ДИФФЕРЕНЦИРУЮЩИЙ И СПЕЦИФИЧЕСКИЙ ОЛИГОНУКЛЕОТИДЫ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДНК ИНФЕКЦИОННЫХ АГЕНТОВ В БИОЛОГИЧЕСКИХ МАТЕРИАЛАХ, СПОСОБ ВИДОВОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ ИНФЕКЦИОННЫХ АГЕНТОВ, БИОЧИП И НАБОР ДЛЯ ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ ЭТОГО СПОСОБА Российский патент 2009 года по МПК C12N15/11 C12Q1/68 

Описание патента на изобретение RU2348695C2

Текст описания приведен в факсимильном виде.

Похожие патенты RU2348695C2

название год авторы номер документа
НАБОР ДИФФЕРЕНЦИРУЮЩИХ И СПЕЦИФИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ДНК ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ОСТРЫХ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ, СПОСОБ ИДЕНТИФИКАЦИИ ОКИ, МИКРОЧИП И ДИАГНОСТИЧЕСКАЯ СИСТЕМА ДЛЯ ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ СПОСОБА 2010
  • Грановский Игорь Эдуардович
  • Айвазян Сона Робертовна
  • Прусакова Ольга Вадимовна
  • Афанасьева Гайда Владиславовна
  • Малов Валерий Анатольевич
  • Белецкий Игорь Петрович
RU2509804C2
ДИФФЕРЕНЦИРУЮЩИЙ И СПЕЦИФИЧЕСКИЙ ОЛИГОНУКЛЕОТИДЫ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДНК ТРАНСГЕННЫХ РАСТЕНИЙ В ПИЩЕВЫХ ПРОДУКТАХ, СПОСОБ ИДЕНТИФИКАЦИИ ТРАНСГЕННЫХ ПРОДУКТОВ, БИОЧИП, КОМБИНАЦИЯ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ (ВАРИАНТЫ) И НАБОР ДЛЯ ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ ЭТОГО СПОСОБА 2007
  • Грановский Игорь Эдуардович
  • Белецкий Игорь Петрович
  • Шляпникова Елена Андреевна
  • Шляпников Юрий Михайлович
  • Гаврюшкин Александр Владимирович
  • Бирюков Сергей Владимирович
RU2453605C2
Набор синтетических олигонуклеотидов для количественного определения ДНК Ureaplasma parvum, Ureaplasma urealyticum и Mycoplasma hominis в слизистой оболочке влагалища 2017
  • Коновалов Андрей Сергеевич
  • Дьяков Леонид Максимович
RU2663453C1
СПОСОБ ТАРГЕТНОЙ АМПЛИФИКАЦИИ ГЕНОМОВ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ИНФЕКЦИЙ ОРГАНОВ РЕПРОДУКЦИИ ЧЕЛОВЕКА С ЦЕЛЬЮ ОДНОВРЕМЕННОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ С НАБОРОМ ПРАЙМЕРОВ 2015
  • Кубанов Алексей Алексеевич
  • Рунина Анастасия Владимировна
  • Образцова Ольга Анатольевна
  • Рог Кирилл Владимирович
  • Плахова Ксения Ильинична
  • Лейнсоо Арво Тоомасович
  • Шаскольский Борис Леонидович
  • Дементьева Екатерина Игоревна
  • Грядунов Дмитрий Александрович
RU2625006C1
Набор синтетических олигонуклеотидов для количественного определения ДНК возбудителей вульвовагинального кандидоза в слизистой оболочке влагалища 2017
  • Коновалов Андрей Сергеевич
  • Дьяков Леонид Максимович
RU2663454C1
СПОСОБ ИЗГОТОВЛЕНИЯ МНОГОФУНКЦИОНАЛЬНОГО МУЛЬТИЧИПА, МУЛЬТИЧИП ДЛЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОГО ИЛИ ПАРАЛЛЕЛЬНОГО СКРИНИНГА БИОПОЛИМЕРОВ, СПОСОБ АНАЛИЗА БИОПОЛИМЕРОВ И НАБОР ДЛЯ ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ СПОСОБА 2006
  • Гаврюшкин Александр Владимирович
  • Шляпников Юрий Михайлович
  • Бирюков Сергей Владимирович
  • Шляпникова Елена Андреевна
  • Белецкий Игорь Петрович
  • Грановский Игорь Эдуардович
RU2321638C2
ДНК-ЧИП ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ДЕТЕРМИНАНТ АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНОСТИ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ИНФЕКЦИЙ, ПРИВОДЯЩИХ К НАРУШЕНИЮ РЕПРОДУКТИВНЫХ ФУНКЦИЙ ЧЕЛОВЕКА, НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ИММОБИЛИЗАЦИИ НА ДНК-ЧИПЕ 2016
  • Кубанов Алексей Алексеевич
  • Дерябин Дмитрий Геннадьевич
  • Соломка Виктория Сергеевна
  • Плахова Ксения Ильинична
  • Образцова Ольга Анатольевна
  • Рунина Анастасия Владимировна
  • Шпилевая Марина Валентиновна
  • Честков Александр Викторович
  • Лейнсоо Арво Тоомасович
  • Шаскольский Борис Леонидович
  • Дементьева Екатерина Игоревна
  • Грядунов Дмитрий Александрович
RU2685188C2
Способ обратной транскрипции, совмещенный с мультиплексной ПЦР для видеоспецифической идентификации возбудителей бактериальной, и вирусной пневмонии человека с иммобилизованными праймерами и биологический микрочип для его осуществления 2021
  • Лапа Сергей Анатольевич
  • Мифтахов Ринат Азатович
  • Суржиков Сергей Алексеевич
  • Чудинов Александр Васильевич
RU2784653C1
Тест-система и способ обнаружения специфических фрагментов нуклеиновых кислот 16 патогенов с использованием изотермической реакции амплификации 2023
  • Кошель Елена Ивановна
  • Рубель Мария Сергеевна
  • Березовская Мария Юрьевна
  • Бобков Глеб Алексеевич
  • Юдин Сергей Михайлович
  • Кескинов Антон Артурович
  • Макаров Валентин Владимирович
  • Бочкаева Занда Владимировна
RU2810751C1
ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЙ БИОЧИП ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ДЕТЕРМИНАНТ РЕЗИСТЕНТНОСТИ Neisseria gonorrhoeae К АНТИМИКРОБНЫМ ПРЕПАРАТАМ, НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ДЛЯ ИММОБИЛИЗАЦИИ НА БИОЧИПЕ 2016
  • Кубанов Алексей Алексеевич
  • Соломка Виктория Сергеевна
  • Честков Александр Викторович
  • Плахова Ксения Ильинична
  • Дерябин Дмитрий Геннадьевич
  • Лейнсоо Арво Тоомасович
  • Шаскольский Борис Леонидович
  • Дементьева Екатерина Игоревна
  • Грядунов Дмитрий Александрович
RU2636457C2

Иллюстрации к изобретению RU 2 348 695 C2

Реферат патента 2009 года ДИФФЕРЕНЦИРУЮЩИЙ И СПЕЦИФИЧЕСКИЙ ОЛИГОНУКЛЕОТИДЫ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДНК ИНФЕКЦИОННЫХ АГЕНТОВ В БИОЛОГИЧЕСКИХ МАТЕРИАЛАХ, СПОСОБ ВИДОВОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ ИНФЕКЦИОННЫХ АГЕНТОВ, БИОЧИП И НАБОР ДЛЯ ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ ЭТОГО СПОСОБА

Изобретение относится к области микробиологии, вирусологии и молекулярной биологии и может быть использовано в медицине. В способе видовой идентификации инфекционных агентов проводят мультиплексную полимеразную цепную реакцию в присутствии специфических олигонуклеотидов в качестве праймеров с последующей гибридизацией ПЦР-продуктов с дифференцирующими олигонуклеотидами на микрочипе и определяют урогенитальную инфекцию по наличию гибридизационных комплексов. Отдельные специфические олигонуклеотиды и дифференцирующие олигонуклеотиды формируют композиции для идентификации Human herpesvirus 5, Human herpesvirus 4, herpesvirus 1 и/или Human herpesvirus 2, Human Streptococcus agalactiae и/или Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Gardnerella vaginalis, Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium, Candida albicans, Ureaplasma urealyticum и/или Ureaplasma parvum, Trichomonas vaginalis, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis. Указанные специфические олигонуклеотиды и микрочип с дифференцирующими олигонуклеотидами входят в набор для видовой идентификации урогенитальной инфекции. Предложенное изобретение позволяет ускорить проведение анализа урогенитальной инфекции и повысить его точность. 18 н. и 31 з.п. ф-лы, 15 ил., 4 табл.

Формула изобретения RU 2 348 695 C2

1. Способ идентификации урогенитальной инфекции, включающий обеспечение образца ДНК, одного или более инфекционных агентов в урогенитальной области, прямых и обратных праймеров, специфичных к ДНК, и биологического микрочипа, проведение ПЦР в присутствии образца ДНК, инкубацию ПЦР-продукта с дифференцирующими олигонуклеотидами, иммобилизованными на поверхности биологического микрочипа, в условиях гибридизации, определение урогенитальной инфекции детекцией образованных гибридизационных комплексов на микрочипе, отличающийся тем, что биологический микрочип содержит дифференцирующие олигонуклеотиды с последовательностями, представленными в SEQ ID NO:59-87, в качестве специфичных праймеров используют праймеры, последовательность которых выбирают из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-58, в качестве ПЦР используют мультипраймерную ассиметричную ПЦР, причем, в паре прямого и обратного праймеров один праймер содержит метку, которую после гибридизации ДНК детектируют, регистрируют и используют для идентификации инфекционных агентов в урогенитальной области.2. Способ по п.1, отличающийся тем, что проводят детекцию образцов на наличие в них, по крайней мере, одной ДНК, принадлежащей гену, входящему в перечень патогенных организмов приведенных в таблице 1.3. Способ по п.1, отличающийся тем, что образец исследуемой ДНК выделяют, по крайней мере, из одного образца биологического материала человека, входящего в группу, состоящую из крови, биопсийного материала, слюны, слезных выделений, мочи, бронхо-авеолярного лаважа, ликвора или их комбинаций.4. Способ по п.1, где биологический микрочип получают модификацией несущей поверхности микрочипа и иммобилизацией на нее дифференциальных олигонуклеотидов.5. Способ по п.1, отличающийся тем, что модификацию поверхности несущего элемента микрочипа осуществляют с применением раствора 3-аминопропилтриэтоксисилана.6. Способ по п.1, где гибридизацию проводят при температуре от 35 до 50°С в буфере, содержащем от 0,5 × до 5 × SSC; 0,1% SDS; до 25% формамида и/или до 10 мМ ЭДТА.7. Способ по п.1, отличающийся тем, что определяемую метку выбирают из группы, состоящей из каталитических, лигандных, флуоресцентных или радиоактивных молекул.8. Способ по п.7, отличающийся тем, что каталитическую молекулу выбирают из группы, включающей гемин, цианкобаламин или флавин.9. Способ по п.7, отличающийся тем, что лигандная молекула выбрана из группы, включающей биотин, диоксигенин или динитробензол.10. Способ по п.7, отличающийся тем, что флуоресцентная молекула выбрана из группы, включающей FAM, TAMRA, Cy3, Cy5, Cy7, R6G, R110, ROX или JOE.11. Способ по п.1, отличающийся тем, что детектирование и/или идентификацию инфекционных агентов осуществляют путем сравнительного анализа уровня сигналов исследуемого образца, положительного и отрицательного контролей.12. Специфический олигонуклеотид для использования в способе идентификации урогенитальной инфекции по пп.1-11, который выбирают в качестве праймера ассиметричной мультипраймерной ПЦР и который характеризуется нуклеотидной последовательностью, выбранной из последовательностей, представленных в SEQ ID NO:1-58.13. Дифференцирующий олигонуклеотид, в качестве зонда для видовой идентификации инфекционного агента для использования в способе идентификации урогенитальной инфекции по пп.1-11, который характеризуется нуклеотидной последовательностью, выбранной из последовательностей, представленных в SEQ ID NO:59-87.14. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Chlamydia trachomatis, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:59 и SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:2 либо SEQ ID NO:60 и SEQ ID NO:3 и SEQ ID NO:4.15. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Neisseria gonorrhoeae, отличающаяся тем, включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:61 и SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:6, либо SEQ ID NO:62 и SEQ ID NO:7 и SEQ ID NO:84, либо SEQ ID NO:63 и SEQ ID NO:9 и SEQ ID NO:10.16. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Trichomonas vaginalis, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:64 и SEQ ID NO:11 и SEQ ID NO:12 либо SEQ ID NO:65 и SEQ ID NO:13 и SEQ ID NO:14.17. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Ureaplasma urealyticum и/или Ureaplasma parvum, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:66 и SEQ ID NO:15 и SEQ ID NO:16 либо SEQ ID NO:67 и SEQ ID NO:17 и SEQ ID NO:18.18. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Candida albicans, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:68 и SEQ ID NO:19 и SEQ ID NO:20 либо SEQ ID NO:69 и SEQ ID NO:21 и SEQ ID NO:22.19. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Mycoplasma genitalium, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:70 и SEQ ID NO:23 и SEQ ID NO:24, либо SEQ ID NO:71 и SEQ ID NO:25 и SEQ ID NO:26, либо SEQ ID NO:72 и SEQ ID NO:27 и SEQ ID NO:28.20. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Mycoplasma hominis, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:73 и SEQ ID NO:29 и SEQ ID NO:30, либо SEQ ID NO:74 и SEQ ID NO:31 и SEQ ID NO:32, либо SEQ ID NO:75 и SEQ ID NO:33 и SEQ ID NO:34.21. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Gardnerella vaginalis, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:76 и SEQ ID NO:35 и SEQ ID NO:36, либо SEQ ID NO:77 и SEQ ID NO:37 и SEQ ID NO:38, либо SEQ ID NO:78 и SEQ ID NO:39 и SEQ ID NO:40.22. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Streptococcus agalactiae, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями SEQ ID NO:79 и SEQ ID NO:41 и SEQ ID NO:42.23. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Streptococcus agalactiae и/или Streptococcus pyogenes, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями SEQ ID NO:80 и SEQ ID NO:43 и SEQ ID NO:44.24. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Human herpesvirus 1 и/или Human herpesvirus 2, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:81 и SEQ ID NO:45 и SEQ ID NO:46, либо SEQ ID NO:82 и SEQ ID NO:47 и SEQ ID NO:48.25. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Human herpesvirus 4, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:83 и SEQ ID NO:49 и SEQ ID NO:50, либо SEQ ID NO:84 и SEQ ID NO:51 и SEQ ID NO:52, либо SEQ ID NO:85 и SEQ ID NO:53 и SEQ ID NO:54.26. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Human herpesvirus 5, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:86 и SEQ ID NO:55 и SEQ ID NO:56, либо SEQ ID NO:87 и SEQ ID NO:57 и SEQ ID NO:58.27. Биологический микрочип для видовой идентификации урогенитальной инфекции, представляющий собой несущий элемент, на котором иммобилизованы дифференцирующие олигонуклеотиды с последовательностями, представленными в SEQ ID NO:59-8728. Микрочип по п.27, отличающийся тем, что несущий элемент чипа выполнен из материалов входящих в группу, состоящую из: полимеров, стекла, металлов, керамики или их комбинаций.29. Микрочип по п.28, отличающийся тем, что полимеры выбирают из группы состоящей из: полиметилметакрилата, полибутилметакрилата, поливинилхлорида, поликарбоната, сополимеров метилметакрилата и/или сополимеров бутилметакрилата с другими мономерами, такими, как стирол, акрилонитрил.30. Микрочип по п.29, отличающийся тем, что в качестве полимера используют полиметилметакрилат.31. Микрочип по п.29, отличающийся тем, что в качестве полимера используют поливинилхлорид.32. Микрочип по п.27, отличающийся тем, что несущий элемент чипа выполнен в виде плоских платформ, пленок.33. Микрочип по п.27, отличающийся тем, что форма несущего элемента, выполненного в виде плоских платформ или пленки, представляет собой прямоугольник, квадрат, многоугольник или круг.34. Микрочип по п.33, отличающийся тем, что толщина несущего элемента составляет от 0,5 до 5,0 мм.35. Микрочип по п.27, отличающийся тем, что несущий элемент выполнен в форме индивидуального чипа или мультичипа.36. Микрочип по п.35, отличающийся тем, что несущий элемент выполнен в форме мультичипа, состоящего из N отделяемых от несущего элемента индивидуальных чипов.37. Микрочип по п.27, отличающийся тем, что дифференцирующие олигонуклеотиды иммобилизованы на несущей поверхности в форме кластеров.38. Микрочип по п.37, отличающийся тем, что количество кластеров, размещенных в рабочей зоне каждого индивидуального чипа, составляет от 2 до 1000.39. Микрочип по п.37, отличающийся тем, что количество кластеров, размещенных в рабочей зоне каждого индивидуального чипа, составляет 15.40. Микрочип по п.37, отличающийся тем, что состав кластеров, размещенных на рабочей зоне чипа, выбирают из группы: кластеры зондов, кластеры положительных контролей, кластеры отрицательных контролей.41. Микрочип по п.40, отличающийся тем, что соотношение между количеством кластеров, в которых размещают зонды, и кластеров, в которых размещают положительные контроли, выбирают в диапазоне от 1:1 до 500:1.42. Микрочип по п.40, отличающийся тем, что соотношение между количеством кластеров, в которых размещают зонды, и кластеров, в которых размещают отрицательные контроли, выбирают в диапазоне от 1:1 до 500:1.43. Микрочип по п.37, отличающийся тем, что количество нанесенных зондов одного типа дифференцирующего олигонуклеотида на поверхности каждого кластера составляет от 1 до 50.44. Микрочип по п.37, отличающийся тем, что количество нанесенных зондов одного типа дифференцирующего олигонуклеотида в каждом кластере составляет 4 или 9.45. Микрочип по п.40, отличающийся тем, что объем капель каждого зонда составляет не менее 0,005 мкл.46. Микрочип по п.36, отличающийся тем, что отдельные микрочипы получают посредством отделения чипа от несущего элемента, причем отделение осуществляют отламыванием, отрезанием, отрубанием.47. Набор для видовой идентификации урогенитальной инфекции, включающий:

а) по меньшей мере, один биологический индивидуальный микрочип для проведения разовой диагностики или биологический мультичип для проведения параллельного или последовательного скрининга, содержащий дифференцирующие олигонуклеотиды с последовательностями, представленными в SEQ ID NO:59-87;

б) реагенты, которые выбирают из реагентов для подготовки образца, реагентов для проведения ПЦР, реагентов для проведения гибридизации и их комбинации;

в) специфические олигонуклеотиды в качестве праймеров ПЦР для видовой идентификации инфекционного агента с последовательностями, которые выбирают из SEQ ID NO:1-58.

48. Набор по п.48, отличающийся тем, что дополнительно содержит устройство для проведения гибридизации и/или устройство для сканирования и интерпретации результатов анализа, причем для сканирования используют устройство, входящее в группу, состоящую из: ручного сканера, сканера индивидуальных чипов, планшетного сканера мультичипов, сканера дисковых мультичипов и компьютера как средства для интерпретации и хранения результатов диагностики.

Документы, цитированные в отчете о поиске Патент 2009 года RU2348695C2

US 5550040, 27.08.1996
US 6235890, 22.05.2001
US 6242178, 05.06.2001
Печь для непрерывного получения сернистого натрия 1921
  • Настюков А.М.
  • Настюков К.И.
SU1A1
ПРИСПОСОБЛЕНИЕ ДЛЯ ПРИВЕДЕНИЯ В ДВИЖЕНИЕ БАРАБАНОВ, СЛУЖАЩИХ ДЛЯ ПЕРЕДАЧИ И ПРИЕМА В УСТРОЙСТВАХ ДЛЯ ЭЛЕКТРИЧЕСКОЙ ПЕРЕДАЧИ ИЗОБРАЖЕНИЙ 1927
  • А. Абильд
  • А. Йипп
  • О. Штейнер
  • Ф. Туцек
SU5993A1
СПОСОБ РАЗДЕЛЕНИЯ сг/-6-ФЕНИЛ-2,3,5,6-ТЕТРАГИДРО- ИМИДАЗО 0
SU234953A1
US 5656427, 12.08.1997
US 20020164586 A1, 07.11.2002
WO 9403634, 17.02.1994
ЭРЛИФТ 1941
  • Ратман И.М.
  • Требин Ф.А.
  • Каламкаров В.А.
SU73499A1
YOSHIDA TAKASHI, MAEDA

RU 2 348 695 C2

Авторы

Грановский Игорь Эдуардович

Белецкий Игорь Петрович

Шляпникова Елена Андреевна

Гаврюшкин Александр Владимирович

Бирюков Сергей Владимирович

Даты

2009-03-10Публикация

2006-05-23Подача