БИСПЕЦИФИЧНЫЕ ДИАТЕЛА CD123 х CD3 ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ ГЕМАТОЛОГИЧЕСКИХ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ НОВООБРАЗОВАНИЙ Российский патент 2025 года по МПК A61K39/395 C07K16/28 C12Q1/6886 A61P35/02 

ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА НА РОДСТВЕННЫЕ ЗАЯВКИ

[0001] Настоящая заявка испрашивает приоритет на основании заявок на патент США с номерами 62/878,368 (подана 25 июля 2019 года; находится на стадии рассмотрения), 62/769,078 (подана 19 ноября 2018 года; находится на стадии рассмотрения) и 62/752,659 (подана 30 октября 2018 года; находится на стадии рассмотрения), содержание каждой из которых полностью включено в настоящую заявку посредством ссылки.

ССЫЛКА НА ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

[0002] Настоящая заявка содержит один или более перечней последовательностей, соответствующих положениям 37 C.F.R. 1.821 и далее, представленных на машиночитаемых носителях (название файла: 1301_0161РСТ_ST25.txt, файл создан 26 сентября 2019 года и имеет размер 31244 байта), содержание указанного файла полностью включено в настоящую заявку посредством ссылки.

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ

[0003] Настоящее изобретение относится к способу лечения гематологического злокачественного новообразования, такого как острый миелоидный лейкоз (ОМЛ) или миелодиспластический синдром (МДС), включая гематологические злокачественные новообразования, которые являются рефрактерными к химиотерапевтическим и/или гипометилирующим агентам. Указанный способ относится к введению биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулы пациенту в количестве, эффективном для стимуляции уничтожения клеток указанного гематологического злокачественного новообразования у указанного пациента. Настоящее изобретение дополнительно относится к варианту реализации такого способа, в котором клеточный образец от пациента свидетельствует об экспрессии одного или более генов-мишеней, которая является повышенной относительно исходного уровня экспрессии таких генов, например, исходного уровня экспрессии таких генов в референсной популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием, или относительно уровня экспрессии референсного гена.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

I. CD123

[0004] CD123 (рецептор интерлейкина 3, субъединица альфа, IL-3Ra) представляет собой молекулу с молекулярной массой 40 кДа и является частью рецепторного комплекса интерлейкина 3 (Stomski, F.C. et al. (1996) "Human Interleukin-3 (IL-3) Induces Disulfide-Linked IL-3 Receptor Alpha- And Beta-Chain Heterodimerization, Which Is Required For Receptor Activation But Not High-Affinity Binding," Mol. Cell. Biol. 16(6):3035-3046). Интерлейкин 3 (IL-3) стимулирует раннюю дифференцировку мультипотентных стволовых клеток в клетки эритроидных, миелоидных и лимфоидных предшественников. CD123 экспрессируется на CD34+ коммитированных предшественниках (Taussig, D.C. et al. (2005) "Hematopoietic Stem Cells Express Multiple Myeloid Markers: Implications For The Origin And Targeted Therapy Of Acute Myeloid Leukemia" Blood 106:4086-4092), но не экспрессируется CD34+/CD38- нормальными гематопоэтическими стволовыми клетками. CD 123 экспрессируется базофилами, тучными клетками, плазмоцитоидными дендритными клетками, в некоторой степени экспрессируется моноцитами, макрофагами и эозинофилами, и в малой степени экспрессируется или не экспрессируется нейтрофилами и мегакариоцитами. Некоторые негематопоэтические ткани (плацента, клетки Лейдига яичка, некоторые клеточные элементы головного мозга и некоторые эндотелиальные клетки) экспрессируют CD 123; однако экспрессия в основном является цитоплазматической.

[0005] Сообщается, что CD 123 экспрессируется лейкозными бластами и лейкозными стволовыми клетками (ЛСК) (Jordan, СТ. et al. (2000) "The Interleukin-3 Receptor Alpha Chain Is A Unique Marker For Human Acute Myelogenous Leukemia Stem Cells" Leukemia 14:1777-1784; Jin, W. et al. (2009) "Regulation OfTM 7 Cell Differentiation AndEAE Induction ВуМАРЗК NIK" Blood 113:6603-6610). В популяциях нормальных клеток-предшественников человека CD 123 экспрессируется субпопуляцией гематопоэтических клеток-предшественников (ГКП), но не нормальными гематопоэтическими стволовыми клетками (ГСК). CD 123 также экспрессируется плазмоцитоидными дендритными клетками (пДК) и базофилами, и, в меньшей степени, моноцитами и эозинофилами (Lopez, A.F. et al. (1989) "Reciprocal Inhibition Of Binding Between Interleukin 3 And Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor To Human Eosinophils" Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 86:7022-7026; Sun, Q. et al. (1996) "Monoclonal Antibody 7G3 Recognizes The N-Terminal Domain Of The Human Interleukin-3 (IL-3) Receptor Alpha Chain And Functions As A Specific IL-3 Receptor Antagonist" Blood 87:83-92; Munoz, L. et al. (2001) "Interleukin-3 Receptor Alpha Chain (CDI23) Is Widely Expressed In Hematologic Malignancies" Haematologica 86(12): 1261-1269; Masten, B.J. et al. (2006) "Characterization Of Myeloid And Plasmacytoid Dendritic Cells In Human Lung" J. Immunol. 177:7784-7793; Korpelainen, E.I. et al. (1995) "Interferon-Gamma Upregulates Interleukin-3 (IL-3) Receptor Expression In Human Endothelial Cells And Synergizes With IL-3 In Stimulating Major Histocompatibility Complex Class II Expression And Cytokine Production" Blood 86:176-182).

[0006] Сообщалось о сверхэкспрессии CD 123 на злокачественных клетках при широком спектре гематологических злокачественных новообразований, включая острый миелоидный лейкоз (ОМЛ) и миелодиспластический синдром (МДС) (Munoz, L. et al. (2001) "Interleukin-3 Receptor Alpha Chain (CD123) Is Widely Expressed In Hematologic Malignancies" Haematologica 86(12): 1261-1269). Сверхэкспрессия CD123 связана с худшим прогнозом при ОМЛ (Tettamanti, M.S. et al. (2013) "Targeting Of Acute Myeloid Leukaemia By Cytokine-Induced Killer Cells Redirected WithANovel CD 123-Specific Chimeric Antigen Receptor " Br. J. Haematol. 161:389-401).

II. CD3

[0007] CD3 представляет собой корецептор Т-клеток, состоящий из четырех отдельных цепей (Wucherpfennig, K.W. et al. (2010) "Structural Biology Of The T-Cell Receptor: Insights Into Receptor Assembly, LigandRecognition, And Initiation Of Signaling" Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2(4):a005140; pages 1-14). У млекопитающих указанный комплекс содержит цепь CD3γ, цепь CD3δ и две цепи CD3ε. Эти цепи связываются с молекулой, известной как Т-клеточный рецептор (TCR), для индукции сигнала активации в Т-лимфоцитах. В отсутствие CD3 TCR не собираются должным образом и подвергаются деградации (Thomas, S. et al. (2010) "Molecular Immunology Lessons From Therapeutic T-Cell Receptor Gene Transfer" Immunology 129(2): 170-177). CD3 обнаруживается в связанном с мембранами виде на всех зрелых Т-клетках и не обнаруживается практически ни на каком другом типе клеток (см. Janeway, С.A. et al. (2005) In: Immunobiology: The Immune System In Health And Disease," 6th Ed., Garland Science Publishing, NY, pp.214- 216; Sun, Z. J. et al. (2001) "Mechanisms Contributing To T Cell Receptor Signaling And Assembly Revealed By The Solution Structure Of An Ectodomain Fragment Of The CD3s:y Heterodimer" Cell 105(7):913-923; Kuhns, M.S. et al. (2006) "Deconstructing The Form And Function Of The TCR/CD3 Complex" Immunity. 2006 Feb;24(2):133-139).

III. ОМЛ и МДС

[0008] Полагают, что острый миелоидный лейкоз (ОМЛ) и миелодиспластический синдром (МДС) возникают и поддерживаются посредством небольшой популяции лейкозных стволовых клеток (ЛСК), которые, как правило, находятся в состоянии покоя (то есть не являются быстро делящимися клетками) и, следовательно, обладают устойчивостью к гибели клеток (апоптозу) и обычным химиотерапевтическим агентам. ЛСК характеризуются высокими уровнями экспрессии CD 123, которая отсутствует в соответствующей популяции нормальных гематопоэтических стволовых клеток в нормальном костном мозге человека (Jin, W. et al. (2009) "Regulation Of Thl 7 Cell Differentiation And EAE Induction By MAP3K NIK," Blood 113:6603-6610; Jordan, C.T. et al. (2000) "The Interleukin-3 Receptor Alpha Chain Is A UniqueMarker For Human Acute Myelogenous Leukemia Stem Cells" Leukemia 14:1777-1784). CD123 экспрессируется в 45%-95% случаев ОМЛ, 85% случаев волосатоклеточного лейкоза (ВКЛ) и 40% случаев острого В-лимфобластного лейкоза (В-ОЛЛ). Экспрессия CD123 также связана с множеством других злокачественных новообразований/предзло качественных новообразований: клетки-предшественники хронического миелоидного лейкоза (ХМЛ) (включая ХМЛ в стадии бластного криза); клетки Рида-Штернберга (РШ) при лимфоме Ходжкина; трансформированная неходжкинская лимфома (НХЛ); некоторые хронические лимфоцитарные лейкозы (ХЛЛ) (CD11c+); субпопуляция клеток острого Т-лимфобластного лейкоза (Т-ОЛЛ) (16% наиболее незрелых, в основном взрослых), злокачественные новообразования из плазмоцитоидных дендритных клеток (пДК) ДК2 и злокачественные новообразования костного мозга, относящиеся к CD34+/CD38- миелодиспластическому синдрому (МДС).

[0009] ОМЛ представляет собой клональное заболевание, характеризующееся пролиферацией и накоплением трансформированных миелоидных клеток-предшественников в костном мозге, что в конечном счете приводит к недостаточности гемопоэза. Частота возникновения ОМЛ увеличивается с возрастом, и пожилые пациенты, как правило, имеют худшие результаты лечения, чем более молодые пациенты (Robak, Т. et al. (2009) "Current And Emerging Therapies For Acute Myeloid Leukemia" Clin. Ther. 2:2349-2370). К сожалению, в настоящее время у большинства взрослых с ОМЛ имеющееся заболевание приводит к смерти.

[0010] Лечение ОМЛ изначально направлено на индукцию ремиссии (индукционная терапия). После достижения ремиссии лечение перенаправляют на сохранение такой ремиссии (постремиссионная или консолидирующая терапия) и, в некоторых случаях, поддерживающую терапию. Стандартным подходом к индукции ремиссии ОМЛ является химиотерапия комбинацией антрациклин/цитарабин с последующей либо консолидационной химиотерапией (обычно с применением более высоких доз тех же препаратов, которые применяли в период индукции), либо трансплантацией стволовых клеток человека, в зависимости от способности пациента переносить интенсивное лечение и вероятности излечения при применении только химиотерапии (см., например, Roboz, G.J. (2012) "Current Treatment OfAcute Myeloid Leukemia," Curr. Opin. Oncol. 24:711-719).

[0011] Агенты, часто применяемые в индукционной терапии, включают цитарабин и антрациклины. Цитарабин (также известный как AraC) убивает раковые клетки (и другие быстро делящиеся нормальные клетки), препятствуя синтезу ДНК. Побочные эффекты, связанные с лечением AraC, включают снижение резистентности к инфекции в результате снижения выработки лейкоцитов; кровотечение в результате снижения выработки тромбоцитов и анемию из-за потенциального снижения количества эритроцитов. Другие побочные эффекты включают тошноту и рвоту. Антрациклины (например, даунорубицин, доксорубицин и идарубицин) обладают несколькими механизмами действия, включая ингибирование синтеза ДНК и РНК, разрушение структур ДНК более высокого порядка и продукции повреждающих клетки свободных радикалов кислорода. Наиболее значимым побочным эффектом антрациклинов является кардиотоксичность, которая значительно ограничивает вводимую в течение жизни дозу и в некоторой степени их применимость.

[0012] Трансплантация стволовых клеток была признана наиболее эффективной формой противолейкозной терапии у пациентов с ОМЛ при первой или последующей ремиссии (Roboz, G.J. (2012) "Current Treatment Of Acute Myeloid Leukemia" Curr. Opin. Oncol. 24:711-719). Однако, к сожалению, несмотря на значительный прогресс в лечении впервые диагностированного ОМЛ, 20-40% пациентов не достигают ремиссии при стандартной индукционной химиотерапии, и ожидается, что 50-70% пациентов, вступающих в первую полную ремиссию, будут иметь рецидив в течение 3 лет. Оптимальная стратегия в момент рецидива или для применения у пациентов с резистентным заболеванием остается неопределенной (см. Tasian, S.K. (2018 "Acute Myeloid Leukemia Chimeric Antigen Receptor T-Cell Immunotherapy: How Far Up The Road Have We Traveled?" Ther. Adv. Hematol. 9(6): 135-148; Przespolewski, A. et al. (2018) "Advances In Immunotherapy For Acute Myeloid Leukemia" Future Oncol. 14(10):963-978; Shimabukuro-Vornhagen, A. et al. (2018) "Cytokine Release Syndrome" J. bnmunother. Cancer. 6(1):56 pp. 1-14; Milone, M.C. et al. (2018) "The Pharmacology of T Cell Therapies" Mol. Ther. Methods Clin. Dev. 8:210-221; Dhodapkar, M.V. et al. (2017) "Hematologic Malignancies: Plasma Cell Disorders " Am. Soc. Clin. Oncol. Educ. Book. 37:561-568; Kroschinsky, F. et al. (2017) "New Drugs, New Toxicities: Severe Side Effects Of Modern Targeted And Immunotherapy Of Cancer And Their Management" Crit. Care 14;21(1):89). Таким образом, необходимы новые терапевтические стратегии.

IV. Биспецифичные молекулы

[0013] Возможность получения немоноспецифичных молекул (например, биспецифичных антител, биспецифичных диател, антител BiTE® и так далее) обеспечивает значительное преимущество по сравнению с моноспецифичными молекулами, такими как природные антитела: возможность объединения и совместной локализации клеток, которые экспрессируют различные эпитопы. Таким образом, биспецифичные молекулы имеют широкое применение, включая терапию и иммунодиагностику. Биспецифичность обеспечивает большую гибкость в проектировании и конструировании диатела для различных применений, обеспечивая повышенную авидность к мультимерным антигенам, перекрестное связывание различных антигенов и направленное нацеливание на конкретные типы клеток на основании присутствия обоих антигенов-мишеней. Особое значение имеет объединение различных клеток, например, перекрестное связывание эффекторных клеток, таких как цитотоксические Т-клетки, с опухолевыми клетками (Staerz et al. (1985) "Hybrid Antibodies Can Target Sites For Attack By T Cells, " Nature 314:628-631, and Holliger etal. (1996) "Specific Killing Of Lymphoma Cells By Cytotoxic T-Cells Mediated By A Bispeciftc Diabody, " Protein Eng. 9:299-305).

[0014] Для получения молекул, обладающих большими возможностями, чем природные антитела, были разработаны разнообразные форматы рекомбинантных биспецифичных антител (см., например, публикации заявок РСТ №WO 2008/003116, WO 2009/132876, WO 2008/003103, WO 2007/146968, WO 2009/018386, WO 2012/009544, WO 2013/070565), в большинстве из которых применяют линкерные пептиды либо для слияния дополнительного связывающего белка (например, scFv, VL, VH и так далее) с кором антитела или введения его внутрь кора (IgA, IgD, IgE, IgG или IgM), либо для слияния нескольких связывающих частей антитела (например, двух Fab-фрагментов или scFv) друг с другом. В альтернативных форматах применяют линкерные пептиды для слияния связывающего белка (например, scFv, VL, VH и так далее) с доменом димеризации, таким как домен СН2-СНЗ, или с альтернативными полипептидами (WO 2005/070966, WO 2006/107786 WO 2006/107617, WO 2007/046893) и другие форматы, в которых домены CL и СН1 подвергают переключению относительно их соответствующих природных положений и/или в которых домены VL и VH были диверсифицированы (WO 2008/027236; WO 2010/108127) для обеспечения им возможности связывать более одного антигена.

[0015] В данной области техники дополнительно отмечена возможность получения диател, которые способны связывать два или более различных видов эпитопов (см., например, Holliger et al. (1993) "'Diabodies': Small Bivalent And Bi specific Antibody Fragments," Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 90:6444-6448. Были описаны стабильные ковалентно связанные гетеродимерные немоноспецифичные диатела (см., например, WO 2006/113665; WO/2008/157379; WO 2010/080538; WO 2012/018687; WO/2012/162068; Johnson, S. et al. (2010) "Effector Cell Recruitment With Novel Fv-Based Dual-Affinity Re-Targeting Protein Leads To Potent Tumor Cytolysis And In Vivo B-Cell Depletion" J. Molec. Biol. 399(3):436-449; Veri, M.C. et al. (2010) "Therapeutic Control Of В Cell Activation Via Recruitment Of Fcgamma Receptor lib (CD32B) Inhibitory Function With A Novel Bi specific Antibody Scaffold" Arthritis Rheum. 62(7): 1933-1943; Moore, P.A. et al. (2011) "Application Of Dual Affinity Retargeting Molecules To Achieve Optimal Redirected T-C ell Killing Of В-Cell Lymphoma," Blood 117(17):4542-4551). Такие диатела включают один или более остатков цистеина в каждый из применяемых видов полипептидов. Например, было показано, что добавление остатка цистеина к С-концу таких конструкций обеспечивает возможность образования дисульфидных связей между полипептидными цепями, стабилизирующих полученный гетеродимер без влияния на характеристики связывания бивалентной молекулы. Помимо этого, были описаны трехвалентные молекулы, содержащие диателоподобный домен (см., например, WO 2015/184203 и WO 2015/184207). Эпитоп-связывающие домены диатела также могут быть нацелены на поверхностную детерминанту любой иммунной эффекторной клетки, такую как CD3, CD 16, CD32 или CD64, которые экспрессируются на Т-лимфоцитах, клетках - естественных киллерах (NK) или других мононуклеарных клетках. Во многих исследованиях также было обнаружено, что связывание диатела с детерминантами эффекторных клеток, например, рецепторами Fey (FcyR), активирует эффекторную клетку (Holliger et al. (1996) "Specific Killing Of Lymphoma Cells By Cytotoxic T-Cells Mediated By A Bispecific Diabody, "Protein Eng. 9:299-305; Holliger et al. (1999) "Carcinoembryonic Antigen (CEA)-Specific T-cell Activation In Colon Carcinoma Induced By Anti-CD3 x Anti-CEA Bispecific Diabodies And B7 xAnti-CEA Bispecific Fusion Proteins," Cancer Res. 59:2909-2916; WO 2006/113665; WO 2008/157379; WO 2010/080538; WO 2012/018687; WO 2012/162068). Как правило, активация эффекторных клеток инициируется связыванием связанного с антигеном антитела с эффекторной клеткой посредством взаимодействия Fc-FcyR; таким образом, в этом отношении молекулы диател могут проявлять Ig-подобную функциональную активность независимо от того, содержат ли они Fc-домен (например, при оценке в любом анализе эффекторных функций, известном в данной области техники или приведенном в качестве примера в настоящем документе (например, анализе ADCC)). Путем перекрестного связывания опухолевых и эффекторных клеток диатело не только обеспечивает близость эффекторной клетки к опухолевой клетке, но и приводит к эффективному уничтожению опухоли (см., например, Cao et al. (2003) "Bispecific Antibody Conjugates In Therapeutics" Adv. Drug. Deliv. Rev. 55:171-197).

[0016] В стадии разработки находится несколько биспецифичных молекул, нацеленных на CD123 и CD3, способных опосредовать перенаправленное уничтожение Т-клетками экспрессирующих CD 123 злокачественных клеток (см., например, Vey, N., et al. (2017) "Interim Results From A Phase 1 First-In-Human Study Of Flotetuzumab, a CD123 × CD3 Bispecific DART Molecule In AML/MDS" Annals of Oncology, 28(S5)5, mdx373.001; Godwin, CD., et al. (2017) "Bispecific Anti-CD123 x Anti-CD3 Adaptir™ Molecules APV0436 and APV0437Have Broad Activity Against Primary Human AML Cells In Vitro" Blood. 130(S1): 2639; Forslund, A., etal. (2016) "Ex Vivo Activity Profile of the CD123×CD3 Duobody® Antibody JNJ -63709178 Against Primary Acute Myeloid Leukemia Bone Marrow Samples" Blood 128(22):2875.). Однако усилия по применению биспецифичных связывающих молекул, которые способны нацеливать Т-клетку на локализацию гематологического злокачественного новообразования, не были полностью успешными. Следовательно, остается неудовлетворенной потребность в разработке новых стратегий лечения гематологических злокачественных новообразований с применением биспецифичных к CD123 × CD3 связывающих молекул. Настоящее изобретение непосредственно направлено на удовлетворение этой и других потребностей, описанных ниже.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0017] Настоящее изобретение относится к способу лечения гематологического злокачественного новообразования, такого как острый миелоидный лейкоз (ОМЛ) или миелодиспластический синдром (МДС), включая гематологические злокачественные новообразования, которые являются рефрактерными к химиотерапевтическим и/или гипометилирующим агентам. Способ относится к введению биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулы пациенту в количестве, эффективном для стимуляции уничтожения клеток гематологического злокачественного новообразования у пациента. Настоящее изобретение дополнительно относится к варианту реализации такого способа, в котором клеточный образец от пациента свидетельствует об экспрессии одного или более генов-мишеней, повышенной относительно исходного уровня экспрессии таких генов, например, исходного уровня экспрессии таких генов в референсной популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием, или относительно уровня экспрессии референсного гена.

[0018] Более конкретно, в настоящем изобретении предложен способ лечения химиорефрактерного гематологического злокачественного новообразования у пациента, причем указанный способ включает введение пациенту лечебной дозировки биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы, причем указанная дозировка является эффективной для стимулирования уничтожения клеток гематологического злокачественного новообразования у пациента и, таким образом, лечения такого злокачественного новообразования.

[0019] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, который дополнительно включает оценку экспрессии одного или более генов-мишеней и/или референсных генов в клеточном образце, полученном от пациента, до и/или после введения биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы. В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где способ включает оценку экспрессии таких одного или более генов-мишеней и/или таких одного или более референсных генов до введения биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы. В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где способ включает оценку экспрессии таких одного или более генов-мишеней и/или таких одного или более референсных генов после введения биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

[0020] В настоящем изобретении также предложен способ определения того, будет ли пациент подходящим образом отвечать на применение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы для лечения гематологического злокачественного новообразования, где указанный способ включает:

(a) оценку экспрессии одного или более генов-мишеней в клеточном образце от пациента до введения биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы относительно экспрессии одного или более генов-мишеней и/или референсных генов; и

(b) идентификацию пациента как пациента, подходящим образом отвечающего на лечение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой, если обнаруживается, что экспрессия одного или более генов-мишеней повышается относительно экспрессии одного или более генов-мишеней и/или референсных генов.

[0021] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, в котором способ включает оценку: (i) экспрессии одного или более генов-мишеней; и (ii) одного или более референсных генов, экспрессия которых не имеет характерной связи с гематологическим злокачественным новообразованием.

[0022] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, который включает оценку экспрессии одного или более генов-мишеней относительно исходной экспрессии одного или более референсных генов пациента.

[0023] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, который включает оценку экспрессии одного или более генов-мишеней пациента относительно экспрессии одного или более генов-мишеней индивидуума, страдающего гематологическим злокачественным новообразованием, или популяции таких индивидуумов. В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, в котором экспрессия одного или более генов-мишеней такого пациента больше, чем первый квартиль (то есть больше, чем наименьшие 25%), больше, чем второй квартиль (то есть больше, чем наименьшие 50%), или больше, чем третий квартиль (то есть больше, чем наименьшие 75%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) такого индивидуума или такой популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием.

[0024] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, который включает оценку экспрессии одного или более генов-мишеней пациента относительно экспрессии одного или более генов-мишеней индивидуума, который ранее безуспешно получал лечение от гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению (например, индивидуума, который не смог успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы), или популяции таких индивидуумов. В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, в котором экспрессия одного или более генов-мишеней такого пациента больше, чем первый квартиль (то есть больше, чем наименьшие 25%), больше, чем второй квартиль (то есть больше, чем наименьшие 50%), или больше, чем третий квартиль (то есть больше, чем наименьшие 75%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) такого индивидуума или такой популяции индивидуумов, безуспешно получавших лечение. В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, в котором экспрессия одного или более генов-мишеней такого пациента имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,4, по меньшей мере приблизительно 0,5, по меньшей мере приблизительно 0,6 или выше относительно уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) такого индивидуума или такой популяции индивидуумов, безуспешно получавших лечение.

[0025] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, который включает оценку экспрессии одного или более генов-мишеней пациента относительно экспрессии одного или более генов-мишеней индивидуума, который ранее успешно получал лечение от гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению (например, индивидуума, который успешно отвечал на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы), или популяции таких индивидуумов. В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, в котором экспрессия одного или более генов-мишеней такого пациента находится в пределах первого квартиля (то есть в пределах наименьших 25%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней), в пределах второго квартиля (то есть между наименьшими 25% и 50%) или в пределах третьего квартиля (то есть между наименьшими 50% и 75%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) такого индивидуума или такой популяции индивидуумов, успешно получавших лечение.

[0026] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где относительный уровень экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции устанавливают путем усреднения уровня экспрессии генов в клеточных образцах, полученных от популяции индивидуумов.

[0027] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где такой пациент демонстрирует уровень экспрессии по меньшей мере одного из таких генов-мишеней:

(a) который превышает первый квартиль уровней экспрессии такого гена-мишени в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием; или

(b) который превышает первый квартиль уровней экспрессии такого гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) который имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,4 относительно уровней экспрессии такого гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) который находится в пределах по меньшей мере первого квартиля уровней экспрессии такого гена-мишени в популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

[0028] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где такой пациент демонстрирует уровень экспрессии по меньшей мере одного из таких генов-мишеней:

(a) который превышает второй квартиль уровней экспрессии такого гена-мишени в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием; или

(b) который превышает второй квартиль уровней экспрессии такого гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) который имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,4 относительно уровней экспрессии такого гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) который находится в пределах по меньшей мере второго квартиля уровней экспрессии такого гена-мишени в популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

[0029] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где такой пациент демонстрирует уровень экспрессии по меньшей мере одного из таких генов-мишеней:

(a) который превышает третий квартиль уровней экспрессии такого гена-мишени в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) который превышает третий квартиль уровней экспрессии такого гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) который имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,6 относительно уровней экспрессии такого гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

[0030] В настоящем изобретении также предложен способ лечения гематологического злокачественного новообразования, где указанный способ включает:

(а) применение способа согласно любому из указанных выше вариантов реализации для определения того, будет ли пациент подходящим образом отвечать на применение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы для лечения гематологического злокачественного новообразования;

(b) введение пациенту лечебной дозировки биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы, если установлено, что пациент подходящим образом отвечает на такое лечение;

причем введение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы стимулирует уничтожение клеток гематологического злокачественного новообразования у пациента.

[0031] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, который дополнительно включает оценку экспрессии такого одного или более генов-мишеней в клеточном образце, полученном от пациента один или более раз после начала лечения.

[00321 В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где клеточный образец представляет собой образец костного мозга или крови. В частности, вариант реализации таких способов, где клеточный образец представляет собой образец костного мозга.

[0033] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, который также включает выявление уровня экспрессии одного или более генов-мишеней в образце костного мозга пациента. В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, который также включает выявление уровня экспрессии одного или более референсных генов.

[0034] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, которые включают выявление уровня экспрессии таких одного или более генов-мишеней и/или таких одного или более референсных генов в образце костного мозга пациента, в частности, до введения биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

[0035] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, в котором оценку экспрессии или определение того, будет ли пациент подходящим образом отвечать на применение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы для лечения гематологического злокачественного новообразования, осуществляют путем:

(a) определения уровней экспрессии генов для каждого гена-мишени в одном или более клеточных образцах с применением платформы экспрессии генов;и

(b) сравнения уровней экспрессии гена-мишени с уровнями экспрессии одного или более референсных генов.

[0036] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, в котором оценку экспрессии или определение того, будет ли пациент подходящим образом отвечать на применение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы для лечения гематологического злокачественного новообразования, осуществляют путем:

(a) измерения необработанных значений уровней РНК для каждого гена-мишени в одном или более клеточных образцах в платформе экспрессии генов;

причем платформа экспрессии генов содержит референсный набор генов домашнего хозяйства; и

(b) присвоение относительного значения экспрессии каждому из измеренных необработанных значений уровней РНК для генов-мишеней с применением измеренных уровней РНК внутренних референсных генов.

[0037] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где один или более генов-мишеней включают:

(а) один или более из: CXCL9, CXCL10, CXCL11 и STAT1; и/или

(а) один или более из: CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-E, IDO1, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1 и TIGIT; и/или

(c) один или более из: AREG, CSF3, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CCL20, FOSL1, IER3 (NM_003897.4), IL6 и PTGS2; и/или

(d) один или более из: CCL2, CCL3/L1, CCL4, CCL7 и CCL8; и/или

(e) один или более из: MAGEA3/A6, MAGEA1, MAGEA12, MAGEA4, MAGEB2, MAGEC1 и MAGEC2; и/или

(f) один или более из: APOL6, DTX3L, GBP1, IFI16, IFI27, IFI35, IFI6, IFIH1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFITM1, IFITM2, IRF1, IRF9, ISG15, МХ1, OAS1, OAS2, PARP9, PSMB9, STAT2, ТМЕМ140 и TRIM21; и/или

(g) один или более из: PSMB8, PSMB9 и PSMB10; и/или

(h) IL10; и/или

(i) CD274; и/или

(j) PDCD1LG2.

[0038] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где один или более генов-мишеней дополнительно включают IFNG (NM_000619.2).

[0039] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где один или более референсных генов включают один или более из: ABCF1, G6PD, NRDE2, OAZ1, POLR2A, SDHA, STK11IP, TBC1D10B, ТВР и UBB.

[0040] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где показатель сигнатуры гена определяется для одного или более генов-мишеней. В конкретных вариантах реализации настоящего изобретения такой показатель сигнатуры гена определяют на основании необработанных значений уровней РНК каждого гена-мишени способом, включающим:

(a) измерение необработанных значений уровней РНК для каждого гена-мишени в еще одном клеточном образце с применением платформы экспрессии генов, содержащей набор референсных генов домашнего хозяйства,

(b) нормализацию каждого из измеренных необработанных значений уровней РНК к среднему геометрическому значению таких генов домашнего хозяйства и необязательно дальнейшую нормализацию каждого значения РНК к стандарту,

(c) логарифмическое преобразование каждого нормализованного значения РНК,

(d) умножение каждого логарифмически преобразованного значения РНК на соответствующий весовой коэффициент для получения взвешенного значения РНК, и

(e) добавление взвешенных значений РНК и необязательно добавление константы поправочного коэффициента для получения единого показателя сигнатуры гена.

[0041] Предпочтительно сигнатуру гена определяют с применением генов-мишеней, представленных в Таблицах 6 и 12A-12G. В некоторых вариантах реализации настоящего изобретения весовые коэффициенты представлены в Таблицах 6 и 12A-12G. В некоторых вариантах реализации настоящего изобретения к каждому показателю добавляют поправочный коэффициент.В конкретных вариантах реализации поправочные коэффициенты представлены в Таблицах 6 и 12B-12G.

[00421 Настоящее изобретение, в частности, относится к варианту реализации таких способов, где показатель сигнатуры гена определяют для одной или более из:

(a) сигнатуры сигнального пути IFN-гамма;

(b) сигнатуры воспаления опухоли;

(c) сигнатуры миелоидного воспаления;

(d) сигнатуры воспалительных хемокинов;

(e) сигнатуры MAGEs;

(f) сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN;

(g) сигнатуры иммунопротеасомы;

(h) сигнатуры IL10;

(i) сигнатуры PD-L1; и/или

(j) сигнатуры PD-L2.

[0043] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает первый квартиль показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием; или

(b) превышает первый квартиль показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,4 относительно показателей сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) находится в пределах по меньшей мере первого квартиля показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы,

указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

[0044] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает второй квартиль для сигнатуры гена, рассчитанный на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием; или

(b) превышает второй квартиль для сигнатуры гена, рассчитанный на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,5 относительно показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) находится в пределах по меньшей мере второго квартиля показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые успешно ответили на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы,

указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

[0045] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает третий квартиль показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием; или

(b) превышает третий квартиль показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,6 относительно показателей сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы,

указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

[0046] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где:

(a) сигнатура гена представляет собой сигнатуру сигнального пути IFN-гамма, и показатель сигнатуры гена пациента, составляющий по меньшей мере приблизительно 2,5, указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой, и/или

(b) сигнатура гена представляет собой сигнатуру воспаления опухоли, и показатель сигнатуры гена пациента, составляющий по меньшей мере приблизительно 5,5, указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой; и/или

(c) сигнатура гена представляет собой сигнатуру нисходящего сигнального пути IFN, и показатель сигнатуры гена пациента, составляющий по меньшей мере приблизительно 4,5, указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

[0047] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где сигнатура гена представляет собой сигнатуру сигнального пути IFN-гамма, сигнатуру воспаления опухоли или сигнатуру нисходящего сигнального пути IFN, и показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает первый квартиль показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием; или

(b) превышает первый квартиль показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3

молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,4 относительно показателей сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) находится в пределах по меньшей мере первого квартиля показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы,

указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

[0048] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где сигнатура гена представляет собой сигнатуру сигнального пути IFN-гамма, сигнатуру воспаления опухоли или сигнатуру нисходящего сигнального пути IFN, и показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает второй квартиль показателей сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием; или

(b) превышает второй квартиль показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,5 относительно показателей для сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или (d) находится в пределах по меньшей мере второго квартиля показателей сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые успешно ответили на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы,

указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

[0049] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, в котором пациент, который демонстрирует сигнатуру экспрессии гена, характерную для иммунно обогащенного и IFN-гамма-доминантного микроокружения опухоли, свидетельствует о более благоприятном ответе пациента на лечение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

[0050] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где биспецифичная к CD123 × CD3 молекула представляет собой биспецифичное антитело или биспецифичную молекулу, содержащую scFv.

[0051] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где биспецифичная к CD123 × CD3 молекула представляет собой JNJ-63709178, XmAb 14045 или APV0436.

[0052] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где биспецифичная к CD123 × CD3 молекула представляет собой ковалентно связанное биспецифичное диатело, имеющее две, три или четыре полипептидные цепи.

[0053] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где биспецифичная к CD123 × CD3 молекула представляет собой диатело, которое содержит:

(a) первую полипептидную цепь, имеющую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:21; и

(b) вторую полипептидную цепь, имеющую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:23; и

где первая и вторая полипептидные цепи ковалентно связаны друг с другом дисульфидной связью.

[0054] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где гематологическое злокачественное новообразование такого пациента выбрано из группы, состоящей из: острого миелоидного лейкоза (ОМЛ), хронического миелогенного лейкоза (ХМЛ), бластного криза ХМЛ, связанного с онкогеном Абельсона ХМЛ (транслокации Bcr-ABL), миелодиспластического синдрома (МДС), острого В-лимфобластного лейкоза (В-ОЛЛ), острого Т-лимфобластного лейкоза (Т-ОЛЛ), хронического лимфоцитарного лейкоза (ХЛЛ), синдрома Рихтера, трансформации ХЛЛ Рихтера, волосатоклеточного лейкоза (ВКЛ), бластной плазмоцитоидной дендритно-клеточной неоплазии (БПДКН), неходжкинской лимфомы (НХЛ), включая мантийноклеточную лимфому (МКЛ) и мелкоклеточную лимфоцитарную лимфому (МЛЛ), лимфомы Ходжкина, системного мастоцитоза и лимфомы Беркитта.

[0055] В настоящем изобретении также предложены варианты реализации таких способов, в которых гематологическое злокачественное новообразование такого пациента представляет собой ОМЛ, МДС, БПДКН или Т-ОЛЛ.

[0056] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, отличающийся тем, что гематологическое злокачественное новообразование у такого пациента является рефрактерным к химиотерапии (СТХ), как то рефрактерным к цитотоксической химиотерапии цитарабином/антрациклином или рефрактерным к химиотерапии гипометилирующими агентами (НМА).

[0057] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, который также включает определение уровня экспрессии CD123 бластных клеток (раковых клеток) по сравнению с соответствующим исходным уровнем CD123, экспрессируемым нормальными мононуклеарными клетками периферической крови (МКПК).

[0058] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где уровень экспрессии определяют путем измерения экспрессии CD123 на клеточной поверхности. В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, в котором экспрессия CD123 на клеточной поверхности повышена по меньшей мере приблизительно на 20% по сравнению с исходным уровнем экспрессии. В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, в котором повышение экспрессии CD123 делает пациента более чувствительным к лечению биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

[0059] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, где эффективная дозировка биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы выбрана из группы, состоящей из 30, 100, 300 и 500 нг/кг массы тела пациента в день.

[0060] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации всех описанных выше способов, согласно которому лечебную дозировку вводят в виде непрерывной инфузии. В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, при котором лечебная дозировка составляет 30 нг/кг/день при введении посредством непрерывной инфузии в течение 3 дней с последующей лечебной дозировкой 100 нг/кг/день при введении посредством непрерывной инфузии в течение 4 дней. В настоящем изобретении также предложен вариант реализации таких способов, при котором лечебная дозировка дополнительно включает введение 500 нг/кг/день при введении путем непрерывной инфузии.

[0061] В настоящем изобретении также предложен вариант реализации всех описанных выше способов, при котором указанный пациент представляет собой человека.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙ:

[0062] На Фигурах 1А-1С представлена общая структура иллюстративных молекул диател. На Фигуре 1А представлена структура первой и второй полипептидных цепей двухцепочечного биспецифичного к CD123 × CD3 диатела («DART-А», также известного как флотетузумаб), содержащего два эпитоп-связывающих домена, способствующие гетеродимеризации домены и цистеинсодержащий линкер. На Фигурах 1В-1С представлена общая структура биспецифичного к CD123 × CD3 диатела, имеющего два эпитоп-связывающих домена, состоящих из трех полипептидных цепей. Две из полипептидных цепей содержат домен СН2 и СН3, расположенный таким образом, что объединенные цепи образуют Fc-домен или его часть. Полипептидные цепи, содержащие домены VL и VH, дополнительно содержат способствующий гетеродимеризации домен и линкер. Остаток цистеина может присутствовать в линкере (Фигуры 1А и 1В) и/или в способствующем гетеродимеризации домене (Фигура 1С). Домены VL и VH, распознающие один и тот же эпитоп, показаны с применением одного и того же затенения или штриховки.

[0063] На Фигуре 2 представлена неконтролируемая иерархическая кластеризация 46 сигнатур IO 360 или типов клеток, полученных из исходной биопсии костного мозга, взятой от пациентов, которые имели рефрактерный ответ на традиционную химиотерапию (например, рефрактерный ответ пациента на схему лечения цитарабином, вводимым совместно с даунорубицином (индукционная терапия 7+3 (Ref СТХ)), или пациентов, которые имели рефрактерный ответ на схему лечения гипометилирующими агентами децитабином и азацитидином (Ref НМА, также включая пациентов с вторичным ОМЛ), и пациентов, которые имели рецидив (Relapse), во всех случаях до применения флотетузумаба. Также показаны ответы пациентов на терапию биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулой - флотетузумабом. Такие ответы были отмечены либо как антилейкозный ответ (Anti-leuk (А)), в который были включены пациенты с полным ответом (CR), полным ответом с неполным гематологическим улучшением (CRi), состоянием без морфологического лейкоза (MLF), другим противолейкозным благоприятным эффектом (ОВ) или частичным ответом (PR)), либо как отсутствие ответа (NR, в которое были включены прогрессирующее заболевание/неэффективность лечения (PD) и стабильное заболевание (SD)). Каждый показатель сигнатуры IO 360 был изменен в пределах показателя для этой когорты с применением шкалы от -3 до +3, чтобы облегчить сравнение сигнатур. Сигнатуры генов иммунного обогащения и иммунного истощения помещены в колонки кластера 2 и кластера 3, соответственно.

[0064] На Фигурах 3А-3О показано, что у пациентов с рефрактерностью к химиотерапии и НМА различная экспрессия сигнатур множества генов. В частности, профили экспрессии генов пациентов с рецидивом демонстрируют признаки иммунного обеднения, в то время как профили рефрактерных к НМА пациентов (включая рефрактерных к НМА пациентов и пациентов с вторичным ОМЛ) демонстрируют признаки иммунного истощения и адаптивной иммунной резистентности, включая повышение сигнатур генов TIGIT, PD-L1 и Treg совместно с тенденцией к повышению сигнатур генов, связанных с истощенными CD8 Т-клетками, по сравнению с резистентными к СТХ пациентами. Фигура 3А представляет собой форест-график различий в кратных изменениях между пациентами с рецидивом и всеми рефрактерными пациентами (к СТХ и НМА). Фигура 3В представляет собой форест-график различий в кратных изменениях между пациентами с резистентностью к НМА и пациентами с рецидивом; Фигура 3С представляет собой форест-график различий в кратных изменениях между пациентами с резистентностью к НМА и пациентами с резистентностью к СТХ. Сигнатуры генов кластера иммунного истощения 2 (С2) и кластера иммунного обогащения 3 (С3) показаны на Фигурах 3А и 3С. Показатели сигнатуры генов миелоидных клеток (Фигура 3D), макрофагов (Фигура 3Е), нейтрофилов (Фигура 3F), В-клеток (Фигура 3G), IFN-гамма (IFN-γ, Фигура 3Н), PD-L1 (Фигура 31), TIGIT (Фигура 3J), CTLA-4 (Фигура 3K), Th1 (Фигура 3L), CTL (Фигура 3М), CD8 Т-клеток (Фигура 3N) и цитотоксичности (Фигура 3О) нанесены на график для профилей иммунного истощения (Depl.), иммунного обогащения (Enriched) и иммунного истощения (Exh.).

[0065] На Фигуре 4 показано процентное изменение (относительно исходного уровня) бластов костного мозга у 25 пациентов (пациентов с рецидивом (RL), пациентов с рефрактерностью к СТХ (СТх) и пациентов с рефрактерностью к НМА (НМА)) после терапии биспецифичными к CD123 × CD3 связывающими молекулами и их ответ на такую терапию (CR, полный ответ; mCR, молекулярный CR; CRi, полный ответ с неполным гематологическим улучшением; MLF, состояние без морфологического лейкоза; PR, частичный ответ; SD, стабильное заболевание; PD, прогрессирующее заболевание/неэффективность лечения).

[0066] На Фигурах 5А-5С показано, что сигнатура сигнального пути IFN-гамма повышена на исходном уровне у ответивших на флотетузумаб, и что сигнатура сигнального пути IFN-гамма, следовательно, позволяет прогнозировать положительный ответ на терапию биспецифичными к CD123 × CD3 связывающими молекулами. Фигура 5А представляет собой форест-график различий в кратных изменениях на исходном уровне между пациентами с OR и пациентами с NR, демонстрирующий, что сигнатура сигнального пути IFN-гамма была повышена в исходных образцах у пациентов с OR (указаны сигнатуры генов иммунного истощения (С2) и иммунного обогащения (С3)). Также наблюдалось повышение сигнатуры воспаления опухоли и сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN. На Фигуре 5 В показано распределение показателей сигнатуры сигнального пути IFN-гамма в популяциях пациентов с NR и OR (2^ый ОМЛ; Ref СТХ: рефрактерность к СТХ; Ref НМА: рефрактерность к НМА, Relapse: первичный рецидив). На Фигуре 5С представлены ROC-кривые, показывающие прогностическую эффективность исходного показателя сигнатуры сигнального пути IFN-гамма с AUC=0,819.

[0067] На Фигуре 6 показана экспрессия сигнатур генов, связанных с цитотоксическими клетками, или CD8+ Т-клетками, при исследовании РНК либо из образцов костного мозга до лечения («исходный уровень»), либо из образцов костного мозга после первого цикла лечения флотетузумабом («цикл 1»).

[0068] На Фигуре 7 показана экспрессия CD123 в популяциях пациентов, которые имели либо рефрактерность к химиотерапии, либо рецидив, либо рефрактерность к НМА, либо неэффективность НМА.

[0069] На Фигуре 8 показана корреляция между уровнем экспрессии PD-L1 в бластах ОМЛ у пациентов на исходном уровне (BL) и тем, имели ли пациенты раннее прогрессирование или отвечали на терапию биспецифичными к CD123 × CD3 связывающими молекулами. Данные представлены как среднее + распределение.

[0070] На Фигуре 9 показана неконтролируемая иерархическая кластеризация 48 сигнатур IO 360 или типов клеток, полученных из исходной биопсии костного мозга, взятой у пациентов, имевших первичный рефрактерный ответ на традиционную химиотерапию (Р), и пациентов, имевших рецидив (R), во всех случаях до лечения флотетузумабом. Также показаны ответы пациентов на терапию биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулой -флотетузумабом. Такие ответы были отмечены либо как антилейкозный ответ (А, в который были включены пациенты с полным ответом (CR), полным ответом с неполным гематологическим улучшением (CRi), состоянием без морфологического лейкоза (MLF), другим противолейкозным благоприятным эффектом (ОВ) или частичным ответом (PR)), либо как отсутствие ответа (N, в которое были включены прогрессирующее заболевание/неэффективность лечения (PD) и стабильное заболевание (SD)). Каждый показатель сигнатуры IO 360 был изменен в пределах показателя для этой когорты с применением шкалы от -3 до +3, чтобы облегчить сравнение сигнатур. Показана стратификация на иммунно инфильтрированный и иммунно обедненный кластеры.

[0071] Фигура 10 представляет собой форест-график различий в кратных изменениях на исходном уровне у пациентов с рецидивом и рефрактерных пациентов между пациентами, демонстрирующими антилейкозный ответ (OR), и пациентами, не ответившими (NR) на лечение биспецифичными к CD123 × CD3 связывающими молекулами с применением флотетузумаба, демонстрирующий, что несколько сигнатур были повышены в исходных образцах пациентов, ответивших на лечение, включая: сигнатуру сигнального пути IFN-гамма, сигнатуру нисходящего сигнального пути IFN и сигнатуру воспаления опухоли (каждая заключена в рамку). Сигнатуры генов, составляющие IFN-доминантный модуль, отмечены звездочкой и также повышены в исходных образцах у пациентов, ответивших на лечение.

[0072] На Фигурах 11A-11D показано распределение показателей нескольких сигнатур генов и модуля IFN у пациентов с рефрактерностью (Refr.) и рецидивом (Rel.), пациенты с OR отмечены большими незаштрихованными кружками, пациенты с NR отмечены маленькими сплошными точками. Сравнение проводили с применением U-критерия Манна-Уитни для парных данных. **Р <0,01. На Фигуре НА показано распределение показателей сигнатуры сигнального пути IFN-гамма. На Фигуре 11В показано распределение показателей сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN. На Фигуре 11С показано распределение показателей сигнатуры воспаления опухоли (TIS). На Фигуре 11D показано распределение показателей IFN-доминантного модуля (модуля IFN).

[0073] На Фигурах 12A-12J показано распределение показателей девяти сигнатур генов, составляющих IFN-доминантный модуль и сигнатуру воспаления опухоли (TIS) у пациентов, не ответивших на лечение(NR) и ответивших на лечение (пациентов с антилейкозный ответом) (OR). На Фигуре 12А представлены показатели сигнатуры сигнального пути IFN-гамма; на Фигуре 12В представлены показатели сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN; на Фигуре 12С представлены показатели сигнатуры миелоидного воспаления; на Фигуре 12D представлены показатели сигнатуры иммунопротеасомы; на Фигуре 12Е представлены показатели сигнатуры воспалительных хемокинов; на Фигуре 12F представлены показатели сигнатуры MAGEs; на Фигуре 12G представлены показатели сигнатуры PD-L1; на Фигуре 12Н представлены показатели сигнатуры PD-L2; на Фигуре 12I представлены показатели сигнатуры IL10; на Фигуре 12J представлены показатели сигнатуры воспаления опухоли (TIS).

[0074] На Фигурах 13А-13K представлены ROC-кривые, показывающие прогностическую эффективность исходных показателей для девяти сигнатур генов, которые составляют IFN-доминантный модуль, сигнатуру воспаления опухоли (TIS) и IFN-доминантный модуль для группы из 30 пациентов с рефрактерностью/рецидивом. На Фигуре 13А представлена ROC-кривая для показателей сигнатуры сигнального пути IFN-гамма с AUC=0,750. На Фигуре 13В представлена ROC-кривая для показателей сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN-гамма с AUC=0,755. На Фигуре 13С представлена ROC-кривая для показателей сигнатуры миелоидного воспаления с AUC=0,69. На Фигуре 13D представлена ROC-кривая для показателей сигнатуры иммунопротеасомы с AUC=0,505. На Фигуре 13Е представлена ROC-кривая для показателей сигнатуры воспалительных хемокинов с AUC=0,764. На Фигуре 13F представлена ROC-кривая для показателя сигнатуры MAGEs с AUC=0,736. На Фигуре 13G представлена ROC-кривая для показателей сигнатуры PD-L1 с AUC=0,699. На Фигуре 13Н представлена ROC-кривая для показателя сигнатуры PD-L2 с AUC=0,727). На Фигуре 13I представлена ROC-кривая для показателей сигнатуры IL10 с AUC=0,745). На Фигуре 13J представлена ROC-кривая для показателей TIS с AUC=0,852. На Фигуре 13K представлены ROC-кривые для показателей IFN-доминантного модуля с AUC=0,806.

[0075] На Фигурах 14A-14D представлено распределение показателей сигнатур генов воспаления опухоли (TIS, Фигура 14А), сигнального пути IFN-гамма (Фигура 14В), механизма процессинга антигена (АРМ, Фигура 14С) и PD-L1 (Фигура 14D), определенное по РНК либо из образцов костного мозга до лечения («Рге»), либо из образцов костного мозга после первого цикла лечения флотетузумабом («Post-C1»), пациенты с OR отмечены большими незаштрихованными кружками, пациенты с NR отмечены маленькими сплошными точками. Сравнения проводили с помощью U-критерия Манна-Уитни для парных данных. Pre=исходный уровень. С1=цикл 1. **Р <0,01. ***Р <0,001.

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0076] Настоящее изобретение относится к способу лечения гематологического злокачественного новообразования, такого как острый миелоидный лейкоз (ОМЛ) или миелодиспластический синдром (МДС), включая гематологические злокачественные новообразования, которые являются рефрактерными к химиотерапевтическим и/или гипометилирующим агентам. Указанный способ относится к введению биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулы пациенту в количестве, эффективном для стимуляции уничтожения клеток указанного гематологического злокачественного новообразования у указанного пациента. Настоящее изобретение дополнительно относится к варианту реализации такого способа, в котором клеточный образец от пациента свидетельствует об экспрессии одного или более генов-мишеней, которая повышена относительно исходного уровня экспрессии таких генов, например, исходного уровня экспрессии таких генов в референсной популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием, или относительно уровня экспрессии референсного гена.

[0077] Как указано выше, резистентность к химиотерапии и рецидив остаются значимыми причинами смертности у детей и взрослых с острым миелоидным лейкозом (ОМЛ). Ожидается, что при получении традиционной химиотерапии только 26,9% пациентов будут иметь выживаемость более 5 лет.

[0078] Терапевтический подход к лечению пациентов с острым миелоидным лейкозом (ОМЛ) существенно не изменился за срок более 30 лет.Стандартная терапия первой линии представляет собой схему с двумя препаратами, в которой цитарабин применяют в сочетании с даунорубицином (так называемая индукционная терапия 7+3, сокращенно именуемая в настоящем документе «СТХ»). Гипометилирующие агенты (сокращенно называемые в настоящем документе «НМА») децитабин и азацитидин обычно вводят пожилым пациентам или пациентам, для которых схема СТХ считается неподходящей. Тем не менее, данные литературы указывают на то, что до 45% пациентов рефрактерны к стандартной химиотерапии первой линии. Дальнейшая интенсификация традиционной цитотоксической химиотерапии была признана нецелесообразной из-за тяжести острых и долгосрочных побочных эффектов в отношении нормальных тканей, обычно вызываемых этими лекарственными средствами (Tasian, S.K. (2018 "Acute Myeloid Leukemia Chimeric Antigen Receptor T-Cell Immunotherapy: How Far Up The Road Have We Traveled?'," Ther. Adv. Hematol. 9(6): 135-148; Przespolewski, A. et al. (2018) "Advances In Immunotherapy For Acute Myeloid Leukemia" Future Oncol. 14(10):963-978; Shimabukuro-Vornhagen, A. et al. (2018) "Cytokine Release Syndrome" J. hnmunother. Cancer. 6(1):56 pp.1-14; Milone, M.C. et al. (2018) "The Pharmacology of T Cell Therapies," Mol. Ther. Methods Clin. Dev. 8:210-221; Dhodapkar, M.V. et al. (2017) "Hematologic Malignancies: Plasma Cell Disorders," Am. Soc. Clin. Oncol. Educ. Book. 37:561-568; Kroschinsky, F. et al. (2017) "New Drugs, New Toxicities: Severe Side Effects Of Modern Targeted And Immunotherapy Of Cancer And Their Management," Crit. Care 14;21(1):89).

[0079] Биспецифичные антитела, которые взаимодействуют с Т-клетками, стимулируют высвобождение провоспалительных цитокинов. Такие цитокины могут повышать эффективность против лейкоза посредством прямой цитотоксичности, а также активации и привлечения иммунных клеток в очаг опухоли (Hoseini, S.S. et al. (2107) "Acute Myeloid Leukemia Targets For Bispecific Antibodies" Blood Cancer Journal 7:e522, doi:10.1038/bcj.2017.2; pp.1-12. В частности, лечение флотетузумабом, биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулой, тестируется в исследовании фазы 1/2 рецидивирующего/рефрактерного («R/R») ОМЛ. Несмотря на большой потенциал иммунотерапии для избирательного нацеливания на раковые клетки, вызывающие гематологические злокачественные новообразования (см., например, Koch, J. et al. (2017) "Recombinant Antibodies to Arm Cytotoxic Lymphocytes in Cancer Immunotherapy," Transfus. Med. Hemother. 44:337-350; Lichtenegger, F.S. et al. (2017) "Recent Developments In Immunotherapy Of Acute Myeloid Leukemia," J. Hematol. Oncol. 10:142, стр. 1-20), попытки применения биспецифичных связывающих молекул, которые способны нацеливать Т-клетку на локализацию гематологического злокачественного новообразования, не были полностью успешными.

[0080] Таким образом, разработка новых стратегий лечения, включая иммунотерапию, остается приоритетной задачей. Ранее сообщалось, что пациенты с ОМЛ с иммунно обогащенным и IFN-гамма-доминантным микроокружением опухоли («ТМЕ») имеют значительно более короткую безрецидивную выживаемость, что свидетельствует о рефрактерности к стандартной индукционной химиотерапии (Vadakekolathu, J. et al. (2017) "Immune Gene Expression Profiling in Children and Adults with Acute Myeloid Leukemia Identifies DistinctPhenotypic Patterns," Blood 130:3942A).

[0081] В контексте настоящей заявки термин «сигнатура экспрессии генов» предназначен для обозначения паттерна экспрессии генов группы генов, характерной для конкретного типа клеток и/или биологического процесса (см., например, Stenner, F. et al. (2018) "Cancer Immunotherapy and the Immune Response in Follicular Lymphoma," Front. Oncol. 8:219 doi: 10.3389/fonc.2018.00219, pages 1-7; Cesano, A. et al. (2018) "Bringing The Next Generation Of Immuno-Oncology Biomarkers To The Clinic" Biomedicines 6(14) doi: 10.3390/biomedicines6010014, pages 1-11; Shrestha, G. et al. (2016) "The Value Of Genomics In Dissecting TheRAS-Network And In Guiding Therapeutics For RAS-Driven Cancers," Semin. Cell Dev. Biol. 58:108-117; Gingras, I. et al. (2015) "CCR 20th Anniversary Commentary: Gene-Expression Signature in Breast Cancer- Where Did It Start and Where Are We Now?" Clin. Cancer Res. 21(21):4743-4746; Eberhart, C.G. (2011) "Molecular Diagnostics In Embryonal Brain Tumors," Brain Pathol. 21(1):96-104; Baylin, S.B. (2009) "Stem Cells, Cancer, And Epigenetics," StemBook, ed. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi/10.3824/stembook.l.50.1, pages 1-14; Asakura, M. et al. (2009) "Global Gene Expression Profiling In The Failing Myocardium," Circ. J. 73(9): 1568-1576; Shaffer, A.L. et al. (2001) "Signatures Of The Immune Response" Immunity 15(3):375-385; Staudt, L.M. et al. (2005) "TheBiology Of 'HumanLymphoid Malignancies Revealed By Gene Expression Profiling," Adv. Immunol. 87:163-208). Наблюдаемая сигнатура экспрессии генов и/или изменения этой сигнатуры вследствие нарушения (или отсутствия нарушения) биологического процесса (процессов) могут быть применены для оценки наличия, характера и/или тяжести патологического состояния.

[0082] Центральный аспект настоящего изобретения относится к выявлению того, что наличие IFN-гамма-доминантных микроокружений опухоли ОМЛ («ТМЕ»), в отличие от прогнозирования резистентности к стандартной химиотерапии, позволяет прогнозировать благоприятный ответ на терапию с применением биспецифичных к CD123 × CD3 связывающих молекул, включая терапию с применением биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулы флотетузумаба. Настоящее изобретение частично основано на выявлении того, что некоторые субпопуляции пациентов с рефрактерным гематологическим злокачественным новообразованием (например, острым миелоидным лейкозом) особенно хорошо поддаются лечению биспецифичными к CD123 × CD3 связывающими молекулами (например, флотетузумабом). Члены этой субпопуляции могут быть легко идентифицированы по их способности демонстрировать сигнатуру экспрессии генов, которая характерна для наличия иммунно обогащенного и IFN-гамма-доминантного микроокружения опухоли.

I. Идентификация популяций пациентов, особенно подходящих для лечения с применением биспецифичных к CD123 × CD3 связывающих молекул согласно настоящему изобретению

А. Способы определения «сигнатур экспрессии генов»

[0083] Чтобы определить, демонстрирует ли пациент сигнатуру экспрессии генов, которая характерна для наличия иммунно обогащенного и IFN-гамма-доминантного микроокружения опухоли, чтобы таким образом идентифицировать его как особенно подходящего для лечения гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению, оценивают образец РНК из клеточного образца, полученного от пациента, для определения того, свидетельствует ли он о повышенной экспрессии одного или более «генов-мишеней», экспрессия которых коррелирует с такой сигнатурой. Для такой оценки могут быть применены ранее проведенные обнаружение и/или измерение экспрессии генов или она может включать этап (этапы) обнаружения и/или измерения экспрессии таких генов. В контексте настоящей заявки термин «клеточный образец» относится к образцу, содержащему клетки или экстракт клеток.

[0084] Любой клеточный образец может быть применен в качестве источника РНК или белка для применения при определении того, демонстрирует ли пациент сигнатуру экспрессии генов, которая характерна для наличия иммунно обогащенного и IFN-гамма-доминантного микроокружения опухоли. Однако предпочтительно, чтобы такие сравнения экспрессии генов проводились с применением РНК, полученной из образца костного мозга (КМ), или из образца крови, или из образца бластных клеток (раковых клеток) пациента или популяции доноров. В тех случаях, когда РНК получают из таких клеток популяции доноров для получения сведений об исходном уровне экспрессии, может быть применено среднее значение применяемых уровней экспрессии (например, может быть применено среднее геометрическое значение). Для проведения таких сравнений экспрессии генов может быть применен ряд различных референсных популяций. В конкретных вариантах реализации уровень экспрессии по меньшей мере одного гена-мишени, проявляемый пациентом, сравнивают с уровнем экспрессии такого гена-мишени, проявляющимся в: популяции индивидуумов, страдающих от гематологического злокачественного новообразования; популяции индивидуумов, страдающих от такого гематологического злокачественного новообразования на момент определения такого референсного уровня экспрессии, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования (то есть популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы); и/или популяции индивидуумов, страдавших от такого гематологического злокачественного новообразования на момент определения такого референсного уровня экспрессии, которым впоследствии было проведено успешное лечение от гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению (то есть популяции индивидуумов, которые успешно ответили на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы). Если популяция сравнения представляет собой популяцию индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием, такая популяция предпочтительно включает индивидуумов, страдающих тем же гематологическим злокачественным новообразованием, что и пациент.Такая популяция может включать индивидуумов, которые имели рецидив после предшествующего лечения химиотерапевтическим агентом и/или которые были рефрактерны к лечению химиотерапевтическим агентом (то есть имели первичную рефрактерность). Если популяция сравнения представляет собой популяцию индивидуумов, которые успешно или неуспешно ответили на лечение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы гематологического злокачественного новообразования, такая популяция предпочтительно включает индивидуумов, страдающих тем же гематологическим злокачественным новообразованием, что и пациент.

[0085] В контексте настоящей заявки экспрессия гена считается «повышенной», если по сравнению с исходным уровнем или другой величиной сравнения (например, экспрессией такого гена в популяции) его экспрессия по меньшей мере приблизительно на 10% больше, по меньшей мере приблизительно на 20% больше, по меньшей мере приблизительно на 30% больше, по меньшей мере приблизительно на 40% больше, по меньшей мере приблизительно на 50% больше, по меньшей мере приблизительно на 60% больше, по меньшей мере приблизительно на 70% больше, по меньшей мере приблизительно на 80% больше, по меньшей мере приблизительно на 90% больше, по меньшей мере приблизительно в 1,5 раза больше, по меньшей мере приблизительно в 2 раза больше, по меньшей мере приблизительно в 2,5 раза больше, по меньшей мере приблизительно в 3 раза больше, по меньшей мере приблизительно в 3,5 раза больше, по меньшей мере приблизительно в 4 раза больше, по меньшей мере приблизительно в 4,5 раза больше, по меньшей мере приблизительно в 5 раз больше, по меньшей мере приблизительно в 5,5 раза больше, по меньшей мере приблизительно в 6 раз больше, по меньшей мере приблизительно в 6,5 раза больше, по меньшей мере приблизительно в 7 раз, по меньшей мере приблизительно в 7,5 раза больше, по меньшей мере приблизительно в 8 раз больше, по меньшей мере приблизительно в 8,5 раза больше, по меньшей мере приблизительно в 9 раз больше, по меньшей мере приблизительно в 10 раз больше. Такое повышение может быть альтернативно описано с точки зрения «кратности изменения log₂». Применительно к повышению экспрессии кратность изменения log₂ 0,4 эквивалентна приблизительно на 30% большей экспрессии, кратность изменения log₂ 0,5 эквивалентна приблизительно на 40% большей экспрессии; кратность изменения log₂ 0,6 эквивалентна приблизительно на 50% большей экспрессии; кратность изменения log₂ 0,7 эквивалентна приблизительно на 60% большей экспрессии; кратность изменения log₂ 0,8 эквивалентна приблизительно на 70% большей экспрессии; кратность изменения log₂ 0,9 эквивалентна приблизительно на 90% большей экспрессии; кратность изменения log₂1 эквивалентна 2-кратному повышению; кратность изменения log₂ 1,5 эквивалентна 2,8-кратному повышению; кратность изменения log₂ 2 эквивалентна 4-кратному повышению; кратность изменения log₂ 2,5 эквивалентна 5,7-кратному повышению; кратность изменения log₂ 3 эквивалентна 8-кратному повышению; кратность изменения log₂ 3,5 эквивалентна 11,3-кратному повышению; кратность изменения log₂ 4 эквивалентна 16-кратному повышению и так далее. Кратность изменения log₂ обычно применяют при сравнении подсчетов с данными массива, а также она является подходящей для t-критериев.

[0086] В качестве альтернативы такие повышения описаны в терминах «показателя сигнатуры генов», где измеряют экспрессию каждого из кластеров генов-мишеней, нормализуют по одному или более генам домашнего хозяйства и/или внутренним стандартам, проводят логарифмическое преобразование, определяют вес и суммируют для получения единого показателя сигнатуры генов. Способы расчета таких показателей известны в данной области техники, и конкретные способы представлены в настоящей заявки (см. пример 1 ниже).

[0087] В контексте настоящей заявки экспрессия сигнатуры генов (например, сигнатуры сигнального пути IFN-гамма) считается «повышенной», если показатель указанной сигнатуры генов составляет по меньшей мере приблизительно 2, или по меньшей мере приблизительно 2,5, или по меньшей мере приблизительно 3,0, или по меньшей мере приблизительно 3,5, или по меньшей мере приблизительно 4, или по меньшей мере приблизительно 4,5, или по меньшей мере приблизительно 5, или по меньшей мере приблизительно 5,5, или по меньшей мере приблизительно 6, или больше, чем приблизительно 6,5.

[0088] Также показатель сигнатуры генов пациента считается «повышенным», если он больше первого квартиля показателей сигнатуры генов (то есть больше наименьших 25%), больше второго квартиля показателей сигнатуры генов (то есть больше наименьших 50%), больше третьего квартиля показателей сигнатуры генов (то есть больше наименьших 75%), больше 85%, больше 90% или больше 95% показателей сигнатуры генов, рассчитанных на основе уровней экспрессии таких генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием.

[0089] Также показатель сигнатуры генов пациента считается «повышенным», если он больше, чем первый квартиль показателей сигнатуры генов (то есть больше, чем наименьшие 25%), больше, чем второй квартиль показателей сигнатуры генов (то есть больше, чем наименьшие 50%), больше, чем третий квартиль показателей сигнатуры генов (то есть больше, чем наименьшие 75%), больше, чем 85%, больше, чем 90% или больше, чем 95% показателей сигнатуры генов, рассчитанных на основании уровней экспрессии таких генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования (например, популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы).

[0090] Показатель сигнатуры гена пациента также считается «повышенным», если он имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,4, или по меньшей мере приблизительно 0,5, или по меньшей мере приблизительно 0,6, или больше относительно показателей сигнатуры генов, рассчитанных на основании уровней экспрессии таких генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования (например, популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы).

[0091] Также показатель сигнатуры генов пациента считается «повышенным», если он находится в пределах по меньшей мере первого квартиля показателей сигнатуры генов (то есть в пределах наименьших 25%), и более предпочтительно в пределах по меньшей мере второго квартиля (то есть между наименьшими 25% и 50%), в пределах по меньшей мере третьего квартиля (то есть между наименьшими 50% и 75%), больше, чем 85%, больше, чем 90% или больше, чем 95% показателей сигнатуры генов, рассчитанных на основании уровней экспрессии таких генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые ранее успешно получали лечение от гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению (например, популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы).

[0092] Выявление повышенного показателя сигнатуры генов свидетельствует о более благоприятном ответе пациента на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичных к CD123 × CD3 молекул согласно настоящему изобретению.

[0093] В одном из вариантов реализации пациента идентифицируют как демонстрирующего сигнатуру экспрессии гена, которая характерна для наличия иммунно обогащенного IFN-гамма-доминантного микроокружения опухоли и, таким образом, особенно поддающегося лечению гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению путем определения того, является ли экспрессия гена-мишени «повышенной» по сравнению с исходным уровнем его экспрессии у оцениваемого пациента, когда такой пациент был здоров, или до того, как такому пациенту был поставлен диагноз гематологического злокачественного новообразования, или относительно экспрессии этого гена во время курса химиотерапевтического лечения такого пациента или во время курса лечения такого пациента, включающего применение биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулы.

[0094] Во втором варианте реализации пациента идентифицируют как демонстрирующего сигнатуру экспрессии гена, которая характерна для наличия иммунно обогащенного и IFN-гамма-доминантного микроокружения опухоли и, таким образом, особенно поддающегося лечению гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению путем сравнения уровня экспрессии одного или более генов-мишеней со средним или взвешенным исходным уровнем экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием. Считается, что ген-мишень, экспрессия которого превышает такой усредненный или взвешенный исходный уровень, демонстрирует «повышенный» уровень экспрессии, и способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения при лечении гематологического злокачественного новообразования у таких пациентов. Например, способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который больше, чем первый квартиль (то есть больше, чем наименьшие 25%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием. Способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который больше, чем второй квартиль (то есть больше, чем наименьшие 50%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием. Способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который больше, чем третий квартиль (то есть больше, чем наименьшие 75%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием. Способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который больше, чем 85%, больше, чем 90% или больше, чем 95% уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием.

[0095] В третьем варианте реализации пациента идентифицируют как демонстрирующего сигнатуру экспрессии гена, которая характерна для наличия иммунно обогащенного и IFN-гамма-доминантного микроокружения опухоли и, таким образом, особенно поддающегося лечению гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению путем сравнения уровня экспрессии одного или более генов-мишеней со средним или взвешенным исходным уровнем экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в популяции индивидуумов, которые ранее безуспешно получали лечение от гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению (например, популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы). Считается, что ген-мишень, экспрессия которого равна такому усредненному или взвешенному исходному уровню или превышает его, демонстрирует «повышенный» уровень экспрессии, и способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения при лечении гематологического злокачественного новообразования у таких пациентов. Способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который больше, чем первый квартиль (то есть больше, чем наименьшие 25%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в такой популяции индивидуумов, безуспешно получавших лечение. Способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который больше, чем второй квартиль (то есть больше, чем наименьшие 50%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в такой популяции индивидуумов, безуспешно получавших лечение. Способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который больше, чем третий квартиль (то есть больше, чем наименьшие 75%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в такой популяции индивидуумов, безуспешно получавших лечение. Способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который больше, чем 85%, больше, чем 90% или больше, чем 95% уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в такой популяции индивидуумов, безуспешно получавших лечение.

[0096] В четвертом варианте реализации пациента идентифицируют как демонстрирующего сигнатуру экспрессии гена, которая характерна для наличия иммунно обогащенного и IFN-гамма-доминантного микроокружения опухоли и, таким образом, особенно поддающегося лечению гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению путем сравнения уровня экспрессии одного или более генов-мишеней со средним или взвешенным исходным уровнем экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в популяции индивидуумов, которые ранее успешно получали лечение от гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению (например, популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы). Считается, что ген-мишень, экспрессия которого равна такому усредненному или взвешенному исходному уровню или превышает его, демонстрирует «повышенный» уровень экспрессии, и способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения при лечении гематологического злокачественного новообразования у таких пациентов. Способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который находится в пределах по меньшей мере первого квартиля (то есть в пределах наименьших 25%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в такой популяции индивидуумов, успешно получавших лечение. Способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который находится в пределах по меньшей мере второго квартиля (то есть между наименьшими 25% и 50%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в такой популяции индивидуумов, успешно получавших лечение. Способы и композиции согласно настоящему изобретению являются особенно подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который находится в пределах по меньшей мере третьего квартиля (то есть между наименьшими 50% и 75%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в такой популяции индивидуумов, успешно получавших лечение. Способы и композиции согласно настоящему изобретению являются еще более подходящими для применения у пациентов, которые демонстрируют «повышенный» уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней), который находится в пределах по меньшей мере четвертого квартиля (то есть больше наименьших 75%) уровней экспрессии такого гена-мишени (генов-мишеней) в такой популяции ранее получавших лечение индивидуумов.

[0097] Однако предпочтительно определить, является ли экспрессия гена-мишени «повышенной», путем сравнения уровня его экспрессии с уровнем экспрессии одного или более генов, которые не связаны с заболеванием или которые не проявляют повышенной экспрессии вследствие заболевания («референсные» гены). Поскольку референсные гены часто экспрессируются на разных уровнях, для расчета коэффициентов масштабирования может быть применено среднее геометрическое значение экспрессии референсных генов. Среднее геометрическое значение получают перемножения значений каждого гена образца в наборе данных, а затем получения n^-го корня (где n - количество чисел в наборе) полученной величины. Среднее геометрическое аналогично среднему арифметическому, поскольку оно указывает на центральную тенденцию набора чисел. Однако, в отличие от среднего арифметического, среднее геометрическое менее чувствительно к изменению величины количества импульсов между зондами. Для сравнения биологических сигнатур в когорте образцов может быть применено среднее геометрическое из набора «референсных» генов для нормализации отдельных образцов в наборе данных, чтобы сравнения между биологическими генами проводились независимо от различий, обусловленных техническими вариациями, такими как ввод массы образца и качество образца.

[0098] Предпочтительные «референсные» гены конститутивно экспрессируются на одном уровне в нормальных и злокачественных клетках. Гены домашнего хозяйства (Eisenberg, Е. et al. (2003) "HumanHousekeeping Genes Are Compact" Trends in Genetics. 19(7):362-365; kon Butte, A.J. et al. (2001) "Further Defining Housekeeping, Or "Maintenance," Genes Focus On A Compendium Of Gene Expression In Normal Human Tissues'" Physiol. Genomics. 7(2):95-96; Zhu, J. et al. (2008) "On The Nature Of Human Housekeeping Genes" Trends in Genetics 24(10):481-484; Eisenberg, E. et al. (2013) "HumanHousekeeping Genes, Revisited" Trends in Genetics. 29(10): 569-574), такие как гены, необходимые для поддержания основных клеточных функций, являются предпочтительным классом референсных генов.

[0099] В другом варианте реализации определение того, является ли пациент особенно подходящим для лечения с помощью терапии связывающими CD123 × CD3 молекулами, дополнительно включает:

(а) оценку уровня экспрессии CD123 в бластных клетках (раковых клетках) пациента. Такой уровень можно сравнивать с соответствующим исходным уровнем CD123 относительно экспрессии CD123 в бластных клетках такого пациента до или во время курса химиотерапевтического лечения такого пациента или относительно экспрессии CD123 в бластных клетках популяции индивидуумов, которые имели рецидив или являются рефрактерными к терапии НМА. Выявление повышенной экспрессии CD123 также указывает на с соответствие пациента критериям для применения терапии связывающими CD123 × CD3 молекулами при гематологическом злокачественном новообразовании. Определение экспрессии CD123 может быть осуществлено путем оценки наличия мРНК, кодирующей CD123, или путем оценки наличия CD123 в клеточном лизате или экстракте. В качестве альтернативы, определение экспрессии CD123 может быть осуществлено путем оценки наличия молекул CD123, расположенных на клеточной поверхности экспрессирующих CD123 клеток (например, бластных клеток). Повышенная экспрессия (например, повышение экспрессии по меньшей мере на 10%, повышение экспрессии по меньшей мере на 15%, повышение экспрессии по меньшей мере на 20%, повышение экспрессии по меньшей мере на 25%, повышение экспрессии по меньшей мере на 30% или повышение экспрессии по меньшей мере на 40%) CD123, определенная таким образом, свидетельствует о соответствии пациента критериям для применения связывающих CD123 × CD3 молекул для терапии гематологического злокачественного новообразования.

и/или

(b) оценку уровня экспрессии PD-L1 в бластных клетках (раковых клетках) пациента. В некоторых вариантах реализации уровень экспрессии PD-L1 оценивают в образце бластных клеток пациента таким образом, чтобы оценить процентное содержание бластных клеток, экспрессирующих PD-L1. В других вариантах реализации уровень экспрессии PD-L1 в бластных клетках пациента сравнивают с относительной экспрессией PD-L1 в бластных клетках такого пациента во время курса химиотерапевтического лечения такого пациента. Таким образом, уровень экспрессии PD-L1 в клетках пациента может быть оценен до любого введения связывающей CD123 × CD3 молекулы и/или после такого введения. Выявление низкой экспрессии PD-L1 свидетельствует о соответствии пациента критериям для применения терапии связывающими CD123 × CD3 молекулами при гематологическом злокачественном новообразовании. Выявление высокой экспрессии PD-L1 свидетельствует о соответствии пациента критериям для применения терапии связывающими CD123 × CD3 молекулами в комбинации с антагонистом оси PD-1/PD-L1 при гематологическом злокачественном новообразовании. Определение экспрессии PD-L1 может быть осуществлено путем оценки наличия мРНК, кодирующей PD-L1, или путем оценки наличия PD-L1 в клеточном лизате или экстракте. В качестве альтернативы, определение экспрессии PD-L1 может быть осуществлено путем оценки наличия молекул PD-L1, расположенных на клеточной поверхности экспрессирующих PD-L1 клеток (например, МКПК). Повышенная экспрессия (например, по меньшей мере 10% бластных клеток экспрессируют, по меньшей мере 15% бластных клеток экспрессируют, по меньшей мере 20% бластных клеток экспрессируют, по меньшей мере 25% бластных клеток экспрессируют, по меньшей мере 30% бластных клеток экспрессируют или по меньшей мере 40% бластных клеток экспрессируют) PD-L1, как определено таким образом, свидетельствует о соответствии пациента критериям для применения терапии связывающей CD123 × CD3 молекулой в комбинации с антагонистом оси PD-1/PD-L1 для лечения гематологического злокачественного новообразования (см., например, WO 2017/214092).

[00100] В другом варианте реализации осуществляют контроль CD8+ Т-лимфоцитов в отношении увеличения доли CD8+ Т-лимфоцитов в микроокружении опухоли во время и/или после введения биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

[00101] В другом варианте реализации терапия связывающей CD123 × CD3 молекулой согласно настоящему изобретению может дополнительно включать введение связывающей PD-L1 человека молекулы, такой как антитело к PD-L1 человека, или диатело, содержащее связывающий PD-L1 человека домен. Связывающие PD-L1 человека молекулы, которые могут быть применены в соответствии с этим вариантом реализации, включают атезолизумаб, авелумаб и дурвалумаб (см., например, патенты США №9,873,740; 8,779,108). Аминокислотные последовательности полных тяжелых и легких цепей атезолизумаба (WHO Drug Information, 2015, Recommended INN: List 74, 29(3):387), дурвалумаба (WHO Drug Information, 2015, Recommended INN: List 74, 29(3):393-394) и авелумаба (WHO Drug Information, 2016, Recommended INN: List 74, 30(1): 100-101) известны в данной области техники.

[00102] В другом альтернативном варианте реализации терапия связывающими CD123 × CD3 молекулами согласно настоящему изобретению может дополнительно включать введение связывающей PD-1 человека молекулы, такой как антитело к PD-1 человека или диатело, имеющее связывающий PD-1 человека домен. Связывающие PD-1 человека молекулы, которые могут быть применены в соответствии с этим вариантом реализации, включают: ниволумаб (также известный как 5С4, BMS-936558, ONO-4538, MDX-1106 и продаваемый под названием Опдиво (OPDIVO®) компанией Bristol-Myers Squibb), пембролизумаб (ранее известный как ламбролизумаб, также известный как МК-3475, SCH-900475 и продаваемый под названием Китруда (KEYTRUDA®) компанией Merck), ЕН12.2Н7 (коммерчески доступный от BioLegend), пидилизумаб (регистрационный номер CAS: 1036730-42-3, также известный как СТ-011, CureTech), hPD-1 mAb 7(1.2) IgG4 (P) и DART-1 (раскрытый в WO 2017/019846) (см. также, например, патенты США №5,952,136; 7,488,802; 7,521,051; 8,008,449; 8,088,905; 8,354,509; 8,552,154; 8,779,105; 8,900,587; 9,084,776; публикации патентов РСТ WO 2004/056875; WO 2006/121168; WO 2008/156712; WO 2012/135408; WO 2012/145493; WO 2013/014668; WO 2014/179664; WO 2014/194302; WO 2015/112800; WO 2017/019846, and WO 2017/214092).

1. Иллюстративные «гены-мишени»

[00103] IFN-гамма стимулирует экспрессию более 200 генов, которые включают гены первичного ответа, такие как IRF, Fc-гамма-рецептор (FCGR), GBP (гуанилатсвязывающие белки), молекулы главного комплекса гистосовместимости (МНС) класса I и класса II, белки, участвующие в презентации антигена, противовирусные белки, такие как PKR, и белки OAS, и так далее. (Boehm, U. et al. (1997) "Cellular Responses To Interferon-y," Annu. Rev. Immunol. 15:749-795; Schroder, K. et al. (2003) "Interferon-Gamma: An Overview Of Signals, Mechanisms And Functions" J. Leukoc. Biol. 75(2): 163-189).

[00104] В Таблице 1 раскрыты иллюстративные гены-мишени и репрезентативный неограничивающий номер доступа GenBank® для каждого гена (см. источники Der, S.D. et al. (1988) "Identification Of Genes Differentially Regulated By Interferon a, p, or у Using Oligonucleotide Arrays" Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 95:15623-15628; Schneider, W.M. et al. (2014) "Interferon-Stimulated Genes: A Complex Web of Host Defenses," Annu. Rev. Immunol. 32:513-545), and those disclosed in Schroder, K. et al. (2003) ("Interferon-Gamma: An Overview Of Signals, Mechanisms And Functions," J. Leukoc. Biol. 75(2): 163-189), которые включены в настоящую заявку посредством ссылки.

[00105] Предложенная в настоящей заявке в высшей степени предпочтительная сигнатура экспрессии генов для определения того, имел ли пациент иммунно обогащенное и IFN-гамма-доминантное микроокружение опухоли, упоминается в настоящем документе как «сигнатура сигнального пути интерферона (IFN)-гамма». Генами сигнатуры сигнального пути IFN-гамма являются: CXCL9, CXCL10, CXCL11 и STAT1 (Таблица 6). Сигнатура сигнального пути IFN-гамма может дополнительно содержать IFNG (см., например, репрезентативный регистрационный номер последовательности NCBI:NM_000619.2). Повышенная экспрессия сигнатуры сигнального пути IFN-гамма, в частности, коррелирует с соответствием пациента критериям для применения терапии биспецифичными к CD123 х CD3 связывающими молекулами.

[00106] Могут быть добавлены дополнительные подходящие гены-мишени. Такие дополнительные гены-мишени могут быть легко идентифицированы как нижележащие регулируемые IFN-гамма гены с помощью базы данных INTERFEROME (Samarajiwal, S.A. et al. (2009) "INTERFEROME: The Database Of Interferon Regulated Genes" Nucleic Acids Research 37: D852-D857). В частности, предпочтительными дополнительными генами являются PDCD1 (также упоминаемый в настоящей заявке под общим названием PDL1), PDCD1LG2 (также упоминаемый в настоящей заявке под общим названием PDL2), IL10, CTLA4 (Таблица 13) и/или один или более генов, присутствующих в следующих сигнатурах генов: «Сигнатуре нисходящего сигнального пути интерферона (IFN)» (гены которой перечислены в Таблице 12 В); «Сигнатуре миелоидного воспаления» (гены которой перечислены в Таблице 12С); «Сигнатуре воспалительных хемокинов» (гены которой перечислены в Таблице 12D); «Сигнатуре MAGES» (гены которой перечислены в Таблице 12Е) и/или «Сигнатуре иммунопротеасомы» (гены которой перечислены в Таблице 12F), представленных в примерах ниже.

[00107] В частности, экспрессию множества генов и сигнатур можно оценить в совокупности в виде «модуля» для оценки соответствия пациента критериям применения терапии биспецифичными к CD123 × CD3 связывающими молекулами. Один из особенно предпочтительных модулей, который может быть применен для определения того, демонстрирует ли пациент иммунно инфильтрированное (иммунно обогащенное) IFN-доминантное микроокружение опухоли, упоминается в настоящей заявке как «IFN-доминантный модуль». Гены-мишени, связанные с IFN-доминантным модулем, включают: PDL1, PDL2, IL10, CTLA4 и гены, присутствующие в каждой из следующих сигнатур экспрессии генов: сигнатуре сигнального пути IFN-гамма, сигнатуре нисходящего сигнального пути интерферона, сигнатуре миелоидного воспаления, сигнатуре воспалительных хемокинов, сигнатуре MAGES и сигнатуре иммунопротеасомы (Таблица 10).

[00108] Считается, что IFN-доминантный модуль «повышен», если показатель модуля составляет по меньшей мере приблизительно 24, по меньшей мере приблизительно 25, по меньшей мере приблизительно 26, по меньшей мере приблизительно 27, по меньшей мере приблизительно 28, по меньшей мере приблизительно 29, по меньшей мере приблизительно 30, по меньшей мере приблизительно 31, по меньшей мере приблизительно 32, по меньшей мере приблизительно 33 или по меньшей мере приблизительно 35.

[00109] Считается, что показатель IFN-доминантного модуля у пациента также «повышен», если он больше, чем первый квартиль показателей IFN-доминантного модуля (то есть больше, чем наименьшие 25%), больше, чем второй квартиль показателей IFN-доминантного модуля (то есть больше, чем наименьшие 50%), больше, чем третий квартиль показателей IFN-доминантного модуля (то есть больше, чем наименьшие 75%), больше, чем 85%, больше, чем 90% или больше, чем 95% показателей IFN-доминантного модуля, рассчитанных на основе уровней экспрессии таких генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих гематологическим злокачественным новообразованием.

[00110] Считается, что показатель IFN-доминантного модуля у пациента также «повышен», если он больше, чем первый квартиль показателей IFN-доминантного модуля (то есть больше, чем наименьшие 25%), больше, чем второй квартиль показателей IFN-доминантного модуля (то есть больше, чем наименьшие 50%), больше, чем третий квартиль показателей IFN-доминантного модуля (то есть больше, чем наименьшие 75%), больше, чем 85%, больше, чем 90% или больше, чем 95% показателей IFN-доминантного модуля, рассчитанных на основе уровней экспрессии таких генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования (например, популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение гематологического злокачественного новообразования биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой).

[00111] Считается, что показатель IFN-доминантного модуля у пациента также «повышен», если он находится в пределах по меньшей мере первого квартиля показателей IFN-доминантного модуля (то есть в пределах наименьших 25%) и, более предпочтительно, в пределах по меньшей мере второго квартиля (то есть между наименьшими 25% и 50%), в пределах по меньшей мере третьего квартиля (то есть между наименьшими 50% и 75%), больше, чем 85%, больше, чем 90% или больше, чем 95% показателей IFN-доминантного модуля, рассчитанных на основании уровней экспрессии таких генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые ранее успешно отвечали на лечение от гематологического злокачественного новообразования с применением способов и композиций согласно настоящему изобретению (например, популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы).

[00112] Сигнатуры генов, связанные с IFN-доминантным модулем (CD274, PDCD1LG2, IL10, CTLA4, сигнатура сигнального пути IFN-гамма, сигнатура нисходящего пути интерферона, сигнатура миелоидного воспаления, сигнатура воспалительных хемокинов, сигнатура MAGES и сигнатура иммунопротеасомы), могут быть индивидуально оценены для оценки соответствия пациента критериям применения терапии биспецифичными к CD123 × CD3 связывающими молекулами.

[00113] Что также предложено в настоящей заявке, другой набор в высшей степени предпочтительных генов-мишеней, которые могут быть применены для определения того, проявляет ли пациент сигнатуру экспрессии гена, связанную с подавленным адаптивным иммунным ответом в опухолях (также упоминаемый в настоящем документе как «сигнатура воспаления опухоли» или просто как «TIS»), включает гены: CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-E, IDOl, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1 и/или TIGIT (Таблица 12А). Повышенная экспрессия сигнатуры воспаления опухоли, в частности, коррелирует с соответствием пациента критериям для применения терапии биспецифичными к CD123 × CD3 связывающими молекулами.

2. Типовые «референсные» гены

[00114] Гены домашнего хозяйства, которые конститутивно экспрессируются на одном уровне в нормальных и злокачественных клетках, составляют предпочтительный класс референсных генов. Гены домашнего хозяйства включают гены, участвующие в общей экспрессии генов (такие как гены, кодирующие факторы транскрипции, репрессоры, факторы сплайсинга РНК, факторы трансляции, тРНК-синтетазы, РНК-связывающие белки, рибосомные белки, митохондриальные рибосомные белки, РНК-полимеразы, факторы процессинга белка, белки теплового шока, гистоны, регуляторы клеточного цикла, апоптоза, онкогены, факторы репарации/репликации ДНК и так далее), метаболизме (такие как гены, кодирующие ферменты: углеводного обмена, цикла лимонной кислоты, метаболизма липидов, метаболизма аминокислот, NADH-дегидрогеназы, цитохром-С-оксидазу, АТФазы, лизосомальные ферменты, белки протеасом, рибонуклеазы, тиоредуктазы и так далее), поддержании структурной целостности клетки (такие как гены, кодирующие белки цитоскелета, белки, участвующие в синтезе органелл, митохондриальные белки и так далее), и гены белков клеточной поверхности (такие как гены, кодирующие белки клеточной адгезии, ионные каналы и транспортеры, рецепторы, HLA/иммуноглобулины/белки распознавания клеток и так далее), киназ/сигнальных белков (таких как факторы роста, фактор некроза тканей, казеинкиназа и так далее). Референсные гены, которые подходят для этой цели, включают гены, которые кодируют:

• белки, связывающие стерол-регулирующий элемент (например, ATF1, ATF2, ATF4, ATF6, ATF7, ATF7, BTF3, E2F4, ERH, HMGB1, ILF2, IER2, JUND, ТСЕВ2 и так далее);

• репрессоры (например, PUF60 и так далее);

• Белки сплайсинга РНК (например, ВАТ1, HNRPD, HNRPK, PABPN1, SRSF3 и так далее);

• факторы трансляции (например, EIF1, EIF1AD, EIF1B, EIF2A, EIF2AK1, EIF2AK3, EIF2AK4, EIF2AK1, EIF2B2, EIF2B3, EIF2B4, EIF2S2, EIF3A, EIF3B, EIF3D, EIF3G, EIF3I, EIF3H, EIF3J, EIF3K, EIF3L, EIF3M, EIF3S5, EIF3S8, EIF4A1, EIF4A2, EIF4A3, EIF4E2, EIF4G1, EIF4G2, EIF4G3, EIF4H, EIF5, EIF5, ELF5A, EFF5AL1, EIF5B, EIF6, TUFM и так далее);

• тРНК-синтетазы (например, AARS, AARS2, AARSD1434, CARS, CARS2, DARS, DARS2, EARS2614, FARS2, FARSA, FARSB, GARS, HARS, HARS2, IARS, IARS2, KARS, LARS2, MARS, MARS2, NARS, NARS2, QARS, RARS, RARS2, SARS, TARS, VARS2, WARS2, YARS, YARS2436 и так далее);

• РНК-связывающие белки (например, ELAVL1 и так далее);

• рибосомные белки (например, RPL5, RPL8, RPL9, RPL10A, RPL11, RPL14, RPL25, RPL26L1, RPL27, RPL30, RPL32, RPL34, RPL35, RPL35A, RPL36AL, RPS5, RPS6, RPS6KA3, RPS6KB1, RPS6KB2, RPS13, RPS19BP1, RPS20, RPS23, RPS24, RPS27, RPN1 и так далее);

• белки митохондриальных рибосом (например, MRPL9, MRPL1, MRPL10, MRPL11, MRPL12, MRPL13, MRPL14, MRPL15, MRPL16, MRPL17, MRPL18, MRPL19, MRPL2, MRPL20, MRPL21, MRPL22, MRPL23, MRPL24, MRPL27, MRPL28, MRPL3, MRPL30, MRPL32, MRPL33, MRPL35, MRPL36, MRPL37, MRPL38, MRPL4, MRPL40, MRPL41, MRPL42, MRPL43, MRPL44, MRPL45, MRPL46, MRPL47, MRPL48, MRPL49, MRPL50, MRPL51, MRPL52, MRPL53, MRPL54, MRPL55, MRPL9, MRPS10, MRPS11, MRPS12, MRPS14, MRPS15, MRPS16, MRPS17, MRPS18A, MRPS18B, MRPS18C, MRPS2, MRPS21, MRPS22, MRPS23, MRPS24, MRPS25, MRPS26, MRPS27, MRPS28, MRPS30, MRPS31, MRPS33, MRPS34, MRPS35, MRPS5, MRPS6, MRPS7, MRPS9 и так далее);

• РНК-полимеразы (например, POLR1C, POLR1D, POLR1E, POLR2A, POLR2B, POLR2C, POLR2D, POLR2E, POLR2F, POLR2G, POLR2H, POLR2I, POLR2J, POLR2K, POLR2L, POLR3C, POLR3E, POLR3GL, POLR3K и так далее);

• белки, участвующие в процессинге белков (например, PPID, PPIE, PPIF, PPIG, РРШ, CANX, CAPN1, CAPN7, CAPNS1, NACA, NACA2, PFDN2, PFDN4, PFDN5, PFDN6, SNX2, SNX3, SNX4, SNX5, SNX6, SNX9, SNX12, SNX13, SNX17, SNX18, SNX19, SNX25, SSR1, SSR2, SSR3, SUMOl, SUM03 и так далее);

• белки теплового шока (например, HSPA4, HSPA5, HSPA8, HSPA9, HSPA14, HSBP1 и так далее);

• гистоны (например, HIST1H2BC, H1FX, H2AFV, H2AFX, H2AFY, H2AFZ и так далее);

• белки клеточного цикла (например, ARHGAP35, ARHGAP5, ARHGDIA, ARHGEF10L, ARHGEF11, ARHGEF40, ARHGEF7, RAB10, RAB11A, RAB11B, RAB14, RAB18, RAB1A, RAB1B, RAB21, RAB22A, RAB2A, RAB2B380, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RAB40C, RAB4A, RAB5A, RAB5B, RAB5C, RAB6A, RAB7A, RAB9A, RABEP1, RABEPK, RABGEF1, RABGGTA, RABGGTB, CENPB, СТВР1, CCNB1IP1, CCNDBP1, CCNG1, CCNH, CCNK402, CCNL1, CCNL2, CCNY, РРР1СА, РРР1СС, PPP1R10, PPP1R11, PPP1R15B, PPP1R37, PPP1R7, PPP1R8, РРР2СА, РРР2СВ552, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP2R2D, PPP2R3C, PPP2R4, PPP2R5A, PPP2R5B, PPP2R5C, PPP2R5D, PPP2R5E, РРР4С, PPP4R1, PPP4R2, РРР5С, РРР6С, PPP6R2, PPP6R3, RAD1, RAD17, RAD23B, RAD50, RAD51C, IST1 и так далее);

• белки апоптоза (например, DAD1, DAP3, DAXX и так далее);

• онкогенные белки (например, ARAF, MAZ, MYC и так далее);

• белки репарации/репликации ДНК (например, МСМ3АР, XRCC5, XRCC6 и так далее);

• белки метаболизма (например, PRKAG1, PRKAA1, PRKAB1, PRKACA, PRKAG1, PRKAR1 A, PRKRIP1 и так далее);

• белки метаболизма углеводов (например, ALDOA, B3GALT6, B4GALT3, B4GALT5, B4GALT7, GSK3A, GSK3B, ТРИ, PGK1, PGAM5, ENOPH1, LDHA, TALDOl, TSTA3);

• белки цикла лимонной кислоты (например, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD и так далее);

• белки метаболизма липидов (например, HADHA и так далее);

• белки метаболизма аминокислот (например, СОМТ и так далее);

• НАДН-дегидрогеназы (например, NDUFA2, NDUFA3, NDUFA4, NDUFA5, NDUFA6, NDUFA7, NDUFA8, NDUFA9, NDUFA10, NDUFA11, NDUFA12, NDUFA13, NDUFAF2, NDUFAF3, NDUFAF4, NDUFB2, NDUFB3, NDUFB4, NDUFB5, NDUFB6, NDUFB7, NDUFB10, NDUFB11, NDUFB8, NDUFB9, NDUFC1, NDUFC2, NDUFC2, NDUFS5, NDUFV2, NDUFS2, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS5, NDUFS6, NDUFS7, NDUFS8, NDUFV1, NDUFV2 и так далее);

• цитохром-С-оксидазы (например, COX4I1, СОХ5 В, СОХ6 В1, СОХ6С, СОХ7А2, COX7A2L, СОХ7С, СОХ8, СОХ8А, СОХИ, СОХ14, СОХ15, СОХ16, СОХ19617, СОХ20, CYC1, UQCC, UQCR10, UQCR11, UQCRB, UQCRC1, UQCRC2, UQCRHL591, UQCRQ, ATPase, АТР2С1, АТР5А1, АТР5 В, АТР5С1, ATP5D, ATP5F1, ATP5G2, ATP5G3, АТР5Н, ATP5J, ATP5J2, ATP5J2, ATP5L, АТР50, ATP5S, ATP5SL, АТР6АР1, ATP6V0A2, ATP6V0B, ATP6V0C, ATP6V0D1, ATP6V0E1, ATP6V1C1, ATP6V1D, ATP6V1E1, ATP6V1F, ATP6V1G1, ATP6V1H, ATPAF2, ATPIF1 и так далее);

• лизосомальные белки (например, CTSD, CSTB, LAMP1, LAMP2, M6PR и так далее);

• протеасомные белки (например, PSMA1, PSMA2, PSMA3, PSMA4, PSMA5, PSMA6, PSMA7, PSMB1, PSMB2, PSMB3, PSMB4, PSMB5, PSMB6, PSMB7, PSMC2, PSMC3, PSMC4, PSMC5, PSMC6, PSMD1, PSMD10, PSMD11, PSMD12, PSMD13, PSMD14, PSMD2, PSMD3, PSMD4, PSMD5, PSMD6, PSMD7, PSMD8, PSMD9, PSME2, PSME3, PSMF1, PSMG2, PSMG3, PSMG4591, UBA1, UBA2, UBA3, UBA5, UBA52, UBAC2, UBALD1, UBAP1, UBAP2L, UBB, UBC, UBE2A, UBE2B, UBE2D2, UBE2D3, UBE2D4, UBE2E1, UBE2E2, UBE2E3, UBE2F, UBE2G2, UBE2H, UBE2I, UBE2J1, UBE2J2, UBE2K, UBE2L3, UBE2M, UBE2N, UBE2NL989, UBE2Q1, UBE2R2, UBE2V1, UBE2V2, UBE2W, UBE2Z, UBE3A, UBE3B, UBE3C, UBE4A, UBE4B, USP10, USP14, USP16, USP19, USP22, USP25, USP27X073, USP33, USP38, USP39, USP4, USP47, USPS, USP7, USP8, USP9X590 и так далее);

• рибонуклеазы (например, RNH и так далее);

• тиоловые редуктазы (например, TXN2, TXNDC11, TXNDC12, TXNDC15, TXNDC17, TXNDC9, TXNL1, TXNL4A, TXNL4B, TXNRD1, белки цитоскелета, ANXA6, ANXA7, ARPC1A, ARPC2, ARPC5L, CAPZA2, CAPZB, RHOB, RHOT1, RHOT2, TUBB, WDR1 и так далее);

• белки, участвующие в синтезе органелл (например, BLOC1S1, BLOC1S2, BLOC 1 S3, BLOC IS4, BLOC1S6, AP1G1, AP1M1, AP2A1, AP2A2, AP2M1, AP2S1, AP3B1, AP3D1, AP3M1, AP3S1, AP3S2, AP4B1, AP5M1, ANXA6, ANXA7, AP1B1, CLTA, CLTB, CLTC и так далее);

• митохондриальные белки (например, МТХ2 и так далее);

• белки клеточной поверхности (например, AP2S1, CD81, GPAA1, LGALS9, MGAT2, MGAT4B, VAMP3 и так далее);

• белки клеточной адгезии (например, CTNNA1, CTNNB1, CTNNBIP1, CTNNBL1, CTNND1458 и так далее);

• ионные каналы и белки-транспортеры (например, АВСВ10, АВСВ7, ABCD3, АВСЕ1, ABCF1, ABCF2, ABCF3, CALM1, MFSD11, MFSD12, MFSD3, MFSD5, SLC15A4, SLC20A1, SLC25A11, SLC25A26, SLC25A28, SLC25A3, SLC25A32, SLC25A38, SLC25A39, SLC25A44, SLC25A46, SLC25A5, SLC27A4, SLC30A1, SLC30A5, SLC30A9, SLC35A2, SLC35A4, SLC35B1, SLC35B2, SLC35C2, SLC35E1, SLC35E3, SLC35F5, SLC38A2, SLC39A1, SLC39A3, SLC39A7, SLC41A3, SLC46A3, SLC48A1, рецепторы, ACVR1, ACVR1B, CD23 и так далее);

• белки распознавания HLA/иммуноглобулинов/клеток (например, ВАТ1, BSG, MIF, ТАРВР и так далее);

• киназы/сигнальные белки (например, ADRBK1, AGPAT1, ARF1, ARF3, ARF4, ARF5, ARL2, CSF1, CSK, DCT, EFNA3, FKBP1A, GDI1, GNAS1, GNAI2, НАХ1, ILK, МАРКАРК2, МАР2К2, МАРЗК11, PITPNM, RAC1, RAP IB, RAGA, STK19, STK24, STK25, YWHAB, YWHAH, YWHAQ, YWHAZ и так далее);

• факторы роста (например, AIF1, HDGF, HGS, LTBP4, VEGFB, ZFP36L1, фактор некроза ткани, CD40, казеинкиназа, CSNK1E, CSNK2B и так далее); и

• различные белки (например, ALAS1, ARHGEF2, ARMET, AES, BECN1, BUD31, СКВ, CPNE1, ENS A, FTH1, GDI2, GUK1, HPRT, IFITM1, JTB, MMPL2, NME2, NONO, Р4НВ, PRDX1, РТМА, RPA2, SULT1A3, SYNGR2, ТТС1, СПОгтТЗ, C14orf2, C21orf33, SPAG7, SRM, TEGT, DAZAP2, MEA1 и так далее).

[00115] Предпочтительные гены домашнего хозяйства включают гены, перечисленные в Таблице 2. В Таблице 2 также представлен репрезентативный неограничивающий номер доступа NCBI для каждого гена. Может быть применена любая комбинация или субкомбинация таких генов (и/или их сплайс-вариантов).

[00116] Особенно предпочтительными являются следующие референсные гены: ABCF1, G6PD, NRDE2, OAZ1, POLR2A, SDHA, STK11IP, TBC1D10B, ТВР и UBB).

3. Иллюстративные способы оценки экспрессии генов-мишеней и референсных генов

[00117] Чтобы выявить уровень экспрессии гена-мишени (генов-мишеней) относительно исходного уровня или уровня референсного гена (генов), в клеточном образце определяют количество мРНК, соответствующее каждому оцениваемому гену-мишени, и нормализуют к экспрессии мРНК, соответствующей исходному уровню или уровню референсного гена (генов). Для проведения такого анализа может быть применен любой подходящий способ. В предпочтительном способе применяют систему анализа nCOUNTER® (NanoString Technologies, Inc.). В системе анализа nCOUNTER® РНК образца инкубируют в присутствии наборов геноспецифичних репортерных зондов и захватывающих зондов в условиях, достаточных для гибридизации РНК образца с зондами. Каждый репортерный зонд несет флуоресцентный штрих-код, а каждый захватывающий зонд содержит фрагмент биотина, способный иммобилизовать гибридизованный комплекс на твердую подложку для сбора данных. После гибридизации избыточный зонд удаляют и сканируют подложку с помощью автоматизированного флуоресцентного микроскопа. Штрих-коды подсчитывают для каждой молекулы-мишени. Анализ данных предпочтительно проводят с применением программного обеспечения для анализа nSolver® 4.0 (NanoString Technologies, Inc.). Данные, представленные в примере 1, были получены с применением наборов панелей экспрессии генов PanCancer IO 360™ (NanoString Technologies, Inc.), которые содержат набор зондов для 770 различных генов (750 генов охватывают ключевые пути на границе опухоли, в микроокружении опухоли и ключевые пути иммунного ответа, и 20 внутренних референсных генов, которые могут быть применены для нормализации данных (Таблица 5). Показатели сигнатуры гена рассчитывают следующим образом:

• Необработанные данные о количестве для каждого гена нормализуют по среднему геометрическому выбранных генов домашнего хозяйства (НК) (например, ABCF1, NRDE2, G6PD, OAZ1, POLR2A, SDHA, STK11IP, TBC1D10B, TBP, UBB) для каждого образца.

• Затем нормализованные по НК данные нормализуют по стандартам панели IO 360, предпочтительно по тем, которые анализируют на тех же картриджах, что и исследуемые образцы.

• Затем нормализованное количество для каждого гена подвергают логарифмическому преобразованию.

• После нормализации и логарифмического преобразования значение для каждого гена умножается на значение массы.

• Каждое из этих взвешенных количеств суммируют для получения единого показателя. Поправочный коэффициент, который представляет собой константу, добавляют к окончательному рассчитанному показателю (например, +7). Поправочный коэффициент может быть получен на основе наименьшего наблюдаемого показателя (при анализе TCGA и клеточной линии), чтобы диапазон показателей был выше 0.

[00118] В Таблице 3 гены распределены следующим образом: Колонка 1: Название гена; Колонка 2: Внутренний референсный ген; Колонка 3: Тип клеток (В: В-клетки; CD8: CD8 Т-клетки; Cyto: Цитотоксические клетки; CD45: CD45-экспрессирующие клетки; CD56d: NK-клетки CD56^dim; ДК: дендритные клетки; истощенные CD8 клетки; М: макрофаги; МС: Тучные клетки; N: Нейтрофилы; NK: NK-клетки; Т: Т-клетки; Th1: Клетки Th1; Treg: Клетки Treg); Колонка 4: Высвобождение раковых антигенов; Колонка 5: Презентация ракового антигена; Колонка 6: Прайминг и активация Т-клеток; Колонка 7: Локализация иммунных клеток вблизи опухолей; Колонка 8: Стромальные факторы; Колонка 9: Распознавание раковых клеток Т-клетками; Колонка 10: Уничтожение раковых клеток; Колонка 11: Активность миелоидных клеток; Колонка 12: Активность NK-клеток; Колонка 13: Клеточный цикл и пролиферация; Колонка 14: Внутренние факторы опухоли; Колонка 15: Иммунометаболизм; Колонка 16: Общий сигнальный путь. Гены, связанные с дополнительными путями и типами клеток, которые составляют конкретные сигнатуры экспрессии генов, и способы расчета показателей сигнатуры экспрессии генов представлены в примерах ниже.

В. Анализ «сигнатур экспрессии генов»

[00119] Анализ экспрессии генов в образцах клеток костного мозга (КМ) на исходном уровне позволяет стратифицировать резистентных к химиотерапии пациентов, резистентных к НМА (включая вторичный ОМЛ) пациентов и пациентов с рецидивом на 3 кластерные группы в иммунологическом континууме: пациентов, демонстрирующих сигнатуру экспрессии генов с иммунным обеднением, пациентов, демонстрирующих сигнатуру экспрессии генов с иммунным истощением, и пациентов, демонстрирующих сигнатуру экспрессии генов с иммунным обогащением.

[00120] Как более подробно описано ниже, у пациентов с первично-рефрактерным заболеванием (рефрактерным к ≥2 попыткам индукции, с первым CR продолжительностью <6 месяцев или неэффективностью после ≥4 циклов применения гипометилирующих агентов, НМА) проявляются признаки экспрессии генов иммунно инфильтрированного микроокружения опухоли, о чем свидетельствует их приблизительно на 33% более высокие уровни воспалительных хемокинов (относительно уровней, наблюдаемых у пациентов с рецидивом (3,27±0,22 по сравнению с 2,46±0,07, р=0,026)).

[00121] В этой группе пациентов с резистентностью к химиотерапии и пациентов с резистентностью к НМА дополнительно стратифицируют на первую субпопуляцию, которая демонстрирует сигнатуры генов микроокружения опухоли с иммунным истощением (см. Фигуру 2, заключенные в рамку сигнатуры, указанные для кластера 2), и вторую субпопуляцию, которая демонстрирует сигнатуры генов микроокружения опухоли с иммунным обогащением, включая сигнатуру сигнального пути гамма-интерферона (также указанную в настоящей заявке как «IFN-гамма») (см. Фигуру 2, заключенные в рамку сигнатуры, указанные для кластера 3). У пациентов с резистентностью к НМА проявляются признаки иммунного истощения и адаптивной иммунной резистентности, включая повышение экспрессии TIGIT приблизительно на 44% (5,55±0,34 по сравнению с 3,85±0,24, р=0,006), повышение экспрессии PD-L1 приблизительно на 48% (3,55±0,18 по сравнению с 2,4±0,29, р=0,009) и повышение экспрессии Treg-клеток приблизительно на 32% (4,87±0,23 по сравнению с 3,69±0,19, р=0,0009) по сравнению с пациентами с резистентностью к химиотерапии. У пациентов с резистентностью к НМА также наблюдается тенденция к возрастающему истощению CD8 Т-клеток (согласно измерению экспрессии CD244, EOMES, LAG3 и PTGER4) по сравнению с пациентами с резистентностью к химиотерапии.

[00122] Направленный только на резистентных к химиотерапии (то есть рефрактерных к ≥2 попыткам индукции, с первым CR <6 месяцев) пациентов и пациентов с рецидивирующим ОМЛ (то есть пациенты с рефрактерностью к НМА не были включены) дополнительный анализ более широкого набора генов (выполненный путем объединения показателей трех модулей сигнатур, описанных ниже) стратифицировал исходные образцы КМ пациентов с рецидивирующим ОМЛ и пациентов с рефрактерным ОМЛ на два иммунных подтипа, упоминаемых в настоящем документе как подтипы с «иммунной инфильтрацией» и «иммунным обеднением».

II. Иллюстративные биспецифичные к CD123 X CD3 связывающие молекулы

A. JNJ-63709178

[00123] JNJ-63709178 представляет собой гуманизированное биспецифичное антитело IgG4, лишенное Fc-функции. Указанное антитело получали с применением технологии Genmab DuoBody®, и оно способно связывать как CD123 на опухолевых клетках, так и CD3 на Т-клетках. JNJ-63709178 обладает способностью обеспечивать накопление Т-клеток вблизи опухолевых клеток, экспрессирующих CD 123, и индуцировать уничтожение этих опухолевых клеток in vitro (MOLM-13, OCI-AML5 и KG-1; ЕС50=0,51-0,91 нМ). Антитело JNJ-63709178 раскрыто в документах WO 2016/036937, Gaudet, F. et al. (2016) "Development of a CD 123 X CD3 Bispecific Antibody (JNJ-63709178) for the Treatment of Acute Myeloid Leukemia (AML)," Blood 128:2824; and Forslund, A. et al. (2016) "Ex Vivo Activity Profile of the CD123 X CD3 Duobody® Antibody JNJ-63709178 Against Primary Acute Myeloid Leukemia Bone Marrow Samples," Blood 128:2875, которые включены в настоящую заявку посредством ссылки). Аминокислотные последовательности тяжелых и легких цепей JNJ-63709178 и/или родственных антител: 13RB179, 13RB180, 13RB181, 13RB182, 13RB183, 13RB186, 13RB187, 13RB188, 13RB189, CD3B19, 7959, 3978, 7955, 9958, 8747, 8876, 4435 и 5466 раскрыты в WO 2016/036937.

B. XmAb14045

[00124] XmAb14045 (также известный как вибекотамаб) представляет собой нацеленное на опухоль антитело, которое содержит как связывающий CD123 домен, так и связывающий цитотоксические Т-клетки домен (CD3). Биспецифичный Fc-домен XmAb служит каркасом для этих двух антигенсвязывающих доменов и обеспечивает длительный период полужизни, стабильность и простоту получения XmAb14045. Вовлечение CD3 XmAb14045 активирует опосредованное Т-клетками высокоэффективное и направленное уничтожение опухолевых клеток, экспрессирующих CD 123 (публикация патента США 2017/0349660; Chu, S.Y. et al. (2014) "Immunotherapy with Long-Lived Anti-CD123 × CD3 Bispecific Antibodies Stimulates Potent T Cell-Mediated Killing of Human AML Cell Lines and of CD123+ Cells in Monkeys: A Potential Therapy for Acute Myelogenous Leukemia" Blood 124(21):2316, указанные документы включены в настоящую заявку посредством ссылки). Аминокислотные последовательности тяжелых и легких цепей XmAb14045 и схожих биспецифичных к CD123 × CD3 связывающих молекул раскрыты в публикации патента США 2017/0349660 и WHO Drug Information, Proposed INN: List 120, 2018, 32(4):658-660.

C. APVO436

[00125] APVO436 представляет собой биспецифичную к CD123 × CD3 связывающую молекулу ADAPTIR™, которая содержит область scFv к CD123 и область scFv к CD3. Каждая из областей scFv связана с Fc-доменом, который был модифицирован с целью устранения эффекторной функции ADCC/CDC. Раскрыто, что APVO436 связывает экспрессирующие CD123 и CD3 клетки человека со значениями ЕС₅₀ в низком диапазоне нМ и демонстрирует сильную мишень-специфичную активность против экспрессирующих CD123 линий опухолевых клеток при низких отношениях эффектор/мишень. Раскрыто, что APVO436 обладает способностью эффективно индуцировать эндогенную активацию и пролиферацию Т-клеток, сопровождающуюся обеднением экспрессирующих CD123 клеток, в экспериментах с образцами субъектов с первичным ОМЛ и нормальными образцами доноров. APV0436 (см. Comeau, M.R. et al. (2018) "APV0436, a Bispecific anti-CD123 × anti-CD3 ADAPTIR™ Molecule for Redirected T-cell Cytotoxicity, Induces Potent T-cell Activation, Proliferation and Cytotoxicity with Limited Cytokine Release," AACR Annual Meeting April 2018, Abstract 1786; Godwin, CD. et al. (2017) "Bispecific Anti-CD 123 xAnti-CD3 ADAPTIR™ Molecules APV0436 and APV0437 Have Broad Activity Against Primary Human AML Cells In Vitro," American Society of Hematology Annual Meeting, December 2017, Blood 130:2639; Comeau, M.R. et al. (2017) "Bispecific anti-CD 123 x anti-CD3 ADAPTIR™ Molecules for Redirected T-cell Cytotoxicity in Hematological Malignancies," AACR Annual Meeting April 2017, Abstract 597). Аминокислотные последовательности тяжелых и легких цепей биспецифичных к CD123 × CD3 связывающих молекул APVO436 описаны в WO 2018/057802 А1.

D. DART-A

[00126] DART-A (также известный как флотетузумаб, номер CAS: 1664355-28-5) представляет собой предпочтительную биспецифичную к CD123 × CD3 связывающую молекулу согласно настоящему изобретению. DART-А представляет собой биспецифичное диатело, оптимизированное по последовательности, способное одновременно и специфично связываться с эпитопом CD123 и эпитопом CD3 (биспецифичное диатело к «CD123 × CD3») (публикация патента США №US 2016-0200827, публикация РСТ WO 2015/026892, Al-Hussaini, М. et al. (2016) "Targeting CD123 In Acute Myeloid Leukemia Using A T-Cell-Directed Dual-Affinity Retargeting Platform,'" Blood 127:122-131, Vey, N. et al. (2017) "A Phase 1, First-in-Human Study of MGD006/S80880 (CD123 × CD3) in AML/MDS," 2017 ASCO Annual Meeting, June 2-6, 2017, Chicago, IL: Abstract TPS7070, полное содержание каждого из указанных документов включено в настоящее опиание посредством ссылки). Было обнаружено, что DART-А демонстрирует повышенную функциональную активность по сравнению с другими не оптимизированными по последовательности биспецифичными к CD123 × CD3 диателами аналогичного состава, и, таким образом, называется «биспецифичным к CD123 × CD3 диателом, оптимизированным по последовательности». В заявке РСТ PCT/US2017/050471 описаны предпочтительные схемы введения DART-А пациентам, и она полностью включена в настоящее опиание посредством ссылки.

[00127] DART-А содержит первую полипептидную цепь и вторую полипептидную цепь (Фигура 1). Первая полипептидная цепь указанного биспецифичного диатела содержит, в направлении от N-конца к С-концу, N-конец, вариабельный домен легкой цепи (домен VL) моноклонального антитела, способный связываться с CD3 (VL_CD3), промежуточный линкерный пептид (линкер 1), вариабельный домен тяжелой цепи (домен VH) моноклонального антитела, способный связываться с CD 123 (VH_CD123), и С-конец.

[00128] Предпочтительной последовательностью для такого домена VL_CD3 является SEQ ID NO:1:

[00129] Антигенсвязывающий домен VL_CD3 содержит:

CDRL1 (SEQ ID NO:2):

CDRL2 (SEQ ID NO:3):

CDRL3 (SEQ ID NO:4):

[00130] Предпочтительной последовательностью для такого линкера 1 является SEQ ID NO:5: GGGSGGGG. Предпочтительной последовательностью для такого домена VH_CD123 является SEQ ID NO:6:

[00131] Антигенсвязывающий домен VH_CD123 содержит:

CDR_HI (SEQ ID NO:7):

CDR_H2 (SEQ ID NO:8):

CDR_H3 (SEQ ID NO:9):

[00132] Вторая полипептидная цепь содержит, в направлении от N-конца к С-концу, N-конец, домен VL моноклонального антитела, способный связываться с CD123 (VL_CD123), промежуточный линкерный пептид (например, линкер 1), домен VH моноклонального антитела, способный связываться с CD3 (VH_CD3), и С-конец. Предпочтительной последовательностью для такого домена VL_CD123 является SEQ ID N0:10:

[00133] Антигенсвязывающий домен VL_CD123 содержит:

CDR_L1 (SEQ ID NO:11):

CDR_L2 (SEQ ID NO:12):

CDR_L3 (SEQ ID NO:13):

[00134] Предпочтительной последовательностью для такого домена VH_CD3 является SEQ ID NO: 14:

[00135] Антигенсвязывающий домен VH_CD3 содержит:

CDR_H1 (SEQ ID NO: 15):

CDR_H2 (SEQ ID NO: 16):

CDR_H3 (SEQ ID NO: 17):

[00136] Оптимизированные по последовательности биспецифичные к CD123 × CD3 диатела согласно настоящему изобретению сконструированы таким образом, что такие первый и второй полипептиды ковалентно связываются друг с другом через остатки цистеина по всей длине. Такие остатки цистеина могут быть введены в промежуточный линкер (например, линкер 1), который разделяет домены VL и VH полипептидов. В качестве альтернативы и более предпочтительно, второй пептид (линкер 2) вводят в каждую полипептидную цепь, например, в положении с N-конца к домену VL или с С-конца к домену VH такой полипептидной цепи. Предпочтительной последовательностью для такого линкера 2 является SEQ ID NO: 18: GGCGGG.

[00137] Образование гетеродимеров может быть вызвано дальнейшим конструированием таких полипептидных цепей, обеспечивающим содержание полипептидных спиралей противоположного заряда. Таким образом, в предпочтительном варианте реализации одна из полипептидных цепей сконструирована таким образом, что она содержит «Е-спиральный» домен (SEQ ID NO: 19: остатки которого будут образовывать отрицательный заряд при рН 7, тогда как другая из двух полипептидных цепей сконструирована таким образом, что она содержит «К-спиральный» домен (SEQ ID NO: 20: остатки которого будут образовывать положительный заряд при рН 7. Присутствие таких заряженных доменов способствует ассоциации первого и второго полипептидов и тем самым способствует гетеродимеризации.

[00138] Не имеет значения, какая из спиралей находится в первой, а какая во второй полипептидной цепи. Однако предпочтительное оптимизированное по последовательности биспецифичное к CD123 × CD3 диатело согласно настоящему изобретению («DART-А») содержит первую полипептидную цепь, имеющую аминокислотную последовательность(8Е(2 ID NO:21):

[00139] Цепь 1 DART-A состоит из: SEQ ID NO:1 - SEQ ID NO:5 - SEQ ID NO:6 - SEQ ID NO:18 - SEQ ID NO:19. Полинуклеотид, который кодирует первую полипептидную цепь DART-А, представляет собой SEQ ID NO:22:

[00140] Вторая полипептидная цепь DART-А имеет последовательность (SEQ ID NO:23):

[00141] Цепь 2 DART-A состоит из: SEQ ID NO:10 - SEQ ID NO:5 - SEQ ID NO: 14 - SEQ ID NO: 18 - SEQ ID NO:20. Полинуклеотид, который кодирует вторую полипептидную цепь DART-А, представляет собой SEQ ID NO:24:

[00142] DART-A обладает способностью одновременно связывать CD123 и CD3, что установлено для клеток человека и яванского макака. Было обнаружено, что обеспечение DART-А вызывает активацию Т-клеток, опосредует снижение количества бластов, стимулирует размножение Т-клеток, индуцирует активацию Т-клеток и вызывает перенаправленное уничтожение раковых клеток-мишеней (Таблица 4).

[00143] Более конкретно, DART-А демонстрирует выраженную способность к перенаправленному уничтожению клеток при концентрациях, необходимых для достижения 50% максимальной активности (ЕС50), находящихся в диапазоне суб-нг/мл, независимо от специфичности связывания эпитопа CD3, в линиях клеток-мишеней с высокой экспрессией CD 123 (Kasumi-3 (ЕС₅₀=0,01 нг/мл)), средней экспрессией CD123 (Molm13 (ЕС₅₀=0,18 нг/мл) и ТНР-1 (ЕС₅₀=0,24 нг/мл)) и средне-низкой или низкой экспрессией CD123 (TF-1 (ЕС₅₀=0,46 нг/мл) и RS4-11 (ЕС₅₀=0,5 нг/мл)). Схожим образом, перенаправленное DART-А уничтожение клеток также наблюдали в нескольких линиях клеток-мишеней в присутствии Т-клеток от разных доноров, и не наблюдали активности перенаправленного уничтожения клеток в линиях клеток, которые не экспрессируют CD 123. Результаты приведены в Таблице 5.

[00144] Помимо этого, при объединении Т-клеток человека и опухолевых клеток (Molm13 или RS4-11) и подкожной инъекции мышам, нокаутным по NOD/SCID-гамма (NSG), наблюдали существенное подавление опухолей MOLM13 при величине дозы 0,16, 0,5, 0,2, 0,1, 0,02 и 0,004 мг/кг.Доза 0,004 мг/кг и выше была активна в модели MOLM13. Более низкие дозы DART-А, вызывающие подавление роста опухоли в модели MOLM13 по сравнению с моделью RS4-11, согласуются с данными in vitro, демонстрирующими, что клетки MOLM13 имеют более высокий уровень экспрессии CD 123, чем клетки RS4-11, что коррелировало с повышенной чувствительностью клеток MOLM13 к опосредованной DART-А цитотоксичности in vitro.

[00145] DART-A обладает активностью против образцов первичного ОМЛ (мононуклеаров костного мозга (МККМ) и мононуклеаров периферической крови (МКПК)) пациентов с ОМЛ. Инкубирование образцов костного мозга первичного ОМЛ с DART-А приводило к обеднению популяции лейкозных клеток с течением времени, сопровождавшемуся одновременным размножением остаточных Т-клеток (как CD4, так и CD8) и индукцией маркеров активации Т-клеток (CD25 и Ki-67). Наблюдали повышение уровня гранзима В и перфорина как в CD8, так и в CD4 Т-клетках. Инкубирование образцов костного мозга первичного ОМЛ с DART-А приводило к обеднению популяции лейкозных клеток с течением времени по сравнению с необработанным контролем или контрольным DART. При подсчете Т-клеток (окрашивание CD8 и CD4) и анализе активации (окрашивание CD25) наблюдали размножение и активацию Т-клеток в образце под действием DART-А по сравнению с необработанным или обработанным контрольными DART образцом. Также было обнаружено, что DART-А обладает способностью опосредовать снижение количества пДК-клеток в популяции МКПК как человека, так и яванского макака, при этом снижение количества пДК яванского макака происходит уже через 4 дня после инфузии всего 10 нг/кг DART-А. Не наблюдали повышения уровней цитокинов интерферона-гамма, TNF-альфа, IL6, IL5, IL4 и IL2 у животных, получавших DART-А. Эти данные указывают на то, что опосредованное DART-А уничтожение клеток-мишеней осуществлялось с вовлечением пути гранзима В и перфорина.

[00146] Не наблюдали активности в отношении CD123-отрицательных мишеней (клеток U937) или при применении контрольного DART, что указывает на то, что наблюдаемая активация Т-клеток строго зависит от взаимодействия с клетками-мишенями и что одновалентного взаимодействия DART-А с CD3 было недостаточно для запуска активации Т-клеток.

[00147] Таким образом, DART-A представляет собой молекулу на основе антитела, взаимодействующую с субъединицей CD3s TCR для перенаправления Т-лимфоцитов против клеток, экспрессирующих CD123, антиген, активированный при нескольких гематологических злокачественных новообразованиях. DART-A связывается как с антигенами человека, так и с антигенами яванского макака с близкой аффинностью и перенаправляет Т-клетки от обоих видов для уничтожения CD 123+ клеток. Обезьяны, которым 4 или 7 дней в неделю вводили путем инфузии еженедельно увеличивающиеся дозы DART-А, демонстрировали снижение количества циркулирующих CD 123+ клеток через 72 часа после начала лечения, сохранявшееся в течение 4 недель лечения независимо от схемы введения. Также наблюдали снижение количества циркулирующих Т-клеток, однако оно восстанавливалось до исходного уровня до последующей инфузии у макаков при 4-дневной схеме введения, что согласуется с опосредованной DART-А мобилизацией. Введение DART-А увеличивало количество циркулирующих PD1+, но не TIM-3+ Т-клеток; помимо этого, анализ ex vivo Т-клеток получавших лечение макаков показал неизмененный перенаправленный лизис клеток-мишеней, что указывает на отсутствие истощения. Токсичность ограничивалась минимальным преходящим высвобождением цитокинов после первой инфузии DART-А, но не после последующих введений, даже когда дозировка была увеличена, и минимальным обратимым снижением массы эритроцитов с сопутствующим снижением CD 123+ предшественников костного мозга.

Е. Дополнительные биспецифичные молекулы диател

[00148] Альтернативная версия DART-А, содержащая Fc-область и имеющая общую структуру, показанную на Фигуре 1В, описана в US 2016-0200827. Предпочтительные полипептиды, которые содержат домены СН2 и СН3 Fc-домена, имеют последовательность (SEQ ID NO:25) («имеющий выступ» Fc-домен):

и последовательность (SEQ ID NO:26) («имеющий впадину» Fc-домен):

[00149] Первый полипептид иллюстративной конструкции DART-A w/Fc содержит, в направлении от N-конца к С-концу, N-конец, домен VL моноклонального антитела, способный связываться с CD123 (VL_CD123), промежуточный линкерный пептид (линкер 1), домен VH моноклонального антитела, способный связываться с CD3 (VH_CD3), линкер 2, Е-спиральный домен, линкер 5, пептид 1, полипептид, который содержит домены СН2 и СН3 Fc-домена, и С-конец. Предпочтительный линкер 5 имеет последовательность: GGG. Предпочтительный пептид 1 имеет последовательность: DKTHTCPPCP (SEQ ID NO:29). Таким образом, первый полипептид такой конструкции DART-А w/Fc версии 1 состоит из: SEQ ID NO:10 - SEQ ID NO:5 - SEQ ID NO: 14 -SEQ ID NO:18 - SEQ ID NO:19 - GGG - SEQ ID NO:29 - SEQ ID NO:25 (где X представляет собой K).

[00150] Предпочтительная последовательность первого полипептида такой конструкции DART-A w/Fc версии 1 имеет последовательность (SEQ ID NO:27):

[00151] Вторая цепь такой конструкции DART-A w/Fc версии 1 будет содержать, в направлении от N-конца к С-концу, N-конец, домен VL моноклонального антитела, способный связываться с CD3 (VL_CD3), промежуточный линкерный пептид (линкер 1), домен VH моноклонального антитела, способный связываться с CD123 (VH_CD123), линкер 2, K-спиральный домен и С-конец. Таким образом, второй полипептид такой конструкции DART-A w/Fc версии 1 состоит из: SEQ ID NO:1 - SEQ ID NO:5 - SEQ ID NO:6 -SEQ ID NO: 18 - SEQ ID NO:20. Такой полипептид имеет последовательность (SEQ ID NO:28):

[00152] Третья полипептидная цепь такого DART-A w/Fc версии 1 будет содержать домены СН2 и СН3 Fc-домена IgG. Предпочтительный полипептид, который состоит из пептида 1 (DKTHTCPPCP; SEQ ID NO:29) и доменов СН2 и СН3 Fc-домена (SEQ ID NO:26, где X представляет собой К), имеет последовательность SEQ ID NO:30:

[00153] Дополнительные биспецифичные к CD123 × CD3 диатела, содержащие альтернативные оптимизированные нацеленные на CD3 связывающие домены, представлены в заявках США №: 62/631,043 (подана 15 февраля 2018 года) и 62/738,632 (подана 28 сентября 2018 года) (содержание каждой из которых полностью включено в настоящую заявку).

III. Фармацевтические составы

[00154] Композиции согласно настоящему изобретению включают нерасфасованные лекарственные композиции, пригодные для получения фармацевтических композиций (например, неочищенных или нестерильных композиций), и фармацевтические композиции (то есть композиции, подходящие для введения субъекту или пациенту), которые могут быть применены для приготовления единичных лекарственных форм. Такие композиции содержат профилактически или терапевтически эффективное количество биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулы и фармацевтически приемлемый носитель.

[00155] Предпочтительные фармацевтические составы содержат биспецифичную к CD123 × CD3 связывающую молекулу и водный стабилизатор, а также, необязательно, фармацевтически приемлемый носитель.

[00156] В контексте настоящей заявкитермин «фармацевтически приемлемый носитель» предназначен для обозначения разбавителя, адъюванта (например, адъюванта Фрейнда (полного и неполного)), вспомогательного вещества или переносящей среды, которые одобрены регулирующим органом или указаны в Фармакопее США или в другой общепризнанной фармакопее как подходящие для введения животным, и, более конкретно, людям. Такие фармацевтические носители могут представлять собой стерильные жидкости, такие как вода и масла, в том числе полученные из нефти масла, масла животного, растительного или синтетического происхождения, такие как арахисовое масло, соевое масло, минеральное масло, кунжутное масло и тому подобное. Вода является предпочтительным носителем при внутривенном введении фармацевтической композиции. Солевые растворы и водные растворы декстрозы и глицерина также могут быть применены в качестве жидких носителей, в частности, для инъекционных растворов. Подходящие фармацевтические вспомогательные вещества включают крахмал, глюкозу, лактозу, сахарозу, желатин, солод, рис, муку, мел, силикагель, стеарат натрия, моностеарат глицерина, тальк, хлорид натрия, сухое обезжиренное молоко, глицерин, пропиленгликоль, воду, этанол и тому подобное. Композиция, если это желательно, может также содержать незначительные количества смачивающих или эмульгирующих агентов или буферных агентов для поддержания рН. Эти композиции могут иметь форму растворов, суспензий, эмульсии, таблеток, пилюль, капсул, порошков, составов с замедленным высвобождением и тому подобного.

[00157] Как правило, ингредиенты композиции согласно настоящему изобретению поставляются либо отдельно, либо в виде смеси в единичной лекарственной форме, например, в виде жидкого состава, в виде сухого лиофилизированного порошка или безводного концентрата в герметично закрытой емкости, такой как флакон, ампула или саше, с указанием количества активного агента. В случае, если композиция предназначена для введения путем инфузии, она может быть отпущена совместно с инфузионным флаконом, содержащим стерильную воду или физиологический раствор фармацевтической степени чистоты. В случае, если композицию вводят путем инъекции, в комплект поставки может входить ампула со стерильной водой для инъекций или физиологическим раствором, чтобы компоненты могли быть смешаны перед введением.

[00158] В настоящем изобретении также предложена фармацевтическая упаковка или набор, содержащие одну или более емкостей, содержащих биспецифичную к CD123 × CD3 связывающую молекулу отдельно или совместно со стабилизатором и/или фармацевтически приемлемым носителем. Дополнительно в фармацевтическую упаковку или набор также могут быть включены один или более других профилактических или терапевтических агентов, пригодных для лечения заболевания. В настоящем изобретении также предложена фармацевтическая упаковка или набор, содержащие одну или более емкостей, наполненных одним или более ингредиентами фармацевтической композиции согласно настоящему изобретению. Совместно с такой емкостью (емкостями) необязательно может находиться пояснение в форме, предписанной государственным органом, регулирующим производство, применение или продажу лекарственных средств или биологических продуктов, отражающее одобрение указанным органом производства, применения или продажи для введения человеку.

IV. Наборы

[00159] В настоящем изобретении предложены наборы, которые содержат биспецифичную к CD123 × CD3 связывающую молекулу, инструкции (например, относящиеся к хранению, выбору дозы, показаниям, побочным эффектам, противопоказаниям и так далее) и необязательно стабилизатор и/или носитель, который может быть применен в указанных выше способах. В таких наборах биспецифичную к CD123 × CD3 связывающую молекулу предпочтительно упаковывают в герметично закрытую емкость, такую как ампула, флакон, саше и так далее, на которой предпочтительно указано количество содержащейся в ней молекулы. Емкость может быть изготовлена из любого фармацевтически приемлемого материала, такого как стекло, смола, пластик и так далее. Биспецифичная к CD123 × CD3 связывающая молекула в таком наборе предпочтительно поставляется в виде жидкого раствора, сухого стерильного лиофилизированного порошка или безводного концентрата в герметично закрытой емкости, и они могут быть повторно растворены, например, в воде или физиологическом растворе до подходящей концентрации для введения субъекту. Такой жидкий или лиофилизированный препарат следует хранить при температуре от 2°С до 8°С в емкости производителя, и указанный препарат следует вводить в течение 12 часов, предпочтительно в течение 6 часов, в течение 5 часов, в течение 3 часов или в течение 1 часа после повторного растворения. Набор может дополнительно содержать один или более других профилактических и/или терапевтических агентов, пригодных для лечения рака, в одной или более емкостях, и/или набор может дополнительно содержать одно или более цитотоксических антител, которые связывают один или более раковых антигенов, связанных с раком. В некоторых вариантах реализации другой профилактический или терапевтический агент представляет собой химиотерапевтический агент.В других вариантах реализации профилактический или терапевтический агент представляет собой биологический или гормональный терапевтический агент.Набор может дополнительно содержать инструкции по применению или другую печатную информацию.

[00160] Дополнительно в фармацевтическую упаковку или набор также могут быть включены один или более других профилактических или терапевтических агентов, пригодных для лечения заболевания. В настоящем изобретении также предложена фармацевтическая упаковка или набор, содержащие одну или более емкостей, наполненных одним или более ингредиентами фармацевтической композиции согласно настоящему изобретению. Совместно с такой емкостью (емкостями) необязательно может находиться пояснение в форме, предписанной государственным органом, регулирующим производство, применение или продажу лекарственных средств или биологических продуктов, отражающее одобрение указанным органом производства, применения или продажи для введения человеку.

V. Способы введения

[00161] Фармацевтические составы, содержащие биспецифичную к CD123 × CD3 связывающую молекулу согласно настоящему изобретению, могут быть предложены для лечения, профилактики и облегчения одного или более симптомов, связанных с заболеванием, расстройством или инфекцией, путем введения субъекту эффективного количества молекулы согласно настоящему изобретению или фармацевтической композиции, содержащей гибридный белок или конъюгированную молекулу согласно настоящему изобретению. В предпочтительном аспекте такие композиции являются по существу очищенными (то есть по существу свободными от веществ, которые ограничивают их эффект или вызывают нежелательные побочные эффекты). В конкретном варианте реализации субъект представляет собой животное, предпочтительно млекопитающее, такое как не являющееся приматом (например, крупный рогатый скот, лошадь, кошка, собака, грызун и так далее) или являющееся приматом (например, обезьяна, такая как яванский макак, человек и так далее). В предпочтительном варианте реализации субъект или пациент представляет собой человека.

[00162] Способы введения фармацевтического состава, содержащего биспецифичную к CD123 × CD3 связывающую молекулу согласно настоящему изобретению, включают, но не ограничиваются ими, парентеральное введение (например, внутрикожное, внутримышечное, внутрибрюшинное, внутривенное и подкожное). В конкретном варианте реализации биспецифичные к CD123 × CD3 связывающие молекулы вводят внутривенно. Композиции могут быть введены любым удобным путем, например, путем инфузии, и могут быть введены совместно с другими биологически активными агентами.

[00163] Введение путем инфузии предпочтительно осуществляют с применением инфузионного насоса. «Инфузионные насосы» представляют собой медицинское устройство, которое контролируемым образом доставляет жидкости в организм пациента, в частности, с определенной скоростью и в течение длительного периода времени. Инфузионные насосы могут приводиться в действие механически, но более предпочтительно имеют электропривод. Некоторые инфузионные насосы являются «стационарными» инфузионными насосами и предназначены для применения у постели пациента. Другие, называемые «амбулаторными» инфузионными насосами, выполнены с возможностью перемещения или ношения. «Шприцевой» насос представляет собой инфузионный насос, в котором подаваемая жидкость удерживается в резервуаре камеры (например, шприца), а подвижный поршень применяется для управления объемом камеры и, следовательно, подачи жидкости. В «эластомерном» инфузионном насосе жидкость удерживается в растягивающемся баллонном резервуаре, и давление от эластичных стенок баллона приводит к подаче жидкости. В «перистальтическом» инфузионном насосе набор роликов сжимает гибкую трубку вдоль, выталкивая жидкость вперед. В «многоканальном» инфузионном насосе жидкости могут подаваться из нескольких резервуаров с несколькими скоростями. «Смарт-насос» представляет собой инфузионный насос, который оснащен компьютеризированной системой подачи жидкости, способной предупреждать о риске неблагоприятного лекарственного взаимодействия или о том, что параметры насоса были установлены вне заданных пределов. Примеры инфузионных насосов хорошо известны и представлены, например, в публикации [анонимной] 2002 "General-Purpose Infusion Pumps" Health Devices 31(10):353-387; и в патентах США №10,029,051, 10,029,047, 10,029,045, 10,022,495, 10,022,494, 10,016,559, 10,006,454, 10,004,846, 9,993,600, 9,981,082, 9,974,901, 9,968,729, 9,931,463, 9,927,943 и так далее.

[00164] Предпочтительно, чтобы фармацевтические составы, содержащие биспецифичную к CD123 × CD3 связывающую молекулу согласно настоящему изобретению, были введены путем инфузии с помощью одного или более амбулаторных насосов, чтобы пациент сохранял подвижность во время курса лечения. Предпочтительно, чтобы фармацевтические составы, содержащие биспецифичную к CD123 × CD3 связывающую молекулу согласно настоящему изобретению, были введены путем непрерывной инфузии. В предпочтительном варианте реализации 7-дневная схема непрерывной инфузии включает лечебную дозу приблизительно 30 нг/кг массы тела пациента/день в течение 3 дней с последующей лечебной дозой приблизительно 100 нг/кг/день в течение 4 дней (например, лечебную дозу 30 нг/кг массы тела пациента/день в течение 3 дней с последующей лечебной дозой 100 нг/кг/день в течение 4 дней; и так далее). В особенно предпочтительных вариантах реализации за такой 7-дневной схемой непрерывной инфузии следует 21-дневная схема непрерывной инфузии, в которой лечебную дозу 500 нг/кг/день вводят в течение 1-4 дней каждой недели такой 21-дневной схемы, и в течение 5-7 дней каждой недели лечебную дозу не вводят.В качестве альтернативы, за такой 7-дневной схемой непрерывной инфузии следует 21-дневная схема непрерывной инфузии, в которой ежедневно в течение 21 дня вводят лечебную дозу 500 нг/кг/день.

[00165] В любом из описанных выше курсов лечения можно дополнительно контролировать долю CD8+ Т-лимфоцитов в микроокружении опухоли. Такой мониторинг может происходить до введения биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулы, в ходе терапии связывающей CD123 × CD3 молекулой и/или после завершения цикла терапии связывающей CD123 × CD3 молекулой.

VI. Применение композиций согласно настоящему изобретению

[00166] Биспецифичные к CD123 × CD3 связывающие молекулы согласно настоящему изобретению могут быть применены для лечения любого заболевания или состояния, связанного с экспрессией CD123 или характеризующегося экспрессией CD123. В частности, биспецифичные к CD123 × CD3 связывающие молекулы согласно настоящему изобретению могут быть применены для лечения гематологических злокачественных новообразований. Биспецифичные к CD123 × CD3 связывающие молекулы согласно настоящему изобретению, в частности, подходят для применения для лечения гематологических злокачественных новообразований, включая химиорефрактерные гематологические злокачественные новообразования. В контексте настоящей заявки химиорефрактерное гематологическое злокачественное новообразование представляет собой гематологическое злокачественное новообразование, которое является рефрактерным к двум или более попыткам индукции, характеризуется первым CR длительностью менее 6 месяцев или неэффективностью лечения после двух или более циклов лечения гипометилирующим агентом).

[00167] Таким образом, без ограничения, такие молекулы могут быть применены для диагностики или лечения острого миелоидного лейкоза (ОМЛ) (включая первичный химиорефрактерный ОМЛ), хронического миелогенного лейкоза (ХМЛ), включая бластный криз ХМЛ и связанный с онкогеном Абельсона ХМЛ (транслокацию Bcr-ABL), миелодиспластического синдрома (МДС), острого В-лимфобластного лейкоза (В-ОЛЛ), острого Т-лимфобластного лейкоза (Т-ОЛЛ), хронического лимфоцитарного лейкоза (ХЛЛ), включая синдром Рихтера или трансформацию ХЛЛ Рихтера, волосато клеточного лейкоза (ВКЛ), бластной плазмоцитоидной дендритно-клеточной неоплазии (БПДКН), неходжкинской лимфомы (НХЛ), включая мантийноклеточную лимфому (МКЛ) и мелкоклеточную лимфоцитарную лимфому (МЛЛ), лимфомы Ходжкина, системного мастоцитоза и лимфомы Беркитта. Биспецифичные к CD123 × CD3 связывающие молекулы согласно настоящему изобретению могут быть дополнительно применены для получения лекарственных средств для лечения описанных выше состояний.

[00168] Биспецифичные к CD123 × CD3 связывающие молекулы согласно настоящему изобретению, в частности, подходят для применения для лечения острого миелоидного лейкоза (ОМЛ, включая первичный химиорефрактерный острый миелоидный лейкоз), гематологического миелодиспластического синдрома (МДС), бластной плазмоцитоидной дендритно-клеточной неоплазии (БПДКН), неходжкинской лимфомы (НХЛ) или острого Т-лимфобластного лейкоза (Т-ОЛЛ).

VII. Конкретные варианты реализации настоящего изобретения

[00169] После приведения общего описания настоящего изобретения для более легкого его понимания будут представлены следующие пронумерованные варианты реализации («Е1» - «Е60»), которые представлены исключительно в иллюстративных целях и не предназначены для ограничения настоящего изобретения, если не указано иное:

Е1. Способ лечения химиорефрактерного гематологического злокачественного новообразования у пациента, причем указанный способ включает введение указанному пациенту лечебной дозы биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы, при этом указанная доза эффективна для стимуляции уничтожения клеток указанного гематологического злокачественного новообразования у указанного пациента и, таким образом, лечения указанного злокачественного новообразования.

Е2. Способ согласно Е1, отличающийся тем, что указанный способ дополнительно включает оценку экспрессии одного или более генов-мишеней и/или референсных генов в клеточном образце от указанного пациента до и/или после указанного введения указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

Е3. Способ согласно Е2, где указанный способ включает оценку экспрессии указанного одного или более генов-мишеней и/или указанного одного или более референсных генов перед указанным введением указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

Е4. Способ согласно Е2, где указанный способ включает оценку экспрессии указанного одного или более генов-мишеней и/или указанного одного или более референсных генов после указанного введения указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

Е5. Способ определения того, будет ли пациент подходящим образом отвечать на применение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы для лечения гематологического злокачественного новообразования, причем указанный способ включает:

(а) оценку экспрессии одного или более генов-мишеней в клеточном образце от указанного пациента до введения указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы относительно экспрессии одного или более генов-мишеней и/или референсных генов; и

(b) идентификацию пациента как пациента, подходящим образом отвечающего на лечение биспецифичной молекулой CD123 × CD3, если обнаруживается, что экспрессия указанного одного или более генов-мишеней повышается по сравнению с указанной экспрессией указанного одного или более генов-мишеней и/или референсных генов.

Е6. Способ согласно любому из Е2-Е6, отличающийся тем, что указанный способ включает оценку:

(i) экспрессии одного или более генов-мишеней; и

(ii) одного или более референсных генов, экспрессия которых не характерна для указанного гематологического злокачественного новообразования.

Е7. Способ согласно любому из Е2-Е6, отличающийся тем, что указанный способ включает оценку экспрессии указанного одного или более генов-мишеней относительно исходной экспрессии указанного одного или более референсных генов указанного пациента.

Е8. Способ согласно любому из Е2-Е7, отличающийся тем, что указанный способ включает оценку экспрессии указанного одного или более генов-мишеней указанного пациента относительно экспрессии указанного одного или более генов-мишеней индивидуума, страдающего от указанного гематологического злокачественного новообразования, или популяции таких индивидуумов.

Е9. Способ согласно любому из Е2-Е7, отличающийся тем, что указанный способ включает оценку экспрессии указанного одного или более генов-мишеней указанного пациента относительно экспрессии указанного одного или более генов-мишеней индивидуума, который не смог успешно ответить на применение биспецифичной к CD123 X CD3 молекулы для лечения указанного гематологического злокачественного новообразования, или популяции таких индивидуумов.

Е10. Способ согласно любому из Е2-Е7, отличающийся тем, что указанный способ включает оценку экспрессии указанного одного или более генов-мишеней указанного пациента относительно экспрессии указанного одного или более генов-мишеней индивидуума, который успешно ответил на применение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы для лечения указанного гематологического злокачественного новообразования, или популяции таких индивидуумов.

Е11. Способ согласно любому из Е7-Е10, отличающийся тем, что относительный уровень экспрессии указанного одного или более генов-мишеней в указанной популяции устанавливают путем усреднения уровня экспрессии генов в клеточных образцах, полученных от указанной популяции индивидуумов.

Е12. Способ согласно любому из Е2-Е11, отличающийся тем, что указанный пациент демонстрирует уровень экспрессии по меньшей мере одного из указанных генов-мишеней:

(a) который превышает первый квартиль уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) который превышает первый квартиль уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) который имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,4 относительно уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) который находится в пределах по меньшей мере первого квартиля уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, которые успешно ответили на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

Е13. Способ согласно любому из Е2-Е11, отличающийся тем, что указанный пациент демонстрирует уровень экспрессии по меньшей мере одного из указанных генов-мишеней:

(a) который превышает второй квартиль уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) который превышает второй квартиль уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) который имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,5 относительно уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) который находится в пределах по меньшей мере второго квартиля уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, которые успешно ответили на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

Е14. Способ по любому из Е2-Е11, отличающийся тем, что указанный пациент демонстрирует уровень экспрессии по меньшей мере одного из указанных генов-мишеней:

(a) который превышает третий квартиль уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) который превышает третий квартиль уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(с) который имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,6 относительно уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

Е15. Способ лечения гематологического злокачественного новообразования, где указанный способ включает:

(a) применение способа согласно любому из Е6-Е14 для определения того, будет ли пациент подходящим образом отвечать на применение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы для лечения указанного гематологического злокачественного новообразования;

(b) введение лечебной дозы указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы указанному пациенту, если установлено, что указанный пациент подходящим образом отвечает на такое лечение;

где указанное введение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы стимулирует уничтожение клеток указанного гематологического злокачественного новообразования у указанного пациента.

Е16. Способ согласно Е15, причем указанный способ дополнительно включает оценку экспрессии указанного одного или более генов-мишеней указанного пациента один или более раз после начала указанного лечения.

Е17. Способ лечения гематологического злокачественного новообразования, включающий:

(a) введение эффективной лечебной дозы биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы;

(b) определение экспрессии одного или более генов-мишеней в клеточном образце, полученном от указанного пациента в один или более моментов времени после введения указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы относительно соответствующего исходного уровня экспрессии, полученного до введения указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы;

(c) определение того, повышается ли экспрессия указанного одного или более генов-мишеней относительно указанного соответствующего исходного уровня экспрессии, причем определение такой повышенной экспрессии генов позволяет идентифицировать указанного пациента как подходящим образом отвечающего на лечение биспецифичной молекулой CD123 × CD3; и

(d) введение скорректированной или дополнительной эффективной лечебной дозы указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы любому такому подходящим образом отвечающему пациенту,

где указанное введение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы стимулирует уничтожение клеток указанного гематологического злокачественного новообразования у указанного пациента.

Е18. Способ согласно любому из Е2-Е17, где указанный клеточный образец представляет собой образец крови.

Е19. Способ согласно любому из Е2-Е17, где указанный клеточный образец представляет собой образец костного мозга.

Е20. Способ согласно любому из Е2-Е17, включающий выявление уровня экспрессии указанного одного или более генов-мишеней и/или указанного одного или более референсных генов в образце костного мозга пациента.

Е21. Способ согласно любому из Е2-Е20, отличающийся тем, что указанную оценку экспрессии или указанное определение того, будет ли указанный пациент подходящим образом отвечать на применение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы для лечения гематологического злокачественного новообразования, осуществляют путем:

(а) определения уровней экспрессии генов для каждого гена-мишени в одном или более клеточных образцах с применением платформы экспрессии генов; и

(b) сравнения указанных уровней экспрессии гена-мишени с уровнями экспрессии одного или более референсных генов.

Е22. Способ согласно любому из Е2-Е21, отличающийся тем, что указанную оценку экспрессии или указанное определение того, будет ли указанный пациент подходящим образом отвечать на применение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы для лечения гематологического злокачественного новообразования, осуществляют путем:

(a) измерения необработанных значений уровней РНК для каждого гена-мишени в еще одном клеточном образце с применением платформы экспрессии генов, причем платформа экспрессии генов содержит набор референсных генов домашнего хозяйства, и

(b) присвоения относительного значения экспрессии каждому из измеренных необработанных значений уровней РНК для генов-мишеней с применением измеренных уровней РНК внутренних референсных генов.

Е23. Способ согласно любому из Е2-Е22, отличающийся тем, что указанные один или более генов-мишеней содержат:

(а) один или более из: CXCL9, CXCL10, CXCL11 и STAT1; и/или

(а) один или более из: CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-E, IDOl, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1 и TIGIT; и/или

(c) один или более из: AREG, CSF3, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CCL20, FOSL1, IER3 (NM 003897.4), IL6 и PTGS2; и/или

(d) один или более из: CCL2, CCL3/L1, CCL4, CCL7 и CCL8; и/или

(e) один или более из: MAGEA3/A6, MAGEA1, MAGEA12, MAGEA4, MAGEB2, MAGEC1 и MAGEC2; и/или

(f) один или более из: APOL6, DTX3L, GBP1, IFI16, IFI27, IFI35, IFI6, IFIH1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFITM1, IFITM2, IRF1, IRF9, ISG15, МХ1, OAS1, OAS2, PARP9, PSMB9, STAT2, ТМЕМ140 и TRIM21; и/или

(g) один или более из: PSMB8, PSMB9 и PSMB10; и/или

(h) IL10; и/или

(i) CD274; и/или

(j) PDCD1LG2.

E24. Способ по п. Е23, где указанные один или более генов-мишеней дополнительно включают IFNG.

Е25. Способ по любому из пп. Е2-Е24, отличающийся тем, что указанные один или более референсных генов включают один или более из: ABCF1, G6PD, NRDE2, OAZ1, POLR2A, SDHA, STK11IP, TBC1D10B, ТВР и UBB.

Е26. Способ по любому из Е2-Е25, отличающийся тем, что показатель сигнатуры гена определяют для указанного одного или более генов-мишеней.

Е27. Способ по п. Е26, отличающийся тем, что указанный показатель сигнатуры гена определяют способом, включающим:

(a) измерение необработанных значений уровней РНК для каждого гена-мишени в еще одном клеточном образце с применением платформы экспрессии генов, содержащей набор референсных генов домашнего хозяйства,

(b) нормализацию каждого из измеренных необработанных значений уровней РНК по среднему геометрическому указанных генов домашнего хозяйства и необязательно дальнейшую нормализацию каждого значения РНК по стандарту,

(c) логарифмическое преобразование каждого нормализованного значения РНК,

(d) умножение каждого логарифмически преобразованного значения РНК на соответствующий весовой коэффициент для получения взвешенного значения РНК, и

(e) добавление взвешенных значений РНК и необязательно добавление константы поправочного коэффициента для получения единого показателя сигнатуры гена.

Е28. Способ по Е26 или Е27, отличающийся тем, что указанный показатель сигнатуры гена определяют с применением гена-мишени (генов-мишеней), весовых коэффициентов показателя и необязательно поправочных коэффициентов, представленных в Таблицах 6 и 12A-12G.

Е29. Способ по любому из пп. Е26-Е28, отличающийся тем, что указанный показатель сигнатуры гена представляет собой показатель сигнатуры гена, определенный для одной или более из:

(a) сигнатуры сигнального пути IFN-гамма;

(b) сигнатуры воспаления опухоли;

(c) сигнатуры миелоидного воспаления;

(d) сигнатуры воспалительных хемокинов;

(e) сигнатуры MAGEs;

(f) сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN;

(g) сигнатуры иммунопротеасомы;

(h) сигнатуры IL10;

(i) сигнатуры CD274; и/или

(j) сигнатуры PDCD1LG2.

Е30. Способ по любому из пп. Е26-Е29, отличающийся тем, что показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает первый квартиль показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) превышает первый квартиль показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,4 относительно показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) находится в пределах по меньшей мере первого квартиля показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы,

указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е31. Способ согласно любому из Е26-Е29, отличающийся тем, что показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает второй квартиль для указанной сигнатуры гена, рассчитанной на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) превышает второй квартиль для указанной сигнатуры гена, рассчитанной на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,5 относительно показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) находится в пределах по меньшей мере второго квартиля показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы,

указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е32. Способ согласно любому из Е26-Е29, отличающийся тем, что показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает третий квартиль показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) превышает третий квартиль показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,6 относительно показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы,

указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е33. Способ согласно любому из Е28-Е29, где:

(a) указанная сигнатура генов представляет собой сигнатуру сигнального пути IFN-гамма, и показатель сигнатуры гена пациента, составляющий по меньшей мере приблизительно 2,5, указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой, и/или

(b) указанная сигнатура генов представляет собой сигнатуру воспаления опухоли, и показатель сигнатуры гена пациента, составляющий по меньшей мере приблизительно 5,5, указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой; и/или

(c) указанная сигнатура генов представляет собой сигнатуру нисходящего сигнального пути IFN, и показатель сигнатуры гена пациента, составляющий по меньшей мере приблизительно 4,5, указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е34. Способ согласно любому из Е28-Е29, отличающийся тем, что указанная сигнатура генов представляет собой сигнатуру сигнального пути IFN-гамма, сигнатуру воспаления опухоли или сигнатуру нисходящего сигнального пути IFN, и показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает первый квартиль показателей указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) превышает первый квартиль показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,4 относительно показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) находится в пределах по меньшей мере первого квартиля показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы,

указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е35. Способ согласно любому из Е28-Е29, отличающийся тем, что указанная сигнатура генов представляет собой сигнатуру сигнального пути IFN-гамма, сигнатуру воспаления опухоли или сигнатуру нисходящего сигнального пути IFN, и показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает второй квартиль показателей указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) превышает второй квартиль показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,5 относительно показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) находится в пределах по меньшей мере второго квартиля показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы,

указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е36. Способ согласно любому из Е28-Е29, отличающийся тем, что указанная сигнатура генов представляет собой сигнатуру сигнального пути IFN-гамма, сигнатуру воспаления опухоли или сигнатуру нисходящего сигнального пути IFN, и показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает третий квартиль показателей указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) превышает третий квартиль показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,6 относительно показателей для указанной сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы, указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е37. Способ согласно Е29, отличающийся тем, что определяют показатель IFN-доминантного модуля, и при этом показатель IFN-доминантного модуля пациента, составляющий по меньшей мере приблизительно 25, указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е38. Способ согласно Е29, причем определяют показатель IFN-доминантного модуля, и при этом показатель IFN-доминантного модуля пациента, который:

(a) превышает первый квартиль показателей указанного IFN-доминантного модуля, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) превышает первый квартиль показателей для IFN-доминантного модуля, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) находится в пределах по меньшей мере первого квартиля показателей для указанного IFN-доминантного модуля, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые успешно ответили на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы, указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е39. Способ согласно Е29, причем определяют показатель IFN-доминантного модуля, и при этом показатель IFN-доминантного модуля пациента, который:

(a) превышает второй квартиль показателей указанного IFN-доминантного модуля, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) превышает второй квартиль показателей для IFN-доминантного модуля, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) находится в пределах по меньшей мере второго квартиля показателей для указанного IFN-доминантного модуля, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые успешно ответили на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы, указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е40. Способ согласно любому из Е26-Е39, отличающийся тем, что пациент, который проявляет сигнатуру экспрессии гена, характерную для иммунно обогащенного и IFN-гамма-доминантного микроокружения опухоли, указывает на более благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е41. Способ согласно любому из Е1-Е40, отличающийся тем, что указанная биспецифичная к CD123 × CD3 молекула представляет собой биспецифичное антитело или биспецифичную молекулу, содержащую scFv.

Е42. Способ согласно Е41, отличающийся тем, что указанная биспецифичная к CD123 × CD3 молекула представляет собой JNJ-63709178, XmAb14045 или APVO436.

Е43. Способ согласно любому из Е1-Е40, отличающийся тем, что указанная биспецифичная к CD123 × CD3 молекула представляет собой ковалентно связанное биспецифичное диатело, содержащее две, три или четыре полипептидные цепи.

Е44. Способ согласно Е43, отличающийся тем, что указанная биспецифичная к CD123 × CD3 молекула представляет собой диатело, содержащее:

(a) первую полипептидную цепь, имеющую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:21; и

(b) вторую полипептидную цепь, имеющую аминокислотную последовательность SEQ ID NO:23; и

при этом первая и указанная вторая полипептидные цепи ковалентно связаны друг с другом дисульфидной связью.

Е45. Способ согласно любому из Е1-Е44, отличающийся тем, что указанное гематологическое злокачественное новообразование указанного пациента выбрано из группы, состоящей из: острого миелоидного лейкоза (ОМЛ), хронического миелогенного лейкоза (ХМЛ), бластного криза ХМЛ, связанного с онкогеном Абельсона ХМЛ (транслокации Bcr-ABL), миелодиспластического синдрома (МДС), острого В-лимфобластного лейкоза (В-ОЛЛ), острого Т-лимфобластного лейкоза (Т-ОЛЛ), хронического лимфоцитарного лейкоза (ХЛЛ), синдрома Рихтера, трансформации ХЛЛ Рихтера, волосатоклеточного лейкоза (ВКЛ), бластной плазмоцитоидной дендритно-клеточной неоплазии (БПДКН), неходжкинской лимфомы (НХЛ), включая мантийноклеточную лимфому (МКЛ) и мелко клеточную лимфоцитарную лимфому (МЛЛ), лимфомы Ходжкина, системного мастоцитоза и лимфомы Беркитта.

Е46. Способ согласно Е45, отличающийся тем, что указанное гематологическое злокачественное новообразование указанного пациента представляет собой ОМЛ.

Е47. Способ согласно Е45, отличающийся тем, что указанное гематологическое злокачественное новообразование указанного пациента представляет собой МДС.

Е48. Способ согласно Е45, отличающийся тем, что указанное гематологическое злокачественное новообразование указанного пациента представляет собой БПДКН.

Е49. Способ согласно Е45, отличающийся тем, что указанное гематологическое злокачественное новообразование указанного пациента представляет собой Т-ОЛЛ.

Е50 Способ согласно любому из Е2-Е49, отличающийся тем, что указанное гематологическое злокачественное новообразование указанного пациента является рефрактерным к химиотерапии.

Е51. Способ согласно Е1 или Е50, отличающийся тем, что указанное гематологическое злокачественное новообразование указанного пациента является рефрактерным к цитотоксической химиотерапии на основе цитарабина/антрациклина.

Е52. Способ согласно Е1 или Е50, отличающийся тем, что указанное гематологическое злокачественное новообразование указанного пациента является рефрактерным к химиотерапии гипометилирующими агентами.

Е53. Способ согласно любому из Е2-Е52, дополнительно включающий определение уровня экспрессии CD123 бластных клеток (раковых клеток) по сравнению с соответствующим исходным уровнем CD123, экспрессируемым нормальными МКПК.

Е54. Способ согласно Е56, отличающийся тем, что указанный уровень экспрессии измеряют на основании экспрессии CD123 на клеточной поверхности.

Е55. Способ согласно Е54, отличающийся тем, что указанная поверхностная экспрессия CD123 повышена по меньшей мере приблизительно на 20% относительно исходного уровня экспрессии.

Е56. Способ согласно Е55, причем указанное повышение экспрессии CD123 делает пациента более чувствительным к лечению указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

Е57. Способ согласно любому из Е1-Е4 или Е6-Е56, отличающийся тем, что указанная лечебная доза указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы включает по меньшей мере одну дозу, выбранную из группы, состоящей из 30, 100, 300 и 500 нг/кг массы тела пациента/день.

Е58. Способ согласно Е57, отличающийся тем, что указанная лечебная доза включает дозу 30 нг/кг/день.

Е59. Способ согласно Е57, отличающийся тем, что указанная лечебная доза включает дозу 100 нг/кг массы тела пациента/день.

Е60. Способ согласно Е57, отличающийся тем, что указанная лечебная доза включает дозу 300 нг/кг массы тела пациента/день.

Е61. Способ согласно Е57, отличающийся тем, что указанная лечебная доза включает дозу 500 нг/кг массы тела пациента/день.

Е62. Способ согласно любому из Е1-Е4 или Е6-Е561, отличающийся тем, что указанную лечебную дозу вводят путем непрерывной инфузии.

Е63. Способ согласно любому из Е1-Е62, отличающийся тем, что указанный пациент представляет собой пациента-человека.

ПРИМЕРЫ

[00170] После приведения общего описания настоящего изобретения для более легкого его понимания будут представлены следующие примеры, которые представлены исключительно в иллюстративных целях и не предназначены для ограничения настоящего изобретения, если не указано иное.

Пример 1

Сигнатуры экспрессии генов популяций пациентов, особенно подходящих для лечения с применением биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулы согласно настоящему изобретению

[00171] Чтобы продемонстрировать корреляцию между профилями экспрессии генов пациентов с гематологическим злокачественным новообразованием, в частности, ОМЛ, и благоприятным исходом терапии с применением биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулы, выделяли РНК из 78 образцов костного мозга («КМ»), полученных от пациентов с индивидуального согласия пациента (36 на исходном уровне, 27 после первого цикла лечения и 15 после второго цикла лечения), от 40 пациентов с рецидивирующим или рефрактерным ОМЛ, включенных в клиническое исследование флотетузумаба фазы 1/2 (NCT#02152956, типовой биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулы). Экспрессию генов оценивали с помощью системы nCounter™ (NanoString Technologies, Inc), которая позволяет проводить прямое мультиплексное количественное определение мРНК низкокопийных транскриптов в одной реакции с высокой чувствительностью и линейностью (Vadakekolathu, J., et al. (2017) "Immune gene Expression Profiling In Children And Adults With Acute Myeloid Leukemia Identifies Distinct Phenotypic Patterns" Blood 130:3942-3942; Payton, J.E., et al. (2009). "High throughput digital quantification of mRNA abundance in primary human acute myeloid leukemia samples" J Clin Invest 119:1714-1726). В анализ были включены исходные образцы костного мозга от 36 пациентов, 35 пациентов из которых получали лечение в дозе ≥500 нг/кг/день. С помощью анализа NanoString PanCancer IO 360™ (NanoString Technologies, Inc.) сравнивали профили экспрессии 750 генов, которые охватывают ключевые пути на границе опухоли, в микроокружении опухоли и ключевые пути иммунного ответа, включая уровни 14 типов иммунных клеток и 32 иммуноонкологические сигнатуры. С помощью анализа NanoString PanCancer IO 360™ также сравнивали профили экспрессии контрольных и внутренних референсных генов для нормализации данных, как представлено ниже.

[00172] Профиль экспрессии включал сигнатуры генов следующих путей или клеток: пролиферация, снижение JAKSTAT, эндотелиальные клетки, В7-Н3, снижение АРМ, гликолитическая активность, тучные клетки, цитотоксичность, цитотоксические клетки, CD8 Т-клетки, лимфоидные клетки, Т-клетки, Treg-клетки, CTLA4, TIS, клетки Th1, TIGIT, NK-клетки CD56^dim, NK-клетки, апоптоз, гипоксия, ARG1, IL10, IFN-гамма, макрофаги, миелоидные клетки, нейтрофилы, PD-L2, строма, дендритные клетки (ДК), MAGEs, IDO1, В-клетки, PD-1, NOS2, воспалительные хемокины, PD-L1, CD45, истощение CD8 Т-клеток, иммунопротеасома, АРМ, нижележащие регулируемые IFN гены, гены миелоидного воспаления, гены МНС2, TGF-бета, снижение MMR.

[00173] Весь анализ сигнатуры генов IO 360 был выполнен с помощью системы nCounter™ (NanoString Technologies, Inc.) с модулем отчета IO 360 по существу как описано ниже.

[00174] Гены сигнатуры сигнального пути интерферона(IFN)-гамма (включая репрезентативный неограничивающий номер доступа NCBI для каждого гена) и весовые коэффициенты показаны в Таблице 6 ниже.

[00175] Для расчета показателя сигнатуры сигнального пути IFN-гамма выполняют следующие стадии:

• Исходные данные для каждого гена нормализуют по среднему геометрическому 10 генов домашнего хозяйства (НК) (ABCF1, NRDE2, G6PD, OAZ1, POLR2A, SDHA, STK11IP, TBC1D10B, ТВР, UBB) для каждого образца.

• Затем нормализованные по НК данные нормализуют по стандартам панели Ю 360, в этом случае тем, которые обрабатываются на тех же картриджах, что и образцы когорты.

• Затем нормализованное количество для каждого гена подвергают логарифмическому преобразованию.

• После нормализации и логарифмического преобразования значение для каждого гена умножают на весовой коэффициент, представленный в Таблице 6.

• Каждое из этих взвешенных количеств суммируют для получения единого показателя. Поправочный коэффициент, который представляет собой константу, добавляют к окончательному рассчитанному показателю, для сигнатуры сигнального пути IFN-гамма поправочный коэффициент составляет 6,457026. Поправочный коэффициент получали на основе наименьшего наблюдаемого показателя (при анализе TCGA и клеточной линии), чтобы диапазон показателей был выше 0.

[00176] Как правило, возможный диапазон показателей сигнатуры сигнального пути IFN-гамма составляет от 0 до 10. Для этой первой когорты диапазон составляет от 1 до 5. Показатель рассчитывают для каждого исходного образца (день скрининга -14).

[00177] Гены и весовой коэффициент для дополнительных исследованных сигнатур представлены ниже.

[00178] Было проведено несколько анализов для сравнения показателей сигнатуры сигнального пути IFN-гамма (и всех показателей сигнатуры IO 360) для этой когорты, как подробно описано ниже. Различия в кратных изменениях между различными группами пациентов представлены в виде форест-графиков, где размер блока представляет собой значимость, а каждая линия представляет собой доверительные интервалы (см., например, Фигуры 3А-3С и Фигуру 5А). Распределение показателей сигнатуры сигнального пути IFN-гамма между группами пациентов представлено в виде диаграмм размаха (см., например, Фигуру 5В).

[00179] Исходная экспрессия генов, для которых были получены профили, коррелировала с тем, имел ли пациент рефрактерный ответ на традиционную химиотерапию (то есть рефрактерный ответ пациента на схему лечения цитарабином в сочетании с даунорубицином (например, индукционная терапия 7+3, (сокращенно Ref СТХ или СТХ-рефрактерный)), или с рефрактерным ответом пациента на схему лечения гипометилирующими агентами (например, децитабином и азацитидином, (сокращенно Ref НМА или НМА-рефрактерный)), или с рецидивом у пациента (рецидив). Пациенты с вторичным ОМЛ (то есть ОМЛ, возникающим в результате миелодисплазии или в результате предшествующей химиотерапии) включены в группу рефрактерности к НМА для этого анализа. Данные также коррелировали с ответами пациентов на терапию с применением биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулой флотетузумабом. На Фигуре 4 представлена каскадная диаграмма для 25 поддающихся оценке пациентов, получавших целевую дозу. Такие ответы учитывали как объективный ответ (OR) или как отсутствие ответа (NR). Помимо пациентов, демонстрирующих полный ответ (CR), OR включал всех пациентов, демонстрирующих полный молекулярный ответ (mCR), полный ответ с неполным гематологическим улучшением (CRi), состояние без морфологического лейкоза (MLF) и частичный ответ (PR). Помимо пациентов, не ответивших на лечение, NR включал всех пациентов, демонстрирующих прогрессирующее заболевание/неэффективность лечения (PD) и стабильное заболевание (SD).

[00180] На Фигуре 2 представлена независимая иерархическая кластеризация 46 сигнатур IO 360 или типов клеток, полученных на основе результатов. Результаты показывают исходные уровни экспрессии в 36 образцах костного мозга (каждый в отдельной колонке) относительно оцениваемой сигнатуры гена (каждая в отдельной строке). Каждый показатель сигнатуры IO 360 был изменен в пределах показателя для этой когорты с применением шкалы от -3 до +3, чтобы облегчить сравнение сигнатур.

[00181] Анализ экспрессии генов в образцах КМ на исходном уровне позволяет стратифицировать пациентов с ОМЛ на 3 кластера в иммунологическом континууме: с иммунным обеднением, с иммунным истощением и с иммунным обогащением (Фигура 2), пациенты с первично-рефрактерным заболеванием (Рецидив; рефрактерность к ≥2 попыткам индукции, первый CR <6 месяцев или неэффективность после ≥4 циклов применения гипометилирующих агентов, НМА) показали преимущественно фенотип иммунно инфильтрированного микроокружения опухоли (ТМЕ), который включал более высокие показатели воспалительных хемокинов по сравнению с пациентами с рецидивом (3,27±0,22 по сравнению с 2,46±0,07, р=0,026). В этой группе пациентов с резистентностью к химиотерапии и с резистентностью к НМА дополнительно стратифицируют на фенотипы с иммунным обогащением и с иммунным истощением, соответственно. Сигнатуры генов, связанные с фенотипами с иммунным истощением и с иммунным обогащением, перечислены в Таблице 7 ниже и отмечены на форест-графиках, представленных на Фигурах 3А, 3В и 4А.

[00182] Форест-графики различий в кратных изменениях на исходном уровне для ряда сигнатур генов между всеми пациентами с рефрактерностью и пациентами с рецидивом (Фигура 3А), между пациентами с рефрактерностью к НМА и пациентами с рецидивом (Фигура 3В), между пациентами с рефрактерностью к НМА и пациентами с рефрактерностью к СТХ (Фигура 3С) указывают на то, что пациенты с рефрактерностью к НМА демонстрируют более сенесцентный фенотип.В частности, пациенты с резистентностью к НМА демонстрировали признаки иммунного истощения и адаптивной иммунной резистентности, включая повышение уровня TIGIT (5,55±0,34 по сравнению с 3,85±0,24, р=0,006), PD-L1 (3,55±0,18 по сравнению с 2,4±0,29, р=0,009) и Treg-клеток (4,87±0,23 по сравнению с 3,69±0,19, р=0,0009) совместно с тенденцией к возрастающему истощению CD8 Т-клеток (CD244, EOMES, LAG3 и PTGER4) по сравнению с пациентами с резистентностью к СТХ (Фигуры 3А-3С). На Фигурах 3D-3O изображены несколько показателей сигнатуры генов, связанных с профилями иммунного обогащения (кластер 2, Фигура 3D-3I) или иммунного истощения (кластер 3, Фигура 3J-3O). Показатели сигнатуры генов миелоидных клеток (Фигура 3D), макрофагов (Фигура 3Е), нейтрофилов (Фигура 3F), В-клеток (Фигура 3G), IFN-гамма (Фигура 3Н), PD-L1 (Фигура 3I), TIGIT (Фигура 3J), CTLA-4 (Фигура 3K), Th1 (Фигура 3L), CTL (Фигура 3М), CD8 Т-клеток (Фигура 3N) и цитотоксичности (Фигура 3О), нанесены на график для каждого кластера (иммунного обеднения (Depl.), иммунного обогащения (Enriched) и иммунного истощения (Exh.), а также указаны p-значения (Краскела-Уоллиса).

[00183] Сравнительный анализ показателя сигнатуры сигнального пути IFN-гамма был проведен между пациентами с OR (включая всех пациентов, у которых наблюдался CR, полный ответ; mCR, молекулярный CR; CRi, полный ответ с неполным гематологическим улучшением; MLF, состояние без морфологического лейкоза; или PR, частичный ответ) и пациентами с NR (включая всех пациентов, у которых наблюдалось SD, стабильное заболевание; или PD, прогрессирующее заболевание/неэффективность лечения). На Фигуре 4 показано изменение (относительно исходного уровня) бластных клеток, присутствующих в образцах костного мозга от 25 пациентов (классифицированных как пациенты с рецидивом (RL) или пациенты с рефрактерностью к химиотерапии (СТХ) или рефрактерностью к НМА (НМА)) в качестве меры их ответа на применение биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулы флотетузумаба в целевой дозе 500 нг/кг/день. Частота объективного ответа (OR) на терапию у пациентов с первичной рефрактерностью составила 50% (7/14). Частота полного ответа (CR) у пациентов с первичной рефрактерностью составила 35,7% (5/14).

[00184] На Фигуре 5А представлен форест-график различий в кратных изменениях на исходном уровне между пациентами с OR и пациентами с NR (включая PD, SD, TF, NE), демонстрирующий, что экспрессия сигнатуры сигнального пути IFN-гамма была повышена в исходных образцах у пациентов с OR (заключена в рамку на Фигуре 5А, демонстрирует изменение по сравнению с NR). Помимо этого, у пациентов с OR наблюдали значительное повышение показателей TIS и нисходящего сигнального пути IFN. На Фигуре 5 В показано, что распределение показателей сигнатуры сигнального пути IFN-гамма повышено у пациентов с OR. В частности, ответившие на флотетузумаб пациенты продемонстрировали значительно более высокие показатели сигнатуры сигнального пути IFN-гамма на исходном уровне по сравнению с не ответившими пациентами (3,31±0,32 по сравнению с 2,27±0,11, р=0,0005). Чувствительность и специфичность показателя сигнатуры сигнального пути IFN-гамма измеряли для прогнозирования диагностической способности ответа. Бутстрэппинг по всем образцам выполняют с применением различных пороговых значений для диапазона данных в этой когорте. Доверительные интервалы (ДИ) пороговых значений или значений чувствительности и специфичности вычисляют с помощью повторной выборки бутстрэп-методом и методов усреднения. Во всех бутстрэп-ДИ выполняют повторную выборку пациентов и построение модифицированной кривой до вычисления интересующей статистики. Как и в бутстрэп-критерии сравнения, повторную выборку выполняют стратифицированным образом по умолчанию. Площадь под кривыми операционной характеристики приемника (сокращено в настоящей заявке как ROC), показывающая прогностическую эффективность показателя сигнатуры сигнального пути IFN-гамма с площадью под кривой (AUC)=0,819 показана на Фигуре 5С. На этом графике показаны частоты истинно положительных результатов (TPR) и частоты ложно положительных результатов (FPR), которые получают с применением оптимального порогового значения показателя для этой когорты для определения высокого или низкого значения выборки в отношении показателя сигнатуры сигнального пути IFN-гамма.

Сигнатура без прогностической силы будет иметь ROC-кривую по диагонали, а идеально прогностическая сигнатура будет иметь кривую, которая достигает верхнего левого угла. Заштрихованная область, окружающая линию, указывает доверительные интервалы. Эти данные также согласуются с более высокой частотой встречаемости отвечающих на лечение среди пациентов с первичной рефрактерностью, которые, как правило, демонстрировали более высокие показатели сигнатуры сигнального пути IFN-гамма по сравнению с пациентами с рецидивом. Соответственно, исходные показатели сигнатуры сигнального пути IFN-гамма проявляют выраженную корреляцию с ответом пациента на терапию биспецифичной к CD123 х CD3 связывающей молекулой (AUC для пациентов, получавших лечение флотетузумабом=0,919; Фигура 5С). Сравнения иммунных сигнатур на исходном уровне и частот ответа между кластерами приведены в Таблице 8 (кластер с иммунным обеднением (Кластер 1) и иммунной инфильтрацией (кластеры 2-3)) и Таблице 9 (с иммунным истощением (кластер 2) и иммунным обогащением (кластер 3)).

[00185] Сигнатуры экспрессии генов панели генов, связанных со стимуляцией цитотоксических клеток, или с CD8+ Т-клетками, исследовали по РНК из образцов костного мозга перед лечением («Исходный уровень») и из образцов костного мозга после первого цикла лечения флотетузумабом («Цикл 1»). Результаты этого исследования представлены на Фигуре 6. Представленные результаты демонстрируют, что лечение флотетузумабом было способно стимулировать иммунные клетки в микроокружении опухоли. Помимо этого, сравнение образцов КМ после 1 цикла с исходными образцами показало, что лечение флотетузумабом приводило к увеличению инфильтрата иммунных клеток и показателей иммунной активации, что отражал более высокий показатель сигнатуры воспаления опухоли (6,49±0,20 по сравнению с 5,93±0,12, р=0,015) совместно с повышенными показателями сигнатуры иммунопротеасомы (5,72±0,07 по сравнению с 5,23±0,10, р=0,0002) и сигнатуры сигнального пути IFN-гамма (3,38±0,23 по сравнению с 2,53±0,14, р=0,0015). Таким образом индуцированная флотетузумабом активация генов микроокружения опухоли (ТМЕ) указывает скорее на сигнатуру иммунного обогащения, чем на сигнатуру иммунного истощения.

[00186] Как показано на Фигуре 7, популяция, отвечающая на флотетузумаб, и, в частности, те пациенты, которые ранее были рефрактерны к химиотерапии, демонстрировали более высокую экспрессию CD123.

[00187] Образцы бластов ОМЛ, собранные во время скрининга, анализировали в отношении экспрессии PD-L1 с помощью проточной цитометрии. Как показано на Фигуре 8, пациенты, у которых наблюдался прогресс на раннем этапе (<15 дней) лечения флотетузумабом, имели более высокие исходные уровни PD-L1 на клетках ОМЛ, чем другие пациенты, и имели подтверждения ответа (SD, OB, PR, CR). Результаты этого исследования показывают, что экспрессия PD-L1 связана со сниженной активностью in vivo и поддерживают комбинаторное применение антагониста PD-1/PD-L1 в комбинации с терапией биспецифичной к CD123 х CD3 связывающей молекулой (см., например, WO 2017/214092).

[00188] Вместе эти данные указывают на то, что сигнатура сигнального пути IFN-гамма на исходном уровне коррелирует с ответом на терапию биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулой. Большинство пациентов, имеющих подтверждения антилейкозной активности в ответ на терапию биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулой (6/7; 86%), имеют высокую иммунную инфильтрацию в костном мозге, при этом наиболее чувствительной популяцией является популяция с иммунным обогащением. Помимо этого, пациенты, ранее получавшие терапию НМА, демонстрировали иммунно обогащенное, однако истощенное микроокружение опухоли (например, костный мозг) с повышенной экспрессией контрольных точек, что указывает на потенциальную пользу терапии биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулой в комбинации с блокадой иммунных контрольных точек. Не ограничиваясь какой-либо конкретной теорией, терапия биспецифичными к CD123 × CD3 связывающими молекулами может активировать иммунно истощенное микроокружение опухоли, на что указывает 25% антилейкозной активности в этой популяции. В частности, было замечено, что лечение биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулой DART-A усиливает иммунную активацию, процессинг/презентацию антигена и показатели сигнатур сигнального пути IFN-гамма.

Пример 2

Сигнатуры экспрессии генов популяций пациентов с рецидивом и пациентов с рефрактерностью к химиотерапии

[00189] Проводили дополнительный анализ для дальнейшего изучения корреляции между более высокой экспрессией сигнатур генов, включая, но не ограничиваясь ими, сигнатуру сигнального пути IFN-гамма, TIS и сигнатуру нисходящего сигнального пути интерферона, в случаях ОМЛ с иммунной инфильтрацией и пользой от лечения биспецифичными иммунотерапевтическими агентами, нацеленными на CD123 × CD3, такими как флотетузумаб. Этот анализ направлен на сигнатуры генов и комбинации сигнатур (полученных с помощью анализа NanoString PanCancer IO 360™ по существу, как описано ниже) у 30 рефрактерных к химиотерапии пациентов (рефрактерных к ≥2 попыткам индукции, первый полный ответ <6 месяцев) или пациентов с рецидивирующим ОМЛ, включенных в клиническое исследование CP-MGD006-01 (NCT#02152956). Этот анализ исключал образцы пациентов с резистентностью к НМА и включал дополнительные образцы пациентов с рецидивом и с рефрактерностью к химиотерапии, которые ранее не были проанализированы.

[00190] Этот анализ стратифицировал образцы КМ пациентов с рецидивирующим и рефрактерным ОМЛ на исходном уровне на два иммунных подтипа, которые в данном документе будут называться иммунно инфильтрированным и иммунно обедненным (Фигура 9), путем объединения показателей трех модулей сигнатур: IFN-доминантного, адаптивного и миелоидного. Сигнатуры генов, связанные с тремя модулями сигнатур, перечислены в Таблице 10 ниже. Показатель модуля представляет собой сумму отдельных показателей сигнатуры генов в каждом образце (каждый показатель сигнатуры генов был рассчитан, как указано выше).

[00191] На Фигуре 9 представлена неконтролируемая иерархическая кластеризация (евклидово расстояние, полное сцепление) сигнатур иммунной и биологической активности в микроокружении костного мозга (КМ) пациентов с рецидивирующим/рефрактерным ОМЛ до получения иммунотерапии флотетузумабом в клиническом исследовании CP-MGD006-01 (NCT#02152956). Ответившие на лечение индивидуумы имели антилейкозный ответ, определяемый как полная ремиссия (CR), CR с неполным гематологическим восстановлением (CRi), CR с частичным гематологическим восстановлением (CRh), частичная ремиссия (PR) или «другой благоприятный эффект» (ОВ; снижение количества бластов БМ на >30%). Индивидуумы, не ответившие на лечение, имели либо неэффективность лечения (TF), либо стабильное заболевание (SD), либо прогрессирующее заболевание (PD). Рефрактерность к химиотерапии определяли как ≥2 попыток индукции или 1-ый CR с начальной продолжительностью CR <6 месяцев. Каждый показатель сигнатуры IO 360 был изменен в пределах показателя для этой когорты с применением шкалы от -3 до +3, чтобы облегчить сравнение сигнатур.

[00192] Образцы KM 92% пациентов с признаками антилейкозного ответа (11 из 12) на терапию биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулой - флотетузумабом имели иммунно инфильтрированное ТМЕ по сравнению с пациентами, не ответившими на лечение (Фигура 9).

[00193] На Фигуре 10 представлен форест-график различий в кратных изменениях на исходном уровне между ответившими (CR, CRi, CRh, PR и OB) и не ответившими (PD, SD, TF) на лечение пациентами на основе анализа 30 пациентов с резистентным к химиотерапии или рецидивирующим ОМЛ. В соответствии с анализом, представленным в примере 1 выше, экспрессия сигнатуры сигнального пути IFN-гамма, сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN и сигнатуры воспаления опухоли (помещены в рамку на Фигуре 10) была повышена в исходных образцах у пациентов, ответивших на лечение, по сравнению с пациентами, не ответившими на лечение. Помимо этого, большинство сигнатур генов, составляющих IFN-доминантный модуль, были повышены в исходных образцах у пациентов, ответивших на лечение, по сравнению с пациентами, не ответившими на лечение (отмечены звездочкой на Фигуре 10).

[00194] Распределение показателей сигнатуры сигнального пути IFN-гамма (Фигура НА), сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN (Фигура 11В), сигнатуры воспаления опухоли (TIS, Фигура НС) и IFN-доминантного модуля (Фигура 11D) у пациентов с рефрактерностью по сравнению с пациентами с рецидивом представлены на Фигурах 11A-11D. Распределение показателей повышено у рефрактерных пациентов. Распределение показателей девяти сигнатур генов, составляющих IFN-доминантный модуль и сигнатуру воспаления опухоли у пациентов, не ответивших на лечение (NR) и ответивших на лечение (OR), представлено на Фигурах 12A-12J: сигнатура сигнального пути IFN-гамма (Фигура 12А); сигнатура нисходящего сигнального пути IFN (Фигура 12В); сигнатура миелоидного воспаления (Фигура 12С); сигнатура иммунопротеасомы (Фигура 12D); сигнатура воспалительных хемокинов (Фигура 12Е); сигнатура MAGEs (Фигура 12F); сигнатура PD-L1 (Фигура 12G); сигнатура PD-L2 (Фигура 12Н); сигнатура IL10 (Фигура 121); сигнатура воспаления опухоли (TIS, Фигура 12J). Распределение показателей для этих сигнатур генов повышено у пациентов, ответивших на лечение. В частности, как показано в Таблице 11, ответившие на лечение пациенты продемонстрировали значительно более высокие показатели сигнатуры сигнального пути IFN-гамма, сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN, TIS и IFN-доминантного модуля на исходном уровне по сравнению с пациентами, не ответившими на лечение. Для непарных определений проводили сравнение с применением U-критерия Манна-Уитни.

[00195] Чувствительность (частота истинных положительных ответов) и специфичность (частота ложноположительных ответов) показателей для девяти сигнатур генов, составляющих IFN-доминантный модуль, TIS и IFN-доминантный модуль для этой группы пациентов, измеряли для прогнозирования возможности диагностирования ответа (AUC ROC) по существу так, как описано выше. ROC-кривые, демонстрирующие прогностическую эффективность, представлены на Фигурах 13А-13K: сигнатура сигнального пути IFN-гамма (Фигура 13А, AUC=0,750); сигнатура нисходящего сигнального пути IFN (Фигура 13 В, AUC=0,755); сигнатура миелоидного воспаления (Фигура 13С, AUC=0,69); сигнатура иммунопротеасомы (Фигура 13D, AUC=0,505); сигнатура воспалительных хемокинов (Фигура 13Е, AUC=0,764); сигнатура MAGEs (Фигура 13F, AUC=0,736); сигнатура PD-L1 (Фигура 13G, AUC=0,699); сигнатура PD-L2 (Фигура 13Н, AUC=0,727); сигнатура IL10 (Фигура 131, AUC=0,745); сигнатура TIS (Фигура 13J, AUC=0,852) и IFN-доминантный модуль (Фигура 13K, AUC=0,806).

[00196] В образцах КМ, полученные в ходе лечения (доступных от 19 пациентов в конце цикла 1), наблюдали повышенную презентацию антигена и иммунную активацию по сравнению с исходными образцами (сравнения проводили с применением U-критерия Манна-Уитни для непарных определений), что можно видеть по более высоким показателям TIS (6,47±0,22 по сравнению с 5,93±0,15, р=0,0006, Фигура 14А), показателям сигнатуры механизма процессинга антигена (АРМ) (5,67±0,16 по сравнению с 5,31±0,12, р=0,002, Фигура 14С), показателям сигнатуры IFN-гамма (3,58±0,27 по сравнению с 2,81±0,24, р=0,0004, Фигура 14В) и показателям сигнатуры PD-L1 (3,43±0,28 по сравнению с 2,73±0,21, р=0,0062; Фигура 14D). Результаты подтверждают клиническую пользу для пациентов с ОМЛ с иммунно инфильтрированным ТМЕ и подтверждают местный иммуномодулирующий эффект терапии биспецифичными к CD123 × CD3 связывающими молекулами.

[00197] Как было отмечено выше, сообщалось, что пациенты с ОМЛ с иммунно обогащенным и IFN-гамма-доминантным микроокружением опухоли («ТМЕ») имеют значительно более короткую безрецидивную выживаемость, что указывает на рефрактерность к стандартной индукционной химиотерапии (Vadakekolathu, J. et al. (2017) 'T Immune Gene Expression Profiling in Children and Adults with Acute Myeloid Leukemia Identifies Distinct Phenotypic Patterns" Blood 130:3942A). Эти данные указывают на то, что показатели сигнатуры сигнального пути IFN-гамма, сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN и IFN-доминантного модуля на исходном уровне выраженно коррелируют с рефрактерностью к стандартной химиотерапии и с ответом на терапию биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулой. Помимо этого, у прошедших предварительное интенсивное лечение индивидуумов, оцениваемых в данном исследовании (в среднем 4 предшествующих линии терапии), было показано, что большинство сигнатур генов, составляющих IFN-доминантный модуль и сигнатуру воспаления опухоли (TIS), коррелируют с ответом на терапию биспецифичной к CD123 × CD3 связывающей молекулой. Каждый из этих показателей был значительно выше у пациентов с резистентным к химиотерапии ОМЛ по сравнению с рецидивирующим ОМЛ на момент лечения и у индивидуумов с признаками антилейкозного эффекта по сравнению с индивидуумами, не ответившими на лечение. ROC-кривые и значения AUC отражают выраженную корреляцию.

Сигнатуры генов

[00198] Количество генов IO 360 определяли с помощью системы nCounter® (NanoString Technologies, Inc.) по существу следующим образом: РНК (~100 нг на образец) выделяли из аспиратов костного мозга и инкубировали со смесью репортерного и захватывающего зондов для гибридизации. Количество транскриптов анализировали в системе анализа nCounter FLEX, применяют настройку высокого разрешения. Выходные файлы подсчета репортерного кода (RCC) применяют для расчета показателей сигнатуры гена с помощью предварительно определенных линейных комбинаций (средневзвешенных значений) биологически релевантных наборов генов, по существу, как описано ранее, что подробно описано в настоящей заявке.

[00199] Сигнатура сигнального пути IFN-гамма подробно описана выше. Сигнатуры содержания типа иммунных клеток были определены в источнике Danaher, P., etal, 2017, "Gene Expression Marker s of Tumor Infiltrating Leukocytes," J hnmunother Cancer 5, 18); сигнатура воспаления опухоли описана в источнике Danaher, P., et al., 2018 ("Pan-cancer Adaptive Immune Resistance as Defined by the Tumor Inflammation Signature (TIS): Results From The Cancer Genome Atlas (TCGA)," J Immunother Cancer. 6(1):63) (also see T cell-inflamed GEP described in Ayers. M., et al. 2017, "IFN-y-Related mRNA Profile Predicts Clinical Response to PD-1 blockade" J Clin Invest. 127(8):2930-2940, and WO 2016/094377), the other signatures are defined in Danaher, P., et al., (2018, "Development of Gene Expression Signatures Characterizing The Tumor-Immune Interaction," JClin Oncol 36, 205-205). Для удобства сравнения ниже представлены гены и весовые коэффициенты для выбранных сигнатур генов, применяемые в этих исследованиях.

[00200] Гены сигнатуры воспаления опухоли (TIS) (включая репрезентативный неограничивающий номер доступа NCBI для каждого гена) и весовые коэффициенты (см., например, WO 2016/094377) показаны в Таблице 12А ниже.

[00201] Гены сигнатуры нисходящего пути интерферона (IFN) (включая репрезентативный неограничивающий номер доступа NCBI для каждого гена) и весовые коэффициенты показаны в Таблице 12 В ниже. Поправочный коэффициент для этой сигнатуры составляет: 5,342598.

[00202] Гены сигнатуры воспалительных хемокинов (восп.хемокинов) (включая репрезентативный неограничивающий номер доступа NCBI для каждого гена) и весовые коэффициенты показаны в Таблице 12С ниже. Поправочный коэффициент для этой сигнатуры составляет: 6,0968.

[00203] Гены сигнатуры MAGEs (включая репрезентативный неограничивающий номер доступа NCBI для каждого гена) и весовые коэффициенты показаны в Таблице 12D ниже. Поправочный коэффициент для этой сигнатуры составляет: 3,965625.

[00204] Гены сигнатуры миелоидного воспаления (миелоид. восп.) (включая репрезентативный неограничивающий номер доступа NCBI для каждого гена) и весовые коэффициенты показаны в Таблице 12Е ниже. Поправочный коэффициент для этой сигнатуры составляет: 5,41931

[00205] Гены сигнатуры иммунопротеасомы (включая репрезентативный неограничивающий номер доступа NCBI для каждого гена) и весовые коэффициенты показаны в Таблице 12F ниже. Поправочный коэффициент для этой сигнатуры составляет: 6,096812.

[00206] Гены сигнатур отдельных генов (включая репрезентативный неограничивающий номер доступа NCBI для каждого гена) и поправочные коэффициенты показаны в Таблице 12G ниже.

[00207] Показатели сигнатур рассчитывают по существу так, как описано выше, за исключением того, что после нормализации и логарифмического преобразования значение для каждого гена умножают на весовой коэффициент, представленный в Таблицах 12A-12F, и добавляют указанный поправочный коэффициент.Для сигнатур отдельных генов (например, PDL1) весовые коэффициенты не применяют, значения экспрессии гена, нормализованные по log₂, добавляют к поправочным коэффициентам, представленным в Таблице 12G.

[00208] Все публикации и патенты, упомянутые в настоящей заявке, включены в настоящую заявку посредством ссылки в той же степени, как если бы для каждой отдельной публикации и заявки на патент было конкретно и отдельно указано, что их полное содержание включено в настоящую заявку посредством ссылки. Хотя настоящее изобретение описано применительно к его частным вариантам реализации, следует понимать, что оно допускает дополнительные модификации, и данная заявка подразумевает охватывание любых изменений, применений или адаптаций настоящего изобретения, соответствующих, в целом, принципам настоящего изобретения и включающих такие отступления от настоящей заявки, как отступления, относящиеся к общеизвестной или общепринятой практике в области техники, к которой принадлежит настоящее изобретение, и которые могут быть применены к существенным признакам, изложенным выше в настоящей заявке.

--->

ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> MacroGenics, Inc.

NanoString Technologies, Inc.

Nottingham Trent University

Davidson, Jan Kenneth

Church, Sara

Rutella, Sergio

<120> Биспецифичные диатела к CD123 x CD3 для лечения гематологических

злокачественных новообразований

<130> 1301.0161PCT

<150> US 62/878,368

<151> 2019-07-25

<150> US 62/769,078

<151> 2018-11-19

<150> US 62/752,659

<151> 2018-10-30

<160> 30

<170> PatentIn версии 3.5

<210> 1

<211> 110

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Вариабельный домен легкой цепи VLCD3 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 1

Gln Ala Val Val Thr Gln Glu Pro Ser Leu Thr Val Ser Pro Gly Gly

1 5 10 15

Thr Val Thr Leu Thr Cys Arg Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Thr Ser

20 25 30

Asn Tyr Ala Asn Trp Val Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Gly

35 40 45

Leu Ile Gly Gly Thr Asn Lys Arg Ala Pro Trp Thr Pro Ala Arg Phe

50 55 60

Ser Gly Ser Leu Leu Gly Gly Lys Ala Ala Leu Thr Ile Thr Gly Ala

65 70 75 80

Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Leu Trp Tyr Ser Asn

85 90 95

Leu Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly

100 105 110

<210> 2

<211> 14

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL1 вариабельного домена легкой цепи VLCD3 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 2

Arg Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Thr Ser Asn Tyr Ala Asn

1 5 10

<210> 3

<211> 7

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL2 вариабельного домена легкой цепи VLCD3 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 3

Gly Thr Asn Lys Arg Ala Pro

1 5

<210> 4

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL3 вариабельного домена легкой цепи VLCD3 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 4

Ala Leu Trp Tyr Ser Asn Leu Trp Val

1 5

<210> 5

<211> 8

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер 1

<400> 5

Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly

1 5

<210> 6

<211> 120

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Вариабельный домен тяжелой цепи VHCD123 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 6

Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Leu Lys Lys Pro Gly Ala

1 5 10 15

Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr

20 25 30

Tyr Met Lys Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile

35 40 45

Gly Asp Ile Ile Pro Ser Asn Gly Ala Thr Phe Tyr Asn Gln Lys Phe

50 55 60

Lys Gly Arg Val Thr Ile Thr Val Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr

65 70 75 80

Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys

85 90 95

Ala Arg Ser His Leu Leu Arg Ala Ser Trp Phe Ala Tyr Trp Gly Gln

100 105 110

Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120

<210> 7

<211> 5

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH1 вариабельного домена тяжелой цепи VHCD123 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 7

Asp Tyr Tyr Met Lys

1 5

<210> 8

<211> 17

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH2 вариабельного домена тяжелой цепи VHCD123 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 8

Asp Ile Ile Pro Ser Asn Gly Ala Thr Phe Tyr Asn Gln Lys Phe Lys

1 5 10 15

Gly

<210> 9

<211> 11

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH3 вариабельного домена тяжелой цепи VHCD123 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 9

Ser His Leu Leu Arg Ala Ser Trp Phe Ala Tyr

1 5 10

<210> 10

<211> 113

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Вариабельный домен легкой цепи VLCD123 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 10

Asp Phe Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly

1 5 10 15

Glu Arg Val Thr Met Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Asn Ser

20 25 30

Gly Asn Gln Lys Asn Tyr Leu Thr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln

35 40 45

Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val

50 55 60

Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr

65 70 75 80

Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Asn

85 90 95

Asp Tyr Ser Tyr Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile

100 105 110

Lys

<210> 11

<211> 17

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL1 вариабельного домена легкой цепи VLCD123 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 11

Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Asn Ser Gly Asn Gln Lys Asn Tyr Leu

1 5 10 15

Thr

<210> 12

<211> 7

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL2 вариабельного домена легкой цепи VLCD123 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 12

Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser

1 5

<210> 13

<211> 9

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRL3 вариабельного домена легкой цепи VLCD123 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 13

Gln Asn Asp Tyr Ser Tyr Pro Tyr Thr

1 5

<210> 14

<211> 125

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Вариабельный домен тяжелой цепи VHCD3 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 14

Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly

1 5 10 15

Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr

20 25 30

Ala Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val

35 40 45

Gly Arg Ile Arg Ser Lys Tyr Asn Asn Tyr Ala Thr Tyr Tyr Ala Asp

50 55 60

Ser Val Lys Asp Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Ser

65 70 75 80

Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr

85 90 95

Tyr Cys Val Arg His Gly Asn Phe Gly Asn Ser Tyr Val Ser Trp Phe

100 105 110

Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser

115 120 125

<210> 15

<211> 5

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH1 вариабельного домена тяжелой цепи VHCD3 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 15

Thr Tyr Ala Met Asn

1 5

<210> 16

<211> 19

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH2 вариабельного домена тяжелой цепи VHCD3 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 16

Arg Ile Arg Ser Lys Tyr Asn Asn Tyr Ala Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser

1 5 10 15

Val Lys Asp

<210> 17

<211> 14

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> CDRH3 вариабельного домена тяжелой цепи VHCD3 гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 17

His Gly Asn Phe Gly Asn Ser Tyr Val Ser Trp Phe Ala Tyr

1 5 10

<210> 18

<211> 6

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Линкер 2

<400> 18

Gly Gly Cys Gly Gly Gly

1 5

<210> 19

<211> 28

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> «E-спиральный» способствующий гетеродимеризации домен

<400> 19

Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val

1 5 10 15

Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys

20 25

<210> 20

<211> 28

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> «K-спиральный» способствующий гетеродимеризации домен

<400> 20

Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val

1 5 10 15

Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu

20 25

<210> 21

<211> 272

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Первая полипептидная цепь гуманизированного биспецифичного

к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 21

Gln Ala Val Val Thr Gln Glu Pro Ser Leu Thr Val Ser Pro Gly Gly

1 5 10 15

Thr Val Thr Leu Thr Cys Arg Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Thr Ser

20 25 30

Asn Tyr Ala Asn Trp Val Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Gly

35 40 45

Leu Ile Gly Gly Thr Asn Lys Arg Ala Pro Trp Thr Pro Ala Arg Phe

50 55 60

Ser Gly Ser Leu Leu Gly Gly Lys Ala Ala Leu Thr Ile Thr Gly Ala

65 70 75 80

Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Leu Trp Tyr Ser Asn

85 90 95

Leu Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Gly Gly

100 105 110

Gly Ser Gly Gly Gly Gly Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu

115 120 125

Leu Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly

130 135 140

Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Tyr Met Lys Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly

145 150 155 160

Gln Gly Leu Glu Trp Ile Gly Asp Ile Ile Pro Ser Asn Gly Ala Thr

165 170 175

Phe Tyr Asn Gln Lys Phe Lys Gly Arg Val Thr Ile Thr Val Asp Lys

180 185 190

Ser Thr Ser Thr Ala Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp

195 200 205

Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Ser His Leu Leu Arg Ala Ser Trp

210 215 220

Phe Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly

225 230 235 240

Cys Gly Gly Gly Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu

245 250 255

Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys

260 265 270

<210> 22

<211> 816

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Полинуклеотид, кодирующий первую полипептидную цепь

гуманизированного биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 22

caggctgtgg tgactcagga gccttcactg accgtgtccc caggcggaac tgtgaccctg 60

acatgcagat ccagcacagg cgcagtgacc acatctaact acgccaattg ggtgcagcag 120

aagccaggac aggcaccaag gggcctgatc gggggtacaa acaaaagggc tccctggacc 180

cctgcacggt tttctggaag tctgctgggc ggaaaggccg ctctgactat taccggggca 240

caggccgagg acgaagccga ttactattgt gctctgtggt atagcaatct gtgggtgttc 300

gggggtggca caaaactgac tgtgctggga gggggtggat ccggcggcgg aggcgaggtg 360

cagctggtgc agtccggggc tgagctgaag aaacccggag cttccgtgaa ggtgtcttgc 420

aaagccagtg gctacacctt cacagactac tatatgaagt gggtcaggca ggctccagga 480

cagggactgg aatggatcgg cgatatcatt ccttccaacg gggccacttt ctacaatcag 540

aagtttaaag gcagggtgac tattaccgtg gacaaatcaa caagcactgc ttatatggag 600

ctgagctccc tgcgctctga agatacagcc gtgtactatt gtgctcggtc acacctgctg 660

agagccagct ggtttgctta ttggggacag ggcaccctgg tgacagtgtc ttccggagga 720

tgtggcggtg gagaagtggc cgcactggag aaagaggttg ctgctttgga gaaggaggtc 780

gctgcacttg aaaaggaggt cgcagccctg gagaaa 816

<210> 23

<211> 280

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Вторая полипептидная цепь гуманизированного биспецифичного

к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 23

Asp Phe Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly

1 5 10 15

Glu Arg Val Thr Met Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Asn Ser

20 25 30

Gly Asn Gln Lys Asn Tyr Leu Thr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln

35 40 45

Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val

50 55 60

Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr

65 70 75 80

Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Asn

85 90 95

Asp Tyr Ser Tyr Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile

100 105 110

Lys Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Glu Val Gln Leu Val Glu Ser

115 120 125

Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala

130 135 140

Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr Ala Met Asn Trp Val Arg Gln

145 150 155 160

Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Gly Arg Ile Arg Ser Lys Tyr

165 170 175

Asn Asn Tyr Ala Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Asp Arg Phe Thr

180 185 190

Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Ser Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser

195 200 205

Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Val Arg His Gly Asn

210 215 220

Phe Gly Asn Ser Tyr Val Ser Trp Phe Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr

225 230 235 240

Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Cys Gly Gly Gly Lys Val Ala Ala

245 250 255

Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys

260 265 270

Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu

275 280

<210> 24

<211> 840

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Полинуклеотид, кодирующий вторую полипептидную цепь гуманизированного

биспецифичного к CD123 x CD3 антитела флотузумаба (DART-A)

<400> 24

gacttcgtga tgacacagtc tcctgatagt ctggccgtga gtctggggga gcgggtgact 60

atgtcttgca agagctccca gtcactgctg aacagcggaa atcagaaaaa ctatctgacc 120

tggtaccagc agaagccagg ccagccccct aaactgctga tctattgggc ttccaccagg 180

gaatctggcg tgcccgacag attcagcggc agcggcagcg gcacagattt taccctgaca 240

atttctagtc tgcaggccga ggacgtggct gtgtactatt gtcagaatga ttacagctat 300

ccctacactt tcggccaggg gaccaagctg gaaattaaag gaggcggatc cggcggcgga 360

ggcgaggtgc agctggtgga gtctggggga ggcttggtcc agcctggagg gtccctgaga 420

ctctcctgtg cagcctctgg attcaccttc agcacatacg ctatgaattg ggtccgccag 480

gctccaggga aggggctgga gtgggttgga aggatcaggt ccaagtacaa caattatgca 540

acctactatg ccgactctgt gaaggataga ttcaccatct caagagatga ttcaaagaac 600

tcactgtatc tgcaaatgaa cagcctgaaa accgaggaca cggccgtgta ttactgtgtg 660

agacacggta acttcggcaa ttcttacgtg tcttggtttg cttattgggg acaggggaca 720

ctggtgactg tgtcttccgg aggatgtggc ggtggaaaag tggccgcact gaaggagaaa 780

gttgctgctt tgaaagagaa ggtcgccgca cttaaggaaa aggtcgcagc cctgaaagag 840

<210> 25

<211> 217

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> «Имеющий выступ» CH2 и CH3 Fc-домен

<220>

<221> ПРОЧИЕ ПРИЗНАКИ

<222> (217)..(217)

<223> XAA представляет собой Lys (K) или отсутствует

<400> 25

Ala Pro Glu Ala Ala Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys

1 5 10 15

Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val

20 25 30

Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr

35 40 45

Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu

50 55 60

Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His

65 70 75 80

Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys

85 90 95

Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln

100 105 110

Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met

115 120 125

Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Trp Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro

130 135 140

Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn

145 150 155 160

Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu

165 170 175

Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val

180 185 190

Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln

195 200 205

Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Xaa

210 215

<210> 26

<211> 217

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> «Имеющий впадину» CH2 и CH3 Fc-домен

<220>

<221> ПРОЧИЕ ПРИЗНАКИ

<222> (217)..(217)

<223> XAA представляет собой Lys (K) или отсутствует

<400> 26

Ala Pro Glu Ala Ala Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys

1 5 10 15

Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val

20 25 30

Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr

35 40 45

Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu

50 55 60

Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His

65 70 75 80

Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys

85 90 95

Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln

100 105 110

Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met

115 120 125

Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Ser Cys Ala Val Lys Gly Phe Tyr Pro

130 135 140

Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn

145 150 155 160

Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu

165 170 175

Val Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val

180 185 190

Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn Arg Tyr Thr Gln

195 200 205

Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Xaa

210 215

<210> 27

<211> 510

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Первая полипептидная цепь DART-A w/Fc версии 1 конструкции

<400> 27

Asp Phe Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly

1 5 10 15

Glu Arg Val Thr Met Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Asn Ser

20 25 30

Gly Asn Gln Lys Asn Tyr Leu Thr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln

35 40 45

Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val

50 55 60

Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr

65 70 75 80

Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Asn

85 90 95

Asp Tyr Ser Tyr Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile

100 105 110

Lys Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Glu Val Gln Leu Val Glu Ser

115 120 125

Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala

130 135 140

Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr Ala Met Asn Trp Val Arg Gln

145 150 155 160

Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Gly Arg Ile Arg Ser Lys Tyr

165 170 175

Asn Asn Tyr Ala Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Asp Arg Phe Thr

180 185 190

Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Ser Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser

195 200 205

Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Val Arg His Gly Asn

210 215 220

Phe Gly Asn Ser Tyr Val Ser Trp Phe Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr

225 230 235 240

Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Cys Gly Gly Gly Glu Val Ala Ala

245 250 255

Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu

260 265 270

Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Gly Gly Gly Asp Lys Thr His Thr

275 280 285

Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Ala Ala Gly Gly Pro Ser Val Phe

290 295 300

Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro

305 310 315 320

Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val

325 330 335

Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr

340 345 350

Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val

355 360 365

Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys

370 375 380

Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser

385 390 395 400

Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro

405 410 415

Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Trp Cys Leu Val

420 425 430

Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly

435 440 445

Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp

450 455 460

Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp

465 470 475 480

Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His

485 490 495

Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys

500 505 510

<210> 28

<211> 272

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Вторая полипептидная цепь DART-A w/Fc версии 1 конструкции

<400> 28

Gln Ala Val Val Thr Gln Glu Pro Ser Leu Thr Val Ser Pro Gly Gly

1 5 10 15

Thr Val Thr Leu Thr Cys Arg Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Thr Ser

20 25 30

Asn Tyr Ala Asn Trp Val Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Gly

35 40 45

Leu Ile Gly Gly Thr Asn Lys Arg Ala Pro Trp Thr Pro Ala Arg Phe

50 55 60

Ser Gly Ser Leu Leu Gly Gly Lys Ala Ala Leu Thr Ile Thr Gly Ala

65 70 75 80

Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Leu Trp Tyr Ser Asn

85 90 95

Leu Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Gly Gly

100 105 110

Gly Ser Gly Gly Gly Gly Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu

115 120 125

Leu Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly

130 135 140

Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Tyr Met Lys Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly

145 150 155 160

Gln Gly Leu Glu Trp Ile Gly Asp Ile Ile Pro Ser Asn Gly Ala Thr

165 170 175

Phe Tyr Asn Gln Lys Phe Lys Gly Arg Val Thr Ile Thr Val Asp Lys

180 185 190

Ser Thr Ser Thr Ala Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp

195 200 205

Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Ser His Leu Leu Arg Ala Ser Trp

210 215 220

Phe Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly

225 230 235 240

Cys Gly Gly Gly Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu

245 250 255

Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu

260 265 270

<210> 29

<211> 10

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Пептид 1

<400> 29

Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro

1 5 10

<210> 30

<211> 227

<212> БЕЛОК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Полипептид, содержащий пептид 1 (SEQ ID NO:29) и

«имеющий впадину» CH2 и CH3 Fc-домен (SEQ ID NO:26)

<400> 30

Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Ala Ala Gly

1 5 10 15

Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met

20 25 30

Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His

35 40 45

Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val

50 55 60

His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr

65 70 75 80

Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly

85 90 95

Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile

100 105 110

Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val

115 120 125

Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser

130 135 140

Leu Ser Cys Ala Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu

145 150 155 160

Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro

165 170 175

Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Val Ser Lys Leu Thr Val

180 185 190

Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met

195 200 205

His Glu Ala Leu His Asn Arg Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser

210 215 220

Pro Gly Lys

225

<---

Изобретение относится к области медицины и фармацевтики, а именно к способу определения того, будет ли пациент отвечать на лечение гематологического злокачественного новообразования, которое является рефрактерным к химиотерапии, с применением биспецифичной к CD123×CD3 молекулы, причем указанный способ включает: (А) оценку экспрессии одного или более генов-мишеней в клеточном образце, полученном от указанного пациента, относительно экспрессии набора генов-мишеней и/или одного или более референсных генов, и (B) идентификацию указанного пациента как пациента, который будет отвечать на лечение терапевтически эффективным количеством биспецифичной молекулы CD123×CD3, если обнаружено, что экспрессия указанного одного или более генов-мишеней, оценку экспрессии которых проводят, повышена по сравнению с указанной экспрессией указанного одного или более генов-мишеней и/или референсных генов, оценку экспрессии которых проводят. Технический результат заключается в выявлении субпопуляции пациентов с рефрактерным гематологическим злокачественным новообразованием, хорошо поддающимся лечению биспецифичными к CD123×CD3 связывающими молекулами. 24 з.п. ф-лы, 14 ил., 12 табл., 2 пр.

1. Способ определения того, будет ли пациент отвечать на лечение гематологического злокачественного новообразования, которое является рефрактерным к химиотерапии, с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы, причем указанный способ включает:

(А) оценку экспрессии одного или более генов-мишеней в клеточном образце, полученном от указанного пациента, относительно экспрессии набора генов-мишеней и/или одного или более референсных генов, причем:

I. Указанный набор генов-мишеней включает:

(a) Гены-сигнатуры сигнального пути IFN-гамма: CXCL9, CXCL10, CXCL11 и STAT1;

(b) Гены-сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN: APOL6, DTX3L, GBP1, IFI16, IFI27, IFI35, IFI6, IFIH1, IFIT1, IFIT2, IFIT3, IFITM1, IFITM2, IRF1, IRF9, ISG15, MX1, OAS1, OAS2, PARP9, PSMB9, STAT2, TMEM140 и TRIM21;

(c) Гены-сигнатуры воспалительных хемокинов: CCL2, CCL3/L1, CCL4, CCL7 и CCL8;

(d) Гены-сигнатуры миелоидного воспаления: AREG, CSF3, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CCL20, FOSL1, IER3, IL6 и PTGS2;

(e) Гены-сигнатуры MAGEs: MAGEA3/A6, MAGEA1, MAGEA12, MAGEA4, MAGEB2, MAGEC1 и MAGEC2;

(f) Гены-сигнатуры иммунопротеасомы: PSMB8, PSMB9 и PSMB10; и/или

(g) Гены-сигнатуры воспаления опухоли: CCL5, CD27, CD274, CD276, CD8A, CMKLR1, CXCL9, CXCR6, HLA-DQA1, HLA-DRB1, HLA-E, IDO1, LAG3, NKG7, PDCD1LG2, PSMB10, STAT1 и TIGIT;

II. Указанные один или более референсных генов выбраны из следующих генов: ABCF1, G6PD, NRDE2, OAZ1, POLR2A, SDHA, STK11IP, TBC1D10B, TBP и UBB; и

(B) идентификацию указанного пациента как пациента, который будет отвечать на лечение терапевтически эффективным количеством биспецифичной молекулы CD123 × CD3, если обнаружено, что экспрессия указанного одного или более генов-мишеней, оценку экспрессии которых проводят, повышена по сравнению с указанной экспрессией указанного одного или более генов-мишеней и/или референсных генов, оценку экспрессии которых проводят,

при этом указанная биспецифичная молекула CD123 × CD3 представляет собой биспецифичное антитело, биспецифичную scFv молекулу или биспецифичное диатело, которое содержит две или более ковалентно связанные полипептидные цепи, где указанная биспецифичная молекула CD123 × CD3 содержит:

(i) вариабельный домен легкой цепи (VL-домен) антитела, способного связываться с CD3;

(ii) вариабельный домен тяжелой цепи (VH-домен) антитела, способного связываться с CD3;

(iii) домен VL антитела, способного связываться с CD123; и

(iv) домен VH антитела, способного связываться с CD123.

2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный способ включает оценку:

(i) экспрессии одного или более указанных генов-мишеней; и

(ii) экспрессии одного или более указанных референсных генов, экспрессия которых не характерна для указанного гематологического злокачественного новообразования.

3. Способ по любому из пп. 1, 2, отличающийся тем, что указанный способ включает оценку экспрессии одного или более указанных генов-мишеней относительно исходной экспрессии указанного одного или более референсных генов указанного пациента.

4. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что стадия (A) указанного способа включает оценку экспрессии одного или более указанных генов-мишеней указанного пациента относительно экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в клеточном образце, полученном от:

(a) индивидуума, страдающего указанным гематологическим злокачественным новообразованием, или от популяции таких индивидуумов; или

(b) индивидуума, который не смог успешно ответить на применение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы для лечения указанного гематологического злокачественного новообразования, или от популяции таких индивидуумов; или

(c) индивидуума, который успешно ответил на применение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы для лечения указанного гематологического злокачественного новообразования, или от популяции таких индивидуумов.

5. Способ по любому из пп. 3 или 4, отличающийся тем, что относительный уровень экспрессии указанного одного или более генов-мишеней в указанной популяции индивидуумов устанавливают путем усреднения уровней экспрессии генов в клеточных образцах, полученных от указанной популяции индивидуумов.

6. Способ по любому из пп. 1-5, отличающийся тем, что указанный пациент демонстрирует уровень экспрессии по меньшей мере одного из указанных генов-мишеней:

(a) который превышает первый квартиль уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) который превышает первый квартиль уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) который имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,4 относительно уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, которые не смогли успешно ответить на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) который находится в пределах по меньшей мере первого квартиля уровней экспрессии указанного гена-мишени в популяции индивидуумов, которые успешно ответили на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы.

7. Способ по любому из пп. 1-6, отличающийся тем, что указанный клеточный образец представляет собой образец костного мозга.

8. Способ по любому из пп. 1-7, отличающийся тем, что указанная оценка экспрессии или указанное определение того, будет ли указанный пациент отвечать на лечение гематологического злокачественного новообразования, которое является рефрактерным к химиотерапии, с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы, включает стадии:

(a) определения уровня(ей) экспрессии для каждого из указанных генов-мишеней, оценку экспрессии которых проводят, в одном или более указанных клеточных образцах с применением платформы экспрессии генов; и

(b) сравнения указанного уровня(ей) экспрессии для каждого из указанных генов-мишеней, оценку экспрессии которых проводят, с уровнем(ями) экспрессии указанных одного или более референсных генов.

9. Способ по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что указанная оценка экспрессии или указанное определение того, будет ли указанный пациент отвечать на лечение гематологического злокачественного новообразования, которое является рефрактерным к химиотерапии, с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы, включает стадии:

(a) измерения необработанных значений уровней РНК для каждого из указанных генов-мишеней, оценку экспрессии которых проводят, в одном или более клеточном образце с применением платформы экспрессии генов, содержащей набор референсных генов домашнего хозяйства; и

(b) присвоения относительного значения экспрессии каждому из измеренных необработанных значений уровней РНК для каждого из указанных генов-мишеней, оценку экспрессии которых проводят, с применением измеренных уровней РНК внутренних референсных генов.

10. Способ по любому из пп. 1-9, отличающийся тем, что для указанных одного или более генов-мишеней определяют показатель сигнатуры гена.

11. Способ по п. 10, отличающийся тем, что указанный показатель сигнатуры гена определяют способом, включающим:

(a) измерение необработанных значений уровней РНК для каждого из указанных генов-мишеней, оценку экспрессии которых проводят, в указанных одном или более клеточном образце с применением платформы экспрессии генов, содержащей набор референсных генов домашнего хозяйства,

(b) нормализацию каждого из указанных измеренных необработанных значений уровней РНК по среднему геометрическому указанных генов домашнего хозяйства и необязательно дальнейшую нормализацию каждого значения РНК по отношению к стандарту,

(c) логарифмическое преобразование каждого нормализованного значения РНК,

(d) умножение каждого логарифмически преобразованного значения РНК на соответствующий весовой коэффициент для получения взвешенного значения РНК, и

(e) добавление взвешенных значений РНК и необязательно добавление константы поправочного коэффициента с получением указанного показателя сигнатуры гена.

12. Способ по любому из пп. 10 или 11, отличающийся тем, что указанный показатель сигнатуры гена определен для одной или более из:

А) весов показателей для генов-сигнатур сигнального пути IFN-гамма:

0.261104 для STAT1;

0.188978 для CXCL9;

0.308838 для CXCL10; и

0.24108 для CXCL11;

B) весов показателей для генов-сигнатур воспаления опухоли:

0.008346 для CCL5;

0.072293 для CD27;

0.042853 для CD274;

-0.0239 для CD276;

0.031021 для CD8A;

0.151253 для CMKLR1;

0.074135 для CXCL9;

0.004313 для CXCR6;

0.020091 для HLA-DQA1;

0.058806 для HLA-DRB1;

0.07175 для HLA-E;

0.060679 для IDO1;

0.123895 для LAG3;

0.075524 для NKG7;

0.003734 для PDCD1LG2;

0.032999 для PSMB10;

0.250229 для STAT1; и

0.084767 для TIGIT;

С) весов показателей для генов-сигнатур нисходящего сигнального пути IFN:

0.03201 для APOL6;

0.04691 для DTX3L;

0.0289 для GBP1;

0.02585 для IFI16;

0.02647 для IFI27;

0.05262 для IFI35;

0.03267 для IFI6;

0.04021 для IFIH1;

0.03788 для IFIT1;

0.03232 для IFIT2;

0.0649 для IFIT3;

0.03325 для IFITM1;

0.02516 для IFITM2;

0.03867 для IRF1;

0.06769 для IRF9;

0.03628 для ISG15;

0.04467 для MX1;

0.04457 для OAS1;

0.05578 для OAS2;

0.05361 для PARP9;

0.03815 для PSMB9;

0.05018 для STAT2;

0.03651 для TMEM140; и

0.05474 для TRIM21;

D) весов показателей для генов-сигнатур воспалительных хемокинов:

0.19758 для CCL2;

0.2053 для CCL3/L1;

0.23028 для CCL4;

0.15535 для CCL7; и

0.21149 для CCL8;

E) весов показателей для генов-сигнатур MAGEs:

0.30294 для MAGEA3/A6;

0.11248 для MAGEA1;

0.13496 для MAGEA12;

0.0776 для MAGEA4;

0.11849 для MAGEB2;

0.12123 для MAGEC1; и

0.12907 для MAGEC2;

F) весов показателей для генов-сигнатур миелоидного воспаления:

0.06421 для AREG;

0.09023 для CSF3;

0.09222 для CXCL1;

0.15153 для CXCL2;

0.15227 для CXCL3;

0.06003 для CCL20;

0.0893 для FOSL1;

0.13202 для IER3;

0.09792 для IL6; и

0.07027 для PTGS2;

G) весов показателей для генов-сигнатур иммунопротеасомы:

0.39749 для PSMB8;

0.31826 для PSMB9; и

0.28426 для PSMB10; и

Н) весов показателей для генов-сигнатур единичных генов:

9.6097 для IL10;

8.0352 для CD274;

8.2984 для PDCD1LG2;

8.4925 для CTLA4; и

10.2306 для PDCD1.

13. Способ по любому из пп. 10-12, отличающийся тем, что показатель сигнатуры гена пациента, который:

(a) превышает первый квартиль показателей для указанного показателя сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, страдающих от указанного гематологического злокачественного новообразования; или

(b) превышает первый квартиль показателей для указанного показателя сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, у которых отсутствовал успешный ответ на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(c) имеет кратность изменения log₂ по меньшей мере приблизительно 0,4 относительно показателей для указанного показателя сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, у которых отсутствовал успешный ответ на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы; или

(d) находится в пределах по меньшей мере первого квартиля показателей для указанного показателя сигнатуры гена, рассчитанных на основании уровней экспрессии одного или более указанных генов-мишеней в популяции индивидуумов, которые успешно отвечали на лечение указанного гематологического злокачественного новообразования с применением биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы,

указывает на благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

14. Способ по п. 12, отличающийся тем, что:

(a) указанный показатель сигнатуры генов определяют для сигнатуры сигнального пути IFN-гамма, и показатель сигнатуры гена пациента, составляющий по меньшей мере приблизительно 2,5, указывает на благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой, и/или

(b) указанный показатель сигнатуры генов определяют для сигнатуры воспаления опухоли, и показатель сигнатуры гена пациента, составляющий по меньшей мере приблизительно 5,5, указывает на благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой; и/или

(c) указанный показатель сигнатуры генов определяют для сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN, и показатель сигнатуры гена пациента, составляющий по меньшей мере приблизительно 4,5, указывает на благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

15. Способ по п. 12 или 13, отличающийся тем, что указанная сигнатура гена представляет собой сигнатуру сигнального пути IFN-гамма, сигнатуру воспаления опухоли или сигнатуру нисходящего сигнального пути IFN.

16. Способ по любому из пп. 12-15, отличающийся тем, что повышенная экспрессия генов сигнатуры сигнального пути IFN-гамма указывает на иммунологически обогащенное и IFN-гамма-доминантное микроокружение опухоли и благоприятный ответ пациента на лечение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулой.

17. Способ по любому из пп. 1-16, отличающийся тем, что указанная биспецифичная к CD123 × CD3 молекула представляет собой биспецифичное антитело или биспецифичную молекулу, содержащую scFv.

18. Способ по п. 17, отличающийся тем, что указанная биспецифичная к CD123 × CD3 молекула представляет собой JNJ-63709178, XmAb14045 или APVO436.

19. Способ по любому из пп. 1-16, отличающийся тем, что указанная биспецифичная к CD123 × CD3 молекула представляет собой ковалентно связанное биспецифичное диатело, содержащее:

(a) первую полипептидную цепь, имеющую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 21; и

(b) вторую полипептидную цепь, имеющую аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 23; и

при этом указанные первая и вторая полипептидные цепи ковалентно связаны друг с другом дисульфидной связью.

20. Способ по любому из пп. 1-19, отличающийся тем, что указанное гематологическое злокачественное новообразование указанного пациента представляет собой острый миелоидный лейкоз.

21. Способ по любому из пп. 1-20, отличающийся тем, что указанное лечение включает введение биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы в дозировке, составляющей 30 нг/кг массы тела пациента/день, 100 нг/кг массы тела пациента/день, 300 нг/кг массы тела пациента/день или 500 нг/кг массы тела пациента/день.

22. Способ по любому из пп. 1-21, отличающийся тем, что лечение включает введение указанной биспецифичной к CD123 × CD3 молекулы путем непрерывной инфузии.

23. Способ по любому из пп. 1-22, отличающийся тем, что указанные гены-мишени, оценку экспрессии которых проводят, дополнительно включают один или более из: IL-10, CD274, PDCD1LG2 и CTLA4.

24. Способ по любому из пп. 1-23, отличающийся тем, что указанные гены-мишени, оценку экспрессии которых проводят, включают гены, составляющие IFN-доминантный модуль, где указанные гены, составляющие IFN-доминантный модуль, включают по меньшей мере один из генов: IL-10, CD274, PDCD1LG2 и CTLA4, и

(1) указанные гены-сигнатуры сигнального пути IFN-гамма;

(2) указанные гены-сигнатуры нисходящего сигнального пути IFN;

(3) указанные гены-сигнатуры миелоидного воспаления;

(4) указанные гены-сигнатуры воспалительных хемокинов;

(5) указанные гены-сигнатуры MAGEs; и

(6) указанные гены-сигнатуры иммунопротеасомы.

25. Способ по любому из пп. 1-24, отличающийся тем, что указанный пациент представляет собой пациента-человека.