бусульфан); тетразины (например, дакарбазин (DTIC), митозоломид и темозоломид (Temodar®)); азиридины (например, тиотепа, митомицин и диазиквон); и лекарственные средства на основе платины (например, цисплатин, карбоплатин и оксалиплатин); не классические алкилирующие агенты, такие как прокарбазин и альтретамин (гексаметилмеламин); антиметаболиты, такие как 5-фторурацил (5-FU), 6-меркаптопурин (6-MP), капецитабин (Xeloda®), кладрибин, клофарабин, цитарабин (Ara-C®), децитабин, флоксуридин, флударабин, неларабин, гемцитабин (Gemzar®), гидроксимочевина, метотрексат, пеметрексед (Alimta®), пентостатин, тиогуанин, Видаза; агенты, оказывающие воздействие на микротрубочки, такие как алкалоиды барвинка (например, винкристин, винбластин, винорелбин, виндезин и винфлунин); таксаны (например, паклитаксел (Taxol®), доцетаксел (Taxotere®)); подофиллотоксин (например, этопозид и тенипозид); эпотилоны (например, иксабепилон (Ixempra®)); эстрамустин (Emcyt®); противоопухолевые антибиотики, такие как антрациклины (например, даунорубицин, доксорубицин (Adriamycin®, эпирубицин, идарубицин); актиномицин-D; и блеомицин; ингибиторы топоизомеразы I, такие как топотекан и иринотекан (CPT-11); ингибиторы топоизомеразы II, такие как этопозид (VP-16), тенипозид, митоксантрон, новобиоцин, мербарон и акларубицин; кортикостероиды, такие как преднизон, метилпреднизолон (Solumedrol®) и дексаметазон (Decadron®); L-аспарагиназа; бортезомиб (Velcade®); иммунотерапевтические агенты, такие как ритуксимаб (Rituxan®), алемтузумаб (Campath®), талидомид, леналидомид (Revlimid®), BCG, интерлейкин-2, интерферон-альфа и противораковые вакцины, такие как Provenge®; гормональные терапевтические агенты, такие как фульвестрант (Faslodex®), тамоксифен, торемифен (Fareston®), анастрозол (Arimidex®), экземестран (Aromasin®), летрозол (Femara®), мегестрол ацетат (Megace®), эстрогены, бикалутамид (Casodex®), флутамид (Eulexin®), нилутамид (Nilandron®), лейпролид (Lupron®) и госерелин (Zoladex®); дифференцирующие агенты, такие как ретиноиды, третиноин (ATRA или Atralin®), бексаротен (Targretin®) и триоксид мышьяка (Arsenox®); и таргетные терапевтические агенты, такие как иматиниб (Gleevec®), гефитиниб (Iressa®) и сунитиниб (Sutent®). В некоторых вариантах осуществления, химиотерапией является коктейльная терапия. Примеры коктейльной терапии включают, но не ограничены ими, CHOP/R-CHOP (ритуксан, циклофосфамид, винкристин и преднизон), EPOCH (этопозид, преднизон, винкристин, циклофосфамид, гидроксидоксорубицин), Hyper-CVAD (циклофосфамид, винкристин, гидроксидоксорубицин, дексаметазон), FOLFOX (фторурацил (5-FU), лейковорин, оксалиплатин), ICE (ифосфамид, карбоплатин, этопозид), DHAP (высокая доза цитарабина [ara-C], дексаметазон, цисплатин), ESHAP (этопозид, метилпреднизолон, цитарабин [ara-C], цисплатин) и CMF (циклофосфамид, метотрексат, фторурацил).

В некоторых вариантах осуществления, дополнительный терапевтический агент содержит второй иммунотерапевтический агент. В некоторых вариантах осуществления, дополнительный иммунотерапевтический агент включает, но не ограничен ими, колониестимулирующий фактор, интерлейкин, антитело, которое блокирует иммунодепрессивные функции (например, анти-CTLA-4 антитело, анти-CD28 антитело, анти-CD3 антитело, анти-PD-1 антитело, анти-PD-L1 антитело, анти-TIGIT), антитело, которое усиливает функции иммунных клеток (например, анти-GITR антитело, анти-OX-40 антитело, анти-CD40 антитело или анти-4-1BB антитело), толл-подобный рецептор (например, TLR4, TLR7, TLR9), растворимый лиганд (например, GITRL, GITRL-Fc, OX-40L, OX-40L-Fc, CD40L, CD40L-Fc, 4-1BB лиганд или 4-1BB лиганд-Fc) или член семейства B7 (например, CD80, CD86). В некоторых вариантах осуществления, дополнительный иммунотерапевтический агент нацелен на CTLA-4, CD28, CD3, PD-1, PD-L1, TIGIT, GITR, OX-40, CD-40 или 4-1BB.

В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является ингибитор иммунной контрольной точки. В некоторых вариантах осуществления, ингибитором иммунной контрольной точки является анти-PD-1 антитело, анти-PD-L1 антитело, анти-CTLA-4 антитело, анти-CD28 антитело, анти-TIGIT антитело, анти-LAG3 антитело, анти-TIM3 антитело, анти-GITR антитело, анти-4-1BB антитело или анти-OX-40 антитело. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является анти-TIGIT антитело. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является анти-PD-1 антитело, выбранное из группы, состоящей из: ниволумаба (OPDIVO), пембролизумаба (KEYTRUDA), пидилзумаба, MEDI0680, REGN2810, BGB-A317 и PDR001. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является анти-PD-L1 антитело, выбранное из группы, состоящей из: BMS935559 (MDX-1105), атексолизумаба (MPDL3280A), дурвалумаба (MEDI4736) и авелумаба (MSB0010718C). В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является анти-CTLA-4 антитело, выбранное из группы, состоящей из: ипилимумаба (YERVOY) и тремелимумаба. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является анти-LAG-3 антитело, выбранное из группы, состоящей из: BMS-986016 и LAG525. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является анти-OX-40 антитело, выбранное из группы, состоящей из: MEDI6469, MEDI0562 и MOXR0916. В некоторых вариантах осуществления, дополнительным терапевтическим агентом является анти-4-1BB антитело, выбранное из группы, состоящей из: PF-05082566.

В некоторых вариантах осуществления, неоантигенный терапевтический агент может вводиться в комбинации с биологической молекулой, выбранной из группы, состоящей из: адреномедуллина (AM), ангиопоэтина (Ang), BMP, BDNF, EGF, эритропоэтина (EPO), FGF, GDNF, гранулоцитарного колониестимулирующего фактора (G-CSF), гранулоцитарно-макрофагального колониестимулирующего фактора (GM-CSF), FLT-3L, макрофагального колониестимулирующего фактора (M-CSF), фактора стволовых клеток (SCF), GDF9, HGF, HDGF, IGF, фактора, стимулирующего миграцию, миостатина (GDF-8), NGF, нейротрофинов, PDGF, тромбопоэтина, TGF-α, TGF-β, TNF-α, VEGF, PlGF, гамма-IFN, IL-1, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-12, IL-15 и IL-18.

В некоторых вариантах осуществления, лечение неоантигенным терапевтическим агентом, описанным в настоящем изобретении, может сопровождаться хирургическим удалением опухолей, удалением раковых клеток или любой хирургической терапией, которую лечащий врач сочтет необходимой.

В некоторых вариантах осуществления, лечение включает введение неоантигенного терапевтического агента, описанного в настоящем изобретении, в комбинации с радиационной терапией. Лечение агентом может происходить до, одновременно или после радиационной терапии. Схему дозирования такой радиационной терапии может определить квалифицированный практикующий врач.

Комбинированное введение может включать совместное введение, либо в одном фармацевтическом составе, либо с использованием отдельных составов, либо последовательное введение в любом порядке, но обычно в течение такого периода времени, чтобы все активные агенты смогли проявить свою биологическую активность одновременно.

Следует понимать, что комбинация неоантигенного терапевтического агента, описанного в настоящем изобретении, и по меньшей мере одного дополнительного терапевтического агента может вводиться в любом порядке или одновременно. В некоторых вариантах осуществления, агент будет вводиться пациентам, которые ранее проходили лечение вторым терапевтическим агентом. В некоторых других вариантах осуществления, неоантигенный терапевтический агент и второй терапевтический агент будут вводиться по существу одновременно или одновременно. Например, субъекту может быть назначен агент во время прохождения курса лечения вторым терапевтическим агентом (например, химиотерапии). В некоторых вариантах осуществления, неоантигенный терапевтический агент будет вводиться в течение 1 года после лечения вторым терапевтическим агентом. Кроме того, необходимо также принять во внимание, что два (или более) агента или терапии могут быть назначены субъекту в течение нескольких часов или минут (т. е. фактически одновременно).

Для лечения заболевания, соответствующая доза неоантигеннного терапевтического агента, описанного в настоящем изобретении, зависит от типа заболевания, подлежащего лечению, тяжести и течения заболевания, реакции на заболевание, того, вводится ли агент в терапевтических или профилактических целях, предшествующей терапии, анамнеза пациента и так далее, все на усмотрение лечащего врача. Неоантигенный терапевтический агент можно вводить один раз или в течение ряда курсов лечения продолжительностью от нескольких дней до нескольких месяцев, или до тех пор, пока не будет достигнуто излечение или не будет достигнуто уменьшение болезненного состояния (например, уменьшение размера опухоли). Оптимальные схемы дозирования могут быть рассчитаны на основе измерений накопления лекарственного средства в теле пациента и будут варьировать в зависимости от относительной активности отдельного агента. Лечащий врач может определить оптимальные дозировки, методики дозирования и частоту введения.

В некоторых вариантах осуществления, неоантигенный терапевтический агент можно вводить в начальной более высокой «ударной» дозе с последующими одной или несколькими более низкими дозами. В некоторых вариантах осуществления, частота введения также может варьировать. В некоторых вариантах осуществления, схема дозирования может включать введение начальной дозы с последующими дополнительными дозами (или «поддерживающими» дозами) один раз в неделю, один раз каждые две недели, один раз каждые три недели или один раз в месяц. Например, схема дозирования может включать введение начальной ударной дозы с последующей еженедельной поддерживающей дозой, например, половиной начальной дозы. Другая схема дозирования может включать введение начальной ударной дозы с последующими поддерживающими дозами, например, в половину начальной дозы через неделю. Другая схема дозирования может включать введение трех начальных доз в течение 3 недель с последующими поддерживающими дозами, например, в том же количестве через неделю.

Как известно специалистам в данной области, введение любого терапевтического агента может привести к побочным эффектам и/или токсичности. В некоторых случаях побочные эффекты и/или токсичность настолько серьезны, что препятствуют введению конкретного агента в терапевтически эффективной дозе. В некоторых случаях, терапию необходимо прекратить и попробовать применение другого агента. Однако многие агенты одного терапевтического класса проявляют сходные побочные эффекты и/или токсичность, что означает, что пациент должен прекратить терапию или, если возможно, страдать от неприятных побочных эффектов, связанных с терапевтическим агентом.

В некоторых вариантах осуществления, схема дозирования может быть ограничена определенным количеством введений или «курсов». В некоторых вариантах осуществления, агент вводят на протяжении 3, 4, 5, 6, 7, 8 или более курсов. Например, агент вводят каждые 2 недели в течение 6 курсов, агент вводят каждые 3 недели в течение 6 курсов, агент вводят каждые 2 недели в течение 4 курсов, агент вводят каждые 3 недели в течение 4 курсов и т.д. Схема дозирования может быть выбрана и впоследствии модифицирована специалистами в данной области.

Настоящее описание относится к способам введения субъекту неоантигенного терапевтического агента, описанного в настоящем изобретении, включающим использование стратегии прерывистого введения для введения одного или более агентов, которые могут уменьшить побочные эффекты и/или токсичность, связанную с введением агента, химиотерапевтического агента и т.д. В некоторых вариантах осуществления, способ лечения рака у субъекта-человека включает введение субъекту терапевтически эффективной дозы неоантигенного терапевтического агента в комбинации с терапевтически эффективной дозой химиотерапевтического агента, где один или оба агента вводятся в соответствии со стратегией прерывистого дозирования. В некоторых вариантах осуществления, способ лечения рака у субъекта-человека включает введение субъекту терапевтически эффективной дозы неоантигенного терапевтического агента в комбинации с терапевтически эффективной дозой второго иммунотерапевтического агента, где один или оба агента вводятся в соответствии со стратегией прерывистого дозирования. В некоторых вариантах осуществления, стратегия прерывистого дозирования включает введение субъекту начальной дозы неоантигенного терапевтического агента и введение последующих доз агента приблизительно один раз каждые 2 недели. В некоторых вариантах осуществления стратегия прерывистого дозирования включает введение субъекту начальной дозы неоантигенного терапевтического агента и введение последующих доз агента приблизительно один раз каждые 3 недели. В некоторых вариантах осуществления, стратегия прерывистого дозирования включает введение субъекту начальной дозы неоантигенного терапевтического агента и введение последующих доз агента приблизительно один раз каждые 4 недели. В некоторых вариантах осуществления, агент вводят с использованием стратегии прерывистого дозирования, а дополнительный терапевтический агент вводят еженедельно.

Настоящее описание относится к композициям, содержащим неоантигенный терапевтический агент, описанный в настоящем изобретении. Настоящее описание также относится к фармацевтическим композициям, содержащим неоантигенный терапевтический агент, описанный в настоящем изобретении, и фармацевтически приемлемый носитель. В некоторых вариантах осуществления, фармацевтические композиции находят применение в иммунотерапии. В некоторых вариантах осуществления, композиции находят применение в ингибировании роста опухоли. В некоторых вариантах осуществления, фармацевтические композиции находят применение в ингибировании роста опухоли у субъекта (например, пациента-человека). В некоторых вариантах осуществления, композиции находят применение при лечении рака. В некоторых вариантах осуществления, фармацевтические композиции находят применение для лечения рака у субъекта (например, пациента-человека).

Составы готовят для хранения и использования путем комбинирования неоантигенного терапевтического агента настоящего описания с фармацевтически приемлемым носителем (например, носителем или эксципиентом). Специалисты в данной области обычно считают фармацевтически приемлемые носители, эксципиенты и/или стабилизаторы неактивными ингредиентами состава или фармацевтической композиции. Примеры составов перечислены в WO 2015/095811.

Подходящие фармацевтически приемлемые носители включают, но не ограничены ими, нетоксичные буферы, такие как фосфат, цитрат и другие органические кислоты; соли, такие как хлорид натрия; антиоксиданты, включая аскорбиновую кислоту и метионин; консерванты, такие как хлорид октадецилдиметилбензиламмония, хлорид гексаметония, хлорид бензалкония, хлорид бензетония, фенол, бутиловый или бензиловый спирт, алкилпарабены, такие как метил- или пропилпарабен, катехол, резорцин, циклогексанол, 3-пентанол и м-крезол; низкомолекулярные полипептиды (например, менее чем приблизительно 10 аминокислотных остатков); белки, такие как сывороточный альбумин, желатин или иммуноглобулины; гидрофильные полимеры, такие как поливинилпирролидон; аминокислоты, такие как глицин, глутамин, аспарагин, гистидин, аргинин или лизин; углеводы, такие как моносахариды, дисахариды, глюкоза, манноза или декстрины; хелатирующие агенты, такие как ЭДТК; сахара, такие как сахароза, маннит, трегалоза или сорбит; солеобразующие противоионы, такие как натрий; комплексы металлов, такие как комплексы Zn-белок; и неионные поверхностно-активные вещества, такие как TWEEN или полиэтиленгликоль (ПЭГ). (Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 22st Edition, 2012, Pharmaceutical Press, London). В некоторых вариантах осуществления, носителем является 5% декстроза в воде.

Фармацевтические композиции, описанные в настоящем изобретении, можно вводить любым количеством способов для местного или системного лечения. Введение может быть местным в виде эпидермальных или трансдермальных пластырей, мазей, лосьонов, кремов, гелей, капель, суппозиториев, спреев, жидкостей и порошков; пульмонарным в виде ингаляции или вдувания порошков или аэрозолей, в том числе с помощью небулайзера, интратрахеально и интраназально; пероральным; или парентеральным, включая внутривенное, внутриартериальное, внутриопухолевое, подкожное, внутрибрюшинное, внутримышечное (например, инъекцией или инфузией) или внутричерепное (например, внутрикальное или внутрижелудочковое).

Терапевтический состав может быть в стандартной дозированной форме. Такие составы включают таблетки, пилюли, капсулы, порошки, гранулы, растворы или суспензии в воде или не водной среде, или суппозитории.

Неоантигенные пептиды, описанные в настоящем изобретении, также могут быть заключены в микрокапсулы. Такие микрокапсулы получают, например, методами накапливания или межфазной полимеризации, например, гидроксиметилцеллюлозные или желатиновые микрокапсулы и поли-(метилметацилатные) микрокапсулы, соответственно, в коллоидных системах доставки лекарственных средств (например, липосомах, альбуминовых микросферах, микроэмульсиях и наночастицах) или в макроэмульсиях, как описано в Remington: The Science и Practice of Pharmacy, 22st Edition, 2012, Pharmaceutical Press, London.

В некоторых вариантах осуществления, фармацевтические составы включают неоантигенный терапевтический агент, описанный в настоящем изобретении, в комплексе с липосомами. Способы получения липосом известны специалистам в данной области. Например, некоторые липосомы могут быть получены выпариванием с обращенной фазой с липидной композицией, содержащей фосфатидилхолин, холестерин и ПЭГ-дериватизированный фосфатидилэтаноламин (ПЭГ-ФЭ). Липосомы могут быть экструдированы через фильтры с определенным размером пор, чтобы получить липосомы желаемого диаметра.

В некоторых вариантах осуществления, могут быть получены препараты с замедленным высвобождением, содержащие неоантигенные пептиды, описанные в настоящем изобретении. Подходящие примеры препаратов с замедленным высвобождением включают полупроницаемые матрицы твердых гидрофобных полимеров, содержащие агент, где матрицы имеют форму формованных изделий (например, пленок или микрокапсул). Примеры матриц с замедленным высвобождением включают сложные полиэфиры, гидрогели, такие как поли(2-гидроксиэтилметакрилат) или поли(виниловый спирт), полилактиды, сополимеры L-глутаминовой кислоты и 7-этил-L-глутамата, неразлагаемый этилен-винилацетат, разлагаемые сополимеры молочной и гликолевой кислот, такие как LUPRON DEPOT™ (микросферы для инъекций, состоящие из сополимера молочной и гликолевой кислоты и ацетата лейпролида), изобутират ацетата сахарозы и поли-D-(-)-3-гидроксимасляную кислоту.

Настоящее описание относится к способам лечения, включающим иммуногенную вакцину. Представлены способы лечения заболевания (такого как рак или вирусная инфекция). Способ может включать введение субъекту эффективного количества композиции, содержащей иммуногенный антиген. В некоторых вариантах осуществления, антиген включает вирусный антиген. В некоторых вариантах осуществления, антиген включает опухолевый антиген.

Неограничивающие примеры вакцин, которые могут быть приготовлены, включают вакцину на основе пептидов, вакцину на основе нуклеиновой кислоты, вакцину на основе антитела, вакцину на основе Т-клетки и вакцину на основе антипрезентирующей клетки.

Вакцинные композиции могут быть составлены с использованием одного или более физиологически приемлемых носителей, включая эксципиенты и вспомогательные вещества, которые облегчают превращение активных агентов в препараты, которые можно использовать в фармацевтике. Правильный состав может зависеть от выбранного пути введения. Любые из хорошо известных методик, носителей и эксципиентов могут использоваться как подходящие, и как это понимается в данной области техники.

В некоторых случаях, вакцинная композиция составлена в виде вакцины на основе пептида, вакцины на основе нуклеиновой кислоты, вакцины на основе антитела или вакцины на клеточной основе. Например, вакцинная композиция может включать голую кДНК в катионных жировых составах; липопептиды (например, Vitiello, A. et al., J. Clin. Invest. 95:341, 1995), голую кДНК или пептиды, инкапсулированные, например, в поли(DL-лактид-со-гликолидные) («PLG») микросферы (см., например, Eldridge, et al., Molec. Immunol. 28:287-294, 1991: Alonso et al, Vaccine 12:299-306, 1994; Jones et al, Vaccine 13:675-681, 1995); пептидную композицию, содержащуюся в иммуностимулирующих комплексах (ISCOMS) (например, Takahashi et al, Nature 344:873-875, 1990; Hu et al, Clin. Exp.Immunol. 113:235-243, 1998); или системы из множества антигенных пептидов (MAP) (см., например, Tam, J. P., Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 85:5409-5413, 1988; Tarn, J.P., J. Immunol. Methods 196:17-32, 1996). Иногда, вакцина составлена в виде вакцины на основе пептида или вакцины на основе нуклеиновой кислоты, в которых нуклеиновая кислота кодирует полипептиды. Иногда, вакцина составлена в виде вакцины на основе антитела. Иногда, вакцина составлена в виде вакцины на клеточной основе.

Аминокислотная последовательность идентифицированного, специфического к заболеванию иммуногенного неоантигеного пептида может использоваться для разработки фармацевтически приемлемой композиции. Источником антигена могут быть, но не ограничены ими, природные или синтетические белки, включая гликопротеины, пептиды и суперантигены; комплексы антитело/антиген; липопротеины; РНК или продукт ее трансляции; и ДНК или полипептид, кодируемый ДНК. Источник антигена также может содержать не трансформированные, трансформированные, трансфицированные или трансдуцированные клетки или клеточные линии. Клетки могут быть трансформированы, трансфицированы или трансдуцированы с использованием любого из множества векторов экспрессии или ретровирусных векторов, известных специалистам в данной области техники, которые могут применятся для экспрессии рекомбинантных антигенов. Экспрессия также может быть достигнута в любой подходящей клетке-хозяине, которая была трансформирована, трансфицирована или трансдуцирована вектором экспрессии или ретровирусным вектором, содержащим молекулу ДНК, кодирующую рекомбинантный антиген(ы). Может использоваться любое количество протоколов трансфекции, трансформации и трансдукции, известные специалистам в данной области техники. Рекомбинантные векторы осповакцины и клетки, зараженные вектором осповакцины, могут использоваться в качестве источника антигена.

Композиция может содержать синтетический, специфический к заболеванию иммуногенный неоантигенный пептид. Композиция может содержать два или несколько специфических к заболеванию иммуногенных неоантигенных пептидов. Композиция может содержать предшественник специфического к заболеванию иммуногенного пептида (такой как белок, пептид, ДНК и РНК). Предшественник специфического к заболеванию иммуногенного пептида может создавать или создаваться для идентифицированного специфического к заболеванию иммуногенного неоантигенного пептида. В некоторых вариантах осуществления, терапевтическая композиция содержит предшественник иммуногенного пептида. Предшественником специфического к заболеванию иммуногенного пептида может быть пролекарство. В некоторых вариантах осуществления, композиция, содержащая специфический к заболеванию иммуногенный неоантигеный пептид, может дополнительно содержать адъювант. Например, неоантиген пептид может использоваться в качестве вакцины. В некоторых вариантах осуществления, иммуногенная вакцина может содержать фармацевтически приемлемый иммуногенный неоантигеный пептид. В некоторых вариантах осуществления, иммуногенная вакцина может содержать фармацевтически приемлемый предшественник иммуногенного неоантигенного пептида (такой как белок, пептид, ДНК и РНК). В некоторых вариантах осуществления, способ лечения включает введение субъекту эффективного количества антитела, специфически распознающего иммуногенный неоантигенный пептид. В некоторых вариантах осуществления, a способ лечения включает введение субъекту эффективного количества растворимого TCR или аналога TCR, специфически распознающего иммуногенный неоантигенный пептид.

Способы, описанные в настоящем изобретении, особенно полезны в контексте персонализированной медицины, где иммуногенные неоантигенные пептиды используют для разработки терапевтических агентов (таких как вакцины или терапевтические антитела) для одного и того же индивидуума. Таким образом, способ лечения заболевания у субъекта может включать идентификацию иммуногенного неоантигенного пептида у субъекта согласно способам, описанным в настоящем изобретении; и синтез пептида (или его предшественника); и введение субъекту пептида или антитела, специфически распознающего пептид. В некоторых вариантах осуществления, профиль экспрессии иммуногенного неоантигена может служить в качестве существенного основания для создания специфических для пациента вакцин. В некоторых вариантах осуществления, профиль экспрессии иммуногенного неоантигена может служить в качестве существенного основания для создания вакцины для группы пациентов с конкретным заболеванием. Таким образом, конкретные заболевания, например конкретные типы опухолей, могут селективно лечиться в группе пациентов.

В некоторых вариантах осуществления, пептиды, описанные в настоящем изобретении, являются структурно нормальными антигенами, которые могут быть распознаны аутологичными анти-болезненными Т-клетками в большой группе пациентов. В некоторых вариантах осуществления, определен профиль экспрессии антигена у группы больных субъектов, заболевание которых экспрессирует структурно нормальные неоантигены.

В некоторых вариантах осуществления, пептиды, описанные в настоящем изобретении, содержат первый пептид содержащий первый неоэпитоп белка, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп того же белка, где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый неоэпитоп содержит мутацию, и второй неоэпитоп содержит ту же мутацию. В некоторых вариантах осуществления, пептиды, описанные в настоящем изобретении, содержат первый пептид, содержащий первый неоэпитоп первой области белка, и второй пептид, содержащий второй неоэпитоп второй области того же белка, где первая область содержит по меньшей мере одну аминокислоту второй области, где первый пептид отличается от второго пептида, и где первый эпитоп содержит первую мутацию и второй эпитоп содержит вторую мутацию. В некоторых вариантах осуществления, первая мутация и вторая мутация являются одинаковыми. В некоторых вариантах осуществления, мутация выбрана из группы, состоящей из точечной мутации, мутации сайта сплайсинга, мутации со сдвигом рамки, мутации сквозного прохождения, мутации слияния гена и любой их комбинации.

Есть множество способов продуцирования иммуногенных неоантигенов. Белки или пептиды могут быть получены любым способом, известным специалистам в данной области, включая экспрессию белков, полипептидов или пептидов с помощью стандартных способов молекулярной биологии, выделение белков или пептидов из природных источников, трансляцию in vitro или химический синтез белков или пептидов. В общем, такие специфические к заболеванию неоантигены могут продуцироваться in vitro или in vivo. Иммуногенные неоантигены могут продуцироваться in vitro в виде пептидов или полипептидов, которые затем могут быть включены в состав персонализированной вакцины или иммуногенной композиции и вводиться субъекту. Продуцирование иммуногенных неоантигенов in vitro может включать пептидный синтез или экспрессию пептида/полипептида из молекулы ДНК или РНК в любой из множества бактериальных, эукариотических или вирусных рекомбинантных систем экспрессии с последующей очисткой экспрессируемого пептида/полипептида. Альтернативно, иммуногенные неоантигены могут быть получены in vivo введением субъекту молекул (например, ДНК, РНК и вирусных систем экспрессии), которые кодируют иммуногенный неоантиген, после чего экспрессируются кодированные иммуногенные неоантигены. В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотид, кодирующий иммуногенный неоантиген пептид, можно использовать для продуцирования неоантигенного пептида in vitro.

В некоторых вариантах осуществления, полинуклеотид содержит последовательность с по меньшей мере 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к полинуклеотиду, кодирующему иммуногенный неоантиген.

Полинуклеотидом может быть, например, ДНК, кДНК, PNA, CNA, РНК, одно- и/или двухцепочечные, нативные или стабилизированные формы полинуклеотидов или их комбинации. Нуклеиновая кислота, кодирующая иммуногенный неоантигенный пептид, может содержать или не содержать интроны, пока она кодирует пептид. В некоторых вариантах осуществления in vitro трансляция используется для продуцирования пептида.

Также рассматриваются векторы экспрессии, содержащие последовательности, кодирующие неоантиген, а также клетки-хозяева, содержащие вектор экспрессии. Векторы экспрессии, подходящие для использования в настоящем описании, могут содержать по меньшей мере один элемент контроля экспрессии, функционально связанный с последовательностью нуклеиновых кислот. Элементы контроля экспрессии вставлены в вектор для контроля и регулирования экспрессии последовательностей нуклеиновых кислот. Примеры элементов контроля экспрессии хорошо известны в данной области и включают, например, систему lac, операторные и промоторные области фага лямбда, дрожжевые промоторы и промоторы, полученные из полиомы, аденовируса, ретровируса или SV40. Дополнительные операционные элементы включают, но не ограничиваются ими, лидерные последовательности, стоп-кодоны, сигналы полиаденилирования и любые другие последовательности, необходимые или предпочтительные для соответствующей транскрипции и последующей трансляции последовательностей нуклеиновых кислотных в системе хозяина. Специалисту в данной области техники будет понятно, что правильная комбинация элементов контроля экспрессии будет зависеть от выбранной системы хозяина. Также следует понимать, что вектор экспрессии должен содержать дополнительные элементы, необходимые для переноса и последующей репликации вектора экспрессии, содержащего последовательности нуклеиновых кислот, в системе хозяина. Примеры таких элементов включают, но не ограничены ими, точки репликации и выбираемые маркеры.

Неоантигенные пептиды могут быть представлены в форме молекул РНК или кДНК, кодирующих желаемые неоантигенные пептиды. Один или более неоантигенных пептидов настоящего описания могут быть кодированы одним вектором экспрессии. Как правило, ДНК вставляется в вектор экспрессии, такой как плазмида, в правильной ориентации и в правильной рамке считывания для экспрессии, если необходимо, ДНК может быть связана с соответствующими транскрипционными и трансляционными регуляторными нуклеотидными последовательностями, распознаваемыми желаемым хозяином (например, бактериями), хотя такие элементы управления обычно доступны в векторе экспрессии. Вектор затем вводят в бактерии-хозяева для клонирования с использованием стандартных методик. Подходящие векторы экспрессии для эукариотических хозяев, особенно млекопитающих или людей, включают, например, векторы, содержащие последовательности контроля экспрессии из SV40, папилломавируса крупного рогатого скота, аденовируса и цитомегаловируса. Подходящие векторы экспрессии для бактериальных хозяев включают известные бактериальные плазмиды, такие как плазмиды из E. coli, включая pCR 1, pBR322, пМВ9 и их производные, плазмиды более широкого круга хозяев, такие как M13, и нитчатые одноцепочечные ДНК-фаги.

В вариантах осуществления, ДНК-последовательность, кодирующая полипептид, представляющий интерес, может быть сконструирована путем химического синтеза с использованием синтезатора олигонуклеотидов. Такие олигонуклеотиды могут быть сконструированы на основе аминокислотных последовательностей желаемого полипептида и выбора тех кодонов, которые предпочтительны в клетках-хозяевах, в которых продуцируется рекомбинантный полипептид, представляющий интерес. Стандартные способы могут использоваться для синтеза изолированной полинуклеотидной последовательности, кодирующей изолированный полипептид, представляющий интерес.

Подходящие клетки-хозяева для экспрессии полипептида включают прокариоты, дрожжи, насекомых или высшие эукариотические клетки под контролем соответствующих промоторов. Прокариоты включают грамотрицательные или грамположительные организмы, например E. coli или бациллы. К высшим эукариотическим клеткам относятся стабильные линии клеток млекопитающих. Также можно использовать бесклеточные системы трансляции. Подходящие клонирование и векторы экспрессии для использования с бактериальными, грибковыми, дрожжевыми и млекопитающими клетками-хозяевами хорошо известны в данной области. Для экспрессии рекомбинантного белка можно использовать различные системы культивирования клеток млекопитающих или насекомых. Типичные линии клеток-хозяев млекопитающих включают, но не ограничиваются ими, COS-7, L-клетки, C127, 3T3, линии клеток яичника китайского хомяка (CHO), 293, HeLa и BHK. Векторы экспрессии млекопитающих могут содержать нетранскрибированные элементы, такие как точка начала репликации, подходящий промотор и энхансер, связанный с экспрессируемым геном, и другие 5' или 3' фланкирующие нетранскрибированные последовательности, и 5' или 3' нетранслированые последовательности, такие как необходимые сайты связывания рибосомы, сайт полиаденилирования, донорные и акцепторные сайты сплайсинга, и последовательности терминации транскрипции.

Белки, продуцированные трансформированным хозяином, могут быть очищены любым подходящим способом. Такие стандартные методы включают хроматографию (например, ионообменную, колоночную хроматографию с аффинностью и калибровкой и подобные), центрифугирование, дифференциальную растворимость или любую другую стандартную методику очистки белка. Метки аффинности, такие как гексагистидин (SEQ ID NO: 2273), домен связывания мальтозы, последовательность оболочки гриппа, глутатион-S-трансфераза и подобные могут быть присоединены к белку для облегчения очистки путем пассирования через соответствующую аффинную колонку. Выделенные белки также можно физически охарактеризовать с использованием таких методов, как протеолиз, ядерный магнитный резонанс и рентгеновская кристаллография.

Вакцина может содержать вещество, связывающее полипептидную последовательность, описанную в настоящем изобретении. Веществом может быть антитело. Вакцина на основе антитела может быть составлена с использованием любых хорошо известных методик, носителей и эксципиентов, которые подходят и известны в данной области техники. В некоторых вариантах осуществления, пептиды, описанные в настоящем изобретении, можно использовать для создания неоантигенспецифических терапевтических средств, таких как терапевтические антитела. Например, неоантигены можно использовать для повышения и/или идентификации антител, специфически распознающих неоантигены. Эти антитела могут использоваться в качестве терапевтических агентов. Антителом может быть природное антитело, химерное антитело, гуманизированное антитело или может быть фрагментом антитела. Антитело распознавать один или более полипептидов, описанных в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, антитело может распознавать полипептид, который имеет последовательность с не более 40%, 50%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью последовательности к полипептиду, описанному в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, антитело может распознавать полипептид, который имеет последовательность с по меньшей мере 40%, 50%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% идентичностью последовательности к полипептиду, описанному в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, антитело может распознавать полипептидную последовательность, которая имеет по меньшей мере 30%, 40%, 50%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% длины полипептида, описанного в настоящем изобретении. В некоторых вариантах осуществления, антитело может распознавать полипептидную последовательность, которая имеет не более 30%, 40%, 50%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% или 100% длины полипептида, описанного в настоящем изобретении.

Настоящее описание также относится к применению молекул нуклеиновой кислоты в качестве носителей для доставки неоантигенных пептидов/полипептидов субъекту, нуждающемуся в этом, in vivo, в форме, например, ДНК/РНК вакцин.

В некоторых вариантах осуществления вакциной является вакцина на основе нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления, неоантигены можно вводить субъекту с использованием плазмиды. Плазмиды можно вводить в ткани животных множеством различных способов, например, инъекцией или аэрозольной инстилляцией голой ДНК на поверхности слизистых оболочек, таких как слизистая оболочка носа и легких. В некоторых вариантах осуществления, может использоваться физическая доставка, например, с «генной пушкой». Точный выбор векторов экспрессии может зависеть от экспрессированных пептидов/полипептидов, и находится в компетенции обычного специалиста.

В некоторых вариантах осуществления, нуклеиновая кислота кодирует иммуногенный пептид или пептидный предшественник. В некоторых вариантах осуществления, вакцина на основе нуклеиновой кислоты содержит последовательности фланкирующей последовательности, кодирующей иммуногенный пептид или пептидный предшественник. В некоторых вариантах осуществления, вакцина на основе нуклеиновой кислоты содержит более одного иммуногенного эпитопа. В некоторых вариантах осуществления, вакциной на основе нуклеиновой кислоты является вакцина на основе ДНК. В некоторых вариантах осуществления, вакциной на основе нуклеиновой кислоты является вакцина на основе РНК. В некоторых вариантах осуществления, вакцина на основе РНК содержит мРНК. В некоторых вариантах осуществления, вакцина на основе РНК содержит голую мРНК. В некоторых вариантах осуществления, вакцина на основе РНК модифицированную мРНК (например, мРНК, защищенную от разложения с использованием протамина. мРНК, содержащую модифицированную 5’ КЭП структуру, или мРНК, содержащую модифицированные нуклеотиды). В некоторых вариантах осуществления, вакцина на основе РНК содержит одноцепочечную мРНК.

Полинуклеотид может быть по существу чистым или содержаться в подходящем векторе или системе доставки. Подходящие векторы и системы доставки включают вирусные, такие как системы на основе аденовируса, вируса осповакцины, ретровирусов, вируса герпеса, аденоассоциированного вируса или гибридов, содержащих элементы более чем одного вируса. Не вирусные системы доставки включают катионные липиды и катионные полимеры (например, катионные липосомы).

Один или более неоантигенных пептидов можно кодировать и экспрессировать in vivo с использованием вирусной системы. Вирусные векторы могут использоваться в качестве рекомбинантных векторов в настоящем описании, где часть вирусного генома удалена для введения новых генов без нарушения инфекционности вируса. Вирусный вектор настоящего описания является не патогенным вирусом. В некоторых вариантах осуществления вирусный вектор имеет тропизм к конкретному типу клеток у млекопитающего. В другом варианте осуществления, вирусный вектор настоящего описания способен инфицировать профессиональные антигенпрезентирующие клетки, такие как дендритные клетки и макрофаги. В еще одном варианте осуществления настоящего описания, вирусный вектор способен инфицировать любую клетку млекопитающего. Вирусный вектор может также инфицировать опухолевые клетки. Вирусные векторы, используемые в настоящем описании, включают, но не ограничены ими, поксвирус, такой как вирус осповакцины, авипоксвирус, вирус оспы кур и сильно ослабленный вирус осповакцины (Анкара или MVA), ретровирус, аденовирус, бакуловирус и подобные.

Вакцина может быть доставлена разными путями. Пути доставки могут включать пероральное (включая буккальное и сублингвальное), ректальное, назальное, местное, трансдермальным пластырем, легочное, вагинальное, суппозиториями или парентеральное (включая внутримышечное, внутриартериальное, внутрикальное, внутрикожное, внутрибрюшинное, подкожное и внутривенное) введение или в форме, подходящей для введения путем аэрозолизации, ингаляции или инсуффляции. Общую информацию о системах доставки лекарственных средств можно найти в Ansel et al., Pharmaceutical Dosage Forms и Drug Delivery Systems (Lippencott Williams & Wilkins, Baltimore Md. (1999). Вакцина, описанная в настоящем изобретении, может вводиться в мышцы или может вводиться с помощью внутрикожных или подкожных инъекций или трансдермально, например, с помощью ионофореза. Можно использовать эпидермальное введение вакцины.

В некоторых случаях, вакцина также может быть составлена для введения через носовые ходы. Составы, подходящие для назального введения, где носитель является твердым веществом, могут включать крупный порошок, имеющий размер частиц, например, в диапазоне от приблизительно 10 до приблизительно 500 микрон, который вводится таким же образом, как нюхательный табак, т.е. быстрое вдыхание через носовой проход из контейнера с порошком, поднесенного близко к носу. Состав может быть спреем для носа, каплями в нос или аэрозольным введением с помощью небулайзера. Состав может включать водные или масляные растворы вакцины.

Вакцина может представлять собой жидкий препарат, такой как суспензия, сироп или эликсир. Вакцина также может представлять собой препарат для парентерального, подкожного, внутрикожного, внутримышечного или внутривенного введения (например, инъекционного введения), такой как стерильная суспензия или эмульсия.

Вакцина может включать материал для однократной иммунизации или может включать материал для множественной иммунизации (то есть «многодозовый» набор). В многодозовых схемах предпочтительно включение консерванта. В качестве альтернативы (или в дополнение) к включению консерванта в многодозовые композиции, композиции могут содержаться в контейнере, имеющем асептический адаптер для удаления материала.

Вакцина может вводиться в объеме дозирования приблизительно 0,5 мл, хотя детям может водиться половина дозы (т.е. приблизительно 0,25 мл). Иногда вакцина может вводиться в более высокой дозе, например, приблизительно 1 мл.

Вакцина может вводиться в режиме дозирования 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более доз. Иногда, вакцину вводят в режиме дозирования 1, 2, 3 или 4 дозы. Иногда, вакцину вводят в режиме дозирования 1 дозы. Иногда, вакцину вводят в режиме дозирования 2 дозы.

Введение первой дозы и второй дозы может быть разделено, приблизительно 0 днем, 1 днем, 2 днями, 5 днями, 7 днями, 14 днями, 21 днем, 30 днями, 2 месяцами, 4 месяцами, 6 месяцами, 9 месяцами, 1 годом, 1,5 годами, 2 годами, 3 годами, 4 годами или более.

Вакцина, описанная в настоящем изобретении, может вводиться каждый 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более лет. Иногда, вакцину, описанную в настоящем изобретении, вводят каждые 2, 3, 4, 5, 6, 7 или более лет. Иногда, вакцину, описанную в настоящем изобретении, вводят каждые 4, 5, 6, 7 или более лет. Иногда, вакцину, описанную в настоящем изобретении, вводят один раз.

Примеры дозировки не являются ограничивающими и используются только для иллюстрации конкретных схем дозирования для введения вакцины, описанной в настоящем изобретении. Эффективное количество для применения у человека можно определить на животных моделях. Например, доза для человека может быть составлена для достижения концентраций в кровотоке, печени, местных и/или желудочно-кишечном тракте, которые, как было обнаружено, эффективны для животных. На основе данных о животных и или типов аналогичных данных, специалисты в данной области могут определить эффективные количества вакцинной композиции, подходящие для человека.

Эффективное количество при упоминании агента или комбинации агентов обычно будет означать диапазоны доз, способы введения, составы и т.д., которые были рекомендованы или одобрены любой из различных регулирующих или консультативных организаций в области медицины или фармацевтики (например, FDA, AMA) или производителем или поставщиком.

В некоторых аспектах, вакцина и набор, описанные в настоящем изобретении, могут храниться при температуре от 2°C до 8°C. В некоторых случаях, вакцина не хранится замороженной. В некоторых случаях, вакцину хранят при температурах, таких как -20°C или -80°C. В некоторых случаях, вакцина хранят вдали от солнечного света.

IX. Наборы

Неоантигенный терапевтический агент, описанный в настоящем изобретении, может быть представлен в форме набора вместе с инструкциями по применению. Обычно набор включает желаемый неоантигенный терапевтический агент в контейнере в стандартной дозированной форме и инструкции по применению. В набор также могут быть включены дополнительные терапевтические агенты, например, цитокины, лимфокины, ингибиторы контрольных точек, антитела. Другие компоненты набора, которые также могут быть желательны, включают, например, стерильный шприц, бустерные дозы и или желаемые эксципиенты.

Наборы и изделия также представлены в настоящем изобретении для использования с одним или несколькими способами, описанными в настоящем изобретении. Наборы могут содержать один или более неоантигенных полипептидов, содержащих один или более неоэпитопов. Наборы также могут содержать нуклеиновые кислоты, которые кодируют один или более пептидов или белков, описанных в настоящем изобретении, антитела, которые распознают один или более пептидов, описанных в настоящем изобретении, или клетки на основе APC, активированные одним или несколькими пептидами, описанными в настоящем изобретении. Наборы могут дополнительно содержать адъюванты, реагенты и буферы, необходимые для создания и доставки вакцин.

Наборы также могут включать носитель, упаковку или контейнер, который разделен на отсеки для размещения одного или более контейнеров, таких как флаконы, пробирки и подобные, где каждый из контейнеров содержит один из отдельных элементов, таких как пептиды и адъюванты, которые будут использоваться в способе, описанном в настоящем изобретении. Подходящие контейнеры включают, например, бутылки, флаконы, шприцы и контрольные пробирки. Контейнеры могут быть изготовлены из различных материалов, таких как стекло или пластик.

Изделия по изобретению содержат упаковочные материалы. Примеры фармацевтических упаковочных материалов включают, но не ограничиваются ими, блистерные упаковки, бутылки, пробирки, пакеты, контейнеры, флаконы и любой упаковочный материал, подходящий для выбранной композиции и предполагаемого способа введения и лечения. Набор обычно включает этикетки с указанием содержимого и/или инструкции по применению, вкладыши в упаковку с инструкциями по применению. Также обычно включается набор инструкций.

Настоящее описание будет описано более подробно с помощью конкретных примеров. Следующие ниже примеры предлагаются в иллюстративных целях и не предназначены для ограничения настоящего раскрытия каким-либо образом. Специалисты в данной области техники легко распознают множество некритических параметров, которые могут быть изменены или модифицированы для получения альтернативных вариантов осуществления согласно настоящему описанию. Все патенты, заявки на патенты и печатные публикации, перечисленные здесь, полностью включены в настоящий документ в качестве ссылки.

ПРИМЕРЫ

Эти примеры представлены только для иллюстративных целей и не ограничивают объем формулы изобретения, представленной в настоящем изобретении.

Пример 1 - Индукция CD4⁺ и CD8⁺ Т-клеточных ответов

In vitro индукцию Т-клеток используют для размножения неоантигенспецифических Т-клеток. Зрелые профессиональные APC готовят для этих исследований следующим образом. Моноциты обогащают из PBMC здорового донора-человека с использованием набора на основе сфер (Miltenyi). Обогащенные клетки высевают в GM-CSF и IL-4 для индуцирования незрелых DC. Обогащенные клетки также можно высевать с использованием FLT-3L и IL-4 для индукции незрелых DC. Через 5 дней, незрелые DC инкубируют при 37°C с объединенными пептидами в за 1 час до добавления коктейля для созревания цитокина (GM-CSF, IL-1β, IL-4, IL-6, TNFα, PGE1β). Коктейль для созревания, в некоторых случаях, может включать FLT-3L, IL-1β, IL-4, IL-6, TNFα, PGE1β. Объединенные пептиды могут включать множество мутаций, с шортмерами и лонгмерами, для размножения CD8⁺ и CD4⁺ Т-клеток, соответственно. Длинные пептиды также могут использоваться для демонстрации возможности стимулировать CD8+ клетки в этих условиях, что также показано на ФИГ. 3C. Клетки инкубируют при 37°C для созревания DC.

После созревания DC, PBMC (в массе или обогащенные Т-клетками) добавляют для созревания дендритных клеток с пролиферацией цитокинов. Отслеживают пептид-специфические Т-клетки в культурах с использованием комбинации функциональных анализов и/или тетрамерного окрашивания. Анализы параллельной иммуногенности с модифицированными и исходными пептидами позволят сравнить относительную эффективность, с которой пептиды размножают пептид-специфические Т-клетки.

Пример 2 - Анализ тетрамерного окрашивания

MHC тетармеры покупают производят на месте и используют для измерения размножения пептид-специфических Т-клеток в анализах иммуногенности. Для оценки, тетрамер добавляют к 1 x 10⁵ клеток в ФРФБ, содержащему 1% ФТС и 0,1% азида натрия (FACS буферу) согласно инструкциям производителя. Клетки инкубируют в темноте в течение 20 минут при комнатной температуре. Антитела, специфические к Т-клеточным маркерам, таким как CD8, затем добавляют до конечной концентрации, предложенной производителем, и клетки инкубируют в темноте при 4°C в течение 20 минут. Клетки промывают холодным буфером FACS и ресуспендируют в буфере, содержащем 1% формальдегида. Клетки получают на приборе FACS Calibur (Becton Dickinson), и анализируют с использованием программы Cellquest (Becton Dickinson). Для анализа положительных к тетрамеру клеток, лимфоцитарные ворота берут из графиков прямого и бокового рассеяния. Данные показывают как долю CD8⁺/тетрамер⁺ клеток.

Пример 3 - Анализ внутриклеточного окрашивания цитокина

При отсутствии стабильного тетерамерного окрашивания для идентификации популяций антигенспецифических Т-клеток, антигенспецифичность может быть установлена с использованием оценки продуцирования цитокина с использованием надежных анализов проточной цитометрии. Коротко, Т-клетки стимулируют пептидом, представляющим интерес, и сравнивают с контролем. После стимулирования, продуцирование цитокинов CD4⁺ Т-клетками (например, IFNγ и TNFα) оценивают внутриклеточным окрашиванием. Эти цитокины, особенно IFNγ, могут применять для идентификации стимулированных клеток. Проводят FACS анализ антигенспецифической индукции IFNγ и TNFα уровней CD4+ клеток здорового донора, стимулированных APC, загруженных с или без мутантного RAS пептида.

Пример 4 - Анализ ELISPOT

Пептидспецифические Т-клетки функционально подсчитывают с использованием анализа ELISPOT (BD Biosciences), в котором измеряют выделение IFNγ из Т-клеток на одноклеточной основе. Клетки-мишени (T2 или HLA-A0201 трансфицированные C1R) активируют 10 мкМ пептидом в течение 1 часа при 37°C и промывают три раза. 1 x 10⁵ активированных пептидом мишеней совместно культивируют в лунках на планшете ELISPOT с разными концентрациями Т-клеток (5 x 10²-2 x 10³), взятых из иммуногенной культуры. Планшеты проявляют согласно протоколу производителя и анализируют на ридере ELISPOT (Cellular Technology Ltd.) с использованием прилагаемой программы. Точки, соответствующие количеству IFNγ-продуцирующих Т-клеток, представлены как абсолютное количество точек на количество высеянных Т-клеток. Т-клетки, размноженные на модифицированных пептидах, тестируют не только на способность распознавать мишени, активированные модифицированным пептидом, но также на их способность распознавать мишени, активированные исходным пептидом. Определяют уровни IFNγ образцов с имитацией трансдукции или трансдуцированных лентивирусным вектором экспрессии, кодирующим мутантный RAS пептид.

Пример 5 - Анализ CD107 окрашивания

CD107a и b экспрессируют на клеточной поверхности CD8⁺ Т-клеток после активации родственным пептидом. Литические гранулы Т-клеток имеют жировой бислой, который содержит лизосомально-ассоциированные мембранные гликопротеины («LAMP»), которые включают молекулы CD107a и b. Когда цитотоксические Т-клетки активированы через Т-клеточный рецептор, мембраны этих литических гранул мобилизуются и сливаются с мембраной плазмы Т-клетки. Содержание гранулы выделяется, и это приводит к смерти клетки-мишени. После слияния мембран гранул с мембраной плазмы, C107a и b проявляются на клеточной поверхности, и поэтому являются маркерами дегранулирования. Так как дегранулирование, измеренное окрашиванием CD107a и b, представлено на одноклеточной основе, анализ используют для функционального подсчета пептидспецифических Т-клеток. Для проведения анализа, пептид добавляют к HLA-A02:01-трансфицированным клеткам C1R до конечной концентрации 20 мкМ, клетки инкубируют в течение 1 часа при 37°C и промывают три раза. 1 x 10⁵ активированных пептидом C1R клеток аликвотируют в пробирки, и антитела, специфические к CD107a и b, добавляют до конечной концентрации, предложенной производителем (Becton Dickinson). Антитела добавляют до добавления Т-клеток для «улавливания» CD107 молекул при их временном появлении на поверхности в курсе анализа. Затем добавляют 1 x 10⁵ Т-клеток из иммуногенной культуры, и образцы инкубируют в течение 4 часов при 37°C. Т-клетки далее окрашивают дополнительными поверхностноклеточными молекулами, такими как CD8, и получают на инструменте FACS Calibur (Becton Dickinson). Данные анализируют с использованием прилагаемой программы Cellquest, и результаты показывают как долю CD8⁺/CD107a и b⁺ клеток.

Пример 6 - Цитотоксические анализы

Цитотоксическую активность измеряют с использованием анализа выделения хрома. Целевые T2 клетки метят в течение 1 часа при 37°C с Na⁵¹Cr, и промытые 5 x 10³ целевые T2 клетки затем добавляют к разным количествам Т-клеток из иммуногенной культуры. Выделение хрома измеряют в супернатанте, собранном через 4 часа инкубирования при 37°C. Долю специфического лизиса рассчитывают как: Экспериментальное выделение-спонтанное выделение/Общее выделение-спонтанное выделение x 100.

Цитотоксическую активность измеряют определением расщепленной Каспазы 3 в клетках-мишенях проточной цитометрией. Конструируют целевые раковые клетки, экспрессирующие мутантный пептид вместе с нужной MHC-I аллелем. Клетки-мишени с имитацией трансдукции (т.е. не экспрессирующие мутантный пептид) используют в качестве отрицательного контроля. Клетки метят CFSE для отделения их от стимулированных PBMC, применяемых в качестве эффекторных клеток. Целевые и эффекторные клетки совместно культивируют в течение 6 часов перед сбором. Внутриклеточное окрашивание проводят для определения расщепленной формы Каспазы 3 в CFSE-положительных целевых раковых клетках. Долю специфического лизиса рассчитывают как: Экспериментальное расщепление Каспазы 3/спонтанное расщепление Каспазы 3 (измеренное в отсутствие экспрессии мутантного пептида) x 100.

В некоторых примерах, цитотоксическое действие оценивают совместным культивированием Т-клеток, экспрессирующих TCR, специфический к мутантному RAS пептиду, на определенных HLA, с трансдуцированными мутантным RAS пептидом раковыми клетками мишенями, экспрессирующими соответствующую HLA, и определение относительного роста клеток-мишеней, вместе со специфическим измерением маркера апоптоза Аннексином V в целевых раковых клетках. Конструируют целевые раковые клетки, экспрессирующие мутантный пептид вместе с нужной MHC-I аллелем. Клетки-мишени с имитацией трансдукции (т.е. не экспрессирующие мутантный пептид) используют в качестве отрицательного контроля. Клетки также трансдуцируют для стабильной экспрессии GFP, позволяющего отслеживать рост клеток-мишеней. PBMC от здоровых доноров, применяемые в качестве эффекторных клеток, трансдуцируют для экспрессии TCR, специфического к мутантному RAS пептиду. Клетки с имитацией трансдукции используют в качестве отрицательного контроля. Клетки-мишени совместно культивируют с разными количествами эффекторных клеток в течение 72 ч в среде, содержащей реагент определения Аннексин V. Сигнал GFP и сигнал Аннексина-V измеряют с течение времени на аппарате IncuCyte S3. Сигнал Аннексин V от эффекторных клеток отфильтровывают разделением по размеру. Рост и гибель клеток-мишеней выражают как площадь GFP и Аннексина-V (мм²) во времени, соответственно.

Пример 7 - Усиленные CD8⁺ Т-клеточные ответы in vivo с использованием лонгмеров и шортмеров последовательно

Вакцинация лонгмерными пептидами может вызвать и CD4⁺ и CD8⁺ Т-клеточные ответы, в зависимости от процессирования и презентирования пептидов. Вакцинация минимальными шортмерными эпитопами сфокусирована на создании CD8⁺ Т-клеточных ответов, но не требует пептидного процессирования перед антигенным презентированием. Как таковая, любая клетка может легко презентировать эпитоп, а не только профессиональные антигенпрезентирующие клетки (APC). Это может привести к резистентности Т-клетки, которая контактирует со здоровыми клетками, презентирующими антигены как часть периферической резистентности. Для избежания этого, исходная иммунизация лонгмерами позволяет примирование CD8⁺ Т-клеток только APC, которые могут процессировать и презентировать пептиды. Последующие иммунизации усиливают исходные CD8⁺ Т-клеточные ответы.

In vivo анализы иммуногенности

Девятнадцать самок мышей C57BL/6 в возрасте 8-12 недель (Taconic Biosciences) произвольно и планово распределяют по группам лечения по прибытии. Животных акклиматизируют в течение трех (3) дней до начала исследования. Животных держат на LabDiet™ 5053 стерильном корме для грызунов, и стерильную воду предоставляют ad libitum. Животные в группе 1 служат в качестве контроля с вакцинацией только адъювантом, и им вводят только полиинозиновую:полицитидиновую кислоту (полиI:C) в дозе 100 мкг в объеме 0,1 мл вводят подкожной инъекцией (п.к.) в дни 0, 7 и 14. Животным в группе 2 вводят 50 мкг каждого шесть лонгмерных пептидов (описанных ниже) вместе с полиI:C в дозе 100 мкг п.к. в объеме 0,1 мл в дни 0, 7 и 14. Животным в группе 3 вводят 50 мкг каждого шесть лонгмерных пептидов (описанных ниже) вместе с полиI:C в дозе 100 мкг п.к. в объеме 0,1 мл в день 0 и совпадающие по молярности эквиваленты соответствующих шортмерных пептидов (описанных ниже) вместе с полиI:C в дозе 100 мкг п.к. в объеме 0,1 мл в дни 7 и 14. Животных взвешивают и ежедневно отслеживают общее состояние здоровья. Животных умерщвляют сверхдозой CO2 по завершении исследования на 21 день, если животное теряет >30% массы тела по сравнению с массой в 0 день; или если животное находится при смерти. После умерщвления селезенки собирают и перерабатывают в одноклеточные суспензии с использованием стандартных протоколов. Коротко, селезенки механически разрушают через 70 мкМ фильтр, пеллетируют и лизируют с ACK лизисным буфером (Sigma) до ресуспендирования в среде для культивирования клеток.

Пептиды

Шесть ранее идентифицированных неоантигенов мышей используют на основе продемонстрированной ими способности вызывать CD8⁺ Т-клеточные ответы. Для каждого неоантигена были определены шортмеры (8-11 аминокислот), соответствующие минимальному эпитопу. Примеряют лонгмеры, соответствующие 20-27 аминокислотам, окружающим мутацию.

ELISPOT

ELISPOT анализ (Mouse IFNγ ELISPOT Reasy-SET-Go; EBioscience) проводят согласно протоколу набора. Коротко, за день до анализа, 96-луночные фильтровальные планшеты (гидрофобная PVDF мембрана с размером пор 0,45 мкм; EMD Millipore) активируют (35% EtOH), промывают (ФРФБ) и покрывают уловленным антителом (1:250; 4°C O/N). В день анализа, лунки промывают и блокируют (среда; 2 часа при 37°C). Приблизительно 2x1052 x 10⁵ клеток в 100 мкл добавляют в лунки вместе со 100 мкл 10 мМ объединенного тестируемого пептида (шортмерами) или ПМА/йономициновым положительным контрольным антигеном или носителем. Клетки инкубируют с антигеном в течение ночи (16-18 часов) при 37°C. На следующий день клеточную суспензию вынимают, и лунки промывают один раз ФРФБ и два раза деионизированной водой. Для всех стадий промывки до конца анализа, лункам позволяют пропитаться в течение 3 минут на каждой стадии промывки. Затем лунки промывают три раза промывочным буфером (ФРФБ+0,05% Tween-20), и определяющее антитело (1:250) добавляют во все лунки. Планшеты инкубируют в течение двух часов при комнатной температуре. Раствор определяющего антитела вынимают, и лунки промывают три раза промывочным буфером. Авидин-HRP (1:250) добавляют во все лунки, и планшеты инкубируют в течение одного часа при комнатной температуре. Раствор конъюгата вынимают, и лунки промывают три раза промывочным буфером, затем один раз ФРФБ. Субстрат (3-амино-9-этилкарбазол, 0,1 M ацетатный буфер, H₂O₂) добавляют во все лунки, и отслеживают развитие пятна (приблизительно 10 минут). Реакцию субстрата останавливают промыванием лунок водой, и планшеты сушат на воздухе в течение ночи. Планшеты анализируют на ридере ELISPOT (Cellular Technology Ltd.) с использованием прилагаемой программы. Пятна, соответствующие количеству IFNγ-продуцирующих Т-клеток, показывают как абсолютное количество пятен на количество высеянных Т-клеток.

Пример 8 - Определение мутантных RAS пептидов массовой спектрометрией

293Т-клетки трансдуцируют лентивирусным вектором, кодирующим разные области мутантного RAS пептида. Культивируют 43 миллиона трансдуцированных клеток, экспрессирующих пептиды, кодированные мутантный RAS пептид, и пептиды элюируют из комплексов HLA-пептид с использованием кислой промывки. Элюированные пептиды затем анализируют МС/МС. Для 293Т-клеток, экспрессирующих HLA-A11:01 белок, пептид VVVGACGVGK (SEQ ID NO: 2274)определяют масс спектрометрией (ФИГ. 2). Для 293Т-клеток, экспрессирующих HLA-A11:01 белок, пептиды VVVGAVGVGK (SEQ ID NO: 2275) и VVGAVGVGK (SEQ ID NO: 2276) определяют масс спектрометрией (ФИГ. 2).

Пример 9 - Мутантные KRAS пептиды продуцируют сильные эпитопы на множестве аллелей.

Множество пептидов, содержащих неоэпитопы из таблицы ниже, экспрессируют и загружают в антигенпрезентирующие клетки (APC). Затем проводят масс спектрометрию, и определяют аффинность неоэпитопов для указанных HLA аллелей и стабильность неоэпитопов с HLA аллелями.

Пример 10 - Множество неоэпитопов вызывают CD8+ Т-клеточные ответы

Образцы PBMC от донора-человека используют для проведения индукции антигенспецифических Т-клеток. Индукцию CD8⁺ Т-клеток анализируют после производства Т-клеток. Образцы клеток могут быть взяты в разное время для анализа. пМНС мультимеры используют для отслеживания доли антигенспецифических CD8⁺ Т-клеток в индукционных культурах. На Фиг. 3A-C изображены типовые результаты, показывающие долю антигенспецифических CD8⁺Т-клеток, индуцированных RAS G12V, RAS G12 C и RAS G12D мутантным пептидом. Длинные пептиды также используют для демонстрации возможности стимулировать CD8+ клетки, как показано на ФИГ. 3C.

Ген HLA Аллель SEQ ID NO: Пептидная последовательность Длина пептида Измеренная аффинность (нМ) Измеренная стабильность (ч) KRAS, G12C A02.01 2277 LVVVGACGV 9 667,1 0,6 KRAS, G12C A02.01 2278 KLVVVGACGV 10 70,3 1,0 KRAS, G12D A02.01 2279 LVVVGADGV 9 977,4 0,0 KRAS, G12D A02.01 2280 KLVVVGADGV 10 137,7 0,9 KRAS, G12V A02.01 2281 LVVVGAVGV 9 682,5 0,6 KRAS, G12V A02.01 2282 KLVVVGAVGV 10 57,6 0,9 KRAS, G12C A03.01 2283 VVGACGVGK 9 4,1 5,0 KRAS, G12C A03.01 2284 VVVGACGVGK 10 1,6 2,5 KRAS, G12D A03.01 2285 VVGADGVGK 9 518,7 NB KRAS, G12D A03.01 2286 VVVGADGVGK 10 314,9 2,3 KRAS, G12V A03.01 2287 VVGAVGVGK 9 1,9 1,2 KRAS, G12V A03.01 2288 VVVGAVGVGK 10 44,2 6,7 KRAS, G12C A11.01 2289 VVGACGVGK 9 43,2 10,0 KRAS, G12C A11.01 2290 VVVGACGVGK 10 69,3 15,7 KRAS, G12D A11.01 2291 VVGADGVGK 9 203,9 3,4 KRAS, G12D A11.01 2292 VVVGADGVGK 10 33,1 13,0 KRAS, G12V A11.01 2293 VVGAVGVGK 9 7,7 16,9 KRAS, G12V A11.01 2294 VVVGAVGVGK 10 26,1 24,3

Пример 11 - Анализ цитотоксичности индуцированных Т-клеток

Анализ цитотоксичности используют для того, чтобы оценить способность индуцированных Т-клеточных культур уничтожать антигенэкспрессирующие опухолевые линии. В этом примере, экспрессия активной каспазы 3 на живых и мертвых опухолевых клетках измеряют для количественной оценки ранней смерти клеток и мертвых опухолевых клеток. На ФИГ. 4B, индуцированные CD8⁺ ответы способны уничтожать антигенэкспрессирующие опухолевые мишени. Показана доля живых каспаза-A положительных клеток-мишеней образцов с имитированной трансдукцией или трансдуцированных лентивирусным вектором экспрессии, кодирующим мутантный RAS пептид.

Пример 12 - Мутантные KRAS пептидные стаблемеры продуцируют сильные эпитопы на множестве аллелей

Множество пептидов, содержащих неоэпитопы из таблицы ниже, экспрессируют или загружают в антигенпрезентирующие клетки (APC). Затем проводят масс спектрометрию и определяют аффинность неоэпитопов для указанных HLA аллелей и стабильность неоэпитопов HLA аллелей.

Ген Класс HLA Аллель SEQ ID NO: Пептидная последовательность Прогнозируемая аффинность (нМ) Измеренная аффинность (нМ) Измеренная стабильность (ч) KRAS, G12C Неоэпитоп A02.01 2295 KLVVVGACGV 203,6 70,3 1,0 KRAS, G12C Аффинность Улучш. A02.01 2296 FLVVVGACGL 181,8 69,4 1,4 KRAS, G12C Аффинность Улучш. A02.01 2297 FMVVVGACGI 173,8 17,0 1,0 KRAS, G12C Аффинность Улучш. A02.01 2298 FLVVVGACGI 194,9 27,8 1,4 KRAS, G12C Аффинность Улучш. A02.01 2299 FMVVVGACGV 53,2 1,1 5,4 KRAS, G12C Аффинность Улучш. A02.01 2300 FLVVVGACGV 61,6 4,2 7,4 KRAS, G12C Аффинность Улучш. A02.01 2301 MLVVVGACGV 117,7 18,2 1,7 KRAS, G12C Аффинность Улучш. A02.01 2302 FMVVVGACGL 167,3 85,3 0,9 KRAS, G12C Аффинность Улучш. A02.01 2303 YLVVVGACGV 80,7 3,9 9,3 KRAS, G12C Аффинность Улучш. A02.01 2304 KMVVVGACGV 189,3 11,9 3,8 KRAS, G12C Аффинность Улучш. A02.01 2305 YMVVVGACGV 70,1 7,0 6,4 KRAS, G12C Аффинность Улучш. A02.01 2306 MMVVVGACGV 95,8 18,9 2,1

--->

СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> NEON THERAPEUTICS, INC.

<120> НЕОАНТИГЕНЫ И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ

<130> 50401-730.601

<140>PCT/US2019/038019

<141>2019-06-19

<150> 62/800,735

<151> 2019-02-04

<150> 62/687,188

<151> 2018-06-19

<160> 2567

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 1

Lys Leu Val Val Val Gly Ala Asp Gly Val

1 5 10

<210> 2

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 2

Lys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Val

1 5 10

<210> 3

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 3

Lys Leu Val Val Val Gly Ala Val Gly Val

1 5 10

<210> 4

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 4

Leu Val Val Val Gly Ala Asp Gly Val

1 5

<210> 5

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 5

Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Val

1 5

<210> 6

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 6

Leu Val Val Val Gly Ala Val Gly Val

1 5

<210> 7

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 7

Gly Ala Asp Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5 10

<210> 8

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 8

Gly Ala Cys Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5 10

<210> 9

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 9

Gly Ala Val Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5 10

<210> 10

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 10

Gly Ala Asp Gly Val Gly Lys Ser Ala

1 5

<210> 11

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 11

Gly Ala Cys Gly Val Gly Lys Ser Ala

1 5

<210> 12

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 12

Gly Ala Val Gly Val Gly Lys Ser Ala

1 5

<210> 13

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 13

Val Val Gly Ala Asp Gly Val Gly Lys

1 5

<210> 14

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 14

Val Val Gly Ala Cys Gly Val Gly Lys

1 5

<210> 15

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 15

Val Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lys

1 5

<210> 16

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 16

Val Val Val Gly Ala Asp Gly Val Gly Lys

1 5 10

<210> 17

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 17

Val Val Val Gly Ala Cys Gly Val Gly Lys

1 5 10

<210> 18

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 18

Val Val Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lys

1 5 10

<210> 19

<211> 15

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<220>

<221> MOD_RES

<222> (8)..(8)

<223> Asp, Val, Cys, Ala, Arg или Ser

<400> 19

Lys Leu Val Val Val Gly Ala Xaa Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5 10 15

<210> 20

<211> 19

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 20

Lys Leu Val Val Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu Thr

1 5 10 15

Ile Gln Leu

<210> 21

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<220>

<221> MOD_RES

<222> (1)..(1)

<223> Любая аминокислота за исключением Ala

<220>

<221> MOD_RES

<222> (2)..(2)

<223> Любая аминокислота за исключением Glu

<220>

<221> MOD_RES

<222> (8)..(8)

<223> Asp, Val, Cys, Ala, Arg или Ser

<220>

<221> MOD_RES

<222> (10)..(10)

<223> Любая аминокислота

<220>

<223> См. описание, поданное для подробного описания

замещений и предпочтительных вариантов осуществления

<400> 21

Xaa Xaa Val Val Val Gly Ala Xaa Gly Xaa

1 5 10

<210> 22

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 22

Asp Thr Ala Gly His Glu Glu Tyr

1 5

<210> 23

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 23

Thr Ala Gly His Glu Glu Tyr Ser Ala Met

1 5 10

<210> 24

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 24

Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly His Glu

1 5

<210> 25

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 25

Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly His

1 5

<210> 26

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 26

Ile Leu Asp Thr Ala Gly His Glu Glu

1 5

<210> 27

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 27

Ile Leu Asp Thr Ala Gly His Glu

1 5

<210> 28

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 28

Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly His Glu Glu Tyr

1 5 10

<210> 29

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 29

Asp Thr Ala Gly His Glu Glu Tyr Ser

1 5

<210> 30

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 30

Leu Leu Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly His

1 5 10

<210> 31

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 31

Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Arg Glu

1 5

<210> 32

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 32

Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Arg

1 5

<210> 33

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 33

Ile Leu Asp Thr Ala Gly Arg Glu Glu

1 5

<210> 34

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 34

Ile Leu Asp Thr Ala Gly Arg Glu

1 5

<210> 35

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 35

Cys Leu Leu Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Arg

1 5 10

<210> 36

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 36

Thr Ala Gly Arg Glu Glu Tyr Ser Ala Met

1 5 10

<210> 37

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 37

Arg Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg Asp

1 5

<210> 38

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 38

Asp Thr Ala Gly Lys Glu Glu Tyr Ser Ala Met

1 5 10

<210> 39

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 39

Cys Leu Leu Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Lys

1 5 10

<210> 40

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 40

Asp Thr Ala Gly Lys Glu Glu Tyr

1 5

<210> 41

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 41

Leu Leu Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Lys

1 5 10

<210> 42

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 42

Ile Leu Asp Thr Ala Gly Lys Glu

1 5

<210> 43

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 43

Ile Leu Asp Thr Ala Gly Lys Glu Glu

1 5

<210> 44

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 44

Asp Thr Ala Gly Leu Glu Glu Tyr

1 5

<210> 45

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 45

Ile Leu Asp Thr Ala Gly Leu Glu

1 5

<210> 46

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 46

Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Leu

1 5

<210> 47

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 47

Ile Leu Asp Thr Ala Gly Leu Glu Glu

1 5

<210> 48

<211> 12

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 48

Gly Leu Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg Asp Gln Tyr

1 5 10

<210> 49

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 49

Leu Leu Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Leu Glu

1 5 10

<210> 50

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 50

Leu Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Leu

1 5

<210> 51

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 51

Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Leu Glu

1 5

<210> 52

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 52

Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Leu Glu Glu Tyr

1 5 10

<210> 53

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 53

Ala Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 54

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 54

Gly Ala Ala Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5 10

<210> 55

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 55

Ala Ala Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 56

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 56

Cys Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 57

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 57

Ala Cys Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 58

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 58

Asp Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 59

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 59

Ala Asp Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 60

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 60

Asp Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu Thr Ile

1 5 10

<210> 61

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 61

Gly Ala Arg Gly Val Gly Lys Ser Ala

1 5

<210> 62

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 62

Lys Leu Val Val Val Gly Ala Arg Gly Val

1 5 10

<210> 63

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 63

Val Val Val Gly Ala Arg Gly Val

1 5

<210> 64

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 64

Ser Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 65

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 65

Val Val Val Gly Ala Ser Gly Val Gly Lys

1 5 10

<210> 66

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 66

Gly Ala Ser Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5 10

<210> 67

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 67

Val Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 68

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 68

Val Val Val Gly Ala Gly Cys Val Gly Lys

1 5 10

<210> 69

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 69

Lys Leu Val Val Val Gly Ala Gly Cys

1 5

<210> 70

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 70

Gly Asp Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 71

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 71

Asp Val Gly Lys Ser Ala Leu Thr Ile

1 5

<210> 72

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 72

Val Val Val Gly Ala Gly Asp Val Gly Lys

1 5 10

<210> 73

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 73

Thr Ala Gly Lys Glu Glu Tyr Ser Ala Met

1 5 10

<210> 74

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 74

Asp Thr Ala Gly His Glu Glu Tyr Ser Ala Met

1 5 10

<210> 75

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 75

Thr Ala Gly His Glu Glu Tyr Ser Ala

1 5

<210> 76

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 76

Asp Thr Ala Gly Arg Glu Glu Tyr Ser Ala Met

1 5 10

<210> 77

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 77

Thr Ala Gly Lys Glu Glu Tyr Ser Ala

1 5

<210> 78

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 78

Ala Ala Gly Val Gly Lys Ser Ala

1 5

<210> 79

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 79

Ala Gly Cys Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 80

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 80

Ala Gly Asp Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 81

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 81

Ala Gly Lys Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg

1 5 10

<210> 82

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 82

Ala Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu Thr Ile

1 5 10

<210> 83

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 83

Ala Arg Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 84

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 84

Ala Ser Gly Val Gly Lys Ser Ala

1 5

<210> 85

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 85

Ala Ser Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 86

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 86

Ala Val Gly Val Gly Lys Ser Ala

1 5

<210> 87

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 87

Cys Val Gly Lys Ser Ala Leu Thr Ile

1 5

<210> 88

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 88

Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Lys

1 5

<210> 89

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 89

Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Arg Glu Glu Tyr

1 5 10

<210> 90

<211> 12

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 90

Asp Thr Ala Gly His Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg

1 5 10

<210> 91

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 91

Asp Thr Ala Gly Lys Glu Glu Tyr Ser

1 5

<210> 92

<211> 12

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 92

Asp Thr Ala Gly Lys Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg

1 5 10

<210> 93

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 93

Asp Thr Ala Gly Leu Glu Glu Tyr Ser

1 5

<210> 94

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 94

Asp Thr Ala Gly Leu Glu Glu Tyr Ser Ala

1 5 10

<210> 95

<211> 12

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 95

Asp Thr Ala Gly Leu Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg

1 5 10

<210> 96

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 96

Asp Thr Ala Gly Arg Glu Glu Tyr Ser

1 5

<210> 97

<211> 12

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 97

Asp Thr Ala Gly Arg Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg

1 5 10

<210> 98

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 98

Gly Ala Ala Gly Val Gly Lys Ser Ala

1 5

<210> 99

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 99

Gly Ala Cys Gly Val Gly Lys Ser Ala

1 5

<210> 100

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 100

Gly Ala Cys Gly Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5 10

<210> 101

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 101

Gly Ala Asp Gly Val Gly Lys Ser

1 5

<210> 102

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 102

Gly Ala Gly Asp Val Gly Lys Ser Ala

1 5

<210> 103

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 103

Gly Ala Gly Asp Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5 10

<210> 104

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 104

Gly Ala Ser Gly Val Gly Lys Ser Ala

1 5

<210> 105

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 105

Gly Cys Val Gly Lys Ser Ala Leu

1 5

<210> 106

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 106

Gly Cys Val Gly Lys Ser Ala Leu Thr Ile

1 5 10

<210> 107

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 107

Gly His Glu Glu Tyr Ser Ala Met

1 5

<210> 108

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 108

Gly Lys Glu Glu Tyr Ser Ala Met

1 5

<210> 109

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 109

Gly Leu Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg

1 5

<210> 110

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 110

Gly Arg Glu Glu Tyr Ser Ala Met

1 5

<210> 111

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 111

Gly Arg Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg

1 5

<210> 112

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 112

His Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg Asp

1 5

<210> 113

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 113

Lys Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg Asp

1 5

<210> 114

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 114

Lys Leu Val Val Val Gly Ala Ser Gly

1 5

<210> 115

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 115

Leu Asp Ile Leu Asp Thr Ala Gly Arg

1 5

<210> 116

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 116

Leu Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg Asp

1 5

<210> 117

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 117

Leu Val Val Val Gly Ala Arg Gly Val

1 5

<210> 118

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 118

Leu Val Val Val Gly Ala Ser Gly Val

1 5

<210> 119

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид

<400> 119

Arg Glu Glu Tyr Ser Ala Met Arg Asp Gln Tyr

1 5 10

<210> 120

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Описание искусственной последовательности: синтетический

пептид