Способ генотипирования однонуклеотидного варианта rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени Российский патент 2024 года по МПК C12Q1/6806 C12Q1/6827 C12Q1/686 

Изобретение относится к области биотехнологии, молекулярно-генетической диагностики и может быть использовано для генотипирования человека по аллелям rs13056243-С и rs13056243-Т гена ZNRF3, кодирующего Е3 убиквитин-протеинлигазау, которая действует как регулятор сигнального пути Wnt, опосредуя убиквитинирование и последующую деградацию компонентов рецепторного комплекса Wnt - Frizzled и LRP6 [Hao HX, Xie Y, Zhang Y, Charlat O, Oster E, Avello M, Lei H, Mickanin C, Liu D, Ruffner H, Mao X, Ma Q, Zamponi R, Bouwmeester T, Finan PM, Kirschner MW, Porter JA, Serluca FC, Cong F. ZNRF3 promotes Wnt receptor turnover in an R-spondin-sensitive manner. Nature. 2012 Apr 29;485(7397):195-200. doi: 10.1038/nature11019]. По данным транскриптомного анализа GTex Portal однонуклеотидный вариант rs13056243 (С>Т) также ассоциирован со снижением экспрессии гена транскрипционного фактора XBP1 [Yoshida H, Matsui T, Yamamoto A, Okada T, Mori K. XBP1 mRNA is induced by ATF6 and spliced by IRE1 in response to ER stress to produce a highly active transcription factor. Cell. 2001 Dec 28;107(7):881-91. doi: 10.1016/s0092-8674(01)00611-0] в широком спектре тканей [https://www.gtexportal.org], вовлеченного в регуляцию клеточного ответа на несвернутые белки. Ряд исследований показал вовлеченность ZNPF3 и XBP1 в патогенез различных заболеваний, таких как рак надпочечников и предстательной железы [Brondani VB, Lacombe AMF, Mariani BMP, Montenegro L, Soares IC, Bezerra-Neto JE, Tanno FY, Srougi V, Chambo JL, Mendonca BB, Almeida MQ, Zerbini MCN, Fragoso MCBV. Low Protein Expression of both ATRX and ZNRF3 as Novel Negative Prognostic Markers of Adult Adrenocortical Carcinoma. Int J Mol Sci. 2021 Jan 27;22(3):1238. doi: 10.3390/ijms22031238; Fraser M, Livingstone J, Wrana JL, Finelli A, He HH, van der Kwast T, Zlotta AR, Bristow RG, Boutros PC. Somatic driver mutation prevalence in 1844 prostate cancers identifies ZNRF3 loss as a predictor of metastatic relapse. Nat Commun. 2021 Oct 29;12(1):6248. doi: 10.1038/s41467-021-26489-0], атеросклероз, сердечная недостаточность, сахарный диабет 2 типа [Lee K, Chan JY, Liang C, Ip CK, Shi YC, Herzog H, Hughes WE, Bensellam M, Delghingaro-Augusto V, Koina ME, Nolan CJ, Laybutt DR. XBP1 maintains beta cell identity, represses beta-to-alpha cell transdifferentiation and protects against diabetic beta cell failure during metabolic stress in mice. Diabetologia. 2022 Jun;65(6):984-996. doi: 10.1007/s00125-022-05669-7; Wu R, Zhang QH, Lu YJ, Ren K, Yi GH. Involvement of the IRE1α-XBP1 pathway and XBP1s-dependent transcriptional reprogramming in metabolic diseases. DNA Cell Biol. 2015 Jan;34(1):6-18. doi: 10.1089/dna.2014.2552]. Однако на сегодняшний день нет простого, быстрого и недорогого метода генотипирования человека по полиморфному локусу rs13056243.

Методом, позволяющим осуществить определение нуклеотидной последовательности в локусе rs13056243 является секвенирование по Сэнгеру - метод, применяемый для детекции любых изменений нуклеотидной последовательности, разработанный Ф. Сэнгером в 1977 году и широко использующийся для изучения нуклеотидной последовательности ДНК человека [Sanger F. "Determination of nucleotide sequences in DNA". Biosci Rep. - 2004. - V. 24(4-5). - P.237-253]. Недостатками данного метода являются его трудоемкость, необходимость приобретения дорогостоящего оборудования и реактивов, значительно более долгое получение результатов и повышенные риски контаминации лаборатории продуктами полимеразно-цепной реакции (ПЦР) и реакций секвенирования.

Генотипирование rs13056243 гена ZNRF3 возможно методом секвенирования следующего поколения [Vatrano S, Volante M, Duregon E, Giorcelli J, Izzo S, Rapa I, Votta A, Germano A, Scagliotti G, Berruti A, Terzolo M, Papotti AM. Detailed genomic characterization identifies high heterogeneity and histotype-specific genomic profiles in adrenocortical carcinomas. Mod Pathol. 2018 Aug;31(8):1257-1269. doi: 10.1038/s41379-018-0042-6], для которого необходимы секвенатор Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM, ThermoFisher Scientific) и специальная панель целевых праймеров AmpliSeq, разработанных с использованием программного обеспечения AmpliSeq версии 4.0 (ThermoFisher Scientific). Для каждой мультиплексной ПЦР-амплификации использовали 25 нанограммов геномной ДНК. Качество библиотеки оценивалось с помощью электрофореза Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies), а библиотеки, прошедшие этот этап, подвергались эмульсионной ПЦР, выполняемой с помощью системы OneTouch2 (ThermoFisher Scientific). Библиотеки загружали на Ion 318chipv2, а затем секвенировали на Ion PGM (ThermoFisher Scientific). Анализ данных, включая сопоставление с референсным геномом и определение вариантов, проводился с использованием программного обеспечения Torrent Suite v.5.0 (ThermoFisher Scientific). Недостатком метода является его высокая трудоемкость, длительность анализа и необходимость приобретения дорогостоящего секвенатора.

Генотипирование ДНК-полиморфизмов, включая rs13056243 гена ZNRF3, возможно осуществить методом матрично-активированной лазерной десорбционно-ионизационной масс-спектрометрии MALDI-TOF [Pusch W, Wurmbach JH, Thiele H, Kostrzewa M. MALDI-TOF mass spectrometry-based SNP genotyping. Pharmacogenomics. 2002 Jul;3(4):537-48. doi: 10.1517/14622416.3.4.537]. Недостатком метода является длительность анализа - не менее 8 часов, необходимость приобретения дорогостоящего геномного масс-спектрометра и набора чипов и реагентов.

Прототипом является метод анализа ДНК путем проведения полимеразно-цепной реакции в реальном времени в присутствии меченых флуорофорами, аллель-специфичных (TaqMan) зондов и праймеров по патенту на изобретение США №5538848 (Kenneth J. Livak, Susan J., A. Flood, Jeffrey Marmaro, Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe, 23.07.1996). Недостатком прототипа является то, что для использования описанного в прототипе метода на практике, с целью исследования различных полиморфизмов, требуется разработка TaqMan зондов и праймеров для каждого отдельного исследуемого полиморфизма.

Технический результат заключается в разработке простого, быстрого и экономически выгодного способа генотипирования однонуклеотидного варианта rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени.

Технический результат достигается тем, что для генотипирования однонуклеотидного варианта rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени, используются: прямой праймер ZNRF3-F 5`-CCTAGCCATACCCTTGTTATTCC-3`, обратный праймер ZNRF3-R 5`-GCTGAGGGGCTGGAGGAAA-3`, ZNRF3-C-аллель-специфичный флуоресцентно-меченый зонд 5′-FAM-TTCATCTTGAGGAGTACTC-RTQ1-3′, ZNRF3-Т-аллель-специфичный флуоресцентно-меченый зонд 5′-ROX-TTCATCTTGAGGAGTACTT-BHQ-3′, при этом для гомозиготных по аллелю С образцов ДНК (генотип rs13056243-С/С) детектируется нарастание флуоресценции по каналу FAM, для гомозиготных по аллелю Т образцов ДНК (генотип rs13056243-Т/Т) детектируется сигнал по каналу ROX, для гетерозиготного образца (генотип rs13056243-С/Т) наблюдается нарастание флуоресценции по обоим каналам детекции, а наличие двух красителей FAM и ROX позволяет определить присутствие каждого из исследуемых аллелей гена ZNRF3 в анализируемом образце ДНК и, соответственно, генотип человека.

Изобретение поясняется двумя фигурами. На фигуре 1 представлены нуклеотидные последовательности фрагмента гена ZNRF3 длиной 100 пар нуклеотидов, кодирующие аллели rs13056243-С и rs13056243-Т гена ZNRF3. Жирным шрифтом и подчеркиванием отмечены последовательности праймеров, жирным шрифтом и курсивом - последовательности зондов.

На фигуре 2 представлен пример детекции генотипов по локусу rs13056243 гена ZNRF3 при генотипировании методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени: генотипы rs13056243-С/С показаны оранжевым цветом, генотипы rs13056243-С/Т показаны зеленым цветом, генотипы rs13056243-Т/Т показаны синим цветом.

Способ осуществляют следующим образом.

Для генотипирования однонуклеотидного варианта rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени использовали два общих для аллельных вариантов праймера, фланкирующих участок гена ZNRF3 длиной 100 пар нуклеотидов: прямой праймер ZNRF3-F 5`-CCTAGCCATACCCTTGTTATTCC-3` и обратный праймер ZNRF3-R 5`-GCTGAGGGGCTGGAGGAAA-3`, ZNRF3-C-аллель-специфичный флуоресцентно-меченый зонд 5′-FAM-TTCATCTTGAGGAGTACTC-RTQ1-3′, ZNRF3-Т-аллель-специфичный флуоресцентно-меченый зонд 5′-ROX-TTCATCTTGAGGAGTACTT-BHQ-3′, подобранные на основе нуклеотидной последовательности гена ZNRF3 (https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Sequence?db=core;r=22:28952818-28953818;v=rs13056243;vdb=variation;vf=185567258), включающей в положении chr22:28953318 (GRCh38.p14) однонуклеотидный вариант rs13056243 (С>Т). Для подбора праймеров использовали программу Primer3web version 4.1.0 (https://primer3.ut.ee/). Праймеры и зонды были синтезированы компанией «Синтол» (г. Москва). Праймеры ZNRF3-F и ZNRF3-R инициируют амплификацию участка гена ZNRF3, включающего локус rs13056243, длиной 100 пар нуклеотидов. Реакцию амплификации проводили в 13,25 мкл смеси ПЦР, содержащей 9,4 мкл ddH2O, 1,3 мкл раствора MgCl2 (массовая концентрация 2,5%), 1,3 мкл ПЦР-буфера, 0,2 мкл смеси дНТФ (концентрация 2 ммоль/л), 0,05 мкл раствора прямого и обратного праймера (концентрация 100 пкмоль/мкл), 0,025 мкл раствора каждого TaqMan-зонда (концентрация 100 пкмоль/мкл) и 0,11 мкл Taq ДНК-полимеразы (концентрация 5 Ед/мкл), 1 мкл образца ДНК (минимальная концентрация 10 нг/мкл). ПЦР проводили с помощью прибора CFX96 Real-Time System (Bio-Rad) при следующем режиме: денатурация 10 мин при 95°С, амплификация 38 циклов, состоящая из денатурации 15 сек при 95°С, отжига 30 сек при t=56°С и элонгации 60 сек при 62°С. Детекция флуоресценции проводилась на стадии элонгации по каналам FAM и ROX. Идентификация аллелей rs13056243-С и rs13056243-Т гена ZNRF3 проводится на основании сравнения интенсивности флуоресценции красителей FAM и ROX, соответственно. Для определения генотипа человека используются конечные значения флуоресценции красителей FAM и ROX. Анализ результатов генотипирования проводили с помощью программного обеспечения для амплификатора CFX96 Real-Time System (Bio-Rad) версии Bio-Rad CFX Manager 2.1, которое представляет результаты генотипирования в виде распределения аллелей (фиг. 2). Для гомозиготных по аллелю С образцов ДНК (генотип rs13056243-С/С) детектируется нарастание флуоресценции по каналу FAM, для гомозиготных по аллелю Т образцов ДНК (генотип rs13056243-Т/Т) детектируется сигнал по каналу ROX, для гетерозиготного образца (генотип rs13056243-С/Т) наблюдается нарастание флуоресценции по обоим каналам детекции, а наличие двух красителей FAM и ROX позволяет определить присутствие каждого из исследуемых аллелей гена ZNRF3 в анализируемом образце ДНК и, соответственно, генотип человека.

Разработанный способ был апробирован на 95 образцах ДНК человека из коллекции биобанка НИИ генетической и молекулярной эпидемиологии ФГБОУ ВО КГМУ Минздрава России. По результатам генотипирования 70,5% людей являлись гомозиготами по аллелю С (генотип rs13056243-С/С), 2,1% людей - гомозиготами по аллелю Т (генотип rs13056243-Т/Т), 27,4% - гетерозиготами (генотип rs13056243-С/Т). Валидацию способа проводили с помощью матрично-активированной лазерной десорбционно-ионизационной масс-спектрометрии MALDI-TOF [Pusch W, Wurmbach JH, Thiele H, Kostrzewa M. MALDI-TOF mass spectrometry-based SNP genotyping. Pharmacogenomics. 2002 Jul;3(4):537-48. doi: 10.1517/14622416.3.4.537] на геномном масс-спектрометре MassArray Analyzer 4 (Agena Bioscience). Результаты обоих способов генотипирования полностью совпали, однако патентуемый способ генотипирования однонуклеотидного варианта rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени позволяет значительно (до 1 часа 16 минут) сократить время проведения анализа по сравнению с методом генотипирования на основе MALDI-TOF (8 часов).

Примеры конкретного выполнения способа.

Пример 1. Образец ДНК добровольца В. из биобанка НИИ генетической и молекулярной эпидемиологии КГМУ, был подвергнут генотипированию по однонуклеотидному варианту rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени. К 1 мкл раствора ДНК с концентрацией 10 нг/мкл добавляли 13,25 мкл смеси ПЦР, содержащей 9,4 мкл ddH2O, 1,3 мкл раствора MgCl2 (массовая концентрация 2,5%), 1,3 мкл ПЦР-буфера, 0,2 мкл смеси дНТФ (концентрация 2 ммоль/л), 0,05 мкл раствора прямого и обратного праймера (концентрация 100 пкмоль/мкл), 0,025 мкл раствора каждого TaqMan-зонда (концентрация 100 пкмоль/мкл) и 0,11 мкл Taq ДНК-полимеразы (концентрация 5 Ед/мкл), 1 мкл образца ДНК (минимальная концентрация 10 нг/мкл). ПЦР проводили с помощью прибора CFX96 Real-Time System (Bio-Rad) при следующем режиме: денатурация 10 мин при 95°С, амплификация 38 циклов, состоящая из денатурации 15 сек при 95°С, отжига 30 сек при t=56°С и элонгации 60 сек при 62°С. При регистрации сигнала флуоресценции наблюдали экспоненциальный рост флуоресценции по ROX между 18 и 38 циклами, что свидетельствует о наличии в образце только аллелей rs13056243-Т, что соответствует генотипу rs13056243-Т/Т ZNRF3.

Пример 2. Образец ДНК добровольца А. из биобанка НИИ генетической и молекулярной эпидемиологии КГМУ, был подвергнут генотипированию по однонуклеотидному варианту rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени. К 1 мкл раствора ДНК с концентрацией 10 нг/мкл добавляли 13,25 мкл смеси ПЦР, содержащей 9,4 мкл ddH2O, 1,3 мкл раствора MgCl2 (массовая концентрация 2,5%), 1,3 мкл ПЦР-буфера, 0,2 мкл смеси дНТФ (концентрация 2 ммоль/л), 0,05 мкл раствора прямого и обратного праймера (концентрация 100 пкмоль/мкл), 0,025 мкл раствора каждого TaqMan-зонда (концентрация 100 пкмоль/мкл) и 0,11 мкл Taq ДНК-полимеразы (концентрация 5 Ед/мкл), 1 мкл образца ДНК (минимальная концентрация 10 нг/мкл). ПЦР проводили с помощью прибора CFX96 Real-Time System (Bio-Rad) при следующем режиме: денатурация 10 мин при 95°С, амплификация 38 циклов, состоящая из денатурации 15 сек при 95°С, отжига 30 сек при t=56°С и элонгации 60 сек при 62°С. При регистрации сигнала флуоресценции наблюдали экспоненциальный рост флуоресценции по FAM и ROX между 18 и 38 циклами, что свидетельствует о наличии в образце и аллеля rs13056243-С, и аллеля rs13056243-Т, что соответствует гетерозиготному генотипу rs13056243-С/Т ZNRF3.

Пример 3. Образец ДНК добровольца Р. из биобанка НИИ генетической и молекулярной эпидемиологии КГМУ, был подвергнут генотипированию по однонуклеотидному варианту rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени. К 1 мкл раствора ДНК с концентрацией 10 нг/мкл добавляли 13,25 мкл смеси ПЦР, содержащей 9,4 мкл ddH2O, 1,3 мкл раствора MgCl2 (массовая концентрация 2,5%), 1,3 мкл ПЦР-буфера, 0,2 мкл смеси дНТФ (концентрация 2 ммоль/л), 0,05 мкл раствора прямого и обратного праймера (концентрация 100 пкмоль/мкл), 0,025 мкл раствора каждого TaqMan-зонда (концентрация 100 пкмоль/мкл) и 0,11 мкл Taq ДНК-полимеразы (концентрация 5 Ед/мкл), 1 мкл образца ДНК (минимальная концентрация 10 нг/мкл). ПЦР проводили с помощью прибора CFX96 Real-Time System (Bio-Rad) при следующем режиме: денатурация 10 мин при 95°С, амплификация 38 циклов, состоящая из денатурации 15 сек при 95°С, отжига 30 сек при t=56°С и элонгации 60 сек при 62°С. При регистрации сигнала флуоресценции наблюдали экспоненциальный рост флуоресценции по FAM между 18 и 38 циклами, что свидетельствует о наличии в образце только аллелей rs13056243-C, что соответствует генотипу rs13056243-С/С ZNRF3.

Результаты генотипирования трех образцов ДНК добровольцев В., А. и Р. по однонуклеотидному варианту rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 с помощью матрично-активированной лазерной десорбционно-ионизационной масс-спектрометрии MALDI-TOF на геномном масс-спектрометре MassArray Analyzer 4 (Agena Bioscience) полностью совпали с результатами генотипирования методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени.

Таким образом, разработан простой, быстрый и экономически выгодный способ генотипирования однонуклеотидного варианта rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени, который позволяет до 1 часа 16 минут сократить время проведения анализа и дает возможность провести генотипирование по указанному полиморфному варианту в лаборатории, укомплектованной стандартным оборудованием - амплификатором для проведения ПЦР.

--->

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<!DOCTYPE ST26SequenceListing PUBLIC "-//WIPO//DTD Sequence Listing

1.3//EN" "ST26SequenceListing_V1_3.dtd">

<ST26SequenceListing dtdVersion="V1_3" fileName="rs13056243.xml"

softwareName="WIPO Sequence" softwareVersion="2.3.0"

productionDate="2024-03-27">

<ApplicationIdentification>

<IPOfficeCode>RU</IPOfficeCode>

<ApplicationNumberText>2023131535/10(069913)</ApplicationNumberText>

<FilingDate>2023-12-01</FilingDate>

</ApplicationIdentification>

<EarliestPriorityApplicationIdentification>

<IPOfficeCode>RU</IPOfficeCode>

<ApplicationNumberText>2023131535/10(069913)</ApplicationNumberText>

<FilingDate>2023-12-01</FilingDate>

</EarliestPriorityApplicationIdentification>

<ApplicantName languageCode="ru">федеральное государственное

бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Курский

государственный медицинский университет» Министерства

здравоохранения Российской Федерации</ApplicantName>

<ApplicantNameLatin>Kursk State Medical

University</ApplicantNameLatin>

<InventorName languageCode="ru">Азарова Юлия

Эдуардовна</InventorName>

<InventorNameLatin>Azarova Yulia Eduardovna</InventorNameLatin>

<InventionTitle languageCode="ru">Способ генотипирования

однонуклеотидного варианта rs13056243 (С&gt;Т) гена ZNRF3 человека

методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени

</InventionTitle>

<SequenceTotalQuantity>4</SequenceTotalQuantity>

<SequenceData sequenceIDNumber="1">

<INSDSeq>

<INSDSeq_length>23</INSDSeq_length>

<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>

<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>

<INSDSeq_feature-table>

<INSDFeature>

<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>

<INSDFeature_location>1..23</INSDFeature_location>

<INSDFeature_quals>

<INSDQualifier>

<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>

<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>

</INSDQualifier>

<INSDQualifier id="q2">

<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>

<INSDQualifier_value>Homo sapiens</INSDQualifier_value>

</INSDQualifier>

</INSDFeature_quals>

</INSDFeature>

</INSDSeq_feature-table>

<INSDSeq_sequence>cctagccatacccttgttattcc</INSDSeq_sequence>

</INSDSeq>

</SequenceData>

<SequenceData sequenceIDNumber="2">

<INSDSeq>

<INSDSeq_length>19</INSDSeq_length>

<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>

<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>

<INSDSeq_feature-table>

<INSDFeature>

<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>

<INSDFeature_location>1..19</INSDFeature_location>

<INSDFeature_quals>

<INSDQualifier>

<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>

<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>

</INSDQualifier>

<INSDQualifier id="q4">

<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>

<INSDQualifier_value>Homo sapiens</INSDQualifier_value>

</INSDQualifier>

</INSDFeature_quals>

</INSDFeature>

</INSDSeq_feature-table>

<INSDSeq_sequence>gctgaggggctggaggaaa</INSDSeq_sequence>

</INSDSeq>

</SequenceData>

<SequenceData sequenceIDNumber="3">

<INSDSeq>

<INSDSeq_length>19</INSDSeq_length>

<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>

<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>

<INSDSeq_feature-table>

<INSDFeature>

<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>

<INSDFeature_location>1..19</INSDFeature_location>

<INSDFeature_quals>

<INSDQualifier>

<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>

<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>

</INSDQualifier>

<INSDQualifier id="q6">

<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>

<INSDQualifier_value>Homo sapiens</INSDQualifier_value>

</INSDQualifier>

</INSDFeature_quals>

</INSDFeature>

</INSDSeq_feature-table>

<INSDSeq_sequence>ttcatcttgaggagtactc</INSDSeq_sequence>

</INSDSeq>

</SequenceData>

<SequenceData sequenceIDNumber="4">

<INSDSeq>

<INSDSeq_length>19</INSDSeq_length>

<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>

<INSDSeq_division>PAT</INSDSeq_division>

<INSDSeq_feature-table>

<INSDFeature>

<INSDFeature_key>source</INSDFeature_key>

<INSDFeature_location>1..19</INSDFeature_location>

<INSDFeature_quals>

<INSDQualifier>

<INSDQualifier_name>mol_type</INSDQualifier_name>

<INSDQualifier_value>genomic DNA</INSDQualifier_value>

</INSDQualifier>

<INSDQualifier id="q8">

<INSDQualifier_name>organism</INSDQualifier_name>

<INSDQualifier_value>Homo sapiens</INSDQualifier_value>

</INSDQualifier>

</INSDFeature_quals>

</INSDFeature>

</INSDSeq_feature-table>

<INSDSeq_sequence>ttcatcttgaggagtactt</INSDSeq_sequence>

</INSDSeq>

</SequenceData>

</ST26SequenceListing>

<---

Изобретение относится к области биотехнологии, в частности к способу генотипирования однонуклеотидного варианта rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека. Способ осуществляется посредством метода полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени и предусматривает использование прямого и обратного праймеров ZNRF3, а также C- и Т-аллель-специфичных флуоресцентно-меченых зондов, при этом для гомозиготных по аллелю С образцов ДНК (генотип rs13056243-С/С) детектируется нарастание флуоресценции по каналу FAM, для гомозиготных по аллелю Т образцов ДНК (генотип rs13056243-Т/Т) детектируется сигнал по каналу ROX, для гетерозиготного образца (генотип rs13056243-С/Т) наблюдается нарастание флуоресценции по обоим каналам детекции. Настоящее изобретение обеспечивает генотипирование однонуклеотидного варианта rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени. 2 ил. 3 пр.

Способ генотипирования однонуклеотидного варианта rs13056243 (С>Т) гена ZNRF3 человека методом полимеразно-цепной реакции в режиме реального времени, отличающийся тем, что используются:

прямой праймер ZNRF3-F 5'-CCTAGCCATACCCTTGTTATTCC-3',

обратный праймер ZNRF3-R 5'-GCTGAGGGGCTGGAGGAAA-3',

ZNRF3-C-аллель-специфичный флуоресцентно-меченый зонд

5'-FAM-TTCATCTTGAGGAGTACTC-RTQ1-3',

ZNRF3-Т-аллель-специфичный флуоресцентно-меченый зонд

5'-ROX-TTCATCTTGAGGAGTACTT-BHQ-3',

при этом для гомозиготных по аллелю С образцов ДНК (генотип rs13056243-С/С) детектируется нарастание флуоресценции по каналу FAM, для гомозиготных по аллелю Т образцов ДНК (генотип rs13056243-Т/Т) детектируется сигнал по каналу ROX, для гетерозиготного образца (генотип rs13056243-С/Т) наблюдается нарастание флуоресценции по обоим каналам детекции, а наличие двух красителей FAM и ROX позволяет определить присутствие каждого из исследуемых аллелей гена ZNRF3 в анализируемом образце ДНК и, соответственно, генотип человека.