Ссылка на перечень последовательностей
Данная заявка включает в себя перечень последовательностей, представленный в электронном виде в качестве текстового файла, имеющего название «18923802102SEQ», созданного 24 ноября 2019 г., размером в 63 килобайта. Указанный перечень последовательностей включен в данный документ посредством ссылки.
Область техники изобретения
Данное изобретение в целом относится к лечению пациентов, имеющих респираторное нарушение, с помощью ингибитора арахидонат 15-липоксигеназы (ALOX15), способам идентификации субъектов, имеющих повышенный риск развития респираторного нарушения, и способам обнаружения молекул вариантной нуклеиновой кислоты ALOX15 и вариантных полипептидов.
Уровень техники изобретения
Астма может быть результатом воспаления, индуцированного аэроаллергеном, обусловленного активностью Т-хелперов типа 2 (Th2) и опосредованного цитокинами, включая интерлейкин (ИЛ)-4, ИЛ-5 и ИЛ-13. ИЛ-13 представляет собой плейотропный цитокин Th2, продуцируемый активированными Т-клетками, базофилами, эозинофилами и тучными клетками, и было обнаружено, что он активно участвует в патогенезе астмы в доклинических моделях. Повышенные уровни ИЛ-13 были обнаружены в дыхательных путях у группы пациентов с астмой. Хотя астма часто характеризуется эозинофильной инфильтрацией дыхательных путей, появляется все больше доказательств того, что существуют и другие подтипы данного заболевания, обусловленные альтернативными формами воспаления. Например, исследования клеточных компонентов воспаления дыхательных путей при астме предоставляют доказательства наличия различных эозинофильных и неэозинофильных фенотипов астмы. Было бы полезно идентифицировать и разработать биомаркеры астмы.
Носовые полипы часто представляют собой мягкие, безболезненные, нераковые образования на слизистой оболочке носовых ходов или пазух носа. Носовые полипы могут возникать в результате хронического воспаления, вызванного астмой, рецидивирующей инфекцией, аллергией, чувствительностью к лекарственным препаратам или некоторыми иммунными нарушениями. Большие наросты или группы носовых полипов могут блокировать носовые проходы и, возможно, приводить к проблемам с дыханием, потере обоняния и частым инфекциям. Медицинские препараты часто способны уменьшить или устранить носовые полипы, но иногда для их удаления требуется хирургическое вмешательство. Даже после успешного лечения носовые полипы часто возникают вновь.
Аллергический ринит обычно вызывает симптомы в носу, горле, глазах, ушах, коже и/или небе. Сезонный аллергический ринит (например, сенная лихорадка) чаще всего вызывается пыльцой, переносимой в воздух в разное время года в разных частях страны. Аллергический ринит, такой как постоянный аллергический ринит, также может быть вызван аллергенами внутри помещений, такими как сухие чешуйки кожи, моча и слюна, расположенные на перхоти домашних животных, плесень, продукты жизнедеятельности пылевых клещей и частицы тараканов, причем симптомы часто возникают в течение всего года. В дополнение к аллергенным триггерам симптомы могут также вызываться раздражителями, такими как дым и сильные запахи, или изменениями температуры и влажности воздуха.
Аспирин-индуцированное респираторное заболевание (АИРЗ) характеризуется отеком слизистой оболочки пазух носа и носовых оболочек, носовыми полипами и астмой в сочетании с респираторными реакциями на аспирин/НПВП. АИРЗ представляет собой приобретенное заболевание, которое в среднем начинается в возрасте 30 лет. Примерно у 50% пациентов АИРЗ развивается после инфекции респираторным вирусом. АИРЗ может вызвать тяжелую астму и ремоделирование дыхательных путей, и часто диагностируется по наличию в анамнезе респираторных реакций на ингибиторы COX1. Распространенность данного заболевания оценивается в 7,2% в общем среди астматиков (1,3 миллиона в США), 14,9% среди астматиков с тяжелой астмой, 9,7% среди пациентов с носовыми полипами, 8,7% среди пациентов с хроническим синуситом. Однако около 20-40% пациентов с носовыми полипами, астмой и хроническим синуситом чувствительны к аспирину без предварительного воздействия ингибиторов COX1.
ALOX15 (также известный как 15-LO и 15-LOX) представляет собой диоксигеназу, содержащую негемовое железо, которая катализирует стереоспецифическое перекисное окисление свободных и эстерифицированных полиненасыщенных жирных кислот, генерируя спектр биологически активных липидных медиаторов. Кроме того, ALOX15 преобразует арахидоновую кислоту в 12-гидропероксиэйкозатетраеновую кислоту/12-ГПЭТЕ и 15-гидропероксиэйкозатетраеновую кислоту/15-ГПЭТЕ. ALOX15 также преобразует линолевую кислоту в 13-гидропероксиоктадекадиеновую кислоту. ALOX15 может также воздействовать на (12S)-гидропероксиэйкозатетраеновую кислоту/(12S)-ГПЭТЕ с образованием гепоксилина A3.
Сущность изобретения
В данном изобретении представлены способы лечения пациента, имеющего респираторное нарушение, способ, включающий в себя введение пациенту ингибитора ALOX15. В некоторых вариантах осуществления пациент имеет носовой полип, аллергический ринит, астму и/или АИРЗ.
В данном изобретении также представлены способы лечения пациента терапевтическим агентом, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, при этом пациент страдает от респираторного нарушения, способ, включающий в себя следующие стадии: определение того, имеет ли пациент молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, кодирующую полипептид ALOX15 человека, путем: получения или получив биологический образец от пациента; и выполнения или выполнив генотипирование на биологическом образце для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий указанную молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15; а когда пациент является эталонным по ALOX15, тогда путем введения или продолжения введения пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве стандартной дозы, и введения пациенту ингибитора ALOX15; а когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, тогда путем введения или продолжения введения пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и введения пациенту ингибитора ALOX15; при этом наличие генотипа, имеющего молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, кодирующую полипептид ALOX15 человека, указывает на то, что пациент имеет пониженный риск развития респираторного нарушения.
В данном изобретении также представлены способы идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск развития респираторного нарушения, при этом способ включает в себя: определение наличия или отсутствия молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, кодирующей полипептид ALOX15 человека, в биологическом образце, полученном от пациента; при этом: когда субъект-человек является эталонным по ALOX15, тогда указанный субъект-человек имеет повышенный риск развития респираторного нарушения; а когда субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, или гомозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, тогда указанный субъект-человек имеет пониженный риск развития респираторного нарушения.
В данном изобретении также представлены способы обнаружения молекулы вариантной нуклеиновой кислоты ALOX15 у субъекта-человека, включающие в себя анализ образца, полученного от субъекта-человека, для определения того, является ли молекула нуклеиновой кислоты в образце: молекулой геномной нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; молекулой мРНК, содержащей нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или молекулой кДНК, содержащей нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью.
В данном изобретении также представлены способы обнаружения присутствия вариантного полипептида ALOX15 Thr560Met человека, включающие в себя проведение анализа образца, полученного от субъекта-человека, для определения того, содержит ли белок ALOX15 в образце метионин в положении, соответствующем положению 560 в соответствии с SEQ ID NO: 8
В данном изобретении также представлены терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, для применения в лечении респираторного нарушения у субъекта-человека, имеющего: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO:4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью.
В данном изобретении также представлены ингибиторы ALOX15 для применения в лечении респираторного нарушения у субъекта-человека, имеющего: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью.
Краткое описание графических материалов
Прилагаемые фигуры, которые включены в данное описание и являются его частью, иллюстрируют некоторые особенности данного изобретения.
На фиг. 1 показана таблица, указывающая на то, что rs34210653 значительным образом ассоциируется со снижением эозинофилов в экзомах из биобанка UK Biobank 50K.
На фиг. 2 показана таблица, указывающая на то, что rs34210653 значительным образом ассоциируется со снижением эозинофилов при генотипировании биобанка UK Biobank 500K.
На фиг. 3 показана таблица, указывающая на то, что rs34210653 значительным образом ассоциируется со снижением вероятности носового полипа и аллергического ринита, и ассоциируется с диагностированной врачом астмой при генотипировании биобанка UK Biobank 500K.
На фиг. 4 показана таблица, указывающая на то, что rs34210653 значительным образом ассоциируется со снижением эозинофилов в экзомах из биобанка GHS 90K.
На фиг. 5 показана таблица, указывающая на то, что ALOX15 ассоциируется со снижением вероятности носового полипа в экзомах из биобанка GHS 90K.
На фиг. 6 показан график масштабирования локуса для значимой ассоциации между rs34210653 и эозинофилами на основании данных генотипирования биобанка UKB 500K.
На фиг. 7 показаны количественные распределения признаков для количества эозинофилов на основании данных генотипирования биобанка UKB 500K, показывающие снижение эозинофилов среди гетерозиготных и гомозиготных носителей варианта rs34210653 (пунктирная линия указывает среднее количество эозинофилов для носителей референсного аллеля ALOX15).
На фиг. 8 показан график масштабирования локуса для значимой ассоциации между rs34210653 и носовыми полипами на основании данных генотипирования биобанка UKB 500K.
Подробное описание сущности изобретения
Различные термины, относящиеся к аспектам данного изобретения, используются по всему тексту данного описания и формулы изобретения. Таким терминам следует придавать их обычное значение в данной области техники, если не указано иное. Другие конкретно определенные термины следует толковать в соответствии с определениями, приведенными в данном документе.
Если прямо не указано иное, никоим образом не предусматривается, чтобы какой-либо способ или аспект, изложенные в данном документе, толковались как требующие, чтобы их стадии выполнялись в определенном порядке. Соответственно, если в формуле изобретения или описании способа конкретно не указано, что стадии должны быть ограничены конкретным порядком, никоим образом не предусматривается, что подразумевается порядок, в любом отношении. Это относится к любой возможной не выраженной основе для интерпретации, включая вопросы логики в отношении организации стадий или производственного потока, простого значения, полученного из грамматической организации или пунктуации, или количества или типа аспектов, описанных в данном раскрытии.
В контексте данного документа формы единственного числа включают в себя также формы множественного числа, если из контекста явно не следует иное.
В контексте данного документа термин «около» означает, что приведенное числовое значение является приблизительным, и небольшие вариации не окажут существенного влияния на практику описываемых вариантов осуществления. В тех случаях, когда используется числовое значение, если контекст не указывает иное, термин «около» означает, что числовое значение может варьировать на ±10% и оставаться в рамках описываемых вариантов осуществления.
В контексте данного документа термин «содержащая(-ий)» может быть заменен на «состоящая(-ий) из» или «по существу состоящая(-ий) из» в конкретных вариантах осуществления произвольно.
В контексте данного документа термин «выделенная(-ый)» в отношении молекулы нуклеиновой кислоты или полипептида означает, что молекула нуклеиновой кислоты или полипептид находятся в состоянии, отличном от их естественной среды, например, вне крови и/или тканей животных. В некоторых вариантах осуществления выделенная молекула нуклеиновой кислоты или выделенный полипептид по существу свободны от других молекул нуклеиновой кислоты или других полипептидов, в частности - от других молекул нуклеиновой кислоты или полипептидов животного происхождения. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты или полипептид могут находиться в высокоочищенной форме, т.е. быть более чем на 95% чистыми или более чем на 99% чистыми. При использовании в данном контексте термин «выделенная(-ый)» не исключает присутствия одной и той же молекулы нуклеиновой кислоты или полипептида в альтернативных физических формах, таких как димеры или альтернативно фосфорилированные формы, или дериватизированные формы.
В контексте данного документа термины «нуклеиновая кислота», «молекула нуклеиновой кислоты», «последовательность нуклеиновой кислоты», «полинуклеотид» или «олигонуклеотид» могут включать в себя полимерную форму нуклеотидов любой длины, могут включать в себя ДНК и/или РНК, и могут быть одноцепочечными, двухцепочечными или многоцепочечными. Одна цепь нуклеиновой кислоты также относится к ее комплементарной последовательности.
В контексте данного документа термины «субъект» и «пациент» используются взаимозаменяемо. Субъект может включать в себя любое животное, включая млекопитающих. Млекопитающие включают в себя, но не ограничиваются ими, сельскохозяйственных животных (таких как, например, лошадь, корова, свинья), домашних животных (таких как, например, собака, кошка), лабораторных животных (таких как, например, мышь, крыса, кролики) и приматов, отличных от человека. В некоторых вариантах осуществления субъектом является человек.
Редкий вариант в гене ALOX15, связанный со сниженным риском развития респираторного нарушения, такого как носовые полипы, аллергический ринит, астма и АИРЗ, был идентифицирован у людей в соответствии с данным изобретением. Например, было обнаружено генетическое изменение (rs34210653), которое заменяет нуклеотид цитозин в положении 9917 в референсном ALOX15 человека (см. SEQ ID NO: 1) на тимин, указывающее на то, что у человека, имеющего такое изменение, может быть снижен риск развития респираторного нарушения, такого как носовые полипы, аллергический ринит, астма и АИРЗ. Считается, что никакие варианты гена или белка ALOX15 не имеют какой-либо известной связи с респираторным нарушением, таким как носовые полипы, аллергический ринит, астма и АИРЗ. В целом, генетические анализы, описанные в данном документе, неожиданно указывают на то, что ген ALOX15 и, в частности, вариант в гене ALOX15, ассоциируется со сниженным риском развития респираторных нарушений, таких как носовые полипы, аллергический ринит, астма и АИРЗ. Следовательно, субъектов-людей, которые являются эталонными по ALOX15, которые имеют повышенный риск развития респираторного нарушения, такого как носовые полипы, аллергический ринит, астма и/или АИРЗ, можно лечить так, чтобы предотвратить респираторное нарушение, уменьшить его симптомы и/или подавить развитие симптомов. Соответственно, в данном изобретении представлены способы использования идентификации таких вариантов у субъектов для выявления или стратификации у таких субъектов риска развития респираторного нарушения, такого как носовые полипы, аллергический ринит, астма и/или АИРЗ, или для диагностики субъектов, имеющих повышенный риск развития респираторного нарушения, такого как носовые полипы, аллергический ринит, астма и/или АИРЗ, так, чтобы субъекты, подверженные риску, или субъекты с активным заболеванием, могли лечиться соответствующим образом.
Для целей данного изобретения любой конкретный человек может быть классифицирован как имеющий один из трех генотипов ALOX15: i) референсный по ALOX15; ii) гетерозиготный по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15; или iii) гомозиготный по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15. Человек является эталонным по ALOX15, когда у данного человека нет копии молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15. Человек является гетерозиготным по варианту с предсказанной потерей функции ALOX15, когда у данного человека есть единственная копия молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15. Молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 представляет собой любую молекулу нуклеиновой кислоты ALOX15 (например, молекулу геномной нуклеиновой кислоты, молекулу мРНК или молекулу кДНК), кодирующую полипептид ALOX15, имеющий частичную потерю функции, полную потерю функции, прогнозируемую частичную потерю функции или прогнозируемую полную потерю функции. Человек, имеющий полипептид ALOX15 с частичной потерей функции (или прогнозируемой частичной потерей функции), является гипоморфным по ALOX15. Молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 может представлять собой любую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ALOX15 Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg или Leu106fs. В некоторых вариантах осуществления молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 кодирует ALOX15 Thr560Met. Человек является гомозиготным по варианту с предсказанной потерей функции ALOX15, когда у данного человека есть две копии молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
Касательно субъектов-людей или пациентов, которые генотипированы или определены как референсные по ALOX15, такие субъекты-люди или пациенты имеют повышенный риск развития респираторных нарушений, таких как носовые полипы, аллергический ринит, астма и/или АИРЗ. Касательно субъектов-людей или пациентов, которые генотипированы или определены либо как референсные по ALOX15, либо как гетерозиготные по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, таких субъектов-людей или пациентов можно лечить ингибитором ALOX15.
В любом из описанных в данном документе вариантов осуществления молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 может представлять собой любую молекулу нуклеиновой кислоты ALOX15 (такую как, например, молекулу геномной нуклеиновой кислоты, молекулу мРНК или молекулу кДНК), кодирующую полипептид ALOX15, имеющий частичную потерю функции, полную потерю функции, прогнозируемую частичную потерю функции или прогнозируемую полную потерю функции. Например, молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 может представлять собой любую молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ALOX15 Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg или Leu106fs. В некоторых вариантах осуществления молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 кодирует ALOX15 Thr560Met.
В любом из описанных в данном документе вариантов осуществления полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции может представлять собой любой полипептид ALOX15, имеющий частичную потерю функции, полную потерю функции, прогнозируемую частичную потерю функции или прогнозируемую полную потерю функции. В любом из описанных в данном документе вариантов осуществления полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции может представлять собой любой из полипептидов ALOX15, описанных в данном документе, включая, но не ограничиваясь ими, например, ALOX15 Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg или Leu106fs. В некоторых вариантах осуществления полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции представляет собой полипептид ALOX15 Thr560Met.
В любом из описанных в данном документе вариантов осуществления респираторное нарушение представляет собой носовой полип, аллергический ринит, астму и/или АИРЗ. В любом из описанных в данном документе вариантов осуществления указанное респираторное нарушение представляет собой носовой полип. В любом из описанных в данном документе вариантов осуществления указанное респираторное нарушение представляет собой аллергический ринит. В любом из описанных в данном документе вариантов осуществления указанное респираторное нарушение представляет собой астму. В любом из описанных в данном документе вариантов осуществления респираторное нарушение представляет собой АИРЗ.
В данном изобретении представлены способы лечения пациента, имеющего респираторное нарушение, включающие в себя введение пациенту ингибитора ALOX15.
В данном изобретении представлены способы лечения пациента, имеющего носовой полип, включающие в себя введение пациенту ингибитора ALOX15.
В данном изобретении представлены способы лечения пациента, имеющего аллергический ринит, включающие в себя введение пациенту ингибитора ALOX15. В некоторых вариантах осуществления аллергический ринит представляет собой аллергический ринит с высоким уровнем эозинофилов.
В данном изобретении представлены способы лечения пациента, имеющего астму, включающие в себя введение пациенту ингибитора ALOX15. В некоторых вариантах осуществления астма представляет собой аллергическую астму, астму средней и тяжелой степени, астму, зависящую от приема пероральных кортикостероидов, эозинофильную астму или эозинофильную астму с высоким уровнем эозинофилов. В некоторых вариантах осуществления астма представляет собой аллергическую астму. В некоторых вариантах осуществления астма представляет собой астму средней и тяжелой степени. В некоторых вариантах осуществления астма представляет собой астму, зависящую от приема пероральных кортикостероидов. В некоторых вариантах осуществления астма представляет собой эозинофильную астму. В некоторых вариантах осуществления астма представляет собой эозинофильную астму с высоким уровнем эозинофилов. В некоторых вариантах осуществления астма представляет собой перекрестный синдром эозинофильной астмы и хронической обструктивной болезни легких (ПСАХ). В некоторых вариантах осуществления ПСАХ представляет собой эозинофильный ПСАХ с высоким уровнем эозинофилов.
В данном изобретении представлены способы лечения пациента, имеющего ПСАХ, включающие в себя введение пациенту ингибитора ALOX15.
В данном изобретении представлены способы лечения пациента, имеющего атопию, включающие в себя введение пациенту ингибитора ALOX15. В некоторых вариантах осуществления атопия представляет собой аллергический ринит, астму и/или атопический дерматит.
В некоторых вариантах осуществления респираторное нарушение представляет собой хроническую обструктивную болезнь легких (ХОБЛ), хронический бронхит, эмфизему, аллергическую пневмонию и/или аллергическое заболевание дыхательных путей.
В некоторых вариантах осуществления ингибитор ALOX15 содержит антисмысловую молекулу. Примеры антисмысловых молекул включают в себя, но не ограничиваются ими, молекулы антисмысловых нуклеиновых кислот, малые интерферирующие РНК (миРНК) и короткие шпилечные РНК (кшРНК). Такие антисмысловые молекулы могут быть сконструированы для нацеливания на любую область мРНК ALOX15. В некоторых вариантах осуществления антисмысловая РНК, миРНК или кшРНК гибридизуется с последовательностью в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 или молекуле мРНК и снижает экспрессию полипептида ALOX15 в клетке субъекта. В некоторых вариантах осуществления ингибитор ALOX15 содержит антисмысловую РНК, которая гибридизуется с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 или молекулой мРНК и снижает экспрессию полипептида ALOX15 в клетке субъекта. В некоторых вариантах осуществления ингибитор ALOX15 содержит антисмысловую миРНК, которая гибридизуется с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 или молекулой мРНК и снижает экспрессию полипептида ALOX15 в клетке субъекта. В некоторых вариантах осуществления ингибитор ALOX15 содержит антисмысловую кшРНК, которая гибридизуется с молекулой геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 или молекулой мРНК и снижает экспрессию полипептида ALOX15 в клетке субъекта. В некоторых вариантах осуществления кшРНК содержит: a) CC
GGGAAACTGGAAGGACGGGTTAACTCGAGTTAACCCGTCCTTCCAGTTTCTTTTTTG (SEQ ID NO:9); b) CCGGGCTATCAAAGACTCTCTAAATCTCGAGATTTAGAGAGTCTTTGATAGCTTTTTG (SEQ ID NO:10); c) CCGGTGGGAAATCATCTATCGGTATCTCGAGATACCGATAGATGATTTCCCATTTTTG (SEQ ID NO:11); d) CCGGCCTGGAAGGAAGATGCCTTATCTCGAGATAAGGCATCTTCCTTCCAGGTTTTTG (SEQ ID NO:12); e) CCGGCCAGTTTCTTAATGGCGCCAACTCGAGTTGGCGCCATTAAGAAACTGGTTTT
TG (SEQ ID NO:13); f) CCGGGCCGTCGATACATCCTATCTTCTCGAGAAGATAGGATGTATCGACGGCT
TTTTG (SEQ ID NO:14); g) CCGGTAGATGACTTCAACCGGATTTCTCGAGAAATCCGGTTGAAGTCATCT
ATTTTTTG (SEQ ID NO:15); или h) CCGGTGGTACTCTTGGGTGCCTAATCTCGAGATTAGGCACCCAAGA
GTACCATTTTTTG (SEQ ID NO: 16).
В некоторых вариантах осуществления ингибитор ALOX15 содержит нуклеазный агент, который индуцирует один или несколько надрезов или двухцепочечных разрывов в последовательности(-ях) узнавания или ДНК-связывающем белке, который связывается с последовательностью узнавания, в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15. Последовательность узнавания может быть расположена в кодирующей области гена ALOX15 или в регуляторных областях, которые влияют на экспрессию данного гена. Последовательность узнавания ДНК-связывающего белка или нуклеазного агента может быть расположена в интроне, экзоне, промоторе, энхансере, регуляторной области или любой области, не кодирующей белок. Последовательность узнавания может включать в себя или располагаться вблизи старт-кодона гена ALOX15. Например, последовательность узнавания может быть расположена на расстоянии около 10, около 20, около 30, около 40, около 50, около 100, около 200, около 300, около 400, около 500 или около 1000 нуклеотидов от старт-кодона. В качестве другого примера, можно применять два или более нуклеазных агента, каждый из которых нацелен на последовательность узнавания нуклеазы, включающую в себя или расположенную вблизи старт-кодона. В качестве другого примера, можно применять два нуклеазных агента, один - нацеленный на последовательность узнавания нуклеазы, включающую в себя или расположенную вблизи старт-кодона, и один - нацеленный на последовательность узнавания нуклеазы, включающую в себя или расположенную вблизи стоп-кодона, при этом расщепление нуклеазными агентами может привести к удалению кодирующей области между двумя последовательностями узнавания нуклеазы. Любой нуклеазный агент, который индуцирует надрез или двухцепочечный разрыв в желаемой последовательности узнавания, может применяться в описанных в данном документе способах и композициях. Любой ДНК-связывающий белок, который связывается с желаемой последовательностью узнавания, может применяться в описанных в данном документе способах и композициях.
Подходящие нуклеазные агенты и ДНК-связывающие белки для применения в данном изобретении включают в себя, но не ограничиваются ими, белок «цинковые пальцы» или пару нуклеаз с «цинковыми пальцами» (ZFN), эффекторный белок, подобный активаторам транскрипции (TALE), или эффекторную нуклеазу, подобную активаторам транскрипции (TALEN), или короткие палиндромные повторы, регулярно расположенные группами (CRISPR)/CRISPR-ассоциированные системы (Cas). Длина последовательности узнавания может варьировать и включает в себя, например, последовательности распознавания, которые составляют около 30-36 п.о. для белка «цинковые пальцы» или пары ZFN, около 15-18 п.о. для каждого ZFN, около 36 п.о. для белка TALE или TALEN и около 20 п.о. для гидовой РНК CRISPR/Cas.
В некоторых вариантах осуществления системы CRISPR/Cas могут применяться для модификации молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в клетке. В способах и композициях, раскрытых в данном документе, могут применяться системы CRISPR-Cas путем использования комплексов CRISPR (содержащих гидовую РНК (гРНК), связанную в комплекс с белком Cas) для сайт-направленного расщепления молекул нуклеиновых кислот ALOX15.
Белки Cas обычно содержат по меньшей мере один домен узнавания или связывания РНК, который может взаимодействовать с гРНК. Белки Cas также могут содержать нуклеазные домены (такие как, например, домены ДНКазы или РНКазы), домены связывания ДНК, домены геликазы, домены белок-белковых взаимодействий, домены димеризации и другие домены. Подходящие белки Cas включают в себя, например, белок Cas9 дикого типа и белок Cpf1 дикого типа (например, FnCpf1). Белок Cas может обладать полной активностью расщепления для создания двухцепочечного разрыва в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, или он может представлять собой никазу, которая создает одноцепочечный разрыв в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15. Дополнительные примеры белков Cas включают в себя, но не ограничиваются ими, Cas1, Cas1B, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas5e (CasD), Cas6, Cas6e, Cas6f, Cas7, Cas8a1, Cas8a2, Cas8b, Cas8c, Cas9 (Csn1 или Csx12), Cas10, Cas10d, CasF, CasG, CasH, Csy1, Csy2, Csy3, Cse1 (CasA), Cse2 (CasB), Cse3 (CasE), Cse4 (CasC), Csc1, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmr1 , Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csb1, Csb2, Csb3, Csx17, Csx14, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csx1, Csx15, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4 и Cu1966, а также их гомологи или модифицированные версии. Белки Cas также могут быть функционально связаны с гетерологичными полипептидами как слитые белки. Например, белок Cas может быть слит с доменом расщепления, доменом эпигенетической модификации, доменом активации транскрипции или доменом репрессии транскрипции. Белки Cas могут быть предоставлены в любой форме. Например, белок Cas может быть предоставлен в форме белка, такого как белок Cas, объединенный в комплекс с гРНК. Альтернативно, белок Cas может быть предоставлен в виде молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующей белок Cas, такой молекулы, как РНК или ДНК.
В некоторых вариантах осуществления целевые генетические модификации молекул геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 могут быть получены путем приведения в контакт клетки с белком Cas и одной или большим числом гРНК, которые гибридизуются с одной или большим числом последовательностей узнавания гРНК в целевом геномном локусе в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15. Например, последовательность узнавания гРНК может быть расположена в пределах области SEQ ID NO: 1. Последовательность узнавания гРНК также может включать в себя или располагаться вблизи положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 1. Например, последовательность узнавания гРНК может быть расположена на расстоянии около 1000, около 500, около 400, около 300, около 200, около 100, около 50, около 45, около 40, около 35, около 30, около 25, около 20, около 15, около 10 или около 5 нуклеотидов от положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 1. Последовательность узнавания гРНК включать в себя или располагаться вблизи старт-кодона молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 или стоп-кодона молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15. Например, последовательность узнавания гРНК может быть расположена на расстоянии около 10, около 20, около 30, около 40, около 50, около 100, около 200, около 300, около 400, около 500 или около 1000 нуклеотидов от указанного старт-кодона или указанного стоп-кодона.
Последовательности узнавания гРНК в пределах целевого геномного локуса в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 расположены рядом с последовательностью мотива, примыкающего к протоспейсеру (PAM - англ.: Protospacer Adjacent Motif), которая представляет собой последовательность ДНК, которая через 2-6 пар оснований непосредственно следует за последовательностью ДНК, на которую нацелена нуклеаза Cas9. Каноническим PAM является последовательность 5'-NGG-3', где «N» представляет собой любое нуклеиновое основание, за которым следуют два гуаниновых («G») нуклеиновых основания. гРНК могут транспортировать Cas9 в любую точку генома для редактирования генов, но никакое редактирование не может происходить в каком-либо сайте, кроме того, в котором Cas9 распознает PAM. Кроме того, 5'-NGA-3' может представлять собой высокоэффективный неканонический PAM для клеток человека. Как правило, PAM расположен на расстоянии около 2-6 нуклеотидов ниже (в направлении 3') последовательности ДНК, на которую нацелена гРНК. PAM может фланкировать последовательность узнавания гРНК. В некоторых вариантах осуществления последовательность узнавания гРНК может быть фланкирована PAM на 3’- конце. В некоторых вариантах осуществления последовательность узнавания гРНК может быть фланкирована PAM на 5’- конце. Например, сайт расщепления белков Cas может быть расположен на расстоянии от 1 до 10, от 2 до 5 пар оснований или на три пары оснований выше (в направлении 5') или ниже (в направлении 3') последовательности PAM. В некоторых вариантах осуществления (например, когда используется Cas9 из S. pyogenes или близкородственный Cas9) последовательность PAM некомплементарной цепи может представлять собой 5'-NGG-3', где «N» представляет собой любой ДНК-нуклеотид и расположен непосредственно в положении 3' к последовательности узнавания гРНК некомплементарной цепи целевой ДНК. Таким образом, последовательность PAM комплементарной цепи будет представлять собой 5'-CCN-3', где «N» представляет собой любой ДНК-нуклеотид и расположен непосредственно в положении 5' к последовательности узнавания гРНК комплементарной цепи целевой ДНК.
гРНК представляет собой молекулу РНК, которая связывается с белком Cas и нацеливает белок Cas на определенное место в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15. Иллюстративная гРНК представляет собой гРНК, эффективно направляющую фермент Cas для связывания или расщепления молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, при этом указанная гРНК содержит сегмент нацеливания на ДНК, который гибридизуется с последовательностью узнавания гРНК в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, которая включает в себя или располагается вблизи положения, соответствующего положению 9917. Например, гРНК может быть выбрана таким образом, что она гибридизуется с последовательностью узнавания гРНК, которая располагается на расстоянии около 5, около 10, около 15, около 20, около 25, около 30, около 35, около 40, около 45, около 50, около 100, около 200, около 300, около 400, около 500 или около 1000 нуклеотидов от положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 1. Другие иллюстративные гРНК содержат сегмент нацеливания на ДНК, который гибридизуется с последовательностью узнавания гРНК, присутствующей в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, которая включает в себя или располагается вблизи указанного старт-кодона или указанного стоп-кодона. Например, гРНК может быть выбрана таким образом, что она гибридизуется с последовательностью узнавания гРНК, которая располагается на расстоянии около 5, около 10, около 15, около 20, около 25, около 30, около 35, около 40, около 45, около 50, около 100, около 200, около 300, около 400, около 500 или около 1000 нуклеотидов от указанного старт-кодона, или располагается на расстоянии около 5, около 10, около 15, около 20, около 25, около 30, около 35, около 40, около 45, около 50, около 100, около 200, около 300, около 400, около 500 или около 1000 нуклеотидов от указанного стоп-кодона. Подходящие гРНК могут содержать от около 17 до около 25 нуклеотидов, от около 17 до около 23 нуклеотидов, от около 18 до около 22 нуклеотидов или от около 19 до около 21 нуклеотида. В некоторых вариантах осуществления гРНК могут содержать 20 нуклеотидов.
Примеры подходящих последовательностей узнавания гРНК, расположенных в пределах референсного гена ALOX15 человека, приведены в таблице 1 как последовательности SEQ ID NO: 19-43.
Таблица 1: Последовательности узнавания гидовых РНК вблизи вариантного(-ых) ALOX15
Белок Cas и гРНК образуют комплекс, и белок Cas расщепляет целевую молекулу геномной нуклеиновой кислоты ALOX15. Белок Cas может расщеплять молекулу нуклеиновой кислоты на участке внутри или снаружи последовательности нуклеиновой кислоты, присутствующей в целевой молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, с которой будет связываться ДНК-нацеливающий сегмент гРНК. Например, образование комплекса CRISPR (содержащего гРНК, гибридизованную с последовательностью узнавания гРНК и объединенную в комплекс с белком Cas) может привести к расщеплению одной или обеих цепей внутри или вблизи (например, в пределах 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 50 или более пар оснований) последовательности нуклеиновой кислоты, присутствующей в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, с которой будет связываться ДНК-нацеливающий сегмент гРНК.
Результатом таких способов могут быть, например, молекула геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, в которой нарушена область SEQ ID NO: 1, нарушен старт-кодон, нарушен стоп-кодон или нарушена либо удалена кодирующая последовательность. Необязательно, клетку можно дополнительно приводить в контакт с одной или большим числом дополнительных гРНК, которые гибридизуются с дополнительными последовательностями узнавания гРНК в целевом геномном локусе в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 . Путем приведения клетки в контакт с одной или большим числом дополнительных гРНК (таких как, например, вторая гРНК, которая гибридизуется со второй последовательностью узнавания гРНК), расщепление белком Cas может создать два или большее число двухцепочечных разрывов, или два или большее число одноцепочечных разрывов.
В некоторых вариантах осуществления ингибитор ALOX15 представляет собой небольшую молекулу. В некоторых вариантах осуществления ингибитор ALOX15 представляет собой 6,11-дигидро[1]бензотиопирано[4,3-b]индол (PD146176), 2-бромофенол, 2,4-дибромофенол, 2-(1-тиенил)этил-3,4-дигидроксибензилиденцианоацетат (ТЭДЦ), 4,4’-(2,3-диметил-1,4-бутандиил)бис-1,2-бензендиол (нордигидрогваяретовую кислоту) или циннамил-3,4-дигидрокси-a-цианоциннамат (ЦДЦ). В некоторых вариантах осуществления ингибитор ALOX15 представляет собой 2-бромофенол, 2,4-дибромофенол, 2-(1-тиенил)этил-3,4-дигидроксибензилиденцианоацетат (ТЭДЦ) или 4,4’-(2,3-диметил-1,4-бутандиил)бис-1,2-бензендиол (нордигидрогваяретовую кислоту).
В некоторых вариантах осуществления способы лечения дополнительно включают в себя обнаружение присутствия или отсутствия молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, кодирующей полипептид ALOX15 человека, в биологическом образце от пациента. Как используется по всему тексту данного раскрытия «молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15» представляет собой любую молекулу нуклеиновой кислоты ALOX15 (такую как, например, молекулу геномной нуклеиновой кислоты, молекулу мРНК или молекулу кДНК), кодирующую полипептид ALOX15, имеющий частичную потерю функции, полную потерю функции, прогнозируемую частичную потерю функции или прогнозируемую полную потерю функции.
В данном изобретении также представлены способы лечения пациента с помощью терапевтического агента, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, при этом пациент страдает от респираторного нарушения. В некоторых вариантах осуществления способы включают в себя определение того, имеет ли пациент молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, кодирующую полипептид ALOX15 человека, путем получения или получив биологический образец от пациента и выполнения или выполнив генотипирование на указанном биологическом образце для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий указанную молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15. Когда пациент является эталонным по ALOX15, тогда терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, вводят или продолжают вводить пациенту в количестве стандартной дозы, и вводят пациенту ингибитор ALOX15. Когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, тогда терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, вводят или продолжают вводить пациенту в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и вводят пациенту ингибитор ALOX15. Наличие генотипа, имеющего молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, кодирующую полипептид ALOX15 человека, указывает на то, что пациент имеет пониженный риск развития респираторного нарушения. В некоторых вариантах осуществления пациент является эталонным по ALOX15. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
Касательно субъектов-людей или пациентов, которые генотипированы или определены либо как референсные по ALOX15, либо как гетерозиготные по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, таких субъектов-людей или пациентов можно лечить с помощью ингибитора ALOX15, как описано в данном документе.
Обнаружение присутствия или отсутствия молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 в биологическом образце от пациента и/или определение того, имеет ли пациент молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, можно выполнять любым из способов, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in vitro. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in situ. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in vivo. В любом из данных вариантов осуществления молекула нуклеиновой кислоты может присутствовать в клетке, полученной от субъекта-человека.
В некоторых вариантах осуществления, когда пациент является эталонным по ALOX15, пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве стандартной дозы. В некоторых вариантах осуществления, когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы.
В некоторых вариантах осуществления способы лечения дополнительно включают в себя обнаружение присутствия или отсутствия полипептида ALOX15 с прогнозируемой потерей функции в биологическом образце от пациента. В некоторых вариантах осуществления, когда пациент не имеет полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции, пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве стандартной дозы. В некоторых вариантах осуществления, когда пациент имеет полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции, пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы.
В данном изобретении также представлены способы лечения пациента с помощью терапевтического агента, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, при этом пациент страдает от респираторного нарушения. В некоторых вариантах осуществления способ включает в себя определение того, имеет ли пациент полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции, путем получения или получив биологический образец от указанного пациента и выполнения или выполнив анализ на указанном биологическом образце для определения того, имеет ли пациент полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции. Когда пациент не имеет полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции, тогда терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, вводят или продолжают вводить пациенту в количестве стандартной дозы, и вводят пациенту ингибитор ALOX15. Когда пациент имеет полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции, тогда терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, вводят или продолжают вводить пациенту в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и вводят пациенту ингибитор ALOX15. Присутствие полипептида ALOX15 с прогнозируемой потерей функции указывает на то, что пациент имеет пониженный риск развития респираторного нарушения. В некоторых вариантах осуществления пациент имеет полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции. В некоторых вариантах осуществления пациент не имеет полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции.
Обнаружение присутствия или отсутствия полипептида ALOX15 с прогнозируемой потерей функции в биологическом образце от пациента и/или определение того, имеет ли пациент полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции, можно выполнять любым из способов, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in vitro. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in situ. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in vivo. В любом из данных вариантов осуществления указанный полипептид может присутствовать в клетке, полученной от субъекта-человека.
Примеры терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: стероидные противовоспалительные агенты, нестероидные противовоспалительные агенты, антипролиферативные агенты, антимакрофагальные агенты, миорелаксанты, наркотические анальгетики, ненаркотические анальгетики, местные анестетики и прочие агенты. Дополнительным примером терапевтического агента, который лечит или ингибируют респираторное нарушение, является антагонист рецептора интерлейкина-4 (IL-4Rα), такой как, например, DUPIXENT® (дупилумаб).
Примеры стероидных противовоспалительных агентов включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: глюкокортикоиды и кортикостероиды, такие как, например, 21-ацетоксипрегненолон, алклометазон, алгестон, амицинонид, беклометазон, бетаметазон, будесонид, хлоропреднизон, клобетазол, клобетазон, клокортолон, клопреднол, кортикостерон, кортизон, кортивазол, дефлазакорт, дезонид, дезоксиметазон, дексаметазон, дифлоразон, дифлукортолон, дифлупреднат, эноксолон, флуазакорт, флуклоронид, флуметазон, флунизолид, флуоцинолона ацетонид, флуоцинонид, флуокортина бутил, флуокортолон, фторометолон, флуперолона ацетат, флупреднидена ацетат, флупреднизолон, флурандренолид, флутиказон, формокортал, галцинонид, галобетазола приопионат, галометазон, галопредона ацетат, гидрокортамат, гидрокортизон, лотепреднола этабонат, мазипредон, медризон, мепреднизон, метилпреднизолон, мометазона фуроат, параметазон, предникарбат, преднизолон, преднизолона 25-диэтиламиноацетат, преднизона натрия фосфат, преднизон, предниваль, преднилиден, римексолон, тиксокортал, триамцинолон, триамцинолона ацетонид, триамцинолона бенетонид и триамцинолона гексацетонид.
Примеры нестероидных противовоспалительных агентов включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: производные аминоарилкарбоновой кислоты, такие как, например, энфенамовая кислота, этофенамат, флуфенамовая кислота, изониксин, меклофенамовая кислота, мефенамовая кислота, нифлумовая кислота, талнифлумат, терофенамат и толфенамовая кислота; производные арилуксусной кислоты, такие как, например, ацеметацин, алклофенак, амфенак, буфексамак, цинметацин, клопирак, диклофенак, этодолак, фелбинак, фенклофенак, фенклорак, фенклозовая кислота, фентиазак, глукаметацин, ибуфенак, индометацин, изофезолак, изоксепак, лоназолак, метиазиновая кислота, оксаметацин, проглуметацин, сулиндак, тиарамид, толметин и зомепирак; производные арилмасляной кислоты, такие как, например, бумадизон, бутибуфен, фенбуфен и ксенбуцин; арилкарбоновые кислоты, такие как, например, клиданак, кеторолак и тиноридин; производные арилпропионовой кислоты, такие как, например, алминопрофен, беноксапрофен, буклоксовая кислота, карпрофен, фенопрофен, флуноксапрофен, флурбипрофен, ибупрофен, ибупроксам, индопрофен, кетопрофен, локсопрофен, миропрофен, напроксен, оксапрозин, пикетопрофен, пирпрофен, пранопрофен, протизиновая кислота, супрофен и тиапрофеновая кислота; пиразолы, такие как, например, дифенамизол и эпиризол; пиразолоны, такие как, например, апазон, бензпиперилон, фепразон, мофебутазон, моразон, оксифенбутазон, фенибутазон, пипебузон, пропифеназон, рамифеназон, суксибузон и тиазолинобутазон; салициловая кислота и ее производные, такие как, например, ацетаминосалол, аспирин, бенорилат, бромосалигенин, кальция ацетилсалицилат, дифлунисал, этерсалат, фендосал, гентизиновая кислота, гликоля салицилат, имидазола салицилат, лизина ацетилсалицилат, мезаламин, морфолина салицилат, 1-нафтилсалицилат, олсалазин, парсалмид, фенилацетилсалицилат, фенилсалицилат, салацетамид, салициламин о-уксусная кислота, сульфосалициловая кислота, салсалат и сульфасалазин; тиазинкарбоксамиды, такие как, например, дроксикам, изоксикам, пироксикам и теноксикам; и другие агенты, такие как, например, ε-ацетамидокапроновая кислота, s-аденозилметионин, 3-амино-4-гидроксимасляная кислота, амиксетрин, бендазак, бензидамин, буколом, дифенпирамид, дитазол, эморфазон, гвайазулен, набуметон, нимесулид, орготеин, оксацепрол, паранилин, перизоксал, пифоксим, проквазон, проксазол и тенидап.
Примеры антипролиферативных агентов включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: антрациклины, алкилсульфонаты, агенты, влияющие на динамику микротрубочек, агенты, влияющие на различные факторы роста, включая агенты пути IGF, такие как аналоги соматостатина, ингибиторы ангиотензинпревращающего фермента, антиметаболиты (например, аналоги пурина), цитотоксические агенты, цитостатические агенты, аффекторы клеточной пролиферации, активаторы каспаз, ингибиторы протеасом, ингибиторы ангиогенеза, этиленимины, интеркалирующие агенты, координационные комплексы металлов, азотистый иприт, нитрозомочевины, агенты, повреждающие нуклеиновые кислоты, такие как алкилирующие агенты, аналоги пурина, аналоги пиримидина, ингибиторы биосинтеза пиримидина, алкалоиды барвинка. Дополнительные примеры включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: адриамицин, алитретиноин (9-цис-ретиноевая кислота), амифостин, ангиопептин, ангиостатин, арабинозил 5-азацитозин, арабинозилцитозин, 5-аза-2'-дезоксицитидин, 6-азацитидин, 6-азауридин, азарибин, бексаротен (4-[1-(5,6,7,8-тетрагидро-3,5,5,8,8-пентаметил-2-нафталенил)этенил]бензойная кислота), блеомицин, BCNU, CCNU, каптоприл, капецитабин (5'-дезокси-5-фтороцитидин), хлорамбуцил, колхицин, цилазаприл, цисплатин, кладрибин (хлорированный аналог пуринового нуклеозида), цитарабин, циклоцитидин, циклофосфамид, даунорубицин, 3-деазауридин, 2'-дезокси-5-фтороуридин, 5'-дезокси-5-фтороуридин, доцетаксел, доксорубицин, эндостатин, эпирубицин, эпотилон, эстрамустин, этопозид, экземестан, флутамид, флударабин, флударабин фосфат, фтороцитозин, 5-фтороурацил, 5-фтороуридин, 5-фтор-2'-дезоксиуридин, гемцитабин, гидроксимочевина, идарубицин, иринотекан, аналоги LHRH, лизиноприл, мелфалан, метотрексат, 6-меркаптопурин, митоксантрон, окреотид, паклитаксел, пентостатин, N-фосфоноацетил-L-аспарагиновая кислота, преднимустин, пиразофурин, скваламин, стрептозоцин, тамоксифен, темозоломид, тенипозид, 6-тиогуанин, томудекс, тиотепа, топотекан, 5-трифторометил-2'-дезоксиуридин, валрубицин, винкристин, винбластин и винарелбин.
Примеры антимакрофагальных агентов включают в себя, но не ограничиваются ими, бисфосфонаты и клодронатные соединения, такие как, например, дихлорометилендифосфонат (CL2MDP).
Примеры миорелаксантов включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: антихолинергические агенты (например, адифенин, алверин, амбутономий, аминопентамид, амиксетрин, ампротропина фосфат, анизотропина метилбромид, апоатропин, атропин, атропина n-оксид, бенактизин, бенапризин, бензетимид, бензилоний, бензтропина мезилат, бевония метилсульфат, бипериден, бутропий, n-бутилскополаммония бромид, бузепид, камилофин, карамифен, хлоробензоксамин, хлорофеноксамин, циметропий, клидиний, циклодрин, циклоний, цикримин, дептропин, дексетимид, дибутолина сульфат, дицикломин, диэтазин, дифемерин, дигексиверин, дифеманилметилсульфат, n-(1,2-дифенилэтил)никотинамид, дипипроверин, дипоний, эмепроний, эндобензилин, этопропазин, этибензтропин, этилбензгидрамин, этомидолин, эвкатропин, фенпивериний, фентоний, флутропий, гликопирролат, гетероний, гексоциклия метилсульфат, гоматропин, гиосциамин, ипратропий, изопропамид, левомепат, меклоксамин, мепензолат, меткарафен, метантелин, метиксен, метскополамин, октамиламин, оксибутинин, оксифенциклимин, оксифеноний, пентапиперид, пентиенат, фенкарбамид, фенглутаримид, пипензолат, пиперидолат, пиперилат, полдина метисульфат, придинол, прифиний, проциклидин, пропантелин, пропензолат, пропиверин, пропиромазин, скополамин, скополамина n-оксид, страмоний, сультропоний, тифенамил, тиемоний, тимепидий, тиквизий, тридигексетила йодид, тригексифенидила гидрохлорид, тримебутин, тропацин, тропензил, тропикамид, троспий, валетамат, вамикамид и ксенитропий); алкуроний, атракурий, баклофен, бензодиазепины (например, клозапин или диазепам), ботулинический токсин (БОТОКС), 4-амино-3-(4-хлорофенил)-бутановая кислота, карболоний, каризопродол, хлорфенезин, хлорзоксазон, циклобензаприн, цикланделат, дантролен, декаметония бромид, диазепам, гидралазин, фазадиний, галламин, гвайфенезин, гексафторений, изоксуприн, меладразин, мефензин, метаксалон, метокарбамол, нилидрин, метокурина иодид, орфенадрин, панкуроний, папаверин, придинол, стирамат, суксаметоний, суксетоний, тиоколхикозид, тизанидин, суксаметоний, толперизон, и тубокурарин; бронходилататоры (производные эфедрина, такие как, например, альбутерол, бамбутерол, битолтерол, карбутерол, кленбутерол, клорпреналин, диоксетедрин, эфедрин, эпинифрин, эпрозинол, этафедрин, этилнорепинефрин, фенотерол, гексопреналин, изоэтарин, изопротеренол, мабутерол, метапротеренол, n-метилэфедрин, пирбутерол, прокатерол, протокилол, репротерол, римитерол, салметерол, сотеренол, тербуталин и тулобутерол; соединения четвертичного аммония, такие как, например, бевония метилсульфат, клатропия бромид, ипратропия бромид; и окситропия бромид; производные ксантина, такие как, например, ацефиллин, ацефиллин пиперазин, амбуфиллин, аминофиллин, бамифиллин, холина теофиллинат, доксофиллин, дифиллин, энпрофиллин, этамифиллин, этофиллин, гвайтиллин, проксифиллин, теобромин, 1-теоброминуксусная кислота и теофиллин; и другие бронходилататоры, такие как, например, фенспирид, медибазин, монтекуласт, метоксифенаним, третохинол, зафиркуласт и аналоги катехоламина, такие как формотерол); антиспазматические агенты (например, алибендол, амбуцетамид, аминопромазин, апоатропин, бевония метилсульфат, биетамиверин, бутаверин, бутропия бромид, n-бутилскополаммония бромид, кароверин, циметропия бромид, циннамедрин, клебоприд, кониина гидробромид, кониина гидрохлорид, циклония йодид, дифемерин, диизопромин, диоксафетила бутират, дипония бромид, дрофенин, эмепрония бромид, этаверин, феклемин, феналамид, феноверин, фенпипран, фенпивериния бромид, фентония бромид, флавоксат, флопропион, глюконовая кислота, гвайактамин, гидрамитразин, гимекромон, лейопиррол, мебеверин, моксаверин, нафиверин, октамиламин, октаверин, оксибутинина хлорид, пентапиперид, фенамацида гидрохлорид, флороглуцинол, пинаверия бромид, пиперилат, пипоксолана гидрохлорид, прамиверин, прифиния бромид, проперидин, пропиван, пропиромазин, прозапин, рацефемин, роциверин, спазмолитол, стилония иодид, сультропоний, тиемония йодид, тиквизия бромид, тиропрамид, трепибутон, трикромил, трифолий, тримебутин, n, n-1триметил-3,3-дифенилпропиламин, тропензил, троспия хлорид и ксенитропия бромид); и антихолинергические агенты (например, адифенин, алверин, амбутономий, аминопентамид, амиксетрин, ампротропина фосфат, анизотропина метилбромид, апоатропин, атропин, атропина n-оксид, бенактизин, бенапризин, бензетимид, бензилоний, бензтропина мезилат, бевония метилсульфат, бипериден, бутропий, n-бутилскополаммония бромид, бузепид, камилофин, карамифен, хлоробензоксамин, хлорофеноксамин, циметропий, клидиний, циклодрин, циклоний, цикримин, дептропин, дексетимид, дибутолина сульфат, дицикломин, диэтазин, дифемерин, дигексиверин, дифеманилметилсульфат, n-(1,2-дифенилэтил)никотинамид, дипипроверин, дипоний, эмепроний, эндобензилин, этопропазин, этибензтропин, этилбензгидрамин, этомидолин, эвкатропин, фенпивериний, фентоний, флутропий, гликопирролат, гетероний, гексоциклия метилсульфат, гоматропин, гиосциамин, ипратропий, изопропамид, левомепат, меклоксамин, мепензолат, меткарафен, метантелин, метиксен, метскополамин, октамиламин, оксибутинин, оксифенциклимин, оксифеноний, пентапиперид, пентиенат, фенкарбамид, фенглутаримид, пипензолат, пиперидолат, пиперилат, полдина метисульфат, придинол, прифиний, проциклидин, пропантелин, пропензолат, пропиверин, пропиромазин, скополамин, скополамина n-оксид, страмоний, сультропоний, тифенамил, тиемоний, тимепидий, тиквизий, тридигексетила йодид, тригексифенидила гидрохлорид, тримебутин, тропацин, тропензил, тропикамид, троспий, валетамат, вамикамид и ксенитропий).
Примеры наркотических анальгетиков включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: алфентанил, аллилпродин, альфапродин, анилеридин, бензилморфин, безитрамид, бупренорфин, буторфанол, клонитазен, кодеин, кодеина метилбромид, кодеина фосфат, кодеина сульфат, дезоморфин, декстроморамид, дезоцин, диампромид, дигидрокодеин, дигидрокодеинона энолацетат, дигидроморфин, дименоксадол, димефептанол, диметилтиамбутен, диоксафетила бутират, дипипанон, эптазоцин, этогептазин, этилметилтиамбутен, этилморфин, этонитазен, фентанил, гидрокодон, гидроморфон, гидроксипетидин, изометадон, кетобемидон, леворфанол, лофентанил, меперидин, мептазинол, метазоцин, метадона гидрохлорид, метопон, морфин, мирофин, налбуфин, нарцеин, никоморфин, норлеворфанол, норметадон, норморфин, норпипанон, опий, оксикодон, оксиморфон, папаверет, пентазоцин, фенадоксон, феназоцин, феоперидин, пиминодин, пиритрамид, прогептазин, промедол, проперидин, пропирам, пропоксифен, румифентанил, суфентанил и тилидин.
Примеры ненаркотических анальгетиков включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: ацеклофенак, ацетаминофен, ацетаминосалол, ацетанилид, ацетилсалициловая кислота, алклофенак, алминопрофен, алоксиприн, алюминия бис(ацетилсалицилат), аминохлортеноксазин, 2-амино-4-пиколин, аминопропилон, аминопирин, аммония салицилат, амтолметин гуацил, антипирин, антипирина салицилат, антрафенин, апазон, аспирин, бенорилат, беноксапрофен, бензпиперилон, бензидамин, бермопрофен, брофенак, p-бромоацетанилид, 5-бромосалициловой кислоты ацетат, буцетин, буфексамак, бумадизон, бутацетин, кальция ацетилсалицилат, карбамазепин, карбифен, карсалам, хлоралантипирин, хлортеноксазин, холина салицилат, цинхофен, цирамадол, клометацин, кропропамид, крометамид, дексоксадрол, дифенамизол, дифлунисал, дигидроксиалюминия ацетилсалицилат, дипироцетил, дипирон, эморфазон, энфенамовая кислота, эпиризол, этерсалат, этензамид, этоксазен, этодолак, фелбинак, фенопрофен, флоктафенин, флуфенамовая кислота, флуоресон, флупиртин, флупроквазон, флурбипрофен, фосфосал, гентизовая кислота, глафенин, ибуфенак, имидазола салицилат, индометацин, индопрофен, изофезолак, изоладол, изониксин, кетопрофен, кеторолак, p-лактофенетид, лефетамин, локсопрофен, лизина ацетилсалицилат, магния ацетилсалицилат, метотримепразин, метофолин, миропрофен, моразон, морфолина салицилат, напроксен, нефопам, нифеназон, 5'-нитро-2'-пропоксиацетанилид, парсалмид, перизоксал, фенацетин, феназопиридина гидрохлорид, феноколл, фенопиразон, фенилацетилсалицилат, фенилсалицилат, фенирамидол, пипебузон, пиперилон, продилидин, пропацетамол, пропифеназон, проксазол, хинина салицилат, рамифеназон, римазолия метилсульфат, салацетамид, салицин, салициламид, салициламид-о-уксусная кислота, сульфосалициловая кислота, салсалат, салверин, симетрид, натрия салицилат, сульфамипирин, супрофен, талнифлумат, теноксикам, терофенамат, тетрадрин, тиноридин, толфенамовая кислота, толпронин, трамадол, виминол, ксенбуцин и зомепирак.
Примеры местных анестетиков включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: амукаин, амоланон, амилокаина гидрохлорид, беноксинат, бензокаин, бетоксикаин, бифенамин, бупивакаин, бутакаин, бутабен, бутаниликаин, бутетамин, бутоксикаин, картикаин, хлоропрокаина гидрохлорид, кокаэтилен, кокаин, циклометикаин, дибукаина гидрохлорид, диметизохин, диметокаин, диперадона гидрохлорид, циклонин, экгонидин, экгонин, этилхлорид, бета-эукаин, эупроцин, феналкомин, фомокаин, гексилкаина гидрохлорид, гидрокситетракаин, изобутил-p-аминобензоат, лейцинокаина мезилат, левоксадрол, лидокаин, мепивакаин, меприлкаин, метабутоксикаин, метилхлорид, миртекаин, наепаин, октакаин, ортокаин, оксетазаин, паретоксикаин, фенакаина гидрохлорид, фенол, пиперокаин, пиридокаин, полидоканол, прамоксин, прилокаин, прокаин, пропанокаин, пропаракаин, пропипокаин, пропоксикаина гидрохлорид, псевдококаин, пиррокаин, ропавакаин, салициловый спирт, тетракаина гидрохлорид, толикаин, тримекаин и золамин.
Примеры прочих агентов включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: амлексанокс, аминофиллин, азеластин, беклометазона дипропионат, кромолин, дексаметазон, эфедрин, фенотерол, флатропий, гидрокортизон, ибудиласт, ипратропий, изопреналин, ZAJITEN™ (кетотифен), модификаторы лейкотриена, такие как монтелукаст, зафирлукаст и зилеутон, ZESURAN™ (меквитазин), недокромил, орципреналин, окситомид, окситропий, пранлукаста гидрат, преднизолон, прокатерол, репиринаст, сальбутамол, сератродаст, натрия хромогликат, суплатаст тозилат, тербуталин, терфенадин, теофиллин, тиарамид, траниласт, траксанокс, триметохинол и тубобутерол.
Примеры терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, которые пригодны для применения в лечении носовых полипов, включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: антагонисты периостина, антагонисты PP1, антагонисты MET, агонисты PIP и агонисты AZGP1.
Примеры антагонистов периостина включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: поликлональные антитела против периостина человека (BioVendor Laboratory Medicine, Inc, Модриче, Чешская Республика, № по каталогу: RD-181045050) и моноклональные антитела против периостина (см. Tai et al., Carcinogenesis, 2005, 26, 908-15) и валсартан.
Примеры антагонистов PP1 (таких как, например, антагонисты PP1c, антагонисты PPP1R9B и антагонисты PPP1R6) включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: поликлональные антитела против нейрабина 2 человека (также известного как PPP1R9B) (Abcam, Inc, Кембридж, Массачусетс, США, № по каталогу: AB18561), антитело против PPP1R9B (Novus Biological, Inc., Литтлтон, Колорадо, США, № по каталогу: H00084687-A01), ингибирующие пептиды, специфичные к PP1 (такие как, например, пептид, имеющий аминокислотную последовательность MEPDNSPRKIQFTVPLLEPHLDPEAAEQIRRRRPTPATLVLTSDQSSPEIDEDRIPNSLLKSTLS
MSPRQRKKMTRTTPTMKELQTMVEHHLGQQKQGEEPEGATESTGNQESCPPGIPDTGSASRPDTPGTAQKSAESNPKTQEQCGVEPRTEDSSAHMLPLDSQGASLV) (SEQ ID NO: 17), и пептид, имеющий аминокислотную последовательность MAASTASHRPIKGILKNKTSSTSSRVASAEQPRGSVDEELSKKSQKWDEMNILA
TYHPADKDYGLMKIDEPSTPYHSMIGDDDDAYSDTETTEAMTPDTLAKKLAAAEGSEPKYRIREQESSGEEDSDLSPEEREKKRQFEMKRKLHYNEGLNIKLARQLISKDLHDDEEDEEMSETADGESMNTEESNQGSTPSDQRQNKSQSS (SEQ ID NO: 18)); и фосфопротеин, регулируемый дофамином и циклическим АМФ (DARPP-32) (EMD Calbiochem, Inc., Гиббстаун, Нью-Джерси, США, № по каталогу: 251755); ингибиторы протеинфосфатаз, такие как, например, окадаиковая кислота и каликулин А.
Примеры антагонистов MET включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: поликлональные антитела против MET человека (Santa Cruz Biotechnology, Inc, Санта-Круз, Калифорния, США, № по каталогу: SC-10) и антитела против MET (Sigma-Aldrich, Сент-Луис, Миссури, США, № по каталогу: C7115); ингибиторы тирозинкиназы, такие как, например, (3Z)-N-(3-хлорофенил)-3-((3,5-диметил-4-((4-метилпиперазин-1-ил)карбонил)-1H-пиррол-2-ил)метилен)-N-метил-2-оксо-2,3-дигидро-1H-индол-5-сульфонамид (SU11274) и 1,3-дигидро-3-((3,5-диметил-1Н-пиррол-2-ил)метилен)-2Н-индол-2-он (SU5416).
Примеры агонистов PIP включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: белок PIP, рекомбинантный белок PIP (Abnova, Тайбэй, Тайвань, № по каталогу: H00005304-P01) и стимуляторы экспрессии PIP, такие как, например, интерлейкин-4 и интерлейкин-13; и тамоксифен.
Примеры агонистов AZGP1 включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: белок AZGP1, рекомбинантный белок AZGP1 (Abnova, Тайбэй, Тайвань, № по каталогу: 1100000563-Р01); росиглитазон, дексаметазон и (RR+SS)-(±)-4-(2-(2-(3-хлорофенил)-2-гидроксиэтил)амино)пропил)феноксиацетат (BRL 37344).
Примеры терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, которые пригодны для применения в лечении аллергического ринита, включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: кортикостероиды, антагонисты Н1/противоаллергические агенты, антагонисты рецепторов гистамина, ингибиторы высвобождения химических медиаторов, антагонисты рецепторов тромбоксана А2, ингибиторы синтеза тромбоксана А2, антагонисты лейкотриенов, ингибиторы цитокинов Th2, антагонисты ФНО-альфа, ингибиторы PDE4, ингибиторы JAK3 и ингибиторы киназы р38.
Примеры кортикостероидов включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: сложные эфиры беклометазона (KONAZE™, ARUDESHIN™, RHINOCORT™, SARUKOTO™ (сложный эфир 17-пропионата или сложный эфир 17,21-дипропионата), Furunaze™ (флутиказона пропионат), будесонид, флунизолид, сложные эфиры мометазона (например, сложный эфир фуроата), триамцинолона ацетонид, рофлепонид и циклесонид.
Примеры антагонистов Н1/противоаллергических агентов (антигистаминов) включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: антигистамины первого поколения H1, такие как, например, пипероксам, этилендиамин (например, мепирамин (пириламин), антазолин), этаноламины (например, дифенгидрамин, карбиноксамин, доксиламин, клемастин и дименгидринат), алкиламины (например, фенирамин, куроренамин (хлорфенирамин), декстрозы циклоалкилнафтоилметил Na Min, бромфенирамин и трипролидин), пиперазины (например, циклизин, гидроксизин и меклизин) и трициклики (например, прометазин, алимемазин (тримепразин), ципрогептадин и азатадин); антигистамины второго поколения, такие как, например, лекарственные препараты системного действия (например, акривастин, астемизол, цетиризин, лоратадин, мизоластин и терфенадин), и лекарственные препараты местного действия (например, азеластин, левокабастин и олопатадин (олопатидин); и антигистамины третьего поколения, такие как, например, (левоцетиризин, дезлоратадин (дезлоратидин) и ALLEGRA® (фексофенадин).
Примеры антагонистов рецепторов гистамина включают в себя, но не ограничиваются ими, ZAJITEN™ (кетотифен), ZESURAN™ (меквитазин), ALLEGRA® (фексофенадин), EBASUTERU™ (эбастин), TALION™ (бепотастин), ALLELOCK™ (олопатадин) и CLARITIN® (лоратадин).
Примеры ингибиторов высвобождения химических медиаторов включают в себя, но не ограничиваются ими, INTAL™ (кромогликат) и RIZABEN™ (траниласт).
Примеры антагонистов рецепторов тромбоксана А2 включают в себя, но не ограничиваются ими, BRONICA™ (сератродаст) и BAINASU™ (раматробан).
Примеры ингибиторов синтеза тромбоксана А2 включают в себя, но не ограничиваются им, DOMENAN™ (озагрел).
Примеры антагонистов лейкотриенов включают в себя, но не ограничиваются ими, SINGULAIR® и KIPRES™ (монтелукаст) и ONON™ (пранлукаст).
Примеры ингибиторов цитокинов Th2 включают в себя, но не ограничиваются им, IPD™ (суплатаст).
Примеры антагонистов ФНО-альфа включают в себя, но не ограничиваются ими, ENBREL® (этанерцепт), REMICADE® (инфликсимаб) и HUMIRA® (адалимумаб).
Примеры ингибиторов PDE4 включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: олипрам, пикламиласт, CDP-840, арифло, пентоксифиллин, денбуфиллин, теофиллин, замещенные ингибиторы 8-арилхинолиновой фосфодиэстеразы-4 (см. патент США № 6740666), ингибиторы алкинарилфосфодиэстеразы-4 (см. патент США № 6743802), ингибиторы 1-арил-1,8-нафтиридин-4-он фосфодиэстеразы (см. патенты США № 6677351 и 6541480), гидроксииндолы (см. патенты США № RE38624, 6613794 и 6602890), производные фталазина (см. патент США № 6589951), трициклические производные фталазина (см. патент США № 6525055), производные бензазина (см. патент США № 6358973), бензамиды с тетрагидрофуранилокси-заместителями (см. патент США № 6303789), диазепиноиндолоны (см. патент США № 6239130), 1-оксо-1-3-замещенные ингибиторы фенил-1,4-дигидро-1,8-нафтиридин-3-карбоксамид фосфодиэстеразы-4 (см. патентную публикацию США № 2006/0058316), N-замещенные диариламины (см. патентную публикацию США № 2005-0222207), ингибиторы аллин-арилфосфодиэстеразы-4 (см. патентную публикацию США № 2005-0070569) и производные нафтиридина (см. патентную публикацию США № 2004-0254212).
Примеры ингибиторов JAK3 включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: такролимус, CP-690550, WHI-P131, WHIP-97, WHIP-154, AG490, PS-608504 и PNU156804. Дополнительные примеры включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: 2-(1H-бензимидазол-1-ил)-9-[1(R)-(3-пиридил)этил]-8,9-дигидро-7H-пурин-8-он; 2-(1H-бензимидазол-1-ил)-9-[4-оксо-1,2,3,4-тетрагидронафтален-1(R)-ил]-8,9-дигидро-7H-пурин-8-он; 1-[9-[6-фторо-3,4-дигидро-2H-1-бензопиран-4(R)-ил]-8-оксо-8,9-дигидро-7H-пурин-2-ил]-1H-бензимидазол-6-карбонитрил; 1-[9-[7-фторо-3,4-дигидро-2H-1-бензопиран-4(R)-ил]-8-оксо-8,9-дигидро-7H-пурин-2-ил]-1H-бензимидазол-6-карбонитрил; и 2-(1H-бензимидазол-1-ил)-9-[5,8-дифторо-3,4-дигидро-2H-1-бензопиран-4(R)-ил]-8,9-дигидро-7H-пурин-8-он).
Примеры ингибиторов киназы p38 включают в себя, но не ограничиваются ими, 3(5)-гетероарил-замещенные пиразолы (см. Патент США № 5932425). Дополнительные примеры ингибиторов киназы p38 включают в себя, но не ограничиваются ими, 1-(5-трет-бутил-2-p-толил-2H-пиразол-3-ил)-3-[4-(2-морфолин-4-ил-этокси)нафтален-1-ил]мочевину (BIRB 796); SB202190; SB203580; VX-745; и VX-702.
Примеры терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, которые пригодны для применения в лечении АИРЗ, включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: высокодозовую терапию аспирином, ингибиторы P2Y12, антагонисты рецепторов лейкотриенов, антагонисты рецепторов тромбоксанов и ингибиторы 5-липоксигеназы.
Примеры ингибиторов P2Y12 включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: PLAVIX™ (клопидогрел), кангрелор, тикагрелор, TICLID™ (тиклопидин), EFFIENT™ (прасугрел) и элиногрел (PRT060128 и PRT128).
Примеры антагонистов рецепторов лейкотриенов включают в себя, но не ограничиваются ими, SINGULAIR™ и ACCOLATE™ (зафирлукаст).
Примеры антагонистов рецепторов тромбоксанов включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: HEPATOREN™ (иретробан), SERATRODAST™ (AA-2414), S18886 (терутробан), PTA2, 13-APA, GR-32191, BM-13177 (сулотробан), SQ-29,548, SQ-28,668, ONO-3708, Bay U3405, EP-045, BMS-180,291, S-145, I-BOP ([1S-[1-альфа,2-альфа(Z),3-бета(1E,3S*),4-альфа]]-7-[3-[3-гидрокси-4-(4-иодофенокси)-1-бутенил]-7-оксабицикло[2.2.1]гепт-2-ил]5-гептеновую кислоту), U46619 (9,11-дидезокси-9-альфа,11-альфа-метаноэрокси-проста-5Z,13E-диен-1-овую кислоту), PBT-3 [10(S)-гидрокси-11,12-циклопропил-эйкоза-5Z,8Z,14Z-триеновой кислоты метиловый эфир], гепоксиллина циклопропан, BM-531 (N-трет-бутил-N′-[(2-циклогексиламино-5-нитробензен)сульфонил]мочевину), EV-077, L0655 и ICI 192,605.
Примеры ингибиторов 5-липоксигеназы включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: ASTELIN™ и ASTELPRO™ (азеластин), диэтилкарбамазин, нордигидрогуайаретовую кислоту и ZYFLO™ (зилеутон).
В некоторых вариантах осуществления доза терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, может быть уменьшена на около 10%, на около 20%, на около 30%, на около 40%, на около 50%, на около 60%, на около 70%, на около 80% или на около 90% для пациентов или субъектов-людей, которые являются гетерозиготными по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15 (т.е. ниже, чем стандартное количество дозы) по сравнению с пациентами или субъектами-людьми, которые являются эталонными по ALOX15 (которые могут получать стандартное количество дозы). В некоторых вариантах осуществления доза терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, может быть уменьшена на около 10%, на около 20%, на около 30%, на около 40% или на около 50%. Кроме того, дозу терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение у пациентов или субъектов-людей, которые являются гетерозиготными по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, можно вводить менее часто по сравнению с пациентами или субъектами-людьми, которые являются эталонными по ALOX15.
Введение терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, и/или ингибиторов ALOX15, можно проводить повторно, например, через одни сутки, двое суток, трое суток, пятеро суток, одну неделю, две недели, три недели, один месяц, пять недель, шесть недель, семь недель, восемь недель, два месяца или три месяца. Повторное введение можно проводить в той же дозе или в другой дозе. Введение можно повторить один раз, два раза, три раза, четыре раза, пять раз, шесть раз, семь раз, восемь раз, девять раз, десять раз или большее число раз. Например, в соответствии с определенными схемами введения доз, пациент может получать терапию в течение продолжительного периода времени, такого как, например, 6 месяцев, 1 год или дольше.
Введение терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, и/или ингибиторов ALOX15 можно осуществлять любым подходящим путем, включая следующие, но не ограничиваясь ими: парентерально, внутривенно, перорально, подкожно, внутриартериально, внутричерепно, интратекально, внутрибрюшинно, местно, интраназально или внутримышечно. Фармацевтические композиции для введения предпочтительно являются стерильными и по существу изотоничными, и произведены согласно условиям правил производства и контроля качества лекарственных средств (GMP). Фармацевтические композиции могут быть представлены в единичной лекарственной форме (т.е. дозированной форме для единичного введения). Фармацевтические композиции могут быть составлены с использованием одного или нескольких физиологически и фармацевтически приемлемых носителей, разбавителей, эксципиентов или вспомогательных веществ. Подходящий лекарственный состав зависит от выбранного пути введения. Термин «фармацевтически приемлемый» означает, что носитель, разбавитель, эксципиент или вспомогательное вещество совместимы с другими ингредиентами лекарственного состава и по существу не являются вредными для их реципиента.
Термины «лечить», «лечат» и «лечение», и «предотвращать», «предотвращение» и «профилактика», используемые в контексте данного документа, относятся к вызыванию желаемого биологического ответа, такого как терапевтический и профилактический эффект, соответственно. В некоторых вариантах осуществления терапевтический эффект включает в себя одно или большее число из следующих: ослабление/снижение респираторного нарушения, ослабление/снижение тяжести респираторного нарушения (такое как, например, ослабление или ингибирование развития респираторного нарушения), ослабление/снижение симптомов и эффектов, связанных с респираторным нарушением, задержку появления симптомов и эффектов, связанных с респираторным нарушением, снижение тяжести симптомов эффектов, связанных с респираторным нарушением, снижение тяжести острого эпизода, уменьшение количества симптомов и эффектов, связанных с респираторным нарушением, снижение латентности симптомов и эффектов, связанных с респираторным нарушением, облегчение симптомов и эффектов, связанных с респираторным нарушением, ослабление вторичных симптомов, ослабление вторичных инфекций, предотвращение рецидива респираторного нарушения, уменьшение числа или частоты эпизодов рецидива, повышение латентности между симптоматическими эпизодами, увеличение времени до устойчивого прогрессирования, ускорение ремиссии, индуцирование ремиссии, усиление ремиссии, ускорение выздоровления или повышение эффективности альтернативной терапии, или снижение устойчивости к альтернативной терапии, и/или увеличенное время выживания пораженного животного-хозяина после введения агента или композиции, содержащей указанный агент. Профилактический эффект может включать в себя полное или частичное предотвращение/ингибирование или задержку развития/прогрессирования респираторного нарушения (например, полное или частичное предотвращение/ингибирование или задержку) и увеличение времени выживания пораженного животного-хозяина после осуществления терапевтического протокола. Лечение респираторного нарушения включает в себя лечение пациентов, у которых уже диагностирована любая форма респираторного нарушения на любой клинической стадии или проявлении, задержку начала или развития, или обострения, или ухудшения симптомов или признаков респираторного нарушения, и/или предотвращение, и/или уменьшение тяжести респираторного нарушения.
В данном изобретении также представлены способы идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск развития респираторного нарушения. В некоторых вариантах осуществления способ включает в себя определение в биологическом образце, полученном от пациента, присутствия или отсутствия молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 (например, молекулы геномной нуклеиновой кислоты, молекулы мРНК и/или молекулы кДНК), кодирующей полипептид ALOX15 человека. Когда у субъекта-человека отсутствует молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 (т.е. субъект-человек генотипически характеризуется как референсный по ALOX15), тогда указанный субъект-человек имеет повышенный риск развития респираторного нарушения. Когда субъект-человек имеет молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 (т. е. субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, или гомозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15), тогда указанный субъект-человек имеет пониженный риск развития респираторного нарушения.
Наличие единственной копии молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 в большей степени защищает субъекта-человека от развития респираторного нарушения, чем отсутствие копий молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15. Не намереваясь ограничиваться какой-либо конкретной теорией или механизмом действия, считается, что единственная копия молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 (т. е. гетерозиготность по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15) защищает субъекта-человека от развития респираторного нарушения, и также считается, что наличие двух копий молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 (т. е. гомозиготность по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15) может в большей степени защищать субъекта-человека от развития респираторного нарушения по сравнению субъектом-человеком с единственной копией. Следовательно, в некоторых вариантах осуществления единственная копия молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 может не обеспечить полную защиту, но вместо этого может частично или не полностью защищать субъекта-человека от развития респираторного нарушения. Не желая быть связанным какой-либо конкретной теорией, могут существовать дополнительные факторы или молекулы, участвующие в развитии респираторного нарушения, которые все еще присутствуют у субъекта-человека, имеющего единственную копию молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, что приводит к неполной защите от развития респираторного нарушения.
Обнаружение того, имеет ли субъект-человек молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 в биологическом образце от пациента, и/или определение того, имеет ли пациент молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, можно выполнять любым из способов, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in vitro. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in situ. В некоторых вариантах осуществления указанные способы можно выполнять in vivo. В любом из данных вариантов осуществления молекула нуклеиновой кислоты может присутствовать в клетке, полученной от субъекта-человека.
В некоторых вариантах осуществления, когда субъект-человек идентифицирован как имеющий повышенный риск развития респираторного нарушения, тогда указанного субъекта-человека дополнительно лечат с помощью терапевтического агента, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, и/или с помощью ингибитора ALOX15, как описано в данном документе. Например, когда субъект-человек является эталонным по ALOX15 и, следовательно, имеет повышенный риск развития респираторного нарушения, тогда указанному субъекту-человеку вводят ингибитор ALOX15. В некоторых вариантах осуществления такому пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение. В некоторых вариантах осуществления, когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, а также вводят ингибитор ALOX15. В некоторых вариантах осуществления пациент является эталонным по ALOX15. В некоторых вариантах осуществления пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
В данном изобретении также представлены способы обнаружения присутствия или отсутствия молекулы вариантной геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 в биологическом образце от субъекта-человека и/или молекулы вариантной мРНК с прогнозируемой потерей функции ALOX15 в биологическом образце от субъекта-человека, и/или молекулы вариантной кДНК с прогнозируемой потерей функции ALOX15, полученной из молекулы мРНК в биологическом образце от субъекта-человека. Следует понимать, что генные последовательности в пределах популяции и молекулы мРНК, кодируемые такими генами, могут варьировать из-за полиморфизмов, таких как однонуклеотидные полиморфизмы. Представленные в данном документе последовательности молекулы вариантной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, молекулы вариантной мРНК ALOX15 и молекулы вариантной кДНК ALOX15 являются только иллюстративными последовательностями. Также возможны другие последовательности молекулы вариантной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, молекулы вариантной мРНК и молекулы вариантной кДНК.
Биологический образец может быть получен из любой клетки, ткани или биологической жидкости субъекта. Образец может содержать любую клинически значимую ткань, например, образец костного мозга, биопсию опухоли, тонкоигольный аспират, или образец жидкости организма, такой как кровь, зубодесневая жидкость, плазма крови, сыворотка крови, лимфа, асцитическая жидкость, кистозная жидкость или моча. В некоторых случаях образец содержит ротовой мазок. Образец, используемый в описанных в данном документе способах, будет варьировать в зависимости от формата анализа, природы способа обнаружения и тканей, клеток или экстрактов, которые используются в качестве образца. Биологический образец может проходить разную обработку в зависимости от применяемого анализа. Например, когда проводят обнаружение молекулы вариантной нуклеиновой кислоты ALOX15, можно применять предварительную обработку с целью выделения или обогащения образца геномной ДНК. Для этой цели можно применять различные методики. Когда проводят обнаружение уровня любой вариантной мРНК ALOX15, можно применять разные методики для обогащения биологического образца мРНК. Можно применять различные способы для обнаружения наличия или уровня молекулы мРНК или наличия конкретного вариантного геномного локуса ДНК.
В некоторых вариантах осуществления обнаружение молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 человека у субъекта-человека включает в себя анализ или генотипирование биологического образца, полученного от указанного субъекта-человека, для определения того, содержит ли молекула геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце, и/или молекула мРНК ALOX15 в биологическом образце, и/или молекула кДНК ALOX15, полученная из молекулы мРНК, в биологическом образце одну или несколько вариаций, которые вызывают потерю функции (частичную или полную), или, как прогнозируется, вызывают потерю функции (частичную или полную).
В некоторых вариантах осуществления способы обнаружения присутствия или отсутствия молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 (такой как, например, молекулы геномной нуклеиновой кислоты, молекулы мРНК и/или молекулы кДНК, полученной из молекулы мРНК) у субъекта-человека включают в себя проведение анализа биологического образца, полученного от субъекта-человека. Указанный анализ определяет, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце определенную последовательность нуклеотидов.
В некоторых вариантах осуществления нуклеотидная последовательность содержит: тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 (для молекул геномных нуклеиновых кислот); урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 (для молекул мРНК); или тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 (для молекул кДНК, полученных из молекул мРНК). В некоторых вариантах осуществления нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью. В некоторых вариантах осуществления нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью. В некоторых вариантах осуществления нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью.
В некоторых вариантах осуществления биологический образец содержит клетку или клеточный лизат. Такие способы могут дополнительно включать в себя, например, получение от субъекта биологического образца, содержащего молекулу геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 или молекулу мРНК, и, в случае с мРНК, необязательно - проведение обратной транскрипции мРНК в кДНК. Такие анализы могут включать в себя, например, идентифицирование указанных положений конкретной молекулы нуклеиновой кислоты ALOX15. В некоторых вариантах осуществления способ представляет собой способ in vitro.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, молекулы мРНК ALOX15 или молекулы кДНК ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит одну или большее число вариаций, которые вызывают потерю функции (частичную или полную) или, как прогнозируется, вызывают потерю функции (частичную или полную).
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя секвенирование по меньшей мере части: нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и/или нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15, полученной из мРНК в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью. Когда секвенированная часть молекулы нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, или тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6, тогда молекула нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью. Когда секвенированная часть молекулы нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, тогда молекула нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью. Когда секвенированная часть молекулы нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, тогда молекула нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью. Когда секвенированная часть молекулы нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6, тогда молекула нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности ALOX15: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; молекулы мРНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; и/или молекулы кДНК, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности ALOX15: молекулы геномной нуклеиновой кислоты, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; молекулы мРНК, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; и/или молекулы кДНК, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера: тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; и/или тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6.
В некоторых вариантах осуществления анализ включает в себя секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты. В некоторых вариантах осуществления анализируют только молекулу геномной нуклеиновой кислоты ALOX15. В некоторых вариантах осуществления анализируют только мРНК ALOX15. В некоторых вариантах осуществления анализируют только кДНК ALOX15, полученную из мРНК ALOX15.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом амплифицированная часть содержит: i) тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; ii) урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO:4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и/или iii) тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: i) тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; ii) урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и/или iii) тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом амплифицированная часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом амплифицированная часть содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO:4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом амплифицированная часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты представляет собой мРНК, и стадия определения дополнительно включает в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК до стадии амплификации.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей: тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и/или тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
В некоторых вариантах осуществления стадия определения, стадия обнаружения или генотипирование включают в себя: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
Могут применяться методики заменоспецифичной полимеразной цепной реакции для обнаружения мутаций, таких как ОНП, в последовательности нуклеиновой кислоты. Могут применяться заменоспецифичные праймеры, потому что ДНК-полимераза не будет удлинять нуклеотидный продукт при наличии несоответствия с матрицей.
В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и проводят обратную транскрипцию указанной мРНК в кДНК до стадии амплификации. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты присутствует в клетке, полученной от субъекта-человека.
В некоторых вариантах осуществления анализ может включать в себя приведение биологического образца в контакт с праймером или зондом, таким как заменоспецифичный праймер или заменоспецифичный зонд, которые специфически гибридизуются с вариантной геномной последовательностью ALOX15, вариантной последовательностью мРНК или вариантной последовательностью кДНК, но не с соответствующей референсной последовательностью ALOX15 в жестких условиях, и определение того, произошла ли гибридизация.
В некоторых вариантах осуществления анализ включает в себя секвенирование РНК (РНК-секвенирование). В некоторых вариантах осуществления анализы также включают в себя выполнение обратной транскрипции мРНК в кДНК, например, с помощью полимеразной цепной реакции с обратной транскриптазой (ОТ-ПЦР).
В некоторых вариантах осуществления способы используют зонды и праймеры достаточной нуклеотидной длины для связывания с целевой нуклеотидной последовательностью и, в частности, для обнаружения и/или идентификации полинуклеотида, содержащего молекулу вариантной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, молекулу вариантной мРНК или молекулу вариантной кДНК. Условия гибридизации или условия реакции могут определяться проводящим эксперимент человеком для достижения данного результата. Нуклеотидная длина может быть любой длиной, достаточной для использования в выбранном способе обнаружения, включая любой анализ, описанный или приведенный в качестве примера в данном документе. Такие зонды и праймеры могут специфически гибридизоваться с целевой нуклеотидной последовательностью в условиях гибридизации высокой жесткости. Зонды и праймеры могут быть полностью идентичными последовательности смежных нуклеотидов в пределах целевой нуклеотидной последовательности, хотя с помощью традиционных способов можно конструировать зонды, отличающиеся от целевой нуклеотидной последовательности, но которые сохраняют способность специфическим образом выявлять и/или идентифицировать целевую нуклеотидную последовательность. Зонды и праймеры могут быть на около 80%, около 85%, около 90%, около 91%, около 92%, около 93%, около 94%, около 95%, около 96%, около 97%, около 98%, около 99% или на 100% идентичны или комплементарны нуклеотидной последовательности целевой молекулы нуклеиновой кислоты.
В некоторых вариантах осуществления для определения того, содержит ли молекула нуклеиновой кислоты ALOX15 (молекула геномной нуклеиновой кислоты, молекула мРНК или молекула кДНК) или комплементарная ей молекула нуклеиновой кислоты в биологическом образце нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 (молекула геномной нуклеиновой кислоты), или урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 (молекула мРНК), или тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 (молекула кДНК), биологический образец может быть подвергнут способу амплификации с использованием пары праймеров, которая включает в себя первый праймер, полученный из 5’-фланкирующей последовательности, прилегающей к тимину в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, или урацила в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, или тимину в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6, и второй праймер, полученный из 3’-фланкирующей последовательности, прилегающей к тимину в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, или урацилу в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, или тимину в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6, для получения ампликона, который указывает на присутствие ОНП в положениях, кодирующих тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, или урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, или тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6. В некоторых вариантах осуществления указанный ампликон может варьировать в длине от объединенной длины пар праймеров плюс одна пара нуклеотидных оснований до длины любого ампликона, производимого протоколом амплификации ДНК. Это расстояние может находиться в диапазоне от одной пары нуклеотидных оснований до граничного значения реакции амплификации или до около двадцати тысяч пар нуклеотидных оснований. Необязательно, пара праймеров фланкирует область, включающую в себя положения, содержащие тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, или урацил положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, или тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO 6, и по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или большее число нуклеотидов на каждой стороне от положений, содержащих тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, или урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, или тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6.
Похожие ампликоны могут быть сгенерированы из последовательностей мРНК и/или кДНК. Пары ПЦР-праймеров могут быть получены из известной последовательности, например, с помощью компьютерных программ, предназначенных для этой цели, таких как инструмент анализа ПЦР-праймеров в Vector NTI, версия 10 (Informax Inc., Бетесда, Мэриленд, США); PrimerSelect (DNASTAR Inc., Медисон, Висконсин, США); и Primer3 (версия 0.4.0.COPYRGT., 1991, Whitehead Institute for Biomedical Research, Кембридж, Массачусетс, США). Кроме того, последовательность можно оценивать визуально и вручную определять праймеры, используя известные руководства.
Иллюстративные примеры методик секвенирования нуклеиновых кислот включают в себя, но не ограничиваются ими, секвенирование с терминатором синтеза цепи (по Сэнгеру) и секвенирование с терминатором-красителем. Другие способы включают в себя способы гибридизации нуклеиновых кислот, отличные от секвенирования, включая применение меченных праймеров или зондов, направленных против очищенной ДНК, амплифицированной ДНК и фиксированных клеточных препаратов (флуоресцентная гибридизация in situ (FISH)). В некоторых способах целевую молекулу нуклеиновой кислоты можно амплифицировать до обнаружения или одновременно с ним. Иллюстративные примеры методик амплификации нуклеиновых кислот включают в себя, но не ограничиваются ими, полимеразную цепную реакцию (ПЦР), лигазную цепную реакцию (ЛЦР), амплификацию с замещением цепей (АЗЦ) и амплификацию на основании нуклеотидной последовательности (АОНП). Другие способы включают в себя, но не ограничиваются ими, лигазную цепную реакцию, амплификацию с замещением цепей и термофильную АЗЦ (тАЗЦ).
В методиках гибридизации могут применяться жесткие условия так, чтобы зонд или праймер специфически гибридизовался со своей мишенью. В некоторых вариантах осуществления полинуклеотидный праймер или зонд в жестких условиях будут гибридизоваться со своей целевой последовательностью в выявляемо большей степени, чем с другими, нецелевыми, последовательностями, например, по меньшей мере в 2 раза, по меньшей мере в 3 раза, по меньшей мере в 4 раза или в большее число раз превышая фон, включая превышение фона больше чем в 10 раз. В некоторых вариантах осуществления полинуклеотидный праймер или зонд в жестких условиях будут гибридизоваться со своей целевой нуклеотидной последовательностью в выявляемо большей степени, по меньшей мере в 2 раза, чем с другими нуклеотидными последовательностями. В некоторых вариантах осуществления полинуклеотидный праймер или зонд в жестких условиях будут гибридизоваться со своей целевой нуклеотидной последовательностью в выявляемо большей степени, по меньшей мере в 3 раза, чем с другими нуклеотидными последовательностями. В некоторых вариантах осуществления полинуклеотидный праймер или зонд в жестких условиях будут гибридизоваться со своей целевой нуклеотидной последовательностью в выявляемо большей степени, по меньшей мере в 4 раза, чем с другими нуклеотидными последовательностями. В некоторых вариантах осуществления полинуклеотидный праймер или зонд в жестких условиях будут гибридизоваться со своей целевой нуклеотидной последовательностью в выявляемо большей степени, чем с другими нуклеотидными последовательностями, по меньшей мере в 10 раз превышая фон. Жесткие условия зависят от последовательности и будут разными в разных обстоятельствах.
Соответствующие условия жесткости, которые стимулируют гибридизацию ДНК, например, 6X хлорид натрия/цитрат натрия (SSC) при температуре около 45°C с последующей промывкой 2X SSC при температуре 50°C, являются известными или же их можно найти в Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y. (1989), 6.3.1-6.3.6. Как правило, жесткие условия для гибридизации и обнаружения будут таковыми, при которых концентрация соли составляет меньше чем около 1,5 M ионов Na+, как правило, это концентрации ионов Na+ (или других солей) от около 0,01 до около 1,0 M при pH от 7,0 до 8,3, а температура составляет по меньшей мере около 30°C для коротких зондов (например, от 10 до 50 нуклеотидов) и по меньшей мере около 60°C для более длинных зондов (например, больше чем 50 нуклеотидов). Жесткие условия также можно обеспечить путем добавления дестабилизирующих агентов, таких как формамид. Необязательно, буферы для промывки могут содержать от 0,1% до 1% ДСН. Длительность гибридизации в общем случает составляет меньше чем около 24 часа, обычно - от около 4 часов до около 12 часов. Длительность времени промывки будет составлять по меньшей мере тот промежуток времени, который необходим для достижения равновесия.
В данном изобретении также представлены способы обнаружения присутствия полипептида ALOX15 человека с прогнозируемой потерей функции, включающие в себя проведение анализа образца, полученного от субъекта-человека, для определения того, содержит ли полипептид ALOX15 в субъекте одну или несколько вариаций, которые приводят к потере функции указанного полипептида (частичной или полной) или прогнозируемой потере функции (частичной или полной) указанного полипептида. Полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции может быть любым из вариантных полипептидов ALOX15, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанные способы обнаруживают присутствие ALOX15 Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg или Leu106fs. В некоторых вариантах осуществления указанные способы обнаруживают присутствие ALOX15 Thr560Met.
В некоторых вариантах осуществления указанные способы включают в себя проведение анализа образца, полученного от субъекта-человека, для определения того, содержит ли полипептид ALOX15 в указанном образце метионин в положении, соответствующем положению 560 в соответствии с SEQ ID NO: 8.
В некоторых вариантах осуществления стадия обнаружения включает в себя секвенирование по меньшей мере части полипептида, которая содержит положение, соответствующее положению 560 в соответствии с SEQ ID NO: 8 или SEQ ID NO: 7.
В некоторых вариантах осуществления стадия обнаружения включает в себя иммуноанализ для определения присутствия полипептида, который содержит положение, соответствующее положению 560 в соответствии с SEQ ID NO: 8 или SEQ ID NO: 7.
В некоторых вариантах осуществления, когда субъект-человек не имеет полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции, тогда указанный субъект-человек имеет повышенный риск развития респираторного нарушения, такого как носовой полип, аллергический ринит, астма и/или АИРЗ. В некоторых вариантах осуществления, когда субъект-человек имеет полипептид ALOX15 с прогнозируемой потерей функции, тогда указанный субъект-человек имеет пониженный риск развития респираторного нарушения, такого как носовой полип, аллергический ринит, астма и/или АИРЗ, и/или атопия.
В данном изобретении также представлены выделенные молекулы нуклеиновых кислот, которые гибридизуются с молекулами вариантной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, молекулами вариантной мРНК ALOX15 и/или молекулами вариантной кДНК ALOX15 (такими как любая из молекул вариантной геномной нуклеиновой кислоты, молекул вариантной мРНК и/или молекул вариантной кДНК, раскрытых в данном документе). В некоторых вариантах осуществления выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с частью молекулы нуклеиновой кислоты ALOX15, которая содержит положение, соответствующее положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6.
В некоторых вариантах осуществления такие выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере около 5, по меньшей мере около 8, по меньшей мере около 10, по меньшей мере около 11, по меньшей мере около 12, по меньшей мере около 13, по меньшей мере около 14, по меньшей мере около 15, по меньшей мере около 16, по меньшей мере около 17, по меньшей мере около 18, по меньшей мере около 19, по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 21, по меньшей мере около 22, по меньшей мере около 23, по меньшей мере около 24, по меньшей мере около 25, по меньшей мере около 30, по меньшей мере около 35, по меньшей мере около 40, по меньшей мере около 45, по меньшей мере около 50, по меньшей мере около 55, по меньшей мере около 60, по меньшей мере около 65, по меньшей мере около 70, по меньшей мере около 75, по меньшей мере около 80, по меньшей мере около 85, по меньшей мере около 90, по меньшей мере около 95, по меньшей мере около 100, по меньшей мере около 200, по меньшей мере около 300, по меньшей мере около 400, по меньшей мере около 500, по меньшей мере около 600, по меньшей мере около 700, по меньшей мере около 800, по меньшей мере около 900, по меньшей мере около 1000, по меньшей мере около 2000, по меньшей мере около 3000, по меньшей мере около 4000 или по меньшей мере около 5000 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления такие выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере около 5, по меньшей мере около 8, по меньшей мере около 10, по меньшей мере около 11, по меньшей мере около 12, по меньшей мере около 13, по меньшей мере около 14, по меньшей мере около 15, по меньшей мере около 16, по меньшей мере около 17, по меньшей мере около 18, по меньшей мере около 19, по меньшей мере около 20, по меньшей мере около 21, по меньшей мере около 22, по меньшей мере около 23, по меньшей мере около 24 или по меньшей мере около 25 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере около 18 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере около 15 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из от около 10 до около 35, от около 10 до около 30, от около 10 до около 25, от около 12 до около 30, от около 12 до около 28, от около 12 до около 24, от около 15 до около 30, от около 15 до около 25, от около 18 до около 30, от около 18 до около 25, от около 18 до около 24 или от около 18 до около 22 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере от около 18 до около 30 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере от около 15 до около 35 нуклеотидов.
В некоторых вариантах осуществления такие выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с молекулами вариантной нуклеиновой кислоты ALOX15 (такими как молекулы геномной нуклеиновой кислоты, молекулы мРНК и/или молекулы кДНК) в жестких условиях. Такие молекулы нуклеиновых кислот могут использоваться, например, в качестве зондов, праймеров, заменоспецифичных зондов или заменоспецифичных праймеров, как описано или проиллюстрировано в данном документе, и включают в себя, но не ограничиваются ими, праймеры, зонды, антисмысловые РНК, кшРНК и миРНК, каждый (-ая) из которых более подробно описан (-а) в других частях данного документа и может использоваться в любом из способов, описанных в данном документе.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот гибридизуются с по меньшей мере около 15 смежными нуклеотидами молекулы нуклеиновой кислоты, которая по меньшей мере на около 70%, по меньшей мере на около 75%, по меньшей мере на около 80%, по меньшей мере на около 85%, по меньшей мере на около 90%, по меньшей мере на около 95%, по меньшей мере на около 96%, по меньшей мере на около 97%, по меньшей мере на около 98%, по меньшей мере на около 99% или на 100% идентична молекулам вариантной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, молекулам вариантной мРНК ALOX15 и/или молекулам вариантной кДНК ALOX15. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере от около 15 до около 100 нуклеотидов, или по меньшей мере от около 15 до около 35 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере от около 15 до около 100 нуклеотидов. В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные молекулы нуклеиновых кислот содержат или состоят из по меньшей мере от около 15 до около 35 нуклеотидов.
В некоторых вариантах осуществления указанные выделенные заменоспецифичные зонды или заменоспецифичные праймеры содержат по меньшей мере около 15 нуклеотидов, при этом указанные заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержат нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, кодирующей полипептид ALOX15 человека, при этом указанная часть содержит положение, соответствующее: положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью. В некоторых вариантах осуществления указанные заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер содержат нуклеотидную последовательность, которая комплементарна части нуклеотидной последовательности, содержащей положения, соответствующие: положениям с 9916 по 9918 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; положениям с 1692 по 1694 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и/или положениям с 1692 по 1694 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью.
В некоторых вариантах осуществления указанные заменоспецифичные зонды и заменоспецифичные праймеры содержат ДНК. В некоторых вариантах осуществления указанные заменоспецифичные зонды и заменоспецифичные праймеры содержат РНК.
В некоторых вариантах осуществления указанные зонды и праймеры, описанные в данном документе (включая заменоспецифичные зонды и заменоспецифичные праймеры), имеют нуклеотидную последовательность, которая специфически гибридизуется с любой из молекул нуклеиновых кислот, описанных в данном документе, или с комплементарными им нуклеотидными последовательностями. В некоторых вариантах осуществления указанные зонды и праймеры специфически гибридизуются с любой из молекул нуклеиновых кислот, описанных в данном документе, в жестких условиях.
В некоторых вариантах осуществления указанные праймеры, включая заменоспецифичные праймеры, могут использоваться при секвенировании второго поколения или при высокопроизводительном секвенировании. В некоторых случаях указанные праймеры, включая заменоспецифичные праймеры, могут быть модифицированными. В частности, указанные праймеры могут содержать различные модификации, которые используются на разных стадиях, например, массивно-параллельного опознавательного секвенирования (MPSS), полони-секвенирования и 454-пиросеквенирования. Модифицированные праймеры могут использоваться на нескольких стадиях процесса, включая биотинилированные праймеры на стадии клонирования и флуоресцентно меченые праймеры, используемые на стадии загрузки микрогранул и на стадии обнаружения. Полони-секвенирование обычно выполняют с использованием библиотеки парных концевых тегов, в которой длина каждой молекулы матрицы ДНК составляет около 135 п. о. Биотинилированные праймеры используются на стадии загрузки микрогранул и эмульсионной ПЦР. Флуоресцентно меченые вырожденные нонамерные олигонуклеотиды используются на стадии обнаружения. Адаптер может содержать 5'-биотиновую метку для иммобилизации библиотеки ДНК на микрогранулы, покрытые стрептавидином.
Зонды и праймеры, описанные в данном документе, могут применяться для обнаружения нуклеотидных вариаций в любой из молекул вариантной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, молекул вариантной мРНК ALOX15 и/или молекул вариантной кДНК ALOX15, описанных в данном документе. Праймеры, описанные в данном документе, могут применяться для амплификации молекул вариантной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, молекул вариантной мРНК ALOX15 и/или молекул вариантной кДНК ALOX15 или их фрагментов.
В данном изобретении также представлены пары праймеров, содержащие любой из праймеров, описанных выше. Например, если 3’-конец одного из праймеров гибридизуется с цитозином в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 1 (а не с тимином) в конкретной молекуле нуклеиновой кислоты ALOX15, то присутствие амплифицированного фрагмента будет указывать на присутствие молекулы референсной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15. И наоборот, если 3’-конец одного из праймеров гибридизуется с тимином в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 (а не с цитозином) в конкретной молекуле нуклеиновой кислоты ALOX15, то присутствие амплифицированного фрагмента будет указывать на присутствие молекулы вариантной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный тимину в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, может находиться на 3’-конце указанного праймера. В дополнение к этому, если 3’-конец одного из праймеров гибридизуется с цитозином в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 3 (а не с урацилом) в конкретной молекуле нуклеиновой кислоты ALOX15, то присутствие амплифицированного фрагмента будет указывать на присутствие молекулы референсной мРНК ALOX15. И наоборот, если 3’-конец одного из праймеров гибридизуется с урацилом в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 (а не с цитозином) в конкретной молекуле мРНК ALOX15, то присутствие амплифицированного фрагмента будет указывать на присутствие молекулы вариантной мРНК ALOX15. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный урацилу в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, может находиться на 3’-конце указанного праймера. В дополнение к этому, если 3’-конец одного из праймеров гибридизуется с цитозином в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 5 (а не с тимином) в конкретной молекуле нуклеиновой кислоты ALOX15, то присутствие амплифицированного фрагмента будет указывать на присутствие молекулы референсной кДНК ALOX15. И наоборот, если 3’-конец одного из праймеров гибридизуется с тимином в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 (а не с цитозином) в конкретной молекуле кДНК ALOX15, то присутствие амплифицированного фрагмента будет указывать на присутствие молекулы вариантной кДНК ALOX15. В некоторых вариантах осуществления нуклеотид праймера, комплементарный тимину в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6, может находиться на 3’-конце указанного праймера.
В контексте данного документа фраза «специфически гибридизуется» означает, что зонд или праймер (такой как, например, заменоспецифичный зонд или заменоспецифичный праймер) не гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей молекулу референсной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, молекулу референсной мРНК ALOX15 и/или молекулу референсной кДНК ALOX15.
В некоторых вариантах осуществления зонды (такие как, например, заменоспецифичный зонд) содержат метку. В некоторых вариантах осуществления указанная метка представляет собой флуоресцентную метку, радиоизотопную метку или биотин.
В данном изобретении также представлены подложки, содержащие субстрат, к которому присоединены один или большее число из описанных в данном документе зондов. Твердые подложки представляют собой твердофазные субстраты или подложки, с которыми могут связываться молекулы, такие как любые из описанных в данном документе зондов Твердая подложка имеет форму матрицы. Другой формой твердой подложки является матричный детектор. Матричный детектор представляет собой твердую подложку, с которой были сопряжены различные зонды в виде матрицы, решетки или другой упорядоченной структуры. Формой твердофазного субстрата является микротитровальный планшет, такой как стандартный планшет 96-луночного типа. В некоторых вариантах осуществления можно применять многолуночные стеклянные слайды, которые обычно содержат одну матрицу на лунку.
В данном изобретении также представлены молекулярные комплексы, содержащие или состоящие из любой из молекул нуклеиновой кислоты ALOX15 (молекул геномной нуклеиновой кислоты, молекул мРНК или молекул кДНК) или комплементарных им нуклеотидных последовательностей, описанных в данном документе, и любого из заменоспецифичных праймеров или заменоспецифичных зондов, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления молекулы нуклеиновой кислоты ALOX15 (молекулы геномной нуклеиновой кислоты, молекулы мРНК или молекулы кДНК) или комплементарные им нуклеотидные последовательности в указанных молекулярных комплексах являются одноцепочечными. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты ALOX15 представляет собой любую из молекул геномных нуклеиновых кислот, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты ALOX15 представляет собой любую из молекул мРНК, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления молекула нуклеиновой кислоты ALOX15 представляет собой любую из молекул кДНК, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из любой из молекул нуклеиновой кислоты ALOX15 (молекул геномной нуклеиновой кислоты, молекул мРНК или молекул кДНК) или комплементарных им нуклеотидных последовательностей, описанных в данном документе, и любого из заменоспецифичных праймеров, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из любой из молекул нуклеиновой кислоты ALOX15 (молекул геномной нуклеиновой кислоты, молекул мРНК или молекул кДНК) или комплементарных им нуклеотидных последовательностей, описанных в данном документе, и любого из заменоспецифичных зондов, описанных в данном документе.
В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из заменоспецифичного праймера или заменоспецифичного зонда, гибридизованных с молекулой геномной нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанные заменоспецифичный праймер или заменоспецифичный зонд гибридизованы с тимином в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью.
В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из заменоспецифичного праймера или заменоспецифичного зонда, которые гибридизованы с кодоном ATG в положениях, соответствующих положениям с 9916 по 9918 в соответствии с SEQ ID NO: 2.
В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из молекулы геномной нуклеиновой кислоты, которая содержит SEQ ID NO: 2.
В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из заменоспецифичного праймера или заменоспецифичного зонда, гибридизованных с молекулой мРНК, содержащей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанные заменоспецифичный праймер или заменоспецифичный зонд гибридизованы с урацилом в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью.
В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из заменоспецифичного праймера или заменоспецифичного зонда, которые гибридизованы с кодоном AUG в положениях, соответствующих положениям с 1692 по 1694 в соответствии с SEQ ID NO: 4.
В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из молекулы мРНК, которая содержит SEQ ID NO: 4.
В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из заменоспецифичного праймера или заменоспецифичного зонда, гибридизованных с молекулой кДНК, содержащей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанные заменоспецифичный праймер или заменоспецифичный зонд гибридизованы с тимином в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6, или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью.
В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из заменоспецифичного праймера или заменоспецифичного зонда, которые гибридизованы с кодоном ATG в положениях, соответствующих положениям с 1 692 по 1 694 в соответствии с SEQ ID NO: 6.
В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит или состоит из молекулы кДНК, которая содержит SEQ ID NO: 6.
В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс содержит заменоспецифичный зонд и заменоспецифичный праймер, содержащие метку. В некоторых вариантах осуществления указанная метка представляет собой флуоресцентную метку, радиоизотопную метку или биотин. В некоторых вариантах осуществления указанный молекулярный комплекс дополнительно содержит нечеловеческую полимеразу.
Нуклеотидная последовательность молекулы референсной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 указана в SEQ ID NO: 1. Ссылаясь на SEQ ID NO: 1, нуклеотид в положении 9917 представляет собой цитозин.
Существует молекула вариантной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, в которой цитозин в положении 9917 заменен на тимин. Нуклеотидная последовательность этой молекула вариантной геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 указана в SEQ ID NO: 2.
Нуклеотидная последовательность молекулы референсной мРНК ALOX15 указана в SEQ ID NO: 3. Ссылаясь на SEQ ID NO: 3, нуклеотид в положении 1693 представляет собой цитозин.
Существует молекула вариантной мРНК ALOX15, в которой цитозин в положении 1693 заменен на урацил. Нуклеотидная последовательность этой молекулы вариантной мРНК ALOX15 указана в SEQ ID NO: 4.
Нуклеотидная последовательность молекулы референсной кДНК ALOX15 указана в SEQ ID NO: 5. Ссылаясь на SEQ ID NO: 5, нуклеотид в положении 1693 представляет собой цитозин.
Существует молекула вариантной кДНК ALOX15, в которой цитозин в положении 1693 заменен на тимин. Нуклеотидная последовательность этой молекулы вариантной кДНК ALOX15 указана в SEQ ID NO: 6.
Также в данном документе представлены функциональные полинуклеотиды, которые могут взаимодействовать с описанными молекулами нуклеиновых кислот. Примеры функциональных полинуклеотидов включают в себя, но не ограничиваются ими, антисмысловые молекулы, аптамеры, рибозимы, молекулы, образующие тройную спираль, и внешние гидовые последовательности. Функциональные полинуклеотиды могут действовать как эффекторы, ингибиторы, модуляторы и стимуляторы определенного вида активности, которым обладает целевая молекула, или же функциональные полинуклеотиды могут обладать видом активности de novo, независимо от любых других молекул.
Описанные в данном документе выделенные молекулы нуклеиновых кислот могут включать в себя РНК, ДНК или как РНК, так и ДНК. Выделенные молекулы нуклеиновых кислот также могут быть связаны или слиты с гетерологичной нуклеотидной последовательностью, такой как вектор, или с гетерологичной меткой. Например, описанные в данном документе выделенные молекулы нуклеиновых кислот могут находиться в векторе или экзогенной донорной последовательности, содержащей выделенную молекулу нуклеиновой кислоты и гетерологичную последовательность нуклеиновой кислоты. Выделенные молекулы нуклеиновых кислот могут также быть связаны или слиты с гетерологичной меткой. Указанная метка может быть обнаруживаемой напрямую (такой как, например, флуорофор) или обнаруживаемой ненапрямую (такой как, например, гаптен, фермент или гаситель флуорофоров). Такие метки могут обнаруживаться спектроскопическими, фотохимическими, биохимическими, иммунохимическими или химическими средствами. Такие метки включают в себя, например, радиоизотопные метки, пигменты, красители, хромогены, спиновые метки и флуоресцентные метки. Метка также может представлять собой, например, хемилюминесцентное вещество; металлсодержащее вещество; или фермент, где происходит ферментозависимая вторичная генерация сигнала. Термин «метка» может также относиться к «тегу» или гаптену, которые могут избирательно связываться с конъюгированной молекулой таким образом, что данная конъюгированная молекула при последующем добавлении вместе с субстратом используется для генерации обнаруживаемого сигнала. Например, биотин может использоваться в качестве тега вместе с авидином или стрептавидиновым конъюгатом пероксидата хрена (HRP) для связывания с тегом, и исследован с использованием калориметрического субстрата (такого как, например, тетраметилбензидин (TMB)) или флуорогенного субстрата для обнаружения присутствия HRP. Иллюстративные метки, которые можно использовать в качестве тегов для облегчения очистки, включают в себя, но не ограничиваются ими, myc, HA, FLAG или 3XFLAG, 6XHis или полигистидин, глутатион-S-трансферазу (GST), мальтозосвязывающий белок, эпитопный тег или Fc-часть иммуноглобулина. Многочисленные метки включает в себя, например, частицы, флуорофоры, гаптены, ферменты и их калориметрические, флуорогенные и хемилюминесцентные субстраты, и другие метки.
Описанные в данном документе молекулы нуклеиновых кислот могут содержать, например, нуклеотиды или не встречающиеся в природе нуклеотиды, или модифицированные нуклеотиды, такие как нуклеотидные аналоги или нуклеотидные заместители. Такие нуклеотиды включают в себя нуклеотид, который содержит модифицированные основание, сахар или фосфатную группу, или в структуру которого включен не встречающийся в природе фрагмент. Примеры не встречающихся в природе нуклеотидов включают в себя, но не ограничиваются ими, дидезоксинуклеотиды, биотинилированные, аминированные, дезаминированные, алкилированные, бензилированные и флуорофор-меченые нуклеотиды.
Описанные в данном документе молекулы нуклеиновых кислот также могут содержать один или большее число нуклеотидных аналогов или замен. Нуклеотидный аналог представляет собой нуклеотид, который содержит модификацию либо в основании, либо в сахарном или фосфатном фрагментах. Модификации в основном фрагменте включают в себя, но не ограничиваются ими, природные и синтетические модификации A, C, G и T/U, а также разные пуриновые или пиримидиновые основания, такие как, например, псевдоуридин, урацил-5-ил, гипоксантин-9-ил (I) и 2-аминоаденин-9-ил. Модифицированные нуклеотидные основания включают в себя следующие, но не ограничиваются ими: 5-метилцитозин (5-me-C), 5-гидроксиметилцитозин, ксантин, гипоксантин, 2-аминоаденин, 6-метил и другие алкильные производные аденина и гуанина, 2-пропил и другие алкильные производные аденина и гуанина, 2-тиоурацил, 2-тиотимин и 2-тиоцитозин, 5-галоген- урацил и цитозин, 5-пропинил- урацил и цитозин, 6-азо- урацил, цитозин и тимин, 5-урацил (псевдоурацил), 4-тиоурацил, 8-галоген-, 8-амино-, 8-тиол-, 8-тиоалкил-, 8-гидроксил- и другие 8-замещенные аденины и гуанины, 5-галоген- (такой как, например, 5-бром-), 5-трифторметил- и другие 5-замещенные урацилы и цитозины, 7-метилгуанин, 7-метиладенин, 8-азагуанин, 8-азааденин, 7-деазагуанин, 7-деазааденин, 3-деазагуанин и 3-деазааденин.
Нуклеотидные аналоги также могут содержать модификации сахарного фрагмента. Модификации сахарного фрагмента включают в себя, но не ограничиваются ими, природные модификации рибозы и дезоксирибозы, а также синтетические модификации. Модификации сахара включают в себя, но не ограничиваются ими, следующие модификации в положении 2’: OH; F; O-, S- или N-алкил; O-, S- или N-алкенил;
O-, S- или N-алкинил; или O-алкил-O-алкил, где алкил, алкенил и алкинил могут представлять собой замещенные или незамещенные C1-10алкилы или C2-10алкенилы и C2-10алкинилы. Иллюстративные модификации сахара в положении 2’ также включают в себя, но не ограничиваются ими, -O[(CH2)nO]mCH3, -O(CH2)nOCH3, -O(CH2)nNH2, -O(CH2)nCH3,
-O(CH2)n-ONH2 и -O(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2, где n и m равны от 1 до около 10. Другие модификации в положении 2’ включают в себя, но не ограничиваются ими, C1-10алкил, замещенный низший алкил, алкарил, аралкил, O-алкарил или O-аралкил, SH, SCH3, OCN, Cl, Br, CN, CF3, OCF3, SOCH3, SO2CH3, ONO2, NO2, N3, NH2, гетероциклоалкил, гетероциклоалкарил, аминоалкиламино, полиалкиламино, замещенный силил, РНК-расщепляющую группу, репортерную группу, интеркалятор, группу для улучшения фармакокинетических свойств олигонуклеотида или группу для улучшения фармакодинамических свойств олигонуклеотида и другие заместители, имеющие сходные свойства. Сходные модификации также можно осуществлять в других положениях сахара, в частности, в положении 3’ сахара в 3’-концевом нуклеотиде или в 2’-5’-связанных олигонуклеотидах и в положении 5’ сахара в 5’-концевом нуклеотиде. Модифицированные сахара также могут включать в себя те, которые содержат модификации в мостиковом кислороде кольца, такие как CH2 и S. Нуклеотидные сахарные аналоги также могут содержать сахарные миметики, такие как циклобутильные фрагменты, на месте пентофуранозного сахара.
Нуклеотидные аналоги также могут быть модифицированы в фосфатном фрагменте. Модифицированные фосфатные фрагменты включают в себя, но не ограничиваются ими, те, которые можно модифицировать так, чтобы связь между двумя нуклеотидами содержала фосфоротиоат, хиральный фосфоротиоат, фосфородитиоат, фосфотриэфир, аминоалкилфосфотриэфир, метил- и другие алкильные фосфонаты, включая 3’-алкилен- фосфонат и хиральные фосфонаты, фосфинаты, фосфорамидаты, включая 3’-аминофосфорамидат и аминоалкилфосфорамидаты, тионофосфорамидаты, тионоалкилфосфонаты, тионоалкилфосфотриэфиры и боранофосфаты. Эти фосфатные или модифицированные фосфатные связи между двумя нуклеотидами могут быть образованы посредством 3’-5’ связи или 2’-5’ связи, и данная связь может иметь обращенную полярность, такую как от 3’-5’ к 5’-3’ или от 2’-5’ к 5’-2’. Также включены формы различных солей, смешанных солей и свободных кислот. Заменители нуклеотидов также включают в себя пептидные нуклеиновые кислоты (ПНК).
Процент идентичности (или процент комплементарности) между конкретными участками нуклеотидных последовательностей в молекулах нуклеиновых кислот или аминокислотных последовательностей в полипептидах может быть определен согласно обычной практике с помощью программ BLAST (основные инструменты поиска локального выравнивания) и программ PowerBLAST (Altschul et al., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403-410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649-656) или с помощью программы Gap (Wisconsin Sequence Analysis Package, версия 8 для Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, Медисон, Висконсин, США), с использованием настроек по умолчанию, в которых используется алгоритм Смита и Уотермана (Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482-489). В данном документе, если указывается процент идентичности последовательностей, более высокие проценты идентичности последовательностей являются предпочтительнее более низких.
В данном изобретении также представлены композиции, содержащие любую одну или большее число из выделенных молекул нуклеиновых кислот, молекул геномных нуклеиновых кислот, молекул мРНК и/или молекул кДНК, описанных в данном документе. В некоторых вариантах осуществления указанная композиция представляет собой фармацевтическую композицию. В некоторых вариантах осуществления указанные фармацевтические композиции содержат носитель и/или эксципиент. Примеры носителей включают в себя, но не ограничиваются ими, микросферы из поли(молочной кислоты) (PLA), микросферы из поли(D, L-молочной-ко-гликолевой кислоты) (PLGA), липосомы, мицеллы, инверсные мицеллы, липидные кохлеаты и липидные микротрубочки. Носитель может содержать забуференный солевой раствор, такой как ФСБ, ССРХ и т. д.
В контексте данного документа фраза «соответствующий» или его грамматические вариации, употребляемые в контексте нумерации конкретного нуклеотида или нуклеотидной последовательности, или положения, относится к нумерации определенной референсной последовательности, когда проводится сравнение конкретного нуклеотида или нуклеотидной последовательности с референсной последовательностью (такой как, например, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 или SEQ ID NO: 5). Другими словами, номер остатка (такого как, например, нуклеотид или аминокислота) или положение остатка (такого как, например, нуклеотид или аминокислота) конкретного полимера обозначают относительно референсной последовательности, а не по фактическому номеру положения остатка в конкретном нуклеотиде или нуклеотидной последовательности. Например, конкретная нуклеотидная последовательность может быть выровнена относительно референсной последовательности посредством внесения гэпов для оптимизации совпадения остатков между двумя указанными последовательностями. В этих случаях, несмотря на наличие гэпов, нумерацию остатка в конкретном нуклеотиде или нуклеотидной последовательности производят относительно референсной последовательности, с которой она была выровнена.
Например, молекула нуклеиновой кислоты, содержащая нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, означает, что если указанная нуклеотидная последовательность молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 выровнена с последовательностью SEQ ID NO: 2, то указанная последовательность ALOX15 имеет остаток тимина в положении, соответствующем положению 9917 по SEQ ID NO: 2. То же самое относится к молекулам мРНК, содержащим нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, и к молекулам кДНК, содержащим нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6. Другими словами, эти фразы относятся к молекуле нуклеиновой кислоты, кодирующей полипептид ALOX15, при этом молекула геномной нуклеиновой кислоты имеет нуклеотидную последовательность, которая содержит остаток тимина, гомологичный остатку тимина в положении 9917 по SEQ ID NO: 2 (или при этом молекула мРНК имеет нуклеотидную последовательность, которая содержит остаток урацила, гомологичный остатку урацила в положении 1693 по SEQ ID NO: 4, или при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, которая содержит остаток тимина, гомологичный остатку тимина в положении 1693 по SEQ ID NO: 6). В данном документе такая последовательность также упоминается как «последовательность ALOX15 с изменением C9917T» или «последовательность ALOX15 с вариацией C9917T», что относится к молекулам геномных нуклеиновых кислот (или «последовательность ALOX15 с изменением C1693U» или «последовательность ALOX15 с вариацией C1693U», что относится к молекулам мРНК, и «последовательность ALOX15 с изменением C1693T» или «последовательность ALOX15 с вариацией C1693 T», что относится к молекулам кДНК).
Как описано в данном документе, положение в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, которое соответствует положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, например, может быть идентифицировано путем выполнения выравнивания последовательностей между нуклеотидной последовательностью конкретной молекулы нуклеиновой кислоты ALOX15 и нуклеотидной последовательностью по SEQ ID NO: 2. Существует множество вычислительных алгоритмов, которые можно использовать для выполнения выравнивания последовательностей для идентификации положения нуклеотида, которое соответствует, например, положению 9917 в SEQ ID NO: 2. Например, выравнивания последовательностей можно выполнять с помощью алгоритма NCBI BLAST (Altschul et al., Nucleic Acids Res., 1997, 25, 3389-3402) или программного обеспечения CLUSTALW (Sievers and Higgins, Methods Mol. Biol., 2014, 1079, 105-116). При этом последовательности также можно выравнивать вручную.
Аминокислотная последовательность референсного полипептида ALOX15 указана в SEQ ID NO: 7. Ссылаясь на SEQ ID NO: 7, референсный полипептид ALOX15 имеет длину, составляющую 662 аминокислоты. Ссылаясь на SEQ ID NO: 7, нуклеотид в положении 560 представляет собой треонин.
Существует вариантный полипептид ALOX15 (Thr560Met или T560M), аминокислотная последовательность которого указана в SEQ ID NO: 8. Ссылаясь на SEQ ID NO: 8, вариантный полипептид ALOX15 имеет длину, составляющую 662 аминокислоты. Ссылаясь на SEQ ID NO: 8, нуклеотид в положении 560 представляет собой метионин.
Нуклеотидные и аминокислотные последовательности, перечисленные в приложенном перечне последовательностей, приведены с помощью стандартных буквенных обозначений для нуклеотидных оснований и трехбуквенного кода для аминокислот. Нуклеотидные последовательности соответствуют стандартной системе, начинаясь с 5’ конца указанной последовательности, продолжаясь вперед (т.е. слева направо в каждой строке) до 3’ конца. Приведена только одна цепь каждой нуклеотидной последовательности, но подразумевается, что комплементарная цепь включена в любую ссылку на приведенную цепь. Аминокислотные последовательности соответствуют стандартной системе, начинаясь с амино-конца указанной последовательности, продолжаясь вперед (т.е. слева направо в каждой строке) до карбокси-конца.
В данном изобретении также представлены терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, для применения в лечении респираторного нарушения (или для применения в приготовлении медицинского препарата для лечения респираторного нарушения) у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человеку имеет любую из молекул геномных нуклеиновых кислот, молекул мРНК и/или молекул кДНК, кодирующих полипептид ALOX15 человека, описанный в данном документе. Терапевтические агенты, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, могут представлять собой любые из терапевтических агентов, которые лечат или ингибируют респираторное нарушение, описанных в данном документе.
В некоторых вариантах осуществления субъект-человек содержит: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или полипептид ALOX15, который содержит метионин в положении, соответствующем положению 560 в соответствии с SEQ ID NO: 8.
В данном изобретении также представлены ингибиторы ALOX15 для применения в лечении респираторного нарушения (или для применения в приготовлении медицинского препарата для лечения респираторного нарушения) у субъекта-человека, при этом указанный субъект-человеку имеет любую из молекул геномных нуклеиновых кислот, молекул мРНК и/или молекул кДНК, кодирующих полипептид ALOX15 человека, описанный в данном документе. Ингибиторы ALOX15 могут представлять собой любые из ингибиторов ALOX15, описанных в данном документе.
В некоторых вариантах осуществления субъект-человек содержит: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; молекулу кДНК, имеющую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом указанная нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или полипептид ALOX15, который содержит метионин в положении, соответствующем положению 560 в соответствии с SEQ ID NO: 8. Ингибиторы ALOX15 могут представлять собой любые из ингибиторов ALOX15, описанных в данном документе.
Все патентные документы, веб-сайты, другие публикации, учетные номера и т.п., цитируемые выше или ниже, включены в данный документ посредством ссылки в полном объеме и во всех отношениях в той же степени, как если бы для каждого отдельного пункта было специально и отдельно указано его включение посредством ссылки. Если с учетным номером в разное время связаны разные версии последовательности, подразумевается версия, связанная с номером доступа на момент действительной даты подачи данной заявки. Действительная дата подачи означает более раннюю фактическую дату подачи или дату подачи приоритетной заявки, ссылающейся на учетный номер, если это применимо. Аналогично, если разные версии публикации, веб-сайта и т.п. опубликованы в разное время, подразумевается версия, опубликованная ближе всего к действительной дате подачи заявки, если не указано иное. Любой признак, стадия, элемент, вариант осуществления или аспект данного изобретения можно использовать в комбинации в любым другим признаком, стадией, элементом, вариантом осуществления или аспектом, если явно не указано иное. Несмотря на то, что данное изобретение было достаточно подробно описано с помощью иллюстрации и примера в целях ясности и понимания, является очевидным, что определенные изменения и модификации могут быть реализованы в рамках объема прилагаемой формулы изобретения.
Следующие примеры приведены для более подробного описания вариантов осуществления. Они предназначены для иллюстрации, но не ограничения заявляемых вариантов осуществления. Следующие примеры приведены для того, чтобы предоставить рядовым специалистам в данной области техники раскрытие и описание создания и оценки соединений, композиций, изделий, устройств и/или способов, описанных в данном документе, и предназначены исключительно для иллюстрации, но не для ограничения объема любых пунктов прилагаемой формулы изобретения. Были предприняты усилия, чтобы обеспечить точность в отношении используемых чисел (например, количества, температуры и т.д.), но должны учитываться некоторые экспериментальные ошибки и отклонения. Если не указано иное, доли представляют собой массовые доли, температура выражена в °C или равна температуре окружающей среды, а давление находится на уровне атмосферного или около него.
Примеры
Пример 1: Анализ секвенирования экзомов
Секвенирование и анализ экзомов в Генетическом центре Regeneron выявили, что rs34210653 значительным образом ассоциируется со снижением эозинофилов в циркулирующей крови на основании данных по экзомам из биобанка UK Biobank 50K (см. фиг. 1) и данных генотипирования биобанка UK Biobank 500K (см. фиг. 2), а также ассоциируется со снижением эозинофилов в циркулирующей крови на основании данных по экзомам из биобанка GHS 90K (см. фиг. 4). Анализ также показал, что rs34210653 значительным образом ассоциируется со снижением вероятности носовых полипов, аллергического ринита и астмы на основании данных генотипирования биобанка UK Biobank 500K (см. фиг. 3) и со снижением вероятности носовых полипов на основании данных по экзомам из биобанка GHS 90K (см. фиг. 5). График масштабирования локуса для значимой ассоциации между rs34210653 и эозинофилами на основании данных генотипирования биобанка UKB 500K (см. фиг. 6). Количественные распределения признаков для количества эозинофилов на основании данных генотипирования биобанка UKB 500K, показывающие снижение эозинофилов среди гетерозиготных и гомозиготных носителей варианта rs34210653 (пунктирная линия указывает среднее количество эозинофилов для носителей аллеля дикого типа) (см. фиг. 7). График масштабирования локуса для значимой ассоциации между rs34210653 и носовыми полипами на основании данных генотипирования биобанка UKB 500K (см. фиг. 8).
Разнообразные модификации описанного объекта изобретения, в дополнение к описанным в данном документе, будут очевидны для специалистов в данной области техники из вышеизложенного описания. Такие модификации также входят в объем прилагаемой формулы изобретения. Каждая ссылка (включая, но не ограничиваясь ими, статьи в научных журналах, патенты США и других стран, публикации патентных заявок, публикации международных патентных заявок, учетные номера в генных банках и т.п.), указанная в данной заявке, включена в данный документ посредством ссылки в полном объеме и для всех целей.
--->
ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
<110> Regeneron Pharmaceuticals, Inc.
<120> Лечение респираторных нарушений с помощью ингибиторов
арахидонат 15-липоксигеназы (ALOX15)
<130> 189238.02102 (3145) (10524WO01)
<150> 62/785 899
<151> 28.12.2018
<160> 43
<170> PatentIn версия 3.5
<210> 1
<211> 11017
<212> ДНК
<213> homo sapiens
<400> 1
ctgcgtgttt tcggtccaaa tccttttctt tttctccctc ccgtcaagat agtggtttcc 60
actccctgct ctcgccagga caccgccttt tggactgggg ctgaattctg ccccttgaag 120
ctctgctcct tggagctggg ggccccagcg gtaggcggag ttgattggag acctgccacc 180
cacattccga ccccaagcga cctccgagag ggcggggtct caggctgggt tatttagctc 240
gtccaccctt ctccaccaga aggagcgaaa catctttgag caagatgggt ctctaccgca 300
tccgcgtgtc cactggggcc tcgctctatg ccggttccaa caaccaggtg cagctgtggc 360
tggtcggcca gcacggggag gcggcgctcg ggaagcgact gtggcccgca cggggcaagg 420
tgagctcccc agagccgggc ggggtgggct gcgcccctgg ctccgagtca gtcaaatacc 480
ggggaggaca tgcgcccccg ttggcctctg gccgattctc tttgccaagg gcccgcgcat 540
tgggctcaaa gcgcgcggag gccacggggg tggggggctt tagggcagtc ggtggcacac 600
agtaagcgct caataaatgt tgccgctacc cgatctcctt ggaattgagg gcatgctcct 660
gtgcgcccct cattgcacaa agctcccttg tctggaaact cagcagtcac tggagccgcc 720
gtcggtcctc tcgctttctc tattttaaaa accgtttcaa ccgctagcgc tgttggatct 780
ctacctttca ggctttatca cctggggtgg agtgggtggt gagagggaag ggatggggag 840
tcaagacagg agaacgctct cgatttcccg acccacctcc cgtcatatct catgtcacat 900
ctaccgggtg ttctacccgg tcctgttaac tttttttctt ccgcgaaagc ccaaattccc 960
atcactgctc tagctctctc ccagatcccc aaatccggat gtctgtctca gggaacgtca 1020
aagcaacatg cccggatgag gtcctcccct ctccccacct cccagccctc tcctcctgcc 1080
tcccccggtg tcacccgcgc ctccttcctc tcttcacctc cctctaaaca agaatccggc 1140
gcagtcagtt ctagaccctg agcatctccc gcgtccctgc ccaatatccg tcccgccccc 1200
gaccgcccgc gtcctcttga acctgcggag ccctgctccc cgcactccac gcccttgctc 1260
cgagcttccg agaaagcggg gcaaagggag ccaggaagag agaaaatgcg cacggagcag 1320
gtggccccgc gactccatgg tgaggggacg gggcacggaa ggtggaaagg cgcgctccct 1380
cctccctttt ttcctcccta tggtgggcag ttggtgacac acagtaaagg ctcaataaat 1440
gttcccgcta ctcgatctcc ttggaattaa ggggatgctc ctgagcgccc ctcattccac 1500
acagctctgg tgcctggaaa ctgcggtcgc cggagcggtc gtcggtcctc ccggtttctc 1560
tattttaaaa gccatttcaa acctccagcg gcctcgccac ctctgctgca gaccttccaa 1620
gcccttctga agccggaatg atttctccct aattcactcc ccctgcttaa cacattcgaa 1680
cggctcccgc ttgttctcgg gaccaaatcc aaagcccctg gcgccacctt cgagagcctc 1740
cggacctgct gaccccccac acctgggctc tgagctccag ctccaagatg ctgctcgccc 1800
tcccttcccc gccgctctct ttctgcgcgc ctttcccctg ccttcccttt ctgtcactct 1860
ccctggctga gccctctccg cctccaggtc tccgggaagg ttgtccccag gccggtgggg 1920
cccctgcagg tcctcagcct cgggcggggt ggggtggggg gtcgcacagc gggaattgcc 1980
accagcgcgt ccgggctcca cagcgcgctc gtccagggcg cggcagcgct cagcccagcg 2040
cttggcacag tcagtgacca cagggaggag aaagtgaagg caggagcgca ccttcccacc 2100
tgccgtcccc gtcccctcag aaccgagtcc tggggccacc tgctcggcgc ggtccctctc 2160
tctctggctc agtccccgca ccccgatacg tctcctcctc tcagaggctc cgaggaaggg 2220
cgtgggcgct ggagggagca gggctcagcc gggtgcccct cccgccaggc cccaccgggg 2280
ctgagcctct tctgtcgccc gcaggagaca gaactcaagg tggaagtacc ggagtatctg 2340
gggccgctgc tgtttgtgaa actgcgcaaa cggcacctcc ttaaggacga cgcctggttc 2400
tgcaactgga tctctgtgca gggccccgga gccggggacg aggtcaggtt cccttgttac 2460
cgctgggtgg agggcaacgg cgtcctgagc ctgcctgaag gcaccggtaa gcgcggggct 2520
gagggtgtca ggaggcctct gggctgtgtg agaagctggg gggatgcgcg tgtggagaag 2580
agggcgcagg atgggggtgc tggaacctgg agcgccgggg tctttggggg tgtcgaaggg 2640
gcggtggctg cagctggcac aaagtggctg gagcctgggg gaggggcgtg atgctgaagg 2700
ggcagaggcc acacagaagg acggggtgct gaggctctcc tggcagagac aagaagaggc 2760
gctcaccaaa agtcactggc caagtcctcc tctgtccttc taggccgcac tgtgggcgag 2820
gaccctcagg gcctgttcca gaaacaccgg gaagaagagc tggaagagag aaggaagttg 2880
taccggtgag ccctcctccc ctgaccccac gtgagctgct gatgcttcca gcacccatac 2940
ttgatttcct tcctgcccca caggtgggga aactggaagg acgggttaat tctgaatatg 3000
gctggggcca aactatatga cctccctgtg gatgagcgat ttctggaaga caagagagtt 3060
gactttgagg tttcgctggc caaggggtga gagcaagggg aggctgggtg agagggaggt 3120
gtcctggtct agtggaagcc aaggggctta tgggctgcac tgcattggac tggcccagga 3180
tcggtgcctg tggtcgtcat gttagagcct cagaatgatg ctcaaaccct ttgccccatc 3240
ctgccctgaa ggctggccga cctcgctatc aaagactctc taaatgttct gacttgctgg 3300
aaggatctag atgacttcaa ccggattttc tggtgtggtc agagcaagct ggctggtcag 3360
tcccccaccc cagtatgtct cccaaccccc cagatcccac ccagatccca cccaacccag 3420
gggaattgaa agaagcaggg tggggagacc agagacttgg gtccctctgg tgggctggag 3480
tcaaggaggc atggttggtg gggttggaag gaccaagagc tcagatccca caacttgctc 3540
aacaactgcc ttccccagag cgcgtgcggg actcctggaa ggaagatgcc ttatttgggt 3600
accagtttct taatggcgcc aaccccgtgg tgctgaggcg ctctgctcac cttcctgctc 3660
gcctagtgtt ccctccaggc atggaggaac tgcaggccca gctggagaag gagctggagg 3720
tatggacatc agagccctga ggaagctcag cagtgaagtg gggtggccta gtgccaatga 3780
tgctgctgcg ggacccactg tgggcctggc ttgctgccag ccagcaagga cggattctgc 3840
aggagaggtc ctgagggacc ctggagaagc tcagctgctc ggcctccttc ctacacgaga 3900
gtagctgcgg agggagggcg tgcaagatgg aatggttgat agaaacaagg tcaaatgaag 3960
aaatgtgact ggcccctggt gctagggatt cggggagtgt gcagagtaag agagtcagga 4020
tcagagtgct gtggctgttc atcaggaggc gatatggaac aacagagagg aaattcatgg 4080
gattaagggc agataggctt ggatgtgaat cctggttctg ctatttgtaa gctgtgtgac 4140
ctcaggcaaa atacccaacc tctctgatta tctgtttcct cttctgtaaa attgaggctc 4200
attcaactag gtataaaaat tataaggctg agcacagtga ctcacacctg taatcccagc 4260
actttgggag gctgcaggag gatcacctga gcccaggagt tggagaccag cctaggcaac 4320
gtggtgaaac cctgtctcta caaaagtaca aaaattatca cctgtaatct ttggtgtagt 4380
ggcatgcacc tgtagtccca gctacttggg aggctgaggt gggaggatca cctgggccca 4440
aggaagtcaa ggctgcagtg agccgtggtg atcctgccac gcactccagc ctgggcagca 4500
cggtaagacc ctgattaaaa aaaaaaatga tatgaggaag taagcacatg atccattacc 4560
tggtataaag tagatgatgg agacgagtta gctccactct cttccccctt ggaggaatcc 4620
gagtaggaag aagatgcttt atgttgatag cagcccttga cctcttcccc cacccaggga 4680
ggcacactgt tcgaagctga cttctccctg ctggatggga tcaaggccaa cgtcattctc 4740
tgtagccagc agcacctggc tgcccctcta gtcatgctga aattgcagcc tgatgggaaa 4800
ctcttgccca tggtcatcca ggtgagagga ctcaggattt ctgctcccag tctctggctt 4860
ttgagaaagc tcagcccctt atcaaaattt actgagcacc atctgcaaag gcactgggct 4920
aaggcacctg ggagacgcga aaggaggaaa tgcgccaagt ctctattcga aggccttgca 4980
gtgtagctgg agagacagac tgggccagtc tgcagaagct ccaggactga ggaagtccct 5040
gaggacagag acagcccagg agggattggg gaggtggggt gtcacgagct ttggaggagg 5100
gccaggtctc agacaagcag gagggagagg aaggaccggt cctcaggggc aagacagact 5160
gggcagaggc tgaggtagag gagtcaggca attcctaggg gacagttgga ccagaagcca 5220
gactaagcca ggctaaggag tatgaggtgg gaagctggag aaggccgtga tgaaacgtgc 5280
tgtgggcacg cggtgtgggc agtggtgttt agggtgggtt ggagagggga gatgctagaa 5340
atagggactg gggcaacatg ccccagcact gaccccagga ggaggggagc tcggatgtgg 5400
gtagtgacca tcaggatgga gaggacaggt ggatgcgagt gcagagggag atcaaggaga 5460
ggggaaaggg gagccaggcc agttgcctgc agaaatagca ccgataaaga gaacagggtg 5520
cccaggtgga tttttgtctg gccaatgttg aggtaacggg aagacactta aattatccag 5580
caggcagctg agaacaagag attcagtcat ttgtgtagag gtggggccaa aagatgagtt 5640
ttcaaaaaac agtgtgggat ggaggaagca ggtggtttga atcttgtcca cactgtggga 5700
actgaaaggg gaagtggagg ctggaggagg caccagaaga gcagtttctg cagaatgctg 5760
gaggcaaagc agcttgcagg gtgctaatgc actgagcggg caggaagggg aggggaggaa 5820
acgggagccg tagggagcgg caggagtgag atggggaaag cagaacaggt ttggaggacg 5880
aagggtgagg ttaacatgca aggggggcgg gaatcgctga gtgcctggca ctcatgcctt 5940
ctctccccac acttgtccct gctccagctc cagctgcccc gcacaggatc cccaccacct 6000
ccccttttct tgcctacgga tcccccaatg gcctggcttc tggccaaatg ctgggtgcgc 6060
agctctgact tccagctcca tgagctgcag tctcatcttc tgaggggaca cttgatggct 6120
gaggtcattg ttgtggccac catgaggtgc ctgccgtcga tacatcctat cttcaaggta 6180
actccttatc cccttctctc ttgcctgcca ctatctctgc cccagggcac gttccgacct 6240
ctggaggctc cctctctgtg gggtctcggg gtacagagag aaacaatgaa tggacaatgt 6300
gagagcaaca gagaatgagc agggctggcc atgcattttc aaaggggata gcacctccca 6360
cctgggaaag tggcgaaaat aatcttactc tttttatatg taaagcacag tacatgcaaa 6420
tgaccaagga ttccatccaa caagaggaac ccgtgaaata acgttaaaaa gatcttttcc 6480
agacattgat tttttttttt tttttgagat ggagtctccc tttgcccaga ctggagtgca 6540
gtgatgcgat ctcggctcac tgcaacctct gcctcctggg tttaagcaat tctcccactt 6600
cagcctcccc agtagctggg attacagtcg cgcaccacca ggcctggcta attttttttg 6660
tatttttaat agagacagga tttcaccatg ttggccaggc tggtctcgaa tgcctgacct 6720
cagatgatct gcttgtctag gtctcccaaa gtgctgggat tacaggcgtg agtcactgtg 6780
cctggtccaa gtttgtcttc tttaaagaac tgaaagaagc ctagtgtaat ggatgaagga 6840
gagagggagg agaccaggct ctggagggag gcagtggtta gaacatccat tctcagtggg 6900
ggcacaatgt cccccaaggg atgaagatgg ttggaaaatg tgtgtgaaaa atattattat 6960
tattattatt attattgctg cccaggctgg agtgcagtgt cacgatcttg gctcactgca 7020
acctctgcct cctgggttca agcaattctc ctgcttcagc ctcccgagta gctgggattc 7080
aggtgcctgc caccatgcct ggctaatttt tgtattttta gtagagatga ggttttgcca 7140
tgttggtcag gctggtctga aactcctgac ctcaggtgat ccgcccacct cggcctccca 7200
aagtgttggg attacaggcg tgagccaccg tggccggcca aatcttatta ctttatatag 7260
cacagatata atgtgatata tatctatata aagcacagat ataatgcaat acatagacag 7320
atatacagta tatatgtagc attaatattt aatgaggtgg agtgagatta ggaaaaaaca 7380
tctcaaaagg gtacttagtg ggtgattaaa aaaaaaaaag ttgagaaatc ttggtctaga 7440
cctatgaaaa aatatgaaaa gaaaaggagg ccaggcacgg tggttcacgc ctgtaatccc 7500
agctactcgg gaggctgagg caggagaatc gcgtgaaccc agaagacgga ggttgcagtg 7560
agccgagatc acaccactgt acttcagcct gggaaacaga gcaagactcc atctcaaaac 7620
aaaacaacaa caacaaagaa tgatttcttt caattatcat aaagcactaa gtctggtttg 7680
tggaatggaa atagttgatg caaatcaact gaaagctcag tggttttatt tttatgtatt 7740
tatttttaac tttaatttta ggttcaagga tacatgggca ggtttgttct gtaagtaaat 7800
tgtgtgtcat ggggcttggt gtacagatta ttttgtcacc aggtaataag catggtaccc 7860
cataggtagt ttttggatcc cctcactcct tccaccctct gtccacaagt agatgctggt 7920
gtctgttgtt cccttatttg tgtccatgtg tactcaatgt ttagctctca cttataagta 7980
agaacatacc atatttggct ttctgttcca gtgttagtgc acttaggatt atggcctcca 8040
gctccatcca tgttgctgca gagaacatga tcttgttctt cttcatggct gcatagtatt 8100
ccacagcata tgtctaccac attttcttta cctggtctat tgttgatggg catttaggtt 8160
gattccatat ctttgctatt gtgagtagtg ctggatgaac atccgtgagc atgtgtgttt 8220
atagtaaggc gatttatatt ttgggaggta tatatccagt aatgggattg ctgggttgaa 8280
tggtacttct gaaaactcac tgttgagagg ccactgaact ttacgtctgt gctttttctg 8340
aagacctggt gcctttcctg ctgtcagccc ttgtttcctg cagggatctt gcagctctcc 8400
tctgactctg cccttccctg tgtttctccc tctagcttat aattccccac ctgcgataca 8460
ccctggaaat taacgtccgg gccaggactg ggctggtctc tgacatggga attttcgacc 8520
aggtatggga agagaaaggg agattctggg tctgtctttt ttccagctct ggattcaggg 8580
caggtcgatt cgcctgaccc tgctcaccct cacttctcag ataatgagca ctggtggggg 8640
aggccacgtg cagctgctca agcaagctgg agccttccta acctacagct ccttctgtcc 8700
ccctgatgac ttggccgacc gggggctcct gggagtgaag tcttccttct atgcccaaga 8760
tgcgctgcgg ctctgggaaa tcatctatcg gtgaggcaag cgggaaggcc agtgggggtg 8820
caagtggggg tggagaagac atgtaggaga gcaggaggtc tgcgtctggt tgggggcctg 8880
gggccctgac ctggccatgt gagcaggggc agagctggct tcagctccct ggccctgctc 8940
cgttggttgg taggtatgtg gaaggaatcg tgagtctcca ctataagaca gacgtggctg 9000
tgaaagacga cccagagctg cagacctggt gtcgagagat cactgaaatc gggctgcaag 9060
gggcccagga ccgaggtaag aggagcccct gccctgagat ctcagacaca aagcccaaga 9120
gatcttccca gaatcccctg tgcttctgtg aaatctccca gaagcatttt caacacctat 9180
gagaactcca gaggccttct cagattccac tccctgtcac ctagagacag gtccccgtcc 9240
tacacactga gaacctctag gtgccagatg cagcgggacc agtggctgct cataaatgtt 9300
taacaactga ctctcgggaa gaaccgtcct gatttgtagc ttttgcacat ttccatggta 9360
taaatatttt tactgtgact accaaggtga tgctgaccag cttgctaaac acctaacgtc 9420
atggactgac tcttgcgagc cagtgtgagt cagcagcagc accccactga gtgggaccct 9480
cccggcagag ctccccactc ccccacccca acctgctgtc atggtaattc ctgtaagagt 9540
taactgagca ttcctgccgc tctttctcgc ccttgttctc ctctcttggc ctcttcctct 9600
gagcgctgcc ctactcctgc cttcgcagct tctaactctc ttcacccctt gcagggtttc 9660
ctgtctcttt acaggctcgg gaccaggttt gccactttgt caccatgtgt atcttcacct 9720
gcaccggcca acacgcctct gtgcacctgg gccaggtact taccagagat gggcagctgg 9780
gaatttgggg cctggagtga gggaggggtc tgtgtgcagg tggaccacgg ggctcgcgtg 9840
cttggtaggc actgactctg gatccctgcc cttccttagc tggactggta ctcttgggtg 9900
cctaatgcac cctgcacgat gcggctgccc ccgccaacca ccaaggatgc aacgctggag 9960
acagtgatgg cgacactgcc caacttccac caggcttctc tccagatgtc catcacttgg 10020
cagctgggca gacgccagcc cgttatggtg agagctgagt gcccagggcc ctaaggaagg 10080
aggcagctgt ggggacgtgt ggcatcccag actgggggtc ataaggctct cagccacctt 10140
ttcctctccc tcccaggtgg ctgtgggcca gcatgaggag gagtattttt cgggccctga 10200
gcctaaggct gtgctgaaga agttcaggga ggagctggct gccctggata aggaaattga 10260
gatccggaat gcaaagctgg acatgcccta cgagtacctg cggcccagcg tggtggaaaa 10320
cagtgtggcc atctaagcgt cgccaccctt tggttatttc agcccccatc acccaagcca 10380
caagctgacc ccttcgtggt tatagccctg ccctcccaag tcccaccctc ttcccatgtc 10440
ccaccctccc tagaggggca ccttttcatg gtctctgcac ccagtgaaca cattttactc 10500
tagaggcatc acctgggacc ttactcctct ttccttcctt cctcctttcc tatcttcctt 10560
cctctctctc ttcctctttc ttcattcaga tctatatggc aaatagccac aattatataa 10620
atcatttcaa gactagaata gggggatata atacatatta ctccacacct tttatgaatc 10680
aaatatgatt tttttgttgt tgttaagaca gagtctcact ttgacaccca ggctggagtg 10740
cagtggtgcc atcaccacgg ctcactgcag cctcagcgtc ctgggctcaa atgatcctcc 10800
cacctcagcc tcctgagtag ctgggactac aggctcatgc catcatgccc agctaatatt 10860
tttttatttt cgtggagacg gggcctcact atgttgccta ggctggaaat aggattttga 10920
acccaaattg agtttaacaa taataaaaag ttgttttacg ctaaagatgg aaaagaacta 10980
ggactgaact attttaaata aaatattggc aaaagaa 11017
<210> 2
<211> 11017
<212> ДНК
<213> homo sapiens
<400> 2
ctgcgtgttt tcggtccaaa tccttttctt tttctccctc ccgtcaagat agtggtttcc 60
actccctgct ctcgccagga caccgccttt tggactgggg ctgaattctg ccccttgaag 120
ctctgctcct tggagctggg ggccccagcg gtaggcggag ttgattggag acctgccacc 180
cacattccga ccccaagcga cctccgagag ggcggggtct caggctgggt tatttagctc 240
gtccaccctt ctccaccaga aggagcgaaa catctttgag caagatgggt ctctaccgca 300
tccgcgtgtc cactggggcc tcgctctatg ccggttccaa caaccaggtg cagctgtggc 360
tggtcggcca gcacggggag gcggcgctcg ggaagcgact gtggcccgca cggggcaagg 420
tgagctcccc agagccgggc ggggtgggct gcgcccctgg ctccgagtca gtcaaatacc 480
ggggaggaca tgcgcccccg ttggcctctg gccgattctc tttgccaagg gcccgcgcat 540
tgggctcaaa gcgcgcggag gccacggggg tggggggctt tagggcagtc ggtggcacac 600
agtaagcgct caataaatgt tgccgctacc cgatctcctt ggaattgagg gcatgctcct 660
gtgcgcccct cattgcacaa agctcccttg tctggaaact cagcagtcac tggagccgcc 720
gtcggtcctc tcgctttctc tattttaaaa accgtttcaa ccgctagcgc tgttggatct 780
ctacctttca ggctttatca cctggggtgg agtgggtggt gagagggaag ggatggggag 840
tcaagacagg agaacgctct cgatttcccg acccacctcc cgtcatatct catgtcacat 900
ctaccgggtg ttctacccgg tcctgttaac tttttttctt ccgcgaaagc ccaaattccc 960
atcactgctc tagctctctc ccagatcccc aaatccggat gtctgtctca gggaacgtca 1020
aagcaacatg cccggatgag gtcctcccct ctccccacct cccagccctc tcctcctgcc 1080
tcccccggtg tcacccgcgc ctccttcctc tcttcacctc cctctaaaca agaatccggc 1140
gcagtcagtt ctagaccctg agcatctccc gcgtccctgc ccaatatccg tcccgccccc 1200
gaccgcccgc gtcctcttga acctgcggag ccctgctccc cgcactccac gcccttgctc 1260
cgagcttccg agaaagcggg gcaaagggag ccaggaagag agaaaatgcg cacggagcag 1320
gtggccccgc gactccatgg tgaggggacg gggcacggaa ggtggaaagg cgcgctccct 1380
cctccctttt ttcctcccta tggtgggcag ttggtgacac acagtaaagg ctcaataaat 1440
gttcccgcta ctcgatctcc ttggaattaa ggggatgctc ctgagcgccc ctcattccac 1500
acagctctgg tgcctggaaa ctgcggtcgc cggagcggtc gtcggtcctc ccggtttctc 1560
tattttaaaa gccatttcaa acctccagcg gcctcgccac ctctgctgca gaccttccaa 1620
gcccttctga agccggaatg atttctccct aattcactcc ccctgcttaa cacattcgaa 1680
cggctcccgc ttgttctcgg gaccaaatcc aaagcccctg gcgccacctt cgagagcctc 1740
cggacctgct gaccccccac acctgggctc tgagctccag ctccaagatg ctgctcgccc 1800
tcccttcccc gccgctctct ttctgcgcgc ctttcccctg ccttcccttt ctgtcactct 1860
ccctggctga gccctctccg cctccaggtc tccgggaagg ttgtccccag gccggtgggg 1920
cccctgcagg tcctcagcct cgggcggggt ggggtggggg gtcgcacagc gggaattgcc 1980
accagcgcgt ccgggctcca cagcgcgctc gtccagggcg cggcagcgct cagcccagcg 2040
cttggcacag tcagtgacca cagggaggag aaagtgaagg caggagcgca ccttcccacc 2100
tgccgtcccc gtcccctcag aaccgagtcc tggggccacc tgctcggcgc ggtccctctc 2160
tctctggctc agtccccgca ccccgatacg tctcctcctc tcagaggctc cgaggaaggg 2220
cgtgggcgct ggagggagca gggctcagcc gggtgcccct cccgccaggc cccaccgggg 2280
ctgagcctct tctgtcgccc gcaggagaca gaactcaagg tggaagtacc ggagtatctg 2340
gggccgctgc tgtttgtgaa actgcgcaaa cggcacctcc ttaaggacga cgcctggttc 2400
tgcaactgga tctctgtgca gggccccgga gccggggacg aggtcaggtt cccttgttac 2460
cgctgggtgg agggcaacgg cgtcctgagc ctgcctgaag gcaccggtaa gcgcggggct 2520
gagggtgtca ggaggcctct gggctgtgtg agaagctggg gggatgcgcg tgtggagaag 2580
agggcgcagg atgggggtgc tggaacctgg agcgccgggg tctttggggg tgtcgaaggg 2640
gcggtggctg cagctggcac aaagtggctg gagcctgggg gaggggcgtg atgctgaagg 2700
ggcagaggcc acacagaagg acggggtgct gaggctctcc tggcagagac aagaagaggc 2760
gctcaccaaa agtcactggc caagtcctcc tctgtccttc taggccgcac tgtgggcgag 2820
gaccctcagg gcctgttcca gaaacaccgg gaagaagagc tggaagagag aaggaagttg 2880
taccggtgag ccctcctccc ctgaccccac gtgagctgct gatgcttcca gcacccatac 2940
ttgatttcct tcctgcccca caggtgggga aactggaagg acgggttaat tctgaatatg 3000
gctggggcca aactatatga cctccctgtg gatgagcgat ttctggaaga caagagagtt 3060
gactttgagg tttcgctggc caaggggtga gagcaagggg aggctgggtg agagggaggt 3120
gtcctggtct agtggaagcc aaggggctta tgggctgcac tgcattggac tggcccagga 3180
tcggtgcctg tggtcgtcat gttagagcct cagaatgatg ctcaaaccct ttgccccatc 3240
ctgccctgaa ggctggccga cctcgctatc aaagactctc taaatgttct gacttgctgg 3300
aaggatctag atgacttcaa ccggattttc tggtgtggtc agagcaagct ggctggtcag 3360
tcccccaccc cagtatgtct cccaaccccc cagatcccac ccagatccca cccaacccag 3420
gggaattgaa agaagcaggg tggggagacc agagacttgg gtccctctgg tgggctggag 3480
tcaaggaggc atggttggtg gggttggaag gaccaagagc tcagatccca caacttgctc 3540
aacaactgcc ttccccagag cgcgtgcggg actcctggaa ggaagatgcc ttatttgggt 3600
accagtttct taatggcgcc aaccccgtgg tgctgaggcg ctctgctcac cttcctgctc 3660
gcctagtgtt ccctccaggc atggaggaac tgcaggccca gctggagaag gagctggagg 3720
tatggacatc agagccctga ggaagctcag cagtgaagtg gggtggccta gtgccaatga 3780
tgctgctgcg ggacccactg tgggcctggc ttgctgccag ccagcaagga cggattctgc 3840
aggagaggtc ctgagggacc ctggagaagc tcagctgctc ggcctccttc ctacacgaga 3900
gtagctgcgg agggagggcg tgcaagatgg aatggttgat agaaacaagg tcaaatgaag 3960
aaatgtgact ggcccctggt gctagggatt cggggagtgt gcagagtaag agagtcagga 4020
tcagagtgct gtggctgttc atcaggaggc gatatggaac aacagagagg aaattcatgg 4080
gattaagggc agataggctt ggatgtgaat cctggttctg ctatttgtaa gctgtgtgac 4140
ctcaggcaaa atacccaacc tctctgatta tctgtttcct cttctgtaaa attgaggctc 4200
attcaactag gtataaaaat tataaggctg agcacagtga ctcacacctg taatcccagc 4260
actttgggag gctgcaggag gatcacctga gcccaggagt tggagaccag cctaggcaac 4320
gtggtgaaac cctgtctcta caaaagtaca aaaattatca cctgtaatct ttggtgtagt 4380
ggcatgcacc tgtagtccca gctacttggg aggctgaggt gggaggatca cctgggccca 4440
aggaagtcaa ggctgcagtg agccgtggtg atcctgccac gcactccagc ctgggcagca 4500
cggtaagacc ctgattaaaa aaaaaaatga tatgaggaag taagcacatg atccattacc 4560
tggtataaag tagatgatgg agacgagtta gctccactct cttccccctt ggaggaatcc 4620
gagtaggaag aagatgcttt atgttgatag cagcccttga cctcttcccc cacccaggga 4680
ggcacactgt tcgaagctga cttctccctg ctggatggga tcaaggccaa cgtcattctc 4740
tgtagccagc agcacctggc tgcccctcta gtcatgctga aattgcagcc tgatgggaaa 4800
ctcttgccca tggtcatcca ggtgagagga ctcaggattt ctgctcccag tctctggctt 4860
ttgagaaagc tcagcccctt atcaaaattt actgagcacc atctgcaaag gcactgggct 4920
aaggcacctg ggagacgcga aaggaggaaa tgcgccaagt ctctattcga aggccttgca 4980
gtgtagctgg agagacagac tgggccagtc tgcagaagct ccaggactga ggaagtccct 5040
gaggacagag acagcccagg agggattggg gaggtggggt gtcacgagct ttggaggagg 5100
gccaggtctc agacaagcag gagggagagg aaggaccggt cctcaggggc aagacagact 5160
gggcagaggc tgaggtagag gagtcaggca attcctaggg gacagttgga ccagaagcca 5220
gactaagcca ggctaaggag tatgaggtgg gaagctggag aaggccgtga tgaaacgtgc 5280
tgtgggcacg cggtgtgggc agtggtgttt agggtgggtt ggagagggga gatgctagaa 5340
atagggactg gggcaacatg ccccagcact gaccccagga ggaggggagc tcggatgtgg 5400
gtagtgacca tcaggatgga gaggacaggt ggatgcgagt gcagagggag atcaaggaga 5460
ggggaaaggg gagccaggcc agttgcctgc agaaatagca ccgataaaga gaacagggtg 5520
cccaggtgga tttttgtctg gccaatgttg aggtaacggg aagacactta aattatccag 5580
caggcagctg agaacaagag attcagtcat ttgtgtagag gtggggccaa aagatgagtt 5640
ttcaaaaaac agtgtgggat ggaggaagca ggtggtttga atcttgtcca cactgtggga 5700
actgaaaggg gaagtggagg ctggaggagg caccagaaga gcagtttctg cagaatgctg 5760
gaggcaaagc agcttgcagg gtgctaatgc actgagcggg caggaagggg aggggaggaa 5820
acgggagccg tagggagcgg caggagtgag atggggaaag cagaacaggt ttggaggacg 5880
aagggtgagg ttaacatgca aggggggcgg gaatcgctga gtgcctggca ctcatgcctt 5940
ctctccccac acttgtccct gctccagctc cagctgcccc gcacaggatc cccaccacct 6000
ccccttttct tgcctacgga tcccccaatg gcctggcttc tggccaaatg ctgggtgcgc 6060
agctctgact tccagctcca tgagctgcag tctcatcttc tgaggggaca cttgatggct 6120
gaggtcattg ttgtggccac catgaggtgc ctgccgtcga tacatcctat cttcaaggta 6180
actccttatc cccttctctc ttgcctgcca ctatctctgc cccagggcac gttccgacct 6240
ctggaggctc cctctctgtg gggtctcggg gtacagagag aaacaatgaa tggacaatgt 6300
gagagcaaca gagaatgagc agggctggcc atgcattttc aaaggggata gcacctccca 6360
cctgggaaag tggcgaaaat aatcttactc tttttatatg taaagcacag tacatgcaaa 6420
tgaccaagga ttccatccaa caagaggaac ccgtgaaata acgttaaaaa gatcttttcc 6480
agacattgat tttttttttt tttttgagat ggagtctccc tttgcccaga ctggagtgca 6540
gtgatgcgat ctcggctcac tgcaacctct gcctcctggg tttaagcaat tctcccactt 6600
cagcctcccc agtagctggg attacagtcg cgcaccacca ggcctggcta attttttttg 6660
tatttttaat agagacagga tttcaccatg ttggccaggc tggtctcgaa tgcctgacct 6720
cagatgatct gcttgtctag gtctcccaaa gtgctgggat tacaggcgtg agtcactgtg 6780
cctggtccaa gtttgtcttc tttaaagaac tgaaagaagc ctagtgtaat ggatgaagga 6840
gagagggagg agaccaggct ctggagggag gcagtggtta gaacatccat tctcagtggg 6900
ggcacaatgt cccccaaggg atgaagatgg ttggaaaatg tgtgtgaaaa atattattat 6960
tattattatt attattgctg cccaggctgg agtgcagtgt cacgatcttg gctcactgca 7020
acctctgcct cctgggttca agcaattctc ctgcttcagc ctcccgagta gctgggattc 7080
aggtgcctgc caccatgcct ggctaatttt tgtattttta gtagagatga ggttttgcca 7140
tgttggtcag gctggtctga aactcctgac ctcaggtgat ccgcccacct cggcctccca 7200
aagtgttggg attacaggcg tgagccaccg tggccggcca aatcttatta ctttatatag 7260
cacagatata atgtgatata tatctatata aagcacagat ataatgcaat acatagacag 7320
atatacagta tatatgtagc attaatattt aatgaggtgg agtgagatta ggaaaaaaca 7380
tctcaaaagg gtacttagtg ggtgattaaa aaaaaaaaag ttgagaaatc ttggtctaga 7440
cctatgaaaa aatatgaaaa gaaaaggagg ccaggcacgg tggttcacgc ctgtaatccc 7500
agctactcgg gaggctgagg caggagaatc gcgtgaaccc agaagacgga ggttgcagtg 7560
agccgagatc acaccactgt acttcagcct gggaaacaga gcaagactcc atctcaaaac 7620
aaaacaacaa caacaaagaa tgatttcttt caattatcat aaagcactaa gtctggtttg 7680
tggaatggaa atagttgatg caaatcaact gaaagctcag tggttttatt tttatgtatt 7740
tatttttaac tttaatttta ggttcaagga tacatgggca ggtttgttct gtaagtaaat 7800
tgtgtgtcat ggggcttggt gtacagatta ttttgtcacc aggtaataag catggtaccc 7860
cataggtagt ttttggatcc cctcactcct tccaccctct gtccacaagt agatgctggt 7920
gtctgttgtt cccttatttg tgtccatgtg tactcaatgt ttagctctca cttataagta 7980
agaacatacc atatttggct ttctgttcca gtgttagtgc acttaggatt atggcctcca 8040
gctccatcca tgttgctgca gagaacatga tcttgttctt cttcatggct gcatagtatt 8100
ccacagcata tgtctaccac attttcttta cctggtctat tgttgatggg catttaggtt 8160
gattccatat ctttgctatt gtgagtagtg ctggatgaac atccgtgagc atgtgtgttt 8220
atagtaaggc gatttatatt ttgggaggta tatatccagt aatgggattg ctgggttgaa 8280
tggtacttct gaaaactcac tgttgagagg ccactgaact ttacgtctgt gctttttctg 8340
aagacctggt gcctttcctg ctgtcagccc ttgtttcctg cagggatctt gcagctctcc 8400
tctgactctg cccttccctg tgtttctccc tctagcttat aattccccac ctgcgataca 8460
ccctggaaat taacgtccgg gccaggactg ggctggtctc tgacatggga attttcgacc 8520
aggtatggga agagaaaggg agattctggg tctgtctttt ttccagctct ggattcaggg 8580
caggtcgatt cgcctgaccc tgctcaccct cacttctcag ataatgagca ctggtggggg 8640
aggccacgtg cagctgctca agcaagctgg agccttccta acctacagct ccttctgtcc 8700
ccctgatgac ttggccgacc gggggctcct gggagtgaag tcttccttct atgcccaaga 8760
tgcgctgcgg ctctgggaaa tcatctatcg gtgaggcaag cgggaaggcc agtgggggtg 8820
caagtggggg tggagaagac atgtaggaga gcaggaggtc tgcgtctggt tgggggcctg 8880
gggccctgac ctggccatgt gagcaggggc agagctggct tcagctccct ggccctgctc 8940
cgttggttgg taggtatgtg gaaggaatcg tgagtctcca ctataagaca gacgtggctg 9000
tgaaagacga cccagagctg cagacctggt gtcgagagat cactgaaatc gggctgcaag 9060
gggcccagga ccgaggtaag aggagcccct gccctgagat ctcagacaca aagcccaaga 9120
gatcttccca gaatcccctg tgcttctgtg aaatctccca gaagcatttt caacacctat 9180
gagaactcca gaggccttct cagattccac tccctgtcac ctagagacag gtccccgtcc 9240
tacacactga gaacctctag gtgccagatg cagcgggacc agtggctgct cataaatgtt 9300
taacaactga ctctcgggaa gaaccgtcct gatttgtagc ttttgcacat ttccatggta 9360
taaatatttt tactgtgact accaaggtga tgctgaccag cttgctaaac acctaacgtc 9420
atggactgac tcttgcgagc cagtgtgagt cagcagcagc accccactga gtgggaccct 9480
cccggcagag ctccccactc ccccacccca acctgctgtc atggtaattc ctgtaagagt 9540
taactgagca ttcctgccgc tctttctcgc ccttgttctc ctctcttggc ctcttcctct 9600
gagcgctgcc ctactcctgc cttcgcagct tctaactctc ttcacccctt gcagggtttc 9660
ctgtctcttt acaggctcgg gaccaggttt gccactttgt caccatgtgt atcttcacct 9720
gcaccggcca acacgcctct gtgcacctgg gccaggtact taccagagat gggcagctgg 9780
gaatttgggg cctggagtga gggaggggtc tgtgtgcagg tggaccacgg ggctcgcgtg 9840
cttggtaggc actgactctg gatccctgcc cttccttagc tggactggta ctcttgggtg 9900
cctaatgcac cctgcatgat gcggctgccc ccgccaacca ccaaggatgc aacgctggag 9960
acagtgatgg cgacactgcc caacttccac caggcttctc tccagatgtc catcacttgg 10020
cagctgggca gacgccagcc cgttatggtg agagctgagt gcccagggcc ctaaggaagg 10080
aggcagctgt ggggacgtgt ggcatcccag actgggggtc ataaggctct cagccacctt 10140
ttcctctccc tcccaggtgg ctgtgggcca gcatgaggag gagtattttt cgggccctga 10200
gcctaaggct gtgctgaaga agttcaggga ggagctggct gccctggata aggaaattga 10260
gatccggaat gcaaagctgg acatgcccta cgagtacctg cggcccagcg tggtggaaaa 10320
cagtgtggcc atctaagcgt cgccaccctt tggttatttc agcccccatc acccaagcca 10380
caagctgacc ccttcgtggt tatagccctg ccctcccaag tcccaccctc ttcccatgtc 10440
ccaccctccc tagaggggca ccttttcatg gtctctgcac ccagtgaaca cattttactc 10500
tagaggcatc acctgggacc ttactcctct ttccttcctt cctcctttcc tatcttcctt 10560
cctctctctc ttcctctttc ttcattcaga tctatatggc aaatagccac aattatataa 10620
atcatttcaa gactagaata gggggatata atacatatta ctccacacct tttatgaatc 10680
aaatatgatt tttttgttgt tgttaagaca gagtctcact ttgacaccca ggctggagtg 10740
cagtggtgcc atcaccacgg ctcactgcag cctcagcgtc ctgggctcaa atgatcctcc 10800
cacctcagcc tcctgagtag ctgggactac aggctcatgc catcatgccc agctaatatt 10860
tttttatttt cgtggagacg gggcctcact atgttgccta ggctggaaat aggattttga 10920
acccaaattg agtttaacaa taataaaaag ttgttttacg ctaaagatgg aaaagaacta 10980
ggactgaact attttaaata aaatattggc aaaagaa 11017
<210> 3
<211> 2707
<212> ДНК
<213> homo sapiens
<400> 3
caucuuugag caagaugggu cucuaccgca uccgcguguc cacuggggcc ucgcucuaug 60
ccgguuccaa caaccaggug cagcuguggc uggucggcca gcacggggag gcggcgcucg 120
ggaagcgacu guggcccgca cggggcaagg agacagaacu caagguggaa guaccggagu 180
aucuggggcc gcugcuguuu gugaaacugc gcaaacggca ccuccuuaag gacgacgccu 240
gguucugcaa cuggaucucu gugcagggcc ccggagccgg ggacgagguc agguucccuu 300
guuaccgcug gguggagggc aacggcgucc ugagccugcc ugaaggcacc ggccgcacug 360
ugggcgagga cccucagggc cuguuccaga aacaccggga agaagagcug gaagagagaa 420
ggaaguugua ccggugggga aacuggaagg acggguuaau ucugaauaug gcuggggcca 480
aacuauauga ccucccugug gaugagcgau uucuggaaga caagagaguu gacuuugagg 540
uuucgcuggc caaggggcug gccgaccucg cuaucaaaga cucucuaaau guucugacuu 600
gcuggaagga ucuagaugac uucaaccgga uuuucuggug uggucagagc aagcuggcug 660
agcgcgugcg ggacuccugg aaggaagaug ccuuauuugg guaccaguuu cuuaauggcg 720
ccaaccccgu ggugcugagg cgcucugcuc accuuccugc ucgccuagug uucccuccag 780
gcauggagga acugcaggcc cagcuggaga aggagcugga gggaggcaca cuguucgaag 840
cugacuucuc ccugcuggau gggaucaagg ccaacgucau ucucuguagc cagcagcacc 900
uggcugcccc ucuagucaug cugaaauugc agccugaugg gaaacucuug cccaugguca 960
uccagcucca gcugccccgc acaggauccc caccaccucc ccuuuucuug ccuacggauc 1020
ccccaauggc cuggcuucug gccaaaugcu gggugcgcag cucugacuuc cagcuccaug 1080
agcugcaguc ucaucuucug aggggacacu ugauggcuga ggucauuguu guggccacca 1140
ugaggugccu gccgucgaua cauccuaucu ucaagcuuau aauuccccac cugcgauaca 1200
cccuggaaau uaacguccgg gccaggacug ggcuggucuc ugacauggga auuuucgacc 1260
agauaaugag cacugguggg ggaggccacg ugcagcugcu caagcaagcu ggagccuucc 1320
uaaccuacag cuccuucugu cccccugaug acuuggccga ccgggggcuc cugggaguga 1380
agucuuccuu cuaugcccaa gaugcgcugc ggcucuggga aaucaucuau cgguaugugg 1440
aaggaaucgu gagucuccac uauaagacag acguggcugu gaaagacgac ccagagcugc 1500
agaccuggug ucgagagauc acugaaaucg ggcugcaagg ggcccaggac cgaggguuuc 1560
cugucucuuu acaggcucgg gaccagguuu gccacuuugu caccaugugu aucuucaccu 1620
gcaccggcca acacgccucu gugcaccugg gccagcugga cugguacucu ugggugccua 1680
augcacccug cacgaugcgg cugcccccgc caaccaccaa ggaugcaacg cuggagacag 1740
ugauggcgac acugcccaac uuccaccagg cuucucucca gauguccauc acuuggcagc 1800
ugggcagacg ccagcccguu augguggcug ugggccagca ugaggaggag uauuuuucgg 1860
gcccugagcc uaaggcugug cugaagaagu ucagggagga gcuggcugcc cuggauaagg 1920
aaauugagau ccggaaugca aagcuggaca ugcccuacga guaccugcgg cccagcgugg 1980
uggaaaacag uguggccauc uaagcgucgc cacccuuugg uuauuucagc ccccaucacc 2040
caagccacaa gcugaccccu ucgugguuau agcccugccc ucccaagucc cacccucuuc 2100
ccauguccca cccucccuag aggggcaccu uuucaugguc ucugcaccca gugaacacau 2160
uuuacucuag aggcaucacc ugggaccuua cuccucuuuc cuuccuuccu ccuuuccuau 2220
cuuccuuccu cucucucuuc cucuuucuuc auucagaucu auauggcaaa uagccacaau 2280
uauauaaauc auuucaagac uagaauaggg ggauauaaua cauauuacuc cacaccuuuu 2340
augaaucaaa uaugauuuuu uuguuguugu uaagacagag ucucacuuug acacccaggc 2400
uggagugcag uggugccauc accacggcuc acugcagccu cagcguccug ggcucaaaug 2460
auccucccac cucagccucc ugaguagcug ggacuacagg cucaugccau caugcccagc 2520
uaauauuuuu uuauuuucgu ggagacgggg ccucacuaug uugccuaggc uggaaauagg 2580
auuuugaacc caaauugagu uuaacaauaa uaaaaaguug uuuuacgcua aagauggaaa 2640
agaacuagga cugaacuauu uuaaauaaaa uauuggcaaa agaaaaaaaa aaaaaaaaaa 2700
aaaaaaa 2707
<210> 4
<211> 2707
<212> ДНК
<213> homo sapiens
<400> 4
caucuuugag caagaugggu cucuaccgca uccgcguguc cacuggggcc ucgcucuaug 60
ccgguuccaa caaccaggug cagcuguggc uggucggcca gcacggggag gcggcgcucg 120
ggaagcgacu guggcccgca cggggcaagg agacagaacu caagguggaa guaccggagu 180
aucuggggcc gcugcuguuu gugaaacugc gcaaacggca ccuccuuaag gacgacgccu 240
gguucugcaa cuggaucucu gugcagggcc ccggagccgg ggacgagguc agguucccuu 300
guuaccgcug gguggagggc aacggcgucc ugagccugcc ugaaggcacc ggccgcacug 360
ugggcgagga cccucagggc cuguuccaga aacaccggga agaagagcug gaagagagaa 420
ggaaguugua ccggugggga aacuggaagg acggguuaau ucugaauaug gcuggggcca 480
aacuauauga ccucccugug gaugagcgau uucuggaaga caagagaguu gacuuugagg 540
uuucgcuggc caaggggcug gccgaccucg cuaucaaaga cucucuaaau guucugacuu 600
gcuggaagga ucuagaugac uucaaccgga uuuucuggug uggucagagc aagcuggcug 660
agcgcgugcg ggacuccugg aaggaagaug ccuuauuugg guaccaguuu cuuaauggcg 720
ccaaccccgu ggugcugagg cgcucugcuc accuuccugc ucgccuagug uucccuccag 780
gcauggagga acugcaggcc cagcuggaga aggagcugga gggaggcaca cuguucgaag 840
cugacuucuc ccugcuggau gggaucaagg ccaacgucau ucucuguagc cagcagcacc 900
uggcugcccc ucuagucaug cugaaauugc agccugaugg gaaacucuug cccaugguca 960
uccagcucca gcugccccgc acaggauccc caccaccucc ccuuuucuug ccuacggauc 1020
ccccaauggc cuggcuucug gccaaaugcu gggugcgcag cucugacuuc cagcuccaug 1080
agcugcaguc ucaucuucug aggggacacu ugauggcuga ggucauuguu guggccacca 1140
ugaggugccu gccgucgaua cauccuaucu ucaagcuuau aauuccccac cugcgauaca 1200
cccuggaaau uaacguccgg gccaggacug ggcuggucuc ugacauggga auuuucgacc 1260
agauaaugag cacugguggg ggaggccacg ugcagcugcu caagcaagcu ggagccuucc 1320
uaaccuacag cuccuucugu cccccugaug acuuggccga ccgggggcuc cugggaguga 1380
agucuuccuu cuaugcccaa gaugcgcugc ggcucuggga aaucaucuau cgguaugugg 1440
aaggaaucgu gagucuccac uauaagacag acguggcugu gaaagacgac ccagagcugc 1500
agaccuggug ucgagagauc acugaaaucg ggcugcaagg ggcccaggac cgaggguuuc 1560
cugucucuuu acaggcucgg gaccagguuu gccacuuugu caccaugugu aucuucaccu 1620
gcaccggcca acacgccucu gugcaccugg gccagcugga cugguacucu ugggugccua 1680
augcacccug caugaugcgg cugcccccgc caaccaccaa ggaugcaacg cuggagacag 1740
ugauggcgac acugcccaac uuccaccagg cuucucucca gauguccauc acuuggcagc 1800
ugggcagacg ccagcccguu augguggcug ugggccagca ugaggaggag uauuuuucgg 1860
gcccugagcc uaaggcugug cugaagaagu ucagggagga gcuggcugcc cuggauaagg 1920
aaauugagau ccggaaugca aagcuggaca ugcccuacga guaccugcgg cccagcgugg 1980
uggaaaacag uguggccauc uaagcgucgc cacccuuugg uuauuucagc ccccaucacc 2040
caagccacaa gcugaccccu ucgugguuau agcccugccc ucccaagucc cacccucuuc 2100
ccauguccca cccucccuag aggggcaccu uuucaugguc ucugcaccca gugaacacau 2160
uuuacucuag aggcaucacc ugggaccuua cuccucuuuc cuuccuuccu ccuuuccuau 2220
cuuccuuccu cucucucuuc cucuuucuuc auucagaucu auauggcaaa uagccacaau 2280
uauauaaauc auuucaagac uagaauaggg ggauauaaua cauauuacuc cacaccuuuu 2340
augaaucaaa uaugauuuuu uuguuguugu uaagacagag ucucacuuug acacccaggc 2400
uggagugcag uggugccauc accacggcuc acugcagccu cagcguccug ggcucaaaug 2460
auccucccac cucagccucc ugaguagcug ggacuacagg cucaugccau caugcccagc 2520
uaauauuuuu uuauuuucgu ggagacgggg ccucacuaug uugccuaggc uggaaauagg 2580
auuuugaacc caaauugagu uuaacaauaa uaaaaaguug uuuuacgcua aagauggaaa 2640
agaacuagga cugaacuauu uuaaauaaaa uauuggcaaa agaaaaaaaa aaaaaaaaaa 2700
aaaaaaa 2707
<210> 5
<211> 2707
<212> ДНК
<213> homo sapiens
<400> 5
catctttgag caagatgggt ctctaccgca tccgcgtgtc cactggggcc tcgctctatg 60
ccggttccaa caaccaggtg cagctgtggc tggtcggcca gcacggggag gcggcgctcg 120
ggaagcgact gtggcccgca cggggcaagg agacagaact caaggtggaa gtaccggagt 180
atctggggcc gctgctgttt gtgaaactgc gcaaacggca cctccttaag gacgacgcct 240
ggttctgcaa ctggatctct gtgcagggcc ccggagccgg ggacgaggtc aggttccctt 300
gttaccgctg ggtggagggc aacggcgtcc tgagcctgcc tgaaggcacc ggccgcactg 360
tgggcgagga ccctcagggc ctgttccaga aacaccggga agaagagctg gaagagagaa 420
ggaagttgta ccggtgggga aactggaagg acgggttaat tctgaatatg gctggggcca 480
aactatatga cctccctgtg gatgagcgat ttctggaaga caagagagtt gactttgagg 540
tttcgctggc caaggggctg gccgacctcg ctatcaaaga ctctctaaat gttctgactt 600
gctggaagga tctagatgac ttcaaccgga ttttctggtg tggtcagagc aagctggctg 660
agcgcgtgcg ggactcctgg aaggaagatg ccttatttgg gtaccagttt cttaatggcg 720
ccaaccccgt ggtgctgagg cgctctgctc accttcctgc tcgcctagtg ttccctccag 780
gcatggagga actgcaggcc cagctggaga aggagctgga gggaggcaca ctgttcgaag 840
ctgacttctc cctgctggat gggatcaagg ccaacgtcat tctctgtagc cagcagcacc 900
tggctgcccc tctagtcatg ctgaaattgc agcctgatgg gaaactcttg cccatggtca 960
tccagctcca gctgccccgc acaggatccc caccacctcc ccttttcttg cctacggatc 1020
ccccaatggc ctggcttctg gccaaatgct gggtgcgcag ctctgacttc cagctccatg 1080
agctgcagtc tcatcttctg aggggacact tgatggctga ggtcattgtt gtggccacca 1140
tgaggtgcct gccgtcgata catcctatct tcaagcttat aattccccac ctgcgataca 1200
ccctggaaat taacgtccgg gccaggactg ggctggtctc tgacatggga attttcgacc 1260
agataatgag cactggtggg ggaggccacg tgcagctgct caagcaagct ggagccttcc 1320
taacctacag ctccttctgt ccccctgatg acttggccga ccgggggctc ctgggagtga 1380
agtcttcctt ctatgcccaa gatgcgctgc ggctctggga aatcatctat cggtatgtgg 1440
aaggaatcgt gagtctccac tataagacag acgtggctgt gaaagacgac ccagagctgc 1500
agacctggtg tcgagagatc actgaaatcg ggctgcaagg ggcccaggac cgagggtttc 1560
ctgtctcttt acaggctcgg gaccaggttt gccactttgt caccatgtgt atcttcacct 1620
gcaccggcca acacgcctct gtgcacctgg gccagctgga ctggtactct tgggtgccta 1680
atgcaccctg cacgatgcgg ctgcccccgc caaccaccaa ggatgcaacg ctggagacag 1740
tgatggcgac actgcccaac ttccaccagg cttctctcca gatgtccatc acttggcagc 1800
tgggcagacg ccagcccgtt atggtggctg tgggccagca tgaggaggag tatttttcgg 1860
gccctgagcc taaggctgtg ctgaagaagt tcagggagga gctggctgcc ctggataagg 1920
aaattgagat ccggaatgca aagctggaca tgccctacga gtacctgcgg cccagcgtgg 1980
tggaaaacag tgtggccatc taagcgtcgc caccctttgg ttatttcagc ccccatcacc 2040
caagccacaa gctgacccct tcgtggttat agccctgccc tcccaagtcc caccctcttc 2100
ccatgtccca ccctccctag aggggcacct tttcatggtc tctgcaccca gtgaacacat 2160
tttactctag aggcatcacc tgggacctta ctcctctttc cttccttcct cctttcctat 2220
cttccttcct ctctctcttc ctctttcttc attcagatct atatggcaaa tagccacaat 2280
tatataaatc atttcaagac tagaataggg ggatataata catattactc cacacctttt 2340
atgaatcaaa tatgattttt ttgttgttgt taagacagag tctcactttg acacccaggc 2400
tggagtgcag tggtgccatc accacggctc actgcagcct cagcgtcctg ggctcaaatg 2460
atcctcccac ctcagcctcc tgagtagctg ggactacagg ctcatgccat catgcccagc 2520
taatattttt ttattttcgt ggagacgggg cctcactatg ttgcctaggc tggaaatagg 2580
attttgaacc caaattgagt ttaacaataa taaaaagttg ttttacgcta aagatggaaa 2640
agaactagga ctgaactatt ttaaataaaa tattggcaaa agaaaaaaaa aaaaaaaaaa 2700
aaaaaaa 2707
<210> 6
<211> 2707
<212> ДНК
<213> homo sapiens
<400> 6
catctttgag caagatgggt ctctaccgca tccgcgtgtc cactggggcc tcgctctatg 60
ccggttccaa caaccaggtg cagctgtggc tggtcggcca gcacggggag gcggcgctcg 120
ggaagcgact gtggcccgca cggggcaagg agacagaact caaggtggaa gtaccggagt 180
atctggggcc gctgctgttt gtgaaactgc gcaaacggca cctccttaag gacgacgcct 240
ggttctgcaa ctggatctct gtgcagggcc ccggagccgg ggacgaggtc aggttccctt 300
gttaccgctg ggtggagggc aacggcgtcc tgagcctgcc tgaaggcacc ggccgcactg 360
tgggcgagga ccctcagggc ctgttccaga aacaccggga agaagagctg gaagagagaa 420
ggaagttgta ccggtgggga aactggaagg acgggttaat tctgaatatg gctggggcca 480
aactatatga cctccctgtg gatgagcgat ttctggaaga caagagagtt gactttgagg 540
tttcgctggc caaggggctg gccgacctcg ctatcaaaga ctctctaaat gttctgactt 600
gctggaagga tctagatgac ttcaaccgga ttttctggtg tggtcagagc aagctggctg 660
agcgcgtgcg ggactcctgg aaggaagatg ccttatttgg gtaccagttt cttaatggcg 720
ccaaccccgt ggtgctgagg cgctctgctc accttcctgc tcgcctagtg ttccctccag 780
gcatggagga actgcaggcc cagctggaga aggagctgga gggaggcaca ctgttcgaag 840
ctgacttctc cctgctggat gggatcaagg ccaacgtcat tctctgtagc cagcagcacc 900
tggctgcccc tctagtcatg ctgaaattgc agcctgatgg gaaactcttg cccatggtca 960
tccagctcca gctgccccgc acaggatccc caccacctcc ccttttcttg cctacggatc 1020
ccccaatggc ctggcttctg gccaaatgct gggtgcgcag ctctgacttc cagctccatg 1080
agctgcagtc tcatcttctg aggggacact tgatggctga ggtcattgtt gtggccacca 1140
tgaggtgcct gccgtcgata catcctatct tcaagcttat aattccccac ctgcgataca 1200
ccctggaaat taacgtccgg gccaggactg ggctggtctc tgacatggga attttcgacc 1260
agataatgag cactggtggg ggaggccacg tgcagctgct caagcaagct ggagccttcc 1320
taacctacag ctccttctgt ccccctgatg acttggccga ccgggggctc ctgggagtga 1380
agtcttcctt ctatgcccaa gatgcgctgc ggctctggga aatcatctat cggtatgtgg 1440
aaggaatcgt gagtctccac tataagacag acgtggctgt gaaagacgac ccagagctgc 1500
agacctggtg tcgagagatc actgaaatcg ggctgcaagg ggcccaggac cgagggtttc 1560
ctgtctcttt acaggctcgg gaccaggttt gccactttgt caccatgtgt atcttcacct 1620
gcaccggcca acacgcctct gtgcacctgg gccagctgga ctggtactct tgggtgccta 1680
atgcaccctg catgatgcgg ctgcccccgc caaccaccaa ggatgcaacg ctggagacag 1740
tgatggcgac actgcccaac ttccaccagg cttctctcca gatgtccatc acttggcagc 1800
tgggcagacg ccagcccgtt atggtggctg tgggccagca tgaggaggag tatttttcgg 1860
gccctgagcc taaggctgtg ctgaagaagt tcagggagga gctggctgcc ctggataagg 1920
aaattgagat ccggaatgca aagctggaca tgccctacga gtacctgcgg cccagcgtgg 1980
tggaaaacag tgtggccatc taagcgtcgc caccctttgg ttatttcagc ccccatcacc 2040
caagccacaa gctgacccct tcgtggttat agccctgccc tcccaagtcc caccctcttc 2100
ccatgtccca ccctccctag aggggcacct tttcatggtc tctgcaccca gtgaacacat 2160
tttactctag aggcatcacc tgggacctta ctcctctttc cttccttcct cctttcctat 2220
cttccttcct ctctctcttc ctctttcttc attcagatct atatggcaaa tagccacaat 2280
tatataaatc atttcaagac tagaataggg ggatataata catattactc cacacctttt 2340
atgaatcaaa tatgattttt ttgttgttgt taagacagag tctcactttg acacccaggc 2400
tggagtgcag tggtgccatc accacggctc actgcagcct cagcgtcctg ggctcaaatg 2460
atcctcccac ctcagcctcc tgagtagctg ggactacagg ctcatgccat catgcccagc 2520
taatattttt ttattttcgt ggagacgggg cctcactatg ttgcctaggc tggaaatagg 2580
attttgaacc caaattgagt ttaacaataa taaaaagttg ttttacgcta aagatggaaa 2640
agaactagga ctgaactatt ttaaataaaa tattggcaaa agaaaaaaaa aaaaaaaaaa 2700
aaaaaaa 2707
<210> 7
<211> 662
<212> Белок
<213> homo sapiens
<400> 7
Met Gly Leu Tyr Arg Ile Arg Val Ser Thr Gly Ala Ser Leu Tyr Ala
1 5 10 15
Gly Ser Asn Asn Gln Val Gln Leu Trp Leu Val Gly Gln His Gly Glu
20 25 30
Ala Ala Leu Gly Lys Arg Leu Trp Pro Ala Arg Gly Lys Glu Thr Glu
35 40 45
Leu Lys Val Glu Val Pro Glu Tyr Leu Gly Pro Leu Leu Phe Val Lys
50 55 60
Leu Arg Lys Arg His Leu Leu Lys Asp Asp Ala Trp Phe Cys Asn Trp
65 70 75 80
Ile Ser Val Gln Gly Pro Gly Ala Gly Asp Glu Val Arg Phe Pro Cys
85 90 95
Tyr Arg Trp Val Glu Gly Asn Gly Val Leu Ser Leu Pro Glu Gly Thr
100 105 110
Gly Arg Thr Val Gly Glu Asp Pro Gln Gly Leu Phe Gln Lys His Arg
115 120 125
Glu Glu Glu Leu Glu Glu Arg Arg Lys Leu Tyr Arg Trp Gly Asn Trp
130 135 140
Lys Asp Gly Leu Ile Leu Asn Met Ala Gly Ala Lys Leu Tyr Asp Leu
145 150 155 160
Pro Val Asp Glu Arg Phe Leu Glu Asp Lys Arg Val Asp Phe Glu Val
165 170 175
Ser Leu Ala Lys Gly Leu Ala Asp Leu Ala Ile Lys Asp Ser Leu Asn
180 185 190
Val Leu Thr Cys Trp Lys Asp Leu Asp Asp Phe Asn Arg Ile Phe Trp
195 200 205
Cys Gly Gln Ser Lys Leu Ala Glu Arg Val Arg Asp Ser Trp Lys Glu
210 215 220
Asp Ala Leu Phe Gly Tyr Gln Phe Leu Asn Gly Ala Asn Pro Val Val
225 230 235 240
Leu Arg Arg Ser Ala His Leu Pro Ala Arg Leu Val Phe Pro Pro Gly
245 250 255
Met Glu Glu Leu Gln Ala Gln Leu Glu Lys Glu Leu Glu Gly Gly Thr
260 265 270
Leu Phe Glu Ala Asp Phe Ser Leu Leu Asp Gly Ile Lys Ala Asn Val
275 280 285
Ile Leu Cys Ser Gln Gln His Leu Ala Ala Pro Leu Val Met Leu Lys
290 295 300
Leu Gln Pro Asp Gly Lys Leu Leu Pro Met Val Ile Gln Leu Gln Leu
305 310 315 320
Pro Arg Thr Gly Ser Pro Pro Pro Pro Leu Phe Leu Pro Thr Asp Pro
325 330 335
Pro Met Ala Trp Leu Leu Ala Lys Cys Trp Val Arg Ser Ser Asp Phe
340 345 350
Gln Leu His Glu Leu Gln Ser His Leu Leu Arg Gly His Leu Met Ala
355 360 365
Glu Val Ile Val Val Ala Thr Met Arg Cys Leu Pro Ser Ile His Pro
370 375 380
Ile Phe Lys Leu Ile Ile Pro His Leu Arg Tyr Thr Leu Glu Ile Asn
385 390 395 400
Val Arg Ala Arg Thr Gly Leu Val Ser Asp Met Gly Ile Phe Asp Gln
405 410 415
Ile Met Ser Thr Gly Gly Gly Gly His Val Gln Leu Leu Lys Gln Ala
420 425 430
Gly Ala Phe Leu Thr Tyr Ser Ser Phe Cys Pro Pro Asp Asp Leu Ala
435 440 445
Asp Arg Gly Leu Leu Gly Val Lys Ser Ser Phe Tyr Ala Gln Asp Ala
450 455 460
Leu Arg Leu Trp Glu Ile Ile Tyr Arg Tyr Val Glu Gly Ile Val Ser
465 470 475 480
Leu His Tyr Lys Thr Asp Val Ala Val Lys Asp Asp Pro Glu Leu Gln
485 490 495
Thr Trp Cys Arg Glu Ile Thr Glu Ile Gly Leu Gln Gly Ala Gln Asp
500 505 510
Arg Gly Phe Pro Val Ser Leu Gln Ala Arg Asp Gln Val Cys His Phe
515 520 525
Val Thr Met Cys Ile Phe Thr Cys Thr Gly Gln His Ala Ser Val His
530 535 540
Leu Gly Gln Leu Asp Trp Tyr Ser Trp Val Pro Asn Ala Pro Cys Thr
545 550 555 560
Met Arg Leu Pro Pro Pro Thr Thr Lys Asp Ala Thr Leu Glu Thr Val
565 570 575
Met Ala Thr Leu Pro Asn Phe His Gln Ala Ser Leu Gln Met Ser Ile
580 585 590
Thr Trp Gln Leu Gly Arg Arg Gln Pro Val Met Val Ala Val Gly Gln
595 600 605
His Glu Glu Glu Tyr Phe Ser Gly Pro Glu Pro Lys Ala Val Leu Lys
610 615 620
Lys Phe Arg Glu Glu Leu Ala Ala Leu Asp Lys Glu Ile Glu Ile Arg
625 630 635 640
Asn Ala Lys Leu Asp Met Pro Tyr Glu Tyr Leu Arg Pro Ser Val Val
645 650 655
Glu Asn Ser Val Ala Ile
660
<210> 8
<211> 662
<212> Белок
<213> homo sapiens
<400> 8
Met Gly Leu Tyr Arg Ile Arg Val Ser Thr Gly Ala Ser Leu Tyr Ala
1 5 10 15
Gly Ser Asn Asn Gln Val Gln Leu Trp Leu Val Gly Gln His Gly Glu
20 25 30
Ala Ala Leu Gly Lys Arg Leu Trp Pro Ala Arg Gly Lys Glu Thr Glu
35 40 45
Leu Lys Val Glu Val Pro Glu Tyr Leu Gly Pro Leu Leu Phe Val Lys
50 55 60
Leu Arg Lys Arg His Leu Leu Lys Asp Asp Ala Trp Phe Cys Asn Trp
65 70 75 80
Ile Ser Val Gln Gly Pro Gly Ala Gly Asp Glu Val Arg Phe Pro Cys
85 90 95
Tyr Arg Trp Val Glu Gly Asn Gly Val Leu Ser Leu Pro Glu Gly Thr
100 105 110
Gly Arg Thr Val Gly Glu Asp Pro Gln Gly Leu Phe Gln Lys His Arg
115 120 125
Glu Glu Glu Leu Glu Glu Arg Arg Lys Leu Tyr Arg Trp Gly Asn Trp
130 135 140
Lys Asp Gly Leu Ile Leu Asn Met Ala Gly Ala Lys Leu Tyr Asp Leu
145 150 155 160
Pro Val Asp Glu Arg Phe Leu Glu Asp Lys Arg Val Asp Phe Glu Val
165 170 175
Ser Leu Ala Lys Gly Leu Ala Asp Leu Ala Ile Lys Asp Ser Leu Asn
180 185 190
Val Leu Thr Cys Trp Lys Asp Leu Asp Asp Phe Asn Arg Ile Phe Trp
195 200 205
Cys Gly Gln Ser Lys Leu Ala Glu Arg Val Arg Asp Ser Trp Lys Glu
210 215 220
Asp Ala Leu Phe Gly Tyr Gln Phe Leu Asn Gly Ala Asn Pro Val Val
225 230 235 240
Leu Arg Arg Ser Ala His Leu Pro Ala Arg Leu Val Phe Pro Pro Gly
245 250 255
Met Glu Glu Leu Gln Ala Gln Leu Glu Lys Glu Leu Glu Gly Gly Thr
260 265 270
Leu Phe Glu Ala Asp Phe Ser Leu Leu Asp Gly Ile Lys Ala Asn Val
275 280 285
Ile Leu Cys Ser Gln Gln His Leu Ala Ala Pro Leu Val Met Leu Lys
290 295 300
Leu Gln Pro Asp Gly Lys Leu Leu Pro Met Val Ile Gln Leu Gln Leu
305 310 315 320
Pro Arg Thr Gly Ser Pro Pro Pro Pro Leu Phe Leu Pro Thr Asp Pro
325 330 335
Pro Met Ala Trp Leu Leu Ala Lys Cys Trp Val Arg Ser Ser Asp Phe
340 345 350
Gln Leu His Glu Leu Gln Ser His Leu Leu Arg Gly His Leu Met Ala
355 360 365
Glu Val Ile Val Val Ala Thr Met Arg Cys Leu Pro Ser Ile His Pro
370 375 380
Ile Phe Lys Leu Ile Ile Pro His Leu Arg Tyr Thr Leu Glu Ile Asn
385 390 395 400
Val Arg Ala Arg Thr Gly Leu Val Ser Asp Met Gly Ile Phe Asp Gln
405 410 415
Ile Met Ser Thr Gly Gly Gly Gly His Val Gln Leu Leu Lys Gln Ala
420 425 430
Gly Ala Phe Leu Thr Tyr Ser Ser Phe Cys Pro Pro Asp Asp Leu Ala
435 440 445
Asp Arg Gly Leu Leu Gly Val Lys Ser Ser Phe Tyr Ala Gln Asp Ala
450 455 460
Leu Arg Leu Trp Glu Ile Ile Tyr Arg Tyr Val Glu Gly Ile Val Ser
465 470 475 480
Leu His Tyr Lys Thr Asp Val Ala Val Lys Asp Asp Pro Glu Leu Gln
485 490 495
Thr Trp Cys Arg Glu Ile Thr Glu Ile Gly Leu Gln Gly Ala Gln Asp
500 505 510
Arg Gly Phe Pro Val Ser Leu Gln Ala Arg Asp Gln Val Cys His Phe
515 520 525
Val Thr Met Cys Ile Phe Thr Cys Thr Gly Gln His Ala Ser Val His
530 535 540
Leu Gly Gln Leu Asp Trp Tyr Ser Trp Val Pro Asn Ala Pro Cys Met
545 550 555 560
Met Arg Leu Pro Pro Pro Thr Thr Lys Asp Ala Thr Leu Glu Thr Val
565 570 575
Met Ala Thr Leu Pro Asn Phe His Gln Ala Ser Leu Gln Met Ser Ile
580 585 590
Thr Trp Gln Leu Gly Arg Arg Gln Pro Val Met Val Ala Val Gly Gln
595 600 605
His Glu Glu Glu Tyr Phe Ser Gly Pro Glu Pro Lys Ala Val Leu Lys
610 615 620
Lys Phe Arg Glu Glu Leu Ala Ala Leu Asp Lys Glu Ile Glu Ile Arg
625 630 635 640
Asn Ala Lys Leu Asp Met Pro Tyr Glu Tyr Leu Arg Pro Ser Val Val
645 650 655
Glu Asn Ser Val Ala Ile
660
<210> 9
<211> 59
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> кшРНК ALOX15
<400> 9
ccgggaaact ggaaggacgg gttaactcga gttaacccgt ccttccagtt tcttttttg 59
<210> 10
<211> 58
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> кшРНК ALOX15
<400> 10
ccgggctatc aaagactctc taaatctcga gatttagaga gtctttgata gctttttg 58
<210> 11
<211> 58
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> кшРНК ALOX15
<400> 11
ccggtgggaa atcatctatc ggtatctcga gataccgata gatgatttcc catttttg 58
<210> 12
<211> 58
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> кшРНК ALOX15
<400> 12
ccggcctgga aggaagatgc cttatctcga gataaggcat cttccttcca ggtttttg 58
<210> 13
<211> 58
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> кшРНК ALOX15
<400> 13
ccggccagtt tcttaatggc gccaactcga gttggcgcca ttaagaaact ggtttttg 58
<210> 14
<211> 58
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> кшРНК ALOX15
<400> 14
ccgggccgtc gatacatcct atcttctcga gaagatagga tgtatcgacg gctttttg 58
<210> 15
<211> 59
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> кшРНК ALOX15
<400> 15
ccggtagatg acttcaaccg gatttctcga gaaatccggt tgaagtcatc tattttttg 59
<210> 16
<211> 59
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> кшРНК ALOX15
<400> 16
ccggtggtac tcttgggtgc ctaatctcga gattaggcac ccaagagtac cattttttg 59
<210> 17
<211> 170
<212> Белок
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> ингибиторный пептид PP1
<400> 17
Met Glu Pro Asp Asn Ser Pro Arg Lys Ile Gln Phe Thr Val Pro Leu
1 5 10 15
Leu Glu Pro His Leu Asp Pro Glu Ala Ala Glu Gln Ile Arg Arg Arg
20 25 30
Arg Pro Thr Pro Ala Thr Leu Val Leu Thr Ser Asp Gln Ser Ser Pro
35 40 45
Glu Ile Asp Glu Asp Arg Ile Pro Asn Ser Leu Leu Lys Ser Thr Leu
50 55 60
Ser Met Ser Pro Arg Gln Arg Lys Lys Met Thr Arg Thr Thr Pro Thr
65 70 75 80
Met Lys Glu Leu Gln Thr Met Val His His Leu Gly Gln Gln Lys Gln
85 90 95
Gly Glu Glu Pro Glu Gly Ala Thr Glu Ser Thr Gly Asn Gln Glu Ser
100 105 110
Cys Pro Pro Gly Ile Pro Asp Thr Gly Ser Ala Ser Arg Pro Asp Thr
115 120 125
Pro Gly Thr Ala Gln Lys Ser Ala Glu Ser Asn Pro Lys Thr Gln Glu
130 135 140
Gln Cys Gly Val Glu Pro Arg Thr Glu Asp Ser Ser Ala His Met Leu
145 150 155 160
Pro Leu Asp Ser Gln Gly Ala Ser Leu Val
165 170
<210> 18
<211> 205
<212> Белок
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> Ингибиторный пептид PP1
<400> 18
Met Ala Ala Ser Thr Ala Ser His Arg Pro Ile Lys Gly Ile Leu Lys
1 5 10 15
Asn Lys Thr Ser Ser Thr Ser Ser Arg Val Ala Ser Ala Glu Gln Pro
20 25 30
Arg Gly Ser Val Asp Glu Glu Leu Ser Lys Lys Ser Gln Lys Trp Asp
35 40 45
Glu Met Asn Ile Leu Ala Thr Tyr His Pro Ala Asp Lys Asp Tyr Gly
50 55 60
Leu Met Lys Ile Asp Glu Pro Ser Thr Pro Tyr His Ser Met Ile Gly
65 70 75 80
Asp Asp Asp Asp Ala Tyr Ser Asp Thr Glu Thr Thr Glu Ala Met Thr
85 90 95
Pro Asp Thr Leu Ala Lys Lys Leu Ala Ala Ala Glu Gly Ser Glu Pro
100 105 110
Lys Tyr Arg Ile Arg Glu Gln Glu Ser Ser Gly Glu Glu Asp Ser Asp
115 120 125
Leu Ser Pro Glu Glu Arg Glu Lys Lys Arg Gln Phe Glu Met Lys Arg
130 135 140
Lys Leu His Tyr Asn Glu Gly Leu Asn Ile Lys Leu Ala Arg Gln Leu
145 150 155 160
Ile Ser Lys Asp Leu His Asp Asp Glu Glu Asp Glu Glu Met Ser Glu
165 170 175
Thr Ala Asp Gly Glu Ser Met Asn Thr Glu Glu Ser Asn Gln Gly Ser
180 185 190
Thr Pro Ser Asp Gln Arg Gln Asn Lys Ser Gln Ser Ser
195 200 205
<210> 19
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 19
taccaagcac gcgagccccg tgg 23
<210> 20
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 20
gaccacgggg ctcgcgtgct tgg 23
<210> 21
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 21
acggggctcg cgtgcttggt agg 23
<210> 22
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 22
gcatccttgg tggttggcgg ggg 23
<210> 23
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 23
cgggggcagc cgcatcgtgc agg 23
<210> 24
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 24
ttagctggac tggtactctt ggg 23
<210> 25
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 25
gggggcagcc gcatcgtgca ggg 23
<210> 26
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 26
cttagctgga ctggtactct tgg 23
<210> 27
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 27
tgcatccttg gtggttggcg ggg 23
<210> 28
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 28
caagagtacc agtccagcta agg 23
<210> 29
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 29
gatgtccatc acttggcagc tgg 23
<210> 30
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 30
gtaccagtcc agctaaggaa ggg 23
<210> 31
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 31
ttgcatcctt ggtggttggc ggg 23
<210> 32
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 32
ctgtgtgcag gtggaccacg ggg 23
<210> 33
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 33
tctgtgtgca ggtggaccac ggg 23
<210> 34
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 34
tgcttggtag gcactgactc tgg 23
<210> 35
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 35
agtaccagtc cagctaagga agg 23
<210> 36
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 36
ctgcccttcc ttagctggac tgg 23
<210> 37
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 37
gacactgccc aacttccacc agg 23
<210> 38
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 38
agagaagcct ggtggaagtt ggg 23
<210> 39
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 39
gatccctgcc cttccttagc tgg 23
<210> 40
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 40
gtctgtgtgc aggtggacca cgg 23
<210> 41
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 41
cagtccagct aaggaagggc agg 23
<210> 42
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 42
gctgccaagt gatggacatc tgg 23
<210> 43
<211> 23
<212> ДНК
<213> искусственная последовательность
<220>
<223> последовательность узнавания гРНК ALOX15
<400> 43
tctgcccagc tgccaagtga tgg 23
<---
| название | год | авторы | номер документа |
|---|---|---|---|
| ЛЕЧЕНИЕ ОФТАЛЬМОЛОГИЧЕСКИХ ПАТОЛОГИЧЕСКИХ СОСТОЯНИЙ ИНГИБИТОРАМИ АНГИОПОЭТИН-ПОДОБНОГО БЕЛКА 7 (ANGPTL7) | 2020 |
|
RU2812912C2 |
| ВАРИАНТЫ БЕЛКА, РОДСТВЕННОГО РЕЦЕПТОРУ ИНТЕРЛЕЙКИНА-1 И СОДЕРЖАЩЕГО ОДИНОЧНЫЙ ДОМЕН ИММУНОГЛОБУЛИНА (SIGIRR), И ИХ ПРИМЕНЕНИЕ | 2018 |
|
RU2815068C2 |
| КОМПОНЕНТ 1 МЕХАНОЧУВСТВИТЕЛЬНОГО ИОННОГО КАНАЛА ПЬЕЗОТИПА (PIEZO1) И ЕГО ПРИМЕНЕНИЕ | 2020 |
|
RU2812362C2 |
| ВАКЦИНА ПРОТИВ РЕСПИРАТОРНО-СИНЦИТИАЛЬНОГО ВИРУСА (РСВ) | 2014 |
|
RU2723328C2 |
| ЭКСПРЕССИРУЮЩИЕ CAS МЫШИНЫЕ ЭМБРИОНАЛЬНЫЕ СТВОЛОВЫЕ КЛЕТКИ И МЫШИ И ИХ ПРИМЕНЕНИЯ | 2018 |
|
RU2782358C2 |
| ПЛАТФОРМА CRISPR/CAS ДЛЯ ИСКЛЮЧАЮЩЕГО СКРИНИНГА ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ГЕНЕТИЧЕСКИХ УЯЗВИМОСТЕЙ, СВЯЗАННЫХ С АГРЕГАЦИЕЙ ТАУ-БЕЛКА | 2020 |
|
RU2808829C2 |
| Животные, отличные от человека, содержащие гуманизированный локус альбумина | 2020 |
|
RU2815514C2 |
| Кодон-оптимизированная нуклеиновая кислота, которая кодирует белок SMN1, и ее применение | 2020 |
|
RU2742837C1 |
| КОНСТРУКЦИИ ДНК-АНТИТЕЛ ДЛЯ ПРИМЕНЕНИЯ ПРОТИВ БОЛЕЗНИ ЛАЙМА | 2017 |
|
RU2813829C2 |
| Вакцина на основе AAV5 для индукции специфического иммунитета к вирусу SARS-CoV-2 и/или профилактики коронавирусной инфекции, вызванной SARS-CoV-2 | 2020 |
|
RU2760301C1 |
Настоящее изобретение относится к области биотехнологии, конкретно к новым способам лечения пациентов, страдающих от респираторного нарушения, выбранного из носового полипа, аллергического ринита, астмы или аспирин-индуцированного респираторного заболевания (АИРЗ). Изобретение предполагает идентификацию у пациента вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции фермента арахидонат 15-липоксигеназы (ALOX15), кодирующей полипептид ALOX15 человека, где полипептид ALOX15 представляет собой вариант Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg или Leu106fs, и предоставления пациенту ингибитора ALOX15 или иного терапевтического агента, способного лечить указанные заболевания, в случае, если детектируемая нуклеиновая кислота в биологическом образце, полученном от пациента, не обнаружена. 8 н. и 84 з.п. ф-лы, 1 пр., 1 табл., 8 ил.
1. Способ лечения пациента, имеющего респираторное нарушение, выбранное из носового полипа, аллергического ринита, астмы или аспирин-индуцированного респираторного заболевания (АИРЗ), включающий стадии:
обнаружения присутствия или отсутствия молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, кодирующей полипептид ALOX15 человека, в биологическом образце от пациента, где полипептид ALOX15 представляет собой Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg или Leu106fs; и,
если у пациента отсутствует вариантная нуклеиновая кислота с прогнозируемой потерей функции ALOX15, или пациент является гетерозиготным по вариантной нуклеиновой кислоте с прогнозируемой потерей функции ALOX15, введения пациенту ингибитора арахидонат 15-липоксигеназы (ALOX15).
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что ингибитор ALOX15 включает молекулу антисмысловой нуклеиновой кислоты, малую интерферирующую РНК (миРНК) или короткую шпилечную РНК (кшРНК), которые гибридизуются с мРНК ALOX15.
3. Способ по п. 2, отличающийся тем, что кшРНК включает: a) CCGGGAAACTGGAAGGACGGGTTAACTCGAGTTAACCCGTCCTTCCAGTTTCTTTTTTG (SEQ ID NO: 9);
b) CCGGGCTATCAAAGACTCTCTAAATCTCGAGATTTAGAGAGTCTTTGATAGCTTTTTG (SEQ ID NO: 10);
c) CCGGTGGGAAATCATCTATCGGTATCTCGAGATACCGATAGATGATTTCCCATTTTTG (SEQ ID NO: 11);
d) CCGGCCTGGAAGGAAGATGCCTTATCTCGAGATAAGGCATCTTCCTTCCAGGTTTTTG (SEQ ID NO: 12);
e) CCGGCCAGTTTCTTAATGGCGCCAACTCGAGTTGGCGCCATTAAGAAACTGGTTTTTG (SEQ ID NO: 13);
f) CCGGGCCGTCGATACATCCTATCTTCTCGAGAAGATAGGATGTATCGACGGCTTTTTG (SEQ ID NO: 14);
g) CCGGTAGATGACTTCAACCGGATTTCTCGAGAAATCCGGTTGAAGTCATCTATTTTTTG (SEQ ID NO: 15) или
h) CCGGTGGTACTCTTGGGTGCCTAATCTCGAGATTAGGCACCCAAGAGTACCATTTTTTG (SEQ ID NO: 16).
4. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что ингибитор ALOX15 включает белок Cas и гидовую РНК (гРНК), которая гибридизуется с последовательностью узнавания гРНК в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15.
5. Способ по п. 4, отличающийся тем, что белок Cas представляет собой Cas9 или Cpf1.
6. Способ по п. 4 или 5, отличающийся тем, что последовательность узнавания гРНК содержит или располагается вблизи положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 1.
7. Способ по п. 4 или 5, отличающийся тем, что последовательность узнавания гРНК располагается на расстоянии около 1000, около 500, около 400, около 300, около 200, около 100, около 50, около 45, около 40, около 35, около 30, около 25, около 20, около 15, около 10 или около 5 нуклеотидов от положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 1.
8. Способ по п. 4 или 5, отличающийся тем, что последовательность мотива, примыкающего к протоспейсеру (PAM), расположена на расстоянии от около 2 до около 6 нуклеотидов ниже (в направлении 3') последовательности узнавания гРНК.
9. Способ по любому из пп. 4-8, отличающийся тем, что гРНК содержит от около 17 до около 23 нуклеотидов.
10. Способ по любому из пп. 4-8, отличающийся тем, что последовательность узнавания гРНК содержит нуклеотидную последовательность в соответствии с любой одной из SEQ ID NO: 19-43.
11. Способ по любому из пп. 1-10, отличающийся тем, что когда пациент является референсным по ALOX15, пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве стандартной дозы.
12. Способ по любому из пп. 1-10, отличающийся тем, что когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, пациенту также вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы.
13. Способ по п. 1, отличающийся тем, что молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ALOX15 Thr560Met.
14. Способ по п. 11 или 12, отличающийся тем, что молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6.
15. Способ по любому из пп. 1-14, отличающийся тем, что стадию обнаружения выполняют in vitro.
16. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; при этом когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
17. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; при этом когда секвенированная часть молекулы мРНК ALOX15 в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, тогда молекула мРНК ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной мРНК с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
18. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15, полученной из молекулы мРНК в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; при этом когда секвенированная часть молекулы кДНК ALOX15 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6, тогда молекула кДНК ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной кДНК с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
19. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2.
20. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4.
21. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6.
22. Способ по любому из пп. 16-21, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты.
23. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
24. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом часть содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO:4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
25. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и проводят обратную транскрипцию мРНК в кДНК до стадии амплификации.
27. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
28. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
29. Способ по любому из пп. 1-15, отличающийся тем, что стадия обнаружения включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
30. Способ лечения пациента с помощью терапевтического агента, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, выбранное из носового полипа, аллергического ринита, астмы или аспирин-индуцированного респираторного заболевания (АИРЗ), при этом пациент страдает от респираторного нарушения, включающий следующие стадии:
определение того, имеет ли пациент молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, кодирующую полипептид ALOX15 человека, где полипептид ALOX15 представляет собой Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg или Leu106fs, путем:
получения или получив биологический образец от пациента; и
выполнения или выполнив генотипирование биологического образца для определения того, имеет ли пациент генотип, содержащий молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15; и
когда пациент является референсным по ALOX15, тогда путем введения или продолжения введения пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве стандартной дозы, и введения пациенту ингибитора ALOX15; и
когда пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, тогда путем введения или продолжения введения пациенту терапевтического агента, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и введения пациенту ингибитора ALOX15;
при этом наличие генотипа, имеющего молекулу вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, кодирующую полипептид ALOX15 человека, указывает на то, что пациент имеет пониженный риск развития респираторного нарушения.
31. Способ по п. 30, отличающийся тем, что пациент является референсным по ALOX15, и пациенту вводят или продолжают вводить терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве стандартной дозы, и вводят ингибитор ALOX15.
32. Способ по п. 30, отличающийся тем, что пациент является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, и пациенту вводят или продолжают вводить терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и вводят ингибитор ALOX15.
33. Способ по любому из пп. 30-32, отличающийся тем, что молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ALOX15 Thr560Met.
34. Способ по любому из пп. 30-32, отличающийся тем, что молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6.
35. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; при этом когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
36. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; при этом когда секвенированная часть молекулы мРНК ALOX15 в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, тогда молекула мРНК ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной мРНК с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
37. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15, полученной из молекулы мРНК в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; при этом когда секвенированная часть молекулы кДНК ALOX15 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6, тогда молекула кДНК ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной кДНК с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
38. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2.
39. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4.
40. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6.
41. Способ по любому из пп. 35-40, отличающийся тем, что генотипирование включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты.
42. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
43. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом часть содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
44. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
45. Способ по п. 44, отличающийся тем, что молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и проводят обратную транскрипцию мРНК в кДНК до стадии амплификации.
46. Способ по любому одному из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
47. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
48. Способ по любому из пп. 30-34, отличающийся тем, что генотипирование включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
49. Способ по любому из пп. 30-48, отличающийся тем, что молекула нуклеиновой кислоты присутствует в клетке, полученной от субъекта-человека.
50. Способ по любому из пп. 30-49, отличающийся тем, что ингибитор ALOX15 включает молекулу антисмысловой нуклеиновой кислоты, малую интерферирующую РНК (миРНК) или короткую шпилечную РНК (кшРНК), которые гибридизуются с мРНК ALOX15.
51. Способ по п. 50, отличающийся тем, что кшРНК включает: a) CCGGGAAACTGGAAGGACGGGTTAACTCGAGTTAACCCGTCCTTCCAGTTTCTTTTTTG (SEQ ID NO: 9);
b) CCGGGCTATCAAAGACTCTCTAAATCTCGAGATTTAGAGAGTCTTTGATAGCTTTTTG (SEQ ID NO: 10);
c)CCGGTGGGAAATCATCTATCGGTATCTCGAGATACCGATAGATGATTTCCCATTTTTG (SEQ ID NO: 11);
d)CCGGCCTGGAAGGAAGATGCCTTATCTCGAGATAAGGCATCTTCCTTCCAGGTTTTTG (SEQ ID NO: 12);
e)CCGGCCAGTTTCTTAATGGCGCCAACTCGAGTTGGCGCCATTAAGAAACTGGTTTTTG (SEQ ID NO: 13);
f)CCGGGCCGTCGATACATCCTATCTTCTCGAGAAGATAGGATGTATCGACGGCTTTTTG (SEQ ID NO: 14);
g) CCGGTAGATGACTTCAACCGGATTTCTCGAGAAATCCGGTTGAAGTCATCTATTTTTTG (SEQ ID NO: 15) или
h) CCGGTGGTACTCTTGGGTGCCTAATCTCGAGATTAGGCACCCAAGAGTACCATTTTTTG (SEQ ID NO: 16).
52. Способ по любому из пп. 30-49, отличающийся тем, что ингибитор ALOX15 включает белок Cas и гидовую РНК (гРНК), которая гибридизуется с последовательностью узнавания гРНК в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15.
53. Способ по п. 52, отличающийся тем, что белок Cas представляет собой Cas9 или Cpf1.
54. Способ по п. 52 или 53, отличающийся тем, что последовательность узнавания гРНК содержит или располагается вблизи положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 1.
55. Способ по п. 52 или 53, отличающийся тем, что последовательность узнавания гРНК располагается на расстоянии около 1000, около 500, около 400, около 300, около 200, около 100, около 50, около 45, около 40, около 35, около 30, около 25, около 20, около 15, около 10 или около 5 нуклеотидов от положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 1.
56. Способ по п. 52 или 53, отличающийся тем, что последовательность мотива, примыкающего к протоспейсеру (PAM), расположена на расстоянии от около 2 до 6 нуклеотидов ниже (в направлении 3') последовательности узнавания гРНК.
57. Способ по любому из пп. 52-56, отличающийся тем, что гРНК содержит от около 17 до около 23 нуклеотидов.
58. Способ по любому из пп. 52-57, отличающийся тем, что последовательность узнавания гРНК содержит нуклеотидную последовательность в соответствии с любой из SEQ ID NO: 19-43.
59. Способ идентификации субъекта-человека, имеющего повышенный риск развития респираторного нарушения, выбранного из носового полипа, аллергического ринита, астмы или аспирин-индуцированного респираторного заболевания (АИРЗ), при этом способ включает:
определение наличия или отсутствия молекулы вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15, кодирующей полипептид ALOX15 человека, где полипептид ALOX15 представляет собой Thr560Met, Tyr139Cys, Leu651fs, Pro565Leu, Asn658Lys, Gly283Arg, Val474Ala, Gly422Arg или Leu106fs, в биологическом образце, полученном от субъекта;
при этом:
когда субъект-человек является референсным по ALOX15, тогда субъект-человек имеет повышенный риск развития респираторного нарушения; и
когда субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15 или гомозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, тогда субъект-человек имеет пониженный риск развития респираторного нарушения.
60. Способ по п. 59, отличающийся тем, что молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 представляет собой молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ALOX15 Thr560Met.
61. Способ по любому из пп. 59-60, отличающийся тем, что молекула вариантной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15 представляет собой: молекулу геномной нуклеиновой кислоты, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, молекулу мРНК, имеющую нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, или молекулу кДНК, полученную из молекулы мРНК, при этом молекула кДНК имеет нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6.
62. Способ по любому из пп. 59-61, отличающийся тем, что стадию определения выполняют in vitro.
63. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; при этом когда секвенированная часть молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2, тогда молекула геномной нуклеиновой кислоты ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной геномной нуклеиновой кислоты с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
64. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; при этом когда секвенированная часть молекулы мРНК ALOX15 в биологическом образце содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4, тогда молекула мРНК ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной мРНК с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
65. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает секвенирование по меньшей мере части нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15 в биологическом образце, при этом секвенированная часть содержит положение, соответствующее положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; при этом когда секвенированная часть молекулы кДНК ALOX15 в биологическом образце содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6, тогда молекула кДНК ALOX15 в биологическом образце представляет собой молекулу вариантной кДНК с прогнозируемой потерей функции ALOX15.
66. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы геномной нуклеиновой кислоты ALOX15, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2.
67. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы мРНК ALOX15, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4.
68. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает: а) приведение биологического образца в контакт с праймером, гибридизующимся с частью нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15, расположенной вблизи положения, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6; b) удлинение праймера по меньшей мере включительно до положения нуклеотидной последовательности молекулы кДНК ALOX15, соответствующего положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6; и c) определение того, содержит ли продукт удлинения праймера тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6.
69. Способ по любому из пп. 63-68, отличающийся тем, что стадия определения включает секвенирование всей молекулы нуклеиновой кислоты.
70. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
71. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом часть содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO:4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
72. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает: а) амплификацию по меньшей мере части молекулы нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид ALOX15 человека, при этом часть содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; b) мечение амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты обнаруживаемой меткой; c) приведение меченой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с подложкой, содержащей заменоспецифичный зонд, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с последовательностью нуклеиновой кислоты амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и d) обнаружение обнаруживаемой метки.
73. Способ по п. 72, отличающийся тем, что молекула нуклеиновой кислоты в образце представляет собой мРНК, и проводят обратную транскрипцию мРНК в кДНК до стадии амплификации.
74. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
75. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
76. Способ по любому из пп. 59-62, отличающийся тем, что стадия определения включает: приведение молекулы нуклеиновой кислоты в биологическом образце в контакт с заменоспецифичным зондом, содержащим обнаруживаемую метку, при этом заменоспецифичный зонд содержит нуклеотидную последовательность, которая в жестких условиях гибридизуется с нуклеотидной последовательностью амплифицированной молекулы нуклеиновой кислоты, содержащей тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; и обнаружение обнаруживаемой метки.
77. Способ по любому из пп. 59-76, отличающийся тем, что субъект-человек является референсным по ALOX15 и субъекту-человеку вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве стандартной дозы, и вводят ингибитор ALOX15.
78. Способ по любому из пп. 59-76, отличающийся тем, что субъект-человек является гетерозиготным по варианту с прогнозируемой потерей функции ALOX15, и субъекту-человеку вводят терапевтический агент, который лечит или ингибирует респираторное нарушение, в количестве, которое равно или ниже количества стандартной дозы, и вводят ингибитор ALOX15.
79. Способ обнаружения молекулы вариантной нуклеиновой кислоты ALOX15 у субъекта-человека, включающий анализ образца, полученного от субъекта-человека, для определения того, является ли молекула нуклеиновой кислоты в образце: молекулой геномной нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; молекулой мРНК, содержащей нуклеотидную последовательность, содержащую урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или молекулой кДНК, содержащей нуклеотидную последовательность, содержащую тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательность
80. Способ обнаружения присутствия вариантного полипептида ALOX15 Thr560Met человека, включающий проведение анализа биологического образца, полученного от субъекта-человека, для определения того, содержит ли белок ALOX15 в биологическом образце метионин в положении, соответствующем положению 560 в соответствии с SEQ ID NO: 8.
81. Применение терапевтического агента для лечения или ингибирования респираторного нарушения у субъекта-человека, гетерозиготного по: i) молекуле геномной нуклеиновой кислоты, имеющей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; ii) молекуле мРНК, имеющей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO:4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или iii) молекуле кДНК, имеющей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или где субъект-человек является референсным по ALOX15, где терапевтический агент содержит:
i) модификатор лейкотриена, содержащий монтелукаст, пранлукаст и/или зафирлукаст;
ii) ингибитор 5-липоксигеназы, содержащий азеластин, диэтилкарбамазин, нордигидрогуайаретовую кислоту и/или зилеутон;
iii) дупилумаб;
iv) нестероидный противовоспалительный агент, содержащий:
a) кромолин;
b) производное аминоарилкарбоновой кислоты, содержащее энфенамовую кислоту, этофенамат, флуфенамовую кислоту, изониксин, меклофенамовую кислоту, мефенамову кислоту, нифлумовую кислоту, талнифлумат, терофенамат и/или толфенамовую кислоту;
c) производное арилуксусной кислоты, содержащее ацеметацин, алклофенак, амфенак, буфексамак, цинметацин, клопирак, диклофенак, этодолак, фелбинак, фенклофенак, фенклорак, фенклозовую кислоту, фентиазак, глукаметацин, ибуфенак, индометацин, изофезолак, изоксепак, лоназолак, метиазиновую кислоту, оксаметацин, проглуметацин, сулиндак, тиарамид, толметин и/или зомепирак;
d) производное арилмасляной кислоты, содержащее бумадизон, бутибуфен, фенбуфен и/или ксенбуцин;
e) арилкарбоновую кислоту, содержащую клиданак, кеторолак и/или тиноридин;
f) производное арилпропионовой кислоты, содержащее алминопрофен, беноксапрофен, буклоксовую кислоту, карпрофен, фенопрофен, флуноксапрофен, флурбипрофен, ибупрофен, ибупроксам, индопрофен, кетопрофен, локсопрофен, миропрофен, напроксен, оксапрозин, пикетопрофен, пирпрофен, пранопрофен, протизиновую кислоту, супрофен и/или тиапрофеновую кислоту;
g) пиразол, содержащий дифенамизол и/или эпиризол;
h) пиразолон, содержащий апазон, бензпиперилон, фепразон, мофебутазон, моразон, оксифенбутазон, фенибутазон, пипебузон, пропифеназон, рамифеназон, суксибузон и/или тиазолинобутазон;
i) салициловую кислоту и ее производное, содержащие ацетаминосалол, аспирин, бенорилат, бромосалигенин, кальция ацетилсалицилат, дифлунисал, этерсалат, фендосал, гентизиновую кислоту, гликоля салицилат, имидазола салицилат, лизина ацетилсалицилат, мезаламин, морфолина салицилат, 1-нафтилсалицилат, олсалазин, парсалмид, фенилацетилсалицилат, фенилсалицилат, салацетамид, салициламин о-уксусную кислоту, сульфосалициловую кислоту, салсалат и/или сульфасалазин;
j) тиазинкарбоксамид, содержащий дроксикам, изоксикам, пироксикам и/или теноксикам; и/или
k) ε-ацетамидокапроновую кислоту, s-аденозилметионин, 3-амино-4-гидроксимасляную кислоту, амиксетрин, бендазак, бензидамин, буколом, дифенпирамид, дитазол, эморфазон, гвайазулен, набуметон, нимесулид, орготеин, оксацепрол, паранилин, перизоксал, пифоксим, проквазон, проксазол и/или тенидап;
v) антигистамин, содержащий:
a) антигистамин первого поколения H1, содержащий:
I) этилендиамин, содержащий мепирамин (пириламин) и/или антазолин;
II) этаноламин, содержащий дифенгидрамин, карбиноксамин, доксиламин, клемастин и/или дименгидринат;
III) алкиламин, содержащий фенирамин, куроренамин (хлорфенирамин), декстрозы циклоалкилнафтоилметил Na Min, бромфенирамин и/или трипролидин;
iV) пиперазин, содержащий циклизин, гидроксизин и/или меклизин;
V) трициклик, содержащий прометазин, алимемазин (тримепразин), ципрогептадин и/или азатадин; и/или
VI) пипероксам;
b)антигистамин второго поколения, содержащий:
I) лекарственный препарат системного действия, содержащий акривастин, астемизол, цетиризин, лоратадин, мизоластин и терфенадин; и/или
II) лекарственный препарат местного действия, содержащий азеластин, левокабастин и/или олопатадин;
c) антигистамин третьего поколения, содержащий левоцетиризин, дезлоратадин (дезлоратидин) и/или фексофенадин;
vi) миорелаксант, содержащий:
а) антихолинергический агент, содержащий адифенин, алверин, амбутономий, аминопентамид, амиксетрин, ампротропина фосфат, анизотропина метилбромид, апоатропин, атропин, атропина n-оксид, бенактизин, бенапризин, бензетимид, бензилоний, бензтропина мезилат, бевония метилсульфат, бипериден, бутропий, n-бутилскополаммония бромид, бузепид, камилофин, карамифен, хлоробензоксамин, хлорофеноксамин, циметропий, клидиний, циклодрин, циклоний, цикримин, дептропин, дексетимид, дибутолина сульфат, дицикломин, диэтазин, дифемерин, дигексиверин, дифеманилметилсульфат, n-(1,2-дифенилэтил)никотинамид, дипипроверин, дипоний, эмепроний, эндобензилин, этопропазин, этибензтропин, этилбензгидрамин, этомидолин, эвкатропин, фенпивериний, фентоний, флутропий, гликопирролат, гетероний, гексоциклия метилсульфат, гоматропин, гиосциамин, ипратропий, изопропамид, левомепат, меклоксамин, мепензолат, меткарафен, метантелин, метиксен, метскополамин, октамиламин, оксибутинин, оксифенциклимин, оксифеноний, пентапиперид, пентиенат, фенкарбамид, фенглутаримид, пипензолат, пиперидолат, пиперилат, полдина метисульфат, придинол, прифиний, проциклидин, пропантелин, пропензолат, пропиверин, пропиромазин, скополамин, скополамина n-оксид, страмоний, сультропоний, тифенамил, тиемоний, тимепидий, тиквизий, тридигексетила йодид, тригексифенидила гидрохлорид, тримебутин, тропацин, тропензил, тропикамид, троспий, валетамат, вамикамид и/или ксенитропий;
b) бензодиазепин, содержащий клозапин и/или диазепам;
c) алкуроний, атракурий, баклофен, ботулинический токсин, 4-амино-3-(4-хлорофенил)-бутановую кислоту, карболоний, каризопродол, хлорфенезин, хлорзоксазон, циклобензаприн, цикланделат, дантролен, декаметония бромид, диазепам, гидралазин, фазадиний, галламин, гвайфенезин, гексафторений, изоксуприн, меладразин, мефензин, метаксалон, метокарбамол, нилидрин, метокурина иодид, орфенадрин, панкуроний, папаверин, придинол, стирамат, суксаметоний, суксетоний, тиоколхикозид, тизанидин, суксаметоний, толперизон и/или тубокурарин; и/или
d) бронходилататор, содержащий:
I) производное эфедрина, содержащее альбутерол, бамбутерол, битолтерол, карбутерол, кленбутерол, клорпреналин, диоксетедрин, эфедрин, эпинифрин, эпрозинол, этафедрин, этилнорепинефрин, фенотерол, гексопреналин, изоэтарин, изопротеренол, мабутерол, метапротеренол, n-метилэфедрин, пирбутерол, прокатерол, протокилол, репротерол, римитерол, салметерол, сотеренол, тербуталин и/или тулобутерол;
II) соединения четвертичного аммония, содержащие бевония метилсульфат, клатропия бромид, ипратропия бромид и/или окситропия бромид;
III) производное ксантина, содержащее ацефиллин, ацефиллин пиперазин, амбуфиллин, аминофиллин, бамифиллин, холина теофиллинат, доксофиллин, дифиллин, энпрофиллин, этамифиллин, этофиллин, гвайтиллин, проксифиллин, теобромин, 1-теоброминуксусную кислоту и/или теофиллин; и/или
IV) фенспирид, медибазин, монтекуласт, метоксифенаним, третохинол и/или зафиркуласт;
V) аналог катехоламина, содержащий формотерол;
VI) антиспазматический агент, содержащий алибендол, амбуцетамид, аминопромазин, апоатропин, бевония метилсульфат, биетамиверин, бутаверин, бутропия бромид, n-бутилскополаммония бромид, кароверин, циметропия бромид, циннамедрин, клебоприд, кониина гидробромид, кониина гидрохлорид, циклония йодид, дифемерин, диизопромин, диоксафетила бутират, дипония бромид, дрофенин, эмепрония бромид, этаверин, феклемин, феналамид, феноверин, фенпипран, фенпивериния бромид, фентония бромид, флавоксат, флопропион, глюконовая кислота, гвайактамин, гидрамитразин, гимекромон, лейопиррол, мебеверин, моксаверин, нафиверин, октамиламин, октаверин, оксибутинина хлорид, пентапиперид, фенамацида гидрохлорид, флороглуцинол, пинаверия бромид, пиперилат, пипоксолана гидрохлорид, прамиверин, прифиния бромид, проперидин, пропиван, пропиромазин, прозапин, рацефемин, роциверин, спазмолитол, стилония иодид, сультропоний, тиемония йодид, тиквизия бромид, тиропрамид, трепибутон, трикромил, трифолий, тримебутин, n,n-1триметил-3,3-дифенилпропиламин, тропензил, троспия хлорид и/или ксенитропия бромид; и/или
VII) антихолинергический агент, содержащий адифенин, алверин, амбутономий, аминопентамид, амиксетрин, ампротропина фосфат, анизотропина метилбромид, апоатропин, атропин, атропина n-оксид, бенактизин, бенапризин, бензетимид, бензилоний, бензтропина мезилат, бевония метилсульфат, бипериден, бутропий, n-бутилскополаммония бромид, бузепид, камилофин, карамифен, хлоробензоксамин, хлорофеноксамин, циметропий, клидиний, циклодрин, циклоний, цикримин, дептропин, дексетимид, дибутолина сульфат, дицикломин, диэтазин, дифемерин, дигексиверин, дифеманилметилсульфат, n-(1,2-дифенилэтил)никотинамид, дипипроверин, дипоний, эмепроний, эндобензилин, этопропазин, этибензтропин, этилбензгидрамин, этомидолин, эвкатропин, фенпивериний, фентоний, флутропий, гликопирролат, гетероний, гексоциклия метилсульфат, гоматропин, гиосциамин, ипратропий, изопропамид, левомепат, меклоксамин, мепензолат, меткарафен, метантелин, метиксен, метскополамин, октамиламин, оксибутинин, оксифенциклимин, оксифеноний, пентапиперид, пентиенат, фенкарбамид, фенглутаримид, пипензолат, пиперидолат, пиперилат, полдина метисульфат, придинол, прифиний, проциклидин, пропантелин, пропензолат, пропиверин, пропиромазин, скополамин, скополамина n-оксид, страмоний, сультропоний, тифенамил, тиемоний, тимепидий, тиквизий, тридигексетила йодид, тригексифенидила гидрохлорид, тримебутин, тропацин, тропензил, тропикамид, троспий, валетамат, вамикамид и/или ксенитропий; и/или
vii) стероидный противовоспалительный агент, содержащий:
a) 21-ацетоксипрегненолон, алклометазон, алгестон, амицинонид, беклометазон, бетаметазон, будесонид, хлоропреднизон, клобетазол, клобетазон, клокортолон, клопреднол, кортикостерон, кортизон, кортивазол, дефлазакорт, дезонид, дезоксиметазон, дексаметазон, дифлоразон, дифлукортолон, дифлупреднат, эноксолон, флуазакорт, флуклоронид, флуметазон, флунизолид, флуоцинолона ацетонид, флуоцинонид, флуокортина бутил, флуокортолон, фторометолон, флуперолона ацетат, флупреднидена ацетат, флупреднизолон, флурандренолид, флутиказон, формокортал, галцинонид, галобетазола приопионат, галометазон, галопредона ацетат, гидрокортамат, гидрокортизон, лотепреднола этабонат, мазипредон, медризон, мепреднизон, метилпреднизолон, мометазона фуроат, параметазон, предникарбат, преднизолон, преднизолона 25-диэтиламиноацетат, преднизона натрия фосфат, преднизон, предниваль, преднилиден, римексолон, тиксокортал, триамцинолон, триамцинолона ацетонид, триамцинолона бенетонид и триамцинолона гексацетонид, флутиказона пропионат, будесонид, флунизолид, триамцинолона ацетонид, рофлепонид и/или циклесонид;
b) сложный эфир беклометазона, содержащий сложный эфир 17-пропионата и/или сложный эфир 17,21-дипропионата; и/или
c) сложный эфир мометазона, содержащий сложный эфир фуроата.
82. Применение ингибитора ALOX15 для лечения респираторного нарушения у субъекта-человека, гетерозиготного по: i) молекуле геномной нуклеиновой кислоты, имеющей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; ii) молекуле мРНК, имеющей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO:4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или iii) молекуле кДНК, имеющей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или где субъект-человек является референсным по ALOX15, где ингибитор ALOX15 содержит молекулу антисмысловой нуклеиновой кислоты, малую интерферирующую РНК (миРНК) или короткую шпилечную РНК (кшРНК), которые гибридизуются с мРНК ALOX15.
83. Применение по п. 82, отличающееся тем, что кшРНК включает:
a) CCGGGAAACTGGAAGGACGGGTTAACTCGAGTTAACCCGTCCTTCCAGTTTCTTTTTTG (SEQ ID NO: 9);
b) CCGGGCTATCAAAGACTCTCTAAATCTCGAGATTTAGAGAGTCTTTGATAGCTTTTTG (SEQ ID NO: 10);
c) CCGGTGGGAAATCATCTATCGGTATCTCGAGATACCGATAGATGATTTCCCATTTTTG (SEQ ID NO: 11);
d) CCGGCCTGGAAGGAAGATGCCTTATCTCGAGATAAGGCATCTTCCTTCCAGGTTTTTG (SEQ ID NO: 12);
e) CCGGCCAGTTTCTTAATGGCGCCAACTCGAGTTGGCGCCATTAAGAAACTGGTTTTTG (SEQ ID NO: 13);
f) CCGGGCCGTCGATACATCCTATCTTCTCGAGAAGATAGGATGTATCGACGGCTTTTTG (SEQ ID NO: 14);
g) CCGGTAGATGACTTCAACCGGATTTCTCGAGAAATCCGGTTGAAGTCATCTATTTTTTG (SEQ ID NO:15) или
h) CCGGTGGTACTCTTGGGTGCCTAATCTCGAGATTAGGCACCCAAGAGTACCATTTTTTG (SEQ ID NO: 16).
84. Применение по п. 82, отличающееся тем, что ингибитор ALOX15 включает белок Cas и гидовую РНК (гРНК), которая гибридизуется с последовательностью узнавания гРНК в молекуле геномной нуклеиновой кислоты ALOX15.
85. Применение по п. 84, отличающееся тем, что белок Cas представляет собой Cas9 или Cpf1.
86. Применение по п. 84 или 85, отличающееся тем, что последовательность узнавания гРНК содержит или располагается вблизи положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 1.
87. Применение по п. 84 или 85, отличающееся тем, что последовательность узнавания гРНК располагается на расстоянии около 1000, около 500, около 400, около 300, около 200, около 100, около 50, около 45, около 40, около 35, около 30, около 25, около 20, около 15, около 10 или около 5 нуклеотидов от положения, соответствующего положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 1.
88. Применение по п. 84 или 87, отличающееся тем, что последовательность мотива, примыкающего к протоспейсеру (PAM), расположена на расстоянии от около 2 до около 6 нуклеотидов ниже (в направлении 3') последовательности узнавания гРНК.
89. Применение по любому из пп. 84-88, отличающееся тем, что гРНК содержит от около 17 до около 23 нуклеотидов.
90. Применение по любому из пп. 84-88, отличающееся тем, что последовательность узнавания гРНК содержит нуклеотидную последовательность в соответствии с любой одной из SEQ ID NO: 19-43.
91. Применение по п. 81, где терапевтический агент представляет собой дупилумаб.
92. Применение ингибитора ALOX15 для лечения респираторного нарушения у субъекта-человека, гетерозиготного по: i) молекуле геномной нуклеиновой кислоты, имеющей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 9917 в соответствии с SEQ ID NO: 2 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; ii) молекуле мРНК, имеющей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит урацил в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO:4 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или iii) молекуле кДНК, имеющей нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид ALOX15 человека, при этом нуклеотидная последовательность содержит тимин в положении, соответствующем положению 1693 в соответствии с SEQ ID NO: 6 или комплементарной ей нуклеотидной последовательностью; или где субъект-человек является референсным по ALOX15, где ингибитор ALOX15 содержит 6,11-дигидро[1]бензотиопирано[4,3-b]индол (PD146176), 2-бромофенол, 2,4-дибромофенол, 2-(1-тиенил)этил-3,4-дигидроксибензилиденцианоацетат (ТЭДЦ), 4,4’-(2,3-диметил-1,4-бутандиил)бис-1,2-бензендиол (нордигидрогваяретовую кислоту) или циннамил-3,4-дигидрокси-a-цианоциннамат (ЦДЦ).
| US 0010132809 B2, 20.11.2018 | |||
| RU 2016101632 A1, 26.07.2017 | |||
| ARMSTRONG M.M | |||
| Способ гальванического снятия позолоты с серебряных изделий без заметного изменения их формы | 1923 |
|
SU12A1 |
| Med | |||
| Chem., 2016, v | |||
| Пишущая машина для тюркско-арабского шрифта | 1922 |
|
SU24A1 |
| YAN B | |||
| Прибор для нагревания перетягиваемых бандажей подвижного состава | 1917 |
|
SU15A1 |
