Перекрестная ссылка на родственные заявки
По настоящей заявке испрашивается приоритет по заявке США № 61/968,465, поданной 21 марта 2014 г., согласно 119(e), 35 U.S.C.
ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ
Настоящее раскрытие в общем виде относится к не встречающемуся в природе вирусу репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС) и к способам применения.
УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ
Современные вакцины против вируса репродуктивно-респираторного синдрома (ВРРСС) являются недостаточно эффективными для обеспечения контроля и искоренения репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС). Основным недостатком современных вакцин против ВРРСС является то, что они не могут охватить все дивергирующие штаммы ВРРСС. До сих пор все вакцины основаны на природных штаммах ВРРСС, но значительная генетическая вариация среди штаммов ВРРСС является самым большим препятствием для разработки вакцины против ВРРСС с широким спектром защиты.
СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ
Настоящее раскрытие относится к не встречающемуся в природе вирусу репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС) и к способам получения и применения не встречающегося в природе ВРРСС.
Изобретение относится к ВРРСС-CON нуклеиновой кислоте, имеющей по меньшей мере 50% идентичности (например, по меньшей мере 75%, по меньшей мере 95% или по меньшей мере 99% идентичности) последовательности с SEQ ID NO: 1. В некоторых вариантах осуществления нуклеиновая кислота имеет последовательность, представленную в SEQ ID NO: 1. Также изобретение относится к вирусной частице, содержащей ВРРСС-CON нуклеиновую кислоту, композиции, содержащей описанную в настоящей заявке ВРРСС-CON нуклеиновую кислоту и фармацевтически приемлемый носитель, и композиции, содержащей описанную в настоящей заявке вирусную частицу и фармацевтически приемлемый носитель. Описанные в настоящей заявке композиции также содержат адъювант.
Изобретение относится к ВРРСС-CON нуклеиновой кислоте, которая имеет по меньшей мере 95% (например, по меньшей мере 99%) идентичности последовательности с последовательностью, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 и 42. В некоторых вариантах осуществления нуклеиновая кислота имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 и 42. В некоторых вариантах осуществления нуклеиновая кислота кодирует полипептид, имеющий, соответственно, аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 и 43. Также изобретение относится к вирусной частице, содержащей описанную в настоящей заявке ВРРСС-CON нуклеиновую кислоту, композиции, содержащей описанную в настоящей заявке нуклеиновую кислоту и фармацевтически приемлемый носитель, а также композиции, содержащей описанную в настоящей заявке вирусную частицу и фармацевтически приемлемый носитель. Описанные в настоящей заявке композиции также содержат адъювант.
Изобретение относится к ВРРСС-CON полипептиду, который имеет по меньшей мере 95% (например, по меньшей мере 99%) идентичности последовательности с последовательностью, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 и 43. В некоторых вариантах осуществления полипептид имеет последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 и 43. В некоторых вариантах осуществления полипептид кодируется нуклеиновой кислотой, соответственно, имеющей последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 или 42. Также изобретение относится к описанной в настоящей заявке вирусной частице, содержащей ВРРСС-CON полипептид, композиции, содержащей описанный в настоящей заявке полипептид и фармацевтически приемлемый носитель, и композиции, содержащей описанную в настоящей заявке вирусную частицу и фармацевтически приемлемый носитель. Описанные здесь композиции также содержат адъювант.
Изобретение относится к способу вызова у свиней иммунного ответа на ВРРСС. Такой способ обычно включает введение свинье: (i) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке нуклеиновой кислоты; (ii) эффективного количества любого описанного в настоящей заявке полипептида; (iii) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке вирусной частицы; или (iv) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке композиции. Типичные способы введения включают, без ограничения, внутримышечный, внутрибрюшинный и пероральный.
Изобретение относится к способу лечения или профилактики РРСС у свиней. Такой способ обычно включает введение свинье: (i) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке нуклеиновой кислоты; (ii) эффективного количества любого описанного в настоящей заявке полипептида; (iii) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке вирусной частицы; или (iv) эффективного количества любой описанной в настоящей заявке композиции. Типичные способы введения включают, без ограничения, внутримышечный, внутрибрюшинный и пероральный.
Если иное не определено, то все используемые в настоящей заявке технические и научные термины имеют такое же значение, какое обычно подразумевается средним специалистом в данной области техники, к которой относятся заявленные способы и композиции. Хотя при осуществлении или тестировании заявленных способов и композиций могут применяться способы и материалы, аналогичные или эквивалентные описанным в настоящей заявке, ниже приведено описание подходящих способов и материалов. К тому же, эти материалы, способы и примеры являются только иллюстративными, а не ограничивающими. Все указанные здесь публикации, заявки на патент, патенты и другие ссылки включены в настоящее описание во всей своей полноте.
ОПИСАНИЕ РИСУНКОВ
Фиг.1, панель (А) представляет собой филогенетическое дерево, построенное из набора, состоящего из 60 полногеномных последовательностей ВРРСС. Эти 60 геномов ВРРСС классифицированы по 4 подгруппам. Места расположения вирусов, задействованных в экспериментах по изучению перекрестного иммунитета обозначены стрелками. Фиг.1, панель (В) представляет собой график, показывающий генетические расстояния между природными штаммами ВРРСС и генетическое расстояние от описанного в настоящей заявке ВРРСС-CON, до природных штаммов ВРРСС. Нижние и верхние границы ящика указывают на 25-й и 75-й процентили, соответственно. Сплошная линия внутри ящика означает медиану. Усы, находящиеся выше и ниже ящика показывают минимальные и максимальные значения.
На Фиг.2 показано создание и характеристика РРСС-CON вируса. Панель (А) представляет собой схематическое изображение стратегии конструирования полногеномного клона кДНК ВРРСС-CON. На верхней половине панели (А) показано схематическое представление вирусного генома вместе с уникальными сайтами рестрикции, используемыми для клонирования. Горизонтальные черные линии, обозначенные буквами А-D, в верхней части представляют собой фрагменты ДНК, которые были синтезированы. Числа в скобках под этими линиями указывают длину (в нуклеотидах) каждого из соответствующих фрагментов. ФT7 представляет собой промотор T7 РНК-полимеразы. Отдельные ДНК фрагменты генома последовательно вставляли в челночный вектор (показанный в нижней части панели (A)) в порядке от фрагмента А до фрагмента D. Панель (B) представляет собой фотографии, на которых показана реактивность указанных вирусов к различным ВРРСС-специфичным моноклинальным антителам. Клетки MARC-145 ложно заражали или заражали штаммом ВРРСС-CON или штаммом FL12 дикого типа ВРРСС. Через 48 часов после заражения клетки окрашивали антителами, специфичными к вирусному нуклеокапсидному белку (N белку; нижний ряд фотографий) или неструктурному вирусному белку 1 бета (nsp1b; верхний ряд фотографий). На панели (С) показана морфология бляшек вирусов в клетках MARC-145. На панели (D) показана многоступенчатая кривая роста. Клетки MARC-145 инфицировали указанными вирусами с множественностью заражения (MOI) 0,01. В разные моменты времени после инфицирования (p.i.) отбирали культуральный супернатант и определяли титр вируса титрованием в клетках MARC-145.
На Фиг.3 представлены данные, демонстрирующие репликацию ВРРСС-CON у свиней. На панели (А) показана ректальная температура, измеряемая каждый день, начиная с первого 1 дня до заражения до 13-го дня после заражения (дни p.i.). На панели (B) показан средний суточный прирост массы (ССПМ) за 14 дней после инокуляции. На панели (C) показаны уровни виремии, определяемые коммерческой, универсальной ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). На панели (D) показаны уровни антительного ответа после инокуляции, определенные IDEXX ELISA; горизонтальная пунктирная линия указывает на пороговое значение анализа.
На Фиг.4 представлены данные, демонстрирующие перекрестный иммунитет, обеспечиваемый описанным в настоящей заявке ВРРСС-CON против штамма MN-184 ВРРСС. На панели (А) показан средний суточный прирост массы (ССПМ) за 15 дней после провокационной инфекции. На панели (В) показаны уровни виремии после провокации, определенные коммерческой, универсальной ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). На панели (C) показаны общие уровни вирусной РНК в различных тканях, собранных через 15 дней после провокации, определенные коммерческой, универсальной ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). На панели (D) показаны уровни MN-184-специфичной РНК, определенные дифференциальной ОТ-кПЦР собственной разработки.
На Фиг.5 приведены данные, демонстрирующие перекрестный иммунитет против штамма 16244B ВРРСС. На панели (А) показан средний суточный прирост массы (ССПМ) за 15 дней после провокационной инфекции. На панели (В) показаны уровни виремии после провокационной инфекции, определенные коммерческой, универсальной ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). На панели (C) показаны общие уровни вирусной РНК в различных тканях, собранных через 15 дней после провокации, определенные коммерческой, универсальной ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). На панели (D) показаны уровни 16244B-специфичной РНК, определенные дифференциальной ОТ-кПЦР собственной разработки.
ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ
Разработан не встречающийся в природе геном вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС) с помощью большого набора геномных последовательностей изолятов ВРРСС, который представляет самое широкое генетическое разнообразие штаммов ВРРСС, циркулирующих в США в стадах свиней. Не встречающийся в природе геном ВРРСС был разработан таким образом, чтобы он имел высокую степень генетического сходства с полевыми изолятами ВРРСС, изученными путем сравнения с любым одним, встречающимся в природе штаммом ВРРСС.
Репродуктивно-респираторный синдром свиней (PRRS) является одним из наиболее экономически важных заболеваний у свиней. Клинические признаки заболевания включают репродуктивную недостаточность у беременных свиноматок и нарушения функций дыхательной системы у молодых свиней. Заболевание приобретает более серьезный характер, когда животные дополнительно инфицированы другими патогенами. Судя по оценкам, ежегодные потери в свиноводстве США в 2005 года составили примерно 560 млн долларов и примерно 640 млн долларов в 2011 году.
Возбудителем РРСС является РНК-вирус, называемый РРСС вирусом (ВРРСС). ВРРСС подразделяется по генотипу на два основных класса: Европейский (тип 1) и Североамериканский (тип 2). Между этими двумя генотипами существует ограниченная перекрестная защита. Среди изолятов ВРРСС каждого из этих генотипов наблюдается значительная генетическая изменчивость. Важным открытием оказалось то, что генетическая дивергенция происходит, когда штамм ВРРСС последовательно переходит от свиньи к свинье. Это приводит к совместной циркуляции множества вариантов ВРРСС внутри одного стада или даже внутри одного животного, которое постоянно инфицируется ВРРСС.
Вакцины против ВРРСС используются с 1994 года. Сегодня на рынке имеются два типа вакцин против ВРРСС: модифицированные живые и инактивированные вакцины. Кроме того, несколько субъединичных вакцин против ВРРСС проходят испытания в различных лабораториях по всему миру, но ни одна из них не была лицензирована для клинического применения. В настоящее время вакцины против ВРРСС получают на основе природных штаммов ВРРСС в качестве вакцинных иммуногенов. Современные вакцины против ВРРСС являются недостаточно эффективными для обеспечения контроля и искоренения РРСС; они обеспечивают приемлемые уровни гомологичной защиты, но не могут обеспечить перекрестный иммунитет против гетерологичных вирусов. Большое генетическое разнообразие ВРРСС изолятов является основной причиной неоптимальной гетерологичной защиты современных вакцин против ВРРСС.
Описанная в настоящей заявке не встречающаяся в природе ВРРСС-CON обеспечивает превосходный перекрестный иммунитет против различных гетерологичных штаммов ВРРСС по сравнению со штаммом FL12 дикого типа ВРРСС. Таким образом, описанная здесь ВРРСС-CON может быть использована для разработки универсальной вакцины против ВРРСС. Кроме того, описанная здесь ВРРСС-CON, является важным инструментом для изучения механизма гетерологичной защиты от дивергирующих штаммов ВРРСС.
Нуклеиновые кислоты и полипептиды
Геном ВРРСС кодирует по меньшей мере 22 белка: 14 неструктурных белков и 8 структурных белков. В настоящей заявке описана нуклеиновая кислота, которая кодирует не встречающийся в природе ВРРСС. См. SEQ ID NO: 1 для геномной последовательности ВРРСС-CON. Описанный в настоящей заявке не встречающийся в природе ВРРСС обладает самой высокой степенью генетической идентичности с природными изолятами ВРРСС. Предоставляемая в настоящей заявке геномная нуклеиновая кислота ВРРСС-CON (т.е., SEQ ID NO: 1) кодирует несколько различных полипептидов. Например, последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 2, кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 3; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 4 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 5; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 6 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 7; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 8 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 9; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 10 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 11; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 12 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 13; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 14 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 15; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 16 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 17; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 18 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 19; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 20 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 21; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 22 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 23; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 24 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 25; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 26 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 27; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 28 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 29; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 30 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 31; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 32 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 33; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 34 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 35; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 36 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 37; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 38 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 39; последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 40 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 41; и последовательность нуклеиновой кислоты, приведенная в SEQ ID NO: 42 кодирует полипептидную последовательность, имеющую аминокислотную последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 43.
Как используется в данном описании, нуклеиновые кислоты могут включать ДНК и РНК, а также нуклеиновые кислоты, которые содержат один или более нуклеотидных аналогов или одну или более модификаций остова. Нуклеиновая кислота может быть одноцепочечной или двухцепочечной, что, как правило, зависит от предполагаемого ее использования. Также предоставляются нуклеиновые кислоты и полипептиды, которые отличаются от SEQ ID NO: 1-43. Нуклеиновые кислоты, последовательности которых отличаются от SEQ ID NO: 1 или любой из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 или 42, могут иметь по меньшей мере 80% идентичности (например, по меньшей мере 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичности) последовательности с SEQ ID NO: 1 или с любой из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 или 42. Полипептиды, последовательности которых отличаются от любой из приведенных в SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 или 43, могут иметь по меньшей мере 80% идентичности (например, по меньшей мере 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичности) последовательности с любой из SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 или 43.
При расчете процента идентичности последовательности две последовательности выравнивают и определяют количество идентичных совпадений нуклеотидов или аминокислотных остатков между двумя последовательностями. Количество совпадений делят на длину выровненного участка (т.е. количество выровненных нуклеотидов или аминокислотных остатков) и умножают на 100, получая выраженное в процентах значение идентичности последовательностей. Следует иметь в виду, что длина выровненного участка может быть частью одной или обеих последовательностей вплоть до полной длины самой короткой последовательности. Также следует иметь в виду, что одна последовательность может совпадать с более чем одной другими последовательностями, и, следовательно, для каждого выровненного участка возможны разные процентные значения идентичности последовательностей.
Выравнивание двух или более последовательностей для определения процента идентичности последовательностей можно выполнить с помощью компьютерной программы ClustalW, используя параметры по умолчанию, что позволяет осуществлять выравнивание последовательностей нуклеиновых кислот или полипептидов по всей их длине (глобальное выравнивание). Chenna et al., 2003, Nucleic Acids Res, 31 (13): 3497-500. ClustalW вычисляет наибольшее число совпадений между исследуемой и одной или более имеющимися последовательностями и выравнивает их таким образом, чтобы можно было определить идентичности, сходства и различия. Для получения наилучшего выравнивания в исследуемую последовательность, имеющуюся последовательность или в обе последовательности могут быть вставлены пропуски одного или более остатков. Для быстрого попарного выравнивания последовательностей нуклеиновых кислот можно использовать параметры по умолчанию (т.е. размер слова: 2; размер окна: 4; метод оценки: в процентах; количество верхних диагоналей: 4, и штраф за пропуск в последовательности: 5); для выравнивания нескольких последовательностей нуклеиновых кислот могут быть использованы следующие параметры: штраф за открытие пропуска: 10,0; штраф за удлинение пропуска: 5,0; и вес транзиций: да. Для быстрого попарного выравнивания полипептидных последовательностей можно использовать параметры по умолчанию: размер слова: 1; размер окна: 5; метод оценки: в процентах; количество верхних диагоналей: 5; и штраф за пропуск в последовательности: 3. Для выравнивания большого количества полипептидных последовательностей можно использовать следующие параметры: матрица весовых оценок: BLOSUM; штраф за открытие пропуска: 10,0; штраф за удлинение пропуска: 0,05; пропуски гидрофильных остатков: вкл.; гидрофильные остатки: Gly, Pro, Ser, Asn, Asp, Gln, Glu, Arg и Lys; и штраф за пропуски специфичных остатков: вкл. ClustalW может быть запущена, например, на веб-сайте Baylor College of Medicine Search Launcher или на веб-сайте European Bioinformatics Institute на World Wide Web.
В молекулу нуклеиновой кислоты (например, SEQ ID NO: 1 или любую из SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40 или 42) могут быть внесены изменения, которые приводят к изменениям в аминокислотной последовательности кодируемого полипептида (например, SEQ ID NO: 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41 или 43). Например, изменения могут быть введены в кодирующие последовательности нуклеиновых кислот с помощью мутагенеза (например, сайт-направленного мутагенеза, ПЦР-опосредованного мутагенеза) или путем химического синтеза молекулы нуклеиновой кислоты, имеющей такие изменения. Такие изменения нуклеиновых кислот могут привести к заменам консервативных и/или неконсервативных аминокислот на один или более аминокислотных остатков. "Замена консервативной аминокислоты" является заменой, при которой один аминокислотный остаток заменяется другим аминокислотным остатком, имеющим сходную боковую цепь (смотри, например, Dayhoff et al. (1978, в Atlas of Protein Sequence and Structure, 5 (Suppl. 3):345-352), где приведены таблицы частот аминокислотных замен), а неконсервативная замена является заменой, при которой аминокислотный остаток заменяется аминокислотным остатком, не имеющим сходную боковую цепь.
Используемый здесь термин "выделенная" молекула нуклеиновой кислоты представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, которая не содержит последовательностей, которые в естественных условиях фланкируют один или оба конца нуклеиновой кислоты в геноме организма, из которого получена указанная выделенная молекула нуклеиновой кислоты (например, кДНК или фрагмента геномной ДНК, полученный с помощью ПЦР или путем расщепления с помощью рестрикционной эндонуклеазы). Такую выделенную молекулу нуклеиновой кислоты, как правило, вводят в вектор (например, клонирующий вектор или вектор экспрессии) для удобства манипулирования или для образования слитой молекулы нуклеиновой кислоты, которая более подробно описана ниже. Кроме того, выделенная молекула нуклеиновой кислоты может включать молекулу нуклеиновой кислоты, полученную методом генной инженерии, такую как рекомбинантная или синтетическая молекула нуклеиновой кислоты.
Используемый здесь термин "очищенный" полипептид представляет собой полипептид, который был отделен или очищен от клеточных компонентов, сопровождающих его в естественных условиях. Как правило, полипептид считается "очищенным", когда он по меньшей мере на 70% (например, по меньшей мере, на 75%, 80%, 85%, 90%, 95% или 99%) в расчете на сухую массу свободен от полипептидов и встречающихся в природе молекул, с которыми он обычно связан в природе. Поскольку химически синтезированный полипептид является по своей природе отделенным от компонентов, сопровождающих его в естественных условиях, синтетический полипептид является "очищенным".
Нуклеиновые кислоты могут быть выделены методами, обычно используемыми в данной области техники. Например, нуклеиновые кислоты могут быть выделены любым методом, в том числе, без ограничения, методом получения рекомбинантных нуклеиновых кислот и/или методом полимеразной цепной реакции (ПЦР). Обычные методы ПЦР описаны, например, в книге: PCR Primer: A Laboratory Manual, Dieffenbach & Dveksler, Eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1995. Методы получения рекомбинантных нуклеиновых кислот включают, например, расщепление рестрикционными ферментами и лигирование, которые могут быть использованы для выделения нуклеиновой кислоты. Выделенные нуклеиновые кислоты также могут быть химически синтезированы либо в виде одной молекулы нуклеиновой кислоты или в виде нескольких олигонуклеотидов.
Полипептиды могут быть получены путем очистки из природных источников (например, биологического образца) известными способами, такими как DEAE ионный обмен, гель-фильтрация и хроматография на гидроксиапатите. Полипептид также может быть очищен, например, путем экспрессии нуклеиновой кислоты в векторе экспрессии. Кроме того, очищенный полипептид может быть получен с помощью химического синтеза. Степень чистоты полипептида может быть измерена любым подходящим методом, например, колоночной хроматографией, электрофорезом в полиакриламидном геле или методом ВЭЖХ-анализа.
Также предоставляется вектор, содержащий нуклеиновую кислоту (например, нуклеиновую кислоту, которая кодирует полипептид). Векторы, в том числе векторы экспрессии, являются коммерчески доступными или могут быть получены с помощью методов рекомбинантной ДНК, обычно используемых в данном уровне техники. Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, может иметь элементы экспрессии, функционально связанные с такой нуклеиновой кислотой, а также может включать последовательности, такие как, последовательности, кодирующие селектируемый маркер (например, ген устойчивости к антибиотику). Вектор, содержащий нуклеиновую кислоту, может кодировать химерный или слитый полипептид (т.е. полипептид, функционально связанный с гетерологичным полипептидом, который может находиться либо на N-конце или на C-конце полипептида). Типичные гетерологичные полипептиды представляют собой полипептиды, которые могут быть использованы в очистке кодируемого полипептида (например, метка 6xHis, глутатион S-трансфераза (GST)).
Элементы экспрессии включают последовательности нуклеиновых кислот, которые направляют и регулируют экспрессию кодирующих последовательностей нуклеиновых кислот. Одним из примеров элемента экспрессии является промоторная последовательность. Элементы экспрессии также могут включать интроны, энхансерные последовательности, элементы ответа или индуцируемые элементы, которые модулируют экспрессию нуклеиновой кислоты. Элементы экспрессии могут быть получены из бактерий, дрожжей, насекомых, млекопитающих или вирусов, и векторы могут содержать комбинацию элементов, полученных из различных источников. Используемый в данном описании "функционально связанный" означает, что промотор или другой(ие) элемент(ы) экспрессии расположен(ы) в векторе, связанном с нуклеиновой кислотой таким образом, чтобы можно было направлять или регулировать экспрессию нуклеиновой кислоты (например, внутри рамки считывания). Многие способы введения нуклеиновых кислот в клетки-хозяева как in vivo, так и in vitro, хорошо известны специалистам в данной области техники и включают, без ограничения, электропорация, осаждение фосфатом кальция, полиэтиленгликоль (ПЭГ)-опосредованную трансформацию, тепловой шок, липофекцию, микроинъекцию и опосредованный вирусом перенос нуклеиновой кислоты.
Описанные в настоящей заявке векторы могут быть введены в клетку-хозяина. Используемый здесь термин "клетка-хозяин" относится к конкретной клетке, в которую вводят нуклеиновую кислоту, а также включает в себя потомство такой клетки, содержащее указанный вектор. Клетка-хозяин может быть любой прокариотической или эукариотической клеткой. Например, нуклеиновые кислоты могут быть экспрессированы в бактериальных клетках, таких как E.coli, или в клетках насекомых, дрожжей или клетках млекопитающих (например, клетках яичника китайского хомячка (СНО) или клетках COS). Специалистам в данной области техники известны другие подходящие клетки-хозяева.
Нуклеиновые кислоты можно детектировать любым количеством методов амплификации (см., например, PCR Primer: A Laboratory Manual, 1995, Dieffenbach & Dveksler, Eds., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY; и U.S. Patent Nos. 4,683,195; 4,683,202; 4,800,159; и 4,965,188) с помощью соответствующей пары олигонуклеотидов (например, праймеров). Было разработано несколько модификаций исходного метода ПЦР, которые можно использовать для обнаружения нуклеиновой кислоты.
Нуклеиновые кислоты также можно детектировать методом гибридизации. Гибридизация между нуклеиновыми кислотами подробно обсуждается в книге Sambrook et al. (1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2-е изд., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY; разделы 7.37-7.57, 9.47-9.57, 11.7-11.8, и 11.45-11.57). Sambrook et al. описывает подходящие условия проведения саузерн-блоттинга для олигонуклеотидных зондов длиной менее, чем примерно 100 нуклеотидов (разделы 11.45-11.46). Значение Tm между последовательностью длиной менее 100 нуклеотидов и второй последовательностью может быть рассчитана по формуле, приведенной в разделе 11.46. Sambrook et al. также описывает условия проведения саузерн-блоттинга для олигонуклеотидных зондов, длина которых больше, чем примерно 100 нуклеотидов (см. разделы 9.47-9.54). Значение Tm между последовательностью длиной более 100 нуклеотидов и второй последовательностью может быть рассчитана по формуле, приведенной у Sambrook et al. в разделах 9.50-9.51.
Условия, при которых мембраны, содержащие нуклеиновые кислоты, предварительно гибридизуют и гибридизуют, а также условия, при которых мембраны, содержащие нуклеиновые кислоты, промывают для удаления избытка и неспецифически связанного зонда, могут оказывать существенное влияние на точность гибридизации. Такие процедуры гибридизации и промывки могут выполняться, в случае необходимости, в умеренных или очень жестких условиях. Например, условия промывки могут быть ужесточены путем снижения концентрации соли в промывочном растворе и/или путем повышения температуры, при которой выполняются процедуры промывки. Только в качестве примера, условия высокой жесткости, как правило, включают в себя промывку мембран в 0.2xSSC при 65°С.
Кроме того, интерпретация величины гибридизации может зависеть, например, от удельной активности меченого олигонуклеотидного зонда, количества связывающих зонды сайтов на матричной нуклеиновой кислоте, с которой гибридизуется зонд, и величины воздействия радиоавтографа или другой среды детектирования. Обычный специалист в данной области техники сможет легко понять, что несмотря на возможность использования любой величиной гибридизации и условий промывки для изучения гибридизации молекулы нуклеиновой кислоты-зонда с иммобилизованными целевыми нуклеиновыми кислотами, более важно изучить гибридизацию зонда с целевыми нуклеиновыми кислотами в одних и тех же условиях гибридизации, промывки и воздействия. Предпочтительно, целевые нуклеиновые кислоты находятся на одной и той же мембране.
Считается, что молекула нуклеиновой кислоты гибридизуется с некоторой заданной нуклеиновой кислотой, а не с другой нуклеиновой кислотой, если степень гибридизация с первой нуклеиновой кислотой по меньшей мере в 5 раз (например, по меньшей мере, в 6 раз, 7 раз, 8 раз, 9 раз, 10 раз, 20 раз, 50 раз или 100 раз) выше степени гибридизации с указанной другой нуклеиновой кислотой. Величина гибридизации может быть количественно определена непосредственно на мембране или из радиоавтографа с использованием, например, Phosphorimager или денситометра (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA).
Полипептиды можно детектировать с помощью антител. Методы детектирования полипептидов с использованием антител включают твердофазный иммуноферментный анализ (ИФА), вестерн-блоттинг, иммунопреципитацию и иммунофлюоресценцию. Антитело может быть поликлональными или моноклональными. Антитело, обладающее специфичной аффинностью связывания с полипептидом, может быть создано способом, хорошо известным в данной области техники. Антитело может быть прикреплено к твердой подложке, такой как микротитрационный планшет с помощью способов, известных в данной области техники. В присутствии полипептида образуется комплекс антитело-полипептид.
Детектирование (например, продукта амплификации, гибридизационного комплекса или полипептида), как правило, осуществляется с помощью детектируемых меток. Термин "метка" охватывает использование прямых меток, а также опосредованных меток. Детектируемые метки включают в себя ферменты, простетические группы, флуоресцентные материалы, люминесцентные материалы, биолюминесцентные материалы и радиоактивные материалы.
Способы создания и использования вирусной частицы ВРРСС-CON
Методы создания вирусной частицы из нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON известны в данной области и описаны в данном раскрытии. Как показано в настоящей заявке, описанная здесь ВРРСС-CON самособирается в частицы, если экспрессирована соответствующим образом. ВРРСС-CON может быть экспрессирована in vitro или in vivo, например, в клетке-хозяине. В некоторых вариантах осуществления нуклеиновая кислота ВРРСС-CON может быть трансфицирована в клетку-хозяин, или клетка-хозяин может быть заражена вирусной частицей ВРРСС-CON. Клетки хозяева могут представлять собой, без ограничения, свиные клетки (например, альвеолярные макрофаги свиней) или клетки, полученные из почки зеленой африканской мартышки (например, MARC-145). Вирусные частицы могут быть выделены, например, с помощью ультрацентрифугирования.
Описанные здесь, нуклеиновые кислоты ВРРСС-CON, полипептиды или вирусные частицы можно использовать для создания, усиления или модуляции иммунного ответа у свиньи. Такие способы обычно включают введение свинье описанной в настоящей заявке нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON, полипептида или вирусной частицы в количестве, достаточном для генерации иммунного ответа. Как используется в настоящей заявке, "иммунный ответ" означает реакцию, вызванную у индивидуума после введения описанных в настоящей заявке нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON, полипептида или вирусной частицы. Типы иммунного ответа могут включать, например, антительный ответ или клеточный ответ (например, цитотоксический Т клеточный ответ). Нуклеиновую кислоту ВРРСС-CON, полипептид или вирусную частицу можно использовать для профилактики РРСС у свиней, например, в виде профилактической вакцины или для формирования или усиления иммунитета к РРСС у здорового индивидуума до столкновения или приобретения РРСС, таким образом предотвращая развитие заболевания или уменьшая тяжесть его симптомов.
Способы введения свинье нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON, полипептида или вирусной частицы включают, без ограничения, внутримышечный (i.m.) подкожный (s.c.) или внутрилегочный. Способы введения свинье нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON, полипептида или вирусной частицы также включают, без ограничения, внутритрахейный, трансдермальный, внутриглазной, интраназальный пути, с помощью ингаляции, внутриполостной и внутривенный (i.v.).
Определение эффективного количества нуклеиновой кислоты ВРРСС-CON, полипептида или вирусной частицы зависит от нескольких факторов, включающих, например, от того, был ли антиген экспрессирован или непосредственно введен, от возраста и веса субъекта, точности определения состояния, требующего лечения, и его тяжести, и пути введения. Исходя из указанных выше факторов, определение количества и режима дозирования (например, количество доз и интервалы приема доз) находятся в компетенции специалиста в области техники.
Композиция может включать описанные в настоящей заявке нуклеиновую кислоту ВРРСС-CON, полипептид или вирусную частицу и фармацевтически приемлемый носитель. Фармацевтически приемлемые носители известны в уровне техники и включают, например, буферы (например, забуференный фосфатом физиологический раствор (PBS), физиологический раствор, Трис-буфер и фосфат натрия) или разбавители. Описанные в настоящей заявке композиции могут быть составлены в виде водного раствора или в виде эмульсии, геля, раствора, суспензии или порошка. См., например, Remington's Pharmaceutical Sciences, 16-е изд., Osol, ed., Mack Publishing Co., Easton, Pa. (1980) и Remington's Pharmaceutical Sciences, 19-е изд., Gennaro, ed., Mack Publishing Co., Easton, Pa. (1995). Дополнительно к фармацевтически приемлемому носителю, описанные в настоящей заявке композиции также могут включать связующие вещества, стабилизаторы, консерванты, соли, наполнители, средства доставки и/или вспомогательные агенты.
Согласно настоящему изобретению можно применять стандартные техники молекулярной биологии, микробиологии, биохимические методы и методы рекомбинантной ДНК, известные в данной области техники. Эти способы полностью описаны в литературе. Изобретение дополнительно описано в приведенных ниже примерах, которые не ограничивают объем описанных в формуле изобретения способов и композиций.
ПРИМЕРЫ
Пример 1. Разработанный с помощью компьютерных средств геном искусственного ВРРСС-CON
Геномные последовательности полной длины 64 изолятов ВРРСС, полученных из штатов среднего Запада (Айова, Небраска и Иллинойс) Соединенных Штатов Америки секвенировали с помощью метода секвенирования Roche 454-GS-FLX. Помимо этого, из базы данных GenBank было собрано более 20 полногеномных последовательности изолятов ВРРСС, полученных в США. После удаления избыточных последовательностей был получен полный набор из 60 полногеномных последовательностей ВРРСС. 60 полногеномных последовательностей ВРРСС выравнивали с помощью компьютерной программы MUSCLE (Edgar RC, 2004, BMC Bioinform., 5:113). После этого, создавали консенсусную геномную последовательность (ВРРСС-CON) путем отбора самого часто встречающегося нуклеотида, найденного в каждой позиции вирусного генома, используя программу Jalview. Филогенетический анализ показал, что геном ВРРСС-CON расположен прямо в центре филогенетического дерева. См. Фиг. 1А. Следовательно, попарное генетическое расстояние от ВРРСС-CON до природных штаммов ВРРСС значительно меньше расстояния между любыми не встречающимися в природе штаммами ВРРСС (p<0,0001). См. Фиг. 1В.
Пример 2. Создание вируса инфекционной ВРРСС-CON
Обычно точное определение последовательности в направлении от 5' к 3' концу вирусного генома является сложной задачей. Таким образом, было ясно, что последовательности в 5' и 3' нетранслируемых областях (UTR) природных геномов ВРРСС, проанализированные в примере 1, могут быть не вполне точными. Для увеличения извлечения инфекционного вируса, 5' и 3' UTR области генома ВРРСС-CON заменяли 5' и 3' UTR областями инфекционной кДНК клона FL12 (Truong et al., 2004, Virology, 325:308-19). Четыре фрагмента ДНК, обозначенные A-D, охватывающие весь геном ВРРСС-CON, были химически синтезированы с помощью программы GenScript (Piscataway, NJ). Для облегчения клонирования каждый фрагмент ДНК был фланкирован парой рестрикционных сайтов. С целью облегчения транскрипции вирусного генома, промоторная последовательность T7 РНК-полимеразы была введена во фрагмент D, предшествующий вирусному 5'-концу. См. Фиг. 2А. Отдельные ДНК фрагменты последовательно клонировали в "челночный" вектор, который содержал соответствующий рестрикционный сайт, в порядке от А до D фрагмента. После создания клона кДНК полной длины ВРРСС-CON для извлечения вариабельных вирусов ВРРСС-CON использовали стандартные методы реверсивной генетики.
По сути, содержащий плазмиду геном кДНК полной длины ВРРСС-CON расщепляли AclI для получения линейной последовательности. Очищенный линейный фрагмент ДНК использовали в качестве матрицы для in vitro транскрипции, используя набор mMESSAGEmMACHINE Ultra T7 (Ambion, Austin, TX) для получения полногеномных транскриптов вирусной РНК. После этого, примерно 5 мкг полногеномных РНК транскриптов трансфицировали в клетки MARC-145, культивированные в 6-луночных планшетах с помощью набора для мРНК трансфекции TransIT®-mRNA Transfection (Mirus Bio, Madison, WI). Трансфицированные клетки культивировали в среде DMEM, содержащей 10% FBS, при 37°C, 5% CO2 до 6 дней. Цитопатический эффект (ЦПЭ) обычно наблюдали между четвертым и шестым днями после трансфекции. Когда наблюдался четкий ЦПЭ, культуральный супернатант, содержащий освобожденный вирус, отбирали и хранили в 0,5 мл аликвотах в морозильнике при -80°C. См. Truong et al. (2004, см. выше).
Пример 3. In vitro характеристика ВРРСС-CON
Для изучения реактивности, используя различные ВРРСС-специфичные моноклональные антитела, клетки MARC-145 ложно инфицировали или инфицировали ВРРСС-CON или штаммом FL12 вируса РРСС. Через 48 часов после инфицирования (p.i.) клетки подвергали иммуноокрашиванию антителами, специфичными к вирусному нуклеозидному (N) белку или вирусному неструктурному белку 1 бета (nsp1b). Для изучения кинетики роста вирусов в клеточной культуре, клетки MARC-145 инфицировали ВРРСС-CON или FL12 с множественностью заражения (MOI) 0,01. В разные моменты времени p.i. отбирали культуральный супернатант, и определяли вирусные титры титрованием в клетках MARC-145.
ВРРСС-CON имел обычные in vitro характеристики природного штамма ВРРСС. Он реагировал с разными ВРРСС-специфичными моноклональными антителами, включая антитела к nsp1-бета и N белку (Фиг. 2B). Он эффективно реплицировался в клеточной культуре (Фиг.2С) и был способен формировать четко отличимую морфологию бляшек (Фиг.3D).
Пример 4. ВРРСС-CON может инфицировать свиней с той же эффективностью, что и природный штамм ВРРСС
Из 18 ВРРСС-серонегативных животных 3 свиньи в возрасте одной недели были приобретены в исследовательской ферме университета штата Небраска. Свиней распределяли случайным образом на 3 экспериментальные группы; каждую группу размещали в отдельной комнате в центре по изучению животных с уровнем секретности 2 по UNL, следуя правилам, установленным институциональным комитетом по содержанию и использованию животных. Свиней группы 1 инфицировали PBS и использовали в качестве контроля. Свиньям групп 2 и 3 внутримышечно инокулировали 105,0 TCID50 ВРРСС-CON и штамма FL12 вируса РРСС, соответственно. Штамм FL12 вируса дикого типа РРСС был использован в этом исследовании для сравнения. Результаты показаны на Фиг.3. После инфекции обе группы, инокулированные PRRSV-CON и FL12, имели существенно более высокую температуру, чем PBS-группа (Фиг. 3A), однако температура в группе, инокулированной ВРРСС-CON, не отличалась от температуры в группе, инокулированной FL12. Средний суточный прирост массы (ССПМ) определяли для каждой свиньи за 14-дневный период после инфицирования. Среди трех, обрабатываемых групп, не наблюдалось никаких статистических различий, хотя у свиней группы, инокулированной ВРРСС-CON, и группы, инокулированной FL12, наблюдалась тенденция к снижению ССПМ по сравнению с PBS-группой (Фиг.3В). Уровни веримии у групп, инокулированных ВРРСС-CON и FL12, были практически идентичными (Фиг.3С). Все свиньи в группах, инокулированных ВРРСС-CON и FL12, к 11 дню p.i. стали сероконвертированными. Уровень антительного ответа у группы, инокулированной ВРРСС-CON, был немного ниже уровня в группе, инокулированной FL12, (Фиг.3D). Эти результаты показывают, что ВРРСС-CON может инфицировать естественного хозяина (например, свиней) с такой же эффективностью, что и штамм FL12 вируса РРСС.
Пример 5. Оценка уровня перекрестного иммунитета к штамму MN-184 вируса РРСС
Материалы и методы
Из 18 ВРРСС-серонегативных животных 3 свиньи в возрасте одной недели были приобретены в исследовательской ферме университета штата Небраска. Свиней распределяли случайным образом на 3 экспериментальные группы; каждую группу размещали в отдельной комнате в центре по изучению животных с уровнем секретности 2 по UNL, следуя правилам, установленным институциональным комитетом по содержанию и использованию животных. Группе 1 был инъецирован PBS, и она служила в качестве контроля. Группу 2 иммунизировали путем инфицирования интраназально ВРРСС-CON дозой 104,0 TCID50 на свинью. Группу 3 иммунизировали путем инфицирования интраназально штаммом FL12 вируса дикого типа РРСС дозой 104,0 TCID50 на свинью. См. таблицу 1. Через 53 дня после инфицирования (p.i) все животные, контрольные и иммунизированные, были спровоцированы внутримышечно штаммом MN-184 вируса РРСС дозой 105,0 TCID50. Параметры, использованные для оценки иммунитета путем иммунизации ВРРСС-CON, включали виремию и вирусную нагрузку в нескольких различных тканях, а также показатели роста.
Таблица 1: План эксперимента по оценке уровня перекрестного иммунитета к штамму MN-184 вируса РРСС
Для измерения показателей роста, каждую свинью взвешивали непосредственно перед провокацией, а затем в течение 15 дней после провокации. Вес тела регистрировали в фунтах. Для 15-дневного периода после провокации рассчитывали среднесуточный прирост массы (ССПМ).
Для количественной оценки уровня виремии после провокационной инфекции отбирали образцы крови перед провокацией и в дни 1, 4, 7, 10 и 15 после провокации. Образцы сыворотки экстрагировали из каждого отдельно взятого образца крови и хранили в морозильнике при -80°C. Количественное определение уровней виремии проводили в лаборатории диагностики и изучения заболеваний животных государственного университета Южной Дакоты, используя универсальный набор ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD). Результаты приведены в единицах измерения log10 копий/мл. Для статистической обработки образцам с недетектируемым уровнем вирусной РНК присваивали значение 0 log10 копий/мл.
Для количественного определения уровня вирусной нагрузки в тканях, свиньи были гуманно умерщвлены и вскрыты на 15-й день после провокации. Получали образцы миндалин, легких, медиастенального лимфатического узла и пахового лимфатического узла, и хранили их отдельно в Whirl-pak® пакетах. Образцы быстро замораживали в жидком азоте сразу после сбора. После чего их хранили в морозильнике при -80°C. Для экстракции, РНК образцы ткани гомогенизировали в реагенте Trizol (Life Technologies, Carlsbad, CA) при соотношении 300 мг ткани на 3 мл реагента Trizol. Общую РНК экстрагировали с помощью мини-набора RNeasy (Qiagen, Valencia, CA) в соответствии с инструкцией изготовителя. Концентрацию РНК определяли количественно с помощью NanoDrop®ND-1000 (NanoDrop Technologies, Inc., Wilmington, DE) и доводили до конечной концентрации 200 нг/мкл.
Было показано, что ВРРСС могут колонизировать и сохраняться в лимфоидных тканях инфицированных свиней до 150 дней после заражения. В этих экспериментах вирусную нагрузку в ткани оценивали через 15 дней после провокации, что соответствует 67 дням после первичной инфекции. При этом, вполне вероятно, что свиньи в группах ВРРСС-CON и FL12 по-прежнему содержали остаточный вирус от первичной инфекции. Поэтому для количественного определения нагрузки вирусной РНК в тканях было использовано два разных набора ОТ-ПЦР: (I) коммерческий набор ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD), который определяет общую вирусную РНК, сохраняющуюся в результате как первичной инфекции, так и провокационной инфекции, и (II), набор дифференциальной ОТ-ПЦР собственной разработки, который избирательно детектирует только вирусную РНК провокационной инфекции. В каждой реакции ОТ-кПЦР использовали по пять мкл каждого образца РНК (эквивалентно 1 мкг РНК). Результаты приведены в единицах измерения log10 копий/мкг общей РНК. Для статистической обработки образцам с недетектируемым уровнем вирусной РНК присваивали значение 0 log РНК копий/мкг общей РНК.
Результаты
Результаты показателей роста представлены на Фиг. 4A. Среднее значение ССПМ для групп, иммунизированных PBS, ВРРСС-CON и FL12, было равно 0,14 кг (0,3 фунт) (SD +/- 0,3), 0,41 кг (0,9 фунт) (SD +/- 0,6) и 0,54 кг (1,2 фунт) (SD +/- 0,4), соответственно. Группы, иммунизированные ВРРСС-CON и FL12, имели более высокое значение ССПМ, чем группа, иммунизированная PBS. Между группами, иммунизированными ВРРСС-CON и FL12, не было никаких статистически значимых различий.
Уровни виремии после провокационной инфекции показаны на фиг.4В и в таблице 2. Все свиньи в иммунизированной PBS группе были виремичными во всех тестируемых временных точках. В группе, иммунизированной ВРРСС-CON, были только 3 виремичные свиньи, из которых 1 свинья была виремичной в 2-х временных точках (свинья № 494 на 4 ДПП и 7 ДПП) и 2 свиньи были виремичными только в одной временной точке (свиньи №№ 394 и 495 на 15 ДПП). Оставшиеся 3 свиньи в этой группе (свиньи №№ 345, 410 и 459) после провокационной инфекции оставались невиремичными. В противоположность этому, в группе, иммунизированной FL12, виремия была обнаружена у 5 из 6 свиней в двух временных точках или более после провокационной инфекцией. В этой группе только 1 свинья (свинья № 440) не была виремичной во всех тестируемых временных точках. В целом, уровень виремии у свиней, иммунизированных ВРРСС-CON, был значительно ниже, чем в группе, иммунизированной FL12, (р<0,05) и группе, иммунизированной PBS (р<0,0001).
Результаты количественного определения общей вирусной РНК с помощью универсального набора ОТ-кПЦР показаны на Фиг. 4C. Группы, иммунизированные ВРРСС-CON и FL12, имели значительно более низкие уровни общей вирусной РНК по сравнению с группой, иммунизированной PBS, независимо от тестируемого типа ткани. Тем не менее, уровни общей вирусной РНК для групп, иммунизированных ВРРСС-CON и FL12, не имели никаких различий.
Результаты количественного определения MN-184-специфичной РНК методом дифференциальной ОТ-кПЦР показаны на Фиг. 4D. Все свиньи в группе, иммунизированной PBS, содержали в своих тканях РНК штамма MN-184. У четырех свиней группы, иммунизированной FL12, РНК штамма MAN-184 была обнаружена в миндалинах и медиастинальном лимфатическом узле, в то время как у 5 свиней этой группы РНК штамма MN-184 была обнаружена в паховом лимфатическом узле. Примечательным оказалось то, что детектируемый уровень РНК штамма MN-184 не был зарегистрирован ни в одном из изучаемых образцов тканей ни у одной из свиней в группе, иммунизированной ВРРСС-CON.
В совокупности, эти результаты ясно показывают, что иммунизация поросят-отъемышей путем их инфицирования не встречающимся в природе ВРРСС-CON обеспечила значимо улучшенный перекрестный иммунитет к провокации штаммом MN-184 вируса РРСС по сравнению с иммунизацией штаммом FL12 вируса РРСС.
Таблица 2. Виремия после провокационной инфекции (log10 копий/мл)
Пример 6. Оценка уровня перекрестного иммунитета к штамму 16244B вируса HHCC
Материалы и методы
План эксперимента был таким же, как описано выше в примере 5. Из 18 ВРРСС-серонегативных животных 3 свиньи в возрасте одной недели, приобретенные в исследовательской ферме UNL, были случайным образом распределены по экспериментальным группам. Каждую группу размещали в отдельной комнате в центре по изучению животных с уровнем секретности 2 по UNL, следуя правилам, установленным институциональным комитетом по содержанию и использованию животных. Группе 1 был инъецирован PBS, и она служила в качестве контроля. Группа 2 была иммунизирована внутримышечно путем инфицирования ВРРСС-CON дозой 104,0 TCID50 на свинью. Группа 3 была иммунизирована внутримышечно путем инфицирования штаммом FL12 вируса РРСС дозой 104,0 TCID50 на свинью. См. таблицу 3. Одна свинья в группе 3 (свинья № 543) и одна свинья в группе 2 (свинья № 435) были выведены из эксперимента на 14 и 23 дни после первичного заражения, соответственно, из-за хромоты. Через 52 дня после инфицирования (p.i.) все свиньи были спровоцированы внутримышечно штаммом 16244B вируса РРСС дозой 105,0 TCID50. Параметры, использованные для оценки защиты путем иммунизации ВРРСС-CON, включая виремию и вирусную нагрузку в разных тканях, а также показатели роста, измеряли также, как описано выше в примере 5.
Таблица 3. План эксперимента по оценке уровня перекрестного иммунитета к штамму 16244B вируса РРСС
(подгруппа 3)
Результаты
Результаты показателей роста представлены на Фиг. 5A. Среднее значение ССПМ для групп, иммунизированных PBS, ВРРСС-CON и FL12, было равно 0,50 кг (1,1 фунт) (SD +/- 0,3), 0.73 кг (1,6 фунт) (SD +/- 0,1) и 0,36 кг (0,8 фунт) (SD +/- 0,3), соответственно. У группы, иммунизированной ВРРСС-CON, значение ССПМ было выше, чем у группы, иммунизированной PBS, и группы, иммунизированной FL12; при этом группа, иммунизированная FL12, не имела никаких статистически отличий от группы, иммунизированной PBS.
Результаты для уровня виремии после провокационной инфекции показаны на фиг.5В и в таблице 4. Все свиньи в иммунизированной PBS группе были виремичными во всех тестируемых временных точках. У двух из 5 свиней в группе, иммунизированной ВРРСС-CON, (свиньи №№ 442 и 445) виремия не была определена на 52 дней после первичной инфекции, поскольку в образцах их сыворотки, собранных в этой временной точке, все еще детектировали вирусную РНК. После провокационной инфекции 3 свиньи из группы, иммунизированной ВРРСС-CON, были виремичными только в одной временной точке. Оставшиеся две свиньи в этой группе (свиньи №№ 436 и 438) были невиремичными в течение всего 15-дневного периода после провокации. В противоположность этому, у всех свиней в группе, иммунизированной FL12, виремия была определена через 52 дня после первичной инфекции. После провокационной инфекции все свиньи в этой группе стали виремичными. В целом, уровень виремии в группе, иммунизированной ВРРСС-CON, был значительно ниже, чем в группе, иммунизированной FL12, (р<0,0001) и группе, иммунизированной PBS (р<0,0001).
Результаты количественного определения общей вирусной РНК с помощью коммерческого набора ОТ-кПЦР (Tetracore Inc., Rockville, MD) показаны на Фиг. 5C. Обе группы, иммунизированные ВРРСС-CON и FL12, имели значительно более низкие уровни общей вирусной РНК по сравнению с группой, иммунизированной PBS, независимо от тестируемого типа ткани. Тем не менее, уровни общей вирусной РНК у групп, иммунизированных ВРРСС-CON и FL12, не имели никаких статистически значимых отличий.
Результаты количественного определения 16244B-специфичной РНК методом дифференциальной ОТ-кПЦР показаны на Фиг. 5D. Ткани всех свиней в группах, иммунизированных PBS и FL12, содержали 16244B-специфичную РНК, хотя уровни РНК штамма 16244B в группе, иммунизированной FL12, были ниже, чем в группе, иммунизированной PBS. В противоположность этому, только 1 свинья в группе, иммунизированной ВРРСС-CON, содержала 16244B-специфичную РНК в паховых лимфатических узлах, в то время как остальные 4 свиньи в этой группе не имели 16244B-специфичной РНК.
В совокупности, эти результаты ясно показывают, что иммунизация поросят-отъемышей путем их инфицирования не встречающимся в природе вирусом РРСС-CON обеспечила значимо улучшенную перекрестную защиту от провокации штаммом 16244B вируса РРСС, чем иммунизация штаммом FL12 вируса РРСС.
Таблица 4. Уровень виремии после провокационной инфекции (log10 копий/мл)
Следует понимать, что, хотя способы и композиции описаны здесь в контексте нескольких различных аспектов, приведенное выше описание различных аспектов предназначено для иллюстрации и не ограничивает объем способов и композиций. Другие аспекты, преимущества и модификации также попадают в объем приведенной ниже формулы изобретения.
Раскрыты способы и композиции, которые могут быть использованы для, могут быть использованы в сочетании с, могут быть использованы для получения или являются продуктами описанных способов и композиций. Эти и другие материалы описаны в настоящей заявке, и следует понимать, что также раскрыты комбинации, подмножества, взаимодействия, группы и т.д. этих способов и композиций. Другими словами, хотя конкретный пример каждого из различных индивидуальных и объединенных сочетаний и перестановок этих композиций и способов может быть не раскрыт в явном виде, считается, что каждый из них рассмотрен и описан в данном документе. Например, если раскрыто и обсуждена конкретная композиция или конкретный способ, и обсуждается несколько композиций или способов, то подразумевается, что каждая комбинация и сочетание композиций и способов рассматриваются конкретно, если специально не указано иное. Аналогично, подразумевается, что любое их подмножество или комбинация также рассмотрена и раскрыта.
СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
<110> НУтех Вентурес
<120> Способ разработки вакцины репродуктивно-респираторного вируса
<130> 24742-0091WO1
<150> 61/968,465
<151> 2014-03-21
<160> 43
<170> FastSEQ for Windows Version 4.0
<210> 1
<211> 15456
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 1
atgacgtata ggtgttggct ctatgccatg acatttgtat tgtcaggagc tgcgaccatt 60
ggtacagccc aaaactagct gcacagaaaa cgcccttctg tgacagccct cttcagggga 120
gcttaggggt ctgtccctag caccttgctt ccggagttgc actgctttac ggtctctcca 180
accctttaac catgtctggg atacttgatc ggtgcacgtg tacccccaat gccagggtgt 240
ttatggcgga gggccaagtc tactgcacac gatgtctcag tgcacggtct ctccttcctc 300
tgaatctcca agttcctgag ctcggggtgc tgggcctatt ttacaggccc gaagagccac 360
tccggtggac gttgccacgt gcattcccca ctgtcgagtg ctcccccgcc ggggcctgct 420
ggctttctgc gatctttcca attgcacgaa tgaccagtgg aaacctgaac tttcaacaaa 480
gaatggtgcg ggtcgcagct gagctttaca gagccggcca gctcacccct gcagtcttga 540
aggctctaca agtttatgaa cggggttgcc gctggtaccc cattgttgga cctgtccctg 600
gagtggccgt tttcgccaac tccctacatg tgagtgataa acctttcccg ggagcaactc 660
atgtgttaac caacctgccg ctcccgcaga ggcccaagcc tgaagacttt tgcccctttg 720
agtgtgctat ggctgacgtc tatgacattg gtcatgacgc cgtcatgtat gtggccgaag 780
ggaaagtctc ctgggcccct cgtggcgggg atgaagggaa atttgaaact gtccccgagg 840
agttgaagtt gattgcgaac cgactccaca tctccttccc gccccaccac gcagtggaca 900
tgtctaagtt tgccttcata gcccctggga gtggtgtttc catgcgggtc gagtgccaac 960
acggctgcct ccccgctgac actgtccctg aaggcaactg ctggtggcgc ttgtttgact 1020
tgctcccact ggaagttcag aacaaagaaa ttcgccatgc taaccaattt ggctatcaga 1080
ccaagcatgg tgtcgctggc aagtacctac agcggaggct gcaagttaat ggtctccgag 1140
cagtgactga cccaaatgga cctatcgtcg tacagtattt ctctgttaag gagagctgga 1200
tccgccactt aagactggcg gaagaaccta gcctccctgg gtttgaggac ctcctcagaa 1260
taagggttga gcccaacacg tcgccattgg ctgacaagga tgagaaaatc ttccggtttg 1320
gcagtcacaa gtggtacggt gctggaaaga gggcaaggaa agcacgctct ggtgcgactg 1380
ccacagtcgc tcaccgcgct ttgcccgctc gtgaaaccca gcaggccaag aagcacgagg 1440
ttgccagcgc caacaaggct gagcatctca agcactattc cccgcctgcc gacgggaact 1500
gtggttggca ctgcatttcc gccatcgcca accggatggt gaattccaaa tttgaaacca 1560
cccttcccga aagagtgaga ccttcagatg actgggctac tgacgaggat cttgtgaata 1620
ccatccaaat cctcaggctc cctgcggcct tggacaggaa cggtgcttgt gctagcgcca 1680
agtacgtgct taagctggaa ggtgagcatt ggactgtctc tgtgacccct gggatgtccc 1740
cttctttgct cccccttgaa tgtgttcagg gctgttgtga gcataagggc ggtcttggtt 1800
ccccagatgc ggtcgaagtt tccggatttg accctgcctg ccttgaccga ctggctgagg 1860
tgatgcactt gcctagcagt gccatcccag ccgctctggc cgaaatgtcc ggcgacccca 1920
atcgtccggc ttccccggtc accactgtgt ggactgtttc gcagttcttt gcccgtcaca 1980
gaggaggaga gcaccctgat caggtgtgct tagggaaaat catcagcctt tgtcaggtga 2040
ttgaggaatg ctgctgttcc cagaacaaaa ccaaccgggt caccccggaa gaggtcgcgg 2100
caaagattga ccagtacctc cgtggtgcaa caagtcttga agaatgcttg gccaggcttg 2160
agagggctcg cccgccgagc gcaatggaca cctcctttga ttggaatgtt gtgctccctg 2220
gggttgaggc ggcaactcag acaaccaaac agccccatgt caaccagtgc cgcgctctgg 2280
tccctgtcgt gactcaagag tctttggaca aagactcggt ccctctgacc gccttctcgc 2340
tgtctaattg ctactaccct gcacaaggtg acgaggttcg tcaccgtgag aggctaaact 2400
ccgtgctctc taagttggag gaggttgttc gtgaggaata tgggctcacg ccaactggac 2460
ctggcccgcg acccgcactg ccgaacgggc tcgacgaact taaagaccag atggaggagg 2520
atctgctgaa actagtcaac gcccaggcaa cttcagaaat gatggcctgg gcagccgagc 2580
aggttgatct aaaagcttgg gtcaaaaact acccacggtg gacaccgcca ccccctccac 2640
caagagttca gcctcgaaaa acgaagtctg tcaagagctt gccagagaac aagcctgtcc 2700
ctgctccgcg caggaaggtc agatctgatt gtggcagccc gattttaatg ggcgacaatg 2760
tccctaacag ttgggaagat ttggctgttg gtggccccct tgatctctcg acaccacccg 2820
agccgatgac acctctgagt gagcctgcac ttatgcccgc gttgcaacat atttctaggc 2880
cagtgacacc tttgagtgtg ccggccccaa ttcctgcacc gcgcagagct gtgtcccgac 2940
cggtgacgcc ctcgagtgag ccaatttctg tgtctgcacc gcgacataaa tttcagcagg 3000
tggaagaagc gaatctggcg gcagcaacgc tgacgtacca ggacgaaccc ctagatttgt 3060
ctgcatcctc acagactgaa tatgaggctt ctcccctagc accactgcag aacatgggta 3120
ttctggaggt gggggggcaa gaagctgagg aaattctgag tgaaatctcg gacataccga 3180
atgacatcaa ccctgcgcct gtgtcatcaa gcagctccct gtcaagcgtt aagatcacac 3240
gcccaaaata ctcagctcaa gccatcatcg actcgggcgg gccctgcagt gggcatctcc 3300
aaaaggaaaa agaagcatgc ctcagcatca tgcgtgaggc ttgtgatgcg actaagcttg 3360
gtgaccctgc cacgcaggaa tggctttctc gcatgtggga tagggtggac atgctgactt 3420
ggcgcaacac gtctgcttac caggcgtttc gcaccttaga tggcaggttt gagtttctcc 3480
caaagatgat actcgagaca ccgccgccct acccgtgtgg gtttgtgatg ctgcctcaca 3540
cgcctgcacc ttccgtgggt gcggagagcg accttaccat tggttcagtc gccactgaag 3600
atgttccacg catcctcggg aaaatagaaa atgccggcga gatgaccaac cagggaccct 3660
tggcatcctc cgaggaagaa ccggcagacg accaacctgc caaagactcc cggatatcgt 3720
cgcgggggtt tgacgagagc acagcagctc cgtccgcagg cacaggtggc gccggcttat 3780
ttactgattt gccaccttca gacggtgtag atgcggacgg gggggggccg ttacagacgg 3840
taaaaaagaa agctgaaagg ctcttcgacc aattgagccg tcaggttttt aacctcgtct 3900
cccatctccc tgttttcttc tcacacctct tcaaatctga cagtggttat tctccgggtg 3960
attggggttt tgcagctttt actctatttt gcctcttttt atgttacagt tacccattct 4020
ttggttttgc tcccctcttg ggtgtgtttt ctgggtcttc tcggcgcgtg cgcatggggg 4080
tttttggctg ctggttggct tttgctgttg gtctgttcaa gcctgtgtcc gacccagtcg 4140
gcactgcttg tgagtttgat tcgccagagt gtaggaacgt ccttcattct tttgagcttc 4200
tcaaaccttg ggaccctgtt cgcagccttg ttgtgggccc cgtcggtctc ggtcttgcca 4260
ttcttggcag gttactgggc ggggcacgct acatctggca ttttttgctt aggcttggca 4320
ttgttgcaga ctgtatcttg gctggagctt atgtgctttc tcaaggtagg tgtaaaaagt 4380
gctggggatc ttgtataaga actgctccta atgagatcgc ctttaacgtg ttccctttta 4440
cacgtgcgac caggtcgtca ctcatcgacc tgtgcgatcg gttttgtgcg ccaaaaggca 4500
tggaccccat tttcctcgcc actgggtggc gcgggtgctg gaccggccga agccccattg 4560
agcaaccctc tgaaaaaccc atcgcgtttg cccagttgga tgaaaagaag attacggcta 4620
ggactgtggt cgcccagcct tatgacccca accaagccgt aaagtgcttg cgggtgttac 4680
aggcgggtgg ggcgatggtg gctgaggcag tcccaaaagt ggtcaaggtt tccgctattc 4740
cattccgagc cccctttttt cccaccggag tgaaagttga ccctgagtgc aggatcgtgg 4800
ttgaccccga cactttcact acagctctcc ggtctggcta ctccaccaca aacctcgtcc 4860
ttggtgtggg ggactttgcc cagctgaatg gattaaaaat caggcaaatt tccaagcctt 4920
caggaggagg cccacacctc attgctgccc tgcatgttgc ctgctcgatg gcgttgcaca 4980
tgcttgctgg gatttatgta actgcagtgg ggtcttgcgg taccggcacc aacgatccgt 5040
ggtgcactaa cccgtttgcc gtccctggct acggacctgg ctctctctgc acgtccagat 5100
tgtgcatctc ccaacatggc cttaccctgc ccttgacagc acttgtggca ggattcggtc 5160
ttcaggaaat tgccttggtt gttttgattt tcgtttccat cggaggcatg gctcacaggt 5220
tgagttgcaa ggctgatatg ctgtgcgttt tacttgcaat cgccagctat gtttgggtac 5280
cccttacctg gttgctttgt gtgtttcctt gctggttgcg ctggttctct ttgcaccccc 5340
tcaccatcct atggttggtg tttttcttga tttctgtaaa tatgccttca ggaatcttgg 5400
ccgtggtgtt gttggtttct ctttggcttc taggtcgtta tactaatgtt gctggtcttg 5460
tcacccccta tgacattcat cattacacca gtggcccccg cggtgttgcc gccttggcta 5520
ccgcaccaga tgggacctac ttggccgctg tccgccgcgc tgcgttgact ggccgcacca 5580
tgctgtttac cccgtctcag cttgggtccc ttcttgaggg tgctttcaga actcaaaagc 5640
cctcactgaa caccgtcaat gtggtcgggt cctccatggg ctctggcggg gtgttcacca 5700
tcgacgggaa aattaagtgc gtaactgccg cacatgtcct tacgggtaat tcagctaggg 5760
tttccggggt cggcttcaat caaatgcttg actttgatgt aaaaggggac ttcgccatag 5820
ctgattgccc gaattggcaa ggggctgctc ccaagaccca attctgcaag gatggatgga 5880
ctggccgtgc ctattggctg acatcctctg gcgtcgaacc cggtgtcatt gggaatggat 5940
tcgccttctg cttcaccgcg tgcggcgatt ccgggtcccc agtgatcacc gaagccggtg 6000
agcttgtcgg cgttcacaca ggatcaaaca aacaaggagg aggcattgtc acgcgcccct 6060
caggccagtt ttgtaatgtg gcacccatca agctgagcga attaagtgaa ttctttgctg 6120
gacctaaggt cccgctcggt gatgtgaagg ttggcagcca cataattaaa gacataagcg 6180
aggtgccttc agatctttgc gccttgcttg ctgccaaacc cgaactggaa ggaggcctct 6240
ccaccgtcca acttctgtgt gtgtttttcc tcctgtggag aatgatggga catgcctgga 6300
cgcccttggt tgctgtgggt ttttttatct tgaatgaggt tctcccagct gtcctggtcc 6360
ggagtgtttt ctcctttgga atgtttgtgc tatcttggct cacaccatgg tctgcgcaag 6420
ttctgatgat caggcttcta acagcagctc ttaacaggaa cagatggtca cttgcctttt 6480
acagcctcgg tgcagtgacc ggttttgtcg cagatcttgc ggcaactcag gggcatccgt 6540
tgcaggcagt gatgaattta agcacctatg ccttcctgcc tcggatgatg gttgtgacct 6600
caccagtccc agtgattgcg tgtggtgttg tgcacctcct tgccataatt ttgtacttgt 6660
ttaagtaccg ttgcctgcac aatgtccttg ttggcgatgg agtgttctct gcggctttct 6720
tcttgcgata ctttgccgag ggaaagttga gggaaggggt gtcgcaatcc tgcgggatga 6780
atcatgagtc actgactggt gccctcgcta tgagactcaa tgacgaggac ttggatttcc 6840
ttacgaaatg gactgatttt aagtgctttg tttctgcgtc caacatgagg aatgcagcgg 6900
gccaattcat cgaggctgcc tatgctaaag cacttagagt agaacttgcc cagttggtgc 6960
aggttgataa ggttcgaggt actttggcca aacttgaagc ttttgctgat accgtggcac 7020
cccaactctc gcccggtgac attgttgttg ctcttggcca cacgcctgtt ggcagtatct 7080
tcgacctaaa ggttggtagc accaagcata ccctccaagc cattgagacc agagtccttg 7140
ccgggtccaa aatgaccgtg gcgcgcgtcg ttgacccaac ccccacgccc ccacccgcac 7200
ccgtgcccat ccccctccca ccgaaagttc tggagaatgg ccccaacgcc tggggggatg 7260
aggaccgttt gaataagaag aagaggcgca ggatggaagc cgtcggcatc tttgttatgg 7320
gcgggaagaa gtaccagaaa ttttgggaca agaattccgg tgatgtgttt tatgaggagg 7380
tccatgataa cacagatgcg tgggagtgcc tcagagttgg cgaccctgcc gactttgacc 7440
ctgagaaggg aactctgtgt gggcatacca ccattgaaga taaggcttac aatgtctacg 7500
cctccccatc tggcaagaag ttcctggtcc ccgtcaaccc agagagcgga agagcccaat 7560
gggaagctgc aaagctttcc gtggagcagg cccttggcat gatgaatgtc gacggtgaac 7620
tgacagccaa agaactggag aaactgaaaa gaataattga caaactccag ggcctgacta 7680
aggagcagtg tttaaactgc tagccgccag cggcttgacc cgctgtggtc gcggcggctt 7740
ggttgttact gagacagcgg taaaaatagt caaatttcac aaccggacct tcaccctagg 7800
acctgtgaat ttaaaagtgg ccagtgaggt tgagctaaaa gacgcggtcg agcacaacca 7860
acacccggtt gcaagaccgg ttgatggtgg tgttgtgctc ctgcgctccg cagttccttc 7920
gcttatagac gtcttgatct ccggtgctga tgcatctccc aagttactcg cccgccacgg 7980
gccgggaaac actgggatcg atggcacgct ttgggatttt gaggccgaag ccaccaaaga 8040
ggaaatcgca ctcagtgcgc aaataataca ggcttgtgac attaggcgcg gcgacgcacc 8100
tgaaattggt ctcccttaca agctgtaccc tgttaggggc aaccctgagc gggtaaaagg 8160
agttttgcag aatacaaggt ttggagacat accttacaaa acccccagtg acactggaag 8220
cccagtgcac gcggctgcct gcctcacgcc caatgccact ccggtgactg atgggcgctc 8280
cgtcttggcc acgaccatgc cctccggttt tgagttgtat gtaccgacca ttccagcgtc 8340
tgtccttgat tatcttgatt ctaggcctga ctgccccaaa cagttgacag agcacggctg 8400
tgaggatgcc gcattgagag acctctccaa gtatgacttg tccacccaag gctttgtttt 8460
gcctggagtt cttcgccttg tgcgtaagta cctgtttgcc catgtgggta agtgcccgcc 8520
cgttcatcgg ccttccactt accctgccaa gaattctatg gctggaataa atgggaacag 8580
gtttccaacc aaggacattc agagcgtccc tgaaatcgac gttctgtgcg cacaggccgt 8640
gcgagaaaac tggcaaactg ttaccccttg taccctcaag aaacagtatt gcgggaagaa 8700
gaagactagg acaatactcg gcaccaataa cttcattgcg ctggcccacc gggcagcgtt 8760
gagtggtgtc acccagggct tcatgaaaaa ggcgtttaac tcgcccatcg ccctcgggaa 8820
aaacaaattt aaggagctac agactccggt cttgggcagg tgccttgaag ctgatcttgc 8880
atcctgcgat cgatccacac ctgcaattgt ccgctggttt gccgccaatc ttctttatga 8940
acttgcctgt gctgaagagc atctaccgtc gtacgtgctg aactgctgcc acgacttact 9000
ggtcacgcag tccggcgcag tgactaagag aggtggcctg tcgtctggcg acccgatcac 9060
ttctgtgtcc aacaccattt acagcttggt gatatatgca cagcacatgg tgctcagtta 9120
ctttaaaagt ggtcaccccc atggccttct gtttctacaa gaccagctaa agtttgagga 9180
catgctcaag gttcaacccc tgatcgtcta ttcggacgac ctcgtgctgt atgccgagtc 9240
tcccaccatg ccaaactacc actggtgggt tgaacatctg aacctgatgc tgggttttca 9300
gacggaccca aagaagacag ccataacaga ctcgccatca tttctaggct gtaggataat 9360
aaatgggcgc cagctagtcc ccaaccgtga caggattctc gcggccctcg cctaccacat 9420
gaaggcgagc aatgtttctg aatactacgc ctcggcggct gcaatactca tggacagctg 9480
tgcttgtttg gagtatgatc ctgaatggtt tgaagaactt gtggttggaa tagcgcagtg 9540
cgcccgcaag gacggctaca gctttcccgg cccgccgttc ttcttgtcca tgtgggaaaa 9600
actcaggtcc aattatgagg ggaagaagtc cagagtgtgc gggtactgcg gggccccggc 9660
cccgtacgcc actgcctgtg gcctcgacgt ctgtatttac cacacccact tccaccagca 9720
ttgtccagtc ataatctggt gtggccatcc agcgggttct ggttcttgta gtgagtgcaa 9780
acccccccta gggaaaggca caagccctct agatgaggtg ttggaacaag tcccgtataa 9840
gcctccacgg accgtaatca tgcatgtgga gcagggtctc acccctcttg acccaggcag 9900
ataccagact cgccgcggat tagtctccgt taggcgtggc atcaggggaa atgaagttga 9960
cctaccagac ggtgattatg ctagcaccgc cttgctcccc acttgtaaag agatcaacat 10020
ggtcgctgtc gcttctaatg tgttgcgcag caggttcatc atcggtccac ccggtgctgg 10080
gaaaacatac tggctccttc aacaggtcca ggatggtgat gtcatttaca caccaactca 10140
tcagaccatg cttgacatga ttaaggcttt ggggacgtgc cggttcaacg tcccggcagg 10200
cacaacgctg caattccctg ccccctcccg taccggcccg tgggttcgca tcctggccgg 10260
cggttggtgt cctggcaaga attccttcct ggatgaagca gcgtattgta atcaccttga 10320
tgtcttgagg cttcttagca aaactaccct cacctgtctg ggagacttca aacaactcca 10380
cccagtgggt tttgattctc attgctatgt ttttgacatc atgcctcaga ctcaactgaa 10440
gaccatctgg aggtttggac agaatatctg tgatgccatt cagccagatt acagggacaa 10500
acttgtgtcc atggtcaaca caacccgtgt aacctacgtg gaaaaacctg tcaagtatgg 10560
gcaagtcctc accccttacc acagggaccg agaggacggc gccatcacaa ttgactccag 10620
tcaaggcgcc acatttgatg tggttacatt gcatttgccc actaaagatt cactcaacag 10680
gcaaagagcc cttgttgcta tcaccagggc aagacatgct atctttgtgt atgacccaca 10740
caggcaactg cagagcatgt ttgatcttcc tgcaaaaggc acacccgtca acctcgccgt 10800
gcaccgtgac gagcagctga tcgtgctaga tagaaataac aaagaatgca cggttgctca 10860
ggctctaggc aatggggata aattcagggc cacagacaag cgcgttgtag attctctccg 10920
cgccatttgt gcagatctag aagggtcgag ctctccgctc cccaaggtcg cacacaactt 10980
gggattttat ttctcacctg atttgacaca gtttgctaaa ctcccggtag aacttgcacc 11040
ccactggccc gtggtgacaa cccagaacaa tgaaaagtgg ccagaccggc tggttgccag 11100
ccttcgccct atccataaat atagccgcgc gtgcatcggt gccggctata tggtgggccc 11160
ctcggtgttt ctaggcaccc ctggggttgt gtcatactat ctcacaaaat ttgttaaggg 11220
cgaggctcaa gtgcttccgg agacagtctt cagcaccggc cgaattgagg tagattgccg 11280
ggagtatctt gatgatcggg agcgagaagt tgctgagtcc ctcccacatg ccttcattgg 11340
cgacgtcaaa ggcactaccg ttggaggatg tcaccatgtc acctccaaat accttccgcg 11400
cttccttccc aaggaatcag ttgcggtagt cggggtttca agccccggga aagccgcaaa 11460
agcagtttgc acattaacag atgtgtacct cccagacctt gaagcttacc tccacccaga 11520
gacccagtcc aagtgctgga aaatgatgtt ggacttcaag gaagttcgac tgatggtctg 11580
gaaagacaaa acggcctatt ttcaacttga aggccgccat ttcacctggt atcagcttgc 11640
aagctatgcc tcgtacatcc gagttcctgt taactctacg gtgtatttgg acccctgcat 11700
gggccctgcc ctttgcaaca gaagagttgt cgggtccact cattgggggg ctgacctcgc 11760
agtcacccct tatgattatg gtgccaaaat cattctgtct agtgcatacc atggtgaaat 11820
gcctcctggg tacaaaatcc tggcgtgcgc ggagttctcg cttgacgatc cagtgaggta 11880
caaacacacc tgggggtttg aatcggatac agcgtatctg tacgagttca ccggaaacgg 11940
tgaggactgg gaggattaca atgatgcgtt tcgtgcgcgc cagaaaggga aaatttataa 12000
ggccactgcc accagcatga ggtttcattt tcccccgggc cctgtcattg aaccaacttt 12060
gggcctgaat tgaaatgaaa tgggggctat gcaaagcctt tttgacaaaa ttggccaact 12120
ttttgtggat gctttcacgg aatttttggt gtccattgtt gatatcatca tatttttggc 12180
cattttgttt ggcttcacca tcgccggttg gctggtggtc ttttgcatca gattggtttg 12240
ctccgcggta ctccgtgcgc gccctaccat tcaccctgag caattacaga agatcctatg 12300
aggcctttct ttctcagtgc cgggtggaca ttcccacctg gggaactaaa catcccttgg 12360
ggatgctttg gcaccataag gtgtcaaccc tgattgatga aatggtgtcg cgtcgaatgt 12420
accgcatcat ggaaaaagca ggacaggctg cctggaaaca ggtggtgagc gaggctacgc 12480
tgtctcgcat tagtggtttg gatgtggtgg ctcattttca gcatcttgcc gccattgaag 12540
ccgagacctg taaatatttg gcctctcggc tgcccatgct acacaacctg cgcatgacag 12600
ggtcaaatgt aaccatagtg tataatagta ctttgaatca ggtgtttgct atttttccaa 12660
cccctggttc ccggccaaag cttcatgatt ttcagcaatg gctaatagct gtgcattcct 12720
ccatattttc ctctgttgca gcttcttgta ctctttttgt tgtgctgtgg ttgcggattc 12780
caatgctacg tactgttttt ggtttccact ggttaggggc aatttttcct tcgaactcac 12840
agtgaattac acggtgtgtc caccttgcct cacccggcaa gcagccgctg agatctacga 12900
acccggcagg tctctttggt gcaggatagg gcatgaccga tgtagggagg acgatcatga 12960
cgaactaggg ttcatggttc cgcctggcct ctccagcgaa ggccacttga ccagtgttta 13020
cgcctggttg gcgttcctgt ccttcagcta cacggcccag ttccatcccg agatatttgg 13080
gatagggaat gtgagtcaag tttatgttga catcaagcac caattcatct gcgccgaaca 13140
tgacgggcag aacgccacct tgcctcgcca tgacaacatt tcagccgtgt ttcagaccta 13200
ctaccaacat caggtcgacg gcggcaattg gtttcaccta gaatggctgc gccccttctt 13260
ttcctcttgg ttggttttaa atgtttcgtg gtttctcagg cgttcgcctg caagccatgt 13320
ttcagttcga gtctttcaga catcaagacc aacaccaccg cagcagcaag ctttgttgtc 13380
ctccaagaca tcagctgcct taggcatggc gactcgtcct ctgaggcgat tcgcaaaagc 13440
tctcagtgcc gcacggcgat agggacaccc gtgtacatca ccatcacagc caatgtgaca 13500
gatgagaatt atttacattc ttctgatctc ctcatgcttt cttcttgcct tttctatgct 13560
tctgagatga gtgaaaaggg attcaaggtg gtatttggca atgtgtcagg catcgtggct 13620
gtgtgtgtca actttaccag ctacgtccaa catgtcaagg agtttaccca acgctccttg 13680
gtggtcgacc atgtgcggct gcttcatttc atgacacctg agaccatgag gtgggcaacc 13740
gttttagcct gtctttttgc cattctgttg gcaatttgaa tgttcaagta tgttggggaa 13800
atgcttgacc gcgggctgtt gctcgcgatt gctttctttg tggtgtatcg tgccgttctg 13860
ttttgctgcg ctcgtcaacg ccaacagcaa cagcagctcc catttacagt tgatttacaa 13920
cttgacgcta tgtgagctga atggcacaga ttggctggct aacaaatttg attgggcagt 13980
ggagactttt gtcatctttc ccgtgttgac tcacattgtc tcctatggtg ccctcaccac 14040
cagccatttc cttgacacag tcggtctggt cactgtgtct accgccgggt tttatcacgg 14100
gcggtatgtc ttgagtagca tctacgcggt ctgtgccctg gctgcgttga tttgcttcgt 14160
cattaggttt gcgaagaact gcatgtcctg gcgctactca tgtaccagat ataccaactt 14220
tcttctggac actaagggca gactctatcg ttggcggtcg cccgtcatca tagagaaaag 14280
gggtaaagtt gaggtcgaag gtcatctgat cgacctcaaa agagttgtgc ttgatggttc 14340
cgtggcaacc cctttaacca gagtttcagc ggaacaatgg ggtcgtcctt agacgacttc 14400
tgccatgata gcacggctcc acaaaaggtg cttttggcgt tttctattac ctacacgcca 14460
gtgatgatat atgccctaaa ggtaagtcgc ggccgactgc tagggcttct gcaccttttg 14520
atttttctga attgtgcttt caccttcggg tacatgacat tcgcgcactt tcagagcaca 14580
aataaggtcg cgctcactat gggagcagta gttgcactcc tttggggggt gtactcagcc 14640
atagaaacct ggaaattcat cacctccaga tgccgtttgt gcttgctagg ccgcaagtac 14700
attctggccc ctgcccacca cgttgaaagt gccgcaggct ttcatccgat tgcggcaaat 14760
gataaccacg catttgtcgt ccggcgtccc ggctccacta cggtcaacgg cacattggtg 14820
cccgggttga aaagcctcgt gttgggtggc agaaaagctg ttaaacaggg agtggtaaac 14880
cttgtcaaat atgccaaata acaacggcaa gcagcagaag aaaaagaagg gggatggcca 14940
gccagtcaat cagctgtgcc agatgctggg taagatcatc gcccagcaaa accagtccag 15000
aggcaaggga ccgggaaaga aaaataagaa gaaaaacccg gagaagcccc attttcctct 15060
agcgactgaa gatgacgtca gacatcactt tacccctagt gagcggcaat tgtgtctgtc 15120
gtcaatccag actgccttta atcaaggcgc tggaacttgt accctgtcag attcagggag 15180
gataagttac actgtggagt ttagtttgcc gacgcatcat actgtgcgcc tgatccgcgt 15240
cacagcatca ccctcagcat gatgggctgg cattccttaa gcacctcagt gttagaattg 15300
gaagaatgtg tggtgaatgg cactgattgg cactgtgcct ctaagtcacc tattcaatta 15360
gggcgaccgt gtgggggtta agtttaattg gcgagaacca tgcggccgaa attaaaaaaa 15420
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaa 15456
<210> 2
<211> 540
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 2
atgtctggga tacttgatcg gtgcacgtgt acccccaatg ccagggtgtt tatggcggag 60
ggccaagtct actgcacacg atgtctcagt gcacggtctc tccttcctct gaatctccaa 120
gttcctgagc tcggggtgct gggcctattt tacaggcccg aagagccact ccggtggacg 180
ttgccacgtg cattccccac tgtcgagtgc tcccccgccg gggcctgctg gctttctgcg 240
atctttccaa ttgcacgaat gaccagtgga aacctgaact ttcaacaaag aatggtgcgg 300
gtcgcagctg agctttacag agccggccag ctcacccctg cagtcttgaa ggctctacaa 360
gtttatgaac ggggttgccg ctggtacccc attgttggac ctgtccctgg agtggccgtt 420
ttcgccaact ccctacatgt gagtgataaa cctttcccgg gagcaactca tgtgttaacc 480
aacctgccgc tcccgcagag gcccaagcct gaagactttt gcccctttga gtgtgctatg 540
<210> 3
<211> 180
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 3
Met Ser Gly Ile Leu Asp Arg Cys Thr Cys Thr Pro Asn Ala Arg Val
1 5 10 15
Phe Met Ala Glu Gly Gln Val Tyr Cys Thr Arg Cys Leu Ser Ala Arg
20 25 30
Ser Leu Leu Pro Leu Asn Leu Gln Val Pro Glu Leu Gly Val Leu Gly
35 40 45
Leu Phe Tyr Arg Pro Glu Glu Pro Leu Arg Trp Thr Leu Pro Arg Ala
50 55 60
Phe Pro Thr Val Glu Cys Ser Pro Ala Gly Ala Cys Trp Leu Ser Ala
65 70 75 80
Ile Phe Pro Ile Ala Arg Met Thr Ser Gly Asn Leu Asn Phe Gln Gln
85 90 95
Arg Met Val Arg Val Ala Ala Glu Leu Tyr Arg Ala Gly Gln Leu Thr
100 105 110
Pro Ala Val Leu Lys Ala Leu Gln Val Tyr Glu Arg Gly Cys Arg Trp
115 120 125
Tyr Pro Ile Val Gly Pro Val Pro Gly Val Ala Val Phe Ala Asn Ser
130 135 140
Leu His Val Ser Asp Lys Pro Phe Pro Gly Ala Thr His Val Leu Thr
145 150 155 160
Asn Leu Pro Leu Pro Gln Arg Pro Lys Pro Glu Asp Phe Cys Pro Phe
165 170 175
Glu Cys Ala Met
180
<210> 4
<211> 609
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 4
gctgacgtct atgacattgg tcatgacgcc gtcatgtatg tggccgaagg gaaagtctcc 60
tgggcccctc gtggcgggga tgaagggaaa tttgaaactg tccccgagga gttgaagttg 120
attgcgaacc gactccacat ctccttcccg ccccaccacg cagtggacat gtctaagttt 180
gccttcatag cccctgggag tggtgtttcc atgcgggtcg agtgccaaca cggctgcctc 240
cccgctgaca ctgtccctga aggcaactgc tggtggcgct tgtttgactt gctcccactg 300
gaagttcaga acaaagaaat tcgccatgct aaccaatttg gctatcagac caagcatggt 360
gtcgctggca agtacctaca gcggaggctg caagttaatg gtctccgagc agtgactgac 420
ccaaatggac ctatcgtcgt acagtatttc tctgttaagg agagctggat ccgccactta 480
agactggcgg aagaacctag cctccctggg tttgaggacc tcctcagaat aagggttgag 540
cccaacacgt cgccattggc tgacaaggat gagaaaatct tccggtttgg cagtcacaag 600
tggtacggt 609
<210> 5
<211> 203
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 5
Ala Asp Val Tyr Asp Ile Gly His Asp Ala Val Met Tyr Val Ala Glu
1 5 10 15
Gly Lys Val Ser Trp Ala Pro Arg Gly Gly Asp Glu Gly Lys Phe Glu
20 25 30
Thr Val Pro Glu Glu Leu Lys Leu Ile Ala Asn Arg Leu His Ile Ser
35 40 45
Phe Pro Pro His His Ala Val Asp Met Ser Lys Phe Ala Phe Ile Ala
50 55 60
Pro Gly Ser Gly Val Ser Met Arg Val Glu Cys Gln His Gly Cys Leu
65 70 75 80
Pro Ala Asp Thr Val Pro Glu Gly Asn Cys Trp Trp Arg Leu Phe Asp
85 90 95
Leu Leu Pro Leu Glu Val Gln Asn Lys Glu Ile Arg His Ala Asn Gln
100 105 110
Phe Gly Tyr Gln Thr Lys His Gly Val Ala Gly Lys Tyr Leu Gln Arg
115 120 125
Arg Leu Gln Val Asn Gly Leu Arg Ala Val Thr Asp Pro Asn Gly Pro
130 135 140
Ile Val Val Gln Tyr Phe Ser Val Lys Glu Ser Trp Ile Arg His Leu
145 150 155 160
Arg Leu Ala Glu Glu Pro Ser Leu Pro Gly Phe Glu Asp Leu Leu Arg
165 170 175
Ile Arg Val Glu Pro Asn Thr Ser Pro Leu Ala Asp Lys Asp Glu Lys
180 185 190
Ile Phe Arg Phe Gly Ser His Lys Trp Tyr Gly
195 200
<210> 6
<211> 3588
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 6
gctggaaaga gggcaaggaa agcacgctct ggtgcgactg ccacagtcgc tcaccgcgct 60
ttgcccgctc gtgaaaccca gcaggccaag aagcacgagg ttgccagcgc caacaaggct 120
gagcatctca agcactattc cccgcctgcc gacgggaact gtggttggca ctgcatttcc 180
gccatcgcca accggatggt gaattccaaa tttgaaacca cccttcccga aagagtgaga 240
ccttcagatg actgggctac tgacgaggat cttgtgaata ccatccaaat cctcaggctc 300
cctgcggcct tggacaggaa cggtgcttgt gctagcgcca agtacgtgct taagctggaa 360
ggtgagcatt ggactgtctc tgtgacccct gggatgtccc cttctttgct cccccttgaa 420
tgtgttcagg gctgttgtga gcataagggc ggtcttggtt ccccagatgc ggtcgaagtt 480
tccggatttg accctgcctg ccttgaccga ctggctgagg tgatgcactt gcctagcagt 540
gccatcccag ccgctctggc cgaaatgtcc ggcgacccca atcgtccggc ttccccggtc 600
accactgtgt ggactgtttc gcagttcttt gcccgtcaca gaggaggaga gcaccctgat 660
caggtgtgct tagggaaaat catcagcctt tgtcaggtga ttgaggaatg ctgctgttcc 720
cagaacaaaa ccaaccgggt caccccggaa gaggtcgcgg caaagattga ccagtacctc 780
cgtggtgcaa caagtcttga agaatgcttg gccaggcttg agagggctcg cccgccgagc 840
gcaatggaca cctcctttga ttggaatgtt gtgctccctg gggttgaggc ggcaactcag 900
acaaccaaac agccccatgt caaccagtgc cgcgctctgg tccctgtcgt gactcaagag 960
tctttggaca aagactcggt ccctctgacc gccttctcgc tgtctaattg ctactaccct 1020
gcacaaggtg acgaggttcg tcaccgtgag aggctaaact ccgtgctctc taagttggag 1080
gaggttgttc gtgaggaata tgggctcacg ccaactggac ctggcccgcg acccgcactg 1140
ccgaacgggc tcgacgaact taaagaccag atggaggagg atctgctgaa actagtcaac 1200
gcccaggcaa cttcagaaat gatggcctgg gcagccgagc aggttgatct aaaagcttgg 1260
gtcaaaaact acccacggtg gacaccgcca ccccctccac caagagttca gcctcgaaaa 1320
acgaagtctg tcaagagctt gccagagaac aagcctgtcc ctgctccgcg caggaaggtc 1380
agatctgatt gtggcagccc gattttaatg ggcgacaatg tccctaacag ttgggaagat 1440
ttggctgttg gtggccccct tgatctctcg acaccacccg agccgatgac acctctgagt 1500
gagcctgcac ttatgcccgc gttgcaacat atttctaggc cagtgacacc tttgagtgtg 1560
ccggccccaa ttcctgcacc gcgcagagct gtgtcccgac cggtgacgcc ctcgagtgag 1620
ccaatttctg tgtctgcacc gcgacataaa tttcagcagg tggaagaagc gaatctggcg 1680
gcagcaacgc tgacgtacca ggacgaaccc ctagatttgt ctgcatcctc acagactgaa 1740
tatgaggctt ctcccctagc accactgcag aacatgggta ttctggaggt gggggggcaa 1800
gaagctgagg aaattctgag tgaaatctcg gacataccga atgacatcaa ccctgcgcct 1860
gtgtcatcaa gcagctccct gtcaagcgtt aagatcacac gcccaaaata ctcagctcaa 1920
gccatcatcg actcgggcgg gccctgcagt gggcatctcc aaaaggaaaa agaagcatgc 1980
ctcagcatca tgcgtgaggc ttgtgatgcg actaagcttg gtgaccctgc cacgcaggaa 2040
tggctttctc gcatgtggga tagggtggac atgctgactt ggcgcaacac gtctgcttac 2100
caggcgtttc gcaccttaga tggcaggttt gagtttctcc caaagatgat actcgagaca 2160
ccgccgccct acccgtgtgg gtttgtgatg ctgcctcaca cgcctgcacc ttccgtgggt 2220
gcggagagcg accttaccat tggttcagtc gccactgaag atgttccacg catcctcggg 2280
aaaatagaaa atgccggcga gatgaccaac cagggaccct tggcatcctc cgaggaagaa 2340
ccggcagacg accaacctgc caaagactcc cggatatcgt cgcgggggtt tgacgagagc 2400
acagcagctc cgtccgcagg cacaggtggc gccggcttat ttactgattt gccaccttca 2460
gacggtgtag atgcggacgg gggggggccg ttacagacgg taaaaaagaa agctgaaagg 2520
ctcttcgacc aattgagccg tcaggttttt aacctcgtct cccatctccc tgttttcttc 2580
tcacacctct tcaaatctga cagtggttat tctccgggtg attggggttt tgcagctttt 2640
actctatttt gcctcttttt atgttacagt tacccattct ttggttttgc tcccctcttg 2700
ggtgtgtttt ctgggtcttc tcggcgcgtg cgcatggggg tttttggctg ctggttggct 2760
tttgctgttg gtctgttcaa gcctgtgtcc gacccagtcg gcactgcttg tgagtttgat 2820
tcgccagagt gtaggaacgt ccttcattct tttgagcttc tcaaaccttg ggaccctgtt 2880
cgcagccttg ttgtgggccc cgtcggtctc ggtcttgcca ttcttggcag gttactgggc 2940
ggggcacgct acatctggca ttttttgctt aggcttggca ttgttgcaga ctgtatcttg 3000
gctggagctt atgtgctttc tcaaggtagg tgtaaaaagt gctggggatc ttgtataaga 3060
actgctccta atgagatcgc ctttaacgtg ttccctttta cacgtgcgac caggtcgtca 3120
ctcatcgacc tgtgcgatcg gttttgtgcg ccaaaaggca tggaccccat tttcctcgcc 3180
actgggtggc gcgggtgctg gaccggccga agccccattg agcaaccctc tgaaaaaccc 3240
atcgcgtttg cccagttgga tgaaaagaag attacggcta ggactgtggt cgcccagcct 3300
tatgacccca accaagccgt aaagtgcttg cgggtgttac aggcgggtgg ggcgatggtg 3360
gctgaggcag tcccaaaagt ggtcaaggtt tccgctattc cattccgagc cccctttttt 3420
cccaccggag tgaaagttga ccctgagtgc aggatcgtgg ttgaccccga cactttcact 3480
acagctctcc ggtctggcta ctccaccaca aacctcgtcc ttggtgtggg ggactttgcc 3540
cagctgaatg gattaaaaat caggcaaatt tccaagcctt caggagga 3588
<210> 7
<211> 1196
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 7
Ala Gly Lys Arg Ala Arg Lys Ala Arg Ser Gly Ala Thr Ala Thr Val
1 5 10 15
Ala His Arg Ala Leu Pro Ala Arg Glu Thr Gln Gln Ala Lys Lys His
20 25 30
Glu Val Ala Ser Ala Asn Lys Ala Glu His Leu Lys His Tyr Ser Pro
35 40 45
Pro Ala Asp Gly Asn Cys Gly Trp His Cys Ile Ser Ala Ile Ala Asn
50 55 60
Arg Met Val Asn Ser Lys Phe Glu Thr Thr Leu Pro Glu Arg Val Arg
65 70 75 80
Pro Ser Asp Asp Trp Ala Thr Asp Glu Asp Leu Val Asn Thr Ile Gln
85 90 95
Ile Leu Arg Leu Pro Ala Ala Leu Asp Arg Asn Gly Ala Cys Ala Ser
100 105 110
Ala Lys Tyr Val Leu Lys Leu Glu Gly Glu His Trp Thr Val Ser Val
115 120 125
Thr Pro Gly Met Ser Pro Ser Leu Leu Pro Leu Glu Cys Val Gln Gly
130 135 140
Cys Cys Glu His Lys Gly Gly Leu Gly Ser Pro Asp Ala Val Glu Val
145 150 155 160
Ser Gly Phe Asp Pro Ala Cys Leu Asp Arg Leu Ala Glu Val Met His
165 170 175
Leu Pro Ser Ser Ala Ile Pro Ala Ala Leu Ala Glu Met Ser Gly Asp
180 185 190
Pro Asn Arg Pro Ala Ser Pro Val Thr Thr Val Trp Thr Val Ser Gln
195 200 205
Phe Phe Ala Arg His Arg Gly Gly Glu His Pro Asp Gln Val Cys Leu
210 215 220
Gly Lys Ile Ile Ser Leu Cys Gln Val Ile Glu Glu Cys Cys Cys Ser
225 230 235 240
Gln Asn Lys Thr Asn Arg Val Thr Pro Glu Glu Val Ala Ala Lys Ile
245 250 255
Asp Gln Tyr Leu Arg Gly Ala Thr Ser Leu Glu Glu Cys Leu Ala Arg
260 265 270
Leu Glu Arg Ala Arg Pro Pro Ser Ala Met Asp Thr Ser Phe Asp Trp
275 280 285
Asn Val Val Leu Pro Gly Val Glu Ala Ala Thr Gln Thr Thr Lys Gln
290 295 300
Pro His Val Asn Gln Cys Arg Ala Leu Val Pro Val Val Thr Gln Glu
305 310 315 320
Ser Leu Asp Lys Asp Ser Val Pro Leu Thr Ala Phe Ser Leu Ser Asn
325 330 335
Cys Tyr Tyr Pro Ala Gln Gly Asp Glu Val Arg His Arg Glu Arg Leu
340 345 350
Asn Ser Val Leu Ser Lys Leu Glu Glu Val Val Arg Glu Glu Tyr Gly
355 360 365
Leu Thr Pro Thr Gly Pro Gly Pro Arg Pro Ala Leu Pro Asn Gly Leu
370 375 380
Asp Glu Leu Lys Asp Gln Met Glu Glu Asp Leu Leu Lys Leu Val Asn
385 390 395 400
Ala Gln Ala Thr Ser Glu Met Met Ala Trp Ala Ala Glu Gln Val Asp
405 410 415
Leu Lys Ala Trp Val Lys Asn Tyr Pro Arg Trp Thr Pro Pro Pro Pro
420 425 430
Pro Pro Arg Val Gln Pro Arg Lys Thr Lys Ser Val Lys Ser Leu Pro
435 440 445
Glu Asn Lys Pro Val Pro Ala Pro Arg Arg Lys Val Arg Ser Asp Cys
450 455 460
Gly Ser Pro Ile Leu Met Gly Asp Asn Val Pro Asn Ser Trp Glu Asp
465 470 475 480
Leu Ala Val Gly Gly Pro Leu Asp Leu Ser Thr Pro Pro Glu Pro Met
485 490 495
Thr Pro Leu Ser Glu Pro Ala Leu Met Pro Ala Leu Gln His Ile Ser
500 505 510
Arg Pro Val Thr Pro Leu Ser Val Pro Ala Pro Ile Pro Ala Pro Arg
515 520 525
Arg Ala Val Ser Arg Pro Val Thr Pro Ser Ser Glu Pro Ile Ser Val
530 535 540
Ser Ala Pro Arg His Lys Phe Gln Gln Val Glu Glu Ala Asn Leu Ala
545 550 555 560
Ala Ala Thr Leu Thr Tyr Gln Asp Glu Pro Leu Asp Leu Ser Ala Ser
565 570 575
Ser Gln Thr Glu Tyr Glu Ala Ser Pro Leu Ala Pro Leu Gln Asn Met
580 585 590
Gly Ile Leu Glu Val Gly Gly Gln Glu Ala Glu Glu Ile Leu Ser Glu
595 600 605
Ile Ser Asp Ile Pro Asn Asp Ile Asn Pro Ala Pro Val Ser Ser Ser
610 615 620
Ser Ser Leu Ser Ser Val Lys Ile Thr Arg Pro Lys Tyr Ser Ala Gln
625 630 635 640
Ala Ile Ile Asp Ser Gly Gly Pro Cys Ser Gly His Leu Gln Lys Glu
645 650 655
Lys Glu Ala Cys Leu Ser Ile Met Arg Glu Ala Cys Asp Ala Thr Lys
660 665 670
Leu Gly Asp Pro Ala Thr Gln Glu Trp Leu Ser Arg Met Trp Asp Arg
675 680 685
Val Asp Met Leu Thr Trp Arg Asn Thr Ser Ala Tyr Gln Ala Phe Arg
690 695 700
Thr Leu Asp Gly Arg Phe Glu Phe Leu Pro Lys Met Ile Leu Glu Thr
705 710 715 720
Pro Pro Pro Tyr Pro Cys Gly Phe Val Met Leu Pro His Thr Pro Ala
725 730 735
Pro Ser Val Gly Ala Glu Ser Asp Leu Thr Ile Gly Ser Val Ala Thr
740 745 750
Glu Asp Val Pro Arg Ile Leu Gly Lys Ile Glu Asn Ala Gly Glu Met
755 760 765
Thr Asn Gln Gly Pro Leu Ala Ser Ser Glu Glu Glu Pro Ala Asp Asp
770 775 780
Gln Pro Ala Lys Asp Ser Arg Ile Ser Ser Arg Gly Phe Asp Glu Ser
785 790 795 800
Thr Ala Ala Pro Ser Ala Gly Thr Gly Gly Ala Gly Leu Phe Thr Asp
805 810 815
Leu Pro Pro Ser Asp Gly Val Asp Ala Asp Gly Gly Gly Pro Leu Gln
820 825 830
Thr Val Lys Lys Lys Ala Glu Arg Leu Phe Asp Gln Leu Ser Arg Gln
835 840 845
Val Phe Asn Leu Val Ser His Leu Pro Val Phe Phe Ser His Leu Phe
850 855 860
Lys Ser Asp Ser Gly Tyr Ser Pro Gly Asp Trp Gly Phe Ala Ala Phe
865 870 875 880
Thr Leu Phe Cys Leu Phe Leu Cys Tyr Ser Tyr Pro Phe Phe Gly Phe
885 890 895
Ala Pro Leu Leu Gly Val Phe Ser Gly Ser Ser Arg Arg Val Arg Met
900 905 910
Gly Val Phe Gly Cys Trp Leu Ala Phe Ala Val Gly Leu Phe Lys Pro
915 920 925
Val Ser Asp Pro Val Gly Thr Ala Cys Glu Phe Asp Ser Pro Glu Cys
930 935 940
Arg Asn Val Leu His Ser Phe Glu Leu Leu Lys Pro Trp Asp Pro Val
945 950 955 960
Arg Ser Leu Val Val Gly Pro Val Gly Leu Gly Leu Ala Ile Leu Gly
965 970 975
Arg Leu Leu Gly Gly Ala Arg Tyr Ile Trp His Phe Leu Leu Arg Leu
980 985 990
Gly Ile Val Ala Asp Cys Ile Leu Ala Gly Ala Tyr Val Leu Ser Gln
995 1000 1005
Gly Arg Cys Lys Lys Cys Trp Gly Ser Cys Ile Arg Thr Ala Pro Asn
1010 1015 1020
Glu Ile Ala Phe Asn Val Phe Pro Phe Thr Arg Ala Thr Arg Ser Ser
1025 1030 1035 1040
Leu Ile Asp Leu Cys Asp Arg Phe Cys Ala Pro Lys Gly Met Asp Pro
1045 1050 1055
Ile Phe Leu Ala Thr Gly Trp Arg Gly Cys Trp Thr Gly Arg Ser Pro
1060 1065 1070
Ile Glu Gln Pro Ser Glu Lys Pro Ile Ala Phe Ala Gln Leu Asp Glu
1075 1080 1085
Lys Lys Ile Thr Ala Arg Thr Val Val Ala Gln Pro Tyr Asp Pro Asn
1090 1095 1100
Gln Ala Val Lys Cys Leu Arg Val Leu Gln Ala Gly Gly Ala Met Val
1105 1110 1115 1120
Ala Glu Ala Val Pro Lys Val Val Lys Val Ser Ala Ile Pro Phe Arg
1125 1130 1135
Ala Pro Phe Phe Pro Thr Gly Val Lys Val Asp Pro Glu Cys Arg Ile
1140 1145 1150
Val Val Asp Pro Asp Thr Phe Thr Thr Ala Leu Arg Ser Gly Tyr Ser
1155 1160 1165
Thr Thr Asn Leu Val Leu Gly Val Gly Asp Phe Ala Gln Leu Asn Gly
1170 1175 1180
Leu Lys Ile Arg Gln Ile Ser Lys Pro Ser Gly Gly
1185 1190 1195
<210> 8
<211> 690
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 8
ggcccacacc tcattgctgc cctgcatgtt gcctgctcga tggcgttgca catgcttgct 60
gggatttatg taactgcagt ggggtcttgc ggtaccggca ccaacgatcc gtggtgcact 120
aacccgtttg ccgtccctgg ctacggacct ggctctctct gcacgtccag attgtgcatc 180
tcccaacatg gccttaccct gcccttgaca gcacttgtgg caggattcgg tcttcaggaa 240
attgccttgg ttgttttgat tttcgtttcc atcggaggca tggctcacag gttgagttgc 300
aaggctgata tgctgtgcgt tttacttgca atcgccagct atgtttgggt accccttacc 360
tggttgcttt gtgtgtttcc ttgctggttg cgctggttct ctttgcaccc cctcaccatc 420
ctatggttgg tgtttttctt gatttctgta aatatgcctt caggaatctt ggccgtggtg 480
ttgttggttt ctctttggct tctaggtcgt tatactaatg ttgctggtct tgtcaccccc 540
tatgacattc atcattacac cagtggcccc cgcggtgttg ccgccttggc taccgcacca 600
gatgggacct acttggccgc tgtccgccgc gctgcgttga ctggccgcac catgctgttt 660
accccgtctc agcttgggtc ccttcttgag 690
<210> 9
<211> 230
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 9
Gly Pro His Leu Ile Ala Ala Leu His Val Ala Cys Ser Met Ala Leu
1 5 10 15
His Met Leu Ala Gly Ile Tyr Val Thr Ala Val Gly Ser Cys Gly Thr
20 25 30
Gly Thr Asn Asp Pro Trp Cys Thr Asn Pro Phe Ala Val Pro Gly Tyr
35 40 45
Gly Pro Gly Ser Leu Cys Thr Ser Arg Leu Cys Ile Ser Gln His Gly
50 55 60
Leu Thr Leu Pro Leu Thr Ala Leu Val Ala Gly Phe Gly Leu Gln Glu
65 70 75 80
Ile Ala Leu Val Val Leu Ile Phe Val Ser Ile Gly Gly Met Ala His
85 90 95
Arg Leu Ser Cys Lys Ala Asp Met Leu Cys Val Leu Leu Ala Ile Ala
100 105 110
Ser Tyr Val Trp Val Pro Leu Thr Trp Leu Leu Cys Val Phe Pro Cys
115 120 125
Trp Leu Arg Trp Phe Ser Leu His Pro Leu Thr Ile Leu Trp Leu Val
130 135 140
Phe Phe Leu Ile Ser Val Asn Met Pro Ser Gly Ile Leu Ala Val Val
145 150 155 160
Leu Leu Val Ser Leu Trp Leu Leu Gly Arg Tyr Thr Asn Val Ala Gly
165 170 175
Leu Val Thr Pro Tyr Asp Ile His His Tyr Thr Ser Gly Pro Arg Gly
180 185 190
Val Ala Ala Leu Ala Thr Ala Pro Asp Gly Thr Tyr Leu Ala Ala Val
195 200 205
Arg Arg Ala Ala Leu Thr Gly Arg Thr Met Leu Phe Thr Pro Ser Gln
210 215 220
Leu Gly Ser Leu Leu Glu
225 230
<210> 10
<211> 612
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 10
ggtgctttca gaactcaaaa gccctcactg aacaccgtca atgtggtcgg gtcctccatg 60
ggctctggcg gggtgttcac catcgacggg aaaattaagt gcgtaactgc cgcacatgtc 120
cttacgggta attcagctag ggtttccggg gtcggcttca atcaaatgct tgactttgat 180
gtaaaagggg acttcgccat agctgattgc ccgaattggc aaggggctgc tcccaagacc 240
caattctgca aggatggatg gactggccgt gcctattggc tgacatcctc tggcgtcgaa 300
cccggtgtca ttgggaatgg attcgccttc tgcttcaccg cgtgcggcga ttccgggtcc 360
ccagtgatca ccgaagccgg tgagcttgtc ggcgttcaca caggatcaaa caaacaagga 420
ggaggcattg tcacgcgccc ctcaggccag ttttgtaatg tggcacccat caagctgagc 480
gaattaagtg aattctttgc tggacctaag gtcccgctcg gtgatgtgaa ggttggcagc 540
cacataatta aagacataag cgaggtgcct tcagatcttt gcgccttgct tgctgccaaa 600
cccgaactgg aa 612
<210> 11
<211> 204
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 11
Gly Ala Phe Arg Thr Gln Lys Pro Ser Leu Asn Thr Val Asn Val Val
1 5 10 15
Gly Ser Ser Met Gly Ser Gly Gly Val Phe Thr Ile Asp Gly Lys Ile
20 25 30
Lys Cys Val Thr Ala Ala His Val Leu Thr Gly Asn Ser Ala Arg Val
35 40 45
Ser Gly Val Gly Phe Asn Gln Met Leu Asp Phe Asp Val Lys Gly Asp
50 55 60
Phe Ala Ile Ala Asp Cys Pro Asn Trp Gln Gly Ala Ala Pro Lys Thr
65 70 75 80
Gln Phe Cys Lys Asp Gly Trp Thr Gly Arg Ala Tyr Trp Leu Thr Ser
85 90 95
Ser Gly Val Glu Pro Gly Val Ile Gly Asn Gly Phe Ala Phe Cys Phe
100 105 110
Thr Ala Cys Gly Asp Ser Gly Ser Pro Val Ile Thr Glu Ala Gly Glu
115 120 125
Leu Val Gly Val His Thr Gly Ser Asn Lys Gln Gly Gly Gly Ile Val
130 135 140
Thr Arg Pro Ser Gly Gln Phe Cys Asn Val Ala Pro Ile Lys Leu Ser
145 150 155 160
Glu Leu Ser Glu Phe Phe Ala Gly Pro Lys Val Pro Leu Gly Asp Val
165 170 175
Lys Val Gly Ser His Ile Ile Lys Asp Ile Ser Glu Val Pro Ser Asp
180 185 190
Leu Cys Ala Leu Leu Ala Ala Lys Pro Glu Leu Glu
195 200
<210> 12
<211> 510
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 12
ggaggcctct ccaccgtcca acttctgtgt gtgtttttcc tcctgtggag aatgatggga 60
catgcctgga cgcccttggt tgctgtgggt ttttttatct tgaatgaggt tctcccagct 120
gtcctggtcc ggagtgtttt ctcctttgga atgtttgtgc tatcttggct cacaccatgg 180
tctgcgcaag ttctgatgat caggcttcta acagcagctc ttaacaggaa cagatggtca 240
cttgcctttt acagcctcgg tgcagtgacc ggttttgtcg cagatcttgc ggcaactcag 300
gggcatccgt tgcaggcagt gatgaattta agcacctatg ccttcctgcc tcggatgatg 360
gttgtgacct caccagtccc agtgattgcg tgtggtgttg tgcacctcct tgccataatt 420
ttgtacttgt ttaagtaccg ttgcctgcac aatgtccttg ttggcgatgg agtgttctct 480
gcggctttct tcttgcgata ctttgccgag 510
<210> 13
<211> 170
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 13
Gly Gly Leu Ser Thr Val Gln Leu Leu Cys Val Phe Phe Leu Leu Trp
1 5 10 15
Arg Met Met Gly His Ala Trp Thr Pro Leu Val Ala Val Gly Phe Phe
20 25 30
Ile Leu Asn Glu Val Leu Pro Ala Val Leu Val Arg Ser Val Phe Ser
35 40 45
Phe Gly Met Phe Val Leu Ser Trp Leu Thr Pro Trp Ser Ala Gln Val
50 55 60
Leu Met Ile Arg Leu Leu Thr Ala Ala Leu Asn Arg Asn Arg Trp Ser
65 70 75 80
Leu Ala Phe Tyr Ser Leu Gly Ala Val Thr Gly Phe Val Ala Asp Leu
85 90 95
Ala Ala Thr Gln Gly His Pro Leu Gln Ala Val Met Asn Leu Ser Thr
100 105 110
Tyr Ala Phe Leu Pro Arg Met Met Val Val Thr Ser Pro Val Pro Val
115 120 125
Ile Ala Cys Gly Val Val His Leu Leu Ala Ile Ile Leu Tyr Leu Phe
130 135 140
Lys Tyr Arg Cys Leu His Asn Val Leu Val Gly Asp Gly Val Phe Ser
145 150 155 160
Ala Ala Phe Phe Leu Arg Tyr Phe Ala Glu
165 170
<210> 14
<211> 48
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 14
ggaaagttga gggaaggggt gtcgcaatcc tgcgggatga atcatgag 48
<210> 15
<211> 16
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 15
Gly Lys Leu Arg Glu Gly Val Ser Gln Ser Cys Gly Met Asn His Glu
1 5 10 15
<210> 16
<211> 777
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 16
tcactgactg gtgccctcgc tatgagactc aatgacgagg acttggattt ccttacgaaa 60
tggactgatt ttaagtgctt tgtttctgcg tccaacatga ggaatgcagc gggccaattc 120
atcgaggctg cctatgctaa agcacttaga gtagaacttg cccagttggt gcaggttgat 180
aaggttcgag gtactttggc caaacttgaa gcttttgctg ataccgtggc accccaactc 240
tcgcccggtg acattgttgt tgctcttggc cacacgcctg ttggcagtat cttcgaccta 300
aaggttggta gcaccaagca taccctccaa gccattgaga ccagagtcct tgccgggtcc 360
aaaatgaccg tggcgcgcgt cgttgaccca acccccacgc ccccacccgc acccgtgccc 420
atccccctcc caccgaaagt tctggagaat ggccccaacg cctgggggga tgaggaccgt 480
ttgaataaga agaagaggcg caggatggaa gccgtcggca tctttgttat gggcgggaag 540
aagtaccaga aattttggga caagaattcc ggtgatgtgt tttatgagga ggtccatgat 600
aacacagatg cgtgggagtg cctcagagtt ggcgaccctg ccgactttga ccctgagaag 660
ggaactctgt gtgggcatac caccattgaa gataaggctt acaatgtcta cgcctcccca 720
tctggcaaga agttcctggt ccccgtcaac ccagagagcg gaagagccca atgggaa 777
<210> 17
<211> 259
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 17
Ser Leu Thr Gly Ala Leu Ala Met Arg Leu Asn Asp Glu Asp Leu Asp
1 5 10 15
Phe Leu Thr Lys Trp Thr Asp Phe Lys Cys Phe Val Ser Ala Ser Asn
20 25 30
Met Arg Asn Ala Ala Gly Gln Phe Ile Glu Ala Ala Tyr Ala Lys Ala
35 40 45
Leu Arg Val Glu Leu Ala Gln Leu Val Gln Val Asp Lys Val Arg Gly
50 55 60
Thr Leu Ala Lys Leu Glu Ala Phe Ala Asp Thr Val Ala Pro Gln Leu
65 70 75 80
Ser Pro Gly Asp Ile Val Val Ala Leu Gly His Thr Pro Val Gly Ser
85 90 95
Ile Phe Asp Leu Lys Val Gly Ser Thr Lys His Thr Leu Gln Ala Ile
100 105 110
Glu Thr Arg Val Leu Ala Gly Ser Lys Met Thr Val Ala Arg Val Val
115 120 125
Asp Pro Thr Pro Thr Pro Pro Pro Ala Pro Val Pro Ile Pro Leu Pro
130 135 140
Pro Lys Val Leu Glu Asn Gly Pro Asn Ala Trp Gly Asp Glu Asp Arg
145 150 155 160
Leu Asn Lys Lys Lys Arg Arg Arg Met Glu Ala Val Gly Ile Phe Val
165 170 175
Met Gly Gly Lys Lys Tyr Gln Lys Phe Trp Asp Lys Asn Ser Gly Asp
180 185 190
Val Phe Tyr Glu Glu Val His Asp Asn Thr Asp Ala Trp Glu Cys Leu
195 200 205
Arg Val Gly Asp Pro Ala Asp Phe Asp Pro Glu Lys Gly Thr Leu Cys
210 215 220
Gly His Thr Thr Ile Glu Asp Lys Ala Tyr Asn Val Tyr Ala Ser Pro
225 230 235 240
Ser Gly Lys Lys Phe Leu Val Pro Val Asn Pro Glu Ser Gly Arg Ala
245 250 255
Gln Trp Glu
<210> 18
<211> 138
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 18
gctgcaaagc tttccgtgga gcaggccctt ggcatgatga atgtcgacgg tgaactgaca 60
gccaaagaac tggagaaact gaaaagaata attgacaaac tccagggcct gactaaggag 120
cagtgtttaa actgctag 138
<210> 19
<211> 45
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 19
Ala Ala Lys Leu Ser Val Glu Gln Ala Leu Gly Met Met Asn Val Asp
1 5 10 15
Gly Glu Leu Thr Ala Lys Glu Leu Glu Lys Leu Lys Arg Ile Ile Asp
20 25 30
Lys Leu Gln Gly Leu Thr Lys Glu Gln Cys Leu Asn Cys
35 40 45
<210> 20
<211> 1917
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 20
gccgccagcg gcttgacccg ctgtggtcgc ggcggcttgg ttgttactga gacagcggta 60
aaaatagtca aatttcacaa ccggaccttc accctaggac ctgtgaattt aaaagtggcc 120
agtgaggttg agctaaaaga cgcggtcgag cacaaccaac acccggttgc aagaccggtt 180
gatggtggtg ttgtgctcct gcgctccgca gttccttcgc ttatagacgt cttgatctcc 240
ggtgctgatg catctcccaa gttactcgcc cgccacgggc cgggaaacac tgggatcgat 300
ggcacgcttt gggattttga ggccgaagcc accaaagagg aaatcgcact cagtgcgcaa 360
ataatacagg cttgtgacat taggcgcggc gacgcacctg aaattggtct cccttacaag 420
ctgtaccctg ttaggggcaa ccctgagcgg gtaaaaggag ttttgcagaa tacaaggttt 480
ggagacatac cttacaaaac ccccagtgac actggaagcc cagtgcacgc ggctgcctgc 540
ctcacgccca atgccactcc ggtgactgat gggcgctccg tcttggccac gaccatgccc 600
tccggttttg agttgtatgt accgaccatt ccagcgtctg tccttgatta tcttgattct 660
aggcctgact gccccaaaca gttgacagag cacggctgtg aggatgccgc attgagagac 720
ctctccaagt atgacttgtc cacccaaggc tttgttttgc ctggagttct tcgccttgtg 780
cgtaagtacc tgtttgccca tgtgggtaag tgcccgcccg ttcatcggcc ttccacttac 840
cctgccaaga attctatggc tggaataaat gggaacaggt ttccaaccaa ggacattcag 900
agcgtccctg aaatcgacgt tctgtgcgca caggccgtgc gagaaaactg gcaaactgtt 960
accccttgta ccctcaagaa acagtattgc gggaagaaga agactaggac aatactcggc 1020
accaataact tcattgcgct ggcccaccgg gcagcgttga gtggtgtcac ccagggcttc 1080
atgaaaaagg cgtttaactc gcccatcgcc ctcgggaaaa acaaatttaa ggagctacag 1140
actccggtct tgggcaggtg ccttgaagct gatcttgcat cctgcgatcg atccacacct 1200
gcaattgtcc gctggtttgc cgccaatctt ctttatgaac ttgcctgtgc tgaagagcat 1260
ctaccgtcgt acgtgctgaa ctgctgccac gacttactgg tcacgcagtc cggcgcagtg 1320
actaagagag gtggcctgtc gtctggcgac ccgatcactt ctgtgtccaa caccatttac 1380
agcttggtga tatatgcaca gcacatggtg ctcagttact ttaaaagtgg tcacccccat 1440
ggccttctgt ttctacaaga ccagctaaag tttgaggaca tgctcaaggt tcaacccctg 1500
atcgtctatt cggacgacct cgtgctgtat gccgagtctc ccaccatgcc aaactaccac 1560
tggtgggttg aacatctgaa cctgatgctg ggttttcaga cggacccaaa gaagacagcc 1620
ataacagact cgccatcatt tctaggctgt aggataataa atgggcgcca gctagtcccc 1680
aaccgtgaca ggattctcgc ggccctcgcc taccacatga aggcgagcaa tgtttctgaa 1740
tactacgcct cggcggctgc aatactcatg gacagctgtg cttgtttgga gtatgatcct 1800
gaatggtttg aagaacttgt ggttggaata gcgcagtgcg cccgcaagga cggctacagc 1860
tttcccggcc cgccgttctt cttgtccatg tgggaaaaac tcaggtccaa ttatgag 1917
<210> 21
<211> 639
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 21
Ala Ala Ser Gly Leu Thr Arg Cys Gly Arg Gly Gly Leu Val Val Thr
1 5 10 15
Glu Thr Ala Val Lys Ile Val Lys Phe His Asn Arg Thr Phe Thr Leu
20 25 30
Gly Pro Val Asn Leu Lys Val Ala Ser Glu Val Glu Leu Lys Asp Ala
35 40 45
Val Glu His Asn Gln His Pro Val Ala Arg Pro Val Asp Gly Gly Val
50 55 60
Val Leu Leu Arg Ser Ala Val Pro Ser Leu Ile Asp Val Leu Ile Ser
65 70 75 80
Gly Ala Asp Ala Ser Pro Lys Leu Leu Ala Arg His Gly Pro Gly Asn
85 90 95
Thr Gly Ile Asp Gly Thr Leu Trp Asp Phe Glu Ala Glu Ala Thr Lys
100 105 110
Glu Glu Ile Ala Leu Ser Ala Gln Ile Ile Gln Ala Cys Asp Ile Arg
115 120 125
Arg Gly Asp Ala Pro Glu Ile Gly Leu Pro Tyr Lys Leu Tyr Pro Val
130 135 140
Arg Gly Asn Pro Glu Arg Val Lys Gly Val Leu Gln Asn Thr Arg Phe
145 150 155 160
Gly Asp Ile Pro Tyr Lys Thr Pro Ser Asp Thr Gly Ser Pro Val His
165 170 175
Ala Ala Ala Cys Leu Thr Pro Asn Ala Thr Pro Val Thr Asp Gly Arg
180 185 190
Ser Val Leu Ala Thr Thr Met Pro Ser Gly Phe Glu Leu Tyr Val Pro
195 200 205
Thr Ile Pro Ala Ser Val Leu Asp Tyr Leu Asp Ser Arg Pro Asp Cys
210 215 220
Pro Lys Gln Leu Thr Glu His Gly Cys Glu Asp Ala Ala Leu Arg Asp
225 230 235 240
Leu Ser Lys Tyr Asp Leu Ser Thr Gln Gly Phe Val Leu Pro Gly Val
245 250 255
Leu Arg Leu Val Arg Lys Tyr Leu Phe Ala His Val Gly Lys Cys Pro
260 265 270
Pro Val His Arg Pro Ser Thr Tyr Pro Ala Lys Asn Ser Met Ala Gly
275 280 285
Ile Asn Gly Asn Arg Phe Pro Thr Lys Asp Ile Gln Ser Val Pro Glu
290 295 300
Ile Asp Val Leu Cys Ala Gln Ala Val Arg Glu Asn Trp Gln Thr Val
305 310 315 320
Thr Pro Cys Thr Leu Lys Lys Gln Tyr Cys Gly Lys Lys Lys Thr Arg
325 330 335
Thr Ile Leu Gly Thr Asn Asn Phe Ile Ala Leu Ala His Arg Ala Ala
340 345 350
Leu Ser Gly Val Thr Gln Gly Phe Met Lys Lys Ala Phe Asn Ser Pro
355 360 365
Ile Ala Leu Gly Lys Asn Lys Phe Lys Glu Leu Gln Thr Pro Val Leu
370 375 380
Gly Arg Cys Leu Glu Ala Asp Leu Ala Ser Cys Asp Arg Ser Thr Pro
385 390 395 400
Ala Ile Val Arg Trp Phe Ala Ala Asn Leu Leu Tyr Glu Leu Ala Cys
405 410 415
Ala Glu Glu His Leu Pro Ser Tyr Val Leu Asn Cys Cys His Asp Leu
420 425 430
Leu Val Thr Gln Ser Gly Ala Val Thr Lys Arg Gly Gly Leu Ser Ser
435 440 445
Gly Asp Pro Ile Thr Ser Val Ser Asn Thr Ile Tyr Ser Leu Val Ile
450 455 460
Tyr Ala Gln His Met Val Leu Ser Tyr Phe Lys Ser Gly His Pro His
465 470 475 480
Gly Leu Leu Phe Leu Gln Asp Gln Leu Lys Phe Glu Asp Met Leu Lys
485 490 495
Val Gln Pro Leu Ile Val Tyr Ser Asp Asp Leu Val Leu Tyr Ala Glu
500 505 510
Ser Pro Thr Met Pro Asn Tyr His Trp Trp Val Glu His Leu Asn Leu
515 520 525
Met Leu Gly Phe Gln Thr Asp Pro Lys Lys Thr Ala Ile Thr Asp Ser
530 535 540
Pro Ser Phe Leu Gly Cys Arg Ile Ile Asn Gly Arg Gln Leu Val Pro
545 550 555 560
Asn Arg Asp Arg Ile Leu Ala Ala Leu Ala Tyr His Met Lys Ala Ser
565 570 575
Asn Val Ser Glu Tyr Tyr Ala Ser Ala Ala Ala Ile Leu Met Asp Ser
580 585 590
Cys Ala Cys Leu Glu Tyr Asp Pro Glu Trp Phe Glu Glu Leu Val Val
595 600 605
Gly Ile Ala Gln Cys Ala Arg Lys Asp Gly Tyr Ser Phe Pro Gly Pro
610 615 620
Pro Phe Phe Leu Ser Met Trp Glu Lys Leu Arg Ser Asn Tyr Glu
625 630 635
<210> 22
<211> 1323
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 22
gggaagaagt ccagagtgtg cgggtactgc ggggccccgg ccccgtacgc cactgcctgt 60
ggcctcgacg tctgtattta ccacacccac ttccaccagc attgtccagt cataatctgg 120
tgtggccatc cagcgggttc tggttcttgt agtgagtgca aaccccccct agggaaaggc 180
acaagccctc tagatgaggt gttggaacaa gtcccgtata agcctccacg gaccgtaatc 240
atgcatgtgg agcagggtct cacccctctt gacccaggca gataccagac tcgccgcgga 300
ttagtctccg ttaggcgtgg catcagggga aatgaagttg acctaccaga cggtgattat 360
gctagcaccg ccttgctccc cacttgtaaa gagatcaaca tggtcgctgt cgcttctaat 420
gtgttgcgca gcaggttcat catcggtcca cccggtgctg ggaaaacata ctggctcctt 480
caacaggtcc aggatggtga tgtcatttac acaccaactc atcagaccat gcttgacatg 540
attaaggctt tggggacgtg ccggttcaac gtcccggcag gcacaacgct gcaattccct 600
gccccctccc gtaccggccc gtgggttcgc atcctggccg gcggttggtg tcctggcaag 660
aattccttcc tggatgaagc agcgtattgt aatcaccttg atgtcttgag gcttcttagc 720
aaaactaccc tcacctgtct gggagacttc aaacaactcc acccagtggg ttttgattct 780
cattgctatg tttttgacat catgcctcag actcaactga agaccatctg gaggtttgga 840
cagaatatct gtgatgccat tcagccagat tacagggaca aacttgtgtc catggtcaac 900
acaacccgtg taacctacgt ggaaaaacct gtcaagtatg ggcaagtcct caccccttac 960
cacagggacc gagaggacgg cgccatcaca attgactcca gtcaaggcgc cacatttgat 1020
gtggttacat tgcatttgcc cactaaagat tcactcaaca ggcaaagagc ccttgttgct 1080
atcaccaggg caagacatgc tatctttgtg tatgacccac acaggcaact gcagagcatg 1140
tttgatcttc ctgcaaaagg cacacccgtc aacctcgccg tgcaccgtga cgagcagctg 1200
atcgtgctag atagaaataa caaagaatgc acggttgctc aggctctagg caatggggat 1260
aaattcaggg ccacagacaa gcgcgttgta gattctctcc gcgccatttg tgcagatcta 1320
gaa 1323
<210> 23
<211> 441
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 23
Gly Lys Lys Ser Arg Val Cys Gly Tyr Cys Gly Ala Pro Ala Pro Tyr
1 5 10 15
Ala Thr Ala Cys Gly Leu Asp Val Cys Ile Tyr His Thr His Phe His
20 25 30
Gln His Cys Pro Val Ile Ile Trp Cys Gly His Pro Ala Gly Ser Gly
35 40 45
Ser Cys Ser Glu Cys Lys Pro Pro Leu Gly Lys Gly Thr Ser Pro Leu
50 55 60
Asp Glu Val Leu Glu Gln Val Pro Tyr Lys Pro Pro Arg Thr Val Ile
65 70 75 80
Met His Val Glu Gln Gly Leu Thr Pro Leu Asp Pro Gly Arg Tyr Gln
85 90 95
Thr Arg Arg Gly Leu Val Ser Val Arg Arg Gly Ile Arg Gly Asn Glu
100 105 110
Val Asp Leu Pro Asp Gly Asp Tyr Ala Ser Thr Ala Leu Leu Pro Thr
115 120 125
Cys Lys Glu Ile Asn Met Val Ala Val Ala Ser Asn Val Leu Arg Ser
130 135 140
Arg Phe Ile Ile Gly Pro Pro Gly Ala Gly Lys Thr Tyr Trp Leu Leu
145 150 155 160
Gln Gln Val Gln Asp Gly Asp Val Ile Tyr Thr Pro Thr His Gln Thr
165 170 175
Met Leu Asp Met Ile Lys Ala Leu Gly Thr Cys Arg Phe Asn Val Pro
180 185 190
Ala Gly Thr Thr Leu Gln Phe Pro Ala Pro Ser Arg Thr Gly Pro Trp
195 200 205
Val Arg Ile Leu Ala Gly Gly Trp Cys Pro Gly Lys Asn Ser Phe Leu
210 215 220
Asp Glu Ala Ala Tyr Cys Asn His Leu Asp Val Leu Arg Leu Leu Ser
225 230 235 240
Lys Thr Thr Leu Thr Cys Leu Gly Asp Phe Lys Gln Leu His Pro Val
245 250 255
Gly Phe Asp Ser His Cys Tyr Val Phe Asp Ile Met Pro Gln Thr Gln
260 265 270
Leu Lys Thr Ile Trp Arg Phe Gly Gln Asn Ile Cys Asp Ala Ile Gln
275 280 285
Pro Asp Tyr Arg Asp Lys Leu Val Ser Met Val Asn Thr Thr Arg Val
290 295 300
Thr Tyr Val Glu Lys Pro Val Lys Tyr Gly Gln Val Leu Thr Pro Tyr
305 310 315 320
His Arg Asp Arg Glu Asp Gly Ala Ile Thr Ile Asp Ser Ser Gln Gly
325 330 335
Ala Thr Phe Asp Val Val Thr Leu His Leu Pro Thr Lys Asp Ser Leu
340 345 350
Asn Arg Gln Arg Ala Leu Val Ala Ile Thr Arg Ala Arg His Ala Ile
355 360 365
Phe Val Tyr Asp Pro His Arg Gln Leu Gln Ser Met Phe Asp Leu Pro
370 375 380
Ala Lys Gly Thr Pro Val Asn Leu Ala Val His Arg Asp Glu Gln Leu
385 390 395 400
Ile Val Leu Asp Arg Asn Asn Lys Glu Cys Thr Val Ala Gln Ala Leu
405 410 415
Gly Asn Gly Asp Lys Phe Arg Ala Thr Asp Lys Arg Val Val Asp Ser
420 425 430
Leu Arg Ala Ile Cys Ala Asp Leu Glu
435 440
<210> 24
<211> 669
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 24
gggtcgagct ctccgctccc caaggtcgca cacaacttgg gattttattt ctcacctgat 60
ttgacacagt ttgctaaact cccggtagaa cttgcacccc actggcccgt ggtgacaacc 120
cagaacaatg aaaagtggcc agaccggctg gttgccagcc ttcgccctat ccataaatat 180
agccgcgcgt gcatcggtgc cggctatatg gtgggcccct cggtgtttct aggcacccct 240
ggggttgtgt catactatct cacaaaattt gttaagggcg aggctcaagt gcttccggag 300
acagtcttca gcaccggccg aattgaggta gattgccggg agtatcttga tgatcgggag 360
cgagaagttg ctgagtccct cccacatgcc ttcattggcg acgtcaaagg cactaccgtt 420
ggaggatgtc accatgtcac ctccaaatac cttccgcgct tccttcccaa ggaatcagtt 480
gcggtagtcg gggtttcaag ccccgggaaa gccgcaaaag cagtttgcac attaacagat 540
gtgtacctcc cagaccttga agcttacctc cacccagaga cccagtccaa gtgctggaaa 600
atgatgttgg acttcaagga agttcgactg atggtctgga aagacaaaac ggcctatttt 660
caacttgaa 669
<210> 25
<211> 223
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 25
Gly Ser Ser Ser Pro Leu Pro Lys Val Ala His Asn Leu Gly Phe Tyr
1 5 10 15
Phe Ser Pro Asp Leu Thr Gln Phe Ala Lys Leu Pro Val Glu Leu Ala
20 25 30
Pro His Trp Pro Val Val Thr Thr Gln Asn Asn Glu Lys Trp Pro Asp
35 40 45
Arg Leu Val Ala Ser Leu Arg Pro Ile His Lys Tyr Ser Arg Ala Cys
50 55 60
Ile Gly Ala Gly Tyr Met Val Gly Pro Ser Val Phe Leu Gly Thr Pro
65 70 75 80
Gly Val Val Ser Tyr Tyr Leu Thr Lys Phe Val Lys Gly Glu Ala Gln
85 90 95
Val Leu Pro Glu Thr Val Phe Ser Thr Gly Arg Ile Glu Val Asp Cys
100 105 110
Arg Glu Tyr Leu Asp Asp Arg Glu Arg Glu Val Ala Glu Ser Leu Pro
115 120 125
His Ala Phe Ile Gly Asp Val Lys Gly Thr Thr Val Gly Gly Cys His
130 135 140
His Val Thr Ser Lys Tyr Leu Pro Arg Phe Leu Pro Lys Glu Ser Val
145 150 155 160
Ala Val Val Gly Val Ser Ser Pro Gly Lys Ala Ala Lys Ala Val Cys
165 170 175
Thr Leu Thr Asp Val Tyr Leu Pro Asp Leu Glu Ala Tyr Leu His Pro
180 185 190
Glu Thr Gln Ser Lys Cys Trp Lys Met Met Leu Asp Phe Lys Glu Val
195 200 205
Arg Leu Met Val Trp Lys Asp Lys Thr Ala Tyr Phe Gln Leu Glu
210 215 220
<210> 26
<211> 462
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 26
ggccgccatt tcacctggta tcagcttgca agctatgcct cgtacatccg agttcctgtt 60
aactctacgg tgtatttgga cccctgcatg ggccctgccc tttgcaacag aagagttgtc 120
gggtccactc attggggggc tgacctcgca gtcacccctt atgattatgg tgccaaaatc 180
attctgtcta gtgcatacca tggtgaaatg cctcctgggt acaaaatcct ggcgtgcgcg 240
gagttctcgc ttgacgatcc agtgaggtac aaacacacct gggggtttga atcggataca 300
gcgtatctgt acgagttcac cggaaacggt gaggactggg aggattacaa tgatgcgttt 360
cgtgcgcgcc agaaagggaa aatttataag gccactgcca ccagcatgag gtttcatttt 420
cccccgggcc ctgtcattga accaactttg ggcctgaatt ga 462
<210> 27
<211> 153
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 27
Gly Arg His Phe Thr Trp Tyr Gln Leu Ala Ser Tyr Ala Ser Tyr Ile
1 5 10 15
Arg Val Pro Val Asn Ser Thr Val Tyr Leu Asp Pro Cys Met Gly Pro
20 25 30
Ala Leu Cys Asn Arg Arg Val Val Gly Ser Thr His Trp Gly Ala Asp
35 40 45
Leu Ala Val Thr Pro Tyr Asp Tyr Gly Ala Lys Ile Ile Leu Ser Ser
50 55 60
Ala Tyr His Gly Glu Met Pro Pro Gly Tyr Lys Ile Leu Ala Cys Ala
65 70 75 80
Glu Phe Ser Leu Asp Asp Pro Val Arg Tyr Lys His Thr Trp Gly Phe
85 90 95
Glu Ser Asp Thr Ala Tyr Leu Tyr Glu Phe Thr Gly Asn Gly Glu Asp
100 105 110
Trp Glu Asp Tyr Asn Asp Ala Phe Arg Ala Arg Gln Lys Gly Lys Ile
115 120 125
Tyr Lys Ala Thr Ala Thr Ser Met Arg Phe His Phe Pro Pro Gly Pro
130 135 140
Val Ile Glu Pro Thr Leu Gly Leu Asn
145 150
<210> 28
<211> 771
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 28
atgaaatggg ggctatgcaa agcctttttg acaaaattgg ccaacttttt gtggatgctt 60
tcacggaatt tttggtgtcc attgttgata tcatcatatt tttggccatt ttgtttggct 120
tcaccatcgc cggttggctg gtggtctttt gcatcagatt ggtttgctcc gcggtactcc 180
gtgcgcgccc taccattcac cctgagcaat tacagaagat cctatgaggc ctttctttct 240
cagtgccggg tggacattcc cacctgggga actaaacatc ccttggggat gctttggcac 300
cataaggtgt caaccctgat tgatgaaatg gtgtcgcgtc gaatgtaccg catcatggaa 360
aaagcaggac aggctgcctg gaaacaggtg gtgagcgagg ctacgctgtc tcgcattagt 420
ggtttggatg tggtggctca ttttcagcat cttgccgcca ttgaagccga gacctgtaaa 480
tatttggcct ctcggctgcc catgctacac aacctgcgca tgacagggtc aaatgtaacc 540
atagtgtata atagtacttt gaatcaggtg tttgctattt ttccaacccc tggttcccgg 600
ccaaagcttc atgattttca gcaatggcta atagctgtgc attcctccat attttcctct 660
gttgcagctt cttgtactct ttttgttgtg ctgtggttgc ggattccaat gctacgtact 720
gtttttggtt tccactggtt aggggcaatt tttccttcga actcacagtg a 771
<210> 29
<211> 256
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 29
Met Lys Trp Gly Leu Cys Lys Ala Phe Leu Thr Lys Leu Ala Asn Phe
1 5 10 15
Leu Trp Met Leu Ser Arg Asn Phe Trp Cys Pro Leu Leu Ile Ser Ser
20 25 30
Tyr Phe Trp Pro Phe Cys Leu Ala Ser Pro Ser Pro Val Gly Trp Trp
35 40 45
Ser Phe Ala Ser Asp Trp Phe Ala Pro Arg Tyr Ser Val Arg Ala Leu
50 55 60
Pro Phe Thr Leu Ser Asn Tyr Arg Arg Ser Tyr Glu Ala Phe Leu Ser
65 70 75 80
Gln Cys Arg Val Asp Ile Pro Thr Trp Gly Thr Lys His Pro Leu Gly
85 90 95
Met Leu Trp His His Lys Val Ser Thr Leu Ile Asp Glu Met Val Ser
100 105 110
Arg Arg Met Tyr Arg Ile Met Glu Lys Ala Gly Gln Ala Ala Trp Lys
115 120 125
Gln Val Val Ser Glu Ala Thr Leu Ser Arg Ile Ser Gly Leu Asp Val
130 135 140
Val Ala His Phe Gln His Leu Ala Ala Ile Glu Ala Glu Thr Cys Lys
145 150 155 160
Tyr Leu Ala Ser Arg Leu Pro Met Leu His Asn Leu Arg Met Thr Gly
165 170 175
Ser Asn Val Thr Ile Val Tyr Asn Ser Thr Leu Asn Gln Val Phe Ala
180 185 190
Ile Phe Pro Thr Pro Gly Ser Arg Pro Lys Leu His Asp Phe Gln Gln
195 200 205
Trp Leu Ile Ala Val His Ser Ser Ile Phe Ser Ser Val Ala Ala Ser
210 215 220
Cys Thr Leu Phe Val Val Leu Trp Leu Arg Ile Pro Met Leu Arg Thr
225 230 235 240
Val Phe Gly Phe His Trp Leu Gly Ala Ile Phe Pro Ser Asn Ser Gln
245 250 255
<210> 30
<211> 765
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 30
atggctaata gctgtgcatt cctccatatt ttcctctgtt gcagcttctt gtactctttt 60
tgttgtgctg tggttgcgga ttccaatgct acgtactgtt tttggtttcc actggttagg 120
ggcaattttt ccttcgaact cacagtgaat tacacggtgt gtccaccttg cctcacccgg 180
caagcagccg ctgagatcta cgaacccggc aggtctcttt ggtgcaggat agggcatgac 240
cgatgtaggg aggacgatca tgacgaacta gggttcatgg ttccgcctgg cctctccagc 300
gaaggccact tgaccagtgt ttacgcctgg ttggcgttcc tgtccttcag ctacacggcc 360
cagttccatc ccgagatatt tgggataggg aatgtgagtc aagtttatgt tgacatcaag 420
caccaattca tctgcgccga acatgacggg cagaacgcca ccttgcctcg ccatgacaac 480
atttcagccg tgtttcagac ctactaccaa catcaggtcg acggcggcaa ttggtttcac 540
ctagaatggc tgcgcccctt cttttcctct tggttggttt taaatgtttc gtggtttctc 600
aggcgttcgc ctgcaagcca tgtttcagtt cgagtctttc agacatcaag accaacacca 660
ccgcagcagc aagctttgtt gtcctccaag acatcagctg ccttaggcat ggcgactcgt 720
cctctgaggc gattcgcaaa agctctcagt gccgcacggc gatag 765
<210> 31
<211> 254
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 31
Met Ala Asn Ser Cys Ala Phe Leu His Ile Phe Leu Cys Cys Ser Phe
1 5 10 15
Leu Tyr Ser Phe Cys Cys Ala Val Val Ala Asp Ser Asn Ala Thr Tyr
20 25 30
Cys Phe Trp Phe Pro Leu Val Arg Gly Asn Phe Ser Phe Glu Leu Thr
35 40 45
Val Asn Tyr Thr Val Cys Pro Pro Cys Leu Thr Arg Gln Ala Ala Ala
50 55 60
Glu Ile Tyr Glu Pro Gly Arg Ser Leu Trp Cys Arg Ile Gly His Asp
65 70 75 80
Arg Cys Arg Glu Asp Asp His Asp Glu Leu Gly Phe Met Val Pro Pro
85 90 95
Gly Leu Ser Ser Glu Gly His Leu Thr Ser Val Tyr Ala Trp Leu Ala
100 105 110
Phe Leu Ser Phe Ser Tyr Thr Ala Gln Phe His Pro Glu Ile Phe Gly
115 120 125
Ile Gly Asn Val Ser Gln Val Tyr Val Asp Ile Lys His Gln Phe Ile
130 135 140
Cys Ala Glu His Asp Gly Gln Asn Ala Thr Leu Pro Arg His Asp Asn
145 150 155 160
Ile Ser Ala Val Phe Gln Thr Tyr Tyr Gln His Gln Val Asp Gly Gly
165 170 175
Asn Trp Phe His Leu Glu Trp Leu Arg Pro Phe Phe Ser Ser Trp Leu
180 185 190
Val Leu Asn Val Ser Trp Phe Leu Arg Arg Ser Pro Ala Ser His Val
195 200 205
Ser Val Arg Val Phe Gln Thr Ser Arg Pro Thr Pro Pro Gln Gln Gln
210 215 220
Ala Leu Leu Ser Ser Lys Thr Ser Ala Ala Leu Gly Met Ala Thr Arg
225 230 235 240
Pro Leu Arg Arg Phe Ala Lys Ala Leu Ser Ala Ala Arg Arg
245 250
<210> 32
<211> 537
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 32
atggctgcgc cccttctttt cctcttggtt ggttttaaat gtttcgtggt ttctcaggcg 60
ttcgcctgca agccatgttt cagttcgagt ctttcagaca tcaagaccaa caccaccgca 120
gcagcaagct ttgttgtcct ccaagacatc agctgcctta ggcatggcga ctcgtcctct 180
gaggcgattc gcaaaagctc tcagtgccgc acggcgatag ggacacccgt gtacatcacc 240
atcacagcca atgtgacaga tgagaattat ttacattctt ctgatctcct catgctttct 300
tcttgccttt tctatgcttc tgagatgagt gaaaagggat tcaaggtggt atttggcaat 360
gtgtcaggca tcgtggctgt gtgtgtcaac tttaccagct acgtccaaca tgtcaaggag 420
tttacccaac gctccttggt ggtcgaccat gtgcggctgc ttcatttcat gacacctgag 480
accatgaggt gggcaaccgt tttagcctgt ctttttgcca ttctgttggc aatttga 537
<210> 33
<211> 178
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 33
Met Ala Ala Pro Leu Leu Phe Leu Leu Val Gly Phe Lys Cys Phe Val
1 5 10 15
Val Ser Gln Ala Phe Ala Cys Lys Pro Cys Phe Ser Ser Ser Leu Ser
20 25 30
Asp Ile Lys Thr Asn Thr Thr Ala Ala Ala Ser Phe Val Val Leu Gln
35 40 45
Asp Ile Ser Cys Leu Arg His Gly Asp Ser Ser Ser Glu Ala Ile Arg
50 55 60
Lys Ser Ser Gln Cys Arg Thr Ala Ile Gly Thr Pro Val Tyr Ile Thr
65 70 75 80
Ile Thr Ala Asn Val Thr Asp Glu Asn Tyr Leu His Ser Ser Asp Leu
85 90 95
Leu Met Leu Ser Ser Cys Leu Phe Tyr Ala Ser Glu Met Ser Glu Lys
100 105 110
Gly Phe Lys Val Val Phe Gly Asn Val Ser Gly Ile Val Ala Val Cys
115 120 125
Val Asn Phe Thr Ser Tyr Val Gln His Val Lys Glu Phe Thr Gln Arg
130 135 140
Ser Leu Val Val Asp His Val Arg Leu Leu His Phe Met Thr Pro Glu
145 150 155 160
Thr Met Arg Trp Ala Thr Val Leu Ala Cys Leu Phe Ala Ile Leu Leu
165 170 175
Ala Ile
<210> 34
<211> 603
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 34
atgttgggga aatgcttgac cgcgggctgt tgctcgcgat tgctttcttt gtggtgtatc 60
gtgccgttct gttttgctgc gctcgtcaac gccaacagca acagcagctc ccatttacag 120
ttgatttata acttgacgct atgtgagctg aatggcacag attggctggc taacaaattt 180
gattgggcag tggagacttt tgtcatcttt cccgtgttga ctcacattgt ctcctatggt 240
gccctcacca ccagccattt ccttgacaca gtcggtctgg tcactgtgtc taccgccggg 300
ttttatcacg ggcggtatgt cttgagtagc atctacgcgg tctgtgccct ggctgcgttg 360
atttgcttcg tcattaggtt tgcgaagaac tgcatgtcct ggcgctactc atgtaccaga 420
tataccaact ttcttctgga cactaagggc agactctatc gttggcggtc gcccgtcatc 480
atagagaaaa ggggtaaagt tgaggtcgaa ggtcatctga tcgacctcaa aagagttgtg 540
cttgatggtt ccgtggcaac ccctttaacc agagtttcag cggaacaatg gggtcgtcct 600
tag 603
<210> 35
<211> 200
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 35
Met Leu Gly Lys Cys Leu Thr Ala Gly Cys Cys Ser Arg Leu Leu Ser
1 5 10 15
Leu Trp Cys Ile Val Pro Phe Cys Phe Ala Ala Leu Val Asn Ala Asn
20 25 30
Ser Asn Ser Ser Ser His Leu Gln Leu Ile Tyr Asn Leu Thr Leu Cys
35 40 45
Glu Leu Asn Gly Thr Asp Trp Leu Ala Asn Lys Phe Asp Trp Ala Val
50 55 60
Glu Thr Phe Val Ile Phe Pro Val Leu Thr His Ile Val Ser Tyr Gly
65 70 75 80
Ala Leu Thr Thr Ser His Phe Leu Asp Thr Val Gly Leu Val Thr Val
85 90 95
Ser Thr Ala Gly Phe Tyr His Gly Arg Tyr Val Leu Ser Ser Ile Tyr
100 105 110
Ala Val Cys Ala Leu Ala Ala Leu Ile Cys Phe Val Ile Arg Phe Ala
115 120 125
Lys Asn Cys Met Ser Trp Arg Tyr Ser Cys Thr Arg Tyr Thr Asn Phe
130 135 140
Leu Leu Asp Thr Lys Gly Arg Leu Tyr Arg Trp Arg Ser Pro Val Ile
145 150 155 160
Ile Glu Lys Arg Gly Lys Val Glu Val Glu Gly His Leu Ile Asp Leu
165 170 175
Lys Arg Val Val Leu Asp Gly Ser Val Ala Thr Pro Leu Thr Arg Val
180 185 190
Ser Ala Glu Gln Trp Gly Arg Pro
195 200
<210> 36
<211> 525
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 36
atggggtcgt ccttagacga cttctgccat gatagcacgg ctccacaaaa ggtgcttttg 60
gcgttttcta ttacctacac gccagtgatg atatatgccc taaaggtaag tcgcggccga 120
ctgctagggc ttctgcacct tttgattttt ctgaattgtg ctttcacctt cgggtacatg 180
acattcgcgc actttcagag cacaaataag gtcgcgctca ctatgggagc agtagttgca 240
ctcctttggg gggtgtactc agccatagaa acctggaaat tcatcacctc cagatgccgt 300
ttgtgcttgc taggccgcaa gtacattctg gcccctgccc accacgttga aagtgccgca 360
ggctttcatc cgattgcggc aaatgataac cacgcatttg tcgtccggcg tcccggctcc 420
actacggtca acggcacatt ggtgcccggg ttgaaaagcc tcgtgttggg tggcagaaaa 480
gctgttaaac agggagtggt aaaccttgtc aaatatgcca aataa 525
<210> 37
<211> 174
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 37
Met Gly Ser Ser Leu Asp Asp Phe Cys His Asp Ser Thr Ala Pro Gln
1 5 10 15
Lys Val Leu Leu Ala Phe Ser Ile Thr Tyr Thr Pro Val Met Ile Tyr
20 25 30
Ala Leu Lys Val Ser Arg Gly Arg Leu Leu Gly Leu Leu His Leu Leu
35 40 45
Ile Phe Leu Asn Cys Ala Phe Thr Phe Gly Tyr Met Thr Phe Ala His
50 55 60
Phe Gln Ser Thr Asn Lys Val Ala Leu Thr Met Gly Ala Val Val Ala
65 70 75 80
Leu Leu Trp Gly Val Tyr Ser Ala Ile Glu Thr Trp Lys Phe Ile Thr
85 90 95
Ser Arg Cys Arg Leu Cys Leu Leu Gly Arg Lys Tyr Ile Leu Ala Pro
100 105 110
Ala His His Val Glu Ser Ala Ala Gly Phe His Pro Ile Ala Ala Asn
115 120 125
Asp Asn His Ala Phe Val Val Arg Arg Pro Gly Ser Thr Thr Val Asn
130 135 140
Gly Thr Leu Val Pro Gly Leu Lys Ser Leu Val Leu Gly Gly Arg Lys
145 150 155 160
Ala Val Lys Gln Gly Val Val Asn Leu Val Lys Tyr Ala Lys
165 170
<210> 38
<211> 372
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 38
atgccaaata acaacggcaa gcagcagaag aaaaagaagg gggatggcca gccagtcaat 60
cagctgtgcc agatgctggg taagatcatc gcccagcaaa accagtccag aggcaaggga 120
ccgggaaaga aaaataagaa gaaaaacccg gagaagcccc attttcctct agcgactgaa 180
gatgacgtca gacatcactt tacccctagt gagcggcaat tgtgtctgtc gtcaatccag 240
actgccttta atcaaggcgc tggaacttgt accctgtcag attcagggag gataagttac 300
actgtggagt ttagtttgcc gacgcatcat actgtgcgcc tgatccgcgt cacagcatca 360
ccctcagcat ga 372
<210> 39
<211> 123
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 39
Met Pro Asn Asn Asn Gly Lys Gln Gln Lys Lys Lys Lys Gly Asp Gly
1 5 10 15
Gln Pro Val Asn Gln Leu Cys Gln Met Leu Gly Lys Ile Ile Ala Gln
20 25 30
Gln Asn Gln Ser Arg Gly Lys Gly Pro Gly Lys Lys Asn Lys Lys Lys
35 40 45
Asn Pro Glu Lys Pro His Phe Pro Leu Ala Thr Glu Asp Asp Val Arg
50 55 60
His His Phe Thr Pro Ser Glu Arg Gln Leu Cys Leu Ser Ser Ile Gln
65 70 75 80
Thr Ala Phe Asn Gln Gly Ala Gly Thr Cys Thr Leu Ser Asp Ser Gly
85 90 95
Arg Ile Ser Tyr Thr Val Glu Phe Ser Leu Pro Thr His His Thr Val
100 105 110
Arg Leu Ile Arg Val Thr Ala Ser Pro Ser Ala
115 120
<210> 40
<211> 156
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 40
atgttcaagt atgttgggga aatgcttgac cgcgggctgt tgctcgcgat tgctttcttt 60
gtggtgtatc gtgccgttct gttttgctgc gctcgtcaac gccaacagca acagcagctc 120
ccatttacag ttgatttaca acttgacgct atgtga 156
<210> 41
<211> 51
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 41
Met Phe Lys Tyr Val Gly Glu Met Leu Asp Arg Gly Leu Leu Leu Ala
1 5 10 15
Ile Ala Phe Phe Val Val Tyr Arg Ala Val Leu Phe Cys Cys Ala Arg
20 25 30
Gln Arg Gln Gln Gln Gln Gln Leu Pro Phe Thr Val Asp Leu Gln Leu
35 40 45
Asp Ala Met
50
<210> 42
<211> 222
<212> ДНК
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 42
atgggggcta tgcaaagcct ttttgacaaa attggccaac tttttgtgga tgctttcacg 60
gaatttttgg tgtccattgt tgatatcatc atatttttgg ccattttgtt tggcttcacc 120
atcgccggtt ggctggtggt cttttgcatc agattggttt gctccgcggt actccgtgcg 180
cgccctacca ttcaccctga gcaattacag aagatcctat ga 222
<210> 43
<211> 73
<212> Протеин
<213> Вирус репродуктивно-респираторного синдрома
<400> 43
Met Gly Ala Met Gln Ser Leu Phe Asp Lys Ile Gly Gln Leu Phe Val
1 5 10 15
Asp Ala Phe Thr Glu Phe Leu Val Ser Ile Val Asp Ile Ile Ile Phe
20 25 30
Leu Ala Ile Leu Phe Gly Phe Thr Ile Ala Gly Trp Leu Val Val Phe
35 40 45
Cys Ile Arg Leu Val Cys Ser Ala Val Leu Arg Ala Arg Pro Thr Ile
50 55 60
His Pro Glu Gln Leu Gln Lys Ile Leu
65 70
название | год | авторы | номер документа |
---|---|---|---|
КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ДЕГРАДАЦИИ НЕПРАВИЛЬНО УПАКОВАННЫХ БЕЛКОВ | 2016 |
|
RU2761564C2 |
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ РЕСПИРАТОРНЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ У СОБАК | 2020 |
|
RU2811752C2 |
КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ РЕДАКТИРОВАНИЯ ГЕНОВ | 2019 |
|
RU2804665C2 |
КОНСТРУКЦИИ ДНК-АНТИТЕЛ ДЛЯ ПРИМЕНЕНИЯ ПРОТИВ БОЛЕЗНИ ЛАЙМА | 2017 |
|
RU2813829C2 |
ТЕРАПЕВТИЧЕСКИЕ СОЕДИНЕНИЯ И СПОСОБЫ | 2016 |
|
RU2770001C2 |
ВЕКТОРЫ AAV, НАЦЕЛЕННЫЕ НА ЦЕНТРАЛЬНУЮ НЕРВНУЮ СИСТЕМУ | 2015 |
|
RU2727015C2 |
КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ДЛЯ ИЗБИРАТЕЛЬНОЙ ЭКСПРЕССИИ БЕЛКА | 2017 |
|
RU2795467C2 |
КОМПОЗИЦИЯ МИКОБАКТЕРИАЛЬНОГО АНТИГЕНА | 2015 |
|
RU2702194C2 |
ХИМЕРНЫЕ РЕЦЕПТОРЫ АНТИГЕНА ПРОТИВ МЕЗОТЕЛИНА ЧЕЛОВЕКА И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ | 2014 |
|
RU2714902C2 |
ИММУНОГЛОБУЛИН С ОДНИМ ВАРИАБЕЛЬНЫМ ДОМЕНОМ ПРОТИВ F-БЕЛКА PCB | 2016 |
|
RU2730671C2 |
Изобретение относится к биотехнологии. Описана нуклеиновая кислота вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС)-CON для вызова иммунного ответа на ВРРСС у свиней, имеющая по меньшей мере 97% идентичности последовательности с SEQ ID NO: 1. Также представлена вирусная частица, содержащая данную нуклеиновую кислоту ВРРСС-CON. Кроме того, описана композиция, содержащая указанную нуклеиновую кислоту или вирусную частицу и фармацевтически приемлемый носитель. Представлен способ вызова иммунного ответа к ВРРСС у свиней, включающий введение свинье эффективного количества указанной нуклеиновой кислоты, эффективного количества указанной вирусной частицы; или эффективного количества композиции. Изобретение расширяет арсенал средств лечения репродуктивно-респираторного синдрома свиней. 6 н. и 4 з.п. ф-лы, 5 ил., 4 табл., 6 пр.
1. Нуклеиновая кислота вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней (ВРРСС)-CON для вызова иммунного ответа на ВРРСС у свиней, имеющая по меньшей мере 97% идентичности последовательности с SEQ ID NO: 1.
2. Нуклеиновая кислота по п.1, имеющая по меньшей мере 99% идентичности последовательности с SEQ ID NO: 1.
3. Нуклеиновая кислота по п.1, имеющая последовательность, приведенную в SEQ ID NO: 1.
4. Вирусная частица для вызова иммунного ответа на ВРРСС у свиней, содержащая нуклеиновую кислоту ВРРСС-CON по любому из пп. 1-3.
5. Композиция для вызова иммунного ответа на ВРРСС у свиней, содержащая нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-3 и фармацевтически приемлемый носитель.
6. Композиция для вызова иммунного ответа на ВРРСС у свиней, содержащая вирусную частицу по п.4 и фармацевтически приемлемый носитель.
7. Композиция по п.5 или 6, дополнительно содержащая адъювант.
8. Способ вызова иммунного ответа к ВРРСС у свиней, включающий введение свинье:
(i) эффективное количество нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-3;
(ii) эффективное количество вирусной частицы по п.4; или
(iii) эффективное количество композиции по любому из пп. 5-7.
9. Способ по п.8, где введение выбирают из группы, состоящей из внутримышечного, внутрибрюшинного и перорального введения.
10. Способ профилактики репродуктивно-респираторного синдрома свиней (РРСС) у свиней, включающий введение свинье:
(i) эффективное количество нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-3; или
(ii) эффективное количество композиции по любому из пп. 5-7.
11. Способ по п.10, где введение выбирают из группы, состоящей из внутримышечного, внутрибрюшинного и перорального введения.
WO 2012063212 A1, 18.05.2012 | |||
ПЕПТИД, ИНДУЦИРУЮЩИЙ ОБРАЗОВАНИЕ АНТИТЕЛ, КОТОРЫЕ РЕАГИРУЮТ С ДВУМЯ РАЗЛИЧНЫМИ ИЗОЛЯТАМИ ВРРСС (ВАРИАНТЫ), ИММУНОГЕННАЯ КОМПОЗИЦИЯ, ВАКЦИНА ДЛЯ ПРОФИЛАКТИКИ ЗАРАЖЕНИЯ РЕПРОДУКТИВНО-РЕСПИРАТОРНЫМ СИНДРОМОМ СВИНЕЙ, АНТИТЕЛО, ДИАГНОСТИЧЕСКИЙ НАБОР (ВАРИАНТЫ) | 1998 |
|
RU2220978C2 |
US 7608272 B2, 27.10.2009 | |||
Способ получения крезолов | 1977 |
|
SU721394A1 |
Фурма для продувки жидкого металла | 1980 |
|
SU908839A1 |
ТЕРМОСТАТ | 0 |
|
SU398243A1 |
ПРОТИРОЧНАЯ МАШИНА ДЛЯ ПИЩЕВЫХ ПРОДУКТОВ | 0 |
|
SU398242A1 |
Машина для ломки футеровки металлургических агрегатов | 1980 |
|
SU908837A1 |
Авторы
Даты
2019-05-07—Публикация
2015-03-25—Подача